lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 1 111 111 44444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111111111111111 111111111 11111 1111 222222222222222 11111111111111111111111 222222222222222222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 22222222222 22222222222222222222222222 1
lowQualScore : 4 4 4 3 3 88888888 1 3 111 55 44 3 44 2 2 2 2 5555 66 444 111 2 555 44444444444444444444444444444444444444444444 7777777777777777777777777777 33 111111111 66666 2 2 55 1111 33 333 222222222222222 2 666 77777777777777777777777 22 333 4 2 888888 666666666666666666666666666666 2 2 2 9 2 2 2 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 77 3 22222222222 88888888888888888888888888 4 4 7 0 5 99 3 6
lowQualScore : . . . . . ........ . . ... .. .. . .. . . . . .... .. ... ... . ... ............................................ ............................ .. ......... ..... . . .. .... .. ... ............... . ... ....................... .. ... . . ...... .............................. . . . . . . . . ........................................................... ...... .. . ........... .......................... . . . . . .. . .
lowQualScore : 4 4 1 3 3 88888888 0 1 444 00 22 3 22 5 7 7 7 7777 33 777 333 7 000 33333333333333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444 44 222222222 22222 7 4 66 0000 11 444 333333333333333 2 111 55555555555555555555555 99 777 2 1 777777 888888888888888888888888888888 2 2 2 4 4 5 5 5 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 999999 33 1 33333333333 77777777777777777777777777 4 4 3 8 0 22 3 7
consensus : CCTGCG-AGATG-ATCAGGAA-T-A--C-----TTCATG-AAC---AATT--AA-GA-A--AAA-TT-CA-TG-A----A--TT---A-TAT-TC---CT---------C----AA----CCA------GTT------------CATG-------AA--------TA--------ATTC--ATGAA-CTA-----CCCAT-N---AA-CT-T--ATC---AT--TG--GA-C----AT-------T-CAT---GA-----A-------G------T--CATG--A---AT-T-T--A---ATTC--N--T-GA-A-----AT-A-A-GA-----TTCAT-G-A-A-T-A-T-T-CA-A---GAACT-----ACA--T-----A------TG-------------T--A-G-----GA------GTAGTT--CATG-AA-----C---A-AAATT-G--CAGGGG--------ATGT---AAATT-CA-TGAAAC-TTCA--TG-AACATCCAAGAATATTACAAT
Reference ( gi|5 ) : CCTGCG-AGATG-ATCAGGAA-T-A--C-----TTAATG-AAC---AATT--AA-GA-A--AAA-TT-CA-TG-A----A--TT---A-TAT-TC---CT---------C----AA----CCA------GTT------------CATG-------AA--------TA--------ATTC--ATGAA-CTA-----CCCAT-T---AA-CT-T--ATC---AT--TG--GA-C----AC-------T-CAT---GA-----A-------G------T--CATG--A---AT-T-T--A---ATTC--T--T-GA-A-----AT-A-A-GA-----TTCAT-G-A-A-T-A-T-T-CA-A---AAACT-----ACA--T-----ATA----TG-------------T--A-G-----GA------GTAGTT--CATG-AA-----C---A-AAATT-G--CAGGGG--------ATGG---AAATT-CA-TGAAAC-TTCA--TG-AACATCTAAGAATATTACAATA
gi|4 : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAA-C-A--C-----TTCATG-AAC---AATT--AA-AA-A--AAA-T--CA-TG-A----A--TA---A-TAT-TC---CT---------G----AA----CCG------GTTGAGATCAGCT--CATG-------GA--------TA--------ATTT--ATGAA-ATA-----CCCAT-G---AA-CT-T--ATT---AT--TG--GA-C----AC-------T-AAT---GA-----A-------G------T--CATG--A---AT-T-T--A---ATTC--A--T--A-A-----AT-A-A-GA-----TTCAT-G-A-A-T-A-T-T-CA-T---GAAC---------------------------------------T--A-G-----GA------GTAGTC--CATG-AA-----C---A-AAATT-A--TGGGGG--------ATGT---AAATG-CA-TGAATC-TTCA--TG-AACATTCAAGAATAT
gi|15 : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAA-T-A--C-----TTCATG-AAC---AATT--AA-GA-A--AAA-TT-CA-TG-A----A--TT---A-TAT-Tgtaaattcatgaaacttcactaacattcaagaatattac
gi|16 : cCCTGCG-AGATG-ATAAGGAA-T-A--C-----TTCCTG-AAC---AATT--AA-GA-A--AAA-T
gi|18 : cCCTGCG-AGATG-ATTAGGAA-T-A--C-----TTCATG-AA
gi|19 : cCCAGCG-AGATG-ATTAGGAA-T-A--C-----TTCATG-
gi|3 : ccCTGCG-AGA-G-AT-AGGAA-T-AGAC-----TTCATG-AAC---AATT--AA-GA-A--AAA-TT-CA-TGGA----A--TT---A-TAT-TC---CC---------CTG--AA----CCA------GTTTGAATTTCAGCTCATG-------AA--------TA--------ATTC--ATGAA-CTA-----CCT-C-T---GA-CT-T--CTTCA-AT--TG--GAAC----AC-------T-CAT---GA-----A-------G------T--CATG--A---AT-T-T--A---ATTC--CCAT-GA-A-----AT-A-A-GA-----TTCAT-GCACA-T-A-T-T-CA-T---GAACT-----A-----------------------------------G-G-----GA------GTAGTC--CATG-AAT----C---A-AAATTGG--CAGAGGT-------ATGT---AAATTCCACTGAATC-TTCATTTA-AGCATC-AAGAATATGTCAAT
gi|7 : CTGCGGAGATG-ATCAGGAA-T-A--AA----TTCATG-AAG---AATC--AAAGA-A--AAAGTT-CA-TG-A----AC-TT---ACTAT-TCGTGTT---------C----A------C-------GCT------------CATG-------AA--------TA---------TTCCCACGAT-TTA-----CCACT-A---AA-CG-T--ATT---AT--TG--AA-C-------------T-CAT---AA-----A-------A------T--CATG--A---GT-T-T--A---ATTC--A--T-TA-A-----TT-A-A-AAGT---TTCAC-A-A-A-T-A-T-T-CA-A---GA---------C-------------------------------T--A-G-----GA------GTAGTT--CGTG-AA-----C---A-AAATT-tcagaaacttatgaacattcaagaatattac
gi|2 : tCG-AGATGGATTAGGAA-TTA--CCTCTCTTAG----AC---A-TT--AA-GATA--AAA-TTTCA-TG-A----A--TT---AATAT-TC---CT---------TGATGAA----CCATGATTGGAT------------CATGCTACAGAAA--------TA---------TTC--ATGAA-CTC-----TGCAG-TCGAGA-CT-T--AT----AT--TGCGAA-C----AC-------T-CATCCGGA-----A-------G------T--CATG--A---AT-T-T--A---AT-CAAT--C-GA-A-----AT-A-A-GA-----TTCAT-G-A-A-T-A-T-T-CA-ATCGAAGC--------------------------------------------------GA------AAAGTTCCCATG-AA-----C---A-AAAcgcga
gi|8 : tgcG-AGGTG-ATCAGAAA-T-A--A-----TTCATG-TAG---AATT--AA-GA-A--AAG-TT-CA-TG-A----A--TT---A-TAT-TC---CT---------T----GA----TCA------GCT------------CATG-------AA--------TA--------ATTC--ATGAA-TTA-----CCCAT-G---AA-CT-T--ATT---AT--TG--GA-C----A--------T-CAT---AA-----A-------G------T--AATT--A---AT-T-T--A---ATTC--A--T-GA-C-----AT-C-ATGA-----TTCAT-G-A-A-T-A-T-T-CA-A---GAA--------------------------G-------------T--A-G-----GA------GTAGCT--CATG-TT-----T---A-AAATaatctgggcggggaactgtaaacgtgcgatggaatatttcccccaaaaattggaaattcacgagtaatggtagaatatcatagaaactctccgaacatttaa
gi|4 : TCATGAA-T-A--------TTCATG-AATCTTATTT--AT-GA-ATTAAA-TT-CA-TG-ACTTCA--TT---AGTGT-CC---AA---------T----AA----TAA------GTT------------CATG-------GG--------TA--------TTTC--ATAAA-TTA-----TCCAT-G---AG-CT-G--ATCTCAAC--CG--G--------T-------T-CAG---GAATATTA-------T------T--CATG------AT-T-T-------TTT--T--T----A-----AT-----TG-----TTCAT-G-A-AGT-G-T-T-Cgggg
gi|6 : cctgcgagatgattagCAGGAAGT-A--------TTCATGCAACTG-GGTT--AG-GA-A--ATA-TT-CA-TG-A----C--TT-----T-T-TC---CT---------T----AA----ATA------GTT------------CATA-------AG--------TA--------actaggagtagtccatgaacaaaattatgggggatgtaaatgcatgaatcttcatgaacattcaagaatatgtaaattcatgaaacttcactaacattcaagaatattac
gi|6 : aA-T-A--C-----TTA-TG-AAC---TATTTAAG-GA-A--AAA-GT-CA-TG-A----A--T----A-T-T-TC---CT---------A----AC----CCA------GTTG-----------CATG-------AA--------TACTTCCTGTATTC--ATGAA--TA-----CCCAG-----AA-CT-TT-ATT---AT--TG---A-C----AC-------T-CAT---GA-----A-------G------T--CATG--A---AT-T-T--A---ATTC--A--T-GATT-----AT-AGA-GA-----TTCATGG-A-A-T-ATT-T-CA-A---GAAC---------------------------------------T--A-A-----GA------GTAGTTC-CATG-AA-----CCAAA-AAATT-G--CA-GGG--------ACGT----AATT-CA-TG--ACTTTCA--TGTAACATTTACAGATATTACAATtattcatgaatacccagaactttattattgacactcatgaagtcatgaatttaattcatgattatagagattcatggaatatttcaagaactaagagtagttccatgaaccaaaaaattgcagggacgtaattcatgactttcatgtaacatttacagatattacaatc
gi|1 : TG-AAC---AATT--A--GA-A--ACA-TT-CA-TG-A----A--TT---A--ATCTT---CTGACCGGTTGC----GA----TCA------GCT------------CATG-------AT--------AA--------ATTC--ATGAAACT------CCCAT-T---AA-CT-T--ATT---AT--TG--GA-C----AC-------T-CATC--GA-----A-------G------T--CATG--A---AT-T-T--A---ATTC--A--T-GA-A-----ATAA-A-GA-----TTCAT-G-A-ATT-A-T-TGCATG---AAACTTAGGCGCT--T-----GTA----AGAAAGCCCGCGAACT--A-G-----GA------GTAGTC--C-TG-AA-----C-----AAATT-G--CAAAGG--------ATGT---AAATT-CA-TGAATC-TTCA--TG-AACATTCAAGAATc
gi|3 : ac-A--AGA-TT-CAGTG-G----AATTT---A-CAT-AC---CT---------C----TG----CCA------ATT------------T--------------------TG--------ATTC--ATGGA-CTA-----CTCCC-T---AG-TT-C--ATG---AA--T----A-T----GT-------G-CAT---GA-----A-------TCTTATTT--CATGGGA---AT-T-A--A---ATTC--A--T-GA-C-------------------TTCAT-G-A-G-T-G-T-T-C------CAATT-----GAA--G-----AAG----T--------------C--A-G-----AG------GTAGTT--CATG-AA-----T------TATT----CATGAG--------CT-G---AAATT-C----AAAC-Tcatgtaacattcatgaaagttcaacggaacattcaagatattacaatagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
gi|6 : ctgcgagagataggaatagacttcatgaacaattaagaaaaattcatggaattatattcccctgaacc--AAA-GT-CA-TG-A----A--TT---A-CGT-CC---CTG--------C----AATTTTTTG------GTT------------CATG-------GAACTACTCTTA--------GTTC--TTGAA-ATAT----TCCAT-G---AATCTCT--ATA---ATCATG--AA-TTAA-AT-------T-CAT---GA-----C-------T------T--CATG--A---GTGT-C--A---AT------------A-----AT-A-A-AG-----TTC-T-G-G-G-T-A-T-T-CA-T---GAA-T-----ACA---------------------------------G-G-----AA------GTA-TT--CATGCAA-----C---T-GGGTT-----AGGAA--------AT-------ATT-CA-TGAcatttaagcatcaagaatatgtcaattcagaaacttatgaacattcaagaatattac
gi|8 : atacttatgaactatttaaggaaaaagAA-TT-CA-TG-A----A--TT---A-T---TC---AT---------G----AG----CTG------ATC------------AAGG-------AA--------TATA------ATTC--ATGAA-CTcatgtaacatttacagatattacaatc
gi|3 : gaggtgatcagaaataattcatgtagaattaagaaaA-TT-CA-TG-G----A--CT---A-C---TC---C---------------------CTA------GTT------------CATG-------AA--------TAT-------GTGC--ATGAA-T-------CTTAT-T-------------TC---AT--GG--GA-ATTAAAT-------T-CAT---GA-----C-------T------T--CATG--A---GTGT-TCCA---ATTG--A--A-GA-A-----GT-C-A-GAGGTAGTTCAT-G-A-ATT-A-T-T-CA-acccatgaacttattattggacatcataaagtaattaatttaattcatgacatcatgattcatgaatattcaagaagtaggagtagctcatgtttaaaatgggg
gi|4 : ctgcgagagataggaatagacttcatgaacaattaagaaaaattcatggaattatattcccctgaaccagtttgaatttcagctca-TT-CA-TG-A----A--TTTACA-TAT-TC---TT---------G----AA----T--------GTT------------CATG-------AA---------G--------ATTC--ATGCATTTACATCCCCCA--T---AA-TT-TTGTTC---A---TG--GA-CT---ACTCCTAGTT-CAT---GAAT---A-------T------T--CATG--A---AT-C-T--T---ATTT--A--T-GA-A-----TT-A-A--A-----TTCAT-G-A-caaaattggcagaggtatgtaaattccactgaatcttcatttaagcatcaagaatatgtcaattcagaaacttatgaacattcaagaatattac
gi|8 : cctgcgagatgattaggaacacttcatgaacaattaaaaaaaatcatgaataatattcctgaaccggttgagatcagctcatggataatttatgaaatacccatgaacttattattggacactaatgaagA------GTT------------CATG-------GG--------TA--------ATTC--ATGAA-TTA-----TTCAT-G---AG-CT-G--ATC---AA--GG--AA-T----AT----------------A-----A-------T------T--CATG--A---AC-T-T-------TTC--T--T-AA-acttcactaacattcaagaatattac
gi|13 : gaggtgatcagaaataattcatgtagaaA--------ATGC--ATGAA--TA-----CCCATAG---AA-CT-A--ATA---GT--TG--GA-C----CA-------T-CAA---AA-----A-------G------T--CA--------GT-T-T--A---ATTC--A--T-GA-C-----ATCA-A-CA-----TTCA--G-A-A-TAA-T-T-GA-AG--AAACT-----Atattattggacatcataaagtaattaatttaattcatgacatcatgattcatgaatattcaagaagtaggagtagctcatgtttaaaatgggg
gi|8 : ttctgacaattgtgacgcttgaC--ATGAG-CTA-----CTCCT------A-CT-T----C----T--TG--AA-T----AT-------T-CAT---GA-----ATCATGATG------T--CATG--A---AT-T-A--A---ATT---------A-A-----TT-A----C-----TTTAT-G---A-T-G-T-C-CA-A-------T-----A-A--T-----AAG----TT-------------C--A-T-----GG------GTAATT--CATG-AATTATTC---ATGAGCT-GATCAAGGA--------ATAT----AATT-CA-TG-AAC-TTag
gi|10 : gaggtgatcagaaataattcatgtagaattaagaaT-T--ATT---CT--TA--GA-T----GT-------TTCAT---TA-----A-------G------TTTCATG--A---AT-T-T--CC--ATCC--C--T-GC-A-----AT-T-T-TG-----TTCAT-G-A-ACT-A-CCT-C---------CT-----ACAGAT-----ATA----TG-------------T--A-GTTTTTGA------ATA-TT--CATG-AAT----C---T-TAATT-T--CAAAGA--------ATtttaaaatgggg
gi|4 : atgatatattgta-T--ATT---CT--TG--AA-T----GT-------T-AGT---GA-----A-------G------TTTCATG--A---AT-T-T--ACATATTC--T--T-GA-A------T-G----------TTCAT-G-A-A-G-A-T-T-CATG---CATTT-----ACA--TCCCCCATAATTTTG-------------TTCATG-----GACTACTCCTAGTT--CATG-AA-----T-------ATT----CATGAATCTTATTTATGAATTAAATT-CA-TG--AC-TTCA--TT-AGTGTCCAATAATAta
gi|1 : cctgcgagatgattaggaacacttcatgaacaattaaaaaaaatcatgaataatattcctgaaccggttgagatcagctcatggataatttatgaaatacccatgaactC---GT--TG--AA-C----TT-------T-CAT---GA-----AT------G------TTACATG--A----------------TTC--T--T-GA-ATGTTCATGA-A-GA-----TTCAT-G-A-A-T-ttac
gi|10 : actgaacaattagaaacattcatgaattaatcttctgaccggttgcgatcagctcatgataaattcatgaaactcccattaacttattattggacactcatcgaagtcatgaatttaattcatgaaataaagattcatgaattattgcatgaaacttaggcgcttgtaagaaagcccgcgaactaggagtagtcctgaacaaattgcaaaggatgtaaATG--ATATAT-TGT--A---ATTC--T--TTGA-A-----ATTA-A-GA-----TTCAT-G-A-A-T-A-T-T-CA-A---AAACT-----ACA--T-----ATATC--TG-------------T--A-G-----GAG-----GTAGTT--CATG-AA-----C---A-AAATT-G--CA-GGG--------ATGG---AAATT-CA-TGAAAC-TTAA--TGAAACATCTAAGAATAATAgaacattcaagatattacaatagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CAGCATTTGCTGATTCACTGTTCATCTCTGTATCGATGCATTTCACATGAGTGCATGGTCAGTTTAGATATGTTTACAGAATCTGAATCACCTTTCTATTTCTAAGAATGCAATTGGTTTGAGCACTTGATGCC
Unaligned ( gi|11 ): GTTGTTCCCTACTCTGCTGTGACTGCAAATTTCACATGACGTGCAATTTGTCAGTTAGATATGTTTAGCAAGAGATTCGCATTTCTAAAGGAAAATGCAATTGGTTTGAGCACTTTGCATGCCTC
Unaligned ( gi|12 ): GTAATCACTGTTCCTCTCTGCCTTACGGATTCAGGAGTGAGTTGTCAGTTTAGATGCTGTTTCCCACACCTTGAATCACACTTTATTTGCTTAGGATGCAGATTGGTTTGTGCATTTGCCGATGC
Unaligned ( gi|14 ): TGTTTACAAGAGAAGATATTTTGAATCACACTTCTATTTCTAAGAATGCAATTGGTTTGAGCACTTGCATACCCCT
Unaligned ( gi|17 ): GCAGGCAATCAACAGCATTCAGTGTACAAAGATGAATTAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555 1111111 111111111 111111111 1111111111 1 1111111111111111111111111111111111 11 111 111 1
lowQualScore : 3 3 4 5 6666 33 33 999 3 222222222 3 555 3 3 3 3 44444444 3 666 5555555555555555555555555555555555555555 1111111 4 333333333 44 6 333333333 55555 3 999 888 9999 7777777777 999 44 3 555 3 44 1 6 3 0 3 3 44 6666 3 3 3 3 3 3 55 3 3 6666666666666666666666666666666666 4 00 4 333 333 6 5 5 6 6 4 6 99 3 6
lowQualScore : . . . . .... .. .. ... . ......... . ... . . . . ........ . ... ........................................ ....... . ......... .. . ......... ..... . ... ... .... .......... ... .. . ... . .. . . . . . . .. .... . . . . . . .. . . .................................. . .. . ... ... . . . . . . . .. . .
lowQualScore : 3 3 2 7 9999 77 55 666 1 333333333 1 444 1 3 3 3 77777777 3 444 7777777777777777777777777777777777777777 8888888 5 222222222 66 7 777777777 22222 3 111 888 4444 2222222222 222 66 3 888 3 66 0 7 3 0 3 3 66 3333 3 3 6 6 6 6 00 6 6 3333333333333333333333333333333333 4 66 4 999 888 6 7 7 7 7 0 7 22 3 3
consensus : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAA-TT---AA-G---------A-A---AAA-TT-CATG-AA-TT---A----TAT-TC---CT---------N----AACCA------GTT------------CATG-------AATA--------ATTC--ATG-AA-CTA-----CCCA--TG-A-ACTT-A-TT--ATTG--G-AC--------ACTCAT---GA--AGTCATG-A---ATT-TAATT--CAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCA--T-G-A-A-T-A-TT-CAA--G-A-ACTAC------------G-----------------TAGGA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCGGGGG-A-TGTAAATT-CA-TGAANC-TTCA--TG-AACATTCAAGAATATTACAAT
Reference ( family-2783 ) : CCTGCG-AGATG-ATCAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAA-TT---AA-G---------A-A---AAA-TT-CATG-AA-TT---A----TAT-TC---CT---------C----AACCA------GTT------------CATG-------AATA--------ATTC--ATG-AA-CTA-----CCCA--TN-A-ACTT-A-TC--ATTG--G-AC--------ATTCAT---GA--AGTCATG-A---ATT-TAATT--CNT-GA-AAT-A-A-GA--TTCA--T-G-A-A-T-A-TT-CAA--G-A-ACTAC--ATA------TG-----------------TAGGA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCAGGGG-A-TGTAAATT-CA-TGAAAC-TTCA--TG-AACATCCAAGAATATTACAAT
gi|1 : --TGAACAA-TT---A--G---------A-A---ACA-TT-CATG-AA-TT---A-----ATCTT---CTGACCGGTTGC----GATCA------GCT------------CATG-------ATAA--------ATTC--ATGAAA-CT------CCCA--TT-A-ACTT-A-TT--ATTG--G-AC--------ACTCATC--GA--AGTCATG-A---ATT-TAATT--CAT-GA-AATAA-A-GA--TTCA--T-G-A-ATT-A-TTGCAT--G-A-A--AC--TTAGGCGCTTGTAAGAAAGCCCGCGAACTAGGA-GTAGTC--C-TGAA-C----AAATT---GCAAAGG-A-TGTAAATT-CA-TGAATC-TTCA--TG-AACATTCAAGAAT
gi|1 : ac-AGAT---TCATGAATTA--T-TGCA--TGAA-AC-TT---AG-GCGCTTGTAAG-A---AAG-CC-CGCG-AA-CT---AGGAGTAG-TC---CT---------G----AACAA------ATTG-----------CA---------AAGG--------AT----GTA-AA-TT--------CA--TG-A-ATCT---TC--AT-G--A-AC--------ATTCAA---GA--A-TCATGTA---AC----ATT--CAT-GA-AA-------G--TTCAACG-G-A-A-C-A-TT-CAA--G-ATATTAC--Acatgtaacattcatgaaagttcaacggaacattcaagatattacaatagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
gi|1 : actgaacaattagaaacattcatgaattaatcttctgaccggttgcgatcagctcatgataaattcatgaaactcccattaacttattattggacactcatcgaagtcatgaatttaattcatgaaataaCCCGCG-A-----ACTAGGAGT-A--G-TCC---TGAACAAATTGCAAA-G---------G-ATGTAAA-TT-CATG-AA-TC----------T-TC---AT---------G----AAC--------ATT------------CAAG-------AA------------TC--ATGTAA-C-A-----TTCA--TG-A-AAGT---TC--AACG--GAAC--------ATTCAA---GA--atagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
gi|10 : actgaacaattagaaacattcatgaattaatcttctgaccggttgcgatcagctcatgataaattcatgaaactcccattaacttattattggacactcatcgaagtcatgaatttaattcatgaaataaagattcatgaattattgcatgaaacttaggcgcttgtaagaaagATG-ATATATTGTAATT--CTTTGA-AATTA-A-GA--TTCA--T-G-A-A-T-A-TT-CAA--A-A-ACTAC--ATATATC--TG-----------------TAGGAGGTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCA-GGG-A-TGGAAATT-CA-TGAAAC-TTAA--TGAAACATCTAAGAATAATAtattacaatagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
gi|13 : A--------ATGC--ATG-AA--TA-----CCCA--TAGA-ACTA-A-TA--GTTG--G-AC--------CATCAA---AA--AGTCA-------GTT-TAATT--CAT-GA-CATCA-A-CA--TTCA----G-A-A-TAA-TT-GAA--GAA-ACTA
gi|15 : ttctgacaattgtgacgcttgaCCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAA-TT---AA-G---------A-A---AAA-TT-CATG-AA-TT---A----TAT-Tag
gi|16 : cCCTGCG-AGATG-ATAAGGAAT-A--C-TTCC--TGAACAA-TT---AA-G---------A-A---AAA-T
gi|18 : cCCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAA
gi|19 : cCCAGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TG
gi|2 : ccCG-AGATGGATTAGGAATTA--C-CTCTCTTAGACA--TT---AA-G---------ATA---AAA-TTTCATG-AA-TT---AA---TAT-TC---CT---------TGATGAACCATGATTGGAT------------CATGCTACAGAAATA---------TTC--ATG-AA-CTC-----TGCAGTCG-AGACTT-A-T---ATTGCGA-AC--------ACTCATCCGGA--AGTCATG-A---ATT-TAATC--AATCGA-AAT-A-A-GA--TTCA--T-G-A-A-T-A-TT-CAATCG-A-A--GC---------------------------------GA-AAAGTTCCCATGAA-CAA-AAAATCTGGGCGGGGA-ACTGTAAA
gi|3 : tgcCTGCG-AGA-G-AT-AGGAAT-AGAC-TTCA--TGAACAA-TT---AA-G---------A-A---AAA-TT-CATGGAA-TT---A----TAT-TC---CC---------CTG--AACCA------GTTTGAATTTCAGCTCATG-------AATA--------ATTC--ATG-AA-CTA-----CCTC--TG---ACTT-C-TTCAATTG--GAAC--------ACTCAT---GA--AGTCATG-A---ATT-TAATTCCCAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCA--T-GCACA-T-A-TT-CAT--G-A-ACTA--------------------------------GGGA-GTAGTC--CATGAATC---AAAATTG--GCAGAGGTA-TGTAAATTCCACTGAATC-TTCATTTA-AGCAT-CAAGAATATGTCAATcgtgcgatggaatatttcccccaaaaattggaaattcacgagtaatggtagaatatcatagaaactctccgaacatttaa
gi|4 : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAC-A--C-TTCA--TGAACAA-TT---AA-A---------A-A---AAA-T--CATG-AA-TA---A----TAT-TC---CT---------G----AACCG------GTTGAGATCAGCT--CATG-------GATA--------ATTT--ATG-AA-ATA-----CCCA--TG-A-ACTT-A-TT--ATTG--G-AC--------ACTAAT---GA--AGTCATG-A---ATT-TAATT--CAT--A-AAT-A-A-GA--TTCA--T-G-A-A-T-A-TT-CAT--G-A-AC---------------------------------TAGGA-GTAGTC--CATGAA-C---AAAATT---ATGGGGG-A-TGTAAATG-CA-TGAATC-TTCA--TG-AACATTCAAGAATATtcagaaacttatgaacattcaagaatattac
gi|4 : AAT-A----TTCT--TGAATG--TT---AG-T---------G-A---AGT-TT-CATG-AA-TTTACA----TAT-TC---TT---------G----AAT--------GTT------------CATG-------AA-G--------ATTC--ATG-CATTTACATCCCCCA--TA-A-TTTT-GTTC--A-TG--G-ACTACTCCTAGTTCAT---GAATATTCATG-A---ATC-TTATT--TAT-GA-ATT-A-A--A--TTCA--T-G-A-gtaaattcatgaaacttcactaacattcaagaatattac
gi|5 : cctgcgagatgattaggaacacttcatgaacaattaaaaaaaatcatgaataatattcctgaaccggttgagatcagctcatggataatttatgaaatacccatgaacttattattggacactaatgaagCCTGCG-AGATG-ATCAGGAAT-A--C-TTAA--TGAACAA-TT---AA-G---------A-A---AAA-TT-CATG-AA-TT---A----TAT-TC---CT---------C----AACCA------GTT------------CATG-------AATA--------ATTC--ATG-AA-CTA-----CCCA--TT-A-ACTT-A-TC--ATTG--G-AC--------ACTCAT---GA--AGTCATG-A---ATT-TAATT--CTT-GA-AAT-A-A-GA--TTCA--T-G-A-A-T-A-TT-CAA--A-A-ACTACATATA------TG-----------------TAGGA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCAGGGG-A-TGGAAATT-CA-TGAAAC-TTCA--TG-AACATCTAAGAATATTACAATac
gi|6 : AT-A--C-TT-A--TGAACTA-TTTA-AG-G---------A-A---AAA-GT-CATG-AA-T----A----T-T-TC---CT---------A----ACCCA------GTTG-----------CATG-------AATACTTCCTGTATTC--ATG-AA--TA-----CCCA---G-A-ACTTTA-TT--ATTG----AC--------ACTCAT---GA--AGTCATG-A---ATT-TAATT--CAT-GATTAT-AGA-GA--TTCA--TGG-A-A-T-ATTT-CAA--G-A-AC---------------------------------TAAGA-GTAGTTC-CATGAA-CCAAAAAATT---GCA-GGG-A-CGT-AATT-CA-TG--ACTTTCA--TGTAACATTTACAGATATTACAATa
gi|7 : CTGCGGAGATG-ATCAGGAAT-A--AATTCA--TGAAGAA-TC---AAAG---------A-A---AAAGTT-CATG-AACTT---AC---TAT-TCGTGTT---------C----A--C-------GCT------------CATG-------AATA---------TTCCCACG-AT-TTA-----CCAC--TA-A-ACGT-A-TT--ATTG--A-AC----------TCAT---AA--AATCATG-A---GTT-TAATT--CAT-TA-ATT-A-A-AAGTTTCA--C-A-A-A-T-A-TT-CAA--G-A-----C------------------------------TAGGA-GTAGTT--CGTGAA-C---AAAATT---c
gi|8 : tG-AGGTG-ATCAGAAAT-A--A-TTCA--TGTAGAA-TT---AA-G---------A-A---AAG-TT-CATG-AA-TT---A----TAT-TC---CT---------T----GATCA------GCT------------CATG-------AATA--------ATTC--ATG-AA-TTA-----CCCA--TG-A-ACTT-A-TT--ATTG--G-AC--------A-TCAT---AA--AGTAATT-A---ATT-TAATT--CAT-GA-CAT-C-ATGA--TTCA--T-G-A-A-T-A-TT-CAA--G-A-A----------------G-----------------TAGGA-GTAGCT--CATGTT-T---AAAATcgcga
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CAGCATTTGCTGATTCACTGTTCATCTCTGTATCGATGCATTTCACATGAGTGCATGGTCAGTTTAGATATGTTTACAGAATCTGAATCACCTTTCTATTTCTAAGAATGCAATTGGTTTGAGCACTTGATGCC
Unaligned ( gi|11 ): GTTGTTCCCTACTCTGCTGTGACTGCAAATTTCACATGACGTGCAATTTGTCAGTTAGATATGTTTAGCAAGAGATTCGCATTTCTAAAGGAAAATGCAATTGGTTTGAGCACTTTGCATGCCTC
Unaligned ( gi|12 ): GTAATCACTGTTCCTCTCTGCCTTACGGATTCAGGAGTGAGTTGTCAGTTTAGATGCTGTTTCCCACACCTTGAATCACACTTTATTTGCTTAGGATGCAGATTGGTTTGTGCATTTGCCGATGC
Unaligned ( gi|14 ): TGTTTACAAGAGAAGATATTTTGAATCACACTTCTATTTCTAAGAATGCAATTGGTTTGAGCACTTGCATACCCCT
Unaligned ( gi|17 ): GCAGGCAATCAACAGCATTCAGTGTACAAAGATGAATTAAT
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555 1111111 111111111 11 111 111111111 111 7777777777777777777777777777777777777777777777 111 111111 11 1
lowQualScore : 4 4 3 3 44 3 44 55 3 3 99999 3 3 3 3 7 3 55 1111111111111111111111111111111111111111111 3333333 444444444 4 55 44 9999 4 4 888 55 4 111 666666666 666 3 88 7 3 222 3 55 3 3 3 3 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 99 4 222 888888 5 5 5 5 5 1 55 1 0
lowQualScore : . . . . .. . .. .. . . ..... . . . . . . .. ........................................... ....... ......... . .. .. .... . . ... .. . ... ......... ... . .. . . ... . .. . . . . . . .............................................. . . .. . ... ...... . . . . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 3 66 3 22 00 6 6 11111 3 6 6 6 3 6 55 5555555555555555555555555555555555555555555 0000000 000000000 0 55 77 3333 0 0 111 55 0 000 000000000 444 6 66 3 6 777 6 00 6 6 6 6 6 6 5555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 55 0 555 000000 0 0 0 7 7 0 77 4 1
consensus : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TCC--TG----A---------ACCA------G---TT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAG-AA---CTAC--------G---TAG-GA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCGGGGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAANCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATTACAAT
Reference ( family-2783 ) : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TCC--TN----A---------ACCA------G---TT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAG-AA---CTAC--------G---TAG-GA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCGGGGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAANCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATTACAAT
gi|1 : --TGAACAATT--A--GA-A-----ACA-TT-CATG-AA-TTA--ATCTTC--TG----ACCGGTTGCGATCA------G---CT------------CATG-------ATAA--------ATT-C--ATGAAACT-CCCA--T-TA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCATC--GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AATAA-A-GA--TTCAT-G-A-ATT-A-TTGCATGAAACTTAGGCGCTTGTAAG-AAAGCCCGC--------GAACTAG-GA-GTAGTC--C-TGAA-C----AAATT---GCAAAGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAATCTTCA--TG-AACATTCAAGAAT
gi|1 : acAA-GT-CATG-AA-TTT-AAT-TCA--TG----A---------AATA------AAGATT------------CATG-------AATT--------ATTGC--ATGAA---ACTTA--G-GC-GCTT-GTA--A--G--AA-AGCCCGC---GAACTAGGAGTAGTCCTGA---ACA--AATTG-CAA-AG-GAT-GTA-AA--TTCAT-G-A-A-T-C-TT--------------------CATG-AA---C-------------------------ATT--CA---------AGAATC-----------A-TGTAACATT-CA-TGAAAGTTCAACGG-AACATTCAAG-ATATTACAATcatgtaacattcatgaaagttcaacggaacattcaagatattacaatagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
gi|10 : actgaacaattagaaacattcatgaattaatcttctgaccggttgcgatcagctcatgataaattcatgaaactcccattaacttattattggacactcatcgATGATATATTGTAATT--CTTTGA-AATTA-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAA-AA---CTACATATATCTG---TAG-GAGGTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GC-AGGG-A-TGGAA-ATT-CA-TGAAACTTAA--TGAAACATCTAAGAATAATAagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
gi|13 : A--------ATG-C--ATGAA--TACCCA--TAGA-ACTA-ATA--GTTG--GA-CCATCAA---AAA---------GTCA------GTT-TAATT--CAT-GA-CATCA-A-CA--TTCA--G-A-A-TAA-TT--------------------GAAGAAA---CTA
gi|15 : ttctgacaattgtgacgcttgaCCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-Tag
gi|16 : cCCTGCG-AGATG-ATAAGGAAT-A--C-TTCC--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-T
gi|18 : cCCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAA
gi|19 : cCCAGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TG
gi|2 : ccCG-AGATGGATTAGGAATTA--C-CTCTCTTAGACA-TT--AA-GATA-----AAA-TTTCATG-AA-TTAATAT-TCC--TTGATGA---------ACCATGATTGG---AT------------CATGCTACAGAAATA---------TT-C--ATGAA-CTCTGCAGTC-GAGACTT-AT---ATTGCGAA-CACTCATCCGGAA---------GTCATGA---ATT-TAATC--AATCGA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAA--------T-C--------G---AAGCGA-AAAGTTCCCATGAA-CAA-AAAATCTGGGCGGGGA-ACTGTAA-A
gi|3 : tgcCTGCG-AGA-G-AT-AGGAAT-AGAC-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATGGAA-TTA-TAT-TCCCCTG----A---------ACCA------G---TTTGAATTTCAGCTCATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCTC--T-GA--CTT-CTTCAATTG--GAACACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATTCCCAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-GCACA-T-A-TT--------------------CATG-AA---CTA--------------GG-GA-GTAGTC--CATGAATC---AAAATTG--GCAGAGGTA-TGTAA-ATTCCACTGAATCTTCATTTA-AGCA-TCAAGAATATGTCAATcgtgcgatggaatatttcccccaaaaattggaaattcacgagtaatggtagaatatcatagaaactctccgaacatttaa
gi|4 : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAC-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-AA-A-----AAA-T--CATG-AA-TAA-TAT-TCC--TG----A---------ACCG------G---TTGAGATCAGCT--CATG-------GATA--------ATT-T--ATGAA-ATACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTAAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT--A-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CATG-AA---C---------------TAG-GA-GTAGTC--CATGAA-C---AAAATT---ATGGGGG-A-TGTAA-ATG-CA-TGAATCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATtcagaaacttatgaacattcaagaatattac
gi|4 : GAAT----C-TTCA--TGAACATTC--AA-GA-ATATGTAAA-TT-CATG-AA---A-C-T-TCA--CT----A---------AC--------A---TT------------CAAG-------AATA--------gtaaattcatgaaacttcactaacattcaagaatattac
gi|5 : cctgcgagatgattaggaacacttcatgaacaattaaaaaaaatcatgaataatattcctgaaccggttgagatcagctcatggataatttatgaaatacccatgaacttattattggacactaatgaagtcatgaatttaattcataaataagattcatgaatattcatgaactaggagtagtccatgaacaaaattatgggggatgtaaatgcatCCTGCG-AGATG-ATCAGGAAT-A--C-TTAA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TCC--TC----A---------ACCA------G---TT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCCA--T-TA-ACTT-ATC--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CTT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAA-AA---CTACATATAT--G---TAG-GA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCAGGGG-A-TGGAA-ATT-CA-TGAAACTTCA--TG-AACATCTAAGAATATTACAATttac
gi|6 : AT-A--C-TT-A--TGAACTATTTAAG-GA-A-----AAA-GT-CATG-AA-T-A-T-T-TCC--TA----A---------CCCA------G---TTG-----------CATG-------AATACTTCCTGTATT-C--ATGAA--TACCCA----GA-ACTTTATT--ATTG---A-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GATTAT-AGA-GA--TTCATGG-A-A-T-ATTT--------------------CAAG-AA---C---------------TAA-GA-GTAGTTC-CATGAA-CCAAAAAATT---GC-AGGG-A-CGT-A-ATT-CA-TG-ACTTTCA--TGTAACATTTACAGATATTACAATa
gi|7 : CTGCGGAGATG-ATCAGGAAT-A--AATTCA--TGAAGAATC--AAAGA-A-----AAAGTT-CATG-AACTTACTAT-TCG--TG----T---------TCAC------G---CT------------CATG-------AATA---------TT-CCCACGAT-TTACCAC--T-AA-ACGT-ATT--ATTG--AA-C--TCAT---AAA---------ATCATGA---GTT-TAATT--CAT-TA-ATT-A-A-AAGTTTCAC-A-A-A-T-A-TT--------------------CAAG--A---C---------------TAG-GA-GTAGTT--CGTGAA-C---AAAATTC--GCGc
gi|8 : tG-AGGTG-ATCAGAAAT-A--A-TTCA--TGTAGAATT--AA-GA-A-----AAG-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TCC--TT----G---------ATCA------G---CT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-TTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CA-TCAT---AAA---------GTAATTA---ATT-TAATT--CAT-GA-CAT-C-ATGA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAG-AA---------------G---TAG-GA-GTAGCT--CATGTT-T---AAAAT------GGGGa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CAGCATTTGCTGATTCACTGTTCATCTCTGTATCGATGCATTTCACATGAGTGCATGGTCAGTTTAGATATGTTTACAGAATCTGAATCACCTTTCTATTTCTAAGAATGCAATTGGTTTGAGCACTTGATGCC
Unaligned ( gi|11 ): GTTGTTCCCTACTCTGCTGTGACTGCAAATTTCACATGACGTGCAATTTGTCAGTTAGATATGTTTAGCAAGAGATTCGCATTTCTAAAGGAAAATGCAATTGGTTTGAGCACTTTGCATGCCTC
Unaligned ( gi|12 ): GTAATCACTGTTCCTCTCTGCCTTACGGATTCAGGAGTGAGTTGTCAGTTTAGATGCTGTTTCCCACACCTTGAATCACACTTTATTTGCTTAGGATGCAGATTGGTTTGTGCATTTGCCGATGC
Unaligned ( gi|14 ): TGTTTACAAGAGAAGATATTTTGAATCACACTTCTATTTCTAAGAATGCAATTGGTTTGAGCACTTGCATACCCCT
Unaligned ( gi|17 ): GCAGGCAATCAACAGCATTCAGTGTACAAAGATGAATTAAT
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555 1111111 111111111 11 111 111111111 111 7777777777777777777777777777777777777777777777 111 111111 11 1
lowQualScore : 4 4 3 3 44 3 44 55 3 3 99999 3 3 3 3 7 3 4 55 2222222222222222222222222222222222222222222 3333333 444444444 4 55 44 9999 4 4 888 55 4 111 666666666 666 3 88 7 3 222 3 55 3 3 3 3 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 99 4 222 888888 5 5 5 5 5 1 55 1 0
lowQualScore : . . . . .. . .. .. . . ..... . . . . . . . .. ........................................... ....... ......... . .. .. .... . . ... .. . ... ......... ... . .. . . ... . .. . . . . . . .............................................. . . .. . ... ...... . . . . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 3 66 3 22 00 6 6 11111 3 6 6 6 3 6 0 55 1111111111111111111111111111111111111111111 0000000 000000000 0 55 77 3333 0 0 111 55 0 000 000000000 444 6 66 3 6 777 6 00 6 6 6 6 6 6 5555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 55 0 555 000000 0 0 0 7 7 0 77 4 1
consensus : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TC-C--T----GA---------ACCA------G---TT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAG-AA---CTAC--------G---TAG-GA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCGGGGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAANCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATTACAAT
Reference ( family-2783 ) : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TC-C--T----GA---------ACCA------G---TT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAG-AA---CTAC--------G---TAG-GA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCGGGGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAANCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATTACAAT
gi|1 : --TGAACAATT--A--GA-A-----ACA-TT-CATG-AA-TTA--ATCTT-C--T----GACCGGTTGCGATCA------G---CT------------CATG-------ATAA--------ATT-C--ATGAAACT-CCCA--T-TA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCATC--GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AATAA-A-GA--TTCAT-G-A-ATT-A-TTGCATGAAACTTAGGCGCTTGTAAG-AAAGCCCGC--------GAACTAG-GA-GTAGTC--C-TGAA-C----AAATT---GCAAAGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAATCTTCA--TG-AACATTCAAGAAT
gi|1 : acAA-GT-CATG-AA-TTT-AAT-TC-A--T----GA---------AATA------AAGATT------------CATG-------AATT--------ATTGC--ATGAA---ACTTA--G-GC-GCTT-GTA--A--G--AA-AGCCCGC---GAACTAGGAGTAGTCCTGA---ACA--AATTG-CAA-AG-GAT-GTA-AA--TTCAT-G-A-A-T-C-TT--------------------CATG-AA---C-------------------------ATT--CA---------AGAATC-----------A-TGTAACATT-CA-TGAAAGTTCAACGG-AACATTCAAG-ATATTACAATcatgtaacattcatgaaagttcaacggaacattcaagatattacaatagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
gi|10 : actgaacaattagaaacattcatgaattaatcttctgaccggttgcgatcagctcatgataaattcatgaaactcccattaacttattattggacactcatcgATGATATATTGTAATT--CTTTGA-AATTA-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAA-AA---CTACATATATCTG---TAG-GAGGTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GC-AGGG-A-TGGAA-ATT-CA-TGAAACTTAA--TGAAACATCTAAGAATAATAagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
gi|13 : A--------ATG-C--ATGAA--TACCCA--TAGA-ACTA-ATA--GTTG--GA-CCATCAA---AAA---------GTCA------GTT-TAATT--CAT-GA-CATCA-A-CA--TTCA--G-A-A-TAA-TT--------------------GAAGAAA---CTA
gi|15 : ttctgacaattgtgacgcttgaCCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-Tag
gi|16 : cCCTGCG-AGATG-ATAAGGAAT-A--C-TTCC--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-T
gi|18 : cCCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAA
gi|19 : cCCAGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TG
gi|2 : ccCG-AGATGGATTAGGAATTA--C-CTCTCTTAGACA-TT--AA-GATA-----AAA-TTTCATG-AA-TTAATAT-TC-C--TTGATGA---------ACCATGATTGG---AT------------CATGCTACAGAAATA---------TT-C--ATGAA-CTCTGCAGTC-GAGACTT-AT---ATTGCGAA-CACTCATCCGGAA---------GTCATGA---ATT-TAATC--AATCGA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAA--------T-C--------G---AAGCGA-AAAGTTCCCATGAA-CAA-AAAATCTGGGCGGGGA-ACTGTAA-A
gi|3 : tgcCTGCG-AGA-G-AT-AGGAAT-AGAC-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATGGAA-TTA-TAT-TC-CCCT----GA---------ACCA------G---TTTGAATTTCAGCTCATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCTC--T-GA--CTT-CTTCAATTG--GAACACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATTCCCAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-GCACA-T-A-TT--------------------CATG-AA---CTA--------------GG-GA-GTAGTC--CATGAATC---AAAATTG--GCAGAGGTA-TGTAA-ATTCCACTGAATCTTCATTTA-AGCA-TCAAGAATATGTCAATcgtgcgatggaatatttcccccaaaaattggaaattcacgagtaatggtagaatatcatagaaactctccgaacatttaa
gi|4 : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAC-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-AA-A-----AAA-T--CATG-AA-TAA-TAT-TC-C--T----GA---------ACCG------G---TTGAGATCAGCT--CATG-------GATA--------ATT-T--ATGAA-ATACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTAAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT--A-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CATG-AA---C---------------TAG-GA-GTAGTC--CATGAA-C---AAAATT---ATGGGGG-A-TGTAA-ATG-CA-TGAATCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATtcagaaacttatgaacattcaagaatattac
gi|4 : GAAT----C-TTCA--TGAACATTC--AA-GA-ATATGTAAA-TT-CATG-AA---A-C-T-TCAC--T-----A---------AC--------A---TT------------CAAG-------AATA--------gtaaattcatgaaacttcactaacattcaagaatattac
gi|5 : cctgcgagatgattaggaacacttcatgaacaattaaaaaaaatcatgaataatattcctgaaccggttgagatcagctcatggataatttatgaaatacccatgaacttattattggacactaatgaagtcatgaatttaattcataaataagattcatgaatattcatgaactaggagtagtccatgaacaaaattatgggggatgtaaatgcatCCTGCG-AGATG-ATCAGGAAT-A--C-TTAA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TC-C--T----CA---------ACCA------G---TT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCCA--T-TA-ACTT-ATC--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CTT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAA-AA---CTACATATAT--G---TAG-GA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCAGGGG-A-TGGAA-ATT-CA-TGAAACTTCA--TG-AACATCTAAGAATATTACAATttac
gi|6 : AT-A--C-TT-A--TGAACTATTTAAG-GA-A-----AAA-GT-CATG-AA-T-A-T-T-TC-C--T----AA---------CCCA------G---TTG-----------CATG-------AATACTTCCTGTATT-C--ATGAA--TACCCA----GA-ACTTTATT--ATTG---A-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GATTAT-AGA-GA--TTCATGG-A-A-T-ATTT--------------------CAAG-AA---C---------------TAA-GA-GTAGTTC-CATGAA-CCAAAAAATT---GC-AGGG-A-CGT-A-ATT-CA-TG-ACTTTCA--TGTAACATTTACAGATATTACAATa
gi|7 : CTGCGGAGATG-ATCAGGAAT-A--AATTCA--TGAAGAATC--AAAGA-A-----AAAGTT-CATG-AACTTACTAT-TC-G--T----GT---------TCAC------G---CT------------CATG-------AATA---------TT-CCCACGAT-TTACCAC--T-AA-ACGT-ATT--ATTG--AA-C--TCAT---AAA---------ATCATGA---GTT-TAATT--CAT-TA-ATT-A-A-AAGTTTCAC-A-A-A-T-A-TT--------------------CAAG--A---C---------------TAG-GA-GTAGTT--CGTGAA-C---AAAATTC--GCGc
gi|8 : tG-AGGTG-ATCAGAAAT-A--A-TTCA--TGTAGAATT--AA-GA-A-----AAG-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TC-C--T----TG---------ATCA------G---CT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-TTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CA-TCAT---AAA---------GTAATTA---ATT-TAATT--CAT-GA-CAT-C-ATGA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAG-AA---------------G---TAG-GA-GTAGCT--CATGTT-T---AAAAT------GGGGa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CAGCATTTGCTGATTCACTGTTCATCTCTGTATCGATGCATTTCACATGAGTGCATGGTCAGTTTAGATATGTTTACAGAATCTGAATCACCTTTCTATTTCTAAGAATGCAATTGGTTTGAGCACTTGATGCC
Unaligned ( gi|11 ): GTTGTTCCCTACTCTGCTGTGACTGCAAATTTCACATGACGTGCAATTTGTCAGTTAGATATGTTTAGCAAGAGATTCGCATTTCTAAAGGAAAATGCAATTGGTTTGAGCACTTTGCATGCCTC
Unaligned ( gi|12 ): GTAATCACTGTTCCTCTCTGCCTTACGGATTCAGGAGTGAGTTGTCAGTTTAGATGCTGTTTCCCACACCTTGAATCACACTTTATTTGCTTAGGATGCAGATTGGTTTGTGCATTTGCCGATGC
Unaligned ( gi|14 ): TGTTTACAAGAGAAGATATTTTGAATCACACTTCTATTTCTAAGAATGCAATTGGTTTGAGCACTTGCATACCCCT
Unaligned ( gi|17 ): GCAGGCAATCAACAGCATTCAGTGTACAAAGATGAATTAAT
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555 1111111 111111111 11 111 111111111 111 7777777777777777777777777777777777777777777777 111 111111 11 1
lowQualScore : 4 4 3 3 44 3 44 55 3 3 99999 3 3 3 3 7 3 4 55 2222222222222222222222222222222222222222222 3333333 444444444 4 55 44 9999 4 4 888 55 4 111 666666666 666 3 88 7 3 222 3 55 3 3 3 3 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 99 4 222 888888 5 5 5 5 5 1 55 1 0
lowQualScore : . . . . .. . .. .. . . ..... . . . . . . . .. ........................................... ....... ......... . .. .. .... . . ... .. . ... ......... ... . .. . . ... . .. . . . . . . .............................................. . . .. . ... ...... . . . . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 3 66 3 22 00 6 6 11111 3 6 6 6 3 6 0 55 1111111111111111111111111111111111111111111 0000000 000000000 0 55 77 3333 0 0 111 55 0 000 000000000 444 6 66 3 6 777 6 00 6 6 6 6 6 6 5555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 55 0 555 000000 0 0 0 7 7 0 77 4 1
consensus : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TC-C--T----GA---------ACCA------G---TT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAG-AA---CTAC--------G---TAG-GA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCGGGGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAANCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATTACAAT
Reference ( family-2783 ) : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TC-C--T----GA---------ACCA------G---TT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAG-AA---CTAC--------G---TAG-GA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCGGGGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAANCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATTACAAT
gi|1 : --TGAACAATT--A--GA-A-----ACA-TT-CATG-AA-TTA--ATCTT-C--T----GACCGGTTGCGATCA------G---CT------------CATG-------ATAA--------ATT-C--ATGAAACT-CCCA--T-TA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCATC--GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AATAA-A-GA--TTCAT-G-A-ATT-A-TTGCATGAAACTTAGGCGCTTGTAAG-AAAGCCCGC--------GAACTAG-GA-GTAGTC--C-TGAA-C----AAATT---GCAAAGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAATCTTCA--TG-AACATTCAAGAAT
gi|1 : acAA-GT-CATG-AA-TTT-AAT-TC-A--T----GA---------AATA------AAGATT------------CATG-------AATT--------ATTGC--ATGAA---ACTTA--G-GC-GCTT-GTA--A--G--AA-AGCCCGC---GAACTAGGAGTAGTCCTGA---ACA--AATTG-CAA-AG-GAT-GTA-AA--TTCAT-G-A-A-T-C-TT--------------------CATG-AA---C-------------------------ATT--CA---------AGAATC-----------A-TGTAACATT-CA-TGAAAGTTCAACGG-AACATTCAAG-ATATTACAATcatgtaacattcatgaaagttcaacggaacattcaagatattacaatagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
gi|10 : actgaacaattagaaacattcatgaattaatcttctgaccggttgcgatcagctcatgataaattcatgaaactcccattaacttattattggacactcatcgATGATATATTGTAATT--CTTTGA-AATTA-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAA-AA---CTACATATATCTG---TAG-GAGGTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GC-AGGG-A-TGGAA-ATT-CA-TGAAACTTAA--TGAAACATCTAAGAATAATAagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
gi|13 : A--------ATG-C--ATGAA--TACCCA--TAGA-ACTA-ATA--GTTG--GA-CCATCAA---AAA---------GTCA------GTT-TAATT--CAT-GA-CATCA-A-CA--TTCA--G-A-A-TAA-TT--------------------GAAGAAA---CTA
gi|15 : ttctgacaattgtgacgcttgaCCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-Tag
gi|16 : cCCTGCG-AGATG-ATAAGGAAT-A--C-TTCC--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-T
gi|18 : cCCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAA
gi|19 : cCCAGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TG
gi|2 : ccCG-AGATGGATTAGGAATTA--C-CTCTCTTAGACA-TT--AA-GATA-----AAA-TTTCATG-AA-TTAATAT-TC-C--TTGATGA---------ACCATGATTGG---AT------------CATGCTACAGAAATA---------TT-C--ATGAA-CTCTGCAGTC-GAGACTT-AT---ATTGCGAA-CACTCATCCGGAA---------GTCATGA---ATT-TAATC--AATCGA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAA--------T-C--------G---AAGCGA-AAAGTTCCCATGAA-CAA-AAAATCTGGGCGGGGA-ACTGTAA-A
gi|3 : tgcCTGCG-AGA-G-AT-AGGAAT-AGAC-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATGGAA-TTA-TAT-TC-CCCT----GA---------ACCA------G---TTTGAATTTCAGCTCATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCTC--T-GA--CTT-CTTCAATTG--GAACACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATTCCCAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-GCACA-T-A-TT--------------------CATG-AA---CTA--------------GG-GA-GTAGTC--CATGAATC---AAAATTG--GCAGAGGTA-TGTAA-ATTCCACTGAATCTTCATTTA-AGCA-TCAAGAATATGTCAATcgtgcgatggaatatttcccccaaaaattggaaattcacgagtaatggtagaatatcatagaaactctccgaacatttaa
gi|4 : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAC-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-AA-A-----AAA-T--CATG-AA-TAA-TAT-TC-C--T----GA---------ACCG------G---TTGAGATCAGCT--CATG-------GATA--------ATT-T--ATGAA-ATACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTAAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT--A-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CATG-AA---C---------------TAG-GA-GTAGTC--CATGAA-C---AAAATT---ATGGGGG-A-TGTAA-ATG-CA-TGAATCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATtcagaaacttatgaacattcaagaatattac
gi|4 : GAAT----C-TTCA--TGAACATTC--AA-GA-ATATGTAAA-TT-CATG-AA---A-C-T-TCAC--T-----A---------AC--------A---TT------------CAAG-------AATA--------gtaaattcatgaaacttcactaacattcaagaatattac
gi|5 : cctgcgagatgattaggaacacttcatgaacaattaaaaaaaatcatgaataatattcctgaaccggttgagatcagctcatggataatttatgaaatacccatgaacttattattggacactaatgaagtcatgaatttaattcataaataagattcatgaatattcatgaactaggagtagtccatgaacaaaattatgggggatgtaaatgcatCCTGCG-AGATG-ATCAGGAAT-A--C-TTAA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TC-C--T----CA---------ACCA------G---TT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCCA--T-TA-ACTT-ATC--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CTT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAA-AA---CTACATATAT--G---TAG-GA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCAGGGG-A-TGGAA-ATT-CA-TGAAACTTCA--TG-AACATCTAAGAATATTACAATttac
gi|6 : AT-A--C-TT-A--TGAACTATTTAAG-GA-A-----AAA-GT-CATG-AA-T-A-T-T-TC-C--T----AA---------CCCA------G---TTG-----------CATG-------AATACTTCCTGTATT-C--ATGAA--TACCCA----GA-ACTTTATT--ATTG---A-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GATTAT-AGA-GA--TTCATGG-A-A-T-ATTT--------------------CAAG-AA---C---------------TAA-GA-GTAGTTC-CATGAA-CCAAAAAATT---GC-AGGG-A-CGT-A-ATT-CA-TG-ACTTTCA--TGTAACATTTACAGATATTACAATa
gi|7 : CTGCGGAGATG-ATCAGGAAT-A--AATTCA--TGAAGAATC--AAAGA-A-----AAAGTT-CATG-AACTTACTAT-TC-G--T----GT---------TCAC------G---CT------------CATG-------AATA---------TT-CCCACGAT-TTACCAC--T-AA-ACGT-ATT--ATTG--AA-C--TCAT---AAA---------ATCATGA---GTT-TAATT--CAT-TA-ATT-A-A-AAGTTTCAC-A-A-A-T-A-TT--------------------CAAG--A---C---------------TAG-GA-GTAGTT--CGTGAA-C---AAAATTC--GCGc
gi|8 : tG-AGGTG-ATCAGAAAT-A--A-TTCA--TGTAGAATT--AA-GA-A-----AAG-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TC-C--T----TG---------ATCA------G---CT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-TTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CA-TCAT---AAA---------GTAATTA---ATT-TAATT--CAT-GA-CAT-C-ATGA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAG-AA---------------G---TAG-GA-GTAGCT--CATGTT-T---AAAAT------GGGGa
blockSeqs : G G A T GA A CT TA A T TATGT G T G C A . A CC GAACCAGTTTGAATTTCAGCT CTACAGA CTTCCTGTA G CC C GTC G T TCA CG A CCG CTAGGAGTA TAT G CC T T GT T GT G C C . A T CAAAAACTACATATATCTG C G CC T CAA TGGGCG T C C C C A AC A
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . C . . . TGATGAACCATGATTGGAT . A . . C TA . . A . . . . . . G C . TA . . . . . . . . CAAAAACTACATATATG . . C . AA GGCA . . . . . A TT T
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . GAACCGGTTGAGATCAGCT . A . . A G . . A . . . . . . . . . CA . . . . . . . . CATGAACTA . . . . . CGCG . . . . . T . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . GAAATAAAGATT . A . . C T . . T . . . . . . . . . AG . . . . . . . . CATGAAC . . . . . ATG . . . . . T . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . AACCCAGTTG . A . . T T . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . CATGAAC . . . . . GCA . . . . . A . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . CAACCAGTT . A . . T T . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . CAAGAAC . . . . . GC . . . . . C . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . GTTCACGCT . A . . . T . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . CAAGAAG . . . . . GC . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . TGATCAGCT . . . . . T . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . CAATCG . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . CAAGAC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : GAACCAGTTGAATCGGCT************************* C* *** A** CAAGAACTA*************************************
originalCons : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TC-C--T----GA---------ACCA------G---TT------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAA-CTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT--------------------CAAG-AA---CTAC--------G---TAG-GA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCGGGGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAANCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATTACAAT
finalCons : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--C-TTCA--TGAACAATT--AA-GA-A-----AAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TC-C--TGAACCAGTTGAATCGGCT-------------------------CATG-------AATA--------ATT-C--ATGAAC-TACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AATA--A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TTCAAGAACTA-------------------------------------TAG-GA-GTAGTT--CATGAA-C---AAAATT---GCGGGGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAANCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATTACAAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CAGCATTTGCTGATTCACTGTTCATCTCTGTATCGATGCATTTCACATGAGTGCATGGTCAGTTTAGATATGTTTACAGAATCTGAATCACCTTTCTATTTCTAAGAATGCAATTGGTTTGAGCACTTGATGCC
Unaligned ( gi|11 ): GTTGTTCCCTACTCTGCTGTGACTGCAAATTTCACATGACGTGCAATTTGTCAGTTAGATATGTTTAGCAAGAGATTCGCATTTCTAAAGGAAAATGCAATTGGTTTGAGCACTTTGCATGCCTC
Unaligned ( gi|12 ): GTAATCACTGTTCCTCTCTGCCTTACGGATTCAGGAGTGAGTTGTCAGTTTAGATGCTGTTTCCCACACCTTGAATCACACTTTATTTGCTTAGGATGCAGATTGGTTTGTGCATTTGCCGATGC
Unaligned ( gi|14 ): TGTTTACAAGAGAAGATATTTTGAATCACACTTCTATTTCTAAGAATGCAATTGGTTTGAGCACTTGCATACCCCT
Unaligned ( gi|17 ): GCAGGCAATCAACAGCATTCAGTGTACAAAGATGAATTAAT
Alignments
lowQualScore : 111 555555555555555555555555555 11111111111 11111111 1 111 111111111 111 666666666666666666666666666666666666666666 111 111111 11 1
lowQualScore : 4 4 3 7 55 44 55 555 3 3 3 3 3 2 7 3 55 333333333333333333333333333 3 33333333333 88 66666666 1 7777 3 3 777 555 3 000 444444444 555 3 77 6 3 555 3 44 3 3 3 3 3 3 3 44 6 888888888888888888888888888888888888888888 4 55 99 4 222 888888 5 5 5 5 5 1 55 1 0
lowQualScore : . . . . .. .. .. ... . . . . . . . . .. ........................... . ........... .. ........ . .... . . ... ... . ... ......... ... . .. . . ... . .. . . . . . . . .. . .......................................... . .. .. . ... ...... . . . . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 3 00 22 00 000 6 3 6 6 6 3 3 3 00 111111111111111111111111111 6 66666666666 66 88888888 1 6666 6 6 999 444 6 000 555555555 888 3 99 7 3 000 3 66 3 3 3 3 3 3 3 66 7 666666666666666666666666666666666666666666 0 55 55 0 555 000000 0 0 0 7 7 0 77 4 1
consensus : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--CTTCA--TGAAC--AATT---AAGA-AAAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TCC--T----GAACCA--GTT-G-A-AT--CA-GCT-CATGAATA--------A--TT--CATG--------AACTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT-CAA--G-AACTA----------TAG-G------------------------A-GTAGT--T--CATGAA-C---AAAATT---GCGGGGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAANCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATTACAAT
Reference ( family-2783 ) : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--CTTCA--TGAAC--AATT---AAGA-AAAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TCC--T----GAACCA--GTT-G-A-AT--CG-GCT-CATGAATA--------A--TT--CATG--------AACTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT-CAA--G-AACTA----------TAG-G------------------------A-GTAGT--T--CATGAA-C---AAAATT---GCGGGGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAANCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATTACAAT
gi|1 : --TGAAC--AATT---A-GA-AACA-TT-CATG-AA-TTA--ATCTTC--T----G-ACCG--GTT-GCG-AT--CA-GCT-CATGATAA--------A--TT--CATGA-------AACT-CCCA--T-TA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTCATC--GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GA-AATAA-A-GA--TTCAT-G-A-ATT-A-TTGCAT--GAAACT-----------TAG-GCGCTTGTAAGAAAGCCCGCGAACTA-GGAGTAGT--CCTGAA-C----AAATT---GCAAAGG-A-TGTAA-ATT-CA-TGAATCTTCA--TG-AACATTCAAGAAT
gi|1 : acAA-GT-CATG-AA-TTT-AAT-TCA--T----GAA--A----T-A-A-A----G-ATT-CATGAATT--------A--TTG-CATG--------AA--ACTTA--G-GC-GCTT-GTA--A--G--AA-AGCCCGC---GAACTAGGAGTAGTCCTGA---ACA--AATTG-CAA-AG-GAT-GTA-AA--TTCAT-G-A-A-T-C-TT-CAT--G-AAC----------------------------------------------AT--T--CA---------AGAATC-----------A-TGTAACATT-CA-TGAAAGTTCAACGG-AACATTCAAG-ATATTACAATcatgtaacattcatgaaagttcaacggaacattcaagatattacaatagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
gi|10 : actgaacaattagaaacattcatgaattaatcttctgaccggttgcgatcagctcatgataaattcatgaaactcccattaacttattattggacactcatcgATGATATATTGTAATT--CTTTGA-AATTA-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT-CAA--A-AACTACATATATCTGTAG-G------------------------AGGTAGT--T--CATGAA-C---AAAATT---GC-AGGG-A-TGGAA-ATT-CA-TGAAACTTAA--TGAAACATCTAAGAATAATAagcagcatttgcatattcactgttcctcgttcttgctatgactgccatttcaccatgagctgcatgggtcagttagatatgtttacaagcaacttgaatccaaaatgcaaattcttttgaggcacttgcatgcccc
gi|13 : -TTC--T----GA--CA--ATT-G-------TG-ACG-CTTGAA----------A--TG--CATG--------AA-TACCCA--TAGA-ACTA-ATA--GTTG--GA-CCATCAA---AAA---------GTCA------GTT-TAATT--CAT-GA-CATCA-A-CA--TTCA--G-A-A-TAA-TT-GAA--GAAACTA----------
gi|15 : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--CTTCA--TGAAC--AATT---AAGA-AAAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-Tag
gi|16 : cCCTGCG-AGATG-ATAAGGAAT-A--CTTCC--TGAAC--AATT---AAGA-AAAA-T
gi|18 : cCCTGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--CTTCA--TGAA
gi|19 : cCCAGCG-AGATG-ATTAGGAAT-A--CTTCA--TG
gi|2 : ccCG-AGATGGATTAGGAATTA--CCTCTCTTAGAC--A-TT---AAGATAAAA-TTTCATG-AA-TTAATAT-TCC--TTGATGAACCATGATT-G-G-AT--CATGCTACAGAAATA-----------TT--CATG--------AACTCTGCAGTC-GAGACTT-AT---ATTGCGAA-CACTCATCCGGAA---------GTCATGA---ATT-TAATC--AATCGA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT-CAATCG-A---------------AGCG------------------------A-AAAGT--TCCCATGAA-CAA-AAAATCTGGGCGGGGA-ACTGTAA-A
gi|3 : tgcCTGCG-AGA-G-AT-AGGAAT-AGACTTCA--TGAAC--AATT---AAGA-AAAA-TT-CATGGAA-TTA-TAT-TCCCCT----GAACCA--GTTTG-A-ATTTCA-GCT-CATGAATA--------A--TT--CATG--------AACTACCTC--T-GA--CTT-CTTCAATTG--GAACACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATTCCCAT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-GCACA-T-A-TT-CAT--G-AACTA-----------GG-G------------------------A-GTAGT--C--CATGAATC---AAAATTG--GCAGAGGTA-TGTAA-ATTCCACTGAATCTTCATTTA-AGCA-TCAAGAATATGTCAATcgtgcgatggaatatttcccccaaaaattggaaattcacgagtaatggtagaatatcatagaaactctccgaacatttaa
gi|4 : CCTGCG-AGATG-ATTAGGAAC-A--CTTCA--TGAAC--AATT---AAAA-AAAA--T-CATG-AA-TAA-TAT-TCC--T----GAACCG--GTT-G-AGAT--CA-GCT-CATGGATA--------A--TT--TATG--------AAATACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CACTAAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT--A-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT-CAT--G-AAC------------TAG-G------------------------A-GTAGT--C--CATGAA-C---AAAATT---ATGGGGG-A-TGTAA-ATG-CA-TGAATCTTCA--TG-AACATTCAAGAATATtcagaaacttatgaacattcaagaatattac
gi|4 : TCA--TGAATTTAATTCATAAAT-AAGA-TT-CATG-AA-T----AT-TCA--T----GAACTA--G---G-A-GT---A-GTC-CATGAACA--------AAATT---ATGGGGGATGTAAATGC--A--T-GA-ATCT--TC--AT-G--AA-CATTCAA---GAA-----------TATGT---A----AATT--CAT-GA-AAC---------TTCAC-T-A-A-C-A-TT-CAA--G-AA-TA----------Tgtaaattcatgaaacttcactaacattcaagaatattac
gi|5 : cctgcgagatgattaggaacacttcatgaacaattaaaaaaaatcatgaataatattcctgaaccggttgagatcagctcatggataatttatgaaatacccatgaacttattattggacactaatgaagCCTGCG-AGATG-ATCAGGAAT-A--CTTAA--TGAAC--AATT---AAGA-AAAA-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TCC--T----CAACCA--GTT----------------CATGAATA--------A--TT--CATG--------AACTACCCA--T-TA-ACTT-ATC--ATTG--GA-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CTT-GA-AAT-A-A-GA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT-CAA--A-AACTACATATATG--TAG-G------------------------A-GTAGT--T--CATGAA-C---AAAATT---GCAGGGG-A-TGGAA-ATT-CA-TGAAACTTCA--TG-AACATCTAAGAATATTACAATtac
gi|6 : AT-A--CTT-A--TGAAC--TATTTA-AGGA-AAAA-GT-CATG-AA-T-A-T-T-TCC--T----AACCCA--GTT-G--------------CATGAATACTTCCTGTA--TT--CATG--------AA-TACCCA----GA-ACTTTATT--ATTG---A-CACTCAT---GAA---------GTCATGA---ATT-TAATT--CAT-GATTAT-AGA-GA--TTCATGG-A-A-T-ATTT-CAA--G-AAC------------TAA-G------------------------A-GTAGT--TC-CATGAA-CCAAAAAATT---GC-AGGG-A-CGT-A-ATT-CA-TG-ACTTTCA--TGTAACATTTACAGATATTACAATa
gi|7 : CTGCGGAGATG-ATCAGGAATAA--ATTCA--TGAAG--AATCA--AAGA-AAAAGTT-CATG-AACTTACTAT-TCG--T------------GTT-C-A-----C--GCT-CATGAAT---------A--TTCCCACG--------ATTTACCAC--T-AA-ACGT-ATT--ATTG--A---ACTCAT---AAA---------ATCATGA---GTT-TAATT--CAT-TA-ATT-A-A-AAGTTTCAC-A-A-A-T-A-TT-CAA--G--AC------------TAG-G------------------------A-GTAGT--T--CGTGAA-C---AAAATTC--GCGc
gi|8 : tG-AGGTG-ATCAGAAAT-A--ATTCA--TGTAG--AATT---AAGA-AAAG-TT-CATG-AA-TTA-TAT-TCC--T--------------T-G-A--T--CA-GCT-CATGAATA--------A--TT--CATG--------AATTACCCA--T-GA-ACTT-ATT--ATTG--GA-CA-TCAT---AAA---------GTAATTA---ATT-TAATT--CAT-GA-CAT-C-ATGA--TTCAT-G-A-A-T-A-TT-CAA--G-AA--G----------TAG-G------------------------A-GTAGC--T--CATGTT-T---AAAAT------GGGGa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CAGCATTTGCTGATTCACTGTTCATCTCTGTATCGATGCATTTCACATGAGTGCATGGTCAGTTTAGATATGTTTACAGAATCTGAATCACCTTTCTATTTCTAAGAATGCAATTGGTTTGAGCACTTGATGCC
Unaligned ( gi|11 ): GTTGTTCCCTACTCTGCTGTGACTGCAAATTTCACATGACGTGCAATTTGTCAGTTAGATATGTTTAGCAAGAGATTCGCATTTCTAAAGGAAAATGCAATTGGTTTGAGCACTTTGCATGCCTC
Unaligned ( gi|12 ): GTAATCACTGTTCCTCTCTGCCTTACGGATTCAGGAGTGAGTTGTCAGTTTAGATGCTGTTTCCCACACCTTGAATCACACTTTATTTGCTTAGGATGCAGATTGGTTTGTGCATTTGCCGATGC
Unaligned ( gi|14 ): TGTTTACAAGAGAAGATATTTTGAATCACACTTCTATTTCTAAGAATGCAATTGGTTTGAGCACTTGCATACCCCT
Unaligned ( gi|17 ): GCAGGCAATCAACAGCATTCAGTGTACAAAGATGAATTAAT