lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 4444444 1111 1 111111111111111111111111111111111111111111111 5555555 22 1 4444 2222 444444 333 222 22222 44444444 3333333333333333333333333333333333333333333 111111 11111 1111 22 222 11111 333333333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 4444444444 222222222 11 11 1
lowQualScore : 5 0000000 2 44 2 8 9999 4 8 333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 2 0000000 66 6 2 6 6 8888 2 888 66 8888 6 99 0 333333 3 1 000 0 1 666 11111 2 88888888 6666666666666666666666666666666666666666666 888 999999 66 2 777 1 77 4 66 111111 77 11111 2222 4 4 22 5 000 66 00000 44 666666666666 1 0 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 22222 2222222222 99 444444444 6 3 6 11 1 5 11 0 6
lowQualScore : . ....... . .. . . .... . . ............................................. . . . ....... .. . . . . .... . ... .. .... . .. . ...... . . ... . . ... ..... . ........ ........................................... ... ...... .. . ... . .. . .. ...... .. ..... .... . . .. . ... .. ..... .. ............ . . . ........................................................ .. ..... .......... .. ......... . . . .. . . .. . .
lowQualScore : 0 0000000 0 22 2 8 0000 2 8 555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 0 2222222 00 0 8 0 0 0000 2 222 77 3333 7 22 7 000000 0 1 000 7 7 444 99999 1 11111111 1111111111111111111111111111111111111111111 888 999999 11 0 888 8 33 4 11 111111 44 11111 2222 3 0 88 0 111 66 00000 88 222222222222 4 8 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 55555 4444444444 22 000000000 0 3 7 00 4 0 00 0 0
consensus : NNNNNNNNGTTATGT-AACAGGCAGATACGGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA--CT----G--------CAAGTGGCCAAGTTNACAA------CAACGCNGNAGGAATG--CCACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACGAAGTAGCCGTA----AA-CA--AAAGTACTTCAGNAAGCCTACCAGACCACCTCTGCAGAAGGACAAG--TCACNC-CGC-CA-TCTTGCCTTCCAAA-TACC--AT----CATGC--TC---NAG-----T-GAC--T----A-TA--GGA---AGTTTT-CGTTCT--TCCCGCGC--AC-CGT-----CAGGGAGTGGAAC-GCGCTGCCGCCGGGG-AT--CGT-CACTG--AAG-ACACCTGA--GGCCTTCAA------------GGCACAGGTGTCGC-------GGTAC-CAATTTTGAAGGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATTT-TT--CATGC--GCT----CT--CCATGGCAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGCCACTA-CGAGGCAGAA
Reference ( gi|1 ) : AGCGGCTCGTGATGTCAGCAA-CAGACATGGAAATAGATCTAGTGTAGATTGTATGTTGGAA-AA--CT----T--------C-----------TTGAC--------CAACGCCGCAGAGATG--CCA-GACTTACCATACTGTATAAAATCA--A-CAACAACGAGGCAACTGTA----AA-CA--AGAAT-----AGGAAACTTAC---ACCACCTTTA-GGAAGGACAAG--TCACTCATGC-CA-TCTTGCCTTCCAAA-TACC--AC----CATGC--TC---TAG-----T-GAT--T----A-TA--GAA---AATGTT-CATTCT--TCCCCCGT--AC-TGT-----CAGGGAGTGGAAT-GCATTGCCGCCAGGG-AT--TGT-CACTA--AAA-ACACCCGA--GGCCTTCAA------------GGCACAGGTGTCGC-------GGTAC-CAATTTTGAAAGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATGT-GT--CATGC--GCT----CT--CCACGGCAGAATGA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGTTATTA-TGAGGCAAAAC
gi|6 : GTTATGTCACCAA-CATACATGGAAACAGATCAAGTGTGGATAGCATGCTGGAA-AAAACTACAATGGAGACCAC-----------TTGAA--------CACCGCCGCAGAGATG--CTA-GGCTAACTATATTGTACAAGATCA--A-CAACAACGATGTCACCATA----AA-CA--AGAAC-----AAGAAACTTAC---ACCACCTCTA-AGAAGGACAAG--GCACTTTCAC-CA-TCTTGCCTTTCAAC-TAAC--AT----CATGC--TC---TAG-----T-GAC--T----A-TA--GAA---AATTTT-CATTCT--TCCCGCGC--AC-CAT-----CAGGGAGTGGAAT-GCACCGCTG
gi|5 : ATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA--CT----G--------CA----------GTGGCCAAGTTTACAACAACGCAGAAAGGAATCACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATAGACCAA-CA--GAAGTACTTCAGCAAGCCTACCAGAACATCTCTGCATAAAAACA----TCACAC--------TCTTGC------AA-TACA--AT----CA-GCGAGC---AAG-------GAC--T----G-TA--GGA---AGTGGT-CGTTTT--TCATCAAC--AC-AGT-----GAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCCGGAT-AT--CAC-CTCTGCCAAG-TCACTTGA--GATATTTAA------------GTCTCAAGTaatgt
gi|3 : tATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA--CT----G--------CAAGTGGCCAAGTTTACAA------CAACGCAGAAGGAAT----CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATA----GACCAACAGAGTACTTCAGCAAGCCTACCAGAACATCTCTGCATAAAAACA----TCACAC--------TCTTGC------AA-TACA--AT----CA-GCGAGC---AAG-------GAC--T----G-TA--GGA---AGTGGT-CGTTTT--TCATCAAC--AC-AGT-----GAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCCGGAT-AT--CAC-CTCTGCCAAG-TCACTTGA--GATATTTAA------------GTCTCAAGT
gi|4 : gacggtATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA--CT----G--------CAAGTGGCCAAGTTTACAA------CAACGCAGAAGGAAT----CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATAGACCAA-CA--GAAGTACTTCAGCAAGCCTACCAGAACATCTCTGCATAAAAACA----TCACAC--------TCTTGC------AA-TACA--AT----CA-GCGAGC---AAG-------GAC--T----G-TA--GGA---AGTGGT-CGTTTT--TCATCAAC--AC-AGT-----GAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCC--GG-A---TAT-CAC
gi|8 : gacggt--A-CAACAACGAGATATCCGTA----AA-CA--AAAAT-----GGGAATCTAAC---ACCACCATTA-TGATGGACAAG--GCATTCTCAC-CA-TCTTGCCTTCCAAGTTGTC--AT----GATGC--TC---CAGCGCAAT-GATGAT----ATTA--GAAATTAATTTT-CATTCC--ACCGACAA--AG-TAT-----CATGGAGTGGAGT-GCATTGCTGCTAGGG-ATTGTGT-CACT---AAA-ACATCTAA--TGCGTTCAA------------AGCACAGGCGT-GCAGCCAAAGACAC-CAATTTTGAAGGACT---AGA------AG-T--TATAA---TTTTAATctctgccagtcacttgagatatttaagtctcaagt
gi|2 : agttgAACAACGAGGTATCCGTA----AA-CA--AAAAT------GGGAACTTAA---ACC-CATTAA-TGACGAACAAGGATT-CTCA--C-CA-TCTTGCCTTGCAAGTTACCCAAT----GATGT--TC---CAG-----TGGAT--TGATGA-TATTGGA---AATTTA-AATTCTCATTCCTCGCAAAC-TAT-----CAGGGAGTGGAGT--CATTGCCGCTGGGG-ATG-TGA-CACTA--AAA-ACATCTTAATGG-CTTC-A------------GGCACAAGTGTCGC-------AGTACGCAATTTTGAAGGACT---AATAAGTAAAGTTAATTAATGAATTTTAATAAA-T---TTTTAAT-T-TT--CATGC--ACC----CT---CATGGCGGGATAATTCAACACCAATT-ATTGTGGCCACTAGCGAGG
gi|7 : aagacaAAC-----AAAAAACTTAC---ACCACCTCTA-AGAAGGACAAG--GCACTCTCAC-CA-TCTAGCCTTTCATC-TACC--ATTGATCATGC--TC---TAG-----T-GAC--T----A-TA--GCA---TTCTTT-TATTCT--TCCCGCGC--AC-CAT-----CAGGGAGTGGAAT-GCACTGCCGCCAGGGCAT--TGTGTATCA--AAGCACATCTG---GGCCTTTAA------------GATACAGGTGTCA--------------TAAT------------------------GTT--TTTATTG-TTTTAATCATTT---TTTT--TTT-A---CATGC--ACT----CT--CCATGGCATAATAA-TCA--TCTAGTTGATTGTGGCCATTA-CGAGGCAGaacctcagtctgtga
gi|10 : CATGCACAATCTCTCGTTCCAAA-TTCC--AT----CAT-----CAAACAC-----C-GAC--T----A-CA--GAA---AATTCT-CCTTCT--TCCCACGT--ACATGTACCATCAGGGACTGGAAC-ACCTTACCTCCGGAC-AT--CGc
gi|15 : cacagactaatataccaccaagtcgattaggtctatcaaggaaTGT--TC---TAG-----T-GAC--T----A-TA--GGA---TTTTTTTCATTCT--TCCCGCGT--AC-TAT-----CAGGGAGTcatcagctgggtcactcgagttttta
gi|9 : GGAGTGGAAT-TCGCTGCGGCCCGGT-GTAGTGT-CAGTG--AAC-ACACTTGA--GACTTTTAACTTTAATTTTAAGTCTCAAGTGTC-------------C-CAA--------GCCT---A-T------AAAC--TTAATA--TTTTACCCTGTT---TTTTA---T-TT--CGCACCAGCTA---CTA-TTATAGCATAATAA-TCA--ACAAGATGATTGTGGCAACTA-TGTGGCAGAA
gi|11 : GTGGAAT-GCGTTGCCGCCAAGG-gcagt
gi|12 : cagacgatCTAGGG-ATCATGT-CACTA--AAA-ACATCTAA--TGGCTTCAATTAA--------GGCACATGTGTCGC-------AGTAC-CAATTTTGAAGGACTTTAAGT------TAAT--TATAA---TTTTAATAAATT---cacagatgtcgcggtataaattttgtaagaccagcagtttttatttttattcagttttaaacttttcatgcgcttttcatgacagaatgatcgtggccactacaatgcgga
gi|11 : GCCGCCAA------------GGCACAGATGTCGC-------GGTAT-AAATTTTGTAAGACC---AGC------AGTT--TTTAT---TTTTATTCAG-T---TTTAAACTT-TT--CATGC--GCT----TT--TCATGACAGAATGA-TC
gi|13 : cagacgatgtggaatgcgttTC--TTT-T---TTTTAA--AGCTAATCTTTAATTTTGTTACATGC--GCT----CTTTCAATGGCAGAATAA-ACA--ACCAGAGTATTGTGGCTATTA-TCAGGCAgtggccactacaatgcgga
gi|16 : --CATGC--GCTAGCTCT--CCATGACAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGggaacaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGACCAACAGAAGTACTTCAGCAAGCCGCATACCAGAACATCGCGGCATACACATTACCACTGTTACAATACCATCATCGATCAAGGAATGTA
Alignments
lowQualScore : 111 1111 22 1 1111 2222 111111111 11111 111 111 333 222222 111111 222222 1111 1111111111 1111 22222222222 11 222222222222 11111111 222222222222 222 111 1111 1111 111
lowQualScore : 8 3 1 5 8 111 555 1 4444 1 99 55 0 1 1 2222 1 1 1111 888 777777777 2 777 77777 1 2 555 888 2 555 4 000000 8 55 8888 777777 1 222222 4 55 8888 4 55 0000 0 4 2 777 3333333333 3 6666 66 33333333333 4 55 777 55 6 999999999999 1 1 0 5 99999999 5 1 1 1 444444444444 3 66 000 0 88 000 88 0000 77 7777 555 5 77 1 0 6
lowQualScore : . . . . . ... ... . .... . .. .. . . . .... . . .... ... ......... . ... ..... . . ... ... . ... . ...... . .. .... ...... . ...... . .. .... . .. .... . . . ... .......... . .... .. ........... . .. ... .. . ............ . . . . ........ . . . . ............ . .. ... . .. ... .. .... .. .... ... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 0 0 0 444 666 0 8888 0 00 00 0 4 0 2222 1 7 2222 888 444444444 6 888 44444 1 0 999 222 6 222 0 000000 0 55 5555 222222 0 777777 0 55 5555 0 55 0000 6 0 1 000 5555555555 9 6666 55 22222222222 0 00 777 55 6 000000000000 6 4 5 7 77777777 7 4 6 7 111111111111 6 99 666 7 99 000 88 2222 99 9999 333 7 99 9 7 7
consensus : NNNNNNNNGTTATGT-AACAGGCAGATACGGGAATAGATCTACTGTAGACCGCATGATCGAACAA-CTGCAAGTGGCCAAGTTTAC---AACAACGCAG-AAGGAATGCCACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACGAGGTAGCCGTA----AACAAA---AGT----ACTTCAGNAAGCC---TACCA--GACCACCTCTGCANAAGGACAAGTCACNC-CACCA-TCTTGCCTTCCAAAT-ACC--AT----CAT-GC--TCNAG-----TG-AC--T----AT-A--GGAA---ATTTT-CGTTCT---TCC-CGC------GCACCGTCAGGGAGTGGAAC-GCACTGCCGCCGGGN-AT--C--G--T--CA-CTG--AAG-ACACCTGA--GGCNTTCAA------------GGCACAGGTGT-C-GC----GGTAC-CAATTTTGAAGGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATTTT--T-CATGC--GCT----CT--CCATGGCAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGCCACTA-CGAGGCAGAA
Reference ( family-2773 ) : NNNNNNNNGTTATGT-AACAGGCAGATACGGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGCAAGTGGCCAAGTTNAC---AACAACGCNG-NAGGAATGCCACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACGAAGTAGCCGTA----AACAAA---AGT----ACTTCAGNAAGCC---TACCA--GACCACCTCTGCAGAAGGACAAGTCACNC-CGCCA-TCTTGCCTTCCAAAT-ACC--AT----CAT-GC--TCNAG-----TG-AC--T----AT-A--GGAA---GTTTT-CGTTCT---TCC-CGC------GCACCGTCAGGGAGTGGAAC-GCGCTGCCGCCGGGG-AT--C--G--T--CA-CTG--AAG-ACACCTGA--GGCCTTCAA------------GGCACAGGTGT-C-GC----GGTAC-CAATTTTGAAGGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATTTT--T-CATGC--GCT----CT--CCATGGCAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGCCACTA-CGAGGCAGAA
gi|1 : GTGATGTCAGCAA-CAGACATGGAAATAGATCTAGTGTAGATTGTATGTTGGAA-AA-CTTC-----------TTGAC-----CAACGCCG-CAGAGATGCCA-GACTTACCATACTGTATAAAATCA--A-CAACAACGAGGCAACTGTA----AACAAG---AAT---------AGGAAACT---TAC-----ACCACCTTTA-GGAAGGACAAGTCACTCATGCCA-TCTTGCCTTCCAAAT-ACC--AC----CAT-GC--TCTAG-----TG-AT--T----AT-A--GAAA---ATGTT-CATTCT---TCC-CCC------GTACTGTCAGGGAGTGGAAT-GCATTGCCGCCAGGG-AT--T--G--T--CA-CTA--AAA-ACACCCGA--GGCCTTCAA------------GGCACAGGTGT-C-GC----GGTAC-CAATTTTGAAAGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATGTG--T-CATGC--GCT----CT--CCACGGCAGAATGA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGTTATTA-TGAGGCAAAA
gi|10 : agcggctcA-TCTCTCGTTCCAAAT-TCC--AT----CA------TCAAACAC--CG-AC--T----AC-A--GAAA---ATTCT-CCTTCT---TCC-CACGTACATGTACCATCAGGGACTGGAAC-ACCTTACCTCCGGAC-AT--C--GCAT--CAGCTG---GG-TCACTCGA--Gc
gi|11 : cacagactaatataccaccaagtcgattaggtctatcaaggaacatgcacaGCCGCCAA------------GGCACAGATGT-C-GC----GGTAT-AAATTTTGTAAGACC---AGC------AGTT--TTTAT---TTTTATTCAG-T---TTTAAACTTT--T-CATGC--GCT----TT--TCATGACAGAA---------------TGATCGTGGCCACTA-CAATGCGGAttttta
gi|12 : cagacgatgtggaatgcgttGGG-AT--CATG--T--CA-CTA--AAA-ACATCTAA--TGGCTTCAATTAA--------GGCACATGTGT-C-GC----AGTAC-CAATTTTGAAGGACTTTAAGT------TAAT--TATAA---TTTTAATAAATT---
gi|13 : ctaTC--TTT-T---TTTTAA--AGCTAATCTTTAATTTTGTTACATGC--GCT----CTTTCAATGGCAGAATAA-ACA--ACCAGAGTATTGTGGCTATTA-TCAGGCAGGA
gi|14 : ----AACAGA---AGT----ACTTCAGCAAGCCGCATACCA--GAACATCGCGGCATA---------CACAT-TACCACTGTTAC------AAT-ACC--AT----CATCGA--TCAAG-----acaa
gi|15 : agaccT-GT--TCTAG-----TG-AC--T----AT-A--GGAT---TTTTTTCATTCT---TCC-CGC------GTACTATCAGGGAGTgaatgta
gi|16 : -CATGC--GCTAGCTCT--CCATGACAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGC
gi|2 : AACAACGAGGTATCCGTA----AACAAA---AATGGGAACTT----AAACC---CATTAATGACGAAC-------AAGGAT---TC---T-CACCA-TCTTGCCTTGCAAGTTACCCAAT----GAT-GT--TCCAG-----TGGAT--TGATGAT-ATTGGAA---ATTTA-AATTCTCATTCCTCGC------AAACTATCAGGGAGTGGAGT--CATTGCCGCTGGGG-AT-----G--TGACA-CTA--AAA-ACATCTTAATGGC-TTCA-------------GGCACAAGTGT-C-GC----AGTACGCAATTTTGAAGGACT---AATAAGTAAAGTTAATTAATGAATTTTAATAAA-T---TTTTAA-TTT--T-CATGC--ACC----CT---CATGGCGGGATAATTCAACACCAATT-ATTGTGGCCACTAGCGAGG
gi|3 : aagacaTATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGCAAGTGGCCAAGTTTAC---AACAACGCAG-AAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATA----GACCAACAGAGT----ACTTCAGCAAGCC---TACCA--GAACATCTCTGCATAAAAACA--TCACAC-------TCTTGC------AAT-ACA--AT----CA--GCGAGCAAG------G-AC--T----GT-A--GGAA---GTGGT-CGTTTT---TCA-TCA------ACACAGTGAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCCGGAT-AT--C--A--C--CT-CTGCCAAG-TCACTTGA--GATATTTAA------------GTCTCAAGTaacctcagtctgtga
gi|4 : gacggTATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGCAAGTGGCCAAGTTTAC---AACAACGCAG-AAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATAGACCAACAGA---AGT----ACTTCAGCAAGCC---TACCA--GAACATCTCTGCATAAAAACA--TCACAC-------TCTTGC------AAT-ACA--AT----CA--GCGAGCAAG------G-AC--T----GT-A--GGAA---GTGGT-CGTTTT---TCA-TCA------ACACAGTGAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCCGGAT-AT--C--A--C--CT-CTGC-CAG-TCACTTGA--GATATTTAA------------GTCTCAAGT
gi|5 : gacggTATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGC-AGTGGCCAAGTTTAC---AACAACGCAGAAAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATAGACCAACAGA---AGT----ACTTCAGCAAGCC---TACCA--GAACATCTCTGCATAAAAACA--TCACAC-------TCTTGC------AAT-ACA--AT----CA--GCGAGCAAG------G-AC--T----GT-A--GGAA---GTGGT-CGTTTT---TCA-TCA------ACACAGTGAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCCGGAT-AT--C--A--C--CT-CTGCCAAG-TCACTTGA--GATATTTAA------------GTCTCAAGT
gi|6 : GTTATGT-CACCAACATACATGGAAACAGATCAAGTGTGGATAGCATGCTGGAAAAAACTACAA-TGG---AGACCACTTGAACACCGCCG-CAGAGATGCTA-GGCTAACTATATTGTACAAGATCA--A-CAACAACGATGTCACCATA----AACAAG---AA---------CAAGAAACT---TAC-----ACCACCTCTA-AGAAGGACAAGGCACTTTCACCA-TCTTGCCTTTCAACT-AAC--AT----CAT-GC--TCTAG-----TG-AC--T----AT-A--GAAA---ATTTT-CATTCT---TCC-CGC------GCACCATCAGGGAGTGGAAT-GCACCGCTG
gi|7 : CAAAAAACT---TAC-----ACCACCTCTA-AGAAGGACAAGGCACTCTCACCA-TCTAGCCTTTCATCT-ACC--ATTGATCAT-GC--TCTAG-----TG-AC--T----AT-A--GCAT---TCTTT-TATTCT---TCC-CGC------GCACCATCAGGGAGTGGAAT-GCACTGCCGCCAGGGCAT--T--G--TG-TA-TCA--AAGCACATCTG---GGCCTTTAA------------GATACAGGTGT-C-A-----------TAAT------------------------GTT--TTTATTG-TTTTAATCA-TT---TTTT--TTTT--A-CATGC--ACT----CT--CCATGGCATAATAA-TCA--TCTAGTTGATTGTGGCCATTA-CGAGGCAGAaatgt
gi|8 : aaCAACAACGAGATATCCGTA----AACAAA---AAT----------GGGAATC---TAACA----CCACCATTAT-GATGGACAAGGCATTCTCACCA-TCTTGCCTTCCAAGTTGTC--AT----GAT-GC--TCCAGCGCAATG-ATGAT----ATTA--GAAATTAATTTT-CATTCC---ACC-GAC------AAAGTATCATGGAGTGGAGT-GCATTGCTGCTAGGG-AT--T--G--TGTCA-CTA--AA--ACATCTAA--TGCGTTCAA------------AGCACAGGCGTGCAGCCAAAGACAC-CAATTTTGAAGGACT---AGA------AG-T--TATAA---TTTTAATc
gi|9 : agttgaGGAGTGGAAT-TCGCTGCGGCCCGGT-GTAGT--G--T--CA-GTG--AAC-ACACTTGA--GACTTTTAACTTTAATTTTAAGTCTCAAGTGT-C-----------C-CAA--------GCCT---A-T------AAAC--TTAATA--TTTTACCCTGTT---TTTTA---TT--T-CGCACCAGCTA---CTA-TTATAGCATAATAA-TCA--ACAAGATGATTGTGGCAACTA-TGTGGCAGAA
Alignments
lowQualScore : 111 111 22 1 1111 2222 111111111 11111 11 111 22 222222 111111 2222222 1111111111 1 22222222222 11 222222222222 11111111 222222222222 222 111 1111 1111 111
lowQualScore : 8 3 1 5 8 111 444 5 0 0 88 55 0 1 1 2222 0 1 1111 888 777777777 2 777 77777 1 33 1 4 888 2 44 4 000000 4 4 55 8888 777777 1 6666666 55 8888 4 55 7777 0 4 2 777 3333333333 3 2 9 4 1 33333333333 4 55 777 99 5 777 000000000000 1 1 0 5 99999999 5 1 1 1 444444444444 3 66 000 0 88 000 88 0000 77 7777 555 5 77 1 0 6
lowQualScore : . . . . . ... ... . . . .. .. . . . .... . . .... ... ......... . ... ..... . .. . . ... . .. . ...... . . .. .... ...... . ....... .. .... . .. .... . . . ... .......... . . . . . ........... . .. ... .. . ... ............ . . . . ........ . . . . ............ . .. ... . .. ... .. .... .. .... ... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 0 0 0 444 000 6 8 6 66 00 0 4 0 2222 4 7 2222 888 444444444 6 888 44444 1 11 0 4 222 6 22 0 000000 0 0 55 5555 222222 0 7777777 55 5555 0 55 7777 6 0 1 000 5555555555 9 0 6 4 0 22222222222 0 00 777 55 3 888 555555555555 6 4 5 7 77777777 7 4 6 7 111111111111 6 99 666 7 99 000 88 2222 99 9999 333 7 99 9 7 7
consensus : NNNNNNNNGTTATGT-AACAGGCAGATACGGGAATAGATCTACTGTAGACCGCATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAATGCCACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACGAGGTAGCCGTA----AACAAA---AGT----ACTTCAGNAAGCC---TACCA--GACCACCTCTGCATAA-GGACAAGTCACNC-CACCA-TCTTGCCTTCCAAA-T-ACC--AT----CAT-GC--TCNAG-----T-GAC--T----AT-A--GGAA---ATTTT-CGTTC---TTCC-CGC------GCACCGTCAGGGAGTGGAAC-GCACTGCCGCC-GGGNAT--C--G--T--CA-CTG--AAG-ACACCTGA--GGCNT---TTAA------------GGCACAGGTGT-C-GC----GGTAC-CAATTTTGAAGGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATTTT--T-CATGC--GCT----CT--CCATGGCAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGCCACTA-CGAGGCAGAA
Reference ( family-2773 ) : NNNNNNNNGTTATGT-AACAGGCAGATACGGGAATAGATCTACTGTAGACCGCATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAATGCCACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACGAGGTAGCCGTA----AACAAA---AGT----ACTTCAGNAAGCC---TACCA--GACCACCTCTGCANAA-GGACAAGTCACNC-CACCA-TCTTGCCTTCCAAA-T-ACC--AT----CAT-GC--TCNAG-----T-GAC--T----AT-A--GGAA---ATTTT-CGTTC---TTCC-CGC------GCACCGTCAGGGAGTGGAAC-GCACTGCCGCC-GGGNAT--C--G--T--CA-CTG--AAG-ACACCTGA--GGCNT---TCAA------------GGCACAGGTGT-C-GC----GGTAC-CAATTTTGAAGGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATTTT--T-CATGC--GCT----CT--CCATGGCAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGCCACTA-CGAGGCAGAA
gi|1 : GTGATGTCAGCAA-CAGACATGGAAATAGATCTAGTGTAGATTGTATGTTGGAA-AA-CTTC--------------TTGAC--CAACGCCG-CAGAGATGCCA-GACTTACCATACTGTATAAAATCA--A-CAACAACGAGGCAACTGTA----AACAAG---AAT---------AGGAAACT---TAC-----ACCACCTTTA-GGAA-GGACAAGTCACTCATGCCA-TCTTGCCTTCCAAA-T-ACC--AC----CAT-GC--TCTAG-----T-GAT--T----AT-A--GAAA---ATGTT-CATTC---TTCC-CCC------GTACTGTCAGGGAGTGGAAT-GCATTGCCGCC-AGGGAT--T--G--T--CA-CTA--AAA-ACACCCGA--GGCCT---TCAA------------GGCACAGGTGT-C-GC----GGTAC-CAATTTTGAAAGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATGTG--T-CATGC--GCT----CT--CCACGGCAGAATGA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGTTATTA-TGAGGCAAAA
gi|10 : agcggctc-CACAA-TCTCTCGTTCCAAA-T-TCC--AT----CA------TCAAACAC--C-GAC--T----AC-A--GAAA---ATTCT-CCTTC---TTCC-CACGTACATGTACCATCAGGGACTGGAAC-ACCTTACCTCC-GGACAT--C--GCAT--CAGCTG---GG-TCACTCGA--Gc
gi|11 : cacagactaatataccaccaagtcgattaggtctatcaaggaacatgCAA------------GGCACAGATGT-C-GC----GGTAT-AAATTTTGTAAGACC---AGC------AGTT--TTTAT---TTTTATTCAG-T---TTTAAACTTT--T-CATGC--GCT----TT--TCATGACAGAA---------------TGATCGTGGCCACTA-CAATGCGGAttttta
gi|12 : cagacgatgtggaatgcgttgccgcGGGAT--CATG--T--CA-CTA--AAA-ACATCTAAT-GGCTTCAATTAA------------GGCACATGTGT-C-GC----AGTAC-CAATTTTGAAGGACTTTAAGT------TAAT--TATAA---TTTTAATAAATT---
gi|13 : ctaTC--TTT-T---TTTTAA--AGCTAATCTTTAATTTTGTTACATGC--GCT----CTTTCAATGGCAGAATAA-ACA--ACCAGAGTATTGTGGCTATTA-TCAGGCAGGA
gi|14 : ----AACAGA---AGT----ACTTCAGCAAGCCGCATACCA--GAACATCGCGGCATA----------CACAT-TACCACTGTTAC------AA-T-ACC--AT----CATCGA--TCAAG-----acaa
gi|15 : agaccT-GT--TCTAG-----T-GAC--T----AT-A--GGAT---TTTTTTCATTC---TTCC-CGC------GTACTATCAGGGAGTgaatgta
gi|16 : -CATGC--GCTAGCTCT--CCATGACAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGC
gi|2 : AACAACGAGGTATCCGTA----AACAAA---AATGGGAACTT----AAACC---CATTAATGAC-------GAACAA-GGAT---TC---T-CACCA-TCTTGCCTTGCAAGTT-ACCCAAT----GAT-GT--TCCAG-----TGGAT--TGATGAT-ATTGGAA---ATTTA-AATTCTCATTCCTCGC------AAACTATCAGGGAGTGGAGT--CATTGCCGCT-GGGGAT-----G--TGACA-CTA--AAA-ACATCTTAATGGC-T---TC-A------------GGCACAAGTGT-C-GC----AGTACGCAATTTTGAAGGACT---AATAAGTAAAGTTAATTAATGAATTTTAATAAA-T---TTTTAA-TTT--T-CATGC--ACC----CT---CATGGCGGGATAATTCAACACCAATT-ATTGTGGCCACTAGCGAGG
gi|3 : aagacaTATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATA----GACCAACAGAGT----ACTTCAGCAAGCC---TACCA--GAACATCTCTGCATAA-AAACA--TCACAC-------TCTTGC------AA-T-ACA--AT----CA--GCGAGCAAG-------GAC--T----GT-A--GGAA---GTGGT-CGTTT---TTCA-TCA------ACACAGTGAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCC-GGATAT--C--A--C--CT-CTGCCAAG-TCACTTGA--GATAT---TTAA------------GTCTCAAGTaacctcagtctgtga
gi|4 : gacggTATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATAGACCAACAGA---AGT----ACTTCAGCAAGCC---TACCA--GAACATCTCTGCATAA-AAACA--TCACAC-------TCTTGC------AA-T-ACA--AT----CA--GCGAGCAAG-------GAC--T----GT-A--GGAA---GTGGT-CGTTT---TTCA-TCA------ACACAGTGAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCC-GGATAT--C--A--C--CT-CTGC-CAG-TCACTTGA--GATAT---TTAA------------GTCTCAAGT
gi|5 : gacggTATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGC-AGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAGAAAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATAGACCAACAGA---AGT----ACTTCAGCAAGCC---TACCA--GAACATCTCTGCATAA-AAACA--TCACAC-------TCTTGC------AA-T-ACA--AT----CA--GCGAGCAAG-------GAC--T----GT-A--GGAA---GTGGT-CGTTT---TTCA-TCA------ACACAGTGAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCC-GGATAT--C--A--C--CT-CTGCCAAG-TCACTTGA--GATAT---TTAA------------GTCTCAAGT
gi|6 : GTTATGT-CACCAACATACATGGAAACAGATCAAGTGTGGATAGCATGCTGGAAAAAACTACAA-TGGAGACCA--CTTG-AACACCGCCG-CAGAGATGCTA-GGCTAACTATATTGTACAAGATCA--A-CAACAACGATGTCACCATA----AACAAG---AA---------CAAGAAACT---TAC-----ACCACCTCTA-AGAA-GGACAAGGCACTTTCACCA-TCTTGCCTTTCAAC-T-AAC--AT----CAT-GC--TCTAG-----T-GAC--T----AT-A--GAAA---ATTTT-CATTC---TTCC-CGC------GCACCATCAGGGAGTGGAAT-GCACCGCTG
gi|7 : CAAAAAACT---TAC-----ACCACCTCTA-AGAA-GGACAAGGCACTCTCACCA-TCTAGCCTTTCATC-T-ACC--ATTGATCAT-GC--TCTAG-----T-GAC--T----AT-A--GCAT---TCTTT-TATTC---TTCC-CGC------GCACCATCAGGGAGTGGAAT-GCACTGCCGCCAGGGCAT--T--G--TG-TA-TCA--AAGCACATCTG---GGCCT---TTAA------------GATACAGGTGT-C-A-----------TAAT------------------------GTT--TTTATTG-TTTTAATCA-TT---TTTT--TTTT--A-CATGC--ACT----CT--CCATGGCATAATAA-TCA--TCTAGTTGATTGTGGCCATTA-CGAGGCAGAaatgt
gi|8 : aaCAACAACGAGATATCCGTA----AACAAA---AAT----------GGGAATC---TAACA----CCACCATT--ATGATGGACAAGGCATTCTCACCA-TCTTGCCTTCCAAG-TTGTC--AT----GAT-GC--TCCAGCGCAAT-GATGAT----ATTA--GAAATTAATTTT-CATTC---CACC-GAC------AAAGTATCATGGAGTGGAGT-GCATTGCTGCT-AGGGAT--T--G--TGTCA-CTA--AA--ACATCTAA--TGCGT---TCAA------------AGCACAGGCGTGCAGCCAAAGACAC-CAATTTTGAAGGACT---AGA------AG-T--TATAA---TTTTAATc
gi|9 : agttgaGGAGTGGAAT-TCGCTGCGGCC-CGGTGTAGT--G--T--CA-GTG--AAC-ACACTTGA--GACTT---TTAACTTTAATTTTAAGTCTCAAGTGT-C-----------C-CAA--------GCCT---A-T------AAAC--TTAATA--TTTTACCCTGTT---TTTTA---TT--T-CGCACCAGCTA---CTA-TTATAGCATAATAA-TCA--ACAAGATGATTGTGGCAACTA-TGTGGCAGAA
Alignments
lowQualScore : 111 111 22 1 1111 2222 111111111 11111 11 111 22 222222 111111 2222222 1111111111 1 22222222222 11 222222222222 11111111 222222222222 222 111 1111 1111 111
lowQualScore : 8 3 1 5 8 111 444 5 0 0 88 55 0 1 1 2222 0 1 1111 888 777777777 2 777 77777 1 33 0 4 888 2 44 4 000000 4 4 55 8888 777777 1 6666666 55 8888 4 55 7777 0 4 2 777 3333333333 3 2 9 4 1 33333333333 4 55 777 99 4 777 000000000000 1 1 0 5 99999999 5 1 1 1 444444444444 3 66 000 0 88 000 88 0000 77 7777 555 5 77 1 0 6
lowQualScore : . . . . . ... ... . . . .. .. . . . .... . . .... ... ......... . ... ..... . .. . . ... . .. . ...... . . .. .... ...... . ....... .. .... . .. .... . . . ... .......... . . . . . ........... . .. ... .. . ... ............ . . . . ........ . . . . ............ . .. ... . .. ... .. .... .. .... ... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 0 0 0 444 000 6 8 6 66 00 0 4 0 2222 4 7 2222 888 444444444 6 888 44444 1 11 7 4 222 6 22 0 000000 0 0 55 5555 222222 0 7777777 55 5555 0 55 7777 6 0 1 000 5555555555 9 0 6 4 0 22222222222 0 00 777 55 9 000 555555555555 6 4 5 7 77777777 7 4 6 7 111111111111 6 99 666 7 99 000 88 2222 99 9999 333 7 99 9 7 7
consensus : NNNNNNNNGTTATGT-AACAGGCAGATACGGGAATAGATCTACTGTAGACCGCATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAATGCCACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACGAGGTAGCCGTA----AACAAA---AGT----ACTTCAGNAAGCC---TACCA--GACCACCTCTGCATAA-GGACAAGTCACNC-CACCA-TCTTGCCTTCCAAA-T-ACC--AT----CAT-GC--TCNAG-----T-GAC--T----AT-A--GGAA---ATTTT-CGTTC---TTCC-CGC------GCACCGTCAGGGAGTGGAAC-GCACTGCCGCC-GGGNAT--C--G--T--CA-CTG--AAG-ACACCTGA--GGCNT---TTAA------------GGCACAGGTGT-C-GC----GGTAC-CAATTTTGAAGGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATTTT--T-CATGC--GCT----CT--CCATGGCAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGCCACTA-CGAGGCAGAA
Reference ( family-2773 ) : NNNNNNNNGTTATGT-AACAGGCAGATACGGGAATAGATCTACTGTAGACCGCATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAATGCCACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACGAGGTAGCCGTA----AACAAA---AGT----ACTTCAGNAAGCC---TACCA--GACCACCTCTGCATAA-GGACAAGTCACNC-CACCA-TCTTGCCTTCCAAA-T-ACC--AT----CAT-GC--TCNAG-----T-GAC--T----AT-A--GGAA---ATTTT-CGTTC---TTCC-CGC------GCACCGTCAGGGAGTGGAAC-GCACTGCCGCC-GGGNAT--C--G--T--CA-CTG--AAG-ACACCTGA--GGCNT---TTAA------------GGCACAGGTGT-C-GC----GGTAC-CAATTTTGAAGGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATTTT--T-CATGC--GCT----CT--CCATGGCAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGCCACTA-CGAGGCAGAA
gi|1 : GTGATGTCAGCAA-CAGACATGGAAATAGATCTAGTGTAGATTGTATGTTGGAA-AA-CTTC--------------TTGAC--CAACGCCG-CAGAGATGCCA-GACTTACCATACTGTATAAAATCA--A-CAACAACGAGGCAACTGTA----AACAAG---AAT---------AGGAAACT---TAC-----ACCACCTTTA-GGAA-GGACAAGTCACTCATGCCA-TCTTGCCTTCCAAA-T-ACC--AC----CAT-GC--TCTAG-----T-GAT--T----AT-A--GAAA---ATGTT-CATTC---TTCC-CCC------GTACTGTCAGGGAGTGGAAT-GCATTGCCGCC-AGGGAT--T--G--T--CA-CTA--AAA-ACACCCGA--GGCCT---TCAA------------GGCACAGGTGT-C-GC----GGTAC-CAATTTTGAAAGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATGTG--T-CATGC--GCT----CT--CCACGGCAGAATGA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGTTATTA-TGAGGCAAAA
gi|10 : agcggctc-CACAA-TCTCTCGTTCCAAA-T-TCC--AT----CA------TCAAACAC--C-GAC--T----AC-A--GAAA---ATTCT-CCTTC---TTCC-CACGTACATGTACCATCAGGGACTGGAAC-ACCTTACCTCC-GGACAT--C--GCAT--CAGCTG---GG-TCACTCGA---GTTT---TTAc
gi|11 : cacagactaatataccaccaagtcgattaggtctatcaaggaacatgAA------------GGCACAGATGT-C-GC----GGTAT-AAATTTTGTAAGACC---AGC------AGTT--TTTAT---TTTTATTCAG-T---TTTAAACTTT--T-CATGC--GCT----TT--TCATGACAGAA---------------TGATCGTGGCCACTA-CAATGCGGA
gi|12 : cagacgatgtggaatgcgttgccgccGGGAT--CATG--T--CA-CTA--AAA-ACATCTAAT-GGCTTCAATTAA------------GGCACATGTGT-C-GC----AGTAC-CAATTTTGAAGGACTTTAAGT------TAAT--TATAA---TTTTAATAAATT---
gi|13 : ctaTC--TTT-T---TTTTAA--AGCTAATCTTTAATTTTGTTACATGC--GCT----CTTTCAATGGCAGAATAA-ACA--ACCAGAGTATTGTGGCTATTA-TCAGGCAGGA
gi|14 : ----AACAGA---AGT----ACTTCAGCAAGCCGCATACCA--GAACATCGCGGCATA----------CACAT-TACCACTGTTAC------AA-T-ACC--AT----CATCGA--TCAAG-----acaa
gi|15 : agaccT-GT--TCTAG-----T-GAC--T----AT-A--GGAT---TTTTTTCATTC---TTCC-CGC------GTACTATCAGGGAGTgaatgta
gi|16 : -CATGC--GCTAGCTCT--CCATGACAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGC
gi|2 : AACAACGAGGTATCCGTA----AACAAA---AATGGGAACTT----AAACC---CATTAATGAC-------GAACAA-GGAT---TC---T-CACCA-TCTTGCCTTGCAAGTT-ACCCAAT----GAT-GT--TCCAG-----TGGAT--TGATGAT-ATTGGAA---ATTTA-AATTCTCATTCCTCGC------AAACTATCAGGGAGTGGAGT--CATTGCCGCT-GGGGAT-----G--TGACA-CTA--AAA-ACATCTTAATGGC-----TTCA------------GGCACAAGTGT-C-GC----AGTACGCAATTTTGAAGGACT---AATAAGTAAAGTTAATTAATGAATTTTAATAAA-T---TTTTAA-TTT--T-CATGC--ACC----CT---CATGGCGGGATAATTCAACACCAATT-ATTGTGGCCACTAGCGAGG
gi|3 : aagacaTATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATA----GACCAACAGAGT----ACTTCAGCAAGCC---TACCA--GAACATCTCTGCATAA-AAACA--TCACAC-------TCTTGC------AA-T-ACA--AT----CA--GCGAGCAAG-------GAC--T----GT-A--GGAA---GTGGT-CGTTT---TTCA-TCA------ACACAGTGAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCC-GGATAT--C--A--C--CT-CTGCCAAG-TCACTTGA--GATAT---TTAA------------GTCTCAAGTaacctcagtctgtga
gi|4 : gacggTATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATAGACCAACAGA---AGT----ACTTCAGCAAGCC---TACCA--GAACATCTCTGCATAA-AAACA--TCACAC-------TCTTGC------AA-T-ACA--AT----CA--GCGAGCAAG-------GAC--T----GT-A--GGAA---GTGGT-CGTTT---TTCA-TCA------ACACAGTGAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCC-GGATAT--C--A--C--CT-CTGC-CAG-TCACTTGA--GATAT---TTAA------------GTCTCAAGT
gi|5 : gacggTATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGC-AGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAGAAAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATAGACCAACAGA---AGT----ACTTCAGCAAGCC---TACCA--GAACATCTCTGCATAA-AAACA--TCACAC-------TCTTGC------AA-T-ACA--AT----CA--GCGAGCAAG-------GAC--T----GT-A--GGAA---GTGGT-CGTTT---TTCA-TCA------ACACAGTGAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCC-GGATAT--C--A--C--CT-CTGCCAAG-TCACTTGA--GATAT---TTAA------------GTCTCAAGT
gi|6 : GTTATGT-CACCAACATACATGGAAACAGATCAAGTGTGGATAGCATGCTGGAAAAAACTACAA-TGGAGACCA--CTTG-AACACCGCCG-CAGAGATGCTA-GGCTAACTATATTGTACAAGATCA--A-CAACAACGATGTCACCATA----AACAAG---AA---------CAAGAAACT---TAC-----ACCACCTCTA-AGAA-GGACAAGGCACTTTCACCA-TCTTGCCTTTCAAC-T-AAC--AT----CAT-GC--TCTAG-----T-GAC--T----AT-A--GAAA---ATTTT-CATTC---TTCC-CGC------GCACCATCAGGGAGTGGAAT-GCACCGCTG
gi|7 : CAAAAAACT---TAC-----ACCACCTCTA-AGAA-GGACAAGGCACTCTCACCA-TCTAGCCTTTCATC-T-ACC--ATTGATCAT-GC--TCTAG-----T-GAC--T----AT-A--GCAT---TCTTT-TATTC---TTCC-CGC------GCACCATCAGGGAGTGGAAT-GCACTGCCGCCAGGGCAT--T--G--TG-TA-TCA--AAGCACATCTG---GGCCT---TTAA------------GATACAGGTGT-C-A-----------TAAT------------------------GTT--TTTATTG-TTTTAATCA-TT---TTTT--TTTT--A-CATGC--ACT----CT--CCATGGCATAATAA-TCA--TCTAGTTGATTGTGGCCATTA-CGAGGCAGAaatgt
gi|8 : aaCAACAACGAGATATCCGTA----AACAAA---AAT----------GGGAATC---TAACA----CCACCATT--ATGATGGACAAGGCATTCTCACCA-TCTTGCCTTCCAAG-TTGTC--AT----GAT-GC--TCCAGCGCAAT-GATGAT----ATTA--GAAATTAATTTT-CATTC---CACC-GAC------AAAGTATCATGGAGTGGAGT-GCATTGCTGCT-AGGGAT--T--G--TGTCA-CTA--AA--ACATCTAA--TGCGT---TCAA------------AGCACAGGCGTGCAGCCAAAGACAC-CAATTTTGAAGGACT---AGA------AG-T--TATAA---TTTTAATc
gi|9 : agttgaGGAGTGGAAT-TCGCTGCGGCC-CGGTGTAGT--G--T--CA-GTG--AAC-ACACTTGA--GACTT---TTAACTTTAATTTTAAGTCTCAAGTGT-C-----------C-CAA--------GCCT---A-T------AAAC--TTAATA--TTTTACCCTGTT---TTTTA---TT--T-CGCACCAGCTA---CTA-TTATAGCATAATAA-TCA--ACAAGATGATTGTGGCAACTA-TGTGGCAGAA
blockSeqs : . G A C A AAG AGA A AA GC C T A TCAT T GACC CAG GGGAACTT C GCA TAATG A GC T AGG A TC C GTTCCA T T CA TGAT TCGA A CGCAAT GA GATG T TT TTAA T C TCA CACGTACAT C A C A C CGCAT G CC GCA AT T CAA CTTTAATTTTAA G A G AGCCAAAG G T T A AATAAGTAA T AA GAA AT AAT AC GTTA CA AGCT TTC T AC A G
blockSeqs : . G A C . AAG . A A . C T A TCAT G GACC . ACTTC C . CAG C GA . AGG A TC . CTTGCA . . . . GCGA A CACC . . . . A . A . TCGC T A A . G CATGT . CC GT T T . . G A . GCG . T A G TTAAGT A . TG GC . AT T . A AT . . T .
blockSeqs : . G A C . AG . A A . C T A TCAT G . . ACTTC C . CAG A GC . AGG A TC . CTTTCA . . . . GCGA T TG . . . . T . A . CGC T A A . G TGTGT . C AA . A . . G A . GCA . T A G AGC T . A GT . A T . . T . . T .
blockSeqs : . A C A . AA . . C . . A T A G . . ACTTC C . CAG A GC . T A C . CTTTCA . . . . GCGA C T . . . . A . G . TCA A . A . T AGTGT . . AA . A . . T T . GCA . T A G AGA T . . G . T A . . C . . T .
blockSeqs : A . . ACTTC G . CAG A GC . T T T . CTTCCA . . . . TGT A T . . . . G . G . TCA A . A . T GTGA . . GT . A . . T T . A . . . . AT T . . A . . T . . C . . A .
blockSeqs : T . . C A . CA C A . T T C . . . . . . TGT A T . . . . G . G . TCA A . G . T TGTG . . GT . C . . T T . . . . . . . A . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . C A . T T . . . . . . . TGC A . . . . . G . A . CGC C . . . C CAC . . GT . G . . A A . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . TGC T . . . . . A . A . CGC C . . . G CAC . . CA . T . . G A
blockSeqs : . . . . . . . TGC T . . . . . T . A . GAC T . . T CAC . . A . . . . T T
blockSeqs : . C
blockSeqCons : AAG ** TCAT ACTTC**** CAG** GC AGN TC CGTGC****** GT AC
originalCons : NNNNNNNNGTTATGT-AACAGGCAGATACGGGAATAGATCTACTGTAGACCGCATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAATGCCACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACGAGGTAGCCGTA----AACAAA---AGT----ACTTCAGNAAGCC---TACCA--GACCACCTCTGCATAA-GGACAAGTCACNC-CACCA-TCTTGCCTTCCAAA-T-ACC--AT----CAT-GC--TCNAG-----T-GAC--T----AT-A--GGAA---ATTTT-CGTTC---TTCC-CGC------GCACCGTCAGGGAGTGGAAC-GCACTGCCGCC-GGGNAT--C--G--T--CA-CTG--AAG-ACACCTGA--GGCNT---TTAA------------GGCACAGGTGT-C-GC----GGTAC-CAATTTTGAAGGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATTTT--T-CATGC--GCT----CT--CCATGGCAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGCCACTA-CGAGGCAGAA
finalCons : NNNNNNNNGTTATGT-AACAGGCAGATACGGGAATAGATCTACTGTAGACCGCATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACGAGGTAGCCGTA----AACAAA---AGTACTTC----AGNAAGCC---TACCAG--ACCACCTCTGCATAA-GGACAAGNCACNCTCACCA-TCTTGCCTTCCAAA-T-ACC--AT----CAT-GC--TCNAG-----T-GAC--T----AT-A--GGAA---ATTTT-CGTTC---TTCC-CGC------GCACCGTCAGGGAGTGGAAC-GCACTGCCGCC-GGGNATCGTGC------CA-CTG--AAG-ACACCTGA--GGCNT---TTAA------------GGCACAGGTGT-C-GC----GGTAC-CAATTTTGAAGGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAACTTT--T-CATGC--GCT----CT--CCATGGCAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGCCACTA-CGAGGCAGAA
Alignments
lowQualScore : 111 111 11 1111 2222 111111111 11111 11 111 11 222222 11 222222222 1111111 1 11111 111 222222222222 222222222 222222222222 222 111 11 1111 1111 111
lowQualScore : 8 3 1 5 8 111 444 5 0 0 88 99 5 1 1 2222 0 1 1111 888 777777777 2 777 77777 55 8 000 1 11 4 000000 8 55 8888 88 55 1 333333333 4 55 8888 4 55 7777 0 4 2 777 444 5555555 2 9 4 1 66666 4 666 55 99 4 777 000000000000 1 1 0 111111111 5 1 1 1 444444444444 3 66 000 0 7 000 55 0000 77 7777 555 5 77 1 0 6
lowQualScore : . . . . . ... ... . . . .. .. . . . .... . . .... ... ......... . ... ..... .. . ... . .. . ...... . .. .... .. .. . ......... . .. .... . .. .... . . . ... ... ....... . . . . ..... . ... .. .. . ... ............ . . . ......... . . . . ............ . .. ... . . ... .. .... .. .... ... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 0 0 0 444 000 6 8 6 66 00 0 4 0 2222 4 7 2222 888 444444444 6 888 11111 99 9 555 0 44 0 000000 0 55 5555 00 00 0 333333333 0 55 5555 0 55 7777 6 0 1 000 555 4444444 0 6 4 0 44444 0 444 44 55 9 000 555555555555 6 4 5 000000000 7 4 6 7 111111111111 6 99 666 7 1 000 22 2222 99 9999 333 7 99 9 7 7
consensus : NNNNNNNNGTTATGT-AACAGGCAGATACGGGAATAGATCTACTGTAGACCGCATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAATG-CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACGAGGTAGCCGTA----AACAAA---AGT----ACTTCAGNAAGCC---TACCAGANCACCTCTGCATAA-GGACAAGGCACNCTCACCA-TCTTGCCTTCCAAAT-ACC--AT----CAT-GC--TCNAG-----T---G-AC--T----AT-A--GGAA---ATTTT-CGTTCT---TCC-CGCGCAC------CGTCAGGGAGTGGAAC-GCACTGCCGCC-GGGNATCGTGTCA-CTG--AAG-ACACCTGA--GGCNT---TTAA------------GGCACAGGTGTCGC-------GGTAC-CAATTTTGAAGGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATTTT--T-CATGC--GCT----CT--CCATGGCAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGCCACTA-CGAGGCAGAA
Reference ( family-2773 ) : NNNNNNNNGTTATGT-AACAGGCAGATACGGGAATAGATCTACTGTAGACCGCATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACGAGGTAGCCGTA----AACAAA---AGT----ACTTCAGNAAGCC---TACCAGACCACCTCTGCATAA-GGACAAGNCACNCTCACCA-TCTTGCCTTCCAAAT-ACC--AT----CAT-GC--TCNAG-----T---G-AC--T----AT-A--GGAA---ATTTT-CGTTCT---TCC-CGCGCAC------CGTCAGGGAGTGGAAC-GCACTGCCGCC-GGGNATCGTGCCA-CTG--AAG-ACACCTGA--GGCNT---TTAA------------GGCACAGGTGTCGC-------GGTAC-CAATTTTGAAGGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAACTTT--T-CATGC--GCT----CT--CCATGGCAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGCCACTA-CGAGGCAGAA
gi|1 : GTGATGTCAGCAA-CAGACATGGAAATAGATCTAGTGTAGATTGTATGTTGGAA-AA-CTTC--------------TTGAC--CAACGCCG-CAGAGATGCCA-GACTTACCATACTGTATAAAATCA--A-CAACAACGAGGCAACTGTA----AACAAG---AAT---------AGGAAACT---TAC---ACCACCTTTA-GGAA-GGACAAGTCACTCATGCCA-TCTTGCCTTCCAAAT-ACC--AC----CAT-GC--TCTAG-----T---G-AT--T----AT-A--GAAA---ATGTT-CATTCT---TCC-CCCGTAC------TGTCAGGGAGTGGAAT-GCATTGCCGCC-AGGGAT--TGTCA-CTA--AAA-ACACCCGA--GGCCT---TCAA------------GGCACAGGTGTCGC-------GGTAC-CAATTTTGAAAGACT---AGT------AGTT--TTTAT---TTTTAATCAGTT---TTTTAATGTG--T-CATGC--GCT----CT--CCACGGCAGAATGA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGTTATTA-TGAGGCAAAA
gi|10 : agcggctcCAAGGAACATGCACAA-TCTCTCGTTCCAAAT-TCC--AT----CAT------CAAA-----CACCG-AC--T----AC-A--GAAA---ATTCT-CCTTCT---TCC-CACGTACATGTACCATCAGGGACTGGAAC-ACCTTACCTCC-GGACATCGCATCAGCTG---GG-TCACTCGA---GTTT---TTAc
gi|11 : cacagactaatataccaccaagtcgattaggtctatAA------------GGCACAGATGTCGC-------GGTAT-AAATTTTGTAAGACC---AGC------AGTT--TTTAT---TTTTATTCAG-T---TTTAAACTTT--T-CATGC--GCT----TT--TCATGACAGAA---------------TGATCGTGGCCACTA-CAATGCGGA
gi|12 : cagacgatgtggaatgcgttgccgccGGGATCATGTCA-CTA--AAA-ACATCTAAT-GGCTTCAATTAA------------GGCACATGTGTCGC-------AGTAC-CAATTTTGAAGGACTTTAAGT------TAAT--TATAA---TTTTAATAAATT---
gi|13 : ctaTC--TTT-T---TTTTAA--AGCTAATCTTTAATTTTGTTACATGC--GCT----CTTTCAATGGCAGAATAA-ACA--ACCAGAGTATTGTGGCTATTA-TCAGGCAGGA
gi|14 : ----AACAGA---AGT----ACTTCAGCAAGCCGCATACCAGAACATCGCGGCATA----------CACA-TTACCACTGTTAC------AAT-ACC--AT----CATCGA--TCAAG-----acaa
gi|15 : agaccT-GT--TCTAG-----T---G-AC--T----AT-A--GGAT---TTTTTTCATTCT---TCC-CGCGTAC------TATCAGGGAGTgaatgta
gi|16 : -CATGC--GCTAGCTCT--CCATGACAGAATAA-TCA--ACCAGTTGATTGTGGC
gi|2 : AACAACGAGGTATCCGTA----AACAAA---AATGGGAACTT----AAACC---CATTA------------ATGACGAACAAGG-ATTCTCACCA-TCTTGCCTTGCAAGTTACCCAAT----GAT-GT--TCCAG-----T---GGAT--TGATGAT-ATTGGAA---ATTTA-AATTCTCATTCCTCGCAAAC------TATCAGGGAGTGGAGT--CATTGCCGCT-GGGGAT-GTGACA-CTA--AAA-ACATCTTAATGGC-----TTCA------------GGCACAAGTGTCGC-------AGTACGCAATTTTGAAGGACT---AATAAGTAAAGTTAATTAATGAATTTTAATAAA-T---TTTTAA-TTT--T-CATGC--ACC----CT---CATGGCGGGATAATTCAACACCAATT-ATTGTGGCCACTAGCGAGG
gi|3 : aagacaTATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATA----GACCAACAGAGT----ACTTCAGCAAGCC---TACCAGAACATCTCTGCATAA-AAACA--TCACAC-------TCTTGC------AAT-ACA--AT----CA--GCGAGCAAG---------G-AC--T----GT-A--GGAA---GTGGT-CGTTTT---TCA-TCAACAC------AGTGAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCC-GGATATC--ACCT-CTGCCAAG-TCACTTGA--GATAT---TTAA------------GTCTCAAGTaacctcagtctgtga
gi|4 : gacggTATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGCAAGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAG-AAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATAGACCAACAGA---AGT----ACTTCAGCAAGCC---TACCAGAACATCTCTGCATAA-AAACA--TCACAC-------TCTTGC------AAT-ACA--AT----CA--GCGAGCAAG---------G-AC--T----GT-A--GGAA---GTGGT-CGTTTT---TCA-TCAACAC------AGTGAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCC-GGATATC--ACCT-CTGC-CAG-TCACTTGA--GATAT---TTAA------------GTCTCAAGT
gi|5 : gacggTATGT-AACAGGCAGATACAGGAATAGATCTACTGTAGACCACATGATCGAACAA-CTGC-AGTGG---CCAAGTTTACAACAACGCAGAAAGGAAT--CACGACTGTCTATAATGTACAAGATCATCATCAACAACAAAGTAGCCATAGACCAACAGA---AGT----ACTTCAGCAAGCC---TACCAGAACATCTCTGCATAA-AAACA--TCACAC-------TCTTGC------AAT-ACA--AT----CA--GCGAGCAAG---------G-AC--T----GT-A--GGAA---GTGGT-CGTTTT---TCA-TCAACAC------AGTGAGGGACTGGAACAGC-CTACCTCC-GGATATC--ACCT-CTGCCAAG-TCACTTGA--GATAT---TTAA------------GTCTCAAGT
gi|6 : GTTATGT-CACCAACATACATGGAAACAGATCAAGTGTGGATAGCATGCTGGAAAAAACTACAA-TGGAGACCA--CTTG-AACACCGCCG-CAGAGATG-CTAGGCTAACTATATTGTACAAGATCA--A-CAACAACGATGTCACCATA----AACAAG---AA---------CAAGAAACT---TAC---ACCACCTCTA-AGAA-GGACAAGGCACTTTCACCA-TCTTGCCTTTCAACT-AAC--AT----CAT-GC--TCTAG-----T---G-AC--T----AT-A--GAAA---ATTTT-CATTCT---TCC-CGCGCAC------CATCAGGGAGTGGAAT-GCACCGCTG
gi|7 : CAAAAAACT---TAC---ACCACCTCTA-AGAA-GGACAAGGCACTCTCACCA-TCTAGCCTTTCATCT-ACC--ATTGATCAT-GC--TCTAG-----T---G-AC--T----AT-A--GCAT---TCTTT-TATTCT---TCC-CGCGCAC------CATCAGGGAGTGGAAT-GCACTGCCGCCAGGGCATTGTG-TA-TCA--AAGCACATCTG---GGCCT---TTAA------------GATACAGGTGTCA--------------TAAT------------------------GTT--TTTATTG-TTTTAATCATTT---TTTT---TTT--A-CATGC--ACT----CT--CCATGGCATAATAA-TCA--TCTAGTTGATTGTGGCCATTA-CGAGGCAGAaatgt
gi|8 : aaCAACAACGAGATATCCGTA----AACAAA---AAT----------GGGAATC---TAACA--CCACCATT--ATGATGGACAAGGCATTCTCACCA-TCTTGCCTTCCAAGTTGTC--AT----GAT-GC--TCCAGCGCAAT---G-ATGAT----ATTA--GAAATTAATTTT-CATTCC---ACC-GACAAAG------TATCATGGAGTGGAGT-GCATTGCTGCT-AGGGATTGTGTCA-CT---AAA-ACATCTAA--TGCGT---TCAA------------AGCACAGGCGT-GCAGCCAAAGACAC-CAATTTTGAAGGACT---AGA------AG-T--TATAA---TTTTAATc
gi|9 : agttgaGGAGTGGAAT-TCGCTGCGGCC-CGGTGTAGTGTCA-GTG--AAC-ACACTTGA--GACTT---TTAACTTTAATTTTAAGTCTCAAGTGTC-------------C-CAA--------GCCT---A-T------AAAC--TTAATA--TTTTACCCTGTT---TTTTA---TT--T-CGCACCAGCTA---CTA-TTATAGCATAATAA-TCA--ACAAGATGATTGTGGCAACTA-TGTGGCAGAA