lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 333333 1 777777777777777777777777777 33333333333 111 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333333333333333333333333 1 3333333333333333333 55555555555555555555555 1 666666666666666666666666666666 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222222222 22222 11111111 1 7777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 6 222222 3 6 6 4 111111111111111111111111111 7 33333333333 7 3 000 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 55555555555555555555555555 3 6 6 6 7777777777777777777 6 6 6 88888888888888888888888 1 8 0 7 1 888888888888888888888888888888 9999999999 3 888888 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 777 2 11111111111111111 2 33 7777777 77777 33 2 8888 44 55555555 5 44 44 2222222222222222222222222222222222222222222 5 0 5 2
lowQualScore : . ...... . . . . ........................... . ........... . . ... . ........................................................................................... . .......................... . . . . ................... . . . ....................... . . . . . .............................. .......... . ...... .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ... . ................. . .. ....... ..... .. . .... .. ........ . .. .. ........................................... . . . .
lowQualScore : 0 000000 3 7 0 0 999999999999999999999999999 5 77777777777 3 0 000 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 88888888888888888888888888 6 0 0 0 0000000000000000000 0 0 0 11111111111111111111111 4 0 8 7 0 222222222222222222222222222222 7777777777 9 999999 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 444 2 22222222222222222 2 11 2222222 55555 22 4 7777 22 66666666 0 66 66 6666666666666666666666666666666666666666666 7 1 2 8
consensus : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTNGCTTTT-----TTA----TCCTT-T--------CACTGTGAGG---------CCTAGGACCATCAAACT---TGGTCNGTTGATG---CATC--------T-G---------G--GGGGAA--GG-GTG--T---CA-NA-AAT--C---AAA------TC-N-----AGGTCACCGTG--G------C---C---T---TT--TGGAATTTATATNNNNNNNNNNNNNCCACAGTGACCTATTTTTGGTTTGCAATACATCTTTCCCCCAAAATGTATCAACTGAATT-TCATGG-------CAAT-----ACT-TATACACAAATCATGTCTGG---A----N---AT---TT---A-----CACT--G-------TGAGGCCTAGGACCA---TCAAACCTT---G-------CGG-TCA-GTTGAT-----GCATC----TTGG---G---------GGAAA---GGT----GTG----------TCA-TGA----C-C-C---AAAA--A-----------------TA-------G----G------T-CA-C------T---G-TNGC---CTC---T----T---GGAATTTTATGGCTATACAT--AC-T--AN------ATCGTGT-CCGGATCA----T---A---TATA-TCT-TT-N--ACACT--GTGAGGCTTA-GGAC---C-ATCAAA-CT--TG---G--TCA---G-----GTC-GATGC-AT-C-TT--------G-AGT------G-GA--NGG--TG-TG-------TC---A-----CG---A-NCCAAA--TA-TA-G------GTCGCTT---GTGGCCT---CAT-TT---GGAATTTT-ATGGCTA----TA---NC----TAN----TCNA---ATC----GTG--TC----T--GGGTC---AT-AT------CT-----TTN-A-CACT--G-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---CTTG--GT------C-AGTTAA--TG--CA--T--T---------------G-G----GGG-A-G---TG---T-CATGACCCAAAAGTAGGTCAC
Reference ( gi|1 ) : CTGTGGTATAAGCTTTACCATTGTT-ATCTGCTTAGCTTTT-----TCA----TCCTT----------CACCGTGAGA---------TCTAGGACCATCGAACT---TGCTC------TG---C-----------T-G---------G--AGGGGA--AG-GTG--T---CA-GA-AAT--C---AAA------CC-A-----AGGTCACTATA--G------C---C---T---TC--TGGAATTTATATATATGAAATGACACCACAATGGCCTACT----GTGTG----------TTCCCTCAAGATGCATCAACTGAATT-T-ATGG-------TAAT-----ACT-TATACACAAATTATGTCTGG---A----G---AT---TT---A-----CACT--G-------TGAGGTCTAGGATTA---TCAAACCTT--AGATATA--TAG-TCA-GTTGAT-----TTATC----TTGA---G---------GGAAA---GGT----GTG----------TCA-TGA----C-T-C---AAAT--A-----------------TA-------G----G------G-CT-C------T---G-TCAC---CTC---C----T---GGAATTTTATGGCTCTACAT--GC-TA-AT------ATTGTGT-CTGGATCA-ATTT---A-TTTATA-TCT-TT-G--ACACT--GTGAGATTTA-GGAC---C-ATCAGA-CT--TG---A--TCA---G-ATCTGTT-GATGC-AT-T-TT--------G-AGT------G-GA--TGG--TG-TG-------TC---A-----CA---A-ACTAAATCTA-TA-A------GTTACTTACGGTGGCCC---C---CT---GGAATTTG-ATAGCTA----TA---AC----TAC----CCCA---ATC----TTG--TG----T--GGGTC---AT-AT------CT-----TTA-A-CACT--G-------TGAACCCGAGGAC--C-ATCAAA---TTTG--GT------T-AGTTCA--TG--CA--T--T---------------G-G----GGG-A----------T-CATGACCCAAAAATGGGTCAC
gi|3 : ATAGGCTGT--CAT-GTCCATCTGCCTAGCTCTT-----TTACGTCTCCTTTTTTTTTTTTCACTCTGAGA---------CCTAGGAACATCAAACT---TGCTC------AG---T-----------T-GATACATTTTG--GGGGAA--AG-ATG--T----------ATTGC---AAA------CC-AAAAATAGGTCACTGTG--G------CTTTC---T---TT--TGGAATTT-TAT
gi|2 : gatgcgatgcattatgaaCTTT--CACAGTT-ATCTGCCCCTCATTTGTGTGTCA----TACCTGTCA------CACTGTGAGG---------CCTAGAACAATAAATCTAAATG-TCTGA---TG---CATCA-------T-G---------G--TGAGAA--AG-GTGAAT---GA--A-AAC--CTTGAAA------T--------AGGTCACTGTG--G------C---C---T---CCTTTGGAATTTGTggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctctgagaggtctgtgaccatcaaacttgattatttaatgcatcatagggggaagatgtgtcacaacccaaaagtaggtcattgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : gacggaTTACCTTTTTT-GT--GTCTGGGTTTT-----ATA----TCTTT----------CACATTGAGAGGGCTGAGGCCTAGGACCGTTAAAGT---CGGTCCGTTAATG---CATCT-------T-G---------T--AGAGAA--GGTGTG--T---TG-CA-AAT--A---AAAAATAGTCCAA-----AGAGCATCAT---G------C---T---C---TT--TGGAATTCATgaccatacatactcggatcctgccatcaaacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|7 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgA----TCTTTGCA-------CACTGGGAGG---------CTTAGGACCACCAAA-T---TGGTCGGTTAATGAACC-----------T-T---------G--TAGGGA--AG-GTG--TGTCCT-GA-G----C---AAA------AT-T-----AGGTCACTTTA--G------C---CTTAT---TT--TGGAATtctcaaattgtttccagatcatgtctattgcactagttttatctgatgcatcagggggaaaaggtgtgtgatgatccaattagaggtcaccatggcctcattttggaattttatggcctggcatacattttctgattgtgcctgggtcatatctaaaacttgcacattttgaggcttaggaccttctgacttgtcagccgatgcatcttaggatgtcaactcaagatggcctcattttgaaactgcatattgacaatatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|11 : gtgtctggttataatctttcgctacactgtgaggccttggatttcagacctagtcagttgctggccttttttggaaggaagttgtgtcatgacccaaaagtaggtcattgtggcctacttctggaattttacaactatacacaatcagaattatgtcagatagt----------CACTGTGAGG---------CCTAGGACCATCAAACT---Taatcaaaattgtcctggtggatgttggtatatgcaacataaacatgtatcttgtacatgtagttcgagatggacgtataatgtactcttagaggtgtatttta
gi|12 : tttatatataattatataatcatgtctcaatcttatcttgag----------CACTGTGAGG---------CTTAGGACCACCAAATT---TGGTCAGTCGATG---CATCAGGAGTGATAG---------G--GGGGGG--GG-GGG--G---CATGA-CAT--A---AAG------TC-A-----AGATCACTGTA--G------C---C---TCATTT--TGGAATTagtcaactaatttgttttagagaaggtattgatgtcatgacctaaaagtaggtcactggcctcatattggatttgcaattggcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|5 : tgttgtttgtgtccagatgatttattaagTAGGACTATCCAACC---TAGTCAGTTGATG---C-----------T-A---------GTTAGGGAGTGGG-GTT--T---CA-TA-AAT--C---AAA------TA-T-----AGAT-ATCATACTGCTGCTTC---C---T---TC--TGGAATTTgcagtatcacatcttgggaccttaagatatctagatggtcatatcatgtaccctagcagtatttaaatattgatgatataaccagga
gi|9 : atcatttctttcatgctta-----------T-G---------G--GGGGGG--GG-GGG--T---CA-TG-AAT--C---AAA------AA-T-----AGTTCATTGTT--G------C---C---TCA-TT--TTGAAATTATATtgtggctattcatactcaaatcatgtctatagatatcaggcttcatggaccatcaaactcgaagtcaagttgatgcagctggggagtaggacactggtctcattttggaattttatggctatacatatgtacaaatcatgtccatattgtatcctgaaaactgtgtcatgtgaggccaaagaccttcaatcttggtagtggcaagaaagtgctgatctaaaaataggacacaatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|4 : catctgttaggtttacttggtcggttgatgtatcattgggtgggag-G---------G--GGGAAA--AG-GTG--T---GT-GATGAT--C---CAA------TT-AG----AGGTCACCATG--G------C---CTCAT---TT--TGGAATTT-TATggctagatctaatattgtatacaagaccatgtttaggtcatatctgtagcacttagtgtggtctaggaccatcaaattagtcaactgtcagatgcatctttgattgaagggtgctttaaattaagtcaccataccttatgaacatgccaaaagtttttgatttcaagcactccgacagatatgcatcatgtaccagtactaattgggcatatcatgcaccataa
gi|3 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgtgtctgggttttatatctttcacattgagagggctgaggcctaggaccgttaaagtcggtccgttaatgcatcttgtagagaaggtgtgttgcaaataaaaaatagtccaaagagcatcatgctctttggaattcattctcaaattgtttccagatcatgtctattgcactagttttatctgatgcatcaCCACAGTGACCTATTTTTGGTTTGCAATACATCTTTCCCCCAAAATGTATCAACTGAggcctggcatacattttctgattgtgcctgggtcatatctaaaacttgcacattttgaggcttaggaccttctgacttgtcagccgatgcatcttaggatgtcaactcaagatggcctcattttgaaactgcatattgacaatatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttttttcactctgagacctaggaacatcaaacttgcGAATT-TTGTGG-------C--T-----ATT-CATACTCAAATCATGTCTAT---A----G---ATA--TC---A-----GGCT---------------TCATGGACCA---TCAAAC--T--CGA-------AG-TCAAGTTGAT-----GCAGC----T----------------GGGGA---G--------------------------------------------------------------TA-------G----G------A-CA-C------T---GGTCTC---ATT---T----T---GGAATTTTATGGCTATACAT--ATGTACAA------ATCATGT-C-----CA----T---A--TTGTA-TCC-TG-A--AAACT--GTGTCATGTG-AGGC---C-A-AAGA-CC--T-------TCA-----ATCTctttcttttggaattttatggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctctgagaggtctgtgaccatcaaacttgattatttaatgcatcatagggggaagatgtgtcacaacccaaaagtaggtcattgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|13 : atcatttctttcatgcttataggactatccaacctagtcagttgatgctagttagggagtggggtttcataaatcaaatatagatatcatactgctgcttccttctgGAACT-TCATAG-------AAATCAACAACT-T-TGCATAAATCATGTCTGG---A----TCATATCCTTC---T-----CACT--G-------TAAGGCATAGGACAACAATCAAATCTTCTGGTTAC---CAG-T-A-GTTGATGAANNNNNNN----NAGG---G---------GGGGG---GGG----GGG----------TCA-TGA----C-T-C---AAAT--ACATGTATATATACATTGTA-------A----G------T-CA-C------T---G-TTGA---CAC---T----T---GGAATTTTATGGTTATACATAGGC-T---T------ATT-CAT-CTGtggtagtggcaagaaagtgctgatctaaaaataggacacaatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|9 : AATTAT-ATGGCTAGATCTAAT-----ATTGTATACA-AGACCATGTTTAGGTCA----T---AT---CT---GTAG--CACTTAG-------TGTGGTCTAGGACCA---TCAAA--TT--AGTCA-A--CTG-TCA----GAT-----GCATCT---TTGA---T---------TGAAG---GGT----G
gi|2 : catctgttaggtttacttggtcggttgatgtatcattgggtgggagtgggggggggggggtcatgaatcaaaaatagttcattgttgcctcattttgaAATT-TCATGG-------CAA-------CT-TATTTA--AGTCAATTTTGG---A----CCTTAT---CT---ATAG--CACT--G-------TGAGACTTACAACCT---CCAAAC--T--GG---------G-TCA-CTCAAT-----GCAT------TGA---G---------GA--------------TG----------TTG-TGA----C-C-C---AAAA--G-----------------TA-------G----G------G-CA-C------TTTGG-TCTC---ATT---T----T---GGAATTATTTGGTTCT-CGT---C-TA-A-------AT-GTGT-CTGGGT--------------TATA-TCT-TG-C--ACACT--GTAAGGCCCA-G--C---T-TT---A-CT--TA---A--TTT---G-GTCAGCT-AATGA-AT-C-CTG-------G-AGT------A-GA--ctttaaattaagtcaccataccttatgaacatgccaaaagtttttgatttcaagcactccgacagatatgcatcatgtaccagtactaattgggcatatcatgcaccataa
gi|11 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcatacctgtcacactgtgaggcctagaacaataaatctaaatgtctgatgcatcatggtgagaaaggtgaatgaaaaccttgaaataggtcactgtggcctcctttggaatttgtgaccatacatactcggatcctgccatcaaacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttAT-----AAT-TATATA---ATCATGTCTCA---A----TCTTAT---CTTGAG-----CACT--G-------TGAGGCCTAGGACCA---TCAAACT-------------TAG-TCA-ACTAAT-----TTGTT----TT-A---G---------AG-AA---GGTATTGATG----------TCA-TGA----C-C-T---AAAA--G-----------------TA-------G----G------T-CA-C------T---G---GC---CTC---gatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|15 : tttatatCAAAGCGTGTCTG---------G---AT---CT---GT----CACA--G-------TGAGGCGTAGGACTA---TAAAACTTC-------------G-TCA-ACTGAT-----GCATT----CTGG---G---------GGAAatattggatttgcaattggcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|6 : AATTATGTCCAG---ATCGTGTT-GT---TT---A-----CACT--A-------CGAGACTTAGGACCA---TCAGA----------AT---TGG-TCA-AATAAT-----GCATT----ATGA---A---------GGAAGTCTGTT----GTAAAGAAGAAAATCAATAA----A-T-TTAAAAAT--AAA---------------TG-------G----G------G-AT-GGGGGGGT---G-TCACTAGCTT---CATATT---GGAATTTTATGGTTATGCAT--AT-TT-AA------ATCATGT-CCCGATCA------------TATA-----TT-GT-ACATT--GTGAGACCAA-GGACCTGC-TTTAAT-CT--TG---G--TCA---G-G-----T-GAAGC-AT-C-TTTGGGAAGGG-GGTGCGGGAG-GA--CGG--TG-AG-------GT---G-----TG---G-GCCAAA--TA-CA-A------GTCAC---CAAT-TCTT---C---CT---GGAAATTT-ATGGTCA----TA---CA----TA-----CTCA---AT-----TAG--TGTCTAT--GGATT---CT-AT------AT-----TGT-A-TATT--G-------TGAttggaacatctgtccgatttacctatagacattcccatgtattgtggactctaatttcaatcttatg
gi|4 : tgtgtcacaaattaaaaatagaagtggtcgctgtagtcccaggaatcctactttTTATATCT---------------T---TC---A-----CATT--GAGAGGGCTGAGGCCTAGGACCG---TTAAA----------GT---CGG-TCC-GTTAAT-----GCATC----TTGT---A---------GAGAA---GGT----GTG----------TTG-CAA----A-T-A---AAAA--A-----------------TAGTCCAAAG----A------G-C-------------A-TCATG--CTC---T----TT--GGAATT-----------CAT--TC-TC-AA------ATTGTTT-CCAGATC--------------ATG-TCTATT-G---CACT-----AGTTTTA--------------------------------------TCTG----ATGC-AT-C-AG--------G-GGG------A-AA--AGG--TG-TG-------TG---A-----TG---A-TCCAA--TTA-GA-G------GTCACC----ATGGCCT---CATTTT---GGAATTTT-ATGGCC-----TG---GCA---TACATTTTCTG---A------TTG--TGCC--T--GGGTC---AT-AT------CTAAAACTTGCA-CATT--T-------TGAGGCTTAGGAC--C-TTCTGA---CTT---GT------C-AGCCGA--TG--CATCT--T---------------A-G----GAT-G----------T-CA--ACTC-AAGATGgg
gi|12 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgtgtctgggttTTGTGTCCAG---AT---G---AT---TT---ATTAAGCACT--G-------TGAGGCTTAGGACCA---CCAAA--TT-----------TGG-TCA-GTCGAT-----GCATCAGGAGTGATAGG---------GGGGG---GGG----GGG----------GCA-TGA----CAT-A---AAGT--C-----------------AA-------G----A------T-CA-C------T---G-TAGC---CTCATTT----T---GGAATTcctcattttgaaactgcatattgacaatatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|14 : tgttgt---AT---TG---A-----CACT--G-------TAAAGCTTAGGACTA---TCAAACC----AGGTAgcagtatcacatcttgggaccttaagatatctagatggtcatatcatgtaccctagcagtatttaaatattgatgatataaccagga
gi|3 : gtcatatcT---TT---T-----CACT--C-------TGAGACCTAGGAACA---TCAAACTT--------------GCTCA-GTTGAT-----ACATT----TTGG---G---------GGAAA---GAT----GTA----------TTG-CAA----A-C-C---AAAA--A-----------------TA-------G----G------T-CA-C------T---G-TGGC---TTT---C----TTTTGGAATTTTATGGTTATACAT--AC-TT-AA------ATTGTGT-CTGGGTC--------------ATA-TCT-CT-C--ACATT--GTAAGG-CTA-CGAT---T-ATCAAA-C------------CA---G-GTTAGCT-CATGC-AT-C-GG--------G-GGG------G-GG--GGGGTTG-TA-------AC---A-----TA---A-CCCAAA--CA-TG-G------GTCGCTCA-----ACCT---T---CT---GGAAATCA-ATGGCTA----GA---TA----TGA----TCAA---ATC----ATC--TC----T--CAATC---AT-AT------GT-----TGA-C-CTCT--G-------AGAGGTCTGTGAC--C-ATCAAA---CTTG--AT------T-ATTTAA--TG--CA--T--CATA------------G-G----GGG-AAGATGTG---T-CACAACCCAAAAGTAGGTCAaaataaggcaccccccgggggggggggggggcagttatgtcgtgatcccaaattttgtcattgtgtcctccctctggaattttcaaatcatgttcggactacagctgtatatcttgcacacgatgagggtcattataatcaaatctagtcatttaatgaacagttgtatgg
gi|2 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctcctttttttt---TC---A-----CACT--G-------TGAGGCCTAGAACAA---T-AAATC-T--AAAT-------G-TC----TGAT-----GCATC----ATGGT--G---------AGAAA---GGT----G-------------AA-TGAAAACC-T-T---GAA---A-----------------TA-------G----G------T-CA-C------T---G-TGGC---CTC---CTT--T---GGAA-TTTGTGACCATACAT--AC-Tttgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|7 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcatacctgT---A-----CACT--G-------TGAGGCCTTGGATT----TCAGACCT-------------AG-TCA-GTTGCTGGCC-TT-TT----TTGG---A---------AGGAA---GTT----GTG----------TCA-TGA----C-C-C---AAAA--G-----------------TA-------G----G------T-CA-T------T---G-TGGCCTACTT---C----T---GGAATTTTACAACTATACA------CA-ATCAGA--ATTATGT-C-AGAT-A-------------GTA-TCT-TT-GC-ACACT--GGGAGGCTTA-GGAC---C-ACCAAA--T--TG---G--TCG---------GTT-AATGA-AC-C-TT--------GTAG-------G-GA--AGG--TG-TG-------TC---C-----TG---A-GCAAAAT----TA-G------GTCACTTcggatcctgccatcaaacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|10 : gtgtctggttataatctttcgc---A-----CACT--G-------AGAGGCATAGGGTTA---TCAAACT-------------TGG-TCA-GTGGGT-----ACATA----TTAG---T---------GAAAA---GGT----ATG----------TCT-TTA----C-C-A---GAAA--G-----------------TA-------T----G------T-AA-T------T---A-TAGC---CTCAA-T----T---TGAAAATTATGGCTATACAT--AA-TC-AA------ATCG-GT-CCGGATCA-tagccttattttggaataatcaaaattgtcctggtggatgttggtatatgcaacataaacatgtatcttgtacatgtagttcgagatggacgtataatgtactcttagaggtgtatttta
gi|5 : ttttgggtggatgaccgcgatcaagaagtaagcaatgtgacattgttttggaattgtatggcttcaaagcgtgtccggaccatatatgtaccttgcTAGGACTA---TCCAACCT-------------AG-TCA-GTTGATG----CTAGT----T--A---G---------GGAGT---GGG----GTT----------TCA-TAA----A-T-C---AAAT--A-----------------TA-------G----ATATCATA-CTGC------T---G-CTTC---CTT---C----T---GGAATTTTGTGGCTATTCAT--AC-TC-AA------ATCATGT-C-----------T---A-TAGATA-TC-----------------AGGCTTCATGGAC---C-ATCAAA-CT--CG---AAGTCA---A-----GTT-GATGC-Aggtggatatgacatacatgtacatgta
gi|9 : atcatttctttcatgcttaTT--AGGTTTACTTGG-TCG-GTTGAT-----GTATCA---TTGG---GTGGGAGTGGGGGGG---GGG----GGG----------TCA-TGA----A-T-C---AAAA--A-----------------TA-------G----T------T-CA-T------T---G-TTGC---CTCATTT----T---GAAATTATATGGCT--AGAT---C-TA-AT------ATTGTATACAAGACCATGTTT---AGGTCATA-TCT-GT-A--GCACTTAGTGTGGTCTA-GGAC---C-ATCAAA--T--TA---G--TCA---A---CTGTCAGATGC-ATCT-TT--------G-ATT------G-AA--GGG--TG-CT-------T----------TA---A-ATTAAGTCgctggggagtaggacactggtctcattttggaattttatggctatacatatgtacaaatcatgtccatattgtatcctgaaaactgtgtcatgtgaggccaaagaccttcaatcttggtagtggcaagaaagtgctgatctaaaaataggacacaatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|2 : catctg--TGG-TCA-GATGAT-----GCATA----TTGG---T---------GGAAA---TGG----GTC----------TCA-C-A----T-TGC---AAAA--G-----------------CA-------A----G------T-CT-C------TT--G-T-----------------T---TTAATTTCATGGC-----A---AC-T---T------ATT------TAAGTCA-ATTTTGGA-CCT-TA-TCT-AT-A--GCACT--GTGAGACTTA-CAAC---C-TCCAAA-CT--GG---G--TCA-------C--TC-AATGC-A----TT--------G-A--------G-GA--TGT--TG-TG-------AC---C-----CA---A-A--A-----G-TA-G------GGCACTT----TGGTCT---CATTTT---GGAATTAT-TTGGTT-----------C----TCG----TCTA---AAT----GTG--TC----T--GGGTT---AT-AT------CT-----TGC-A-CACT--G-------TAAGGCCCAGCTT--T-ACTTAA---TTTG--GT------C-AGCTAA--TG--AA--TCCT---------------G-GAGTAGAG-A----------TCCATGaccataccttatgaacatgccaaaagtttttgatttcaagcactccgacagatatgcatcatgtaccagtactaattgggcatatcatgcaccataa
gi|4 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcatacctgtcacactgtgaggcctagaacaataaatctaaatgtctgatgcatcatggtgagaaaggtgaatgaaaaccttgaaataggtcactgtggcctcctttggaatttgtgaccatacatactcggatcctgccatcaaactTGAT-----GCATC----AGGG---G---------GAAAA---GGT----GTG----------TGA-TGA----T-C-C---AATT--A-----------------GA-------G----G------T-CA-C------C---A-TGGC---CTCATTT----T---GGAATTTTATGGCCTGGCAT--AC----ATTTTCTGATTGTGC-CTGGGTCA----T---A-TCTAAA-ACT-TG-C--ACATT--TTGAGGCTTA-GGAC---C-TTCTGA-CT--TG------TCA---------GCC-GATGC-AT-C-TT--------A----------G-GA--TGtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|6 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgtgtctgggttttatatctttcacattgagagggctgaggcctaggaccgttaaagtcggtccgttaatgcatcttgtagagaaggtgtgttgcaaataaaaaatagtccaaagagcatcatgctctttggaattcattctcaaattgtttccagatcatgtctattgcactagttttatcT----GTG----------TCA-CAA----A-T-T---AAAA--A-----------------TA-------GAAGTG------GTCG-C------T---G-TAGT---C-C---C----A---GGAATCCTA---CTTTA-------------------ATTATGT-CCAGATCG-TGTT---G-TTTA--------------CACT--ACGAGACTTA-GGAC---C-ATCAGA-AT--TG---G--TCA---A-A-----T-AATGC-AT-T-AT--------G-AA-------G-GA---AG--TC-TG-------TT---G-----TAAAGA-AGAAAATCAA-TA-A------ATTtcaactcaagatggcctcattttgaaactgcatattgacaatatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|16 : T----GTA----------TCA-TGA----C-C-C---AAACCAA-----------------AA-------GTT--G------G--T-CGGT---T---G-TCTT---ATT---T----T---GGAATTTTATAGCTATATAT--ACATA-GTCAA---ATCGTAT-CTGTATC--------------ATG-CCT-TG-C--ACTCT--ATGGGGCTTA-GCTC---C-ATTAAA-taaaaataaatggggatgggggggtgtcactagcttcatattggaattttatggttatgcatatttaaatcatgtcccgatcatatattgtacattgtgagaccaaggacctgctttaatcttggtcaggtgaagcatctttgggaagggggtgcgggaggacggtgaggtgtgggccaaatacaagtcaccaattcttcctggaaatttatggtcatacatactcaattagtgtctatggattctatattgtatattgtgagg
gi|13 : tatggatgtAC---TTC---A----T---AGAAATCAACAACTTTGCAT------A-A-------ATCATGT-CTGGATC--------------ATA-TCC-TT-C--TCACT--GTAAGGCATA-GGACAA-CAATCAAATCTTCTGGTTA--CCA---GTA---GTT-GATGA-AN-N-NNNNNNA---G-GGG------G-GG--GGG--GG-GG-------TC---ATGACTCA---A-A-TACATGTA-TATATACATTGTAAGTCACTGTTGACA---C---TT---GGAATTTT-ATGGTTA----TA---
gi|10 : ga----T---GGAATTGTATGGCTTCAAA---GC---------------GTGT-CCGGACCA----T---A-TATGTA-CCT-TG-C--ACACT--GAGAGGCATA-GGGT---T-ATCAAA-CT--TG---G--TCA---G----TG---GGTAC-AT-A-TT----------AGT------GAAA--AGG--TA-TG-------TCTTTAC----CA---G-A--AAGTATG-TA-A-------TTA-------TAGCCT---C----------AATTTG-AAAATTA----TG---GC----TAcataggcttattcatctg
gi|11 : ttttgggtggatgaccgcgatcaagaagtaagcaatgtgacattgttt------ATCATGT-CT----CA-ATCT---------TA-TCT-TG-A--GCACT--GTGAGGCCTA-GGAC---C-ATCAAA-CT--TA---G--TCAACTA-ATTTGT---------T-T-TA--------G-AGA------A-GG--TAT--TGATG-------TC---A-----TG---A-CCTAAA---AGTA-G------GTCAC------TGGCCT---CATATT---GG-ATTTG-tacataatcaaatcggtccggatcaggtggatatgacatacatgtacatgta
gi|12 : tttatatataattatataTTGTGT-CCAGAT-G-ATTT---A-TTAA-------------GCACT--GTGAGGCTTA-GGAC---C-ACCAAA-TT--TG---G--TCA---------GTC-GATGC-AT-C-AG--------G-AGT------G-caattggcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|7 : tgttgtGTGT-CTGG---------------TTATAATCT-TTCGCTACACT--GTGAGGCCTT-GGAT---T--TCAGA-CC--TA---G--TCA---G---TTGCT-GGCCT-TT-T-TT--------G-GAA------G-GA--AGT--TG-TG-------TC---A-----TG---A-CCCAAA---AGTA-G------GTCATT----GTGGCCTACTT---CT---GGAATTTT-ACAACTA----TA----------------CACA---ATCAGAATTA--TG----TC-AGATA---GT-AT------CT-----TTGCA-CACT--G-------GGAGGCTTAGGAC--C-ACCAAA----TTG--GT------C-GGTTAA--TGAACC--T--T---------------GTA----GGG-AAGGTGTG---T-CCTGA-GCAAAATTAGGTCACataggggggggggggggcatgacataaagtcaagatcactgtagcctcattttggaattgcagtatcacatcttgggaccttaagatatctagatggtcatatcatgtaccctagcagtatttaaatattgatgatataaccagga
gi|15 : GTGT-CTGGATC-----------------------T-G--TCACA--GTGAGGCGTA-GGAC---T-ATAAAA-CT--TC---G--TCA---A------CT-GATGC-AT-T-CT--------G-GGG------G-AA--Ttttagccttattttggaataatcaaaattgtcctggtggatgttggtatatgcaacataaacatgtatcttgtacatgtagttcgagatggacgtataatgtactcttagaggtgtatttta
gi|14 : caaagcTCATA-TCA-TT-G--ACACT--GTAAAGCTTA-GGAC---T-ATCAAA-Ctggaacatctgtccgatttacctatagacattcccatgtattgtggactctaatttcaatcttatg
gi|5 : gTA-GGAC---T-ATCCAA-CC--TA---G--TCA---G------TT-GATGCTAG-T-T-----------AGG------G-AG--TGG--GG-TT-------TC---A-----TA---A-ATCAAATATA-GA-T------ATCA--TACTGCTGCTT---C---CTTCTGGAATTTT-GTGGCTA----TT---CA----TAC----TCAA---ATC----ATGTCTA----T--AG------AT-AT------C----------A-GGCT---------------TCATGGAC--C-ATCAAA---CTCGAAGT------CAAGTTGA--TG--CAG-C--T---------------G-G----GGcaggtaaaataaggcaccccccgggggggggggggggcagttatgtcgtgatcccaaattttgtcattgtgtcctccctctggaattttcaaatcatgttcggactacagctgtatatcttgcacacgatgagggtcattataatcaaatctagtcatttaatgaacagttgtatgg
gi|2 : atcatttctttcatgcttaC---C-ATCAAA-CT--TG---G--TCA---G-AT------GATGC-AT-A-TT--------G--GT------G-GAAATGG---G-TC-------TC---A-----CA---TTGCAAAAGC----A-A------GTCTCTT---GT-------------T---TTAATTTC-ATGGCAACT--TA---TT----TAA----GTCA---ATT----TTG------------GACC---TT-AT------CT-----ATA-G-CACT--G-------TGAGACTTACAAC--C-TCCAAA---CTGG--GT------C-ACTCAA--TG--CA--T--T---------------G-A----GGATG----------T-TGTGACCCAAAAGTAGGGCACagtaggacactggtctcattttggaattttatggctatacatatgtacaaatcatgtccatattgtatcctgaaaactgtgtcatgtgaggccaaagaccttcaatcttggtagtggcaagaaagtgctgatctaaaaataggacacaatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|9 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcatacctgtcacactgtgaggcctagaacaataaatctaaatgtctgatgcatcatggtgagaaaggtgaatgaaaaccttgaaataggtcactgtggcctcctttggaatttgtgaccatacatactcggatcctgA-CT--TG---G--TCG---G------TT-GATGT-AT-CATT--------G-GGT------G-GGAGTGG--GG-GGGGGGGGGTC---A-----TG---A-ATCAAAA--A-TA--------GTTCATT---GTTGCCT---CATTTT---GAAATTAT-ATGGCTAGATCTA---ATATTGTAT----ACAAG--ACC----ATG--TT----T--AGGTC---AT-AT------CT-----GTA-G-CACTTAG-------TGTGGTCTAGGAC--C-ATCAAA---TTtttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|8 : catctgttaggttt---G-ATCTCTC-GCTAT-AT-C-TT--------GGAAT------G-AA----G--TT-TT-------TC---A-----CA---G-CCAAAA---G-TA-G------GTCACCT----TGGCCT---TGT-TT---TCAAGTTGTATGACTA-----A---AC-----AT----CCCAGAAATC----ATG--TT----A--AGGTA---TT-ATGAGAC-CT-----TGC-A-TAAT--G-------CAAGGCCGAGGAC--C-ATTAAA---TCTagtcaactgtcagatgcatctttgattgaagggtgctttaaattaagtcaccataccttatgaacatgccaaaagtttttgatttcaagcactccgacagatatgcatcatgtaccagtactaattgggcatatcatgcaccataa
gi|16 : gacatttccatctgtcgttggcattttgtaatctttttttcttatcttgatcatatcttactctccacaaagcctggaatcgtT------G-GA--TGT--TG-TA-------TC---A-----TG---A-CCCAAACCAA--A-A------GTTGGT--CGGTTGTCT---TATTTT---GGAATTTT-ATAGCTA----TATATACA---TAG----TCAA---ATC----GTA--TC----T--GTATC---AT-GC------CT-----TGC-A-CTCT--A-------TGGGGCTTAGCTC--C-ATTAAA---tctcaatgagtgaagtatgtgatgagttgcaactaaaaagcattccattactaatttgcaattcaatgttattgcaaattgtgttcatatcatgttgcatttagagactagagatcatcaaaccttgtcatttgat
gi|6 : ta--TG-TG-------TC---A-----CA---A-ATTAAAAATA-GA-A------G-TGGTCGCTGTAGTCC---C---A----GGAATC--------------------C----TAC----TTTA---ATT----ATG--TC----C--AGATC---GT-GT------TG-----TTT-A-CACT--A-------CGAGACTTAGGAC--C-ATCAGA---ATTG--GT------C-AAATAA--TG--CA--T--T---------------
gi|10 : T---GGAATTGT-ATGGCT-----------------------TCAA---AGC----GTG--TC----C--GGACC---AT-ATATGTACCT-----TGC-A-CACT--G-------AGAGGCATAGGGT--T-ATCAAA---CTTG--GT------C-AGTatgaaggaagtctgttgtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtgtcactagcttcatattggaattttatggttatgcatatttaaatcatgtcccgatcatatattgtacattgtgagaccaaggacctgctttaatcttggtcaggtgaagcatctttgggaagggggtgcgggaggacggtgaggtgtgggccaaatacaagtcaccaattcttcctggaaatttatggtcatacatactcaattagtgtctatggattctatattgtatattgtgagg
gi|11 : ttttgggtggatgaccgcgatcaagaagtaagcaatgtgacattgtttTA----TA---AT----TAT----AT-A---ATC----ATG--TC----T--CAATC---TT-AT------CT-----TGA-G-CACT--G-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---CTTA--GT------C-AACTAATTTG--TT--T--T---------------A-G----AGA-AGGTATTGATGT-CATGACCTAAAAGTAGGTCACgggtacatattagtgaaaaggtatgtctttaccagaaagtatgtaattatagcctcaatttgaaaattatggctatacataatcaaatcggtccggatcaggtggatatgacatacatgtacatgta
gi|13 : tttataA---ATC----ATG--TC----T--GGATC---AT-AT------CC-----TTC-T-CACT--G-------TAAGGCATAGGACAACAATCAAATCTTCTG--GTTACCAGT-AGTTGA--TG--AA--N--NNNNNNNAGGGGGGGGG-G----GGG-G----------T-CATGACTCAAAtggcctcatattggatttgcaattggcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|4 : gaacttcatagaaatcaacaactttgcataTT----TTG--TG----TCTGGGTTTT-AT-AT------CT-----TTC-A-CATT--GAGAGGGCTGAGGCCTAGGAC--C-GTTAAA---GTCG--GT------C-CGTTAA--TG--CA--T--tacatgtatatatacattgtaagtcactgttgacacttggaattttatggttatacataggcttattcatctg
gi|12 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttacctt----TTG--TT----T--GTGTCCAGATGAT------TTA----TTA-AGCACT--G-------TGAGGCTTAGGAC--C-ACCAAA---TTTG--GT------C-AGTCGA--TG--CA--T--C---------------A-G----GAG-cttgtagagaaggtgtgttgcaaataaaaaatagtccaaagagcatcatgctctttggaattcattctcaaattgtttccagatcatgtctattgcactagttttatctgatgcatcagggggaaaaggtgtgtgatgatccaattagaggtcaccatggcctcattttggaattttatggcctggcatacattttctgattgtgcctgggtcatatctaaaacttgcacattttgaggcttaggaccttctgacttgtcagccgatgcatcttaggatgtcaactcaagatggcctcattttgaaactgcatattgacaatatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|14 : tgGTC---AT-AT------CA-----TTG-A-CACT--G-------TAAAGCTTAGGAC--T-ATCAAA---tgataggggggggggggggcatgacataaagtcaagatcactgtagcctcattttggaattgcagtatcacatcttgggaccttaagatatctagatggtcatatcatgtaccctagcagtatttaaatattgatgatataaccagga
gi|15 : -AT------CT-----GTC-A-CA----G-------TGAGGCGTAGGAC--T-ATAAAA---CTTC--GT------C-AACTGA--TG--CA--TTCT---------------G-G----GGG-A----------ccaggtaaaataaggcaccccccgggggggggggggggcagttatgtcgtgatcccaaattttgtcattgtgtcctccctctggaattttcaaatcatgttcggactacagctgtatatcttgcacacgatgagggtcattataatcaaatctagtcatttaatgaacagttgtatgg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATGAAGAGGAAGGCATGTTGAAACCTAGAAGTAGGTCACTATGACCTCATTATGATCTTTTTTTAAACGCAAAGTGAAATCATGATATTGATCACACCATTAAGTCTGGTGAAACTGATGCATA
Unaligned ( gi|18 ): ATTGTTAGGCCTAGAACTATAAAACGATGATGGTTGATACATTTAAAGGAAAAAACCAAAAATAGGTTACTGTGACCTCTT
Unaligned ( gi|19 ): GTGTCACAGCATACAAACATGTAGTTCCAGATAGGGATATCATGTACCTTAGTGGTACATTTTATTTGATACT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222
lowQualScore : 11 22 1 6666666666666666666666666 11 11111 1111 33333333 222 222222 111111 111 222 2222222222 1 1111111111111 3333333333333333333 1 1 55555 1 555555555555555555555 1111111 444444444444 1111111 22222222222 22222222222222222 2222222222222222 2222222 3333333333333333333333 222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1 222222222222222222222222222 111111111111 222222222 3333333333333333333
lowQualScore : 88 77 3 1 9999999999999999999999999 11 11111 5 2222 00000000 000 2 000000 111111 2 111 222 2 6 0000000000 2 3333333333333 6 6 6 7777777777777777777 6 6 6 5 0 00000 5 0 000000000000000000000 6666666 77777 999999999999 2222222 777 3 66666666666 3 3 0 1 44 2 77777 44444444444444444 6666 1 3333333333333333 44 888 444 4444444 44 6 6666666666666666666666 3 1 0 1 3 33 555 44 333333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555 1 0 111111111111111111111111111 1 3 33 6 2 2 333333333333 9999999 33 3 3 555 44 44 3 3 333333333 8888888888888888888 0
lowQualScore : .. .. . . ......................... .. ..... . .... ........ ... . ...... ...... . ... ... . . .......... . ............. . . . ................... . . . . . ..... . . ..................... ....... ..... ............ ....... ... . ........... . . . . .. . ..... ................. .... . ................ .. ... ... ....... .. . ...................... . . . . . .. ... .. ......... ....................................................................................................... .... . . ........................... . . .. . . . ............ ....... .. . . ... .. .. . . ......... ................... .
lowQualScore : 33 33 3 0 0000000000000000000000000 22 88888 2 7777 33333333 555 2 222222 777777 5 777 777 8 4 0000000000 3 0000000000000 0 0 0 0000000000000000000 0 0 0 0 5 00000 5 8 999999999999999999999 2222222 44444 888888888888 2222222 000 0 44444444444 3 3 2 0 66 1 77777 66666666666666666 1111 0 3333333333333333 22 555 111 6666666 33 5 9999999999999999999999 3 0 4 8 3 88 888 22 000000000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 4 4 888888888888888888888888888 0 1 99 9 9 9 444444444444 3333333 99 1 7 888 66 66 6 6 555555555 1111111111111111111 1
consensus : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTT-CAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCAG-T----GATGCATC-TNGAGGGAAG---G--GTG--TNANAAACC---AAAN--AGGTCACTGTGGC---C---T--TTTGGAATTTGTATATATGAAATGACACCACAATGGCCTACT----GTGTG----------TTCCCTCAAGATGCATCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----AT---AT---TT---ACACTG-------TGAGGCCTAGGAC--CA-TCAAACCTTG------NGGTCA------GTTGATG---CATCTT-----------GG-GG-GAAAGGTGTGTCGCGACC-----CAAAAA-----------------TAGGT----CACTGTGGC------C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AA-ATCGTGTCCGGATCA----TAT--ATAT--CTTT-CA-CACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAGGTC----GATGCATC-TT--------G-GG-----T-------G-GANG---------G--TGTGTCATGANC--CAAA-T-----ATA-----GG----TCAC-----TT---GTGGCCTC--A-TTT-GGAATTTTATGGC----TATA---CN-TA-NT--------CAA-ATCGTGTC--TGGATCATA-TC-T-----TT-C---ACAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGTCA---GTTG-A--TG-C-AT--T-----GGGGGA----G-------TG-----TCATGACCCAAAAGTAGGTCAC
Reference ( family-2769 ) : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTNGCTTTT-----TTA----T-CC---------TTT-CAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCNGTT----GATGCATC-TGGGGGGAAG---G--GTG--TCANAAATC---AAATCNAGGTCACCGTGGC---C---T--TTTGGAATTTATATNNNNNNNNNNNNNCCACAGTGACCTATTTTTGGTTTGCAATACATCTTTCCCCCAAAATGTATCAACTGAATTTCATGGCAAT-----ACTTATACACAAATCATGTCTGG-----AN---AT---TT---ACACTG-------TGAGGCCTAGGAC--CA-TCAAACCTTG------CGGTCA------GTTGATG---CATCTT-----------GG-GG-GAAAGGTGTGTCATGACC-----CAAAAA-----------------TAGGT----CACTGTNGC------C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AN-ATCGTGTCCGGATCA----TAT--ATAT--CTTT-NA-CACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAGGTC----GATGCATC-TT--------G-AG-----T-------G-GANG---------G--TGTGTCACGANC--CAAA-T-----ATA-----GG----TCGC-----TT---GTGGCCTC--A-TTT-GGAATTTTATGGC----TATA---NC-TA-NT--------CNA-ATCGTGTC--TGGGTCATA-TC-T-----TT-N---ACAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGTCA---GTTA-A--TG-C-AT--T-----GGGGGA----G-------TG-----TCATGACCCAAAAGTAGGTCAC
gi|1 : ATAAGCTTTACCATTGTT-ATCTGCTTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TT--CAC--C--GTGAGATCTAGGACCATCGAACTTG---CTCTG-------------C-TGGAGGGGAA---G--GTG--TCAGAAATC---AAACCAAGGTCACTATAGC---C---T--TCTGGAATTTATATATATGAAATGACACCACAATGGCCTACT----GTGTG----------TTCCCTCAAGATGCATCAACTGAATTT-ATGGTAAT-----ACTTATACACAAATTATGTCTGG-----AG---AT---TT---ACACTG-------TGAGGTCTAGGAT--TA-TCAAACCTTAGATATATAGTCA------GTTGATT---TATCTT-----------GA-GG-GAAAGGTGTGTCATGACT-----CAAATA-----------------TAGGG----CTCTGTCAC------C---T-C---C--T---GGAATTTTATGGCTCTACATG-C-T--AATATTGTGTCTGGATCAATT-TATTTATAT--CTTT-GA-CACTGTGAGATTT-A-GGAC---CATCAGACTTG--ATCAGATCTGTTGATGCATT-TT--------G-AG-----T-------G-GATG---------G--TGTGTCACAAAC--TAAA-TCT---ATA-----AG----TTAC-----TTACGGTGGCCCC-----CT-GGAATTTGATAGC----TATA---AC-TA-CC--------CCA-ATCTTGTG--TGGGTCATA-TC-T-----TT-A---ACAC-------T--GTGAACCCGAG-GACCATCAAATTTGGTTA---GTTC-A--TG-C-AT--T-----GGGGGA-------------------TCATGACCCAAAAATGGGTCAC
gi|10 : ctgtggtATGACCGCGATCAAGAAG----------------TAAG-----CAATGTGAC------A---T-TGTTT--T---GGAATTGTATGGCT--------T-C--AA-AGCGTGTCCGGACCA----TAT--ATGTACCTTG-CA-CACTGAGAGGCAT-A-GGGT---TATCAAACTTG--GTCA-GTG----GGTACATA-TT----------AG-----T-------GAAAAG---------G--TATGTCTTTACC--AGAA-A-----GTA-----TG----T-AA-----TT---ATAGCCTCA-A-TTT-GAAA-ATTATGGC----TATA---CA-TA-AT--------CAA-ATCG-GTC--CGGATCA
gi|11 : ttttgggtggTTTATA------TATA---AT-TA--T--------ATA-ATCATGTC--TCAATCTTA-TC-T-----TG-A---GCAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTAGTCA---ACTA-ATTTG-T-TT--T-----AGAGAA----GGTATTGATG-----TCATGACCTAAAAGTAGGTCACggtggatatgacatacatgtacatgta
gi|12 : TTGTGTCCAGATGA----TTT--AT-------T-AAGCACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CACCAAATTTG--GTCA-GTC----GATGCATC-AG--------G-AG-----TGATAGGGG-GGGG---------G--GGGGGCATGACA--TAAAGT-----CAA-----GA----TCAC------T---GTAGCCTC--ATTTT-GGAATTtggcctcatattggatttgcaattggcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|13 : tgttgtGAACTTCATAGAAATCAACAACTT-TGCATAAATCATGTCTGG-----ATCATATCCTTC---TCACTG-------TAAGGCATAGGACAACAATCAAATCTTC------TGGTTACCAGTAGTTGATG---AANNNNNNNNA------GG-GG-GGGGGGGGGGTCATGACT-----CAAATACATGTATATATACATTGTAAGT----CACTGTTGA------C---A-C---T--T---GGAATTTTATGGTTATACATA-gcagtatcacatcttgggaccttaagatatctagatggtcatatcatgtaccctagcagtatttaaatattgatgatataaccagga
gi|14 : TCATATC-------------AT---TG---ACACTG-------TAAAGCTTAGGAC--TA-TCAAACC---------AGGTAA------AATAAGG---CACCCCCCGGGGGGGGGGG-GG-GGCAGTTATGTCGTGATC-----CCAAAT-----------------TTTGT----CATTGTGTC------C---T-CCCTC--T---GGAATTTT----------------C--AA-ATCATGTTCGGACTACAGCTGT--ATAT--CTTG-CA-CACGATGAGGGTC-A-TTAT---AATCAAATCTA--GTCAggcttattcatctg
gi|15 : g--------CAA-AGCGTGTC--TGG-----A-TC-T-----GT-C---ACA-----------GTGAGGCGTAG-GACTATAAAACTTCGTCA---ACTG-A--TG-C-ATTCT-----GGGGGA----A-------Ttttaatgaacagttgtatgg
gi|15 : --AA-AGCGTGTCTGGATC-----------------TGT-CA-CA--GTGAGGCGT-A-GGAC---TATAAAACTTC--GTCAACT-----GATGCATT-CT--------G-GGGGAATT-------G-GAAC---------A--TCTGTC-CGATT--TACC-T-----ATA-----GACAT-TCCCATGTATT---GTGGACTCTAA-TTT--CAATCTTATGtggaacatctgtccgatttacctatagacattcccatgtattgtggactctaatttcaatcttatg
gi|16 : c-----T-------G-GATG---------T--TGTATCATGACC--CAAA-CCAAAAGTT-----GG----TCGG-----TT---GT---CTT--A-TTTTGGAATTTTATAGC----TATATATACATA-GT--------CAA-ATCGTATC--TGTATCATG-CC-T-----TG-C---ACTC-------T--ATGGGGCTTAG-CTCCATTAAA
gi|17 : ta-GA-GGAAGGCATGTTGAAACC-----TAGAAG-----------------TAGGT----CACTATGAC------C---T-C---
gi|18 : atgaaATTG-------TTAGGCCTAGAAC--TA-TAAAACGATG------ATG---------GTTGATA---CAT-TT-----------AA-AG-GAAAA----------AAC-----CAAAAA-----------------TAGGT----TACTGTGAC------C---T-C---T--T---attatgatctttttttaaacgcaaagtgaaatcatgatattgatcacaccattaagtctggtgaaactgatgcata
gi|2 : GACTTT--CACAGTT-ATCTGCCCCTCATTTGTGTGTCA----TACC---------TGT-CACACT--GTGAGGCCTAGAACAAT-AAATCTAAATGTC---T----GATGCATCATGGTGAGAAA---G--GTGAATGA-AAACCTTGAAAT--AGGTCACTGTGGC---C---TCCTTTGGAATTTGT
gi|2 : gacgTCATACCTG----------------TC---ACACTG-------TGAGGCCTAGAAC--AA-T-AAATCTAA------ATGTC---------TGATG---CATCAT-----------GGTGA-GAAAGGTGAATGAAAACC-----TTGAAA-----------------TAGGT----CACTGTGGC------C---T-CCT-T--T---GGAA-TTTGTGACCATACATA-C-TC-GG-ATCCTGCC---ATCA----gaccatacatactcggatcctgccatcaaacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|2 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgC--CA-TCAAACTT---------GGTCA------GATGATG---CATATT-----------GG-TG-GAAATGGGTCTCACATTG-----CAAAAG-----------------CAAGT----C--TCTTG-----------T-T---T--T-----AATTTCATGGCAACTTAT--T-T--AA-GTCAATTTTGGACC-------T---TAT--CTAT-AG-CACTGTGAGACTT-A-CAAC---CTCCAAACTGG--GTCAC-TC----AATGCAT---T--------G-AG---------------GATG---------T--TGTG-----ACC--CAAA-A-----GTA-----GG----GCAC-----TT----TGGTCTC--A-TTTTGGAATTATTTGGT----T-------C-TC-GT--------CTA-AATGTGTC--TGGGTTATA-TC-T-----TG-C---ACAC-------T--GTAAGGCCCAG-CTTTACTTAATTTGGTCA---GCTA-A--TG-A-ATCCT-----GGAGTA----G-------aacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcatacctgtcacactgtgaggcctagaacaataaatctaaatgtctgatgcatcatggtgagaaaggtgaatgaaaaccttgaaataggtcactgtggcctcctttggaatttgtgaccatacatactcggatcctgATAGGCTGT--CAT-GTCCATCTGCCTAGCTCTT-----TTACGTCT-CCTTTTTTTTTTTT-CAC--T--CTGAGACCTAGGAACATCAAACTTG---CTCAGTT----GATACATT-TTGGGGGAAA---GATGTA--TTGCAAACC---AAAAATAGGTCACTGTGGCTTTC---T--TTTGGAATTT-TATagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gatgcgatgcattatgaaT---TT---TCACTC-------TGAGACCTAGGAA--CA-TCAAAC-TTG------C--TCA------GTTGATA---CATTTT-----------GG-GG-GAAAGATGTATTGCAAAC-----CAAAAA-----------------TAGGT----CACTGTGGCTTT---C---T-T---T--T---GGAATTTTATGGTTATACATA-CTT--AA-ATTGTGTCTGGGTC----------ATAT--CTCT-CA-CATTGTAAGGC-T-A-CGAT---TATCAAACCAG--GTTAGCTC-----ATGCATC-GG--------G-GG-----G-------G-GGGG---------GGTTGTAACATAACC--CAAA-C-----ATG-----GG----TCGC-----T-----CAACCT-----TCT-GGAAATCAATGGC----TAGA---TA-TG-AT--------CAA-ATCATCTC--TCAATCATA-TG-T-----TG-A---CCTC-------T--GAGAGGTCTGT-GACCATCAAACTTGATTA---TTTA-A--TG-C-AT--CATA--GGGGGAAGATG-------TG-----TCACAACCCAAAAGTAGGTCAggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctctgagaggtctgtgaccatcaaacttgattatttaatgcatcatagggggaagatgtgtcacaacccaaaagtaggtcattgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|3 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttC--T--GAGAGGTCTGTGACCATCAAACTTG---ATTATTT----AATGCATCATAGGGGGAAG---AT-GTG--TCACAACCC---AAAAGTAGGTCATTGCATC---CACAT--TTAGGAATTttgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttttttcactctgagacctaggaacatcaaacttgctcagttgatacattttgggggaaagatgtattgcaaaccaaaaataggtcactgtggctttcttttggaattttatggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctTGTCTGGGTTTTAT---AT---CTTTCACATTGAGAGGGCTGAGGCCTAGGAC--CG-TTAAA----GT-----CGGTCC------GTTAATG---CATCTT-----------GT-AG-AGAAGGTGTGTTGCAAAT-----AAAAAA-----------------TAGTC----CAAAG-AGCATCATGC---T-C---T--TT--GGAATT-----------CATT-C-TC-AA-ATTGTTTCCAGATCA----TGT--CTAT-------TG-CACT---AGTTTT-A----------------------TC----T----GATGCATC-AG--------G-GG-----G-------A-AAAG---------G--TGTGTGATGATC--CAAT-T-----AGA-----GG----TCAC-----C----ATGGCCTC--A-TTTTGGAATTTTATGGCCTGGCATA---CA-TT-TT--------CTG-ATTGTGCC--TGGGTCATA-TC-TAAAACTTGC---ACAT-------T--TTGAGGCTTAG-GACCTTCTGACTT-GTCA---GCCG-A--TG-C-AT--C-----TTAGGA------------TG-----TCA--ACTCAAGAgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|5 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgTCATT-TC-T-----TT-C---ATGC-------T---TA-----TAG-GACTATCCAACCTAGTCA---GTTG-A--TG-CTAG--T-----TAGGGA----G-------TGGGGTTTCATAAATCAAATATAGATtggcctcattttgaaactgcatattgacaatatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : aTAGGAC--TA-TCCAACCT---------AGTCA------GTTGATG---C-TAGT-----------TA-GG-GAGTGGGGTTTCATAAAT-----CAAATA-----------------TAGATATCATACTGCTGC------T---T-C---C--TTCTGGAATTTTGTGGCTATTCATA-C-TC-AA-ATCATGTC-----TA----TAG--ATAT--C--------------AGGCTTCATGGAC---CATCAAACTCGAAGTCAAGTT----GATGCAGC-T------------G-----G-------G-GAG---------------------------------------TA-----GG----ACAC-----------TGGTCTC--ATTTT-GGAATTTTATGGC----TATA---CA-TATGTA-------CAA-ATCATGTC--CATATTGTA-TC-C-----TG-A---AAACTGTGTCAT--GTGAGGCCAAA-GACCTTCAATCTTGGT-A---GT------GG-C-A----------AGAAA----G-------TG-----C--TGATCTAAAAATAGGACACatcatactgctgcttccttctggaattttgtggctattcatactcaaatcatgtctatagatatcaggcttcatggaccatcaaactcgaagtcaagttgatgcagctggggagtaggacactggtctcattttggaattttatggctatacatatgtacaaatcatgtccatattgtatcctgaaaactgtgtcatgtgaggccaaagaccttcaatcttggtagtggcaagaaagtgctgatctaaaaataggacacaatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : atcatttctttcatgctta--TGTGTCACAAAT--TAAA-A-----ATAGAAGTGG----TCGC------T---GTAGTCCC--A-----GGAAT-------------------CC-TA-CT--------TTA-ATTATGTC--CAGATCGTG-TT-G-----TT-T---ACAC-------T--ACGAGACTTAG-GACCATCAGAATTGGTCA---AATA-A--TG-C-AT--T-----aatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : ---------TTTACAC--T--ACGAGACTTAGGACCATCAGAATTG---GTCAAAT----AATGCATT-ATGAAGGAAGTCTG--TTG--TAAAGAAGA---AAATCAAatgaaggaagtctgttgtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtgtcactagcttcatattggaattttatggttatgcatatttaaatcatgtcccgatcatatattgtacattgtgagaccaaggacctgctttaatcttggtcaggtgaagcatctttgggaagggggtgcgggaggacggtgaggtgtgggccaaatacaagtcaccaattcttcctggaaatttatggtcatacatactcaattagtgtctatggattctatattgtatattgtgagg
gi|6 : tgtgtcacaaattaaaaatagaagtggtcgctgtagtcccaggaatcctactttaattatgtccagatcgtgttgGT----CACT--AGC------T---T-CATAT--T---GGAATTTTATGGTTATGCATATT-T--AA-ATCATGTCCCGATCA----TAT--A------TTG-TA-CATTGTGAGACCA-A-GGACCTGCTTTAATCTTG--GTCAGGT-----GAAGCATC-TTTGGGAAGGG-GG-----TGCGGGA-G-GACG---------G--TGAGGTGTGGGC--CAAA-T-----ACA-----AG----TCACCAA--TT-------CTTC-----CT-GGAAATTTATGGT----CATA---CA-TA-CT--------CAA-TTAGTGTCTATGGATTCTA-TA-T-----TG-T---ATAT-------T--GTGAGGtaaatttaaaaataaatggggatgggggggtgtcactagcttcatattggaattttatggttatgcatatttaaatcatgtcccgatcatatattgtacattgtgagaccaaggacctgctttaatcttggtcaggtgaagcatctttgggaagggggtgcgggaggacggtgaggtgtgggccaaatacaagtcaccaattcttcctggaaatttatggtcatacatactcaattagtgtctatggattctatattgtatattgtgagg
gi|7 : tgtgtcacaaattaaaaatagaagtggtcgctgtagtcccaggaatcctactttaattatgtccagatcgtgttgtttacactacgagacttaggaccatcagaattggtcaaataatgcattatgaaggaagtctgttgtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtGTGTC--TGG-TTATAATC-T-----TT-CGCTACAC-------T--GTGAGGCCTTG-GATT-TCAGACCTAGTCA---GTTG-C--TGGC-CT--TTTTTGGAAGGAAGTTG-------TG-----TCATGACCCAAAAGTAGGTCA
gi|7 : T---ACACTG-------TGAGGCCTTGGAT--T--TCAGACCT---------AGTCA------GTTGCTGGCCTTTTTT-----------GG-AA-GGAAGTTGTGTCATGACC-----CAAAAG-----------------TAGGT----CATTGTGGC------C---TAC---TTCT---GGAATTTTACAACTATACACA-A-TCAGA-ATTATGTCAG----A----TA---GTAT--CTTTGCA-CACTGGGAGGCTT-A-GGAC---CACCAAA-TTG--GTC-GGTT----AATGAACC-TT--------GTAG-------------G-GAAG---------G--TGTGTCCTGAGC--AAAA-T------TA-----GG----TCAC-----TT----TAGCCTT--ATTTT-GGAATttgtggcctacttctggaattttacaactatacacaatcagaattatgtcagatagtatctttgcacactgggaggcttaggaccaccaaattggtcggttaatgaaccttgtagggaaggtgtgtcctgagcaaaattaggtcactttagccttattttggaataatcaaaattgtcctggtggatgttggtatatgcaacataaacatgtatcttgtacatgtagttcgagatggacgtataatgtactcttagaggtgtatttta
gi|8 : gtgtctggttataatctttcgcATCTT-----------GG-AATGAA--GTTTTTCAC-AGC-----CAAAAG-----------------TAGGT----CACCTTGGC------CTTGT-T---T--T---CAAGTTGTATGACTAAACATC-C-CAGAA-ATCATGTTAAGGTAT----TATG-AGAC--CTTG-CA-TAATGCAAGGCCG-A-GGAC---CATTAAATCT----TC---TC----AA--------T--------G-AG-----T-------G-AA-----------G--TATGTGATGAGTTGCAAC-T-----AAA-----AAGCATTCCA-----TT---A----CTA--A-TTT-GCAATTCAATG--------------T-TA-TTG-------CAA-ATTGTGT-------TCATA-TCAT-----GT-T---GCAT-------T--TAGAGA-CTAGAGATCATCAAACCTTGTCA---TTTG-A--Taatcaaaattgtcctggtggatgttggtatatgcaacataaacatgtatcttgtacatgtagttcgagatggacgtataatgtactcttagaggtgtatttta
gi|9 : gacatttccatctgtcgttggcattttgtaatctttttttcttatcttgatcatatcttactctccacaaagcctggaatcgtgatctctcgctatACTTG--GTC-GGTT----GATGTATCATT--------G-GG-----T-------G-GGAGTGGGGGGGGG--GGGGTCATGAAT--CAAA-A-----ATA-----GT----TCA------TT---GTTGCCTC--A-TTTTGAAATTATATGGC----TAGA---TC-TA-ATATTGTATACAAGACCATGTT--TAGGTCATA-TC-T-----GT-A---GCAC-------TTAGTGTGGTCTAG-GACCATCAAA-TTAGTCAACTGTCAGA--TG-C-AT--
gi|9 : catctgttaggttt-CAC--TTAGTGTGGTCTAGGACCATCAAA-TTA---GTCAACTGTCAGATGCATCTTTGATTGAAG---G--GTG--CTTTAAATT---AA------GTCACCAT-AC---C---T--TATGAActttgattgaagggtgctttaaattaagtcaccataccttatgaacatgccaaaagtttttgatttcaagcactccgacagatatgcatcatgtaccagtactaattgggcatatcatgcaccataa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTCACAGCATACAAACATGTAGTTCCAGATAGGGATATCATGTACCTTAGTGGTACATTTTATTTGATACT
Alignments
lowQualScore : 11 22 1 7777777777777777777777777 444444444444444 22222222 11 2222222222222222222222 111 22222222222222 2 111 22222 1 222222 2 2 1 22222 555555555555555555555555 1111111 4444444444444 111111 22222222222 22222222222222222 222222222222222222222 2222222 33333333333333333333333 222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 222222222222 1111 1 11111111 111111111 1111111 1111111 3333333333333333333
lowQualScore : 88 77 3 6666666666666666666666666 3 88888 444444444444444 1 00000000 5 33 4444444444444444444444 0 00 1 000 33333333333333 77 3 777 2 66666 5 999999 0 0 5 1 66666 7 1 666666666666666666666666 4444444 8888 7777777777777 000000 0 666 3 44444444444 3 3 1 0 55 3 11111111111111111 6666 000000000000000000000 44 555 444 4444444 3 55 55555555555555555555555 3 1 0 1 3 33 555 44 333333333 666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 1 444 777777777 66666 444 999999999999 3 0000 2 3 777777777777 1 44 44 66666666 555 2 2 33 0 2 000000000 0000000 444 3 3 55 7777 55 4 7777777 6666666666666666666 1
lowQualScore : .. .. . ......................... . ..... ............... . ........ . .. ...................... . .. . ... .............. .. . ... . ..... . ...... . . . . ..... . . ........................ ....... .... ............. ...... . ... . ........... . . . . .. . ................. .... ..................... .. ... ... ....... . .. ....................... . . . . . .. ... .. ......... ................................................... . . ... ......... ..... ... ............ . .... . . ............ . .. .. ........ ... . . .. . . ......... ....... ... . . .. .... .. . ....... ................... .
lowQualScore : 33 33 3 7777777777777777777777777 2 99999 333333333333333 4 00000000 7 66 7777777777777777777777 7 77 7 000 11111111111111 00 7 777 5 55555 5 000000 0 0 0 0 55555 3 4 555555555555555555555555 4444444 2222 7777777777777 555555 3 444 2 22222222222 1 1 7 2 11 3 55555555555555555 1111 111111111111111111111 22 444 111 6666666 3 22 77777777777777777777777 3 0 4 8 3 88 888 22 000000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 9 000 777777777 77777 777 999999999999 7 8888 7 3 333333333333 0 22 11 11111111 000 9 9 99 6 9 777777777 0000000 444 3 5 00 7777 00 0 2222222 6666666666666666666 7
consensus : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TNGAGGGAAG-G--GTG--TCGCAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--TT------TGGAATTTGTATAT-TG-A-AATGACANCACAATGGCCTACTGTGTGTTCCCTCAAGCATGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----AT-A-----TT---T---ACACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAACCT----------GGT------CAGTTGATG---CATCTT-----------GG-GG-GAAAGGTGTGTCGCGANCCAAAAG-----------------TAGGT----CACTGTG------GC---C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AA-ATCGTGTCCGGATCA----TA--T-ATAT--CTTT-CA-CACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAG----GTCGATGCATC-----T--T--------GGG-----T------G-GAAG---------G--TGTGTCGCGANC--CAAA--N-----ATAG-----G---TCAC-----T-T---GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TATA----CAT--A-NT--------CA---A-ATCGTG-TC--TGGATCATATC-T-----TT-NACAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGTCAGCT----GA--TGC-AT--T---GGGGGA----G-------TG-----TCATGACCCAAAAATAGGTCAC
Reference ( family-2769 ) : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TNGAGGGAAG-G--GTG--TNANAAACC---AAA--N--AGGTCACTGTGGC---C---T--TT------TGGAATTTGTATATATG-A-AATGACACCACAATGGCCTACTGTGTGTTCCCTCAAG-ATGCA-TCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----AT-A-----TT---T---ACACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAACCT------TGN-GGT------CAGTTGATG---CATCTT-----------GG-GG-GAAAGGTGTGTCGCGACCCAAAAA-----------------TAGGT----CACTGTG------GC---C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AA-ATCGTGTCCGGATCA----TA--T-ATAT--CTTT-CA-CACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAG----GTCGATGCATC-----T--T--------GGG-----T------G-GANG---------G--TGTGTCATGANC--CAAA--T-----ATAG-----G---TCAC-----T-T---GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TATA----CNT--A-NT--------CA---A-ATCGTG-TC--TGGATCATATC-T-----TT-CACAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGTCAGTT----GA--TGC-AT--T---GGGGGA----G-------TG-----TCATGACCCAAAAGTAGGTCAC
gi|1 : ATAAGCTTTACCATTGTT-ATCTGCTTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TT-CAC--C--GTGAGATCTAGGACCATCGAACTTG---CTC-----------TGC----TGGAGGGGAA-G--GTG--TCAGAAATC---AAA--CCAAGGTCACTATAGC---C---T--TC------TGGAATTTATATATATG-A-AATGACACCACAATGGCCTACTGTGTGTTCCCTCAAG-ATGCA-TCAACTGAA-TTTATGGTAAT-----ACTTATACACAAATTATGTCTGG-----AG-A-----TT---T---ACACTG-------TGAGGTCTAGGAT--T-ATCAAACCTTAGATATAT-AGT------CAGTTGATT---TATCTT-----------GA-GG-GAAAGGTGTGTCATGACTCAAATA-----------------TAGGG----CTCTGTC------AC---C---T-C---C--T---GGAATTTTATGGCTCTACATG-C-T--AATATTGTGTCTGGATCAATT-TATTT-ATAT--CTTT-GA-CACTGTGAGATTT-A-GGAC---CATCAGACTTG--ATCAGATCTGTTGATGCATT-----T--T--------GAG-----T------G-GATG---------G--TGTGTCACAAAC--TAAATCT-----ATAA-----G---TTAC-----T-TACGGTGGCCCC-----C-T-GGAATTTGATAGC----TATA----ACT--A-CC--------CC---A-ATCTTG-TG--TGGGTCATATC-T-----TT-AACAC-------T--GTGAACCCGAG-GACCATCAAATTTGGTTAGTT----CA--TGC-AT--T---GGGGGA-------------------TCATGACCCAAAAATGGGTCAC
gi|10 : ctgtggtCGCGATCAAGAAG-----------------TAAG-----CAATGTG------AC---A---T-TGTTT--T---GGAATTGTATGGCT--------T-C--AA-AGCGTGTCCGGACCA----TA--T-ATGTACCTTG-CA-CACTGAGAGGCAT-A-GGGT---TATCAAACTTG--GTCA-----GTGGGTACATA-----T--T---------AG-----T------GAAAAG---------G--TATGTCTTTACC--AGAA--A-----GTAT-----G---T-AA-----T-T---ATAGCCTCA-A-TT-T-GAAA-ATTATGGC----TATA----CAT--A-AT--------CA---A-ATCG-G-TC--CGGATCA
gi|11 : ttttgggtggatgac----TATA----TAT--A-AT--------TATATA-ATCATG-TC--TCAATCTTATC-T-----TG-AGCAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTAGTCAACT----AATTTGT-TT--T---AGAGAA----GGTATTGATG-----TCATGACCTAAAAGTAGGTCACggtggatatgacatacatgtacatgta
gi|12 : ttTTGTGTCCAGATGA----TT--T-AT-------T-AAGCACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CACCAAATTTG--GTCA-----GTCGATGCATCAGGAGTGAT--------AGG-----G------G-GGGG---------G--GGGGGCATGACA--TAAAG-T-----CAAG-----A---TCAC-------T---GTAGCCTC--ATTT-T-GGAATTtggcctcatattggatttgcaattggcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|13 : tgttgtGAACTTCATAGAAATCAACAACTT-TGCATAAATCATGTCTGG-----ATCATATCCTT---C---TCACTG-------TAAGGCATAGGACAACAATCAAATCT------TCT-GGTTACCAGTAGTTGATG---AANNNNNNNNA------GG-GG-GGGGGGGGGGTCATGACTCAAATACATGTATATATACATTGTAAGT----CACTGTT------GA---C---A-C---T--T---GGAATTTTATGGTTATACATA-gcagtatcacatcttgggaccttaagatatctagatggtcatatcatgtaccctagcagtatttaaatattgatgatataaccagga
gi|14 : TCATATC-----------A-----TT---G---ACACTG-------TAAAGCTTAGGAC--T-ATCAAACC---------A-GGT------AAAATAAGG---CACCCCCCGGGGGGGGGGG-GG-GGCAGTTATGTCGTGATCCCAAAT-----------------TTTGT----CATTGTG------TC---C---T-CCCTC--T---GGAATTTT----------------C--AA-ATCATGTTCGGACTACAGCTG--T-ATAT--CTTG-CA-CACGATGAGGGTC-A-TTAT---AATCAAATCTA--GTCAggcttattcatctg
gi|15 : g--------CA---A-AGCGTG-TC--TGGATC------T-----GT-CACA-----------GTGAGGCGTAG-GACTATAAAACTTCGTCAACT----GA--TGC-ATTCT---GGGGGA----A-------Ttttaatgaacagttgtatgg
gi|15 : --AA-AGCGTGTCTGGATC------------------TGT-CA-CA--GTGAGGCGT-A-GGAC---TATAAAACTTC--GTCAA----CT-GATGCATT-----C--T--------GGGGGAATT------G-GAAC---------A--TCTGTC-CGATT--TACC--T-----ATAG-----ACATTCCCATGTAT-T---GTGGACTCTAA-TT-T--CAATCTTATGtggaacatctgtccgatttacctatagacattcccatgtattgtggactctaatttcaatcttatg
gi|16 : c-----T------G-GATG---------T--TGTATCATGACC--CAAA--CCAAAAGTTG-----G---TCGG-----T-T---GT---CTT--A-TT-TTGGAATTTTATAGC----TATATATACAT--A-GT--------CA---A-ATCGTA-TC--TGTATCATGCC-T-----TG-CACTC-------T--ATGGGGCTTAG-CTCCATTAAA
gi|17 : ta-GA-GGAAGGCATGTTGAAACCTAGAAG-----------------TAGGT----CACTATG------AC---C---T-C---
gi|17 : atgaa------G-GAAG---------G--CATGTTGAAACC--TAGA--A-----GTAG-----G---TCAC-------T---ATGACCTC--A-TTAT-GATCTTTTTT-------TAAA----CGCAAA-GT--------GA---A-ATCATGATA--TTGATCACACC-A-----TT-attatgatctttttttaaacgcaaagtgaaatcatgatattgatcacaccattaagtctggtgaaactgatgcata
gi|18 : atgaagaATTG-------TTAGGCCTAGAAC--T-ATAAAACGA------TGA-TG---------GTTGATA---CAT-TT-----------AA-AG-GAAAA----------AACCAAAAA-----------------TAGGT----TACTGTG------AC---C---T-C---T--T---aagtctggtgaaactgatgcata
gi|2 : GACTTT--CACAGTT-ATCTGCCCCTCATTTGTGTGTCA----TACC---------TGTCACACT--GTGAGGCCTAGAACAAT-AAATCTAAATGTC------T--GATGCATCATGGTGAGAAA-G--GTGAATGA-AAACCTTGAAA--T--AGGTCACTGTGGC---C---TCCTT------TGGAATTTGT
gi|2 : gacgTCATACCTG----------------T---C---ACACTG-------TGAGGCCTAGAAC--A-AT-AAATCT------AAA-TGT------C---TGATG---CATCAT-----------GGTGA-GAAAGGTGAATGAAAACCTTGAAA-----------------TAGGT----CACTGTG------GC---C---T-CCT-T--T---GGAA-TTTGTGACCATACATA-C-TC-GG-ATCCTGCC---ATCA----gaccatacatactcggatcctgccatcaaacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|2 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgC--C-ATCAAACTT----------GGT------CAGATGATG---CATATT-----------GG-TG-GAAATGGGTCTCACATTGCAAAAG-----------------CAAGT----CTCT-TG---------------T-T---T--T-----AATTTCATGGCAACTTAT--T-T--AA-GTCAATTTTGGACC---------T--TAT--CTAT-AG-CACTGTGAGACTT-A-CAAC---CTCCAAACTGG--GTCAC-----TCAATGCAT---------T--------GAG--------------GA----------------TGTTGTGACC--CAAA--A-----GTAG-----G---GCAC-----T-T----TGGTCTC--A-TT-TTGGAATTATTTGGT----T-------CTC--G-TC--------TA---A-AT-GTG-TC--TGGGTTATATC-T-----TG-CACAC-------T--GTAAGGCCCAG-CTTTACTTAATTTGGTCAGCT----AA--TGA-ATCCT---GGAGTA----G-------aacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcatacctgtcacactgtgaggcctagaacaataaatctaaatgtctgatgcatcatggtgagaaaggtgaatgaaaaccttgaaataggtcactgtggcctcctttggaatttgtgaccatacatactcggatcctgATAGGCTGT--CAT-GTCCATCTGCCTAGCTCTT-----TTACGTCT-CCTTTTTTTTTTTTCAC--T--CTGAGACCTAGGAACATCAAACTTG---CTCA---GTT--GATACATT-TTGGGGGAAA-GATGTA--TTGCAAACCAA-AAA--T--AGGTCACTGTGGCTTTC---T--TT------TGGAATTT-TATagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gatgcgatgcattatgaa-----TT---T---TCACTC-------TGAGACCTAGGAA--C-ATCAAAC-T------TGC---T------CAGTTGATA---CATTTT-----------GG-GG-GAAAGATGTATTGCAAACCAAAAA-----------------TAGGT----CACTGTG------GCTTTC---T-T---T--T---GGAATTTTATGGTTATACATA-CTT--AA-ATTGTGTCTGGGTC-----------ATAT--CTCT-CA-CATTGTAAGGC-T-A-CGAT---TATCAAACCAG--GTTAG----CTC-ATGCATC-----G--G--------GGG-----G------G-GGGG---------GGTTGTAACATAACC--CAAA--C-----ATGG-----G---TCGC-----T------CAACCT-----TC-T-GGAAATCAATGGC----TAGA----TAT--G-AT--------CA---A-ATCATC-TC--TCAATCATATG-T-----TG-ACCTC-------T--GAGAGGTCTGT-GACCATCAAACTTGATTATTT----AA--TGC-AT--CATAGGGGGAAGATG-------TG-----TCACAACCCAAAAGTAGGTCAggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctctgagaggtctgtgaccatcaaacttgattatttaatgcatcatagggggaagatgtgtcacaacccaaaagtaggtcattgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|3 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttC--T--GAGAGGTCTGTGACCATCAAACTTG---ATTAT--T-T--AATGCATCATAGGGGGAAG-AT-GTG--TCACAACCC---AAAAGT--AGGTCATTGCATC---CACAT--TT------AGGAATTttgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttttttcactctgagacctaggaacatcaaacttgctcagttgatacattttgggggaaagatgtattgcaaaccaaaaataggtcactgtggctttcttttggaattttatggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctTGTCTGGGTTTTAT-A-----TC---TTTCACATTGAGAGGGCTGAGGCCTAGGAC--C-GTTAAA----------GTCGGT------CCGTTAATG---CATCTT-----------GT-AG-AGAAGGTGTGTTGCAAATAAAAAA-----------------TAGTC----CAAAGAGCATCATGC---T---C-T---T--T---GGAATT-----------CATT-C-TC-AA-ATTGTTTCCAGATCA----TG--T-CTA------T-TG-CACT---AGTTTT-A----------------------TC--------TGATGCATC-----A--G--------GGG-----G------A-AAAG---------G--TGTGTGATGATC--CAAT--T-----AGAG-----G---TCAC-----C-----ATGGCCTC--A-TT-TTGGAATTTTATGGCCTGGCATA----CAT--T-TT--------CT---G-ATTGTG-CC--TGGGTCATATC-TAAAACTTGCACAT-------T--TTGAGGCTTAG-GACCTTCTGACTT-GTCAGCC----GA--TGC-AT--C---TTAGGA------------TG-----TCA--ACTCAAGAgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgCAT--T--TTGAGGCTTAGGACCTTCTGACTTG----TCA---G-CC-GATGCATC-TT------AG-G--ATG--TC---AACT---CAA--G--A--------TGGC---C---TCATT------TTGAAACTGCATAT-TG-ACAATtggcctcattttgaaactgcatattgacaatatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgtgtctgggttttatatctttcacattgagagggctgaggcctaggaccgttaaagtcggtccgttaatgcatcttgtagagaaggtgtgttgcaaataaaaaatagtccaaagagcatcatgctctttggaattcattctcaaattgtttccagatcatgtctattgcactagttttatctgatgcatcagggggaaaaggtgtgtgatgatccaattagaggtcaccatggcctcattttggaattttatggcctggcatacattttctgattgtgcctgggtcatatctaaaacttgcaATCATTTC-T-----TT-CATGC-------T---TA-----TAG-GACTATCCAACCTAGTCAGTT----GA--TGCTAG--T---TAGGGA----G-------TGGGGTTTCATAAATCAAATATAGATatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : TAGGAC--T-ATCCAACCT----------AGT------CAGTTGATG---C-TAGT-----------TA-GG-GAGTGGGGTTTCATAAATCAAATA-----------------TAGATATCATACTGCT------GC---T---T-C---C--TTCTGGAATTTTGTGGCTATTCATA-C-TC-AA-ATCATGTCT-----A----TA--G-ATAT--C--------------AGGCTTCATGGAC---CATCAAACTCGAAGTCAA----GTTGATGCAGC-----T--G--------GGG-----A------G--------------------------------------------TAG-----G---ACAC-----T-------GGTCTC--A-TT-TTGGAATTTTATGGC----TATA----CAT--ATGTA-------CA---A-ATCATG-TC--CATATTGTATC-C-----TG-AAAACTGTGTCAT--GTGAGGCCAAA-GACCTTCAATCTTGGT-AG-T----G----GC-A--------AGAAA----G-------TG-----C--TGATCTAAAAATAGGACACatcatactgctgcttccttctggaattttgtggctattcatactcaaatcatgtctatagatatcaggcttcatggaccatcaaactcgaagtcaagttgatgcagctggggagtaggacactggtctcattttggaattttatggctatacatatgtacaaatcatgtccatattgtatcctgaaaactgtgtcatgtgaggccaaagaccttcaatcttggtagtggcaagaaagtgctgatctaaaaataggacacaatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|5 : atcatttctttcatgcttaTCA---T--GTGAGGCCAAAGACCTTCAATCTTG---GT-A---G-T--G--GC-------AAGAAAGTG--CTG--ATCTAA------AAA--T--AGGACACAATGGC---C---T--CTCGATCATGTAGTTTG-GGAT-TGCA-AATGACAGCA-----GCTT-TTGT------CTTCAAGCATGCAGTCAAaatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : atcatttctttcatgcttataggactatccaacctagtcagttgatgctagttagggagtggggtttcataaatcaaatatagatatcatactgctgcttccttctggaattttgtggctattcatactcaaatcatgtctatagatatcaggcttcatggaccatcaaactcgaagtcaagttgatgcagctggggagtaggacactggtctcattttggaattttatggctatacatatgtacaaatcatgtccatattgtatcctgaaaactgtg--TGTGTCACAAAT--TAAA--A-----ATAGAAGTGG---TCGC-----T-----GTAGTCCC--A------GGAAT--------------------CCT--A-CT--------TT---A-ATTATG-TC--CAGATCGTGTT-G-----TT-TACAC-------T--ACGAGACTTAG-GACCATCAGAATTGGTCAAAT----AA--TGC-AT--T---acatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : TTATGTCCAGATCGTGT----------T-G-----TT---T---ACACTA-------CGAGACTTAGGAC--C-ATCAGAATT----------GGT------CAAATAATG---CATTAT-----------GA-AG-GAA--GTCTGTTGatgaaggaagtctgttgtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtgtcactagcttcatattggaattttatggttatgcatatttaaatcatgtcccgatcatatattgtacattgtgagaccaaggacctgctttaatcttggtcaggtgaagcatctttgggaagggggtgcgggaggacggtgaggtgtgggccaaatacaagtcaccaattcttcctggaaatttatggtcatacatactcaattagtgtctatggattctatattgtatattgtgagg
gi|6 : tgtgtcacaaattaaaaatagaagtggtcgctgtagtcccaggaatcctactttaaGT----CACTA--------GC---T---T-CATAT--T---GGAATTTTATGGTTATGCATATT-T--AA-ATCATGTCCCGATCA----TA--T-A------TTG-TA-CATTGTGAGACCA-A-GGACCTGCTTTAATCTTG--GTCAG----GT-GAAGCATC-----T--TTGGGAAGGGGG-----TGCGGGAG-GACG---------G--TGAGGTGTGGGC--CAAA--T-----ACAA-----G---TCACCAA--T-T-------CTTC-----C-T-GGAAATTTATGGT----CATA----CAT--A-CT--------CA---A-TTAGTG-TCTATGGATTCTATA-T-----TG-TATAT-------T--GTGAGGtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtgtcactagcttcatattggaattttatggttatgcatatttaaatcatgtcccgatcatatattgtacattgtgagaccaaggacctgctttaatcttggtcaggtgaagcatctttgggaagggggtgcgggaggacggtgaggtgtgggccaaatacaagtcaccaattcttcctggaaatttatggtcatacatactcaattagtgtctatggattctatattgtatattgtgagg
gi|7 : tgtgtcacaaattaaaaatagaagtggtcgctgtagtcccaggaatcctactttaattatgtccagatcgtgttgtttacactacgagacttaggaccatcagaattggtcaaataatgcattatgaaggaagtctgttgtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtTGTCTGGTT---AT-AATCT-TTCGCT---ACACTG-------TGAGGCCTTGGAT--T--TCAGACCT----------AGT------CAGTTGCTGGCCTTTTTT-----------GG-AA-GGAAGTTGTGTCATGACCCAAAAG-----------------TAGGT----CATTGTG------GC---C---TAC---TTCT---GGAATTTTACAACTATACACA-A-TCAGA-ATTATGTCAG----A----TA----GTAT--CTTTGCA-CACTGGGAGGCTT-A-GGAC---CACCAAA-TTG--GTC-G----GTTAATGAACC-----T--T--------GTA-----G------G-GAAG---------G--TGTGTCCTGAGC--AAAA--T------TAG-----G---TCAC-----T-T----TAGCCTT--ATTT-T-GGAAT
gi|8 : gATCTT-----------GG-AATGAA--GTTTTTCAC-AGCCAAAAG-----------------TAGGT----CACCTTG------GC---CTTGT-T---T--T---CAAGTTGTATGACTAAACATC-C-CAGAA-ATCATGTTAAGGTAT----TA--TGAGAC--CTTG-CA-TAATGCAAGGCCG-A-GGAC---CATTAAATCT----TC-------TCAA--------------T--------GAG-----T------G-AA-----------G--TATGTGATGAGTTGCAAC--T-----AAAA-----A---GCAT-----TCC---ATTA-CTA--A-TT-T-GCAATTCAATG---------------TT--A-TTG-------CA---A-ATTGTG-T-------TCATATCAT-----GT-TGCAT-------T--TAGAGA-CTAGAGATCATCAAACCTTGTCATTT----GA--Taatcaaaattgtcctggtggatgttggtatatgcaacataaacatgtatcttgtacatgtagttcgagatggacgtataatgtactcttagaggtgtatttta
gi|9 : gacatttccatctgtcgttggcattttgtaatctttttttcttatcttgatcatatcttactctccacaaagcctggaatcgtgatctctcgctatACTTG--GTC-G----GTTGATGTATCA----T--T--------GGG-----T------G-GGAGTGGGGGGGGG--GGGGTCATGAAT--CAAA--A-----ATAG-----T---TCA------T-T---GTTGCCTC--A-TT-TTGAAATTATATGGC----TAGA----TCT--A-ATATTGTATACA---AGACCATG-TT--TAGGTCATATC-T-----GT-AGCAC-------TTAGTGTGGTCTAG-GACCATCAAA-TTAGTCAACTGTCAGA--TGC-AT--
gi|9 : catctgttaggtttCAC--TTAGTGTGGTCTAGGACCATCAAA-TTA---GTCAACTG-TCAGATGCATCTTTGATTGAAG-G--GTG--CTTTAAATT---AA--------GTCACCAT-AC---C---T--TA------TGAActttgattgaagggtgctttaaattaagtcaccataccttatgaacatgccaaaagtttttgatttcaagcactccgacagatatgcatcatgtaccagtactaattgggcatatcatgcaccataa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTCACAGCATACAAACATGTAGTTCCAGATAGGGATATCATGTACCTTAGTGGTACATTTTATTTGATACT
Alignments
lowQualScore : 11 22 1 7777777777777777777777777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2222222222222 1 1111 22222222222 444444 1 1 1 22222 55555555555555555555555555555555 1111111 1111111111111111 333333333333333333333 1111111111111111 222222222222222222222 2222222 333333333333333333333 222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 22222222222222 111111111 11111111111111111111 111111111 1111111 111111 333333333333
lowQualScore : 88 77 3 6666666666666666666666666 3 66 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 0 888 888 7777777777777 1 4 1 1111 1 55555555555 999999 0 2 5 5 1 66666 7 66666666666666666666666666666666 3333333 6666 6666666666666666 999999 555 000000000000000000000 3 2 1 33 6 2 2 8888888888888888 33 5555 111111111111111111111 44 555 666 5555555 3 1 444444444444444444444 2 1 2 3 55 666 44 444444444 4444444444444444444444444444444444444444444444 77777 88 2 1 4444444 77777 555 99999999999999 333333333 2 6666 66666666666666666666 555 2 2 33 0 0 3 000000000 0000000 44 3 0 3 33 88888888 888888 777777777777 3
lowQualScore : .. .. . ......................... . .. .. ..................................................................... .. . ... ... ............. . . . .... . ........... ...... . . . . . ..... . ................................ ....... .... ................ ...... ... ..................... . . . .. . . . ................ .. .... ..................... .. ... ... ....... . . ..................... . . . . .. ... .. ......... .............................................. ..... .. . . ....... ..... ... .............. ......... . .... .................... ... . . .. . . . ......... ....... .. . . . .. ........ ...... ............ .
lowQualScore : 33 33 3 7777777777777777777777777 2 99 99 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 2 888 888 8888888888888 7 4 3 8888 0 00000000000 333333 7 0 0 0 0 55555 3 99999999999999999999999999999999 0000000 7777 7777777777777777 666666 888 777777777777777777777 1 8 4 11 6 9 9 9999999999999999 99 7777 222222222222222222222 22 444 999 9999999 6 8 555555555555555555555 0 3 7 6 00 444 66 888888888 2222222222222222222222222222222222222222222222 11111 55 0 7 6666666 11111 000 88888888888888 111111111 1 5555 77777777777777777777 000 9 9 99 6 2 1 444444444 8888888 66 6 7 2 77 88888888 777777 333333333333 8
consensus : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TTGAGGGAAG-----G--GTG--TCG--CAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--T---T------TGGAATTTGCATAT-TG-AAATGACANCACGATGGCCTATTGTG-----CTTCAAGCGTGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----AT-A-----TT---T---A-----CACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---C-CT---------GGT------CAGTTGATG---CATC-----T--T-----------GGGG-GGAAGGTGTGTCGCGANCCA-AA-A----------------GT--AGGT----CACTGTG------GC---C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AA-ATCGTGTCCGGATCA----TAT--ATAT--CTTT-CACACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAGGTC----GATGCATC-TT--------GGG-----T------G-GAAG---------G--TGT-----GTCGCGACCCAAAN-----ATAG-----G---TCAC-----TT---GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TATA----C---ATA-NT-----CA---A-ATCGTG-TC--TGGATCATATC-T-----TN-NACAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGTCAGCT----GA--TGCAT--T---GGGGGA----G-------TGTCACGACCCAAAAGTAGGTCAC
Reference ( family-2769 ) : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TNGAGGGAAG-----G--GTG--TCG--CAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--T---T------TGGAATTTGTATAT-TG-AAATGACANCACAATGGCCTACTGTGTGTTCCCTCAAGCATGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----AT-A-----TT---T---A-----CACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---C-CT---------GGT------CAGTTGATG---CATC-----T--T-----------GGGG-GAAAGGTGTGTCGCGANCCA-AA-A----------------GT--AGGT----CACTGTG------GC---C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AA-ATCGTGTCCGGATCA----TAT--ATAT--CTTT-CACACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAGGTC----GATGCATC-TT--------GGG-----T------G-GAAG---------G--TGT-----GTCGCGANCCAAAN-----ATAG-----G---TCAC-----TT---GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TATA----C---ATA-NT-----CA---A-ATCGTG-TC--TGGATCATATC-T-----TT-NACAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGTCAGCT----GA--TGCAT--T---GGGGGA----G-------TGTCATGACCCAAAAATAGGTCAC
gi|1 : ATAAGCTTTACCATTGTT-ATCTGCTTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TT-CAC--C--GTGAGATCTAGGACCATCGAACTTG---CTC-----------TGC----TGGAGGGGAA-----G--GTG--TCA--GAAATC---AAA--CCAAGGTCACTATAGC---C---T--T---C------TGGAATTTATATATATG-AAATGACACCACAATGGCCTACTGTGTGTTCCCTCAAG-ATGCA-TCAACTGAATTT-ATGGTAAT-----ACTTATACACAAATTATGTCTGG-----AG-A-----TT---T---A-----CACTG-------TGAGGTCTAGGAT--T-ATCAAA---C-CTTAGATATATAGT------CAGTTGATT---TATC-----T--T-----------GAGG-GAAAGGTGTGTCATGACTCA-AA-T----------------AT--AGGG----CTCTGTC------AC---C---T-C---C--T---GGAATTTTATGGCTCTACATG-C-T--AATATTGTGTCTGGATCAATT-TATTTATAT--CTTT-GACACTGTGAGATTT-A-GGAC---CATCAGACTTG--ATCAGATCTGTTGATGCATT-TT--------GAG-----T------G-GATG---------G--TGT-----GTCACAAACTAAATCT---ATAA-----G---TTAC-----TTACGGTGGCCCC-----C-T-GGAATTTGATAGC----TATA----A---CTA-CC-----CC---A-ATCTTG-TG--TGGGTCATATC-T-----TT-AACAC-------T--GTGAACCCGAG-GACCATCAAATTTGGTTAGTT----CA--TGCAT--T---GGGGGA--------------TCATGACCCAAAAATGGGTCAC
gi|10 : ctgtggtCGCGATCAA-GA-A----------------GT--AAG-----CAATGTG------AC---A---T-TGTTT--T---GGAATTGTATGGCT--------T-C--AA-AGCGTGTCCGGACCA----TAT--ATGTACCTTG-CACACTGAGAGGCAT-A-GGGT---TATCAAACTTG--GTCA-GTG----GGTACATA-TT---------AG-----T------GAAAAG---------G--TAT-----GTCTTTACCAGAAA-----GTAT-----G---T-AA-----TT---ATAGCCTCA-A-TT-T-GAAA-ATTATGGC----TATA----C---ATA-AT-----CA---A-ATCG-G-TC--CGGATCA
gi|11 : ttttgggtggatgac----TATA----T---ATA-AT-----TATATA-ATCATG-TC--TCAATCTTATC-T-----TG-AGCAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTAGTCAACT----AATTTGTTT--T---AGAGAA----GGTATTGATGTCATGACCTAAAAGTAGGTCACggtggatatgacatacatgtacatgta
gi|11 : ttCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTA---GTCA---ACT--AATTTGTT-TT-AGAGAAGGTATTG--ATG--TCA--TGACCT---AAAAGT--AGGTCAC--TGGC---C---T--CATAT------TGG-ATTTGCA-AT-TG-tggcctcatattggatttgcaattggcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|12 : tttatatataattatataatcatgtctcaatcttatcttgagTGTCCAG-----ATGA-----TT---T---ATTAAGCACTG-------TGAGGCTTAGGAC--C-ACCAAA---T-TT---------GGT------CAGTCGATG---CATCAGGAGTGAT-----------AGGG-GGGGGGGGGGGCATGA--CATAA-A----------------GTCAAGAT----CACTGTA------GC---C---T-CATTT--T---GGAATTgcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|13 : tgttgtttgGAACTTCATAGAAATCAACAACTT-TGCATAAATCATGTCTGG-----ATCATATCCTT---C---T-----CACTG-------TAAGGCATAGGACAACAATCAAATCTT-CT---------GGTTACCAGTAGTTGATG---AANN-----N--NNNNNA------GGGG-GGGGGGGGGGTCATGACTCA-AATACATGTATATATACATTGT--AAGT----CACTGTT------GA---C---A-C---T--T---GGAATTTTATGGTTATACATA-gcagtatcacatcttgggaccttaagatatctagatggtcatatcatgtaccctagcagtatttaaatattgatgatataaccagga
gi|14 : TCATATC-----------A-----TT---G---A-----CACTG-------TAAAGCTTAGGAC--T-ATCAAA---C-CA---------GGT------AAAATAAGG---CACC-----C--CCCGGGGGGGGGGGGG-GGCAGTTATGTCGTGATCCC-AA-A----------------TT--TTGT----CATTGTG------TC---C---T-CCCTC--T---GGAATTTT----------------C--AA-ATCATGTTCGGACTACAGCTGT--ATAT--CTTG-CACACGATGAGGGTC-A-TTAT---AATCAAATCTA--GTCAggcttattcatctg
gi|15 : g-----CA---A-AGCGTG-TC--TGGATC------T-----GT-CACA-----------GTGAGGCGTAG-GACTATAAAACTTCGTCAACT----GA--TGCATTCT---GGGGGA----A-------Ttttaatgaacagttgtatgg
gi|15 : --AA-AGCGTGTCTGGATC-----------------TGT-CACA--GTGAGGCGT-A-GGAC---TATAAAACTTC--GTCAACT-----GATGCATT-CT--------GGGGGAATT------G-GAAC---------A--TCT-----GTC-CGATTTACCT-----ATAG-----ACATTCCCATGTATT---GTGGACTCTAA-TT-T--CAATCTTATGtggaacatctgtccgatttacctatagacattcccatgtattgtggactctaatttcaatcttatg
gi|16 : c-----T------G-GATG---------T--TGT-----ATCATGACCCAAACCAAAAGTTG-----G---TCGG-----TT---GT---CTT--A-TT-TTGGAATTTTATAGC----TATATATAC---ATA-GT-----CA---A-ATCGTA-TC--TGTATCATGCC-T-----TG-CACTC-------T--ATGGGGCTTAG-CTCCATTAAA
gi|17 : taGA-GGAAGGCATGTTGAAACCTA-GA-A----------------GT--AGGT----CACTATG------AC---C---T-C---
gi|17 : atgaa------G-GAAG---------G--CAT-----GTTGAAACCTAGAA-----GTAG-----G---TCAC------T---ATGACCTC--A-TTAT-GATCTTTTTT-------TAAACG--C---AAA-GT-----GA---A-ATCATGATA--TTGATCACACC-A-----TT-AAattatgatctttttttaaacgcaaagtgaaatcatgatattgatcacaccattaagtctggtgaaactgatgcata
gi|18 : atgaagaATTG-------TTAGGCCTAGAAC--T-ATAAAA---CGAT---------GAT-------GGTTGATA---CAT------T--T-----------AAAG-GAAA----------AAACCA-AA-A----------------AT--AGGT----TACTGTG------AC---C---T-C---T--T---gtctggtgaaactgatgcata
gi|2 : GACTTT--CACAGTT-ATCTGCCCCTCATTTGTGTGTCA----TACC---------TGTCACACT--GTGAGGCCTAGAACAAT-AAATCTAAATGTC------T--GATGCATCATGGTGAGAAA-----G--GTGAAT-G--AAAACCTTGAAA--T--AGGTCACTGTGGC---C---TCCT---T------TGGAATTTGT
gi|2 : gacgC--C-ATCAAA---C-TT---------GGT------CAGATGATG---CATA-----T--T-----------GGTG-GAAATGGGTCTCACATTGCA-AA-A----------------GC--AAGT----CTCT-TG---------------T-T---T--T-----AATTTCATGGCAACTTAT--T-T--AA-GTCAATTTTGGACC-----T-----TAT--CTAT-AGCACTGTGAGACTT-A-CAAC---CTCCAAACTGG--GTCA-CTC----AATGCA---TT--------G------------------AG---------G---AT-----GTTGTGACCCAAAA-----GTAG-----G---GCAC-----TT----TGGTCTC--ATTT-T-GGAATTATTTGGT----TCT-----C---GT---C-----TA---A-AT-GTG-TC--TGGGTTATATC-T-----TG-CACAC-------T--GTAAGGCCCAG-CTTTACTTAATTTGGTCAGCT----AA--TGAATCCT---GGAGTA----G-------gaccatacatactcggatcctgccatcaaacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcatacctgtcacactgtgaggcctagaacaataaatctaaatgtctgatgcatcatggtgagaaaggtgaatgaaaaccttgaaataggtcactgtggcctcctttggaatttgtgaccatacatactcggatcctgATAGGCTGT--CAT-GTCCATCTGCCTAGCTCTT-----TTACGTCT-CCTTTTTTTTTTTTCAC--T--CTGAGACCTAGGAACATCAAACTTG---CTCA---GTT--GATACATT-TTGGGGGAAA-----GATGTA--TTG--CAAACCAA-AAA--T--AGGTCACTGTGGCTTTC---T--T---T------TGGAATTT-TATagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gatgcgatgcattatgaa-----TT---T---T-----CACTC-------TGAGACCTAGGAA--C-ATCAAA---C-TT---------GCT------CAGTTGATA---CATT-----T--T-----------GGGG-GAAAGATGTATTGCAAACCA-AA-A----------------AT--AGGT----CACTGTG------GCTTTC---T-T---T--T---GGAATTTTATGGTTATACATA-CTT--AA-ATTGTGTCTGGGTC----------ATAT--CTCT-CACATTGTAAGGC-T-A-CGAT---TATCAAACCAG--GTTAGCTC-----ATGCATC-GG--------GGG-----G------G-GGGG---------GGTTGT-----AACATAACCCAAAC-----ATGG-----G---TCGC-----T-----CAACCT-----TC-T-GGAAATCAATGGC----TAGA----T---ATG-AT-----CA---A-ATCATC-TC--TCAATCATATG-T-----TG-ACCTC-------T--GAGAGGTCTGT-GACCATCAAACTTGATTATTT----AA--TGCAT--CATAGGGGGAAGATG-------TGTCACAACCCAAAAGTAGGTCAggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctctgagaggtctgtgaccatcaaacttgattatttaatgcatcatagggggaagatgtgtcacaacccaaaagtaggtcattgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|3 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttC--T--GAGAGGTCTGTGACCATCAAACTTG---ATTAT--T-T--AATGCATCATAGGGGGAAG-----AT-GTG--TCA--CAACCC---AAAAGT--AGGTCATTGCATC---CACAT--T---T------AGGAA-TTGCA-AT-TG-Attgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttttttcactctgagacctaggaacatcaaacttgctcagttgatacattttgggggaaagatgtattgcaaaccaaaaataggtcactgtggctttcttttggaattttatggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctTGTCTGGGTTTTAT-A-----TC---TTTCA-----CATTGAGAGGGCTGAGGCCTAGGAC--C-GTTAAA---G-TC---------GGT------CCGTTAATG---CATC-----T--T-----------GTAG-AGAAGGTGTGTTGCAAATAA-AA-A----------------AT--AGTC----CAAAGAGCATCATGC---T---C-T---T--T---GGAATT-----------CATT-C-TC-AA-ATTGTTTCCAGATCA----TGT--CTA------T-TGCACT---AGTTTT-A----------------------TC----T----GATGCATC-AG--------GGG-----G------A-AAAG---------G--TGT-----GTGATGATCCAATT-----AGAG-----G---TCAC-----C----ATGGCCTC--A-TT-TTGGAATTTTATGGCCTGGCATA----C---ATT-TT-----CT---G-ATTGTG-CC--TGGGTCATATC-TAAAACTTGCACAT-------T--TTGAGGCTTAG-GACCTTCTGACTT-GTCAGCC----GA--TGCAT--C---TTAGGA------------TGTCA--ACTCAAGActgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgCAT--T--TTGAGGCTTAGGACCTTCTGACTTG----TCA---G-CC-GATGCATC-TT------AG-----G--ATG--TC-----AAC---------------TCAAGATGGC---C---TCAT---T------TTGAAACTGCATAT-------TGACAATATGATAG---ATTGTG----ACTTCAAGTGTGCAtggcctcattttgaaactgcatattgacaatatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgtgtctgggttttatatctttcacattgagagggctgaggcctaggaccgttaaagtcggtccgttaatgcatcttgtagagaaggtgtgttgcaaataaaaaatagtccaaagagcatcatgctctttggaattcattctcaaattgtttccagatcatgtctattgcactagttttatctgatgcatcagggggaaaaggtgtgtgatgatccaattagaggtcaccatggcctcattttggaattttatggcctggcatacattttctgattgtgcctgggtcatatctaaaacttgcaTAGGAC--T-ATCCAA---C-CT---------AGT------CAGTTGATG---C-TA-----G--T-----------TAGG-GAGTGGGGTTTCATAAATCA-AA-T----------------AT--AGATATCATACTGCT------GC---T---T-C---C--TTCTGGAATTTTGTGGCTATTCATA-C-TC-AA-ATCATGTCT-----A----TAG--ATAT--C-------------AGGCTTCATGGAC---CATCAAACTCGAAGTCAAGTT----GATGCAGC-TG--------GGG----------------AG----------------------------------------TAG-----G---ACAC-----T------GGTCTC--A-TT-TTGGAATTTTATGGC----TATA----C---ATATGTA----CA---A-ATCATG-TC--CATATTGTATC-C-----TG-AAAACTGTGTCAT--GTGAGGCCAAA-GACCTTCAATCTTGGT-AG-T----G----GCA--------AGAAA----G-------TGC--TGATCTAAAAATAGGACACaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : atcatttctttcatgcttaTCA---T--GTGAGGCCAAAGACCTTCAATCTTG---GT-A---G-T--G--GCA------AG---AA-----A--GTG--CTGATCTAA-----AAA--T--AGGACACAATGGC---C---T--C---TCGATCATGTAGTTTG-GGAT-TGCAAATGACAGCA-----GCTT-TTGT------CTTCAAGCATGCAGTCAAaatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : atcatttctttcatgcttataggactatccaacctagtcagttgatgctagttagggagtggggtttcataaatcaaatatagatatcatactgctgcttccttctggaattttgtggctattcatactcaaatcatgtctatagatatcaggcttcatggaccatcaaactcgaagtcaagttgatgcagctggggagtaggacactggtctcattttggaattttatggctatacatatgtacaaatcatgtccatattgtatcctgaaaactgtg--TGT-----GTCACAAATTAAAA-----ATAGAAGTGG---TCGC-----T----GTAGTCCC--A------GGAAT--------------------C---CTA-CT-----TT---A-ATTATG-TC--CAGATCGTGTT-G-----TT-TACAC-------T--ACGAGACTTAG-GACCATCAGAATTGGTCAAAT----AA--TGCAT--T---acatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : TTATGTCCAGATCGTGT----------T-G-----TT---T---A-----CACTA-------CGAGACTTAGGAC--C-ATCAGA---A-TT---------GGT------CAAATAATG---CATT-----A--T-----------GAAG-GAA--GTCTGTTGTAA---A-GA-A----------------GA--AAAT----CAatgaaggaagtctgttgtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtgtcactagcttcatattggaattttatggttatgcatatttaaatcatgtcccgatcatatattgtacattgtgagaccaaggacctgctttaatcttggtcaggtgaagcatctttgggaagggggtgcgggaggacggtgaggtgtgggccaaatacaagtcaccaattcttcctggaaatttatggtcatacatactcaattagtgtctatggattctatattgtatattgtgagg
gi|6 : tgtgtcacaaattaaaaatagaagtggtcgctgtagtcccaggaatcctactttaaGT----CACTA--------GC---T---T-CATAT--T---GGAATTTTATGGTTATGCATATT-T--AA-ATCATGTCCCGATCA----TAT--A------TTG-TACATTGTGAGACCA-A-GGACCTGCTTTAATCTTG--GTCAGGT-----GAAGCATC-TTTGGGAAGGGGG-----TGCGGGAG-GACG---------G--TGA-----GGTGTGGGCCAAAT-----ACAA-----G---TCACCAA--TT-------CTTC-----C-T-GGAAATTTATGGT----CATA----C---ATA-CT-----CA---A-TTAGTG-TCTATGGATTCTATA-T-----TG-TATAT-------T--GTGAGGataaatttaaaaataaatggggatgggggggtgtcactagcttcatattggaattttatggttatgcatatttaaatcatgtcccgatcatatattgtacattgtgagaccaaggacctgctttaatcttggtcaggtgaagcatctttgggaagggggtgcgggaggacggtgaggtgtgggccaaatacaagtcaccaattcttcctggaaatttatggtcatacatactcaattagtgtctatggattctatattgtatattgtgagg
gi|7 : tgtgtcacaaattaaaaatagaagtggtcgctgtagtcccaggaatcctactttaattatgtccagatcgtgttgtttacactacgagacttaggaccatcagaattggtcaaataatgcattatgaaggaagtctgttgtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtTGTCTGGTT---AT-AATCT-TTCGCT---A-----CACTG-------TGAGGCCTTGGAT--T--TCAGA---C-CT---------AGT------CAGTTGCTGGCCTTTT-----T--T-----------GGAA-GGAAGTTGTGTCATGACCCA-AA-A----------------GT--AGGT----CATTGTG------GC---C---TAC---TTCT---GGAATTTTACAACTATACACA-A-TCAGA-ATTATGTCAG----A----TA---GTAT--CTTTGCACACTGGGAGGCTT-A-GGAC---CACCAAA-TTG--GTC-GGTT----AATGAACC-TT--------GTA-----G------G-GAAG---------G--TGT-----GTCCTGAGCAAAAT------TAG-----G---TCAC-----TT----TAGCCTT--ATTT-T-GGAAT
gi|8 : gATCATATCT--------T-A-----CTC--T---C-----CAC----------AAAGCCT-GGA-----ATCG--------T---------GAT------CTCTCGCTA---TATC-----T--T-----------GGAATGAA--GTTTTTCAC-AGCCA-AA-A----------------GT--AGGT----CACCTTG------GC---CTTGT-T---T--T---CAAGTTGTATGACTAAACATC-C-CAGAA-ATCATGTTAAGGTAT----TATG-AGAC--CTTG-CATAATGCAAGGCCG-A-GGAC---CATTAAATCT----TC---TC----AA--------T--------GAG-----T------G-AAGT---------A--TGTGATGAGTTGCAACTAAAAA-----GCAT-----T---CCA------TT---A----CTA--A-TT-T-GCAATTCAAT-GT----TAT-------------TG-----CA---A-ATTGTG-T-------TCATATCAT-----GT-TGCAT-------T--TAGAGA-CTAGAGATCATCAAACCTTGTCATTT----GA--Taatcaaaattgtcctggtggatgttggtatatgcaacataaacatgtatcttgtacatgtagttcgagatggacgtataatgtactcttagaggtgtatttta
gi|9 : gacatttccatctgtcgttggcattttgtaatctttttttcttatcttgACTTG--GTC-GGTT----GATGTATCATT--------GGG-----T------G-GGAGTGGGGGGGGG--GGG-----GTCATGAATCAAAA-----ATAG-----T---TCA------TT---GTTGCCTC--A-TT-TTGAAATTATATGGC----TAGA----TCTAATA-TTGTATACA---AGACCATG-TT--TAGGTCATATC-T-----GT-AGCAC-------TTAGTGTGGTCTAG-GACCATCAAA-TTAGTCAACTGTCAGA--TGCAT--
gi|9 : catctgttaggtttCAC--TTAGTGTGGTCTAGGACCATCAAA-TTA---GTCAACTG-TCAGATGCATCTTTGATTGAAG-----G--GTG--CTT--TAAAT---------T--AAGTCACCAT-AC---C---T--T---A------TGAActttgattgaagggtgctttaaattaagtcaccataccttatgaacatgccaaaagtttttgatttcaagcactccgacagatatgcatcatgtaccagtactaattgggcatatcatgcaccataa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTCACAGCATACAAACATGTAGTTCCAGATAGGGATATCATGTACCTTAGTGGTACATTTTATTTGATACT
Alignments
lowQualScore : 11 22 1 7777777777777777777777777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2222222222222 2 1111 2222222222 555555 11 1 1 22222 1 66666666666666666666666666666666 1111111 1111111111111111 111111 222222222222222222222 1111111111111111 111 2222222222222 3333333333333333333333 222222222 2222222222222222222222222222 1111111111111111111111111 1111111 22222222222222 1111 1 1111111111111111111 1111111 11111111 222222 333333333333
lowQualScore : 88 77 3 6666666666666666666666666 3 66 66 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 0 888 888 7777777777777 1 0 1111 1 4444444444 333333 22 5 5 1 66666 5 00000000000000000000000000000000 4444444 8888 7777777777777777 000000 666 666666666666666666666 33 1 222 3 2 2 8888888888888888 33 66666 5555 777777 5555555 2 888 33 555 0 0 8888888888888 3 11 3333333333333333333333 0 0 2 3 3 555 0 0 33 555555555 9999999999999999999999999999 2 2222222222222222222222222 1 1 4444444 555 88888888888888 1111 2 4 1 0 6666 4444444444444444444 555 2 2 33 1 999999 3 44 1111111 55 4 4 11 00000000 222222 777777777777 9
lowQualScore : .. .. . ......................... . .. .. ...................................................................... .. . ... ... ............. . . .... . .......... ...... .. . . . ..... . ................................ ....... .... ................ ...... ... ..................... .. . ... . . . ................ .. ..... .... ...... ....... . ... .. ... . . ............. . .. ...................... . . . . . ... . . .. ......... ............................ . ......................... . . ....... ... .............. .... . . . . .... ................... ... . . .. . ...... . .. ....... .. . . .. ........ ...... ............ .
lowQualScore : 33 33 3 7777777777777777777777777 2 99 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 2 888 888 8888888888888 7 4 8888 0 0000000000 333333 77 0 0 0 55555 5 88888888888888888888888888888888 4444444 2222 1111111111111111 555555 444 555555555555555555555 33 2 999 8 9 9 9999999999999999 99 77777 7777 777777 9999999 7 777 99 000 3 3 9999999999999 3 11 3333333333333333333333 2 8 1 1 1 444 2 6 99 111111111 5555555555555555555555555555 7 8888888888888888888888888 2 7 6666666 000 66666666666666 1111 9 3 7 2 5555 5555555555555555555 000 9 9 99 2 666666 3 55 8888888 00 0 7 88 11111111 555555 333333333333 6
consensus : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TTGG-GGGAAG-----G--GTG--TCG--CAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--T---T------TGGAATTTGCATAT-TG-AAATGACANCACGATGGCCTATTGTG-----CTTCAAGCGTGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----AT-A-----TT---T---A-----CACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---C-CT---------GGT------CAGTTGATG---CATC-----T--T-----------GGGGGGAAGGTGTGTCGCGANCCA-AA-A----------------GT--AG-----GT----CACTGTG------GC---C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AA-ATCGTGTCCGGATCA----TAT--ATAT--CTTT-CACACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAGGTC----GATGCATC-TT--------GG-G-----T------G-GAAG---------G--TGT-----GTCGCGACCCAAAN-----ATAGG---TCAC-----TT---GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TATA----C---ATA-NT-----CA---A-ATCGTG-TC--TGGATCATAT------C-TTGNACAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGTCAGCT----GA--TGCAT--C---GGGGGA----G-------TGTCACGACCCAAAAGTAGGTCAC
Reference ( family-2769 ) : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TTGA-GGGAAG-----G--GTG--TCG--CAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--T---T------TGGAATTTGCATAT-TG-AAATGACANCACGATGGCCTATTGTG-----CTTCAAGCGTGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----AT-A-----TT---T---A-----CACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---C-CT---------GGT------CAGTTGATG---CATC-----T--T-----------GGGGGGAAGGTGTGTCGCGANCCA-AA-A----------------GT--AG-----GT----CACTGTG------GC---C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AA-ATCGTGTCCGGATCA----TAT--ATAT--CTTT-CACACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAGGTC----GATGCATC-TT--------GG-G-----T------G-GAAG---------G--TGT-----GTCGCGACCCAAAN-----ATAGG---TCAC-----TT---GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TATA----C---ATA-NT-----CA---A-ATCGTG-TC--TGGATCATAT------C-TTNNACAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGTCAGCT----GA--TGCAT--T---GGGGGA----G-------TGTCACGACCCAAAAGTAGGTCAC
gi|1 : ATAAGCTTTACCATTGTT-ATCTGCTTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TT-CAC--C--GTGAGATCTAGGACCATCGAACTTG---CTC-----------TGC----TGGA-GGGGAA-----G--GTG--TCA--GAAATC---AAA--CCAAGGTCACTATAGC---C---T--T---C------TGGAATTTATATATATG-AAATGACACCACAATGGCCTACTGTGTGTTCCCTCAAG-ATGCA-TCAACTGAATTT-ATGGTAAT-----ACTTATACACAAATTATGTCTGG-----AG-A-----TT---T---A-----CACTG-------TGAGGTCTAGGAT--T-ATCAAA---C-CTTAGATATATAGT------CAGTTGATT---TATC-----T--T-----------GAGGGAAAGGTGTGTCATGACTCA-AA-T----------------AT--AG-----GG----CTCTGTC------AC---C---T-C---C--T---GGAATTTTATGGCTCTACATG-C-T--AATATTGTGTCTGGATCAATT-TATTTATAT--CTTT-GACACTGTGAGATTT-A-GGAC---CATCAGACTTG--ATCAGATCTGTTGATGCATT-TT--------GA-G-----T------G-GATG---------G--TGT-----GTCACAAACTAAATCT---ATAAG---TTAC-----TTACGGTGGCCCC-----C-T-GGAATTTGATAGC----TATA----A---CTA-CC-----CC---A-ATCTTG-TG--TGGGTCATAT------C-TTTAACAC-------T--GTGAACCCGAG-GACCATCAAATTTGGTTAGTT----CA--TGCAT--T---GGGGGA--------------TCATGACCCAAAAATGGGTCAC
gi|10 : ctgtggtTT-----T--T-----------GGGTGGA---TG-ACCGCGATCAA-GA-A----------------GT--AA-----G-----CAATGTG------AC---A---T-TGTTT--T---GGAATTGTATGGCT--------T-C--AA-AGCGTGTCCGGACCA----TAT--ATGTACCTTG-CACACTGAGAGGCAT-A-GGGT---TATCAAACTTG--GTCA-GTG----GGTACATA-TT---------A-G-----T------GAAAAG---------G--TAT-----GTCTTTACCAGAAA-----GTATG---T-AA-----TT---ATAGCCTCA-A-TT-T-GAAA-ATTATGGC----TATA----C---ATA-AT-----CA---A-ATCG-G-TC--CGGATCA
gi|11 : ----TATA----T---ATA-AT-----TATATA-ATCATG-TC--TCAATCTTAT------C-TTGAGCAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTAGTCAACT----AATTTGTTT--T---AGAGAA----GGTATTGATGTCATGACCTAAAAGTAGGTCACggtggatatgacatacatgtacatgta
gi|11 : ttCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTA---GTCA---ACT--AATTTGTT-TT-A-GAGAAGGTATTG--ATG--TCA--TGACCT---AAAAGT--AGGTCAC--TGGC---C---T--CATAT------TGG-ATTTGCA-AT-TG-tggcctcatattggatttgcaattggcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|12 : tttatatataattatataatcatgtctcaatcttatcttgagTGTCCAG-----ATGA-----TT---T---ATTAAGCACTG-------TGAGGCTTAGGAC--C-ACCAAA---T-TT---------GGT------CAGTCGATG---CATCAGGAGTGAT-----------AGGGGGGGGGGGGGGCATGA--CATAA-A----------------GTCAAG-----AT----CACTGTA------GC---C---T-CATTT--T---GGAATTgcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|13 : tgttgtttgGAACTTCATAGAAATCAACAACTT-TGCATAAATCATGTCTGG-----ATCATATCCTT---C---T-----CACTG-------TAAGGCATAGGACAACAATCAAATCTT-CT---------GGTTACCAGTAGTTGATG---AANN-----N--NNNNNA------GGGGGGGGGGGGGGTCATGACTCA-AATACATGTATATATACATTGT--AA-----GT----CACTGTT------GA---C---A-C---T--T---GGAATTTTATGGTTATACATA-gcagtatcacatcttgggaccttaagatatctagatggtcatatcatgtaccctagcagtatttaaatattgatgatataaccagga
gi|14 : TCATATC-----------A-----TT---G---A-----CACTG-------TAAAGCTTAGGAC--T-ATCAAA---C-CA---------GGT------AAAATAAGG---CACC-----C--CCCGGGGGGGGGGGGGGGCAGTTATGTCGTGATCCC-AA-A----------------TT--TT-----GT----CATTGTG------TC---C---T-CCCTC--T---GGAATTTT----------------C--AA-ATCATGTTCGGACTACAGCTGT--ATAT--CTTG-CACACGATGAGGGTC-A-TTAT---AATCAAATCTA--GTCAggcttattcatctg
gi|15 : g-----CA---A-AGCGTG-TC--TGGATC-TGT------C-----ACA-----------GTGAGGCGTAG-GACTATAAAACTTCGTCAACT----GA--TGCATTCT---GGGGGA----A-------Ttttaatgaacagttgtatgg
gi|15 : --AA-AGCGTGTCTGGATC-----------------TGT-CACA--GTGAGGCGT-A-GGAC---TATAAAACTTC--GTCAACT-----GATGCATT-CT--------GG-GGGAATT------G-GAAC---------A--TCT-----GTC-CGATTTACCT-----ATAGACATTCCCATGTATT---GTGGACTCTAA-TT-T--CAATCTTATGtggaacatctgtccgatttacctatagacattcccatgtattgtggactctaatttcaatcttatg
gi|16 : c-----T------G-GATG---------T--TGT-----ATCATGACCCAAACCAAAAGTTGG---TCGG-----TT---GT---CTT--A-TT-TTGGAATTTTATAGC----TATATATAC---ATA-GT-----CA---A-ATCGTA-TC--TGTATCATGC------C-TTGCACTC-------T--ATGGGGCTTAG-CTCCATTAAA
gi|17 : taGAGGAAGGCATGTTGAAACCTA-GA-A----------------GT--AG-----GT----CACTATG------AC---C---T-C---
gi|17 : atgaa------G-GAAG---------G--CAT-----GTTGAAACCTAGAA-----GTAGG---TCAC------T---ATGACCTC--A-TTAT-GATCTTTTTT-------TAAACG--C---AAA-GT-----GA---A-ATCATGATA--TTGATCACAC------C-attatgatctttttttaaacgcaaagtgaaatcatgatattgatcacaccattaagtctggtgaaactgatgcata
gi|18 : atgaagaATTG-------TTAGGCCTAGAAC--T-ATAAAA---CGAT---------GAT-------GGTTGATA---CAT------T--T-----------AAAGGAAA----------AAACCA-AA-A----------------AT--AG-----GT----TACTGTG------AC---C---T-C---T--T---attaagtctggtgaaactgatgcata
gi|2 : GACTTT--CACAGTT-ATCTGCCCCTCATTTGTGTGTCA----TACC---------TGTCACACT--GTGAGGCCTAGAACAAT-AAATCTAAATGTC------T--GATGCATC-ATGGTGAGAAA-----G--GTGAAT-G--AAAACCTTGAAA--T--AGGTCACTGTGGC---C---TCCT---T------TGGAATTTG
gi|2 : gacg--ATAC--CTGT-CACACTGTGAGGCCT-A-GAAC---AAT-AAATCTA--A--ATGTCT---GATGCATC-AT--------GGTG-----A------G-AAAG---------G--TGA-----ATGAAAACCTTGAA-----ATAGG---TCAC------T---GTGGCCTC--C-TT-T-GGAA-TTTGTGAC----CATA----C---ATA-CT-----CG---G-ATCCTG-CC-----ATCAtgaccatacatactcggatcctgccatcaaacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|2 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcC--C-ATCAAA---C-TT---------GGT------CAGATGATG---CATA-----T--T-----------GGTGGAAATGGGTCTCACATTGCA-AA-A----------------GC--AA-----GT----CTCT-TG---------------T-T---T--T-----AATTTCATGGCAACTTAT--T-T--AA-GTCAATTTTGGACC-------T---TAT--CTAT-AGCACTGTGAGACTT-A-CAAC---CTCCAAACTGG--GTCAC-TC----AATGCAT---------------------T------G---AG---------G---AT-----GTTGTGACCCAAAA-----GTAGG---GCAC-----TT----TGGTCTC--A-TT-TTGGAATTATTTGGT----TCT-----C---GT---C-----TA---A-AT-GTG-TC--TGGGTTATAT------C-TTGCACAC-------T--GTAAGGCCCAG-CTTTACTTAATTTGGTCAGCT----AA--TGAATCCT---GGAGTA----G-------aacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcatacctgtcacactgtgaggcctagaacaataaatctaaatgtctgatgcatcatggtgagaaaggtgaatgaaaaccttgaaataggtcactgtggcctcctttggaatttgtgaccatacatactcggatcctgATAGGCTGT--CAT-GTCCATCTGCCTAGCTCTT-----TTACGTCT-CCTTTTTTTTTTTTCAC--T--CTGAGACCTAGGAACATCAAACTTG---CTCA---GTT--GATACATT-TTGG-GGGAAA-----GATGTA--TTG--CAAACCAA-AAA--T--AGGTCACTGTGGCTTTC---T--T---T------TGGAATTTagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gatgcgatgcattatgaa-----TT---T---T-----CACTC-------TGAGACCTAGGAA--C-ATCAAA---C-TT---------GCT------CAGTTGATA---CATT-----T--T-----------GGGGGAAAGATGTATTGCAAACCA-AA-A----------------AT--AG-----GT----CACTGTG------GCTTTC---T-T---T--T---GGAATTTTATGGTTATACATA-CTT--AA-ATTGTGTCTGGGTC----------ATAT--CTCT-CACATTGTAAGGC-T-A-CGAT---TATCAAACCAG--GTTAGCTC-----ATGCATC-GG--------GG-G-----G------G-GGGG---------GGTTGT-----AACATAACCCAAAC-----ATGGG---TCGC-----T-----CAACCT-----TC-T-GGAAATCAATGGC----TAGA----T---ATG-AT-----CA---A-ATCATC-TC--TCAATCATAT------G-TTGACCTC-------T--GAGAGGTCTGT-GACCATCAAACTTGATTATTT----AA--TGCAT--CATAGGGGGAAGATG-------TGTCACAACCCAAAAGTAGGTCAtatggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctctgagaggtctgtgaccatcaaacttgattatttaatgcatcatagggggaagatgtgtcacaacccaaaagtaggtcattgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|3 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttC--T--GAGAGGTCTGTGACCATCAAACTTG---ATTAT--T-T--AATGCATCATAGG-GGGAAG-----AT-GTG--TCA--CAACCC---AAAAGT--AGGTCATTGCATC---CACAT--T---T------AGGAA-TTGCA-AT-TG-Attgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttttttcactctgagacctaggaacatcaaacttgctcagttgatacattttgggggaaagatgtattgcaaaccaaaaataggtcactgtggctttcttttggaattttatggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctTGTCTGGGTTTTAT-A-----TC---TTTCA-----CATTGAGAGGGCTGAGGCCTAGGAC--C-GTTAAA---G-TC---------GGT------CCGTTAATG---CATC-----T--T-----------GTAGAGAAGGTGTGTTGCAAATAA-AA-A----------------AT--AG-----TC----CAAAGAGCATCATGC---T---C-T---T--T---GGAATT-----------CATT-C-TC-AA-ATTGTTTCCAGATCA----TGT--CTA------T-TGCACT---AGTTTT-A----------------------TC----T----GATGCATC-AG--------GG-G-----G------A-AAAG---------G--TGT-----GTGATGATCCAATT-----AGAGG---TCAC-----C----ATGGCCTC--A-TT-TTGGAATTTTATGGCCTGGCATA----C---ATT-TT-----CT---G-ATTGTG-CC--TGGGTCATATCTAAAAC-TTGCACAT-------T--TTGAGGCTTAG-GACCTTCTGACTT-GTCAGCC----GA--TGCAT--C---TTAGGA------------TGTCA--ACTCAAGActgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgCAT--T--TTGAGGCTTAGGACCTTCTGACTTG----TCA---G-CC-GATGCATC-TT-------AG-----G--ATG--TC-----AAC---------------TCAAGATGGC---C---TCAT---T------TTGAAACTGCATAT-------TGACAATATGATAG---ATTGTGA----CTTCAAGTGTGCAtggcctcattttgaaactgcatattgacaatatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgtgtctgggttttatatctttcacattgagagggctgaggcctaggaccgttaaagtcggtccgttaatgcatcttgtagagaaggtgtgttgcaaataaaaaatagtccaaagagcatcatgctctttggaattcattctcaaattgtttccagatcatgtctattgcactagttttatctgatgcatcagggggaaaaggtgtgtgatgatccaattagaggtcaccatggcctcattttggaattttatggcctggcatacattttctgattgtgcctgggtcatatctaaaacttgcaTAGGAC--T-ATCCAA---C-CT---------AGT------CAGTTGATG---CTAG-----T--T-----------AGGGAGTGGG-GTTTCATAAATCA-AA-T----------------AT--AG-----ATATCATACTGCT------GC---T---T-C---C--TTCTGGAATTTTGTGGCTATTCATA-C-TC-AA-ATCATGTCT-----A----TAG--ATAT--C-------------AGGCTTCATGGAC---CATCAAACTCGAAGTCAAGTT----GATGCAGC-TG--------GG-G----------------AG----------------------------------------TAGG---ACAC-----T------GGTCTC--A-TT-TTGGAATTTTATGGC----TATA----C---ATATGTA----CA---A-ATCATG-TC--CATATTGTAT------C-CTGAAAACTGTGTCAT--GTGAGGCCAAA-GACCTTCAATCTTGGT-AG-T----G----GCA--------AGAAA----G-------TGC--TGATCTAAAAATAGGACACaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : atcatttctttcatgcttaTCA---T--GTGAGGCCAAAGACCTTCAATCTTG---GT-A---G-T--G--GCA---------AGAAA-----G---TG--CTGATCTAA-----AAA--T--AGGACACAATGGC---C---T--C---TCGATCATGTAGTTTGGG-AT-TGCAAATGACAGCA-----GCTT-TTGT------CTTCAAGCATGCAGTCAAaatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : atcatttctttcatgcttataggactatccaacctagtcagttgatgctagttagggagtggggtttcataaatcaaatatagatatcatactgctgcttccttctggaattttgtggctattcatactcaaatcatgtctatagatatcaggcttcatggaccatcaaactcgaagtcaagttgatgcagctggggagtaggacactggtctcattttggaattttatggctatacatatgtacaaatcatgtccatattgtatcctgaaaactgtgTGTGTCACAAATTA-AA-A----------------AT--AGAAGTGGT----CGCTGTA------GT---C---C-C---A------GGAATCCTA---CTTTA-------------ATTATGTCCAGATCG----TGT-----T--GTTT--ACACTACGAGACTT-A-GGAC---CATCAGAATTG--GTCAAAT-----AATGCATT-AT--------GA-A------------G-GAA----------G--TCT-----GTTGacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : -----GT----CACTA--------GC---T---T-CATAT--T---GGAATTTTATGGTTATGCATATT-T--AA-ATCATGTCCCGATCA----TAT--A------TTG-TACATTGTGAGACCA-A-GGACCTGCTTTAATCTTG--GTCAGGT-----GAAGCATC-TTTGGGAAGGGG-G-----TGCGGGAG-GACG---------G--TGA-----GGTGTGGGCCAAAT-----ACAAG---TCACCAA--TT-------CTTC-----C-T-GGAAATTTATGGT----CATA----C---ATA-CT-----CA---A-TTAGTG-TCTATGGATTCTAT------A-TTGTATAT-------T--GTGAGGtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtgtcactagcttcatattggaattttatggttatgcatatttaaatcatgtcccgatcatatattgtacattgtgagaccaaggacctgctttaatcttggtcaggtgaagcatctttgggaagggggtgcgggaggacggtgaggtgtgggccaaatacaagtcaccaattcttcctggaaatttatggtcatacatactcaattagtgtctatggattctatattgtatattgtgagg
gi|7 : tgtgtcacaaattaaaaatagaagtggtcgctgtagtcccaggaatcctactttaattatgtccagatcgtgttgtttacactacgagacttaggaccatcagaattggtcaaataatgcattatgaaggaagtctgttgtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtTGTCTGGTT---AT-AATCT-TTCGCT---A-----CACTG-------TGAGGCCTTGGAT--T--TCAGA---C-CT---------AGT------CAGTTGCTGGCCTTTT-----T--T-----------GGAAGGAAGTTGTGTCATGACCCA-AA-A----------------GT--AG-----GT----CATTGTG------GC---C---TAC---TTCT---GGAATTTTACAACTATACACA-A-TCAGA-ATTATGTCAG----A----TA---GTAT--CTTTGCACACTGGGAGGCTT-A-GGAC---CACCAAA-TTG--GTC-GGTT----AATGAACC-TT--------GT-A-----G------G-GAAG---------G--TGT-----GTCCTGAGCAAAAT------TAGG---TCAC-----TT----TAGCCTT--ATTT-T-GGAAT
gi|8 : gATCATATCT--------T-A-----CTC--T---C-----CAC----------AAAGCCT-GGA-----ATCG--------T---------GAT------CTCTCGCTA---TATC-----T--T-----------GGAATGAAGTTTT-TCAC-AGCCA-AA-A----------------GT--AG-----GT----CACCTTG------GC---CTTGT-T---T--T---CAAGTTGTATGACTAAACATC-C-CAGAA-ATCATGTTAAGGTAT----TATG-AGAC--CTTG-CATAATGCAAGGCCG-A-GGAC---CATTAAATCT----TC---TC----AA--------T--------GA-G-----T------G-AAGT---------A--TGTGATGAGTTGCAACTAAAAA-----GCATT---CCA------TT---A----CTA--A-TT-T-GCAATTCAAT-GT----TAT-------------TG-----CA---A-ATTGTG-T-------TCATAT------CATGTTGCAT-------T--TAGAGA-CTAGAGATCATCAAACCTTGTCATTT----GA--Taatcaaaattgtcctggtggatgttggtatatgcaacataaacatgtatcttgtacatgtagttcgagatggacgtataatgtactcttagaggtgtatttta
gi|9 : gacatttccatctgtcgttggcattttgtaatctttttttcttatcttgACTTG--GTC-GGTT----GATGTATCATT--------GG-G-----T------G-GGAGTGGGGGGGGG--GGG-----GTCATGAATCAAAA-----ATAGT---TCA------TT---GTTGCCTC--A-TT-TTGAAATTATATGGC----TAGA----TCTAATA-TTGTATACA---AGACCATG-TT--TAGGTCATAT------C-TGTAGCAC-------TTAGTGTGGTCTAG-GACCATCAAA-TTAGTCAACTGTCAGA--TGCAT--
gi|9 : catctgttaggtttCAC--TTAGTGTGGTCTAGGACCATCAAA-TTA---GTCAACTG-TCAGATGCATCTTTGA-TTGAAG-----G--GTG--CTT--TAAAT---------T--AAGTCACCAT-AC---C---T--T---A------TGAActttgattgaagggtgctttaaattaagtcaccataccttatgaacatgccaaaagtttttgatttcaagcactccgacagatatgcatcatgtaccagtactaattgggcatatcatgcaccataa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTCACAGCATACAAACATGTAGTTCCAGATAGGGATATCATGTACCTTAGTGGTACATTTTATTTGATACT
Alignments
lowQualScore : 11 22 1 7777777777777777777777777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2222222222222 2 1111 2222222222 555555 11 1 1 22222 1 55555555555555555555555555 1111111 11111 1111111111111111 111111 22222222222 2222222222222222 1111111111111111111111111111 2222222222222 3333333333333333333333 222222222 3333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111 1111111 2222222222222 1111 1 1111 222222222222222222222 111111 5555555555555
lowQualScore : 88 77 3 6666666666666666666666666 3 66 66 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 0 888 888 7777777777777 1 0 1111 1 4444444444 333333 22 5 5 1 66666 5 99999999999999999999999999 6666666 00000 8888888888888888 111111 777 4 66666666666 33 2 333 1 3 0000000000000000 77777 6666 9999999999999999999999999999 0 0 8888888888888 3 0 6666666666666666666666 2 0 1 2 2 555 0 33 333333333 6666666666666666666666666666666666 2 3333333333333333333333333 0 2 6666666 444 7777777777777 2222 2 3 22 1 0000 222222222222222222222 444 2 777777 555555555 2 888888 1 6666 9999999999 0 1 0 3 2 3 11 7777 55 55 333333 1111111111111 6
lowQualScore : .. .. . ......................... . .. .. ..................................................................... .. . ... ... ............. . . .... . .......... ...... .. . . . ..... . .......................... ....... ..... ................ ...... ... . ........... .. . ... . . ................ ..... .... ............................ . . ............. . . ...................... . . . . . ... . .. ......... .................................. . ......................... . . ....... ... ............. .... . . .. . .... ..................... ... . ...... ......... . ...... . .... .......... . . . . . . .. .... .. .. ...... ............. .
lowQualScore : 33 33 3 7777777777777777777777777 2 99 99 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 2 888 888 8888888888888 7 4 8888 0 0000000000 333333 77 0 0 0 55555 5 22222222222222222222222222 2222222 77777 5555555555555555 555555 000 5 44444444444 22 1 000 0 1 4444444444444444 11111 1111 3333333333333333333333333333 3 3 9999999999999 3 7 4444444444444444444444 9 1 3 9 9 000 9 77 555555555 6666666666666666666666666666666666 5 1111111111111111111111111 5 0 8888888 777 3333333333333 4444 7 3 00 2 0000 333333333333333333333 777 7 111111 111111111 9 222222 0 9999 6666666666 6 0 4 3 0 6 55 7777 00 55 222222 6666666666666 3
consensus : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TTGG-GGGAAG----G--GTG--TCG--CAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--T---T------TGGAATTTGCATAT-TG-AAATGACANCACGATGGCCTATTGTG-----CTTCAAGCGTGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----AT-A-----TT---T---ACACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---C-CT---------GGT------CAGTTGATG---CATCTT-----------GGGGGGAAGGTGTGTCGCGANCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CACTGTG------GC---C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AA-ATCGTGTCCGGATCA----TAT--ATAT--CTTT-CA-CACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAGGTC----GATGCATC-----T--T--------GG-G-----T------G-GAAG---------G--TGT-----GTCGCGACCCAAAN-----ATAGG---TCAC-----TT---GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TAT-A----C---ATA-NT-----CA---A-ATC-----GTGTC--TGGA---TCAT-AT------CTTG-NA-CAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGT-CAGCT----GA--TGC--AT--C---GGGGGA-----G-------TGTCACGACCCAAAAGTAGGTCAC
Reference ( family-2769 ) : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TTGG-GGGAAG----G--GTG--TCG--CAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--T---T------TGGAATTTGCATAT-TG-AAATGACANCACGATGGCCTATTGTG-----CTTCAAGCGTGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----AT-A-----TT---T---ACACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---C-CT---------GGT------CAGTTGATG---CATCTT-----------GGGGGGAAGGTGTGTCGCGANCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CACTGTG------GC---C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AA-ATCGTGTCCGGATCA----TAT--ATAT--CTTT-CA-CACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAGGTC----GATGCATC-----T--T--------GG-G-----T------G-GAAG---------G--TGT-----GTCGCGACCCAAAN-----ATAGG---TCAC-----TT---GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TAT-A----C---ATA-NT-----CA---A-ATC-----GTGTC--TGGA---TCAT-AT------CTTG-NA-CAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGT-CAGCT----GA--TGC--AT--C---GGGGGA-----G-------TGTCACGACCCAAAAGTAGGTCAC
gi|1 : ATAAGCTTTACCATTGTT-ATCTGCTTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TT-CAC--C--GTGAGATCTAGGACCATCGAACTTG---CTC-----------TGC-----TGGAGGGGAA----G--GTG--TCA--GAAATC---AAA--CCAAGGTCACTATAGC---C---T--T---C------TGGAATTTATATATATG-AAATGACACCACAATGGCCTACTGTGTGTTCCCTCAAG-ATGCA-TCAACTGAATTT-ATGGTAAT-----ACTTATACACAAATTATGTCTGG-----AG-A-----TT---T---ACACTG-------TGAGGTCTAGGAT--T-ATCAAA---C-CTTAGATATATAGT------CAGTTGATT---TATCTT-----------GAGGGAAAGGTGTGTCATGACTCAAA-T----------------ATAG-----GG----CTCTGTC------AC---C---T-C---C--T---GGAATTTTATGGCTCTACATG-C-T--AATATTGTGTCTGGATCAATT-TATTTATAT--CTTT-GA-CACTGTGAGATTT-A-GGAC---CATCAGACTTG--ATCAGATCTGTTGATGCATT-----T--T--------GA-G-----T------G-GATG---------G--TGT-----GTCACAAACTAAATCT---ATAAG---TTAC-----TTACGGTGGCCCC-----C-T-GGAATTTGATAGC----TAT-A----A---CTA-CC-----CC---A-ATC-----TTGTG--TGGG---TCAT-AT------CTTT-AA-CAC-------T--GTGAACCCGAG-GACCATCAAATTTGGT-TAGTT----CA--TGC--AT--T---GGGGGA---------------TCATGACCCAAAAATGGGTCAC
gi|10 : ctgtggtTTTT-----------GGGTGGA---TG-ACCGCGATCAAGA-A----------------GTAA-----G-----CAATGTG------AC---A---T-TGTTT--T---GGAATTGTATGGCT--------T-C--AA-AGCGTGTCCGGACCA----TAT--ATGTACCTTG-CA-CACTGAGAGGCAT-A-GGGT---TATCAAACTTG--GTCA-GTG----GGTACATA-----T--T---------A-G-----T------GAAAAG---------G--TAT-----GTCTTTACCAGAAA-----GTATG---T-AA-----TT---ATAGCCTCA-A-TT-T-GAAA-ATTATGGC----TAT-A----C---ATA-AT-----CA---A-ATC-----G-GTC--CGGA---TCA
gi|11 : ----TAT-A----T---ATA-AT-----TATATA-ATC-----ATGTC--TCAA---TCTT-AT------CTTG-AG-CAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTAGT-CAACT----AATTTGT--TT--T---AGAGAA-----GGTATTGATGTCATGACCTAAAAGTAGGTCACggtggatatgacatacatgtacatgta
gi|11 : ttCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTA---GTCA---ACT--AATTTGTT-TTAG-AGAAGGTATTG--ATG--TCA--TGACCT---AAAAGT--AGGTCAC--TGGC---C---T--CATAT------TGG-ATTTGCA-AT-TG-tggcctcatattggatttgcaattggcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|12 : tttatatataattatataatcatgtctcaatcttatcttgagTTGTGTCCAGATGA----TTT--AT-------T-AAGCACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CACCAAATTTG--GTCAG-TC----GATGCATCAGGAGTGAT--------AG-G-----G------G-GGGG---------G--GGG-----GGCATGACATAAAGTC---A-AGA---TCAC-----T----GTAGCCTC--ATTT-T-GGAATT-----GCAG--TATCA----C---ATC-TT-----GG---G-ACCTTAAGATATC--TAGATGGTCAT-AT------CATG-TA-CCC-------T--gcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|13 : tgttgtGAACTTCATAGAAATCAACAACTT-TGCATAAATCATGTCTGG-----ATCATATCCTT---C---TCACTG-------TAAGGCATAGGACAACAATCAAATCTT-CT---------GGTTACCAGTAGTTGATG---AANNNNNNNNA------GGGGGGGGGGGGGGTCATGACTCAAATACATGTATATATACATTGTAA-----GT----CACTGTT------GA---C---A-C---T--T---GGAATTTTATGGTTATACATA-agcagtatttaaatattgatgatataaccagga
gi|14 : TCATATC-----------A-----TT---G---ACACTG-------TAAAGCTTAGGAC--T-ATCAAA---C-CA---------GGT------AAAATAAGG---CACCCCCCGGGGGGGGGGGGGGGCAGTTATGTCGTGATCCCAA-A----------------TTTT-----GT----CATTGTG------TC---C---T-CCCTC--T---GGAATTTT----------------C--AA-ATCATGTTCGGACTACAGCTGT--ATAT--CTTG-CA-CACGATGAGGGTC-A-TTAT---AATCAAATCTA--GTCAggcttattcatctg
gi|15 : g-----CA---A-AGC-----GTGTC--TGGA---TC-------------TG-T--CAC-------A--GTGAGGCGTAG-GACTATAAAACTTCGT-CAACT----GA--TGC--ATTCT---GGGGGA-----A-------Ttttaatgaacagttgtatgg
gi|15 : --AA-AGCGTGTCTGGATC-----------------TGT-CA-CA--GTGAGGCGT-A-GGAC---TATAAAACTTC--GTCAACT-----GATGCATT-----C--T--------GG-GGGAATT------G-GAAC---------A--TCT-----GTC-CGATTTACCT-----ATAGACATTCCCATGTATT---GTGGACTCTAA-TT-T--CAATCTTATGtggaacatctgtccgatttacctatagacattcccatgtattgtggactctaatttcaatcttatg
gi|16 : c-----T------G-GATG---------T--TGT-----ATCATGACCCAAACCAAAAGTTGG---TCGG-----TT---GT---CTT--A-TT-TTGGAATTTTATAGC----TAT-ATATAC---ATA-GT-----CA---A-ATC-----GTATC--TGTA---TCAT-GC------CTTG-CA-CTC-------T--ATGGGGCTTAG-CTCCATTAAA
gi|17 : taGAGGAAGGCATGTTGAAACCTAGA-A----------------GTAG-----GT----CACTATG------AC---C---T-C---
gi|17 : atgaa------G-GAAG---------G--CAT-----GTTGAAACCTAGAA-----GTAGG---TCAC------T---ATGACCTC--A-TTAT-GATCTTTTTT-------TAA-A----C---G----------CA---A-A-------GTG-----AAA---TCATGAT------ATTG-AT-CAC-----------------------ACCATTAAGTCTGGTGAAACT----GA--TGC--AT--attatgatctttttttaaacgcaaagtgaaatcatgatattgatcacaccattaagtctggtgaaactgatgcata
gi|18 : atgaagaATTG-------TTAGGCCTAGAAC--T-ATAAAA---CGAT---------GAT-------GGTTGATA---CAT-TT-----------AAAGGAAA----------AAACCAAA-A----------------ATAG-----GT----TACTGTG------AC---C---T-C---T--T---a
gi|2 : GACTTT--CACAGTT-ATCTGCCCCTCATTTGTGTGTCA----TACC---------TGTCACACT--GTGAGGCCTAGAACAAT-AAATCTAAATGTC------T--GATGCATC-ATGGTGAGAAA----G--GTGAAT-G--AAAACCTTGAAA--T--AGGTCACTGTGGC---C---TCCT---T------TGGAATTTG
gi|2 : gacg--ATAC--CTGT-CA-CACTGTGAGGCCT-A-GAAC---AAT-AAATCTA--A--ATGTCT---GATGCATC-----A--T--------GGTG-----A------G-AAAG---------G--TGA-----ATGAAAACCTTGAA-----ATAGG---TCAC-----T----GTGGCCTC--C-TT-T-GGAATTT-GTGAC-------------C---ATA--------------------------------------CAT-A-------CTCG-GA-TCC-------T--G-------------CCATCAAACTTGGT-CAGAT----GA--TGCATAT--T---GGTGGAAATGGG-------TCTCACATTGCAAAAGCAAGTCtgaccatacatactcggatcctgccatcaaacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|2 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcC--C-ATCAAA---C-TT---------GGT------CAGATGATG---CATATT-----------GGTGGAAATGGGTCTCACATTGCAAA-A----------------GCAA-----GT----CTCT-TG---------------T-T---T--T-----AATTTCATGGCAACTTAT--T-T--AA-GTCAATTTTGGACC-------T---TAT--CTAT-AG-CACTGTGAGACTT-A-CAAC---CTCCAAACTGG--GTCAC-TC----AATGCAT---------------------------T------G---AG---------G---AT-----GTTGTGACCCAAAA-----GTAGG---GCAC-----TT----TGGTCTC--A-TT-TTGGAATTATTTGGT----TCT------C---GT---C-----TA---A-AT------GTGTC--TGGG---TTAT-AT------CTTG-CA-CAC-------T--GTAAGGCCCAG-CTTTACTTAATTTGGT-CAGCT----AA--TGA--AT--C---tcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcatacctgtcacactgtgaggcctagaacaataaatctaaatgtctgatgcatcatggtgagaaaggtgaatgaaaaccttgaaataggtcactgtggcctcctttggaatttgtgaccatacatactcggatcctgATAGGCTGT--CAT-GTCCATCTGCCTAGCTCTT-----TTACGTCT-CCTTTTTTTTTTTTCAC--T--CTGAGACCTAGGAACATCAAACTTG---CTCA---GTT--GATACATT-TTGG-GGGAAA----GATGTA--TTG--CAAACCAA-AAA--T--AGGTCACTGTGGCTTTC---T--T---T------TGGAATTTctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gatgcgatgcattatgaa-----TT---T---TCACTC-------TGAGACCTAGGAA--C-ATCAAA---C-TT---------GCT------CAGTTGATA---CATTTT-----------GGGGGAAAGATGTATTGCAAACCAAA-A----------------ATAG-----GT----CACTGTG------GCTTTC---T-T---T--T---GGAATTTTATGGTTATACATA-CTT--AA-ATTGTGTCTGGGTC----------ATAT--CTCT-CA-CATTGTAAGGC-T-A-CGAT---TATCAAACCAG--GTTAGCTC-----ATGCATC-----G--G--------GG-G-----G------G-GGGG---------GGTTGT-----AACATAACCCAAAC-----ATGGG---TCGC-----T-----CAACCT-----TC-T-GGAAATCAATGGC----TAG-A----T---ATG-AT-----CA---A-ATC-----ATCTC--TCAA---TCAT-AT------GTTG-AC-CTC-------T--GAGAGGTCTGT-GACCATCAAACTTGAT-TATTT----AA--TGC--AT--CATAGGGGGAAGAT-G-------TGTCACAACCCAAAAGTAGGTCAtatggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctctgagaggtctgtgaccatcaaacttgattatttaatgcatcatagggggaagatgtgtcacaacccaaaagtaggtcattgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|3 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttC--T--GAGAGGTCTGTGACCATCAAACTTG---ATTAT--T-T--AATGCATCATAGG-GGGAAG----AT-GTG--TCA--CAACCC---AAAAGT--AGGTCATTGCATC---CACAT--T---T------AGGAA-TTGCA-AT-TG-Attgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttttttcactctgagacctaggaacatcaaacttgctcagttgatacattttgggggaaagatgtattgcaaaccaaaaataggtcactgtggctttcttttggaattttatggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctTGTCTGGGTTTTAT-A-----TC---TTTCACATTGAGAGGGCTGAGGCCTAGGAC--C-GTTAAA---G-TC---------GGT------CCGTTAATG---CATCTT-----------GTAGAGAAGGTGTGTTGCAAATAAAA-A----------------ATAG-----TC----CAAAGAGCATCATGC---T---C-T---T--T---GGAATT-----------CATT-C-TC-AA-ATTGTTTCCAGATCA----TGT--CTA------T-TG-CACT---AGTTTT-A----------------------TC----T----GATGCATC-----A--G--------GG-G-----G------A-AAAG---------G--TGT-----GTGATGATCCAATT-----AGAGG---TCAC-----C----ATGGCCTC--A-TT-TTGGAATTTTATGGCCTGGCAT-A----C---ATT-TT-----CT---G-ATT-----GTGCC--TGGG---TCAT-ATCTAAAACTTG-CA-CAT-------T--TTGAGGCTTAG-GACCTTCTGACTT-GT-CAGCC----GA--TGC--AT--C---TTAGGA-------------TGTCA--ACTCAAGActgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgCAT--T--TTGAGGCTTAGGACCTTCTGACTTG----TCA---G-CC-GATGCATC-TT-------AG----G--ATG--TC-----AAC---------------TCAAGATGGC---C---TCAT---T------TTGAAACTGCATAT-------TGACAATATGATAG---ATTGTGA----CTTCAAGTGTGCAtggcctcattttgaaactgcatattgacaatatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgtgtctgggttttatatctttcacattgagagggctgaggcctaggaccgttaaagtcggtccgttaatgcatcttgtagagaaggtgtgttgcaaataaaaaatagtccaaagagcatcatgctctttggaattcattctcaaattgtttccagatcatgtctattgcactagttttatctgatgcatcagggggaaaaggtgtgtgatgatccaattagaggtcaccatggcctcattttggaattttatggcctggcatacattttctgattgtgcctgggtcatatctaaaacttgcaTAGGAC--T-ATCCAA---C-CT---------AGT------CAGTTGATG---CTAGTT-----------AGGGAGTGGG-GTTTCATAAATCAAA-T----------------ATAG-----ATATCATACTGCT------GC---T---T-C---C--TTCTGGAATTTTGTGGCTATTCATA-C-TC-AA-ATCATGTCT-----A----TAG--ATAT--C--------------AGGCTTCATGGAC---CATCAAACTCGAAGTCAAGTT----GATGCAGC-----T--G--------GG-G----------------AG----------------------------------------TAGG---ACAC-----T------GGTCTC--A-TT-TTGGAATTTTATGGC----TAT-A----C---ATATGTA----CA---A-ATC-----ATGTC--CATA---TTGT-AT------CCTG-AA-AACTGTGTCAT--GTGAGGCCAAA-GACCTTCAATCTTGGT--AG-T----G----GC--A--------AGAAA-----G-------TGC--TGATCTAAAAATAGGACACaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : atcatttctttcatgcttaTCA---T--GTGAGGCCAAAGACCTTCAATCTTG---GT-A---G-T--G--GCA---------AGAAA----G---TG--CTGATCTAA-----AAA--T--AGGACACAATGGC---C---T--C---TCGATCATGTAGTTTGGG-AT-TGCAAATGACAGCA-----GCTT-TTGT------CTTCAAGCATGCAGTCAAaatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : atcatttctttcatgcttataggactatccaacctagtcagttgatgctagttagggagtggggtttcataaatcaaatatagatatcatactgctgcttccttctggaattttgtggctattcatactcaaatcatgtctatagatatcaggcttcatggaccatcaaactcgaagtcaagttgatgcagctggggagtaggacactggtctcattttggaattttatggctatacatatgtacaaatcatgtccatattgtatcctgaaaactgtgTGTGTCACAAATTAAA-A----------------ATAGAAGTGGT----CGCTGTA------GT---C---C-C---A------GGAATCCTA---CTTTA-------------ATTATGTCCAGATCG----TGT-----T--GTTT--A-CACTACGAGACTT-A-GGAC---CATCAGAATTG--GTCAAAT-----AATGCATT-----A--T--------GA-A------------G-GAA----------G--TCT-----GTTGacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : -----GT----CACTA--------GC---T---T-CATAT--T---GGAATTTTATGGTTATGCATATT-T--AA-ATCATGTCCCGATCA----TAT--A------TTG-TA-CATTGTGAGACCA-A-GGACCTGCTTTAATCTTG--GTCAGGT-----GAAGCATC-----T--TTGGGAAGGGG-G-----TGCGGGAG-GACG---------G--TGA-----GGTGTGGGCCAAAT-----ACAAG---TCACCAA--TT-------CTTC-----C-T-GGAAATTTATGGT----CAT-A----C---ATA-CT-----CA---A-TTA-----GTGTCTATGGA---TTCT-AT------ATTG-TA-TAT-------T--GTGAGGtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtgtcactagcttcatattggaattttatggttatgcatatttaaatcatgtcccgatcatatattgtacattgtgagaccaaggacctgctttaatcttggtcaggtgaagcatctttgggaagggggtgcgggaggacggtgaggtgtgggccaaatacaagtcaccaattcttcctggaaatttatggtcatacatactcaattagtgtctatggattctatattgtatattgtgagg
gi|7 : tgtgtcacaaattaaaaatagaagtggtcgctgtagtcccaggaatcctactttaattatgtccagatcgtgttgtttacactacgagacttaggaccatcagaattggtcaaataatgcattatgaaggaagtctgttgtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtTGTCTGGTT---AT-AATCT-TTCGCT---ACACTG-------TGAGGCCTTGGAT--T--TCAGA---C-CT---------AGT------CAGTTGCTGGCCTTTTTT-----------GGAAGGAAGTTGTGTCATGACCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CATTGTG------GC---C---TAC---TTCT---GGAATTTTACAACTATACACA-A-TCAGA-ATTATGTCAG----A----TA---GTAT--CTTTGCA-CACTGGGAGGCTT-A-GGAC---CACCAAA-TTG--GTC-GGTT----AATGAACC-----T--T--------GT-A-----G------G-GAAG---------G--TGT-----GTCCTGAGCAAAAT------TAGG---TCAC-----TT----TAGCCTT--ATTT-T-GGAAT
gi|8 : gATCATATCT--------T-A-----CTC--T---CCAC----------AAAGCCT-GGA-----ATCG--------T---------GAT------CTCTCGCTA---TATCTT-----------GGAATGAAGTTTT-TCAC-AGCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CACCTTG------GC---CTTGT-T---T--T---CAAGTTGTATGACTAAACATC-C-CAGAA-ATCATGTTAAGGTAT----TATG-AGAC--CTTG-CA-TAATGCAAGGCCG-A-GGAC---CATTAAATCT----TC---TC----AA--------------T--------GA-G-----T------G-AAGT---------A--TGTGATGAGTTGCAACTAAAAA-----GCATT---CCA------TT---A----CTA--A-TT-T-GCAATTCAAT-GT----TAT--------------TG-----CA---A-ATT-----GTGT----------TCAT-AT------CATGTTG-CAT-------T--TAGAGA-CTAGAGATCATCAAACCTTGT-CATTT----GA--Taatcaaaattgtcctggtggatgttggtatatgcaacataaacatgtatcttgtacatgtagttcgagatggacgtataatgtactcttagaggtgtatttta
gi|9 : gacatttccatctgtcgttggcattttgtaatctttttttcttatcttgACTTG--GTC-GGTT----GATGTATCA----T--T--------GG-G-----T------G-GGAGTGGGGGGGGG--GGG-----GTCATGAATCAAAA-----ATAGT---TCA------TT---GTTGCCTC--A-TT-TTGAAATTATATGGC----TAG-A----TCTAATA-TTGTATACA---AGACC-----ATGTT--TAGG---TCAT-AT------C-TG-TAGCAC-------TTAGTGTGGTCTAG-GACCATCAAA-TTAGT-CAACTGTCAGA--TGC--AT--C---
gi|9 : catctgttaggtttCAC--TTAGTGTGGTCTAGGACCATCAAA-TTA---GTCAACTG-TCAGATGCATCTTTGA-TTGAAG----G--GTG--CTT--TAAAT---------T--AAGTCACCAT-AC---C---T--T---A------TGAAtttgattgaagggtgctttaaattaagtcaccataccttatgaacatgccaaaagtttttgatttcaagcactccgacagatatgcatcatgtaccagtactaattgggcatatcatgcaccataa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTCACAGCATACAAACATGTAGTTCCAGATAGGGATATCATGTACCTTAGTGGTACATTTTATTTGATACT
Alignments
lowQualScore : 11 22 1 7777777777777777777777777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2222222222222 2 1111 2222222222 555555 11 1 1 22222 1 55555555555555555555555555 1111111 11111 1111111111111111 111111 22222222222 2222222222222222 1111111111111111111111111111 2222222222222 3333333333333333333333 222222222 3333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111 1111111 2222222222222 1111 1 1111 222222222222222222222 111111 5555555555555
lowQualScore : 88 77 3 6666666666666666666666666 3 66 66 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 0 888 888 7777777777777 1 0 1111 1 4444444444 333333 22 5 5 1 66666 5 99999999999999999999999999 6666666 00000 8888888888888888 111111 777 4 66666666666 33 2 333 1 3 0000000000000000 77777 6666 9999999999999999999999999999 0 0 8888888888888 3 0 6666666666666666666666 2 0 1 2 2 555 0 33 333333333 6666666666666666666666666666666666 2 3333333333333333333333333 0 2 6666666 444 7777777777777 2222 2 3 22 1 0000 222222222222222222222 444 2 777777 555555555 2 888888 1 6666 9999999999 0 1 0 3 2 3 11 7777 55 55 333333 1111111111111 6
lowQualScore : .. .. . ......................... . .. .. ..................................................................... .. . ... ... ............. . . .... . .......... ...... .. . . . ..... . .......................... ....... ..... ................ ...... ... . ........... .. . ... . . ................ ..... .... ............................ . . ............. . . ...................... . . . . . ... . .. ......... .................................. . ......................... . . ....... ... ............. .... . . .. . .... ..................... ... . ...... ......... . ...... . .... .......... . . . . . . .. .... .. .. ...... ............. .
lowQualScore : 33 33 3 7777777777777777777777777 2 99 99 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 2 888 888 8888888888888 7 4 8888 0 0000000000 333333 77 0 0 0 55555 5 22222222222222222222222222 2222222 77777 5555555555555555 555555 000 5 44444444444 22 1 000 0 1 4444444444444444 11111 1111 3333333333333333333333333333 3 3 9999999999999 3 7 4444444444444444444444 9 1 3 9 9 000 9 77 555555555 6666666666666666666666666666666666 5 1111111111111111111111111 5 0 8888888 777 3333333333333 4444 7 3 00 2 0000 333333333333333333333 777 7 111111 111111111 9 222222 0 9999 6666666666 6 0 4 3 0 6 55 7777 00 55 222222 6666666666666 3
consensus : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TTGG-GGGAAG----G--GTG--TCG--CAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--T---T------TGGAATTTGCATAT-TG-AAATGACANCACGATGGCCTATTGTG-----CTTCAAGCGTGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----AT-A-----TT---T---ACACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---C-CT---------GGT------CAGTTGATG---CATCTT-----------GGGGGGAAGGTGTGTCGCGANCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CACTGTG------GC---C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AA-ATCGTGTCCGGATCA----TAT--ATAT--CTTT-CA-CACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAGGTC----GATGCATC-----T--T--------GG-G-----T------G-GAAG---------G--TGT-----GTCGCGACCCAAAN-----ATAGG---TCAC-----TT---GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TAT-A----C---ATA-NT-----CA---A-ATC-----GTGTC--TGGA---TCAT-AT------CTTG-NA-CAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGT-CAGCT----GA--TGC--AT--C---GGGGGA-----G-------TGTCACGACCCAAAAGTAGGTCAC
Reference ( family-2769 ) : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TTGG-GGGAAG----G--GTG--TCG--CAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--T---T------TGGAATTTGCATAT-TG-AAATGACANCACGATGGCCTATTGTG-----CTTCAAGCGTGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----AT-A-----TT---T---ACACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---C-CT---------GGT------CAGTTGATG---CATCTT-----------GGGGGGAAGGTGTGTCGCGANCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CACTGTG------GC---C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AA-ATCGTGTCCGGATCA----TAT--ATAT--CTTT-CA-CACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAGGTC----GATGCATC-----T--T--------GG-G-----T------G-GAAG---------G--TGT-----GTCGCGACCCAAAN-----ATAGG---TCAC-----TT---GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TAT-A----C---ATA-NT-----CA---A-ATC-----GTGTC--TGGA---TCAT-AT------CTTG-NA-CAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGT-CAGCT----GA--TGC--AT--C---GGGGGA-----G-------TGTCACGACCCAAAAGTAGGTCAC
gi|1 : ATAAGCTTTACCATTGTT-ATCTGCTTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TT-CAC--C--GTGAGATCTAGGACCATCGAACTTG---CTC-----------TGC-----TGGAGGGGAA----G--GTG--TCA--GAAATC---AAA--CCAAGGTCACTATAGC---C---T--T---C------TGGAATTTATATATATG-AAATGACACCACAATGGCCTACTGTGTGTTCCCTCAAG-ATGCA-TCAACTGAATTT-ATGGTAAT-----ACTTATACACAAATTATGTCTGG-----AG-A-----TT---T---ACACTG-------TGAGGTCTAGGAT--T-ATCAAA---C-CTTAGATATATAGT------CAGTTGATT---TATCTT-----------GAGGGAAAGGTGTGTCATGACTCAAA-T----------------ATAG-----GG----CTCTGTC------AC---C---T-C---C--T---GGAATTTTATGGCTCTACATG-C-T--AATATTGTGTCTGGATCAATT-TATTTATAT--CTTT-GA-CACTGTGAGATTT-A-GGAC---CATCAGACTTG--ATCAGATCTGTTGATGCATT-----T--T--------GA-G-----T------G-GATG---------G--TGT-----GTCACAAACTAAATCT---ATAAG---TTAC-----TTACGGTGGCCCC-----C-T-GGAATTTGATAGC----TAT-A----A---CTA-CC-----CC---A-ATC-----TTGTG--TGGG---TCAT-AT------CTTT-AA-CAC-------T--GTGAACCCGAG-GACCATCAAATTTGGT-TAGTT----CA--TGC--AT--T---GGGGGA---------------TCATGACCCAAAAATGGGTCAC
gi|10 : ctgtggtTTTT-----------GGGTGGA---TG-ACCGCGATCAAGA-A----------------GTAA-----G-----CAATGTG------AC---A---T-TGTTT--T---GGAATTGTATGGCT--------T-C--AA-AGCGTGTCCGGACCA----TAT--ATGTACCTTG-CA-CACTGAGAGGCAT-A-GGGT---TATCAAACTTG--GTCA-GTG----GGTACATA-----T--T---------A-G-----T------GAAAAG---------G--TAT-----GTCTTTACCAGAAA-----GTATG---T-AA-----TT---ATAGCCTCA-A-TT-T-GAAA-ATTATGGC----TAT-A----C---ATA-AT-----CA---A-ATC-----G-GTC--CGGA---TCA
gi|11 : ----TAT-A----T---ATA-AT-----TATATA-ATC-----ATGTC--TCAA---TCTT-AT------CTTG-AG-CAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTAGT-CAACT----AATTTGT--TT--T---AGAGAA-----GGTATTGATGTCATGACCTAAAAGTAGGTCACggtggatatgacatacatgtacatgta
gi|11 : ttCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTA---GTCA---ACT--AATTTGTT-TTAG-AGAAGGTATTG--ATG--TCA--TGACCT---AAAAGT--AGGTCAC--TGGC---C---T--CATAT------TGG-ATTTGCA-AT-TG-tggcctcatattggatttgcaattggcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|12 : tttatatataattatataatcatgtctcaatcttatcttgagTTGTGTCCAGATGA----TTT--AT-------T-AAGCACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CACCAAATTTG--GTCAG-TC----GATGCATCAGGAGTGAT--------AG-G-----G------G-GGGG---------G--GGG-----GGCATGACATAAAGTC---A-AGA---TCAC-----T----GTAGCCTC--ATTT-T-GGAATT-----GCAG--TATCA----C---ATC-TT-----GG---G-ACCTTAAGATATC--TAGATGGTCAT-AT------CATG-TA-CCC-------T--gcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|13 : tgttgtGAACTTCATAGAAATCAACAACTT-TGCATAAATCATGTCTGG-----ATCATATCCTT---C---TCACTG-------TAAGGCATAGGACAACAATCAAATCTT-CT---------GGTTACCAGTAGTTGATG---AANNNNNNNNA------GGGGGGGGGGGGGGTCATGACTCAAATACATGTATATATACATTGTAA-----GT----CACTGTT------GA---C---A-C---T--T---GGAATTTTATGGTTATACATA-agcagtatttaaatattgatgatataaccagga
gi|14 : TCATATC-----------A-----TT---G---ACACTG-------TAAAGCTTAGGAC--T-ATCAAA---C-CA---------GGT------AAAATAAGG---CACCCCCCGGGGGGGGGGGGGGGCAGTTATGTCGTGATCCCAA-A----------------TTTT-----GT----CATTGTG------TC---C---T-CCCTC--T---GGAATTTT----------------C--AA-ATCATGTTCGGACTACAGCTGT--ATAT--CTTG-CA-CACGATGAGGGTC-A-TTAT---AATCAAATCTA--GTCAggcttattcatctg
gi|15 : g-----CA---A-AGC-----GTGTC--TGGA---TC-------------TG-T--CAC-------A--GTGAGGCGTAG-GACTATAAAACTTCGT-CAACT----GA--TGC--ATTCT---GGGGGA-----A-------Ttttaatgaacagttgtatgg
gi|15 : --AA-AGCGTGTCTGGATC-----------------TGT-CA-CA--GTGAGGCGT-A-GGAC---TATAAAACTTC--GTCAACT-----GATGCATT-----C--T--------GG-GGGAATT------G-GAAC---------A--TCT-----GTC-CGATTTACCT-----ATAGACATTCCCATGTATT---GTGGACTCTAA-TT-T--CAATCTTATGtggaacatctgtccgatttacctatagacattcccatgtattgtggactctaatttcaatcttatg
gi|16 : c-----T------G-GATG---------T--TGT-----ATCATGACCCAAACCAAAAGTTGG---TCGG-----TT---GT---CTT--A-TT-TTGGAATTTTATAGC----TAT-ATATAC---ATA-GT-----CA---A-ATC-----GTATC--TGTA---TCAT-GC------CTTG-CA-CTC-------T--ATGGGGCTTAG-CTCCATTAAA
gi|17 : taGAGGAAGGCATGTTGAAACCTAGA-A----------------GTAG-----GT----CACTATG------AC---C---T-C---
gi|17 : atgaa------G-GAAG---------G--CAT-----GTTGAAACCTAGAA-----GTAGG---TCAC------T---ATGACCTC--A-TTAT-GATCTTTTTT-------TAA-A----C---G----------CA---A-A-------GTG-----AAA---TCATGAT------ATTG-AT-CAC-----------------------ACCATTAAGTCTGGTGAAACT----GA--TGC--AT--attatgatctttttttaaacgcaaagtgaaatcatgatattgatcacaccattaagtctggtgaaactgatgcata
gi|18 : atgaagaATTG-------TTAGGCCTAGAAC--T-ATAAAA---CGAT---------GAT-------GGTTGATA---CAT-TT-----------AAAGGAAA----------AAACCAAA-A----------------ATAG-----GT----TACTGTG------AC---C---T-C---T--T---a
gi|2 : GACTTT--CACAGTT-ATCTGCCCCTCATTTGTGTGTCA----TACC---------TGTCACACT--GTGAGGCCTAGAACAAT-AAATCTAAATGTC------T--GATGCATC-ATGGTGAGAAA----G--GTGAAT-G--AAAACCTTGAAA--T--AGGTCACTGTGGC---C---TCCT---T------TGGAATTTG
gi|2 : gacg--ATAC--CTGT-CA-CACTGTGAGGCCT-A-GAAC---AAT-AAATCTA--A--ATGTCT---GATGCATC-----A--T--------GGTG-----A------G-AAAG---------G--TGA-----ATGAAAACCTTGAA-----ATAGG---TCAC-----T----GTGGCCTC--C-TT-T-GGAATTT-GTGAC-------------C---ATA--------------------------------------CAT-A-------CTCG-GA-TCC-------T--G-------------CCATCAAACTTGGT-CAGAT----GA--TGCATAT--T---GGTGGAAATGGG-------TCTCACATTGCAAAAGCAAGTCtgaccatacatactcggatcctgccatcaaacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|2 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcC--C-ATCAAA---C-TT---------GGT------CAGATGATG---CATATT-----------GGTGGAAATGGGTCTCACATTGCAAA-A----------------GCAA-----GT----CTCT-TG---------------T-T---T--T-----AATTTCATGGCAACTTAT--T-T--AA-GTCAATTTTGGACC-------T---TAT--CTAT-AG-CACTGTGAGACTT-A-CAAC---CTCCAAACTGG--GTCAC-TC----AATGCAT---------------------------T------G---AG---------G---AT-----GTTGTGACCCAAAA-----GTAGG---GCAC-----TT----TGGTCTC--A-TT-TTGGAATTATTTGGT----TCT------C---GT---C-----TA---A-AT------GTGTC--TGGG---TTAT-AT------CTTG-CA-CAC-------T--GTAAGGCCCAG-CTTTACTTAATTTGGT-CAGCT----AA--TGA--AT--C---tcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcatacctgtcacactgtgaggcctagaacaataaatctaaatgtctgatgcatcatggtgagaaaggtgaatgaaaaccttgaaataggtcactgtggcctcctttggaatttgtgaccatacatactcggatcctgATAGGCTGT--CAT-GTCCATCTGCCTAGCTCTT-----TTACGTCT-CCTTTTTTTTTTTTCAC--T--CTGAGACCTAGGAACATCAAACTTG---CTCA---GTT--GATACATT-TTGG-GGGAAA----GATGTA--TTG--CAAACCAA-AAA--T--AGGTCACTGTGGCTTTC---T--T---T------TGGAATTTctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gatgcgatgcattatgaa-----TT---T---TCACTC-------TGAGACCTAGGAA--C-ATCAAA---C-TT---------GCT------CAGTTGATA---CATTTT-----------GGGGGAAAGATGTATTGCAAACCAAA-A----------------ATAG-----GT----CACTGTG------GCTTTC---T-T---T--T---GGAATTTTATGGTTATACATA-CTT--AA-ATTGTGTCTGGGTC----------ATAT--CTCT-CA-CATTGTAAGGC-T-A-CGAT---TATCAAACCAG--GTTAGCTC-----ATGCATC-----G--G--------GG-G-----G------G-GGGG---------GGTTGT-----AACATAACCCAAAC-----ATGGG---TCGC-----T-----CAACCT-----TC-T-GGAAATCAATGGC----TAG-A----T---ATG-AT-----CA---A-ATC-----ATCTC--TCAA---TCAT-AT------GTTG-AC-CTC-------T--GAGAGGTCTGT-GACCATCAAACTTGAT-TATTT----AA--TGC--AT--CATAGGGGGAAGAT-G-------TGTCACAACCCAAAAGTAGGTCAtatggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctctgagaggtctgtgaccatcaaacttgattatttaatgcatcatagggggaagatgtgtcacaacccaaaagtaggtcattgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|3 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttC--T--GAGAGGTCTGTGACCATCAAACTTG---ATTAT--T-T--AATGCATCATAGG-GGGAAG----AT-GTG--TCA--CAACCC---AAAAGT--AGGTCATTGCATC---CACAT--T---T------AGGAA-TTGCA-AT-TG-Attgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttttttcactctgagacctaggaacatcaaacttgctcagttgatacattttgggggaaagatgtattgcaaaccaaaaataggtcactgtggctttcttttggaattttatggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctTGTCTGGGTTTTAT-A-----TC---TTTCACATTGAGAGGGCTGAGGCCTAGGAC--C-GTTAAA---G-TC---------GGT------CCGTTAATG---CATCTT-----------GTAGAGAAGGTGTGTTGCAAATAAAA-A----------------ATAG-----TC----CAAAGAGCATCATGC---T---C-T---T--T---GGAATT-----------CATT-C-TC-AA-ATTGTTTCCAGATCA----TGT--CTA------T-TG-CACT---AGTTTT-A----------------------TC----T----GATGCATC-----A--G--------GG-G-----G------A-AAAG---------G--TGT-----GTGATGATCCAATT-----AGAGG---TCAC-----C----ATGGCCTC--A-TT-TTGGAATTTTATGGCCTGGCAT-A----C---ATT-TT-----CT---G-ATT-----GTGCC--TGGG---TCAT-ATCTAAAACTTG-CA-CAT-------T--TTGAGGCTTAG-GACCTTCTGACTT-GT-CAGCC----GA--TGC--AT--C---TTAGGA-------------TGTCA--ACTCAAGActgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgCAT--T--TTGAGGCTTAGGACCTTCTGACTTG----TCA---G-CC-GATGCATC-TT-------AG----G--ATG--TC-----AAC---------------TCAAGATGGC---C---TCAT---T------TTGAAACTGCATAT-------TGACAATATGATAG---ATTGTGA----CTTCAAGTGTGCAtggcctcattttgaaactgcatattgacaatatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgtgtctgggttttatatctttcacattgagagggctgaggcctaggaccgttaaagtcggtccgttaatgcatcttgtagagaaggtgtgttgcaaataaaaaatagtccaaagagcatcatgctctttggaattcattctcaaattgtttccagatcatgtctattgcactagttttatctgatgcatcagggggaaaaggtgtgtgatgatccaattagaggtcaccatggcctcattttggaattttatggcctggcatacattttctgattgtgcctgggtcatatctaaaacttgcaTAGGAC--T-ATCCAA---C-CT---------AGT------CAGTTGATG---CTAGTT-----------AGGGAGTGGG-GTTTCATAAATCAAA-T----------------ATAG-----ATATCATACTGCT------GC---T---T-C---C--TTCTGGAATTTTGTGGCTATTCATA-C-TC-AA-ATCATGTCT-----A----TAG--ATAT--C--------------AGGCTTCATGGAC---CATCAAACTCGAAGTCAAGTT----GATGCAGC-----T--G--------GG-G----------------AG----------------------------------------TAGG---ACAC-----T------GGTCTC--A-TT-TTGGAATTTTATGGC----TAT-A----C---ATATGTA----CA---A-ATC-----ATGTC--CATA---TTGT-AT------CCTG-AA-AACTGTGTCAT--GTGAGGCCAAA-GACCTTCAATCTTGGT--AG-T----G----GC--A--------AGAAA-----G-------TGC--TGATCTAAAAATAGGACACaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : atcatttctttcatgcttaTCA---T--GTGAGGCCAAAGACCTTCAATCTTG---GT-A---G-T--G--GCA---------AGAAA----G---TG--CTGATCTAA-----AAA--T--AGGACACAATGGC---C---T--C---TCGATCATGTAGTTTGGG-AT-TGCAAATGACAGCA-----GCTT-TTGT------CTTCAAGCATGCAGTCAAaatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : atcatttctttcatgcttataggactatccaacctagtcagttgatgctagttagggagtggggtttcataaatcaaatatagatatcatactgctgcttccttctggaattttgtggctattcatactcaaatcatgtctatagatatcaggcttcatggaccatcaaactcgaagtcaagttgatgcagctggggagtaggacactggtctcattttggaattttatggctatacatatgtacaaatcatgtccatattgtatcctgaaaactgtgTGTGTCACAAATTAAA-A----------------ATAGAAGTGGT----CGCTGTA------GT---C---C-C---A------GGAATCCTA---CTTTA-------------ATTATGTCCAGATCG----TGT-----T--GTTT--A-CACTACGAGACTT-A-GGAC---CATCAGAATTG--GTCAAAT-----AATGCATT-----A--T--------GA-A------------G-GAA----------G--TCT-----GTTGacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : -----GT----CACTA--------GC---T---T-CATAT--T---GGAATTTTATGGTTATGCATATT-T--AA-ATCATGTCCCGATCA----TAT--A------TTG-TA-CATTGTGAGACCA-A-GGACCTGCTTTAATCTTG--GTCAGGT-----GAAGCATC-----T--TTGGGAAGGGG-G-----TGCGGGAG-GACG---------G--TGA-----GGTGTGGGCCAAAT-----ACAAG---TCACCAA--TT-------CTTC-----C-T-GGAAATTTATGGT----CAT-A----C---ATA-CT-----CA---A-TTA-----GTGTCTATGGA---TTCT-AT------ATTG-TA-TAT-------T--GTGAGGtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtgtcactagcttcatattggaattttatggttatgcatatttaaatcatgtcccgatcatatattgtacattgtgagaccaaggacctgctttaatcttggtcaggtgaagcatctttgggaagggggtgcgggaggacggtgaggtgtgggccaaatacaagtcaccaattcttcctggaaatttatggtcatacatactcaattagtgtctatggattctatattgtatattgtgagg
gi|7 : tgtgtcacaaattaaaaatagaagtggtcgctgtagtcccaggaatcctactttaattatgtccagatcgtgttgtttacactacgagacttaggaccatcagaattggtcaaataatgcattatgaaggaagtctgttgtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtTGTCTGGTT---AT-AATCT-TTCGCT---ACACTG-------TGAGGCCTTGGAT--T--TCAGA---C-CT---------AGT------CAGTTGCTGGCCTTTTTT-----------GGAAGGAAGTTGTGTCATGACCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CATTGTG------GC---C---TAC---TTCT---GGAATTTTACAACTATACACA-A-TCAGA-ATTATGTCAG----A----TA---GTAT--CTTTGCA-CACTGGGAGGCTT-A-GGAC---CACCAAA-TTG--GTC-GGTT----AATGAACC-----T--T--------GT-A-----G------G-GAAG---------G--TGT-----GTCCTGAGCAAAAT------TAGG---TCAC-----TT----TAGCCTT--ATTT-T-GGAAT
gi|8 : gATCATATCT--------T-A-----CTC--T---CCAC----------AAAGCCT-GGA-----ATCG--------T---------GAT------CTCTCGCTA---TATCTT-----------GGAATGAAGTTTT-TCAC-AGCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CACCTTG------GC---CTTGT-T---T--T---CAAGTTGTATGACTAAACATC-C-CAGAA-ATCATGTTAAGGTAT----TATG-AGAC--CTTG-CA-TAATGCAAGGCCG-A-GGAC---CATTAAATCT----TC---TC----AA--------------T--------GA-G-----T------G-AAGT---------A--TGTGATGAGTTGCAACTAAAAA-----GCATT---CCA------TT---A----CTA--A-TT-T-GCAATTCAAT-GT----TAT--------------TG-----CA---A-ATT-----GTGT----------TCAT-AT------CATGTTG-CAT-------T--TAGAGA-CTAGAGATCATCAAACCTTGT-CATTT----GA--Taatcaaaattgtcctggtggatgttggtatatgcaacataaacatgtatcttgtacatgtagttcgagatggacgtataatgtactcttagaggtgtatttta
gi|9 : gacatttccatctgtcgttggcattttgtaatctttttttcttatcttgACTTG--GTC-GGTT----GATGTATCA----T--T--------GG-G-----T------G-GGAGTGGGGGGGGG--GGG-----GTCATGAATCAAAA-----ATAGT---TCA------TT---GTTGCCTC--A-TT-TTGAAATTATATGGC----TAG-A----TCTAATA-TTGTATACA---AGACC-----ATGTT--TAGG---TCAT-AT------C-TG-TAGCAC-------TTAGTGTGGTCTAG-GACCATCAAA-TTAGT-CAACTGTCAGA--TGC--AT--C---
gi|9 : catctgttaggtttCAC--TTAGTGTGGTCTAGGACCATCAAA-TTA---GTCAACTG-TCAGATGCATCTTTGA-TTGAAG----G--GTG--CTT--TAAAT---------T--AAGTCACCAT-AC---C---T--T---A------TGAAtttgattgaagggtgctttaaattaagtcaccataccttatgaacatgccaaaagtttttgatttcaagcactccgacagatatgcatcatgtaccagtactaattgggcatatcatgcaccataa
blockSeqs : . CA C TTACGTCTCCTTTTTTTTT T AC TA GTCAACTAATTTGTTTTAGAGAAGGTATTGATGTCATGACCTAAAAGT TG TTT ACA CTCGATCA T T TGC A TGATAGA GA TG G C A CAACA . GGTTATAATCTTTCGCTA AGAGGGC CAACA TCTTCT TACCAG GCC T CCGGGGGGGGG GG A GCG T T CATGTATATATACATT AAGTG ATCA CATCATGCTCTTT ATACACAATCA . ACAGCTGTATATCTTGC G A C T CTG AA ATGTCT CTTTGGGAAGGGGGTGCGGGA A TGGGGGGGGGGGGGTCAT A CCAAAAG CAT ATGTATTGTG TAA A T TT G CTGG ATCTAATATTGTATA TAT G CTTAAG TAGATGG G CTAAAA T TTG TGTGTCAT C A A G AC GTCA TT AT CATA GGTATTGA T
blockSeqs : . T . GTGTGTCATACC T . . AATGTCTGATGCATCATGGTGAGAAAGGTGAATGAAAACCTTGAAAT TG . . CATAT T . TG G GCTT . CA GGGTTTTATATCTTTCA . CT CGAT . . N NNNNA TT G ATG C . . . . ACATTGTTTT AAACATCCCAG . ATATATGTACCTTGC . T . . . . AGCTC CAGGAGTGATAGGG . ATGTGATGAGTTGC T GTCA . TTATA AA . T TT G AG ATATACATAGT . . C TATGGA . . A TAG TTA C . C . AC . . . TCT AATGGG C
blockSeqs : T . . CTCAGTTGATACATTTTGGGGGAAAGATGTATTGCAAACCAAAAAT TG . . CCTT T . TG GGATCATATCCTTCT . CT CCA . . C . GC G GTG T . . . . TCCTCCCTCT ATACATACTT . TTATGAGACCTTGC . T . . . . AAGTT TCTGGGGGAATT . GGTTGTAACAT T AG . CAATT AT . T TT A . ACATATGTA . . C CGGA . . T AG T C . G . AC . . . T AGATG C
blockSeqs : . . ATTATTTAATGCATCATAGGGGGAAGATGTGTCACAACCCAAAAGT GA . . CATT A . . TACTCTC . CC CTT . . A . GG G GAA C . . . . GCTTTCTTTT ATTCATACTC . ATAGTATCTTTGC . G . . . . AGTG CATGGTGA . GTATGTCTT C TA . TTGTT AT . T TT G . CACATCTT . . C TCAA . . T TA T C . G . GA . . . T A T
blockSeqs : . . GTCAACTGTCAGATGCATCTTTGATTGAAGGGTGCTTTAAATT AA . . TT T ATTGA . AC CTT . . T . AT C ACA A . . . . GCTTCCTTCT ATGCATATTT . TTATCTATA . C . . . . AGTC CATTGGGT . GGGGGGCAT T AG . TGTA A . T AT G . ACATAAT . . C TGGA . . T CA A T . G . GC . . . C G .
blockSeqs : . . GTAGTGGCAAGAAAGTGCTGATCTAAAAAT CA . . TT . . CC GTC . . C . GT A GCA T . . . . GCTTCATATT ACTTATTT . ATATCTCTC . T . . . . AACT CGGGGGG . TTGTATCAT T AA . TTGT A . . CA G . ATATAAT . . C TGTA . . T AT T C . G . TT . . . C .
blockSeqs : . . TCAGCCGATGCATCTTAGGATGTCAAC . . . TA . CT CCT . . G . TT G GCA A . . . . GCCTACTTCT CATTCTC . ATGTCTATT . T . . . . ACTC CAGGGGG . GCATGTTGA C AG . TATG C . . TT G . ATATGAT . . T TGGG . . T GA T C . G . GC . . . C
blockSeqs : TT CCT . . T . TT T ATA A . . . . GCCTTGTTTT TTA . ATAGATATC . T . . . . AAAT CTTGTAG . GTGAATGAA C CA . TGTG A . . TT G . ACATTTT . . C TCAA . . T CA T T . T . TT . . . .
blockSeqs : . T . . C . T G ACA A . . . . GACACTT TC . GTGTTGTTT . T . . . . AGGT ATTAGT . GTGTGTGAT C TA . TTTG A . . TT G . ACATACT . . A TGGG . . C AC T . . A . AC . . .
blockSeqs : . . G G ATG A . . . . ACCTCTT C . ATATATTGT . C . . . . GGTT CTGGGG . GTGAGGTGT C TA . CATG A . . CA G . CATA . . T CATA . . T CA T . . . . G . .
blockSeqs : . . AC C . . . . GTCCCA . ATTTATTA . T . . . . GGTT TATGAA . GTGTGTCCT A AG . TTTA A . . AT . . CGTC . . C TAGG . . A AA T . .
blockSeqs : . A G . . . . TTTT TGTC . C . . . . TC TGAGT . ATCTGTCC A AA . TCA A . . T . . ACG . . . AAA . . . TA T
blockSeqs : . . . . . . . . T T . GATGTTGT C T . TTA . . . . . . TG . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TG** GGATATCTTTCA************** CCT************* GCCTCCTTCT****************** ATCATACTC**** ATATTGTACTTGC********* AGTT***** CATGGGG*************************** AA***** TGTG********* A*** AG***********
originalCons : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TTGG-GGGAAG----G--GTG--TCG--CAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--T---T------TGGAATTTGCATAT-TG-AAATGACANCACGATGGCCTATTGTG-----CTTCAAGCGTGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----AT-A-----TT---T---ACACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---C-CT---------GGT------CAGTTGATG---CATCTT-----------GGGGGGAAGGTGTGTCGCGANCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CACTGTG------GC---C---T-C---T--T---GGAATTTTATGGCTATACATA-C-T--AA-ATCGTGTCCGGATCA----TAT--ATAT--CTTT-CA-CACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAGGTC----GATGCATC-----T--T--------GG-G-----T------G-GAAG---------G--TGT-----GTCGCGACCCAAAN-----ATAGG---TCAC-----TT---GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TAT-A----C---ATA-NT-----CA---A-ATC-----GTGTC--TGGA---TCAT-AT------CTTG-NA-CAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGT-CAGCT----GA--TGC--AT--C---GGGGGA-----G-------TGTCACGACCCAAAAGTAGGTCAC
finalCons : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TTGG-GGGAAG----G--GTG--TCG--CAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--T---T------TGGAATTTGCATATTG--AAATGACANCACGATGGCCTATTGTG-----CTTCAAGCGTGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGGATATCTTTCA--------------CACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAACCT-------------GGT------CAGTTGATG---CATCTT-----------GGGGGGAAGGTGTGTCGCGANCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CACTGTGGCCTCCTTCT------------------GGAATTTTATGGCTATCATACTC----AA-ATCGTGTCCGGATCATATTGTACTTGC---------A-CACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTCAGTT-----GATGCATCATGGGG---------------------------G-GAAG---------G--TGT-----GTCGCGACCCAAAAA-----TAGG---TCACTGTG---------GCCTCA---TT-T-GGAATTTTATGGC----TAT-A----C---ATA-NT-----CA---A-ATC-----GTGTC--TGGA---TCAT-AT------CTTG-NA-CAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGT-CAGCT----GA--TGC--AT--C---GGGGGAAG-----------TGTCACGACCCAAAAGTAGGTCAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTCACAGCATACAAACATGTAGTTCCAGATAGGGATATCATGTACCTTAGTGGTACATTTTATTTGATACT
Alignments
lowQualScore : 11 22 1 7777777777777777777777777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2222222222222 2 1111 2222222222 555555 11 1 1 22222 1 2222222 1111111 1111 11111111111111111111 111111 22222222222 22222222222222222 3333333 555555555555555555 44444444444444444444444 1111111 22222222222222 111111111 1111 1111 111111111111111111111 111111 44444444444
lowQualScore : 88 77 3 6666666666666666666666666 3 66 66 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 0 888 888 7777777777777 1 0 1111 1 4444444444 333333 22 5 5 1 66666 5 9999999 4 777 3333333 0000 77777777777777777777 000000 1 666 3 44444444444 3 44 33 444 1 3 00000000000000000 77777 6666 33 99999999 0 1 5555555 0 44 44 3 1 3 0 5555 111111111111111111 3 1 333 2 555 33 2 66666 55555555555555555555555 66666 666666 0 2222222 2 2 11111111111111 111111111 7777 2 8 0 1 0000 777777777777777777777 444 2 66666 33 444 0 2 888888 1 8888 9999999999 3 2 3 33 7777 55 333333 1 00000000000 1 9 1
lowQualScore : .. .. . ......................... . .. .. ..................................................................... .. . ... ... ............. . . .... . .......... ...... .. . . . ..... . ....... . ... ....... .... .................... ...... . ... . ........... . .. .. ... . . ................. ..... .... .. ........ . . ....... . .. .. . . . . .... .................. . . ... . ... .. . ..... ....................... ..... ...... . ....... . . .............. ......... .... . . . . .... ..................... ... . ..... .. ... . . ...... . .... .......... . . . .. .... .. ...... . ........... . . .
lowQualScore : 33 33 3 7777777777777777777777777 2 99 99 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 2 888 888 8888888888888 7 4 8888 0 0000000000 333333 77 0 0 0 55555 5 0000000 4 888 0000000 5555 88888888888888888888 555555 4 444 2 22222222222 3 11 88 999 0 1 99999999999999999 11111 1111 11 22222222 3 5 2222222 4 55 22 1 6 5 4 2222 111111111111111111 0 9 999 9 000 77 7 77777 99999999999999999999999 22222 666666 2 1111111 1 7 99999999999999 111111111 7777 7 0 4 2 0000 999999999999999999999 777 7 77777 77 777 3 9 222222 0 0000 6666666666 3 0 6 00 7777 00 222222 7 00000000000 0 0 0
consensus : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TTGG-GGGAAG----G--GTG--TCG--CAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--T---T------TGGAATTTGCATAT-TG-AAATGACANCACGATGGCCTATTGTG-----CTTCAAGCGTGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-T---ATA-TCTTTC---ACACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---CC-T---------G---GT------CAGTTGATG---CATCTT-----------GG-GGGGAAGGTGTGTCGCGANCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CACTGTGGCCTC---CT-TTTGGAATTTTATGGCT-A-T-CATACTC--A-AATCGTGTCCGGATCA---TA-T-T-ATA----C-TTGCACACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTC-AG-----TTGATGCATCN-------T--------------GGGG-----GGAAGG--TGTGTCGCG----ACCCA-AA-----A--GT----AGGTCAC-T----GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TAT-A----C---ATA-NT-----CA---A-ATC-----GTGTC--TGGAT---CAT-AT------CTTG-NA-CAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGT-CAGCT----GA--TGCAT--C---GGGGGAA---G------TGTCATGACCCAAAAGTAGGTCAC
Reference ( family-2769 ) : NNNNNNNATAGGCTTT--CAC-GTT-ATCTGCCTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TTTCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTG---GTCA---G-T--GATGCATC-TTGG-GGGAAG----G--GTG--TCG--CAAACC---AAA--T--AGGTCACCGTGGC---C---T--T---T------TGGAATTTGCATAT-TG-AAATGACANCACGATGGCCTATTGTG-----CTTCAAGCGTGCAGTCAACTGAACTTCATGGNAATCAACAACTTATGCACAAATCATGTCTGG-----ATA-TCTTTC---ACACTG-------TGAGGCCTAGGAC--C-ATCAAA---CC-T---------G---GT------CAGTTGATG---CATCTT-----------GG-GGGGAAGGTGTGTCGCGANCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CACTGTGGCCTC---CT-TCTGGAATTTTATGGCT-A-T-CATACTC--A-AATCGTGTCCGGATCA---TA-T-T-GTA----C-TTGCACACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CATCAAACTTG--GTC-AG-----TTGATGCATCA-------T--------------GGGG-----GGAAGG--TGTGTCGCG----ACCCA-AA-----A--AT----AGGTCAC-T----GTGGCCTC--A-TT-T-GGAATTTTATGGC----TAT-A----C---ATA-NT-----CA---A-ATC-----GTGTC--TGGAT---CAT-AT------CTTG-NA-CAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTGGT-CAGCT----GA--TGCAT--C---GGGGGAA---G------TGTCACGACCCAAAAGTAGGTCAC
gi|1 : ATAAGCTTTACCATTGTT-ATCTGCTTAGCTTTT-----TCA----T-CC---------TT-CAC--C--GTGAGATCTAGGACCATCGAACTTG---CTC-----------TGC-----TGGAGGGGAA----G--GTG--TCA--GAAATC---AAA--CCAAGGTCACTATAGC---C---T--T---C------TGGAATTTATATATATG-AAATGACACCACAATGGCCTACTGTGTGTTCCCTCAAG-ATGCA-TCAACTGAATTT-ATGGTAAT-----ACTTATACACAAATTATGTCTGG-----AGA-TTT------ACACTG-------TGAGGTCTAGGAT--T-ATCAAA---CC-TTAGATATATA---GT------CAGTTGATT---TATCTT-----------GA-GGGAAAGGTGTGTCATGACTCAAA-T----------------ATAG-----GG----CTCTGTCACCTC---CT----GGAATTTTATGGCT-C-TACATGCTA--A-TATTGTGTCTGGATCAATTTA-T-TTATAT---C-TTTGACACTGTGAGATTT-A-GGAC---CATCAGACTTG--ATC-AGATCTGTTGATGCATTT-------T--------------GAGT-----GGATGG--TGTGTCACA----AACTA-AA-----TCTAT----AAGTTAC-TTACGGTGGCCCC-----C-T-GGAATTTGATAGC----TAT-A----A---CTA-CC-----CC---A-ATC-----TTGTG--TGGGT---CAT-AT------CTTT-AA-CAC-------T--GTGAACCCGAG-GACCATCAAATTTGGT-TAGTT----CA--TGCAT--T---GGGGGA-------------TCATGACCCAAAAATGGGTCAC
gi|10 : ctgtggtTTTT-----------GG-GTGGA---TG-ACCGCGATCAAGA-A----------------GTAA-----G-----CAATGTGACATT---GT-TTTGGAATTGTATGGCT----------TC--A-AAGCGTGTCCGGACCA---TA-TAT-GTA----CCTTGCACACTGAGAGGCAT-A-GGGT---TATCAAACTTG--GTC-AG-----TGGGTACATAT-------T--------------AGTG-----AAAAGG--TATGTCTTT----ACCAG-AA-----A--GT----ATGTAAT-T----ATAGCCTCA-A-TT-T-GAAA-ATTATGGC----TAT-A----C---ATA-AT-----CA---A-ATC-----G-GTC--CGGAT---CA
gi|11 : ----TAT-A----T---ATA-AT-----TATATA-ATC-----ATGTC--TCAAT---CTT-AT------CTTG-AG-CAC-------T--GTGAGGCCTAG-GACCATCAAACTTAGT-CAACT----AATTTGTTT--T---AGAGAAG---GTATTGATGTCATGACCTAAAAGTAGGTCACggtggatatgacatacatgtacatgta
gi|11 : ttCAC--T--GTGAGGCCTAGGACCATCAAACTTA---GTCA---ACT--AATTTGTT-TTAG-AGAAGGTATTG--ATG--TCA--TGACCT---AAAAGT--AGGTCAC--TGGC---C---T--CATAT------TGG-ATTTGCA-AT-TG-tggcctcatattggatttgcaattggcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|12 : tttatatataattatataatcatgtctcaatcttatcttgagTTGTGTCCAGATGA---T--T-T-AT--------TAAGCACTGTGAGGCTT-A-GGAC---CACCAAATTTG--GTC-AG-----TCGATGCATCAGGAGTGAT--------------AGGG-----GGGGGG--GGGGGCATG----ACATA-AA-----GTCA-----AGATCAC-T----GTAGCCTC--A-TT-TTGGAATT-----GCAG--TATCA----C---ATC-TT-----GG---G-ACCTTAAGATATC--TAGATGGTCAT-AT------CATG-TA-CCC-------T--gcactgtcacagcttgttactttaagcaatagatatgcattatgtacatgtgtataatgaactgtagtggcatgcttttattt
gi|13 : tgttgtGAACTTCATAGAAATCAACAACTT-TGCATAAATCATGTCTGGATC--ATA-TCCTTC---TCACTG-------TAAGGCATAGGACAACAATCAAATCTTC-T---------G---GTTACCAGTAGTTGATG---AANNNNNNNNA------GG-GGGGGGGGGGGGTCATGACTCAAATACATGTATATATACATTGTAA-----GT----CACTGTTGACAC-------TTGGAATTTTATGGTT-A-TACATAagcagtatttaaatattgatgatataaccagga
gi|14 : -----ATA-TCATTG---ACACTG-------TAAAGCTTAGGAC--T-ATCAAA---CC-A---------G---GT------AAAATAAGG---CACCCCCCGGGGGGGGGGG-GGGGCAGTTATGTCGTGATCCCAA-A----------------TTTT-----GT----CATTGTGTCCTC---CC-TCTGGAATTT-----------------TC--A-AATCATGTTCGGACTA---CAGC-T-GTATAT-C-TTGCACACGATGAGGGTC-A-TTAT---AATCAAATCTA--GTC-AT-----TTAATGggcttattcatctg
gi|15 : gtc-----CA---A-AGC-----GTGTC--TGGAT---C-------------TG-T--CAC-------A--GTGAGGCGTAG-GACTATAAAACTTCGT-CAACT----GA--TGCATTCT---GGGGGAA---T------TGaacagttgtatgg
gi|15 : C--A-AAGCGTGTCTGGATC---------T-GT----------CACA--GTGAGGCGT-A-GGAC---TATAAAACTTC--GTC-AA-----CTGATGCATTC-------T--------------GGGGGAATTGGAACA--TCTGTC-CGATTTACCTATAG-----AC-ATTCCCATGT-AT-T----GTGGACTCTAA-TT-T--CAATCTTATGgaacatctgtccgatttacctatagacattcccatgtattgtggactctaatttcaatcttatg
gi|16 : -----GGATGT--TGTATCATG----ACCCA-AACCAAAA--GT----TGGTCG-------GTTGTCTT--A-TT-TTGGAATTTTATAGC----TAT-ATATAC---ATA-GT-----CA---A-ATC-----GTATC--TGTAT---CAT-GC------CTTG-CA-CTC-------T--ATGGGGCTTAG-CTCCATTAAA
gi|17 : tatGA-----GGAAGG--CATGTTGAA----ACCTA-GA-----A--GT----AGGTCAC-T----ATGACCTC--A-TTAT-GATCTTTTTT-------TAA-A----C---G----------CA---A-A-------GTG-----AAAT---CATGAT------ATTG-AT-CAC-----------------------ACCATTAAGTCTGGTGAAACT----GA--TGCAT--
gi|18 : atgaaATTG-------TTAGGCCTAGAAC--T-ATAAAA---CGAT---------G---AT-------GGTTGATA---CAT-TT-----------AA-AGGAAAA----------AACCAAA-A----------------ATAG-----GT----TACTGTGACCTC---TT-a
gi|2 : GACTTT--CACAGTT-ATCTGCCCCTCATTTGTGTGTCA----TACC---------TGTCACACT--GTGAGGCCTAGAACAAT-AAATCTAAATGTC------T--GATGCATC-ATGGTGAGAAA----G--GTGAAT-G--AAAACCTTGAAA--T--AGGTCACTGTGGC---C---TCCT---T------TGGAATTTG
gi|2 : gacgTGTC--------ATA-CCTGTC---ACACTG-------TGAGGCCTAGAAC--A-AT-AAA---TC-T---------AAATGT------C---TGATG---CATCAT-----------GGTGAGAAAGGTGAATGAAAACCTTGA-A----------------ATAG-----GT----CACTGTGG---C---CT-CC-------TT-TGG------------------AATT-TGT---GACCA---TA-C---ATA----C-TCGGATCCTG--------------C---CATCAAACTTG--GTC-AG-----ATGATGCATAT-------T--------------GGTG-----GAAATG--GGTCTCACA----TTGCA-AA-----A--GC----AAGTCTCTT----GT----------TT-T---AATTTCATGGC-----A--A----C---TTA-TT-----TA---A-GTC-----AATTT--TGGAC---CTT-AT------CTAT-AG-CAC-------T--GTGAGACTTAC-AACCTCCAAACTGGGT-CACTC----AA--TGCAT--T---GAGG------A------TGTTGTGACCCAAAAGTAGGGCACtgaccatacatactcggatcctgccatcaaacttggtcagatgatgcatattggtggaaatgggtctcacattgcaaaagcaagtctcttgttttaatttcatggcaacttatttaagtcaattttggaccttatctatagcactgtgagacttacaacctccaaactgggtcactcaatgcattgaggatgttgtgacccaaaagtagggcactttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|2 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgC--C-ATCAAA---CT-T---------G---GT------CAGATGATG---CATATT-----------GG-TGGAAATGGGTCTCACATTGCAAA-A----------------GCAA-----GT----CTCT-TG---------T-TTT--AATTTCATGGCA-A---CTTATTT--A-AGTCAATTTTGGACCT---TA-TCT-ATA----------GCACTGTGAGACTT-A-CAAC---CTCCAAACTGG--GTC-AC-----TCAATGCATT-------------------------GA-----GGA-------TGTTGTG----ACCCA-AA-----A--GT----AGGGCAC-T----TTGGTCTC--A-TT-TTGGAATTATTTGGT----TCT------C---GT---C-----TA---A-AT------GTGTC--TGGGT---TAT-AT------CTTG-CA-CAC-------T--GTAAGGCCCAG-CTTTACTTAATTTGGT-CAGCT----AA--TGAAT--C---tttggtctcattttggaattatttggttctcgtctaaatgtgtctgggttatatcttgcacactgtaaggcccagctttacttaatttggtcagctaatgaatcctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gacggactttcacagttatctgcccctcatttgtgtgtcatacctgtcacactgtgaggcctagaacaataaatctaaatgtctgatgcatcatggtgagaaaggtgaatgaaaaccttgaaataggtcactgtggcctcctttggaatttgtgaccatacatactcggatcctgATAGGCTGT--CAT-GTCCATCTGCCTAGCTCTT-----TTACGTCT-CCTTTTTTTTTTTTCAC--T--CTGAGACCTAGGAACATCAAACTTG---CTCA---GTT--GATACATT-TTGG-GGGAAA----GATGTA--TTG--CAAACCAA-AAA--T--AGGTCACTGTGGCTTTC---T--T---T------TGGAATTTctggagtagagatccatgtttatatcctgtacatttggttccagacaagtgtgtcgtgtgccctagcagtgcatggtattagttatcat
gi|3 : gatgcgatgcattatgaa-TTTTTT---TCACTC-------TGAGACCTAGGAA--C-ATCAAA---CT-T---------G---CT------CAGTTGATA---CATTTT-----------GG-GGGAAAGATGTATTGCAAACCAAA-A----------------ATAG-----GT----CACTGTGGCTTT---CT-TTTGGAATTTTATGGTT-A-TACATACTT--A-AATTGTGTCTGGGTCA---TA-T----------C-TCTCACATTGTAAGGC-T-A-CGAT---TATCAAACCAG--GTT-AG-----CTCATGCATCG-------G--------------GGGG-----GGGGGGGTTGTAACATA----ACCCA-AA-----C--AT----GGGTCGC-T-----CAACCT-----TC-T-GGAAATCAATGGC----TAG-A----T---ATG-AT-----CA---A-ATC-----ATCTC--TCAAT---CAT-AT------GTTG-AC-CTC-------T--GAGAGGTCTGT-GACCATCAAACTTGAT-TATTT----AA--TGCAT--CATAGGGGGAAGATG------TGTCACAACCCAAAAGTAGGTCAtatggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctctgagaggtctgtgaccatcaaacttgattatttaatgcatcatagggggaagatgtgtcacaacccaaaagtaggtcattgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|3 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctcctttttC--T--GAGAGGTCTGTGACCATCAAACTTG---ATTAT--T-T--AATGCATCATAGG-GGGAAG----AT-GTG--TCA--CAACCC---AAAAGT--AGGTCATTGCATC---CACAT--T---T------AGGAA-TTGCA-AT-TG-Attgcatccacatttaggaattgcaattgactgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : gatgcgatgcattatgaaataggctgtcatgtccatctgcctagctcttttacgtctccttttttttttttcactctgagacctaggaacatcaaacttgctcagttgatacattttgggggaaagatgtattgcaaaccaaaaataggtcactgtggctttcttttggaattttatggttatacatacttaaattgtgtctgggtcatatctctcacattgtaaggctacgattatcaaaccaggttagctcatgcatcgggggggggggggttgtaacataacccaaacatgggtcgctcaaccttctggaaatcaatggctagatatgatcaaatcatctctcaatcatatgttgacctTGTCTGGGTTTTATA-TCTTTC---ACATTGAGAGGGCTGAGGCCTAGGAC--C-GTTAAA---GT-C---------G---GT------CCGTTAATG---CATCTT-----------GT-AGAGAAGGTGTGTTGCAAATAAAA-A----------------ATAG-----TC----CAAAG-AGCATCATGCTCTTTGGAATT-------------CATTCTC--A-AATTGTTTCCAGATCA---TG-T-C--TA------TTGCAC-----------T-A-G-------------TTTT--ATC---------TGATGCATCA-------G--------------GGGG-----AAAAGG--TGTGTGATG----ATCCA-AT-----T--AG----AGGTCAC-C----ATGGCCTC--ATTT-T-GGAATTTTATGGCCTGGCAT-A----C---ATT-TT-----CT---G-ATT-----GTGCC--TGGGT---CAT-ATCTAAAACTTG-CA-CAT-------T--TTGAGGCTTAG-GACCTTCTGACTT-GT-CAGCC----GA--TGCAT--C---TTAGGA-----------TGTCA--ACTCAAGActgattcacagcttgtgaccatagaaatgtatcatgtgccctagaggtttacttaattatactatacaatgattaacagaa
gi|4 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgCAT--T--TTGAGGCTTAGGACCTTCTGACTTG----TCA---G-CC-GATGCATC-TT-------AG----G--ATG--TC-----AAC---------------TCAAGATGGC---C---TCAT---T------TTGAAACTGCATAT-------TGACAATATGATAG---ATTGTGA----CTTCAAGTGTGCAtggcctcattttgaaactgcatattgacaatatgatagattgtgacttcaagtgtgcaaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : ttgatgtacttgatttttgtattggtcttttcccatctgtacatctgtctgttaccttttttgtgtctgggttttatatctttcacattgagagggctgaggcctaggaccgttaaagtcggtccgttaatgcatcttgtagagaaggtgtgttgcaaataaaaaatagtccaaagagcatcatgctctttggaattcattctcaaattgtttccagatcatgtctattgcactagttttatctgatgcatcagggggaaaaggtgtgtgatgatccaattagaggtcaccatggcctcattttggaattttatggcctggcatacattttctgattgtgcctgggtcatatctaaaacttgca-----ATT-TCTTTC---ATGCT--------TA-----TAGGAC--T-ATCCAA---CC-T---------A---GT------CAGTTGATG---CTAGTT-----------AG-GGAGTGGG-GTTTCATAAATCAAA-T----------------ATAG-----ATATCATACTGCTGCTTC---CT-TCTGGAATTTTGTGGCT-ATT-CATACTC--A-AATCATGTC----------TA-T----------------AGA-TATCAGGCTTCATGGAC---CATCAAACTCGAAGTCAAG-----TTGATGCAGC--------T--------------GGGG-----AG------------------------------------T----AGGACAC-------TGGTCTC--ATTT-T-GGAATTTTATGGC----TAT-A----C---ATATGTA----CA---A-ATC-----ATGTC--CATAT---TGT-AT------CCTG-AA-AACTGTGTCAT--GTGAGGCCAAA-GACCTTCAATCTTGGT--AG-T----G----GCA---------AGAAA---G------TGC--TGATCTAAAAATAGGACACaacatgcatgtagttgcagacgggcataccatgccctagcagtgcactttattctgcatgatatta
gi|5 : atcTCA---T--GTGAGGCCAAAGACCTTCAATCTTG---GT-A---G-T--G--GCA---------AGAAA----G---TG--CTGATCTAA-----AAA--T--AGGACACAATGGC---C---T--C---TCGATCATGTAGTTTGGG-AT-TGCAAATGACAGCA-----GCTT-TTGT------CTTCAAGCATGCAGTCAAaatggcctctcgatcatgtagtttgggattgcaaatgacagcagcttttgtcttcaagcatgcagtcaaacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : atcatttctttcatgcttataggactatccaacctagtcagttgatgctagttagggagtggggtttcataaatcaaatatagatatcatactgctgcttccttctggaattttgtggctattcatactcaaatcatgtctatagatatcaggcttcatggaccatcaaactcgaagtcaagttgatgcagctggggagtaggacactggtctcattttggaattttatggctatacatatgtacaaatcatgtccatattgtatcctgaaaactgtgTGTGTCACAAATTAAA-A----------------ATAGAAGTGGT----CGCTGTAG--TC---C---CAGGAAT--------------CCTACTT--T-AATTATGTCCAGATCG---TG-T-T-GT-------TT--ACACTACGAGACTT-A-GGAC---CATCAGAATTG--GTC-AA-----ATAATGCATTA-------T--------------GAAG-----G--AAG--TCTGTTGacatgtagttaaagaagggcatatcacataccattgtggcgcactatttttc
gi|6 : -----GT----CACTA--GCTTC---AT-ATTGGAATTTTATGGTT-A-TGCATATTT--A-AATCATGTCCCGATCA---TA------TA------TTGTACATTGTGAGACCA-A-GGACCTGCTTTAATCTTG--GTC-AG-----GTGAAGCATCT-------TTGGGAAGGGGGTGCGGGA-----GGACGG--TGAGGTGTG----GGCCA-AA-----T--AC----AAGTCAC-C----AATTCTTC-----C-T-GGAAATTTATGGT----CAT-A----C---ATA-CT-----CA---A-TTA-----GTGTCTATGGAT---TCT-AT------ATTG-TA-TAT-------T--GTGAGGtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtgtcactagcttcatattggaattttatggttatgcatatttaaatcatgtcccgatcatatattgtacattgtgagaccaaggacctgctttaatcttggtcaggtgaagcatctttgggaagggggtgcgggaggacggtgaggtgtgggccaaatacaagtcaccaattcttcctggaaatttatggtcatacatactcaattagtgtctatggattctatattgtatattgtgagg
gi|7 : tgtgtcacaaattaaaaatagaagtggtcgctgtagtcccaggaatcctactttaattatgtccagatcgtgttgtttacactacgagacttaggaccatcagaattggtcaaataatgcattatgaaggaagtctgttgtaaagaagaaaatcaataaatttaaaaataaatggggatgggggggtTGTCTGGTT---ATAATCTTTCGCTACACTG-------TGAGGCCTTGGAT--T--TCAGA---CC-T---------A---GT------CAGTTGCTGGCCTTTTTT-----------GG-AAGGAAGTTGTGTCATGACCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CATTGTGGCCTA---CT-TCTGGAATTTTACAACT-A-TACACAATC--AGAATTATGTCAG----A---TA-G-T-ATC----T-TTGCACACTGGGAGGCTT-A-GGAC---CACCAAA-TTG--GTC-GG-----TTAATGAACCT-------T--------------GTAG-----GGAAGG--TGTGTCCTG----A-GCA-AA-----A--TT----AGGTCAC-T----TTAGCCTT--ATTT-T-GGAAT
gi|8 : gATCATATCT--------TA-CTCTCC---ACA------------AAGCCT-GGA-----ATCG--------T---------G---AT------CTCTCGCTA---TATCTT-----------GG-AATGAAGTTTT-TCAC-AGCCAAA-A----------------GTAG-----GT----CACCTTGGCCTT---GT-TTTCAAGTTGTATGACTAA-A-CAT-CCCAGA-AATCATGTTAAG---G---TA-T-T-ATGAGACC-TTGCATAATGCAAGGCCG-A-GGAC---CATTAAATCTT--CTC-AA-----TGAGTGAAGTA-------T--------------GTGA-----TGA--------GTTGCA----ACTAA-AA-----A--GC----ATTCCAT-T----A----CTA--A-TT-T-GCAATTCAAT-GT----TAT--------------TG-----CA---A-ATT-----GTGT-------T---CAT-AT------CATGTTG-CAT-------T--TAGAGA-CTAGAGATCATCAAACCTTGT-CATTT----GA--Taatcaaaattgtcctggtggatgttggtatatgcaacataaacatgtatcttgtacatgtagttcgagatggacgtataatgtactcttagaggtgtatttta
gi|9 : gacatttccatctgtcgttggcattttgtaatctttttttcttatcttgACTTG--GTC-GG-----TTGATGTATCA-------TTGGGTGGGAGT---GGGG-----GGGGGG--GG-GTCATG----AATCA-AA-----A--AT----AGTTCAT-T----GTTGCCTC--ATTT-T-GAAATTATATGGC----TAG-A----TCTAATA-TTGTATACA---AGACC-----ATGTT--TAGGT---CAT-AT------C-TG-TAGCAC-------TTAGTGTGGTCTAG-GACCATCAAA-TTAGT-CAACTGTCAGA--TGCAT--C---
gi|9 : catctgttaggtttCAC--TTAGTGTGGTCTAGGACCATCAAA-TTA---GTCAACTG-TCAGATGCATCTTTGA-TTGAAG----G--GTG--CTT--TAAAT---------T--AAGTCACCAT-AC---C---T--T---A------TGAAtttgattgaagggtgctttaaattaagtcaccataccttatgaacatgccaaaagtttttgatttcaagcactccgacagatatgcatcatgtaccagtactaattgggcatatcatgcaccataa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTCACAGCATACAAACATGTAGTTCCAGATAGGGATATCATGTACCTTAGTGGTACATTTTATTTGATACT