lowQualScore : 1 66666666666 11111111 33333333 22222 1 1111 3333333 666666666666666666666666 111111 999999999999999999999999999999999999 1 11 33333333333333 33333333 2222222222222222222222222222222222222 666666666666666666666666 1 11111111 11111 11111111 11111111 9999999999999999 3333333333333333 999999999999999999999999 7777777777777777777777777777 1111 1 1 222222222222222222222 1 11 33
lowQualScore : 5 00000000000 8 8 2 77777777 5 1 88888888 77 22222 9 6666 5555555 4 222222222222222222222222 2 222222 7777 4 77 4 2 7 4 0 555555555555555555555555555555555555 0 3 6 666 88888 3 2 11 77777777777777 3 44 99 555 44 3 44444444 3 44 4444444444444444444444444444444444444 8 99999 999999 3 000000000000000000000000 2 33333333 11111 4 1 66666666 66666666 2222222222222222 1 2 9999999999999999 2 4 333333333333333333333333 3333333333333333333333333333 7777 1 0 0 5 0 333333333333333333333 6 22 33 2
lowQualScore : . ........... . . . ........ . . ........ .. ..... . .... ....... . ........................ . ...... .... . .. . . . . . .................................... . . . ... ..... . . .. .............. . .. .. ... .. . ........ . .. ..................................... . ..... ...... . ........................ . ........ ..... . . ........ ........ ................ . . ................ . . ........................ ............................ .... . . . . . ..................... . .. .. .
lowQualScore : 0 88888888888 0 0 8 33333333 7 7 66666666 99 77777 6 6666 6666666 4 000000000000000000000000 9 888888 9999 4 44 0 2 5 0 4 222222222222222222222222222222222222 5 6 6 444 33333 3 5 66 55555555555555 3 66 00 777 66 3 77777777 3 66 7777777777777777777777777777777777777 8 11111 666666 7 000000000000000000000000 0 44444444 11111 4 1 11111111 11111111 8888888888888888 7 5 8888888888888888 2 0 111111111111111111111111 0000000000000000000000000000 0000 4 0 0 6 8 888888888888888888888 7 00 44 5
consensus : TGGACAAAAATACTCA----ATCA-TTGTA-CCAACA---TANATAAATCTTTAGC-ATTCGTAT--TT----TG--CATACATGGGTGGGC-GG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA-ACGCGCTA-CAAAATT------TCATAAGCAA--A--TTNAAA------GTAC---CGTACTTAC-GTAAAACATG-GGG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG----------------AA-----------------TGAA-TAGGGCACA---CTCATTT-----GA-AATCTA-TTTTGTGA---GNA---T--GT-TTA--TTAGACNGA--ACAGTTC--AC-TAAGGTGT-C---A-T-G--TGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTCCA-----AN----------------TT-GCAACNG----GATGTCAGAA----ATT-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATC-GA-----T-T-TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TTTATTGAATGAGTTCAATACAGGTC-ACANAAACATGATG-TT-T-AACTTTATAACATTC-AAAAAAA--G---A-ATATA------TATAC----TCAGTCTGGTGGGCAACAATTATTTTTCATTTAT-TAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTNAA
Reference ( gi|1 ) : TGCACAAAA-----TA----ATCA-TTGTA-CCGACA---TAAAGAAATCTTTAGC-ATTCATATAATT----TG--CATACATGGGTGGGT-GA-TTTCCCTTATTCCAAGCAGAAAAA--TACCATGTACATGAGCTA-CAAAATT------CCATATGCAA--T--TTCAAA------GTAC---CGTACTTAC-GTAAAACATG-AGG-CTTTTCCGTTAACG-AGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA----------------AA-----------------TGAA-TAGGTCACA---CTCATTT-----GA-AATCTA-CTTTGTTA---GAA---T--GT-TTA--TTAGATTGA--ACAGTTC--AC-TAAGGTG--C---A-T-G--TGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACCTCCG-----AA----------------TT-GCAACCG----GATGTCAGAA----ATT-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATC-GAACATTTTTTTTTTTTTACTAAGAATGACGTAT--ATCGTC------TTTATTGAATGAGTTTAATACAGGCCAAAAGAAACATGATAGTTTT-AACTTTATAACATT--AAAAAAA--G---A-AT---------TATAC----TCAGTGTGCTGGGCAACAATTATTTTTCATTTAT-TAC-TGT-TCAAAACTTCAAAATGAATTATCTCTTTTTGACACAATGTTGAAA
gi|9 : TGGACAAAAATACTCA----ATCA-TTGTA-CCGACA---TGAGTAAATCATTAGCCATTCATATAATT----TG--CATACGTAGGTGGACAGT-TTTCCCCTATACCTAGC-GAAACATGTACCATGT--ATGCGCTA-CAAACTT------TTATCAGCAA--T--TTCAAAGTACATGTAC---CGTACTTAC-GTAAAACATG-AGG-C-TTTCCGTCAATG-AGCATGCCATTTCATAG-TTTCGCC----------------------------------------------GGCCACA---CTCATTT-----GA-AATCTA-TTTTGCGA---GTA---T--GT-TTA--TCTGATTGA--ACAGTTC--AT-TAAGGTGT-C---A-T-G--TGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TCACAT-----TTA------AACCT
gi|3 : AAAA-----TACTCAATCA-TTGTA---AATAAATTAAATAAATGTTTAGC-ATG-ATATAATT----TT--TATACATGGGTGGGC-AG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACG--CACCATATA--TGCACTG-CAAAATT------TCATAAGCAA--A--TTCAAA------GAAC---CATACTTAT-TTAAAACATG-AGG-CTTATCCATCAATT-AGCACACCATTTCAGAATTTTC----ACG----------------AA-----------------C-AA-TAGGACACA---CATATTT-----GA-AATCCA-TTTTGCTG---GTA---T--GT-TTA--GTAGATTGG--ACAGTTC--AC-CAAGGTGT-C---A-T-G--TGCAAAGAGTA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACC---------AT----------------TT-GCAACTG----TATGTCAGAA----ATA-AAA---AAAA--------AAA--------TGATCC---TC-GTACATATGTAT------ACCAA--ATGACGTGC--ATCATC------TTTATTGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGACACATGATAGTTTT-AACTTTACAACATTCAAAAAGAA--G---A-AA---------TATACAAAGTCAGTGTGGTGGACAACCATTATTTTTCATTATT-TAC-TGT-TCAATAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTGATAg
gi|7 : taca----ATCAATTTTA-CCAACA---CATATAAATCTTAAGC-ATTCGTAT---T----TG--CATACATGGGTGGGC-AG-TTTCCCTTATTTCTAGCAGAAACA--TACCATGT--ATGTGCTA-CAGAATT------TCAAAACCAAACA--TTAAAA------GTAC---CGTACTTAC-GTA--------------TTTCCGTCAATG-AACACGACATTTCAGAATTTTCGCCGACA----------------AA-----------------TGAA-TGGAGCATG---TTCA--------------CTA-AGGTGTC------A---T--AT-GTA---AAGAATAC--GTAATTC--AT-T--------C---A-TAG--TGTAAA------------------------------------------TCACAT-----TTA------AACATTCCTCC-------A----------------TTCACAA-------GGCGTC----------T-TAA-ATCCTG--------TAC--------CAAACCCGATC-TA-----TTTATTTTTTTACCAACAATGACATG-----------------CATTGAATGAGTTCAATACAGGTC-ACATAAACAT--TG---------TTTATAGCATTTCAAAGGGA--T---A-AA---------TATAC----TCAATCTGGTGGGCAACAATTATTTTTCAT
gi|8 : ----ATCA-ATGTTTCCAACA---TACATAAACCTGTAGC-ATTCGT-T--TT----TG--CATACATGGTTGGGC-AG-TTTGCCTTATCCCTAGCAGAAACA--CACCATGTATGCGA--TA-CAAAATT------TCAAAACCAA--TTATTAAAA------GTAC---CATACCTAC-GTAA--------------TTTCATCAATG-AACACACCATTTCAGAATTTTCGCCGAC---------------------------------------A-TA-----------TTGTTT-----GA-AATATA-TTTTGTGA---GCA---A--GT-TTA--TTAGATCGA--ACAGTTC--AA-TAAGGTGT-C---G-T-G--TGTAAATAGTACGCAATTCATTCA-T-------------A-GCGTAAATCACAT-----TTA------AACTTTCCTCCATTCACAGTCCCCTGTGCTCCATTTT-GCAACAG----GATGTCTGAA----ATT-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAAGCCGATC------TCTTTGTTTATTTACAAAGAATat
gi|10 : A-TTTTA-CCAACA---CACATAAACCTTTAGC-ATTCGTAT---T----TG--CATACATGG-TGGGC-AG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAGCA--TACCATGT--ATGTGCTA-CAAAATTTAAAAACCA-----AA--TA-TTAAAA------GTAC---CATATTTAT-GTAAAGCATG-GAG-CTTTTCCGTCAATG-AACATGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA----------------AA-----------------TGAA-TAGG--GCA---CTCATTT-----GA-AATCTA-TTTTGTGA---GCA---T--GT-TTA--TTAGATCGA--ACAGTTC--AC-TAAAGTGT-C---A-T-G--TGGAAAGAATA-----------CG-T-------------A-A------TT-CAT-----TCA------
gi|2 : A---TATATAAATCCATGGC-GTGCGTAT--TTACACTGAACATATATGGGTGGGT-CAGTTTCCTTTATTCTTAGCAGAGACA--CACCATGTA--TGCGCTA-CAAAATT------TCATCAGCAA--A--TATAAA------G-------ATACTTAT-GTAAAACATGGAAG-CCTTTTTGTAAACG-AGAACGCCTTTTTGAAATTTTCACCGACAAAAGTTTGGCAATATTAA-----------------TGAA-TAGGGCATA---CTCATTT-----GA-AATACA-TCATGTGA---CTT---T--GT-ATA--TTGGACGGT--AGAGTTC--AC-TAGAGGGATCATAA-T-G--TGCAAGGAATG-----------CA-TTAGTCAATGCGTAA-G------TTACATGCACATTG------AACCTACATCAGC----AA----------------CT-ACA--CGTTTAGATGTCAGAA----CTC-TAACCTCGTA--------CACATATATATCGAACGCAATC-GAAAA------TTTGTTGACTAGGAATGACGTGCGGGTTTTT------TTTATTGAATAAATta
gi|19 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaAGC-ATTCGTAT---T----TG--CATACATGGATGGGgccacgcgtaatataatttttcattaaccaagtttaactatgatttcagtttgaaaattcaaattgaattatctccctttgacaatattcaataca
gi|4 : ttatcaattaaacctttaattatatatctaTACATGGGCGAGT-AG-TTTCCTTAATTCCTAGTAGAAA----CACTATGTATACG--CTA-CGAA------------TAT-----------CAAA------ATACAAATGTACTTAC-GTGAAACATG-GGGACTTTTACACTAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTGCACCGACG----------------AAACTTCGGTAACATATAATGAA-TAGTGCACA---CTCATCT-----GA-CATCTA-TCTT-TTA-----ACTTT--GT-TGT--TTAGACGGA--ACAGTTC--AC-TAAGGTA--T---ACT-G--TGCAAGGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AAGCTACGTCC------AA----------------TTGGCATCTG----AATGTCAGAcag
gi|5 : ttcgacaacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgACATGGGCGAGT-G--TTTCCTTAATTCT--GTA----AA--CCTCATGTATACG--CTATCGAA------------TAT-CAA--A--TACAAA-------TGC-----TACTTACAGTGAAACATG-GGG-ATTTTACCTTAACGCAGCAGGCCATTTCGGAATTTGCACCGACG----------------AAACTTCGTAACAATATAATGAA-TAGTGCACAACATCCATTT-----GACAGTCTATCATTCTTA----AC---T--GTGTTAGTTTAGACGGA--ACAGTTCTCACATAAGGTA--T---ACT-G--TGCAAAGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AA-CTACGTCCA-----AAG---------------TTGGCATCTG----AATGTCAGActaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttc
gi|6 : cgacaaacattctcaacattatgctggtgaatatatatctacatactgcgcctcgtacacatgaCATGGGTGGGC-AG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--TACCCTGTA--TGCGCTA-CAAAAT---------AAAAAAAA--AGATTAAAA------GTAC---CGTACTTAC-GTAAAGTATG-GGG-CTTTTCCGTCAGTG-AACACGCCATTTTAAATTTTTTGCCGACA----------------AA-----------------TGAA-TAGGGCACA---CTCATTT-----GA-ACTATA-TTTTGTGA---GCA---T--GT-TTA--TTAGACCGA--ACAGTTC--AC-TAGGGTGT-C---A-T-G--TTTAAAGAATA-----------CG-C-------------A-A------TT-CAT-----TCATAGCGTAACTTTCCTCTA-----GT----------------TT-GCCACAG----GATGTAAGAA----CTT-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAGCCCGATT-GA--------------TTA--------GACATGC--ACCGTCGTAAAGTTTATTGAATGAGTTTGATACAGGTC-ACATAAACAT--TG---------TTTATAACATT--TGAAAAG--GATAA-ATATATACACATATAC----TCATTCTGGTGGGCAACAATTAT-----A---------------------TTCAAATTGAATTATCTCCCTTT--CACAATATctaggaatgactgcatttgttatattgaataaattcaatacccacaacattttcgctagaacaaaaaagttgtacaaggatctaaattgtacggtaacatacattatatatcaatataattattcataaattatctccct
gi|15 : G-CTTTTCTGT---CG-AGCATGCTATTTCCGAATTTTAACTGACA----------------AAACTTCTATAACATTT--TAAAATAGGGCACA---CTCAATT-----GA-AATCTA-TTTTGT-----GAC---TTAGT-TTA--TTAGACAGG--ATAGCTC--AC-TAAGGGG--TA--A-T-G--AGCAA
gi|16 : TTCGGCAATATT--------------AA-----------------TGAA-TATGGCATA---CTCATTTAATTTGA-AATATA-TCATGTGA---CTT---T--GT-TTA--TTGGACGGT--ACAGTTC--AC-TAGAGTGT-T---G-T-G--TGCAAGGAATA-----------CATT-------------A-G------TCActagtataaccttgtatattgaacccattcaaaagtta
gi|18 : TTATTT-----GA-AAT--A--TTTATCATGTGAC---TTTGT-TTA--TTGGAACGGTTACAGTTC--AC-TAGAGTG--T-----T-GTTTGC-AAGAATA-----------CA-T-------------a
gi|14 : actctATG-----------CA-T-------------AAG------TAACAT-----TTG------AACCGACCTCCA-----GT----------------TT-GCAGCCG----GATGTCAGAA----CTT-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATC-GAGAG------TTTATTGACTTGGAATAACGTGC--CTTGTT------TATATTGAA----TTCAATACATGTCGCTCGAAACAT
gi|13 : gtacaaaaaagtggtgcataatttg-----TTG------AACCTACATCAA-----AT----------------TT-GCAAC-------GTGTCAGAACAGAATTCTAACCTCGTACACATGTATAC--------CGAACACAATCCGG--------TTTTGTTGACTAGGAATGACGTGT--AT--TT------TTTATTGAATGAATTCAATAAATGTCAttttcaaaaacattcgacaac
gi|11 : a------AACTT-CCCCCA-----GT----------------TT-GCAACAG----GATGTCAGAA----ATT-GAACCTTGTA--------TAC--------CAAGCCCGATC-GA-------TTTTATTTTACTAACAATGACGTGC--ATCGTCTTAAAGTTTATTGAATGAGTTTAATACAGGTTCACATAAACAT--TG---------TTTATACCATT--TGAAAAG--G---ATATA--------TATAC----TCAATCTGGTGGGTAACAATTATTTTCCATATAC---C-GGTATCACAATTCTAA-------TATCTCCCTTTcgcctaataattcttaattaactaaactacatatgtacatgttaaaaattcaaattgaattatctccctttggcaatgttc
gi|12 : ttcattcatagcgtTATCAGAA----ATT-TAACCTCGTA--------TAC--------TGAACCCGATC-GAGAATTTT---TTTTTTACTAAGAATGGCGTTT--ATCGTC------TTTATTAAATGAGTTCAATACAGGTC-------ACATGATATTTGTAAACTTTATAACATTC-AAAAAGAACA---A-ATATA------TATAC----TCAGTTTGCTGGGCATT--TTTTTTTTCATTTCT-TAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAACCATCTCCCTTTG--GCAATGTTGAA
gi|4 : ACTAGGAATGACATGC--ATTGT-------TTTATTGAATAAATTCAATAC---CC----GAAACATtagatacaa
gi|13 : ttcgacaacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagTATGTACATGT-TAAAAA-TTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--GCAATGTTtttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttc
gi|2 : attgaacctacatcaaatttgcaacgtgtcagaacagaattctaacctcgtacacatgtataccgaacacaatccggttttgttgactaggaatgacgtgtattttttattgaatgaattcaataaatgtcacgcctaataattcttaattaactaaactacaAT-TTC-AGT-TTGAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATATTCAAc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATGGCATACTCATTTATTTGACAATATTTATCATGTGACTTTGTTTAATTGGACGGTTTACAGTTCACTAGAGTGTTGTTTGCAAGGATAC
Alignments
lowQualScore : 22 11111 111111 3333 1111 11111 11111111 88888888888888888888888888888888888 11111111111 2222222222222222222222 11111 2222222222222222222222222222 22222222222222222 11111111 11111111 44444444444444 2222222 6666666666666666 11 11111111 111111 1111
lowQualScore : 0 6 5 5 1 5 66 0 777 1 88 4 3 4 4 00 55555 55 111111 55 3 9999 3 55 6666 3 1111 22222 55 1 22222222 4 4 3 1 1 3 2 0 77777777777777777777777777777777777 3 555 888888888888 2 2 555 33 0 555 666 66 1 77 33 2 2 555 2 22222222222 2 1111111111111111111111 7 00000 888888 1 0 7777777777777777777777777777 3 3 2 11111111111111111 4 44444444 44444444 44444444444444 2 4 55 2 5555555 4 4 777 5 7777777777777777 5 00 22222222 77 0 666666 5 5 0 5 1 1 0 1 3 0 888888 1111 3 3 77 1
lowQualScore : . . . . . . .. . ... . .. . . . . .. ..... .. ...... .. . .... . .. .... . .... ..... .. . ........ . . . . . . . . ................................... . ... ............ . . ... .. . ... ... .. . .. .. . . ... . ........... . ...................... . ..... ...... . . ............................ . . . ................. . ........ ........ .............. . . .. . ....... . . ... . ................ . .. ........ .. . ...... . . . . . . . . . . ...... .... . . .. .
lowQualScore : 8 2 0 0 4 0 99 2 888 0 55 0 3 0 0 55 77777 55 555555 00 6 5555 6 55 1111 4 9999 77777 55 0 44444444 0 0 6 2 0 6 5 4 44444444444444444444444444444444444 1 444 333333333333 9 9 111 99 3 000 777 88 0 99 99 9 9 000 9 77777777777 9 1111111111111111111111 2 88888 888888 6 4 9999999999999999999999999999 6 6 3 55555555555555555 0 55555555 55555555 33333333333333 4 1 55 3 3333333 4 4 333 0 9999999999999999 0 44 33333333 99 1 444444 7 7 4 7 7 4 1 4 7 2 888888 6666 5 4 99 0
consensus : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTAG-CATTC-G-TAT--TT----TG--CA------TACATGGG--TGGG-CA---G-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA-ATGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTAT--CTTGTG---ANTNTGTTTA--TTAGACGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GT-GTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--C-A---A------------------TT-T-GCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------T-T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TTTATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-ATAA-ACATGATG--TTT---AACTTTATAACA-TTCGAAAA--AA--G-AA--TAT------AT-ATACTC-AGTCTGGTG-GGCAACAATTATTTTTCATTTAT-TAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
Reference ( family-2760 ) : TGGACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-CC--AACA---TANATAAATCTTTAG-CATTC-G-TAT--TT----TG--CA------TACATGGG--TGGG-CG---G-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA-ACGCGCTACAAAATTTCATAAGCAA--A--T--TNAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTAT--TTTGTG---AGNATGTTTA--TTAGACNGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---AT-GTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--C-A---A------------------NT-T-GCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------T-T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TTTATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-ANAA-ACATGATG--TTT---AACTTTATAACA-TTCAAAAA--AA--G-AA--TAT------AT-ATACTC-AGTCTGGTG-GGCAACAATTATTTTTCATTTAT-TAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTNAA
gi|1 : TGCACAAAA-----TAATCA-TTGTA-CC--GACA---TAAAGAAATCTTTAG-CATTC-A-TATAATT----TG--CA------TACATGGG--TGGG-TG---A-TTTCCCTTATTCCAAGCAGAAAAA--TACCATGTACATGAGCTACAAAATTCCATATGCAA--T--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGA-GG-CTTTTCCGTTAACG-AGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGTC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTAC--TTTGTT---AGAATGTTTA--TTAGATTGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTG-C---AT-GTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACCTC--C-G---A------------------AT-T-GCAACCGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-AACATTTTT-T--TTTTTTTACTAAGAATGACGTAT--ATCGTC------TTTATTGAATGAGTTTAATACAGG-CCAAA-AGAA-ACATGATAGTTTT---AACTTTATAACA-TT-AAAAA--AA--G-AA--T---------T-ATACTC-AGTGTGCTG-GGCAACAATTATTTTTCATTTAT-TAC-TGT-TCAAAACTTCAAAATGAATTATCTCTTTTTGACACAATGTTGAA
gi|10 : A-TTTTA-CC--AACA---CACATAAACCTTTAG-CATTC-G-TAT--TT-----G--CA------TACATGG---TGGG-CA---G-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAGCA--TACCATGTA--TGTGCTACAAAATTTAAAAACCAA--A--TATTAAAA------GTACCATATTTAT-GTAAAGCATGG-AG-CTTTTCCGTCAATG-AACATGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGG-----CACTCATTT-----G------A-A-AT--CTAT--TTTGTG---AGCATGTTTA--TTAGATCGA--ACAGT--TCAC-TA-AAGTGTC---AT-GTGGAAAGAATA-----------CG-T-------------A-A------TT-CAT-----Ta
gi|11 : ------AACTT-CCCC--C-A---G------------------TT-T-GCAACAGGATGTCAGAA----AT-----------T-GAACCTTGTA--------TAC--------CAAGCCCGATCG-A-------T-T--TTATTTTACTAACAATGACGTGC--ATCGTCTTAAAGTTTATTGAATGAGTTTAATACAGGTTC-AC-ATAA-ACAT--TG-----------TTTATACCA-TTT--GAA--AA--G-GA--TAT------AT-ATACTC-AATCTGGTG-GGTAACAATTATTTTCCATATAC---C-GGTATC-ACAATTCTAA------TATCTCCCTTTcata
gi|12 : ttcattcatagcgtTATCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------TGAACCCGATCG-AGAAT---T-T--TTTTTTTACTAAGAATGGCGTTT--ATCGTC------TTTATTAAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-A-------TGATA--TTTGTAAACTTTATAACA-TTCAAAAA--GAACA-AA--TAT------AT-ATACTC-AGTTTGCTG-GGCATT--TTTTTTTTCATTTCT-TAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAACCATCTCCCTTTG--GCAATGTTGAA
gi|13 : -----TTG------AACCTACATC--A-A---A------------------TT-T-GCAACG---TGTCAGAACAGAAT-----------TCTAACCTCGTACACATGTATAC--------CGAACACAATCC-G-------G-T--TTTGTTGACTAGGAATGACGTGT--AT--TT------TTTATTGAATGAATTCAATAAATG-TC-AC-tagatacaa
gi|13 : aTATGTACATGT-T-AAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--GCAATGTTgcctaataattcttaattaactaaactacatatgtacatgttaaaaattcaaattgaattatctccctttggcaatgttc
gi|14 : attgaacctacatcaaatttgcaacgtgtcagaacagaattctaacctcgtacacatgtataccgaacacaatccggttttgttgactaggaatgacgtgtattttttattgaatgaattcaataaatgtcacgcctaataattcttaattaactaaactacaATG-----------CA-T-------------AAG------TAACAT-----TTG------AACCGACCTC--C-A---G------------------TT-T-GCAGCCGGATGTCAGAA----CT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------GAG--TTTATTGACTTGGAATAACGTGC--CTTGTT------TATATTGAA----TTCAATACATG-TC-GCTCGAA-ACAT--TT--TTC---AA----A-AACA-TTCGACAA--c
gi|15 : gtacaaaaaagtggtgcataatttgG-CTTTTCTGTC---G-AGCATGCTATTTCCGAATTTTAACTGACA-----------------AAACTTCTATAACATTTTAAAATAGGGC---ACACTCAATT-----G------A-A-AT--CTAT--TTTGTG---ACTTAGTTTA--TTAGACAGG--ATAGC--TCAC-TA-AGGGGTA---AT-GAGCAACTAGTA-----------TA-A-------------C-C------TTGTATA----TTG------AACCCA--TT--C-A---A------------------c
gi|16 : -----------------AA---------------TGAA-TATGGC---ATACTCATTTAATTTG------A-A-AT--ATAT--CATGTG---ACTTTGTTTA--TTGGACGGT--ACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GT-GTGCAAGGAATA-----------CATT-------------A-G------TCAaagtta
gi|17 : ttcggcaatatt-TATGGC---ATACTCATTT-----ATTTGACA-ATAT--TTAT--CATGTG---ACTTTGTTTAA-TTGGACGGTTTACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GT-TTGC-AAGGATA-----------Ca
gi|18 : TTATTT-----G------A-A-ATATTTAT--CATGTG---ACTTTGTTTA--TTGGAACGGTTACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GT-TTGC-AAGAATA-----------CA-T-------------
gi|19 : actctATATATCTA-AG-CATTC-G-TAT--TT-----G--CA------TACATGGA--TGGG-CA---G-
gi|2 : ttatcaattaaacctttaattA---TATATAAATCCATGG-CGTGC-G-TAT--TTACACTGAACA------TATATGGG--TGGGTCA---G-TTTCCTTTATTCTTAGCAGAGACA--CACCATGT--ATGCGCTACAAAATTTCATCAGCAA--A--T--ATAAA------G----ATACTTAT-GTAAAACATGGAAG-CCTTTTTGTAAACG-AGAACGCCTTTTTGAAATTTTCACCGACAAAAGTTTGGCAATATT-AA---------------TGAA-TAGGGC---ATACTCATTT-----G------A-A-AT--ACAT--CATGTG---ACTTTGTATA--TTGGACGGT--AGAGT--TCAC-TAGAGGGATCATAAT-GTGCAAGGAATG-----------CA-TTAGTCAATGCGTAA-G------TTACATGCACATTG------AACCTACATCAGC-A---A------------------CTAC-ACGTTTAGATGTCAGAA----CT-----------C-TAACCTCGTA--------CACATATATATCGAACGCAATCGAA-------A-A--TTTGTTGACTAGGAATGACGTGCGGGTTTTT------TTTATTGAATAAAT
gi|2 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaAT-TTC-AGT-TTGAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATATTCAAgccacgcgtaatataatttttcattaaccaagtttaactatgatttcagtttgaaaattcaaattgaattatctccctttgacaatattcaataca
gi|3 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaatatataaatccatggcgtgcgtatttacactgaacatatatgggtgggtcagtttcctttattcttagcagagacacaccatgtatgcgctacaaaatttcatcagcaaatataaagatacttatgtaaaacatggaagcctttttgtaaacgagaacgcctttttgaaattttcaccgacaaaagtttggcaatattaatgaatagggcatactcatttgaaatacatcatgtgactttgtatattggacggtagagttcactagagggatcataatgtgcaaggaatgcattagtcaatgcgtaagttacatgcacattgaacctacatcagcaactacacgtttagatgtcagaactctaacctcgtacacatatatatcgaacgcaatcgaaaatttgttgactaggaatgacgtgcgggttttttttattgaataaatgccacgcgtaatataatttttcattaaccaagtttaactatgACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-----AATAAATTAAATAAATGTTTAG-CAT---GATATAATT----TT--TA------TACATGGG--TGGG-CA---G-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACG--CACCATATA--TGCACTGCAAAATTTCATAAGCAA--A--T--TCAAA------GAACCATACTTAT-TTAAAACATGA-GG-CTTATCCATCAATT-AGCACACCATTTCAGAATTTTC----ACG-----------------AA---------------C-AA-TAGGAC---ACACATATTT-----G------A-A-AT--CCAT--TTTGCT---GGTATGTTTA--GTAGATTGG--ACAGT--TCAC-CA-AGGTGTC---AT-GTGCAAAGAGTA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACC----------A------------------TT-T-GCAACTGTATGTCAGAA----ATAAAAAAAAAAAT-GATCCTCGTA--------CA-----------------------------------TATGTATACCA--AATGACGTGC--ATCATC------TTTATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-ATGACACATGATAGTTTT---AACTTTACAACA-TTCAAAAAG-AA--GAAA--TAT------AC-AAAGTC-AGTGTGGTG-GACAACCATTATTTTTCATTATT-TAC-TGT-TCAATAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ATAtaca
gi|4 : tGACAACAATTCTCAA-CA-TTTTT-CCTGGA-A---TATATAAATCTACAA-CGTGC-G-CCTC-TT----TA--CAAACATGTACATGGG--CGAG-TA---G-TTTCCTTAATTCCTAGTAGAAACA--C--TATGTA--TACGCTACGAA-TATCA-----AA--A--T--ACAAA----------TGTACTTAC-GTGAAACATGG-GGACTTTTACACTAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGGTAACATATAA---------------TGAA-TAGTGC---ACACTCATCT-----G------A-C-AT--CTAT--CTTTTA---ACTTTGTTGT--TTAGACGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTATA---CT-GTGCAAGGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AAGCTACGTC--C-A---A------------------TT-G-GCATCTGAATGTCAGA
gi|4 : ttcACTAGGAATGACATGC--ATTGT-------TTTATTGAATAAATTCAATAC--------C-CGAA-ACAT------TTT---CGC---ATAG------AAACA--AA--A-AAGTTGT------ACGGTAATCTAAACTGGTACGGTA--AACTATCT---ATATAT-CAA-TAT---AATTATTCAA--TAAATTATCTTCCCTTA--ACAATGTTctaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttc
gi|5 : ttcgacaacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagGACAAACATTCTCAA-CA-TTATG-CT--GGTG---AATATATATCT---A-CATACTG-CGC--CT----CG--TA------CACATGAACATGGG-CGAGTG-TTTCCTTAATTCT-----GTAA-A--CCTCATGTA--TACGCTATCGAAT---AT---CAA--A--T--ACAAA-------TGC--TACTTACAGTGAAACATGG-GG-ATTTTACCTTAACGCAGCAGGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGTAACAATATAA---------------TGAA-TAGTGCACAACATCCATTT-----G------ACA-GT--CTATCATTCTTA---ACTGTG-TTAGTTTAGACGGA--ACAGTTCTCACATA-AGGTATA---CT-GTGCAAAGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AA-CTACGTC--CAA---A------------------GT-TGGCATCTGAATGTCAGAc
gi|6 : cCATGGG--TGGG-CA---G-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--TACCCTGTA--TGCGCTACAAAAT---AAAAAAAA--AGAT--TAAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAGTATGG-GG-CTTTTCCGTCAGTG-AACACGCCATTTTAAATTTTTTGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-CT--ATAT--TTTGTG---AGCATGTTTA--TTAGACCGA--ACAGT--TCAC-TA-GGGTGTC---AT-GTTTAAAGAATA-----------CG-C-------------A-A------TT-CAT-----TCATAGCGTAACTTTCCTC--T-A---G------------------TT-T-GCCACAGGATGTAAGAA----CT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAGCCCGATTG-A-----------------TTA--------GACATGC--ACCGTCGTAAAGTTTATTGAATGAGTTTGATACAGG-TC-AC-ATAA-ACAT--TG-----------TTTATAACA-TTTGAAAAGGAT--A-AA--TATATACACAT-ATACTC-ATTCTGGTG-GGCAACAATTAT--------------------------ATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTC--ACAATATctaggaatgactgcatttgttatattgaataaattcaatacccacaacattttcgctagaacaaaaaagttgtacaaggatctaaattgtacggtaacatacattatatatcaatataattattcataaattatctccct
gi|7 : ATCAATTTTA-CC--AACA---CATATAAATCTTAAG-CATTC-G-TAT--TT-----G--CA------TACATGGG--TGGG-CA---G-TTTCCCTTATTTCTAGCAGAAACA--TACCATGT--ATGTGCTACAGAATTTCAAAACCAAACA--T--TAAAA------GTACCGTACTTAC-GTA--------------TTTCCGTCAATG-AACACGACATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TGGAGC---ATGTTCACT---------------A-AG--GTGT--CATATGTAAAGAAT-----------ACGTA--A---T--TCAT---------TC---ATAGTGTAAA------------------------------------------TCACAT-----TTA------AACATTCCTC--C-----A------------------TT-C-ACAA---GGCGTC---------------------T-TAA-ATCCTG--------TAC--------CAAACCCGATCT-A-------T-TTATTTTTTTACCAACAATGACATGC-----------------ATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-ATAA-ACAT--TG-----------TTTATAGCATTTC---AA--AG--G-GA--TAA------AT-ATACTC-AATCTGGTG-GGCAACAATTATTTTTCAT
gi|8 : ATCA-ATGTTTCC--AACA---TACATAAACCTGTAG-CATTC-G-T-T--TT----TG--CA------TACATGGT--TGGG-CA---G-TTTGCCTTATCCCTAGCAGAAACA--CACCATGT--ATGCGATACAAAATTTCAAAACCAATTA--T--TAAAA------GTACCATACCTAC-GTAA--------------TTTCATCAATG-AACACACCATTTCAGAATTTTCGCCGAC--------------------------------------A-TA-----------TTGTTT-----G------A-A-AT--ATAT--TTTGTG---AGCAAGTTTA--TTAGATCGA--ACAGT--TCAA-TA-AGGTGTC---GT-GTGTAAATAGTACGCAATTCATTCA-T-------------A-GCGTAAATCACAT-----TTA------AACTTTCCTC--C-ATTCACAGTCCCCTGTGCTCCATTT-T-GCAACAGGATGTCTGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAAGCCGATCT-C-------T-TTGTTTATTTACAAAGAATat
gi|9 : TGGACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TGAGTAAATCATTAGCCATTC-A-TATAATT----TG--CA------TACGTAGG--TGGA-CA---GTTTTCCCCTATACCTAGC-GAAACATGTACCATGT--ATGCGCTACAAACTTTTATCAGCAA--T--T--TCAAAGTACATGTACCGTACTTAC-GTAAAACATGA-GG-C-TTTCCGTCAATG-AGCATGCCATTTCATAG-TTTCGCCGGC---------------------------------------------C---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTAT--TTTGCG---AGTATGTTTA--TCTGATTGA--ACAGT--TCAT-TA-AGGTGTC---AT-GTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TCACAT-----TTA------AACCT
Alignments
lowQualScore : 222222222222 111111 333 11111 11111111 88888888888888888888888888888888888 11111111111 1111111111111111111111 11111 2222222222222222222222 22222222222222222 11111111 11111111 44444444444444 2222222 11111 7777777777777777 11 11111111111111111 111 111111
lowQualScore : 0 3 5 5 1 5 66 0 777 1 22 8888 4 44 4 777777777777 111111 55 3 3 55 000 1 4444 22222 5555 22222222 4 4 3 1 1 3 2 0 77777777777777777777777777777777777 3 555 888888888888 2 2 555 555 1 1 66 2 1 777 33 2 2 77777 22222222222 2 9999999999999999999999 7 00000 888888 1 0 44 9999999999999999999999 3 2 11111111111111111 4 44444444 44444444 44444444444444 2 2 55 55 4444444 3 0 4 4 00000 4 3333333333333333 0 0 4 88 4 00 77777777777777777 5 2 5 66 66 333 0 8888 2 3 55 99999 111111 4 77
lowQualScore : . . . . . . .. . ... . .. .... . .. . ............ ...... .. . . .. ... . .... ..... .... ........ . . . . . . . . ................................... . ... ............ . . ... ... . . .. . . ... .. . . ..... ........... . ...................... . ..... ...... . . .. ...................... . . ................. . ........ ........ .............. . . .. .. ....... . . . . ..... . ................ . . . .. . .. ................. . . . .. .. ... . .... . . .. ..... ...... . ..
lowQualScore : 8 8 0 0 4 0 99 2 888 0 55 5555 0 77 0 666666666666 555555 55 6 6 55 111 1 9999 77777 7777 33333333 0 0 6 2 0 6 5 4 44444444444444444444444444444444444 1 444 333333333333 9 9 111 999 0 0 88 9 9 444 99 9 9 11111 77777777777 9 3333333333333333333333 2 88888 888888 6 4 66 8888888888888888888888 6 3 55555555555555555 0 55555555 55555555 33333333333333 4 9 00 55 4444444 6 8 0 0 44444 4 4444444444444444 8 8 4 33 4 66 44444444444444444 0 5 0 99 99 888 4 9999 2 4 77 11111 111111 7 99
consensus : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTA----G-CGT-TCG-TAT--TT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA-ATGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATC--TTGTGANTNTGTTTA--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GTGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--CA---A------------------TT-CGCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------T-T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-ACAT--AA-ACAT--TG--TTT---AACTTTATAACA-TTCGAAA-A--AA--G-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATNTAT-TAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
Reference ( family-2760 ) : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTA----G-CAT-TCG-TAT--TT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA-ATGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATC--TTGTGANTNTGTTTA--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GTGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--CA---A------------------TT-TGCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------T-T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-ACAT--AA-ACATGATG--TTT---AACTTTATAACA-TTCGAAA-A--AA--G-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATTTAT-TAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
gi|1 : TGCACAAAA-----TAATCA-TTGTA-CC--GACA---TAAAGAAATCTTTA----G-CAT-TCA-TATAATT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-TGA-TTTCCCTTATTCCAAGCAGAAAAA--TACCATGTACATGAGCTACAAAATTCCATATGCAA--T--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGA-GG-CTTTTCCGTTAACG-AGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGTC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTACT--TTGTTAGAATGTTTA--TTAGA-TTGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTG-C---ATGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACCTC--CG---A------------------AT-TGCAACCGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-AACATTTTT-T--TTTTTTTACTAAGAATGACGTAT--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTTAATACAGG-CCAAAAG--AA-ACATGATAGTTTT---AACTTTATAACA-TT-AAAA-A--AA--G-AA--T---------T-ATACTC-AG--TGTGC--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATTTAT-TAC-TGT-TCAAAACTTCAAAATGAATTATCTCTTTTTGACACAATGTTGAA
gi|10 : A-TTTTA-CC--AACA---CACATAAACCTTTA----G-CAT-TCG-TAT--TT-----G--CA------T--ACATGG-TGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAGCA--TACCATGTA--TGTGCTACAAAATTTAAAAACCAA--A--TATTAAAA------GTACCATATTTAT-GTAAAGCATGG-AG-CTTTTCCGTCAATG-AACATGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGG-----CACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGTGAGCATGTTTA--TTAGA-TCGA--ACAGT--TCAC-TA-AAGTGTC---ATGTGGAAAGAATA-----------CG-T-------------A-A------TT-CAT-----Ta
gi|11 : ------AACTT-CCCC--CA---G------------------TT-TGCAACAGGATGTCAGAA----AT-----------T-GAACCTTGTA--------TAC--------CAAGCCCGATCG-A-------T-T--TTATTTTACTAACAATGACGTGC--ATCGTCTTAAAGTT-TATTGAATGAGTTTAATACAGGTTC-ACAT--AA-ACAT--TG-----------TTTATACCA-TTTG--A-A--AA--G-GA--TAT------AT-ATACTC-AA--TCTGG--TG---GGTAACA---ATTATTTTCCATATAC---C-GGTATC-ACAATTCTAA------TATCTCCCTTTcata
gi|12 : ttcattcatagcgtTATCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------TGAACCCGATCG-AGAAT---T-T--TTTTTTTACTAAGAATGGCGTTT--ATCGTC------TT-TATTAAATGAGTTCAATACAGG-TC-ACAT---------GATA--TTTGTAAACTTTATAACA-TTCAAAA-A--GAACA-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TTTGC--TG---GGCATT-----TTTTTTTTCATTTCT-TAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAACCATCTCCCTTTG--GCAATGTTGAA
gi|13 : -----TTG------AACCTACATC--AA---A------------------TT-TGCAACG---TGTCAGAACAGAAT-----------TCTAACCTCGTACACATGTATAC--------CGAACACAATCC-G-------G-T--TTTGTTGACTAGGAATGACGTGT--AT--TT------TT-TATTGAATGAATTCAATAAATG-TC-ACtagatacaa
gi|13 : aTATGTACATGT-T-AAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--GCAATGTTgcctaataattcttaattaactaaactacatatgtacatgttaaaaattcaaattgaattatctccctttggcaatgttc
gi|14 : attgaacctacatcaaatttgcaacgtgtcagaacagaattctaacctcgtacacatgtataccgaacacaatccggttttgttgactaggaatgacgtgtattttttattgaatgaattcaataaatgtcacgcctaataattcttaattaactaaactacaATG-----------CA-T-------------AAG------TAACAT-----TTG------AACCGACCTC--CA---G------------------TT-TGCAGCCGGATGTCAGAA----CT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------GAG--TTTATTGACTTGGAATAACGTGC--CTTGTT------TA-TATTGAA----TTCAATACATG-TC-GC-TCGAA-ACAT--TT--TTC---AA----A-AACA-TTCGACA-A--c
gi|15 : gtacaaaaaagtggtgcataatttgG-CTTTTCTGTC---G-AGCATGCTATTTCCGAATTTTAACTGACA-----------------AAACTTCTATAACATTTTAAAATAGGGC---ACACTCAATT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGTGACTTAGTTTA--TTAGA-CAGG--ATAGC--TCAC-TA-AGGGGTA---ATGAGCAACTAGTA-----------TA-A-------------C-C------TTGTATA----TTG------AACCCA--TT--CA---A------------------c
gi|16 : -----------------AA---------------TGAA-TATGGC---ATACTCATTTAATTTG------A-A-AT--ATATC--ATGTGACTTTGTTTA--TTGGA-CGGT--ACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTGTGCAAGGAATA-----------CATT-------------A-G------TCAaagtta
gi|17 : ttcggcaatatt-TATGGC---ATACTCATTT-----ATTTGACA-ATAT--TTATC--ATGTGACTTTGTTTAA-TTGGA-CGGTTTACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTTTGC-AAGGATA-----------Ca
gi|18 : TTATTT-----G------A-A-ATATTTATC--ATGTGACTTTGTTTA--TTGGAACGGTT-ACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTTTGC-AAGAATA-----------CA-T-------------
gi|19 : actctATATATCTA-A----G-CAT-TCG-TAT--TT-----G--CA------T--ACATGGATGGG-CAG-
gi|2 : ttatcaattaaacctttaattA---TATATAAATCCATG----G-CGT-GCG-TAT--TTACACTGAACA------T--ATATGGGTGGGTCAG-TTTCCTTTATTCTTAGCAGAGACA--CACCATGT--ATGCGCTACAAAATTTCATCAGCAA--A--T--ATAAA------G----ATACTTAT-GTAAAACATGGAAG-CCTTTTTGTAAACG-AGAACGCCTTTTTGAAATTTTCACCGACAAAAGTTTGGCAATATT-AA---------------TGAA-TAGGGC---ATACTCATTT-----G------A-A-AT--ACATC--ATGTGACTTTGTATA--TTGGA-CGGT--AGAGT--TCAC-TAGAGGGATCATAATGTGCAAGGAATG-----------CA-TTAGTCAATGCGTAA-G------TTACATGCACATTG------AACCTACATCAGCA---A------------------CTACACGTTTAGATGTCAGAA----CT-----------C-TAACCTCGTA--------CACATATATATCGAACGCAATCGAA-------A-A--TTTGTTGACTAGGAATGACGTGCGGGTTTTT------TT-TATTGAATAAAT
gi|2 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaAT-TTC-AGT-TTGAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATATTCAAgccacgcgtaatataatttttcattaaccaagtttaactatgatttcagtttgaaaattcaaattgaattatctccctttgacaatattcaataca
gi|3 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaatatataaatccatggcgtgcgtatttacactgaacatatatgggtgggtcagtttcctttattcttagcagagacacaccatgtatgcgctacaaaatttcatcagcaaatataaagatacttatgtaaaacatggaagcctttttgtaaacgagaacgcctttttgaaattttcaccgacaaaagtttggcaatattaatgaatagggcatactcatttgaaatacatcatgtgactttgtatattggacggtagagttcactagagggatcataatgtgcaaggaatgcattagtcaatgcgtaagttacatgcacattgaacctacatcagcaactacacgtttagatgtcagaactctaacctcgtacacatatatatcgaacgcaatcgaaaatttgttgactaggaatgacgtgcgggttttttttattgaataaatgccacgcgtaatataatttttcattaaccaagtttaactatgACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-----AATAAATTAAATAAATGTTTA----G-CAT---GATATAATT----TT--TA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACG--CACCATATA--TGCACTGCAAAATTTCATAAGCAA--A--T--TCAAA------GAACCATACTTAT-TTAAAACATGA-GG-CTTATCCATCAATT-AGCACACCATTTCAGAATTTTC----ACG-----------------AA---------------C-AA-TAGGAC---ACACATATTT-----G------A-A-AT--CCATT--TTGCTGGTATGTTTA--GTAGA-TTGG--ACAGT--TCAC-CA-AGGTGTC---ATGTGCAAAGAGTA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACC---------A------------------TT-TGCAACTGTATGTCAGAA----ATAAAAAAAAAAAT-GATCCTCGTA--------CA-----------------------------------TATGTATACCA--AATGACGTGC--ATCATC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-ACAT--GACACATGATAGTTTT---AACTTTACAACA-TTCAAAA-AG-AA--GAAA--TAT------AC-AAAGTC-AG--TGTGG--TG---GACAACC---ATTATTTTTCATTATT-TAC-TGT-TCAATAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ATAtaca
gi|4 : tGACAACAATTCTCAA-CA-TTTTT-CCTGGA-A---TATATAAATCTACA----A-CGT-GCG-CCTC-TT----TA--CAAACATGT--ACATGGGCGAG-TAG-TTTCCTTAATTCCTAGTAGAAACA--C--TATGTA--TACGCTACGAA-TATCA-----AA--A--T--ACAAA----------TGTACTTAC-GTGAAACATGG-GGACTTTTACACTAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGGTAACATATAA---------------TGAA-TAGTGC---ACACTCATCT-----G------A-C-AT--CTATC--TTTTAACTTTGTTGT--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTATA---CTGTGCAAGGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AAGCTACGTC--CA---A------------------TT-GGCATCTGAATGTCAGA
gi|4 : ttcACTAGGAATGACATGC--ATTGT-------TT-TATTGAATAAATTCAATAC--------CCG--AA-ACAT------TTT---CGC---ATA-------GAAACA--AA--A-AAGTTGT------ACGGTAATCTAA--ACTGG--TAC--GGTA--A---ACTATCT---ATATAT-CAA-TAT---AATTATTCAA--TAAATTATCTTCCCTTA--ACAATGTTctaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttc
gi|5 : ttcgacaacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagGACAAACATTCTCAA-CA-TTATG-CT--GGTG---AATATATATCTACATACTG-CGCCTCG-TAC---------A--CA------TGAACATGGGCGAG-T-G-TTTCCTTAATTCT-----GTAA-A--CCTCATGTA--TACGCTATCGAATATCAAATACAA--A--T--GC---------------TACTTACAGTGAAACATGG-GG-ATTTTACCTTAACGCAGCAGGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGTAACAATATAA---------------TGAA-TAGTGCACAACATCCATTT-----G------ACA-GT--CTATCATTCTTAACTGTG-TTAGTTTAGA-CGGA--ACAGTTCTCACATA-AGGTATA---CTGTGCAAAGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AA-CTACGTC--CA---AAG----------------TT-GGCATCTGAATGTCAGAc
gi|5 : cACTAGGAATGAC-TGC--ATT-TG------TTATATTGAATAAATTCAATAC----CC-AC-----A-ACAT------TTT-----CGCTAGAAC------AAA-A--AA--G-----T-T------GT-ACA----AGGATCTAAATTGTACGGTAACATACATTATATATCA-ATAT-AAT-TAT-TCA-----------TAAATTATCTCCCTctaggaatgactgcatttgttatattgaataaattcaatacccacaacattttcgctagaacaaaaaagttgtacaaggatctaaattgtacggtaacatacattatatatcaatataattattcataaattatctccct
gi|6 : cgacaaacattctcaacattatgctggtgaatatatatctacatactgcgcctcgtacacatgaacatgggcgagtgtttccttaattctgtaaacctcatgtatacgctatcgaatatcaaatacaaatgctacttacagtgaaacatggggattttaccttaacgcagcaggccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcgtaacaatataatgaatagtgcacaacatccatttgacagtctatcattcttaactgtgttagtttagacggaacagttctcacataaggtatactgtgcaaaggatacataattcattggaactacgtccaaagttggcatctgaatgtcagCATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--TACCCTGTA--TGCGCTACAAAAT---AAAAAAAA--AGAT--TAAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAGTATGG-GG-CTTTTCCGTCAGTG-AACACGCCATTTTAAATTTTTTGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-CT--ATATT--TTGTGAGCATGTTTA--TTAGA-CCGA--ACAGT--TCAC-TA-GGGTGTC---ATGTTTAAAGAATA-----------CG-C-------------A-A------TT-CAT-----TCATAGCGTAACTTTCCTC--TA---G------------------TT-TGCCACAGGATGTAAGAA----CT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAGCCCGATTG-A-----------------TTA--------GACATGC--ACCGTCGTAAAGTT-TATTGAATGAGTTTGATACAGG-TC-ACAT--AA-ACAT--TG-----------TTTATAACA-TTTGAAA-AGGAT--A-AA--TATATACACAT-ATACTC-AT--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTAT--------------------------ATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTC--ACAATAT
gi|7 : ATCAATTTTA-CC--AACA---CATATAAATCTTAA----G-CAT-TCG-TAT--TT-----G--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTTCTAGCAGAAACA--TACCATGT--ATGTGCTACAGAATTTCAAAACCAAACA--T--TAAAA------GTACCGTACTTAC-GTA--------------TTTCCGTCAATG-AACACGACATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TGGAGC---ATGTTCACT---------------A-AG--GTGTC--------ATATGTAAA--GAATA-CGTA--A---T--TCAT-TC-A----TA---GTGT-----AAAT------------CA-C-------------A-T------TTA-----------------AACATTCCTC--C----A------------------TT-CACAA---GGCGTC---------------------T-TAA-ATCCTG--------TAC--------CAAACCCGATCT-A-------T-TTATTTTTTTACCAACAATGACATGC------------------ATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-ACAT--AA-ACAT--TG-----------TTTATAGCATTTC---A-A--AG--G-GA--TAA------AT-ATACTC-AA--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCAT
gi|8 : ATCA-ATGTTTCC--AACA---TACATAAACCTGTA----G-CAT-TCG-T-T--TT----TG--CA------T--ACATGGTTGGG-CAG-TTTGCCTTATCCCTAGCAGAAACA--CACCATGT--ATGCGATACAAAATTTCAAAACCAATTA--T--TAAAA------GTACCATACCTAC-GTAA--------------TTTCATCAATG-AACACACCATTTCAGAATTTTCGCCGAC--------------------------------------A-TA-----------TTGTTT-----G------A-A-AT--ATATT--TTGTGAGCAAGTTTA--TTAGA-TCGA--ACAGT--TCAA-TA-AGGTGTC---GTGTGTAAATAGTACGCAATTCATTCA-T-------------A-GCGTAAATCACAT-----TTA------AACTTTCCTC--CATTCACAGTCCCCTGTGCTCCATTT-TGCAACAGGATGTCTGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAAGCCGATCT-C-------T-TTGTTTATTTACAAAGAATat
gi|9 : TGGACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TGAGTAAATCATTA----GCCAT-TCA-TATAATT----TG--CA------T--ACGTAGGTGGA-CAGTTTTCCCCTATACCTAGC-GAAACATGTACCATGT--ATGCGCTACAAACTTTTATCAGCAA--T--T--TCAAAGTACATGTACCGTACTTAC-GTAAAACATGA-GG-C-TTTCCGTCAATG-AGCATGCCATTTCATAG-TTTCGCCGGC---------------------------------------------C---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGCGAGTATGTTTA--TCTGA-TTGA--ACAGT--TCAT-TA-AGGTGTC---ATGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TCACAT-----TTA------AACCT
Alignments
lowQualScore : 222222222222 111111 333 11111 11111111 88888888888888888888888888888888888 11111111111 1111111111111111111111 11111 22222222222222222222 22222222222222222 11111111 11111111 44444444444444 2222222 111111111111111 5555555555555555555 11111111111111111 111 1111 111111
lowQualScore : 0 3 5 5 1 5 66 0 777 1 22 8888 4 1 44 4 777777777777 111111 55 3 3 55 000 1 4444 22222 5555 22222222 4 4 3 1 1 3 2 0 77777777777777777777777777777777777 3 555 888888888888 2 2 555 555 1 1 66 2 1 777 33 2 2 77777 22222222222 2 9999999999999999999999 7 00000 888888 1 0 44 77777777777777777777 44 3 88 2 11111111111111111 4 44444444 44444444 44444444444444 2 2 55 55 4444444 3 22 3 3 666666666666666 2222222222222222222 777 8 77 4 99 77777777777777777 5 2 5 66 66 333 0 8888 2 3 6 4 0000 111111 4 77
lowQualScore : . . . . . . .. . ... . .. .... . . .. . ............ ...... .. . . .. ... . .... ..... .... ........ . . . . . . . . ................................... . ... ............ . . ... ... . . .. . . ... .. . . ..... ........... . ...................... . ..... ...... . . .. .................... .. . .. . ................. . ........ ........ .............. . . .. .. ....... . .. . . ............... ................... ... . .. . .. ................. . . . .. .. ... . .... . . . . .... ...... . ..
lowQualScore : 8 8 0 0 4 0 99 2 888 0 55 5555 0 2 77 0 666666666666 555555 55 6 6 55 111 1 9999 77777 7777 33333333 0 0 6 2 0 6 5 4 44444444444444444444444444444444444 1 444 333333333333 9 9 111 999 0 0 88 9 9 444 99 9 9 11111 77777777777 9 3333333333333333333333 2 88888 888888 6 4 66 11111111111111111111 66 6 44 3 55555555555555555 0 55555555 55555555 33333333333333 4 9 00 55 4444444 6 66 6 6 555555555555555 5555555555555555555 000 0 11 0 55 44444444444444444 0 5 0 99 99 888 4 9999 2 4 9 4 1111 111111 7 99
consensus : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTA----G-CGT-TCG-TAT--TT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA-ATGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATC--TTGTGANTNTGTTTA--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GTGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--CA--------------------A--T-T-CGCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------T-T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--TTTAACTTTATAA---CA-TTCGAAA-A--AA--G-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATATA-TTAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
Reference ( family-2760 ) : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTA----G-CGT-TCG-TAT--TT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA-ATGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATC--TTGTGANTNTGTTTA--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GTGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--CA--------------------A--T-T-CGCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------T-T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--TTTAACTTTATAA---CA-TTCGAAA-A--AA--G-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATNTA-TTAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
gi|1 : TGCACAAAA-----TAATCA-TTGTA-CC--GACA---TAAAGAAATCTTTA----G-CAT-TCA-TATAATT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-TGA-TTTCCCTTATTCCAAGCAGAAAAA--TACCATGTACATGAGCTACAAAATTCCATATGCAA--T--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGA-GG-CTTTTCCGTTAACG-AGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGTC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTACT--TTGTTAGAATGTTTA--TTAGA-TTGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTG-C---ATGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACCTC--CG--------------------A--A-T-TGCAACCGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-AACATTTTT-T--TTTTTTTACTAAGAATGACGTAT--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTTAATACAGG-CCAAA-----AG--AA----ACATGAT------AGTTTTAACTTTATAA---CA-TT-AAAA-A--AA--G-AA--T---------T-ATACTC-AG--TGTGC--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATTTA-TTAC-TGT-TCAAAACTTCAAAATGAATTATCTCTTTTTGACACAATGTTGAA
gi|10 : A-TTTTA-CC--AACA---CACATAAACCTTTA----G-CAT-TCG-TAT--TT-----G--CA------T--ACATGG-TGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAGCA--TACCATGTA--TGTGCTACAAAATTTAAAAACCAA--A--TATTAAAA------GTACCATATTTAT-GTAAAGCATGG-AG-CTTTTCCGTCAATG-AACATGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGG-----CACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGTGAGCATGTTTA--TTAGA-TCGA--ACAGT--TCAC-TA-AAGTGTC---ATGTGGAAAGAATA-----------CG-T-------------A-A------TT-CAT-----Ta
gi|11 : ------AACTT-CCCC--CA--------------------G--T-T-TGCAACAGGATGTCAGAA----AT-----------T-GAACCTTGTA--------TAC--------CAAGCCCGATCG-A-------T-T--TTATTTTACTAACAATGACGTGC--ATCGTCTTAAAGTT-TATTGAATGAGTTTAATACAGGTTC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--------TTTATAC---CA-TTTG--A-A--AA--G-GA--TAT------AT-ATACTC-AA--TCTGG--TG---GGTAACA---ATTATTTTCCATATA-C--C-GGTATC-ACAATTCTAA------TATCTCCCTTTcata
gi|12 : ttcattcatagcgtTATCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------TGAACCCGATCG-AGAAT---T-T--TTTTTTTACTAAGAATGGCGTTT--ATCGTC------TT-TATTAAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT---G----ATAT--T------T--GTAAACTTTATAA---CA-TTCAAAA-A--GAACA-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TTTGC--TG---GGCATT-----TTTTTTTTCATTTC-TTAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAACCATCTCCCTTTG--GCAATGTTGAA
gi|13 : -----TTG------AACCTACATC--AA--------------------A--T-T-TGCAACG---TGTCAGAACAGAAT-----------TCTAACCTCGTACACATGTATAC--------CGAACACAATCC-G-------G-T--TTTGTTGACTAGGAATGACGTGT--AT--TT------TT-TATTGAATGAATTCAATAAATG-TC-ACGCCTAAT--AA----TTCT--T------A--ATTAACTtagatacaa
gi|13 : aCATATG-T-ACATGT-T-AAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--GCAATGTTaaactacatatgtacatgttaaaaattcaaattgaattatctccctttggcaatgttc
gi|14 : attgaacctacatcaaatttgcaacgtgtcagaacagaattctaacctcgtacacatgtataccgaacacaatccggttttgttgactaggaatgacgtgtattttttattgaatgaattcaataaatgtcacgcctaataattcttaattaactaaactaATG-----------CA-T-------------AAG------TAACAT-----TTG------AACCGACCTC--CA--------------------G--T-T-TGCAGCCGGATGTCAGAA----CT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------GAG--TTTATTGACTTGGAATAACGTGC--CTTGTT------TA-TATTGAA----TTCAATACATG-TC-GC------TCGAA----ACAT--T------T--TTCAA----A-AA---CA-TTCGACA-A--c
gi|15 : gtacaaaaaagtggtgcataatttgG-CTTTTCTGTC---G-AGCATGCTATTTCCGAATTTTAACTGACA-----------------AAACTTCTATAACATTTTAAAATAGGGC---ACACTCAATT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGTGACTTAGTTTA--TTAGA-CAGG--ATAGC--TCAC-TA-AGGGGTA---ATGAGCAACTAGTA-----------TA-A-------------C-C------TTGTATA----TTG------AACCCA--TT--CA--------------------A--c
gi|16 : -----------------AA---------------TGAA-TATGGC---ATACTCATTTAATTTG------A-A-AT--ATATC--ATGTGACTTTGTTTA--TTGGA-CGGT--ACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTGTGCAAGGAATA-----------CATT-------------A-G------TCAaagtta
gi|17 : ttcggcaatatt-TATGGC---ATACTCATTT-----ATTTGACA-ATAT--TTATC--ATGTGACTTTGTTTAA-TTGGA-CGGTTTACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTTTGC-AAGGATA-----------Ca
gi|18 : TTATTT-----G------A-A-ATATTTATC--ATGTGACTTTGTTTA--TTGGAACGGTT-ACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTTTGC-AAGAATA-----------CA-T-------------
gi|19 : actctATATATCTA-A----G-CAT-TCG-TAT--TT-----G--CA------T--ACATGGATGGG-CAG-
gi|2 : ttatcaattaaacctttaattA---TATATAAATCCATG----G-CGT-GCG-TAT--TTACACTGAACA------T--ATATGGGTGGGTCAG-TTTCCTTTATTCTTAGCAGAGACA--CACCATGT--ATGCGCTACAAAATTTCATCAGCAA--A--T--ATAAA------G----ATACTTAT-GTAAAACATGGAAG-CCTTTTTGTAAACG-AGAACGCCTTTTTGAAATTTTCACCGACAAAAGTTTGGCAATATT-AA---------------TGAA-TAGGGC---ATACTCATTT-----G------A-A-AT--ACATC--ATGTGACTTTGTATA--TTGGA-CGGT--AGAGT--TCAC-TAGAGGGATCATAATGTGCAAGGAATG-----------CA-TTAGTCAATGCGTAA-G------TTACATGCACATTG------AACCTACATCAGCA--------------------A--C-TACACGTTTAGATGTCAGAA----CT-----------C-TAACCTCGTA--------CACATATATATCGAACGCAATCGAA-------A-A--TTTGTTGACTAGGAATGACGTGCGGGTTTTT------TT-TATTGAATAAATGC--CACGCG-TA-AT-----AT--AATTTTTCAT--TAACCAAG--TTTAAC--TATGATTTCAGTTTGAAA-A--
gi|2 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaA-TTTC-AGT-TTGAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATATTCAAttcaaattgaattatctccctttgacaatattcaataca
gi|3 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaatatataaatccatggcgtgcgtatttacactgaacatatatgggtgggtcagtttcctttattcttagcagagacacaccatgtatgcgctacaaaatttcatcagcaaatataaagatacttatgtaaaacatggaagcctttttgtaaacgagaacgcctttttgaaattttcaccgacaaaagtttggcaatattaatgaatagggcatactcatttgaaatacatcatgtgactttgtatattggacggtagagttcactagagggatcataatgtgcaaggaatgcattagtcaatgcgtaagttacatgcacattgaacctacatcagcaactacacgtttagatgtcagaactctaacctcgtacacatatatatcgaacgcaatcgaaaatttgttgactaggaatgacgtgcgggttttttttattgaataaatgccacgcgtaatataatttttcattaaccaagtttaactatgACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-----AATAAATTAAATAAATGTTTA----G-CAT---GATATAATT----TT--TA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACG--CACCATATA--TGCACTGCAAAATTTCATAAGCAA--A--T--TCAAA------GAACCATACTTAT-TTAAAACATGA-GG-CTTATCCATCAATT-AGCACACCATTTCAGAATTTTC----ACG-----------------AA---------------C-AA-TAGGAC---ACACATATTT-----G------A-A-AT--CCATT--TTGCTGGTATGTTTA--GTAGA-TTGG--ACAGT--TCAC-CA-AGGTGTC---ATGTGCAAAGAGTA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACC--------------------------A--T-T-TGCAACTGTATGTCAGAA----ATAAAAAAAAAAAT-GATCCTCGTA--------CA-----------------------------------TATGTATACCA--AATGACGTGC--ATCATC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--GAC---ACATGAT------AGTTTTAACTTTACAA---CA-TTCAAAA-AG-AA--GAAA--TAT------AC-AAAGTC-AG--TGTGG--TG---GACAACC---ATTATTTTTCAT-TATTTAC-TGT-TCAATAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ATAtaca
gi|4 : tGACAACAATTCTCAA-CA-TTTTT-CCTGGA-A---TATATAAATCTACA----A-CGT-GCG-CCTC-TT----TA--CAAACATGT--ACATGGGCGAG-TAG-TTTCCTTAATTCCTAGTAGAAACA--C--TATGTA--TACGCTACGAA-TATCA-----AA--A--T--ACAAA----------TGTACTTAC-GTGAAACATGG-GGACTTTTACACTAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGGTAACATATAA---------------TGAA-TAGTGC---ACACTCATCT-----G------A-C-AT--CTATC--TTTTAACTTTGTTGT--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTATA---CTGTGCAAGGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AAGCTACGTC--CA--------------------A--T-T-GGCATCTGAATGTCAGA
gi|4 : ttcACTAGGAATGACATGC--ATTGT-------TT-TATTGAATAAATTCAATAC--------C-----CG--AA----ACAT------------TTTCGC---ATA----------GAAACA--AA--A-AAGTTGT------ACGGTAATCTAA--ACTGG--TAC--GGTA--A---ACTATCT---ATATA-TCAA-TAT---AATTATTCAA--TAAATTATCTTCCCTTA--ACAATGTTctaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttc
gi|5 : ttcgacaacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagGACAAACATTCTCAA-CA-TTATG-CT--GGTG---AATATATATCTACATACTG-CGCCTCG-TAC---------A--CA------TGAACATGGGCGAG-T-G-TTTCCTTAATTCT-----GTAA-A--CCTCATGTA--TACGCTATCGAATATCAAATACAA--A--T--GC---------------TACTTACAGTGAAACATGG-GG-ATTTTACCTTAACGCAGCAGGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGTAACAATATAA---------------TGAA-TAGTGCACAACATCCATTT-----G------ACA-GT--CTATCATTCTTAACTGTG-TTAGTTTAGA-CGGA--ACAGTTCTCACATA-AGGTATA---CTGTGCAAAGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AA-CTACGTC--CA--------------------AAGT-T-GGCATCTGAATGTCAGAc
gi|5 : cACTAGGAATGAC-TGC--ATT-TG------TTATATTGAATAAATTCAATAC----CC-AC----------A----ACAT--T---------TT---CGCTAGAA---C------AAA-A--AA--G-----T-T------GT-ACA----AGGATCTAAATTGTACGGTAACATACATTATATATCA-ATA-TAAT-TAT-TCA-----------TAAATTATCTCCCTctaggaatgactgcatttgttatattgaataaattcaatacccacaacattttcgctagaacaaaaaagttgtacaaggatctaaattgtacggtaacatacattatatatcaatataattattcataaattatctccct
gi|6 : cgacaaacattctcaacattatgctggtgaatatatatctacatactgcgcctcgtacacatgaacatgggcgagtgtttccttaattctgtaaacctcatgtatacgctatcgaatatcaaatacaaatgctacttacagtgaaacatggggattttaccttaacgcagcaggccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcgtaacaatataatgaatagtgcacaacatccatttgacagtctatcattcttaactgtgttagtttagacggaacagttctcacataaggtatactgtgcaaaggatacataattcattggaactacgtccaaagttggcatctgaatgtcagCATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--TACCCTGTA--TGCGCTACAAAAT---AAAAAAAA--AGAT--TAAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAGTATGG-GG-CTTTTCCGTCAGTG-AACACGCCATTTTAAATTTTTTGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-CT--ATATT--TTGTGAGCATGTTTA--TTAGA-CCGA--ACAGT--TCAC-TA-GGGTGTC---ATGTTTAAAGAATA-----------CG-C-------------A-A------TT-CAT-----TCATAGCGTAACTTTCCTC--TA--------------------G--T-T-TGCCACAGGATGTAAGAA----CT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAGCCCGATTG-A-----------------TTA--------GACATGC--ACCGTCGTAAAGTT-TATTGAATGAGTTTGATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--------TTTATAA---CA-TTTGAAA-AGGAT--A-AA--TATATACACAT-ATACTC-AT--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTAT--------------------------ATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTC--ACAATAT
gi|7 : ATCAATTTTA-CC--AACA---CATATAAATCTTAA----G-CAT-TCG-TAT--TT-----G--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTTCTAGCAGAAACA--TACCATGT--ATGTGCTACAGAATTTCAAAACCAAACA--T--TAAAA------GTACCGTACTTAC-GTA--------------TTTCCGTCAATG-AACACGACATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TGGAGC---ATGTTCACT---------------A-AG--GTGTC--------ATATGTAAA--GAATA-CGTA--A---T--TCAT-TC-A----TA---GTGT-----AAAT------------CA-C-------------A-T------TTA-----------------AACATTCCTC--C---------------------A--T-T-CACAA---GGCGTC---------------------T-TAA-ATCCTG--------TAC--------CAAACCCGATCT-A-------T-TTATTTTTTTACCAACAATGACATGC------------------ATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--------TTTATAG---CATTTC---A-A--AG--G-GA--TAA------AT-ATACTC-AA--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATAT
gi|8 : ATCA-ATGTTTCC--AACA---TACATAAACCTGTA----G-CAT-TCG-T-T--TT----TG--CA------T--ACATGGTTGGG-CAG-TTTGCCTTATCCCTAGCAGAAACA--CACCATGT--ATGCGATACAAAATTTCAAAACCAATTA--T--TAAAA------GTACCATACCTAC-GTAA--------------TTTCATCAATG-AACACACCATTTCAGAATTTTCGCCGAC--------------------------------------A-TA-----------TTGTTT-----G------A-A-AT--ATATT--TTGTGAGCAAGTTTA--TTAGA-TCGA--ACAGT--TCAA-TA-AGGTGTC---GTGTGTAAATAGTACGCAATTCATTCA-T-------------A-GCGTAAATCACAT-----TTA------AACTTTCCTC--CATTCACAGTCCCCTGTGCTCCA--TTT-TGCAACAGGATGTCTGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAAGCCGATCT-C-------T-TTGTTTATTTACAAAGAAT
gi|9 : TGGACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TGAGTAAATCATTA----GCCAT-TCA-TATAATT----TG--CA------T--ACGTAGGTGGA-CAGTTTTCCCCTATACCTAGC-GAAACATGTACCATGT--ATGCGCTACAAACTTTTATCAGCAA--T--T--TCAAAGTACATGTACCGTACTTAC-GTAAAACATGA-GG-C-TTTCCGTCAATG-AGCATGCCATTTCATAG-TTTCGCCGGC---------------------------------------------C---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGCGAGTATGTTTA--TCTGA-TTGA--ACAGT--TCAT-TA-AGGTGTC---ATGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TCACAT-----TTA------AACCT
Alignments
lowQualScore : 222222222222 111111 333 11111 11111111 88888888888888888888888888888888888 11111111111 1111111111111111111111 11111 22222222222222222222 22222222222222222 11111111 11111111 44444444444444 2222222 111111111111111 5555555555555555555 11111111111111111 111 11111111111111111
lowQualScore : 0 3 5 5 1 5 66 0 777 1 22 8888 4 1 44 4 777777777777 111111 55 3 3 55 000 1 4444 22222 5555 22222222 4 4 3 1 1 3 2 0 77777777777777777777777777777777777 3 555 888888888888 2 2 555 555 1 1 66 2 1 777 33 2 2 77777 22222222222 2 9999999999999999999999 7 00000 888888 1 0 44 77777777777777777777 44 3 88 2 11111111111111111 4 44444444 44444444 44444444444444 2 2 55 55 4444444 3 22 3 3 666666666666666 2222222222222222222 777 8 77 4 99 77777777777777777 5 2 5 66 66 333 0 8888 2 3 3 22222222222222222 4 77
lowQualScore : . . . . . . .. . ... . .. .... . . .. . ............ ...... .. . . .. ... . .... ..... .... ........ . . . . . . . . ................................... . ... ............ . . ... ... . . .. . . ... .. . . ..... ........... . ...................... . ..... ...... . . .. .................... .. . .. . ................. . ........ ........ .............. . . .. .. ....... . .. . . ............... ................... ... . .. . .. ................. . . . .. .. ... . .... . . . ................. . ..
lowQualScore : 8 8 0 0 4 0 99 2 888 0 55 5555 0 2 77 0 666666666666 555555 55 6 6 55 111 1 9999 77777 7777 33333333 0 0 6 2 0 6 5 4 44444444444444444444444444444444444 1 444 333333333333 9 9 111 999 0 0 88 9 9 444 99 9 9 11111 77777777777 9 3333333333333333333333 2 88888 888888 6 4 66 11111111111111111111 66 6 44 3 55555555555555555 0 55555555 55555555 33333333333333 4 9 00 55 4444444 6 66 6 6 555555555555555 5555555555555555555 000 0 11 0 55 44444444444444444 0 5 0 99 99 888 4 9999 2 4 5 22222222222222222 7 99
consensus : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTA----G-CGT-TCG-TAT--TT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA-ATGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATC--TTGTGANTNTGTTTA--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GTGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--CA--------------------A--T-T-CGCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------T-T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--TTTAACTTTATAA---CA-TTCGAAA-A--AA--G-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATAT-A-TTAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
Reference ( family-2760 ) : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTA----G-CGT-TCG-TAT--TT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA-ATGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATC--TTGTGANTNTGTTTA--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GTGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--CA--------------------A--T-T-CGCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------T-T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--TTTAACTTTATAA---CA-TTCGAAA-A--AA--G-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATAT-A-TTAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
gi|1 : TGCACAAAA-----TAATCA-TTGTA-CC--GACA---TAAAGAAATCTTTA----G-CAT-TCA-TATAATT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-TGA-TTTCCCTTATTCCAAGCAGAAAAA--TACCATGTACATGAGCTACAAAATTCCATATGCAA--T--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGA-GG-CTTTTCCGTTAACG-AGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGTC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTACT--TTGTTAGAATGTTTA--TTAGA-TTGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTG-C---ATGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACCTC--CG--------------------A--A-T-TGCAACCGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-AACATTTTT-T--TTTTTTTACTAAGAATGACGTAT--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTTAATACAGG-CCAAA-----AG--AA----ACATGAT------AGTTTTAACTTTATAA---CA-TT-AAAA-A--AA--G-AA--T---------T-ATACTC-AG--TGTGC--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATTT-A-TTAC-TGT-TCAAAACTTCAAAATGAATTATCTCTTTTTGACACAATGTTGAA
gi|10 : A-TTTTA-CC--AACA---CACATAAACCTTTA----G-CAT-TCG-TAT--TT-----G--CA------T--ACATGG-TGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAGCA--TACCATGTA--TGTGCTACAAAATTTAAAAACCAA--A--TATTAAAA------GTACCATATTTAT-GTAAAGCATGG-AG-CTTTTCCGTCAATG-AACATGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGG-----CACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGTGAGCATGTTTA--TTAGA-TCGA--ACAGT--TCAC-TA-AAGTGTC---ATGTGGAAAGAATA-----------CG-T-------------A-A------TT-CAT-----Ta
gi|11 : ------AACTT-CCCC--CA--------------------G--T-T-TGCAACAGGATGTCAGAA----AT-----------T-GAACCTTGTA--------TAC--------CAAGCCCGATCG-A-------T-T--TTATTTTACTAACAATGACGTGC--ATCGTCTTAAAGTT-TATTGAATGAGTTTAATACAGGTTC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--------TTTATAC---CA-TTTG--A-A--AA--G-GA--TAT------AT-ATACTC-AA--TCTGG--TG---GGTAACA---ATTATTTTCCATAT-A-C--C-GGTATC-ACAATTCTAA------TATCTCCCTTTcata
gi|12 : ttcattcatagcgtTATCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------TGAACCCGATCG-AGAAT---T-T--TTTTTTTACTAAGAATGGCGTTT--ATCGTC------TT-TATTAAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT---G----ATAT--T------T--GTAAACTTTATAA---CA-TTCAAAA-A--GAACA-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TTTGC--TG---GGCATT-----TTTTTTTTCATTT-C-TTAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAACCATCTCCCTTTG--GCAATGTTGAA
gi|13 : -----TTG------AACCTACATC--AA--------------------A--T-T-TGCAACG---TGTCAGAACAGAAT-----------TCTAACCTCGTACACATGTATAC--------CGAACACAATCC-G-------G-T--TTTGTTGACTAGGAATGACGTGT--AT--TT------TT-TATTGAATGAATTCAATAAATG-TC-ACGCCTAAT--AA----TTCT--T------A--ATTAACTtagatacaa
gi|13 : aCATAT-G-T-ACATGT-T-AAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--GCAATGTTaaactacatatgtacatgttaaaaattcaaattgaattatctccctttggcaatgttc
gi|14 : attgaacctacatcaaatttgcaacgtgtcagaacagaattctaacctcgtacacatgtataccgaacacaatccggttttgttgactaggaatgacgtgtattttttattgaatgaattcaataaatgtcacgcctaataattcttaattaactaaactaATG-----------CA-T-------------AAG------TAACAT-----TTG------AACCGACCTC--CA--------------------G--T-T-TGCAGCCGGATGTCAGAA----CT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------GAG--TTTATTGACTTGGAATAACGTGC--CTTGTT------TA-TATTGAA----TTCAATACATG-TC-GC------TCGAA----ACAT--T------T--TTCAA----A-AA---CA-TTCGACA-A--c
gi|15 : gtacaaaaaagtggtgcataatttgG-CTTTTCTGTC---G-AGCATGCTATTTCCGAATTTTAACTGACA-----------------AAACTTCTATAACATTTTAAAATAGGGC---ACACTCAATT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGTGACTTAGTTTA--TTAGA-CAGG--ATAGC--TCAC-TA-AGGGGTA---ATGAGCAACTAGTA-----------TA-A-------------C-C------TTGTATA----TTG------AACCCA--TT--CA--------------------A--c
gi|16 : -----------------AA---------------TGAA-TATGGC---ATACTCATTTAATTTG------A-A-AT--ATATC--ATGTGACTTTGTTTA--TTGGA-CGGT--ACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTGTGCAAGGAATA-----------CATT-------------A-G------TCAaagtta
gi|17 : ttcggcaatatt-TATGGC---ATACTCATTT-----ATTTGACA-ATAT--TTATC--ATGTGACTTTGTTTAA-TTGGA-CGGTTTACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTTTGC-AAGGATA-----------Ca
gi|18 : TTATTT-----G------A-A-ATATTTATC--ATGTGACTTTGTTTA--TTGGAACGGTT-ACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTTTGC-AAGAATA-----------CA-T-------------
gi|19 : actctATATATCTA-A----G-CAT-TCG-TAT--TT-----G--CA------T--ACATGGATGGG-CAG-
gi|2 : ttatcaattaaacctttaattA---TATATAAATCCATG----G-CGT-GCG-TAT--TTACACTGAACA------T--ATATGGGTGGGTCAG-TTTCCTTTATTCTTAGCAGAGACA--CACCATGT--ATGCGCTACAAAATTTCATCAGCAA--A--T--ATAAA------G----ATACTTAT-GTAAAACATGGAAG-CCTTTTTGTAAACG-AGAACGCCTTTTTGAAATTTTCACCGACAAAAGTTTGGCAATATT-AA---------------TGAA-TAGGGC---ATACTCATTT-----G------A-A-AT--ACATC--ATGTGACTTTGTATA--TTGGA-CGGT--AGAGT--TCAC-TAGAGGGATCATAATGTGCAAGGAATG-----------CA-TTAGTCAATGCGTAA-G------TTACATGCACATTG------AACCTACATCAGCA--------------------A--C-TACACGTTTAGATGTCAGAA----CT-----------C-TAACCTCGTA--------CACATATATATCGAACGCAATCGAA-------A-A--TTTGTTGACTAGGAATGACGTGCGGGTTTTT------TT-TATTGAATAAATGC--CACGCG-TA-AT-----AT--AATTTTTCAT--TAACCAAG--TTTAAC--TATGATTTCAGTTTGAAA-A--
gi|2 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaTATGA-TTTC-AGT-TTGAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATATTCAAttcaaattgaattatctccctttgacaatattcaataca
gi|3 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaatatataaatccatggcgtgcgtatttacactgaacatatatgggtgggtcagtttcctttattcttagcagagacacaccatgtatgcgctacaaaatttcatcagcaaatataaagatacttatgtaaaacatggaagcctttttgtaaacgagaacgcctttttgaaattttcaccgacaaaagtttggcaatattaatgaatagggcatactcatttgaaatacatcatgtgactttgtatattggacggtagagttcactagagggatcataatgtgcaaggaatgcattagtcaatgcgtaagttacatgcacattgaacctacatcagcaactacacgtttagatgtcagaactctaacctcgtacacatatatatcgaacgcaatcgaaaatttgttgactaggaatgacgtgcgggttttttttattgaataaatgccacgcgtaatataatttttcattaaccaagtttaacACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-----AATAAATTAAATAAATGTTTA----G-CAT---GATATAATT----TT--TA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACG--CACCATATA--TGCACTGCAAAATTTCATAAGCAA--A--T--TCAAA------GAACCATACTTAT-TTAAAACATGA-GG-CTTATCCATCAATT-AGCACACCATTTCAGAATTTTC----ACG-----------------AA---------------C-AA-TAGGAC---ACACATATTT-----G------A-A-AT--CCATT--TTGCTGGTATGTTTA--GTAGA-TTGG--ACAGT--TCAC-CA-AGGTGTC---ATGTGCAAAGAGTA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACC--------------------------A--T-T-TGCAACTGTATGTCAGAA----ATAAAAAAAAAAAT-GATCCTCGTA--------CA-----------------------------------TATGTATACCA--AATGACGTGC--ATCATC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--GAC---ACATGAT------AGTTTTAACTTTACAA---CA-TTCAAAA-AG-AA--GAAA--TAT------AC-AAAGTC-AG--TGTGG--TG---GACAACC---ATTATTTTTCAT-T-ATTTAC-TGT-TCAATAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ATAtaca
gi|4 : tGACAACAATTCTCAA-CA-TTTTT-CCTGGA-A---TATATAAATCTACA----A-CGT-GCG-CCTC-TT----TA--CAAACATGT--ACATGGGCGAG-TAG-TTTCCTTAATTCCTAGTAGAAACA--C--TATGTA--TACGCTACGAA-TATCA-----AA--A--T--ACAAA----------TGTACTTAC-GTGAAACATGG-GGACTTTTACACTAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGGTAACATATAA---------------TGAA-TAGTGC---ACACTCATCT-----G------A-C-AT--CTATC--TTTTAACTTTGTTGT--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTATA---CTGTGCAAGGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AAGCTACGTC--CA--------------------A--T-T-GGCATCTGAATGTCAGA
gi|4 : ttcACTAGGAATGACATGC--ATTGT-------TT-TATTGAATAAATTCAATAC--------C-----CG--AA----ACAT------------TTTCGC---ATA----------GAAACA--AA--A-AAGTTGT------ACGGTAATCTAA--ACTGG--TAC--GGTA--A---ACTATCT---ATAT-A-TCAA-TAT---AATTATTCAA--TAAATTATCTTCCCTTA--ACAATGTTctaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttc
gi|5 : ttcgacaacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagGACAAACATTCTCAA-CA-TTATG-CT--GGTG---AATATATATCTACATACTG-CGCCTCG-TAC---------A--CA------TGAACATGGGCGAG-T-G-TTTCCTTAATTCT-----GTAA-A--CCTCATGTA--TACGCTATCGAATATCAAATACAA--A--T--GC---------------TACTTACAGTGAAACATGG-GG-ATTTTACCTTAACGCAGCAGGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGTAACAATATAA---------------TGAA-TAGTGCACAACATCCATTT-----G------ACA-GT--CTATCATTCTTAACTGTG-TTAGTTTAGA-CGGA--ACAGTTCTCACATA-AGGTATA---CTGTGCAAAGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AA-CTACGTC--CA--------------------AAGT-T-GGCATCTGAATGTCAGAc
gi|5 : cACTAGGAATGAC-TGC--ATT-TG------TTATATTGAATAAATTCAATAC----CC-AC----------A----ACAT--T---------TT---CGCTAGAA---C------AAA-A--AA--G-----T-T------GT-ACA----AGGATCTAAATTGTACGGTAACATACATTATATATCA-AT-A-TAAT-TAT-TCA-----------TAAATTATCTCCCTctaggaatgactgcatttgttatattgaataaattcaatacccacaacattttcgctagaacaaaaaagttgtacaaggatctaaattgtacggtaacatacattatatatcaatataattattcataaattatctccct
gi|6 : cgacaaacattctcaacattatgctggtgaatatatatctacatactgcgcctcgtacacatgaacatgggcgagtgtttccttaattctgtaaacctcatgtatacgctatcgaatatcaaatacaaatgctacttacagtgaaacatggggattttaccttaacgcagcaggccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcgtaacaatataatgaatagtgcacaacatccatttgacagtctatcattcttaactgtgttagtttagacggaacagttctcacataaggtatactgtgcaaaggatacataattcattggaactacgtccaaagttggcatctgaatgtcagCATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--TACCCTGTA--TGCGCTACAAAAT---AAAAAAAA--AGAT--TAAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAGTATGG-GG-CTTTTCCGTCAGTG-AACACGCCATTTTAAATTTTTTGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-CT--ATATT--TTGTGAGCATGTTTA--TTAGA-CCGA--ACAGT--TCAC-TA-GGGTGTC---ATGTTTAAAGAATA-----------CG-C-------------A-A------TT-CAT-----TCATAGCGTAACTTTCCTC--TA--------------------G--T-T-TGCCACAGGATGTAAGAA----CT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAGCCCGATTG-A-----------------TTA--------GACATGC--ACCGTCGTAAAGTT-TATTGAATGAGTTTGATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--------TTTATAA---CA-TTTGAAA-AGGAT--A-AA--TATATACACAT-ATACTC-AT--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTAT---------------------------ATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTC--ACAATAT
gi|7 : ATCAATTTTA-CC--AACA---CATATAAATCTTAA----G-CAT-TCG-TAT--TT-----G--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTTCTAGCAGAAACA--TACCATGT--ATGTGCTACAGAATTTCAAAACCAAACA--T--TAAAA------GTACCGTACTTAC-GTA--------------TTTCCGTCAATG-AACACGACATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TGGAGC---ATGTTCACT---------------A-AG--GTGTC--------ATATGTAAA--GAATA-CGTA--A---T--TCAT-TC-A----TA---GTGT-----AAAT------------CA-C-------------A-T------TTA-----------------AACATTCCTC--C---------------------A--T-T-CACAA---GGCGTC---------------------T-TAA-ATCCTG--------TAC--------CAAACCCGATCT-A-------T-TTATTTTTTTACCAACAATGACATGC------------------ATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--------TTTATAG---CATTTC---A-A--AG--G-GA--TAA------AT-ATACTC-AA--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATAT-
gi|8 : ATCA-ATGTTTCC--AACA---TACATAAACCTGTA----G-CAT-TCG-T-T--TT----TG--CA------T--ACATGGTTGGG-CAG-TTTGCCTTATCCCTAGCAGAAACA--CACCATGT--ATGCGATACAAAATTTCAAAACCAATTA--T--TAAAA------GTACCATACCTAC-GTAA--------------TTTCATCAATG-AACACACCATTTCAGAATTTTCGCCGAC--------------------------------------A-TA-----------TTGTTT-----G------A-A-AT--ATATT--TTGTGAGCAAGTTTA--TTAGA-TCGA--ACAGT--TCAA-TA-AGGTGTC---GTGTGTAAATAGTACGCAATTCATTCA-T-------------A-GCGTAAATCACAT-----TTA------AACTTTCCTC--CATTCACAGTCCCCTGTGCTCCA--TTT-TGCAACAGGATGTCTGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAAGCCGATCT-C-------T-TTGTTTATTTACAAAGAAT
gi|9 : TGGACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TGAGTAAATCATTA----GCCAT-TCA-TATAATT----TG--CA------T--ACGTAGGTGGA-CAGTTTTCCCCTATACCTAGC-GAAACATGTACCATGT--ATGCGCTACAAACTTTTATCAGCAA--T--T--TCAAAGTACATGTACCGTACTTAC-GTAAAACATGA-GG-C-TTTCCGTCAATG-AGCATGCCATTTCATAG-TTTCGCCGGC---------------------------------------------C---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGCGAGTATGTTTA--TCTGA-TTGA--ACAGT--TCAT-TA-AGGTGTC---ATGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TCACAT-----TTA------AACCT
Alignments
lowQualScore : 222222222222 111111 333 11111 11111111 88888888888888888888888888888888888 11111111111 1111111111111111111111 11111 22222222222222222222 22222222222222222 11111111 11111111 44444444444444 2222222 111111111111111 5555555555555555555 11111111111111111 111 11111111111111111
lowQualScore : 0 3 5 5 1 5 66 0 777 1 22 8888 4 1 44 4 777777777777 111111 55 3 3 55 000 1 4444 22222 5555 22222222 4 4 3 1 1 3 2 0 77777777777777777777777777777777777 3 555 888888888888 2 2 555 555 1 1 66 2 1 777 33 2 2 77777 22222222222 2 9999999999999999999999 7 00000 888888 1 0 44 77777777777777777777 44 3 88 2 11111111111111111 4 44444444 44444444 44444444444444 2 2 55 55 4444444 3 22 3 3 666666666666666 2222222222222222222 777 8 77 4 99 77777777777777777 5 2 5 66 66 333 0 8888 2 3 3 22222222222222222 4 77
lowQualScore : . . . . . . .. . ... . .. .... . . .. . ............ ...... .. . . .. ... . .... ..... .... ........ . . . . . . . . ................................... . ... ............ . . ... ... . . .. . . ... .. . . ..... ........... . ...................... . ..... ...... . . .. .................... .. . .. . ................. . ........ ........ .............. . . .. .. ....... . .. . . ............... ................... ... . .. . .. ................. . . . .. .. ... . .... . . . ................. . ..
lowQualScore : 8 8 0 0 4 0 99 2 888 0 55 5555 0 2 77 0 666666666666 555555 55 6 6 55 111 1 9999 77777 7777 33333333 0 0 6 2 0 6 5 4 44444444444444444444444444444444444 1 444 333333333333 9 9 111 999 0 0 88 9 9 444 99 9 9 11111 77777777777 9 3333333333333333333333 2 88888 888888 6 4 66 11111111111111111111 66 6 44 3 55555555555555555 0 55555555 55555555 33333333333333 4 9 00 55 4444444 6 66 6 6 555555555555555 5555555555555555555 000 0 11 0 55 44444444444444444 0 5 0 99 99 888 4 9999 2 4 5 22222222222222222 7 99
consensus : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTA----G-CGT-TCG-TAT--TT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA-ATGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATC--TTGTGANTNTGTTTA--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GTGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--CA--------------------A--T-T-CGCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------T-T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--TTTAACTTTATAA---CA-TTCGAAA-A--AA--G-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATAT-A-TTAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
Reference ( family-2760 ) : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTA----G-CGT-TCG-TAT--TT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA-ATGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATC--TTGTGANTNTGTTTA--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GTGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--CA--------------------A--T-T-CGCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------T-T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--TTTAACTTTATAA---CA-TTCGAAA-A--AA--G-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATAT-A-TTAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
gi|1 : TGCACAAAA-----TAATCA-TTGTA-CC--GACA---TAAAGAAATCTTTA----G-CAT-TCA-TATAATT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-TGA-TTTCCCTTATTCCAAGCAGAAAAA--TACCATGTACATGAGCTACAAAATTCCATATGCAA--T--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGA-GG-CTTTTCCGTTAACG-AGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGTC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTACT--TTGTTAGAATGTTTA--TTAGA-TTGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTG-C---ATGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACCTC--CG--------------------A--A-T-TGCAACCGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-AACATTTTT-T--TTTTTTTACTAAGAATGACGTAT--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTTAATACAGG-CCAAA-----AG--AA----ACATGAT------AGTTTTAACTTTATAA---CA-TT-AAAA-A--AA--G-AA--T---------T-ATACTC-AG--TGTGC--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATTT-A-TTAC-TGT-TCAAAACTTCAAAATGAATTATCTCTTTTTGACACAATGTTGAA
gi|10 : A-TTTTA-CC--AACA---CACATAAACCTTTA----G-CAT-TCG-TAT--TT-----G--CA------T--ACATGG-TGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAGCA--TACCATGTA--TGTGCTACAAAATTTAAAAACCAA--A--TATTAAAA------GTACCATATTTAT-GTAAAGCATGG-AG-CTTTTCCGTCAATG-AACATGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGG-----CACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGTGAGCATGTTTA--TTAGA-TCGA--ACAGT--TCAC-TA-AAGTGTC---ATGTGGAAAGAATA-----------CG-T-------------A-A------TT-CAT-----Ta
gi|11 : ------AACTT-CCCC--CA--------------------G--T-T-TGCAACAGGATGTCAGAA----AT-----------T-GAACCTTGTA--------TAC--------CAAGCCCGATCG-A-------T-T--TTATTTTACTAACAATGACGTGC--ATCGTCTTAAAGTT-TATTGAATGAGTTTAATACAGGTTC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--------TTTATAC---CA-TTTG--A-A--AA--G-GA--TAT------AT-ATACTC-AA--TCTGG--TG---GGTAACA---ATTATTTTCCATAT-A-C--C-GGTATC-ACAATTCTAA------TATCTCCCTTTcata
gi|12 : ttcattcatagcgtTATCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------TGAACCCGATCG-AGAAT---T-T--TTTTTTTACTAAGAATGGCGTTT--ATCGTC------TT-TATTAAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT---G----ATAT--T------T--GTAAACTTTATAA---CA-TTCAAAA-A--GAACA-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TTTGC--TG---GGCATT-----TTTTTTTTCATTT-C-TTAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAACCATCTCCCTTTG--GCAATGTTGAA
gi|13 : -----TTG------AACCTACATC--AA--------------------A--T-T-TGCAACG---TGTCAGAACAGAAT-----------TCTAACCTCGTACACATGTATAC--------CGAACACAATCC-G-------G-T--TTTGTTGACTAGGAATGACGTGT--AT--TT------TT-TATTGAATGAATTCAATAAATG-TC-ACGCCTAAT--AA----TTCT--T------A--ATTAACTtagatacaa
gi|13 : aCATAT-G-T-ACATGT-T-AAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--GCAATGTTaaactacatatgtacatgttaaaaattcaaattgaattatctccctttggcaatgttc
gi|14 : attgaacctacatcaaatttgcaacgtgtcagaacagaattctaacctcgtacacatgtataccgaacacaatccggttttgttgactaggaatgacgtgtattttttattgaatgaattcaataaatgtcacgcctaataattcttaattaactaaactaATG-----------CA-T-------------AAG------TAACAT-----TTG------AACCGACCTC--CA--------------------G--T-T-TGCAGCCGGATGTCAGAA----CT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------GAG--TTTATTGACTTGGAATAACGTGC--CTTGTT------TA-TATTGAA----TTCAATACATG-TC-GC------TCGAA----ACAT--T------T--TTCAA----A-AA---CA-TTCGACA-A--c
gi|15 : gtacaaaaaagtggtgcataatttgG-CTTTTCTGTC---G-AGCATGCTATTTCCGAATTTTAACTGACA-----------------AAACTTCTATAACATTTTAAAATAGGGC---ACACTCAATT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGTGACTTAGTTTA--TTAGA-CAGG--ATAGC--TCAC-TA-AGGGGTA---ATGAGCAACTAGTA-----------TA-A-------------C-C------TTGTATA----TTG------AACCCA--TT--CA--------------------A--c
gi|16 : -----------------AA---------------TGAA-TATGGC---ATACTCATTTAATTTG------A-A-AT--ATATC--ATGTGACTTTGTTTA--TTGGA-CGGT--ACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTGTGCAAGGAATA-----------CATT-------------A-G------TCAaagtta
gi|17 : ttcggcaatatt-TATGGC---ATACTCATTT-----ATTTGACA-ATAT--TTATC--ATGTGACTTTGTTTAA-TTGGA-CGGTTTACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTTTGC-AAGGATA-----------Ca
gi|18 : TTATTT-----G------A-A-ATATTTATC--ATGTGACTTTGTTTA--TTGGAACGGTT-ACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTTTGC-AAGAATA-----------CA-T-------------
gi|19 : actctATATATCTA-A----G-CAT-TCG-TAT--TT-----G--CA------T--ACATGGATGGG-CAG-
gi|2 : ttatcaattaaacctttaattA---TATATAAATCCATG----G-CGT-GCG-TAT--TTACACTGAACA------T--ATATGGGTGGGTCAG-TTTCCTTTATTCTTAGCAGAGACA--CACCATGT--ATGCGCTACAAAATTTCATCAGCAA--A--T--ATAAA------G----ATACTTAT-GTAAAACATGGAAG-CCTTTTTGTAAACG-AGAACGCCTTTTTGAAATTTTCACCGACAAAAGTTTGGCAATATT-AA---------------TGAA-TAGGGC---ATACTCATTT-----G------A-A-AT--ACATC--ATGTGACTTTGTATA--TTGGA-CGGT--AGAGT--TCAC-TAGAGGGATCATAATGTGCAAGGAATG-----------CA-TTAGTCAATGCGTAA-G------TTACATGCACATTG------AACCTACATCAGCA--------------------A--C-TACACGTTTAGATGTCAGAA----CT-----------C-TAACCTCGTA--------CACATATATATCGAACGCAATCGAA-------A-A--TTTGTTGACTAGGAATGACGTGCGGGTTTTT------TT-TATTGAATAAATGC--CACGCG-TA-AT-----AT--AATTTTTCAT--TAACCAAG--TTTAAC--TATGATTTCAGTTTGAAA-A--
gi|2 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaTATGA-TTTC-AGT-TTGAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATATTCAAttcaaattgaattatctccctttgacaatattcaataca
gi|3 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaatatataaatccatggcgtgcgtatttacactgaacatatatgggtgggtcagtttcctttattcttagcagagacacaccatgtatgcgctacaaaatttcatcagcaaatataaagatacttatgtaaaacatggaagcctttttgtaaacgagaacgcctttttgaaattttcaccgacaaaagtttggcaatattaatgaatagggcatactcatttgaaatacatcatgtgactttgtatattggacggtagagttcactagagggatcataatgtgcaaggaatgcattagtcaatgcgtaagttacatgcacattgaacctacatcagcaactacacgtttagatgtcagaactctaacctcgtacacatatatatcgaacgcaatcgaaaatttgttgactaggaatgacgtgcgggttttttttattgaataaatgccacgcgtaatataatttttcattaaccaagtttaacACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-----AATAAATTAAATAAATGTTTA----G-CAT---GATATAATT----TT--TA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACG--CACCATATA--TGCACTGCAAAATTTCATAAGCAA--A--T--TCAAA------GAACCATACTTAT-TTAAAACATGA-GG-CTTATCCATCAATT-AGCACACCATTTCAGAATTTTC----ACG-----------------AA---------------C-AA-TAGGAC---ACACATATTT-----G------A-A-AT--CCATT--TTGCTGGTATGTTTA--GTAGA-TTGG--ACAGT--TCAC-CA-AGGTGTC---ATGTGCAAAGAGTA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACC--------------------------A--T-T-TGCAACTGTATGTCAGAA----ATAAAAAAAAAAAT-GATCCTCGTA--------CA-----------------------------------TATGTATACCA--AATGACGTGC--ATCATC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--GAC---ACATGAT------AGTTTTAACTTTACAA---CA-TTCAAAA-AG-AA--GAAA--TAT------AC-AAAGTC-AG--TGTGG--TG---GACAACC---ATTATTTTTCAT-T-ATTTAC-TGT-TCAATAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ATAtaca
gi|4 : tGACAACAATTCTCAA-CA-TTTTT-CCTGGA-A---TATATAAATCTACA----A-CGT-GCG-CCTC-TT----TA--CAAACATGT--ACATGGGCGAG-TAG-TTTCCTTAATTCCTAGTAGAAACA--C--TATGTA--TACGCTACGAA-TATCA-----AA--A--T--ACAAA----------TGTACTTAC-GTGAAACATGG-GGACTTTTACACTAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGGTAACATATAA---------------TGAA-TAGTGC---ACACTCATCT-----G------A-C-AT--CTATC--TTTTAACTTTGTTGT--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTATA---CTGTGCAAGGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AAGCTACGTC--CA--------------------A--T-T-GGCATCTGAATGTCAGA
gi|4 : ttcACTAGGAATGACATGC--ATTGT-------TT-TATTGAATAAATTCAATAC--------C-----CG--AA----ACAT------------TTTCGC---ATA----------GAAACA--AA--A-AAGTTGT------ACGGTAATCTAA--ACTGG--TAC--GGTA--A---ACTATCT---ATAT-A-TCAA-TAT---AATTATTCAA--TAAATTATCTTCCCTTA--ACAATGTTctaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttc
gi|5 : ttcgacaacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagGACAAACATTCTCAA-CA-TTATG-CT--GGTG---AATATATATCTACATACTG-CGCCTCG-TAC---------A--CA------TGAACATGGGCGAG-T-G-TTTCCTTAATTCT-----GTAA-A--CCTCATGTA--TACGCTATCGAATATCAAATACAA--A--T--GC---------------TACTTACAGTGAAACATGG-GG-ATTTTACCTTAACGCAGCAGGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGTAACAATATAA---------------TGAA-TAGTGCACAACATCCATTT-----G------ACA-GT--CTATCATTCTTAACTGTG-TTAGTTTAGA-CGGA--ACAGTTCTCACATA-AGGTATA---CTGTGCAAAGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AA-CTACGTC--CA--------------------AAGT-T-GGCATCTGAATGTCAGAc
gi|5 : cACTAGGAATGAC-TGC--ATT-TG------TTATATTGAATAAATTCAATAC----CC-AC----------A----ACAT--T---------TT---CGCTAGAA---C------AAA-A--AA--G-----T-T------GT-ACA----AGGATCTAAATTGTACGGTAACATACATTATATATCA-AT-A-TAAT-TAT-TCA-----------TAAATTATCTCCCTctaggaatgactgcatttgttatattgaataaattcaatacccacaacattttcgctagaacaaaaaagttgtacaaggatctaaattgtacggtaacatacattatatatcaatataattattcataaattatctccct
gi|6 : cgacaaacattctcaacattatgctggtgaatatatatctacatactgcgcctcgtacacatgaacatgggcgagtgtttccttaattctgtaaacctcatgtatacgctatcgaatatcaaatacaaatgctacttacagtgaaacatggggattttaccttaacgcagcaggccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcgtaacaatataatgaatagtgcacaacatccatttgacagtctatcattcttaactgtgttagtttagacggaacagttctcacataaggtatactgtgcaaaggatacataattcattggaactacgtccaaagttggcatctgaatgtcagCATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--TACCCTGTA--TGCGCTACAAAAT---AAAAAAAA--AGAT--TAAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAGTATGG-GG-CTTTTCCGTCAGTG-AACACGCCATTTTAAATTTTTTGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-CT--ATATT--TTGTGAGCATGTTTA--TTAGA-CCGA--ACAGT--TCAC-TA-GGGTGTC---ATGTTTAAAGAATA-----------CG-C-------------A-A------TT-CAT-----TCATAGCGTAACTTTCCTC--TA--------------------G--T-T-TGCCACAGGATGTAAGAA----CT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAGCCCGATTG-A-----------------TTA--------GACATGC--ACCGTCGTAAAGTT-TATTGAATGAGTTTGATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--------TTTATAA---CA-TTTGAAA-AGGAT--A-AA--TATATACACAT-ATACTC-AT--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTAT---------------------------ATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTC--ACAATAT
gi|7 : ATCAATTTTA-CC--AACA---CATATAAATCTTAA----G-CAT-TCG-TAT--TT-----G--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTTCTAGCAGAAACA--TACCATGT--ATGTGCTACAGAATTTCAAAACCAAACA--T--TAAAA------GTACCGTACTTAC-GTA--------------TTTCCGTCAATG-AACACGACATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TGGAGC---ATGTTCACT---------------A-AG--GTGTC--------ATATGTAAA--GAATA-CGTA--A---T--TCAT-TC-A----TA---GTGT-----AAAT------------CA-C-------------A-T------TTA-----------------AACATTCCTC--C---------------------A--T-T-CACAA---GGCGTC---------------------T-TAA-ATCCTG--------TAC--------CAAACCCGATCT-A-------T-TTATTTTTTTACCAACAATGACATGC------------------ATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--------TTTATAG---CATTTC---A-A--AG--G-GA--TAA------AT-ATACTC-AA--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATAT-
gi|8 : ATCA-ATGTTTCC--AACA---TACATAAACCTGTA----G-CAT-TCG-T-T--TT----TG--CA------T--ACATGGTTGGG-CAG-TTTGCCTTATCCCTAGCAGAAACA--CACCATGT--ATGCGATACAAAATTTCAAAACCAATTA--T--TAAAA------GTACCATACCTAC-GTAA--------------TTTCATCAATG-AACACACCATTTCAGAATTTTCGCCGAC--------------------------------------A-TA-----------TTGTTT-----G------A-A-AT--ATATT--TTGTGAGCAAGTTTA--TTAGA-TCGA--ACAGT--TCAA-TA-AGGTGTC---GTGTGTAAATAGTACGCAATTCATTCA-T-------------A-GCGTAAATCACAT-----TTA------AACTTTCCTC--CATTCACAGTCCCCTGTGCTCCA--TTT-TGCAACAGGATGTCTGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAAGCCGATCT-C-------T-TTGTTTATTTACAAAGAAT
gi|9 : TGGACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TGAGTAAATCATTA----GCCAT-TCA-TATAATT----TG--CA------T--ACGTAGGTGGA-CAGTTTTCCCCTATACCTAGC-GAAACATGTACCATGT--ATGCGCTACAAACTTTTATCAGCAA--T--T--TCAAAGTACATGTACCGTACTTAC-GTAAAACATGA-GG-C-TTTCCGTCAATG-AGCATGCCATTTCATAG-TTTCGCCGGC---------------------------------------------C---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGCGAGTATGTTTA--TCTGA-TTGA--ACAGT--TCAT-TA-AGGTGTC---ATGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TCACAT-----TTA------AACCT
blockSeqs : A T A T T TG AAT C TT TACT C A CT A TTACACTGAA AACATG GA T T TG A T AAAC AGA ATTA GTACATGT A A A T T C A GAAACTTCGGTAACATATAA A ACA ATTTGAC C T ATT ATT G A GT A C TTT TC A G CATAA CGCAATTCATT T TAGTCAATGCGTAAG A GCACA TAGCGT A AG TTCACAGTCCCCTGTGCTCC AG T AC A ATAAAAAAAAAAA C CACATGTA ATATATAT AGAATTT T A GG CG CTTAAAG A AG T . GCCTAATAA TAACCAAGTTTAAC TTT G TG C GG AAATATATACAC G C T GA AT TAC ATAC T T A GATTTCAGTTTGAA T .
blockSeqs : T T . G . . . T AT . . A T . AATTTT . . . . . A T TCAG ACA AT GT . . . T C . C GAAACTTCGTAACAATATAA . . AATTTG . . C T C T A . A TT . . . CA . . AGCGTAAA G A . A . . . . T G CAGAAT . . . ATTTA T A . CG CGTAAAG . AG . . ATAATTTT GATAGTTTTAACT . T CA . G ACAAATAT . C . . . C A T T T ATTTACTGTTCAAT T .
blockSeqs : T T . T . . . A TT . . G T . AATTTG . . . . . A T TAAG TTA TC GA . . . C T . G AAAAGTTTGGCAATATTAA . . G . . C T C T . . G A . . . AA . . AAG A . . A . . . . T C AT . . . CTTTG G G . TG C . AT . . TCGAA TTGTAAACT . . CG . . AAAGTTGT . G . . . . C T T A CTTACTGTTCAAA T .
blockSeqs : A T . A . . . T AC . . A G . CTTTA . . . . . A A AATA A AC GT . . . T C . A AAAACTTCTATAACATTT . . G . . A A C T . . G G . . . TG . . AA A . . A . . . . T T AT . . . AGAG A G . TT T . AT . . ATGAC TAATTAACT . . TG . . GAAATAT . A . . . . A C A A GTACATGTTAAA T .
blockSeqs : . . T . . . T AC . . G G . TTTG . . . . . A A AAAA A GC GT . . . T C . G AAA . . G . . T A C T . . G T . . . TG . . CC A . . A . . . . T T CT . . . AAAA G G . CA T . GC . . ATAA TTTTCAA . . CA . . GGATAT . C . . . . A A T A ACCGGTATCAC T .
blockSeqs : . . G . . . T TA . . G T . TTG . . . . . A T AAAC A TA GT . . . T T . G GAA . . G . . A A C T . . G T . . . TG . . AG A . . A . . . . G T CT . . . ATT G G . TG T . AG . . CGAA TTTCGC . . TG . . GGATAA . C . . . . A T . A ATCAATATAAT . .
blockSeqs : . G . . . C GT . . A T . TTG . . . . . A T AAAC A TA G . . . T T . A AAA . . G . . C A G A . . T G . . . CA . . AG A . . A . . . . G T CT . . . GGT T G . CG C . AG . . ATAA TTTCG . . G . . GTT . . . . . . . . . A ATAATTATTCA .
blockSeqs : . A TT . . A T . TTG . . . . . A T TCAG A TA . . . . . T . A AAA . . G . . C T C T . . G A . . . AC . . AA A . . T . . . . T A AT . . . A A A . T G . AG . . ATAA TGT . . C . . . . .
blockSeqs : A . . A . . A . . . . . A . . T TC . . . . . T . A . . . G . . C T C G . . G A . . . AC . . AA . . . T . . . . C A . . . . . . A . . . . . . . ATG TGT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . G . . A T G A . . C A . . . CA . . AA . . . T . . . . T . . . . . . . . . A TGT
blockSeqs : . . G . . G T A A . . G A . . . AG . . AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . A T G A . . C A . . . CG . . AG . . .
blockSeqs : . . . C . G A . . T A . . . CA . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TTG********* A** ANT*********** TGTTAACT*********** CG GAAATAT********** ATTTACTGTTCAA**** **
originalCons : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTA----G-CGT-TCG-TAT--TT----TG--CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA-ATGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATC--TTGTGANTNTGTTTA--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GTGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--CA--------------------A--T-T-CGCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------T-T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACAT--T------G--TTTAACTTTATAA---CA-TTCGAAA-A--AA--G-AA--TAT------AT-ATACTC-AG--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATAT-A-TTAC-TGT-TCAAAAATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
finalCons : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTA----G-CGT-TCG-TATTTG---------CA------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA--TGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATC--TTGTGANTNTGTTTA--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GTGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--CA--------------------A--T-T-CGCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCGANT-----------TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-AC-----AT--AA----ACATTGTTAACT-----------TTATAA---CA-TTCGAAA-A--AAGAAATAT----------AT-ATACTC-AG--TCTGG--TG---GGCAACA---ATTATTTTTCATATATTTACTGTTCAA----AATTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
Alignments
lowQualScore : 2222222 11111 11111111 88888888888888888888888888888888888 11111111111 1111111111111111111111 11111 22222222222222222222 22222222222222222 11111111 11111111 44444444444444444 2222222 111111 4444444444444 2222222222 111111 222222222222222222
lowQualScore : 0 3 5 5 1 5 66 0 777 1 22 8888 4 1 666 55 777 4 777 4444444 55 3 3 55 55 1 4444 22222 5555 22222222 4 4 3 1 1 3 2 0 77777777777777777777777777777777777 3 555 888888888888 2 2 555 555 1 1 66 2 1 777 33 2 2 77777 22222222222 2 9999999999999999999999 7 00000 888888 1 0 44 77777777777777777777 44 3 88 2 11111111111111111 4 44444444 44444444 44444444444444444 2 2 55 55 4444444 3 0 4 4 333333 4 4 2222222222222 0 4 99 4444444444 66 444444 5 5 1 5 0 8888 2 3 4 7 666666666666666666 4 4 77
lowQualScore : . . . . . . .. . ... . .. .... . . ... .. ... . ... ....... .. . . .. .. . .... ..... .... ........ . . . . . . . . ................................... . ... ............ . . ... ... . . .. . . ... .. . . ..... ........... . ...................... . ..... ...... . . .. .................... .. . .. . ................. . ........ ........ ................. . . .. .. ....... . . . . ...... . . ............. . . .. .......... .. ...... . . . . . .... . . . . .................. . . ..
lowQualScore : 8 8 0 0 4 0 99 2 888 0 55 5555 0 2 222 55 000 0 000 5555555 55 6 6 55 55 1 9999 77777 7777 33333333 0 0 6 2 0 6 5 4 44444444444444444444444444444444444 1 444 333333333333 9 9 111 999 0 0 88 9 9 444 99 9 9 11111 77777777777 9 3333333333333333333333 2 88888 888888 6 4 66 11111111111111111111 66 6 44 3 55555555555555555 0 55555555 55555555 99999999999999999 4 9 00 55 4444444 6 8 0 0 999999 0 0 3333333333333 8 4 33 1111111111 99 444444 0 0 4 0 4 9999 2 4 4 4 222222222222222222 4 7 99
consensus : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTA----G-CGT-T-CG--T---A-T---TTGCA-------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA--TGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATC--TTGTGANTNTGTTTA--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GTGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--CA--------------------A--T-T-CGCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------N----T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-ACA--T--AA-ACA-T-----TNTTAACTTTATAACA-TTCGAAAA-AAG------AAA--TAT------AT-ATACTC-AGTCTGGTG-GGCAACA---ATTATTTTTC-ATATATT--TAC-TGT-TC-AA-AA-TTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
Reference ( family-2760 ) : TGGACAAAAATNCTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TANATAAATCTNTA----G-CGT-T-CG--T---A-T---TTGCA-------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA--TGCGCTACAAAATTTCANAAGCAA--A--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGG-GG-CTTTTCCGTCAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTTCGCCGACG-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATC--TTGTGANTNTGTTTA--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTGTC---GTGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTG------AACCTACCTC--CA--------------------A--T-T-CGCAACNGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-A-------N----T--TTTNTTTACTAGGAATGACGTGC--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-ACA--T--AA-ACA-T-----TGTTAACTTTATAACA-TTCGAAAA-AAG------AAA--TAT------AT-ATACTC-AGTCTGGTG-GGCAACA---ATTATTTTTC-ATATATT--TAC-TGT-TC-AA-AA-TTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATGTTGAA
gi|1 : TGCACAAAA-----TAATCA-TTGTA-CC--GACA---TAAAGAAATCTTTA----G-CAT-T-CA--T---A-TAATTTGCA-------T--ACATGGGTGGG-TGA-TTTCCCTTATTCCAAGCAGAAAAA--TACCATGTACATGAGCTACAAAATTCCATATGCAA--T--T--TCAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAACATGA-GG-CTTTTCCGTTAACG-AGCACGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGTC---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTACT--TTGTTAGAATGTTTA--TTAGA-TTGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTG-C---ATGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACCTC--CG--------------------A--A-T-TGCAACCGGATGTCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-AACATTTTT----T--TTTTTTTACTAAGAATGACGTAT--ATCGTC------TT-TATTGAATGAGTTTAATACAGG-CCAAAA--G--AA-ACA-TGATAGTTTTAACTTTATAACA-TT--AAAA-AAA------GAA--T---------T-ATACTC-AGTGTGCTG-GGCAACA---ATTATTTTTC-ATTTA-T--TAC-TGT-TC-AA-AACTTCAAAATGAATTATCTCTTTTTGACACAATGTTGAA
gi|10 : A-TTTTA-CC--AACA---CACATAAACCTTTA----G-CAT-T-CG--T---A-T---TTGCA-------T--ACATGG-TGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAGCA--TACCATGTA--TGTGCTACAAAATTTAAAAACCAA--A--TATTAAAA------GTACCATATTTAT-GTAAAGCATGG-AG-CTTTTCCGTCAATG-AACATGCCATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGG-----CACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGTGAGCATGTTTA--TTAGA-TCGA--ACAGT--TCAC-TA-AAGTGTC---ATGTGGAAAGAATA-----------CG-T-------------A-A------TT-CAT-----Ta
gi|11 : ------AACTT-CCCC--CA--------------------G--T-T-TGCAACAGGATGTCAGAA----AT-----------T-GAACCTTGTA--------TAC--------CAAGCCCGATCG-A-------T----T--TTATTTTACTAACAATGACGTGC--ATCGTCTTAAAGTT-TATTGAATGAGTTTAATACAGGTTC-ACA--T--AA-ACA-T-----TG-----TTTATACCA-TTTGAAAA----------GGA--TAT------AT-ATACTC-AATCTGGTG-GGTAACA---ATTATTTTCC-ATATAC-----C-GGTATC-AC-AA-TTCTAA------TATCTCCCTTTcata
gi|12 : ttcattcatagcgtTATCAGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------TGAACCCGATCG-A-------GAATTT--TTTTTTTACTAAGAATGGCGTTT--ATCGTC------TT-TATTAAATGAGTTCAATACAGG-TC-ACA--T---G-ATATT-----TGTAAACTTTATAACA-TTCAAAAAGAAC------AAA--TAT------AT-ATACTC-AGTTTGCTG-GGCATT-----TTTTTTTTC-AT-TTCT--TAC-TGT-TCAAA-AA-TTCAAATTGAACCATCTCCCTTTG--GCAATGTTGAA
gi|13 : -----TTG------AACCTACATC--AA--------------------A--T-T-TGCAACG---TGTCAGAACAGAAT-----------TCTAACCTCGTACACATGTATAC--------CGAACACAATCC-G-------G----T--TTTGTTGACTAGGAATGACGTGT--AT--TT------TT-TATTGAATGAATTCAATAAATG-TC-ACGCCT--AA-TAA-T-----TCTTAATTtagatacaa
gi|13 : a-ACATATG--TACATGT-TA-AA-AA-TTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--GCAATGTTaactaaactacatatgtacatgttaaaaattcaaattgaattatctccctttggcaatgttc
gi|14 : attgaacctacatcaaatttgcaacgtgtcagaacagaattctaacctcgtacacatgtataccgaacacaatccggttttgttgactaggaatgacgtgtattttttattgaatgaattcaataaatgtcacgcctaataattcttaattaactaaactATG-----------CA-T-------------AAG------TAACAT-----TTG------AACCGACCTC--CA--------------------G--T-T-TGCAGCCGGATGTCAGAA----CT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CGAACCCGATCG-AG------A----G--TTTATTGACTTGGAATAACGTGC--CTTGTT------TA-TATTGAA----TTCAATACATG-TC-GC---TCGAA-ACA-T-----TTTTCA----AAAACA-TTCGACAA-c
gi|15 : gtacaaaaaagtggtgcataatttgG-CTTTTCTGTC---G-AGCATGCTATTTCCGAATTTTAACTGACA-----------------AAACTTCTATAACATTTTAAAATAGGGC---ACACTCAATT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGTGACTTAGTTTA--TTAGA-CAGG--ATAGC--TCAC-TA-AGGGGTA---ATGAGCAACTAGTA-----------TA-A-------------C-C------TTGTATA----TTG------AACCCA--TT--CA--------------------A--c
gi|16 : -----------------AA---------------TGAA-TATGGC---ATACTCATTTAATTTG------A-A-AT--ATATC--ATGTGACTTTGTTTA--TTGGA-CGGT--ACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTGTGCAAGGAATA-----------CATT-------------A-G------TCAaagtta
gi|17 : ttcggcaatatt-TATGGC---ATACTCATTT-----ATTTGACA-ATAT--TTATC--ATGTGACTTTGTTTAA-TTGGA-CGGTTTACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTTTGC-AAGGATA-----------Ca
gi|18 : TTATTT-----G------A-A-ATATTTATC--ATGTGACTTTGTTTA--TTGGAACGGTT-ACAGT--TCAC-TA-GAGTGTT---GTTTGC-AAGAATA-----------CA-T-------------
gi|19 : actctATATATCTA-A----G-CAT-T-CG--T---A-T---TTGCA-------T--ACATGGATGGG-CAG-
gi|2 : ttatcaattaaacctttaattA---TATATAAATCCATG----G-CGT-G-CG--T---A-T---TTACACTGAACAT--ATATGGGTGGGTCAG-TTTCCTTTATTCTTAGCAGAGACA--CACCATGTA--TGCGCTACAAAATTTCATCAGCAA--A--T--ATAAA------G----ATACTTAT-GTAAAACATGGAAG-CCTTTTTGTAAACG-AGAACGCCTTTTTGAAATTTTCACCGACAAAAGTTTGGCAATATT-AA---------------TGAA-TAGGGC---ATACTCATTT-----G------A-A-AT--ACATC--ATGTGACTTTGTATA--TTGGA-CGGT--AGAGT--TCAC-TAGAGGGATCATAATGTGCAAGGAATG-----------CA-TTAGTCAATGCGTAA-G------TTACATGCACATTG------AACCTACATCAGCA--------------------A--C-TACACGTTTAGATGTCAGAA----CT-----------C-TAACCTCGTA--------CACATATATATCGAACGCAATCGAA-------A----A--TTTGTTGACTAGGAATGACGTGCGGGTTTTT------TT-TATTGAATAAAT
gi|2 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaT-TG-AA-AA-TTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ACAATATTCAAgccacgcgtaatataatttttcattaaccaagtttaactatgatttcagtttgaaaattcaaattgaattatctccctttgacaatattcaataca
gi|3 : aacaaatgctcaccatttttttttttaaatatataaatccatggcgtgcgtatttacactgaacatatatgggtgggtcagtttcctttattcttagcagagacacaccatgtatgcgctacaaaatttcatcagcaaatataaagatacttatgtaaaacatggaagcctttttgtaaacgagaacgcctttttgaaattttcaccgacaaaagtttggcaatattaatgaatagggcatactcatttgaaatacatcatgtgactttgtatattggacggtagagttcactagagggatcataatgtgcaaggaatgcattagtcaatgcgtaagttacatgcacattgaacctacatcagcaactacacgtttagatgtcagaactctaacctcgtacacatatatatcgaacgcaatcgaaaatttgttgactaggaatgacgtgcgggttttttttattgaataaatgccacgcgtaatataatttttcattaaccaagtttaactatgatttcagtACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-----AATAAATTAAATAAATGTTTA----G-CAT-GATA--T---AAT---TTTTA-------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACG--CACCATATA--TGCACTGCAAAATTTCATAAGCAA--A--T--TCAAA------GAACCATACTTAT-TTAAAACATGA-GG-CTTATCCATCAATT-AGCACACCATTTCAGAATTTTC----ACG-----------------AA---------------C-AA-TAGGAC---ACACATATTT-----G------A-A-AT--CCATT--TTGCTGGTATGTTTA--GTAGA-TTGG--ACAGT--TCAC-CA-AGGTGTC---ATGTGCAAAGAGTA-----------CA-T-------------A-G------TTACAT-----TTA------AACCTACC--------------------------A--T-T-TGCAACTGTATGTCAGAA----ATAAAAAAAAAAAT-GATCCTCGTA--------CA--------------------------------------TATGTATACCA--AATGACGTGC--ATCATC------TT-TATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-ACA--T--GACACA-TGATAGTTTTAACTTTACAACA-TTCAAAAAGAAG------AAA--TAT------AC-AAAGTC-AGTGTGGTG-GACAACC---ATTATTTTTC-AT-TATT--TAC-TGT-TC-AATAA-TTCAAATTGAATTATCTCCCTTTG--ATAtaca
gi|4 : tGACAACAATTCTCAA-CA-TTTTT-CCTGGA-A---TATATAAATCTACA----A-CGT-G-CGCCT---C-T---TTACAAACATG-T--ACATGGGCGAG-TAG-TTTCCTTAATTCCTAGTAGAAACA--C--TATGTA--TACGCTACGAA-TATCA-----AA--A--T--ACAAA----------TGTACTTAC-GTGAAACATGG-GGACTTTTACACTAACG-AGCACGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGGTAACATATAA---------------TGAA-TAGTGC---ACACTCATCT-----G------A-C-AT--CTATC--TTTTAACTTTGTTGT--TTAGA-CGGA--ACAGT--TCAC-TA-AGGTATA---CTGTGCAAGGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AAGCTACGTC--CA--------------------A--T-T-GGCATCTGAATGTCAGA
gi|4 : ttcACTAGGAATGACATGC--ATTGT-------TT-TATTGAATAAATTCAATAC--------CC--G--AA-ACA-T-----T-TTCGC---ATA-------GAAAC-AAA------AAAGTTGT------ACGGTAATCTAAACTGGTACGGTA--A---ACTATCT----ATATATCAATAT-AAT-T------A-TTCAA--TAAATTATCTTCCCTTA--ACAATGTTctaggaatgacatgcattgttttattgaataaattcaatacccgaaacattttcgcatagaaacaaaaaagttgtacggtaatctaaactggtacggtaaactatctatatatcaatataattattcaataaattatcttcccttaacaatgttc
gi|5 : ttcgacaacaattctcaacatttttcctggaatatataaatctacaacgtgcgcctctttacaaacatgtacatgggcgagtagtttccttaattcctagtagaaacactatgtatacgctacgaatatcaaaatacaaatgtacttacgtgaaacatggggacttttacactaacgagcacgccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcggtaacatataatgaatagtgcacactcatctgacatctatcttttaactttgttgtttagacggaacagttcactaaggtatactgtgcaagggatacataattcattggaagctacgtccaattggcatctgaatgtcagGACAAACATTCTCAA-CA-TTATG-CT--GGTG---AATATATATCTACATACTG-CGCCT-CG--T---A-C-----ACA-------TGAACATGGGCGAG-T-G-TTTCCTTAATTCT-----GTAA-A--CCTCATGTA--TACGCTATCGAATATCAAATACAA--A--T--GC---------------TACTTACAGTGAAACATGG-GG-ATTTTACCTTAACGCAGCAGGCCATTTCGGAATTTGCACCGACGAAACTTCGTAACAATATAA---------------TGAA-TAGTGCACAACATCCATTT-----G------ACA-GT--CTATCATTCTTAACTGTG-TTAGTTTAGA-CGGA--ACAGTTCTCACATA-AGGTATA---CTGTGCAAAGGATA-----------CA-T-------------A-A------TT-CAT-----TGG------AA-CTACGTC--CA--------------------AAGT-T-GGCATCTGAATGTCAGAc
gi|5 : cACTAGGAATGAC-TGC--ATT-TG------TTATATTGAATAAATTCAATAC----CC-AC-------A-ACA-T-----T-TT--CGCTAGAAC------AAAA-AAGTTGTACAAG--GAT------CT-AAATT---GTACGGT-----AACATACATTATATATCAATATAAT--TA----T-TC-A------------TAAATTATCTCCCTctaggaatgactgcatttgttatattgaataaattcaatacccacaacattttcgctagaacaaaaaagttgtacaaggatctaaattgtacggtaacatacattatatatcaatataattattcataaattatctccct
gi|6 : cgacaaacattctcaacattatgctggtgaatatatatctacatactgcgcctcgtacacatgaacatgggcgagtgtttccttaattctgtaaacctcatgtatacgctatcgaatatcaaatacaaatgctacttacagtgaaacatggggattttaccttaacgcagcaggccatttcggaatttgcaccgacgaaacttcgtaacaatataatgaatagtgcacaacatccatttgacagtctatcattcttaactgtgttagtttagacggaacagttctcacataaggtatactgtgcaaaggatacataattcattggaactacgtccaaagttggcatctgaatgtcagCATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTCCTAGCAGAAACA--TACCCTGTA--TGCGCTACAAAAT---AAAAAAAA--AGAT--TAAAA------GTACCGTACTTAC-GTAAAGTATGG-GG-CTTTTCCGTCAGTG-AACACGCCATTTTAAATTTTTTGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TAGGGC---ACACTCATTT-----G------A-A-CT--ATATT--TTGTGAGCATGTTTA--TTAGA-CCGA--ACAGT--TCAC-TA-GGGTGTC---ATGTTTAAAGAATA-----------CG-C-------------A-A------TT-CAT-----TCATAGCGTAACTTTCCTC--TA--------------------G--T-T-TGCCACAGGATGTAAGAA----CT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAGCCCGATTG-A--------------------TTA--------GACATGC--ACCGTCGTAAAGTT-TATTGAATGAGTTTGATACAGG-TC-ACA--T--AA-ACA-T-----TG-----TTTATAACA-TTTGAAAAGGAT------AAA--TATATACACAT-ATACTC-ATTCTGGTG-GGCAACA---ATTAT------------------------------A-TTCAAATTGAATTATCTCCCTTTC--ACAATAT
gi|7 : ATCAATTTTA-CC--AACA---CATATAAATCTTAA----G-CAT-T-CG--T---A-T---TTGCA-------T--ACATGGGTGGG-CAG-TTTCCCTTATTTCTAGCAGAAACA--TACCATGTA--TGTGCTACAGAATTTCAAAACCAAACA--T--TAAAA------GTACCGTACTTAC-GTA--------------TTTCCGTCAATG-AACACGACATTTCAGAATTTTCGCCGACA-----------------AA---------------TGAA-TGGAGC---ATGTTCACT---------------A-AG--GTGTC--------ATATGTAAA--GAATA-CGTA--A---T--TCAT-TC-A----TA---GTGT-----AAAT------------CA-C-------------A-T------TTA-----------------AACATTCCTC--C---------------------A--T-T-CACAA---GGCGTC---------------------T-TAA-ATCCTG--------TAC--------CAAACCCGATCT-A-------T----TTATTTTTTTACCAACAATGACATGC------------------ATTGAATGAGTTCAATACAGG-TC-ACA--T--AA-ACA-T-----TG-----TTTATAGCATTTC----A-AAG------GGA--TAA------AT-ATACTC-AATCTGGTG-GGCAACA---ATTATTTTTC-ATAT
gi|8 : ATCA-ATGTTTCC--AACA---TACATAAACCTGTA----G-CAT-T-CG--T---T-T---TTGCA-------T--ACATGGTTGGG-CAG-TTTGCCTTATCCCTAGCAGAAACA--CACCATGTA--TGCGATACAAAATTTCAAAACCAATTA--T--TAAAA------GTACCATACCTAC-GTAA--------------TTTCATCAATG-AACACACCATTTCAGAATTTTCGCCGAC--------------------------------------A-TA-----------TTGTTT-----G------A-A-AT--ATATT--TTGTGAGCAAGTTTA--TTAGA-TCGA--ACAGT--TCAA-TA-AGGTGTC---GTGTGTAAATAGTACGCAATTCATTCA-T-------------A-GCGTAAATCACAT-----TTA------AACTTTCCTC--CATTCACAGTCCCCTGTGCTCCA--TTT-TGCAACAGGATGTCTGAA----AT-----------T-TAACCTCGTA--------TAC--------CAAAGCCGATCT-C-------T----TTGTTTATTTACAAAGAAT
gi|9 : TGGACAAAAATACTCAATCA-TTGTA-CC--GACA---TGAGTAAATCATTA----GCCAT-T-CA--TATAA-T---TTGCA-------T--ACGTAGGTGGA-CAGTTTTCCCCTATACCTAGC-GAAACATGTACCATGTA--TGCGCTACAAACTTTTATCAGCAA--T--T--TCAAAGTACATGTACCGTACTTAC-GTAAAACATGA-GG-C-TTTCCGTCAATG-AGCATGCCATTTCATAG-TTTCGCCGGC---------------------------------------------C---ACACTCATTT-----G------A-A-AT--CTATT--TTGCGAGTATGTTTA--TCTGA-TTGA--ACAGT--TCAT-TA-AGGTGTC---ATGTGCAAAGAATA-----------CA-T-------------A-G------TCACAT-----TTA------AACCT