lowQualScore                  :                                                           2222222222222                                                    1111111111111111111111                                                     11111111111111111111111111111          111111                                                                                                                     
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lowQualScore                  :                            . .      .      . .     . .    ............. . . .                 . .. .. . .  .. .........    ......................  .....  ..  ... . ...  .   .  .   ... ...  .        .............................  . . ... ...... ... .  . ...... ........   ......  ...  ... ..  ...   .   ........    ...  .  ... ..   .  . ..  ..    .  ..         
lowQualScore                  :                            0 1      7      5 5     4 4    9999999999999 3 3 3                 3 88 11 3 3  88 999999999    2222222222222222222222  77777  33  888 3 000  6   3  6   666 888  2        00000000000000000000000000000  8 8 666 000000 444 9  9 555555 22222222   333333  444  444 33  999   0   66666666    888  1  555 55   4  4 00  00    5  99         
consensus                     :                         ATGGCNCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTCTN-------TC-G-T-A-C-TGAAGAGTTCCTATAGT-C--T--G-T-TT--TG--------TTACCT-------T----A---C---TG-T---TA--TA-T-A-G---TA-TTT-CT-ACA-C-A---CA-TACGGGTA-AAT-T-C--T--A-A-TT------C---AA-A-AN--AA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------AA---CT---C--TT---CAA-TTT--------CGGG---AG-GT---A--AAA-TA-T--TG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
Reference ( gi|5 )            :                         ATGACATCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTCTT-------TT-G-T-A-C-TGAAGAGTTCCTATAGT-C--T--G-T-TT--TG--------TTACCT-------T----A---C---TG-T---TA--TA-T-A-G---TA-TTT-CT-ACA-C-A---CA-TACGGGTA-AAT-T-C--T--A-A-TT------C---AA-A-AT--AA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------AA---CT---C--TT---CAA-TTT--------CGGG---AG-GT---A--AAA-TA-T--TG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
gi|4                          :                         ATGGCATCACGT-CGCATTCT-CTTCA-C-CTCTT-------TTTG-T-A-C-TGAAGAGTTCCTATAGT-C--T--G-T-TT--TG--------TTACCT-------T----A---C---TG-T---TA--TA-T-A-G---TA-TTT-CTAACA-C-A---CA-TACGGGTA-AA--T-C--T--A-A-TT------C---AA-A-AT--AA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------AA---CT---C--TT---TAA-TTT--------CGGG---AG-GT---A--AAA-TATT--TG--TGCA-GC-AATGGCG
gi|3                          :                         ATGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTCTG-------TC-A-T-A-T------AGTTCCTATAGT-C--T--A-T-TT--TC--------TTACCT-------T----A---C---TG-A---TA--TA-T-A-G---TA-TTT-CT-ACA-C-A---AA-TACGGGTA-TAA-T-C--T--A-ACTT------A---AA-A-AT--AA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------AA---CT---C--TT---CAA-TTT--------CAGG---AA-GT---A--AAA-TA-T--CA--TGCA-AT-TATGG
gi|2                          :      ctaatcttccgttcaaaaaATGGCACC--GT-CGCAAT-T-TCTCA-CTCTCTT-------T--G-T-A-CGTGAAGAAGTCCTATAGT-G--T--G-A-TT---G--------TTACCT-------T----A---C---TGGT---TA--TA-T-A-G---TAATGT-CT-ACA-C-A---CA-TACGGATA-AAT-T-C--TA-A-A-TT------C---AA-A-AT--AA-A---GGACA-TT-A------T--------GGGA-----AA---CT---C--TC---GAT-TTT--------CGTG---A--GT---A--AAA-TA-T--GG--TGCA-GCAAATGGgag
gi|7                          :        aaattttccgtcaaaagATGGCTCCA-GT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTCCG-------TC-A-T-A-C-TGAAGAGTTCCTATAGT-A--T--G-T-TT--TG---------------------T----A---C---TG-A---TAGGTA-T-A------A-TTG-CC-A-----A---TT-TA-----A-AA----------A-A-------------AA-A-AA--AA-A---G---ATCC-A------T--------GGG------GA---AT---C--TT---CAA-TTT--------CGGG---AG-GT---A--AAA-TC-T--TG--TGCA-AC-gt
gi|18                         :    actaagttttccgttcaaaaaATGGCTCCACAC-CACATT-T-CTTCC-C-CTCCG-------TC-A-T-A-C-TGAGGAGTTCCTATAGT-C--T--G-T-TT--TG--------TTAC--------------A---C---GA-G---TA--TA-T-T-GCT-TT-TTT-TT-A-A-G-A---T--TATGGG---AAC-T-C--TTCA-A-TT------CCGGAA-G-GT--AA---------A-CT-A------T--------ggga
gi|36                         :                         ATGGAATCACG--CGCATT-T-CTTCA-C-CTCTT-------TT-G-T-A-C-TGAAtgtg
gi|9                          :     cgcaaaattttccgttcaaaatGGCATCAGGT-CGCATT-T-CT-CA-C--TCTT-------TT---T-A---TGAAG-GTTCCTATAGT-C--T--GCT-TT--TG--------TTACCT-------C----A-------TA-C---TT--TA-T-G-A---TA-TTT-CT-AAA-C--------TACGGGTA-A-T-T-C--T--A-A-TT----------AC-A-AT--AA-----G---A-TA-A------T--------GGA------AA---CT---C--TTTT-CAA-TTT--------CGGG---AG-GT------AAA-TA-T--TG--TGC
gi|10                         :               aactttccgttcaataTCACGTGCGCATT-TTCTTCAAC-CTCTT-------T--G-T-A-C-CGAAG---TCCTATAGT-C--C-------T--TG--------TTACCT------------A---C---TG-T---TA--C------G---TA-TTT--T-ACA-C-A---CA-TACATGTA-AAT-T-C--T--A-A-T-------C---AA-ATAT--AA-----------CT-A------T--------TGGC-----AA---CT---C--TC---AAA-TTT--------CGGG---AA-GT---A--AAAATA-T--TG--TGCA-GC-AATGGCGTCAtc
gi|11                         :                                CACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTCTG-------TC-A-T-A-C-TGAAGAGTTCCTATAGT-C--T--G-T-TT--TG--------TTACC--------T----A---C---TG-T------------------TA-TTT-CTAACA-C-A---CA-TACGGGTA-TAT-T-C--T--A-A-TT------CA--AA-A-AT--AA-A---G----------------------------------A---CT---C--TT---CAA-TTT--------CGGG---AG-GT---A--AAA-TA-T--TG--TGCA-AC--ATGGg
gi|12                         :                          tggctcCATGT-TGCATT-T-CTTTA-C-CACTG-------TC-A-T-A-C-TAAAGAGTTCCTATAGT-C--T--G-T-TT--TG--------TTACAT-------T----A---C---TG-T---TA--TG-T-A-G---TA-TTT-CT-ACA-T-A---CA-TACATGTA-CAT-T-C--T--T-A-TT------T---AA-A-AT--AA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------AA--------C--TT---CAA-TTT--------TGTG---AG-GT------AAA-TA-T--TG--Tgagtc
gi|15                         :                             ctcCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTCT-----------G-TCA-C------AGTTCCTATAGT-C--T--G-T-TT--TG--------TTATCT-------T----A---C---TG-A---TA--TA-T-A-G---TA-TTT-AT-ACA-C-T---CA-TAGGGATA-TAT-T-C--T--A-A-TT------TA--AA-A-AT--AA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------AA---CT---C--TT---CAA-TTT--------CGAT---AG-GT---A--AAA-Ttc
gi|21                         :                           ggctcCACGA-CGCATT-T-CTTCA-C-CTCCG-------TC-A-T-A-C-TGAAGAGTTCCTATATT-C--T--G-T-TT--TG--------TTACAT-------T----A---T---TG-A---TA--TG-T-A-G---TA-TTT-CT-ACA-C-A---CA-TACGGGTA-CAT-
gi|6                          :                        aatggtccCATGT-CGTATT-T-ATTCA-C-CTCCTGGCTCTATC-A-T-A-C-TGAAGAGTTCCTACAGT-C--T--G-T-TT--TG--------TTGC------------------------------A--T----------TA-TTT-CC-ACA-T-A---CA-TATGGGTA-TAT-T--------------------------G-AT--A-------------T-G------T--------GGG------AA---CT---C--TT---CAA-TTT--------CGGG---AG-GT---A--ATA-TA-T--TG--TGC
gi|40                         : agcactaaattttccatttaaaagttggctcCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTCTG-------TC-A-T-A-C-catgga
gi|8                          :                                   GT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTCTG-------TC-A-T-A-C-TGA-GAGTTCCTATAGT-C--T--G-T-TT--TG--------TTACCT-------T----A---C---TG-T---TA--TA-T-A-G---TA-TT--CT-ACA-C-A---CA-TACGGGTA-TAT-T-C--T--A-A-TT------C---AA-A-AT--AA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------A-----T---T--TT---CAA-TTT--------CGGG---AG-GT---A--AA---A-T--TA--TG-G-GA-AATGG
gi|1                          :                                 tggctccttTT-T-CTTCA-C-CTCTT-------TT-A-T-A-C-TGAA-AGTTCCTATAGTAC--T--G-T-TT--T---------TTACCT-------T----AG--C---TG-T---TAG-TA---A-G---TA-TTT-CT-ACATC-A---CA-TACGGGTACAAT-T-C--aattcaa
gi|13                         :            aattttccgttcaaaaaaatggcattcaattgctatTTTA-C-CTCCT----------G-A-AAC-TGAAGAGTTTCTAAGGT-A--T--G-T-TT--TA--------TTAA--------------A---T---TG-T---T---------------------CC-ACA-T-T---TA-TACTTGTG-TAT-CAC--T--A-A-TT------T---TG-A-AA--AC-A---G---A-CC-A------C--------GGG------AA---TT---C--TT---CAA-TTT--------CGGG---AG-AT---T--AGA-TA-C--TG--CGCatgaatcgtaaaagctctctggagctggtgtattttgtgctttgcataccgactttaaaaaaaaatcttattcttttcttatt
gi|14                         :                                    tgacttccatgaagcaatatTTTT-------CC-A-T-A-T-TGAAGAGCTCCTAT-GT-C--T----T-TT--TA--------TT-----------T----A---A---AG-T---TA---G-C-A-A---TA-T------AC--C-A---TA-TGTGGAGG-AAC-T-A--T--ATA-TCATGTAGC---AA-A-AC--A------G---A-TT-T------T--------AGA------AA---CC---C--TT---CAA-TTT--------CGGA---AG-GT---A--AGA-TA-T--TG--TGCA-catgga
gi|20                         :                                            gattacttttcgTCTC-------CT-GAT-A-T-TGAAGAGTTCCTATAGT-C--T--G-T-AT--TG--------tcataaatg
gi|34                         :                                     actttgatcatgattaatgTCTC-------CT-GAT-A-T-TGAAGAGTTCCTATAGT-C--T--G-T-TTTCTC--------TTA--T-------T----A---G---TG-A---TA--TA-C-A-G---TA-taaacaatcacaccatggtcttatttgaatggaaatttaagtgactgttttta
gi|35                         :                                                                ttgttta-T-A-T-TGAAATGTATCTATAGT-C--T--G-T-TT--TA--------TTAAAT-------T----A---G---TG-A---CA--TA-CAA-G---TA-gg
gi|4                          :                                                                       cc-A-T-TAAAGAGTTCCCATAGT-C--TTTA-T-TT--TGAATTAGATTTACCCG------T----A---TGTGTG-T---TA--GA---A-A---TA-----CT-ATA-T-AA--CAGTA-AGGTA-A-----------------------C---AA-A-AC--A------G---A-CT-A------T--------AGG------AA---CT---C--TT---CAG-Ttcgggagataaa
gi|3                          :                                     atggcatcacgtcgcattctcttcacctctttttgt-A-T-TGAAGAGTTCCCATAGT-C--T--T-T-AT--TT--------TTAAGT-------T----A--------GAT---TA--TACC-C-G---TA-TTT-GT-GTA-G-A---AA-TAC---TA-TATAT-CAGT--A-A-GG------T---AA-G-AA--AATA---G---A-CT-A------T--------AGG------AA---CT---ttcgggaggtaaaatatttgtgcagcaatggcg
gi|12                         :                  ctaatcttccgttcaaaaaatggctccacgtcgcatttcttcacctctgtcatat-A-T-TGAAG--TTCCCATAGT-C--T--T-T-AT--T---------TTAAATAAGAATGT----A---CA--TG-TATGTA--TG-T-A-G---AA-ATA-CT-ACA-T-A-------ACAG-TA-A---T-G--T--A-A---------C---AA-A-AC--A------G---A-CT-A------T--------AGG------AA---CT---C--TT---TAG-Tttcaggaagtaaaatatcatgcaattatgggag
gi|16                         :                                           ctccatgttgcatttctttaccactgtcat-A-C-TGAATAGATCCTATAGT-C--T--G-T-TT--TG--------TCACCT-------T----G---C---TG-T---TA--GA-G-A-G---TA-TTT-CT-ATA-C-A---CA-TACAGATA-TAT-T-C--T--A-A-TTA-----A---AA-A-AT--AA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------AA---CT---C--TT---CAA-TTT--------TGGG---TG-GT---A--AAA-TA-T--TG--TGCA-AT--ATGGtttgtgaggtaaatattgttc
gi|16                         :                                                                         -A-T-TGAAGAGTTCCCATAGT-C--T--T-TATT--TT--------TTAATTAGAA---T----ATATC---TG-TATGTG--TA-T-A-GAAATACTCT-CT-A-A-C-AG--CA----AGGTG-A-----------------------C---AA-A-AC-----A---G---A-CT-A------T--------AGG------AT---CT---A--TT---CAG-Tg
gi|25                         :                                                                         -A-T-TGAAGAGTTCCCATAGT-CTTT--A-T-TT--TG--------tttgggtggtaaaatattgtgcaatatggg
gi|13                         :                                     gtagtatttctacacacatacgggtaaattctaatt-A-T-TGAAGAATTCCCGTGGT-C--T--G-T-TT--T---------CAAAAT-------T----A---G---TG-A---TA--CA-C-AAG---TA-T------------A---AA-TGTGGAAC-AAT-T----T--A-A-T-----------AA-A-AC--A------T---A-CC-T------T--------AGA------AA---CT---C--TT---CAG-TTT--------CAGG---AG-GT---A--AAA-TA-T--TG--ttcgggaggtaaaatattgtgcagcattggc
gi|14                         :                                                           tgacttccatgaag-A-T-TGAAGGGTTTCTAAAAT-C--T--G-T-TT--TG--------CTAC--------------A-------TG-A---TA--TA-T-A-G------TTC-CT-CCA-C-A---TA-T---GGTA-TAT-TGC--T--A-A-CT------T---TA-A-ATAAAA-A---G---A-C--A------T--------AGG------AG---CT---C--TT---CAA-Tttcgggagattagatactgcgccatgga
gi|23                         :                                      gattacttttcgtgcacaatatcttaccttccgaa-A-T-TGAAGAGTTCCAATGGT-C--T--G-T-TT--TA--------TTatggaaaatcataaatg
gi|24                         :                               tgttgaactatttgtagtaaggcatacaaaacctggataataattc-TGAAGAGTTCCTATAGT-C--T--G-T-TT--TT--------CTTCAT-------T----A--------G-T---GA--TA-T-A-A----A-CTTATT-GCA-T-AT--CA-T--TGATA-AA--------------------------GG-A-AA--AC-A---G---A-CT-A------T--------AGG------AA---CT---tttgggagataaaatattgcgccatgaga
gi|24                         :                                                                                   AGTTCCTATAGT-C--T--G-T-TT--T------------CCT-------T------------TA-T---CA---A-T-G-A---TA------T-GCA--------A-TAAGTTTA-TAT-CAC--T--A-A-TG------A---AG-A-AA--AACA---G---A-CT-A------T--------AGG------AA---CT---C--TT---CAttcaattgaaat
gi|19                         :                                                                                             GT-C--TT-G-T-TT--CT--------TTACCT-------CCGTGA---C---TG-A---TA--TA-G-A-A---TA-TTT-CC-ACA-T-AATGTA-CACGGGTA-CAT-T-G--C--A-A-TT------T---AA-A-A---AA-A---A---C-CT-ATAAATTT--------GGGAATTTTAA---CT---C--TT---TCA-TT----------GGG---GG-Gttcaattgaaat
gi|17                         :                                                                                                     gatggctccac--------TTACGT-------T----A---C---TG-A---TA--TA-T-A-G---CA-TTT-CC-ACA-T-A---CT-TACTGGTGTATT-T-C--T--T-A-TT------G---A--------AA-A---G---A-CT-A------T--------ACA------AA---TT---T--CT---CAA-TTG--------GGGT---AG-TT---G--AAG-TA-T--TG--TGC
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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consensus                     :                                  ATGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TNTC-G-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTG-NTA--TAT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGGTA-NATT-CT--A-A-TT------C-AA-A-A-NAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
Reference ( family-2721 )     :                                  ATGGCNCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TNTC-G-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTG-TTA--TAT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGGTA-AATT-CT--A-A-TT------C-AA-A-A-NAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
gi|1                          :                                                   TT-T-CTTCA-C-CTC-------TTTT-A-T-AC-TGAA-AGTTCCTATAGTACT-G-TTT--T-TTACCTT----AGCTG-TTAG-TA--AG--TA-TTTCT-ACATC-A---CATACGGGTACAATT-C
gi|10                         :     aattttccgttcaaaaaaatggcattcaattgctatCACGTGCGCATT-TTCTTCAAC-CTC-------TTT--G-T-AC-CGAAG---TCCTATAGT-CC-----T--TGTTACCT-----A-CTG-TTA--C----G--TA-TTT-T-ACA-C-A---CATACATGTA-AATT-CT--A-A-T-------C-AA-ATA-TAA----------CT-A------T--------TGGC-----AA-CT---C--TC---AAA-TTTCGGG---AA-GT---AAAAATA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCAatgaatcgtaaaagctctctggagctggtgtattttgtgctttgcataccgactttaaaaaaaaatcttattcttttcttatt
gi|11                         :                                  tTGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-A-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACC-T----A-CTG-T------------TA-TTTCTAACA-C-A---CATACGGGTA-TATT-CT--A-A-TT------CAAA-A-A-TAA-A--G----------------------------------A-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-AC--ATGGg
gi|12                         :                                      CTCCATGT-TGCATT-T-CTTTA-C-CAC-------TGTC-A-T-AC-TAAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACATT----A-CTG-TTA--TGT-AG--TA-TTTCT-ACA-T-A---CATACATGTA-CATT-CT--T-A-TT------T-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA------C--TT---CAA-TTTTGTG---AG-GT----AAA-TA-TTG--Tgagtc
gi|13                         :                                                         TTTA-C-CTC--------CTG-A-A-AC-TGAAGAGTTTCTAAGGT-AT-G-TTT--TATTAA-------A-TTG-TT-----------------CC-ACA-T-T---TATACTTGTG-TATCACT--A-A-TT------T-TG-A-A-AAC-A--G---A-CC-A------C--------GGG------AA-TT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-AT---TAGA-TA-CTG--CGCtc
gi|14                         :                                             tgacttccatgaagcaatatTT-------TTCC-A-T-AT-TGAAGAGCTCCTAT-GT-CT---TTT--TATT----T----A-AAG-TTA---GC-AA--TA-T-----AC--C-A---TATGTGGAGG-AACT-AT--ATA-TCATGTAGC-AA-A-A-CA-----G---A-TT-T------T--------AGA------AA-CC---C--TT---CAA-TTTCGGA---AG-GT---AAGA-TA-TTG--TGCA-catgga
gi|14                         :                                                                      gattacttttcg-AT-TGAAGGGTTTCTAAAAT-CT-G-TTT--TGCTAC-------A--TG-ATA--TAT-AG-----TTCCT-CCA-C-A---TAT---GGTA-TATTGCT--A-ACTT------T-AA-ATA-AAA-A--G---A-C--A------T--------AGG------AG-CT---C--TT---CAA-Ttcataaatg
gi|15                         : gattacttttcgtgcacaatatcttaccttccgaaGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-----AC------AGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTATCTT----A-CTG-ATA--TAT-AG--TA-TTTAT-ACA-C-T---CATAGGGATA-TATT-CT--A-A-TT------TAAA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGAT---AG-GT---AAAA-Tatggaaaatcataaatg
gi|16                         :                                                                                  -AC-TGAATAGATCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTCACCTT----G-CTG-TTA--GAG-AG--TA-TTTCT-ATA-C-A---CATACAGATA-TATT-CT--A-A-TTA-----A-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTTGGG---TG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-AT--ATGG
gi|17                         :                                                                                                                    TTACGTT----A-CTG-ATA--TAT-AG--CA-TTTCC-ACA-T-A---CTTACTGGTGTATTT-CT--T-A-TT------G-A-------AA-A--G---A-CT-A------T--------ACA------AA-TT---T--CT---CAA-TTGGGGT---AG-TT---GAAG-TA-TTG--TGCg
gi|18                         :            tattgtttcattgtttactcctATGGCTCCACAC-CACATT-T-CTTCC-C-CTC-------CGTC-A-T-AC-TGAGGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTAC-------A-CGA-GTA--TAT-TGCTTT-TTTTT-A-A-G-A---T-TATGGG---AACT-CTTCA-A-TTC-----C-GG-A-A-GGT-A--A---A-CT-A------T--------cctggcagtc
gi|19                         :                                  ATGGCTCCACGT-CTTGTT-T-CTTTA-C-CTC----------C-G-TGAC-TGAtgtg
gi|19                         :                                                                                                    gGT-CTTG-TTT--CTTTACCTCCGTGA-CTG-ATA--TAG-AA--TA-TTTCC-ACA-T-AATGTACACGGGTA-CATT-GC--A-A-TT------T-AA-A-A-AAA-A------C-CT-ATAAATTT--------GGGAATTTTAA-CT---C--TT---TCA-TT--GGG---GG-Gtatagaatatttccacataatgtacacgggtacattgcaatttaaaaaaaacctataaatttgggaattttaactctttcattgggggg
gi|2                          :                       gatggctccacATGGCACC--GT-CGCAAT-T-TCTCA-CTCTC-------TTT--G-T-ACGTGAAGAAGTCCTATAGT-GT-G-ATT---GTTACCTT----A-CTGGTTA--TAT-AG--TAATGTCT-ACA-C-A---CATACGGATA-AATT-CTA-A-A-TT------C-AA-A-A-TAA-A--GGACA-TT-A------T--------GGGA-----AA-CT---C--TC---GAT-TTTCGTG---A--GT---AAAA-TA-TGG--TGCA-GCAAATGG
gi|20                         :                                                                                                                                                                     aaattttccgtcaaaagT--A-A-TG------C-AA-----TAC-A--G---A-CT-A------T--------AGG------AA-CT---C--TT---CAA-TATCAGG---AG-AT---AAAgt
gi|21                         :                    actttgatcatgatATGGTCCCACGA-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------CGTC-A-T-AC-TGAAGAGTTCCTATATT-CT-G-TTT--TGTTACATT----A-TTG-ATA--TGT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGGTA-CATcaatcacaccatggtcttatttgaatggaaatttaagtgactgttttta
gi|22                         :                                                                                                                                                     aTTTT-ATA-T-A---CATACGGGTA-TTTG-CT--A-A-TT---------A-A-A-AAA-A--G---A-CT-A------T--------GGA------AA-CT---C--AT---CAA-TTTTGGG---AG-AA---TATA-TA-TTG--TGC
gi|23                         :                                                                                                                                                          ctttgatacttcgccaGGATA-A-----T--A-A-TT------C-AATA-A-AAC-A--G---A-CC-A------T--------TGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTTGGG---AG-AT---AAAA-TA-TTG--CGCcgtggaattca
gi|24                         :                                                         tgttgaactatttgtagtaaggcatacaaaacctAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--T----CCTT-------TA-TCA---AT-GA--TA-T-------G-C-A----ATAAGTTTA-TATCACT--A-A-TG------A-AG-A-A-AAACA--G---A-CT-A------T--------AGG------AA-CT---C--TT---CAcatgaga
gi|25                         :                                                                                                                                            T-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGGTA-AATT-CT--A-A-TT------C-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-ATTGGCttcaattgaaat
gi|26                         :                                                                                                                                                                             gA-AAT--CT--A-A-TT------C-AA-A-ATAAA-A--G---A-CTAA------T--------GGG------AA-CT---CCTTT---CAATTTTCGGGGAAAG-GTTA-AAAA-TA-TTGTTTGCACGCAAATGGCGTC
gi|27                         :                                                                                                                                           AT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGGTG-AAT----------------------------AA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---T--TT---CAT-TTTCGGG---AG-GT---AAAC-TA-TTG--T----GC-AATGGcag
gi|28                         :                                                                                                                                                         T-ACA-TTA---CACACGGGTA-TTTG-CT--A-A-TT------A-AA-A-A-AAA-AAAG---A-CT-A------T--------GAG------AA-TT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-Ggagt
gi|29                         :                                                                                                                                                                    taatctgttttgtATT-TT--C-A-TT------T-AA-AGA-TAA-A--G---A-CT-A------TCTGACTATGGG------AT-CT---C--TT---CAA-TTTCGAG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--T----GC-AATGG
gi|3                          :                                ttATGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-A-T-AT------AGTTCCTATAGT-CT-A-TTT--TCTTACCTT----A-CTG-ATA--TAT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---AATACGGGTA-TAAT-CT--A-ACTT------A-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCAGG---AA-GT---AAAA-TA-TCA--TGCA-AT-TATGGgagt
gi|30                         :                                                                                                                                                                            ctaatcttccgttcaaaaa------C-AG-A-A-AAACA--GT--A-CT-A------T--------AGG------AA-CTTCCC--TT---CAA-TATCAGG---AGCAT---AAAT-AA-TTG---ACA--C-AATGGgag
gi|32                         :                                                                                                                                                                                            -TT------C-AA-A-A-TAA----G---T-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--CTTCCCAA-TTCGGAG---AG-GTTTAAAAA-CA---G--TGCA-GC-AAAGGCGTCAaaatctttttt
gi|34                         :                                                    T-T-GTTTA-T-CTC--------CTG-A-T-AT-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTTTCTCTTA--TT----A-GTG-ATA--TAC-AG--TA-ga
gi|35                         :                                                                 TC-------TCCC-GAT-AT-TGAAATGTATCTATAGT-CT-G-TTT--TATTAAATT----A-GTG-ACA--TACAAG--TA-gg
gi|35                         :                                                                                                                                                                                  cc-CT--A-A-TT------T-AATA-A-AAC-A--G---A-CT-A------T--------AGA------TA-CA---T--TT---CAA-TATCGGG---AG-AT---AAAtaaa
gi|36                         :                   cctacttgtatgtcaATGGAATCACG--CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TTTT-G-T-AC-TGAA
gi|37                         :                                                                                                                                                                                   cgcaaaattttccgttcaaaat-A-A-AAC-A--G---A-TT-A------T--------GAA------AAACT---C--TT---CCA-CTTCGGG---AG-AT---GAAA-TA-TTG--CGC
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                      -AA-A-A-AAG-A--T---A-CT-G------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAG-TTGCGGG---AT-GT---AAAA-TA-TTG--TGCcatggaagtca
gi|4                          :                                 tATGGCATCACGT-CGCATTCT-CTTCA-C-CTC-------TTTTTG-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTG-TTA--TAT-AG--TA-TTTCTAACA-C-A---CATACGGGTA-AA-T-CT--A-A-TT------C-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---TAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TATTTG--TGCA-GC-AATGGCG
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gi|5                          :                                  ATGACATCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TTTT-G-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTG-TTA--TAT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGGTA-AATT-CT--A-A-TT------C-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
gi|6                          :                                   TGGCTCCATGT-CGTATT-T-ATTCA-C-CTCCTGGCTCTATC-A-T-AC-TGAAGAGTTCCTACAGT-CT-G-TTT--TGTTGC---------------A--T-------TA-TTTCC-ACA-T-A---CATATGGGTA-TATT----------------------G-A-TA------------T-G------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AATA-TA-TTG--TGC
gi|7                          :         agcactaaattttccatttaaaagtATGGCTCCA-GT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------CGTC-A-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-AT-G-TTT--TG------T----A-CTG-ATAGGTAT-A----A-TTGCC-A-----A---TTTA-----A-AA-------A-A-----------AA-A-A-AAA-A--G---ATCC-A------T--------GGG------GA-AT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TC-TTG--TGCA-AC-catgga
gi|8                          :              actaagttttccgttcaaaaaTGGCTCCTTGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-A-T-AC-TGA-GAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTG-TTA--TAT-AG--TA--TTCT-ACA-C-A---CATACGGGTA-TATT-CT--A-A-TT------C-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------A---T---T--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAA---A-TTA--TG-G-GA-AATGGggga
gi|9                          :                                    GGCATCAGGT-CGCATT-T-CT-CA-C--TC-------TTTT---T-A--TGAAG-GTTCCTATAGT-CT-GCTTT--TGTTACCTC----A--TA-CTT--TAT-GA--TA-TTTCT-AAA-C-------TACGGGTA-A-TT-CT--A-A-TT--------AC-A-A-TAA----G---A-TA-A------T--------GGA------AA-CT---C--TTTT-CAA-TTTCGGG---AG-GT----AAA-TA-TTG--TGCaattcaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CTACTTTGTATCATTGATATGGAAATACAGACTATAGGAAATTCTGCTTCAATTCAAGGAGATATAACAATCA
Unaligned ( gi|33 ): AATATCAAGAGATAAATAATTATATCATGGAAGTAATCTGAATGGAAAATTTGGTGACTGATTTTAT
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lowQualScore                  :                                              2      0 0     0 0   88888888888888 7  7                 7  7 7   44      5555555 44  8 7 00 55555  11  5     1   5 5 777        88888  00 5 4 4 444 44  8  444  2 8 11  5 77 444 2  2 666666 55555555   333333  3  333 55  333   3       444  4  666    5  6   22    5  3          
consensus                     :                                  ATGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TNTC-G-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTGNT-A--T--AT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-NA-T-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-NAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
Reference ( family-2721 )     :                                  ATGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TNTC-G-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTGNT-A--T--AT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-NA-T-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-NAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
gi|1                          :                                                   TT-T-CTTCA-C-CTC-------TTTT-A-T-AC-TGAA-AGTTCCTATAGTACT-G-TTT--T-TTACCTT----AGCTGTT-AG-T--A--AG--TA-TTTCT-ACATC-A---CATACGGG-----TACAA-T-T-C---
gi|10                         :     aattttccgttcaaaaaaatggcattcaattgctatCACGTGCGCATT-TTCTTCAAC-CTC-------TTT--G-T-AC-CGAAG---TCCTATAGT-CC-----T--TGTTACCT-----A-CTGTT-A--C------G--TA-TTT-T-ACA-C-A---CATACATG-----TA-AA-T-T-C---T--AA-T--C-AA-ATA-TAA----------CT-A------T--------TGGC-----AA-CT---C--TC---AAA-TTTCGGG---AA-GT---AAAAATA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCAatgaatcgtaaaagctctctggagctggtgtattttgtgctttgcataccgactttaaaaaaaaatcttattcttttcttatt
gi|11                         :                                  tTGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-A-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACC-T----A-CTGT---------------TA-TTTCTAACA-C-A---CATACGGG-----TA-TA-T-T-C---T--AA-TT-CAAA-A-A-TAA-A--G----------------------------------A-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-AC--ATGGg
gi|12                         :                                      CTCCATGT-TGCATT-T-CTTTA-C-CAC-------TGTC-A-T-AC-TAAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACATT----A-CTGTT-A--T--GT-AG--TA-TTTCT-ACA-T-A---CATACATG-----TA-CA-T-T-C---T--TA-TT-T-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA------C--TT---CAA-TTTTGTG---AG-GT----AAA-TA-TTG--Tgagtc
gi|13                         :                                       TCCATGA-AGCAAT-A-TTTTA-C-CTC--------CTG-A-A-AC-TGAAGAGTTTCTAAGGT-AT-G-TTT--TATTAA-------A-TTG--------------------TTCC-ACA-T-T---TATACTTG-----TG-TA-T-CAC---T--AA-TT-T-TG-A-A-AAC-A--G---A-CC-A------C--------GGG------AA-TT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-AT---TAGA-TA-CTG--CGCtc
gi|14                         :                                                            tgactTT-------TTCC-A-T-AT-TGAAGAGCTCCTAT-GT-CT---TTT--TATT----T----A-AAGTT-A-----GC-AA--TA-T-----AC--C-A---TATGTGGAGGAACTA-TA-TAT-CATGT--AG----C-AA-A-A-CA-----G---A-TT-T------T--------AGA------AA-CC---C--TT---CAA-TTTCGGA---AG-GT---AAGA-TA-TTG--TGCA-catgga
gi|14                         :                                                                      gattacttttcg-AT-TGAAGGGTTTCTAAAAT-CT-G-TTT--TGCTAC-------A--TGAT-A--T--AT-AG-----TTCCT-CCA-C-A---TAT---GG-----TA-TA-T-TGC---T--AACTT-T-AA-ATA-AAA-A--G---A-C--A------T--------AGG------AG-CT---C--TT---CAA-Ttcataaatg
gi|15                         : gattacttttcgtgcacaatatcttaccttccgaaGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-----AC------AGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTATCTT----A-CTGAT-A--T--AT-AG--TA-TTTAT-ACA-C-T---CATAGGGA-----TA-TA-T-T-C---T--AA-TT-TAAA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGAT---AG-GT---AAAA-Tatggaaaatcataaatg
gi|16                         :                                                                                  -AC-TGAATAGATCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTCACCTT----G-CTGTT-A--G--AG-AG--TA-TTTCT-ATA-C-A---CATACAGA-----TA-TA-T-T-C---T--AA-TTAA-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTTGGG---TG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-AT--ATGG
gi|17                         :                                                                                                                    TTACGTT----A-CTGAT-A--T--AT-AG--CA-TTTCC-ACA-T-A---CTTACTGG-----TG-TATT-T-C---T--TA-TT-G-A-------AA-A--G---A-CT-A------T--------ACA------AA-TT---T--CT---CAA-TTGGGGT---AG-TT---GAAG-TA-TTG--TGCg
gi|18                         :            tattgtttcattgtttactcctATGGCTCCACAC-CACATT-T-CTTCC-C-CTC-------CGTC-A-T-AC-TGAGGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTAC-------A-CGAGT-A--T--AT-TGCTTT-TTTTT-A-A-G-A---T-TATGGG--------AA-C-T-C---TTCAA-TTCC-GG-A-A-GGT-A--A---A-CT-A------T--------cctggcagtc
gi|19                         :                                  ATGGCTCCACGT-CTTGTT-T-CTTTA-C-CTC----------C-G-TGAC-TGAtgtg
gi|19                         :                                                                                                    gGT-CTTG-TTT--CTTTACCTCCGTGA-CTGAT-A--T--AG-AA--TA-TTTCC-ACA-T-AATGTACACGGG-----TA-CA-T-T-G---C--AA-TT-T-AA-A-A-AAA-A------C-CT-ATAAATTT--------GGGAATTTTAA-CT---C--TT---TCA-TT--GGG---GG-Gtatagaatatttccacataatgtacacgggtacattgcaatttaaaaaaaacctataaatttgggaattttaactctttcattgggggg
gi|2                          :                       gatggctccacATGGCACC--GT-CGCAAT-T-TCTCA-CTCTC-------TTT--G-T-ACGTGAAGAAGTCCTATAGT-GT-G-ATT---GTTACCTT----A-CTGGTTA--T--AT-AG--TAATGTCT-ACA-C-A---CATACGGA-----TA-AA-T-T-C---TA-AA-TT-C-AA-A-A-TAA-A--GGACA-TT-A------T--------GGGA-----AA-CT---C--TC---GAT-TTTCGTG---A--GT---AAAA-TA-TGG--TGCA-GCAAATGG
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gi|21                         :                    actttgatcatgatATGGTCCCACGA-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------CGTC-A-T-AC-TGAAGAGTTCCTATATT-CT-G-TTT--TGTTACATT----A-TTGAT-A--T--GT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-CA-T-caatcacaccatggtcttatttgaatggaaatttaagtgactgttttta
gi|22                         :                                                                                                                                                       aTTTT-ATA-T-A---CATACGGG-----TA-TT-T-G-C---T--AA-TT----A-A-A-AAA-A--G---A-CT-A------T--------GGA------AA-CT---C--AT---CAA-TTTTGGG---AG-AA---TATA-TA-TTG--TGC
gi|23                         :                                                                                                                                                                               ctttgatacttcgcca---T--AA-TT-C-AATA-A-AAC-A--G---A-CC-A------T--------TGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTTGGG---AG-AT---AAAA-TA-TTG--CGCcgtggaattca
gi|24                         :                                                   tgttgaactatttgtagtaaggcatacaaaacctggataaAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--T----CCTT----------T-A--TCAAT-GA--TA-T-------G-C-A----ATAAGTT-----TA-TA-T-CAC---T--AA-TG-A-AG-A-A-AAACA--G---A-CT-A------T--------AGG------AA-CT---C--TT---CAcatgaga
gi|25                         :                                                                                                                                              T-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-AA-T-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-ATTGGCttcaattgaaat
gi|26                         :                                                                                                                                                                                          g-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-ATAAA-A--G---A-CTAA------T--------GGG------AA-CT---CCTTT---CAATTTTCGGGGAAAG-GTTA-AAAA-TA-TTGTTTGCACGCAAATGGCGTC
gi|27                         :                                                                                                                                        aaa--AT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TG-AA-T--------------------------AA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---T--TT---CAT-TTTCGGG---AG-GT---AAAC-TA-TTG--T----GC-AATGGcag
gi|28                         :                                                                                                                                                           T-ACA-TTA---CACACGGG-----TA-TT-T-G-C---T--AA-TT-A-AA-A-A-AAA-AAAG---A-CT-A------T--------GAG------AA-TT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-Ggagt
gi|29                         :                                                                                                                                                                           taatctgttttgtA-T-T-T---T--CA-TT-T-AA-AGA-TAA-A--G---A-CT-A------TCTGACTATGGG------AT-CT---C--TT---CAA-TTTCGAG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--T----GC-AATGG
gi|3                          :                                ttATGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-A-T-AT------AGTTCCTATAGT-CT-A-TTT--TCTTACCTT----A-CTGAT-A--T--AT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---AATACGGG-----TA-TA-A-T-C---T--AACTT-A-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCAGG---AA-GT---AAAA-TA-TCA--TGCA-AT-TATGGgagt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                       ctaatcttccgttcaaaaa-C-AG-A-A-AAACA--GT--A-CT-A------T--------AGG------AA-CTTCCC--TT---CAA-TATCAGG---AGCAT---AAAT-AA-TTG---ACA--C-AATGGgag
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                       -TT-C-AA-A-A-TAA----G---T-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--CTTCCCAA-TTCGGAG---AG-GTTTAAAAA-CA---G--TGCA-GC-AAAGGCGTCAaaatctttttt
gi|34                         :                                                    T-T-GTTTA-T-CTC--------CTG-A-T-AT-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTTTCTCTTA--TT----A-GTGAT-A--T--AC-AG--TA-ga
gi|35                         :                                                                 TC-------TCCC-GAT-AT-TGAAATGTATCTATAGT-CT-G-TTT--TATTAAATT----A-GTGAC-A--T--ACAAG--TA-gg
gi|36                         :                                       ccCACG--CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TTTT-G-T-AC-TGAAtaaa
gi|37                         :                                                                                                                                                                                  cgcaaaattttccgttcaaaatatggaat-A-A-AAC-A--G---A-TT-A------T--------GAA------AAACT---C--TT---CCA-CTTCGGG---AG-AT---GAAA-TA-TTG--CGC
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                            -AA-A-A-AAG-A--T---A-CT-G------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAG-TTGCGGG---AT-GT---AAAA-TA-TTG--TGCcatggaagtca
gi|4                          :                                 tATGGCATCACGT-CGCATTCT-CTTCA-C-CTC-------TTTTTG-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTGTT-A--T--AT-AG--TA-TTTCTAACA-C-A---CATACGGG-----TA-AA---T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---TAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TATTTG--TGCA-GC-AATGGCG
gi|40                         :                                         CACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-A-T-AC-
gi|5                          :                                  ATGACATCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TTTT-G-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTGTT-A--T--AT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-AA-T-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
gi|6                          :                                   TGGCTCCATGT-CGTATT-T-ATTCA-C-CTCCTGGCTCTATC-A-T-AC-TGAAGAGTTCCTACAGT-CT-G-TTT--TGTTGC---------------A--T---------TA-TTTCC-ACA-T-A---CATATGGG-----TA-TA-T-T-------------------G-A-TA------------T-G------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AATA-TA-TTG--TGC
gi|7                          :         agcactaaattttccatttaaaagtATGGCTCCA-GT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------CGTC-A-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-AT-G-TTT--TG------T----A-CTGAT-AGGT--AT-A----A-TTGCC-A-----A---TTTA----------A-AA------------AA------AA-A-A-AAA-A--G---ATCC-A------T--------GGG------GA-AT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TC-TTG--TGCA-AC-catgga
gi|8                          :              actaagttttccgttcaaaaaTGGCTCCTTGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-A-T-AC-TGA-GAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTGTT-A--T--AT-AG--TA-TT-CT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-TA-T-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------A---T---T--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAA---A-TTA--TG-G-GA-AATGGggga
gi|9                          :                                    GGCATCAGGT-CGCATT-T-CT-CA-C--TC-------TTTT---T-A--TGAAG-GTTCCTATAGT-CT-GCTTT--TGTTACCTC----A--TACT-T--T--AT-GA--TA-TTTCT-AAA-C-------TACGGG-----TA--A-T-T-C---T--AA-TT---AC-A-A-T-A-A--G---A-TA-A------T--------GGA------AA-CT---CTTTT---CAA-TTTCGGG---AG-GT----AAA-TA-TTG--TGCaattcaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CTACTTTGTATCATTGATATGGAAATACAGACTATAGGAAATTCTGCTTCAATTCAAGGAGATATAACAATCA
Unaligned ( gi|33 ): AATATCAAGAGATAAATAATTATATCATGGAAGTAATCTGAATGGAAAATTTGGTGACTGATTTTAT
Unaligned ( gi|39 ): CTCAGATTTGAAGGAATAGATCTTTTGCTTGGATTTTGTT






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lowQualScore                  :                                              2      0 0     0 0   88888888888888 7  7                 7  7 7   44      5555555 44  8 7 00 55555  11  5     1   5 5 777        88888  00 5 4 4 444 44  8  444  2 8 11  5 77 444 2  2 666666 55555555   333333  3  333 55  333   3       444  4  666    5  6   22    5  3          
consensus                     :                                  ATGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TNTC-G-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTGNT-A--T--AT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-NA-T-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-NAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
Reference ( family-2721 )     :                                  ATGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TNTC-G-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTGNT-A--T--AT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-NA-T-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-NAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
gi|1                          :                                                   TT-T-CTTCA-C-CTC-------TTTT-A-T-AC-TGAA-AGTTCCTATAGTACT-G-TTT--T-TTACCTT----AGCTGTT-AG-T--A--AG--TA-TTTCT-ACATC-A---CATACGGG-----TACAA-T-T-C---
gi|10                         :     aattttccgttcaaaaaaatggcattcaattgctatCACGTGCGCATT-TTCTTCAAC-CTC-------TTT--G-T-AC-CGAAG---TCCTATAGT-CC-----T--TGTTACCT-----A-CTGTT-A--C------G--TA-TTT-T-ACA-C-A---CATACATG-----TA-AA-T-T-C---T--AA-T--C-AA-ATA-TAA----------CT-A------T--------TGGC-----AA-CT---C--TC---AAA-TTTCGGG---AA-GT---AAAAATA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCAatgaatcgtaaaagctctctggagctggtgtattttgtgctttgcataccgactttaaaaaaaaatcttattcttttcttatt
gi|11                         :                                  tTGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-A-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACC-T----A-CTGT---------------TA-TTTCTAACA-C-A---CATACGGG-----TA-TA-T-T-C---T--AA-TT-CAAA-A-A-TAA-A--G----------------------------------A-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-AC--ATGGg
gi|12                         :                                      CTCCATGT-TGCATT-T-CTTTA-C-CAC-------TGTC-A-T-AC-TAAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACATT----A-CTGTT-A--T--GT-AG--TA-TTTCT-ACA-T-A---CATACATG-----TA-CA-T-T-C---T--TA-TT-T-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA------C--TT---CAA-TTTTGTG---AG-GT----AAA-TA-TTG--Tgagtc
gi|13                         :                                       TCCATGA-AGCAAT-A-TTTTA-C-CTC--------CTG-A-A-AC-TGAAGAGTTTCTAAGGT-AT-G-TTT--TATTAA-------A-TTG--------------------TTCC-ACA-T-T---TATACTTG-----TG-TA-T-CAC---T--AA-TT-T-TG-A-A-AAC-A--G---A-CC-A------C--------GGG------AA-TT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-AT---TAGA-TA-CTG--CGCtc
gi|14                         :                                                            tgactTT-------TTCC-A-T-AT-TGAAGAGCTCCTAT-GT-CT---TTT--TATT----T----A-AAGTT-A-----GC-AA--TA-T-----AC--C-A---TATGTGGAGGAACTA-TA-TAT-CATGT--AG----C-AA-A-A-CA-----G---A-TT-T------T--------AGA------AA-CC---C--TT---CAA-TTTCGGA---AG-GT---AAGA-TA-TTG--TGCA-catgga
gi|14                         :                                                                      gattacttttcg-AT-TGAAGGGTTTCTAAAAT-CT-G-TTT--TGCTAC-------A--TGAT-A--T--AT-AG-----TTCCT-CCA-C-A---TAT---GG-----TA-TA-T-TGC---T--AACTT-T-AA-ATA-AAA-A--G---A-C--A------T--------AGG------AG-CT---C--TT---CAA-Ttcataaatg
gi|15                         : gattacttttcgtgcacaatatcttaccttccgaaGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-----AC------AGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTATCTT----A-CTGAT-A--T--AT-AG--TA-TTTAT-ACA-C-T---CATAGGGA-----TA-TA-T-T-C---T--AA-TT-TAAA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGAT---AG-GT---AAAA-Tatggaaaatcataaatg
gi|16                         :                                                                                  -AC-TGAATAGATCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTCACCTT----G-CTGTT-A--G--AG-AG--TA-TTTCT-ATA-C-A---CATACAGA-----TA-TA-T-T-C---T--AA-TTAA-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTTGGG---TG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-AT--ATGG
gi|17                         :                                                                                                                    TTACGTT----A-CTGAT-A--T--AT-AG--CA-TTTCC-ACA-T-A---CTTACTGG-----TG-TATT-T-C---T--TA-TT-G-A-------AA-A--G---A-CT-A------T--------ACA------AA-TT---T--CT---CAA-TTGGGGT---AG-TT---GAAG-TA-TTG--TGCg
gi|18                         :            tattgtttcattgtttactcctATGGCTCCACAC-CACATT-T-CTTCC-C-CTC-------CGTC-A-T-AC-TGAGGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTAC-------A-CGAGT-A--T--AT-TGCTTT-TTTTT-A-A-G-A---T-TATGGG--------AA-C-T-C---TTCAA-TTCC-GG-A-A-GGT-A--A---A-CT-A------T--------cctggcagtc
gi|19                         :                                  ATGGCTCCACGT-CTTGTT-T-CTTTA-C-CTC----------C-G-TGAC-TGAtgtg
gi|19                         :                                                                                                    gGT-CTTG-TTT--CTTTACCTCCGTGA-CTGAT-A--T--AG-AA--TA-TTTCC-ACA-T-AATGTACACGGG-----TA-CA-T-T-G---C--AA-TT-T-AA-A-A-AAA-A------C-CT-ATAAATTT--------GGGAATTTTAA-CT---C--TT---TCA-TT--GGG---GG-Gtatagaatatttccacataatgtacacgggtacattgcaatttaaaaaaaacctataaatttgggaattttaactctttcattgggggg
gi|2                          :                       gatggctccacATGGCACC--GT-CGCAAT-T-TCTCA-CTCTC-------TTT--G-T-ACGTGAAGAAGTCCTATAGT-GT-G-ATT---GTTACCTT----A-CTGGTTA--T--AT-AG--TAATGTCT-ACA-C-A---CATACGGA-----TA-AA-T-T-C---TA-AA-TT-C-AA-A-A-TAA-A--GGACA-TT-A------T--------GGGA-----AA-CT---C--TC---GAT-TTTCGTG---A--GT---AAAA-TA-TGG--TGCA-GCAAATGG
gi|20                         :                                                                                                                                                                              aaattttccgtcaaaag---T--AA-TG-C-AA-----TAC-A--G---A-CT-A------T--------AGG------AA-CT---C--TT---CAA-TATCAGG---AG-AT---AAAgt
gi|21                         :                    actttgatcatgatATGGTCCCACGA-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------CGTC-A-T-AC-TGAAGAGTTCCTATATT-CT-G-TTT--TGTTACATT----A-TTGAT-A--T--GT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-CA-T-caatcacaccatggtcttatttgaatggaaatttaagtgactgttttta
gi|22                         :                                                                                                                                                       aTTTT-ATA-T-A---CATACGGG-----TA-TT-T-G-C---T--AA-TT----A-A-A-AAA-A--G---A-CT-A------T--------GGA------AA-CT---C--AT---CAA-TTTTGGG---AG-AA---TATA-TA-TTG--TGC
gi|23                         :                                                                                                                                                                               ctttgatacttcgcca---T--AA-TT-C-AATA-A-AAC-A--G---A-CC-A------T--------TGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTTGGG---AG-AT---AAAA-TA-TTG--CGCcgtggaattca
gi|24                         :                                                   tgttgaactatttgtagtaaggcatacaaaacctggataaAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--T----CCTT----------T-A--TCAAT-GA--TA-T-------G-C-A----ATAAGTT-----TA-TA-T-CAC---T--AA-TG-A-AG-A-A-AAACA--G---A-CT-A------T--------AGG------AA-CT---C--TT---CAcatgaga
gi|25                         :                                                                                                                                              T-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-AA-T-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-ATTGGCttcaattgaaat
gi|26                         :                                                                                                                                                                                          g-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-ATAAA-A--G---A-CTAA------T--------GGG------AA-CT---CCTTT---CAATTTTCGGGGAAAG-GTTA-AAAA-TA-TTGTTTGCACGCAAATGGCGTC
gi|27                         :                                                                                                                                        aaa--AT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TG-AA-T--------------------------AA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---T--TT---CAT-TTTCGGG---AG-GT---AAAC-TA-TTG--T----GC-AATGGcag
gi|28                         :                                                                                                                                                           T-ACA-TTA---CACACGGG-----TA-TT-T-G-C---T--AA-TT-A-AA-A-A-AAA-AAAG---A-CT-A------T--------GAG------AA-TT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-Ggagt
gi|29                         :                                                                                                                                                                           taatctgttttgtA-T-T-T---T--CA-TT-T-AA-AGA-TAA-A--G---A-CT-A------TCTGACTATGGG------AT-CT---C--TT---CAA-TTTCGAG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--T----GC-AATGG
gi|3                          :                                ttATGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-A-T-AT------AGTTCCTATAGT-CT-A-TTT--TCTTACCTT----A-CTGAT-A--T--AT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---AATACGGG-----TA-TA-A-T-C---T--AACTT-A-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCAGG---AA-GT---AAAA-TA-TCA--TGCA-AT-TATGGgagt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                       ctaatcttccgttcaaaaa-C-AG-A-A-AAACA--GT--A-CT-A------T--------AGG------AA-CTTCCC--TT---CAA-TATCAGG---AGCAT---AAAT-AA-TTG---ACA--C-AATGGgag
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                       -TT-C-AA-A-A-TAA----G---T-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--CTTCCCAA-TTCGGAG---AG-GTTTAAAAA-CA---G--TGCA-GC-AAAGGCGTCAaaatctttttt
gi|34                         :                                                    T-T-GTTTA-T-CTC--------CTG-A-T-AT-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTTTCTCTTA--TT----A-GTGAT-A--T--AC-AG--TA-ga
gi|35                         :                                                                 TC-------TCCC-GAT-AT-TGAAATGTATCTATAGT-CT-G-TTT--TATTAAATT----A-GTGAC-A--T--ACAAG--TA-gg
gi|36                         :                                       ccCACG--CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TTTT-G-T-AC-TGAAtaaa
gi|37                         :                                                                                                                                                                                  cgcaaaattttccgttcaaaatatggaat-A-A-AAC-A--G---A-TT-A------T--------GAA------AAACT---C--TT---CCA-CTTCGGG---AG-AT---GAAA-TA-TTG--CGC
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                            -AA-A-A-AAG-A--T---A-CT-G------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAG-TTGCGGG---AT-GT---AAAA-TA-TTG--TGCcatggaagtca
gi|4                          :                                 tATGGCATCACGT-CGCATTCT-CTTCA-C-CTC-------TTTTTG-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTGTT-A--T--AT-AG--TA-TTTCTAACA-C-A---CATACGGG-----TA-AA---T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---TAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TATTTG--TGCA-GC-AATGGCG
gi|40                         :                                         CACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-A-T-AC-
gi|5                          :                                  ATGACATCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TTTT-G-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTGTT-A--T--AT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-AA-T-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
gi|6                          :                                   TGGCTCCATGT-CGTATT-T-ATTCA-C-CTCCTGGCTCTATC-A-T-AC-TGAAGAGTTCCTACAGT-CT-G-TTT--TGTTGC---------------A--T---------TA-TTTCC-ACA-T-A---CATATGGG-----TA-TA-T-T-------------------G-A-TA------------T-G------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AATA-TA-TTG--TGC
gi|7                          :         agcactaaattttccatttaaaagtATGGCTCCA-GT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------CGTC-A-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-AT-G-TTT--TG------T----A-CTGAT-AGGT--AT-A----A-TTGCC-A-----A---TTTA----------A-AA------------AA------AA-A-A-AAA-A--G---ATCC-A------T--------GGG------GA-AT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TC-TTG--TGCA-AC-catgga
gi|8                          :              actaagttttccgttcaaaaaTGGCTCCTTGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-A-T-AC-TGA-GAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTGTT-A--T--AT-AG--TA-TT-CT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-TA-T-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-TAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------A---T---T--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAA---A-TTA--TG-G-GA-AATGGggga
gi|9                          :                                    GGCATCAGGT-CGCATT-T-CT-CA-C--TC-------TTTT---T-A--TGAAG-GTTCCTATAGT-CT-GCTTT--TGTTACCTC----A--TACT-T--T--AT-GA--TA-TTTCT-AAA-C-------TACGGG-----TA--A-T-T-C---T--AA-TT---AC-A-A-T-A-A--G---A-TA-A------T--------GGA------AA-CT---CTTTT---CAA-TTTCGGG---AG-GT----AAA-TA-TTG--TGCaattcaa


blockSeqs                     :                                              .      C T     A T   CTGGCTCTATCA   G  G                 .  T C   TC      CTCCGTG C   T T GG CAAT   CT  A     A   . T ATG        GGAAC  A  T A A ATG TC  C  CA   T T TA  C AA GAC T  A TAAATT CTGACTAT   AATTTT  A  TCC CT  TCC   T       GAA  C  TTA    .  T   TT    C  A
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   TCCCGA         .  .                 .  . .   .       ATT     C   T . .  ACA    .   .     A   . . .          .      T  . . G .   A   C  TA   . G T   C .  T   .  . .      .          A       .  .   TT  .     .       .    .  TA     .  .   .     .  A
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   TTTTTG         .  .                 .  . .   .       CTT     C   T . .  GT     .   .     .   . . .          .      C  . . A .   .   .  AA   . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .  .
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   TGTCA          .  .                 .  . .   .       CTT     T   T . .  GC     .   .     .   . . .          .      T  . . . .   .   .  CC   . . A   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .  .
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   TGTCA          .  .                 .  . .   .       GTT     A   A . .  AT     .   .     .   . . .          .      T  . . . .   .   .  T    . . C   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .  .
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   TTCCA          .  .                 .  . .   .       CTT     C   A . .  AT     .   .     .   . . .          .      T  . . . .   .   .  T    . . A   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .  .
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   CGTCA          .  .                 .  . .   .       ATT     C   T . .  AG     .   .     .   . . .          .      T  . . . .   .   .  C    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .  .
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   CGTCA          .  .                 .  . .   .       CTT     C   A . .  AT     .   .     .   . . .          .      T  . . . .   .   .  T    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .  .
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   TGTCA          .  .                 .  . .   .       CTT     C   G . .  AT     .   .     .   . . .          .      T  . . . .   .   .  G    . . G   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .  .
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   TTTTG          .  .                 .  . .   .       ATT     C   A . .  AG     .   .     .   . . .          .      A  . . . .   .   .  T    . . A   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .  .
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   TGTCA          .  .                 .  . .   .       CTT     C   G . .  AT     .   .     .   . . .          .      C  . . . .   .   .  C    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .  .
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   TTTTG          .  .                 .  . .   .       CTT     T   A . .  GT     .   .     .   . . .          .      A  . . . .   .   .  C    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .  .
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   CGTCA          .  .                 .  . .   .       CTT     C   A . .  AT     .   .     .   . . .          .      C  . . . .   .   .  C    . . A   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .  .
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   TGTCA          .  .                 .  . .   .       CTC     G   A . .  AT     .   .     .   . . .          .      T  . . . .   .   .  A    . . A   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .  .
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   TTTG           .  .                 .  . .   .       CT      G   A . .  AC     .   .     .   . . .          .      T  . . . .   .   .  C    . . A   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .     .   
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   CTGA           .  .                 .  . .   .       CT      C   T . .  AT     .   .     .   . . .          .      A  . . . .   .   .  C    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .         
blockSeqs                     :                                              .      . .     . .   TGTC           .  .                 .  . .   .       TT      C   T . .  AT     .   .     .   . . .          .      A  . . . .   .   .  A    . . A   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .         
blockSeqs                     :                                                     . .     . .   TTTG           .  .                 .  . .   .       T       C   A . .  AT     .   .     .   . . .          .      T  . . . .   .   .  T    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .         
blockSeqs                     :                                                     . .     . .   CTGA           .  .                 .  . .   .       T       C   T . .  AT     .   .     .   . . .          .      T  . . . .   .   .  A    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .         
blockSeqs                     :                                                                   TTTT           .  .                 .  . .   .       .       .   C . .  AT     .   .     .   . . .          .      A  . . . .   .   .  C    . . A   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .         
blockSeqs                     :                                                                   CG             .  .                 .  . .   .       .       .   . . .  .      .   .     .   . . .          .      A  . . . .   .   .  C    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .         
blockSeqs                     :                                                                                  .  .                 .  . .   .       .       .   . . .  .      .   .     .   . . .          .      T  . . . .   .   .  C    . . A   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .         
blockSeqs                     :                                                                                  .  .                                  .       .   . . .  .      .   .     .   . . .          .      A  . . . .   .   .  C    . . A   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                           .      .   .     .   . . .          .      T  . . . .   .   .  C    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .  .   .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .   .     .   . . .          .      .  . . . .   .   .  .    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .      .                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         . . . .   .   .  .    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .  .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                           .   .   .   .  .    . . A   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                               .       .  .    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .       .    .                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                          .    . . T   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .     .                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                               . . .   . .  .   .  . .      .          .       .  .   .   .                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                               . . .   . .  .   .  . .      .                                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                                C*      ** AT***                                      T*                                                               ******
originalCons                  :                                  ATGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TNTC-G-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----A-CTGNT-A--T--AT-AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TA-NA-T-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-NAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
finalCons                     :                                  ATGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TNTC-G-T-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTT--TGTTACCTT----AC-TGNT-A--TAT---AG--TA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TAT-A-T-T-C---T--AA-TT-C-AA-A-A-NAA-A--G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): CTACTTTGTATCATTGATATGGAAATACAGACTATAGGAAATTCTGCTTCAATTCAAGGAGATATAACAATCA
Unaligned ( gi|33 ): AATATCAAGAGATAAATAATTATATCATGGAAGTAATCTGAATGGAAAATTTGGTGACTGATTTTAT
Unaligned ( gi|39 ): CTCAGATTTGAAGGAATAGATCTTTTGCTTGGATTTTGTT






Alignments
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lowQualScore                  :                                              2      1 1     1 1   5555555 7 888 8  8                 9  9 9         2222222 44  7 8 0000000    7     1   5 5 777        66666  11 4 3 3 333   9  888  4 5 66  4 777 222 2  2 444444 33333333   666666  4  111 22  111   2       222  2  222    5  5   11    5  3          
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Reference ( family-2721 )     :                                  ATGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TNTC-GT-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTTTGTTACCTT----A-CTGNT-A--T--ATAGTA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TAT-A-T-T-C---TAA-TT-C-AA-A-A-NAA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
gi|1                          :                                                   TT-T-CTTCA-C-CTC-------TTTT-AT-AC-TGAA-AGTTCCTATAGTACT-G-TTTT-TTACCTT----AGCTGTT-AG-T--A-AGTA-TTTCT-ACATC-A---CATACGGG-----TACAA-T-T-C---
gi|10                         :     aattttccgttcaaaaaaatggcattcaattgctatCACGTGCGCATT-TTCTTCAAC-CTC-------TTT--GT-AC-CGAAG---TCCTATAGT-CC-----TTGTTACCT-----A-CTGTT-A--C-----GTA-TTT-T-ACA-C-A---CATACATG-----TAA-A-T-T-C---TAA-T--C-AA-ATA-TAA-----------CT-A------T--------TGGC-----AA-CT---C--TC---AAA-TTTCGGG---AA-GT---AAAAATA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCAatgaatcgtaaaagctctctggagctggtgtattttgtgctttgcataccgactttaaaaaaaaatcttattcttttcttatt
gi|11                         :                                  tTGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-AT-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTTTGTTACC-T----A-CTGT------------TA-TTTCTAACA-C-A---CATACGGG-----TAT-A-T-T-C---TAA-TT-CAAA-A-A-TAA-A---G----------------------------------A-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-AC--ATGGg
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gi|13                         :                                       TCCATGA-AGCAAT-A-TTTTA-C-CTC--------CTG-AA-AC-TGAAGAGTTTCTAAGGT-AT-G-TTTTATTAA-------A-TTG-----------------TTCC-ACA-T-T---TATACTTG-----TGT-A-T-CAC---TAA-TT-T-TG-A-A-AAC-A---G---A-CC-A------C--------GGG------AA-TT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-AT---TAGA-TA-CTG--CGCtc
gi|14                         :                                                            tgactTT-------TTCC-AT-AT-TGAAGAGCTCCTAT-GT-CT---TTTTATT----T----A-AAGTT-A-----GCAATA-T-----AC--C-A---TATGTGGAGGAACTAT-A-TAT-CATGTAG----C-AA-A-A-CA------G---A-TT-T------T--------AGA------AA-CC---C--TT---CAA-TTTCGGA---AG-GT---AAGA-TA-TTG--TGCA-catgga
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gi|15                         : gattacttttcgtgcacaatatcttaccttccgaaGGCTCCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC----AC------AGTTCCTATAGT-CT-G-TTTTGTTATCTT----A-CTGAT-A--T--ATAGTA-TTTAT-ACA-C-T---CATAGGGA-----TAT-A-T-T-C---TAA-TT-TAAA-A-A-TAA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGAT---AG-GT---AAAA-Tatggaaaatcataaatg
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gi|18                         :            tattgtttcattgtttactcctATGGCTCCACAC-CACATT-T-CTTCC-C-CTC-------CGTC-AT-AC-TGAGGAGTTCCTATAG--------TCTGTT------------------------------TTGTT-ACA-C----------GAG-----TAT-A-T-TGC---TTT-TT-T--------TTA-A---G---A-TT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTCCGGA---AG-GT---AAAC-TA-TTG--TGcctggcagtc
gi|19                         :                                  ATGGCTCCACGT-CTTGTT-T-CTTTA-C-CTC----------C-GTGAC-TGA
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gi|32                         :                                                                                                                                                                                               -TT-C-AA-A-A-TAA-----G---T-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--CTTCCCAA-TTCGGAG---AG-GTTTAAAAA-CA---G--TGCA-GC-AAAGGCGTCAaaatctttttt
gi|34                         :                                                                                                                                                                        G-----TAT-A-T-CAC---TAA-T----AA-G-A-GAA-AACAG---A-CT-A------T--------AGG------AA-CT---C--TT---CAA-TATCAGG---AG-AT---AAAga
gi|35                         :                                                                                                                                                                     ttgG-----TAT-G-T-CAC---TAA-TT-T-AATA-A-AAC-A---G---A-CT-A------T--------AGA------TA-CA---T--TT---CAA-TATCGGG---AG-AT---AAAagtagg
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gi|4                          :                                 tATGGCATCACGT-CGCATTCT-CTTCA-C-CTC-------TTTTTGT-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTTTGTTACCTT----A-CTGTT-A--T--ATAGTA-TTTCTAACA-C-A---CATACGGG-----TA--A-A-T-C---TAA-TT-C-AA-A-A-TAA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---TAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TATTTG--TGCA-GC-AATGGCG
gi|40                         :                                         CACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-AT-AC-
gi|5                          :                                  ATGACATCACGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TTTT-GT-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-CT-G-TTTTGTTACCTT----A-CTGTT-A--T--ATAGTA-TTTCT-ACA-C-A---CATACGGG-----TAA-A-T-T-C---TAA-TT-C-AA-A-A-TAA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TA-TTG--TGCA-GC-AATGGCGTCA
gi|6                          :                                   TGGCTCCATGT-CGTATT-T-ATTCA-C-CTCCTGGCTCTATC-AT-AC-TGAAGAGTTCCTACAGT-CT-G-TTTTGTTGC---------------A--T------TA-TTTCC-ACA-T-A---CATATGGG-----TAT-A-T-T-----------------G-A-TA-------------T-G------T--------GGG------AA-CT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AATA-TA-TTG--TGC
gi|7                          :         agcactaaattttccatttaaaagtATGGCTCCA-GT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------CGTC-AT-AC-TGAAGAGTTCCTATAGT-AT-G-TTTTG------T----A-CTGAT-AGGT--ATA--A-TTGCC-A--------------------------A-T-T-T---AAA-AA-A-AA-A-A-AAA-A---G---ATCC-A------T--------GGG------GA-AT---C--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAAA-TC-TTG--TGCA-AC-catgga
gi|8                          :              actaagttttccgttcaaaaaTGGCTCCTTGT-CGCATT-T-CTTCA-C-CTC-------TGTC-AT-AC-TGA-GAGTTCCTATAGT-CT-G-TTTTGTTACCTT----A-CTGTT-A--T--ATAGTA-TT-CT-ACA-C-A---CATACGGG-----TAT-A-T-T-C---TAA-TT-C-AA-A-A-TAA-A---G---A-CT-A------T--------GGG------A---T---T--TT---CAA-TTTCGGG---AG-GT---AAA---A-TTA--TG-G-GA-AATGGggga
gi|9                          :                                    GGCATCAGGT-CGCATT-T-CT-CA-C--TC-------TTTT--T-A--TGAAG-GTTCCTATAGT-CT-GCTTTTGTTACCTC----A--TACT-T--T--ATGATA-TTTCT-AAA-C-------TACGGG-----TA--A-T-T-C---TAA-TT---AC-A-A-T-A-A---G---A-TA-A------T--------GGA------AA-CT---CTTTT---CAA-TTTCGGG---AG-GT----AAA-TA-TTG--TGCaattcaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|39 ): CTCAGATTTGAAGGAATAGATCTTTTGCTTGGATTTTGTT