lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 2222222222222222222222222222222 111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11
lowQualScore : 8 88888 333333333 2222222222222222222222222222222 333333 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 99 3 44 1 3 3 444 0 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 0 77
lowQualScore : . ..... ......... ............................... ...... . ....................................................................................................................................................................................................................................................................... . .. . .. . . . ... . . ....................................................................................................................................................... .. . ..
lowQualScore : 5 33333 444444444 7777777777777777777777777777777 444444 6 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 00 3 66 6 6 0 777 7 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 6 22
consensus : CGGAACAATACAATA-----ATGGTA-CG---ATTTGAAA-------------AC------TCA-------AGGCCGAAACGAA-----NCGA-GATGAGTTGTGC-TTGAATTA----ACTGT-T----------------TA-AAAGACAAA-AATC-CG-TGAAAAG----------AT------T----C------A-A----TA--A-TG------GTACGATTTAG-AAACNCAAGGTCGAT-ACTCAAG---G--N----AACN-A--AG---C----NNC--TTTA-A-TGTT-A-ATTGAAAGACA-----C---TGTT---T--------TAN------------T----TATTGGTA-CAATTT-GAAAACTCAAGG--TCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGANC-ATA-AGTT--AT--AC--------GT--T-------AAA------TTATATAATGTTAGGC--ATTTANA-AA-------TTTA--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGCCAAACA-ACAAAGA--C--G-CGNACACGAAAACATNAATGACAAACA
Reference ( gi|5 ) : CGGAACAATGCAATA-----ATGCTT-TG---ATTTGAAA-------------AC------TCG-------AGGCCGAAACGAA-----CTGA-GATGTGTCGTGC-TTGAATTA----ATTGT-T----------------TA-AAAAACAAA-AATC-CG-TGAAAAG----------AT------T----C------A-T----TA--A-TA------GTACGATTTAG-AGACACAAGGTCGAT-ACTTAAA---G--G----GACC-A--TG---C----CCC--TTTA-A-TGCCGA-ATCGAAAAACA-----C---TGTT---T--------TAC------------T----TATTAGTA-GAATTT-GAAAACTCAAGG--TCGACACCCAAG-GCCGGAGCGAAAGATT-ATA-AGTT--AT--GC--------GC--T-------AAA------TTATATAATATCAGGC--ATTTAAA-AA-------TTTG--A--T------AAGTCGAGAC-AACCAGAAAATAGGAGGGAAGCG-ACAAAGG--T--C-CAGACACGAAAACATTAATGACAAACA
gi|14 : CGAAACGATACAGTA-----ATA----TG---ATT-GAAA-------------AC------TCA-------AGACAAAAACGAA-----CTGG-GTTGAGTTGTG
gi|4 : actaaataaattagatttgaatgaatcactgtttacgaatacaaaacaatcGGAACAATACAATG-----TTGATA-GG---ATTTGAAA-------------AC------CCA-------ATGTCCAAACAAA-----CTGA-GACGAGTTGTGC-TTAGATC-----ACTGTCT----------------TA-AAATACAAACAATT-AG-TGAAAAGATCCGGAACAAT------T----C------A-TTCAATA--A-TG------GCATGTTGTAG-AAACACAAGGT-GAT-ACTCAAGGCTG--A----AACG-A--AG---T----AAC--TTTA-GTTATTGT-TTTACAAGACA-----C----GCT---TACAATTTATACAAAT--------C----TATTGATA-CAATTT-GAAAACTCAAGC--TCGATACCAAAC-GCTGACACGAAAGATT-ATA-TG-T--AT--GT--------GT--TGTAGGTGAGA------TGATATAATGTTAGGC--ATCAATG-AC-------TTTA--A--T------A
gi|10 : tgtttatataaatgcaaaaaattacgtgaaaggttctGGAACAATGAAATG-----ATGATA-CACGCATTTGAAA-------------AC------TCA-------AGGCCGAAACGAA-----CCGA-GATGAGTTGTGT-TTGGA----------AT-T----------------T--------------------TGAATAT----------AT------T----C------A-A----TT--A-TGT-----GCACGATTTAGAAAACACAAGGTCGAT-TCTCAAGACTG--A----AACA-A--AG---CAACACCA--GTTATA-TAC----GTTG--AAACA-----C---TGTT---T--------TAC------------
gi|2 : atctGGAACAATACAATT-----ATGATT-TG---ATTTAGAA-------------AT------T-A-------AAACCAAAACGAA-----CCAA-GATGAGTTGTAC-TCGAATTA----CATAC-A----------------TA-CGCGACAAA-AATC-CA--GAACAA----------A---------------------------------A------GT-TGAT-------ACGCAA-GCCGAA-AC--AAC---G--T----AACCTA--AG---C----TAC--AT---A-TGTATATATTGAAATCCA-----TATATGTTAAAC--------TAA------------T----TATTGGTG-GAACAT-TAAAACTTAATG--TAAAAACTCAAATGTTGACACTAAAGACTGATACAG--------AC--------G-------------A------TTAGAAAATG--GGGC--ATTGATA-AG-------TTTATTA--T------AAGTTGAGAC-GACCTAACAATTCGAGGCAAATA-ACTAAGA--CAACACAGAAACGAAAAAATC-ATGAaagttagacagat
gi|1 : gaaatagatttgactaaatcactctttatgaatacaaaatatacatgaaagaatgtGAAATGATACAATA-----ATGATA-CG---ATTAAAAA-------------AT------GCA-------AGGCCGAAACGAA-----GTTA-GATGAGTTCTAG-TTGAATTA----GTGTT-T----------------TA-GACGGCGAA-ATTA-TG-TGAAAGG----------ATC-----T----G------A-------A--A-CA------GTACAATtttactgtaa
gi|3 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaatttGGCACAATACAATG-----ATAGTA-TG---ATTTTGAA-------------ACATAACGTCG-------A---TGAAATGAA-----GTAA-AATCAGTTGTACGTTGAATG--------GT-T----------------TG-GAAGACAAG-AATC-CG-TATCAAT----------A------------C------A-A----TA--A-TG------ATACGAATGGA-AAACTCAAGGTCGAC-ACCCAAagcggtactactagtatttgaaaactctaggtcgacacccggggtcaaaataaaaaagatgagttacaagcacattgaattaccttcaggtgagtcttgaaaccaaaaaaaaaaaaaaaaaatacgaatcaaacgacaaacgcatgcgcacacgaaaacacaaatgacaaaccaaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|17 : gtgaattactgtattgtgtgaagaatctGGAACAATAAAATA-----ATGGTA-CA---GTTTGAAAACGGAAGGTTGACAC------CCA-------AGGCTGAAACGAcaccgaaaggaagctcgataagttgtacatgtatatgataaattatataatattaagtattggatgtattaaatcaaggcgaatcaaacaaagaacacacacacacacacacatgaatgagaaaagaaacgttgggagggggaccatgaaacaaacagaaaaaggggttacaggcggatcaagatgatggaatgggcaaataatgat
gi|9 : cgagaatctGAACAATACAATATTAGTATACTT-T---------AAA-------------AT------TCA-------AGGCCGAAATGA---------A-GGT--------------------------T-T----------------TA-GAAGACAAA-ATTA-CG-TGGAAGG----------AT------C----CGGAATGA-TACAATG--A-TG------GTATGATTTAG-AAACACTACGTCAAT-ACTCAAG---G--
gi|7 : tatttaccactacacaagttaggtttaagcaagtcaaccaataaagaacttgaatgaattactgttatggaagacaaaattacgtgaaagaatccAACA-TTCAATA-----ATGCTA-TG---ATATAAAA-------------ACAAAAGGTCGATACTAAAGGCCGAAACGAA-----ccgaaaga
gi|11 : gatacgcgaaaagtttcacaacaaAACAAT--AATA-----TTGGTA-CA---ATTTGAAA-------------AC------TCA-------AGGTCGACACgtaacctcagttaaacgttgaagcactgttttagaatttagaatttgaaaacccaaggtttaaaccaaggcgagccaaccaaaaattgcttacgaaacaacaaagatgcgagcacaaacattttgggaggggtgagagaaaaaaacccatgaataaagtagtgatacaggtggatcaagttgatgcagtggataaataatgata
gi|15 : attcaataaaggtactacatgtatttagaaacataaggtcgatattcaaggtggaaacaacgtaaactaggttaaacgttgaaacgctgttttacaagacaaatttacgtgaaagaatatgcACAATACAATA-----ATGTGCACG---ATTTGAAA-------------AA------TCA-------AGGTCtcaaa
gi|6 : taattactgttttcaaatacaaaattatgtgaaagaatcctac-----ATGGTA-TG---ATTTGAAA-------------ATAA----TAA-------AGGCCGAGA-GAAAAAGTTCGATGATAT-TTGTAC-GTTAATTG----ACTGT-TCTGAGACAAAATCGCGTG-AAAGA-AAA-AATC-CG--GAGAA-----------AT------A----C------A-A----TA--AATG------GTACGATTTGG-AAACCCAAGGCCGAT-Atatactcag
gi|13 : -TG---ACATGGAA-------------AC------TCA-------AGGTCAAAACAAA-----ATGA-GATGAATTGTGT-TTGAATTA----CTGGT-T----------------TA-AAGGGCAGA-GAT---GATAGAAAG----------GTCTGGAGT----A------A-TA---TA--A-TACACTTTGTATGA--TAG-A-ATACAAGTTCtctcgtatgcgaaatgaagtaaaatcagctgtaagagcttgaactattgtttttagaaagactaacactacgttaaaaaagaatccgaaacaggttcagaggaatggtacgatttgaagactcacggattcgtcaaccaaggaaacaaagtaaaaacgaagt
gi|8 : aTTTGAAA-------------AC------TCG-------AGGA-AAGACGAA-----GCGA-AAT----------------------ACTGT-T----------------TT-AACAACAAA-AATA-CG-TGAAA--------------------T----C------AAT----TAGAA-CA------AAACGAACCA--ATGCTCAAGGCCGAA-AC--AAA---G--T----AACCTA--AG---T---------TTTA-A------A-ATTGAAA--CA-----C---TGTT---T--------TACACGTTAGTCAAAT----TATCAATA-CAGCTT-GAAAACTCACGG--TCGACACCAAAG-CCCGGCAATAAAAATC-AAA-AATTTCAC--TT--------GC-----------AA------TTATA
gi|16 : cggaagaatatctTTTGAAA-------------AC------CCA-------AGACCAAAACGAA-----GTGA-GATGAGT------------------ACTGT-T----------------TCCAAAGACAAA-A-TCACG-TGAAAAG----------TT------T----A------A-T----T
gi|3 : gTGAATTACTGTATTGT-G----------------TG-AAGAA-------TC----TGGCACA----------AT------A----C------A-A----TG--A-TA------GTATGATTTTG-AAACATAACGTCGATGAAATGAA---GTAA----AATC-AGTTG---T----ACG--TTGA-A-TGGT----TTGGAAGACAAGAATC---CGTA---T--------CAA------------TACAATAATGATACGAATG--GAAAACTCAAGG--TCGACACCCAAC-ACCGAAA-GGAAGCTCGATA-AGTT--GT--ACATGTATATGA--T-------AAA------TTATATAATATTAAGT--ATT---G-GA-------TGTA--T--T------AAATCAAGGCGAATCAAACAA-AG------AAC--ACA-----------CACACACACACACATGAATGAGAAA
gi|11 : gT-T----------------TA-CAAGACAAA-TTTA-CG-TGAAAGA----------ATA-----TGCAAC------A-A----TA--A-TATTG---GTACAATTTGA-AAACTCAAGGTCGAC-ACTCAAA---agaaacgttgggagggggaccatgaaacaaacagaaaaaggggttacaggcggatcaagatgatggaatgggcaaataatgat
gi|1 : attcaataaaggtactacatgtatttagaaacataaggtcgatattcaaggtggaaacaacgtaaactaggttaaacgttgaaacgctgtAAAAAG-AATT----TGAAATG----------AT------A----C------A-A----TA--A-TG------ATACGATTAAA-AAATGCAAGGCCGAA-AC
gi|7 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgAAAAC----------AT------T----C------A-A----TA--A-TG------CTATGATATAA-AAACAAAAGGTCGAT-ACT-AAA---G--GCCGAAACG-A--AGTAAC----CTCAGTTAA-A-CGTTGA-A-------GCA-----C---TGTT---T--------TAG------------A-----ATT--TA-GAATTT-GAAAACCCAAGG--TTTA-AACCAAG-GC--GAGCCAAgaagttagatgagttctagttgaattagtgttttagacggcgaaattatgtgaaaggatctgaaacagtacaatagcggtactactagtatttgaaaactctaggtcgacacccggggtcaaaataaaaaagatgagttacaagcacattgaattaccttcaggtgagtcttgaaaccaaaaaaaaaaaaaaaaaatacgaatcaaacgacaaacgcatgcgcacacgaaaacacaaatgacaaaccaaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|10 : gatacgcgaaaagtttcacaacT---T--------CAA------------T----TATGTGCA-CGATTTAGAAAACACAAGG--TCGATTCTCAAG-ACTGAAACAAAGCAAC-ACC-AGTT--AT--ccaaaaattgcttacgaaacaacaaagatgcgagcacaaacattttgggaggggtgagagaaaaaaacccatgaataaagtagtgatacaggtggatcaagttgatgcagtggataaataatgata
gi|1 : atctggaacaatgaaatgatgatacacgcatttgaaaactcaaggccgaaacgaaccgagatgagttgtgtttggaattttgaatata----TACTACTA-GTATTT-GAAAACTCTAGG--TCGACACCCGGG-GTCAAAATAAAAAA-G-ATG-AGTT--ACAAGC--------ACATT-------GAA------TTACCT----TCAGGTGAGTCTTGA-AA-------CCAA--A--A------AA----AAAA-AA--AAAAAATACGAATCAAACG-ACAAACGCAT--G-CGCACACGAAAACACAAATGACAAACatacgttgaaacactgttttacaagttagacagat
gi|11 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaatttgaaatgatacaataatgatacgattaaaaaatgcaaggccgaaacgaagttagatgagttctagttgaattagtgttttagacggcgaaattatgtgaaaggatctgaaacagtacaatagcgg----TATTGGTA-CAATTT-GAAAACTCAAGG--TCGACACTCAAcaaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|17 : attcaataaaggtactacatgtatttagaaacataaggtcgatattcaaggtggaaacaacgtaaactaggttaaacgttgaaacgctgttttacaagacaaatttacgtgaaagaatatgcaacaataa----TAATGGTA-CAGTTT-GAAAACGGAAGG--TTGACACCCAAG-GCTGAAACGAa
gi|6 : cgagaatctggaacaataaaaTGGTA-CGATTT-GAAGACTCACGGATTCGTCAACCAAG-G
gi|7 : atggtatgatttgaaaataataaaggccgagagaaaaagttcgatgatatttgtacgttaattgactgttctgagacaaaatcgcgtgaaagaaaaaatccggagaaatacaataaatggtacgatttggaaacccaaggccgatatctcgtatgcgaaatgaagtaaaatcagctgtaagagcttgaactattgtttttagaaagactaacactacgttaaaaaagaatccgaaacaggttcagaggaaATAT-AAAAACAAAAGG--TCGATACTAAAG-GCCGAAACGAAGTAAC-CTC-AGTT--AA--AC--------GT--T-------GAAGCACTGTTTTAGAAT-TTAGA---ATTTGAA-AACCCAAGGTTTA--AACC------AAGGCGAGCC-AACCAAAAATTGCTTACGAAACA-ACAAAGA--T--G-CGAGCAC--AAACATTaaacaaagtaaaaacgaagt
gi|15 : gatacgcgaaaagtttcacaacaaaacattcaataatgctatgATTT-GAAAAATCAAGG--TCTATACTCAttgggaggggtgagagaaaaaaacccatgaataaagtagtgatacaggtggatcaagttgatgcagtggataaataatgata
gi|12 : taattactgttttcaaatacaaaattatgtgaaagaatcctacacaatacaataatgtgcacgACCCAAG-ACTGCAGCGAAAGAAG-ATA-AGTT--GT--AC--------GT--T-------AAA------TTGTATAATACTTGGC--A--TAAATAA-------TTTGA-A--TTGATTAAAGTT-AGTC-AACCAAAAAATTCGAGCTAAACACACAAA------------ACAC----ACATTAATGACAAACAg
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 11111111111111 1111111111 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666666666666666666666666666666666666 11111 222222222222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 111 1111 222222222222222222 22222222222222222222222222222222222 33333333 11
lowQualScore : 3 3 000000000 33 55555555555555 33 2222222222 2222222 2 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 0 777 0 77 222222222222222222222222222222222222 2 55555 33333 5 666 1 33 33 2 33 555555555555555 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 4 0 666 333 888 33 0000 000000000000000000 77 1 99999999999999999999999999999999999 1 5 1 6 1 3 3 66 6 00000000 55 88 11
lowQualScore : . . ......... .. .............. .. .......... ....... . . ....................................................................... . . ... . .. .................................... . ..... ..... . ... . .. .. . .. ............... .. ................................................................................... . . . ... ... ... .. .... .................. .. . ................................... . . . . . . . .. . ........ .. .. ..
lowQualScore : 3 3 222222222 77 77777777777777 99 5555555555 6666666 9 9 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 6 555 8 77 444444444444444444444444444444444444 5 99999 33333 3 666 0 77 77 7 77 444444444444444 00 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 0 1 444 888 888 99 6666 111111111111111111 77 7 33333333333333333333333333333333333 0 2 0 7 0 2 3 22 7 88888888 55 00 88
consensus : CGGAACAATACAATAA-TG-GTAC-----G---ATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAA--CG----------AA-----NCGA-GATGAGTTGT----GC---TTGAATTA-ACT-G-T-T----------------T---A-AAAGAC----------------AAA-AATC-CGTGAAAGGAT--------------T----------C----------AAT-AAT---G-GTAC-----G-ATTTGG-AAACNCAAGG--TCGAT--A-CTC--AAG---G-------N---AACG-AAGCNAC---NTNAAT----GT-T-A-----A---TT--GAAAGACA-----C---TGTT-----TTAA------------T----TATTGGTACGATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGANC-ATA---A---GTTGTA----CGT--------TAAA------TTATATAATATTAGGCA--TTTANA-AA-------TTT-A--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGNCAAACG-ACAAA-G---ACGCGNACACGAAAACATNAATGACAAACA
Reference ( family-2679 ) : CGGAACAATACAATAA-TG-GTAC-----G---ATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAA--CG----------AA-----NCGA-GATGAGTTGT----GC---TTGAATTA-ACT-G-T-T----------------T---A-AAAGAC----------------AAA-AATC-CGTGAAAAGAT--------------T----------C----------AAT-AAT---G-GTAC-----G-ATTTAG-AAACNCAAGG--TCGAT--A-CTC--AAG---G-------N---AACN-AAGCNNC---TTTAAT----GT-T-A-----A---TT--GAAAGACA-----C---TGTT-----TTAN------------T----TATTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGANC-ATA---A---GTTATA----CGT--------TAAA------TTATATAATGTTAGGCA--TTTANA-AA-------TTT-A--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGCCAAACA-ACAAA-G---ACGCGNACACGAAAACATNAATGACAAACA
gi|1 : GAAATGATACAATAA-TG-ATAC-----G---ATTAAAAAAT--GCAAGGC--------------CGAAA--CG----------AA-----GTTA-GATGAGTTCT----AG---TTGAATTA-G-T-GTT-T----------------T---A-GACGGC----------------GAA-ATTA-TGTGAAAGGAT--------------CTGAAACAGTAC----------AAT-AGC---G-GTACTACTAGTATTTGA-AAACTCTAGG--TCGAC--A-CCC--GGG---G-------
gi|1 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaatttGAAACAGTACAATAG-CG-GTACTACTAGT--ATTTGAAAAC--TCTAGGT--------------CGACACCCGGGGTCAAAATAA-----AAAA-GATGAGTTACAA--GCACATTGAATTA-CCT-tcaaaataaaaaagatgagttacaagcacattgaattaccttcaggtgagtcttgaaaccaaaaaaaaaaaaaaaaaatacgaatcaaacgacaaacgcatgcgcacacgaaaacacaaatgacaaaccaaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|1 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaatttgaaatgatacaataatgatacgattaaaaaatgcaaggccgaaacgaagttagatgagttctagttgaattagtgttttagacggcgaaattatgtgaaaggatctATTTGAAAACTCTAGGTCGACACCCGGG-GTCAAAATAAAAAAG--ATG---A---GTTACAAGCACAT--------TGAA------TTACCT----TCAGGTGAGTCTTGA-AA-------CCA-A--A--A------AA----AAAA-AA--AAAAAATACGAATCAAACG-ACAAACGC--ATGCGCACACGAAAACACAAATGACAAACtcaggtgagtcttgaaaccaaaaaaaaaaaaaaaaaatacgaatcaaacgacaaacgcatgcgcacacgaaaacacaaatgacaaaccaaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|10 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaatttgaaatgatacaataatgatacgattaaaaaatgcaaggccgaaacgaagttagatgagttctagttgaattagtgttttagacggcgaaattatgtgaaaggatctgaaacagtacaatagcggtactactagtGGAACAATGAAATGA-TG-ATAC-----ACGCATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAA--CG----------AA-----CCGA-GATGAGTTGT----GT---TTGGA--------A-T-T----------------T--------------------------------------TGAATATAT--------------T----------C----------AAT-TAT---GTGCAC-----G-ATTTAGAAAACACAAGG--TCGAT--T-CTC--AAGACTG-------A---AACA-AAGCAAC---ACCA------GT-T-ATATACG---TT--GAA--ACA-----C---TGTT-----TTAcaaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|11 : atctAT--------------T----------C----------AAT-AAA---G-GTACTACATGTATTTAG-AAACATAAGG--TCGAT--A-TTC--AAG---G-------T---G--G-AAACAAC---GTAAACTAG-GT-T-A-----AACGTT--GAA--ACG-----C---TGTT-----TTAcaagttagacagat
gi|11 : ATAA--G-GT-C-----G---AT------AT--TCAAGGT--------------GGAAA--CA----------AC-----GTAA-ACTAGGTTAA----ACG--TTGAA--ACGCT-G-T-T----------------TT--A-CAAGAC----------------AAA-TTTA-CGTGAAAGAATA-------------TGCAA------C----------AAT-AATATTG-GTAC-----A-ATTTGA-AAACTCAAGG--TCGAC--A-CTC--AAcaagacaaatttacgtgaaagaatatgcaacaataatattggtacaatttgaaaactcaaggtcgacactcaaa
gi|11 : attcaataaaggtactacatgtatttagaaac----TATTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGACACTCAAa
gi|12 : attcaataaaggtactacatgtatttagaaacataaggtcgatattcaaggtggaaacaacgtaaactaggttaaacgttgaaacgctgttttacaagacaaatttacgtgaaagaatatgcaacaataaACCCAAG-ACTGCAGCGAAAGAAG-ATA---A---GTTGTA----CGT--------TAAA------TTGTATAATACTTGGCA----TAAATAA-------TTTGA--A--TTGATTAAAGTT-AGTC-AACCAAAAAATTCGAGCTAAACACACAAA-----------ACAC----ACATTAATGACAAACAa
gi|13 : TGGAAAC--TCAAGGT--------------CAAAA--CA----------AA-----ATGA-GATGAATTGT----GT---TTGAATT--ACTGG-T-T----------------T---A-AAGGGC----------------AGA-GAT
gi|14 : atgacaCGAAACGATACAGTAA-T----AT-----G---ATT-GAAAAC--TCAAGAC--------------AAAAA--CG----------AA-----CTGG-GTTGAGTTGT----Ggatagaaaggtctggagtaatataatacactttgtatgatagaatacaagttc
gi|15 : actaaataaattagatttgaatgaatcactgtttacgaatacaaaacaatcAATTA--CT-G-T-T----------------TT--C-AAATAC----------------AAA-ATTA-TGTGAAAGAAT--------------C----------CTACACAATACAAT-AAT---GTGCAC-----G-ATTTGA-AAAATCAAGG--TCTAT--A-CTC--A
gi|15 : tACAATACAATAA-TGTGCAC-----G---ATTTGAAAAA--TCAAGGT--------------Cg
gi|16 : taattactgttttcaaatacaaaattatgtgaaagaatcctacTTTGAAAAC--CCAAGAC--------------CAAAA--CG----------AA-----GTGA-GATGAGT---------------------ACT-G-T-T----------------T---CCAAAGAC-----------------AA-AATCACGTGAAAAG-T--------------T----------T----------AAT-tatactcag
gi|17 : gC----------------GAG-AATC---TGGAACAAT--------------A----------A----------AAT-AAT---G-GTAC-----A-GTTTGA-AAACGGAAGG--TTGAC--A-CCC--AAG---G-------t
gi|17 : ----TAATGGTACAGTTTGAAAACGGAAGGTTGACACCCAAG-GCTGAAACGActgaaacga
gi|2 : cgagaatctggaacaataaaaGGAACAATACAATTA-TG-ATTT-----G---ATTTAGAAAT--T-AAAAC--------------CAAAA--CG----------AA-----CCAA-GATGAGTTGT----AC---TCGAATTA-CAT-A-C-A----------------T---A-CGCGAC----------------AAA-AATC-CA-GAA------------------------------C----------AA--AA------GT-T-----G-AT-------ACGCAAG---CCGAA--A-C----AAC---G-------T---AACCTAAGCTAC---AT--AT----GTAT-AT----A---TT--GAAATCCA-----TATATGTTAAA--CTAA------------T----TATTGGTGGAACATTAAAACTTAATGTAAAAACTCAAATGTTGACACTAAAGACTGATAC--A---G----A----CG------------A------TTAGAAAATG--GGGCA--TTGATA-AG-------TTT-ATTA--T------AAGTTGAGAC-GACCTAACAATTCGAGGCAAATA-ACTAA-GACAACACAGAAACGAAAAAATC-ATGA
gi|3 : gaaatagatttgactaaatcactctttatgaatacaaaatatacatgaaagaatgtTGAATTA--CT-G-TAT----------------T---G-TGTGA------------------AG-AATC---TGGCACAAT--------------A----------C----------AAT-GAT---A-GTAT-----G-ATTTTG-AAACATAACG--TCGATGAA-ATG--AAG---T-------A---AAAT-CAGTTGTACGTTGAAT----GG-T-----------TT--GGAAGACAAGAATC---CGTA-----TCAA------------TACAATAATGATACGAATGGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAC-ACCGAAA-GGAAGCTCGATA---A---GTTGTA----CATGTATATGATAAA------TTATATAATATTAAGTA--TT---G-GA-------TGT-A--T--T------AAATCAAGGCGAATCAAA----------CAAAGA-ACACA-C---ACACACACAC----ACATGAATGAGAAAtttactgtaa
gi|4 : gGGAACAATACAATGT-TG-ATAG-----G---ATTTGAAAAC--CCAATGT--------------CCAAA--CA----------AA-----CTGA-GACGAGTTGT----GC---TTAGATCA--CT-G-TCT----------------T---A-AAATAC----------------AAACAATT-AGTGAAAAGATCCGGAACAATTCATT----------C----------AAT-AAT---G-GCAT-----G-TTGTAG-AAACACAAGG--T-GAT--A-CTC--AAG---G-------CTGAAACG-AAGTAAC---TTTAGTTATTGT-T-----------TT--ACAAGACA-----C---GCTTACAATTTATACAAAT------C----TATTGATACAATTTGAAAACTCAAGCTCGATACCAAAC-GCTGACACGAAAGATT-ATATGTATGTGTTGTA----GGT--------GAGA------TGATATAATGTTAGGCA--TCAATG-AC-------TTT-A--A--T------Aagaaacgttgggagggggaccatgaaacaaacagaaaaaggggttacaggcggatcaagatgatggaatgggcaaataatgat
gi|5 : tgtttatataaatgcaaaaaattacgtgaaaggttctCGGAACAATGCAATAA-TG-CTTT-----G---ATTTGAAAAC--TCGAGGC--------------CGAAA--CG----------AA-----CTGA-GATGTGTCGT----GC---TTGAATTA-ATT-G-T-T----------------T---A-AAAAAC----------------AAA-AATC-CGTGAAAAGAT--------------T----------C----------ATT-AAT---A-GTAC-----G-ATTTAG-AGACACAAGG--TCGAT--A-CTT--AAA---G-------G---GACC-ATGCCCC---TTTAAT----GC-CGA-----A---TC--GAAAAACA-----C---TGTT-----TTAC------------T----TATTAGTAGAATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGGAGCGAAAGATT-ATA---A---GTTATG----CGC--------TAAA------TTATATAATATCAGGCA--TTTAAA-AA-------TTT-G--A--T------AAGTCGAGAC-AACCAGAAAATAGGAGGGAAGCG-ACAAA-G---GTCCAGACACGAAAACATTAATGACAAACA
gi|6 : A-TG-GTAT-----G---ATTTGAAAATAATAAAGGC--------------CGAGA---G----------AAAAAGTTCGATGAT-ATTTGT----AC---GTTAATTG-ACT-G-T-TCTGAGACAAAATCGCGT---G-AAAGA-----------------AAA-AATC-CG-GAGAA-AT--------------A----------C----------AATAAAT---G-GTAC-----G-ATTTGG-AAACCCAAGG--CCGAT--ATCTCGTATGC--G-------A---AATG-AAG---------TAAA----AT-C-A-----G---CT--GTAAGA------------GCT-----TGAA------------C----TATTG
gi|6 : CGGAGAAATACAATAAATG-GTAC-----G---ATTTGGAAAC--CCAAGGCCGATATCTCGTATGCGAAA--TG----------AA-----GTAA-AATCAGCTGTAAGAGC---TTGAACT--ATT-G-T-T----------------TTTAG-AAAGACTAACACTACGTTAAAAAAG-AATC-CG-AAACAGGT--------------T----------CAG--------AGG-AAT---G-GTAC-----G-ATTTGA-AGACTCACGGATTCGTC--A-ACC--AAG---G-------A---AACA-AAGtttttagaaagactaacactacgttaaaaaagaatccgaaacaggttcagaggaatggtacgatttgaagactcacggattcgtcaaccaaggaaacaaagtaaaaacgaagt
gi|7 : atggtatgatttgaaaataataaaggccgagagaaaaagttcgatgatatttgtacgttaattgactgttctgagacaaaatcgcgtgaaagaaaaaatc----TAATGCTATGATATAAAAACAAAAGGTCGATACTAAAG-GCCGAAACGAAGTAAC-CTC---A---GTTAAA----CGT--------TGAAGCACTGTTTTAGAAT-TTAGA-A--TTTGAA-AACCCAAGGTTT-A--AACC------AAGGCGAGCC-AACCAAAAATTGCTTACGAAACA-ACAAA-G---ATGCGAGCAC--AAACATtaaaaacgaagt
gi|8 : gatacgcgaaaagtttcacaacaaaacattcaaTTTGAAAAC--TCGAGGA---------------AAGA--CG----------AA-----GCGA-AAT-------------------------ACT-G-T-T----------------T---T-AACAAC----------------AAA-AATA-CGTGAAA------------------T----------C----------AAT---T---A-GAAC-----A-A-------AACG-AA----CCAAT--G-CTC--AAG---G-------CCGAAACA-AAGTAAC---CTAAGT----TT-T-A-----AAA-TT--GAAA--CA-----C---TGTT-----TTACACGTTAGTCAAAT----TATCAATACAGCTTGAAAACTCACGGTCGACACCAAAG-CCCGGCAATAAAAATC-AAA---A---ATTTCA----CTT--------GCAA------TTATAtttgggaggggtgagagaaaaaaacccatgaataaagtagtgatacaggtggatcaagttgatgcagtggataaataatgata
gi|9 : cggaagaatatctTGAATTA--CT-G-T-TA---------------T---G-GAAGAC----------------AAA-ATTA-CGTGAAAGAAT--------------CCGAACAATA-C----------AAT-ATT---A-GTAT-----A-CTTTA--AAATTCAAGG--CCGA---A-ATG--AAG---GTTTTAGAA---GACA-AAATTAC---GTGGAA----G----G-----A---TCCGGAATGATA-----C--------------AA------------T----GA-TGGTATGATTTAGAAACACTACGTCAATACTCAAG-GCCGAAA
gi|9 : tatttaccactacacaagttaggtttaagcaagtcaaccaataaagaacttgaaGAACAATACAATAT-TA-GTAT-----A---CTTT-AAAAT--TCAAGGC--------------CGAAA--TG----------AA-----G------------GT------------------------T-T----------------T---A-GAAGAC----------------AAA-ATTA-CGTGGAAGGAT--------------C----------CGGAATGATACAAT-GAT---G-GTAT-----G-ATTTAG-AAACACTACG--TCAAT--A-CTC--AAG---G-------ga
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 33333333333333333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 111 111111 222222222222222222 22222222222222222222222222222222222 33333333 11
lowQualScore : 4 2 1 777 44 99999999999999 2222222 3 2 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 33 777 77777777777777777777777777777777777777777777777777 2 5 4444444 444 1 1 33 22 55555555555555555555 3 3 11 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666666 666 66 4 0 666 333 888 111111 000000000000000000 55 1 99999999999999999999999999999999999 1 5 1 6 1 3 3 44 77 00000000 55 88 11
lowQualScore : . . . ... .. .............. ....... . . . ..................................................................... . .. ... .................................................. . . ....... ... . . .. .. .................... . . .. . ............................................................................................................ ...... ... .. . . ... ... ... ...... .................. .. . ................................... . . . . . . . .. .. ........ .. .. ..
lowQualScore : 4 7 7 888 66 66666666666666 8888888 3 5 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 44 555 66666666666666666666666666666666666666666666666666 7 3 1111111 444 0 7 77 99 33333333333333333333 1 1 22 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 444 11 0 1 444 888 888 999999 111111111111111111 99 7 33333333333333333333333333333333333 0 2 0 7 0 2 3 33 33 88888888 55 00 88
consensus : CGGAACAATACAATAA-TGGTACG---ATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAACGAAN-----CGA-GATGAGTTGT----GCTTGAATTAACT-G-T-T----------------T---A---AAAGAC----------------AAA-AA--TC-CGTGAAAGG----------AT--------------N----------C----------AATAA-TG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACNCAAGG--TCGATA-CTCAAG---G-------N------A-A-CG-AAGTAACGTNAA------------T-----GT-T----------A-----A-----TT-----GAAAG-ACA-----C---TGTT---T-CA------------AT-----------TA--TT--GGT---ACGATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGANC-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTATATAATATTAGGCA--TTTANA-AA-------TTT-A--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGNCAAACG-ACAAA-G---ACGCGNACACGAAAACATNAATGACAAACA
Reference ( family-2679 ) : CGGAACAATACAATAA-TGGTACG---ATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAACGAAN-----CGA-GATGAGTTGT----GCTTGAATTAACT-G-T-T----------------T---A---AAAGAC----------------AAA-AA--TC-CGTGAAAGG----------AT--------------T----------C----------AATAA-TG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACNCAAGG--TCGATA-CTCAAG---G-------N------A-A-CG-AAGCNACNTNAA------------T-----GT-T----------A-----A-----TT-----GAAAG-ACA-----C---TGTT---T-TA------------AT-----------TA--TT--GGT---ACGATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGANC-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTATATAATATTAGGCA--TTTANA-AA-------TTT-A--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGNCAAACG-ACAAA-G---ACGCGNACACGAAAACATNAATGACAAACA
gi|1 : GAAATGATACAATAA-TGATACG---ATTAAAAAAT--GCAAGGC--------------CGAAACGAAG-----TTA-GATGAGTTCT----AGTTGAATTAG-T-GTT-T----------------T---A---GACGGC----------------GAA-AT--TA-TGTGAAAGG----------AT--------------CTGAAACAGTAC----------AATAG-CG-GTACTACTAGTATTT-GAAAACTCTAGG--TCGACA-CCCGGG---G-------T----------CA-AAATAAAAAAGA------------T-----G-------------A-----G-----TT-----ACAAGCACA-----T---TG--------A------------AT-----------TACCTTCAGGT---GAGTCTTGAAA
gi|1 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaattt------------AC-----------TA--CT--AGT---A---TTTGAAAACTCTAGGTCGACACCCGGG-GTCAAAATAAAAAAG--ATG---A---GTTACAAGCACAT--------TGAA------TTACCT----TCAGGTGAGTCTTGA-AA-------CCA-A--A--A------AA----AAAA-AA--AAAAAATACGAATCAAACG-ACAAACGC--ATGCGCACACGAAAACACAAATGACAAACccaaaaaaaaaaaaaaaaaatacgaatcaaacgacaaacgcatgcgcacacgaaaacacaaatgacaaaccaaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|10 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaatttgaaatgatacaataatgatacgattaaaaaatgcaaggccgaaacgaagttagatgagttctagttgaattagtgttttagacggcgaaattatgtgaaaggatctgaaacagtacaatagcggtGGAACAATGAAATGA-TGATACACGCATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAACGAAC-----CGA-GATGAGTTGT----GTTTGGA-------A-T-T----------------T------------------------------------------TGAATAT----------AT--------------T----------C----------AATTA-TGTGCAC-----G-ATTTAGAAAACACAAGG--TCGATT-CTCAAGACTG-------A------A-A-CA-AAGCAACACCA-------------------GT-T----------ATATACG-----TT-----GAA---ACA-----C---TGTT---T-TA------------caaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|11 : atct----------AT--------------T----------C----------AATAA-AG-GTACTACATGTATTT-AGAAACATAAGG--TCGATA-TTCAAG---G-------TGGAAACA-A-CGTAAACTAGGTTAAACGTTGAAACGCT-----GT-TTTACAAGACAA-----A-----TTTACGTGAAAG-AAT-----A---TGCA---A-CA------------ATAA---------TA--TT--GGT---ACAATTTGAAAACTCAAGGTCGACACTCAAcaagttagacagat
gi|12 : ACCCAAG-ACTGCAGCGAAAGAAG-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTGTATAATACTTGGCA----TAAATAA-------TTTGA--A--TTGATTAAAGTT-AGTC-AACCAAAAAATTCGAGCTAAACACACAAA-----------ACAC----ACATTAATGACAAACAa
gi|13 : TGGAAAC--TCAAGGT--------------CAAAACAAAA-----TGA-GATGAATTGT----GTTTGAATT-ACTGG-T-T----------------T---A---AAGGGC----------------AGA-GA--T
gi|14 : atgacaCGAAACGATACAGTAA-T---ATG---ATT-GAAAAC--TCAAGAC--------------AAAAACGAAC-----TGG-GTTGAGTTGT----Ggatagaaaggtctggagtaatataatacactttgtatgatagaatacaagttc
gi|15 : actaaataaattagatttgaatgaatcactgtttacgaatacaaaacaatcAATTA-CT-G-T-T----------------TT--C---AAATAC----------------AAA-AT--TA-TGTGAAAGA----------AT--------------CCTACACAATAC----------AATAA-TGTGCAC-----G-ATTT-GAAAAATCAAGG--TCTATA-CTCA
gi|16 : tTTTGAAAAC--CCAAGAC--------------CAAAACGAAG-----TGA-GATGAGT-----------------ACT-G-T-T----------------T---CC--AAAGAC-----------------AA-AA--TCACGTGAAAAG-----------T--------------T----------T----------AATg
gi|17 : gC----------------GAG-AA--TC---TGGAACA----------AT--------------A----------A----------AATAA-TG-GTAC-----A-GTTT-GAAAACGGAAGG--TTGACA-CCCAAGGCTG-------A------A-A-CG-At
gi|17 : A------------AA-----------TA--AT--GGT---ACAGTTTGAAAACGGAAGGTTGACACCCAAG-GCTGAAACGA
gi|2 : cgagaatctggaacaataGGAACAATACAATTA-TGATTTG---ATTTAGAAAT--T-AAAAC--------------CAAAACGAAC-----CAA-GATGAGTTGT----ACTCGAATTACAT-A-C-A----------------T---A---CGCGAC----------------AAA-AA--TC-CA-GAA----------------------------------------C----------AA-AA----GT-T-----G-AT-------ACGCAA-G--CCGAAA---CAAC---G-------T------A-ACCT-AAGCTACAT--A------------T-----GTAT----------AT----A-----TT-----GAAAT-CCA-----TATATGTTAAAC-TA------------AT-----------TA--TT--GGTGGAAC-ATT--AAAACTTAATGTAAAAACTCAAATGTTGACACTAAAGACTGATAC--A---G--------ACG------------A------TTAGAAAATG--GGGCA--TTGATA-AG-------TTT-ATTA--T------AAGTTGAGAC-GACCTAACAATTCGAGGCAAATA-ACTAA-GACAACACAGAAACGAAAAAATC-ATGA
gi|3 : gaaatagatttgactaaatcactctttatgaatacaaaatatacatgaaagaatgtTGAATTA-CT-G-TAT----------------T---G---TGTGA------------------AG-AA--TC---TGGCACA----------AT--------------A----------C----------AATGA-TA-GTAT-----G-ATTT-TGAAACATAACG--TCGAT-----------G-------A------A-A-TG-AAGTAAAATCAG------------TTGTACGT-T----------G-----AATGGTTT-----GGAAG-ACAAGAATC---CGTA---T-CA------------ATACAA-------TA--AT--GAT---ACGAATGGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAC-ACCGAAA-GGAAGCTCGATA---A---GTT----GTACATGTATATGATAAA------TTATATAATATTAAGTA--TT---G-GA-------TGT-A--T--T------AAATCAAGGCGAATCAAA----------CAAAGA-ACACA-C---ACACACACAC----ACATGAATGAGAAAtttactgtaa
gi|4 : gT-G-T-T----------------T---ATATAAATGC----------------AAA-AAATTA-CGTGAAAGGTTCTGGAACAAT--------------A----------C----------AATGT-TG-ATAG-----G-ATTT-GAAAACCCAATG--TCagaaacgttgggagggggaccatgaaacaaacagaaaaaggggttacaggcggatcaagatgatggaatgggcaaataatgat
gi|4 : GGAACAATACAATGT-TGATAGG---ATTTGAAAAC--CCAATGT--------------CCAAACAAAC-----TGA-GACGAGTTGT----GCTTAGATCA-CT-G-TCT----------------T---A---AAATAC----------------AAACAA--TT-AGTGAAAAG----------ATCCGGAACAATTCATT----------C----------AATAA-TG-GCAT-----G-TTGT-AGAAACACAAGG--T-GATA-CTCAAGGCTG-------A------A-A-CG-AAGTAACTTTAGTTAT--------T-----GT-T----------------------TT-----ACAAG-ACA-----C----GCT---TACA------------ATTTATACAAATCTA--TT--GAT---ACAATTTGAAAACTCAAGCTCGATACCAAAC-GCTGACACGAAAGATT-ATATGTATGTGTT----GTAGGT--------GAGA------TGATATAATGTTAGGCA--TCAATG-AC-------TTT-A--A--T------Acaaacaaactgagacgagttgtgcttagatcactgtcttaaaatacaaacaattagtgaaaagatccggaacaattcattcaataatggcatgttgtagaaacacaaggtgatactcaaggctgaaacgaagtaactttagttattgttttacaagacacgcttacaatttatacaaatctattgatacaatttgaaaactcaagctcgataccaaacgctgacacgaaagattatatgtatgtgttgtaggtgagatgatataatgttaggcatcaatgactttaata
gi|5 : tgtttatataaatgcaaaaaattacgtgaaaggttctCGGAACAATGCAATAA-TGCTTTG---ATTTGAAAAC--TCGAGGC--------------CGAAACGAAC-----TGA-GATGTGTCGT----GCTTGAATTAATT-G-T-T----------------T---A---AAAAAC----------------AAA-AA--TC-CGTGAAAAG----------AT--------------T----------C----------ATTAA-TA-GTAC-----G-ATTT-AGAGACACAAGG--TCGATA-CTTAAA---G-------G------G-A-CC-ATGCCCCTTTAA------------T-----GC-CG---------A-----A-----TC-----GAAAA-ACA-----C---TGTT---T-TA------------CT-----------TA--TT--AGT---AGAATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGGAGCGAAAGATT-ATA---A---GTT----ATGCGC--------TAAA------TTATATAATATCAGGCA--TTTAAA-AA-------TTT-G--A--T------AAGTCGAGAC-AACCAGAAAATAGGAGGGAAGCG-ACAAA-G---GTCCAGACACGAAAACATTAATGACAAACA
gi|6 : A-TGGTATG---ATTTGAAAATAATAAAGGC--------------CGAGA-GAAAAAGTTCGATGAT-ATTTGT----ACGTTAATTGACT-G-T-TCTGAGACAAAATCGCGT---G---AAAGA-----------------AAA-AA--TC-CG-GAGAA-----------AT--------------A----------C----------AATAAATG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACCCAAGG--CCGATATCTC------G-------T------ATG-CG-AAATGAAGTAAA------------------AT-C----------A-----G-----CT-----GTAAG-A------------GCT---T-GA------------AC-----------TA--TT--G
gi|6 : CGGAGAAATACAATAAATGGTACG---ATTTGGAAAC--CCAAGGCCGATATCTCGTATGCGAAATGAAG-----TAA-AATCAGCTGTAAGAGCTTGAACT-ATT-G-T-T----------------TTTAG---AAAGACTAACACTACGTTAAAAAAG-AA--TC-CGAAACAGG-----------T--------------T----------CAG--------AGGAA-TG-GTAC-----G-ATTT-GAAGACTCACGGATTCGTCA-ACCAAG---G-------A------A-A-CA-AAGTAAtttttagaaagactaacactacgttaaaaaagaatccgaaacaggttcagaggaatggtacgatttgaagactcacggattcgtcaaccaaggaaacaaagtaaaaacgaagt
gi|7 : atggtatgatttgaaaataataaaggccgagagaaaaagttcgatgatatttgtacgttaattgactgttctgagacaaaatcgcgtgaaagaaaaaatcT---T-CA------------AT-----------AA--T---GCT---ATGATATAAAAACAAAAGGTCGATACTAAAG-GCCGAAACGAAGTAAC-CTC---A---GTT----AAACGT--------TGAAGCACTGTTTTAGAAT-TTAGA-A--TTTGAA-AACCCAAGGTTT-A--AACC------AAGGCGAGCC-AACCAAAAATTGCTTACGAAACA-ACAAA-G---ATGCGAGCAC--AAACATaaacgaagt
gi|8 : gatacgcgaaaagtttcacaacaaaacaTTTGAAAAC--TCGAGGA---------------AAGACGAAG-----CGA-AAT---------------------ACT-G-T-T----------------T---T---AACAAC----------------AAA-AA--TA-CGTGAAA----------------------------T----------C----------AAT---TA-GAAC-----A-A-------AACG-AA----CCAATG-CTCAAG---G-------CCGA---A-A-CA-AAGTAACCTAAG------------T-----TT-T----------A-----AAA---TT-----GAAA---CA-----C---TGTT---T-TACACGTTAGTCAAAT-----------TA--TC--AAT---ACAGCTTGAAAACTCACGGTCGACACCAAAG-CCCGGCAATAAAAATC-AAA---A---ATT----TCACTT--------GCAA------TTATAtttgggaggggtgagagaaaaaaacccatgaataaagtagtgatacaggtggatcaagttgatgcagtggataaataatgata
gi|9 : cggaagaatatctTGAATTA-CT-G-T-TA---------------T---G---GAAGAC----------------AAA-AT--TA-CGTGAAAGA----------AT--------------CCGAACAATA-C----------AATAT-TA-GTAT-------ACTT-TAAAATTCAAGG--CCGA-A-ATGAAG---GTTTTAGAA------G-A-CA-AAATTACGTGGA------------A-----G-------------G-----A-----TCCG---GAATG-ATA-----C-------------A------------AT-----------GA---T--GGT---ATGATTTAGAAACACTACGTCAATACTCAAG-GCCGAAA
gi|9 : tatttaccactacacaagttaggtttaagcaagtcaaccaataaagaacttgaaGAACAATACAATAT-TAGTATA---CTTT-AAAAT--TCAAGGC--------------CGAAATGAAG-----------------GT--------------------T-T----------------T---A---GAAGAC----------------AAA-AT--TA-CGTGGAAGG----------AT--------------C----------CGGAATGATACAATGA-TG-GTAT-----G-ATTT-AGAAACACTACG--TCAATA-CTCAAG---G-------C----------CG-AAga
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 111 111111 222222222222222222 222222222222222222222222 33333333 11
lowQualScore : 4 2 1 777 44 99999999999999 2222222 3 2 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 33 777 77777777777777777777777777777777777777777777777777 2 5 33333 5 666 1 1 33 22 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666666 666 66 4 0 666 333 888 111111 000000000000000000 55 999 99999 555555555555555555555555 1 5 1 6 1 3 3 44 77 00000000 55 88 11
lowQualScore : . . . ... .. .............. ....... . . . ..................................................................... . .. ... .................................................. . . ..... . ... . . .. .. ............................................................................................................................................ ...... ... .. . . ... ... ... ...... .................. .. ... ..... ........................ . . . . . . . .. .. ........ .. .. ..
lowQualScore : 4 7 7 888 66 66666666666666 8888888 3 5 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 44 555 44444444444444444444444444444444444444444444444444 7 3 33333 3 111 0 7 77 99 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 444 11 0 1 444 888 888 999999 111111111111111111 99 666 44444 666666666666666666666666 0 2 0 7 0 2 3 33 33 88888888 55 00 88
consensus : CGGAACAATACAATAA-TGGTACG---ATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAACGAAN-----CGA-GATGAGTTGT----GCTTGAATTAACT-G-T-T----------------T---A---AAAGAC----------------AAA-AA--TC-CGTGAAAG----------G--------------A----------TNC----------AATAA-TG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACNCAAGG--TCGATA-CTCAAG---GN-------A-A-CG------AAGT--AAC----GTNAA-----T-----GT-T----------A-----A-----TT-----GAAAG-ACA-----C---TGTT---T-CA------------AT-----------TA--TT--GGT---ACGATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGANC-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTATATAATATTAGGC--ATTTANA-AA-------TTT-A--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGNCAAACG-ACAAA-G---ACGCGNACACGAAAACATNAATGACAAACA
Reference ( family-2679 ) : CGGAACAATACAATAA-TGGTACG---ATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAACGAAN-----CGA-GATGAGTTGT----GCTTGAATTAACT-G-T-T----------------T---A---AAAGAC----------------AAA-AA--TC-CGTGAAAG----------G--------------A----------TNC----------AATAA-TG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACNCAAGG--TCGATA-CTCAAG---GN-------A-A-CG------AAGT--AAC----GTNAA-----T-----GT-T----------A-----A-----TT-----GAAAG-ACA-----C---TGTT---T-CA------------AT-----------TA--TT--GGT---ACGATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGANC-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTATATAATATTAGGC--ATTTANA-AA-------TTT-A--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGNCAAACG-ACAAA-G---ACGCGNACACGAAAACATNAATGACAAACA
gi|1 : GAAATGATACAATAA-TGATACG---ATTAAAAAAT--GCAAGGC--------------CGAAACGAAG-----TTA-GATGAGTTCT----AGTTGAATTAG-T-GTT-T----------------T---A---GACGGC----------------GAA-AT--TA-TGTGAAAG----------G--------------ATCTGAAACAGTAC----------AATAG-CG-GTACTACTAGTATTT-GAAAACTCTAGG--TCGACA-CCCGGG---GT-----------CA------AAAT--AAA----AAAGA-----T-----G-------------A-----G-----TT-----ACAAGCACA-----T---TG--------A------------AT-----------TACCTTCAGGT---GAGTCTTGAAA
gi|1 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaattt------------AC-----------TA--CT--AGT---A---TTTGAAAACTCTAGGTCGACACCCGGG-GTCAAAATAAAAAAG--ATG---A---GTTACAAGCACAT--------TGAA------TTACCT----TCAGGTGAGTCTTGA-AA-------CCA-A--A--A------AA----AAAA-AA--AAAAAATACGAATCAAACG-ACAAACGC--ATGCGCACACGAAAACACAAATGACAAACccaaaaaaaaaaaaaaaaaatacgaatcaaacgacaaacgcatgcgcacacgaaaacacaaatgacaaaccaaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|10 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaatttgaaatgatacaataatgatacgattaaaaaatgcaaggccgaaacgaagttagatgagttctagttgaattagtgttttagacggcgaaattatgtgaaaggatctgaaacagtacaatagcggtGGAACAATGAAATGA-TGATACACGCATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAACGAAC-----CGA-GATGAGTTGT----GTTTGGA-------A-T-T----------------T------------------------------------------TGAATA----------T--------------A----------TTC----------AATTA-TGTGCAC-----G-ATTTAGAAAACACAAGG--TCGATT-CTCAAGACTGA-------A-A-CA------AAGC--AAC----ACCA------------GT-T----------ATATACG-----TT-----GAA---ACA-----C---TGTT---T-TA------------caaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|11 : atct--------------A----------TTC----------AATAA-AG-GTACTACATGTATTT-AGAAACATAAGG--TCGATA-TTCAAG---GTGGAAAC-A-A-CGTAAACTAGGTTAAAC----GTTGAAACGCT-----GT-TTTACAAGACAA-----A-----TTTACGTGAAAG-AAT-----A---TGCA---A-CA------------ATAA---------TA--TT--GGT---ACAATTTGAAAACTCAAGGTCGACACTCAAcaagttagacagat
gi|12 : ACCCAAG-ACTGCAGCGAAAGAAG-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTGTATAATACTTGGC--A--TAAATAA-------TTTGA--A--TTGATTAAAGTT-AGTC-AACCAAAAAATTCGAGCTAAACACACAAA-----------ACAC----ACATTAATGACAAACAa
gi|13 : TGGAAAC--TCAAGGT--------------CAAAACAAAA-----TGA-GATGAATTGT----GTTTGAATT-ACTGG-T-T----------------T---A---AAGGGC----------------AGA-GA--T
gi|14 : atgacaCGAAACGATACAGTAA-T---ATG---ATT-GAAAAC--TCAAGAC--------------AAAAACGAAC-----TGG-GTTGAGTTGT----Ggatagaaaggtctggagtaatataatacactttgtatgatagaatacaagttc
gi|15 : actaaataaattagatttgaatgaatcactgtttacgaatacaaaacaatcAATTA-CT-G-T-T----------------TT--C---AAATAC----------------AAA-AT--TA-TGTGAAAGAATCCTACACA--------------A----------TAC----------AATAA-TGTGCAC-----G-ATTT-GAAAAATCAAGG--TCTATA-CTCA
gi|16 : tTTTGAAAAC--CCAAGAC--------------CAAAACGAAG-----TGA-GATGAGT-----------------ACT-G-T-T----------------T---CC--AAAGAC-----------------AA-AA--TCACGTGAAAA----------G-------------------------TTT----------AATg
gi|17 : gC----------------GAG-AA--TC---TGGAAC----------A--------------A----------TAA----------AATAA-TG-GTAC-----A-GTTT-GAAAACGGAAGG--TTGACA-CCCAAGGCTGA-------A-A-CG------At
gi|17 : A------------AA-----------TA--AT--GGT---ACAGTTTGAAAACGGAAGGTTGACACCCAAG-GCTGAAACGA
gi|2 : cgagaatctggaacaataGGAACAATACAATTA-TGATTTG---ATTTAGAAAT--T-AAAAC--------------CAAAACGAAC-----CAA-GATGAGTTGT----ACTCGAATTACAT-A-C-A----------------T---A---CGCGAC----------------AAA-AA--TC-CA-GAA----------------------------------------C----------AA-AA----GT-T-----G-AT-------ACGCAA-G--CCGAAA---CAAC---GT-------A-ACCT------AAGC--TAC----AT--A-----T-----GTAT----------AT----A-----TT-----GAAAT-CCA-----TATATGTTAAAC-TA------------AT-----------TA--TT--GGTGGAAC-ATT--AAAACTTAATGTAAAAACTCAAATGTTGACACTAAAGACTGATAC--A---G--------ACG------------A------TTAGAAAATG--GGGC--ATTGATA-AG-------TTT-ATTA--T------AAGTTGAGAC-GACCTAACAATTCGAGGCAAATA-ACTAA-GACAACACAGAAACGAAAAAATC-ATGA
gi|3 : gaaatagatttgactaaatcactctttatgaatacaaaatatacatgaaagaatgtTGAATTA-CT-G-TAT----------------T---G---TGTGA------------------AG-AA--TC---TGGCAC----------A--------------A----------TAC----------AATGA-TA-GTAT-----G-ATTT-TGAAACATAACG--TCGAT-----------GA-------A-A-TG------AAGT--AAA----ATCAG-----TTGTACGT-T----------G-----AATGGTTT-----GGAAG-ACAAGAATC---CGTA---T-CA------------ATACAA-------TA--AT--GAT---ACGAATGGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAC-ACCGAAA-GGAAGCTCGATA---A---GTT----GTACATGTATATGATAAA------TTATATAATATTAAGT--ATT---G-GA-------TGT-A--T--T------AAATCAAGGCGAATCAAA----------CAAAGA-ACACA-C---ACACACACAC----ACATGAATGAGAAAtttactgtaa
gi|4 : gT-G-T-T----------------T---ATATAAATGC----------------AAA-AAATTA-CGTGAAAG----------GTTCTGGAACA----A----------TAC----------AATGT-TG-ATAG-----G-ATTT-GAAAACCCAATG--TCagaaacgttgggagggggaccatgaaacaaacagaaaaaggggttacaggcggatcaagatgatggaatgggcaaataatgat
gi|4 : GGAACAATACAATGT-TGATAGG---ATTTGAAAAC--CCAATGT--------------CCAAACAAAC-----TGA-GACGAGTTGT----GCTTAGATC-ACT-G-TCT----------------T---A---AAATAC----------------AAACAA--TT-AGTGAAAA----------GATCCGGAACAATTCA----------TTC----------AATAA-TG-GCAT-----G-TTGT-AGAAACACAAGG--T-GATA-CTCAAGGCTGA-------A-A-CG------AAGT--AACTTTAGTTAT-----T-----GT-T----------------------TT-----ACAAG-ACA-----C----GCT---TACA------------ATTTATACAAATCTA--TT--GAT---ACAATTTGAAAACTCAAGCTCGATACCAAAC-GCTGACACGAAAGATT-ATATGTATGTGTT----GTAGGT--------GAGA------TGATATAATGTTAGGC--ATCAATG-AC-------TTT-A--A--T------Acaaacaaactgagacgagttgtgcttagatcactgtcttaaaatacaaacaattagtgaaaagatccggaacaattcattcaataatggcatgttgtagaaacacaaggtgatactcaaggctgaaacgaagtaactttagttattgttttacaagacacgcttacaatttatacaaatctattgatacaatttgaaaactcaagctcgataccaaacgctgacacgaaagattatatgtatgtgttgtaggtgagatgatataatgttaggcatcaatgactttaata
gi|5 : tgtttatataaatgcaaaaaattacgtgaaaggttctCGGAACAATGCAATAA-TGCTTTG---ATTTGAAAAC--TCGAGGC--------------CGAAACGAAC-----TGA-GATGTGTCGT----GCTTGAATTAATT-G-T-T----------------T---A---AAAAAC----------------AAA-AA--TC-CGTGAAAA----------G--------------A----------TTC----------ATTAA-TA-GTAC-----G-ATTT-AGAGACACAAGG--TCGATA-CTTAAA---GG-------G-A-CC------ATGC--CCC----TTTAA-----T-----GC-CG---------A-----A-----TC-----GAAAA-ACA-----C---TGTT---T-TA------------CT-----------TA--TT--AGT---AGAATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGGAGCGAAAGATT-ATA---A---GTT----ATGCGC--------TAAA------TTATATAATATCAGGC--ATTTAAA-AA-------TTT-G--A--T------AAGTCGAGAC-AACCAGAAAATAGGAGGGAAGCG-ACAAA-G---GTCCAGACACGAAAACATTAATGACAAACA
gi|6 : A-TGGTATG---ATTTGAAAATAATAAAGGC--------------CGAGA-GAAAAAGTTCGATGAT-ATTTGT----ACGTTAATTGACT-G-T-TCTGAGACAAAATCGCGT---G---AAAGA-----------------AAA-AA--TC-CG-GAGAA-------------------------A----------TAC----------AATAAATG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACCCAAGG--CCGATATCTC------GT-------ATG-CG------AAAT--GAA----GTAAA-----------AT-C----------A-----G-----CT-----GTAAG-A------------GCT---T-GA------------AC-----------TA--TT--G
gi|6 : CGGAGAAATACAATAAATGGTACG---ATTTGGAAAC--CCAAGGCCGATATCTCGTATGCGAAATGAAG-----TAA-AATCAGCTGTAAGAGCTTGAACT-ATT-G-T-T----------------TTTAG---AAAGACTAACACTACGTTAAAAAAG-AA--TC-CGAAACAG----------G-------------------------TTCAG--------AGGAA-TG-GTAC-----G-ATTT-GAAGACTCACGGATTCGTCA-ACCAAG---GA-------A-A-CA------AAGT--AAtttttagaaagactaacactacgttaaaaaagaatccgaaacaggttcagaggaatggtacgatttgaagactcacggattcgtcaaccaaggaaacaaagtaaaaacgaagt
gi|7 : atggtatgatttgaaaataataaaggccgagagaaaaagttcgatgatatttgtacgttaattgactgttctgagacaaaatcgcgtgaaagaaaaaatcT---T-CA------------AT-----------AA--T---GCT---ATGATATAAAAACAAAAGGTCGATACTAAAG-GCCGAAACGAAGTAAC-CTC---A---GTT----AAACGT--------TGAAGCACTGTTTTAGAAT-TTAGA---ATTTGAA-AACCCAAGGTTT-A--AACC------AAGGCGAGCC-AACCAAAAATTGCTTACGAAACA-ACAAA-G---ATGCGAGCAC--AAACATaaacgaagt
gi|8 : gatacgcgaaaagtttcacaacaaaacaTTTGAAAAC--TCGAGGA---------------AAGACGAAG-----CGA-AAT---------------------ACT-G-T-T----------------T---T---AACAAC----------------AAA-AA--TA-CGTGAAA--------------------------------------TC----------AAT---TA-GAAC-----A-A-------AACG-AA----CCAATG-CTCAAG---GCCGA----A-A-CA------AAGT--AAC----CTAAG-----T-----TT-T----------A-----AAA---TT-----GAAA---CA-----C---TGTT---T-TACACGTTAGTCAAAT-----------TA--TC--AAT---ACAGCTTGAAAACTCACGGTCGACACCAAAG-CCCGGCAATAAAAATC-AAA---A---ATT----TCACTT--------GCAA------TTATAtttgggaggggtgagagaaaaaaacccatgaataaagtagtgatacaggtggatcaagttgatgcagtggataaataatgata
gi|9 : cggaagaatatctTGAATTA-CT-G-T-TA---------------T---G---GAAGAC----------------AAA-AT--TA-CGTGAAAG----------A--------------A----------TCCGAACAATAC-AATAT-TA-GTAT-----A-CTTT-A-AAATTCAAGG--CCGA-A-ATGAAG---GTTTTAGAAG-A-CA------AAAT--TAC----GTGGA-----A-----G-------------G-----A-----TCCG---GAATG-ATA-----C-------------A------------AT-----------GA--T---GGT---ATGATTTAGAAACACTACGTCAATACTCAAG-GCCGAAA
gi|9 : tatttaccactacacaagttaggtttaagcaagtcaaccaataaagaacttgaaGAACAATACAATAT-TAGTATA---CTTT-AAAAT--TCAAGGC--------------CGAAATGAAG-----------------GT--------------------T-T----------------T---A---GAAGAC----------------AAA-AT--TA-CGTGGAAG----------G--------------A----------TCCGGAATGATACAATGA-TG-GTAT-----G-ATTT-AGAAACACTACG--TCAATA-CTCAAG---GC-----------CG------AAga
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 111 111111 222222222222222222 222222222222222222222222 33333333 11
lowQualScore : 4 2 1 777 44 99999999999999 2222222 3 2 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 33 777 77777777777777777777777777777777777777777777777777 2 5 33333 5 666 1 1 33 22 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666666 666 66 4 0 666 333 888 111111 000000000000000000 55 999 99999 555555555555555555555555 1 5 1 6 1 3 3 44 77 00000000 55 88 11
lowQualScore : . . . ... .. .............. ....... . . . ..................................................................... . .. ... .................................................. . . ..... . ... . . .. .. ............................................................................................................................................ ...... ... .. . . ... ... ... ...... .................. .. ... ..... ........................ . . . . . . . .. .. ........ .. .. ..
lowQualScore : 4 7 7 888 66 66666666666666 8888888 3 5 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 44 555 44444444444444444444444444444444444444444444444444 7 3 33333 3 111 0 7 77 99 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 444 11 0 1 444 888 888 999999 111111111111111111 99 666 44444 666666666666666666666666 0 2 0 7 0 2 3 33 33 88888888 55 00 88
consensus : CGGAACAATACAATAA-TGGTACG---ATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAACGAAN-----CGA-GATGAGTTGT----GCTTGAATTAACT-G-T-T----------------T---A---AAAGAC----------------AAA-AA--TC-CGTGAAAG----------G--------------A----------TNC----------AATAA-TG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACNCAAGG--TCGATA-CTCAAG---GN-------A-A-CG------AAGT--AAC----GTNAA-----T-----GT-T----------A-----A-----TT-----GAAAG-ACA-----C---TGTT---T-CA------------AT-----------TA--TT--GGT---ACGATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGANC-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTATATAATATTAGGC--ATTTANA-AA-------TTT-A--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGNCAAACG-ACAAA-G---ACGCGNACACGAAAACATNAATGACAAACA
Reference ( family-2679 ) : CGGAACAATACAATAA-TGGTACG---ATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAACGAAN-----CGA-GATGAGTTGT----GCTTGAATTAACT-G-T-T----------------T---A---AAAGAC----------------AAA-AA--TC-CGTGAAAG----------G--------------A----------TNC----------AATAA-TG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACNCAAGG--TCGATA-CTCAAG---GN-------A-A-CG------AAGT--AAC----GTNAA-----T-----GT-T----------A-----A-----TT-----GAAAG-ACA-----C---TGTT---T-CA------------AT-----------TA--TT--GGT---ACGATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGANC-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTATATAATATTAGGC--ATTTANA-AA-------TTT-A--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGNCAAACG-ACAAA-G---ACGCGNACACGAAAACATNAATGACAAACA
gi|1 : GAAATGATACAATAA-TGATACG---ATTAAAAAAT--GCAAGGC--------------CGAAACGAAG-----TTA-GATGAGTTCT----AGTTGAATTAG-T-GTT-T----------------T---A---GACGGC----------------GAA-AT--TA-TGTGAAAG----------G--------------ATCTGAAACAGTAC----------AATAG-CG-GTACTACTAGTATTT-GAAAACTCTAGG--TCGACA-CCCGGG---GT-----------CA------AAAT--AAA----AAAGA-----T-----G-------------A-----G-----TT-----ACAAGCACA-----T---TG--------A------------AT-----------TACCTTCAGGT---GAGTCTTGAAA
gi|1 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaattt------------AC-----------TA--CT--AGT---A---TTTGAAAACTCTAGGTCGACACCCGGG-GTCAAAATAAAAAAG--ATG---A---GTTACAAGCACAT--------TGAA------TTACCT----TCAGGTGAGTCTTGA-AA-------CCA-A--A--A------AA----AAAA-AA--AAAAAATACGAATCAAACG-ACAAACGC--ATGCGCACACGAAAACACAAATGACAAACccaaaaaaaaaaaaaaaaaatacgaatcaaacgacaaacgcatgcgcacacgaaaacacaaatgacaaaccaaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|10 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaatttgaaatgatacaataatgatacgattaaaaaatgcaaggccgaaacgaagttagatgagttctagttgaattagtgttttagacggcgaaattatgtgaaaggatctgaaacagtacaatagcggtGGAACAATGAAATGA-TGATACACGCATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAACGAAC-----CGA-GATGAGTTGT----GTTTGGA-------A-T-T----------------T------------------------------------------TGAATA----------T--------------A----------TTC----------AATTA-TGTGCAC-----G-ATTTAGAAAACACAAGG--TCGATT-CTCAAGACTGA-------A-A-CA------AAGC--AAC----ACCA------------GT-T----------ATATACG-----TT-----GAA---ACA-----C---TGTT---T-TA------------caaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|11 : atct--------------A----------TTC----------AATAA-AG-GTACTACATGTATTT-AGAAACATAAGG--TCGATA-TTCAAG---GTGGAAAC-A-A-CGTAAACTAGGTTAAAC----GTTGAAACGCT-----GT-TTTACAAGACAA-----A-----TTTACGTGAAAG-AAT-----A---TGCA---A-CA------------ATAA---------TA--TT--GGT---ACAATTTGAAAACTCAAGGTCGACACTCAAcaagttagacagat
gi|12 : ACCCAAG-ACTGCAGCGAAAGAAG-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTGTATAATACTTGGC--A--TAAATAA-------TTTGA--A--TTGATTAAAGTT-AGTC-AACCAAAAAATTCGAGCTAAACACACAAA-----------ACAC----ACATTAATGACAAACAa
gi|13 : TGGAAAC--TCAAGGT--------------CAAAACAAAA-----TGA-GATGAATTGT----GTTTGAATT-ACTGG-T-T----------------T---A---AAGGGC----------------AGA-GA--T
gi|14 : atgacaCGAAACGATACAGTAA-T---ATG---ATT-GAAAAC--TCAAGAC--------------AAAAACGAAC-----TGG-GTTGAGTTGT----Ggatagaaaggtctggagtaatataatacactttgtatgatagaatacaagttc
gi|15 : actaaataaattagatttgaatgaatcactgtttacgaatacaaaacaatcAATTA-CT-G-T-T----------------TT--C---AAATAC----------------AAA-AT--TA-TGTGAAAGAATCCTACACA--------------A----------TAC----------AATAA-TGTGCAC-----G-ATTT-GAAAAATCAAGG--TCTATA-CTCA
gi|16 : tTTTGAAAAC--CCAAGAC--------------CAAAACGAAG-----TGA-GATGAGT-----------------ACT-G-T-T----------------T---CC--AAAGAC-----------------AA-AA--TCACGTGAAAA----------G-------------------------TTT----------AATg
gi|17 : gC----------------GAG-AA--TC---TGGAAC----------A--------------A----------TAA----------AATAA-TG-GTAC-----A-GTTT-GAAAACGGAAGG--TTGACA-CCCAAGGCTGA-------A-A-CG------At
gi|17 : A------------AA-----------TA--AT--GGT---ACAGTTTGAAAACGGAAGGTTGACACCCAAG-GCTGAAACGA
gi|2 : cgagaatctggaacaataGGAACAATACAATTA-TGATTTG---ATTTAGAAAT--T-AAAAC--------------CAAAACGAAC-----CAA-GATGAGTTGT----ACTCGAATTACAT-A-C-A----------------T---A---CGCGAC----------------AAA-AA--TC-CA-GAA----------------------------------------C----------AA-AA----GT-T-----G-AT-------ACGCAA-G--CCGAAA---CAAC---GT-------A-ACCT------AAGC--TAC----AT--A-----T-----GTAT----------AT----A-----TT-----GAAAT-CCA-----TATATGTTAAAC-TA------------AT-----------TA--TT--GGTGGAAC-ATT--AAAACTTAATGTAAAAACTCAAATGTTGACACTAAAGACTGATAC--A---G--------ACG------------A------TTAGAAAATG--GGGC--ATTGATA-AG-------TTT-ATTA--T------AAGTTGAGAC-GACCTAACAATTCGAGGCAAATA-ACTAA-GACAACACAGAAACGAAAAAATC-ATGA
gi|3 : gaaatagatttgactaaatcactctttatgaatacaaaatatacatgaaagaatgtTGAATTA-CT-G-TAT----------------T---G---TGTGA------------------AG-AA--TC---TGGCAC----------A--------------A----------TAC----------AATGA-TA-GTAT-----G-ATTT-TGAAACATAACG--TCGAT-----------GA-------A-A-TG------AAGT--AAA----ATCAG-----TTGTACGT-T----------G-----AATGGTTT-----GGAAG-ACAAGAATC---CGTA---T-CA------------ATACAA-------TA--AT--GAT---ACGAATGGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAC-ACCGAAA-GGAAGCTCGATA---A---GTT----GTACATGTATATGATAAA------TTATATAATATTAAGT--ATT---G-GA-------TGT-A--T--T------AAATCAAGGCGAATCAAA----------CAAAGA-ACACA-C---ACACACACAC----ACATGAATGAGAAAtttactgtaa
gi|4 : gT-G-T-T----------------T---ATATAAATGC----------------AAA-AAATTA-CGTGAAAG----------GTTCTGGAACA----A----------TAC----------AATGT-TG-ATAG-----G-ATTT-GAAAACCCAATG--TCagaaacgttgggagggggaccatgaaacaaacagaaaaaggggttacaggcggatcaagatgatggaatgggcaaataatgat
gi|4 : GGAACAATACAATGT-TGATAGG---ATTTGAAAAC--CCAATGT--------------CCAAACAAAC-----TGA-GACGAGTTGT----GCTTAGATC-ACT-G-TCT----------------T---A---AAATAC----------------AAACAA--TT-AGTGAAAA----------GATCCGGAACAATTCA----------TTC----------AATAA-TG-GCAT-----G-TTGT-AGAAACACAAGG--T-GATA-CTCAAGGCTGA-------A-A-CG------AAGT--AACTTTAGTTAT-----T-----GT-T----------------------TT-----ACAAG-ACA-----C----GCT---TACA------------ATTTATACAAATCTA--TT--GAT---ACAATTTGAAAACTCAAGCTCGATACCAAAC-GCTGACACGAAAGATT-ATATGTATGTGTT----GTAGGT--------GAGA------TGATATAATGTTAGGC--ATCAATG-AC-------TTT-A--A--T------Acaaacaaactgagacgagttgtgcttagatcactgtcttaaaatacaaacaattagtgaaaagatccggaacaattcattcaataatggcatgttgtagaaacacaaggtgatactcaaggctgaaacgaagtaactttagttattgttttacaagacacgcttacaatttatacaaatctattgatacaatttgaaaactcaagctcgataccaaacgctgacacgaaagattatatgtatgtgttgtaggtgagatgatataatgttaggcatcaatgactttaata
gi|5 : tgtttatataaatgcaaaaaattacgtgaaaggttctCGGAACAATGCAATAA-TGCTTTG---ATTTGAAAAC--TCGAGGC--------------CGAAACGAAC-----TGA-GATGTGTCGT----GCTTGAATTAATT-G-T-T----------------T---A---AAAAAC----------------AAA-AA--TC-CGTGAAAA----------G--------------A----------TTC----------ATTAA-TA-GTAC-----G-ATTT-AGAGACACAAGG--TCGATA-CTTAAA---GG-------G-A-CC------ATGC--CCC----TTTAA-----T-----GC-CG---------A-----A-----TC-----GAAAA-ACA-----C---TGTT---T-TA------------CT-----------TA--TT--AGT---AGAATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGGAGCGAAAGATT-ATA---A---GTT----ATGCGC--------TAAA------TTATATAATATCAGGC--ATTTAAA-AA-------TTT-G--A--T------AAGTCGAGAC-AACCAGAAAATAGGAGGGAAGCG-ACAAA-G---GTCCAGACACGAAAACATTAATGACAAACA
gi|6 : A-TGGTATG---ATTTGAAAATAATAAAGGC--------------CGAGA-GAAAAAGTTCGATGAT-ATTTGT----ACGTTAATTGACT-G-T-TCTGAGACAAAATCGCGT---G---AAAGA-----------------AAA-AA--TC-CG-GAGAA-------------------------A----------TAC----------AATAAATG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACCCAAGG--CCGATATCTC------GT-------ATG-CG------AAAT--GAA----GTAAA-----------AT-C----------A-----G-----CT-----GTAAG-A------------GCT---T-GA------------AC-----------TA--TT--G
gi|6 : CGGAGAAATACAATAAATGGTACG---ATTTGGAAAC--CCAAGGCCGATATCTCGTATGCGAAATGAAG-----TAA-AATCAGCTGTAAGAGCTTGAACT-ATT-G-T-T----------------TTTAG---AAAGACTAACACTACGTTAAAAAAG-AA--TC-CGAAACAG----------G-------------------------TTCAG--------AGGAA-TG-GTAC-----G-ATTT-GAAGACTCACGGATTCGTCA-ACCAAG---GA-------A-A-CA------AAGT--AAtttttagaaagactaacactacgttaaaaaagaatccgaaacaggttcagaggaatggtacgatttgaagactcacggattcgtcaaccaaggaaacaaagtaaaaacgaagt
gi|7 : atggtatgatttgaaaataataaaggccgagagaaaaagttcgatgatatttgtacgttaattgactgttctgagacaaaatcgcgtgaaagaaaaaatcT---T-CA------------AT-----------AA--T---GCT---ATGATATAAAAACAAAAGGTCGATACTAAAG-GCCGAAACGAAGTAAC-CTC---A---GTT----AAACGT--------TGAAGCACTGTTTTAGAAT-TTAGA---ATTTGAA-AACCCAAGGTTT-A--AACC------AAGGCGAGCC-AACCAAAAATTGCTTACGAAACA-ACAAA-G---ATGCGAGCAC--AAACATaaacgaagt
gi|8 : gatacgcgaaaagtttcacaacaaaacaTTTGAAAAC--TCGAGGA---------------AAGACGAAG-----CGA-AAT---------------------ACT-G-T-T----------------T---T---AACAAC----------------AAA-AA--TA-CGTGAAA--------------------------------------TC----------AAT---TA-GAAC-----A-A-------AACG-AA----CCAATG-CTCAAG---GCCGA----A-A-CA------AAGT--AAC----CTAAG-----T-----TT-T----------A-----AAA---TT-----GAAA---CA-----C---TGTT---T-TACACGTTAGTCAAAT-----------TA--TC--AAT---ACAGCTTGAAAACTCACGGTCGACACCAAAG-CCCGGCAATAAAAATC-AAA---A---ATT----TCACTT--------GCAA------TTATAtttgggaggggtgagagaaaaaaacccatgaataaagtagtgatacaggtggatcaagttgatgcagtggataaataatgata
gi|9 : cggaagaatatctTGAATTA-CT-G-T-TA---------------T---G---GAAGAC----------------AAA-AT--TA-CGTGAAAG----------A--------------A----------TCCGAACAATAC-AATAT-TA-GTAT-----A-CTTT-A-AAATTCAAGG--CCGA-A-ATGAAG---GTTTTAGAAG-A-CA------AAAT--TAC----GTGGA-----A-----G-------------G-----A-----TCCG---GAATG-ATA-----C-------------A------------AT-----------GA--T---GGT---ATGATTTAGAAACACTACGTCAATACTCAAG-GCCGAAA
gi|9 : tatttaccactacacaagttaggtttaagcaagtcaaccaataaagaacttgaaGAACAATACAATAT-TAGTATA---CTTT-AAAAT--TCAAGGC--------------CGAAATGAAG-----------------GT--------------------T-T----------------T---A---GAAGAC----------------AAA-AT--TA-CGTGGAAG----------G--------------A----------TCCGGAATGATACAATGA-TG-GTAT-----G-ATTT-AGAAACACTACG--TCAATA-CTCAAG---GC-----------CG------AAga
blockSeqs : A A C CGC AA CGATATCTCGTATG AAAGTTC T G AAGAGCTTGAACTATTGTTTTTAGAAAGACTAACACTACGTTAAAA C AT CAC AGATCCGGAACAATTCATTC A T TACAT T AGA A G AT TC GTGGAAACAACGTAAACTAGGTTAAACGTTGAAACGCTGTTTTACAAGACAAATTTACGTGAAAGAATATGCAACAATAA CT GGA CA T CTG TGT TGT GT GTATATGATAAA AC C TAAAT CCCAAGGTTTAAACC G G T G C A T CT AC GACAACA AG GA TA
blockSeqs : . A T . . . CC . G ACGTTAATTGACTGTTCTGAGACAAAATCGCGTGAAAGA . . AT GAATCCTACACAATAC . T . . AG A G . C GAAATGAAGTAAAATCAGTTGTACGTTGAATGGTTTGGAAGACAAGAATCCGTATCAATACAA TT . CA . TCG C . GT TGAAGCACTG AT C GATA TTTGAATTGATTA G A A . C C T GC A CACA AC GA GA
blockSeqs : . A T . . . AT . G GTTTGAATTACTGGTTTAAAGGGC . . CC GGTTCTGGAACAATAC . . . . GA T G . T GCTGAAACGAAGTAACTTTAGTTATTGTTTTACAAGACACGCTTACAATTTATACAAATC AT . CG . AG . . GT TAAA GT T AATG TTTATTAT A G G . T A A GG A GGTC AG . TA
blockSeqs : . C G . . . CT . G ACTCGAATTACATACATACGCGAC . . AC GGATCCGGAATGATAC . . . . GA G G . C GCCGAAACAAAGTAACCTAAGTTTTAAAATTGAAACACTGTTTTACACGTTAGTCAAAT TT . CA . TT . . AT GAGA AT C TAAA TGTATT G G A . C A G CG G GATG GA . C
blockSeqs : . G T . . . GT . G GCTTAGATCACTGTCTTAAAATAC . . TA GAATCCGAACAATAC . . . . TG G C . C GTAACCTAAGCTACATATGTATATATTGAAATCCATATATGTTAAACTAAT AT . GA . TT . . AA TAAA G C TGAA TTTAAT G . C . C . . C A . . .
blockSeqs : . G T . . . CC . G GCTTGAATTAATTGTTTAAAAAAC . . CC GGTTCAG . . . . GA A T . C GGGACCATGCCCCTTTAATGCCGAATCGAAAAACACTGTTTTACT TT . TG . AC . . TC GCAA T . G TTTGAT
blockSeqs : . G C . . . CT . G ACTGTTTCCAAAGAC . . CC ATATTC . . . . AG C G . C GTTTTAGAAGACAAAATTACGTGGAAGGATCCGGAATGATACAAT TT . CA . TC . . . A
blockSeqs : . . T . . . CT . C ACTGTTTTAACAAC . . CC CAATAA . . . . AG A G . A GTATGCGAAATGAAGTAAAATCAGCTGTAAGAGCTTGAAC TT . TG .
blockSeqs : . . GT . . GTTTGGAATTT . . AC CAATAC . . . . GG A G . C TC . C .
blockSeqs : . . GC . . TTTAGAAGAC . . AC AGATTC . . . . GA C G . A T . .
blockSeqs : . . G . . . . AC AGTTT . . . . AG T G . C T
blockSeqs : . . C AATAC . . . . A G C . .
blockSeqs : . . C TC . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . A . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : GGTCCAATAC**************************************** ***** TT**** TC* GT**** AT C** GACG**** **
originalCons : CGGAACAATACAATAA-TGGTACG---ATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAACGAAN-----CGA-GATGAGTTGT----GCTTGAATTAACT-G-T-T----------------T---A---AAAGAC----------------AAA-AA--TC-CGTGAAAG----------G--------------A----------TNC----------AATAA-TG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACNCAAGG--TCGATA-CTCAAG---GN-------A-A-CG------AAGT--AAC----GTNAA-----T-----GT-T----------A-----A-----TT-----GAAAG-ACA-----C---TGTT---T-CA------------AT-----------TA--TT--GGT---ACGATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGANC-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTATATAATATTAGGC--ATTTANA-AA-------TTT-A--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGNCAAACG-ACAAA-G---ACGCGNACACGAAAACATNAATGACAAACA
finalCons : CGGAACAATACAATAA-TGGTACG---ATTTGAAAAC--TCAAGGC--------------CGAAACGAAN-----CGA-GATGAGTTGT----GCTTGAATTAACT-G-T-T----------------T---A---AAAGAC----------------AAA-AA--TC-CGTGAAAGGTCCAATAC----------------------------------------AATAA-TG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACNCAAGG--TCGATA-CTCAAG---GN-------A-A-CG------AAGT--AAC----GTNAA-----T-----GT-T----------A-----A-----TT-----GAAAG-ACA-----C---TGTT---T-CA------------AT-----------TATT----GGT---ACGATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGATC-ATA---A---GTTGT----ACGT--------TAAA------TTATATAATATTAGGC--ATTTANA-AA-------TTT-A--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGNCAAACG-ACAAAGACG----CGNACAC--AAACATNAATGACAAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 111 111111 222222222222222222 222222222222222222222222 333333333 1111
lowQualScore : 4 2 1 777 44 99999999999999 2222222 3 2 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55555 8888888 9999999 22222 5 0 555 3 33 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666666 666 66 4 0 7777 333 888 111111 000000000000000000 55 999 99999 555555555555555555555555 1 5 1 6 1 3 3 44 77 888888888 9999 1
lowQualScore : . . . ... .. .............. ....... . . . .................................................................................................... ..... ....... ....... ..... . . ... . .. . ................................................................................................................................................. ...... ... .. . . .... ... ... ...... .................. .. ... ..... ........................ . . . . . . . .. .. ......... .... .
lowQualScore : 4 7 7 888 66 66666666666666 8888888 3 5 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99999 1111111 2222222 55555 0 1 444 4 44 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 444 11 0 1 0000 888 888 999999 111111111111111111 99 666 44444 666666666666666666666666 0 2 0 7 0 2 3 33 33 222222222 0000 0
consensus : CGGAACAATACAATAA-TGGTACG---ATTTGAAAAC--TCAAGGCCGA--------------AACGAAN-----CGA-GATGAGTTGT----GCTTGAATTAACT-G-T-T-T---A---AAAGAC----------------AAA-AA--TN-CG-T-G-A--A-AG-G-----TC-----C------A-----ATA-------CAATA-A--TG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACNCAAGG--TCGATA-CTCAAG---G-------N------A-ACG------AAGT--AAC----GTNAA-----T-----GT-T----------A-----A-----TT-----GAAAG-ACA-----C---TGTT---T-CA------------AT-----------TA--TT--GGT---ACGATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGA-TN-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTATATAATATTAGGC--ATTTANA-AA-------TTT-A--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGNCAAACG-ACAAA-G-ACGCGAACAC--AAACACGAATGACAAACA
Reference ( family-2679 ) : CGGAACAATACAATAA-TGGTACG---ATTTGAAAAC--TCAAGGCCGA--------------AACGAAN-----CGA-GATGAGTTGT----GCTTGAATTAACT-G-T-T-T---A---AAAGAC----------------AAA-AA--TC-CG-T-G-A--A-AG-G-----TC-----C------A-----ATA-------CAATA-A--TG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACNCAAGG--TCGATA-CTCAAG---G-------N------A-ACG------AAGT--AAC----GTNAA-----T-----GT-T----------A-----A-----TT-----GAAAG-ACA-----C---TGTT---T-CA------------AT-----------TA--TT--GGT---ACGATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGAAACGAAAGA-TC-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTATATAATATTAGGC--ATTTANA-AA-------TTT-A--A--T------AAGTCGAGNC-AACCAAAAAATNCGAGNCAAACG-ACAAA-G-ACGCGNACAC--AAACATNAATGACAAACA
gi|1 : GAAATGATACAATAA-TGATACG---ATTAAAAAAT--GCAAGGCCGA--------------AACGAAG-----TTA-GATGAGTTCT----AGTTGAATTAG-T-GTT-T-T---A---GACGGC----------------GAA-AT--TA-TG-T-G-A--A-AG-GA----TCTGAAAC------A-----GTA-------CAATA-G--CG-GTACTACTAGTATTT-GAAAACTCTAGG--TCGACA-CCCGGG---G-------T---------CA------AAAT--AAA----AAAGA-----T-----G-------------A-----G-----TT-----ACAAGCACA-----T---TG--------A------------AT-----------TACCTTCAGGT---GAGTCTTGAAA
gi|1 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaattt------------AC-----------TA--CT--AGT---A---TTTGAAAACTCTAGGTCGACACCCGGG-GTCAAAATAAAAAA--G-ATG---A---GTTACAAGCACAT--------TGAA------TTACCT----TCAGGTGAGTCTTGA-AA-------CCA-A--A--A------AA----AAAA-AA--AAAAAATACGAATCAAACG-ACAAACGCATGCGCACACGAAAACACAAATGACAAACccaaaaaaaaaaaaaaaaaatacgaatcaaacgacaaacgcatgcgcacacgaaaacacaaatgacaaaccaaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|10 : aattatatttgaatgactgattgttttggagtataaacgtcacgaaaaagaatttgaaatgatacaataatgatacgattaaaaaatgcaaggccgaaacgaagttagatgagttctagttgaattagtgttttagacggcgaaattatgtgaaaggatctgaaacagtacaatagcggtGGAACAATGAAATGA-TGATACACGCATTTGAAAAC--TCAAGGCCGA--------------AACGAAC-----CGA-GATGAGTTGT----GTTTGGA-------A-T-T-T-------------------------------------------T-G-A--ATAT-A-----TT-----C------A-----AT-----------TA----TGTGCAC-----G-ATTTAGAAAACACAAGG--TCGATT-CTCAAGACTG-------A------A-ACA------AAGC--AAC----ACCA------------GT-T----------ATATACG-----TT-----GAA---ACA-----C---TGTT---T-TA------------caaagtgggaagggttagaaaaaaaaacacccatgaaataacagtagaattggtgcaggctggtaaagacgatgcagtg
gi|11 : atct-----ATT-------CAATA-A--AG-GTACTACATGTATTT-AGAAACATAAGG--TCGATA-TTCAAG---G-------TGGAAACA-ACGTAAACTAGGTTAAAC----GTTGAAACGCT-----GT-TTTACAAGACAA-----A-----TTTACGTGAAAG-AAT-----A---TGCA---A-CA------------ATAA---------TA--TT--GGT---ACAATTTGAAAACTCAAGGTCGACACTCAAcaagttagacagat
gi|12 : ACCCAAG-ACTGCAGCGAAAGA-AG-ATA---A---GTT----GTACGT--------TAAA------TTGTATAATACTTGGC--A--TAAATAA-------TTTGA--A--TTGATTAAAGTT-AGTC-AACCAAAAAATTCGAGCTAAACACACAAA---------ACAC----ACATTAATGACAAACAa
gi|13 : TGGAAAC--TCAAGGTCAA--------------AACAAAA-----TGA-GATGAATTGT----GTTTGAATT-ACTGG-T-T-T---A---AAGGGC----------------AGA-GA--T---GATAG-A--A-AG-G-----TCTGGAGT------A-----ATA-------TAATACACTTT-GTAT-----G-AT----AGAATACAAGT--TC
gi|14 : atgacaCGAAACGATACAGTAA-T---ATG---ATT-GAAAAC--TCAAGACAAA--------------AACGAAC-----TGG-GTTGAGTTGT----G
gi|15 : actaaataaattagatttgaatgaatcactgtttacgaatacaaaacaatcAATTA-CT-G-T-T-TT--C---AAATAC----------------AAA-AT--TA-TG-T-G-A--A-AG-AA----TC-----CTACAC-A-----ATA-------CAATA-A--TGTGCAC-----G-ATTT-GAAAAATCAAGG--TCTATA-CTCA
gi|16 : tTTTGAAAAC--CCAAGACCAA--------------AACGAAG-----TGA-GATGAGT-----------------ACT-G-T-T-T---CC--AAAGAC-----------------AA-AA--TCACG-T-G-A--A-AA-G-----TT-----T------A-----ATg
gi|17 : gC----------------GAG-AA--TC-TG---G-A--A-----------------C------A-----ATA-------AAATA-A--TG-GTAC-----A-GTTT-GAAAACGGAAGG--TTGACA-CCCAAGGCTG-------A------A-ACG------At
gi|17 : A------------AA-----------TA--AT--GGT---ACAGTTTGAAAACGGAAGGTTGACACCCAAG-GCTGAAACGA
gi|2 : cgagaatctggaacaataGGAACAATACAATTA-TGATTTG---ATTTAGAAAT--T-AAAACCAA--------------AACGAAC-----CAA-GATGAGTTGT----ACTCGAATT-----------------------AC----------------ATA-CA--TA-CG-C-G-ACAA-AA-A-----TC-----C------A-----GAA-------CAA-A-A-----GT-T-----G-AT-------ACGCAAG---CCGAAA-C--AAC---G-------T------A-ACCT-----AAGC--TAC----AT--A-----T-----GTAT----------AT----A-----TT-----GAAAT-CCA-----TATATGTTAAAC-TA------------AT-----------TA--TT--GGTGGAAC-ATT--AAAACTTAATGTAAAAACTCAAATGTTGACACTAAAGACTG-ATAC--A---G--------ACG------------A------TTAGAAAATG--GGGC--ATTGATA-AG-------TTT-ATTA--T------AAGTTGAGAC-GACCTAACAATTCGAGGCAAATA-ACTAA-G-AC---AACAC--AGAAACGAA
gi|3 : gaaatagatttgactaaatcactctttatgaatacaaaatatacatgaaagaatgtG-T-G-A--A-GA-A-----TCTGGCAC------A-----ATA-------CAATG-A--TA-GTAT-----G-ATTT-TGAAACATAACG--TCGAT-----------G-------A------A-ATG------AAGT--AAA----ATCAG-----TTGTACGT-T----------G-----AATGGTTT-----GGAAG-ACAAGAATC---CGTA---T-CA------------ATACAA-------TA--AT--GAT---ACGAATGGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAC-ACCGAAA-GGAAGC-TCGATA---A---GTT----GTACATGTATATGATAAA------TTATATAATATTAAGT--ATT---G-GA-------TGT-A--T--T------AAATCAAGGCGAATCAAA----------CAAAGA-ACACA-C-ACAC--ACAC--ACACATGAATGAGAAAaaaatcatgatttactgtaa
gi|4 : gtgaattactgtattgtT-G-T-T-T---ATATAAATGC----------------AAA-AAATTA-CG-T-G-A--A-AG-G-----TT-----CTGGAACA-----ATA-------CAATG-T--TG-ATAG-----G-ATTT-GAAAACCCAATG--TCagaaacgttgggagggggaccatgaaacaaacagaaaaaggggttacaggcggatcaagatgatggaatgggcaaataatgat
gi|4 : GGAACAATACAATGT-TGATAGG---ATTTGAAAAC--CCAATGTCCA--------------AACAAAC-----TGA-GACGAGTTGT----GCTTAGATC-ACT-G-TCT-T---A---AAATAC----------------AAACAA--TT-AG-T-GAA--A-AG-A-----TC-----CGG----A-----ACAATTCATTCAATA-A--TG-GCAT-----G-TTGT-AGAAACACAAGG--T-GATA-CTCAAGGCTG-------A------A-ACG------AAGT--AACTTTAGTTAT-----T-----GT-T----------------------TT-----ACAAG-ACA-----C----GCT---TACA------------ATTTATACAAATCTA--TT--GAT---ACAATTTGAAAACTCAAGCTCGATACCAAAC-GCTGACACGAAAGA-TT-ATATGTATGTGTT----GTAGGT--------GAGA------TGATATAATGTTAGGC--ATCAATG-AC-------TTT-A--A--T------Acaaacaaactgagacgagttgtgcttagatcactgtcttaaaatacaaacaattagtgaaaagatccggaacaattcattcaataatggcatgttgtagaaacacaaggtgatactcaaggctgaaacgaagtaactttagttattgttttacaagacacgcttacaatttatacaaatctattgatacaatttgaaaactcaagctcgataccaaacgctgacacgaaagattatatgtatgtgttgtaggtgagatgatataatgttaggcatcaatgactttaata
gi|5 : tgtttatataaatgcaaaaaattacgtgaaaggttctCGGAACAATGCAATAA-TGCTTTG---ATTTGAAAAC--TCGAGGCCGA--------------AACGAAC-----TGA-GATGTGTCGT----GCTTGAATTAATT-G-T-T-T---A---AAAAAC----------------AAA-AA--TC-CG-T-G-A--A-AA-G-------------------------ATT-------CATTA-A--TA-GTAC-----G-ATTT-AGAGACACAAGG--TCGATA-CTTAAA---G-------G------G-ACC------ATGC--CCC----TTTAA-----T-----GC-CG---------A-----A-----TC-----GAAAA-ACA-----C---TGTT---T-TA------------CT-----------TA--TT--AGT---AGAATTTGAAAACTCAAGGTCGACACCCAAG-GCCGGAGCGAAAGA-TT-ATA---A---GTT----ATGCGC--------TAAA------TTATATAATATCAGGC--ATTTAAA-AA-------TTT-G--A--T------AAGTCGAGAC-AACCAGAAAATAGGAGGGAAGCG-ACAAA-G-GTCCAGACACGAAAACATTAATGACAAACA
gi|6 : A-TGGTATG---ATTTGAAAATAATAAAGGCCGA--------------GA-GAAAAAGTTCGATGAT-ATTTGT----ACGTTAATTGACT-G-T-TCT---G---A--GAC----------------AAA-A---TCGCG-T-G-A--A-AG-AAAAAATC-----CGGAGA-A-----ATA-------CAATA-AA-TG-GTAC-----G-ATTT-GGAAACCCAAGG--CCGATATCTC------G-------T------ATGCG------AAAT--GAA----GTAAA-----------AT-C----------A-----G-----CT-----GTAAG-A------------GCT---T-GA------------AC-----------TA--TT--G
gi|6 : CGGAGAAATACAATAAATGGTACG---ATTTGGAAAC--CCAAGGCCGATATCTCGTATGCGAAATGAAG-----TAA-AATCAGCTGTAAGAGCTTGAACTA-TT-G-T-T-TTTAG---AAAGACTAACACTACGTTAAAAAAG-AA--TC-CG-A-A-A--C-AG-G-----TT-----C------A-----G----------AGGA-A--TG-GTAC-----G-ATTT-GAAGACTCACGGATTCGTCA-ACCAAG---G-------A------A-ACA------AAGT--AAtttttagaaagactaacactacgttaaaaaagaatccgaaacaggttcagaggaatggtacgatttgaagactcacggattcgtcaaccaaggaaacaaagtaaaaacgaagt
gi|7 : atggtatgatttgaaaataataaaggccgagagaaaaagttcgatgatatttgtacgttaattgactgttctgagacaaaatcgcgtgaaagaaaaaatcT---T-CA------------AT-----------AA--T---GCT---ATGATATAAAAACAAAAGGTCGATACTAAAG-GCCGAAACGAAGTA-AC-CTC---A---GTT----AAACGT--------TGAAGCACTGTTTTAGAAT-TTAGA---ATTTGAA-AACCCAAGGTTT-A--AACC------AAGGCGAGCC-AACCAAAAATTGCTTACGAAACA-ACAAA-G-ATGCGAGCAC--AAACATaaacgaagt
gi|8 : gatacgcgaaaagtttcacaacaaaacaTTTGAAAAC--TCGAGGA-AA--------------GACGAAG-----CGA-AAT---------------------ACT-G-T-T-T---T---AACAAC----------------AAA-AA--TA-CG-T-G-A--A-A--------TC-----A------A-----TTA-------GAACA-A--A----AC-----G-A--------AC---------CAATG-CTCAAG---G-------CCGA---A-ACA------AAGT--AAC----CTAAG-----T-----TT-T----------A-----AAA---TT-----GAAA---CA-----C---TGTT---T-TACACGTTAGTCAAAT-----------TA--TC--AAT---ACAGCTTGAAAACTCACGGTCGACACCAAAG-CCCGGCAATAAAAA-TC-AAA---A---ATT----TCACTT--------GCAA------TTATAtttgggaggggtgagagaaaaaaacccatgaataaagtagtgatacaggtggatcaagttgatgcagtggataaataatgata
gi|9 : cggaagaatatctTGAATTA-CT-G-T-TAT---G---GAAGAC----------------AAA-AT--TA-CG-T-G-A--A-AGAA-----TCCGAA-C------A-----ATA-------CAATA-T--TA-GTAT-------ACTT-TAAAATTCAAGG--CCGA-A-ATGAAG---GTTTTAGAA------G-ACA------AAAT--TAC----GTGGA-----A-----G-------------G-----A-----TCCG---GAATG-ATA------------------CA------------AT-----------GA---T--GGT---ATGATTTAGAAACACTACGTCAATACTCAAG-GCCGAAA
gi|9 : tatttaccactacacaagttaggtttaagcaagtcaaccaataaagaacttgaaGAACAATACAATAT-TAGTATA---CTTT-AAAAT--TCAAGGCCGA--------------AATGAAG-----------------GT--------------------T-T-T---A---GAAGAC----------------AAA-AT--TA-CG-T-G-G--A-AG-GA----TC-----C------GGAATGATA-------CAATG-A--TG-GTAT-----G-ATTT-AGAAACACTACG--TCAATA-CTCAAG---G-------C---------CG------AAga