lowQualScore : 22 3 1111111 222 111111111 1111111111 3333 11111111111 2 1111 1 222222 333333333333333333 111111 2222 11111 11 111 33333333333333333 11 11 444444444444444444444444444444444 333333333333333333 111 222222222222 222222 1111 2 11
lowQualScore : 6 55 2 2 88 2 4 2 333 22 55555 2 555555 44 5555555 22 2 33 4 333 2 2 444444444 555 2 7777777777 77777 33 2 2222 6666 5 44 44444444444 66 3 3 3 4444 1 2 5555 2 444 2 2 0000 2 2 2 4 2 3 2 2 3 3 1 3 3 44 333333 44 777 555555555555555555 4 555555 3333 0 66 22222 5 66 7777 99 55 99 6 1 111 5 5 77 11111111111111111 9999 4 3 33 777 4 00 888888888888888888888888888888888 000000000000000000 1 8 555 66 4 9999 888 888 0 222222222222 999999 4 66 66 3 66 4 777 5 44 5 1 4 6 4444 6 6 6 99 77 2 6 3 00 4
lowQualScore : . .. . . .. . . . ... .. ..... . ...... .. ....... .. . .. . ... . . ......... ... . .......... ..... .. . .... .... . .. ........... .. . . . .... . . .... . ... . . .... . . . . . . . . . . . . . .. ...... .. ... .................. . ...... .... . .. ..... . .. .... .. .. .. . . ... . . .. ................. .... . . .. ... . .. ................................. .................. . . ... .. . .... ... ... . ............ ...... . .. .. . .. . ... . .. . . . . .... . . . .. .. . . . .. .
lowQualScore : 7 33 1 1 22 0 3 0 555 88 00000 0 888888 88 5555555 99 2 11 4 888 9 9 333333333 000 9 5555555555 11111 99 9 7777 1111 7 22 66666666666 66 1 1 1 5555 9 7 7777 5 444 5 5 3333 5 5 9 4 9 1 9 9 1 1 3 8 3 66 222222 77 000 000000000000000000 0 555555 9999 8 11 55555 0 99 0000 22 88 22 7 0 777 7 0 00 11111111111111111 4444 4 3 66 000 0 99 555555555555555555555555555555555 999999999999999999 9 9 666 11 4 7777 444 777 3 444444444444 222222 4 44 11 7 11 6 888 8 33 7 7 0 7 2222 7 7 7 22 77 2 7 3 00 0
consensus : AATTCA-TTT--ATTCACTC-AA-AA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-C--AT-TA-ACAAGTAAGGGTCATAT-A-A---------C---AT-A----------TA-----TA--CA-AGT----ATGTG----CTGAGAA-CAAATAAGCATATA--AC-----------TAGG-TA-CAAG-TGCATT-A-T--TCAGGAAGAGCAGACA-G----CA-TTAAATAT---T-TTCTT----AAC-AAA-CT-TTGCCAACGAT-TTTAAAA-TTACTA-T-AT-TGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAAACTTGATAATGT-TGGGA---TTTTT------------------ACA-AAA------CCTTT---TATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAA--AAAA--A-TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTC-ATCAC---CGATGCTGTTG-TTATTACAC-AT-TGTACAT-----------------ATCC----TTAAA-TTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT-CN-ATAGGAAAACG------ATG-ATTACAGGTTC-TN---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TC--TTTAGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTCTC--NA-TA-C---CAAA-ATTTNT-TTTGAA--AATTCTGT--AATTA---ATACATTTNGACGAAT-CATCGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA-TAAGGCNATGAGANGTTTGATTTGTCCATAT
Reference ( gi|3 ) : AATTCA-TTT--ATTCACTC-AA-A--CCAGATC-ACTGG-ACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-C--AT-TA-ACAAGTAAGGGTCATAT-A-A---------C---AT-A----------TA-----TA--CA-AGT---TATGTG----CTGAGAA-CAAATAAGCATATA--AC-----------TAGA-TA-CAAG-TGCATT-A-T--TTAGGAAGAGCAGACA-G----CA-TTAAATAT---T-TT-TT----AAC-AAA-CT-TTCCCAATGAT-TTTAAAA-TTACTA-T-AT-TGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAAACGTGATAATGT-TGGGA---TTTTT------------------ACA-AAA------CCTTA---TATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAA--AAAA--A-TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTC-ATCAC---CGATGCTGTTG-TTATTACAC-AT-TGTACAT-----------------ATCC----TTAAA-TTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT-CT-ATAGGAAAACG------ATG-ATTACAGGTTC-TC---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TC--TTTAGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC--TA-TA-C---CAAA-ATTTGT-TTTGAA--AATTCTAT--AATTA---ATACATTTAGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAAGTAAGGTTATGAAATGTTTGATTTGTCCATATG
gi|13 : AATTCA-TTT--ATTCACTC-AA-AA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-C--AT-TA--CAAGTAAGGGTCATAT-A-A---------C---AT-T----------TA-----TA--CA-AGT----ATGTG----CTGAGAA-CAAATGAGCATATA--AC-----------TAGG-TA-CAAG-TGCATT-A-T--TTAGGAAGAGCAGACA-G----CA-TTAAATAT---T-TTCTT----AAC-AAA-CT-TTGCCAATGAT-TTTAAAA-TTACAA-T-AT-TGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATT-AAACTTGATAATGT-TGGGA---TTTTT------------------ACA-AAA------CCTTT---TATTAAAATG--TATTTTTCTG
gi|12 : ttcAATTCA-TTT--ATTCACTC-AA-AA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-C--AT-TA--CAAGTAAGGGTCATAT-A-A---------C---AT-A----------TA-----TA--CA-AGT----ATGTG----CTGAGAA-CAAATAAGCATATATAAC-----------TAGG-TA-TAAG-TGCAGT-A-G--TTAGGAAGAGCAGACA-G----CA-TTAAATAT---T-TTCTT----AAC-AAA-CT-TTGCCAACGAT-TTTAAAA-TTGCTA-T-AT-TGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATT-AAACTTGATAATGT-TGTTG---TTTTT------------------ACA-AAA------CCTTAATTTATTAAAAGG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAA--AAAA--
gi|11 : ttcAATCCA-TTTT-ATTCACTC-AA-AA-CCTGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-C--AT-TA--CAAGTAAGGGTCATAT-A-A---------C---AT-A----------TA-----TA--CA-AGC----ATGTG----CTCAGAA-CAAATAAGCATCTA--AC-----------TAGG-TA-TAAG-TACATT-A-G--TCAGGCAGAGCAGCCG-G----CA-TTAAATAT---T-TTCTT----AAC-AAA-CT-TTGCCAACGAT-TTTAAAA-TTGCTA-T-AT-TGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATT-AAACTTGG--------GGGA----TTTT------------------ACA-AAA------CCTTT---TATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTGAAAAA--AAAA--A-TCACATT
gi|7 : tcAATTCA-TTT--ATTCCGTC-AA-----CAGATT-A-TGGTACAATGAGGTAC---AGA-A--AA-----A-ATAT------TCAT--ATAT------AAGGAGTAT----GT-TA--CAAGTA-GGGTC-TAT-ATA---------C---ATTA----------TA-----TA--CATAGT----GT-TG----CTGAGAA-CAA-TAAGCATATA--A------------TAGG-TAGCAAG-TGCATT-A-T--TTAGGAAGAGCAGACA-G----CAATCAAATAT---T-TC-TT----AAC-AAA-CT-TTGCCAATTGT-TTTAAAAATTACTA-T-AT--GT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAGA-CTTGATAATGT--GGGA---TTTTT------------------ACATAAA------CCTT----T-TTAA--T---TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAA--AAAA--A-TCACATTCCATAAT--ATAATGA-AA--ATTCAAT--C---CGATGCTGTTG-TTATTAC-C-AT-TGTAC-T-----------------AT-C----TTAAA-TTTCTTTCAATACTTATTaattgacaatggatatct
gi|17 : attcAATTCAATTC--ATTCACTC-AA-AA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-C--AT-TA--CAAGTAAGGGTCATAT-A-A---------C---AT-A----------TA-----TA--CA-AGT----ATGTG----CTGAAAA-CAAATAAGCATATA--AC-----------TAGG-TA-CAAA-TGCATT-A-T--TTAGGAAGAGCAGACA-G----CA-TTGAATAT---T-TTCTT----AAC-AAA-CT-TTGCCAATGAT-TT
gi|5 : AATTCA-TTT--ATTCACTC-AA-AA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-C--AT-TA--CAAGTAAGGGTCATAT-A-A---------C---AT-A----------TA-----TA--CA-AGT----ATGTG----CTGAGAA-CAAATAAGCATATA--AC-----------TAGG-TA-CAAG-TGCATT-A-T--TTAGGAAGAGCAGACA-G----CA-TTAAATAT---T-TTCTT----AAC-AAA-C
gi|24 : caattcAATTCAATTT--AT-CACTC-AA-A--ACAGATC-ACTGG-TAA-TGAGGTAC---AA-CA--AA-----A-AT--------TCATC-ATA-------AA--AGTAT-C--AT-TA--CAATTAAGGGTCATATTA-A---------C---AT-A----------TA-----TATACA-AG----TATGTG----CTGAGAA-C-AATAAGCATAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatatccttaaatttctttcaatattatttcatctaccagtttctataggaaaacataaaacatcatatttacaataaagttcaca
gi|29 : ttcAATTCA-TTT--ATTCACTC-AA-AA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-C--AT-T--ACAAGTAA
gi|14 : tcAATTCT-TCT--ATTCACTC-AA-AA-CCAGATC-ACTGGTACA-TAAAGTAC---AAACA--AA-----T-ATAT------ACAT--ATATAT----AA--ACTAA-G--GG-TA--CAGACAAGGGCCACAT-A-A---------TGAGAC-AACT-------TA-----GA--CA-AGTGTATATGTA----CTGAAAAATAAATAAACACA-A--ACAAACAGTCGGGTAGA-TA-GAGG-T-CA---A-T--T-----AGAGTAGGGA-A----CA-TTGAAAACAAAT-TC-TT----AAC-AAA-CT-TTACCAACGAA-TTTGA----TGCTACT-AT-T------CATTTACTATT-TA--ATT------TGAT-ATTT-TGAGATTCTTTTT------------------ACC-AAA------TCtgttaatttgaccgat
gi|34 : taAATTCA-TTT--ATTCACTC-AA-AAACCAGATCCACTGGTACA-TGAGGTAC---AAAAA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------cgtttgtaagaaat
gi|23 : AATTCA-TTT--GTTCACTC-AA-AA-CCACATC-TCTTGTACA-TAAGGTAC---AAACA--AA-----T-ACAT------ACGT--ATATGGTCAGAG--AATATAC--AT-GT-ACAAGCATG---CATGT-A-A---------A---AT-A----------T------TG--AA-AAT---TA-------------AA-CAAA----CATGTA--AC-----------
gi|32 : ttcAATTCAATTT--TTTTATTC-AA-----CTG--C-A-TGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TT-----TA-------AA-----AT-T--GT-T--ACAAATAatta
gi|36 : attcAATTCA------ATTCACTC-AA-AA-CCAGATC-ACTGG-c
gi|28 : tcaattaatttAGTTCA-TTT--ATTCACTC-AATA--CCTTATG-AATGGTACA-TGAGG-ACATTAAACATTAATACACA-ATATTCTGCATCAT--ATAATC----AA--AGTAt
gi|16 : taagttcaATTCA-TTT--ATTCACTC-AA-AA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-A------------------------------GTAT-C--AT-TA--CAAGTAAGG-TCATAT-A-A---------C---AT------------TA-----TA--CA-AGT----ATGTG----CTGAGAA-CAAATAAGCATATA--AC-----------TAGA-TA-CAAG-TGCATT-A-T--TTAGGAAGAGCAGACA-G----CA-TTAAATAT---T-TTCTT----AACAAAA-CT-TTGCCAATGAT-TTTAAAA-TTACTA-T-AT-TGT-TTGTcaacgt
gi|6 : ATTCA-GTTCAATTCAATA-AA-A--CCAGGTC-ACTGGCACA-TAAGGTAC---AAACA--GA-----T-ACAT------ACAT--GTA-----------------C--ATATA-AAAACTAA-GGTTACAG-A-AAGCGGTCTTC---AA-A----------TA-----TA--CA-AGC---GA-GGA----TTGAAAATTAGATAAACACATA--GT-----------TAGG-TG-TAAA-TACGTCGA-T--TCCGGAAGAGACGGCA-G----CA-CTAAG-AC---TATC-TG----GAC-AAA-CT-TTTCTGCTGAC-TC--ACA-TCATCG------TGT-TTGTATATATTGCC-TC--ATT-AAACTTGATAATGTATAGCA---TTCT-------------------------A------CC--------TGCGAATA--TGTTCTTCTGTC-----GTTTA-AAAA--AAAAATA-TGGCTTTCCTTTATTAATCATGGAAA--AT---ATTA----CAATCACG-----TATTGTAC-A--TGTATAC-----------------ATCCTTAATTAAA-CGTCTCTCAATA-TTACTCCATCT--
gi|31 : ATTTA-TTT--TTTCACTC-AA-AA-CCAGAGC-ACTGGTACG-TGAGGAAC---AAACA--AA-----AGACA--------CAC--ATA-------AA--AGTTA-C--ATATA-AC
gi|25 : TTTA-TAT--GTTCACTT-AA-AA-CCAGAAT-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AA----------------AT------TCATGAATT-------AA--GGTAA-CAAAA-TATATAAGTAAGg
gi|30 : acCACTCCAA-A--CCAGATC-ACTGGTACA-TAGGGTAC---AAATA--AA-----A-ATAT------ACAA--ATA-------AA--AGTAT-T--GT-T--ATAAGTAtattttgaaaaataaataaacctacacgtatcaatagatccgtgtactat
gi|19 : C-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A--------------------------------GTAT-C--AT-TA--CAAGTAATGGTCATAT-A-A---------C---AT-A----------TAATTTATA--CG-AGT----ATGTG----CTGAGAA-CAAATAAGCATATA--AC-----------TAGG-TA-CAAG-TGCATT-A-A--TCAGGAAGAGCACACA-G----CA-TTGAATAT---T-TT-CTG---AAC-AAA-Ccaagcttgccgtgaac
gi|4 : -ACA-TGAGGTAC---AAGCA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-C--AT-TA--CAAGTAAGGGTCATAT-A-A---------C---AT-ACTATACACTGTA-----TA--CA-AGT----ATGTG----CTGAAAA-CAAATAAGCATATG--AC-----------TAGG-TA-CAAG-TGC------------------GCAGACA-G----CA-TTAAATAT---T-TTCTT----AAC-AAA-CT-TTGCCAATGAT-TTTAAAA-TTACTA-T-GT-TGT-TTGTATTCATTA------------AACTTGATAATGT-TGGGA---TTTTT------------------ACA-AAA------CCTTT---TATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAA--AAAA--AATCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTC-ATCAC---CGATGCTGTTG-TTATTACAC-AT-TGTACAT-----------------ATCC----TTAAA-TTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT-CT-ATAGGAAAACG------ATG-ATTACAGGTTC-TC---AATTTA---GC--T-T-ATGT--AATCCT-TACA---TC--TTTAGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC--TA-TA-C---CAAA-ATTTGT-TTTGAA--AATTCTAT--AATTG---ATACATTTAGACGAAT-CATTGATAA
gi|1 : gtATAT-A-AA--------C---AT-A----------TA-----TA--CA-AGT----ATGTGGTAGCCGAGAA-CAAATAAGCATATA--AC-----------TAGGCTA-CAAGCTGCATT-A-T--TTAGGAAGAGCAGACAAG----CA-TTAAATAT---T-TT-CTTGTGAAC-AAAACTCTTGCCAATGAT-TTTAAA--TTACTA-TTAT-TGT-TTGTAT-CATTA-T-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-GGTGA---TTTTTTT----------------ACA-AAAA-----CCTT----TAT-AAAATGGCTCTTTTCCTGTTATCGGGCTTG-AAAA--ATAA--C-TCACATTCCATAA---ATAGTA--CATGATTC---CACTCACGATGCTGTTGATTATTACACCATCTGTACAT-------------------CC----TTAAAATTTCTTTCAATC-TTATTCCATCT--ACCCCAAGTTTGCTAATAGGAAAACG------ATGAATTACAGCGTC-TCA--AATTGA---GC--T-ACATGT--AATGCT-TACA---TC--TT--AGCATA---ATTCAAGTCAAAT-AGATTTTC--TA-TA-C---CAAATATTGTT-TTTGAAACAATTCTATCGAATTAATTATACATTTAGACGAATCCATTGAT-ATACTCATTGCTCCCATTGCTTGTTAC-GAATTGG--GTTTGCGAGTGTTTACATTAACACAAG
gi|2 : -TA-CAAG-TGCATT-AATAGTCAGGAAGAGCAGACA-G----CA-TTAAATAT---T-TT-TT----AAC-AAA-CT-TTGCCAACGAT-TTTAAAA-TCGCTA-T-AT-TGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGG---TTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTACA-AAATTTTAACCTTT---TATCAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAAAA--A-TCACATTCCATAAT--GTAATG--AA--ATTC-ATCAC---CAATGCTGTTG-TTATTACAC-AC-TGTACAT-----------------ATCC----TTAAA-TTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT-CTAATAGGAAAAGT------ATG-ATTGCAGGTTC-TT---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTTTTGTGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC--TA-TA-C---CAAA-AATTGT-TTTGAA--AATTC------------------TTTGGACGAAT-CACTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA-TAAGGCTATGAAATGTTTGATTTGTCCATATacatcttaaaccatgttaaggcttattggagatagctacatgcactctctttctgtcccatattgagttgtaaaactggacaacccacaacattgcatttaatactcctttttgagtaacatgtcaatcctcacaaatggtatgtaatatgatccattctagtagtataccactctgtcaaaccatataacagta
gi|18 : -T--TCAGGAAGAGAGGGCA-G----CT-TTAA-TGT---T-TTCTT----CAC-AAA-TT-TTGCCAATAAGGTTTAAAA-ACACTG-C-AT-TGT-TTGTGTTCACTAAC-CC--GTTAAAatatatgacaacccacaaacatcaaagtttatttttatttatacatgtcatccattggtgtaaatatgatccatccatataacacttaattgtaaaaatagcagtaaattacatttgtaagtttatt
gi|33 : atacattactaattgtaataaggttgtaggtaaacatcattaaataggcaagcaaaatgtacgctatagaag--TCAGAAAGAGCAGGCA-GGCAGCA-TTAAAAAT---T-TT-CTG---AAC-AAA-CT-TTGCTAACGAT-TTTAAGA-TTACCA-T-Acttattgatg
gi|10 : tggA-TCAAATTT---T-TTCTT----AAC-AAA-CT-TTGTCAACGAT-TTTAATG-TTGCCA-T-AT-TGTAGTATATTCATTAGT-TC--ATTAAA
gi|10 : A-T-ATATGT-TTATAT--AT--GTCTCTGATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGG---CTTTT------------------ACA-AAA------AAAAA---TATTAAGATG--TATTTTTCAGTC-----GTTTG-AAAA--AAAA--A--CACATTCCATAAT--ATAGTG--AA--ATTC-ATCAC---CAATTGTGTTG-CTATAACAC-AT-TGTACATGCATTTTGTACGTGCATATCC----TTAAA-TTTCTTTCAAAA-TTATTTCATCT--AGC---AGCTT-CT-AAAGGAAAACG----------------------------ATTTA---GT--T-C-ATGC--AATCCT-TAAA---TC--TTTAGGCA-A---ATTCGA--ccagggacatatatagcatatatgtttatatatgtctctgattaaacttgataatgttggggcttttacaaaaaaaaatattaagatgtatttttcagtcgtttgaaaaaaaaacacattccataatatagtgaaattcatcaccaattgtgttgctataacacattgtacatgcattttgtacgtgcatatccttaaatttctttcaaaattatttcatctagcagcttctaaaggaaaacgatttagttcatgcaatccttaaatctttaggcaaattcga
gi|8 : atcaaattttttcttaacaaactttgtcaacgattttaatgttgccatattgtagtatattcattagttcattaaaccagggacatatatagc-TTGTTACAA-AG-AGTACAT-----------------AATT----TCAAG-TTTCTATCAATA-TTGTTCCATCT--GCC---TGTTA-CA-ATATCAAAG-GTAGTATATG-ATTTGTTGTTC-GA---AATT-------------AT-----ATC-----AA----C--TTTAGGTA-ATTTATTCAA-----AT-A-ATCGTC---------------------GT-CTTAAA--AATCCTGT--AATTA---ATACATGTCGTGGAAT-TTTCTACAGAGCT-GTG----CCGTT-CTTG-AAC-AAACTGG--TTCTTC-AGTGCTT-CCTTAACA
gi|9 : TCACAC-AT-TGTACAT-----------------ATTA----TTAAA-CTTCTTTCAATA-TGATTCTATCT--ATC---AGTTT-CC-AT-GGCAGACT------ATT-ATTATAAGTTC-GC---AACTTACATGCAGTAA-ATAT--GATCCT-TGAA---T---------CA-A------CAG--AAAAT----TTTTCGAGA-TA-CATGTAGA---TTGT-TTCCTT--AATGTTGT--GATTA---ATGC---------AGT-C----CTAACACT-ATT----TCATT-CCTG-TACAGAAAAAAACTTTTTT-AGCGTTT-Catggcttttatccaattattattcaaaaaataaggaacgtccagctgcatgcacaagatagaacacatgaattgagtatattttcaatacatttaaccaagggtgcttgaatgacccatctctgtagcattcataaaaatattgataatatatttttgccagcttat
gi|5 : TACAT-----------------ATCC----TTAAA-TTTCTTTCAATA-TTATTTCATCT--ACC---AGTTT-CT-ATAGGAAAACactgataaaatctctgggcagttagggctgtgaatggcttgaatgtataagacaatccacaagaattaaatgtaccttgtatacattttatctatgcgtgtatgaaggatcctgtgacataatacctgtaaaataacaatagatggcattgtaatttattt
gi|22 : caattcaattcatttattcactcaaaaccagatcactggtacatgaggtacaaacaaaaatattcatataaaagtatcattacaagtaagggtcatataacatatatacaagtatgtgctgagaacaaataagcatataactaggtacaagtgcattatttaggaagagcagacagcattaaatattttcttaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTATA-TTGCTCCATCTTGACC---AGTTT-CA-ATAGG------------------TA---GTTCATG---AATTT----GT--T-G-TTGGCAAATTTTACAAAAGGTC--TTTAGGTA-A---ATTTAA--TGAAT-G-AATCTC--CA--A-C---CAAACGTCTCT-TC---A--TATTCTGT--AA-TA---ATACAataaaacatcatatttacaataaagttcaca
gi|21 : aTCTATA-TTGCTCCATCTTGACC---AGTTT-CA-ATAGG------------------TA---GTTCATG---AATTT----GT--T-G-TTGGCAAATTTTACAAAAGGTC--TTTAGGTA-A---ATTTAA--TGAAT-G-AATCTC--CA--A-C---CAAACGTCTCT-TC---A--TATTCTGT--AA-TA---ATACA
gi|15 : aATA-TTGCTCCATCTG-ACC----GTTT-CA-ATAGGTAGTCC------ATG-ATT---TGTTG-TTGGAAATTTT---AC--A-A-A-------------AGG---TC--TTTAGGTA-A----TTTAA--TCAATGA-ATCCTC---A-CAAC---CAAA-CGTCCT-CTTCAA--TATTCTGT--AATTA---ATACATTT
gi|27 : AGAT-A-ATTCTC--GAATA-A---CAAA---TAATATTTGAA--AAGTCTGT--AATTC---AAACATTTTGGAGAAA-GATAGATATTACT-CCT----CCACG-CTTG-AAT-GAATTGG--TCTATC-AATATTA-TTTTAAccacaagggtgaataattacactctatagttttgcaaatcccgtatctgaaagactgatttgatttcagagatgactttgttaaaatgtc
gi|35 : AGT-CATAAATAATACT-ATT----TCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTT--AGAGCTT-CTTTAACACAA-TAA
gi|20 : TAAGGCAATGAGAAGTTTGATTTGTCTATAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATAAAGGCCTATATCTTTTATATACGATGTCAATCGCATAGGAACTGTAAATATGTAATCCATTAATCCATATAACACTTGGTAAATATGCACAGTAAATATTACATATTTATGATAAGTGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 1111111111111 1111111111 11111111111 11111111 2 111 222222222222222222 111111 11111 11 11111 22222222222222222 11 33333333333333333333 111111 111111111111111111 111 1111 111111 1111
lowQualScore : 6 55 2 1 1 333 22 44444 1 555555 44 4444444 22 2 4 99 2 2 3333333333333 2 5555555555 66666 2 5555 2 5555 5 5 2 55 22222222222 2 66 444 2 2 00000000 2 2 5555 2 33 444 4 2 2 2 5 2 0 3 44 1 3 111 666666666666666666 3 444444 666 1 55 11111 8 77777 77 33 77 1 22222 5 4 55 0 88888888888888888 8888 4 3 22 666 55 1 3 4 00000000000000000000 777777 999999999999999999 0 8 444 55 4 7777 666 666 0 1111 4 777 777777 4 55 44 55 55 3 777 1 5 7 5 2222 5 5 5 77 5 0 5 0 6 1 0 1
lowQualScore : . .. . . . ... .. ..... . ...... .. ....... .. . . .. . . ............. . .......... ..... . .... . .... . . . .. ........... . .. ... . . ........ . . .... . .. ... . . . . . . . . .. . . ... .................. . ...... ... . .. ..... . ..... .. .. .. . ..... . . .. . ................. .... . . .. ... .. . . . .................... ...... .................. . . ... .. . .... ... ... . .... . ... ...... . .. .. .. .. . ... . . . . .... . . . .. . . . . . . . .
lowQualScore : 3 00 0 9 9 333 66 88888 9 555555 55 8888888 88 1 2 55 5 5 9999999999999 5 3333333333 22222 5 3333 5 3333 0 0 4 99 77777777777 7 33 777 7 7 88888888 7 5 3333 4 22 111 7 7 7 9 3 9 8 1 22 1 6 444 888888888888888888 6 111111 444 4 55 11111 9 00000 99 66 99 4 99999 0 4 22 8 00000000000000000 5555 0 1 55 444 00 0 6 5 99999999999999999999 111111 444444444444444444 7 0 000 55 0 8888 555 999 5 5555 0 000 666666 0 55 99 55 55 2 000 0 0 4 7 1111 7 7 7 99 7 4 7 6 7 0 7 0
consensus : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATT-AAACTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CNA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TN---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTCTC-NATAC-CA---AA-ATTTNT-T--TTGAA--AATTCTGT--AATTA---ATACATTTNGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA-TAAGGCTATGAAATGTTTGATTTGTCCATAT
Reference ( family-265 ) : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAAACTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CNA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TN---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTCTC-NATAC-CA---AA-ATTTNT-T--TTGAA--AATTCTGT--AATTA---ATACATTTNGACGAAT-CATCGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA-TAAGGCNATGAGANGTTTGATTTGTCCATAT
gi|1 : -ATA-TAAA--------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTGGTAGCCG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGGCTA--CAA---GCTGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGACAAG----C-ATT--AAATATTTTCTTGTGAACAAAACTCTTGCCAATGA-TTTT--AAATTACTATTATTGT-TTGTA-TCATTA-T-TC--ATT-AAACTTGATAATGT-GGTGATT-TTTT------------------TACA-AAA------ACC---TTTA-TAAAATGGCTCTTTTCCTGTTATCGGGCTTG-AAAAATAA--C--TCACATTCCATAA---ATAGTA--CATGATTC--CA-CTCACGATGCTGTTGATTATTACACCATCTGTAC-------------------ATCC----TTAAAATTTCTTTCAATC-TTATTCCATCT--ACCCCAAGTTTGCTAA-TAGGAAAACG------ATGAATTACAGCGTCT-CA---AATTGA---GC--T-ACATGT--AATGCT-TACA---TCTT----AGCATA---ATTCAAGTCAAAT-AGATTTTC-TATAC-CA---AATATTGTT-T--TTGAAACAATTCTATCGAATTAATTATACATTTAGACGAATCCATTGAT-ATACTCATTGCTCCCATTGCTTGTTAC-GAATTGG--GTTTGCGAGTGTTTACATTAACACAA-
gi|10 : -ATC--AAATTTTTTCTT---AAC-AAACT-TTGTCAACGA-TTTT-AATGTTGCCA-TATTGTAGTATATTCATTAGT-TC--ATTAAAgacatcttaaaccatgttaaggcttattggagatagctacatgcactctctttctgtcccatattgagttgtaaaactggacaacccacaacattgcatttaatactcctttttgagtaacatgtcaatcctcacaaatggtatgtaatatgatccattctagtagtataccactctgtcaaaccatataacagta
gi|10 : TA-TAT-GT-TTATAT--AT--GTCTCTGATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGG---CTTT------------------TACA-AAA------AAA---AATATTAAGATG--TATTTTTCAGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A---CACATTCCATAAT--ATAGTG--AA--ATTCATCA-C---CAATTGTGTTG-CTATAACA-CAT-TGTACATGCATTTTGTACGTGCATATCC----TT-AAATTTCTTTCAAAA-TTATTTCATCT--AGC---AGCTT--CTA-AAGGAAAACG-----------------------------ATTTA---GT--T-C-ATGC--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCGA--ccagggacatatatagcatatatgtttatatatgtctctgattaaacttgataatgttggggcttttacaaaaaaaaatattaagatgtatttttcagtcgtttgaaaaaaaaacacattccataatatagtgaaattcatcaccaattgtgttgctataacacattgtacatgcattttgtacgtgcatatccttaaatttctttcaaaattatttcatctagcagcttctaaaggaaaacgatttagttcatgcaatccttaaatctttaggcaaattcga
gi|11 : atcaaattttttcttaacaaactttgtcaacgattttaatgttgccatattgtagtatattcattagttcattaaaccagggacatatatagcaAATCCA-TTTT-ATTCACTCAAAA-CCTGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----C-ATGTG----CTC-AGAA-CAAATAAGCAT-CT--AAC-----------TAGG-TA--TAA---G-TACATT-A-G------TCAGGCAGAGCAGCC-GG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTGCTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATT-AAACTTGG--------GGGA----TTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTGAAAAAAAAA--A--TCACATT
gi|12 : tcAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-ATATAAC-----------TAGG-TA--TAA---G-TGCAGT-A-G------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTGCTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATT-AAACTTGATAATGT-TGTTG---TTTT------------------TACA-AAA------CCTTAATTTATTAAAAGG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--aattgacaatggatatct
gi|13 : ttcAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-T----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATGAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATGA-TTTT-AAAATTACAA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATT-AAACTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTG
gi|14 : ttcAATTCT-TCT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TAAAGTAC---AAACA--AA-----T-ATAT------ACAT--ATATAT----AA--ACTAA-GGG-T-ACAGACAAGGGCC-ACA-TAA---------TGAGAC-AACT-------TA-----GACA-AGTGTAT-ATGTA----CTGAAAAA-TAAATAAACAC-A---AACAAACAGTCGGGTAGA-TA--GAG---G-T-CA---A-T------T-----AGAGTAGGG-AA----C-ATTGAAAACAAATTCTT---AAC-AAACT-TTACCAACGA-ATTT-GA---TGCTACTATT------CATTTACTATT-T--------AATTTGAT-ATTT-TGAGATTCTTTT------------------TACC-AAAT-----CCG---TTTGTAAGAA
gi|15 : taATA-TTGCTCCATCTG-ACC----GTTT--CAA-TAGGTAGTCC------ATG-ATT---T-GTTG-TTGGAAATTTT---AC--A-A-A-------------AGG---TCTTT--AGGTA-A----TTTAA--TCAATGA-ATCCTC-ACAAC-CA---AA-CGTCCT-C--TTCAA--TATTCTGT--AATTA---ATACATTTCCACAAat
gi|16 : ATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-A------------------------------GTAT-CAT-TA-CAAGTAAGG-TC-ATA-TAA---------C---AT------------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGA-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AACAAAACT-TTGCCAATGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTgggtgaataattacactctatagttttgcaaatcccgtatctgaaagactgatttgatttcagagatgactttgttaaaatgtc
gi|17 : AATTCAATTC--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AAAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---A-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--GAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATGA-TTT
gi|18 : TAAACATCATT-AAA-----------TAGG-CAAGCAAAATG-TACGCT-A-TAGAAGTTCAGGAAGAGAGGGC-AG----C--TT--TAATGTTTTCTT---CAC-AAATT-TTGCCAATAAGGTTT-AAAAACACTG-CATTGT-TTGTGTTCACTAAC-CC--GTT-AAACTTATTGATG
gi|19 : atacattactaattgtaataaggttgtaggC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A--------------------------------GTAT-CAT-TA-CAAGTAATGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TAATTTATACG-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-A------TCAGGAAGAGCACAC-AG----C-ATT--GAATATTTTCTG---AAC-AAAC
gi|2 : -TA--CAA---G-TGCATT-AATAG----TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTT-TT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATCGCTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGG---TTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTACA-AAATTTTAACCT---TTTATCAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--AAATCACATTCCATAAT--GTAATG--AA--ATTCATCA-C---CAATGCTGTTG-TTATTACA-CAC-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CTAATAGGAAAAGT------ATG-ATTGCAG-GTTC-TT---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTTTTGTGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC-TATAC-CA---AA-AATTGT-T--TTGAA--AATTCT------------------TTGGACGAAT-CACTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA-TAAGGCTATGAAATGTTTGATTTGTCCATAT
gi|20 : -TAAGGCAATGAGAAGTTTGATTTGTCTATATatatatgacaacccacaaacatcaaagtttatttttatttatacatgtcatccattggtgtaaatatgatccatccatataacacttaattgtaaaaatagcagtaaattacatttgtaagtttatt
gi|21 : TCTATA-TTGCTCCATCTTGACC---AGTTT--CAA-TAGG------------------TA----GTTCATG---AATTT----GT--T-G-TTGGCAAATTTTACAAAAGGTCTTT--AGGTA-A---ATTTAA--TGAAT-G-AATCTC-CA-AC-CA---AACGTCTCT-T--C---A--TATTCTGT--AA-TA---ATACAatatgacaacccacaaacatccaatataccttttatacacgtcatccatgggtgtaaatatgactcatccatgaaacacttatcaaaatagccatatattacatttgtaagtttat
gi|22 : aTCTATA-TTGCTCCATCTTGACC---AGTTT--CAA-TAGG------------------TA----GTTCATG---AATTT----GT--T-G-TTGGCAAATTTTACAAAAGGTCTTT--AGGTA-A---ATTTAA--TGAAT-G-AATCTC-CA-AC-CA---AACGTCTCT-T--C---A--TATTCTGT--AA-TA---ATACA
gi|23 : aAATTCA-TTT--GTTCACTCAAAA-CCACATC-TCTTGTACA-TAAGGTAC---AAACA--AA-----T-ACAT------ACGT--ATATGGTCAGAG--AATATACAT-GTACAAGCATG---C-ATG-TAA---------A---AT-A----------T-----------------------------TG-AAAATTAAACAAACAT-GT--AAC-----------
gi|24 : ttcAATTCAATTT--AT-CACTCAAAA-C-AGATC-ACTGGTA-A-TGAGGTAC----AACA--AA-----A---AT------TCATC-ATA-------AA--AGTAT-CAT-T-ACAATTAAGGGTC-ATATTAA---------CAT-AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-C-AATAAGCAT-Aatta
gi|25 : ttcTTTA-TAT--GTTCACTTAAAA-CCAGAAT-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AA----------------AT------TCATGAATT-------AA--GG--------TAACAA---------------AA---------T---AT-A----------TA-----AGTA-AG----T-ATTT------TGAAAAA-TAAATAAACCT-AC--A
gi|27 : acAGAT-A-ATTCTCGAATAA-CA---AA---TAATAT--TTGAA--AAGTCTGT--AATTC---AAACATTTTGGAGAAA-GATAGATATTACT-CCT----CCACG-CTTG-AAT-GAATTGG--TCTATC-AATATTA-TTTTAAcgtatcaatagatccgtgtactat
gi|28 : AGTTCA-TTT--ATTCACTCAATA-CCTTATG-AATGGTACA-TGAGG-ACATTAAACATTAATACACA-ATATTCTGCATCAT--ATAATC----AA--AGTA
gi|29 : taagttcaAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-T-ACAAGTAAcaacgt
gi|3 : tcAATTCA-TTT--ATTCACTCAAA--CCAGATC-ACTGG-ACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----TTATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGA-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTT-TT---AAC-AAACT-TTCCCAATGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAAACGTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TATATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CTA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TC---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC-TATAC-CA---AA-ATTTGT-T--TTGAA--AATTCTAT--AATTA---ATACATTTAGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAAGTAAGGTTATGAAATGTTTGATTTGTCCATATtgttaatttgaccgat
gi|30 : CACTCCAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TAGGGTAC---AAATA--AA-----A-ATAT------ACAA--ATA-------AA--AGTAT-TGT-T-ATAAGTAg
gi|31 : ATTTA-TTT--TTTCACTCAAAA-CCAGAGC-ACTGGTACG-TGAGGAAC---AAACA--AA-----AGACA--------CAC--ATA-------AA--AGTTA-CATATAACcaagcttgccgtgaac
gi|32 : AATTCAATTT--TTTTATTCAA----CTG--C-A-TGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TT-----TA-------AA-----AT-TGT-T-ACAAATAg
gi|33 : attc------TCAGAAAGAGCAGGC-AGGCAGC-ATT--AAAAATTTTCTG---AAC-AAACT-TTGCTAACGA-TTTT-AAGATTACCA-TAc
gi|34 : tggAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAAACCAGATCCACTGGTACA-TGAGGTAC---AAAAA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------
gi|35 : AGT-CATAAATAATACT-ATT----TCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTT--AGAGCTT-CTTTAACACAA-TAA
gi|36 : AATTCA------ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGT
gi|4 : tcaattaatttGTACA-TGAGGTAC---AAGCA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-ACTATACACTGTA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AAAA-CAAATAAGCAT-AT--GAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGC----------------------GCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATGA-TTTT-AAAATTACTA-TGTTGT-TTGTATTCATT------------AAACTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTGAAAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CTA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TC---AATTTA---GC--T-T-ATGT--AATCCT-TACA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC-TATAC-CA---AA-ATTTGT-T--TTGAA--AATTCTAT--AATTG---ATACATTTAGACGAAT-CATTGATAA
gi|5 : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAAC
gi|5 : caattcTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTTCATCT--ACC---AGTTT--CTA-TAGGAAAACcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatatccttaaatttctttcaatattatttcatctaccagtttctataggaaaacataaaacatcatatttacaataaagttcaca
gi|6 : caattcaattcatttattcactcaaaaccagatcactggtacatgaggtacaaacaaaaatattcatataaaagtatcattacaagtaagggtcatataacatatatacaagtatgtgctgagaacaaataagcatataactaggtacaagtgcattatttaggaagagcagacagcattaaatattttcttaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTCA-GTTCAATTCAAT-AAAA-CCAGGTC-ACTGGCACA-TAAGGTAC---AAACA--GA-----T-ACAT------ACAT--GTA-----------------CATATAAAAACTAA-GGTT-ACA-GAAAGCGGTCTTC---AA-A----------TA-----TACA-AG----C-GAGGA----TTG-AAAATTAGATAAACAC-AT--AGT-----------TAGG-TG--TAA---A-TACGTCGA-T------TCCGGAAGAGACGGC-AG----C-ACT--AAG-ACTATCTG---GAC-AAACT-TTTCTGCTGA-CTC---ACATCATCG----TGT-TTGTATATATTGCC-TC--ATT-AAACTTGATAATGTATAGCA---TTCT-------------------------A------CCT---GC-----GAATA--TGTTCTTCTGTC-----GTTTA-AAAAAAAAATA--TGGCTTTCCTTTATTAATCATGGAAA--AT--ATTA-----CAATCACG-----TATTGTA-CA--TGTATAC-----------------ATCCTTAATT-AAACGTCTCTCAATA-TTACTCCATCT--ataaaacatcatatttacaataaagttcaca
gi|7 : AATTCA-TTT--ATTCCGTCAA----CAGATT-A-TGGTACAATGAGGTAC---AGA-A--AA-----A-ATAT------TCAT--ATAT------AAGGAGTAT--GT-TA-CAAGTA-GGGTCTATA-TA----------C---ATTA----------TA-----TACATAG----T-GT-TG----CTG-AGAA-CAA-TAAGCAT-AT--AA------------TAGG-TAG-CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----CAATC--AAATA-TTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATTG-TTTTAAAAATTACTA-TA-TGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATT-AGACTTGATAATG--TGGGA---TTTT------------------TACATAAA------CCT---TTT-T---AAT---TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATGA-AA--ATTCA--ATC---CGATGCTGTTG-TTATTAC--CAT-TGTAC-T-----------------AT-C----TT-AAATTTCTTTCAATACTTATT
gi|8 : attc-TTGTTACA-AAG-AGTACAT-----------------AATT----TC-AAGTTTCTATCAATA-TTGTTCCATCT--GCC---TGTTA--CAA-TATCAAAG-GTAGTATATG-ATTTGTT-GTTC-GA---AATT-------------AT-----ATC-----AA----CTTT--AGGTA-ATTTATTCAA-----AT-A-ATCGTC-G------------------T-C--TTAAA--AATCCTGT--AATTA---ATACATGTCGTGGAAT-TTTCTACAGAGCT-GTG----CCGTT-CTTG-AAC-AAACTGG--TTCTTC-AGTGCTT-CCTTAACA
gi|9 : TCACA-CAT-TGTACAT-----------------ATTA----TT-AAACTTCTTTCAATA-TGATTCTATCT--ATC---AGTTT--CCA-T-GGCAGACT------ATT-ATTATAA-GTTC-GC---AACTTACATGCAGTAA-ATAT--GATCCT-TGAA---T---------CA-A------CAG--AAAAT----TTTTC-GAGATACATGTAG-ATTGTT-TCCTT-----AATGTTGT--GATTA---ATGCAGTCC--------------TAACACT-ATT----TCATT-CCTG-TACAGAAAAAAACTTTTTT-AGCGTTT-CACTGATAAAA-Tatggcttttatccaattattattcaaaaaataaggaacgtccagctgcatgcacaagatagaacacatgaattgagtatattttcaatacatttaaccaagggtgcttgaatgacccatctctgtagcattcataaaaatattgataatatatttttgccagcttat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATAAAGGCCTATATCTTTTATATACGATGTCAATCGCATAGGAACTGTAAATATGTAATCCATTAATCCATATAACACTTGGTAAATATGCACAGTAAATATTACATATTTATGATAAGTGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 1111111111111 1111111111 11111111111 11111111 111 222222222222222222 111111 11111 11 11111 22222222222222222 11 33333333333333333333 111111 111111111111111111 111 1111 111111 1111 444444444444
lowQualScore : 6 55 2 1 1 333 22 44444 1 555555 44 4444444 22 2 4 99 2 2 3333333333333 2 5555555555 66666 2 5555 2 5555 5 5 2 55 22222222222 2 66 444 2 2 00000000 2 2 5555 2 33 444 4 2 2 2 2 2 0 3 44 3 3 111 666666666666666666 3 444444 666 1 55 11111 8 77777 77 33 77 1 22222 5 4 55 0 88888888888888888 8888 4 3 22 666 55 1 3 4 00000000000000000000 777777 999999999999999999 0 8 444 55 4 7777 666 666 0 1111 4 777 777777 4 55 44 55 55 3 777 1 5 2 5 2222 5 5 5 77 5 0 5 0 000000000000 3
lowQualScore : . .. . . . ... .. ..... . ...... .. ....... .. . . .. . . ............. . .......... ..... . .... . .... . . . .. ........... . .. ... . . ........ . . .... . .. ... . . . . . . . . .. . . ... .................. . ...... ... . .. ..... . ..... .. .. .. . ..... . . .. . ................. .... . . .. ... .. . . . .................... ...... .................. . . ... .. . .... ... ... . .... . ... ...... . .. .. .. .. . ... . . . . .... . . . .. . . . . ............ .
lowQualScore : 3 00 0 9 9 333 66 88888 9 555555 55 8888888 88 1 2 55 5 5 9999999999999 5 3333333333 22222 5 3333 5 3333 0 0 4 99 77777777777 7 33 777 7 7 88888888 7 5 3333 4 22 111 7 7 7 9 7 9 2 1 22 1 6 444 888888888888888888 6 111111 444 4 55 11111 9 00000 99 66 99 4 99999 0 4 22 8 00000000000000000 5555 0 1 55 444 00 0 6 5 99999999999999999999 111111 444444444444444444 7 0 000 55 0 8888 555 999 5 5555 0 000 666666 0 55 99 55 55 2 000 0 0 4 7 1111 7 7 7 99 7 4 7 6 888888888888 5
consensus : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CNA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TN---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTCTC-NATAC-CA---AA-ATTTNT-T--TTGAA--AATTCTGT--AATTA---ATACATTTNGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA------------TAAGGCTATGAAANGTTTGATTTGTCCATAT
Reference ( family-265 ) : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CNA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TN---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTCTC-NATAC-CA---AA-ATTTNT-T--TTGAA--AATTCTGT--AATTA---ATACATTTNGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA------------TAAGGCTATGAAATGTTTGATTTGTCCATAT
gi|1 : -ATA-TAAA--------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTGGTAGCCG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGGCTA--CAA---GCTGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGACAAG----C-ATT--AAATATTTTCTTGTGAACAAAACTCTTGCCAATGA-TTTT--AAATTACTATTATTGT-TTGTA-TCATTA-T-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-GGTGATT-TTTT------------------TACA-AAA------ACC---TTTA-TAAAATGGCTCTTTTCCTGTTATCGGGCTTG-AAAAATAA--C--TCACATTCCATAA---ATAGTA--CATGATTC--CA-CTCACGATGCTGTTGATTATTACACCATCTGTAC-------------------ATCC----TTAAAATTTCTTTCAATC-TTATTCCATCT--ACCCCAAGTTTGCTAA-TAGGAAAACG------ATGAATTACAGCGTCT-CA---AATTGA---GC--T-ACATGT--AATGCT-TACA---TCTT----AGCATA---ATTCAAGTCAAAT-AGATTTTC-TATAC-CA---AATATTGTT-T--TTGAAACAATTCTATCGAATTAATTATACATTTAGACGAATCCATTGAT-ATACTCATTGCTCCCATTGCTTGTTAC-GAATTGG--GTTTGCGAGTGTTTACATTAACACAA------------
gi|10 : -ATC--AAATTTTTTCTT---AAC-AAACT-TTGTCAACGA-TTTT-AATGTTGCCA-TATTGTAGTATATTCATTAGT-TC--ATTAAA-Cgacatcttaaaccatgttaaggcttattggagatagctacatgcactctctttctgtcccatattgagttgtaaaactggacaacccacaacattgcatttaatactcctttttgagtaacatgtcaatcctcacaaatggtatgtaatatgatccattctagtagtataccactctgtcaaaccatataacagta
gi|10 : TA-TAT-GT-TTATAT--AT--GTCTCTGATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGG---CTTT------------------TACA-AAA------AAA---AATATTAAGATG--TATTTTTCAGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A---CACATTCCATAAT--ATAGTG--AA--ATTCATCA-C---CAATTGTGTTG-CTATAACA-CAT-TGTACATGCATTTTGTACGTGCATATCC----TT-AAATTTCTTTCAAAA-TTATTTCATCT--AGC---AGCTT--CTA-AAGGAAAACG-----------------------------ATTTA---GT--T-C-ATGC--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCGA--cagggacatatatagcatatatgtttatatatgtctctgattaaacttgataatgttggggcttttacaaaaaaaaatattaagatgtatttttcagtcgtttgaaaaaaaaacacattccataatatagtgaaattcatcaccaattgtgttgctataacacattgtacatgcattttgtacgtgcatatccttaaatttctttcaaaattatttcatctagcagcttctaaaggaaaacgatttagttcatgcaatccttaaatctttaggcaaattcga
gi|11 : atcaaattttttcttaacaaactttgtcaacgattttaatgttgccatattgtagtatattcattagttcattaaaccagggacatatatagcaAATCCA-TTTT-ATTCACTCAAAA-CCTGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----C-ATGTG----CTC-AGAA-CAAATAAGCAT-CT--AAC-----------TAGG-TA--TAA---G-TACATT-A-G------TCAGGCAGAGCAGCC-GG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTGCTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGG--------GGGA----TTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTGAAAAAAAAA--A--TCACATT
gi|12 : tcAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-ATATAAC-----------TAGG-TA--TAA---G-TGCAGT-A-G------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTGCTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGTTG---TTTT------------------TACA-AAA------CCTTAATTTATTAAAAGG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--aattgacaatggatatct
gi|13 : ttcAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-T----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATGAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATGA-TTTT-AAAATTACAA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTG
gi|14 : ttcAATTCT-TCT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TAAAGTAC---AAACA--AA-----T-ATAT------ACAT--ATATAT----AA--ACTAA-GGG-T-ACAGACAAGGGCC-ACA-TAA---------TGAGAC-AACT-------TA-----GACA-AGTGTAT-ATGTA----CTGAAAAA-TAAATAAACAC-A---AACAAACAGTCGGGTAGA-TA--GAG---G-T-CA---A-T------T-----AGAGTAGGG-AA----C-ATTGAAAACAAATTCTT---AAC-AAACT-TTACCAACGA-ATTT-GA---TGCTA-C---------TATTCATTTAC-T---ATTTAA-TTTGAT-ATTT-TGAGATTCTTTT------------------TACC-AAAT-----CCG---TTTGTAAGAA
gi|15 : taATA-TTGCTCCATCTG-ACC----GTTT--CAA-TAGGTAGTCC------ATG-ATT---T-GTTG-TTGGAAATTTT---AC--A-A-A-------------AGG---TCTTT--AGGTA-A----TTTAA--TCAATGA-ATCCTC-ACAAC-CA---AA-CGTCCT-C--TTCAA--TATTCTGT--AATTA---ATACATTTCCACAAat
gi|16 : ATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-A------------------------------GTAT-CAT-TA-CAAGTAAGG-TC-ATA-TAA---------C---AT------------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGA-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AACAAAACT-TTGCCAATGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTgggtgaataattacactctatagttttgcaaatcccgtatctgaaagactgatttgatttcagagatgactttgttaaaatgtc
gi|17 : AATTCAATTC--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AAAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---A-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--GAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATGA-TTT
gi|18 : TAAACATCATT-AAA-----------TAGG-CAAGCAAAATG-TACGCT-A-TAGAAGTTCAGGAAGAGAGGGC-AG----C--TT--TAATGTTTTCTT---CAC-AAATT-TTGCCAATAAGGTTT-AAAAACACTG-CATTGT-TTGTGTTCACTAAC-CC--GTTAAA-CTTATTGATG
gi|19 : atacattactaattgtaataaggttgtaggC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A--------------------------------GTAT-CAT-TA-CAAGTAATGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TAATTTATACG-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-A------TCAGGAAGAGCACAC-AG----C-ATT--GAATATTTTCTG---AAC-AAAC
gi|2 : -TA--CAA---G-TGCATT-AATAG----TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTT-TT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATCGCTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGG---TTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTACA-AAATTTTAACCT---TTTATCAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--AAATCACATTCCATAAT--GTAATG--AA--ATTCATCA-C---CAATGCTGTTG-TTATTACA-CAC-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CTAATAGGAAAAGT------ATG-ATTGCAG-GTTC-TT---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTTTTGTGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC-TATAC-CA---AA-AATTGT-T--TTGAA--AATTCT------------------TTGGACGAAT-CACTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA------------TAAGGCTATGAAATGTTTGATTTGTCCATAT
gi|20 : ------------TAAGGCAATGAGAAGTTTGATTTGTCTATATatatatgacaacccacaaacatcaaagtttatttttatttatacatgtcatccattggtgtaaatatgatccatccatataacacttaattgtaaaaatagcagtaaattacatttgtaagtttatt
gi|21 : TCTATA-TTGCTCCATCTTGACC---AGTTT--CAA-TAGG------------------TA----GTTCATG---AATTT----GT--T-G-TTGGCAAATTTTACAAAAGGTCTTT--AGGTA-A---ATTTAA--TGAAT-G-AATCTC-CA-AC-CA---AACGTCTCT-T--C---A--TATTCTGT--AA-TA---ATACAatatgacaacccacaaacatccaatataccttttatacacgtcatccatgggtgtaaatatgactcatccatgaaacacttatcaaaatagccatatattacatttgtaagtttat
gi|22 : aTCTATA-TTGCTCCATCTTGACC---AGTTT--CAA-TAGG------------------TA----GTTCATG---AATTT----GT--T-G-TTGGCAAATTTTACAAAAGGTCTTT--AGGTA-A---ATTTAA--TGAAT-G-AATCTC-CA-AC-CA---AACGTCTCT-T--C---A--TATTCTGT--AA-TA---ATACA
gi|23 : aAATTCA-TTT--GTTCACTCAAAA-CCACATC-TCTTGTACA-TAAGGTAC---AAACA--AA-----T-ACAT------ACGT--ATATGGTCAGAG--AATATACAT-GTACAAGCATG---C-ATG-TAA---------A---AT-A----------T-----------------------------TG-AAAATTAAACAAACAT-GT--AAC-----------
gi|24 : ttcAATTCAATTT--AT-CACTCAAAA-C-AGATC-ACTGGTA-A-TGAGGTAC----AACA--AA-----A---AT------TCATC-ATA-------AA--AGTAT-CAT-T-ACAATTAAGGGTC-ATATTAA---------CAT-AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-C-AATAAGCAT-Aatta
gi|25 : ttcTTTA-TAT--GTTCACTTAAAA-CCAGAAT-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AA----------------AT------TCATGAATT-------AA--GG--------TAACAA---------------AA---------T---AT-A----------TA-----AGTA-AG----T-ATTT------TGAAAAA-TAAATAAACCT-AC--A
gi|27 : acAGAT-A-ATTCTCGAATAA-CA---AA---TAATAT--TTGAA--AAGTCTGT--AATTC---AAACATTTTGGAGAAA-GATAGATATTACT-CCT----CCACG-CTTG-AAT-GAATTGG--TCTATC-AATATTA-TTTTAAcgtatcaatagatccgtgtactat
gi|28 : AGTTCA-TTT--ATTCACTCAATA-CCTTATG-AATGGTACA-TGAGG-ACATTAAACATTAATACACA-ATATTCTGCATCAT--ATAATC----AA--AGTA
gi|29 : taagttcaAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-T-ACAAGTAAcaacgt
gi|3 : tcAATTCA-TTT--ATTCACTCAAA--CCAGATC-ACTGG-ACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----TTATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGA-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTT-TT---AAC-AAACT-TTCCCAATGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAAACGTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TATATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CTA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TC---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC-TATAC-CA---AA-ATTTGT-T--TTGAA--AATTCTAT--AATTA---ATACATTTAGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAAG-----------TAAGGTTATGAAATGTTTGATTTGTCCATATtgttaatttgaccgat
gi|30 : CACTCCAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TAGGGTAC---AAATA--AA-----A-ATAT------ACAA--ATA-------AA--AGTAT-TGT-T-ATAAGTAg
gi|31 : ATTTA-TTT--TTTCACTCAAAA-CCAGAGC-ACTGGTACG-TGAGGAAC---AAACA--AA-----AGACA--------CAC--ATA-------AA--AGTTA-CATATAACcaagcttgccgtgaac
gi|32 : AATTCAATTT--TTTTATTCAA----CTG--C-A-TGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TT-----TA-------AA-----AT-TGT-T-ACAAATAg
gi|33 : attc------TCAGAAAGAGCAGGC-AGGCAGC-ATT--AAAAATTTTCTG---AAC-AAACT-TTGCTAACGA-TTTT-AAGATTACCA-TAc
gi|34 : tggAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAAACCAGATCCACTGGTACA-TGAGGTAC---AAAAA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------
gi|35 : AGT-CATAAATAATACT-ATT----TCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTT--AGAGCTT-CTTTAACACAA------------TAA
gi|36 : AATTCA------ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGT
gi|4 : tcaattaatttGTACA-TGAGGTAC---AAGCA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-ACTATACACTGTA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AAAA-CAAATAAGCAT-AT--GAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGC----------------------GCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATGA-TTTT-AAAATTACTA-TGTTGT-TTGTA--------T-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTGAAAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CTA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TC---AATTTA---GC--T-T-ATGT--AATCCT-TACA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC-TATAC-CA---AA-ATTTGT-T--TTGAA--AATTCTAT--AATTG---ATACATTTAGACGAAT-CATTGATAA
gi|5 : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAAC
gi|5 : caattcTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTTCATCT--ACC---AGTTT--CTA-TAGGAAAACcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatatccttaaatttctttcaatattatttcatctaccagtttctataggaaaacataaaacatcatatttacaataaagttcaca
gi|6 : caattcaattcatttattcactcaaaaccagatcactggtacatgaggtacaaacaaaaatattcatataaaagtatcattacaagtaagggtcatataacatatatacaagtatgtgctgagaacaaataagcatataactaggtacaagtgcattatttaggaagagcagacagcattaaatattttcttaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTCA-GTTCAATTCAAT-AAAA-CCAGGTC-ACTGGCACA-TAAGGTAC---AAACA--GA-----T-ACAT------ACAT--GTA-----------------CATATAAAAACTAA-GGTT-ACA-GAAAGCGGTCTTC---AA-A----------TA-----TACA-AG----C-GAGGA----TTG-AAAATTAGATAAACAC-AT--AGT-----------TAGG-TG--TAA---A-TACGTCGA-T------TCCGGAAGAGACGGC-AG----C-ACT--AAG-ACTATCTG---GAC-AAACT-TTTCTGCTGA-CTC---ACATCATCG----TGT-TTGTATATATTGCC-TC--ATTAAA-CTTGATAATGTATAGCA---TTCT-------------------------A------CCT---GC-----GAATA--TGTTCTTCTGTC-----GTTTA-AAAAAAAAATA--TGGCTTTCCTTTATTAATCATGGAAA--AT--ATTA-----CAATCACG-----TATTGTA-CA--TGTATAC-----------------ATCCTTAATT-AAACGTCTCTCAATA-TTACTCCATCT--ataaaacatcatatttacaataaagttcaca
gi|7 : AATTCA-TTT--ATTCCGTCAA----CAGATT-A-TGGTACAATGAGGTAC---AGA-A--AA-----A-ATAT------TCAT--ATAT------AAGGAGTAT--GT-TA-CAAGTA-GGGTCTATA-TA----------C---ATTA----------TA-----TACATAG----T-GT-TG----CTG-AGAA-CAA-TAAGCAT-AT--AA------------TAGG-TAG-CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----CAATC--AAATA-TTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATTG-TTTTAAAAATTACTA-TA-TGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAGA-CTTGATAATG--TGGGA---TTTT------------------TACATAAA------CCT---TTT-T---AAT---TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATGA-AA--ATTCA--ATC---CGATGCTGTTG-TTATTAC--CAT-TGTAC-T-----------------AT-C----TT-AAATTTCTTTCAATACTTATT
gi|8 : attc-TTGTTACA-AAG-AGTACAT-----------------AATT----TC-AAGTTTCTATCAATA-TTGTTCCATCT--GCC---TGTTA--CAA-TATCAAAG-GTAGTATATG-ATTTGTT-GTTC-GA---AATT-------------AT-----ATC-----AA----CTTT--AGGTA-ATTTATTCAA-----AT-A-ATCGTC-G------------------T-C--TTAAA--AATCCTGT--AATTA---ATACATGTCGTGGAAT-TTTCTACAGAGCT-GTG----CCGTT-CTTG-AAC-AAACTGG--TTCTTC-AGTGCTT-CCTTAACA
gi|9 : TCACA-CAT-TGTACAT-----------------ATTA----TT-AAACTTCTTTCAATA-TGATTCTATCT--ATC---AGTTT--CCA-T-GGCAGACT------ATT-ATTATAA-GTTC-GC---AACTTACATGCAGTAA-ATAT--GATCCT-TGAA---T---------CA-A------CAG--AAAAT----TTTTC-GAGATACATGTAG-ATTGTT-TCCTT-----AATGTTGT--GATTA---ATGCAGTCC--------------TAACACT-ATT----TCATT-CCTG-TACAGAAAAAAACTTTTTT-AGCGTTT-CACTGATAAAATCTCTGGGCAGTTAGGGCTGTGAATGGCTTGAatggcttttatccaattattattcaaaaaataaggaacgtccagctgcatgcacaagatagaacacatgaattgagtatattttcaatacatttaaccaagggtgcttgaatgacccatctctgtagcattcataaaaatattgataatatatttttgccagcttat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATAAAGGCCTATATCTTTTATATACGATGTCAATCGCATAGGAACTGTAAATATGTAATCCATTAATCCATATAACACTTGGTAAATATGCACAGTAAATATTACATATTTATGATAAGTGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 1111111111111 1111111111 11111111111 11111111 111 222222222222222222 111111 11111 11 11111 22222222222222222 11 33333333333333333333 111111 111111111111111111 111 1111 111111 1111 444444444444
lowQualScore : 6 55 2 1 1 333 22 44444 1 555555 44 4444444 22 2 4 99 2 2 3333333333333 2 5555555555 66666 2 5555 2 5555 5 5 2 55 22222222222 2 66 444 2 2 00000000 2 2 5555 2 33 444 4 2 2 2 2 2 0 3 44 3 3 111 666666666666666666 3 444444 666 1 55 11111 8 77777 77 33 77 1 22222 5 4 55 0 88888888888888888 8888 4 3 22 666 55 1 3 4 00000000000000000000 777777 999999999999999999 0 8 444 55 4 7777 666 666 0 1111 4 777 777777 4 55 44 55 55 3 777 1 5 2 5 2222 5 5 5 77 5 0 5 0 000000000000 1
lowQualScore : . .. . . . ... .. ..... . ...... .. ....... .. . . .. . . ............. . .......... ..... . .... . .... . . . .. ........... . .. ... . . ........ . . .... . .. ... . . . . . . . . .. . . ... .................. . ...... ... . .. ..... . ..... .. .. .. . ..... . . .. . ................. .... . . .. ... .. . . . .................... ...... .................. . . ... .. . .... ... ... . .... . ... ...... . .. .. .. .. . ... . . . . .... . . . .. . . . . ............ .
lowQualScore : 3 00 0 9 9 333 66 88888 9 555555 55 8888888 88 1 2 55 5 5 9999999999999 5 3333333333 22222 5 3333 5 3333 0 0 4 99 77777777777 7 33 777 7 7 88888888 7 5 3333 4 22 111 7 7 7 9 7 9 2 1 22 1 6 444 888888888888888888 6 111111 444 4 55 11111 9 00000 99 66 99 4 99999 0 4 22 8 00000000000000000 5555 0 1 55 444 00 0 6 5 99999999999999999999 111111 444444444444444444 7 0 000 55 0 8888 555 999 5 5555 0 000 666666 0 55 99 55 55 2 000 0 0 4 7 1111 7 7 7 99 7 4 7 6 888888888888 0
consensus : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CNA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TN---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTCTC-NATAC-CA---AA-ATTTNT-T--TTGAA--AATTCTGT--AATTA---ATACATTTNGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA------------TAAGGCTATGAAANGTTTGATTTGTCCATAT
Reference ( family-265 ) : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CNA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TN---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTCTC-NATAC-CA---AA-ATTTNT-T--TTGAA--AATTCTGT--AATTA---ATACATTTNGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA------------TAAGGCTATGAAANGTTTGATTTGTCCATAT
gi|1 : -ATA-TAAA--------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTGGTAGCCG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGGCTA--CAA---GCTGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGACAAG----C-ATT--AAATATTTTCTTGTGAACAAAACTCTTGCCAATGA-TTTT--AAATTACTATTATTGT-TTGTA-TCATTA-T-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-GGTGATT-TTTT------------------TACA-AAA------ACC---TTTA-TAAAATGGCTCTTTTCCTGTTATCGGGCTTG-AAAAATAA--C--TCACATTCCATAA---ATAGTA--CATGATTC--CA-CTCACGATGCTGTTGATTATTACACCATCTGTAC-------------------ATCC----TTAAAATTTCTTTCAATC-TTATTCCATCT--ACCCCAAGTTTGCTAA-TAGGAAAACG------ATGAATTACAGCGTCT-CA---AATTGA---GC--T-ACATGT--AATGCT-TACA---TCTT----AGCATA---ATTCAAGTCAAAT-AGATTTTC-TATAC-CA---AATATTGTT-T--TTGAAACAATTCTATCGAATTAATTATACATTTAGACGAATCCATTGAT-ATACTCATTGCTCCCATTGCTTGTTAC-GAATTGG--GTTTGCGAGTGTTTACATTAACACAA------------
gi|10 : -ATC--AAATTTTTTCTT---AAC-AAACT-TTGTCAACGA-TTTT-AATGTTGCCA-TATTGTAGTATATTCATTAGT-TC--ATTAAA-Cgacatcttaaaccatgttaaggcttattggagatagctacatgcactctctttctgtcccatattgagttgtaaaactggacaacccacaacattgcatttaatactcctttttgagtaacatgtcaatcctcacaaatggtatgtaatatgatccattctagtagtataccactctgtcaaaccatataacagta
gi|10 : TA-TAT-GT-TTATAT--AT--GTCTCTGATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGG---CTTT------------------TACA-AAA------AAA---AATATTAAGATG--TATTTTTCAGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A---CACATTCCATAAT--ATAGTG--AA--ATTCATCA-C---CAATTGTGTTG-CTATAACA-CAT-TGTACATGCATTTTGTACGTGCATATCC----TT-AAATTTCTTTCAAAA-TTATTTCATCT--AGC---AGCTT--CTA-AAGGAAAACG-----------------------------ATTTA---GT--T-C-ATGC--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCGA--cagggacatatatagcatatatgtttatatatgtctctgattaaacttgataatgttggggcttttacaaaaaaaaatattaagatgtatttttcagtcgtttgaaaaaaaaacacattccataatatagtgaaattcatcaccaattgtgttgctataacacattgtacatgcattttgtacgtgcatatccttaaatttctttcaaaattatttcatctagcagcttctaaaggaaaacgatttagttcatgcaatccttaaatctttaggcaaattcga
gi|11 : atcaaattttttcttaacaaactttgtcaacgattttaatgttgccatattgtagtatattcattagttcattaaaccagggacatatatagcaAATCCA-TTTT-ATTCACTCAAAA-CCTGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----C-ATGTG----CTC-AGAA-CAAATAAGCAT-CT--AAC-----------TAGG-TA--TAA---G-TACATT-A-G------TCAGGCAGAGCAGCC-GG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTGCTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGG--------GGGA----TTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTGAAAAAAAAA--A--TCACATT
gi|12 : tcAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-ATATAAC-----------TAGG-TA--TAA---G-TGCAGT-A-G------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTGCTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGTTG---TTTT------------------TACA-AAA------CCTTAATTTATTAAAAGG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--aattgacaatggatatct
gi|13 : ttcAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-T----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATGAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATGA-TTTT-AAAATTACAA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTG
gi|14 : ttcAATTCT-TCT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TAAAGTAC---AAACA--AA-----T-ATAT------ACAT--ATATAT----AA--ACTAA-GGG-T-ACAGACAAGGGCC-ACA-TAA---------TGAGAC-AACT-------TA-----GACA-AGTGTAT-ATGTA----CTGAAAAA-TAAATAAACAC-A---AACAAACAGTCGGGTAGA-TA--GAG---G-T-CA---A-T------T-----AGAGTAGGG-AA----C-ATTGAAAACAAATTCTT---AAC-AAACT-TTACCAACGA-ATTT-GA---TGCTA-C---------TATTCATTTAC-T---ATTTAA-TTTGAT-ATTT-TGAGATTCTTTT------------------TACC-AAAT-----CCG---TTTGTAAGAA
gi|15 : taATA-TTGCTCCATCTG-ACC----GTTT--CAA-TAGGTAGTCC------ATG-ATT---T-GTTG-TTGGAAATTTT---AC--A-A-A-------------AGG---TCTTT--AGGTA-A----TTTAA--TCAATGA-ATCCTC-ACAAC-CA---AA-CGTCCT-C--TTCAA--TATTCTGT--AATTA---ATACATTTCCACAAat
gi|16 : ATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-A------------------------------GTAT-CAT-TA-CAAGTAAGG-TC-ATA-TAA---------C---AT------------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGA-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AACAAAACT-TTGCCAATGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTgggtgaataattacactctatagttttgcaaatcccgtatctgaaagactgatttgatttcagagatgactttgttaaaatgtc
gi|17 : AATTCAATTC--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AAAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---A-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--GAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATGA-TTT
gi|18 : TAAACATCATT-AAA-----------TAGG-CAAGCAAAATG-TACGCT-A-TAGAAGTTCAGGAAGAGAGGGC-AG----C--TT--TAATGTTTTCTT---CAC-AAATT-TTGCCAATAAGGTTT-AAAAACACTG-CATTGT-TTGTGTTCACTAAC-CC--GTTAAA-CTTATTGATG
gi|19 : atacattactaattgtaataaggttgtaggC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A--------------------------------GTAT-CAT-TA-CAAGTAATGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TAATTTATACG-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-A------TCAGGAAGAGCACAC-AG----C-ATT--GAATATTTTCTG---AAC-AAAC
gi|2 : -TA--CAA---G-TGCATT-AATAG----TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTT-TT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATCGCTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGG---TTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTACA-AAATTTTAACCT---TTTATCAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--AAATCACATTCCATAAT--GTAATG--AA--ATTCATCA-C---CAATGCTGTTG-TTATTACA-CAC-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CTAATAGGAAAAGT------ATG-ATTGCAG-GTTC-TT---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTTTTGTGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC-TATAC-CA---AA-AATTGT-T--TTGAA--AATTCT------------------TTGGACGAAT-CACTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA------------TAAGGCTATGAAATGTTTGATTTGTCCATAT
gi|20 : ------------TAAGGCAATGAGAAGTTTGATTTGTCTATATatatatgacaacccacaaacatcaaagtttatttttatttatacatgtcatccattggtgtaaatatgatccatccatataacacttaattgtaaaaatagcagtaaattacatttgtaagtttatt
gi|21 : TCTATA-TTGCTCCATCTTGACC---AGTTT--CAA-TAGG------------------TA----GTTCATG---AATTT----GT--T-G-TTGGCAAATTTTACAAAAGGTCTTT--AGGTA-A---ATTTAA--TGAAT-G-AATCTC-CA-AC-CA---AACGTCTCT-T--C---A--TATTCTGT--AA-TA---ATACAatatgacaacccacaaacatccaatataccttttatacacgtcatccatgggtgtaaatatgactcatccatgaaacacttatcaaaatagccatatattacatttgtaagtttat
gi|22 : aTCTATA-TTGCTCCATCTTGACC---AGTTT--CAA-TAGG------------------TA----GTTCATG---AATTT----GT--T-G-TTGGCAAATTTTACAAAAGGTCTTT--AGGTA-A---ATTTAA--TGAAT-G-AATCTC-CA-AC-CA---AACGTCTCT-T--C---A--TATTCTGT--AA-TA---ATACA
gi|23 : aAATTCA-TTT--GTTCACTCAAAA-CCACATC-TCTTGTACA-TAAGGTAC---AAACA--AA-----T-ACAT------ACGT--ATATGGTCAGAG--AATATACAT-GTACAAGCATG---C-ATG-TAA---------A---AT-A----------T-----------------------------TG-AAAATTAAACAAACAT-GT--AAC-----------
gi|24 : ttcAATTCAATTT--AT-CACTCAAAA-C-AGATC-ACTGGTA-A-TGAGGTAC----AACA--AA-----A---AT------TCATC-ATA-------AA--AGTAT-CAT-T-ACAATTAAGGGTC-ATATTAA---------CAT-AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-C-AATAAGCAT-Aatta
gi|25 : ttcTTTA-TAT--GTTCACTTAAAA-CCAGAAT-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AA----------------AT------TCATGAATT-------AA--GG--------TAACAA---------------AA---------T---AT-A----------TA-----AGTA-AG----T-ATTT------TGAAAAA-TAAATAAACCT-AC--A
gi|27 : acAGAT-A-ATTCTCGAATAA-CA---AA---TAATAT--TTGAA--AAGTCTGT--AATTC---AAACATTTTGGAGAAA-GATAGATATTACT-CCT----CCACG-CTTG-AAT-GAATTGG--TCTATC-AATATTA-TTTTAAcgtatcaatagatccgtgtactat
gi|28 : AGTTCA-TTT--ATTCACTCAATA-CCTTATG-AATGGTACA-TGAGG-ACATTAAACATTAATACACA-ATATTCTGCATCAT--ATAATC----AA--AGTA
gi|29 : taagttcaAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-T-ACAAGTAAcaacgt
gi|3 : tcAATTCA-TTT--ATTCACTCAAA--CCAGATC-ACTGG-ACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----TTATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGA-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTT-TT---AAC-AAACT-TTCCCAATGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAAACGTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TATATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CTA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TC---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC-TATAC-CA---AA-ATTTGT-T--TTGAA--AATTCTAT--AATTA---ATACATTTAGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAAG-----------TAAGGTTATGAAATGTTTGATTTGTCCATATtgttaatttgaccgat
gi|30 : CACTCCAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TAGGGTAC---AAATA--AA-----A-ATAT------ACAA--ATA-------AA--AGTAT-TGT-T-ATAAGTAg
gi|31 : ATTTA-TTT--TTTCACTCAAAA-CCAGAGC-ACTGGTACG-TGAGGAAC---AAACA--AA-----AGACA--------CAC--ATA-------AA--AGTTA-CATATAACcaagcttgccgtgaac
gi|32 : AATTCAATTT--TTTTATTCAA----CTG--C-A-TGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TT-----TA-------AA-----AT-TGT-T-ACAAATAg
gi|33 : attc------TCAGAAAGAGCAGGC-AGGCAGC-ATT--AAAAATTTTCTG---AAC-AAACT-TTGCTAACGA-TTTT-AAGATTACCA-TAc
gi|34 : tggAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAAACCAGATCCACTGGTACA-TGAGGTAC---AAAAA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------
gi|35 : AGT-CATAAATAATACT-ATT----TCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTT--AGAGCTT-CTTTAACACAA------------TAA
gi|36 : AATTCA------ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGT
gi|4 : tcaattaatttGTACA-TGAGGTAC---AAGCA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-ACTATACACTGTA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AAAA-CAAATAAGCAT-AT--GAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGC----------------------GCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATGA-TTTT-AAAATTACTA-TGTTGT-TTGTA--------T-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTGAAAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CTA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TC---AATTTA---GC--T-T-ATGT--AATCCT-TACA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC-TATAC-CA---AA-ATTTGT-T--TTGAA--AATTCTAT--AATTG---ATACATTTAGACGAAT-CATTGATAA
gi|5 : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAAC
gi|5 : caattcTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTTCATCT--ACC---AGTTT--CTA-TAGGAAAACcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatatccttaaatttctttcaatattatttcatctaccagtttctataggaaaacataaaacatcatatttacaataaagttcaca
gi|6 : caattcaattcatttattcactcaaaaccagatcactggtacatgaggtacaaacaaaaatattcatataaaagtatcattacaagtaagggtcatataacatatatacaagtatgtgctgagaacaaataagcatataactaggtacaagtgcattatttaggaagagcagacagcattaaatattttcttaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTCA-GTTCAATTCAAT-AAAA-CCAGGTC-ACTGGCACA-TAAGGTAC---AAACA--GA-----T-ACAT------ACAT--GTA-----------------CATATAAAAACTAA-GGTT-ACA-GAAAGCGGTCTTC---AA-A----------TA-----TACA-AG----C-GAGGA----TTG-AAAATTAGATAAACAC-AT--AGT-----------TAGG-TG--TAA---A-TACGTCGA-T------TCCGGAAGAGACGGC-AG----C-ACT--AAG-ACTATCTG---GAC-AAACT-TTTCTGCTGA-CTC---ACATCATCG----TGT-TTGTATATATTGCC-TC--ATTAAA-CTTGATAATGTATAGCA---TTCT-------------------------A------CCT---GC-----GAATA--TGTTCTTCTGTC-----GTTTA-AAAAAAAAATA--TGGCTTTCCTTTATTAATCATGGAAA--AT--ATTA-----CAATCACG-----TATTGTA-CA--TGTATAC-----------------ATCCTTAATT-AAACGTCTCTCAATA-TTACTCCATCT--ataaaacatcatatttacaataaagttcaca
gi|7 : AATTCA-TTT--ATTCCGTCAA----CAGATT-A-TGGTACAATGAGGTAC---AGA-A--AA-----A-ATAT------TCAT--ATAT------AAGGAGTAT--GT-TA-CAAGTA-GGGTCTATA-TA----------C---ATTA----------TA-----TACATAG----T-GT-TG----CTG-AGAA-CAA-TAAGCAT-AT--AA------------TAGG-TAG-CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----CAATC--AAATA-TTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATTG-TTTTAAAAATTACTA-TA-TGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAGA-CTTGATAATG--TGGGA---TTTT------------------TACATAAA------CCT---TTT-T---AAT---TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATGA-AA--ATTCA--ATC---CGATGCTGTTG-TTATTAC--CAT-TGTAC-T-----------------AT-C----TT-AAATTTCTTTCAATACTTATT
gi|8 : attc-TTGTTACA-AAG-AGTACAT-----------------AATT----TC-AAGTTTCTATCAATA-TTGTTCCATCT--GCC---TGTTA--CAA-TATCAAAG-GTAGTATATG-ATTTGTT-GTTC-GA---AATT-------------AT-----ATC-----AA----CTTT--AGGTA-ATTTATTCAA-----AT-A-ATCGTC-G------------------T-C--TTAAA--AATCCTGT--AATTA---ATACATGTCGTGGAAT-TTTCTACAGAGCT-GTG----CCGTT-CTTG-AAC-AAACTGG--TTCTTC-AGTGCTT-CCTTAACA
gi|9 : TCACA-CAT-TGTACAT-----------------ATTA----TT-AAACTTCTTTCAATA-TGATTCTATCT--ATC---AGTTT--CCA-T-GGCAGACT------ATT-ATTATAA-GTTC-GC---AACTTACATGCAGTAA-ATAT--GATCCT-TGAA---T---------CA-A------CAG--AAAAT----TTTTC-GAGATACATGTAG-ATTGTT-TCCTT-----AATGTTGT--GATTA---ATGCAGTCC--------------TAACACT-ATT----TCATT-CCTG-TACAGAAAAAAACTTTTTT-AGCGTTT-CACTGATAAAATCTCTGGGCAGTTAGGGCTGTGAATGGCTTGAatggcttttatccaattattattcaaaaaataaggaacgtccagctgcatgcacaagatagaacacatgaattgagtatattttcaatacatttaaccaagggtgcttgaatgacccatctctgtagcattcataaaaatattgataatatatttttgccagcttat
blockSeqs : A CA A C A ATT TT TACAC G TCTGCA GA TGGTCAG GG A A TA T T AGCGGTCTTC T CTATACACTG ATTTA T TGTA T . A T C AT AAACAGTCGGG . AG AAT . G TAGAAGT C . GCAG A GA . A . G A . A C TG A A TTC TTTGTTTTTTTTTTTTTT T TTTTAA TAA T . . A AAA TA GA . T TC . . T GCATTTTGTACGTGCAT TTAA . C TG . . T A A GTAGTATATGATTTGTT TTGGA ACATGCAGTAAATAT A AGG TT . TTTA T GA GAAT A TGT CGTCTC A CC TC . . T . C . T . . . . A AC . . TCTCTGGGCAGT A
blockSeqs : A . . . . . . . . . C TAT . . A AA . . TGAG . ACT . . . . . A T . T . . G . . . ATAG T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . A ATA . A . T C . . C . . . . TG . . A . T GTATGATTGCAG ATG GTTGTTGGCA A AGG . . A T A ACA . . CGTCTC . . TG . . T . G . A . . . . . . . . G T
blockSeqs : A . . . . . . . . . . ATC . . . AA . . CAT . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . T C . . T . . . . G . . T . A CGATGATTACAG ATG GTTGTTGGCA . . . . A T G TAT . . CGTCC . . TG . . T . T . T . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . AA . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . T C . . T . . . . . . . A . A CGATGATTACAG TT AGTTCATGC . . . . A T G TAT . . AATTG . . TG . . T . A . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AA . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . T C . . T . . . . . . . A . A CTATTATTATAA TC AGCTAATGT . . . . A T A TAT . . ATTTG . . TG . . T . A . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . G . . . . . . . T . A CCATGATTT TC AGCTAATGT . . . . A T A GAG . . ATTTG . . TA . . T . C . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . T . . . . . . . T . A CG GA AGCTTATGT . . . . A A A CA . . ATTGT . . T . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . C TA GC TACAAA . . . . . . A CA . . TAA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TA . AT . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** C************ **** *** *** ** ***** ** C**** T* *** ** CATGATTAG*********** AGCTNATGT********* T** A** ATTTG* ** ** *** ****
originalCons : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CNA-TAGGAAAACG------ATG-ATTACAG-GTTC-TN---AATTTA---GC--T-A-ATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTCTC-NATAC-CA---AA-ATTTNT-T--TTGAA--AATTCTGT--AATTA---ATACATTTNGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA------------TAAGGCTATGAAANGTTTGATTTGTCCATAT
finalCons : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAAC------------AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCAC----CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CNA-TAGGAAAACATGATTAG-----------GTTC-TN---AATTTAGCTNATGT---------AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAAT--AAATA--ATTCTC-NATAC-CA---AAATTTG-T-T--TTGAA--AATTCTGT--AATTA---ATACATTTNGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA------------TAAGGCTATGAAANGTTTGATTTGTCCATAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATAAAGGCCTATATCTTTTATATACGATGTCAATCGCATAGGAACTGTAAATATGTAATCCATTAATCCATATAACACTTGGTAAATATGCACAGTAAATATTACATATTTATGATAAGTGTTTATT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 1111111111111 1111111111 11111111111 11111111 111 222222222222222222 111111 11111 11 11111 22222222222222222 11 55555555555555555555555555 111 22222222222 111 111 11111 222 1111 444444444444
lowQualScore : 6 55 2 1 1 333 22 44444 1 555555 44 4444444 22 2 4 99 2 2 3333333333333 2 5555555555 66666 2 5555 2 5555 5 5 2 55 22222222222 2 66 444 2 2 00000000 2 2 5555 2 33 444 4 2 2 2 2 2 0 3 44 3 3 111 666666666666666666 3 444444 666 1 55 11111 8 77777 77 33 77 1 22222 5 4 55 0 88888888888888888 8888 4 3 22 666 55 1 3 2 55555555555555555555555555 222 33333333333 222 0 8 888 55 4 7777 666 666 0 66666 777 333 1 4 33 55 55 3 777 1 5 2 5 2222 5 5 5 77 5 0 5 0 000000000000 1
lowQualScore : . .. . . . ... .. ..... . ...... .. ....... .. . . .. . . ............. . .......... ..... . .... . .... . . . .. ........... . .. ... . . ........ . . .... . .. ... . . . . . . . . .. . . ... .................. . ...... ... . .. ..... . ..... .. .. .. . ..... . . .. . ................. .... . . .. ... .. . . . .......................... ... ........... ... . . ... .. . .... ... ... . ..... ... ... . . .. .. .. . ... . . . . .... . . . .. . . . . ............ .
lowQualScore : 3 00 0 9 9 333 66 88888 9 555555 55 8888888 88 1 2 55 5 5 9999999999999 5 3333333333 22222 5 3333 5 3333 0 0 4 99 77777777777 7 33 777 7 7 88888888 7 5 3333 4 22 111 7 7 7 9 7 9 2 1 22 1 6 444 888888888888888888 6 111111 444 4 55 11111 9 00000 99 66 99 4 99999 0 4 22 8 00000000000000000 5555 0 1 55 444 00 0 6 3 77777777777777777777777777 555 00000000000 222 7 0 000 55 0 8888 555 999 5 00000 000 888 6 0 99 55 55 2 000 0 0 4 7 1111 7 7 7 99 7 4 7 6 888888888888 0
consensus : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CNA-TAGGAAA------A-C-ATG-AT--T-CAG--GTTC-TNAATTTA---GC--T-NATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTCTC--NATAC---CAAA-ATTTGT-TTTGAA--AATTCTGT--AATTA---ATACATTTNGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA------------TAAGGCTATGAAANGTTTGATTTGTCCATAT
Reference ( family-265 ) : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CNA-TAGGAAA------A-C-ATG-AT--T--AG--GTTC-TNAATTTA---GC--T-NATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTCTC--NATAC---CAAA-ATTTGT-TTTGAA--AATTCTGT--AATTA---ATACATTTNGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA------------TAAGGCTATGAAANGTTTGATTTGTCCATAT
gi|1 : -ATA-TAAA--------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTGGTAGCCG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGGCTA--CAA---GCTGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGACAAG----C-ATT--AAATATTTTCTTGTGAACAAAACTCTTGCCAATGA-TTTT--AAATTACTATTATTGT-TTGTA-TCATTA-T-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-GGTGATT-TTTT------------------TACA-AAA------ACC---TTTA-TAAAATGGCTCTTTTCCTGTTATCGGGCTTG-AAAAATAA--C--TCACATTCCATAA---ATAGTA--CATGATTC--CA-CTCACGATGCTGTTGATTATTACACCATCTGTAC-------------------ATCC----TTAAAATTTCTTTCAATC-TTATTCCATCT--ACCCCAAGTTTGCTAA-TAGGAAA------A-CGATGAAT--TACAGC-GTCT-CAAATTGA---GC--TACATGT--AATGCT-TACA---TCTT----AGCATA---ATTCAAGTCAAAT-AGATTTTC--TATAC---CAAATATTGTT-TTTGAAACAATTCTATCGAATTAATTATACATTTAGACGAATCCATTGAT-ATACTCATTGCTCCCATTGCTTGTTAC-GAATTGG--GTTTGCGAGTGTTTACATTAACACAA------------
gi|10 : -ATC--AAATTTTTTCTT---AAC-AAACT-TTGTCAACGA-TTTT-AATGTTGCCA-TATTGTAGTATATTCATTAGT-TC--ATTAAA-Cgacatcttaaaccatgttaaggcttattggagatagctacatgcactctctttctgtcccatattgagttgtaaaactggacaacccacaacattgcatttaatactcctttttgagtaacatgtcaatcctcacaaatggtatgtaatatgatccattctagtagtataccactctgtcaaaccatataacagta
gi|10 : TA-TAT-GT-TTATAT--AT--GTCTCTGATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGG---CTTT------------------TACA-AAA------AAA---AATATTAAGATG--TATTTTTCAGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A---CACATTCCATAAT--ATAGTG--AA--ATTCATCA-C---CAATTGTGTTG-CTATAACA-CAT-TGTACATGCATTTTGTACGTGCATATCC----TT-AAATTTCTTTCAAAA-TTATTTCATCT--AGC---AGCTT--CTA-AAGGAAA------A-C-----------------------GATTTA---GT--T-CATGC--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCGA--cagggacatatatagcatatatgtttatatatgtctctgattaaacttgataatgttggggcttttacaaaaaaaaatattaagatgtatttttcagtcgtttgaaaaaaaaacacattccataatatagtgaaattcatcaccaattgtgttgctataacacattgtacatgcattttgtacgtgcatatccttaaatttctttcaaaattatttcatctagcagcttctaaaggaaaacgatttagttcatgcaatccttaaatctttaggcaaattcga
gi|11 : atcaaattttttcttaacaaactttgtcaacgattttaatgttgccatattgtagtatattcattagttcattaaaccagggacatatatagcaAATCCA-TTTT-ATTCACTCAAAA-CCTGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----C-ATGTG----CTC-AGAA-CAAATAAGCAT-CT--AAC-----------TAGG-TA--TAA---G-TACATT-A-G------TCAGGCAGAGCAGCC-GG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTGCTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGG--------GGGA----TTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTGAAAAAAAAA--A--TCACATT
gi|12 : tcAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-ATATAAC-----------TAGG-TA--TAA---G-TGCAGT-A-G------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATTGCTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGTTG---TTTT------------------TACA-AAA------CCTTAATTTATTAAAAGG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--aattgacaatggatatct
gi|13 : ttcAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-T----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATGAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATGA-TTTT-AAAATTACAA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTG
gi|14 : ttcAATTCT-TCT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TAAAGTAC---AAACA--AA-----T-ATAT------ACAT--ATATAT----AA--ACTAA-GGG-T-ACAGACAAGGGCC-ACA-TAA---------TGAGAC-AACT-------TA-----GACA-AGTGTAT-ATGTA----CTGAAAAA-TAAATAAACAC-A---AACAAACAGTCGGGTAGA-TA--GAG---G-T-CA---A-T------T-----AGAGTAGGG-AA----C-ATTGAAAACAAATTCTT---AAC-AAACT-TTACCAACGA-ATTT-GA---TGCTA-C---------TATTCATTTAC-T---ATTTAA-TTTGAT-ATTT-TGAGATTCTTTT------------------TACC-AAAT-----CCG---TTTGTAAGAA
gi|15 : taATA-TTGCTCCATCTG-ACC----GTTT--CAA-TAGGTAGT-----C-C-ATG-AT--T--TGTTGTTG-GAAATTT------------TAC--AA------AAGG--TCTTT--AGGTA-A----TTTAA--TCAATGA-ATCCTC--ACAAC---CAAA-CGTCCT-CTTCAA--TATTCTGT--AATTA---ATACATTTCCACAAat
gi|16 : ATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-A------------------------------GTAT-CAT-TA-CAAGTAAGG-TC-ATA-TAA---------C---AT------------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGA-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AACAAAACT-TTGCCAATGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTgggtgaataattacactctatagttttgcaaatcccgtatctgaaagactgatttgatttcagagatgactttgttaaaatgtc
gi|17 : AATTCAATTC--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AAAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---A-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--GAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATGA-TTT
gi|18 : TAAACATCATT-AAA-----------TAGG-CAAGCAAAATG-TACGCT-A-TAGAAGTTCAGGAAGAGAGGGC-AG----C--TT--TAATGTTTTCTT---CAC-AAATT-TTGCCAATAAGGTTT-AAAAACACTG-CATTGT-TTGTGTTCACTAAC-CC--GTTAAA-CTTATTGATG
gi|19 : atacattactaattgtaataaggttgtaggC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A--------------------------------GTAT-CAT-TA-CAAGTAATGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TAATTTATACG-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-A------TCAGGAAGAGCACAC-AG----C-ATT--GAATATTTTCTG---AAC-AAAC
gi|2 : -TA--CAA---G-TGCATT-AATAG----TCAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTT-TT---AAC-AAACT-TTGCCAACGA-TTTT-AAAATCGCTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGG---TTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTACA-AAATTTTAACCT---TTTATCAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--AAATCACATTCCATAAT--GTAATG--AA--ATTCATCA-C---CAATGCTGTTG-TTATTACA-CAC-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CTAATAGGAAA------AGT-ATG-AT--TGCAG--GTTC-TTAATTTA---GC--T-AATGT--AATCCT-TAAA---TCTTTTTGTGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC--TATAC---CAAA-AATTGT-TTTGAA--AATTCT------------------TTGGACGAAT-CACTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAA------------TAAGGCTATGAAATGTTTGATTTGTCCATAT
gi|20 : ------------TAAGGCAATGAGAAGTTTGATTTGTCTATATatatatgacaacccacaaacatcaaagtttatttttatttatacatgtcatccattggtgtaaatatgatccatccatataacacttaattgtaaaaatagcagtaaattacatttgtaagtttatt
gi|21 : TCTATA-TTGCTCCATCTTGACC---AGTTT--CAA-TAGG---------------------T--AG---TTCATGAATTT----GT--T-GTTGGCAAATTTTACAAAAGGTCTTT--AGGTA-A---ATTTAA--TGAAT-G-AATCTC--CA-AC---CAAACGTCTCT-TC---A--TATTCTGT--AA-TA---ATACAatatgacaacccacaaacatccaatataccttttatacacgtcatccatgggtgtaaatatgactcatccatgaaacacttatcaaaatagccatatattacatttgtaagtttat
gi|22 : aTCTATA-TTGCTCCATCTTGACC---AGTTT--CAA-TAGG---------------------T--AG---TTCATGAATTT----GT--T-GTTGGCAAATTTTACAAAAGGTCTTT--AGGTA-A---ATTTAA--TGAAT-G-AATCTC--CA-AC---CAAACGTCTCT-TC---A--TATTCTGT--AA-TA---ATACA
gi|23 : aAATTCA-TTT--GTTCACTCAAAA-CCACATC-TCTTGTACA-TAAGGTAC---AAACA--AA-----T-ACAT------ACGT--ATATGGTCAGAG--AATATACAT-GTACAAGCATG---C-ATG-TAA---------A---AT-A----------T-----------------------------TG-AAAATTAAACAAACAT-GT--AAC-----------
gi|24 : ttcAATTCAATTT--AT-CACTCAAAA-C-AGATC-ACTGGTA-A-TGAGGTAC----AACA--AA-----A---AT------TCATC-ATA-------AA--AGTAT-CAT-T-ACAATTAAGGGTC-ATATTAA---------CAT-AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-C-AATAAGCAT-Aatta
gi|25 : ttcTTTA-TAT--GTTCACTTAAAA-CCAGAAT-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AA----------------AT------TCATGAATT-------AA--GG--------TAACAA---------------AA---------T---AT-A----------TA-----AGTA-AG----T-ATTT------TGAAAAA-TAAATAAACCT-AC--A
gi|27 : acAGAT-A-ATTCTCG-AATAA---CAAA---TAATATTTGAA--AAGTCTGT--AATTC---AAACATTTTGGAGAAA-GATAGATATTACT-CCT----CCACG-CTTG-AAT-GAATTGG--TCTATC-AATATTA-TTTTAAcgtatcaatagatccgtgtactat
gi|28 : AGTTCA-TTT--ATTCACTCAATA-CCTTATG-AATGGTACA-TGAGG-ACATTAAACATTAATACACA-ATATTCTGCATCAT--ATAATC----AA--AGTA
gi|29 : taagttcaAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-T-ACAAGTAAcaacgt
gi|3 : tcAATTCA-TTT--ATTCACTCAAA--CCAGATC-ACTGG-ACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TAACAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----TTATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGA-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTT-TT---AAC-AAACT-TTCCCAATGA-TTTT-AAAATTACTA-TATTGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAAAACGTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TATATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CTA-TAGGAAA------A-CGATG-AT--TACAG--GTTC-TCAATTTA---GC--T-AATGT--AATCCT-TAAA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC--TATAC---CAAA-ATTTGT-TTTGAA--AATTCTAT--AATTA---ATACATTTAGACGAAT-CATTGATAATACT-ATT----CCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTTC-AGCGTTT-CTTTAACACAAG-----------TAAGGTTATGAAATGTTTGATTTGTCCATATtgttaatttgaccgat
gi|30 : CACTCCAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TAGGGTAC---AAATA--AA-----A-ATAT------ACAA--ATA-------AA--AGTAT-TGT-T-ATAAGTAg
gi|31 : ATTTA-TTT--TTTCACTCAAAA-CCAGAGC-ACTGGTACG-TGAGGAAC---AAACA--AA-----AGACA--------CAC--ATA-------AA--AGTTA-CATATAACcaagcttgccgtgaac
gi|32 : AATTCAATTT--TTTTATTCAA----CTG--C-A-TGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TT-----TA-------AA-----AT-TGT-T-ACAAATAg
gi|33 : attc------TCAGAAAGAGCAGGC-AGGCAGC-ATT--AAAAATTTTCTG---AAC-AAACT-TTGCTAACGA-TTTT-AAGATTACCA-TAc
gi|34 : tggAATTCA-TTT--ATTCACTCAAAAACCAGATCCACTGGTACA-TGAGGTAC---AAAAA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------
gi|35 : AGT-CATAAATAATACT-ATT----TCATT-CTTG-TAC-GAATTGG--TTTTT--AGAGCTT-CTTTAACACAA------------TAA
gi|36 : AATTCA------ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGT
gi|4 : tcaattaatttGTACA-TGAGGTAC---AAGCA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-ACTATACACTGTA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AAAA-CAAATAAGCAT-AT--GAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGC----------------------GCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATGA-TTTT-AAAATTACTA-TGTTGT-TTGTA--------T-TC--ATTAAA-CTTGATAATGT-TGGGA---TTTT------------------TACA-AAA------CCT---TTTATTAAAATG--TATTTTTCTGTC-----GTTTGAAAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATG--AA--ATTCATCA-C---CGATGCTGTTG-TTATTACA-CAT-TGTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTCCATCT--ACC---AGTTT--CTA-TAGGAAA------A-CGATG-AT--TACAG--GTTC-TCAATTTA---GC--T-TATGT--AATCCT-TACA---TCTTT--AGGCA-A---ATTCAA--TAAAT-A-ATTTTC--TATAC---CAAA-ATTTGT-TTTGAA--AATTCTAT--AATTG---ATACATTTAGACGAAT-CATTGATAA
gi|5 : AATTCA-TTT--ATTCACTCAAAA-CCAGATC-ACTGGTACA-TGAGGTAC---AAACA--AA-----A-ATAT------TCAT--ATA-------AA--AGTAT-CAT-TA-CAAGTAAGGGTC-ATA-TAA---------C---AT-A----------TA-----TACA-AG----T-ATGTG----CTG-AGAA-CAAATAAGCAT-AT--AAC-----------TAGG-TA--CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----C-ATT--AAATATTTTCTT---AAC-AAAC
gi|5 : caattcTACAT-----------------ATCC----TT-AAATTTCTTTCAATA-TTATTTCATCT--ACC---AGTTT--CTA-TAGGAAA------A-C-ATA-Acnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatatccttaaatttctttcaatattatttcatctaccagtttctataggaaaacataaaacatcatatttacaataaagttcaca
gi|6 : caattcaattcatttattcactcaaaaccagatcactggtacatgaggtacaaacaaaaatattcatataaaagtatcattacaagtaagggtcatataacatatatacaagtatgtgctgagaacaaataagcatataactaggtacaagtgcattatttaggaagagcagacagcattaaatattttcttaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTCA-GTTCAATTCAAT-AAAA-CCAGGTC-ACTGGCACA-TAAGGTAC---AAACA--GA-----T-ACAT------ACAT--GTA-----------------CATATAAAAACTAA-GGTT-ACA-GAAAGCGGTCTTC---AA-A----------TA-----TACA-AG----C-GAGGA----TTG-AAAATTAGATAAACAC-AT--AGT-----------TAGG-TG--TAA---A-TACGTCGA-T------TCCGGAAGAGACGGC-AG----C-ACT--AAG-ACTATCTG---GAC-AAACT-TTTCTGCTGA-CTC---ACATCATCG----TGT-TTGTATATATTGCC-TC--ATTAAA-CTTGATAATGTATAGCA---TTCT-------------------------A------CCT---GC-----GAATA--TGTTCTTCTGTC-----GTTTA-AAAAAAAAATA--TGGCTTTCCTTTATTAATCATGGAAA--AT--ATTA-----CAATCACG-----TATTGTA-CA--TGTATAC-----------------ATCCTTAATT-AAACGTCTCTCAATA-TTACTCCATCT--aacatcatatttacaataaagttcaca
gi|7 : AATTCA-TTT--ATTCCGTCAA----CAGATT-A-TGGTACAATGAGGTAC---AGA-A--AA-----A-ATAT------TCAT--ATAT------AAGGAGTAT--GT-TA-CAAGTA-GGGTCTATA-TA----------C---ATTA----------TA-----TACATAG----T-GT-TG----CTG-AGAA-CAA-TAAGCAT-AT--AA------------TAGG-TAG-CAA---G-TGCATT-A-T------TTAGGAAGAGCAGAC-AG----CAATC--AAATA-TTTCTT---AAC-AAACT-TTGCCAATTG-TTTTAAAAATTACTA-TA-TGT-TTGTATTCATTAGT-TC--ATTAGA-CTTGATAATG--TGGGA---TTTT------------------TACATAAA------CCT---TTT-T---AAT---TATTTTTCTGTC-----GTTTG-AAAAAAAA--A--TCACATTCCATAAT--ATAATGA-AA--ATTCA--ATC---CGATGCTGTTG-TTATTAC--CAT-TGTAC-T-----------------AT-C----TT-AAATTTCTTTCAATACTTATT
gi|8 : attc-TTGTTACA-AAG-AGTACAT-----------------AATT----TC-AAGTTTCTATCAATA-TTGTTCCATCT--GCC---TGTTA--CAA-TATCAAAGGTAGTA-T-ATG-AT--T--TGTTGTTC-GAAATT------------AT-----ATC-----AA----CTTT--AGGTA-ATTTATTCAA-----AT-A-ATCGTC-------------------GT-CTTAAA--AATCCTGT--AATTA---ATACATGTCGTGGAAT-TTTCTACAGAGCT-GTG----CCGTT-CTTG-AAC-AAACTGG--TTCTTC-AGTGCTT-CCTTAACA
gi|9 : TCACA-CAT-TGTACAT-----------------ATTA----TT-AAACTTCTTTCAATA-TGATTCTATCT--ATC---AGTTT--CCA-TGGCAGA------C-T-ATT-ATTAT--AA--GTTC-GCAACTTACATGCAGTAAATAT--GATCCT-TGAA---T---------CA-A------CAG--AAAAT----TTTTCGAGATACATGTAGA---TTGT-TTCCTT--AATGTTGT--GATTA---ATGCAGTCC--------------TAACACT-ATT----TCATT-CCTG-TACAGAAAAAAACTTTTTT-AGCGTTT-CACTGATAAAATCTCTGGGCAGTTAGGGCTGTGAATGGCTTGAatggcttttatccaattattattcaaaaaataaggaacgtccagctgcatgcacaagatagaacacatgaattgagtatattttcaatacatttaaccaagggtgcttgaatgacccatctctgtagcattcataaaaatattgataatatatttttgccagcttat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATAAAGGCCTATATCTTTTATATACGATGTCAATCGCATAGGAACTGTAAATATGTAATCCATTAATCCATATAACACTTGGTAAATATGCACAGTAAATATTACATATTTATGATAAGTGTTTATT