lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111111111111111111111111111111111 1111 11111 888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111111111 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 7 6 1 66 99999999999999999999999999999999999 8888 5 777 2 4 999 8 444 77 2 444 5555555 5 2 6666 4444 2 55555 88888 444 33 555555555555555555555555555555555555555555555 2 555555555555555555 2 555 5 0 1 22 1 8 1 888 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 55555 2 666666 4444 5555 77777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555 3 99999999 8888888 33
lowQualScore : . . . .. ................................... .... . ... . . ... . ... .. . ... ....... . . .... .... . ..... ..... ... .. ............................................. . .................. . ... . . . .. . . . ... . ........................................................................................................................................ . ..... . ...... .... .... ..... .............................................................. .... . ........ ....... ..
lowQualScore : 0 7 0 22 00000000000000000000000000000000000 2222 4 999 7 6 555 1 777 33 7 444 4444444 3 4 9999 7777 2 55555 66666 111 22 888888888888888888888888888888888888888888888 2 333333333333333333 0 555 0 9 8 55 9 6 9 666 9 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 33333 1 111111 5555 9999 66666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333 1 11111111 1111111 44
consensus : GAATTGTT-CTGACGGGACTAATAC-T---AC------AG--G--G--CGCGCCGA-ATGGCG---NGAAATAGT---GAATT-TGTGC--TCATT---GAAGAA--TAAA-T---G----GTTTTTA-AG----AT----ATA-CTCTG---GAC-----AATGA---CAAC--A-T------A-------NC---CCC-C-TCC-CCCTC---T--T-AAA-ATG-GAA-------A-----AA-A---TATCCGTAAC-TTCC--TTGAAT-GTTAA-A---A-AA--TCT-CA-AT------------T-------------CAA---------AA------------------C--------------T-----T-CAC----T-A-T--TCAT--A--TA--AGAT-----------A-TATACACAAAG-TT-----TT-A------ATC----AAA--T-CTGTTCATCG----GTGTTAA-AGATA-----TA----C-------TCTGG-ACA-AA-TTATGTCTA--CG----GAC----AGA----CGGACGGAC--------AA-------GGT--GATTCCAGTA
Reference ( gi|4 ) : GAAATGTT-CTAACGAGACTAATA------AC------AG--G--G--TGCTTTGA-ACGGTG---TGAAATAAT---GAATT-TATGT--TCAAT---GAAGAA--TAAA-T---G----GTCTTCA-AG----AT----ATA-CTCCA---GAC-----AATGA---CAAC--A-T------A-------CC---CCC-C-TCC-CCCTT---T--TGGAA-ATG-GAA-------A-----AA-A---TACCCATAAC-TTCC--TTGAAT-GTTCA-A---A-AA--TCT-CA-AT------------T-------------CAA---------AA------------------C--------------T-----T-CAC----T-A-T--TCAT--A--TA--AGATG-------ATGA-TATACACAAAG-TT-----TT-A------ATC----AAA--T-CTGTTCATCA----GTGTTAA-CGAAG-----TG----C-------TCTGG-ACA-AA-TCATGTCTA--CA----GTC----AGA----CAGATAGAC--------AA-------GGT--GATTCCAGTA
gi|13 : GAATTGTT-CTAACAGGACTAATACCTTCCAT------AG--A--G--CACTTTAA-ATGGTG---AGAAATTATAGCGACTT-TGAGC--TCCTT---GATGAATTTAAA-T---G----GTTTTCA-GGC---AT----ACA-CT--G---GAT-----AATGA---CCAC--A-T------ATAG----CA---TTC-C-TCT-CACAA---T----GAA-AAA-GAA-------A-----AA-C---CACTTTAAAC-TTCC--TTGAAT--TTAA-ATG-A-AA--TCT-CC-AT-------------------------------------------------------------------------C-----T-CAT----T-A-T--TCAT--A--CA--A-------------GA-TACACACAATGATG-----TT-A------AT------AA--T-GTG
gi|1 : TGTC-CTAACACGACTAACG------ACCCCGCCAG--GCAGATTGCGTTG------TG---AGAAATAGT---GAATT-TGTGC--TCACT---GAAGAA--TGCA-T---G----GTTTGTA-CG----AT----ATA-CTCTG---GAC-----AATTA---CAAT--G-T------A-------ACA--CCC-CATCCACCCTC---------AA-ATT-GGA-------A-----AA-A---TATCTGTAAC-TTCT--TCGAAG-GTAAA-A---T-AA--TTT-CC-AT--------------------------CAA---------AA------------------TAGCAGG--------T-----G-CAC----A-ACT--TCACTCA--TG--AAA-----------GA-CATACACAA-G-TT-----TT-ACCGGCAATA----AAA--A-CTGTTCACTG----GTGTTAA-AGATG-----TA----CCCGTGTACCCGGTACA-AA-TGATCTCTA--CT----GAC----ACA----TGAATAGAC--------AAACAAGAGGATGAGATTCCAGTAc
gi|11 : cagcacTGCT-CTGAGTAGACTGATA-------C------A---------TCCGCAGACATGGCG---CGAAATCTT---GCATT-TGCAA--TCAAT---GAGGAA--TAAA-T---G----AGCTTTA-AG----AT----ATA-CTCTG---GTA-----AATGC---CAAC--A-T------A-------AC---AGA-T-TCC---------T--TCAAA-ATATGAT-------ATG---GA-A---TATCTGCAAC-TTCC--GTGAAT-GTTAA-A---A-GG--TAT-C--AT------------T-------------TAA---------AA------------------TAACAAG--------T-----T-TAC----T-A-T--taaccccaccccctcctaaaacttcttttgctagggatataataattttcattctacatgagttgtctacaaaattcacactgaat
gi|12 : ctagatgTGCT-CTGAGTAGACTGATA-------C------A---------TCCGCAGACATGGCG---CGAAATCTT---GCATT-TGCAA--TCAAT---GAGGAA--TAAA-T---G----AGCTTTA-AG----AT----ATA-CTCGG---TA------AATGC---CAAC--A-T------A-------AC---AGA-T-TCC---------T--TCAAA-ATATGAT-------ATG---GA-A---TATCTGCAAC-TTCC--GTGAAT-GTTAA-A---A-GG--TAT-C--AT------------T-------------TAA---------AA------------------TAACAAG--------T-----T-TAC----T-A-T--aaaaaaaaaaccaaaacattagctctcaccagatttgttca
gi|20 : ctagatgGTTACTGACGGGACTAATACCTCCTGC------CA--G--G--CACATGGG-ATGGTG----GGAATTGT---GAATC-TGTGC--TTATT---GAAGAA--TTAA-T---G----GTTTTTA-AA----AT----GTA-CTTTG---GAC-----AACAAAATCAAA--A-T------A--------C---GCC-C-TCC------------TAAAA-ATG-AAA-------A-----AA-A---TATTCATAAC-TTCC--TTGAAaaaaaaaaaaccaaaacattagctctcaccagatttgttca
gi|2 : gaacaT-CCGACGGAGCTAATACAC---AC------AGCAA--A--CACACTGG-ATGGTGGAGTGAAGTGAT---T--TT-TGTGC--TCAAT---GAA-AATTTAAA-C---GTTTTTTTTTTA-------TT----ATA-CTCTA---GACTAGAAAATGA---CTGC--A-TATTAACA-------CC---CCC-C-CCC-CCCTC---C----AAA-ATG-AAAAAAGAGGA-----AA-A---TATCCACAAC-TTCT--TTCAAT-GTT-A-A---G-AA---CT-CA-AA------------G-------------TAACAGGTGCCCAG------------------C--------------T-----T-CAT----T-A-T--TCAT--ATCTA--A-------------AA-TATACATAAA------------A------CAC----AAA------GAT--TCA----ATGTTAA-AGATA-----T-----------------------AA-T-GTGTCTA--CGAGCTGCC----GGA----CAGACGGAC--------AA-------AGT--GATCCTACTA
gi|16 : gTGG-ATGGAG---GAAAATAGT---GA--C-TATGTCCTCATC---GAAGTA--AAAG-T---G----GTTTTCA-AG----ATCGAAACA-CTCTT---GAC-----AATTA---CAAC--ACT------A-------GT---CCC-C-TC---------------------------------A-----AA-A---T----------------TTGAAT-GTT-A-AGT-A-AC--TCT-CA-AT------------CAAAATAGCAGGTGCAC---------AA------------------T--------------T-----T-TAT----T-A-T--TCAT--A--TT--AGATG-------tatccagtcagcttcttttgttaggatatcgtatgaagattttttgtctgcgtgacgaatcggaggtcgaccacaaaaatca
gi|3 : ccacacGA-AAGGTG---GGAAATAGT----AATT-TGTGC--TCATT---GAA--A--TAAAAT---G----ACTTATA-AA----AT----ATA-TTTTC---GAC-----AATGA---CAAT--AAT------A-------AC---ACTAC-TTC-C-------T--TAAAC-ATA-AAA-------A-----AA-A---TATCCATAAC-TTTC--TTGAAT-GTT---A---A-AA--TCT-TA-AT------------CAAAATAGCAGTTGCAG---------AA------------------C--------------T-----T-CAT----T-A-T--CCAT--A--TA--AGAT--------------ATGCACAAAG-TT-----TTTA------ATC----AAA--T-CTGTTCATCG----TTATTAAGAGATA-----TG----T-------TCAGA-ACA-AA-TGACGTCTA--TG----GAG----AAA----CGAACGAACAGCATTTGAA-------GGT--GATTCCAGTAtacatcctttgtgataaagatgtacactg
gi|5 : cctaatgagacttacccccacaA-ATGGTG---GGAAATAGT---GAATT-TATGC--TAGTT---GAAG-------------------TTTT----------T----ATG-CTCTG---AAC-----AATGA---CAAC--A-T------A-------AC---ACT-C------CCTTAAAT--TGAAA-A----AA-------AT----AA-A---TACATGTA----TCC--AT-AAC-GTTAA-A---A-AA------AA-AT------------T-------------CAA---------AATAGCAGGTCACTG-----C--------------T-----T-CGT----TTA-T--TCCT--A--TAGGAGATATACATACATG--TATGCATAAAG-CT-----TT-A------ATC----AAAC-T-CTCCTCATCA----GAGTT----GAAG---------------------------A-AA-TTATGTC------------------GA----CGGACAGAC--------AA-------GGT--GATTCCAGtacgcctgcctaaacttgtttgtgaggtgggggtggtat
gi|6 : agaattgtcctattggttttaatacacattttaaaGTG---AGAAATAGT---GATAT-TGTGC--ACGTT---GAAGAA--TGCA-T---A----GT-TTTA-AG----AT----ACT-CTTTACATGATAA---AATGA---CACC--A-C------C-------CC---CAC-C-CCC-CCTCC---C--TG-----T----A-------A-----AA-A---TA-TCATAAC-ATCA--TTGAAT-ATTAA-A---A-AA---CT-TG-A-------------T-------------CAA---------AA------------------TAACAGGTACACAAAT-----T-AAT----T-A-T--CCAA--T--TA--AGATG--------TAC-TA-GCACAAAG-TT-----TT-A------ATC----AAA--T-CTGCTCAT-A----ATGTTc
gi|24 : actagaactgtcctatcaatggactaatccccccccccccccctctgcatattgggatGCG---TGAAATAGCC--AAATC-TGTAA--CCAATTTCGAACAA--TAAA-T---G----GCTTACA-AGACTAAT----GTAGATCTG---GAC-----GA-GA---CA---------------------------------CC-CTCTT---T--TCAAACATG-CAA-------A-----AA-AACCTATCTATAAC-TTCCTTTTGAAT-GTTAT-A---A-AA--TTT-CA-AT------------ggaaatatatac
gi|10 : tGAAATAGT---GAA------------------GAAGAA--TGAA-T---G----ATTTTTG-AG----AT----ATA-GGTTG---AAC-----AATGA---CAAC--A-T------AACAACTACC---CCC-A-ACCACCCTC--------AAA-ATG-GAA-------A-----AA-T---TATCCATAAC-TTTC--TTGAAT-GCT---A---A-AA--T------GT------------T------------------------------------------------------------------------------------AT--A--TA--AG-T-------------TACACACAAAT-TTTAAGCTT-A------ATC----AAA--T-ATGTTCATCT----GTATTAA-TTAAA-----AG------------TCTGG-ATA-AA-TTATGCCTA--C-------T----AAA----T-GACAGAC--------AA-------TGT--GATTCCACTA
gi|23 : GAAATAGT---GAATT-TGTGT--T--AC---GAAGAA--TAAA-T---G----G-CTTAATAA----AT-----TA-ATCTG---GAC-----AATGA---CAGC--G-A------A-------CCGAACCC-C-ACC-CCttcctcccttacactccccaac
gi|9 : cccccccccccccccccccccccccccccatctctctcgtgggtgggacatctggattggtaAAACAGT---GAATTGTGTGT--TCATT---GAAGAA--TAAA-TCAGG----GTTTTTA-AG----AT----ACA-CACTG---GAC-----AATAA---CAAA--A-T------A-------CA---CCC---TCA-CCCTC---TAATGGAA-AAA-CAA-------ATCCTTAA-A---TACCCCC--C-CCCC--CCAAATCACTCATA---A-AA--TAG-TAGAT------------G-------------CAC---------AA------------------T--------------T-----C-CAT----T-A-T--TGAT--A--TG--AAATG--------------TACACACAG-TT-----TT-A------ATA----AAA--T-CTGATCAATA----GTGTTAt
gi|8 : ccccccccccccccccccttctatctaggacacatgagcTT-TGTGC--TCATT---GAAGAA--TAAA-T---G----GTTTACA-AT----AC----ATA-TTTTG---GAC-----AATGA---CAACGTA-T------A-------CC---CCC-A-GCC-CTCC-----------A-ATG-G-A-------A-----CA-A---CATCTATAA-----C--TTGAGT-GTTAA-A---ATAA--TATACA---------------T-------------CAG---------AATAAAAGGAGCATCAT---C--------------G-----T-CACTTATT-A-T--TCAC--A--TA----AT-----------A-TATACATAAAG-TT-----TT-G------ATA----AAA--G-CTATCCCTC----------GA-TAAAA-----T--------------------CA-AA-T-----------------------AAA----CAGATA-AC--------AA-------GAG--GATTCCAGTAgagat
gi|7 : ---G----GTTTTTA-GA----AT----TTA-CTCTG---AAC-----TATGT---CAAC--A-C------A-------AC---------------------T--TCAAA-ATG-GAA-------A-----AA-T---TATCCATAAC-TCCT--TTGGCT-GTTAA-A---A-TA--TCT-CA--T------------T-------------CAA---------AATAGCAAACTTGTACTTAAC--------------T-----T-CAT----T-A-T--GCCT--A--TA--TG-TA-------AATA-TATACACATAT-TT-----TT-A------GTC----AAGTCT-CTGTTAAACA----ATATTAA-AGATA-----TA----T-------TTTTC-ACA-AA-TTATACTTA--AG----GACGAATGGA----CAGACGGAC--------AA-------GAT--AATTACAGTtatcccatataaacttcgattggggt
gi|17 : ----GTTTTAA-AG----AT----ATA-CTCTA---GAC-----AAttacccccaaattagttttcttgggggggggggtataat
gi|18 : taactttcttgacagtaaaaaatatcaatcagactatgtgtacacctccattacattaatatatataaggtatacatcacatctgttcatca----AT----CTA-CTCTG---GAC-----AACGA---CAAC--A-T------A--------C---CCC-C-TCT-TCATT--------AAA-ATGCGAAAAG----A-----AA-A---CACCTCGAAC-CTCC--TTCAGT-G--CA-ACTGA-AG------CATAT------------G-------------TAG---------GT------------------T--------------T-----T-CAC----T-A-T--CCAT---------AGA----------------------------------C-A------ATC----AAA--T-CTGCTTATTG----ATATTAA-TTATA-----TA----A-------TTTGG-AAA-AA-TTTTGTAT---------GT-------------GGAGGGAC---------A-------GAT--GATTCCAGTAattatgtttacaaacagacagacaaggtgacccagtgactgtgtaaaccccccccccttccccccataatttt
gi|27 : AA-ATG-GGA-------A-----AA-A---TATCCACAAC-TTCC--TTGAAC-GCT-A-A---A-AA--TCT-CA-AT------------t
gi|22 : acaccctcaAA-ATG-AAA-------A-----AA-AC--TATCC-CAAC-TTTT--CTTAAT-GTAAA-A---A-AA--AA--AA-AT------------TACCA---------CAA---------AAGAACAAG-----------C--------------T-----TGCAC----TTA-T--ATAT--A--TA--AGAT--------------ATACACAAAG-TT-----TT-A------ATT----AAA--TCCTGTACATC------TGTTGA-AAATA-----TA----C-------TCTAG-ATATAA-Tcagtatagcatgtacacaacttcattgt
gi|14 : AA-------A-----AATA---TATCCATTAT-GTTT--TTGAAT-GTTAA-A---A-AAAATCT-CA-ATCAAAATAGAAGGT-------------AAA---------AA------------------C--------------T-----T-CAA----T-A-T----AT--T--TAT-CGATAC------ATTG-TATACACACAG-TT-----TT-A------ATC----AAA--T-CTGT---TCG----GTGTT-A-C-AAGATATATA----C-------TCTG----------CATG------------GAC----AGA----CAGATGGAC--------AA-------GGT--GATTCCAGTatattt
gi|15 : -----AA-T---TATCCATTATGTTTT--TTGAAT-GTTAA-A---A-AAAATCT-CA-AT------------CAAAATAGAAGG--TAA---------AA------------------C--------------T-----T-CAA----T-A-TATTTATCGA--TA--C-AT---------TGA-TACACACA--G-TT-----TT-A------ATC----AAA--T-CTGTT-GTCG----GTGTTA--C-AAG-----TATATAC-------TCTG----------CATG-------A------C----AGA----CAGATGAAC--------AA-------GGT--GATTCCAGTActcctctaaacttcatttctaggggggtatagtac
gi|19 : CCACATC-CTCC--CTAAAT-GT--------A-AA--TCT-CA-AT------------CAAAACAGCAGGTGCAC---------AA------------------C--------------T-----T-CAT----T-G-T--TCAT--A--TA--AGAC--------------ATGCACAAAGCTT-----TT-A------GTC----AAT--T-CTGTCCATCA----GT----------------------C-------TCTTG-ACA-AT-TCATGCCT----------TG----AGA----CAGA----C--------AA-------GGT--GATTCCAGTAtactcctctaaacttcatttctaggggggtat
gi|17 : TAAC-TTTC--TTGACA-GT-AA-A---A-AA--TAT-CA-AT------------C---------------A---------GA------------------C--------------TATGTGTACAC----C---T--CCAT-----TA--C-AT---------TAA-TATATATAAGG-TA-----TA-C------ATC----ACA--T-CTGTTCATCA----GTTTTAA-AGATA-----TA----C-------TCTAG-ACA-AA-TTATGTTTA----------C----AAA----CAGACAGAC--------AA-------GGT--GA-CCCAGTtgtcccttccacccccaaacttaagtggggggggg
gi|21 : -A-T--CCAC--A--TA--AGATGT------ACAAATATAGATAAAG-TT-----TT-A------TTCTTTTAAA------GTTCTTTG----GTGTTAA-AGATA-----TA----T-------TCTGG-ACA-AA-TGATGTATA--CG----GAT----GGACATTCAGATAGAC--------AA-------AGT--GATATTAGTAgactgtgtaaaccccccccccttccccccataatttt
gi|25 : -TATACACAAAG-TT-----TG-A------ATA----AAA--T-CTGTTCATTAATTGATGTAAA-AGATA-----TA----C-------T-TGGCACA-AA-TTATGTCTT--CA----GAC----AGA----CGGACAGAC--------AG-------GGT--GAtatccctcctaaacttcgggaggggtatgata
gi|31 : ACAGAG-TT-----TT-A------ATC----AAA--T-TTGTTCATTA----GTGATAA-AGATA-----TA----C-------TATGG-ACA-acctccccccctcctac
gi|26 : t-----TA----C-------TCTAG-ACA-AA-TTATGTCTATTTAT---GTC-----CA----TGGACAGAC--------AA-------GGT--AATTCAAGTA
gi|32 : caG-GCA-AAGTCATGTCTA--CA----GAC----AAA----CAAATGGAC--------AC-------AAT--GATTCCACTAcggtatacccccaccacccctacaaacttt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTCCATTTGGAAGCCTCATGCATTTTCCCGCAAGAATTATTGTTCGTTGAACAAAAAGTC
Unaligned ( gi|29 ): TAACAGACAGATTTACATGGCAATACCAGTGTACTCCTCCACCGTTTCATTTAAAGGGGAGGGGGTAT
Unaligned ( gi|30 ): ACTGATAGACGAACATGGTGATTCCTGTATAATACTTTAATCATTTTTGGCGGGATTAG
Unaligned ( gi|33 ): CAATGGATTTTATCGTTCTAAATATAGTCTAGTAATACATTACAGTAAATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666666666666666666666666 444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 5 5 22 5 999999999999999999999999 8 7777 2 1 444 2 777777 2 1 7777 33 33 2 444 0 2 5555 1 4444 4444 2 55555 333 4 666666 888888888888888888888888888888888 4 77 333 55 88888888 3 555 22 1 99999999 66666666 1 22 22 333 44 5555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5555555 3 22 1 3 22222 1 666 999999 22 8888888 1 55555555555555555 3 44444 777777 1 3333 1 1 22 66666 22 4 55 55 77777777 0 55 2 1 666666666666666666666666666666 2 88888888 55555
lowQualScore : . . .. . ........................ . .... . . ... . ...... . . .... .. .. . ... . . .... . .... .... . ..... ... . ...... ................................. . .. ... .. ........ . ... .. . ........ ........ . .. .. ... .. .... ................................................................................................. . ....... . .. . . ..... . ... ...... .. ....... . ................. . ..... ...... . .... . . .. ..... .. . .. .. ........ . .. . . .............................. . ........ .....
lowQualScore : 0 7 11 7 111111111111111111111111 0 1111 8 0 777 7 222222 5 4 4444 44 44 5 111 8 4 0000 6 7777 7777 2 66666 999 4 444444 555555555555555555555555555555555 2 11 555 22 88888888 8 222 66 9 66666666 33333333 7 44 55 222 33 7777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8888888 8 66 9 8 99999 9 000 555555 55 9999999 8 66666666666666666 6 55555 000000 8 9999 8 8 55 55555 99 2 00 00 33333333 1 66 2 1 333333333333333333333333333333 9 55555555 99999
consensus : GAACTGTT-CTGACGGGACTAAT-A----C----CNCAG--GGCACGCNGA-ATG----GTGGGAA---ATAGT-GAA------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAA--T--AAA-T---GGTTT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGAC-----AATGA---CAACA-T------AN------C------CCC-C-TCC-CCCTCT-A-AA-ATG-GAA---A--A--------A-A---TA--TC-C--GT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--G---TTAAA--A----AA--T-C----T--CAAT------------T-------------CAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAC----T-A-T--T-CA-T--A--T-A---AGAT------AT--A-C-----A-CACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----GGTGTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTGG-ACAAA-TTATGTCTACG----GAC----AG---A----CG----GACGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTA
Reference ( family-2647 ) : GAATTGTT-CTGACGGGACTAAT-A----C----TACAG--GGCGCGCCGA-ATG----GCGNGAA---ATAGT-GAA------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAA--T--AAA-T---GGTTT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGAC-----AATGA---CAACA-T------AN------C------CCC-C-TCC-CCCTCTTA-AA-ATG-GAA---A--A--------A-A---TA--TC-C--GT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--G---TTAAA--A----AA--T-C----T--CAAT------------T-------------CAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAC----T-A-T--T-CA-T--A--T-A---AGAT------AT--A-T-----A-CACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----GGTGTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTGG-ACAAA-TTATGTCTACG----GAC----AG---A----CG----GACGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTA
gi|1 : ACTGTC-CTAACACGACTAACGA----C----CCC----GCCAGGCAGA-TTGCGTTGTGAGAA---ATAGT-GAA------TT-TGTGCTCA---CTGAAGAA--T--GCA-T---GGTTT-GT----ACGA----T----ATAC-TCTGGAC-----AATTA---CAATG-T------AA------CA-----CCC-CATCCACCCTC----AA-ATT-GGA---A--A--------A-A---TA--TC-T--GT----AA--------C-TTCTTC--GAAG--G---TAAAA--T----AA--T-T----T--CCAT------------CAAAATAGCAGGTGCAC---------A--------A------------------C--------------TT-CAC-----------T-CA-T--G--A-A---AGAC------AT--A-C-----A-C-------------A------AG-TT-----TTACCGGCA-ATA----AAA-A-CT--GTTCACT----GGTGTT--A-A--AG--ATGTACCCGTGTACCCGGTACAAA-TGATCTCTACT----GAC----AC---A----TGAATAGACAAAC--------AAGAGGATGAGATTCCAGTA
gi|10 : cagcGAA---ATAGT-GAA----------------------GAAGAA--T--GAA-T---GATTT-TT----GAGA----T----ATAG-GTTGAAC-----AATGA---CAACA-T------AA------CAACTACCCC-C-AAC-CACCCTCA-AA-ATG-GAA---A--A--------A-T---TA--TC-C--AT----AA--------C-TTTCTT--GAAT--G---CTAAA--A-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------T-G-T--T--A-T--A--T-A---AG-T-------T--A-C-----A-CACA----------A------AT-TTTAAGCTT------A-ATC----AAA-T-AT--GTTCATC----TGTATT--A-ATTAA--A---AG-------TCTGG-ATAAA-TTATGCCTAC-------T----AA---A----T-----GACAGAC--------AAT-----GTGATTCCACTAtaaccccaccccctcctaaaacttcttttgctagggatataataattttcattctacatgagttgtctacaaaattcacactgaat
gi|11 : TGCT-CTGAGTAGACTGAT-A----C----ATC--------CGCAGACATG----GCGCGAA---ATCTT-GCA------TT-TGCAATCA---ATGAGGAA--T--AAA-T---GAGCT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGTA-----AATGC---CAACA-T------AA------C------AGA-T-TCC-TTC----A-AA-ATATGAT---ATGG--------A-A---TA--TC-T--GC----AA--------C-TTCCGT--GAAT--G---TTAAA--A----GG--T-A----T--C-AT------------T-------------TAA---------A--------A----------------------------------T-AAC----A-AGT--T-TACT--A--T-A---AAAA------AA--A-A-----A-C-CA----------AAACATTAG-CT-----CT------C-ACC----AGA-T-TT--GTTCAttcctcccttacactccccaac
gi|12 : ctagatgTGCT-CTGAGTAGACTGAT-A----C----ATC--------CGCAGACATG----GCGCGAA---ATCTT-GCA------TT-TGCAATCA---ATGAGGAA--T--AAA-T---GAGCT-TT----AAGA----T----ATAC-TCGGTA------AATGC---CAACA-T------AA------C------AGA-T-TCC-TTC----A-AA-ATATGAT---ATGG--------A-A---TA--TC-T--GC----AA--------C-TTCCGT--GAAT--G---TTAAA--A----GG--T-A----T--C-AT------------T-------------TAA---------A--------A----------------------------------T-AAC----A-AGT--T-TACT--A--T-A---AAAA------AA--A-A-----A-C-CA----------AAACATTAG-CT-----CT------C-ACC----AGA-T-TT--GTTCA
gi|13 : ctagatgGAATTGTT-CTAACAGGACTAAT-ACCTTC----CATAG--AGCACTTTAA-ATG----GTGAGAAATTATAGC-GAC------TT-TGAGCTCC---TTGATGAATTT--AAA-T---GGTTT-TC-----AGG----C----ATAC-ACTGGAT-----AATGA---CCACA-T------AT------A------GCA-T-T----CCTCTCA-CA-ATG-AAA---A--AG-------A-A---AA--AC-C--ACTTTAAA--------C-TTCCTT--GAAT------TTAAATGA----AA--T-C----T--CCAT---------------------------------------------------------------------------------CT-CAT----T-A-T--T-CA-T--A--C-A---AG--------AT--A-C-----A-CACA----------A------TGATG-----TT------A-AT------AA-T-GT--G
gi|14 : AA---A--A--------ATA---TA--TC-C--AT----TA--------T-GTTTTT--GAAT--G---TTAAA--A----AAAAT-C----T--CAATCAAAATAGAAGGT-------------AAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAA----T-A-TATT-TA-TCGA--T-A---CATT------GT--A-T-----A-CACA----------C------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GT---TC----GGTGTT--ACA--AGATATATAC-------TCTG---------------CATG----GAC----AG---A----CA----GATGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTc
gi|15 : --A--------A-T---TA--TC-C--AT----TA--------TGTTTTTT--GAAT--G---TTAAA--A----AAAAT-C----T--CAAT------------CAAAATAGAAGG--TAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAA----T-A-T--A-TT-T--A--TCG---ATAC------ATTGA-T-----A-CACA----------C------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTT-GTC----GGTGTT--ACA--AGT-ATATAC-------TCTG---------CAT-----------GAC----AG---A----CA----GATGAAC--------AAG-----GTGATTCCAGTActcctctaaacttcatttctaggggggtatagtac
gi|16 : CACACTGG-ATG----GAGGAAA---ATAGT-GAC------TA-TGTCCTCA---TCGAAGTA--A--AAG-T---GGTTT-TC----AAGA----TCGAAACAC-TCTTGAC-----AATTA---CAACACT------AG------T------CCC-C-TC---------A-AA-AT----------------------------------------------------------TT--GAAT--G---TTAAGT-A----AC--T-C----T--CAAT------------CAAAATAGCAGGTGCAC---------A--------A------------------T--------------TT-TAT----T-A-T--T-CA-T--A--T-T---AGAT------GT--A-C-----A-tactcctctaaacttcatttctaggggggtat
gi|17 : cT----AA--------C-TTTCTT--GACA--G---T-AAA--A----AA--T-A----T--CAA-------------T-------------CAG---------ACTATGTGTA------------------C--------------AC-CTC----C-A-T--TACA-T-----T-A---ATAT------AT--A-T---------------------A------AG-GT-----AT------ACATC----ACA-T-CT--GTTCATC----AGTTTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTAG-ACAAA-TTATGTTT--------AC----AA---A----CA----GACAGAC--------AAG-----GTGA-CCCAGTtcctttgtgataaagatgtacactg
gi|18 : A----T----CTAC-TCTGGAC-----AACGA---CAACA-T------A-------C------CCC-C-TCT-TC--ATTA-AA-ATGCGAAAAGA--A--------A-A---CA--CCTC--G-----AA--------C-CTCCTT--CAGT--GCAACTGAA--G----CA--T-----------AT------------G-------------TAG---------G--------T------------------T--------------TT-CAC----T-A-T--C-CA-T-----------AGA-----------------------------------------------------C------A-ATC----AAA-T-CT--GCTTATT----GATATT--A-A--TT--ATATAA-------TTTGG-AAAAA-TTTTGTATGTG----G------AG---------G----GAC-------------AG-----ATGATTCCAGTAgactgtgtaaaccccccccccttccccccataatttt
gi|19 : --------C-CTCCCT--AAAT--G---T------A----AA--T-C----T--CAAT------------CAAAACAGCAGGTGCAC---------A--------A------------------C--------------TT-CAT----T-G-T--T-CA-T--A--T-A---AG--------AC--A-T-----G-CACA----------A------AGCTT-----TT------A-GTC----AAT-T-CT--GTCCATC----AGT-------------------C-------TCTTG-ACAAT-TCATGCCT--T----GA---------------------GACAGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTAt
gi|2 : ccacatT-CCGACGGAGCTAAT-A----CA---CACAGCAAACACACTGG-ATG----GTGG--------AGT-GAAGTGATTTT-TGTGCTCA---ATGAA-AA--TTTAAA-C---GTTTT-TTTTTTAT------T----ATAC-TCTAGACTAGAAAATGA---CTGCA-T------ATTAACACC------CCC-C-CCC-CCCTCC-A-AA-ATG--AA---A--AAAGAGGAAA-A---TA--TC-C--AC----AA--------C-TTCTTT--CAAT--G---TTAAG--A----A-----C----T--CAAA------------G-------------TAACAGGTGCCCA--------G------------------C--------------TT-CAT----T-A-T--T-CA-T--ATCT-A---AAAT------AT--A-CATAAAA-CACA----------A------AG-AT-----TC------A-A-----------------------------TGTT--A-A--AG--ATATA--------------A------TGTGTCTACGAGCTGCC----GG---A----CA----GACGGAC--------AAA-----GTGATCCTACTAtgtcccttccacccccaaacttaagtggggggggg
gi|20 : gGAACAGTTACTGACGGGACTAAT-A----CCTCCTGCCA--GGCACATGGG-ATG----GTGGGAA---TT-GT-GAA------TC-TGTGCTTA---TTGAAGAA--T--TAA-T---GGTTT-TT----AAAA----T----GTAC-TTTGGAC-----AACAAAATCAAAA-T------A-------C------GCC-C-TC------CTAA-AA-ATG-AAA---A--A--------A-A---TA--TT-C--AT----AA--------C-TTCCTT--GAAtatccagtcagcttcttttgttaggatatcgtatgaagattttttgtctgcgtgacgaatcggaggtcgaccacaaaaatca
gi|21 : -A-T--C-CA-C--A--T-A---AGATGTACAAAT--A-T-----A-GATA----------A------AG-TT-----TT------A-TTCTTTTAAA-------GTTCTTT----GGTGTT--A-A--AG--ATATAT-------TCTGG-ACAAA-TGATGTATACG----GAT----GG---ACATTCA----GATAGAC--------AAA-----GTGATATTAGTA
gi|22 : -AA-ATG-AAA---A--A--------A-AC--TA--TC-C---C----AA--------C-TTTTCT--TAAT--G---TAAAA--A----AA--A-A-------AAAT------------TACCA---------CAA---------A--------AGAACAAG-----------C--------------TTGCAC----TTA-T--A-TA-T--A--T-A---AGAT------AT----------A-CACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATT----AAA-TCCT--GTACATC------TGTT--G-A--AA--ATATAC-------TCTAG-ATATA-ATATATTTtatccctcctaaacttcgggaggggtatgata
gi|23 : GAA---ATAGT-GAA------TT-TGTG-TTA----CGAAGAA--T--AAA-T---GGCTTAAT----AA-A----T-----TAA-TCTGGAC-----AATGA---CAGCG-A------AC------CGAA---CCC-C-ACC-CC
gi|24 : cccccccccccccccccccccccccccccatctctctcgtgggtgggacatctggattggta----GCGTGAA---ATAGCCAAA------TC-TGTAACCAATTTCGAACAA--T--AAA-T---GGCTT-AC----AAGACTAAT----GTAGATCTGGAC-----GA-GA---CA---------------------------CC-C-TCT----TTTCA-AACATG-CAA---A--A--------A-AACCTA--TC-T--AT----AA--------C-TTCCTTTTGAAT--G---TTATA--A----AA--T-T----T--CAAT------------t
gi|25 : tT--A-T-----A-CACA----------A------AG-TT-----TG------A-ATA----AAA-T-CT--GTTCATTAATTGATGTA--A-A--AG--ATATAC-------T-TGGCACAAA-TTATGTCTTCA----GAC----AG---A----CG----GACAGAC--------AGG-----GTGA
gi|26 : ATAC-------TCTAG-ACAAA-TTATGTCTATT----TAT-----GTCCA----TG----GACAGAC--------AAG-----GTAATTCAAGTAacctccccccctcctac
gi|27 : c-CCCTC--A-AA-ATG-GGA---A--A--------A-A---TA--TC-C--AC----AA--------C-TTCCTT--GAAC--G---CT-AA--A----AA--T-C----T--CAAT------------cggtatacccccaccacccctacaaacttt
gi|3 : acaGA-AAG----GTGGGAA---ATAGT--AA------TT-TGTGCTCA---TTGAA--A--T--AAAAT---GACTT-AT----AAAA----T----ATAT-TTTCGAC-----AATGA---CAATAAT------AA------C------ACTAC-TTC-C----TTA-AACATA-AAA---A--A--------A-A---TA--TC-C--AT----AA--------C-TTTCTT--GAAT--G---TTAAA--ATCTTAA--T-CAAAATAGCAGT------------TG------------CAG---------A--------A------------------C--------------TT-CAT----T-A-T--C-CA-T--A--T-A---AGAT------AT--G---------CACA----------A------AG-TT-----TTT-----A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----GTTATT--A-AG-AG--ATATGT-------TCAGA-ACAAA-TGACGTCTATG----GAG----AA---A----CG----AACGAACAGCATTTGAAG-----GTGATTCCAGTAcagtatagcatgtacacaacttcattgt
gi|31 : cctaatgagacttacccccacaACA----------G------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-TT--GTTCATT----AGTGAT--A-A--AG--ATATAC-------TATGG-ACAtacgcctgcctaaacttgtttgtgaggtgggggtggtat
gi|32 : tG-GCAAAGTCATGTCTACA----GAC----AA---A----CA----AATGGAC--------ACA-----ATGATTCCACTA
gi|4 : tGAAATGTT-CTAACGAGACTAAT-A----------ACAG--GGTGCTTTGA-ACG----GTGTGAA---ATAAT-GAA------TT-TATGTTCA---ATGAAGAA--T--AAA-T---GGTCT-TC----AAGA----T----ATAC-TCCAGAC-----AATGA---CAACA-T------AC------C------CCC-C-TCC-CCCTTTTGGAA-ATG-GAA---A--A--------A-A---TA--CC-C--AT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--G---TTCAA--A----AA--T-C----T--CAAT------------T-------------CAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAC----T-A-T--T-CA-T--A--T-A---AGATGATG--AT--A-T-----A-CACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----AGTGTT--A-A--CG--AAGTGC-------TCTGG-ACAAA-TCATGTCTACA----GTC----AG---A----CA----GATAGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTAta
gi|5 : A-ATG----GTGGGAA---ATAGT-GAA------TT-TATGCTAG---TTGAAG------------------TT-TT------------T----ATGC-TCTGAAC-----AATGA---CAACA-T------AA------C------AC----TCC-C----TTA-AA-TTG-AAA---A--A--------A-A---TAAATA-CATGT----A------------TCCAT---AAC--G---TTAAA--A----AA------------AAAT------------T-------------CAA---------A--------ATAGCAGGTCACTG-----C--------------TT-CGT----TTA-T--T-CC-T--A--T-AGG-AGAT------AT--A-C-----A-TACATGTATGCATAA------AG-CT-----TT------A-ATC----AAACT-CT--CCTCATC----AGAGTT--G-A--AG-----------------------AAA-TTATGTC----------------G---A----CG----GACAGAC--------AAG-----GTGATTCCAG
gi|6 : agaattgtcctattggttttaatacacattttaaa----GTGAGAA---ATAGT-GAT------AT-TGTGCACG---TTGAAGAA--T--GCA-T---AG-TT-TT----AAG----------ATAC-TCTTTAC------ATGA---TAAAA-TGACACCAC------C------CCCAC-CCC-CCCTCCC------TG-T-A---A--A--------A-A---TA--T--C--AT----AA--------C-ATCATT--GAAT--A---TTAAA--A----AA----C----T--TGA-------------T-------------CAA---------A--------A------------------TAACAGGTACACAAATT-AAT----T-A-T--C-CA-A--T--T-A---AGAT------GT--ACT-----AGCACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GCTCAT-----AATGTTGGA-A--AT--ATATAC-------c
gi|7 : actagaactgtcctatcaatggactaatccccccccccccccctctgcatattgggat---GGTTT-TT----AGAA----T----TTAC-TCTGAAC-----TATGT---CAACA-C------AA------C------TTC--------------A-AA-ATG-GAA---A--A--------A-T---TA--TC-C--AT----AA--------C-TCCTTT--GGCT--G---TTAAA--A----TA--T-C----T--CA-T------------T-------------CAA---------A--------ATAGCAAACTTGTACTTAAC--------------TT-CAT----T-A-T--G-CC-T--A--T-ATGTAAAT------AT--A-T-----A-CACA----------T------AT-TT-----TT------A-GTC----AAG-T-CTCTGTTAAAC----AATATT--A-A--AG--ATATAT-------TTTTC-ACAAA-TTATACTTAAG----GACGAATGG---A----CA----GACGGAC--------AAG-----ATAATTACAGT
gi|8 : ------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAA--T--AAA-T---GGTTT-AC----AATA----C----ATAT-TTTGGAC-----AATGA---CAACG-T------AT------A------CCC-C-CAG-CCCTCC----A-ATG-G-A---A--C--------A-A---CA--TC-T--AT----AA-------------CTT--GAGT--G---TTAAA--AT---AA--T-A----TA-CA--------------T-------------CAG---------A--------ATAAAAGGAGCATCAT---C--------------GT-CACTTATT-A-T--T-CA-C--A--T-A-----AT------AT--A-T-----A-CATA----------A------AG-TT-----TT------G-ATA----AAA-G-CT--ATCCCTC----GAT-------A--AA--AT------------------CAAA-TAA-------------AC----AG---A----T---------AAC--------AAG-----AGGATTCCAGTAttacccccaaattagttttcttgggggggggggtataat
gi|9 : AA---ACAGT-GAA------TTGTGTGTTCA---TTGAAGAA--T--AAA-TCAGGGTTT-TT----AAGA----T----ACAC-ACTGGAC-----AATAA---CAAAA-T------A-------C------ACC-C-TCA-CCCTCT----A-ATG-GAA---A--A--------ACA---AA--TC-C--TT----AAATACCCCCC-CCCCCC--AAATCAC---TCATA--A----AA--TAG----T--AGAT------------G-------------CAC---------A--------A------------------T--------------TC-CAT----T-A-T--T-GA-T--A--T-G---AAAT------GT--A-C-----A-CAC------------------AG-TT-----TT------A-ATA----AAA-T-CT--GATCAAT----AGTGTT--A-G--AG--ATtatcccatataaacttcgattggggt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTCCATTTGGAAGCCTCATGCATTTTCCCGCAAGAATTATTGTTCGTTGAACAAAAAGTC
Unaligned ( gi|29 ): TAACAGACAGATTTACATGGCAATACCAGTGTACTCCTCCACCGTTTCATTTAAAGGGGAGGGGGTAT
Unaligned ( gi|30 ): ACTGATAGACGAACATGGTGATTCCTGTATAATACTTTAATCATTTTTGGCGGGATTAG
Unaligned ( gi|33 ): CAATGGATTTTATCGTTCTAAATATAGTCTAGTAATACATTACAGTAAATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444 1111111 44444444444444444444444444444444444 11111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 0 5 11 0 5 7777777777777777777 3 1 7 7777 0 444 2 777777 2 1 7777 33 33 2 444 0 2 5555 1 4444 4444 2 2222222 333 4 44444444444444444444444444444444444 2 6 333 55 1 11111111111 22 1 99999999 66666666 1 22 22 333 44 5555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5555555 3 55 1 3 55555 666 6666 777777 2 22222222222222222 5 44444 555555 1 3333 1 1 22 66666 22 4 55 55 77777777 0 55 2 1 666666666666666666666666666666 2 88888888 55555
lowQualScore : . . .. . . ................... . . . .... . ... . ...... . . .... .. .. . ... . . .... . .... .... . ....... ... . ................................... . . ... .. . ........... .. . ........ ........ . .. .. ... .. .... ................................................................................................. . ....... . .. . . ..... ... .... ...... . ................. . ..... ...... . .... . . .. ..... .. . .. .. ........ . .. . . .............................. . ........ .....
lowQualScore : 2 0 44 9 0 8888888888888888888 9 0 3 1111 2 777 7 222222 5 4 4444 44 44 5 111 8 4 0000 6 7777 7777 2 8888888 999 4 66666666666666666666666666666666666 1 3 555 22 9 11111111111 66 9 66666666 33333333 7 44 55 222 33 7777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8888888 8 22 9 8 55555 000 7777 111111 1 00000000000000000 5 55555 222222 8 9999 8 8 55 55555 99 2 00 00 33333333 1 66 2 1 333333333333333333333333333333 9 55555555 99999
consensus : GAACTGTT-CTGACGGGACTAAT-A----C-CNCA----G--GGCACGCGGA-ATG----GTGGGAA---ATAGT-GAA------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAA--T--AAA-T---GGTTT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGAC-------AATGA---CAACA-TAN------C-----C-CC-C-T--CC-CCCTCT--AAA-ATG-GAA---A--A-A-------A---TA--TC-C--GT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--G---TTAAA--A----AA--T-C----T--CAAT------------T-------------CAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAC----T-A-T--T-CA-T--A--TA---AGAT----ATAC-----ACACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----GGTGTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTGG-ACAAA-TTATGTCTACG----GAC----AG---A----CG----GACGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTA
Reference ( family-2647 ) : GAACTGTT-CTGACGGGACTAAT-A----C-CNCA----G--GGCACGCNGA-ATG----GTGGGAA---ATAGT-GAA------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAA--T--AAA-T---GGTTT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGAC-------AATGA---CAACA-TAN------C-----C-CC-C-T--CC-CCCTCT--AAA-ATG-GAA---A--A-A-------A---TA--TC-C--GT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--G---TTAAA--A----AA--T-C----T--CAAT------------T-------------CAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAC----T-A-T--T-CA-T--A--TA---AGAT----ATAC-----ACACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----GGTGTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTGG-ACAAA-TTATGTCTACG----GAC----AG---A----CG----GACGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTA
gi|1 : ACTGTC-CTAACACGACTAACGA----C-CCC--------GCCAGGCAGA-TTGCGTTGTGAGAA---ATAGT-GAA------TT-TGTGCTCA---CTGAAGAA--T--GCA-T---GGTTT-GT----ACGA----T----ATAC-TCTGGAC-------AATTA---CAATG-TAA------CA----C-CC-CAT--CCACCCTC----AA-ATT-GGA---A--A-A-------A---TA--TC-T--GT----AA--------C-TTCTTC--GAAG--G---TAAAA--T----AA--T-T----T--CCAT------------CAAAATAGCAGGTGCAC---------A--------A------------------C--------------TT-CAC-----------T-CA-T--G--AA---AGAC----ATAC-----AC-------------A------AG-TT-----TTACCGGCA-ATA----AAA-A-CT--GTTCACT----GGTGTT--A-A--AG--ATGTACCCGTGTACCCGGTACAAA-TGATCTCTACT----GAC----AC---A----TGAATAGACAAAC--------AAGAGGATGAGATTCCAGTA
gi|10 : cagcGAA---ATAGT-GAA----------------------GAAGAA--T--GAA-T---GATTT-TT----GAGA----T----ATAG-GTTGAAC-------AATGA---CAACA-TAA------CAACTAC-CC-C-CAACCACCCTC---AAA-ATG-GAA---A--A-A-------T---TA--TC-C--AT----AA--------C-TTTCTT--GAAT--G---CTAAA--A-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------T-G-T--T--A-T--A--TA---AG-T-----TAC-----ACACA----------A------AT-TTTAAGCTT------A-ATC----AAA-T-AT--GTTCATC----TGTATT--A-ATTAA--A---AG-------TCTGG-ATAAA-TTATGCCTAC-------T----AA---A----T-----GACAGAC--------AAT-----GTGATTCCACTAtaaccccaccccctcctaaaacttcttttgctagggatataataattttcattctacatgagttgtctacaaaattcacactgaat
gi|11 : TGCT-CTGAGTAGACTGAT-A----C-ATC------------CGCAGACATG----GCGCGAA---ATCTT-GCA------TT-TGCAATCA---ATGAGGAA--T--AAA-T---GAGCT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGTA-------AATGC---CAACA-TAA------C-----A-GA-T-T--CC-TTC-----AAA-ATATGAT---ATGG-A-------A---TA--TC-T--GC----AA--------C-TTCCGT--GAAT--G---TTAAA--A----GG--T-A----T--C-AT------------T-------------TAA---------A--------A----------------------------------T-AAC----A-AGT--T-TACT--A--TA---AAAA----AAAA-----AC-CA----------AAACATTAG-CT-----CT------C-ACC----AGA-T-TT--GTTCAttcctcccttacactccccaac
gi|12 : ctagatgTGCT-CTGAGTAGACTGAT-A----C-ATC------------CGCAGACATG----GCGCGAA---ATCTT-GCA------TT-TGCAATCA---ATGAGGAA--T--AAA-T---GAGCT-TT----AAGA----T----ATAC-TCGGTA--------AATGC---CAACA-TAA------C-----A-GA-T-T--CC-TTC-----AAA-ATATGAT---ATGG-A-------A---TA--TC-T--GC----AA--------C-TTCCGT--GAAT--G---TTAAA--A----GG--T-A----T--C-AT------------T-------------TAA---------A--------A----------------------------------T-AAC----A-AGT--T-TACT--A--TA---AAAA----AAAA-----AC-CA----------AAACATTAG-CT-----CT------C-ACC----AGA-T-TT--GTTCA
gi|13 : ctagatgGAATTGTT-CTAACAGGACTAAT-ACCTTC-CATA----G--AGCACTTTAA-ATG----GTGAGAAATTATAGC-GAC------TT-TGAGCTCC---TTGATGAATTT--AAA-T---GGTTT-TC-----AGG----C----ATAC-ACTGGAT-------AATGA---CCACA-TAT------------A-GC-A-T--TC-CTCTC---ACA-ATG-AAA---A--AGA-------A---AA--AC-C--ACTTTAAA--------C-TTCCTT--GAAT------TTAAATGA----AA--T-C----T--CCAT---------------------------------------------------------------------------------CT-CAT----T-A-T--T-CA-T--A--CA---AG------ATAC-----ACACA----------A------TGATG-----TT------A-AT------AA-T-GT--G
gi|14 : AA---A--A-AT------A---TA--TC-C--AT----TA--------T-GTTTTT--GAAT--G---TTAAA--A----AAAAT-C----T--CAATCAAAATAGAAGGT-------------AAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAA----T-A-TATT-TA-TCGA--TA---CATT----GTAT-----ACACA----------C------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GT---TC----GGTGTT--ACA--AGATATATAC-------TCTG---------------CATG----GAC----AG---A----CA----GATGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTc
gi|15 : --A-A-------T---TA--TC-C--AT----TA--------TGTTTTTT--GAAT--G---TTAAA--A----AAAAT-C----T--CAAT------------CAAAATAGAAGG--TAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAA----T-A-TATT-TA-TCGA--TA---C-ATTG--ATAC-----ACACA------------------G-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTT-GTC----GGTGTT--ACA--AGT-ATATAC-------TCTG---------CAT-----------GAC----AG---A----CA----GATGAAC--------AAG-----GTGATTCCAGTActcctctaaacttcatttctaggggggtatagtac
gi|16 : CACACTGG-ATG----GAGGAAA---ATAGT-GAC------TA-TGTCCTCA---TCGAAGTA--A--AAG-T---GGTTT-TC----AAGA----TCGAAACAC-TCTTGAC-------AATTA---CAACACTAG------T-----C-CC-C-T--C----------AAA-AT---------------------------------------------------------TT--GAAT--G---TTAAGT-A----AC--T-C----T--CAAT------------CAAAATAGCAGGTGCAC---------A--------A------------------T--------------TT-TAT----T-A-T--T-CA-T--A--TT---AGAT----GTAC-----Atactcctctaaacttcatttctaggggggtat
gi|17 : cT----AA--------C-TTTCTT--GACA--G---T-AAA--A----AA--T-A----T--CAA-------------T-------------CAG---------ACTATGTGTA------------------C--------------AC-CTC----C-A-T--TACA-T-----TA---ATAT----ATAT--------------------A------AG-GT-----AT------ACATC----ACA-T-CT--GTTCATC----AGTTTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTAG-ACAAA-TTATGTTT--------AC----AA---A----CA----GACAGAC--------AAG-----GTGA-CCCAGTtcctttgtgataaagatgtacactg
gi|18 : A----T----CTAC-TCTGGAC-------AACGA---CAACA-TA-------C-----C-CC-C-T--CT-TCAT-T--AAA-ATGCGAAAAGA--A-A-------A---CA--CCTC--G-----AA--------C-CTCCTT--CAGT--GCAACTGAA--G----CA--T-----------AT------------G-------------TAG---------G--------T------------------T--------------TT-CAC----T-A-T--C-CA-T----------AGA-----------------------------------------------C------A-ATC----AAA-T-CT--GCTTATT----GATATT--A-A--TT--ATATAA-------TTTGG-AAAAA-TTTTGTATGTG----G------AG---------G----GAC-------------AG-----ATGATTCCAGTAgactgtgtaaaccccccccccttccccccataatttt
gi|19 : --------C-CTCCCT--AAAT--G---T------A----AA--T-C----T--CAAT------------CAAAACAGCAGGTGCAC---------A--------A------------------C--------------TT-CAT----T-G-T--T-CA-T--A--TA---AGAC----AT-------GCACA----------A------AGCTT-----TT------A-GTC----AAT-T-CT--GTCCATC----AGT-------------------C-------TCTTG-ACAAT-TCATGCCT--T----GA---------------------GACAGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTAt
gi|2 : ccacatT-CCGACGGAGCTAAT-A----CACACA----GCAAACACACTGG-ATG----GTGG--------AGT-GAAGTGATTTT-TGTGCTCA---ATGAA-AA--TTTAAA-C---GTTTT-TTTTTTAT------T----ATAC-TCTAGACTAGAA--AATGA---CTGCA-TATTAACACC-----C-CC-C-C--CC-CCCTCC--AAA-ATG-AAA---A--A-AGAGGAAAA---TA--TC-C--AC----AA--------C-TTCTTT--CAAT--G---TTAAG--A----A-----C----T--CAAA------------G-------------TAACAGGTGCCCA--------G------------------C--------------TT-CAT----T-A-T--T-CA-T--ATCTA---AAAT----ATACATAAAACACA----------A------AG-AT-----TC------A-A-----------------------------TGTT--A-A--AG--ATATA--------------A------TGTGTCTACGAGCTGCC----GG---A----CA----GACGGAC--------AAA-----GTGATCCTACTAtgtcccttccacccccaaacttaagtggggggggg
gi|20 : gGAACAGTTACTGACGGGACTAAT-A----C-CTCCTGCCA--GGCACATGGG-ATG----GTGGGAA---TT-GT-GAA------TC-TGTGCTTA---TTGAAGAA--T--TAA-T---GGTTT-TT----AAAA----T----GTAC-TTTGGAC-------AACAAAATCAAAA-TA-------C-----G-CC-C-T--C------CTA-AAA-ATG-AAA---A--A-A-------A---TA--TT-C--AT----AA--------C-TTCCTT--GAAtatccagtcagcttcttttgttaggatatcgtatgaagattttttgtctgcgtgacgaatcggaggtcgaccacaaaaatca
gi|21 : -A-T--C-CA-C--A--TA---AGAT----GTAC-----AAATATAGATA----A------AG-TT-----TT------A-TTCTTTTAAA-------GTTCTTT----GGTGTT--A-A--AG--ATATAT-------TCTGG-ACAAA-TGATGTATACG----GAT----GG---ACATTCA----GATAGAC--------AAA-----GTGATATTAGTA
gi|22 : AA-ATG-AAA---A--A-A-------AC--TA--TC-C---C----AA--------C-TTTTCT--TAAT--G---TAAAA--A----AA--A-A-------AAAT------------TACCA---------CAA---------A--------AGAACAAG-----------C--------------TTGCAC----TTA-T--A-TA-T--A--TA---AGAT----ATAC-----AC--A----------A------AG-TT-----TT------A-ATT----AAA-TCCT--GTACATC------TGTT--G-A--AA--ATATAC-------TCTAG-ATATA-ATATATTTtatccctcctaaacttcgggaggggtatgata
gi|23 : ----G--GACATCTGGA-TTG----GTAG-AA---ATAGT-GAA------TT-TGTG-TTA----CGAAGAA--T--AAA-T---GGCTTAAT----AA-A----T-----TAA-TCTGGAC-------AATGA---CAGCG-AAC------CGAA--C-CC-C-A--CC-CC
gi|24 : cccccccccccccccccccccccccccccatctctctcgtgggtgGAA---ATAGCCAAA------TC-TGTAACCAATTTCGAACAA--T--AAA-T---GGCTT-AC----AAGACTAAT----GTAGATCTGGAC-------GA-GA---CA---------------------CC-C-T--CT-TT-TCA--AAC-ATG-CAA---A--A-A-------AACCTA--TC-T--AT----AA--------C-TTCCTTTTGAAT--G---TTATA--A----AA--T-T----T--CAAT------------t
gi|25 : tgcgtTAT-----ACACA----------A------AG-TT-----TG------A-ATA----AAA-T-CT--GTTCATTAATTGATGTA--A-A--AG--ATATAC-------T-TGGCACAAA-TTATGTCTTCA----GAC----AG---A----CG----GACAGAC--------AGG-----GTGA
gi|26 : ATAC-------TCTAG-ACAAA-TTATGTCTATT----TAT-----GTCCA----TG----GACAGAC--------AAG-----GTAATTCAAGTAacctccccccctcctac
gi|27 : c-CCCTC---AAA-ATG-GGA---A--A-A-------A---TA--TC-C--AC----AA--------C-TTCCTT--GAAC--G---CT-AA--A----AA--T-C----T--CAAT------------cggtatacccccaccacccctacaaacttt
gi|3 : aca-CTAATGAGACT--T-A----C-CCC------------CACAGA-AAG----GTGGGAA---ATAGT--AA------TT-TGTGCTCA---TTGAA--A--T--AAAAT---GACTT-AT----AAAA----T----ATAT-TTTCGAC-------AATGA---CAATAATAA------C-----A-CTAC-T--TC-CT---T--AAACATA-AAA---A--A-A-------A---TA--TC-C--AT----AA--------C-TTTCTT--GAAT--G---TTAAA--ATCTTAA--T-CAAAATAGCAGT------------TG------------CAG---------A--------A------------------C--------------TT-CAT----T-A-T--C-CA-T--A--TA---AGAT----AT-------GCACA----------A------AGTTT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----GTTATT--A-AG-AG--ATATGT-------TCAGA-ACAAA-TGACGTCTATG----GAG----AA---A----CG----AACGAACAGCATTTGAAG-----GTGATTCCAGTAcagtatagcatgtacacaacttcattgt
gi|31 : cACA----------G------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-TT--GTTCATT----AGTGAT--A-A--AG--ATATAC-------TATGG-ACAtacgcctgcctaaacttgtttgtgaggtgggggtggtat
gi|32 : tG-GCAAAGTCATGTCTACA----GAC----AA---A----CA----AATGGAC--------ACA-----ATGATTCCACTA
gi|4 : tGAAATGTT-CTAACGAGACTAAT-A-------ACA----G--GGTGCTTTGA-ACG----GTGTGAA---ATAAT-GAA------TT-TATGTTCA---ATGAAGAA--T--AAA-T---GGTCT-TC----AAGA----T----ATAC-TCCAGAC-------AATGA---CAACA-TAC------C-----C-CC-C-T--CC-CCCTTTTGGAA-ATG-GAA---A--A-A-------A---TA--CC-C--AT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--G---TTCAA--A----AA--T-C----T--CAAT------------T-------------CAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAC----T-A-T--T-CA-T--A--TA---AGATGATGATAT-----ACACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----AGTGTT--A-A--CG--AAGTGC-------TCTGG-ACAAA-TCATGTCTACA----GTC----AG---A----CA----GATAGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTAta
gi|5 : A-ATG----GTGGGAA---ATAGT-GAA------TT-TATGCTAG---TTGAAG------------------TT-TT------------T----ATGC-TCTGAAC-------AATGA---CAACA-TAA------C-----A-CT-C--------CCT-T--AAA-TTG-AAA---A--A-A-------A---TAAATA-CATGT----A------------TCCAT---AAC--G---TTAAA--A----AA------------AAAT------------T-------------CAA---------A--------ATAGCAGGTCACTG-----C--------------TT-CGT----TTA-T--T-CC-T--A--TAGG-AGAT----ATAC-----ATACATGTATGCATAA------AG-CT-----TT------A-ATC----AAACT-CT--CCTCATC----AGAGTT--G-A--AG-----------------------AAA-TTATGTC----------------G---A----CG----GACAGAC--------AAG-----GTGATTCCAG
gi|6 : agaattgtcctattggttttaatacacattttaaa----GTGAGAA---ATAGT-GAT------AT-TGTGCACG---TTGAAGAA--T--GCA-T---AG-TT-TT----AAG----------ATAC-TCTTTACATGATAAAATGA---CACCA-CCC------C-----CACC-C-C--CC-CTCCCT----------GTA---A--A-A-------A---TA--T--C--AT----AA--------C-ATCATT--GAAT--A---TTAAA--A----AA----C----T--TGA-------------T-------------CAA---------A--------A------------------TAACAGGTACACAAATT-AAT----T-A-T--C-CA-A--T--TA---AGAT----GTACTA---GCACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GCTCAT-----AATGTTGGA-A--AT--ATATAC-------c
gi|7 : actagaactgtcctatcaatggactaatccccccccccccccctctgcatattgggat---GGTTT-TT----AGAA----T----TTAC-TCTGAAC-------TATGT---CAACA-CAA------C-----T-TC-----------------AAA-ATG-GAA---A--A-A-------T---TA--TC-C--AT----AA--------C-TCCTTT--GGCT--G---TTAAA--A----TA--T-C----T--CA-T------------T-------------CAA---------A--------ATAGCAAACTTGTACTTAAC--------------TT-CAT----T-A-T--G-CC-T--A--TATGTAAAT----ATAT-----ACACA----------T------AT-TT-----TT------A-GTC----AAG-T-CTCTGTTAAAC----AATATT--A-A--AG--ATATAT-------TTTTC-ACAAA-TTATACTTAAG----GACGAATGG---A----CA----GACGGAC--------AAG-----ATAATTACAGT
gi|8 : ------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAA--T--AAA-T---GGTTT-AC----AATA----C----ATAT-TTTGGAC-------AATGA---CAACG-TAT------A-----C-CC-C-C--AG-CCCTCC----A-ATG-G-A---A--C-A-------A---CA--TC-T--AT----AA-------------CTT--GAGT--G---TTAAA--AT---AA--T-A----TA-CA--------------T-------------CAG---------A--------ATAAAAGGAGCATCAT---C--------------GT-CACTTATT-A-T--T-CA-C--A--TA-----AT----ATAT-----ACATA----------A------AG-TT-----TT------G-ATA----AAA-G-CT--ATCCCTC----GAT-------A--AA--AT------------------CAAA-TAA-------------AC----AG---A----T---------AAC--------AAG-----AGGATTCCAGTAttacccccaaattagttttcttgggggggggggtataat
gi|9 : AA---ACAGT-GAA------TTGTGTGTTCA---TTGAAGAA--T--AAA-TCAGGGTTT-TT----AAGA----T----ACAC-ACTGGAC-------AATAA---CAAAA-TA-------C-----A-CC-C-T--CA-CCCTCT----A-ATG-GAA---A--A-AC------A---AA--TC-C--TT----AAATACCCCCC-CCCCCC--AAATCAC---TCATA--A----AA--TAG----T--AGAT------------G-------------CAC---------A--------A------------------T--------------TC-CAT----T-A-T--T-GA-T--A--TG---AAAT----GTAC-----ACAC------------------AG-TT-----TT------A-ATA----AAA-T-CT--GATCAAT----AGTGTT--A-G--AG--ATtatcccatataaacttcgattggggt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTCCATTTGGAAGCCTCATGCATTTTCCCGCAAGAATTATTGTTCGTTGAACAAAAAGTC
Unaligned ( gi|29 ): TAACAGACAGATTTACATGGCAATACCAGTGTACTCCTCCACCGTTTCATTTAAAGGGGAGGGGGTAT
Unaligned ( gi|30 ): ACTGATAGACGAACATGGTGATTCCTGTATAATACTTTAATCATTTTTGGCGGGATTAG
Unaligned ( gi|33 ): CAATGGATTTTATCGTTCTAAATATAGTCTAGTAATACATTACAGTAAATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444 1111111 44444444444444444444444444444444444 11111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 0 5 11 0 5 7777777777777777777 555 6 7777 0 444 2 777777 2 1 7777 33 33 2 444 0 2 5555 1 4444 4444 2 2222222 333 4 44444444444444444444444444444444444 2 6 333 55 1 11111111111 22 1 99999999 66666666 1 22 22 333 44 5555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5555555 3 55 1 3 55555 666 6666 777777 2 22222222222222222 5 44444 555555 1 3333 1 1 22 66666 22 4 55 55 77777777 0 55 2 1 666666666666666666666666666666 2 88888888 55555
lowQualScore : . . .. . . ................... ... . .... . ... . ...... . . .... .. .. . ... . . .... . .... .... . ....... ... . ................................... . . ... .. . ........... .. . ........ ........ . .. .. ... .. .... ................................................................................................. . ....... . .. . . ..... ... .... ...... . ................. . ..... ...... . .... . . .. ..... .. . .. .. ........ . .. . . .............................. . ........ .....
lowQualScore : 2 0 44 9 0 8888888888888888888 222 7 1111 2 777 7 222222 5 4 4444 44 44 5 111 8 4 0000 6 7777 7777 2 8888888 999 4 66666666666666666666666666666666666 1 3 555 22 9 11111111111 66 9 66666666 33333333 7 44 55 222 33 7777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8888888 8 22 9 8 55555 000 7777 111111 1 00000000000000000 5 55555 222222 8 9999 8 8 55 55555 99 2 00 00 33333333 1 66 2 1 333333333333333333333333333333 9 55555555 99999
consensus : GAACTGTT-CTGACGGGACTAAT-A----C-CNCA----G--GGCACGCGGA-ATG----GTGGGAA---ATAGT-GAA------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAA--T--AAA-T---GGTTT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGAC-------AATGA---CAACA-TAN------C-----C-CC-C-T--CC-CCCTCT--AAA-ATG-GAA---A--A-A-------A---TA--TC-C--GT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--G---TTAAA--A----AA--T-C----T--CAAT------------T-------------CAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAC----T-A-T--T-CA-T--A--TA---AGAT----ATAC-----ACACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----GGTGTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTGG-ACAAA-TTATGTCTACG----GAC----AG---A----CG----GACGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTA
Reference ( family-2647 ) : GAACTGTT-CTGACGGGACTAAT-A----C-CNCA----G--GGCACGCGGA-ATG----GTGGGAA---ATAGT-GAA------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAA--T--AAA-T---GGTTT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGAC-------AATGA---CAACA-TAN------C-----C-CC-C-T--CC-CCCTCT--AAA-ATG-GAA---A--A-A-------A---TA--TC-C--GT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--G---TTAAA--A----AA--T-C----T--CAAT------------T-------------CAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAC----T-A-T--T-CA-T--A--TA---AGAT----ATAC-----ACACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----GGTGTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTGG-ACAAA-TTATGTCTACG----GAC----AG---A----CG----GACGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTA
gi|1 : ACTGTC-CTAACACGACTAACGA----C-CCC--------GCCAGGCAGA-TTGCGTTGTGAGAA---ATAGT-GAA------TT-TGTGCTCA---CTGAAGAA--T--GCA-T---GGTTT-GT----ACGA----T----ATAC-TCTGGAC-------AATTA---CAATG-TAA------CA----C-CC-CAT--CCACCCTC----AA-ATT-GGA---A--A-A-------A---TA--TC-T--GT----AA--------C-TTCTTC--GAAG--G---TAAAA--T----AA--T-T----T--CCAT------------CAAAATAGCAGGTGCAC---------A--------A------------------C--------------TT-CAC-----------T-CA-T--G--AA---AGAC----ATAC-----AC-------------A------AG-TT-----TTACCGGCA-ATA----AAA-A-CT--GTTCACT----GGTGTT--A-A--AG--ATGTACCCGTGTACCCGGTACAAA-TGATCTCTACT----GAC----AC---A----TGAATAGACAAAC--------AAGAGGATGAGATTCCAGTA
gi|10 : cagcGAA---ATAGT-GAA----------------------GAAGAA--T--GAA-T---GATTT-TT----GAGA----T----ATAG-GTTGAAC-------AATGA---CAACA-TAA------CAACTAC-CC-C-CAACCACCCTC---AAA-ATG-GAA---A--A-A-------T---TA--TC-C--AT----AA--------C-TTTCTT--GAAT--G---CTAAA--A-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------T-G-T--T--A-T--A--TA---AG-T-----TAC-----ACACA----------A------AT-TTTAAGCTT------A-ATC----AAA-T-AT--GTTCATC----TGTATT--A-ATTAA--A---AG-------TCTGG-ATAAA-TTATGCCTAC-------T----AA---A----T-----GACAGAC--------AAT-----GTGATTCCACTAtaaccccaccccctcctaaaacttcttttgctagggatataataattttcattctacatgagttgtctacaaaattcacactgaat
gi|11 : TGCT-CTGAGTAGACTGAT-A----C-ATC------------CGCAGACATG----GCGCGAA---ATCTT-GCA------TT-TGCAATCA---ATGAGGAA--T--AAA-T---GAGCT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGTA-------AATGC---CAACA-TAA------C-----A-GA-T-T--CC-TTC-----AAA-ATATGAT---ATGG-A-------A---TA--TC-T--GC----AA--------C-TTCCGT--GAAT--G---TTAAA--A----GG--T-A----T--C-AT------------T-------------TAA---------A--------A----------------------------------T-AAC----A-AGT--T-TACT--A--TA---AAAA----AAAA-----AC-CA----------AAACATTAG-CT-----CT------C-ACC----AGA-T-TT--GTTCAttcctcccttacactccccaac
gi|12 : ctagatgTGCT-CTGAGTAGACTGAT-A----C-ATC------------CGCAGACATG----GCGCGAA---ATCTT-GCA------TT-TGCAATCA---ATGAGGAA--T--AAA-T---GAGCT-TT----AAGA----T----ATAC-TCGGTA--------AATGC---CAACA-TAA------C-----A-GA-T-T--CC-TTC-----AAA-ATATGAT---ATGG-A-------A---TA--TC-T--GC----AA--------C-TTCCGT--GAAT--G---TTAAA--A----GG--T-A----T--C-AT------------T-------------TAA---------A--------A----------------------------------T-AAC----A-AGT--T-TACT--A--TA---AAAA----AAAA-----AC-CA----------AAACATTAG-CT-----CT------C-ACC----AGA-T-TT--GTTCA
gi|13 : ctagatgGAATTGTT-CTAACAGGACTAAT-ACCTTC-CATA----G--AGCACTTTAA-ATG----GTGAGAAATTATAGC-GAC------TT-TGAGCTCC---TTGATGAATTT--AAA-T---GGTTT-TC-----AGG----C----ATAC-ACTGGAT-------AATGA---CCACA-TAT------------A-GC-A-T--TC-CTCTC---ACA-ATG-AAA---A--AGA-------A---AA--AC-C--ACTTTAAA--------C-TTCCTT--GAAT------TTAAATGA----AA--T-C----T--CCAT---------------------------------------------------------------------------------CT-CAT----T-A-T--T-CA-T--A--CA---AG------ATAC-----ACACA----------A------TGATG-----TT------A-AT------AA-T-GT--G
gi|14 : AA---A--A-AT------A---TA--TC-C--AT----TA--------T-GTTTTT--GAAT--G---TTAAA--A----AAAAT-C----T--CAATCAAAATAGAAGGT-------------AAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAA----T-A-TATT-TA-TCGA--TA---CATT----GTAT-----ACACA----------C------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GT---TC----GGTGTT--ACA--AGATATATAC-------TCTG---------------CATG----GAC----AG---A----CA----GATGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTc
gi|15 : --A-A-------T---TA--TC-C--AT----TA--------TGTTTTTT--GAAT--G---TTAAA--A----AAAAT-C----T--CAAT------------CAAAATAGAAGG--TAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAA----T-A-TATT-TA-TCGA--TA---C-ATTG--ATAC-----ACACA------------------G-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTT-GTC----GGTGTT--ACA--AGT-ATATAC-------TCTG---------CAT-----------GAC----AG---A----CA----GATGAAC--------AAG-----GTGATTCCAGTActcctctaaacttcatttctaggggggtatagtac
gi|16 : CACACTGG-ATG----GAGGAAA---ATAGT-GAC------TA-TGTCCTCA---TCGAAGTA--A--AAG-T---GGTTT-TC----AAGA----TCGAAACAC-TCTTGAC-------AATTA---CAACACTAG------T-----C-CC-C-T--C----------AAA-AT---------------------------------------------------------TT--GAAT--G---TTAAGT-A----AC--T-C----T--CAAT------------CAAAATAGCAGGTGCAC---------A--------A------------------T--------------TT-TAT----T-A-T--T-CA-T--A--TT---AGAT----GTAC-----Atactcctctaaacttcatttctaggggggtat
gi|17 : cT----AA--------C-TTTCTT--GACA--G---T-AAA--A----AA--T-A----T--CAA-------------T-------------CAG---------ACTATGTGTA------------------C--------------AC-CTC----C-A-T--TACA-T-----TA---ATAT----ATAT--------------------A------AG-GT-----AT------ACATC----ACA-T-CT--GTTCATC----AGTTTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTAG-ACAAA-TTATGTTT--------AC----AA---A----CA----GACAGAC--------AAG-----GTGA-CCCAGTtcctttgtgataaagatgtacactg
gi|18 : A----T----CTAC-TCTGGAC-------AACGA---CAACA-TA-------C-----C-CC-C-T--CT-TCAT-T--AAA-ATGCGAAAAGA--A-A-------A---CA--CCTC--G-----AA--------C-CTCCTT--CAGT--GCAACTGAA--G----CA--T-----------AT------------G-------------TAG---------G--------T------------------T--------------TT-CAC----T-A-T--C-CA-T----------AGA-----------------------------------------------C------A-ATC----AAA-T-CT--GCTTATT----GATATT--A-A--TT--ATATAA-------TTTGG-AAAAA-TTTTGTATGTG----G------AG---------G----GAC-------------AG-----ATGATTCCAGTAgactgtgtaaaccccccccccttccccccataatttt
gi|19 : --------C-CTCCCT--AAAT--G---T------A----AA--T-C----T--CAAT------------CAAAACAGCAGGTGCAC---------A--------A------------------C--------------TT-CAT----T-G-T--T-CA-T--A--TA---AGAC----AT-------GCACA----------A------AGCTT-----TT------A-GTC----AAT-T-CT--GTCCATC----AGT-------------------C-------TCTTG-ACAAT-TCATGCCT--T----GA---------------------GACAGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTAt
gi|2 : ccacatT-CCGACGGAGCTAAT-A----CACACA----GCAAACACACTGG-ATG----GTGG--------AGT-GAAGTGATTTT-TGTGCTCA---ATGAA-AA--TTTAAA-C---GTTTT-TTTTTTAT------T----ATAC-TCTAGACTAGAA--AATGA---CTGCA-TATTAACACC-----C-CC-C-C--CC-CCCTCC--AAA-ATG-AAA---A--A-AGAGGAAAA---TA--TC-C--AC----AA--------C-TTCTTT--CAAT--G---TTAAG--A----A-----C----T--CAAA------------G-------------TAACAGGTGCCCA--------G------------------C--------------TT-CAT----T-A-T--T-CA-T--ATCTA---AAAT----ATACATAAAACACA----------A------AG-AT-----TC------A-A-----------------------------TGTT--A-A--AG--ATATA--------------A------TGTGTCTACGAGCTGCC----GG---A----CA----GACGGAC--------AAA-----GTGATCCTACTAtgtcccttccacccccaaacttaagtggggggggg
gi|20 : gGAACAGTTACTGACGGGACTAAT-A----C-CTCCTGCCA--GGCACATGGG-ATG----GTGGGAA---TT-GT-GAA------TC-TGTGCTTA---TTGAAGAA--T--TAA-T---GGTTT-TT----AAAA----T----GTAC-TTTGGAC-------AACAAAATCAAAA-TA-------C-----G-CC-C-T--C------CTA-AAA-ATG-AAA---A--A-A-------A---TA--TT-C--AT----AA--------C-TTCCTT--GAAtatccagtcagcttcttttgttaggatatcgtatgaagattttttgtctgcgtgacgaatcggaggtcgaccacaaaaatca
gi|21 : -A-T--C-CA-C--A--TA---AGAT----GTAC-----AAATATAGATA----A------AG-TT-----TT------A-TTCTTTTAAA-------GTTCTTT----GGTGTT--A-A--AG--ATATAT-------TCTGG-ACAAA-TGATGTATACG----GAT----GG---ACATTCA----GATAGAC--------AAA-----GTGATATTAGTA
gi|22 : AA-ATG-AAA---A--A-A-------AC--TA--TC-C---C----AA--------C-TTTTCT--TAAT--G---TAAAA--A----AA--A-A-------AAAT------------TACCA---------CAA---------A--------AGAACAAG-----------C--------------TTGCAC----TTA-T--A-TA-T--A--TA---AGAT----ATAC-----AC--A----------A------AG-TT-----TT------A-ATT----AAA-TCCT--GTACATC------TGTT--G-A--AA--ATATAC-------TCTAG-ATATA-ATATATTTtatccctcctaaacttcgggaggggtatgata
gi|23 : ----G--GACATCTGGA-TTG----GTAG-AA---ATAGT-GAA------TT-TGTG-TTA----CGAAGAA--T--AAA-T---GGCTTAAT----AA-A----T-----TAA-TCTGGAC-------AATGA---CAGCG-AAC------CGAA--C-CC-C-A--CC-CC
gi|24 : cccccccccccccccccccccccccccccatctctctcgtgggtgGAA---ATAGCCAAA------TC-TGTAACCAATTTCGAACAA--T--AAA-T---GGCTT-AC----AAGACTAAT----GTAGATCTGGAC-------GA-GA---CA---------------------CC-C-T--CT-TT-TCA--AAC-ATG-CAA---A--A-A-------AACCTA--TC-T--AT----AA--------C-TTCCTTTTGAAT--G---TTATA--A----AA--T-T----T--CAAT------------t
gi|25 : tgcgtTAT-----ACACA----------A------AG-TT-----TG------A-ATA----AAA-T-CT--GTTCATTAATTGATGTA--A-A--AG--ATATAC-------T-TGGCACAAA-TTATGTCTTCA----GAC----AG---A----CG----GACAGAC--------AGG-----GTGA
gi|26 : ATAC-------TCTAG-ACAAA-TTATGTCTATT----TAT-----GTCCA----TG----GACAGAC--------AAG-----GTAATTCAAGTAacctccccccctcctac
gi|27 : c-CCCTC---AAA-ATG-GGA---A--A-A-------A---TA--TC-C--AC----AA--------C-TTCCTT--GAAC--G---CT-AA--A----AA--T-C----T--CAAT------------cggtatacccccaccacccctacaaacttt
gi|3 : aca-CTAATGAGACT--T-A----C-CCC------------CACAGA-AAG----GTGGGAA---ATAGT--AA------TT-TGTGCTCA---TTGAA--A--T--AAAAT---GACTT-AT----AAAA----T----ATAT-TTTCGAC-------AATGA---CAATAATAA------C-----A-CTAC-T--TC-CT---T--AAACATA-AAA---A--A-A-------A---TA--TC-C--AT----AA--------C-TTTCTT--GAAT--G---TTAAA--ATCTTAA--T-CAAAATAGCAGT------------TG------------CAG---------A--------A------------------C--------------TT-CAT----T-A-T--C-CA-T--A--TA---AGAT----AT-------GCACA----------A------AGTTT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----GTTATT--A-AG-AG--ATATGT-------TCAGA-ACAAA-TGACGTCTATG----GAG----AA---A----CG----AACGAACAGCATTTGAAG-----GTGATTCCAGTAcagtatagcatgtacacaacttcattgt
gi|31 : cACA----------G------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-TT--GTTCATT----AGTGAT--A-A--AG--ATATAC-------TATGG-ACAtacgcctgcctaaacttgtttgtgaggtgggggtggtat
gi|32 : tG-GCAAAGTCATGTCTACA----GAC----AA---A----CA----AATGGAC--------ACA-----ATGATTCCACTA
gi|4 : tGAAATGTT-CTAACGAGACTAAT-A-------ACA----G--GGTGCTTTGA-ACG----GTGTGAA---ATAAT-GAA------TT-TATGTTCA---ATGAAGAA--T--AAA-T---GGTCT-TC----AAGA----T----ATAC-TCCAGAC-------AATGA---CAACA-TAC------C-----C-CC-C-T--CC-CCCTTTTGGAA-ATG-GAA---A--A-A-------A---TA--CC-C--AT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--G---TTCAA--A----AA--T-C----T--CAAT------------T-------------CAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAC----T-A-T--T-CA-T--A--TA---AGATGATGATAT-----ACACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----AGTGTT--A-A--CG--AAGTGC-------TCTGG-ACAAA-TCATGTCTACA----GTC----AG---A----CA----GATAGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTAta
gi|5 : A-ATG----GTGGGAA---ATAGT-GAA------TT-TATGCTAG---TTGAAG------------------TT-TT------------T----ATGC-TCTGAAC-------AATGA---CAACA-TAA------C-----A-CT-C--------CCT-T--AAA-TTG-AAA---A--A-A-------A---TAAATA-CATGT----A------------TCCAT---AAC--G---TTAAA--A----AA------------AAAT------------T-------------CAA---------A--------ATAGCAGGTCACTG-----C--------------TT-CGT----TTA-T--T-CC-T--A--TAGG-AGAT----ATAC-----ATACATGTATGCATAA------AG-CT-----TT------A-ATC----AAACT-CT--CCTCATC----AGAGTT--G-A--AG-----------------------AAA-TTATGTC----------------G---A----CG----GACAGAC--------AAG-----GTGATTCCAG
gi|6 : agaattgtcctattggttttaatacacattttaaaGGG-ATG-----TGAGAA---ATAGT-GAT------AT-TGTGCACG---TTGAAGAA--T--GCA-T---AG-TT-TT----AAG----------ATAC-TCTTTACATGATAAAATGA---CACCA-CCC------C-----CACC-C-C--CC-CTCCCT----------GTA---A--A-A-------A---TA--T--C--AT----AA--------C-ATCATT--GAAT--A---TTAAA--A----AA----C----T--TGA-------------T-------------CAA---------A--------A------------------TAACAGGTACACAAATT-AAT----T-A-T--C-CA-A--T--TA---AGAT----GTACTA---GCACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GCTCAT-----AATGTTGGA-A--AT--ATATAC-------c
gi|7 : actagaactgtcctatcaatggactaatccccccccccccccctctgcatatt---GGTTT-TT----AGAA----T----TTAC-TCTGAAC-------TATGT---CAACA-CAA------C-----T-TC-----------------AAA-ATG-GAA---A--A-A-------T---TA--TC-C--AT----AA--------C-TCCTTT--GGCT--G---TTAAA--A----TA--T-C----T--CA-T------------T-------------CAA---------A--------ATAGCAAACTTGTACTTAAC--------------TT-CAT----T-A-T--G-CC-T--A--TATGTAAAT----ATAT-----ACACA----------T------AT-TT-----TT------A-GTC----AAG-T-CTCTGTTAAAC----AATATT--A-A--AG--ATATAT-------TTTTC-ACAAA-TTATACTTAAG----GACGAATGG---A----CA----GACGGAC--------AAG-----ATAATTACAGT
gi|8 : ------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAA--T--AAA-T---GGTTT-AC----AATA----C----ATAT-TTTGGAC-------AATGA---CAACG-TAT------A-----C-CC-C-C--AG-CCCTCC----A-ATG-G-A---A--C-A-------A---CA--TC-T--AT----AA-------------CTT--GAGT--G---TTAAA--AT---AA--T-A----TA-CA--------------T-------------CAG---------A--------ATAAAAGGAGCATCAT---C--------------GT-CACTTATT-A-T--T-CA-C--A--TA-----AT----ATAT-----ACATA----------A------AG-TT-----TT------G-ATA----AAA-G-CT--ATCCCTC----GAT-------A--AA--AT------------------CAAA-TAA-------------AC----AG---A----T---------AAC--------AAG-----AGGATTCCAGTAttacccccaaattagttttcttgggggggggggtataat
gi|9 : AA---ACAGT-GAA------TTGTGTGTTCA---TTGAAGAA--T--AAA-TCAGGGTTT-TT----AAGA----T----ACAC-ACTGGAC-------AATAA---CAAAA-TA-------C-----A-CC-C-T--CA-CCCTCT----A-ATG-GAA---A--A-AC------A---AA--TC-C--TT----AAATACCCCCC-CCCCCC--AAATCAC---TCATA--A----AA--TAG----T--AGAT------------G-------------CAC---------A--------A------------------T--------------TC-CAT----T-A-T--T-GA-T--A--TG---AAAT----GTAC-----ACAC------------------AG-TT-----TT------A-ATA----AAA-T-CT--GATCAAT----AGTGTT--A-G--AG--ATtatcccatataaacttcgattggggt
blockSeqs : A TA . CCTTCCATAGAG GCA C . ATT C GTGATT G A ATTT TT TT A CAG A TTTT G CTAA CGAA A ATGATAA AAT C ACAACTACCCCCAACCACCCTCA C T AAG TG G GAGGAAAA AA T ACTTTA ATACCCCC G TT CA CAA TG TCTT TCTCATTCAAAATAGCAAACTTGTACTTAAC G CTTATT G AT A C CGA TGT GATG CATAAA A TGTATGCATAA A TAAGC . C TTTT C C CT AATTG GG C TT AT G GC G T ACGAGCTGCCGGACA A AGCATTTG .
blockSeqs : . TA . CCTCCTGCCAGG GCA C . . . . . A A . . . . . . G . . . TAGAA . A TTAACACCCCCCCCCCCCTCCA . T . TG . AACC . . ATGT . . . . . T T AATCTCAATCAAAATAGAAGGTAAAAAC . CTT G AT . C CGA GG TG CTA A AAACATT C . . . . . . . T . C G T C G . C ACGGATGGACATTCA G . .
blockSeqs : . AG . CACACAGCAAA TTT . . . . . . C A . . . . . . G . . . . . . CCCCCCTCCCCCTTTTGG . C . . . TA . . AT . . . . . . . TATACATCAGAATAAAAGGAGCATCATC . TTT . . . . ATC . . C A AAACATT T . . . . . . . G . . . . C G . T AAGGACGAATGGACA G . .
blockSeqs : . GG . ACAGGG ACT . . . . . . C T . . . . . . G . . . . . . CCCACCCCCCCTCCCT . . . . . AC . . GC . . . . . . . AATCTCAATCAAAATAGAAGGTAAAAC . CA . . . . A . . A A TAGATAA . . . . . . . . G . . . . C G . T ATTTATGTCCATG A . .
blockSeqs : . GG . CATC ACT . . . . . . C T . . . . . . G . . . . . . TACCCCCAGCCCTCC . . . . . CA . . GC . . . . . . . TCTCAATCAAAATAGCAGGTGCACAAT . CA . . . . A . . A A A . . . . . . . . A . . . . A G . C ATGGACAGACA A . .
blockSeqs : . GA . CATC ATG . . . . . . C A . . . . . . A . . . . . . TAGCATTCCTCTCA . . . . . T . . AT . . . . . . . TCTCAATCAAAACAGCAGGTGCACAAC . TT . . . . A . . C A A . . . . . . . . G . . . . C G . T TCAGACAGACG G . .
blockSeqs : . GA . CCCC CTG . . . . . . A T . . . . . . G . . . . . . CCCCCTCTTCATTA . . . . . A . . AT . . . . . . . CTTGATCAAAATAACAGGTACACAAA . AT . . . . A . . T A C . . . . . . . . A . . . . T G . G ATGGAGAAACG A . .
blockSeqs : ACA . . . . . . C T . . . . . . A . . . . . . ACACTACTTCCTTA . . . . . A . . AC . . . . . . . AAAAATTACCACAAAAGAACAAGC . AT . . . . A . . C A A . . . . . . . . G . . . . C G . T ACAGACAAACA A . .
blockSeqs : TTT . . . . . . T A . . . . . . G . . . . . . CACCCTCACCCTCT . . . . . A . . AT . . . . . . . AAATTCAAAATAGCAGGTCACTGC . TT . . . . A . . C A A . . . . . . . . G . . . . C A . T ACAGTCAGACA A . .
blockSeqs : . . . . . . C T . . . . . . G . . . . . . ACAGATTCCTTCA . . . . . T . . AT . . . . . . . CTCAAAGTAACAGGTGCCCAGC . CC . . . . A . . T A A . . . . . . . . A . . . . C G . T GACAGACA G . .
blockSeqs : . . . . . . C T . . . . . . A . . . . . . ACAGATTCCTTCA . . . . . A . . AC . . . . . . . TATCAATCAGACTATGTGTAC . CT . . . . A . . C A A . . . . . . . . A . . . . T G . G ACTAAAT G . .
blockSeqs : . . . . C T . . . . . . T . . . . . . CCCTCTTTTCAA . . . . . A . . AT . . . . . . . TCAAAATAGCAGTTGCAGAAC . TT . . . . A . . C A A . . . . . . . . A . . . . C G . C ACAAACA A . .
blockSeqs : . . . . T T . . . . . . G . . . . . . CGCCCTCCTAA . . . . . A . . AT . . . . . . . TAGTAGATGCACAAT . TT . . . . A . . T A A . . . . . . . . A . . . . C C . C GTGGAGG A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACACTCCCTTA . . . . . A . . AT . . . . . . . TCTCAATTCAAAAC . TT . . . . A . . T A G . . . . . . . . A . . . . C . . T ACAGAT G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . GTCCCCTCA . . . . . A . . AT . . . . . . . TATCATTTAAAA . CT . . . . T . . C A A . . . . . . . . G . . . . T . . T GACG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . ACTTCA . . . . . A . . AT . . . . . . . TATCATTTAAAA . TT . . . . A . . T A A . . . . . . . . A . . . . . . . A TGA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . TT . . . . . . . TATGTAGGTT . TT . . . . A . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . G . . . . . . . TCTCCAT . TT . . . . A . . C . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : CNTCG************** **** ACACCCCCTCA************************ TT***** ****** C******* G* ACGGACGGACG******************* *****
originalCons : GAACTGTT-CTGACGGGACTAAT-A----C-CNCA----G--GGCACGCGGA-ATG----GTGGGAA---ATAGT-GAA------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAA--T--AAA-T---GGTTT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGAC-------AATGA---CAACA-TAN------C-----C-CC-C-T--CC-CCCTCT--AAA-ATG-GAA---A--A-A-------A---TA--TC-C--GT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--G---TTAAA--A----AA--T-C----T--CAAT------------T-------------CAA---------A--------A------------------C--------------TT-CAC----T-A-T--T-CA-T--A--TA---AGAT----ATAC-----ACACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----GGTGTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTGG-ACAAA-TTATGTCTACG----GAC----AG---A----CG----GACGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTA
finalCons : GAACTGTT-CTGACGGGACTAAT-ACNTCG--------------CACGCGGA-ATG----GTGGGAA---ATAGT-GAA------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAA--T--AAA-T---GGTTT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGAC-------AATGA---CAACA-TAACACCCCCTCA------------------------AA-ATG-GAA---A--A-A-------A---TA--TC-C--GT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--G---TTAAA--A----AA--T-C----T--CAAT------------T-------------CAA---------A--------A------------------C--------------TT-CATT-----A-T--T-CA-T--A--TA---AGAT----ATAC-----ACACA----------A------AG-TT-----TT------A-ATC----AAA-T-CT--GTTCATC----GGTGTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTGG-ACAAA-TTATGTCTACGGACGGACG-------------------GACGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTCCATTTGGAAGCCTCATGCATTTTCCCGCAAGAATTATTGTTCGTTGAACAAAAAGTC
Unaligned ( gi|29 ): TAACAGACAGATTTACATGGCAATACCAGTGTACTCCTCCACCGTTTCATTTAAAGGGGAGGGGGTAT
Unaligned ( gi|30 ): ACTGATAGACGAACATGGTGATTCCTGTATAATACTTTAATCATTTTTGGCGGGATTAG
Unaligned ( gi|33 ): CAATGGATTTTATCGTTCTAAATATAGTCTAGTAATACATTACAGTAAATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777 33333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222 22222222222222222
lowQualScore : 4 777 4 4 7777777777777777777777777777777 6 7777 0 444 2 777777 2 1 7777 66 2 444 0 2 5555 555555 4444 2 55555 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999 4 6 55 555 33333333333 22 1 99999999 66666666 1 22 22 333 44 5555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 1 0 55 22 666 6666 77777 111111111111111 5 44444 777777 3333 44 1 66666 33 4 55 55 7777777 55 0 2 0 33333333333333333 5555 6 0 99999999 66666
lowQualScore : . ... . . ............................... . .... . ... . ...... . . .... .. . ... . . .... ...... .... . ..... . .................................................. . . .. ... ........... .. . ........ ........ . .. .. ... .. .... ......................................................................................................................... . . . .. .. ... .... ..... ............... . ..... ...... .... .. . ..... .. . .. .. ....... .. . . . ................. .... . . ........ .....
lowQualScore : 4 000 4 4 5555555555555555555555555555555 7 1111 2 777 7 222222 5 4 4444 99 5 111 8 4 0000 555555 7777 2 66666 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222 2 3 22 222 44444444444 66 9 66666666 33333333 7 44 55 222 33 7777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 9 6 22 66 000 7777 00000 555555555555555 5 55555 000000 9999 33 8 55555 11 4 33 33 2222222 11 1 4 2 88888888888888888 3333 8 6 11111111 22222
consensus : GAACTGTT-CTGACG--GGACTAAT-A-CCC----C-------------G--C-ACGC-GGA-ATG----GTGGGAAAT---AGT-GAA------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAAT--AAA-T---GGTTT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGAC-----AATGACAACA-TA---AC---A-----------CC----CC-------CT---C---------AAA-ATG-GAAA--A---A-------A---TA--TC-C--GT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--GT---TAAA--A----AA--T---C----T--CA-AT------------T-------------CAA------------------A--------------A-------------C--------------TT-C-A-----T-T-ATTCAT--A--TA---AGAT----ATAC-----ACACA----------A----AG-TT-----TTA------ATC----AAA--T-CTGTTCATC----GGTGTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTGG-ACAAA-TTATGTCTACG----GAC----G--GA----CGGACGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTA
Reference ( family-2647 ) : GAACTGTT-CTGACG--GGACTAAT-A-CNT----C-------------G--C-ACGC-GGA-ATG----GTGGGAAAT---AGT-GAA------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAAT--AAA-T---GGTTT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGAC-----AATGACAACA-TA---AC---A-----------CC----CC-------CT---C---------AAA-ATG-GAAA--A---A-------A---TA--TC-C--GT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--GT---TAAA--A----AA--T---C----T--CA-AT------------T-------------CAA------------------A--------------A-------------C--------------TT-C-A-----T-T-ATTCAT--A--TA---AGAT----ATAC-----ACACA----------A----AG-TT-----TTA------ATC----AAA--T-CTGTTCATC----GGTGTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTGG-ACAAA-TTATGTCTACG----GAC----G--GA----CGGACGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTA
gi|1 : ACTGTC-CTAACA--CGACTAACGA-CCC----C-------------G--CCAGGC-AGA-TTGCGTTGTGAGAAAT---AGT-GAA------TT-TGTGCTCA---CTGAAGAAT--GCA-T---GGTTT-GT----ACGA----T----ATAC-TCTGGAC-----AATTACAATG-TA---AC---A-----------CC----CCATCCACCCT---C---------AAA-TTG-GAAA--A---A-----------TA--TC-T--GT----AA--------C-TTCTTC--GAAG--GT---AAAA--T----AA--T---T----T--CC-AT--------------------------CAA------------------A--------------A-------------TAGCAGG--------TG-C-ACAACTT-C-ACTCAT--G--AA---AGAC----ATAC-----ACA-----------------AG-TT-----TTACCGGCAATA----AAA--A-CTGTTCACT----GGTGTT--A-A--AG--ATGTACCCGTGTACCCGGTACAAA-TGATCTCTACT----GACACATG--AA----TAGACAAAC--------AAGAGGATGAGATTCCAGTA
gi|10 : cagcGAAAT---AGT-GAA----------------------GAAGAAT--GAA-T---GATTT-TT----GAGA----T----ATAG-GTTGAAC-----AATGACAACA-TA---AC---AACTACCCCCAACCA---CC-------CT---C---------AAA-ATG-GAAA--A---A-------T---TA--TC-C--AT----AA--------C-TTTCTT--GAAT--GC---TAAA--A---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T-GTT-AT--A--TA---AG-T-----TAC-----ACACA----------A----AT-TTTAAGCTTA------ATC----AAA--T-ATGTTCATC----TGTATT--A-ATTAA--A---AG-------TCTGG-ATAAA-TTATGCCTACT----AA---------A----T-GACAGAC--------AAT-----GTGATTCCACTAtaaccccaccccctcctaaaacttcttttgctagggatataataattttcattctacatgagttgtctacaaaattcacactgaat
gi|11 : TGCT-CTGAGT--AGACTGAT-A-CAT----C-------------------CGC-AGACATG----GCGCGAAAT---CTT-GCA------TT-TGCAATCA---ATGAGGAAT--AAA-T---GAGCT-TT----AAGA----T----ATAC-TCTGGTA-----AATGCCAACA-TA---ACAG-A-----------TT----CC-------TT---C---------AAA-ATATGATATGG---A-------A---TA--TC-T--GC----AA--------C-TTCCGT--GAAT--GT---TAAA--A----GG--T---A----T--C--AT------------T-------------TAA------------------A--------------A-------------T--------------AA-C-AAGT--T-T-ACT-AT--A--AA---AAAA----AAAC------CAAA----------ACATTAG-CT-----CTC------ACC----AGA--T-TTGTTCAttcctcccttacactccccaac
gi|12 : ctagatgTGCT-CTGAGT--AGACTGAT-A-CAT----C-------------------CGC-AGACATG----GCGCGAAAT---CTT-GCA------TT-TGCAATCA---ATGAGGAAT--AAA-T---GAGCT-TT----AAGA----T----ATAC-TCGGTA------AATGCCAACA-TA---ACAG-A-----------TT----CC-------TT---C---------AAA-ATATGATATGG---A-------A---TA--TC-T--GC----AA--------C-TTCCGT--GAAT--GT---TAAA--A----GG--T---A----T--C--AT------------T-------------TAA------------------A--------------A-------------T--------------AA-C-AAGT--T-T-ACT-AT--A--AA---AAAA----AAAC------CAAA----------ACATTAG-CT-----CTC------ACC----AGA--T-TTGTTCA
gi|13 : ctagatgGAATTGTT-CTAACA--GGACTAAT-A-CCT----TCCATAGA------G--C-ACTT-TAA-ATG----GTGAGAAATTATAGC-GAC------TT-TGAGCTCC---TTGATGAATTTAAA-T---GGTTT-TC----AGG-----C----ATAC-ACTGGAT-----AATGACCACA-TATA-GC---A-----------TT----CCT------CT---C---------ACA-ATG-AAAA--AG--A-------A---AA--AC-C--ACTTTAAA--------C-TTCCTT--GAAT---T---TAAATGA----AA--T---C----T--CC-AT------------C-------------------------------------------------------------------------------T-C-A-----T-T-ATTCAT--A--CA---AG------ATAC-----ACACA----------A----TGATG-----TTA------AT------AA--T-GTG
gi|14 : AAA--A---AT------A---TA--TC-C--AT----TA--------T-GTTTTT--GAAT--GT---TAAA--A----AAAAT---C----T--CA-ATCAAAATAGAAGGT-------------AAA------------------A--------------A-------------C--------------TT-C-AA----TAT-ATTTATCGA--TA---CATT----GTAT-----ACACA----------C----AG-TT-----TTA------ATC----AAA--T-CTGT---TC----GGTGTT--ACA--AGATATATAC-------TCTG---------------CATG----GAC----A--GA----CAGATGGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTc
gi|15 : --A---A-------T---TA--TC-C--AT----TA--------TGTTTTTT--GAAT--GT---TAAA--A----AAAAT---C----T--CA-AT------------CAAAATAGAAGG--TAA------------------A--------------A-------------C--------------TT-C-AA----TAT-ATTTATCGA--TA---C-ATTG--ATAC-----ACACA----------------G-TT-----TTA------ATC----AAA--T-CTGTT-GTC----GGTGTT--ACA--AGT-ATATAC-------TCTG---------CAT-----------GAC----A--GA----CAGATGAAC--------AAG-----GTGATTCCAGTActcctctaaacttcatttctaggggggtatagtac
gi|16 : --C-ACAC-TGG-ATG----GAGGAAAAT---AGT-GAC------TA-TGTCCTCA---TCGAAGTAA--AAG-T---GGTTT-TC----AAGA----TCGAAACAC-TCTTGAC-----AATTACAACACTA--------G-----------TC----CC-------CT---C---------AAA-AT--------------------------------------------------------TT--GAAT--GT---TAAGT-A----AC--T---C----T--CA-AT------------CAAAATAGCAGGTGCAC------------------A--------------A-------------T--------------TT-T-A-----T-T-ATTCAT--A--TT---AGAT----GTAC-----Atactcctctaaacttcatttctaggggggtat
gi|17 : cT----AA--------C-TTTCTT--GACA--GT----AAA--A----AA--T---A----T--CA-AT--------------------------CAG------------------ACTATGTGTAC----A-------------C--------------CT-CCA-----T-T-A--CAT-----TA---ATAT----ATAT-----A-------------------AG-GT-----ATAC-----ATC----ACA--T-CTGTTCATC----AGTTTT--A-A--AG--ATATAC-------TCTAG-ACAAA-TTATGTTT--------AC----A--AA----CAGACAGAC--------AAG-----GTGA-CCCAGTtcctttgtgataaagatgtacactg
gi|18 : A----T----CTAC-TCTGGAC-----AACGACAACA-TA--------------------CC----CC-------CT---CTTCATT---AAA-ATGCGAAA--AGAAA-------A---CA--CCTC--G-----AA--------C-CTCCTT--CAGT--GCAACTGAA--G----CA--T--------------AT------------G-------------TAG------------------G--------------T-------------T--------------TT-C-A-----C-T-ATCCAT--A--------GAC----A-----------------------------------------------ATC----AAA--T-CTGCTTATT----GATATT--A-A--TT--ATATAA-------TTTGG-AAAAA-TTTTGTATGTG----GAG----G--GA----C-----------------AG-----ATGATTCCAGTAgactgtgtaaaccccccccccttccccccataatttt
gi|19 : --------C-CTCCCT--AAAT--GT---------A----AA--T---C----T--CA-AT------------CAAAACAGCAGGTGCAC------------------A--------------A-------------C--------------TT-C-A-----T-T-GTTCAT--A--TA---AGAC----AT-------GCACA----------A----AGCTT-----TTA------GTC----AAT--T-CTGTCCATC----AGT-------------------C-------TCTTG-ACAAT-TCATGCCT--T----GA----------------GACAGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTAt
gi|2 : ccacatT-CCGACG--GAGCTAAT-A-CACACAGC-------------AAAC-ACAC-TGG-ATG----GTGG--------AGT-GAAGTGATTTT-TGTGCTCA---ATGAA-AATTTAAA-C---GTTTT-TTTTTTAT------T----ATAC-TCTAGACTAGAAAATGACTGCA-TATTAAC---A-----------CC----CC-------CC---CCCCCCTCC-AAA-ATG-AAAA--A---AGAGGAAAA---TA--TC-C--AC----AA--------C-TTCTTT--CAAT--GT---TAAG--A----A-------C----T--CA-AA------------G-------------TAACAGGTGCCC---------A--------------G-------------C--------------TT-C-A-----T-T-ATTCAT--ATCTA---AAAT----ATACATAAAACACA----------A----AG-AT-----TCA------A----------------------------TGTT--A-A--AG--ATATA--------------A------TGTGTCTACGAGCTGCC----G--GA----CAGACGGAC--------AAA-----GTGATCCTACTAtgtcccttccacccccaaacttaagtggggggggg
gi|20 : gGAACAGTTACTGACG--GGACTAAT-A-CCT----CCTGCCAG------G--C-ACAT-GGG-ATG----GTGGGAATT----GT-GAA------TC-TGTGCTTA---TTGAAGAAT--TAA-T---GGTTT-TT----AAAA----T----GTAC-TTTGGAC-----AACAAAATCA-AA---AT---A-----------CG----CC-------CT---CCTA------AAA-ATG-AAAA--A---A-------A---TA--TT-C--AT----AA--------C-TTCCTT--GAAtatccagtcagcttcttttgttaggatatcgtatgaagattttttgtctgcgtgacgaatcggaggtcgaccacaaaaatca
gi|21 : -ATCCAC--A--TA---AGAT----GTAC-----AAATATAGATA----A----AG-TT-----TTA------TTCTTTTAAA------GTTCTTT----GGTGTT--A-A--AG--ATATAT-------TCTGG-ACAAA-TGATGTATACG----GAT----G--GACATTCAGATAGAC--------AAA-----GTGATATTAGTA
gi|22 : AA-ATG-AAAA--A---A-------AC--TA--TC-C---C----AA--------C-TTTTCT--TAAT--GT---AAAA--A----AA--A---A-------AA-AT------------TACCA---------CAA------------------A--------------AGAACAAG------C--------------TTGC-AC----T-T-ATATAT--A--TA---AGAT----ATAC-----AC--A----------A----AG-TT-----TTA------ATT----AAA--TCCTGTACATC------TGTT--G-A--AA--ATATAC-------TCTAG-ATATA-ATATATTTtatccctcctaaacttcgggaggggtatgata
gi|23 : -GGA-TTG----GTAG-AAAT---AGT-GAA------TT-TGTG-TTA----CGAAGAAT--AAA-T---GGCTTAAT----AA-A----T-----TAA-TCTGGAC-----AATGACAGCG--A---ACCGAA-----------CC----CC-------
gi|24 : cccccccccccccccccccccccccccccatctctctcgtgggtgggacatctGAAAT---AGCCAAA------TC-TGTAACCAATTTCGAACAAT--AAA-T---GGCTT-AC----AAGACTAAT----GTAGATCTGGAC-----GA----------G---AC---A-----------CC----CT-------CTTTTC---------AAACATG-CAAA--A---A-------AACCTA--TC-T--AT----AA--------C-TTCCTTTTGAAT--GT---TATA--A----AA--T---T----T--CA-AT------------acccct
gi|25 : tgcgtTAT-----ACACA----------A----AG-TT-----TGA------ATA----AAA--T-CTGTTCATTAATTGATGTA--A-A--AG--ATATAC-------T-TGGCACAAA-TTATGTCTTCA----GAC----A--GA----CGGACAGAC--------AGG-----GTGA
gi|26 : ATAC-------TCTAG-ACAAA-TTATGTCTATT----TAT----GTCCA----TGGACAGAC--------AAG-----GTAATTCAAGTAacctccccccctcctac
gi|27 : c---A-----------CA----CC-------CT---C---------AAA-ATG-GGAA--A---A-------A---TA--TC-C--AC----AA--------C-TTCCTT--GAAC--GC---T-AA--A----AA--T---C----T--CA-AT------------cggtatacccccaccacccctacaaacttt
gi|3 : -CTAATG--AGACT--T-A-CCC----C-------------------CAC-AGA-AAG----GTGGGAAAT---AGT--AA------TT-TGTGCTCA---TTGAA--AT--AAAAT---GACTT-AT----AAAA----T----ATAT-TTTCGAC-----AATGACAATAATA---AC---A-----------CTACT-TC-------CT---T---------AAACATA-AAAA--A---A-------A---TA--TC-C--AT----AA--------C-TTTCTT--GAAT--GT---TAAA--ATCTTAA--T---CAAAATAGCA-GT------------TG------------CAG------------------A--------------A-------------C--------------TT-C-A-----T-T-ATCCAT--A--TA---AGAT----AT-------GCACA----------A----AGTTT-----TTA------ATC----AAA--T-CTGTTCATC----GTTATT--A-AG-AG--ATATGT-------TCAGA-ACAAA-TGACGTCTATG----GAG----A--AA----CGAACGAACAGCATTTGAAG-----GTGATTCCAGTAcagtatagcatgtacacaacttcattgt
gi|31 : cACA----------G----AG-TT-----TTA------ATC----AAA--T-TTGTTCATT----AGTGAT--A-A--AG--ATATAC-------TATGG-ACAtacgcctgcctaaacttgtttgtgaggtgggggtggtat
gi|32 : tG-GCAAAGTCATGTCTACA----GAC----A--AA----CAAATGGAC--------ACA-----ATGATTCCACTA
gi|4 : tGAAATGTT-CTAACG--AGACTAAT-AACAG----G-------------G--T-GCTT-TGA-ACG----GTGTGAAAT---AAT-GAA------TT-TATGTTCA---ATGAAGAAT--AAA-T---GGTCT-TC----AAGA----T----ATAC-TCCAGAC-----AATGACAACA-TA----C---------------CC----CC-------CT---CCCCCTTTTGGAA-ATG-GAAA--A---A-------A---TA--CC-C--AT----AA--------C-TTCCTT--GAAT--GT---TCAA--A----AA--T---C----T--CA-AT------------T-------------CAA------------------A--------------A-------------C--------------TT-C-A-----C-T-ATTCAT--A--TA---AGATGATGATAT-----ACACA----------A----AG-TT-----TTA------ATC----AAA--T-CTGTTCATC----AGTGTT--A-A--CG--AAGTGC-------TCTGG-ACAAA-TCATGTCTACA----GTC----A--GA----CAGATAGAC--------AAG-----GTGATTCCAGTAta
gi|5 : A-ATG----GTGGGAAAT---AGT-GAA------TT-TATGCTAG---TTGAAG----------------TT-TT------------T----ATGC-TCTGAAC-----AATGACAACA-TA---AC---A-----------CT----CC-------CT---T---------AAA-TTG-AAAA--A---A-------A---TAAATA-CATGT----A------------TCCAT---AAC--GT---TAAA--A----AA--------------AA-AT------------T-------------CAA------------------A--------------ATAGCAGGTCACTGC--------------TT-C-G-----T-TTATTCCT--A--TAGG-AGAT----ATAC-----ATACATGTATGCATAA----AG-CT-----TTA------ATC----AAAC-T-CTCCTCATC----AGAGTT--G-A--AG-----------------------AAA-TTATGTC------------------GA----CGGACAGAC--------AAG-----GTGATTCCAG
gi|6 : agaattgtcctattggttttaatacacattttaaaGAACTGTC-CTATCAATGGACTAAT-C-CCC----CCCCCCCCCCCTCTG--C-ATATTGGG-ATG-----TGAGAAAT---AGT-GAT------AT-TGTGCACG---TTGAAGAAT--GCA-T---AG-TT-TT----AAG----------ATAC-TCTTTAC------ATGATAAAA-TG---AC---ACCACCCCCACCCC----CC-------CT---C-------------CCT-GTAA--A---A-------A---TA--T--C--AT----AA--------C-ATCATT--GAAT--AT---TAAA--A----AA------C----T--TG-A-------------T-------------CAA------------------A--------------A-------------TAACAGGTACACAAATT-A-A-----T-T-ATCCAA--T--TA---AGAT----GTACTA---GCACA----------A----AG-TT-----TTA------ATC----AAA--T-CTGCTCAT-----AATGTTGGA-A--AT--ATATAC-------c
gi|7 : acta---GGTTT-TT----AGAA----T----TTAC-TCTGAAC-----TATGTCAACA-CA---AC------------------------------TT---C---------AAA-ATG-GAAA--A---A-------T---TA--TC-C--AT----AA--------C-TCCTTT--GGCT--GT---TAAA--A----TA--T---C----T--C--AT------------T-------------CAAAATAGCAAACTTGTACTTA--------------A-------------C--------------TT-C-A-----T-T-ATGCCT--A--TATGTAAAT----ATAT-----ACACA----------T----AT-TT-----TTA------GTC----AAGTCT-CTGTTAAAC----AATATT--A-A--AG--ATATAT-------TTTTC-ACAAA-TTATACTTAAG----GACGAATG--GA----CAGACGGAC--------AAG-----ATAATTACAGT
gi|8 : ------TT-TGTGCTCA---TTGAAGAAT--AAA-T---GGTTT-AC----AATA----C----ATAT-TTTGGAC-----AATGACAACG-TAT--AC---C-----------CCCAG-CC-------CT---C----------CA-ATG-G-AA--C---A-------A---CA--TC-T--AT----AA-------------CTT--GAGT--GT---TAAA--AT---AA--TATACA---T--CAGAA------------T-------------AAA------------------AGGAGCATCATCGTCA-------------C--------------TT---A-----T-T-ATTCAC--A--TA-----AT----ATAT-----ACATA----------A----AG-TT-----TTG------ATA----AAA--G-CTATCCCTC----GATttacccccaaattagttttcttgggggggggggtataat
gi|9 : AAAC---AGT-GAA------TTGTGTGTTCA---TTGAAGAAT--AAA-TCAGGGTTT-TT----AAGA----T----ACAC-ACTGGAC-----AATAACAAAA-T----AC---A-----------CCCTCACC-------CT---C----------TA-ATG-GAAA--A---AC------A---AA--TC-C--TT----AAATACCCCCC-CCCCCC--AAATCACT---CATA--A----AA--TA--G----T--AG-AT------------G-------------CAC------------------A--------------A-------------T--------------TC-C-A-----T-T-ATTGAT--A--TG---AAAT----GTAC-----ACAC----------------AG-TT-----TTA------ATA----AAA--T-CTGATCAAT----AGTGTT--A-G--AG--ATaaaatcaaataaacagataacaagaggattccagtatatcccatataaacttcgattggggt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTCCATTTGGAAGCCTCATGCATTTTCCCGCAAGAATTATTGTTCGTTGAACAAAAAGTC
Unaligned ( gi|29 ): TAACAGACAGATTTACATGGCAATACCAGTGTACTCCTCCACCGTTTCATTTAAAGGGGAGGGGGTAT
Unaligned ( gi|30 ): ACTGATAGACGAACATGGTGATTCCTGTATAATACTTTAATCATTTTTGGCGGGATTAG
Unaligned ( gi|33 ): CAATGGATTTTATCGTTCTAAATATAGTCTAGTAATACATTACAGTAAATG