lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2222 1 11111 111111111111 11 444444444444444444 1 111 22222 111111111111111 11 22222222222 333333333333333333333333333333333333333333333 11111111 55555555555 111111111 2222222222222222222222222222222 111 1111 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444 55555555 1 44444444444444444444 111 2222222222 111111111 1 1 22222222222222222 1111111 1 11111 11 2222222 2222 777
lowQualScore : 11 66 666 1111 1 2 33 33 00000 2 2 2 2 444 3 6666 666666666666 2 2 4 55 333333333333333333 2 3 000 2 2 2 33 0 00000 5 555555555555555 2 5 33 2 66 66 9 5 33 7777 1 444 888 88888888888 1 888 000000000000000000000000000000000000000000000 77777777 4 8888 4 55 8888 4 777 4 777 88888888888 3 3 444444444 7 6666666666666666666666666666666 3 111 3 1 2 1111 55 3 999 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111 1 66666666 44 3 0 999999 8888 7 4444 0 88888888888888888888 66666 2 444 2 777 2 2 33 33 5555 999 3 8888888888 666666666 8888 66 1 3 2 66 00000000000000000 33 1 2 3333333 4 3 5 4 2 44444 0 11 1 66 8888888 9999 000
lowQualScore : .. .. ... .... . . .. .. ..... . . . . ... . .... ............ . . . .. .................. . . ... . . . .. . ..... . ............... . . .. . .. .. . . .. .... . ... ... ........... . ... ............................................. ........ . .... . .. .... . ... . ... ........... . . ......... . ............................... . ... . . . .... .. . ... . .................................................. . ........ .. . . ...... .... . .... . .................... ..... . ... . ... . . .. .. .... ... . .......... ......... .... .. . . . .. ................. .. . . ....... . . . . . ..... . .. . .. ....... .... ...
lowQualScore : 88 11 444 2222 8 7 44 44 99999 5 6 5 5 444 4 5555 555555555555 4 4 7 66 999999999999999999 5 4 111 7 7 5 44 8 22222 0 666666666666666 5 0 99 7 55 33 1 3 77 7777 1 777 555 00000000000 6 333 888888888888888888888888888888888888888888888 88888888 4 5555 0 55 5555 0 000 0 000 33333333333 6 4 555555555 3 8888888888888888888888888888888 6 999 6 0 0 0000 00 6 999 6 11111111111111111111111111111111111111111111111111 4 33333333 66 3 4 666666 5555 2 5555 5 77777777777777777777 22222 5 444 5 000 2 4 22 44 9999 666 3 3333333333 000000000 5555 11 1 2 2 99 55555555555555555 88 3 1 0000000 0 9 4 0 0 00000 4 00 9 99 8888888 7777 000
consensus : CAAGTTAT-AAN-TGT---GTTGGGAT-GCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-TCCGAAATGGT-GA-C---AGAGAAA---TATAT---------C--G-AG-T-CC-AGAAATAGACTTGGGA--TN-CT------GA-ATTCAAC-C-TAAAAACT-AAAT-T-TGGTTGAAA--TCCG---ACA-AACT----------TC-A-T-TTT-TTG-C-AGCCAT--TTTGAA-A--TGG---CGGCCATC---TTGAA---ACA--GT-C-----GAAAATT--NAA-CAT--AAGAAATGCTA-ATTAGAT--ANT-C---A-GATA---GATATG--A----A-TTGT----GTA-CCCT--C----A-ACTG---AC-CA---CAGAAAC-----CAAA-TGATG---------TA-GA----GA-TT--TTAGCA-C----TT------TGA-TACATTTCC--G-TACATGGCGG---CC--AT-TTTGAAAAT-GGCGGC---------TC-AA----TTTG-TT---TGATTGC--T-------GGAAATGAACTCT--AGGG-TCATCAAA--TT-ACCCTA-----AAAA--TNAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TA-ATTTT-T----T-C-TT-----T-T---T-GG--CCGCCAT-TTT--G--AA---TCGGCGGCCATTTT-GAAA----N-----TT---------G----ATTGCA--CCCCTCCTCANGACCCCC--TATC--ACCC--CAC-AA---AGTTTGAATTGAATC------TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCCTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATGAAACATATGAA---AGAA
Reference ( gi|2 ) : CAAGTTAT-GAA-TGT---GTTGGGGC-ACCAACAAAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCT-A--TG-TCTGAAATGGT-GA-C---AGAAAAA---CATAT---------C--G-AG-T-CA-AGAAATAGACTTCAAA--TA-AT------AA-ATGCAAC-T-TAAAAACT-AAAT-T-TGGTTGAAA--TCCG---TTA-AACT----------TT-A-T-TTT-TTG-C-AGTAAT--TTTGTA-A--TGA---CGGCCATC---TTGAA---ACA--GT-C-----GAAAACT--TAA-TAT-TACGAAATGCTAAATTAGAT--AAT-T---A-GATA---AATATC--A----A-TTGT----GTA-CCCT--C----A-ACTG---AC-CA---C-----C-----CAAA-TAATG---------TA-GA----AA-TT--TTATCA-T----TG------TGA-TACATTTCT--G-TATATGGCGA---CC--AT-TTTGTAAAT-GACAGC---------TC-AA----TTTG-TT---TAATTAT--T-------GGAAATGAACTCTCGAGAGCTCATCAAA--TT-ACTCTA-----GAAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGATAAC---CTT--TA-ATTTT-T---AT-C-TT-----T-T---T-GT--CCGCCAT-TTT--G--AA---TTGGCAGCCATTTT-GAAA----C-----TT---------G----ATTGCA--CCCCTCCTTATGAACCCC--TATC--AGCC--AAT-AA---AATTTGAATTGGATT------TG-TTAAAGCACTTTCA-T-AA---A-TCGTGCGGACAAGTTCAGCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAGTATATGAATTTAGAA
gi|25 : CAAGTTATTGAACTGT---GTTGGGAT-GCCAACACAAA-TGTCCACGAAAAC--C--TTCCC-A--TA-TCCGTAATGGT-GA-C---AGAGAAA---CATAT---------T--G-AG-T-C
gi|5 : AAGTTAT-AAC-TCT---GTTGGGAT-GCCAACACGAA-AGTCCCCGAACAG--C--TCCCC-T--TC-TCCGAAATGGT-GA-C---AAAGAAA---TGTAT---------C--G-AG-T--------GTAGA----------G-AT------GA-ATTCAAC-C-TAAAAACT-AAAT-T-TGGTTGAAA--TC-------A-AAC----------------T-TTC-TTA-C-AGTCAT--TTTGAA-A--TGG---CGGCCAAC---TTGAA---ACA---T-T-----G--AACTACTGA-TCT-TA-AAGATAC---ACT-GAT---GT-T---A-G-------ATATG--A----A-ATAT----GTA-CCCT--C----A-ACTG---AC-CA---C-----A-----TAAA-Tca
gi|3 : AGTTTT-AAA-TGT---GTTGGGGT-GCCAACAAAAA-TGTACCCGAACGC--C--CCCCC-CCCTA-TCTTAAATGGT-GA-C---ACAGAGA---CATAT---------C--G-AG-TACA-A-AAATAGACTTCGAA--TC-CT------AA-ATGCAAC-C-TAAAAACT-GAA-----GGCTGAAA--TCCG---TTA-AACT----------TT-A-T-TTT-TTG-C-AGCAAT--TTTGTA-A--AGT---CGGCCATC---TTGAA---ACA--GT-G-----GGAAATT--TGA-TAT-AAAGTAATACT--ATT----------------GATA---GATATC--A----A-TTGT----ATA-CCCT--C----A-AATG---ACACAGATC-----C-----CAAA-TGATG---------TA-GA----AA-GC--TTATCA-T----TT------TGA-TACAATTCT--G-TATATGGCGG---CC--AT-TTTCAAAAT-GCCGAC---------TC-AA----TTTGTTT---TAATTGC--T-------GGAAATGAA--CTCGAGA--TCATCAAA--TT-ACCCTA-----GAAA--AGAAA--TGGTTGAAATCCGACAACGTATTT--TT-TTTTT-T---AC-CTTT-----T-T---T-GT--CCGCAAA-TTT--G--AA---TTGTCAGCCATTTT-GAAA----C-----TT---------G----ATTGCA--CCCCGTCGTATGACCCCC--TATC--AGTC--CAC-AATTGAATTTAGATTAGATC------TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCAGGACTAAAGAAG--AGcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggtgtcgaaatgttagtatattgatatattttgatatatggggcgattttgaaaatggcggcttaaatgtttgatgctgtaaatgaactctagatcattaaattatccaaggaataacattatgttgaaatccaacaaccttgatttttcggcggtcattttgtaaattggaaaagttgattgcacctctcctaaggacccctatcaccccacgaagtttgaattgaatttgttgaagcatgatcataaattcgtacggaaaaaa
gi|1 : AGTTTT-AAA-TGT---GTTGGGAT-GCCTACGCAAA-TGTCCCCGAACAT--C--TCCCC-A--TG-TCCAAAATGGC-GA-C---ATAGAAA---TATAT---------A--G-AG-T-CC-AGAAATATACTTGGGA--TT-CT------GA-ATTTAAC-A-TAAAAACT-AAAT-T-TGGTTGGAA--TCTA---ACA-AACA----------TC-A---TTT-TTG-C-AGCCAT--TTTGAA-A--TGA---CAGTCATC---TTGAA---ACA--TT-G-----GAAAATT--TAA-CA---AAGAAATGCT------GAT----T-C-------TA---GATATG--A----A-TTGT----GAA-CCCT--C----A-ATTC---AC-CA---CAGAGAC-----CAAA-TGATG---------CA-GA----TA-AT--TTAGCA-T----TT------ATA-TATATTTAA--G-TATATAGTGG---TC--AT-TTCAAAAAT-GGCGAC---------TC-AA----TTTT-TT---TTAATGC--T-------GTAAATGAACCC---AGGG-TCATCAGA--TT-TTCCTA-----GAAA--TCAAA---GGATGAAATGCG--------------A-GT-------------TT-----T-T---T-GG--CTGCAAT-CTT--A--AA---TATGTTGCCATTTT-GAAA----A-----TTTCAAAAGTGG----ATTTCA--CCACTCCCTAGGATCTCC--TATC--ACCT--AAC-AA---AGTTTGAATTGAATC------TG-TTAAAGCATGCTCA-TAAA---A-AGGTGCTAACAGATTTCTTACTAAAGAAG--AATAATAAG----ATGA
gi|15 : AGTTAT-AAC-TGT---GTTGGGAT-GCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-TCCGAAATGGT-GA-C---AGAGAAG---TATAT---------T--GTGG-T-C--AGAAATAGACTTGGGA--TC-CT------GA-GTTCAAC-C-TAAAAACT-GAA--T-TGGTTGAAA--TTCA---ATA-AACT----------TC-A-T-TTTGTGG-C-AATCGT--TTTGAA-A--TGG---CGGCCATC---TTgcagaaaaacaatttgtccctgacacgaccttttcagggatata
gi|13 : AGTCAT-AAG-TCT---GTTGGG-------ATAGATA-TGTCCGCGAACAC--C--TCTCC-A--AG-TCTAACATAGT-GA-C---AGAGAAA---CATAC---------A--G-AG-T-TC-AGAAATAGACTTGGGA--T--CT------GA-ATGCCAC-C-TAAAAACT-AAAT-T-TGATTGAAA--TCCG---ACC-AATT----------TC-A-T-TTT-TT--C-AGCCAT--TTTGTA-A--C--------------------A---ACA--GT-C-----GGAAACT--GAA-TAT-AAAGAA
gi|22 : AGTTTT-AAA-TGT---GTTGGGAT-GACAACGCAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCA-A--TG-TTCAAAATCGT-GA-C---AGAGAAA---TATAT---------T--G-AC-T-CC-AGAAATAGATATGAGA--TT-CT------TA-ATTCAACAT-TA
gi|16 : GTTAT-AAC-TGTAGTGTTGGTAT-GTCAACACAA--TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-CCGGAAATAGT-GA-C---AGAGAAG---TATAC---------C--G-A--T-CGCAGAAATAGACTTGGGA--TT-CT------GA-ATCCAAC-C-AAAAAGTT-GAAT-T-TGGTTGAAA--TCAG---ACA-CATT----------TC-A-T-TTTGTGG-C-ATTTAT--TTTGAA-A--TGG---CGGC
gi|20 : cTTAT-AAC-TGT---CTTGGGAT-ACTAACCCATA-TGTCCCCGAACACACC--TCTCC-A--TG-TCCGAAATGGT-GA-C---AGAGAAA---TAGTT---------T--G-AG-T-CC-AGAAATAGACTCGTGA--TT-CT------GA-ATTCAAC-C-TAAAAACT-AAAT-T-TGGTTGAAA--TCCA---ACA-AACT----------TC-A-CATTT-TTG-
gi|23 : TAT--AA-T-T---GTTGGAGAGACCAG-AGTGA-GGTGTCCGAACAT--C--ACCCTTA--TC-TCCGAAATGGT-GA-C---AGAGAAATACCAGATAATAAGATGT--G-AG-T-CC-AGAAATAGACTT
gi|11 : T---GTTGGGAT-GCCAACACAAATTGT-CCCGAAC-C--C--TCCCC-AT-TGTTCTAAAATGGT-GA-CCAGAGAAAAT---TAAAT---------T--G-AG-T-CC-AGAAATAAAgggatttct
gi|32 : TGGAAT-GCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--T--TTCCtctgggatttgtgtaccctaaattaatcactgaagggaaataaagtaaagatttttagcacctttcatgcatttccgatacatgtggccatatttgaaaatgggcggctcaaatttgtttttttggatg
gi|8 : CAACACAAA-CGTTCCCAAGCAC--C---CCCT----TG-TCAAAACTGGT--------AGTAAAG---CATAT---------TTTG-AA-C-CC-ATAAATGGAATT-GGG--TGCGT------GA-ATTCA-C-TATAAAAATT-GAAT-T-TGGTTGAAT--TTCG---ATG-AATT----------TG-A-T-TTT-TGG-C-AGCAGT--TTTGAA-A--TGT---TGGCAATC---TTGAA---ACA--TT-T-----GAAAATT--GAA-TG-----GAAA-G-------AAAT--ACT-T---ATGCTA---GAAATG--A----A-CTGT----GAG-CCCT--CGACTA-ACTGCACAC-AA---C-----T-----CAAA-T--TA---------TACGA----GA--T--TTAGCA-T----TT------TGA-TGTATTTCC--G-TGAATGGCCG---CC--AT-TCTAAAAAT-GGCGGC---------T
gi|4 : AAA-TGTCCCCGAACAT--CGATCCCT-G--TT-GCCAAGATGGTAGAGC---AGGGAAG---TATAC---------T--A-TG-G-CA-GAGAATAGACCT-GGG--CA-ATCTTCTGAA-CTTCAAC-G-TAAAAATTGAAATAT-TGGTTGGAAATTCCG---ACA-ATCT----------TTTA-T-TTT-GTGGC-AGCCATG-TCTGAAGA--TGA---CCGC----------------CA--AT-C-----AAATTTT--TAAGTAT-----AAATG--AAAT--------AT-C---T-GACCCGCAGTACT--ACTGGACTTG-----GTG-TCCT--C----A-ACTC---AC-CA---CAGAA-C-----TAAACTGATG---------TAAGATT--AT-TT--TTAGCA-C----TT------TGACTACATTTCC--G-TATATGG-GG---CCTTAT-TTT-TGAAT-AATGGTGTGCGTTATTC-------TTTG-TTCTTTGATTTG--TCCA----GGAAATAAAGTCTCAAGGGGTCATCAAA--TT-AC-CTACTCAGAAAA--TAAAAT----TTGAAGTTTGA-AAT---TTT--TC-ACGTT-T--------TT-----T-T---C-GG--CCACCAT-C-------AA---TTGAC
gi|24 : AA-TGTCCCCGAAAAC--C--TCCCC-A--TG-TCCG-AATGGT-GA-C---AGAGAA-----ATAT---------C--G-AG-T-CC-AGAAATAAATATGGAA--TC-CT------GA-ACGCAGC-C-TAtaaaagggtgtgctattttggaaaacagattttcgtaagttggattgcactttcgcatgacctcaggagcccatactcattaacatccatacaaagatcgaaatgaat
gi|18 : agttatagctgtgtt--C--TCC---A--TG-TCTGATATGGT-AA-C---AGAGAAA---TA-----------------AA-T-TT-AGAAATAGACTTTGGA--TT-CT------GA-ATTCAAC-C-TAAAAACT-AAAT-T-TGGTTGAAA--TCCA---ACA-AACT----------TC-ACT-TTC-TTG-C-AGCCAT--TTTGAA-A--TGG---TGGCCACC---TTGAA---ACA--GT-------GGAAATT--GAA-CAT-AAAGAGATAC
gi|19 : -A--TG-TTTGAAATTGT-GA-C---AGAGAAA---TATAT---------T--G-AG-T-CC-AGAAATAGACTTGAGA--TT-CT------GA-ATTCAGC-C-TTATAGCT-AAAT-T-TGGTTGAAA--TTTA---ACA-AACT----------TC-AGT-TTC-TTG-C-AGTCAT--TTTGAA-A--TGA---CGGCCATT---TTGAA---ACA--TT-G-----GAAAATT--GAA-CAT-
gi|9 : GAAAAA---AAAAT---------T--G-TGATGCC-AGAAATGAACTCGGGG--TC-ATC-----AA-AT-TACC-A-TAAAAATA-AAAT-T-TGGTTGGAA--TCCG---ACA-ACCT----------TA-A-T-TTT-TT---------T--TTTACATATTTGA---CCGCCATC---TTGAA---aaag
gi|7 : accctaaattattcacagaacggaaataaagtagaatttttaacactttgatgcatttccgtacatggcggccattttGAAATGAACT-CAGGGTCA-GT------AA-AT-TACC-C-TAGAAATA-AAAT-T-TGGTTGAAA--TCTG-----ACAACT----------TTGA-C-TTT-TTA-C--GT--T--TTT-------CGG---CTGCCATC---TTGAATCGGCG--GT-CATTTTGAAAATT--Ttcggctgttggaagttggaggtacacctcctcatgaccccctacaaagtttgaattggatctgttgaagcactttcactaaacggtgcggacaagttcatcacta
gi|6 : gtcatcttgaaacattggaaaattgaacatatagaaatactgatgctacaggtagatatgaattgtgcaccctcaactgaccacataaaccaaatgatgtagagatttgagcactttgatacatagcggccatttggaaaatggcgtctcgggttttttgtttatttgttttacactgA-GT------AACATTCAAC-T-TAAACACT----T-TCTGG--GGAT--TCCGAATTTA-ACCTAAAAATTCAGTT-GGT-TTC-TTG-CTAGCCATAAGTTGTA-A--TGATGGCGGCCAGTGCGTTGAAC--ACACTGTGCTGG--GAGGACA--CAA--ATATATGAA----CACAT-AAAT--AAA-C---ACGATA---AACATG--A----A-GTATAATTGTA-TCTTGAC----ACGCTG---AC-AA---A-----A-----CAA--TAATGCGATATTATTA-GACTGGAG-AT--CTAT-A-T----TG------T-A-TACAGTGCA--G-TACATGGCAATGTCC--AT-TT-GAAAAT-GGTGG---------------------TG-TC---TATTTAC--T---------AACTGAG---TAAGGAGTCAATCAAAAATT-AC-CTA-----AAAAAATAAAATTTG-TTGAAATCCGACAGC---CTT--TG-TTTTT-C---ACGC-TT-----T-T---C-GG--CCGCCATCTTT--G--GA---TCGACGATCATTTTAAAAA----T-----TT---------G----ATTGCAATCCCGTC--TAGGACGCCC--TACCCTGGACATAAC-AC---AAGTTGAA--GAATTGATCGGTG-TTAAG--ATGTTCA-T-AAGATA-TCG-ACGGACAAATTCCTCACT-AAGAAGAAAGGAATcgaaagttgattgcacccttcccatgaccccctatatcaccccacaaagttttaactgaatctgtttgaagcatgttcataagattgtgcgtacaaatttctcactaaagaagagaaatattaagaataaaacatttttaaaacaatatgtccccgacaccacgcgtttgg
gi|31 : -AAAT-T--GGTTGAAA--TC-----TTACAACC----------TTGA-T-TTT-TT--T-AG-ATT--TTTTTA-A--TGG---CCACCATT---TT
gi|28 : -TGGTTGGAA--TCCG---ACA-ACCT----------TG-A-T-TTT-TTG-T-A--CAT--ATT-------TGG---CCGCCATC---TTGAA---TCGGCGT-T-----GAAA
gi|7 : GTCATC---TTGAA---ACA--TT-G-----GAAAATT--GAA-CATATA-GAAATACT------GAT--GCTAC---A-GGTA---GATATG--A----A-TTGT----GCA-CCCT--C----A-ACTG---AC-CA---CATAAAC-----CAAA-TGATG---------TA-GA----GA-TT--TGAGCA-C----TT------TGA-TACAT-------------AGCGG---CC--AT-TTGGAAAAT-GGCGTC---------TC-GGGTTTTTTG-TT---TATTTGT--TTTACACTGGAAATGAACTC---AGGG-TCAGTAAA--TT-ACCCTA-----GAAA--TAAAATTTGGTTGAAATCTGACAAC---TTT--GA-CTTTT-T---AC-G-TT-----T-T---TCGG--CTGCCAT-CTT--G--AA---TCGGCGGTCATTTT-GAAAATTTCGAAAGTT---------G----ATTGCA--CCCTTCC-CATGACCCCCTATATC--ACCC--CAC-AA---AGTTTTAACTGAATC------TGTTTGAAGCATGTTCA-T-AAG--A-TTGTGCGTACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGAAATATTAAGAATAAAACATgtgg
gi|11 : AAATTAAATTGAGT-CCAGA-AATA---AATCTGGGA----T-TTGT----GTA-CCCT--A----A-ATTA---AT-CA---C-----TGAAGGGAAA-TAAAG---------TA-AA----GATTT--TTAGCACC----TT------TCA-TGCATTTCC--GATACAT-GTGG---CC--ATATTTGAAAATGGGCGGC---------TCAAA----TTTG-TT---T--TT-T--T-------GGAttttaaaacaatatgtccccgacaccacgcgtttgg
gi|12 : tgttgggatgccaacacaaattgtcccgaaccctccccattgttctaaaatggtgaccagagaTA---GATATG--A----A-T-AT----ATAACCCT--C----A--TTG---AC-AA---CAGAAAC-----AAAA-TGATG---------TG-GA----GC-CTGTTTAGCA-C----T-------TGA-TACACTTATCAG-T-TATG-CGG---TC--AA-TT-G-AAAT-GACGGC---------tg
gi|21 : ttgtatatatctatgaaaaatactgatgcGT----GTA-CCCA--C----A-ATTG---AC-CA---CAGAAAT-----CAAA-TAATG---------TA-GA----TA-T-----ATCA-TATTTTGGATTTCTGA-TACATTTCC--G-TACTTGACGG---CC--AT-TTTGAAGAT-GG-GGC---------TT--A----TTTG-Tatacaaatggctgatgtgtaaaatttaattatttatctatttttatgtaatgctggaaat
gi|9 : AAA-TAAAG---------TA-GA----AT-TT--TTAACA-C----TT------TGA-TGCATTTCC--G-TACATGGCGG---CC--AT-TTTGAAAAA-AA----------------AA----TT-G-T-----GAT-GC--C-------AGAAATGAACTC----GGGGTCATCAAA--TT-ACCATA-----AAAA--TAAAATTTGGTTGGAATCCGACAAC---C-T--TA-ATTTT-T---TT-T-TTACATAT-T---T-GA--CCGCCAT-CTT--G--AA---TCGGC-----TGTT-GGAA----G-----TT---------G----GAGGTA--CACCTCCTCATGACCCCC--T------------AC-AA---AGTTTGAATTGGATC------TG-TTGAAGCACTTTCACT-AA---A-CGGTGCGGACAAGTTCATCACTAatgtaaactgtg
gi|5 : accctaaattattcacagaacggTG---------TC-GA----AA-TG--TTAGTA-T----AT------TGA-TATATTTTG--A-TATATGG-GG---CG--AT-TTTGAAAAT-GGCGGC---------TT-AA----AT-G-TT---TGAT-GC--T-------GTAAATGAACTCT--AGA--TCATTAAA--TT-ATCCAA-----GGAA--TAACATTATGTTGAAATCCAACAAC---C-T--TG-AT-------------TT-----T-T---C-GG--CGGTCAT-TTT--GTAAA---TTGG-----------AAAA----G-----TT---------G----ATTGCA--CCTCTCC-TAAGGACCCC--TATC--ACCC--CAC-GA---AGTTTGAATTGAATT------TG-TTGAAGCATGATCA-T-AA---ATTCGTACGGAAAA
gi|10 : aagttataactctgttgggatgccaacacgaaagtccccgaacagctccccttctccgaaatggtgacaaagaaatgtatcgagtgtagagatgaattcaacctaaaaactaaatttggttgaaatcaaactttcttacagtcattttgaaatggcggccaacttgaaacattgaactactgatcttaaagatacactgatgttagatatgaaatatgtaccctcaactgaccacataaatcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagg----TTTT-TT---TAAT-GC--T-------GGAAATGAACTC----GGGGTCATCAAA--TT-ACCCTA-----GATA--TAAAATTTAGTTAAAATCTAACAAC---CTTGATA-ATTGA-C---GT-T-CT-----T-T---T-GG--CCGCCAT-CTT--G--AC---TTGAAA---ATTTT-GAAA----G-----TT---------G----AATGCA--CCCCTCCTCATGACCCCC--TATT--AGCC--CAC------------------ATT------TA-TTGAAGCACTGTCA-TAAA---A-TCGCACGGAAAAGCTCAGCACT-AAGGAG--AGGAATGAT----AGGAAGaa
gi|29 : aatatggcggatcagctgggatTTATGCT-------GGAAATAAACCC---AGGG-TCATCAAA--TT-ACCGTA-----------------------GAAATCCGACAAC---CTT--GA-ATTTT-A---AT-acaacaaaaacaatatgtttccgacactacg
gi|18 : ttT--T-------AGAAATAGACTTTGGA---TTC-TGAAT--TC-AACCTA-----AAAA--CTAAATTTGGTTGAAATCCAACAAA---CTT--CA--------------C-TT-----TCT---T-G---CAGCCAT-TTT--G--AA---ATGGTGGCCACCTT-GAAA----C-----gt
gi|20 : ctccatgtctgatatggtaacagagaaataaatGAAATAGACTCGTGA---TTC-TGAAT--TC-AACCTA-----AAAA--CTAAATTTGGTTGAAATCCAACAAA---CTT--CACATTTT-T---agtggaaattgaacataaagagatac
gi|8 : ttataactgtcttgggatactaacccatatgtccccgaacacacctctccatgtccgaaatggtgacagagaaatagtttgagtccaAA--TTCACTATA-----AAAA--TTGAATTTGGTTGAATTTCGATGA----ATT--TG-A--------------TT-----T-T---T-GG--CAGCAGT-TTT--G--AAATGTTGGCA---ATCTT-GAAA----CAT---TT---------G----Ag
gi|15 : caacacaaacgttcccaagcacccccttgtcaaaactggtagtaaagcatattttgaacccataaatggaattgggtgcgtgCTA-----AAAAC-TGAA--TTGGTTGAAATTCAATAAA---CTT--CA-----------------T-----T-T---T-GTGGCAATCGT-TTT--G--AA---ATGGCGGCCATCTT-aaattgaatggaaagaaatacttatgctagaaatgaactgtgagccctcgactaactgcacacaactcaaattatacgagatttagcattttgatgtatttccgtgaatggccgccattctaaaaatggcggct
gi|13 : agttataactgtgttgggatgccaacacaaatgtccccgaacacctccccatgtccgaaatggtgacagagaagtatattgtggtcagaaatagacttgggatcctgagttcaacCTA-----AAAA--CTAAATTTGATTGAAATCCG---AC---C-----A-ATT--------T-C-AT-----T-T---T-TT--CAGCCAT-TTT--G--
gi|16 : agtcataagtctgttgggatagatatgtccgcgaacacctctccaagtctaacatagtgacagagaaacatacagagttcagaaatagacttgggatctgaatgccacA-----AAAG--TTGAATTTGGTTGAAATCAGACA-C---ATT--TC-ATTTTGT---GG-C-AT-----T-T--------------AT-TTT--G--AA---ATGGCGGCtaacaacagtcggaaactgaatataaagaa
gi|19 : cgttataactgtagtgttggtatgtcaacacaatgtccccgaacacctccccatgccggaaatagtgacagagaagtataccgatcgcagaaatagacttgggattctgaatccaaccaAAATTTGGTTGAAATTTAACAAA---CTT--CA-GTTTC-T---------------------T-G---CAGTCAT-TTT--G--AA---ATGACGGCCATTTT-GAAA----CA----TT---------GGAAAATTGAA--C
gi|31 : atgtttgaaattgtgacagagaaatatattgagtccagaaatagacttgagattctgaattcagccttatagctAAATT-GGTTGAAATCTTACAAC---CTT--GA-TTTTT-TTAGAT-T-TT-----T-TTAAT-GG--CCACCAT-TTT--ataaag
gi|28 : TGGTTGGAATCCGACAAC---CTT--GA-TTTTT-T---GTACATA-----T-T---T-GG--CCGCCAT-CTT--G--AA---TCGGC
gi|8 : --CCGCCAT-TTTTAG--AA----TGGCGGCCATTgttgaaagtgg
gi|14 : caacacaaacgttcccaagcacccccttgtcaaaactggtagtaaagcatattttgaacccataaatggaattgggtgcgtgaattcactataaaaattgaatttggttgaatttcgatgaatttgatttttggcagcagttttgaaatgttggcaatcttgaaacatttgaaaattgaatggaaagaaatacttatgctagaaatgaactgtgagccctcgactaactgcacacaactcaaattatacgagatttagcattttgatgtatttccgtgATTTC-GAAA----G-----TT---------G----ATTGCA--CCCCTCCTCAGGACCCCC--TATC--ACTC--CAC-GA---AG-TTGAATTTAATC------TG-TTGAAGCATGTTCA-TAAA---A-TTGTGCGGACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGGAATct
gi|27 : ccgaaa--AATGAA---AATT--ATTTGGATC------TG-TTGAAGCACTTTTA-T-AA---AATCGTGCGGACAAGATCAGCACTAACGAAG--Atttgagaagaaaacaaaaacagtatgtccccgcaatatgtccccgacactacgtgtgcgggggc
gi|26 : tgGAACTGAATC------TG-------CACTTTTA-C-AA---AGTCGCGCGGACAAATTTCTCATTAGAGAAG--AGGAAT--T----ATAAAA---ATGAA---AGAA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGCCAGCCATTTATTGAAAAATTTCAAAGTTGATTGCTATAAAGAAATACTTATCGTGAAAATGAATTGTGACCCTTAACTGAAGCATAGGAAATCAAATGAAGTAGATATTTTGATACCTCGATCAAATATCCGTATAGGCACTCTATGTTTGATAAAATGGCGGAACACTTTTCTTT
Unaligned ( gi|30 ): ACTAAAGAAGAGGAATAATAAGCAAAAACAATATGTCCCCGACACCACGTGTTCGGGGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 11111111111 1111 11111 111 11 888888888888888888888888888888 11111111111 11111111111 22222222222222222222 111 1111111 2222 11111 444444444444444444 111111 111111111 111111 33333333333 111111111111 1 11111 1111111 111 333
lowQualScore : 44 1 555 2 5 33 33 2 55 2 33 2 4 33 111111111111111 2 2 33 777 2 2 3 3 44 0 22222222222 6 3 2222 3 3 77 3 77 4 77777 555 44 999 33333 5 44 1 77777 3 111 3 00 3 111111111111111111111111111111 0 55 3 55 3 3 7777 5 44 3 777 3 0 1 3 44 1 2 88888888888 3 3 44444444444 3 3 3 3 44 2 3 0 0 5555 3 44 3 6 1 33 2 2 2 22222222222222222222 000 1 4 0 8888888 7777 99 4 55 55 55 4 55 2 777 555 33333 44 555555555555555555 7777 7777 55 99999 888888 888888888 000000 55555555555 4 8888 55 2 1 1 55 4 444444444444 1 3 666 555 2 55 3 1 3 0 11111 4 33 0 66 7777777 111 555
lowQualScore : .. . ... . . .. .. . .. . .. . . .. ............... . . .. ... . . . . .. . ........... . . .... . . .. . .. . ..... ... .. ... ..... . .. . ..... . ... . .. . .............................. . .. . .. . . .... . .. . ... . . . . .. . . ........... . . ........... . . . . .. . . . . .... . .. . . . .. . . . .................... ... . . . ....... .... .. . .. .. .. . .. . ... ... ..... .. .................. .... .... .. ..... ...... ......... ...... ........... . .... .. . . . .. . ............ . . ... ... . .. . . . . ..... . .. . .. ....... ... ...
lowQualScore : 66 0 444 9 0 44 44 4 66 4 22 4 7 22 222222222222222 4 5 22 888 5 5 1 1 22 2 99999999999 2 1 7777 1 3 99 3 99 5 77777 444 22 222 00000 2 22 0 77777 1 555 1 44 3 222222222222222222222222222222 4 00 6 00 6 6 1111 6 22 1 888 1 3 7 1 22 5 6 77777777777 1 1 66666666666 1 1 1 1 22 1 1 5 2 5555 1 22 1 2 5 99 9 9 9 11111111111111111111 000 4 4 8 5555555 0000 55 0 55 55 55 9 55 4 333 888 11111 66 666666666666666666 7777 8888 55 99999 444444 222222222 111111 00000000000 0 5555 55 3 0 6 55 0 999999999999 6 6 444 888 1 00 6 4 6 9 99999 7 11 8 11 6666666 222 000
consensus : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG--ATT--C-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAACTT---------C-A-T-TTT----TTG-C-AGCCAT--TTTG-AA--ATGNCGGCC-----ATC---T--TGAA---ACA----NTCGAAAAT--TGA-----A-CA-T-A-A--GAA-ATGCT-AA--T---CAGAT--A-TC---A-GATAGAT--A-TG--AA-T-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTAGANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT--AGAAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----CGGCCGCCAT-C--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GAAA-----GTT-----------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAA-ACATATGAATTTAGAA
Reference ( family-2637 ) : CAAGTTAT--AANTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG--ATN--C-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAACTT---------C-A-T-TTT----TTG-C-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-----ATC---T--TGAA---ACA----GTCGAAAAT--TNA-----A-CA-T-A-A--GAA-ATGCT-AA--T---TAGAT--ANTC---A-GATAGAT--A-TG--AA-T-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTAGAGA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT--AAAAA--TNAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----TGGCCGCCAT-T--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GAAA-----NTT-----------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCCTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATGAA-ACATATGAA---AGAA
gi|1 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGCCTACGCAAA-TGTCCCCGAACAT--C--TCCCC-A--TG-T--CCAAAATGGC-GA-CATAGAAA--TAT-----------AT-AGAGTC-CAGA-AATATACTTGGG--ATT--C-TGAA-TTTAACATAAAAACT-AAAT-TTGGTTGGAA--TCTAACAAACAT---------C-A---TTT----TTG-C-AGCCAT--TTTG-AA--ATGACAGTC-----ATC---T--TGAA---ACA----TTGGAAAAT--TTA-----A-CA---A-A--GAA-ATGCT-GA--T------------TC-------TAGAT--A-TG--AA-T-TGT----GAACCCT--CA-ATTCAC--CACAG-AGACCAAA-TGA--TGCAGATA----A------T-TTAGCA-TT-----------T-AT-A-T-ATATT--TAAG-TATATAGT---G-GTC--A-T-TTCA--AA-AAT-GGCG-AC-----TC-A------A----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGTAAATGAAC-CC---AGGG--TCA-TCAGA--TTTTC--CT--AGAAA--TCAAA---GGATGAAATGCG--------------AGT-------------T---T------TT----TGGCTGCAAT-C--TTA--AAT----ATGTT-GCCATTTT---------GAAA-----ATTTCAAAAGTG--GATTTC-ACC----ACT--CCCTAGGATCTCC--TA-TC----A-------CCTAACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTAAAGCATGCTCA-TAAA---A-AGGTGCTAACAGATTTCTTACTAAAGAAG--AATAATAAG----ATGA
gi|10 : --AA-TAT-GGCG-GA-----TC-AGCTGGGA----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT--AGATA--TAAAATTTAGTTAAAATCTAACAAC---CTTGATAATTGACGT-T----C----T------TT----TGGCCGCCAT-C--TTG--ACT----TGAAA----ATTTT---------GAAA-----GTT-----------GAATGC-ACC----CCT--CCTCATGACCCCC--TA-TT----A-------GCCCAC--------------------ATT--TA-TTGAAGCACTGTCA-TAAA---A-TCGCACGGAAAAGCTCAGCACT-AAGGAG--AGGAATGAT----AGGAAGACAgcagaaaaacaatttgtccctgacacgaccttttcagggatata
gi|11 : T---GTTGG-GATGCCAACACAAATTGT-CCCGAAC-C--C--TCCCC-AT-TGTT--CTAAAATGGT-GACCAGAGAAAATTAA-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAAATCTGGG--ATT----TG---TGTACCCTAAAacaaaaacaatatgtttccgacactacg
gi|11 : TCTAAAATGGTGA-----C-CA---G-A--GAA-A------A--T---TAAATTGAGTCCAGA-AATAAAT--C-TGGGAT-T-TGT----GTACCCT--AA-ATTAAT--CACTG-AAGGGAAA-TAA--AGTAAAGAT---T------T-TTAGCACCT-----------T-TC-A-T-GCATT--TCCGATACAT-GT---G-GCC--A-TATTTG--AA-AATGGGCG-GC-----TCAA------A----TTTG---TTTttaatcactgaagggaaataaagtaaagatttttagcacctttcatgcatttccgatacatgtggccatatttgaaaatgggcggctcaaatttgtttttttggatg
gi|12 : tgttgggatgccaacacaaattgtcccgaaccctccccattgtAAAT--ACTG---ATGCTAGAT--A-TG--AA-TATAT----A-ACCCT--CA--TTGAC--AACAG-AAACAAAA-TGA--TGTGGAGC----CTG----T-TTAGCA-C------------T-TG-A-T-ACACTTATCAG-T-TAT-GC---G-GTC--A-A-TT----GA-AAT-GACG-GC-----ttttggatg
gi|13 : ttgtatatatctatgaaAGTCAT--AAGTCT---GTTGG-GAT------AGATA-TGTCCGCGAACAC--C--TCTCC-A--AG-T--CTAACATAGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AC-AGAGTT-CAGA-AATAGACTTGGG--AT---C-TGAA-TGCCACCTAAAAACT-AAAT-TTGATTGAAA--TCCGACCAATTT---------C-A-T-TTT----TT--C-AGCCAT--TTTG-TA--AC------------------------A---ACA----GTCGGAAAC--TGA-----A-TA-T-A-A--AGA-Aatacaaatggctgatgtgtaaaatttaattatttatctatttttatgtaatgctggaaat
gi|14 : ATTTC---------GAAA-----GTT-----------GATTGC-ACC----CCT--CCTCAGGACCCCC--TA-TC----A-------CTCCACG-A---AG-TT--GAATTTAATC--TG-TTGAAGCATGTTCA-TAAA---A-TTGTGCGGACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGGAAT
gi|15 : ccgaaaAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AT-TGTGGT-CAGA-AATAGACTTGGG--ATC--C-TGAG-TTCAACCTAAAAACT-GAA--TTGGTTGAAA--TTCAATAAACTT---------C-A-T-TTTG---TGG-C-AATCGT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-----ATC---T--Ttttgagaagaaaacaaaaacagtatgtccccgcaatatgtccccgacactacgtgtgcgggggc
gi|16 : GTTAT--AACTGTAGTGTTGG-TATGTCAACACAA--TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-C--CGGAAATAGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AC-CGA-TCGCAGA-AATAGACTTGGG--ATT--C-TGAA-TCCAACCAAAAAGTT-GAAT-TTGGTTGAAA--TCAGACACATTT---------C-A-T-TTTG---TGG-C-ATTTAT--TTTG-AA--ATGGCGGC
gi|17 : cTGCCAGCC-----ATT---TATTGAA---AAA----TTTCAAAGT--TGATTGCTA-TA---A-A--GAA-ATACT-TA--T---C-------GTG---A-AA-------A-TG--AA-T-TGT----G-ACCCT--TA-ACTGAAG-CATAGGAAATCAAA-TGA--AGTAGATA----T------T-TTGATA-CC-----------T-CG-A-TCAAATA--TCCG-TATA-GGC---ACTCT--A-TGTTTGATAA-AAT-GGCG-G
gi|18 : CTCC-A--TG-T--CTGATATGGT-AA-CAGAGAAA--TA-----------------AATT-TAGA-AATAGACTTTGG--ATT--C-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAACTT---------C-ACT-TTC----TTG-C-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGTGGCC-----ACC---T--TGAA---ACA----GT-GGAAAT--TGA-----A-CA-TAA-A--GAG-ATACaacacttttcttt
gi|19 : -A--TG-T--TTGAAATTGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTTGAG--ATT--C-TGAA-TTCAGCCTTATAGCT-AAAT-TTGGTTGAAA--TTTAACAAACTT---------C-AGT-TTC----TTG-C-AGTCAT--TTTG-AA--ATGACGGCC-----ATT---T--TGAA---ACA----TTGGAAAAT--TGA-----A-CA-T-A-A--
gi|2 : CAAGTTAT--GAATGT---GTTGG-GGCACCAACAAAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCT-A--TG-T--CTGAAATGGT-GA-CAGAAAAA--CAT-----------AT-CGAGTC-AAGA-AATAGACTTCAA--ATA--A-TAAA-TGCAACTTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGTTAAACTT---------T-A-T-TTT----TTG-C-AGTAAT--TTTG-TA--ATGACGGCC-----ATC---T--TGAA---ACA----GTCGAAAAC--TTA-----A-TATT-A-C--GAA-ATGCTAAA--T---TAGAT--AATT---A-GATAAAT--A-TC--AA-T-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CAC------CCAAA-TAA--TGTAGAAA----T------T-TTATCA-TT-----------G-TG-A-T-ACATT--TCTG-TATATGGC---G-ACC--A-T-TTTG--TA-AAT-GACA-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTAA-TTA-------TTGGAAATGAACTCTCG-AGAGC-TCA-TCAAA--TTACT--CT--AGAAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGATAAC---CTT--TAATT--TTTAT----CT---T------TT----TGTCCGCCAT-T--TTG--AAT----TGGCA-GCCATTTT---------GAAA-----CTT-----------GATTGC-ACC----CCT--CCTTATGAACCCC--TA-TC----A-------GCCAATA-A---AATTT--GAATTGGATT--TG-TTAAAGCACTTTCA-T-AA---A-TCGTGCGGACAAGTTCAGCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAA-GTATATGAATTTAGAAag
gi|20 : TTAT--AACTGT---CTTGG-GATACTAACCCATA-TGTCCCCGAACACACC--TCTCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAG-----------TT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTCGTG--ATT--C-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAACTT---------C-A-CATTT----TTG-
gi|21 : GT----GTACCCA--CA-ATTGAC--CACAG-AAATCAAA-TAA--TGTAGATA----TATCATAT-TTTGGA-TT-----------TCTG-A-T-ACATT--TCCG-TACTTGAC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-GAT-GG-G-GC-----TT--------A----TTTG---TATG
gi|22 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGACAACGCAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCA-A--TG-T--TCAAAATCGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGACTC-CAGA-AATAGATATGAG--ATT--C-TTAA-TTCAACtaaactgtg
gi|23 : TAT--AATTGT-----TGGAGAGACCAGAGTGAGGTGTCC--GAACAT--C--ACCCTTA--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TACCAGATAATAAGATGTGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG--ATatta
gi|24 : AGTTAT--AGCTGT---GTT---------------AA-TGTCCCCGAAAAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAA-TGGT-GA-CAGAGAAA--TAT--------------CGAGTC-CAGA-AATAAATATGGA--ATC--C-TGAA-CGCAGCCTAttct
gi|25 : CAAGTTATTGAACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCACGAAAAC--C--TTCCC-A--TA-T--CCGTAATGGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AT-TGAGTC-CA
gi|26 : --GAACTGAATC--TG-------CACTTTTA-C-AA---AGTCGCGCGGACAAATTTCTCATTAGAGAAG--AGGAAT--T----ATAAA-A---ATGAA---AGAA
gi|27 : A-A---AATT----ATTTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTTA-T-AA---AATCGTGCGGACAAGATCAGCACTAACGAAG--A
gi|28 : tgaatgTGGTTGGAATCCGACAAC---CTT---GATT--TTT-T----GTACATA-----TT----TGGCCGCCAT-C--TTG--AAT----CGGCG-------TT---------GAAA-----GT
gi|29 : TG-------CTGGAAATAAACCC----AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--GT--A------------------GAAATCCGACAAC---CTT--GAATT--TTgg
gi|3 : ttttaAGTTTT--AAATGT---GTTGG-GGTGCCAACAAAAA-TGTACCCGAACGC--C--CCCCC-CCCTA-T--CTTAAATGGT-GA-CACAGAGA--CAT-----------AT-CGAGTA-CAAA-AATAGACTTCGA--ATC--C-TAAA-TGCAACCTAAAAACT-GAA----GGCTGAAA--TCCGTTAAACTT---------T-A-T-TTT----TTG-C-AGCAAT--TTTG-TA--AAGTCGGCC-----ATC---T--TGAA---ACA----GTGGGAAAT--TTG-----A-TA-T-A-AA-GTA-ATACT-A---T---T---------------GATAGAT--A-TC--AA-T-TGT----ATACCCT--CA-AATGAC---ACAG-ATCCCAAA-TGA--TGTAGAAA----G------C-TTATCA-TT-----------T-TG-A-T-ACAAT--TCTG-TATATGGC---G-GCC--A-T-TTTC--AA-AAT-GCCG-AC-----TC-A------A----TTTGT--TTTAA-TTG-------CTGGAAATGAACTCG---A-GA--TCA-TCAAA--TTACC--CT--AGAAA--AGAAA--TGGTTGAAATCCGACAACGTATTT--T--TT--TTT-TTACCTT---T------TT----TGTCCGCAAA-T--TTG--AAT----TGTCA-GCCATTTT---------GAAA-----CTT-----------GATTGC-ACC----CCG--TCGTATGACCCCC--TA-TC----A-------GTCCACA-ATTGAATTT--AGATTAGATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCAGGACTAAAGAAG--AGaatgt
gi|31 : AAATT-GGTTGAAATCTTACAAC---CTT--GATTT--TTT-TAGA-TT---T------TTTTAATGGCCACCAT-T--TT
gi|32 : TGG-AATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--T--TTCC
gi|4 : AAA-TGTCCCCGAACAT--CGATCCC-----TG-TTGCCAAGATGGTAGAGCAGGGAAG--TAT-----------AC-TATGGC--AGAGAATAGACCTGGGCAATCTTC-TGAACTTCAACGTAAAAATTGAAATATTGGTTGGAAATTCCGACAATCTT---------TTA-T-TTT----GTGGC-AGCCATG-TCTG-AAG-ATGACCGCC-----A----------------------ATCAAATTT--TTA-----AGTA-T-A-AATGAA-AT-----A--T---CTGAC--CCGC---A-G-TAC-T--ACTG--GACT-TG-----GTGTCCT--CA-ACTCAC--CACAG--AACTAAACTGA--TGTA-AGATTATT------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-ACT-ACATT--TCCG-TATATGG----G-GCCTTATT-TTTG--AATAAT-GGTGTGCGTTATTC-------------TTTGTTCTTTGATTTGTC-----CAGGAAATAAAGTCTCAAGGGG--TCA-TCAAA--TTACCTACTCAGAAAA--TAAAAT----TTGAAGTTTGA-AAT---TTT--TCACG--TTT-------T---T------TT----CGGCCACCAT-CAATTG--ACTAAAAGGGTGTGCTATTTT---------GGAAAACAGATTTTCGTAAGTTGGATTGC-ACTTTCGCATGACCTCAGGAGCCCA--TACTC----ATTAACATCCATACA-A---AGATC--GAAATGAAT
gi|5 : AAGTTAT--AACTCT---GTTGG-GATGCCAACACGAA-AGTCCCCGAACAG--C--TCCCC-T--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAAAGAAA--TGT-----------AT-CGAGTG-TAGA-GAT-------------------GAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TC----AAACTTTCTTACAGTC-A-T-TTTGAAATGG-C-GGCCAA--CTTG-AA--ACATTGAACTACTGATC---T--TAAAGATACA------CTGATGT--TAG-----A-TA-T-G-A--AAT-ATG-T-ACCCT---CAACT--GACC---A-CATAAATCAA-NN--NN-N-NNN----NNNNNNN--NN-NNNNNN--NNNNN-NNNNNNNN-NNAGGTGTCGAAA----T------G-TTAGTA-TA-----------T-TG-A-T-ATATT--TTGA-TATATGG----G-GCG--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TT-A------A----AT-G---TTTGA-T-G-------CTGTAAATGAACTCT---AGA---TCA-TTAAA--TTATC--CA--AGGAA--TAACATTATGTTGAAATCCAACAAC---CTT--GA--T--TTT-T----C------------------GGCGGTCAT-T--TTGTAAAT----TGG--------------------AAAA-----GTT-----------GATTGC-ACC----TCT--CCTAAGGA-CCCC--TA-TC----A-------CCCCACG-A---AGTTT--GAATTGAATT--TG-TTGAAGCATGATCA-T-AA---ATTCGTACGGAAAA
gi|6 : CTGGGG--ATT--C-CGAA-TTTAACCTAAAAA------T-TCAGTTGG-----------------------------T-TTC----TTG-CTAGCCATAAGTTGTAATGATGGCGGCC-----AGTGCGT--TGAAC--ACACTGTGCTGGGA-----GG-----A-CA-C-A-A--ATATATG---AA--CACATAAAT--AAAC---ACGATAAAC--A-TG--AA-G-TATAATTGTATCTTGACACGCTGAC------A-AAAC--AA-TAA--TGC-GATA----T------TATTAG-A-CTGGAGATCTATAT-TGTA-T-ACAGT--GCAG-TACATGGCAATG-TCC--A-T-TT-G--AA-AAT-GGTG-G-----------------------TG---TCTAT-TTA-------CT--AACTGAG---T---AAGGAGTCAATCAAAAATTACC---T--AAAAAAATAAAATTTG-TTGAAATCCGACAGC---CTT--T-GTT--TTT-CACG-CT---T------TT----CGGCCGCCATCT--TTG--GAT----CGACG-ATCATTTTA--------AAAA-----TTT-----------GATTGCAATC----CCG--TCT-AGGACGCCC--TA-CCCTGGA-------CATAACACA---AGTTGAAGAATTG-ATCGGTG-TT-AAG-ATGTTCA-T-AAGATA-TCG-ACGGACAAATTCCTCACT-AAGAAGAAAGGAATaa
gi|7 : agtaacattcaacttaaacactttGTC-----ATC---T--TGAA---ACA----TTGGAAAAT--TGA-----A-CA-T-ATA--GAA-ATACT-GA--T-----GCT--A--C---A-GGTAGAT--A-TG--AA-T-TGT----GCACCCT--CA-ACTGAC--CACAT-AAACCAAA-TGA--TGTAGAGA----T------T-TGAGCA-CT-----------T-TG-A---------------TACATAGC---G-GCC--A-T-TTGG--AA-AAT-GGCG-TC-----TC-G------GGTTTTTTG---TTTAT-TTGTTTTACACTGGAAATGAACTC----AGGG--TCA-GTAAA--TTACC--CT--AGAAA--TAAAATTTGGTTGAAATCTGACAA----CTT--TGACT--TTT-TACG-TT---T------TT----CGGCTGCCAT-C--TTG--AAT----CGGCG-GTCATTTTGAAAATTTCGAAA-----GTT-----------GATTGC-ACC----CTT--CC-CATGACCCCCTATA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--TAACTGAATC--TGTTTGAAGCATGTTCA-T-AAG--A-TTGTGCGTACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGAAATATTAAGAATAAA-ACAT
gi|8 : CAACACAAA-CGTTCCCAAGCAC--C----CCC-T--TG-T--CAAAACTGGT-AG-TAAAGCA---TAT-----------TT-TGAACC-CATA-AATGGAATTGGG---TG--CGTGAA-TTCACTATAAAAATT-GAAT-TTGGTTGAAT--TTCGATGAATTT---------G-A-T-TTT----TGG-C-AGCAGT--TTTG-AA--ATGTTGGCA-----ATC---T--TGAA---ACA----TTTGAAAAT--TGA-----A-TG-G-A-AA-GAA-ATACT-TA--T-------------------GCTAGAA--A-TG--AA-C-TGT----GAGCCCT--CG-ACTAACTGCACAC-AACTCAAA-TTA--TAC-GAGA----T------T-T-AGCA-TT-----------T-TG-A-T-GTATT--TCCG-TGAATGGC---C-GCC--A-T-TCTA--AA-AAT-GGCG-GC-----Tttttaaaacaatatgtccccgacaccacgcgtttgg
gi|9 : ACCCT--AA-ATTATT--CACAG-AACGGAAA-TAA--AGTAGAAT----T------T-TTAACA-CT-----------T-TG-A-T-GCATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAA-A--------------A------A----ATTG---T--GA-T-G-------CCAGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--AT--AAAAA--TAAAATTTGGTTGGAATCCGACAAC---C-T--TAATT--TTT-T----TT---TTACATATT----TGACCGCCAT-C--TTG--AAT----CGGCT-G-----TT---------GGAA-----GTT-----------GGAGGT-ACA----CCT--CCTCATGACCCCC--T--------------------ACA-A---AGTTT--GAATTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTCACT-AA---A-CGGTGCGGACAAGTTCATCACTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACTAAAGAAGAGGAATAATAAGCAAAAACAATATGTCCCCGACACCACGTGTTCGGGGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 11111111111 1111 1111111 111 99999999999999999999 22222222222 11111111111 22222222222222222222 111 1111111 2222 1111 444444444444444444 11111 111111 22222222222222222222222222 222222222 111111111111 1 11111 1111111 1 222
lowQualScore : 44 1 555 2 5 33 33 2 55 2 33 2 4 33 111111111111111 2 2 33 33 2 2 3 3 44 0 22222222222 6 3 2222 3 3 77 3 77 2 77777 3 666666 999 1 9999999 77 77777 000 2 66 88 3 55555555555555555555 55 3 55 3 3 7777 5 44 3 777 3 0 1 3 0 44 3 1 22222222222 3 3 44444444444 3 3 3 3 44 2 3 0 0 5555 3 44 3 6 1 33 2 2 2 22222222222222222222 000 1 4 0 8888888 7777 99 4 55 55 4 4 55 777 555 1 0000 44 333333333333333333 11111 88 55 99999 888888 33333333333333333333333333 3 000000000 4 8888 55 2 1 1 55 4 444444444444 1 3 666 555 2 55 3 1 3 0 11111 4 11 0 66 7777777 2 111
lowQualScore : .. . ... . . .. .. . .. . .. . . .. ............... . . .. .. . . . . .. . ........... . . .... . . .. . .. . ..... . ...... ... . ....... .. ..... ... . .. .. . .................... .. . .. . . .... . .. . ... . . . . . .. . . ........... . . ........... . . . . .. . . . . .... . .. . . . .. . . . .................... ... . . . ....... .... .. . .. .. . . .. ... ... . .... .. .................. ..... .. .. ..... ...... .......................... . ......... . .... .. . . . .. . ............ . . ... ... . .. . . . . ..... . .. . .. ....... . ...
lowQualScore : 66 8 444 9 0 44 44 4 66 4 22 4 7 22 222222222222222 4 5 22 22 5 5 1 1 22 2 99999999999 2 1 7777 1 3 99 3 99 1 77777 1 222222 222 0 8888888 33 77777 000 9 88 22 3 11111111111111111111 00 6 00 6 6 1111 6 22 1 888 1 3 7 1 8 22 1 0 55555555555 1 1 66666666666 1 1 1 1 22 1 1 5 2 5555 1 22 1 2 5 99 9 9 9 11111111111111111111 000 4 4 8 5555555 0000 55 0 55 55 0 0 55 333 888 2 6666 66 555555555555555555 88888 66 55 99999 444444 99999999999999999999999999 6 000000000 0 5555 55 3 0 6 55 0 999999999999 6 6 444 888 1 00 6 4 6 9 99999 7 66 8 11 6666666 0 555
consensus : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG--AT--TC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAACTT---------C-A-T-TTT----TTG-C-AGCCAT--TTTG-AA--ATGNCGGCC-----A-TC---T--TGAA---ACATT---C---GAAAAT--TGA-----ATA-T-A-A--GAAATA-C-T-GA--T--G-T-ACCAGA--TAGAT--A-TG--AA-T-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
Reference ( family-2637 ) : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG--AT--TC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAACTT---------C-A-T-TTT----TTG-C-AGCCAT--TTTG-AA--ATGNCGGCC-----A-TC---T--TGAA---ACANT---C---GAAAAT--TGA-----ACA-T-A-A--GAAATG-C-T-AA--TCAGAT-ATCAGA--TAGAT--A-TG--AA-T-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
gi|1 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGCCTACGCAAA-TGTCCCCGAACAT--C--TCCCC-A--TG-T--CCAAAATGGC-GA-CATAGAAA--TAT-----------AT-AGAGTC-CAGA-AATATACTTGGG--AT--TC-TGAA-TTTAACATAAAAACT-AAAT-TTGGTTGGAA--TCTAACAAACAT---------C-A---TTT----TTG-C-AGCCAT--TTTG-AA--ATGACAGTC-----A-TC---T--TGAA---ACATT---G---GAAAAT--TTA-----ACA---A-A--GAAATG-C-T-GA--T-------TC-----TAGAT--A-TG--AA-T-TGT----GAACCCT--CA-ATTCAC--CACAG-AGACCAAA-TGA--TGCA-GATA----A------T-TTAGCA-TT-----------T-AT-A-T-ATATT--TAAG-TATATAGT---G-GTC--A-T-TTCA--AA-AAT-GGCG-AC-----TC-A------A----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGTAAATGAAC-CC---AGGG--TCA-TCAGA--TTTTC--CT-AG-AAA--TCAAA---GGATGAAATGCG--------------AGTT--TTT-T-----------------------GGCTGCAATC--TTA--AAT----ATGTT-GCCATTTT---------GA---------------AAA-TTTCAAAAGTGGATTTC-ACC----ACT--CCCTAGGATCTCC--TA-TC----A-------CCTAACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTAAAGCATGCTCA-TAAA---A-AGGTGCTAACAGATTTCTTACTAAAGAAG--AATAATAAG----ATGA
gi|10 : --AA-TAT-GGCG-GA-----TC-AGCTGGGA----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-ATA--TAAAATTTAGTTAAAATCTAACAAC---CTTGATAATTGACGT-T----CT---T------TT-----GGCCGCCATC--TTG--ACT----TGAAA----ATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GAATGC-ACC----CCT--CCTCATGACCCCC--TA-TT----A-------GCCCAC--------------------ATT--TA-TTGAAGCACTGTCA-TAAA---A-TCGCACGGAAAAGCTCAGCACT-AAGGAG--AGGAATGAT----Agcagaaaaacaatttgtccctgacacgaccttttcagggatata
gi|11 : T---GTTGG-GATGCCAACACAAATTGT-CCCGAAC-C--C--TCCCC-AT-TGTT--CTAAAATGGT-GACCAGAGAAAATTAA-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAAATCTGGG--AT--T--TG---TGTACCCTAAAggaagacaacaaaaacaatatgtttccgacactacg
gi|11 : T---C---TAAAATGGTGA-----CCA-G-A-G--AAAAT----T-AA--ATTGAG-TCCAGAAATAAAT--C-TGGGAT-T-TGT----GTACCCT--AA-ATTAAT--CACTG-AAGGGAAA-TAA--AGTA-AAGAT---T------T-TTAGCACCT-----------T-TC-A-T-GCATT--TCCGATACAT-GT---G-GCC--A-TATTTG--AA-AATGGGCG-GC-----TCAA------A----TTTG---TTTttaatcactgaagggaaataaagtaaagatttttagcacctttcatgcatttccgatacatgtggccatatttgaaaatgggcggctcaaatttgtttttttggatg
gi|12 : tgttgggatgccaacacaaattgtcccgaaccctccccattgtA-T-G-A--AAAATA-C-T-GA--T----------GC--TAGAT--A-TG--AA-TATAT----A-ACCCT--CA--TTGAC--AACAG-AAACAAAA-TGA--TGTG-GAGC----CTG----T-TTAGCA-C------------T-TG-A-T-ACACTTATCAG-T-TAT-GC---G-GTC--A-A-TT----GA-AAT-GACG-GC-----ttttggatg
gi|13 : ttgtatatatctAGTCAT--AAGTCT---GTTGG-GAT------AGATA-TGTCCGCGAACAC--C--TCTCC-A--AG-T--CTAACATAGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AC-AGAGTT-CAGA-AATAGACTTGGG--A---TC-TGAA-TGCCACCTAAAAACT-AAAT-TTGATTGAAA--TCCGACCAATTT---------C-A-T-TTT----TT--C-AGCCAT--TTTG-TA--AC-------------------------A---ACAGT---C---GGAAAC--TGA-----ATA-T-A-A--AGAAatacaaatggctgatgtgtaaaatttaattatttatctatttttatgtaatgctggaaat
gi|14 : ATTTC---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCAGGACCCCC--TA-TC----A-------CTCCACG-A---AG-TT--GAATTTAATC--TG-TTGAAGCATGTTCA-TAAA---A-TTGTGCGGACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGGAAT
gi|15 : ccgaaaAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AT-TGTGGT-CAGA-AATAGACTTGGG--AT--CC-TGAG-TTCAACCTAAAAACT-GAA--TTGGTTGAAA--TTCAATAAACTT---------C-A-T-TTTG---TGG-C-AATCGT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-----A-TC---T--Ttttgagaagaaaacaaaaacagtatgtccccgcaatatgtccccgacactacgtgtgcgggggc
gi|16 : GTTAT--AACTGTAGTGTTGG-TATGTCAACACAA--TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-C--CGGAAATAGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AC-CGA-TCGCAGA-AATAGACTTGGG--AT--TC-TGAA-TCCAACCAAAAAGTT-GAAT-TTGGTTGAAA--TCAGACACATTT---------C-A-T-TTTG---TGG-C-ATTTAT--TTTG-AA--ATGGCGGC
gi|17 : cTGCCAGCC-----A-TT---TATTGAA---AAATT---T---CAAAGT--TGATTGCTATA---A-A--GAAATA-C-T----------T-ATCG----TGAAA--A-TG--AA-T-TGT----G-ACCCT--TA-ACTGAAG-CATAGGAAATCAAA-TGA--AGTA-GATA----T------T-TTGATA-CC-----------T-CG-A-TCAAATA--TCCG-TATA-GGC---ACTCT--A-TGTTTGATAA-AAT-GGCG-G
gi|18 : CTCC-A--TG-T--CTGATATGGT-AA-CAGAGAAA--TA-----------------AATT-TAGA-AATAGACTTTGG--AT--TC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAACTT---------C-ACT-TTC----TTG-C-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGTGGCC-----A-CC---T--TGAA---ACAGT-------GGAAAT--TGA-----ACA-TAA-A--GAGATA-C-aacacttttcttt
gi|19 : -A--TG-T--TTGAAATTGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTTGAG--AT--TC-TGAA-TTCAGCCTTATAGCT-AAAT-TTGGTTGAAA--TTTAACAAACTT---------C-AGT-TTC----TTG-C-AGTCAT--TTTG-AA--ATGACGGCC-----A-TT---T--TGAA---ACATT---G---GAAAAT--TGA-----ACA-T-A-A--
gi|2 : CAAGTTAT--GAATGT---GTTGG-GGCACCAACAAAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCT-A--TG-T--CTGAAATGGT-GA-CAGAAAAA--CAT-----------AT-CGAGTC-AAGA-AATAGACTTCAA--AT--AA-TAAA-TGCAACTTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGTTAAACTT---------T-A-T-TTT----TTG-C-AGTAAT--TTTG-TA--ATGACGGCC-----A-TC---T--TGAA---ACAGT---C---GAAAAC--TTA-----ATATT-A-C--GAAATG-C-TAAA--TTAGATAATTAGA--TAAAT--A-TC--AA-T-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CAC------CCAAA-TAA--TGTA-GAAA----T------T-TTATCA-TT-----------G-TG-A-T-ACATT--TCTG-TATATGGC---G-ACC--A-T-TTTG--TA-AAT-GACA-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTAA-TTA-------TTGGAAATGAACTCTCG-AGAGC-TCA-TCAAA--TTACT--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGATAAC---CTT--TAATT--TTTAT----CT---T------TT----TGTCCGCCATT--TTG--AAT----TGGCA-GCCATTTT---------GA---------------AAC-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTTATGAACCCC--TA-TC----A-------GCCAATA-A---AATTT--GAATTGGATT--TG-TTAAAGCACTTTCA-T-AA---A-TCGTGCGGACAAGTTCAGCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAGTATATGAATTTAGAAag
gi|20 : TTAT--AACTGT---CTTGG-GATACTAACCCATA-TGTCCCCGAACACACC--TCTCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAG-----------TT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTCGTG--AT--TC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAACTT---------C-A-CATTT----TTG-
gi|21 : GT----GTACCCA--CA-ATTGAC--CACAG-AAATCAAA-TAA--TGTA-GATA----TATCATAT-TTTGGA-TT-----------TCTG-A-T-ACATT--TCCG-TACTTGAC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-GAT-GG-G-GC-----TT--------A----TTTG---TATG
gi|22 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGACAACGCAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCA-A--TG-T--TCAAAATCGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGACTC-CAGA-AATAGATATGAG--AT--TC-TTAA-TTCAACtaaactgtg
gi|23 : TAT--AATTGT-----TGGAGAGACCAGAGTGAGGTGTCC--GAACAT--C--ACCCTTA--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TACCAGATAATAAGATGTGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG--AT--Tatta
gi|24 : AGTTAT--AGCTGT---GTT---------------AA-TGTCCCCGAAAAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAA-TGGT-GA-CAGAGAAA--TAT--------------CGAGTC-CAGA-AATAAATATGGA--AT--CC-TGAA-CGCAGCCTAtct
gi|25 : CAAGTTATTGAACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCACGAAAAC--C--TTCCC-A--TA-T--CCGTAATGGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AT-TGAGTC-CA
gi|26 : --GAACTGAATC--TG-------CACTTTTA-C-AA---AGTCGCGCGGACAAATTTCTCATTAGAGAAG--AGGAAT--T----ATAAAA---ATGAA---AGAA
gi|27 : A-A---AATT----ATTTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTTA-T-AA---AATCGTGCGGACAAGATCAGCACTAACGAAG--A
gi|28 : tgaatgTGGTTGGAATCCGACAAC---CTT---GATT--TTT-T----GTACATA-----TT----TGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-------TT---------GA---------------AAG-T
gi|29 : TG-------CTGGAAATAAACCC----AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--GT-A-------------------GAAATCCGACAAC---CTT--GAATT--TTgg
gi|3 : ttttaAGTTTT--AAATGT---GTTGG-GGTGCCAACAAAAA-TGTACCCGAACGC--C--CCCCC-CCCTA-T--CTTAAATGGT-GA-CACAGAGA--CAT-----------AT-CGAGTA-CAAA-AATAGACTTCGA--AT--CC-TAAA-TGCAACCTAAAAACT-GAA----GGCTGAAA--TCCGTTAAACTT---------T-A-T-TTT----TTG-C-AGCAAT--TTTG-TA--AAGTCGGCC-----A-TC---T--TGAA---ACAGT---G---GGAAAT--TTG-----ATA-T-A-AA-GTAATA-C-T-AT--T----------GA--TAGAT--A-TC--AA-T-TGT----ATACCCT--CA-AATGAC---ACAG-ATCCCAAA-TGA--TGTA-GAAA----G------C-TTATCA-TT-----------T-TG-A-T-ACAAT--TCTG-TATATGGC---G-GCC--A-T-TTTC--AA-AAT-GCCG-AC-----TC-A------A----TTTGT--TTTAA-TTG-------CTGGAAATGAACTCG---A-GA--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--AGAAA--TGGTTGAAATCCGACAACGTATTT--T--TT--TTT-TTACCTT---T------TT----TGTCCGCAAAT--TTG--AAT----TGTCA-GCCATTTT---------GA---------------AAC-TT---------GATTGC-ACC----CCG--TCGTATGACCCCC--TA-TC----A-------GTCCACA-ATTGAATTT--AGATTAGATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCAGGACTAAAGAAG--AGaatgt
gi|31 : AAATT-GGTTGAAATCTTACAAC---CTT--GATTT--TTT-TAGA-TT---T------TTTTAATGGCCACCATT--TT
gi|32 : TGG-AATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--T--TTCC
gi|4 : AAA-TGTCCCCGAACAT--CGATCCC-----TG-TTGCCAAGATGGTAGAGCAGGGAAG--TAT-----------AC-TATGGC--AGAGAATAGACCTGGGCAATCTTC-TGAACTTCAACGTAAAAATTGAAATATTGGTTGGAAATTCCGACAATCTT---------TTA-T-TTT----GTGGC-AGCCATG-TCTG-AAG-ATGACCGCC-----AATC---------A---A-ATT---T--------T--TAA-----GTA-T-A-AATGAAATATC-T-GA--CCCG-----CAG---TAC-T--ACTG--GACT-TG-----GTGTCCT--CA-ACTCAC--CACAG--AACTAAACTGA--TGTA--AGATTATT------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-ACT-ACATT--TCCG-TATATGG----G-GCCTTATT-TTTG--AATAAT-GGTGTGCGTTATTC-------------TTTGTTCTTTGATTTGTC-----CAGGAAATAAAGTCTCAAGGGG--TCA-TCAAA--TTACCTACTCAGAAAA--TAAAAT----TTGAAGTTTGA-AAT---TTT--TCACG--TTT-------T---T------TT----CGGCCACCATCAATTG--ACTAAAAGGGTGTGCTATTTT---------GGAAAACAGATTTTCGTAAG-TTG--------GATTGC-ACTTTCGCATGACCTCAGGAGCCCA--TACTC----ATTAACATCCATACA-A---AGATC--GAAATGAAT
gi|5 : AAGTTAT--AACTCT---GTTGG-GATGCCAACACGAA-AGTCCCCGAACAG--C--TCCCC-T--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAAAGAAA--TGT-----------AT-CGAGTG-TAGA-GAT-------------------GAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TC----AAACTTTCTTACAGTC-A-T-TTTGAAATGG-C-GGCCAA--CTTG-AA--ACATTGAACTACTGA-TC---T--TAAAGATACACT--------GATGT--TAG-----ATA-T-G-A--AATATG---T-ACCCTCAACTGACCACA--TAAATCAA-NN--NN-N-NNN----NNNNNNN--NN-NNNNNN--NNNNN-NNNNNNNN-NNAGGTGTC-GAAA----T------G-TTAGTA-TA-----------T-TG-A-T-ATATT--TTGA-TATATGG----G-GCG--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TT-A------A----AT-G---TTTGA-T-G-------CTGTAAATGAACTCT---AGA---TCA-TTAAA--TTATC--CA-AG-GAA--TAACATTATGTTGAAATCCAACAAC---C-T--TGAT-------------T---T------TT----CGGCGGTCATT--TTGTAAAT----TGG--------------------AA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----TCT--CCTAAGGA-CCCC--TA-TC----A-------CCCCACG-A---AGTTT--GAATTGAATT--TG-TTGAAGCATGATCA-T-AA---ATTCGTACGGAAAA
gi|6 : CTGGGG--AT--TC-CGAA-TTTAACCTAAAAA------T-TCAGTTGG-----------------------------T-TTC----TTG-CTAGCCATAAGTTGTAATGATGGCGGCC-----A-GTGCGT--TGAAC--ACACTGTGCTGGGAGGACA-CAA-----ATA-T-A-T--GAA-CA-CAT-AA--ATAAAC-AC--GA--TAAAC--A-TG--AA-G-TATAATTGTATCTTGACACGCTGAC------A-AAAC--AA-TAA--TGC--GATA----T------TATTAG-A-CTGGAGATCTATAT-TGTA-T-ACAGT--GCAG-TACATGGCAATG-TCC--A-T-TT-G--AA-AAT-GGTG-G-----------------------TG---TCTAT-TTA-------CT--AACTGAG---T---AAGGAGTCAATCAAAAATTACC---T-AA-AAAAATAAAATTTG-TTGAAATCCGACAGC---CTT--T-GTT--TTT-CACG-CT---T------TT----CGGCCGCCATCT-TTG--GAT----CGACG-ATCATTTT---------AA---------------AAATTT---------GATTGCAATC----CCG--TCT-AGGACGCCC--TA-CCCTGGA-------CATAACACA---AGTTGAAGAATTG-ATCGGTG-TT-AAG-ATGTTCA-T-AAGATA-TCG-ACGGACAAATTCCTCACT-AAGAAGAAAGGAATaa
gi|7 : agtaacattcaacttaaacactttGTC-----A-TC---T--TGAA---ACATT---G---GAAAAT--TGA-----ACA-T-ATA--GAAATA-C-T-GA--T--GCT-A-CAGG--TAGAT--A-TG--AA-T-TGT----GCACCCT--CA-ACTGAC--CACAT-AAACCAAA-TGA--TGTA-GAGA----T------T-TGAGCA-CT-----------T-TG-A---------------TACATAGC---G-GCC--A-T-TTGG--AA-AAT-GGCG-TC-----TC-G------GGTTTTTTG---TTTAT-TTGTTTTACACTGGAAATGAACTC----AGGG--TCA-GTAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCTGACAA----CTT--TGACT--TTT-TACG-TT---T------TT----CGGCTGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GTCATTTTGAAAATTTCGA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CTT--CC-CATGACCCCCTATA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--TAACTGAATC--TGTTTGAAGCATGTTCA-T-AAG--A-TTGTGCGTACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGAAATATTAAGAATAAAACAT
gi|8 : CAACACAAA-CGTTCCCAAGCAC--C----CCC-T--TG-T--CAAAACTGGT-AG-TAAAGCA---TAT-----------TT-TGAACC-CATA-AATGGAATTGGG---T--GCGTGAA-TTCACTATAAAAATT-GAAT-TTGGTTGAAT--TTCGATGAATTT---------G-A-T-TTT----TGG-C-AGCAGT--TTTG-AA--ATGTTGGCA-----A-TC---T--TGAA---ACATT---T---GAAAAT--TGA-----ATG-GAA-A--GAAATA-C-T----------T-AT--GC--TAGAA--A-TG--AA-C-TGT----GAGCCCT--CG-ACTAACTGCACAC-AACTCAAA-T----TATACGAGA-----------T-TTAGCA-TT-----------T-TG-A-T-GTATT--TCCG-TGAATGGC---C-GCC--A-T-TCTA--AA-AAT-GGCG-GC-----Tttttaaaacaatatgtccccgacaccacgcgtttgg
gi|9 : ACCCT--AA-ATTATT--CACAG-AACGGAAA-TAA--AGTA-GAAT----T------T-TTAACA-CT-----------T-TG-A-T-GCATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAA-A--------------A------A----ATTG---T--GA-T-G-------CCAGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--AT-AA-AAA--TAAAATTTGGTTGGAATCCGACAAC---C-T--TAATT--TTT-T----TT---TTACATATT----TGACCGCCATC--TTG--AAT----CGGCT-G-----TT---------GG---------------AAG-TT---------GGAGGT-ACA----CCT--CCTCATGACCCCC--T--------------------ACA-A---AGTTT--GAATTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTCACT-AA---A-CGGTGCGGACAAGTTCATCACTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACTAAAGAAGAGGAATAATAAGCAAAAACAATATGTCCCCGACACCACGTGTTCGGGGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 222222222222222222222 1111 11111 111 111111 777777777777777777777777777 22222222222 11111111111 22222222222222222222 111 1111111 2222 1111 444444444444444444 11111 111111 22222222222222222222222222 222222222 111111111111 1 11111 1111111 1 222
lowQualScore : 44 1 555 2 5 33 33 2 55 2 33 2 4 33 111111111111111 2 2 2 444 2 2 3 3 44 0 3 1 777 9 3 77 3 77 2 3 666666 3 777777777777777777777 3333 44444 000 7777 3 555 222222 777777777777777777777777777 55 55 3 7777 5 44 3 777 3 0 1 3 0 44 3 1 22222222222 3 3 44444444444 3 3 3 3 44 2 3 0 0 5555 3 44 3 6 1 33 2 2 2 22222222222222222222 000 1 4 0 8888888 7777 99 4 55 55 4 4 55 777 555 1 0000 44 333333333333333333 11111 88 55 99999 888888 33333333333333333333333333 3 000000000 4 8888 55 2 1 1 55 4 444444444444 1 3 666 555 2 55 3 1 3 0 11111 4 11 0 66 7777777 2 111
lowQualScore : .. . ... . . .. .. . .. . .. . . .. ............... . . . ... . . . . .. . . . ... . . .. . .. . . ...... . ..................... .... ..... ... .... . ... ...... ........................... .. .. . .... . .. . ... . . . . . .. . . ........... . . ........... . . . . .. . . . . .... . .. . . . .. . . . .................... ... . . . ....... .... .. . .. .. . . .. ... ... . .... .. .................. ..... .. .. ..... ...... .......................... . ......... . .... .. . . . .. . ............ . . ... ... . .. . . . . ..... . .. . .. ....... . ...
lowQualScore : 66 8 444 9 0 44 44 4 66 4 22 4 7 22 222222222222222 4 5 4 111 5 5 1 1 22 2 1 4 000 2 3 99 3 99 1 1 222222 3 888888888888888888888 8888 22222 000 1111 1 888 999999 666666666666666666666666666 00 00 6 1111 6 22 1 888 1 3 7 1 8 22 1 0 55555555555 1 1 66666666666 1 1 1 1 22 1 1 5 2 5555 1 22 1 2 5 99 9 9 9 11111111111111111111 000 4 4 8 5555555 0000 55 0 55 55 0 0 55 333 888 2 6666 66 555555555555555555 88888 66 55 99999 444444 99999999999999999999999999 6 000000000 0 5555 55 3 0 6 55 0 999999999999 6 6 444 888 1 00 6 4 6 9 99999 7 66 8 11 6666666 0 555
consensus : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAAC-TTCA-T-TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--TGAA-ACAT-------------T---C---GAAAAT----TGA-----ATA-T-A-A--GAA-AT---A------CT------GA--T-----G-TACCAGA--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
Reference ( family-2637 ) : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAAC-TTCA-T-TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGNCGGCC-ATC---T--TGAA-ACAT-------------T---C---GAAAAT----TGA-----ATA-T-A-A--GAA-AT---A------CT------GA--T-----G-TACCAGA--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
gi|1 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGCCTACGCAAA-TGTCCCCGAACAT--C--TCCCC-A--TG-T--CCAAAATGGC-GA-CATAGAAA--TAT-----------AT-AGAGTC-CAGA-AATATACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTTAACATAAAAACT-AAAT-TTGGTTGGAA--TCTAACAAAC-ATCA---TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGACAGTC-ATC---T--TGAA-ACAT-------------T---G---GAAAAT----TTA-----ACA---A-A--GAA-AT---G------CT------GA--T---------TC-----TAGAT--ATG--AAT-TGT----GAACCCT--CA-ATTCAC--CACAG-AGACCAAA-TGA--TGCA-GATA----A------T-TTAGCA-TT-----------T-AT-A-T-ATATT--TAAG-TATATAGT---G-GTC--A-T-TTCA--AA-AAT-GGCG-AC-----TC-A------A----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGTAAATGAAC-CC---AGGG--TCA-TCAGA--TTTTC--CT-AG-AAA--TCAAA---GGATGAAATGCG--------------AGTT--TTT-T-----------------------GGCTGCAATC--TTA--AAT----ATGTT-GCCATTTT---------GA---------------AAA-TTTCAAAAGTGGATTTC-ACC----ACT--CCCTAGGATCTCC--TA-TC----A-------CCTAACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTAAAGCATGCTCA-TAAA---A-AGGTGCTAACAGATTTCTTACTAAAGAAG--AATAATAAG----ATGA
gi|10 : --AA-TAT-GGCG-GA-----TC-AGCTGGGA----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-ATA--TAAAATTTAGTTAAAATCTAACAAC---CTTGATAATTGACGT-T----CT---T------TT-----GGCCGCCATC--TTG--ACT----TGAAA----ATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GAATGC-ACC----CCT--CCTCATGACCCCC--TA-TT----A-------GCCCAC--------------------ATT--TA-TTGAAGCACTGTCA-TAAA---A-TCGCACGGAAAAGCTCAGCACT-AAGGAG--AGGAATGAT----Agcagaaaaacaatttgtccctgacacgaccttttcagggatata
gi|11 : T---GTTGG-GATGCCAACACAAATTGT-CCCGAAC-C--C--TCCCC-AT-TGTT--CTAAAATGGT-GACCAGAGAAAATTAA-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAAATCTGGG-A---TT--TG---TGTACCCTAAAggaagacaacaaaaacaatatgtttccgacactacg
gi|11 : T-------------T---C---TAAAATGG--TGA-----CCA-G-A-G--AAA-ATTAAA------TT------GA--------G-T-CCAGAAATAAAT--CTGGGATT-TGT----GTACCCT--AA-ATTAAT--CACTG-AAGGGAAA-TAA--AGTA-AAGAT---T------T-TTAGCACCT-----------T-TC-A-T-GCATT--TCCGATACAT-GT---G-GCC--A-TATTTG--AA-AATGGGCG-GC-----TCAA------A----TTTG---TTTttaatcactgaagggaaataaagtaaagatttttagcacctttcatgcatttccgatacatgtggccatatttgaaaatgggcggctcaaatttgtttttttggatg
gi|12 : tgttgggatgccaacacaaattgtcccgaaccctccccattgTA-T-G-A--AAA-AT---A------CT------GA--T-----G-C--------TAGAT--ATG--AATATAT----A-ACCCT--CA--TTGAC--AACAG-AAACAAAA-TGA--TGTG-GAGC----CTG----T-TTAGCA-C------------T-TG-A-T-ACACTTATCAG-T-TAT-GC---G-GTC--A-A-TT----GA-AAT-GACG-GC-----ttttggatg
gi|13 : ttgtatatatcAGTCAT--AAGTCT---GTTGG-GAT------AGATA-TGTCCGCGAACAC--C--TCTCC-A--AG-T--CTAACATAGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AC-AGAGTT-CAGA-AATAGACTTGGG-A----TC-TGAA-TGCCACCTAAAAACT-AAAT-TTGATTGAAA--TCCGACCAAT-TTCA-T-TTT-TT-C-AGCCAT--TTTG-TA--AC--------------------A-ACAG-------------T---C---GGAAAC----TGA-----ATA-T-A-A--AGA-Aatacaaatggctgatgtgtaaaatttaattatttatctatttttatgtaatgctggaaat
gi|14 : ATTTC---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCAGGACCCCC--TA-TC----A-------CTCCACG-A---AG-TT--GAATTTAATC--TG-TTGAAGCATGTTCA-TAAA---A-TTGTGCGGACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGGAAT
gi|15 : ccgaaaAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AT-TGTGGT-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TCC-TGAG-TTCAACCTAAAAACT-GAA--TTGGTTGAAA--TTCAATAAAC-TTCA-T-TTTGTGGC-AATCGT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--Ttttgagaagaaaacaaaaacagtatgtccccgcaatatgtccccgacactacgtgtgcgggggc
gi|16 : GTTAT--AACTGTAGTGTTGG-TATGTCAACACAA--TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-C--CGGAAATAGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AC-CGA-TCGCAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TCCAACCAAAAAGTT-GAAT-TTGGTTGAAA--TCAGACACAT-TTCA-T-TTTGTGGC-ATTTAT--TTTG-AA--ATGGCGGC
gi|17 : cTGCCAGCC-ATT---TATTGAA-AAAT-------------T---T---CAAAGT----TGATTGCTATA---A-A--GAA-AT---A------CT------------------TATCG----TGAAA--ATG--AAT-TGT----G-ACCCT--TA-ACTGAAG-CATAGGAAATCAAA-TGA--AGTA-GATA----T------T-TTGATA-CC-----------T-CG-A-TCAAATA--TCCG-TATA-GGC---ACTCT--A-TGTTTGATAA-AAT-GGCG-G
gi|18 : CTCC-A--TG-T--CTGATATGGT-AA-CAGAGAAA--TA-----------------AATT-TAGA-AATAGACTTTGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAAC-TTCACT-TTC-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGTGGCC-ACC---T--TGAA-ACAG-------------T-------GGAAAT----TGA-----ACA-TAA-A--GAG-AT---A------Caacacttttcttt
gi|19 : -A--TG-T--TTGAAATTGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTTGAG-A---TTC-TGAA-TTCAGCCTTATAGCT-AAAT-TTGGTTGAAA--TTTAACAAAC-TTCAGT-TTC-TTGC-AGTCAT--TTTG-AA--ATGACGGCC-ATT---T--TGAA-ACAT-------------T---G---GAAAAT----TGA-----ACA-T-A-A--
gi|2 : CAAGTTAT--GAATGT---GTTGG-GGCACCAACAAAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCT-A--TG-T--CTGAAATGGT-GA-CAGAAAAA--CAT-----------AT-CGAGTC-AAGA-AATAGACTTCAA-A---TAA-TAAA-TGCAACTTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGTTAAAC-TTTA-T-TTT-TTGC-AGTAAT--TTTG-TA--ATGACGGCC-ATC---T--TGAA-ACAG-------------T---C---GAAAAC----TTA-----ATATT-A-C--GAA-AT---G------CTAAATTAGA--T-----A--ATTAGA--TAAAT--ATC--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CAC------CCAAA-TAA--TGTA-GAAA----T------T-TTATCA-TT-----------G-TG-A-T-ACATT--TCTG-TATATGGC---G-ACC--A-T-TTTG--TA-AAT-GACA-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTAA-TTA-------TTGGAAATGAACTCTCG-AGAGC-TCA-TCAAA--TTACT--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGATAAC---CTT--TAATT--TTTAT----CT---T------TT----TGTCCGCCATT--TTG--AAT----TGGCA-GCCATTTT---------GA---------------AAC-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTTATGAACCCC--TA-TC----A-------GCCAATA-A---AATTT--GAATTGGATT--TG-TTAAAGCACTTTCA-T-AA---A-TCGTGCGGACAAGTTCAGCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAGTATATGAATTTAGAAag
gi|20 : TTAT--AACTGT---CTTGG-GATACTAACCCATA-TGTCCCCGAACACACC--TCTCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAG-----------TT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTCGTG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAAC-TTCA-CATTT-TTG
gi|21 : GT----GTACCCA--CA-ATTGAC--CACAG-AAATCAAA-TAA--TGTA-GATA----TATCATAT-TTTGGA-TT-----------TCTG-A-T-ACATT--TCCG-TACTTGAC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-GAT-GG-G-GC-----TT--------A----TTTG---TATG
gi|22 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGACAACGCAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCA-A--TG-T--TCAAAATCGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGACTC-CAGA-AATAGATATGAG-A---TTC-TTAA-TTCAACtaaactgtg
gi|23 : TAT--AATTGT-----TGGAGAGACCAGAGTGAGGTGTCC--GAACAT--C--ACCCTTA--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TACCAGATAATAAGATGTGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTatta
gi|24 : AGTTAT--AGCTGT---GTT---------------AA-TGTCCCCGAAAAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAA-TGGT-GA-CAGAGAAA--TAT--------------CGAGTC-CAGA-AATAAATATGGA-A---TCC-TGAA-CGCAGCCTAtct
gi|25 : CAAGTTATTGAACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCACGAAAAC--C--TTCCC-A--TA-T--CCGTAATGGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AT-TGAGTC-CA
gi|26 : --GAACTGAATC--TG-------CACTTTTA-C-AA---AGTCGCGCGGACAAATTTCTCATTAGAGAAG--AGGAAT--T----ATAAAA---ATGAA---AGAA
gi|27 : A-A---AATT----ATTTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTTA-T-AA---AATCGTGCGGACAAGATCAGCACTAACGAAG--A
gi|28 : tgaatgTGGTTGGAATCCGACAAC---CTT---GATT--TTT-T----GTACATA-----TT----TGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-------TT---------GA---------------AAG-T
gi|29 : TG-------CTGGAAATAAACCC----AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--GT-A-------------------GAAATCCGACAAC---CTT--GAATT--TTgg
gi|3 : ttttaAGTTTT--AAATGT---GTTGG-GGTGCCAACAAAAA-TGTACCCGAACGC--C--CCCCC-CCCTA-T--CTTAAATGGT-GA-CACAGAGA--CAT-----------AT-CGAGTA-CAAA-AATAGACTTCGA-A---TCC-TAAA-TGCAACCTAAAAACT-GAA----GGCTGAAA--TCCGTTAAAC-TTTA-T-TTT-TTGC-AGCAAT--TTTG-TA--AAGTCGGCC-ATC---T--TGAA-ACAG-------------T---G---GGAAAT----TTG-----ATA-T-A-AA-GTA-AT---A------CT-------A--T-------T----GA--TAGAT--ATC--AAT-TGT----ATACCCT--CA-AATGAC---ACAG-ATCCCAAA-TGA--TGTA-GAAA----G------C-TTATCA-TT-----------T-TG-A-T-ACAAT--TCTG-TATATGGC---G-GCC--A-T-TTTC--AA-AAT-GCCG-AC-----TC-A------A----TTTGT--TTTAA-TTG-------CTGGAAATGAACTCG---A-GA--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--AGAAA--TGGTTGAAATCCGACAACGTATTT--T--TT--TTT-TTACCTT---T------TT----TGTCCGCAAAT--TTG--AAT----TGTCA-GCCATTTT---------GA---------------AAC-TT---------GATTGC-ACC----CCG--TCGTATGACCCCC--TA-TC----A-------GTCCACA-ATTGAATTT--AGATTAGATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCAGGACTAAAGAAG--AGaatgt
gi|31 : AAATT-GGTTGAAATCTTACAAC---CTT--GATTT--TTT-TAGA-TT---T------TTTTAATGGCCACCATT--TT
gi|32 : TGG-AATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--T--TTCC
gi|4 : AAA-TGTCCCCGAACAT--CGATCCC-----TG-TTGCCAAGATGGTAGAGCAGGGAAG--TAT-----------AC-TATG-G-CAGAGAATAGACCTGGGCAATCTTC-TGAACTTCAACGTAAAAATTGAAATATTGGTTGGAAATTCCGACAATCTTTTA-T-TTTGTGGC-AGCCATG-TCTG-AAG-ATGACCGCCAATC--------AA-AT-T-------------T------------T----TAA-----GTA-T-A-AATGAA-AT---AT-----CT------GA--CCCGCAG-TACTA-C--TGGAC--TTG-------GT----GT--CCT--CA-ACTCAC--CACAG--AACTAAACTGA--TGTA--AGATTATT------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-ACT-ACATT--TCCG-TATATGG----G-GCCTTATT-TTTG--AATAAT-GGTGTGCGTTATTC-------------TTTGTTCTTTGATTTGTC-----CAGGAAATAAAGTCTCAAGGGG--TCA-TCAAA--TTACCTACTCAGAAAA--TAAAAT----TTGAAGTTTGA-AAT---TTT--TCACG--TTT-------T---T------TT----CGGCCACCATCAATTG--ACTAAAAGGGTGTGCTATTTT---------GGAAAACAGATTTTCGTAAG-TTG--------GATTGC-ACTTTCGCATGACCTCAGGAGCCCA--TACTC----ATTAACATCCATACA-A---AGATC--GAAATGAAT
gi|5 : AAGTTAT--AACTCT---GTTGG-GATGCCAACACGAA-AGTCCCCGAACAG--C--TCCCC-T--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAAAGAAA--TGT-----------AT-CGAGTG-TAGA-GAT-------------------GAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TC----AAAC-TT------TC-TTAC-AGTCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-AAC---T--TGAA-ACATTGAACTACTGATCT---T---AAAGATACACTGATGTT-AGA-T-A-T--GAA-AT---ATGTACCCT------CAACT-----G--ACCACA--TAAATCAANN--NNN-NNN----NNNNNNN--NN-NNNNNN--NNNNN-NNNNNNNN-NNAGGTGTC-GAAA----T------G-TTAGTA-TA-----------T-TG-A-T-ATATT--TTGA-TATATGG----G-GCG--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TT-A------A----AT-G---TTTGA-T-G-------CTGTAAATGAACTCT---AGA---TCA-TTAAA--TTATC--CA-AG-GAA--TAACATTATGTTGAAATCCAACAAC---C-T--TGAT-------------T---T------TT----CGGCGGTCATT--TTGTAAAT----TGG--------------------AA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----TCT--CCTAAGGA-CCCC--TA-TC----A-------CCCCACG-A---AGTTT--GAATTGAATT--TG-TTGAAGCATGATCA-T-AA---ATTCGTACGGAAAA
gi|6 : CTGGGG-A---TTC-CGAA-TTTAACCTAAAAA------T-TCAGTTGG--------------------T-TTC-TTGCTAGCCATAAGTTGTAATGATGGCGGCC-AGTGCGT--TGAACACAC-------------TGTGCTGGGAGGACA---CAA-----ATA-T-A-T--GAACAC---A------TA------AA--T-----A-AACACGA--TAAAC--ATG--AAG-TATAATTGTATCTTGACACGCTGAC------A-AAAC--AA-TAA--TGC--GATA----T------TATTAG-A-CTGGAGATCTATAT-TGTA-T-ACAGT--GCAG-TACATGGCAATG-TCC--A-T-TT-G--AA-AAT-GGTG-G-----------------------TG---TCTAT-TTA-------CT--AACTGAG---T---AAGGAGTCAATCAAAAATTACC---T-AA-AAAAATAAAATTTG-TTGAAATCCGACAGC---CTT--T-GTT--TTT-CACG-CT---T------TT----CGGCCGCCATCT-TTG--GAT----CGACG-ATCATTTT---------AA---------------AAATTT---------GATTGCAATC----CCG--TCT-AGGACGCCC--TA-CCCTGGA-------CATAACACA---AGTTGAAGAATTG-ATCGGTG-TT-AAG-ATGTTCA-T-AAGATA-TCG-ACGGACAAATTCCTCACT-AAGAAGAAAGGAATaa
gi|7 : agtaacattcaacttaaacactttGTC-ATC---T--TGAA-ACAT-------------T---G---GAAAAT----TGA-----ACA-T-ATA--GAA-AT---A------CT------GA--T-----GCTAC-AGG--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GCACCCT--CA-ACTGAC--CACAT-AAACCAAA-TGA--TGTA-GAGA----T------T-TGAGCA-CT-----------T-TG-A---------------TACATAGC---G-GCC--A-T-TTGG--AA-AAT-GGCG-TC-----TC-G------GGTTTTTTG---TTTAT-TTGTTTTACACTGGAAATGAACTC----AGGG--TCA-GTAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCTGACAA----CTT--TGACT--TTT-TACG-TT---T------TT----CGGCTGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GTCATTTTGAAAATTTCGA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CTT--CC-CATGACCCCCTATA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--TAACTGAATC--TGTTTGAAGCATGTTCA-T-AAG--A-TTGTGCGTACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGAAATATTAAGAATAAAACAT
gi|8 : CAACACAAA-CGTTCCCAAGCAC--C----CCC-T--TG-T--CAAAACTGGT-AG-TAAAGCA---TAT-----------TT-TGAACC-CATA-AATGGAATTGGG-----TGCGTGAA-TTCACTATAAAAATT-GAAT-TTGGTTGAAT--TTCGATGAAT-TTGA-T-TTT-TGGC-AGCAGT--TTTG-AA--ATGTTGGCA-ATC---T--TGAA-ACAT-------------T---T---GAAAAT----TGA-----ATG-GAA-A--GAA-AT---A------CT------TA--T-----G-C--------TAGAA--ATG--AAC-TGT----GAGCCCT--CG-ACTAACTGCACAC-AACTCAAA-T----TATACGAGA-----------T-TTAGCA-TT-----------T-TG-A-T-GTATT--TCCG-TGAATGGC---C-GCC--A-T-TCTA--AA-AAT-GGCG-GC-----Tttttaaaacaatatgtccccgacaccacgcgtttgg
gi|9 : ACCCT--AA-ATTATT--CACAG-AACGGAAA-TAA--AGTA-GAAT----T------T-TTAACA-CT-----------T-TG-A-T-GCATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAA-A--------------A------A----ATTG---T--GA-T-G-------CCAGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--AT-AA-AAA--TAAAATTTGGTTGGAATCCGACAAC---C-T--TAATT--TTT-T----TT---TTACATATT----TGACCGCCATC--TTG--AAT----CGGCT-G-----TT---------GG---------------AAG-TT---------GGAGGT-ACA----CCT--CCTCATGACCCCC--T--------------------ACA-A---AGTTT--GAATTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTCACT-AA---A-CGGTGCGGACAAGTTCATCACTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACTAAAGAAGAGGAATAATAAGCAAAAACAATATGTCCCCGACACCACGTGTTCGGGGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 3333333333333333333333 11111 11111111 111111 777777777777777777777777777 22222222222 11111111111 22222222222222222222 111 1111111 2222 1111 444444444444444444 11111 111111 22222222222222222222222222 222222222 111111111111 1 11111 1111111 1 222
lowQualScore : 44 1 555 2 5 33 33 2 55 2 33 2 4 33 111111111111111 2 2 2 444 2 2 3 3 44 0 3 1 777 9 3 77 3 77 1 2 0 666666 3 2222222222222222222222 9999 44444 11111111 3 222222 777777777777777777777777777 55 55 3 7777 5 44 3 777 3 0 1 3 0 44 3 1 22222222222 3 3 44444444444 3 3 3 3 44 2 3 0 0 5555 3 44 3 6 1 33 2 2 2 22222222222222222222 000 1 4 0 8888888 7777 99 4 55 55 4 4 55 777 555 1 0000 44 333333333333333333 11111 88 55 99999 888888 33333333333333333333333333 3 000000000 4 8888 55 2 1 1 55 4 444444444444 1 3 666 555 2 55 3 1 3 0 11111 4 11 0 66 7777777 2 111
lowQualScore : .. . ... . . .. .. . .. . .. . . .. ............... . . . ... . . . . .. . . . ... . . .. . .. . . . ...... . ...................... .... ..... ........ . ...... ........................... .. .. . .... . .. . ... . . . . . .. . . ........... . . ........... . . . . .. . . . . .... . .. . . . .. . . . .................... ... . . . ....... .... .. . .. .. . . .. ... ... . .... .. .................. ..... .. .. ..... ...... .......................... . ......... . .... .. . . . .. . ............ . . ... ... . .. . . . . ..... . .. . .. ....... . ...
lowQualScore : 66 8 444 9 0 44 44 4 66 4 22 4 7 22 222222222222222 4 5 4 111 5 5 1 1 22 2 1 4 000 2 3 33 1 33 7 9 9 999999 1 9999999999999999999999 6666 22222 66666666 1 999999 666666666666666666666666666 00 00 6 1111 6 22 1 888 1 3 7 1 8 22 1 0 55555555555 1 1 66666666666 1 1 1 1 22 1 1 5 2 5555 1 22 1 2 5 99 9 9 9 11111111111111111111 000 4 4 8 5555555 0000 55 0 55 55 0 0 55 333 888 2 6666 66 555555555555555555 88888 66 55 99999 444444 99999999999999999999999999 6 000000000 0 5555 55 3 0 6 55 0 999999999999 6 6 444 888 1 00 6 4 6 9 99999 7 66 8 11 6666666 0 555
consensus : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAAC-TTCA-T-TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--TGAA-ACAT-------------T---N---GAAAAT----TGA-----ATA-T-A-A--GAA-ATA------CT------GA--T-----G-TACCAGA--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
Reference ( family-2637 ) : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAAC-TTCA-T-TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--TGAA-ACAT-------------T---C---GAAAAT----TGA-----ATA-T-A-A--GAA-ATA------CT------GA--T-----G-TACCAGA--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
gi|1 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGCCTACGCAAA-TGTCCCCGAACAT--C--TCCCC-A--TG-T--CCAAAATGGC-GA-CATAGAAA--TAT-----------AT-AGAGTC-CAGA-AATATACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTTAACATAAAAACT-AAAT-TTGGTTGGAA--TCTAACAAAC-ATCA---TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGACAGTC-ATC---T--TGAA-ACAT-------------T---G---GAAAAT----TTA-----ACA---A-A--GAA-ATG------CT------GA--T---------TC-----TAGAT--ATG--AAT-TGT----GAACCCT--CA-ATTCAC--CACAG-AGACCAAA-TGA--TGCA-GATA----A------T-TTAGCA-TT-----------T-AT-A-T-ATATT--TAAG-TATATAGT---G-GTC--A-T-TTCA--AA-AAT-GGCG-AC-----TC-A------A----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGTAAATGAAC-CC---AGGG--TCA-TCAGA--TTTTC--CT-AG-AAA--TCAAA---GGATGAAATGCG--------------AGTT--TTT-T-----------------------GGCTGCAATC--TTA--AAT----ATGTT-GCCATTTT---------GA---------------AAA-TTTCAAAAGTGGATTTC-ACC----ACT--CCCTAGGATCTCC--TA-TC----A-------CCTAACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTAAAGCATGCTCA-TAAA---A-AGGTGCTAACAGATTTCTTACTAAAGAAG--AATAATAAG----ATGA
gi|10 : --AA-TAT-GGCG-GA-----TC-AGCTGGGA----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-ATA--TAAAATTTAGTTAAAATCTAACAAC---CTTGATAATTGACGT-T----CT---T------TT-----GGCCGCCATC--TTG--ACT----TGAAA----ATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GAATGC-ACC----CCT--CCTCATGACCCCC--TA-TT----A-------GCCCAC--------------------ATT--TA-TTGAAGCACTGTCA-TAAA---A-TCGCACGGAAAAGCTCAGCACT-AAGGAG--AGGAATGAT----Agcagaaaaacaatttgtccctgacacgaccttttcagggatata
gi|11 : T---GTTGG-GATGCCAACACAAATTGT-CCCGAAC-C--C--TCCCC-AT-TGTT--CTAAAATGGT-GACCAGAGAAAATTAA-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAAATCTGGG-A---TT--TG---TGTACCCTAAAggaagacaacaaaaacaatatgtttccgacactacg
gi|11 : T--TCTA-AA--ATGGTGACC-A---------GA---------------------------GAAAAT----TAA-----AT-----------------------T------GA--------G-T-CCAGAAATAAAT--CTGGGATT-TGT----GTACCCT--AA-ATTAAT--CACTG-AAGGGAAA-TAA--AGTA-AAGAT---T------T-TTAGCACCT-----------T-TC-A-T-GCATT--TCCGATACAT-GT---G-GCC--A-TATTTG--AA-AATGGGCG-GC-----TCAA------A----TTTG---TTTttaatcactgaagggaaataaagtaaagatttttagcacctttcatgcatttccgatacatgtggccatatttgaaaatgggcggctcaaatttgtttttttggatg
gi|12 : tgttgggatgccaacacaaattgtcccgaaccctccccattgTA-T-G-A--AAA-ATA------CT------GA--T-----G-C--------TAGAT--ATG--AATATAT----A-ACCCT--CA--TTGAC--AACAG-AAACAAAA-TGA--TGTG-GAGC----CTG----T-TTAGCA-C------------T-TG-A-T-ACACTTATCAG-T-TAT-GC---G-GTC--A-A-TT----GA-AAT-GACG-GC-----ttttggatg
gi|13 : ttgtatatatcAGTCAT--AAGTCT---GTTGG-GAT------AGATA-TGTCCGCGAACAC--C--TCTCC-A--AG-T--CTAACATAGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AC-AGAGTT-CAGA-AATAGACTTGGG-A----TC-TGAA-TGCCACCTAAAAACT-AAAT-TTGATTGAAA--TCCGACCAAT-TTCA-T-TTT-TT-C-AGCCAT--TTTG-TA--AC--------------------A-ACAG-------------T---C---GGAAAC----TGA-----ATA-T-A-A--AGA-Aatacaaatggctgatgtgtaaaatttaattatttatctatttttatgtaatgctggaaat
gi|14 : ATTTC---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCAGGACCCCC--TA-TC----A-------CTCCACG-A---AG-TT--GAATTTAATC--TG-TTGAAGCATGTTCA-TAAA---A-TTGTGCGGACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGGAAT
gi|15 : ccgaaaAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AT-TGTGGT-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TCC-TGAG-TTCAACCTAAAAACT-GAA--TTGGTTGAAA--TTCAATAAAC-TTCA-T-TTTGTGGC-AATCGT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--Ttttgagaagaaaacaaaaacagtatgtccccgcaatatgtccccgacactacgtgtgcgggggc
gi|16 : GTTAT--AACTGTAGTGTTGG-TATGTCAACACAA--TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-C--CGGAAATAGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AC-CGA-TCGCAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TCCAACCAAAAAGTT-GAAT-TTGGTTGAAA--TCAGACACAT-TTCA-T-TTTGTGGC-ATTTAT--TTTG-AA--ATGGCGGC
gi|17 : cTGCCAGCC-ATT---TATTGAA-AAAT-------------T---T---CAAAGT----TGATTGCTATA---A-A--GAA-ATA------CT------------------TATCG----TGAAA--ATG--AAT-TGT----G-ACCCT--TA-ACTGAAG-CATAGGAAATCAAA-TGA--AGTA-GATA----T------T-TTGATA-CC-----------T-CG-A-TCAAATA--TCCG-TATA-GGC---ACTCT--A-TGTTTGATAA-AAT-GGCG-G
gi|18 : CTCC-A--TG-T--CTGATATGGT-AA-CAGAGAAA--TA-----------------AATT-TAGA-AATAGACTTTGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAAC-TTCACT-TTC-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGTGGCC-ACC---T--TGAA-ACAG-------------T-------GGAAAT----TGA-----ACA-TAA-A--GAG-ATA------Caacacttttcttt
gi|19 : -A--TG-T--TTGAAATTGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTTGAG-A---TTC-TGAA-TTCAGCCTTATAGCT-AAAT-TTGGTTGAAA--TTTAACAAAC-TTCAGT-TTC-TTGC-AGTCAT--TTTG-AA--ATGACGGCC-ATT---T--TGAA-ACAT-------------T---G---GAAAAT----TGA-----ACA-T-A-A--
gi|2 : CAAGTTAT--GAATGT---GTTGG-GGCACCAACAAAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCT-A--TG-T--CTGAAATGGT-GA-CAGAAAAA--CAT-----------AT-CGAGTC-AAGA-AATAGACTTCAA-A---TAA-TAAA-TGCAACTTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGTTAAAC-TTTA-T-TTT-TTGC-AGTAAT--TTTG-TA--ATGACGGCC-ATC---T--TGAA-ACAG-------------T---C---GAAAAC----TTA-----ATATT-A-C--GAA-ATG------CTAAATTAGA--T-----A--ATTAGA--TAAAT--ATC--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CAC------CCAAA-TAA--TGTA-GAAA----T------T-TTATCA-TT-----------G-TG-A-T-ACATT--TCTG-TATATGGC---G-ACC--A-T-TTTG--TA-AAT-GACA-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTAA-TTA-------TTGGAAATGAACTCTCG-AGAGC-TCA-TCAAA--TTACT--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGATAAC---CTT--TAATT--TTTAT----CT---T------TT----TGTCCGCCATT--TTG--AAT----TGGCA-GCCATTTT---------GA---------------AAC-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTTATGAACCCC--TA-TC----A-------GCCAATA-A---AATTT--GAATTGGATT--TG-TTAAAGCACTTTCA-T-AA---A-TCGTGCGGACAAGTTCAGCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAGTATATGAATTTAGAAag
gi|20 : TTAT--AACTGT---CTTGG-GATACTAACCCATA-TGTCCCCGAACACACC--TCTCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAG-----------TT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTCGTG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAAC-TTCA-CATTT-TTG
gi|21 : GT----GTACCCA--CA-ATTGAC--CACAG-AAATCAAA-TAA--TGTA-GATA----TATCATAT-TTTGGA-TT-----------TCTG-A-T-ACATT--TCCG-TACTTGAC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-GAT-GG-G-GC-----TT--------A----TTTG---TATG
gi|22 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGACAACGCAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCA-A--TG-T--TCAAAATCGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGACTC-CAGA-AATAGATATGAG-A---TTC-TTAA-TTCAACtaaactgtg
gi|23 : TAT--AATTGT-----TGGAGAGACCAGAGTGAGGTGTCC--GAACAT--C--ACCCTTA--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TACCAGATAATAAGATGTGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTatta
gi|24 : AGTTAT--AGCTGT---GTT---------------AA-TGTCCCCGAAAAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAA-TGGT-GA-CAGAGAAA--TAT--------------CGAGTC-CAGA-AATAAATATGGA-A---TCC-TGAA-CGCAGCCTAtct
gi|25 : CAAGTTATTGAACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCACGAAAAC--C--TTCCC-A--TA-T--CCGTAATGGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AT-TGAGTC-CA
gi|26 : --GAACTGAATC--TG-------CACTTTTA-C-AA---AGTCGCGCGGACAAATTTCTCATTAGAGAAG--AGGAAT--T----ATAAAA---ATGAA---AGAA
gi|27 : A-A---AATT----ATTTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTTA-T-AA---AATCGTGCGGACAAGATCAGCACTAACGAAG--A
gi|28 : tgaatgTGGTTGGAATCCGACAAC---CTT---GATT--TTT-T----GTACATA-----TT----TGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-------TT---------GA---------------AAG-T
gi|29 : TG-------CTGGAAATAAACCC----AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--GT-A-------------------GAAATCCGACAAC---CTT--GAATT--TTgg
gi|3 : ttttaAGTTTT--AAATGT---GTTGG-GGTGCCAACAAAAA-TGTACCCGAACGC--C--CCCCC-CCCTA-T--CTTAAATGGT-GA-CACAGAGA--CAT-----------AT-CGAGTA-CAAA-AATAGACTTCGA-A---TCC-TAAA-TGCAACCTAAAAACT-GAA----GGCTGAAA--TCCGTTAAAC-TTTA-T-TTT-TTGC-AGCAAT--TTTG-TA--AAGTCGGCC-ATC---T--TGAA-ACAG-------------T---G---GGAAAT----TTG-----ATA-T-A-AA-GTA-ATA------CT-------A--T-------T----GA--TAGAT--ATC--AAT-TGT----ATACCCT--CA-AATGAC---ACAG-ATCCCAAA-TGA--TGTA-GAAA----G------C-TTATCA-TT-----------T-TG-A-T-ACAAT--TCTG-TATATGGC---G-GCC--A-T-TTTC--AA-AAT-GCCG-AC-----TC-A------A----TTTGT--TTTAA-TTG-------CTGGAAATGAACTCG---A-GA--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--AGAAA--TGGTTGAAATCCGACAACGTATTT--T--TT--TTT-TTACCTT---T------TT----TGTCCGCAAAT--TTG--AAT----TGTCA-GCCATTTT---------GA---------------AAC-TT---------GATTGC-ACC----CCG--TCGTATGACCCCC--TA-TC----A-------GTCCACA-ATTGAATTT--AGATTAGATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCAGGACTAAAGAAG--AGaatgt
gi|31 : AAATT-GGTTGAAATCTTACAAC---CTT--GATTT--TTT-TAGA-TT---T------TTTTAATGGCCACCATT--TT
gi|32 : TGG-AATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--T--TTCC
gi|4 : AAA-TGTCCCCGAACAT--CGATCCC-----TG-TTGCCAAGATGGTAGAGCAGGGAAG--TAT-----------AC-TATG-G-CAGAGAATAGACCTGGGCAATCTTC-TGAACTTCAACGTAAAAATTGAAATATTGGTTGGAAATTCCGACAATCTTTTA-T-TTTGTGGC-AGCCATG-TCTG-AAG-ATGACCGCCAATC--------AA-AT-T-------------T------------T----TAA-----GTA-T-A-AATGAA-ATAT-----CT------GA--CCCGCAG-TACTA-C--TGGAC--TTG-------GT----GT--CCT--CA-ACTCAC--CACAG--AACTAAACTGA--TGTA--AGATTATT------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-ACT-ACATT--TCCG-TATATGG----G-GCCTTATT-TTTG--AATAAT-GGTGTGCGTTATTC-------------TTTGTTCTTTGATTTGTC-----CAGGAAATAAAGTCTCAAGGGG--TCA-TCAAA--TTACCTACTCAGAAAA--TAAAAT----TTGAAGTTTGA-AAT---TTT--TCACG--TTT-------T---T------TT----CGGCCACCATCAATTG--ACTAAAAGGGTGTGCTATTTT---------GGAAAACAGATTTTCGTAAG-TTG--------GATTGC-ACTTTCGCATGACCTCAGGAGCCCA--TACTC----ATTAACATCCATACA-A---AGATC--GAAATGAAT
gi|5 : AAGTTAT--AACTCT---GTTGG-GATGCCAACACGAA-AGTCCCCGAACAG--C--TCCCC-T--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAAAGAAA--TGT-----------AT-CGAGTG-TAGA-GAT-------------------GAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TC----AAAC-TT------TC-TTAC-AGTCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-AAC---T--TGAA-ACATTGAACTACTGATCT---T---AAAGATACACTGATGTT-AGA-T-A-T--GAA-ATATGTACCCT------CAACT-----G--ACCACA--TAAATCAANN--NNN-NNN----NNNNNNN--NN-NNNNNN--NNNNN-NNNNNNNN-NNAGGTGTC-GAAA----T------G-TTAGTA-TA-----------T-TG-A-T-ATATT--TTGA-TATATGG----G-GCG--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TT-A------A----AT-G---TTTGA-T-G-------CTGTAAATGAACTCT---AGA---TCA-TTAAA--TTATC--CA-AG-GAA--TAACATTATGTTGAAATCCAACAAC---C-T--TGAT-------------T---T------TT----CGGCGGTCATT--TTGTAAAT----TGG--------------------AA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----TCT--CCTAAGGA-CCCC--TA-TC----A-------CCCCACG-A---AGTTT--GAATTGAATT--TG-TTGAAGCATGATCA-T-AA---ATTCGTACGGAAAA
gi|6 : CTGGGG-A---TTC-CGAA-TTTAACCTAAAAA------T-TCAGTTGG--------------------T-TTC-TTGCTAGCCATAAGTTGTAATGATGGCGGCC-AGTGCGT--TGAACACAC-------------TGTGCTGGGAGGACA---CAA-----ATA-T-A-T--GAACACA------TA------AA--T-----A-AACACGA--TAAAC--ATG--AAG-TATAATTGTATCTTGACACGCTGAC------A-AAAC--AA-TAA--TGC--GATA----T------TATTAG-A-CTGGAGATCTATAT-TGTA-T-ACAGT--GCAG-TACATGGCAATG-TCC--A-T-TT-G--AA-AAT-GGTG-G-----------------------TG---TCTAT-TTA-------CT--AACTGAG---T---AAGGAGTCAATCAAAAATTACC---T-AA-AAAAATAAAATTTG-TTGAAATCCGACAGC---CTT--T-GTT--TTT-CACG-CT---T------TT----CGGCCGCCATCT-TTG--GAT----CGACG-ATCATTTT---------AA---------------AAATTT---------GATTGCAATC----CCG--TCT-AGGACGCCC--TA-CCCTGGA-------CATAACACA---AGTTGAAGAATTG-ATCGGTG-TT-AAG-ATGTTCA-T-AAGATA-TCG-ACGGACAAATTCCTCACT-AAGAAGAAAGGAATaa
gi|7 : agtaacattcaacttaaacactttGTC-ATC---T--TGAA-ACAT-------------T---G---GAAAAT----TGA-----ACA-T-ATA--GAA-ATA------CT------GA--T-----GCTAC-AGG--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GCACCCT--CA-ACTGAC--CACAT-AAACCAAA-TGA--TGTA-GAGA----T------T-TGAGCA-CT-----------T-TG-A---------------TACATAGC---G-GCC--A-T-TTGG--AA-AAT-GGCG-TC-----TC-G------GGTTTTTTG---TTTAT-TTGTTTTACACTGGAAATGAACTC----AGGG--TCA-GTAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCTGACAA----CTT--TGACT--TTT-TACG-TT---T------TT----CGGCTGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GTCATTTTGAAAATTTCGA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CTT--CC-CATGACCCCCTATA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--TAACTGAATC--TGTTTGAAGCATGTTCA-T-AAG--A-TTGTGCGTACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGAAATATTAAGAATAAAACAT
gi|8 : CAACACAAA-CGTTCCCAAGCAC--C----CCC-T--TG-T--CAAAACTGGT-AG-TAAAGCA---TAT-----------TT-TGAACC-CATA-AATGGAATTGGG-----TGCGTGAA-TTCACTATAAAAATT-GAAT-TTGGTTGAAT--TTCGATGAAT-TTGA-T-TTT-TGGC-AGCAGT--TTTG-AA--ATGTTGGCA-ATC---T--TGAA-ACAT-------------T---T---GAAAAT----TGA-----ATG-GAA-A--GAA-ATA------CT------TA--T-----G-C--------TAGAA--ATG--AAC-TGT----GAGCCCT--CG-ACTAACTGCACAC-AACTCAAA-T----TATACGAGA-----------T-TTAGCA-TT-----------T-TG-A-T-GTATT--TCCG-TGAATGGC---C-GCC--A-T-TCTA--AA-AAT-GGCG-GC-----Tttttaaaacaatatgtccccgacaccacgcgtttgg
gi|9 : ACCCT--AA-ATTATT--CACAG-AACGGAAA-TAA--AGTA-GAAT----T------T-TTAACA-CT-----------T-TG-A-T-GCATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAA-A--------------A------A----ATTG---T--GA-T-G-------CCAGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--AT-AA-AAA--TAAAATTTGGTTGGAATCCGACAAC---C-T--TAATT--TTT-T----TT---TTACATATT----TGACCGCCATC--TTG--AAT----CGGCT-G-----TT---------GG---------------AAG-TT---------GGAGGT-ACA----CCT--CCTCATGACCCCC--T--------------------ACA-A---AGTTT--GAATTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTCACT-AA---A-CGGTGCGGACAAGTTCATCACTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACTAAAGAAGAGGAATAATAAGCAAAAACAATATGTCCCCGACACCACGTGTTCGGGGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 222222222222222222222 11111 11111111 111111 777777777777777777777777777 22222222222 11111111111 22222222222222222222 111 1111111 2222 1111 444444444444444444 11111 111111 22222222222222222222222222 222222222 111111111111 1 11111 1111111 1 222
lowQualScore : 44 1 555 2 5 33 33 2 55 2 33 2 4 33 111111111111111 2 2 2 444 2 2 3 3 44 0 3 1 777 9 3 77 3 77 1 2 0 666666 3 1 444444444444444444444 9999 44444 11111111 3 222222 777777777777777777777777777 55 55 3 7777 5 44 3 777 3 0 1 3 0 44 3 1 22222222222 3 3 44444444444 3 3 3 3 44 2 3 0 0 5555 3 44 3 6 1 33 2 2 2 22222222222222222222 000 1 4 0 8888888 7777 99 4 55 55 4 4 55 777 555 1 0000 44 333333333333333333 11111 88 55 99999 888888 33333333333333333333333333 3 000000000 4 8888 55 2 1 1 55 4 444444444444 1 3 666 555 2 55 3 1 3 0 11111 4 11 0 66 7777777 2 111
lowQualScore : .. . ... . . .. .. . .. . .. . . .. ............... . . . ... . . . . .. . . . ... . . .. . .. . . . ...... . . ..................... .... ..... ........ . ...... ........................... .. .. . .... . .. . ... . . . . . .. . . ........... . . ........... . . . . .. . . . . .... . .. . . . .. . . . .................... ... . . . ....... .... .. . .. .. . . .. ... ... . .... .. .................. ..... .. .. ..... ...... .......................... . ......... . .... .. . . . .. . ............ . . ... ... . .. . . . . ..... . .. . .. ....... . ...
lowQualScore : 66 8 444 9 0 44 44 4 66 4 22 4 7 22 222222222222222 4 5 4 111 5 5 1 1 22 2 1 4 000 2 3 33 1 33 7 9 9 999999 1 4 888888888888888888888 6666 22222 66666666 1 999999 666666666666666666666666666 00 00 6 1111 6 22 1 888 1 3 7 1 8 22 1 0 55555555555 1 1 66666666666 1 1 1 1 22 1 1 5 2 5555 1 22 1 2 5 99 9 9 9 11111111111111111111 000 4 4 8 5555555 0000 55 0 55 55 0 0 55 333 888 2 6666 66 555555555555555555 88888 66 55 99999 444444 99999999999999999999999999 6 000000000 0 5555 55 3 0 6 55 0 999999999999 6 6 444 888 1 00 6 4 6 9 99999 7 66 8 11 6666666 0 555
consensus : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAAC-TTCA-T-TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ATA-T-A-A--GAA-ATA------CT------GA--T-----G-TACCAGA--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
Reference ( family-2637 ) : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAAC-TTCA-T-TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--TGAA-ACATTN------G-------------AAAAT----TGA-----ATA-T-A-A--GAA-ATA------CT------GA--T-----G-TACCAGA--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
gi|1 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGCCTACGCAAA-TGTCCCCGAACAT--C--TCCCC-A--TG-T--CCAAAATGGC-GA-CATAGAAA--TAT-----------AT-AGAGTC-CAGA-AATATACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTTAACATAAAAACT-AAAT-TTGGTTGGAA--TCTAACAAAC-ATCA---TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGACAGTC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TTA-----ACA---A-A--GAA-ATG------CT------GA--T---------TC-----TAGAT--ATG--AAT-TGT----GAACCCT--CA-ATTCAC--CACAG-AGACCAAA-TGA--TGCA-GATA----A------T-TTAGCA-TT-----------T-AT-A-T-ATATT--TAAG-TATATAGT---G-GTC--A-T-TTCA--AA-AAT-GGCG-AC-----TC-A------A----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGTAAATGAAC-CC---AGGG--TCA-TCAGA--TTTTC--CT-AG-AAA--TCAAA---GGATGAAATGCG--------------AGTT--TTT-T-----------------------GGCTGCAATC--TTA--AAT----ATGTT-GCCATTTT---------GA---------------AAA-TTTCAAAAGTGGATTTC-ACC----ACT--CCCTAGGATCTCC--TA-TC----A-------CCTAACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTAAAGCATGCTCA-TAAA---A-AGGTGCTAACAGATTTCTTACTAAAGAAG--AATAATAAG----ATGA
gi|10 : --AA-TAT-GGCG-GA-----TC-AGCTGGGA----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-ATA--TAAAATTTAGTTAAAATCTAACAAC---CTTGATAATTGACGT-T----CT---T------TT-----GGCCGCCATC--TTG--ACT----TGAAA----ATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GAATGC-ACC----CCT--CCTCATGACCCCC--TA-TT----A-------GCCCAC--------------------ATT--TA-TTGAAGCACTGTCA-TAAA---A-TCGCACGGAAAAGCTCAGCACT-AAGGAG--AGGAATGAT----Agcagaaaaacaatttgtccctgacacgaccttttcagggatata
gi|11 : T---GTTGG-GATGCCAACACAAATTGT-CCCGAAC-C--C--TCCCC-AT-TGTT--CTAAAATGGT-GACCAGAGAAAATTAA-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAAATCTGGG-A---TT--TG---TGTACCCTAAAggaagacaacaaaaacaatatgtttccgacactacg
gi|11 : T--TCTA-AA--ATGGTGACC-A---------GA--------------G-------------AAAAT----TAA-----AT-----------------------T------GA--------G-T-CCAGAAATAAAT--CTGGGATT-TGT----GTACCCT--AA-ATTAAT--CACTG-AAGGGAAA-TAA--AGTA-AAGAT---T------T-TTAGCACCT-----------T-TC-A-T-GCATT--TCCGATACAT-GT---G-GCC--A-TATTTG--AA-AATGGGCG-GC-----TCAA------A----TTTG---TTTttaatcactgaagggaaataaagtaaagatttttagcacctttcatgcatttccgatacatgtggccatatttgaaaatgggcggctcaaatttgtttttttggatg
gi|12 : tgttgggatgccaacacaaattgtcccgaaccctccccattgTA-T-G-A--AAA-ATA------CT------GA--T-----G-C--------TAGAT--ATG--AATATAT----A-ACCCT--CA--TTGAC--AACAG-AAACAAAA-TGA--TGTG-GAGC----CTG----T-TTAGCA-C------------T-TG-A-T-ACACTTATCAG-T-TAT-GC---G-GTC--A-A-TT----GA-AAT-GACG-GC-----ttttggatg
gi|13 : ttgtatatatcAGTCAT--AAGTCT---GTTGG-GAT------AGATA-TGTCCGCGAACAC--C--TCTCC-A--AG-T--CTAACATAGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AC-AGAGTT-CAGA-AATAGACTTGGG-A----TC-TGAA-TGCCACCTAAAAACT-AAAT-TTGATTGAAA--TCCGACCAAT-TTCA-T-TTT-TT-C-AGCCAT--TTTG-TA--AC--------------------A-ACAGTC------G-------------GAAAC----TGA-----ATA-T-A-A--AGA-Aatacaaatggctgatgtgtaaaatttaattatttatctatttttatgtaatgctggaaat
gi|14 : ATTTC---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCAGGACCCCC--TA-TC----A-------CTCCACG-A---AG-TT--GAATTTAATC--TG-TTGAAGCATGTTCA-TAAA---A-TTGTGCGGACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGGAAT
gi|15 : ccgaaaAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AT-TGTGGT-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TCC-TGAG-TTCAACCTAAAAACT-GAA--TTGGTTGAAA--TTCAATAAAC-TTCA-T-TTTGTGGC-AATCGT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--Ttttgagaagaaaacaaaaacagtatgtccccgcaatatgtccccgacactacgtgtgcgggggc
gi|16 : GTTAT--AACTGTAGTGTTGG-TATGTCAACACAA--TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-C--CGGAAATAGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AC-CGA-TCGCAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TCCAACCAAAAAGTT-GAAT-TTGGTTGAAA--TCAGACACAT-TTCA-T-TTTGTGGC-ATTTAT--TTTG-AA--ATGGCGGC
gi|17 : cTGCCAGCC-ATT---TATTGAA-AAATTT------C-------------AAAGT----TGATTGCTATA---A-A--GAA-ATA------CT------------------TATCG----TGAAA--ATG--AAT-TGT----G-ACCCT--TA-ACTGAAG-CATAGGAAATCAAA-TGA--AGTA-GATA----T------T-TTGATA-CC-----------T-CG-A-TCAAATA--TCCG-TATA-GGC---ACTCT--A-TGTTTGATAA-AAT-GGCG-G
gi|18 : CTCC-A--TG-T--CTGATATGGT-AA-CAGAGAAA--TA-----------------AATT-TAGA-AATAGACTTTGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAAC-TTCACT-TTC-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGTGGCC-ACC---T--TGAA-ACAGTG------G--------------AAAT----TGA-----ACA-TAA-A--GAG-ATA------Caacacttttcttt
gi|19 : -A--TG-T--TTGAAATTGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTTGAG-A---TTC-TGAA-TTCAGCCTTATAGCT-AAAT-TTGGTTGAAA--TTTAACAAAC-TTCAGT-TTC-TTGC-AGTCAT--TTTG-AA--ATGACGGCC-ATT---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ACA-T-A-A--
gi|2 : CAAGTTAT--GAATGT---GTTGG-GGCACCAACAAAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCT-A--TG-T--CTGAAATGGT-GA-CAGAAAAA--CAT-----------AT-CGAGTC-AAGA-AATAGACTTCAA-A---TAA-TAAA-TGCAACTTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGTTAAAC-TTTA-T-TTT-TTGC-AGTAAT--TTTG-TA--ATGACGGCC-ATC---T--TGAA-ACAGTC------G-------------AAAAC----TTA-----ATATT-A-C--GAA-ATG------CTAAATTAGA--T-----A--ATTAGA--TAAAT--ATC--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CAC------CCAAA-TAA--TGTA-GAAA----T------T-TTATCA-TT-----------G-TG-A-T-ACATT--TCTG-TATATGGC---G-ACC--A-T-TTTG--TA-AAT-GACA-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTAA-TTA-------TTGGAAATGAACTCTCG-AGAGC-TCA-TCAAA--TTACT--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGATAAC---CTT--TAATT--TTTAT----CT---T------TT----TGTCCGCCATT--TTG--AAT----TGGCA-GCCATTTT---------GA---------------AAC-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTTATGAACCCC--TA-TC----A-------GCCAATA-A---AATTT--GAATTGGATT--TG-TTAAAGCACTTTCA-T-AA---A-TCGTGCGGACAAGTTCAGCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAGTATATGAATTTAGAAag
gi|20 : TTAT--AACTGT---CTTGG-GATACTAACCCATA-TGTCCCCGAACACACC--TCTCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAG-----------TT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTCGTG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAAC-TTCA-CATTT-TTG
gi|21 : GT----GTACCCA--CA-ATTGAC--CACAG-AAATCAAA-TAA--TGTA-GATA----TATCATAT-TTTGGA-TT-----------TCTG-A-T-ACATT--TCCG-TACTTGAC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-GAT-GG-G-GC-----TT--------A----TTTG---TATG
gi|22 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGACAACGCAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCA-A--TG-T--TCAAAATCGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGACTC-CAGA-AATAGATATGAG-A---TTC-TTAA-TTCAACtaaactgtg
gi|23 : TAT--AATTGT-----TGGAGAGACCAGAGTGAGGTGTCC--GAACAT--C--ACCCTTA--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TACCAGATAATAAGATGTGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTatta
gi|24 : AGTTAT--AGCTGT---GTT---------------AA-TGTCCCCGAAAAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAA-TGGT-GA-CAGAGAAA--TAT--------------CGAGTC-CAGA-AATAAATATGGA-A---TCC-TGAA-CGCAGCCTAtct
gi|25 : CAAGTTATTGAACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCACGAAAAC--C--TTCCC-A--TA-T--CCGTAATGGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AT-TGAGTC-CA
gi|26 : --GAACTGAATC--TG-------CACTTTTA-C-AA---AGTCGCGCGGACAAATTTCTCATTAGAGAAG--AGGAAT--T----ATAAAA---ATGAA---AGAA
gi|27 : A-A---AATT----ATTTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTTA-T-AA---AATCGTGCGGACAAGATCAGCACTAACGAAG--A
gi|28 : tgaatgTGGTTGGAATCCGACAAC---CTT---GATT--TTT-T----GTACATA-----TT----TGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-------TT---------GA---------------AAG-T
gi|29 : TG-------CTGGAAATAAACCC----AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--GT-A-------------------GAAATCCGACAAC---CTT--GAATT--TTgg
gi|3 : ttttaAGTTTT--AAATGT---GTTGG-GGTGCCAACAAAAA-TGTACCCGAACGC--C--CCCCC-CCCTA-T--CTTAAATGGT-GA-CACAGAGA--CAT-----------AT-CGAGTA-CAAA-AATAGACTTCGA-A---TCC-TAAA-TGCAACCTAAAAACT-GAA----GGCTGAAA--TCCGTTAAAC-TTTA-T-TTT-TTGC-AGCAAT--TTTG-TA--AAGTCGGCC-ATC---T--TGAA-ACAGTG------G-------------GAAAT----TTG-----ATA-T-A-AA-GTA-ATA------CT-------A--T-------T----GA--TAGAT--ATC--AAT-TGT----ATACCCT--CA-AATGAC---ACAG-ATCCCAAA-TGA--TGTA-GAAA----G------C-TTATCA-TT-----------T-TG-A-T-ACAAT--TCTG-TATATGGC---G-GCC--A-T-TTTC--AA-AAT-GCCG-AC-----TC-A------A----TTTGT--TTTAA-TTG-------CTGGAAATGAACTCG---A-GA--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--AGAAA--TGGTTGAAATCCGACAACGTATTT--T--TT--TTT-TTACCTT---T------TT----TGTCCGCAAAT--TTG--AAT----TGTCA-GCCATTTT---------GA---------------AAC-TT---------GATTGC-ACC----CCG--TCGTATGACCCCC--TA-TC----A-------GTCCACA-ATTGAATTT--AGATTAGATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCAGGACTAAAGAAG--AGaatgt
gi|31 : AAATT-GGTTGAAATCTTACAAC---CTT--GATTT--TTT-TAGA-TT---T------TTTTAATGGCCACCATT--TT
gi|32 : TGG-AATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--T--TTCC
gi|4 : AAA-TGTCCCCGAACAT--CGATCCC-----TG-TTGCCAAGATGGTAGAGCAGGGAAG--TAT-----------AC-TATG-G-CAGAGAATAGACCTGGGCAATCTTC-TGAACTTCAACGTAAAAATTGAAATATTGGTTGGAAATTCCGACAATCTTTTA-T-TTTGTGGC-AGCCATG-TCTG-AAG-ATGACCGCCAATC--------AA---ATTT------------------------T----TAA-----GTA-T-A-AATGAA-ATAT-----CT------GA--CCCGCAG-TACTA-C--TGGAC--TTG-------GT----GT--CCT--CA-ACTCAC--CACAG--AACTAAACTGA--TGTA--AGATTATT------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-ACT-ACATT--TCCG-TATATGG----G-GCCTTATT-TTTG--AATAAT-GGTGTGCGTTATTC-------------TTTGTTCTTTGATTTGTC-----CAGGAAATAAAGTCTCAAGGGG--TCA-TCAAA--TTACCTACTCAGAAAA--TAAAAT----TTGAAGTTTGA-AAT---TTT--TCACG--TTT-------T---T------TT----CGGCCACCATCAATTG--ACTAAAAGGGTGTGCTATTTT---------GGAAAACAGATTTTCGTAAG-TTG--------GATTGC-ACTTTCGCATGACCTCAGGAGCCCA--TACTC----ATTAACATCCATACA-A---AGATC--GAAATGAAT
gi|5 : AAGTTAT--AACTCT---GTTGG-GATGCCAACACGAA-AGTCCCCGAACAG--C--TCCCC-T--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAAAGAAA--TGT-----------AT-CGAGTG-TAGA-GAT-------------------GAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TC----AAAC-TT------TC-TTAC-AGTCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-AAC---T--TGAA-ACATTG------AACTACTGATCTTAAAGATACACTGATGTT-AGA-T-A-T--GAA-ATATGTACCCT------CAACT-----G--ACCACA--TAAATCAANN--NNN-NNN----NNNNNNN--NN-NNNNNN--NNNNN-NNNNNNNN-NNAGGTGTC-GAAA----T------G-TTAGTA-TA-----------T-TG-A-T-ATATT--TTGA-TATATGG----G-GCG--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TT-A------A----AT-G---TTTGA-T-G-------CTGTAAATGAACTCT---AGA---TCA-TTAAA--TTATC--CA-AG-GAA--TAACATTATGTTGAAATCCAACAAC---C-T--TGAT-------------T---T------TT----CGGCGGTCATT--TTGTAAAT----TGG--------------------AA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----TCT--CCTAAGGA-CCCC--TA-TC----A-------CCCCACG-A---AGTTT--GAATTGAATT--TG-TTGAAGCATGATCA-T-AA---ATTCGTACGGAAAA
gi|6 : CTGGGG-A---TTC-CGAA-TTTAACCTAAAAA------T-TCAGTTGG--------------------T-TTC-TTGCTAGCCATAAGTTGTAATGATGGCGGCC-AGTGCGT--TGAACACACTGTGCTGGG-------------AGGACA---CAA-----ATA-T-A-T--GAACACA------TA------AA--T-----A-AACACGA--TAAAC--ATG--AAG-TATAATTGTATCTTGACACGCTGAC------A-AAAC--AA-TAA--TGC--GATA----T------TATTAG-A-CTGGAGATCTATAT-TGTA-T-ACAGT--GCAG-TACATGGCAATG-TCC--A-T-TT-G--AA-AAT-GGTG-G-----------------------TG---TCTAT-TTA-------CT--AACTGAG---T---AAGGAGTCAATCAAAAATTACC---T-AA-AAAAATAAAATTTG-TTGAAATCCGACAGC---CTT--T-GTT--TTT-CACG-CT---T------TT----CGGCCGCCATCT-TTG--GAT----CGACG-ATCATTTT---------AA---------------AAATTT---------GATTGCAATC----CCG--TCT-AGGACGCCC--TA-CCCTGGA-------CATAACACA---AGTTGAAGAATTG-ATCGGTG-TT-AAG-ATGTTCA-T-AAGATA-TCG-ACGGACAAATTCCTCACT-AAGAAGAAAGGAATaa
gi|7 : agtaacattcaacttaaacactttGTC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ACA-T-ATA--GAA-ATA------CT------GA--T-----GCTAC-AGG--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GCACCCT--CA-ACTGAC--CACAT-AAACCAAA-TGA--TGTA-GAGA----T------T-TGAGCA-CT-----------T-TG-A---------------TACATAGC---G-GCC--A-T-TTGG--AA-AAT-GGCG-TC-----TC-G------GGTTTTTTG---TTTAT-TTGTTTTACACTGGAAATGAACTC----AGGG--TCA-GTAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCTGACAA----CTT--TGACT--TTT-TACG-TT---T------TT----CGGCTGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GTCATTTTGAAAATTTCGA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CTT--CC-CATGACCCCCTATA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--TAACTGAATC--TGTTTGAAGCATGTTCA-T-AAG--A-TTGTGCGTACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGAAATATTAAGAATAAAACAT
gi|8 : CAACACAAA-CGTTCCCAAGCAC--C----CCC-T--TG-T--CAAAACTGGT-AG-TAAAGCA---TAT-----------TT-TGAACC-CATA-AATGGAATTGGG-----TGCGTGAA-TTCACTATAAAAATT-GAAT-TTGGTTGAAT--TTCGATGAAT-TTGA-T-TTT-TGGC-AGCAGT--TTTG-AA--ATGTTGGCA-ATC---T--TGAA-ACATTT------G-------------AAAAT----TGA-----ATG-GAA-A--GAA-ATA------CT------TA--T-----G-C--------TAGAA--ATG--AAC-TGT----GAGCCCT--CG-ACTAACTGCACAC-AACTCAAA-T----TATACGAGA-----------T-TTAGCA-TT-----------T-TG-A-T-GTATT--TCCG-TGAATGGC---C-GCC--A-T-TCTA--AA-AAT-GGCG-GC-----Tttttaaaacaatatgtccccgacaccacgcgtttgg
gi|9 : ACCCT--AA-ATTATT--CACAG-AACGGAAA-TAA--AGTA-GAAT----T------T-TTAACA-CT-----------T-TG-A-T-GCATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAA-A--------------A------A----ATTG---T--GA-T-G-------CCAGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--AT-AA-AAA--TAAAATTTGGTTGGAATCCGACAAC---C-T--TAATT--TTT-T----TT---TTACATATT----TGACCGCCATC--TTG--AAT----CGGCT-G-----TT---------GG---------------AAG-TT---------GGAGGT-ACA----CCT--CCTCATGACCCCC--T--------------------ACA-A---AGTTT--GAATTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTCACT-AA---A-CGGTGCGGACAAGTTCATCACTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACTAAAGAAGAGGAATAATAAGCAAAAACAATATGTCCCCGACACCACGTGTTCGGGGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 222222222222222222222 11111 11111111 111111 777777777777777777777777777 22222222222 11111111111 22222222222222222222 111 1111111 2222 1111 444444444444444444 11111 111111 22222222222222222222222222 222222222 111111111111 1 11111 1111111 1 222
lowQualScore : 44 1 555 2 5 33 33 2 55 2 33 2 4 33 111111111111111 2 2 2 444 2 2 3 3 44 0 3 1 777 9 3 77 3 77 1 2 0 666666 3 1 444444444444444444444 9999 44444 11111111 3 222222 777777777777777777777777777 55 55 3 7777 5 44 3 777 3 0 1 3 0 44 3 1 22222222222 3 3 44444444444 3 3 3 3 44 2 3 0 0 5555 3 44 3 6 1 33 2 2 2 22222222222222222222 000 1 4 0 8888888 7777 99 4 55 55 4 4 55 777 555 1 0000 44 333333333333333333 11111 88 55 99999 888888 33333333333333333333333333 3 000000000 4 8888 55 2 1 1 55 4 444444444444 1 3 666 555 2 55 3 1 3 0 11111 4 11 0 66 7777777 2 111
lowQualScore : .. . ... . . .. .. . .. . .. . . .. ............... . . . ... . . . . .. . . . ... . . .. . .. . . . ...... . . ..................... .... ..... ........ . ...... ........................... .. .. . .... . .. . ... . . . . . .. . . ........... . . ........... . . . . .. . . . . .... . .. . . . .. . . . .................... ... . . . ....... .... .. . .. .. . . .. ... ... . .... .. .................. ..... .. .. ..... ...... .......................... . ......... . .... .. . . . .. . ............ . . ... ... . .. . . . . ..... . .. . .. ....... . ...
lowQualScore : 66 8 444 9 0 44 44 4 66 4 22 4 7 22 222222222222222 4 5 4 111 5 5 1 1 22 2 1 4 000 2 3 33 1 33 7 9 9 999999 1 4 333333333333333333333 6666 22222 66666666 1 999999 666666666666666666666666666 00 00 6 1111 6 22 1 888 1 3 7 1 8 22 1 0 55555555555 1 1 66666666666 1 1 1 1 22 1 1 5 2 5555 1 22 1 2 5 99 9 9 9 11111111111111111111 000 4 4 8 5555555 0000 55 0 55 55 0 0 55 333 888 2 6666 66 555555555555555555 88888 66 55 99999 444444 99999999999999999999999999 6 000000000 0 5555 55 3 0 6 55 0 999999999999 6 6 444 888 1 00 6 4 6 9 99999 7 66 8 11 6666666 0 555
consensus : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAAC-TTCA-T-TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ATA-T-A-A--GAA-ATA------CT------GA--T-----G-TACCAGA--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
Reference ( family-2637 ) : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAAC-TTCA-T-TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ATA-T-A-A--GAA-ATA------CT------GA--T-----G-TACCAGA--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
gi|1 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGCCTACGCAAA-TGTCCCCGAACAT--C--TCCCC-A--TG-T--CCAAAATGGC-GA-CATAGAAA--TAT-----------AT-AGAGTC-CAGA-AATATACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTTAACATAAAAACT-AAAT-TTGGTTGGAA--TCTAACAAAC-ATCA---TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGACAGTC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TTA-----ACA---A-A--GAA-ATG------CT------GA--T---------TC-----TAGAT--ATG--AAT-TGT----GAACCCT--CA-ATTCAC--CACAG-AGACCAAA-TGA--TGCA-GATA----A------T-TTAGCA-TT-----------T-AT-A-T-ATATT--TAAG-TATATAGT---G-GTC--A-T-TTCA--AA-AAT-GGCG-AC-----TC-A------A----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGTAAATGAAC-CC---AGGG--TCA-TCAGA--TTTTC--CT-AG-AAA--TCAAA---GGATGAAATGCG--------------AGTT--TTT-T-----------------------GGCTGCAATC--TTA--AAT----ATGTT-GCCATTTT---------GA---------------AAA-TTTCAAAAGTGGATTTC-ACC----ACT--CCCTAGGATCTCC--TA-TC----A-------CCTAACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTAAAGCATGCTCA-TAAA---A-AGGTGCTAACAGATTTCTTACTAAAGAAG--AATAATAAG----ATGA
gi|10 : --AA-TAT-GGCG-GA-----TC-AGCTGGGA----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-ATA--TAAAATTTAGTTAAAATCTAACAAC---CTTGATAATTGACGT-T----CT---T------TT-----GGCCGCCATC--TTG--ACT----TGAAA----ATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GAATGC-ACC----CCT--CCTCATGACCCCC--TA-TT----A-------GCCCAC--------------------ATT--TA-TTGAAGCACTGTCA-TAAA---A-TCGCACGGAAAAGCTCAGCACT-AAGGAG--AGGAATGAT----Agcagaaaaacaatttgtccctgacacgaccttttcagggatata
gi|11 : T---GTTGG-GATGCCAACACAAATTGT-CCCGAAC-C--C--TCCCC-AT-TGTT--CTAAAATGGT-GACCAGAGAAAATTAA-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAAATCTGGG-A---TT--TG---TGTACCCTAAAggaagacaacaaaaacaatatgtttccgacactacg
gi|11 : T--TCTA-AA--ATGGTGACC-A---------GA--------------G-------------AAAAT----TAA-----AT-----------------------T------GA--------G-T-CCAGAAATAAAT--CTGGGATT-TGT----GTACCCT--AA-ATTAAT--CACTG-AAGGGAAA-TAA--AGTA-AAGAT---T------T-TTAGCACCT-----------T-TC-A-T-GCATT--TCCGATACAT-GT---G-GCC--A-TATTTG--AA-AATGGGCG-GC-----TCAA------A----TTTG---TTTttaatcactgaagggaaataaagtaaagatttttagcacctttcatgcatttccgatacatgtggccatatttgaaaatgggcggctcaaatttgtttttttggatg
gi|12 : tgttgggatgccaacacaaattgtcccgaaccctccccattgTA-T-G-A--AAA-ATA------CT------GA--T-----G-C--------TAGAT--ATG--AATATAT----A-ACCCT--CA--TTGAC--AACAG-AAACAAAA-TGA--TGTG-GAGC----CTG----T-TTAGCA-C------------T-TG-A-T-ACACTTATCAG-T-TAT-GC---G-GTC--A-A-TT----GA-AAT-GACG-GC-----ttttggatg
gi|13 : ttgtatatatcAGTCAT--AAGTCT---GTTGG-GAT------AGATA-TGTCCGCGAACAC--C--TCTCC-A--AG-T--CTAACATAGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AC-AGAGTT-CAGA-AATAGACTTGGG-A----TC-TGAA-TGCCACCTAAAAACT-AAAT-TTGATTGAAA--TCCGACCAAT-TTCA-T-TTT-TT-C-AGCCAT--TTTG-TA--AC--------------------A-ACAGTC------G-------------GAAAC----TGA-----ATA-T-A-A--AGA-Aatacaaatggctgatgtgtaaaatttaattatttatctatttttatgtaatgctggaaat
gi|14 : ATTTC---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCAGGACCCCC--TA-TC----A-------CTCCACG-A---AG-TT--GAATTTAATC--TG-TTGAAGCATGTTCA-TAAA---A-TTGTGCGGACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGGAAT
gi|15 : ccgaaaAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AT-TGTGGT-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TCC-TGAG-TTCAACCTAAAAACT-GAA--TTGGTTGAAA--TTCAATAAAC-TTCA-T-TTTGTGGC-AATCGT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--Ttttgagaagaaaacaaaaacagtatgtccccgcaatatgtccccgacactacgtgtgcgggggc
gi|16 : GTTAT--AACTGTAGTGTTGG-TATGTCAACACAA--TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-C--CGGAAATAGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AC-CGA-TCGCAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TCCAACCAAAAAGTT-GAAT-TTGGTTGAAA--TCAGACACAT-TTCA-T-TTTGTGGC-ATTTAT--TTTG-AA--ATGGCGGC
gi|17 : cTGCCAGCC-ATT---TATTGAA-AAATTT------C-------------AAAGT----TGATTGCTATA---A-A--GAA-ATA------CT------------------TATCG----TGAAA--ATG--AAT-TGT----G-ACCCT--TA-ACTGAAG-CATAGGAAATCAAA-TGA--AGTA-GATA----T------T-TTGATA-CC-----------T-CG-A-TCAAATA--TCCG-TATA-GGC---ACTCT--A-TGTTTGATAA-AAT-GGCG-G
gi|18 : CTCC-A--TG-T--CTGATATGGT-AA-CAGAGAAA--TA-----------------AATT-TAGA-AATAGACTTTGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAAC-TTCACT-TTC-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGTGGCC-ACC---T--TGAA-ACAGTG------G--------------AAAT----TGA-----ACA-TAA-A--GAG-ATA------Caacacttttcttt
gi|19 : -A--TG-T--TTGAAATTGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTTGAG-A---TTC-TGAA-TTCAGCCTTATAGCT-AAAT-TTGGTTGAAA--TTTAACAAAC-TTCAGT-TTC-TTGC-AGTCAT--TTTG-AA--ATGACGGCC-ATT---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ACA-T-A-A--
gi|2 : CAAGTTAT--GAATGT---GTTGG-GGCACCAACAAAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCT-A--TG-T--CTGAAATGGT-GA-CAGAAAAA--CAT-----------AT-CGAGTC-AAGA-AATAGACTTCAA-A---TAA-TAAA-TGCAACTTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGTTAAAC-TTTA-T-TTT-TTGC-AGTAAT--TTTG-TA--ATGACGGCC-ATC---T--TGAA-ACAGTC------G-------------AAAAC----TTA-----ATATT-A-C--GAA-ATG------CTAAATTAGA--T-----A--ATTAGA--TAAAT--ATC--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CAC------CCAAA-TAA--TGTA-GAAA----T------T-TTATCA-TT-----------G-TG-A-T-ACATT--TCTG-TATATGGC---G-ACC--A-T-TTTG--TA-AAT-GACA-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTAA-TTA-------TTGGAAATGAACTCTCG-AGAGC-TCA-TCAAA--TTACT--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGATAAC---CTT--TAATT--TTTAT----CT---T------TT----TGTCCGCCATT--TTG--AAT----TGGCA-GCCATTTT---------GA---------------AAC-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTTATGAACCCC--TA-TC----A-------GCCAATA-A---AATTT--GAATTGGATT--TG-TTAAAGCACTTTCA-T-AA---A-TCGTGCGGACAAGTTCAGCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAGTATATGAATTTAGAAag
gi|20 : TTAT--AACTGT---CTTGG-GATACTAACCCATA-TGTCCCCGAACACACC--TCTCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAG-----------TT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTCGTG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAAC-TTCA-CATTT-TTG
gi|21 : GT----GTACCCA--CA-ATTGAC--CACAG-AAATCAAA-TAA--TGTA-GATA----TATCATAT-TTTGGA-TT-----------TCTG-A-T-ACATT--TCCG-TACTTGAC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-GAT-GG-G-GC-----TT--------A----TTTG---TATG
gi|22 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGACAACGCAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCA-A--TG-T--TCAAAATCGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGACTC-CAGA-AATAGATATGAG-A---TTC-TTAA-TTCAACtaaactgtg
gi|23 : TAT--AATTGT-----TGGAGAGACCAGAGTGAGGTGTCC--GAACAT--C--ACCCTTA--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TACCAGATAATAAGATGTGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTatta
gi|24 : AGTTAT--AGCTGT---GTT---------------AA-TGTCCCCGAAAAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAA-TGGT-GA-CAGAGAAA--TAT--------------CGAGTC-CAGA-AATAAATATGGA-A---TCC-TGAA-CGCAGCCTAtct
gi|25 : CAAGTTATTGAACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCACGAAAAC--C--TTCCC-A--TA-T--CCGTAATGGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AT-TGAGTC-CA
gi|26 : --GAACTGAATC--TG-------CACTTTTA-C-AA---AGTCGCGCGGACAAATTTCTCATTAGAGAAG--AGGAAT--T----ATAAAA---ATGAA---AGAA
gi|27 : A-A---AATT----ATTTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTTA-T-AA---AATCGTGCGGACAAGATCAGCACTAACGAAG--A
gi|28 : tgaatgTGGTTGGAATCCGACAAC---CTT---GATT--TTT-T----GTACATA-----TT----TGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-------TT---------GA---------------AAG-T
gi|29 : TG-------CTGGAAATAAACCC----AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--GT-A-------------------GAAATCCGACAAC---CTT--GAATT--TTgg
gi|3 : ttttaAGTTTT--AAATGT---GTTGG-GGTGCCAACAAAAA-TGTACCCGAACGC--C--CCCCC-CCCTA-T--CTTAAATGGT-GA-CACAGAGA--CAT-----------AT-CGAGTA-CAAA-AATAGACTTCGA-A---TCC-TAAA-TGCAACCTAAAAACT-GAA----GGCTGAAA--TCCGTTAAAC-TTTA-T-TTT-TTGC-AGCAAT--TTTG-TA--AAGTCGGCC-ATC---T--TGAA-ACAGTG------G-------------GAAAT----TTG-----ATA-T-A-AA-GTA-ATA------CT-------A--T-------T----GA--TAGAT--ATC--AAT-TGT----ATACCCT--CA-AATGAC---ACAG-ATCCCAAA-TGA--TGTA-GAAA----G------C-TTATCA-TT-----------T-TG-A-T-ACAAT--TCTG-TATATGGC---G-GCC--A-T-TTTC--AA-AAT-GCCG-AC-----TC-A------A----TTTGT--TTTAA-TTG-------CTGGAAATGAACTCG---A-GA--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--AGAAA--TGGTTGAAATCCGACAACGTATTT--T--TT--TTT-TTACCTT---T------TT----TGTCCGCAAAT--TTG--AAT----TGTCA-GCCATTTT---------GA---------------AAC-TT---------GATTGC-ACC----CCG--TCGTATGACCCCC--TA-TC----A-------GTCCACA-ATTGAATTT--AGATTAGATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCAGGACTAAAGAAG--AGaatgt
gi|31 : AAATT-GGTTGAAATCTTACAAC---CTT--GATTT--TTT-TAGA-TT---T------TTTTAATGGCCACCATT--TT
gi|32 : TGG-AATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--T--TTCC
gi|4 : AAA-TGTCCCCGAACAT--CGATCCC-----TG-TTGCCAAGATGGTAGAGCAGGGAAG--TAT-----------AC-TATG-G-CAGAGAATAGACCTGGGCAATCTTC-TGAACTTCAACGTAAAAATTGAAATATTGGTTGGAAATTCCGACAATCTTTTA-T-TTTGTGGC-AGCCATG-TCTG-AAG-ATGACCGCCAATC--------AA-AT-TT-------------------------T----TAA-----GTA-T-A-AATGAA-ATAT-----CT------GA--CCCGCAG-TACTA-C--TGGAC--TTG-------GT----GT--CCT--CA-ACTCAC--CACAG--AACTAAACTGA--TGTA--AGATTATT------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-ACT-ACATT--TCCG-TATATGG----G-GCCTTATT-TTTG--AATAAT-GGTGTGCGTTATTC-------------TTTGTTCTTTGATTTGTC-----CAGGAAATAAAGTCTCAAGGGG--TCA-TCAAA--TTACCTACTCAGAAAA--TAAAAT----TTGAAGTTTGA-AAT---TTT--TCACG--TTT-------T---T------TT----CGGCCACCATCAATTG--ACTAAAAGGGTGTGCTATTTT---------GGAAAACAGATTTTCGTAAG-TTG--------GATTGC-ACTTTCGCATGACCTCAGGAGCCCA--TACTC----ATTAACATCCATACA-A---AGATC--GAAATGAAT
gi|5 : AAGTTAT--AACTCT---GTTGG-GATGCCAACACGAA-AGTCCCCGAACAG--C--TCCCC-T--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAAAGAAA--TGT-----------AT-CGAGTG-TAGA-GAT-------------------GAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TC----AAAC-TT------TC-TTAC-AGTCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-AAC---T--TGAA-ACATTG------AACTACTGATCTTAAAGATACACTGATGTT-AGA-T-A-T--GAA-ATATGTACCCT------CAACT-----G--ACCACA--TAAATCAANN--NNN-NNN----NNNNNNN--NN-NNNNNN--NNNNN-NNNNNNNN-NNAGGTGTC-GAAA----T------G-TTAGTA-TA-----------T-TG-A-T-ATATT--TTGA-TATATGG----G-GCG--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TT-A------A----AT-G---TTTGA-T-G-------CTGTAAATGAACTCT---AGA---TCA-TTAAA--TTATC--CA-AG-GAA--TAACATTATGTTGAAATCCAACAAC---C-T--TGAT-------------T---T------TT----CGGCGGTCATT--TTGTAAAT----TGG--------------------AA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----TCT--CCTAAGGA-CCCC--TA-TC----A-------CCCCACG-A---AGTTT--GAATTGAATT--TG-TTGAAGCATGATCA-T-AA---ATTCGTACGGAAAA
gi|6 : CTGGGG-A---TTC-CGAA-TTTAACCTAAAAA------T-TCAGTTGG--------------------T-TTC-TTGCTAGCCATAAGTTGTAATGATGGCGGCC-AGTGCGT--TGAACACACTGTGCTGGG-------------AGGACA---CAA-----ATA-T-A-T--GAACACA------TA------AA--T-----A-AACACGA--TAAAC--ATG--AAG-TATAATTGTATCTTGACACGCTGAC------A-AAAC--AA-TAA--TGC--GATA----T------TATTAG-A-CTGGAGATCTATAT-TGTA-T-ACAGT--GCAG-TACATGGCAATG-TCC--A-T-TT-G--AA-AAT-GGTG-G-----------------------TG---TCTAT-TTA-------CT--AACTGAG---T---AAGGAGTCAATCAAAAATTACC---T-AA-AAAAATAAAATTTG-TTGAAATCCGACAGC---CTT--T-GTT--TTT-CACG-CT---T------TT----CGGCCGCCATCT-TTG--GAT----CGACG-ATCATTTT---------AA---------------AAATTT---------GATTGCAATC----CCG--TCT-AGGACGCCC--TA-CCCTGGA-------CATAACACA---AGTTGAAGAATTG-ATCGGTG-TT-AAG-ATGTTCA-T-AAGATA-TCG-ACGGACAAATTCCTCACT-AAGAAGAAAGGAATaa
gi|7 : agtaacattcaacttaaacactttGTC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ACA-T-ATA--GAA-ATA------CT------GA--T-----GCTAC-AGG--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GCACCCT--CA-ACTGAC--CACAT-AAACCAAA-TGA--TGTA-GAGA----T------T-TGAGCA-CT-----------T-TG-A---------------TACATAGC---G-GCC--A-T-TTGG--AA-AAT-GGCG-TC-----TC-G------GGTTTTTTG---TTTAT-TTGTTTTACACTGGAAATGAACTC----AGGG--TCA-GTAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCTGACAA----CTT--TGACT--TTT-TACG-TT---T------TT----CGGCTGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GTCATTTTGAAAATTTCGA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CTT--CC-CATGACCCCCTATA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--TAACTGAATC--TGTTTGAAGCATGTTCA-T-AAG--A-TTGTGCGTACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGAAATATTAAGAATAAAACAT
gi|8 : CAACACAAA-CGTTCCCAAGCAC--C----CCC-T--TG-T--CAAAACTGGT-AG-TAAAGCA---TAT-----------TT-TGAACC-CATA-AATGGAATTGGG-----TGCGTGAA-TTCACTATAAAAATT-GAAT-TTGGTTGAAT--TTCGATGAAT-TTGA-T-TTT-TGGC-AGCAGT--TTTG-AA--ATGTTGGCA-ATC---T--TGAA-ACATTT------G-------------AAAAT----TGA-----ATG-GAA-A--GAA-ATA------CT------TA--T-----G-C--------TAGAA--ATG--AAC-TGT----GAGCCCT--CG-ACTAACTGCACAC-AACTCAAA-T----TATACGAGA-----------T-TTAGCA-TT-----------T-TG-A-T-GTATT--TCCG-TGAATGGC---C-GCC--A-T-TCTA--AA-AAT-GGCG-GC-----Tttttaaaacaatatgtccccgacaccacgcgtttgg
gi|9 : ACCCT--AA-ATTATT--CACAG-AACGGAAA-TAA--AGTA-GAAT----T------T-TTAACA-CT-----------T-TG-A-T-GCATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAA-A--------------A------A----ATTG---T--GA-T-G-------CCAGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--AT-AA-AAA--TAAAATTTGGTTGGAATCCGACAAC---C-T--TAATT--TTT-T----TT---TTACATATT----TGACCGCCATC--TTG--AAT----CGGCT-G-----TT---------GG---------------AAG-TT---------GGAGGT-ACA----CCT--CCTCATGACCCCC--T--------------------ACA-A---AGTTT--GAATTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTCACT-AA---A-CGGTGCGGACAAGTTCATCACTA
blockSeqs : TG G AGT A T AC GA T CC T TG A C AT CAGATAATAAGATGT G G C ATC G C G A AT T C CT G T AA T TG G A GCGT C G GAACTACTGATCTTA ACAC TTGCT TAAAT C TGTACC AAATTAGATAATTAGA CA GG A AATT T GA C TGC G G C GG C G TATCATA A C GGAGATCTATA C T C C TA C A CAAT C TT T A T AT T G T TCAGCTGGGA TTC T T TTTTACA TCAA AG A AA TA C A AA TTT GTA T GATA GA TTTTTACATA TTAAT AA TA AAAAG TGTGCT GGAAAACAGATTTTCGT T G A TTCG GA C T C TA C ATTAACAT C C TTG GAA A GG T T C A GATA C AG AA ATTAAGA C .
blockSeqs : . C . . G . . . T . . . G . ATT . . . . . . . . . . C GT G . G . G G . TAT . T GTGCTGGG A TGTT TAAA . T GACCCGCAGTACTAC . . . . T . . GC . A . . . G TTATT . . . . . . . . A . T . . . G T . . . . TCGGGTTT T A . TC TCG C . . . . . . TTT . T TA . TGTACATA T T . T CAGCC GAAAATTTCGA . . . . . C G C . . CTGGA C . . T G . . G . A AG T CT . GAT .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . ACA . . . . . . . . . . C CA G . . . . G . T . G CG . . TTAC . . CAACTGACCACA . . . . T . . C . C . . . T CTG . . . . . . . . C . C . . . . T . . . . GTTATTC . G . . G . . . . . . . TTA . T GA . TTACCTTT T . . T CAGCC GA . . . . . T T A . . A A . . T A . . T . . AA T AG . AAT
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . C T . . . . . C . T . T TC . . TAAA . . GAGTCCAGAAA . . . . T . . A . C . . . A TT . . . . . . . . T . C . . . . T . . . . TCAAA . A . . T . . . . . . . TTT . T GA . TAGATTT T . . C CGATC GA . . . . . T T C . . A C . . T G . . T . . AT C CT . T
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . ACC . . . . . . . . . . C T . . . . . G . T . G GG . . TATA . . AATAAACACGA . . . . T . . C . C . . . T T . . . . . . . . C . C . . . . T . . . . TCAA . G . . T . . . . . . . TTT . T TC . CACGCTT C . . T CGGTC GA . . . . . C G G . . A T . . C G . . T . . GA T AG .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . T T . . . . . A . T . G GG . . GAAA . . GATGCTACAGG . . . . N . . C . C . . . A T . . . . . . . . T . C . . . . T . . . . TCAA . G . . . . . . . . . . TTT . T TG . TACGTTT C . . T CTG GA . . . . . A G C . . A C . . T A . . G . . A C AG .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . ATC . . . . . . . . . . C T . . . . . A . T . T CG . . TGA . . GATGC . . . . T . . C . T . . . G G . . . . . . . . C . C . . . . T . . . . TTAA . A . . . . . . . . . . TT . T TG . ATCTT C . . C AA GA . . . . . C G C . . A A . . T A . . G . . A T CT .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . . . . T T . . . . . T . T . T GG . . TAA . . TATCG . . . . C . . N . N . . . A T . . . . . . . . G . C . . . . G . . . . TTA . A . . . . . . . . . . T . T TA . TCTT C . . C CG AA . . . . . C T C . . A C . . T A . . G . . A T CT .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . T T . . . . . A . T . C GG . . TAA . . ATTGA . . . . A . . C . C . . . T T . . . . . . . . A . C . . . . T . . . . AA . G . . . . . . . . . T . T G . TT T . . C . AA . . . . . . T . . . . . . . . G . . G . . A T AT
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . G T . . . . . G . T . T TG . . TAT . . TATGC . . . . . . . C . C . . . G T . . . . . . . . C . C . . . . T . . . . . . . . . T . TT . . GG . . . . . . . T . . A .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . ATC . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . T G . . TAT . . . . . . . . G . . . G T . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ACT . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . AA . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TTT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T** TAA***** T*** TTT TA** TACCTT************ C**** *********
originalCons : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAAC-TTCA-T-TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ATA-T-A-A--GAA-ATA------CT------GA--T-----G-TACCAGA--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTT--TAATT--TTT-T----CT---T------TT----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
finalCons : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAAC-TTCAT--TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ATATAA-----GAA-ATA------CT------GA--T-----G-TACCAGA--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC---CTTTA--ATT--TTTTACCTT------------TTC----GGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACTAAAGAAGAGGAATAATAAGCAAAAACAATATGTCCCCGACACCACGTGTTCGGGGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 222222222222222222222 11111 11111111 111111 777777777777777777777777777 22222222222 11111111111 22222222222222222222 111 1111111 2222 1111111111111111 222222222 111111 111111 22222222222222222222222222 222222222 111111111111 1 111 1111111 1 222
lowQualScore : 44 1 555 2 5 33 33 2 55 2 33 2 4 33 111111111111111 2 2 2 444 2 2 3 3 44 0 3 1 777 9 3 77 3 77 1 2 0 666666 3 1 444444444444444444444 9999 44444 11111111 3 222222 777777777777777777777777777 55 55 3 7777 5 44 3 777 3 0 1 3 0 44 3 1 22222222222 3 3 44444444444 3 3 3 3 44 2 3 0 0 5555 3 44 3 6 1 33 2 2 2 22222222222222222222 000 1 4 0 8888888 7777 99 4 55 55 4 4 55 777 4444444444444444 7777 333333333 333333 88 55 99999 888888 33333333333333333333333333 3 000000000 4 8888 55 2 1 1 55 4 444444444444 1 3 666 555 2 55 3 1 3 4 000 7 4 11 0 66 7777777 2 111
lowQualScore : .. . ... . . .. .. . .. . .. . . .. ............... . . . ... . . . . .. . . . ... . . .. . .. . . . ...... . . ..................... .... ..... ........ . ...... ........................... .. .. . .... . .. . ... . . . . . .. . . ........... . . ........... . . . . .. . . . . .... . .. . . . .. . . . .................... ... . . . ....... .... .. . .. .. . . .. ... ................ .... ......... ...... .. .. ..... ...... .......................... . ......... . .... .. . . . .. . ............ . . ... ... . .. . . . . ... . . .. . .. ....... . ...
lowQualScore : 66 8 444 9 0 44 44 4 66 4 22 4 7 22 222222222222222 4 5 4 111 5 5 1 1 22 2 1 4 000 2 3 33 1 33 7 9 9 999999 1 4 333333333333333333333 6666 22222 66666666 1 999999 666666666666666666666666666 00 00 6 1111 6 22 1 888 1 3 7 1 8 22 1 0 55555555555 1 1 66666666666 1 1 1 1 22 1 1 5 2 5555 1 22 1 2 5 99 9 9 9 11111111111111111111 000 4 4 8 5555555 0000 55 0 55 55 0 0 55 333 9999999999999999 1111 666666666 222222 66 55 99999 444444 99999999999999999999999999 6 000000000 0 5555 55 3 0 6 55 0 999999999999 6 6 444 888 1 00 6 4 6 5 000 3 7 66 8 11 6666666 0 555
consensus : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAAC-TTCA-T-TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ATA-T-A-A--GAA-ATA------CT------GA--T-----G-TACCAGA--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC----CTT--TAA----TT----TTT-TAC---C-TTTT-----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
Reference ( family-2637 ) : CAAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-CGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGACAAAC-TTCA-T-TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ATA-T-A-A--GAA-ATA------CT------GA--T-----G-TACCAGA--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CACAG-AAACCAAA-TGA--TGTA-GANA----T------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-A-T-ACATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTGA-TTG-------CTGGAAATGAACTCT---AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGACAAC----CTT--TAA----TT----TTT-TAC---C-TTTT-----CGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GCCATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCANGACCCCC--TA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCNTCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAACATATGAATTTAGAA
gi|1 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGCCTACGCAAA-TGTCCCCGAACAT--C--TCCCC-A--TG-T--CCAAAATGGC-GA-CATAGAAA--TAT-----------AT-AGAGTC-CAGA-AATATACTTGGG-A---TTC-TGAA-TTTAACATAAAAACT-AAAT-TTGGTTGGAA--TCTAACAAAC-ATCA---TTT-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGACAGTC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TTA-----ACA---A-A--GAA-ATG------CT------GA--T---------TC-----TAGAT--ATG--AAT-TGT----GAACCCT--CA-ATTCAC--CACAG-AGACCAAA-TGA--TGCA-GATA----A------T-TTAGCA-TT-----------T-AT-A-T-ATATT--TAAG-TATATAGT---G-GTC--A-T-TTCA--AA-AAT-GGCG-AC-----TC-A------A----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGTAAATGAAC-CC---AGGG--TCA-TCAGA--TTTTC--CT-AG-AAA--TCAAA---GGATGAAATGCG---------------AG----TT----TTT-T-----------------GGCTGCAATC--TTA--AAT----ATGTT-GCCATTTT---------GA---------------AAA-TTTCAAAAGTGGATTTC-ACC----ACT--CCCTAGGATCTCC--TA-TC----A-------CCTAACA-A---AGTTT--GAATTGAATC--TG-TTAAAGCATGCTCA-TAAA---A-AGGTGCTAACAGATTTCTTACTAAAGAAG--AATAATAAG----ATGA
gi|10 : --AA-TAT-GGCG-GA-----TC-AGCTGGGA----TTTT---TTTTA-ATG-------CTGGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-ATA--TAAAATTTAGTTAAAATCTAACAAC----CTTGATAA----TTGACGTT--------C-TTTT------GGCCGCCATC--TTG--ACT----TGAAA----ATTTT---------GA---------------AAG-TT---------GAATGC-ACC----CCT--CCTCATGACCCCC--TA-TT----A-------GCCCAC--------------------ATT--TA-TTGAAGCACTGTCA-TAAA---A-TCGCACGGAAAAGCTCAGCACT-AAGGAG--AGGAATGAT----Agcagaaaaacaatttgtccctgacacgaccttttcagggatata
gi|11 : T---GTTGG-GATGCCAACACAAATTGT-CCCGAAC-C--C--TCCCC-AT-TGTT--CTAAAATGGT-GACCAGAGAAAATTAA-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAAATCTGGG-A---TT--TG---TGTACCCTAAAggaagacaacaaaaacaatatgtttccgacactacg
gi|11 : T--TCTA-AA--ATGGTGACC-A---------GA--------------G-------------AAAAT----TAA-----AT-----------------------T------GA--------G-T-CCAGAAATAAAT--CTGGGATT-TGT----GTACCCT--AA-ATTAAT--CACTG-AAGGGAAA-TAA--AGTA-AAGAT---T------T-TTAGCACCT-----------T-TC-A-T-GCATT--TCCGATACAT-GT---G-GCC--A-TATTTG--AA-AATGGGCG-GC-----TCAA------A----TTTG---TTTttaatcactgaagggaaataaagtaaagatttttagcacctttcatgcatttccgatacatgtggccatatttgaaaatgggcggctcaaatttgtttttttggatg
gi|12 : tgttgggatgccaacacaaattgtcccgaaccctccccattgTA-T-G-A--AAA-ATA------CT------GA--T-----G-C--------TAGAT--ATG--AATATAT----A-ACCCT--CA--TTGAC--AACAG-AAACAAAA-TGA--TGTG-GAGC----CTG----T-TTAGCA-C------------T-TG-A-T-ACACTTATCAG-T-TAT-GC---G-GTC--A-A-TT----GA-AAT-GACG-GC-----ttttggatg
gi|13 : ttgtatatatcAGTCAT--AAGTCT---GTTGG-GAT------AGATA-TGTCCGCGAACAC--C--TCTCC-A--AG-T--CTAACATAGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AC-AGAGTT-CAGA-AATAGACTTGGG-A----TC-TGAA-TGCCACCTAAAAACT-AAAT-TTGATTGAAA--TCCGACCAAT-TTCA-T-TTT-TT-C-AGCCAT--TTTG-TA--AC--------------------A-ACAGTC------G-------------GAAAC----TGA-----ATA-T-A-A--AGA-Aatacaaatggctgatgtgtaaaatttaattatttatctatttttatgtaatgctggaaat
gi|14 : ATTTC---------GA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTCAGGACCCCC--TA-TC----A-------CTCCACG-A---AG-TT--GAATTTAATC--TG-TTGAAGCATGTTCA-TAAA---A-TTGTGCGGACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGGAAT
gi|15 : ccgaaaAGTTAT--AACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AT-TGTGGT-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TCC-TGAG-TTCAACCTAAAAACT-GAA--TTGGTTGAAA--TTCAATAAAC-TTCA-T-TTTGTGGC-AATCGT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-ATC---T--Ttttgagaagaaaacaaaaacagtatgtccccgcaatatgtccccgacactacgtgtgcgggggc
gi|16 : GTTAT--AACTGTAGTGTTGG-TATGTCAACACAA--TGTCCCCGAACAC--C--TCCCC-A--TG-C--CGGAAATAGT-GA-CAGAGAAG--TAT-----------AC-CGA-TCGCAGA-AATAGACTTGGG-A---TTC-TGAA-TCCAACCAAAAAGTT-GAAT-TTGGTTGAAA--TCAGACACAT-TTCA-T-TTTGTGGC-ATTTAT--TTTG-AA--ATGGCGGC
gi|17 : cTGCCAGCC-ATT---TATTGAA-AAATTT------C-------------AAAGT----TGATTGCTATA---A-A--GAA-ATA------CT------------------TATCG----TGAAA--ATG--AAT-TGT----G-ACCCT--TA-ACTGAAG-CATAGGAAATCAAA-TGA--AGTA-GATA----T------T-TTGATA-CC-----------T-CG-A-TCAAATA--TCCG-TATA-GGC---ACTCT--A-TGTTTGATAA-AAT-GGCG-G
gi|18 : CTCC-A--TG-T--CTGATATGGT-AA-CAGAGAAA--TA-----------------AATT-TAGA-AATAGACTTTGG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAAC-TTCACT-TTC-TTGC-AGCCAT--TTTG-AA--ATGGTGGCC-ACC---T--TGAA-ACAGTG------G--------------AAAT----TGA-----ACA-TAA-A--GAG-ATA------Caacacttttcttt
gi|19 : -A--TG-T--TTGAAATTGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTTGAG-A---TTC-TGAA-TTCAGCCTTATAGCT-AAAT-TTGGTTGAAA--TTTAACAAAC-TTCAGT-TTC-TTGC-AGTCAT--TTTG-AA--ATGACGGCC-ATT---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ACA-T-A-A--
gi|2 : CAAGTTAT--GAATGT---GTTGG-GGCACCAACAAAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCT-A--TG-T--CTGAAATGGT-GA-CAGAAAAA--CAT-----------AT-CGAGTC-AAGA-AATAGACTTCAA-A---TAA-TAAA-TGCAACTTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCGTTAAAC-TTTA-T-TTT-TTGC-AGTAAT--TTTG-TA--ATGACGGCC-ATC---T--TGAA-ACAGTC------G-------------AAAAC----TTA-----ATATT-A-C--GAA-ATG------CTAAATTAGA--T-----A--ATTAGA--TAAAT--ATC--AAT-TGT----GTACCCT--CA-ACTGAC--CAC------CCAAA-TAA--TGTA-GAAA----T------T-TTATCA-TT-----------G-TG-A-T-ACATT--TCTG-TATATGGC---G-ACC--A-T-TTTG--TA-AAT-GACA-GC-----TC-A------A----TTTG---TTTAA-TTA-------TTGGAAATGAACTCTCG-AGAGC-TCA-TCAAA--TTACT--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCCGATAAC----CTT--TAA-----T----TTT-TAT---C-TTTT-----TGTCCGCCATT--TTG--AAT----TGGCA-GCCATTTT---------GA---------------AAC-TT---------GATTGC-ACC----CCT--CCTTATGAACCCC--TA-TC----A-------GCCAATA-A---AATTT--GAATTGGATT--TG-TTAAAGCACTTTCA-T-AA---A-TCGTGCGGACAAGTTCAGCACTAAAGAAG--AGGAATAAT----ATAAAGTATATGAATTTAGAAag
gi|20 : TTAT--AACTGT---CTTGG-GATACTAACCCATA-TGTCCCCGAACACACC--TCTCC-A--TG-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TAG-----------TT-TGAGTC-CAGA-AATAGACTCGTG-A---TTC-TGAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TCCAACAAAC-TTCA-CATTT-TTG
gi|21 : GT----GTACCCA--CA-ATTGAC--CACAG-AAATCAAA-TAA--TGTA-GATA----TATCATAT-TTTGGA-TT-----------TCTG-A-T-ACATT--TCCG-TACTTGAC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-GAT-GG-G-GC-----TT--------A----TTTG---TATG
gi|22 : AGTTTT--AAATGT---GTTGG-GATGACAACGCAAA-TGTCCCCGAACAC--C--TCCCA-A--TG-T--TCAAAATCGT-GA-CAGAGAAA--TAT-----------AT-TGACTC-CAGA-AATAGATATGAG-A---TTC-TTAA-TTCAACtaaactgtg
gi|23 : TAT--AATTGT-----TGGAGAGACCAGAGTGAGGTGTCC--GAACAT--C--ACCCTTA--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAGAGAAA--TACCAGATAATAAGATGTGAGTC-CAGA-AATAGACTTGGG-A---TTatta
gi|24 : AGTTAT--AGCTGT---GTT---------------AA-TGTCCCCGAAAAC--C--TCCCC-A--TG-T--CCGAA-TGGT-GA-CAGAGAAA--TAT--------------CGAGTC-CAGA-AATAAATATGGA-A---TCC-TGAA-CGCAGCCTAtct
gi|25 : CAAGTTATTGAACTGT---GTTGG-GATGCCAACACAAA-TGTCCACGAAAAC--C--TTCCC-A--TA-T--CCGTAATGGT-GA-CAGAGAAA--CAT-----------AT-TGAGTC-CA
gi|26 : --GAACTGAATC--TG-------CACTTTTA-C-AA---AGTCGCGCGGACAAATTTCTCATTAGAGAAG--AGGAAT--T----ATAAAA---ATGAA---AGAA
gi|27 : A-A---AATT----ATTTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTTA-TAAA---A-TCGTGCGGACAAGATCAGCACTAACGAAG--A
gi|28 : tgaatgTGGTTGGAATCCGACAAC----CTT--GAT----TT----TTTGTAC---A-TATT-----TGGCCGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-------TT---------GA---------------AAG-T
gi|29 : TG-------CTGGAAATAAACCC----AGGG--TCA-TCAAA--TTACC--GT-A-------------------GAAATCCGACAAC----CTT--GAA----TT----TTgg
gi|3 : ttttaAGTTTT--AAATGT---GTTGG-GGTGCCAACAAAAA-TGTACCCGAACGC--C--CCCCC-CCCTA-T--CTTAAATGGT-GA-CACAGAGA--CAT-----------AT-CGAGTA-CAAA-AATAGACTTCGA-A---TCC-TAAA-TGCAACCTAAAAACT-GAA----GGCTGAAA--TCCGTTAAAC-TTTA-T-TTT-TTGC-AGCAAT--TTTG-TA--AAGTCGGCC-ATC---T--TGAA-ACAGTG------G-------------GAAAT----TTG-----ATA-T-A-AA-GTA-ATA------CT-------A--T-------T----GA--TAGAT--ATC--AAT-TGT----ATACCCT--CA-AATGAC---ACAG-ATCCCAAA-TGA--TGTA-GAAA----G------C-TTATCA-TT-----------T-TG-A-T-ACAAT--TCTG-TATATGGC---G-GCC--A-T-TTTC--AA-AAT-GCCG-AC-----TC-A------A----TTTGT--TTTAA-TTG-------CTGGAAATGAACTCG---A-GA--TCA-TCAAA--TTACC--CT-AG-AAA--AGAAA--TGGTTGAAATCCGACAACGTATTTT--T------TT----TTT-TAC---CTTTTT-----TGTCCGCAAAT--TTG--AAT----TGTCA-GCCATTTT---------GA---------------AAC-TT---------GATTGC-ACC----CCG--TCGTATGACCCCC--TA-TC----A-------GTCCACA-ATTGAATTT--AGATTAGATC--TG-TTGAAGCACGTTCA-T-AA---A-TCGCGCGGACAAGTTCAGGACTAAAGAAG--AGaatgt
gi|31 : AAATT-GGTTGAAATCTTACAAC----CTT--GAT----TT----TTT-TAG---A-TTTTTTTAATGGCCACCATT--TT
gi|32 : TGG-AATGCCAACACAAA-TGTCCCCGAACAC--T--TTCC
gi|4 : AAA-TGTCCCCGAACAT--CGATCCC-----TG-TTGCCAAGATGGTAGAGCAGGGAAG--TAT-----------AC-TATG-G-CAGAGAATAGACCTGGGCAATCTTC-TGAACTTCAACGTAAAAATTGAAATATTGGTTGGAAATTCCGACAATCTTTTA-T-TTTGTGGC-AGCCATG-TCTG-AAG-ATGACCGCCAATC--------AA-AT-TT-------------------------T----TAA-----GTA-T-A-AATGAA-ATAT-----CT------GA--CCCGCAG-TACTA-C--TGGAC--TTG-------GT----GT--CCT--CA-ACTCAC--CACAG--AACTAAACTGA--TGTA--AGATTATT------T-TTAGCA-CT-----------T-TG-ACT-ACATT--TCCG-TATATGG----G-GCCTTATT-TTTG--AATAAT-GGTGTGCGTTATTC-------------TTTGTTCTTTGATTTGTC-----CAGGAAATAAAGTCTCAAGGGG--TCA-TCAAA--TTACCTACTCAGAAAA--TAAAAT----TTGAAGTTTGA--------------AA----TT----TTT-CACGTTT-TTTT-----CGGCCACCATCAATTG--ACTAAAAGGGTGTGCTATTTT---------GGAAAACAGATTTTCGTAAG-TTG--------GATTGC-ACTTTCGCATGACCTCAGGAGCCCA--TACTC----ATTAACATCCATACA-A---AGATC--GAAATGAAT
gi|5 : AAGTTAT--AACTCT---GTTGG-GATGCCAACACGAA-AGTCCCCGAACAG--C--TCCCC-T--TC-T--CCGAAATGGT-GA-CAAAGAAA--TGT-----------AT-CGAGTG-TAGA-GAT-------------------GAA-TTCAACCTAAAAACT-AAAT-TTGGTTGAAA--TC----AAAC-TT------TC-TTAC-AGTCAT--TTTG-AA--ATGGCGGCC-AAC---T--TGAA-ACATTG------AACTACTGATCTTAAAGATACACTGATGTT-AGA-T-A-T--GAA-ATATGTACCCT------CAACT-----G--ACCACA--TAAATCAANN--NNN-NNN----NNNNNNN--NN-NNNNNN--NNNNN-NNNNNNNN-NNAGGTGTC-GAAA----T------G-TTAGTA-TA-----------T-TG-A-T-ATATT--TTGA-TATATGG----G-GCG--A-T-TTTG--AA-AAT-GGCG-GC-----TT-A------A----AT-G---TTTGA-T-G-------CTGTAAATGAACTCT---AGA---TCA-TTAAA--TTATC--CA-AG-GAA--TAACATTATGTTGAAATCCAACAAC----C-T--TGA----T-----------------TTTT-----CGGCGGTCATT--TTGTAAAT----TGG--------------------AA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----TCT--CCTAAGGA-CCCC--TA-TC----A-------CCCCACG-A---AGTTT--GAATTGAATT--TG-TTGAAGCATGATCA-T-AA---ATTCGTACGGAAAA
gi|6 : CTGGGG-A---TTC-CGAA-TTTAACCTAAAAA------T-TCAGTTGG--------------------T-TTC-TTGCTAGCCATAAGTTGTAATGATGGCGGCC-AGTGCGT--TGAACACACTGTGCTGGG-------------AGGACA---CAA-----ATA-T-A-T--GAACACA------TA------AA--T-----A-AACACGA--TAAAC--ATG--AAG-TATAATTGTATCTTGACACGCTGAC------A-AAAC--AA-TAA--TGC--GATA----T------TATTAG-A-CTGGAGATCTATAT-TGTA-T-ACAGT--GCAG-TACATGGCAATG-TCC--A-T-TT-G--AA-AAT-GGTG-G-----------------------TG---TCTAT-TTA-------CT--AACTGAG---T---AAGGAGTCAATCAAAAATTACC---T-AA-AAAAATAAAATTTG-TTGAAATCCGACAGC----CTT--TG-----TT----TTT-CACG--C-TTTT-----CGGCCGCCATCT-TTG--GAT----CGACG-ATCATTTT---------AA---------------AAATTT---------GATTGCAATC----CCG--TCT-AGGACGCCC--TA-CCCTGGA-------CATAACACA---AGTTGAAGAATTG-ATCGGTG-TT-AAG-ATGTTCA-T-AAGATA-TCG-ACGGACAAATTCCTCACT-AAGAAGAAAGGAATaa
gi|7 : agtaacattcaacttaaacactttGTC-ATC---T--TGAA-ACATTG------G-------------AAAAT----TGA-----ACA-T-ATA--GAA-ATA------CT------GA--T-----GCTAC-AGG--TAGAT--ATG--AAT-TGT----GCACCCT--CA-ACTGAC--CACAT-AAACCAAA-TGA--TGTA-GAGA----T------T-TGAGCA-CT-----------T-TG-A---------------TACATAGC---G-GCC--A-T-TTGG--AA-AAT-GGCG-TC-----TC-G------GGTTTTTTG---TTTAT-TTGTTTTACACTGGAAATGAACTC----AGGG--TCA-GTAAA--TTACC--CT-AG-AAA--TAAAATTTGGTTGAAATCTGACAA-----CTT--TGA----CT----TTT-TACG--T-TTTT-----CGGCTGCCATC--TTG--AAT----CGGCG-GTCATTTTGAAAATTTCGA---------------AAG-TT---------GATTGC-ACC----CTT--CC-CATGACCCCCTATA-TC----A-------CCCCACA-A---AGTTT--TAACTGAATC--TGTTTGAAGCATGTTCA-T-AAG--A-TTGTGCGTACAAATTTCTCACTAAAGAAG--AGAAATATTAAGAATAAAACAT
gi|8 : CAACACAAA-CGTTCCCAAGCAC--C----CCC-T--TG-T--CAAAACTGGT-AG-TAAAGCA---TAT-----------TT-TGAACC-CATA-AATGGAATTGGG-----TGCGTGAA-TTCACTATAAAAATT-GAAT-TTGGTTGAAT--TTCGATGAAT-TTGA-T-TTT-TGGC-AGCAGT--TTTG-AA--ATGTTGGCA-ATC---T--TGAA-ACATTT------G-------------AAAAT----TGA-----ATG-GAA-A--GAA-ATA------CT------TA--T-----G-C--------TAGAA--ATG--AAC-TGT----GAGCCCT--CG-ACTAACTGCACAC-AACTCAAA-T----TATACGAGA-----------T-TTAGCA-TT-----------T-TG-A-T-GTATT--TCCG-TGAATGGC---C-GCC--A-T-TCTA--AA-AAT-GGCG-GC-----Tttttaaaacaatatgtccccgacaccacgcgtttgg
gi|9 : ACCCT--AA-ATTATT--CACAG-AACGGAAA-TAA--AGTA-GAAT----T------T-TTAACA-CT-----------T-TG-A-T-GCATT--TCCG-TACATGGC---G-GCC--A-T-TTTG--AA-AAA-A--------------A------A----ATTG---T--GA-T-G-------CCAGAAATGAACTC----GGGG--TCA-TCAAA--TTACC--AT-AA-AAA--TAAAATTTGGTTGGAATCCGACAAC----C-T--TAATTTTTT----TTT-TAC---A-TATT-----TGACCGCCATC--TTG--AAT----CGGCT-G-----TT---------GG---------------AAG-TT---------GGAGGT-ACA----CCT--CCTCATGACCCCC--T--------------------ACA-A---AGTTT--GAATTGGATC--TG-TTGAAGCACTTTCACT-AA---A-CGGTGCGGACAAGTTCATCACTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACTAAAGAAGAGGAATAATAAGCAAAAACAATATGTCCCCGACACCACGTGTTCGGGGC