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consensus : CGAGACG--TAT-ACAAA-C-G-----T-A-ATA-------A-T------A-C-----C-----T-AC-A-----C-----G--A-AC-GTAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------G---------G--C----T---------------AC-----------G------------TG--C--A--A-TAAC-G-T-----A-C-A--AA---C--AC---CTA--------T-C---G--A---------A-AC---G----T----GAC----A-CA-----TACG--T-------GT---A---C-------------T---------A-------A--AA--CG------T------A-AC--A--A----A--TN-----ACA----AA--CAC-CTATC-AAA------AC-GTAA-CA-CATACATGTACG-AAAACG-TA-TT-TT-AA-AA---AC-GT-AACAA-AGAAAATCCCTC
Reference ( gi|2 ) : CGAGACG--TAC-ACAAA-C-G-----T-A-ATA-------A-T------A-C-----C-----T-AC-A-----C-----G--A-AT-GTAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------G---------G--T----T---------------AC-----------G------------TG--C--A--A-TAAC-G-T-----A-C-A--AA---C--AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----GAC----A-CA-----TACG--T-------GT---A---C--G----------T---------A-------A--AA--CG------T------A-AC--A--A----A--TN-----ACA----AA--CAC-CTATC-AAA------AC-GTGA-CA-CATACATGTACGTAAAACG-TA-TT-TT-AA-AA---AC-GT-AACAA-ATAAAATCCCTC
gi|6 : CGAGACG--TAT-ACAAA-C-G-----T-A-ATA-------A-T------A-C-----C-----T-AC-A-----C-----G--A-AC-GTAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------G---------A--C----TATGCGTGTCTTAAA-AC-----------G------------TG--C--AATA-TAAC-G-T-----A-C-C--AA---C--AC---CAA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAC----A-CA-----TAC-----------AT---A---A--G----------A---------A-------A--AA--CG------T------A-
gi|10 : CGAGACG--TAT-ACAAA-C-G-----T-A-ATA-------A-T------A-C-----C-----T-AC-A-----C-----G--A-AC-GTAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------GATAAT----G--C----TTGTCCTAAA------AC-----------G------------TG--C--A--A-TAAC-G-T-----A-C-A--AA---C---C---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAC------CA-----TATA--C-------AT---A------G----------A---------A-------A--AA--CG------TATTTTAA-AA--A--A----G--TA-----ACA----AA--ttttgaaaaagtaaccaagaaaatccctc
gi|8 : CGAGACG--TAT-ACAAA-C-G-----T-A-ATA-------AAT------A-C-----C-----T-AC-A-----C-----G--A-AC-GTAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------GACTAT----G--T----TTGTCCTAAA------ACGT---------G------------TG--C--A--A-TAAC-G-T-----A-C-A--AA---C--A----CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAC----A-CA------ACA--T-------AG---A---------------------------A-------A--AA--CG------TATTTTAA-AA--A--A----G--TA-----ACA----AA--gaaaatcctc
gi|25 : CGAGACG--TAT-ACAAA-C-G-----T-A-ATA-------G-T------A-C-----T-----T-AC-A-----C-----G--A-AC-GTGA--T-A---A--ACTGAC----------TA------T-------G---------A--T----TGTTTTAA--------AC-----------G------------TG--C--A--G-TAAC---T-----A-C-A--AC---T--AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAC----A-CA-----TACG--T-------AC---A---------------------------A-------A--AA--CG------T------A-gaaaatccctc
gi|17 : CGAGACG---AT-ACAAA-C-G-----T-A-AT----------T------A-T-----C-----A-ACGA-----A-----G--A-GT--TAACCT-G---ACTA---TG----------C-------T-------T---------G--T----CTAA------------AC-----------G------------TG--C--A--A-TAAC-G-T-----A-C-A--AA------AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAC----A-CA-----TACA--T-------AG---A---------------------------A-------A--AA--CG------T------A-
gi|11 : CGAGACG--TATTACAA--C-G-----T-A-ATA-------A-T------A-C-----C-----T--C-A-----C-----GCTA-AC-GTAA--T-G---A--A----C----------C-------T-------G-----------------T---------------ACT----------A------------TG--C-------T--T-G-T---------------------C---CTA--------------A--A---------A-AC---G----T---------------------AC--------------------C--T----------T---------A-------A--AA--CG------T------A--C--A--A----A-----------------A--CACGCTA------------------A-CA-CATACAT-TA-GAAAAACG-TA-TTCTT-AA-AA---A--GT-AACAA-AGAAAATCCCTttttaaagaagtaccaaagaaaaccctc
gi|30 : CGAGACA--TAT-ACAAA-C-G-----T-A-ATA-------A-T------A-C-----C-----T-AC-A-----C-----A--A-AC-CTAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------G---------A--C----T---------------AT-----------G------------t
gi|3 : CGGGACG--TAG-ACAAA-C-G-----TTA-ATA-------AAT------A-C-----CCACGTT-AC-A-----CCCCGCGTTA-AA-GTAA--T-GGAAA--A---AC----------C-------TTGGATTGG---------G--T----TGTCCCTAAA------AC-----------GG-----------TG--CC-A--A-TA-C-G-T-----A-C-A--AA---C--AC---CTA--------T-C---A--AATTC-----A-ACACTG----TA---AAC----ATCA-----TAC-----------AT---A---A--G----------A---------A-------A--AA--CGATTTTTT------A-AA--A--A----A--TA-----ACA----AA--cttgtcccaaaa
gi|22 : GAGATG--TAT-ACAAA-C-A-----T-G-ATA-------A-T------A-C-----C-----T-AC-A-----C-----G--A-AC-GTAG--T-G---A--A---AC----------C-------T-------GACTATGCTTG--T----TCTAAA----------AC-----------G------------TG--C--A--A-TAAC-G-T-----A-C-A--AA---C--AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAC----A-CA-----AAAA--T-------GT---A---gaaaatccg
gi|20 : GAGACGCGTAT-ACAAA-C-G-----T-A-ATATTACAGTG-T------A-C-----C-----T-AC-A-----C-----G--A-AC-GTAG--T-G---A--G---AC----------C-------T-------GACAATAT--G--C----TTGTCCTAAA------AC-----------G------------TG--C--A--A-TAAC-G-T-----A-C-A--AA---C--AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---C----T----GAC----A-CA-----TACG--T-------AC---A---------------------------A-------A--AA--CG------T------A-Atcaaagaaaatccc
gi|20 : GAGACGCGTAT-ACAAA-C-G-----T-A-ATA-------T-T------A-C-------------------------------A-GT-GTA-----------------C----------C-------T-------A-----------------C---------------AC-----------G-------------------------AAC-G-T-----A-G-T--GA---G--AC---CT---------------------------------------------GAC----A--A-----TATGCTT-------GT---C---C-------------T---------A-------A--AA--CG------TGC----A-AT--A--A----C--GT-----ACA----AA--CAC-CTATC-AAA------AC-CTGA-CA-CATAC--GTACA-AAAACG-TA-
gi|9 : GAGACG--TAT-ACAAA-C-G-----T-A-ATA-------A-T------A-G-----C-----T-AC-A-----CA----A--A-AC-GTAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------G---------A--C----TATGCTTGTCCTAAA-AC-----------G------------GG--C--A--A-TAAC-G-T-----A-C-A--AA---C--AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AT---G----T----AAC----A-GA-----AACG--T-------ACAAAA---C--G----------TATTTTTA--A-------A--AA--CG------T------A-TC--A--A----A--TA-----A-A----AT--CAC-a
gi|15 : GAAACG--TAT-ACAAAAC-G-----T-A-ATA-------A-T------A-C-----C-----T-AC-A-----C-----G--A-AC--TAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------G---------A--C----TATGCGTGTCTTAAA-AC-----------G------------TG--C--A--A-TAAC---T-----A-C-C--AA---C--AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAC----A-CA------ACA--T-------A----A---------------------------A-------A--AA--CG------TATTTTGA-AA--A--A----G--TA-----ACA----AA--tc
gi|19 : GAGACG--TAT-ACAA--C-G-----T-A-ATA-------A-T------AGC-----C-----T-AC-A-----C-----G--ACAC-GTAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------G---------A--C----T---------------AT-----------GCT----------TGTCC--T--A-AAAC-G-TCCTTAA-C-GTCAA---C--AC---CT------------------A---------A-AC---A----TACTAGAA----A---------ACG--T-------AT-------T--T----------T---------A-------A--AA--AG------T------A-AC--A--A----A--gaaatccc
gi|7 : AGACG--T-C-ACAAA-CAG-----T-A-ATA-------A-T------A-C-----C-----T--C-A-----C-----G--A-AC-GTAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------G---------AC-T----T---------------AT-----------GCTTGTCCTAAAATG--C--GC-A-TAAA-G-TTA---A-C-A--AA---C--AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAC----A-CA-----TTCA--T-------AG---A---A-----------------------A-------A--AA--CG------T------A-gaaaatccctt
gi|16 : cAGACG--TATTACAA--C-G-----T-A-ATA-------A-T------A-C-----C-----T--C-A-----C-----G--A-AC-GTAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------GACTATGCTTG--T----TCCTAACAA-------AC-----------G------------TC--CTTA--A--AAC-G-T-----A-C-A--AA---C--AC---CTA--------A-C---A--C---------ATAC---A----TA---GAA----A---------ACG--T-------AT-------T--T----------T---------A-------A--AA--AG------T------A-AC--A--A----A--tttttaaaaagttaacaaagaaaatccctc
gi|12 : GACG--TAT-ATAAA-C-G-----T-A-ATA-------A-T------A-C-----C-----T-AC-A-----C-----A--A-AC-GTCA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------G---------A--C----TATGCTTGTCCTAAA-AC-----------G------------TG--C--A--A-TAAC-G-T-----A-C-A--AA---C--AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAG----A-CA-----TACG--TACGAAGCGT---A---T--T----------TTAA------A-------A--AA--CG------T------A-AC--A--A----A--gaaaatccctt
gi|1 : GATG--TAC-AAAGA-A-GAAAGAT-A-ATA-------G-TCTCCTCA-C-----C-----T-GT-A-----C-----G--A-ATAGTAG--G-G--------------------------------------G---------A--T----A---------------AA-----------G------------TG-----A--A-TGG--A-T-----A-C-A--A----CGAAC---CTA--------A-T---A--A---------A-AC---C----T----GAC----T-CA-----TGCT--T-------GT---A---CCAG----------T---------A-------G--AAGACG------TGCC---A-AT--A--A----A--CGT----GCA----AA--C----TATC-AAA------AC-GTAA-CA-CA-AC---TA-GTAAAACG-TA-TT-TT-AACAA---ACAGT-AACAA-ATAAAATCgaaaatcact
gi|14 : accagacGACG--TCC--CAA--C-G-----TTA-ATA-------A-TC-----A-C-----C-----T-AC-A-----C-----G--A--C-GTA---T-C---A--A---AC----------CGACATAAT-------GCTT------G--TCCTAT---------------AC-----------G------------TG--C--C--A-TAAC-G-T-----A-C---------C--AC---CTA--------T-C---A--A---------A------G----T------C----A-CA-----TAt
gi|23 : ACG--TAT-ACAAA-C-T-----T-A-ATG-------A-A------A-C-----C-----TGACTA-----T-----G--C-TT-GTCC--T-A---A--A---AC-------------------------------------------------------------------------G------------TG--C--A--A-TAAC-G-T-----A-C-A--AA---C--AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAC----A-CA-----TACG--T-------AC---AAAAC--G----------T---------ATTTTTAAA--AA--CG------T------A-AC--A--A----A--TA-----A-A----AT--CAC-tcaatagaaaaaaaacgtatttaaaaaaaaataacacaagaaatccct
gi|13 : --TAT-ACAAA-C-G-----T-A-ATA-------A-T------A-C-----C-----A-AC-AGAA--C-----G--A-AT-ATAACCT-G---A--ATATGC----------C-------T-------G---------T--C----CTAAA-----------AC-----------G------------TG--C--A--A-TAAC-G-T-----A-C-A--AA---C--AC---TAA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAC----A-TA-----TAC-----------GT---A---C-----------------------A-------A--AA--CA------TAGTTTAA-AA--A--A----G--TA-----ACA----AA--t
gi|21 : gacaa--TAT-ACAAA-G-G-----T-A-ATA-------A-T------A-C-----C-----T-AC-A-----C-----A--A-AC-ATAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------G---------A--C----TATGCTTGTCCTAAA-AC-----------G------------TG--C--A--A-TAAC-G-T-----A-C-----------------------------------------------A-AC---G----T----AAC----A-CA-----TACG--T-------AC---AAATC--G----------TATTTTAAAAA-------A--AA--CG------T------A-AC--A--A----A--TA-----A-A----AT--CAC-gaaaatccct
gi|5 : --TAC-A-AAA-C-G-----T-A-TAA-------A-T------A-CGAATTT-----T-AC-AAACAAC-----G--A-AC-GAAA--T-G---A--A---AC----------C-------T-------G---------A--T----TATGCTCTGTCCTTAAAC-----------G------------TG--C--A--A-T-AC-G-T-----ATT-A--AACACC--AC---CTA--------TCC---A--A---------A-ACCA-G----T----AAC----A-T------TACA--T-------A-----------G--------------------A-------A--AA--CC------T------A-AC-----G----A--TT-----AT-----------T-TTTTC-AAA------AA-GTAA-CA-
gi|18 : AT-ATAAA-C-G-----T-ATATA------------------------C-----T-AC-A-----AA----G--A-AC-GTAA--T-G---A--A---CG----------C-------T-------G---------AATT----T---------------GCTAATGTCAAAAG------------TG--C--A--A-TAA--G-C-----A---A--AA---C--A----CTA--------T-C---G--A---------A-AC---G----T----AAC----A-C------TA------------GT---A---C--AAAAGTTATTTT---------A-------AC-AA--CG------T------A-AC--A--A----aagaaaat
gi|4 : -ACAAA-C-T-----T-ATATA-------A-T------A-C-----T-----A-GC-A-----C-----G--A-AC-GAAA--TTG---A--A---ACGCGACTATTGC-------T-------T---------G--T----TCCTAAA---------AC-----------G------------TG--C--A--A-TAACGG-T-----A-CGA--AA---C--AC---CTA--------G-CATAA--A---------A-AC---T----A----TAC----A-CA-----TACA--T-------AG---A---------------------------A-------A--AA--CG------T------A-taaaatcactca
gi|24 : acgagcgttattAAA-C-G-----T-A-ATGG------A-T------A-C-----T-----T-G--A-----C-----T--C-AT-GTT---T-G---T-------C----------C-------T-------A---------G--A----A---------------AC-----------G------------TG--C--A--AATATC-G-TT----A-C-A--AAAA-C--AC---CTA--------T-CA--A--A---------A-AC---G----T----GTC----A-TA------AC-----------GT---A---C--A----------G---------A-------A--AA--CG------T--------ACTTA--A----A--TG------TA----AA--CAtctttttgtataaatctaagtaacaacgaaatc
gi|6 : t------A-C-----G-----T-AT-A-----C-----A--A-AC-GTAA--T-A---A--T---AC----------C-------T-------A-----------------C---------------AC-----------G-------------------------AAC-G-T-----A---------------------A--------T-----G--A---------A-AC---C----T----GAC------TA-----TGCG--T-------GT-------C--T----------T---------A-------A--AA--CG------T------G--C--A--AT---A--TA-----ACGTACCAA--CAC-CAATC-AAA------AC-GTAA-CA-CATACAT--AAGAAAAACG-TA-TT-TT-GA-AA---AA-GT-AACCA-AGAAAATCCCTCacataatatcc
gi|10 : cgag------A-C-----G-----T-AT-A-----C-----A--A-AC-GTAA--T-A---A--T---AC----------C-------T-------A-----------------C---------------AC-----------G-------------------------AAC-G-T-----A---------------------A--------T-----G--A---------A-AC---C----T----GAT----A--A-----TGCT--T-------GT---C---C-------------T---------A-------A--AA--CG------TGC----A-AT--A--A----C--GT-----ACA----AA--C-C-CTATC-AAA------AC-GTAA-C--CATATACATA-GAAAAACG-TA-TT-TT-AA-AA---AA-GT-AACAA-AGAAAATCC
gi|8 : cgag------A-C-----G-----T-AT-A-----C-----A--A-AC-GTAA--T-A---A--A-------------------------------------------------T---------------AC-----------C------------TA--C--A--C-GAAC-G-T-----A---------------------A--------T-----G--A---------A-AC---C----T----GAC------TA-----TGTT--T-------GT---C---C-------------T---------A-------A--AA--CG------TGTGC--A-AT--A--A----C--GT-----ACA----AA--CAC--TATC-AAA------AC-GTAA-CA-CA-ACATAGA---AAAACG-TA-TT-TT-AA-AA---AA-GT-AACAA-AGAAAATCCCTCtc
gi|9 : cgag------A-C-----G-----T-AT-A-----C-----A--A-AC-GTAA--T-A---A--------------------------T-------A---------G--C----T---------------AC-----------A----------------C--A--A--AAC-G-T-----A---------------------A--------T-----G--A---------A-AC---C----T----GAC------TA-----TGCT--T-------GT---C---C-------------T---------A-------A--AA--CGGG----C------A-AT--A--A----C--GT-----ACA----AA--CAC-CTATC-AAA------AT-GTAA-CA-GAAAC--GTAC--AAAACG-TA-TT-TTTAA-AA---AC-GT-ATCAA-ATAAAATCACTC
gi|27 : gag-----T-AC-A-----C-----G--A-AC-GTAA--T-A---A--A---AC----------C-------T-------G---------A--C----T---------------AT-----------G----------------------A-T------T-----N-N-N--NN---N--NN---NNN--------N-N---N--N---------N-NN---N----N----NNT----A-C------TATGATT-------GT-------C--T----------T---------A-------A--AA--CG------TGC----A-GT--A--A----C--GT-----ACA----AA--TAC-CTATC-AAA------AC-GTAA-CA-
gi|12 : t---------------AC-----------G------------TA--T--A--T-AAAC-G-T-----A-A-T--AA---T--AC---CTACACAAACGT-C---ATGA---------A-AC---C----T----GAC------TA-----TGCT--T-------GT---C---C-------------T---------A-------A--AA--CG------TGC----A-AT--A--A----C--GT-----ACA----AA--CAC-CTATC-AAA------AC-GTAA-GA-CATAC--GTACG--AAGCG-TA-TT-TTAAA-AA---AC-GT-AACAA-AGAAAATCACT
gi|22 : g---------------AC-----------A------------TGA-T--A--A-TACC---T-----A-C-A--CG---A--AC---GTA--------G-T---G--A---------A-AC---C----T----GAC------TA-----TGCT--T-------GT---T---C-------------T---------A-------A--AA--CG------TGC----A-AT--A--A----C--GT-----ACA----AA--CAC-CTATC-AAA------AC-GTAA-CA-CAAAAATGTA
gi|25 : gagatgtatacaa---------------AC-----------G------------TA--T--A--C-AAAC-G-T-----A-A-T--AG---T--AC---TTA----------C---AC-G---------A-AC---G----T----GAT----A-AACTGACTATGATT-------GT----------T----------T---------T-------A--AA--CG------T------G--C--AGTA----A--CT-----ACA----AC--TAC-CTATC-AAA------AC-GTAA-CA-CATAC--GTACA-AAAACG-TA-tcaaagaaaatccc
gi|15 : cgag---------------AC-----------G------------T------A--A-TAA----T-----A-C-C--TA---C--ACGAACTA--------A-T---G--A---------A-AC---C----T----GAC------TA-----TGCG--T-------GT-------C--T----------T---------A-------A--AA--CG------T------G--C--A--ATA--A--CT-----ACC----AA--CAC-CTATC-AAA------AC-GTAA-CA-CA-ACATA-A---AAAACG-TA-TT-TT-GA-AA---AA-GT-AACAA-A-GAAATCCC
gi|29 : gaaacgtatacaaa---------------AC-----------G------------TG--C--A--A-TAAC-T-A-----A-C-A--AA---C--AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAC----A-CA-----TACG--T-------AC---A---------------------------A-------A--AA--CA------TATTTCAA-AA--A--A----G--TA-----ACA----AA--
gi|28 : actacgcttgtcctaaa---------------AC-----------G------------TG--C--A--A-TATC-G-TT----A-C-A--AA---C--AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----GTC----A-TA-----TAC---C-------GT---A---C--AGAAACGTAT-T---------A-------A--AA--TG------T------A-AC--A--A----A--TA-----ATA----gaaaatccct
gi|16 : aacttgactatgtttgtcctaaa---------------AC-----------G------------TAA-T--A--A-TACC-T-C-----A-C-G--AA---C--G-----TA--------A-T---G--A---------A-AC---C----T----GAC------TA-----TGCT--T-------GT---T---C--C----------T---------A-------ACAAA--CG------TCCTT--A-A---A--A----C--GT-----ACA----AA--CAC-CTA------------------A-CA-CATACATA---G-AAAACG-TA-TT-TT-AA-AA---A--GT-AACAA-AGAAAATCCCTtccc
gi|26 : agacgtattaca---------------AC-----------G------------TG--C--A--A-AAAC-G-T-----A-C-A--AA---T--AC---CTA--------T-C---A--C---------A-AC---G----T----GAC----A-CA-----T--G--C-------GT---A---C-------------T---------A-------A--AA--TG------T------A-TC--A--A----A--t
gi|19 : aacagaaaatcacttcagacatagggaacctgactatgcttgacctaaa---------------AC-----------G------------TAA-T--A--A-TAGC-C-T-----A-C-AC-GA---C--AC---GTA--------A-T---G--A---------A-AC---C----T----GAC------TA-----TGCT--T-------GT---C---C-------------T---------A-------A--AA--CG------T------C-CT--T--A----A--CG-----TCA----A---CAC-CTA------------------A--A-CATAC---TA-G-AAAACG-TA-TT-TT-AA-AA---A--GT-AACAA-AGAAAATCCCTacgt
gi|32 : gagacgtataca---------------AC-----------G------------TG--C--A--G-TAAC-G-T-----A-C-A--AC---T--AC---CTA--------T-C---A--A---------A-AC---G----T----AAC----A-CA-----TACG--T-------t
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gi|11 : CGAGACG--T-ATTACAA--C-GT-A-ATA-------AT-A-CCT-CA-C-GCTA-ACGTAAT-G-AACCTGTA-----C---------------T--------------A--------------------TG--C---T--T-G-T-----------------CCT--A-----AA---------A-ACGT------------ACC-T------------------------T----A-----AAACGT-----AC--AA----A-------AC---------A--CGC-----------------------TA-A-CA-CATACAT--TAG-A-AAAACG-TA---------TTC-TT---A-AA---A-AGT-AACAA-AGAAAATCCCTgaaaatcctc
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gi|15 : gacgtcccaacgttaat------------AC-GT---A--A-TA-----A-----TACC-TAC--ACGAACTA--------ATG--A---------AACC----TGAC-----T------A-T--GC-----G-TGT-CT-TA-----A-AACG-TGC--A-AT---AA-C--T-A----C--CAACACC---TATC-A---AA------AC--GTA-A-CA-CA-ACAT-A----A-AAAACG-TA---------TTT-TG---A-AA---A-A---G-T-AACAA-AG-AAATCCC
gi|16 : gaaacgtatacaaaAGACG--TATTACAA-C-GTA-ATA-------ATACCT-CAC-G--AACGTAATGAAACCTGA-------CTAT------------GC-TTG-T-----T-----------------------C---CTA--------AC---A---------AACG----T-------------------------------C-CT-TA-----A-AAC------------------G-T-A----C--AAACACC-------------------------TA-A-CA-CATACAT-A----G-AAAACG-TA---------TTT-T----A-AA---A-A---G-T-AACAA-AGAAAATCCCT
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Alignments
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Reference ( family-2577 ) : CGAGACG--TAT-ACAAACGTAATAATACCTACACGAAC-GTAATGAA-ACCTGA--CT-T------------ACGTG-CAA-TA-----A--CG-TACA----AAC--AC---C-TATCGA---------A----ACCTG-AC-A-C-A-TGCT--TGT-CC-TA-----AAA-CG-TG--C---AATA--A-C-G-T--AC--AAACACC---TATC---AAA------AC--G-TA-A-CA-CATACAT-GTAC-G-AAAACG-TA---------TTT-TA---A-AA---A-A---G-T-AACAA-AGAAAATCCCTC
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gi|27 : aacagaaaatcacttcagacatagTACACGAAC-GTAATAAA-ACCTGA--CT----------------------A-TG-----A--T--TNNN----NNN--NN---N-NNNNNN---------N----NNNNN-NT-A-CTA-TGAT--TGT-CT-TA-----AAA-CG-TG--C---AGTA--A-C-G-T--AC--AAATACC---TATC---AAA------AC--G-TA-A-CA-caaaacgt
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gi|31 : cgagacatatacaa---TATC---AAA------AC--G-TA-A-CA-CATAC---GTAC---AAAACG-CA---------TTT-TA---A-GA---A-AC--G-T-AACAA-ATAAAATCACTC
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gi|13 : gTATACAAAC-GTA----ATA-ATACC-A---AC-A-G-----AACG-----AA---TA--TA----------ACCT--G-AA--T-A-T-GCC--TGT-CC-TA-----A--AA-CG-TG--C---A--A-TAA-C-G-T--AC-AAA--CACT---AATC---AAA------AC--G-TA-A-CA-TATAC---GTAC---AAAACA-TA---------GTT-TA---A-AA---A-A---G-T-AACAA-AGAAAATCCCT
gi|14 : gacaaTA-ATCACCTACACGA---CG--TA-T-C---AA-ACC---G-ACA-T-AAT-GCT--TGT-CC-TA-----T--A--CG-TG--C---C--A-TAA-C-G-T--AC------CACC---TATC---AAA----------G-TC-A-CA-TATCAATAGAAA-A-AAAACG-TA---------TTTAAA---A-AA---A-A---A-T-AACAC-AAGAAATCCCT
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gi|16 : AAC-GTA----ATA-ATACCT-----C-ACG-----AACGTA-------------A-T-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TGTTCC-TA-----ACAAA-CG-TC--CTT-A--A--AA-C-G-T--AC-AAA--CACC---TA-----------------------A-CA-CATACAT-A----G-AAAACG-TA---------TTT-TA---A-AA-----A---G-T-AACAA-AGAAAATCCCTgaaacctgactatgcttgttcctaacaaacgtccttaaaacgtacaaacacctaacacatacatagaaaacgtattttaaaaagtaacaaagaaaatccctt
gi|17 : agacgtattacCGAGACG---AT-ACAAACGT-AAT---T------A-TC-A-ACGAA--G-A----GTT-A-ACCTG---AC-t
gi|17 : A-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TGT-CT--------A--AA-CG-TG--C---A--A-TAA-C-G-T--AC-AAA---ACC---TATC---AAA------AC--G-TA-A-CA-CATACAT-AGA----AAAACG-TA---------TTT-TA---A-AG---A-A---G-T-ACCAA-AGAAAA-CCCTCtatgcttgtctaaacgtgcaataacgtacaaaacctatcaaaacgtaacacatacatagaaaaacgtattttaaagaagtaccaaagaaaaccctc
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gi|2 : CGAGACG--TAC-ACAAACGT-AATAA-T------A-CCTACACGAAT-GTA----ATG-AAACCTGGTTAC-GTGCA-ATAACGTACA-AA---CACCTA-TCA---AA-ACGT--G-ACA-C-A-T-ACG--TGTACG-TA-----A--AA-CG-T-------A--A-CAA-A-T-N--AC-AAA--CACC---TATC---AAA------AC--G-TG-A-CA-CATACAT-GTAC-GTAAAACG-TA---------TTT-TA---A-AA---A-C---G-T-AACAA-ATAAAATCCCTCt
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gi|21 : TATACAAAG-GTA----ATA-ATACCT----------------AC--ACA-AA---CA--TAAT-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TGT-CC-TA-----A--AA-CG-TG--C---A--A-TAA-C-G-T--AC-AA---------------------------C--G-TA-A-CA-CATAC---GTAC---AAATCG-TA---------TTT-TA---A-AA---A-AAACG-T-AACAA-ATAAAATCa
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gi|23 : gagatgTACA-AA---CT--TAAT-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TGT-CC-TA-----A--AA-CG-TG--C---A--A-TAA-C-G-T--AC-AAA--CACC---TATC---AAA------AC--G-TA-A-CA-CATAC---GTAC---AAAACG-TAT--------TTT-TA---A-AA---A-C---G-T-AACAA-ATAAAATCACT
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gi|27 : aacagaaaatcacttTACACGAAC-GTA----ATA-AAACCTG---ACTATG-A-TTNNNNNNNN-NN---NN--NN-N-N---NN-NNNN--T-AC--T-A-T-GAT--TGT-CT-TA-----A--AA-CG-TG--C---A--G-TAA-C-G-T--AC-AAA--TACC---TATC---AAA------AC--G-TA-A-CA-caaaacgt
gi|28 : tA-ACTT--G-AC--T-A-T-GTT--TGT-CC-TA-----A--AA-CG-TG--C---A--A-TAT-C-GTT--AC-AAA--CACC---TATC---AAA------AC--G-TG-T-CA-TATAC-C-GTAC-A-GAAACG-TA---------TT-------A-AA---A-T---G-T-AACAA-ATAATATCCC
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gi|30 : CGAGACA--TAT-ACAAACGT-AATAA-T------A-CCTACACAAAC-CTA----ATG-AAACCTG---AC-g
gi|30 : ------A-CATATACAAAC-GTA----ATA-ATACCT----AC-ACA-----AACCTA-------------A-T-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TGT-CC-CA-----A--AA-tatgcttgtcccaaaa
gi|31 : cgag---TATC---AAA------AC--G-TA-A-CA-CATAC---GTAC---AAAACG-CA---------TTT-TA---A-GA---A-AC--G-T-AACAA-ATAAAATCACTC
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blockSeqs : . . A . . . . C TATAATACTAGCACGAACGAAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTAGA . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . C ATAATACCTCACGCTAACGTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CGTACA . . . A . . . . . . .
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blockSeqs : . . A . . . . T ATAATACCTACACAAACGTCA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAAGA . . . A . . . . . . .
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blockSeqs : . . A . . . . G ATAATACCTACACGAACGTAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTACG . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C TTACACCCCGCGTTAAAGTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAGA . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C ATAATACCTACACAAACCTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTACA . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C ATAATACCTACACGAACTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTACA . . . A . . . . . . .
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blockSeqs : . . C ATAATACCTCACGAACGTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTACT . . . A . . . . . . .
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blockSeqs : . CACGTAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAGA . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . AACGTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTAC . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . AACGTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAA . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . AACGTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAG . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTAC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTAC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTAC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTAC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
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gi|13 : gTATACAAAC-GT-A-ATAAT-A-CCA-AC-A---G--A----------ACG-AAT-A---TA-ACCT--G-AA--T-A-T-GCC--TG-T-CC-TA-----AAA-C--G-TGC---A--A-TAA-C-G-T--A-C-AAA---CACTAAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-CA-TATA-CGT-A-C----AA----AACA--TA---GTTTA---A-AA---A-A---G-T-AACAA-AGAAAATCCCT
gi|14 : gacaaAAC-GTTA-ATAATCA-CCT-AC-A-C-G--A-----------CGTA-T-C---AA-ACC---G-ACA-T-AAT-GCT--TG-T-CC-TA-----TA--C--G-TGC---C--A-TAA-C-G-T--A-C-------CACCTAT-C---AA----AGTCAC---A-T-A-T-CA--ATA--GA-A-AA---AA----AACG--TA---TTTAA---A-AA---A-A---AAT-AACAC-AAGAAATCCCT
gi|15 : gacgtcccAAA-C-GT-A---------TACA-AAAC-GT-A-ATAAT-A-CCT-AC-A-C-G--A----------AC-TAAT-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCG--TG-T-CT-TA-----AAA-C--G-TGC---A--A-TAA-C---T--A-C-CAA---CACCTAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-CA-CA-A-CAT-A--A---AA----AACG--TA---TTTTG---A-AA---A-A---G-T-AACAA-AG-AAATCCC
gi|16 : gAGACG--TATTACAA--C-GT-AATAA-TACCT
gi|16 : AAC-GT-A-ATAAT-A-CCT--C-A-C-G--A----------ACGTAAT-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TGTT-CC-TAAC---AAA-C--G-TCCTT-A--A--AA-C-G-T--A-C-AAA---CACC-------------------------T-A-A-CA-CATA-CAT-A--G---AA----AACG--TA---TTTT----A-AA---A-A---G-T-AACAA-AGAAAATCCCTcacgaacgtaatgaaacctgactatgcttgttcctaacaaacgtccttaaaacgtacaaacacctaacacatacatagaaaacgtattttaaaaagtaacaaagaaaatccctt
gi|17 : agacgtattacCGAGACG---AT-ACAAA-C-GT-AAT---TATC------AAC-G--A-AGAGT-----T-A-----------------------------------ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TG-T-CT--------AAA-C--G-TGC---A--A-TAA-C-G-T--A-C-AAA----ACCTAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-CA-CATA-CAT-A-GA---AA----AACG--TA---TTTTA---A-AG---A-A---G-T-ACCAA-AGAAAA-CCCTCt
gi|18 : AAC-GT-ATATA------CT-AC-A-AAG--A----------ACGTAAT-G---AA-CGCT--G-AA--T-T-T-GCTAATG-T-C---A-----AAA----G-TGC---A--A-TAA---G-C--A---AAA---CAC-TAT-C---GA----A---AC---G-T-A-A-CA-C-TA--GT-A-CA---AA----AGT---TA---TTTTA---A-CA---A-C---G-T-AAC-A-ATAAAATCACTC
gi|19 : atataACGTATAC-AAC-GT-A-ATAAT-AGCCT-AC-A-C-G--AC---------ACGTAAT-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TG-T-CC-TA-----AAA-C--G-T-C---C--T-TAA-C-G-T----C--AA---CACCTA------A-----------------------A-CATA-C-T-A--G---AA----AACG--TA---TTTT----A-AA---A-A---G-T-AACAA-AGAAAATCCCTa
gi|2 : gagCGAGACG--TAC-ACAAA-C-GT-A------------------------ATAAT-A-CCT-AC-A-C-G--A----------ATGTAAT-G---AA-ACCT--G-GT--T-A-C-G----------------------------TGC---A--A-TAA-C-G-T--A-C-AAA---CACCTAT-C---AA----A---AC---G-T-G-A-CA-CATA-CGT-G-TACGTAA----AACG--T------------A-AC---A-A---A-T-NACAA-t
gi|20 : GAGACGCGTAT-ACAAA-C-GT-AATA-----TTACA------GT-G-----T-A-CCT-AC-A-C-G--A----------ACGTAGT-G---AG-ACCT--G-ACAAT-A-T-GCT--TG-T-CC-TA-----AAA-C--G-TGC---A--A-TAA-C-G-T--A-C-AAA---CACCTAT-C---AA----A---AC---C-T-G-A-CA-CATA-CGT-A-CA---AA----AACG--TA---cacctatcaaaacgtgacacatacatgtacgtaaaacgtattttaaaaacgtaacaaataaaatccctc
gi|21 : TATACAAAG-GT-A-ATAAT-A-CCT-AC-A-C-A--A----------ACATAAT-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TG-T-CC-TA-----AAA-C--G-TGC---A--A-TAA-C-G-T--A-C-AA---------------------------C---G-T-A-A-CA-CATA-CGT-A-CA---AA----T-CG--TA---TTTTA---A-AA---A-AAACG-T-AACAA-ATAAAATCa
gi|22 : TATACAAAC-AT-G-ATAAT-A-CCT-AC-A-C-G--A----------ACGTAGT-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TG-T-TC-TA-----AAA-C--G-TGC---A--A-TAA-C-G-T--A-C-AAA---CACCTAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-C-----------A-CA---AA----AATG--TA---T--------------------------CAA-AGAAAATCCCac
gi|23 : gagatg-A-CGT-AT-A-C-A--A----------ACTTAAT-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TG-T-CC-TA-----AAA-C--G-TGC---A--A-TAA-C-G-T--A-C-AAA---CACCTAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-CA-CATA-CGT-A-C----AA----AACG--TAT--TTTTA---A-AA---A-C---G-T-AACAA-ATAAAATCACT
gi|24 : --A----------ACGTAAT-G---GATACTT--G-AC--TCA-T-GTT--TG-T-CC-TAG----AAA-C--G-TGC---A--AATAT-C-G-TT-A-C-AAAAA-CACCTAT-CA--AA----A---AC---G-T-G-T-CA-TA-A-CGT-A-CAG--AA----AACG--TA---CTT-------AA---A-T---G-TAAACAACATAATATCC
gi|25 : taACGTATACAAAC-GT-A-ATAGT-A-CTT-AC-A-C-G--A----------ACGTGAT-A---AA---CT--G-AC--T-A-T-GAT--TG-T-TT-TA-----AA--C--G-TGC---A--G-TAA-C---T--A-C-AAC---TACCTAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-CA-CATA-CGT-A-CA---AA----AACG--TA---
gi|26 : cgag-G---GA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TG-A-CC-TA-----AAA-C--G-TGC---A--A-AAA-C-G-T--A-C-AAA---TACCTAT-C---AC----A---AC---G-T-G-A-CA-CATG-CGT-A-CT---AA----AATG--TA---T
gi|27 : aacagaaaatcacttcagacatagTACACGAAC-GT-A-ATAAA-A-CCTGACTA-T-G--ATTNNNNNNNNNNNNNNN-N---NN-NNNN--T-AC--T-A-T-GAT--TG-T-CT-TA-----AAA-C--G-TGC---A--G-TAA-C-G-T--A-C-AAA---TACCTAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-CA-caaaacgt
gi|28 : tA-ACTT--G-AC--T-A-T-GTT--TG-T-CC-TA-----AAA-C--G-TGC---A--A-TAT-C-GTT--A-C-AAA---CACCTAT-C---AA----A---AC---G-T-G-T-CA-TATACCGT-A-CA---GA----AACG--TA---TT------A-AA---A-T---G-T-AACAA-ATAATATCCC
gi|29 : -AC--T-A-C-GCT--TG-T-CC-TA-----AAA-C--G-TGC---A--A-TAA-C-T-A--A-C-AAA---CACCTAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-CA-CATA-CGT-A-CA---AA----AACA--TA---TTTCA---A-AA---A-A---G-T-AACAA-AGAAAATCCCT
gi|3 : CGGGACG--TAG-ACAAA-C-GTTAATAAATACC--CACG----------TTAC-A-CCC--C-G-C-GTTA----------AAGTAAT-GGAAAA-ACCTTGG-AT--T-G-G-G-T--TG-T-CCCTA-----AAA-C--GGTGCC--A--A-TA--C-G-T--A-C-AAA---CACCTAT-C---AAATTCA---ACACTG-TAA-A-CATCATA-CATAA-GA---AA----AACGA-TT---TTTTA---A-AA---A-A-----T-AACAA-AGAAAATCC
gi|30 : ACATATACAAAC-GT-A-ATAAT-A-CCT-AC-A-C-A--A----------ACCTAAT-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TG-T-CC-CA-----AAA-g
gi|31 : cgagTAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-CA-CATA-CGT-A-C----AA----AACG--CA---TTTTA---A-GA---A-AC--G-T-AACAA-ATAAAATCACTC
gi|32 : A-----AAA-C--G-TGC---A--G-TAA-C-G-T--A-C-AAC---TACCTAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-CA-CATA-CGT-A-CA---a
gi|33 : ---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TG-T-CC-TA-----AAA-C--G-TAC---C--T-TAA-C-G-T--A-C-AAA---CAC
gi|34 : --T-A-T-GCT--TG-T-CC-TA-----AAA-C--G-TGC---A--A-GAA-C-G-T--A-T-AAA---C
gi|35 : -C-G--A----------ACGTAAT-G---AA-ACCT--G-AA--T-A-T-GCT--TG-T-C
gi|4 : ACAAAC-TT-ATATAAT-A-CTA-GC-A-C-G--A----------ACGAAATTG---AA-ACGC--G-AC--T-A-TTGCT--TG-TTCC-TA-----AAA-C--G-TGC---A--A-TAA-CGG-T--A-CGAAA---CACCTAG-CATAAA----A---AC-----T-ATA-CA-CATA-CAT-A-GA---AA----AACG--TATCTTTTTGTATA-AATCTA-A---G-T-AACAA-CGAAA
gi|5 : acgagcgttattT-ACAAAAC-GT-A-TAA------ATACGAAT-TT-T-ACAA--------AC-AAC-G--A----------ACGAAAT-G---AA-ACCT--G-AT--T-A-T-GCTC-TG-T-CC-TT-----AAA-C--G-TGC---A--A-T-A-C-G-T--ATT-AAACACCACCTATCC---AA----A---ACCA-G-T-A-A-CA-T-TA-CAT-A-GA---AAACCTAACGATTATT-TTTTC---A-AA---A-A---G-T-AACAA-AGAAAATtc
gi|6 : ACGTATACAAAC-GT-A-ATAAT-A-CCT-AC-A-C-G--A----------ACGTAAT-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCG--TG-T-CT-TA-----AAA-C--G-TGC---AATA-TAA-C-G-T--A-C-CAA---CACCAAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-CA-CATA-CATAA-GA---AA----AACG--TA---TTTTG---A-AA---A-A---G-T-AACCA-AGAAAATCCCTC
gi|7 : cgagAGACG--T-C-ACAAA-CAGT-AATAA-TACCT
gi|7 : cCACAAACAGT-A-ATAAT-A-CCT--C-A-C-G--A----------ACGTAAT-G---AA-ACCT--G-AC--TTA-T-GCT--TG-T-CC-TA-----AAA-T--G-CGC---A----TAA-A-G-TTAA-C-AAA---CACCTAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-CA-CATT-CAT-AGAA---AA----AACG--TA---TTTTT---A-AA---A-A---GTT-AACAA-AGAAAATCCCTCcacgaacgtaatgaaacctgacttatgcttgtcctaaaatgcgcataaagttaacaaacacctatcaaaacgtaacacattcatagaaaaaacgtatttttaaaaagttaacaaagaaaatccctc
gi|8 : cagacgtCGAGACG--TAT-ACAAA-C-GT-AATAA-----------------------AT-A-CCT-AC-A-C-G--A----------ACGTAAT-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GTT--TG-T-CC-TA-----AAA-CGTG-TGC---A--A-TAA-C-G-T--A-C-AAA---CA-CTAT-C---AA----A---AC---G-T-A-A-CA-CA-A-CAT-A-GA---AA----AACG--TA---TTTTA---A-AA---A-A---G-T-AACAA-AGAAAATCCCTC
gi|9 : GAGACG--TAT-ACAAA-C-GT-AATAA-TAGCTACACAAA----------------------------------------ACGTAAT-G---AA-ACCT--G-AC--T-A-T-GCT--TG-T-CC-TA-----AAA-C--G-GGC---A--A-TAA-C-G-T--A-C-AAA---CACCTAT-C---AA----A---AT---G-T-A-A-CA-GAAA-CGT-A-C----AA----AACG--TAT--TTTTA---A-AA---A-C---G-T-ATCAA-ATAAAATCACTC