lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 11    11                               1111      11111111111     11111       1                                   1111111111                     11                           11111111        111                       2222222222222222222                                                                                                                  1111            111111    1111111111      11                    66666666666666666666666666666666666666666                                     1111111     111111111            111         11111111111111          2222222222222222222222222222222          44444444444444444444                                                                                 222                                                        2222222222222                         1         111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111        111     111        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0     77    00     88   2 5 5 2 888888 88    4444  2   99999999999  2  11111  333  8  888  4444     999    2  2 4444   5555555555 2 4444     2 2 22 1 33  1 66  333     66666666   00000000 2 333  111 1    333 5555  44 333 0000000000000000000  1 3333 1    1 22 1  22 1 44444  22 2 999         9999999 1   3   1  3 44 333 1  999  4  22 999999      1   22   7777   5 1  2   111111    8888888888 3 44 11 77 1  0 55 3 666   66666666666666666666666666666666666666666   1  444  3  3  555  33      55 77  5555555   4 111111111      4 33  222   777   77777777777777  3 444   2222222222222222222222222222222 2 555    33333333333333333333   1  2     333 4   2 2 2 2  2   333 22         99999 2 5555555 1 22 333 1 22 1  000  1 1 777777777 4444 666  1 333   8888 4 8888888888 333 6666666666666   7777 333       4    4 9 33 2  2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    44  111     000        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .     ..    ..     ..   . . . . ...... ..    ....  .   ...........  .  .....  ...  .  ...  ....     ...    .  . ....   .......... . ....     . . .. . ..  . ..  ...     ........   ........ . ...  ... .    ... ....  .. ... ...................  . .... .    . .. .  .. . .....  .. . ...         ....... .   .   .  . .. ... .  ...  .  .. ......      .   ..   ....   . .  .   ......    .......... . .. .. .. .  . .. . ...   .........................................   .  ...  .  .  ...  ..      .. ..  .......   . .........      . ..  ...   ...   ..............  . ...   ............................... . ...    ....................   .  .     ... .   . . . .  .   ... ..         ..... . ....... . .. ... . .. .  ...  . . ......... .... ...  . ...   .... . .......... ... .............   .... ...       .    . . .. .  . ...........................................................................................................................    ..  ...     ...        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           5     55    77     55   9 7 7 9 222222 88    3333  4   44444444444  4  11111  999  7  333  5555     555    1  1 5555   6666666666 0 2222     0 0 66 9 99  9 44  333     22222222   99999999 0 333  777 8    222 4444  88 000 7777777777777777777  7 9999 8    8 55 8  55 8 88888  88 1 222         9999999 8   6   7  5 11 000 7  555  4  44 222222      7   55   4444   3 8  7   333333    3333333333 3 66 66 77 4  5 00 6 444   00000000000000000000000000000000000000000   8  777  6  6  555  88      55 44  1111111   4 444444444      4 77  888   111   66666666666666  6 111   0000000000000000000000000000000 2 888    33333333333333333333   9  0     555 0   0 0 1 1  1   000 99         00000 0 9999999 8 55 222 8 55 8  333  8 8 999999999 0000 777  9 555   2222 0 5555555555 777 8888888888888   6666 777       4    7 9 44 5  5 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    00  555     111        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAAGGGGCATNGACA--CGTTTT-GAG-C-T-A-A------AA-TGTTCAAATT-TTA----N------AT-TT-C---CA---TTTTT---AA----TGTTT---ACAA-TG-C----TCA-C--TTA--NG-G----TATTT-C-T--A-AT-GG-T--CA---GCAAA---AA---TTT--GA-AC-G-T---CA-T-T-TGTT---G----AG--T---T------T------------CA-A----G-TGAG-A--T-AC--A-G-----CA--C-T-C-ACAATTCTTC------GCTAT-GTA-AA-C--A---A-GG-CTCGNGC--C----A-TGTTTT-TGT--TTA--NNTAT-ATTG-AAT----A-TGCT-------A--G-T--AN-AC-GTTCCG--T-T---TAAA----A---G-----ATT--T---TTT---------A-A--ATTGCAAG-TT-CA-TT-C-TGA-ACACAA--T-TAA-ACAGT-TTC-TA-GTGTTTCTCACAT-CTNAT-T-TTGT--TTT---AAAC---C-TGGT-A-T-TTT-CAG--TGAAGCAAT-CGTT-----A-C-G-T-A---AACANA-------AA---AA----GGCACG-AGCCT---T-GTT-T-A-C-AT-AAC-G-A--AGAATTGTG-----A-GTG-----C-T--G---T-A--T-CTC-ACT-T-G------T--A----A---CT-C---AAC----A-A--C-T-----G---A---CG---TT--NAAA---TT---TTTGCTG-ACCA-T-T--A-GA-A--A-TA-A----CN--TG-A--A---GT---AAG-CA--TT-TT--AAA---C---AAA-ATT--AAAAATGT---AAA---CAT--AAA-A-----------TTT-A--------------AGCTC-AAAA-CGTGTCAATGCCCCTTT
Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAAAGGGCATCGACA--CGTTTT-GAG-C-T-A-A------AA-TGTTCAAATT-TTA----G------AT-TT-C---CA---TTGTT---AA----TGTTT---ACAA-TG-C----TCA-T--TTA--TG-G----TATTT-C-T--A-AA-GG-T--CA---GCAAA---AA---TTT--GA-AC-G-T---CA-T-T-TGTT---G----AG--T---T------T------------CA-A----G-TGAG-A--T-AC--A-G-----CA--C-T-T-ACAATTCTTC------GCTAT-GTA-AA-C--A---A-GG-TCCGTGC--C----A-TGTTTT-TGT--TTA--GTTAT-ATTG-AAT----A-TGCT-------A--G-T--AT-AT-GTTCCG--T-T---TAA-----A---G-----ATT--T---TTTG----A---A-A--ATTGCAAG-TT-CA-TT-C-TGA-ACACAA--T-TAA-CCAGT-TTC-TA-GTGTTTCTCACAT-CTAAT-T-TTGT--TTT---AAAC---C-TTGT-A-T-TTT-CAG--TGAAGCAGT-CGTT-----A-C-A-T-A---AACATA-------AA---AA----GGCACG-AGCCT---T-GTT-T-A-C-AT-AAC-A-A--AGAATTGTG-----A-GCG-----C-T--G---T-A--T-CTT-TCT-T-G------T--A----A---CT-C---AAC----A-A--C-T-----G---A---TA---TT--GAAA---TT---TTTGCTG-ACCA-TAT--A-GA-A--ACTA-A----CA--TG-A--A---GTA--AAG-CA--TT-TT-GAAA---C---AAA-ATT--AAAAATGC---AAA---CA---AAA-A-----------TTT-A--------------GGCTC-AAAA-TGTGTCAATGCCCCTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAAGGGGC--TGACA--CATTTT-GAG-C-T-A-A------A----TT----TT-CT-----G------TT-TT-G---CA---TTTTT---AA----TGTTT-----AA-TGAC----TTA-A--CCA---A-G----T-TTT-T-T--A-AT-GG-T--CA---GC-AA---AA---TTT--CA-AT---T---CA-G-T-TGTT---G----AG--T---T------C------------AA-A----G-AAGA-A--T-AC----------CG--C-T-C-ACAATTCTTT------GTTAT-GT--TA-C--A---A-GG-CTCGTGC--CTTTTA-TGTTTTATGT--
gi|2                          :                aaagggcatcgacacgtttgagctaaaattcaattttagatttccattgttaatgtttacaagtccatgtatggtatttctaaaggtcagcaaaatttgaacgtcatttgttgagtttcaagtggatacagcactgtcaatctctcgctatgtaaacaggtcgtgccatgtttttgttattatattgaatatgctagtaatgttccgtttaaagttttgaaaattgcaagttcatcctgaacacaattaaccatttctagtgttctcacatctaatttgtttaaaccttgtatttcagtgaagccgtccgttAAAGGGGCAATGACA--CGTTTTTGAA-C-T-A-A------AAATGTTAAAATTATTA-----------AT-TC-C---AA---TT--T---AA----TATT----ACTA-T--C----TTA-C----A--AG-A----TATT--C-T--A-AATGG-T---A---GGAAA---AA---TTT--TT-ATAG-T---CAAT-C-TGTT---G----A---T---T------C------------CA-A----G-TGAG-A--T-AC--A-A-----CA--CAT-T-ACAATTCTTT------GTTATAGTG-AA-C--A---A-GG-CCCG-AC--C----A-TGATTT-TAC--TTA--CATAT-ATTG-AAT----A-T-------------G-T--AT-AA-ACTCCA--T-T---TAAAG---A---G-----ATT--T---TTT---------A-A--ATTGCA---TT-C--TC-C-TAA-ACAC-A--T-TAA-ACAGTGTTA-TATGT-TTTCGCACAT-CTCATAA-TTGT--TTT----AAT---C-AAGT-A-T-TTTGCAGCATGAAGCA---CGTTTTGTAA-C-ATT-A---AAC-----------A---AG----GGCTCG-AGCCT---T-GTT-T-ACC-AT--AC-G-A--AG-ATTGTG-----A-GCC-----G-T--G---T-A--TGCTT-ACT-T-G------T--A----C---CTGC---AACA---A-A--C-T-----G---A---C---------AAA---TT---TTCGCT--ACAA-CTT--A-GA-A--AATA-A----C---TG-A-------TA--AGG-AA--TT-T---AAACATC---AAA-ATG--GCAAGTGT---AAAAT-TG---AAC-ATT---------TTT-A---------------GTTCAAAAA-CGTGCC-ATGTCCCTTTa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAAGGGACAT-GGCA--CGTTTTTGAA-C-T-A-A------AAATGTTCAA-TT-TTA----C------AC-TTGC---CA---TT-TT---GA----TGTTT---A-AA-TT-CCTTATCA-G--TTA--T---------TTT-C-T--A-A---G-TTGTA---GCGAA---AA---TTT--------G-T---CAGT-T-TGTT---GC---AG--G---T------A------------CA-A----G-TAAGCA--T-AC--A-C-----GG--C-T-C-ACAA-TCTTC------G-TATGGTA-AA-C--A---A-GG-CTCGAGC--C----------CT-TGT--TTAATGTTAC-A--A-AAC----G-TGCT-------a
gi|10                         :             aaaggggcaatgacacgtttttgaactaaaaatgttaaaattattaattccaatttaatattactatcttacaagatattctaaatggtaggaaaaatttttatagtcaatctgttgattccaagtgagatacaacacattacaattctttgttatagtgaacaaggcccgaccatgattttacttacatatattgaatatgtataaactccatttaaagagattttttaaattgcattctcctaaacacattaaacagtgttatatgttttcgcacatctcataattgttttaatcaagtattttgcagcatgaAAAGGGGCATGGATA--CGTTTA-GAG-C-T-A-A------AAGTGTTTAGGTT-TTA----G------AT-TT-T---TA---TTTTT---AA----TGTTT---ACAA-TG-C----TCA-C--TTA--TG-G----TATTT-C-T--A-AT-AG-T--CT---GCAAA---AA---TTT--GA-AC-A-T---CA-T-T-TGTT---G----AC--T---T------T------------CA-A----G-TGAG-A--T-AC--A-A-----CA--C-T-T-ACAATTCTTT------GCTAT-GTA-AA-T--A---A-AA-CTCGAAC--C----T-TCTTTT-TAT--TTA--a
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttctgtgaagcaatctttacgAAAGGGGCA---ATAGTCGTTTT-GAA-CGT-A-A------AA-TGTTCAAATT-TTA----T------AT-TT-----CA---TTTTA---AA----TGTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttAAAGGGGCA---ATAGTCGTTTT-GAA-CGT-A-A------AA-TGTTCAAATT-TTA----T------AT-TT-----CA---TTTTA---AA----TGTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttAAAGGGCATCGACA--CGTTT--GAG-C-T-A-A------AA-T--TCAA-TT-TTA----G------AT-TT-C---CA---TTGTT---AA----TGTTT---ACAA--G-T----CCA-T--GTA--TG-G----TATTT-C-T--A-AA-GG-T--CA---GCAAA---A----TTT--GA-AC-G-T---CA-T-T-TGTT---G----AG--T---T------T------------CA-A----G-TG-G-A--T-AC--A-G-----CA--C-T-G-TCAATCTCTC------GCTAT-GTA-AA-C--A-----GG-TC-GTGC--C----A-TGTTTT-TGT--T----ATTAT-ATTG-AAT----A-TGCT-------A--G-T--A--AT-GTTCCG--T-T---TAA-----A---G----------T---TTTG----A---A-A--ATTGCAAG-TT-CA-TC-C-TGA-ACACAA--T-TAA-CCA-T-TTC-TA-GTG-TTCTCACAT-CTAA--T-TTG---TTT---AAAC---C-TTGT-A---TTT-CAG--TGAAGCCGTCCGTT-----A-C-A-TAA---AACAT--------AA---AA----GGCACG-AGCCT---T-G-T-A-A-C-AT-AAC-A-A--AGAATTGTG-----A-GCG----------G---T-A--T-TCT-TCT-T-T------G--A----A---CT-C---AAC----A-A--C-T-----G---A----A---TT--GAAA----T---TTTGCTG-ACCA-T-T--A-AA-A-----A-A----CT--TG--------GTT--AAGTCA--TT-----AAA---C-------ATT--AAAAATGCA--AAA---CAG--AAA-A-----------TTT-A---------------GCTC-AAAA-TGTGTCA--GCCCCTTT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAAGGGCTTGG--------TTT-GAG-C-T-A-A------AA-TGTT--------TA----G------ATGTT-T---CA---TTTTT---AA----TGTTTTAAAAAA-TG------TCA-C--TTA--TG-C----TATT--C-T--A-AT-GG-T--CA---GCAAA--------TCT--GA--C-G-T---CA-T-T-TGTT---G----AG--T---T------T------------CA-A----G-TGAG-G--T-AC--A-G-----TA----T-T-ACAATTCTTT------GCTAT-GTA-AA-C--A---A-GG-CTCGAGC--C----T-TGTTTT-TAT--TTA--a
gi|9                          : aggggacatggacaacgtttgagctaaatgttagattttagattttcattttcttaaatgttcaatgctcacttggtagttctaatggttcagcaaaaatttgaccgtcaatttgttgagttacaagtgagatcacagcacttacatcttcaatagtaatcaaagctcgagccctgttttgttaccatagaatatgctagatctacgttcgttaagcagattttttttctaatcacaagttcattctgaacacaattaaattagattctagtgttcctcgcatcatattattgttttaatatggtaattttcgttaaccatcttaatgAAGGGACATTGACA--AGTTTC-AAG-C-T-GGA------AA-TGTTGAGATT-TCA---------------T-C--------TTTTT---A-----TATTT---ACAA-TG-C----TCA-C--TTA--GG-G----TATTT-C-T--A-CT-GG-T--CA---GCAAA---CA---TTT--GA-AC-G-T---CA-T-T-TGTT---G----AG--T---T------T------------CA-A----G-TGAG-A--T-AC--A-G-----CA------------------------GCTAT-GTA-AA-C--A---A-GG-CTCGAGC--C----A-TGTTTT-TGT--TTA--CCTAT-ATTG-AAT----A-TGCT-------A--A-T--AT-AC-GTTTCGTTT-T---TAAAAGGCA---G-----ATT--TC--TTTT----C---A-A--ATTACAAG-TT-CA-TT-C-TGA-ATACA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGAGGGC-TTGACA--C--TTT-GAGAC-T-A-A------A----------TT-TTA----T------AT-TT-G---CA---TT-TT---AA----TGTTT---CAAA-TG-C----
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAAGGAAATGGA-A--CGTTTT-GA--C-TAA-A------AA-TGTT-GAATT-TTATTTTG------AT-TG-C---AAATTTTGTT----A----TGTTT---Aa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttGGACATGGACAA-CGTTT--GAG-C-T-A-A------A--TGTT-AGATT-TTA----G------AT-TT-T---CA---TTTTCTTAAA----TGTT-----CAA-TG-C----TCA-C--TT----G-G----TAGTT-C-T--A-AT-GG-TT-CA---GCAAA---AA---TTT--GA-CC-G-T---CAAT-T-TGTT---G----AG--T---T------A------------CA-A----G-TGAG-A--TCAC--A-G-----CA--C-T-T-ACA--TCTTC------AATA--GTA-AT-C--A---A-AG-CTCGAGC--C----C-TGTTTT-----------GTTACCATAG-AAT----A-TGCT-------A--GAT--CT-AC-GTTC-G--T-T----AAGC---A---G-----ATT--T---TTTT----T---CTA--ATCACAAG-TT-CA-TT-C-TGA-ACACAA--T-TAAATTAGA-TTC-TA-GTGTTCCTCGCAT-CATAT-TATTGT--TTT---AA-T---A-TGGT-AAT-TTT-C-G--TTAACCA-T-CTTA-----A-T-G-T-A---AATAAA-------AAC--AA----GGCTCG-AGCCT---T-GTT-T-A-C-AT-AGC-A-A--AGAATTGT------A-ATA-----C-T--G---T-A--C-CTC-ACT-T-G------A--A----A---CT-C---AAC----A-A--A-T-----G---A---CG---TC--AGA---------TTTGCTG-ACCA-T-T--A-GA-A----TA-G----CA--T--A--A---GTG--A---CATTTT-TT-AAAA---C-------ATT--AAAAATG----AAA---CATCTAAACA-----------TTT-T--------------AGCTC-AAA------CCAA-GCCCTTTa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aggGGACA--GACA--CGTTCT-GAG-C-T-A-AGAAAACAA-AATTCAAATT-TTA----T------TT-TT-C---CA---TATCT---AA----TGTCT---ACAA-TA-A----TTA-A--CTA--AG-G----TATTT-C-TCTA-AT-TG-T--CA---GGAAA---AAAAATT----A-AT-T-T---CA-G-T-TGTT---G----AG--C---T------A------------GA-A----G-ACAA-A--T-AC--G-A-----CA--C-T-C-ACAATTTTTT------GTCAT-GTA-AA-T--A---A-GG-CTCGTGC--C----A-TGTTTT-TCT--TTA----CAT-A----AAT----ATTGCTTGATAGAA--A-T--ACAAT-G-TATG--T-C---TAA-----AACTG-----AAT--TGGATGTA----ATAGA-A--ATTGT----TT-GA-TT-G-TGT-ACAGAA--T-TGA-ACA----TC-TG-CTGT-----AAAT-GAAAC------C--TTT---A------C-TAGT-A-TATTT-TA--------CA-T-AGTT-----A-A-A-C-A---AAAAT-------------AT----GACACG-AGCCT---T-GTT-T-A-C-AT-AAC-A-A--AGAATTGTG-----A-GTG-----C-T--G---T-A--T-CTC-ACT-T-G------T--A----A---CT-C---AAC----A-A--G-T-----A---A---CA---TT--CAAA---TT---TTTGCTG-ACCA-T-T--A-GA-A--AT---A----CC--TT-A--A---GT---GAG-CA--CT-------G---C---AAACATC--AAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atGGCATAGACA--CATTTA-AAG-C-TTA-A------AA-CACCCCACTA-TT-------------T-TT-C---CC---TT-TT---AA----TGTTT---GTAA-TG-C----TC--C--CTG--GG-G----TACAT-A-T--A-AT-GA-T--CG---GCAAA---AA---GTT-----------------------TT---G----AG--T---T------A------------CA-A----G-TGAG-A--T-AC--A-G-----CA--C-T-C-ACAGTTCTTT------GTTAT-GTA-AA-T--A---A-GG-CTCGTGC--C----A-TGTTTT-TGT--TTA--CATAT-GTTA-AAT----A-TGCT-------A--G-C--AA-AC-GTTTAA--T-T---TAAAGC--A---G-----ATT--T---TTC---------A-A--ACTACAAG-AT-CA-TT-T-TGA-ACACAA--T-GAA-ACAGT-TTC-TA-TTGTTTCTCACAT-CCAAT-T-TTGT--TGC---AAAC---C-TGAT-A-T-TTT-CTA--CCGAGCAAT---TTCA---A-T-G-T-C---AACAAA-------AA---CAT---GGCACG-GACCG---T-GTT-T-A-C-AT-AGC-A-A--AGACTTGGG-----A-GTG-----T-T--G---T-A--T-C-------------------A---------------AAC----A-A--C-T-----G---A---CA---TT--AGAT---TT---TTTTCTG-ACC--TAT--A-GA-A--A-TG-A----CT--T-----A---GTT--AAG-GA--TT-GT---AT---C-----C-ATA--AAAAATGG---AAA---AAT--AAA-A-----------TTTGA--------------GGtaatttttagctaaaaaacatgactctgttcctttaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  A-TGTT----TT-TTA----GCTAAAAAT-T-------A---TT-TT---GA----TGTTT---GCAG-TG-C----TCA-C--TTA--AG-G----TATTT-C-T--A-AT-GG-T--CA---GCAAA---AA---TTT--GA-AT-G-T---TA-C-T-TGTT---G----AG--T---T------A------------CA-A----G-TGAG-A--T-AC--A-G-----CA--C-T-C-ACAATTCTTT------GTTAT-GTA-AA-C--A---A-GG-CTCGTGT--C----A-TATTTT-TGT--TTA--ACTAT-GTAA-AAT----A-TACT-------A--G-T--AA-AG-GTTTCA--T-T---TAC-----A---G-----C--------------------A-G--AT-----G-TT-CAATT-C-TGT-ACACAA--T-CAA-ACAAT-TTC-TA--------TTACAT-CCAAT-T-CAGT--TTT---AGACATACATTGT-A-T-TTC-TA---TCAAGCAAT-ATTT-----A-T-G-T-A---AAGAAA-------AA---CAT---GGCACG-AGCCT---T-ATT-T-A-C-AT-GAC-A-A--AAAATTGTG-----A-GTG-----T-C--G---T-A--T-TTG-TCT-T-C------T--A----G---CT-C---AAC----A-A--C-T-----G---A---AA---TT----AATTTTT---TTTCCTG-ACAA-T-T--A-GAGA--AATA-C----CT--T-----A---GTT--AAT-TA--TT-GT--AGA---C-------ATT--AGATATGG---AAA---AAT--AAA-A-----------TTT-GAATTTTGTTTTCTTAGCTC-AGAA-CGTGTC--TGTCCgg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atTCAAATT-TTA----T------TT-TT-C---CA---TTTTT---TA----TGGAT---ACAA-TC-C----TTA-A--CTA--AG-T----CATTT-C-T--A-TA-GG-T--CA---GAAAA---AA---ATC--TA-AT-G-T---CA------GTT---G--------T---T------T-------------------------G-A--T-AC--A-A-----CA--C-T-C-CCAAGTCTTT------GCTAT-GTA-AA-C--A---C-GG-TCCGTGC--C----A-TGTTTT-TGT--T----G--AC-ATTG-AAA----T-TGCTC------G--G-T--AG-A-----------------AA-----A---T-----ATCAGG---TTTGCAACA---A-A--ATTGGA----------T-G-TGAGAAACAA--TAGAA-ACTGT-TTCATT-GTGT---TCAAA--ATGAT-C-TTGTAGTTTGAAAAAT---C----T-G-C-TTT-AAA--TTAAACGTT-TGCT-----AGC-A-T-ATTTAACATATGTAAACAA---AAACATGGCACG-AGCCT---T-ATT-T-A-C-AT-AAC-A-A--AGAACTGTG-----A-GTG-----C-T--G---T-A--T-CTC-ACT-T-G------T--A----A---CT-C---AA-----A-A--C-------------------------------TT---TTTGCCG-ATCATTAT--ATGT-A--CCC-------CA--GG-------------GAG-CA--TT-------A---C---AAACATT--AAAAGGG-----------A---AAA-ATAGTGGGGTGTTTT-A--------------AGCTT-TAAA-TGTGTCTATGCCgactctgttcctttaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ccAAATT-CTA----T------AT-TT-AATGCA---TTTTTT--AAGTGGTGTATCA-AAAA-TG-C----TTAATAATTA--TG-T----AAATT-CAT--A-AA-TGCT--TA---GCAAA---------TT--GA--C-G-T---CA-T-TATGTT---G----AGCAT---T------TA-----------CAGA----G-TGAG-ATTT-ACTAA-G-----CA--C-T-gg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           catgcacaacgtttgcttgtatgtgagctA---TTATTC--AA----TGTT----ACAAATG-C----TTA-T--CCA---G-AAGATTATTTAC-T--A-AT-GG-TT-CA---GCAAAAACAA---TTTA-GATACTG-T---CAGTAT-TGTTCTGG----AGCCT---T------TAC----------TA-A----A-TAAG-A----AC--A-G-----TT--C-TATAACCATTAATCTGATATGTTAT-ATA-AA-C--AAATA-GGCTACGTGC--C----CTTGTTCT-TTT--TTA--ctaaatct
gi|18                         :                                                                                                                                                                                       acaaagtctagagcatgccactcttatacagtctttttaactgtaaactcgaagctcgttccaggtttatggttacatattattggaattataatgctgaattaaaatgatccatattaaagcaagaattatttctaactgttctaagtttcattactgacagctttaacagtttctgttttctcacatactcatattgattttaacttggtgattttatggtgaataacctttattgA----TATTTGA-ACAA-TG-C----TAA-C--TTACGCG-G----GATTT-C-T--A-CT-AG-T--CAGGGGCAAG---AA---TCT--GA-AT-G-T---CGTT-T-TGTC---GCTTAGG--T---T------T------------CA-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTT---GCAG-TG-C----TCC-C--TTA--AG-T----CATTT-C-T--T-GA-TA-T--CA---GCACA---TT---TTTCGAA-AT-GCT---CA-G-T-TATT---C----AG--TATGT------TA-----------CA-A----GGTGAG-A--T-AA--A-A-----CAGTC-C-C-ACAATTCATG------TTTAT-GTA-AAAC--A---G-AG-GACATGCATC----A-TGTTTG--GTAATGA--GTAAA-ATC---AT------TGCT-------A--G-T--AT-Attgag
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      catctgcttaacatgaaatcttTTT---ACAA-TG-C----TCA-C--TTAG-TGCG----TATTT-C-T--ACAATGG-T--CA---Gaca
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AG-TG-C----TCA-C--TTG--AG-G----TATTT-C-T--A-AT-GA-T--TA---GCAaac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A-T--TT------G----TTTTT-A-T--A-AT-GG-T--CA---GCAAA---A----TTT--TA-AC-G-T---TA-T-T-TGTT---G----AG--T---T------CGGGGTTGAGTTACA-A----G-TGAG-A--T-AC--A-G-----CG--C-T-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttttttttaaa-G----TATGT-C-C--T-AA-TG-T--CA---GCAAA---AC---TTT--GA-AA-G-T---CA-CGT-TGT-------------T---T------T------------CA-ACAAGA-TAAG-A--T-AC--A-
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --A-AATGG-T--CA---ACAAA---AA---TTTT-GA-AC-G-T----A-T-T-TGTT---G----GG--T---TAAACAGT------------CA-A----G-TGAG-A--T-AC--ATGTACATCA--C-T-T-ACA-TTCATC------ACTAT--TAGAA-C--A---A-GG-CTCGAGC--C----A-TGTTTT-TGT--TTA--CCTAC-ATTG-AAT----A-TA-T-------AATG-T--AC-AT--TTCCG--T-T---TAAAGC--A---G-----ATT--T---TTTT----C---A-T--ATTACAAG-CT-CA--T-G-TG-------A--T--------GC-CTA-TA-GTGATTTTCACAT-CTCAT-T-TTGT--TTT---AAAC---A-TGGT-G-T-TTT-CTG--TGAAGCTAT-CCTT-------C-A-T-GT--AACACA-------AAAACAA----GGCTCA-AGCCT---TGGTT-T-A-C-AT-AGT-G-A--AGAATTGTGA----A-GTG-----C-T--G---T-A--T-CTC-ACT-T-G------T--A----A---CT-C---AAC----A-A--ttatttagcacattttacatcaaatttggcaattctcagttacatgttcatgtgtcctttaa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---AA---TTT--CA-AG-A-TAAACA-T-T-TGTT---G----AG--T---T------T------------CA-A----G-TGAG-A--T-AC--A-G-----at
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaact---CA-T-T-TGTT---G----AG--T---T------T------------CA-A----G-TGAG-A--T-AG--A-G-----CA--
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A-T-T-TGTT---G----AG--T---T------A------------CA-A----G-TGAG-A--T-AC--A-G-----CA--C-T-TCACAATTCTTC------ACTAT-GTA-AACC--A---A-GG-CTTGAGC--C----T-TGTTTT-TGT-------GTTAC-A-TG-AAact
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaatggtcaacaaaaattttgaacgtatttgttgggttaaacagtcaagtgagatacatgtacatcacttacattcatcactattagaacaaggctcgagccatgtttttgtttacctacattgaatatataatgtacatttccgtttaaagcagatttttttcatattacaagctcatgtgatgcctatagtgattttcacatctcattttgttttaaacatggtgttttctgtgaagctatcc----AG--T---T------A------------CA-A----A-T-AG-G--T-AC--T-G-----TG--T-T-TCATAATTCTTTT-----GTTAT-GTA-AA-CA-A---A-AG-CTCGTGC--TTTA-A-TGTTTT-T
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cacattttaggtttcgtttttgaaggcggtctttgttttaactgaaattaaatcctattatcggtAATTCTTT------GTTCT-GTA-AA-C--A---A-AG-CTTTTAT--C------TGTTTT-TGT--TCA--
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atatttaacttttgTTTTT------GTTAT-GTA-AA-G--A---A-GG-CCAGAGG--C----A-TGATTT-TGC--TTA--CATAT-ATTG-
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTT------GCTAT-GTA-AG-C--A---ACGG-TTCGTGC--C----A-TG-TTT-TG---TTA--CATAT-ACTG-AAT------TACT-------AG-G-T--AA-ATCGTTCCG--T-TTTCTAAC----A---G-----ATT--T---TTC---------------TTACAAGTTT-CT-TT-CTTGA-ACACAG--T-
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgcccatagtaagtcatttaatgtttataaaatcgttaatgtatgttatttacagtgaagatacaAT-GTA-AA-C--A---A-GC-CTCGATC--C----A-TGTTTT-TGN--TT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-GTA-AA-CTCG---A-AG-CTCGTTC--C----A-GGTTTA-TGG--TTA--CATATTATTGGAATTATAA-TGCTG------A--A-TTAAA-AT-GATCCA--TAT---TAA-----A---GCAAGAATT--A---TTTC----T---A-ACTGTTCTAAG-TTTCA-TTAC-TGA----CAGCTT-TAA-C-AGT-TTC-T--GT-TTTCTCACATACTCAT-A-TTGA--TTT---TAAC---T-TGGTGA-T-TTTATGG--TGAA-TAAC-CTTT-----A-TTG-T-A---AAAAAG-------AACA-AG----GGCACGTAGCCTATTT-GTT-T-A-T-AT-AAC-ATATCAGATTAATGGTTATA-GAA-----C-T--G---T----T-CTT-ATT-TAG------T--A----AAGGCT-CCAGAAC----A-ATAC-T-----G---ACAGTA---TC--TAAA---TTGTTTTTGCTGAACCA-T-T--A-GT-A--AATA-ATCTTC---TG-G--A----T---AAG-CA---T-TT-GTAA---C---Agtct
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acaaagtctagagcatgccactcttatacagtctttttaacTA-TA-C--A---A-GG-CTAGAGC--C----A-TGTTTT-TGT--TTA--ttgaataat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AC---A-TTAT-A-T-ATT-CAA--TGTAG--GT-AA-------A-C-A-A-A---AACAT-------------------GGCTCG-AGCCT---T-GTTCT-A---AT-AGT-G-A--TGAAT-GTA-----A-GTGATGTACAT--G---T-A--T-CTC-ACT-T-GACTGTTT--A----A---CC-C---AAC----A-A--------------A---TACGTTC--AAAA---TT---TTTGTTG-ACCA-Taacctat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaGT-A-T-TTT-C----TGAA-CATC-CATT-----A---G-T-A---AACCTA-------GC---AA----AGCACG-AGC-T---T-GTT---A-C-ATTAAC-A-G--A-AATTGTG-----A-CAC-----C-T--G---T-A--T-ATC-TCT-T-G------T--acatttccgtttaaagcagatttttttcatattacaagctcatgtgatgcctatagtgattttcacatctcattttgttttaaacatggtgttttctgtgaagctatccttcatgtaacacaaaaacaaggctcaagccttggtttacatagtgaagaattgtgaagtgctgtatctcacttgtaactcaacaaat
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tatattaaacagTT-CTG--TGAAGCAAT-CTTT-----A-C-G-T-A---AATAAA-------AAG--AA----GGTTCG-AGTTT---T-ATT-T-A-C-AT-AGC-A-A--AGAATTGTA-----A-GTG-----T-T--G---T-A--T-CTC-ACT-T-G------A--A----A---GT-C---AAC----A-A--A-T-----G---A---TG---TT--CAAA---TT---TTTGCAG-ACTA-T-T--A-GA-A--A-TA-C----CA--T--A--A---GT---GAG-CA--TT-GT--AAA---CATTAAA-AAT--AAAAATCT---AAAACCTA---AAC-ACT---------TTT-A---------------GCTC-TAAA-CGTATCCATGCCCCTTT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T-TGCT-----A-T-G-T-A---AACA---------------A----GGCTCG-AGCCT---T-GTT-T-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aggggacatggacaacgtttgagctaaatgttagattttagattttcattttcttaaatgttcaatgctcacttggtagttctaatggttcagcaaaaatttgaccgtcaatttgttgagttacaagtgagatcacagcacttacatcttcaatagtaatcaaagctcgagccctgttttgttaccatagaatatgctagatctacgttcgttaagcagattttttttctaatcacaagttcattctgaacacaattaaattagattctagtgttcctcgcatcatattattgttttaatatggtaattttcgttaaccatcttaatgtaaataaT-CATT-----A-C---C-A---AACATG-------A----------TGCATG-TCCTC---T-GTT-TTA-C-AT-AAA-C-A--TGAATTGTG-----G-G-A-----C-T--GTTTT-A--T-CTCACCT-T-G------T--AACATA---CT-G---AAT----A-A--C-T-----G---AG--CA---TTTCGAAA---AA---TGTGCTG----A-TATCAA-GA-A--A-TG-A----CT--TA-A--G---G----GAG-CA--CT-GC-AAAA---C---Aagaattgtaatactgtacctcacttgaaactcaacaaatgacgtcagatttgctgaccattagaatagcataagtgacattttttaaaacattaaaaatgaaacatctaaacattttagctcaaaccaagcccttt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          catctgcttaacatgaaatctttatactagcaatgattttac-----A-C-A-A-A---AACAT-------------------GGCACG-A--CC---T-GTT-T-A-C-AT-AGC-G-A--GAGATTGAC-----A-GTG-----C-T--G---T-A--T-CCA--CT-T-G------A--A----A---CT-C---AAC----A-A--A-T-----G---A---CG---TT--CAAA----T---TTTGCTG-ACC--TTT--A-GA-AATACCATA----CA--TG-G--ACTTGTA--AA--CA--TT------AA---C---AA----T--GGAAATCT---AAA---AT---TGA-A-----------TTT-T--------------AGCTC--AAA-CGTGTCGATGCCCTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -T-A---AACAAA-------AA---CAT---GGCTCG-AGCCT---T-GTT-T-A-C-AT-AGC-----------------------TG-----C-T--G---T-A--T-CTC-ACT-T-G------A--A----A---CT-C---AAC----A-A--A-T-----G---A---CG---TT--CAAA---TG---TTTGCTG-ACCA--GT--A-GA-A--A-TA-C----CC--T--A--A---GT---GAG-CA--TT-GT--AAA---T---ATA-A----AAAGATG----AAATCTCA---ACA-T-----------TTC-C--------------AGCTT-GAAA-CTTGTCAATGTCCCTTtattatattgaatatgctagtaatgttccgtttaaagttttgaaaattgcaagttcatcctgaacacaattaaccatttctagtgttctcacatctaatttgtttaaaccttgtatttcagtgaagccgtccgttacataaaacataaaaggcacgagccttgtaacataacaaagaattgtgagcggtattcttctttgaactcaacaactgaattgaaattttgctgaccattaaaaaacttggttaagtcattaaacattaaaaatgcaaaacagaaaatttagctcaaaatgtgtcagccccttta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -T-G---AACAAA-------AA---CA----GATAAA-AGCTT---T-GTT-T-A-C-AG-AAC-A-A--AGAATTcctatattgaatatgctaatatacgtttcgtttttaaaaggcagatttcttttcaaattacaagttcattctgaataca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atatttaacttttg-A---AACATT-------AA---A------GCACG-AGCTT---TTGTT-T-A-C-AT-AACAA-A--AGAATTATGA----A-ACA-----C-A--G---T-A--C-CTA-T-T-T-G------T--A----A---CT-
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cacattttaggtttcgtttttgaaggcggtctttgttttaactgaaattaaatcctattatcggtaa---AACAAA-------AC---AG----GGCTCG-AGCTT---T-GAT-T-A-C--T-ATT-G-A--AGA--TGTA-----A-GTG-----C-T--G---TGA--T-CTC-ACT-T-G------T--A----A---CT-C---AACA---A-A--T-T-----G---A---CG---GT--CAAA---TT---TTTGCTGAACCA-T-T--A-G--A--ACTA-C----CAAGTG-AGCA---TTG--AA--CA--TT-T----AA---G---AAA-A-T--GAAAATCT---AAAAT-CT---AAC-A-----------TTT-A---------------GCTC-AAAC-GTTGTCCATGTCCCCT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CG-GGCCT---T-GTT-C-A-CTAT-AAC-A-A--AGAATTGTA-----ATGTG-----T-T--G---T-A--T-CTC-ACT-T-G------G--A----A----T-C---AAC----AGA--T-T-----G---AC--TA---TA--AAAA---TT---TTTCCT--ACCA-TTT--A-GA-A----TA-T----CT--TGTA--A---G-A--TAG-TA--ATATT-AAAT---T---GGA-ATT--AATAATTT---TAA---CA---T---------------TTT-T--------------AGTTC-AAAAACGTGTCATTGCCCCTTTaccatagaatatgctagatctacgttcgttaagcagattttttttctaatcacaagttcattctgaacacaattaaattagattctagtgttcctcgcatcatattattgttttaatatggtaattttcgttaaccatcttaatgtaaataaaaacaaggctcgagccttgtttacatagcaaagaattgtaatactgtacctcacttgaaactcaacaaatgacgtcagatttgctgaccattagaatagcataagtgacattttttaaaacattaaaaatgaaacatctaaacattttagctcaaaccaagcccttt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            G-----A-GTG-----C-TTAG---T-AAAT-CTC-ACTCT-G------T--A----AATGCT-C---AAC----ATA--A-T-----G---A---CG---TC--AA----------TTTGCTA-AGCA-TTT--A-TG-A--ATTT-A----CA--T--A--A---TTATTAAG-CA--TT-TTTGATA---C---ACC-ACTTAAAAAATGCATTAAA---TAT--AGA-A-----------TTT-A---------------GCTC-Aaccatgattttacttacatatattgaatatgtataaactccatttaaagagattttttaaattgcattctcctaaacacattaaacagtgttatatgttttcgcacatctcataattgttttaatcaagtattttgcagcatgaagcacgttttgtaacattaaacaagggctcgagccttgtttaccatacgaagattgtgagccgtgtatgcttacttgtacctgcaacaaactgacaaattttcgctacaacttagaaaataactgataaggaatttaaacatcaaaatggcaagtgtaaaattgaacatttttagttcaaaaacgtgccatgtcccttta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      catgcacaacgtttgcttgtatg-----A-GCG-----C-T--G---T-A--T-CTC-ACT-T-G------T--A----A---CT-C---AACCCCGA-A--C-TCAACAA---A---TAACGTT--AAAA----T---TTTGCTG-ACCATTAT--A-AA-A--ACAA-A----taaatct
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttttttttaaaa-----C-T--G---T-A--T-CTC-ACT-T-G------A--A----A---CT-C---AAC----A-A--A-T-----GTTTA---TC---TT--GAAA---TT---
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aaact-T--G---T-A--T-CTTATCT-T-G------TTGA----A----------AAC----A-A--CGT-----G---A---CT---TT--CAAA---GT---TTTGCTG-AC
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-CA--TT-T--GAAA---C---A----TT--AAAA-TGC---AAA---TAT--AAA-A-----------TTT-A--------------GTCTC-AAA---GTGTCAA-GCCCattaggacatacttatttagcacattttacatcaaatttggcaattctcagttacatgttcatgtgtcctttaa

lowQualScore                  :                  11     11                                        1111                       111                                                               2222222222222222222                                                                                                                                     3333      111    2222222222                                                                                     1111111  1111      111111      1111111111  111111             11111111                               1111111                                             11111111                     3333333333333333333333                11                  3333333             111       222            22222                   444444444444444         11     222        
lowQualScore                  :            99    55     11 4   8 4 4   8    4  2  4   88   5      4444      666              000 3        44      3  555          33   3  555  9       6666    3333333333333333333          3   3 88888   4 4   4     1     2   2   33  2      1                22   3    3   7777     4 777 55 4 4    4   55 4 777    6666   55 111    3333333333   3    4  4 4   444   0     4  0   5   5     5  88         4  1 888888       55  4  1111111  2222 4    888888    4 5555555555  444444  3  3   44  66666666      3     555 6    3 3   3   5555555          6 44 444 0 44   7777  666  3 3  44 55555555  66666   3 3 55 4   1111111111111111111111       4 2  4 4 33 4 8  666 1 777 4 9999999 4   88      555   666 999   66       22222   6 777   5 888   222222222222222     5   11     111        
lowQualScore                  :            ..    ..     .. .   . . .   .    .  .  .   ..   .      ....      ...              ... .        ..      .  ...          ..   .  ...  .       ....    ...................          .   . .....   . .   .     .     .   .   ..  .      .                ..   .    .   ....     . ... .. . .    .   .. . ...    ....   .. ...    ..........   .    .  . .   ...   .     .  .   .   .     .  ..         .  . ......       ..  .  .......  .... .    ......    . ..........  ......  .  .   ..  ........      .     ... .    . .   .   .......          . .. ... . ..   ....  ...  . .  .. ........  .....   . . .. .   ......................       . .  . . .. . .  ... . ... . ....... .   ..      ...   ... ...   ..       .....   . ...   . ...   ...............     .   ..     ...        
lowQualScore                  :            66    00     55 0   0 0 0   0    1  2  0   44   7      5555      333              999 3        22      1  444          88   3  444  2       5555    9999999999999999999          3   3 33333   0 4   7     4     9   7   77  7      0                00   1    3   7777     0 888 55 9 0    0   55 0 000    0000   55 000    3333333333   0    0  0 0   666   8     4  4   0   0     6  44         4  0 222222       55  0  7777777  5555 0    333333    1 0000000000  666666  3  3   33  22222222      3     888 7    3 3   3   7777777          7 66 999 2 22   5555  999  1 1  22 00000000  55555   6 6 00 0   6666666666666666666666       0 5  0 0 55 0 0  555 5 000 9 5555555 0   66      000   444 888   11       55555   5 000   0 888   999999999999999     7   00     888        
consensus                     :   AAAGGGGCATNGACA--CGTTTT-G-AGC-T-A-AAA-TGTTCAAATT-TTAGATTTCCATTTTT---AATGTTT--ACAATGCTCACTTA--NG-GTATTTCT--AATGGT-CA---GCAAAAATTT-GAAC-GT---CA-TTTGTTG----AGTT------T------------CAAGTGAGAT-ACA-G-----CAC-TTACAATTCTTCGCTAT-GTA-AAC--AA-GGCTCGNGCCATGTTTTTGTTTACNTAT-ATTG-AAT----ATGCT-A-G-T--ANA-CGTT-CCG--T-T---TAAAGC--AGA--T---TTTTT--A---A--ATTACAAG-TT-C-ATT-C-TGAACACAA-TTAAAC-AGT-TTCTAGTG-TTTCTCACAT-CTNA--T-T-TTGTTTT--AA-ACCTG----GT----A-TTTT-CAG--TGAAGC--AAT-C--NTT--AC--GT-AA-ACA-NAA--A--AA-GGCACG-AGCCT---T-GTTT-A-CAT-AAC------GAAGAATTGTG-A--G--CGCT--GTA--T-CTCA-CT-T-GT--A----A---CT-C---AAC-A-A--C-TGA-CA---TC--GAAA---TT---TTTGCTG-ACCA-T-T--A-G-AA-A-TAA---CTTGA--AG-T-AAG--CATTTT---AAA---CA--ATT--AAAAATG---C-AAACA--TAAA-A---TTTN--------------AGCTC-AAAACGTGTCAATGCCCCTTT
Reference ( family-256 )      :   AAAGGGGCATNGACA--CGTTTT-G-AGC-T-A-AAA-TGTTCAAATT-TTANATTTCCATTTTT---AATGTTT--ACAATGCTCACTTA--NG-GTATTTCT--AATGGT-CA---GCAAAAATTT-GAAC-GT---CA-TTTGTTG----AGTT------T------------CAAGTGAGAT-ACA-G-----CAC-TCACAATTCTTCGCTAT-GTA-AAC--AA-GGCTCGNGCCATGTTTTTGTTTANNTAT-ATTG-AAT----ATGCT-A-G-T--ANA-CGTT-CCG--T-T---TAAA----AGA--T---TTTTT--A---A--ATTGCAAG-TT-C-ATT-C-TGAACACAA-TTAAAC-AGT-TTCTAGTG-TTTCTCACAT-CTNA--T-T-TTGTTTT--AA-ACCTG----GT----A-TTTT-CAG--TGAAGC--AAT-C--GTT--AC--GT-AA-ACA-NAA--A--AA-GGCACG-AGCCT---T-GTTT-A-CAT-AAC------GAAGAATTGTG-A--G--TGCT--GTA--T-CTCA-CT-T-GT--A----A---CT-C---AAC-A-A--C-TGA-CG---TT--NAAA---TT---TTTGCTG-ACCA-T-T--A-G-AA-A-TAA---CNTGA--AG-T-AAG--CATTTT---AAA---CAAAATT--AAAAATG---T-AAACA--TAAA-A---TTTA--------------AGCTC-AAAACGTGTCAATGCCCCTTT
gi|1                          :   AAAAGGGCATCGACA--CGTTTT-G-AGC-T-A-AAA-TGTTCAAATT-TTAGATTTCCATTGTT---AATGTTT--ACAATGCTCATTTA--TG-GTATTTCT--AAAGGT-CA---GCAAAAATTT-GAAC-GT---CA-TTTGTTG----AGTT------T------------CAAGTGAGAT-ACA-G-----CAC-TTACAATTCTTCGCTAT-GTA-AAC--AA-GGTCCGTGCCATGTTTTTGTTTAGTTAT-ATTG-AAT----ATGCT-A-G-T--ATA-TGTT-CCG--T-T---T-AA----AGA--T---TTTTTGAA---A--ATTGCAAG-TT-C-ATT-C-TGAACACAA-TTAACC-AGT-TTCTAGTG-TTTCTCACAT-CTAA--T-T-TTGTTTT--AA-ACCTT----GT----A-TTTT-CAG--TGAAGC--AGT-C--GTT--AC--AT-AA-ACA-TAA--A--AA-GGCACG-AGCCT---T-GTTT-A-CAT-AAC------AAAGAATTGTG-A--G--CGCT--GTA--T-CTTT-CT-T-GT--A----A---CT-C---AAC-A-A--C-TGA-TA---TT--GAAA---TT---TTTGCTG-ACCA-TAT--A-G-AA-ACTAA---CATGA--AG-TAAAG--CATTTTG--AAA---CAAAATT--AAAAATG---C-AAACA---AAA-A---TTTA--------------GGCTC-AAAATGTGTCAATGCCCCTTT
gi|10                         :   AAAGGGGCATGGATA--CGTTTA-G-AGC-T-A-AAAGTGTTTAGGTT-TTAGATTTTTATTTTT---AATGTTT--ACAATGCTCACTTA--TG-GTATTTCT--AATAGT-CT---GCAAAAATTT-GAAC-AT---CA-TTTGTTG----ACTT------T------------CAAGTGAGAT-ACA-A-----CAC-TTACAATTCTTTGCTAT-GTA-AAT--AA-AACTCGAACCTTCTTTTTATTTACGTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttctgtgaagcaatcttT-C--ATT--AC---C-AA-ACA-TGA--------TGCATG-TCCTC---T-GTTTTA-CAT-AAA------CATGAATTGTG-G--GACTGTT--TTA--T-CTCACCT-T-GT--AACATA---CT-G---AAT-A-A--C-TGAGCA---TTTCGAAA---AA---TGTGCTG-A-TA-T-CA-A-G-AA-A-TGA---CTT-A--AG-G-GAG--CACTGC---AAA---
gi|12                         :                                                                                                                                                                            catctgcttaacatgaaatctttatactagcaatgattttacTTGCTAT-GTA-AGC--AACGGTTCGTGCCATG-TTTTG-TTACATAT-ACTG-AAT-----TACT-AGG-T--AAATCGTT-CCG--T-TTTCTAAC----AGA--T---TTTTC----------TTACAAGTTT-C-TTT-CTTGAACACAG-Taca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgcccatagtaagtcatttaatgtttataaaatcgttaatgtatgttatttacagtgaagatacaG-A--G--TGCTTAGTAAAT-CTCA-CTCT-GT--A----AATGCT-C---AAC-ATA--A-TGA-CG---TC--AA----------TTTGCTA-AGCA-T-TT-ATG-AA-T-TTA---CATAATTAT-T-AAG--CATTTTTG-ATA---CACCACTTAAAAAATGCATT-AAATA--TAGA-A---TTT---------------AGCTC-A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   catgcacaacgtttgcttgtatgCACAT-TTTAGGT-T-TCGTTTTTGAA-GGC-G----GTCTTTG-TTTT-AAC--TGAAATTAAAT-CCTATT--ATCGGT-AA-AAA-CAT--T--AA-AGCACG-AGCTT---TTGTTT-A-CAT-AACA-----AAAGAATTATGAA--A--CACA--GTA--C-CT-A-TT-T-GT--A----A---CT-taaatct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T--GTA--T-CTTATCT-T-GTTGA----A----------AAC-A-A--CGTGA-CT---TT--CAAA---GT---TTTGCTG-A-CA-T-T--A-G-GACA-T-A---CTT----AT-T-TAGCACATTTT---ACA---TCAAATT--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TT--AA-ACA-G----GT----A-TTTT-C----TGAA-C--ATC-C--ATT--A---GT-AA-ACC-TAG--C--AA-AGCACG-AGC-T---T-GTT--A-CATTAAC------AGA-AATTGTG-A--C--ACCT--GTA--T-ATCT-CT-T-GT--tggcaattctcagttacatgttcatgtgtcctttaa
gi|17                         :                                                                                              tata-GTTTTTAT--AATGGT-CA---GCAAAA-TTT-TAAC-GT---TA-TTTGTTG----AGTT------CGGGGTTGAGTTACAAGTGAGAT-ACA-G-----CGC-T
gi|18                         :                                                         ttttttttaaaatttATATTTGAACAATGCTAACTTACGCG-GGATTTCT--ACTAGT-CAGGGGCAAGAATCT-GAAT-GT---CGTTTTGTCGCTTAGGTT------T------------CA
gi|2                          :   AAAGGGGCAATGACA--CGTTTTTG-AAC-T-A-AAAATGTTAAAATTATTAA--TTCCAATTT----AATATT---ACTAT-CTTAC--A--AG-ATATTCTA--AATGGT--A---GGAAAAATTT-TTATAGT---CAATCTGTTG----A-TT------C------------CAAGTGAGAT-ACA-A-----CACATTACAATTCTTTGTTATAGTG-AAC--AA-GGCCCGA-CCATGATTTTACTTACATAT-ATTG-AAT----ATG-T-A---T--AAA-C--T-CCA--T-T---TAAAG---AGA--T---TTTTT--A---A--ATTGCA---TT-C--TC-C-TAAACAC-A-TTAAAC-AGTGTTATA-TGTTTTCGCACAT-CTCA--TAA-TTGTTTT---A-ATCAA----GT----A-TTTTGCAGCATGAAGC--A---C--GTT--TT--GT--A-ACATTAAACA--AG-GGCTCG-AGCCT---T-GTTT-ACCAT--AC------GAAG-ATTGTG-A--G--CCGT--GTA--TGCTTA-CT-T-GT--A----C---CTGC---AACAA-A--C-TGA-C---------AAA---TT---TTCGCT--ACAACT-T--A-GAAA-A-TAA---C-TGA-----T-AAG--GAATTT---AAACATCAAAATG--GCAAGTG---T-AAA-A--TTGA-ACATTTTT--------------AGTTCAAAAACGTGCC-ATGTCCCTTTttgag
gi|20                         :   AAAGGGGCA---ATAGTCGTTTT-G-AACGT-A-AAA-TGTTCAAATT-TTATATTT-CATTTTA---AATGTTa
gi|21                         : ttAAAGGGGCA---ATAGTCGTTTT-G-AACGT-A-AAA-TGTTCAAATT-TTATATTT-CATTTTA---AATGTT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttG--CATTTG---AAA---CA---TT--AAAA-TG---C-AAATA--TAAA-A---TTTA--------------GTCTC-AAA--GTGTCAA-GCCC
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                AATTCTTTGTTCT-GTA-AAC--AA-AGCTTTTATC-TGTTTTTGTTCACAAAA-GTTA-AAT----ATtcta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GT-GA-ACA-AAA--A--CA-GATAAA-AGCTT---T-GTTT-A-CAG-AAC------AAAGAATT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                      atatttaacttttTTTTTGTTAT-GTA-AAG--AA-GGCCAGAGGCATGATTTTGCTTACATAT-ATTG-
gi|25                         :                                                                                                                             aAATTT-CAAG-ATAAACA-TTTGTTG----AGTT------T------------CAAGTGAGAT-ACA-G-----
gi|26                         :                                                                      aaactTTT--ACAATGCTCACTTAG-TGCGTATTTCTACAATGGT-CA---G
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                               TA-TAC--AA-GGCTAGAGCCATGTTTTTGTTTAAACCT-ATaac
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                           AT-GTA-AAC--AA-GCCTCGATCCATGTTTTTGNTTGTCT
gi|29                         :                                                                                                                                           ---CA-TTTGTTG----AGTT------T------------CAAGTGAGAT-AGA-G-----CA
gi|3                          :    AGGGGACATGGACAA-CGTTT--G-AGC-T-A-AA--TGTT-AGATT-TTAGATTTTCATTTTCTTAAATGTT----CAATGCTCACTT----G-GTAGTTCT--AATGGTTCA---GCAAAAATTT-GACC-GT---CAATTTGTTG----AGTT------A------------CAAGTGAGATCACA-G-----CAC-TTACA--TCTTCAATA--GTA-ATC--AA-AGCTCGAGCCCTGTTTT-GTT--ACCAT-A--G-AAT----ATGCT-A-GAT--CTA-CGTT-C-G--T-T---AAGC----AGA--T---TTTTT--TTCTA--ATCACAAG-TT-C-ATT-C-TGAACACAA-TTAAATTAGA-TTCTAGTG-TTCCTCGCAT-CATA--T-TATTGTTTT--AATA--TG----GT----AATTTT-C-G--TTAACC--A-T-C--TTA--AT--GT-AA-ATA-AAA--AC-AA-GGCTCG-AGCCT---T-GTTT-A-CAT-AGC------AAAGAATTGT--A--A--TACT--GTA--C-CTCA-CT-T-GA--A----A---CT-C---AAC-A-A--A-TGA-CG---TC--AGA---------TTTGCTG-ACCA-T-T--A-G--A-A-TAG---CAT-A--AG-T-GA---CATTTTTTAAAA---C---ATT--AAAAATG-----AAACATCTAAACA---TTTT--------------AGCTC-AAA-----CCAA-GCCCTTTact
gi|30                         :                                                                                  AGTGCTCACTTG--AG-GTATTTCT--AATGAT-TA---GCA
gi|4                          :   AAAGGAACAGAGTCA--TGTTTT-TTAGC-T-A-AAA----------------ATT---ATTTT----GATGTTT--GCAGTGCTCACTTA--AG-GTATTTCT--AATGGT-CA---GCAAAAATTT-GAAT-GT---TA-CTTGTTG----AGTT------A------------CAAGTGAGAT-ACA-G-----CAC-TCACAATTCTTTGTTAT-GTA-AAC--AA-GGCTCGTGTCATATTTTTGTTTAACTAT-GTAA-AAT----ATACT-A-G-T--AAA-GGTT-TCA--T-T---TACAGC--AGA--T------------------------G-TT-CAATT-C-TGTACACAA-TCAAAC-AAT-TTCTA--------TTACAT-CCAA--T-T-CAGTTTT--AG-ACATACATTGT----A-TTTC-TA---TCAAGC--AAT-A--TTT--AT--GT-AA-AGA-AAA--A--CATGGCACG-AGCCT---T-ATTT-A-CAT-GAC------AAAAAATTGTG-A--G--TGTC--GTA--T-TTGT-CT-T-CT--A----G---CT-C---AAC-A-A--C-TGA-AA---TT----AATTTTT---TTTCCTG-ACAA-T-TAGA-G-AA-A-TAC---CTT----AGTT-AAT--TATTGT---AGA---C---ATT--AGATATG---G-AAAAA--TAAA-A---TTTGAATTTTGTTTTCTTAGCTC-AGAACGTGTC--TGTCC
gi|5                          :  atAAAGGGCATCGACA--CGTTT--G-AGC-T-A-AAA-T--TCAA-TT-TTAGATTTCCATTGTT---AATGTTT--ACAA-GTCCATGTA--TG-GTATTTCT--AAAGGT-CA---GCAAAA-TTT-GAAC-GT---CA-TTTGTTG----AGTT------T------------CAAGTG-GAT-ACA-G-----CAC-TGTCAATCTCTCGCTAT-GTA-AAC--AG-G--TCGTGCCATGTTTTTGTT--ATTAT-ATTG-AAT----ATGCT-A-G-T--A-A-TGTT-CCG--T-T---TAAA------G--T---TTTGA--A---A--ATTGCAAG-TT-C-ATC-C-TGAACACAA-TTAACC-A-T-TTCTAGTG--TTCTCACAT-CTAA----T-TTG-TTT--AA-ACCTT----GT----A--TTT-CAG--TGAAGC--CGTCC--GTT--AC--ATAAA-ACA-T-A--A--AA-GGCACG-AGCCT---T-G-TA-A-CAT-AAC------AAAGAATTGTG-A--G--CG----GTAT-T-CTTC-TT-T-G---A----A---CT-C---AAC-A-A--C-TGA--A---TT--GAAA----T---TTTGCTG-ACCA-T-T--A-A-AA----AA---CTTG----GTT-AAGT-CA--TT---AAA---C---ATT--AAAAATG---CAAAACA--GAAA-A---TTT---------------AGCTC-AAAATGTGTCA--GCCCCTTTaa
gi|6                          :        GGCATAGACA--CATTTA-A-AGC-TTA-AAA-CACCCCACTA-TT---TTTCC-CTTTT---AATGTTT--GTAATGCTC-CCTG--GG-GTACATAT--AATGAT-CG---GCAAAAAGTT------------------TTG----AGTT------A------------CAAGTGAGAT-ACA-G-----CAC-TCACAGTTCTTTGTTAT-GTA-AAT--AA-GGCTCGTGCCATGTTTTTGTTTACATAT-GTTA-AAT----ATGCT-A-G-C--AAA-CGTT-TAA--T-T---TAAAGC--AGA--T---TTTTC--A---A--ACTACAAG-AT-C-ATT-T-TGAACACAA-TGAAAC-AGT-TTCTATTG-TTTCTCACAT-CCAA--T-T-TTGTTGC--AA-ACCTG----AT----A-TTTT-CTA--CCGAGC--AAT-----TTCAAT--GT-CA-ACA-AAA--A--CATGGCACG-GACCG---T-GTTT-A-CAT-AGC------AAAGACTTGGG-A--G--TGTT--GTA-----TCA--------------------------AAC-A-A--C-TGA-CA---TT--AGAT---TT---TTTTCTG-ACCT-A-T--A-G-AA-A-TGA---CTT----AGTT-AAG--GATTGT---ATC---C---ATA--AAAAATG---G-AAAAA--TAAA-A---TTTG--------------AGa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                           cT-GTA-AACTCGA-AGCTCGTTCCAGGTTTATGGTTACATATTATTGGAATTATAATGCTGA-A-TTAAAA-TGAT-CCA--TAT---TAAAGCA-AGAATTA--TTTCT--A---ACTGTTCTAAG-TTTC-ATTAC-TGA---CAGCTTTAAC-AGT-TTCT-GT--TTTCTCACATACTCA--T-A-TTGATTT--TA-ACTTG----GTG---A-TTTTATGG--TGAA-T--AAC-C--TTT--ATT-GT-AA-AAA-AGA--ACAAG-GGCACGTAGCCTATTT-GTTT-A-TAT-AACATATCAGATTAATGGTT-ATAG--AACT--GT---T-CTTA-TT-TAGT--A----AAGGCT-CCAGAAC-A-ATAC-TGA-CAGTATC--TAAA---TTGTTTTTGCTGAACCA-T-T--A-GTAA-A-TAATCTTCTGG--A--T-AAG--CATTTG---TAA---CAgg
gi|8                          :                                                                  acaaagtctagagcatgccactcttatacagtctttttaac--AATGGT-CA---ACAAAAATTTTGAAC-GT----A-TTTGTTG----GGTTAAACAGT------------CAAGTGAGAT-ACATGTACATCAC-TTACA-TTCATCACTAT--TAGAAC--AA-GGCTCGAGCCATGTTTTTGTTTACCTAC-ATTG-AAT----ATA-T-A-A-T--GTA-CATTTCCG--T-T---TAAAGC--AGA--T---TTTTTTCA---T--ATTACAAG-CT-C-ATG---TGA--------T------GC-CTATAGTG-ATTTTCACAT-CTCA--T-T-TTGTTTT--AA-ACATG----GT----G-TTTT-CTG--TGAAGC--TAT-C--CTTC-AT--GT-AACACA-AAA--AC-AA-GGCTCA-AGCCT---TGGTTT-A-CAT-AGT------GAAGAATTGTGAA--G--TGCT--GTA--T-CTCA-CT-T-GT--A----A---CT-C---AAC-A-A--ttgaataat
gi|9                          :   aAAGGGACATTGACA--AGTTTC-A-AGC-T-GGAAA-TGTTGAGATT-TCA----TC--TTTTT---A-TATTT--ACAATGCTCACTTA--GG-GTATTTCT--ACTGGT-CA---GCAAACATTT-GAAC-GT---CA-TTTGTTG----AGTT------T------------CAAGTGAGAT-ACA-G-----CA--------------GCTAT-GTA-AAC--AA-GGCTCGAGCCATGTTTTTGTTTACCTAT-ATTG-AAT----ATGCT-A-A-T--ATA-CGTT-TCGTTT-T---TAAAAGGCAGA--TTTCTTTTC--A---A--ATTACAAG-TT-C-ATT-C-TGAATACAat