lowQualScore : 11111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 2222 1 11 2222 777777777777777777777777777777777777777 222222222 55555555555555555555555555555 3 1 11111 00000000000000 33333 3 1111 11111 999999999999999999999999999999999999 3 111 11 44 11 1 22 2222 222222222 222 111111 333 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 22222 1 1 1 555555555555 11 11 1111 44444444444 111 55555555555555555555555555555555555555555555 444444444 1 1111 2 333333333 111 22 1111 1 1 22 11 2222 33333 111
lowQualScore : 88 3 5555 3 88 2 3333 3 9 999999999999999999999999999999999999999 111111111 6 8 5 5 66 99999999999999999999999999999 888 5 5 5 5 1 77 44444 1 6 66666666666666 6 6 77777 3 3 1 2222 5 66666 6 6 6 888888888888888888888888888888888888 8 0 0 6 1 333 99 44 8 11 55 8 1 0 0 8 6 5 5 11 4444 999999999 5 5 5 77 222 8 88 999999 6 6 6 000 55 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 99999 0 5 2 0 000000000000 33 11 7777 00000000000 6 111 999 6 99999999999999999999999999999999999999999999 3 6 777777777 3 2222 3 6 000000000 222 2 22 2 6 6 1111 7 6 6 3 6 6 99 55 1111 6 6 66666 111
lowQualScore : .. . .... . .. . .... . . ....................................... ......... . . . . .. ............................. ... . . . . . .. ..... . . .............. . . ..... . . . .... . ..... . . . .................................... . . . . . ... .. .. . .. .. . . . . . . . . .. .... ......... . . . .. ... . .. ...... . . . ... .. .................................................................................................... ... ..... . . . . ............ .. .. .... ........... . ... ... . ............................................ . . ......... . .... . . ......... ... . .. . . . .... . . . . . . .. .. .... . . ..... ...
lowQualScore : 33 3 3333 3 33 0 3333 0 0 000000000000000000000000000000000000000 666666666 7 9 7 7 99 11111111111111111111111111111 888 0 0 0 7 4 99 33333 0 7 00000000000000 7 7 55555 5 3 4 1111 7 77777 7 7 7 222222222222222222222222222222222222 0 8 8 6 4 888 00 00 0 00 88 0 0 6 0 0 7 7 7 44 3333 777777777 7 7 7 99 000 0 88 222222 7 7 7 222 88 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 00000 0 5 5 0 888888888888 22 00 0000 88888888888 7 777 888 7 33333333333333333333333333333333333333333333 2 7 222222222 3 3333 7 7 333333333 777 5 55 8 7 7 6666 1 7 7 3 7 7 22 88 8888 7 7 77777 777
consensus : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTC---CGAATT-CGGC--CCATTCCNA--NNCGGAANTTAAGCATTTTATCCCAAATTTGCTG-AACAAAATTCCCAA-----TCT-TATT--NANACA-CAAAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TATCGTTA--ATGGAAA------------------A-TGGAA-A--GTTTC---TATGTA-CGA-GTTATC-AAATT-A--AAAA-----TCGGT-GTCTTTAAA---TT-A---TT--TTCTGT-GG-GGTACT---GCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----C-TCGT-----GCG-T-T-ATG--GCG-AGC-------------T-------------T-CTGTAAGAAAATTTAAGA--AATCTTTT-GTCGTGGC-ATC--AAACCAA-TCACTCAGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GA-CGCGG-GAGA-AATGTCGACC----ATTGT-GACGAT-ACAGTT-GCA-AGCGAG-AATC--AATCC-GAAAT-GTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTG-AATATGC-CAAGTA--CTACTAC-NNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAGCCA-AGT---ACAAGTCTGTTAA---CA-TTTCAAACTTCTG-ATAT-----------TTTGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--AAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCA-----------CTTGAGGTGAAGAA-ATG--T--ATC-AT-TCTTAA--TG-A-AATAA--GT-TTATTTT--AAAACAATATGCTATA-AAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCGA-AAGG--CCCAG--GCCCC-AT-TC----CCA---AAATGGTG
Reference ( gi|3 ) : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTC---GAAATT-CGGC--CCATTCCCA--TGCAGAATTAAAGCATTTTTTC---AATT--CTGTGACAAAAATCCCAA-----TCTATATT--AACACA-CAAAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TATCATTA--ATGGAAA------------------A-TGG---A--GTTTC---TAT-TA-CGA-GTTATC-AAATT-A--AAAA-----TCGGT-GTCTTTAAA------A-------TTCTGT-GG-GGTA-T---GCACAATTTATTCAAGC-CTTTGGTAACATATA----C-TCGT-----GCA-T-T-ATG--G---AGC-------------T-------------T-CTGTAAGAATAATTAAAG--AATCTTT--GT--TGGC-ATC--AAACCAA-TCACTCAGGTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GA-TGCGG-GAG--AATGTCGACC----ATTGT-G-CGATAACAGTT-GCA-AGCGAG-AATC--AAT-C-GAAAT-GTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTG-AATAT-C-CAAGTA--CTACTAC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCC--AGT---ACAAGTCTGTT-A---CA-TTTCAAACTTCTG-ATAT-----------TTTGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAA-CA-----------CTTGAGGTGAAGAA-ATG--T--ATG-AT-TCTTAA--TGAA-AATAA-TAT-TTA-TTT--AAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG--AAGG--CCCAG--G-CCC-AT-T-----CCA---AAATGGTG
gi|1 : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCCAAGAAATTCCGGCCGCCATTCCCAGGTGTGGAAT
gi|10 : gGGATATTCCACCCTGTNNN--NNN-NNNN---NNNNNN-NNNN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCT-TATT--TAAACATCAAAT-CATCT---TCT-GCAA-TATCATTA--ATGGAAA------------------A-TGGAA-A--GTGTC---TATGTA-CGA-GTTATC-AAATT-A--AAAA-----gcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggaagtggaaagttttcgtttgttagcgagttatccaaattaaaaatttgtctttaaacatttattctgtggctgcagcacaatttgtttcagcgcttggtaactatactcgtgggaggcattgatggcaacttcgtaagaaatttaagaaatcttttcgttggcatcaaacaatcactccagttttccgcagttcacaaaagatgcgggagaaatgttcgccattaattgtacatgcaagttgctagcggaatcagaatccgaatggtcatagcaagatcatctgaatatgccagtacctacctcgaacttagagactgttttctaatatcaaacaatgaagatgtctccgtaccagttttaactcagcggaggggccaagacacagactaatccactagcaagagcaagcttgttaacagtttcaacttctgatattttgaattgaataaaactgaatttattaaataaattacaacaactaagtatactttgaggtgagaatatgtctatattctttaagaattataatgtcttatttaaaacaatatctataaaaatgctgaatttacaaaaattccgcaagtggacaataatgacgctaaaattcccaattcgaaaaggccccggcccgatatccacacaaatgggtgtggaaaa
gi|2 : cagGATTTTCCACCCTGTTGTTAAGGCGGTC---CGAATT-CGGC--CCATTCCAA--ATCAGAAATTAAGCATTTTATCCCAAATTTGCTG-AACAAAATTCCCAA-----TCT-TATTTAAACA-A-CAAATGCATCTCCTTCT-GCGA-T-TCATTA--ATGGAAA------------------AATGGGAAA--GTTTC---TATGTA-CGA-GT-ATC-AAATA-A--AAAA-----TCGGTTGTCTTTAAA------AACATTTATTCTGT-GG-GGTA-TTTTGCACAATTTATTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CCTCGT-----GCAAT-T-ATG--GGCGAGC-------------T-------------T-CTGTAAGAA-AATTTAGA--AATCTTTT-GTCGTGGCCATCCAAAACCAAATCACTCAGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GA-TGCGG-GAG--AATGTTCGC------TTGT-GACGAT-ACAGTTGGCAGAGCGAG-AATC--AATCC-GAAAT-GTCATATCAGC------AAGA-CAT-CTG-AATATGC-CAAGTAACTTACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCAAGT---AACAGTCTGTT-AAAGCA-TTTT-AACTTCTG-ATAT-----------TTTGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TTTGAAAA-AA-------------------A-TCTTAACAATCA-----------CTTGAGGTGAAGAA-ATG--T---TC-ATATCTT-A--TG-A-AATGA-AGT-TTA-TTTTAAAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA--TACTAAAAATT-C--CAATGTGG---AA-AATGACGC-T-AAA-ATTCCAATATCGA-AAGG--CCCAG--GCCCC-AT-TTTTTCCCA---AAATGGTGatc
gi|6 : aggcTATT--TAAACATCAAAT-CATCTTCTTC----AA-TATCGTTA--ATGGAAA------------------A-TGGAA-A--GTTTC---TATGTA-CGA-GTTAGC-AAATTAA--AAAA-----TCGGT-GCCTTTAAAACGTTTA-------TTCTGTGGG-GGTACT---GCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAGCATATA----C-TCGgtggga
gi|4 : ct--AACA-A-CAATT-CATCTCCTTCTTGCCACTATCATTA--ATGGAAA------------------A-TGG---AAAGTTTC---TATGTA-CGACGTTATC-AAATT-ACAAAAA-----ACGGT---CTTTAAA------ACATTTA-TTCTGT-GG-G-TACT---GCACAATTTGTTTCAGCGCTTTGG--ATCTATA----C-TCGT-----GCA-TAT-ATGCCG---AGC-------------T-------------TTCTGTAAGAA-AATTTAAGGAAATCTTT--GTCGTGGC-ATC--AA--CAA-TCTCTCAGTTTTTTCTGCAGTTCAAACGTGACTTGACTGCGGAGAG--AATGTCGACC----AT-GT-GACGATA-CAGTT-GCA-AGCGAGTAATC--AAT-CCGAAAT-GTCATA-CAGC------AAGA-CATGCTGAAATAT-TGCAAGTA--CTA-TAC-TTAGAGTAGAACGTTTTTCATATCATAATGACAGAGTCCTCCGTTACCCAGTTTAACTCAGCGGGGGGCCAAGACCACAGACTATTCCAAAATAGCCA-AGT---ACAAGTCTGTTAA---CA-TTTCAAACTTCTGTATA------------TTTGAATTTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAATT---TT--AAAT-CA-------------------ATTCTT-ACAATCA-----------CTTGAGGTGAAGAA-ATG--T--TTC-ATATTGCAA--TG-A-AATAA--AT-TTATTTT--TAAACAATATGCTAT--AAAAGGTGAA-TTACT-AAAATT-T--CCATGTGGAACAA-AATGACTCTT-AAT-TTCCCAAT-TCGA-AAGG--CCCAGGCG-CCC-AT-TC----CCA---AAATGATGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagcaagacatctgaatatgccaagtac
gi|5 : tta-CAAAT-CATCTTCTTGT-GGGA-TATTGTTAGAATGGAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAA-TGG---AAAGTTTC---TACGTA-TGA-GTTATC-AAATT-A--AAAAAAAAATCAGT-GTCTTTAAA------ACGTTTA-TTCTGT-GG-GGTACT---GCACAATATGTTCAAGAGCTTTGGTAACATATATATAC-TCAT-----GCG-T-T-ATG--GCG-AGCCATAACTCAGTATT-------------T-CTGTAAGAAAATTTAAGA--AATCTTT--GTGATGGC-ATC--AAACAAA-T---------TTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GA-CGTGG-GAGAAAACGTCGACC----ATTGT-GACGAT-ACAGTT-GCA-AGCGAG-AACC--AAT-CTGAAAT-GTCATA-GAGC------AAGA-CAT-CTG-AATATGC-CAAATA--CTACTAC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCATT--AGT---ACGAGTCTGTTAA---CA-TTTCAAA-TTCTG-ANGTAACTAGCCAAGTACGAG-TCTGTTAACCTTTCAAAT-TCTGATATTTTGAA-T---TT--GAAT-AAAACTTGAATTTTAAATTTAA-TCTT-ACAATTA-----------C--AAGGTGAAGAA-ATA--TTCAT--AT-TCTTAT--TG-A-AATAA-C-T-TTATTTT--AAAACAATATGCTATA-AAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-Atgggaaaaatccc
gi|15 : atttgagcat-CAAAT-CATCT---TCT-GCGA-TATCGTTA--ATTGATA------------------A-TGGAA-A--GTTTC---TATGTA-TGA-GTTAT
gi|11 : aaaatCCTTCT-GCGA-TATCATTA--ATGGAAA------------------A-TGGAA-A--GTTTC---TATGTA-CGA-GTTATC-AAATTAA--AAAA-----TCGGT-GTCTTTAAAACATTTA-------TTCTGT-GG-GGTACT---GCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTATCATATA----C-TCGT-----GCA-T-T-
gi|1 : A--GTGGAAA------------------G-T---------TTTCGTTTGT-TAGCGA-GTTATCCAAATT-A--AAAA-----TT--T-GTCTTTAAACATTT-A-------TTCTGT-GGCTGCA-----GCACAATTTGTTTCAGC-GCTTGGTAAC-TATA----C-TCGTGGGAGGCA-T-TGATG--GC--AAC-------------T-------------T-C-GTAAGAA-ATTTAAGA--AATCTTTTCGT--TGGC-ATC--AAA-CAA-TCACTCCAGTTTT-CCGCAGTTCACA----AAA-GA-TGCGG-GAGA-AATGTTCGCCATTAATTGT-A-C-ATGCAAGTT-GCT-AGCG-G-AATCAGAAT-C-CGAATGGTCAT---AGC------AAGATCAT-CTG-AATAT-G-CCAGTAC-CTACCTC-GAACTTAGAGACTGTTTTCTAATATCAAACAATGAAGATGTCTCCGTACCAGTTTTAACTCAGCGGAGGGGCCAAGACACAGACTAATCCACTAGCA--AGA---GCAAGCTTGTTAA---CAGTTTC-AACTTCTG-ATAT-----------TTTGAA--TTG--AA----TAAAAC-----------TGAA-TTTATT--AAAT-AA-------------------A---TT-ACAA-CAACTAAGTATACTTTGAGGTGAGAAT-ATGTCT--AT--AT-TCTTTA--AGAATTATAA-TGTCTTA-TTT--AAAACAATAT-CTATAAAAATGCTGAATTTACA-AAAATT-CCGCAA-GTGG-ACAATAATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-TCGAAAAGG--CCCCG--G-CCCGATAT-----CCACACAAATGG
gi|12 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggaCATATA----A-TCGT-----GCG-T-T-ATG--GCG-AGC-------------TATAACTCAGTATTT-CTGTAAGAAAATTTAAAA--AATCTTT--GTCTTGGC-ATC--AAACCAA-TCACTCAGTTTTT-CTGgtgtggaaaa
gi|14 : AGTTCAAACGTGAAT-GA-CGCGG-GAGAAAATGCCGACC----ATTGTAA-CGAT-ACAGTT-GCA-TGCGAG-AATC--AA
gi|8 : -GA-TGCGG-GAG--AATGTCGACC----ATTGT-GACGAC-ACAGCT-GCA-AGCGAG-AATC--AATCC-AAAAT-GTCATA-CAGCAAGCTTAAGA-CAT-CTG-AATATGC-CAAGTA--CTACTAC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCA-AGTACAACAAGTCTGTT-A---
gi|16 : A-TGCGG-GAG--AATGTCGACCATTAATTGT-GACGAT-ACAGTT-GCA-AGCGAG-AATC--
gi|6 : AGC------AAGA-CAT-CTG-AATATGC-CAAGTA--C
gi|7 : cttatttaaacatcaaatcatcttcttcaatatcgttaatggaaaatggaaagtttctatgtacgagttagcaaattaaaaaatcggtgcctttaaaacgtttattctgtgggggtactgcacaatttgttcaagcgctttggtagcatatactcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnag--AA----CAAAATGT---------TAAG-T---TT--GAAGGAA-------------------A-TTTT-CCA-----------------TGAA-TGAAGAAGAAG--T--ATTCAT-ATTTAAATTGAA-ATTAAGTAT---A-TTT-------------CTA----AACTGTGAA-TTTTT-AAACTT-C--CCATTTTGTACAA-AATGTTGC-T-AAAATTCCCAAT-TCG--AAAGT-CCCAG--GCCCC-AT-TA----CCA---AA
gi|9 : attacaagttaggaagtaaaagatcagtagtttagtactttaaatttttttattgcaataaaa-T---TT--AAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCA-----------CTTGAGGTGAAGAA-ATG--TTCAT--AT-TCTTAT--TG-A-AATAA--GT-TTATTTT--AAAACAATATGCTATA-AAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-GCGA-AAGG--CCCAG--GCCCC-AT-TC----CCA---AAATGGTGtctgagtggaaaatctcnngaa
gi|13 : aaatTC-C--CAATTTGACATAA-ATTGCTGT-T-AGA-TTTCTAAC-TCC--AAGAGCCCCAG--A-CCC-AT-T-----CCC---AAtggaaaatccct
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CATTCCCAAAATGATGTGGAAAATCCCTGCAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 11 11 111 11 1 1 1 2 333333333333333333 1 11111 666666666666666 1111 11111 8888888888888 1111 1111 111111 1111111 111 1111 4444444444444444 11 1111 33333333333 111 5555555555555555555 22222222222 2222222222 1 1 11 1 1 1 1111
lowQualScore : 33 0 33 33 33 1 22 0 1 3 3 444 22 3 3 3 0 1 1 6 2 5 6 5 5 66 4 222222222222222222 4 66 66 4 5 0 66 22222 5 444444444444444 5 4 77 0 5555 44444 77 5 5 6 0000000000000 6 7 7 33 6 6 99 99 6 6 6 5 5 3333 0000 66 5 5 5 5 5 5 77 99 666666 5 5 5 0 77 5 4444444 22 22 22 22 22 3333 222222 222 44444444 1 44444 22 1 444444444 1 99 77 000 5 2222 99 6 1 7 0000000000000000 44 99 4444 22222222222 5 000 77 5 0000000000000000000 5 3 66666666666 5 6666666666 8888 5 77 1 1 5 5 5 0 44 4 5 5 0 66 5 5 5 1 5 5 5 66 2222 5 0 5 5
lowQualScore : .. . .. .. .. . .. . . . . ... .. . . . . . . . . . . . . .. . .................. . .. .. . . . .. ..... . ............... . . .. . .... ..... .. . . . ............. . . . .. . . .. .. . . . . . .... .... .. . . . . . . .. .. ...... . . . . .. . ....... .. .. .. .. .. .... ...... ... ........ . ..... .. . ......... . .. .. ... . .... .. . . . ................ .. .. .... ........... . ... .. . ................... . . ........... . .......... .... . .. . . . . . . .. . . . . .. . . . . . . . .. .... . . . .
lowQualScore : 88 0 88 88 88 0 00 8 0 0 0 777 77 3 0 3 0 0 0 7 9 7 5 0 0 99 4 888888888888888888 4 11 11 4 0 0 99 55555 7 333333333333333 7 3 99 1 6666 33333 11 7 7 7 0000000000000 7 3 3 55 7 7 22 22 7 7 7 0 0 6666 6666 99 0 0 0 0 0 0 99 22 444444 7 7 7 7 99 7 8888888 00 00 00 00 00 5555 000000 555 33333333 0 55555 00 0 777777777 0 22 99 000 7 1111 22 7 0 3 3333333333333333 00 22 2222 55555555555 7 000 99 7 0000000000000000000 7 6 44444444444 7 6666666666 0000 7 99 4 4 7 0 7 7 11 0 7 7 0 99 0 7 7 4 7 7 7 44 1111 7 7 7 7
consensus : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGC--CCATTCCCANGCGGAANTNAAGCATTTTNTCCCAAATTTGCTG-GACAAAANTCCCAA-TCT-TATTTAAAC-ATCAAAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TATCGTTA--ATGG-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAAA-----TCGG-TGTCTTTAAA-----ACATT--TATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGCT------------TTCTGTAAGAAAATTTAA-GAAATCTTTTGTCGT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AG-TTTTTCTGCAGTTCAAACGTGAA-TGAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTG-AATATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AAA-------------------TCTT-ACAATCAC----------TTGAGGTGAAGAA-ATGT-T-C--ATA-TCTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
Reference ( family-2524 ) : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGC--CCATTCCNANNCGGAANTTAAGCATTTTATCCCAAATTTGCTG-AACAAAATTCCCAA-TCT-TATTNANAC-A-CAAAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TATCGTTA--ATGG-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAAA-----TCGG-TGTCTTTAAA-----TTATT--T--TCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGC-------------TTCTGTAAGAAAATTTAA-GAAATCTTTTGTCGT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AG-TTTTTCTGCAGTTCAAACGTGAA-TGAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTG-AATATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--AAAT-AAA-------------------TCTT-ACAATCAC----------TTGAGGTGAAGAA-ATGTAT-C--AT--TCTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
gi|1 : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCCAAGAAATTCCGGCCGCCATTCCCAGGTG
gi|1 : gG-GAA------------------GT-GGAAAGTTTTCGTTTGTTAGCGA-GTTATCCAAATT-A--AAAA-----TT---TGTCTTTAAA-----C-ATT--TATTCTGT-GGC-TG--CAGCACAATTTGTTTCAGCGCTT-GGTAAC-TATA----CTCGTGGGAGGC-AT-TGAT-GGCAA-C-------------TTC-GTAAGAAA-TTTAA-GAAATCTTTT--CGTTGG-CATC--AAAC--AATCACTCCAG-TTTTCC-GCAGTTCACA----AA-AGAT-GCGG-GAGAAA-TGTTCGCCATT----AATTGTAC-AT-GCAAGTT-GCT-AGCG-G-AATCAGAATCCGAATGGTCATA---GC------AAGATCAT-CTG-AATATGCCA-GTA--CCTACCTCGAACTTAGAGACTGTTTTCTAATATCAAACAATGAAGATGTCTCCGTACCAGTTTTAACTCAGCGGAGGGGCCAAGACACAGACTAATCCACTAG--C-A--AGA---GCAAG-CTTGT----TAA--CAGTTTCAA-CTTCTGATAT-----------TT---TGAA--TTG--AA----TAAAAC-----------TGAA-TTTATT--AAAT-AAA---------------------TT-ACAACAACTAAGTATACTTTGAGGTGAGAAT-ATGTCTAT--AT--TCTTTA--AG-AATTAT-AATGTCTTA-TTT-AAAACAATAT-CTATAAAAATGCTGAATTTACA-AAAATT-CCGCAA-GTGG-ACAATAATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-TCGAAAAGGCCCCGGC-CCGA----TATCCACACAAATGGtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggaagtggaaagttttcgtttgttagcgagttatccaaattaaaaatttgtctttaaacatttattctgtggctgcagcacaatttgtttcagcgcttggtaactatactcgtgggaggcattgatggcaacttcgtaagaaatttaagaaatcttttcgttggcatcaaacaatcactccagttttccgcagttcacaaaagatgcgggagaaatgttcgccattaattgtacatgcaagttgctagcggaatcagaatccgaatggtcatagcaagatcatctgaatatgccagtacctacctcgaacttagagactgttttctaatatcaaacaatgaagatgtctccgtaccagttttaactcagcggaggggccaagacacagactaatccactagcaagagcaagcttgttaacagtttcaacttctgatattttgaattgaataaaactgaatttattaaataaattacaacaactaagtatactttgaggtgagaatatgtctatattctttaagaattataatgtcttatttaaaacaatatctataaaaatgctgaatttacaaaaattccgcaagtggacaataatgacgctaaaattcccaattcgaaaaggccccggcccgatatccacacaaatgggtgtggaaaa
gi|10 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaGGATATTCCACCCTGTNNN--NNN-NNNNN--NNN--NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNTCT-TATTTAAAC-ATCAAAT-CATCT---TCT-GCAA-TATCATTA--ATGG-AAA------------------AT-GGAAAGTGTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAAA-----gtgtggaaaa
gi|11 : cagCCTTCT-GCGA-TATCATTA--ATGG-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATTAA--AAAA-----TCGG-TGTCTTTAAA-----ACATTTAT--TCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTATCATATA----CTCGTG-----C-AT-T-atc
gi|12 : CATATA----ATCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGCTATAACTCAGTATTTCTGTAAGAAAATTTAA-AAAATC-TTTGTCTT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AG-TTTTTCTG
gi|13 : TC-C--CAATTTGACATAA-ATTGCTGT-T-AGA-TTTCTAAC-TCC-AAGAGCCCCAGA-CCCA----T-TCC-CA-
gi|14 : attAGTTCAAACGTGAA-TGAC-GCGG-GAGAAAATGCCGACCATT----G--TA-ACGAT-ACA-GTT-GCA-TGCGAG-AATCA--Atgaggtgtgggacaactcactt
gi|15 : -CAAAT-CATCT---TCT-GCGA-TATCGTTA--ATTG-ATA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ATGA-GTTAT
gi|16 : aaaatAT-GCGG-GAGAA--TGTCGACCATTAATTG--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATC
gi|2 : GATTTTCCACCCTGTTGTTAAGGCGGTCC--GAA--TTCGGC--CCATTCCAAATCAGAAATTAAGCATTTTATCCCAAATTTGCTG-AACAAAATTCCCAA-TCT-TATTTAAACAA-CAAATGCATCTCCTTCT-GCGA-T-TCATTA--ATGGAAAA------------------ATGGGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-G-TATC-AAATA-A--AAAA-----TCGGTTGTCTTTAAAAACATTTA----T--TCTGT-GGGGTATTTTGCACAATTTATTCAAGCGCTTTGGTAACATATAC---CTCGTG-----CAAT-T-ATGGGCGAGC-------------TTCTGTAAGAAAATTT-A-GAAATCTTTTGTCGT-GGCCATCCAAAACCAAATCACTC-AG-TTTTTCTGCAGTTCAAACGTGAA-TGAT-GCGG-GAG-AA-TGTTCGC--TT----G--TG-ACGAT-ACA-GTTGGCAGAGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATATCAGC------AAGA-CAT-CTG-AATATGCCAAGTAACT-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCA--AGT---AACAG-TCTGT----TAAAGCA-TTTT-AACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TTTGAAAA-AAA-------------------TCTTAACAATCAC----------TTGAGGTGAAGAA-ATGT-T-C--ATA-TCTT-A--TG-AA--ATGAA-GT-TTATTTTAAAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA--TACTAAAAATT-C--CAATGTGG---AA-AATGACGC-T-AAA-ATTCCAATATCG-AAAGGCCCAGGC-CCCATTTTT-TCC-CA-AAATGGTG
gi|3 : aggcGGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCG--AAA--TTCGGC--CCATTCCCATGCAGAATTAAAGCATTTTTTC---AATT--CTGTGACAAAAATCCCAA-TCTATATTAACAC-A-CAAAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TATCATTA--ATGG-AAA------------------AT-GGA--GTTTC--TAT-T--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAAA-----TCGG-TGTCTTTAAA-------ATT------CTGT-GGGGTA---TGCACAATTTATTCAAGC-CTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-AT-T-AT-GG--AGC-------------TTCTGTAAGAATAATTAA-AGAATCTTT-GT--T-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AG-GTTTTCTGCAGTTCAAACGTGAA-TGAT-GCGG-GAG-AA-TGTCGACCATT----G--TG--CGATAACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--AT-CGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTG-AATAT-CCAAGTA--C-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CC---AGT---ACAAG-TCTGT----T-A--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AAA-------------------TCTT-ACAA-CAC----------TTGAGGTGAAGAA-ATGTAT-G--AT--TCTTAA--TGAAA--AT-AATAT-TTA-TTT-AAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG--AAGGCCCAGG--CCCA----T-T-C-CA-AAATGGTGgtggga
gi|4 : TTAAAC-AACAATT-CATCTCCTTCTTGCCACTATCATTA--ATGG-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGACGTTATC-AAATT-ACAAAAA-----ACGG-T--CTTTAAA-----ACATT--TATTCTGT-GGG-TA--CTGCACAATTTGTTTCAGCGCTTTGG--ATCTATA----CTCGTG-----C-ATAT-AT-GCCGAGCT------------TTCTGTAAGAAAATTTAAGGAAATC-TTTGTCGT-GG-CATC--AA--C-AATCTCTC-AGTTTTTTCTGCAGTTCAAACGTGACTTGACTGCGGAGAG-AA-TGTCGACCA-T----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAGTAATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CATGCTGAAATATTGCAAGTA--C-TA-TACTTAGAGTAGAACGTTTTTCATATCATAATGACAGAGTCCTCCGTTACCCAGTTTAACTCAGCGGGGGGCCAAGACCACAGACTATTCCAAAATAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTG-TATA----------TT---TGAATTTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAATT---TT--AAAT-CAAT------------------TCTT-ACAATCAC----------TTGAGGTGAAGAA-ATGTTT-C--ATA-TTGCAA--TG-AA--AT-AA-AT-TTATTTT-TAAACAATATGCTAT-AAAA-GGTGAA-TTACT-AAAATT-T--CCATGTGGAACAA-AATGACTCTT-AAT-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGCGCCCA----T-TCC-CA-AAATGATG
gi|5 : ATTTGAGC-ATCAAAT-CATCTTCTTGT-GGGA-TATTGTTAGAATGG-AAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAAT-GGAAAGTTTC--TACGT--ATGA-GTTATC-AAATT-A--AAAAAAAAATCAG-TGTCTTTAAA-----ACGTT--TATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATATGTTCAAGAGCTTTGGTAACATATATATACTCATG-----C-GT-T-AT-GGCGAGCCATAACTCAGTATTTCTGTAAGAAAATTTAA-GAAATCTTT-GTGAT-GG-CATC--AAACA-AAT-----------TTTCTGCAGTTCAAACGTGAA-TGAC-GTGG-GAGAAAACGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AACCA--ATCTGAAATGTCATA-GAGC------AAGA-CAT-CTG-AATATGCCAAATA--C-TACTAC---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CCATTAGT---ACGAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAA-TTCTGANGTAACTAGCCAAGTA---CGAG-TCTGTTAACCTTTCAAAT-TCTGATATTTTGAA-T---TT--GAAT-AAAACTTGAATTTTAAATTTAATCTT-ACAATTAC------------AAGGTGAAGAA-ATAT-T-CATAT--TCTTAT--TG-AA--AT-AA-CT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-Atgggaaaaatccc
gi|6 : CT-TATTTAAAC-ATCAAAT-CATCTTCTTC----AA-TATCGTTA--ATGG-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTAGC-AAATTAA--AAAA-----TCGG-TGCCTTTAAA-----ACGTTTAT--TCTGTGGGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAGCATATA----CTCG
gi|6 : AGC------AAGA-CAT-CTG-AATATGCCAAGTA--C-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagcaagacatctgaatatgccaagtac
gi|7 : cttatttaaacatcaaatcatcttcttcaatatcgttaatggaaaatggaaagtttctatgtacgagttagcaaattaaaaaatcggtgcctttaaaacgtttattctgtgggggtactgcacaatttgttcaagcgctttggtagcatatactcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagA--AGT---AAAAGATCAGTAGTTTAG--TA-CTTTAAATTTTTT-TAT-----------TGCAATAAA----A--AA----CAAAATGT---------TAAG-T---TT--GAAGGAAA-------------------TTTT-CCA----------------TGAA-TGAAGAAGAAGTATTC--AT--ATTTAAATTG-AA--ATTAA-GT-ATATTT-------------CTA----AACTGTGAA-TTTTT-AAACTT-C--CCATTTTGTACAA-AATGTTGC-T-AAAATTCCCAAT-TCG-AAAGTCCCAGGC-CCCA----T-TAC-CA-AA
gi|8 : attacaagttaggGAT-GCGG-GAGAA--TGTCGACCATT----G--TG-ACGAC-ACA-GCT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCAAAATGTCATA-CAGCAAGCTTAAGA-CAT-CTG-AATATGCCAAGTA--C-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CCA--AGTACAACAAG-TCTGT----TAtctgagtggaaaatctcnngaa
gi|9 : -T---TT--AAAT-AAA-------------------TCTT-ACAATCAC----------TTGAGGTGAAGAA-ATGT-T-C--ATATTCTTAT--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-GCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CATTCCCAAAATGATGTGGAAAATCCCTGCAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 11 11 33333333333333333 111 2222 111 11 2 11 222222 2 111111111 22222222222 1111111 2222222222222 333333333333333333 11111 1111 11111 7777777777777 11 1111 111111 1111111 111 1111 4444444444444444 11 1111 33333333333 111 4444444444444444444 22222222222 1 1 1 11 1 1 1 1111
lowQualScore : 33 0 33 33 33 1 99999999999999999 1 777 1111 1 999 55 0 33 1 888888 0 555555555 5 88 5 5 6 4 4 11111111111 4444444 66 4444444444444 4 222222222222222222 4 66 66 4 5 5 66 5 22222 5 5 5 5 4 77 0 5555 44444 77 5 5 6 2 8888888888888 6 7 7 33 6 6 99 99 6 6 5 5 5 3 99 0000 66 5 5 5 5 5 5 77 99 666666 5 5 5 0 77 5 4444444 22 22 22 22 22 3333 222222 222 44444444 1 44444 22 1 444444444 1 99 77 000 5 2222 99 6 1 7 0000000000000000 44 99 4444 22222222222 5 000 77 5 4444444444444444444 5 5 3 66666666666 77 5 5 1 5 8888 5 77 1 1 5 5 5 0 44 4 5 5 0 66 5 5 5 1 5 5 5 66 2222 5 0 5 5
lowQualScore : .. . .. .. .. . ................. . ... .... . ... .. . .. . ...... . ......... . .. . . . . . ........... ....... .. ............. . .................. . .. .. . . . .. . ..... . . . . . .. . .... ..... .. . . . . ............. . . . .. . . .. .. . . . . . . .. .... .. . . . . . . .. .. ...... . . . . .. . ....... .. .. .. .. .. .... ...... ... ........ . ..... .. . ......... . .. .. ... . .... .. . . . ................ .. .. .... ........... . ... .. . ................... . . . ........... .. . . . . .... . .. . . . . . . .. . . . . .. . . . . . . . .. .... . . . .
lowQualScore : 88 0 88 88 88 0 00000000000000000 0 555 2222 0 000 88 0 88 0 888888 0 222222222 0 66 0 0 4 4 4 11111111111 4444444 11 4444444444444 4 888888888888888888 4 11 11 4 0 0 99 0 55555 7 7 0 7 3 99 1 6666 33333 11 7 7 7 5 2222222222222 7 3 3 55 7 7 22 22 7 7 7 0 0 2 44 6666 99 0 0 0 0 0 0 99 22 444444 7 7 7 7 99 7 8888888 00 00 00 00 00 5555 000000 555 33333333 0 55555 00 0 777777777 0 22 99 000 7 1111 22 7 0 3 3333333333333333 00 22 2222 55555555555 7 000 99 7 3333333333333333333 7 7 6 44444444444 99 7 7 4 7 0000 7 99 4 4 7 0 7 7 11 0 7 7 0 99 0 7 7 4 7 7 7 44 1111 7 7 7 7
consensus : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCCANGCG--------GAAN----TAAAG---CATTT----TNTCC--CAAATT-TGCTGTGACAAA--ATTC------CCAAGTC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTTTGTCGT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
Reference ( family-2524 ) : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCCANGCG--------GAAN----TNAAG---CATTT----TNTCC--CAAATT-TGCTG-GACAAA--ANTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAAACATTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTTTGTCGT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
gi|1 : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCCAAGAAATTCCGGCCGCCATTCCCAGGTGTGGAATGCGAAGGGGTTAGAGAGACATTTATATTCTCCACCACATTCTGCTCTGACAAAGAATTCGCCAAACCAAGTCATT-TGGGCATTTAAAACATGCATAAT-AATGGTCT-CT-GCGG-TAGCGAATGAGGGTCGTTTATATGGA--ATGCGAGTTCTAGGCAG-GAA------------------GT-GGAAAGTTTTCGTTTGTTAGCGA-GTTATCCAAATT-A--AAA-A-----TT---TGTCTTT-AAA-CATTTATTCTGT-GGC-TG--CAGCACAATTTGTTTCAGCGCTT-GGTAAC-TATA----CTCGTGGGAGGC-AT-TGAT-GGCAA--------------CTTC-GTAAGAAA-TTTAAG-AAATCTTTT--CGTTGG-CATC--AAAC--AATCACTCCAGTTTTC-C-GCAGTTCACA----AAA-GAT-GCGG-GAGAAA-TGTTCGCCATT----AATTGTAC-AT-GCAAGTT-GCT-AGCG-G-AATCAGAATCCGAATGGTCATA---GC------AAGATCAT-CTGAA-TATGCCA-GTA--CCTACCTCGAACTTAGAGACTGTTTTCTAATATCAAACAATGAAGATGTCTCCGTACCAGTTTTAACTCAGCGGAGGGGCCAAGACACAGACTAATCCACTAG--C-A--AGA---GCAAG-CTTGT----TAA--CAGTTTCAA-CTTCTGATAT-----------TT---TGAA--TTG--AA----TAAAAC-----------TGAA-TTTATT--AAAT-AA-------------------A---TT-ACAACAACTAAGTATACTTTGA--GGTGAGAATATG-T-CTATATT-CTTTA--AG-AATTAT-AATGTCTTA-TTT-AAAACAATAT-CTATAAAAATGCTGAATTTACA-AAAATT-CCGCAA-GTGG-ACAATAATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-TCGAAAAGGCCCCGGC-CCGA----TATCCACACAAATGG
gi|10 : gGGATATTCCACCCTGTNNN--NNN-NNNNN--NNN--NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN--------NNNN----NNNNN---NNNNN----NNNNN--NNNNNN-NNNNN-NNNNNN--NNNN------NNNNNTC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCT---TCT-GCAA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTGTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----gtgtggaaaa
gi|11 : cagCCTTCT-GCGA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAAAA-----TCGG-TGTCTTT-AAAACATTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTATCATATA----CTCGTG-----C-AT-T-atc
gi|12 : CATATA----ATCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGCTATAACTCAGTATTTCTGTAAGAAAATTTAAA-AAATC-TTTGTCTT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTG
gi|13 : TC-C--CAATTTGACATAA-ATTGCTGT-T-AGA-TTTCTAAC-TCC-AAGAGCCCCAGA-CCCA----T-TCC-CA-
gi|14 : attAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAAATGCCGACCATT----G--TA-ACGAT-ACA-GTT-GCA-TGCGAG-AATCA--Atgaggtgtgggacaactcactt
gi|15 : AA-AAT-CA-AAT-CATCT---TCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATT-------------G-ATA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ATGA-GTTAT
gi|16 : AT-GCGG-GAGAA--TGTCGACCATTAATTG--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATC
gi|2 : GATTTTCCACCCTGTTGTTAAGGCGGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCAAATCA--------GAAA----TTAAG---CATTT----TATCC--CAAATT-TGCTG-AACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAA-CA-AATGCATCTCCTTCT-GCGA-T------------TCATT-------A--ATG-------------GAAAA------------------ATGGGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-G-TATC-AAATA-A--AAA-A-----TCGGTTGTCTTTAAAAACATTTATTCTGT-GGGGTATTTTGCACAATTTATTCAAGCGCTTTGGTAACATATAC---CTCGTG-----CAAT-T-ATGGGCGAGC-------------TTCTGTAAGAAAATTT-AG-AAATCTTTTGTCGT-GGCCATCCAAAACCAAATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAT-GCGG-GAG-AA-TGTTCGC--TT----G--TG-ACGAT-ACA-GTTGGCAGAGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATATCAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTAACT-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCA--AGT---AACAG-TCTGT----TAAAGCA-TTTT-AACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TTTGAAAA-AA-------------------A-TCTTAACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTT-A--TG-AA--ATGAA-GT-TTATTTTAAAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA--TACTAAAAATT-C--CAATGTGG---AA-AATGACGC-T-AAA-ATTCCAATATCG-AAAGGCCCAGGC-CCCATTTTT-TCC-CA-AAATGGTG
gi|3 : aggcGGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCG--AAA--TTCGGCC--CATTCCCATGCA--------GAAT----TAAAG---CATTT----TTTC-----AATT---CTGTGACAAA--AATC------CCAA-TC--TAT----ATTAACA-CA--CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GG--AGTTTC--TAT-T--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAA------ATTCTGT-GGGGTA---TGCACAATTTATTCAAGC-CTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-AT-T-AT-G--GAGC-------------TTCTGTAAGAATAATTAAA-GAATC-TTTGT--T-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGGTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAT-GCGG-GAG-AA-TGTCGACCATT----G--TG--CGATAACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--AT-CGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TAT-CCAAGTA--C-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CC---AGT---ACAAG-TCTGT----T-A--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAA-CAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-TATGAT--T-CTTAA--TGAAA--AT-AATAT-TTA-TTT-AAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG--AAGGCCCAGG--CCCA----T-T-C-CA-AAATGGTGgtggga
gi|4 : TTAAA-CAA-CA-ATT-CATCTCCTTCTTGCCACTA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGACGTTATC-AAATT-ACAAAA-A-----ACGG-T--CTTT-AAAACATTTATTCTGT-GGG-TA--CTGCACAATTTGTTTCAGCGCTTTGG--ATCTATA----CTCGTG-----C-ATAT-AT-GCCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAGGAAATCTTT-GTCGT-GG-CATC--AA--C-AATCTCTC-AGTTTTTTCTGCAGTTCAAACGTGACTTGACTGCGGAGAGAA--TGTCGACCAT-----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAGTAATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CATGCTGAAATATTGCAAGTA--C-TA-TACTTAGAGTAGAACGTTTTTCATATCATAATGACAGAGTCCTCCGTTACCCAGTTTAACTCAGCGGGGGGCCAAGACCACAGACTATTCCAAAATAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTG-TATA----------TT---TGAATTTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAATT---TT--AAAT-CA-------------------ATTCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATGTT-TCATA-T-TGCAA--TG-AA--AT-AA-AT-TTATTTT-TAAACAATATGCTAT-AAAA-GGTGAA-TTACT-AAAATT-T--CCATGTGGAACAA-AATGACTCTT-AAT-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGCGCCCA----T-TCC-CA-AAATGATG
gi|5 : ----ATTTGAG-CAT-CA-AAT-CATCTTCTTGT-GGGA-TA-----------TTGTT-------AGAATG-------------G-AAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAAT-GGAAAGTTTC--TACGT--ATGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-AAAAAATCAG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATATGTTCAAGAGCTTTGGTAACATATATATACTCATG-----C-GT-T-AT-GGCGAGCCATAACTCAGTATTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTT-GTGAT-GG-CATC--AAACA-AAT----------TTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GTGG-GAGAAAACGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AACCA--ATCTGAAATGTCATA-GAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAATA--C-TACTAC---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CCATTAGT---ACGAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAA-TTCTGANGTAACTAGCCAAGTA---CGAG-TCTGTTAACCTTTCAAAT-TCTGATATTTTGAA-T---TT--GAAT-AAAACTTGAATTTTAAATTTAA-TCTT-ACAATTAC------------AA--GGTGAAGAAATA-T-TCATATT-CTTAT--TG-AA--AT-AA-CT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-Atgggaaaaatccc
gi|6 : C--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTTCTTC----AA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTAGC-AAATTAA--AAA-A-----TCGG-TGCCTTT-AAAACGTTTATTCTGTGGGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAGCATATA----CTCG
gi|6 : AGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagcaagacatctgaatatgccaagtac
gi|7 : cttatttaaacatcaaatcatcttcttcaatatcgttaatggaaaatggaaagtttctatgtacgagttagcaaattaaaaaatcggtgcctttaaaacgtttattctgtgggggtactgcacaatttgttcaagcgctttggtagcatatactcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagA--AGT---AAAAGATCAGTAGTTTAG--TA-CTTTAAATTTTTT-TAT-----------TGCAATAAA----A--AA----CAAAATGT---------TAAG-T---TT--GAAGGAA-------------------A-TTTT-CCA----------------TGAATGAAGAAGAAGTA-T-TCATA-T--TTAAATTG-AA--ATTAA-GT-ATATTT-------------CTA----AACTGTGAA-TTTTT-AAACTT-C--CCATTTTGTACAA-AATGTTGC-T-AAAATTCCCAAT-TCG-AAAGTCCCAGGC-CCCA----T-TAC-CA-AA
gi|8 : attacaagttagg-GAT-GCGG-GAGAA--TGTCGACCATT----G--TG-ACGAC-ACA-GCT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCAAAATGTCATA-CAGCAAGCTTAAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CCA--AGTACAACAAG-TCTGT----TAtctgagtggaaaatctcnngaa
gi|9 : -T---TT--AAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-TTCTTAT--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-GCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CATTCCCAAAATGATGTGGAAAATCCCTGCAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 11 11 33333333333333333 111 2222 111 11 11 222222 2 111111111 22222222222 1111111 2222222222222 333333333333333333 11111 11 1111 11111 7777777777777 11 1111 111111 1111111 111 1111 4444444444444444 11 1111 33333333333 111 4444444444444444444 22222222222 1 1 1 11 1 1 1 1111
lowQualScore : 33 0 33 33 33 1 99999999999999999 777 1111 1 999 55 5 33 888888 7 555555555 5 88 5 5 6 4 4 11111111111 4444444 66 4444444444444 222222222222222222 4 4 66 66 4 5 5 66 5 22222 5 00 2 5 4 77 0 0000 5 44444 77 5 5 99 0000000000000 6 7 7 33 6 6 99 2 6 6 6 5 5 5 3 99 0000 66 5 5 5 5 5 5 77 99 666666 5 5 5 0 77 5 4444444 22 22 22 22 22 3333 222222 222 44444444 1 44444 22 1 444444444 1 99 77 000 5 2222 99 6 1 7 0000000000000000 44 99 4444 22222222222 5 000 77 5 4444444444444444444 5 5 3 66666666666 77 5 5 1 5 8888 5 77 1 1 5 5 5 0 44 4 5 5 0 66 5 5 5 1 5 5 5 66 2222 5 0 5 5
lowQualScore : .. . .. .. .. . ................. ... .... . ... .. . .. ...... . ......... . .. . . . . . ........... ....... .. ............. .................. . . .. .. . . . .. . ..... . .. . . . .. . .... . ..... .. . . .. ............. . . . .. . . .. . . . . . . . . .. .... .. . . . . . . .. .. ...... . . . . .. . ....... .. .. .. .. .. .... ...... ... ........ . ..... .. . ......... . .. .. ... . .... .. . . . ................ .. .. .... ........... . ... .. . ................... . . . ........... .. . . . . .... . .. . . . . . . .. . . . . .. . . . . . . . .. .... . . . .
lowQualScore : 88 0 88 88 88 0 00000000000000000 555 2222 0 000 88 8 88 888888 5 222222222 0 66 0 0 4 4 4 11111111111 4444444 11 4444444444444 888888888888888888 4 4 11 11 4 0 0 99 0 55555 7 77 7 7 3 99 1 6666 0 33333 11 7 7 22 0000000000000 7 3 3 55 7 7 22 5 7 7 7 7 0 0 2 44 6666 99 0 0 0 0 0 0 99 22 444444 7 7 7 7 99 7 8888888 00 00 00 00 00 5555 000000 555 33333333 0 55555 00 0 777777777 0 22 99 000 7 1111 22 7 0 3 3333333333333333 00 22 2222 55555555555 7 000 99 7 3333333333333333333 7 7 6 44444444444 99 7 7 4 7 0000 7 99 4 4 7 0 7 7 11 0 7 7 0 99 0 7 7 4 7 7 7 44 1111 7 7 7 7
consensus : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCCANGCG--------GAAN----TAAAG---CATTT----TNTCC--CAAATT-TGCTGTGACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------GAAA------------------A-TGG-AAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGGT-GTCTTTAAAA-CGTTTATTCTGT-GGGGTACT--GCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----C-TCGTG-----CG-T-T-ATGG-CGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTTTGTCGT-GGC-ATC--AAACCAA-TCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
Reference ( family-2524 ) : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCCANGCG--------GAAN----TAAAG---CATTT----TNTCC--CAAATT-TGCTGTGACAAA--ATTC------CCAAGTC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------GAAA------------------A-TGG-AAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGGT-GTCTTTAAAA-CGTTTATTCTGT-GGGGTACT--GCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----C-TCGTG-----CG-T-T-ATGG-CGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTTTGTCGT-GGC-ATC--AAACCAA-TCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
gi|1 : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCCAAGAAATTCCGGCCGCCATTCCCAGGTGTGGAATGCGAAGGGGTTAGAGAGACATTTATATTCTCCACCACATTCTGCTCTGACAAAGAATTCGCCAAACCAAGTCATT-TGGGCATTTAAAACATGCATAAT-AATGGTCT-CT-GCGG-TAGCGAATGAGGGTCGTTTATATGGA--ATGCGAGTTCTAGGCAGGAA------------------G-TGG-AAAGTTTTCGTTTGTTAGCGA-GTTATCCAAATT-A--AAA-A-----TT--T-GTCTTTAAA--CATTTATTCTGT-GGC-TGCA--GCACAATTTGTTTCAGCGCTT-GGTAAC-TATA----C-TCGTGGGAGGCA-T-TGATGG-CAA--------------CTTC-GTAAGAAA-TTTAAG-AAATCTTTT--CGTTGGC-ATC--AAAC-AA-TCACTCCAGTTTTC-C-GCAGTTCACA----AAA-GAT-GCGG-GAGAAA-TGTTCGCCATT----AATTGTAC-AT-GCAAGTT-GCT-AGCG-G-AATCAGAATCCGAATGGTCATA---GC------AAGATCAT-CTGAA-TATGCCA-GTA--CCTACCTCGAACTTAGAGACTGTTTTCTAATATCAAACAATGAAGATGTCTCCGTACCAGTTTTAACTCAGCGGAGGGGCCAAGACACAGACTAATCCACTAG--C-A--AGA---GCAAG-CTTGT----TAA--CAGTTTCAA-CTTCTGATAT-----------TT---TGAA--TTG--AA----TAAAAC-----------TGAA-TTTATT--AAAT-AA-------------------A---TT-ACAACAACTAAGTATACTTTGA--GGTGAGAATATG-T-CTATATT-CTTTA--AG-AATTAT-AATGTCTTA-TTT-AAAACAATAT-CTATAAAAATGCTGAATTTACA-AAAATT-CCGCAA-GTGG-ACAATAATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-TCGAAAAGGCCCCGGC-CCGA----TATCCACACAAATGG
gi|10 : gGGATATTCCACCCTGTNNN--NNN-NNNNN--NNN--NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN--------NNNN----NNNNN---NNNNN----NNNNN--NNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNN------NNNN-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCT---TCT-GCAA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------GAAA------------------A-TGG-AAAGTGTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----gtgtggaaaa
gi|11 : cagCCTTCT-GCGA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------GAAA------------------A-TGG-AAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAAAA-----TCGGT-GTCTTTAAAA-CATTTATTCTGT-GGGGTACT--GCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTATCATATA----C-TCGTG-----CA-T-T-atc
gi|12 : CATATA----A-TCGTG-----CG-T-T-ATGG-CGAGCTATAACTCAGTATTTCTGTAAGAAAATTTAAA-AAATC-TTTGTCTT-GGC-ATC--AAACCAA-TCACTC-AGTTTTT-CTG
gi|13 : TC-C--CAATTTGACATAA-ATTGCTGT-T-AGA-TTTCTAAC-TCC-AAGAGCCCCAGA-CCCA----T-TCC-CA-
gi|14 : attAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAAATGCCGACCATT----G--TA-ACGAT-ACA-GTT-GCA-TGCGAG-AATCA--Atgaggtgtgggacaactcactt
gi|15 : AA-AAT-CA-AAT-CATCT---TCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATT-------------GATA------------------A-TGG-AAAGTTTC--TATGT--ATGA-GTTAT
gi|16 : AT-GCGG-GAGAA--TGTCGACCATTAATTG--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATC
gi|2 : GATTTTCCACCCTGTTGTTAAGGCGGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCAAATCA--------GAAA----TTAAG---CATTT----TATCC--CAAATT-TGCTG-AACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAA-CA-AATGCATCTCCTTCT-GCGA-T------------TCATT-------A--ATG-------------GAAA------------------AATGGGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GT-ATC-AAATA-A--AAA-A-----TCGGTTGTCTTTAAAAACATTTATTCTGT-GGGGTATTTTGCACAATTTATTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CCTCGTG-----CAAT-T-ATGGGCGAGC------------TT-CTGTAAGAAAATTTA-G-AAATCTTTTGTCGT-GGCCATCCAAAACCAAATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAT-GCGG-GAG-AA-TGTTCGC--TT----G--TG-ACGAT-ACA-GTTGGCAGAGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATATCAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTAACT-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCA--AGT---AACAG-TCTGT----TAAAGCA-TTTT-AACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TTTGAAAA-AA-------------------A-TCTTAACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTT-A--TG-AA--ATGAA-GT-TTATTTTAAAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA--TACTAAAAATT-C--CAATGTGG---AA-AATGACGC-T-AAA-ATTCCAATATCG-AAAGGCCCAGGC-CCCATTTTT-TCC-CA-AAATGGTG
gi|3 : aggcGGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCG--AAA--TTCGGCC--CATTCCCATGCA--------GAAT----TAAAG---CATTT----TTTC-----AATT---CTGTGACAAA--AATC------CCAA-TC--TAT----ATTAACA-CA--CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------GAAA------------------A-TGG---AGTTTC--TAT-T--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGGT-GTCTTTAAA-------ATTCTGT-GGGGTA-T--GCACAATTTATTCAAGC-CTTTGGTAACATATA----C-TCGTG-----CA-T-T-ATG---GAGC-------------TTCTGTAAGAATAATTAAA-GAATC-TTTGT--T-GGC-ATC--AAACCAA-TCACTC-AGGTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAT-GCGG-GAG-AA-TGTCGACCATT----G--TG--CGATAACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--AT-CGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TAT-CCAAGTA--C-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CC---AGT---ACAAG-TCTGT----T-A--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAA-CAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-TATGAT--T-CTTAA--TGAAA--AT-AATAT-TTA-TTT-AAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG--AAGGCCCAGG--CCCA----T-T-C-CA-AAATGGTGgtggga
gi|4 : TTAAA-CAA-CA-ATT-CATCTCCTTCTTGCCACTA-----------TCATT-------A--ATG-------------GAAA------------------A-TGG-AAAGTTTC--TATGT--ACGACGTTATC-AAATT-ACAAAA-A-----ACGGT---CTTTAAAA-CATTTATTCTGT-GGG-TACT--GCACAATTTGTTTCAGCGCTTTGG--ATCTATA----C-TCGTG-----CA-TAT-ATGC-CGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAGGAAATCTTT-GTCGT-GGC-ATC--AA--CAA-TCTCTC-AGTTTTTTCTGCAGTTCAAACGTGACTTGACTGCGGAGAGAA--TGTCGACCAT-----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAGTAATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CATGCTGAAATATTGCAAGTA--C-TA-TACTTAGAGTAGAACGTTTTTCATATCATAATGACAGAGTCCTCCGTTACCCAGTTTAACTCAGCGGGGGGCCAAGACCACAGACTATTCCAAAATAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTG-TATA----------TT---TGAATTTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAATT---TT--AAAT-CA-------------------ATTCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATGTT-TCATA-T-TGCAA--TG-AA--AT-AA-AT-TTATTTT-TAAACAATATGCTAT-AAAA-GGTGAA-TTACT-AAAATT-T--CCATGTGGAACAA-AATGACTCTT-AAT-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGCGCCCA----T-TCC-CA-AAATGATG
gi|5 : ----ATTTGAG-CAT-CA-AAT-CATCTTCTTGT-GGGA-TA-----------TTGTT-------AGAATG-------------GAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAA-TGG-AAAGTTTC--TACGT--ATGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-AAAAAATCAGT-GTCTTTAAAA-CGTTTATTCTGT-GGGGTACT--GCACAATATGTTCAAGAGCTTTGGTAACATATATATAC-TCATG-----CG-T-T-ATGG-CGAGCCATAACTCAGTATTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTT-GTGAT-GGC-ATC--AAACAAA-T----------TTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GTGG-GAGAAAACGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AACCA--ATCTGAAATGTCATA-GAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAATA--C-TACTAC---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CCATTAGT---ACGAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAA-TTCTGANGTAACTAGCCAAGTA---CGAG-TCTGTTAACCTTTCAAAT-TCTGATATTTTGAA-T---TT--GAAT-AAAACTTGAATTTTAAATTTAA-TCTT-ACAATTAC------------AA--GGTGAAGAAATA-T-TCATATT-CTTAT--TG-AA--AT-AA-CT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-Atgggaaaaatccc
gi|6 : C--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTTCTTC----AA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------GAAA------------------A-TGG-AAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTAGC-AAATTAA--AAA-A-----TCGGT-GCCTTTAAAA-CGTTTATTCTGTGGGGGTACT--GCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAGCATATA----C-TCG
gi|6 : AGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagcaagacatctgaatatgccaagtac
gi|7 : cttatttaaacatcaaatcatcttcttcaatatcgttaatggaaaatggaaagtttctatgtacgagttagcaaattaaaaaatcggtgcctttaaaacgtttattctgtgggggtactgcacaatttgttcaagcgctttggtagcatatactcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagA--AGT---AAAAGATCAGTAGTTTAG--TA-CTTTAAATTTTTT-TAT-----------TGCAATAAA----A--AA----CAAAATGT---------TAAG-T---TT--GAAGGAA-------------------A-TTTT-CCA----------------TGAATGAAGAAGAAGTA-T-TCATA-T--TTAAATTG-AA--ATTAA-GT-ATATTT-------------CTA----AACTGTGAA-TTTTT-AAACTT-C--CCATTTTGTACAA-AATGTTGC-T-AAAATTCCCAAT-TCG-AAAGTCCCAGGC-CCCA----T-TAC-CA-AA
gi|8 : attacaagttagg-GAT-GCGG-GAGAA--TGTCGACCATT----G--TG-ACGAC-ACA-GCT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCAAAATGTCATA-CAGCAAGCTTAAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CCA--AGTACAACAAG-TCTGT----TAtctgagtggaaaatctcnngaa
gi|9 : -T---TT--AAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-TTCTTAT--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-GCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CATTCCCAAAATGATGTGGAAAATCCCTGCAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 11 11 33333333333333333 111 2222 111 11 11 222222 1 111111111 22222222222 1111111 2222222222222 333333333333333333 11111 1111 11111 7777777777777 11 1111 111111 1111111 111 1111 4444444444444444 11 1111 33333333333 111 4444444444444444444 22222222222 1 1 1 11 1 1 1 1111
lowQualScore : 33 0 33 33 33 1 99999999999999999 777 1111 1 999 55 5 33 888888 0 555555555 5 88 5 5 6 4 4 11111111111 4444444 66 4444444444444 4 222222222222222222 4 66 66 4 5 5 66 5 22222 5 5 5 2 5 4 77 0 5555 44444 77 5 5 6 2 8888888888888 6 7 7 33 6 6 99 99 6 6 5 5 5 3 99 0000 66 5 5 5 5 5 5 77 99 666666 5 5 5 0 77 5 4444444 22 22 22 22 22 3333 222222 222 44444444 1 44444 22 1 444444444 1 99 77 000 5 2222 99 6 1 7 0000000000000000 44 99 4444 22222222222 5 000 77 5 4444444444444444444 5 5 3 66666666666 77 5 5 1 5 8888 5 77 1 1 5 5 5 0 44 4 5 5 0 66 5 5 5 1 5 5 5 66 2222 5 0 5 5
lowQualScore : .. . .. .. .. . ................. ... .... . ... .. . .. ...... . ......... . .. . . . . . ........... ....... .. ............. . .................. . .. .. . . . .. . ..... . . . . . . .. . .... ..... .. . . . . ............. . . . .. . . .. .. . . . . . . .. .... .. . . . . . . .. .. ...... . . . . .. . ....... .. .. .. .. .. .... ...... ... ........ . ..... .. . ......... . .. .. ... . .... .. . . . ................ .. .. .... ........... . ... .. . ................... . . . ........... .. . . . . .... . .. . . . . . . .. . . . . .. . . . . . . . .. .... . . . .
lowQualScore : 88 0 88 88 88 0 00000000000000000 555 2222 0 000 88 8 88 888888 0 222222222 0 66 0 0 4 4 4 11111111111 4444444 11 4444444444444 4 888888888888888888 4 11 11 4 0 0 99 0 55555 7 7 0 7 7 3 99 1 6666 33333 11 7 7 7 5 2222222222222 7 3 3 55 7 7 22 22 7 7 7 0 0 2 44 6666 99 0 0 0 0 0 0 99 22 444444 7 7 7 7 99 7 8888888 00 00 00 00 00 5555 000000 555 33333333 0 55555 00 0 777777777 0 22 99 000 7 1111 22 7 0 3 3333333333333333 00 22 2222 55555555555 7 000 99 7 3333333333333333333 7 7 6 44444444444 99 7 7 4 7 0000 7 99 4 4 7 0 7 7 11 0 7 7 0 99 0 7 7 4 7 7 7 44 1111 7 7 7 7
consensus : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCCANGCG--------GAAN----TAAAG---CATTT----TNTCC--CAAATT-TGCTGTGACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTTTGTCGT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
Reference ( family-2524 ) : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCCANGCG--------GAAN----TAAAG---CATTT----TNTCC--CAAATT-TGCTGTGACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTTTGTCGT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
gi|1 : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCCAAGAAATTCCGGCCGCCATTCCCAGGTGTGGAATGCGAAGGGGTTAGAGAGACATTTATATTCTCCACCACATTCTGCTCTGACAAAGAATTCGCCAAACCAAGTCATT-TGGGCATTTAAAACATGCATAAT-AATGGTCT-CT-GCGG-TAGCGAATGAGGGTCGTTTATATGGA--ATGCGAGTTCTAGGCAG-GAA------------------GT-GGAAAGTTTTCGTTTGTTAGCGA-GTTATCCAAATT-A--AAA-A-----TT---TGTCTTT-AAA-CATTTATTCTGT-GGC-TG--CAGCACAATTTGTTTCAGCGCTT-GGTAAC-TATA----CTCGTGGGAGGC-AT-TGAT-GGCAA--------------CTTC-GTAAGAAA-TTTAAG-AAATCTTTT--CGTTGG-CATC--AAAC--AATCACTCCAGTTTTC-C-GCAGTTCACA----AAA-GAT-GCGG-GAGAAA-TGTTCGCCATT----AATTGTAC-AT-GCAAGTT-GCT-AGCG-G-AATCAGAATCCGAATGGTCATA---GC------AAGATCAT-CTGAA-TATGCCA-GTA--CCTACCTCGAACTTAGAGACTGTTTTCTAATATCAAACAATGAAGATGTCTCCGTACCAGTTTTAACTCAGCGGAGGGGCCAAGACACAGACTAATCCACTAG--C-A--AGA---GCAAG-CTTGT----TAA--CAGTTTCAA-CTTCTGATAT-----------TT---TGAA--TTG--AA----TAAAAC-----------TGAA-TTTATT--AAAT-AA-------------------A---TT-ACAACAACTAAGTATACTTTGA--GGTGAGAATATG-T-CTATATT-CTTTA--AG-AATTAT-AATGTCTTA-TTT-AAAACAATAT-CTATAAAAATGCTGAATTTACA-AAAATT-CCGCAA-GTGG-ACAATAATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-TCGAAAAGGCCCCGGC-CCGA----TATCCACACAAATGG
gi|10 : gGGATATTCCACCCTGTNNN--NNN-NNNNN--NNN--NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN--------NNNN----NNNNN---NNNNN----NNNNN--NNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNN------NNNN-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCT---TCT-GCAA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTGTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----gtgtggaaaa
gi|11 : cagCCTTCT-GCGA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAAAA-----TCGG-TGTCTTT-AAAACATTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTATCATATA----CTCGTG-----C-AT-T-atc
gi|12 : CATATA----ATCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGCTATAACTCAGTATTTCTGTAAGAAAATTTAAA-AAATC-TTTGTCTT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTG
gi|13 : TC-C--CAATTTGACATAA-ATTGCTGT-T-AGA-TTTCTAAC-TCC-AAGAGCCCCAGA-CCCA----T-TCC-CA-
gi|14 : attAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAAATGCCGACCATT----G--TA-ACGAT-ACA-GTT-GCA-TGCGAG-AATCA--Atgaggtgtgggacaactcactt
gi|15 : AA-AAT-CA-AAT-CATCT---TCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATT-------------G-ATA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ATGA-GTTAT
gi|16 : AT-GCGG-GAGAA--TGTCGACCATTAATTG--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATC
gi|2 : GATTTTCCACCCTGTTGTTAAGGCGGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCAAATCA--------GAAA----TTAAG---CATTT----TATCC--CAAATT-TGCTG-AACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAA-CA-AATGCATCTCCTTCT-GCGA-T------------TCATT-------A--ATG-------------GAAAA------------------ATGGGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-G-TATC-AAATA-A--AAA-A-----TCGGTTGTCTTTAAAAACATTTATTCTGT-GGGGTATTTTGCACAATTTATTCAAGCGCTTTGGTAACATATAC---CTCGTG-----CAAT-T-ATGGGCGAGC-------------TTCTGTAAGAAAATTT-AG-AAATCTTTTGTCGT-GGCCATCCAAAACCAAATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAT-GCGG-GAG-AA-TGTTCGC--TT----G--TG-ACGAT-ACA-GTTGGCAGAGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATATCAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTAACT-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCA--AGT---AACAG-TCTGT----TAAAGCA-TTTT-AACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TTTGAAAA-AA-------------------A-TCTTAACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTT-A--TG-AA--ATGAA-GT-TTATTTTAAAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA--TACTAAAAATT-C--CAATGTGG---AA-AATGACGC-T-AAA-ATTCCAATATCG-AAAGGCCCAGGC-CCCATTTTT-TCC-CA-AAATGGTG
gi|3 : aggcGGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCG--AAA--TTCGGCC--CATTCCCATGCA--------GAAT----TAAAG---CATTT----TTTC-----AATT---CTGTGACAAA--AATC------CCAA-TC--TAT----ATTAACA-CA--CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GG--AGTTTC--TAT-T--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAA------ATTCTGT-GGGGTA---TGCACAATTTATTCAAGC-CTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-AT-T-AT-G--GAGC-------------TTCTGTAAGAATAATTAAA-GAATC-TTTGT--T-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGGTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAT-GCGG-GAG-AA-TGTCGACCATT----G--TG--CGATAACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--AT-CGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TAT-CCAAGTA--C-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CC---AGT---ACAAG-TCTGT----T-A--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAA-CAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-TATGAT--T-CTTAA--TGAAA--AT-AATAT-TTA-TTT-AAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG--AAGGCCCAGG--CCCA----T-T-C-CA-AAATGGTGgtggga
gi|4 : TTAAA-CAA-CA-ATT-CATCTCCTTCTTGCCACTA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGACGTTATC-AAATT-ACAAAA-A-----ACGG-T--CTTT-AAAACATTTATTCTGT-GGG-TA--CTGCACAATTTGTTTCAGCGCTTTGG--ATCTATA----CTCGTG-----C-ATAT-AT-GCCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAGGAAATCTTT-GTCGT-GG-CATC--AA--C-AATCTCTC-AGTTTTTTCTGCAGTTCAAACGTGACTTGACTGCGGAGAGAA--TGTCGACCAT-----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAGTAATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CATGCTGAAATATTGCAAGTA--C-TA-TACTTAGAGTAGAACGTTTTTCATATCATAATGACAGAGTCCTCCGTTACCCAGTTTAACTCAGCGGGGGGCCAAGACCACAGACTATTCCAAAATAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTG-TATA----------TT---TGAATTTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAATT---TT--AAAT-CA-------------------ATTCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATGTT-TCATA-T-TGCAA--TG-AA--AT-AA-AT-TTATTTT-TAAACAATATGCTAT-AAAA-GGTGAA-TTACT-AAAATT-T--CCATGTGGAACAA-AATGACTCTT-AAT-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGCGCCCA----T-TCC-CA-AAATGATG
gi|5 : ----ATTTGAG-CAT-CA-AAT-CATCTTCTTGT-GGGA-TA-----------TTGTT-------AGAATG-------------G-AAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAAT-GGAAAGTTTC--TACGT--ATGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-AAAAAATCAG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATATGTTCAAGAGCTTTGGTAACATATATATACTCATG-----C-GT-T-AT-GGCGAGCCATAACTCAGTATTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTT-GTGAT-GG-CATC--AAACA-AAT----------TTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GTGG-GAGAAAACGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AACCA--ATCTGAAATGTCATA-GAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAATA--C-TACTAC---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CCATTAGT---ACGAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAA-TTCTGANGTAACTAGCCAAGTA---CGAG-TCTGTTAACCTTTCAAAT-TCTGATATTTTGAA-T---TT--GAAT-AAAACTTGAATTTTAAATTTAA-TCTT-ACAATTAC------------AA--GGTGAAGAAATA-T-TCATATT-CTTAT--TG-AA--AT-AA-CT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-Atgggaaaaatccc
gi|6 : C--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTTCTTC----AA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTAGC-AAATTAA--AAA-A-----TCGG-TGCCTTT-AAAACGTTTATTCTGTGGGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAGCATATA----CTCG
gi|6 : AGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagcaagacatctgaatatgccaagtac
gi|7 : cttatttaaacatcaaatcatcttcttcaatatcgttaatggaaaatggaaagtttctatgtacgagttagcaaattaaaaaatcggtgcctttaaaacgtttattctgtgggggtactgcacaatttgttcaagcgctttggtagcatatactcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagA--AGT---AAAAGATCAGTAGTTTAG--TA-CTTTAAATTTTTT-TAT-----------TGCAATAAA----A--AA----CAAAATGT---------TAAG-T---TT--GAAGGAA-------------------A-TTTT-CCA----------------TGAATGAAGAAGAAGTA-T-TCATA-T--TTAAATTG-AA--ATTAA-GT-ATATTT-------------CTA----AACTGTGAA-TTTTT-AAACTT-C--CCATTTTGTACAA-AATGTTGC-T-AAAATTCCCAAT-TCG-AAAGTCCCAGGC-CCCA----T-TAC-CA-AA
gi|8 : attacaagttagg-GAT-GCGG-GAGAA--TGTCGACCATT----G--TG-ACGAC-ACA-GCT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCAAAATGTCATA-CAGCAAGCTTAAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CCA--AGTACAACAAG-TCTGT----TAtctgagtggaaaatctcnngaa
gi|9 : -T---TT--AAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-TTCTTAT--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-GCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CATTCCCAAAATGATGTGGAAAATCCCTGCAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 11 11 33333333333333333 111 2222 111 11 11 222222 1 111111111 22222222222 1111111 2222222222222 333333333333333333 11111 1111 11111 7777777777777 11 1111 111111 1111111 111 1111 4444444444444444 11 1111 33333333333 111 4444444444444444444 22222222222 1 1 1 11 1 1 1 1111
lowQualScore : 33 0 33 33 33 1 99999999999999999 777 1111 1 999 55 5 33 888888 0 555555555 5 88 5 5 6 4 4 11111111111 4444444 66 4444444444444 4 222222222222222222 4 66 66 4 5 5 66 5 22222 5 5 5 2 5 4 77 0 5555 44444 77 5 5 6 2 8888888888888 6 7 7 33 6 6 99 99 6 6 5 5 5 3 99 0000 66 5 5 5 5 5 5 77 99 666666 5 5 5 0 77 5 4444444 22 22 22 22 22 3333 222222 222 44444444 1 44444 22 1 444444444 1 99 77 000 5 2222 99 6 1 7 0000000000000000 44 99 4444 22222222222 5 000 77 5 4444444444444444444 5 5 3 66666666666 77 5 5 1 5 8888 5 77 1 1 5 5 5 0 44 4 5 5 0 66 5 5 5 1 5 5 5 66 2222 5 0 5 5
lowQualScore : .. . .. .. .. . ................. ... .... . ... .. . .. ...... . ......... . .. . . . . . ........... ....... .. ............. . .................. . .. .. . . . .. . ..... . . . . . . .. . .... ..... .. . . . . ............. . . . .. . . .. .. . . . . . . .. .... .. . . . . . . .. .. ...... . . . . .. . ....... .. .. .. .. .. .... ...... ... ........ . ..... .. . ......... . .. .. ... . .... .. . . . ................ .. .. .... ........... . ... .. . ................... . . . ........... .. . . . . .... . .. . . . . . . .. . . . . .. . . . . . . . .. .... . . . .
lowQualScore : 88 0 88 88 88 0 00000000000000000 555 2222 0 000 88 8 88 888888 0 222222222 0 66 0 0 4 4 4 11111111111 4444444 11 4444444444444 4 888888888888888888 4 11 11 4 0 0 99 0 55555 7 7 0 7 7 3 99 1 6666 33333 11 7 7 7 5 2222222222222 7 3 3 55 7 7 22 22 7 7 7 0 0 2 44 6666 99 0 0 0 0 0 0 99 22 444444 7 7 7 7 99 7 8888888 00 00 00 00 00 5555 000000 555 33333333 0 55555 00 0 777777777 0 22 99 000 7 1111 22 7 0 3 3333333333333333 00 22 2222 55555555555 7 000 99 7 3333333333333333333 7 7 6 44444444444 99 7 7 4 7 0000 7 99 4 4 7 0 7 7 11 0 7 7 0 99 0 7 7 4 7 7 7 44 1111 7 7 7 7
consensus : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCCANGCG--------GAAN----TAAAG---CATTT----TNTCC--CAAATT-TGCTGTGACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTTTGTCGT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
Reference ( family-2524 ) : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCCANGCG--------GAAN----TAAAG---CATTT----TNTCC--CAAATT-TGCTGTGACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTTTGTCGT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
gi|1 : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCCAAGAAATTCCGGCCGCCATTCCCAGGTGTGGAATGCGAAGGGGTTAGAGAGACATTTATATTCTCCACCACATTCTGCTCTGACAAAGAATTCGCCAAACCAAGTCATT-TGGGCATTTAAAACATGCATAAT-AATGGTCT-CT-GCGG-TAGCGAATGAGGGTCGTTTATATGGA--ATGCGAGTTCTAGGCAG-GAA------------------GT-GGAAAGTTTTCGTTTGTTAGCGA-GTTATCCAAATT-A--AAA-A-----TT---TGTCTTT-AAA-CATTTATTCTGT-GGC-TG--CAGCACAATTTGTTTCAGCGCTT-GGTAAC-TATA----CTCGTGGGAGGC-AT-TGAT-GGCAA--------------CTTC-GTAAGAAA-TTTAAG-AAATCTTTT--CGTTGG-CATC--AAAC--AATCACTCCAGTTTTC-C-GCAGTTCACA----AAA-GAT-GCGG-GAGAAA-TGTTCGCCATT----AATTGTAC-AT-GCAAGTT-GCT-AGCG-G-AATCAGAATCCGAATGGTCATA---GC------AAGATCAT-CTGAA-TATGCCA-GTA--CCTACCTCGAACTTAGAGACTGTTTTCTAATATCAAACAATGAAGATGTCTCCGTACCAGTTTTAACTCAGCGGAGGGGCCAAGACACAGACTAATCCACTAG--C-A--AGA---GCAAG-CTTGT----TAA--CAGTTTCAA-CTTCTGATAT-----------TT---TGAA--TTG--AA----TAAAAC-----------TGAA-TTTATT--AAAT-AA-------------------A---TT-ACAACAACTAAGTATACTTTGA--GGTGAGAATATG-T-CTATATT-CTTTA--AG-AATTAT-AATGTCTTA-TTT-AAAACAATAT-CTATAAAAATGCTGAATTTACA-AAAATT-CCGCAA-GTGG-ACAATAATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-TCGAAAAGGCCCCGGC-CCGA----TATCCACACAAATGG
gi|10 : gGGATATTCCACCCTGTNNN--NNN-NNNNN--NNN--NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN--------NNNN----NNNNN---NNNNN----NNNNN--NNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNN------NNNN-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCT---TCT-GCAA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTGTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----gtgtggaaaa
gi|11 : cagCCTTCT-GCGA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAAAA-----TCGG-TGTCTTT-AAAACATTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTATCATATA----CTCGTG-----C-AT-T-atc
gi|12 : CATATA----ATCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGCTATAACTCAGTATTTCTGTAAGAAAATTTAAA-AAATC-TTTGTCTT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTG
gi|13 : TC-C--CAATTTGACATAA-ATTGCTGT-T-AGA-TTTCTAAC-TCC-AAGAGCCCCAGA-CCCA----T-TCC-CA-
gi|14 : attAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAAATGCCGACCATT----G--TA-ACGAT-ACA-GTT-GCA-TGCGAG-AATCA--Atgaggtgtgggacaactcactt
gi|15 : AA-AAT-CA-AAT-CATCT---TCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATT-------------G-ATA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ATGA-GTTAT
gi|16 : AT-GCGG-GAGAA--TGTCGACCATTAATTG--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATC
gi|2 : GATTTTCCACCCTGTTGTTAAGGCGGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCAAATCA--------GAAA----TTAAG---CATTT----TATCC--CAAATT-TGCTG-AACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAA-CA-AATGCATCTCCTTCT-GCGA-T------------TCATT-------A--ATG-------------GAAAA------------------ATGGGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-G-TATC-AAATA-A--AAA-A-----TCGGTTGTCTTTAAAAACATTTATTCTGT-GGGGTATTTTGCACAATTTATTCAAGCGCTTTGGTAACATATAC---CTCGTG-----CAAT-T-ATGGGCGAGC-------------TTCTGTAAGAAAATTT-AG-AAATCTTTTGTCGT-GGCCATCCAAAACCAAATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAT-GCGG-GAG-AA-TGTTCGC--TT----G--TG-ACGAT-ACA-GTTGGCAGAGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATATCAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTAACT-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCA--AGT---AACAG-TCTGT----TAAAGCA-TTTT-AACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TTTGAAAA-AA-------------------A-TCTTAACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTT-A--TG-AA--ATGAA-GT-TTATTTTAAAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA--TACTAAAAATT-C--CAATGTGG---AA-AATGACGC-T-AAA-ATTCCAATATCG-AAAGGCCCAGGC-CCCATTTTT-TCC-CA-AAATGGTG
gi|3 : aggcGGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCG--AAA--TTCGGCC--CATTCCCATGCA--------GAAT----TAAAG---CATTT----TTTC-----AATT---CTGTGACAAA--AATC------CCAA-TC--TAT----ATTAACA-CA--CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GG--AGTTTC--TAT-T--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAA------ATTCTGT-GGGGTA---TGCACAATTTATTCAAGC-CTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-AT-T-AT-G--GAGC-------------TTCTGTAAGAATAATTAAA-GAATC-TTTGT--T-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGGTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAT-GCGG-GAG-AA-TGTCGACCATT----G--TG--CGATAACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--AT-CGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TAT-CCAAGTA--C-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CC---AGT---ACAAG-TCTGT----T-A--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAA-CAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-TATGAT--T-CTTAA--TGAAA--AT-AATAT-TTA-TTT-AAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG--AAGGCCCAGG--CCCA----T-T-C-CA-AAATGGTGgtggga
gi|4 : TTAAA-CAA-CA-ATT-CATCTCCTTCTTGCCACTA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGACGTTATC-AAATT-ACAAAA-A-----ACGG-T--CTTT-AAAACATTTATTCTGT-GGG-TA--CTGCACAATTTGTTTCAGCGCTTTGG--ATCTATA----CTCGTG-----C-ATAT-AT-GCCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAGGAAATCTTT-GTCGT-GG-CATC--AA--C-AATCTCTC-AGTTTTTTCTGCAGTTCAAACGTGACTTGACTGCGGAGAGAA--TGTCGACCAT-----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAGTAATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CATGCTGAAATATTGCAAGTA--C-TA-TACTTAGAGTAGAACGTTTTTCATATCATAATGACAGAGTCCTCCGTTACCCAGTTTAACTCAGCGGGGGGCCAAGACCACAGACTATTCCAAAATAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTG-TATA----------TT---TGAATTTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAATT---TT--AAAT-CA-------------------ATTCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATGTT-TCATA-T-TGCAA--TG-AA--AT-AA-AT-TTATTTT-TAAACAATATGCTAT-AAAA-GGTGAA-TTACT-AAAATT-T--CCATGTGGAACAA-AATGACTCTT-AAT-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGCGCCCA----T-TCC-CA-AAATGATG
gi|5 : ----ATTTGAG-CAT-CA-AAT-CATCTTCTTGT-GGGA-TA-----------TTGTT-------AGAATG-------------G-AAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAAT-GGAAAGTTTC--TACGT--ATGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-AAAAAATCAG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATATGTTCAAGAGCTTTGGTAACATATATATACTCATG-----C-GT-T-AT-GGCGAGCCATAACTCAGTATTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTT-GTGAT-GG-CATC--AAACA-AAT----------TTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GTGG-GAGAAAACGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AACCA--ATCTGAAATGTCATA-GAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAATA--C-TACTAC---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CCATTAGT---ACGAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAA-TTCTGANGTAACTAGCCAAGTA---CGAG-TCTGTTAACCTTTCAAAT-TCTGATATTTTGAA-T---TT--GAAT-AAAACTTGAATTTTAAATTTAA-TCTT-ACAATTAC------------AA--GGTGAAGAAATA-T-TCATATT-CTTAT--TG-AA--AT-AA-CT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-Atgggaaaaatccc
gi|6 : C--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTTCTTC----AA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTAGC-AAATTAA--AAA-A-----TCGG-TGCCTTT-AAAACGTTTATTCTGTGGGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAGCATATA----CTCG
gi|6 : AGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagcaagacatctgaatatgccaagtac
gi|7 : cttatttaaacatcaaatcatcttcttcaatatcgttaatggaaaatggaaagtttctatgtacgagttagcaaattaaaaaatcggtgcctttaaaacgtttattctgtgggggtactgcacaatttgttcaagcgctttggtagcatatactcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagA--AGT---AAAAGATCAGTAGTTTAG--TA-CTTTAAATTTTTT-TAT-----------TGCAATAAA----A--AA----CAAAATGT---------TAAG-T---TT--GAAGGAA-------------------A-TTTT-CCA----------------TGAATGAAGAAGAAGTA-T-TCATA-T--TTAAATTG-AA--ATTAA-GT-ATATTT-------------CTA----AACTGTGAA-TTTTT-AAACTT-C--CCATTTTGTACAA-AATGTTGC-T-AAAATTCCCAAT-TCG-AAAGTCCCAGGC-CCCA----T-TAC-CA-AA
gi|8 : attacaagttagg-GAT-GCGG-GAGAA--TGTCGACCATT----G--TG-ACGAC-ACA-GCT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCAAAATGTCATA-CAGCAAGCTTAAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CCA--AGTACAACAAG-TCTGT----TAtctgagtggaaaatctcnngaa
gi|9 : -T---TT--AAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-TTCTTAT--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-GCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
blockSeqs : TA C . . . N NNNNN . . N N N N . . . TAT . T . G C T C . . GA . A GGCTCAGGTGAGCTAAAA G . . C . A CA A AAAAA T A A A G G TT TATA . AA A . G G TATAACTCAGTAT G T T CT . C CA CA . T T T A A AA AATT . . A . G G T . TC AAGCTT . G A AC . NNNNNNN NN NN NN NN NN NNNN NNNNNN NNN NNNNNNNN N NNNNN NN N NNNNNNNNN N GC TT ACA A AGTT AG . C A AACTAGCCAAGTA TT TT CCTT TCTGATATTT T . TG G AACTTGAATTTTAAATTTA T A T T AT T A T T AAAT A . G T . T A A T . A C . C . T A A A . CG TTTT . . .
blockSeqs : . . . . . A AGAAA . . A C T T . . . TT . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . G . C . A . . . G CATAACTCAGTAT . T T CG . . . C . . . . . A AA . . . . . . . . . C . . . . . . NNNNNNN NN NN NN NN NN NNNN NNNNNN NNN NNNNNNNN N NNNNN NN N NNNNNNNNN N . . . . . . . C A TGCAA T . . GT . . . . . . . T T . . . . . AA . . T . . T . A T . . C . A . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . T AGAAT . . T . . . . . . TT . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . G . . . G . . . C T . T T CG . . . C . . . . . A A . . . . . . . . . C . . . . . . TTAGAGT GT AT CA TG CA TCCT GTTACC AGT AACTCAGC G CCAAG CC G CTATTCCAA A . . . . . . . C A ATT T . . T . . . . . . . T T . . . . . AA . . . . . T . A C . . . . T . . . . . . C . . . .
blockSeqs : TT . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A G . G . . . A . . . G . . . . GA . . . C . . . . . A A . . . . . . . . . G . . . . . . NNNNNNN NN NN NN NN NN NNNN NNNNNN NNN NNNNNNNN N NNNNN NN N NNNNNNNNN N . . . . . . . T . TT T . . T . . . . . . . T T . . . . . AT . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A G . G . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . C . . . . . . NNNN NN NN NN NN NN NNNN NNNNNN NNN NNNNNNNN N NNNNN NN N NNNNNNNNN N . . . . . . . . . TT . . . T . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TT******* T* *********** ******* ************* ** ** ***** T************ C* A* ** ** C* T* T********** *** T********** ** A* **
originalCons : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCCANGCG--------GAAN----TAAAG---CATTT----TNTCC--CAAATT-TGCTGTGACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTTTGTCGT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
finalCons : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCCANGCG--------GAAN----TAAAG---CATTT----TNTCC--CAAATT-TGCTGTGACAAA--ATTC------CCAA-TCTT-------ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGCT------------TTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTTTGTCGT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATAC-AGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAAT-TTG--AA----TAAAACT----------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCACT----------TGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTATA-AAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CATTCCCAAAATGATGTGGAAAATCCCTGCAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 11 11 33333333333333333 111 2222 111 11 11 222222 1 111111111 22222222222 1111111 2222222222222 333333333333333333 11111 1111 11111 7777777777777 11 1111 111111 1111111 111 1111 4444444444444444 11 1111 33333333333 111 4444444444444444444 22222222222 1 1 1 11 1 1 1 1111
lowQualScore : 33 0 33 33 33 1 99999999999999999 777 1111 1 999 55 5 33 888888 0 555555555 5 88 5 5 6 4 4 11111111111 4444444 66 4444444444444 4 222222222222222222 4 66 66 4 5 5 66 5 22222 5 5 5 2 5 4 77 0 5555 44444 77 5 5 6 2 8888888888888 6 7 7 33 6 6 99 99 6 6 5 5 5 3 99 0000 66 5 5 5 5 5 5 77 99 666666 5 5 5 0 77 5 4444444 22 22 22 22 22 3333 222222 222 44444444 1 44444 22 1 444444444 1 99 77 000 5 2222 99 6 1 7 0000000000000000 44 99 4444 22222222222 5 000 77 5 4444444444444444444 5 5 3 66666666666 77 5 5 1 5 8888 5 77 1 1 5 5 5 0 44 4 5 5 0 66 5 5 5 1 5 5 5 66 2222 5 0 5 5
lowQualScore : .. . .. .. .. . ................. ... .... . ... .. . .. ...... . ......... . .. . . . . . ........... ....... .. ............. . .................. . .. .. . . . .. . ..... . . . . . . .. . .... ..... .. . . . . ............. . . . .. . . .. .. . . . . . . .. .... .. . . . . . . .. .. ...... . . . . .. . ....... .. .. .. .. .. .... ...... ... ........ . ..... .. . ......... . .. .. ... . .... .. . . . ................ .. .. .... ........... . ... .. . ................... . . . ........... .. . . . . .... . .. . . . . . . .. . . . . .. . . . . . . . .. .... . . . .
lowQualScore : 88 0 88 88 88 0 00000000000000000 555 2222 0 000 88 8 88 888888 0 222222222 0 66 0 0 4 4 4 11111111111 4444444 11 4444444444444 4 888888888888888888 4 11 11 4 0 0 99 0 55555 7 7 0 7 7 3 99 1 6666 33333 11 7 7 7 5 2222222222222 7 3 3 55 7 7 22 22 7 7 7 0 0 2 44 6666 99 0 0 0 0 0 0 99 22 444444 7 7 7 7 99 7 8888888 00 00 00 00 00 5555 000000 555 33333333 0 55555 00 0 777777777 0 22 99 000 7 1111 22 7 0 3 3333333333333333 00 22 2222 55555555555 7 000 99 7 3333333333333333333 7 7 6 44444444444 99 7 7 4 7 0000 7 99 4 4 7 0 7 7 11 0 7 7 0 99 0 7 7 4 7 7 7 44 1111 7 7 7 7
consensus : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCCANGCG--------GAAN----TAAAG---CATTT----TNTCC--CAAATT-TGCTGTGACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTTTGTCGT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
Reference ( family-2524 ) : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCCANGCG--------GAAN----TAAAG---CATTT----TNTCC--CAAATT-TGCTGTGACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTTTGTCGT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAA-TGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNANNNNGGGACNNTTTTCNNATNNCAANNANNGAGNNCGCCNCCGCNCCGNTTNNNNCNNNGNGGGGNCGNNANNACANANNNTNNCNNANTAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTTAA--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
gi|1 : GGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCCAAGAAATTCCGGCCGCCATTCCCAGGTGTGGAATGCGAAGGGGTTAGAGAGACATTTATATTCTCCACCACATTCTGCTCTGACAAAGAATTCGCCAAACCAAGTCATT-TGGGCATTTAAAACATGCATAAT-AATGGTCT-CT-GCGG-TAGCGAATGAGGGTCGTTTATATGGA--ATGCGAGTTCTAGGCAG-GAA------------------GT-GGAAAGTTTTCGTTTGTTAGCGA-GTTATCCAAATT-A--AAA-A-----TT---TGTCTTT-AAA-CATTTATTCTGT-GGC-TG--CAGCACAATTTGTTTCAGCGCTT-GGTAAC-TATA----CTCGTGGGAGGC-AT-TGAT-GGCAA--------------CTTC-GTAAGAAA-TTTAAG-AAATCTTTT--CGTTGG-CATC--AAAC--AATCACTCCAGTTTTC-C-GCAGTTCACA----AAA-GAT-GCGG-GAGAAA-TGTTCGCCATT----AATTGTAC-AT-GCAAGTT-GCT-AGCG-G-AATCAGAATCCGAATGGTCATA---GC------AAGATCAT-CTGAA-TATGCCA-GTA--CCTACCTCGAACTTAGAGACTGTTTTCTAATATCAAACAATGAAGATGTCTCCGTACCAGTTTTAACTCAGCGGAGGGGCCAAGACACAGACTAATCCACTAG--C-A--AGA---GCAAG-CTTGT----TAA--CAGTTTCAA-CTTCTGATAT-----------TT---TGAA--TTG--AA----TAAAAC-----------TGAA-TTTATT--AAAT-AA-------------------A---TT-ACAACAACTAAGTATACTTTGA--GGTGAGAATATG-T-CTATATT-CTTTA--AG-AATTAT-AATGTCTTA-TTT-AAAACAATAT-CTATAAAAATGCTGAATTTACA-AAAATT-CCGCAA-GTGG-ACAATAATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-TCGAAAAGGCCCCGGC-CCGA----TATCCACACAAATGG
gi|10 : gGGATATTCCACCCTGTNNN--NNN-NNNNN--NNN--NNNNNNN--NNNNNNNNNNNN--------NNNN----NNNNN---NNNNN----NNNNN--NNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNN------NNNN-TC--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCT---TCT-GCAA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTGTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----gtgtggaaaa
gi|11 : cagCCTTCT-GCGA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAAAA-----TCGG-TGTCTTT-AAAACATTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTATCATATA----CTCGTG-----C-AT-T-atc
gi|12 : CATATA----ATCGTG-----C-GT-T-AT-GGCGAGCTATAACTCAGTATTTCTGTAAGAAAATTTAAA-AAATC-TTTGTCTT-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGTTTTT-CTG
gi|13 : TC-C--CAATTTGACATAA-ATTGCTGT-T-AGA-TTTCTAAC-TCC-AAGAGCCCCAGA-CCCA----T-TCC-CA-
gi|14 : attAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GCGG-GAGAAAATGCCGACCATT----G--TA-ACGAT-ACA-GTT-GCA-TGCGAG-AATCA--Atgaggtgtgggacaactcactt
gi|15 : AA-AAT-CA-AAT-CATCT---TCT-GCGA-TA-----------TCGTT-------A--ATT-------------G-ATA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ATGA-GTTAT
gi|16 : AT-GCGG-GAGAA--TGTCGACCATTAATTG--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATC
gi|2 : GATTTTCCACCCTGTTGTTAAGGCGGTCC--GAA--TTCGGCC--CATTCCAAATCA--------GAAA----TTAAG---CATTT----TATCC--CAAATT-TGCTG-AACAAA--ATTC------CCAA-TC--T-T----ATTTAAA-CAA-CA-AATGCATCTCCTTCT-GCGA-T------------TCATT-------A--ATG-------------GAAAA------------------ATGGGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-G-TATC-AAATA-A--AAA-A-----TCGGTTGTCTTTAAAAACATTTATTCTGT-GGGGTATTTTGCACAATTTATTCAAGCGCTTTGGTAACATATAC---CTCGTG-----CAAT-T-ATGGGCGAGC-------------TTCTGTAAGAAAATTT-AG-AAATCTTTTGTCGT-GGCCATCCAAAACCAAATCACTC-AGTTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAT-GCGG-GAG-AA-TGTTCGC--TT----G--TG-ACGAT-ACA-GTTGGCAGAGCGAG-AATCA--ATCCGAAATGTCATATCAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTAACT-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCA--AGT---AACAG-TCTGT----TAAAGCA-TTTT-AACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TTTGAAAA-AA-------------------A-TCTTAACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-T-CTT-A--TG-AA--ATGAA-GT-TTATTTTAAAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA--TACTAAAAATT-C--CAATGTGG---AA-AATGACGC-T-AAA-ATTCCAATATCG-AAAGGCCCAGGC-CCCATTTTT-TCC-CA-AAATGGTG
gi|3 : aggcGGATTTTCCACCCTGTTGT--AGG-GGTCG--AAA--TTCGGCC--CATTCCCATGCA--------GAAT----TAAAG---CATTT----TTTC-----AATT---CTGTGACAAA--AATC------CCAA-TC--TAT----ATTAACA-CA--CA-AAT-CATCTCCTTCT-GCGA-TA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GG--AGTTTC--TAT-T--ACGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-A-----TCGG-TGTCTTT-AAA------ATTCTGT-GGGGTA---TGCACAATTTATTCAAGC-CTTTGGTAACATATA----CTCGTG-----C-AT-T-AT-G--GAGC-------------TTCTGTAAGAATAATTAAA-GAATC-TTTGT--T-GG-CATC--AAACC-AATCACTC-AGGTTTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAT-GCGG-GAG-AA-TGTCGACCATT----G--TG--CGATAACA-GTT-GCA-AGCGAG-AATCA--AT-CGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TAT-CCAAGTA--C-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CC---AGT---ACAAG-TCTGT----T-A--CA-TTTCAAACTTCTGATAT-----------TT---TGAA-TTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAA-T---TT--GAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAA-CAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-TATGAT--T-CTTAA--TGAAA--AT-AATAT-TTA-TTT-AAAACAATATGCTAT--AAATGGTGAA-TTACT-AAAATT-C--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-T-AAA-TTCCCAAT-TCG--AAGGCCCAGG--CCCA----T-T-C-CA-AAATGGTGgtggga
gi|4 : TTAAA-CAA-CA-ATT-CATCTCCTTCTTGCCACTA-----------TCATT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGACGTTATC-AAATT-ACAAAA-A-----ACGG-T--CTTT-AAAACATTTATTCTGT-GGG-TA--CTGCACAATTTGTTTCAGCGCTTTGG--ATCTATA----CTCGTG-----C-ATAT-AT-GCCGAGC------------TTTCTGTAAGAAAATTTAAGGAAATCTTT-GTCGT-GG-CATC--AA--C-AATCTCTC-AGTTTTTTCTGCAGTTCAAACGTGACTTGACTGCGGAGAGAA--TGTCGACCAT-----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAGTAATCA--ATCCGAAATGTCATA-CAGC------AAGA-CATGCTGAAATATTGCAAGTA--C-TA-TACTTAGAGTAGAACGTTTTTCATATCATAATGACAGAGTCCTCCGTTACCCAGTTTAACTCAGCGGGGGGCCAAGACCACAGACTATTCCAAAATAG--CCA--AGT---ACAAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAACTTCTG-TATA----------TT---TGAATTTTG--AA----TAAAAC-T---------TGAATT---TT--AAAT-CA-------------------ATTCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATGTT-TCATA-T-TGCAA--TG-AA--AT-AA-AT-TTATTTT-TAAACAATATGCTAT-AAAA-GGTGAA-TTACT-AAAATT-T--CCATGTGGAACAA-AATGACTCTT-AAT-TTCCCAAT-TCG-AAAGGCCCAGGCGCCCA----T-TCC-CA-AAATGATG
gi|5 : ----ATTTGAG-CAT-CA-AAT-CATCTTCTTGT-GGGA-TA-----------TTGTT-------AGAATG-------------G-AAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAAT-GGAAAGTTTC--TACGT--ATGA-GTTATC-AAATT-A--AAA-AAAAAATCAG-TGTCTTT-AAAACGTTTATTCTGT-GGGGTA--CTGCACAATATGTTCAAGAGCTTTGGTAACATATATATACTCATG-----C-GT-T-AT-GGCGAGCCATAACTCAGTATTTCTGTAAGAAAATTTAAG-AAATCTTT-GTGAT-GG-CATC--AAACA-AAT----------TTT-CTGCAGTTCAAACGTGAAT-GAC-GTGG-GAGAAAACGTCGACCATT----G--TG-ACGAT-ACA-GTT-GCA-AGCGAG-AACCA--ATCTGAAATGTCATA-GAGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAATA--C-TACTAC---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CCATTAGT---ACGAG-TCTGT----TAA--CA-TTTCAAA-TTCTGANGTAACTAGCCAAGTA---CGAG-TCTGTTAACCTTTCAAAT-TCTGATATTTTGAA-T---TT--GAAT-AAAACTTGAATTTTAAATTTAA-TCTT-ACAATTAC------------AA--GGTGAAGAAATA-T-TCATATT-CTTAT--TG-AA--AT-AA-CT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-Atgggaaaaatccc
gi|6 : C--T-T----ATTTAAA-CAT-CA-AAT-CATCTTCTTC----AA-TA-----------TCGTT-------A--ATG-------------G-AAA------------------AT-GGAAAGTTTC--TATGT--ACGA-GTTAGC-AAATTAA--AAA-A-----TCGG-TGCCTTT-AAAACGTTTATTCTGTGGGGGTA--CTGCACAATTTGTTCAAGCGCTTTGGTAGCATATA----CTCG
gi|6 : AGC------AAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagcaagacatctgaatatgccaagtac
gi|7 : cttatttaaacatcaaatcatcttcttcaatatcgttaatggaaaatggaaagtttctatgtacgagttagcaaattaaaaaatcggtgcctttaaaacgtttattctgtgggggtactgcacaatttgttcaagcgctttggtagcatatactcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagA--AGT---AAAAGATCAGTAGTTTAG--TA-CTTTAAATTTTTT-TAT-----------TGCAATAAA----A--AA----CAAAATGT---------TAAG-T---TT--GAAGGAA-------------------A-TTTT-CCA----------------TGAATGAAGAAGAAGTA-T-TCATA-T--TTAAATTG-AA--ATTAA-GT-ATATTT-------------CTA----AACTGTGAA-TTTTT-AAACTT-C--CCATTTTGTACAA-AATGTTGC-T-AAAATTCCCAAT-TCG-AAAGTCCCAGGC-CCCA----T-TAC-CA-AA
gi|8 : attacaagttagg-GAT-GCGG-GAGAA--TGTCGACCATT----G--TG-ACGAC-ACA-GCT-GCA-AGCGAG-AATCA--ATCCAAAATGTCATA-CAGCAAGCTTAAGA-CAT-CTGAA-TATGCCAAGTA--C-TACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--CCA--AGTACAACAAG-TCTGT----TAtctgagtggaaaatctcnngaa
gi|9 : -T---TT--AAAT-AA-------------------A-TCTT-ACAATCAC----------TTGA--GGTGAAGAAATG-T-TCATA-TTCTTAT--TG-AA--AT-AA-GT-TTATTTT-AAAACAATATGCTAT-AAAACGGTGAA-TTACT-AAAATTCC--CAATGTGG-ACAA-AATGACGC-TAAAA-TTCCCAAT-GCG-AAAGGCCCAGGC-CCCA----T-TCC-CA-AAATGGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CATTCCCAAAATGATGTGGAAAATCCCTGCAA