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consensus : ATCTC-T-ACCC--AG-A-GTT--A-TCG-T-T---CCC-G-C-TA--CG------CTC---CA-CT--TAT-ACC---T--C-T-G--------T-CA------A-CGTCT---AA-A-AAA--TAG-T-CCA----TA--AAC-CGGA-GA-CACGC-GC---------AGGA-G-AAA---TAAT---CC-GTTGTAAAGTA-CGGTTAAA-CA--AACA----T-AT-T-TG-A----TT----TAATT-TCC--C-A-T-A-TATAAA-TCATACT--GT-AAGA--TT----------TAAAAN-A----CAAA---AA----ATAAAA-CTGG-TCAATTA--TTT---AT-TTAT--G-ATGCATT--AG--ACAAA-TA-AAA-GTTTTGCCAA--GAAT---CT-TGGCA----TT-TA---GAGGTT-GAC-A-GA---GG-TA-TAA--G-T-G---GAG------CG--T-A-G-C-GGG---A-A--CGAT--AAC-T-CT--GGGT-A-GAGATT
Reference ( gi|5 ) : ATCTC-T-ACCC--AG-A-GTT--A-TCG-T-T---CAC-G-C-TA--CG------CTC---CA-CT--TAT-ACC---T--C-T-G--------T-CA------A-CGTCT---AA-A-AA---TAG-T-CCA----TA--AAC-CGGA-GA-CACGT-GC---------TGGA-A-AAA---TAAT---CC-GTTGTAAAGTA-CGGTTAAA-CA--AACA----T-AT-T-TG-A----TT----TAATT-TCC--C-A-T-A-TATAAA-TCATACT--GT-AAGA--TT----------TAAAAC-A----CAAA---AA----ATAAAA-CTGG-TCAATTA--TTT---AT-TTAT--G-ATGCATT--AG--ACAAA-TA-AAA-GTTTTGCCAA--GAAT---CT-TGGCA----TT-TA---GAGGTT-GAC-A-GA---GG-TA-TAA--G-T-G---GAG------CG--T-A-G-C-GGG---A-A--CGAT--AAC-T-CT--GGGT-A-GAGATT
gi|6 : ATCTC-T-ACCC--AG-A-GTT--A-TCG-T-T---CCCAG-C-TA--CA------CTC---CA-CT--TAT-ACC---T--C-T-G--------T-CA------A-CCTCT---AA-A-
gi|12 : ctctacccagagttatcgttccgctacgctccacttatacctctgtcaacgtctaaaaaatagtccataaactggagacacgcgcaggaaaaataatccgttgtaaaatacagttaaacaaacatatttgatttaattctcatatataaatcatactgtaagatttaaaacacaaaaaataaaactggtcaattatttatttatgatgcattagataaataaaagttttgccaagaatattggcaATCTC-T-ACCC--AG-A-GTT--A-TCG-T-T---CCC-G-C-TA--CG------CTC---CA-CT--TAT-ACC---T--C-T-G--------T-CA------A-CGTCT------A-AA---TG----CCA---------------A-GA-T---T-CT---------TGGC-A-AAACTTTTAT---TT-GTC-TAATGCATCA--TAAA-TA--AACA------A--T-TG-ACCAGTT----TTATT-TTT--T-G-T-GTTTTAAA-TCTTACA--GT-ATGA--TT----------T-ATAT-G----TGGG---AA----ATTAAA------TCAAATATGTTT---AT-TTAt
gi|9 : gaaatagtccataaaccggagacacgcgcaggaaaaataatccgttgtaaagtacggtATCTC-T-ACCC--AG-A-GTT--A-TCG-T-T---CCC-G-C-TA--CG------TTT---CA-CT-----------------------------------------ATCT---AA-A-AAA--TAG-T-CCA----TA--AAC-CGGA-GA-CACGC-GC----------GGA-G-AAA---TAAT---CC-GTTGTAAAATA-CGGTTAAA-CA--AACA----T-AT-T-TG-A----TT----TAATT-TTC--C-G-T-A-TATAAA-TCATACC--GT-TAGA--TT----------AAAAA--------AAT---AA----ATAAAA-CTGG-TTAATCA--TTT---AT-TTAT--G-ATGCATT--AG--ACAAA-TA-AAA-GTTTTGCCAA--TAAT---CT-TGGCA----TT-TG---AAGGAG-GAC-A-GA---GG-TG-T------T-G---TAG------CG--C-A-G-C-GTG---ATA--CGCC----C-T-CT--GGTG-A-GAGATT
gi|9 : ATCTC-T-CACC--AG-A-G----G-GCG-TAT---CAC-G-C-TG--CG------CTA---CA------AC-ACC---T--C-T-G--------T-C
gi|7 : atctctacccagagttatcgttcccgctacgtttcactatctaaaaaatagtccataaaccggagacacgcgcggagaaataatccgttgtaaaatacggttaaacaaacatatttgatttaattttccgtatataaatcataccgttagattaaaaaaataaataaaactggttaatcatttatttatgatgcattagacaaataaaagttttgccaataatcttggcatttgaaggagATCTC-T-ACCC--AG-A-GTT--A-TCG-T-T---CCC-G-C-TA--CG------CTT---CA-CT----------------------------------------CATCT---AA-A-AAG--TAG-T-CCT----TA--AAT-CGGA-GA-CACGT-GCAATATTCTGCGGA-G-AAA---TAAT---CC-GTTGTAAAATA-CGGTTAAA-CA--AACT----T-GT-T-TG-A----TT----AAATT-TCC--C-A-T-A-CAAAAA-TCATACT--GT-AAGA--TT----------TAAAAA-A----ATAA---TA----ATAAAA-CTGG-CTAATTA--CTT---AT-TTAT--G-ATGCATT--GG--AC-AA-TA-AAA-GTTTTGCCAA--GAAT---CT-TGGCA----TT-TA---GAGGTT-GAC-A-AA---GG-TA-T------T-G---TAG------CG--C-A-G-A-GTG---ATA--CGCC----C-T-CT--GGTG-A-GAGATTt
gi|7 : aATCTC-T-CACC--AG-A-G----G-GCG-TAT---CAC-T-C-TG--CG------CTA---CA------AT-ACC---T--T-T-G--------T-CA------A-CCTCT---AA-A-
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gi|1 : ATCTC-T-TACC--AGTATGTTTTA-TCG-T-T---CCC-G-C-TA--AG------CTC---CAACT--TAT-ACC---T--C-T-G--------T-CA------A-CCTCT---AA-A-g
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gi|22 : ---GACGTT-GAC-A-GAT--GG-TA-TAA--G-T-GT--GAG------CGA-T-A-G-C-GG----A-A--CGAT--AAC-T-CT--GGgcaatagttccataaaccgagacacgcgcaggaaaataatcgttgtaaagtacggtcaaataaacatattgtgaatttaattccacatataaatctacggtaaagatttaacactaccaaaaaataaaactggatcacatgtttatttatagaatgcattagacaatacaaagtttgccaaaaatcttgcatttaacgttgacacgaggtataagttgagcgtagcgggaagataaactctgggtagagat
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gi|26 : ATCTC-T-ACCC--AGAGTT-A-TCG-TT--CCCG-CTTA--CG------CTC---CA-
gi|27 : aATCTC-T-ACCC--AGAGTT-A-TCG-TT--CCCGCC-TA--CG-------TC---CA-Ca
gi|28 : AG-T-CCA-TATAAAC-CGAA-GA-CACGC-GCA---------G---GAGA--AA-TAAT---t
gi|3 : CC--AGAGTTTA-TCG-TT--CCCG-C-TA--CG------CTCTGACA-CT--T-AT-ACC---T--C--G--------TCA--------CGTCTTAAAA---AAA--TAGGT-CCA-TA--TAC-CGGA-GA-CACGCCGCA---------G---GAAA--AAATAAT---CC-CTTGTAAAGTACGGTTAAAACAT-AACA----T-AT-T-TG-ATTAAATTAATT-TCC--CCA-T-ATATAAA-TCATA-T--GT-AAGA--TTT----AAA--------A--CCACA---A----AAA---AT-----AAAA-CTG--TCAGTTA--TTT---A-T-T-AT--G-ATGG--T--AG--ACAAAATA-AAA-G-TTTGCGAAT-GAAT---CT-TGGCA----TT-TA---GAGTTGGAC-A-GAGG-TATAAG-TG-GAGCGTAGC-GGGGAAA-ACGAT--AAC-T-CT-GGG
gi|30 : cttaC--AGAGTT-A-TCG-TT--CC-G-C-TA--CG------CTC---CA-CG--T-AT-A
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gi|6 : CTC-T-ACCC--AGAGTT-A-TCG-TT--CC-G-C-TA--CG------CTC---CA-CT--T-AT-ACC---T--CT-G--------TCA------A-CGTCT--AAA---AAA--TAG-T-CCA-TA--AAC-TGGA-GA-CACGC-GCA---------G---GAAA--AA-TAAT---CC-GTTGTAAAATACAGTTAAA-CA--AACA----T-AT-T-TG-ATT----TAATT--CT--C-A-T-ATATAAA-TCATACT--GT-AAGA--TTT----AAA--------A--C-ACA---A----AAA---AT-----AAAA-CTGG-TCAATTA--TTT---A-T-TTAT--G-ATGCATT--AG--ATAAA-TA-AAA-GTTTTGCCAA--GAAT---AT-TGGCA----TT-TA---GAGGTTGAC-A-GAGG-TATAAG-TG-GAGTGTAGCTGGG---A-ACGAT--AAC-T-CT-GGGT-AGAGATT
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gi|8 : a-C-TA--CG------CTT---CA-CT--T-TT-ACT---T--CT-G--------TCA------A-CATCT--AAA---AAAAATAG-A-CCA-GA--AAC-CGGA-GA-CACGC-GCA---------G---GAG---AA-TATTC--CC-GTTGTAAAGTTCCGGTAAA-CA--AACAT---T-AT-T-TG-ATT----TAATT-TCC--CAA-T-ATATAAA-TCATACT--CT-AAGA--TTTAAA-AAA--------A--A-ACA---A----AAA---AT-----AAGA-CTGG-TTAATTA----T---AGT-TT-------TGC---------------CA-AGA-ATCTT------------------GGCA----TT-TATTGGAG---AAC-A-GAGG-TGT----TG-TAGCGCAGT-GTA---ATACGTC----T-T-CT-GGTG-AGAGGTT
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . ATA TCTG A G . . . T . . . . . . T . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . G A . . A . . . T . . . . . . GTT . . . . T . TG . AA . . . T
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blockSeqs : . .
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originalCons : ATCTC-T-ACCC--AGAGTT-A-TCG-TT--CCCG-C-TA--CG------CTC---CA-CT--T-AT-ACC---T--CT-G--------TCA------A-CGTCT--AAA---AAA--TAG-T-CCA-TA--AAC-CGGA-GA-CACGC-GCA---------G---GAGA--AA-TAAT---CC-GTTGTAAAGTACGGTTAAA-CA--AACA----T-AT-T-TG-ATT----TAATT-TCC--C-A-T-ATATAAA-TCATACT--GT-AAGA--TTT----AAA--------A--A-ACA---A----AAA---AT-----AAAA-CTGG-TTAATTA--TTT---A-T-TTAT--G-ATGCATT--AG--ACAAA-TA-AAA-GTTTTGCCAA--GAAT---CT-TGGCA----TT-TA---GAGGTTGAC-A-GAGG-TGTAAG-TG-TAGCGCAGC-GGG---A-ACGAT--AAC-T-CT-GGGT-AGAGATT
finalCons : ATCTC-T-ACCC--AGAGTT-A-TCG-TT--CCCG-C-TA--CG------CTC---CA-CT--T-AT-ACCTCTG--------------TCAA-------CGTCT--AAA---AAA--TAG-T-CCA-TA--AAC-CGGA-GA-CACGC-GCA---------G---GAGA--AA-TAAT---CC-GTTGTAAAGTACGGTTAAA-CA--AACA----T-AT-T-TG-ATT----TAATT-TCC--C-A-T-ATATAAA-TCATACT--GT-AAGA--TTT----AAA--------A--A-ACA---A----AAA---AT-----AAAA-CTGG-TTAATTA--TTT---A-T-TTATG---ATGCATT--AG--ACAAA-TA-AAA-GTTTTGCCAA--GAAT---CT-TGGCA----TT-TA---GAGGTTGAC-A-GAGG-TGTA---TG-TAGCGCAGC-GGG---A-ACGATAA--C-T-CT-GGGT-AGAGATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2483 ) : ATCTC-T-ACCC--AGAGTT-A-TCG-TT--CCCG-C-TA--CG------CTC---CA-CT--T-AT-ACC---T--CT-G--------TCA------A-CGTCT--AAA---AAA--TAG-T-CCA-TA--AAC-CGGA-GA-CACGC-GCA---------G---GAGA--AA-TAAT---CC-GTTGTAAAGTACGGTTAAA-CA--AACA----T-AT-T-TG-ATT----TAATT-TCC--C-A-T-ATATAAA-TCATACT--GT-AAGA--TTT----AAA--------A--A-ACA---A----AAA---AT-----AAAA-CTGG-TTAATTA--TTT---A-T-TTAT--G-ATGCATT--AG--ACAAA-TA-AAA-GTTTTGCCAA--GAAT---CT-TGGCA----TT-TA---GAGGTTGAC-A-GA-GG-TGT-A---TG-T--A----GCGC-----AGC-GGG---A-ACGAT--AAC-T-CT-GGGT-AGAGATT
gi|1 : ATCTC-T-ACCC--AGAGTT-AATCG-TTT-CCCG-C-TAA-CGACAATACTC----A-CTATT-AT-ACCCTTT--CT-GATTCCAATTCAGTTCGTA-CATAT--TAATATAGA--TAC-G-ACACTA--AACACGGA-GAACACGC-GCA---------GCTTGAAATAAA-TTATATCCC-ATTGTAAAGTAAGGTTACA-CATTAACA----T-AT-TGTG-ATT----TAACTCTTCGAC-A-TTATAGAAACTCATAATTAGT-AAGAATCTT----AAA--------A--C-GCA---A----AAAT--AG-----AATA-CTGG-TCAATTT--TTT---A-T-TTAT--GGATGCACTTAAGGAACAAA-TATAAA-GTTT-ACCAAA-GAAT---CTCTGGCA----TT-TA---GAGGTTGAC-A-GA-GG-TAT-AAGTTG-G--A----GCTT-----AGC-GGG---A-ACGATAAAACATACT-GGTA-AGAGATT
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gi|15 : aagtttgttttaacttaagtttacgaaaaggaattactgtggaactctttatttgaggagatatgaaaatcgcacactctacattacctatatcaatgagaactgcaatattttcaccaatcA---A----GAA---AA-----AAAA-ATGT-TTGAG-A--TTTTACA-C-TTA---A-ATGGGTT--A----CAAA-AG-GAT-GATTTACCAATGGAATAAATT-TGTCAATCCTT-GA---GACGTTGACCA-GC-GG--AT-A---AG-TTAA----GGAT-----AGC-AGG---A-ATGAT--AAC-T-CTGGGGT-AGAGATTtactacgccctctagtgagagattg
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gi|30 : cttaC--AGAGTT-A-TCG-TT--CC-G-C-TA--CG------CTC---CA-CG--T-AT-A
gi|32 : -----AGC-GGG---A-ACGAT--AAC-T-TT-GGGT-AGAGATTa
gi|4 : ATCTCAT-ACCC--AAGTTT-T-TCG-TT--CCCG---TA--CG------CTC---CA-CT--T--T-ACC---T--CT-G--------TCA------AACGTCT--AAG---CAA--TAG-TTCCA-TA--AAC-CG-A-GA-CACGC-GCA---------G---GA-A--AA-TAAT---C--GTTGTAAAGTACGGTCAAA-TA--AACA----T-AT-TGTGAATT----TAATT---C--C-A-C-ATATAAA-TC-TACG--GTAAAGA--TTT----AAC--------ACTA-CCA---A----AAA---AT-----AAAA-CTGGATCACATG--TTT---A-T-TTATAGA-ATGCATT--AG--AC-AA-TACAAA-G-TTTGCCAA--AAAT---CT-T-GCA----TT-TA----ACGTTGAC-ACGA-GG-TAT-A---AG-TTGA----GCGT-----AGC-GGG---A-A-GATA-AAC-T-CT-GGGT-AGAGAT
gi|5 : ATCTC-T-ACCC--AGAGTT-A-TCG-TT--CACG-C-TA--CG------CTC---CA-CT--T-AT-ACC---T--CT-G--------TCA------A-CGTCT--AAA---A-A--TAG-T-CCA-TA--AAC-CGGA-GA-CACGT-GCT---------G---GAAA--AA-TAAT---CC-GTTGTAAAGTACGGTTAAA-CA--AACA----T-AT-T-TG-ATT----TAATT-TCC--C-A-T-ATATAAA-TCATACT--GT-AAGA--TTT----AAA--------A--C-ACA---A----AAA---AT-----AAAA-CTGG-TCAATTA--TTT---A-T-TTAT--G-ATGCATT--AG--ACAAA-TA-AAA-GTTTTGCCAA--GAAT---CT-TGGCA----TT-TA---GAGGTTGAC-A-GA-GG-TAT-AAG-TG-G--A----GCGT-----AGC-GGG---A-ACGAT--AAC-T-CT-GGGT-AGAGATT
gi|6 : CTC-T-ACCC--AGAGTT-A-TCG-TT--CC-G-C-TA--CG------CTC---CA-CT--T-AT-ACC---T--CT-G--------TCA------A-CGTCT--AAA---AAA--TAG-T-CCA-TA--AAC-TGGA-GA-CACGC-GCA---------G---GAAA--AA-TAAT---CC-GTTGTAAAATACAGTTAAA-CA--AACA----T-AT-T-TG-ATT----TAATT--CT--C-A-T-ATATAAA-TCATACT--GT-AAGA--TTT----AAA--------A--C-ACA---A----AAA---AT-----AAAA-CTGG-TCAATTA--TTT---A-T-TTAT--G-ATGCATT--AG--ATAAA-TA-AAA-GTTTTGCCAA--GAAT---AT-TGGCA----TT-TA---GAGGTTGAC-A-GA-GG-TAT-AAG-TG-G--A----GTGT-----AGCTGGG---A-ACGAT--AAC-T-CT-GGGT-AGAGATT
gi|7 : ATCTC-T-ACCC--AGAGTT-A-TCG-TT--CCCG-C-TA--CG------CTT---CA-CT---------------------------------------CATCT--AAA---AAG--TAG-T-CCT-TA--AAT-CGGA-GA-CACGT-GCAATATTCTGCG---GAGA--AA-TAAT---CC-GTTGTAAAATACGGTTAAA-CA--AACT----T-GT-T-TG-ATT----AAATT-TCC--C-A-T-ACAAAAA-TCATACT--GT-AAGA--TTT----AAA--------A--A-AAT---A----ATA---AT-----AAAA-CTGG-CTAATTA--CTT---A-T-TTAT--G-ATGCATT--GG--AC-AA-TA-AAA-GTTTTGCCAA--GAAT---CT-TGGCA----TT-TA---GAGGTTGAC-A-AA-GG-TAT-----TG-T--A----GCGC-----AGA-GTG---ATACGCC----C-T-CT-GGTG-AGAGATT
gi|8 : a-C-TA--CG------CTT---CA-CT--T-TT-ACT---T--CT-G--------TCA------A-CATCT--AAA---AAAAATAG-A-CCA-GA--AAC-CGGA-GA-CACGC-GCA---------G---GAG---AA-TATTC--CC-GTTGTAAAGTTCCGGTAAA-CA--AACAT---T-AT-T-TG-ATT----TAATT-TCC--CAA-T-ATATAAA-TCATACT--CT-AAGA--TTTAAA-AAA--------A--A-ACA---A----AAA---AT-----AAGA-CTGG-TTAATTA----T---AGT-TT-------TGC---------------CA-AGA-ATCTT------------------GGCA----TT-TATTGGAG---AAC-A-GA-GG-TGT-----TG-T--A----GCGC-----AGT-GTA---ATACGTC----T-T-CT-GGTG-AGAGGTT
gi|9 : ttaaagttctgatcacaacttttaaactcaatggtATCTC-T-ACCC--AGAGTT-A-TCG-TT--CCCG-C-TA--CG------TTT---CA-CT----------------------------------------ATCT--AAA---AAA--TAG-T-CCA-TA--AAC-CGGA-GA-CACGC-GC----------G---GAGA--AA-TAAT---CC-GTTGTAAAATACGGTTAAA-CA--AACA----T-AT-T-TG-ATT----TAATT-TTC--C-G-T-ATATAAA-TCATACC--GT-TAGA--TTA----AAA--------A--A-ATA---A----A------T-----AAAA-CTGG-TTAATCA--TTT---A-T-TTAT--G-ATGCATT--AG--ACAAA-TA-AAA-GTTTTGCCAA--TAAT---CT-TGGCA----TT-TG---AAGGAGGAC-A-GA-GG-TGT-----TG-T--A----GCGC-----AGC-GTG---ATACGCC----C-T-CT-GGTG-AGAGATTg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ATTAAAGTTCTGTCACAACTTTTAAACTCAATGGTC
Unaligned ( gi|31 ): CATAGCGCAGCGTAATTACGCCCTCTGGTGAGA