lowQualScore : 3333333333333333 111111111111 111111 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111 11111 111111111111111 33333333333333333333333 22222 2222 111111 1 33333333333333333333333333333333333333 6666666666666666666666666666666
lowQualScore : 7777777777777777 222222222222 666666 33 333333 55555 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 22 2 444444444444444 22 5555555 33333 22 777777 2 88888 2222 444 444 2 1 22 11 333333 1 444 777777777777777 888888 2 33333333333333333333333 33 22222 1 5555 44444 666 444444 333 8888 1 44444444444444444444444444444444444444 33 5 9999999999999999999999999999999 2
lowQualScore : ................ ............ ...... .. ...... ..... ....................................................................... . .. . ............... .. ....... ..... .. ...... . ..... .... ... ... . . .. .. ...... . ... ............... ...... . ....................... .. ..... . .... ..... ... ...... ... .... . ...................................... .. . ............................... .
lowQualScore : 2222222222222222 666666666666 444444 44 333333 99999 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 44 2 999999999999999 22 0000000 77777 00 777777 7 00000 9999 777 333 7 3 55 88 777777 3 555 999999999999999 999999 8 11111111111111111111111 44 11111 5 9999 22222 111 666666 333 9999 1 11111111111111111111111111111111111111 77 7 3333333333333333333333333333333 5
consensus : ACAGACAG--ACG------GA---AAGACGGACGGACGG---AN-A--GAC-----AGACAG--ATAGA---AAG-----ACAGACGNACAG----ACGG-------A----CAGAC------A--G--A------GA--CG-G---GTA------C-AA-ACA--GACAGACAGACA-GA----T-A---G--AC-------A-----G--A------C-AGATAGANAG----ACAG---A-C-G-G-ACGG--A------CA-G---ACA----G--AC---A-GACG-----GACAGACAGACGG-------ACG-A-AC-A-G-ACAGACAGACG-G-A-NNGACAGAC-GGA-CG-ACA-----G---ACA-A----ATAGAC---GGANAGACAGACG-G-ACG----A---ACA-GA---CA----G------ACAG--ACGG-ACGG-AT-GAC--ACA-A-ACGACAGACTCGGACGGACNAGCATA
Reference ( gi|1 ) : ACAGATAG--ATG------GA---AAGACAGACAGATGG---AA-A--GAG-----AGACAG--ATGGA---AAG-----ACAGACACACAG----ATGA-------A----TAGAC------A--G--A------GA--TG-G---GTA-T----T-AA-ACA--GATAGACAGATA-AA----T-A---G--AC-------A-----G--A------C-AGATGGAAAG----ACAG---A-T-G-G-ATGG--A------CA-G---ACA----A--AT---A-AACG-----GATAGACAGATCG-------ATG-A-AT-A-A-ACAGACAGATG-G-A-NTGACAGAT-GGA-TGTACA-----G---ACA-A----ATAAAC---GGAGAGACAGATC-G-ATG----A---ATA-AA---CA----G------ACAG--ATGG-ACAG-AT-GAC--ACA-A-ACATAAGACTCAGAC-GACCAGCATA
gi|7 : ACAGACGA--ATA------GA---AAGACAGGCAGACGGATAAA-A--GGGTATACAGACAC--ACAGA---AAG-----ACAGGGAGACGG----ATAA-------AAAGGTAGAC------A--G--A------CA--CACA---GAA--------AG-ACA--GGGAGACGGATG-AAAAGGT-A---G--AC-------A-----G--A------C-ACACAGTAAG----ACAG---A-A-G-G-ATAG--A------AA-G---ACA----G--GG---A-GACG-----GATAGA
gi|7 : gacagacaaacagagaaACAGACAA--ACA------GA---GAAACAGACGAATAG---AA-A--GAC-----AGGCAG--ACGGATAAAAGGGTATACAGACACACAG----A--A-------------AGAC------AGGG--A------GA--CG-G---ATA--------AA-A-A--GGTAGACAGACA-CA----C-A---G--AA-------A-----G--A------C-AG--GG--AG----ACGG---A-T-G-A-AAAG--G------TA-G---ACA----G--AC---A-CACA-----GTAAGACAGA----------A-G-G-AT-A-G-AAAGACAG--G-G-A---GACGGAT-AGA-
gi|11 : gACAGACAG--ACT------GACAGAGGACAAACAGATGA---AT-G--GAT-----GAATAA--ACAGA---AAG-----ACAG----ACAG----ATGG-------T----CAGAC------A--G--ATGAAGGGA--TG-GATTGTA-TGA--T-AA-ATG--GATAGAAAGA
gi|9 : gagtgagtataaaccattgataaACAGATAG--GT---------------ACATGTAGTTTA---AACA--GAG-----AGATAGGCATGTAGT-AAG-----ACAGACAGACAG----ACGG-------T----TAGAC------A--G--A------CA--T------ATA-G----T-A----A--GACAGACAGGTA-GT----T-A---A--AC-------A-----G--A------C-AGACAAACAG----GTAG---T-T-A-A-ACAG--A------CA-G---AC--------AT---A-TATT-----GATAAGCAAAT
gi|9 : cagatagttagatatttaagcaggcagAGATAGGCATGTAGTAAGA---CAGACAGACAGACGG---TT-A--GAC-----AGACAT--ATAGT---AAG-----ACAGACAGGTAG----TTAA-------A----CAGAC------A--GACA------AA--CA-G---GTAGT----T-AA-ACA--GACAGACATAT---A----T-T---G--AT-------A-----A--G------C-AAAT
gi|3 : cagatagttagatatttaagcaggcagacagataggtacatgtagtttaaacagag---AAGATGGACAGAC-----AA-ATTGAC-----AATCAG--GTAGA---AAG-----ACAGGCA-ACAG----ACGG-------A----CA-AC------------A------GA--TG-G-----------------ACA--GACCATCAGATA-GA----A-A---G--AC-------A-----G--AAACAACC-AGATAG---G----ACAG---A-T-G-G-ACAG--A------CA-GTATGCAG---A--AC---A-ATCA-----GA-AGA-AGACGG-------AGGCA-AC-A-G-ATAGACAGATG-G-ACAGGACAGAT-G------ACA-----G---ACT-A----ATCAGCATAGGAAAGACAGA---G-GC-----A---ACA-GA---CA----GAAAACAACAG--ATAG-ACAGCATGGAC--A
gi|2 : ---AAGATGGACAGAC-----AA-ATTGAC-----AATCAG--GTAGA---AAG-----ACAGGCA-ACAG----ACGG-------A----CA-AC------------A------GA--TG-G-----------------ACA--GACCATCAGATA-GA----A-A---G--AC-------A-----G--AAACAACC-AGATAG---G----ACAG---A-T-G-G-ACAG--A------CA-GTATGCAG---A--AC---A-ATCA-----GA-AGA-AGACGG-------AGGCA-AC-A-G-ATAGACAGATG-G-ACAGGACAGAT-G------ACA-----G---ACT-A----ATCAGCATAGGAAAGACAGA---G-GC-----A---ACA-GA---CA----GAAAACAACAG--ATAG-ACAGCATGGAC--Aggacagatgacatgac
gi|4 : AGACGGGTGGACGG---AC-G--GAC-----AGACAG--AC------AAG------CAGAC-----------TG--------T----TAGAC------A--G--ATG----GA--CG-G---GTA-GA---C-AA-ACA--GACAGACAGATG-GA----C-G---G--AC-------T-----A--A------C-AAACAGACAG----ACAG---A-T-G-G-ACGG--A------CT-A---ACA----A--AC-----AGCA-----GACAGACGGAGAA-------ATG-ATAT-A-ggacagatgacatgac
gi|14 : GACAGACAGACGG---AC-A--GGC-----AGACGG--AT---------------CAGACGC---G----ACGG-------A----CAGAC-------------------GA--CG-G-----A-C----C-AACACA--G-CAGACAGAC--GG----T-ACGGG--AC-------A-----G--A------CAAGAC-----G----ACAG---A-TCG-G-ACGG--A------CA-A---GCA----G--Attgcatgcgtattccaatatttcattctgtttttcataatttcagccaaattttatttctttcaaaattttcaaaatgtaatttcttg
gi|13 : GACAGACAGACGG---AC-A--GGC-----AGACGG--AT---------------CAGACGC---G----ACGG-------A----CAGAC-------------------GA--CG-G-----A-C----C-AACACA--G-CAGACAGAC--GG----T-ACGGG--AC-------A-----G--A------CAAGAC-----G----ACAG---A-TCG-G-ACGG--A------CA-A---GCA----G--Agcacac
gi|16 : ACGGACAG---AC-A--GAC-----AGACGG--ATGGA---TGG-----ACAGACGAACGG----ACGG-------A----CGGAC------A--G--A------Ggcacac
gi|8 : G---AG-A--GAG-----AGAGAG--A--GA---GAG-----GCA--CACACAG----A--A-------A-----AAAA------A--G--A------AA--TA-G---ATA------G-AA-ACG--CACAGACAAAGAGAA----TGA---G--AT-------A-----GAAA------C-AGATAGATAG----ACAG---A-A-A-G-ACGG--G------CA-G---ATA----G--AT---A-CATGTA---GATAGAGAGAGAGAGAGAGTATG-A-ATGA-G-ACAGATAGAT----A-GTGAGAGAG-AGA-GGTA-----------ACC-A----ATAAtacatttgaatgacaatataatagcatttcaaattacaggttttgt
gi|10 : a-----AAACAG--ATAGT---CAG-----ACAGACAGACAT----ATAGTATAATTA----TAGACAATCAGA--G--A------GA--TA-G---ATA------G-AG-ACA--GATAGACA-AT--------C-A---G--AC-------A-----T--A------C-ATATAGACAA----TCAG---A-----G-ACAG--A------TA-G---CCA----G--ATCG-A-GACA-----GACAGACAG-TCA-------A-A-A-AC-A-G-ATAGTCAAATGTGTA-GTAACAGAT-G
gi|5 : cACAG--ATCGA---CAG-----TCGGACA----G----ATGG-------A----TAGAC------A--G--A--------------------------C-AA-ACA----TAGACAGGTG-GA----T-A---G--NN-------N-----N--N------N-NNNNNNNNNN----NNNN---N-N-N-T-CTAG--A------TA-G---ACA----G--AC---A-AAC-------ATAGACAGGTGG-------ATA-G-NN-N-N-NNNNNNNNNNN-N-N-NNNNNNGGT-GGA-TGGGCA-----A---ACA-tca
gi|19 : CAG--ATAGA---AAG-----ACAGAGGC---G----ATGA-------A----CAGAC------A-----C------GA--TG-A------------C-AA-ACA--GACATACAAACA-tacatacactttgacaagatatgacgatagtttgaaaggagatacatgtagtttgataggtcgacagtttgac
gi|18 : tCAG--ATAGA---AAG-----ACAGAGGC---G----ATGA-------A----CAGAC------A-----C------GA--TG-A------------C-AA-ACA--GACATACAAACA-
gi|9 : tAG-----GCAGACAGATAGGTACATGT-------AGTT-TAAAC------A--G--A------GAGATA-G---GCA-TGTAGT-AAGACA--GACAGACAGACG-GT----T-A---G--AC-------A-----G--A------C-ATATAGTAAG----ACAG---A-C-A-G-GT------------A-G---TTA----A--AC---A-GACA-----GACAAACAGGTAG-------TTA-A-AC-A-G-ACAGACATAT----A-TTGATA
gi|11 : cagatagttagatatttaagc--G--A------G---TG-A---GTA-T----A-AA-CCATTGATAAACAGACA-------------G--AC-------T-----G--A------C-AGA-GGACAA----ACAG---A-T-G-A-ATGG--A------TG------------A--AT---A-AACA-----GAAAGACAGACAG-------ATG---GT------CAGACAGATG-A-A-G----GGAT-GGATTGTAT------G---ATA-A----ATGGAT---AGAAAGAagcaaat
gi|4 : --A------GA--CG-G---GTG---------G-ACG--GACGGACAGACA-GA----C-A---A--GC-------A-----G--A------C-TGTT----AG----ACAG---A-T-G-G-ACGG--G------TA-G---ACA----A--AC---A-GACA-----GACAGATGGACGG-------ACT-A-AC-A-A-ACAGACAGACA-G-A-TGGACGGAC-TAA-CAAACA-----G----CA-G----ACAGAC---GGAGAAA
gi|9 : --A------GT--TA-G---ATA-T----TTAA-GCA--GGCAGACAGATA-GG----T-A---C--ATGTAGTTTA-----A--A------C-AGAGAGATAG----GCAT---G-T-A-G-TAAG--A------CA-G---ACA----G--AC---A-GACG-----GTTAGACAGACAT-------AT--A-GT-A-AGACAGACAGGTA-G-T-TAAACAGAC-AGA-CAAACA-----G---GTA-G----TTAAAC---AGACAGACATAT----ATT----G---ATA-AG---CA----A------Atgatatattgcatgcgtattccaatatttcattctgtttttcataatttcagccaaattttatttctttcaaaattttcaaaatgtaatttcttg
gi|16 : cagat-ACA--GACAGACAGACG-GA----T-G---G--AT-------G-----G--A------C-AGACG----A----ACGG---A-C-G-G-ACGG--A------CA-G---At
gi|3 : acggA--GATGGACAGACA-AA----T-T---G--AC-------A-----A--T------C-AGGTAGAAAG----ACAGGCAA-C-A-G-ACGG--A------CA-----ACA----G--AT---G-GACA-----GACCATCAGATAGA------AAG-ACAG-A-A-ACAACCAGATA-G-----GACAGAT-GGA-CAGACA-----GTATGCAGA----ACAATC---AGA-AGA-AGACG-G-AGGC---A---ACA-GA---TA----G------ACAG--ATGG-ACAG----GAC--AGATG-AC---AGACT------AATCAGCATAgtacatttgaatgacaatataatagcatttcaaattacaggttttgt
gi|2 : aA--GATGGACAGACA-AA----T-T---G--AC-------A-----A--T------C-AGGTAGAAAG----ACAGGCAA-C-A-G-ACGG--A------CA-----ACA----G--AT---G-GACA-----GACCATCAGATAGA------AAG-ACAG-A-A-ACAACCAGATA-G-----GACAGAT-GGA-CAGACA-----GTATGCAGA----ACAATC---AGA-AGA-AGACG-G-AGGC---A---ACA-GA---TA----G------ACAG--ATGG-ACAG----GAC--AGATG-AC---AGACT------AATCAGCATAggaaagacagaggcaacagacagaaaacaacagatagacagcatggacaggacagatgacatgac
gi|8 : aA--GAGAGAGAGAGA-GA----G-A---GGCAC-------A-----C--A------C-AGA-AAAAAA----AGAA---A-T-A-G-ATAG--AAACGCACA-G---ACA----A--AG---AGAATGA----GATAGAAACA--G-------ATA-G-AT-A-G-ACAGAAAGACG-------GGCAGAT-AGA---TACA-----T---GTA-G----ATAGAG---AGAGAGAGAGA---GTATG----A---ATG-------A----G------ACAG--ATAG-ATAG--T-GAggaaagacagaggcaacagacagaaaacaacagatagacagcatggacaggacagatgacatgac
gi|10 : agCAAACA-GA----T-A---G--TC-------A-----G--A------C-AGAC----AG----ACAT---A-T-A-GTATAATTA------TA-G---ACA----A--TC---A-GAGA-----GATAGATAG--------------------------AGACAGATA-G-A-CAATCAGAC-ATA-CATATA-----G---ACA-ATC--AGAGAC---AGATAGCCAGATC-G-A------G---ACA-GA---CA----G------ACAGTCAAAA-ACAG-AT-gagagagaggtaaccaataa
gi|6 : ATA-GA----T-A---G--AC-------AAGTTTG--A------C-AAATTGACAG----ACGG---AAT-G-G--TAG--A------CAAG---ACA----ACAATTTGA-AAAGCCAATGGTAGGCAGATCG-------ACA-A-AT-T-G-GCAGGTCGATG-G-G-TAGGCAGAT-CG-----ACAATTTTG---ACA-T----GTCGAT---GGGTAGGCAGATC-G-ACA----A---TTT-GA---CATGTCG------ATGG--GTAG-GCAG-ATCGAC--Aagtcaaatgtgtagtaacagatgtca
gi|14 : cagtttgacaagtca---G--AC-------A-----G--A------C-AGACGGACAG----GCAG---A-C-G-G-AT-----------CA-G---ACG------------C-GACG-----GACAGAC-GACGG-------ACC-A-AC-ACA-GCAGACAGACG-G----T-ACGGG---------ACA-----G---ACA--------AGAC--------GACAGATCGG-ACG----G---ACA-AG---CA----G------A
gi|13 : ---G--AC-------A-----G--A------C-AGACGGACAG----GCAG---A-C-G-G-AT-----------CA-G---ACG------------C-GACG-----GACAGAC-GACGG-------ACC-A-AC-ACA-GCAGACAGACG-G----T-ACGGG---------ACA-----G---ACA--------AGAC--------GACAGATCGG-ACG----G---ACA-AG---CA----G------Agcacac
gi|16 : --AC-------G-----G--A------C-AGACAGACAG----ACGG---A-T-G-G-ATGG--A------CA-G---ACG----A--AC---G-GACG-----GACGGACAGAgcacac
gi|4 : -------A-----G--A------C-GGGTGGA--------CGG---A-C-G-G-ACAG--A------CA-G---ACA----A--GC---A-GACT-----GTTAGACAGATGG-------ACG-G-GT-A-G-ACAAACAGACA-G-A-----CAGAT-GGA-CG---------G---ACT-A----ACAAAC---AGACAGACAGATG-G-ACGGACTA---ACA-AACAGCA----G------ACAG--ACGG-AGAA-AT-GAT--ATA-gtacatttgaatgacaatataatagcatttcaaattacaggttttgt
gi|15 : -----G--A------C-AAATAGGGTG----ACAG---A-C-A-G-ACGG--A------CA-G---AC-------------A-AACG-----GATAAACAGG--G----------------N-N-NNNNNNNGTTT-G-A-GTGACAAATAGGG-TG-ACA-----G---ACA-G----ACAAAC---GGACAAACAttgcatgcgtattccaatatttcattctgtttttcataatttcagccaaattttatttctttcaaaattttcaaaatgtaatttcttg
gi|5 : --A------C-AGATCGACAGTCGGACAG---A-T-G-G-ATAG--A------CA-G---ACA----A--AC---------------ATAGACAGGTGG-------ATA-G-NN-N-N-NNNNNNNNNNN-N-N-NNNNNNTCT-AGA-TAGACA-----G---ACA-AAC--ATAGAC---AGGTGGATAGNNN-N-NNN----N---NNN-NN---NN----N------NNNN--NNNG-GTGG-AT-GG---GCA-A-ACATA
gi|19 : ------C-AGATAGAAAG----ACAG---A-G-GCG-ATGA--A------CA-G---ACACGATG--AC---A-AACA-----GACATACAAAcatacactttgacaagatatgacgatagtttgaaaggagatacatgtagtttgataggtcgacagtttgac
gi|18 : t------C-AGATAGAAAG----ACAG---A-G-GCG-ATGA--A------CA-G---ACACGATG--AC---A-AACA-----GACATACAAAca
gi|11 : tG---A-T-A-A-ACAG--A------CA-G---ACT----G--AC---A-GA-G-----GACAAACAGATGA-------ATG-G-AT-G-A-ATAAACAGAAA-G-A-CAGACAGAT-GG--T---CA-----G---ACA-G----AT-------GAAGGGATGGATT-GTATG--------ATA-AA---TG----G------ATAG--Aca
gi|16 : gagtgagtataaaccatt-ACGG--A------CA-G---ACA----G--AC---A-GACG-----GATGGATGGACAG-------ACG-A-AC-G-G-ACGGACGGACA-G-A-GT-ACATTT-GAA-TG-ACA-----aaga
gi|11 : ATTG-------ATA-A-AC-A-G-ACAGACTGACA-G-A-G-GACAAAC-AGA-TGAATG-----G---ATG-A----ATAAAC---AGAAAGACAGACA-G-ATG--------GT-------CA----G------ACAG--ATGA-AGGG-AT-Gatataatagcatttcaaattacaggttttgt
gi|16 : gagtgagtataaacc-ACGGACAGACA-G-A-CAGACGGAT-GGA-TGGACA-----G---ACG-A----ACGGAC---GGACGGACAGAgattgtatgataaatggatagaaaga
gi|14 : -ACAGACAGACG-G-A-CAGGCAGAC-GGA-T---CA-----G---ACG-C----G---AC---GGACAGAC-GACG-G-ACC----A---ACACAG---CA----G------ACAG--ACGGTACGG----GACAGACA-AGACGACAGA-TCGGACGGACAAGCAgtacatttgaatgacaatataatagcatttcaaattacaggttttgt
gi|13 : g-ACAGACAGACG-G-A-CAGGCAGAC-GGA-T---CA-----G---ACG-C----G---AC---GGACAGAC-GACG-G-ACC----A---ACACAG---CA----G------ACAG--ACGGTACGG----GACAGACA-AGACGACAGA-TCGGACGGACAAGCAgagcacac
gi|15 : gGACAAATA-G-G-GTGACAGAC-AGA-CGGACA-----G---ACA-AACGGATAAAC---AGGGNNNNNNNNN-GTTTG----AGTGACA-AA---TAGGGTG------ACAG--ACAG-ACAA-AC-GG---ACA-A-ACAgagcacac
gi|16 : AC---AGACAGACAGACG-G-ATG----G---ATG-GA---CA----G------ACGA--ACGG-ACGG-ACGGAC--A
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GACAGGCATAGCTAGACAGACAGACAGACACGCTAGAACAACGCACAGGCACAACTAGACAGAAGACAGACAGGCGCTAGGGACAGACAGCTAGACAGGACAGGGCACTTAGACAGAACAGACA
Unaligned ( gi|17 ): TGCTAGCAGGACAGAGCAGACAGACAGCTAGACAGCAGACAGTAGACAGACCAGCTAACAGGCACACAGGGCAGCCTAGACAGACACACA
Alignments
lowQualScore : 22222222 11111 1111111 55555555555555555555555555555555555555 11111111 11111111 11 111 1111111 2222 111111111 111 1 1 333333 1 4444444444444 1 1 1
lowQualScore : 4 00000000 2 1 44444 55 3 7777 6666666 3 6666 6666 11111111111111111111111111111111111111 2 77 22222222 11111111 44 6666 1 44 00 3 0 77777 000 6 888 3 1111111 99999999999 3 9999 0000 3 000000000 444 1 5 99 3 1 3 888888 2 3 5555555555555 6 6 0 6 1
lowQualScore : . ........ . . ..... .. . .... ....... . .... .... ...................................... . .. ........ ........ .. .... . .. .. . . ..... ... . ... . ....... ........... . .... .... . ......... ... . . .. . . . ...... . . ............. . . . . .
lowQualScore : 6 22222222 0 0 00000 00 6 1111 5555555 1 5555 5555 00000000000000000000000000000000000000 7 33 33333333 22222222 22 5555 9 22 22 6 4 77777 888 2 888 3 8888888 77777777777 1 4444 1111 6 777777777 000 0 0 66 7 0 3 333333 2 3 0000000000000 0 0 0 7 0
consensus : ACAGATAGACGGAAAGACGGACA-------GACGGANAGA--C--AGACAGA--TAGA-AAG----ACAGACGNA--CAGACG-G----A----CAGACA--------GA--GACG--GGTA--C----A-----A--ACAGA-CA--GACAGACAG-----AT-AG--------AC--A----GACAGATA--GANAGACAGACG-GACGGACA-----G---ACAG-ACAGAC-GGACAG---AC--AGACGGA-CG-A-A----CAGACAGACAGAC-GGACGGACAGACGGAT-G-ACA-GACG-AATA----GAC---GGANAGACAGACGGACGAACAGA-CAG------ACAGACGG-ACGG-AT-GACAGGAGACAAGACGACATGACTCGGACGGACAAGCATA
Reference ( family-248 ) : ACAGACAGACGGAAAGACGGACG-------GACGGANAGA--C--AGACAGA--TAGA-AAG----ACAGACGNA--CAGACG-G----A----CAGACA--------GA--GACG--GGTA--C----A-----A--ACAGA-CA--GACAGACAG-----AT-AG--------AC--A----GACAGATA--GANAGACAGACG-GACGGACA-----G---ACAG-ACAGAC-GGACAG---AC--AGACGGA-CG-A-A----CAGACAGACAGAC-GGANNGACAGACGGAC-G-ACA-GACA-AATA----GAC---GGANAGACAGACGGACGAACAGA-CAG------ACAGACGG-ACGG-AT-GAC---A--CAA-ACGACA-GACTCGGACGGACNAGCATA
gi|1 : ACAGATAGATGGAAAGACAGACA-------GATGGAAAGA--G--AGACAGA--TGGA-AAG----ACAGACACA--CAGATG-A----A----TAGACA--------GA--GATG--GGTA--TT---A-----A--ACAGA-TA--GACAGATAA-----AT-AG--------AC--A----GACAGATG--GAAAGACAGATG-GATGGACA-----G---ACAA-ATAAAC-GGATAG---AC--AGATCGA-TG-A-A----TAAACAGACAGAT-GGANTGACAGATGGAT-GTACA-GACA-AATA----AAC---GGAGAGACAGATCGATGAATAAA-CAG------ACAGATGG-ACAG-AT-GAC---A--CAA-ACATAA-GACTCAGAC-GACCAGCATA
gi|10 : CAAACAGA--TAGTCA-G----A----CAGACA--------GA--CATAT-AGTA--T----A-----ATTATAGA-CA--ATCAGAGAG-----AT-AG--------ATAGA----GACAGATA--GACAATCAGACA-TACATATA-----G---ACAA-TCAGA---GACAG---AT--AGCCAGATCG-AGA----CAGACAGACAGTC---AAAAACAGA
gi|11 : G--AGTA--T----A-----A--AC----CATTGATAAACAG-----AC-AG--------AC--T----GACAGA-G--GACAAACAGATG-AATGGATG-----A---ATAA-ACAGAA-AGACAG---AC--AGATG---------------GTCAGACAGAT-GAAGG----GATGGAT-T-GTATGATA-AATG----GAT---AGAAAGAtagtcaaatgtgtagtaacagatgtca
gi|11 : gagtGA-TA-A-A----CAGACAGACTGAC-AGA-GGACAAACAGAT-GAATG-GATG-AATA----AAC---AGAAAGACAGACAGATGGTCAGA-CAG------ATGAAGGG-ATGG-AT-
gi|12 : gagtgagtataaaccattG----ACAGGCATAGCTAGACA-G----A----CAGACA--------GA--CACGCTAGAA--C----------A--ACGCA-CA--GGC--ACAA-----CT-AG--------AC--A----GA-----A--GACAGACAGGCGCTAGGGACA-----G---ACAG-CTAGACAGGACAGGGCACTTAGACA----G-A-A----CAGACAtgtatgataaatggatagaaaga
gi|13 : GACAGACAGAC-GGACAGGCAGACGGAT----CA-GACG-C-------GAC---GGACAGAC-GACGGACCAACACAGCAG------ACAGACGGTACGG----GAC---AGACAAGACGACA-GA-TCGGACGGACAAGCA
gi|14 : GACAGACAGAC-GGACAGGCAGACGGAT----CA-GACG-C-------GAC---GGACAGAC-GACGGACCAACACAGCAG------ACAGACGGTACGG----GAC---AGACAAGACGACA-GA-TCGGACGGACAAGCAgagcacac
gi|15 : -----G---ACAA-ATAGGG-TGACAG---AC--AGACGGA-CA-G-A----CAAACGGATAAACAGGGNNNNNNNNNGTTT-G-AGT-GACA-AATAGGGTGAC---AGACAGACAAACGGACAAACAgagcacac
gi|16 : ACGGACA-----G---ACAG-ACAGAC-GGATGG---AT--GGACAGA-CG-A-A----CGGACGGACGGAC-AGAGT-ACATTTGAAT-G-ACA--ATATAATA----G
gi|17 : --ACAGAGCA--GACAGACAG-----CT-AG--------AC--A----G-CAGACA--G-TAGACAGACC-AGCTAACA-----G---GCAC-ACA----GGGCAG---CCT-AGACAGA-CA-C-A----CAcatttcaaattacaggttttgt
gi|18 : tgctagcaggCAGA--TAGA-AAG----ACAGAGGC-----GATG-A----A----CAGACA--------C---GATG-----A--C----A-----A--ACAGA-CA--TACAAACA
gi|19 : tCAGA--TAGA-AAG----ACAGAGGC-----GATG-A----A----CAGACA--------C---GATG-----A--C----A-----A--ACAGA-CA--TACAAACA
gi|2 : tAAGATGGACA-------GACAAATTGA--C--AATCAGG--TAGA-AAG----ACAGGC-AA--CAGACG-G----A----CA-ACA--------GATGGACA--G--A--C----C-----A--TCAGA-TA--GAAAGACAG--------AA--------AC--A----ACCAGATA--G---GACAGATG-GACAGACA-----GTATGCAGAACAATC-AGA-AG---A---AGACGGA-GGCA-A----CAGATAGACAGAT-GGACAG---GACAGAT-G-ACA-GACT-AATC----AGCATAGGAAAGACAGA--GGC-AACAGA-CAGAAAACAACAGATAG-ACAGCATGGACAGGA--CAG-ATGACATGAC
gi|3 : AAGATGGACA-------GACAAATTGA--C--AATCAGG--TAGA-AAG----ACAGGC-AA--CAGACG-G----A----CA-ACA--------GATGGACA--G--A--C----C-----A--TCAGA-TA--GAAAGACAG--------AA--------AC--A----ACCAGATA--G---GACAGATG-GACAGACA-----GTATGCAGAACAATC-AGA-AG---A---AGACGGA-GGCA-A----CAGATAGACAGAT-GGACAG---GACAGAT-G-ACA-GACT-AATC----AGCATAGGAAAGACAGA--GGC-AACAGA-CAGAAAACAACAGATAG-ACAGCATGGACAGGA--CAG-ATGACATGAC
gi|4 : A--GACG--GGTG-------------------GA-CG--GACGGACAG-----AC-AG--------AC--A----AGCAGACT--GTTAGACAGATG-GACGGGTA-----G---ACAA-ACAGAC-AGACAG---AT--GGACGGA-CT-A-A----CAAACAGACAGAC-AGATGGACGGACTAACAA-ACA-G-CA-GACA----GAC---GGAGAAA
gi|5 : ACAGATCGACAGTCGGACA-------GATGGATAGA--C--AGACAAA--CAT---AG----ACAGGTGGA--TAGNNN-N----N----NNNNNN--------NN--NNNN--NNNN--NNTCTA-----G--ATAGA-CA--GACAAAC-------AT-AG--------AC--A----GGTGGATA--GNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-----N---NNNG-GTGGAT-GGGCAA---AC--ATACtgatatattgcatgcgtattccaatatttcattctgtttttcataatttcagccaaattttatttctttcaaaattttcaaaatgtaatttcttg
gi|6 : ATAGA--TAGACAAGTTTGACAAATTGA--CAGACG-G----AATGGTAGACA---------A--GACA-----A--C----AATTTGA--AAAGC-CAATGGTAGGCAG-----AT-CG--------AC--AAATTGGCAGGTC--GATGGGTAGGCA-GATCGACAATTTTG---ACAT-GTCGAT-GGGTAG---GC--AGATCGA-CA-A-T----TTGACATGTCGAT-GGGTAGGCAGATCGAC-atacactttgacaagatatgacgatagtttgaaaggagatacatgtagtttgataggtcgacagtttgac
gi|7 : cagtttgacaagtcaGACAGACA-------AACAGAGAAA--C--AGACGAA--TAGA-AAG----ACAG----G--CAGACG-G----A----TAAA-A---------------G--GGTA--T-------------ACAGA-CA--CACAGAAAG-----AC-AG--------GG--A----GACGGATA--AAAAGGTAGACA-GACACACA-----G---AAAG-ACAG---GG-----------AGACGGA-TG-A-AAAGGTAGACAGACACAC-AGTAAGACAGAAGGATAG-AAA-GACA-GGGA----GAC---GGATAGAa
gi|8 : AAATAGATAGAAA--CGCACA-------GACAAAGAGA--ATGAGATAGAAACAGA-TAG----ATAGACAGA--AAGACG-G----G----CAGATA--------GA--TACA--TGTA--G----A-----T--AGAGA-GA--GAGAGAGAGTATGAATGAG--------AC--A----GATAGATA--GTGAGAGAGA
gi|8 : agagagagagagagagagaggcacacacagaaaaaaaagATAGATAGACAGAAAGACGGGCA-------GATAGATACATGT--AGATAGA--GAGA-GAG----AGAGA-GTA--TGAATGAG----A----CAGATA--------GA--gaggtaaccaataa
gi|9 : agagagagagagagagagaggcacacacagaaaaaaaagaaatagatagaaacgcacagacaaagagaatgagatagaaacagCAGGCAGACAGATAGGTACATGTAGTTTAAACAGAGAGA--T--AGGCATG--TAGT-AAG----ACAGACAGA--CAGACG-GTTAGA----CAGACATATAGTAAGACAGACA--GGTAGTT----A-----A--ACAGA-CA--GACAAACAG-----GT-AGTTAAACAGAC--A----GACATATATTGATAAGCAAAtagtgagagagagaggtaaccaataa
Alignments
lowQualScore : 222 22222222 333333333333333333333333 111111111 111 11111 111 11111 111 1 333333 1 2222 444 222 1
lowQualScore : 3 000 0 1 777 55555555 3 0 888888888888888888888888 2 8888 3 555 6666 77 0 2 2 44 888 5 999999999 222222222 444 000 0 88888888888 2 33 66666 3 6666 22222 5 222 6666 44444 111 1 0 99 0 9999 8 5 222222 5 0 1 9999 111 7 1 111 0 6
lowQualScore : . ... . . ... ........ . . ........................ . .... . ... .... .. . . . .. ... . ......... ......... ... ... . ........... . .. ..... . .... ..... . ... .... ..... ... . . .. . .... . . ...... . . . .... ... . . ... . .
lowQualScore : 0 555 7 0 000 99999999 0 7 000000000000000000000000 7 5555 1 888 1111 11 1 9 7 22 888 0 999999999 666666666 444 333 8 99999999999 5 22 77777 1 5555 77777 5 111 5555 55555 777 0 8 66 2 4444 9 0 999999 7 4 4 4444 000 3 4 666 0 7
consensus : ACAGATNGACGGAAAGACGGACAGACGGANAGACAGACAGATAG---AAAGACAGACGNA---CAGACGGACAGACA-GA--GACG--GGT---AC----AAACAGA-CAGACAGACAGA-T-AGAC-AGA--CAGATA----GANAGACAGACG-GA-CG-GACAG---ACAG-ACAG--AC-G--GAC--------AG---AC--AGACGG-------ACG-AAC-AG--ACAGACA-----GAC-G----GAC----GGACAGACGGAT-G-ACA----GACGAATAGAC---GGANAGACAGACGGACGAACA----GA-C-AG------ACA-GACGG-ACGG-AT-GACAG--GACAAGACGACAT--GACTCGGACGGACAAGCATA
Reference ( family-248 ) : ACAGATAGACGGAAAGACGGACAGACGGANAGACAGACAGATAG---AAAGACAGACGNA---CAGACGGACAGACA-GA--GACG--GGT---AC----AAACAGA-CAGACAGACAGA-T-AGAC-AGA--CAGATA----GANAGACAGACG-GA-CG-GACAG---ACAG-ACAG--AC-G--GAC--------AG---AC--AGACGG-------ACG-AAC-AG--ACAGACA-----GAC-G----GAC----GGACAGACGGAT-G-ACA----GACGAATAGAC---GGANAGACAGACGGACGAACA----GA-C-AG------ACA-GACGG-ACGG-AT-GACAGGAGACAAGACGACAT--GACTCGGACGGACAAGCATA
gi|1 : ACAGATAGATGGAAAGACAGACAGATGGAAAGAGAGACAGATGG---AAAGACAGACACA---CAGATGAATAGACA-GA--GATG--GGT---ATT---AAACAGA-TAGACAGATAAA-T-AGAC-AGA--CAGATG----GAAAGACAGATG-GA-TG-GACAG---ACAA-ATAA--AC-G--GAT--------AG---AC--AGATCG-------ATG-AAT-AA--ACAGACA-----GAT-G----GAN----TGACAGATGGAT-GTACA----GACAAATAAAC---GGAGAGACAGATCGATGAATA----AA-C-AG------ACA-GATGG-ACAG-AT-GAC-----ACAA----ACATAAGACTCAGAC-GACCAGCATA
gi|10 : AAACAGATAGTCAGACAGACAGACATATAGTATAATTATAGACAAT---CAGAGAGATAGATA-GA--GACA--G-----AT----AGACAAT-CAGACATACATA-T-AGAC-AAT--CAG--A----GACAGATAGCCA-GATCGAGACAG---ACAG-ACAGTCAA-A--AAC--------AG---AT--AGTCAA-------ATG-TGT-AGTAACAGA
gi|11 : cATT----GATAAACAGACA-GA-CT-GACAG---A-GG-ACAA--AC-A--GAT--------GA---AT--GGATGA-------ATA-AAC-AG--AAAGACA-----GAC-A----GAT----GGTCAGACAGAT-G-A-A----G--GGATGGAT---TGTATGATAAATGGATAGAAA----GA-tgtca
gi|11 : gagtgagtataaaccG-------ATA-AAC-AG--ACAGACT-----GAC-A----GA-----GGACAAACAGAT-GAATG----GATGAATAAAC---AGAAAGACAGACAGATGGTCA----GA-C-AG------ATG-AAGGG-ATGG-AT-
gi|12 : gagtgagtataaaccattGACAGGCATAGC-TAGACAGACAGACA-GA--CACGCTAGA---AC-----AACGCA-CAGGC--ACAAC-T-AGAC-AGA-------A----GACAGACAGGCGCTA-GG-GACAG---ACAG-CTAG--ACAG--GAC--------AGGGCACTTAGACA----------G-AAC-AG--ACAtgtatgataaatggatagaaaga
gi|13 : G--ACAGACA-----GAC-G----GAC----AGGCAGACGGAT----CA----GACGC---GAC---GGACAGAC-GACGGACCAACA----CAGC-AG------ACA-GACGGTACGG----GACAG---ACAAGACGACA---GA-TCGGACGGACAAGCA
gi|14 : G--ACAGACA-----GAC-G----GAC----AGGCAGACGGAT----CA----GACGC---GAC---GGACAGAC-GACGGACCAACA----CAGC-AG------ACA-GACGGTACGG----GACAG---ACAAGACGACA---GA-TCGGACGGACAAGCAgagcacac
gi|15 : G---ACAA-ATAG--GG-T--GAC--------AG---AC--AGACGG-------ACA-GAC-AA--ACGGATA-----AACAG----GGN----NNNNNNNNGTTT-G-AGT----GACAAATAGGG---TGACAGACAGACAAACGGACA----AA-C-Agagcacac
gi|16 : A-CG-GACAG---ACAG-ACAG--AC-G--GAT--------GG---AT--GGACAG-------ACG-AAC-GG--ACGGACG-----GAC-A----GA-----GTACATTTGAAT-G-ACA----
gi|17 : ACAGAGCAGACAGACAGC-T-AGAC-AG---CAGACA----G-TAGACAGACC-AG-CT-AACAG---GCAC-ACA------G--GGC--------AG---CCT-AGACAG-------ACA-CAC-Aatataatagcatttcaaattacaggttttgt
gi|18 : tgctagcaggCAGATAG---AAAGACAGAGGC------GATGAACAGACA-C---GATG--------AC----AAACAGA-CATACAAACA
gi|19 : tCAGATAG---AAAGACAGAGGC------GATGAACAGACA-C---GATG--------AC----AAACAGA-CATACAAACA
gi|2 : tAAGATGGACAGACAAATTGACAATCAGGTAG---AAAGACAGGC-AA---CAGACGGACA-ACA-GATGGACA--G-----AC----CATCAGA-TAGAAAGACAG----AAAC-AAC--CAGATA----G---GACAGATG-GA-CA-GACAGTATGCAGAACAA--TC-A--GA---------AG---A---AGACGG-------AGGCAAC-AG--ATAGACA-----GAT-G----GAC----AG---GACAGAT-G-ACA----GACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA--GGC-AACA----GA-C-AGAAAACAACA-GATAG-ACAGCATGGACAG--GAC-AGATGACAT--GAC
gi|3 : AAGATGGACAGACAAATTGACAATCAGGTAG---AAAGACAGGC-AA---CAGACGGACA-ACA-GATGGACA--G-----AC----CATCAGA-TAGAAAGACAG----AAAC-AAC--CAGATA----G---GACAGATG-GA-CA-GACAGTATGCAGAACAA--TC-A--GA---------AG---A---AGACGG-------AGGCAAC-AG--ATAGACA-----GAT-G----GAC----AG---GACAGAT-G-ACA----GACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA--GGC-AACA----GA-C-AGAAAACAACA-GATAG-ACAGCATGGACAG--GAC-AGATGACAT--GAC
gi|4 : A--GACG--GGT---G------GACGGA-CGGACAGACAGA-C-AAGC-AGA--CTGTTA----GACAGATGGACG-GG-TA-GACAA---ACAG-ACAG--AC-A--GAT--------GG---AC--GGACTA-------ACA-AAC-AG--ACAGACA-----GAT-G----GAC----GGACTAACAAAC-A-GCA----GAC----AGAC---GGAGAAA
gi|5 : ACAGATCGAC----AGTCGGACAGATGGATAGACAGACAAACAT-----AGACAGGTGGA---TAGNNNNNNNNNNN-NN--NNNN--NNN---NNNTCTAGATAGA-CAGACAAAC--A-T-AGAC-AGG--TGGATA----GNNNNNNNNNNN-NN-NN-NNNNN---NNNG-GTGG--AT-G--GGC--------AA---AC--ATACtgatatattgcatgcgtattccaatatttcattctgtttttcataatttcagccaaattttatttctttcaaaattttcaaaatgtaatttcttg
gi|5 : ACAGT-CGGACAGATGGA-T-AGAC-AGA--CAAAC------ATAGACAGGTG-GA-TA-GNNNN---NNNN-NNNN--NN-N--NNNNNNNNTCTAG---AT--AGACAG-------ACA-AAC-----ATAGACA-----GGT-G----GATA---GNNNNNNNNNNN-N-NNN----NNNNNNNNGGT---GGATGGGCAAACATACATACACTTTGA-CAAG------ATATGACGA-TAGT-TT-GAAAGGAGATAatacactttgacaagatatgacgatagtttgaaaggagatacatgtagtttgataggtcgacagtttgac
gi|6 : acagatcgA--GACA--AGTTTGAC----AAATTGA-CAGACGGAATGG-T-AGACAAGA--CA-ACAATTTGAAAAGCCAATG-G--TA-GGCAG---ATCG-ACAA--AT-T--GGC--------AG---GT--CGATGG-------GTA-GGC-AG--ATCGACAATTTTGAC-ATGTCGAT----GGGTAGGCAGATCG-ACAATTTGACATGTCGAT---GGGTAGGCAGATCGACcatgtagtttgataggtcgacagtttgac
gi|7 : cagtttgacaagtcaatagatGACAGACAAACAGAGAAACAGACGAATAG---AAAGACAG----G---CAGACGGATAAA-A--------G--GGT---AT------ACAGA-CACACAGAAAGA-C-AGGG-AGA--CGGATA----AAAAGGTAGACA-GA-CA-CACAG---AAAG-ACAG-----G--G-------------------AGACGG-------ATG-AAA-AG--GTAGACA-----GAC-A----CACAGTAAGACAGAAGGATAG-AAA----GACAGGGAGAC---GGATAGAa
gi|8 : AGAGAGAGAG---AGAGAGAGAGGCA---CACACAGAAAAAAAAGA--AATA--GAT---AG----AAACGCA-CAGACAAAGAGAATGAGAT-AGAAACAGATA----GATAGACAGAAA-GA-CG-GGCAG---ATAG-ATAC--AT-GTAGAT--------AG---AG--AGAGAGAGAGAGTATG-AATGAG--ACAGATA-----GA
gi|9 : CAGGCAGACAG---ATAGGTACATGTAGTTTAAACAGAGAGATA-GG--CATGT-AGT---A-----AGACAGA-CAGACAGACGGT-T-AGAC-AGA--CATATA----GTAAGACA-----GA-CA-GGTAG---TTAA-ACAG--AC-A--GAC--------AA---AC--AGGTAG-------TTA-AAC-AG--ACAGACA-----tagtgagagagagaggtaaccaataa
Alignments
lowQualScore : 222 11111 44444444444444444444444444444 1111111111111 11111111111111 11 11111 1111111 111 222 11 1 1 333333 1 3333 1 1 222 1
lowQualScore : 1 000 0 1 88888 6666 77777 2 6666 33 66666666666666666666666666666 2 33 1 3333333333333 44444444444444 00 00 2 555 999999999 5 5555555 00000 66 2 0000000 0 6 3 33 555 2 66 33 555 777 333 1 7 44 5 1 3 888888 2 3 3333 0 5 0 1 111 0 6
lowQualScore : . ... . . ..... .... ..... . .... .. ............................. . .. . ............. .............. .. .. . ... ......... . ....... ..... .. . ....... . . . .. ... . .. .. ... ... ... . . .. . . . ...... . . .... . . . . ... . .
lowQualScore : 0 555 7 0 22222 1111 99999 9 1111 11 55555555555555555555555555555 5 44 5 9999999999999 77777777777777 99 66 7 888 555555555 3 7777777 11111 44 2 0000000 7 2 1 99 000 9 00 33 666 666 333 0 3 55 0 0 3 333333 2 3 0000 8 0 6 4 666 0 7
consensus : ACAGATNGACGGAAAGACGGACAGACGGANAGACAGACAGATAG---A-AAG----ACAGGCGNACAGACG-GA----CAG-ACA-GA--G-ACGG---A---C----A-----AACAGA-CA--GACAGACA--------GA-T-AGAC-----A----GA--CAGATAGATAGACAGACGGA-C-G-GACA-----G---ACAG-ACAG--ACG--GAC----AGAC-AGACGG-------ACG-AAC-AG--A---CA-GACAGACGGACAGACAGACGGATG-ACAGACGAATCGAC---GGAAAGACAGACGGAC-AACAGA-CAG------ACAGACGG-ACGG-AT-GACAGGACAAGACGACAT--GACTCGGACGGACAAGCATA
Reference ( family-248 ) : ACAGATNGACGGAAAGACGGACAGACGGANAGACAGACAGATAG---A-AAG----ACAGACGNACAGACG-GA----CAG-ACA-GA--G-ACGG-GTA---C----A-----AACAGA-CA--GACAGACA--------GA-T-AGAC-----A----GA--CAGATAGANAGACAGACGGA-C-G-GACA-----G---ACAG-ACAG--ACG--GAC----AGAC-AGACGG-------ACG-AAC-AG--A---CA-GACAGACGGACGGACAGACGGATG-ACAGACGAATAGAC---GGANAGACAGACGGACGAACAGA-CAG------ACAGACGG-ACGG-AT-GACAGGACAAGACGACAT--GACTCGGACGGACAAGCATA
gi|1 : ACAGATAGATGGAAAGACAGACAGATGGAAAGAGAGACAGATGG---A-AAG----ACAGACACACAGATG-AA----TAG-ACA-GA--G-ATGG-GTA---TT---A-----AACAGA-TA--GACAGATA--------AA-T-AGAC-----A----GA--CAGATGGAAAGACAGATGGA-T-G-GACA-----G---ACAA-ATAA--ACG--GAT----AGAC-AGATCG-------ATG-AAT-AA--A---CA-GACAGATGGANTGACAGATGGATGTACAGACAAATAAAC---GGAGAGACAGATCGATGAATAAA-CAG------ACAGATGG-ACAG-AT-GAC---ACAA----ACATAAGACTCAGAC-GACCAGCATA
gi|10 : AAACAGATAGTCAGACAGACAGACATATAGTATA-ATT----ATAGACAATCAGAGA-GA----TAG-ATA-GA--G-ACAG---A---T----A-----GACAAT-CA--GACATACA--------TA-T-AGAC-----A----AT--CAG--AGACAGATAGCCAGATC-GAGACA-----G---ACAG-ACAGTCAAA--AAC----AGAT-AGTCAA-------ATG-TGT-AGTAA---CA-GA
gi|11 : cG-------ATA-AAC-AG--A---CA-GACTGACAGA-GGACAAACAGATGAATGGATGAATAAAC---AGAAAGACAGACAGATGGTCAGA-CAG------ATGAAGGG-ATGG-AT-tgtca
gi|11 : gagtgagtataaaccattA---T----A-----AACAGA-CA--GACTGACA--------GA---GGAC-----A----AA--CAGATGAATGGATGAATAAA-C-A-GAAA-----G---ACAG-ACAG--ATG--GTC----AGAC-AGATGA-------AGG-GAT-GG--ATTGTATGATAAATGGATAGAAAGAtgtatgataaatggatagaaaga
gi|12 : gagtgagtataaaccattgGACAGGCA--TAG---C-TAG----ACAGACAGACAGACACGC----TAGAACA-AC--GCACAG-GCA---C----A-----ACTAGA-CA--GA-AGACA--------GA-C-AGGCGCTAGG----GA--CAGACAGCTAGACA---GGA-CAG-GGCA-----C---TTAG-ACAG--A-----AC----AGAC-A
gi|13 : G--A---CA-GACAGACGGACAGGCAGACGGAT---CAGACGC---GAC---GGACAGAC-GACGGACCAACACAGCAG------ACAGACGGTACGG----GACAG-ACAAGACGACA---GA-TCGGACGGACAAGCA
gi|14 : G--A---CA-GACAGACGGACAGGCAGACGGAT---CAGACGC---GAC---GGACAGAC-GACGGACCAACACAGCAG------ACAGACGGTACGG----GACAG-ACAAGACGACA---GA-TCGGACGGACAAGCAgagcacac
gi|15 : GACAAATAG---G-GTG----ACAG----ACAGACG-GA----CAG-AC---A--A-ACGG---A---T----A-----AACAGG-GN--NNNNNNNN--------GT-T-TGAG-----T----GA--CAAATAGGGTGACAGACAGA-C-A-AACG-----G---ACAA-ACAgagcacac
gi|16 : A-C-G-GACA-----G---ACAG-ACAG--ACG--GAT----GGAT-GGACAG-------ACG-AAC-GG--A---CG-GACGGACAGA-GTACATTTGAATG-ACA
gi|17 : ACAGAGCA--GACAGACA--------GC-T-AGAC-----A----G---CAGACAG-TAGACAGACCAG-C-T-AACA-----G---GCAC-ACA-----G--GGC----AGCCTAGACAG-------ACA-CAC-Aatataatagcatttcaaattacaggttttgt
gi|18 : tgctagcaggCAGATAG---A-AAG----ACAGAGGC---GATG-AA----CAG-ACA-C---G-ATG----A---C----A-----AACAGA-CA--TACAAACA--------
gi|19 : tCAGATAG---A-AAG----ACAGAGGC---GATG-AA----CAG-ACA-C---G-ATG----A---C----A-----AACAGA-CA--TACAAACA--------
gi|2 : tAAGATGGACAGACAAATTGACAATCAGGTAG---A-AAG----ACAGGC-AACAGACG-GA----CA--ACA-GATGG-ACAG---A---C----C-----ATCAGA-TA--GAAAGACA--------G----AAAC-----A----AC--CAGATAG---GACAGATGGA-C-A-GACA-----GTATGCAGAACAA--TCA--GA-----AGA--AGACGG-------AGGCAAC-AG--A---TA-GACAGATGGACAG---GACAGATG-ACAGACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA--GGC-AACAGA-CAGAAAACAACAGATAG-ACAGCATGGACAGGAC-AGATGACAT--GAC
gi|3 : AAGATGGACAGACAAATTGACAATCAGGTAG---A-AAG----ACAGGC-AACAGACG-GA----CA--ACA-GATGG-ACAG---A---C----C-----ATCAGA-TA--GAAAGACA--------G----AAAC-----A----AC--CAGATAG---GACAGATGGA-C-A-GACA-----GTATGCAGAACAA--TCA--GA-----AGA--AGACGG-------AGGCAAC-AG--A---TA-GACAGATGGACAG---GACAGATG-ACAGACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA--GGC-AACAGA-CAGAAAACAACAGATAG-ACAGCATGGACAGGAC-AGATGACAT--GAC
gi|4 : AG----ACGGGTGGACGGACG-GA----CAG-ACA-G------------A---C----A-----AGCAGA-CT--GTTAGACA--------GA-T-GGACGGGT-A----GA--CAAACAGACAGACAGATGGA-C-G-GACT-----A---ACAA-ACAG--ACA--GAC----AGAT-GGACGG-------ACT-AAC-AA--A---CA-G-CAGACAGACGGAGAAATG
gi|5 : ACAGATCGAC----AGTCGGACAGATGGATAGACAGACAAACAT------AG----ACAGGTGGATAGNNN-NN----NNN-NNN-NN--N-NNNN-NNN---NNTCTA-----GATAGA-CA--GACAAAC----------A-T-AGAC-----A----GG--TGGATAGNNNNNNNNNNNNN-N-N-NNNN-----N---NNNG-GTGG--ATG--GGC----AAAC-ATACatatattgcatgcgtattccaatatttcattctgtttttcataatttcagccaaattttatttctttcaaaattttcaaaatgtaatttcttg
gi|6 : ATAGATAG---ACAAGTTTGACAAATTGACAGACG-GAATGGTAG-ACA--A--G-ACA----A---C----AATTTGAAAAGC-CAATGGTAGGCA--------GA-T-CGAC-----AAATTGG--CAGGTCGATGGGTAGGCAGA-T-C-GACAATTTTG---ACAT-GTCG--ATG--GGT----AGGC-AGATCG-------ACA-ATT-TG--A---CA-TGTCGATGGGTAGGCAGAatacactttgacaagatatgacgatagtttgaaaggagatacatgtagtttgataggtcgacagtttgac
gi|7 : cagtttgacaagtcaGACAGACAAACAGAGAAACAGACGAATAG---A-AAG----ACAGGC----AGACG-GA----TAA-A----A--G---GGTATA---C----A-----GACACA-CA--GAAAGACA--------GG-G-AGAC-----G----GA--TAAAAAGGTAGACAGACACA-C-A-GAAA-----G---ACAG-GGAG--ACG--GATGAAAAGGT-AGACAG-------ACA-CAC-AG--T---AA-GACAGAAGGATAGAAAGACAGG-G---AGACGGATAGAtcgaca
gi|8 : AGAGAGAGAG---A-GAG----AGAGAGGCACACACA-GA----AAA-AAAAGA--A-ATAG-ATA---G----A-----AACGCA-CA--GACAAAGA--------GAATGAGAT-----A----GAAACAGATAGATAGACAGAAAGA-C-G-GGCA-----G---ATAG-ATAC--ATGTAGAT----AGAG-AGAGAGAGAGAGTATG-AATGAG--A---CA-GATAGA
gi|9 : CAGATAG---T-TAG----ATATTTAAGCAGGCA-GA----CAG-ATA-GG--T-ACAT-GTAGTTT----A-----AACAGA-GA--GATAGGCATGTAGTAAGA-C-AGAC-----A----GA--CAGACGGTTAGACAGACATA-T-A-GTAA-----G---ACAG-ACAG--GTA--GTT----AAAC-AGACAG-------ACA-AAC-AG--G---TA-GTTAAACAGACAGACAtagtgagagagagaggtaaccaataa
Alignments
lowQualScore : 22222 111111111 2222222 1111 3333333333333333333333 11111111 111 111 22222222222 11 1 1 444444 1 4444 11 1 222 1
lowQualScore : 1 77777 0 4 88 1 55 333333333 1111111 0000 2 0000000000000000000000 33333333 33 2 8888888888 33 2 33 8888888 8888888 5 33 888 000 5 5555 5 33 3 77 44 5555 44 555 3 3 3 0 77 2 000 9999 11111111111 5 7 88 3 6 3 6 666666 6 3333 55 0 1 111 0 6
lowQualScore : . ..... . . .. . .. ......... ....... .... . ...................... ........ .. . .......... .. . .. ....... ....... . .. ... ... . .... . .. . .. .. .... .. ... . . . . .. . ... .... ........... . . .. . . . . ...... . .... .. . . ... . .
lowQualScore : 0 00000 6 4 99 0 55 444444444 7777777 0000 0 6666666666666666666666 44444444 22 4 3333333333 77 7 77 7777777 7777777 8 66 444 000 7 4444 8 44 2 44 22 7777 22 444 1 1 3 1 66 7 888 4444 00000000000 9 3 77 3 7 2 0 000000 0 2222 88 6 4 666 0 7
consensus : ACAGATAGA--CG-AAAGACGGACAGA-CG-GATAGA--CAGACAGATAG---A-----AAGACAGGC--GNACAGACGG----ACAGACA------G---A--G---ACG--GACA--------GA--CAGA-CAGACAGACAGA-TA-G----A--C-AG--ACA-------GATA-------GATAGACAGACGGAC-GGACAG---GCAG-ACAG--ACGGACAGAC-AGACGGACG-AA--CA----G--A---C-A-GACA-GACGGACAG-ACAGACGGATG-ACA----GACGAATCGAC---GGANAGACAGAC-GA-C-AACANAGCAGAAAACAACAGACGGTACGGCATGGACAGGACAAGACGACAT--GACTCGGACGGACAAGCATA
Reference ( family-248 ) : ACAGATNGA--CGGAAAGACGGACAGA-CG-GANAGA--CAGACAGATAG---A-----AAGACAGGC--GNACAGACGG----ACAGACA------G---A--G---ACG--GACA--------AA--CAGA-CAGACAGACAGA-TA-G----A--C-AG--ACA-------GATA-------GATAGACAGACGGAC-GGACAG---ACAG-ACAG--ACGGACAGAC-AGACGGACG-AA--CA----G--A---C-A-GACA-GACGGACAG-ACAGACGGATG-ACA----GACGAATCGAC---GGAAAGACAGACGGA-C-AACAGA-CAG------ACAGACGG-ACGG-AT-GACAGGACAAGACGACAT--GACTCGGACGGACAAGCATA
gi|1 : ACAGATAGA--TGGAAAGACAGACAGA-TG-GAAAGA--GAGACAGATGG---A-----AAGACAGAC--ACACAGATGA----ATAGACA------G---A--G---ATG--GGTATTA-----AA--CAGA-TAGACAGATAAA-TA-G----A--C-AG--ACA-------GATG-------GAAAGACAGATGGAT-GGACAG---ACAA-ATAA--ACGGATAGAC-AGATCGATG-AA--TA----A--A---C-A-GACA-GATGGANTG-ACAGATGGATGTACA----GACAAATAAAC---GGAGAGACAGATCGA-TGAATAAA-CAG------ACAGATGG-ACAG-AT-GAC---ACAA----ACATAAGACTCAGAC-GACCAGCATA
gi|10 : AAACAGATAGT-CA-GACAGA--CAGACATATAGTATA-----ATTATAGAC--AATCAGAGAG----ATAGATA------G---A--G---ACA--GATA--------GA--CAAT-CAGACATACATA-TA-G----A--C-AATCAGA-------GACA-------GATAGCCAGATCGA---GACAG---ACAG-ACAGTCAAAAACAGAT-AGTCAAATG-TG--TA----GTAA---C-A-GA
gi|11 : c--GATA--------AA--CAGA-CAGACTGACAGA--G-G----A--C-AA--ACA-------GATG-------AATGGATGAATAAAC-AGAAAG---ACAG-ACAG--ATGGTCAGAC-AGATGAAGG-GA--TG----G--ATTGT-ATGATA-AATGGATAG-AAAGAtgtca
gi|12 : gagtgagtataaaccattGACAGG-C---ATAGC--TAGACAGACAG---A-----CAGACACGCTAGAACA-ACGC----ACAGGCA------C---A--A---CTA--GACA--------GA---AGA-CAGACAGGC-GC-TA-G---------GG--ACA-------GACA-------GCTAGACA---GGACAGGGCAC---TTAG-ACAG--A---ACAGAC-A
gi|13 : ----G--A---C-A-GACA-GACGGACAG-GCAGACGGAT---CA----GACG---CGAC---GGACAGAC-GACGGACC-AACACAGCAG------ACAGACGGTACGG----GACA-GACAAGACGACA---GA-TCGGACGGACAAGCA
gi|14 : ----G--A---C-A-GACA-GACGGACAG-GCAGACGGAT---CA----GACG---CGAC---GGACAGAC-GACGGACC-AACACAGCAG------ACAGACGGTACGG----GACA-GACAAGACGACA---GA-TCGGACGGACAAGCAgagcacac
gi|15 : G----ACAAATA------G---G--G-----T--GACA--------GA--CAGA-CGGACAGACAAA-CG-G----A--T-AA--ACA-------GGGN-------NNNNNNNNGTTTGAG-TGACAA---ATAG-GGTG--ACAGACAGAC-AAACGGACA-AA--CA----gagcacac
gi|16 : AC-GGACAG---ACAG-ACAG--ACGGATGGAT-GGACAGACG-AA--CG----G--A---C-G-GACG-GACAG--AGTACATTTGAATG-ACA----
gi|17 : A--CAGAGCAGACAGACAGC-TA-G----A--C-AG---CA-------GACA-------G-TAGACAGACCAGC-TAACAG---GCAC-ACA-----GGGCAGCCTAGACAGACA-CA--CA----atataatagcatttcaaattacaggttttgt
gi|18 : tgctagcaggCAGATAG---A-----AAGACAGAG--GC---GATGA----ACAGACA------------------CGATGACA--------AA--CAGA-CATACAAACA
gi|19 : tCAGATAG---A-----AAGACAGAG--GC---GATGA----ACAGACA------------------CGATGACA--------AA--CAGA-CATACAAACA
gi|2 : tAAGATGGACAGA-CA-AATTGA--CAATCAGGTAG---A-----AAGACAGGC---AACAGACGG----ACA-ACA------G---ATGG---ACA--GACC--------AT--CAGA-TAGAAAGACAG---A-A----A--C-AA--CCA-------GATA-------G---GACAGATGGAC-AGACAGTATGCAGAACAA--TCAGA-AGA--AGACGGAGGCAA--CA----G--A---T-A-GACA-GATGGACAG----GACAGATG-ACA----GACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA--GG-C-AACAGA-CAGAAAACAACAGATAG-ACAGCATGGACAGGAC-AGATGACAT--GAC
gi|3 : AAGATGGACAGA-CA-AATTGA--CAATCAGGTAG---A-----AAGACAGGC---AACAGACGG----ACA-ACA------G---ATGG---ACA--GACC--------AT--CAGA-TAGAAAGACAG---A-A----A--C-AA--CCA-------GATA-------G---GACAGATGGAC-AGACAGTATGCAGAACAA--TCAGA-AGA--AGACGGAGGCAA--CA----G--A---T-A-GACA-GATGGACAG----GACAGATG-ACA----GACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA--GG-C-AACAGA-CAGAAAACAACAGATAG-ACAGCATGGACAGGAC-AGATGACAT--GAC
gi|4 : ---A--G---ACG--GGTG--------GA--CGGA-CGGACAGACAGA-CA-A----G--C-AG--ACT-------GTTA-------GACAGATGGACGGGT-AGACAA---ACAG-ACAG--ACAGATGGAC-GGACTAACA-AA--CA----G--A---C-A-GACA-GATGGACGG-ACTAACAAACA-GCA----GACA----GAC---GGAGAAA
gi|5 : ACAGATCGA--C----AGTCGGACAGA-TG-GATAGA--CAGACAAACAT----------AGACAGGT--GGATAGNNNN----NNNNNNN------N---N--N---NNN--NNNN--------NNTCTAGA-TAGACAGACAAA-C-------A--T-AG--ACA-------GGTG-------GATAGNNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-NNNG--GTGGATGGGC-AAACATACA-TA--CACTTTG--A---CAA-GATATGACGtgatatattgcatgcgtattccaatatttcattctgtttttcataatttcagccaaattttatttctttcaaaattttcaaaatgtaatttcttg
gi|6 : G----ATAGACA----------A--G---TTT--GACA--------AA--TTGA-CAGACGGAATGG-TA-G----A--CAAG--ACAACAATTTGAAAAGCCAATGGTAGGCAGATCGAC-AAATTG---GCAG-GTCG--ATGGGTAGGC-AGATCGAC--AATTTT----G--A---C-A-TGTC-GATGGGTAG-GCAGAT---CG-ACAATTTGACATGTCGAT---GGGTAGGCAGATCGA-C-Aatagtttgaaaggagatacatgtagtttgataggtcgacagtttgac
gi|7 : cagtttgacaagtcaataGACAGACAAA-CA-GAGAAA--CAGACGAATAG---A-----AAGACAGG------CAGACGG----ATAAA-A------G---G--GTATACA--GACA--------CA--CAGA-AAGACAGGGAGA-CG-G----A--T-AA--AAA-------GGTA-------GACAGACACACAGAA-AGACAG---GGAG-ACGG--ATGAAAAGGT-AGACAGACA-CA--CA----G--T---A-A-GACA-GAAGGATAG-AAAGACAGG-G---A----GACGGATAGA
gi|8 : ATAGATAGAAACGCACAGACAAAGAGAATGAGATAGAAACAGATAGATA------------GACAG------AAAGACGG----GCAGATA------G---A--T---ACA--TGTA--------GA--TAGA-GAGAGAGAGAGAGTATG----AATG-AG--ACA-------GATA-------GATAG
gi|9 : agagagagagagagagagaggcacacacagaaaaaaaagaa--CAGATAGTTAG---ATATTTAAG-CAGGC--AGACAGATAGGT--ACATGTA------GTTTA--A---ACA--GAGA--------GA--TAGG-CATGTAGTAAGA-CA-G----A--C-AG--ACA-------GACG-------GTTAGACAGACATAT-AGTAAG---ACAG-ACAG--GTAGTTAAAC-AGACAGACA-AA--CA----G--G---T-A-GTTA-AACAGACAG-ACAtgagagagagaggtaaccaataa
gi|9 : AAA-CA-GAGAGA--TAGGCATGTAG---T-----AAGACAGAC--AGACAGACGGTTAGACAGACATATAGTA---A--G---ACA--GACAGGTAGTTAAA--CAGA-CAGACAAACAGG-TA-GTTAAA--C-AG--ACA-------GACA-------TATAtatattgataagcaaat
Alignments
lowQualScore : 44444444 111111111 22222222222222222 11111111111111 111111 1111111 111 11 222 1 333333 4444444444 33333333 222 11 1 1
lowQualScore : 33333333 4 88 0 55 000000000 55555555555555555 0 33 1 55555 00000000000000 666666 333 9999 2 2 4444 66666 33 555 2 33 33 33 6 4444 55 777777 5 1111111 4 55 0 6 3 44 555 3 1 888 666 55 000 1 0 333333 1 3333333333 33333333 111 88 5 0 6
lowQualScore : ........ . .. . .. ......... ................. . .. . ..... .............. ...... ... .... . . .... ..... .. ... . .. .. .. . .... .. ...... . ....... . .. . . . .. ... . . ... ... .. ... . . ...... . .......... ........ ... .. . . .
lowQualScore : 11111111 4 99 9 55 222222222 55555555555555555 1 77 2 44444 88888888888888 888888 999 4444 2 2 7777 22222 44 333 5 44 44 44 2 1111 11 000000 3 7777777 3 33 7 2 1 22 444 1 4 000 888 44 000 0 6 000000 0 0000000000 88888888 000 66 8 0 7
consensus : ACAGATAGA--CG--A-AGACGGACAGA-CG-GATAGA--CAGACAGATAG---A-----AAGACAGGC--GN-ACA---------GACGG--ACAGACA-G---A-G---ACG------GAC------A---GA----CA-GA-CAGACA----GA-----CA--GA-TA-G--A--CAG--ACAGATAGATAGACAGA-CG-GAC-GGACAG------GCAG-ACAGACG-----GACAGAC-AGACGGACG-AAC-AG--A---CA-GACAGACGGACAG-ACAGACGGATG-ACAGACGAATCGAC---GGANAGACAGA-CGGACCAACANAGCAGAAAACAACAGACGGTACGGCATGGACAG--GACA-AGACGACATGACTCGGACGGACAAGCATA
Reference ( family-248 ) : ACAGATAGA--CG-AA-AGACGGACAGA-CG-GATAGA--CAGACAGATAG---A-----AAGACAGGC--GN-ACA---------GACGG--ACAGACA-G---A-G---ACG------GAC------A---GA----CA-GA-CAGACA----GA-----CA--GA-TA-G--A--CAG--ACAGATAGATAGACAGA-CG-GAC-GGACAG------GCAG-ACAGACG-----GACAGAC-AGACGGACG-AAC-AG--A---CA-GACAGACGGACAG-ACAGACGGATG-ACAGACGAATCGAC---GGANAGACAGA-CGA--CAACANAGCAGAAAACAACAGACGGTACGGCATGGACAG--GACA-AGACGACATGACTCGGACGGACAAGCATA
gi|1 : ACAGATAGA--TGGAA-AGACAGACAGA-TG-GAAAGA--GAGACAGATGG---A-----AAGACAGAC--AC-ACA---------GATGA--ATAGACA-G---A-G---ATG------GGT------ATTAAA----CA-GA-TAGACA----GA-----TA--AA-TA-G--A--CAG--ACAGATGGAAAGACAGA-TG-GAT-GGACAG------ACAA-ATAAACG-----GATAGAC-AGATCGATG-AAT-AA--A---CA-GACAGATGGANTG-ACAGATGGATGTACAGACAAATAAAC---GGAGAGACAGATCGA--TGA-ATA---------AACAGACAG------ATGGACAGATGACACAAAC-ATAAGACTCAGAC-GACCAGCATA
gi|10 : -AAACAGATAGT-CA-GACAGA--CAGACATATAGTATA-----ATTATAGAC--AA-TCA---------GAGAG--ATAGATA-G---A-G---ACA------GAT------A---GA----CA-AT-CAGACA----TA-----CA--TA-TA-G--A--CAATCAGAGACAGATAGCCAGATCGAGAC-AGACAG------ACAG-TCAAA-------AACAGAT-AGTCAAATG-TGT-AGTAA---CA-GA
gi|11 : c------GAT------A---AA----CA-GA-CAGACT----GA-----CA--GA--G-G--A--CAA--ACAGATGAATGGATGAA-TA-AAC-AGAAAG------ACAG-ACAGATG-----GTCAGAC-AGATGAAGG-GAT-GG--ATTGTATGATAAATGGATAG-AAAGAtgtca
gi|12 : gagtgagtataaaccattGACAGG-C---ATAGC--TAGACAGACAG---A-----CAGACACGCTAGA-ACA----------ACGC--ACAGGCA-C---A-A---CTA------GAC------A---GA-----A-GA-CAGACA----GG-----C---GC-TA-G------GG--ACAGACAGCTAGACA----G-GACAGGGCAC------TTAG-ACAGA--------ACAGAC-A
gi|13 : G--A---CA-GACAGACGGACAG-GCAGACGGAT---CAGACG---CGAC---GGACAGAC-GA-CGGACCAACACAGCAG------ACAGACGGTACG----GGACA---GACA-AGACGACA-GA-TCGGACGGACAAGCA
gi|14 : G--A---CA-GACAGACGGACAG-GCAGACGGAT---CAGACG---CGAC---GGACAGAC-GA-CGGACCAACACAGCAG------ACAGACGGTACG----GGACA---GACA-AGACGACA-GA-TCGGACGGACAAGCAgagcacac
gi|15 : G--ACAAATA-G---G-G-----T------GAC------A---GA----CA-GA-CGGACA----GA-----CA--AA-CG-G--A--TAA--ACAGGGNNNNNNNNNGT-TT-GAG-TGACAA------ATAG-GGTGACA-----GACAGAC-AAACGGACA-AAC-Agagcacac
gi|16 : AC-GGACAG------ACAG-ACAGACG-----GATGGAT-GGACAGACG-AAC-GG--A---CG-GACGGACAG--AGTACATTTGAATG-ACA
gi|17 : ---GA----CA-GAGCAGACA----GA-----CA--GC-TA-G--A--CAG---CAGACAG-TAGACAGA-CC-AGC-TAACAG------GCAC-ACA---G-----GGCAGCCTAGACAGACA-CAC-Aatataatagcatttcaaattacaggttttgt
gi|18 : tgctagcagCAGATAG---A-----AAGACAGAG--GC-------------GATGA--ACAGACACG---ATG---ACA------AAC------A---GA----CA-TA-CAAACA----
gi|19 : tCAGATAG---A-----AAGACAGAG--GC-------------GATGA--ACAGACACG---ATG---ACA------AAC------A---GA----CA-TA-CAAACA----
gi|2 : tA-AGATGGACAGA-CA-AATTGA--CAATCAGGTAG---A-----AAGACAGGC---A-ACA---------GACGG--ACA-AC------A-G---ATG------GAC------A---GACCATCA-GA-TAGAAA----GA-----CA--G---A-A--A--CAA--CCAGATAG---GACAGA-TG-GAC-AGACAGTAT---GCAGAACAATCA-----GA-AGA--AGACGGAGGCAAC-AG--A---TA-GACAGATGGACAG----GACAGATG-ACAGACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA--GG--CAACAGA-CAGAAAACAACAGATAG-ACAGCATGGACAG--GAC--AGATGACATGAC
gi|3 : A-AGATGGACAGA-CA-AATTGA--CAATCAGGTAG---A-----AAGACAGGC---A-ACA---------GACGG--ACA-AC------A-G---ATG------GAC------A---GACCATCA-GA-TAGAAA----GA-----CA--G---A-A--A--CAA--CCAGATAG---GACAGA-TG-GAC-AGACAGTAT---GCAGAACAATCA-----GA-AGA--AGACGGAGGCAAC-AG--A---TA-GACAGATGGACAG----GACAGATG-ACAGACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA--GG--CAACAGA-CAGAAAACAACAGATAG-ACAGCATGGACAG--GAC--AGATGACATGAC
gi|4 : ---A-G---ACG------GGT------G---GA----CG-GA-CGGACA----GA-----CA--GA-CA-A--G--CAG--ACTGTTAGACAGATGGA-CG-GGT-AGACAA------ACAG-ACAGACA-----GATGGAC-GGACTAACA-AAC-AG--A---CA-GACAGATGGACGG-ACTAACAAACA-GCAGACA----GAC---GGAGAAA
gi|5 : ACAGATCGA--C-----AGTCGGACAGA-TG-GATAGA--CAGACAAACAT----------AGACAGGT--GG-ATA---------GNNNN--NNNNNNN-N---N-N---NNN------NNNNNNTCTA---GA----TA-GA-CAGACA----AA-----C----A-TA-G--A--CAG--GTGGATAGNNNNNNNNN-NN-NNN-NNNNNN------NNNG-GTGGATG-----GGCAAAC-ATACtgatatattgcatgcgtattccaatatttcattctgtttttcataatttcagccaaattttatttctttcaaaattttcaaaatgtaatttcttg
gi|6 : ATAG---A-----TAGACAAGT--TTGACA---------AATTG--ACAGACG-G---A-----ATG------G-T------A---GA----CAAGA-CA-ACAATTTGAAAAGCCAATGG-TA-G--G--CAG--ATCGACAAATTGGCAGG-TC-GAT-GGGTAG------GCAG-ATCGACAATTTTGACATGT-CGATGGGTA-GGC-AG--A---TC-GACAATTTGACAT-GTCGATGGGT----AGGCAGATCGAC---atacactttgacaagatatgacgatagtttgaaaggagatacatgtagtttgataggtcgacagtttgac
gi|7 : cagtttgacaagtcaGACAGACAAA-CA-GAGAAA--CAGACGAATAG---A-----AAGACAGGC-------A---------GACGG--ATAAA-A-G---G-GTATACA------GAC------A---CA----CA-GA-AAGACA----GG-----GA--GA-CG-G--A--TAA--AAAGGTAGACAGACACA-CA-GAA-AGACAG------GGAG-ACGGATG-----AAAAGGT-AGACAGACA-CAC-AG--T---AA-GACAGAAGGATAG-AAAGACAGG-G---AGACGGATAGAa
gi|8 : AGAGAGAGAG---A-----GAGAGAGGC--AC-ACACAGAAAAAAAAGAA--ATAGATA-G---A-A---ACG------CAC------A---GA----CA-AA-GAGAAT----G-------A--GA-TA-GAAA--CAG--ATAGATAGACAGAAAGA-CG-GGC-AGATAGATACATGTAG-ATAGAGA-----GAGAGAG-AGA-GTATG-AATGAG--A---CA-GATAGATAGTGAG-AGAGAGAGGTA-AC
gi|8 : agATAGATAGAAACG-CACAGACAAAGAGAATGAGATAGAAACAGATAGATA------------GACAG-------AAA---------GACGG--GCAGATA-G---A-T---ACA------TGT------A---GA----TA-GA-GAGAGA----GA-----GA--GAGTATG--AATGAG--ACAGATAGATAGcaataa
gi|9 : agagagagagagagagagaggcacacacagaaaaaaaagaa--CAGATAGTTAG---ATATTTAAG-CAGGC--AG-ACA---------GATAGGTACATGTA-GTTTA-A---ACA------GAG------A---GA----TA-GG-CATGTA----GT-----AA--GA-CA-G--A--CAG--ACAGACGGTTAGACAGA-CA-TAT-AGTAAG------ACAG-ACAGGTA-----GTTAAAC-AGACAGACA-AAC-AG--G---TA-GTTAAACAGACAG-ACAtgagagagagaggtaaccaataa
gi|9 : AAA-CA-GAGAGA--TAGGCATGTAG---T-----AAGACAGAC--AG-ACA---------GACGG--TTAGACA-G---A-C---ATATAGTAAGAC------A---GA----CA-GG-TAGTTA----AA-----CA--GA-CA-G--A--CAA--ACAGGTAGTTAAACAGA-CA-GAC-tatattgataagcaaat
Alignments
lowQualScore : 2222 22222222222 111111111 22222222222222222 11111111111111 111111 1111111 111 11 222 1 1 11 444444444444 33333333 222 11 1 1
lowQualScore : 3333 55555555555 0 55 000000000 22222222222222222 33 0 5 444 66666666666666 666666 333 9999 2 2 4444 6666666666666 2 33 33 33 6 5555 44 777777 5 1111111 3 66 0 6 3 44 555 3 0 888 333 11 333 1 0 3 33 222222222222 33333333 111 88 5 0 6
lowQualScore : .... ........... . .. ......... ................. .. . . ... .............. ...... ... .... . . .... ............. . .. .. .. . .... .. ...... . ....... . .. . . . .. ... . . ... ... .. ... . . . .. ............ ........ ... .. . . .
lowQualScore : 7777 77777777777 9 55 222222222 33333333333333333 44 5 0 444 44444444444444 888888 999 4444 2 2 7777 4444444444444 5 44 44 44 2 2222 00 000000 3 7777777 2 33 7 2 1 22 444 1 1 000 777 00 333 0 6 2 88 666666666666 88888888 000 66 8 0 7
consensus : ACAGATAGACG--AAGACGGACAGACG----------GATAGA--CAGACAGATAG---A-----AAGACAGGC--GN-ACA---------GACGG--ACAGACA-G---A-G---ACG------GAC------A---GA----CA-GA-CAGACA----GA-----CA--GA-TA-G--A--CAG--ACAGATAGATAGACAGA-CG-GAC-GGACAG------GCAG-ACAGACG-----GACAGAC-AGACGGACG-AAC-AG--A---CA-GACAGACGGACAG-ACAGACGGATG-ACAGACGAATCGAC---GGANAGACAGACGGACCAACANAGCAGAAAACAACAGACGGTACGGCATGGACAG--GACA-AGACGACATGACTCGGACGGACAAGCATA
Reference ( family-248 ) : ACAGATAGACG--AAGACGGACAGACG----------GATAGA--CAGACAGATAG---A-----AAGACAGGC--GN-ACA---------GACGG--ACAGACA-G---A-G---ACG------GAC------A---GA----CA-GA-CAGACA----GA-----CA--GA-TA-G--A--CAG--ACAGATAGATAGACAGA-CG-GAC-GGACAG------GCAG-ACAGACG-----GACAGAC-AGACGGACG-AAC-AG--A---CA-GACAGACGGACAG-ACAGACGGATG-ACAGACGAATCGAC---GGANAGACAGACGGACCAACANAGCAGAAAACAACAGACGGTACGGCATGGACAG--GACA-AGACGACATGACTCGGACGGACAAGCATA
gi|1 : ACAGATAGATGGAAAGACAGACAGATG----------GAAAGA--GAGACAGATGG---A-----AAGACAGAC--AC-ACA---------GATGA--ATAGACA-G---A-G---ATG------GGT------ATTAAA----CA-GA-TAGACA----GA-----TA--AA-TA-G--A--CAG--ACAGATGGAAAGACAGA-TG-GAT-GGACAG------ACAA-ATAAACG-----GATAGAC-AGATCGATG-AAT-AA--A---CA-GACAGATGGANTG-ACAGATGGATGTACAGACAAATAAAC---GGAGAGACAGATCGATGAATA-----------AACAGACAG------ATGGACAGATGACACAAAC-ATAAGACTCAGAC-GACCAGCATA
gi|10 : AAACAGATAGTCA----------GACAGA--CAGACATATAGTATA-----ATTATAGAC--AA-TCA---------GAGAG--ATAGATA-G---A-G---ACA------GAT------A---GA----CA-AT-CAGACA----TA-----CA--TA-TA-G--A--CAATCAGAGACAGATAGCCAGATCGAGAC-AGACAG------ACAG-TCAAA-------AACAGAT-AGTCAAATG-TGT-AGTAA---CA-GA
gi|11 : c------GAT------A---AA----CA-GA-CAGACT----GA-----CA--GA--G-G--A--CAA--ACAGATGAATGGATGAA-TA-AAC-AGAAAG------ACAG-ACAGATG-----GTCAGAC-AGATGAAGG-GAT-GG--ATTGTATGATAAATGGATAG-AAAGAtgtca
gi|12 : gagtgagtataaaccattGACAGGC------------ATAGC--TAGACAGACAG---A-----CAGACACGCTAGA-ACA----------ACGC--ACAGGCA-C---A-A---CTA------GAC------A---GA-----A-GA-CAGACA----GG-----C---GC-TA-G------GG--ACAGACAGCTAGACA----G-GACAGGGCAC------TTAG-ACAGA--------ACAGAC-A
gi|13 : G--A---CA-GACAGACGGACAG-GCAGACGGAT---CAGACG---CGAC---GGACAGAC-GACGGACCAACACAGCAG------ACAGACGGTACG----GGACA---GACA-AGACGACA-GA-TCGGACGGACAAGCA
gi|14 : G--A---CA-GACAGACGGACAG-GCAGACGGAT---CAGACG---CGAC---GGACAGAC-GACGGACCAACACAGCAG------ACAGACGGTACG----GGACA---GACA-AGACGACA-GA-TCGGACGGACAAGCAgagcacac
gi|15 : G--ACAAATA-G---G-G-----T------GAC------A---GA----CA-GA-CGGACA----GA-----CA--AA-CG-G--A--TAA--ACAGGGNNNNNNNNNGT-TT-GAG-TGACAA------ATAG-GGTGACA-----GACAGAC-AAACGGACA-AAC-Agagcacac
gi|16 : AC-GGACAG------ACAG-ACAGACG-----GATGGAT-GGACAGACG-AAC-GG--A---CG-GACGGACAG--AGTACATTTGAATG-ACA
gi|17 : ---GA----CA-GAGCAGACA----GA-----CA--GC-TA-G--A--CAG---CAGACAG-TAGACAGA-CC-AGC-TAACAG------GCAC-ACA---G-----GGCAGCCTAGACAGACA-CAC-Aatataatagcatttcaaattacaggttttgt
gi|18 : tgctagcagCAGATAG---A-----AAGACAGAG--GC-------------GATGA--ACAGACACG---ATG---ACA------AAC------A---GA----CA-TA-CAAACA----
gi|19 : tCAGATAG---A-----AAGACAGAG--GC-------------GATGA--ACAGACACG---ATG---ACA------AAC------A---GA----CA-TA-CAAACA----
gi|2 : t--AAGATGGACAGACA----------AATTGA--CAATCAGGTAG---A-----AAGACAGGC---A-ACA---------GACGG--ACA-AC------A-G---ATG------GAC------A---GACCATCA-GA-TAGAAA----GA-----CA--G---A-A--A--CAA--CCAGATAG---GACAGA-TG-GAC-AGACAGTAT---GCAGAACAATCA-----GA-AGA--AGACGGAGGCAAC-AG--A---TA-GACAGATGGACAG----GACAGATG-ACAGACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA-GG--CAACAGA-CAGAAAACAACAGATAG-ACAGCATGGACAG--GAC--AGATGACATGAC
gi|3 : --AAGATGGACAGACA----------AATTGA--CAATCAGGTAG---A-----AAGACAGGC---A-ACA---------GACGG--ACA-AC------A-G---ATG------GAC------A---GACCATCA-GA-TAGAAA----GA-----CA--G---A-A--A--CAA--CCAGATAG---GACAGA-TG-GAC-AGACAGTAT---GCAGAACAATCA-----GA-AGA--AGACGGAGGCAAC-AG--A---TA-GACAGATGGACAG----GACAGATG-ACAGACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA-GG--CAACAGA-CAGAAAACAACAGATAG-ACAGCATGGACAG--GAC--AGATGACATGAC
gi|4 : AGACGGGT--GG-ACG---------GACGG--ACAGACA-G---A------CA------AGC------A---GA----CT-GT-TAGACA----GA-----TG--GA-CG-G--G--TAG--ACAAACAGACAGACAGA-TG-GAC-GGACTA------ACAA-ACAGACA-----GACAGAT-GGACGGACT-AAC-AA--A---CA-G-----CAGACAG-ACGGAGAAATG-ATA
gi|5 : ACAGATCGAC----AGTCGGACAGATG----------GATAGA--CAGACAAACAT----------AGACAGGT--GG-ATA---------GNNNN--NNNNNNN-N---N-N---NNN------NNNNNNTCTA---GA----TA-GA-CAGACA----AA-----C----A-TA-G--A--CAG--GTGGATAGNNNNNNNNN-NN-NNN-NNNNNN------NNNG-GTGGATG-----GGCAAAC-ATACtattgcatgcgtattccaatatttcattctgtttttcataatttcagccaaattttatttctttcaaaattttcaaaatgtaatttcttg
gi|6 : ATAG---A-----TAGACAAGT--TTGACA---------AATTG--ACAGACG-G---A-----ATG------G-T------A---GA----CAAGA-CA-ACAATTTGAAAAGCCAATGG-TA-G--G--CAG--ATCGACAAATTGGCAGG-TC-GAT-GGGTAG------GCAG-ATCGACAATTTTGACATGT-CGATGGGTA-GGC-AG--A---TC-GACAATTTGACAT-GTCGATGGGT----AGGCAGATCGAC---atacactttgacaagatatgacgatagtttgaaaggagatacatgtagtttgataggtcgacagtttgac
gi|7 : cagtttgacaagtcaGACAGACAAACA----------GAGAAA--CAGACGAATAG---A-----AAGACAGGC-------A---------GACGG--ATAAA-A-G---G-GTATACA------GAC------A---CA----CA-GA-AAGACA----GG-----GA--GA-CG-G--A--TAA--AAAGGTAGACAGACACA-CA-GAA-AGACAG------GGAG-ACGGATG-----AAAAGGT-AGACAGACA-CAC-AG--T---AA-GACAGAAGGATAG-AAAGACAGG-G---AGACGGATAGAa
gi|8 : AGAGAGAGAG---A-----GAGAGAGGC--AC-ACACAGAAAAAAAAGAA--ATAGATA-G---A-A---ACG------CAC------A---GA----CA-AA-GAGAAT----G-------A--GA-TA-GAAA--CAG--ATAGATAGACAGAAAGA-CG-GGC-AGATAGATACATGTAG-ATAGAGA-----GAGAGAG-AGA-GTATG-AATGAG--A---CA-GATAGATAGTGAG-AGAGAGAGGTA-AC
gi|8 : agAAATAGATA--GAAACGCACAGACAAAGAGAATGAGATAGAAACAGATAGATA------------GACAG-------AAA---------GACGG--GCAGATA-G---A-T---ACA------TGT------A---GA----TA-GA-GAGAGA----GA-----GA--GAGTATG--AATGAG--ACAGATAGATAGcaataa
gi|9 : agagagagagagagagagaggcacacacagaaaaaaaag--CAGATAGTTAG---ATATTTAAG-CAGGC--AG-ACA---------GATAGGTACATGTA-GTTTA-A---ACA------GAG------A---GA----TA-GG-CATGTA----GT-----AA--GA-CA-G--A--CAG--ACAGACGGTTAGACAGA-CA-TAT-AGTAAG------ACAG-ACAGGTA-----GTTAAAC-AGACAGACA-AAC-AG--G---TA-GTTAAACAGACAG-ACAtgagagagagaggtaaccaataa
gi|9 : AAACA----------GAGAGA--TAGGCATGTAG---T-----AAGACAGAC--AG-ACA---------GACGG--TTAGACA-G---A-C---ATATAGTAAGAC------A---GA----CA-GG-TAGTTA----AA-----CA--GA-CA-G--A--CAA--ACAGGTAGTTAAACAGA-CA-GAC-tatattgataagcaaat
Alignments
lowQualScore : 2222 22222222222 111111111 22222222222222222 11111111111111 111111 1111111 111 11 222 1 1 11 444444444444 33333333 222 11 1 1
lowQualScore : 3333 55555555555 0 55 000000000 22222222222222222 33 0 5 444 66666666666666 666666 333 9999 2 2 4444 6666666666666 2 33 33 33 6 5555 44 777777 5 1111111 3 66 0 6 3 44 555 3 0 888 333 11 333 1 0 3 33 222222222222 33333333 111 88 5 0 6
lowQualScore : .... ........... . .. ......... ................. .. . . ... .............. ...... ... .... . . .... ............. . .. .. .. . .... .. ...... . ....... . .. . . . .. ... . . ... ... .. ... . . . .. ............ ........ ... .. . . .
lowQualScore : 7777 77777777777 9 55 222222222 33333333333333333 44 5 0 444 44444444444444 888888 999 4444 2 2 7777 4444444444444 5 44 44 44 2 2222 00 000000 3 7777777 2 33 7 2 1 22 444 1 1 000 777 00 333 0 6 2 88 666666666666 88888888 000 66 8 0 7
consensus : ACAGATAGACG--AAGACGGACAGACG----------GATAGA--CAGACAGATAG---A-----AAGACAGGC--GN-ACA---------GACGG--ACAGACA-G---A-G---ACG------GAC------A---GA----CA-GA-CAGACA----GA-----CA--GA-TA-G--A--CAG--ACAGATAGATAGACAGA-CG-GAC-GGACAG------GCAG-ACAGACG-----GACAGAC-AGACGGACG-AAC-AG--A---CA-GACAGACGGACAG-ACAGACGGATG-ACAGACGAATCGAC---GGANAGACAGACGGACCAACANAGCAGAAAACAACAGACGGTACGGCATGGACAG--GACA-AGACGACATGACTCGGACGGACAAGCATA
Reference ( family-248 ) : ACAGATAGACG--AAGACGGACAGACG----------GATAGA--CAGACAGATAG---A-----AAGACAGGC--GN-ACA---------GACGG--ACAGACA-G---A-G---ACG------GAC------A---GA----CA-GA-CAGACA----GA-----CA--GA-TA-G--A--CAG--ACAGATAGATAGACAGA-CG-GAC-GGACAG------GCAG-ACAGACG-----GACAGAC-AGACGGACG-AAC-AG--A---CA-GACAGACGGACAG-ACAGACGGATG-ACAGACGAATCGAC---GGANAGACAGACGGACCAACANAGCAGAAAACAACAGACGGTACGGCATGGACAG--GACA-AGACGACATGACTCGGACGGACAAGCATA
gi|1 : ACAGATAGATGGAAAGACAGACAGATG----------GAAAGA--GAGACAGATGG---A-----AAGACAGAC--AC-ACA---------GATGA--ATAGACA-G---A-G---ATG------GGT------ATTAAA----CA-GA-TAGACA----GA-----TA--AA-TA-G--A--CAG--ACAGATGGAAAGACAGA-TG-GAT-GGACAG------ACAA-ATAAACG-----GATAGAC-AGATCGATG-AAT-AA--A---CA-GACAGATGGANTG-ACAGATGGATGTACAGACAAATAAAC---GGAGAGACAGATCGATGAATA-----------AACAGACAG------ATGGACAGATGACACAAAC-ATAAGACTCAGAC-GACCAGCATA
gi|10 : AAACAGATAGTCA----------GACAGA--CAGACATATAGTATA-----ATTATAGAC--AA-TCA---------GAGAG--ATAGATA-G---A-G---ACA------GAT------A---GA----CA-AT-CAGACA----TA-----CA--TA-TA-G--A--CAATCAGAGACAGATAGCCAGATCGAGAC-AGACAG------ACAG-TCAAA-------AACAGAT-AGTCAAATG-TGT-AGTAA---CA-GA
gi|11 : c------GAT------A---AA----CA-GA-CAGACT----GA-----CA--GA--G-G--A--CAA--ACAGATGAATGGATGAA-TA-AAC-AGAAAG------ACAG-ACAGATG-----GTCAGAC-AGATGAAGG-GAT-GG--ATTGTATGATAAATGGATAG-AAAGAtgtca
gi|12 : gagtgagtataaaccattGACAGGC------------ATAGC--TAGACAGACAG---A-----CAGACACGCTAGA-ACA----------ACGC--ACAGGCA-C---A-A---CTA------GAC------A---GA-----A-GA-CAGACA----GG-----C---GC-TA-G------GG--ACAGACAGCTAGACA----G-GACAGGGCAC------TTAG-ACAGA--------ACAGAC-A
gi|13 : G--A---CA-GACAGACGGACAG-GCAGACGGAT---CAGACG---CGAC---GGACAGAC-GACGGACCAACACAGCAG------ACAGACGGTACG----GGACA---GACA-AGACGACA-GA-TCGGACGGACAAGCA
gi|14 : G--A---CA-GACAGACGGACAG-GCAGACGGAT---CAGACG---CGAC---GGACAGAC-GACGGACCAACACAGCAG------ACAGACGGTACG----GGACA---GACA-AGACGACA-GA-TCGGACGGACAAGCAgagcacac
gi|15 : G--ACAAATA-G---G-G-----T------GAC------A---GA----CA-GA-CGGACA----GA-----CA--AA-CG-G--A--TAA--ACAGGGNNNNNNNNNGT-TT-GAG-TGACAA------ATAG-GGTGACA-----GACAGAC-AAACGGACA-AAC-Agagcacac
gi|16 : AC-GGACAG------ACAG-ACAGACG-----GATGGAT-GGACAGACG-AAC-GG--A---CG-GACGGACAG--AGTACATTTGAATG-ACA
gi|17 : ---GA----CA-GAGCAGACA----GA-----CA--GC-TA-G--A--CAG---CAGACAG-TAGACAGA-CC-AGC-TAACAG------GCAC-ACA---G-----GGCAGCCTAGACAGACA-CAC-Aatataatagcatttcaaattacaggttttgt
gi|18 : tgctagcagCAGATAG---A-----AAGACAGAG--GC-------------GATGA--ACAGACACG---ATG---ACA------AAC------A---GA----CA-TA-CAAACA----
gi|19 : tCAGATAG---A-----AAGACAGAG--GC-------------GATGA--ACAGACACG---ATG---ACA------AAC------A---GA----CA-TA-CAAACA----
gi|2 : t--AAGATGGACAGACA----------AATTGA--CAATCAGGTAG---A-----AAGACAGGC---A-ACA---------GACGG--ACA-AC------A-G---ATG------GAC------A---GACCATCA-GA-TAGAAA----GA-----CA--G---A-A--A--CAA--CCAGATAG---GACAGA-TG-GAC-AGACAGTAT---GCAGAACAATCA-----GA-AGA--AGACGGAGGCAAC-AG--A---TA-GACAGATGGACAG----GACAGATG-ACAGACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA-GG--CAACAGA-CAGAAAACAACAGATAG-ACAGCATGGACAG--GAC--AGATGACATGAC
gi|3 : --AAGATGGACAGACA----------AATTGA--CAATCAGGTAG---A-----AAGACAGGC---A-ACA---------GACGG--ACA-AC------A-G---ATG------GAC------A---GACCATCA-GA-TAGAAA----GA-----CA--G---A-A--A--CAA--CCAGATAG---GACAGA-TG-GAC-AGACAGTAT---GCAGAACAATCA-----GA-AGA--AGACGGAGGCAAC-AG--A---TA-GACAGATGGACAG----GACAGATG-ACAGACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA-GG--CAACAGA-CAGAAAACAACAGATAG-ACAGCATGGACAG--GAC--AGATGACATGAC
gi|4 : AGACGGGT--GG-ACG---------GACGG--ACAGACA-G---A------CA------AGC------A---GA----CT-GT-TAGACA----GA-----TG--GA-CG-G--G--TAG--ACAAACAGACAGACAGA-TG-GAC-GGACTA------ACAA-ACAGACA-----GACAGAT-GGACGGACT-AAC-AA--A---CA-G-----CAGACAG-ACGGAGAAATG-ATA
gi|5 : ACAGATCGAC----AGTCGGACAGATG----------GATAGA--CAGACAAACAT----------AGACAGGT--GG-ATA---------GNNNN--NNNNNNN-N---N-N---NNN------NNNNNNTCTA---GA----TA-GA-CAGACA----AA-----C----A-TA-G--A--CAG--GTGGATAGNNNNNNNNN-NN-NNN-NNNNNN------NNNG-GTGGATG-----GGCAAAC-ATACtattgcatgcgtattccaatatttcattctgtttttcataatttcagccaaattttatttctttcaaaattttcaaaatgtaatttcttg
gi|6 : ATAG---A-----TAGACAAGT--TTGACA---------AATTG--ACAGACG-G---A-----ATG------G-T------A---GA----CAAGA-CA-ACAATTTGAAAAGCCAATGG-TA-G--G--CAG--ATCGACAAATTGGCAGG-TC-GAT-GGGTAG------GCAG-ATCGACAATTTTGACATGT-CGATGGGTA-GGC-AG--A---TC-GACAATTTGACAT-GTCGATGGGT----AGGCAGATCGAC---atacactttgacaagatatgacgatagtttgaaaggagatacatgtagtttgataggtcgacagtttgac
gi|7 : cagtttgacaagtcaGACAGACAAACA----------GAGAAA--CAGACGAATAG---A-----AAGACAGGC-------A---------GACGG--ATAAA-A-G---G-GTATACA------GAC------A---CA----CA-GA-AAGACA----GG-----GA--GA-CG-G--A--TAA--AAAGGTAGACAGACACA-CA-GAA-AGACAG------GGAG-ACGGATG-----AAAAGGT-AGACAGACA-CAC-AG--T---AA-GACAGAAGGATAG-AAAGACAGG-G---AGACGGATAGAa
gi|8 : AGAGAGAGAG---A-----GAGAGAGGC--AC-ACACAGAAAAAAAAGAA--ATAGATA-G---A-A---ACG------CAC------A---GA----CA-AA-GAGAAT----G-------A--GA-TA-GAAA--CAG--ATAGATAGACAGAAAGA-CG-GGC-AGATAGATACATGTAG-ATAGAGA-----GAGAGAG-AGA-GTATG-AATGAG--A---CA-GATAGATAGTGAG-AGAGAGAGGTA-AC
gi|8 : agAAATAGATA--GAAACGCACAGACAAAGAGAATGAGATAGAAACAGATAGATA------------GACAG-------AAA---------GACGG--GCAGATA-G---A-T---ACA------TGT------A---GA----TA-GA-GAGAGA----GA-----GA--GAGTATG--AATGAG--ACAGATAGATAGcaataa
gi|9 : agagagagagagagagagaggcacacacagaaaaaaaag--CAGATAGTTAG---ATATTTAAG-CAGGC--AG-ACA---------GATAGGTACATGTA-GTTTA-A---ACA------GAG------A---GA----TA-GG-CATGTA----GT-----AA--GA-CA-G--A--CAG--ACAGACGGTTAGACAGA-CA-TAT-AGTAAG------ACAG-ACAGGTA-----GTTAAAC-AGACAGACA-AAC-AG--G---TA-GTTAAACAGACAG-ACAtgagagagagaggtaaccaataa
gi|9 : AAACA----------GAGAGA--TAGGCATGTAG---T-----AAGACAGAC--AG-ACA---------GACGG--TTAGACA-G---A-C---ATATAGTAAGAC------A---GA----CA-GG-TAGTTA----AA-----CA--GA-CA-G--A--CAA--ACAGGTAGTTAAACAGA-CA-GAC-tatattgataagcaaat
blockSeqs : TA AAAGAGAATGA AA ATATTT ACACACAGAAAAAA GT C TTT CATATAGTAA NNNTCT . CCAT A G ATTT AAAGCCAATGGT T AA AT TC A TCGA AG ATACAT A CAATTTT C CT C G TA TTG T TAC GA TA ATA C A C AC GACAGAAAACA ACAGCAT G A T C G
blockSeqs : C A . TATA TAGAACA . C . GTATACA . . CCAT . . . GAGAGT . . . . A TA A TAT A TG C T C . . . . AA GA TA ATA C A C AC GACAGAAAACA ACAGCAT G A T C G
blockSeqs : A . A TTGACA . . . TGACA . . . . . . CATAT . . . . C TT A TAT . CA C C . . . . . GC GA AG . A . . . CAGCAG TACG . . . .
blockSeqs : A . A AATCA . . . TGACA . . . . . . CAAAC . . . . N CC T . . CG C C . . . . . GC GA GG . A . . . CAGCAG TACG . . . .
blockSeqs : G . A GGACG . . . GACA . . . . . . CAGCT . . . . A TG G . . CA T C . . . . . AC AA G .
blockSeqs : A . A GGATA . . . ACTA . . . . . . TGGAC . . . . N TG T . . CA C T . . . . . GT G G
blockSeqs : A . A AGACA . . . GATG . . . . . . GAGAC . . . . A TG A . . CA C T . . . . . AA .
blockSeqs : . . A AGACA . . . GATG . . . . . . AAGAC . . . . A NN A . . TG C C . . . . . AG .
blockSeqs : . A AACA . . . NNNN . . . . . . CAGAC . . . . A TC G . . TG C T . . . . . AC .
blockSeqs : A AACA . . . AACG . . . . . . CAGA . . . . A CA N . . GA A T . . . . . .
blockSeqs : T AAA . . . TACA . . . . . . CGCT . . . . T CG G . . TA G G . . . . . .
blockSeqs : . GC . . . AACA . . . . . . AGAT . . . . T CA A . . G T C . . . . .
blockSeqs : . GC . . . ATG . . . . . . CAG . . . . . CA A . . . . .
blockSeqs : A . . . GT . . . . . . CAG . . . . . G A . . . . .
blockSeqs : . . . CA . . . . . . CAT . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : *** GA* ** CAGCAG****** TACG**** *** **
originalCons : ACAGATAGACG--AAGACGGACAGACG----------GATAGA--CAGACAGATAG---A-----AAGACAGGC--GN-ACA---------GACGG--ACAGACA-G---A-G---ACG------GAC------A---GA----CA-GA-CAGACA----GA-----CA--GA-TA-G--A--CAG--ACAGATAGATAGACAGA-CG-GAC-GGACAG------GCAG-ACAGACG-----GACAGAC-AGACGGACG-AAC-AG--A---CA-GACAGACGGACAG-ACAGACGGATG-ACAGACGAATCGAC---GGANAGACAGACGGACCAACANAGCAGAAAACAACAGACGGTACGGCATGGACAG--GACA-AGACGACATGACTCGGACGGACAAGCATA
finalCons : ACAGATAGACG--AAGACGGACAGACG----------GATAGA--CAGACAGATAG---A-----AAGACAGGC--GN-ACA---------GACGG--ACAGACA-G---A-G---ACG------GAC------A---GA----CA-GA-CAGACA----GA-----CA--GA-TA-G--A--CAG--ACAGATAGATAGACAGA-CG-GAC-GGACAG------GCAG-ACAGACG-----GACAGAC-AGACGGACG-AAC-AG--A---CA-GACAGACGGACAG-ACAGACGGATGA-CAGACGAATCGAC---GGANAGACAGACGG--CAACACAGCAG------ACAGACGGTACG----GGACA---GAC--AGACGACATGACTCGGACGGACAAGCATA
Alignments
lowQualScore : 2222 22222222222 33333333333333333 1111111111111111111 1111 1111111 1111111 111 111 11 222 1 22222222 666666666 1111 11 1 1 1
lowQualScore : 3333 88888888888 66 77777 2 00000000000000000 5 3333333333333333333 444 0000 2 2 5555 9999999999999 2 33 33 33 77 5555 44 7777777 5 0000000 2 66 1 6 3 44 555 3 1 000 333 11 333 1 0 44444444 444444444 6 4444 66 6 5 0 6
lowQualScore : .... ........... .. ..... . ................. . ................... ... .... . . .... ............. . .. .. .. .. .... .. ....... . ....... . .. . . . .. ... . . ... ... .. ... . . ........ ......... . .... .. . . . .
lowQualScore : 7777 11111111111 11 33333 9 11111111111111111 3 4444444444444444444 111 0000 4 4 0000 1111111111111 7 77 77 77 33 9999 22 5555555 3 7777777 1 33 9 2 1 22 444 1 0 555 777 00 333 0 6 44444444 000000000 8 2222 88 0 8 0 7
consensus : ACAGATAGACG--AAGACGGACAGACG----------GATAGA--CAGACAGATAG---AAAG-ACAGGC--GN-ACA---------GACGGACAGACA-GA-G---ACGGA--C------A---GA----CA-GA-CAGACA----GA-----CA--GA-TA-G--A--CAG--ACAGATAGATAGACAGA-CG-GAC-GGACAG------GCAG-ACAGACG-----GACAGAC-AGACGGACG-AAC-AG--A---CA-GACAGACGGACAG-ACAGACGGATG-ACAGACGAATCGAC---GGANAGACAGA-CGGACC-AACAGACAGAAAACAACAGACAGACGGCACGG--GACAGGACAAGACGACATGACTCGGACGGACAAGCATA
Reference ( family-248 ) : ACAGATAGACG--AAGACGGACAGACG----------GATAGA--CAGACAGATAG---AAAG-ACAGGC--GN-ACA---------GACGGACAGACA-GA-G---ACGGA--C------A---GA----CA-GA-CAGACA----GA-----CA--GA-TA-G--A--CAG--ACAGATAGATAGACAGA-CG-GAC-GGACAG------GCAG-ACAGACG-----GACAGAC-AGACGGACG-AAC-AG--A---CA-GACAGACGGACAG-ACAGACGGATG-ACAGACGAATCGAC---GGANAGACAGA-CGG--C-AAC---------ACAGCAGACAGACGGTACGG--GACA-GAC-AGACGACATGACTCGGACGGACAAGCATA
gi|1 : ACAGATAGATGGAAAGACAGACAGATG----------GAAAGA--GAGACAGATGG---AAAG-ACAGAC--AC-ACA---------GATGAATAGACA-GA-G---ATGGG--T------ATTAAA----CA-GA-TAGACA----GA-----TA--AA-TA-G--A--CAG--ACAGATGGAAAGACAGA-TG-GAT-GGACAG------ACAA-ATAAACG-----GATAGAC-AGATCGATG-AAT-AA--A---CA-GACAGATGGANTG-ACAGATGGATGTACAGACAAATAAAC---GGAGAGACAGATCGA--TGAAT---------A-AACAGACAGATGG-ACAGATGAC---AC-AAAC-ATAAGACTCAGAC-GACCAGCATA
gi|10 : AAACAGATAGTCA----------GACAGA--CAGACATATAGTATAATT-ATAGAC--AA-TCA---------GAGAGATAGATA-GA-G---ACAGA--T------A---GA----CA-AT-CAGACA----TA-----CA--TA-TA-G--A--CAATCAGAGACAGATAGCCAGATCGAGAC-AGACAG------ACAG-TCAAA-------AACAGAT-AGTCAAATG-TGT-AGTAA---CA-GA
gi|11 : cGA--T------A---AA----CA-GA-CAGACT----GA-----CA--GA--G-G--A--CAA--ACAGATGAATGGATGAA-TA-AAC-AGAAAG------ACAG-ACAGATG-----GTCAGAC-AGATGAAGG-GAT-GG--ATTGTATGATAAATGGATAG-AAAGAtgtca
gi|12 : gagtgagtataaaccattGACAGGC------------ATAGC--TAGACAGACAG---ACAG-ACACGCTAGA-ACA----------ACGCACAGGCA-CA-A---CTAGA--C------A---GA-----A-GA-CAGACA----GG-----C---GC-TA-G------GG--ACAGACAGCTAGACA----G-GACAGGGCAC------TTAG-ACAGA--------ACAGAC-A
gi|13 : G--A---CA-GACAGACGGACAG-GCAGACGGAT---CAGACG---CGAC---GGACAGAC-GA-CGGACC-AAC---------ACAGCAGACAGACGGTACGG--GACA-GACAAGACGACA-GA-TCGGACGGACAAGCA
gi|14 : G--A---CA-GACAGACGGACAG-GCAGACGGAT---CAGACG---CGAC---GGACAGAC-GA-CGGACC-AAC---------ACAGCAGACAGACGGTACGG--GACA-GACAAGACGACA-GA-TCGGACGGACAAGCAgagcacac
gi|15 : GACAAATA-GG-G-----TGA--C------A---GA----CA-GA-CGGACA----GA-----CA--AA-CG-G--A--TAA--ACAGGGNNNNNNNNNGT-TT-GAG-TGACAA------ATAG-GGTGACA-----GACAGAC-AAACGGACA-AAC-Agagcacac
gi|16 : AC-GGACAG------ACAG-ACAGACG-----GATGGAT-GGACAGACG-AAC-GG--A---CG-GACGGACAG--AGTACATTTGAATG-ACA
gi|17 : ---GA----CA-GAGCAGACA----GA-----CA--GC-TA-G--A--CAG---CAGACAG-TAGACAGA-CC-AGC-TAACAG------GCAC-ACA---G-----GGCAGCCTAGACAGACA-CAC-Aatataatagcatttcaaattacaggttttgt
gi|18 : tgctagcagCAGATAG---AAAG-ACAGAG--GC-------------GATGAACAGACACGATG---ACAAA--C------A---GA----CA-TA-CAAACA----
gi|19 : tCAGATAG---AAAG-ACAGAG--GC-------------GATGAACAGACACGATG---ACAAA--C------A---GA----CA-TA-CAAACA----
gi|2 : t--AAGATGGACAGACA----------AATTGA--CAATCAGGTAG---AAAG-ACAGGC---A-ACA---------GACGGACA-AC---A-G---ATGGA--C------A---GACCATCA-GA-TAGAAA----GA-----CA--G---A-A--A--CAA--CCAGATAG---GACAGA-TG-GAC-AGACAGTAT---GCAGAACAATCA-----GA-AGA--AGACGGAGGCAAC-AG--A---TA-GACAGATGGACAG----GACAGATG-ACAGACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA--GG--C-AACAGACAGAAAACAACAGATAGACAGCAT-G--GACAGGAC-AGATGACATGAC
gi|3 : --AAGATGGACAGACA----------AATTGA--CAATCAGGTAG---AAAG-ACAGGC---A-ACA---------GACGGACA-AC---A-G---ATGGA--C------A---GACCATCA-GA-TAGAAA----GA-----CA--G---A-A--A--CAA--CCAGATAG---GACAGA-TG-GAC-AGACAGTAT---GCAGAACAATCA-----GA-AGA--AGACGGAGGCAAC-AG--A---TA-GACAGATGGACAG----GACAGATG-ACAGACTAATCAGCATAGGAAAGACAGA--GG--C-AACAGACAGAAAACAACAGATAGACAGCAT-G--GACAGGAC-AGATGACATGAC
gi|4 : AG-ACGGGT--GG-ACG---------GACGGACAGACA-GA------CAAG--C------A---GA----CT-GT-TAGACA----GA-----TG--GA-CG-G--G--TAG--ACAAACAGACAGACAGA-TG-GAC-GGACTA------ACAA-ACAGACA-----GACAGAT-GGACGGACT-AAC-AA--A---CA-G-----CAGACAG-ACGGAGAAATG-ATA
gi|5 : ACAGATCGAC----AGTCGGACAGATG----------GATAGA--CAGACAAACAT-----AG-ACAGGT--GG-ATA---------GNNNNNNNNNNN-NN-N---NNNNN--NNNNTCTA---GA----TA-GA-CAGACA----AA-----C----A-TA-G--A--CAG--GTGGATAGNNNNNNNNN-NN-NNN-NNNNNN------NNNG-GTGGATG-----GGCAAAC-ATACtattgcatgcgtattccaatatttcattctgtttttcataatttcagccaaattttatttctttcaaaattttcaaaatgtaatttcttg
gi|6 : ATAG---ATAG-ACAAGT--TTGACA---------AATTGACAGACG-GA-----ATGG---T------A---GA----CAAGA-CA-ACAATTTGAAAAGCCAATGG-TA-G--G--CAG--ATCGACAAATTGGCAGG-TC-GAT-GGGTAG------GCAG-ATCGACAATTTTGACATGT-CGATGGGTA-GGC-AG--A---TC-GACAATTTGACAT-GTCGATGGGT----AGGCAGATCGAC---atacactttgacaagatatgacgatagtttgaaaggagatacatgtagtttgataggtcgacagtttgac
gi|7 : cagtttgacaagtcaGACAGACAAACA----------GAGAAA--CAGACGAATAG---AAAG-ACAGGC-------A---------GACGGATAAA-A-GG-GTATACAGA--C------A---CA----CA-GA-AAGACA----GG-----GA--GA-CG-G--A--TAA--AAAGGTAGACAGACACA-CA-GAA-AGACAG------GGAG-ACGGATG-----AAAAGGT-AGACAGACA-CAC-AG--T---AA-GACAGAAGGATAG-AAAGACAGG-G---AGACGGATAGAa
gi|8 : AGAGAGAGAG---AGAG-AGAGGC--AC-ACACAGAAAAAAAAGAAATAGATA-GA-A---ACGCA--C------A---GA----CA-AA-GAGAAT----G-------A--GA-TA-GAAA--CAG--ATAGATAGACAGAAAGA-CG-GGC-AGATAGATACATGTAG-ATAGAGA-----GAGAGAG-AGA-GTATG-AATGAG--A---CA-GATAGATAGTGAG-AGAGAGAGGTA-AC
gi|8 : agAAATAGATA--GAAACGCACAGACAAAGAGAATGAGATAGAAACAGATAGATA-------G-ACAG-------AAA---------GACGGGCAGATA-GA-T---ACATG--T------A---GA----TA-GA-GAGAGA----GA-----GA--GAGTATG--AATGAG--ACAGATAGATAGcaataa
gi|9 : agagagagagagagagagaggcacacacagaaaaaaaagAGG--CAGACAGATAG------GTACATGTA-GT-TTA---------AACAGAGAGATA-GG-C---ATGTAGTA------A---GA----CA-GA-CAGACA----GA-----CG--GT-TA-G--A--CAG--ACATATAG-TA---AGA-CA-GAC-AGGTAG------TTAA-ACAGACA-----GACAAAC-AGGTAGTTA-AAC-AG--A---CA-GACAtgagagagagaggtaaccaataa