lowQualScore : 11 1 1111111 222222222222222
lowQualScore : 33 33333 3 0 1111 3333333 0 0 1111 111 2222222 2 1111 333333333 0 111 33 1 3333333 0 0 2222 6666666666666666 0 222222 0 1111 000000000000000 1 33
lowQualScore : .. ..... . . .... ....... . . .... ... ....... . .... ......... . ... .. . ....... . . .... ................ . ...... . .... ............... . ..
lowQualScore : 22 55555 2 8 7777 5555555 8 7 6666 333 4444444 1 6666 000000000 7 333 33 5 3333333 8 8 5555 7777777777777777 8 333333 8 7777 333333333333333 0 66
consensus : TTTGT-AGAAAC-----GAGATA-G----A-------A-TGC-AAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-A---TG-TCA-C--G----A-A-A----A--T--T---A------T-A------T-AT----T-A-------------TTGAGAA-ACGTCGCGTACA
Reference ( gi|23 ) : TTTGG-AGAAAC-----AATATA-G----A-------A-TGC-AAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-A---TA-TCA-C--G----A-A-A----A--T--T---A------T-A------T-AT----T-T-------------TTGAGAA-ACGTCATGTACA
gi|12 : TTTGT-AGAAAT-----GAGACA-G----A-------A-TGC-AAG----TGAA---TT-------GCAAGT----GAATTGTACGTA-A---TA-TCA-C--GA---A-A-A----A--T--T---A------C-A------T-A---------------------TTGAGAA-ACGTTGCATAC
gi|38 : tTCTGT-AGAAAT-----GA-----G----A-------G-TGC-ACG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-G---TA-GCA-C--GA---A-A-A----A--T--T---A------T-A------G-AT----T-T-------------TTGCAAA-ACATCAg
gi|31 : TTTGT-ACAAAC-----GAGATA-G----A-------A-TGC-ATG----TTAA---AT-------GTACGT----AC---------A-A---TG-TCT-C--GA---A-A-A----A--T--T---A------T-A------T-AT----T-A-------------TTGAGAA-ACGTca
gi|32 : ttTTTGT-AGAAAT-----GGGATA-G----A-------A-TAC-CAG----TAAA---TT-------GTACAT----GA---------A-A---TA-TCA-T-------------------T--T---G------C-A------T-AT----T-A-------------TGGAGAA-ACGTTGCGTA
gi|22 : gtTTTGT-AAAAAT-----AAGACA-G----G-------A-TGT-AAA----TGAA---TT-------GTATGT----AA---------C-A---TG-TCA-C--A----A-A-A----A--T--T-------------------T-AT----T-TCA-----------TCGAAGA-ACATCACATAC
gi|13 : TTTGG-AAAAACGTACGAA-ATG-G----A-------A-TG---AC----TGAA---TC-------GTATGT----GA---------A-A---TG-TCA-T--GA---A-A-A----A--T--T---A------T-A------T-AT----T-A-------------TTGAGAA----TCATgtc
gi|24 : ttTTTGGTAAAAAC-----AATATC-A----G-------A-TGT-AAG----C-AG---TT-------GTACCT----GA---------A-A---TA-TCA-C--G----A-A-A----C--T--G---A------T-A--------AT----G-A-------------TTAAGAA-ATGTCGCGTtgcatatgtc
gi|11 : tTTTGT-AAAAAT-----AAGACA-G----G-------A-TGC-AAA----TGAA---TT-------GTGTGT----AA---------C-A---TG-TCA-C--G----A-A-A----G--T--T---A------T-A------ttg
gi|55 : TTTGT-AGAAAC-----AATATT-G----GCTGTTGGA-TGT-AAG----TGAA---CT-------GTACCT----GA---------A-A---TA-TCA-C--G----aaaaatttattatctcgtcaaagaacatcacata
gi|41 : TTTGT-AGAAAT-----GAAAGA-G----A-------C-GGC-AAG----TGAT---TT-------GTACAC----AA---------A-A---TG-TCA-T--G----A-A-A----A---------------------------AT----T-A-------------TTGAGAA-ATGTC
gi|30 : tttTTTTA-AGAAAT-----GAGACA--------------A-TGC-AAG----TGAA---CT-------GTAAAT----GA---------A-A---TG-TCA-T--A----A-A------------------------------------------T-------------TTGAGAA-ATGTCTTGTACA
gi|18 : ttTTTGT-AGAAAC-----GAGATA-G----A-------AATGC-AAG----TGAA---TT-------ATACAC----GA---------ATA---CA-T---T--G----A-A-G----G--A--C---A------T-A------T-AC----TAT-------------TCGAGAA-ACATtgtatcac
gi|9 : attTTTGT-AGAAAT-----AAAATA-G----G-------A-TGT-AAG----TGAA---TT-------TTACCT----GA---------A-T---TA-TGA-T--A----A-A-A----A---------A------A-A------C-AT----T-T-------------TT-AGAttgcgcga
gi|1 : tTTTGT-AGAAAA-----AATATA-C----A-------A-TGC-CAG----TGAA---TT-------GTTCCT----GA---------A-A---TG-TT--C--T----A-A-A----C--C--TTTGG------T-A--------AC----C-A-------------TTGAGAA-GTGTCCTGTATAcaatgatactgagaaacactgcatatg
gi|3 : ccaaggttttTTTGT-ATAAGC-----AAGATT-G----A-------A-TCC-GAG----TAAA---TTATAAATTGCATGT----GA---------G-A---TG-TCA-C--G----GGA-A----A--T--T---A------T-A------T-AT----T-A-------------TCGAGGA-ATGatgtcccttactt
gi|21 : tttaTTTGT-AGACAC-----GAGATA-G----A-------G-AAC-AAGACACTTAA---TT-------G----------A---------A-A---TT-TCA-C--A----A-A-A----A--T--C---A------T-A------T-AT----T-A-------------TTGAGAA-AGGTCGCGTctgcttctgtccttt
gi|6 : TTTGT-AGAAAC-----GAAACA-T----A-------A-TGC-GTG----TGAA---TT-------GTATGTATTAAA---------A-A---CG-TCA-T--G----G-A-A----A---------A------T-G------T-AT----C-A-------------TTGAAAA-ACATgtcattct
gi|17 : tTTTGT-AGTAAG-----AA-ATA------A-------A-TGC-AAG----TAAATTTTT-------GTGCAC----AA---------A-A---TA-CCG-C--G----A-A-A----A---------A------T--------T-GT----T-G-------------TCGAGGA-ATTTCGCGTAtgcaaacaactgtatgcc
gi|25 : TTTGT-AGAAAT-----GAGATA-G----A-------A-TGTAAAA----T--A---TT-------GTTTAT----GA---------A-ATTTTA-TTA-A--A----A-A-A----A--A--T---A------T-A------T-ATATACT-T-------------TTGAGAtgtcctta
gi|16 : aaatgttTTGT-ACAAAC-----AAGATA-G----A-------A-TGT-TAG----TAAA---TT-------ATACGC----GA---------A-A---TG-TCA-CA-A----A-A-A----A--T--T---A------T-A------C-AT----T-A-------------TTGAGGA-ACAT
gi|8 : TTGT-AGGAAC-----GAAATA-G----A-------A-CGC-AAG----TGAA---TT-------GTACGT----AA---------A-A---TG-TCA-C--A----A-A-A----A--T--T---ACACG--T-A------T-AT----A-TGAAATAATCA---TTGGGAA-A-GTCACGTAaacgacgtctgt
gi|29 : TTGT-AGAAAT-----GAGATAAG----A-------G-T-C-AAG----TGAG---TG-------ATACAT----GA---------A-A---TG-TCA-CCAA----A-A-A----A--T--T---A------T-A------T-AT----T-A-------------TTGAAAA-ACGTCATtg
gi|2 : TTGA-AGAAAT-----GAGACA-G----A-------A-TCC-AAG------GA---TT-------GTACAG----GA---------A-T---TC-TCA-T--G----A-A-A----AT-T--T---A------T-A------T-AT----T-TATAAGTCATATTATTGAGAA-AAGTCAa
gi|40 : tcTTGT-AGAAACTA---AATTT--T----A-------A-TGC-AAC----CG-----TT-------GTACGT----GA---------A-T---TG-TCA-T--G----A-A-A----A--C--T---A------CAA------T-GT----T-TTA-----------TTGAGAA-Aatcatgtatgtc
gi|42 : tccTGT-AGAAAC-----AAGATA-A----AG------A-TGC-AAA----TGAC---TT-------GTTCAT----GA---------A-A---TA-TCA-T--GA---A-A-A----A--T--T---A------T-C------T-AT----T-A-------------TTGAGAA-A
gi|15 : GA-AGAAAT-----TAGACA-C----A-------A-TGT-AAG----TGAT---TT-------GTACAT----GA---------T-A---TA-TGA-C--A----A-A-A----AAAT--T---A------T-A------C-AT----T-A-------------TTGAGAA-ACACTGTGTA
gi|7 : tttgggggg-AGAAAC-----GAGATA-G----A-------A-TGC-AAG----TGCA---TT-------GTATGT----GA---------A-A---TG-TCA-T--GA---A-A-A----A--T--T---A------T-A------T-AT----T-
gi|35 : gt-AGAAAT-----GAGATA-A----A-------A-TGC-AAG----TGAA---TT-------ATTTGT----GA---------C-T---TG-TCA-C--GA---A-A-A----A--G--T---A------T-A------T-AT----T-A-------------TTGAGAA-ACGTCGTacatgtacatgtattgaaatatgttgcatatatc
gi|14 : t-AGAAAC-----AAGATA-G----A-------A-TGC-AAG----CAAA---TT-------GTACAT----GA---------A-A----G-TCA-C--GA---A-A-A----A--TGAT---AATATATT-A------T-AT----T-A-------------TTGAGAA-TCGTCtt
gi|20 : ttttt-AGAGAT-----AATTTA-T----A----------GC-AAG----TGAA---TC-------ATATGT----GA---------A-A---TG-CCA-C--C----A-ATA----A--T--T---A------T-A------T-AT----T-A-------------TTGAGAA-ACATC--GCACAgcctt
gi|57 : ttttgtagaaa-AGAAAC-----AATATA-G----A-------A-TGC-ACG----TGAA---TT-------GTGCAT----GA---------A-T---TA-TTA-C--G----
gi|44 : gt-AGAAAT-----AAAATA-G----G-------A-TGC-AAT----TTAA---CA-------GTACCT----GA---------T-A---TG-TCA-T--G----A-A-A----A--T-------------T-A------T-GT----T-T-------------TTGAGAA-TCGTC
gi|43 : -AGAAAT-----AAAATA-G----G-------A-TGC-AAT----TTAA---CA-------GTACCT----GA---------T-A---TG-TCA-T--G----A-A-A----A--T-------------T-A------T-GT----T-T-------------TTGAGAA-TCGTCg
gi|45 : -AGAAAT-----GAGATA-G----A-------A-TGC-AAG----CAAA---CA-------GTATGT----GA---------A-C---TG-TTA-CA-A----A-A-A----A--T--T---A------T-A------T-AT----T-T-------------Tg
gi|27 : tttctat-AGAAAC-----AAGATA-G----G-------T-TGC-AAG----TGAA---TT-------GAACCA----TA---------A-A---TG-TCC-T--GA---A-A-A----A--T--T---G------T-A------T-G-----T-T-------------ATGAGAA-ATGTa
gi|28 : ttttGAAAC-----TAGATG-G----G-------A-TGC-AAG----TGAA---TC-------GTACCT----TA---------C-A---TA-TTT-C--GA---A-A-A----A--T--C---A------T-A------T-A---------------------TTGAGAATAAGTCGCGTtgcttat
gi|49 : tgGAAAC-----AGGATG-C----A-------A-TGC-AAG----TGCA---TT-------GTACCA----GA---------A-G---TG-TCA-T--G----A-A-AT---A--T--T---C------T-A------A-AT----T-gtgac
gi|39 : ggttgAAAC-----AAGATA-C----A-------A-TGC-GAG----TAAA---CT-------GTACGT----GA---------A-A---TG-TCA-C--GA---A-A-A----A--T--C---A------T-ATACATGT-AT----T-A-------------TTGAG-A-ACGTat
gi|19 : taAAAC-----AAGAT--GCACTA-------A-TGC-AAG----TGAA---CT-------GCAACT----AA---------A-A---TG-TCA-CA-A----A-A-A----A--T--T---A------T-A------CAAT----T-TA------------TTGAAAA-ACGTC
gi|47 : tgttaAAAC-----GAGATA-C----A-------A-TGC-AAA----TGAA---TT-------GTACGT----AA---------A-A---C--------------------------T--T---G------T-A------T-AC----T-A-------------TTGAGAA-AAGTTGCGTAgctcac
gi|34 : AAGC-----GAGATA-A----A-------A-TGT-AAG----TGA----TT-------GTACAT----GA---------A-A---TA-TCT-T--T----A-A-A----A--A--T---AACG---T-A------T--T----T-T-------------TTGAGAtg
gi|5 : aagtgtttttatgcAAAC-----AAGATT-G----A-------A-TTC-GAC----TAAA---TT-------GT--------GA---------A-A---TG-TCA-CG-G----A-A-A----A--C--T---A------T-A------T-AT----T-A-------------GCGAGGA-ATGT
gi|26 : atttttttttatatAAAC-----AAGATT-G----A-------A-TCC-CAG----TAAA---TT-------GTGTGC----GA---------G-G---TG-TCC-C--G----A-A-A----AA-T--T---A------C-A------T-AT----T-atcgtctgtctttaaatg
gi|33 : tgtttattttatAAC-----AATATA-G----G-------A-TTC-AAT----CAAA---TT-------GTAGAT----GA---------A-A---CG-TCA-T--GA---A-A-A----A--G--T---A------T-A------C-AT----A-G-------------TTGAAAA-gacaattgatata
gi|53 : tttcttttttcgtATA-G----G-------A-TGC-AAG----TGAA---TT-------GTATCT----GA---------G-A---TG-CCA-TG-G----A-A-A----A--T--T---A------T-A------C-AT----T-A-------------TTGAt
gi|48 : aggTA-G----G-------A-TGC-AAG----TGAA---TT-------ATACCT----GA---------A-A---TG-TCATC--A----A-A-C----A--T-------------T-A------T-GT----T-A-------------TTGAGAA-ATATAAT
gi|59 : ggTA-G----A-------A-TGC-AAG----TGAA---TA-------ATACGT----GA---------A-A---TG-TCA-
gi|46 : agg-G----A-------A-TGC-AAG----TAAA---TC-------GTACAT----GA---------A-A---TG-TCA-C--GAATAA-A-A----A--T--C---A-----------------AT----T-A-------------TTTAGAA-ACGTCACt
gi|54 : -G----G-------A-TGC-AAG----TGAA---TT-------GTATCT----GA---------G-A---TG-TCA-TG-G----A-A-A----A--T--T---A------T-A------C-AT----T-A-------------TTGAGAatg
gi|10 : gtt-TGC-AAG----TGAA---TT-------GTACGT---------------A-A---TATTCA-C--G----A-A-A----A--T--A---A------T-A------------------------------TTGAGAA-ACGTTGCATAC
gi|50 : ttttgtagaaatggaggacagaatggcaagtaatGC-GAG-----GAT---TT-------ATATGT----GA---------A-G---TG-TCA-C--G----A-A-A----A--A--T---AA-----T-A------T-AT----T-A-------------TTGAGAA-ACGT--TGTGCAgccct
gi|52 : aaGC-TAG----TGAT---TT-------ATACGT----GA---------A-A---TG-TCA-C--G----A-A-ATAATA--T--T----------T-T------T-AT----T-T-------------TTCGGAA-ACTTCGCATACAtgt
gi|36 : -AAT----TGAA---TT-------GTACAT----GA---------A-A---CA-TCATT--A----A-A-A----A--T--T---A------T-A------A-AT----C-A-------------TGGAGAA-ATGTTGTGTATA
gi|51 : caagaatttttgtaga-AAA----CGGA---TT-------GTTCCT----GA---------A-A---TG-TCA-C--A----A-A-A----AA-T--T---A------T-T------T-AT----C-A-------------TTTAGAA-ATGTCACACACA
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): CAATTTTTTGTTGTTGTATAAACTAGATATATATTAAGTTAATTGAATGTGAGATGTCACAGAAAATTATCGAGGAACTAACGCATGTCCTTAGAATG
Unaligned ( gi|37 ): ACAGGAAAAATCGAGATAAAACAAAGCTTTGTACCCGAAATGTCACAAAAATTATGTACATGTATTATTGAGAAAT
Unaligned ( gi|56 ): CCAAGATTTTTTGTAGAAATTAAATTGTGCATGAAATATCGCCAAAAAAATTAT
Unaligned ( gi|58 ): GATTTTATGTAGAAACAAGATAGTTAAATGCAAATGAATTAAC
Unaligned ( gi|60 ): CAAGATTTTTTTGTAGAAGCGAGGTAGAACACAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 0 1111 11 0 4444 3333333 11111 33333333333 1111 111 2222222 1 1111 222222222 0 0 3333333 0 0 2222 1111111111111111111111111111 77777777777777777 11 11 1111 0 0 111
lowQualScore : . .... .. . .... ....... ..... ........... .... ... ....... . .... ......... . . ....... . . .... ............................ ................. .. .. .... . . ...
lowQualScore : 8 7777 11 7 4444 9999999 88888 44444444444 5555 222 3333333 9 5555 999999999 7 7 1111111 8 8 4444 7777777777777777777777777777 44444444444444444 99 11 7777 8 9 888
consensus : TTTGTAGAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-ATGTCA-C--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---CGCGTACA
Reference ( family-244 ) : TTTGTAGAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-ATGTCA-C--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---CGCGTACA
gi|1 : TTTGTAGAAA-AA----A--TATA-C----A-------AT-----G-----------CCAG----TGAA---TT-------GTTCCT----GA---------A-ATGTT--C--T----A-A-A----C--------C--TTTG------G------TA-----------------A--C--C----ATT-GAGAA-GTGT---CCTGTATA
gi|10 : ccaaggttttTTTGTAGAAA-TG----GAGGACA-G----A-------AT-----GGCAAGTAATTGCAAG----TGAA---TT-------GTACGT----AA---------T-AT-TCA-C--G----A-A-A----------------------------------A------T----------A--A--T----ATT-GAGAA-ACGT---TGCATACatgtcccttactt
gi|11 : tTTTGTAAAAA-TA----A--GACA-G----G-------AT-----G-----------CAAA----TGAA---TT-------GTGTGT----AA---------C-ATGTCA-C--G----A-A-A----G--------T--T---------A------TA------gccct
gi|12 : TTTGTAGAAA-TG----A--GACA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GCAAGT----GAATTGTACGTA-ATATCA-C--GA---A-A-A----A--------T--T---------A------CA-----------------------T----ATT-GAGAA-ACGT---TGCATACaaaaatttattatctcgtcaaagaacatcacata
gi|13 : tTTTGGAAAAA-CGTACGA--AATG-G----A-------AT-----G-------------AC----TGAA---TC-------GTATGT----GA---------A-ATGTCA-T--G----A-A-A----AA-------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-TCAT---TGCATAg
gi|14 : ttTTTTTAGAAA-CA----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----CAAA---TT-------GTACAT----GA---------A-A-GTCA-C--GA---A-A-A----A--------TGAT---------AATATATTA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-TCGT---CGCtgtc
gi|15 : AGAAA-TT----A--GACA-C----A-------AT-----G-----------TAAG----TGAT---TT-------GTACAT----GA---------T-ATATGA-C--A----A-A-A----AAA------T--T---------A------TA------C----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACAC---TGTGTActt
gi|16 : tttgggggggaTTGTACAAA-CA----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------TTAG----TAAA---TT-------ATACGC----GA---------A-ATGTCA-CA-A----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------C----------A--T--T----ATT-GAGGA-ACAT---
gi|17 : TTTGTAGTAA--G----A--AATA------A-------AT-----G-----------CAAG----TAAATTTTT-------GTGCAC----AA---------A-ATACCG-C--G----A-A-A----A---------------------A------T-------T----------G--T--T----GTC-GAGGA-ATTT---CGCGTAaacgacgtctgt
gi|18 : TTTGTAGAAA-CG----A--GATA-GA---A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------ATACAC----GA---------ATACAT---T--G----A-A-G----G--------A--C---------A------TA------T----------A--C--T----ATTCGAGAA-ACATTTGCGCGtgtcctta
gi|19 : attTGTTAAAA-CA----A--GAT--GCACTA-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---CT-------GCAACT----AA---------A-ATGTCA-CA-A----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------C----------AATT--T----ATT-GAAAA-ACGT---CGCa
gi|2 : TTGAAGAAA-TG----A--GACA-G----A-------AT-----C-----------CAAG------GA---TT-------GTACAG----GA---------A-TTCTCA-T--G----A-A-A----A--------T--TTATATATTTA------TAAGTCA-T----------A--T--T----ATT-GAGAA-AAGT---tcac
gi|20 : tcTTTGTAGAAA-AG----A--GATA--------------ATTTATAG-----------CAAG----TGAA---TC-------ATATGT----GA---------A-ATGCCA-C--C----A-ATA----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACAT---CGCaatcatgtatgtc
gi|21 : tTTTGTAGACA-CG----A--GATA-G----A-------GA-----A-----------CAAGACACTTAA---TT-------G----------A---------A-ATTTCA-C--A----A-A-A----A--------T--C---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-AGGT---CGCGTaca
gi|22 : TTTGTAAAAA-TA----A--GACA-G----G-------AT-----G-----------TAAA----TGAA---TT-------GTATGT----AA---------C-ATGTCA-C--A----A-A-A----A--------T--T----------------TA------T----------T--T--C----ATC-GAAGA-ACAT---CACATACgtcattct
gi|23 : TTTGGAGAAA-CA----A--TATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-ATATCA-C--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----TTT-GAGAA-ACGT---CATGTACAgtc
gi|24 : TTGGTAAAAA-CA----A--TATC-A----G-------AT-----G-----------TAAG----C-AG---TT-------GTACCT----GA---------A-ATATCA-C--G----A-A-A----C--------T--G---------A------TA-----------------A--T--G----ATT-AAGAA-ATGT---CGCGT
gi|26 : ttTTTTATAAA-CA----A--GATT-G----A-------AT-----C-----------CCAG----TAAA---TT-------GTGTGC----GA---------G-GTGTCC-C--G----A-A-A----AA-------T--T---------A------CA------T----------A--T--TGACAATT-GAttg
gi|27 : tgtttaTTTTAGAAA-CA----A--GATA-G----G-------TT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GAACCA----TA---------A-ATGTCC-T--GA---A-A-A----A--------T--T---------G------TA------T----------G--T--T----A-T-GAGAA-ATGT---TGCTTAtata
gi|28 : TGGAAA-CT----A--GATG-G----G-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TC-------GTACCT----TA---------C-ATATTT-C--GA---A-A-A----A--------T--C---------A------TA-----------------------T----ATT-GAGAATAAGT---CGCGTt
gi|29 : TTGTAGAAA-TG----A--GATAAG----A-------GT-----------------CAAG----TGAG---TG-------ATACAT----GA---------A-ATGTCA-CCAA----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAAAA-ACGT---gtgac
gi|3 : TTTGTATAAG-CA----A--GATT-G----A-------AT-----C-----------CGAG----TAAA---TTATAAATTGCATGT----GA---------G-ATGTCA-C--G----GGA-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATC-GAGGA-ATGC---TGCata
gi|30 : tttaAGAAA-TG----A--GACA--------------AT-----G-----------CAAG----TGAA---CT-------GTAAAT----GA---------A-ATGTCA-T---------A-A----A--------T--------------------------------------------------TT-GAGAA-ATGT---CTTGTACAttctgtccttt
gi|31 : ttttttaTTTGTACAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CATG----TTAA---AT-------GTACGT----AC---------A-ATGTCT-C--GA---A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---tgtatcac
gi|32 : ttTTTGTAGAAA-TG----G--GATA-G----A-------AT-----A-----------CCAG----TAAA---TT-------GTACAT----GA---------A-ATATCA-T-------------------------T--T---------G------CA------T----------A--T--T----ATG-GAGAA-ACGT---TGCGTA
gi|33 : gtAA-CA----A--TATA-G----G-------AT-----T-----------CAAT----CAAA---TT-------GTAGAT----GA---------A-ACGTCA-T--GA---A-A-A----A--------G--T---------A------TA------C----------A--T--A----GTT-GAAAA-
gi|34 : tttcttttttcgtTTTATGCAAG-CG----A--GATA-A----A-------AT-----G-----------TAAG----TG-A---TT-------GTACAT----GA---------A-ATATCT-T--T----A-A-A----A--------A--T---------AACG---TA------T-------------T--T----TTT-GAGAt
gi|35 : aagtgttTAGAAA-TG----A--GATA-A----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------ATTTGT----GA---------C-TTGTCA-C--GA---A-A-A----A--------G--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---CG
gi|36 : AAT----TGAA---TT-------GTACAT----GA---------A-ACATCA-TT-A----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------A----------A--T--C----ATG-GAGAA-ATGT---TGTGTATAttt
gi|37 : caagaatttttgtagaAAAAATCG----A--GATA-A----A-------A------------------CAAA-----GCT---TT-------GTACCC----GA---------A-ATGTCA-C--A----A-A-A----A--------T--TATGTAC---A------TG------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-A
gi|38 : acaggTCTGTAGAAA-TG----A--GA----------------GT-----G-----------CACG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-GTAGCA-C--GA---A-A-A----A--------T--T---------A------TA------G----------A--T--T----TTT-GCAAA-ACAT---CACt
gi|39 : AAA-CA----A--GATA-C----A-------AT-----G-----------CGAG----TAAA---CT-------GTACGT----GA---------A-ATGTCA-C--GA---A-A-A----A--------T--C---------A------TATACATGT----------A--T--T----ATT-GAG-A-ACGT---a
gi|4 : taTTGTATAAA-CT----A--GATA-T----AT------AT-----------------TAAG----TTAA---TT-------GAATGT----GA---------G-ATGTCA-CA-G----A-A-A----A--------T--T---------A------T
gi|40 : caattttttgttgTTGTAGAAA-CT----A--AATT-TT---A-------AT-----G-----------CAAC----CG-----TT-------GTACGT----GA---------A-TTGTCA-T--G----A-A-A----A--------C--TACA------A------TG------T----------T--T--T----ATT-GAGAA-Acgaggaactaacgcatgtccttagaatg
gi|41 : tccTTTGTAGAAA-TG----A--AAGA-G----A-------CG-----G-----------CAAG----TGAT---TT-------GTACAC----AA---------A-ATGTCA-T--G----A-A-A----A-----------------------------------------------A--T--T----ATT-GAGAA-ATGT---
gi|42 : tttTGTAGAAA-CA----A--GATA-A----AG------AT-----G-----------CAAA----TGAC---TT-------GTTCAT----GA---------A-ATATCA-T--G----A-A-A----AA-------T--T---------A------TC------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-A
gi|43 : AGAAA-TA----A--AATA-G----G-------AT-----G-----------CAAT----TTAA---CA-------GTACCT----GA---------T-ATGTCA-T--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TG------T-------------T--T-----TT-GAGAA-TCGT---CG
gi|44 : AGAAA-TA----A--AATA-G----G-------AT-----G-----------CAAT----TTAA---CA-------GTACCT----GA---------T-ATGTCA-T--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TG------T-------------T--T-----TT-GAGAA-TCGT---CG
gi|45 : TCTATAGAAA-TG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----CAAA---CA-------GTATGT----GA---------A-CTGTTA-CA-A----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----
gi|46 : tt-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TAAA---TC-------GTACAT----GA---------A-ATGTCA-C--GAATAA-A-A----A--------T--C---------A-------------------------A--T--T----ATT-TAGAA-ACGT---CACGtta
gi|47 : AAA-CG----A--GATA-C----A-------AT-----G-----------CAAA----TGAA---TT-------GTACGT----AA---------A-AC-------------------------------T--T---------G------TA------T----------A--C--T----ATT-GAGAA-AAGT---TGCGTAatg
gi|48 : --GGTA-G----G-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------ATACCT----GA---------A-ATGTCATC--A----A-A-C----A--------T-------------------TA------T----------G--T--T----ATT-GAGAA-Atg
gi|49 : TGGAAA-CA----G--GATG-C----A-------AT-----G-----------CAAG----TGCA---TT-------GTACCA----GA---------A-GTGTCA-T--G----A-A-AT---A--------T--T---------C------TA------A----------A--T--T----ATtataatg
gi|5 : ggtTTTATATAAA-CA----A--GATT-G----A-------AT-----T-----------CGAC----TAAA---TT-------GT--------GA---------A-ATGTCA-C--GG---A-A-A----A--------C--T---------A------TA------T----------A--T--T----AGC-GAGGA-ATGT---
gi|50 : atttttt-----G-----------CGAG-----GAT---TT-------ATATGT----GA---------A-GTGTCA-C--G----A-A-A----A--------A--T---------AA-----TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---TGTGCAatcgtctgtctttaaatg
gi|51 : aaAAA----CGGA---TT-------GTTCCT----GA---------A-ATGTCA-C--A----A-A-A----AA-------T--T---------A------TT------T----------A--T--C----ATT-TAGAA-ATGT---CACACACAtgt
gi|52 : -----G-----------CTAG----TGAT---TT-------ATACGT----GA---------A-ATGTCA-C--G----A-A-ATAATA--------T--T----------------TT------T----------A--T--T----TTT-CGGAA-ACTT---CGCATACAtgta
gi|53 : --GATA-G----G-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTATCT----GA---------G-ATGCCA-TG-G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------C----------A--T--T----ATT-GA
gi|54 : ag-G----G-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTATCT----GA---------G-ATGTCA-TG-G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------C----------A--T--T----ATT-GAGA
gi|55 : gttTTTGTAGAAA-CA----A--TATT-G----GCTGTTGGAT-----G-----------TAAG----TGAA---CT-------GTACCT----GA---------A-ATATCA-C--G----
gi|57 : GTAGAAA-CA----A--TATA-G----A-------AT-----G-----------CACG----TGAA---TT-------GTGCAT----GA---------A-TTATTA-C--G----
gi|58 : TGTAGAAA-CA----A--GATA-GTTA-A-------AT-----G-----------CAAA----TGAA---TT-------
gi|59 : gatttta----A--GGTA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TA-------ATACGT----GA---------A-ATGTCA-aac
gi|6 : TTTGTAGAAA-CG----A--AACA-T----A-------AT-----G-----------CGTG----TGAA---TT-------GTATGTATTAAA---------A-ACGTCA-T--G----G-A-A----A---------------------A------TG------T----------A--T--C----ATT-GAAAA-ACAT---TGCAAACAt
gi|60 : tTTTGTAGAAG-CG----A--GGTA-G----A-------AC-----A-----------CAAG----actgtatgcc
gi|7 : caagattttGTAGAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGCA---TT-------GTATGT----GA---------A-ATGTCA-T--GA---A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----A
gi|8 : TTGTAGGAA-CG----A--AATA-G----A-------AC-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----AA---------A-ATGTCA-C--A----A-A-A----A--------T--T---------ACACG--TA------TATATGAAATAA--T--C----ATT-GGGAA-A-GT---CACGTAcatgtacatgtattgaaatatgttgcatatatc
gi|9 : TTTGTAGAAA-TA----A--AATA-G----G-------AT-----G-----------TAAG----TGAA---TT-------TTACCT----GA---------A-TTATGA-T--A----A-A-A----AAAACATTTT--T---------A------GA------C----------AA-TGAT----ACT-GAGAA-ACAC---TGCATAtg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAATGTTTTTGTAGAAATGAGATAGAATGTAAAATATTGTTTATGAAATTTTATTAAAAAAAATATATATATACTTTTGAGA
Unaligned ( gi|56 ): CCAAGATTTTTTGTAGAAATTAAATTGTGCATGAAATATCGCCAAAAAAATTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 0 1111 11 0 4444 3333333 11111 33333333333 1111 111 2222222 1 1111 222222222 0 0 3333333 0 0 2222 1111111111111111111111111111 77777777777777777 11 11 1111 0 0 111
lowQualScore : . .... .. . .... ....... ..... ........... .... ... ....... . .... ......... . . ....... . . .... ............................ ................. .. .. .... . . ...
lowQualScore : 8 7777 11 7 4444 9999999 88888 44444444444 5555 222 3333333 9 5555 999999999 7 7 1111111 8 8 4444 7777777777777777777777777777 44444444444444444 99 11 7777 8 9 888
consensus : TTTGTAGAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-ATGTCA-C--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---CGCGTACA
Reference ( family-244 ) : TTTGTAGAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-ATGTCA-C--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---CGCGTACA
gi|1 : TTTGTAGAAA-AA----A--TATA-C----A-------AT-----G-----------CCAG----TGAA---TT-------GTTCCT----GA---------A-ATGTT--C--T----A-A-A----C--------C--TTTG------G------TA-----------------A--C--C----ATT-GAGAA-GTGT---CCTGTATA
gi|10 : ccaaggttttTTTGTAGAAA-TG----GAGGACA-G----A-------AT-----GGCAAGTAATTGCAAG----TGAA---TT-------GTACGT----AA---------T-AT-TCA-C--G----A-A-A----------------------------------A------T----------A--A--T----ATT-GAGAA-ACGT---TGCATACatgtcccttactt
gi|11 : tTTTGTAAAAA-TA----A--GACA-G----G-------AT-----G-----------CAAA----TGAA---TT-------GTGTGT----AA---------C-ATGTCA-C--G----A-A-A----G--------T--T---------A------TA------gccct
gi|12 : TTTGTAGAAA-TG----A--GACA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GCAAGT----GAATTGTACGTA-ATATCA-C--GA---A-A-A----A--------T--T---------A------CA-----------------------T----ATT-GAGAA-ACGT---TGCATACaaaaatttattatctcgtcaaagaacatcacata
gi|13 : tTTTGGAAAAA-CGTACGA--AATG-G----A-------AT-----G-------------AC----TGAA---TC-------GTATGT----GA---------A-ATGTCA-T--G----A-A-A----AA-------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-TCAT---TGCATAg
gi|14 : ttTTTTTAGAAA-CA----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----CAAA---TT-------GTACAT----GA---------A-A-GTCA-C--GA---A-A-A----A--------TGAT---------AATATATTA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-TCGT---CGCtgtc
gi|15 : AGAAA-TT----A--GACA-C----A-------AT-----G-----------TAAG----TGAT---TT-------GTACAT----GA---------T-ATATGA-C--A----A-A-A----AAA------T--T---------A------TA------C----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACAC---TGTGTActt
gi|16 : tttgggggggaTTGTACAAA-CA----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------TTAG----TAAA---TT-------ATACGC----GA---------A-ATGTCA-CA-A----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------C----------A--T--T----ATT-GAGGA-ACAT---
gi|17 : TTTGTAGTAA--G----A--AATA------A-------AT-----G-----------CAAG----TAAATTTTT-------GTGCAC----AA---------A-ATACCG-C--G----A-A-A----A---------------------A------T-------T----------G--T--T----GTC-GAGGA-ATTT---CGCGTAaacgacgtctgt
gi|18 : TTTGTAGAAA-CG----A--GATA-GA---A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------ATACAC----GA---------ATACAT---T--G----A-A-G----G--------A--C---------A------TA------T----------A--C--T----ATTCGAGAA-ACATTTGCGCGtgtcctta
gi|19 : attTGTTAAAA-CA----A--GAT--GCACTA-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---CT-------GCAACT----AA---------A-ATGTCA-CA-A----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------C----------AATT--T----ATT-GAAAA-ACGT---CGCa
gi|2 : TTGAAGAAA-TG----A--GACA-G----A-------AT-----C-----------CAAG------GA---TT-------GTACAG----GA---------A-TTCTCA-T--G----A-A-A----A--------T--TTATATATTTA------TAAGTCA-T----------A--T--T----ATT-GAGAA-AAGT---tcac
gi|20 : tcTTTGTAGAAA-AG----A--GATA--------------ATTTATAG-----------CAAG----TGAA---TC-------ATATGT----GA---------A-ATGCCA-C--C----A-ATA----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACAT---CGCaatcatgtatgtc
gi|21 : tTTTGTAGACA-CG----A--GATA-G----A-------GA-----A-----------CAAGACACTTAA---TT-------G----------A---------A-ATTTCA-C--A----A-A-A----A--------T--C---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-AGGT---CGCGTaca
gi|22 : TTTGTAAAAA-TA----A--GACA-G----G-------AT-----G-----------TAAA----TGAA---TT-------GTATGT----AA---------C-ATGTCA-C--A----A-A-A----A--------T--T----------------TA------T----------T--T--C----ATC-GAAGA-ACAT---CACATACgtcattct
gi|23 : TTTGGAGAAA-CA----A--TATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-ATATCA-C--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----TTT-GAGAA-ACGT---CATGTACAgtc
gi|24 : TTGGTAAAAA-CA----A--TATC-A----G-------AT-----G-----------TAAG----C-AG---TT-------GTACCT----GA---------A-ATATCA-C--G----A-A-A----C--------T--G---------A------TA-----------------A--T--G----ATT-AAGAA-ATGT---CGCGT
gi|26 : ttTTTTATAAA-CA----A--GATT-G----A-------AT-----C-----------CCAG----TAAA---TT-------GTGTGC----GA---------G-GTGTCC-C--G----A-A-A----AA-------T--T---------A------CA------T----------A--T--TGACAATT-GAttg
gi|27 : tgtttaTTTTAGAAA-CA----A--GATA-G----G-------TT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GAACCA----TA---------A-ATGTCC-T--GA---A-A-A----A--------T--T---------G------TA------T----------G--T--T----A-T-GAGAA-ATGT---TGCTTAtata
gi|28 : TGGAAA-CT----A--GATG-G----G-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TC-------GTACCT----TA---------C-ATATTT-C--GA---A-A-A----A--------T--C---------A------TA-----------------------T----ATT-GAGAATAAGT---CGCGTt
gi|29 : TTGTAGAAA-TG----A--GATAAG----A-------GT-----------------CAAG----TGAG---TG-------ATACAT----GA---------A-ATGTCA-CCAA----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAAAA-ACGT---gtgac
gi|3 : TTTGTATAAG-CA----A--GATT-G----A-------AT-----C-----------CGAG----TAAA---TTATAAATTGCATGT----GA---------G-ATGTCA-C--G----GGA-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATC-GAGGA-ATGC---TGCata
gi|30 : tttaAGAAA-TG----A--GACA--------------AT-----G-----------CAAG----TGAA---CT-------GTAAAT----GA---------A-ATGTCA-T---------A-A----A--------T--------------------------------------------------TT-GAGAA-ATGT---CTTGTACAttctgtccttt
gi|31 : ttttttaTTTGTACAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CATG----TTAA---AT-------GTACGT----AC---------A-ATGTCT-C--GA---A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---tgtatcac
gi|32 : ttTTTGTAGAAA-TG----G--GATA-G----A-------AT-----A-----------CCAG----TAAA---TT-------GTACAT----GA---------A-ATATCA-T-------------------------T--T---------G------CA------T----------A--T--T----ATG-GAGAA-ACGT---TGCGTA
gi|33 : gtAA-CA----A--TATA-G----G-------AT-----T-----------CAAT----CAAA---TT-------GTAGAT----GA---------A-ACGTCA-T--GA---A-A-A----A--------G--T---------A------TA------C----------A--T--A----GTT-GAAAA-
gi|34 : tttcttttttcgtTTTATGCAAG-CG----A--GATA-A----A-------AT-----G-----------TAAG----TG-A---TT-------GTACAT----GA---------A-ATATCT-T--T----A-A-A----A--------A--T---------AACG---TA------T-------------T--T----TTT-GAGAt
gi|35 : aagtgttTAGAAA-TG----A--GATA-A----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------ATTTGT----GA---------C-TTGTCA-C--GA---A-A-A----A--------G--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---CG
gi|36 : AAT----TGAA---TT-------GTACAT----GA---------A-ACATCA-TT-A----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------A----------A--T--C----ATG-GAGAA-ATGT---TGTGTATAttt
gi|37 : caagaatttttgtagaAAAAATCG----A--GATA-A----A-------A------------------CAAA-----GCT---TT-------GTACCC----GA---------A-ATGTCA-C--A----A-A-A----A--------T--TATGTAC---A------TG------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-A
gi|38 : acaggTCTGTAGAAA-TG----A--GA----------------GT-----G-----------CACG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-GTAGCA-C--GA---A-A-A----A--------T--T---------A------TA------G----------A--T--T----TTT-GCAAA-ACAT---CACt
gi|39 : AAA-CA----A--GATA-C----A-------AT-----G-----------CGAG----TAAA---CT-------GTACGT----GA---------A-ATGTCA-C--GA---A-A-A----A--------T--C---------A------TATACATGT----------A--T--T----ATT-GAG-A-ACGT---a
gi|4 : taTTGTATAAA-CT----A--GATA-T----AT------AT-----------------TAAG----TTAA---TT-------GAATGT----GA---------G-ATGTCA-CA-G----A-A-A----A--------T--T---------A------T
gi|40 : caattttttgttgTTGTAGAAA-CT----A--AATT-TT---A-------AT-----G-----------CAAC----CG-----TT-------GTACGT----GA---------A-TTGTCA-T--G----A-A-A----A--------C--TACA------A------TG------T----------T--T--T----ATT-GAGAA-Acgaggaactaacgcatgtccttagaatg
gi|41 : tccTTTGTAGAAA-TG----A--AAGA-G----A-------CG-----G-----------CAAG----TGAT---TT-------GTACAC----AA---------A-ATGTCA-T--G----A-A-A----A-----------------------------------------------A--T--T----ATT-GAGAA-ATGT---
gi|42 : tttTGTAGAAA-CA----A--GATA-A----AG------AT-----G-----------CAAA----TGAC---TT-------GTTCAT----GA---------A-ATATCA-T--G----A-A-A----AA-------T--T---------A------TC------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-A
gi|43 : AGAAA-TA----A--AATA-G----G-------AT-----G-----------CAAT----TTAA---CA-------GTACCT----GA---------T-ATGTCA-T--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TG------T-------------T--T-----TT-GAGAA-TCGT---CG
gi|44 : AGAAA-TA----A--AATA-G----G-------AT-----G-----------CAAT----TTAA---CA-------GTACCT----GA---------T-ATGTCA-T--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TG------T-------------T--T-----TT-GAGAA-TCGT---CG
gi|45 : TCTATAGAAA-TG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----CAAA---CA-------GTATGT----GA---------A-CTGTTA-CA-A----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----
gi|46 : tt-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TAAA---TC-------GTACAT----GA---------A-ATGTCA-C--GAATAA-A-A----A--------T--C---------A-------------------------A--T--T----ATT-TAGAA-ACGT---CACGtta
gi|47 : AAA-CG----A--GATA-C----A-------AT-----G-----------CAAA----TGAA---TT-------GTACGT----AA---------A-AC-------------------------------T--T---------G------TA------T----------A--C--T----ATT-GAGAA-AAGT---TGCGTAatg
gi|48 : --GGTA-G----G-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------ATACCT----GA---------A-ATGTCATC--A----A-A-C----A--------T-------------------TA------T----------G--T--T----ATT-GAGAA-Atg
gi|49 : TGGAAA-CA----G--GATG-C----A-------AT-----G-----------CAAG----TGCA---TT-------GTACCA----GA---------A-GTGTCA-T--G----A-A-AT---A--------T--T---------C------TA------A----------A--T--T----ATtataatg
gi|5 : ggtTTTATATAAA-CA----A--GATT-G----A-------AT-----T-----------CGAC----TAAA---TT-------GT--------GA---------A-ATGTCA-C--GG---A-A-A----A--------C--T---------A------TA------T----------A--T--T----AGC-GAGGA-ATGT---
gi|50 : atttttt-----G-----------CGAG-----GAT---TT-------ATATGT----GA---------A-GTGTCA-C--G----A-A-A----A--------A--T---------AA-----TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---TGTGCAatcgtctgtctttaaatg
gi|51 : aaAAA----CGGA---TT-------GTTCCT----GA---------A-ATGTCA-C--A----A-A-A----AA-------T--T---------A------TT------T----------A--T--C----ATT-TAGAA-ATGT---CACACACAtgt
gi|52 : -----G-----------CTAG----TGAT---TT-------ATACGT----GA---------A-ATGTCA-C--G----A-A-ATAATA--------T--T----------------TT------T----------A--T--T----TTT-CGGAA-ACTT---CGCATACAtgta
gi|53 : --GATA-G----G-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTATCT----GA---------G-ATGCCA-TG-G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------C----------A--T--T----ATT-GA
gi|54 : ag-G----G-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTATCT----GA---------G-ATGTCA-TG-G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------C----------A--T--T----ATT-GAGA
gi|55 : gttTTTGTAGAAA-CA----A--TATT-G----GCTGTTGGAT-----G-----------TAAG----TGAA---CT-------GTACCT----GA---------A-ATATCA-C--G----
gi|57 : GTAGAAA-CA----A--TATA-G----A-------AT-----G-----------CACG----TGAA---TT-------GTGCAT----GA---------A-TTATTA-C--G----
gi|58 : TGTAGAAA-CA----A--GATA-GTTA-A-------AT-----G-----------CAAA----TGAA---TT-------
gi|59 : gatttta----A--GGTA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TA-------ATACGT----GA---------A-ATGTCA-aac
gi|6 : TTTGTAGAAA-CG----A--AACA-T----A-------AT-----G-----------CGTG----TGAA---TT-------GTATGTATTAAA---------A-ACGTCA-T--G----G-A-A----A---------------------A------TG------T----------A--T--C----ATT-GAAAA-ACAT---TGCAAACAt
gi|60 : tTTTGTAGAAG-CG----A--GGTA-G----A-------AC-----A-----------CAAG----actgtatgcc
gi|7 : caagattttGTAGAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGCA---TT-------GTATGT----GA---------A-ATGTCA-T--GA---A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----A
gi|8 : TTGTAGGAA-CG----A--AATA-G----A-------AC-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----AA---------A-ATGTCA-C--A----A-A-A----A--------T--T---------ACACG--TA------TATATGAAATAA--T--C----ATT-GGGAA-A-GT---CACGTAcatgtacatgtattgaaatatgttgcatatatc
gi|9 : TTTGTAGAAA-TA----A--AATA-G----G-------AT-----G-----------TAAG----TGAA---TT-------TTACCT----GA---------A-TTATGA-T--A----A-A-A----AAAACATTTT--T---------A------GA------C----------AA-TGAT----ACT-GAGAA-ACAC---TGCATAtg
blockSeqs : TACG AG CACT CTGTTGG TTATA GCAAGTAATTG ACAC TTT ATAAATT G ATTA ATTGTACGT GAATA TAAT TTTATATATTTA TATATGAAATA AT GA GACA TTG
blockSeqs : . . TTA T . . . . . G . . CAA T TGATAATATAT TACATGT A . . .
blockSeqs : . . A G . . . . . G . . GA . AAACATTTTTA AGTCAT . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . G . . GA . TTATGTACA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . AA . TTACACG T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . AA . ATAACG T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . GA . CTACAA C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . GA . AATTA C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . GA . ATTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . GA . ATTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . GA . ATTA C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . TA . ATAA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . GA . ATTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . GA . TTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . AG . TTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . AA . TTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . GG . ACA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . GG . TTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . GG . TTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . GA . TCA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G . TTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . G . TGA C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G . TTG T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . A . TCA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G . TTA A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . G . TTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G . TTA G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . C . TTG T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . A . GTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . A . GTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . G . TTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . G . TTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G . TCA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G . TTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . T . TTA A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . A . TTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . G . TTA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G . TCA T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . G . TTG T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . G . TTC C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . G . CTA C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . A . TTA T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . G . TTA T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . G . TTA C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . A . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . G . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . G . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . G . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . A . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TTA************************* T****************
originalCons : TTTGTAGAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-ATGTCA-C--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---CGCGTACA
finalCons : TTTGTAGAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-ATGTCA-C--G----A-A-A----ATTA-------------------------TAT----------------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---CGCGTACA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAATGTTTTTGTAGAAATGAGATAGAATGTAAAATATTGTTTATGAAATTTTATTAAAAAAAATATATATATACTTTTGAGA
Unaligned ( gi|56 ): CCAAGATTTTTTGTAGAAATTAAATTGTGCATGAAATATCGCCAAAAAAATTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 0 1111 11 0 4444 3333333 11111 33333333333 1111 111 2222222 1 1111 222222222 0 0 3333333 0 0 2222 1111111111111111111111111111 77777777777777777 11 11 1111 0 0 111
lowQualScore : . .... .. . .... ....... ..... ........... .... ... ....... . .... ......... . . ....... . . .... ............................ ................. .. .. .... . . ...
lowQualScore : 8 7777 11 7 4444 9999999 88888 44444444444 5555 222 3333333 9 5555 999999999 7 7 1111111 8 8 4444 7777777777777777777777777777 44444444444444444 99 11 7777 8 9 888
consensus : TTTGTAGAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-ATGTCA-C--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---CGCGTACA
Reference ( family-244 ) : TTTGTAGAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-ATGTCA-C--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---CGCGTACA
gi|1 : TTTGTAGAAA-AA----A--TATA-C----A-------AT-----G-----------CCAG----TGAA---TT-------GTTCCT----GA---------A-ATGTT--C--T----A-A-A----C--------C--TTTG------G------TA-----------------A--C--C----ATT-GAGAA-GTGT---CCTGTATA
gi|10 : ccaaggttttTTTGTAGAAA-TG----GAGGACA-G----A-------AT-----GGCAAGTAATTGCAAG----TGAA---TT-------GTACGT----AA---------T-AT-TCA-C--G----A-A-A----------------------------------A------T----------A--A--T----ATT-GAGAA-ACGT---TGCATACatgtcccttactt
gi|11 : tTTTGTAAAAA-TA----A--GACA-G----G-------AT-----G-----------CAAA----TGAA---TT-------GTGTGT----AA---------C-ATGTCA-C--G----A-A-A----G--------T--T---------A------TA------gccct
gi|12 : TTTGTAGAAA-TG----A--GACA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GCAAGT----GAATTGTACGTA-ATATCA-C--GA---A-A-A----A--------T--T---------A------CA-----------------------T----ATT-GAGAA-ACGT---TGCATACaaaaatttattatctcgtcaaagaacatcacata
gi|13 : tTTTGGAAAAA-CGTACGA--AATG-G----A-------AT-----G-------------AC----TGAA---TC-------GTATGT----GA---------A-ATGTCA-T--G----A-A-A----AA-------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-TCAT---TGCATAg
gi|14 : ttTTTTTAGAAA-CA----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----CAAA---TT-------GTACAT----GA---------A-A-GTCA-C--GA---A-A-A----A--------TGAT---------AATATATTA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-TCGT---CGCtgtc
gi|15 : AGAAA-TT----A--GACA-C----A-------AT-----G-----------TAAG----TGAT---TT-------GTACAT----GA---------T-ATATGA-C--A----A-A-A----AAA------T--T---------A------TA------C----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACAC---TGTGTActt
gi|16 : tttgggggggaTTGTACAAA-CA----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------TTAG----TAAA---TT-------ATACGC----GA---------A-ATGTCA-CA-A----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------C----------A--T--T----ATT-GAGGA-ACAT---
gi|17 : TTTGTAGTAA--G----A--AATA------A-------AT-----G-----------CAAG----TAAATTTTT-------GTGCAC----AA---------A-ATACCG-C--G----A-A-A----A---------------------A------T-------T----------G--T--T----GTC-GAGGA-ATTT---CGCGTAaacgacgtctgt
gi|18 : TTTGTAGAAA-CG----A--GATA-GA---A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------ATACAC----GA---------ATACAT---T--G----A-A-G----G--------A--C---------A------TA------T----------A--C--T----ATTCGAGAA-ACATTTGCGCGtgtcctta
gi|19 : attTGTTAAAA-CA----A--GAT--GCACTA-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---CT-------GCAACT----AA---------A-ATGTCA-CA-A----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------C----------AATT--T----ATT-GAAAA-ACGT---CGCa
gi|2 : TTGAAGAAA-TG----A--GACA-G----A-------AT-----C-----------CAAG------GA---TT-------GTACAG----GA---------A-TTCTCA-T--G----A-A-A----A--------T--TTATATATTTA------TAAGTCA-T----------A--T--T----ATT-GAGAA-AAGT---tcac
gi|20 : tcTTTGTAGAAA-AG----A--GATA--------------ATTTATAG-----------CAAG----TGAA---TC-------ATATGT----GA---------A-ATGCCA-C--C----A-ATA----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACAT---CGCaatcatgtatgtc
gi|21 : tTTTGTAGACA-CG----A--GATA-G----A-------GA-----A-----------CAAGACACTTAA---TT-------G----------A---------A-ATTTCA-C--A----A-A-A----A--------T--C---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-AGGT---CGCGTaca
gi|22 : TTTGTAAAAA-TA----A--GACA-G----G-------AT-----G-----------TAAA----TGAA---TT-------GTATGT----AA---------C-ATGTCA-C--A----A-A-A----A--------T--T----------------TA------T----------T--T--C----ATC-GAAGA-ACAT---CACATACgtcattct
gi|23 : TTTGGAGAAA-CA----A--TATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-ATATCA-C--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----TTT-GAGAA-ACGT---CATGTACAgtc
gi|24 : TTGGTAAAAA-CA----A--TATC-A----G-------AT-----G-----------TAAG----C-AG---TT-------GTACCT----GA---------A-ATATCA-C--G----A-A-A----C--------T--G---------A------TA-----------------A--T--G----ATT-AAGAA-ATGT---CGCGT
gi|26 : ttTTTTATAAA-CA----A--GATT-G----A-------AT-----C-----------CCAG----TAAA---TT-------GTGTGC----GA---------G-GTGTCC-C--G----A-A-A----AA-------T--T---------A------CA------T----------A--T--TGACAATT-GAttg
gi|27 : tgtttaTTTTAGAAA-CA----A--GATA-G----G-------TT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GAACCA----TA---------A-ATGTCC-T--GA---A-A-A----A--------T--T---------G------TA------T----------G--T--T----A-T-GAGAA-ATGT---TGCTTAtata
gi|28 : TGGAAA-CT----A--GATG-G----G-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TC-------GTACCT----TA---------C-ATATTT-C--GA---A-A-A----A--------T--C---------A------TA-----------------------T----ATT-GAGAATAAGT---CGCGTt
gi|29 : TTGTAGAAA-TG----A--GATAAG----A-------GT-----------------CAAG----TGAG---TG-------ATACAT----GA---------A-ATGTCA-CCAA----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAAAA-ACGT---gtgac
gi|3 : TTTGTATAAG-CA----A--GATT-G----A-------AT-----C-----------CGAG----TAAA---TTATAAATTGCATGT----GA---------G-ATGTCA-C--G----GGA-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATC-GAGGA-ATGC---TGCata
gi|30 : tttaAGAAA-TG----A--GACA--------------AT-----G-----------CAAG----TGAA---CT-------GTAAAT----GA---------A-ATGTCA-T---------A-A----A--------T--------------------------------------------------TT-GAGAA-ATGT---CTTGTACAttctgtccttt
gi|31 : ttttttaTTTGTACAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CATG----TTAA---AT-------GTACGT----AC---------A-ATGTCT-C--GA---A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---tgtatcac
gi|32 : ttTTTGTAGAAA-TG----G--GATA-G----A-------AT-----A-----------CCAG----TAAA---TT-------GTACAT----GA---------A-ATATCA-T-------------------------T--T---------G------CA------T----------A--T--T----ATG-GAGAA-ACGT---TGCGTA
gi|33 : gtAA-CA----A--TATA-G----G-------AT-----T-----------CAAT----CAAA---TT-------GTAGAT----GA---------A-ACGTCA-T--GA---A-A-A----A--------G--T---------A------TA------C----------A--T--A----GTT-GAAAA-
gi|34 : tttcttttttcgtTTTATGCAAG-CG----A--GATA-A----A-------AT-----G-----------TAAG----TG-A---TT-------GTACAT----GA---------A-ATATCT-T--T----A-A-A----A--------A--T---------AACG---TA------T-------------T--T----TTT-GAGAt
gi|35 : aagtgttTAGAAA-TG----A--GATA-A----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------ATTTGT----GA---------C-TTGTCA-C--GA---A-A-A----A--------G--T---------A------TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---CG
gi|36 : AAT----TGAA---TT-------GTACAT----GA---------A-ACATCA-TT-A----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------A----------A--T--C----ATG-GAGAA-ATGT---TGTGTATAttt
gi|37 : caagaatttttgtagaAAAAATCG----A--GATA-A----A-------A------------------CAAA-----GCT---TT-------GTACCC----GA---------A-ATGTCA-C--A----A-A-A----A--------T--TATGTAC---A------TG------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-A
gi|38 : acaggTCTGTAGAAA-TG----A--GA----------------GT-----G-----------CACG----TGAA---TT-------GTACGT----GA---------A-GTAGCA-C--GA---A-A-A----A--------T--T---------A------TA------G----------A--T--T----TTT-GCAAA-ACAT---CACt
gi|39 : AAA-CA----A--GATA-C----A-------AT-----G-----------CGAG----TAAA---CT-------GTACGT----GA---------A-ATGTCA-C--GA---A-A-A----A--------T--C---------A------TATACATGT----------A--T--T----ATT-GAG-A-ACGT---a
gi|4 : taTTGTATAAA-CT----A--GATA-T----AT------AT-----------------TAAG----TTAA---TT-------GAATGT----GA---------G-ATGTCA-CA-G----A-A-A----A--------T--T---------A------T
gi|40 : caattttttgttgTTGTAGAAA-CT----A--AATT-TT---A-------AT-----G-----------CAAC----CG-----TT-------GTACGT----GA---------A-TTGTCA-T--G----A-A-A----A--------C--TACA------A------TG------T----------T--T--T----ATT-GAGAA-Acgaggaactaacgcatgtccttagaatg
gi|41 : tccTTTGTAGAAA-TG----A--AAGA-G----A-------CG-----G-----------CAAG----TGAT---TT-------GTACAC----AA---------A-ATGTCA-T--G----A-A-A----A-----------------------------------------------A--T--T----ATT-GAGAA-ATGT---
gi|42 : tttTGTAGAAA-CA----A--GATA-A----AG------AT-----G-----------CAAA----TGAC---TT-------GTTCAT----GA---------A-ATATCA-T--G----A-A-A----AA-------T--T---------A------TC------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-A
gi|43 : AGAAA-TA----A--AATA-G----G-------AT-----G-----------CAAT----TTAA---CA-------GTACCT----GA---------T-ATGTCA-T--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TG------T-------------T--T-----TT-GAGAA-TCGT---CG
gi|44 : AGAAA-TA----A--AATA-G----G-------AT-----G-----------CAAT----TTAA---CA-------GTACCT----GA---------T-ATGTCA-T--G----A-A-A----A--------T--T---------A------TG------T-------------T--T-----TT-GAGAA-TCGT---CG
gi|45 : TCTATAGAAA-TG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----CAAA---CA-------GTATGT----GA---------A-CTGTTA-CA-A----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----
gi|46 : tt-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TAAA---TC-------GTACAT----GA---------A-ATGTCA-C--GAATAA-A-A----A--------T--C---------A-------------------------A--T--T----ATT-TAGAA-ACGT---CACGtta
gi|47 : AAA-CG----A--GATA-C----A-------AT-----G-----------CAAA----TGAA---TT-------GTACGT----AA---------A-AC-------------------------------T--T---------G------TA------T----------A--C--T----ATT-GAGAA-AAGT---TGCGTAatg
gi|48 : --GGTA-G----G-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------ATACCT----GA---------A-ATGTCATC--A----A-A-C----A--------T-------------------TA------T----------G--T--T----ATT-GAGAA-Atg
gi|49 : TGGAAA-CA----G--GATG-C----A-------AT-----G-----------CAAG----TGCA---TT-------GTACCA----GA---------A-GTGTCA-T--G----A-A-AT---A--------T--T---------C------TA------A----------A--T--T----ATtataatg
gi|5 : ggtTTTATATAAA-CA----A--GATT-G----A-------AT-----T-----------CGAC----TAAA---TT-------GT--------GA---------A-ATGTCA-C--GG---A-A-A----A--------C--T---------A------TA------T----------A--T--T----AGC-GAGGA-ATGT---
gi|50 : atttttt-----G-----------CGAG-----GAT---TT-------ATATGT----GA---------A-GTGTCA-C--G----A-A-A----A--------A--T---------AA-----TA------T----------A--T--T----ATT-GAGAA-ACGT---TGTGCAatcgtctgtctttaaatg
gi|51 : aaAAA----CGGA---TT-------GTTCCT----GA---------A-ATGTCA-C--A----A-A-A----AA-------T--T---------A------TT------T----------A--T--C----ATT-TAGAA-ATGT---CACACACAtgt
gi|52 : -----G-----------CTAG----TGAT---TT-------ATACGT----GA---------A-ATGTCA-C--G----A-A-ATAATA--------T--T----------------TT------T----------A--T--T----TTT-CGGAA-ACTT---CGCATACAtgta
gi|53 : --GATA-G----G-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTATCT----GA---------G-ATGCCA-TG-G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------C----------A--T--T----ATT-GA
gi|54 : ag-G----G-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTATCT----GA---------G-ATGTCA-TG-G----A-A-A----A--------T--T---------A------TA------C----------A--T--T----ATT-GAGA
gi|55 : gttTTTGTAGAAA-CA----A--TATT-G----GCTGTTGGAT-----G-----------TAAG----TGAA---CT-------GTACCT----GA---------A-ATATCA-C--G----
gi|57 : GTAGAAA-CA----A--TATA-G----A-------AT-----G-----------CACG----TGAA---TT-------GTGCAT----GA---------A-TTATTA-C--G----
gi|58 : TGTAGAAA-CA----A--GATA-GTTA-A-------AT-----G-----------CAAA----TGAA---TT-------
gi|59 : gatttta----A--GGTA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGAA---TA-------ATACGT----GA---------A-ATGTCA-aac
gi|6 : TTTGTAGAAA-CG----A--AACA-T----A-------AT-----G-----------CGTG----TGAA---TT-------GTATGTATTAAA---------A-ACGTCA-T--G----G-A-A----A---------------------A------TG------T----------A--T--C----ATT-GAAAA-ACAT---TGCAAACAt
gi|60 : tTTTGTAGAAG-CG----A--GGTA-G----A-------AC-----A-----------CAAG----actgtatgcc
gi|7 : caagattttGTAGAAA-CG----A--GATA-G----A-------AT-----G-----------CAAG----TGCA---TT-------GTATGT----GA---------A-ATGTCA-T--GA---A-A-A----A--------T--T---------A------TA------T----------A--T--T----A
gi|8 : TTGTAGGAA-CG----A--AATA-G----A-------AC-----G-----------CAAG----TGAA---TT-------GTACGT----AA---------A-ATGTCA-C--A----A-A-A----A--------T--T---------ACACG--TA------TATATGAAATAA--T--C----ATT-GGGAA-A-GT---CACGTAcatgtacatgtattgaaatatgttgcatatatc
gi|9 : TTTGTAGAAA-TA----A--AATA-G----G-------AT-----G-----------TAAG----TGAA---TT-------TTACCT----GA---------A-TTATGA-T--A----A-A-A----AAAACATTTT--T---------A------GA------C----------AA-TGAT----ACT-GAGAA-ACAC---TGCATAtg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAATGTTTTTGTAGAAATGAGATAGAATGTAAAATATTGTTTATGAAATTTTATTAAAAAAAATATATATATACTTTTGAGA
Unaligned ( gi|56 ): CCAAGATTTTTTGTAGAAATTAAATTGTGCATGAAATATCGCCAAAAAAATTAT