lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 777777777777777777777777777777777777777777 11111 222 1111111 1111 444444444444444444444444 11111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 333333333333333333333333333333333333 11111 33333333333333333333333333333 111111111 888888888888888888888 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111 1111111111111 11111111111111111
lowQualScore : 3 666 44444 44444444 444 0 44444 33 1 1 1 44444444 888888888888888888888888888888888888888888 11 1 33333 11 1 222 44444 1 333 2 444 999 11 333 22 999999 22 333333 1 55 1 2 1 11 4444444 1 777777777777 11 2 555 1 222 2222 0000 11 11 444444444444444444444444 2 44444444 333 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 55555 333 5555 222 2 222 555555 1 1 2222 222 222222222222222222222222222222222222 11111 0 1 44444 222 11 66666666666666666666666666666 11 1 1 222222222 1 2222 11 77777777777 2 2222 1 999 11 888888888888888888888 11 1 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 1 1 999 11 222 11 1 2 6 4444 1 222222222222222222222 666666666 33333 33 4444444 11 4444444 222 1 555555555 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 555555555555 33 33 1 5555555 3333 11 6666666666666 1 11 1 44444444444444444 222 22 1 1 0 1 22 6
lowQualScore : . ... ..... ........ ... . ..... .. . . . ........ .......................................... .. . ..... .. . ... ..... . ... . ... ... .. ... .. ...... .. ...... . .. . . . .. ....... . ............ .. . ... . ... .... .... .. .. ........................ . ........ ... . ................................................................................................................................................. .. ..... ... .... ... . ... ...... . . .... ... .................................... ..... . . ..... ... .. ............................. .. . . ......... . .... .. ........... . .... . ... .. ..................... .. . .. ............................................................................................ . . . . ... .. ... .. . . . .... . ..................... ......... ..... .. ....... .. ....... ... . ......... . ...................................................... ... ............ .. .. . ....... .... .. ............. . .. . ................. ... .. . . . . .. .
lowQualScore : 7 888 88888 99999999 000 6 88888 11 3 3 2 55555555 999999999999999999999999999999999999999999 77 2 11111 77 2 222 11111 3 555 7 666 000 88 111 00 111111 00 888888 3 88 3 5 2 77 9999999 2 555555555555 77 6 222 2 111 5555 9999 66 66 888888888888888888888888 4 11111111 888 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 33333 111 4444 000 3 000 333333 2 2 5555 111 888888888888888888888888888888888888 99999 6 2 88888 000 66 99999999999999999999999999999 66 1 1 555555555 2 5555 77 00000000000 4 5555 2 333 77 333333333333333333333 77 2 77 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 3 3 3 333 55 333 88 2 6 1 0000 3 333333333333333333333 777777777 22222 11 2222222 88 2222222 333 3 444444444 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333 444444444444 00 00 2 8888888 9999 77 2222222222222 2 88 3 99999999999999999 999 00 4 4 1 5 22 1
consensus : TATTTACGTA--AC-----AG-NCANGTTATTTCC--ACAA-----TTTTAACA--TTAA-T-GCAT-G--------CA----T-C-----T---------GTC-C-------A-------GAA--A-ATC-----A--A-C---A---C-T-T---AC-TC--GCT-G-T--TAATCCATT--TTCACA----CGT--TCC------CT-GTC-CCGGG-TTT-G-AA--TN--GTG-TG-TT-----------AAT--CCC--NATTG-GCGG---T----A----GA--A--AAA--T--AT-C--AAA---AA-TTCGAAGT-CGGA-N------AATT---T-GGAA-----AAA-AAATT---------A-T--AAACAC-T--CA-TGCATTTTGGT-T--CTCG-GA---AAGC-----TTTT-----T---G--------T----T-TCA----------ATTA-----AAAN-A-A--T-TA-NTTT--T-G---T---T---GATA---T-T---A--N---TAG-GA-A----AA---CA-T----G---T---TTGAAT--N----AAAA-----TGAAA--TGTCAA-AAAG----CT---T--T----N----TG-AG-A---A--A---A-TA--TA-C-GT--------G-TT----T--ACT---------A-A----T-TTTT---CCAA--AT-------------T-TATT-CCGA--C-TTCGG--A--------------T---------T---TT--T----------T--AT------A----CCGCC-C--------N-----TA---G-A----GATTA-A-C-A--CACAA---T--TC-AAA-CCCGG----G-ACAA-G----------G-----A---------A-----CA--TGT-------GAAA--ATG-------GAT---TA-A----C----AG-C-----GAGTA-----T--------G---------A-------------------T---TTC--NT---T----G--TGAC--A-GA-------T----GCATGC--AT-T----------A-AT--GTT-AAAA-TTG----T-----NG-A-A--A-T-AACTT-GTCTGT--TACGTAAA
Reference ( gi|5 ) : TATTTACGCA--GC-----AG-TTATGCCATTTCC--ATAA-----TTTTAACA--TTAA-T-GCAT-G--------CA----C-C-----T---------G-----------A-------GAA--A-ATC-----A--A-C---A---A-T-T---AC-TC--GCT-T-T--TAAGCAATT--TTCACA----CAT--TCC------CT-GTT-CCGGG-TTT-G-AA--TA--GTG-TG-TT-----------AAT--CCC--AATTG-GCGG---T----A----GA--A--AAA--T--GT-C--AAA---AG-TGCAAAGT-CGGA-T------AATT---T-GAAA-----AAA-AAATT---------A-T--AAACACTT--CA-TACATTTTGGA-T--CTCA-AA---AAGC-----TTCT-----T---G--------T----T-TCA----------ATTA-----AAAC-A-A--T-TA-ATTT--T-G---T---T---GATA---T-T---A--T---TAG-GA-A----AA---CA-A----G---T---TTGAAT--C----AAAA-----TGAAA--TGTCAA-AAAG----TT---T--T----A----TG-AG-A---A--G---A-TA--TA-C-GC--------G-TT----T--ACT---------A-A----T-TTTT---CCAA--AT------A-C-A--TGTATT-CCGA--C-TTCGG--A--------------T---------T---TT--T----------T--AT------A----CCTCC-C--------T-----TA---G-A----GATTA-A-C-A--TACAA---T--TC-AAA-CTCGG----G-A-AA-G----------A-----A---------A-----CA--TGT-------GAAA--ATG-------GAT---TA-A----C----AG-C-----A---------T--------G---------A-------------------T---TTC--AT---C----G--TGAC--A-GA-------T----GCATGC--AA-T----------A-AT--GTT-AATA-TTG----T-----TG-G-A--A-T-AACTT-GTCTGT--TACGCAAA
gi|3 : TATTTACGCA--AC-----CG-ACAAGTTAATTCC--ACAA-----CTTTAATA--TCGA-G-GGGT-A--------TA----T-C-----TATTACCAAAA-----------A-------CAA--A-ATC-----A--A-C---A---C-T-T---AC-TC---CT-TGT--TAATCCATT--TTCAAA----TGT--TCT------CT-GTC-CAGGG-TTT-A-AA--TT--GCG-AG-TT-----------TAT--AAC--CATTG-GCGG---A----A----GA--A--AAA--A--GT-C--GAA---AA-TTCAAAGTACAGG-TGTAGGAAATT---T-G--------TAT-ATGTT---------A-G--AAA-A-----CA-CGCATTTTGGC-T--CTCA-GT---AAGT-----TTCT-----T---GGCT-----T----T-TC------------CTA----------------------TG--T-G---T---T---TCTACCTC-T---A--T---AAACGA-A----AA---TA-ACTTTT---T---TTTAAT--T-------A-----TGA-------CAG-AAAG----CT---T--TTCAAG----TA-CG-A---A--A---A-TA--T----GT--------G-TT----T--GAT-----------A----T-TTTT---CCAA--AT-------------TG---T-CCGA--C-TTCGG--A--------------T---------T---TT--T--------------T------A----CCGC-------------------------------------C-A--TA-GA---T--TT-AAA-TCCGG----G-A-CA-GGTTCCCTGTTA-----ATCTAATTTCA-----CC--TGTTCCAGGTGAAA--TTA-------GAT---TA-A----C----AG-TTA---G---------T--------A---------A-------------------A---TTCTAATGTCC----GTATGAC--A-GT-------A----GCATTA--AT-T----------A-AT--ATT-GAGG-TTG----T-----AG-A-A--G-T-AGTAT-GTCTAT--
gi|33 : TGTTTACGTA--ATGAACAAA-TTATG-----TCC--ACGA-----CTTTAATA--TTAA-T-GAAT-C--------CA----T-C-----T---------G-----------
gi|7 : ATTTACGTA--AC-----AG-TTATCCCATTTCC--ATAA-----TGTTAACA--TTAA-T-GCAT-G--------------------------------------------A-------GAA--A-ATC-----C--A-C---A---T-T-T---AC-TT--GCT-T-T--TAATCCATT--TTCACA----CAT--TCC------CT-GTT-CCGGG-TTT-G-AA--TA--GTG-TG-TT-----------AGT--CCC--AAATG-GAGG---T----A----GA--A--AAA--T--AG-A--AAA---AG-TTAGAAGT-CGAA-C------AATT---TGGAAA-----AAA-AAA-----------A-T--AAG-------CA-TGCATTTTGGT-T--CTCA-GA---GAGC-----TT-T-----T---G--------T----C-TCA----------ATTA-----AAAA-G-A--T-TC-TTTT--T-G---T---T---GATA---T-T---T--T---TAG-GA-A----AA---CA-T----G---T---TTAAAT--C----TAAG-----TGAAA--TGTCGA-AAAG----TT---T--T----A----TG-AG-A---A--GCAAA-TA--TA-C-AT--------A-TT----T--ACT---------A-A----T-TTTT---CCAA--A----------------TATT-CCGA--C-TTCGG--ATTTTTTATTT----T---------T---TT--T----------T--AT------A----CCGCC-C--------T-----TA---G-A----G-----------------------TT-AAA-CCCGG----G-ACAA-G----------A-----A---------A-----CA-----------------------------------A-A----C----AG-C-----ATGTAAATGTT--------G---------A-------------------T---TTC--AT---T----G--TGAC--A-GA-------T----GCATGC--AT-T----------A-AT--GTT-AAAA-ATG----T-----TT-G-A--A-T-AACTT-GTCTGT--TACGCAAAcaggc
gi|7 : tagATTTGCGTA--AC-----AG-ACAAGTTATTCAA--ACAT-----TTTTAACA--TTAA-T-GCAT-G--------CA----T-C-----T---------GTCACA------A-------TGA--A-ATC-----A--A-C---A---T-T-T---AC-AT--GCT------------GTT--T----------GT--TTC------TT-GTC-CCGGG-TTT-------------------------------AAC--TCT--AAG-G-GCGG---T----ATA--AA--A--AAA--A--AT-A--AAA---AA-TCCGAAGT-CGGA-A------TATT---T-GGAA-----AAA----TT---------AGT--AAATATGT---A-TA---TTTGCT-T--CTCA-TA---AAAC-----TTTT-----C---GACA-----T----T-TCA----------CTTAGATTTAAAC-A------TG--TTT--T-C---C---T---AAAA---A-T---A--T---CAA-CA-A----AA---AG-A----A---TCTTTTTAAT----------------TGAGA--C----A-AAAG----CT---C--T----C----TG-AG-A---ACCA---A-AA--TG-C-AT--------G-CT----T--ATT---------T-T----T-TTTTT--CCAA--AT-------------TGT----TCGA--C-TTCTA--A--------------C---------T---TT--T----------TCTATTTTTCTA----CCTCC-A--------T-----TT---G-G----GACTA-A-C-A--CACTA---T--TC-AAA-CCCGG----A-ACAG-G----------G-----A---------A-----TG--TGT-------GAAA--ATG-------GAT---TA-A----A----AG-C-----A---------A--------G----------------------------------TA--AA---T----G--TG------GA-------TTTTCTCATGC--AT-T----------A-AT--GTT-AACA-TTA----TGGAAATG-G-G--A-T-AA------CTGT--TACGTAAAtcca
gi|4 : tagaATTTACGTA--CC-----AG-TCATGCAATAATC--ATAA-----TTTTAACA--TTAA-T-GTAT-A--------CA----C-A-----T---------GCCACG------A-------GAA--A-ATC-----A--A-C---A---C-T-T---AC-TT--GCT-T-T--TAATCCATT--TTCACA----TGT--TCC------CT-GTT-CTGGG-TTT-A-AA--TA--GTG-TG-TT-----------AGT--CCA--AATTG-GCGG---T---------GG--A--AAA--T--AT-CA-AAA---AA-TTTGAAGT-CGGA-C------AATT---T-G--------AAA-AAATT---------A----AA--------CA-TGCATTTTGGT-T--CTCA-GA---AAGC-----TTTT-----T---G--------T----T-TCA----------ATTT-----AAAG-A-T--T-TA-TTTT--T-G---T---T---GATT---T-T---A------TAG-AA-A----AA---CA-T----G---T---TTGAAT--T----AAAA-----TGAAT--TGTCAA-AATG----TT---T--T----A----TA-AG-A---A--GCAAA-TA--TA-C-GT--------G-TT----T--AGT---------A-A----T-TTTTCC-CCAA--A----------------TATC-CCTA--C-TTT-G--A--------------TTTTTTTTTCT---TT--T----------T--AT------A----CCGCC-C--------A-----TA---G-T----GATTA-A-C-A--AACAA---T--TC-AAA-CCAGG----G-ACAA-G----------A-----A---------A-----CA--TGT-------AGAA--ATG-------GAT---TA-A----C----AA-C-----A---------T--------GTAATCATTAA-------------------T---TTC--AT---T----G--TGAC--A-GG-------T----GCATGC--A-----------------------------------------TG-A-A--A-T-AACTT-GTCTGT--TACGTAAAcca
gi|4 : tagATTTACGTA--AC-----AG-ACAAGTTATTTC-------------------------A-T-GCAT-G--------CA----C-C-----T---------GTCACA------A-------TGA--A-ATT-----A--A-T---G---A-T-T---AC-AT--GTT-G-T--TAATCCATT--TCTACA----TGT--TTC------TT-GTC-CCTGG-TTT-G-AA--TT--GTT-TG-TT-----------AAT--CAC--TATGG-GCGG---T----A----TA--A--AAA--G--AA-A--AAA---AA-ATCAAAGTAGGGA-T-------ATT---T-G-GG-----GAA-AAATT---------ACT--AAACACGT---A-TA---TTTGCT-T--CTTA-TA---AAAC-----ATTT-----T---GACAATTCAT----T-TTA----------ATTC-----AAAC-A------TG-TTTT--T-C---TA--T---AAAA---T-C---A-------AC-AA-A----AA---TA-A----A---T---CT---T--T----AAAT-----TGAAA-----CAA-AAAG----CT---T--T----C----TG-AG-A---ACCA---A-AA--TG-C-AT--------G-TT---------T---------A-A----T-TTTT---TCAA--AT-------------TG---T-CCGA--C-TTCAA--A--------------T---------T---TT--T----------TG-AT------A----TTTTC-CACCGCCAAT-----TT---G------GACTA-A-C-A--CACTA---T--TT-AAA-CCCAG----A-ACAG-G----------G-----A---------A-----CA--TGT-------GAAA--ATG-------GAT---TA-A----A----AG-C-----AAGTAAGTGTT--------G---------A-------------------T---TTT--CT---C----G--TGGC--A-TG-------T----GTATAC--AT-T----------A-AT--GTT-AAAA-TTA----T--------G-ATTA-T-TGCAT-GACTGG--TACGTAAAtccag
gi|1 : tagaATTTACGTA--AC-----AG-ACAAGTTATTCCA--ACAC-----TTTGAACA--TTTA-T-GCAT-G--------CA----T-C-----TTTCAC----A-----------A-------TGA--A-ATC-----A--A-C---A---C-T-T---AC-AA--GCT-G-T--TAATCCATT--TTCACA----CGT--TTC------TT-GTC-ACATG-TTT-G-AA--TA--GTT-TG-TT-----------AAT--ATC--TATGG-GCGG---CATAAA----AA--A--AAA--T--AT-TAAAAA---AA-TCTGAAGT-CAGA-A------TATT---T-G--------GAA-AAATT---------AGT--AAATACGT---A-TA---TTTGCT-T--CTCA-TA---AACC-----TTTT-----TGACG--------T----T-TCA----------ATTT-----G----A-T--T-TA-AATA--T-G---T---T----------T-T---C--T---TAT-GA-ATATCAA---CA-A----A---A---ATAGAT--CCTTTAAAT-----TGAAA-----CGA-AAAG----CT---T--T----C----TG-AG-A---A--C---C-TA--AA-T-GCAT------G-TT----T--A-TAAAAAAAAAA-A--------TT---CCAA--AT-------------TG---T-CCCA--C-TTCGA--T--------------T---------T---TT--T----------C--AT------ATTGTTCTAC-C--------A-----TC---G-AGTGGGAATA-A-C-A--CACTA---T--TC-AAA-CCCGG----A-A-TA-G----------A-----A---------A------ATTTGT-------GAAA--ATG-------GAT---TA-A----A----AG-C-----GAATAATTGTT--------G---------A-------------------T---TTT--CT---T----A--TGGC--A-AT-------T----GTATGC--AT-T----------A-AT--GTT-AAAA-TTA----T-----GG-A-A--A-T-AGCTccag
gi|9 : tggATTAACCCA--AC-----AG-TCATGCAATTTCC--ATAA-----TTTTAACAC-TTAA-T-ACAT-GAATTCATGCA----C-C-----TACCAC----G-----------A-------GAA--A-ATC-----A--A-C---A---C-T-T---AC-TT--ACT-T-T--TAATCCATT--TTC--A----CA-------------------------------------------TG-TT-----------AGT--CCC--AGTTG-GCGG---T----A----GA--A--AAA--T--ATAC--ATA---A--TTCGAAGT-CGGA-C------AATT---C-GGAA-----AAA-AAGAT---------A-T--ACATA-----CA-CGCATTTTAGT-T--CTCA-GA---AAGC-----TTTT-----T---G--------T----T-TCA----------ATTA-----AAAG-G-A--T-TC-TTTT--T-G---T---T---GATA---T-TTAAA--A---TAG-G--A----AA---TA-T----G---T---TTGTAT--TA---AAAA-----TGAAA--TGTCAA-AAAA----TT---G--T----A----TG-AG-AATCA--A---A-TA--TA-C-GT--------G-TT----T--ATT---------A-A----T-TTTT---CCAA--A----------------TATT-CCGA--C-TTCGG--ATATTCTATT-----T---------T---TT--T----------T--AT------A----CCGCC-C--------T-----TA---G-A----GATTA-A-C-A--AACAA---T--TC-AAA-CCCGG----G-ACAA-G----------A-----A---------A-----CT--TGT-------AAAA--ATG-------GAT---CA-A----C----AG-C-----ATGTAAGTGTT--------G---------A-------------------T---TTC--AT---T----G--TGAC--A-GA-------T----GCATGC--AT-T----------A-Aatttatttatgtaacgttactgttacataaatccag
gi|17 : agATTTATGTA--AC-----AG-AGAAGTTATTTCC--ATAA-----CTTTAACA--TTAT-T-GCAT-G--------CA----T-C-----T-------------------------------------TG-----C--A-C---A--------------TC--GTT-G-T--TAATCCATT--TTCACA----TGT--TTC------TC-GTC-CCGGG-TTT-G-AA--TT--GTG-TG-T-------------------C--TATTG-GCGG---T----AT---GA--A--AAA-----AT-C-----------TG--AAGT-CGGA-A------AATT---T-G--------GAA-AAATT---------AGT--AAACACGT---A-TA---TTTGCT-T--CTTA-TA---AAGC-----TTTT-----T---GACA-----T----T-TCA----------TTT--------TT-A-T--T-TA-ATCA--T-GCT-T---T---CATA---T-T---A--G---TA
gi|10 : tattttgttgaATTTACGTA--AC-----AG---A---CATTTCCCAACAA-----TTTTAACA--TTAA-T-GCTT-G--------CA----T-C-----T---------GTT---------AACAAT--GAA--A-ATC-----A--A-C---A---C-T-TA--ACATA--GCT-G-T--TAA-----T--TTTATA----CGT--TCC------CT-G-T-CCGGG--TT-G-AA----------TG-TT-----------GATTATAC--AAAAG-GCGG---T----A----GA----------------------------TTCAAAGT-CGGATT------ATTT---T-GAAA-----AAA-A---T---------A-T--AAA-------CA-TGCATTTTGGCTT--CTCA-AAAT-AAGC-----T--T-----T---G--------T----T-TCA----------ATGA-----AAAG-G-A--T-C---TTT--T-A---C---T---TACA---T-T---AT-T---TAG-GA-A----A---------------------TGCAT----------G-----TGAAA--TGTC-A-AAAG----TT---T------------TG-AG-A---A--GC--A-TA--TA-C-GT--------GTTT----T--GCT---------A-A----T-TTTT---C-------------A-C-A---ATATT-CCGA--C-TTCGG--A--------------T---------T---TT--TTGATTTTTTCT--AT------A----CCGCG-C--------T-----TAG--G-A----GATTA-A-C-A--AACAA------TC-AAccag
gi|15 : tgaATTTACGTA--AC-----GG-TCATGTAATTTCC--ATAA-----TTTTACCA--CTAA-T-GCAT-G--------CA----C-C-----T---------GCCATG------A-------GAA--A-ATC-----A--A-C---A---C-T-T---GC-TA--GGT-T-T--TAATCCACT--TTCGCA----CGT--ATC------CT-GAT-CCGGG-TTT-G-AA--TA--ATG-TG-TT-----------AGT--CCC--AATTG-GCGG---T----A----GA--A--AAA--T--AT-C--AAA---TA-TTCGAAGT-CGGT-A------AATT---T-GGAA-----AAA-AA--T---------A-T--AGAAA---------------TGGA-----------------------TTTT-----C---G--------T----TCTCA----------ATTA-----GAAG-T-A--T-TG-ATTT--T-G---T---T---GATA---T-A---A--T---AAG-GA-A----AA---CA-tcaa
gi|23 : tagATTTACTCA--GC-----AG-AGAAGTTATTCCA--ACAA-----TTTTAACA--CTAA-T-GCAT-T--------CA----T-A-----T---------GTCACA------A-------TGA--A-ATC-----A--A-C---A---C-T-T---AC-AT--GCT-G-T--TAATCCATT--TTTACA----TGT--TTC------TT-GTC-CCGCG-TTT-G-AA--TT--GTT-TG-TT-----------AAT--CTC--TATGG-GTGG---T----T----TA--A--A--------T-A--AAA---AA-TCCGAAAT-CGGA-A------TATT---T-G--------AAA-AAATTA--------A-T--AAAGA-----CG-TATATTTtg
gi|2 : ttatgagaagtATTTACTTA--AC-----AG-ACATGTAATTTCC--ATAA-----TTTTAACA--TTAC-T-GCAT-G--------CA----T-C-----TATCAC----A-----------A-------GGA--A-ATC-----A--A-C---A---C-G-G---AC-TG--GCT-G-T--CAATCCACT--TTCACA----CGT--TCC------CT-GTC-CCGGGATTT-G-----TA--A-G-CA-TT----------------------ATTG-GC-G---T----A----GA--A--AAA--tc
gi|11 : tgATTAACGTATTGC-----AG-ACAAGATATTTCC--A-AA-----TT-----A--TCAA-T-AAAT-A--------T-------------T---------G-----------A--------------ATC-----A--A-C---A---C-T-T---AC-TC--GCT-G-T--TAATCTATT--TTCGAA----TGT--TCG------CT-GTT----------------------TG-CA-TT-----------AAT--TTC--CATTG--CAA---T----A--------A--AAA--T---T-T--AAA---TC-TG--ACGT-CGGA-T------AATT---T-GAGA-----AAT----TT---------G-T--AAACAC--------GCAATT-GGT-T--CTTG-AA---AAGC-----TTTTATAGTT---A--------T----T-TTA----------A--------AAAT-A-T--A-TATATTC--TAG---T---T---TGTA---T-C---A--A---TAG-TA-A----AA---CA-T----G---T---CTGAAT--A----AAAA-----TGAAA--TGTCAG-AAGG-----------------A----CC-AA-A-------------A--TA-C-GT--------G-TT----T--ACT---------A-A----TATTTT---CC--------------C-A--T-T-TT-TCGA--C-TTCGG--A--------------T---------T---TC-----------------T------A----CCGCC-A--------A-----CA---G-A----GATCA-A-C-A--CAAAA---T--TC-AAA-Caaaaaaaaaacccccaaaattttattcttaagctggaccaattgtaaaataaataaataaataaaaagaaagaaaaattgatgaacctgcattttggttctccaaaagattttatttcaattaaaaggattatttttcttgatattaatagaaaaacatgtttgaataaaaatgaaatgtcaaaaaacttccttctgaagcaaatatacgtggttactacgttttccaaattttccgcctttagattttttttacaccgccaatagagattaacaacacaattcaaacccgtaacaaggaacatgtgaaattgaaagcatgatacagtgttgatttctttgtggcaatgatgcattaatgttaaagtggtgtta
gi|25 : ATTTACGTA--AC-----AG-TCATGCCATTTCC--ATAA-----TTCTAACA--TTAG-T-GCAT-G--------CA----T-C-----TGCCAC----G-----------A-------GAA--A-ATC-----A--A-C---A---C-T-T---AC-TT--AC--T-T--TAATCCATT--TTCACA----CGT--TCC------TT-GTT-CCGGccaa
gi|24 : tggATTTACATA--AC-----AG-TTATGCTATTTCC--ATAA-----TTTGAAC--------T-GC------------CA------------T---------G-----------A-------GAA--A-ATC-----A--A-C---A---C-T-T---AC-TC--GCT-A-T--CAA
gi|26 : tacaacatcaacaaaacgaaccctttgaactgaaacaaaagctttttcagaactaaaatgcatgtttataattttttccccaaattgtccgactttgaactttcaatatttttctaccactaattgagataaagcacactaATTTACATA--AC-----AG-ACAAGTTATTTCA--ACAA-----CTTTAACT--TTAA-T-GCAT-G--------CA----T-C-----T---------GTCCCA------A-------GGA--A-ATC-----A--A-CACTA---A-T-T---Atc
gi|29 : taggaataacatacatgtatataatattctcttATTTCCGTA--GG-----AG-ACAAGTTGTTTCC--ACAA-----CTT-AACA--TTGA-T-AAAT-G--------CA----T-C-----T---------GTCACTAAAA--A-------GAA--A-A-C-----A--A-A---A---A-T-T---AC-cca
gi|6 : gtTTACTTA--AC-----AG-ACATGTTAATTC---ATAA-----TTTTAACA--TTA--C-GCAT-G--------CA----A-T-----C---------GTATCACA----A-------GGA--A-ATC-----A--AAC---A---C-G-G---GC-TG--GCT-G-T--CAAGCCACTGTCTCACA----CGT--TCC------C--GT--CCGGA-TTT-GTAAGCTA--TTGGCG-TAGAAAAAAAAAAAAC--CCC--AATTA-GTTA--------A----GT--A--CAA--TTAGT----ACA---AT-TGTAAAAT--AAA-T------AAATAAAT-AAAAGAAAGAAA-AAATT---------A-T--GAAC-CTG--C------TTTTGG--T--TTCC-AA---AAGA-----TT-------T---A--------T----T-TCAGA--------ATTA-----AAG--G-A--T-TA--TTT--T-C---T---T---GATA---T-T---T--A---TAG-AA-A----AA---CA-T----G---T---TTGAATAAA----AAAA-----T-AAA--TGTCAA-AAAAAACTTC---C--T----C----TGAAG-C---A--A---A-TA--TA-C-GT--------G-GT----T--ACT---------A-G------TTTT---CCAA--AT-----------------TT-CCGC--C-TTTAG--AT-------------T---------T---TT--T----------T--AC------A----CCGCC-A--------A-----TA-----A----GATTA-C-A-A--CACAA---T--TC-AAA-CCCGT----A-C-AA-G----------------A---------A-----CA--TGT-------GGAA--ATT-------GA-----A-G----C----AG-TGATAAG---------T--------GTTGTT----A-------------------T---TTC---T---T----G--TGGC--A-GA-------T----G-ATGC--AT-T----------A-AT--GCT-AAc
gi|32 : tgaaTTACATA--AC-----AGACCAAGTTATTTCA--ACAAC----TTTTAACT--TTAA-TTGCAT-G--------CA----T-C-----T---------GTCC--------A-------AGG--A-ATC-----A--A-C---A---atgtg
gi|21 : TTACTTA--AC-----AG-ACAAGTTATTTCT--AT-------CTTCAATG--TCAA-C-TCAT-G--------CA----T-T-----C---------GTCACAA-----G-------GAATGA-ACC-----A--A-C---A---C-T-T---AT-TC--GCT-G-T--TCATCCATT--TCCAAA----TGT--TCTGAATCTCT-GCA-CTGGA-TTT-T-AA--TA--TT--TG-TA-----------ATT--TTC--GATTT-GCGG---T----AT---GA--A--AAC--G--GT-C--TAT---CA-TTCGCAGT-TGGA-T------AATA---T-G-GA-----AAA-ATGTA---------A-T--AAA-AATG--CAGTTTGTTTT----T--TTC--AA---AAGC-----GTTT-----T---A--------T----T-Ttc
gi|30 : a-TTATG---TATCC--ACA-------CTTAACA--TTAA-T-GCAT-G--------TA----C-TAGTCAT---------A-----------A-------GAA--A-ACC-----A--A-C---A---C-T-T---AC-AC--GCTAT-T--T
gi|18 : agatttctgaatATGTTATTTCA--ACAAACAACTTATAACAACTCAACT-GCAT-G--------CA----C-T-----TCTT------G-----------GCCACAATGAA--A-ATTTTCGAA--A-C---G---ACT-T---ACATC--ATT-T-TATCAATCCATT--TTCCGA----CGT--TCT------TTCGTCACTGCG-TTTTG-AA--TT--GTG-AG-TT-----------AAT--CTC--TAT
gi|1 : cagaaagatttatacatgtatagttatcatataatatataccaattatagcatgtattctggaaaattcataccctgtGCTATTTCC--ATAA-----TTTTAACA--TTAA-T-GCAT-A--------CAATTGC-CA----T---------A-----------A-------GAA--A-ATC-----A--A-C---A---A-T-T---AT-TC--GCT-T-T--TAATCCATT--TTCACA----AAT--TTT------CT-ATT-CCGGG-TTT-G-AA--TA--GTG-TG-TT-----------ATT--CCC--ACTCG-ATGG---T----A----GA--A--CAA--T--AT-G--AAA---AA-ATCGAAGT-GGGA-C------AATT---T-GGAA------------TTTTTTTTTTTA-T--AAACA--------TGCATTTAGGT-T--CTCA-GA---AAGC-----TTTT-----C---G--------T----T-TCA----------ATTT-----AAAG-G-A--TCTA-TTTT--T-G---T---T---GATA---T-T---C--A---TAA-GA-A----AA---CA-T----A---T---TTAAAT--C----AAAT-----TGAAA--CGTCAA-AAAG----GT---T--T----A----TG-AG-A---A--GCAAA-TA--TA-C-GT--------A-TT----T--ACT---------A-A----T-TTTT---CCAA--A----------------TATT-CTGA--C-TTCAG--ATTTTTTTAATATTTT---------T---TT--T----------T--AT------G----CCGCC-C--------A-----TA---G-A----TATTA-A-C-A--AACTA---T--TC-AAA-CATGT----G-ACAA-G----------A-----A---------A-----CG--TGT-------GAAA--ATG-------GAT---TA-A----C----AG-CTTGT-AAGTGT----T--------G---------A-------------------T---TTC--AT---T----G--TGAA--A-GA-------T----GCATGC--AT-A----------A-AT--GTT-CAAA-GTG----T-----TG-G-A--A-T-AACTT-GTCTGT--TACGTAAAcagtcgtaatggtaaagcca
gi|12 : tggaATTTCA--ATAA-----TTTAAACA--TTAA-T-GCAT-G--------CA----T-C-----TTGTCAC---A-----------A-------TGA--A-ACC-----T--A-C---A---C-T-T---AA-TG--GCT-G-T--TAATCCATT--TTCACA----TGT--TTC------TT-GTC-CCGGG-TTTTG-AA--TA--TTT-TG-TT-----------AGT--CCC--AATTA-GCGG---T----A----GA--A--AAA--T--AT-C--GAA---AA-TTCTATTT-CGGA-T------AATT---TGGAAA-----AAA-AAATA---------A-T--GAA-------CA-TGCACTTGAGT-T--CTCA-AA---AAGC-----TTTG-----T---G--------T----T-CTA----------ATTA-----AAATGA-A--T-T---TTT--C-C---T---T---AATA---T-T---A--A---TAG-GA-A----AG---CA-T----G---T---TTAAAT--C----AAAA-----TGAAA--TGTCGA-AAAG----CT---T--T----A------------------------------------------A-TT----T--A-----------A--------TTTT---CCAA--AT------A-T----TTTATT-TT----T-TTTTT--A--------------T---------T---TT--TC---------T--AT------A----CCGCC-tatttatttatgtaacgttactgttacataaatccag
gi|19 : ATTTCT--GCAA-----CT--GAAA--TTAA-T-GCAT-A--------CA----CAC-----T---------ACATGTATCATTA-------GAA--A-ATC-----A--A-T---A---T-T-T---AC-TT--GTT-A-T--TTATCCACT--TTCACA----TGT--TCC------CT--TC-TTAGG-TCT-A-GA--CA--ATA-AG-TT-----------TAT--CGC--TATTG-GTGA---T----T----AA--A--AAA--T--------AAA---A-----AAAGT-TGGA-A------CATT---T-G-GA-----AAA-AATTT---------G-T--AAACAaatac
gi|8 : atttaaaggaaagctataaaaactatttctttgatgaaaagtgaaatatcaaaaaactttcacTTTCT--TCAA-----CTTTAACA--CTAA-T-GAAT-A--------CA----T-C-----T---------G-----------T-------CAC--A-ATG-----AGAA-C---A---A-T-TCTTAC-TC--ACT-G-T--TCATTAATT--TTCACG------T--TTT------CT-GTC-CTGAG-TTT-G-AC--TT--ATG-TG-TT-----------TAT--CTC--TATTG-GCAG---T----G----GACGA--AAA--T--G------AA---AA-TCCGAAGT-AGGA-A------ATTT---T-GGAA-----ACA----TT---------AAT--AAA-------CA-TGTATTTTAGT-T--CTGGTAA---TACT-----TTCT-----TTACA--------T----T-TTATTTAT-----ATTC-----AGAC-A-T--A-TA-TTTC--T-A---T---T---GATA-----T---A--T---TAG-TA-G----AA---TA-T----T---T---TTTATT----------A-----TG--A--CGT-AA-AACA----TT---G--C----AACACCC-AA-A---A--G---G-CA--T--------------G-TT----T--ACT---------A-A----T-ATT-----CAA--G-------A---A--T-TA-T-CAGA--C-GTTGG--A--------------T---------TAACTT--T----------T--TT------T----TCTAC-C------------------------------A-C-C-A--TAGAA---A--TC-AAA-TCCGG----G-ACAG-G----------G-----A---------A-----CA--TCA-------GATA--TTG-------GAT---TA-AAAC-T----AG-T-----AAG-------T--------G-----------------------------T---TTC--TTTTCT----A--TGAC--A-TA-------T----GCATTT--AT-T----------A-AA--GTT-Aaatttgttt
gi|8 : ttacgtaactacttaactcTAA-----CTCTAACT--TTAA-T-AAAT-G--------CA----T-A-----T---------GTCAT-------A-------GAA--A-AGA-----A--A-C---A---C-T-T---AC-TA--G-T-T-T--TAATCCAAT--ATCTGA----TGT--TCC------CT-GTC-CCGGA-TTT-G-A---------------T-------------T--TCT--A--TG-GTGG---T----A----GA--A--AAA-----------AAAGTTAA-TCCAACGT-CTGA-T------AATTCT-T-GAAT-----A------TT---------AGT--AAACA--------TGCCTTTTGGG-T--GTTG-CA---ATGT-----TTTA-----C---G--------T----C-ATA----------AT-A-----AAA--A-A--T----ATTC--T-A---C---T---AATA---T-----A--TCAATAG-AA-A----TA---TA-T----G---T---CTGAAT--A----TAAA-----TAAAA--TGTAAAGAAAG----TA---T--T----A----CC-AG-A---ACTA---A-AA--TA-C-AT--------G-TT----T--ATT---------A-A----T-GTTT---CCAA--A-----------A--T---TT-CCTA--C-TTCGG--A--------------T---------T---TTCAT----------T--TT-----------CGTCCAC--------TGCCAATA---G-A----GATAA-A-C-A--CATAA---G--TC-AAA-CTCAG----G-A-CA-G----------A-----A---------A------A--CGT-------GAAA--ATT-------AAT---GA-A----C----AG-T-----GAGTAAGAATT--------G---------T-------------------T---CTC--AT---T----G--TGAC--A-GA-------T----GTATTC--AT-T----------A-GT--GTT-AAAG-TTG----A-----AGAA-A--A-T-AAGTT-GTCTGT--TCTGGAAAataagttgtctgttctggaaat
gi|2 : ttacgtaactactA-----CTTTAACA--TTAA-T-GCAT----------CATTG-C-CA----C---------A-----------A-------AGA--A-ATC-----A--A-C---A---C-TGT---A--TCATGCT-T-T--CAA-----T--TTCACA----TGT--TCC------TT-GTT-ACGGG-TTT-G-AA--TT--GTGTTG-TT-----------AAT--CTC--TATTG-GCGG---T----G----TA--A--A-------------AAA---AA-TCTAAAGG-CGGA-A------AATT---T-GGAA-----AAC-G---T---------AGT--AACCACGT---A-TA---TTTG---C--TTCA-GAAGGAAGT-----TTTT-----T---GACA-----T----T-TCATTTTT-----ATTC-----AAAC-ATG--T-T---TTTC-T-A---T---T---AATA---T-C---A-------AG-AA-A----AA---TA-ATC--C---T---TTTAAT--T----GAAA-----TAAAA----TC-----------TT---T--T----G-----G-AG-A---ACCA---A-AA--TG-C-AG--------G-TT----C--ATC---------A-A----T-TTTT---Ct
gi|6 : tgatttacttaacagacatgtaatttccataattttaacattactgcatgcatctatcacaaggaaatcaacacggactggctgtcaatccactttcacacgttccctgtcccgggatttgtaagcattattggcgtagaaaaaaaaaaaaaaacccccaaaattttattcttaagctggaccaattgtaaaataaataaataaataaaaagaaaTTTAGCA--TTAA-T-GCAT----------CA----T-C-----T---------GCCACA------A-------GAA--ATAAC-----A--A-C---ACTTA-T-C---AC-T---GCT-T--------CAATT--TCCACA----TGT--TCT-------T-GT--ACGGG-TTT-G-AA--TT--GTG-TT-GT-----------AAT--CTT--A-TTG-GCGG---T----G----TA--A--AAA-----------------AA-TCTAAAGG-CGGA--------AATT---T-GGAA-----AA-----CT---------AGT--AACCACGT---A-TA---TTTG---C--TTCA-GAGG-AAGT-----TTTT-----T---T--------TGACAT-TTATTTTTTT---ATTC-----AAAC-A------TG-TTTT--T-C---T--------ATA---AAT---A--T---CAA-GA-A----AA---TA-A----TCC-T---TTAATT--C-------------TGAAA--T-------AAA----TC---T--T----T----TG--G-A---A--A---C-CA--AA-A-GCAG------G-TT----C--A-T---------A-A----T-TTTT---TCggtgtta
gi|9 : tgaattacttaacagacatgttaattcataattttaacattacgcatgcaatcgtatcacaaggaaatcaaacacgggctggctgtcaagccactgtctcacacgttcccgtccggatttgtaagctattggcgtagaaaaaaaaaaaaccccaattagttaagtacaattagtacaattgtaaaataaataaataaataaaagaaa--TTAA-T-GCAT-G--------CA----T-C-----T---------GTCACA------A-------TGA--A-ATC-----A--A-C---A---C-T-T---AC-AT--GCT-G-T--TGATCCATT--TTTACA----AGT--TTC------TT-GTC-CCGGG-TTT-G-AA--TT--GTT-TG-TT-----------AAT--CTC--TAAGG-GCGG---T----AT---AA--A--AAA--A--AT-A--GAA---TA-TCCGAAGT-CGGA-A------TATT---T-G--------GAA-AAATTA--------A-T--AAACACGT---A-TA---TTTGAT-T--CTCA-TA---CAAT-----TTTT-----T---GACA-----T----T-TCATT--------TTTA-----ATAC-A-A--A-CATATTTCCT-A---T---TTTAAATA---T-C---A-------AC-AA-A----AA---GA-ATC--C---T---TTTAAT----------------TGAAA-----CAA-AAAG----CT---T--T----C----TG-AG-A---ACTA---A-AA--TG-C-GT--------G-TA----T--G-T---------ATATCTTT-TTTT---CCGA--AT-------------TG---T-CCGA--C-TTCGA--A--------------T---------T---AT--G----------T--AT------A----TTTTT-C--------T-----------------------A-C-C--GCCAA---C--TG-GGA-CT-------------------------------A---------A-----CA--TGT-------GAAA--ATG-------GAT---TA-A----A----AG-T-----AAGTAAGTGTT--------G---------A-------------------T---TTT--CT---C----G--TGGT--A-GG-------T----GCATG---AA-TTCATGTATTAA-GT--GTT-AAAA-TTA----T-----GG-A-A--A-T-TGCAT-GACTGT--Ttgtg
gi|13 : agattaacccCATAG--------CA----T-C-----T---------GTCACA------A-------GAA--A-ATC-----A--G-C---A---C-T-T---AC-TC--GCT-G-C--TAATCCATT--TTCACAGTGACATCTTCC------GT-GTT-CCGGG-TTT-G-AA--T----------------------------CTC--TGTTG-GCGG---T----ATAAAGA--A--AAT--T--TT-A--AAA---AA-TCCGAAGT-TGGA-A------AAT---------------------ATA---------G-T--AAACGC-----A-TATATTT-GCC-T--CCCT-GA---AAGC-----TT-------T---G--------------------------------------AAC-A-T--T-TC-ATTT--T---------------TA---T-T----------TA----------AA---CA-A----G---T---TT
gi|22 : cccaaaaaacgtattttattgtttcacggtgagcggaagagaaggattatttttgttgatattaaaagg--A-ATC-----A--G-C---A---C-T-T---AT-TC--GCT-G-T--TAATTTATT--TTCAAG----TAT--TTT------CT-GTC-CCAAA-TTT-G-AA--TA--GTG-TA-TC-----------AAT--TCC--GATTG-GCGGTTTT----A----AA--AACAAA--A--AT-C--GAC---CA-TTCACGGT-CTGA-A------AATT---T-G--------GAA-AAATTG--------A-T--AA-----C--CA-TGTATTTTGGA-T--CT-A-AA---AAGC-----ATTT-----T---G--------A----G-CTA----------GCTA-----GAAA-G-A--T-TA---TT--T-A---TACCT---GATA---G-C---A--A---GAG-GA-A----AA---CG-T----A---T---TTGAAT--A----AAAtggaaataacttgtctgttatgt
gi|31 : CT-G-T--TAATCCATT--TTTACA----TGT--TTC------TT-GTC-CCGGT-TTT-G-AA--TATTGTT-TG-TT-----------AAT--CTC--TAAGG-GCGG---T----A----TA--A--
gi|3 : C------CT-GTC-CCGGA-TTT-A-AA--T-----------------------------CT--A--TG-GCGG---T----A----AA--A--AA-------T-C-------------CGAAGT-CGGA-C------AATT---T-GGAA-----AAA-----T---------A-TC-AAACAC--------ATATTTTCGT-A--CTTG-AA---AAGC-----TTTC-----T---G--------T----C-ATA----------ATTA-----AAAA-A-AAGT-TA-TTTT--C-G---T---T---TATA---G-A---G--G---TAG-AA-A----CA---CATA----G------------------------------GAAA--AGCCAA-GAAA----CT---T--A----C----TG-AG-AGCCA--A---A--A--TG-C-GT--------G-TT----T--TCT---------A-A----C-ATAT---ACAA--ATTTCCT-A-C-ACCTGTACT-TTGAATT-TTCGA--C--------------T---------T---TT--T----------T--CT------T----CCGCC-A--------A-----TG---G-T----TATAA-A-C-T--CGCAA---T--TT-AAA-CCCTG----G-A-CA-G----------AG----A---------A-----CA--TTT-------GAAA--ATG-------GAT---TA-A----CAAGGAG-T-----AAGTGT----T--------G---------A-------------------T---TTT--GT---TTTTGG--TAAT--A-GA-------T----ATACCC--CT-C----------G-AT--ATT-AAAG-TTG----------TG-G-A--ATT-AACTT-GTCGGT--TGCGTAAAt
gi|16 : ta------CT-GCC-TCGGT-TTT-G-AA--T----TA-TG-TT-----------TAT--CTT--A-TTG-GGGG---T----A----AA--A--AAAAAT--AT-C--GAA---AA-TTCGGAGT-CGGA-A------ATTT---T-GA--------AA-AGATT---------AGG--AAACAATTTCCA--GCAATTT--A-TTACTCG-AA---AAGC-----ATGT-----C------------T----T-TCT----------GTTG-----------------TC-TTTT--T-G---T---T---GATA---T-T---A--A---CAA-G--A----AA---TA-T----C---T---TTTAGT--T-------A-----TGA-------CAA-AAAT----CT---T--T----T----TA-GT-AC--A--T---A-TA--TA-C-GC--------A-TT----ttccctgttaatctaatttcacctgttccaggtgaaattagattaacagttagtaaattctaatgtccgtatgacagtagcattaattaatattgaggttgtagaagtagtatgtctat
gi|20 : tatttctatagctgactgcatctgacatacggagatcaacaCGGG-TTT-G-AT--TGT-GTG-TG-T-------------------C--ATTTG-GCGG---T----A----TA--A--A--------T-C-----------TG-AAAGT-CGGA--------AA-------GATG-----GAA-AAATTTA-------G-T--AAACACGT--TA-TA---TTTGCT-C--CTTA-TA---AA-C-----TTTT-----T---GGGAAT---T----T-TCA----------ggtttat
gi|11 : aatttgattatactaatatgaaagatgaattaaaaaacaaG-TTT-G-AA--TT--TTG-TG-TT-----------GAT--CTC--TGTTG-GCGG---T----A----GA--A--A--------T-C-------------CGAAGT-CGAA-A------AAT-------GGG-----AAA-ATATT---------AGT--AAACACGT--------ATTTTGG--T--C------------C-----TTCTGA---C---A--------T----T-TCATTTTT-----ATTC-----AGAC-A------TG-TTTTACT-A---T---T---GATA---CAA---A--C---TAG-AATA----TA---TA-T----A---T---TT---T--T----AAAA-----T-AAC--TAT--A-AAAG----CT---T--T----T----CA-AG-A---ACCA---A-T---TG-C-GT--------G-TT----T--ACA---------A-A----T-TTCT----CAA--AT---------------TA-T-CCGA--C-GTCAG--A--------------TTTAAA----T---TT--T----------T--AT-------------TGC-A--------A-----TG---G-A----AATT------------AA---T--GC-AAA-C-------------A-GC---------G-----A---------A-----CA--TTC-------GAAA--ATA-------GAT---TA-A----C----AG-C------------------------G---------A--------------------------------------G--TAAG--T-GT-------T----G-ATTC--AA-T----------ATTT--ATT-GATA-AT-----T-----TG-GAA--A-T-ATCTT-GTCTGCAATACGagagacgagacatggcaaatgaattaacaactatgtgcaagatcatgccaaataatgagttaaatatatgaaaaacttctcttacataaatcca
gi|10 : TT-G-AT--T---GTT-TG-TT-----------AAT--CTCCTAA--GCGCGG---T----ATA--GA--A--AAA-----AT-C--AAA---AAATCCGAAGT-CGGAAT------ATTG---T-GAAA-----AA-----TT---------A-GCAAAACACGT---A-TATGCTT--------CTCA-AA---A--C-----TT-T-----T---GACA-----T----T-TCA----------------------C-A----T-GC-ATTT--C-C---T---A---AATA---A-T---G--T---AAG-TA-A----AA---GATC----C---T---TT---T--C----AT-------TGAAA--C------AAAG----CT---TATT----T----TG-AG-A---A--GCCAA-AA--TG-C-AT--------G-TT----T--A-T---------A-T----T-TTTT---TCAA--A---------------ATAAT-CCGA--C-TTTGA--A--------------T---------C----------------------T------A----CCGCC-T--------T-----TT---GTAT---AATCA-A-C--------A---T--TC--AA-CCCGG----A-C-AG-G----------G-----A---------A-----CG--TAT-------AAA--------------AT---TA-A----C----AG-CT----A---------T--------GTT-------AAGTGTTGAT----------T---TTC--AT---T----GT-TAAC--A-GA-------T----GCAAGC--AT-T----------A-AT--GTT-AAAA-TTG----T-----TG-G-G--A---AA--T-GTCTGT--TACGTAAAttaatccaa
gi|24 : tgaa-AA--TA--GTG-TGCTT-----------TAT--CTC--AATTA-GTGG---T----A----GA--A--AAA--T--AT-T--GAA---AG-TTCAAAGT-CGGA-C------AATT---T-GGGG-----AAA-AAATT---------A-T--AAA-------CA-TGCATTTTAGT-T--CTGA-AA---AAGC-----TT-T-----T---G--------T----T-TCA----------GTTC-----AAAG-G-G--T-TC-GTTT--T-G---T---T---GATG---T-T---G--T---tcaa
gi|12 : tATTG-GCGG---T----ATA--GA--A--AAA--T--A-----AAA---AA----AAAAT-AAAA-T------A-TT---T-GGAA-----AATTAAATT---------A----AAGCTTTT--CG--ACATTT----------CA-------------------------------------T----T-TTG----------ATTT-----AAAC-A------TG-CTTTCCT-A---T---T---AATA---T-T---A-------AG-GA-A----AAATTCA----------T---TTTAAT--T----AGAA---------------CAC-AAAG----CT---T--T----T----TG-AG-A---A--C---T-CAAGTG-C-AT--------G-TT----C--ATT---------A-T----T-TTTTTTTCCAA--AT---------------TAT--CCGA--A-ATAGA--A--------------T---------T---TT--C----------G--AT------A----TTTTT-C--------TACCGCTAATTG-G----GACTA-A-C-A--AAATA---T--TC-AAAACCCGG----G-ACAA-G----------A-----A---------A-----CA--TGT-------GAAA--ATG-------GAT---TA-A----C----AGCC-----A---------TTAAGTGTAG---------G-------------------T---TTC--AT---T----G--TGACA-A-GA-------T----GCATGC--AT-T----------A-AT--GTT-TAAA-TTA----T-----TG-A-A--A-T-gatagcgagtaagtgttgattttctcatggcagttcaaattatggaaatagcataactgttatgtaaattc
gi|14 : G-GGGG---T----A----TA--A--AAA-------------A---AA-TTCGAAGA-CGGA-A------ATTT---T-GAAA-----AA-----TT---------AGT--AAACACGT--------ATTTTTGT-T--CTTG-GA---AAGC-----TTTT-----C---G--------T----C-ATA----------GTTA-----AAAA-T-G--T-TA-TTCT--A-G---T---T---TAAA---T-C---A--A---TAG-CA-A----AA---CA-T----G---T---CTTATT--A----GAAA-----CAAAA--TGTCAA-AAAG----CT---T--T----C----CG-AG-A---A--T---G-TT--TA-C-Gac
gi|27 : tagagtaaaatataagttttgaagattgcataatcttttaaggtttagagaagaggacagatataataagctacatgcacatctcttt--AAA--T--AT-C--AAA---AG-TTCGAAGT-TGGA-C------AATT---T-GGAA-----AAA-AA--T---------A-T--AAA-------CA-TGCATTTTGGT-T--CTAG-GA---AAGT-----TCCT-----T---G--------C----T-TCA----------ATT----------------C-T---TTT--T-G---T---T---TATA---T-T---A--T---TAG-GA-A----AA---C
gi|2 : -GAAA-----GAA-AAATTG--------A-T--GAAC------C--TGCATTTTGGT-T--CTCC-AA---AAGA-----TT-T-----T---A--------T----T-TCA----------ATTA-----AAAG-G-A--T-TA-TTTT--T-C---T---T---GATA---T-T---A--A---TAG-AA-A----AA---CA-T----G---T---TTGAAT--A----AAAA-----TGAAA--TGTCAA-AAAA----CTTCCT--T----C----TGAAG-C---A--A---A-TA--TA-C-GT--------G-GT----T--ACT---------A-C----G-TTTT---CCAA--AT-------------T---TT-CCGC--C-TTTAG--ATT------------T---------T---TT--T----------T--AC------A----CCGCC-A--------A-----TA---G-A----GATTA-A-CAA--CACAA---T--TC-AAA-CCCGT----A-ACAA-G----------G-----A---------A-----CA--TGT-------GAAA--TTGAAAGCATGAT------A----C----AG-T-----GT--------T--------G---------A-------------------T---TTC--TT---T----G--TGGC--A--A-------T----G-ATGC--AT-T----------A-AT--GTT-AA
gi|14 : tgatttacttaacagacatgtaatttccataattttaacattactgcatgcatctatcacaaggaaatcaacacggactggctgtcaatccactttcacacgttccctgtcccgggatttgtaagcattattggcgtagaaaaaaaaaaaaaaacccccaaaattttattcttaagctggaccaattgtaaaataaataaataaataaaaa-T--CTCG-GA---AAGC-----TTTT-----T---GACATTTTGT----T-TCT----------AATA-----AGAC-A------TG--TTT--T-GCTAT---T---GAT----T-T---AAAC---TAG-AA-T----AA---CA-T----T---T---TTAACT----------A-----TGA-------CGA-AAAG----CT---T--T----C----CA-AG-A---ACAA---A-AA--TA-C-GT--------G-TT----T--ACT---------A-A----T-TTTT---CAAA--AT-----------------TT-CCGT--C-TTCGA--ATT------------T---------T---TT--T----------T--AT------A----CCCCC-agtggtgtta
gi|13 : tagagtaaaatataagttttgaagattgcataatcttttaaggtttagagaagaggacagatataataagctacatgcacatctctttcgtaaacat--CCCA-AA---AAACGTATTTTAT-----T---G--------T----T-TCACGGTGAGCGGAAGA-----GAAG-G-A--T-TA-TTTT--T-G---T---T---GATA---T-T---A--A---AAG-GA-A----A----CT-T----G---T---TTAAAT--A----AAAA-----TGAAA--TGTTCA-AAGC----TT---T--C----A-----G-GG-A---G--GCAAA-TA--TA-T-GC--------G-TT----T--ACT---------A-T----A-TTTT---CCA----------------------------A--C-TTCGG--A--------------T---------T---TT--T----------TA-AA------A----TTTTC-T--------T-----TA---T-ACC--G-CCA-A-C-A--GA-GA---T--TC-AAA-CCCGG----A-ACAC-G----------G-----A---------AGATGTCAC-TGT-------GAAA--ATG-------GAT---TA-G----C----AG-C-----GAGTAAGTGCT--------G---------A-------------------T---TTT--CT---T----G--TGAC--A-GA-------T----GC---------T----------A---------------TG----T-----GG-A-A--A-T-AACTT-GTCTGT--TATG
gi|16 : A-AA---AAGA-----TTTT-----T---G--------T----C-ATA----------ACTA-----AAAG-ATA--T-T---TCT--T-G---T---T---AATA---T-C---A--A---CAA-AA-A----GA---CA-A--------------------C----AGAA-----AGACA--TGC------------TT---T--T---------CG-AGTA---A--T---A-AA--T--T-GCTGGAAATTG-TT----T--CCT---------A-A----T-CTTT---TCAA--A-----------A--T---TT-CCGA--C-TCCGA--ATTTTCGATAT----T---------T---TT--T----------T--TT------A----CCCCC-A--------A-----TA-----A----GATAA-A-C-A--T--AA---T--TC-AAA-ACCGA----G-t
gi|20 : tatttctatagctgactgcatctgacatacggagatcaacactgcA-ATTT--G-A---T---T----ATA---C-T---A--A---TAT-GA-A----AG------A-------------TGAAT--T----AAAAAACAATGAAAATTCCCAA-AAAG----TT---T-------A----TA-AG-G---A--GCAAA-TA--TAAC-GT--------G-TT----T--ACTA--------A-A----T-TTTT---C---------------C-A--TCT-TT-CCGA--CTTTCAG--A-----------------------------T--T----------T--AT------A----CCGCC-----------------------A----AATGACA-C-A--CACAA------TC-AAA-CCCGA----G-A-GACG----------A-----G---------A-----CA--TG--------GCAA--ATG-------AAT---TA-A----C----AA-C------------------------------------------------------------T--AT--------G--TGCA--A-GA-------T-----CATGCCAAA-T----------A-ATGAGTTAAATA--TA----T--------G-A--A-A-AACT---TCTCT--TACATAAAagtacatatatacgcattggtttat
gi|17 : -ATTT--T-G---T---T---GATA---C-T---A--A---TAT-GA-A----AG---CA-T----G---A---TTAAAT--A----AAAA-----TGAAA--TGTCAA-AAAG----CT---T--T----A----TA-AG-A---A--GCAAA-TA--TA-C-GT--------G-TT----T--ACT---------A-A----T-TTTT---CCAA--AT-------------T---TT-CCGA--C-TTCAG--A--------------T---------T---TT--T----------TC-AT------A----CCGCC-A--------A-----TA---G------------A-C-A--CACAA---T--TC-AAA-CCCGG----G-ACGA-G----------A-----A---------A-----CA--TGT-------GAAA--ATG-------GAT---TA-A----C----AA-C------------------------G---------A-------------------T------------------G--TGCA--A-GA-------T----GCATGC--AA-T----------A-AT--GTT-AAAG-TTA----T-----GG-A-A--A-T-AACTT-CTCTGT--TACATAAAtcca
gi|24 : tA-A----AA---CG-A----ACCCT---TTGAAC----------------TGAAA--C----A-AAAG----CT---T--T----T----TC-AG-A---ACTA---A-AA--TG-C-AT--------G-TT----T--A-T---------A-A----T-TTTTTCCCCAA--AT-------------TGT----CCGA--C-TTTGA--A--------------C---------T---TT--C----------A--AT------A----TTTTT-C--------TACCACTAATTG-A----GATAA-AGC-A--CACTA---T--Ttccag
gi|19 : tacaacatcaac---T---TTGA-T--G----AAAAG----TGAAA--TATCAA-AAAA----CT---T--T--------------------------------CA-C--T--------G-TT----T--ACA---------A-A----T-TTTTT--CCAA--AT------G----------TT-CCAA--C-TTTTTTTA--------------T---------T---TT--T----------T--A-------A----TCACC-A--------A-----TA---G-C----GATAA-A-C-T--TATTG---T--CT-AGA-CCTAA----G-A-AG-G----------G-----A---------A-----CA--TGT-------GAAA--GTG-------GATAAATA-A----CA---AG-T-----AAATAT----T--------G---------A-------------------T---TTT--CT---A----A--TGAT--A-CATGTAGTGT----GTATGC--AT-T----------A-AT--TTC-A--G-TTG----C-----AG-A-A--A-T-AATTT-GTTTgatagcgagtaagtgttgattttctcatggcagttcaaattatggaaatagcataactgttatgtaaattc
gi|21 : atttaaaggaaagctataaaaactatttcAAA--T---AA-AACG----CT---T--T---------TG-AA-A---A--A---AACA--AA-CTGC--------A-TT----TTTATT---------ACA----T-TTTT---CCAT--AT---------------TAT--CCAA--C-TGCGA--A--------------TGATAGACCGT---TT--T----------C--AT------A----CCGC------------------------A----AATCG-A-A-AATTACAAATAT--TA-AAA-TCCAGT---GCA-GA-G----------ATTCAGA---------A-----CA--TTT-------GGAA--ATG-------GAT---GA-A----C----AG-C-----GAATAAGTGTT--------G---------G-------------------TTCATTC--CT---T----G--TGAC--G-AA-------T----GCATG---A-------------------GTT-GACA-TTGAAGAT-----AG-A-A--A-T-AACTT-GTCTGT--TAAGTAA
gi|22 : aTCAA-AATG----CT---T--T---------TT-AG-ATCCA--A---A--A--TA-C-AT--------G-GT----T--ATC---------A-A----T-TTTT---CCAA--ATTTTCAGA-CCG--TGAATGGTCGA--T-TTTTG-----------------T---------T---TT--T----------A--AA------A----CCGCC-A--------A-----TC---G-G----AATTG-A-T-A--CACTA---T--TC-AAA-TTTGG----G-A-CA-GA---------A-----A---------A-----TA--CTT-------GAAA--ATA-------AAT---TA-A----C----AG-C-----
gi|18 : ttttattcaaatacgttttcctcttgctatcaggtataaataatctttctagctagcCAG-AAAG----AT---T--T----A----T---------A--C---A-TG--TA-T-A---------G-TTATCAT--A-T---------A-A----T-ATATA--CCAATTAT------AGC-A--TGTATT-CTG---------G--A--------------A---------A---AT--T----------C--AT------A----CCCTG-T--------A-----TA---G-A----GATTA-A-C-T--CACAA---T--TCAAAA-CGCAGTGACG-A-AA-G----------------A---------A-----CG--TCG-------GAAA--ATG-------GAT---TG-A----T----AA-A-----A---------T--------G---------ATGTAAGTCGTTTCGAAAATT---TTC--AT---T----G--TGGCCAA-GAAG-----T----GCATGC--A-------------------GTT-GA-G-TTG----T-----T-------A-T-AAGTT-GTTTGT--Tgaataagtgctgatt
gi|23 : ---T--T----A----TG-AG-A---A--GTAAA-TA--TA-C-GT--------C-TT----T--ATT---------A-A----T-TTTT---TCAA--AT------A----------TT-CCGA--T-TTCGG--A--------------T---------T---TT--T----------T--ATTTAA--A----CCACC-C--------A-----TA---G-A----GATTA-A-C-A--AACAA---T--TC-AAA-CGCGG----G-ACAA-G----------A-----A---------A-----CA--TGT-------AAAA--ATG-------GAT---TA-A----C----AG-C-----A---------T--------GTAAGTGTTGA-------------------T---TTC--AT---T----G--TGAC--A-TA-------T----GAATGC--AT-T----------A-GT--GTT-AAAA-TTG----T-----TG-G-A--A-T-AACTT-CTCTGC--TGAGTAAAgaaataacatcagtcgtaatggtaaagcca
gi|15 : ----T-TTTT---CCAA--AT-----------------TTACCGA--C-TTCGA--A--------------TATTTGATA-T---TT--T----------T--CT------A----CCGCC-A--------A-----TT---G-G----GACTA-A-C-A--CATTA---T--TC-AAA-CCCGG----A-T-CA-G----------G-----AT--------A-----CG--TGC-------GAAA--GTG-------GAT---TA-AAACCT----AG-C-----AAGTGT----T--------G---------A-------------------T---TTT--CT---C----A--TGGC--A-GG-------T----GCATGC--AT-T----------A-GT--GGT-AAAA-TTA----T-----GG-A-A--A-T-TACAT-GACCGT--TACGTAAAttc
gi|31 : taga--T----------T--AT------A----CCGCC-C--------T-----TA---G-A----GATTA-A-C-A--AACAA---TATTC-AAA-ACCGG----G-ACAA-G----------A-----A---------A-----CA--TGT-------AAAA--ATG-------GAT---TA-A----C----AG-aatatagaaatggattttcgttctcaattagaagtattgattttgttgatataataaggaaaacatg
gi|2 : C-AAATCCCGG----G-ACAG-G----------G-----A---------A-----CG--TGT-------GAAA--GTG-------GAT---TG-A----C----AG-CC----AGTCCGTGT-T--------G---------A-------------------T---TTC--CT---T----G--TGAT--A-GA-------T----GCATGC--AG-T----------A-AT--GTT-AAAA-TTA----T-----GG-A-A--A-T-TACAT-GTCTGT--TAAGTAAAt
gi|6 : tgaC-AAA--TCCG----G-A-CG-G----------G-----A---------A-----CG--TGT-------GAGACAGTG-------GCT---TG-A----C----AG-CC----AGCCCGTGTTT--------G---------A-------------------T---TTC--CT---T----G--TGAT--ACGA-------TT---GCATGC--G--T----------A-AT--GTT-AAAA-TTA----T--------G-A--A-TTAACAT-GTCTGT--TAAGTAAtaagcattattggcgtagaaaaaaaaaaaaaaacccccaaaattttattcttaagctggaccaattgtaaaataaataaataaataaaaagaaagaaaaattgatgaacctgcattttggttctccaaaagattttatttcaattaaaaggattatttttcttgatattaatagaaaaacatgtttgaataaaaatgaaatgtcaaaaaacttccttctgaagcaaatatacgtggttactacgttttccaaattttccgcctttagattttttttacaccgccaatagagattaacaacacaattcaaacccgtaacaaggaacatgtgaaattgaaagcatgatacagtgttgatttctttgtggcaatgatgcattaatgttaaagtggtgtta
gi|25 : tgaaCGG----A-ACAA-G----------G-----A---------A-----CG--TGT-------GAAA--ATG-------GAT---TA-A---------AG-T-----AAGTAAGTGTT--------G---------A-------------------T---TTT--CT---C----G--TGGC--A-GA-------T----GCATGC--AC-T----------A-AT--GTT-AGAA-TTA----T-----GG-A-A--A-T-GGCAT-GACTGT--TACGTAAAtaagctattggcgtagaaaaaaaaaaaaccccaattagttaagtacaattagtacaattgtaaaataaataaataaataaaagaaagaaaaaattatgaacctgcttttggtttccaaaagatttatttcagaattaaaggattattttcttgatatttatagaaaaacatgtttgaataaaaaaataaatgtcaaaaaaaacttcctctgaagcaaatatacgtggttactagttttccaaatttccgcctttagatttttttacaccgccaataagattacaacacaattcaaacccgtacaagaacatgtggaaattgaagcagtgataagtgttgttatttcttgtggcagatgatgcattaatgctaaatgtg
gi|28 : tgga-----CA--TGT-------GAAC--ATA-------GAT---TATT----C----AG-C-----AAGTAAGTGTT--------G---------A-------------------T---TTC--CC---T----G--TGAT--A-AA-------T----AAAAGC---A-T----------A-AT--G---AATA-----------------G-A--T-T-AACCT-ATCTGT--TAg
gi|26 : ---------T--------G---------A-------------------T---TTC--CT---T----G--GGAC--A-GA-------T----GCATGC--AT-T----------A-AA--GTT-AAAG-TTG----T-----TG-A-A--A-T-AACTT-GTCTGT--TATGTAAAtttaaatcc
gi|32 : taggaataacatacatgtatataatattctctttaattagtgt---------T--------G---------A-------------------T---TCC---T---T----G---GAC--A-GA-------T----GCATGC--AATT----------A-AA--GTT-AAAAGTTG----T-----TG-A-A--A-T-AACTTGGTCTGT--TATGTAAtcca
gi|29 : tgt----G--TGAC--A-GA-------T----GCATTT--AT-C----------A-AT--GTT-AA-G-TTG----T-----GG-A-A--A-C-AACTT-GTCTCC--TACGGAAAtc
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 4444444444444444444444444444444444444 1111111 2222222222222222222222 1111111111 2222222222222 77777777777777777777777777 111111 11111111 1111111111 2222222 3333333333333 444444444444444444444444 1111111111 11111111111111111111 777777777777777777777777777 111111
lowQualScore : 33 1 2 3 00 3333333333333333 22 3 2 2 2 2 7777777777777777777777777777777777777 2 2 22 4444 1 2 2 2 66 33 0 0 666666 5 2 2 2222222 4 0 1 333 22 22 5555555555555555555555 333 4444 1 333 1 6666666 22 1 5555555555 22 3333333333333 88888888 1 5 1 33333333333333333333333333 000000 77777 1 4 22 7 44444 33333333 22 555555 3 4444444444 22 1 22 333 9999 1 4444 2 1 8888 2 33 2 33 2 2 333 22 7777777 4444 5555555 4 2 2 2 2 33 2 9999999999999 2 0 555555555555555555555555 33 22 1111111111 2 99999 55 2 0 2 2 4 33 2 2 2 44444444444444444444 66666 2 8888888 8888888 0 33 000000000000000000000000000 5 444 33 33 33 2 33 33 111111 44 2
lowQualScore : .. . . . .. ................ .. . . . . . ..................................... . . .. .... . . . . .. .. . . ...... . . . ....... . . . ... .. .. ...................... ... .... . ... . ....... .. . .......... .. ............. ........ . . . .......................... ...... ..... . . .. . ..... ........ .. ...... . .......... .. . .. ... .... . .... . . .... . .. . .. . . ... .. ....... .... ....... . . . . . .. . ............. . . ........................ .. .. .......... . ..... .. . . . . . .. . . . .................... ..... . ....... ....... . .. ........................... . ... .. .. .. . .. .. ...... .. .
lowQualScore : 22 8 2 9 77 9999999999999999 88 3 0 0 0 0 7777777777777777777777777777777777777 0 0 66 0000 9 0 0 3 99 11 6 8 888888 1 4 4 6666666 8 5 0 555 88 66 8888888888888888888888 333 0000 9 333 9 2222222 66 0 2222222222 66 0000000000000 11111111 9 7 9 99999999999999999999999999 222222 44444 9 8 66 4 88888 66666666 88 888888 4 7777777777 44 8 55 222 2222 9 2222 1 2 9999 2 11 2 11 2 8 777 99 9999999 5555 1111111 2 1 1 2 4 22 4 8888888888888 4 1 666666666666666666666666 11 99 3333333333 1 77777 22 2 5 4 4 2 22 4 7 7 00000000000000000000 77777 7 7777777 7777777 1 77 222222222222222222222222222 2 444 22 22 22 4 22 44 111111 77 9
consensus : TATTTACGTA--ACAGNC-ATGTTA----------------TTTCC--ATAA-TTTTAACA-TTAAT-G-CATG--------C-A-------TC-T-GT--CA-C--A---G-A-A--A----ATC-AACACTT-AC-TCGCTG-TTAATCCAT--TTTCACACGT------TCCCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTAATCCCNATTGGCGG---TAGA--A--AAA-----TA-----------TC-GAA---A----ATTC-GA---AG-T-------C--GGACAAT----------T--TGG-AA---------AAAA----AAT-T-A-TAA-AC--------------A---------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGGA--AAGCTTTT-----TG--------TTTC--A------ATTAAAA-GG-AT-TATTTT--TG-TTGATAT--T---A-A--TAGGAAA-ACA----TGT-TTGAAT--NAAAA-TGAAA--TG-TC--AA-AAAGCT---T--TNT---G-A----GA---A---A-ATATA-CGTG-TTTACT-AAT-TTTT--C-CAAA---T---T-T--ATTCCGAC-TTCGGA--------------T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CA-TGT-------GAAAATG-------GATTAAC--AGCG---N-GTAAGT-----TG--A-----TTTCATT---GTGAC--AGA--TGCATGC--A-TTAA--T--GTTAAAG-----TTGT-NG-AAATAACTTGTCTGTTACGTAAA
Reference ( family-2408 ) : TATTTACGTA--ACAGNC-ANGTTA----------------TTTCC--ACAA-TTTTAACA-TTAAT-G-CATG--------C-A-------TC-T-GT--C--C--A---G-A-A--A----ATC-AACACTT-AC-TCGCTG-TTAATCCAT--TTTCACACGT------TCCCTGTCCCGGG-TTT-GAATNGTGTG-TTAATCCCNATTGGCGG---TAGA--A--AAA-----TA-----------TC-AAA---A----ATTC-GA---AG-T-------C--GGANAAT----------T--TGG-AA---------AAAA----AAT-T-A-TAA-AC--------------AC-T------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGGA--AAGCTTTT-----TG--------TTTC--A------ATTAAAA-NA-AT-TANTTT--TG-TTGATAT--T---A-N--TAGGAAA-ACA----TGT-TTGAAT--NAAAA-TGAAA--TG-TC--AA-AAAGCT---T--TNT---G-A----GA---A---A-ATATA-CGTG-TTTACT-AAT-TTTT--C-CAAA---T---T-T--ATTCCGAC-TTCGGA--------------T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCNTA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-AAG---------GA---------A-----CA-TGT-------GAAAATG-------GATTAAC--AGCG---A-GTA--------TG--A-----TTTCNTT---GTGAC--AGA--TGCATGC--A-TTAA--T--GTTAAAA-----TTGT-NG-AAATAACTTGTCTGTTACGTAAA
gi|1 : ATTTATGTA--ACAGTA-ACGTTACATAAATAAATAGCTATTTCC--ATAA-TTTTAACA-TTAAT-G-CATA--------C-A-------AT-T-G---C--C--ATAAG-A-A--A----ATC-AACAATT-AT-TCGCTT-TTAATCCAT--TTTCACAAAT------TTTCTATTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTATTCCCACTCGATGG---TAGA--A--CAA-----TA-----------TG-AAA---A----AATC-GA---AG-T-------G--GGACAAT----------T--TGG-AATTTTTTTTT----------T-T-A-TAA-AC--------------A-----------TGCA------TTTAG-----G-TTCTCAGA--AAGCTTTT-----CG--------TTTC--A------ATTTAAA-GG-ATCTATTTT--TG-TTGATAT--T---C-A--TAAGAAA-ACA----TAT-TTAAAT--CAAAT-TGAAA--CG-TC--AA-AAAGGT---T--TAT---G-A----GAAGCA---A-ATATA-CGTA-TTTACT-AAT-TTTT--C-CAAA---------T--ATTCTGAC-TTCAGATTTTTTTAATATTTT---------TT--T--T----------T-AT-----GCCGCCCATA-GATATTA-AC-AAACTAT--TC-AAACATGT-GAC-AAG---------AA---------A-----CG-TGT-------GAAAATG-------GATTAAC--AGCT---T-GTAAGTGT---TG--A-----TTTCATT---GTGAA--AGA--TGCATGC--A-TAAA--T--GTTCAAA-----GTGT-TG-GAATAACTTGTCTGTTACGTAAA
gi|10 : tggaATTTACGTA--ACAGAC-A---------------------TTTCCCAACAA-TTTTAACA-TTAAT-G-CTTG--------C-A-------TC-T-GT--TAAC--AAT-G-A-A--A----ATC-AACACTTAACATAGCTG-TTAA-------TTTTATACGT------TCCCTGT-CCGGG--TT-GAATGTTG-A-TTA--TACAAAAGGCGG---TAG-----------------------------------------ATTC-AA---AG-T-------C--GGATTAT----------T--TTG-AA---------AAAA----A---T-A-TAA-A-------------------------CATGCA------TTTTG-----GCTTCTCAAAATAAGC--TT-----TG--------TTTC--A------ATGAAAA-GG-AT---CTTT--TA-CTTACAT--T---ATT--TAGGAAATGCA----TG----------------TGAAA--TG-TC--AA-AAG------T--TTT---G-A----GA---A---GCATATA-CGTGTTTTGCT-AAT-TTTT--CACAA----------T--ATTCCGAC-TTCGGA--------------T---------TT--T--TTGATTTTTTCT-AT-----ACCGCGCTTAGGAGATTA-AC-AAACAA---TC-AAccag
gi|11 : tgaATTAACGTATTGCAGAC-AAGATA----------------TTTCC--A-AA-TT-----A-TCAAT-A-AAT-----------A-------T--T-G--------------------A----ATC-AACACTT-AC-TCGCTG-TTAATCTAT--TTTCGAATGT------TCGCTGT--------TT-GCAT--------TAATTTCCATTG-CAA---TA----A--AAA-----TT-----------T----A---A----ATCT-GA---CG-T-------C--GGATAAT----------T--TG-------------AGAA----ATT-T-G-TAA-AC--------------AC-G------CA---A------TT--G-----G-TTCTTGAA--AAGCTTTTATAGTTA--------TTTT--A------A---AAA-TATATATATTCT--AG-TTTGTAT--C---A-A--TAGTAAA-ACA----TGT-CTGAAT--AAAAA-TGAAA--TG-TC--AG-AAGG----------------A----CC---A---A-A-ATA-CGTG-TTTACT-AATATTTT--C-CCA--------T-T---TTTCGAC-TTCGGA--------------T---------TT--C--T-------------------ACCGCCAACA-GAGATCA-AC-ACAAAAT--TC-AAACtcaa
gi|12 : A----------------TTTCA--ATAA-TTTAAACA-TTAAT-G-CATG--------C-A-------TC-TTGT--CA-C--A---ATG-A--A----ACC-TACACTT-AA-TGGCTG-TTAATCCAT--TTTCACATGT------TTCTTGTCCCGGG-TTTTGAATATTTTG-TTAGTCCCAATTAGCGG---TAGA--A--AAA-----TA-----------TC-GAA---A----ATTC-TA---TT-T-------C--GGATAAT----------T--TGGAAA---------AAAA----AAT-A-A-TGA-A-------------------------CATGCA------CTTGA-----G-TTCTCAAA--AAGCTTTG-----TG--------TTCT--A------ATTAAAATGA-AT-T--TTT--CC-TTAATAT--T---A-A--TAGGAAA-GCA----TGT-TTAAAT--CAAAA-TGAAA--TG-TC--GA-AAAGCT---T--T---------------------A-AT-------------TT-AA--TTTT--C-CAAATATT---T-T--ATTTT--T-TTTTTA--------------T---------TT--T--TC---------T-AT-----ACCGCCAATA-ccaa
gi|13 : AGAA-GG-AT-TATTTT--TG-TTGATAT--T---A-A--AAGG-AA-ACT----TGT-TTAAAT--AAAAA-TGAAA--TGTTC-----AAAGCT---T--TCA---G-G----GAGGCA---A-ATATA-TGCG-TTTACT-ATA-TTTT--C-CAAC---T---T-CGGATTT---T-TTAAAA--------------T---------TTTCT--T----------T-AT-----ACCGCCAACA-GAG-------------AT--TC-AAACCCGG-AAC-ACG---------GA---------AGATGTCACTGT-------GAAAATG-------GATTAGC--AGCG---A-GTAAGTGC---TG--A-----TTTTCTT---GTGAC--AGA--TGC---------TA-------------------TGT-GG-AAATAACTTGTCTGTTATGTc
gi|14 : cccaaaaaacgtattttattgtttcacggtgagcggaag---TAGAGTA--AAA-----TA-----------T---AA---G----TTTT-GA---AGAT-------T--GCATAATCTTTTAAGGTT--TAG-AG---------AAGAGGACAGA-T-A-TAATAA--------------GC-TA-----CATGCACATCTCTTTCGTAAACA-TTCTCGGA--AAGCTTTT-----TGACATTTTGTTTC--T------AATAAGA-CA----TGTTTTGCTA-TTGAT-T--T---A-AACTAGAATA-ACA----TTT-TTAACT------A-TGA--------C--GA-AAAGCT---T--TCC---A-A----GA---ACA-A-AAATA-CGTG-TTTACT-AAT-TTTT--C-AAAA---T---------TTCCGTC-TTCGAATT------------T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCCCC
gi|14 : GGGGG---TATA--A--AAA-----------------------A---A----ATTC-GA---AG-A-------C--GGAAATT----------T--TG--------------AAA----AAT-T-AGTAA-AC--------------AC-----------GTA------TTTTT-----G-TTCTTGGA--AAGCTTTT-----CG--------TCAT--A------GTTAAAA-AT-GT-TATTCT--AG-TTTAAAT--C---A-A--TAGCAAA-ACA----TGT-CTTATT--AGAAA-CAAAA--TG-TC--AA-AAAGCT---T--TCC---G-A----GA---A-------------TG-TTTACG-AA
gi|15 : tagagtaaaatataagttttgaagattgcataatcttttaaggtttagagaagaggacagatataataagctacatgcacatctctATTTACGTA--ACGGTC-ATGTAA----------------TTTCC--ATAA-TTTTACCA-CTAAT-G-CATG--------C-A-------CC-T-G---C--C--ATGAG-A-A--A----ATC-AACACTT-GC-TAGGTT-TTAATCCAC--TTTCGCACGT------ATCCTGATCCGGG-TTT-GAATAATGTG-TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AAA-----TA-----------TC-AAA---T----ATTC-GA---AG-T-------C--GGTAAAT----------T--TGG-AA---------AAAA----A---T-A-TAG-A---------------A----------ATGGA------TTTTC-----G-TTC--------------------------------TC--A------ATTAGAA-GT-AT-TGATTT--TG-TTGATAT--A---A-T--AAGGAAA-ACA----TG
gi|16 : tagCTGCCTCGGT-TTT-GAATTATGT--TTA--TCTTATTGGGGG---TAAA--A--AAAAA---TA-----------TC-GAA---A----ATTC-GG---AG-T-------C--GGAAATT----------T--TG-------------AAAA----GAT-T-AGGAA-AC--------------AA-TTTC---CA-GCA------ATTTA-----T-TACTCGAA--AAGCATGT-----C---------TTTC--T------GTTG----------TCTTTT--TG-TTGATAT--T---A-A--CAAG-AA-ATA----TCT-TTTAGT--T---A-TGA--------C--AA-AAATCT---T--TTT---A-G----TA---C---ATATATA-CGCA-TT
gi|17 : tatttctatagctgactgcatctgacatacggagatcaacaTTT--TG-TTGATAC--T---A-A--TATGAAA-GCA----TGA-TTAAAT--AAAAA-TGAAA--TG-TC--AA-AAAGCT---T--TAT---A-A----GAAGCA---A-ATATA-CGTG-TTTACT-AAT-TTTT--C-CAAA---T---T-----TTCCGAC-TTCAGA--------------T---------TT--T--T----------TCAT-----ACCGCCAATA-G-------AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-GAG---------AA---------A-----CA-TGT-------GAAAATG-------GATTAAC--AACG---A----------------------------T---GTGCA--AGA--TGCATGC--A-ATAA--T--GTTAAAG-----TTAT-GG-AAATAACTTCTCTGTTACATAAAggtttat
gi|18 : ta--T--T----------C-AT-----ACCCTGTATA-GAGATTA-AC-TCACAAT--TCAAAACGCAGTGACGAAA---------GA---------A-----CG-TCG-------GAAAATG-------GATTGATAAAATG---ATGTAAGTCGTTTCG--AAAAT-TTTCATT---GTGGCCAAGAAGTGCATGC--AGTTGAGTT--GTTATAAGTTGTTTGT-TG-AAATAAC--ATCAGT--CGTAAtccag
gi|19 : cagaaagatttatacatgtatagttatcatataatatataccaattatagcatgtattctggaaaaAAAC-AAATTA----------------TTTCT--GCAA-CT--GAAA-TTAAT-G-CATA--------C-ACACTACATG-T-AT--CATT--A---G-A-A--A----ATC-AATATTT-AC-TTGTTA-TTTATCCAC--TTTCACATGT------TCCCT-TCTTAGG-TCT-AGACAATAAG-TTTATCGCTATTGGTGA---TTAA--A--AAA-----TA--------------AAA---A----------A---AG-T-------T--GGAACAT----------T--TGG--A---------AAAA----ATT-T-G-TAA-AC--------------A-------------------------------G-T-----GA--AAGTTTTT-----TGATA-----TTTC--ACTTTTCATCAAAG-AA-A--TAGTTT--Ttggtaaagcca
gi|2 : atttaaaggaaagctataATTTACTTA--ACAGAC-ATGTAA----------------TTTCC--ATAA-TTTTAACA-TTACT-G-CATG--------C-A-------TC-T-AT--CA-C--AA--G-G-A--A----ATC-AACACGG-AC-TGGCTG-TCAATCCAC--TTTCACACGT------TCCCTGTCCCGGGATTT-G-----------TAAGCATTATTGGC-G---TAGA--A--AAA-----AAAAAAAAAACCCCC-AAA---ATTTTATTCTTA---AG-C-------T--GGACCAA----------T--TGT-AA---------AATA----AATAA-A-TAA-ATAAAAAGAAAGAAAAAT-TGATGAACCTGCA------TTTTG-----G-TTCTCCAA--AAGA-TTT-----TA--------TTTC--A------ATTAAAA-GG-AT-TATTTT--TC-TTGATAT--T---A-A--TAGAAAA-ACA----TGT-TTGAAT--AAAAA-TGAAA--TG-TC--AA-AAAACTTCCT--TCT---GAA----GC---A---A-ATATA-CGTG-GTTACT-ACG-TTTT--C-CAAA---T---T-----TTCCGCC-TTTAGATT------------T---------TT--T--T----------T-AC-----ACCGCCAATA-GAGATTA-ACAACACAAT--TC-AAACCCGT-AAC-AAG---------GA---------A-----CA-TGT-------GAAATTGAAAGCATGAT--AC--AGT------GT---------TG--A-----TTTCTTT---GTGGC--A-A--TG-ATGC--A-TTAA--T--GTTAAAG-----TGGT-
gi|20 : tgTT--TG-ATTATAC--T---A-A--TATGAAA-G-A----TGAATTAAAA--AACAA-TGAAAATTC-CC--AA-AAAG-T---T--TATAAGG-A----GC---A---A-ATATAACGTG-TTTACTAAAT-TTTT--C-C--A---T---C-T---TTCCGACTTTCAGA----------------------------T--T----------T-AT-----ACCGCC------AAATGACAC-ACACAA---TC-AAACCCGA-GAG-ACG---------AG---------A-----CA-TG--------GCAAATG-------AATTAAC--AAC-------TA------------------------T---GTGCA--AGA--T-CATGCCAA-ATAA--TGAGTTAAA-------TATATG-AAA-AACT--TCTCTTACATAAAgtta
gi|21 : aaTTACTTA--ACAGAC-AAGTTA----------------TTTCT--AT---CTTCAATG-TCAAC-T-CATG--------C-A-------TT-C-GT--CA-C--AAG-G-A-ATGA----ACC-AACACTT-AT-TCGCTG-TTCATCCAT--TTCCAAATGTTCTGAATCTCTGCACTGGA-TTT-TAATA-TTTG-TAATTTTCGATTTGCGG---TATG--A--AAACGGTCTA-----------TC------------ATTC-GC---AG-T-------T--GGATAAT----------A--TGG--A---------AAAA----TGT-A-A-TAA-A---------------A----------ATGCA------GTTTGTT---T-TTTTC-AA--AAGCGTTT-----TA--------TTTtcca
gi|22 : a--A----ATC-AGCACTT-AT-TCGCTG-TTAATTTAT--TTTCAAGTAT------TTTCTGTCCCAAA-TTT-GAATAGTGTA-TCAATTCCGATTGGCGGTTTTAAA--AACAAA-----AA-----------TC-GAC---C----ATTC-AC---GG-T-------C--TGAAAAT----------T--TGG-------------AAA----AAT-TGA-TAA--------------------C------CATGTA------TTTTG-----G-ATCT-AAA--AAGCATTT-----TG--------AGCT--A------GCTAGAA-AG-AT-TATTTA--TACCTGATAG--C---A-A--GAGGAAA-ACG----TAT-TTGAAT--AAAA
gi|23 : ---T--TAT---G-A----GA---AGTAA-ATATA-CGTC-TTTATT-AAT-TTTT--T-CAAA---T--------ATTCCGAT-TTCGGA--------------T---------TT--T--T----------T-ATTTAA-ACCACCCATA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACGCGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CA-TGT-------AAAAATG-------GATTAAC--AGCA---T-GTAAGTGT---TG--A-----TTTCATT---GTGAC--ATA--TGAATGC--A-TTAG--T--GTTAAAA-----TTGT-TG-GAATAACTTCTCTGCTGAGTAAA
gi|24 : AATAGTGTGCTTTATCTCAATTAGTGG---TAGA--A--AAA-----TA-----------TT-GAA---A----GTTC-AA---AG-T-------C--GGACAAT----------T--TGG-GG---------AAAA----AAT-T-A-TAA-A-------------------------CATGCA------TTTTA-----G-TTCTGAAA--AAGC-TTT-----TG--------TTTC--A------GTTCAAA-GG-GT-TCGTTT--TG-TTGATGT--T---ttc
gi|24 : tacATTTACATA--ACAGTT-ATGCTA----------------TTTCC--ATAA-TTTGAAC------T-GCCATG---------------------------------A---G-A-A--A----ATC-AACACTT-AC-TCGCTA-TCAATgatagcgagtaagtgttgattttctcatggcagttcaaattatggaaatagcataactgttatgtaaattc
gi|25 : tacaacatcaacaaaacgaaccctttgaactgaaacaaaagctttttcagaactaaaatgcatgtttataattttttccccaaattgtccgactttgaactttcaatatttttctaccactaattgagataaagcacactATTTACGTA--ACAGTC-ATGCCA----------------TTTCC--ATAA-TTCTAACA-TTAGT-G-CATG--------C-A-------TC-T-GC--CA-CG-A---G-A-A--A----ATC-AACACTT-AC-TTACT--TTAATCCAT--TTTCACACGT------TCCTTGTTCCGGtc
gi|26 : tgg--------TG--A-----TTTCCTT---GGGAC--AGA--TGCATGC--A-TTAA--A--GTTAAAG-----TTGT-TG-AAATAACTTGTCTGTTATGTAAA
gi|27 : taggaataacatacatgtatataatattctctttaattagtgt--AAA-----TA-----------TC-AAA---A----GTTC-GA---AG-T-------T--GGACAAT----------T--TGG-AA---------AAAA----A---T-A-TAA-AC--------------A-----------TGCA------TTTTG-----G-TTCTAGGA--AAGTTCCT-----TG--------CTTC--A------ATTC------------TTTT--TG-TTTATAT--T---A-T--TAGGAAA-ACtcca
gi|28 : ATTTAAATA--ACAGAT-AGGTTA----------------AT------CTA-TT----CA-TTA-T-G-CTTT--------T-A-------TT-T-AT--CA-C--A---G-GGA--A----ATC-AACACTT-AC-TTGCTGAATAATCTAT--GTTCACATG
gi|29 : --------TG--T-----TTTCTTTTTAGTGAC--AGA--TGCATTT--A-TCAA--T--GTT-AAG-----TTGT-GG-AAACAACTTGTCTCCTACGGAAAcc
gi|3 : gtgtaattttTATTTACGCA--ACCGAC-AAGTTA----------------ATTCC--ACAA-CTTTAATA-TCGAG-G-GGTA--------T-A-------TC-T-ATTAC--C--A---A-A-A--ACAAAATC-AACACTT-AC-TCCTTG-TTAATCCAT--TTTCAAATGT------TCTCTGTCCAGGG-TTT-AAATTGCGAG-TTTATAACCATTGGCGG---AAGA--A--AAA-----AG-----------TC-GAA---A----ATTC-AA---AG-TACAGGTGT--AGGAAAT----------T--TGT-------------ATA----TGT-T-A-GAA-A---------------A---------CACGCA------TTTTG-----G-CTCTCAGT--AAGTTTCT-----TGGCT-----TTTC----------CT--------ATGTGTTTC--TA-CCTCTAT--A---A-----ACGAAA-ATAACTTTTT-TTTAAT--T---A-TGA--------C--AG-AAAGCT---T--TTC---A-AGTACGA---A---A-ATAT---GTG-TTTGAT--AT-TTTT--C-CAAA---T---T-----GTCCGAC-TTCGGA--------------T---------TT--T--T-------------T-----ACCG-CCATA-G---------------AT--TT-AAATCCGG-GAC-AGGTTCCCTGTTAATCTAATTTCA-----CC-TGTTCCAGGTGAAATTA-------GATTAAC--AGTT---A-GTAAATTC---TA--A-----TGTCCGT---ATGAC--AGT--AGCATTA--A-TTAA--T--ATTGAGG-----TTGT-AG-AAGTAGTATGTCTATtc
gi|30 : TCC--ACA---CTTAACA-TTAAT-G-CATG--------T-A-------CT-A-GT--C--ATAA---G-A-A--A----ACC-AACACTT-AC-ACGCTA-TT
gi|31 : agatttctgaatttatgta--T----------T-AT-----ACCGCCCTTA-GAGATTA-AC-AAACAATATTC-AAAACCGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CA-TGT-------AAAAATG-------GATTAAC--AGt
gi|32 : TTACATA--ACAGACCAAGTTA----------------TTTCA--ACAACTTTTAACT-TTAATTG-CATG--------C-A-------TC-T-GT--C--C--A---A-G-G--A----ATC-AACAt
gi|33 : C--AGA--TGGATTC--A-TTAA--T--ATTAAAG-----TCGT-GG-ACATAATTTGTTCATTACGTAAAtc
gi|4 : ATTTACGTA--CCAGTC-ATGCAA----------------TAATC--ATAA-TTTTAACA-TTAAT-G-TATA--------C-A-------CA-T-GC--CA-CG-A---G-A-A--A----ATC-AACACTT-AC-TTGCTT-TTAATCCAT--TTTCACATGT------TCCCTGTTCTGGG-TTT-AAATAGTGTG-TTAGTCCAAATTGGCGG---T-GG--A--AAA-----TA-----------TCAAAA---A----ATTT-GA---AG-T-------C--GGACAAT----------T--TG-------------AAAA----AAT-T-A--AA---------------------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGA--AAGCTTTT-----TG--------TTTC--A------ATTTAAA-GA-TT-TATTTT--TG-TTGATTT--T---A----TAGAAAA-ACA----TGT-TTGAAT--TAAAA-TGAAT--TG-TC--AA-AATGTT---T--TAT---A-A----GAAGCA---A-ATATA-CGTG-TTTAGT-AAT-TTTTCCC-CAAA---------T--ATCCCTAC-TTT-GA--------------TTTTTTTTTCTT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCATA-GTGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCAGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CA-TGT-------AGAAATG-------GATTAAC--AACA---T-GTAATCAT---TA--A-----TTTCATT---GTGAC--AGG--TGCATGC--A-T--------------------------G-AAATAACTTGTCTGTTACGTAAAcacaggc
gi|5 : tagTATTTACGCA--GCAGTT-ATGCCA----------------TTTCC--ATAA-TTTTAACA-TTAAT-G-CATG--------C-A-------CC-T-G---------A---G-A-A--A----ATC-AACAATT-AC-TCGCTT-TTAAGCAAT--TTTCACACAT------TCCCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTAATCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AAA-----TG-----------TC-AAA---A----GTGC-AA---AG-T-------C--GGATAAT----------T--TGA-AA---------AAAA----AAT-T-A-TAA-AC--------------ACTT------CATACA------TTTTG-----G-ATCTCAAA--AAGCTTCT-----TG--------TTTC--A------ATTAAAA-CA-AT-TAATTT--TG-TTGATAT--T---A-T--TAGGAAA-ACA----AGT-TTGAAT--CAAAA-TGAAA--TG-TC--AA-AAAGTT---T--TAT---G-A----GA---A---G-ATATA-CGCG-TTTACT-AAT-TTTT--C-CAAA---TACATGT--ATTCCGAC-TTCGGA--------------T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCTCCCTTA-GAGATTA-AC-ATACAAT--TC-AAACTCGG-GA--AAG---------AA---------A-----CA-TGT-------GAAAATG-------GATTAAC--AGC--------A--------TG--A-----TTTCATC---GTGAC--AGA--TGCATGC--A-ATAA--T--GTTAATA-----TTGT-TG-GAATAACTTGTCTGTTACGCAAAtccag
gi|6 : TTACTTA--ACAGAC-ATGTTA----------------ATT-C--ATAA-TTTTAACA-TT-AC-G-CATG--------CAA-------TCGT-AT--CA-CA-A---G-G-A--A----ATCAAACACGG-GC-TGGCTG-TCAAGCCACTGTCTCACACGT------TCCC-GT-CCGGA-TTT-G-----------TAA--GCTATTGGC-G---TAGA--A--AAA-----AA--------------AAA---A----ACCC-CAATTAG-T-------TAAGTACAATTAGTACAA--T--TGT-AA---------AATA----AATAA-A-TAA-ATAAAAGAAAGAAAA-AA-T------TATGAACCTGC-TTTTG-----G-TT-TCCAA--AAGA--TT-----TA--------TTTCAGA------ATT-AAA-GG-AT-TA-TTT--TC-TTGATAT--T---T-A--TAGAAAA-ACA----TGT-TTGAATAAAAAAA-T-AAA--TG-TCAAAA-AAAACT---TCCTCT---GAA----GC---A---A-ATATA-CGTG-GTTACT-AG--TTTT--C-CAAA---T---------TTCCGCC-TTTAGAT-------------T---------TT--T--T----------T-AC-----ACCGCCAATA--AGATTA-CA-ACACAAT--TC-AAACCC-G-TAC-AA----------GA---------A-----CA-TGT-------GGAAATT-------GA--AGC--AGTGATAA-GTGT-------TGTTA-----TTTC-TT---GTGGC--AGA--TG-ATGC--A-TTAA--T--GCTAAA
gi|7 : tgaaATTTACGTA--ACAGTT-ATCCCA----------------TTTCC--ATAA-TGTTAACA-TTAAT-G-CATG---------------------------------A---G-A-A--A----ATC-CACATTT-AC-TTGCTT-TTAATCCAT--TTTCACACAT------TCCCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTAGTCCCAAATGGAGG---TAGA--A--AAA-----TA-----------GA-AAA---A----GTTA-GA---AG-T-------C--GAACAAT----------T--TGG-AA---------AAAA----AA--A-A-TAA-G-------------------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGA--GAGC-TTT-----TG--------TCTC--A------ATTAAAA-AG-AT-TCTTTT--TG-TTGATAT--T---T-T--TAGGAAA-ACA----TGT-TTAAAT--CTAAG-TGAAA--TG-TC--GA-AAAGTT---T--TAT---G-A----GAAGCA---A-ATATA-CATA-TTTACT-AAT-TTTT--C-CAAA---------T--ATTCCGAC-TTCGGATTTTTTATTT----T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCTTA-GAG-----------------TT-AAACCCGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CA-----------------------------AAC--AGCA---T-GTAAATGT---TG--A-----TTTCATT---GTGAC--AGA--TGCATGC--A-TTAA--T--GTTAAAA-----ATGT-TT-GAATAACTTGTCTGTTACGCAAAtgtg
gi|8 : tagTTACGTA--AC---------TA----------------CTT------AA-CTCTAACT-TTAAT-A-AATG--------C-A-------TA-T-GT--CA-T--A---G-A-A--A----AGA-AACACTT-AC-TAGTT--TTAATCCAA--TATCTGATGT------TCCCTGTCCCGGA-TTT-GA-------------TTTCTAT-GGTGG---TAGA--A--AAA---------------------AAAGTTA----ATCC-AA---CG-T-------C--TGATAAT----------TCTTG---------------AA----TAT-T-AGTAA-AC--------------A-----------TGCC------TTTTG-----G-GTGTTGCA--ATGTTTTA-----CG--------TCAT--A------AT--AAA-AA-AT---ATTC--TA-CTAATATATC---A-A--TAGAAAT-ATA----TGT-CTGAAT--ATAAA-TAAAA--TG-TA--AAGAAAGTA---T--TAC---C-A----GA---ACT-A-AAATA-CATG-TTTATT-AAT-GTTT--C-CAAA---A---T-T----TCCTAC-TTCGGA--------------T---------TT--TCAT----------T-TTCGTCCACTGCCAATA-GAGATAA-AC-ACATAAG--TC-AAACTCAG-GAC-A-----------GA---------A-----AA-CGT-------GAAAATT-------AATGAAC--AGTG---A-GTA--------AG--AATTGTTCTCATT---GTGAC--AGA--TGTATTC--A-TTAG--T--GTTAAAG-----TTGA-AGAAAATAAGTTGTCTGTTCTGGAAAtcca
gi|9 : ATTAACCCA--ACAGTC-ATGCAA----------------TTTCC--ATAA-TTTTAACACTTAAT-A-CATGAATTCATGC-A-------CC-T-AC--CA-CG-A---G-A-A--A----ATC-AACACTT-AC-TTAC-----------T--TTTAA-----------------TCC---A-TTT----TCACATG-TTAGTCCCAGTTGGCGG---TAGA--A--AAA-----TA-----------TA-CAT---A----ATTC-GA---AG-T-------C--GGACAAT----------T--CGG-AA---------AAAA----AGA-T-A-TAC-AT--------------AC---------ACGCA------TTTTA-----G-TTCTCAGA--AAGCTTTT-----TG--------TTTC--A------ATTAAAA-GG-AT-TCTTTT--TG-TTGATAT--TTAAA-A--TAGGAAA--TA----TGT-TTGTAT--TAAAAATGAAA--TG-TC--AA-AAAATT---G--TAT---G-A----GA---ATCAA-ATATA-CGTG-TTTATT-AAT-TTTT--C-CAAA---T--------ATTCCGAC-TTCGGA--------------TATTCTATTTTT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCTTA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CT-TGT-------AAAAATG-------GATCAAC--AGCA---T-GTAAGTGT---TG--A-----TTTCATT---GTGAC--AGA--TGCATGC--A-TTAA--t
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111111 2222222222 1111 2222222222222222222222 1111111111 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444 111111 11111111 22222222222222222222222 4444444444444 444444444444444444444444 1111111111 111111111 111111111 11111 33333333333
lowQualScore : 33 00000000 000000000000 2 2 2 2 8888888888 33 2 4 3333333333 2 2 22 2 2 2 1 88 33 1 0 777777 3 0 2 2 5555 2 333 1 333 22 22 22 6666666666666666666666 44444444 22 2 333 2 22 3 6666666666 44 2 11 888888888 55555 7777777777 2 6 7777777777777777777777777777777777777777777 000000 77777 2 44 22 5 55555 00000000 22 0 1 11 999 2 22 1 1 333 22 3 1 4444 2 22 8888 2 22 2 22 2 2 333 22 77777777777777777777777 2 2 2 2 55 2 0000000000000 2 0 33 222222222222222222222222 22 22 0000000000 2 99999 4 2 1 2 444 33 2 2 2 000000000 000000000 66666 2 8888888 33 11111 2 22222222222 33 33 4444 7 333 22 9999999 22 4 22 33 2 2 555555 44 2 2
lowQualScore : .. ........ ............ . . . . .......... .. . . .......... . . .. . . . . .. .. . . ...... . . . . .... . ... . ... .. .. .. ...................... ........ .. . ... . .. . .......... .. . .. ......... ..... .......... . . ........................................... ...... ..... . .. .. . ..... ........ .. . . .. ... . .. . . ... .. . . .... . .. .... . .. . .. . . ... .. ....................... . . . . .. . ............. . . .. ........................ .. .. .......... . ..... . . . . ... .. . . . ......... ......... ..... . ....... .. ..... . ........... .. .. .... . ... .. ....... .. . .. .. . . ...... .. . .
lowQualScore : 44 00000000 222222222222 4 2 2 2 8888888888 44 1 0 8888888888 1 1 88 0 0 0 5 33 22 2 5 222222 0 7 5 5 6666 4 888 0 777 99 88 88 1111111111111111111111 44444444 88 0 555 0 88 1 0000000000 88 0 00 000000000 00000 2222222222 0 0 6666666666666666666666666666666666666666666 888888 88888 0 88 88 8 00000 88888888 99 5 6 44 555 9 55 8 8 222 66 8 9 2222 0 66 0000 1 99 1 99 1 1 555 88 44444444444444444444444 0 1 1 2 33 2 4444444444444 2 9 11 666666666666666666666666 99 88 8888888888 0 22222 0 1 4 2 444 11 2 5 5 000000000 000000000 22222 5 1111111 44 99999 5 44444444444 11 11 7777 3 999 99 7777777 99 2 99 11 2 2 999999 22 5 5
consensus : TATTTACGTA--ACAGN-------CAT---------GCTA-TTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATG-CATG--------C-ATC-T-GTCA-C-----A--G-A-A--AATC-AACACTTA-C-TCGCTG-TTAATCCAT--TTTCACACGT------TCCCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTAATCC--CAATTGGCGG---TAGA--A--AA--A-----TA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--T-GGAA---------A-----AAAA-------AT-T-A-TAA-AC----------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGAT---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACA----TGT-TTG-AAT--AAAAA-TGAAA--TG-TC--AA-AAAGCT---T--TNT---G-A----GA---A---A-ATATA-CGTGTTT-ACT-AAT-TTTT--C-CAAA---T---T-T--ATTCCGAC-TTCGG--A--------------T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CA-TG-------TGAAAATGGATTAAC--AGCG-NG-TA-A-TG-----T--T--G--A----TTTCATT---GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-G----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
Reference ( family-2408 ) : TATTTACGTA--ACAGN-------CAT---------GTTA-TTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATG-CATG--------C-ATC-T-GTCA-C-----A--G-A-A--AATC-AACACTTA-C-TCGCTG-TTAATCCAT--TTTCACACGT------TCCCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTAATCC--CNATTGGCGG---TAGA--A--AA--A-----TA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--T-GGAA---------A-----AAAA-------AT-T-A-TAA-AC----------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGAT---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACA----TGT-TTG-AAT--NAAAA-TGAAA--TG-TC--AA-AAAGCT---T--TNT---G-A----GA---A---A-ATATA-CGTGTTT-ACT-AAT-TTTT--C-CAAA---T---T-T--ATTCCGAC-TTCGG--A--------------T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CA-TG-------TGAAAATGGATTAAC--AGCG-NG-TA-A--G-----T--T--G--A----TTTCATT---GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-G----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|1 : ATTTATGTA--ACAGTAACGTTACATAAATAAATAGCTA-TTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATG-CATA--------C-AAT-T-GCCA-T-----AA-G-A-A--AATC-AACAATTA-T-TCGCTT-TTAATCCAT--TTTCACAAAT------TTTCTATTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTATTCC--CACTCGATGG---TAGA--A--CA--A-----TA-----------TG-AAA---A----A--ATC-GA---AG-TG--GGACAAT----------T--T-GGAATTTTTTTTT------------------T-T-A-TAA-AC----------------------A-----------------TGCA------TTTAG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----CG--------TTTC--AATTTAAAGGATC--TATTTT--T-G-TTGATATT---CA--T-AAGAAA-ACA----TAT-TTA-AAT--CAAAT-TGAAA--CG-TC--AA-AAAGGT---T--TAT---G-A----GAAGCA---A-ATATA-CGTATTT-ACT-AAT-TTTT--C-CAAA---------T--ATTCTGAC-TTCAG--ATTTTTTTAATATTTT---------TT--T--T----------T-AT-----GCCGCCCATA-GATATTA-AC-AAACTAT--TC-AAACATGT-GAC-AAG---------AA---------A-----CG-TG-------TGAAAATGGATTAAC--AGCT-TG-TA-AGTG-----T--T--G--A----TTTCATT---GTGAA--AGA-------TGCATGC--A-TAAA--T--GTTCA-AA-G-----TGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|10 : tggaATTTACGTA--ACAGA-------CAT--------------TTCCCAACAATTTTAACA-TTAATG-CTTG--------C-ATC-T-GTTAAC-----AATG-A-A--AATC-AACACTTAACATAGCTG-TTAAT-------TTTATACGT------TCCCTGTCC-GGG-TT--GAAT-----G-TTGATTATACAAAAGGCGG---TAGA---------------------------------------------TTC-AA---AG-TC--GGATTAT----------T--T-TGAA---------A-----AAAA----------T-A-TAA-AC----------------------A-----------------TGCA------TTTTG-----GCTTCTCAAAATAAGCTTT-------G--------TTTC--AATGAAAAGGAT---C--TTT--T-A-CTTACATT---AT--TTAGGAAATGCA----TGT-----------------GAAA--TG-TC--AA-AAG------T--TTT---G-A----GA---A---GCATATA-CGTGTTTTGCT-AAT-TTTT--CACAA----------T--ATTCCGAC-TTCGG--A--------------T---------TT--T--TTGATTTTTTCT-AT-----ACCGCGCTTAGGAGATTA-AC-AAACAA---TC-AAccag
gi|11 : tgaATTAACGTATTGCAGA-------CAA---------GATA-TTTCCA--AATT-----A-TCAATA-AAT-----------AT--T-G--------------------AATC-AACACTTA-C-TCGCTG-TTAATCTAT--TTTCGAATGT------TCGCTGT--------TT-GCAT--------TAATTT--CCATTG-CAA---TA----A--AA--A-----TT-----------T----A---A----A--TCT-GA---CG-TC--GGATAAT----------T--T-G------------A-----GAAA-------TT-T-G-TAA-AC----------------------A---------------C--GCA------ATT-G-----G-TTCTTGAAA--AGCTTTTATAGTTA--------TTT------TAAAAATATATATATTCT--A-G-TTTGTATC---AA--T-AGTAAA-ACA----TGT-CTG-AAT--AAAAA-TGAAA--TG-TC--AG-AAGG----------------A----CC---A---A-A-ATA-CGTGTTT-ACT-AATATTTT--C-CCA--------T-T---TTTCGAC-TTCGG--A--------------T---------TT--C--T-------------------ACCGCCAACA-GAGATCA-AC-ACAAAAT--TC-AAACtcaa
gi|12 : A-TTTCAA-TAATTTAAACA-TTAATG-CATG--------C-ATC-TTGTCA-C-----A--ATG-A--AACC-TACACTTA-A-TGGCTG-TTAATCCAT--TTTCACATGT------TTCTTGTCCCGGG-TTTTGAATATTTTG-TTAGTCC--CAATTAGCGG---TAGA--A--AA--A-----TA-----------TC-GAA---A----A--TTC-TA---TT-TC--GGATAAT----------T--T-GGAA---------A-----AAAA-------A----A-TAATGA----------------------A---------------CATGCA------CTTGA-----G-TTCTCAAAA--AGCTTTG-----TG--------TTCT--AATTAAAATGA-----ATTTT--TCC-TTAATATT---AA--T-AGGAAA-GCA----TGT-TTA-AAT--CAAAA-TGAAA--TG-TC--GA-AAAGCT---T--T---------------------A-AT-------------TT-AA--TTTT--C-CAAATATT---T-T--ATTTT--T-TTTTT--A--------------T---------TT--T--TC---------T-AT-----ACCGCCAATA-ccaa
gi|13 : AGAAGGAT---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--A-AGG-AA-ACT----TGT-TTA-AAT--AAAAA-TGAAA--TGTTC-----AAAGCT---T--TCA---G-G----GAGGCA---A-ATATA-TGCGTTT-ACT-ATA-TTTT--C-CAAC---T---T-CGGATTT---T-TTAAA--A--------------T---------TTTCT--T----------T-AT-----ACCGCCAACA-GAG-------------AT--TC-AAACCCGG-AAC-ACG---------GA---------AGATGTCACTG-------TGAAAATGGATTAGC--AGCG-AG-TA-A--G-----TGCT--G--A----TTTTCTT---GTGAC--AGA-------TGC---------TA---------------------TGT-GG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTc
gi|14 : cccaaaaaacgtattttattgtttcacggtgagcggaag---TAGAGTA--AA--A-----TA-----------T---AA---G----T--TTT-GA---AGATT--GCATAATCTTTTAAGGTT--T-AGAG---------A-----AGAGGACAGATAT-A-A-TAA-GCT---------------------A---------------CATGCACATCTCTTTCGTAAACA-TTCTCGGAA--AGCTTTT-----TGACATTTTGTTTC-----TAATAAGACA--TGTTTTGCT-A-TTGAT-TT---AAACT-AGAATA-ACA----TTT-TTA-ACT------A-TGA--------C--GA-AAAGCT---T--TCC---A-A----GA---ACA-A-AAATA-CGTGTTT-ACT-AAT-TTTT--C-AAAA---T---------TTCCGTC-TTCGA--ATT------------T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCCCC
gi|14 : GGGGG---TATA--A--AA--A-----------------------A---A----A--TTC-GA---AG-AC--GGA-AAT----------T--T-TGAA---------A-----AA----------T-T-AGTAA-AC----------------------A---------------C--GTA------TTTTT-----G-TTCTTGGAA--AGCTTTT-----CG--------TCAT--AGTTAAAAATGT---TATTCT--A-G-TTTAAATC---AA--T-AGCAAA-ACA----TGT-CTT-ATT--AGAAA-CAAAA--TG-TC--AA-AAAGCT---T--TCC---G-A----GA---A-------------TGTTT-ACG-AA
gi|15 : tagagtaaaatataagttttgaagattgcataatcttttaaggtttagagaagaggacagatataataagctacatgcacatctctATTTACGTA--ACGGT-------CAT---------GTAA-TTTCCA-TAATTTTACCA-CTAATG-CATG--------C-ACC-T-GCCA-TG----A--G-A-A--AATC-AACACTTG-C-TAGGTT-TTAATCCAC--TTTCGCACGT------ATCCTGATCCGGG-TTT-GAATAATGTG-TTAGTCC--CAATTGGCGG---TAGA--A--AA--A-----TA-----------TC-AAA---T----A--TTC-GA---AG-TC--GGTAAAT----------T--T-GGAA---------A-----AAAA----------T-A-TAG-A-----------------------A----------------ATGGA------TTTTC-----G-TTC--------------------------------TC--AATTAGAAGTAT---TGATTT--T-G-TTGATA-T---AA--TAAGGAAA-ACA----TG
gi|16 : tagTG--------C-ATC-T-GACA-T-----AC-G-G-A--GATC-AACACTGC-C-TCG
gi|16 : tatttctatagctgacCTGCCTCGGT-TTT-GAAT--TATG-TTTATCT---TATTGGGGG---TAAA--A--AAAAA-----TA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GG---AG-TC--GGA-AAT----------T--T-TG-----------A-----AAAG-------AT-T-AGGAA-AC----------------------AATTTC----------CA-GCA------ATTTA-----T-TACTCGAAA--AGCATGT-----C---------TTTC--TGTTG----------TCTTTT--T-G-TTGATATT---AA--C-AAG-AA-ATA----TCT-TTT-AGT--T---A-TGA--------C--AA-AAATCT---T--TTT---A-G----TA---C---ATATATA-CGCATTgttttgaattatgtttatcttattgggggtaaaaaaaaatatcgaaaattcggagtcggaaattttgaaaagattaggaaacaatttccagcaatttattactcgaaaagcatgtctttctgttgtctttttgttgatattaacaagaaatatcttttagttatgacaaaaatctttttagtacatatatacgcattggtttat
gi|17 : tatttctatagctgactgcatctgacatacggagatcaacaTTT--T-G-TTGATACT---AA--T-ATGAAA-GCA----TGA-TTA-AAT--AAAAA-TGAAA--TG-TC--AA-AAAGCT---T--TAT---A-A----GAAGCA---A-ATATA-CGTGTTT-ACT-AAT-TTTT--C-CAAA---T---T-----TTCCGAC-TTCAG--A--------------T---------TT--T--T----------TCAT-----ACCGCCAATA-G-------AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-GAG---------AA---------A-----CA-TG-------TGAAAATGGATTAAC--AACG-A----------------------------------T---GTGCA--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-AA-G----TTAT-GG-AAATAACTT-CTCTGTTACATAAAggtttat
gi|18 : ta--T--T----------C-AT-----ACCCTGTATA-GAGATTA-AC-TCACAAT--TCAAAACGCAGTGACGAAA---------GA---------A-----CG-TC-------GGAAAATGGATTGATAAAATGATG-TA-A--GTCGTTT--C--G--AAAATTTTCATT---GTGGCCAAGAAG-----TGCATGC--AGTTGAGTT--GTT-ATAA-GTTGTTTGT-TG-AAATAAC---ATCAGT--CGTAAtccag
gi|19 : cagaaagatttatacatgtatagttatcatataatatataccaattatagcatgtattctggaaaaT-TTG-A-T--GAAAAGTGAAA--TA-TC--AA-AAAACT---T--TC--------------------------A-C-TGTTT-ACA-AAT-TTTTT-C-CAAA---T--------GTTCCAAC-TTTTTTTA--------------T---------TT--T--T----------T-A------ATCACCAATA-GCGATAA-AC-TTATTGT--CT-AGACCTAA-GA--AGG---------GA---------A-----CA-TG-------TGAAAGTGGATAAAT--AACA-AG-TA-AATA-----T--T--G--A----TTTTCTA---ATGAT--ACATGTAGTGTGTATGC--A-TTAA--T--TTC----A-G----TTGC-AG-AAATAATTT-GTTTtggtaaagcca
gi|2 : atttaaaggaaagctataaaaactatttcATTTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTAA-TTTCCA-TAATTTTAACA-TTACTG-CATG--------C-ATC-T-ATCA-CA----A--G-G-A--AATC-AACACGGA-C-TGGCTG-TCAATCCAC--TTTCACACGT------TCCCTGTCCCGGGATTT-G-----------TAAGCA--TTATTGGC-G---TAGA--A--AA--A-----AAAAAAAAAACCCCC-AAA---ATTTTA--TTCTTA---AG-CT--GGACCAA----------T--T-GTAA---------A-----ATAA-------ATAA-A-TAA-ATAAAAAGAAAGAAAAATTGATGAA---------------CCTGCA------TTTTG-----G-TTCTCCAAA--AGA-TTT-----TA--------TTTC--AATTAAAAGGAT---TATTTT--T-C-TTGATATT---AA--T-AGAAAA-ACA----TGT-TTG-AAT--AAAAA-TGAAA--TG-TC--AA-AAAACTTCCT--TCT---GAA----GC---A---A-ATATA-CGTGGTT-ACT-ACG-TTTT--C-CAAA---T---T-----TTCCGCC-TTTAG--ATT------------T---------TT--T--T----------T-AC-----ACCGCCAATA-GAGATTA-ACAACACAAT--TC-AAACCCGT-AAC-AAG---------GA---------A-----CA-TG-------TGAA-----ATTGAA--AGCA-TGATACAGTG-----T--T--G--A----TTTCTTT---GTGGC--A-A-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-G----TGGT-
gi|20 : tgTT--T-G-ATTATACT---AA--T-ATGAAA-G-A----TGAATTA-AAA--AACAA-TGAAAATTC-CC--AA-AAAG-T---T--TATAAGG-A----GC---A---A-ATATAACGTGTTT-ACTAAAT-TTTT--C-C--A---T---C-T---TTCCGACTTTCAG--A----------------------------T--T----------T-AT-----ACCGCC------AAATGACAC-ACACAA---TC-AAACCCGA-GAG-ACG---------AG---------A-----CA-TG--------GCAAATGAATTAAC--AAC-----TA------------------------------T---GTGCA--AGA-------T-CATGCCAA-ATAA--TGAGTT-A-AA-------TATATG-AAA-AACT---TCTCTTACATAAAgtta
gi|21 : aaTTACTTA--ACAGA-------CAA---------GTTA-TTTCTA-T--CTTCAATG-TCAACT-CATG--------C-ATT-C-GTCA-C-----AAGG-A-ATGAACC-AACACTTA-T-TCGCTG-TTCATCCAT--TTCCAAATGTTCTGAATCTCTGCACTGGA-TTT-TAATA-TTTG-TAATTTT--CGATTTGCGG---TATG--A--AA--ACGGTCTA-----------TC------------A--TTC-GC---AG-TT--GGATAAT----------A--T-GGAA---------A-----AA------------T-G-TAATAA----------------------A---------------AATGCA------GTTTGTT---T-TTTTC-AAA--AGCGTTT-----TA--------TTTtcca
gi|22 : a--AATC-AGCACTTA-T-TCGCTG-TTAATTTAT--TTTCAAGTAT------TTTCTGTCCCAAA-TTT-GAATAGTGTA-TCAATTC--CGATTGGCGGTTTTAAA--AACAA--A-----AA-----------TC-GAC---C----A--TTC-AC---GG-TC--TGAAAAT----------T--T-GG-----------------AAAA-------AT-TGA-T-A-AC--------------------------------------CATGTA------TTTTG-----G-ATCT-AAAA--AGCATTT-----TG--------AGCT--AGCTAGAAAGAT---TATTTA--T-ACCTGATAGC---AA--G-AGGAAA-ACG----TAT-TTG-AAT--AAAA
gi|23 : ---T--TAT---G-A----GA---AGTAA-ATATA-CGTCTTT-ATT-AAT-TTTT--T-CAAA---T--------ATTCCGAT-TTCGG--A--------------T---------TT--T--T----------T-ATTTAA-ACCACCCATA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACGCGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CA-TG-------TAAAAATGGATTAAC--AGCA-TG-TA-AGTG-----T--T--G--A----TTTCATT---GTGAC--ATA-------TGAATGC--A-TTAG--T--GTT-A-AA-A----TTGT-TG-GAATAACTT-CTCTGCTGAGTAAA
gi|24 : AATAGTGTGCTTTATCT--CAATTAGTGG---TAGA--A--AA--A-----TA-----------TT-GAA---A----G--TTC-AA---AG-TC--GGACAAT----------T--T-GGGG---------A-----AAAA-------AT-T-A-TAA-------------------------A---------------CATGCA------TTTTA-----G-TTCTGAAAA--AGC-TTT-----TG--------TTTC--AGTTCAAAGGGT---TCGTTT--T-G-TTGATGTT---ttc
gi|24 : tacATTTACATA--ACAGT-------TAT---------GCTA-TTTCCA-TAATTTGAAC------TGCCATG---------------------------A--G-A-A--AATC-AACACTTA-C-TCGCTA-TCAATgatagcgagtaagtgttgattttctcatggcagttcaaattatggaaatagcataactgttatgtaaattc
gi|25 : tacaacatcaacaaaacgaaccctttgaactgaaacaaaagctttttcagaactaaaatgcatgtttataattttttccccaaattgtccgactttgaactttcaatatttttctaccactaattgagataaagcacactATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCCA-TTTCCA-TAATTCTAACA-TTAGTG-CATG--------C-ATC-T-GCCA-CG----A--G-A-A--AATC-AACACTTA-C-TTACT--TTAATCCAT--TTTCACACGT------TCCTTGTTCCGGtc
gi|26 : tgg--G-----T--T--G--A----TTTCCTT---GGGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--A--GTT-A-AA-G----TTGT-TG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTAAA
gi|27 : taggaataacatacatgtatataatattctctttaattagt--AA--A-----TA-----------TC-AAA---A----G--TTC-GA---AG-TT--GGACAAT----------T--T-GGAA---------A-----AAAA----------T-A-TAA-------------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTAGGAA--AGTTCCT-----TG--------CTTC--A---------AT---TCTTTT--T-G-TTTATATT---AT--T-AGGAAA-ACtcca
gi|28 : ATTTAAATA--ACAGA-------TAG---------GTTAATCT------ATT----CA-TTA-TG-CTTT--------T-ATT-T-ATCA-C-----A--G-GGA--AATC-AACACTTA-C-TTGCTGAATAATCTAT--GTTCACATG
gi|29 : G-TG-TA-A--T-----T--TTTG--T----TTTCTTTTTAGTGAC--AGA-------TGCATTT--A-TCAA--T--GTT-A-A--G----TTGT-GG-AAACAACTT-GTCTCCTACGGAAAcc
gi|3 : TATTTACGCA--ACCGA-------CAA---------GTTA-ATTCCA-CAACTTTAATA-TCGAGG-GGTA--------T-ATC-T-ATTA-CCAAAAA--C-A-A--AATC-AACACTTA-C-TCCTTG-TTAATCCAT--TTTCAAATGT------TCTCTGTCCAGGG-TTT-AAATTGCGAG-TTTATAA--CCATTGGCGG---AAGA--A--AA--A-----AG-----------TC-GAA---A----A--TTC-AA---AG-T-----ACAGG----------TG-TAGGAA---------ATTTGTATAT-------GT-T-A-GAA-A-----------------------A---------------CACGCA------TTTTG-----G-CTCTCAGTA--AGTTTCT-----TGGCT-----TTTC----CT------ATG--TGTTTC--T-A-CCTCTATA---AA--C---GAAA-ATAACTTTTT-TTT-AAT--T---A-TGA--------C--AG-AAAGCT---T--TTC---A-AGTACGA---A---A-ATAT---GTGTTT-GAT--AT-TTTT--C-CAAA---T---T-----GTCCGAC-TTCGG--A--------------T---------TT--T--T-------------T-----ACCG-CCATA-G---------------AT--TT-AAATCCGG-GAC-AGGTTCCCTGTTAATCTAATTTCA-----CC-TGTTCCAGGTGAAATTAGATTAAC--AGTT-AG-TA-A--A-----TTCT--A--A----TGTCCGT---ATGAC--AGT-------AGCATTA--A-TTAA--T--ATT-G-AG-G----TTGT-AG-AAGTAGTAT-GTCTATtc
gi|30 : TCCA-CA--CTTAACA-TTAATG-CATG--------T-ACT-A-GTCA-TA----A--G-A-A--AACC-AACACTTA-C-ACGCTA-TT
gi|31 : agatttctgaatttatgta--T----------T-AT-----ACCGCCCTTA-GAGATTA-AC-AAACAATATTC-AAAACCGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CA-TG-------TAAAAATGGATTAAC--AGt
gi|32 : --G-----T--T--G--A----TTCC-TT---G-GAC--AGA-------TGCATGC--AATTAA--A--GTT-A-AAAG----TTGT-TG-AAATAACTTGGTCTGTTATGTAAt
gi|33 : tC--AGA-------TGGATTC--A-TTAA--T--ATT-A-AA-G----TCGT-GG-ACATAATTT-GTTCATTACGTAAAtc
gi|4 : ATTTACGTA--CCAGT-------CAT---------GCAA-TAATCA-TAATTTTAACA-TTAATG-TATA--------C-ACA-T-GCCA-CG----A--G-A-A--AATC-AACACTTA-C-TTGCTT-TTAATCCAT--TTTCACATGT------TCCCTGTTCTGGG-TTT-AAATAGTGTG-TTAGTCC--AAATTGGCGG---T-GG--A--AA--A-----TA-----------TCAAAA---A----A--TTT-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--T-G------------A-----AAAA-------AT-T-A--A--------------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTTAAAGATT---TATTTT--T-G-TTGAT-TT---TA--T-AGAAAA-ACA----TGT-TTG-AAT--TAAAA-TGAAT--TG-TC--AA-AATGTT---T--TAT---A-A----GAAGCA---A-ATATA-CGTGTTT-AGT-AAT-TTTTCCC-CAAA---------T--ATCCCTAC-TTT-G--A--------------TTTTTTTTTCTT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCATA-GTGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCAGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CA-TG-------TAGAAATGGATTAAC--AACA-TG-TA-ATCA-----T--T--A--A----TTTCATT---GTGAC--AGG-------TGCATGC--A-T----------------------------G-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAAcacaggc
gi|5 : tagTATTTACGCA--GCAGT-------TAT---------GCCA-TTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATG-CATG--------C-ACC-T-G----------A--G-A-A--AATC-AACAATTA-C-TCGCTT-TTAAGCAAT--TTTCACACAT------TCCCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTAATCC--CAATTGGCGG---TAGA--A--AA--A-----TG-----------TC-AAA---A----G--TGC-AA---AG-TC--GGATAAT----------T--T-GAAA---------A-----AAAA-------AT-T-A-TAA-AC----------------------ACTT------------CATACA------TTTTG-----G-ATCTCAAAA--AGCTTCT-----TG--------TTTC--AATTAAAACAAT---TAATTT--T-G-TTGATATT---AT--T-AGGAAA-ACA----AGT-TTG-AAT--CAAAA-TGAAA--TG-TC--AA-AAAGTT---T--TAT---G-A----GA---A---G-ATATA-CGCGTTT-ACT-AAT-TTTT--C-CAAA---TACATGT--ATTCCGAC-TTCGG--A--------------T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCTCCCTTA-GAGATTA-AC-ATACAAT--TC-AAACTCGG-GA--AAG---------AA---------A-----CA-TG-------TGAAAATGGATTAAC--AGCA-------------------T--G--A----TTTCATC---GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-AT-A----TTGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtccag
gi|6 : TTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTTA-ATTC-A-TAATTTTAACA-TT-ACG-CATG--------CAATCGT-ATCA-CA----A--G-G-A--AATCAAACACGGG-C-TGGCTG-TCAAGCCACTGTCTCACACGT------TCCC-GT-CCGGA-TTT-G-----------TAA--G--CTATTGGC-G---TAGA--A--AA--A-----AA--------------AAA---A----A--CCC-CAATTAG-TTAAGTACAATTAGTACAA--T--T-GTAA---------A-----ATAA-------ATAA-A-TAA-AT----------------------AAAAGAAAGAAAAAATTATGAACCTGC-TTTTG-----G-TT-TCCAAA--AGA--TT-----TA--------TTTCAGAATT-AAAGGAT---TATTTT--C---TTGATATT---TA--T-AGAAAA-ACA----TGT-TTG-AATAAAAAAA-T-AAA--TG-TCAAAA-AAAACT---TCCTCT---GAA----GC---A---A-ATATA-CGTGGTT-ACT-AG--TTTT--C-CAAA---T---------TTCCGCC-TTTAG--AT-------------T---------TT--T--T----------T-AC-----ACCGCCAATA--AGATTA-CA-ACACAAT--TC-AAACCC-G-TAC-AAG----------A---------A-----CA-TG-------TGGAAATTGA--AGC--AGTG-A--TA-AGTG-----T--T--GTTA----TTTC-TT---GTGGC--AGA-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GCT-A-AA-
gi|7 : tgaaATTTACGTA--ACAGT-------TAT---------CCCA-TTTCCA-TAATGTTAACA-TTAATG-CATG---------------------------A--G-A-A--AATC-CACATTTA-C-TTGCTT-TTAATCCAT--TTTCACACAT------TCCCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTAGTCC--CAAATGGAGG---TAGA--A--AA--A-----TA--------------GAA---A----AAGTTA-GA---AG-TC--GAACAAT----------T--T-GGAA---------A-----AAAA-------A--A-A-TAA-------------------------G---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAG--AGC-TTT-----TG--------TCTC--AATTAAAAAGAT---TCTTTT--T-G-TTGATATT---TT--T-AGGAAA-ACA----TGT-TTA-AAT--CTAAG-TGAAA--TG-TC--GA-AAAGTT---T--TAT---G-A----GAAGCA---A-ATATA-CATATTT-ACT-AAT-TTTT--C-CAAA---------T--ATTCCGAC-TTCGG--ATTTTTTATTT----T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCTTA-GAG-----------------TT-AAACCCGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CA----------------------AAC--AGCA-TG-TA-AATG-----T--T--G--A----TTTCATT---GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-A----ATGT-TT-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtgtg
gi|8 : tagTTACGTA--AC------------------------TA-CTT-----AACTCTAACT-TTAATA-AATG--------C-ATA-T-GTCA-T-----A--G-A-A--AAGA-AACACTTA-C-TAGTT--TTAATCCAA--TATCTGATGT------TCCCTGTCCCGGA-TTT-GA-------------TTT--CTAT-GGTGG---TAGA--A--AA--A---------------------AAAGTTA----A--TCC-AA---CG-TC--TGATAAT----------TCTT-G-------------------AAT-------AT-T-AGTAA-AC----------------------A-----------------TGCC------TTTTG-----G-GTGTTGCAA--TGTTTTA-----CG--------TCAT--AATAAAAAATAT---TCTACT--A-A-T--ATATC---AA--T-AGAAAT-ATA----TGT-CTG-AAT--ATAAA-TAAAA--TG-TA--AAGAAAGTA---T--TAC---C-A----GA---ACT-A-AAATA-CATGTTT-ATT-AAT-GTTT--C-CAAA---A---T-T----TCCTAC-TTCGG--A--------------T---------TT--TCAT----------T-TTCGTCCACTGCCAATA-GAGATAA-AC-ACATAAG--TC-AAACTCAG-GAC-AGA---------AA---------A-----C---G-------TGAAAATTAATGAAC--AGTG-AG-TA-A--GAA---T--T--G--T----TCTCATT---GTGAC--AGA-------TGTATTC--A-TTAG--T--GTT-A-AA-G----TTGA-AGAAAATAAGTT-GTCTGTTCTGGAAAtcca
gi|9 : ATTAACCCA--ACAGT-------CAT---------GCAA-TTTCCA-TAATTTTAACACTTAATA-CATGAATTCATGC-ACC-T-ACCA-CG----A--G-A-A--AATC-AAC----A-C-TTACT--------TAC--TTTTA----------------ATCC---A-TTT-TCACA---TG-TTAGTCC--CAGTTGGCGG---TAGA--A--AA--A-----TA-----------TA-CAT---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--C-GGAA---------A-----AAAA-------GA-T-A-TAC-AT----------------------A---------------CACGCA------TTTTA-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGAT---TCTTTT--T-G-TTGATATTTAAAA--T-AGG-AA-ATA----TGT-TTGTATT--AAAAA-TGAAA--TG-TC--AA-AAAATT---G--TAT---G-A----GAATCA---A-ATATA-CGTGTTT-ATT-AAT-TTTT--C-CAAA---------T--ATTCCGAC-TTCGG--ATATTCTATT-----T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCTTA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-AAG---------AA---------A-----CT-TG-------TAAAAATGGATCAAC--AGCA-TG-TA-AGTG-----T--T--G--A----TTTCATT---GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--t
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 222222 11111111111111111111 1111 3333333333333333333333 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 222222222 4444444444444444444444 444444444444444444444444 1111111111 111111111111111
lowQualScore : 33 00000000 000000000 2 2 2 2 8888888888 333 2 4 333333 2 22 2 2 2 2 7 33 8888888 0 0 77777777777777777777 3 2 2 8888 2 44 33 1 333 22 22 22 0000000000000000000000 55555555 22 2 333 2 22 3 6666666666 22 11 888888888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000000 77777 2 44 22 5 55555 77777777 22 0 22 777 2 22 1 1 333 22 3 1 2 22 5555 22 2 22 2 2 333 22 8888888 888888888 0 2 2 2 22 55 2 6666666666666666666666 33 2 0 33 222222222222222222222222 22 22 0000000000 2 99999 5 2 1 2 333 33 2 2 2 55555 2 2 33 999999999999999 22 55 22 4444 7 8888 22 9999999 1 44 2 22 22 4 2 0 55555 44 2 2
lowQualScore : .. ........ ......... . . . . .......... ... . . ...... . .. . . . . . .. ....... . . .................... . . . .... . .. .. . ... .. .. .. ...................... ........ .. . ... . .. . .......... .. .. ......... ............................................................. ...... ..... . .. .. . ..... ........ .. . .. ... . .. . . ... .. . . . .. .... .. . .. . . ... .. ....... ......... . . . . .. .. . ...................... .. . . .. ........................ .. .. .......... . ..... . . . . ... .. . . . ..... . . .. ............... .. .. .. .... . .... .. ....... . .. . .. .. . . . ..... .. . .
lowQualScore : 77 66666666 777777777 5 4 4 4 1111111111 999 2 7 888888 2 99 1 1 1 6 1 44 1111111 4 7 99999999999999999999 0 5 5 5555 4 88 22 9 777 99 88 88 2222222222222222222222 66666666 88 0 555 0 88 1 0000000000 88 00 000000000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888888 88888 0 88 88 8 00000 22222222 99 6 88 555 1 55 8 8 222 66 8 9 0 66 1111 99 1 99 1 1 555 88 8888888 222222222 9 0 1 1 33 33 2 9999999999999999999999 11 2 9 11 666666666666666666666666 99 88 8888888888 0 22222 3 1 5 2 111 11 2 5 5 99999 4 4 22 777777777777777 99 00 99 5555 3 2222 88 2222222 2 88 0 88 99 2 1 1 22222 00 4 4
consensus : TATTTACGTA--ACAGN-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATG-CATG--------C-ATC-T-GTCA-C-A--G-AA--AATC-AACACTTA-C-TCGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTAGTCC--CAATTGGCGG---TAGA--A--AA--A-----TA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TG-TC--AA-AAAGCT---T--TNT---G-AGA---A---A-ATATA-CGTGTTT-ACT-AAT-TTTT--C-CAAA---T---T-T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCGCCNATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-AAGAAA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG---T-AAG-T-G--TT--G--A----TTTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAG----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
Reference ( family-2408 ) : TATTTACGTA--ACAGN-------CAT---------GCTATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATG-CATG--------C-ATC-T-GTCA-C-A--G-AA--AATC-AACACTTA-C-TCGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTAATCC--CAATTGGCGG---TAGA--A--AA--A-----TA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TG-TC--AA-AAAGCT---T--TNT---G-AGA---A---A-ATATA-CGTGTTT-ACT-AAT-TTTT--C-CAAA---T---T-T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-AAGAAA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG---T-AA--T-G--TT--G--A----TTTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAG----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|1 : ATTTATGTA--ACAGTAACGTTACATAAATAAATAGCTATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATG-CATA--------C-AAT-T-GCCA-T-AA-G-AA--AATC-AACAATTA-T-TCGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACAAAT---------TT---------TCTATTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTATTCC--CACTCGATGG---TAGA--A--CA--A-----TA-----------TG-AAA---A----A--ATC-GA---AG-TG--GGACAAT----------T--TGGAATTTTTTTTT-------------T-T-A-T-AA-AC----------------------A-----------------TGCA------TTTAG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----CG--------TTTC--AATTTAAAGGA--TC--TATTTT--T-G-TTGATATT---CA--T-AAGAAA-ACATAT-TTA-AAT--CAAATTGAAA--CG-TC--AA-AAAGGT---T--TAT---G-AGAAGCA---A-ATATA-CGTATTT-ACT-AAT-TTTT--C-CAAA---------T-----------ATTCTGA--C-TTCAG--ATTTTTTTAATATTTT---------TT--T--T----------T-AT-----GCCGCCCATA-GATATTA-AC-AAACTAT--TC-AAACATGT-GAC-AAGAAA-----CG-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCT-TG---T-AAG-T-G--TT--G--A----TTTCATT----GTGAA--AGA-------TGCATGC--A-TAAA--T--GTTCA-AAG-----TGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|10 : tggaATTTACGTA--ACAGA-------CAT-------------TTCCCAACAATTTTAACA-TTAATG-CTTG--------C-ATC-T-GTTAAC-AATG-AA--AATC-AACACTTAACATAGCTGTTAAT-------TTT-------ATACGT---------TC---------CCTGTCC-GGG-TT--GAAT-----G-TTGATTATACAAAAGGCGG---TAGA---------------------------------------------TTC-AA---AG-TC--GGATTAT----------T--TTGAA---------AAAAA----------T-A-T-AA-AC----------------------A-----------------TGCA------TTTTG-----GCTTCTCAAAATAAGCTTT-------G--------TTTC--AATGAAAAGGA--T---C--TTT--T-A-CTTACATT---AT--TTAGGAAATGCATGT----------------GAAA--TG-TC--AA-AAG------T--TTT---G-AGA---A---GCATATA-CGTGTTTTGCT-AAT-TTTT--CACAA----------T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TT--T--TTGATTTTTTCT-AT-----ACCGCGCTTAGGAGATTA-AC-AAACAA---TC-AAccag
gi|11 : tgaATTAACGTATTGCAGA-------CAA---------GATATTTCCA--AATT-----A-TCAATA-AAT-----------AT--T-G---------------AATC-AACACTTA-C-TCGCTGTTAATCTAT--TTTC-------GAATGT---------TC---------GCTGT--------TT-GCAT--------TAATTT--CCATTG-CAA---TA----A--AA--A-----TT-----------T----A---A----A--TCT-GA---CG-TC--GGATAAT----------T--TG------------AGAAA-------TT-T-G-T-AA-AC----------------------A---------------C--GCA------ATT-G-----G-TTCTTGAAA--AGCTTTTATAGTTA--------TTT------TAAAAATA--TATATATTCT--A-G-TTTGTATC---AA--T-AGTAAA-ACATGT-CTG-AAT--AAAAATGAAA--TG-TC--AG-AAGG----------------ACC---A---A-A-ATA-CGTGTTT-ACT-AATATTTT--C-CCA--------T-T------------TTTCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TT--C--T-------------------ACCGCCAACA-GAGATCA-AC-ACAAAAT--TC-AAACtcaa
gi|12 : ATTTCAA-TAATTTAAACA-TTAATG-CATG--------C-ATC-TTGTCA-C-A--ATGA--AACC-TACACTTA-A-TGGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACATGT---------TT---------CTTGTCCCGGG-TTTTGAATATTTTG-TTAGTCC--CAATTAGCGG---TAGA--A--AA--A-----TA-----------TC-GAA---A----A--TTC-TA---TT-TC--GGATAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------A----A-T-AATGA----------------------A---------------CATGCA------CTTGA-----G-TTCTCAAAA--AGCTTTG-----TG--------TTCT--AATTAAAATGA-------ATTTT--TCC-TTAATATT---AA--T-AGGAAA-GCATGT-TTA-AAT--CAAAATGAAA--TG-TC--GA-AAAGCT---T--T-----------------A-AT-------------TT-AA--TTTT--C-CAAATATT---T-T-----------ATTTT----T-TTTTT--A--------------T---------TT--T--TC---------T-AT-----ACCGCCAATA-ccaa
gi|13 : AGAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--A-AGG-AA-ACTTGT-TTA-AAT--AAAAATGAAA--TGTTC-----AAAGCT---T--TCA---G-GGAGGCA---A-ATATA-TGCGTTT-ACT-ATA-TTTT--C-CAAC---T---T-CGG---------ATTT-----T-TTAAA--A--------------T---------TTTCT--T----------T-AT-----ACCGCCAACA-GAG-------------AT--TC-AAACCCGG-AAC-ACGGAAGATGTCACTGTGAAAATGGATTAG-C--AGCG-AG---T-AAG-T-G--CT--G--A----TTTTCTT----GTGAC--AGA-------TGC---------TA--------------------TGT-GG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTc
gi|14 : cccaaaaaacgtattttattgtttcacggtgagcggaag---TAGAGTA--AA--A-----TA-----------T---AA---G----T--TTT-GA---AGATT--GCATAATCTTTTAAGGTT--TAGAG---------AAGAGGACAGATAT-A-A-T-AA-GCT---------------------A---------------CATGCACATCTCTTTCGTAAACA-TTCTCGGAA--AGCTTTT-----TGACATTTTGTTTC-----TAATAAGA--CA--TGTTTTGCT-A-TTGAT-TT---AAACT-AGAATA-ACATTT-TTA-ACT--A----TGA--------C--GA-AAAGCT---T--TCC---A-AGA---ACA-A-AAATA-CGTGTTT-ACT-AAT-TTTT--C-AAAA---T------------------TTCCGT--C-TTCGA--ATT------------T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCCCC
gi|14 : GGGGG---TATA--A--AA--A-----------------------A---A----A--TTC-GA---AG-AC--GGA-AAT----------T--TTGAA---------AAA----------T-T-AGT-AA-AC----------------------A---------------C--GTA------TTTTT-----G-TTCTTGGAA--AGCTTTT-----CG--------TCAT--AGTTAAAAATG--T---TATTCT--A-G-TTTAAATC---AA--T-AGCAAA-ACATGT-CTT-ATT--AGAAACAAAA--TG-TC--AA-AAAGCT---T--TCC---G-AGA---A-------------TGTTT-ACG-AA
gi|15 : tagagtaaaatataagttttgaagattgcataatcttttaaggtttagagaagaggacagatataataagctacatgcacatctctATTTACGTA--ACGGT-------CAT---------GTAATTTCCA-TAATTTTACCA-CTAATG-CATG--------C-ACC-T-GCCA-TGA--G-AA--AATC-AACACTTG-C-TAGGTTTTAATCCAC--TTTC-------GCACGT---------AT---------CCTGATCCGGG-TTT-GAATAATGTG-TTAGTCC--CAATTGGCGG---TAGA--A--AA--A-----TA-----------TC-AAA---T----A--TTC-GA---AG-TC--GGTAAAT----------T--TGGAA---------AAAAA----------T-A-T-AG-A-----------------------A----------------ATGGA------TTTTC-----G-TTC--------------------------------TC--AATTAGAAGTA--T---TGATTT--T-G-TTGATA-T---AA--TAAGGAAA-ACATG
gi|16 : tagTG--------C-ATC-T-GACA-T-AC-G-GA--GATC-AACACTGC-C-TCG
gi|16 : tatttctatagctgacCTGCCTCGGT-TTT-GAAT--TATG-TTTATCT--TA-TTGGGGG---TAAA--A--AAAAA-----TA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GG---AG-TC--GGA-AAT----------T--TTG-----------AAAAG-------AT-T-AGG-AA-AC----------------------AATTTC----------CA-GCA------ATTTA-----T-TACTCGAAA--AGCATGT-----C---------TTTC--TGTTG------------TCTTTT--T-G-TTGATATT---AA--C-AAG-AA-ATATCT-TTT-AGT-------T---A--TG-AC--AA-AAATCT---T--TTT---A-GTA---C---ATATATA-CGCATTgttttgaattatgtttatcttattgggggtaaaaaaaaatatcgaaaattcggagtcggaaattttgaaaagattaggaaacaatttccagcaatttattactcgaaaagcatgtctttctgttgtctttttgttgatattaacaagaaatatcttttagttatgacaaaaatctttttagtacatatatacgcattggtttat
gi|17 : tatttctatagctgactgcatctgacatacggagatcaacaTTT--T-G-TTGATACT---AA--T-ATGAAA-GCATGA-TTA-AAT--AAAAATGAAA--TG-TC--AA-AAAGCT---T--TAT---A-AGAAGCA---A-ATATA-CGTGTTT-ACT-AAT-TTTT--C-CAAA---T---T--------------TTCCGA--C-TTCAG--A--------------T---------TT--T--T----------TCAT-----ACCGCCAATA-G-------AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-GAGAAA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AACG-A---------------------------------T----GTGCA--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-AAG----TTAT-GG-AAATAACTT-CTCTGTTACATAAAggtttat
gi|18 : ta--T--T----------C-AT-----ACCCTGTATA-GAGATTA-AC-TCACAAT--TCAAAACGCAGTGACGAAAGAA-----CG-TCGGAAAATGGATTGA-TAAAATGATG---T-AAGTC-G--TTTCG--AAAATTTTCATT----GTGGCCAAGAAG-----TGCATGC--AGTTGAGTT--GTT-ATAAGTTGTTTGT-TG-AAATAAC---ATCAGT--CGTAAtccag
gi|19 : cagaaagatttatacatgtatagttatcatataatatataccaattatagcatgtattctggaaaaT-TTG-ATG--AAAAGTGAAA--TA-TC--AA-AAAACT---T--TC----------------------A-C-TGTTT-ACA-AAT-TTTTT-C-CAAA---T-----------------GTTCCAA--C-TTTTTTTA--------------T---------TT--T--T----------T-A------ATCACCAATA-GCGATAA-AC-TTATTGT--CT-AGACCTAA-GA--AGGGAA-----CA-TGTGAAAGTGGATAAA-T--AACA-AG---TAAA--T-A--TT--G--A----TTTTCTA----ATGAT--ACATGTAGTGTGTATGC--A-TTAA--T--TTC----AG----TTGC-AG-AAATAATTT-GTTTtggtaaagcca
gi|2 : atttaaaggaaagctataaaaactatttcATTTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTAATTTCCA-TAATTTTAACA-TTACTG-CATG--------C-ATC-T-ATCA-CAA--G-GA--AATC-AACACGGA-C-TGGCTGTCAATCCAC--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGGATTT-G--TAA-GCA-TT---------ATTGGC-G---TAGA--A--AA--A-----AAAAAAAAAACCCCC-AAA---ATTTTA--TTCTTA---AG-CT--GGACCAA----------T--TGTAA---------AATAA-------ATAA-A-T-AA-ATAAAAAGAAAGAAAAATTGATGAA---------------CCTGCA------TTTTG-----G-TTCTCCAAA--AGA-TTT-----TA--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-C-TTGATATT---AA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TG-TC--AA-AAAACTTCCT--TCT---GAAGC---A---A-ATATA-CGTGGTT-ACT-ACG-TTTT--C-CAAA---T---T--------------TTCCGC--C-TTTAG--ATT------------T---------TT--T--T----------T-AC-----ACCGCCAATA-GAGATTA-ACAACACAAT--TC-AAACCCGT-AAC-AAGGAA-----CA-TGTGAA-----ATTGA-A--AGCA-TGATAC-AG--T-G--TT--G--A----TTTCTTT----GTGGC--A-A-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAG----TGGT-
gi|20 : tgTT--T-G-ATTATACT---AA--T-ATGAAA-G-ATGAATTA-AAA--AACAATGAAAATTC-CC--AA-AAAG-T---T--TATAAGG-AGC---A---A-ATATAACGTGTTT-ACTAAAT-TTTT--C-C--A---T---C-T------------TTCCGA--CTTTCAG--A----------------------------T--T----------T-AT-----ACCGCC------AAATGACAC-ACACAA---TC-AAACCCGA-GAG-ACGAGA-----CA-TG-GCAAATGAATTAA-C--AAC-------T-A--------------------------T----GTGCA--AGA-------T-CATGCCAA-ATAA--TGAGTT-A-AA------TATATG-AAA-AACT---TCTCTTACATAAAgtta
gi|21 : aaTTACTTA--ACAGA-------CAA---------GTTATTTCTA-T--CTTCAATG-TCAACT-CATG--------C-ATT-C-GTCA-C-AAGG-AATGAACC-AACACTTA-T-TCGCTGTTCATCCAT--TTCC-------AAATGTTCTGAA---TC---------TCTGCACTGGA-TTT-TAATA-TTTG-TAATTTT--CGATTTGCGG---TATG--A--AA--ACGGTCTA-----------TC------------A--TTC-GC---AG-TT--GGATAAT----------A--TGGAA---------AAA------------T-G-T-AATAA----------------------A---------------AATGCA------GTTTGTT---T-TTTTC-AAA--AGCGTTT-----TA--------TTTtcca
gi|22 : a--AATC-AGCACTTA-T-TCGCTGTTAATTTAT--TTTC-------AAGTAT---------TT---------TCTGTCCCAAA-TTT-GAATAGTGTA-TCAATTC--CGATTGGCGGTTTTAAA--AACAA--A-----AA-----------TC-GAC---C----A--TTC-AC---GG-TC--TGAAAAT----------T--TGG------------AAAA-------AT-TGA-T--A-AC--------------------------------------CATGTA------TTTTG-----G-ATCT-AAAA--AGCATTT-----TG--------AGCT--AGCTAGAAAGA--T---TATTTA--T-ACCTGATAGC---AA--G-AGGAAA-ACGTAT-TTG-AAT--AAAA
gi|23 : ---T--TAT---G-AGA---AGTAA-ATATA-CGTCTTT-ATT-AAT-TTTT--T-CAAA---T-----------------ATTCCGA--T-TTCGG--A--------------T---------TT--T--T----------T-ATTTAA-ACCACCCATA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACGCGG-GAC-AAGAAA-----CA-TGTAAAAATGGATTAA-C--AGCA-TG---T-AAG-T-G--TT--G--A----TTTCATT----GTGAC--ATA-------TGAATGC--A-TTAG--T--GTT-A-AAA----TTGT-TG-GAATAACTT-CTCTGCTGAGTAAA
gi|24 : AATAGTGTGCTTTATCT--CAATTAGTGG---TAGA--A--AA--A-----TA-----------TT-GAA---A----G--TTC-AA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGGG---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-------------------------A---------------CATGCA------TTTTA-----G-TTCTGAAAA--AGC-TTT-----TG--------TTTC--AGTTCAAAGGG--T---TCGTTT--T-G-TTGATGTT---ttc
gi|24 : tacATTTACATA--ACAGT-------TAT---------GCTATTTCCA-TAATTTGAAC------TGCCATG-----------------------A--G-AA--AATC-AACACTTA-C-TCGCTATCAATgatagcgagtaagtgttgattttctcatggcagttcaaattatggaaatagcataactgttatgtaaattc
gi|25 : tacaacatcaacaaaacgaaccctttgaactgaaacaaaagctttttcagaactaaaatgcatgtttataattttttccccaaattgtccgactttgaactttcaatatttttctaccactaattgagataaagcacactATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCCATTTCCA-TAATTCTAACA-TTAGTG-CATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA--G-AA--AATC-AACACTTA-C-TTACT-TTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CTTGTTCCGGtc
gi|26 : tgg---T-AG--T-G--TT--G--A----TTTCCTT----GGGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--A--GTT-A-AAG----TTGT-TG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTAAA
gi|27 : taggaataacatacatgtatataatattctctttaat--AA--A-----TA-----------TC-AAA---A----G--TTC-GA---AG-TT--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA----------T-A-T-AA-------------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTAGGAA--AGTTCCT-----TG--------CTTC--A---------A--T---TCTTTT--T-G-TTTATATT---AT--T-AGGAAA-ACtcca
gi|28 : -----CA-TGTGAACATAGATTATTC--AGCA-AG---T-AAG-T-G--TT--G--A----TTTCCCT----GTGAT--AAA-------TAAAAGC--A--TAA--T--G---A-A---------T-AG--ATTAACCT-ATCTGTTATTTAAA
gi|29 : G-TG---T-AA--T-T--TTT-G--T----TTTCTTTTTA-GTGAC--AGA-------TGCATTT--A-TCAA--T--GTT-A-A-G----TTGT-GG-AAACAACTT-GTCTCCTACGGAAAtcc
gi|3 : --ATAGA-------CAT---------ACTACTTCTA-CAACCTCAATA-TTAATT-AATG--------C-TAC-T-GTCA-T-AC-G-GA--CATT-AGAATTTA-C-TAACTGTTAATCTAA--TTTCACCTGGAACAGGTGAAATTAGATTAACAGGGAACCTGTCCCGGA-TTT-AAAT-------------C--TA--TGGCGG---TAAA--A--AA--------------------------------------TCC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAA------------T-A-TCAA-AC----------------------A---------------CAT--A------TTTTC-----G-TACTTGAAA--AGCTTTC-----TG--------TCAT--AATTAAAAAAAAGT---TATTTT--C-G-TTTATAGA---GG--T-AGAAAC-ACAT----------------AGGAAA--AG-CC--AA-GAAACT---T--ACT---G-AGAGCCA---A-A-ATG-CGTGTTT-TCT-AAC-ATAT--A-CAAA---T---T-TCCTACACCTGTACTTTGAATT-TTCGA--C--------------T---------TT--T--T----------T-CT-----TCCGCCAATG-GTTATAA-AC-TCGCAAT--TT-AAACCCTG-GAC-AGAGAA-----CA-TTTGAAAATGGATTAA-C--AAGG-AG---T-AAG-T-G--TT--G--A----TTTTGTTTTTGGTAAT--AGA-------TATACCC--C-TCGA--T--ATT-A-AAG----TTGT-GG-AATTAACTT-GTCGGTTGCGTAAAtc
gi|30 : taTCCA-CA--CTTAACA-TTAATG-CATG--------T-ACT-A-GTCA-TAA--G-AA--AACC-AACACTTA-C-ACGCTATT
gi|31 : agatttctgaatttatgta--T----------T-AT-----ACCGCCCTTA-GAGATTA-AC-AAACAATATTC-AAAACCGG-GAC-AAGAAA-----CA-TGTAAAAATGGATTAA-C--AGt
gi|32 : --T-G--TT--G--A----TTCC-TT----G-GAC--AGA-------TGCATGCA-A-TTAA--A--GTTAA-AAG----TTGT-TG-AAATAACTTGGTCTGTTATGTAAt
gi|33 : C--AGA-------TGGATTC--A-TTAA--T--ATT-A-AAG----TCGT-GG-ACATAATTT-GTTCATTACGTAAAtc
gi|4 : ATTTACGTA--CCAGT-------CAT---------GCAATAATCA-TAATTTTAACA-TTAATG-TATA--------C-ACA-T-GCCA-CGA--G-AA--AATC-AACACTTA-C-TTGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACATGT---------TC---------CCTGTTCTGGG-TTT-AAATAGTGTG-TTAGTCC--AAATTGGCGG---T-GG--A--AA--A-----TA-----------TCAAAA---A----A--TTT-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TG------------AAAAA-------AT-T-A---A--------------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTTAAAGAT--T---TATTTT--T-G-TTGAT-TT---TA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AAT--TAAAATGAAT--TG-TC--AA-AATGTT---T--TAT---A-AGAAGCA---A-ATATA-CGTGTTT-AGT-AAT-TTTTCCC-CAAA---------T-----------ATCCCTA--C-TTT-G--A--------------TTTTTTTTTCTT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCATA-GTGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCAGG-GAC-AAGAAA-----CA-TGTAGAAATGGATTAA-C--AACA-TG---T-AA--TCA--TT--A--A----TTTCATT----GTGAC--AGG-------TGCATGC--A-T---------------------------G-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAAcacaggc
gi|5 : tagTATTTACGCA--GCAGT-------TAT---------GCCATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATG-CATG--------C-ACC-T-G------A--G-AA--AATC-AACAATTA-C-TCGCTTTTAAGCAAT--TTTC-------ACACAT---------TC---------CCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTAATCC--CAATTGGCGG---TAGA--A--AA--A-----TG-----------TC-AAA---A----G--TGC-AA---AG-TC--GGATAAT----------T--TGAAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------ACTT------------CATACA------TTTTG-----G-ATCTCAAAA--AGCTTCT-----TG--------TTTC--AATTAAAACAA--T---TAATTT--T-G-TTGATATT---AT--T-AGGAAA-ACAAGT-TTG-AAT--CAAAATGAAA--TG-TC--AA-AAAGTT---T--TAT---G-AGA---A---G-ATATA-CGCGTTT-ACT-AAT-TTTT--C-CAAA---TACATGT-----------ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCTCCCTTA-GAGATTA-AC-ATACAAT--TC-AAACTCGG-GA--AAGAAA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCA------------------T--G--A----TTTCATC----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-ATA----TTGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtccag
gi|6 : TTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTTAATTC-A-TAATTTTAACA-TT-ACG-CATG--------CAATCGT-ATCA-CAA--G-GA--AATCAAACACGGG-C-TGGCTGTCAAGCCACTGTCTC-------ACACGT---------TC---------CC-GT-CCGGA-TTT-G-----------TAAGCT----ATTGGC-G---TAGA--A--AA--A-----AA--------------AAA---A----A--CCC-CAATTAG-TTAAGTACAATTAGTACAA--T--TGTAA---------AATAA-------ATAA-A-T-AA-AT----------------------AAAAGAAAGAAAAAATTATGAACCTGC-TTTTG-----G-TT-TCCAAA--AGA--TT-----TA--------TTTCAGAATT-AAAGGA--T---TATTTT--C---TTGATATT---TA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AATAAAAAAAT-AAA--TG-TCAAAA-AAAACT---TCCTCT---GAAGC---A---A-ATATA-CGTGGTT-ACT-AG--TTTT--C-CAAA---T------------------TTCCGC--C-TTTAG--AT-------------T---------TT--T--T----------T-AC-----ACCGCCAATA--AGATTA-CA-ACACAAT--TC-AAACCC-G-TAC-AAG-AA-----CA-TGTGGAAATTGA--AG-C--AGTG-A----T-AAG-T-G--TT--GTTA----TTTC-TT----GTGGC--AGA-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GCT-A-AA
gi|7 : tgaaATTTACGTA--ACAGT-------TAT---------CCCATTTCCA-TAATGTTAACA-TTAATG-CATG-----------------------A--G-AA--AATC-CACATTTA-C-TTGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACACAT---------TC---------CCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG-TTAGTCC--CAAATGGAGG---TAGA--A--AA--A-----TA--------------GAA---A----AAGTTA-GA---AG-TC--GAACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------A--A-A-T-AA-------------------------G---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAG--AGC-TTT-----TG--------TCTC--AATTAAAAAGA--T---TCTTTT--T-G-TTGATATT---TT--T-AGGAAA-ACATGT-TTA-AAT--CTAAGTGAAA--TG-TC--GA-AAAGTT---T--TAT---G-AGAAGCA---A-ATATA-CATATTT-ACT-AAT-TTTT--C-CAAA---------T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--ATTTTTTATTT----T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCTTA-GAG-----------------TT-AAACCCGG-GAC-AAGAAA-----CA---------------AA-C--AGCA-TG---TAAA--T-G--TT--G--A----TTTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAA----ATGT-TT-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtgtg
gi|8 : tagTTACGTA--AC------------T---------ACT--------TAACTCTAACT-TTAATA-AATG--------C-ATA-T-GTCA-T-A--G-AA--AAGA-AACACTTA-C-TAGTT-TTAATCCAA--TATC-------TGATGT---------TC---------CCTGTCCCGGA-TTT-GA----------T--TTC--TA--TGGTGG---TAGA--A--AA--A---------------------AAAGTTA----A--TCC-AA---CG-TC--TGATAAT----------TCTTG--------------AAT-------AT-T-AGT-AA-AC----------------------A-----------------TGCC------TTTTG-----G-GTGTTGCAA--TGTTTTA-----CG--------TCAT--AATAAAAAATA--T---TCTACT--A-A-T--ATATC---AA--T-AGAAAT-ATATGT-CTG-AAT--ATAAATAAAA--TG-TA--AAGAAAGTA---T--TAC---C-AGA---ACT-A-AAATA-CATGTTT-ATT-AAT-GTTT--C-CAAA---A---T-T-------------TCCTA--C-TTCGG--A--------------T---------TT--TCAT----------T-TTCGTCCACTGCCAATA-GAGATAA-AC-ACATAAG--TC-AAACTCAG-GAC-AGAAAA-----C---GTGAAAATTAATGAA-C--AGTG-AG---T-AA----GAATT--G--T----TCTCATT----GTGAC--AGA-------TGTATTC--A-TTAG--T--GTT-A-AAG----TTGA-AGAAAATAAGTT-GTCTGTTCTGGAAAtcca
gi|9 : ATTAACCCA--ACAGT-------CAT---------GCAATTTCCA-TAATTTTAACACTTAATA-CATGAATTCATGC-ACC-T-ACCA-CGA--G-AA--AATC-AAC----A-C-TTACT-------TAC--TTTT-------A----------------------------ATCC---A-TTT-TCACA---TG-TTAGTCC--CAGTTGGCGG---TAGA--A--AA--A-----TA-----------TA-CAT---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--CGGAA---------AAAAA-------GA-T-A-T-AC-AT----------------------A---------------CACGCA------TTTTA-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TCTTTT--T-G-TTGATATTTAAAA--T-AGG-AA-ATATGT-TTGTATT--AAAAATGAAA--TG-TC--AA-AAAATT---G--TAT---G-AGAATCA---A-ATATA-CGTGTTT-ATT-AAT-TTTT--C-CAAA---------T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--ATATTCTATT-----T---------TT--T--T----------T-AT-----ACCGCCCTTA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-AAGAAA-----CT-TGTAAAAATGGATCAA-C--AGCA-TG---T-AAG-T-G--TT--G--A----TTTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--t
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 22222222222222222222222222 11111111111111111111 11111111 22222222222222222 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 2222222 4444444444444444444444 444444444444444444444444 1111111111
lowQualScore : 44 11111111 222222222 2 2 2 2 44444444444444444444444444 2 2 2 2 4 8 333 8888888 0 22222222222222222222 2 2 2 0 55555555 66 2 333 33 22 22 66666666666666666 55555555555 2 333 2 22 2 6666666666 22 999999999999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 55555 2 1 22 5 55555 77777777 22 0 22 777 2 22 1 1 333 22 3 1 2 22 5555 22 2 22 2 1 333 22 9999999 6666666 3 1 333 1 2 2 2 2 55 2 5555555555555555555555 22 2 0 22 888888888888888888888888 55 0000000000 1 88888 1 2 2 2 3 22 2 2 2 2 55555 55555 2 2 22 77777 2 1 22 22 4444 333 4 7777 22 8888888 0 44 1 22 22 3 1 888888 33 2 2
lowQualScore : .. ........ ......... . . . . .......................... . . . . . . ... ....... . .................... . . . . ........ .. . ... .. .. .. ................. ........... . ... . .. . .......... .. ............ ............................................................. ...... ..... . . .. . ..... ........ .. . .. ... . .. . . ... .. . . . .. .... .. . .. . . ... .. ....... ....... . . ... . . . . . .. . ...................... .. . . .. ........................ .. .......... . ..... . . . . . .. . . . . ..... ..... . . .. ..... . . .. .. .... ... . .... .. ....... . .. . .. .. . . ...... .. . .
lowQualScore : 22 00000000 333333333 1 7 7 7 44444444444444444444444444 5 4 4 4 1 2 777 7777777 3 77777777777777777777 2 7 7 1 99999999 88 6 999 11 99 99 44444444444444444 33333333333 1 777 1 99 9 8888888888 99 444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333 33333 1 5 99 3 33333 66666666 99 6 88 555 1 55 8 8 222 66 8 9 0 66 1111 88 0 88 0 5 333 66 4444444 3333333 8 1 333 9 0 0 0 1 00 1 2222222222222222222222 99 1 3 99 333333333333333333333333 22 2222222222 9 88888 0 0 1 1 5 99 1 4 4 4 99999 66666 2 1 99 44444 0 9 66 66 0000 333 2 4444 55 4444444 1 33 8 55 66 8 9 666666 77 1 2
consensus : TATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATG-CATG--------C-ATC-T-GCCA-C-A--G-AAAATC-AACACTTA-C-TNGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TNT---G-AGA---A---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T-T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCAATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAG----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
Reference ( family-2408 ) : TATTTACGTA--ACAGN-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATG-CATG--------C-ATC-T-GTCA-C-A--G-AAAATC-AACACTTA-C-TCGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TNT---G-AGA---A---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T-T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCNATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAG----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|1 : ATTTATGTA--ACAGTAACGTTACATAAATAAATAGCTATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATG-CATA--------C-AAT-T-GCCA-T-AA-G-AAAATC-AACAATTA-T-TCGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACAAAT---------TT---------TCTATTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTATTCCCACTCGATGG---TAGA--A--CA--ATA-----------TG-AAA---A----A--ATC-GA---AG-TG--GGACAAT----------T--TGGAATTTTTTTTT-------------T-T-A-T-AA-AC----------------------A-----------------TGCA------TTTAG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----CG--------TTTC--AATTTAAAGGA--TC--TATTTT--T-G-TTGATATT---CA--T-AAGAAA-ACATAT-TTA-AAT--CAAATTGAAA--CGT-C--AA-AAAGGT---T--TAT---G-AGAAGCA---A-ATA---TA-CGTATTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---------T-----------ATTCTGA--C-TTCAG--ATTTTTTTAATATTTT---------TTT--T----------T-AT-----GCCGCCCATA-GATATTA-AC-AAACTAT--TC-AAACATGT-GAC-A-AGA-----AA-----CG-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCT-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAA--AGA-------TGCATGC--A-TAAA--T--GTTCA-AAG-----TGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|10 : tggaATTTACGTA--ACAGA-------CAT-------------TTCCCAACAATTTTAACA-TTAATG-CTTG--------C-ATC-T-GTTAAC-AATG-AAAATC-AACACTTAACATAGCTGTTAAT-------TTT-------ATACGT---------TC---------CCTGTCC-GGG-TT--GAATGTTG-A--TTA--TACAAAAGGCGG---TAGA----------------------------------------TTC-AA---AG-TC--GGATTAT----------T--TTGAA---------AAAAA----------T-A-T-AA-AC----------------------A-----------------TGCA------TTTTG-----GCTTCTCAAAATAAGCTTT-------G--------TTTC--AATGAAAAGGA--T---C--TTT--T-A-CTTACATT---AT--TTAGGAAATGCATGT----------------GAAA--TGT-C--AA-AAG------T--TTT---G-AGA---A---GCATA---TA-CGTGTTTTGCT-A-AT-TTTT--CACAA----------T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--TTGATTTTTTCT-AT-----ACCGCGCTTAGGAGATTA-AC-AAACAA---TC-AAccag
gi|11 : tgaATTAACGTATTGCAGA-------CAA---------GATATTTCCA--AATT-----A-TCAATA-AAT-----------AT--T-G-------------AATC-AACACTTA-C-TCGCTGTTAATCTAT--TTTC-------GAATGT---------TC---------GCTGT--------TT-GCAT---------TAATTTCCATTG-CAA---TA----A--AA--ATT-----------T----A---A----A--TCT-GA---CG-TC--GGATAAT----------T--TG------------AGAAA-------TT-T-G-T-AA-AC----------------------A---------------C--GCA------ATT-G-----G-TTCTTGAAA--AGCTTTTATAGTTA--------TTT------TAAAAATA--TATATATTCT--A-G-TTTGTATC---AA--T-AGTAAA-ACATGT-CTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AG-AAGG----------------ACC---A---A-A-A---TA-CGTGTTT-ACT-A-ATATTTT--C-CCA--------T-T------------TTTCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTC--T-------------------ACCGCCAACA-GAGATCA-AC-ACAAAAT--TC-AAACtcaa
gi|12 : ATTTCAA-TAATTTAAACA-TTAATG-CATG--------C-ATC-TTGTCA-C-A--ATGAAACC-TACACTTA-A-TGGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACATGT---------TT---------CTTGTCCCGGG-TTTTGAATATTTTG--TTAGTCCCAATTAGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-TA---TT-TC--GGATAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------A----A-T-AATGA----------------------A---------------CATGCA------CTTGA-----G-TTCTCAAAA--AGCTTTG-----TG--------TTCT--AATTAAAATGA-------ATTTT--TCC-TTAATATT---AA--T-AGGAAA-GCATGT-TTA-AAT--CAAAATGAAA--TGT-C--GA-AAAGCT---T--T-----------------A-AT----------------TT-A-A--TTTT--C-CAAATATT---T-T-----------ATTTT----T-TTTTT--A--------------T---------TTT--TC---------T-AT-----ACCGCCAATA-ccaa
gi|13 : AGAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--A-AGGAAA--CTTGT-TTA-AAT--AAAAATGAAA--TGTTC--AA-A--GCT---T--TCA---G-GGAGGCA---A-ATA---TA-TGCGTTT-ACT-A-TA-TTTT--C-CAAC---T---T-CGG---------ATTTT------TTAAA--A--------------T---------TTTCTT----------T-AT-----ACCGCCAACA-GAGATT---------------C-AAACCCGG-AAC-A-CGG-----AAGATGTCACTGTGAAAATGGATTAG-C--AGCG-AG-TA-AGT-GCT--G--A----T---TTTCTT----GTGAC--AGA-------TGC---------TA--------------------TGT-GG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTc
gi|14 : cccaaaaaacgtattttattgtttcacggtgagcggaag---TAGAGTA--AA--ATA-----------T---AA---G----T--TTT-GA---AGATT--GCATAATCTTTTAAGGTT--TAGAG---------AAGAGGACAGATAT-A-A-T-AA-GCT---------------------A---------------CATGCACATCTCTTTCGTAAACA-TTCTCGGAA--AGCTTTT-----TGACATTTTGTTTC-----TAATAAGA--CA--TGTTTTGCT-A-TTGAT-TT---AAACT-AGAATA-ACATTT-TTA-ACT--A----TGA--------C--GA-AAAGCT---T--TCC---A-AGA---ACA-A-AAA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-AAAA---T------------------TTCCGT--C-TTCGA--ATT------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCCCC
gi|14 : GGGGG---TATA--A--AA--A------------------A---A----A--TTC-GA---AG-AC--GGA-AAT----------T--TTGAA---------AAA----------T-T-AGT-AA-AC----------------------A---------------C--GTA------TTTTT-----G-TTCTTGGAA--AGCTTTT-----CG--------TCAT--AGTTAAAAATG--T---TATTCT--A-G-TTTAAATC---AA--T-AGCAAA-ACATGT-CTT-ATT--AGAAACAAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TCC---G-AGA---A----------------TGTTT-ACG-A-A
gi|15 : tagagtaaaatataagttttgaagattgcataatcttttaaggtttagagaagaggacagatataataagctacatgcacatctctATTTACGTA--ACGGT-------CAT---------GTAATTTCCA-TAATTTTACCA-CTAATG-CATG--------C-ACC-T-GCCA-TGA--G-AAAATC-AACACTTG-C-TAGGTTTTAATCCAC--TTTC-------GCACGT---------AT---------CCTGATCCGGG-TTT-GAATAATGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-AAA---T----A--TTC-GA---AG-TC--GGTAAAT----------T--TGGAA---------AAAAA----------T-A-T-AG-A-----------------------A----------------ATGGA------TTTTC-----G-TTC--------------------------------TC--AATTAGAAGTA--T---TGATTT--T-G-TTGATA-T---AA--TAAGGAAA-ACATG
gi|16 : tagTG--------C-ATC-T-GACA-T-AC-G-GAGATC-AACACTGC-C-TCG
gi|16 : tatttctatagctgacCTGCCTCGGT-TTT-GAAT--TATG--TTTATCTTA-TTGGGGG---TAAA--A--AAAAATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GG---AG-TC--GGA-AAT----------T--TTG-----------AAAAG-------AT-T-AGG-AA-AC----------------------AATTTC----------CA-GCA------ATTTA-----T-TACTCGAAA--AGCATGT-----C---------TTTC--TGTTG------------TCTTTT--T-G-TTGATATT---AA--C-AAG-AA-ATATCT-TTT-AGT-------T---A--TGA-C--AA-AAATCT---T--TTT---A-GTA---C---ATATA---TA-CGCATTgttttgaattatgtttatcttattgggggtaaaaaaaaatatcgaaaattcggagtcggaaattttgaaaagattaggaaacaatttccagcaatttattactcgaaaagcatgtctttctgttgtctttttgttgatattaacaagaaatatcttttagttatgacaaaaatctttttagtacatatatacgcattggtttat
gi|17 : tatttctatagctgactgcatctgacatacggagatcaacaTTT--T-G-TTGATACT---AA--T-ATGAAA-GCATGA-TTA-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TAT---A-AGAAGCA---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T--------------TTCCGA--C-TTCAG--A--------------T---------TTT--T----------TCAT-----ACCGCCAATA-G-------AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-G-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AACG-A-------------------------------T----GTGCA--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-AAG----TTAT-GG-AAATAACTT-CTCTGTTACATAAAggtttat
gi|18 : taT--T----------C-AT-----ACCCTGTATA-GAGATTA-AC-TCACAAT--TCAAAACGCAGTGACGA-AAG-----AA-----CG-TCGGAAAATGGATTGA-TAAAATGATG-TA-AGTCGTTTCG--AAAATT---TTCATT----GTGGCCAAGAAG-----TGCATGC--AGTTGAGTT--GTT-ATAAGTTGTTTGT-TG-AAATAAC---ATCAGT--CGTAAtccag
gi|19 : cagaaagatttatacatgtatagttatcatataatatataccaattatagcatgtattctggaaaaT-TTG-ATG--AAAAGTGAAA--TAT-C--AA-AAAACT---T--TC-------------------------A-C-TGTTT-ACA-A-AT-TTTTT-C-CAAA---T-----------------GTTCCAA--C-TTTTTTTA--------------T---------TTT--T----------T-A------ATCACCAATA-GCGATAA-AC-TTATTGT--CT-AGACCTAA-GA--A-GGG-----AA-----CA-TGTGAAAGTGGATAAA-T--AACA-AG-TA-AAT-ATT--G--A----T---TTTCTA----ATGAT--ACATGTAGTGTGTATGC--A-TTAA--T--TTC----AG----TTGC-AG-AAATAATTT-GTTTtggtaaagcca
gi|2 : atttaaaggaaagctataaaaactatttcATTTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTAATTTCCA-TAATTTTAACA-TTACTG-CATG--------C-ATC-T-ATCA-CAA--G-GAAATC-AACACGGA-C-TGGCTGTCAATCCAC--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGGATTT-G--TAA-GCA--TT-------ATTGGC-G---TAGA--A--AA--AAAAAAAAAAACCCCC-AAA---ATTTTA--TTCTTA---AG-CT--GGACCAA----------T--TGTAA---------AATAA-------ATAA-A-T-AA-ATAAAAAGAAAGAAAAATTGATGAA---------------CCTGCA------TTTTG-----G-TTCTCCAAA--AGA-TTT-----TA--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-C-TTGATATT---AA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAACTTCCT--TCT---GAAGC---A---A-ATA---TA-CGTGGTT-ACT-A-CG-TTTT--C-CAAA---T---T--------------TTCCGC--C-TTTAG--ATT------------T---------TTT--T----------T-AC-----ACCGCCAATA-GAGATTA-ACAACACAAT--TC-AAACCCGT-AAC-A-AGG-----AA-----CA-TGTGAA-----ATTGA-A--AGCA-TGATACAGT-GTT--G--A----T---TTCTTT----GTGGC--A-A-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAG----TGGT-
gi|20 : tgTT--T-G-ATTATACT---AA--T-ATGAAA-G-ATGAATTA-AAA--AACAATGAAAATTCC-C--AA-AAAG-T---T--TATAAGG-AGC---A---A-ATA---TAACGTGTTT-ACTAA-AT-TTTT--C-C--A---T---C-T------------TTCCGA--CTTTCAG--A--------------------------T--T----------T-AT-----ACCGCCAA------ATGACAC-ACACAA---TC-AAACCCGA-GAG-A-CGA-----GA-----CA-TG-GCAAATGAATTAA-C--AAC-----TA---------------------------T----GTGCA--AGA-------T-CATGCCAA-ATAA--TGAGTT-A-AA------TATATG-AAA-AACT---TCTCTTACATAAAgtta
gi|21 : aaAAA--T------AA-AACGCT---T--TTG---A-AAA---A---A-ACAAACTG-CATTTTT-ATT-ACAT-TTTT--C-CATA---T---T-------------AT-CCAA--C-TGCGA--A--------------TGATAGACCGTTT--T----------C-AT-----ACCGCAAATC-GAAAATT-AC-AAATA-T--TA-AAATCCAG-TGC-AGAGATTCAGAA-----CA-TTTGGAAATGGATGAA-C--AGCG-AA-TA-AGT-GTT--G--G----TTCATTCCTT----GTGAC--GAA-------TGCATGA--G-TTGA--C--ATT-G-AAG------AT-AG-AAATAACTT-GTCTGTTAAGTAAtcca
gi|22 : aAATC-AGCACTTA-T-TCGCTGTTAATTTAT--TTTC-------AAGTAT---------TT---------TCTGTCCCAAA-TTT-GAATAGTGTA--TCAATTCCGATTGGCGGTTTTAAA--AACAA--AAA-----------TC-GAC---C----A--TTC-AC---GG-TC--TGAAAAT----------T--TGG------------AAAA-------AT-TGA-T--A-AC--------------------------------------CATGTA------TTTTG-----G-ATCT-AAAA--AGCATTT-----TG--------AGCT--AGCTAGAAAGA--T---TATTTA--T-ACCTGATAGC---AA--G-AGGAAA-ACGTAT-TTG-AAT--AAAA
gi|23 : ---T--TAT---G-AGA---AGTAA-ATA---TA-CGTCTTT-ATT-A-AT-TTTT--T-CAAA---T-----------------ATTCCGA--T-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-ATTTAA-ACCACCCATA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACGCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAAAAATGGATTAA-C--AGCA-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--ATA-------TGAATGC--A-TTAG--T--GTT-A-AAA----TTGT-TG-GAATAACTT-CTCTGCTGAGTAAA
gi|24 : AATAGTGTGCTTTA-TCTCAATTAGTGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TT-GAA---A----G--TTC-AA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGGG---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-------------------------A---------------CATGCA------TTTTA-----G-TTCTGAAAA--AGC-TTT-----TG--------TTTC--AGTTCAAAGGG--T---TCGTTT--T-G-TTGATGTT---ttc
gi|24 : tacATTTACATA--ACAGT-------TAT---------GCTATTTCCA-TAATTTGAAC------TGCCATG-----------------------A--G-AAAATC-AACACTTA-C-TCGCTATCAATgatagcgagtaagtgttgattttctcatggcagttcaaattatggaaatagcataactgttatgtaaattc
gi|25 : tacaacatcaacaaaacgaaccctttgaactgaaacaaaagctttttcagaactaaaatgcatgtttataattttttccccaaattgtccgactttgaactttcaatatttttctaccactaattgagataaagcacactATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCCATTTCCA-TAATTCTAACA-TTAGTG-CATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA--G-AAAATC-AACACTTA-C-TTACT-TTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CTTGTTCCGGtc
gi|26 : tgg-AGT-GTT--G--A----T---TTCCTT----GGGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--A--GTT-A-AAG----TTGT-TG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTAAA
gi|27 : taggaataacatacatgtatataatattctctttaatt--AA--ATA-----------TC-AAA---A----G--TTC-GA---AG-TT--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA----------T-A-T-AA-------------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTAGGAA--AGTTCCT-----TG--------CTTC--A---------A--T---TCTTTT--T-G-TTTATATT---AT--T-AGGAAA-ACtcca
gi|28 : -----CA-TGTGAACATAGATTATTC--AGCA-AG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCCCT----GTGAT--AAA-------TAAAAGC--A--TAA--T--G---A-A---------T-AG--ATTAACCT-ATCTGTTATTTAAA
gi|29 : G-TG-TA-ATT-TTT--G--T----T---TTCTTTTTA-GTGAC--AGA-------TGCATTT--A-TCAA--T--GTT-A-A-G----TTGT-GG-AAACAACTT-GTCTCCTACGGAAAtcc
gi|3 : --ATAGA-------CAT---------ACTACTTCTA-CAACCTCAATA-TTAATT-AATG--------C-TAC-T-GTCA-T-AC-G-GACATT-AGAATTTA-C-TAACTGTTAATCTAA--TTTCACCTGGAACAGGTGAAATTAGATTAACAGGGAACCTGTCCCGGA-TTT-AAAT--------------CTA--TGGCGG---TAAA--A--AA---------------------------------TCC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAA------------T-A-TCAA-AC----------------------A---------------CAT--A------TTTTC-----G-TACTTGAAA--AGCTTTC-----TG--------TCAT--AATTAAAAAAAAGT---TATTTT--C-G-TTTATAGA---GG--T-AGAAAC-ACAT----------------AGGAAA--AGC-C--AA-GAAACT---T--ACT---G-AGAGCCA---A-A-A---TG-CGTGTTT-TCT-A-AC-ATAT--A-CAAA---T---T-TCCTACACCTGTACTTTGAATT-TTCGA--C--------------T---------TTT--T----------T-CT-----TCCGCCAATG-GTTATAA-AC-TCGCAAT--TT-AAACCCTG-GAC-A-GAG-----AA-----CA-TTTGAAAATGGATTAA-C--AAGG-AG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTTGTTTTTGGTAAT--AGA-------TATACCC--C-TCGA--T--ATT-A-AAG----TTGT-GG-AATTAACTT-GTCGGTTGCGTAAAtc
gi|30 : taAA-T--AGCG-TG-TA-AGT-GTT--G--G----T---TTTCTT----ATGAC--TAG-------TACATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AG------TGT-GG-A
gi|31 : agatttctgaatttatgta--T----------T-AT-----ACCGCCCTTA-GAGATTA-AC-AAACAATATTC-AAAACCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAAAAATGGATTAA-C--AGt
gi|32 : T-GTT--G--A----T---T-CCTT----G-GAC--AGA-------TGCATGCA-A-TTAA--A--GTTAA-AAG----TTGT-TG-AAATAACTTGGTCTGTTATGTAAt
gi|33 : C--AGA-------TGGATTC--A-TTAA--T--ATT-A-AAG----TCGT-GG-ACATAATTT-GTTCATTACGTAAAtc
gi|4 : ATTTACGTA--CCAGT-------CAT---------GCAATAATCA-TAATTTTAACA-TTAATG-TATA--------C-ACA-T-GCCA-CGA--G-AAAATC-AACACTTA-C-TTGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACATGT---------TC---------CCTGTTCTGGG-TTT-AAATAGTGTG--TTAGTCCAAATTGGCGG---T-GG--A--AA--ATA-----------TCAAAA---A----A--TTT-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TG------------AAAAA-------AT-T-A---A--------------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTTAAAGAT--T---TATTTT--T-G-TTGAT-TT---TA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AAT--TAAAATGAAT--TGT-C--AA-AATGTT---T--TAT---A-AGAAGCA---A-ATA---TA-CGTGTTT-AGT-A-AT-TTTTCCC-CAAA---------T-----------ATCCCTA--C-TTT-G--A--------------TTTTTTTTTCTTT--T----------T-AT-----ACCGCCCATA-GTGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCAGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAGAAATGGATTAA-C--AACA-TG-TA-ATC-ATT--A--A----T---TTCATT----GTGAC--AGG-------TGCATGC--A-T---------------------------G-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAAcacaggc
gi|5 : tagTATTTACGCA--GCAGT-------TAT---------GCCATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATG-CATG--------C-ACC-T-G------A--G-AAAATC-AACAATTA-C-TCGCTTTTAAGCAAT--TTTC-------ACACAT---------TC---------CCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAATCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATG-----------TC-AAA---A----G--TGC-AA---AG-TC--GGATAAT----------T--TGAAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------ACTT------------CATACA------TTTTG-----G-ATCTCAAAA--AGCTTCT-----TG--------TTTC--AATTAAAACAA--T---TAATTT--T-G-TTGATATT---AT--T-AGGAAA-ACAAGT-TTG-AAT--CAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGTT---T--TAT---G-AGA---A---G-ATA---TA-CGCGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---TACATGT-----------ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCTCCCTTA-GAGATTA-AC-ATACAAT--TC-AAACTCGG-GA--A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCA-------------T--G--A----T---TTCATC----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-ATA----TTGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtccag
gi|6 : TTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTTAATTC-A-TAATTTTAACA-TT-ACG-CATG--------CAATCGT-ATCA-CAA--G-GAAATCAAACACGGG-C-TGGCTGTCAAGCCACTGTCTC-------ACACGT---------TC---------CC-GT-CCGGA-TTT-G--TA---------AG---CTATTGGC-G---TAGA--A--AA--AAA--------------AAA---A----A--CCC-CAATTAG-TTAAGTACAATTAGTACAA--T--TGTAA---------AATAA-------ATAA-A-T-AA-AT----------------------AAAAGAAAGAAAAAATTATGAACCTGC-TTTTG-----G-TT-TCCAAA--AGA--TT-----TA--------TTTCAGAATT-AAAGGA--T---TATTTT--C---TTGATATT---TA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AATAAAAAAAT-AAA--TGT-CAAAA-AAAACT---TCCTCT---GAAGC---A---A-ATA---TA-CGTGGTT-ACT-A-G--TTTT--C-CAAA---T------------------TTCCGC--C-TTTAG--AT-------------T---------TTT--T----------T-AC-----ACCGCCAATA--AGATTA-CA-ACACAAT--TC-AAACCC-G-TAC-A-AG------AA-----CA-TGTGGAAATTGA--AG-C--AGTG-A--TA-AGT-GTT--GTTA----T---TTC-TT----GTGGC--AGA-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GCT-A-AA
gi|7 : tgaaATTTACGTA--ACAGT-------TAT---------CCCATTTCCA-TAATGTTAACA-TTAATG-CATG-----------------------A--G-AAAATC-CACATTTA-C-TTGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACACAT---------TC---------CCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAAATGGAGG---TAGA--A--AA--ATA--------------GAA---A----AAGTTA-GA---AG-TC--GAACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------A--A-A-T-AA-------------------------G---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAG--AGC-TTT-----TG--------TCTC--AATTAAAAAGA--T---TCTTTT--T-G-TTGATATT---TT--T-AGGAAA-ACATGT-TTA-AAT--CTAAGTGAAA--TGT-C--GA-AAAGTT---T--TAT---G-AGAAGCA---A-ATA---TA-CATATTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---------T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--ATTTTTTATTT----T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCCTTA-GAG-----------------TT-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA---------------AA-C--AGCA-TG-TA-AAT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAA----ATGT-TT-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtgtg
gi|8 : tag-TAACTCTAACT-TTAATA-AATG--------C-ATA-T-GTCA-T-A--G-AAAAGA-AACACTTA-C-TAGTT-TTAATCCAA--TATC-------TGATGT---------TC---------CCTGTCCCGGA-TTT-GA-----------T--TTCTA--TGGTGG---TAGA--A--AA--A----------------AAAGTTA----A--TCC-AA---CG-TC--TGATAAT----------TCTTG--------------AAT-------AT-T-AGT-AA-AC----------------------A-----------------TGCC------TTTTG-----G-GTGTTGCAA--TGTTTTA-----CG--------TCAT--AATAAAAAATA--T---TCTACT--A-A-T--ATATC---AA--T-AGAAAT-ATATGT-CTG-AAT--ATAAATAAAA--TGT-A--AAGAAAGTA---T--TAC---C-AGA---ACT-A-AAA---TA-CATGTTT-ATT-A-AT-GTTT--C-CAAA---A---T-T-------------TCCTA--C-TTCGG--A--------------T---------TTTCAT----------T-TTCGTCCACTGCCAATA-GAGATAA-AC-ACATAAG--TC-AAACTCAG-GAC-A-GAA-----AA-----C---GTGAAAATTAATGAA-C--AGTG-AG-TA-AGA-ATT--G--T----T---CTCATT----GTGAC--AGA-------TGTATTC--A-TTAG--T--GTT-A-AAG----TTGA-AGAAAATAAGTT-GTCTGTTCTGGAAAtcca
gi|9 : ttacgtaactactATTAACCCA--ACAGT-------CAT---------GCAATTTCCA-TAATTTTAACACTTAATA-CATGAATTCATGC-ACC-T-ACCA-CGA--G-AAAATC-AAC----A-C-TTACT-------TAC--TTTT-------A----------------------------ATCC---A-TTT-TCACA---TG--TTAGTCCCAGTTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TA-CAT---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--CGGAA---------AAAAA-------GA-T-A-T-AC-AT----------------------A---------------CACGCA------TTTTA-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TCTTTT--T-G-TTGATATTTAAAA--T-AGG-AA-ATATGT-TTGTATT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAATT---G--TAT---G-AGAATCA---A-ATA---TA-CGTGTTT-ATT-A-AT-TTTT--C-CAAA---------T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--ATATTCTATT-----T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCCTTA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CT-TGTAAAAATGGATCAA-C--AGCA-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--t
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 222222 11111111111111111111 11111111 22222222222222222 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 2222222 44444444444444444444444 444444444444444444444444 1111111111
lowQualScore : 44 11111111 222222222 2 2 2 99999999 2 333 2 4 333333 2 2 2 2 1 8 333 8888888 0 22222222222222222222 2 2 2 0 55555555 66 2 333 33 22 22 66666666666666666 55555555555 2 333 2 22 2 6666666666 22 999999999999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 55555 2 1 22 5 55555 77777777 22 0 22 777 2 22 1 1 333 22 3 1 2 22 5555 22 2 22 2 1 333 22 9999999 6666666 3 1 333 1 2 2 2 2 55 2 55555555555555555555555 22 2 0 22 888888888888888888888888 55 0000000000 1 88888 33 2 2 2 3 22 2 2 2 2 55555 55555 2 2 22 77777 1 1 22 22 3333 333 4 7777 22 8888888 44 1 22 22 3 1 999999 33 2 2
lowQualScore : .. ........ ......... . . . ........ . ... . . ...... . . . . . . ... ....... . .................... . . . . ........ .. . ... .. .. .. ................. ........... . ... . .. . .......... .. ............ ............................................................. ...... ..... . . .. . ..... ........ .. . .. ... . .. . . ... .. . . . .. .... .. . .. . . ... .. ....... ....... . . ... . . . . . .. . ....................... .. . . .. ........................ .. .......... . ..... .. . . . . .. . . . . ..... ..... . . .. ..... . . .. .. .... ... . .... .. ....... .. . .. .. . . ...... .. . .
lowQualScore : 22 00000000 333333333 1 7 7 77777777 7 777 7 7 333333 7 5 5 5 0 2 777 7777777 3 77777777777777777777 2 7 7 1 99999999 88 6 999 11 99 99 44444444444444444 33333333333 1 777 1 99 9 8888888888 99 444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333 33333 1 5 99 3 33333 66666666 99 6 88 555 1 55 8 8 222 66 8 9 0 66 1111 88 0 88 0 5 333 66 4444444 3333333 8 1 333 9 0 0 0 1 00 1 22222222222222222222222 99 1 3 99 333333333333333333333333 22 2222222222 9 88888 33 0 1 1 5 99 1 4 4 4 99999 66666 2 1 99 44444 9 8 55 55 9999 222 0 0000 44 0000000 33 8 55 66 8 9 999999 77 1 2
consensus : TATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA--G-AAAATC-AACACTTA-C-TNGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TNT---G-AGA---A---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T-----------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAG----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
Reference ( family-2408 ) : TATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-T-GCCA-C-A--G-AAAATC-AACACTTA-C-TNGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TNT---G-AGA---A---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T-----------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAG----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|1 : ATTTATGTA--ACAGTAACGTTACATAAATAAATAGCTATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATA--------C-AAT-T-GCCA-T-AA-G-AAAATC-AACAATTA-T-TCGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACAAAT---------TT---------TCTATTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTATTCCCACTCGATGG---TAGA--A--CA--ATA-----------TG-AAA---A----A--ATC-GA---AG-TG--GGACAAT----------T--TGGAATTTTTTTTT-------------T-T-A-T-AA-AC----------------------A-----------------TGCA------TTTAG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----CG--------TTTC--AATTTAAAGGA--TC--TATTTT--T-G-TTGATATT---CA--T-AAGAAA-ACATAT-TTA-AAT--CAAATTGAAA--CGT-C--AA-AAAGGT---T--TAT---G-AGAAGCA---A-ATA---TA-CGTATTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA-------------------T--ATTCTGA--C-TTCAG--ATTTTTTTAATATTTT---------TTT--T----------T-AT-----GCCGCCC-ATA-GATATTA-AC-AAACTAT--TC-AAACATGT-GAC-A-AGA-----AA-----CG-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCT-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAA--AGA-------TGCATGC--A-TAAA--T--GTTCA-AAG-----TGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|10 : tggaATTTACGTA--ACAGA-------CAT-------------TTCCCAACAATTTTAACA-TTAATGCTTG--------C-ATC-T-GTTAAC-AATG-AAAATC-AACACTTAACATAGCTGTTAAT-------TTT-------ATACGT---------TC---------CCTGTCC-GGG-TT--GAATGTTG-A--TTA--TACAAAAGGCGG---TAGA----------------------------------------TTC-AA---AG-TC--GGATTAT----------T--TTGAA---------AAAAA----------T-A-T-AA-AC----------------------A-----------------TGCA------TTTTG-----GCTTCTCAAAATAAGCTTT-------G--------TTTC--AATGAAAAGGA--T---C--TTT--T-A-CTTACATT---AT--TTAGGAAATGCATGT----------------GAAA--TGT-C--AA-AAG------T--TTT---G-AGA---A---GCATA---TA-CGTGTTTTGCT-A-AT-TTTT--CACAA--------------------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--TTGATTTTTTCT-AT-----ACCGCGC-TTAGGAGATTA-AC-AAACAA---TC-AAccag
gi|11 : tgaATTAACGTATTGCAGA-------CAA---------GATATTTCCA--AATT-----A-TCAATAAAT-----------AT--T-G-------------AATC-AACACTTA-C-TCGCTGTTAATCTAT--TTTC-------GAATGT---------TC---------GCTGT--------TT-GCAT---------TAATTTCCATTG-CAA---TA----A--AA--ATT-----------T----A---A----A--TCT-GA---CG-TC--GGATAAT----------T--TG------------AGAAA-------TT-T-G-T-AA-AC----------------------A---------------C--GCA------ATT-G-----G-TTCTTGAAA--AGCTTTTATAGTTA--------TTT------TAAAAATA--TATATATTCT--A-G-TTTGTATC---AA--T-AGTAAA-ACATGT-CTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AG-AAGG----------------ACC---A---A-A-A---TA-CGTGTTT-ACT-A-ATATTTT--C-CCA--------T-----------T---TTTCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTC--T-------------------ACCGCCA-ACA-GAGATCA-AC-ACAAAAT--TC-AAACtcaa
gi|12 : ATTTCAA-TAATTTAAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-TTGTCA-C-A--ATGAAACC-TACACTTA-A-TGGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACATGT---------TT---------CTTGTCCCGGG-TTTTGAATATTTTG--TTAGTCCCAATTAGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-TA---TT-TC--GGATAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------A----A-T-AATGA----------------------A---------------CATGCA------CTTGA-----G-TTCTCAAAA--AGCTTTG-----TG--------TTCT--AATTAAAATGA-------ATTTT--TCC-TTAATATT---AA--T-AGGAAA-GCATGT-TTA-AAT--CAAAATGAAA--TGT-C--GA-AAAGCT---T--T-----------------A-AT----------------TT-A-A--TTTT--C-CAAATATT---T-----------T--ATTTT----T-TTTTT--A--------------T---------TTT--TC---------T-AT-----ACCGCCA-ATA-ccaa
gi|13 : AGAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--A-AGGAAA--CTTGT-TTA-AAT--AAAAATGAAA--TGTTC--AA-A--GCT---T--TCA---G-GGAGGCA---A-ATA---TA-TGCGTTT-ACT-A-TA-TTTT--C-CAAC---T---T-----------CGGATTTT------TTAAA--A--------------T---------TTTCTT----------T-AT-----ACCGCCA-ACA-GAGATT---------------C-AAACCCGG-AAC-A-CGG-----AAGATGTCACTGTGAAAATGGATTAG-C--AGCG-AG-TA-AGT-GCT--G--A----T---TTTCTT----GTGAC--AGA-------TGC---------TA--------------------TGT-GG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTc
gi|14 : cccaaaaaacgtattttattgtttcacggtgagcggaag---TAGAGTA--AA--ATA-----------T---AA---G----T--TTT-GA---AGATT--GCATAATCTTTTAAGGTT--TAGAG---------AAGAGGACAGATAT-A-A-T-AA-GCT---------------------A---------------CATGCACATCTCTTTCGTAAACA-TTCTCGGAA--AGCTTTT-----TGACATTTTGTTTC-----TAATAAGA--CA--TGTTTTGCT-A-TTGAT-TT---AAACT-AGAATA-ACATTT-TTA-ACT--A----TGA--------C--GA-AAAGCT---T--TCC---A-AGA---ACA-A-AAA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-AAAA---T-------------------TTCCGT--C-TTCGA--ATT------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCCCC
gi|14 : GGGGG---TATA--A--AA--A------------------A---A----A--TTC-GA---AG-AC--GGA-AAT----------T--TTGAA---------AAA----------T-T-AGT-AA-AC----------------------A---------------C--GTA------TTTTT-----G-TTCTTGGAA--AGCTTTT-----CG--------TCAT--AGTTAAAAATG--T---TATTCT--A-G-TTTAAATC---AA--T-AGCAAA-ACATGT-CTT-ATT--AGAAACAAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TCC---G-AGA---A----------------TGTTT-ACG-A-A
gi|15 : tagagtaaaatataagttttgaagattgcataatcttttaaggtttagagaagaggacagatataataagctacatgcacatctctATTTACGTA--ACGGT-------CAT---------GTAATTTCCA-TAATTTTACCA-CTAATGCATG--------C-ACC-T-GCCA-TGA--G-AAAATC-AACACTTG-C-TAGGTTTTAATCCAC--TTTC-------GCACGT---------AT---------CCTGATCCGGG-TTT-GAATAATGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-AAA---T----A--TTC-GA---AG-TC--GGTAAAT----------T--TGGAA---------AAAAA----------T-A-T-AG-A-----------------------A----------------ATGGA------TTTTC-----G-TTC--------------------------------TC--AATTAGAAGTA--T---TGATTT--T-G-TTGATA-T---AA--TAAGGAAA-ACATG
gi|16 : tag-AGT-GTT--G--A----T---CTCCGT----ATGTC--AGA-------TGCA
gi|16 : tatttctatagctgacCTGCCTCGGT-TTT-GAAT--TATG--TTTATCTTA-TTGGGGG---TAAA--A--AAAAATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GG---AG-TC--GGA-AAT----------T--TTG-----------AAAAG-------AT-T-AGG-AA-AC----------------------AATTTC----------CA-GCA------ATTTA-----T-TACTCGAAA--AGCATGT-----C---------TTTC--TGTTG------------TCTTTT--T-G-TTGATATT---AA--C-AAG-AA-ATATCT-TTT-AGT-------T---A--TGA-C--AA-AAATCT---T--TTT---A-GTA---C---ATATA---TA-CGCATTgcctcggttttgaattatgtttatcttattgggggtaaaaaaaaatatcgaaaattcggagtcggaaattttgaaaagattaggaaacaatttccagcaatttattactcgaaaagcatgtctttctgttgtctttttgttgatattaacaagaaatatcttttagttatgacaaaaatctttttagtacatatatacgcattggtttat
gi|17 : tatttctatagctgactgcatctgacatacggagatcaacaTTT--T-G-TTGATACT---AA--T-ATGAAA-GCATGA-TTA-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TAT---A-AGAAGCA---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T---------------TTCCGA--C-TTCAG--A--------------T---------TTT--T----------TCAT-----ACCGCCA-ATA-G-------AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-G-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AACG-A-------------------------------T----GTGCA--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-AAG----TTAT-GG-AAATAACTT-CTCTGTTACATAAAggtttat
gi|18 : taT--T----------C-AT-----ACC-CTGTATA-GAGATTA-AC-TCACAAT--TCAAAACGCAGTGACGA-AAG-----AA-----CG-TCGGAAAATGGATTGA-TAAAATGATG-TA-AGTCGTTTCG--AAAATT---TTCATT----GTGGCCAAGAAG-----TGCATGC--AGTTGAGTT--GTT-ATAAGTTGTTTGT-TG-AAATAAC---ATCAGT--CGTAAtccag
gi|19 : cagaaagatttatacatgtatagttatcatataatatataccaattatagcatgtattctggaaaaT-TTG-ATG--AAAAGTGAAA--TAT-C--AA-AAAACT---T--TC-------------------------A-C-TGTTT-ACA-A-AT-TTTTT-C-CAAA---T------------------GTTCCAA--C-TTTTTTTA--------------T---------TTT--T----------T-A------ATCACCA-ATA-GCGATAA-AC-TTATTGT--CT-AGACCTAA-GA--A-GGG-----AA-----CA-TGTGAAAGTGGATAAA-T--AACA-AG-TA-AAT-ATT--G--A----T---TTTCTA----ATGAT--ACATGTAGTGTGTATGC--A-TTAA--T--TTC----AG----TTGC-AG-AAATAATTT-GTTTtggtaaagcca
gi|2 : atttaaaggaaagctataaaaactatttcATTTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTAATTTCCA-TAATTTTAACA-TTACTGCATG--------C-ATC-T-ATCA-CAA--G-GAAATC-AACACGGA-C-TGGCTGTCAATCCAC--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGGATTT-G--TAA-GCA--TT-------ATTGGC-G---TAGA--A--AA--AAAAAAAAAAACCCCC-AAA---ATTTTA--TTCTTA---AG-CT--GGACCAA----------T--TGTAA---------AATAA-------ATAA-A-T-AA-ATAAAAAGAAAGAAAAATTGATGAA---------------CCTGCA------TTTTG-----G-TTCTCCAAA--AGA-TTT-----TA--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-C-TTGATATT---AA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAACTTCCT--TCT---GAAGC---A---A-ATA---TA-CGTGGTT-ACT-A-CG-TTTT--C-CAAA---T---T---------------TTCCGC--C-TTTAG--ATT------------T---------TTT--T----------T-AC-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-ACAACACAAT--TC-AAACCCGT-AAC-A-AGG-----AA-----CA-TGTGAA-----ATTGA-A--AGCA-TGATACAGT-GTT--G--A----T---TTCTTT----GTGGC--A-A-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAG----TGGT-
gi|20 : tgTT--T-G-ATTATACT---AA--T-ATGAAA-G-ATGAATTA-AAA--AACAATGAAAATTCC-C--AA-AAAG-T---T--TATAAGG-AGC---A---A-ATA---TAACGTGTTT-ACTAA-AT-TTTT--C-C--A---T---C-----------T---TTCCGA--CTTTCAG--A--------------------------T--T----------T-AT-----ACCGCCA-A------ATGACAC-ACACAA---TC-AAACCCGA-GAG-A-CGA-----GA-----CA-TG-GCAAATGAATTAA-C--AAC-----TA---------------------------T----GTGCA--AGA-------T-CATGCCAA-ATAA--TGAGTT-A-AA------TATATG-AAA-AACT---TCTCTTACATAAAgtta
gi|21 : aaAAA--T------AA-AACGCT---T--TTG---A-AAA---A---A-ACAAACTG-CATTTTT-ATT-ACAT-TTTT--C-CATA---T---T--------------AT-CCAA--C-TGCGA--A--------------TGATAGACCGTTT--T----------C-AT-----ACCGCAA-ATC-GAAAATT-AC-AAATA-T--TA-AAATCCAG-TGC-AGAGATTCAGAA-----CA-TTTGGAAATGGATGAA-C--AGCG-AA-TA-AGT-GTT--G--G----TTCATTCCTT----GTGAC--GAA-------TGCATGA--G-TTGA--C--ATT-G-AAG------AT-AG-AAATAACTT-GTCTGTTAAGTAAtcca
gi|22 : aAATC-AGCACTTA-T-TCGCTGTTAATTTAT--TTTC-------AAGTAT---------TT---------TCTGTCCCAAA-TTT-GAATAGTGTA--TCAATTCCGATTGGCGGTTTTAAA--AACAA--AAA-----------TC-GAC---C----A--TTC-AC---GG-TC--TGAAAAT----------T--TGG------------AAAA-------AT-TGA-T--A-AC--------------------------------------CATGTA------TTTTG-----G-ATCT-AAAA--AGCATTT-----TG--------AGCT--AGCTAGAAAGA--T---TATTTA--T-ACCTGATAGC---AA--G-AGGAAA-ACGTAT-TTG-AAT--AAAA
gi|23 : ---T--TAT---G-AGA---AGTAA-ATA---TA-CGTCTTT-ATT-A-AT-TTTT--T-CAAA---T------------------ATTCCGA--T-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-ATTTAA-ACCACCC-ATA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACGCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAAAAATGGATTAA-C--AGCA-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--ATA-------TGAATGC--A-TTAG--T--GTT-A-AAA----TTGT-TG-GAATAACTT-CTCTGCTGAGTAAA
gi|24 : AATAGTGTGCTTTA-TCTCAATTAGTGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TT-GAA---A----G--TTC-AA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGGG---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-------------------------A---------------CATGCA------TTTTA-----G-TTCTGAAAA--AGC-TTT-----TG--------TTTC--AGTTCAAAGGG--T---TCGTTT--T-G-TTGATGTT---ttc
gi|24 : tacATTTACATA--ACAGT-------TAT---------GCTATTTCCA-TAATTTGAA-------------------------C-T-GCCA-TGA--G-AAAATC-AACACTTA-C-TCGCTATCAATgatagcgagtaagtgttgattttctcatggcagttcaaattatggaaatagcataactgttatgtaaattc
gi|25 : tacaacatcaacaaaacgaaccctttgaactgaaacaaaagctttttcagaactaaaatgcatgtttataattttttccccaaattgtccgactttgaactttcaatatttttctaccactaattgagataaagcacactATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCCATTTCCA-TAATTCTAACA-TTAGTGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA--G-AAAATC-AACACTTA-C-TTACT-TTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CTTGTTCCGGtc
gi|26 : tgg-AGT-GTT--G--A----T---TTCCTT----GGGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--A--GTT-A-AAG----TTGT-TG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTAAA
gi|27 : taggaataacatacatgtatataatattctctttaatt--AA--ATA-----------TC-AAA---A----G--TTC-GA---AG-TT--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA----------T-A-T-AA-------------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTAGGAA--AGTTCCT-----TG--------CTTC--A---------A--T---TCTTTT--T-G-TTTATATT---AT--T-AGGAAA-ACtcca
gi|28 : -----CA-TGTGAACATAGATTATTC--AGCA-AG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCCCT----GTGAT--AAA-------TAAAAGC--A-T-AA--T--G-----AA--------T-AG-AT-TAACCT-ATCTGTTATTTAAA
gi|29 : G-TG-TA-ATT-TTT--G--T----T---TTCTTTTTA-GTGAC--AGA-------TGCATTT--A-TCAA--T--GTT-A-A-G----TTGT-GG-AAACAACTT-GTCTCCTACGGAAAtcc
gi|3 : --ATAGA-------CAT---------ACTACTTCTA-CAACCTCAATA-TTAATTAATG--------C-TAC-T-GTCA-T-AC-G-GACATT-AGAATTTA-C-TAACTGTTAATCTAA--TTTCACCTGGAACAGGTGAAATTAGATTAACAGGGAACCTGTCCCGGA-TTT-AAAT--------------CTA--TGGCGG---TAAA--A--AA---------------------------------TCC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAA------------T-A-TCAA-AC----------------------A---------------CAT--A------TTTTC-----G-TACTTGAAA--AGCTTTC-----TG--------TCAT--AATTAAAAAAAAGT---TATTTT--C-G-TTTATAGA---GG--T-AGAAAC-ACAT----------------AGGAAA--AGC-C--AA-GAAACT---T--ACT---G-AGAGCCA---A-A-A---TG-CGTGTTT-TCT-A-AC-ATAT--A-CAAA---T---TTCCTACACCTGT--ACTTTGAATT-TTCGA--C--------------T---------TTT--T----------T-CT-----TCCGCCA-ATG-GTTATAA-AC-TCGCAAT--TT-AAACCCTG-GAC-A-GAG-----AA-----CA-TTTGAAAATGGATTAA-C--AAGG-AG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTTGTTTTTGGTAAT--AGA-------TATACCC--C-TCGA--T--ATT-A-AAG----TTGT-GG-AATTAACTT-GTCGGTTGCGTAAAtc
gi|30 : taAA-T--AGCG-TG-TA-AGT-GTT--G--G----T---TTTCTT----ATGAC--TAG-------TACATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AG------TGT-GG-A
gi|31 : agatttctgaatttatgta--T----------T-AT-----ACCGCCC-TTA-GAGATTA-AC-AAACAATATTC-AAAACCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAAAAATGGATTAA-C--AGt
gi|32 : T-GTT--G--A----T---T-CCTT----G-GAC--AGA-------TGCATGCA-A-TTAA--A--GTTAA-AAG----TTGT-TG-AAATAACTTGGTCTGTTATGTAAt
gi|33 : C--AGA-------TGGATTC--A-TTAA--T--ATT-A-AAG----TCGT-GG-ACATAATTT-GTTCATTACGTAAAtc
gi|4 : ATTTACGTA--CCAGT-------CAT---------GCAATAATCA-TAATTTTAACA-TTAATGTATA--------C-ACA-T-GCCA-CGA--G-AAAATC-AACACTTA-C-TTGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACATGT---------TC---------CCTGTTCTGGG-TTT-AAATAGTGTG--TTAGTCCAAATTGGCGG---T-GG--A--AA--ATA-----------TCAAAA---A----A--TTT-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TG------------AAAAA-------AT-T-A---A--------------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTTAAAGAT--T---TATTTT--T-G-TTGAT-TT---TA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AAT--TAAAATGAAT--TGT-C--AA-AATGTT---T--TAT---A-AGAAGCA---A-ATA---TA-CGTGTTT-AGT-A-AT-TTTTCCC-CAAA-------------------T--ATCCCTA--C-TTT-G--A--------------TTTTTTTTTCTTT--T----------T-AT-----ACCGCCC-ATA-GTGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCAGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAGAAATGGATTAA-C--AACA-TG-TA-ATC-ATT--A--A----T---TTCATT----GTGAC--AGG-------TGCATGC--A-T---------------------------G-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAAcacaggc
gi|5 : tagTATTTACGCA--GCAGT-------TAT---------GCCATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ACC-T-G------A--G-AAAATC-AACAATTA-C-TCGCTTTTAAGCAAT--TTTC-------ACACAT---------TC---------CCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAATCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATG-----------TC-AAA---A----G--TGC-AA---AG-TC--GGATAAT----------T--TGAAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------ACTT------------CATACA------TTTTG-----G-ATCTCAAAA--AGCTTCT-----TG--------TTTC--AATTAAAACAA--T---TAATTT--T-G-TTGATATT---AT--T-AGGAAA-ACAAGT-TTG-AAT--CAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGTT---T--TAT---G-AGA---A---G-ATA---TA-CGCGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---TACATG----------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCTCCC-TTA-GAGATTA-AC-ATACAAT--TC-AAACTCGG-GA--A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCA-------------T--G--A----T---TTCATC----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-ATA----TTGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtccag
gi|6 : TTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTTAATTC-A-TAATTTTAACA-TT-ACGCATG--------CAATCGT-ATCA-CAA--G-GAAATCAAACACGGG-C-TGGCTGTCAAGCCACTGTCTC-------ACACGT---------TC---------CC-GT-CCGGA-TTT-G--TA---------AG---CTATTGGC-G---TAGA--A--AA--AAA--------------AAA---A----A--CCC-CAATTAG-TTAAGTACAATTAGTACAA--T--TGTAA---------AATAA-------ATAA-A-T-AA-AT----------------------AAAAGAAAGAAAAAATTATGAACCTGC-TTTTG-----G-TT-TCCAAA--AGA--TT-----TA--------TTTCAGAATT-AAAGGA--T---TATTTT--C---TTGATATT---TA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AATAAAAAAAT-AAA--TGT-CAAAA-AAAACT---TCCTCT---GAAGC---A---A-ATA---TA-CGTGGTT-ACT-A-G--TTTT--C-CAAA---T-------------------TTCCGC--C-TTTAG--AT-------------T---------TTT--T----------T-AC-----ACCGCCA-ATA--AGATTA-CA-ACACAAT--TC-AAACCC-G-TAC-A-AG------AA-----CA-TGTGGAAATTGA--AG-C--AGTG-A--TA-AGT-GTT--GTTA----T---TTC-TT----GTGGC--AGA-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GCT-A-AA
gi|7 : tgaaATTTACGTA--ACAGT-------TAT---------CCCATTTCCA-TAATGTTAACA-TTAATGCATG-----------------------A--G-AAAATC-CACATTTA-C-TTGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACACAT---------TC---------CCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAAATGGAGG---TAGA--A--AA--ATA--------------GAA---A----AAGTTA-GA---AG-TC--GAACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------A--A-A-T-AA-------------------------G---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAG--AGC-TTT-----TG--------TCTC--AATTAAAAAGA--T---TCTTTT--T-G-TTGATATT---TT--T-AGGAAA-ACATGT-TTA-AAT--CTAAGTGAAA--TGT-C--GA-AAAGTT---T--TAT---G-AGAAGCA---A-ATA---TA-CATATTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA-------------------T--ATTCCGA--C-TTCGG--ATTTTTTATTT----T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCC-TTA-GAG-----------------TT-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA---------------AA-C--AGCA-TG-TA-AAT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAA----ATGT-TT-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtgtg
gi|8 : tag-TAACTCTAACT-TTAATAAATG--------C-ATA-T-GTCA-T-A--G-AAAAGA-AACACTTA-C-TAGTT-TTAATCCAA--TATC-------TGATGT---------TC---------CCTGTCCCGGA-TTT-GA-----------T--TTCTA--TGGTGG---TAGA--A--AA--A----------------AAAGTTA----A--TCC-AA---CG-TC--TGATAAT----------TCTTG--------------AAT-------AT-T-AGT-AA-AC----------------------A-----------------TGCC------TTTTG-----G-GTGTTGCAA--TGTTTTA-----CG--------TCAT--AATAAAAAATA--T---TCTACT--A-A-T--ATATC---AA--T-AGAAAT-ATATGT-CTG-AAT--ATAAATAAAA--TGT-A--AAGAAAGTA---T--TAC---C-AGA---ACT-A-AAA---TA-CATGTTT-ATT-A-AT-GTTT--C-CAAA---A---T-----------T----TCCTA--C-TTCGG--A--------------T---------TTTCAT----------T-TTCGTCCACTGCCA-ATA-GAGATAA-AC-ACATAAG--TC-AAACTCAG-GAC-A-GAA-----AA-----C---GTGAAAATTAATGAA-C--AGTG-AG-TA-AGA-ATT--G--T----T---CTCATT----GTGAC--AGA-------TGTATTC--A-TTAG--T--GTT-A-AAG----TTGA-AGAAAATAAGTT-GTCTGTTCTGGAAAtcca
gi|9 : ttacgtaactactATTAACCCA--ACAGT-------CAT---------GCAATTTCCA-TAATTTTAACACTTAATACATGAATTCATGC-ACC-T-ACCA-CGA--G-AAAATC-AAC----A-C-TTACT-------TAC--TTTT-------A----------------------------ATCC---A-TTT-TCACA---TG--TTAGTCCCAGTTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TA-CAT---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--CGGAA---------AAAAA-------GA-T-A-T-AC-AT----------------------A---------------CACGCA------TTTTA-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TCTTTT--T-G-TTGATATTTAAAA--T-AGG-AA-ATATGT-TTGTATT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAATT---G--TAT---G-AGAATCA---A-ATA---TA-CGTGTTT-ATT-A-AT-TTTT--C-CAAA-------------------T--ATTCCGA--C-TTCGG--ATATTCTATT-----T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCC-TTA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CT-TGTAAAAATGGATCAA-C--AGCA-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--t
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 11111111111111 11111111111111111111 11111111 22222222222222222 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 2222222 44444444444444444444444 444444444444444444444444 1111111111 1111111
lowQualScore : 44 11111111 222222222 2 2 2 00000000000000 2 4 777 2 2 2 2 1 8 333 8888888 0 22222222222222222222 2 2 2 0 55555555 66 2 333 33 22 22 66666666666666666 55555555555 2 333 2 22 2 6666666666 22 999999999999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 55555 2 1 22 5 55555 77777777 22 0 22 777 2 22 1 1 333 22 3 1 2 22 5555 22 2 22 2 1 333 22 9999999 6666666 3 1 333 1 2 2 2 2 55 2 55555555555555555555555 22 2 0 22 888888888888888888888888 55 0000000000 1 88888 33 2 2 2 3 22 2 2 2 2 55555 55555 2 2 22 77777 1 1 22 22 3333 333 4 7777 22 8888888 22 3 22 22 1 1 0000000 33 2 2
lowQualScore : .. ........ ......... . . . .............. . . ... . . . . . . ... ....... . .................... . . . . ........ .. . ... .. .. .. ................. ........... . ... . .. . .......... .. ............ ................................................................ ...... ..... . . .. . ..... ........ .. . .. ... . .. . . ... .. . . . .. .... .. . .. . . ... .. ....... ....... . . ... . . . . . .. . ....................... .. . . .. ........................ .. .......... . ..... .. . . . . .. . . . . ..... ..... . . .. ..... . . .. .. .... ... . .... .. ....... .. . .. .. . . ....... .. . .
lowQualScore : 22 00000000 333333333 1 7 7 33333333333333 7 7 777 7 5 5 5 0 2 777 7777777 3 77777777777777777777 2 7 7 1 99999999 88 6 999 11 99 99 44444444444444444 33333333333 1 777 1 99 9 8888888888 99 444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333 33333 1 5 99 3 33333 66666666 99 6 88 555 1 55 8 8 222 66 8 9 0 66 1111 88 0 88 0 5 333 66 4444444 3333333 8 1 333 9 0 0 0 1 00 1 22222222222222222222222 99 1 3 99 333333333333333333333333 22 2222222222 9 88888 33 0 1 1 5 99 1 4 4 4 99999 66666 2 1 99 44444 9 8 55 55 9999 222 0 0000 44 0000000 55 6 55 66 9 9 5555555 77 1 2
consensus : TATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TNGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------C---ATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TNT---G-AGA---A---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T-----------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-G----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
Reference ( family-2408 ) : TATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TNGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------C---ATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TNT---G-AGA---A---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T-----------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-G----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|1 : ATTTATGTA--ACAGTAACGTTACATAAATAAATAGCTATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATA--------C-AAT-T-GCCA-TAA-GAAAATC-AACAATTA-T-TCGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACAAAT---------TT---------TCTATTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTATTCCCACTCGATGG---TAGA--A--CA--ATA-----------TG-AAA---A----A--ATC-GA---AG-TG--GGACAAT----------T--TGGAATTTTTTTTT-------------T-T-A-T-AA-AC----------------------A--------------------TGCA------TTTAG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----CG--------TTTC--AATTTAAAGGA--TC--TATTTT--T-G-TTGATATT---CA--T-AAGAAA-ACATAT-TTA-AAT--CAAATTGAAA--CGT-C--AA-AAAGGT---T--TAT---G-AGAAGCA---A-ATA---TA-CGTATTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA-------------------T--ATTCTGA--C-TTCAG--ATTTTTTTAATATTTT---------TTT--T----------T-AT-----GCCGCCC-ATA-GATATTA-AC-AAACTAT--TC-AAACATGT-GAC-A-AGA-----AA-----CG-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCT-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAA--AGA-------TGCATGC--A-TAAA--T--GTTCA-AA-G-----TGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|10 : tggaATTTACGTA--ACAGA-------CAT-------------TTCCCAACAATTTTAACA-TTAATGCTTG--------C-ATC-T-GTTAACAATGAAAATC-AACACTTAACATAGCTGTTAAT-------TTT-------ATACGT---------TC---------CCTGTCC-GGG-TT--GAATGTTG-A--TTA--TACAAAAGGCGG---TAGA----------------------------------------TTC-AA---AG-TC--GGATTAT----------T--TTGAA---------AAAAA----------T-A-T-AA-AC----------------------A--------------------TGCA------TTTTG-----GCTTCTCAAAATAAGCTTT-------G--------TTTC--AATGAAAAGGA--T---C--TTT--T-A-CTTACATT---AT--TTAGGAAATGCATGT----------------GAAA--TGT-C--AA-AAG------T--TTT---G-AGA---A---GCATA---TA-CGTGTTTTGCT-A-AT-TTTT--CACAA--------------------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--TTGATTTTTTCT-AT-----ACCGCGC-TTAGGAGATTA-AC-AAACAA---TC-AAccag
gi|11 : tgaATTAACGTATTGCAGA-------CAA---------GATATTTCCA--AATT-----A-TCAATAAAT-----------AT--T-G-----------AATC-AACACTTA-C-TCGCTGTTAATCTAT--TTTC-------GAATGT---------TC---------GCTGT--------TT-GCAT---------TAATTTCCATTG-CAA---TA----A--AA--ATT-----------T----A---A----A--TCT-GA---CG-TC--GGATAAT----------T--TG------------AGAAA-------TT-T-G-T-AA-AC----------------------A---------------C-----GCA------ATT-G-----G-TTCTTGAAA--AGCTTTTATAGTTA--------TTT------TAAAAATA--TATATATTCT--A-G-TTTGTATC---AA--T-AGTAAA-ACATGT-CTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AG-AAGG----------------ACC---A---A-A-A---TA-CGTGTTT-ACT-A-ATATTTT--C-CCA--------T-----------T---TTTCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTC--T-------------------ACCGCCA-ACA-GAGATCA-AC-ACAAAAT--TC-AAACtcaa
gi|12 : ATTTCAA-TAATTTAAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-TTGTCA-CAA-TGAAACC-TACACTTA-A-TGGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACATGT---------TT---------CTTGTCCCGGG-TTTTGAATATTTTG--TTAGTCCCAATTAGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-TA---TT-TC--GGATAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------A----A-T-AATGA----------------------A---------------C---ATGCA------CTTGA-----G-TTCTCAAAA--AGCTTTG-----TG--------TTCT--AATTAAAATGA-------ATTTT--TCC-TTAATATT---AA--T-AGGAAA-GCATGT-TTA-AAT--CAAAATGAAA--TGT-C--GA-AAAGCT---T--T-----------------A-AT----------------TT-A-A--TTTT--C-CAAATATT---T-----------T--ATTTT----T-TTTTT--A--------------T---------TTT--TC---------T-AT-----ACCGCCA-ATA-ccaa
gi|13 : AGAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--A-AGGAAA--CTTGT-TTA-AAT--AAAAATGAAA--TGTTC--AA-A--GCT---T--TCA---G-GGAGGCA---A-ATA---TA-TGCGTTT-ACT-A-TA-TTTT--C-CAAC---T---T-----------CGGATTTT------TTAAA--A--------------T---------TTTCTT----------T-AT-----ACCGCCA-ACA-GAGATT---------------C-AAACCCGG-AAC-A-CGG-----AAGATGTCACTGTGAAAATGGATTAG-C--AGCG-AG-TA-AGT-GCT--G--A----T---TTTCTT----GTGAC--AGA-------TGC---------TA---------------------TGT-GG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTc
gi|14 : cccaaaaaacgtattttattgtttcacggtgagcggaag---TAGAGTA--AA--ATA-----------T---AA---G----T--TTT-GA---AGATT--GCATAATCTTTTAAGGTT--TAGAG---------AAGAGGACAGATAT-A-A-T-AA-GCT---------------------A---------------C---ATGCACATCTCTTTCGTAAACA-TTCTCGGAA--AGCTTTT-----TGACATTTTGTTTC-----TAATAAGA--CA--TGTTTTGCT-A-TTGAT-TT---AAACT-AGAATA-ACATTT-TTA-ACT--A----TGA--------C--GA-AAAGCT---T--TCC---A-AGA---ACA-A-AAA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-AAAA---T-------------------TTCCGT--C-TTCGA--ATT------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCCCC
gi|14 : GGGGG---TATA--A--AA--A------------------A---A----A--TTC-GA---AG-AC--GGA-AAT----------T--TTGAA---------AAA----------T-T-AGT-AA-AC----------------------A---------------C-----GTA------TTTTT-----G-TTCTTGGAA--AGCTTTT-----CG--------TCAT--AGTTAAAAATG--T---TATTCT--A-G-TTTAAATC---AA--T-AGCAAA-ACATGT-CTT-ATT--AGAAACAAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TCC---G-AGA---A----------------TGTTT-ACG-A-A
gi|15 : tagagtaaaatataagttttgaagattgcataatcttttaaggtttagagaagaggacagatataataagctacatgcacatctctATTTACGTA--ACGGT-------CAT---------GTAATTTCCA-TAATTTTACCA-CTAATGCATG--------C-ACC-T-GCCA-TGA-GAAAATC-AACACTTG-C-TAGGTTTTAATCCAC--TTTC-------GCACGT---------AT---------CCTGATCCGGG-TTT-GAATAATGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-AAA---T----A--TTC-GA---AG-TC--GGTAAAT----------T--TGGAA---------AAAAA----------T-A-T-AG-A-----------------------A-------------------ATGGA------TTTTC-----G-TTC--------------------------------TC--AATTAGAAGTA--T---TGATTT--T-G-TTGATA-T---AA--TAAGGAAA-ACATG
gi|16 : tag-AGT-GTT--G--A----T---CTCCGT----ATGTC--AGA-------TGCA
gi|16 : tatttctatagctgacCTGCCTCGGT-TTT-GAAT--TATG--TTTATCTTA-TTGGGGG---TAAA--A--AAAAATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GG---AG-TC--GGA-AAT----------T--TTG-----------AAAAG-------AT-T-AGG-AA-AC----------------------AATTTC----------C---A-GCA------ATTTA-----T-TACTCGAAA--AGCATGT-----C---------TTTC--TGTTG------------TCTTTT--T-G-TTGATATT---AA--C-AAG-AA-ATATCT-TTT-AGT-------T---A--TGA-C--AA-AAATCT---T--TTT---A-GTA---C---ATATA---TA-CGCATTgcctcggttttgaattatgtttatcttattgggggtaaaaaaaaatatcgaaaattcggagtcggaaattttgaaaagattaggaaacaatttccagcaatttattactcgaaaagcatgtctttctgttgtctttttgttgatattaacaagaaatatcttttagttatgacaaaaatctttttagtacatatatacgcattggtttat
gi|17 : tatttctatagctgactgcatctgacatacggagatcaacaTTT--T-G-TTGATACT---AA--T-ATGAAA-GCATGA-TTA-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TAT---A-AGAAGCA---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T---------------TTCCGA--C-TTCAG--A--------------T---------TTT--T----------TCAT-----ACCGCCA-ATA-G-------AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-G-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AACG-A-------------------------------T----GTGCA--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-AA-G----TTAT-GG-AAATAACTT-CTCTGTTACATAAAggtttat
gi|18 : taT--T----------C-AT-----ACC-CTGTATA-GAGATTA-AC-TCACAAT--TCAAAACGCAGTGACGA-AAG-----AA-----CG-TCGGAAAATGGATTGA-TAAAATGATG-TA-AGTCGTTTCG--AAAATT---TTCATT----GTGGCCAAGAAG-----TGCATGC--AGTTGAGTT--GTT-ATAA-GTTGTTTGT-TG-AAATAAC---ATCAGT--CGTAAtccag
gi|19 : cagaaagatttatacatgtatagttatcatataatatataccaattatagcatgtattctggaaaaT-TTG-ATG--AAAAGTGAAA--TAT-C--AA-AAAACT---T--TC-------------------------A-C-TGTTT-ACA-A-AT-TTTTT-C-CAAA---T------------------GTTCCAA--C-TTTTTTTA--------------T---------TTT--T----------T-A------ATCACCA-ATA-GCGATAA-AC-TTATTGT--CT-AGACCTAA-GA--A-GGG-----AA-----CA-TGTGAAAGTGGATAAA-T--AACA-AG-TA-AAT-ATT--G--A----T---TTTCTA----ATGAT--ACATGTAGTGTGTATGC--A-TTAA--T--TTC----A-G----TTGC-AG-AAATAATTT-GTTTtggtaaagcca
gi|2 : atttaaaggaaagctataaaaactatttcATTTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTAATTTCCA-TAATTTTAACA-TTACTGCATG--------C-ATC-T-ATCA-CAA-GGAAATC-AACACGGA-C-TGGCTGTCAATCCAC--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGGATTT-G--TAA-GCA--TT-------ATTGGC-G---TAGA--A--AA--AAAAAAAAAAACCCCC-AAA---ATTTTA--TTCTTA---AG-CT--GGACCAA----------T--TGTAA---------AATAA-------ATAA-A-T-AA-ATAAAAAGAAAGAAAAATTGATGAA---------------C---CTGCA------TTTTG-----G-TTCTCCAAA--AGA-TTT-----TA--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-C-TTGATATT---AA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAACTTCCT--TCT---GAAGC---A---A-ATA---TA-CGTGGTT-ACT-A-CG-TTTT--C-CAAA---T---T---------------TTCCGC--C-TTTAG--ATT------------T---------TTT--T----------T-AC-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-ACAACACAAT--TC-AAACCCGT-AAC-A-AGG-----AA-----CA-TGTGAA-----ATTGA-A--AGCA-TGATACAGT-GTT--G--A----T---TTCTTT----GTGGC--A-A-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-G----TGGT-
gi|20 : tgTT--T-G-ATTATACT---AA--T-ATGAAA-G-ATGAATTA-AAA--AACAATGAAAATTCC-C--AA-AAAG-T---T--TATAAGG-AGC---A---A-ATA---TAACGTGTTT-ACTAA-AT-TTTT--C-C--A---T---C-----------T---TTCCGA--CTTTCAG--A--------------------------T--T----------T-AT-----ACCGCCA-A------ATGACAC-ACACAA---TC-AAACCCGA-GAG-A-CGA-----GA-----CA-TG-GCAAATGAATTAA-C--AAC-----TA---------------------------T----GTGCA--AGA-------T-CATGCCAA-ATAA--TGAGTT-A-AA-------TATATG-AAA-AACT---TCTCTTACATAAAgtta
gi|21 : aaAAA--T------AA-AACGCT---T--TTG---A-AAA---A---A-ACAAACTG-CATTTTT-ATT-ACAT-TTTT--C-CATA---T---T--------------AT-CCAA--C-TGCGA--A--------------TGATAGACCGTTT--T----------C-AT-----ACCGCAA-ATC-GAAAATT-AC-AAATA-T--TA-AAATCCAG-TGC-AGAGATTCAGAA-----CA-TTTGGAAATGGATGAA-C--AGCG-AA-TA-AGT-GTT--G--G----TTCATTCCTT----GTGAC--GAA-------TGCATGA--G-TTGA--C--ATT-G-AA-G------AT-AG-AAATAACTT-GTCTGTTAAGTAAtcca
gi|22 : aAATC-AGCACTTA-T-TCGCTGTTAATTTAT--TTTC-------AAGTAT---------TT---------TCTGTCCCAAA-TTT-GAATAGTGTA--TCAATTCCGATTGGCGGTTTTAAA--AACAA--AAA-----------TC-GAC---C----A--TTC-AC---GG-TC--TGAAAAT----------T--TGG------------AAAA-------AT-TGA-T--A-AC--------------------------------------C---ATGTA------TTTTG-----G-ATCT-AAAA--AGCATTT-----TG--------AGCT--AGCTAGAAAGA--T---TATTTA--T-ACCTGATAGC---AA--G-AGGAAA-ACGTAT-TTG-AAT--AAAA
gi|23 : ---T--TAT---G-AGA---AGTAA-ATA---TA-CGTCTTT-ATT-A-AT-TTTT--T-CAAA---T------------------ATTCCGA--T-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-ATTTAA-ACCACCC-ATA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACGCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAAAAATGGATTAA-C--AGCA-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--ATA-------TGAATGC--A-TTAG--T--GTT-A-AA-A----TTGT-TG-GAATAACTT-CTCTGCTGAGTAAA
gi|24 : AATAGTGTGCTTTA-TCTCAATTAGTGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TT-GAA---A----G--TTC-AA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGGG---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-------------------------A---------------C---ATGCA------TTTTA-----G-TTCTGAAAA--AGC-TTT-----TG--------TTTC--AGTTCAAAGGG--T---TCGTTT--T-G-TTGATGTT---ttc
gi|24 : tacATTTACATA--ACAGT-------TAT---------GCTATTTCCA-TAATTTGAAC--------------------------T-GCCA-TGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TCGCTATCAATgatagcgagtaagtgttgattttctcatggcagttcaaattatggaaatagcataactgttatgtaaattc
gi|25 : tacaacatcaacaaaacgaaccctttgaactgaaacaaaagctttttcagaactaaaatgcatgtttataattttttccccaaattgtccgactttgaactttcaatatttttctaccactaattgagataaagcacactATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCCATTTCCA-TAATTCTAACA-TTAGTGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TTACT-TTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CTTGTTCCGGtc
gi|26 : tgg-AGT-GTT--G--A----T---TTCCTT----GGGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--A--GTT-A-AA-G----TTGT-TG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTAAA
gi|27 : taggaataacatacatgtatataatattctctttaatt--AA--ATA-----------TC-AAA---A----G--TTC-GA---AG-TT--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA----------T-A-T-AA-------------------------A---------------C---ATGCA------TTTTG-----G-TTCTAGGAA--AGTTCCT-----TG--------CTTC--A---------A--T---TCTTTT--T-G-TTTATATT---AT--T-AGGAAA-ACtcca
gi|28 : -----CA-TGTGAACATAGATTATTC--AGCA-AG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCCCT----GTGAT--AAA-------TAAAAGC--A--TAA--T--G---A-A----------T-AG--ATTAACCT-ATCTGTTATTTAAA
gi|29 : G-TG-TA-ATT-TTT--G--T----T---TTCTTTTTA-GTGAC--AGA-------TGCATTT--A-TCAA--T--GTT-A-A--G----TTGT-GG-AAACAACTT-GTCTCCTACGGAAAtcc
gi|3 : --ATAGA-------CAT---------ACTACTTCTA-CAACCTCAATA-TTAATTAATG--------C-TAC-T-GTCA-TAC-GGACATT-AGAATTTA-C-TAACTGTTAATCTAA--TTTCACCTGGAACAGGTGAAATTAGATTAACAGGGAACCTGTCCCGGA-TTT-AAAT--------------CTA--TGGCGG---TAAA--A--AA---------------------------------TCC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAA------------T-A-TCAA-AC----------------------A---------------C---AT--A------TTTTC-----G-TACTTGAAA--AGCTTTC-----TG--------TCAT--AATTAAAAAAAAGT---TATTTT--C-G-TTTATAGA---GG--T-AGAAAC-ACAT----------------AGGAAA--AGC-C--AA-GAAACT---T--ACT---G-AGAGCCA---A-A-A---TG-CGTGTTT-TCT-A-AC-ATAT--A-CAAA---T---TTCCTACACCTGT--ACTTTGAATT-TTCGA--C--------------T---------TTT--T----------T-CT-----TCCGCCA-ATG-GTTATAA-AC-TCGCAAT--TT-AAACCCTG-GAC-A-GAG-----AA-----CA-TTTGAAAATGGATTAA-C--AAGG-AG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTTGTTTTTGGTAAT--AGA-------TATACCC--C-TCGA--T--ATT-A-AA-G----TTGT-GG-AATTAACTT-GTCGGTTGCGTAAAtc
gi|30 : taAA-T--AGCG-TG-TA-AGT-GTT--G--G----T---TTTCTT----ATGAC--TAG-------TACATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AG-------TGT-GG-A
gi|31 : agatttctgaatttatgta--T----------T-AT-----ACCGCCC-TTA-GAGATTA-AC-AAACAATATTC-AAAACCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAAAAATGGATTAA-C--AGt
gi|32 : T-GTT--G--A----T---T-CCTT----G-GAC--AGA-------TGCATGC--AATTAA--A--GTT-A-AAAG----TTGT-TG-AAATAACTTGGTCTGTTATGTAAt
gi|33 : C--AGA-------TGGATTC--A-TTAA--T--ATT-A-AA-G----TCGT-GG-ACATAATTT-GTTCATTACGTAAAtc
gi|4 : ATTTACGTA--CCAGT-------CAT---------GCAATAATCA-TAATTTTAACA-TTAATGTATA--------C-ACA-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TTGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACATGT---------TC---------CCTGTTCTGGG-TTT-AAATAGTGTG--TTAGTCCAAATTGGCGG---T-GG--A--AA--ATA-----------TCAAAA---A----A--TTT-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TG------------AAAAA-------AT-T-A---A--------------------------A---------------C---ATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTTAAAGAT--T---TATTTT--T-G-TTGAT-TT---TA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AAT--TAAAATGAAT--TGT-C--AA-AATGTT---T--TAT---A-AGAAGCA---A-ATA---TA-CGTGTTT-AGT-A-AT-TTTTCCC-CAAA-------------------T--ATCCCTA--C-TTT-G--A--------------TTTTTTTTTCTTT--T----------T-AT-----ACCGCCC-ATA-GTGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCAGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAGAAATGGATTAA-C--AACA-TG-TA-ATC-ATT--A--A----T---TTCATT----GTGAC--AGG-------TGCATGC--A-T----------------------------G-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAAcacaggc
gi|5 : tagTATTTACGCA--GCAGT-------TAT---------GCCATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ACC-T-G------A-GAAAATC-AACAATTA-C-TCGCTTTTAAGCAAT--TTTC-------ACACAT---------TC---------CCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAATCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATG-----------TC-AAA---A----G--TGC-AA---AG-TC--GGATAAT----------T--TGAAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------CTTCATACA------TTTTG-----G-ATCTCAAAA--AGCTTCT-----TG--------TTTC--AATTAAAACAA--T---TAATTT--T-G-TTGATATT---AT--T-AGGAAA-ACAAGT-TTG-AAT--CAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGTT---T--TAT---G-AGA---A---G-ATA---TA-CGCGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---TACATG----------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCTCCC-TTA-GAGATTA-AC-ATACAAT--TC-AAACTCGG-GA--A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCA-------------T--G--A----T---TTCATC----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-AT-A----TTGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtccag
gi|6 : TTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTTAATTC-A-TAATTTTAACA-TT-ACGCATG--------CAATCGT-ATCA-CAA-GGAAATCAAACACGGG-C-TGGCTGTCAAGCCACTGTCTC-------ACACGT---------TC---------CC-GT-CCGGA-TTT-G--TA---------AG---CTATTGGC-G---TAGA--A--AA--AAA--------------AAA---A----A--CCC-CAATTAG-TTAAGTACAATTAGTACAA--T--TGTAA---------AATAA-------ATAA-A-T-AA-AT----------------------AAAAGAAAGAAAAAATT---ATGAACCTGC-TTTTG-----G-TT-TCCAAA--AGA--TT-----TA--------TTTCAGAATT-AAAGGA--T---TATTTT--C---TTGATATT---TA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AATAAAAAAAT-AAA--TGT-CAAAA-AAAACT---TCCTCT---GAAGC---A---A-ATA---TA-CGTGGTT-ACT-A-G--TTTT--C-CAAA---T-------------------TTCCGC--C-TTTAG--AT-------------T---------TTT--T----------T-AC-----ACCGCCA-ATA--AGATTA-CA-ACACAAT--TC-AAACCC-G-TAC-A-AG------AA-----CA-TGTGGAAATTGA--AG-C--AGTG-A--TA-AGT-GTT--GTTA----T---TTC-TT----GTGGC--AGA-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GCT-A-AA-
gi|7 : tgaaATTTACGTA--ACAGT-------TAT---------CCCATTTCCA-TAATGTTAACA-TTAATGCATG-----------------------A-GAAAATC-CACATTTA-C-TTGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACACAT---------TC---------CCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAAATGGAGG---TAGA--A--AA--ATA--------------GAA---A----AAGTTA-GA---AG-TC--GAACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------A--A-A-T-AA-------------------------G---------------C---ATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAG--AGC-TTT-----TG--------TCTC--AATTAAAAAGA--T---TCTTTT--T-G-TTGATATT---TT--T-AGGAAA-ACATGT-TTA-AAT--CTAAGTGAAA--TGT-C--GA-AAAGTT---T--TAT---G-AGAAGCA---A-ATA---TA-CATATTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA-------------------T--ATTCCGA--C-TTCGG--ATTTTTTATTT----T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCC-TTA-GAG-----------------TT-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA---------------AA-C--AGCA-TG-TA-AAT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-A----ATGT-TT-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtgtg
gi|8 : tag-TAACTCTAACT-TTAATAAATG--------C-ATA-T-GTCA-T-A-GAAAAGA-AACACTTA-C-TAGTT-TTAATCCAA--TATC-------TGATGT---------TC---------CCTGTCCCGGA-TTT-GA-----------T--TTCTA--TGGTGG---TAGA--A--AA--A----------------AAAGTTA----A--TCC-AA---CG-TC--TGATAAT----------TCTTG--------------AAT-------AT-T-AGT-AA-AC----------------------A--------------------TGCC------TTTTG-----G-GTGTTGCAA--TGTTTTA-----CG--------TCAT--AATAAAAAATA--T---TCTACT--A-A-T--ATATC---AA--T-AGAAAT-ATATGT-CTG-AAT--ATAAATAAAA--TGT-A--AAGAAAGTA---T--TAC---C-AGA---ACT-A-AAA---TA-CATGTTT-ATT-A-AT-GTTT--C-CAAA---A---T-----------T----TCCTA--C-TTCGG--A--------------T---------TTTCAT----------T-TTCGTCCACTGCCA-ATA-GAGATAA-AC-ACATAAG--TC-AAACTCAG-GAC-A-GAA-----AA-----C---GTGAAAATTAATGAA-C--AGTG-AG-TA-AGA-ATT--G--T----T---CTCATT----GTGAC--AGA-------TGTATTC--A-TTAG--T--GTT-A-AA-G----TTGA-AGAAAATAAGTT-GTCTGTTCTGGAAAtcca
gi|9 : ttacgtaactactATTAACCCA--ACAGT-------CAT---------GCAATTTCCA-TAATTTTAACACTTAATACATGAATTCATGC-ACC-T-ACCA-CGA-GAAAATC-AAC----A-C-TTACT-------TAC--TTTT-------A----------------------------ATCC---A-TTT-TCACA---TG--TTAGTCCCAGTTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TA-CAT---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--CGGAA---------AAAAA-------GA-T-A-T-AC-AT----------------------A---------------C---ACGCA------TTTTA-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TCTTTT--T-G-TTGATATTTAAAA--T-AGG-AA-ATATGT-TTGTATT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAATT---G--TAT---G-AGAATCA---A-ATA---TA-CGTGTTT-ATT-A-AT-TTTT--C-CAAA-------------------T--ATTCCGA--C-TTCGG--ATATTCTATT-----T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCC-TTA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CT-TGTAAAAATGGATCAA-C--AGCA-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--t
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 11111111111111 11111111111111111111 11111111 22222222222222222 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 2222222 44444444444444444444444 444444444444444444444444 1111111111 1111111
lowQualScore : 44 11111111 222222222 2 2 2 00000000000000 2 4 777 2 2 2 2 1 8 333 8888888 0 22222222222222222222 2 2 2 0 55555555 66 2 333 33 22 22 66666666666666666 55555555555 2 333 2 22 2 6666666666 22 999999999999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 55555 2 1 22 5 55555 77777777 22 0 22 777 2 22 1 1 333 22 3 1 2 22 5555 22 2 22 2 1 333 22 9999999 6666666 3 1 333 1 2 2 2 2 55 2 55555555555555555555555 22 2 0 22 888888888888888888888888 55 0000000000 1 88888 33 2 2 2 3 22 2 2 2 2 55555 55555 2 2 22 77777 1 1 22 22 3333 333 4 7777 22 8888888 22 3 22 22 1 1 0000000 33 2 2
lowQualScore : .. ........ ......... . . . .............. . . ... . . . . . . ... ....... . .................... . . . . ........ .. . ... .. .. .. ................. ........... . ... . .. . .......... .. ............ ................................................................ ...... ..... . . .. . ..... ........ .. . .. ... . .. . . ... .. . . . .. .... .. . .. . . ... .. ....... ....... . . ... . . . . . .. . ....................... .. . . .. ........................ .. .......... . ..... .. . . . . .. . . . . ..... ..... . . .. ..... . . .. .. .... ... . .... .. ....... .. . .. .. . . ....... .. . .
lowQualScore : 22 00000000 333333333 1 7 7 33333333333333 7 7 777 7 5 5 5 0 2 777 7777777 3 77777777777777777777 2 7 7 1 99999999 88 6 999 11 99 99 44444444444444444 33333333333 1 777 1 99 9 8888888888 99 444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333 33333 1 5 99 3 33333 66666666 99 6 88 555 1 55 8 8 222 66 8 9 0 66 1111 88 0 88 0 5 333 66 4444444 3333333 8 1 333 9 0 0 0 1 00 1 22222222222222222222222 99 1 3 99 333333333333333333333333 22 2222222222 9 88888 33 0 1 1 5 99 1 4 4 4 99999 66666 2 1 99 44444 9 8 55 55 9999 222 0 0000 44 0000000 55 6 55 66 9 9 5555555 77 1 2
consensus : TATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TNGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------C---ATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TNT---G-AGA---A---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T-----------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-G----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
Reference ( family-2408 ) : TATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TNGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------C---ATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TNT---G-AGA---A---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T-----------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-G----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|1 : ATTTATGTA--ACAGTAACGTTACATAAATAAATAGCTATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATA--------C-AAT-T-GCCA-TAA-GAAAATC-AACAATTA-T-TCGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACAAAT---------TT---------TCTATTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTATTCCCACTCGATGG---TAGA--A--CA--ATA-----------TG-AAA---A----A--ATC-GA---AG-TG--GGACAAT----------T--TGGAATTTTTTTTT-------------T-T-A-T-AA-AC----------------------A--------------------TGCA------TTTAG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----CG--------TTTC--AATTTAAAGGA--TC--TATTTT--T-G-TTGATATT---CA--T-AAGAAA-ACATAT-TTA-AAT--CAAATTGAAA--CGT-C--AA-AAAGGT---T--TAT---G-AGAAGCA---A-ATA---TA-CGTATTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA-------------------T--ATTCTGA--C-TTCAG--ATTTTTTTAATATTTT---------TTT--T----------T-AT-----GCCGCCC-ATA-GATATTA-AC-AAACTAT--TC-AAACATGT-GAC-A-AGA-----AA-----CG-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCT-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAA--AGA-------TGCATGC--A-TAAA--T--GTTCA-AA-G-----TGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|10 : tggaATTTACGTA--ACAGA-------CAT-------------TTCCCAACAATTTTAACA-TTAATGCTTG--------C-ATC-T-GTTAACAATGAAAATC-AACACTTAACATAGCTGTTAAT-------TTT-------ATACGT---------TC---------CCTGTCC-GGG-TT--GAATGTTG-A--TTA--TACAAAAGGCGG---TAGA----------------------------------------TTC-AA---AG-TC--GGATTAT----------T--TTGAA---------AAAAA----------T-A-T-AA-AC----------------------A--------------------TGCA------TTTTG-----GCTTCTCAAAATAAGCTTT-------G--------TTTC--AATGAAAAGGA--T---C--TTT--T-A-CTTACATT---AT--TTAGGAAATGCATGT----------------GAAA--TGT-C--AA-AAG------T--TTT---G-AGA---A---GCATA---TA-CGTGTTTTGCT-A-AT-TTTT--CACAA--------------------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--TTGATTTTTTCT-AT-----ACCGCGC-TTAGGAGATTA-AC-AAACAA---TC-AAccag
gi|11 : tgaATTAACGTATTGCAGA-------CAA---------GATATTTCCA--AATT-----A-TCAATAAAT-----------AT--T-G-----------AATC-AACACTTA-C-TCGCTGTTAATCTAT--TTTC-------GAATGT---------TC---------GCTGT--------TT-GCAT---------TAATTTCCATTG-CAA---TA----A--AA--ATT-----------T----A---A----A--TCT-GA---CG-TC--GGATAAT----------T--TG------------AGAAA-------TT-T-G-T-AA-AC----------------------A---------------C-----GCA------ATT-G-----G-TTCTTGAAA--AGCTTTTATAGTTA--------TTT------TAAAAATA--TATATATTCT--A-G-TTTGTATC---AA--T-AGTAAA-ACATGT-CTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AG-AAGG----------------ACC---A---A-A-A---TA-CGTGTTT-ACT-A-ATATTTT--C-CCA--------T-----------T---TTTCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTC--T-------------------ACCGCCA-ACA-GAGATCA-AC-ACAAAAT--TC-AAACtcaa
gi|12 : ATTTCAA-TAATTTAAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-TTGTCA-CAA-TGAAACC-TACACTTA-A-TGGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACATGT---------TT---------CTTGTCCCGGG-TTTTGAATATTTTG--TTAGTCCCAATTAGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-TA---TT-TC--GGATAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------A----A-T-AATGA----------------------A---------------C---ATGCA------CTTGA-----G-TTCTCAAAA--AGCTTTG-----TG--------TTCT--AATTAAAATGA-------ATTTT--TCC-TTAATATT---AA--T-AGGAAA-GCATGT-TTA-AAT--CAAAATGAAA--TGT-C--GA-AAAGCT---T--T-----------------A-AT----------------TT-A-A--TTTT--C-CAAATATT---T-----------T--ATTTT----T-TTTTT--A--------------T---------TTT--TC---------T-AT-----ACCGCCA-ATA-ccaa
gi|13 : AGAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--A-AGGAAA--CTTGT-TTA-AAT--AAAAATGAAA--TGTTC--AA-A--GCT---T--TCA---G-GGAGGCA---A-ATA---TA-TGCGTTT-ACT-A-TA-TTTT--C-CAAC---T---T-----------CGGATTTT------TTAAA--A--------------T---------TTTCTT----------T-AT-----ACCGCCA-ACA-GAGATT---------------C-AAACCCGG-AAC-A-CGG-----AAGATGTCACTGTGAAAATGGATTAG-C--AGCG-AG-TA-AGT-GCT--G--A----T---TTTCTT----GTGAC--AGA-------TGC---------TA---------------------TGT-GG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTc
gi|14 : cccaaaaaacgtattttattgtttcacggtgagcggaag---TAGAGTA--AA--ATA-----------T---AA---G----T--TTT-GA---AGATT--GCATAATCTTTTAAGGTT--TAGAG---------AAGAGGACAGATAT-A-A-T-AA-GCT---------------------A---------------C---ATGCACATCTCTTTCGTAAACA-TTCTCGGAA--AGCTTTT-----TGACATTTTGTTTC-----TAATAAGA--CA--TGTTTTGCT-A-TTGAT-TT---AAACT-AGAATA-ACATTT-TTA-ACT--A----TGA--------C--GA-AAAGCT---T--TCC---A-AGA---ACA-A-AAA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-AAAA---T-------------------TTCCGT--C-TTCGA--ATT------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCCCC
gi|14 : GGGGG---TATA--A--AA--A------------------A---A----A--TTC-GA---AG-AC--GGA-AAT----------T--TTGAA---------AAA----------T-T-AGT-AA-AC----------------------A---------------C-----GTA------TTTTT-----G-TTCTTGGAA--AGCTTTT-----CG--------TCAT--AGTTAAAAATG--T---TATTCT--A-G-TTTAAATC---AA--T-AGCAAA-ACATGT-CTT-ATT--AGAAACAAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TCC---G-AGA---A----------------TGTTT-ACG-A-A
gi|15 : tagagtaaaatataagttttgaagattgcataatcttttaaggtttagagaagaggacagatataataagctacatgcacatctctATTTACGTA--ACGGT-------CAT---------GTAATTTCCA-TAATTTTACCA-CTAATGCATG--------C-ACC-T-GCCA-TGA-GAAAATC-AACACTTG-C-TAGGTTTTAATCCAC--TTTC-------GCACGT---------AT---------CCTGATCCGGG-TTT-GAATAATGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-AAA---T----A--TTC-GA---AG-TC--GGTAAAT----------T--TGGAA---------AAAAA----------T-A-T-AG-A-----------------------A-------------------ATGGA------TTTTC-----G-TTC--------------------------------TC--AATTAGAAGTA--T---TGATTT--T-G-TTGATA-T---AA--TAAGGAAA-ACATG
gi|16 : tag-AGT-GTT--G--A----T---CTCCGT----ATGTC--AGA-------TGCA
gi|16 : tatttctatagctgacCTGCCTCGGT-TTT-GAAT--TATG--TTTATCTTA-TTGGGGG---TAAA--A--AAAAATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GG---AG-TC--GGA-AAT----------T--TTG-----------AAAAG-------AT-T-AGG-AA-AC----------------------AATTTC----------C---A-GCA------ATTTA-----T-TACTCGAAA--AGCATGT-----C---------TTTC--TGTTG------------TCTTTT--T-G-TTGATATT---AA--C-AAG-AA-ATATCT-TTT-AGT-------T---A--TGA-C--AA-AAATCT---T--TTT---A-GTA---C---ATATA---TA-CGCATTgcctcggttttgaattatgtttatcttattgggggtaaaaaaaaatatcgaaaattcggagtcggaaattttgaaaagattaggaaacaatttccagcaatttattactcgaaaagcatgtctttctgttgtctttttgttgatattaacaagaaatatcttttagttatgacaaaaatctttttagtacatatatacgcattggtttat
gi|17 : tatttctatagctgactgcatctgacatacggagatcaacaTTT--T-G-TTGATACT---AA--T-ATGAAA-GCATGA-TTA-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TAT---A-AGAAGCA---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T---------------TTCCGA--C-TTCAG--A--------------T---------TTT--T----------TCAT-----ACCGCCA-ATA-G-------AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-G-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AACG-A-------------------------------T----GTGCA--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-AA-G----TTAT-GG-AAATAACTT-CTCTGTTACATAAAggtttat
gi|18 : taT--T----------C-AT-----ACC-CTGTATA-GAGATTA-AC-TCACAAT--TCAAAACGCAGTGACGA-AAG-----AA-----CG-TCGGAAAATGGATTGA-TAAAATGATG-TA-AGTCGTTTCG--AAAATT---TTCATT----GTGGCCAAGAAG-----TGCATGC--AGTTGAGTT--GTT-ATAA-GTTGTTTGT-TG-AAATAAC---ATCAGT--CGTAAtccag
gi|19 : cagaaagatttatacatgtatagttatcatataatatataccaattatagcatgtattctggaaaaT-TTG-ATG--AAAAGTGAAA--TAT-C--AA-AAAACT---T--TC-------------------------A-C-TGTTT-ACA-A-AT-TTTTT-C-CAAA---T------------------GTTCCAA--C-TTTTTTTA--------------T---------TTT--T----------T-A------ATCACCA-ATA-GCGATAA-AC-TTATTGT--CT-AGACCTAA-GA--A-GGG-----AA-----CA-TGTGAAAGTGGATAAA-T--AACA-AG-TA-AAT-ATT--G--A----T---TTTCTA----ATGAT--ACATGTAGTGTGTATGC--A-TTAA--T--TTC----A-G----TTGC-AG-AAATAATTT-GTTTtggtaaagcca
gi|2 : atttaaaggaaagctataaaaactatttcATTTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTAATTTCCA-TAATTTTAACA-TTACTGCATG--------C-ATC-T-ATCA-CAA-GGAAATC-AACACGGA-C-TGGCTGTCAATCCAC--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGGATTT-G--TAA-GCA--TT-------ATTGGC-G---TAGA--A--AA--AAAAAAAAAAACCCCC-AAA---ATTTTA--TTCTTA---AG-CT--GGACCAA----------T--TGTAA---------AATAA-------ATAA-A-T-AA-ATAAAAAGAAAGAAAAATTGATGAA---------------C---CTGCA------TTTTG-----G-TTCTCCAAA--AGA-TTT-----TA--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-C-TTGATATT---AA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAACTTCCT--TCT---GAAGC---A---A-ATA---TA-CGTGGTT-ACT-A-CG-TTTT--C-CAAA---T---T---------------TTCCGC--C-TTTAG--ATT------------T---------TTT--T----------T-AC-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-ACAACACAAT--TC-AAACCCGT-AAC-A-AGG-----AA-----CA-TGTGAA-----ATTGA-A--AGCA-TGATACAGT-GTT--G--A----T---TTCTTT----GTGGC--A-A-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-G----TGGT-
gi|20 : tgTT--T-G-ATTATACT---AA--T-ATGAAA-G-ATGAATTA-AAA--AACAATGAAAATTCC-C--AA-AAAG-T---T--TATAAGG-AGC---A---A-ATA---TAACGTGTTT-ACTAA-AT-TTTT--C-C--A---T---C-----------T---TTCCGA--CTTTCAG--A--------------------------T--T----------T-AT-----ACCGCCA-A------ATGACAC-ACACAA---TC-AAACCCGA-GAG-A-CGA-----GA-----CA-TG-GCAAATGAATTAA-C--AAC-----TA---------------------------T----GTGCA--AGA-------T-CATGCCAA-ATAA--TGAGTT-A-AA-------TATATG-AAA-AACT---TCTCTTACATAAAgtta
gi|21 : aaAAA--T------AA-AACGCT---T--TTG---A-AAA---A---A-ACAAACTG-CATTTTT-ATT-ACAT-TTTT--C-CATA---T---T--------------AT-CCAA--C-TGCGA--A--------------TGATAGACCGTTT--T----------C-AT-----ACCGCAA-ATC-GAAAATT-AC-AAATA-T--TA-AAATCCAG-TGC-AGAGATTCAGAA-----CA-TTTGGAAATGGATGAA-C--AGCG-AA-TA-AGT-GTT--G--G----TTCATTCCTT----GTGAC--GAA-------TGCATGA--G-TTGA--C--ATT-G-AA-G------AT-AG-AAATAACTT-GTCTGTTAAGTAAtcca
gi|22 : aAATC-AGCACTTA-T-TCGCTGTTAATTTAT--TTTC-------AAGTAT---------TT---------TCTGTCCCAAA-TTT-GAATAGTGTA--TCAATTCCGATTGGCGGTTTTAAA--AACAA--AAA-----------TC-GAC---C----A--TTC-AC---GG-TC--TGAAAAT----------T--TGG------------AAAA-------AT-TGA-T--A-AC--------------------------------------C---ATGTA------TTTTG-----G-ATCT-AAAA--AGCATTT-----TG--------AGCT--AGCTAGAAAGA--T---TATTTA--T-ACCTGATAGC---AA--G-AGGAAA-ACGTAT-TTG-AAT--AAAA
gi|23 : ---T--TAT---G-AGA---AGTAA-ATA---TA-CGTCTTT-ATT-A-AT-TTTT--T-CAAA---T------------------ATTCCGA--T-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-ATTTAA-ACCACCC-ATA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACGCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAAAAATGGATTAA-C--AGCA-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--ATA-------TGAATGC--A-TTAG--T--GTT-A-AA-A----TTGT-TG-GAATAACTT-CTCTGCTGAGTAAA
gi|24 : AATAGTGTGCTTTA-TCTCAATTAGTGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TT-GAA---A----G--TTC-AA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGGG---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-------------------------A---------------C---ATGCA------TTTTA-----G-TTCTGAAAA--AGC-TTT-----TG--------TTTC--AGTTCAAAGGG--T---TCGTTT--T-G-TTGATGTT---ttc
gi|24 : tacATTTACATA--ACAGT-------TAT---------GCTATTTCCA-TAATTTGAAC--------------------------T-GCCA-TGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TCGCTATCAATgatagcgagtaagtgttgattttctcatggcagttcaaattatggaaatagcataactgttatgtaaattc
gi|25 : tacaacatcaacaaaacgaaccctttgaactgaaacaaaagctttttcagaactaaaatgcatgtttataattttttccccaaattgtccgactttgaactttcaatatttttctaccactaattgagataaagcacactATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCCATTTCCA-TAATTCTAACA-TTAGTGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TTACT-TTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CTTGTTCCGGtc
gi|26 : tgg-AGT-GTT--G--A----T---TTCCTT----GGGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--A--GTT-A-AA-G----TTGT-TG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTAAA
gi|27 : taggaataacatacatgtatataatattctctttaatt--AA--ATA-----------TC-AAA---A----G--TTC-GA---AG-TT--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA----------T-A-T-AA-------------------------A---------------C---ATGCA------TTTTG-----G-TTCTAGGAA--AGTTCCT-----TG--------CTTC--A---------A--T---TCTTTT--T-G-TTTATATT---AT--T-AGGAAA-ACtcca
gi|28 : -----CA-TGTGAACATAGATTATTC--AGCA-AG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCCCT----GTGAT--AAA-------TAAAAGC--A--TAA--T--G---A-A----------T-AG--ATTAACCT-ATCTGTTATTTAAA
gi|29 : G-TG-TA-ATT-TTT--G--T----T---TTCTTTTTA-GTGAC--AGA-------TGCATTT--A-TCAA--T--GTT-A-A--G----TTGT-GG-AAACAACTT-GTCTCCTACGGAAAtcc
gi|3 : --ATAGA-------CAT---------ACTACTTCTA-CAACCTCAATA-TTAATTAATG--------C-TAC-T-GTCA-TAC-GGACATT-AGAATTTA-C-TAACTGTTAATCTAA--TTTCACCTGGAACAGGTGAAATTAGATTAACAGGGAACCTGTCCCGGA-TTT-AAAT--------------CTA--TGGCGG---TAAA--A--AA---------------------------------TCC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAA------------T-A-TCAA-AC----------------------A---------------C---AT--A------TTTTC-----G-TACTTGAAA--AGCTTTC-----TG--------TCAT--AATTAAAAAAAAGT---TATTTT--C-G-TTTATAGA---GG--T-AGAAAC-ACAT----------------AGGAAA--AGC-C--AA-GAAACT---T--ACT---G-AGAGCCA---A-A-A---TG-CGTGTTT-TCT-A-AC-ATAT--A-CAAA---T---TTCCTACACCTGT--ACTTTGAATT-TTCGA--C--------------T---------TTT--T----------T-CT-----TCCGCCA-ATG-GTTATAA-AC-TCGCAAT--TT-AAACCCTG-GAC-A-GAG-----AA-----CA-TTTGAAAATGGATTAA-C--AAGG-AG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTTGTTTTTGGTAAT--AGA-------TATACCC--C-TCGA--T--ATT-A-AA-G----TTGT-GG-AATTAACTT-GTCGGTTGCGTAAAtc
gi|30 : taAA-T--AGCG-TG-TA-AGT-GTT--G--G----T---TTTCTT----ATGAC--TAG-------TACATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AG-------TGT-GG-A
gi|31 : agatttctgaatttatgta--T----------T-AT-----ACCGCCC-TTA-GAGATTA-AC-AAACAATATTC-AAAACCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAAAAATGGATTAA-C--AGt
gi|32 : T-GTT--G--A----T---T-CCTT----G-GAC--AGA-------TGCATGC--AATTAA--A--GTT-A-AAAG----TTGT-TG-AAATAACTTGGTCTGTTATGTAAt
gi|33 : C--AGA-------TGGATTC--A-TTAA--T--ATT-A-AA-G----TCGT-GG-ACATAATTT-GTTCATTACGTAAAtc
gi|4 : ATTTACGTA--CCAGT-------CAT---------GCAATAATCA-TAATTTTAACA-TTAATGTATA--------C-ACA-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TTGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACATGT---------TC---------CCTGTTCTGGG-TTT-AAATAGTGTG--TTAGTCCAAATTGGCGG---T-GG--A--AA--ATA-----------TCAAAA---A----A--TTT-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TG------------AAAAA-------AT-T-A---A--------------------------A---------------C---ATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTTAAAGAT--T---TATTTT--T-G-TTGAT-TT---TA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AAT--TAAAATGAAT--TGT-C--AA-AATGTT---T--TAT---A-AGAAGCA---A-ATA---TA-CGTGTTT-AGT-A-AT-TTTTCCC-CAAA-------------------T--ATCCCTA--C-TTT-G--A--------------TTTTTTTTTCTTT--T----------T-AT-----ACCGCCC-ATA-GTGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCAGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAGAAATGGATTAA-C--AACA-TG-TA-ATC-ATT--A--A----T---TTCATT----GTGAC--AGG-------TGCATGC--A-T----------------------------G-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAAcacaggc
gi|5 : tagTATTTACGCA--GCAGT-------TAT---------GCCATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ACC-T-G------A-GAAAATC-AACAATTA-C-TCGCTTTTAAGCAAT--TTTC-------ACACAT---------TC---------CCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAATCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATG-----------TC-AAA---A----G--TGC-AA---AG-TC--GGATAAT----------T--TGAAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------CTTCATACA------TTTTG-----G-ATCTCAAAA--AGCTTCT-----TG--------TTTC--AATTAAAACAA--T---TAATTT--T-G-TTGATATT---AT--T-AGGAAA-ACAAGT-TTG-AAT--CAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGTT---T--TAT---G-AGA---A---G-ATA---TA-CGCGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---TACATG----------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCTCCC-TTA-GAGATTA-AC-ATACAAT--TC-AAACTCGG-GA--A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCA-------------T--G--A----T---TTCATC----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-AT-A----TTGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtccag
gi|6 : TTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTTAATTC-A-TAATTTTAACA-TT-ACGCATG--------CAATCGT-ATCA-CAA-GGAAATCAAACACGGG-C-TGGCTGTCAAGCCACTGTCTC-------ACACGT---------TC---------CC-GT-CCGGA-TTT-G--TA---------AG---CTATTGGC-G---TAGA--A--AA--AAA--------------AAA---A----A--CCC-CAATTAG-TTAAGTACAATTAGTACAA--T--TGTAA---------AATAA-------ATAA-A-T-AA-AT----------------------AAAAGAAAGAAAAAATT---ATGAACCTGC-TTTTG-----G-TT-TCCAAA--AGA--TT-----TA--------TTTCAGAATT-AAAGGA--T---TATTTT--C---TTGATATT---TA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AATAAAAAAAT-AAA--TGT-CAAAA-AAAACT---TCCTCT---GAAGC---A---A-ATA---TA-CGTGGTT-ACT-A-G--TTTT--C-CAAA---T-------------------TTCCGC--C-TTTAG--AT-------------T---------TTT--T----------T-AC-----ACCGCCA-ATA--AGATTA-CA-ACACAAT--TC-AAACCC-G-TAC-A-AG------AA-----CA-TGTGGAAATTGA--AG-C--AGTG-A--TA-AGT-GTT--GTTA----T---TTC-TT----GTGGC--AGA-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GCT-A-AA-
gi|7 : tgaaATTTACGTA--ACAGT-------TAT---------CCCATTTCCA-TAATGTTAACA-TTAATGCATG-----------------------A-GAAAATC-CACATTTA-C-TTGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACACAT---------TC---------CCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAAATGGAGG---TAGA--A--AA--ATA--------------GAA---A----AAGTTA-GA---AG-TC--GAACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------A--A-A-T-AA-------------------------G---------------C---ATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAG--AGC-TTT-----TG--------TCTC--AATTAAAAAGA--T---TCTTTT--T-G-TTGATATT---TT--T-AGGAAA-ACATGT-TTA-AAT--CTAAGTGAAA--TGT-C--GA-AAAGTT---T--TAT---G-AGAAGCA---A-ATA---TA-CATATTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA-------------------T--ATTCCGA--C-TTCGG--ATTTTTTATTT----T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCC-TTA-GAG-----------------TT-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA---------------AA-C--AGCA-TG-TA-AAT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-A----ATGT-TT-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtgtg
gi|8 : tag-TAACTCTAACT-TTAATAAATG--------C-ATA-T-GTCA-T-A-GAAAAGA-AACACTTA-C-TAGTT-TTAATCCAA--TATC-------TGATGT---------TC---------CCTGTCCCGGA-TTT-GA-----------T--TTCTA--TGGTGG---TAGA--A--AA--A----------------AAAGTTA----A--TCC-AA---CG-TC--TGATAAT----------TCTTG--------------AAT-------AT-T-AGT-AA-AC----------------------A--------------------TGCC------TTTTG-----G-GTGTTGCAA--TGTTTTA-----CG--------TCAT--AATAAAAAATA--T---TCTACT--A-A-T--ATATC---AA--T-AGAAAT-ATATGT-CTG-AAT--ATAAATAAAA--TGT-A--AAGAAAGTA---T--TAC---C-AGA---ACT-A-AAA---TA-CATGTTT-ATT-A-AT-GTTT--C-CAAA---A---T-----------T----TCCTA--C-TTCGG--A--------------T---------TTTCAT----------T-TTCGTCCACTGCCA-ATA-GAGATAA-AC-ACATAAG--TC-AAACTCAG-GAC-A-GAA-----AA-----C---GTGAAAATTAATGAA-C--AGTG-AG-TA-AGA-ATT--G--T----T---CTCATT----GTGAC--AGA-------TGTATTC--A-TTAG--T--GTT-A-AA-G----TTGA-AGAAAATAAGTT-GTCTGTTCTGGAAAtcca
gi|9 : ttacgtaactactATTAACCCA--ACAGT-------CAT---------GCAATTTCCA-TAATTTTAACACTTAATACATGAATTCATGC-ACC-T-ACCA-CGA-GAAAATC-AAC----A-C-TTACT-------TAC--TTTT-------A----------------------------ATCC---A-TTT-TCACA---TG--TTAGTCCCAGTTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TA-CAT---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--CGGAA---------AAAAA-------GA-T-A-T-AC-AT----------------------A---------------C---ACGCA------TTTTA-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TCTTTT--T-G-TTGATATTTAAAA--T-AGG-AA-ATATGT-TTGTATT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAATT---G--TAT---G-AGAATCA---A-ATA---TA-CGTGTTT-ATT-A-AT-TTTT--C-CAAA-------------------T--ATTCCGA--C-TTCGG--ATATTCTATT-----T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCC-TTA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CT-TGTAAAAATGGATCAA-C--AGCA-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--t
blockSeqs : TT A . T A C AATTCATGCACC T T ACA T A A A A G CTG ACCTGGA GAAATTAGATTAACAGGGAA C A T AGTGTGCT AA A TTT GT AC AA AAAAAAAAAACCCCCA ATTTTA T ATT A AA T CTTTTAAGGT CT GAA ATAAATAAATAAAAAGAAAGAAAAATTGATGAACC CATCTC TAAAC C A TA T ATAGT ACATTTTG AG AG ATA A GC C C TAA AC T T A GT AAAA AT T AA G C TCC CC ATAAGG GGCA C T AAC A T A C A CC A TTTCCTACACCTGTA AT T TT TTTTTTATTTT CT TGATTTTTTC C CGTCC GT G C A A AT A T G G TTCAG GATGT C T AA GATG C C TC TT AAAT TCA C TTTG CA TGTAGTG CA G GT GA . T GTTGTT AT A G
blockSeqs : . A . A . . CAATCG . T CA . . . . C G T . TC C . . ATTTTG AG A . . . . TATCAA GTTAA . . . . T TAGTACAA . GAA ATAAATAAATAAAAGAAAGAAAAAATTA CCTGC . . G . T . . . . A A . . . . . A . . G AA . . . . C . . CTGA AGCA T T . . . . . . T . TACATGTA . . . TGATAGACCG CA C . TTAA C . . . C . . . . . . . . . . ATGA . . . . . . C TTA . AG . A . . . . AGT G . .
blockSeqs : . T . A . . CATC . C TG . . . . G G T . TC T . . AATGTG AG A . . . . TATCG AAAG . . . . T . . GAG GACAGATATAATAAGCTACA . . . A . T . . . . . A . . . . . . . . A CA . . . . C . . CTGA AGTA . T . . . . . . . . TATTTTA . . . TTTTTTTTTC . . . . A . . . C . . . . . . . . . . GAG . . . . . . A . . . . . . . . . GT G . .
blockSeqs : . A . T . . CATC . T CA . . . . A T C . TT C . . AGTGTA TA A . . . . TATCA AA . . . . T . . GAA ATTAGGAAACAATTTCCA . . . G . T . . . . . G . . . . . . . . A AA . . . . C . . TTG GCCA . A . . . . . . . . TTCGGA . . . TATTCTATTT . . . . A . . . C . . . . . . . . . . AAG . . . . . . C . . . . . . . . . GT T . .
blockSeqs : . T . C . . CACC . C TG . . . . G G C . AT C . . AGTGTG AA A . . . . TATCG AA . . . . A . . GAA ATTATAAACACTTCA . . . G . T . . . . . A . . . . . . . . A AG . . . . C . . CAG AGCA . T . . . . . . . . TCT . . . TTT . . . . A . . . T . . . . . . . . . . GAA . . . . . . T . . . . . . . . . GT A . .
blockSeqs : . T . T . . CATC . C CG . . . . C G T . TC C . . AGTGTG AG A . . . . AATCG GT . . . . C . . TAA GATATACATACA . . . G . A . . . . . G . . . . . . . . T AA . . . . C . . CCA AGCA . T . . . . . . . . TTA . . . TTT . . . . A . . . C . . . . . . . . . . ATG . . . . . . C . . . . . . . . . AT A . .
blockSeqs : . A . A . . CATC . T TA . . . . C A T . TT T . . AGTGTG AA A . . . . TATTG AA . . . . A . . GGG TTTGTAAACAC . . . C . A . . . . . C . . . . . . . . T AA . . . . C . . CCG ATCA . T . . . . . . . . ATT . . . TT . . . . A . . . C . . . . . . . . . . AAG . . . . . . A . . . . . . . . . GT T . .
blockSeqs : . T . C . . CTAC . C CG . . . . T G A . TC C . . GTTGA AG A . . . . TATCA TA . . . . C . . GAA AATAATGAACA . . . A . T . . . . . A . . . . . . . . A AA . . . . C . . TTA ACA . T . . . . . . . . TA . . . T . . . . A . . . A . . . . . . . . . . GTG . . . . . . C . . . . . . . . . GT T . .
blockSeqs : . T . T . . CACA . T CA . . . . A T T . TC T . . AAGCA AG A . . . . TGTCA AA . . . . C . . GAA TTAGTAAACAC . . . A . T . . . . . A . . . . . . . . G AA . . . . C . . ATA ACT . C . . . . . . . . TT . . . T . . . . A . . . A . . . . . . . . . . GAG . . . . . . C . . . . . . . . . GT A . .
blockSeqs : . A . C . . CACC . T CG . . . . T T T . TC T . . TATG AG A . . . . TATAC CA . . . . C . . AAA ATTGATAACCA . . . G . T . . . . . C . . . . . . . . G AA . . . . C . . TGA A . T . . . . . . . . TT . . . T . . . . A . . . C . . . . . . . . . . GTG . . . . . . T . . . . . . . . . GT G . .
blockSeqs : . T . A . . CATA . C T . . . . C G T . TC T . . ATG A A . . . . TTT AG . . . . C . . TAA TATCAAACACA . . . G . T . . . . . C . . . . . . . . A TA . . . . T . . ATG A . T . . . . . . . . TG . . . T . . . . C . . . A . . . . . . . . . . ATG . . . . . . G . . . . . . . . . AT G . .
blockSeqs : . T . . . . AT . . . . . . . G T A . TC C . . A A G . . . . TAT AG . . . . T . . GAA ATTAGTAAACA . . . A . T . . . . . A . . . . . . . . G CA . . . . T . . CTG A . T . . . . . . . . TT . . . T . . . . A . . . A . . . . . . . . . . ATG . . . . . . C . . . . . . . . . AA G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . C . TC C . . . . . . . . . AAA AA . . . . C . . GAA ATTATAAACA . . . A . T . . . . . A . . . . . . . . G CT . . . . C . . ATA C . T . . . . . . . . TA . . . T . . . . C . . . T . . . . . . . . . . GAG . . . . . . C . . . . . . . . . GT T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TAG AG . . . . C . . G AAATAAGCA . . . C . . . . . . . A . . . . . . . . G AT . . . . T . . ATG A . T . . . . . . . . TA . . . T . . . . C . . . C . . . . . . . . . . ATG . . . . . . A . . . . . . . . . G G . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . A AA . . . . T . . G TATAAACA . . . A . . . . . . . A . . . . . . . . G AA . . . . T . . ATG A . A . . . . . . . . TA . . . T . . . . C . . . C . . . . . . . . . . GA . . . . . . A . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . AA . . . . C . . . TATAGAAA . . . G . . . . . . . C . . . . . . . . A A . . . . T . . ACC A . T . . . . . . . . TA . . . T . . . . A . . . A . . . . . . . . . . GA . . . . . . A . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TATAAACA . . . A . . . . . . . C . . . . . . . . G . . . . . . . . ATG A . . . . . . . . . . T . . . T . . . . C . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ATTAAACA . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : T******* ********* GAA********* *** CA***** T*********************** GT*****
originalCons : TATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TNGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------C---ATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TNT---G-AGA---A---A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T-----------T--ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AA-G----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
finalCons : TATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TNGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------C---ATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TNT---G-AGACA-----A-ATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T-----------T--ATTCCGA--C-TTCGG--AT-----------------------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAGT-----TGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 11111111111111111111 11111111 22222222222222222 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 22 4444444444444444444444 444444444444444444444444 1111111111
lowQualScore : 44 11111111 222222222 2 2 2 99999999 2 333 2 4 777 2 2 2 2 1 8 333 8888888 0 22222222222222222222 2 2 2 0 55555555 66 2 333 33 22 22 66666666666666666 55555555555 2 333 2 22 2 6666666666 22 999999999999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 55555 2 1 22 5 55555 77777777 22 0 22 777 2 22 1 1 333 22 3 1 2 22 5555 22 2 22 2 0 333 22 888 44 333 2 2 2 2 2 55 2 5555555555555555555555 22 2 0 22 888888888888888888888888 55 0000000000 1 88888 33 2 2 2 3 22 2 2 2 2 55555 55555 2 2 22 77777 2 1 22 22 4444 333 4 7777 22 8888888 0 44 1 22 22 3 1 999999 33 2 2
lowQualScore : .. ........ ......... . . . ........ . ... . . ... . . . . . . ... ....... . .................... . . . . ........ .. . ... .. .. .. ................. ........... . ... . .. . .......... .. ............ ............................................................. ...... ..... . . .. . ..... ........ .. . .. ... . .. . . ... .. . . . .. .... .. . .. . . ... .. ... .. ... . . . . . .. . ...................... .. . . .. ........................ .. .......... . ..... .. . . . . .. . . . . ..... ..... . . .. ..... . . .. .. .... ... . .... .. ....... . .. . .. .. . . ...... .. . .
lowQualScore : 22 00000000 333333333 1 7 7 77777777 7 777 7 7 777 7 5 5 5 0 2 777 7777777 3 77777777777777777777 2 7 7 1 99999999 88 6 999 11 99 99 44444444444444444 33333333333 1 777 1 99 9 8888888888 99 444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333 33333 1 5 99 3 33333 66666666 99 6 88 555 1 55 8 8 222 66 8 9 0 66 1111 88 0 88 0 2 333 66 000 88 555 0 1 1 1 1 00 1 2222222222222222222222 99 1 3 99 333333333333333333333333 22 2222222222 9 88888 33 0 1 1 5 99 1 4 4 4 99999 66666 2 1 99 44444 0 9 66 66 0000 333 2 4444 55 4444444 1 33 8 55 66 8 9 999999 77 1 2
consensus : TATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TNGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TN--TGAGAA-CAAATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T-T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAG----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
Reference ( family-2408 ) : TATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCNATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TNGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCGAAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--T-AGGAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TN--TGAGA--CAAATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T-T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCG-NG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCNTT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAG----TTGT-NG-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|1 : ATTTATGTA--ACAGTAACGTTACATAAATAAATAGCTATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATA--------C-AAT-T-GCCA-TAA-GAAAATC-AACAATTA-T-TCGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACAAAT---------TT---------TCTATTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTATTCCCACTCGATGG---TAGA--A--CA--ATA-----------TG-AAA---A----A--ATC-GA---AG-TG--GGACAAT----------T--TGGAATTTTTTTTT-------------T-T-A-T-AA-AC----------------------A-----------------TGCA------TTTAG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----CG--------TTTC--AATTTAAAGGA--TC--TATTTT--T-G-TTGATATT---CA--T-AAGAAA-ACATAT-TTA-AAT--CAAATTGAAA--CGT-C--AA-AAAGGT---T--TA--TGAGAAGCAAATA---TA-CGTATTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---------T-----------ATTCTGA--C-TTCAG--ATTTTTTTAATATTTT---------TTT--T----------T-AT-----GCCGCCC-ATA-GATATTA-AC-AAACTAT--TC-AAACATGT-GAC-A-AGA-----AA-----CG-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCT-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAA--AGA-------TGCATGC--A-TAAA--T--GTTCA-AAG-----TGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGTAAA
gi|10 : tggaATTTACGTA--ACAGA-------CAT-------------TTCCCAACAATTTTAACA-TTAATGCTTG--------C-ATC-T-GTTAACAATGAAAATC-AACACTTAACATAGCTGTTAAT-------TTT-------ATACGT---------TC---------CCTGTCC-GGG-TT--GAATGTTG-A--TTA--TACAAAAGGCGG---TAGA----------------------------------------TTC-AA---AG-TC--GGATTAT----------T--TTGAA---------AAAAA----------T-A-T-AA-AC----------------------A-----------------TGCA------TTTTG-----GCTTCTCAAAATAAGCTTT-------G--------TTTC--AATGAAAAGGA--T---C--TTT--T-A-CTTACATT---AT--TTAGGAAATGCATGT----------------GAAA--TGT-C--AA-AAG------T--TT--TGAGA--AGCATA---TA-CGTGTTTTGCT-A-AT-TTTT--CACAA----------T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--TTGATTTTTTCT-AT-----ACCGCGC-TTAGGAGATTA-AC-AAACAA---TC-AAccag
gi|11 : tgaATTAACGTATTGCAGA-------CAA---------GATATTTCCA--AATT-----A-TCAATAAAT-----------AT--T-G-----------AATC-AACACTTA-C-TCGCTGTTAATCTAT--TTTC-------GAATGT---------TC---------GCTGT--------TT-GCAT---------TAATTTCCATTG-CAA---TA----A--AA--ATT-----------T----A---A----A--TCT-GA---CG-TC--GGATAAT----------T--TG------------AGAAA-------TT-T-G-T-AA-AC----------------------A---------------C--GCA------ATT-G-----G-TTCTTGAAA--AGCTTTTATAGTTA--------TTT------TAAAAATA--TATATATTCT--A-G-TTTGTATC---AA--T-AGTAAA-ACATGT-CTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AG-AA----------------GGA--CCAAAA---TA-CGTGTTT-ACT-A-ATATTTT--C-C-CA---T---T--------------TTTCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTC----------------T-----ACCGCCA-ACA-GAGATCA-AC-ACAAAAT--TC-AAACtcaa
gi|12 : ATTTCAA-TAATTTAAACA-TTAATGCATG--------C-ATC-TTGTCA-CAA-TGAAACC-TACACTTA-A-TGGCTGTTAATCCAT--TTTC-------ACATGT---------TT---------CTTGTCCCGGG-TTTTGAATATTTTG--TTAGTCCCAATTAGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-TA---TT-TC--GGATAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------A----A-T-AATGA----------------------A---------------CATGCA------CTTGA-----G-TTCTCAAAA--AGCTTTG-----TG--------TTCT--AATTAAAATGA-------ATTTT--TCC-TTAATATT---AA--T-AGGAAA-GCATGT-TTA-AAT--CAAAATGAAA--TGT-C--GA-AAAGCT---T--T------------AAT----------------TT-A-A--TTTT--C-CAAATATT---T-T-----------ATTTT----T-TTTTT--A--------------T---------TTT--TC---------T-AT-----ACCGCCA-ATA-ccaa
gi|13 : AGAAGGA--T---TATTTT--T-G-TTGATATT---AA--A-AGGAAA--CTTGT-TTA-AAT--AAAAATGAAA--TGTTC--AA-A--GCT---T--TCAGGGAGG--CAAATA---TA-TGCGTTT-ACT-A-TA-TTTT--C-CAAC---T---T-CGG---------ATTTT------TTAAA--A--------------T---------TTTCTT----------T-AT-----ACCGCCA-ACA-GAGATT---------------C-AAACCCGG-AAC-A-CGG-----AAGATGTCACTGTGAAAATGGATTAG-C--AGCG-AG-TA-AGT-GCT--G--A----T---TTTCTT----GTGAC--AGA-------TGC---------TA--------------------TGT-GG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTc
gi|14 : cccaaaaaacgtattttattgtttcacggtgagcggaag---TAGAGTA--AA--ATA-----------T---AA---G----T--TTT-GA---AGATT--GCATAATCTTTTAAGGTT--TAGAG---------AAGAGGACAGATAT-A-A-T-AA-GCT---------------------A---------------CATGCACATCTCTTTCGTAAACA-TTCTCGGAA--AGCTTTT-----TGACATTTTGTTTC-----TAATAAGA--CA--TGTTTTGCT-A-TTGAT-TT---AAACT-AGAATA-ACATTT-TTA-ACT--A----TGA--------C--GA-AAAGCT---T--TC--CAAGAA-CAAAAA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-AAAA---T------------------TTCCGT--C-TTCGA--ATT------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCCCC
gi|14 : GGGGG---TATA--A--AA--A------------------A---A----A--TTC-GA---AG-AC--GGA-AAT----------T--TTGAA---------AAA----------T-T-AGT-AA-AC----------------------A---------------C--GTA------TTTTT-----G-TTCTTGGAA--AGCTTTT-----CG--------TCAT--AGTTAAAAATG--T---TATTCT--A-G-TTTAAATC---AA--T-AGCAAA-ACATGT-CTT-ATT--AGAAACAAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TC--CGAGA--
gi|15 : tagagtaaaatataagttttgaagattgcataatcttttaaggtttagagaagaggacagatataataagctacatgcacatctctttcgtaaacatATTTACGTA--ACGGT-------CAT---------GTAATTTCCA-TAATTTTACCA-CTAATGCATG--------C-ACC-T-GCCA-TGA-GAAAATC-AACACTTG-C-TAGGTTTTAATCCAC--TTTC-------GCACGT---------AT---------CCTGATCCGGG-TTT-GAATAATGTG--TTAGTCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TC-AAA---T----A--TTC-GA---AG-TC--GGTAAAT----------T--TGGAA---------AAAAA----------T-A-T-AG-A-----------------------A----------------ATGGA------TTTTC-----G-TTC--------------------------------TC--AATTAGAAGTA--T---TGATTT--T-G-TTGATA-T---AA--TAAGGAAA-ACATG
gi|16 : tagCTGCCTCGGT-TTT-GAAT--TATG--TTTATCTTA-TTGGGGG---TAAA--A--AAAAATA-----------TC-GAA---A----A--TTC-GG---AG-TC--GGA-AAT----------T--TTG-----------AAAAG-------AT-T-AGG-AA-AC----------------------AATTTC----------CA-GCA------ATTTA-----T-TACTCGAAA--AGCATGT-----C---------TTTC--TGTTG------------TCTTTT--T-G-TTGATATT---AA--C-AAG-AA-ATATCT-TTT-AGT-------T---A--TGA-C--AA-AAATCT---T--TT--TAGTA--CATATA---TA-CGCATT
gi|17 : tatttctatagctgactgcatctgacatacggagatcaacaTTT--T-G-TTGATACT---AA--T-ATGAAA-GCATGA-TTA-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGCT---T--TA--TAAGAAGCAAATA---TA-CGTGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---T---T--------------TTCCGA--C-TTCAG--A--------------T---------TTT--T----------TCAT-----ACCGCCA-ATA-G-------AC-ACACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-G-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AACG-A-------------------------------T----GTGCA--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-AAG----TTAT-GG-AAATAACTT-CTCTGTTACATAAAggtttat
gi|18 : taT--T----------C-AT-----ACC-CTGTATA-GAGATTA-AC-TCACAAT--TCAAAACGCAGTGACGA-AAG-----AA-----CG-TCGGAAAATGGATTGA-TAAAATGATG-TA-AGTCGTTTCG--AAAATT---TTCATT----GTGGCCAAGAAG-----TGCATGC--AGTTGAGTT--GTT-ATAAGTTGTTTGT-TG-AAATAAC---ATCAGT--CGTAAtccag
gi|19 : cagaaagatttatacatgtatagttatcatataatatataccaattatagcatgtattctggaaaaT-TTG-ATG--AAAAGTGAAA--TAT-C--AA-AAAACT---T--TC-------------------A-C-TGTTT-ACA-A-AT-TTTTT-C-CAAA---T-----------------GTTCCAA--C-TTTTTTTA--------------T---------TTT--T----------T-A------ATCACCA-ATA-GCGATAA-AC-TTATTGT--CT-AGACCTAA-GA--A-GGG-----AA-----CA-TGTGAAAGTGGATAAA-T--AACA-AG-TA-AAT-ATT--G--A----T---TTTCTA----ATGAT--ACATGTAGTGTGTATGC--A-TTAA--T--TTC----AG----TTGC-AG-AAATAATTT-GTTTtggtaaagcca
gi|2 : atttaaaggaaagctataaaaactatttcATTTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTAATTTCCA-TAATTTTAACA-TTACTGCATG--------C-ATC-T-ATCA-CAA-GGAAATC-AACACGGA-C-TGGCTGTCAATCCAC--TTTC-------ACACGT---------TC---------CCTGTCCCGGGATTT-G--TAA-GCA--TT-------ATTGGC-G---TAGA--A--AA--AAAAAAAAAAACCCCC-AAA---ATTTTA--TTCTTA---AG-CT--GGACCAA----------T--TGTAA---------AATAA-------ATAA-A-T-AA-ATAAAAAGAAAGAAAAATTGATGAA---------------CCTGCA------TTTTG-----G-TTCTCCAAA--AGA-TTT-----TA--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TATTTT--T-C-TTGATATT---AA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AAT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAACTTCCT--TC--TGAAG--CAAATA---TA-CGTGGTT-ACT-A-CG-TTTT--C-CAAA---T---T--------------TTCCGC--C-TTTAG--ATT------------T---------TTT--T----------T-AC-----ACCGCCA-ATA-GAGATTA-ACAACACAAT--TC-AAACCCGT-AAC-A-AGG-----AA-----CA-TGTGAA-----ATTGA-A--AGCA-TGATACAGT-GTT--G--A----T---TTCTTT----GTGGC--A-A-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAG----TGGT-
gi|20 : tgTT--T-G-ATTATACT---AA--T-ATGAAA-G-ATGAATTA-AAA--AACAATGAAAATTCC-C--AA-AAAG-T---T--TA--TAAGGAGCAAATA---TAACGTGTTT-ACTAA-AT-TTTT--C-C--A---T---C-T------------TTCCGA--CTTTCAG--A--------------------------T--T----------T-AT-----ACCGCCA-A------ATGACAC-ACACAA---TC-AAACCCGA-GAG-A-CGA-----GA-----CA-TG-GCAAATGAATTAA-C--AAC-----TA---------------------------T----GTGCA--AGA-------T-CATGCCAA-ATAA--TGAGTT-A-AA------TATATG-AAA-AACT---TCTCTTACATAAAgtta
gi|21 : aaAAA--T------AA-AACGCT---T--T---TGAAA--AAAACAAACTG-CATTTTT-ATT-ACAT-TTTT--C-CATA---T---T-------------AT-CCAA--C-TGCGA--A--------------TGATAGACCGTTT--T----------C-AT-----ACCGCAA-ATC-GAAAATT-AC-AAATA-T--TA-AAATCCAG-TGC-AGAGATTCAGAA-----CA-TTTGGAAATGGATGAA-C--AGCG-AA-TA-AGT-GTT--G--G----TTCATTCCTT----GTGAC--GAA-------TGCATGA--G-TTGA--C--ATT-G-AAG------AT-AG-AAATAACTT-GTCTGTTAAGTAAtcca
gi|22 : aAATC-AGCACTTA-T-TCGCTGTTAATTTAT--TTTC-------AAGTAT---------TT---------TCTGTCCCAAA-TTT-GAATAGTGTA--TCAATTCCGATTGGCGGTTTTAAA--AACAA--AAA-----------TC-GAC---C----A--TTC-AC---GG-TC--TGAAAAT----------T--TGG------------AAAA-------AT-TGA-T--A-AC--------------------------------------CATGTA------TTTTG-----G-ATCT-AAAA--AGCATTT-----TG--------AGCT--AGCTAGAAAGA--T---TATTTA--T-ACCTGATAGC---AA--G-AGGAAA-ACGTAT-TTG-AAT--AAAA
gi|23 : ---T--TA--TGAGAAGTAAATA---TA-CGTCTTT-ATT-A-AT-TTTT--T-CAAA---T-----------------ATTCCGA--T-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-ATTTAA-ACCACCC-ATA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACGCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAAAAATGGATTAA-C--AGCA-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--ATA-------TGAATGC--A-TTAG--T--GTT-A-AAA----TTGT-TG-GAATAACTT-CTCTGCTGAGTAAA
gi|24 : AATAGTGTGCTTTA-TCTCAATTAGTGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TT-GAA---A----G--TTC-AA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGGG---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-------------------------A---------------CATGCA------TTTTA-----G-TTCTGAAAA--AGC-TTT-----TG--------TTTC--AGTTCAAAGGG--T---TCGTTT--T-G-TTGATGTT---ttc
gi|24 : tacATTTACATA--ACAGT-------TAT---------GCTATTTCCA-TAATTTGAA-------------------------C-T-GCCA-TGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TCGCTATCAATgatagcgagtaagtgttgattttctcatggcagttcaaattatggaaatagcataactgttatgtaaattc
gi|25 : tacaacatcaacaaaacgaaccctttgaactgaaacaaaagctttttcagaactaaaatgcatgtttataattttttccccaaattgtccgactttgaactttcaatatttttctaccactaattgagataaagcacactATTTACGTA--ACAGT-------CAT---------GCCATTTCCA-TAATTCTAACA-TTAGTGCATG--------C-ATC-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TTACT-TTAATCCAT--TTTC-------ACACGT---------TC---------CTTGTTCCGGtc
gi|26 : tgg-AGT-GTT--G--A----T---TTCCTT----GGGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--A--GTT-A-AAG----TTGT-TG-AAATAACTT-GTCTGTTATGTAAA
gi|27 : taggaataacatacatgtatataatattctctttaatt--AA--ATA-----------TC-AAA---A----G--TTC-GA---AG-TT--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA----------T-A-T-AA-------------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTAGGAA--AGTTCCT-----TG--------CTTC--A---------A--T---TCTTTT--T-G-TTTATATT---AT--T-AGGAAA-ACtcca
gi|28 : -----CA-TGTGAACATAGATTATTC--AGCA-AG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCCCT----GTGAT--AAA-------TAAAAGC--A-T-AA--T--G-----AA--------T-AG-AT-TAACCT-ATCTGTTATTTAAA
gi|29 : G-TG-TA-ATT-TTT--G--T----T---TTCTTTTTA-GTGAC--AGA-------TGCATTT--A-TCAA--T--GTT-A-A-G----TTGT-GG-AAACAACTT-GTCTCCTACGGAAAtcc
gi|3 : --ATAGA-------CAT---------ACTACTTCTA-CAACCTCAATA-TTAATTAATG--------C-TAC-T-GTCA-TAC-GGACATT-AGAATTTA-C-TAACTGTTAATCTAA--TTTCACCTGGAACAGGTGAAATTAGATTAACAGGGAACCTGTCCCGGA-TTT-AAAT--------------CTA--TGGCGG---TAAA--A--AA---------------------------------TCC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TGGAA---------AAA------------T-A-TCAA-AC----------------------A---------------CAT--A------TTTTC-----G-TACTTGAAA--AGCTTTC-----TG--------TCAT--AATTAAAAAAAAGT---TATTTT--C-G-TTTATAGA---GG--T-AGAAAC-ACAT----------------AGGAAA--AGC-C--AA-GAAACT---T--AC--TGAGAGCCAAA-A---TG-CGTGTTT-TCT-A-AC-ATAT--A-CAAA---T---T-TCCTACACCTGTACTTTGAATT-TTCGA--C--------------T---------TTT--T----------T-CT-----TCCGCCA-ATG-GTTATAA-AC-TCGCAAT--TT-AAACCCTG-GAC-A-GAG-----AA-----CA-TTTGAAAATGGATTAA-C--AAGG-AG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTTGTTTTTGGTAAT--AGA-------TATACCC--C-TCGA--T--ATT-A-AAG----TTGT-GG-AATTAACTT-GTCGGTTGCGTAAAtc
gi|30 : taAA-T--AGCG-TG-TA-AGT-GTT--G--G----T---TTTCTT----ATGAC--TAG-------TACATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AG------TGT-GG-A
gi|31 : agatttctgaatttatgta--T----------T-AT-----ACCGCCC-TTA-GAGATTA-AC-AAACAATATTC-AAAACCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAAAAATGGATTAA-C--AGt
gi|32 : T-GTT--G--A----T---T-CCTT----G-GAC--AGA-------TGCATGCA-A-TTAA--A--GTTAA-AAG----TTGT-TG-AAATAACTTGGTCTGTTATGTAAt
gi|33 : C--AGA-------TGGATTC--A-TTAA--T--ATT-A-AAG----TCGT-GG-ACATAATTT-GTTCATTACGTAAAtc
gi|4 : ATTTACGTA--CCAGT-------CAT---------GCAATAATCA-TAATTTTAACA-TTAATGTATA--------C-ACA-T-GCCA-CGA-GAAAATC-AACACTTA-C-TTGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACATGT---------TC---------CCTGTTCTGGG-TTT-AAATAGTGTG--TTAGTCCAAATTGGCGG---T-GG--A--AA--ATA-----------TCAAAA---A----A--TTT-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--TG------------AAAAA-------AT-T-A---A--------------------------A---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTTAAAGAT--T---TATTTT--T-G-TTGAT-TT---TA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AAT--TAAAATGAAT--TGT-C--AA-AATGTT---T--TA--TAAGAAGCAAATA---TA-CGTGTTT-AGT-A-AT-TTTTCCC-CAAA---------T-----------ATCCCTA--C-TTT-G--A--------------TTTTTTTTTCTTT--T----------T-AT-----ACCGCCC-ATA-GTGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCAGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA-TGTAGAAATGGATTAA-C--AACA-TG-TA-ATC-ATT--A--A----T---TTCATT----GTGAC--AGG-------TGCATGC--A-T---------------------------G-AAATAACTT-GTCTGTTACGTAAAcacaggc
gi|5 : tagTATTTACGCA--GCAGT-------TAT---------GCCATTTCCA-TAATTTTAACA-TTAATGCATG--------C-ACC-T-G------A-GAAAATC-AACAATTA-C-TCGCTTTTAAGCAAT--TTTC-------ACACAT---------TC---------CCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAATCCCAATTGGCGG---TAGA--A--AA--ATG-----------TC-AAA---A----G--TGC-AA---AG-TC--GGATAAT----------T--TGAAA---------AAAAA-------AT-T-A-T-AA-AC----------------------ACTT------------CATACA------TTTTG-----G-ATCTCAAAA--AGCTTCT-----TG--------TTTC--AATTAAAACAA--T---TAATTT--T-G-TTGATATT---AT--T-AGGAAA-ACAAGT-TTG-AAT--CAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAGTT---T--TA--TGAGA---AGATA---TA-CGCGTTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---TACATGT-----------ATTCCGA--C-TTCGG--A--------------T---------TTT--T----------T-AT-----ACCTCCC-TTA-GAGATTA-AC-ATACAAT--TC-AAACTCGG-GA--A-AGA-----AA-----CA-TGTGAAAATGGATTAA-C--AGCA-------------T--G--A----T---TTCATC----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-ATAA--T--GTT-A-ATA----TTGT-TG-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtccag
gi|6 : TTACTTA--ACAGA-------CAT---------GTTAATTC-A-TAATTTTAACA-TT-ACGCATG--------CAATCGT-ATCA-CAA-GGAAATCAAACACGGG-C-TGGCTGTCAAGCCACTGTCTC-------ACACGT---------TC---------CC-GT-CCGGA-TTT-G--TA---------AG---CTATTGGC-G---TAGA--A--AA--AAA--------------AAA---A----A--CCC-CAATTAG-TTAAGTACAATTAGTACAA--T--TGTAA---------AATAA-------ATAA-A-T-AA-AT----------------------AAAAGAAAGAAAAAATTATGAACCTGC-TTTTG-----G-TT-TCCAAA--AGA--TT-----TA--------TTTCAGAATT-AAAGGA--T---TATTTT--C---TTGATATT---TA--T-AGAAAA-ACATGT-TTG-AATAAAAAAAT-AAA--TGT-CAAAA-AAAACT---TCCTC--TGAAG--CAAATA---TA-CGTGGTT-ACT-A-G--TTTT--C-CAAA---T------------------TTCCGC--C-TTTAG--AT-------------T---------TTT--T----------T-AC-----ACCGCCA-ATA--AGATTA-CA-ACACAAT--TC-AAACCC-G-TAC-A-AG------AA-----CA-TGTGGAAATTGA--AG-C--AGTG-A--TA-AGT-GTT--GTTA----T---TTC-TT----GTGGC--AGA-------TG-ATGC--A-TTAA--T--GCT-A-AA
gi|7 : tgaaATTTACGTA--ACAGT-------TAT---------CCCATTTCCA-TAATGTTAACA-TTAATGCATG-----------------------A-GAAAATC-CACATTTA-C-TTGCTTTTAATCCAT--TTTC-------ACACAT---------TC---------CCTGTTCCGGG-TTT-GAATAGTGTG--TTAGTCCCAAATGGAGG---TAGA--A--AA--ATA--------------GAA---A----AAGTTA-GA---AG-TC--GAACAAT----------T--TGGAA---------AAAAA-------A--A-A-T-AA-------------------------G---------------CATGCA------TTTTG-----G-TTCTCAGAG--AGC-TTT-----TG--------TCTC--AATTAAAAAGA--T---TCTTTT--T-G-TTGATATT---TT--T-AGGAAA-ACATGT-TTA-AAT--CTAAGTGAAA--TGT-C--GA-AAAGTT---T--TA--TGAGAAGCAAATA---TA-CATATTT-ACT-A-AT-TTTT--C-CAAA---------T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--ATTTTTTATTT----T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCC-TTA-GAG-----------------TT-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CA---------------AA-C--AGCA-TG-TA-AAT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--T--GTT-A-AAA----ATGT-TT-GAATAACTT-GTCTGTTACGCAAAtgtg
gi|8 : tag-TAACTCTAACT-TTAATAAATG--------C-ATA-T-GTCA-T-A-GAAAAGA-AACACTTA-C-TAGTT-TTAATCCAA--TATC-------TGATGT---------TC---------CCTGTCCCGGA-TTT-GA-----------T--TTCTA--TGGTGG---TAGA--A--AA--A----------------AAAGTTA----A--TCC-AA---CG-TC--TGATAAT----------TCTTG--------------AAT-------AT-T-AGT-AA-AC----------------------A-----------------TGCC------TTTTG-----G-GTGTTGCAA--TGTTTTA-----CG--------TCAT--AATAAAAAATA--T---TCTACT--A-A-T--ATATC---AA--T-AGAAAT-ATATGT-CTG-AAT--ATAAATAAAA--TGT-A--AAGAAAGTA---T--TA--CCAGAA-CTAAAA---TA-CATGTTT-ATT-A-AT-GTTT--C-CAAA---A---T-T-------------TCCTA--C-TTCGG--A--------------T---------TTTCAT----------T-TTCGTCCACTGCCA-ATA-GAGATAA-AC-ACATAAG--TC-AAACTCAG-GAC-A-GAA-----AA-----C---GTGAAAATTAATGAA-C--AGTG-AG-TA-AGA-ATT--G--T----T---CTCATT----GTGAC--AGA-------TGTATTC--A-TTAG--T--GTT-A-AAG----TTGA-AGAAAATAAGTT-GTCTGTTCTGGAAAtcca
gi|9 : ttacgtaactactATTAACCCA--ACAGT-------CAT---------GCAATTTCCA-TAATTTTAACACTTAATACATGAATTCATGC-ACC-T-ACCA-CGA-GAAAATC-AAC----A-C-TTACT-------TAC--TTTT-------A----------------------------ATCC---A-TTT-TCACA---TG--TTAGTCCCAGTTGGCGG---TAGA--A--AA--ATA-----------TA-CAT---A----A--TTC-GA---AG-TC--GGACAAT----------T--CGGAA---------AAAAA-------GA-T-A-T-AC-AT----------------------A---------------CACGCA------TTTTA-----G-TTCTCAGAA--AGCTTTT-----TG--------TTTC--AATTAAAAGGA--T---TCTTTT--T-G-TTGATATTTAAAA--T-AGG-AA-ATATGT-TTGTATT--AAAAATGAAA--TGT-C--AA-AAAATT---G--TA--TGAGAATCAAATA---TA-CGTGTTT-ATT-A-AT-TTTT--C-CAAA---------T-----------ATTCCGA--C-TTCGG--ATATTCTATT-----T---------TTT--T----------T-AT-----ACCGCCC-TTA-GAGATTA-AC-AAACAAT--TC-AAACCCGG-GAC-A-AGA-----AA-----CT-TGTAAAAATGGATCAA-C--AGCA-TG-TA-AGT-GTT--G--A----T---TTCATT----GTGAC--AGA-------TGCATGC--A-TTAA--t