lowQualScore : 2222222 3 11111111 333 111111111111111111111 2222222222 3333 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 333333333 3333333 33333333333333 11 1
lowQualScore : 7 5 1111111 6 4 66666666 777 0 999999999999999999999 4 6666666666 55 55 4 44 8888888 33 5555 4 22 55555 55 2 2 4 9999999 888 33 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 444 0 2 777 222222222 2 2 33 9999999 777 33 5 2 2 1 99999999999999 6666 33 3 0 77
lowQualScore : . . ....... . . ........ ... . ..................... . .......... .. .. . .. ....... .. .... . .. ..... .. . . . ....... ... .. .................................................................................................................. .. ... . . ... ......... . . .. ....... ... .. . . . . .............. .... .. . . ..
lowQualScore : 0 6 7777777 7 3 88888888 111 7 333333333333333333333 4 6666666666 55 55 0 66 7777777 44 3333 2 99 33333 22 1 1 2 4444444 333 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 777 7 7 333 222222222 9 9 99 1111111 999 99 7 9 9 4 22222222222222 5555 55 1 8 99
consensus : NACAGGTATCTGAAT-------TTG-A-CATGTCA-C-TAT--GTATC--AATGGA----T-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AAT--C--A-TG--G-------GAAA--AAAAA-CTG-C--AC-----T-TGATC-T-ACC-AC-------TGA---AA--A--A-AAGGA-AT-TAAG--A--AT------N-------TTA--C------A-GC-C---AG--GTA-T--TACAA-TA--GC------NAAT-A-TG-C-ACA-----ATG-GGA--T---A-TC-AAC---TA--TAACAANTTT-G-TG--ATGAAA-AA-TGTAAA---TT--T-T-A-TACAA-TT---T-G-----TT----ATG--A-AATA--TACGAA
Reference ( gi|3 ) : CACAGGTATCTGAAT-------TTG-ATCATGTCA-C-TAT--ATAT---AATGGA----T-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AAT--C--A-TG--G-------GAAA--AATAG-CTG-C--AC-----T-AGATC-T-ACC-AC-------TGA---AA--A--A-AAGGACATGTAAG--A--AT------T-------TTA--C------A-GC-C---AG--GTA-T--TACAA-TA--GC------CAAT-A-TG-C-ACA-----ATG-GGA--T---A-TC-AAC---TA--TAACAGATTT-G-TG--ATGAAG-AACTGTAAA---TT--T-T-A-TACAA-AT---T-A-----TT----ATG--A-ACTA--TACGAAG
gi|1 : ACAGGTA-CTGACTAGAAGTCTTG-A-CATGTCAAC-TAT--GTAT---CA-AGA----T-GAGT--A--A-----TGTATT--T-------AAGGGC--A-TG--GAGTAGAGGAAAGGAA-AA-CTG-CCAAC-----G-TGATC-T-A------------------------------GACAT-TAAG--ATTAT------A-------TTA--C------AAGC-CGGGAG--GTA-TA-TACAA-TAAAGCAATAATTAAT-A-TG-C-ACAATAGGATG-AGA--T---A-TC-AACA--TA--CAATATATGT-G-CA--TTGAAATAGGTGTAGAAGGTT--TAT-A-TCCCA-ATTTGT-G-----TC----ATGT-A-ACTGATTACGA
gi|5 : TATCTGAAT-------TTG-A-CATG--A-G-TGA--GTATC--AATGGA----T-G-TA--A--G-----TTT-TG--T-------AAT--C--G-TG--G-------GAAA--AAAAACCTG-C--AC-----T-GATTC-T-ACC-ACT------TGA---AA--AACA-AAGG------AAG--AG-AT------TATA----TTA--TCCA---A-GC-C---A---GTATT--TACAATTA--G-------CAAT-A-TG-C-ACA-----ATcaaaat
gi|2 : ACCTGAAT-------TTG-A-CATGTCA-C-TATT-ATATCC-AATGGA----T-G-GCAAA--G-----TTT-TTG-T-------AAT--C--G-TG--A-------AAAA--AA-AA-ATG-C--AT-----C-TGATC-T-ACC-AC-------TCACTGAA--A--C-CNNNNNNNNNNNN--N--NN------N-------NNN--N------N-NN-N---NN--NNN-N--NNNNN-NN--NN------NNNN-N-NN-N-NNN-----NNN-NGATTT---A-TC-CAC---TA--TGACAT-TTT-G-TG----GATG-AAATGTAAA---TTTAT-T-ATTACAA-TT---T-AATTTGTT----ATG--ACAATA--TACGAAtcttttggatgtgaaatgtaatttaacattttgttacataatgaaatgatacgaaaaa
gi|16 : ATCTGA-T-------TTG-A-CATGTCA-C--ATCAGTAT---CATCGACGACT-G-GT--A--ACGTCATTT-TG--T-------AAT--C--A-TG--G-------AAAA--AAAAACCTG-C--AC-----T-TGAT--T-ACA-CC-------TGA---AA--aata
gi|19 : taAAT-------TTGCACCATGTCA---TAT--ATATCG-AATG-A----T-G-GT--AA-G-----TTT-CT--TGGGGTATAGT--C--A-TG--G-------GAAA--AAGAT-CTGAC--AC-----T-
gi|4 : -------TTG-A-CA-GTCA-CGTAT--ATATC--AATGTA----TTG-GT--AAAG-----TTT-TG--T-------AAT--C--A-TGCGG-------GAAA--AAAAA-CTG-C--AC-----T-TGATC-G-ATC-AC-------TGA---AA--A--A----CANNNNNNNN--N--NN------N-------NNN--N------N-NN-N---NN--NNN-N--NNNNN-NN--NN------NNNN-N-NN-N-NNN-----NNN-NGA--T---AGCC-AAC---TA--T-ACAATTTT-G-CG--ATGGAA-AA-TGTAA-----T--T-T-A-T-CAATTT---T-G-----TT----ATG--A-AATA--TACGAA
gi|6 : T--ATATTCCAATGGA----C-G-TA--A--G-----TTT-TT--TG------AAT--C--AATG--G-------AAAA--AA----CTG-C--AC-----T-TG-TC-T-NNN-NN-------NNN---NN--N--N-NNNNNNNNNNNNN--N--NN------N-------NNN--N------N-NN-N---NN--NNN-N--NNNNN-NN--NN------NN-----------------------GA--T---AGTC-AA----TA--TA-CAATTTT-G-TG--ATGAA-----TGTAAA---GT--T-T-A-TACTT-TT---T-G-----TT----ATG--A-AATA--TACGAAaa
gi|8 : gttatc--A--A-----TTT-TTGGT-------AAT--C--A-TG--G-------GGGG--AAAAG-CTG-C--AC-----T-TTATC-T-ACC-AC-------TGA---AA--AACA-AAGGA-AT-TAAG--G--ATTAGATAT-------TTA--CAA----A-GC------A--GTA-TGATACAA-TT--G--------AAT-A-TG-C-AC------ATGTATA--T---A-TC-AAC---TA--ATACACTTTT-GTTG--ATGAA--AATGGAAAA---TC--T-T-A-C---A-AT---T-AAG---TC----ATG--G-Aata
gi|14 : --G-----TTT-TTGCT-------AAT--CCTA-TG--G-------AAAA--AA----CTG-C--ACATTGAC-AAATC-TTACC-AC-------TGA---AA--A--A-----ACA---AAG--A--AT------TTGTTATATTA--C------A-ACAC---A---TTATT--TACAATTA--GC------AATT-ACTG-C-ACG-----AT--GGA--T---ATTC-AAC---TA--
gi|15 : AT--C--A-TG--G-------AAAA--AA--A-CTG-C--AC-----T-TGATC-T-ACC-gtac
gi|11 : G--G-------CAAA--AAAAA-CTG-C--AC-----T-TGATA-T-ACC-AC-------TGA---AA--A---------CNNNNNNN--N--NN------N-------NNN--N------N-NN-N---NN--NNN-N--NNNNN-NN--NN------NNNN-N-NN-N-NNN-----N----GA--T---A-TCCAAC---TA--TTACA-ATTT-G--G--ATT--G-AAATGTAAA---TT--T-TTA-AACAA-TT---TTG-----TT----ATG--A-AATA--TACGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngataatcatatacaattttgtgatgaattta
gi|10 : --G-------GAAA--AAAAC-CTG-A--AG-----T-TGATC-T-ACC-AC-------TGA---AA--A--C-ANNNNNNNNNNNN--N--NN------N-------NNN--N------N-NN-N---NN--NNN-N--NNNNN-NN--NN------NNNN-N-NN-N-NNN-----NNG---A--T---A-TC-A-C---TA----ACAAATTTTG-TA--ATGAAA----TGTAAA---TT--T-T-A-TACAATTT---T-G-----TT----ATG--A-AATA--TACGAAaa
gi|12 : -------GAAA--AAAAA-CTG-C--AC-----T-TGATC---AAC-AC-------TGA---AAACA--A-AAGGA-AT-TAAG--A------------------TTA----------------------ATA----TACAA-TA--G-------CAAT-A-TG-C-AC------AT---GA--T---A-TC-AAC---TA--T-ACAATTTT-G-TG--ATGAAA----TGTAAA---TT--T-T-A-TACAATTT---T-G-----TT----ATGA-A-AATA--TACGAAaata
gi|7 : -------GAAA--AGAAA-CTGGC--AC-----T-GAATC-T--CT-ACATCTCTGTGAC--AA--ACCA-AAGGA-AT-TA-G--A--AT------T-------CTA--CTTAACAA-GC-C---AGTCATAGT--TACAA-TA--GC------ACATGA-TG-C-ACA------TG-G-A--T---AATA-AAG---TA---AGCGAATTT-T-TGTTATGCAT-AATAGTAAA---AT--T-T-A-TACAATTT---T-A-----TT----ATGA-A-ACTAC-TACaat
gi|23 : t-------GAAA--AA----CTG-C--AC-----TTGGATC-T-ACC-AC-------TGA---AA--A--C-AAGGGAAT-TAAG--A--
gi|22 : AA--AA-AA-CTG-C--AA-----T-GGGTC-T-ACC-AC-------TGA---AA--GC-A-AAAGAAAT-TAAG--A--AT------T-------tt
gi|13 : AA-CTG-C--AA-----T-TGATC-T-ACCCAC-------TGA---AA--ACCA-AAGGA---ATAAG--ATTAT------A-------TTAGAC------A-GC-C---AG--ATA-T---ACAA-TA--GC------CAAT-ATTGCC-AC------AT--GGA--TTTCA-GC-AAC---TGCCT-ACAATTTT-G-TG--ATT--G-AAATGTACA---AT--T-T-A-TACAA-at
gi|9 : aAA-CTG-C--AC-----T-TGATCTT-ACCAAC-------TGA---AA--AC-A-AAGGA-AC-TAAG--ATTAT------A-------TCA--C------A-AC-C---AG--GTA-A--TA-AA-TA--GC------AAAT-A-TC-CTATC-----AT---GA--T---A-GC-AACCTATA--TATTATTTTG-G-TG--ATGAA-----TGTAAA---CT--TAA-A-TACAA-TT---T-GT----TT----ATGAAA-AAGA--TACGAA
gi|21 : aacaaG-C--AA-----T-TGATC-T-ACC-AT-------TGAC--AA--C--ATAAGGA---GTAAG--ATTAT------A-------TTA--C------A-AC-C---a
gi|24 : GATC-T-ACC-AC-------TGA---AA--AC-A-AAGGA-AT-TAAGATA--GC------A-------TAA--C------A-AC-C---AG--Gcga
gi|17 : AAT-A-T--C-ACA------TG-G-A--T---A-TC-AGC---TA--TA----ATTT-G-TG--ATGAAA-A--TGTAAT---TT--T-A-A-TACAA-AA---T-T-----TTAGACATG--A-AATA--TACGAA
gi|18 : ttaG-C-ACA------TG-G-A--T---A-TC-AAC---TA--TG-CAATTCT-G-TG--ATGAAA----TGTAAA---TT--T-T-A-TACAATTT---T-G-----TT----TTG--A-AATA--TACAAAcatata
gi|20 : GA--T---A-TC-AAC---AA--TGT--GATTT-T-TG--ATT--G-AAATGTAAAA--TT--T-T-A-TCCAA-TT---TCG-----TT----ATG--A-AAT---TACGAAaata
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 2222222222 11111111 22222222 2222222222222222222222222222222222222222222 222222222222 11111111 1111111 1
lowQualScore : 3 3 8888888 5 5 5 999 5 66 666 888 1 5 66666 44444444 4 3333333333 55 55 3 44 22222222 2 4 4 22 2 2 6666 2 2 2 4444 2 8888888 4 55555555 4 55 22 3333333333333333333333333333333333333333333 5 33 99999999 2 5 2 444444444444 33 666 8 2 2 2 66666666 2 333 33 2 4 8888888 2 33 55 33 2 2 2 444 99999 2 2 99 2 77777 66 2 3
lowQualScore : . . ....... . . . ... . .. ... ... . . ..... ........ . .......... .. .. . .. ........ . . . .. . . .... . . . .... . ....... . ........ . .. .. ........................................... . .. ........ . . . ............ .. ... . . . . ........ . ... .. . . ....... . .. .. .. . . . ... ..... . . .. . ..... .. . .
lowQualScore : 8 2 6666666 7 7 7 444 0 99 222 888 4 0 77777 33333333 0 0000000000 00 00 6 22 55555555 2 2 0 88 0 0 2222 0 0 0 2222 0 5555555 0 55555555 2 11 99 8888888888888888888888888888888888888888888 3 77 66666666 5 0 4 888888888888 11 111 9 2 2 2 22222222 4 222 22 4 7 8888888 5 44 33 44 5 5 5 444 77777 5 7 00 7 11111 88 9 3
consensus : NACAGGTATCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTCA-C-TA-T--ATAT-C-A---ATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AAT--C--A-TG--G-------GAAAA-AAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TC-T-A-C----C-AC-------TGA-AA--A--A--AAGGA-AT-TAAG--A--AT------ATT--AC------A-GC-C---AG--GTA-T--TACAA-TA--GCAA------AT-A-TGC-ACA-----ATG-GGA--T---A-TC-AA-C-TATA-AC-AATTTT-G-T-G--A-T-GAAAAA--T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AA-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAA
Reference ( family-2403 ) : NACAGGTATCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTCA-C-TA-T--GTAT-C-A---ATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AAT--C--A-TG--G-------GAAAA-AAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TC-T-A-C----C-AC-------TGA-AA--A--A--AAGGA-AT-TAAG--A--AT------NTT--AC------A-GC-C---AG--GTA-T--TACAA-TA--GCNA------AT-A-TGC-ACA-----ATG-GGA--T---A-TC-AA-C-TATA-AC-AANTTT-G-T-G--A-T-GAAAAA--T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AA-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAA
gi|1 : ACAGGTA-CTGACTAGAAGTCTTG-A-C-ATGTCAAC-TA-T--GTAT-C-A---A--GAT-GAGT--A--A-----TGTATT--T-------AAGGGC--A-TG--GAGTAGAGGAAAGGAAAA-CTG-CCAAC-GTG-A----TC-T-A----------------------------------GACAT-TAAG--ATTAT------ATT--AC------AAGC-CGGGAG--GTA-TA-TACAA-TAAAGCAATAATTAAT-A-TGC-ACAATAGGATG-AGA--T---A-TC-AA-CATACA-AT-ATATGT-G-C-A--T-T-GAAATAGGT-GTAGAAG-GT--T-T-A-TATCCC-----AA-TT-T--G-T
gi|10 : --G-------GAAAA-AAAC-CTG-A--AG-TTG-A----TC-T-A-C----C-AC-------TGA-AA--A--C--ANNNN-NN-NNNN--N--NN------NNN--NN------N-NN-N---NN--NNN-N--NNNNN-NN--NNNN------NN-N-NNN-NNN-----NNN-NGA--T---A-TC--A-C---TA-ACAAATTTT-G-T-A--A-T-G--AAA--T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAgtcatgtaactgattacgacaaaat
gi|11 : G--G-------CAAAA-AAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TA-T-A-C----C-AC-------TGA-AA--A------------C-NNNN--N--NN------NNN--NN------N-NN-N---NN--NNN-N--NNNNN-NN--NNNN------NN-N-NNN-NNN-----NNN-NGA--T---A-TCCAA-C-TATT-AC-AA-TTT-G---G--A-TTGAAA----T-GT--AAA-TT--T-TTA-AA---C-----AA-TT-TT-G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAaata
gi|12 : -------GAAAA-AAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TC---A-A----C-AC-------TGA-AA--ACAA--AAGGA-AT-TAAG--A-----------TT--A--------------------ATA-T---ACAA-TA--GC-A------AT-A-TGC-ACA------TG---A--T---A-TC-AA-C-TATA--C-AATTTT-G-T-G--A-T-GAAA----T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--G-TT-----ATGA-A-AAT-ATACGAAaa
gi|13 : AAA-CTG-C--AA-TTG-A----TC-T-ACC----C-AC-------TGA-AA--ACCA--AAGGA-A--TAAG--ATTAT------ATTAGAC------A-GC-C---AG--ATA----TACAA-TA--GCCA------AT-ATTGC--CAC----AT--GGA--TTTCA-GC-AA-C-TGCCTAC-AATTTT-G-T-G--ATT-G--AAA--T-GT--ACA-AT--T-T-A-TA---C-----AA-aat
gi|14 : --G-----TTT-TTGCT-------AAT--CCTA-TG--G----------AA-AAAA-CTG-C--ACATTG-ACAAATC-TTA-C----C-AC-------TGA-AA--A--AACAAAGA-AT-TTGT--T--AT------ATT--AC------A-ACAC---A---TTATT--TACAATTA--GCAA------TT-ACTGC-ACG-----AT--GGA--T---ATTC-AA-C-TA
gi|15 : AT--C--A-TG--G---------AAA-AAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TC-T-A-C----C-------------------------NNNN-NN-NNNN--N--NN------NNN--NN------N-NN-N---NN--NNN-N--NNNNN-NN--NNNN------NN-N-NNN-NNN-----NNN-NGA--TA--A-TC-A----TAT--AC-AATTTT-G-T-G--A-T-GAAgtac
gi|16 : ATCTGA-T-------TTG-A-C-ATGTCA-C--A-TCAGTAT-C-ATCGACGACT-G-GT--A--ACGTCATTT-TG--T-------AAT--C--A-TG--G-------AAAAA-AAAACCTG-C--AC-TTG-A----T--T-A-C----A-CC-------TGA-AA--ttta
gi|17 : taA------AT-A-T-C-ACA------TG-G-A--T---A-TC-AG-C-TATA-A-----TTT-G-T-G--A-T-GAAAA---T-GT--AAT-TT--T-A-A-TA---CAA---AA-TT-TTAG-AC-----ATG--A-AAT-ATACGAA
gi|18 : ttaGC-ACA------TG-G-A--T---A-TC-AA-C-TATG--C-AATTCT-G-T-G--A-T-GAAA----T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--G-TT-----TTG--A-AAT-ATACAAAcatata
gi|19 : AAT-------TTGCA-CCATGTCA---TA-T--ATAT-CGA---ATG-AT-G-GT--AA-G-----TTT-CT--TGGGGTATAGT--C--A-TG--G-------GAAAA-AGAT-CTGAC--AC-Taata
gi|2 : ACCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTCA-C-TATT--ATATCC-A---ATGGAT-G-GCAAA--G-----TTT-TTG-T-------AAT--C--G-TG--A-------AAAAA-AAAA--TG-C--AT-CTG-A----TC-T-A-CCACTC-AC-------TGA-AAC-C--N--NNNNN-NN-NNNN--N--NN------NNN--NN------N-NN-N---NN--NNN-N--NNNNN-NN--NNNN------NN-N-NNN-NNN-----NNN-NGATTT---A-TC-CA-C-TATG-AC--ATTTT-G-TGG--A-T-G--AAA--T-GT--AAA-TTTAT-T-ATTA---CAATTTAA-TT-T--G-TT-----ATG--ACAAT-ATACGAA
gi|20 : GA--T---A-TC-AA-C-AATG--T-GATTTT---T-G--A-TTGAAA----T-GT--AAAATT--T-T-A-TC---C-----AA-TT-TC-G-TT-----ATG--A-AAT--TACGAAaata
gi|21 : G-C--AA-TTG-A----TC-T-A-C----C-AT-------TGACAA--C--AT-AAGGA-G--TAAG--ATTAT------ATT--AC------A-AC-C---aatat
gi|22 : AA-AAAA-CTG-C--AA-TGG-G----TC-T-A-C----C-AC-------TGA-AAGCA--A--AAGAA-AT-TAAG--A--AT------cga
gi|23 : A-AAAA-CTG-C--AC-TTGGA----TC-T-A-C----C-AC-------TGA-AA--AC-A--AGGGA-AT-TAAG--A--tat
gi|24 : gG-A----TC-T-A-C----C-AC-------TGA-AA--AC-A--AAGGA-AT-TAAGATA--GC------ATA--AC------A-AC-C---AG--Gtt
gi|3 : ACAGGTATCTGAAT-------TTG-ATC-ATGTCA-C-TA-T--ATAT---A---ATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AAT--C--A-TG--G-------GAAAA-ATAG-CTG-C--AC-TAG-A----TC-T-A-C----C-AC-------TGA-AA--A--A--AAGGACATGTAAG--A--AT------TTT--AC------A-GC-C---AG--GTA-T--TACAA-TA--GCCA------AT-A-TGC-ACA-----ATG-GGA--T---A-TC-AA-C-TATA-AC-AGATTT-G-T-G--A-T-GAAGAAC-T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AA-AT-T--A-TT-----ATG--A-ACT-ATACGAA
gi|4 : c-------TTG-A-C-A-GTCA-CGTA-T--ATAT-C-A---ATGTATTG-GT--AAAG-----TTT-TG--T-------AAT--C--A-TGCGG-------GAAAA-AAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TC-G-A-T----C-AC-------TGA-AA--A--A--CA-NN-NN-NNNN--N--NN------NNN--NN------N-NN-N---NN--NNN-N--NNNNN-NN--NNNN------NN-N-NNN-NNN-----NNN-NGA--T---AGCC-AA-C-TAT--AC-AATTTT-G-C-G--A-T-GGAAAA--T-GT--AA---T--T-T-A-T----C-----AATTT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAg
gi|5 : TATCTGAAT-------TTG-A-C-ATG--A-G-TG-A--GTAT-C-A---ATGGAT-G-TA--A--G-----TTT-TG--T-------AAT--C--G-TG--G-------GAAAA-AAAACCTG-C--AC--TG-AT---TC-T-A-C----C-ACT------TGA-AA--AACA--AAGGA-A---GAG--ATTAT------ATT--ATCCA---A-GC-C---A---GTATT--TACAATTA--GC-A------AT-A-TGC-ACA-----AT-------------TC----------------TTTT-G---G--A-T-GTGAAA--T-GT--AA---T--T-T-A--A---C-----AT-TT-T--G-TTACATAATG--A-AATGATACGAAaa
gi|6 : -C-TA-T--ATTC-C-A---ATGGAC-G-TA--A--G-----TTT-TT--TG------AAT--C--AATG--G----------AA-AAAA-CTG-C--AC-TTG------TC-T-N-N----N-NN-------NNN-NN--N--N--NNNNN-NN-NNNN--N--NN------NNN--NN------N-NN-N---NN--NNN-N--NNNNN-NN--NNNN------NN--------------------GA--T---AGTC-AA---TATA--C-AATTTT-G-T-G--A-T-GAA-----T-GT--AAA-GT--T-T-A-TA---C-----TT-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAaaa
gi|7 : gttat-------GAAAA-GAAA-CTGGC--AC-TGA-A----TC-T---C----T-ACATCTCTGTGACAA--ACCA--AAGGA-AT-TA-G--A--AT------TCT--ACTTAACAA-GC-C---AGTCATAGT--TACAA-TA--GCAC------ATGA-TGC-ACA------TG-G-A--T---AATA-AA-G-TA-A-GC-GAATTT-T-T-GTTA-T-GCATAA--TAGT--AAA-AT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--A-TT-----ATG--A-AAata
gi|8 : t--A--A-----TTT-TTGGT-------AAT--C--A-TG--G-------GGGGA-AAAG-CTG-C--AC-TTT-A----TC-T-A-C----C-AC-------TGA-AA--AACA--AAGGA-AT-TAAG--G--ATTAGATATTT--ACAA----A-GC------A--GTA-TGATACAA-T----TGA------AT-A-TGC-AC------ATGTATA--T---A-TC-AA-C-TAAT-AC-ACTTTT-GTT-G--A-T-G-AAAA--T-GG--AAA-AT--C-T---TA---C-----AA-TTAA--G-TC-----ATG--G-Actactac
gi|9 : AAC-AAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TCTT-A-C----CAAC-------TGA-AA--AC-A--AAGGA-AC-TAAG--ATTAT------ATC--AC------A-AC-C---AG--GTA-A--TA-AA-TA--GCAA------AT-A-TCCTATC-----AT---GA--T---A-GC-AACC-TATATAT-TATTTTGG-T-G--A-T-G---AA--T-GT--AAA-CT--TAA-A-TA---C-----AA-TT-T--GTTT-----ATGAAA-AAG-ATACGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 11111111 2222222222 1111111 22222222 222222222222222222222222222222222222222222 222222222222 111 1111111 1
lowQualScore : 3 3 8888888 5 5 5 5 77777 5 0 666 1 5 66666 44444444 4 3333333333 55 55 3 4444444 3 2 2 2 4 22 2 2 4444 2 2 2 2 4444 2 6666666 2 4 55555555 2 55 22 222222222222222222222222222222222222222222 2 2 66 777777 2 2 5 2 444444444444 33 666 8 2 2 777 2 33 2 2 2 2 2 4 4 8888888 2 33 55 33 2 2 2 444 99999 2 2 99 2 77777 66 2 3
lowQualScore : . . ....... . . . . ..... . . ... . . ..... ........ . .......... .. .. . ....... . . . . . .. . . .... . . . . .... . ....... . . ........ . .. .. .......................................... . . .. ...... . . . . ............ .. ... . . . ... . .. . . . . . . . ....... . .. .. .. . . . ... ..... . . .. . ..... .. . .
lowQualScore : 8 2 6666666 7 7 7 7 55555 0 9 222 4 0 77777 33333333 0 0000000000 00 00 6 2222222 8 2 1 1 0 88 0 0 2222 0 0 0 0 2222 0 5555555 0 0 55555555 1 11 99 888888888888888888888888888888888888888888 7 7 33 222222 5 5 0 4 888888888888 11 111 9 2 2 777 4 22 4 4 4 4 4 7 7 8888888 5 44 33 44 5 5 5 444 77777 5 7 00 7 11111 88 9 3
consensus : NACAGGTATCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTC-AC-----TA-TATAT-C-AATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AA--TC--A-TG-------GGAAA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--A--A--AAGGA-AT-TAAG--A--A-TA-----TT--AC------AGC-C---AG--GTA-T--T-ACAA-T--AGCA------AAT-A-TGC-ACA-----ATG-GGA--T---A-TC-AA-CTATA-AC-AA--T-TTT-G-T-G-A-T-GAAAAA--T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AA-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAA
Reference ( family-2403 ) : NACAGGTATCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTC-AC-----TA-TATAT-C-AATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AA--TC--A-TG-------GGAAA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--A--A--AAGGA-AT-TAAG--A--A-TA-----TT--AC------AGC-C---AG--GTA-T--T-ACAA-T--AGCA------AAT-A-TGC-ACA-----ATG-GGA--T---A-TC-AA-CTATA-AC-AA--T-TTT-G-T-G-A-T-GAAAAA--T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AA-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAA
gi|1 : ACAGGTA-CTGACTAGAAGTCTTG-A-C-ATGTCAAC-----TA-TGTAT-C-AA--GAT-GAGT--A--A-----TGTATT--T-------AAGGGC--A-TGGAGTAGAGGAAAGGAAAA-C-TG-CCAAC-GTG-A----T-C-T-----------------------------------AGAC-AT-TAAG--ATTA-TA-----TT--ACA-----AGC-CGGGAG--GTA-TA-T-ACAA-TAAAGCAATAATTAAT-A-TGC-ACAATAGGATG-AGA--T---A-TC-AA-C-AT--AC-AA--TATAT-G-T-GCATT-GAAATAGGT-GTAGAAG-GT--T-T-A-TATCCC-----AA-TT-T--G-T
gi|10 : -------GGAAA-AAAAC-C-TG-A--AG-TTG-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--A--C--ANNNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--N-NNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-----NNN-NGA--T---A-TC--A-C--TA-ACAAA--T-TTT-G-T-A-A-T-G--AAA--T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAgtcatgtaactgattacgacaaaat
gi|11 : G-------GCAAA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-A-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--A------------C-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--N-NNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-----NNN-NGA--T---A-TCCAA-CTATT-AC-AA--T-TT--G---G-A-TTGAAA----T-GT--AAA-TT--T-TTA-AA---C-----AA-TT-TT-G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAaata
gi|12 : GAAA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-C---A-A----C-AC-------T-GA-AA--ACAA--AAGGA-AT-TAAG--A--T-TA-----AT--A--------------------------T-ACAA-T--AGCA------A-T-A-TGC-ACA------TG---A--T---A-TC-AA-CTATA--C-AA--T-TTT-G-T-G-A-T-GAAA----T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--G-TT-----ATGA-A-AAT-ATACGAAaa
gi|13 : AAA-C-TG-C--AA-TTG-A----T-C-T-ACC----C-AC-------T-GA-AA--ACCA--AAGGA-A--TAAG--ATTA-TA-----TTAGAC------AGC-C---AG--ATA----T-ACAA-T--AGCC------AAT-ATTGC--CAC----AT--GGA--TTTCA-GC-AA-CTGCCTAC-AA--T-TTT-G-T-G-ATT-G--AAA--T-GT--ACA-AT--T-T-A-TA---C-----AA-aat
gi|14 : --G-----TTT-TTGCT-------AA--TCCTA-TG-------G---A-AAAAA-C-TG-C--ACATTG-ACAAAT-C-TTA-C----C-AC-------T-GA-AA--A--AACAAAGA-AT-TTGT--T--A-TA-----TT--AC------AACAC---A---TTATT--T-ACAATT--AGCA------ATT-ACTGC-ACG-----AT--GGA--T---ATTC-AA-CTA
gi|15 : A--TC--A-TG-------G--AA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-C-T-A-C----C--------------------------NNNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--N-NNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-----NNN-NGA--TA--A-TC-A---TAT--AC-AA--T-TTT-G-T-G-A-T-GAAgtac
gi|16 : ATCTGA-T-------TTG-A-C-ATGTC-ACATCAGTA-T-CAT-C-GACGACT-G-GT--A--ACGTCATTT-TG--T-------AA--TC--A-TG-------GAAAA-AAAAACC-TG-C--AC-TTG-A----T---T-A-C----A-CC-------T-GA-AA--ttta
gi|17 : taA------AAT-A-T-C-ACA------TG-G-A--T---A-TC-AG-CTATA-A--------TTT-G-T-G-A-T-GAAAA---T-GT--AAT-TT--T-A-A-TA---CAA---AA-TT-TTAG-AC-----ATG--A-AAT-ATACGAA
gi|18 : ttGC-ACA------TG-G-A--T---A-TC-AA-CTATG--C-AA--T-TCT-G-T-G-A-T-GAAA----T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--G-TT-----TTG--A-AAT-ATACAAAcatata
gi|19 : AAT-------TTGCA-CCATGTC-A------TA-TATAT-CGAATG-AT-G-GT--AA-G-----TTT-CT--TGGGGTATAG--TC--A-TG-------GGAAA-AAGAT-C-TGAC--AC-Taata
gi|2 : ACCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTC-AC-----TATTATATCC-AATGGAT-G-GCAAA--G-----TTT-TTG-T-------AA--TC--G-TG-------AAAAA-AAAAA---TG-C--AT-CTG-A----T-C-T-A-CCACTC-AC-------T-GA-AAC-C--N--NNNNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--N-NNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-----NNN-NGATTT---A-TC-CA-CTATG-AC--A--T-TTT-G-TGG-A-T-G--AAA--T-GT--AAA-TTTAT-T-ATTA---CAATTTAA-TT-T--G-TT-----ATG--ACAAT-ATACGAA
gi|20 : GA--T---A-TC-AA-CAATG--T-GA--T-TTT---T-G-A-TTGAAA----T-GT--AAAATT--T-T-A-TC---C-----AA-TT-TC-G-TT-----ATG--A-AAT--TACGAAaata
gi|21 : G-C--AA-TTG-A----T-C-T-A-C----C-AT-------T-GACAA--C--AT-AAGGA-G--TAAG--ATTA-TA-----TT--AC------AAC-C---aatat
gi|22 : A-AAAAA-C-TG-C--AA-TGG-G----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AAGCA--A--AAGAA-AT-TAAG--A--A-Tcga
gi|23 : -AAAAA-C-TG-C--AC-TTGGA----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--AC-A--AGGGA-AT-TAAG--A--tat
gi|24 : gG-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--AC-A--AAGGA-AT-TAAGATA--G-CA-----TA--AC------AAC-C---AG--Gtt
gi|3 : ACAGGTATCTGAAT-------TTG-ATC-ATGTC-AC-----TA-TATAT---AATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AA--TC--A-TG-------GGAAA-AATAG-C-TG-C--AC-TAG-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--A--A--AAGGACATGTAAG--A--A-TT-----TT--AC------AGC-C---AG--GTA-T--T-ACAA-T--AGCC------AAT-A-TGC-ACA-----ATG-GGA--T---A-TC-AA-CTATA-AC-AG--A-TTT-G-T-G-A-T-GAAGAAC-T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AA-AT-T--A-TT-----ATG--A-ACT-ATACGAA
gi|4 : c-------TTG-A-C-A-GTC-ACG----TA-TATAT-C-AATGTATTG-GT--AAAG-----TTT-TG--T-------AA--TC--A-TGCG-----GGAAA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-C-G-A-T----C-AC-------T-GA-AA--A--A--CA-NN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--N-NNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-----NNN-NGA--T---AGCC-AA-CTAT--AC-AA--T-TTT-G-C-G-A-T-GGAAAA--T-GT--AA---T--T-T-A-T----C-----AATTT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAg
gi|5 : TATCTGAAT-------TTG-A-C-ATG---AG-----TG-AGTAT-C-AATGGAT-G-TA--A--G-----TTT-TG--T-------AA--TC--G-TG-------GGAAA-AAAAA-CCTG-C--AC-T-G-A----TTC-T-A-C----C-AC-------TTGA-AA--A--ACAAAGGA-A---GAG--ATTA-TA-----TT--ATCCA---AGC-C---AG---TA-T--TTACAA-TT-AGCA------A-T-A-TGC-ACA-----AT-------------TC-----------------T-TTT-G---G-A-T-GTGAAA--T-GT--AA---T--T-T-A--A---C-----AT-TT-T--G-TTACATAATG--A-AATGATACGAAaa
gi|6 : C-----TA-TATTC-C-AATGGAC-G-TA--A--G-----TTT-TT--TG------AA--TC--AATG-------G---A-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG------T-C-T-N-N----N-NN-------N-NN-NN--N--N--NNNNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--N-NNNN-N--NNNN------NNN--------------------GA--T---AGTC-AA--TATA--C-AA--T-TTT-G-T-G-A-T-GAA-----T-GT--AAA-GT--T-T-A-TA---C-----TT-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAaaa
gi|7 : gttatGAAA-AGAAA-C-TGGC--AC-TGA-A----T-C-T---C----T-ACATCTCTGT-GACAA--ACCA--AAGGA-AT-TA-G--A--A-TT-----CT--ACTTAACAAGC-C---AGTCATAGT--T-ACAA-T--AGCA------CATGA-TGC-ACA------TG-G-A--T---AATA-AA-GTA-A-GC-GAATT-TTT-G-T-T-A-T-GCATAA--TAGT--AAA-AT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--A-TT-----ATG--A-AAata
gi|8 : t--A--A-----TTT-TTGGT-------AA--TC--A-TG-------GGGGG-AAAAG-C-TG-C--AC-TTT-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--AACA--AAGGA-AT-TAAG--G--ATTAGATATTT--ACAA----AGC------A--GTA-TGAT-ACAA-T--TG--------AAT-A-TGC-AC------ATGTATA--T---A-TC-AA-CTAAT-AC-AC--T-TTT-GTT-G-A-T-G-AAAA--T-GG--AAA-AT--C-T---TA---C-----AA-TTAA--G-TC-----ATG--G-Actactac
gi|9 : AA-CAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-CTT-A-C----CAAC-------T-GA-AA--AC-A--AAGGA-AC-TAAG--ATTA-TA-----TC--AC------AAC-C---AG--GTA-A--T-A-AA-T--AGCA------AAT-A-TCCTATC-----AT---GA--T---A-GC-AACCTATATAT-TA--T-TTTGG-T-G-A-T-G---AA--T-GT--AAA-CT--TAA-A-TA---C-----AA-TT-T--GTTT-----ATGAAA-AAG-ATACGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 11111111 2222222222 1111111 22222222 222222222222222222222222222222222222222222 222222222222 111 1111111 1
lowQualScore : 3 3 8888888 5 5 5 5 77777 5 0 666 1 5 66666 44444444 4 3333333333 55 55 3 4444444 3 2 2 2 4 22 2 2 4444 2 2 2 2 4444 2 6666666 2 4 55555555 2 55 22 222222222222222222222222222222222222222222 2 2 66 777777 2 2 5 2 444444444444 33 666 8 2 2 777 2 33 2 2 2 2 2 4 4 8888888 2 33 55 33 2 2 2 444 99999 2 2 99 2 77777 66 2 3
lowQualScore : . . ....... . . . . ..... . . ... . . ..... ........ . .......... .. .. . ....... . . . . . .. . . .... . . . . .... . ....... . . ........ . .. .. .......................................... . . .. ...... . . . . ............ .. ... . . . ... . .. . . . . . . . ....... . .. .. .. . . . ... ..... . . .. . ..... .. . .
lowQualScore : 8 2 6666666 7 7 7 7 55555 0 9 222 4 0 77777 33333333 0 0000000000 00 00 6 2222222 8 2 1 1 0 88 0 0 2222 0 0 0 0 2222 0 5555555 0 0 55555555 1 11 99 888888888888888888888888888888888888888888 7 7 33 222222 5 5 0 4 888888888888 11 111 9 2 2 777 4 22 4 4 4 4 4 7 7 8888888 5 44 33 44 5 5 5 444 77777 5 7 00 7 11111 88 9 3
consensus : NACAGGTATCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTC-AC-----TA-TATAT-C-AATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AA--TC--A-TG-------GGAAA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--A--A--AAGGA-AT-TAAG--A--A-TA-----TT--AC------AGC-C---AG--GTA-T--T-ACAA-T--AGCA------AAT-A-TGC-ACA-----ATG-GGA--T---A-TC-AA-CTATA-AC-AA--T-TTT-G-T-G-A-T-GAAAAA--T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AA-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAA
Reference ( family-2403 ) : NACAGGTATCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTC-AC-----TA-TATAT-C-AATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AA--TC--A-TG-------GGAAA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--A--A--AAGGA-AT-TAAG--A--A-TA-----TT--AC------AGC-C---AG--GTA-T--T-ACAA-T--AGCA------AAT-A-TGC-ACA-----ATG-GGA--T---A-TC-AA-CTATA-AC-AA--T-TTT-G-T-G-A-T-GAAAAA--T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AA-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAA
gi|1 : ACAGGTA-CTGACTAGAAGTCTTG-A-C-ATGTCAAC-----TA-TGTAT-C-AA--GAT-GAGT--A--A-----TGTATT--T-------AAGGGC--A-TGGAGTAGAGGAAAGGAAAA-C-TG-CCAAC-GTG-A----T-C-T-----------------------------------AGAC-AT-TAAG--ATTA-TA-----TT--ACA-----AGC-CGGGAG--GTA-TA-T-ACAA-TAAAGCAATAATTAAT-A-TGC-ACAATAGGATG-AGA--T---A-TC-AA-C-AT--AC-AA--TATAT-G-T-GCATT-GAAATAGGT-GTAGAAG-GT--T-T-A-TATCCC-----AA-TT-T--G-T
gi|10 : -------GGAAA-AAAAC-C-TG-A--AG-TTG-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--A--C--ANNNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--N-NNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-----NNN-NGA--T---A-TC--A-C--TA-ACAAA--T-TTT-G-T-A-A-T-G--AAA--T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAgtcatgtaactgattacgacaaaat
gi|11 : G-------GCAAA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-A-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--A------------C-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--N-NNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-----NNN-NGA--T---A-TCCAA-CTATT-AC-AA--T-TT--G---G-A-TTGAAA----T-GT--AAA-TT--T-TTA-AA---C-----AA-TT-TT-G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAaata
gi|12 : GAAA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-C---A-A----C-AC-------T-GA-AA--ACAA--AAGGA-AT-TAAG--A--T-TA-----AT--A--------------------------T-ACAA-T--AGCA------A-T-A-TGC-ACA------TG---A--T---A-TC-AA-CTATA--C-AA--T-TTT-G-T-G-A-T-GAAA----T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--G-TT-----ATGA-A-AAT-ATACGAAaa
gi|13 : AAA-C-TG-C--AA-TTG-A----T-C-T-ACC----C-AC-------T-GA-AA--ACCA--AAGGA-A--TAAG--ATTA-TA-----TTAGAC------AGC-C---AG--ATA----T-ACAA-T--AGCC------AAT-ATTGC--CAC----AT--GGA--TTTCA-GC-AA-CTGCCTAC-AA--T-TTT-G-T-G-ATT-G--AAA--T-GT--ACA-AT--T-T-A-TA---C-----AA-aat
gi|14 : --G-----TTT-TTGCT-------AA--TCCTA-TG-------G---A-AAAAA-C-TG-C--ACATTG-ACAAAT-C-TTA-C----C-AC-------T-GA-AA--A--AACAAAGA-AT-TTGT--T--A-TA-----TT--AC------AACAC---A---TTATT--T-ACAATT--AGCA------ATT-ACTGC-ACG-----AT--GGA--T---ATTC-AA-CTA
gi|15 : A--TC--A-TG-------G--AA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-C-T-A-C----C--------------------------NNNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--N-NNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-----NNN-NGA--TA--A-TC-A---TAT--AC-AA--T-TTT-G-T-G-A-T-GAAgtac
gi|16 : ATCTGA-T-------TTG-A-C-ATGTC-ACATCAGTA-T-CAT-C-GACGACT-G-GT--A--ACGTCATTT-TG--T-------AA--TC--A-TG-------GAAAA-AAAAACC-TG-C--AC-TTG-A----T---T-A-C----A-CC-------T-GA-AA--ttta
gi|17 : taA------AAT-A-T-C-ACA------TG-G-A--T---A-TC-AG-CTATA-A--------TTT-G-T-G-A-T-GAAAA---T-GT--AAT-TT--T-A-A-TA---CAA---AA-TT-TTAG-AC-----ATG--A-AAT-ATACGAA
gi|18 : ttGC-ACA------TG-G-A--T---A-TC-AA-CTATG--C-AA--T-TCT-G-T-G-A-T-GAAA----T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--G-TT-----TTG--A-AAT-ATACAAAcatata
gi|19 : AAT-------TTGCA-CCATGTC-A------TA-TATAT-CGAATG-AT-G-GT--AA-G-----TTT-CT--TGGGGTATAG--TC--A-TG-------GGAAA-AAGAT-C-TGAC--AC-Taata
gi|2 : ACCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTC-AC-----TATTATATCC-AATGGAT-G-GCAAA--G-----TTT-TTG-T-------AA--TC--G-TG-------AAAAA-AAAAA---TG-C--AT-CTG-A----T-C-T-A-CCACTC-AC-------T-GA-AAC-C--N--NNNNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--N-NNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-----NNN-NGATTT---A-TC-CA-CTATG-AC--A--T-TTT-G-TGG-A-T-G--AAA--T-GT--AAA-TTTAT-T-ATTA---CAATTTAA-TT-T--G-TT-----ATG--ACAAT-ATACGAA
gi|20 : GA--T---A-TC-AA-CAATG--T-GA--T-TTT---T-G-A-TTGAAA----T-GT--AAAATT--T-T-A-TC---C-----AA-TT-TC-G-TT-----ATG--A-AAT--TACGAAaata
gi|21 : G-C--AA-TTG-A----T-C-T-A-C----C-AT-------T-GACAA--C--AT-AAGGA-G--TAAG--ATTA-TA-----TT--AC------AAC-C---aatat
gi|22 : A-AAAAA-C-TG-C--AA-TGG-G----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AAGCA--A--AAGAA-AT-TAAG--A--A-Tcga
gi|23 : -AAAAA-C-TG-C--AC-TTGGA----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--AC-A--AGGGA-AT-TAAG--A--tat
gi|24 : gG-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--AC-A--AAGGA-AT-TAAGATA--G-CA-----TA--AC------AAC-C---AG--Gtt
gi|3 : ACAGGTATCTGAAT-------TTG-ATC-ATGTC-AC-----TA-TATAT---AATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AA--TC--A-TG-------GGAAA-AATAG-C-TG-C--AC-TAG-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--A--A--AAGGACATGTAAG--A--A-TT-----TT--AC------AGC-C---AG--GTA-T--T-ACAA-T--AGCC------AAT-A-TGC-ACA-----ATG-GGA--T---A-TC-AA-CTATA-AC-AG--A-TTT-G-T-G-A-T-GAAGAAC-T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AA-AT-T--A-TT-----ATG--A-ACT-ATACGAA
gi|4 : c-------TTG-A-C-A-GTC-ACG----TA-TATAT-C-AATGTATTG-GT--AAAG-----TTT-TG--T-------AA--TC--A-TGCG-----GGAAA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-C-G-A-T----C-AC-------T-GA-AA--A--A--CA-NN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--N-NNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-----NNN-NGA--T---AGCC-AA-CTAT--AC-AA--T-TTT-G-C-G-A-T-GGAAAA--T-GT--AA---T--T-T-A-T----C-----AATTT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAg
gi|5 : TATCTGAAT-------TTG-A-C-ATG---AG-----TG-AGTAT-C-AATGGAT-G-TA--A--G-----TTT-TG--T-------AA--TC--G-TG-------GGAAA-AAAAA-CCTG-C--AC-T-G-A----TTC-T-A-C----C-AC-------TTGA-AA--A--ACAAAGGA-A---GAG--ATTA-TA-----TT--ATCCA---AGC-C---AG---TA-T--TTACAA-TT-AGCA------A-T-A-TGC-ACA-----AT-------------TC-----------------T-TTT-G---G-A-T-GTGAAA--T-GT--AA---T--T-T-A--A---C-----AT-TT-T--G-TTACATAATG--A-AATGATACGAAaa
gi|6 : C-----TA-TATTC-C-AATGGAC-G-TA--A--G-----TTT-TT--TG------AA--TC--AATG-------G---A-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG------T-C-T-N-N----N-NN-------N-NN-NN--N--N--NNNNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--N-NNNN-N--NNNN------NNN--------------------GA--T---AGTC-AA--TATA--C-AA--T-TTT-G-T-G-A-T-GAA-----T-GT--AAA-GT--T-T-A-TA---C-----TT-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAaaa
gi|7 : gttatGAAA-AGAAA-C-TGGC--AC-TGA-A----T-C-T---C----T-ACATCTCTGT-GACAA--ACCA--AAGGA-AT-TA-G--A--A-TT-----CT--ACTTAACAAGC-C---AGTCATAGT--T-ACAA-T--AGCA------CATGA-TGC-ACA------TG-G-A--T---AATA-AA-GTA-A-GC-GAATT-TTT-G-T-T-A-T-GCATAA--TAGT--AAA-AT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--A-TT-----ATG--A-AAata
gi|8 : t--A--A-----TTT-TTGGT-------AA--TC--A-TG-------GGGGG-AAAAG-C-TG-C--AC-TTT-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--AACA--AAGGA-AT-TAAG--G--ATTAGATATTT--ACAA----AGC------A--GTA-TGAT-ACAA-T--TG--------AAT-A-TGC-AC------ATGTATA--T---A-TC-AA-CTAAT-AC-AC--T-TTT-GTT-G-A-T-G-AAAA--T-GG--AAA-AT--C-T---TA---C-----AA-TTAA--G-TC-----ATG--G-Actactac
gi|9 : AA-CAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-CTT-A-C----CAAC-------T-GA-AA--AC-A--AAGGA-AC-TAAG--ATTA-TA-----TC--AC------AAC-C---AG--GTA-A--T-A-AA-T--AGCA------AAT-A-TCCTATC-----AT---GA--T---A-GC-AACCTATATAT-TA--T-TTTGG-T-G-A-T-G---AA--T-GT--AAA-CT--TAA-A-TA---C-----AA-TT-T--GTTT-----ATGAAA-AAG-ATACGAA
blockSeqs : T A . C T C . ATCAG T CG A T GCAA ACGTCA . TGGGGTAT . CT A CG G . C C A . A G CAAA T T T C CACT A ATCTCTG T C ACAA C TG AT ATTCTACTTAACAAGCCAGTCATAGT T T T . N G T T NNNNNG TT TTC T C C CTA A AT . G T G . T T AAGAAC A . AT TA A T T . AATTT T A TA T ACATA AA C G
blockSeqs : C A . . . . . G . CC G . GT AAG . GCT . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . C ACCA . N . ATTAGATATTTACAAAGCAGTATGA . . . . N . C . NNNNNG . A G . . ATA . . . . . . . . T GAAAA . . T . . . . . AA T . T . . A . .
blockSeqs : T A . . . . . . . C G . GT AG . GGT . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AAAC . C . TTATATTATCCAAGCCAGTAT . . . . A . . . ACATGG . . G . . AA . . . . . . . . . TGAAA . . T . . . . . . T . C . . . . .
blockSeqs : T A . . . . . . . C T . GT G . GT . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . GCAA . T . TTATATTAGACAGCCAGATA . . . . T . . . NNNNNG . . A . . TA . . . . . . . . . CATAA . . T . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C G . GT G . TG . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AACA . T . TTATATCACAACCAGGTAA . . . . N . . . NNNNNG . . . . . AA . . . . . . . . . AAAA . . A . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C G . TA G . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . ACCA . N . ATATTACAACACATTATT . . . . A . . . AATGGG . . . . . GA . . . . . . . . . AAAA . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TA G . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AACA . N . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . N . . . NNNNNG . . . . . AA . . . . . . . . . AAA . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . CCN . T . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . A . . . ATGTAT . . . . . AG . . . . . . . . . AAA . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . CAT . T . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . N . . . GATGG . . . . . TA . . . . . . . . . AAA . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . ACA . T . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . N . . . ATGG . . . . . A . . . . . . . . . AAA . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . ACA . N . ATTTTACAGCCAGGTAT . . . . A . . . ATGG . . . . . A . . . . . . . . . AAA . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACA . N . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . A . . . ATGG . . . . . G . . . . . . . . . AAA . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . T . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . A . . . CATG . . . . . G . . . . . . . . . AAA . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . T . TTAATA . . . . . . . . ATG . . . . . A . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . C . . . . . . AAT . . . . . A . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . NN . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ******* GT*** ** ******* ** ACA***** ATATTACAGCCAGATAT************************* ** ****** AATGG******* A** AAA**** ** ***
originalCons : NACAGGTATCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTC-AC-----TA-TATAT-C-AATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AA--TC--A-TG-------GGAAA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AA--A--A--AAGGA-AT-TAAG--A--A-TA-----TT--AC------AGC-C---AG--GTA-T--T-ACAA-T--AGCA------AAT-A-TGC-ACA-----ATG-GGA--T---A-TC-AA-CTATA-AC-AA--T-TTT-G-T-G-A-T-GAAAAA--T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AA-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAA
finalCons : NACAGGTATCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTC-AC-----TA-TATAT-C-AATGGAT-GGT---A--G-----TTT-TT--T-------AA--TC--A-TG-------GGAAA-AAAAA-C-TG-C--AC-TTG-A----T-C-T-A-C----C-AC-------T-GA-AAACA-----AAGGA-AT-TAAG--AATATTACAGCCAGATAT-------------------------T-ACAA-T--AGCA------AAT-A-TGC-ACAATGG-------A--T---A-TC-AA-CTATA--C-AA--T-TTT-G-T-G-A-T-GAAA----T-GT--AAA-TT--T-T-A-TA---C-----AA-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 11111111 2222222222 1111111 222222222222222222222222222222222222222222 2222222222 11 1
lowQualScore : 3 3 8888888 5 5 5 5 77777 5 0 666 1 5 66666 44444444 4 3333333333 55 55 3 4444444 3 2 4 4 22 2 2 6666 8888 2 4444 2 22 6666 6666 2 2 2 44 22 333333333333333333333333333333333333333333 2 66 9999999 2 5 2 1111111111 33 666 8 2 2 2 8888 66666 2 2 2 2 2 77 4 00 2 444 55 7777 2 33 2 2 2 444 99999 2 2 99 2 77777 66 2 3
lowQualScore : . . ....... . . . . ..... . . ... . . ..... ........ . .......... .. .. . ....... . . . . .. . . .... .... . .... . .. .... .... . . . .. .. .......................................... . .. ....... . . . .......... .. ... . . . . .... ..... . . . . . .. . .. . ... .. .... . .. . . . ... ..... . . .. . ..... .. . .
lowQualScore : 8 2 6666666 7 7 7 7 55555 0 9 222 4 0 77777 33333333 0 0000000000 00 00 6 2222222 8 2 2 0 88 0 0 2222 2222 0 2222 0 88 2222 4444 1 1 1 88 99 999999999999999999999999999999999999999999 7 33 5555555 5 0 4 9999999999 11 111 9 2 2 2 4444 44444 4 4 4 4 4 99 7 33 4 444 99 8888 8 44 5 5 5 444 77777 5 7 00 7 11111 88 9 3
consensus : NACAGGTATCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTC-AC-----TA-TATAT-C-AATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AA--TC--A-TG-------GGAAA-AAAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TCT----A-C----CA-CT--G----AAAA--C-A-AA-GGA-AT-TAAG--A--A-TA-----TT--AC------AGC-C---AG--ATA-T--TACAA-T--AGCA------AAT-A-TGC-ACA-AT------GGA--T---A-TC-AA-CT-A--T-ACA--A--T-TTT-G-T-G-A--T-G--A-AA---T--GT----AAATT--T-T-A-TA---C-----AA-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAA
Reference ( family-2403 ) : NACAGGTATCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTC-AC-----TA-TATAT-C-AATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AA--TC--A-TG-------GGAAA-AAAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TCT----A-C----CA-CT--G----AAAA--C-A-AA-GGA-AT-TAAG--A--A-TA-----TT--AC------AGC-C---AG--ATA-T--TACAA-T--AGCA------AAT-A-TGC-ACA-AT------GGA--T---A-TC-AA-CT-A--T-ACA--A--T-TTT-G-T-G-A--T-G--A-AA---T--GT----AAATT--T-T-A-TA---C-----AA-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAA
gi|1 : ACAGGTA-CTGACTAGAAGTCTTG-A-C-ATGTCAAC-----TA-TGTAT-C-AA--GAT-GAGT--A--A-----TGTATT--T-------AAGGGC--A-TGGAGTAGAGGAAAGGAAAA-CTG-CCAAC-GTG-A----TCT------------------------AGA--C----------AT-TAAG--ATTA-TA-----TT--ACA-----AGC-CGGGAG--GTA-TA-TACAA-TAAAGCAATAATTAAT-A-TGC-ACA-ATAGGATGAGA--T---A-TC-AA-C--A--T-ACA--A--TATAT-G-T-GCAT-T-G--A-AA---TAGGTGTAGAAGGT--T-T-A-TATCCC-----AA-TT-T--G-T
gi|10 : -------GGAAA-AAAAC-CTG-A--AG-TTG-A----TCT----A-C----CA-CT--G----AAAA--C-A-NN-NNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--NNNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-NN------NGA--T---A-TC-A--CT-A----ACA--AA-T-TTT-G-T-A-A--T-G--A-AA---T--GT----AAATT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAgtcatgtaactgattacgacaaaat
gi|11 : G-------GCAAA-AAAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TAT----A-C----CA-CT--G----AAAA--C-N-NN-NNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--NNNNN-N--NNNN------NNN-N-NN---------------GA--T---A-TCCAA-CT-A--TTACA--A--T-TT--G---G-A--TTG--A-AA---T--GT----AAATT--T-TTA-AA---C-----AA-TT-TT-G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAaata
gi|12 : GAAA-AAAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TC-----A-A----CA-CT--G----AAAA--C-A-AAAGGA-AT-TAAG--A-----------TT--A-------------------ATA-T---ACAA-T--AGCA------A-T-A-TGC-ACA--T------G-A--T---A-TC-AA-CT-A--T-ACA--A--T-TTT-G-T-G-A--T-G--A-AA---T--GT----AAATT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--G-TT-----ATGA-A-AAT-ATACGAAaa
gi|13 : AAA-CTG-C--AA-TTG-A----TCT----ACC----CA-CT--G----AAAAC-C-A-AA-GGA-A--TAAG--ATTA-TA-----TTAGAC------AGC-C---AG--ATA----TACAA-T--AGCC------AAT-ATTGC--CACAT------GGA--TTTCA-GC-AA-CT-GCCT-ACA--A--T-TTT-G-T-G-AT-T-G--A-AA---T--GT----ACAAT--T-T-A-TA---C-----AA-aat
gi|14 : --G-----TTT-TTGCT-------AA--TCCTA-TG-------G---A-AAAAA-CTG-C--ACATTG-ACAAATCTT---A-C----CA-CT--G----AAAAAAC-A-AA-G-A-AT-TTGT--T--A-TA-----TT--AC------AACAC---ATT-AT--T--TACAA-TT-AGCA------ATT-ACTGC-ACG-AT------GGA--T---ATTC-AA-CT-AG-T-AC
gi|15 : A--TC--A-TG-------G--AA-AAAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TCT----A-C----C---------------------NN-NNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--NNNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-NN------NGA--TA--A-TC-A---T-A--T-ACA--A--T-TTT-G-T-G-A--T-G--A-A
gi|16 : ATCTGA-T-------TTG-A-C-ATGTC-ACATCAGTA-T-CAT-C-GACGACT-G-GT--A--ACGTCATTT-TG--T-------AA--TC--A-TG-------GAAAA-AAAAACCTG-C--AC-TTG-A----T-T----A-C----AC-CT--G----AAAttta
gi|17 : taA------AAT-A-T-C-ACA--T------GGA--T---A-TC-AG-CT-A--T-A-A-------TTT-G-T-G-A--T-GA-A-AA---T--GT----AATTT--T-A-A-TA---CAA---AA-TT-TTAG-AC-----ATG--A-AAT-ATACGAA
gi|18 : ttGC-ACA--T------GGA--T---A-TC-AA-CT-A--T-GCA--A--T-TCT-G-T-G-A--T-G--A-AA---T--GT----AAATT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--G-TT-----TTG--A-AAT-ATACAAAcatata
gi|19 : AAT-------TTGCA-CCATGTC-A------TA-TATAT-CGAATG-AT-G-GT--AA-G-----TTT-CT--TGGGGTATAG--TC--A-TG-------GGAAA-AAGAT-CTGAC--AC-Taata
gi|2 : ACCTGAAT-------TTG-A-C-ATGTC-AC-----TATTATATCC-AATGGAT-G-GCAAA--G-----TTT-TTG-T-------AA--TC--G-TG-------AAAAA-AAAAA--TG-C--AT-CTG-A----TCT----A-CCACTCA-CT--G----AAAC--CNN-NN-NNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--NNNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-NN------NGATTT---A-TC-CA-CT-A--TGAC---A--T-TTT-G-TGG-A--T-G--A-AA---T--GT----AAATTTAT-T-ATTA---CAATTTAA-TT-T--G-TT-----ATG--ACAAT-ATACGAA
gi|20 : GA--T---A-TC-AA-CA-A--T-GTG--A--T-TTT---T-G-A--TTG--A-AA---T--GTA---AAATT--T-T-A-TC---C-----AA-TT-TC-G-TT-----ATG--A-AAT--TACGAAaata
gi|21 : G-C--AA-TTG-A----TCT----A-C----CA-TT--G----ACAA--C-ATAA-GGA-G--TAAG--ATTA-TA-----TT--AC------AAC-C---CG--Aaatat
gi|22 : A-AAAAA-CTG-C--AA-TGG-G----TCT----A-C----CA-CT--G----AAAG--CAA-AA-GAA-AT-TAAG--A--A-T
gi|23 : -AAAAA-CTG-C--AC-TTGGA----TCT----A-C----CA-CT--G----AAAA--C-A-AG-GGA-AT-TAAG--A--tat
gi|24 : gG-A----TCT----A-C----CA-CT--G----AAAA--C-A-AA-GGA-AT-TAAGATA--G-CA-----TA--AC------AAC-C---AG--tt
gi|3 : ACAGGTATCTGAAT-------TTG-ATC-ATGTC-AC-----TA-TATAT---AATGGAT-G-GT--A--G-----TTT-TT--T-------AA--TC--A-TG-------GGAAA-AATAG-CTG-C--AC-TAG-A----TCT----A-C----CA-CT--G----AAAA----A-AA-GGACATGTAAG--A--A-TT-----TT--AC------AGC-C---AG--GTA-T--TACAA-T--AGCC------AAT-A-TGC-ACA-ATG-----GGA--T---A-TC-AA-CT-A--TAACA--G--A-TTT-G-T-G-A--T-G--A-AGAACT--GT----AAATT--T-T-A-TA---C-----AA-AT-T--A-TT-----ATG--A-ACT-ATACGAAg
gi|4 : c-------TTG-A-C-A-GTC-ACG----TA-TATAT-C-AATGTATTG-GT--AAAG-----TTT-TG--T-------AA--TC--A-TGCG-----GGAAA-AAAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TCG----A-T----CA-CT--G----AAAA----A-CA-NNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--NNNNN-N--NNNN------NNN-N-NNN-NNN-NN------NGA--T---AGCC-AA-CT-A--T-ACA--A--T-TTT-G-C-G-A--T-GGAA-AA---T--GT----AA--T--T-T-A-T----C-----AATTT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAg
gi|5 : TATCTGAAT-------TTG-A-C-ATG---AG-----TG-AGTAT-C-AATGGAT-G-TA--A--G-----TTT-TG--T-------AA--TC--G-TG-------GGAAA-AAAAACCTG-C--AC--TG-AT---TCT----A-C----CA-CTTGA----AAAA--C-A-AA-GGA-A---GAG--ATTA-TA-----TT--ATCCA---AGC-C---AG---TATT--TACAATT--AGC-------AAT-A-TGC-ACA-AT-----------------TC--------------------T-TTT-G---G-ATGT-G--A-AA---T--GT----AA--T--T-T-A--A---C-----AT-TT-T--G-TTACATAATG--A-AATGATACGAAaa
gi|6 : C-----TA-TATTC-C-AATGGAC-G-TA--A--G-----TTT-TT--TG------AA--TC--AATG-------G---A-AAAAA-CTG-C--AC-TTG------TCT----N-N----NN-NN--N----NNNN--N-N-NN-NNN-NN-NNNN--N--N-NN-----NN--NN------NNN-N---NN--NNN-N--NNNNN-N--NNNN------NN---------------------GA--T---AGTC-AA--T-A--T-ACA--A--T-TTT-G-T-G-A--T-G--A-A----T--GT----AAAGT--T-T-A-TA---C-----TT-TT-T--G-TT-----ATG--A-AAT-ATACGAAaaa
gi|7 : gttatGAAA-AGAAA-CTGGC--AC-TGA-A----TCTCTACA-T----CT-CT--GTGACAAAC--C-A-AA-GGA-AT-TA-G--A--A-TT-----CT--ACTTAACAAGC-C---AGTCATAGT--TACAA-T--AGCA------CATGA-TGC-ACA--T------GGA--T---AATA-AA-GT-A--A-GCG--AATT-TTT-G-T-T-A--T-GC-ATAA---TA-GT----AAAAT--T-T-A-TA---C-----AATTT-T--A-TT-----ATG--A-AAata
gi|8 : t--A--A-----TTT-TTGGT-------AA--TC--A-TG-------GGGGG-AAAAG-CTG-C--AC-TTT-A----TCT----A-C----CA-CT--GA---AAAA--C-A-AA-GGA-AT-TAAG--G--ATTAGATATTT--ACAA----AG--C---AG---TA-TGATACAA-T--TG--------AAT-A-TGC-ACATGT------ATA--T---A-TC-AA-CTAA--T-ACA--C--T-TTT-GTT-G-A--T-GA-A-AA---T--GG----AAAAT--C-T---TA---C-----AA-TTAA--G-TC-----ATG--G-Actactac
gi|9 : AA-CAAAA-CTG-C--AC-TTG-A----TCTT---A-C----CAACT--G----AAAA--C-A-AA-GGA-AC-TAAG--ATTA-TA-----TC--AC------AAC-C---AG--GTA-A--TA-AA-T--AGCA------AAT-A-TCCTATC-AT-------GA--T---A-GC-AACCT-A--T-ATATTA--T-TTTGG-T-G-A--T-G----AA---T--GT----AAACT--TAA-A-TA---C-----AA-TT-T--GTTT-----ATGAAA-AAG-ATACGAA