lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 44444 1111 22 1111111 1111 333 111 66666666666666666666 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 33333333333 66666666666666666666 1111111 555555555555555555555 22222222 22 11 111111 111111 11 2222222 1 1 888888888888888888888888888888 4444444 2222 11 1111 22222 1111
lowQualScore : 2 3 0 22222 2222 11 8888888 6 4444 6 111 444 6 77777777777777777777 8888 777 7777 3 1 55 3 3 55 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 99999999 88 55 3 11111111111 3 7777 00000000000000000000 4444444 1 0 2 999999999999999999999 3 44 44444444 3 77 33 777777 4 444444 5 5 5 77 77 5 9999999 88 3 3 444444444444444444444444444444 1 0000000 4 0000 0 11 7777 55555 5 5555 3
lowQualScore : . . . ..... .... .. ....... . .... . ... ... . .................... .... ... .... . . .. . . .. . ............................................................ . ........ .. .. . ........... . .... .................... ....... . . . ..................... . .. ........ . .. .. ...... . ...... . . . .. .. . ....... .. . . .............................. . ....... . .... . .. .... ..... . .... .
lowQualScore : 0 2 0 55555 2222 00 5555555 7 2222 7 777 333 7 33333333333333333333 5555 000 7777 6 8 00 6 6 00 6 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 88888888 66 00 6 44444444444 6 7777 33333333333333333333 2222222 2 4 9 888888888888888888888 1 22 33333333 3 55 66 000000 4 444444 0 7 7 55 99 7 6666666 88 3 3 000000000000000000000000000000 0 7777777 0 8888 8 00 0000 00000 0 2222 2
consensus : NNNATTTGGGTCCAATAT-TCGG-C--ACCCCA-TTCCCAATCCAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT----TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCCA-----A--T-----C-----A----ACC---CTCA----ATG-TTTAGTA--A-A-TA--A-GAAAA----AA--CA-------C-AAA------TG-TT--A-T-G--T-AATT------------GGCA-GATTGTCT---C--CATT--AAACTGT--T-TCATGACATATAT--N--------C-TT----TATATC-----AT----------AAAGATAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGA---GT--TA-CTAT------ATTG-CTT--TTA-TT---AACAT-GATTTT--AAG------AA-A------AAT-TCC-A-TTT-CTATG--TTATAATT-TA--TTT--CCT-TGAAAA-TT-TCTG-CAATTG---TGA-TT-C-------A-A-AATGACGC--T--A-ATTNTCCC---AATCTCAAG--GG----ACCCG-----GCCCCTGTCCCAA--AATATGCTGTGACAGCC
Reference ( gi|2 ) : CCAATTTGGGTCCGATAT-TCG-----ACCCCA-TTCCCAATGTAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT----TCC-CAATT---GCAA--GT-GAAAATTCCCA-----A--T-----G-----A----ACC---CTCA----ATG-TTTAGTA--A-A-TA--A-GAAAATAAGAA--CA-------C-AAG------TG-TT--A-T-G--T-AATG------------GGCA-GATTGTCT---C--TGTT--AAACTGT--T-TCATGACATATAT--A--------C-TT----TATATCGT--TAT----------GAAGATAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGA---TT--TA-TTATA-----ATTG-CTT--TAA-TC---AACAT-GA--TT--AAG------AA-A------AAT-TCC-A-TTA-CTATG--TTATAATT-TA--AAT--CCT-TGAAAA-TT-TCT--CAATT----TGA-TT-C-------A-A-AATGATGC--T--A-ATTTTCCT---AATCTCAAG--GG----ACCCG-----GTCCCTGTCCCAA--ATTATGCTGTGACAGCC
gi|4 : ATTTGGGTCGAAT-T-TCAGGTTAAGTCCAGTTCCCACTCCAAAAGGAAGT--TCCATTATT----TCA-CAATTTTTGCAA--TTAGAAAATTCCCA-----AGTT-----C-----A----ACCTACCTCA----GTG-TTTAATATAA-A-TA--AAGAAAA----AA--CA-------C-AAA------TG-TT--AAT-G--A-AATT------------CGCA-GAT-GTTC---T--TATTC-AAACTGT--TATCATGACATATATCTG--------C-TT----TATA--------------------AA------------TTATAA-CCATTTATTTCCTAGAA---AT--TA-CTTT-------TTG-CTT--TTA-TTTAAAACAT-GA--
gi|6 : TTGGGTCCAATAT-CGG-----ACC--A-TTTTCCATCCAAAAA-AAGGGATCTTAT-TTATCCCCC-CATTT---ACAA---T-GAAAATCCCCATTTCAA--C-----C-----A----ACC---CTCA----ATA-TTTGATA--G-A-TA--G-AAAAACCACAAATGA-------CTAAA------TG-TTA-A-T-G--T-AATT------------GGCA-GATTGTatttt
gi|3 : gtcaatcgactgaGGTCCGATATCTCGGTC--ACCAAA-ACCCTAATCCAAAAA-AA----TCCTTT-TT----ACCTCAATTT--GCAA--AT-GAAAATTCCCA-----T--T-----T-----AACCTACC---CTAA----TTGTTTTCATG--A-A-T---A-GAAAATAATAA--CAGAATGACT-AAA------TG-TTAAA-T-GAATAAATT------------GGCAGGATTGTCgaattacattacttattgcaaacatgattttaagaaaaattccatg
gi|5 : actcctgatattGTCCAATAT-TCA-----GCCCCA-TTCTCAATCCAA------------TTTT-TT----TCT-TAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCCA-----A--T-----TCAAACA----ACC---CTCC----ATG-TTTAGTA--A-A-TA--A-G--------------------------------TG-TT---------------------------GGCA-GATTGTCT---A--CATT--AAACTGT--T-TCATGACATATGT--A--------C-TT----TATATC-----AT----------AGAGATATTTGTGACTTGTGAGCCATTTATTTCCT-GGA---GT--TT-TTA-------------TT--TAC-AC---AAT-T-----TT--AAGAC----AA-A------AAT-TCC-A-Tattacatacttattgctaacattgatttaagcgcggagagaatgtccatgctatgttatgatttaatttaccttgaaaagtttccgccaatttgatttcaaaataatgcaataattttccaatctcaaaatggacccgattatgcccttgtcccaaaatatggtgttacagtc
gi|1 : tgattttAAAGA-AGGG--TCCTTT-TT----TCC-CATTT---GTCATTGT-GAAAATTCCgtct
gi|8 : tcgaggttccatttgtccAAA-AGAG--TCCATT-TT----TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCCA-----A--TTCTACC-----A----ACC---CTCA----ATG-TTTAATA--A-A-TA--A-GAAA-----AA--CA-------C-AAA------TG-TTA-A-T-G--T-AATT------------GGCT-GATTTTCT---G--CATT--AA----------------ATATAT--G--------C-TT----TATATC-----AT----------GAGAATTT-------TTATAAGCCATTTATTTCCT-GGA---GT--TACTTAAT-----ATTG-CTT--TTA-TT---AACAT-GATTTT--AAG------AA-tctaatttagcaatgcctctgcgcaatttgttgtgttggtttagataatagtgtgtaggaaggagaaacggagtgatagcatactgttattctgtctaatgtgtgggggcagattgtaccatcttatgctttaattcatgacatatattaatttctgatataccatcttataaagaatattatgaccatttatttcctggagtttacttactgcttttataaacatgattttaagaataacagataattcctatttatctctgttataatttgacaatacattttctgatttgtgacttcgtgtaggaataatgacgctacatcctactaatcaaggtactc
gi|7 : -----A----ACC---CTCA----ATG-TTTGGTA--A-A-GA--A-GAAAA-----A--CA-------C-AAAATTGAATG-TT--A-TTG--T-ATTT------------CGCA-GATTGTCT---C--CATT--AAACTGT--T-TCATGACATATAT--C--------C-TT----TATATC-----AT----------AGAGATAT-------T-ATGAGCCATTTATTTCCT-GGAGT-TT--TACTTATTTT---ATTAACATGATAAGTA---AACAT-GA--TTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-A-TTT-CTCTGTATTATAATT-
gi|10 : cc-----A----ACC---CTCAGTCAATG-TTTAGTA--A-A-TA--A-----ATGTGAA-------------------------------T-G--T-AACT------------GGCA-GGTTGTTT---C--CATT--AAACTGT--T-TCATGACATATGT--ATGC-----T-TT----TATATC-----AT----------ACAGATAC-------TTATGGGTTATTTATTTCCT-GGA---GT--TA-CT-TA-------TG-CTT--TTA-TT---AACAA-GATTTT--AAG------AA-A------AAA-TCC-A-TTT-TTATA--TTTCAATT-TA--
gi|9 : aacc-----A----ACC---CTTA----ATG-TTAAATA--C-A-TATTA-GGAAA-----A--CA-------C-AAA------TGATT--A-T-G--TTAATGTAAATTATGATTGACA-GATTGTCT---C--CATC--AAACTGT--T-TCATGACATATAT--T--------CTTT----TATAT-AT--TATATAAAACTTAAAAGATAT-------TTATGGGCCATTTATTTCCT-GGA---GT--TA-CT-T------ATTG-CTT--TTA-TT---TACAT-GA--TT--tt
gi|13 : acc-----A----ACC---CTCA----ATG-TTTAGTA--A-AATA--A-GAAAA----AC--CA-------C-AAA------TG-TT--AAT-A--T-TATT------------GGCA-G---GTCT---CCATATA--AAACTGT--T-TCATGACATATAT--A--------C--T----TATA-------AT----------AA-------------------------CATTTCCT-GGA---GT--TA-CT-T------ATTG-CTT--T-A-TC---AAttattaag
gi|11 : acc----ACC---TTCA----ATG-TTTAGTG--A-A-TA--A-GAAAA---------------------------------------------ATA--------------CA-GATTGTCTACAT--TATTTAAAACAGT--T-TTATGACATATAT--C--------C-TT----TATATC-----AT----------AAAGATAT-------TTATGAGCCATTTACTTCCT-GGA---GT--TA--CAT------ATTG-CTT--TTA-TT---AACAT-GAATTT--AAG------AA-A------AAT-TCC-A-GTT-CTATG--TTATAATT-TA--TTT--CCT-T
gi|12 : TCA----ATG-TTTA-TA--GTA-TA--A-GAAAA-----A--CA-------C-AAA------TG-TT--AAT-G--T-AATT------------GGCA-GATTGTCT---C--CATT--AAACTGT--T-TCATGACATA-AT--G--------C-TT----TATATC-----AT----------AAAGATAT-------TTTCGAGCCATTTATT------GC---TT--T------------------TT--TAA-T----AACAT-GATTTT--AAG------AA-A------AAT-
gi|1 : cttG------------GGCA-GATTGTAC---CA-TCTT--ATGCTTTAAT-TCATGACATATATTAA--------T-TTCTGATATACCATCTTAT----------AAAGA-ATA------TTATGA-CCATTTATTTCCT-GGAG--TT--TA-CT-T------ACTG-CTT--TTA-TA---AACAT-GATTTT--AAG------AATAACAGATAAT-TCCTATTTATCTCTG--TTATAATT-TGACAAT--AC------AT-TT-TCT--GATTTG---TGACTT-CGTGTAGGA-ATAATGACGC--T--ACATCCTACT---AA--TCAAG--GT----ACTC
gi|15 : tcgaggttccatttgtccaaagaagggtccttttttcccatttgtcattgtgaaaattcctctaatttagcaatgcctctgcgcaatttgttgtgttggtttagataatagtgtgtaggaaggagaaacggagtgatagcatactgttattctgtctaatgtgtggA-GATTGTCT---C--CATC--AAACTGT--T-TCATGACATATAC--ATGTATACCC-TT----TATATC-T--TA------------AAGATAT-------TTAGGAGCCATTTATTTCCT-GGAGATTT--TA-
gi|17 : gtatttggT--CAT----------AAAGATAT-------T-ATGAGCCATTTA-TTCCT-GGA---GT--T--TTACT-----ATTG-CTT--TTA-TT---AACAT-GATTTT--AAG------Aa
gi|18 : aATATATTTCCT-GGA---GT--TA-CT-TG------TTG-CTT--T----T---AACAT-GA--TTTTAAG------AA-A------CAT-TCT-A-TTT-GTATG--T--TAATT-TA--TTT--CCT-Tttttaagaaaaa
gi|3 : tt-GGA---TTGTCA-TTACATACTTATTG-CT------------AACATTGA--TTT-AAGCGCGGAGA-G------AATGTCC-A-T-G-CTATG--TTATGATT-TA--ATTTACCT-TGAAAAGTT-TCCGCCAATT----TGA-TTTC-------A-A-AATAATGCAAT--A-ATTTTCC----AATCTCAAAATGG----ACCCGATTATGCCCTTGTCCCAA--AATATGGTGTTACAGTC
gi|14 : actcctgatattggtccgatatctcggtcaccaaaaccctaatccaaaaaaatcctttttacctcaatttgcaaatgaaaattcccatttaacctaccctaattgttttcatgaatagaaaataataacagaatgactaaatgttaaatgaataaattggcaTG--TTACAATTGTA--TTT--CCTATGAAAA-TTCTCTA-CAAATATCATTA-TT-C-------AGA-AATGACGC--ACAA-AGTGTCCTTTCAATTTGAAG--GAGGAAACCCG-----GCCCCTTTCCCAAAGATTATGC-GTGAC
gi|19 : atctgtCC---AATCTCAAG--GG----ACCTG-----GTCCCTGTCCCAG--AATATGCTGTGACAGCCcg
gi|20 : CC---AATCTCAAG--GG----ACCCG-----GACCCTGTCCCAA--AATATTCTGTGACc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCTTATTTGAGTCTGATATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
Alignments
lowQualScore : 22222222 1111 111 111 3333333333333333333 11111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1111 2222222222 1111111 2222 11111111111111111 111111 111111 33333333333333333333333333333333333333333 2222222 1111 1111 22222 11
lowQualScore : 0 88 99999999 5 8 5 1111 5 000 5 1 77 000 5 0000000000000000000 666 7777 22222222 44 3 3 44 3 2 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 2 77 6 77777 44 3 44 44 777777777 2222 3 555 1111111111 3 0000000 0 2 66 3333 333 5 55555555555555555 2 2 444444 3 111111 4 4 777 66 5 5 6 6 77777777777777777777777777777777777777777 6666666 1 5555 99 4444 00000 1 11 0
lowQualScore : . .. ........ . . . .... . ... . . .. ... . ................... ... .... ........ .. . . .. . . . ....................................................... . . .. . ..... .. . .. .. ......... .... . ... .......... . ....... . . .. .... ... . ................. . . ...... . ...... . . ... .. . . . . ......................................... ....... . .... .. .... ..... . .. .
lowQualScore : 8 88 22222222 0 0 7 6666 7 000 7 4 99 999 7 7777777777777777777 444 1111 11111111 66 3 3 66 3 4 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 9 33 2 77777 66 3 66 66 777777777 9999 3 444 2222222222 1 0000000 4 9 33 4444 555 3 44444444444444444 9 9 222222 6 555555 0 4 222 99 0 7 7 7 22222222222222222222222222222222222222222 0000000 0 3333 22 2222 00000 4 00 8
consensus : NNNATTTGGGTCCGATAT-TC-GG-C--ACCCCA-TTCCCAATCCAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A--C-----CAACC---CTCA----ATGTT--------TAGTA--A-A-TA--A-GAA-AA----A-C-AC--------AAA------TG-TTA-A-T-G--T-------------AATTGGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATAT--A--TN--------CTT----T-ATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT--A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-TGAAAA-----TT-TCTGC-AA---TTGTGA-TT-C-------A-A-AATGACGC--T--A-ATTTTCC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GCCCCTGTCCCAAAA--TATGCTGTGACAGCC
Reference ( family-2344 ) : NNNATTTGGGTCCAATAT-TC-GG-C--ACCCCA-TTCCCAATCCAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A--T-----CAACC---CTCA----ATGTT--------TAGTA--A-A-TA--A-GAA-AA----AAC-AC--------AAA------TG-TT--A-T-G--T-------------AATTGGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATAT--A--TN--------CTT----T-ATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT--A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-TGAAAA-----TT-TCTGC-AA---TTGTGA-TT-C-------A-A-AATGACGC--T--A-ATTNTCC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GCCCCTGTCCCAAAA--TATGCTGTGACAGCC
gi|1 : TCCAAAGA-AGGG--TCCTTT-TT---TCC-C-ATTT--GTCATTGT-GAAAATTCC
gi|1 : tcgaggttccatttgGGCA-GATTGTA-CCATCTT-A-----TGCTTTAAT-TCATGACATAT--A--TTAA------TTTCTGAT-ATACC---ATCTTAT-----AAAGAATAT-------T-ATGA-CCATTTATTTCCT-GGAGT-TTACT----TA-CTGCTT-TTATA---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AATAACAGATAAT-TCCTATTTATCTCTG--TTATAAT-----------T-TGACAATACATTT-TCTG--AT---TTGTGACTT-CGTGTAGGA-ATAATGACGC--T--ACATCCTAC---TAA--TCAAG--GT----ACTCtctaatttagcaatgcctctgcgcaatttgttgtgttggtttagataatagtgtgtaggaaggagaaacggagtgatagcatactgttattctgtctaatgtgtgggggcagattgtaccatcttatgctttaattcatgacatatattaatttctgatataccatcttataaagaatattatgaccatttatttcctggagtttacttactgcttttataaacatgattttaagaataacagataattcctatttatctctgttataatttgacaatacattttctgatttgtgacttcgtgtaggaataatgacgctacatcctactaatcaaggtactc
gi|10 : tcgaggttccatttgtccaaagaagggtccttttttcccatttgtcattgtgaaaattcctctaatttagcaatgcctctgcgcaatttgttgtgttggtttagataatagtgtgtaggaaggagaaacggagtgatagcatactgttattctgtctaatgtgtggg----A-----A--C-----CAACC---CTCAGTCAATGTT--------TAGTA--A-A-TA--A---------------------------A------TG-TG--AAT-G--T-------------AACTGGCA-GGTTGTTTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATATGTA--TG--------CTT----TTATATC---AT----------ACAGA-TAC-------TTATGGGTTATTTATTTCCT-GGAG--TTACT----TA-T-GCTT-TTATT---A-------------ACAA-G-ATTTTAAG------AA-A------AAA-TCC-ATT--TTTATA--TTTCAATT-TA-TT
gi|11 : ACC---TTCA----ATGTT--------TAGTG--A-A-TA--A-GAA-AA----A------------------------------------T-------------A-----CA-GATTGTCTACAT--T-ATTTAAAACAGT--T-TTATGACATAT--A--TC--------CTT----T-ATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTACTTCCT-GGAG--TTAC---A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-AATTTAAG------AA-A------AAT-TCC-AGT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-T
gi|12 : TCA----ATGTT--------TA-TA--GTA-TA--A-GAA-AA----A-C-AC--------AAA------TG-TT--AAT-G--T-------------AATTGGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA---A--TG--------CTT----T-ATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTTCGAGCCATTTATTGCTT-----------------------TT-TTAAT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-
gi|13 : ctt-----A--C-----CAACC---CTCA----ATGTT--------TAGTA--A-AATA--A-GAA-AA----ACC-AC--------AAA------TG-TTA-A-T-A--T-------------TATTGGCA-G---GTCTCCATA-TAA-----AACTGT--T-TCATGACATAT--A--TA--------C-T----T-ATA-----AT----------AA--------------------------CATTTCCT-GGAG--TTACT----TA-TTGC-T-TTATC---A-------------A
gi|14 : TG--TTACAATTGTA-TTT-CCTATGAAAA-----TTCTCTAC-AAATATCATTA-TT-C-------AGA-AATGACGC--ACAA-AGTGTCCTTTCAATTTGAAG--GAGGAAACCCG-----GCCCCTTTCCCAAAGATTATGC-GTGAC
gi|15 : atctgt-G--T-------------ATTTGG-A-GATTGTCTCCAT--C-A-----AACTGT--T-TCATGACATAT--A--CATGTATACCCTT----T-ATATC---TT----------AAAGA-TAT-------TTAGGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--cg
gi|17 : ATC---AT----------AAAGA-TAT-------T-ATGAGCCATTTATT-CCT-GGAG--TT-TT--ACTA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------Aattttaa
gi|18 : ATATATTTCCT-GGAG--TTACT----TG-TTGCTT-TTA-------------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------CAT-TCT-ATT--TGTATG--T--TAATT-TA-TTT-CCT-Tttttaagaaaaa
gi|19 : ttC---CAATCTCAAG--GG----ACCTG-----GTCCCTGTCCCAGAA--TATGCTGTGACAGCC
gi|2 : ATTTGGGTCCGATAT-TC-G-----ACCCCA-TTCCCAATGTAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATT---GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A--T-----GAACC---CTCA----ATGTT--------TAGTA--A-A-TA--A-GAA-AATAAGAAC-AC--------AAG------TG-TT--A-T-G--T-------------AATGGGCA-GATTGTCTCTGT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATAT--A--TA--------CTT----T-ATATCGTTAT----------GAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAT--TTATT--A-TAATTGCTT-TAATC---A-------------ACAT-G-ATT--AAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--ACTATG--TTATAATT-TA-AAT-CCT-TGAAAA-----TT-TCT-C-AA---TT-TGA-TT-C-------A-A-AATGATGC--T--A-ATTTTCC---TAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GTCCCTGTCCCAAAT--TATGCTGTGACAGCCc
gi|20 : ccaC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GACCCTGTCCCAAAA--TATTCTGTGAC
gi|3 : GGTCCGATATCTC-GGTC--ACCAAA-ACCCTAATCCAAAAA-AA----TCCTTT-TT---ACCTCAATTT--GCAA--AT-GAAAATTCCCATTTA-----A--C-----CTACC---CTAA----TTGTTTTCATGAATAGAA--A-A-TA--A-TAACAG----AATGACT-------AAA------TG-TTAAA-T-GAATA------------AATTGGCAGGATTGT---CAT--T-A-----
gi|3 : actcctgatattG--TCATT--A-CA-T-ACTTATTGCT---A-------------ACATTG-ATTT-AAGCGCGGAGA-G------AATGTCC-ATG---CTATG--TTATGATT-TAATTTACCT-TGAAAAG----TT-TCCGCCAA---TT-TGA-TTTC-------A-A-AATAATGCAAT--A-ATTTTCC----AATCTCAAAATGG----ACCCGATTATGCCCTTGTCCCAAAA--TATGGTGTTACAGTCcatacttattgctaacattgatttaagcgcggagagaatgtccatgctatgttatgatttaatttaccttgaaaagtttccgccaatttgatttcaaaataatgcaataattttccaatctcaaaatggacccgattatgcccttgtcccaaaatatggtgttacagtc
gi|4 : actcctgatattggtccgatatctcggtcaccaaaaccctaatccaaaaaaatcctttttacctcaatttgcaaatgaaaattcccatttaacctaccctaattgttttcatgaatagaaaataataacagaatgactaaatgttaaatgaataaattggcaggattATTTGGGTCGAAT-T-TCAGG-TTAAGTCCAGTTCCCACTCCAAAAGGAAGT--TCCATTATT---TCA-CAATTTTTGCAA--TTAGAAAATTCCC----A-----AGTT-----CAACCTACCTCA----GTGTT--------TAATATAA-A-TA--AAGAA-AA----AAC-AC--------AAA------TG-TTA-A-T-G--A-------------AATTCGCA-GA-TGTTCTTAT--TCA-----AACTGT--TATCATGACATAT--ATCTG--------CTT----T-ATA-----------------AA--------------TTAT-AACCATTTATTTCCTAGAAA--TTACT----TT-TTGCTT-TTATTTAAA-------------ACAT-GAATTTT
gi|5 : GTCCAATAT-TC-AG-C----CCCA-TTCTCAATCCAA------------TTTT-TT---TCT-TAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A--TTCAAACAACC---CTCC----ATGTT--------TAGTA--A-A-TA--A-G-----------------------------------------T-G--T----------------TGGCA-GATTGTCTACAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATAT--G--TA--------CTT----T-ATATC---AT----------AGAGA-TATTTGTGACTTGTGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--T---------------TT-TTATT---T-------------ACAC-A-ATTTTAAGAC----AA-A------AAT-TCC-ATG--TCT
gi|6 : tgattttTTGGGTCCAATAT--C-GG----ACC--A-TTTTCCATCCAAAAA-AAGGGATCTTAT-TTATCCCC-CCATTT--ACAA---T-GAAAATCCCC----ATTTCAA--C-----CAACC---CTCA----ATATT--------TGATA--G-A-T---A-GAA-AA----ACC-ACAAATGACTAAA------TG-TTA-A-T-G--T-------------AATTGGCA-GATTGT
gi|6 : gtcaatcgactgaATT--A-CA-TTACTTATTGCA---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATgaattacattacttattgcaaacatgattttaagaaaaattccatg
gi|7 : gtcaatcgactgattgggtccaatatcggaccattttccatccaaaaaaagggatcttatttatccccccatttacaatgaaaatccccatttcaaccaaccctcaatatttgatagatagaaaaaccacaaatgactaaatgttaatgtaattggcagattgtga-----CAACC---CTCA----ATGTT--------TGGTA--A-A-GA--A-GAA-AA----A-C-AC--------AAAATTGAATG-TT--A-TTG--T-------------ATTTCGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATAT--A--TC--------CTT----T-ATATC---AT----------AGAGA-TA--------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAGTTTTACT----TA-----TT-TTATT---AACATGATAAGTAAACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTCTGTATTATAATT-g
gi|8 : cAAA-AGAG--TCCATT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A--TTCTACCAACC---CTCA----ATGTT--------TAATA--A-A-TA--A-G-A-AA----AAC-AC--------AAA------TG-TTA-A-T-G--T-------------AATTGGCT-GATTTTCTGCAT--T-A-----A----------------ATAT--A--TG--------CTT----T-ATATC---AT----------GAGAA-TTT-------TTATAAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACTTAA-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-
gi|9 : -----A--C-----CAACC---CTTA----ATGTT--------AAATA--C-A-TATTA-GGA-AA----A-C-AC--------AAA------TGATT--A-T-G--TTAATGTAAATTATGATTGACA-GATTGTCTCCAT--C-A-----AACTGT--T-TCATGACATAT--A--TT--------CTTTTA-T-ATATT---ATATAAAACTTAAAAGA-TAT-------TTATGGGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT----TA-TTGCTT-TTATT---T-------------ACAT-G-ATTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCTTATTTGAGTCTGATATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
Alignments
lowQualScore : 22222222 1111 111 111 2222222222222222222222 111111111111111111111111111111 1111111111 111111111 1111 2222222222 1111111 2222 11111111111111111 111111 111111 33333333333333333333333333333333333333333 2222222 1111 1111 22222 11
lowQualScore : 0 88 99999999 5 8 5 1111 5 000 5 1 77 000 5 5555555555555555555555 666 7777 3 0 3 44 3 44 44 999999999999999999999999999999 999999 999999 3 1 44 0000000000 2 77 6 77777 44 3 44 44 777777777 3 2222 555 1111111111 3 0000000 0 2 66 3333 44 5 55555555555555555 2 2 444444 3 111111 4 4 777 66 5 5 6 6 77777777777777777777777777777777777777777 6666666 0 5555 99 4444 00000 1 11 0
lowQualScore : . .. ........ . . . .... . ... . . .. ... . ...................... ... .... . . . .. . .. .. .............................. ...... ...... . . .. .......... . .. . ..... .. . .. .. ......... . .... ... .......... . ....... . . .. .... .. . ................. . . ...... . ...... . . ... .. . . . . ......................................... ....... . .... .. .... ..... . .. .
lowQualScore : 8 88 22222222 0 0 7 6666 7 000 7 4 99 999 7 6666666666666666666666 444 1111 3 8 3 66 3 66 66 777777777777777777777777777777 666666 666666 3 2 22 4444444444 9 33 2 77777 66 3 66 66 777777777 3 9999 444 2222222222 1 0000000 4 9 33 4444 44 3 44444444444444444 9 9 222222 6 555555 0 4 222 99 0 7 7 7 22222222222222222222222222222222222222222 0000000 8 3333 22 2222 00000 4 00 8
consensus : NNNATTTGGGTCCGATAT-TC-GG-C--ACCCCA-TTCCCAATCCAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A-----C-----CAACC---CTCA----ATG-TTTAGT-A--A-ATA--AG--AAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TG------TT-AATG--T-AA-------TTGGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TN--------C-TT----TATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT--A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-TGAAAA-----TT-TCTGC-AA---TTGTGA-TT-C-------A-A-AATGACGC--T--A-ATTTTCC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GCCCCTGTCCCAAAA--TATGCTGTGACAGCC
Reference ( family-2344 ) : NNNATTTGGGTCCGATAT-TC-GG-C--ACCCCA-TTCCCAATCCAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A-----C-----CAACC---CTCA----ATG-TTTAGT-A--A-ATA--AG--AAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TG------TT-AATG--T-AA-------TTGGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TN--------C-TT----TATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT--A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-TGAAAA-----TT-TCTGC-AA---TTGTGA-TT-C-------A-A-AATGACGC--T--A-ATTTTCC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GCCCCTGTCCCAAAA--TATGCTGTGACAGCC
gi|1 : TCCAAAGA-AGGG--TCCTTT-TT---TCC-C-ATTT--GTCATTGT-GAAAATTCC
gi|1 : tcgaggttccatttgGGCA-GATTGTA-CCATCTT-A-----TGCTTTAAT-TCATGACATA--TA--TTAA------T-TTCTGATATACC---ATCTTAT-----AAAGAATAT-------T-ATGA-CCATTTATTTCCT-GGAGT-TTACT----TA-CTGCTT-TTATA---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AATAACAGATAAT-TCCTATTTATCTCTG--TTATAAT-----------T-TGACAATACATTT-TCTG--AT---TTGTGACTT-CGTGTAGGA-ATAATGACGC--T--ACATCCTAC---TAA--TCAAG--GT----ACTCtctaatttagcaatgcctctgcgcaatttgttgtgttggtttagataatagtgtgtaggaaggagaaacggagtgatagcatactgttattctgtctaatgtgtgggggcagattgtaccatcttatgctttaattcatgacatatattaatttctgatataccatcttataaagaatattatgaccatttatttcctggagtttacttactgcttttataaacatgattttaagaataacagataattcctatttatctctgttataatttgacaatacattttctgatttgtgacttcgtgtaggaataatgacgctacatcctactaatcaaggtactc
gi|10 : tcgaggttccatttgtccaaagaagggtccttttttcccatttgtcattgtgaaaattcctctaatttagcaatgcctctgcgcaatttgttgtgttggtttagataatagtgtgtaggaaggagaaacggagtgatagcatactgttattctgtctaatgtgtggg----A-----A-----C-----CAACC---CTCAGTCAATG-TTTAGT-A--A-AT----------------------------------------AAA------TG------TG-AATG--T-AA-------CTGGCA-GGTTGTTTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATATGTA--TG--------CTTT----TATATC---AT----------ACAGA-TAC-------TTATGGGTTATTTATTTCCT-GGAG--TTACT----TA--TGCTT-TTATT---A-------------ACAA-G-ATTTTAAG------AA-A------AAA-TCC-ATT--TTTATA--TTTCAATT-TA-TT
gi|11 : ACC---TTCA----ATG-TTTAGT-G--A-ATA--AG--AAA----A-----A-TA-------C--------A-------------------------------------------GATTGTCTACAT--T-ATTTAAAACAGT--T-TTATGACATA--TA--TC--------C-TT----TATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTACTTCCT-GGAG--TTAC---A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-AATTTAAG------AA-A------AAT-TCC-AGT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-T
gi|12 : TCA----ATG-TTTA-T-A--GTATA--AG--AAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TG------TT-AATG--T-AA-------TTGGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA---A--TG--------C-TT----TATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTTCGAGCCATTTATTGCTT-----------------------TT-TTAAT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-
gi|13 : ctt-----A-----C-----CAACC---CTCA----ATG-TTTAGTAA--A-ATA--AG--AAA----A-----ACCA-------C--------AAA------TG------TT-AATA--T-TA-------TTGGCA-G---GTCTCCATA-TAA-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TA--------C--T----TATA-----AT----------AA--------------------------CATTTCCT-GGAG--TTACT----TA-TTGC-T-TTATC---A-------------A
gi|14 : TG--TTACAATTGTA-TTT-CCTATGAAAA-----TTCTCTAC-AAATATCATTA-TT-C-------AGA-AATGACGC--ACAA-AGTGTCCTTTCAATTTGAAG--GAGGAAACCCG-----GCCCCTTTCCCAAAGATTATGC-GTGAC
gi|15 : atctgtG--T-AT-------TTGG-A-GATTGTCTCCAT--C-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--CATGTATACCC-TT----TATATC---TT----------AAAGA-TAT-------TTAGGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--cg
gi|17 : ATC---AT----------AAAGA-TAT-------T-ATGAGCCATTTATT-CCT-GGAG--TT-TT--ACTA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------Aattttaa
gi|18 : ATATATTTCCT-GGAG--TTACT----TG-TTGCTT-TTA-------------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------CAT-TCT-ATT--TGTATG--T--TAATT-TA-TTT-CCT-Tttttaagaaaaa
gi|19 : ttC---CAATCTCAAG--GG----ACCTG-----GTCCCTGTCCCAGAA--TATGCTGTGACAGCC
gi|2 : ATTTGGGTCCGATAT-TC-G-----ACCCCA-TTCCCAATGTAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATT---GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A-----T-----GAACC---CTCA----ATG-TTTAGT-A--A-ATA--AG--AAA----ATAAGAA-CA-------C--------AAG------TG------TT-A-TG--T-AA-------TGGGCA-GATTGTCTCTGT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TA--------C-TT----TATATCGTTAT----------GAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAT--TTATT--A-TAATTGCTT-TAATC---A-------------ACAT-G-ATT--AAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--ACTATG--TTATAATT-TA-AAT-CCT-TGAAAA-----TT-TCT-C-AA---TT-TGA-TT-C-------A-A-AATGATGC--T--A-ATTTTCC---TAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GTCCCTGTCCCAAAT--TATGCTGTGACAGCCc
gi|20 : ccaC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GACCCTGTCCCAAAA--TATTCTGTGAC
gi|3 : GGTCCGATATCTC-GGTC--ACCAAA-ACCCTAATCCAAAAA-AA----TCCTTT-TT---ACCTCAATTT--GCAA--AT-GAAAATTCCCATTTA-----A-----C-----CTACC---CTAA----TTGTTTTCAT-G--A-ATA--GA--AAATAATA-----A-CAGAATGACT--------AAA------TG------TTAAATGAATAAA-------TTGGCAGGATTGT---CAT--T-A-----
gi|3 : actcctgatattG--TCATT--A-CA-T-ACTTATTGCT---A-------------ACATTG-ATTT-AAGCGCGGAGA-G------AATGTCC-ATG---CTATG--TTATGATT-TAATTTACCT-TGAAAAG----TT-TCCGCCAA---TT-TGA-TTTC-------A-A-AATAATGCAAT--A-ATTTTCC----AATCTCAAAATGG----ACCCGATTATGCCCTTGTCCCAAAA--TATGGTGTTACAGTCcatacttattgctaacattgatttaagcgcggagagaatgtccatgctatgttatgatttaatttaccttgaaaagtttccgccaatttgatttcaaaataatgcaataattttccaatctcaaaatggacccgattatgcccttgtcccaaaatatggtgttacagtc
gi|4 : actcctgatattggtccgatatctcggtcaccaaaaccctaatccaaaaaaatcctttttacctcaatttgcaaatgaaaattcccatttaacctaccctaattgttttcatgaatagaaaataataacagaatgactaaatgttaaatgaataaattggcaggattATTTGGGTCGAAT-T-TCAGG-TTAAGTCCAGTTCCCACTCCAAAAGGAAGT--TCCATTATT---TCA-CAATTTTTGCAA--TTAGAAAATTCCC----A-----AGT---T-----CAACCTACCTCA----GTG-TTTAAT-ATAA-ATA--AAGAAAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TG------TT-AATG--A-AA-------TTCGCA-GA-TGTTCTTAT--TCA-----AACTGT--TATCATGACATA--TATCTG--------C-TT----TATA-----------------AA--------------TTAT-AACCATTTATTTCCTAGAAA--TTACT----TT-TTGCTT-TTATTTAAA-------------ACAT-GAATTTT
gi|5 : GTCCAATAT-TC-AG-C----CCCA-TTCTCAATCCAA------------TTTT-TT---TCT-TAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A-----TTCAAACAACC---CTCC----ATG-TTTAGT-A--A-ATA--AG---------------------------------------------------------TG--T-----------TGGCA-GATTGTCTACAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TG--TA--------C-TT----TATATC---AT----------AGAGA-TATTTGTGACTTGTGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--T---------------TT-TTATT---T-------------ACAC-A-ATTTTAAGAC----AA-A------AAT-TCC-ATG--TCT
gi|6 : tgattttTTGGGTCCAATAT--C-GG----ACC--A-TTTTCCATCCAAAAA-AAGGGATCTTAT-TTATCCCC-CCATTT--ACAA---T-GAAAATCCCC----ATTTCAA-----C-----CAACC---CTCA----ATA-TTTGAT-A--G-ATA--GA--AAA----A-----C-CA-------CAAATGACTAAA------TG------TT-AATG--T-AA-------TTGGCA-GATTGT
gi|6 : gtcaatcgactgaATT--A-CA-TTACTTATTGCA---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATgaattacattacttattgcaaacatgattttaagaaaaattccatg
gi|7 : gtcaatcgactgattgggtccaatatcggaccattttccatccaaaaaaagggatcttatttatccccccatttacaatgaaaatccccatttcaaccaaccctcaatatttgatagatagaaaaaccacaaatgactaaatgttaatgtaattggcagattgtga-----C-----CAACC---CTCA----ATG-TTTGGT-A--A-AGA--AG--AAA----A-----A-CA-------C--------AAAATTGAATG------TT-ATTG--T-AT-------TTCGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TC--------C-TT----TATATC---AT----------AGAGA-TA--------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAGTTTTACT----TA-----TT-TTATT---AACATGATAAGTAAACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTCTGTATTATAATT-g
gi|8 : AAA-AGAG--TCCATT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----ATTCTAC-----CAACC---CTCA----ATG-TTTAAT-A--A-ATA--AG--AAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TG------TT-AATG--T-AA-------TTGGCT-GATTTTCTGCAT--T-A-----A----------------ATA--TA--TG--------C-TT----TATATC---AT----------GAGAA-TTT-------TTATAAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACTTAA-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-
gi|9 : -----A-----C-----CAACC---CTTA----ATG-TTAAAT-A--C-ATATTAG--GAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TGATTATGTT-AATG--T-AAATTATGATTGACA-GATTGTCTCCAT--C-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TT--------C-TTTTA-TATATT---ATATAAAACTTAAAAGA-TAT-------TTATGGGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT----TA-TTGCTT-TTATT---T-------------ACAT-G-ATTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCTTATTTGAGTCTGATATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
Alignments
lowQualScore : 22222222 1111 111 111 2222222222222222222222 111111111111111111111111111111 1111111111 111111111 1111 2222222222 1111111 2222 11111111111111111 111111 111111 33333333333333333333333333333333333333333 2222222 1111 1111 22222 11
lowQualScore : 0 88 99999999 5 8 5 1111 5 000 5 1 77 000 5 5555555555555555555555 666 7777 3 0 3 44 3 44 44 999999999999999999999999999999 999999 999999 3 1 44 0000000000 2 77 6 77777 44 3 44 44 777777777 3 2222 555 1111111111 3 0000000 0 2 66 3333 44 5 55555555555555555 2 2 444444 3 111111 4 4 777 66 5 5 6 6 77777777777777777777777777777777777777777 6666666 0 5555 99 4444 00000 1 11 0
lowQualScore : . .. ........ . . . .... . ... . . .. ... . ...................... ... .... . . . .. . .. .. .............................. ...... ...... . . .. .......... . .. . ..... .. . .. .. ......... . .... ... .......... . ....... . . .. .... .. . ................. . . ...... . ...... . . ... .. . . . . ......................................... ....... . .... .. .... ..... . .. .
lowQualScore : 8 88 22222222 0 0 7 6666 7 000 7 4 99 999 7 6666666666666666666666 444 1111 3 8 3 66 3 66 66 777777777777777777777777777777 666666 666666 3 2 22 4444444444 9 33 2 77777 66 3 66 66 777777777 3 9999 444 2222222222 1 0000000 4 9 33 4444 44 3 44444444444444444 9 9 222222 6 555555 0 4 222 99 0 7 7 7 22222222222222222222222222222222222222222 0000000 8 3333 22 2222 00000 4 00 8
consensus : NNNATTTGGGTCCGATAT-TC-GG-C--ACCCCA-TTCCCAATCCAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A-----C-----CAACC---CTCA----ATG-TTTAGT-A--A-ATA--AG--AAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TG------TT-AATG--T-AA-------TTGGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TN--------C-TT----TATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT--A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-TGAAAA-----TT-TCTGC-AA---TTGTGA-TT-C-------A-A-AATGACGC--T--A-ATTTTCC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GCCCCTGTCCCAAAA--TATGCTGTGACAGCC
Reference ( family-2344 ) : NNNATTTGGGTCCGATAT-TC-GG-C--ACCCCA-TTCCCAATCCAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A-----C-----CAACC---CTCA----ATG-TTTAGT-A--A-ATA--AG--AAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TG------TT-AATG--T-AA-------TTGGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TN--------C-TT----TATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT--A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-TGAAAA-----TT-TCTGC-AA---TTGTGA-TT-C-------A-A-AATGACGC--T--A-ATTTTCC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GCCCCTGTCCCAAAA--TATGCTGTGACAGCC
gi|1 : TCCAAAGA-AGGG--TCCTTT-TT---TCC-C-ATTT--GTCATTGT-GAAAATTCC
gi|1 : tcgaggttccatttgGGCA-GATTGTA-CCATCTT-A-----TGCTTTAAT-TCATGACATA--TA--TTAA------T-TTCTGATATACC---ATCTTAT-----AAAGAATAT-------T-ATGA-CCATTTATTTCCT-GGAGT-TTACT----TA-CTGCTT-TTATA---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AATAACAGATAAT-TCCTATTTATCTCTG--TTATAAT-----------T-TGACAATACATTT-TCTG--AT---TTGTGACTT-CGTGTAGGA-ATAATGACGC--T--ACATCCTAC---TAA--TCAAG--GT----ACTCtctaatttagcaatgcctctgcgcaatttgttgtgttggtttagataatagtgtgtaggaaggagaaacggagtgatagcatactgttattctgtctaatgtgtgggggcagattgtaccatcttatgctttaattcatgacatatattaatttctgatataccatcttataaagaatattatgaccatttatttcctggagtttacttactgcttttataaacatgattttaagaataacagataattcctatttatctctgttataatttgacaatacattttctgatttgtgacttcgtgtaggaataatgacgctacatcctactaatcaaggtactc
gi|10 : tcgaggttccatttgtccaaagaagggtccttttttcccatttgtcattgtgaaaattcctctaatttagcaatgcctctgcgcaatttgttgtgttggtttagataatagtgtgtaggaaggagaaacggagtgatagcatactgttattctgtctaatgtgtggg----A-----A-----C-----CAACC---CTCAGTCAATG-TTTAGT-A--A-AT----------------------------------------AAA------TG------TG-AATG--T-AA-------CTGGCA-GGTTGTTTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATATGTA--TG--------CTTT----TATATC---AT----------ACAGA-TAC-------TTATGGGTTATTTATTTCCT-GGAG--TTACT----TA--TGCTT-TTATT---A-------------ACAA-G-ATTTTAAG------AA-A------AAA-TCC-ATT--TTTATA--TTTCAATT-TA-TT
gi|11 : ACC---TTCA----ATG-TTTAGT-G--A-ATA--AG--AAA----A-----A-TA-------C--------A-------------------------------------------GATTGTCTACAT--T-ATTTAAAACAGT--T-TTATGACATA--TA--TC--------C-TT----TATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTACTTCCT-GGAG--TTAC---A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-AATTTAAG------AA-A------AAT-TCC-AGT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-T
gi|12 : TCA----ATG-TTTA-T-A--GTATA--AG--AAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TG------TT-AATG--T-AA-------TTGGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA---A--TG--------C-TT----TATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTTCGAGCCATTTATTGCTT-----------------------TT-TTAAT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-
gi|13 : ctt-----A-----C-----CAACC---CTCA----ATG-TTTAGTAA--A-ATA--AG--AAA----A-----ACCA-------C--------AAA------TG------TT-AATA--T-TA-------TTGGCA-G---GTCTCCATA-TAA-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TA--------C--T----TATA-----AT----------AA--------------------------CATTTCCT-GGAG--TTACT----TA-TTGC-T-TTATC---A-------------A
gi|14 : TG--TTACAATTGTA-TTT-CCTATGAAAA-----TTCTCTAC-AAATATCATTA-TT-C-------AGA-AATGACGC--ACAA-AGTGTCCTTTCAATTTGAAG--GAGGAAACCCG-----GCCCCTTTCCCAAAGATTATGC-GTGAC
gi|15 : atctgtG--T-AT-------TTGG-A-GATTGTCTCCAT--C-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--CATGTATACCC-TT----TATATC---TT----------AAAGA-TAT-------TTAGGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--cg
gi|17 : ATC---AT----------AAAGA-TAT-------T-ATGAGCCATTTATT-CCT-GGAG--TT-TT--ACTA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------Aattttaa
gi|18 : ATATATTTCCT-GGAG--TTACT----TG-TTGCTT-TTA-------------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------CAT-TCT-ATT--TGTATG--T--TAATT-TA-TTT-CCT-Tttttaagaaaaa
gi|19 : ttC---CAATCTCAAG--GG----ACCTG-----GTCCCTGTCCCAGAA--TATGCTGTGACAGCC
gi|2 : ATTTGGGTCCGATAT-TC-G-----ACCCCA-TTCCCAATGTAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATT---GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A-----T-----GAACC---CTCA----ATG-TTTAGT-A--A-ATA--AG--AAA----ATAAGAA-CA-------C--------AAG------TG------TT-A-TG--T-AA-------TGGGCA-GATTGTCTCTGT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TA--------C-TT----TATATCGTTAT----------GAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAT--TTATT--A-TAATTGCTT-TAATC---A-------------ACAT-G-ATT--AAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--ACTATG--TTATAATT-TA-AAT-CCT-TGAAAA-----TT-TCT-C-AA---TT-TGA-TT-C-------A-A-AATGATGC--T--A-ATTTTCC---TAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GTCCCTGTCCCAAAT--TATGCTGTGACAGCCc
gi|20 : ccaC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GACCCTGTCCCAAAA--TATTCTGTGAC
gi|3 : GGTCCGATATCTC-GGTC--ACCAAA-ACCCTAATCCAAAAA-AA----TCCTTT-TT---ACCTCAATTT--GCAA--AT-GAAAATTCCCATTTA-----A-----C-----CTACC---CTAA----TTGTTTTCAT-G--A-ATA--GA--AAATAATA-----A-CAGAATGACT--------AAA------TG------TTAAATGAATAAA-------TTGGCAGGATTGT---CAT--T-A-----
gi|3 : actcctgatattG--TCATT--A-CA-T-ACTTATTGCT---A-------------ACATTG-ATTT-AAGCGCGGAGA-G------AATGTCC-ATG---CTATG--TTATGATT-TAATTTACCT-TGAAAAG----TT-TCCGCCAA---TT-TGA-TTTC-------A-A-AATAATGCAAT--A-ATTTTCC----AATCTCAAAATGG----ACCCGATTATGCCCTTGTCCCAAAA--TATGGTGTTACAGTCcatacttattgctaacattgatttaagcgcggagagaatgtccatgctatgttatgatttaatttaccttgaaaagtttccgccaatttgatttcaaaataatgcaataattttccaatctcaaaatggacccgattatgcccttgtcccaaaatatggtgttacagtc
gi|4 : actcctgatattggtccgatatctcggtcaccaaaaccctaatccaaaaaaatcctttttacctcaatttgcaaatgaaaattcccatttaacctaccctaattgttttcatgaatagaaaataataacagaatgactaaatgttaaatgaataaattggcaggattATTTGGGTCGAAT-T-TCAGG-TTAAGTCCAGTTCCCACTCCAAAAGGAAGT--TCCATTATT---TCA-CAATTTTTGCAA--TTAGAAAATTCCC----A-----AGT---T-----CAACCTACCTCA----GTG-TTTAAT-ATAA-ATA--AAGAAAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TG------TT-AATG--A-AA-------TTCGCA-GA-TGTTCTTAT--TCA-----AACTGT--TATCATGACATA--TATCTG--------C-TT----TATA-----------------AA--------------TTAT-AACCATTTATTTCCTAGAAA--TTACT----TT-TTGCTT-TTATTTAAA-------------ACAT-GAATTTT
gi|5 : GTCCAATAT-TC-AG-C----CCCA-TTCTCAATCCAA------------TTTT-TT---TCT-TAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A-----TTCAAACAACC---CTCC----ATG-TTTAGT-A--A-ATA--AG---------------------------------------------------------TG--T-----------TGGCA-GATTGTCTACAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TG--TA--------C-TT----TATATC---AT----------AGAGA-TATTTGTGACTTGTGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--T---------------TT-TTATT---T-------------ACAC-A-ATTTTAAGAC----AA-A------AAT-TCC-ATG--TCT
gi|6 : tgattttTTGGGTCCAATAT--C-GG----ACC--A-TTTTCCATCCAAAAA-AAGGGATCTTAT-TTATCCCC-CCATTT--ACAA---T-GAAAATCCCC----ATTTCAA-----C-----CAACC---CTCA----ATA-TTTGAT-A--G-ATA--GA--AAA----A-----C-CA-------CAAATGACTAAA------TG------TT-AATG--T-AA-------TTGGCA-GATTGT
gi|6 : gtcaatcgactgaATT--A-CA-TTACTTATTGCA---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATgaattacattacttattgcaaacatgattttaagaaaaattccatg
gi|7 : gtcaatcgactgattgggtccaatatcggaccattttccatccaaaaaaagggatcttatttatccccccatttacaatgaaaatccccatttcaaccaaccctcaatatttgatagatagaaaaaccacaaatgactaaatgttaatgtaattggcagattgtga-----C-----CAACC---CTCA----ATG-TTTGGT-A--A-AGA--AG--AAA----A-----A-CA-------C--------AAAATTGAATG------TT-ATTG--T-AT-------TTCGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TC--------C-TT----TATATC---AT----------AGAGA-TA--------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAGTTTTACT----TA-----TT-TTATT---AACATGATAAGTAAACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTCTGTATTATAATT-g
gi|8 : AAA-AGAG--TCCATT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----ATTCTAC-----CAACC---CTCA----ATG-TTTAAT-A--A-ATA--AG--AAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TG------TT-AATG--T-AA-------TTGGCT-GATTTTCTGCAT--T-A-----A----------------ATA--TA--TG--------C-TT----TATATC---AT----------GAGAA-TTT-------TTATAAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACTTAA-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-
gi|9 : -----A-----C-----CAACC---CTTA----ATG-TTAAAT-A--C-ATATTAG--GAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TGATTATGTT-AATG--T-AAATTATGATTGACA-GATTGTCTCCAT--C-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TT--------C-TTTTA-TATATT---ATATAAAACTTAAAAGA-TAT-------TTATGGGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT----TA-TTGCTT-TTATT---T-------------ACAT-G-ATTTTA
blockSeqs : CT AGGTTAA A G G GGGA A ATC T A TT G A AATTCAAA TAC . T A TA T TT GA TAATAACAGAATGACT ATTGAA ATTATG A A AA AAATTATGA G A A TTTAA . A TG TC ATGTATACC T TTA GTT ATAAAACTTA . TTGTGAC A TT TAA AT A AACATGATAAGTAA T A CGCGGA . . G . T TA G A A A TTCTCTACAAATATCATTATTCAGA ACAA TTTC AT GGAA ATTAT T .
blockSeqs : T GGTCA C . . GG . . . A . A . ATTTCAAC . . . . . . . . ACCACAAATGACT . . . A . AAA . . C . . . . . G . . . . . . . . AC T A TAAA . . AC . . . . T . . . . . GTTTCCGCCAATTTGATTTCAA AATA C . . . T .
blockSeqs : T AGC C . . GT . . . A . T . AATTCTAC . . . . . . . . ATAAGAACAC . . . A . AA . . . . . . . . C . . . . . . . . A T . A . . . . . . . T . . . . . TTTCTCAATTTGATTCAA TA T . . . A .
blockSeqs : . GGA . . . AG . . . A . G . ATTTAAC . . . . . . . . AACCAC . . . A . TA . . . . . . . . G . . . . . . . . A T . A . . . . . . . A . . . . . C . . . C .
blockSeqs : . . . . . C . G . AAGTT . . . . . . . . AATAC . . . A . AT . . . . . . . . A . . . . . . . . A T . A . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . AAT . . . . . . . . AACAC . . . T . AA . . . . . . . . A . . . . . . . . A T . A . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AACAC . . . A . AA . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AACAC . . . A . AA . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AACAC . . . . . AT . . . . . . . . C . . . . . . . . . T . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AACAC . . . . . AA . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : AGCA**** G** ANTTCAAC************** **** AACAC************************* ** ** G******** **** ********** ** ****** T** **
originalCons : NNNATTTGGGTCCGATAT-TC-GG-C--ACCCCA-TTCCCAATCCAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTCCC----A-----A-----C-----CAACC---CTCA----ATG-TTTAGT-A--A-ATA--AG--AAA----A-----A-CA-------C--------AAA------TG------TT-AATG--T-AA-------TTGGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TN--------C-TT----TATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT--A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-TGAAAA-----TT-TCTGC-AA---TTGTGA-TT-C-------A-A-AATGACGC--T--A-ATTTTCC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GCCCCTGTCCCAAAA--TATGCTGTGACAGCC
finalCons : NNNATTTGGGTCCGATAT-TCAGCA----CCCCA-TTCCCAATCCAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATTT--GCAAG--T-GAAAATTCCCANTTCAAC--------------CAACC---CTCA----ATG-TTTAGT-A--A-ATA--AG--AAAAACAC-------------------------AAA------TG------TT-AATG--T-AA-------TTGGCA-GATTGTCTCCAT--T-A-----AACTGT--T-TCATGACATA--TA--TG--------C-TT----TATATC---AT----------AAAGA-TAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT--A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATTT--CTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-TGAAAA-----TT-TCTGC-AA---TTGTGA-TT-C-------A-A-AATGACGC--T--A-ATTTTCC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GCCCCTGTCCCAAAA--TATGCTGTGACAGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCTTATTTGAGTCTGATATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
Alignments
lowQualScore : 333333 1111 111 111 11111111111 111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 1111 11111111111111111 1111111 2222 11111111111111111 111111 111111 33333333333333333333333333333333333333333 2222222 1111 1111 22222 11
lowQualScore : 0 88 222222 5 8 5 1111 5 000 5 1 77 000 5 77 66 6 77777 6666 44444444444 3 3 44 111111 3 44 44 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 888888 3 88888 33 2 99999999999 555 2 44 3 3 77777 3 44 3 44 555555555555 3 2222 44444444444444444 3333333 2 66 3333 44 5 55555555555555555 2 2 444444 3 111111 4 4 777 66 5 5 6 6 77777777777777777777777777777777777777777 6666666 0 5555 99 4444 00000 1 11 0
lowQualScore : . .. ...... . . . .... . ... . . .. ... . .. .. . ..... .... ........... . . .. ...... . .. .. ..................................................... ...... . ..... .. . ........... ... . .. . . ..... . .. . .. ............ . .... ................. ....... . .. .... .. . ................. . . ...... . ...... . . ... .. . . . . ......................................... ....... . .... .. .... ..... . .. .
lowQualScore : 8 88 888888 0 0 7 6666 7 000 7 4 99 999 7 99 77 6 77777 5555 66666666666 1 1 22 999999 1 22 22 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 888888 1 22222 99 9 88888888888 000 9 22 1 1 77777 3 66 3 66 999999999999 3 9999 22222222222222222 1111111 9 33 4444 44 3 44444444444444444 9 9 222222 6 555555 0 4 222 99 0 7 7 7 22222222222222222222222222222222222222222 0000000 8 3333 22 2222 00000 4 00 8
consensus : NNNATTTGGGTCCGATAT-TCGG-C---ACCCCA-TTCCCAATCCAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTC--CCAA-TTCAACCAACCCT-----CA----AT-----------G-TTTAG-TA--A------A-TA--AG--AA----A----A-----AC---------A-------C--------A-AA------TG------TT-A----ATG--T-AA-------T---TGG---CA-GATTGTCTCCA--T-T-A-----AA-CTGT--T-TCATGACATA--TA--T--G------C-TT----TATATC-----AT----------AAAGATAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT--A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-TGAAAA-----TT-TCTGC-AA---TTGTGA-TT-C-------A-A-AATGACGC--T--A-ATTTTCC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GCCCCTGTCCCAAAA--TATGCTGTGACAGCC
Reference ( family-2344 ) : NNNATTTGGGTCCGATAT-TCAG-C---ACCCCA-TTCCCAATCCAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTC--CCAN-TTCAACCAACCCT-----CA----AT-----------G-TTTAG-TA--A------A-TA--AG--AA----A----A-----AC---------A-------C--------A-AA------TG------TT-A----ATG--T-AA-------T---TGG---CA-GATTGTCTCCA--T-T-A-----AA-CTGT--T-TCATGACATA--TA--T--G------C-TT----TATATC-----AT----------AAAGATAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT--A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-TGAAAA-----TT-TCTGC-AA---TTGTGA-TT-C-------A-A-AATGACGC--T--A-ATTTTCC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GCCCCTGTCCCAAAA--TATGCTGTGACAGCC
gi|1 : TCCAAAGA-AGGG--TCCTTT-TT---TCC-C-ATTT--GTCATTGT-GAAAATTCCTCTAA-TTTAGCAATGCCTCTGCGCA----ATTTGTTGTGTTGG-TTTAGATA--ATAGTGTG-TA--GG--AAGGAGA----A-----ACGGAGTGATAG-------C--------ATAC------TG------TT-ATTCTGTC--T-AA-------TGTGTGGGGGCA-GATTGTA-CCATCT-T-A-----TG-CTTTAAT-TCATGACATA--TA--TTAA------T-TTCTGATATACCATCTTAT----------AAAGA-ATA------TTATGA-CCATTTATTTCCT-GGAGT-TTACT----TA-CTGCTT-TTATA---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AATAACAGATAAT-TCCTATTTATCTCTG--TTATAAT-----------T-TGACAATACATTT-TCTG--AT---TTGTGACTT-CGTGTAGGA-ATAATGACGC--T--ACATCCTAC---TAA--TCAAG--GT----ACTC
gi|10 : tcgaggttccatttgAACCAACCCT-----CAGTCAAT-----------G-TTTAG-TA--A------A-TA--A---------------------------------------------------A------TG------TG-A----ATG--T-AA-------C---TGG---CA-GGTTGTTTCCA--T-T-A-----AA-CTGT--T-TCATGACATATGTA--T--G------CTTT----TATATC-----AT----------ACAGATAC-------TTATGGGTTATTTATTTCCT-GGAG--TTACT----TA--TGCTT-TTATT---A-------------ACAA-G-ATTTTAAG------AA-A------AAA-TCC-ATT--TTTATA--TTTCAATT-TA-TT
gi|11 : ACCTT-----CA----AT-----------G-TTTAG-TG--A------A-TA--AG--AA----A----A-----AT---------A-------C--------A------------------------------------------------------GATTGTCTACA--T-T-ATTTAAAA-CAGT--T-TTATGACATA--TA--T--C------C-TT----TATATC-----AT----------AAAGATAT-------TTATGAGCCATTTACTTCCT-GGAG--TTAC---A-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-AATTTAAG------AA-A------AAT-TCC-AGT--TCTATG--TTATAATT-TA-TTT-CCT-T
gi|12 : T-----CA----AT-----------G-TTTA--TA--GT-----A-TA--AG--AA----A----A-----AC---------A-------C--------A-AA------TG------TT-A----ATG--T-AA-------T---TGG---CA-GATTGTCTCCA--T-T-A-----AA-CTGT--T-TCATGACATA---A--T--G------C-TT----TATATC-----AT----------AAAGATAT-------TTTCGAGCCATTTATTGCTT-----------------------TT-TTAAT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-
gi|13 : cttACCAACCCT-----CA----AT-----------G-TTTAG-TA--A------AATA--AG--AA----A----A-----ACC--------A-------C--------A-AA------TG------TT-A----ATA--T-TA-------T---TGG---CA-G---GTCTCCA--TAT-A-----AAACTGT--T-TCATGACATA--TA--T--A------C--T----TATA-------AT----------AA-------------------------CATTTCCT-GGAG--TTACT----TA-TTGC-T-TTATC---A-------------A
gi|14 : TG--TTACAATTGTA-TTT-CCTATGAAAA-----TTCTCTAC-AAATATCATTA-TT-C-------AGA-AATGACGC--ACAA-AGTGTCCTTTCAATTTGAAG--GAGGAAACCCG-----GCCCCTTTCCCAAAGATTATGC-GTGAC
gi|15 : atctgtG--T-AT-------T---TGG----A-GATTGTCTCCA--T-C-A-----AA-CTGT--T-TCATGACATA--TACAT--GTATACCC-TT----TATATC-----TT----------AAAGATAT-------TTAGGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--cg
gi|17 : ATC-----AT----------AAAGATAT-------T-ATGAGCCATTTATT-CCT-GGAG--TT-TT--ACTA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------Aattttaa
gi|18 : ATATATTTCCT-GGAG--TTACT----TG-TTGCTT-TTA-------------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------CAT-TCT-ATT--TGTATG--T--TAATT-TA-TTT-CCT-Tttttaagaaaaa
gi|19 : ttC---CAATCTCAAG--GG----ACCTG-----GTCCCTGTCCCAGAA--TATGCTGTGACAGCC
gi|2 : ATTTGGGTCCGATAT-TCG------ACCCCA-TTCCCAATGTAAAAA-AAGG--TCCTTT-TT---TCC-CAATT---GCAA--GT-GAAAATTC--CCAA-TG-----AACCCT-----CA----AT-----------G-TTTAG-TA--A------A-TA--AG--AA----A----ATAAGAAC---------A-------C--------A-AG------TG------TT-A-----TG--T-AA-------T---GGG---CA-GATTGTCTCTG--T-T-A-----AA-CTGT--T-TCATGACATA--TA--T--A------C-TT----TATATCGTT--AT----------GAAGATAT-------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAT--TTATT--A-TAATTGCTT-TAATC---A-------------ACAT-G-ATT--AAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--ACTATG--TTATAATT-TA-AAT-CCT-TGAAAA-----TT-TCT-C-AA---TT-TGA-TT-C-------A-A-AATGATGC--T--A-ATTTTCC---TAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GTCCCTGTCCCAAAT--TATGCTGTGACAGCCc
gi|20 : ccaC---CAATCTCAAG--GG----ACCCG-----GACCCTGTCCCAAAA--TATTCTGTGAC
gi|3 : GGTCCGATATCTCGGTC---ACCAAA-ACCCTAATCCAAAAA-AA----TCCTTT-TT---ACCTCAATTT--GCAA--AT-GAAAATTC--CCAT-TT-AACCTACCCT-----AA----TT-----------GTTTTCA-TG--A------A-TA--GA--AA----ATAATA-----AC---------AGAATGACT--------A-AA------TG------TTAA----ATGAATAAA-------T---TGG---CAGGATTGT---CA--T-T-A-----
gi|3 : actcctgatattG--TCATT--A-CA-T-ACTTATTGCT---A-------------ACATTG-ATTT-AAGCGCGGAGA-G------AATGTCC-ATG---CTATG--TTATGATT-TAATTTACCT-TGAAAAG----TT-TCCGCCAA---TT-TGA-TTTC-------A-A-AATAATGCAAT--A-ATTTTCC----AATCTCAAAATGG----ACCCGATTATGCCCTTGTCCCAAAA--TATGGTGTTACAGTCcatacttattgctaacattgatttaagcgcggagagaatgtccatgctatgttatgatttaatttaccttgaaaagtttccgccaatttgatttcaaaataatgcaataattttccaatctcaaaatggacccgattatgcccttgtcccaaaatatggtgttacagtc
gi|4 : actcctgatattggtccgatatctcggtcaccaaaaccctaatccaaaaaaatcctttttacctcaatttgcaaatgaaaattcccatttaacctaccctaattgttttcatgaatagaaaataataacagaatgactaaatgttaaatgaataaattggcaggattATTTGGGTCGAAT-T-TCAG-GTTAAGTCCAGTTCCCACTCCAAAAGGAAGT--TCCATTATT---TCA-CAATTTTTGCAA--TTAGAAAATTC--CCAAGTTCAACCTACC-T-----CA----GT-----------G-TTTAA-TATAA------A-TA--AAGAAA----A----A-----AC---------A-------C--------A-AA------TG------TT-A----ATG--A-AA-------T---TCG---CA-GA-TGTTCTTA--T-TCA-----AA-CTGT--TATCATGACATA--TATCT--G------C-TT----TATA-------------------AA-------------TTAT-AACCATTTATTTCCTAGAAA--TTACT----TT-TTGCTT-TTATTTAAA-------------ACAT-GAATTTT
gi|5 : GTCCAATAT-TCAG-C-----CCCA-TTCTCAATCCAA------------TTTT-TT---TCT-TAATTT--GCAA--GT-GAAAATTC--CCAA-TTCAAACAACCCT-----CC----AT-----------G-TTTAG-TA--A------A-TA--AG--------------------------------------------------------------------------TG--T--------------TGG---CA-GATTGTCTACA--T-T-A-----AA-CTGT--T-TCATGACATA--TG--T--A------C-TT----TATATC-----AT----------AGAGATATTTGTGACTTGTGAGCCATTTATTTCCT-GGAG--T---------------TT-TTATT---T-------------ACAC-A-ATTTTAAGAC----AA-A------AAT-TCC-ATG--TCT
gi|6 : tgattttTTGGGTCCAATAT--CGG-----ACC--A-TTTTCCATCCAAAAA-AAGGGATCTTAT-TTATCCCC-CCATTT--ACAA---T-GAAAATCC--CCAT-TTCAACCAACCCT-----CA----AT-----------A-TTTGA-TA--G------A-TA--GA--AA----A----A-----CC---------A-------CAAATGACTA-AA------TG------TT-A----ATG--T-AA-------T---TGG---CA-GATTGT
gi|6 : gtcaatcgactgaATT--A-CA-TTACTTATTGCA---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATgaattacattacttattgcaaacatgattttaagaaaaattccatg
gi|7 : gtcaatcgactgattgggtccaatatcggaccattttccatccaaaaaaagggatcttatttatccccccatttacaatgaaaatccccatttcaaccaaccctcaatatttgatagatagaaaaaccacaaatgactaaatgttaatgtaattggcagattgtgaCCAACCCT-----CA----AT-----------G-TTTGG-TA--A------A-GA--AG--AA----A----A-----AC---------A-------C--------A-AAATTGAATG------TT-A----TTG--T-AT-------T---TCG---CA-GATTGTCTCCA--T-T-A-----AA-CTGT--T-TCATGACATA--TA--T--C------C-TT----TATATC-----AT----------AGAGATA--------TTATGAGCCATTTATTTCCT-GGAGTTTTACT----TA-----TT-TTATT---AACATGATAAGTAAACAT-G-ATTTTAAG------AA-A------AAT-TCC-ATT--TCTCTGTATTATAATT-g
gi|8 : AAA-AGAG--TCCATT-TT---TCC-CAATTT--GCAA--GT-GAAAATTC--CCAA-TTCTACCAACCCT-----CA----AT-----------G-TTTAA-TA--A------A-TA--AG--AA----A----A-----AC---------A-------C--------A-AA------TG------TT-A----ATG--T-AA-------T---TGG---CT-GATTTTCTGCA--T-T-A-----AA-----------------TA--TA--T--G------C-TT----TATATC-----AT----------GAGAATTT-------TTATAAGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACTTAA-TA-TTGCTT-TTATT---A-------------ACAT-G-ATTTTAAG------AA-
gi|9 : ACCAACCCT-----TA----AT-----------G-TTAAA-TA--C------A-TATTAG--GA----A----A-----AC---------A-------C--------A-AA------TGATTATGTT-A----ATG--T-AAATTATGAT---TGA---CA-GATTGTCTCCA--T-C-A-----AA-CTGT--T-TCATGACATA--TA--T--T------C-TTTTA-TATATT-----ATATAAAACTTAAAAGATAT-------TTATGGGCCATTTATTTCCT-GGAG--TTACT----TA-TTGCTT-TTATT---T-------------ACAT-G-ATTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCTTATTTGAGTCTGATATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC