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lowQualScore                  :               3       4   4   66         55       1 1    4 66        66   5     5 9     5    5  5  888   0000   5  66     5    5 5           4            444444  888   5   5    5  5    5 5 5   000    2222   7777777777777777777777  6   888   8888     5 5 66  5555555555       3333333333333    5 000 5      000000000  5  3      4444444444444444    4444     888   2     7777    99   11      66666666666666         4444  444444444 8 8  11  5555 6  77777777    7777   8    6   44444444444444444444   7777  0     6  6   55     6       33  8           666      8                888888  0  555  2   3      0 3  0       88888    0  0   0  0        777   888888   33  0 777777 0    88888  2   0  0 0         333   222     
lowQualScore                  :               .       .   .   ..         ..       . .    . ..        ..   .     . .     .    .  .  ...   ....   .  ..     .    . .           .            ......  ...   .   .    .  .    . . .   ...    ....   ......................  .   ...   ....     . . ..  ..........       .............    . ... .      .........  .  .      ................    ....     ...   .     ....    ..   ..      ..............         ....  ......... . .  ..  .... .  ........    ....   .    .   ....................   ....  .     .  .   ..     .       ..  .           ...      .                ......  .  ...  .   .      . .  .       .....    .  .   .  .        ...   ......   ..  . ...... .    .....  .   .  . .         ...   ...     
lowQualScore                  :               9       4   4   11         55       9 1    4 11        99   0     0 9     0    0  0  888   6666   0  99     0    0 0           5            555555  888   0   0    7  0    0 7 7   000    1111   3333333333333333333333  7   666   7777     7 7 44  0000000000       6666666666666    7 000 7      111111111  7  0      2222222222222222    2222     777   0     0000    00   00      00000000000000         8888  222222222 0 0  00  0000 0  22222222    0000   0    0   00000000000000000000   0000  6     7  7   88     7       00  0           444      0                888888  0  000  5   2      0 2  0       88888    0  0   0  0        555   555555   22  0 888888 0    55555  5   0  0 0         555   555     
consensus                     :           NCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCACT-GNTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGTC--T-------TNGG-------AC-GGCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCCA-T---C-TCAGGG--A------TA-CCCTGGTGA----------------CGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC----------AA--TCCATCTCC---AGC---GG----T-A-CT--TC---TTAAA-G---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--GT--GAAGT-T----T--GGT----AATTTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAG-AT-TTTAGCAGGCC-A-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCT------CA-GCC--GCCGTTATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---G-TTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--C-ATACA-A--CANGAC-TG-G-TAGAACGCA--TACT-G-TTGTA
Reference ( gi|5 )            :           TCTATCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCATT-GATCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGTC--T-------TGGG-------AC-GGCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCCA-T---C-TCAGGG--A------TA-CCCTGGTGA----------------TGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC----------A---TCCATCTCC---AGC---GG----T-A-CT--TC---TTAAA-G---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--GT--GATGT-T----T--GGT----AATTTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGA--AT-TTTAGCAGGCC-A-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCT------CA-GCT--GTCGTTATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---GCTTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--C-ATAC--A--CAGGAC-TG-G-TAGAATGCA--TACT-G-TTGTA
gi|1                          :            CTACCTAGTCCCTTGATTG--CGCCCAGAG--GCACATAAGGCAAGAG--ACTAGCTTTACCT-CCACT-GTTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAGGTTCG-TCTCCAAGTCAGCGCTATCTCTTTC------CTT---CTGACCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGTCTTT-------TGGA-------GC-GGCC--TTG--CTTCTTT-T-TGCCC----------CTCTGGA-------------TCCA-T---C-TCAGGG--A------TACCCCTGGTGA----------------TGTT----ATTTG-T-TGG-TCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC----------A---TC--TCTCC---AGC---GG----T-ATCT--TC---ATAGA-A---A--ATTG----TAC-GCATGGTT--G------GT-TGGAGT--GGT----AATCTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAG-ATATTTATTAGGCC-AGAAGATAGTCTTAAGTATTCTTCT------CA-GGCAGGCCGTTATGGAAGCCTAG-AGAGCTT---G-TTGA-TG-TCCTTT-TTCAGTCA---TCCAC-C--GAT--TC-C-GCC--C-ATACCAA--CAGGACGTG-G-TTAGACGCG--AACT-GATTGT
gi|8                          :      acctacCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCATT-GATCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTTG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TTCT-T-C-TCC---AGGT----catagcgcgtcacttggtattcctactaatatccgtgtagactgtccagatgtttctttagattactgaagggcacctctgctttccctaatcttagccgttggaattgtctttgtttggcaccaccatcactttgttacaatgcttccaaggtatgtgaaggatgtcatctaccggtagttgtatcctttgtgggtgctttgtattcagtgacataacttctgtcttcttcacgttaatct
gi|10                         :        ctacCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCATT-GATCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-C
gi|9                          :        ctacCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGAACAGAG--GCACAT--------------TAGCTT--CCTGCCACT-G-TCTCT-ATCTGTTGGG---CCT----TCTATG--CCCAG-TTCA-T-TCCAAGTCAGG-CCATCTCTTTCA------TT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-
gi|6                          :      acatacCTACCTAGTCC-GTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAG
gi|12                         : ataacctacgtaTACTTAGTGC-TTC-CTG--CACCCGGAG--GCACATAAGGCAAT-G--ACTAGtatgtctcagcggggtgttattaagatgtgatttcaagggatgcggaatcttcatgacctgtgtagtcaccgggattccaactcagcgggaccggagcgtctttgggctgctgactagtaacgtccatctgtgttctgttaggacgttgtgttttcccttctgcacgtggctattatgtccataggcatcagggagttaacttgatgatgtcgtctgtatggtctctcttaaatcacatgtccaaattccatcgtcgcggttacttcgttaagtgtaagtgcacgcatgttgggagttggtaattctcgtgtcagttatcttcatcatatttgatttgatattta
gi|2                          :           gcaATCTAGTCC-TTG-TTGGACGCCCAGGGTAGCACATATG-CAAG-GGTACT-GCTT--CCG-TCATTTGATCTCTTATCT-TT-GGGGGCCT----TCT-GGGCCTCAG-TTTGGT-TCCAAGTCAGGGCCATCTCTTTCA-----TTT----TG-CCT-CTAC-AGATCCT-TTC-TCC---AGGT----GTTC--T-------TTGG-------AC-GGC---TTC--TTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCCAAT---C-TCAGGGGGA------TA-CC--GGTGT----------------CGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC----------AA--TCCATCTCC---AGC---G-----T-A-CT--TC---TTAAAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--GT--GATGT-T----TTTGGT----AA-TTTCACTG-CAG--ATCTT-CATTTGAT-AT-TTTAGCAGGCC---AGAATA-TCTTAAGTATACTTCT------CA-GCT--GTCGTT-TGGAAG-CTAGAAGAGCTT---GGTTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--CTATAA--AAGCAGGAC-TG-GTTAGAATGCAAGTACTGG-TTGTAagatttctgtcctc
gi|19                         :      tctatcctagCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAtgcctcaatcttggtatatttccgtacttaatgcggtgtaacttccagatgttcttttagaatgtacttgaagcacccttgcgttccctaatctttgcctgatgtccttctcttcgcacatccgtcactggttaccttatgctttccataggtaaatgtgaagaatt
gi|14                         :           ttccttcAGTTC-TCG-TTG--CGCCCATAG--GC--------CAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCACT-GTTC
gi|7                          :                                       caG--GAACATAGGGCCAG-T--ACCGCTTT--TCT-CCATT-GCGATCT-ATTT-TT-GG---GCTGCTCTCT-TG--GC----TTCA-C-CCTAGGTCATGTTGGTGTTATGGA-----GCT---CTA-CCT-TTAG-AG-T----T-C-TCC---AGGT----GGT--------------G-------ACTGGTC--TTC--C---CGT-T-T--CT----------CTGTGGA-------------TCCA-T---T-CCAAGG------------C----ATGA----------------CG-T----GTTTGTT-TGGTCCTC
gi|4                          :                                          ttatcttactgacctagtcctcTAGCTT--CCT-CCACT-GTTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--TCCAG-TTCA-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGTC--T-------TTGG-------AC-AGCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CCTTCTCAGAAGTTCTGGA------------GTCCA-T---C-TCAGGG--A------TA-CCCTGGTGA----------------TGTT----GTCTG-T-TGG-TCTCC----ATAG--CAC--ATGTCCA---------A---TCCATCTCC---AGC---AG----T-A-CT--TC---TT-AA-G---A--ATTG----TAT-GCAT-GTTG-GT--GGAG--T----T--GGT----AA-TCTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAT-AT-TTTAGCAGGCC---AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCT------CAGGCA--GCCGTTATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---G-TTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-TCC--AACATTC-C-G-CATC-ATACA-A--CATAAC-TG-G-TAGAACACA---ACT-G-TTGTAtgcg
gi|18                         :                                                                                        T-ATCT-TT-GA---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCA-T-TCCAAGTCAGGCtagcctcatcttggtcttcctacttatgcttgtagatttccagatgttctttagattaatgaaggcacaccatctcttgctttccctaatct
gi|3                          :                                                                                                                                                  TTTCTTTCACGGAATTTATCTTG-CCTTCTACCAG-TCCTCT-CGTCCTAGAGGTCCGTGGTT--TCTTTCTATGGACAAGTGCAC-AGCCATTTGGCCTTTCTTGTATG-CC----------CTCTGGA------------GTCCA-T---C-TCAAGG--AGGAACATT-CCCTTTTGAGTGCCAAACAGCAGTTCGTTTAATGTCTG-A-TTGCCTTTCGCATTTAGG-CACTTATGTCCTATAATATCTA---CCCATCTCTCCAAGCCAAGGCTCTT-A-CTGCTCCTATTAAA-G---ATGAGTGGCTCTACCGCATCGTTCGGTAGGAAGTGT----T--AGTCATAAATCTTCA-TG-CAGC-ATCTT-CATTGGAG-AT-TTTAGCAGGCCCA-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCAGCGGCA-GCT--GT-GTAATGGAAG-C-AG-AGAGCTTCAAGCTTGATTGCTCC-TTGTTCAGTTACAGTCC-T-CCAAATA-TCGCAA-C--C-ATACA-A--CACGAC-TGCG-TAGAATGCAC-TGCT---TTGTA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                    G-TCCA-T-C-T-------GT----GTTC--TGT-----TAGG-------AC-G-----TTG-----TGTT-T-TC-CC----------TTCTGCACGTGGCTATTATGTCCA-TAGGCATCAGGG--AGT----TA-ACTTGATGA----------------TGTC----GTCTG-TATGGTCTCTC----TTAAATCAC--ATGTCC----------AAATTCCATCGTC----GC---GG----TTA-CT--TC---GTTAA-GTGTA--AGTG----CAC-GCAT-GTT--GG--GA-G--T----T--GGT----AATTCTCG-TGTCAGTTATCTT-CATtagcctcatcttgatttctatttctactatatgcgatagtagact
gi|16                         :                                                        ataacctacgtactacctagtccgtgttgcgcccagaggcacatagggcaaggactagtatgtctcagcggggtgttattaagatgtgatttcaagggatgcggaatcttcatgacctgtgtagtcaccgggattccaactcagcgggaccggagcgtctttgggctgctgactagtaacC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CT----------CTCTGGA------------GTCCA-T---C-TCAGGG--A------TA-CCCTGGTGcatatttgatttgatattta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCA-TG-CA---ATCTTTCATTTGAGAAT-TTTAGCAGGCC-----GACA-TTTTAAGTATT

Unaligned ( gi|11 ): TAGTTGTAATCCTTTGGGGTCGCTTTGAATTCAGTGACATAACACAAATTCTTCACATTTACC
Unaligned ( gi|15 ): TTTGTCATCTAGTTGTATCCTTTGTGGGTGCTTTGAATTCAGTGACA
Unaligned ( gi|17 ): TTTATGTCATCTAGTTGTATCCTTTGTGGATGCTTTGTATTCAGTG

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Reference ( family-2317 )     :                                                                                                                                                                                  NCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCACT-GNTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--C-T--TN----GGA-C-G--------GCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTGA----------------CGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC---AA--T------CCATCTCC---AGC---GG----T-A-CT--TC---TT-AAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--G--T--GAAG--T-TTGGT----AATTTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAG-AT-TTTAGCAGGCC-A-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCA-GCC--GCCGTT-----ATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---G-TTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--C-ATA-CAA-CANGAC-TG-G-TAGAACGCA--TACT-G-TTGTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                   CTACCTAGTCCCTTGATTG--CGCCCAGAG--GCACATAAGGCAAGAG--ACTAGCTTTACCT-CCACT-GTTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAGGTTCG-TCTCCAAGTCAGCGCTATCTCTTTC------CTT---CTGACCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--CTT--TT----GGAGC-G--------GCC--TTG--CTTCTTT-T-TGCCC----------CTCTGGA-------------TCC-AT---C-TCA--GGGA------TACCCCTGGTGA----------------TGTT----ATTTG-T-TGG-TCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC----A--T------C--TCTCC---AGC---GG----T-ATCT--TC---AT-AGAA---A--ATTG----TAC-GCATGGTT--GGTT--GGAG-----TGGT----AATCTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAG-ATATTTATTAGGCC-AGAAGATAGTCTTAAGTATTCTTCTCA-GGCAGGCCGTT-----ATGGAAGCCTAG-AGAGCTT---G-TTGA-TG-TCCTTT-TTCAGTCA---TCCAC-C--GAT--TC-C-GCC--C-ATACCAA-CAGGACGTG-G-TTAGACGCG--AACT-GATTGT
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                  ttcATCTAGTCC-TTG-TTGGACGCCCAGGGTAGCACATATG-CAAG-GGTACT-GCTT--CCG-TCATTTGATCTCTTATCT-TT-GGGGGCCT----TCT-GGGCCTCAG-TTTGGT-TCCAAGTCAGGGCCATCTCTTTCA-----TTT----TG-CCT-CTAC-AGATCCT-TTC-TCC---AGGT----GTT--C-T--TT----GGA-C-G--------G-C--TTC--TTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCCAAT---C-TCAGGGGGA------TA-CC--GGTGT----------------CGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC---AA--T------CCATCTCC---AGC----G----T-A-CT--TC---TTAAAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--G--T--GATGTTT-TTGGT----AA-TTTCACTG-CAG--ATCTT-CATTTGAT-AT-TTTAGCAGGCC---AGAATA-TCTTAAGTATACTTCTCA-GCT--GTCGTT------TGGAAG-CTAGAAGAGCTTG--G-TTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--CTATA-AAAGCAGGAC-TG-GTTAGAATGCAAGTACTGG-TTGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tctatcctagTTTCTTTCACGGAATTTATCTTG-CCTTCTACCAG-TCCTCT-CGTCCTAGAGGTCCGTGGTTTC-T--TTCTATGGA-C-AAGTGCACAGCCATTTGGCCTTTCTTGTATG-CC----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--AGGAGGAACATT-CCCTTTTGAGTGCCAAACAGCAGTTCGTTTAATGTCTG-A-TTGCCTTTCGCATTTAGG-CACTTATGTCCTATAA--TATCTACCCATCTCTCCAAGCCAAGGCTCTT-A-CTGCTCCTATT-AAAG---ATGAGTGGCTCTACCGCATCGTTCGG--TAGGAAG--TGTTAGTCATAAATCTTCA-TG-CAGC-ATCTT-CATTGGAG-AT-TTTAGCAGGCCCA-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCA-GCG--GCAGCTGTGTAATGGAAG-C-AG-AGAGCTTCAAGCTTGATTGCTCC-TTGTTCAGTTACAGTCC-T-CCAAATA-TCGCAA-C--C-ATA-CAA-CACGAC-TGCG-TAGAATGCAC-TGCT---TTGTAtgcctcaatcttggtatatttccgtacttaatgcggtgtaacttccagatgttcttttagaatgtacttgaagcacccttgcgttccctaatctttgcctgatgtccttctcttcgcacatccgtcactggttaccttatgctttccataggtaaatgtgaagaatt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                       TAGCTT--CCT-CCACT-GTTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--TCCAG-TTCA-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--C-T--TT----GGA-C-A--------GCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CCTTCTCAGAAGTTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTGA----------------TGTT----GTCTG-T-TGG-TCTCC----ATAG--CAC--ATGTCC---AA--T------CCATCTCC---AGC---AG----T-A-CT--TC---TT--AAG---A--ATTG----TAT-GCAT-GTTG-G--T--GGAG----TTGGT----AA-TCTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAT-AT-TTTAGCAGGCC---AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCAGGCA--GCCGTT-----ATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---G-TTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-TCC--AACATTC-C-G-CATC-ATA-CAA-CATAAC-TG-G-TAGAACACA---ACT-G-TTGTAtagcctcatcttgatttctatttctactatatgcgatagtagact
gi|5                          :                                                                                                                                                                                   CTATCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCATT-GATCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--C-T--TG----GGA-C-G--------GCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTGA----------------TGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC----A--T------CCATCTCC---AGC---GG----T-A-CT--TC---TT-AAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--G--T--GATG--T-TTGGT----AATTTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGA--AT-TTTAGCAGGCC-A-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCA-GCT--GTCGTT-----ATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---GCTTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--C-ATA-C-A-CAGGAC-TG-G-TAGAATGCA--TACT-G-TTGTAtagcctcatcttggtcttcctacttatgcttgtagatttccagatgttctttagattaatgaaggcacaccatctcttgctttccctaatct
gi|6                          :                                                                                                                                                                                  tCTACCTAGTCC-GTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ataacctacgtaG-TCCA-T-C-T-------GT----GTT--C-TGTTA----GGA-C-G-------------TTG-----TGTT-T-TC-CC----------TTCTGCACGTGGCTATTATGTCC-ATAGGCATCA--GGGAGT----TA-ACTTGATGA----------------TGTC----GTCTG-TATGGTCTCTC----TTAAATCAC--ATGTCC---AAATT------CCATCGTC----GC---GG----TTA-CT--TC---GT-TAAGTGTA--AGTG----CAC-GCAT-GTT--G-----GGAG----TTGGT----AATTCTCG-TGTCAGTTATCTT-CATtatgtctcagcggggtgttattaagatgtgatttcaagggatgcggaatcttcatgacctgtgtagtcaccgggattccaactcagcgggaccggagcgtctttgggctgctgactagtaacgtccatctgtgttctgttaggacgttgtgttttcccttctgcacgtggctattatgtccataggcatcagggagttaacttgatgatgtcgtctgtatggtctctcttaaatcacatgtccaaattccatcgtcgcggttacttcgttaagtgtaagtgcacgcatgttgggagttggtaattctcgtgtcagttatcttcatcatatttgatttgatattta
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Reference ( family-2317 )     :                                                                                                                                                                                  NCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCACT-GNTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--C-T-TT----GGA-C-G--------GCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTGA----------------CGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC---AA--T------CCATCTCC---AGC---GG----T-A-CT--TC---TT-AAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--G--TGG--AG--T-TTGGT----AATTTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAG-AT-TTTAGCAGGCC-A-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCA-GC-NGCCGTT-----ATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---GCTTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--C-ATA-CAA-CAGGAC-TG-G-TAGAACGCA--TACT-G-TTGTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                   CTACCTAGTCCCTTGATTG--CGCCCAGAG--GCACATAAGGCAAGAG--ACTAGCTTTACCT-CCACT-GTTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAGGTTCG-TCTCCAAGTCAGCGCTATCTCTTTC------CTT---CTGACCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--CTT-TT----GGAGC-G--------GCC--TTG--CTTCTTT-T-TGCCC----------CTCTGGA-------------TCC-AT---C-TCA--GGGA------TACCCCTGGTGA----------------TGTT----ATTTG-T-TGG-TCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC----A--T------C--TCTCC---AGC---GG----T-ATCT--TC---AT-AGAA---A--ATTG----TAC-GCATGGTT--GGTTGG--AG-----TGGT----AATCTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAG-ATATTTATTAGGCC-AGAAGATAGTCTTAAGTATTCTTCTCAGGCAGGCCGTT-----ATGGAAGCCTAG-AGAGCTT---G-TTGA-TG-TCCTTT-TTCAGTCA---TCCAC-C--GAT--TC-C-GCC--C-ATACCAA-CAGGACGTG-G-TTAGACGCG--AACT-GATTGT
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                ctacTACTTAGTGC-TTC-CTG--CACCCGGAG--GCACATAAGGCAAT-G--ACTAG
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                   CTTCCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                  ttcATCTAGTCC-TTG-TTGGACGCCCAGGGTAGCACATATG-CAAG-GGTACT-GCTT--CCG-TCATTTGATCTCTTATCT-TT-GGGGGCCT----TCT-GGGCCTCAG-TTTGGT-TCCAAGTCAGGGCCATCTCTTTCA-----TTT----TG-CCT-CTAC-AGATCCT-TTC-TCC---AGGT----GTT--C-T-TT----GGA-C-G--------G-C--TTC--TTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCCAAT---C-TCAGGGGGA------TA-CC--GGTGT----------------CGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC---AA--T------CCATCTCC---AGC----G----T-A-CT--TC---TTAAAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--G--TGA--TGTTT-TTGGT----AA-TTTCACTG-CAG--ATCTT-CATTTGAT-AT-TTTAGCAGGCC---AGAATA-TCTTAAGTATACTTCTCA-GC-TGTCGTT------TGGAAG-CTAGAAGAGCTT---GGTTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--CTATA-AAAGCAGGAC-TG-GTTAGAATGCAAGTACTGG-TTGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tctatcctagTTTCTTTCACGGAATTTATCTTG-CCTTCTACCAG-TCCTCT-CGTCCTAGAGGTCCGTGGTTTC-T-TTCTATGGA-C-AAGTGCACAGCCATTTGGCCTTTCTTGTATG-CC----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--AGGAGGAACATT-CCCTTTTGAGTGCCAAACAGCAGTTCGTTTAATGTCTG-A-TTGCCTTTCGCATTTAGG-CACTTATGTCCTATAA--TATCTACCCATCTCTCCAAGCCAAGGCTCTT-A-CTGCTCCTATT-AAAG---ATGAGTGGCTCTACCGCATCGTTCGG--TAGGAAG--TGTTAGTCATAAATCTTCA-TG-CAGC-ATCTT-CATTGGAG-AT-TTTAGCAGGCCCA-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCA-GC-GGCAGCTGTGTAATGGAAG-C-AG-AGAGCTTCAAGCTTGATTGCTCC-TTGTTCAGTTACAGTCC-T-CCAAATA-TCGCAA-C--C-ATA-CAA-CACGAC-TGCG-TAGAATGCAC-TGCT---TTGTAtgcctcaatcttggtatatttccgtacttaatgcggtgtaacttccagatgttcttttagaatgtacttgaagcacccttgcgttccctaatctttgcctgatgtccttctcttcgcacatccgtcactggttaccttatgctttccataggtaaatgtgaagaatt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                       TAGCTT--CCT-CCACT-GTTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--TCCAG-TTCA-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--C-T-TT----GGA-C-A--------GCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CCTTCTCAGAAGTTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTGA----------------TGTT----GTCTG-T-TGG-TCTCC----ATAG--CAC--ATGTCC---AA--T------CCATCTCC---AGC---AG----T-A-CT--TC---TT--AAG---A--ATTG----TAT-GCAT-GTTG-G--TGG--AG----TTGGT----AA-TCTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAT-AT-TTTAGCAGGCC---AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCAGGC-AGCCGTT-----ATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---G-TTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-TCC--AACATTC-C-G-CATC-ATA-CAA-CATAAC-TG-G-TAGAACACA---ACT-G-TTGTAtagcctcatcttgatttctatttctactatatgcgatagtagact
gi|5                          :                                                                                                                                                                                   CTATCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCATT-GATCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--C-T-TG----GGA-C-G--------GCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTGA----------------TGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC----A--T------CCATCTCC---AGC---GG----T-A-CT--TC---TT-AAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--G--TGA--TG--T-TTGGT----AATTTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGA--AT-TTTAGCAGGCC-A-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCA-GC-TGTCGTT-----ATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---GCTTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--C-ATA-C-A-CAGGAC-TG-G-TAGAATGCA--TACT-G-TTGTAtagcctcatcttggtcttcctacttatgcttgtagatttccagatgttctttagattaatgaaggcacaccatctcttgctttccctaatct
gi|6                          :                                                                                                                                                                                  tCTACCTAGTCC-GTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ataacctacgtaG-TCCA-T-C-T-------GT----GTT--C-TGTTA---GGA-C-G-------------TTG-----TGTT-T-TC-CC----------TTCTGCACGTGGCTATTATGTCC-ATAGGCATCA--GGGAGT----TA-ACTTGATGA----------------TGTC----GTCTG-TATGGTCTCTC----TTAAATCAC--ATGTCC---AAATT------CCATCGTC----GC---GG----TTA-CT--TC---GT-TAAGTGTA--AGTG----CAC-GCAT-GTT--G---GG--AG----TTGGT----AATTCTCG-TGTCAGTTATCTT-CATtatgtctcagcggggtgttattaagatgtgatttcaagggatgcggaatcttcatgacctgtgtagtcaccgggattccaactcagcgggaccggagcgtctttgggctgctgactagtaacgtccatctgtgttctgttaggacgttgtgttttcccttctgcacgtggctattatgtccataggcatcagggagttaacttgatgatgtcgtctgtatggtctctcttaaatcacatgtccaaattccatcgtcgcggttacttcgttaagtgtaagtgcacgcatgttgggagttggtaattctcgtgtcagttatcttcatcatatttgatttgatattta
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Reference ( family-2317 )     :                                                                                                                                                                                  NCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCACT-GNTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--C-T-TT----GGA-C-G--------GCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTGA----------------CGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC---AA--T------CCATCTCC---AGC---GG----T-A-CT--TC---TT-AAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--G--TGG--AG--T-TTGGT----AATTTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAG-AT-TTTAGCAGGCC-A-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCA--GGC-GGCCGT-T-ATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---GCTTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--C-ATA-CAA-CAGGAC-TG-G-TAGAACGCA--TACT-G-TTGTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                   CTACCTAGTCCCTTGATTG--CGCCCAGAG--GCACATAAGGCAAGAG--ACTAGCTTTACCT-CCACT-GTTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAGGTTCG-TCTCCAAGTCAGCGCTATCTCTTTC------CTT---CTGACCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--CTT-TT----GGAGC-G--------GCC--TTG--CTTCTTT-T-TGCCC----------CTCTGGA-------------TCC-AT---C-TCA--GGGA------TACCCCTGGTGA----------------TGTT----ATTTG-T-TGG-TCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC----A--T------C--TCTCC---AGC---GG----T-ATCT--TC---AT-AGAA---A--ATTG----TAC-GCATGGTT--GGTTGG--AG-----TGGT----AATCTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAG-ATATTTATTAGGCC-AGAAGATAGTCTTAAGTATTCTTCTCA--GGCAGGCCGT-T-ATGGAAGCCTAG-AGAGCTT---G-TTGA-TG-TCCTTT-TTCAGTCA---TCCAC-C--GAT--TC-C-GCC--C-ATACCAA-CAGGACGTG-G-TTAGACGCG--AACT-GATTGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                             acctacCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCATT-GATCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-Ccatagcgcgtcacttggtattcctactaatatccgtgtagactgtccagatgtttctttagattactgaagggcacctctgctttccctaatcttagccgttggaattgtctttgtttggcaccaccatcactttgttacaatgcttccaaggtatgtgaaggatgtcatctaccggtagttgtatcctttgtgggtgctttgtattcagtgacataacttctgtcttcttcacgttaatct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                ctacTACTTAGTGC-TTC-CTG--CACCCGGAG--GCACATAAGGCAAT-G--ACTAG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gcaTCA-TG-CA---ATCTTTCATTTGAGAAT-TTTAGCAGGCC-----GACA-TTTTAAGTATTagatttctgtcctc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                       gcAGTTC-TCG-TTG--CGCCCATAG--GC--------CAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCACT-GTTC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  caC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CT----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                               T-ATCT-TT-GA---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCA-T-TCCAAGTCAGGC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                   CTTCCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                  ttcATCTAGTCC-TTG-TTGGACGCCCAGGGTAGCACATATG-CAAG-GGTACT-GCTT--CCG-TCATTTGATCTCTTATCT-TT-GGGGGCCT----TCT-GGGCCTCAG-TTTGGT-TCCAAGTCAGGGCCATCTCTTTCA-----TTT----TG-CCT-CTAC-AGATCCT-TTC-TCC---AGGT----GTT--C-T-TT----GGA-C-G--------G-C--TTC--TTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCCAAT---C-TCAGGGGGA------TA-CC--GGTGT----------------CGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC---AA--T------CCATCTCC---AGC----G----T-A-CT--TC---TTAAAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--G--TGA--TGTTT-TTGGT----AA-TTTCACTG-CAG--ATCTT-CATTTGAT-AT-TTTAGCAGGCC---AGAATA-TCTTAAGTATACTTCTCA---GC-TGTCGT-T--TGGAAG-CTAGAAGAGCTT---GGTTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--CTATA-AAAGCAGGAC-TG-GTTAGAATGCAAGTACTGG-TTGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tctatcctagTTTCTTTCACGGAATTTATCTTG-CCTTCTACCAG-TCCTCT-CGTCCTAGAGGTCCGTGGTTTC-T-TTCTATGGA-C-AAGTGCACAGCCATTTGGCCTTTCTTGTATG-CC----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--AGGAGGAACATT-CCCTTTTGAGTGCCAAACAGCAGTTCGTTTAATGTCTG-A-TTGCCTTTCGCATTTAGG-CACTTATGTCCTATAA--TATCTACCCATCTCTCCAAGCCAAGGCTCTT-A-CTGCTCCTATT-AAAG---ATGAGTGGCTCTACCGCATCGTTCGG--TAGGAAG--TGTTAGTCATAAATCTTCA-TG-CAGC-ATCTT-CATTGGAG-AT-TTTAGCAGGCCCA-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCAGCGGC-AGCTGTGTAATGGAAG-C-AG-AGAGCTTCAAGCTTGATTGCTCC-TTGTTCAGTTACAGTCC-T-CCAAATA-TCGCAA-C--C-ATA-CAA-CACGAC-TGCG-TAGAATGCAC-TGCT---TTGTAtgcctcaatcttggtatatttccgtacttaatgcggtgtaacttccagatgttcttttagaatgtacttgaagcacccttgcgttccctaatctttgcctgatgtccttctcttcgcacatccgtcactggttaccttatgctttccataggtaaatgtgaagaatt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                       TAGCTT--CCT-CCACT-GTTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--TCCAG-TTCA-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--C-T-TT----GGA-C-A--------GCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CCTTCTCAGAAGTTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTGA----------------TGTT----GTCTG-T-TGG-TCTCC----ATAG--CAC--ATGTCC---AA--T------CCATCTCC---AGC---AG----T-A-CT--TC---TT--AAG---A--ATTG----TAT-GCAT-GTTG-G--TGG--AG----TTGGT----AA-TCTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAT-AT-TTTAGCAGGCC---AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCA--GGC-AGCCGT-T-ATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---G-TTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-TCC--AACATTC-C-G-CATC-ATA-CAA-CATAAC-TG-G-TAGAACACA---ACT-G-TTGTAtagcctcatcttgatttctatttctactatatgcgatagtagact
gi|5                          :                                                                                                                                                                                   CTATCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCATT-GATCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--C-T-TG----GGA-C-G--------GCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTGA----------------TGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC----A--T------CCATCTCC---AGC---GG----T-A-CT--TC---TT-AAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--G--TGA--TG--T-TTGGT----AATTTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGA--AT-TTTAGCAGGCC-A-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCA---GC-TGTCGT-T-ATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---GCTTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--C-ATA-C-A-CAGGAC-TG-G-TAGAATGCA--TACT-G-TTGTAtagcctcatcttggtcttcctacttatgcttgtagatttccagatgttctttagattaatgaaggcacaccatctcttgctttccctaatct
gi|6                          :                                                                                                                                                                                  tCTACCTAGTCC-GTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ataacctacgtaG-TCCA-T-C-T-------GT----GTT--C-TGTTA---GGA-C-G-------------TTG-----TGTT-T-TC-CC----------TTCTGCACGTGGCTATTATGTCC-ATAGGCATCA--GGGAGT----TA-ACTTGATGA----------------TGTC----GTCTG-TATGGTCTCTC----TTAAATCAC--ATGTCC---AAATT------CCATCGTC----GC---GG----TTA-CT--TC---GT-TAAGTGTA--AGTG----CAC-GCAT-GTT--G---GG--AG----TTGGT----AATTCTCG-TGTCAGTTATCTT-CATtatgtctcagcggggtgttattaagatgtgatttcaagggatgcggaatcttcatgacctgtgtagtcaccgggattccaactcagcgggaccggagcgtctttgggctgctgactagtaacgtccatctgtgttctgttaggacgttgtgttttcccttctgcacgtggctattatgtccataggcatcagggagttaacttgatgatgtcgtctgtatggtctctcttaaatcacatgtccaaattccatcgtcgcggttacttcgttaagtgtaagtgcacgcatgttgggagttggtaattctcgtgtcagttatcttcatcatatttgatttgatattta
gi|7                          : ataacctacgtactacctagtccgtgttgcgcccagaggcacatagggcaaggactagtatgtctcagcggggtgttattaagatgtgatttcaagggatgcggaatcttcatgacctgtgtagtcaccgggattccaactcagcgggaccggagcgtctttgggctgctgactagtaacACCTAGTCC-TCG------------GA-----ACATAGGGCCAG-T--ACCGCTTT--TCT-CCATT-GCGATCT-ATTT-TT-GG---GCTGCTCTCT-TG--GC----TTCA-C-CCTAGGTCATGTTGGTGTTATGGA-----GCT---CTA-CCT-TTAG-AG-T----T-C-TCC---AGGT----GGT-------------GA-CTG--------GTC--TTC--C---CGT-T-T--CT----------CTGTGGA-------------TCC-AT---T-CCA--AGG----------C----ATGA----------------CG-T----GTTTGTT-TGGTCCTCcatatttgatttgatattta
gi|8                          :                                                                                                                                                                        ttatcttactgCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCATT-GATCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTTG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TTCT-T-C-TCC---AGGT----tgcg
gi|9                          :                                                                                                                                                                               ctacCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGAACAGAG--GCACAT--------------TAGCTT--CCTGCCACT-G-TCTCT-ATCTGTTGGG---CCT----TCTATG--CCCAG-TTCA-T-TCCAAGTCAGG-CCATCTCTTTCA------TT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-

Unaligned ( gi|11 ): TAGTTGTAATCCTTTGGGGTCGCTTTGAATTCAGTGACATAACACAAATTCTTCACATTTACC
Unaligned ( gi|15 ): TTTGTCATCTAGTTGTATCCTTTGTGGGTGCTTTGAATTCAGTGACA
Unaligned ( gi|17 ): TTTATGTCATCTAGTTGTATCCTTTGTGGATGCTTTGTATTCAGTG

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Reference ( family-2317 )     :                                                                                                                                                                                  NCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCACT-GNTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--C-T-TT----GGA-C-G--------GCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTGA----------------CGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC---AA--T------CCATCTCC---AGC---GG----T-A-CT--TC---TT-AAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--G--TGG--AG--T-TTGGT----AATTTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAG-AT-TTTAGCAGGCC-A-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCA--GGC-NGCCGT-T-ATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---GCTTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--C-ATA-CAA-CAGGAC-TG-G-TAGAACGCA--TACT-G-TTGTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                   CTACCTAGTCCCTTGATTG--CGCCCAGAG--GCACATAAGGCAAGAG--ACTAGCTTTACCT-CCACT-GTTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAGGTTCG-TCTCCAAGTCAGCGCTATCTCTTTC------CTT---CTGACCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--CTT-TT----GGAGC-G--------GCC--TTG--CTTCTTT-T-TGCCC----------CTCTGGA-------------TCC-AT---C-TCA--GGGA------TACCCCTGGTGA----------------TGTT----ATTTG-T-TGG-TCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC----A--T------C--TCTCC---AGC---GG----T-ATCT--TC---AT-AGAA---A--ATTG----TAC-GCATGGTT--GGTTGG--AG-----TGGT----AATCTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAG-ATATTTATTAGGCC-AGAAGATAGTCTTAAGTATTCTTCTCA--GGCAGGCCGT-T-ATGGAAGCCTAG-AGAGCTT---G-TTGA-TG-TCCTTT-TTCAGTCA---TCCAC-C--GAT--TC-C-GCC--C-ATACCAA-CAGGACGTG-G-TTAGACGCG--AACT-GATTGT
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                   CTTCCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                  ttcATCTAGTCC-TTG-TTGGACGCCCAGGGTAGCACATATG-CAAG-GGTACT-GCTT--CCG-TCATTTGATCTCTTATCT-TT-GGGGGCCT----TCT-GGGCCTCAG-TTTGGT-TCCAAGTCAGGGCCATCTCTTTCA-----TTT----TG-CCT-CTAC-AGATCCT-TTC-TCC---AGGT----GTT--C-T-TT----GGA-C-G--------G-C--TTC--TTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCCAAT---C-TCAGGGGGA------TA-CC--GGTGT----------------CGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC---AA--T------CCATCTCC---AGC----G----T-A-CT--TC---TTAAAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--G--TGA--TGTTT-TTGGT----AA-TTTCACTG-CAG--ATCTT-CATTTGAT-AT-TTTAGCAGGCC---AGAATA-TCTTAAGTATACTTCTCA---GC-TGTCGT-T--TGGAAG-CTAGAAGAGCTT---GGTTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--CTATA-AAAGCAGGAC-TG-GTTAGAATGCAAGTACTGG-TTGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tctatcctagTTTCTTTCACGGAATTTATCTTG-CCTTCTACCAG-TCCTCT-CGTCCTAGAGGTCCGTGGTTTC-T-TTCTATGGA-C-AAGTGCACAGCCATTTGGCCTTTCTTGTATG-CC----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--AGGAGGAACATT-CCCTTTTGAGTGCCAAACAGCAGTTCGTTTAATGTCTG-A-TTGCCTTTCGCATTTAGG-CACTTATGTCCTATAA--TATCTACCCATCTCTCCAAGCCAAGGCTCTT-A-CTGCTCCTATT-AAAG---ATGAGTGGCTCTACCGCATCGTTCGG--TAGGAAG--TGTTAGTCATAAATCTTCA-TG-CAGC-ATCTT-CATTGGAG-AT-TTTAGCAGGCCCA-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCAGCGGC-AGCTGTGTAATGGAAG-C-AG-AGAGCTTCAAGCTTGATTGCTCC-TTGTTCAGTTACAGTCC-T-CCAAATA-TCGCAA-C--C-ATA-CAA-CACGAC-TGCG-TAGAATGCAC-TGCT---TTGTAtgcctcaatcttggtatatttccgtacttaatgcggtgtaacttccagatgttcttttagaatgtacttgaagcacccttgcgttccctaatctttgcctgatgtccttctcttcgcacatccgtcactggttaccttatgctttccataggtaaatgtgaagaatt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                       TAGCTT--CCT-CCACT-GTTCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--TCCAG-TTCA-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--C-T-TT----GGA-C-A--------GCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CCTTCTCAGAAGTTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTGA----------------TGTT----GTCTG-T-TGG-TCTCC----ATAG--CAC--ATGTCC---AA--T------CCATCTCC---AGC---AG----T-A-CT--TC---TT--AAG---A--ATTG----TAT-GCAT-GTTG-G--TGG--AG----TTGGT----AA-TCTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGAT-AT-TTTAGCAGGCC---AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCA--GGC-AGCCGT-T-ATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---G-TTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-TCC--AACATTC-C-G-CATC-ATA-CAA-CATAAC-TG-G-TAGAACACA---ACT-G-TTGTAtagcctcatcttgatttctatttctactatatgcgatagtagact
gi|5                          :                                                                                                                                                                                   CTATCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCATT-GATCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTCG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-T-C-TCC---AGGT----GGT--C-T-TG----GGA-C-G--------GCC--TTG--CTTTCTT-T-TG-CC----------CTCTGGA------------GTCC-AT---C-TCA--GGGA------TA-CCCTGGTGA----------------TGTT----GTCTG-T-TGGCCCTCC----TTAG--CAC--ATGTCC----A--T------CCATCTCC---AGC---GG----T-A-CT--TC---TT-AAAG---A--AGTG----TAC-GCAT-GTT--G--TGA--TG--T-TTGGT----AATTTTCA-TG-CAG--ATCTT-CATTTGA--AT-TTTAGCAGGCC-A-AGAATA-TCTTAAGTATTCTTCTCA---GC-TGTCGT-T-ATGGAAG-CTAG-AGAGCTT---GCTTGA-TG-TCC-TT-TTCAGTCA---TCC-T-C--AACA-TC-C-G-C--C-ATA-C-A-CAGGAC-TG-G-TAGAATGCA--TACT-G-TTGTAtagcctcatcttggtcttcctacttatgcttgtagatttccagatgttctttagattaatgaaggcacaccatctcttgctttccctaatct
gi|6                          :                                                                                                                                                                                  tCTACCTAGTCC-GTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ataacctacgtaG-TCCA-T-C-T-------GT----GTT--C-TGTTA---GGA-C-G-------------TTG-----TGTT-T-TC-CC----------TTCTGCACGTGGCTATTATGTCC-ATAGGCATCA--GGGAGT----TA-ACTTGATGA----------------TGTC----GTCTG-TATGGTCTCTC----TTAAATCAC--ATGTCC---AAATT------CCATCGTC----GC---GG----TTA-CT--TC---GT-TAAGTGTA--AGTG----CAC-GCAT-GTT--G---GG--AG----TTGGT----AATTCTCG-TGTCAGTTATCTT-CATtatgtctcagcggggtgttattaagatgtgatttcaagggatgcggaatcttcatgacctgtgtagtcaccgggattccaactcagcgggaccggagcgtctttgggctgctgactagtaacgtccatctgtgttctgttaggacgttgtgttttcccttctgcacgtggctattatgtccataggcatcagggagttaacttgatgatgtcgtctgtatggtctctcttaaatcacatgtccaaattccatcgtcgcggttacttcgttaagtgtaagtgcacgcatgttgggagttggtaattctcgtgtcagttatcttcatcatatttgatttgatattta
gi|7                          : ataacctacgtactacctagtccgtgttgcgcccagaggcacatagggcaaggactagtatgtctcagcggggtgttattaagatgtgatttcaagggatgcggaatcttcatgacctgtgtagtcaccgggattccaactcagcgggaccggagcgtctttgggctgctgactagtaacACCTAGTCC-TCG------------GA-----ACATAGGGCCAG-T--ACCGCTTT--TCT-CCATT-GCGATCT-ATTT-TT-GG---GCTGCTCTCT-TG--GC----TTCA-C-CCTAGGTCATGTTGGTGTTATGGA-----GCT---CTA-CCT-TTAG-AG-T----T-C-TCC---AGGT----GGT-------------GA-CTG--------GTC--TTC--C---CGT-T-T--CT----------CTGTGGA-------------TCC-AT---T-CCA--AGG----------C----ATGA----------------CG-T----GTTTGTT-TGGTCCTCcatatttgatttgatattta
gi|8                          :                                                                                                                                                                        ttatcttactgCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGCCCAGAG--GCACATAGGGCAAG-G--ACTAGCTT--CCT-CCATT-GATCTCT-ATCT-TT-GG---CCT----TCT-TG--CCCAG-TTTG-T-TCCAAGTCAGGCCCATCTCTTTCA-----TTT---CTG-CCT-CTAC-AG-TTCT-T-C-TCC---AGGT----tgcg
gi|9                          :                                                                                                                                                                               ctacCTACCTAGTCC-TTG-TTG--CGAACAGAG--GCACAT--------------TAGCTT--CCTGCCACT-G-TCTCT-ATCTGTTGGG---CCT----TCTATG--CCCAG-TTCA-T-TCCAAGTCAGG-CCATCTCTTTCA------TT---CTG-CCT-CTAC-AG-TCCT-


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                              .   .   GA         TA              . GT        .    G     T A     T    G  G  GGG   GCTC   A  GC     .    G .           C            CGGAAT  ATC   .   T    C  A    C T G   TAG    CCGT   TTCTTTCTAT     . AAGTGCACAGC  AT   GC       G A  .  TTCTCAGAAG       CGTGGCTATTATG   A  AGG A   GG    GGAACA  .  C      GTGCCAAACAGCAGTT    TAAT     TA    C     GCAT    AT   TT      TATAATATCTAC          CCA   CAAGGCTCT T .  GC  CTATTA    TGTA      GCTC   C    C   CGGTAGGAAGTG         CATA  T     C  T   TT     T       GA  .           CA       .                  GCG  T      G AA      .    A       CAAGC    T  C   .  G        CAG   TC  CA   AT  G AA  AT T   .   G      .  C T         AGT   GG 
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