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lowQualScore                  :            . . .. .  . . . . ..    ..       .   . . .          
lowQualScore                  :            7 3 22 6  6 6 6 2 44    88       2   6 6 6          
consensus                     :      TCATGT-G-C--G-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATT
Reference ( gi|11 )           :      TCATGT-G-C--G-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATT
gi|16                         :      TCATGT-G-C--G-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGAT
gi|15                         :      TCATGT-G-C--G-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-G-CTTTGAT
gi|6                          :     aTCATGT-G-C--A-AG-T-C-G-AT-CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGA
gi|25                         :    agTCATGT-G-C--G-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCT-TTG-A-G-GCCTT
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gi|26                         :      TCATGT-G-C--G-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCga
gi|9                          :    taTCAAGT-G-G--C-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATT
gi|10                         :      TCATGT---CTGG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGA
gi|4                          :      TCATGT-G-C--G-AG-T-C-G-AC-CTCT--CAGTGCC-TTGAA-G-GCCTTTGATg
gi|18                         :    taTCATGT-G-C--G-AG-T-C-GGA--CTCT--CAGACCC-TTG-A-G-GCTT
gi|5                          :    taTCATGTTG-C--G-AG-T-C-G-A--CGCT--CAGGCCCTTTG-A-G-GCCTTTa
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gi|12                         :     taCATGT---C--G--G-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG---G-GCTTTTGAT
gi|14                         :     atcATGT-G-A--A-AG-T-C-A-A--CTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCCTTTGATgt
gi|17                         :     atgATGC-G-A--G-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCTTTTGA
gi|2                          :     atgATGT-G-C----AG-T-C-G-A--C-CT--CAGGCCCTTTG-AGG-GCCTTTGATT
gi|13                         : ctatgcaATAC-G-A--G-AG-T-C-G-A--CTCTT-CAGGCCC-TTC-A-A-GCCTTTGATt
gi|8                          :      tgATGT-GGC--G-AA-TTC-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-G-GAGGCTTTGATT
gi|24                         :         TGT-G-C--G-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTG
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gi|19                         :  actcatgTGT-G-C--G-AG-T-C-G-A--CTCTTTCAGGCCC-TTG-C-A-GCCTTTat
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gi|22                         :           T-G-C--GGAG-T-CCG-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGAT
gi|27                         :            -G-T--G-AG-T-T-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCCTTTG
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTGGATCTGGGCCCGGGTTGAGAATGCCTAGGAATCTT






Alignments
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lowQualScore                  :                      .. .  .  . . . . ..    ..       .   . . .          
lowQualScore                  :                      88 2  5  5 5 5 1 22    77       1   5 5 5          
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Reference ( family-2302 )     :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATT
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gi|10                         : tatgatgcacaccaaTCATGTCTG--G-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGA
gi|11                         :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATTg
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gi|13                         :               atcATAC--G-AG-AG-T-C-G-A--CTCTT-CAGGCCC-TTC-A-A-GCCTTTGATgt
gi|14                         :                tgATGT--G-AA-AG-T-C-A-A--CTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCCTTTGAT
gi|15                         :             atgTCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-G-CTTTGAT
gi|16                         :               aTCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGAT
gi|17                         :                  ATGC--G-AG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCTTTTGA
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gi|2                          :               cagATGT--G-C--AG-T-C-G-A--C-CT--CAGGCCCTTTG-AGG-GCCTTTGATT
gi|20                         :         ctatgcaTCAGGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTt
gi|22                         :                     T--G-CGGAG-T-CCG-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATga
gi|23                         :                     T--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAAGCCC-TTG-A-G-GCCTGTGATT
gi|24                         :                   TGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTG
gi|25                         :               tTCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCT-TTG-A-G-GCCTT
gi|26                         :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GC
gi|27                         :                    ta--G-TG-AG-T-T-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCCTTTG
gi|3                          :                TCATGT--GGCG-AGGT-C-GGA--CTCT--CAG--CC-CTG-A-G-GCCTTTGATT
gi|4                          :              taTCATGT--G-CG-AG-T-C-G-AC-CTCT--CAGTGCC-TTGAA-G-GCCTTTGAT
gi|5                          :              taTCATGTT-G-CG-AG-T-C-G-A--CGCT--CAGGCCCTTTG-A-G-GCCTTT
gi|6                          :              taTCATGT--G-CA-AG-T-C-G-AT-CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGAtg
gi|7                          :                 agTGT--G-CG-AG-T-C---A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTT
gi|8                          :           actcatgATGT--GGCG-AA-TTC-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-G-GAGGCTTTGATTat
gi|9                          :                TCAAGT--G-GC-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTGGATCTGGGCCCGGGTTGAGAATGCCTAGGAATCTT






Alignments
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lowQualScore                  :                      .. .  .  . . . . ..    ..       .   . . .          
lowQualScore                  :                      88 2  5  5 5 5 1 22    77       1   5 5 5          
consensus                     :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATT
Reference ( family-2302 )     :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATT
gi|1                          :                           G-AG-T-C-G-AGACTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCCTTTGAT
gi|10                         : tatgatgcacaccaaTCATGTCTG--G-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGA
gi|11                         :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATTg
gi|12                         :                 CATGT----CG--G-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG---G-GCTTTTGAT
gi|13                         :               atcATAC--G-AG-AG-T-C-G-A--CTCTT-CAGGCCC-TTC-A-A-GCCTTTGATgt
gi|14                         :                tgATGT--G-AA-AG-T-C-A-A--CTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCCTTTGAT
gi|15                         :             atgTCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-G-CTTTGAT
gi|16                         :               aTCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGAT
gi|17                         :                  ATGC--G-AG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCTTTTGA
gi|18                         :             atgTCATGT--G-CG-AG-T-C-GGA--CTCT--CAGACCC-TTG-A-G-GCTT
gi|19                         :                 taTGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCTTTCAGGCCC-TTG-C-A-GCCTTTa
gi|2                          :               cagATGT--G-C--AG-T-C-G-A--C-CT--CAGGCCCTTTG-AGG-GCCTTTGATT
gi|20                         :         ctatgcaTCAGGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTt
gi|22                         :                     T--G-CGGAG-T-CCG-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATga
gi|23                         :                     T--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAAGCCC-TTG-A-G-GCCTGTGATT
gi|24                         :                   TGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTG
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gi|26                         :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GC
gi|27                         :                    ta--G-TG-AG-T-T-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCCTTTG
gi|3                          :                TCATGT--GGCG-AGGT-C-GGA--CTCT--CAG--CC-CTG-A-G-GCCTTTGATT
gi|4                          :              taTCATGT--G-CG-AG-T-C-G-AC-CTCT--CAGTGCC-TTGAA-G-GCCTTTGAT
gi|5                          :              taTCATGTT-G-CG-AG-T-C-G-A--CGCT--CAGGCCCTTTG-A-G-GCCTTT
gi|6                          :              taTCATGT--G-CA-AG-T-C-G-AT-CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGAtg
gi|7                          :                 agTGT--G-CG-AG-T-C---A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTT
gi|8                          :           actcatgATGT--GGCG-AA-TTC-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-G-GAGGCTTTGATTat
gi|9                          :                TCAAGT--G-GC-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATT


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blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
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blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                      .  .  .  . . . . .     .        .   . . .
blockSeqs                     :                            .  . . . . .     .        .   . . .


blockSeqCons                  :                      **               **
originalCons                  :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATT
finalCons                     :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTGGATCTGGGCCCGGGTTGAGAATGCCTAGGAATCTT






Alignments
lowQualScore                  :                      33 3  1  1 1 1 3 55    33       3   1 1 1          
lowQualScore                  :                      .. .  .  . . . . ..    ..       .   . . .          
lowQualScore                  :                      88 2  5  5 5 5 1 22    77       1   5 5 5          
consensus                     :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATT
Reference ( family-2302 )     :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATT
gi|1                          :                           G-AG-T-C-G-AGACTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCCTTTGAT
gi|10                         : tatgatgcacaccaaTCATGTCTG--G-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGA
gi|11                         :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATTg
gi|12                         :                 CATGT----CG--G-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG---G-GCTTTTGAT
gi|13                         :               atcATAC--G-AG-AG-T-C-G-A--CTCTT-CAGGCCC-TTC-A-A-GCCTTTGATgt
gi|14                         :                tgATGT--G-AA-AG-T-C-A-A--CTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCCTTTGAT
gi|15                         :             atgTCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-G-CTTTGAT
gi|16                         :               aTCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGAT
gi|17                         :                  ATGC--G-AG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCTTTTGA
gi|18                         :             atgTCATGT--G-CG-AG-T-C-GGA--CTCT--CAGACCC-TTG-A-G-GCTT
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gi|2                          :               cagATGT--G-C--AG-T-C-G-A--C-CT--CAGGCCCTTTG-AGG-GCCTTTGATT
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gi|22                         :                     T--G-CGGAG-T-CCG-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGATga
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gi|26                         :                TCATGT--G-CG-AG-T-C-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GC
gi|27                         :                    ta--G-TG-AG-T-T-G-A--CTCT--CAGGCCC-TTC-A-G-GCCTTTG
gi|3                          :                TCATGT--GGCG-AGGT-C-GGA--CTCT--CAG--CC-CTG-A-G-GCCTTTGATT
gi|4                          :              taTCATGT--G-CG-AG-T-C-G-AC-CTCT--CAGTGCC-TTGAA-G-GCCTTTGAT
gi|5                          :              taTCATGTT-G-CG-AG-T-C-G-A--CGCT--CAGGCCCTTTG-A-G-GCCTTT
gi|6                          :              taTCATGT--G-CA-AG-T-C-G-AT-CTCT--CAGGCCC-TTG-A-G-GCCTTTGAtg
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTGGATCTGGGCCCGGGTTGAGAATGCCTAGGAATCTT