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consensus                     :                            TGACCTCCGCCATGGTTACATT--AAAGTCTTC---TG-------G-ATCCG------GGATCCG-GATCGCCA-T--CA---CGATTTAATGGGGACNTCC--CTATGACCTTGAGATGA
Reference ( gi|3 )            :                            TAACCTCCGACAAGGTTGCATT--AAAGTCTTC---TG-------G-ATCCG------GGATCCA-AATCACTAGTACCA---CGATTTAATGGGGACCTCC--TT-CGACC--AAGATAA
gi|19                         :                            TGACTTCCGCCGTGGTTGAATT--AAAGTGTTC---TG-------G-ATCCA------GGATCC
gi|14                         :                            TGACCTCAGCCATATTTACATT--GAAGTCTTC---TG-------G-ATCCA------GGGTACG-GATgg
gi|1                          :                         tccTGACCCTCGTCATGGTTACCAT--ATAGGCTTC---TG-------G-ATCTA------GAATCCG-GAT
gi|18                         :     ttaaacaacagcagtgagatattgcACCTCCGTAAAGGTTACATT--AAAGTCTTC---TG-------G-ACCCA------GGATatggatccagatcgcctctaaaa
gi|5                          :                             gACCGCCGACAATGTGACATT--AAAATGTTC---TG-------G-ATCCA------GGATCgcggaa
gi|20                         :         aagagcaattggagattgtagACCTCCGCCATGGTCACTTT--AAAGTCTTC---TG-------G-GTCCA------TGATCtggatattgatcccaattgccaccaaa
gi|23                         :                          gcagACCGCCGCCATGGTTACATT--AAAGTCTTC---TG-------ATATTC-------GGATC
gi|11                         :                            atACCTCCCCCAAGGTTACATT--CAAGTCCTC---CG-------G-----G------GGAT
gi|10                         :     aaaacaagagtagtcagctgtagcagCCTCCGCCATGGTTTCATT--AAAGTCTTC---AG-------G-ATCCG------G
gi|17                         :      acgagagaaattaaagatttgtatgCCTCCGCCATAGTCACATT--AAAGTCTTC---TT-------A-ATCCA------GGACCCG-GATCat
gi|9                          :                                CTCCGCCGAGGTTACATC--AAAGTCATC---TG-------G-ATACA------GGATCca
gi|2                          :     aacaagagtaattagattgcagactagCTCCGCCATGGTTACATT--TAAGTCTTC---TG-------A-ATCCAT-----GTACCCA-GAT
gi|28                         :       aaataacaacttaaacattttatgaCTCCGCCT-GATTATATT--AAAGTCATC---TG-------A-ATACA------GGATCttggactcccaattgccaccaaa
gi|21                         :                                  CCGCCATGGTTACATT--TAAGCCTTC---TGAATCAAGG-ATCC-------GGATCtg
gi|25                         :                                   CGTCATGGTTACGTT--AAAGTCTTC---TG-------A-ATCCA------GGATCCT-GATCgt
gi|22                         :                                   CGTCATGGTTATATT--ATAGCCTTC---TG-------G-ATACA------GGATCTG-AA
gi|27                         :                                    ctCATGGTTACATA--AAAGTCTTC---TG-------G-ATCCA------GGATCac
gi|7                          :                                ttcggtCATGGTTTCATT--AAACTCTTC---TG-------G-ATCCG------GAATt
gi|12                         : tacaagagcaatctgagatttctgaccacggcaccatCATGGTTACATT--AAAGTTCTC---TG-------G-ATC
gi|4                          :             acaagagcaatcagagactgtatacctAAGTTACATT--AAAATCTGC---TA---------ATCCGCGATCTGGATCCG-AGTCACCA-T-CCAAAATGATTTAATGGAGACATCCAGCT-TGACCTTGAGATGA
gi|26                         :                                        AGGTTACATT--AAAGTTTTC---TG-------G-ATCCA------GG
gi|8                          :                            aacatcacgcaacGGTTACATTTTAAAGTCTTT---TG-------G-ATCCG------G
gi|29                         :           aaaacaagaataatcaagaattctgaccctgctatCATT--AAAGTCTTC---AG-------G-ATCC-------GGATCatat
gi|6                          :                                               ATT--AAAGTCTTCCTCTG-------G-ACCCA------GGATCCGCAATCACCACT--TA---TAATT-AAT-GGGACTTTC--TTATGACT--AAGATAAgt
gi|16                         :                                            ttaaTT--AAAGTCT-C---TG-------G-ATCTG------GG-TCCA-GATCGC------CA---CGATTTAATGGGG-TCTCC--
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAGAGGAATCAGAAATTGCATACCTCCAATATGGTTACTTGGAAGTTTTCTGG
Unaligned ( gi|15 ): AAGAGGAGTCAGACATTGCATACCTCCAGCATGATTACATTTATGTCTTCT
Unaligned ( gi|24 ): TTCTGGATCCAGAGTCCGGACATGGAACCGGATCACCACCAAA






Alignments
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lowQualScore                  :                                                        00         555       4444444       5      000000000000    2     5     0   77777    00 7    7 
consensus                     :                                  TGACCTCCGCCATGGTTACATT--AAAGTCTTC---TGGATCCG------GGATCCG-GATCGC---CA-TC----ACGATTTAATGGGGACNTCC--TT-CGACC-TAAGATAA
Reference ( family-2300 )     :                                  TGACCTCCGCCATGGTTACATT--AAAGTCTTC---TGGATCCG------GGATCCG-GATCGC---CA-TC----ACGATTTAATGGGGACNTCC--CTATGACCTTGAGATGA
gi|1                          :                                  TGACCCTCGTCATGGTTACCAT--ATAGGCTTC---TGGATCTA------GAATCCG-GAT
gi|10                         :            ttaaacaacagcagtgagatattgcCCTCCGCCATGGTTTCATT--AAAGTCTTC---AGGATCCG------Gatggatccagatcgcctctaaaa
gi|11                         :          acgagagaaattaaagatttgtatgGACCTCCCCCAAGGTTACATT--CAAGTCCTC---CGG----G------GGATat
gi|12                         :                   aaaacaagagtagtcagctgtagcaCATGGTTACATT--AAAGTTCTC---TGGATC
gi|13                         :         acaagagcaatcagagactgtatacctACCTCCAATATGGTTACTTG--GAAGTTTTC---TGG
gi|14                         :             aagaggaatcagaaattgcatTGACCTCAGCCATATTTACATT--GAAGTCTTC---TGGATCCA------GGGTACG-GAT
gi|15                         :                                 tccACCTCCAGCATGATTACATT--TATGTCTTC---T
gi|16                         :                                 aagaggagtcagacattgcatTT--AAAGTCT-C---TGGATCTG------GG-TCCA-GATCGC---CA--------CGATTTAATGGGG
gi|17                         :                                     CCTCCGCCATAGTCACATT--AAAGTCTTC---TTAATCCA------GGACCCG-GATCtctcc
gi|18                         :                                   GACCTCCGTAAAGGTTACATT--AAAGTCTTC---TGGACCCA------GGATGCG-GAca
gi|19                         :                                  TGACTTCCGCCGTGGTTGAATT--AAAGTGTTC---TGGATCCA------GGATCCG-Ga
gi|2                          :                                  TGAC-TCCGCCATGGTTACATT--TAAGTCTTC---TGAATCCAT-----GTACCCA-GAT
gi|20                         :             aaataacaacttaaacattttaGACCTCCGCCATGGTCACTTT--AAAGTCTTC---TGGGTCCA------TGATCttggactcccaattgccaccaaa
gi|21                         :                                     gcaCCGCCATGGTTACATT--TAAGCCTTC---TGAATCAA------GGATCCG-GATCG
gi|22                         :                                         CGTCATGGTTATATT--ATAGCCTTC---TGGATACA------GGATCTG-AAt
gi|23                         :                                  ctACCGCCGCCATGGTTACATT--AAAGTCTTC---T-GAT-----------ATTCG-GATCac
gi|25                         :                                       atCGTCATGGTTACGTT--AAAGTCTTC---TGAATCCA------GGATCCT-GATC
gi|26                         :                                               GGTTACATT--AAAGTTTTC---TGGATCCA------GG
gi|27                         :                         aacatcacgcaacaTCGGTCATGGTTACATA--AAAGTCTTC---TGGATCCA------GGATC
gi|28                         :                                     tCTCCGCC-TGATTATATT--AAAGTCATC---TGAATACA------GGATCTG-t
gi|29                         :                                                    CATT--AAAGTCTTC---AGGATCC-------GGATC
gi|3                          :                                  TAACCTCCGACAAGGTTGCATT--AAAGTCTTC---TGGATCCG------GGATCCA-AATCACTAGTA-CC----ACGATTTAATGGGGACCTCC--TT-CGACC--AAGATAAgt
gi|4                          :                                                GTTACATT--AAAATCTGC---TA-ATCCGCGATCTGGATCCG-AGTCAC---CA-TCCAAAATGATTTAATGGAGACATCCAGCT-TGACCTTGAGATGA
gi|5                          :                                 aaGACCGCCGACAATGTGACATT--AAAATGTTC---TGGATCCA------GGATCTG-GAT
gi|6                          :                             aagagcaattggagattgtaTTAAATT--AAAGTCTTCCTCTGGACCCA------GGATCCGCAATCAC---CACTT----ATAA-TTAAT-GGGACTTTC--TTATGAC--TAAGATAAattgatcccaattgccaccaaa
gi|7                          :                                        CCATCATGGTTTCATT--AAACTCTTC---TGGATCCG------GAAT
gi|8                          : tacaagagcaatctgagatttctgaccacggcaTGACC-CTGCTATGGTTACATTTTAAAGTCTTT---TGGATCCG------G
gi|9                          :               aaaacaagaataatcaagaattcCTCCGCCGAGGTTACATC--AAAGTCATC---TGGATACA------GGATCatat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTCTGGATCCAGAGTCCGGACATGGAACCGGATCACCACCAAA






Alignments
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Reference ( family-2300 )     :                                  TGACCTCCGCCATGGTTACATT--AAAGTCTTC---TGGATCCG------GGATCCG-GATCGC---CA-TC----ACGATTTAATGGGGACNTCC--TT-CGACC-TAAGATAA
gi|1                          :                                  TGACCCTCGTCATGGTTACCAT--ATAGGCTTC---TGGATCTA------GAATCCG-GAT
gi|10                         :            ttaaacaacagcagtgagatattgcCCTCCGCCATGGTTTCATT--AAAGTCTTC---AGGATCCG------Gatggatccagatcgcctctaaaa
gi|11                         :          acgagagaaattaaagatttgtatgGACCTCCCCCAAGGTTACATT--CAAGTCCTC---CGG----G------GGATat
gi|12                         :                   aaaacaagagtagtcagctgtagcaCATGGTTACATT--AAAGTTCTC---TGGATC
gi|13                         :         acaagagcaatcagagactgtatacctACCTCCAATATGGTTACTTG--GAAGTTTTC---TGG
gi|14                         :             aagaggaatcagaaattgcatTGACCTCAGCCATATTTACATT--GAAGTCTTC---TGGATCCA------GGGTACG-GAT
gi|15                         :                                 tccACCTCCAGCATGATTACATT--TATGTCTTC---T
gi|16                         :                                 aagaggagtcagacattgcatTT--AAAGTCT-C---TGGATCTG------GG-TCCA-GATCGC---CA--------CGATTTAATGGGG
gi|17                         :                                     CCTCCGCCATAGTCACATT--AAAGTCTTC---TTAATCCA------GGACCCG-GATCtctcc
gi|18                         :                                   GACCTCCGTAAAGGTTACATT--AAAGTCTTC---TGGACCCA------GGATGCG-GAca
gi|19                         :                                  TGACTTCCGCCGTGGTTGAATT--AAAGTGTTC---TGGATCCA------GGATCCG-Ga
gi|2                          :                                  TGAC-TCCGCCATGGTTACATT--TAAGTCTTC---TGAATCCAT-----GTACCCA-GAT
gi|20                         :             aaataacaacttaaacattttaGACCTCCGCCATGGTCACTTT--AAAGTCTTC---TGGGTCCA------TGATCttggactcccaattgccaccaaa
gi|21                         :                                     gcaCCGCCATGGTTACATT--TAAGCCTTC---TGAATCAA------GGATCCG-GATCG
gi|22                         :                                         CGTCATGGTTATATT--ATAGCCTTC---TGGATACA------GGATCTG-AAt
gi|23                         :                                  ctACCGCCGCCATGGTTACATT--AAAGTCTTC---T-GAT-----------ATTCG-GATCac
gi|25                         :                                       atCGTCATGGTTACGTT--AAAGTCTTC---TGAATCCA------GGATCCT-GATC
gi|26                         :                                               GGTTACATT--AAAGTTTTC---TGGATCCA------GG
gi|27                         :                         aacatcacgcaacaTCGGTCATGGTTACATA--AAAGTCTTC---TGGATCCA------GGATC
gi|28                         :                                     tCTCCGCC-TGATTATATT--AAAGTCATC---TGAATACA------GGATCTG-t
gi|29                         :                                                    CATT--AAAGTCTTC---AGGATCC-------GGATC
gi|3                          :                                  TAACCTCCGACAAGGTTGCATT--AAAGTCTTC---TGGATCCG------GGATCCA-AATCACTAGTA-CC----ACGATTTAATGGGGACCTCC--TT-CGACC--AAGATAAgt
gi|4                          :                                                GTTACATT--AAAATCTGC---TA-ATCCGCGATCTGGATCCG-AGTCAC---CA-TCCAAAATGATTTAATGGAGACATCCAGCT-TGACCTTGAGATGA
gi|5                          :                                 aaGACCGCCGACAATGTGACATT--AAAATGTTC---TGGATCCA------GGATCTG-GAT
gi|6                          :                             aagagcaattggagattgtaTTAAATT--AAAGTCTTCCTCTGGACCCA------GGATCCGCAATCAC---CACTT----ATAATT-AATGGG-ACTTTC--TTATGAC--TAAGATAAattgatcccaattgccaccaaa
gi|7                          :                                        CCATCATGGTTTCATT--AAACTCTTC---TGGATCCG------GAAT
gi|8                          : tacaagagcaatctgagatttctgaccacggcaTGACC-CTGCTATGGTTACATTTTAAAGTCTTT---TGGATCCG------G
gi|9                          :               aaaacaagaataatcaagaattcCTCCGCCGAGGTTACATC--AAAGTCATC---TGGATACA------GGATCatat


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finalCons                     :                                  TGACCTCCGCCATGGTTACATT--AAAGTCTTC---TGGATCCG------GGATCCG-GATCGC---CA-TC----ACGATTTAATGGGGACNTCC--TT-CGACC-TAAGATAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTCTGGATCCAGAGTCCGGACATGGAACCGGATCACCACCAAA






Alignments
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consensus                     :                                  TGACCTCCGCCATGGTTACATT--AAAGTCTTC---TGGATCCG------GGATCCG-GATCGC---CA-TC----ACGATTTAATGGGGACNTCC--TT-CGACC-TAAGATAA
Reference ( family-2300 )     :                                  TGACCTCCGCCATGGTTACATT--AAAGTCTTC---TGGATCCG------GGATCCG-GATCGC---CA-TC----ACGATTTAATGGGGACNTCC--TT-CGACC-TAAGATAA
gi|1                          :                                  TGACCCTCGTCATGGTTACCAT--ATAGGCTTC---TGGATCTA------GAATCCG-GAT
gi|10                         :            ttaaacaacagcagtgagatattgcCCTCCGCCATGGTTTCATT--AAAGTCTTC---AGGATCCG------Gatggatccagatcgcctctaaaa
gi|11                         :          acgagagaaattaaagatttgtatgGACCTCCCCCAAGGTTACATT--CAAGTCCTC---CGG----G------GGATat
gi|12                         :                   aaaacaagagtagtcagctgtagcaCATGGTTACATT--AAAGTTCTC---TGGATC
gi|13                         :         acaagagcaatcagagactgtatacctACCTCCAATATGGTTACTTG--GAAGTTTTC---TGG
gi|14                         :             aagaggaatcagaaattgcatTGACCTCAGCCATATTTACATT--GAAGTCTTC---TGGATCCA------GGGTACG-GAT
gi|15                         :                                 tccACCTCCAGCATGATTACATT--TATGTCTTC---T
gi|16                         :                                 aagaggagtcagacattgcatTT--AAAGTCT-C---TGGATCTG------GG-TCCA-GATCGC---CA--------CGATTTAATGGGG
gi|17                         :                                     CCTCCGCCATAGTCACATT--AAAGTCTTC---TTAATCCA------GGACCCG-GATCtctcc
gi|18                         :                                   GACCTCCGTAAAGGTTACATT--AAAGTCTTC---TGGACCCA------GGATGCG-GAca
gi|19                         :                                  TGACTTCCGCCGTGGTTGAATT--AAAGTGTTC---TGGATCCA------GGATCCG-Ga
gi|2                          :                                  TGAC-TCCGCCATGGTTACATT--TAAGTCTTC---TGAATCCAT-----GTACCCA-GAT
gi|20                         :             aaataacaacttaaacattttaGACCTCCGCCATGGTCACTTT--AAAGTCTTC---TGGGTCCA------TGATCttggactcccaattgccaccaaa
gi|21                         :                                     gcaCCGCCATGGTTACATT--TAAGCCTTC---TGAATCAA------GGATCCG-GATCG
gi|22                         :                                         CGTCATGGTTATATT--ATAGCCTTC---TGGATACA------GGATCTG-AAt
gi|23                         :                                  ctACCGCCGCCATGGTTACATT--AAAGTCTTC---T-GAT-----------ATTCG-GATCac
gi|25                         :                                       atCGTCATGGTTACGTT--AAAGTCTTC---TGAATCCA------GGATCCT-GATC
gi|26                         :                                               GGTTACATT--AAAGTTTTC---TGGATCCA------GG
gi|27                         :                         aacatcacgcaacaTCGGTCATGGTTACATA--AAAGTCTTC---TGGATCCA------GGATC
gi|28                         :                                     tCTCCGCC-TGATTATATT--AAAGTCATC---TGAATACA------GGATCTG-t
gi|29                         :                                                    CATT--AAAGTCTTC---AGGATCC-------GGATC
gi|3                          :                                  TAACCTCCGACAAGGTTGCATT--AAAGTCTTC---TGGATCCG------GGATCCA-AATCACTAGTA-CC----ACGATTTAATGGGGACCTCC--TT-CGACC--AAGATAAgt
gi|4                          :                                                GTTACATT--AAAATCTGC---TA-ATCCGCGATCTGGATCCG-AGTCAC---CA-TCCAAAATGATTTAATGGAGACATCCAGCT-TGACCTTGAGATGA
gi|5                          :                                 aaGACCGCCGACAATGTGACATT--AAAATGTTC---TGGATCCA------GGATCTG-GAT
gi|6                          :                             aagagcaattggagattgtaTTAAATT--AAAGTCTTCCTCTGGACCCA------GGATCCGCAATCAC---CACTT----ATAATT-AATGGG-ACTTTC--TTATGAC--TAAGATAAattgatcccaattgccaccaaa
gi|7                          :                                        CCATCATGGTTTCATT--AAACTCTTC---TGGATCCG------GAAT
gi|8                          : tacaagagcaatctgagatttctgaccacggcaTGACC-CTGCTATGGTTACATTTTAAAGTCTTT---TGGATCCG------G
gi|9                          :               aaaacaagaataatcaagaattcCTCCGCCGAGGTTACATC--AAAGTCATC---TGGATACA------GGATCatat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTCTGGATCCAGAGTCCGGACATGGAACCGGATCACCACCAAA