lowQualScore                  :                           3333333333                22                                                                33                        111            444444444444444444444444444444444                                                                     22222222    111111                      4444444444444444444444444444444444444444     111                       222222                  4444444444444444444                                                                                  222222222222222             1111111                                                  222222     11111    222222222222         1111111111111      11111111                      11        333                       111111           88888888888888888888888888888888888888888888888888888             11111      1    22       11   222              111  3              2222222222222222222                 
lowQualScore                  :               44    2  33 5555555555  333 2   44 2  00   88888   1    333   1 22 0   22 1 1 22    1  1  555555 3   11 44 1         2   1    22  222   44444 22 111111111111111111111111111111111 1 77777777777  1 888    1 1 22 1 22 5555 222 22    333    666       11111111    999999  22    1   4444  2 2 4444444444444444444444444444444444444444     000     444 2 33          666666  2       55    0 4444444444444444444  55     4     66 9999        4 4     4           5       5     1          66  66 222222222222222      5 5    8888888  66   5      5        888         77  5   5  55  333333 5   22222    777777777777 6  55   9999999999999  0   88888888  888          5  5   99 5 5 5  666   777 5   0 66 55     555555           22222222222222222222222222222222222222222222222222222   5    5 5  22222  5   0    11  0    11 0 777 5      2 5   000  4    77        5555555555555555555         5       
lowQualScore                  :               ..    .  .. ..........  ... .   .. .  ..   .....   .    ...   . .. .   .. . . ..    .  .  ...... .   .. .. .         .   .    ..  ...   ..... .. ................................. . ...........  . ...    . . .. . .. .... ... ..    ...    ...       ........    ......  ..    .   ....  . . ........................................     ...     ... . ..          ......  .       ..    . ...................  ..     .     .. ....        . .     .           .       .     .          ..  .. ...............      . .    .......  ..   .      .        ...         ..  .   .  ..  ...... .   .....    ............ .  ..   .............  .   ........  ...          .  .   .. . . .  ...   ... .   . .. ..     ......           .....................................................   .    . .  .....  .   .    ..  .    .. . ... .      . .   ...  .    ..        ...................         .       
lowQualScore                  :               22    9  66 9999999999  555 0   22 0  88   66666   8    555   8 55 2   55 8 8 55    7  7  000000 5   99 66 8         5   8    55  555   88888 66 666666666666666666666666666666666 8 55555555555  8 888    7 7 66 7 33 8888 999 44    000    222       00000000    111111  66    9   0000  0 2 2222222222222222222222222222222222222222     222     111 4 22          333333  7       66    5 0000000000000000000  66     0     11 4444        0 0     0           0       0     4          99  99 555555555555555      0 0    5555555  99   0      0        888         22  2   0  22  999999 0   55555    111111111111 1  44   9999999999999  1   11111111  888          7  7   33 7 7 7  222   111 0   1 99 11     111111           11111111111111111111111111111111111111111111111111111   0    0 0  55555  0   0    44  1    99 4 000 7      3 7   000  3    99        6666666666666666666         7       
consensus                     :     GCTCGAAATA--AACG-AT-GG---C--C-G-AT---G-GTCC-G-GGG-CCA-----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-TT-TG------T-AAA-GAG-C-ATGCGTCCTCGGG-GCTA--GT--NAAT-----T--T-----A--T---C----T--------T-G--TTA-T--CAA------AA-T--TCCTC-A-ACGA-T--C----G---G--GCTA---GTAA-A-TATTAGA------T-GTGTG----CGC--GTCC-AGA----AT-T-T---T--CG-------C------------ATGC---A---CTTCCA-C-TTTTG---T-T--AAGTTGTACTA----ACG-AAGTAACG-CAATAT--------AGA-N-A----AC-GAATGT-TTCTA--A----GAGCGAGT-T-ACTTT-AAGTAGAGTAT-ACAATCG-GAATTCCTCGAATGAT--TC--CA--CTACA-------CAAGGT-A-CAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCG-CGTCTGACT-CTT-----CGGCG------T----CCAGA-TTC--AT--AGAATGAAATGTC--------TA---CTTTGCGACA-TT-CTCA-A-A-A-TCAG-AGA--CG-TTAAG--CA-ATATAC--T-TCAATAAATCAA--TC-G------AT-ATCC----CATNACA-----TT-----T---------TCAC-AAAT-G-AT-----AG-GTA-AGAATGACTCCGA--ATTT--T-TCAAGGAC-TAA---GCAAAAA--ACATGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAATG
Reference ( gi|3 )            :     GCTCGAAATA--AACG-AT-GG---C--C-A-AT---G-GTCC-G-GG--CCA-----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-TT-TG------T-AAA-GAGAC-ATGCGTCCTCGGG-GCTA--GT--AAAT-----T--T-----A--T---C----T--------T-G--TGA-T--CAA------AA-T--CCCTC-A-ATGA-T--C----G---G--GCTA---GTAA-A-TATTAGA------A-GTGTG----CGC--GTCC-AGA----AT-T-T---T--CG-------C------------ATGC---A---ATTCCA-T-TTTTG---T-T--AAGTTGTACTA----ACA-AAGTAACG-CAATAT--------AGG-A-A----AC-GAATGT-TTTTA--A----GAGTGAGT-T-ACTTT-AAGTAGAGTAT-ACAATCG-GAATTCCTCGAATGAT--TC--CA--ATACA-------CAAGGT-A-CAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAAAAC-GCG-CGTCTGACT-CTT-----CGGCG------T----CTAGA-TTC--AT--AGAATAAAATGTC--------TA---CTTTGCGACA-TT-CTC--A-A-A-TC---AGA--CG-TTAAG--CA-ATATAC--T-TCAATAAATCAA--TT-A------AT-ATCC----CATGACA-----TT-----T---------ACAC-AAAT-G-AT-----AG-GTA-AGAATTACTTCAA--ATTTA-T-TCAAGGAC-TAA---GC-AAAA--ACATGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAATGA
gi|7                          :     GCTCGAAATA--AACG-AT-GG---C--CCG-AT---G-GTCC-G-GGG-CCA-----GTA-TATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-TT-TG------T-AAA-GAG-C-ATGCGTCCTCGGG-GCTA--GT--AAAT-----T--T-----A--T---C----T--------T-G--TGA-T--AAA------AA-T--TCCTC-A-ATAA-T--C----G---G--GCTA---GTAA-A-TATTAGA------T-GTGTG----CTC--GTCC-AGA----AT-T-T---TATCG-------C------------ATGG---A---CCTCCA-C-TTTTG---T-T--AAGTTGTACTA-----CA-AAGTAACG-CAATAT--------GGA-T-A----AC-GAATGT-TTTTA--A----GAGTGAGT-T-ACTTT-AAGTAGAGCAT-ACAATCG-GAATTAATCGAATGAT--TC--CA--CTACA-------CAAGGT-A-CAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCG-CGTTTGACT-CTT-----CCGCG------T----CTAGA-TTC--AT--AGAATAAAATGTCTACTTTCATA---CTTTGTGACA-TT-CTC--A-ATA-TC---AGA---G---------------AC--G-TCAATAAATCA
gi|2                          :  aggGCTCGAAATATAAGCG-TT-GG---C--CCG-AT---G-GTCG-G-GG--CCAA----GTAGAATT-T-TGGGT--TTGG---C-T-A--GTGA-TT-TG------A-AAA-GAG-C-ATGCGTTCTCGGG--CTA--GT--AAAT-----T--T-----A--T---C----T--------T-GA-TGAAT--CAA------AA-T--TCTTTTATATAAGT--CAG--G---G--GCTA---GTAA-----TTTGA------T-GTGTGG---CGCCGGTCCGAGA----AT-T-T---TATCG-------C------------ATGC---A---CTTCAC-TGTTTTGGGTT-T--AAGTTTGACTA-----CA-AAGTA-CA-CAATAT--------AGA-T-A----ACTGAATGTCTTTTA--A----GAGTGAGT-TTACTTTTAAGTAGAGTAT-ACAATCGCGAATTCCTCGAATGAT--TC--CA--CTATA-------CAAGGT-AACAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTTGAAGAAC-GCGCCATCTGA---CTT-----CAGCG------CGGCGCCAGA-TTC---T--AGAAT-TAATGTC--------TA---CTTTGCGACA-TT-CTCAAA-A-A-TCAG-AGA--CG-TTAAG--C--ATAGACTAT-TCAATAAATCAA--TCAA------AT-ATCCCGGACATTACA-----TT-----G---------ACACGAAAT-GAAT-----AGTGTA-AGAA-TGGTTCAA--ATTTT-T-TCAAGGAC-TAA---GCAAAAA--ACATAGAC---------AA--------GAATCGTAAGGCTA
gi|6                          :  aggGCTCGAAATA--ATCA-AT-GG---C--CCA-GT---G-GTCT-G-GGG-CCA-----GTA-AATT-T-TGAGT--TTGGG--C-C-A--GTGA-TT-TG------T-AAA-GAG-C-ATGCATTCTTGGG-GCTA--GT--TAAT-----T--T-----AACT---C----T--------A-T--TTA-T--CAA------AA-T--TCCTC-A-GCAA-T--C----G---G--GCTA---GTAA-A-TATTAGA------T-GTGTA----CAT--GCCC-AGG----AT-T-TTTAT--TG-------C------------AAAC---A---CTTCCA-T-TTTTG---C-T--AAGTTGTACT-----ACA-GAGTAACA-C-----------------------------ATGT-TTCTA--A----GAGCA----T-ATCTT-AAGCGCAGTAT-ACAATCG-GAATTCC----ATGG------------------------AAGGT-G-CAAC------CCA--CAT-GAAGTG-TTCCGAGT---TAATATAGCT-AAGAAC-ACC-CG------T-CTT-----TGGC--------------AG----C--A---AG----AAATGTC--------TA---CTGTGTGATGCTT-TTG--A-A-A-TCAA-AGA--TG-TCAAG--CA-ATATG------CAATCAATCAA--TC-G------AA-ATCC----GGTGAAA-----TTACACGT---------TCAC-AAAT-G-AT-----AG-GTA-AGAAGGACTCTGA--ATAAT-T-TCAAGGGT-TAA---GCAAAAA--ACATGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAAT
gi|1                          :   tgGCTCGAAATA--AACGTAT-TG---CTCC-G-ATTTCGTGTCG-G-GG--C-A-----GTA-CATT-T-TGGTC--TTGGG--C-T-AATGTGA-TT--A------T-AAATGAG-C-TCGCGGTCTCTGG-GCTATAGTCCAACT-----TCTT-----A--T---C----T--------TAG--TGA-TTTCAA------ACCT--TCCTC-A-ATAA-TATC----G---GTTGCTA---CGAA-A-C--TAGAGAACCTA-GTG-G----TGC--GCCG-AAA----AT-T-TA--T--CG-------C-------------TGC---A---CTTCC--C-CTTTG---T-T--AAGTTGTA-------ACACAAGTAACGGCAATAT--------AGA-ATA----AC-GAATGT-TTTAA--T----GAGTGAATAT-ACTTT-AAGTAGAGTATTACAATTC-GAATTCCTCGAATGATAGTT--CACTATATG-------CAAGATCA-GAAA------TCATAAAGTGAGTAGATTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAACTACG-CGC---ACTACTT-----CAGCGCGGTGGT----CCAGAATTC--AT--AGA-TAATA-GTC--------TA---CTTTGCGACA-TTTCTC--AGA-A-TCTAGAGA--CG-TTA-GTTCACATATAA--T-TCAATAAATCAA--CTCA------ATCATCC----T-TGACA-----TT-----TCACTAATTTACAC-AAAT-G-AT-----AG-GCA-AGAATGGATTCAAT-ATTT--T-TTAAGGACTTAA---GCTAAAAACACATAGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAAT
gi|12                         :  aggGCTCGAAATA--AATG-AT-GA---C--CCG-AT---G-GTCC-G-GGG-CCT-----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-TT-TC------T-AAA-GAG-C-ATGCATCCTTGGG-GCTA--GT--AAAT-----A--T-----A--A---C----T--------A-G--TTA-T--CAA------AA-T--CCCTC-A-ATGA-T--C----G---G--GCTA---GTAC-A-TTTCAGA------T-GTGTG----CGC--GTCC-AGA----AT-T-TTA-T--CGT------T------------AT-C---A---CTTCCACT-TTTTG---T-T--AAGTTGTACT-----ACG-AAGTAACA-Ct
gi|20                         :    gGCTCATAATA--AA-------G---C------AT---G-GTCCAG-GG--CCA-----ATA-AATT-A-TGGAT--T--GG--C-TTA--GTGAATT-TG------TTAAA-TAT-T-ATATGTCCTTTGG-GCTA--GTTTAGAT-----T--A-----A--A---CAAGTT--------T-A--ATA-T--CAA------AA-A--TCCTC-A-ACAA-T--C----A---G--GCTA---GTAA-A-TATTAGA------ATGCGTT----AGC--ATCC-AGA----AT-
gi|21                         :     GCTC-AAATA--AGC-----------------AT---G-GTCCAG-GG--CCA-----ATA-AATT-A-TGGAT--T--GG--C-T-A--GTGA-AT-TG------TTAAA-TAT-T-ATATGTCCTTTGG-GCTA--GTT-AGAT-----T--A-----A--CAAGT----T--------T-A--ATA-T--CAA------AA-A--TCCTC-A-ACAA-T--C----A---G--GCTA---GT-A-A-TATTAGA------ATGCGTT----AGC--ATCC-AGA----Ag
gi|11                         :   gaGCTCGAAATA--ATTG-AT-GG---C--A-A-AT-----------------TA------TA-GATT-T--GAGC--TTGTG--C-T-A--A--A-GT-TG------T-CAA-AAG-C-ATGTGCCTTAAGG-GCTA--GT--GAATATGAAT--T-----AA-TG--C----T--------T------A-T--CAA------AA-T--TCCTC-G-ACGA-C--T----G---G--GCTA---GTAA----ATTAGA------A-GTGT------GC--TTCC-ATG----TT-T-TTA-T--CA-------G------------ATGCA--A---ATTTCA-CGTTTTG--------AAAATGT--------ACA-ATG-AATG--AATTC--------AGG--------AC----TGT-TTCTA--AACATGATCGAGT-T-ATGTG-AAGTA
gi|23                         : caggGCCCGATATA--ATTA-AT-TG---TA-T-A-AC---G-GTCC-G-GGG-CCA-----GTA-AGTTAT-TGATT--TTAGG----T-A--GTTC-TT-TG------T-AAA-TA-AC-ATTTGTCCTTGGG-ACTA--AT--TAA------T--T-----A--A---A----T--------A-G--TTA-A--CGA------AA-T--TCCTC-A-ACGA-T--C----G---tc
gi|5                          :   caagTCGAAATA--AACG-AT-GG------------------TCC-G-GG--CCA-----CTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--G----------------------AG-C-ATGCGTCCTCGGG-GCTA--GT--AAAT-----T--T-----A--T---C----T--------T-G--TGA-T--CAA------AA-T--TTCTC-A-ATGA-T--C----G---G--G--------------ATTAGA------T-GTGTG----CGC--GTCC-AGA----AT-T-T---TACCG-------C------------ATGC---A---CTTCCA-C-TTTTG---T-T--AAGTTGTACTA-----CA-AAGTAACG-CAATATGCATATGTAGA-T-A----AC-GAATGT-TTTTA--A----GAGCGAGT-T-ACTTT-AAGTGGAGTAT-ACAATAG-GCATTCCTCGGATGAT--TC--CA--CTACA-------CAAGGT-A-CAAGTCAATTTCA--AAG-GAGGAG-TTACAAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCA-CGTCTGACT-CTT-----CGTTA------T----CTAGA-TTC--AT--AG--------------------A---CTTTGCAACA-CT-CTCA-A-A-A-TCAG-AGA--CA-TTAAG--CA-GTATAA--T-ACAATAAATCAA--TC-G------AA-ATCC----GATGACATTATGTT-----T---------TCAC-AAAT-G-AT-----AG-GTA-AGAATGAC-TCAG--AATGATT-TCAAGGAC-TAA---GCAAAAA--ACATGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAATaac
gi|31                         :       TCGAA-TA--AACG--T--------------T---G-GTCC-G-GG--G-A-----GTA-A-TT-T-TGG-T--TTGGG--C-T-A--GTGA-TT-TG------T-AA
gi|4                          :         GAAATA--AACG-AT-GG---C--C-------------C-GAGG--CCA-----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-TT-TA------T-AA--GAG-C-ATGCGTC-TCGGG-GCTA--GT--AAAT-----T--T-----A--T---C----T--------T-G--TGA-T--CAA------AA-T--TC-TC-A-ATAA-T--C----G---G--GCTA---GTGA-A-TATTAGA------T-GTGTG----CGC--GTCT-AGA----AT-T-TA--T--CG-------C------------ATGC---A---CTTCCA-C-TTTTG---T-T--AAGTTGTAT------ACA-AAGTAAAG-CAATAT--------A-G-A-T----AC-GAATGT-TTTTA--A----GAGTGA-T-T-ACTTT-AAGTAGAGTAT-ATAATCG-GAATT-CTCGAATGAT--TC--CA--CTATA-------CAAGGT-A-CATA-------CA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCG-CATC-GACT-CTTCAGCGCGGCG------T----CCAGA-TTC--AT--AGAAT--AATGTC--------TA---CTTTGCGACA-TT-CTCA-A-A-A-TCAG-AGA--CGATTAAG--CA-ATAT-C--T-TCAATAAATCA----T-C------AT-ATCCCTGACATTACA-----TT-----T----------CAC-AAAT-G-AT-----AG-GTATAGAA-TGCTTCAA--ATTT--T-TCAAGGAC-TAA---GCAAAAA--ACATAGAT---------AA--------GAATCATAA-GCTA
gi|28                         :          aAATA--AATG-ATTGGTTTC--T----T---G-GTCC-G-GGGCCCT-----GTA-A--T-T-TGGGTGTTTGGGGGCAT-A--GTGA-TT-TG------T-AT--GAG-C-ATGCGTCATTGGG-ACTG--G
gi|22                         :                    G-AT-GG---C--C-CCAT---G-GTCT-G-AG--ACAA----GTC-AGTG-T-TAAAT--TTGG---C-T-A--GTGC-TT-CA------C-AAA-AAG-C-ATGCACCCTTGAG-GCTA--GT--TAAT-----T--TGA---A--TA--C----T--------T------A-T--CAA------AC-T--CCCTC-A-AAGA-T--C----A---G--ACTA---GTAA-ATTATTagttt
gi|18                         :                   ggactcaaagtgctt-A-AT---G-GTCT-G-GGG-CCA-----GGA-AATG-T--GGAT--TTAGG--G-C-A--GCGC-TT-TG------T-AAA-GAG-T-ATATGTCATTGGGTTTTA--GT--TAAC-----T--TG----A--A---C----A--------C-G--T-C-T--CAA------AA-T--GTCTT-A-ACGT-T--T----G---A--GCTA---ATGC-A-TGTACGG------T-ATTTG----TGG--ATCC-AG----------T---T--TG-------T------------AT-----A---TTTTCA-C-TTTCG---C-T--CAGTTATATTc
gi|14                         :                               aataattT---G-GTCT-G-GGG-CCA-----ATA-AATT-C-TGGAT--TAGGG--C-T-G--GTGA-TT-TG------T-AAA-AAG-T-ATGTACCCTTGGG-GCTA--AT--TAAT-----T--T-----AAATA--C----T--------T-A--TTA-T-----------AA-T--TCCTC-A-ACCA-T--C----A---G--GCTA---GTAA-A-TATTAGA------T-GTATGAGTTTGT--GTTC-AGG----TT-T-TTG-T--CA-------C------------ATGC---AAAGATTTCA-C-TTTTG---T-T--AAGTTGTACT-----ATG-ATGTAATA-CAATcctaatg
gi|13                         :                                      T---G-GTCT-G-GGG-CCA-----ATA-AAAT-C-TGGAT--TAGGG--C-T-G--GTGA-TT-TG------T-AAA-AAG-T-ATGTACCCTTGGG-GCTA--GT--TAAT-----T--T-----AAATA--C----T--------T-A--TTA-T-----------AA-T--TCCTC-A-ACCA-T--C----A---G--GCTA---GTAA-A--ATTAGA------T-GTATGAGTTTGT--GTTC-AGG----TT-T-TTTGT--CA-------C------------ATGC---AAAGATTTCA-C-TTTTG---T-T--AAG-TGTACT-----ATG-ATGTAATA-CAATg
gi|16                         :                        agggcttgacctgcT---G-GTCT-G-GGG-CCA-----ATA-AATT-C-TGGAT--TAGGG--C-T-G--GTGA-TT-TG------T-AAA-AAG-T-ATGTACCCTT-GG-GCTA--GT--TAAT-----T--TAA---A--TA--C----T--------T-A--TTA-T----A------TA-TTATCCTC-A-ACCA-T--C----GGTAG--GTCATATGTAA-A-TATGAGA------T-TTGTA-----------TC-AGG----AT-T-T---T--TGTGTCATTC------------ATGC---AAAGATTTCA-C-TTTTG---T-T--AAGTT-TACTA----
gi|10                         :                                      T---G-GTCT-G-GG--ACAATTAAGTA-AATT-A-TGAAC--TTGGG--C-T-A--GTGA-TTGTGCTTTTTT-AAA-GA-CC-ATGTGTCCTTGGG----A--AT--AAGT-----T--G-----A--T--------T--------T-GAATAC-T--CAAGAGTATAA-T---CCGC-A-ATGA-T--CATATA---G--ACTA---GTAA----ACTACA------C-GTGTG----TGC--ATCC-ACGTTTTGT-T-T---T--TC-------CTAATGTAAAGTAATGCTTTG---ATTTCA-T-ATTT----T-T--AAGTTTTACTATTTTA-A-AAGTAACA-AGATGT--------AAATA-AATTCAT-GAAAGT-TTCTATTA----GTATGAGT-T-GTTTT-AAGTtgatgt
gi|15                         :                                       ---G-GTCT-G-GGG-CCA-----ATA-AATT----GGAT--TAGGG--C-T-G--GT-A-TT-TG------T-AAA-AAG-T-ATGTACCCTTGGG-GCTA--GT--TAAT-----T--TAA---A--TA--C----T--------T-A--TTA-T-----------AA-T--TCCTC-A-ACCA-T--C----A---G--GCTA---GTAATA-T-TTAGA------T-GTATGAGTTTGT--GTTC-AGG----TT-T-TTTGT--CA-------C------------ATGC---AAAGATTTCA-C-TTTTG---T-T--AAG-TGTACT-----ATG-ATGTAATA-CAAT
gi|19                         :                                                         A-----GTA-AAAT-TATGGAT--TTGTG--C-T-A--GTGC-TC-TC------T-GAA-GA--CTATGTGCCTTCGAG-GCCA--AT--TAAT-----T--TCGAATA--C---C----T---------------A-T--CAA------AA-T--TCTTC-A-ATAA-T--T----G---A--GCTA---GTAA----ATTAGG------C-ATGTG----TGT--ATCC-A-A----GT-T-T---T--AT-------C------------CT-C---G---TTTTCA-C-TTTTG---T-T--CAGTTGTACT-----ATG-AAGTAA
gi|17                         :                                                                  -AATC-G-TGGGT--TTTGT--C-T-A--GTTA-TT-TG------T-ATA-TA-AC-AAGCATCTTGGAT-ATTA--GT--TGAT-----T--T-----A--A---C----T--------A-G--T---T--------------T--TCCTC-A-ATAA-T--C----A---G--GCTA---ATAA-A-TAATGCA------T-GTAT-----TGT--TTCC-AAA----AT-TGTA--T--CG-------C------------ATtac
gi|24                         :                                                                       taaagattaacaagcacaagttcatTGA-TT-TG------T-AAA-GAG-C-ATGTGTCCTTGGG-GCTA--GT--TAAT-----T--T-----A--A---C----TACACTCGGT-G--T---------------AA-T--TCCTC-A-ACGA-T--C----G---T--ATGA---GTGA-C-TATTAGA------T-GTGTG----atctgccaatattgatagatatgattaaaatgaacaa
gi|30                         :                                                                                                                                                           ttgcaggacatgaaataattgaatgatgcttt-G--TGA-N--NNN------NN-N--NNN-C-A-ACAA-T--C----A---G--GCTA---GTAA-A-TATTAGA------T-GTGTT----AGC--ATCC-AGA----AT-g
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                       CTC-A-ACAA-T--C----A---G--GCTA---GTAA-A-TATTAGA------T-GCGTT----AGC--ATCC-AGA----g
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                A-T--T----G---G--GCTC---GTAA-T-TATTAGA------T-GTGTG----TGC--GTCC-AGA----ATAT-TA--T--CA-------C------------ATGT---A---CTTCCA-C-TTCTG---TATAAAAGTTGTACT-----ATA-AAGTAACA-AAAAGT--------AGA-T-A----AC-AAATGT-T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     agcaT-T-TA--T--CA-------C------------TTGC---A---CTTCAA-A-TTTTG---T-T--GATTTGTACTA-----CA-AAATAAC----ATGT--------AG--------------ATGT-TTCTA--A----GAACAGGC-T-ATCTT-CAGTAAAATAA-ATGATTG-GCATTCCTTGAATGAT--TC--CT--CTACATTTTAAACAAGGC-A-TAAG------ACA--CAG-GAGGAG-TTCTTAGT---TAGTATATAT-AAAAAC-ACA-CG------T-CTT-----TGGCA------G----CAAGT-TTCT-AT---GAATGAACTGTC--------TA---ATTTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tGCGAGT-T-ATCTT-ATGTAGAG-AT-ATAATCA-GCATTTCTCAGATGAT--TCTTCT--ACACAA------CAAGGT-G-CGAA------CCA--CAG-GAAGAG-TTCCGAATAATTGGTATATT-----------------TGAGT-TTT-----CGACG------G----CAAGA-TTCCTATTAATAATGAAATGTC--------TAGTACTTTGCGACC-CT-CTC--A-A-AATC---AGAAATG-TTAAG--CA-ATATAC--AATCAATTAATCAAAATT-AGGTGACAT-ATTCA---CATTGCA-----TT-----T---------TCCC-AAAT-G-AT-----AG-ATA-GGAATGACTCTGA--A-TAA-TGTCAAAGGT-TAAATGAC-AAAA--ACATGGATATTATTTGAAA--------GAATTGTAA-GCTGATGaaatccagtgacattacactttcacagatgacacgaaaagtgaagatgacactattttctgaggttgatgaagtgaaaagcatgaataggtatagta
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ---AGA--CG-TTAAC--CA-ATATAC--T-ACAATAAATTAA---------------ATC----------------------------------------AATCG-AT-----AG-GTA-AGAATGACTCCGA--AT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cagACA-----CT-----T---------TCAC-AAAT-G-ATTTGAAAA-GTGCAGAA-GACGCCAACTATTT--T-CTAAGG-T-TAC---GCGAAAA--ACATGAAT---------AATGATTAGGGAATCGTAA-aatttca

Unaligned ( gi|27 ): TCAATGAATAGTCTTTCATAATTTAGTGACATCACACTTTCAATATAAACACAAAAGATGCTGCACATTTTCTAAGGCTAAATGAAAACATGGAGTATA
Unaligned ( gi|33 ): AATTGGGCATATGTTTTCTTAAGAACGAATT

lowQualScore                  :                                      333333333333                                                                                                                            222222222222222                                                                                        11111                      333333333333333        2222222222                                       222222222               2222222222222222222222               1111                                                               1111111                   1111111                                                11111         11111    22222222222         111         1        11111111                                                                      666666666666666666666666666666666666666666666666             11111                        111                    1111             111111111  11111111                 
lowQualScore                  :                          33    2  2  333333333333 333 1   2       7777   1    444   2 22     22 1 1 22    1 3333 1  444444 3   1   1          1   1    22  555   44444 44444 666666666666666 2222  22 1 666  1  1 6666     1 1  1 1 22 5555 222 22    222    11  1    3 44444 1     66666  22    1   3333  1 2 111111111111111 22     4444444444      4 22 4444   333 2 22        333  111111111       44      1111111111111111111111      3  3  55 2222        3 3     3           4       4                66        4444444 66   777   4 4    5555555  66   4      4        777         55      4    77777    4    11111    22222222222 3   4   000 66 4    0  1 4   66666666  777            4   0   4 4 4       4     66  55    88888            888888888888888888888888888888888888888888888888   4    4  4 00000  4   8           3 99  777 4      777    4    2222    4        777777777  66666666         5       
lowQualScore                  :                          ..    .  .  ............ ... .   .       ....   .    ...   . ..     .. . . ..    . .... .  ...... .   .   .          .   .    ..  ...   ..... ..... ............... ....  .. . ...  .  . ....     . .  . . .. .... ... ..    ...    ..  .    . ..... .     .....  ..    .   ....  . . ............... ..     ..........      . .. ....   ... . ..        ...  .........       ..      ......................      .  .  .. ....        . .     .           .       .                ..        ....... ..   ...   . .    .......  ..   .      .        ...         ..      .    .....    .    .....    ........... .   .   ... .. .    .  . .   ........  ...            .   .   . . .       .     ..  ..    .....            ................................................   .    .  . .....  .   .           . ..  ... .      ...    .    ....    .        .........  ........         .       
lowQualScore                  :                          99    7  5  555555555555 333 9   0       5555   7    111   0 44     44 7 7 44    7 5555 7  888888 3   7   7          9   7    44  333   55555 55555 333333333333333 6666  55 8 111  8  8 4444     6 6  7 6 22 6666 888 33    999    99  7    5 33333 7     22222  55    8   9999  9 1 333333333333333 99     1111111111      2 99 5555   777 1 99        999  333333333       55      7777777777777777777777      6  0  55 5555        6 6     6           4       4                11        4444444 11   888   4 4    4444444  11   4      4        888         33      4    11111    4    11111    99999999999 7   4   777 11 4    2  8 4   11111111  888            4   8   4 0 0       0     11  22    22222            555555555555555555555555555555555555555555555555   0    0  0 00000  0   0           0 55  222 0      888    4    0000    4        888888888  11111111         0       
consensus                     :                GCTCGAAATA--AACG-AT-GG---C--C-G-A-T---G-GTCCGGGGCCA----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TG------T-AAA-GAG-CATGCGTCCTCGGG-GCTA--GTT--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-TT--A-T--CAA-AA-T----TCCTC-A-ACGA-T--C----G---G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GTGTG----CGC--GTCC-AGA----AT-T-T---T--CG-------C--ATGCA--------C-TTCCAC-T--T----TTG---T-T--AAGTTGTA---CTA----ACG-AAGTAACG-CAATAT--------AGAT-A-----AC-GAATGT-TTCTA--A----GAGCGAGT-T-ACTTT-AAGTAGAGTAT-ACAATCG-GAATTCCTCGAATGAT--TCCACTAC-------A--CAA---GGT-A-CAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCGC-GTCTGACT-CTTC-----GGCG------T----CCAGA-TTC--AT--A-GAATGAAAT-GTC--------TA---CTTTGCGACATT-CTCAAAA-T-C-AGAGACG-TTAAG--CA-ATATAC-T--TCAATAAATCAA---TCG-----A-T-ATCC-----C----ATT--AC--A-----TTTNCAC-AAAT-GA-T-----AG-GTA-AGAATGACTCCGA--AT-T-T-TTCAAG---GACT-AAGC-G--AAAA-ACATGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAATG
Reference ( family-2281 )     :                GCTCGAAATA--AACG-AT-GG---C--C-G-A-T---G-GTCCGGGGCCA----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TG------T-AAA-GAG-CATGCGTCCTCGGG-GCTA--GTN--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-TT--A-T--CAA-AA-T----TCCTC-A-ACGA-T--C----G---G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GTGTG----CGC--GTCC-AGA----AT-T-T---T--CG-------C--ATGCA--------C-TTCCAC-T--T----TTG---T-T--AAGTTGTA---CTA----ACG-AAGTAACG-CAATAT--------AGAN-A-----AC-GAATGT-TTCTA--A----GAGCGAGT-T-ACTTT-AAGTAGAGTAT-ACAATCG-GAATTCCTCGAATGAT--TCCACTAC-------A--CAA---GGT-A-CAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCGC-GTCTGACT-CTTC-----GGCG------T----CCAGA-TTC--AT--A-GAATGAAAT-GTC--------TA---CTTTGCGACATT-CTCAAAA-T-C-AGAGACG-TTAAG--CA-ATATAC-T--TCAATAAATCAA---TCG-----A-T-ATCC-----C----ATN--AC--A-----TTTTCAC-AAAT-GA-T-----AG-GTA-AGAATGACTCCGA--AT-T-T-TTCAAG---GACT-AAGC-A--AAAA-ACATGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAATG
gi|1                          :                GCTCGAAATA--AACGTAT-TG---CTCC-G-A-TTTCGTGTC-GGGGC-A----GTA-CATT-T-TGGTC--TTGGG--C-T-AATGTGA-T----T--A------T-AAATGAG-CTCGCGGTCTCTGG-GCTATAGTCC-AAC-----T-----TCTTA--T---C----TTAG-TG--A-TTTCAA-ACCT----TCCTC-A-ATAA-TATC----G---GTTGCTA---CGAAA-C---TAG-AGAACCTAGTG-G----TGC--GCCG-AAA----AT-T-TA--T--CG-------C---TGCA--------C-TTCC-C-C--T----TTG---T-T--AAGTTGTA----------ACACAAGTAACGGCAATAT--------AGAATA-----AC-GAATGT-TT-TA--AT---GAGTGAATAT-ACTTT-AAGTAGAGTATTACAATTC-GAATTCCTCGAATGATAGTTCACTAT-------ATGCAA---GATCA-GAAA------TCATAAAGTGAGTAGATTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAACTACGC-GC---ACTACTTC-----AGCGCGGTGGT----CCAGAATTC--AT--A-GA-T--AATAGTC--------TA---CTTTGCGACATTTCTCAGAA-T-CTAGAGACG-TTA-GTTCACATATAA-T--TCAATAAATCAAC--TCA-----A-TCATCCTTGA-C----ATTTCACTAA-----TTTACAC-AAAT-GA-T-----AG-GCA-AGAATGGATTCAAT-AT-T-T-TTTAAG---GACTTAAGCTA--AAAACACATAGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAAT
gi|10                         :                                              agg-T---G-GTCTGGGACAATTAAGTA-AATT-A-TGAAC--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----TGTGCTTTTTT-AAA-GAC-CATGTGTCCTTGGG----A--ATA--AGT-----T-----G---A--T---T----TG-A-AT--ACT--CAAGAG-TATAATCCGC-A-ATGA-T--CATATA---G--ACTA---GTAA---A-CTAC-A-----C-GTGTG----TGC--ATCC-ACGTTTTGT-T-T---T--TC-------CTAATGTAAAGTAATGC-TTTGAT-T--TCATATTT---T-T--AAGTTTTA---CTATTTTA-A-AAGTAACA-AGATGT--------AAAT-AAATTCAT-GAAAGT-TTCTATTA----GTATGAGT-T-GTTTT-AAGTt
gi|11                         :                GCTCGAAATA--ATTG-AT-GG---C-------------------------------A-AATT-A-TAGAT--TTGAG--C-T-T--GTGC-TAAAGT-TG------T-CAA-AAG-CATGTGCCTTAAGG-GCTA--GTG--AATATGAAT-----T---A--A---------T-GCTT--A-T--CAA-AA-T----TCCTC-G-ACGA-C--T----G---G--GCTA---GTAAA-T---TAG-A-----A-GTGTG----CT----TCC-ATG----TT-T-T---TATCA-------G--ATGCA--------AATTTCACGT--T----TTG--------AAAATGTA---C-A----ATG-AA----TG--AATTC--------AG------------GACTGT-TTCTA--AACATGATCGAGT-T-ATGTG-AAGTA
gi|12                         :            caggGCTCGAAATA--AATG-AT-GA---C--CCG-A-T---G-GTCCGGGGCCT----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TC------T-AAA-GAG-CATGCATCCTTGGG-GCTA--GTA--AAT-----A-----T---A--A---C----TA-G-TT--A-T--CAA-AA-T----CCCTC-A-ATGA-T--C----G---G--GCTA---GTACA-TT-TCAG-A-----T-GTGTG----CGC--GTCC-AGA----AT-T-TTA-T--CGT------T--AT-CA--------C-TTCCACTT--T----TTG---T-T--AAGTTGTA---CT-----ACG-AAGTAACA-Ctc
gi|13                         :                                 gT-GA---C--CTG-C-T---G-GTCTGGGGCCA----ATA-AAAT-C-TGGAT--TAGGG--C-T-G--GTGA-T----T-TG------T-AAA-AAG-TATGTACCCTTGGG-GCTA--GTT--AAT-----T-----TAA-A--TA--C----TT-A-TT--A-T------AA-T----TCCTC-A-ACCA-T--C----A---G--GCTA---GTAAA--A-TTAG-A-----T-GTATGAGTTTGT--GTTC-AGG----TT-T-TTTGT--CA-------C--ATGCAAAG-----A-TTTCAC-T--T----TTG---T-T--AAG-TGTA---CT-----ATG-ATGTAATA-CAAT
gi|14                         :                                           agggct-T---G-GTCTGGGGCCA----ATA-AATT-C-TGGAT--TAGGG--C-T-G--GTGA-T----T-TG------T-AAA-AAG-TATGTACCCTTGGG-GCTA--ATT--AAT-----T-----T---AAATA--C----TT-A-TT--A-T------AA-T----TCCTC-A-ACCA-T--C----A---G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GTATGAGTTTGT--GTTC-AGG----TT-T-TTG-T--CA-------C--ATGCAAAG-----A-TTTCAC-T--T----TTG---T-T--AAGTTGTA---CT-----ATG-ATGTAATA-CAAT
gi|15                         :                                                   ---G-GTCTGGGGCCA----ATA-AATT----GGAT--TAGGG--C-T-G--GT-A-T----T-TG------T-AAA-AAG-TATGTACCCTTGGG-GCTA--GTT--AAT-----T-----T---AAATA--C----TT-A-TT--A-T------AA-T----TCCTC-A-ACCA-T--C----A---G--GCTA---GT-AA-TATTTAG-A-----T-GTATGAGTTTGT--GTTC-AGG----TT-T-TTTGT--CA-------C--ATGCAAAG-----A-TTTCAC-T--T----TTG---T-T--AAG-TGTA---CT-----ATG-ATGTAATA-CAATg
gi|16                         :                                                 -T---G-GTCTGGGGCCA----ATA-AATT-C-TGGAT--TAGGG--C-T-G--GTGA-T----T-TG------T-AAA-AAG-TATGTACCCTT-GG-GCTA--GTT--AAT-----T-----TAA-A--TA--C----TT-A-TT--A-T----A-TA-TTA--TCCTC-A-ACCA-T--C----GGTAG--GTCATATGTAAA-TA-TGAG-A-----T-TTGTA-----------TC-AGG----AT-T-T---T--TGTGTCATTC--ATGCAAAG-----A-TTTCAC-T--T----TTG---T-T--AAGTT-TA---CTA----
gi|17                         :                                                                          -AATC-G-TGGGT--TTTGT--C-T-A--GTTA-T----T-TG------T-ATA-TAA-CAAGCATCTTGGAT-ATTA--GTT--GAT-----T-----T---A--A---C----TA-G-TT--------------T----TCCTC-A-ATAA-T--C----A---G--GCTA---ATAAA-TA-ATGC-A-----T-GTAT-----TGT--TTCC-AAA----AT-TGTA--T--CG-------C--ATAT---------C-TGCCAA-T--A----TTG---A-T--Atgatgt
gi|18                         :                      taaagattaacaagcacaagttcat-A-T---G-GTCTGGGGCCA----GGA-AATG-T--GGAT--TTAGG--G-C-A--GCGC-T----T-TG------T-AAA-GAG-TATATGTCATTGGGTTTTA--GTT--AAC-----T-----TG--A--A---C----AC-G-TC----T--CAA-AA-T----GTCTT-A-ACGT-T--T----G---A--GCTA---ATGCA-TG-TACG-G-----T-ATTTG----TGG--ATCC-AG----------T---T--TG-------T--AT--A--------T-TTTCAC-T--T----TCG---C-T--CAGTTATATTCCTA----ATG-gatatgattaaaatgaacaa
gi|19                         :                                                          aataattaA----GTA-AAAT-TATGGAT--TTGTG--C-T-A--GTGC-T----C-TC------T-GAA-GAC-TATGTGCCTTCGAG-GCCA--ATT--AAT-----TTCGAAT---A--C---C----------T--A-T--CAA-AA-T----TCTTC-A-ATAA-T--T----G---A--GCTA---GTAA---A-TTAG-G-----C-ATGTG----TGT--ATCC-A-A----GT-T-T---T--AT-------C--CT-CG--------T-TTTCAC-T--T----TTG---T-T--CAGTTGTA---CT-----ATG-AAGTAA
gi|2                          :                GCTCGAAATATAAGCG-TT-GG---C--CCG-A-T---G-GTC-GGGGCCAA---GTAGAATT-T-TGGGT--TTGG---C-T-A--GTGA-T----T-TG------A-AAA-GAG-CATGCGTTCTCGGG--CTA--GTA--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-ATGAA-T--CAA-AA-T----TCTTTTATATAAGT--CAG--G---G--GCTA---GTAA-----TTTG-A-----T-GTGTGG---CGCCGGTCCGAGA----AT-T-T---TATCG-------C--ATGCA--------C-TTC-AC-TGTT----TTGGGTT-T--AAGTTTGA---CTA-----CA-AAGTA-CA-CAATAT--------AGAT-A-----ACTGAATGTCTTTTA--A----GAGTGAGT-TTACTTTTAAGTAGAGTAT-ACAATCGCGAATTCCTCGAATGAT--TCCACTAT-------A--CAA---GGT-AACAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTTGAAGAAC-GCGCCATCTGACT---TC-----AGCG------CGGCGCCAGA-TTC---T--A-GAATTAA-T-GTC--------TA---CTTTGCGACATT-CTCAAAAAT-C-AGAGACG-TTAAG--CA--TAGAC-TATTCAATAAATCAA---TCA-----AAT-ATCC-----CGGACATT--AC--A-----TTGACACGAAAT-GAAT-----AGTGTA-AGAATGGTTCAAA--TT-T-T-TTCAAG---GACT-AAGC-A--AAAA-ACATAGAC---------AA--------GAATCGTAAGGCTAtac
gi|20                         :             aggGCTCATAATA--AA-------G---C------A-T---G-GTCCAGGGCCA----ATA-AATT-A-TGGAT--T--GG--C-TTA--GTGAAT----T-TG------TTAAA-TAT-TATATGTCCTTTGG-GCTA--GTTTAGAT-----T-----A---A--A---CAAGTTT-A-AT--A-T--CAA-AA-A----TCCTC-A-ACAA-T--C----A---G--GCTA---GTAAA-TA-TTAGAA-----T-GCGTT----AGC--ATCC-AGA----AT-
gi|21                         :                GCTC-AAATA--AGC-----------------A-T---G-GTCCAGGGCCA----ATA-AATT-A-TGGAT--T--GG--C-T-A--GTGA-A----T-TG------TTAAA-TAT-TATATGTCCTTTGG-GCTA--GTT--AGA-----T-----T---A--A---CAAGTTT-A-AT--A-T--CAA-AA-A----TCCTC-A-ACAA-T--C----A---G--GCTA---GT-AA-TA-TTAGAA-----T-GCGTT----AGC--ATCC-AGA----Ag
gi|22                         :                             gaG-AT-GG---C--C-CCA-T---G-GTCTGAGACAA----GTC-AGTG-T-TAAAT--TTGG---C-T-A--GTGC-T----T-CA------C-AAA-AAG-CATGCACCCTTGAG-GCTA--GTT--AAT-----T-----T---G--A---A----TA-C-TT--A-T--CAA-AC-T----CCCTC-A-AAGA-T--C----A---G--ACTA---GTAAATTA-TT
gi|23                         : ggactcaaagtgcttGCCCGATATA--ATTA-AT-TG---TA-T-A-A-C---G-GTCCGGGGCCA----GTA-AGTTAT-TGATT--TTAGG----T-A--GTTC-T----T-TG------T-AAA-TAA-CATTTGTCCTTGGG-ACTA--ATT--AA------T-----T---A--A---A----TA-G-TT--A-A--CGA-AA-T----TCCTC-A-ACGA-T--C----G---c
gi|24                         :                                                                                                    caagTGA-T----T-TG------T-AAA-GAG-CATGTGTCCTTGGG-GCTA--GTT--AAT-----T-----T---AACTACAC----TC-G-GT--G-T------AA-T----TCCTC-A-ACGA-T--C----G---T--ATGA---GTGAC-TA-TTAG-A-----T-GTGTG----aac
gi|25                         :                                                                                                                                                                                            ttgcaggacatgaaataattgaatgatgcttt-A-GCAA-T--T----G---G--GCTC---GTAAT-TA-TTAG-A-----T-GTGTG----TGC--GTCC-AGA----ATAT-TA--T--CA-------C--ATGTA--------C-TTCCAC-T--T----CTG---TATAAAAGTTGTA---CT-----ATA-AAGTAACA-AAAAGT--------AGAT-A-----AC-AAATGT-Tg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --AC--A-----CTTTCAC-AAAT-GA-TTTGAAAA-GTGCAGAA-GACGCCAACTAT-T-T-TCTAAG---G-TT-ACGC-G--AAAA-ACATGAAT---------AATGATTAGGGAATCGTAA-
gi|28                         :                     tAATA--AATG-ATTGGTTTC--T-----T---G-GTCCGGGGCCCT---GTA-A--T-T-TGGGTGTTTGGGGGCAT-A--GTGA-T----T-TG------T-AT--GAG-CATGCGTCATTGGG-ACTG--Gattgcaatg
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -C-AGAGACG-TTAAC--CA-ATATAC-T--ACAATAAATTAA---------------ATC-----------------------------------AATCGA-T-----AG-GTA-AGAATGACTCCGA--ATAA-T-TTCAagttt
gi|3                          :                GCTCGAAATA--AACG-AT-GG---C--C-A-A-T---G-GTCC-GGGCCA----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TG------T-AAA-GAGACATGCGTCCTCGGG-GCTA--GTA--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-TG--A-T--CAA-AA-T----CCCTC-A-ATGA-T--C----G---G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----A-GTGTG----CGC--GTCC-AGA----AT-T-T---T--CG-------C--ATGCA--------A-TTCCAT-T--T----TTG---T-T--AAGTTGTA---CTA----ACA-AAGTAACG-CAATAT--------AGGA-A-----AC-GAATGT-TTTTA--A----GAGTGAGT-T-ACTTT-AAGTAGAGTAT-ACAATCG-GAATTCCTCGAATGAT--TCCAATAC-------A--CAA---GGT-A-CAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAAAAC-GCGC-GTCTGACT-CTTC-----GGCG------T----CTAGA-TTC--AT--A-GAATAAAAT-GTC--------TA---CTTTGCGACATT-CTC-AAA-T-C---AGACG-TTAAG--CA-ATATAC-T--TCAATAAATCAA---TTA-----A-T-ATCC-----C----ATG--AC--A-----TTTACAC-AAAT-GA-T-----AG-GTA-AGAATTACTTCAA--AT-T-TATTCAAG---GACT-AAGC----AAAA-ACATGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAATG
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                           C-A-ACAA-T--C----A---G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GTGTT----AGC--ATCC-AGA----AT-a
gi|31                         :    gtgannnnnnnnnnTCGAA-TA--AACG--T---------------T---G-GTCCGGGG--A----GTA-A-TT-T-TGG-T--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TG------T-AAg
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                         CTC-A-ACAA-T--C----A---G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GCGTT----AGC--ATCC-AGA----
gi|4                          :                    GAAATA--AACG-AT-GG---C--C--------------CGAGGCCA----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TA------T-AA--GAG-CATGCGTC-TCGGG-GCTA--GTA--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-TG--A-T--CAA-AA-T----TC-TC-A-ATAA-T--C----G---G--GCTA---GTGAA-TA-TTAG-A-----T-GTGTG----CGC--GTCT-AGA----AT-T-TA--T--CG-------C--ATGCA--------C-TTCCAC-T--T----TTG---T-T--AAGTTGTA---T------ACA-AAGTAAAG-CAATAT--------AGAT-A------C-GAATGT-TTTTA--A----GAGTGA-T-T-ACTTT-AAGTAGAGTAT-ATAATCG-GAATTC-TCGAATGAT--TCCACTAT-------A--CAA---GGT-A-CATA-------CA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCGC-ATC-GACT-CTTCAGCGCGGCG------T----CCAGA-TTC--AT--A-GAAT--AAT-GTC--------TA---CTTTGCGACATT-CTCAAAA-T-C-AGAGACGATTAAG--CA-ATAT-C-T--TCAATAAATCA----TC------A-T-ATCC-----CTGACATT--AC--A-----TTT-CAC-AAAT-GA-T-----AG-GTATAGAATG-CTTCAA--AT-T-T-TTCAAG---GACT-AAGC-A--AAAA-ACATAGAT---------AA--------GAATCATAA-GCTA
gi|5                          :                 aTCGAAATA--AACG-AT-GG-------------------TCCGGG-CCA----CTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--G--------------------------AG-CATGCGTCCTCGGG-GCTA--GTA--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-TG--A-T--CAA-AA-T----TTCTC-A-ATGA-T--C----G---G--G-------------A-TTAG-A-----T-GTGTG----CGC--GTCC-AGA----AT-T-T---TACCG-------C--ATGCA--------C-TTCCAC-T--T----TTG---T-T--AAGTTGTA---CTA-----CA-AAGTAACG-CAATATGCATATGTAGAT-A-----AC-GAATGT-TTTTA--A----GAGCGAGT-T-ACTTT-AAGTGGAGTAT-ACAATAG-GCATTCCTCGGATGAT--TCCACTAC-------A--CAA---GGT-A-CAAGTCAATTTCA--AAG-GAGGAG-TTACAAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCAC-GTCTGACT-CTTC-----GTTA------T----CTAGA-TTC--AT--A-G---------------------A---CTTTGCAACACT-CTCAAAA-T-C-AGAGACA-TTAAG--CA-GTATAA-T--ACAATAAATCAA---TCG-----A-A-ATCC-----G----ATG--AC--ATTATGTTTTCAC-AAAT-GA-T-----AG-GTA-AGAATGACTCAGA--AT-GAT-TTCAAG---GACT-AAGC-A--AAAA-ACATGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAAT
gi|6                          :                GCTCGAAATA--ATCA-AT-GG---C--C-C-AGT---G-GTCTGGGGCCA----GTA-AATT-T-TGAGT--TTGGG--C-C-A--GTGA-T----T-TG------T-AAA-GAG-CATGCATTCTTGGG-GCTA--GTT--AAT-----T-----T---AACT---C----TA-T-TT--A-T--CAA-AA-T----TCCTC-A-GCAA-T--C----G---G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GTGTA----CAT--GCCC-AGG----AT-T-TTTAT--TG-------C--AAACA--------C-TTCCAT-T--T----TTG---C-T--AAGTTGTA---CT-----ACA-GAGTAACA-C-----------------------------ATGT-TTCTA--A----GAGCA----T-ATCTT-AAGCGCAGTAT-ACAATCG-GAATTCC----ATGG----------------------AA---GGT-G-CAAC------CCA--CAT-GAAGTG-TTCCGAGT---TAATATAGCT-AAGAAC-ACCC-G------T-CTTT-----GGC---------------------------A-GCAAGAAAT-GTC--------TA---CTGTGTGATGCT-TTTGAAA-T-C-AAAGATG-TCAAG--CA-ATATG------CAATCAATCAA---TCG-----A-A-ATCCGGTGAA----ATT--AC--A-----CGTTCAC-AAAT-GA-T-----AG-GTA-AGAAGGACTCTGA--ATAA-T-TTCAAG---GGTT-AAGC-A--AAAA-ACATGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAAT
gi|7                          :              tgGCTCGAAATA--AACG-AT-GG---C--CCG-A-T---G-GTCCGGGGCCA----GTA-TATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TG------T-AAA-GAG-CATGCGTCCTCGGG-GCTA--GTA--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-TG--A-T--AAA-AA-T----TCCTC-A-ATAA-T--C----G---G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GTGTG----CTC--GTCC-AGA----AT-T-T---TATCG-------C--ATGGA--------C-CTCCAC-T--T----TTG---T-T--AAGTTGTA---CTA-----CA-AAGTAACG-CAATAT--------GGAT-A-----AC-GAATGT-TTTTA--A----GAGTGAGT-T-ACTTT-AAGTAGAGCAT-ACAATCG-GAATTAATCGAATGAT--TCCACTAC-------A--CAA---GGT-A-CAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCGC-GTTTGACT-CTTC-----CGCG------T----CTAGA-TTC--AT--A-GAATAAAAT-GTCTACTTTCATA---CTTTGTGACATT-CTCAATA-T-C-AGAGACG-TCAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aggGCGAGT-T-ATCTT-ATGTAGAG-AT-ATAATCA-GCATTTCTCAGATGAT--TCTTCTAC-------A--CAACAAGGT-G-CGAA------CCA--CAG-GAAGAG-TTCCGAATAATTGGTATATT-----------------TGAGT-TTTC-----GACG------G----CAAGA-TTCCTATTAA-TAATGAAAT-GTC--------TAGTACTTTGCGACCCT-CTCAAAA-T-C-AGAAATG-TTAAG--CA-ATATACAA--TCAATTAATCAAAATTAGGTGACA-T-ATTCA----C----ATT--GC--A-----TTTTCCC-AAAT-GA-T-----AG-ATA-GGAATGACTCTGA--ATAA-T-GTCAAA---GGTT-AAAT-GACAAAA-ACATGGATATTATTTGAAA--------GAATTGTAA-GCTGATGtaaatca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-T-TA--T--CA-------C--TTGCA--------C-TTCAAA-T--T----TTG---T-T--GATTTGTA---CTA-----CA-AAATAAC----ATGT--------AGA--------------TGT-TTCTA--A----GAACAGGC-T-ATCTT-CAGTAAAATAA-ATGATTG-GCATTCCTTGAATGAT--TCCTCTACATTTTAAA--CAA---GGC-A-TAAG------ACA--CAG-GAGGAG-TTCTTAGT---TAGTATATAT-AAAAAC-ACAC-G------T-CTTT-----GGCA------G----CAAGT-TTC---T--ATGAATGAACT-GTC--------TA---ATTTG------------AAA-TCC-AGTGACA-T----------TACAC-T--TTCACAGAT--------G-----A------------------------------------CAC-GAA-----------AA-GTG-AAGATGACACT----AT-T-T-TCTGAGGTTGATG-AAGT-G--AAAA-GCATGAAT---------AG--------GTATAGTA

Unaligned ( gi|27 ): TCAATGAATAGTCTTTCATAATTTAGTGACATCACACTTTCAATATAAACACAAAAGATGCTGCACATTTTCTAAGGCTAAATGAAAACATGGAGTATA
Unaligned ( gi|33 ): AATTGGGCATATGTTTTCTTAAGAACGAATT

lowQualScore                  :                                      333333333333                                                                                                                              222222222222222                                                                                    11111                      333333333333333        2222222222                                      222222222               1111111111111111111111               1111                                                               1111111                  1111111                                                  111         11111    22222222222         111         11       11111111                                                     111             66666666666666666666666666666                           11111                        111                    111              111111111  11111111                 
lowQualScore                  :                          33    2  2  333333333333 333 1   2       7777   1    444   2 22     22 1 1 22    1 3333 1  444444 3   1   1          1   1   22 44   44   44444 44444 999999999999999 2222  22  666    1 22  1    1  1 1 22 22 6666 22    222     1  1    3 44444 1    1 44444  22    1   3333  1 2 111111111111111 22     4444444444      77  4444   333 2 22        333  111111111       44      4444444444444444444444      3  3  55 2222       3 3   3              4       4                66        4444444 66   777   8     5555555  66   4      4        777         55      4   4  666  3 4    11111    22222222222 3   4   000 66 4    44   4   66666666  777            4   55    4 4       4     66  4     111             77777777777777777777777777777   55  55    7   4    4 4  00000  4   8           3 99  777 4      777    4    111       66     777777777  66666666         5       
lowQualScore                  :                          ..    .  .  ............ ... .   .       ....   .    ...   . ..     .. . . ..    . .... .  ...... .   .   .          .   .   .. ..   ..   ..... ..... ............... ....  ..  ...    . ..  .    .  . . .. .. .... ..    ...     .  .    . ..... .    . .....  ..    .   ....  . . ............... ..     ..........      ..  ....   ... . ..        ...  .........       ..      ......................      .  .  .. ....       . .   .              .       .                ..        ....... ..   ...   .     .......  ..   .      .        ...         ..      .   .  ...  . .    .....    ........... .   .   ... .. .    ..   .   ........  ...            .   ..    . .       .     ..  .     ...             .............................   ..  ..    .   .    . .  .....  .   .           . ..  ... .      ...    .    ...       ..     .........  ........         .       
lowQualScore                  :                          99    7  5  555555555555 333 9   0       5555   7    111   0 44     44 7 7 44    7 5555 7  888888 3   7   7          9   7   44 11   11   55555 55555 999999999999999 2222  55  999    8 55  7    6  7 6 22 22 2222 33    999     7  7    5 33333 7    7 55555  55    8   9999  9 1 333333333333333 99     1111111111      11  5555   777 1 99        999  111111111       55      6666666666666666666666      6  0  55 5555       6 6   6              4       4                11        4444444 11   888   9     4444444  11   4      4        888         33      4   4  333  9 4    11111    99999999999 7   4   777 11 4    77   4   11111111  888            4   22    0 0       0     11  4     777             22222222222222222222222222222   55  55    7   0    0 0  00000  0   0           0 55  222 0      888    4    666       11     888888888  11111111         0       
consensus                     :                GCTCGAAATA--AACG-AT-GG---C--C-G-A-T---G-GTCCGGGGCCA----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TG------T-AAA-GAG-CATGCGTCCTCGGG-GCT--A--GTT--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-TT--AT--CAAAA-T--TC-CTCA-ACGA-T--C--G----G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GTGT-G----CGC--GTCC-AGA----AT-T-T---T--CG-------C--ATGCA--------C-TTCCAC--TT----TTG---T-T--AAGTTGTA---CTA----ACG-AAGTAACG-CAATAT--------AGA-TA-----AC-GAATGT-TTCTA--A----GAGCGAG-T-TAC-TTTAAGTAGAGTAT-ACAATCG-GAATTCCTCGAATGAT--TCCACTAC-------A--CAA---GGT-ACAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCG-CGTCTGACT-CTTC-----GGCG------T----CCAGA-TTC--AT--A-GAATGAAAT-GTC--------TA---CTTTGCGACATT-CTC-AAAAT-C-AGAGACG-TTAAG--CA-ATATAC--TTCAATAAATCAA---TC-G-----AT-ATCC-----C----ATT--AC--ATTTNCAC-AAAT-G-AT-----AG-GTA-AGAATGACTCCGA--AT-T-T-TTCAAG---GACT-AAGCG--AAAAACA--TGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAATG
Reference ( family-2281 )     :                GCTCGAAATA--AACG-AT-GG---C--C-G-A-T---G-GTCCGGGGCCA----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TG------T-AAA-GAG-CATGCGTCCTCGGG-GCT--A--GTT--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-TT--AT--CAAAA-T--TC-CTCA-ACGA-T--C--G----G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GTGT-G----CGC--GTCC-AGA----AT-T-T---T--CG-------C--ATGCA--------C-TTCCAC--TT----TTG---T-T--AAGTTGTA---CTA----ACG-AAGTAACG-CAATAT--------AGA-TA-----AC-GAATGT-TTCTA--A----GAGCGAG-T-TAC-TTTAAGTAGAGTAT-ACAATCG-GAATTCCTCGAATGAT--TCCACTAC-------A--CAA---GGT-ACAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCG-CGTCTGACT-CTTC-----GGCG------T----CCAGA-TTC--AT--A-GAATGAAAT-GTC--------TA---CTTTGCGACATT-CTC-AAAAT-C-AGAGACG-TTAAG--CA-ATATAC--TTCAATAAATCAA---TC-G-----AT-ATCC-----C----ATT--AC--ATTTNCAC-AAAT-G-AT-----AG-GTA-AGAATGACTCCGA--AT-T-T-TTCAAG---GACT-AAGCG--AAAAACA--TGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAATG
gi|1                          :                GCTCGAAATA--AACGTAT-TG---CTCC-G-A-TTTCGTGTC-GGGGC-A----GTA-CATT-T-TGGTC--TTGGG--C-T-AATGTGA-T----T--A------T-AAATGAG-CTCGCGGTCTCTGG-GCT--ATAGTCC-AAC-----T-----TCTTA--T---C----TTAG-TG--ATTTCAAACCT--TC-CTCA-ATAA-TATC--G----GTTGCTA---CGAAA-C---TAG-AGAACCTAGTG--G----TGC--GCCG-AAA----AT-T-TA--T--CG-------C---TGCA--------C-TTCC-C--CT----TTG---T-T--AAGTTGTA----------ACACAAGTAACGGCAATAT--------AGAATA-----AC-GAATGT-TT-TA--AT---GAGTGAA-TATAC-TTTAAGTAGAGTATTACAATTC-GAATTCCTCGAATGATAGTTCACTAT-------ATGCAA---GATCAGAAA------TCATAAAGTGAGTAGATTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAACTACG-CGC---ACTACTTC-----AGCGCGGTGGT----CCAGAATTC--AT--A-GA-T--AATAGTC--------TA---CTTTGCGACATTTCTC-AGAAT-CTAGAGACG-TTA-GTTCACATATAA--TTCAATAAATCAAC--TC-A-----ATCATCCTTGA-C----ATTTCACTAATTTACAC-AAAT-G-AT-----AG-GCA-AGAATGGATTCAAT-AT-T-T-TTTAAG---GACTTAAGCT--AAAAACACATAGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAAT
gi|10                         :                                              agg-T---G-GTCTGGGACAATTAAGTA-AATT-A-TGAAC--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----TGTGCTTTTTT-AAA-GAC-CATGTGTCCTTGGG-AAT--AA-GTT--GAT-----T-----TGA-A--TA--C----TC-A-AG--AG--TATAA-T---C-CGCA-ATGA-T--C--ATATAG--ACTA---GTAA---A-CTAC-A-----C-GTGT-G----TGC--ATCC-ACGTTTTGT-T-T---T--TC-------CTAATGTAAAGTAATGC-TTTGAT--TTCATATTT---T-T--AAGTTTTA---CTATTTTA-A-AAGTAACA-AGATGT--------AAA-TAAATTCAT-GAAAGT-TTCTATTA----GTATGAG-T-TGT-TTTAAGTt
gi|11                         :                GCTCGAAATA--ATTG-AT-GG---C-------------------------------A-AATT-A-TAGAT--TTGAG--C-T-T--GTGC-TAAAGT-TG------T-CAA-AAG-CATGTGCCTTAAGG-GCT--A--GTG--AATATGAAT-----T---A--A---------T-GCTT--AT--CAAAA-T--TC-CTCG-ACGA-C--T--G----G--GCTA---GTAAA-T---TAG-A-----A-GTGT-G----CT----TCC-ATG----TT-T-T---TATCA-------G--ATGCA--------AATTTCACG-TT----TTG--------AAAATGTA---C-A----ATG-AA----TG--AATTC--------AG------------GACTGT-TTCTA--AACATGATCGAG-T-TAT-GTGAAGTA
gi|12                         :            caggGCTCGAAATA--AATG-AT-GA---C--CCG-A-T---G-GTCCGGGGCCT----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TC------T-AAA-GAG-CATGCATCCTTGGG-GCT--A--GTA--AAT-----A-----T---A--A---C----TA-G-TT--AT--CAAAA-T--CC-CTCA-ATGA-T--C--G----G--GCTA---GTACA-TT-TCAG-A-----T-GTGT-G----CGC--GTCC-AGA----AT-T-TTA-T--CGT------T--AT-CA--------C-TTCCACT-TT----TTG---T-T--AAGTTGTA---CT-----ACG-AAGTAACA-Ctc
gi|13                         :                                 gT-GA---C--CTG-C-T---G-GTCTGGGGCCA----ATA-AAAT-C-TGGAT--TAGGG--C-T-G--GTGA-T----T-TG------T-AAA-AAG-TATGTACCCTTGGG-GCT--A--GTT--AAT-----T-----TAA-A--TA--C----TT-A-TT--AT-----AA-T--TC-CTCA-ACCA-T--C--A----G--GCTA---GTAAA--A-TTAG-A-----T-GTAT-GAGTTTGT--GTTC-AGG----TT-T-TTTGT--CA-------C--ATGCAAAG-----A-TTTCAC--TT----TTG---T-T--AAG-TGTA---CT-----ATG-ATGTAATA-CAAT
gi|14                         :                                           agggct-T---G-GTCTGGGGCCA----ATA-AATT-C-TGGAT--TAGGG--C-T-G--GTGA-T----T-TG------T-AAA-AAG-TATGTACCCTTGGG-GCT--A--ATT--AAT-----T-----T---AAATA--C----TT-A-TT--AT-----AA-T--TC-CTCA-ACCA-T--C--A----G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GTAT-GAGTTTGT--GTTC-AGG----TT-T-TTG-T--CA-------C--ATGCAAAG-----A-TTTCAC--TT----TTG---T-T--AAGTTGTA---CT-----ATG-ATGTAATA-CAAT
gi|15                         :                                                   ---G-GTCTGGGGCCA----ATA-AATT----GGAT--TAGGG--C-T-G--GT-A-T----T-TG------T-AAA-AAG-TATGTACCCTTGGG-GCT--A--GTT--AAT-----T-----TAA-A--TA--C----TT-A-TT--AT-----AA-T--TC-CTCA-ACCA-T--C--A----G--GCTA---GT-AA-TATTTAG-A-----T-GTAT-GAGTTTGT--GTTC-AGG----TT-T-TTTGT--CA-------C--ATGCAAAG-----A-TTTCAC--TT----TTG---T-T--AAG-TGTA---CT-----ATG-ATGTAATA-CAATg
gi|16                         :                                                 -T---G-GTCTGGGGCCA----ATA-AATT-C-TGGAT--TAGGG--C-T-G--GTGA-T----T-TG------T-AAA-AAG-TATGTACCCTT-GG-GCT--A--GTT--AAT-----T-----TAA-A--TA--C----TT-A-TT--AT----ATA-TTATC-CTCA-ACCA-T--C--GGTA-G--GTCATATGTAAA-TA-TGAG-A-----T-TTGT-A-----------TC-AGG----AT-T-T---T--TGTGTCATTC--ATGCAAAG-----A-TTTCAC--TT----TTG---T-T--AAGTT-TA---CTA----
gi|17                         :                                                                          -AATC-G-TGGGT--TTTGT--C-T-A--GTTA-T----T-TG------T-ATA-TAA-CAAGCATCTTGGAT-ATT--A--GTT--GAT-----T-----T---A--A---C----TA-G-TT------------T--TC-CTCA-ATAA-T--C--A----G--GCTA---ATAAA-TA-ATGC-A-----T-GTAT------TGT--TTCC-AAA----AT-TGTA--T--CG-------C--ATAT---------C-TGCCAA--TA----TTG---A-T--Atgatgt
gi|18                         :                      taaagattaacaagcacaagttcat-A-T---G-GTCTGGGGCCA----GGA-AATG-T--GGAT--TTAGG--G-C-A--GCGC-T----T-TG------T-AAA-GAG-TATATGTCATTGGGTTTT--A--GTT--AAC-----T-----TG--A--A---C----AC-G-TC---T--CAAAA-T--GT-CTTA-ACGT-T--T--G----A--GCTA---ATGCA-TG-TACG-G-----T-ATTT-G----TGG--ATCC-AG----------T---T--TG-------T--AT--A--------T-TTTCAC--TT----TCG---C-T--CAGTTATATTCCTA----ATG-gatatgattaaaatgaacaa
gi|19                         :                                                          aataattaA----GTA-AAAT-TATGGAT--TTGTG--C-T-A--GTGC-T----C-TC------T-GAA-GAC-TATGTGCCTTCGAG-GCC--A--ATT--AAT-----TTCGAAT---A--C---C----------T--AT--CAAAA-T--TC-TTCA-ATAA-T--T--G----A--GCTA---GTAA---A-TTAG-G-----C-ATGT-G----TGT--ATCC-A-A----GT-T-T---T--AT-------C--CT-CG--------T-TTTCAC--TT----TTG---T-T--CAGTTGTA---CT-----ATG-AAGTAA
gi|2                          :                GCTCGAAATATAAGCG-TT-GG---C--CCG-A-T---G-GTC-GGGGCCAA---GTAGAATT-T-TGGGT--TTGG---C-T-A--GTGA-T----T-TG------A-AAA-GAG-CATGCGTTCTC-GG-GCT--A--GTA--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-ATGAAT--CAAAA-T--TCTTTTATATAAGT--CAGG----G--GCTA---GTA----A-TTTG-A-----T-GTGTGG----CGCCGGTCCGAGA----AT-T-TTA-T--CG-------C--ATGCA--------C-TT-CACTGTT----TTGGGTT-T--AAGTTTGA---CT-----ACA-AAGT-ACA-CAATAT--------AGA-TA-----ACTGAATGTCTTTTA--A----GAGTGAGTT-TACTTTTAAGTAGAGTAT-ACAATCGCGAATTCCTCGAATGAT--TCCACTAT-------A--CAA---GGTAACAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTTGAAGAAC-GCGCCATCTGA---CTTC-----AGCG------CGGCGCCAGA-TTC---T--A-GAATT-AAT-GTC--------TA---CTTTGCGACATT-CTCAAAAAT-C-AGAGACG-TTAAG--C--ATAGACTATTCAATAAATCAA---TCAA-----AT-ATCCCGGA-C----ATT--AC--ATTGACACGAAAT-GAAT-----AGTGTA-AGAATGGTTCAAA--TT-T-T-TTCAAG---GACT-AAGCA--AAAAACA--TAGAC---------AA--------GAATCGTAAGGCTAtac
gi|20                         :             aggGCTCATAATA--AA-------G---C------A-T---G-GTCCAGGGCCA----ATA-AATT-A-TGGAT--T--GG--C-TTA--GTGAAT----T-TG------TTAAA-TAT-TATATGTCCTTTGG-GCT--A--GTTTAGAT-----T-----A---A--A---CAAGTTT-A-AT--AT--CAAAA-A--TC-CTCA-ACAA-T--C--A----G--GCTA---GTAAA-TA-TTAGAA-----T-GCGT-T----AGC--ATCC-AGA----AT-
gi|21                         :                GCTC-AAATA--AGC-----------------A-T---G-GTCCAGGGCCA----ATA-AATT-A-TGGAT--T--GG--C-T-A--GTGA-A----T-TG------TTAAA-TAT-TATATGTCCTTTGG-GCT--A--GTT--AGA-----T-----T---A--A---CAAGTTT-A-AT--AT--CAAAA-A--TC-CTCA-ACAA-T--C--A----G--GCTA---GT-AA-TA-TTAGAA-----T-GCGT-T----AGC--ATCC-AGA----Ag
gi|22                         :                             gaG-AT-GG---C--C-CCA-T---G-GTCTGAGACAA----GTC-AGTG-T-TAAAT--TTGG---C-T-A--GTGC-T----T-CA------C-AAA-AAG-CATGCACCCTTGAG-GCT--A--GTT--AAT-----T-----T---G--A---A----TA-C-TT--AT--CAAAC-T--CC-CTCA-AAGA-T--C--A----G--ACTA---GTAAATTA-TT
gi|23                         : ggactcaaagtgcttGCCCGATATA--ATTA-AT-TG---TA-T-A-A-C---G-GTCCGGGGCCA----GTA-AGTTAT-TGATT--TTAGG----T-A--GTTC-T----T-TG------T-AAA-TAA-CATTTGTCCTTGGG-ACT--A--ATT--AA------T-----T---A--A---A----TA-G-TT--AA--CGAAA-T--TC-CTCA-ACGA-T--C--G----c
gi|24                         :                                                                                                    caagTGA-T----T-TG------T-AAA-GAG-CATGTGTCCTTGGG-GCT--A--GTT--AAT-----T-----T---AACTACAC----TC-G-GT--GT-----AA-T--TC-CTCA-ACGA-T--C--G----T--ATGA---GTGAC-TA-TTAG-A-----T-GTGT-G----aac
gi|25                         :                                                                                                                                                                                           ttgcaggacatgaaataattgaatgatgctttA-GCAA-T--T--G----G--GCTC---GTAAT-TA-TTAG-A-----T-GTGT-G----TGC--GTCC-AGA----ATAT-TA--T--CA-------C--ATGTA--------C-TTCCAC--TT----CTG---TATAAAAGTTGTA---CT-----ATA-AAGTAACA-AAAAGT--------AGA-TA-----AC-AAATGT-Tg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T--AC--ACTTTCAC-AAAT-G-ATTTGAAAA-GTGCAGAA-GACGCCAACTAT-T-T-TCTAAG---G-TT-ACGCG--AAAAACA--TGAAT---------AATGATTAGGGAATCGTAA-
gi|28                         :                      AATA--AATG-ATTGGTTTC--T-----T---G-GTCCGGGGCCCT---GTA-A--T-T-TGGGTGTTTGGGGGCAT-A--GTGA-T----T-TG------T-AT--GAG-CATGCGTCATTGGG-ACTGGA--GTT--attgcaatg
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -C-AGAGACG-TTAAC--CA-ATATAC--TACAATAAATTAA---------------ATC------------------------------AATCG-AT-----AG-GTA-AGAATGACTCCGA--ATAA-T-TTCAt
gi|3                          :                GCTCGAAATA--AACG-AT-GG---C--C-A-A-T---G-GTCC-GGGCCA----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TG------T-AAA-GAGACATGCGTCCTCGGG-GCT--A--GTA--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-TG--AT--CAAAA-T--CC-CTCA-ATGA-T--C--G----G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----A-GTGT-G----CGC--GTCC-AGA----AT-T-T---T--CG-------C--ATGCA--------A-TTCCAT--TT----TTG---T-T--AAGTTGTA---CTA----ACA-AAGTAACG-CAATAT--------AGG-AA-----AC-GAATGT-TTTTA--A----GAGTGAG-T-TAC-TTTAAGTAGAGTAT-ACAATCG-GAATTCCTCGAATGAT--TCCAATAC-------A--CAA---GGT-ACAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAAAAC-GCG-CGTCTGACT-CTTC-----GGCG------T----CTAGA-TTC--AT--A-GAATAAAAT-GTC--------TA---CTTTGCGACATT-CTC--AAAT-C---AGACG-TTAAG--CA-ATATAC--TTCAATAAATCAA---TT-A-----AT-ATCC-----C----ATG--AC--ATTTACAC-AAAT-G-AT-----AG-GTA-AGAATTACTTCAA--AT-T-TATTCAAG---GACT-AAGC---AAAAACA--TGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAATG
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                          CA-ACAA-T--C--A----G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GTGT-T----AGC--ATCC-AGA----AT-a
gi|31                         :    gtgannnnnnnnnnTCGAA-TA--AACG--T---------------T---G-GTCCGGGG--A----GTA-A-TT-T-TGG-T--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TG------T-AAg
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                       -CTCA-ACAA-T--C--A----G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GCGT-T----AGC--ATCC-AGA----
gi|4                          :                    GAAATA--AACG-AT-GG---C--C--------------CGAGGCCA----GTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TA------T-AA--GAG-CATGCGTC-TCGGG-GCT--A--GTA--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-TG--AT--CAAAA-T--TC--TCA-ATAA-T--C--G----G--GCTA---GTGAA-TA-TTAG-A-----T-GTGT-G----CGC--GTCT-AGA----AT-T-TA--T--CG-------C--ATGCA--------C-TTCCAC--TT----TTG---T-T--AAGTTGTA---T------ACA-AAGTAAAG-CAATAT--------AGA-TA------C-GAATGT-TTTTA--A----GAGTGA--T-TAC-TTTAAGTAGAGTAT-ATAATCG-GAATTC-TCGAATGAT--TCCACTAT-------A--CAA---GGT-ACATA-------CA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCG-CATC-GACT-CTTCAGCGCGGCG------T----CCAGA-TTC--AT--A-GAAT--AAT-GTC--------TA---CTTTGCGACATT-CTC-AAAAT-C-AGAGACGATTAAG--CA-ATAT-C--TTCAATAAATCA----TC-------AT-ATCC-----CTGACATT--AC--ATTT-CAC-AAAT-G-AT-----AG-GTATAGAATG-CTTCAA--AT-T-T-TTCAAG---GACT-AAGCA--AAAAACA--TAGAT---------AA--------GAATCATAA-GCTA
gi|5                          :                 aTCGAAATA--AACG-AT-GG-------------------TCCGGG-CCA----CTA-AATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--G--------------------------AG-CATGCGTCCTCGGG-GCT--A--GTA--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-TG--AT--CAAAA-T--TT-CTCA-ATGA-T--C--G----G--G-------------A-TTAG-A-----T-GTGT-G----CGC--GTCC-AGA----AT-T-T---TACCG-------C--ATGCA--------C-TTCCAC--TT----TTG---T-T--AAGTTGTA---CTA-----CA-AAGTAACG-CAATATGCATATGTAGA-TA-----AC-GAATGT-TTTTA--A----GAGCGAG-T-TAC-TTTAAGTGGAGTAT-ACAATAG-GCATTCCTCGGATGAT--TCCACTAC-------A--CAA---GGT-ACAAGTCAATTTCA--AAG-GAGGAG-TTACAAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCA-CGTCTGACT-CTTC-----GTTA------T----CTAGA-TTC--AT--A-G---------------------A---CTTTGCAACACT-CTC-AAAAT-C-AGAGACA-TTAAG--CA-GTATAA--TACAATAAATCAA---TC-G-----AA-ATCCGATGAC----ATT--AT--GTTTTCAC-AAAT-G-AT-----AG-GTA-AGAATGACTCAGA--AT-GAT-TTCAAG---GACT-AAGCA--AAAAACA--TGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAAT
gi|6                          :                GCTCGAAATA--ATCA-AT-GG---C--C-C-AGT---G-GTCTGGGGCCA----GTA-AATT-T-TGAGT--TTGGG--C-C-A--GTGA-T----T-TG------T-AAA-GAG-CATGCATTCTTGGG-GCT--A--GTT--AAT-----T-----T---AACT---C----TA-T-TT--AT--CAAAA-T--TC-CTCA-GCAA-T--C--G----G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GTGT-A----CAT--GCCC-AGG----AT-T-TTTAT--TG-------C--AAACA--------C-TTCCAT--TT----TTG---C-T--AAGTTGTA---CT-----ACA-GAGTAACA-C-----------------------------ATGT-TTCTA--A----GAGCA-----TAT-CTTAAGCGCAGTAT-ACAATCG-GAATTCC----ATGG----------------------AA---GGT-GCAAC------CCA--CAT-GAAGTG-TTCCGAGT---TAATATAGCT-AAGAAC-ACC-CG------T-CTTT-----GGC---------------------------A-GCAAGAAAT-GTC--------TA---CTGTGTGATGCT-TTT-GAAAT-C-AAAGATG-TCAAG--CA-ATATG-----CAATCAATCAA---TC-G-----AA-ATCCGGTGAA----ATT--AC--ACGTTCAC-AAAT-G-AT-----AG-GTA-AGAAGGACTCTGA--ATAA-T-TTCAAG---GGTT-AAGCA--AAAAACA--TGGAT---------AA--------GAATCGTAA-GCTAAT
gi|7                          :              tgGCTCGAAATA--AACG-AT-GG---C--CCG-A-T---G-GTCCGGGGCCA----GTA-TATT-T-TGGGT--TTGGG--C-T-A--GTGA-T----T-TG------T-AAA-GAG-CATGCGTCCTCGGG-GCT--A--GTA--AAT-----T-----T---A--T---C----TT-G-TG--AT--AAAAA-T--TC-CTCA-ATAA-T--C--G----G--GCTA---GTAAA-TA-TTAG-A-----T-GTGT-G----CTC--GTCC-AGA----AT-T-T---TATCG-------C--ATGGA--------C-CTCCAC--TT----TTG---T-T--AAGTTGTA---CTA-----CA-AAGTAACG-CAATAT--------GGA-TA-----AC-GAATGT-TTTTA--A----GAGTGAG-T-TAC-TTTAAGTAGAGCAT-ACAATCG-GAATTAATCGAATGAT--TCCACTAC-------A--CAA---GGT-ACAAA------TCA--AAG-GAGGAG-TTCCGAAT---TAGTATGTTC-AAGAAC-GCG-CGTTTGACT-CTTC-----CGCG------T----CTAGA-TTC--AT--A-GAATAAAAT-GTCTACTTTCATA---CTTTGTGACATT-CTC-AATAT-C-AGAGACG-TCAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aggGCGAG-T-TAT-CTTATGTAGAG-AT-ATAATCA-GCATTTCTCAGATGAT--TCTTCTAC-------A--CAACAAGGT-GCGAA------CCA--CAG-GAAGAG-TTCCGAATAATTGGTATATT-----------------TGAGT-TTTC-----GACG------G----CAAGA-TTCCTATTAA-TAATGAAAT-GTC--------TAGTACTTTGCGACCCT-CTC-AAAAT-C-AGAAATG-TTAAG--CA-ATATACA-ATCAATTAATCAAAATTA-GGTGACAT-ATTCA----C----ATT--GC--ATTTTCCC-AAAT-G-AT-----AG-ATA-GGAATGACTCTGA--ATAA-T-GTCAAA---GGTT-AAATGACAAAAACA--TGGATATTATTTGAAA--------GAATTGTAA-GCTGATGtaaatca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-T-TA--T--CA-------C--TTGCA--------C-TTCAAA--TT----TTG---T-T--GATTTGTA---CTA-----CA-AAATAAC----ATGT--------AGA-T-------------GT-TTCTA--A----GAACAGG-C-TAT-CTTCAGTAAAATAA-ATGATTG-GCATTCCTTGAATGAT--TCCTCTACATTTTAAA--CAA---GGC-ATAAG------ACA--CAG-GAGGAG-TTCTTAGT---TAGTATATAT-AAAAAC-ACA-CG------T-CTTT-----GGCA------G----CAAGT-TTC---T--ATGAATGAACT-GTC--------TA---ATTTG-------------AAATCC-AGTGACA-T----------TACAC--TTTCACAGAT---------G-----A------------------------------CAC-GAA-----------AA-GTG-AAGATGACACT----AT-T-T-TCTGAGGTTGATG-AAGTG--AAAAGCA--TGAAT---------AG--------GTATAGTA