lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 222222222 1 11 22222222 11111 1111111 2222222222 1111 11 11111 111111 4444444444444444444 111111111111111111111111111111111111111111 2222 111 111 0000000000000000000000 333333333333333333333333 33333333333333333333333333 1111111111 11111111111 1 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 111 11 2
lowQualScore : 9 7 6 8 5555555 1 444444444 0 1 6 2 11 6 88888888 11111 0 888 7 3 4 3333333 3 5555555555 4 2 777 99 4 4 66 2 4444 11 5 2 1 22222 66 222222 4 0000000000000000000 1 111111111111111111111111111111111111111111 2222 7777 222 555 6 777 1 3 5 1 9999999999999999999999 777 44 3 7777 555 333333333333333333333333 3 44 3 44 44444444444444444444444444 33 33 6666666666 00000000000 3 2 3 3 444444 7777 3 3 3 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333 77 9 9 77 555 3 22 6666 1 6 3 88 0
lowQualScore : . . . . ....... . ......... . . . . .. . ........ ..... . ... . . . ....... . .......... . . ... .. . . .. . .... .. . . . ..... .. ...... . ................... . .......................................... .... .... ... ... . ... . . . . ...................... ... .. . .... ... ........................ . .. . .. .......................... .. .. .......... ........... . . . . ...... .... . . . . .................................................. .. . . .. ... . .. .... . . . .. .
lowQualScore : 0 3 7 0 2222222 7 777777777 8 7 7 2 00 7 99999999 66666 1 000 3 0 0 0000000 7 0000000000 0 6 888 33 4 4 11 1 8888 99 0 2 1 55555 11 888888 4 7777777777777777777 1 222222222222222222222222222222222222222222 1111 1111 444 888 9 111 6 3 5 2 3333333333333333333333 888 66 5 1111 000 000000000000000000000000 1 22 1 22 66666666666666666666666666 99 99 9999999999 44444444444 3 0 3 3 222222 1111 3 3 3 3 99999999999999999999999999999999999999999999999999 33 2 0 33 555 1 77 5555 8 0 1 55 8
consensus : ATATTTATTAAATTTAGAACGTCGA-ATCACCGG---CTCCCAGTAGAGA--CNGGCA-GGTGGNCAAAT-ATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG--TATA--CT--G--TAGT--TCAAACCAAATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----TT-AGAATGCAAANCAT---TATGC-G-C--TTTAAGAAAA--CAATTTTT--AC-ATCCCAGGT-----ACTG--TTCAAA------GCCA-AA-TATAA-TANNTTTTC---AGATTTAATGTCTA-A------TACTTCAAGT-GTT-------AAAAAAG--TTAGAAACC--T-GTG----CAT-G-TTT---ATAACAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAA-ACC-------AAGGCCTAAT-TACACC--TTTTTT----GCTGTC--T-NT-T-C-T--GAAAATG-AC---T-A--TGT-ATA--TGT---N------T-----CTTTTGT-TTTA--T--ATATA-C--A---NATGTACATATGT---A-T-TNC-TTTT-TC------C----A-T-TGTA-A-TATA----------T------TA-T---------------------T-------T--G-ACCTCA--TGTAC--CA-ATT--AT----TGTTGGTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
Reference ( gi|1 ) : ATATTTATCAAATTTAGACCATCGA-ATCACCGG---TTCCCAGTAGAGA--AAGGCG-GGTGGGCAAAT-ATCCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG--AACA--CT--G--TAGT--TCAAACCAAATTGTAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----TT-AGAATGCAAATCAT---TATAC-G-C--TTTAAGAACA--CAATTTTT--AC-ATCCCAGGT-----ACTG--TTCAAA------GCCA-AA-TGTAGTTACTTTTTC---AGATTTAATGTCTACATG----TACTTCAAGT-GTT---TTAAAAAAAAACCTTAGAAACC--A-GTG----CAT-A-TTT---ATAGCAAAACTTTATGATCTAGTC-TGTCCTCTATAA-ACCAGACATGAAGGTCTAATCTACATC--TTTTCT----GCTGTC--T-AT-T---T--GAAAGTG-AT---T-A--TGT-ATA--TGT---A------T-----CTTTTGT-TTTA--T--ATATA-C--A---CATGTACATATCT---A-T-TAC-TTTT-TC------C----A-T-TGTA-A-TATA----------T------TA-T---------------------T-------T--G-ACTTCA--TGTAC--AA-ATT--AT----TGATGGCGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|2 : ATTTTTATGAAATTTCGACCGCCAA-ATCATCGT---CTCTTAGTAGAGA--TTGGGA-GATGGTACAAT-ATCCCTT--TACGGGAAAGAC-TTTGTAAATT--AT--G--TATC--TTAGAACAGATTGCTG-ACAAATT-------TCCTTAT-AT-C-----CT-TGAATGTAAACAAC---TA-AC-A-A----TAAGAACAATCAGTCTCTTGGT-ACCCCACGTCAAACACTA--TGGAAACACCATACCA-AACTTTA--TATTTTTTCTGAAGATT
gi|21 : aatatgtatatatgtgtggattttctaacatttggtgtgaacaaaatattgtaaatgtaaaatggatttcagctgttgtgatacaaaggttacaagacaaatgtatttaaaagtggttaagtgatattggcggtaaatctaaaggccaaatttacaaatcatttaagaccagcatttgttatgaaaaatacataaacatattgccacataaacttagaaagATATTTATTAA-TTTAGAACATCGA-ATCACGGG---CCCCCAGTAGAGA--CAGAAA-GGTAAGCAAATGATC
gi|10 : gatgcaattgttaaacgtttaagtaatcaatttatgcaaaaatggttaagtgaaattgataattcatcaataggacaaaacttaactatagaatttataaggtgaaaaatatcttgcaaaattatttaaactaagacaaTATCTATTAAATCTAGAACATCGA-ATTACC----------AGTAGAGA--CAGACA-GGTGGGCAAAT-AGTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG--TACA--CT--G--TAGT--TCAAACCAAATTGCAG-TCGAATT-------TCATTTT-CT-T-----TT-AGA----AAATCAT---TTTGC-G-C--TTTAAGAAAA--CAATTTTT--AT-ATCCCAGTT-----ACTG--TTCAAG------GCCA-AA-TATAATTAAGTTTTC---AGAATTAATGTC----------TACTTCAAAT-GTT---TTAAAAGG----CTTAGAAACC--T-GTG----CA------------AG------TTTATAA-CTAGTC-TGT------------CAGACATGAAGGCCTCATCTGCGCC--TATTTT----GCTGTCTTT-AC-C---T--AAAAATA-AT---T-AATTGTCATA--CAT---A----------------------TA--T--ATATA-T--A---TATATAt
gi|4 : CGACATCACCGAACACTTCCAGT-GAGGCGACAGCGAGGTGG-CAA-T-ATTCCTTAATAAATCAAAGAT-TTTG--T-CA--CT--CCTTAAT--TCCAACCAA-TTGCAG--CGAATT-------TCATT----------------GAATGCAAATCAT---TATGC-G-C--TTTAAGAATA--CAATTTTT--AC-ATCCTAGAT-----ACTG--TTCAAA------ACCA-AA-TATAG
gi|3 : aatcctctcttcatgatatggcatgaacaggattctttagacaaaaatatggtccttgctataattgttaaacaacgtttaagtggtcaatttatccaagaatggtcaagtgacaatgaaaattcatcaaaaggtcaaaactatagaatttataagtcccaatttggtcgtgaaaaatatcttgcaaaattactaatgaatacgaaacatta-ATCACCGG---CTTCCAGTAGAGA--CAGGCA-GGTGGCCAAAT-ATTCCTT--TAAATCAACGAC-TTTG--TATA--CTCTG--TGGT---CAAACCTTATTGCAG-ACGAATT-------TCAATTT-AT-------TT-AGAATGCAAATCTT---TATGC-G-C--TGTAAGAAAA--CAATTTTT--AC-ATCCTAGGT-----ACTG--TT-AAA------GTCA-AA-TATTATAAGTTTTCC---AA--TTAATGTC----------TACTTCAAGT-GTG---TTAAAAAA-----CTAGAAACC--T-GTG----CAT-GTTTT---ATAACCAAATTTTATGATCTAGTC-TTTCCTCCAT-A-ACC-------AAGG----------ACC--TTTTTT----GCTGT---T-AT-TACCT--AAAAAT--AT---G-A--TGT-ATA--T--------------------------------------------A---AATGTACA-ATGT---A-T-TCA-TTTT-TC------C----A-T-TGTA-A-TATG-----------------TA-T---------------------A-------T--G-ACCTAC--TATAC--CA-ATT--ATATTATTATTATGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTG
gi|6 : CCAGTGGAGA--CTGGTC-GGTGGTTCAGT-ATACCAT--ACAATGAAATAT-TGTG--TGTA--TT--A--T-GTAATGATAACAA----TAG-ATGAATTATTCATATCATTTT-TT-T-----TTTAGAATGCAGTGCTT---TGTCT-A-C--TATAAGAAAA--AAATATCT--TC-AGAAAAAAT-----GTTG--TACAAG------ACCA-AA-T------ACTGTG-----AAATTTAATG---AAAT-----TATGTCGACTAGTT--------AAGAAACT-------------GTG----TAT-A-TTT---ATTTCAAAAATATATGAAAAGGTC-TGTTCTCTTTAATAC--------AA-----AAT-TA---C--TTTTCT----ATTGTA--C-AT-T---T--T-ACGTATAT---TCA--TGT-ATA--TATTTAA------TTGCAACTCTTAT-TTTG--T--ACATG-T--ACCTCATGTAC
gi|5 : TCAAAGATGTTTG--TAAAGTCT--G--TAGT--TCAAACCAAATCACAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-T-----TT-AGAATGCAAAACAT---TATGC-G-C--TTTAAGAA-----AATTTTT--AC-ATCCCCGGT-----ACTT--TTCAAA------GCAATAA-T-TAAATACGTTT-C---AAACTTAATGTTTAT----------TTCAAGT-AT---------GAATAAT-TGAGAAACC--T-GTG----CAG-G-TTT---ATAACAAAACCATATGATCGAGTA-TGTCCTCCATAA-GCCAGGCATGAAGACCTAATTTACACC--TTTCCT----GTTGTC--T--------------------T---T-A--TGT-ATACATGT---ACGTTCCT-----TTTTTGT-TTTA--T--ATA----------CATGTGCATACGT---A-T-TAC-TTTT-TC------C----A-T-TGTA-A-TATA----------T------TA-A---------------------T-------T--G-ACCTCA--TGTAC--CA-ATT--AT----TGATGTTTTG-AGTGAATAAA--caacttaattgtggtttaagagaatagattgaattgaattga
gi|18 : --CT--G--TATT--CCAAACCAA-TTGCAGCACGAAT----------ATTTTCAT-CAT---TC-AGAATGCAAATCATATATATGC-G-CCTTTCAAGAAAA--C--TTTTTA-ACAATCTTAGAT-----ACTGACTTCAAA------GCCA-AA-TATAA--------TC---AAATTTCA----TAAACGATTCTTCTTCAGTC-GTT----------AAAAGTTTAATA--C--A-ATGGGATCATCG-TTT---ACAACCA---TATAT-ATCTAGTCTTGTCCTCCAT-A-ACCAGagaggc
gi|26 : AAATTGTAG-ATGAATT-------CCATTAT-ATACATGTATT-AGAATGCAggccgta
gi|39 : aatatttcacataaagaaagattttgtgtcttgtgtaatgaataaaATTGCTG-ATGAATT-------TCATTAT-AT-C-----CT-TGAATGTAAACAAT---TA-ACAA-A--TTTAAGAgtgcctttgtcaaatataagaaagcaggtacatgtactacacaagacccagtgccgttagatttcatgaaattatgtcaaccagttaggttaaa
gi|9 : taggacctGCAG-ATTAATA-------TCATTTT--T-A-----TT-AGAATGCAGTGCTT---TGT-C-GAC--TACAAGAAAA--GAATTCCT--TC-AGCAAAAAT-----ATTG--TTCCAG------AACA-AA-------TAC--TGTG---AAATTTAATG---AAAT-----TATGTCAACTAGTTATATTA----------TAAGAAACT----GTG----TAT-C-TTT---ATTTCAAAAATATATGAAAAAGTA-TGTTCTCCTTAATAC--------AA-----AAT-TA---C--TTTTCT----ATTGTA--C-AT-T---T--TA---TGTATATCC-A--TGT-ATA--TAT---T------T-----AATTAGT-CTTATCT--ACATA-CCTA---CATATACTCTTCTGACG-T-TAC-TTGT-AC------TAAAAA-A-TGCA-A-C-TC----------T------TA-T---------------------T-------TTAGTACCTCA--TGTAC--CA-ACTCAAT----TG-TGGTTTG-AGTGAATAAA--
gi|12 : a--TTCAAA------GCCA-AA-TATAATTAAATTTCC---AGATTTGATGTCT---------T-CTTCAAGT-GTT-------AAAAAAG--TTAGAAACC--T-GTG----CAT-G-TTT---ATAACAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAA-CCC--------AGGCCTAATATACACC--CTTTTTTGTGGTTGTC--T-TT-TCC-T--GAATATG-AC---T-A--TGT-ATA--TGT---C------T-----CTTTTG--TTTA--T---TATA-C--A---AAAGTACATATGT---A-T-TTC--TTT-TC------C----A-T-TGTA-A-TATA------------------A-----------------------G-------T--A-ACATCA--GGTAC--CA-ATT--AT----TATTGGTGTG-AGT-AATAAA--G-AACTTGAtttaattgaatt
gi|14 : TTTC---AGAATTGATGTCT---------T-CTTCAAGT-GTT-------AAAAAAG--TTAGAAACC--T-GTG----CAT-G-TTT---ATAACAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAA-CCC--------AGGCCTAATATATACC--TTTTTT----GCTGTC--T-TT-TCC-T--GAAAATG-AC---T-A--TGT-A------T---G------T-----CTCTTGT-TTTA--T--TTATA-C--A---AATG--------T---A-T-TTC-TTTT-TC------C----A-T-TGTA-A-TATA----------T------TA-TG--------------------TACATGTAT--G-ACCTCG--TGTAC--CA-ATT--AT----TATTGGTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|16 : CTTCAAGT-GTT-------AAAAAAG--TTAGAAACC--T-GTG----CAT-G-TTT---ATAACAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAA-CCC--------AGGCCTAATATACACCTTTTTTTT----GCTGTC--T-TT-TCC-T--GAAAATG-AC---T-C--TGT-ATA--TG-----------T-----CTCTTG--TTTA--T--ATATA-C--A---AATGTACATTTGT---A-T-TTC-TTTT-TC------C----A-T-TGTA-A-TATA----------T------TA-TACACG----------------TA------T--G-ACCTCA--TGTAC--CA-ATT--AT----TATTGGTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTa
gi|15 : AGT-GTT-------AAAAAAG--TTAGAAACCTCATGTG----CAT-G-TTT---ATAACAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCA-AA-ACC---CA----GGCCTAATATACATC--TTTTTT----GCTGTC--T-TT-T---TCTGAAAATG-AC---T-A--CAT-GTA--TGT---C------T-----CTTTTGT-TTTA--T--ATATA-C--A---AATGTACATATGT---A-T-TTC-TTTT-TC------C----A-T-TGTA-A-TATA----------T------TA-TACA------------------TGTA----T--G-ACCTCA--TGTAA--CA-ATT--AT----TATTGGTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|19 : AAGAAAA---TAACAACT--A-G-------AT-A-TTTTTTATAACAAAAATATGTGATCTATTC-TGTCCTCCATAC-CCC--------------------CATT--TTTT-T----GCTGTC--T-TT-TCC-T--GAAAATG-AC---T-A--TGT-ATA--TGT---C------T-----CTTTTGT-TTTA--T--ATA---C--A---AATGTACTTATGT---A-T-TTC-GTTT-TC------C----A-T-TGTA-A-TATA----------T------TA-TATATG----------------TA------T--G-ACCTCA--TGTAC--CA-ATT--AT----TATTGGTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|7 : atAAAAAACTTAAGAAACT----GTG----TAT-C-TTT---ATTTCAAAAATATATGAAAAAGTC-TGTTTTCCGTAATAC--------AA-----AAT-TAC-----TTTTCT----ACTGTA--C-AT-T---T--TACA---------T-A--TAT-ATA--TAT---A------T-----ATTGTATATTCA--TGCATATATT--A---TATTTGCATACCT---A-CATACACTCT-TCTGACGTC----ATT-TGTA-ATTATAAACGTAACTCT------TATT---------------------T-------T--GTACCCCA--TGTAC--CA-ATTTAAT----TG-TGGTTTG-ATTGAATAAA--a
gi|27 : cgaatcactctttcgaatttatttttaaaaatgaatggttttacaagtaaaatatatttcgataaatgtgatattgagaaacaatgtttaatggaaactgcgaaatttaataaaattatgtcgactagttatattAGGCCTAGCCTACACC--TTTTTT----GCTCTC--TTGTCT---T--GAAAATG-AC---T-A--TGT-ATA--T--------------------------TTTA--T--ATATA-C--A---AATGTAC-----------T-T-C-TTTT-TC------C----A-T-TGTA-A-TATA----------T------TA-TACATGTAATATATTATACATGTA------T--G-ATCTCA--TGTAC--CA-ATT--AT----TATTGGTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAttgaatagaattgaa
gi|30 : ---T-A--TGT-ACA--TGT---A------C-----ATTTTAT-GT-A--T--ATAT---------CATGTATATATTT---AAT-TAG-TTTTATCTG----C----A-TACCTACA-TATA----------G------TC-T---------------------TC------T--G-ACGTTACTTGTACTAAA-ATA--AT----TG-TGGTTTG-AGTGAATAAATTGAA--TTGA
gi|17 : tgttctccttaatacaaaattactttccTTA--C--ATATATC--A----ATG-A-ATAGTT-----T-T-C-TTTT-TC------C----A-T-TGTA-A-TATA----------TATACCATG-T---------------------A-------T--G-AC-TCAC-TGTAC--AATATT--AT----TG-TTGTGTGAAGTG-ATAAA--GAAACTTGAatttaa
gi|37 : gatgtcttcttcaagtgttaaaaaaagttagaaacctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----------T------TA-T---------------------T-------TT-GTACTTAA--TGTAC--CA-ACTTAAT----TG-TGGTTTG-AGTGAATAAATTGAA--TTGA
18 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ATTTATTTTTAAAAATGAATGGTTTTTAACAAGTAATATATTTCGATAAATGTGATATTGAGTAACAATGTTTTAATGGAAACTTGCGAATTTAATGAAAATTATGTCGACTAGTTATGATTAAAAACTTTAAGAACTGTGTAAAATCTTTATATTCAAAAATATATGAAAAATCTGTTTCCGTAATACAAAATTACTTTTCTACTGTACATCTTTACATAATATATACTATATATTGTACATTCATGCATATTATTAATATTTGCATACCTACATACACTCTTCTGACGTCATTTGGTAATATAAACGTAACTTCTTATTTTGGTCCCCATGTACCAATTTAATTGTGGGTTTGATTGAATAACATTGAAATAGAATTGAA
Unaligned ( gi|11 ): TTTATCTATATATATATAAAAAATTAATACCTCTCAAAAAATATTGTACTAGATCCCAAATACCTGTGAATATTTAATGAATTTATGTTCGACCTTAAGTAATACCATGTATCTTAGAAAAACTTAAGAAACTGTGTACATTTATTTTAAAAAAGATAATGAGATAAGTCTCGGTTCTCTCTTATATACGAGAAATTACATTATTCTGATGTAACATATATTATGTATATTTTTTGAAACTATATAAAAATTTTCATTATGTTTTTATTTTGCATACCGTGCTGACGTTAATATTTGTCACACTATCTAAATATGTAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTAATGAAAAGTATGGTTCTACGGGAACTAGTGACATTATAACAGGAGTGATCAAAAAAAATTCTTTAAGAAACATGGTTATATTAAGAGGAGTATATATGAAAAAGTATGTTCTCCTTAATTAACAAAATTACTTTTTCTATTGTACGTTATGTATTATTCATGTATACATGTATATTTAAATTAGCTTTAATTTACTACATGCGCTCTCTTTTTTGTACTCATGTACCAGTTACTTGTGGTTTTCAGAATTGAAATTTGAAATGTG
Unaligned ( gi|20 ): AATATATGAAAAAGTCTGTTCTCCTTAATACAAAATTATTTTTCTATTGTACATTGTGTATATTCATGTATGTATATTTAATTAGTTATATTTGCATACCTACATGCACTCTTCTGACGTTATTTGTACTGATAAATGTATAACTCTTATTTTGTACCTCAATTACCAACTTAATTGTGGTTTGCGAGAATAAATTGAATTGAATTG
Unaligned ( gi|22 ): TTATTTTACAGATATGTGTATAATGAATCAGCCTCTTTTCTTTAACACAAAACTTCACATTTTTGTACATGTACATTTATTTCACAATACATAGTACCTATACACATTCCCCTGATGTTACTTAAATTAACCCATGAAATTTCTATATTGTACCTCATGCACCAATTTCATTGTGGATTACATAATAAATTGAGAGATAATTTG
Unaligned ( gi|23 ): AATTTAATGAAAGTATGTCGACTAGTAATAGTAAAAAACTTAAGAAACTTTATTTAAAAATATATATGAAAAAGTATGTTCTCCTTAATACAAAATTACTTTTCTATTGTACGTTTTATGTATATTCATGTATACATGTATATTTAATTAGCTTTATTTACCTACATGCGCTCTCTTATTTTGTACCTCATGTACCAATTTA
Unaligned ( gi|24 ): CCAGTTGAGGACTTGGCCATGGTTTAAACATACCATATATGACGATTGTGCTGTACTATGACAATTGAAGCCACAAATAGAGATGAATATCTTATCTACTAGAATGCAGTTCCTTTATCTGATATGGAGAAAAAAATTACCATTCAGCCGCAAATATTGACCCCAAGCCCCAATATTAGTTGAAAATTTAATGAACTTAT
Unaligned ( gi|25 ): AATCTGTTTTCCTTCACACAAGAGTTCGTGTTTCTGCACATTTTTGGGGCATATATTTCACACTATGATGTTGCTTCTCTGCATACCTATAGTCCTATATATAGAGATTTGTCTTAATACATGAAAATTTCTGTATTTCATCTCATGTACCACTTTCATTTTGGTTTGAGTGAATAAAACGAATGAATT
Unaligned ( gi|28 ): TTCTATTGTACATATAGTTATATCTCGAAAGTTTCTTTGCAAACCTACATACACTTTTCTGCGTTATTTTTACATTACTTGTATATTCAACTTTGTAATTGAAACCTCATAACCAATTTAATTTGTTAAGAGAATAAATTTGAACTTGAAAGGTACTTGCAGTG
Unaligned ( gi|29 ): AACTTTCTCTTGATATATGGCACAGGCAAAATTCTTTATACAGAAATATGGTCAATACTATTGTTAAACAACGTGTAAGTGATCAATTTATGCAAAACTGGTTTAATGTCATTAATAATTCACCAAAAGGTCAAAACTTTTGATTTATAAGTTCCAATTTGAT
Unaligned ( gi|31 ): AATTACTTTTCTATTGTACATTTTATGTTTATATCTCAATAGTTTTCTTTGCATACCTACATACACTTTTCTGGCGTTATTTGTACTTGTATATGTAACTTTTGTATTGAACCTCATATACCAATTTAATTGTGGTTTAAGAGAATAAATTAAATTGAA
Unaligned ( gi|32 ): ATGCATTTAGTATGTATTAGATTTGATATATATTATTGATTTTACTTGCATTACCTACAATCACTTCCTCTGTCGTGGATAGCCTCATTAGTTTAACTATTCTTGGTACCTCCACTTACCACTTGCTAATTGTGGTTTGAGTGATAAAATTGAA
Unaligned ( gi|33 ): TATACATATATTTCAGTAGTTTTGTTTGCATACCTATACACTCTTCTTACGTTATTTGTTCTTTTAAAAAAATGTAACTTTTGTATTGTACCGCATGTACCAATCTAATTGTGGTTTGAGCGAATAAATTGAATTGAATTGT
Unaligned ( gi|34 ): TTTGTGGTTCTTTGTTTTCTTTACATACATGTACCTACATACACTCTTCTGATGTTATTTGTACTTATAAATGTAACATTTGAATTGTGTCTCATATACCAATATGATTGTGGTTTGAGAGAATGAATTGAATTGAATT
Unaligned ( gi|35 ): ACCAGCTTTTGTTATGAAAACTACATTAACATATTGCCACTCAAACTTAGAAAGAATTTTATGATCGTTTTACAGTAGAGACTGGGAGATGGTACAATATTCC
Unaligned ( gi|36 ): GATGTTATTTGAATACATTACTTTTCTGCATTCTTCCTTATGTACTACATGTACTTTCATTGTGGTTTGAGCGAATAAAATGAATGAA
Unaligned ( gi|38 ): ATAATGCAATCTTCTTTGTACTAAATGTACCAACTTAATTGGTTTGAGTGAATATAATTGAATTGAATTGAAT
Unaligned ( gi|40 ): TCAGAATTGATGTCTTCTTCAAGTGTTAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 11 11111111 11111111 1111111111 11111 222222222 5555555555 11111 222222222222222222222222222222222222 22222 222222222222222222 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 11
lowQualScore : 1 0 222222 5 3333 0 5 5 1 4 888 33 2 4 4 22222222 55 55 77777777 4 55 3 22222222 1 44 8888888888 3 1 0 666 3 2 3 77 55 3 55 00000 3 44 1 99999 99 999999 3 555555555 555 5 44 4444444444 33 2 33 2 11111 2 555 2 555 44 555 444 2 1 0 2 999999999999999999999999999999999999 33 6666 6666 2 2 1 00000 2 1 8888 0 2 333333333333333333 0 2 666 22 22 1 55 2 2 9999999 33 4444 6666 66 888888 33 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555555 44 2 22 44 11 6 22 3 2 55 8
lowQualScore : . . ...... . .... . . . . . ... .. . . . ........ .. .. ........ . .. . ........ . .. .......... . . . ... . . . .. .. . .. ..... . .. . ..... .. ...... . ......... ... . .. .......... .. . .. . ..... . ... . ... .. ... ... . . . . .................................... .. .... .... . . . ..... . . .... . . .................. . . ... .. .. . .. . . ....... .. .... .... .. ...... .. ............................................................................... ...... .. . .. .. .. . .. . . .. .
lowQualScore : 8 8 555555 7 0000 4 0 0 0 5 555 66 5 4 4 88888888 55 55 11111111 0 55 3 22222222 6 66 7777777777 3 0 3 444 3 8 6 55 00 6 00 77777 6 88 0 11111 22 666666 3 000000000 444 7 22 3333333333 99 9 77 7 99999 9 000 9 000 22 444 222 9 8 1 9 444444444444444444444444444444444444 99 1111 1111 9 9 0 44444 9 9 4444 5 5 555555555555555555 4 1 333 99 99 0 11 2 2 6666666 11 7777 9999 11 111111 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 888888 88 0 88 88 22 6 99 2 1 33 5
consensus : ATATTTATCAAATTTAGAACG--T--CGA-ATCACCGG---CTCCCAGT-AGA-GACAGGNAGGTGGNCAAATATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---TA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCAT---T-ATGCG-CT-TT--AAGAA-AA-CAATTTTT--A--CA-TCC-CAGAT-----ACTG--TTCAAA------GCCA-AATATAA-T-AN-TTTTC---AGATTTAATG--TCTA------TACTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT-A---GAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAAACC-------A-------AGGCCTAAT-T-ACACC--TTTTCT----GCTG----T-C-TTT-T--CT-GAAAATG---ACTATGTATA-TGTNTC-----TTT-----TGTT-T-T-ATA--TATA--CANATGTACATATGT-A-TT------TCTT--T----T----TC--CAT------T--GTA-------A----------------TA-----------TA-----------T------TA-T-----T-------T--G-A------CCTCA--TGTACCA-A--T--T--ATTGTTG--GTNTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
Reference ( family-2263 ) : ATATTTATTAAATTTAGAACG--T--CGA-ATCACCGG---CTCCCAGT-AGA-GACNGGCAGGTGGNCAAATATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---TA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAANCAT---T-ATGCG-CT-TT--AAGAA-AA-CAATTTTT--A--CA-TCC-CAGGT-----ACTG--TTCAAA------GCCA-AATATAA-T-ANNTTTTC---AGATTTAATG--TCTA---A--TACTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT-A---GAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAAACC-------A-------AGGCCTAAT-T-ACACC--TTTTTT----GCTG----T-C-TNT-T--CT-GAAAATG---ACTATGTATA-TGTNTC-----TTT-----TGTT-T-T-ATA--TATA--CANATGTACATATGT-A-TT------NCTT--T----T----TC--CAT------T--GTA-------A----------------TA-----------TA-----------T------TA-T-----T-------T--G-A------CCTCA--TGTACCA-A--T--T--ATTGTTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|1 : ATATTTATCAAATTTAGACCA--T--CGA-ATCACCGG---TTCCCAGT-AGA-GAAAGGCGGGTGGGCAAATATCCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-AA---CA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGTAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCAT---T-ATACG-CT-TT--AAGAA-CA-CAATTTTT--A--CA-TCC-CAGGT-----ACTG--TTCAAA------GCCA-AATGTAGTT-ACTTTTTC---AGATTTAATG--TCTACATG--TACTTCAA--GT-GTTTT-AAAAAAAAACCTT-A---GAAAC-CA---GTG--CA---T-A-TTTATAG-CAAAACTTTATGATCTAGTC-TGTCCTCTATAAACCAGACATGA-------AGGTCTAATCT-ACATC--TTTTCT----GCTG----T-C-TAT-T---T-GAAAGTG---ATTATGTATA-TGTATC-----TTT-----TGTT-T-T-ATA--TATA--CACATGTACATATCT-A-TT------ACTT--T----T----TC--CAT------T--GTA-------A----------------TA-----------TA-----------T------TA-T-----T-------T--G-A------CTTCA--TGTACAA-A--T--T--ATTGATG--GCGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|10 : TATCTATTAAATCTAGAACA--T--CGA-ATTACC----------AGT-AGA-GACAGACAGGTGGGCAAATAGTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---CA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-TCGAATT-------TCATTTT-CT-T-----T--T-AGA----AAATCAT---T-TTGCG-CT-TT--AAGAA-AA-CAATTTTT--A--TA-TCC-CAGTT-----ACTG--TTCAAG------GCCA-AATATAATT-AAGTTTTC---AGAATTAATG--TC--------TACTTCAA--AT-G--TT-TTAAAAGGC--TT-A---GAAAC-CT---GTG--CA---A-G-TTTATAA---------------CTAGTC-TGTCAGACATG-----------A-------AGGCCTCATCT-GCGCC--TATTTT----GCTG----T-C-TTTAC--CT-AAAAATA---ATTA---A----------------T-----TGTC-A-T-ACA--TATA--TATATATATATAT
gi|12 : --TTCAAA------GCCA-AATATAA-TTAAATTTCC---AGATTTGATG--TCT-------T-CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT-A---GAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAT-AACC-------C-------AGGCCTAATAT-ACACC--CTTTTTTGTGGTTG----T-C-TTT-TC-CT-GAATATG---ACTATGTATA-TGTCTC-----TTT-----TG-T-T-T-AT---TATA--CAAAAGTACATATGT-A-TT------TC-T--T----T----TC--CAT------T--GTA-------A----------------TA-----------TA-------------------A-------G-------T--A-A------CATCA--GGTACCA-A--T--T--ATTATTG--GTGTG-AGT-AATAAA--G-AACTTGAa
gi|14 : TTTC---AGAATTGATG--TCT-------T-CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT-A---GAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAT-AACC-------C-------AGGCCTAATAT-ATACC--TTTTTT----GCTG----T-C-TTT-TC-CT-GAAAATG---ACTATGTA-----TGTC-----TCT-----TGTT-T-T-ATT--TATA--CAA--------ATGT-A-TT------TCTT--T----T----TC--CAT------T--GTA-------A----------------TA-----------TA-----------T------TA-TG----TACATGTAT--G-A------CCTCG--TGTACCA-A--T--T--ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|15 : A--GT-G--TT-AAAAAAG----TT-A---GAAAC-CTCATGTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCA-AAACC-------C-------AGGCCTAATAT-ACATC--TTTTTT----GCTG----T-C-TTT-TT-CT-GAAAATG---ACTACATGTA-TGTCTC-----TTT-----TGTT-T-T-ATA--TATA--CAAATGTACATATGT-A-TT------TCTT--T----T----TC--CAT------T--GTA-------A----------------TA-----------TA-----------T------TA-TACA--TGTA----T--G-A------CCTCA--TGTAACA-A--T--T--ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAa
gi|16 : CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT-A---GAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAT-AACC-------C-------AGGCCTAATAT-ACACCTTTTTTTT----GCTG----T-C-TTT-TC-CT-GAAAATG---ACTCTGTATA-TGTCTC-------T-----TG-T-T-T-ATA--TATA--CAAATGTACATTTGT-A-TT------TCTT--T----T----TC--CAT------T--GTA-------A----------------TA-----------TA-----------T------TA-TACACGTA------T--G-A------CCTCA--TGTACCA-A--T--T--ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTT
gi|17 : ATG--TCT-------T-CTTCAA--GT-G--TTAAAAAAAG----TT-A---GAAAC-CT---
gi|17 : g-T-T-ACA--TATA--TCAATG-A-ATA-GT---TT------TCTT--T----T----TC--CAT------T--GTA-------A----------------TA-----------TA-----------TATACCATG-T-----A-------T--G-A-------CTCAC-TGTACAATA--T--T--ATTGTT---GTGTGAAGTG-ATAAA--GAAACTTGAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacatatatcaatgaatagttttctttttccattgtaatatatataccatgtatgactcactgtacaatattattgttgtgtgaagtgataaagaaacttga
gi|18 : gatgtcttcttcaagtgttaaaaaaagttagaaacctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--CT--G--T---ATT--CCAA-ACCA--A-TTGCAGCACGAAT----------ATTTTCAT-CAT---T--C-AGAATGCAAATCATATAT-ATGCG-CC-TTTCAAGAA-AA-C--TTTTT--AA-CAATCT-TAGAT-----ACTGACTTCAAA------GCCA-AATATAA-T-CAAATTTC---ATA---AACGATTCT-------T-CTTCAG--TC-G--TT---AAAAG----TT-T---AATACAAT---GGGATCA---TCG-TTTACAA-C---CATATAT-ATCTAGTCTTGTCCTCCAT-AACC-------A-------GGGCC
gi|19 : -TTTATAA-CAAAAATATGTGATCTATTC-TGTCCTCCAT--ACC------------------CCCA---------T--TTTTTT----GCTG----T-C-TTT-TC-CT-GAAAATG---ACTATGTATA-TGTCTC-----TTT-----TGTT-T----TA--TATA--CAAATGTACTTATGT-A-TT------TCGT--T----T----TC--CAT------T--GTA-------A----------------TA-----------TA-----------T------TA-TA----TATGTA--T--G-A------CCTCA--TGTACCA-A--T--T--ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAgta
gi|2 : ataagaaaataacaactagatatttATTTTTATGAAATTTCGACCG--C--CAA-ATCATCGT---CTCTTAGT-AGA-GATTGGGAGATGGTACAATATCCCTT--TACGGGAAAGAC-TTTG-TAAATTA---T--G--T---ATC--TTAG-AACA--GATTGCTG-ACAAATT-------TCCTTAT-AT-C-----C--T-TGAATGTAAACAAC---T-A---A-CA-AT--AAGAACAATCAGTCTCTTGG--TA-CCC-CACGTCAAACACTA--TGGAAACACCATACCA-AACTTTA-T-ATTTTTTCTGAAGATTa
gi|21 : aatatgtatatatgtgtggattttctaacatttggtgtgaacaaaatattgtaaatgtaaaatggatttcagctgttgtgatacaaaggttacaagacaaatgtatttaaaagtggttaagtgatattggcggtaaatctaaaggccaaatttacaaatcatttaagaccagcatttgttatgaaaaatacataaacatattgccacataaacttagaaagATATTTATTAA-TTTAGAACA--T--CGA-ATCACGGG---CCCCCAGT-AGA-GACAGAAAGGTAAGCAAAT
gi|23 : gatgcaattgttaaacgtttaagtaatcaatttatgcaaaaatggttaagtgaaattgataattcatcaataggacaaaacttaactatagaatttataaggtgaaaaatatcttgcaaaattatttaaactaagacaaGTT-T-T-ATG--TATATTCATGTATACATGTAT-A-TTTAATTAGCTTTAT----T----TA--CCTACA---T--GCG-------C----------------TC-----------TC-----------T------TATT-----T-------T--GTA------CCTCA--TGTACCA-A--T--T--gatct
gi|24 : aatttaatgaaagtatgtcgactagtaatagtaaaaaacttaagaaactttatttaaaaatatatatgaaaaagtatgttctccttaatacaaaattacttttctattgtacGAT-TGTGCTG---TA--CT--A--TGACAAT--TGAA-GCCACAAATAG-AG-ATGAAT----------ATCTT-AT-C-----TACT-AGAATGCAGTTCCT---TTATCTG-ATATG--GAGAA-AA-AAATTACC--ATTCA-GCCGCAAAT-----ATTGACCCCAAG------CCCC-AATAT---T-AG--TTGA---AAATTTAATG--ta
gi|25 : ccagttgaggacttggccatggtttaaacataccatatatgac------TA-T-----T-------T--C-A------TCTCA--TGTACCA-C--T--TTCATT-TTG--GTTTG-AGTGAATAAA--aacttat
gi|26 : aatctgttttccttcacacaagagttcgtgtttctgcacatttttggggcatatatttcacactatgatgttgcttctctgcatacctatagtcctatatatagagatttgtcttaatacatgaaaatttctgAATATTTCACA-TAAAG-AAAGAT-TTTG-TG---TC--TT--G--T----GTAATGAATAAAA--AATTGTAG-ATGAATT-------CCATTAT-ATACATGTAT--T-AGAATGCAacgaatgaatt
gi|27 : -------AGGCCTAGCCT-ACACC--TTTTTT----GCTC----T-C-TTG-T--CTTGAAAATG---ACTATGTATA-T---------------------T-T-T-ATA--TATA--CAAATGTAC----------T------TCTT--T----T----TC--CAT------T--GTA-------ATATATTATACATGTAATA-----------TA-----------T------TA-TACATGTA------T--G-A------TCTCA--TGTACCA-A--T--T--ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAgtgcctttgtcaaatataagaaagcaggtacatgtactacacaagacccagtgccgttagatttcatgaaattatgtcaaccagttaggttaaa
gi|3 : -ATCACCGG---CTTCCAGT-AGA-GACAGGCAGGTGGCCAAATATTCCTT--TAAATCAACGAC-TTTG-TA---TACTCT--G--T---GG---TCAA-ACCT--TATTGCAG-ACGAATT-------TCAATTT-AT-------T--T-AGAATGCAAATCTT---T-ATGCG-CT-GT--AAGAA-AA-CAATTTTT--A--CA-TCC-TAGGT-----ACTG--TT-AAA------GTCA-AATATTA-T-AAGTTTTC---CAA-TTAATG--TC--------TACTTCAAGTGT-G--TT-AAAAAA-----CT-A---GAAAC-CT---GTG--CA---T-GTTTTATAA-CCAAATTTTATGATCTAGTC-TTTCCTCCAT-AACC-------A-------AGG-----------ACC--TTTTTT----GCTG----T---TAT-TACCT-AAAAA-------TATG---------------------------------ATG--TATA--TAAATGTACA-ATGT-A-TT------CATT--T----T----TC--CAT------T--GTA-------A----------------TA-----------TG------------------TA-T-----A-------T--G-A------CCTAC--TATACCA-A--TTAT--ATTATTATTATGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTG
gi|30 : CTATGTACA-TGTACA-----TTT-----TATG-T---ATA--TAT-----CATGTATATATTT-AATT------AGTT--T----TA---TCTGCATA-----C--CTAC------A----------------TA-----------TA-----------G------TC-T-----TC------T--G-A------CGTTACTTGTACTA-AAAT--A--ATTGT-G--GTTTG-AGTGAATAAATTGAA--TTGA
gi|33 : tgttctccttaatacaaaattactttcTATACATA-TATTTCAGTAGTTT-----TGTT-TGC-ATACCTATA--CAC-TCTTCTTACGTTA-TT------TGTT--C----T----TT--TAAAAAAA-T--GTA-------ACTTT------------TG-----------TA-----------T------TG-T------------------A------CCGCA--TGTACCA-A--T--CTAATTG-TG--GTTTG-AGCGAATAAATTGAA--TTGAatttaa
gi|34 : TT-----TGTT-T-T-CTT--TACA--TACATGTACCTACAT-A-C-------ACTC--T----T----CT--GATGTTATTT--GTACTTATAAA----------------TG-----------TA-----------A------CA-T-----T-------T--G-AATTGTGTCTCA--TATACCA-A--TA-TG-ATTG-TG--GTTTG-AGAGAATGAATTGAA--TTGAattgt
gi|35 : tttgtggttcTCAAACTTAGAAAGAAT--TTT-ATGATCGT---TTTACAGT-AGA-GACTGGGAGATGGTACAATATTCCatt
gi|37 : accagcttttgttatgaaaactacattaacatattgccac-----------T------TA-T-----T-------TT-GTA------CTTAA--TGTACCA-A--C--TTAATTGT-G--GTTTG-AGTGAATAAATTGAA--TTGA
gi|39 : taatgcaactcATTGCTG-ATGAATT-------TCATTAT-AT-C-----C--T-TGAATGTAAACAAT---T-Aaattgaa
gi|4 : taggacctAACA--TTACGACATCACCGAACACTTCCAGTGAGGCGACAGCGAGGTGGC--AATATTCCTTAATAAATCAAAGAT-TTTG-T----CA--CT--CCTT---AAT--TCCA-ACCA--A-TTGCAG--CGAATT-------TCATT------------------GAATGCAAATCAT---T-ATGCG-CT-TT--AAGAA-TA-CAATTTTT--A--CA-TCC-TAGAT-----ACTG--TTCAAA------ACCA-AATATAacaaatttaaga
gi|40 : aatcctctcttcatgatatggcatgaacaggattctttagacaaaaatatggtccttgctataattgttaaacaacgtttaagtggtcaatttatccaagaatggtcaagtgacaatgaaaattcatcaaaaggtcaaaactatagaatttataagtcccaatttggtcgtgaaaaatatcttgcaaaattactaatgaatacgaTC---AGAATTGATG--TCT-------T-CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAg
gi|5 : TCAAAGATGTTTG-TA---AAGTCT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATCACAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-T-----T--T-AGAATGCAAAACAT---T-ATGCG-CT-TT--AAGAA-AA----TTTTT--A--CA-TCC-CCGGT-----ACTT--TTCAAA------GCAATAATTAAA-T-ACGTTT-C---AAACTTAATG--TTTA--------TTTCAA--GT-A--TG-AATAA------TTGA---GAAAC-CT---GTG--CA---G-G-TTTATAA-CAAAACCATATGATCGAGTA-TGTCCTCCATAAGCC-------AGGCATGAAGACCTAAT-TTACACC--TTTCCT----GTTG----T-C-TTT-----------ATGTATAC-ATGTACG-TTCCTT-----TTT-----TGTT-T-T-ATA--TA------CATGTGCATACGT-A-TT------ACTT--T----T----TC--CAT------T--GTA-------A----------------TA-----------TA-----------T------TA-A-----T-------T--G-A------CCTCA--TGTACCA-A--T--T--ATTGATG--TTTTG-AGTGAATAAA--
gi|6 : CCAGT-GGA-GACTGGTCGGTGGTTCAGTATACCAT--ACAATGAAATAT-TGTG-TG---TA--TTATG--T---AAT--GATA-AC----AAT---AG-ATGAATTATTCATATCATTTT-TT-T-----T--TTAGAATGCAGTGCTT---T-GTCTA-CT-AT--AAGAA-AA-AAATATCT--T--CA-GAA-AAAAT-----GTTG--TACAAG------ACCA-AATA---------CTGTG---AAATTTAATG-----A---AATTATGTCGA--CT------------AG----TT-A---AGAAA-CT---GTG--TA---T-A-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAGGTC-TGTTCTCTTTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ATTG----T-A-CAT-T----------------TTACGTATA-T---TC------------------------A--TGTA--TATATTTA-AT-TGC-A-AC------TCTT--A----T----T-----T------T--GTAC------A----------------TG-----------TA-----------------------------------------------CCTCA--TGTACCA-A--C--TTAATTG-TG--GTTTA-AGAGAATAGATTGAA--TTGAagaggc
gi|7 : -ATGTG-ATATT--GAGAA-A--CAATGTTT--A---A-T----GGAA-----ACTG---------------CGA-AATTTAA-T-A----------AAATT--ATG--TCGA---C--TAGTT-----AT-A--TT-AAAAAAC----TT-A---AGAAA-CT---GTG--TA---T-C-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAAGTC-TGTTTTCCGTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ACTG----T-A-CAT-T--TT-ACATATA---TATATATATATTGTATA-----TTCATGCATATA-T-T-ATA--TTTG--CATACCTACATA--C-A-CT-------CTT--C----TGACGTC--ATT------T--GTA-------AT---------------TA-----------TAAACGTAACTC-T------TATT-----T-------T--GTA------CCCCA--TGTACCA-A--T--TTAATTG-TG--GTTTG-ATTGAATAAA--attga
gi|8 : cgaatcactctttcgaatttatttttaaaaatgaatggttttacaagtaaaatatatttcgataa--TT-AAAAACT----TT-A---AGAAC--T---GTG--TAAAAT-C-TTTATATTCAAAAATATATGA-AAAATC-TGT-TTCCGTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ACTGTACAT-C-TTT-A--CA-TAATATAT--ACTATATAT--TGTACA-----TTCATGCATATTAT-TAATA--TTTG--CATACCTACATA--C-A-CT------CTTC--T----G----ACGTCAT------TTGGTA-------A----------------TA-----------TAAACGTAACTTCT------TA-T-----T-------TTGG-T------CCCCA--TGTACCA-A--T--TTAATTGTGG--GTTTG-ATTGAATAAttgaatagaattgaa
gi|9 : atttatttttaaaaatgaatggtttttaacaagtaatatatttcgataaatgtgatattgagtaacaatgttttaatggaaacttgcgaatttaatgaaaattatgtcgactagttatgaGCAG-ATTAATA-------TCATTTT--T-A-----T--T-AGAATGCAGTGCTT---T-GT-CGACT-AC--AAGAA-AA-GAATTCCT--T--CA-GCA-AAAAT-----ATTG--TTCCAG------AACA-AATAC---------TGTG---AAATTTAATG-----A---AATTATGTCAA--CTAG--TT-ATA--------TT-ATAAGAAAC--T---GTG--TA---T-C-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAAGTA-TGTTCTCCTTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ATTG----TACATTT-T--AT-GTATAT-----CCATGTATA-TATTTA-----ATT-----AGTC-T----TA--TCTA--CATACCTACATA--T-A-CT------CTTC--TGACGT----TA--C-T------T--GTA-------C----------------TAAAAAATGCAACTC-----------T------TA-T-----T-------TTAGTA------CCTCA--TGTACCA-A--C--TCAATTG-TG--GTTTG-AGTGAATAAA--cattgaaatagaattgaa
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTATCTATATATATATAAAAAATTAATACCTCTCAAAAAATATTGTACTAGATCCCAAATACCTGTGAATATTTAATGAATTTATGTTCGACCTTAAGTAATACCATGTATCTTAGAAAAACTTAAGAAACTGTGTACATTTATTTTAAAAAAGATAATGAGATAAGTCTCGGTTCTCTCTTATATACGAGAAATTACATTATTCTGATGTAACATATATTATGTATATTTTTTGAAACTATATAAAAATTTTCATTATGTTTTTATTTTGCATACCGTGCTGACGTTAATATTTGTCACACTATCTAAATATGTAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTAATGAAAAGTATGGTTCTACGGGAACTAGTGACATTATAACAGGAGTGATCAAAAAAAATTCTTTAAGAAACATGGTTATATTAAGAGGAGTATATATGAAAAAGTATGTTCTCCTTAATTAACAAAATTACTTTTTCTATTGTACGTTATGTATTATTCATGTATACATGTATATTTAAATTAGCTTTAATTTACTACATGCGCTCTCTTTTTTGTACTCATGTACCAGTTACTTGTGGTTTTCAGAATTGAAATTTGAAATGTG
Unaligned ( gi|20 ): AATATATGAAAAAGTCTGTTCTCCTTAATACAAAATTATTTTTCTATTGTACATTGTGTATATTCATGTATGTATATTTAATTAGTTATATTTGCATACCTACATGCACTCTTCTGACGTTATTTGTACTGATAAATGTATAACTCTTATTTTGTACCTCAATTACCAACTTAATTGTGGTTTGCGAGAATAAATTGAATTGAATTG
Unaligned ( gi|22 ): TTATTTTACAGATATGTGTATAATGAATCAGCCTCTTTTCTTTAACACAAAACTTCACATTTTTGTACATGTACATTTATTTCACAATACATAGTACCTATACACATTCCCCTGATGTTACTTAAATTAACCCATGAAATTTCTATATTGTACCTCATGCACCAATTTCATTGTGGATTACATAATAAATTGAGAGATAATTTG
Unaligned ( gi|28 ): TTCTATTGTACATATAGTTATATCTCGAAAGTTTCTTTGCAAACCTACATACACTTTTCTGCGTTATTTTTACATTACTTGTATATTCAACTTTGTAATTGAAACCTCATAACCAATTTAATTTGTTAAGAGAATAAATTTGAACTTGAAAGGTACTTGCAGTG
Unaligned ( gi|29 ): AACTTTCTCTTGATATATGGCACAGGCAAAATTCTTTATACAGAAATATGGTCAATACTATTGTTAAACAACGTGTAAGTGATCAATTTATGCAAAACTGGTTTAATGTCATTAATAATTCACCAAAAGGTCAAAACTTTTGATTTATAAGTTCCAATTTGAT
Unaligned ( gi|31 ): AATTACTTTTCTATTGTACATTTTATGTTTATATCTCAATAGTTTTCTTTGCATACCTACATACACTTTTCTGGCGTTATTTGTACTTGTATATGTAACTTTTGTATTGAACCTCATATACCAATTTAATTGTGGTTTAAGAGAATAAATTAAATTGAA
Unaligned ( gi|32 ): ATGCATTTAGTATGTATTAGATTTGATATATATTATTGATTTTACTTGCATTACCTACAATCACTTCCTCTGTCGTGGATAGCCTCATTAGTTTAACTATTCTTGGTACCTCCACTTACCACTTGCTAATTGTGGTTTGAGTGATAAAATTGAA
Unaligned ( gi|36 ): GATGTTATTTGAATACATTACTTTTCTGCATTCTTCCTTATGTACTACATGTACTTTCATTGTGGTTTGAGCGAATAAAATGAATGAA
Unaligned ( gi|38 ): ATAATGCAATCTTCTTTGTACTAAATGTACCAACTTAATTGGTTTGAGTGAATATAATTGAATTGAATTGAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 11 11111111 11111111 1111111111 11 33333333333 33333333333333 11111 333333333333333333333333333333333333 1111 1111 1111 1111111111111111 111111111111111 1111 11111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 11 1
lowQualScore : 1 0 222222 5 3333 0 5 5 0 1 888 33 2 4 4 22222222 55 55 77777777 4 55 3 22222222 1 44 8888888888 3 55 777 1 4 8 55 2 99 4 66 00 3 66666666666 0 6 88888888888888 33 2 33 2 11111 777 2 555 44 555 444 2 1 2 2 222222222222222222222222222222222222 33 5555 1111 2 7777 2 2 0000 2 0 7777777777777777 44444 2 55 1 0 0 3333 22 222222222222222 7777 22 2 77777 22 2 2 2222 00000000000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555 44 1 44 44 22 5 22 1 1 77 0
lowQualScore : . . ...... . .... . . . . . ... .. . . . ........ .. .. ........ . .. . ........ . .. .......... . .. ... . . . .. . .. . .. .. . ........... . . .............. .. . .. . ..... ... . ... .. ... ... . . . . .................................... .. .... .... . .... . . .... . . ................ ..... . .. . . . .... .. ............... .... .. . ..... .. . . .... ........... .................................................... ...... .. . .. .. .. . .. . . .. .
lowQualScore : 4 8 555555 7 0000 4 0 0 8 0 555 66 5 4 4 88888888 55 55 11111111 0 55 3 22222222 6 66 7777777777 3 22 000 6 0 0 55 5 55 0 33 00 6 88888888888 1 9 55555555555555 99 9 77 7 99999 999 9 000 22 444 222 9 3 8 7 333333333333333333333333333333333333 77 7777 0000 7 5555 7 9 1111 2 1 3333333333333333 99999 0 55 0 3 3 8888 99 555555555555555 4444 99 1 44444 99 1 1 4444 00000000000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 888888 55 9 55 55 99 1 66 0 9 44 6
consensus : ATATTTATCAAATTTAGAACG--T--CGA-ATCACCGG---CTCCCAGT-AGA-GACAGGNAGGTGGNCAAATATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---TA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-CAGATACTG--TTCAAAGCCA-AATATAA-T--A-GTTTTCAGATTTAATG---TCTA----TACTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAAACC-------A-------AGGCCTAAT-T-ACACC--TTTTCT----GCTGT----C-TTT-T-CT-GAAAATG---ACTATGTATA-TGTNTC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACANATGTACATACGT-AT-TT--CT-----T---------TT----TC--CA-T-----T--G-TA-A----TA-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CCTCA--TGTACCA-A--T--T--ATTGTTG--GTTTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
Reference ( family-2263 ) : ATATTTATCAAATTTAGAACG--T--CGA-ATCACCGG---CTCCCAGT-AGA-GACAGGNAGGTGGNCAAATATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---TA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-CAGATACTG--TTCAAAGCCA-AATATAA-T--A-NTTTTCAGATTTAATG---TCTA----TACTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAAACC-------A-------AGGCCTAAT-T-ACACC--TTTTCT----GCTGT----C-TTT-T-CT-GAAAATG---ACTATGTATA-TGTNTC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACANATGTACATATGT-AT-TT--CT-----T---------TT----TC--CA-T-----T--G-TA-A----TA-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CCTCA--TGTACCA-A--T--T--ATTGTTG--GTNTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|1 : ATATTTATCAAATTTAGACCA--T--CGA-ATCACCGG---TTCCCAGT-AGA-GAAAGGCGGGTGGGCAAATATCCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-AA---CA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGTAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATACG-CT-TT--AAGAACACAATTTTTA--CA-TCC-CAGGTACTG--TTCAAAGCCA-AATGTAGTT--ACTTTTTCAGATTTAATG---TCTACATGTACTTCAA--GT-GTTTT-AAAAAAAAACCTT---AGAAAC-CA---GTG--CA---T-A-TTTATAG-CAAAACTTTATGATCTAGTC-TGTCCTCTATAAACCAGACATGA-------AGGTCTAATCT-ACATC--TTTTCT----GCTGT----C-TAT-T--T-GAAAGTG---ATTATGTATA-TGTATC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACACATGTACATATCT-AT-TA--CT-----T---------TT----TC--CA-T-----T--G-TA-A----TA-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CTTCA--TGTACAA-A--T--T--ATTGATG--GCGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|10 : TATCTATTAAATCTAGAACA--T--CGA-ATTACC----------AGT-AGA-GACAGACAGGTGGGCAAATAGTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---CA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-TCGAATT-------TCATTTT-CT-T-----T--T-AGA----AAATCA-T---TTTGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--TA-TCC-CAGTTACTG--TTCAAGGCCA-AATATAA-TTAA-GTTTTCAGAATTAATG---TC------TACTTCAA--AT-G--TT-TTAAAAGGC--TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---A-G-TTTATAA---------------CTAGTC-TGTCAGACATG-----------A-------AGGCCTCATCT-GCGCC--TATTTT----GCTGT----C-TTTAC-CT-AAAAATA---ATTA---A----------------T-----TGTC--A-TA-CA--TATATATATATATATAT
gi|12 : --TTCAAAGCCA-AATATAA-TTAA-ATTTCCAGATTTGATG---TCT-----T-CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAT-AACC-------C-------AGGCCTAATAT-ACACC--CTTTTTTGTGGTTGT----C-TTT-TCCT-GAATATG---ACTATGTATA-TGTCTC-----TTT-----TG-T--T-TA-T---TATACAAAAGTACATATGT-AT-TT--C------T---------TT----TC--CA-T-----T--G-TA-A----TA-----------TA-------------------A-------G-------------------T--A-A------CATCA--GGTACCA-A--T--T--ATTATTG--GTGTG-AGT-AATAAA--G-AACTTGAa
gi|14 : TTTCAGAATTGATG---TCT-----T-CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAT-AACC-------C-------AGGCCTAATAT-ATACC--TTTTTT----GCTGT----C-TTT-TCCT-GAAAATG---ACTATGTA-----TGTC-----TCT-----TGTT--T-TA-TT--TATACAA--------ATGT-AT-TT--CT-----T---------TT----TC--CA-T-----T--G-TA-A----TA-----------TA-----------T------TA-TG----TACATGTA------------T--G-A------CCTCG--TGTACCA-A--T--T--ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|15 : A--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CTCATGTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCA-AAACC-------C-------AGGCCTAATAT-ACATC--TTTTTT----GCTGT----C-TTT-TTCT-GAAAATG---ACTACATGTA-TGTCTC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACAAATGTACATATGT-AT-TT--CT-----T---------TT----TC--CA-T-----T--G-TA-A----TA-----------TA-----------T------TA-TACA--TGTA----------------T--G-A------CCTCA--TGTAACA-A--T--T--ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAa
gi|16 : CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAT-AACC-------C-------AGGCCTAATAT-ACACCTTTTTTTT----GCTGT----C-TTT-TCCT-GAAAATG---ACTCTGTATA-TGTCTC-------T-----TG-T--T-TA-TA--TATACAAATGTACATTTGT-AT-TT--CT-----T---------TT----TC--CA-T-----T--G-TA-A----TA-----------TA-----------T------TA-TACACGTA------------------T--G-A------CCTCA--TGTACCA-A--T--T--ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTT
gi|17 : ATG---TCT-----T-CTTCAA--GT-G--TTAAAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---
gi|17 : g--T-TA-CA--TATATCAATG-A-ATA-GT--T-TT--CT-----T---------TT----TC--CA-T-----T--G-TA-A----TA-----------TA-----------TATACCATG-T-----A-------------------T--G-A-------CTCAC-TGTACAATA--T--T--ATTGTT---GTGTGAAGTG-ATAAA--GAAACTTGAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacatatatcaatgaatagttttctttttccattgtaatatatataccatgtatgactcactgtacaatattattgttgtgtgaagtgataaagaaacttga
gi|18 : gatgtcttcttcaagtgttaaaaaaagttagaaacctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--CT--G--T---ATT--CCAA-ACCA--A-TTGCAGCACGAAT----------ATTTTCAT-CAT---T--C-AGAATGCAAATCA-TATATATGCG-CC-TTTCAAGAAAAC--TTTTTAA-CAATCT-TAGATACTGACTTCAAAGCCA-AATATAA-TC-A-AATTTCATA---AACG---ATTC----TTCTTCAG--TC-G--TT---AAAAG----TT---TAATACAAT---GGGATCA---TCG-TTTACAA-C---CATATAT-ATCTAGTCTTGTCCTCCAT-AACC-------A-------GGGCC
gi|19 : -TTTATAA-CAAAAATATGTGATCTATTC-TGTCCTCCAT--ACC------------------CCCA---------T--TTTTTT----GCTGT----C-TTT-TCCT-GAAAATG---ACTATGTATA-TGTCTC-----TTT-----TGTT--T----TA--TATACAAATGTACTTATGT-AT-TT--CG-----T---------TT----TC--CA-T-----T--G-TA-A----TA-----------TA-----------T------TA-TA----TATGTA--------------T--G-A------CCTCA--TGTACCA-A--T--T--ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAgta
gi|2 : ataagaaaataacaactagatatttATTTTTATGAAATTTCGACCG--C--CAA-ATCATCGT---CTCTTAGT-AGA-GATTGGGAGATGGTACAATATCCCTT--TACGGGAAAGAC-TTTG-TAAATTA---T--G--T---ATC--TTAG-AACA--GATTGCTG-ACAAATT-------TCCTTAT-AT-C-----C--T-TGAATGTAAAa
gi|20 : aatatgtatatatgtgtggattttctaacatttggtgtgaacaaaatattgtaaatgtaaaatggatttcagctgttgtgatacaaaggttacaagacaaatgtatttaaaagtggttaagtgatattggcggtaaatctaaaggccaaatttacaaatcatttaagaccagcatttgttatgaaaaatacataaacatattgccacataaacttagaaagAATATATGAAAAAGTC-TGTTCTCCTTAATAC-------A-------A-----AAT-T-AT-----TTTTCT----ATTGT----A-CAT-T-GT-GTATAT-----TCATGTAT---GTATA-----TTT-----AATTAGT-TA-TA--TTTGCATACCTACATGCAC-TC-TT--CTGACGTTA--------TT----TG--TA-C-----T--GATA-AATG-TA-----------TAACTC-------T------TA-T-----T-------------------TT-GTA------CCTCA--ATTACCA-A--C--TTAATTGT-G--GTTTG-CGAGAATAAATTGAA--TTGAcaactaacaataagaacaatcagtctcttggtaccccacgtcaaacactatggaaacaccataccaaactttatattttttctgaagatt
gi|21 : ATATTTATTAA-TTTAGAACA--T--CGA-ATCACGGG---CCCCCAGT-AGA-GACAGAAAGGTAAGCAAATattg
gi|24 : gatgcaattgttaaacgtttaagtaatcaatttatgcaaaaatggttaagtgaaattgataattcatcaataggacaaaacttaactatagaatttataaggtgaaaaatatcttgcaaaattatttaaactaagacaaGAT-TGTGCTG---TA--CT--A--TGACAAT--TGAA-GCCACAAATAG-AG-ATGAAT----------ATCTT-AT-C-----TACT-AGAATGCAGTTCCTT---TATCTG-ATATG--GAGAAAAAAATTACCATTCA-GCCGCAAATATTGACCCCAAGCCCC-AATAT---T--A-G-TTGAAAATTTAATG---gatct
gi|25 : ccagttgaggacttggccatggtttaaacataccatatatgac---ACTATG---A-TGTTGC-----TTC-----T-CT--G-CA-TACCTATAGTCCTATATATAGAG-AT-TT--GT-----C---------TTAA--TA--CA-T-----G--A-AA-A----TT-----------TC-----------TG-----TA-T-----T-------------------T--C-A------TCTCA--TGTACCA-C--T--TTCATT-TTG--GTTTG-AGTGAATAAA--aacttat
gi|26 : aatctgttttccttcacacaagagttcgtgtttctgcacatttttggggcatatatttcacAATATTTCACA-TAAAG-AAAGAT-TTTG-TG---TC--TT--G--T----GTAATGAATAAAA--AATTGTAG-ATGAATT-------CCATTAT-ATACATGTAT--T-AGAATGCAacgaatgaatt
gi|27 : -------AGGCCTAGCCT-ACACC--TTTTTT----GCTCT----C-TTG-T-CTTGAAAATG---ACTATGTATA----------------------TT--T-TA-TA--TATACAAATGTAC----------TT--CT-----T---------TT----TC--CA-T-----T--G-TA-A----TA-----------TA-----------T------TA-TACA--TGTAATATATTATACATGTAT--G-A------TCTCA--TGTACCA-A--T--T--ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAgtgcctttgtcaaatataagaaagcaggtacatgtactacacaagacccagtgccgttagatttcatgaaattatgtcaaccagttaggttaaa
gi|3 : -ATCACCGG---CTTCCAGT-AGA-GACAGGCAGGTGGCCAAATATTCCTT--TAAATCAACGAC-TTTG-TA---TACTCT--G--T---GG---TCAA-ACCT--TATTGCAG-ACGAATT-------TCAATTT-AT-------T--T-AGAATGCAAATCT-T---TATGCG-CT-GT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-TAGGTACTG--TT-AAAGTCA-AATATTA-TA-A-GTTTTCCAA-TTAATG---TC------TACTTCAAGTGT-G--TT-AAAAAA-----CT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-GTTTTATAA-CCAAATTTTATGATCTAGTC-TTTCCTCCAT-AACC-------A-------AGG-----------ACC--TTTTTT----GCTGT----T-ATT-A-CC-TAAAA------------ATA-TG--------------------------A-TG--TATATAAATGTACA-ATGT-AT-TC--AT-----T---------TT----TC--CA-T-----T--G-TA-A----TA-----------TG------------------TA-T-----A-------------------T--G-A------CCTAC--TATACCA-A--TTAT--ATTATTATTATGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTG
gi|30 : CTATGTACA-TGTACA-----TTT-----TATG--T--A-TA--TAT---CATGTATATATTT-AA-TTAGTT-----T---------TA----TCTGCA-TA----C--C-TACA----TA-----------TA-----------G------TC-T-----TC------------------T--G-A------CGTTACTTGTACTA-AAAT--A--ATTGT-G--GTTTG-AGTGAATAAATTGAA--TTGA
gi|33 : tgttctccttaatacaaaattactttcTATACATA-TATTTCAGTAGTTT-----TGTT--TGCA-TACCTATACAC-TCTTCTTACGTTAT-TT--GT-----T---------CT----TT--TA-AAAAAAT--G-TA-ACTTTTG-----------TA-----------T------TG-T------------------------------A------CCGCA--TGTACCA-A--T--CTAATTG-TG--GTTTG-AGCGAATAAATTGAA--TTGAatttaa
gi|34 : TT-----TGTT--T-TC-TT--TACATACATGTACCTACAT-ACACT--CT-----TCTGATGTTATT----TG--TACT-----T--A-TA-AA---TG-----------TA-----------A------CA-T-----T-------------------T--G-AATTGTGTCTCA--TATACCA-A--TA-TG-ATTG-TG--GTTTG-AGAGAATGAATTGAA--TTGAattgt
gi|35 : tttgtggttcTCAAACTTAGAAAGAAT--TTT-ATGATCGT---TTTACAGT-AGA-GACTGGGAGATGGTACAATATTCCatt
gi|37 : accagcttttgttatgaaaactacattaacatattgccac-----------T------TA-T-----T-------------------TT-GTA------CTTAA--TGTACCA-A--C--TTAATTGT-G--GTTTG-AGTGAATAAATTGAA--TTGA
gi|38 : taatgcaactcA--TGTACCA-AC-T--T--A--ATTG--GTTTG-AGTGAATAaattgaa
gi|39 : ataatgcaatcttctttgtactaaATTGCTG-ATGAATT-------TCATTAT-AT-C-----C--T-TGAATGTAAACAA-T---TAtaattgaattgaattgaat
gi|4 : taggacctAACA--TTACGACATCACCGAACACTTCCAGTGAGGCGACAGCGAGGTGGC--AATATTCCTTAATAAATCAAAGAT-TTTG-T----CA--CT--CCTT---AAT--TCCA-ACCA--A-TTGCAG--CGAATT-------TCATT------------------GAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAATACAATTTTTA--CA-TCC-TAGATACTG--TTCAAAACCA-AATATAacaaatttaaga
gi|40 : aatcctctcttcatgatatggcatgaacaggattctttagacaaaaatatggtccttgctataattgttaaacaacgtttaagtggtcaatttatccaagaatggtcaagtgacaatgaaaattcatcaaaaggtcaaaactatagaatttataagtcccaatttggtcgtgaaaaatatcttgcaaaattactaatgaatacgaTCAGAATTGATG---TCT-----T-CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAg
gi|5 : TCAAAGATGTTTG-TA---AAGTCT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATCACAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-T-----T--T-AGAATGCAAAACA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAA---TTTTTA--CA-TCC-CCGGTACTT--TTCAAAGCAATAATTAAA-T--A-CGTTTCAAACTTAATG---TTTA----T--TTCAA--GT-A--TG-AATAA------TTG--AGAAAC-CT---GTG--CA---G-G-TTTATAA-CAAAACCATATGATCGAGTA-TGTCCTCCATAAGCC-------AGGCATGAAGACCTAAT-TTACACC--TTTCCT----GTTGT----C-TTT----------ATGTATAC-ATGTACG-TTCCTT-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TA----CATGTGCATACGT-AT-TA--CT-----T---------TT----TC--CA-T-----T--G-TA-A----TA-----------TA-----------T------TA-A-----T-------------------T--G-A------CCTCA--TGTACCA-A--T--T--ATTGATG--TTTTG-AGTGAATAAA--
gi|6 : CCAGT-GGA-GACTGGTCGGTGGTTCAGTATACCAT--ACAATGAAATAT-TGTG-TG---TA--TTATG--T---AAT--GATA-AC----AAT---AG-ATGAATTATTCATATCATTTT-TT-T-----T--TTAGAATGCAGTGCT-T---TGTCTA-CT-AT--AAGAAAAAAATATCTT--CA-GAA-AAAATGTTG--TACAAGACCA-AATA----------CTGTGAAATTTAATGAAAT-TA----TG--TCGA--CT------------AG----TT---AAGAAA-CT---GTG--TA---T-A-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAGGTC-TGTTCTCTTTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ATTGTA---C-ATT-T----------------TACGTATA-T---TC-------------------------A--TGTATATATTTA-AT-TGC-AA-CT--CT-----T---------AT----T------T-----T--G-T--A----CA-----------TG-----------T----------------------------------------A------CCTCA--TGTACCA-A--C--TTAATTG-TG--GTTTA-AGAGAATAGATTGAA--TTGAagaggc
gi|7 : ATGTG-ATATT--GAGAAA-CAATGTTTA---A-T----GGAAACTG---------CGA-AATTTAA-T--A-------AAATT--ATG---TCGAC---TAGTT-----AT-A--TT-AAAAAAC----TT---AAGAAA-CT---GTG--TA---T-C-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAAGTC-TGTTTTCCGTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ACTGT----A-CAT-T-TT-ACATATA---TATATATATATTGTATA-----TTCATGCATATA--T-TA-TA--TTTGCATACCTACATACA-----CT--CT-----T---------CTGACGTC--AT-T-----T--G-TA-AT---TA-----------TAAACGTAACTC-T------TATT-----T-------------------T--GTA------CCCCA--TGTACCA-A--T--TTAATTG-TG--GTTTG-ATTGAATAAA--attga
gi|8 : cgaatcactctttcgaatttatttttaaaaatgaatggttttacaagtaaaatatatttcgataa--TT-AAAAACT----TT---AAGAAC--T---GTG--TAAAAT-C-TTTATATTCAAAAATATATGAAA-AATC-TGTT-TCCGTAATAC-------A-------A-----AAT-T-AC-----TTTTCT----ACTGTACATC-TTT-A-CA-TAATATAT--ACTATATAT--TGTACA-----TTCATGCATATTA-T-TAATA--TTTGCATACCTACATACAC-TC-TT--CT-----G---------AC----GT--CA-T-----TTGG-TA-A----TA-----------TAAACGTAACTTCT------TA-T-----T-------------------TTGG-T------CCCCA--TGTACCA-A--T--TTAATTGTGG--GTTTG-ATTGAATAAttgaatagaattgaa
gi|9 : atttatttttaaaaatgaatggtttttaacaagtaatatatttcgataaatgtgatattgagtaacaatgttttaatggaaacttgcgaatttaatgaaaattatgtcgactagttatgaGCAG-ATTAATA-------TCATTTT--T-A-----T--T-AGAATGCAGTGCT-T---TGT-CGACT-AC--AAGAAAAGAATTCCTT--CA-GCA-AAAATATTG--TTCCAGAACA-AATA----------CTGTGAAATTTAATGAAAT-TA----TG--TCAA--CTAG--TT-ATA--------TTATAAGAAA--CT---GTG--TA---T-C-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAAGTA-TGTTCTCCTTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ATTGTA---CATTT-T-AT-GTATAT-----CCATGTATA-TATTTA-----ATT-----AGTC--T----TA--TCTACATACCTACATATAC-TC-TT--CTGA---C---------GT----TA--C--T-----T--G-TA-C----TAAAAAATGCAACTC-----------T------TA-T-----T-------------------TTAGTA------CCTCA--TGTACCA-A--C--TCAATTG-TG--GTTTG-AGTGAATAAA--cattgaaatagaattgaa
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTATCTATATATATATAAAAAATTAATACCTCTCAAAAAATATTGTACTAGATCCCAAATACCTGTGAATATTTAATGAATTTATGTTCGACCTTAAGTAATACCATGTATCTTAGAAAAACTTAAGAAACTGTGTACATTTATTTTAAAAAAGATAATGAGATAAGTCTCGGTTCTCTCTTATATACGAGAAATTACATTATTCTGATGTAACATATATTATGTATATTTTTTGAAACTATATAAAAATTTTCATTATGTTTTTATTTTGCATACCGTGCTGACGTTAATATTTGTCACACTATCTAAATATGTAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTAATGAAAAGTATGGTTCTACGGGAACTAGTGACATTATAACAGGAGTGATCAAAAAAAATTCTTTAAGAAACATGGTTATATTAAGAGGAGTATATATGAAAAAGTATGTTCTCCTTAATTAACAAAATTACTTTTTCTATTGTACGTTATGTATTATTCATGTATACATGTATATTTAAATTAGCTTTAATTTACTACATGCGCTCTCTTTTTTGTACTCATGTACCAGTTACTTGTGGTTTTCAGAATTGAAATTTGAAATGTG
Unaligned ( gi|22 ): TTATTTTACAGATATGTGTATAATGAATCAGCCTCTTTTCTTTAACACAAAACTTCACATTTTTGTACATGTACATTTATTTCACAATACATAGTACCTATACACATTCCCCTGATGTTACTTAAATTAACCCATGAAATTTCTATATTGTACCTCATGCACCAATTTCATTGTGGATTACATAATAAATTGAGAGATAATTTG
Unaligned ( gi|23 ): AATTTAATGAAAGTATGTCGACTAGTAATAGTAAAAAACTTAAGAAACTTTATTTAAAAATATATATGAAAAAGTATGTTCTCCTTAATACAAAATTACTTTTCTATTGTACGTTTTATGTATATTCATGTATACATGTATATTTAATTAGCTTTATTTACCTACATGCGCTCTCTTATTTTGTACCTCATGTACCAATTTA
Unaligned ( gi|28 ): TTCTATTGTACATATAGTTATATCTCGAAAGTTTCTTTGCAAACCTACATACACTTTTCTGCGTTATTTTTACATTACTTGTATATTCAACTTTGTAATTGAAACCTCATAACCAATTTAATTTGTTAAGAGAATAAATTTGAACTTGAAAGGTACTTGCAGTG
Unaligned ( gi|29 ): AACTTTCTCTTGATATATGGCACAGGCAAAATTCTTTATACAGAAATATGGTCAATACTATTGTTAAACAACGTGTAAGTGATCAATTTATGCAAAACTGGTTTAATGTCATTAATAATTCACCAAAAGGTCAAAACTTTTGATTTATAAGTTCCAATTTGAT
Unaligned ( gi|31 ): AATTACTTTTCTATTGTACATTTTATGTTTATATCTCAATAGTTTTCTTTGCATACCTACATACACTTTTCTGGCGTTATTTGTACTTGTATATGTAACTTTTGTATTGAACCTCATATACCAATTTAATTGTGGTTTAAGAGAATAAATTAAATTGAA
Unaligned ( gi|32 ): ATGCATTTAGTATGTATTAGATTTGATATATATTATTGATTTTACTTGCATTACCTACAATCACTTCCTCTGTCGTGGATAGCCTCATTAGTTTAACTATTCTTGGTACCTCCACTTACCACTTGCTAATTGTGGTTTGAGTGATAAAATTGAA
Unaligned ( gi|36 ): GATGTTATTTGAATACATTACTTTTCTGCATTCTTCCTTATGTACTACATGTACTTTCATTGTGGTTTGAGCGAATAAAATGAATGAA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 11 11111111 11111111 1111111111 11 3333333 33333333333333 11111 333333333333333333333333333333333333 1111 1111 1111 2222222222222222222222 2222222222222222222222222222 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 11 1
lowQualScore : 1 0 222222 5 3333 0 5 5 0 1 888 33 2 4 4 22222222 55 55 77777777 4 55 3 22222222 1 44 8888888888 3 55 777 1 4 8 55 2 99 4 66 00 3 44 6666666 0 6 88888888888888 33 2 33 2 11111 777 2 555 44 555 444 2 1 2 2 222222222222222222222222222222222222 33 5555 1111 2 7777 2 2 0000 22 2 2 0 2222222222222222222222 33 1 55 1 22 8888888 22 4444 1111111111111111111111111111 555555 2 77777 22 2 4 1111 4444 99999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 555555 1 44 1 44 44 7777 55 22 0 1 66 0
lowQualScore : . . ...... . .... . . . . . ... .. . . . ........ .. .. ........ . .. . ........ . .. .......... . .. ... . . . .. . .. . .. .. . .. ....... . . .............. .. . .. . ..... ... . ... .. ... ... . . . . .................................... .. .... .... . .... . . .... .. . . . ...................... .. . .. . .. ....... .. .... ............................ ...... . ..... .. . . .... .... ........... .................................................... ...... . .. . .. .. .... .. .. . . .. .
lowQualScore : 4 8 555555 7 0000 4 0 0 8 0 555 66 5 4 4 88888888 55 55 11111111 0 55 3 22222222 6 66 7777777777 3 22 000 6 0 0 55 5 55 0 33 00 6 55 5555555 1 9 55555555555555 99 9 77 7 99999 999 9 000 22 444 222 9 3 8 7 999999999999999999999999999999999999 77 7777 0000 7 5555 7 9 1111 99 1 1 4 0000000000000000000000 22 9 22 0 88 5555555 88 2222 1111111111111111111111111111 333333 0 00000 88 0 0 8888 2222 00000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222 7 11 7 11 11 0000 55 44 4 8 55 6
consensus : ATATTTATCAAATTTAGAACG--T--CGA-ATCACCGG---CTCCCAGT-AGA-GACAGGNAGGTGGNCAAATATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---TA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-CAGATACTG--TTCAAAGCCA-AATATAAT--AG--TTTTCAGATTTAATG---TCTA----TACTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAAACC-------A-------AGGCCTAAT-T-ACACC--TTTTCT----GCTGT----C-TTT-T-CT-GAAAATG---ACTA--TGT-ATA-TGTNTC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACANATGTAC--ATACGT-AT-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTGTTG--GTTTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
Reference ( family-2263 ) : ATATTTATCAAATTTAGAACG--T--CGA-ATCACCGG---CTCCCAGT-AGA-GACAGGNAGGTGGNCAAATATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---TA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-CAGATACTG--TTCAAAGCCA-AATATAAT--AG--TTTTCAGATTTAATG---TCTA----TACTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAAACC-------A-------AGGCCTAAT-T-ACACC--TTTTCT----GCTGT----C-TTT-T-CT-GAAAATG---ACTA--TGT-ATA-TGTNTC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACANATGTAC--ATACGT-AT-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTGTTG--GTTTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|1 : ATATTTATCAAATTTAGACCA--T--CGA-ATCACCGG---TTCCCAGT-AGA-GAAAGGCGGGTGGGCAAATATCCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-AA---CA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGTAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATACG-CT-TT--AAGAACACAATTTTTA--CA-TCC-CAGGTACTG--TTCAAAGCCA-AATGTAGT--TACTTTTTCAGATTTAATG---TCTACATGTACTTCAA--GT-GTTTT-AAAAAAAAACCTT---AGAAAC-CA---GTG--CA---T-A-TTTATAG-CAAAACTTTATGATCTAGTC-TGTCCTCTATAAACCAGACATGA-------AGGTCTAATCT-ACATC--TTTTCT----GCTGT----C-TAT-T--T-GAAAGTG---ATTA--TGT-ATA-TGTATC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACACATGTAC--ATATCT-AT-TA--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CTTC-A--TGTACAA-A--T--T----ATTGATG--GCGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|10 : TATCTATTAAATCTAGAACA--T--CGA-ATTACC----------AGT-AGA-GACAGACAGGTGGGCAAATAGTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---CA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-TCGAATT-------TCATTTT-CT-T-----T--T-AGA----AAATCA-T---TTTGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--TA-TCC-CAGTTACTG--TTCAAGGCCA-AATATAATTAAG--TTTTCAGAATTAATG---TC------TACTTCAA--AT-G--TT-TTAAAAGGC--TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---A-G-TTTATAA---------------CTAGTC-TGTCAGACATG-----------A-------AGGCCTCATCT-GCGCC--TATTTT----GCTGT----C-TTTAC-CT-AAAAATA---ATTAATTGTCATA-CATA-----------------------TA-TA--TATATATATATA
gi|12 : --TTCAAAGCCA-AATATAATTAAA--TTTCCAGATTTGATG---TCT-----T-CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAT-AACC-------C-------AGGCCTAATAT-ACACC--CTTTTTTGTGGTTGT----C-TTT-TCCT-GAATATG---ACTA--TGT-ATA-TGTCTC-----TTT-----TG-T--T-TA-T---TATACAAAAGTAC--ATATGT-AT-TT--C-----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-------------------A-------G-------------------T--A-A------CATC-A--GGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGT-AATAAA--G-AACTTGA
gi|14 : TTTCAGAATTGATG---TCT-----T-CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAT-AACC-------C-------AGGCCTAATAT-ATACC--TTTTTT----GCTGT----C-TTT-TCCT-GAAAATG---ACTA--TGT-A-----TGTC-----TCT-----TGTT--T-TA-TT--TATACAAAT----------GT-AT-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TG----TACATGTA------------T--G-A------CCTC-G--TGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|15 : A--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CTCATGTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCA-AAACC-------C-------AGGCCTAATAT-ACATC--TTTTTT----GCTGT----C-TTT-TTCT-GAAAATG---ACTA--CAT-GTA-TGTCTC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACAAATGTAC--ATATGT-AT-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TACA--TGTA----------------T--G-A------CCTC-A--TGTAACA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAa
gi|16 : CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAT-AACC-------C-------AGGCCTAATAT-ACACCTTTTTTTT----GCTGT----C-TTT-TCCT-GAAAATG---ACTC--TGT-ATA-TGTCTC-------T-----TG-T--T-TA-TA--TATACAAATGTAC--ATTTGT-AT-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TACACGTA------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTT
gi|17 : ATG---TCT-----T-CTTCAA--GT-G--TTAAAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---
gi|17 : g--T-TA-CA--TATATCAATG-A---ATA-GT--T-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------TATACCATG-T-----A-------------------T--G-A-------CTC-AC-TGTACAATA--T--T----ATTGTT---GTGTGAAGTG-ATAAA--GAAACTTGAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacatatatcaatgaatagttttctttttccattgtaatatatataccatgtatgactcactgtacaatattattgttgtgtgaagtgataaagaaacttga
gi|18 : gatgtcttcttcaagtgttaaaaaaagttagaaacctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--CT--G--T---ATT--CCAA-ACCA--A-TTGCAGCACGAAT----------ATTTTCAT-CAT---T--C-AGAATGCAAATCA-TATATATGCG-CC-TTTCAAGAAAAC--TTTTTAA-CAATCT-TAGATACTGACTTCAAAGCCA-AATATAATC-AA--ATTTCATA---AACG---ATTC----TTCTTCAG--TC-G--TT---AAAAG----TT---TAATACAAT---GGGATCA---TCG-TTTACAA-C---CATATAT-ATCTAGTCTTGTCCTCCAT-AACC-------A-------GGGCC
gi|19 : -TTTATAA-CAAAAATATGTGATCTATTC-TGTCCTCCAT--ACC------------------CCCA---------T--TTTTTT----GCTGT----C-TTT-TCCT-GAAAATG---ACTA--TGT-ATA-TGTCTC-----TTT-----TGTT--T----TA--TATACAAATGTAC--TTATGT-AT-TT--CG----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TA----TATGTA--------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAgta
gi|2 : ataagaaaataacaactagatatttATTTTTATGAAATTTCGACCG--C--CAA-ATCATCGT---CTCTTAGT-AGA-GATTGGGAGATGGTACAATATCCCTT--TACGGGAAAGAC-TTTG-TAAATTA---T--G--T---ATC--TTAG-AACA--GATTGCTG-ACAAATT-------TCCTTAT-AT-C-----C--T-TGAATGTAAAa
gi|20 : aatatgtatatatgtgtggattttctaacatttggtgtgaacaaaatattgtaaatgtaaaatggatttcagctgttgtgatacaaaggttacaagacaaatgtatttaaaagtggttaagtgatattggcggtaaatctaaaggccaaatttacaaatcatttaagaccagcatttgttatgaaaaatacataaacatattgccacataaacttagaaagAATATATGAAAAAGTC-TGTTCTCCTTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---T--TTTTCT----ATTGT----A-CAT-T-GT-GTATAT-----TCA--TG---TA-TGTATA-----TTT-----AATTAGT-TA-TA--TTTGCATACCTAC--ATGCAC-TC-TT--CTGACGTTA-------T-------------T----T---G--TA-C-----T--GATA-AATG-T----A-----------TAACTC-------T------TATT-----T-------------------T--GTA------CCTC-A--ATTACCA-A--C--TTA--ATTG-TG--GTTTG-CGAGAATAAATTGAA--TTGAcaactaacaataagaacaatcagtctcttggtaccccacgtcaaacactatggaaacaccataccaaactttatattttttctgaagatt
gi|21 : ATATTTATTAA-TTTAGAACA--T--CGA-ATCACGGG---CCCCCAGT-AGA-GACAGAAAGGTAAGCAAATattg
gi|22 : gatgcaattgttaaacgtttaagtaatcaatttatgcaaaaatggttaagtgaaattgataattcatcaataggacaaaacttaactatagaatttataaggtgaaaaatatcttgcaaaattatttaaactaagacaa--TGT-ACA-TGTA-C-----ATT-----TATT--T-CA-CA---ATACATA-GTACCTATACAC-AT-TC--CC----C---------TGATGTTACTTAAAT----TAACC--CA-T--------G-AA-A----TTTCTA-----------TA-----------T------TG-T------------------------------A------CCTC-A--TGCACCA-A--T--TTC--ATTGTGG--ATTgatct
gi|24 : ttattttacagatatgtgtataatgaatcagcctcttttctttaacacaaaacttcacattttGAT-TGTGCTG---TA--CT--A--TGACAAT--TGAA-GCCACAAATAG-AG-ATGAAT----------ATCTT-AT-C-----TACT-AGAATGCAGTTCCTT---TATCTG-ATATG--GAGAAAAAAATTACCATTCA-GCCGCAAATATTGACCCCAAGCCCC-AATAT--T--AG---TTGAAAATTTAATG---acataataaattgagagataatttg
gi|25 : ccagttgaggacttggccatggtttaaacataccatatatgac---ACTA--TG----A-TGTTGC-----TTC-----T-CT--G-CA-TACCTATAGTCCTATAT--ATAGAG-AT-TT--GT----C---------T-------------TAA--T---A--CA-T-----G--A-AA-A----T----T-----------TC-----------TG-----TA-T-----T-------------------T--C-A------TCTC-A--TGTACCA-C--T--TTC--ATT-TTG--GTTTG-AGTGAATAAA--aacttat
gi|26 : aatctgttttccttcacacaagagttcgtgtttctgcacatttttggggcatatatttcacAATATTTCACA-TAAAG-AAAGAT-TTTG-TG---TC--TT--G--T----GTAATGAATAAAA--AATTGTAG-ATGAATT-------CCATTAT-ATACATGTAT--T-AGAATGCAacgaatgaatt
gi|27 : -------AGGCCTAGCCT-ACACC--TTTTTT----GCTCT----C-TTG-T-CTTGAAAATG---ACTA--TGT-ATA-T---------------------T--T-TA-TA--TATACAAATGTAC------------TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TACA--TGTAATATATTATACATGTAT--G-A------TCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAgtgcctttgtcaaatataagaaagcaggtacatgtactacacaagacccagtgccgttagatttcatgaaattatgtcaaccagttaggttaaa
gi|3 : -ATCACCGG---CTTCCAGT-AGA-GACAGGCAGGTGGCCAAATATTCCTT--TAAATCAACGAC-TTTG-TA---TACTCT--G--T---GG---TCAA-ACCT--TATTGCAG-ACGAATT-------TCAATTT-AT-------T--T-AGAATGCAAATCT-T---TATGCG-CT-GT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-TAGGTACTG--TT-AAAGTCA-AATATTATA-AG--TTTTCCAA-TTAATG---TC------TACTTCAAGTGT-G--TT-AAAAAA-----CT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-GTTTTATAA-CCAAATTTTATGATCTAGTC-TTTCCTCCAT-AACC-------A-------AGG-----------ACC--TTTTTT----GCTGT----T-ATT-A-CC-TAAAA---------------ATA-TG--------------------------A-TG--TATATAAATGTAC--A-ATGT-AT-TC--AT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TG------------------TA-T-----A-------------------T--G-A------CCTA-C--TATACCA-A--TTAT----ATTATTATTATGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTG
gi|30 : CTA--TGT-ACA-TGTACA-----TTT-----TATG--T--A-TA--TAT---CATGTAT--ATATTT-AA-TTAGTT----T---------T-------------A----T---CTGCA-TA----C--C-TACA----T----A-----------TA-----------G------TC-T-----TC------------------T--G-A------CGTT-ACTTGTACTA-AAAT--A----ATTGT-G--GTTTG-AGTGAATAAATTGAA--TTGA
gi|32 : tgttctccttaatacaaaattactttc-----------TA-----------T------TC-T-----T-------------------G--GTA------CCTCCA--CTTACCA-C--T--TGCTAATTGT-G--GTTTG-AGTG-ATAAA--atttaa
gi|33 : atgcatttagtatgtattagatttgatatatattattgattttacttgcattacctacaatcacttcctctgtcgtggatagcctcattagtttaacTA--TAC-ATA-TATTTCAGTAGTTT-----TGTT--TGCA-TACCTATACAC-TCTTC--TTACGTTAT-TT--GT----T---------C-------------T----T---T--TA-AAAAAAT--G-TA-ACTTTT----G-----------TA-----------T------TG-T------------------------------A------CCGC-A--TGTACCA-A--T--CTA--ATTGT-G--GTTTG-AGCGAATAAATTGAA--TTGAattgaa
gi|34 : TT-----TGTT--T-TC-TT--TACATACATGTAC--CTACAT-ACACT--CT----TCTGATGTTAT-------------T----T---G--TACT-----T--A-TA-AA---T----G-----------TA-----------A------CA-T-----T-------------------T--G-AATTGTGTCTC-A--TATACCA-A--TA-TG---ATTGT-G--GTTTG-AGAGAATGAATTGAA--TTGAattgt
gi|35 : tttgtggttcTCAAACTTAGAAAGAAT--TTT-ATGATCGT---TTTACAGT-AGA-GACTGGGAGATGGTACAATATTCCatt
gi|37 : accagcttttgttatgaaaactacattaacatattgccac-----------T------TA-T-----T-------------------TT-GTA------CTTA-A--TGTACCA-A--C--TTA--ATTGT-G--GTTTG-AGTGAATAAATTGAA--TTGA
gi|38 : taatgcaactc-A--TGTACCA-AC-T--T----A--ATTG--GTTTG-AGTGAATAaattgaa
gi|39 : ataatgcaatcttctttgtactaaATTGCTG-ATGAATT-------TCATTAT-AT-C-----C--T-TGAATGTAAACAA-T---TAtaattgaattgaattgaat
gi|4 : taggacctAACA--TTACGACATCACCGAACACTTCCAGTGAGGCGACAGCGAGGTGGC--AATATTCCTTAATAAATCAAAGAT-TTTG-T----CA--CT--CCTT---AAT--TCCA-ACCA--A-TTGCAG--CGAATT-------TCATT------------------GAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAATACAATTTTTA--CA-TCC-TAGATACTG--TTCAAAACCA-AATATAacaaatttaaga
gi|40 : aatcctctcttcatgatatggcatgaacaggattctttagacaaaaatatggtccttgctataattgttaaacaacgtttaagtggtcaatttatccaagaatggtcaagtgacaatgaaaattcatcaaaaggtcaaaactatagaatttataagtcccaatttggtcgtgaaaaatatcttgcaaaattactaatgaatacgaTCAGAATTGATG---TCT-----T-CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAg
gi|5 : TCAAAGATGTTTG-TA---AAGTCT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATCACAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-T-----T--T-AGAATGCAAAACA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAA---TTTTTA--CA-TCC-CCGGTACTT--TTCAAAGCAATAATTAAAT--AC--GTTTCAAACTTAATG---TTTA----T--TTCAA--GT-A--TG-AATAA------TTG--AGAAAC-CT---GTG--CA---G-G-TTTATAA-CAAAACCATATGATCGAGTA-TGTCCTCCATAAGCC-------AGGCATGAAGACCTAAT-TTACACC--TTTCCT----GTTGT----C-TTT----------ATGTATAC-A--TGT-ACG-TTCCTT-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TA----CATGTGC--ATACGT-AT-TA--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-A-----T-------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTGATG--TTTTG-AGTGAATAAA--
gi|6 : CCAGT-GGA-GACTGGTCGGTGGTTCAGTATACCAT--ACAATGAAATAT-TGTG-TG---TA--TTATG--T---AAT--GATA-AC----AAT---AG-ATGAATTATTCATATCATTTT-TT-T-----T--TTAGAATGCAGTGCT-T---TGTCTA-CT-AT--AAGAAAAAAATATCTT--CA-GAA-AAAATGTTG--TACAAGACCA-AATA----------CTGTGAAATTTAATGAAAT-TA----TG--TCGA--CT------------AG----TT---AAGAAA-CT---GTG--TA---T-A-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAGGTC-TGTTCTCTTTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ATTGTA---C-ATT-T----------------TA--CGT-ATA-T----------TCA-----TG------TA-TA--TATTTAATTGCA-----AC-------T--CT----T---------A-------------T----T---------T-----T--G-TACA----T----G-----------TA-----------------------------------------------------------CCTC-A--TGTACCA-A--C--TTA--ATTG-TG--GTTTA-AGAGAATAGATTGAA--TTGAagaggc
gi|7 : ATGTG-ATATT--GAGAAA-CAATGTTTA---A-T----GGAAACTG---------CGA-AATTTAAT--A--------AAATT--ATG---TCGAC---TAGTT-----AT-A--TT-AAAAAAC----TT---AAGAAA-CT---GTG--TA---T-C-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAAGTC-TGTTTTCCGTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ACTGT----A-CAT-T-TT-ACATATA---TATA--TAT-ATATTGTATA-----TTCATGCATATA--T-TA-TA--TTTGCATACCTAC--ATACA-----CT--CT----T---------C-------------TGACGT---C--AT-T-----T--G-TA-AT---T----A-----------TAAACGTAACTC-T------TATT-----T-------------------T--GTA------CCCC-A--TGTACCA-A--T--TTA--ATTG-TG--GTTTG-ATTGAATAAA--attga
gi|8 : cgaatcactctttcgaatttatttttaaaaatgaatggttttacaagtaaaatatatttcgataa--TT-AAAAACT----TT---AAGAAC--T---GTG--TAAAAT-C-TTTATATTCAAAAATATATGAAA-AATC-TGTT-TCCGTAATAC-------A-------A-----AAT-T-AC-----TTTTCT----ACTGTACATC-TTT-A-CA-TAATATAT--ACTA--TAT-AT--TGTACA-----TTCATGCATATTA-T-TAATA--TTTGCATACCTAC--ATACAC-TC-TT--CT----G---------A-------------C----G---T--CA-T-----TTGG-TA-A----T----A-----------TAAACGTAACTTCT------TA-T-----T-------------------TTGG-T------CCCC-A--TGTACCA-A--T--TTA--ATTGTGG--GTTTG-ATTGAATAAttgaatagaattgaa
gi|9 : atttatttttaaaaatgaatggtttttaacaagtaatatatttcgataaatgtgatattgagtaacaatgttttaatggaaacttgcgaatttaatgaaaattatgtcgactagttatgaGCAG-ATTAATA-------TCATTTT--T-A-----T--T-AGAATGCAGTGCT-T---TGT-CGACT-AC--AAGAAAAGAATTCCTT--CA-GCA-AAAATATTG--TTCCAGAACA-AATA----------CTGTGAAATTTAATGAAAT-TA----TG--TCAA--CTAG--TT-ATA--------TTATAAGAAA--CT---GTG--TA---T-C-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAAGTA-TGTTCTCCTTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ATTGTA---CATTT-T-AT-GTATAT-----CCA--TGT-ATA-TATTTA-----ATT-----AGTC--T----TA--TCTACATACCTAC--ATA--T-AC-TC--TT----C---------TGACG---------T----T---A--C--T-----T--G-TA-C----T----AAAAAATGCAACTC-----------T------TA-T-----T-------------------TTAGTA------CCTC-A--TGTACCA-A--C--TCA--ATTG-TG--GTTTG-AGTGAATAAA--cattgaaatagaattgaa
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTATCTATATATATATAAAAAATTAATACCTCTCAAAAAATATTGTACTAGATCCCAAATACCTGTGAATATTTAATGAATTTATGTTCGACCTTAAGTAATACCATGTATCTTAGAAAAACTTAAGAAACTGTGTACATTTATTTTAAAAAAGATAATGAGATAAGTCTCGGTTCTCTCTTATATACGAGAAATTACATTATTCTGATGTAACATATATTATGTATATTTTTTGAAACTATATAAAAATTTTCATTATGTTTTTATTTTGCATACCGTGCTGACGTTAATATTTGTCACACTATCTAAATATGTAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTAATGAAAAGTATGGTTCTACGGGAACTAGTGACATTATAACAGGAGTGATCAAAAAAAATTCTTTAAGAAACATGGTTATATTAAGAGGAGTATATATGAAAAAGTATGTTCTCCTTAATTAACAAAATTACTTTTTCTATTGTACGTTATGTATTATTCATGTATACATGTATATTTAAATTAGCTTTAATTTACTACATGCGCTCTCTTTTTTGTACTCATGTACCAGTTACTTGTGGTTTTCAGAATTGAAATTTGAAATGTG
Unaligned ( gi|23 ): AATTTAATGAAAGTATGTCGACTAGTAATAGTAAAAAACTTAAGAAACTTTATTTAAAAATATATATGAAAAAGTATGTTCTCCTTAATACAAAATTACTTTTCTATTGTACGTTTTATGTATATTCATGTATACATGTATATTTAATTAGCTTTATTTACCTACATGCGCTCTCTTATTTTGTACCTCATGTACCAATTTA
Unaligned ( gi|28 ): TTCTATTGTACATATAGTTATATCTCGAAAGTTTCTTTGCAAACCTACATACACTTTTCTGCGTTATTTTTACATTACTTGTATATTCAACTTTGTAATTGAAACCTCATAACCAATTTAATTTGTTAAGAGAATAAATTTGAACTTGAAAGGTACTTGCAGTG
Unaligned ( gi|29 ): AACTTTCTCTTGATATATGGCACAGGCAAAATTCTTTATACAGAAATATGGTCAATACTATTGTTAAACAACGTGTAAGTGATCAATTTATGCAAAACTGGTTTAATGTCATTAATAATTCACCAAAAGGTCAAAACTTTTGATTTATAAGTTCCAATTTGAT
Unaligned ( gi|31 ): AATTACTTTTCTATTGTACATTTTATGTTTATATCTCAATAGTTTTCTTTGCATACCTACATACACTTTTCTGGCGTTATTTGTACTTGTATATGTAACTTTTGTATTGAACCTCATATACCAATTTAATTGTGGTTTAAGAGAATAAATTAAATTGAA
Unaligned ( gi|36 ): GATGTTATTTGAATACATTACTTTTCTGCATTCTTCCTTATGTACTACATGTACTTTCATTGTGGTTTGAGCGAATAAAATGAATGAA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 11 11111111 11111111 1111111111 11 3333333 33333333333333 11111 333333333333333333333333333333333333 1111 1111 1111 2222222222222222222222 2222222222222222222222222222 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 11 1
lowQualScore : 1 0 222222 5 3333 0 5 5 0 1 888 33 2 4 4 22222222 55 55 77777777 4 55 3 22222222 1 44 8888888888 3 55 777 1 4 8 55 2 99 4 66 00 3 44 6666666 0 6 88888888888888 33 2 33 2 11111 777 2 555 44 555 444 2 1 2 2 222222222222222222222222222222222222 33 5555 1111 2 7777 2 2 0000 22 2 2 0 2222222222222222222222 33 1 55 1 22 8888888 22 4444 1111111111111111111111111111 555555 2 77777 22 2 4 1111 4444 99999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 555555 1 44 1 44 44 7777 55 22 0 1 66 0
lowQualScore : . . ...... . .... . . . . . ... .. . . . ........ .. .. ........ . .. . ........ . .. .......... . .. ... . . . .. . .. . .. .. . .. ....... . . .............. .. . .. . ..... ... . ... .. ... ... . . . . .................................... .. .... .... . .... . . .... .. . . . ...................... .. . .. . .. ....... .. .... ............................ ...... . ..... .. . . .... .... ........... .................................................... ...... . .. . .. .. .... .. .. . . .. .
lowQualScore : 4 8 555555 7 0000 4 0 0 8 0 555 66 5 4 4 88888888 55 55 11111111 0 55 3 22222222 6 66 7777777777 3 22 000 6 0 0 55 5 55 0 33 00 6 55 5555555 1 9 55555555555555 99 9 77 7 99999 999 9 000 22 444 222 9 3 8 7 999999999999999999999999999999999999 77 7777 0000 7 5555 7 9 1111 99 1 1 4 0000000000000000000000 22 9 22 0 88 5555555 88 2222 1111111111111111111111111111 333333 0 00000 88 0 0 8888 2222 00000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222 7 11 7 11 11 0000 55 44 4 8 55 6
consensus : ATATTTATCAAATTTAGAACG--T--CGA-ATCACCGG---CTCCCAGT-AGA-GACAGGNAGGTGGNCAAATATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---TA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-CAGATACTG--TTCAAAGCCA-AATATAAT--AG--TTTTCAGATTTAATG---TCTA----TACTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAAACC-------A-------AGGCCTAAT-T-ACACC--TTTTCT----GCTGT----C-TTT-T-CT-GAAAATG---ACTA--TGT-ATA-TGTNTC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACANATGTAC--ATACGT-AT-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTGTTG--GTTTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
Reference ( family-2263 ) : ATATTTATCAAATTTAGAACG--T--CGA-ATCACCGG---CTCCCAGT-AGA-GACAGGNAGGTGGNCAAATATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---TA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-CAGATACTG--TTCAAAGCCA-AATATAAT--AG--TTTTCAGATTTAATG---TCTA----TACTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAAACC-------A-------AGGCCTAAT-T-ACACC--TTTTCT----GCTGT----C-TTT-T-CT-GAAAATG---ACTA--TGT-ATA-TGTNTC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACANATGTAC--ATACGT-AT-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTGTTG--GTTTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|1 : ATATTTATCAAATTTAGACCA--T--CGA-ATCACCGG---TTCCCAGT-AGA-GAAAGGCGGGTGGGCAAATATCCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-AA---CA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGTAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATACG-CT-TT--AAGAACACAATTTTTA--CA-TCC-CAGGTACTG--TTCAAAGCCA-AATGTAGT--TACTTTTTCAGATTTAATG---TCTACATGTACTTCAA--GT-GTTTT-AAAAAAAAACCTT---AGAAAC-CA---GTG--CA---T-A-TTTATAG-CAAAACTTTATGATCTAGTC-TGTCCTCTATAAACCAGACATGA-------AGGTCTAATCT-ACATC--TTTTCT----GCTGT----C-TAT-T--T-GAAAGTG---ATTA--TGT-ATA-TGTATC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACACATGTAC--ATATCT-AT-TA--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CTTC-A--TGTACAA-A--T--T----ATTGATG--GCGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|10 : TATCTATTAAATCTAGAACA--T--CGA-ATTACC----------AGT-AGA-GACAGACAGGTGGGCAAATAGTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---CA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-TCGAATT-------TCATTTT-CT-T-----T--T-AGA----AAATCA-T---TTTGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--TA-TCC-CAGTTACTG--TTCAAGGCCA-AATATAATTAAG--TTTTCAGAATTAATG---TC------TACTTCAA--AT-G--TT-TTAAAAGGC--TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---A-G-TTTATAA---------------CTAGTC-TGTCAGACATG-----------A-------AGGCCTCATCT-GCGCC--TATTTT----GCTGT----C-TTTAC-CT-AAAAATA---ATTAATTGTCATA-CATA-----------------------TA-TA--TATATATATATA
gi|12 : --TTCAAAGCCA-AATATAATTAAA--TTTCCAGATTTGATG---TCT-----T-CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAT-AACC-------C-------AGGCCTAATAT-ACACC--CTTTTTTGTGGTTGT----C-TTT-TCCT-GAATATG---ACTA--TGT-ATA-TGTCTC-----TTT-----TG-T--T-TA-T---TATACAAAAGTAC--ATATGT-AT-TT--C-----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-------------------A-------G-------------------T--A-A------CATC-A--GGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGT-AATAAA--G-AACTTGA
gi|14 : TTTCAGAATTGATG---TCT-----T-CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAT-AACC-------C-------AGGCCTAATAT-ATACC--TTTTTT----GCTGT----C-TTT-TCCT-GAAAATG---ACTA--TGT-A-----TGTC-----TCT-----TGTT--T-TA-TT--TATACAAAT----------GT-AT-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TG----TACATGTA------------T--G-A------CCTC-G--TGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|15 : A--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CTCATGTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCA-AAACC-------C-------AGGCCTAATAT-ACATC--TTTTTT----GCTGT----C-TTT-TTCT-GAAAATG---ACTA--CAT-GTA-TGTCTC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACAAATGTAC--ATATGT-AT-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TACA--TGTA----------------T--G-A------CCTC-A--TGTAACA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAa
gi|16 : CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAT-AACC-------C-------AGGCCTAATAT-ACACCTTTTTTTT----GCTGT----C-TTT-TCCT-GAAAATG---ACTC--TGT-ATA-TGTCTC-------T-----TG-T--T-TA-TA--TATACAAATGTAC--ATTTGT-AT-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TACACGTA------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTT
gi|17 : ATG---TCT-----T-CTTCAA--GT-G--TTAAAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---
gi|17 : g--T-TA-CA--TATATCAATG-A---ATA-GT--T-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------TATACCATG-T-----A-------------------T--G-A-------CTC-AC-TGTACAATA--T--T----ATTGTT---GTGTGAAGTG-ATAAA--GAAACTTGAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacatatatcaatgaatagttttctttttccattgtaatatatataccatgtatgactcactgtacaatattattgttgtgtgaagtgataaagaaacttga
gi|18 : gatgtcttcttcaagtgttaaaaaaagttagaaacctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--CT--G--T---ATT--CCAA-ACCA--A-TTGCAGCACGAAT----------ATTTTCAT-CAT---T--C-AGAATGCAAATCA-TATATATGCG-CC-TTTCAAGAAAAC--TTTTTAA-CAATCT-TAGATACTGACTTCAAAGCCA-AATATAATC-AA--ATTTCATA---AACG---ATTC----TTCTTCAG--TC-G--TT---AAAAG----TT---TAATACAAT---GGGATCA---TCG-TTTACAA-C---CATATAT-ATCTAGTCTTGTCCTCCAT-AACC-------A-------GGGCC
gi|19 : -TTTATAA-CAAAAATATGTGATCTATTC-TGTCCTCCAT--ACC------------------CCCA---------T--TTTTTT----GCTGT----C-TTT-TCCT-GAAAATG---ACTA--TGT-ATA-TGTCTC-----TTT-----TGTT--T----TA--TATACAAATGTAC--TTATGT-AT-TT--CG----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TA----TATGTA--------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAgta
gi|2 : ataagaaaataacaactagatatttATTTTTATGAAATTTCGACCG--C--CAA-ATCATCGT---CTCTTAGT-AGA-GATTGGGAGATGGTACAATATCCCTT--TACGGGAAAGAC-TTTG-TAAATTA---T--G--T---ATC--TTAG-AACA--GATTGCTG-ACAAATT-------TCCTTAT-AT-C-----C--T-TGAATGTAAAa
gi|20 : aatatgtatatatgtgtggattttctaacatttggtgtgaacaaaatattgtaaatgtaaaatggatttcagctgttgtgatacaaaggttacaagacaaatgtatttaaaagtggttaagtgatattggcggtaaatctaaaggccaaatttacaaatcatttaagaccagcatttgttatgaaaaatacataaacatattgccacataaacttagaaagAATATATGAAAAAGTC-TGTTCTCCTTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---T--TTTTCT----ATTGT----A-CAT-T-GT-GTATAT-----TCA--TG---TA-TGTATA-----TTT-----AATTAGT-TA-TA--TTTGCATACCTAC--ATGCAC-TC-TT--CTGACGTTA-------T-------------T----T---G--TA-C-----T--GATA-AATG-T----A-----------TAACTC-------T------TATT-----T-------------------T--GTA------CCTC-A--ATTACCA-A--C--TTA--ATTG-TG--GTTTG-CGAGAATAAATTGAA--TTGAcaactaacaataagaacaatcagtctcttggtaccccacgtcaaacactatggaaacaccataccaaactttatattttttctgaagatt
gi|21 : ATATTTATTAA-TTTAGAACA--T--CGA-ATCACGGG---CCCCCAGT-AGA-GACAGAAAGGTAAGCAAATattg
gi|22 : gatgcaattgttaaacgtttaagtaatcaatttatgcaaaaatggttaagtgaaattgataattcatcaataggacaaaacttaactatagaatttataaggtgaaaaatatcttgcaaaattatttaaactaagacaa--TGT-ACA-TGTA-C-----ATT-----TATT--T-CA-CA---ATACATA-GTACCTATACAC-AT-TC--CC----C---------TGATGTTACTTAAAT----TAACC--CA-T--------G-AA-A----TTTCTA-----------TA-----------T------TG-T------------------------------A------CCTC-A--TGCACCA-A--T--TTC--ATTGTGG--ATTgatct
gi|24 : ttattttacagatatgtgtataatgaatcagcctcttttctttaacacaaaacttcacattttGAT-TGTGCTG---TA--CT--A--TGACAAT--TGAA-GCCACAAATAG-AG-ATGAAT----------ATCTT-AT-C-----TACT-AGAATGCAGTTCCTT---TATCTG-ATATG--GAGAAAAAAATTACCATTCA-GCCGCAAATATTGACCCCAAGCCCC-AATAT--T--AG---TTGAAAATTTAATG---acataataaattgagagataatttg
gi|25 : ccagttgaggacttggccatggtttaaacataccatatatgac---ACTA--TG----A-TGTTGC-----TTC-----T-CT--G-CA-TACCTATAGTCCTATAT--ATAGAG-AT-TT--GT----C---------T-------------TAA--T---A--CA-T-----G--A-AA-A----T----T-----------TC-----------TG-----TA-T-----T-------------------T--C-A------TCTC-A--TGTACCA-C--T--TTC--ATT-TTG--GTTTG-AGTGAATAAA--aacttat
gi|26 : aatctgttttccttcacacaagagttcgtgtttctgcacatttttggggcatatatttcacAATATTTCACA-TAAAG-AAAGAT-TTTG-TG---TC--TT--G--T----GTAATGAATAAAA--AATTGTAG-ATGAATT-------CCATTAT-ATACATGTAT--T-AGAATGCAacgaatgaatt
gi|27 : -------AGGCCTAGCCT-ACACC--TTTTTT----GCTCT----C-TTG-T-CTTGAAAATG---ACTA--TGT-ATA-T---------------------T--T-TA-TA--TATACAAATGTAC------------TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TACA--TGTAATATATTATACATGTAT--G-A------TCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAgtgcctttgtcaaatataagaaagcaggtacatgtactacacaagacccagtgccgttagatttcatgaaattatgtcaaccagttaggttaaa
gi|3 : -ATCACCGG---CTTCCAGT-AGA-GACAGGCAGGTGGCCAAATATTCCTT--TAAATCAACGAC-TTTG-TA---TACTCT--G--T---GG---TCAA-ACCT--TATTGCAG-ACGAATT-------TCAATTT-AT-------T--T-AGAATGCAAATCT-T---TATGCG-CT-GT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-TAGGTACTG--TT-AAAGTCA-AATATTATA-AG--TTTTCCAA-TTAATG---TC------TACTTCAAGTGT-G--TT-AAAAAA-----CT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-GTTTTATAA-CCAAATTTTATGATCTAGTC-TTTCCTCCAT-AACC-------A-------AGG-----------ACC--TTTTTT----GCTGT----T-ATT-A-CC-TAAAA---------------ATA-TG--------------------------A-TG--TATATAAATGTAC--A-ATGT-AT-TC--AT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TG------------------TA-T-----A-------------------T--G-A------CCTA-C--TATACCA-A--TTAT----ATTATTATTATGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTG
gi|30 : CTA--TGT-ACA-TGTACA-----TTT-----TATG--T--A-TA--TAT---CATGTAT--ATATTT-AA-TTAGTT----T---------T-------------A----T---CTGCA-TA----C--C-TACA----T----A-----------TA-----------G------TC-T-----TC------------------T--G-A------CGTT-ACTTGTACTA-AAAT--A----ATTGT-G--GTTTG-AGTGAATAAATTGAA--TTGA
gi|32 : tgttctccttaatacaaaattactttc-----------TA-----------T------TC-T-----T-------------------G--GTA------CCTCCA--CTTACCA-C--T--TGCTAATTGT-G--GTTTG-AGTG-ATAAA--atttaa
gi|33 : atgcatttagtatgtattagatttgatatatattattgattttacttgcattacctacaatcacttcctctgtcgtggatagcctcattagtttaacTA--TAC-ATA-TATTTCAGTAGTTT-----TGTT--TGCA-TACCTATACAC-TCTTC--TTACGTTAT-TT--GT----T---------C-------------T----T---T--TA-AAAAAAT--G-TA-ACTTTT----G-----------TA-----------T------TG-T------------------------------A------CCGC-A--TGTACCA-A--T--CTA--ATTGT-G--GTTTG-AGCGAATAAATTGAA--TTGAattgaa
gi|34 : TT-----TGTT--T-TC-TT--TACATACATGTAC--CTACAT-ACACT--CT----TCTGATGTTAT-------------T----T---G--TACT-----T--A-TA-AA---T----G-----------TA-----------A------CA-T-----T-------------------T--G-AATTGTGTCTC-A--TATACCA-A--TA-TG---ATTGT-G--GTTTG-AGAGAATGAATTGAA--TTGAattgt
gi|35 : tttgtggttcTCAAACTTAGAAAGAAT--TTT-ATGATCGT---TTTACAGT-AGA-GACTGGGAGATGGTACAATATTCCatt
gi|37 : accagcttttgttatgaaaactacattaacatattgccac-----------T------TA-T-----T-------------------TT-GTA------CTTA-A--TGTACCA-A--C--TTA--ATTGT-G--GTTTG-AGTGAATAAATTGAA--TTGA
gi|38 : taatgcaactc-A--TGTACCA-AC-T--T----A--ATTG--GTTTG-AGTGAATAaattgaa
gi|39 : ataatgcaatcttctttgtactaaATTGCTG-ATGAATT-------TCATTAT-AT-C-----C--T-TGAATGTAAACAA-T---TAtaattgaattgaattgaat
gi|4 : taggacctAACA--TTACGACATCACCGAACACTTCCAGTGAGGCGACAGCGAGGTGGC--AATATTCCTTAATAAATCAAAGAT-TTTG-T----CA--CT--CCTT---AAT--TCCA-ACCA--A-TTGCAG--CGAATT-------TCATT------------------GAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAATACAATTTTTA--CA-TCC-TAGATACTG--TTCAAAACCA-AATATAacaaatttaaga
gi|40 : aatcctctcttcatgatatggcatgaacaggattctttagacaaaaatatggtccttgctataattgttaaacaacgtttaagtggtcaatttatccaagaatggtcaagtgacaatgaaaattcatcaaaaggtcaaaactatagaatttataagtcccaatttggtcgtgaaaaatatcttgcaaaattactaatgaatacgaTCAGAATTGATG---TCT-----T-CTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAg
gi|5 : TCAAAGATGTTTG-TA---AAGTCT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATCACAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-T-----T--T-AGAATGCAAAACA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAA---TTTTTA--CA-TCC-CCGGTACTT--TTCAAAGCAATAATTAAAT--AC--GTTTCAAACTTAATG---TTTA----T--TTCAA--GT-A--TG-AATAA------TTG--AGAAAC-CT---GTG--CA---G-G-TTTATAA-CAAAACCATATGATCGAGTA-TGTCCTCCATAAGCC-------AGGCATGAAGACCTAAT-TTACACC--TTTCCT----GTTGT----C-TTT----------ATGTATAC-A--TGT-ACG-TTCCTT-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TA----CATGTGC--ATACGT-AT-TA--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-A-----T-------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTGATG--TTTTG-AGTGAATAAA--
gi|6 : CCAGT-GGA-GACTGGTCGGTGGTTCAGTATACCAT--ACAATGAAATAT-TGTG-TG---TA--TTATG--T---AAT--GATA-AC----AAT---AG-ATGAATTATTCATATCATTTT-TT-T-----T--TTAGAATGCAGTGCT-T---TGTCTA-CT-AT--AAGAAAAAAATATCTT--CA-GAA-AAAATGTTG--TACAAGACCA-AATA----------CTGTGAAATTTAATGAAAT-TA----TG--TCGA--CT------------AG----TT---AAGAAA-CT---GTG--TA---T-A-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAGGTC-TGTTCTCTTTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ATTGTA---C-ATT-T----------------TA--CGT-ATA-T----------TCA-----TG------TA-TA--TATTTAATTGCA-----AC-------T--CT----T---------A-------------T----T---------T-----T--G-TACA----T----G-----------TA-----------------------------------------------------------CCTC-A--TGTACCA-A--C--TTA--ATTG-TG--GTTTA-AGAGAATAGATTGAA--TTGAagaggc
gi|7 : ATGTG-ATATT--GAGAAA-CAATGTTTA---A-T----GGAAACTG---------CGA-AATTTAAT--A--------AAATT--ATG---TCGAC---TAGTT-----AT-A--TT-AAAAAAC----TT---AAGAAA-CT---GTG--TA---T-C-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAAGTC-TGTTTTCCGTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ACTGT----A-CAT-T-TT-ACATATA---TATA--TAT-ATATTGTATA-----TTCATGCATATA--T-TA-TA--TTTGCATACCTAC--ATACA-----CT--CT----T---------C-------------TGACGT---C--AT-T-----T--G-TA-AT---T----A-----------TAAACGTAACTC-T------TATT-----T-------------------T--GTA------CCCC-A--TGTACCA-A--T--TTA--ATTG-TG--GTTTG-ATTGAATAAA--attga
gi|8 : cgaatcactctttcgaatttatttttaaaaatgaatggttttacaagtaaaatatatttcgataa--TT-AAAAACT----TT---AAGAAC--T---GTG--TAAAAT-C-TTTATATTCAAAAATATATGAAA-AATC-TGTT-TCCGTAATAC-------A-------A-----AAT-T-AC-----TTTTCT----ACTGTACATC-TTT-A-CA-TAATATAT--ACTA--TAT-AT--TGTACA-----TTCATGCATATTA-T-TAATA--TTTGCATACCTAC--ATACAC-TC-TT--CT----G---------A-------------C----G---T--CA-T-----TTGG-TA-A----T----A-----------TAAACGTAACTTCT------TA-T-----T-------------------TTGG-T------CCCC-A--TGTACCA-A--T--TTA--ATTGTGG--GTTTG-ATTGAATAAttgaatagaattgaa
gi|9 : atttatttttaaaaatgaatggtttttaacaagtaatatatttcgataaatgtgatattgagtaacaatgttttaatggaaacttgcgaatttaatgaaaattatgtcgactagttatgaGCAG-ATTAATA-------TCATTTT--T-A-----T--T-AGAATGCAGTGCT-T---TGT-CGACT-AC--AAGAAAAGAATTCCTT--CA-GCA-AAAATATTG--TTCCAGAACA-AATA----------CTGTGAAATTTAATGAAAT-TA----TG--TCAA--CTAG--TT-ATA--------TTATAAGAAA--CT---GTG--TA---T-C-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAAGTA-TGTTCTCCTTAATAC-------A-------A-----AAT-T-A---C--TTTTCT----ATTGTA---CATTT-T-AT-GTATAT-----CCA--TGT-ATA-TATTTA-----ATT-----AGTC--T----TA--TCTACATACCTAC--ATA--T-AC-TC--TT----C---------TGACG---------T----T---A--C--T-----T--G-TA-C----T----AAAAAATGCAACTC-----------T------TA-T-----T-------------------TTAGTA------CCTC-A--TGTACCA-A--C--TCA--ATTG-TG--GTTTG-AGTGAATAAA--cattgaaatagaattgaa
blockSeqs : T GAAT C AACA G C C GCA AA C G C AAATTA AT CT GACAAT T CA C TATTCATA T CA ACATGTAT T CT ATA G A A TC C TT A GC AC T TA TAAGT A AAATTATG GT A . A GGC ATA A CAT AT AAA CG T T T T AAGCCAGGCATGAAGACCTAATTTACAC TT TGTG ACAT A ACC T A GTAT AT C T ACATTCATGCATATTA GC A CC T CT CGTTAT AG GACG TGATGTTACTTAAAT AACC C AAAAA TG A C CTTT TTCT AAAAATGCAAC TTATACATGTAATATATTATACATGTATG ATTGTG C CT T AA TA GCTA TT TT A TT A
blockSeqs : G ATTA . T . . G TAC A G . . ATACT . . GTAA . . . T T C CATT . A . G . A . C A . C AC . TA TAAAT T TCGACTAG . . . . G G . . . . GT . T T . AAACCCAGGCCTAATATACAT . . A . TCC . T AT . . . TTCAGTAGTTTTGTT T . CC A . CATACA . . CTGATGTTATT CTG . A . . C ATG . . AACGTAACTTCTTATTTTGG . . C . C A TA TT . . TT A
blockSeqs : T AT . G . . A GCA . C . . AAAGT . . AGT . . . T A A CTAC . A . C . . . A . . T . . TA CAAA A AAATTATG . . . . G . . . . . G . T T . AACCCAGGCCTAATATACAC . . A . TCC . A A . . . ATATTCATGCATATA T . . A . TGTAT . . CTGACG C . . . . . A . . AACGTAACTCTTATTTTGT . . . . . . TC TT . . TT A
blockSeqs : C GC . G . . C CCA . C . . ACA . . ATT . . . T T A TT . T . G . . . C . . T . . TT AAGT T ATTCTTC . . . . G . . . . . G . T T . AACCCAGGCCTAATATATAC . . . . TTC . A G . . . ATATTTAATTAG T . . A . TGTAT . . TGACGT C . . . . . T . . TTATGTACATGTATG . . . . . . TC TT . . TT A
blockSeqs : AT . T . . G TAC . C . . GTA . . ATC . . . T A A CC . A . G . . . C . . T . . TA ACG A TCTAC . . . . G . . . . . G . T T . AACCCAGGCCTAATATACAC . . . . TCC . A G . . . GTCTCTTGTT T . . A . TGTAT . . TATT C . . . . . . . . TTATACATGTATG . . . . . . TA TT . . TT A
blockSeqs : . . . . G TTC . G . . GTC . . AAT . . . T T A CC . A . G . . . A . . C . . AA AG C TCTTC . . . . G . . . . . G . T T . GAAGGCCTCATCTGCGC . . . . TCC . A G . . . CTCTTTTGTT T . . A . TGTAT . . TTAA C . . . . . . . . TTATACACGTATG . . . . . . TA TT . . TT A
blockSeqs : . . T C . . . GTA . . AGT . . . T A A TT . A . C . . . C . . A . . TA C T TCTTC . . . . G . . . . . G . A T . AATACAAAATTAC . . . . TG . T G . . . CTCTTTTGTT T . . A . CACTC . . TT C . . . . . . . . TATACCATGTATG . . . . . . TA TG . . . A
blockSeqs : . . CA . . AAT . . . T T A TT . T . G . . . G . . A . . T A T TCTTC . . . . G . . . . . G . T A . AATACAAAATTA . . . . TC . A G . . . ACATTTTATG T . . T . CACAT . . TT C . . . . . . . . TTATATATGTATG . . . . . . TA TT . . . A
blockSeqs : . . GG . . . A T T AT . T . . . . . . . . . . . . C T TCTAC . . . . C . . . . . A . T T . AATACAAAATTA . . . . AC . A G . . . CTTTTTTGTT C . . T . GAGAT . . TT G . . . . . . . . ACTCTTATTTTGT . . . . . . TA TT . . . .
blockSeqs : . . T . T . . . . . TCTTC . . . . T . . . . . C . A G . AATACAAAATTA . . . . TT . T A . . . TTAATTAGTC C . . C . TGTAT . . TT A . . . . . . . . TTATTTTAGT . . . . . . CA TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TTTAT . . . . . . . . . . C . A A . AATACAAAATTA . . . . AC . T . . . . CTCTTTTGT T . . A . TTTAA . . TT C . . . . . . . . TTATTTTGT . . . . . . G TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . A A . AACCAAGGAC . . . . TA . T . . . . ACATTTATT T . . A . CGTAT . . TT C . . . . . . . . TGTATTTC . . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A A . ACCCCCA . . . . T . . . . . . TGCTTCTCT T . . C . CACTC . . TT T . . . . . . . . GTCTTCTG . . . . . . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CTCTTGT T . . C . GTAT . . TT G . . . . . . . . TTCTTGGT . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . TCATG T . . C . GTT . . TA C . . . . . . . . ACATTTG . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . A T . . C . TAC . . CT C . . . . . . . . TTAATTG . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . T . . . A . CA . . TT T . . . . . . . . TATATG . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . C . . AT A . . . . . . . . AGTA . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . T . . . . AC . . . . . . . . . TTGT . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . T . TTGT . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . T .
blockSeqCons : AAGC*** TCTNC********* ** G**** AACCCAGGCCTAATTACAC***************** TC**
originalCons : ATATTTATCAAATTTAGAACG--T--CGA-ATCACCGG---CTCCCAGT-AGA-GACAGGNAGGTGGNCAAATATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---TA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-CAGATACTG--TTCAAAGCCA-AATATAAT--AG--TTTTCAGATTTAATG---TCTA----TACTTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAAACC-------A-------AGGCCTAAT-T-ACACC--TTTTCT----GCTGT----C-TTT-T-CT-GAAAATG---ACTA--TGT-ATA-TGTNTC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACANATGTAC--ATACGT-AT-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTGTTG--GTTTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
finalCons : ATATTTATCAAATTTAGAACG--T--CGA-ATCACCGG---CTCCCAGT-AGA-GACAGGNAGGTGGNCAAATATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---TA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-CAGATACTG--TTCAAAGCCA-AATATAATAAGC---TTTCAGATTTAATGTCTNC---------TTCAA--GT-G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAACCCAGGCCTAATTACAC-----------------C--TTTTCT----GCTGT----C-TTTTC--T-GAAAATG---ACTA--TGT-ATA-TGTNTC-----TTT-----TGTT--T-TA-TA--TATACANATGTAC--ATACGT-AT-TT--CT----T---------T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-TA-A----T----A-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTGTTG--GTTTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTATCTATATATATATAAAAAATTAATACCTCTCAAAAAATATTGTACTAGATCCCAAATACCTGTGAATATTTAATGAATTTATGTTCGACCTTAAGTAATACCATGTATCTTAGAAAAACTTAAGAAACTGTGTACATTTATTTTAAAAAAGATAATGAGATAAGTCTCGGTTCTCTCTTATATACGAGAAATTACATTATTCTGATGTAACATATATTATGTATATTTTTTGAAACTATATAAAAATTTTCATTATGTTTTTATTTTGCATACCGTGCTGACGTTAATATTTGTCACACTATCTAAATATGTAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTAATGAAAAGTATGGTTCTACGGGAACTAGTGACATTATAACAGGAGTGATCAAAAAAAATTCTTTAAGAAACATGGTTATATTAAGAGGAGTATATATGAAAAAGTATGTTCTCCTTAATTAACAAAATTACTTTTTCTATTGTACGTTATGTATTATTCATGTATACATGTATATTTAAATTAGCTTTAATTTACTACATGCGCTCTCTTTTTTGTACTCATGTACCAGTTACTTGTGGTTTTCAGAATTGAAATTTGAAATGTG
Unaligned ( gi|23 ): AATTTAATGAAAGTATGTCGACTAGTAATAGTAAAAAACTTAAGAAACTTTATTTAAAAATATATATGAAAAAGTATGTTCTCCTTAATACAAAATTACTTTTCTATTGTACGTTTTATGTATATTCATGTATACATGTATATTTAATTAGCTTTATTTACCTACATGCGCTCTCTTATTTTGTACCTCATGTACCAATTTA
Unaligned ( gi|28 ): TTCTATTGTACATATAGTTATATCTCGAAAGTTTCTTTGCAAACCTACATACACTTTTCTGCGTTATTTTTACATTACTTGTATATTCAACTTTGTAATTGAAACCTCATAACCAATTTAATTTGTTAAGAGAATAAATTTGAACTTGAAAGGTACTTGCAGTG
Unaligned ( gi|29 ): AACTTTCTCTTGATATATGGCACAGGCAAAATTCTTTATACAGAAATATGGTCAATACTATTGTTAAACAACGTGTAAGTGATCAATTTATGCAAAACTGGTTTAATGTCATTAATAATTCACCAAAAGGTCAAAACTTTTGATTTATAAGTTCCAATTTGAT
Unaligned ( gi|31 ): AATTACTTTTCTATTGTACATTTTATGTTTATATCTCAATAGTTTTCTTTGCATACCTACATACACTTTTCTGGCGTTATTTGTACTTGTATATGTAACTTTTGTATTGAACCTCATATACCAATTTAATTGTGGTTTAAGAGAATAAATTAAATTGAA
Unaligned ( gi|36 ): GATGTTATTTGAATACATTACTTTTCTGCATTCTTCCTTATGTACTACATGTACTTTCATTGTGGTTTGAGCGAATAAAATGAATGAA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 11 11111111 11111111 1111111111 11 22222222222 222222222 11111 33333333333333333333333333333333 1111 1111 22222222222222222222222222 1111111111111111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 11 1
lowQualScore : 1 0 222222 5 3333 0 5 5 0 1 888 33 2 4 4 22222222 55 55 77777777 4 55 3 22222222 1 44 8888888888 3 55 777 1 4 8 55 2 99 4 66 00 3 88888888888 1 5 555555555 888888 1 33 33 8888888 2 11111 777 2 555 44 555 444 2 2 1 2 2 33333333333333333333333333333333 33 5555 5555 5 2 7777 2 2 0000 22 2 2 0 22222222222222222222222222 55 1 7777 99999 22 8888888888888888888888888888 555555 2 77777 22 2 2 4 9999 4444 99999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 555555 1 44 1 44 44 7777 55 22 0 1 66 0
lowQualScore : . . ...... . .... . . . . . ... .. . . . ........ .. .. ........ . .. . ........ . .. .......... . .. ... . . . .. . .. . .. .. . ........... . . ......... ...... . .. .. ....... . ..... ... . ... .. ... ... . . . . . ................................ .. .... .... . . .... . . .... .. . . . .......................... .. . .... ..... .. ............................ ...... . ..... .. . . . .... .... ........... .................................................... ...... . .. . .. .. .... .. .. . . .. .
lowQualScore : 4 8 555555 7 0000 4 0 0 8 0 555 66 5 4 4 88888888 55 55 11111111 0 55 3 22222222 6 66 7777777777 3 22 000 6 0 0 55 5 55 0 33 00 6 00000000000 2 7 444444444 888888 0 99 77 5555555 7 99999 999 9 000 22 444 222 9 8 3 7 0 66666666666666666666666666666666 77 7777 7777 3 7 5555 7 9 1111 99 1 1 4 77777777777777777777777777 22 0 0000 66666 88 8888888888888888888888888888 333333 0 00000 88 0 0 0 8888 2222 00000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222 7 11 7 11 11 0000 55 44 4 8 55 6
consensus : ATATTTATCAAATTTAGAACG--T--CGA-ATCACCGG---CTCCCAGT-AGA-GACAGGNAGGTGGNCAAATATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---TA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-CAGATACTG--TTCAAAGCCA-AATATAA-T--AAGCTTTCAGATTTAATG---------TC------TACT--TCAA--GT----G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAACCC--------AGG--------CCTAA-T-TACACC--TTTTCT----GCTG----T-C-TTT-T-CT-GAAAATG---ACTA--TGT-ATA-TGTNTC-----TTT-----TGTT--T-T-ATA--TATACANATGTAC----ATACGT-ATTT--CT----T----T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-T-A-A----T----A-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTGTTG--GTTTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
Reference ( family-2263 ) : ATATTTATCAAATTTAGAACG--T--CGA-ATCACCGG---CTCCCAGT-AGA-GACAGGNAGGTGGNCAAATATTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---TA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-CAGATACTG--TTCAAAGCCA-AATATAA-T--AAGCTTTCAGATTTAATG---------TC------TNCT--TCAA--GT----G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAACCC--------AGG--------CCTAA-T-TACACC--TTTTCT----GCTG----T-C-TTT-T-CT-GAAAATG---ACTA--TGT-ATA-TGTNTC-----TTT-----TGTT--T-T-ATA--TATACANATGTAC----ATACGT-ATTT--CT----T----T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-T-A-A----T----A-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTGTTG--GTTTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|1 : ATATTTATCAAATTTAGACCA--T--CGA-ATCACCGG---TTCCCAGT-AGA-GAAAGGCGGGTGGGCAAATATCCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-AA---CA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGTAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-C-----T--T-AGAATGCAAATCA-T---TATACG-CT-TT--AAGAACACAATTTTTA--CA-TCC-CAGGTACTG--TTCAAAGCCA-AATGTAGTT--ACTTTTTCAGATTTAATG---------TCTACATGTACT--TCAA--GT----GTTTT-AAAAAAAAACCTT---AGAAAC-CA---GTG--CA---T-A-TTTATAG-CAAAACTTTATGATCTAGTC-TGTCCTCTATAAACCAGACATGAAGG--------TCTAA-TCTACATC--TTTTCT----GCTG----T-C-TAT-T--T-GAAAGTG---ATTA--TGT-ATA-TGTATC-----TTT-----TGTT--T-T-ATA--TATACACATGTAC----ATATCT-ATTA--CT----T----T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-T-A-A----T----A-----------TA-----------T------TA-T-----T-------------------T--G-A------CTTC-A--TGTACAA-A--T--T----ATTGATG--GCGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|10 : TATCTATTAAATCTAGAACA--T--CGA-ATTACC----------AGT-AGA-GACAGACAGGTGGGCAAATAGTCCTT--TAAATCAAAGAT-TTTG-TA---CA--CT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATTGCAG-TCGAATT-------TCATTTT-CT-T-----T--T-AGA----AAATCA-T---TTTGCG-CT-TT--AAGAAAACAATTTTTA--TA-TCC-CAGTTACTG--TTCAAGGCCA-AATATAATT--AAGTTTTCAGAATTAATG---------TC------TACT--TCAA--AT----G--TT-TTAAAAGGC--TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---A-G-TTTATAA---------------CTAGTC-TGTCAGACATGA-----------AGG--------CCTCA-TCTGCGCC--TATTTT----GCTG----T-C-TTTAC-CT-AAAAATA---ATTAATTGTCATA-CATA-----------------------T-ATA--TATATATATATA
gi|12 : --TTCAAAGCCA-AATATAA-TT-AAATTTCCAGATTTGATG---------TC------TTCT--TCAA--GT----G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAACCC--------AGG--------CCTAA-TATACACC--CTTTTTTGTGGTTG----T-C-TTT-TCCT-GAATATG---ACTA--TGT-ATA-TGTCTC-----TTT-----TG-T--T-T-AT---TATACAAAAGTAC----ATATGT-ATTT--C-----T----T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-T-A-A----T----A-----------TA-------------------A-------G-------------------T--A-A------CATC-A--GGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGT-AATAAA--G-AACTTGA
gi|14 : TTTCAGAATTGATG---------TC------TTCT--TCAA--GT----G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAACCC--------AGG--------CCTAA-TATATACC--TTTTTT----GCTG----T-C-TTT-TCCT-GAAAATG---ACTA--TGT-A-----TGTC-----TCT-----TGTT--T-T-ATT--TATACAAAT------------GT-ATTT--CT----T----T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-T-A-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TG----TACATGTA------------T--G-A------CCTC-G--TGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGA
gi|15 : A--GT----G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CTCATGTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCAAAACCC--------AGG--------CCTAA-TATACATC--TTTTTT----GCTG----T-C-TTT-TTCT-GAAAATG---ACTA--CAT-GTA-TGTCTC-----TTT-----TGTT--T-T-ATA--TATACAAATGTAC----ATATGT-ATTT--CT----T----T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-T-A-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TACA--TGTA----------------T--G-A------CCTC-A--TGTAACA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAa
gi|16 : CT--TCAA--GT----G--TT-AAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-G-TTTATAA-CAAAAATATATGATCTAGTC-TGTCCTCCATAACCC--------AGG--------CCTAA-TATACACCTTTTTTTT----GCTG----T-C-TTT-TCCT-GAAAATG---ACTC--TGT-ATA-TGTCTC-------T-----TG-T--T-T-ATA--TATACAAATGTAC----ATTTGT-ATTT--CT----T----T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-T-A-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TACACGTA------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTT
gi|17 : ATG---------TC------TTCT--TCAA--GT----G--TTAAAAAAAG----TT---AGAAAC-CT---
gi|17 : g--T-T-ACA--TATATCAATG-A-----ATA-GT--TTT--CT----T----T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-T-A-A----T----A-----------TA-----------TATACCATG-T-----A-------------------T--G-A-------CTC-AC-TGTACAATA--T--T----ATTGTT---GTGTGAAGTG-ATAAA--GAAACTTGAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacatatatcaatgaatagttttctttttccattgtaatatatataccatgtatgactcactgtacaatattattgttgtgtgaagtgataaagaaacttga
gi|18 : gatgtcttcttcaagtgttaaaaaaagttagaaacctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--CT--G--T---ATT--CCAA-ACCA--A-TTGCAGCACGAAT----------ATTTTCAT-CAT---T--C-AGAATGCAAATCA-TATATATGCG-CC-TTTCAAGAAAAC--TTTTTAA-CAATCT-TAGATACTGACTTCAAAGCCA-AATATAA-T--CAAATTTCATA---AACGAT-------TC------TTCT--TCAG--TC----G--TT---AAAAG----TT---TAATACAAT---GGGATCA---TCG-TTTACAA-C---CATATAT-ATCTAGTCTTGTCCTCCATAACCA--------GGG--------CC
gi|19 : -TTTATAA-CAAAAATATGTGATCTATTC-TGTCCTCCATACCCC-----------------------------CA-T--TTTTTT----GCTG----T-C-TTT-TCCT-GAAAATG---ACTA--TGT-ATA-TGTCTC-----TTT-----TGTT--T----TA--TATACAAATGTAC----TTATGT-ATTT--CG----T----T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-T-A-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TA----TATGTA--------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAgta
gi|2 : ataagaaaataacaactagatatttATTTTTATGAAATTTCGACCG--C--CAA-ATCATCGT---CTCTTAGT-AGA-GATTGGGAGATGGTACAATATCCCTT--TACGGGAAAGAC-TTTG-TAAATTA---T--G--T---ATC--TTAG-AACA--GATTGCTG-ACAAATT-------TCCTTAT-AT-C-----C--T-TGAATGTAAAa
gi|20 : aatatgtatatatgtgtggattttctaacatttggtgtgaacaaaatattgtaaatgtaaaatggatttcagctgttgtgatacaaaggttacaagacaaatgtatttaaaagtggttaagtgatattggcggtaaatctaaaggccaaatttacaaatcatttaagaccagcatttgttatgaaaaatacataaacatattgccacataaacttagaaagAATATATGAAAAAGTC-TGTTCTCCTTAATAC--------AA------------AA-T-TA---T--TTTTCT----ATTG----T-A-CAT-T-GT-GTATAT-----TCA--TG---TA-TGTATA-----TTT-----AATTAGT-T-ATA--TTTGCATACCTAC----ATGCAC-TCTT--CTGACGTTA--T-------------T----T---G--TA-C-----T--GAT-A-AATG-T----A-----------TAACTC-------T------TATT-----T-------------------T--GTA------CCTC-A--ATTACCA-A--C--TTA--ATTG-TG--GTTTG-CGAGAATAAATTGAA--TTGAcaactaacaataagaacaatcagtctcttggtaccccacgtcaaacactatggaaacaccataccaaactttatattttttctgaagatt
gi|21 : ATATTTATTAA-TTTAGAACA--T--CGA-ATCACGGG---CCCCCAGT-AGA-GACAGAAAGGTAAGCAAATattg
gi|22 : gatgcaattgttaaacgtttaagtaatcaatttatgcaaaaatggttaagtgaaattgataattcatcaataggacaaaacttaactatagaatttataaggtgaaaaatatcttgcaaaattatttaaactaagacaa--TGT-ACA-TGTA-C-----ATT-----TATT--T-C-ACA---ATACATA-GTACCT--ATACAC-ATTC--CC----C----TGATGTTACTTAAAT----TAACC--CA-T--------G-A-A-A----TTTCTA-----------TA-----------T------TG-T------------------------------A------CCTC-A--TGCACCA-A--T--TTC--ATTGTGG--ATTgatct
gi|24 : ttattttacagatatgtgtataatgaatcagcctcttttctttaacacaaaacttcacattttGAT-TGTGCTG---TA--CT--A--TGACAAT--TGAA-GCCACAAATAG-AG-ATGAAT----------ATCTT-AT-C-----TACT-AGAATGCAGTTCCTT---TATCTG-ATATG--GAGAAAAAAATTACCATTCA-GCCGCAAATATTGACCCCAAGCCCC-AATAT---T--AG--TTGAAAATTTAATG---------acataataaattgagagataatttg
gi|25 : ccagttgaggacttggccatggtttaaacataccatatatgac---ACTA--TG----A-TGTTGC-----TTC-----T-CT--G-C-ATACCTATAGTCCTATAT----ATAGAG-ATTT--GT----C----T-------------TAA--T---A--CA-T-----G--A-A-A-A----T----T-----------TC-----------TG-----TA-T-----T-------------------T--C-A------TCTC-A--TGTACCA-C--T--TTC--ATT-TTG--GTTTG-AGTGAATAAA--aacttat
gi|26 : aatctgttttccttcacacaagagttcgtgtttctgcacatttttggggcatatatttcacAATATTTCACA-TAAAG-AAAGAT-TTTG-TG---TC--TT--G--T----GTAATGAATAAAA--AATTGTAG-ATGAATT-------CCATTAT-ATACATGTAT--T-AGAATGCAacgaatgaatt
gi|27 : --------AGG--------CCTAG-CCTACACC--TTTTTT----GCTC----T-C-TTG-T-CTTGAAAATG---ACTA--TGT-ATA-T---------------------T--T-T-ATA--TATACAAATGTAC-------------TT--CT----T----T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-T-A-A----T----A-----------TA-----------T------TA-TACA--TGTAATATATTATACATGTAT--G-A------TCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTATTG--GTGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTGAgtgcctttgtcaaatataagaaagcaggtacatgtactacacaagacccagtgccgttagatttcatgaaattatgtcaaccagttaggttaaa
gi|3 : -ATCACCGG---CTTCCAGT-AGA-GACAGGCAGGTGGCCAAATATTCCTT--TAAATCAACGAC-TTTG-TA---TACTCT--G--T---GG---TCAA-ACCT--TATTGCAG-ACGAATT-------TCAATTT-AT-------T--T-AGAATGCAAATCT-T---TATGCG-CT-GT--AAGAAAACAATTTTTA--CA-TCC-TAGGTACTG--TT-AAAGTCA-AATATTA-T--AAGTTTTCCAA-TTAATG---------TC------TACT--TCAAGTGT----G--TT-AAAAAA-----CT---AGAAAC-CT---GTG--CA---T-GTTTTATAA-CCAAATTTTATGATCTAGTC-TTTCCTCCATAACCA--------AGG-------------------ACC--TTTTTT----GCTG----T-T-ATT-A-CC-TAAAA---------------ATA-TG---------------------------ATG--TATATAAATGTAC----A-ATGT-ATTC--AT----T----T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-T-A-A----T----A-----------TG------------------TA-T-----A-------------------T--G-A------CCTA-C--TATACCA-A--TTAT----ATTATTATTATGTG-AGTGAATAAA--GAAACTTG
gi|30 : CTA--TGT-ACA-TGTACA-----TTT-----TATG--T---ATA--TAT---CATGTAT----ATATTT-AATTAGTT----T----T-------------A----T---CTGCA-TA----C--C-T-ACA----T----A-----------TA-----------G------TC-T-----TC------------------T--G-A------CGTT-ACTTGTACTA-AAAT--A----ATTGT-G--GTTTG-AGTGAATAAATTGAA--TTGA
gi|32 : tgttctccttaatacaaaattactttc-----------TA-----------T------TC-T-----T-------------------G--GTA------CCTCCA--CTTACCA-C--T--TGCTAATTGT-G--GTTTG-AGTG-ATAAA--atttaa
gi|33 : atgcatttagtatgtattagatttgatatatattattgattttacttgcattacctacaatcacttcctctgtcgtggatagcctcattagtttaacTA--TAC-ATA-TATTTCAGTAGTTT-----TGTT--TGC-ATACCTATACAC-TCTTC----TTACGTTATTT--GT----T----C-------------T----T---T--TA-AAAAAAT--G-T-A-ACTTTT----G-----------TA-----------T------TG-T------------------------------A------CCGC-A--TGTACCA-A--T--CTA--ATTGT-G--GTTTG-AGCGAATAAATTGAA--TTGAattgaa
gi|34 : TT-----TGTT--T-T-CTT--TACATACATGTACCTACATACAC-TCTT--CTGA--TGTTAT-------------T----T---G--TACT-----T--A-TAA-A----T----G-----------TA-----------A------CA-T-----T-------------------T--G-AATTGTGTCTC-A--TATACCA-A--TA-TG---ATTG-TG--GTTTG-AGAGAATGAATTGAA--TTGAattgt
gi|35 : tttgtggttcTCAAACTTAGAAAGAAT--TTT-ATGATCGT---TTTACAGT-AGA-GACTGGGAGATGGTACAATATTCCatt
gi|37 : accagcttttgttatgaaaactacattaacatattgccac-----------T------TA-T-----T-------------------TT-GTA------CTTA-A--TGTACCA-A--C--TTA--ATTGT-G--GTTTG-AGTGAATAAATTGAA--TTGA
gi|38 : taatgcaactc-A--TGTACCA-AC-T--T----A--ATTG--GTTTG-AGTGAATAaattgaa
gi|39 : ataatgcaatcttctttgtactaaATTGCTG-ATGAATT-------TCATTAT-AT-C-----C--T-TGAATGTAAACAA-T---TAtaattgaattgaattgaat
gi|4 : taggacctAACA--TTACGACATCACCGAACACTTCCAGTGAGGCGACAGCGAGGTGGC--AATATTCCTTAATAAATCAAAGAT-TTTG-T----CA--CT--CCTT---AAT--TCCA-ACCA--A-TTGCAG--CGAATT-------TCATT------------------GAATGCAAATCA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAATACAATTTTTA--CA-TCC-TAGATACTG--TTCAAAACCA-AATATAacaaatttaaga
gi|40 : aatcctctcttcatgatatggcatgaacaggattctttagacaaaaatatggtccttgctataattgttaaacaacgtttaagtggtcaatttatccaagaatggtcaagtgacaatgaaaattcatcaaaaggtcaaaactatagaatttataagtcccaatttggtcgtgaaaaatatcttgcaaaattactaatgaatacgaTCAGAATTGATG---------TC------TTCT--TCAA--GT----G--TT-AAAAAAg
gi|5 : TCAAAGATGTTTG-TA---AAGTCT--G--T---AGT--TCAA-ACCA--AATCACAG-ACGAATT-------TCATTTT-AT-T-----T--T-AGAATGCAAAACA-T---TATGCG-CT-TT--AAGAAAA---TTTTTA--CA-TCC-CCGGTACTT--TTCAAAGCAATAATTAAA-T--ACG-TTTCAAACTTAATG---------TT------TATT--TCAA--GT----A--TG-AATAA------TTG--AGAAAC-CT---GTG--CA---G-G-TTTATAA-CAAAACCATATGATCGAGTA-TGTCCTCCATAAGCC--------AGGCATGAAGACCTAATT-TACACC--TTTCCT----GTTG----T-C-TTT----------ATGTATAC-A--TGT-ACG-TTCCTT-----TTT-----TGTT--T-T-ATA--T----ACATGTGC----ATACGT-ATTA--CT----T----T-------------T----T---C--CA-T-----T--G-T-A-A----T----A-----------TA-----------T------TA-A-----T-------------------T--G-A------CCTC-A--TGTACCA-A--T--T----ATTGATG--TTTTG-AGTGAATAAA--
gi|6 : CCAGT-GGA-GACTGGTCGGTGGTTCAGTATACCAT--ACAATGAAATAT-TGTG-TG---TA--TTATG--T---AAT--GATA-AC----AAT---AG-ATGAATTATTCATATCATTTT-TT-T-----T--TTAGAATGCAGTGCT-T---TGTCTA-CT-AT--AAGAAAAAAATATCTT--CA-GAA-AAAATGTTG--TACAAGACCA-AATA----------CTGTGAAATTTAATGAAA------T-------TATG--TCGA--CT---------------AG----TT---AAGAAA-CT---GTG--TA---T-A-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAGGTC-TGTTCTCTTTAATAC--------AA------------AA-T-TA---C--TTTTCT----ATTG----TAC-ATT-T----------------TA--CGT-ATA-T----------TCA-----TG------T-ATA--TATTTAATTGCA-------AC------T--CT----T----A-------------T----T---------T-----T--G-T-ACA----T----G-----------TA-----------------------------------------------------------CCTC-A--TGTACCA-A--C--TTA--ATTG-TG--GTTTA-AGAGAATAGATTGAA--TTGAagaggc
gi|7 : ATGTG-ATATT--GAGAAA-CAATGTTTA---A-T----GGAAACTG---------CGA-AATTTAA-T--AAA-------ATT--ATG---------TC------GACTAGTTA----T----A--TT-AAAAAAC----TT---AAGAAA-CT---GTG--TA---T-C-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAAGTC-TGTTTTCCGTAATAC--------AA------------AA-T-TA---C--TTTTCT----ACTG----T-A-CAT-T-TT-ACATATA---TATA--TAT-ATATTGTATA-----TTCATGCATATA--T-T-ATA--TTTGCATACCTAC----ATACA----CT--CT----T----C-------------TGACGT---C--AT-T-----T--G-T-A-AT---T----A-----------TAAACGTAACTC-T------TATT-----T-------------------T--GTA------CCCC-A--TGTACCA-A--T--TTA--ATTG-TG--GTTTG-ATTGAATAAA--attga
gi|8 : cgaatcactctttcgaatttatttttaaaaatgaatggttttacaagtaaaatatatttcgataaTAA-TGGAAACTTGCGAATTTAATGAAAATTATGTC------GACT-----A--GTTATGA--TT-AAAAACT----TT---AAGAAC--T---GTG--TAAAAT-C-TTTATATTCAAAAATATATGA-AAAATC-TGT-TTCCGTAATAC--------AA------------AA-T-TA---C--TTTTCT----ACTGTACAT-C-TTT-A-CA-TAATATAT--ACTA--TAT-AT--TGTACA-----TTCATGCATATTA-T-TAATA--TTTGCATACCTAC----ATACAC-TCTT--CT----G----A-------------C----G---T--CA-T-----TTGG-T-A-A----T----A-----------TAAACGTAACTTCT------TA-T-----T-------------------TTGG-T------CCCC-A--TGTACCA-A--T--TTA--ATTGTGG--GTTTG-ATTGAATAAttgaatagaattgaa
gi|9 : atttatttttaaaaatgaatggtttttaacaagtaatatatttcgataaatgtgatattgagtaacaatgtttGCAG-ATTAATA-------TCATTTT--T-A-----T--T-AGAATGCAGTGCT-T---TGT-CGACT-AC--AAGAAAAGAATTCCTT--CA-GCA-AAAATATTG--TTCCAGAACA-AATA----------CTGTGAAATTTAATGAAA------T-------TATG--TCAA--CTA---G--TT-ATA--------TTATAAGAAA--CT---GTG--TA---T-C-TTTATTT-CAAAAATATATGAAAAAGTA-TGTTCTCCTTAATAC--------AA------------AA-T-TA---C--TTTTCT----ATTG----TACATTT-T-AT-GTATAT-----CCA--TGT-ATA-TATTTA-----ATT-----AGTC--T----TA--TCTACATACCTAC----ATA--T-ACTC--TT----C----TGACG---------T----T---A--C--T-----T--G-T-A-C----T----AAAAAATGCAACTC-----------T------TA-T-----T-------------------TTAGTA------CCTC-A--TGTACCA-A--C--TCA--ATTG-TG--GTTTG-AGTGAATAAA--cattgaaatagaattgaa
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTATCTATATATATATAAAAAATTAATACCTCTCAAAAAATATTGTACTAGATCCCAAATACCTGTGAATATTTAATGAATTTATGTTCGACCTTAAGTAATACCATGTATCTTAGAAAAACTTAAGAAACTGTGTACATTTATTTTAAAAAAGATAATGAGATAAGTCTCGGTTCTCTCTTATATACGAGAAATTACATTATTCTGATGTAACATATATTATGTATATTTTTTGAAACTATATAAAAATTTTCATTATGTTTTTATTTTGCATACCGTGCTGACGTTAATATTTGTCACACTATCTAAATATGTAAT
Unaligned ( gi|13 ): TTAATGAAAAGTATGGTTCTACGGGAACTAGTGACATTATAACAGGAGTGATCAAAAAAAATTCTTTAAGAAACATGGTTATATTAAGAGGAGTATATATGAAAAAGTATGTTCTCCTTAATTAACAAAATTACTTTTTCTATTGTACGTTATGTATTATTCATGTATACATGTATATTTAAATTAGCTTTAATTTACTACATGCGCTCTCTTTTTTGTACTCATGTACCAGTTACTTGTGGTTTTCAGAATTGAAATTTGAAATGTG
Unaligned ( gi|23 ): AATTTAATGAAAGTATGTCGACTAGTAATAGTAAAAAACTTAAGAAACTTTATTTAAAAATATATATGAAAAAGTATGTTCTCCTTAATACAAAATTACTTTTCTATTGTACGTTTTATGTATATTCATGTATACATGTATATTTAATTAGCTTTATTTACCTACATGCGCTCTCTTATTTTGTACCTCATGTACCAATTTA
Unaligned ( gi|28 ): TTCTATTGTACATATAGTTATATCTCGAAAGTTTCTTTGCAAACCTACATACACTTTTCTGCGTTATTTTTACATTACTTGTATATTCAACTTTGTAATTGAAACCTCATAACCAATTTAATTTGTTAAGAGAATAAATTTGAACTTGAAAGGTACTTGCAGTG
Unaligned ( gi|29 ): AACTTTCTCTTGATATATGGCACAGGCAAAATTCTTTATACAGAAATATGGTCAATACTATTGTTAAACAACGTGTAAGTGATCAATTTATGCAAAACTGGTTTAATGTCATTAATAATTCACCAAAAGGTCAAAACTTTTGATTTATAAGTTCCAATTTGAT
Unaligned ( gi|31 ): AATTACTTTTCTATTGTACATTTTATGTTTATATCTCAATAGTTTTCTTTGCATACCTACATACACTTTTCTGGCGTTATTTGTACTTGTATATGTAACTTTTGTATTGAACCTCATATACCAATTTAATTGTGGTTTAAGAGAATAAATTAAATTGAA
Unaligned ( gi|36 ): GATGTTATTTGAATACATTACTTTTCTGCATTCTTCCTTATGTACTACATGTACTTTCATTGTGGTTTGAGCGAATAAAATGAATGAA