lowQualScore : 1111111 11111111111111111 2222222 111 666666666666666666666666666666666666666666666666 33333333333333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111
lowQualScore : 44 4444444 3 66666666666666666 6666 555 2 1111111 999 33 777 22 22 22 2 2 22 2 666666666666666666666666666666666666666666666666 3 1 1 3 77777777777777777777 3333 77777777 44444 6666 1 3333 3333 5555 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00000000 2
lowQualScore : .. ....... . ................. .... ... . ....... ... .. ... .. .. .. . . .. . ................................................ . . . . .................... .... ........ ..... .... . .... .... .... ................................................................................................................. ........ .
lowQualScore : 66 5555555 1 44444444444444444 1111 000 9 4444444 666 22 888 99 99 99 1 1 99 1 333333333333333333333333333333333333333333333333 6 8 8 4 33333333333333333333 7777 11111111 55555 0000 8 9999 9999 9999 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444444 9
consensus : TCTGTCTGTTT--GTCT-NC----AA-C----T---T------T-AACCT----TG---G-T---CGT-AA-C-TTT--AAACT-ATA--C--A--AG-A-T--A-GA--NA-------TT----T--TAT----TT--TCGGTGAA---NT--GAAAGGTC-A-A-GGTCA----AA--NT--TAC----GT--G-AC-AG--A--T-----AAA---GGTC-AAGG----TC----ATT--TGT-AA------A-----G-----GT--------CA---A-A-----T-T-CA-AT-TAG--GT-------A---GAACA--T---------GNCCA-TA---N--TCNG---GG-GCATAGT--------GTTT-CACAAACACATC
Reference ( gi|7 ) : TCTGTCTGTTT--GTCT-TC----AA-C----T---T------T-AACCT----TG---G-T---TTC-AA-C-TTT--AAATC-ATA--C--A--AG-A-T--A-GA--CA-------TT----T--TAT----TT--CCGGTGAA---AA--GGAAGGTC-A-A-GATCA----AA--TT--TAG----GT--G-AC-AG--A--T-----AAG---GGTC-AAGG----TC----ATT--TGT-AA------G-----G-----GT--------CA---A-A-----T-T-CA-AT-TAG--GT-------A---AAACA--T---------GCCCA-TA---A--TCTG---GT-GCATAGT--------GTTT-TACAAACACATC
gi|8 : TCTTTTTGTTT--GTTC-AC----AA-C----T---TGCAGTTT-AATCG----TG---GCT---TTT-GA-----T--AAACT-CTA--C--A--CG-A-T--A-CA--CA-------TT----T--GGT----TG--CC--TGAA---A-------GGTC--------TA----AG--TT--T-T----GT--G-AC-AA--G--T-----AAA---GGTC-AAGG----TC----ATT--TAT-AT------A-----G-----AT--------CG----------------------AG--GT-------A---AAATA--T----------CCAA-CA---A--T-TGCACAT-GCATTGG--------GTTTATTCCGACATATC
gi|5 : tcgTTTGTGTGTTTCTGTTT-GC----AA-C----T---T------TTAACCT----TG---G-T---CAT-AA-A-TTT--AAACT-GCA--C--A--AG-A-A--A-GA--GA-------CT----T--TAT----TA--TTAGTGAA---CT--CTAAGGTC-A----AT----------------------T--G-AT-TG--A--T-----AAG---GGTG-CAGG----TT----GTT--GAT-GA------A-----GTTCCAGG--------CG---A-A-----T-T-TA-CA-TAA--GT-------T---GAACT--T---------TACCT-TG---C--TCAG---GG-TCATAGTATTGCAGAGTTT-CACAAGCAttgttta
gi|11 : TCTGTCTGTTT---TCT-AG----CA-C----TATAT------T-ATCAT----TG-----C---TGC-AA-C-TTT--A--TT-TT---C--A--AT-A-C--A-AA--CA-------TC----T--TAT--------ACAGCTAA---GG--TGAAGGTC-A------CA----AC--GT--TTT----GT--G-TC-AG--G--T-----CAA---GGTC-AAGG----TC----A----TGT-AA------------A-----GT--------AA---A-AAG---T-C-CA-GT-AA------------A---AAAAA--T---------TCCCA-CA---G--TGCA---AG-GCATGAT--------GTTT-CACtgttttgtttc
gi|24 : ttttcgaTCTGCCT--CT--GTCT-TT----AA-C----T---T------TTAACCT----TG---G------TCAAA-C-CTT--GAATT-ATATGC--AGTAT-A-T--A-GA--C---------T----T--CAT----AC--TCAGTGAT---GT--GAAAGGTC-A-A-G
gi|18 : TCTGTCTCTTC--GTCTGTC----CA-CACAAC---T------T-AACCT----TT---G-T---TAT-AA-CTTTT--GAGCT-ATA--C--A--AA-A-T--A-GA--GA-------CT----G--TAT----AC--TTGAT--A---AT--GGAAGGTC-AGA-GAT------GT--TT--TAC----TT--------T--A--T-----AA----GATC-AAGA----CC----GTG--TAT-CA------A-----A-----GT--------TA---A-A-----T-T-TA-At
gi|9 : tgTCTGTCTGTTT--GT---------AA-C----T---T------T-CACAG----TG---G-T---CAT-AA-C-TTT--AAA-----------G--AG-ACT--T-CA--TA-------GC----T--GAT----TT--AC--TGA----------AAGGTC-A-A-GGCTA----AA--GC--T------GT--ATAC-AG--AATT-----ACA---GATC-AAGG----TC----A-A--TGT-GG------G-----G-----GC--------AA---A-A-----T------AT---G--CT-------A---CAAT---T---------GCCAAGTG---A-----G---GG-GCATAAT--------TCTC-TCCGAACACATCaagttaa
gi|1 : ggtccaTCTGTCT--GCCC-CC----AA-C----A---C--------AGCCA----TA---A-T---CTT-AA-C-TTTTGAAAT--GTT--C--A--AG-A-T--A-GA--GA-------TA----C--TG-----------GGTGGT---CC--GAAAAATC-A-A-GGTCA----GA--GC--TGT----GT--G-AC--------T-----GAGTGCGACC-AAGG----TC----ATT--TGT-TA------A-----G-----GT--------CA---A-G-----G-T-CATAT-T----GTCACATTGA---AATTAGTT---------ACTGA-TA---GT-TCTG---GG-TCATAGT--------GTCT-TACAAACttgtata
gi|6 : gggataaatgttgttatttgtttgctttgaggagcagtgactaaatgcaagaaagatccatgtttctcttatTCTGTTT--GTAT-GC----AA-A----T---T------T-AACTT----GG---G-T---CAT-AA-T-TTT--CAACCTATA--C--A--AG-A-TAAA-GA--CA-------TC----A--TAT----GTAATTG--GAACT-AA----AAGGTCTA-G-GTTCA----AA--AA--TAT----GT--A-GC-TG--A--T-----CAA---GATG-AAAA----TT----ATA--TAT-GA------A-----G-----GA--------CA---A-G-----G-C-CA----TAT--AT-------T---CCACA--TCTGGATTTGGCCTA--A---A--TCAA---GT-GAATAGC--------ATTT-CACAA
gi|4 : tgtctgtcaacTATTT--GCCT-CCCTGCAA-C----T---T------T-AATCT----GGCAGG-T---CAT-AA-TGTTT--AAAGG-ATA--C--A--AG-A-T--ATGA---A-------TC----A--GAT----TT--T--GTGAA---AA--G-AAGGTC-A-A-GGTCAGTACAG--TT--TGA----AT--------G--A--T-----GAA---GGTT-ATGG----AC----A-T--TAT-CA------A-----G-----GT--------CA---ATG-----T-T-GA-AT-TTGTCAT-------AATCAAAGA--T---------CACCA-AA---C--TCTG---GA-ATATTCT--------GTTT-CACAAACTCAT
gi|12 : gttttagtGTTT--GTC---C----GA-C----A---T------T-AAC-T----TA---G-TCCATTC-AA-C-T----------ATA--C--A--AG-A-T--T-GA--AA-------TT----T--CAT----AT--TTGATGAG---GT--GAAGGATC-A-G-TGCCA----AA--GC--TAT----GT--G-AT-T------T-----AAA---GGTC-AAGG----TC----GAT--GGT-A--------------------C--------CA---------------CA-AT---------------A---GAACA--T---------GCCCA-CA---A--TTGG---GA-GCATAGT--------G-TT-CACAAAAGCATtttgt
gi|14 : attggttttaTCT--GTCT-GC----AA-C----T---T--------AACCT----T----G-TCCATTG-AC-C-CTT--GAACT-ATA--CATA--AGTA-G--A-GA--CA----------------TAT----CT---TGGTG-A---CT--GAAAGGTC-A-A-GGTCA----AT--GT--TAT----TT--C-AA-AGGCA--T-----AAG---------ACG----TC----ATT--TTT---------G-----G-----TT--------GA---A-A-----T-T-ttta
gi|3 : ttctggaaggtcttgattgaTT--GTCT-TT----GATC----TG--T------T-GATCTGTCTTT---G-T---TGT-AATC-TTT--GAACT-ATA--C--A--TG-A-T--A-GA--AA-------TT----TCTTAC----TT----GGTGAATTAAA--AGAA---C-A-A-GATCA----AAGCTT--TA------T--G-AC-TA--C--C-----AAA---GTTC-AAGG----TC----ATT--CAT-CA------A-----G-----AT--------CAAGGA-A-----G-C-CA-CG-TTT--GT-------------ACG--T---------GGTCA-TA---C--TTGG---GG-GCATAGT--------GTTT-TACGAAAACATCgccacaagtgaatgtg
gi|2 : ----AA-C----T---T------T-AAACT----TG---G-T---CAC-AA-CTTTT--GAACT-AAA--C--G--AT-G-T--T-GA--AA-------CTTGTGT--TAC----TT--TAAGTGTG---AACTGAAAGGTC-A-A-GGTCA-------------------GT--G-GT-AT--A--TCACTGAAA---GGTC-AAGG----TG----ATT--TAT-AAATGTCTA-----G-----GT--------CA---A-A-----T-T-CACA---AA--AT-------T---GAATG--T---------GGCTT-TA---T--TCTA---AG-GCATAAT--------TTTT-tttttcacgtaccagtttatttctgtgggagagagg
gi|17 : atagtcttttatcagcttga-AATTT----TG---G-TC--TTC-AA-T-TTT--GAACT-AAG--C--A--AG-G-T--A-GAGACA-------T---------------------GGATAA---CT--GAAAGATC-A-A-GGTCA--------TC--GTG----GTCTG-AT-AG--A--T-----CAA---GTTC-AAGG----TC----ATT--CGT-AA------A-----G-----GT--------GAAG-A-A-----T-T-CA-Acatagagaaattgttataagtacattcatttgtgtgattgaaacagg
gi|20 : ttttattaggcagac-TTT--AAAT--ATA--C--A--GG-A-T--A-GA--AACCTGAGCTT----G--TAT----TT----GGTCAG---TT--GAAAGGTCGA-A-GATAA----CA--CTCTT-------T--G-AC-AA--A--------------GGTC-AAAG----TC----ATT--CATGAA------GATCAAG-----GT--------CA---A-A-----T-atgtggccatgctcagggat
gi|16 : taatctttgTT--AAGCT-ATG--C--A--AA-A-C--A-GA--GA-------CT----T--CAT----AC--ATGGTGAA---A---TGAAAGCC-A-ACG--CA----AC--TT-------------G-AA-TG--A--T-----GAG---GGTT-AA------TC----AAT--------------------------GT--------CA-----------T-T-TA-TC-CAG--GT--------------CA--T---------GGCCA-CACACA--CTTG---ATAGTATAGA--------GTTT-TACAAA-ACGTCatgccttaattgtctgtagtcacat
gi|15 : --AAACC-ATA--C--A--AG-A-T--A-AA--GA-------TT----T--CAT----AT--TCTATAAA---AT--GAAAGATT-A-A-GATCA----AA--AC--TAATATTAC--G-CC-AA--A--C-----AAG---GGTC-ATTG----CT----A----TGTCAA------A-----G-----GC--------CA---A-C-----T-T-TG-ACGTA---AT-------A---GAGTC--T---------GGCTA-TA---AGGTCAG---AT-GCGAAGT--------GTTT-CGTAAACACAttgattcaaataacag
gi|21 : ATCTATG--C--A--AG-A-T--A-GA--GA-------CC----T--TATACACTT----GAGGAA---CT--GAGAAGTC-A-A-GGTCA----TT--GT--TGC----GT--T-GT-AG--C--T-----AAA---GGTC-AAGG----TCAACAATT--TG---A------A-----G-----GT--------CA---A-
gi|10 : ggtcatattttttttA--C--A--AG-A-G--A-GA--AA-------TC----A--TAC----TT--C-GGTGAA---CT--GAAAAATA-A-A-TACCA----AA--TC--TAA----CT--C-ACTGG--A--T-----GAG---G-TC-AAGGACATTC----ATTAATGT-CA------A-----G-----GT--------CA---A-A-----C-TGCA-ACATCT--GT-------A---A---A--T---------GATTA-TG---C--TTGG---GA-GAAAAGT--------GTTC-CACAAACATATCgcc
gi|27 : tatagttttggtctgtctgtttcataactgGGTC-A-A-GATCA----AA--TT--TAG----GT--G-AC-AG--AT-T-----AAG---GGTCAAAGG----TC----ATT--TGT-AA------G-----G-----GT--------CA---A-AT----T-T-CA-AT-Tct
gi|22 : GTC-A-A-GGTCA----AA--GT--TAT----TT--G-AC-AG--A--T-----AAA---GGTC-AAGG----AT----A-----GT--A------G-----G-----GT--------CA---A-ATTTGCT-T-CA-AT-T
gi|23 : TC-A-A-GGTCA----AA--GT--TAT----TT--G-AC-AG--A--T-----AAA---GGTC-AAGG----------ATA--AGT-A-------------G-----GT--------CA---A-ATTTGCT-T-CA-AT-Ttaatattaccatggtaacgtaggggcattttgttttcagtca
gi|13 : ATCA----AA--AT---AC----GT--G-AC-TG--A--T-----AAA---AGTC-AAGA----TC----ATT--TAT-AA------A-----A-----GTGAAAGTGCCA---A-A-----TCT-GA-ATGTGG--G---------------CA--T---------GCTCA-TG---C--TCAG---AT-GCATAGT--------GTTT-TATAAAtaatattaccatggtaacgtaggggcattttgttttcagtca
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGGATGATCATTTTCCCGAACTGGTCTGTTTTCTAGCACTACTATTTATTGCCTGCACTTTATTTTCAATCAAACTCTTATACAGCTAAGGTGAAGCGGAAAAAGTTTTGTGCCAGGCTCGCAAGGTCAAAGTAAAAGGTCAA
Unaligned ( gi|25 ): GGTTCATCTGTCTCTGTGTATTATTTCTCATTGTTCTTCACTTTATGAAGGCTTCGTACTTGGTGAACTGAAAGGTCAGGGTCTACTGT
Unaligned ( gi|26 ): TCAAGGCAAGATCTATGCAATTGAGAAAATGTCAAGGTCATTTATCAAAATCAAGGTCATATTTTTCACAATTGA
Unaligned ( gi|28 ): AGAGGGAAAATGTTATTCTGTCTGTTTCTTTAAGATGAAAACCAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111 1111 11111 3333333333333333333333333333 2222222222222222 111111111 77777777777777777777777777777777777777777777 1111
lowQualScore : 0 44 777777777777 555 99 444 0000 2 2 33333 2 22 1 22 1 4444444444444444444444444444 1 22 44444 1 1111111111111111 1 8888888888 3333 1 3333 3333 0 22 111111111 44444 1 555 1 00000000000000000000000000000000000000000000 11 666 0000 1 99999999
lowQualScore : . .. ............ ... .. ... .... . . ..... . .. . .. . ............................ . .. ..... . ................ . .......... .... . .... .... . .. ......... ..... . ... . ............................................ .. ... .... . ........
lowQualScore : 4 22 555555555555 444 99 777 1111 5 2 44444 2 66 9 66 0 7777777777777777777777777777 8 55 66666 6 0000000000000000 8 0000000000 5555 7 5555 5555 2 33 999999999 22222 7 222 7 00000000000000000000000000000000000000000000 44 999 6666 0 77777777
consensus : TCTGTCTGTTT--GTC----TG------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGAT--AGAGA-------CTT----TAT---N--T--T-GG-TG--A---ACTGAAAGGTCAAGG-TCAA---A------GTTATGTGAC--AGA--TA-AAGGT----C-AAGG----TC----ATT--TGT-NA------AG-----GTC-A---A-A-----TT--CA---AT-T----A---GTA---G---AA--CA--TGGCCATA--NT----CGGGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
Reference ( family-226 ) : TCTGTCTGTTT--GTC----TN------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGAT--AGANA-------TTT----TAT---T--T--TCGG-TG--A---ANTGAAAGGTCAAGG-TCAA---A------NTTACGTGAC--AGA--TA-AAGGT----C-AAGG----TC----ATT--TGT-AA------AG-----GTC-A---A-A-----TT--CA---AT-T----AG--GTA---G---AA--CA--TGNCCATA--NT----CNGGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
gi|1 : TCTGTCT--GCC----CC------CAACA---C--AGCCATA---ATCTT--AA-C-TTTTG--AAA-TGTT--CA-AGAT--AGAGA-------TAC----TG------------GG-TG--G---TCCGAAAAATCAAGG-TCAG---A------GCTGTGTGAC--TGA--GT-GCGAC----C-AAGG----TC----ATT--TGT-TA------AG-----GTC-A---A-G-----GT--CAT--AT-TGTC-AC--ATT---G---AAATTAGTTACTGATAG-TT----CTGGGTCATAGT--------GTCTTACAAAC
gi|10 : gggataaatgttgttatttgtttgctttgaggagcagtgactaaatgcaagaaagatccatgtttctcttatAACTG-A--CA-AGAG--AGAAA-------TCA----TAC---T--T---CGG-TG--A---ACTGAAAAATAAATA-CCAA---A------TCTAACTCACT-GGA--T--GAGGT----C-AAGGACATTC----ATTAATGT-CA------AG-----GTC-A---A-A-----CTG-CA---ACAT----CT--GTA---A--------A--TGATTATG--CT----TGGGAGAAAAGT--------GTTCCACAAACATATC
gi|11 : tatagttttggtctgtctgtttcatTCTGTCTGTTT---TC----TA------GCACTATATT-ATCATTG---CT-GC--AA-C-TTT----A---TTTT--CA-ATAC--AAACA-------TCT----TAT---A------CAGCTA--A---GGTGAA-GGTCA-----CAA---C------GTTTTGTGTC--AGG--TC-AAGGT----C-AAGG----TC----A----TGT-AA------A------GTA-A---A-AAG---TC--CA---GT-A----A-----A---A---AA--AA--TTCCCACA--GT----GCAAGGCATGAT--------GTTTCACct
gi|12 : ttttcgaGTTT--GTC------------CGACA---TT-AAC-TTA---GTC-------C-ATT----CAACTATA--CA-AGAT--TGAAA-------TTT----CAT---A--T--TTGA-TG--A---GGTGAAGGATCAGTG-CCAA---A------GCTATGTGAT----T--TA-AAGGT----C-AAGG----TC----GAT--GGT-A---------------CC-A---------------CA---A------------TA---G---AA--CA--TGCCCACA--AT----TGGGAGCATAGT--------G-TTCACAAAAGCAT
gi|13 : attggttttaGT--AA-C-TTT--------TA-A--CA-AGAC--A-ATA-------CTT----CAT---AAAC--TAGG-TT--T---ACTGAATGATCA----TCAA---A------AT-ACGTGAC--TGA--TA-AAAGT----C-AAGA----TC----ATT--TAT-AA------AA-----GTG-A---A-A-----GTGCCA---AA-TCTGAAT--GT----G---GG--CA--TGCTCATG--CT----CAGATGCATAGT--------GTTTTATAAAttta
gi|14 : tgtcactttctctTCT--GTC----TG------CAACT---T--AACCTTG---TCCATTGAC-C-CTT----GAACTATA--CATAAGT--AGAGA-------CAT-----AT---C--T--T-GG-TG--A----CTGAAAGGTCAAGG-TCAA---T------GTTATTTCAA--AGG--CATAAG---------ACG----TC----ATT--TTT----------G-----GTTGA---A-A-----TT--aatgttttt
gi|15 : ttctggaaggtcttgattga----AAACCATA--CA-AGAT--AAAGA-------TTT----CAT---A--T--TCTA-TA--A---AATGAAAGATTAAGA-TCAA---AACTAATATTACGC--C--AAA--CA-AGGGT----C-ATTG----CT----A----TGTCAA------AG-----GCC-A---A-C-----TT--TG---ACGT----A---ATA---G---AG--TC--TGGCTATAAGGT----CAGATGCGAAGT--------GTTTCGTAAACACAgccacaagtgaatgtg
gi|16 : TT----AAGCTATG--CA-AAAC--AGAGA-------CTT----CAT---A--C--ATGG-TG--A---AATGAAAG-CCAACG--CAA--------------CTTGAA--TGA--TG-AGGGTTAATC-AATG----TC----ATT--TAT-CC------AG-----GTC-A---
gi|17 : -AATTTTG---GTCTTC-AA-T-TTT----GAACTAAG--CA-AGGT--AGAGA-------C-------AT-----------GG-AT--A---ACTGAAAGATCAAGG-TCAT---C------GTGGTCTGAT--AGA--TC-AAGTT----C-AAGG----TC----ATT--CGT-AA------AG-----GTG-AAG-A-A-----TT--CA-------------------------AA--TG--TGGCCATG--CT----CAGGGtggccacacacacttgatagtatagagttttacaaaacgtcttgattcaaataacag
gi|18 : ttttattaggcagacTCTGTCTCTTC--GTC----TGTCCACACAACT---T--AACCTTT---GTTAT--AA-C-TTTT---GAGCTATA--CA-AAAT--AGAGA-------CTG----TAT---A--C--TTGA-T-----------AATGG--AAGG-TCAG---AGATGT-TTTACTT----------TATAAGAT----C-AAGA----CC----GTG--TAT-CA------AA-----GTT-A---A-A-----TT--TA---Aat
gi|2 : tgGTCT-TTT--ATCAGCTTG------AAACT---TT-AAACTTG---GTCAC--AA-C-TTTT---GAACTAAA--CG-ATGT--TGAAA-------CTTGTGTTAC---T--T--TAAG-TGTGA---ACTGAAAGGTCAAGG-TCAG---T------GGTATATCAC--TG----A-AAGGT----C-AAGG----TG----ATT--TAT-AAATGTCTAG-----GTC-A---A-A-----TT--CAC--A-------AA--ATT---G---AA--TG--TGGCTTTA--TT----CTAAGGCATAAT--------TTTTaagttaa
gi|20 : ata-TTT----AAA-TATA--CA-GGAT--AGAAACCTGAGCTTG----TAT---T--T----GG-TC--A---GTTGAAAGGTCGAAG-ATAA---C------ACTCTTTGAC--A-------AAGGT----C-AAAG----TC----ATT--CAT-GA------AG-----ATC-A---A-G-----GT--CA---AA-T----Atcatagagaaattgttataagtacattcatttgtgtgattgaaacagg
gi|21 : taatctttg-TTT----TATCTATG--CA-AGAT--AGAGA-------CCT----TATACAC--T--TGAG--G--A---ACTGAGAAGTCAAGG-TCAT---T------GTTGCGTTGT--AGC--TA-AAGGT----C-AAGG----TCAACAATT--TG---A------AG-----GTC-A---A-tgccttaattgtctgtagtcacat
gi|22 : ggtcatattttGTCAAGG-TCAA---A------GTTATTTGAC--AGA--TA-AAGGT----C-AAGG----AT----A-----GT--A------GG-----GTC-A---A-ATTTGCTT--CA---AT-T---------T--------AA--TA--TTACCATG--GTAACGTAGGGGCATTTT--------GTTTgcc
gi|23 : TCAAGG-TCAA---A------GTTATTTGAC--AGA--TA-AAGGT----C-AAGG----------ATA--AGT---------AG-----GTC-A---A-ATTTGCTT--CA---AT-T---------T--------AA--TA--TTACCATG--GTAACGTAGGGGCATTTT--------GTTTtcagtca
gi|24 : TCTGCCT--CT--GTC----TT------TAACT---TTTAACCTTG---GTCA---AA-C-CTT----GAATTATATGCA-GTAT--ATAGA-------CTT----CAT---A--C--TCAG-TG--A---TGTGAAAGGTCAAGtcagtca
gi|25 : --TTGG-TG--A---ACTGAAAGGTCAGGG-TCt
gi|26 : ggttcatctgtctctgtgtattatttctcattgttcttcactttatgaaggcttcgtacTCAAGG-CAAG---A------TCTATGCAATTGAGA---A-AATGT----C-AAGG----TC----ATT--TAT-CA------AA-----ATC-A---A-G-----GT--CAT--AT-T----tactgt
gi|27 : GGTCAAGA-TCAA---A------TTTAGGTGAC--AGAT-TA-AGGGT----CAAAGG----TC----ATT--TGT-AA------GG-----GTC-A---A-AT----TT--CA---AT-T----tttcacaattga
gi|3 : CTTT---GTTGT--AATC-TTT----GAACTATA--CA-TGAT--AGAAA-------TTTCT--TAC---T--T----GG-TG--A---ATTAAAAGAACAAGA-TCAA---A------GCTTTATGAC--TAC--CA-AAGTT----C-AAGG----TC----ATT--CAT-CA------AG-----ATC-AAGGA-A-----GC--CA---CG-T----TT--GT---------A--CG--TGGTCATA--CT----TGGGGGCATAGT--------GTTTTACGAAAACATC
gi|4 : ttgtctttgatctgttgatctgtTATTTGCCT--CCC----TG------CAACT---TT-AATCTGGCAGGTCAT--AA-TGTTT----AAAGGATA--CA-AGAT--ATGAA-------TCA----GAT---T--T--T--G-TG--A---AAAGAA-GGTCAAGG-TCAGTACA------GTT---TGAA--TGA--TG-AAGGT----T-ATGG----AC----ATT---AT-CA------AG-----GTC-A---ATG-----TT--GA---AT-T----TGTCATA---ATCAAA--GA--TCACCAAA--CT----CTGGAATATTCT--------GTTTCACAAACTCATtttttcacgtaccagtttatttctgtgggagagagg
gi|5 : gttttagtTTTGTGTGTTTCTGTT----TG------CAACT---TTTAACCTTG---GTCAT--AA-A-TTT----AAACTGCA--CA-AGAA--AGAGA-------CTT----TAT---T--A--TTAG-TG--A---ACTCTAAGGTCAA-------------------T---TGAT--TGA--TA-AGGGT----G-CAGG----TT----GTT--GAT-GA------AGTTCCAGGC-G---A-A-----TT--TA---CA-T----AA--GTT---G---AA--CT--TTACCTTG--CT----CAGGGTCATAGTATTGCAGAGTTTCACAAGCAtttgt
gi|6 : TCTGTTT--GTA----TG------CAAAT---TT-AACTTGG---GTCAT--AA-T-TTTC---AACCTATA--CA-AGATAAAGACA-------TCA----TAT---G--TAATTG---G--A---ACTAAAAGGTCTAGGTTCAA---A------AATATGTAGC--TGA--TC-AAGAT----G-AAAA----TT----ATA--TAT-GA------AG-----GAC-A---A-G-----GC--CATATAT-T----CC--ACATCTG---GA--TT--TGGCCTAA--AT----CAAGTGAATAGC--------ATTTCACAAtgttttgtttc
gi|7 : tgtctgtcaacTCTGTCTGTTT--GTC----TT------CAACT---TT-AACCTTG---GTTTC--AA-C-TTT----AAATCATA--CA-AGAT--AGACA-------TTT----TAT---T--T--CCGG-TG--A---AAAGGAAGGTCAAGA-TCAA---A------TTTAGGTGAC--AGA--TA-AGGGT----C-AAGG----TC----ATT--TGT-AA------GG-----GTC-A---A-A-----TT--CA---AT-T----AG--GTA---A---AA--CA--TGCCCATA--AT----CTGGTGCATAGT--------GTTTTACAAACACATC
gi|8 : TCTTTTTGTTT--GTT----CA------CAACT---TG-CAGTTTA---ATCGT--GG-C-TTTTGATAAACTCTA--CA-CGAT--ACACA-------TTT------------------GG-TT--G---CCTGAAAGGTCTAAG-T-------------TTT--GTGAC--AAG--TA-AAGGT----C-AAGG----TC----ATT--TAT-AT------AG-----ATC-G---A-
gi|9 : tcgTCTGTCTGTTT--GT--------------AACT---TT-CACAGTG---GTCAT--AA-C-TTT----AAA-----------------GAGA-------CTT----CAT----------AGC-TG--ATTTACTGAAAGGTCAAGG-CTAA---A------GCTGTAT-AC--AGAATTA-CAGAT----C-AAGG----TC----A-A--TGT-GG------GG-----GCA-A---A-A-----T--------AT-------G--CTA---C---A----A--TTGCCA-A--GT----GAGGGGCATAAT--------TCTCTCCGAACACATCggtaaaatatccaacaattgcacatgcattgggtttattccgacatatcttgttta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGGATGATCATTTTCCCGAACTGGTCTGTTTTCTAGCACTACTATTTATTGCCTGCACTTTATTTTCAATCAAACTCTTATACAGCTAAGGTGAAGCGGAAAAAGTTTTGTGCCAGGCTCGCAAGGTCAAAGTAAAAGGTCAA
Unaligned ( gi|28 ): AGAGGGAAAATGTTATTCTGTCTGTTTCTTTAAGATGAAAACCAT
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 2222222222222222222 1111111 111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 33 6666 2 888888 555 88 1 444 0000 2 2 33333 2 22 1 1 6666666666666666666 333 333 1 1 222 1 1 666666 1111111 3 1 1 3333 3333 0 5555 000000000 44444 66666666 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444 33 5555 666 222222 99999999
lowQualScore : .. .... . ...... ... .. . ... .... . . ..... . .. . . ................... ... ... . . ... . . ...... ....... . . . .... .... . .... ......... ..... ........ . .................................................. .. .... ... ...... ........
lowQualScore : 99 1111 9 222222 000 55 5 777 1111 5 2 44444 2 66 9 2 1111111111111111111 222 555 6 7 999 7 7 555555 5555555 3 7 7 5555 5555 2 8888 777777777 22222 00000000 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222 33 0000 666 666666 11111111
consensus : TCTGTCTGTTT--GTC----T-G------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGATAGAGACTT-------CAT-N---T-T-G---GT--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATG-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-NA------AG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----A-GTA----GAACATGGCC----ATA--NT--CG--GGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
Reference ( family-226 ) : TCTGTCTGTTT--GTC----T-G------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGATAGAGACTT-------TAT-N---T-T-G---GT--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATG-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-NA------AG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----A-GTA----GAACATGGCC----ATA--NT--CG--GGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
gi|1 : TCTGTCT--GCC----C-C------CAACA---C--AGCCATA---ATCTT--AA-C-TTTTG--AAA-TGTT--CA-AGATAGAGA----------TA--C---T-G-G---GT--GGTCCGAAAAATCAAGG-TCA-G---A-GC-T--GTG-TGAC--TGA--GT-GCGACC-AA-GG----TC----ATT----TGT-TA------AG-----GT--------C-A---A-G-----G-T-C----AT--AT------T----G-TCACATTGAAATTAGTTACTGATAG-TT--CT--GGGTCATAGT--------GTCTTACAAAC
gi|10 : gggataaatgttgttatttgtttgctttgaggagcagtgactaaatgcaagaaagatccatgtttctcttatAACTG-A--CA-AGAGAGAAATCA-------TAC-T---T-C-G---GT--GAACTGAAAAATAAATA-CCA-A---A-TC-T--AAC-TCACT-GGA--T--GAGGTC-AA-GGACATTC----ATTAA--TGT-CA------AG-----GT--------C-A---A-A-----C-TGC----AAC-AT------C----T-GTA----A---ATGATT----ATG--CT--TG--GGAGAAAAGT--------GTTCCACAAACATATC
gi|11 : tatagttttggtctgtctgtttcatTCTGTCTGTTT---TC----TAG------C-ACTATATT-ATCATTG---CT-GC--AA-C-TTT----A---TTTT--CA-ATACAAACATCT-------TAT-A---C------------AGCT--AAGGTGAAGG-TCACA---ACGT-T--TTG-TGTC--AGG--TC-AAGGTC-AA-GG----TC----A------TGT-AA------A------GT--------A-A---A-AAG---T-C-C----A---GT------A----A---A----AAAAATTCCC----ACA--GT--GC--AAGGCATGAT--------GTTTCACct
gi|12 : ttttcgaGTTT--GTC----C-G--------ACA---TT-AAC-TTA---GTC-------C-ATT----CAACTATA--CA-AGATTGAAATTT-------CAT-A---T-TTG---AT--GAGGTGAAGGATCAGTG-CCA-A---A-GC-T--ATG-TGAT----T--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----GAT----GGT-A---------------C--------C-A---------------C----A---A---------------TA----GAACATGCCC----ACA--AT--TG--GGAGCATAGT--------G-TTCACAAAAGCAT
gi|13 : attggttttaGT--AA-C-TTT--------TA-A--CA-AGACA-ATACTT-------CAT-AAACT-A-G---GT--TTACTGAATGATCA----TCA-A---A-AT----ACG-TGAC--TGA--TA-AAAGTC-AA-GA----TC----ATT----TAT-AA------AA-----GTGAAAGTGCC-A---A-A-----TCT-G----A---AT-------------GTG----GG-CATGCTC----ATG--CT--CA--GATGCATAGT--------GTTTTATAAAttta
gi|14 : tgtcactttctctTCT--GTC----T-G------CAACT---T--AACCTTG---TCCATTGAC-C-CTT----GAACTATA--CATAAGTAGAGACAT--------AT-C---T-T-G---GT--GA-CTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---T-GT-T--ATT-TCAA--AGG--CATAAG-----A-CG----TC----ATT----TTT----------G-----GT--------TGA---A-A-----T-T-aatgttttt
gi|15 : ttctggaaggtcttgattga----AAACCATA--CA-AGATAAAGATTT-------CAT-A---T-TCT---AT--AAAATGAAAGATTAAGA-TCA-A---A-AC-TA-ATA-TTAC---GC--CA-AA---C-AAGGG----TC----ATTGCTATGTCAA------AG-----GC--------C-A---A-C-----T-T-T----G---ACG-----T----A-ATA----GAGTCTGGCT----ATAAGGT--CA--GATGCGAAGT--------GTTTCGTAAACACAgccacaagtgaatgtg
gi|16 : TT----AAGCTATG--CA-AAACAGAGACTT-------CAT-A---CAT-G---GT--GAAATGAAA-GCCAACG-C---A---A-CT-TGAATGATGAG--GGT--TA-A---TC-AA-TG----TC----ATT----TAT-CC------AG-----GT--------C-A--------------------------------T----G-GC------CACA----C----ACA--CT--TG--ATAGTATAGA--------GTTTTACAAA-ACGTC
gi|17 : -AATTTTG---GTCTTC-AA-T-TTT----GAACTAAG--CA-AGGTAGAGAC----------AT-G-------G---AT---AACTGAAAGATCAAGG-TCA-T---C-GT-G--GTC-TGAT--AGA--TC-AAGTTC-AA-GG----TC----ATT----CGT-AA------AG-----GT--------G-AAG-A-A-----T-T-C----A--------------------------AATGTGGCC----ATG--CT--CA--GGGttgattcaaataacag
gi|18 : ttttattaggcagacTCTGTCTCTTC--GTC----T-GTCCACACAACT---T--AACCTTT---GTTAT--AA-C-TTTT---GAGCTATA--CA-AAATAGAGACTG-------TAT-AC--T-T-G---AT--------AATGG--AAGG-TCA-G---A-GA-T--GTT-TTAC---TT--TATAAGATC-AA-GA----CC----GTG----TAT-CA------AA-----GT--------T-A---A-A-----T-T-T----A---Aat
gi|2 : tgGTCT-TTT--ATCAGCTT-G------AAACT---TT-AAACTTG---GTCAC--AA-C-TTTT---GAACTAAA--CG-ATGTTGAAACTTGTGT---TAC-T---T-T-AAGTGT--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-G---T-GG-T--ATA-TCAC--TG----A-AAGGTC-AA-GG----TG----ATT----TAT-AAATGTCTAG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-CACAAA---AT------T-------------GAATGTGGCT----TTA--TT--CT--AAGGCATAAT--------TTTTaagttaa
gi|20 : ata-TTT----AAA-TATA--CA-GGATAGAAACCTGAGCTTGTAT-----T-T-G---GT--CAGTTGAAAGGTCGAAG-ATA-A---C-AC-T--CTT-TGAC--A-------AAGGTC-AA-AG----TC----ATT----CAT-GA------AG-----AT--------C-A---A-G-----G-T-C----A---AA------T----A-tcatagagaaattgttataagtacattcatttgtgtgattgaaacagg
gi|21 : taatctttg-TTT----TATCTATG--CA-AGATAGAGACCT-------TAT-ACACT-T-G---AG--GAACTGAGAAGTCAAGG-TCA-T---T-GT-T--GCG-TTGT--AGC--TA-AAGGTC-AA-GG----TCAACAATT----TG---A------AG-----GT--------C-A---A-tgccttaattgtctgtagtcacat
gi|22 : ggtcatattttGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATT-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----AT----A-------GT--A------GG-----GT--------C-A---A-ATTTGCT-T-C----A---AT------T-------T------AATATTACC----ATG--GTAACGTAGGGGCATTTT--------GTTTgcc
gi|23 : TCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATT-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----------ATA----AGT---------AG-----GT--------C-A---A-ATTTGCT-T-C----A---AT------T-------T------AATATTACC----ATG--GTAACGTAGGGGCATTTT--------GTTTtcagtca
gi|24 : TCTGCCT--CT--GTC----T-T------TAACT---TTTAACCTTG---GTCA---AA-C-CTT----GAATTATATGCA-GTATATAGACTT-------CATAC---T-C-A---GT--GATGTGAAAGGTCAAGtcagtca
gi|25 : ATGAAGGCTT-------CGT-AC--T-T-G---GT--GAACTGAAAGGTCAGGG-TCt
gi|26 : ggttcatctgtctctgtgtattatttctcattgttcttcactttTCAAGG--CA-A---G-ATCT--ATG-CAATTGAGA---A-AATGTC-AA-GG----TC----ATT----TAT-CA------AA-----AT--------C-A---A-G-----G-T-C----AT--AT------T----tactgt
gi|27 : GGTCAAGA-TCA-A---A-TT-T--AGG-TGAC--AGAT-TA-AGGGTCAAA-GG----TC----ATT----TGT-AA------GG-----GT--------C-A---A-AT----T-T-C----A---AT------T----tttcacaattga
gi|3 : TCTGTTG--ATC----T-G------T--CT---TT-----------GTTGT--AATC-TTT----GAACTATA--CA-TGATAGAAATTTCT-----TA--C---T-T-G---GT--GAATTAAAAGAACAAGA-TCA-A---A-GC-T--TTA-TGAC--TAC--CA-AAGTTC-AA-GG----TC----ATT----CAT-CA------AG-----AT--------C-AAGGA-A-----G-C-C----AC--GT------T----T-GT-------ACGTGGTC----ATA--CT--TG--GGGGCATAGT--------GTTTTACGAAAACATC
gi|4 : ttgtctttgaTATTTGCCT--CCC----T-G------CAACT---TT-AATCTGGCAGGTCAT--AA-TGTTT----AAAGGATA--CA-AGATATGAATCA-------GAT-T---T-T-G----T--GAAAAGAA-GGTCAAGG-TCA-GTACA-GT-T------TGAA--TGA--TG-AAGGTT-AT-GG----AC----A-T----TAT-CA------AG-----GT--------C-A---ATG-----T-T-G----A---ATTTGTCAT----A-ATC----AAAGATCACC----AAA--CT--CT--GGAATATTCT--------GTTTCACAAACTCATtttttcacgtaccagtttatttctgtgggagagagg
gi|5 : gttttagtTTTGTGTGTTTCTGTT----T-G------CAACT---TTTAACCTTG---GTCAT--AA-A-TTT----AAACTGCA--CA-AGAAAGAGACTT-------TAT-TA--T-T-A---GT--GAACTCTAAGGTCAA--------------------T--TGAT--TGA--TA-AGGGTG-CA-GG----TT----GTT----GAT-GA------AGTTCCAGG--------C-G---A-A-----T-T-T----AC--AT------A----A-GTT----GAACTTTACC----TTG--CT--CA--GGGTCATAGTATTGCAGAGTTTCACAAGCAtttgt
gi|6 : TCTGTTT--GTA----T-G------CAAAT---TT-AACTTGG---GTCAT--AA-T-TTTC---AACCTATA--CA-AGATAAAGACAT-------CAT-A---TGT-A---ATTGGAACTAAAAGGTCTAGGTTCA-A---A-AA-T--ATG-TAGC--TGA--TC-AAGATG-AA-AA----TT----ATA----TAT-GA------AG-----GA--------C-A---A-G-----G-C-C----ATATAT------TCCACA-TCT----GGATTTGGCC----TAA--AT--CA--AGTGAATAGC--------ATTTCACAAtgttttgtttc
gi|7 : tgtctgtcaacTCTGTCTGTTT--GTC----T-T------CAACT---TT-AACCTTG---GTTTC--AA-C-TTT----AAATCATA--CA-AGATAGACATTT-------TAT-T---T-CCG---GT--GAAAAGGAAGGTCAAGA-TCA-A---A-TT-T--AGG-TGAC--AGA--TA-AGGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-AA------GG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----AGGTA----AAACATGCCC----ATA--AT--CT--GGTGCATAGT--------GTTTTACAAACACATC
gi|8 : TCTTTTTGTTT--GTT----C-A------CAACT---TG-CAGTTTA---ATCGT--GG-C-TTTTGATAAACTCTA--CA-CGATACACA--------------T---T-T-G---GT--TGCCTGAAAGGTC-----T---A---A-GT-T--TTG-TGAC--AAG--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TAT-AT------AG-----AT--------C-G---A-
gi|9 : tcgTCCATCTGTCT--GTT----T-G------TAACT---TT-CACAGTG---GTCAT--AA-C-TTT----AAA---------------GAGACTT-------CAT-AG--C-T-G---AT--TTACTGAAAGGTCAAGG-CTA-A---A-GC-T--GTA-T-AC--AGAATTA-CAGATC-AA-GG----TC----A-A----TGT-GG------GG-----G---------C-A---A----------------A---ATA-----T----G-CTA----CA--ATTGCC----A-A--GT--GA--GGGGCATAAT--------TCTCTCCGAACACATCggtaaaatatccaacaattgcacatgcattgggtttattccgacatatcttgttta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGGATGATCATTTTCCCGAACTGGTCTGTTTTCTAGCACTACTATTTATTGCCTGCACTTTATTTTCAATCAAACTCTTATACAGCTAAGGTGAAGCGGAAAAAGTTTTGTGCCAGGCTCGCAAGGTCAAAGTAAAAGGTCAA
Unaligned ( gi|28 ): AGAGGGAAAATGTTATTCTGTCTGTTTCTTTAAGATGAAAACCAT
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 2222222222 1111111 111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 33 6666 2 888888 555 88 1 444 0000 2 2 33333 2 22 1 1 22 33333 77777 7777777777 33333 333 1 1 222 1 1 666666 1111111 3 1 1 3333 3333 0 5555 000000000 44444 66666666 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444 33 5555 666 222222 99999999
lowQualScore : .. .... . ...... ... .. . ... .... . . ..... . .. . . .. ..... ..... .......... ..... ... . . ... . . ...... ....... . . . .... .... . .... ......... ..... ........ . .................................................. .. .... ... ...... ........
lowQualScore : 99 1111 9 222222 000 55 5 777 1111 5 2 44444 2 66 9 8 55 99999 00000 0000000000 55555 555 6 7 999 7 7 555555 5555555 3 7 7 5555 5555 2 8888 777777777 22222 00000000 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222 33 0000 666 666666 11111111
consensus : TCTGTCTGTTT--GTC----T-G------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGATA-GAGACTT----CA-----T-A---T-T--G---G-T--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATG-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-NA------AG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----A-GTA----GAACATGGCC----ATA--NT--CG--GGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
Reference ( family-226 ) : TCTGTCTGTTT--GTC----T-G------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGATA-GAGACTT----CA-----T-N---T-T--G---G-T--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATG-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-NA------AG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----A-GTA----GAACATGGCC----ATA--NT--CG--GGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
gi|1 : TCTGTCT--GCC----C-C------CAACA---C--AGCCATA---ATCTT--AA-C-TTTTG--AAA-TGTT--CA-AGATA-GAGA--------------T-A---C-T--G---GGT--GGTCCGAAAAATCAAGG-TCA-G---A-GC-T--GTG-TGAC--TGA--GT-GCGACC-AA-GG----TC----ATT----TGT-TA------AG-----GT--------C-A---A-G-----G-T-C----AT--AT------T----G-TCACATTGAAATTAGTTACTGATAG-TT--CT--GGGTCATAGT--------GTCTTACAAAC
gi|10 : gggataaatgttgttatttgtttgctttgaggagcagtgactaaatgcaagaaagatccatgtttctcttatAACTG-A--CA-AGAGA-GAAA--T----CA-----T-A---C-TTCG---G-T--GAACTGAAAAATAAATA-CCA-A---A-TC-T--AAC-TCACT-GGA--T--GAGGTC-AA-GGACATTC----ATTAA--TGT-CA------AG-----GT--------C-A---A-A-----C-TGC----AAC-AT------C----T-GTA----A---ATGATT----ATG--CT--TG--GGAGAAAAGT--------GTTCCACAAACATATC
gi|11 : tatagttttggtctgtctgtttcatTCTGTCTGTTT---TC----TAG------C-ACTATATT-ATCATTG---CT-GC--AA-C-TTT----A---TTTT--CA-ATACA-AACATCT----TA-----T-A---C--------------AGCT--AAGGTGAAGG-TCACA---ACGT-T--TTG-TGTC--AGG--TC-AAGGTC-AA-GG----TC----A------TGT-AA------A------GT--------A-A---A-AAG---T-C-C----A---GT------A----A---A----AAAAATTCCC----ACA--GT--GC--AAGGCATGAT--------GTTTCACct
gi|12 : ttttcgaGTTT--GTC----C-G--------ACA---TT-AAC-TTA---GTC-------C-ATT----CAACTATA--CA-AGATT-GAAATTT----CA-----T-A---T-TT-G---A-T--GAGGTGAAGGATCAGTG-CCA-A---A-GC-T--ATG-TGAT----T--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----GAT----GGT-A---------------C--------C-A---------------C----A---A---------------TA----GAACATGCCC----ACA--AT--TG--GGAGCATAGT--------G-TTCACAAAAGCAT
gi|13 : attggttttaGT--AA-C-TTT--------TA-A--CA-AGACA--ATACTT----CA-----T-AAACT-A--G---G-T--TTACTGAATGATCA----TCA-A---A-AT----ACG-TGAC--TGA--TA-AAAGTC-AA-GA----TC----ATT----TAT-AA------AA-----GTGAAAGTGCC-A---A-A-----TCT-G----A---AT-------------GTG----GG-CATGCTC----ATG--CT--CA--GATGCATAGT--------GTTTTATAAAttta
gi|14 : tgtcactttctctTCT--GTC----T-G------CAACT---T--AACCTTG---TCCATTGAC-C-CTT----GAACTATA--CATAAGTA-GAGACAT-----A-----T-C---T-T--G---G-T--GA-CTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---T-GT-T--ATT-TCAA--AGG--CATAAG-----A-CG----TC----ATT----TTT----------G-----GT--------TGA---A-A-----T-T-aatgttttt
gi|15 : ttctggaaggtcttgattga----AAACCATA--CA-AGATA-AAGATTT----CA-----T-A---T-TC-T---A-T--AAAATGAAAGATTAAGA-TCA-A---A-AC-TA-ATA-TTAC---GC--CA-AA---C-AAGGG----TC----ATTGCTATGTCAA------AG-----GC--------C-A---A-C-----T-T-T----G---ACG-----T----A-ATA----GAGTCTGGCT----ATAAGGT--CA--GATGCGAAGT--------GTTTCGTAAACACAgccacaagtgaatgtg
gi|16 : TT----AAGCTATG--CA-AAACA-GAGACTT----CA-----T-A---CAT--G---G-T--GAAATGAAA-GCCAACG-C---A---A-CT-TGAATGATGAG--GGT--TA-A---TC-AA-TG----TC----ATT----TAT-CC------AG-----GT--------C-A--------------------------------T----G-GC------CACA----C----ACA--CT--TG--ATAGTATAGA--------GTTTTACAAA-ACGTC
gi|17 : -AATTTTG---GTCTTC-AA-T-TTT----GAACTAAG--CA-AGGTA-GAGAC-------A-----T-G--------G---A-T---AACTGAAAGATCAAGG-TCA-T---C-GT-G--GTC-TGAT--AGA--TC-AAGTTC-AA-GG----TC----ATT----CGT-AA------AG-----GT--------G-AAG-A-A-----T-T-C----A--------------------------AATGTGGCC----ATG--CT--CA--GGGttgattcaaataacag
gi|18 : ttttattaggcagacTCTGTCTCTTC--GTC----T-GTCCACACAACT---T--AACCTTT---GTTAT--AA-C-TTTT---GAGCTATA--CA-AAATA-GAGACTG----TA-----T-AC--T-T--G---A-T--------AATGG--AAGG-TCA-G---A-GA-T--GTT-TTAC---TT--TATAAGATC-AA-GA----CC----GTG----TAT-CA------AA-----GT--------T-A---A-A-----T-T-T----A---Aat
gi|2 : tgGTCT-TTT--ATCAGCTT-G------AAACT---TT-AAACTTG---GTCAC--AA-C-TTTT---GAACTAAA--CG-ATGTT-GAAACTTGTGTTA-----C-T---T-T--AAGTG-T--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-G---T-GG-T--ATA-TCAC--TG----A-AAGGTC-AA-GG----TG----ATT----TAT-AAATGTCTAG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-CACAAA---AT------T-------------GAATGTGGCT----TTA--TT--CT--AAGGCATAAT--------TTTTaagttaa
gi|20 : ata-TTT----AAA-TATA--CA-GGATA-GAAACCT----GAGCTTGT-A---T-TT-G---G-T--CAGTTGAAAGGTCGAAG-ATA-A---C-AC-T--CTT-TGAC--A-------AAGGTC-AA-AG----TC----ATT----CAT-GA------AG-----AT--------C-A---A-G-----G-T-C----A---AA------T----A-tcatagagaaattgttataagtacattcatttgtgtgattgaaacagg
gi|21 : taatctttg-TTT----TATCTATG--CA-AGATA-GAGACCT----TA-----T-ACACT-T--G---A-G--GAACTGAGAAGTCAAGG-TCA-T---T-GT-T--GCG-TTGT--AGC--TA-AAGGTC-AA-GG----TCAACAATT----TG---A------AG-----GT--------C-A---A-tgccttaattgtctgtagtcacat
gi|22 : ggtcatattttGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATT-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----AT----A-------GT--A------GG-----GT--------C-A---A-ATTTGCT-T-C----A---AT------T-------T------AATATTACC----ATG--GTAACGTAGGGGCATTTT--------GTTTgcc
gi|23 : TCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATT-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----------ATA----AGT---------AG-----GT--------C-A---A-ATTTGCT-T-C----A---AT------T-------T------AATATTACC----ATG--GTAACGTAGGGGCATTTT--------GTTTtcagtca
gi|24 : TCTGCCT--CT--GTC----T-T------TAACT---TTTAACCTTG---GTCA---AA-C-CTT----GAATTATATGCA-GTATA-TAGACTT----CA-----TAC---T-C--A---G-T--GATGTGAAAGGTCAAGtcagtca
gi|25 : ATG-AAGGCTT----CG-----T-AC--T-T--G---G-T--GAACTGAAAGGTCAGGG-TCt
gi|26 : ggttcatctgtctctgtgtattatttctcattgttcttcactttTCAAGG--CA-A---G-ATCT--ATG-CAATTGAGA---A-AATGTC-AA-GG----TC----ATT----TAT-CA------AA-----AT--------C-A---A-G-----G-T-C----AT--AT------T----tactgt
gi|27 : GGTCAAGA-TCA-A---A-TT-T--AGG-TGAC--AGAT-TA-AGGGTCAAA-GG----TC----ATT----TGT-AA------GG-----GT--------C-A---A-AT----T-T-C----A---AT------T----tttcacaattga
gi|3 : TCTGTTG--ATC----T-G------T--CT---TT-----------GTTGT--AATC-TTT----GAACTATA--CA-TGATA-GAAATTT----CT-----T-AC--T-T--G---G-T--GAATTAAAAGAACAAGA-TCA-A---A-GC-T--TTA-TGAC--TAC--CA-AAGTTC-AA-GG----TC----ATT----CAT-CA------AG-----AT--------C-AAGGA-A-----G-C-C----AC--GT------T----T-GT-------ACGTGGTC----ATA--CT--TG--GGGGCATAGT--------GTTTTACGAAAACATC
gi|4 : ttgtctttgaTATTTGCCT--CCC----T-G------CAACT---TT-AATCTGGCAGGTCAT--AA-TGTTT----AAAGGATA--CA-AGATATGAA---T----CAGA---T-T---T-T--G-----T--GAAAAGAA-GGTCAAGG-TCA-GTACA-GT-T------TGAA--TGA--TG-AAGGTT-AT-GG----AC----A-T----TAT-CA------AG-----GT--------C-A---ATG-----T-T-G----A---ATTTGTCAT----A-ATC----AAAGATCACC----AAA--CT--CT--GGAATATTCT--------GTTTCACAAACTCATtttttcacgtaccagtttatttctgtgggagagagg
gi|5 : gttttagtTTTGTGTGTTTCTGTT----T-G------CAACT---TTTAACCTTG---GTCAT--AA-A-TTT----AAACTGCA--CA-AGAAA-GAGACTT----TA-----T-TA--T-T--A---G-T--GAACTCTAAGGTCAA--------------------T--TGAT--TGA--TA-AGGGTG-CA-GG----TT----GTT----GAT-GA------AGTTCCAGG--------C-G---A-A-----T-T-T----AC--AT------A----A-GTT----GAACTTTACC----TTG--CT--CA--GGGTCATAGTATTGCAGAGTTTCACAAGCAtttgt
gi|6 : TCTGTTT--GTA----T-G------CAAAT---TT-AACTTGG---GTCAT--AA-T-TTTC---AACCTATA--CA-AGATA-AAGACAT----CA-----T-A---TGT--A---A-TTGGAACTAAAAGGTCTAGGTTCA-A---A-AA-T--ATG-TAGC--TGA--TC-AAGATG-AA-AA----TT----ATA----TAT-GA------AG-----GA--------C-A---A-G-----G-C-C----ATATAT------TCCACA-TCT----GGATTTGGCC----TAA--AT--CA--AGTGAATAGC--------ATTTCACAAtgttttgtttc
gi|7 : tgtctgtcaacTCTGTCTGTTT--GTC----T-T------CAACT---TT-AACCTTG---GTTTC--AA-C-TTT----AAATCATA--CA-AGATA-GACATTT----TA-----T-T---T-CC-G---G-T--GAAAAGGAAGGTCAAGA-TCA-A---A-TT-T--AGG-TGAC--AGA--TA-AGGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-AA------GG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----AGGTA----AAACATGCCC----ATA--AT--CT--GGTGCATAGT--------GTTTTACAAACACATC
gi|8 : TCTTTTTGTTT--GTT----C-A------CAACT---TG-CAGTTTA---ATCGT--GG-C-TTTTGATAAACTCTA--CA-CGATA-CA---------CA-----T-----T-T--G---G-T--TGCCTGAAAGGTC-----T---A---A-GT-T--TTG-TGAC--AAG--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TAT-AT------AG-----AT--------C-G---A-
gi|9 : tcgTCCATCTGTCT--GTT----T-G------TAACT---TT-CACAGTG---GTCAT--AA-C-TTT----AAA----------------GAGACTT----CA-----T-AG--C-T--G---A-T--TTACTGAAAGGTCAAGG-CTA-A---A-GC-T--GTA-T-AC--AGAATTA-CAGATC-AA-GG----TC----A-A----TGT-GG------GG-----G---------C-A---A----------------A---ATA-----T----G-CTA----CA--ATTGCC----A-A--GT--GA--GGGGCATAAT--------TCTCTCCGAACACATCggtaaaatatccaacaattgcacatgcattgggtttattccgacatatcttgttta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGGATGATCATTTTCCCGAACTGGTCTGTTTTCTAGCACTACTATTTATTGCCTGCACTTTATTTTCAATCAAACTCTTATACAGCTAAGGTGAAGCGGAAAAAGTTTTGTGCCAGGCTCGCAAGGTCAAAGTAAAAGGTCAA
Unaligned ( gi|28 ): AGAGGGAAAATGTTATTCTGTCTGTTTCTTTAAGATGAAAACCAT
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 22222222222222222 1111111 111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 33 6666 2 888888 555 88 1 444 0000 2 2 33333 2 22 1 1 22 1 44444 1 44444444444444444 1 333 1 1 222 1 1 666666 1111111 3 1 1 3333 3333 0 5555 000000000 44444 66666666 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444 33 555555555 555555 99999999
lowQualScore : .. .... . ...... ... .. . ... .... . . ..... . .. . . .. . ..... . ................. . ... . . ... . . ...... ....... . . . .... .... . .... ......... ..... ........ . .................................................. .. ......... ...... ........
lowQualScore : 99 1111 9 222222 000 55 5 777 1111 5 2 44444 2 66 9 8 55 6 55555 8 99999999999999999 8 555 6 7 999 7 7 555555 5555555 3 7 7 5555 5555 2 8888 777777777 22222 00000000 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222 33 111111111 000000 11111111
consensus : TCTGTCTGTTT--GTC----T-G------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGATA-GAGACTTCA-----T-A---T-T--G--------G-T--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATG-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-NA------AG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----A-GTA----GAACATGGCCA----TA--NT--CG--GGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
Reference ( family-226 ) : TCTGTCTGTTT--GTC----T-G------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGATA-GAGACTTCA-----T-A---T-T--G--------G-T--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATG-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-NA------AG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----A-GTA----GAACATGGCCA----TA--NT--CG--GGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
gi|1 : TCTGTCT--GCC----C-C------CAACA---C--AGCCATA---ATCTT--AA-C-TTTTG--AAA-TGTT--CA-AGATA-GAGA----------T-A---C-T--G--------GGT--GGTCCGAAAAATCAAGG-TCA-G---A-GC-T--GTG-TGAC--TGA--GT-GCGACC-AA-GG----TC----ATT----TGT-TA------AG-----GT--------C-A---A-G-----G-T-C----AT--AT------T----G-TCACATTGAAATTAGTTACTGATA--GTT-CT--GGGTCATAGT--------GTCTTACAAAC
gi|10 : gggataaatgttgttatttgtttgctttgaggagcagtgactaaatgcaagaaagatccatgtttctcttatAACTG-A--CA-AGAGA-GAAA--TCA-----T-A---C-TTCG--------G-T--GAACTGAAAAATAAATA-CCA-A---A-TC-T--AAC-TCACT-GGA--T--GAGGTC-AA-GGACATTC----ATTAA--TGT-CA------AG-----GT--------C-A---A-A-----C-TGC----AAC-AT------C----T-GTA----A---ATGATTA----TG--CT--TG--GGAGAAAAGT--------GTTCCACAAACATATC
gi|11 : tatagttttggtctgtctgtttcatTCTGTCTGTTT---TC----TAG------CA-CTATATT-ATCATTG---CT-GC--AA-C-TTT----A---TTTT--CA-ATACA-AACATCTTA-----T-A---C-------------------AGCT--AAGGTGAAGG-TCACA---ACGT-T--TTG-TGTC--AGG--TC-AAGGTC-AA-GG----TC----A------TGT-AA------A------GT--------A-A---A-AAG---T-C-C----A---GT------A----A---A----AAAAATTCCCA----CA--GT--GC--AAGGCATGAT--------GTTTCACct
gi|12 : ttttcgaGTTT--GTC----C-G--------ACA---TT-AAC-TTA---GTC-------C-ATT----CAACTATA--CA-AGATT-GAAATTTCA-----T-AT--T-T--G--------A-T--GAGGTGAAGGATCAGTG-CCA-A---A-GC-T--ATG-TGAT----T--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----GAT----GGT-A---------------C--------C-A---------------C----A---A---------------TA----GAACATGCCCA----CA--AT--TG--GGAGCATAGT--------G-TTCACAAAAGCAT
gi|13 : attggttttaGT--AA-C-TTT--------TA-A--CA-AGACA--ATACTTCA-----T-AAACT-A--G--------G-T--TTACTGAATGATCA----TCA-A---A-AT----ACG-TGAC--TGA--TA-AAAGTC-AA-GA----TC----ATT----TAT-AA------AA-----GTGAAAGTGCC-A---A-A-----TCT-G----A---AT-------------GTG----GG-CATGCTCA----TG--CT--CA--GATGCATAGT--------GTTTTATAAAttta
gi|14 : tgtcactttctctTCT--GTC----T-G------CAACT---T--AACCTTG---TCCATTGAC-C-CTT----GAACTATA--CATAAGTA-GAGACAT-A-----T-C---T-T--G--------G-T--GA-CTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---T-GT-T--ATT-TCAA--AGG--CATAAG-----A-CG----TC----ATT----TTT----------G-----GT--------TGA---A-A-----T-T-aatgttttt
gi|15 : ttctggaaggtcttgattga----AAACCATA--CA-AGATA-AAGATTTCA-----T-A---T-TC-T--------A-T--AAAATGAAAGATTAAGA-TCA-A---A-AC-TA-ATA-TTAC---GC--CA-AA---C-AAGGG----TC----ATTGCTATGTCAA------AG-----GC--------C-A---A-C-----T-T-T----G---ACG-----T----A-ATA----GAGTCTGGCTA----TAAGGT--CA--GATGCGAAGT--------GTTTCGTAAACACAgccacaagtgaatgtg
gi|16 : TT----AAGCTATG--CA-AAACA-GAGACTTCA-----T-A---CAT--G--------G-T--GAAATGAAA-GCCAACG-C---A---A-CT-TGAATGATGAG--GGT--TA-A---TC-AA-TG----TC----ATT----TAT-CC------AG-----GT--------C-A--------------------------------T----G-GC------CACA----CA----CA--CT--TG--ATAGTATAGA--------GTTTTACAAA-ACGTC
gi|17 : -AATTTTG---GTCTTC-AA-T-TTT----GAACTAAG--CA-AGGTA-GAGAC-----------A---T-G--G--------A-T---AACTGAAAGATCAAGG-TCA-T---C-GT-G--GTC-TGAT--AGA--TC-AAGTTC-AA-GG----TC----ATT----CGT-AA------AG-----GT--------G-AAG-A-A-----T-T-C----A--------------------------AATGTGGCCA----TG--CT--CA--GGGttgattcaaataacag
gi|18 : ttttattaggcagacTCTGTCTCTTC--GTC----T-GTCCACACAACT---T--AACCTTT---GTTAT--AA-C-TTTT---GAGCTATA--CA-AAATA-GAGACTGTA-----T-AC--T-T--G--------A-T--------AATGG--AAGG-TCA-G---A-GA-T--GTT-TTAC---TT--TATAAGATC-AA-GA----CC----GTG----TAT-CA------AA-----GT--------T-A---A-A-----T-T-T----A---Aat
gi|2 : tgGTCT-TTT--ATCAGCTT-G------AAACT---TT-AAACTTG---GTCAC--AA-C-TTTT---GAACTAAA--CG-ATGTT-GAAACTT-G-----T-G---T-T--ACTTTAAGTG-T--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-G---T-GG-T--ATA-TCAC--TG----A-AAGGTC-AA-GG----TG----ATT----TAT-AAATGTCTAG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-CACAAA---AT------T-------------GAATGTGGCTT----TA--TT--CT--AAGGCATAAT--------TTTTaagttaa
gi|20 : ata-TTT----AAA-TATA--CA-GGATA-GAAACCTGAGCTTGT-A---T-TT-G--------G-T--CAGTTGAAAGGTCGAAG-ATA-A---C-AC-T--CTT-TGAC--A-------AAGGTC-AA-AG----TC----ATT----CAT-GA------AG-----AT--------C-A---A-G-----G-T-C----A---AA------T----A-tcatagagaaattgttataagtacattcatttgtgtgattgaaacagg
gi|21 : taatctttg-TTT----TATCTATG--CA-AGATA-GAGACCTTA-----T-ACACT-T--G--------A-G--GAACTGAGAAGTCAAGG-TCA-T---T-GT-T--GCG-TTGT--AGC--TA-AAGGTC-AA-GG----TCAACAATT----TG---A------AG-----GT--------C-A---A-tgccttaattgtctgtagtcacat
gi|22 : ggtcatattttGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATT-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----AT----A-------GT--A------GG-----GT--------C-A---A-ATTTGCT-T-C----A---AT------T-------T------AATATTACCA----TG--GTAACGTAGGGGCATTTT--------GTTTgcc
gi|23 : TCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATT-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----------ATA----AGT---------AG-----GT--------C-A---A-ATTTGCT-T-C----A---AT------T-------T------AATATTACCA----TG--GTAACGTAGGGGCATTTT--------GTTTtcagtca
gi|24 : TCTGCCT--CT--GTC----T-T------TAACT---TTTAACCTTG---GTCA---AA-C-CTT----GAATTATATGCA-GTATA-TAGACTTCA-----T-AC--T-C--A--------G-T--GATGTGAAAGGTCAAGtcagtca
gi|25 : ATG-AAGGCTTCG-----T-AC--T-T--G--------G-T--GAACTGAAAGGTCAGGG-TCt
gi|26 : ggttcatctgtctctgtgtattatttctcattgttcttcactttTCAAGG--CA-A---G-ATCT--ATG-CAATTGAGA---A-AATGTC-AA-GG----TC----ATT----TAT-CA------AA-----AT--------C-A---A-G-----G-T-C----AT--AT------T----tactgt
gi|27 : GGTCAAGA-TCA-A---A-TT-T--AGG-TGAC--AGAT-TA-AGGGTCAAA-GG----TC----ATT----TGT-AA------GG-----GT--------C-A---A-AT----T-T-C----A---AT------T----tttcacaattga
gi|3 : TCTGTTG--ATC----T-G------T--CT---TT-----------GTTGT--AATC-TTT----GAACTATA--CA-TGATA-GAAATTTCT-----T-AC--T-T--G--------G-T--GAATTAAAAGAACAAGA-TCA-A---A-GC-T--TTA-TGAC--TAC--CA-AAGTTC-AA-GG----TC----ATT----CAT-CA------AG-----AT--------C-AAGGA-A-----G-C-C----AC--GT------T----T-GT-------ACGTGGTCA----TA--CT--TG--GGGGCATAGT--------GTTTTACGAAAACATC
gi|4 : ttgtctttgaTATTTGCCT--CCC----T-G------CAACT---TT-AATCTGGCAGGTCAT--AA-TGTTT----AAAGGATA--CA-AGATATGAA---TCA-----G-A---T-T--TT-------G-T--GAAAAGAA-GGTCAAGG-TCA-GTACA-GT-T------TGAA--TGA--TG-AAGGTT-AT-GG----AC----A-T----TAT-CA------AG-----GT--------C-A---ATG-----T-T-G----A---ATTTGTCAT----A-ATC----AAAGATCACCA----AA--CT--CT--GGAATATTCT--------GTTTCACAAACTCATtttttcacgtaccagtttatttctgtgggagagagg
gi|5 : gttttagtTTTGTGTGTTTCTGTT----T-G------CAACT---TTTAACCTTG---GTCAT--AA-A-TTT----AAACTGCA--CA-AGAAA-GAGACTTTA-----TTA---T-T--A--------G-T--GAACTCTAAGGTCAA--------------------T--TGAT--TGA--TA-AGGGTG-CA-GG----TT----GTT----GAT-GA------AGTTCCAGG--------C-G---A-A-----T-T-T----AC--AT------A----A-GTT----GAACTTTACCT----TG--CT--CA--GGGTCATAGTATTGCAGAGTTTCACAAGCAtttgt
gi|6 : TCTGTTT--GTA----T-G------CAAAT---TT-AACTTGG---GTCAT--AA-T-TTTC---AACCTATA--CA-AGATA-AAGACATCA-----T-A---TGT--A--------A-TTGGAACTAAAAGGTCTAGGTTCA-A---A-AA-T--ATG-TAGC--TGA--TC-AAGATG-AA-AA----TT----ATA----TAT-GA------AG-----GA--------C-A---A-G-----G-C-C----ATATAT------TCCACA-TCT----GGATTTGGCCT----AA--AT--CA--AGTGAATAGC--------ATTTCACAAtgttttgtttc
gi|7 : tgtctgtcaacTCTGTCTGTTT--GTC----T-T------CAACT---TT-AACCTTG---GTTTC--AA-C-TTT----AAATCATA--CA-AGATA-GACATTTTA-----T-----T-TCCG--------G-T--GAAAAGGAAGGTCAAGA-TCA-A---A-TT-T--AGG-TGAC--AGA--TA-AGGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-AA------GG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----AGGTA----AAACATGCCCA----TA--AT--CT--GGTGCATAGT--------GTTTTACAAACACATC
gi|8 : TCTTTTTGTTT--GTT----C-A------CAACT---TG-CAGTTTA---ATCGT--GG-C-TTTTGATAAACTCTA--CA-CGATA-CA-----CA-----T-----T-T--G--------G-T--TGCCTGAAAGGTC-----T---A---A-GT-T--TTG-TGAC--AAG--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TAT-AT------AG-----AT--------C-G---A-
gi|9 : tcgTCCATCTGTCT--GTT----T-G------TAACT---TT-CACAGTG---GTCAT--AA-C-TTT----AAA----------------GAGACTTCA-----T-AG--C-T--G--------A-T--TTACTGAAAGGTCAAGG-CTA-A---A-GC-T--GTA-T-AC--AGAATTA-CAGATC-AA-GG----TC----A-A----TGT-GG------GG-----G---------C-A---A----------------A---ATA-----T----G-CTA----CA--ATTGCCA-----A--GT--GA--GGGGCATAAT--------TCTCTCCGAACACATCggtaaaatatccaacaattgcacatgcattgggtttattccgacatatcttgttta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGGATGATCATTTTCCCGAACTGGTCTGTTTTCTAGCACTACTATTTATTGCCTGCACTTTATTTTCAATCAAACTCTTATACAGCTAAGGTGAAGCGGAAAAAGTTTTGTGCCAGGCTCGCAAGGTCAAAGTAAAAGGTCAA
Unaligned ( gi|28 ): AGAGGGAAAATGTTATTCTGTCTGTTTCTTTAAGATGAAAACCAT
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 22222222222222222 1111111 111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 33 6666 2 888888 555 88 1 444 0000 2 2 33333 2 22 1 1 22 1 44444 1 44444444444444444 1 333 1 1 222 1 1 666666 1111111 3 1 1 3333 3333 0 5555 000000000 44444 66666666 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444 33 555555555 555555 99999999
lowQualScore : .. .... . ...... ... .. . ... .... . . ..... . .. . . .. . ..... . ................. . ... . . ... . . ...... ....... . . . .... .... . .... ......... ..... ........ . .................................................. .. ......... ...... ........
lowQualScore : 99 1111 9 222222 000 55 5 777 1111 5 2 44444 2 66 9 8 55 6 55555 8 99999999999999999 8 555 6 7 999 7 7 555555 5555555 3 7 7 5555 5555 2 8888 777777777 22222 00000000 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222 33 111111111 000000 11111111
consensus : TCTGTCTGTTT--GTC----T-G------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGATA-GAGACTTCA-----T-A---T-T--G--------G-T--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATG-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-NA------AG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----A-GTA----GAACATGGCCA----TA--NT--CG--GGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
Reference ( family-226 ) : TCTGTCTGTTT--GTC----T-G------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGATA-GAGACTTCA-----T-A---T-T--G--------G-T--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATG-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-NA------AG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----A-GTA----GAACATGGCCA----TA--NT--CG--GGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
gi|1 : TCTGTCT--GCC----C-C------CAACA---C--AGCCATA---ATCTT--AA-C-TTTTG--AAA-TGTT--CA-AGATA-GAGA----------T-A---C-T--G--------GGT--GGTCCGAAAAATCAAGG-TCA-G---A-GC-T--GTG-TGAC--TGA--GT-GCGACC-AA-GG----TC----ATT----TGT-TA------AG-----GT--------C-A---A-G-----G-T-C----AT--AT------T----G-TCACATTGAAATTAGTTACTGATA--GTT-CT--GGGTCATAGT--------GTCTTACAAAC
gi|10 : gggataaatgttgttatttgtttgctttgaggagcagtgactaaatgcaagaaagatccatgtttctcttatAACTG-A--CA-AGAGA-GAAA--TCA-----T-A---C-TTCG--------G-T--GAACTGAAAAATAAATA-CCA-A---A-TC-T--AAC-TCACT-GGA--T--GAGGTC-AA-GGACATTC----ATTAA--TGT-CA------AG-----GT--------C-A---A-A-----C-TGC----AAC-AT------C----T-GTA----A---ATGATTA----TG--CT--TG--GGAGAAAAGT--------GTTCCACAAACATATC
gi|11 : tatagttttggtctgtctgtttcatTCTGTCTGTTT---TC----TAG------CA-CTATATT-ATCATTG---CT-GC--AA-C-TTT----A---TTTT--CA-ATACA-AACATCTTA-----T-A---C-------------------AGCT--AAGGTGAAGG-TCACA---ACGT-T--TTG-TGTC--AGG--TC-AAGGTC-AA-GG----TC----A------TGT-AA------A------GT--------A-A---A-AAG---T-C-C----A---GT------A----A---A----AAAAATTCCCA----CA--GT--GC--AAGGCATGAT--------GTTTCACct
gi|12 : ttttcgaGTTT--GTC----C-G--------ACA---TT-AAC-TTA---GTC-------C-ATT----CAACTATA--CA-AGATT-GAAATTTCA-----T-AT--T-T--G--------A-T--GAGGTGAAGGATCAGTG-CCA-A---A-GC-T--ATG-TGAT----T--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----GAT----GGT-A---------------C--------C-A---------------C----A---A---------------TA----GAACATGCCCA----CA--AT--TG--GGAGCATAGT--------G-TTCACAAAAGCAT
gi|13 : attggttttaGT--AA-C-TTT--------TA-A--CA-AGACA--ATACTTCA-----T-AAACT-A--G--------G-T--TTACTGAATGATCA----TCA-A---A-AT----ACG-TGAC--TGA--TA-AAAGTC-AA-GA----TC----ATT----TAT-AA------AA-----GTGAAAGTGCC-A---A-A-----TCT-G----A---AT-------------GTG----GG-CATGCTCA----TG--CT--CA--GATGCATAGT--------GTTTTATAAAttta
gi|14 : tgtcactttctctTCT--GTC----T-G------CAACT---T--AACCTTG---TCCATTGAC-C-CTT----GAACTATA--CATAAGTA-GAGACAT-A-----T-C---T-T--G--------G-T--GA-CTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---T-GT-T--ATT-TCAA--AGG--CATAAG-----A-CG----TC----ATT----TTT----------G-----GT--------TGA---A-A-----T-T-aatgttttt
gi|15 : ttctggaaggtcttgattga----AAACCATA--CA-AGATA-AAGATTTCA-----T-A---T-TC-T--------A-T--AAAATGAAAGATTAAGA-TCA-A---A-AC-TA-ATA-TTAC---GC--CA-AA---C-AAGGG----TC----ATTGCTATGTCAA------AG-----GC--------C-A---A-C-----T-T-T----G---ACG-----T----A-ATA----GAGTCTGGCTA----TAAGGT--CA--GATGCGAAGT--------GTTTCGTAAACACAgccacaagtgaatgtg
gi|16 : TT----AAGCTATG--CA-AAACA-GAGACTTCA-----T-A---CAT--G--------G-T--GAAATGAAA-GCCAACG-C---A---A-CT-TGAATGATGAG--GGT--TA-A---TC-AA-TG----TC----ATT----TAT-CC------AG-----GT--------C-A--------------------------------T----G-GC------CACA----CA----CA--CT--TG--ATAGTATAGA--------GTTTTACAAA-ACGTC
gi|17 : -AATTTTG---GTCTTC-AA-T-TTT----GAACTAAG--CA-AGGTA-GAGAC-----------A---T-G--G--------A-T---AACTGAAAGATCAAGG-TCA-T---C-GT-G--GTC-TGAT--AGA--TC-AAGTTC-AA-GG----TC----ATT----CGT-AA------AG-----GT--------G-AAG-A-A-----T-T-C----A--------------------------AATGTGGCCA----TG--CT--CA--GGGttgattcaaataacag
gi|18 : ttttattaggcagacTCTGTCTCTTC--GTC----T-GTCCACACAACT---T--AACCTTT---GTTAT--AA-C-TTTT---GAGCTATA--CA-AAATA-GAGACTGTA-----T-AC--T-T--G--------A-T--------AATGG--AAGG-TCA-G---A-GA-T--GTT-TTAC---TT--TATAAGATC-AA-GA----CC----GTG----TAT-CA------AA-----GT--------T-A---A-A-----T-T-T----A---Aat
gi|2 : tgGTCT-TTT--ATCAGCTT-G------AAACT---TT-AAACTTG---GTCAC--AA-C-TTTT---GAACTAAA--CG-ATGTT-GAAACTT-G-----T-G---T-T--ACTTTAAGTG-T--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-G---T-GG-T--ATA-TCAC--TG----A-AAGGTC-AA-GG----TG----ATT----TAT-AAATGTCTAG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-CACAAA---AT------T-------------GAATGTGGCTT----TA--TT--CT--AAGGCATAAT--------TTTTaagttaa
gi|20 : ata-TTT----AAA-TATA--CA-GGATA-GAAACCTGAGCTTGT-A---T-TT-G--------G-T--CAGTTGAAAGGTCGAAG-ATA-A---C-AC-T--CTT-TGAC--A-------AAGGTC-AA-AG----TC----ATT----CAT-GA------AG-----AT--------C-A---A-G-----G-T-C----A---AA------T----A-tcatagagaaattgttataagtacattcatttgtgtgattgaaacagg
gi|21 : taatctttg-TTT----TATCTATG--CA-AGATA-GAGACCTTA-----T-ACACT-T--G--------A-G--GAACTGAGAAGTCAAGG-TCA-T---T-GT-T--GCG-TTGT--AGC--TA-AAGGTC-AA-GG----TCAACAATT----TG---A------AG-----GT--------C-A---A-tgccttaattgtctgtagtcacat
gi|22 : ggtcatattttGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATT-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----AT----A-------GT--A------GG-----GT--------C-A---A-ATTTGCT-T-C----A---AT------T-------T------AATATTACCA----TG--GTAACGTAGGGGCATTTT--------GTTTgcc
gi|23 : TCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATT-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----------ATA----AGT---------AG-----GT--------C-A---A-ATTTGCT-T-C----A---AT------T-------T------AATATTACCA----TG--GTAACGTAGGGGCATTTT--------GTTTtcagtca
gi|24 : TCTGCCT--CT--GTC----T-T------TAACT---TTTAACCTTG---GTCA---AA-C-CTT----GAATTATATGCA-GTATA-TAGACTTCA-----T-AC--T-C--A--------G-T--GATGTGAAAGGTCAAGtcagtca
gi|25 : ATG-AAGGCTTCG-----T-AC--T-T--G--------G-T--GAACTGAAAGGTCAGGG-TCt
gi|26 : ggttcatctgtctctgtgtattatttctcattgttcttcactttTCAAGG--CA-A---G-ATCT--ATG-CAATTGAGA---A-AATGTC-AA-GG----TC----ATT----TAT-CA------AA-----AT--------C-A---A-G-----G-T-C----AT--AT------T----tactgt
gi|27 : GGTCAAGA-TCA-A---A-TT-T--AGG-TGAC--AGAT-TA-AGGGTCAAA-GG----TC----ATT----TGT-AA------GG-----GT--------C-A---A-AT----T-T-C----A---AT------T----tttcacaattga
gi|3 : TCTGTTG--ATC----T-G------T--CT---TT-----------GTTGT--AATC-TTT----GAACTATA--CA-TGATA-GAAATTTCT-----T-AC--T-T--G--------G-T--GAATTAAAAGAACAAGA-TCA-A---A-GC-T--TTA-TGAC--TAC--CA-AAGTTC-AA-GG----TC----ATT----CAT-CA------AG-----AT--------C-AAGGA-A-----G-C-C----AC--GT------T----T-GT-------ACGTGGTCA----TA--CT--TG--GGGGCATAGT--------GTTTTACGAAAACATC
gi|4 : ttgtctttgaTATTTGCCT--CCC----T-G------CAACT---TT-AATCTGGCAGGTCAT--AA-TGTTT----AAAGGATA--CA-AGATATGAA---TCA-----G-A---T-T--TT-------G-T--GAAAAGAA-GGTCAAGG-TCA-GTACA-GT-T------TGAA--TGA--TG-AAGGTT-AT-GG----AC----A-T----TAT-CA------AG-----GT--------C-A---ATG-----T-T-G----A---ATTTGTCAT----A-ATC----AAAGATCACCA----AA--CT--CT--GGAATATTCT--------GTTTCACAAACTCATtttttcacgtaccagtttatttctgtgggagagagg
gi|5 : gttttagtTTTGTGTGTTTCTGTT----T-G------CAACT---TTTAACCTTG---GTCAT--AA-A-TTT----AAACTGCA--CA-AGAAA-GAGACTTTA-----TTA---T-T--A--------G-T--GAACTCTAAGGTCAA--------------------T--TGAT--TGA--TA-AGGGTG-CA-GG----TT----GTT----GAT-GA------AGTTCCAGG--------C-G---A-A-----T-T-T----AC--AT------A----A-GTT----GAACTTTACCT----TG--CT--CA--GGGTCATAGTATTGCAGAGTTTCACAAGCAtttgt
gi|6 : TCTGTTT--GTA----T-G------CAAAT---TT-AACTTGG---GTCAT--AA-T-TTTC---AACCTATA--CA-AGATA-AAGACATCA-----T-A---TGT--A--------A-TTGGAACTAAAAGGTCTAGGTTCA-A---A-AA-T--ATG-TAGC--TGA--TC-AAGATG-AA-AA----TT----ATA----TAT-GA------AG-----GA--------C-A---A-G-----G-C-C----ATATAT------TCCACA-TCT----GGATTTGGCCT----AA--AT--CA--AGTGAATAGC--------ATTTCACAAtgttttgtttc
gi|7 : tgtctgtcaacTCTGTCTGTTT--GTC----T-T------CAACT---TT-AACCTTG---GTTTC--AA-C-TTT----AAATCATA--CA-AGATA-GACATTTTA-----T-----T-TCCG--------G-T--GAAAAGGAAGGTCAAGA-TCA-A---A-TT-T--AGG-TGAC--AGA--TA-AGGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-AA------GG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----AGGTA----AAACATGCCCA----TA--AT--CT--GGTGCATAGT--------GTTTTACAAACACATC
gi|8 : TCTTTTTGTTT--GTT----C-A------CAACT---TG-CAGTTTA---ATCGT--GG-C-TTTTGATAAACTCTA--CA-CGATA-CA-----CA-----T-----T-T--G--------G-T--TGCCTGAAAGGTC-----T---A---A-GT-T--TTG-TGAC--AAG--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TAT-AT------AG-----AT--------C-G---A-
gi|9 : tcgTCCATCTGTCT--GTT----T-G------TAACT---TT-CACAGTG---GTCAT--AA-C-TTT----AAA----------------GAGACTTCA-----T-AG--C-T--G--------A-T--TTACTGAAAGGTCAAGG-CTA-A---A-GC-T--GTA-T-AC--AGAATTA-CAGATC-AA-GG----TC----A-A----TGT-GG------GG-----G---------C-A---A----------------A---ATA-----T----G-CTA----CA--ATTGCCA-----A--GT--GA--GGGGCATAAT--------TCTCTCCGAACACATCggtaaaatatccaacaattgcacatgcattgggtttattccgacatatcttgttta
blockSeqs : CT AGCT A TCCACA ATA TT A CAG ATTG T G TGATA C TG T T TC C GCTTG T TTACTTTAAGT . TGG T C TAC C C GAATGA TGAGA T A G ACAT AACA GCTA AAATGTCT TTCCA GAAAGTGC G ATGTTGAATTTGTCATAATCAAAG GA TAAGG AACGTA ATTGCAGA
blockSeqs : . . . . . TT C . TTC . . TG C . . . TT T . . AACTAG . G . . . . . AATA AGAAT T . . . . AA CAA . . . AGGCCATATATTCCACATCTGGAT TC TGC AACGTA .
blockSeqs : . . . . . T T . GC . . TG C . . . CT C . . CACTTG . G . . . . . AAC TGGA . . . . . . CA . . . ACTTTGACGTAATAGAGT GC CAG TG .
blockSeqs : . . . . . T C . GT . . CA C . . . CA C . . CTTCG . T . . . . . TTG AGAT . . . . . . AA . . . AATTTGCTTCAATTTAAT GC CAA GC .
blockSeqs : . . . . . T C . AT . . A C . . . TT C . . TTCCG . G . . . . . ATG AGG . . . . . . AA . . . AATTTGCTTCAATTTAAT GG TGC TG .
blockSeqs : . . . . . T C . AC . . C C . . . CT C . . TTTG . A . . . . . ACG TGA . . . . . . CC . . . AGGAAGCCACGTTTGTAC GG CAC CA .
blockSeqs : . . . . . T C . GT . . G C . . . CT T . . TTCT . G . . . . . ATT AGG . . . . . . AA . . . AATTTACATAAGTTGAAC GG TGC CA .
blockSeqs : . . . . . T C . AT . . A C . . . CT G . . CATG . G . . . . . GTC GGT . . . . . . CA . . . AATTCAATTAGGTAAAAC TA TAT TG .
blockSeqs : . . . . . T T . AT . . A C . . . CC T . . CTTG . C . . . . . GTT AGA . . . . . . GA . . . AACTGCAACATCTGTAA TA TGG CA .
blockSeqs : . . . . . G C . AT . . G T . . . CC C . . TTTG . G . . . . . ATA AGC . . . . . . CA . . . AAAGTCCAGTAAAAAAA GG TGG CT .
blockSeqs : . . . . . T T . TC . . A C . . . CT C . . CTCA . G . . . . . CTT AGA . . . . . . AA . . . AATTCACAAAATTGAAT CA TAC TG .
blockSeqs : . . . . . . A . GT . . T G . . . CT C . . CTTG . G . . . . . GCG AGA . . . . . . CA . . . AATCTGAATGTGGGC TA AAC CT .
blockSeqs : . . . . . . . . AT . . G C . . . TT C . . CTTG . G . . . . . ATT TAC . . . . . . CA . . . AAATATGCTACA GG TGC CA .
blockSeqs : . . A . . G C . . . CT T . . TTTT . G . . . . . ATT TGA . . . . . . GA . . . AGAATTCAAAT GC AAA CA .
blockSeqs : . . . A T . . . CA C . . TGTA . G . . . . . ATG TGA . . . . . . GA . . . CAATAGAAC TG TAA CT .
blockSeqs : . A C . . . TT T . . GCTG . G . . . . . AGG TGA . . . . . . AA . . . TGGCCAC . AG GA
blockSeqs : . A . . . . CT C . . TTG . T . . . . . TTA AGA . . . . . . AT . . .
blockSeqs : A . . . . C C . . TGG . T . . . . . ATG AAG . . . . . . GG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TTA . . . . . . . AGG GC . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TTG . . . . . . . TTG TT . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . GTA TG . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . T T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : T* A**** CT CTTG************* AATTCGCATAATTGAAC********************************* CGC****** CG****
originalCons : TCTGTCTGTTT--GTC----T-G------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGATA-GAGACTTCA-----T-A---T-T--G--------G-T--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATG-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-NA------AG-----GT--------C-A---A-A-----T-T-C----A---AT------T----A-GTA----GAACATGGCCA----TA--NT--CG--GGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
finalCons : TCTGTCTGTTT--GTC----T-G------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTTA----AACTATA--CA-AGATA-GAGACTTCA-----T-ACTTG-------------G-T--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATG-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TGT-NA------AG-----GT--------C-AAATTCGCATAATTGAAC---------------------------------ATGGCCACGC------TCG----GGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGGATGATCATTTTCCCGAACTGGTCTGTTTTCTAGCACTACTATTTATTGCCTGCACTTTATTTTCAATCAAACTCTTATACAGCTAAGGTGAAGCGGAAAAAGTTTTGTGCCAGGCTCGCAAGGTCAAAGTAAAAGGTCAA
Unaligned ( gi|28 ): AGAGGGAAAATGTTATTCTGTCTGTTTCTTTAAGATGAAAACCAT
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 1111111111 2222222222222222222 33333333333333333333333333 111111111111111
lowQualScore : 33 6666 2 888888 555 88 1 444 0000 2 2 33333 2 22 1 1 33 77777 66666 555 1 22 1 1 222 1 1 666666 0000000000 1 1 3333 3333 0000000000000000000 444444 44444 1 444 22222222222222222222222222 1 1 7777777 99999999 22 999999999999999 99999999
lowQualScore : .. .... . ...... ... .. . ... .... . . ..... . .. . . .. ..... ..... ... . .. . . ... . . ...... .......... . . .... .... ................... ...... ..... . ... .......................... . . ....... ........ .. ............... ........
lowQualScore : 99 1111 9 222222 000 55 5 777 1111 5 2 44444 2 66 9 8 55 00000 55555 000 8 55 6 7 999 7 7 555555 1111111111 7 7 5555 5555 5555555555555555555 888888 22222 7 666 88888888888888888888888888 9 9 0000000 33333333 11 222222222222222 11111111
consensus : TCTGTCTGTTT--GTC----T-G------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGATA-GAGACTTCA-----TA--C--TT---G-GT--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATG-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----T------G----T-NAA------G-----GTC-A---A--------AT-TC--G-C-A-C----A-A-T-T-----GAA------CGTGGCCAC-----GNT--CG--GGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
Reference ( family-226 ) : TCTGTCTGTTT--GTC----T-G------CAACT---TT-AACCTTG---GTCGT--AA-C-TTT----AAACTATA--CA-AGATA-GAGACTTCA-----TA--C--TT---G-GT--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATG-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----T------G----T-NAA------G-----GTC-A---A--------AT-TC--G-C-A-T----A-A-T-T-----GAA------CATGGCCAC-----GCT--CG--GGGGCATAGT--------GTTTCACAAACACATC
gi|1 : TCTGTCT--GCC----C-C------CAACA---C--AGCCATA---ATCTT--AA-C-TTTTG--AAA-TGTT--CA-AGATA-GAGA----------TA--C--TG---G-GT--GGTCCGAAAAATCAAGG-TCA-G---A-GC-T--GTG-TGAC--TGA--GT-GCGACC-AA-GG----TC----ATT----T------G----T-TAA------G-----GTC-A---A--------GG-TC--A-T-A-TTGTCACA-T-T-----GAA------ATTAGTTACTGATAGTT--CT--GGGTCATAGT--------GTCTTACAAAC
gi|10 : gggataaatgttgttatttgtttgctttgaggagcagtgactaaatgcaagaaagatccatgtttctcttatAACTG-A--CA-AGAGA-GAAA--TCA-----TA--C--TTC--G-GT--GAACTGAAAAATAAATA-CCA-A---A-TC-T--AAC-TCACT-GGA--TG-A-GGTC-AA-GGACATTC----ATTAA--T------G----T-CAA------G-----GTC-A---A--------AC-T---G-C-A-A----C-A-TCT-----GTA------AATGATTAT-----GCT--TG--GGAGAAAAGT--------GTTCCACAAACATATC
gi|11 : tatagttttggtctgtctgtttcatTCTGTCTGTTT---TC----TAG------CA-CTATATT-ATCATTG---CT-GC--AA-C-TTT----A---TTTT--CA-ATACA-AACATCTTA-----TA--C--------------AGCT--AAGGTGAAGG-TCACA---ACGT-T--TTG-TGTC--AGG--TC-AAGGTC-AA-GG----TC----A------T------G----T-AAA------G-----TAA-A---A--------AG-TCCAG-T-A-A----A-A----------AA------AATTCCCAC-----AGT--GC--AAGGCATGAT--------GTTTCACct
gi|12 : ttttcgaGTTT--GTC----C-G--------ACA---TT-AAC-TTA---GTC-------C-ATT----CAACTATA--CA-AGATT-GAAATTTCA-----TA--T--TT---G-AT--GAGGTGAAGGATCAGTG-CCA-A---A-GC-T--ATG-TGAT----T--TA-AAGGTC-AA-GG----TC-------------------------GAT------G-----GT---------------AC-------C-A-C----A-A-T-A-----GAA------CATGCCCAC-----AAT--TG--GGAGCATAGT--------G-TTCACAAAAGCAT
gi|13 : attggttttaGT--AA-C-TTT--------TA-A--CA-AGACA--ATACTTCA-----TAAAC--TA---G-GT--TTACTGAATGATCA----TCA-A---A-AT----ACG-TGAC--TGA--TA-AAAGTC-AA-GA----TC----ATT----T------A----T-AAA------A-----GTG-A---A--------AG-TG--C-C-A------A-A-TCT-----GAATGTGGGCATGCTCAT-----GCT--CA--GATGCATAGT--------GTTTTATAAAttta
gi|14 : tgtcactttctctTCT--GTC----T-G------CAACT---T--AACCTTG---TCCATTGAC-C-CTT----GAACTATA--CATAAGTA-GAGAC---A-----TAT-C--TT---G-GT--GA-CTGAAAGGTCAAGG-TCA-A---T-GT-T--ATT-TCAA--AGG--CATAAG-----A-CG----TC----ATT----T------T----T----------G-----GTTGA---A--------AT-TG--C-C-A-C----A-A-G-T-----GAA------TGTGaatgttttt
gi|15 : ttctggaaggtcttgattga----AAACCATA--CA-AGATA-AAGATTTCA-----TA--T--TC---T-AT--AAAATGAAAGATTAAGA-TCA-A---A-AC-TA-ATA-TTAC---GC--CA-AA---C-AAGGG----TC----ATTGCTAT------G----TCAAA------G-----GCC-A---A--------CT-TT--GAC-G-T----A-A-T-A-----GAG------TCTGGCTATAA---GGT--CA--GATGCGAAGT--------GTTTCGTAAACACA
gi|16 : TT----AAGCTATG--CA-AAACA-GAGACTTCA-----TA--C--AT---G-GT--GAAATGAAA-GCCAACG-C---A---A-CT-TGAATGATGAG--GGT--TA-A---TC-AA-TG----TC----ATT----T------A----T-CCA------G-----GTC-A---------------TG--G-C---------------------CA------CA----CAC-----ACT--TG--ATAGTATAGA--------GTTTTACAAA-ACGTC
gi|17 : -AATTTTG---GTCTTC-AA-T-TTT----GAACTAAG--CA-AGGTA-GAGAC----------A------T---G-GA--TAACTGAAAGATCAAGG-TCA-T---C-GT-G--GTC-TGAT--AGA--TC-AAGTTC-AA-GG----TC----ATT----C------G----T-AAA------G-----GTG-A---A--------G-----------------A-A-T-TC----AAA------TGTGGCCAT-----GCT--CA--GGGttgattcaaataacag
gi|18 : ttttattaggcagacTCTGTCTCTTC--GTC----T-GTCCACACAACT---T--AACCTTT---GTTAT--AA-C-TTTT---GAGCTATA--CA-AAATA-GAGACTGTA-----TA--C--TT---G-AT--------AATGG--AAGG-TCA-G---A-GA-T--GTT-TTAC---TT--TATAAGATC-AA-GA----CC----GTG----T------A----T-CAA------A-----GTT-A---A--------AT-Tat
gi|2 : tgGTCT-TTT--ATCAGCTT-G------AAACT---TT-AAACTTG---GTCAC--AA-C-TTTT---GAACTAAA--CG-ATGTT-GAAACTTGTGT---TA--C--TTTAAGTGT--GAACTGAAAGGTCAAGG-TCA-G---T-GG-T--ATA-TCAC--TGA-----AAGGTC-AA-GG----TG----ATT----T------A----T-AAATGTCTAG-----GTC-A---A--------AT-TC--A-C-A-A----A-A-T-T-----GAA------TGTGGCTTT-----ATT--CT--AAGGCATAAT--------TTTTtaaaagttaa
gi|20 : ata-TTT----AAA-TATA--CA-GGATA-GAAACCTGAGCTTGTA--T--TT---G-GT--CAGTTGAAAGGTCGAAG-ATA-A---C-AC-T--CTT-TGAC--A-------AAGGTC-AA-AG----TC----ATTCA--T------GAAGAT-CAA------G-----GTC-A---A--------AT-AT--G-C-CTT----A-A-T-T-----Gtcatagagaaattgttataagtacattcatttgtgtgattgaaacagg
gi|21 : taatctttg-TTT----TATCTATG--CA-AGATA-GAGACCTTA-----TA--CACTT---G-AG--GAACTGAGAAGTCAAGG-TCA-T---T-GT-T--GCG-TTGT--AGC--TA-AAGGTC-AA-GG----TCAACAATT----T------G-------AA------G-----GTC-A---A--------tctgtagtcacat
gi|22 : ggtcatattttGTCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATT-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----AT----A-------------G----T--AG------G-----GTC-A---A--------AT-TT--G-C-T-TC---A-A-T-T-----TAA------TATTACCAT-----GGTAACGTAGGGGCATTTT--------GTTTgcc
gi|23 : TCAAGG-TCA-A---A-GT-T--ATT-TGAC--AGA--TA-AAGGTC-AA-GG----------ATA----A------G----T---A------G-----GTC-A---A--------AT-TT--G-C-T-TC---A-A-T-T-----TAA------TATTACCAT-----GGTAACGTAGGGGCATTTT--------GTTTtcagtca
gi|24 : TCTGCCT--CT--GTC----T-T------TAACT---TTTAACCTTG---GTCA---AA-C-CTT----GAATTATATGCA-GTATA-TAGACTTCA-----TA--C--TC---A-GT--GATGTGAAAGGTCAAGtcagtca
gi|25 : ATG-AAGGCTTCG-----TA--C--TT---G-GT--GAACTGAAAGGTCAGGG-TCt
gi|26 : ggttcatctgtctctgtgtattatttctcattgttcttcactttTCAAGG--CA-A---G-ATCT--ATG-CAATTGAGA---A-AATGTC-AA-GG----TC----ATT----TATCAAAA----T-CAA------G-----GTC-AT--A--------TT-TT--T-C-A-C----A-A-T-T-----GAtactgt
gi|27 : GGTCAAGA-TCA-A---A-TT-T--AGG-TGAC--AGAT-TA-AGGGTCAAA-GG----TC----ATT----T------G----T-AAG------G-----GTC-A---A--------AT-T
gi|3 : TCTGTTG--ATC----T-G------T--CT---TT-----------GTTGT--AATC-TTT----GAACTATA--CA-TGATA-GAAATTTCT-----TA--C--TT---G-GT--GAATTAAAAGAACAAGA-TCA-A---A-GC-T--TTA-TGAC--TAC--CA-AAGTTC-AA-GG----TC----ATT----C------A----T-CAA------G-----ATC-AAGGA--------AG-CC--A-C-G-T--------T-T-----GTA------CGTGGTCAT-----ACT--TG--GGGGCATAGT--------GTTTTACGAAAACATCtcaatt
gi|4 : ttgtctttgaTATTTGCCT--CCC----T-G------CAACT---TT-AATCTGGCAGGTCAT--AA-TGTTT----AAAGGATA--CA-AGATATGAA---TCA-----GA--T--TT---T-GT--GAAAAGAA-GGTCAAGG-TCA-GTACA-GT-T------TGAA--TGA--TG-AAGGTT-AT-GG----AC----ATT-----------A----T-CAA------G-----GTC-A---ATGTTGA--AT-TT--GTC-A-T----A-A-T-C-----AAA------GATCACCAA-----ACT--CT--GGAATATTCT--------GTTTCACAAACTCATtttttcacgtaccagtttatttctgtgggagagagg
gi|5 : gttttagtTTTGTGTGTTTCTGTT----T-G------CAACT---TTTAACCTTG---GTCAT--AA-A-TTT----AAACTGCA--CA-AGAAA-GAGACTTTA-----TT--A--TT---A-GT--GAACTCTAAGGTCAA--------------------T--TGAT--TGA--TA-AGGGTG-CA-GG----TT----GTT----G------A----T-GAA------GTTCCAGGC-G---A--------AT-TT--A-C-A-T----A-AGT-T-----GAA------CTTTACCTT-----GCT--CA--GGGTCATAGTATTGCAGAGTTTCACAAGCAtttgt
gi|6 : TCTGTTT--GTA----T-G------CAAAT---TT-AACTTGG---GTCAT--AA-T-TTTC---AACCTATA--CA-AGATA-AAGACATCA-----TA--T--GT---A-ATTGGAACTAAAAGGTCTAGGTTCA-A---A-AA-T--ATG-TAGC--TGA--TC-AAGATG-AA-AA----TT----ATA----T------A----T-GAA------G-----GAC-A---AGGCCATATAT-TC----C-A-C----A-T-C-T-----GGA------TTTGGCCTA-----AAT--CA--AGTGAATAGC--------ATTTCACAAtgttttgtttc
gi|7 : tgtctgtcaacTCTGTCTGTTT--GTC----T-T------CAACT---TT-AACCTTG---GTTTC--AA-C-TTT----AAATCATA--CA-AGATA-GACATTTTA-----TT--T--CC---G-GT--GAAAAGGAAGGTCAAGA-TCA-A---A-TT-T--AGG-TGAC--AGA--TA-AGGGTC-AA-GG----TC----ATT----T------G----T-AAG------G-----GTC-A---A--------AT-TC-------------A-A-T-TAGGTAAAA------CATGCCCAT-----AAT--CT--GGTGCATAGT--------GTTTTACAAACACATC
gi|8 : TCTTTTTGTTT--GTT----C-A------CAACT---TG-CAGTTTA---ATCGT--GG-C-TTTTGATAAACTCTA--CA-CGATA--------CA-----CA--T--TT---G-GT--TGCCTGAAAGGTC-----T---A---A-GT-T--TTG-TGAC--AAG--TA-AAGGTC-AA-GG----TC----ATT----TATATAGA----T-CGA------G-----GTA-A---A--------ATATC--C-A-A-C----A-A-T-T-----GCA------CATG
gi|9 : tcgTCCATCTGTCT--GTT----T-G------TAACT---TT-CACAGTG---GTCAT--AA-C-TTT----AAA----------------GAGACTTCA-----TA--G--CT---G-AT--TTACTGAAAGGTCAAGG-CTA-A---A-GC-T--GTA-T-AC--AGAATTA-CAGATC-AA-GG----TC----A-A----T------G----T-GGG------G-----GCA-A---A--------AT-AT--G-CTA-C----A-A-T-T------------------GCCAA-----G-T--GA--GGGGCATAAT--------TCTCTCCGAACACATCcattgggtttattccgacatatcttgttta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGGATGATCATTTTCCCGAACTGGTCTGTTTTCTAGCACTACTATTTATTGCCTGCACTTTATTTTCAATCAAACTCTTATACAGCTAAGGTGAAGCGGAAAAAGTTTTGTGCCAGGCTCGCAAGGTCAAAGTAAAAGGTCAA
Unaligned ( gi|28 ): AGAGGGAAAATGTTATTCTGTCTGTTTCTTTAAGATGAAAACCAT