lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 3333333333333 11 22222 2222 11111 22222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222222 111 11 333333 111111111111111 1111111111 9999999999999999999999999999999999999 1111111111111 333333333333333333333333333
lowQualScore : 6 66 6 6 0000000000000 33 44 2 00000 8 3 0000 44444 3 99999 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666 3 4444444444444 333 00 333333 99 1 88888 7777 4 555555555555555 0000000000 2 2222222222222222222222222222222222222 2 4444444444444 333 555555 999999 0 44444 55555 2 22 777777777777777777777777777 3 3 1 0
lowQualScore : . .. . . ............. .. .. . ..... . . .... ..... . ..... . ............................................................................................................................................................ ... . ............. ... .. ...... .. . ..... .... . ............... .......... . ..................................... . ............. ... ...... ...... . ..... ..... . .. ........................... . . . .
lowQualScore : 0 00 0 0 0000000000000 22 88 5 00000 0 0 5555 33333 9 88888 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 6 1111111111111 000 22 666666 00 3 77777 4444 4 000000000000000 3333333333 5 9999999999999999999999999999999999999 0 9999999999999 333 555555 888888 5 88888 00000 0 88 333333333333333333333333333 1 1 1 1
consensus : TCATTAACACGGAATTTGCTTTCCCAAAACAGGTGATTACAATT----TGTT---AAAACGAGACGTTTNAAATAA-----AAT-CAACTTCGTGATACATGCAGCTGG-----ACGAAGATA--TGTAGCAAGATCAGCACGATTTCANAATA-T-C-G-TCATAACGAATTA-CTAGTGG-GCAAT-TTGAT--A---TACTAGTAACGAATTTTAGAAT-TC-----G-------A-AAT--------TC-ATTT---------AAA---T---------A-TTT-------CAAATT---TTG-AAATCCGT-----C---ATTA--CGAAG-TTTAC---N--A--TTCG---T-TAT----AA-CGAAT--T--------T---AA----TTCGTNAT-AACGAATTT--AATA---AA------A-AA--G-AA-G--A-A--TT-GAAN-----T------AACG---AAT------T------CTGAA-----A-----TT-C--GTTATTTCAAATT--A----GAA------ATT---A-AT-T-T-TTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( gi|4 ) : TCATTGACATGGAATTTGCTTTCCCAAAACAAGTGACTATAATT----TGTT---AAAACAAGGCGTTTGAAATAA-----AAT-CAACTTTGTGATAAATTCAGCTGG-----ACAAAGATA--TGTAGCAAGATCAGCTCGATTTCATAACA-T-T-GGTCATAACGAATAACCTAGTGG-GCAAT-TTGAT--A---TACTAGTAACTAATTTTAGAAT-T------G-------A-AAT--------TC-ATTT---------AAA---T---------A-TTC-------CAAATT---TTG-AAATCCTT-----C---ATTG--CGAAG-TTTAC---T--A--TTCG---T-TAT----AA-CGAAT--T--------T---AA----TCTGCTAT-AACGAATTT--AATA---AA------A-AA--G-AA-G--A-A--TT-GAAT-----T------AACG---AAT------T------CTGAA-----A-----TT-C--GTTATTTCAAATT--A----GAA------ATT---A-AT-T-T-TTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|2 : TCATTAACATGGAATTTGCTCTCCCAAATCAAGTGATTACAATTAATCTGTTTTAAAAACAAGACGTTTGAAATAA-----AGT-CAACTTCGTGATTCATGCAGCTGG-----ACGAAG--A--TGTAACAATATCAGCACGATTTCAAAATA-T-C-TATCATAACGAATTAGATAGTAG-GCAAT-TTAATCGA---TA----TAACGAATTTTAGAAT-TC-----GTTACTTCA-AATTTAATTCGTT-ATTTCATATTATGAAA---TTCATCAATCA-TTT-------CAAATT---TTG-AAATCCGT-----A---ATTA--CGAAG-TTTACAAATGAA--TTTG---A-AAT----AA-CGAAT--T--------G---AA----
gi|9 : aaattcgtcaaatttgttaactttgtacatgtaatcacaaatttccaaatttgaaaatacgaattctagaaatggttaattattacatatcatcaaattcgatataacgacttataaaattgttgatatcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaatTCATTAACTTGGATTTTGCTTTGCTAAAATA--TTATTACAATC----TGTT---AAAACAAGATGTTTTGAATAT-----AAT-AAACTTCGTGATACATGGAGCTGG-----ACGAAG--A--TGTAGCAGGATTAGCAGGATTTCATAAAA-T-C-G
gi|5 : atataattgtgataagagatttgttaagaatatatcaaaaagttaataatatacatttttgaatTAACACGGAATTTGCTTTCCCAAAACAGATGCTTACAA--------------AAA------GTTTGAAATAA-----AAT-CAACTTCATCATACATGCAGCTGG-----AGGAAG--A--TGTAGCAATAGAAGCATAATTTCAAAATATT-T-TTTCATAATGAATTACCTTGT-----AAT-TTTAG--A----ATTCGTTGC----TTTAAATT-T----------------AAT--------TC-GT-----------------T---------A-TTT-------CAAA-----TTG-AAATTCGT-----T---ATTT--C-CTG-TTTAC---A--A--TTGG---T-TAT----AA-tc
gi|19 : cggtttataaaatttttggtataaaattacaatgtaattcatgaacgtgaaatacagattcagtaaaaatagattagttgaaaatgaaactatttatatttgaattcattaagtaacaAATT----TGTT---AAAACGAGAAGTTTTAAATAACATAAAAT-TAACTTCATAATACATGTAGCTGG-----ACGAAGAT
gi|6 : A-----AATGCAGTTTTGTGATA----CAGTTGG-----ATGAAAAT---T-TCGCAAGGTCAG---GA----AAAAC--T-T---TTATAA-GAA--ATC----GG-GTAAT-TTGAT--A---TACCA------AATTTCAGAAT-TC-----G--------------------TT-ATTT---------GAAGTTT---------AATTC-------GTTGTT---TTA-AAATCT-----------ATTA--CGAAA-TTGAC---G--A--TTCG---T-TAA----AA-CAAAT--T--------T---AA----TCCGTGATTAATAATTCT--AATGTTTGA------A-AT--A-AC-G--A-A--T---AATA----T------AGCG---AAC------T------CTTAA-----A-----TT-T--GTTATTTTAAAT---A----AAA------ATA---C-AT-A-TATTGGCATGTCTTAAGTGAGCTTCCGTAG
gi|1 : aaaaaaagttagttcgtGTGA-AAATACAGTTGGTAAAAACAAGGATAGTTATATACAGAGCAATTCCGTTACATATTC-T-TAGGTGG--ACGAA------AATGTCGCAATATCGAC--ACAATATTAGGCAATAGTTTCCGAAT-TCTTTATGTC-----A-AATA-------TT-ATTC---------GT----T---------A-TTT-------CAAATT---TTG-AAATTCGT-----T---ATTA--CAATG-TTTACA--A--A--TTCT---T-TATATTAAA-CGAAT--C--------C---AA----TCTTTTAT-AAGGAATTC----TA---AA------ATTT--G-AA-A--ATA--TC-GAAT-----T-------------AAT------T------CTGAA-----g
gi|17 : aattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattactcctgtgattaaattcgttataacgaatttgttgaattcgttttatcaaatttgaaaacacgaattttagaagtggttatgtaaaattcattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataaaaacgaaTGG-----ACGAAGAT----GTCACAAGATCAAC---A---CAT-ACA-TAT-G----TAACGAA----CTA---G-GCAAT-TTAAT------T-----TAACGGATTTCAGAAT-T------
gi|8 : tAAT-TTGAT--A---TACTGGTAACCATTTCTATAAT-C------T-------C-TAT--------T---TTT---------AAA---TCTA------A-TTCGTTAAAACAAATT---CGG-TAATTTGT-----T---ATTA--CAAAATTTTAC---A--AT-TTCA---T-TAT----AA-CAAAT--T--------T---CA----TTCGTT-------GATTTGAAATA---AT------A-AA--T-TA-T--A-AATTT-GTAA-----T------AACG---AAT------T------CTAGA-----A-----TT-C--GTTATTTCAAATTCAA----GAA------AT------AT-T-T-TTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCTGTAtgtt
gi|10 : ataaatactagtatatatcgAT-TTGA-----------AATAACGAATTCTAGAAT-T------T-------A-G-----------C-ATTT-------------------------------------CAAATT-----G-AATTCCTT---------ATT---CAAAA-TTT-T---T--AAATTCG---A-TAT----AA-CGGAT--T--------A---GA----TTTGCCAT-AACAAATTT---GTA---AAGTTCGTA-CATTGTAA-C--A-A--AT-GATT-----T------CAC----AAT------T-------TGAA-----A-----AT-C--TTTATATAGAATT--
gi|6 : aatgtgacAATAACAAATTTAAGAGT-TC-----G-------C-TATA-------TT-ATTC---------GT----T---------A-TTT-------CAAACA---TTA-GAATTATT-----A---ATCA--CGGA---TTAA------A--TTTG---T-TTT----AA-CGAATCGT--------C---AA----TTT--CGT-AATAGATTT----TA---AA------A-CA----AC-G--A-A--TT-AAAC-----TTCAAATAACG---AAT------T------CTGAA-----A-----TT-T--GGTATATCAAATT--A----caaaaat
gi|3 : aaaaaaagttagttcgtaaatgcagttttgtgatacagttggatgaaaatttcgcaaggtcaggaaaaacttttataagaaatcgggTTTTCAAATCT------G-------A---T--------TC-ATTC---------AAA-------------------------CAAATA---TTG-AAATGTGT-----T---AGAA--CAAA--TTCAA---TG-A--TTTA---AATAT----AC-TAGAT--T--------T---AA----TTCGTAAT-AACAAATCT--A--A---AA------T-AT--G-A-----A-A--T---AAC-----A------AACG---AAT------T------CTTTA-----A-----TT-C---T--TTTCAAATTC-A----AAA------AT------ATGT-T-TT--TAGGTCATAGATGGGTCTCttaaataaaaatacatatattggcatgtcttaagtgagcttccgtagg
gi|10 : ataAATGT------G-------ACAAT--------TCTATAT---------AAA---G---------A-TTTT------CAAATT---GTG-AAATCATTTGTTAC---AATGTACGAAC-TTTAC---A--AA-TTTG---T-TAT----GG-CAAAT--C--------T---AA----TCCGTTAT-ATCGAATTT--AA-A---AATTTTG-A-AT--A-AG-G--A-A--TT-CAAT-----TTGA---AATGCTAAAT------T------CTAGA-----A-----TT-C--GTTATTTCAAATC--A----AAA------ATcaaaaattctagaaatagatttttatgtacaactgtatatcatacttcatataacagtttataaaacaatgaatatcaaattagtatataattcgtgaccattaattggacaattaaaattaatacatcaaatagtttgactttcaagatttctaaattcattaattcggattttgattcatttaaacgaactaatacaatctgtgaaaacggagtagataaaaaaaagtaaattcgtgatatgagcaggtggcgacgagtcgtaaatgggttcccgtaggtggacgaaaacatcgctagatcaatgc
gi|2 : -AAT--------TC-GTT--------------------------A-TTT-------CAAATTCATTTGTAAA--CTT-----CGTAATTA--CGGAT-TTCAA---A--A--TTTGAAAT-GATT---GA-TGAAT--T--------TCATAA----TATGAAAT-AACGAATTA--AAT-------------------------------TT-GAAG-----T------AACG---AAT------T------CTAAA-----A-----TT-C--GTTATATC-GATT--------AA------ATT---
gi|14 : aaattcgtcaaatttgttaactttgtacatgtaatcacaaatttccaaatttgaaaatacgaattctagaaatggttaattattacatatcatcaaattcgatataacgacttataaaattgttgatatcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaattcattaacatggaatttgctctcccaaatcaagtgattacaattaatctgttttaaaaacaagacgtttgaaataaagtcaacttcgtgattcatgcagctggacgaagatgtaacaatatcagcacgatttcaaaatatctatcataacgaattagatagtaggcT--------TC-ATTT---------AAA-------------A-TAA-------GGAAAT---TTA-AAATTCGT-----C---ATTT--CAAAC-TTTAA------A--TTTA---T-TAT----TA-TGAAT--T--------A---GA----TTTGTTAT-AACGAATTT--gaa
gi|11 : ttattacaaactgaac---ATTA--CGAAG-TTTACA--C--A--TTTG---A-TAA----AAACGAAT--C--------T---AA----TCCCTTCT-GATAAATT----GTA---AAGTTTG-A-AA--T-AACG--A-A--TT-AAAT-----T------ACCA---AAA------A------AAAAA-----A-----T--C--GTTATTTCAAATA--AAATTGAA------AAT---ACAT-T-T-TTGATTTGTCCAAGATGGGCATCTGTAaattattttgatatgccctaaatgggctgctgta
gi|12 : a---ATTA--CGAAG-TTTACA--C--A--TTTG---A-TAA----AAACGAATA-C--------T---AA----TCCCTTCT-GATAAATT----GTA---AAGTTTG-A-AA--T-AACG--A-A--TT-AAAT-----T------ACCA---AA--------------AAAAA-----A-----AT-C--GTTATTTCAAATA--AAATTGAA------AAT---ACAT-T-T-TTGATTTGTCCAAGATGGGCATCTGT
gi|14 : a--A--TTCG---T-TAT----AA-CAAAT--C--------T---AA----TTCATAAT-AATAAATTT-----------------A-AA--G---------T--TT-GAAA-----T------GACG---AAT------T------TTAAA-----T-----TT-C--CTTATTTTAAATG--A-----AA------ATT---A----T-T-TTGATATGCCCTAAATGGGCTGCTGTA
gi|1 : ttattacaaactgaacaa--A--TTTG---A-TAA----AA-CGAAT--T--------C---AACAAATTCGTTAT-AACGAATTT--AAT-----C------A-CA--G-GA-GT-A-AT-TT-GAAA-----T------AACG---AAT------
gi|5 : aattctttatgtcaaatattAT----AA-CGAAT--T--------TC--AA----TTTGAAAT-AACGAATTA--AAT-------------------------------TT-AAAG-----C------AACG---AAT------T------CTAAA-----A-----TTACAAGGTAATTC--ATT--AT---GAA------A-A---A-ATAT-T-TTGAttgaaaacacgaattttagaagtggttatgtaaaattcattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataaaaacgaagtgaaaatacagttggtaaaaacaaggatagttatatacagagcaattccgttacatattcttaggtggacgaaaatgtcgcaatatcgacacaatattaggcaatagtttccgaattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattttgaaattcgttattacaatgtttacaaattctttatattaaacgaatccaatcttttataaggaattctaaaatttgaaaatatcgaattaattctgaa
gi|15 : cggtttataaaatttttggtataaaattacaatgtaattcatgaacgtgaaatacagattcagtaaaaatagattagttgaaaatgaaactatttatatttgaattcattaagtaacataacacggaatttgctttcccaaaacagatgcttacaaaaagtttgaaataaaatcaacttcatcatacatgcagctggaggaagatgtagcaatagaagcataattT----AA-CAAAT--TGCATTTTGT---AA----TTCATTAC-AACACATTT--AA----------------------A-G--G-T--TT-GAAA-----T------AACT---AAT------TAAGTTTCAGAA-----A-----TT-C--GTTAT--CAATTT--C----GA------------------T-T-TCAATAGGTCCTAAATGGGCCTCCGTAGttcctgtttacaattggttataa
gi|2 : tA-CGATT--T--------C---AAAATATCTATCAT-AACGAATTA--GATA-----------------G-TA-GGCA-A--TT-TAATCGATAT------AACG---AAT------T------TTAGA-----A-----TT-C--GTTACTTCAAATT--
gi|16 : aaattcgtcaaatttgttaactttgtacatgtaatcacaaatttccaaatttgaaaatacgaattctagaaatggttaattattacatatcatcaaattcgatataacgacttataaaattgttgatatcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaattcattaacatggaatttgctctcccaaatcaagtgattacaattaatctgttttaaaaacaagacgtttgaaataaagtcaacttcgtgattcatgcagctggacgaagatgtaacaatatcagcT--AACA---AA------T-AT--T-AA-A--A-T--TT-GAAA-----T------AACG---AATAAAAATT------CTGAA-----A-----TT-C--GTTATTTCAAATT--A----GAA------ATG---T-AT-T-T-TTAATAGGTCCTAAATGGGATTCCGTAGtaattcgttatttcatattatgaaattcatcaatcatttcaaattttgaaatccgtaattacgaagtttacaaatgaatttgaaataacgaattgaa
gi|8 : -G--A-A--TTTGAAA-----T------AACG---AAT------T------CTAGA-----A-----TT-C--GTTATTACAAATT--T----ATA------ATT---T-AT-TAT-TTcg
gi|10 : ataaatactagtatatatcgaatttgatatactggtaaccatttctataatctctatttttaaatctaattcgttaaaacaaattcggtaatttgttattacaaaattttacaatttcattataacaaatttcattcgttgatttg-G--A-T--TT-GAAA-----T------AACG---AAT------T------CTAGA-----A-----TT-T--AGCATTTCAAATT-------GAATTCCTTATTCAAA-AT-T-T-TTAAaagaaatatttttgataggtcctaaatgggcttctgta
gi|15 : aatgtgacaattctatataaagattttcaaattgtgaaatcatttgttacaatgtacgaactttacaaatttgttatggcaaatctaatccgttatatcgaat--A-A--TT-GA-------T------AACG---AAT------TT-----CTGAA-----ACTTAATT-A--GTTATTTCAAAaaaaat
gi|16 : ttaacaaattgcattttgtaattcattacaacacatttaaagg--TT-GAAA-----T------AACG---AAT------TT-----CAGAATTTTTA-----TT-C--GTTATTTCAAATT-----------------TT---A-AT-A-T-TTGTTAtcgatttcaataggtcctaaatgggcctccgtag
gi|18 : -----T------AACA---AAT------C------CTGGA-----A-----TT-C--GTTATTTCAAATT--C----AAA------AAT---A----T-T-TTGGTAGGTCCTAAATAGGCTTCCGTAattagaaatgtatttttaataggtcctaaatgggattccgtagcg
gi|5 : gaaatccctcaA-----A-----TT-C--GTTATTTCAAATT-------GAA------ATT---
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATTAAATCAGATTTTAGTTTTGCTACAACAAATCATCTTACAATTCTGCTTAAAACCGAGAAGTTTCTAATAACCATAAAATTAACTTCATAATACATGGTAGCTGGAGAAGATTCTCAAAGATCCAATACAAGTATAACCAATTAAGGAATTCAATACAACGAATATCAAAATTTCGTTACTTTAGATTTTGAAATCGGTTTATTATAAAGCAAAAATAAATTAATCTTTTAAATGATTGTAAAATAAAAACAGCAAATTAAAATTGAAATAACGAATT
Unaligned ( gi|13 ): AAATTCCAAAATACGAATTTTAGAAATGGGTCAAATTCGATATAACGATTTATAAAATAGCTGATATAAAATTAGAATAAAATTTGTGATCAGAAGTGCAGAATGAACAAGAATAGATTAAATACATGTAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111 111111111111 11111 11111 11111 22222222 222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222222 11111 11111111 666666666666666666666666666666666666666 1111111111111 2222222222222222222
lowQualScore : 4 4 6 2 5 99 0 666 5555 5 9999 999999999999 33333 66 4 11111 4 88888 55 66666 3 00000000 1 4 222222222 1 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 6666666666666666 8888 2 2 1 22222 1 33 66666 5 2 00000000 555 6666 0 0 1 3 555555555555555555555555555555555555555 1 444 444 1111111111111 0 8888888888888888888 4
lowQualScore : . . . . . .. . ... .... . .... ............ ..... .. . ..... . ..... .. ..... . ........ . . ......... . . ............................................................................................. . ................ .... . . . ..... . .. ..... . . ........ ... .... . . . . ....................................... . ... ... ............. . ................... .
lowQualScore : 0 0 7 5 7 00 7 333 6666 0 0000 444444444444 44444 99 4 11111 4 00000 55 22222 4 33333333 0 4 666666666 9 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 1111111111111111 9999 2 9 1 00000 1 00 99999 3 9 44444444 000 5555 2 2 0 1 444444444444444444444444444444444444444 0 777 777 5555555555555 8 3333333333333333333 0
consensus : TCATTAACNCGGANTTT-GCTTTNCCAAAAC-AAGTGAT--TACAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AC-GTTTN----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCGTGATACAT-GC--AGCTG--GACGAAGATATGTAGCAAGATCAGCACGATTTCANA-ATA--TC-G-TCATAACGAATTA--T--TGGGCAATTTGAT--ATACT-GT-A-ACGAATTTTAGAAT-TCG-------AA----ATTC-ATTTAAA---T---ATTT-------CAA-ATTTTGAAATT---CG-T-------TAT----TACGAAG-TTTAC-A-A-TTCGT-TAT----AA-CGAAT-T--------T---AA----TCCGTTAT-AACGAATTT--AAT-----AAA-----A-A----NGA--A-G-A-A--TTGAANT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TT-TTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( family-225 ) : TCATTAACACGGAATTT-GCTTTCCCAAAAC-AGGTGAT--TACAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AC-GTTTN----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCGTGATACAT-GC--AGCTG--GACGAAGATATGTAGCAAGATCAGCACGATTTCANA-ATA--TC-G-TCATAACGAATTA-CTAGTGGGCAATTTGAT--ATACTAGT-A-ACGAATTTTAGAAT-TCG-------AA----ATTC-ATTTAAA---T---ATTT-------CAA-ATTTTGAAATC---CG-T-------CAT----TACGAAG-TTTAC-N-A-TTCGT-TAT----AA-CGAAT-T--------T---AA----TTCGTNAT-AACGAATTT--AAT-----AAA-----A-A----AGA--A-G-A-A--TTGAANT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TT-TTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|1 : AT--AAACTGGT-T-AC-AGTT---GAAT---G-------AA----TTTT-ACATAAC---C---ACTT-------C-------TAAAATT---CG-T--------------------G-TTTTC-A-AATTTGA-TAA----AA-CGAAT-T--------C---AACAAATTCGTTAT-AACGAATTT--AAT-------C-----A-C----AGG--A-GTA-AT-TTGAAAT---AACG---AAT------
gi|1 : aattctttatgtcaaatattAAAACGAAGTGAAAATACAGTT----GG-TA---AAAAC-A----AGGATAGTT------AT--ATACA-----GAG-CAATTCCGTTACATAT-TCTTAGGTG--GACGAAAATGT---------------------CGCA-ATA--TC-G-ACACAAT--ATTA-------GGCAAT------------AGT-TTCCGAATTCTTTATG-TCA-------AATATTATTC-GTT-----------ATTT-------CAA-ATTTTGAAATT---CG-T-------TAT----TACAATG-TTTACAA-A-TTCTT-TATATTAAA-CGAAT-C--------C---AA----TCTTTTAT-AAGGAATTC----T-----AAA-----ATT----TGA--A-A-ATA--TCGAATT----------AAT------T------CTGAAattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataaaaacgaagtgaaaatacagttggtaaaaacaaggatagttatatacagagcaattccgttacatattcttaggtggacgaaaatgtcgcaatatcgacacaatattaggcaatagtttccgaattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattttgaaattcgttattacaatgtttacaaattctttatattaaacgaatccaatcttttataaggaattctaaaatttgaaaatatcgaattaattctgaa
gi|10 : aattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattactcctgtgattaaattcgttataacgaatttgttgaattcgttttatcaaatttgaaaacacgaattttagaagtggttatgtaaaattcattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataA----ATTCTATATAAA---G---ATTTT------CAA-ATTGTGAAATCATTTG-T-------TACAATGTACGAAC-TTTAC-A-AATTTGT-TAT----GG-CAAAT-C--------T---AA----TCCGTTAT-ATCGAATTT--AA------AAATTTTGA-A----TAA--G-G-A-A--TTCAATTTGAAATGCTAAAT------T------CTAGAATTCGTTATTTCAAATC--A----AAAAT
gi|11 : aatgtgacAT----TACGAAG-TTTAC-ACA-TTTGA-TAA----AAACGAAT-C--------T---AA----TCCCTTCT-GATAAATT----GT-----AAAGTTTGA-A----ATA--ACG-A-A--TTAAATT---ACCA---AAA------A------AAAAAAT-CGTTATTTCAAATA--AAATTGAAAATACAT-TT-TTGATTTGTCCAAGATGGGCATCTGTA
gi|12 : aAT----TACGAAG-TTTAC-ACA-TTTGA-TAA----AAACGAATAC--------T---AA----TCCCTTCT-GATAAATT----GT-----AAAGTTTGA-A----ATA--ACG-A-A--TTAAATT---ACCA---AA--------------AAAAAAATCGTTATTTCAAATA--AAATTGAAAATACAT-TT-TTGATTTGTCCAAGATGGGCATCTGT
gi|14 : a-T-------TAT----TACAAAC-TGAAC-A-AATTCGT-TAT----AA-CAAAT-C--------T---AA----TTCATAAT-AATAAATTT------------------A-A----AG---------T--TTGAAAT---GACG---AAT------T------TTAAATTTCCTTATTTTAAATG--A-----AAATTA----TT-TTGATATGCCCTAAATGGGCTGCTGTA
gi|15 : T----AA-CAAAT-TGCATTTTGT---AA----TTCATTAC-AACACATTT--AA--------------------------A-G-G-T--TTGAAAT---AACT---AAT------TAAGTTTCAGAAATTCGTTAT--CAATTT--C----GA---------TT-TCAATAGGTCCTAAATGGGCCTCCGTAG
gi|16 : tT--AAC-----AAA-----T-A----TTA--A-A-A-T--TTGAAAT---AACG---AATAAAAATT------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATGT-AT-TT-TTAATAGGTCCTAAATGGGATTCCGTAG
gi|17 : TG--GACGAAGAT--GTCACAAGATCAACA------CATACATA--T------GTAACGAACTA-------GGCAATTTAAT---T-----T-A-ACGGATTTCAGAAT-TTG-------cg
gi|18 : tT---AACA---AAT------C------CTGGAATTCGTTATTTCAAATT--C----AAAAATA----TT-TTGGTAGGTCCTAAATAGGCTTCCGTAtt
gi|19 : gaaatccctcaAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AA-GTTTT----AA--ATA-ACATAAAAT-TAACTTCATAATACAT-GT--AGCTG--GACGAAGAT
gi|2 : ATCAACA--ATTTTATA-A-G--TC-G-TTATATCGAATT---TGATG----AT---AT--GTAATAATTA-ACCATTTCTAGAAT-TCG----------------T-ATTT-------------T-------CAA-ATTTGGAAATT---TG-TGATTA--CATG---TACAAAG-TTAAC-A-A----AT-T-T----GA-CGAAT-T--------T---
gi|2 : TCATTAACATGGAATTT-GCTCTCCCAAATC-AAGTGAT--TACAATTAATCTG-TTTTAAAAAC-A----AG-AC-GTTTG----AA--ATA-A-----AGT-CAACTTCGTGATTCAT-GC--AGCTG--GACGAAG--ATGTAACAATATCAGCACGATTTCAAA-ATA--TCTA-TCATAACGAATTAGATAGTAGGCAATTTAATCGATA----T-A-ACGAATTTTAGAAT-TCG--------------T-------------T---ACTT-------CAA-ATTT---AATT---CG-TTATTTCATAT----TATGAAA-TTCAT-C-A-ATCAT-T-T-------CAAAT-T--------TTGAAA----TCCGTAAT-TACGAAGTT----T-----ACA-----A-A----TGA--A-T------TTGAAAT---AACG---AAT------T------atcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaattcattaacatggaatttgctctcccaaatcaagtgattacaattaatctgttttaaaaacaagacgtttgaaataaagtcaacttcgtgattcatgcagctggacgaagatgtaacaatatcagcacgatttcaaaatatctatcataacgaattagatagtaggcaatttaatcgatataacgaattttagaattcgttacttcaaatttaattcgttatttcatattatgaaattcatcaatcatttcaaattttgaaatccgtaattacgaagtttacaaatgaatttgaaataacgaattgaa
gi|3 : aaattcgtcaaatttgttaactttgtacatgtaatcacaaatttccaaatttgaaaatacgaattctagaaatggttaattattacatatcatcaaattcgatataacgacttataaaattgttgatatcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaatGAATTTTTGTTT-TCA-------AATCTGATTC-ATTCAAA------------------CAA-ATATTGAAATG---TG-T-------TAG----AACAAAT-TCAAT-G-A-TTTAAATAT----AC-TAGAT-T--------T---AA----TTCGTAAT-AACAAATCT--A-------AAA-----T-A----TGA------A-A--T--AACA---AACG---AAT------T------CTTTAATTC-T--TTTCAAATTC-A----AAAAT---ATGTT-TT--TAGGTCATAGATGGGTCTCgaa
gi|3 : ataTCATTAATTCGGATTTT-GATTCATTTAAAC-GAACTAA--TACAATC----TG-TG---AAAAC-GGAGTAG-A-----TA----AA--A-A-A-----AAG-TAAATTCGTGATATGA-GC--AGGTGGCGACGAtagaaatagatttttatgtacaactgtatatcatacttcatataacagtttataaaacaatgaatatcaaattagtatataattcgtgaccattaattggacaattaaaattaatacatcaaatagtttgactttcaagatttctaaattcattaattcggattttgattcatttaaacgaactaatacaatctgtgaaaacggagtagataaaaaaaagtaaattcgtgatatgagcaggtggcgacgagtcgtaaatgggttcccgtaggtggacgaaaacatcgctagatcaatgc
gi|4 : atagagacccatctatgacctaaaaacatatttttgaatttgaaaagaattaaagaattcgtttgttatttcatattttagatttgttattacgaattaaatctagtatatttaaatcattgaatttgttctaacacatttcaatatttgtttgaatgaatcagatttgaaaacaaaaattctagaaatagatttttatgtacaactgtatatcatacttcatataacagtttataaaacaatgaatatcaaattagtatataattcgtgaccattaattggacaattaaaattaatacatcaaatagtttgactttcaagatttctaaatTCATTGACATGGAATTT-GCTTTCCCAAAAC-AAGTGAC--TATAATT----TG-TT---AAAAC-A----AG-GC-GTTTG----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTTGTGATAAAT-TC--AGCTG--GACAAAGATATGTAGCAAGATCAGCTCGATTTCATA-ACA--TT-GGTCATAACGAATAACCTAGTGGGCAATTTGAT--ATACTAGT-A-ACTAATTTTAGAAT-T-G-------AA----ATTC-ATTTAAA---T---ATTC-------CAA-ATTTTGAAATC---CT-T-------CAT----TGCGAAG-TTTAC-T-A-TTCGT-TAT----AA-CGAAT-T--------T---AA----TCTGCTAT-AACGAATTT--AAT-----AAA-----A-A----AGA--A-G-A-A--TTGAATT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TT-TTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAGgtcgtaaatgggttcccgtaggtggacgaaaacatcgctagatcaatgc
gi|5 : TAACACGGAATTT-GCTTTCCCAAAAC-AGATGCT--TACAA---------------AAA-------------GTTTG----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCATCATACAT-GC--AGCTG--GAGGAAG--ATGTAGCAATAGAAGCATAATTTCAAA-ATATTTT-T-TCATAATGAATTA-C---------------------CTTGT------AATTTTAGAAT-TCGTTGCTTTAA----ATTT-AATTCGT---T---ATTT-------CAA-A--TTGAAATT---CG-T-------TAT----TTC-CTG-TTTAC-A-A-TTGGT-TAT----AA-
gi|6 : cggtttataaaatttttggtataaaattacaatgtaattcatgaacgtgaaatacagattcagtaaaaatagattagttgaaaatgaaactatttatatttgaattcattaagtaaca-A-----AATGCAGTTTTGTGATACA-------GTTG--GATGAAAAT-T-TCGCAAGGTCAG---GA----AAA-ACT--T----TTATAAGAAATC-------GGGTAATTTGAT--ATAC--------CAAATTTCAGAAT-TCG---------------TT-ATTTGAAGTTT---AATT-------CGTTGTTTTAAAATC---T-----------AT----TACGAAA-TTGAC-G-A-TTCGT-TAA----AA-CAAAT-T--------T---AA----TCCGTGATTAATAATTCT--AATGTTTGAAAT----A-A----CGA--A-T-A-A--T----AT---AGCG---AAC------T------CTTAAATTTGTTATTTTAAAT---A----AAAATAC-AT-ATATTGGCATGTCTTAAGTGAGCTTCCGTAG
gi|7 : aaaaaaagttagttcgtATTAAATCAGATTTTAGTTTTGCTACAAC-AAATCATCTTACAATTC---TGCTT---AAAACCG----AG-AA-GTTTCTAATAACCATA-A-----AAT-TAACTTCATAATACATGGT--AGCTG--GA-GAAGATTCTCA--AAGATC----CAAT---ACA-A-------G-T-ATAACCAATTA------AGG-AATTCAAT--A------C-A-ACGAATATCAAAAT------------------TTC-GT--------T---ACTT-------TAG-ATTTTGAAATC---GGTT-------TAT----TATAAAG-----C-A-A--------A-----AA-TAAA--T--------T---AA----TCTTTTA--AATGATTGTAAAAT-----AAA-----A-ACAGCAAATTA-A-A-A--TTGAAAT---AACG---AAT------T------g
gi|8 : AATTTGAT--ATACTGGT-A-ACCATTTCTATAATCTCT-------------ATT---TTTAAA---TCTAATTCGTTAAAACAA-ATTCGGTAATT---TG-T-------TAT----TACAAAATTTTAC-A-ATTTCAT-TAT----AA-CAAAT-T--------T---CA----TTCGTT-------GATTTGAAAT-----AAT-----A-A----ATT--A-T-A-AATTTGTAAT---AACG---AAT------T------CTAGAATTCGTTATTTCAAATTCAA----GAAAT---AT-TT-TTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCTGTA
gi|9 : ataaatactagtatatatcgTCATTAACTTGGATTTT-GCTTTGCTAAAAT-A--TTAT--TACAATC----TG-TT---AAAAC-A----AG-AT-GTTTT----GA--ATA-T-----AAT-AAACTTCGTGATACAT-GG--AGCTG--GACGAAG--ATGTAGCAGGATTAGCAGGATTTCATA-AAA--TC-G-TC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATTCCAAAATACGAATTTTAGAAATGGGTCAAATTCGATATAACGATTTATAAAATAGCTGATATAAAATTAGAATAAAATTTGTGATCAGAAGTGCAGAATGAACAAGAATAGATTAAATACATGTAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111 1111 111111111111 11111 11111 22 222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 111111 1111111111111111 1111111111111 555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111 2222222222222222222
lowQualScore : 1 1 6 1 5 00 0 666 5555 5 9999 999999999999 33333 66 4 11111 4 88888 55 1 00 0 99 4 777 4 999999999 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 555 44 0000000 333333 2 44 0 2 7777777777777777 33 55555 5 2 3333333333333 6666 2 555555555555555555555555555555555555555555 0 1 444 444 0000000000000 1 6666666666666666666 4
lowQualScore : . . . . . .. . ... .... . .... ............ ..... .. . ..... . ..... .. . .. . .. . ... . ......... . ................................................................................................ . ... .. ....... ...... . .. . . ................ .. ..... . . ............. .... . .......................................... . . ... ... ............. . ................... .
lowQualScore : 0 0 7 0 7 66 7 333 6666 0 0000 444444444444 44444 99 4 11111 4 00000 55 9 66 2 33 7 111 4 888888888 9 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 888 22 0000000 333333 5 22 4 7 9999999999999999 00 99999 0 7 0000000000000 1111 9 555555555555555555555555555555555555555555 1 9 444 444 2222222222222 2 5555555555555555555 0
consensus : TCATTAACNCGGANTTT-GCTTTNCCAAAAC-AAGTGAT--TACAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AC-GTTTN----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCGTGATACAT-GC--AGCTG--GACGAAGAT-TGTAGCAAGATCAGCACGATTTCAN--A-ATA--TC-G-TCATAACGAAT----TA--T--TGGGCAATTTGAT--ATACT-GTAACGAATTTTAGAAT-TCG--------A----ATTC-ATTTAAA---T---ATTT-------CAA-ATTTTGAAAT---TCG--T-------TAT------TACGAAG-TTTA-C-----------A-A-TTC-GTTAT----AA-CGAAT-T--------T----AA----TCCGTTAT-AACGAATT-T--AA---T-----AA-A-----A-ATGA------AGA-A-TTGAANT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TT-TTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( family-225 ) : TCATTAACNCGGANTTT-GCTTTNCCAAAAC-AAGTGAT--TACAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AC-GTTTN----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCGTGATACAT-GC--AGCTG--GACGAAGATATGTAGCAAGATCAGCACGATTTCAN--A-ATA--TC-G-TCATAACGAAT----TA--T--TGGGCAATTTGAT--ATACT-GTAACGAATTTTAGAAT-TCG-------AA----ATTC-ATTTAAA---T---ATTT-------CAA-ATTTTGAAAT---TCG--T-------TAT------TACGAAG-TTTA-C-----------A-A-TTC-GTTAT----AA-CGAAT-T--------T----AA----TCCGTTAT-AACGAATT-T--AA---T-----AA-A-----A-ANGA------AGA-A-TTGAANT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TT-TTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|1 : ---T---ATGT-------CAA-ATATT---AT---TCG--T-------TAT------TTCAAA---TTA-CTCCTGTGATTAA-A-TTC-GTTAT----AA-CGAAT-T--------TGTTGAA----TTCGTTTT-ATCAAATT---------T-----GA-A-----A-AC-------------------------ACG---AAT------T------TTAGAAGTGGTTATGTAAAATT--
gi|1 : aattcttTTCTAAAAT---TCG--T----------------------G-TTTT-C-----------A-AATTT-GATAA----AA-CGAAT-T--------C----AACAAATTCGTTAT-AACGAATT-T--AA---T------C-A-----C-AGGA------GTA-ATTTGAAAT---AACG---AAT------cattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataaaaacgaagtgaaaatacagttggtaaaaacaaggatagttatatacagagcaattccgttacatattcttaggtggacgaaaatgtcgcaatatcgacacaatattaggcaatagtttccgaattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattttgaaattcgttattacaatgtttacaaattctttatattaaacgaatccaatcttttataaggaattctaaaatttgaaaatatcgaattaattctgaa
gi|1 : aattctttatgtcaaatattAAAACGAAGTGAAAATACAGTT----GG-TA---AAAAC-A----AGGATAGTT------AT--ATACA-----GAG-CAATTCCGTTACATAT-TCTTAGGTG--GACGAAAAT--GTCGCAATATCGACACAATATTAGGCA-ATA--GT-T-TC----CGAAT----TC--T--T---------------TA-T-GT--CAAAT------AT-T---------------ATTC-GTT-----------ATTT-------CAA-ATTTTGAAAT---TCG--T-------TAT------TACAATG-TTTA-CA----------A-A-TTC-TTTATATTAAA-CGAAT-C--------C----AA----TCTTTTAT-AAGGAATT-C-------T-----AA-A-----ATTTGA------AAATA-TCGAATT----------AAT------T------CTGAAgtggttatgtaaaattcattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataaaaacgaagtgaaaatacagttggtaaaaacaaggatagttatatacagagcaattccgttacatattcttaggtggacgaaaatgtcgcaatatcgacacaatattaggcaatagtttccgaattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattttgaaattcgttattacaatgtttacaaattctttatattaaacgaatccaatcttttataaggaattctaaaatttgaaaatatcgaattaattctgaa
gi|10 : aattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattactcctgtgattaaattcgttataacgaatttgttgaattcgttttatcaaatttgaaaacacgaattttagaagtggttatgtaaaattcattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataA----ATTCTATATAAA---G---ATTTT------CAA-ATTGTGAAATCATTTG--T-------TACAATG--TACGAAC-TTTA-C-----------A-AATTT-GTTAT----GG-CAAAT-C--------T----AA----TCCGTTAT-ATCGAATT-T--AA---------AA-ATTTTGA-ATAA------GGA-A-TTCAATTTGAAATGCTAAAT------T------CTAGAATTCGTTATTTCAAATC--A----AAAAT
gi|11 : aatgtgacAT------TACGAAG-TTTA-C-----------ACA-TTT-GATAA----AAACGAAT-C--------T----AA----TCCCTTCT-GATAAATTGT--AAAGTT-----TG-A-----A-ATAA------CGA-A-TTAAATT---ACCA---AAA------A------AAAAAAT-CGTTATTTCAAATA--AAATTGAAAATACAT-TT-TTGATTTGTCCAAGATGGGCATCTGTA
gi|12 : aAT------TACGAAG-TTTA-C-----------ACA-TTT-GATAA----AAACGAATAC--------T----AA----TCCCTTCT-GATAAATTGT--AAAGTT-----TG-A-----A-ATAA------CGA-A-TTAAATT---ACCA---AA--------------AAAAAAATCGTTATTTCAAATA--AAATTGAAAATACAT-TT-TTGATTTGTCCAAGATGGGCATCTGT
gi|14 : a--T-------TAT------TACAAAC-TGAA-C-----------A-AATTC-GTTAT----AA-CAAAT-C--------T----AA----TTCATAAT-AATAAATT-T--AA------------------------------AGT---TTGAAAT---GACG---AAT------T------TTAAATTTCCTTATTTTAAATG--A-----AAATTA----TT-TTGATATGCCCTAAATGGGCTGCTGTA
gi|15 : T----AA-CAAAT-TGCATTTTGT----AA----TTCATTAC-AACACATT-T--AA------------------------------AGG-T-TTGAAAT---AACT---AAT------TAAGTTTCAGAAATTCGTTAT--CAATTT--C----GA---------TT-TCAATAGGTCCTAAATGGGCCTCCGTAG
gi|16 : t-T--AA---C-----AA-A-----T-ATTA------AAA-T-TTGAAAT---AACG---AATAAAAATT------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATGT-AT-TT-TTAATAGGTCCTAAATGGGATTCCGTAG
gi|17 : TG--GACGAAGAT--GTCACAAGATCAACA------CAT--ACATA--T------GTAACGAAC----TA-------GGCAATTTAAT---T-----TAACGGATTTCAGAAT-TTG-------cg
gi|18 : tT---AACA---AAT------C------CTGGAATTCGTTATTTCAAATT--C----AAAAATA----TT-TTGGTAGGTCCTAAATAGGCTTCCGTAtt
gi|19 : gaaatccctcaAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AA-GTTTT----AA--ATA-ACATAAAAT-TAACTTCATAATACAT-GT--AGCTG--GACGAAGAT
gi|2 : ATCAACA--ATTTTAT--A-A-G--TC-G-TTATATCGAAT----T------TGA-TGATATGTA--ATAAT--TAACCATTTCTAGAAT-TCG----------------T-ATTT-------------T-------CAA-ATTTGGAAAT---TTG--T-------GATTACATGTACAAAG-TTAA-C-----------A-A-----ATT-T----GA-CGAAT-T--------T----
gi|2 : TCATTAACATGGAATTT-GCTCTCCCAAATC-AAGTGAT--TACAATTAATCTG-TTTTAAAAAC-A----AG-AC-GTTTG----AA--ATA-A-----AGT-CAACTTCGTGATTCAT-GC--AGCTG--GACGAAGAT--GTAACAATATCAGCACGATTTCAA--A-ATA--TCTA-TCATAACGAAT----TAGATAGTAGGCAATTTAATCGATA----TAACGAATTTTAGAAT-TCG---------------------T------T---ACTT-------CAA-ATTT---AAT---TCG--TTATTTCATAT------TATGAAA-TTCATC-----------A-A--TC-ATT-T-------CAAAT-T--------TTGA-AA----TCCGTAAT-TACGAAGT-T-------T-----AC-A-----A-ATGA------AT----TTGAAAT---AACG---AAT------T------atcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaattcattaacatggaatttgctctcccaaatcaagtgattacaattaatctgttttaaaaacaagacgtttgaaataaagtcaacttcgtgattcatgcagctggacgaagatgtaacaatatcagcacgatttcaaaatatctatcataacgaattagatagtaggcaatttaatcgatataacgaattttagaattcgttacttcaaatttaattcgttatttcatattatgaaattcatcaatcatttcaaattttgaaatccgtaattacgaagtttacaaatgaatttgaaataacgaattgaa
gi|3 : aaattcgtcaaatttgttaactttgtacatgtaatcacaaatttccaaatttgaaaatacgaattctagaaatggttaattattacatatcatcaaattcgatataacgacttataaaattgttgatatcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaatGAATTTTTGTTT-TCA-------AATCTGATTC-ATTCAAA------------------CAA-ATATTGAAAT---GTG--T-------TAG------AACAAAT-TCAA-T-----------G-A-TTTAAATAT----AC-TAGAT-T--------T----AA----TTCGTAAT-AACAAATC-T--A----------AA-A-----T-ATGA--------A-A-T--AACA---AACG---AAT------T------CTTTAATTC-T--TTTCAAATTC-A----AAAAT---ATGTT-TT--TAGGTCATAGATGGGTCTCgaa
gi|3 : ataTCATTAATTCGGATTTT-GATTCATTTAAAC-GAACTAA--TACAATC----TG-TG---AAAAC-GGAGTAG-A-----TA----AA--A-A-A-----AAG-TAAATTCGTGATATGA-GC--AGGTGGCGACGAtagaaatagatttttatgtacaactgtatatcatacttcatataacagtttataaaacaatgaatatcaaattagtatataattcgtgaccattaattggacaattaaaattaatacatcaaatagtttgactttcaagatttctaaattcattaattcggattttgattcatttaaacgaactaatacaatctgtgaaaacggagtagataaaaaaaagtaaattcgtgatatgagcaggtggcgacgagtcgtaaatgggttcccgtaggtggacgaaaacatcgctagatcaatgc
gi|4 : atagagacccatctatgacctaaaaacatatttttgaatttgaaaagaattaaagaattcgtttgttatttcatattttagatttgttattacgaattaaatctagtatatttaaatcattgaatttgttctaacacatttcaatatttgtttgaatgaatcagatttgaaaacaaaaattctagaaatagatttttatgtacaactgtatatcatacttcatataacagtttataaaacaatgaatatcaaattagtatataattcgtgaccattaattggacaattaaaattaatacatcaaatagtttgactttcaagatttctaaatTCATTGACATGGAATTT-GCTTTCCCAAAAC-AAGTGAC--TATAATT----TG-TT---AAAAC-A----AG-GC-GTTTG----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTTGTGATAAAT-TC--AGCTG--GACAAAGATATGTAGCAAGATCAGCTCGATTTCAT--A-ACA--TT-GGTCATAACGAATAACCTA--G--TGGGCAATTTGAT--ATACTAGTAACTAATTTTAGAAT-T-G-------AA----ATTC-ATTTAAA---T---ATTC-------CAA-ATTTTGAAAT---CCT--T-------CAT------TGCGAAG-TTTA-C-----------T-A-TTC-GTTAT----AA-CGAAT-T--------T----AA----TCTGCTAT-AACGAATT-T--AA---T-----AA-A-----A-AAGA------AGA-A-TTGAATT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TT-TTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAGgtcgtaaatgggttcccgtaggtggacgaaaacatcgctagatcaatgc
gi|5 : TAACACGGAATTT-GCTTTCCCAAAAC-AGATGCT--TACAA---------------AAA-------------GTTTG----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCATCATACAT-GC--AGCTG--GAGGAAG--ATGTAGCAATAGAAGCATAATTTCAA--A-ATATTTT-T-TCATAATGAAT----TA--C--C-----------------TT-GT----AATTTTAGAAT-TCGTTGCTTTAA----ATTT-AATTCGT---T---ATTT-------CAA-A--TTGAAAT---TCG--T-------TAT------TTC-CTG-TTTA-C-----------A-A-TTG-GTTAT----AA-
gi|6 : cggtttataaaatttttggtataaaattacaatgtaattcatgaacgtgaaatacagattcagtaaaaatagattagttgaaaatgaaactatttatatttgaattcattaagtaaca-A-----AATGCAGTTTTGTGATACA-------GTTG--GATGAAAAT-T-TCGCAAGGTCAG---GA----AA--A-ACT--T----TTATAA-GAA------A--T--CGGGTAATTTGAT--ATAC------CAAATTTCAGAAT-TCG---------------TT-ATTTGAAGTTT---AATT-------CGTTGTTTTAAAAT---C------------TAT------TACGAAA-TTGA-C-----------G-A-TTC-GTTAA----AA-CAAAT-T--------T----AA----TCCGTGATTAATAATTC-T--AA---TGTTTGAA-AT----A-ACGA------ATA-A-T----AT---AGCG---AAC------T------CTTAAATTTGTTATTTTAAAT---A----AAAATAC-AT-ATATTGGCATGTCTTAAGTGAGCTTCCGTAG
gi|7 : aaaaaaagttagttcgtATTAAATCAGATTTTAGTTTTGCTACAAC-AAATCATCTTACAATTC---TGCTT---AAAACCG----AG-AA-GTTTCTAATAACCATA-A-----AAT-TAACTTCATAATACATGGT--AGCTG--GA-GAAGATTCTCA--AAGATC----CAAT---AC--A-A-------G-T-ATAACCAAT----TA------AGG-AATTCAAT--A------CAACGAATATCAAAAT------------------TTC-GT--------T---ACTT-------TAG-ATTTTGAAA----TCGGTT-------TAT------TATAAAG------C-----------A-A--------A-----AA-TAAA--T--------T----AA----TCTTTTA--AATGATTG-TAAAA---T-----AA-A-----A-ACAGCAAATTAAA-A-TTGAAAT---AACG---AAT------T------g
gi|8 : AATTTGAT--ATACTGGTAACCATTTCTATAATCTCT-------------ATT---TTTAAA---TCTAATTCGTTAAAACAA-ATTCGGTAAT---TTG--T-------TAT------TACAAAATTTTA-C-----------A-ATTTC-ATTAT----AA-CAAAT-T--------T----CA----TTCGTT-------GATT-TGAAA---T-----AATA-----A-ATTAT-----AAA-T-TTGTAAT---AACG---AAT------T------CTAGAATTCGTTATTTCAAATTCAA----GAAAT---AT-TT-TTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCTGTA
gi|9 : ataaatactagtatatatcgTCATTAACTTGGATTTT-GCTTTGCTAAAAT-A--TTAT--TACAATC----TG-TT---AAAAC-A----AG-AT-GTTTT----GA--ATA-T-----AAT-AAACTTCGTGATACAT-GG--AGCTG--GACGAAG--ATGTAGCAGGATTAGCAGGATTTCAT--A-AAA--TC-G-TC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATTCCAAAATACGAATTTTAGAAATGGGTCAAATTCGATATAACGATTTATAAAATAGCTGATATAAAATTAGAATAAAATTTGTGATCAGAAGTGCAGAATGAACAAGAATAGATTAAATACATGTAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111 1111 111111111111 11111 11111 1111 222222222 777777777777777777777777777777777 55555555555555555555555555555555555555555 111111 1111111111111111 1111111111111 555555555555555555555555555555555555555 222222222222222222
lowQualScore : 1 1 6 1 5 00 0 666 5555 5 9999 999999999999 33333 66 4 11111 4 88888 7777 4 5 99 4 777 4 999999999 1 444444444444444444444444444444444 4 4 55555555555555555555555555555555555555555 3 555 33 9999999 222222 1 66 444 2 7777777777777777 0 33 7777 4 1 2 6666666666666 5555 2 5 333333333333333333333333333333333333333 2 33 444 444 9999999999999 1 999999999999999999
lowQualScore : . . . . . .. . ... .... . .... ............ ..... .. . ..... . ..... .... . . .. . ... . ......... . ................................. . . ......................................... . ... .. ....... ...... . .. ... . ................ . .. .... . . . ............. .... . . ....................................... . .. ... ... ............. . ..................
lowQualScore : 0 0 7 0 7 66 7 333 6666 0 0000 444444444444 44444 99 4 11111 4 00000 8888 4 0 33 7 111 4 888888888 9 555555555555555555555555555555555 6 7 00000000000000000000000000000000000000000 3 444 99 3333333 555555 7 44 444 5 6666666666666666 7 11 4444 7 1 5 0000000000000 7777 7 0 888888888888888888888888888888888888888 6 55 111 111 0000000000000 6 111111111111111111
consensus : TCATTAACNCGGANTTT-GCTTTNCCAAAAC-AAGTGAT--TACAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AC-GTTTN----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCGTGATACAT-GC--AGCTGGACGAAGA-T-TGTAGC-AAGATCAGCACGATTTCAN--A-ATA--TC-G-TCATAACGAAT----TA--T--TGGGCAATTTGAT--ATACT-GTAACGAATTTTAGAATTCG--------AATTC-ATTTAAA---T---ATTT-------CAA-ATTTTGAAAT---TCG--T-------TAT------TACGAAG-TT---TA-C-----------A-A-TTCGT-TAT----AA-CGAAT-T--------T----AA----TCCGTTA-TAACGAATT-T--AA---TA---A-A-----A-ATGA------AG-A-A-TTGAA-NT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( family-225 ) : TCATTAACNCGGANTTT-GCTTTNCCAAAAC-AAGTGAT--TACAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AC-GTTTN----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCGTGATACAT-GC--AGCTGGACGAAGA-T-TGTAGC-AAGATCAGCACGATTTCAN--A-ATA--TC-G-TCATAACGAAT----TA--T--TGGGCAATTTGAT--ATACT-GTAACGAATTTTAGAATTCG--------AATTC-ATTTAAA---T---ATTT-------CAA-ATTTTGAAAT---TCG--T-------TAT------TACGAAG-TT---TA-C-----------A-A-TTCGT-TAT----AA-CGAAT-T--------T----AA----TCCGTTA-TAACGAATT-T--AA---TA---A-A-----A-ATGA------AG-A-A-TTGAA-NT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|1 : ---T---ATGT-------CAA-ATATT---AT---TCG--T-------TAT------TTCAAA---T---TA-CTCCTGTGATTAA-A-TTCGT-TAT----AA-CGAAT-T--------TGTTGAA----TTCGTTT-TATCAAATT-------------------------TGA------A---------AA-C-----ACG---AAT------T------TTAGAAGTGGTTATGTAAAATT--
gi|1 : aattcttTTCTAAAAT---TCG--T----------------------G-TT---TT-C-----------A-AATTTGA-TAA----AA-CGAAT-T--------C----AACAAATTCGTTA-TAACGAATT-T--AA---TC---A-C-----A---GG------AGTA-ATTTGAA-AT---AACG---AAT------cattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataaaaacgaagtgaaaatacagttggtaaaaacaaggatagttatatacagagcaattccgttacatattcttaggtggacgaaaatgtcgcaatatcgacacaatattaggcaatagtttccgaattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattttgaaattcgttattacaatgtttacaaattctttatattaaacgaatccaatcttttataaggaattctaaaatttgaaaatatcgaattaattctgaa
gi|1 : aattctttatgtcaaatattAAAACGAAGTGAAAATACAGTT----GG-TA---AAAAC-A----AGGATAGTT------AT--ATACA-----GAG-CAATTCCGTTACATAT-TCTTAGGTGGACGAAAA-T--GTCGC-AATATCGACACAATATTAGGCA-ATA--GT-T-TC----CGAAT----TC--T--T---------------TA-T-GT--CAAAT------ATT-----------ATTC-GTT-----------ATTT-------CAA-ATTTTGAAAT---TCG--T-------TAT------TACAATG-TT---TA-CA----------A-A-TTCTT-TATATTAAA-CGAAT-C--------C----AA----TCTTTTA-TAAGGAATT-C-------TA---A-A-----ATTTGA------AA-ATA-TCGAA-TT----------AAT------T------CTGAAgtggttatgtaaaattcattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataaaaacgaagtgaaaatacagttggtaaaaacaaggatagttatatacagagcaattccgttacatattcttaggtggacgaaaatgtcgcaatatcgacacaatattaggcaatagtttccgaattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattttgaaattcgttattacaatgtttacaaattctttatattaaacgaatccaatcttttataaggaattctaaaatttgaaaatatcgaattaattctgaa
gi|10 : aattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattactcctgtgattaaattcgttataacgaatttgttgaattcgttttatcaaatttgaaaacacgaattttagaagtggttatgtaaaattcattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcata--------AATTCTATATAAA---G---ATTTT------CAA-ATTGTGAAATCATTTG--T-------TACAATG--TACGAAC-TT---TA-C-----------A-AATTTGT-TAT----GG-CAAAT-C--------T----AA----TCCGTTA-TATCGAATT-T--AA----A---A-ATTTTGA-ATAA------GG-A-A-TTCAA-TTTGAAATGCTAAAT------T------CTAGAATTCGTTATTTCAAATC--A----AAAAT
gi|11 : aatgtgacAT------TACGAAG-TT---TA-C-----------ACA-TTTGA-TAA----AAACGAAT-C--------T----AA----TCCCTTC-TGATAAATTGT--AAAGTTT---G-A-----A-ATAA------CG-A-A-TTAAA-TT---ACCA---AAA------A------AAAAAAT-CGTTATTTCAAATA--AAATTGAAAATACAT-TTTTGATTTGTCCAAGATGGGCATCTGTA
gi|12 : aAT------TACGAAG-TT---TA-C-----------ACA-TTTGA-TAA----AAACGAATAC--------T----AA----TCCCTTC-TGATAAATTGT--AAAGTTT---G-A-----A-ATAA------CG-A-A-TTAAA-TT---ACCA---AA--------------AAAAAAATCGTTATTTCAAATA--AAATTGAAAATACAT-TTTTGATTTGTCCAAGATGGGCATCTGT
gi|14 : a--T-------TAT------TACAAAC-TG---AA-C-----------A-AATTCGT-TAT----AA-CAAAT-C--------T----AA----TTCATAA-TAATAAATT-T--AA----------------A-GT---------------TTGAA-AT---GACG---AAT------T------TTAAATTTCCTTATTTTAAATG--A-----AAATTA----TTTTGATATGCCCTAAATGGGCTGCTGTA
gi|15 : T----AA-CAAAT-TGCATTTTGT----AA----TTCATTA-CAACACATT-T--AA----------------------------AG-G-T-TTGAA-AT---AACT---AAT------TAAGTTTCAGAAATTCGTTAT--CAATTT--C----GA---------TTTCAATAGGTCCTAAATGGGCCTCCGTAG
gi|16 : t-T--AA---CA---A-A-----T-ATTA------AA-A-T-TTGAA-AT---AACG---AATAAAAATT------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATGT-AT-TTTTAATAGGTCCTAAATGGGATTCCGTAG
gi|17 : TGGACGAAGA-T--GTCAC-AAGATCAACA------CAT--ACATA--T------GTAACGAAC----TA-------GGCAATTTAAT---T-----TAACGGATTTCAGAATTTG--------cg
gi|18 : tT---AACA---AAT------C------CTGGAATTCGTTATTTCAAATT--C----AAAAATA----TTTTGGTAGGTCCTAAATAGGCTTCCGTAtt
gi|19 : gaaatccctcaAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AA-GTTTT----AA--ATA-ACATAAAAT-TAACTTCATAATACAT-GT--AGCTGGACGAAGA-T-
gi|2 : ATCAACA--ATTTTAT--A-A-G--TC-G-TTATATCGAAT----T------TGA-TGATATGTA--ATAAT--TAACCATTTCTAGAATTCG--------TATT------------------TT-------CAA-ATTTGGAAAT---TTG--T-------GATTACATGTACAAAG-TT---AA-C-----------A-A----AT-T-T----GA-CGAAT-T--------T----
gi|2 : G--------AATTC-ATCTAT----T---CTTT-------CTA-AATCTACACT---TTC--T-------TTT------CATGAA--TTATATA-CT----------A-A-TTTGA-TATC---AA-C-AAT-T--------TTAT-AA----GTCGTTA-TATCGAATT-T--GA---TG---A-T-----A--TG--------T-A-A-T--AA-TT---AACC---ATT------T------CTAGAATTCGTATTTTCAAATT--T----GGA---A-AT-TTGTGATatcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaattcattaacatggaatttgctctcccaaatcaagtgattacaattaatctgttttaaaaacaagacgtttgaaataaagtcaacttcgtgattcatgcagctggacgaagatgtaacaatatcagcacgatttcaaaatatctatcataacgaattagatagtaggcaatttaatcgatataacgaattttagaattcgttacttcaaatttaattcgttatttcatattatgaaattcatcaatcatttcaaattttgaaatccgtaattacgaagtttacaaatgaatttgaaataacgaattgaa
gi|2 : aaattcgtcaaatttgttaactttgtacatgtaTCATTAACATGGAATTT-GCTCTCCCAAATC-AAGTGAT--TACAATTAATCTG-TTTTAAAAAC-A----AG-AC-GTTTG----AA--ATA-A-----AGT-CAACTTCGTGATTCAT-GC--AGCTGGACGAAGA-T--GTAAC-AATATCAGCACGATTTCAA--A-ATA--TCTA-TCATAACGAAT----TAGATAGTAGGCAATTTAATCGATA----TAACGAATTTTAGAATTCG-----------------T------T---ACTT-------CAA-ATTT---AAT---TCG--TTATTTCATAT------TATGAAA-TT---CATC-----------A-A--TCAT-T-T-------CAAAT-T--------TTGA-AA----TCCGTAA-TTACGAAGT-T-------TA---C-A-----A-ATGA------AT-----TTGAA-AT---AACG---AAT------T------attaacatggaatttgctctcccaaatcaagtgattacaattaatctgttttaaaaacaagacgtttgaaataaagtcaacttcgtgattcatgcagctggacgaagatgtaacaatatcagcacgatttcaaaatatctatcataacgaattagatagtaggcaatttaatcgatataacgaattttagaattcgttacttcaaatttaattcgttatttcatattatgaaattcatcaatcatttcaaattttgaaatccgtaattacgaagtttacaaatgaatttgaaataacgaattgaa
gi|3 : aaattcgtcaaatttgttaactttgtacatgtaatcacaaatttccaaatttgaaaatacgaattctagaaatggttaattattacatatcatcaaattcgatataacgacttataaaattgttgatatcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaatTTTTCAAATCTG--------A-TTC-ATTCAAA------------------CAA-ATATTGAAAT---GTG--T-------TAG------AACAAAT-TC---AA-T-----------G-A-TTTAAATAT----AC-TAGAT-T--------T----AA----TTCGTAA-TAACAAATC-T--A-----A---A-A-----T-ATGA---------A-A-T--AA-CA---AACG---AAT------T------CTTTAATTC-T--TTTCAAATTC-A----AAAAT---ATGTTTT--TAGGTCATAGATGGGTCTCgaa
gi|3 : ataTCATTAATTCGGATTTT-GATTCATTTAAAC-GAACTAA--TACAATC----TG-TG---AAAAC-GGAGTAG-A-----TA----AA--A-A-A-----AAG-TAAATTCGTGATATGA-GC--AGGTGG-CGACGAGT-CGTAcaaaaattctagaaatagatttttatgtacaactgtatatcatacttcatataacagtttataaaacaatgaatatcaaattagtatataattcgtgaccattaattggacaattaaaattaatacatcaaatagtttgactttcaagatttctaaattcattaattcggattttgattcatttaaacgaactaatacaatctgtgaaaacggagtagataaaaaaaagtaaattcgtgatatgagcaggtggcgacgagtcgtaaatgggttcccgtaggtggacgaaaacatcgctagatcaatgc
gi|4 : atagagacccatctatgacctaaaaacatatttttgaatttgaaaagaattaaagaattcgtttgttatttcatattttagatttgttattacgaattaaatctagtatatttaaatcattgaatttgttctaacacatttcaatatttgtttgaatgaatcagatttgaaaacaaaaattctagaaatagatttttatgtacaactgtatatcatacttcatataacagtttataaaacaatgaatatcaaattagtatataattcgtgaccattaattggacaattaaaattaatacatcaaatagtttgactttcaagatttctaaatTCATTGACATGGAATTT-GCTTTCCCAAAAC-AAGTGAC--TATAATT----TG-TT---AAAAC-A----AG-GC-GTTTG----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTTGTGATAAAT-TC--AGCTGGACAAAGA-TATGTAGC-AAGATCAGCTCGATTTCAT--A-ACA--TT-GGTCATAACGAATAACCTA--G--TGGGCAATTTGAT--ATACTAGTAACTAATTTTAGAATTGA--------AATTC-ATTTAAA---T---ATTC-------CAA-ATTTTGAAAT---CCT--T-------CAT------TGCGAAG-TT---TA-C-----------T-A-TTCGT-TAT----AA-CGAAT-T--------T----AA----TCTGCTA-TAACGAATT-T--AA---TA---A-A-----A-AAGA------AG-A-A-TTGAA-TT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAGaatgggttcccgtaggtggacgaaaacatcgctagatcaatgc
gi|5 : TAACACGGAATTT-GCTTTCCCAAAAC-AGATGCT--TACAA---------------AAA-------------GTTTG----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCATCATACAT-GC--AGCTGGAGGAAGA---TGTAGC-AATAGAAGCATAATTTCAA--A-ATATTTT-T-TCATAATGAAT----TA--C--C-----------------TT-GT----AATTTTAGAATTCGTTGCTTTAAATTT-AATTCGT---T---ATTT-------CAA-A--TTGAAAT---TCG--T-------TAT------TTC-CTG-TT---TA-C-----------A-A-TTGGT-TAT----AA-
gi|6 : cggtttataaaatttttggtataaaattacaatgtaattcatgaacgtgaaatacagattcagtaaaaatagattagttgaaaatgaaactatttatatttgaattcattaagtaaca-A-----AATGCAGTTTTGTGATACA-------GTTGGATGAAAA-T-T-TCGC-AAGGTCAG---GA----AA--A-ACT--T----TTATAA-GAA------A--T--CGGGTAATTTGAT--ATAC------CAAATTTCAGAATTCG-----------TT-ATTTGAAGTTT---AATT-------CGTTGTTTTAAAAT---C------------TAT------TACGAAA-TT---GA-C-----------G-A-TTCGT-TAA----AA-CAAAT-T--------T----AA----TCCGTGATTAATAATTC-T--AA---TGTTTG-A-----A-ATAA------CG-A-A-T--AATAT---AGCG---AAC------T------CTTAAATTTGTTATTTTAAA-T--A----AAAATAC-ATATATTGGCATGTCTTAAGTGAGCTTCCGTAG
gi|7 : aaaaaaagttagttcgtATTAAATCAGATTTTAGTTTTGCTACAAC-AAATCATCTTACAATTC---TGCTT---AAAACCG----AG-AA-GTTTCTAATAACCATA-A-----AAT-TAACTTCATAATACATGGT--AGCTGGA-GAAGA-T-TCT--CAAAGATC----CAAT---AC--A-A-------G-T-ATAACCAAT----TA------AGG-AATTCAAT--A------CAACGAATATCAAAAT-------------TTC-GT--------T---ACTT-------TAG-ATTTTGAAA----TCGGTT-------TAT------TATAAAG---------C-----------A-A--------A-----AA-TAAA--T--------T----AA----TCTTTTA--AATGATTG-TAAAA---TA---A-A-----A-ACAGCAAATTAA-A-A-TTGAA-AT---AACG---AAT------T------g
gi|8 : AATTTGAT--ATACTGGTAACCATTTCTATAATCTC--------TATT---TTTAAA---TCTAATTCGTTAAAACAA-ATTCGGTAAT---TTG--T-------TAT------TACAAAATTT---TA-C-----------A-ATTTCAT-TAT----AA-CAAAT-T--------T----CA----TTCGTT-------GATT-TGAAA---TA---ATA-----A-ATTAT-----AA-A-T-TTGTA-AT---AACG---AAT------T------CTAGAATTCGTTATTTCAAATTCAA----GAAAT---AT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCTGTA
gi|9 : ataaatactagtatatatcgTCATTAACTTGGATTTT-GCTTTGCTAAAAT-A--TTAT--TACAATC----TG-TT---AAAAC-A----AG-AT-GTTTT----GA--ATA-T-----AAT-AAACTTCGTGATACAT-GG--AGCTGGACGAAGA---TGTAGC-AGGATTAGCAGGATTTCAT--A-AAA--TC-G-TC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATTCCAAAATACGAATTTTAGAAATGGGTCAAATTCGATATAACGATTTATAAAATAGCTGATATAAAATTAGAATAAAATTTGTGATCAGAAGTGCAGAATGAACAAGAATAGATTAAATACATGTAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111 1111 111111111111 11111 11111 1111 222222222 777777777777777777777777777777777 55555555555555555555555555555555555555555 111111 1111111111111111 1111111111111 555555555555555555555555555555555555555 222222222222222222
lowQualScore : 1 1 6 1 5 00 0 666 5555 5 9999 999999999999 33333 66 4 11111 4 88888 7777 4 5 99 4 777 4 999999999 1 444444444444444444444444444444444 4 4 55555555555555555555555555555555555555555 3 555 33 9999999 222222 1 66 444 2 7777777777777777 0 33 7777 4 1 2 6666666666666 5555 2 5 333333333333333333333333333333333333333 2 33 444 444 9999999999999 1 999999999999999999
lowQualScore : . . . . . .. . ... .... . .... ............ ..... .. . ..... . ..... .... . . .. . ... . ......... . ................................. . . ......................................... . ... .. ....... ...... . .. ... . ................ . .. .... . . . ............. .... . . ....................................... . .. ... ... ............. . ..................
lowQualScore : 0 0 7 0 7 66 7 333 6666 0 0000 444444444444 44444 99 4 11111 4 00000 8888 4 0 33 7 111 4 888888888 9 555555555555555555555555555555555 6 7 00000000000000000000000000000000000000000 3 444 99 3333333 555555 7 44 444 5 6666666666666666 7 11 4444 7 1 5 0000000000000 7777 7 0 888888888888888888888888888888888888888 6 55 111 111 0000000000000 6 111111111111111111
consensus : TCATTAACNCGGANTTT-GCTTTNCCAAAAC-AAGTGAT--TACAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AC-GTTTN----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCGTGATACAT-GC--AGCTGGACGAAGA-T-TGTAGC-AAGATCAGCACGATTTCAN--A-ATA--TC-G-TCATAACGAAT----TA--T--TGGGCAATTTGAT--ATACT-GTAACGAATTTTAGAATTCG--------AATTC-ATTTAAA---T---ATTT-------CAA-ATTTTGAAAT---TCG--T-------TAT------TACGAAG-TT---TA-C-----------A-A-TTCGT-TAT----AA-CGAAT-T--------T----AA----TCCGTTA-TAACGAATT-T--AA---TA---A-A-----A-ATGA------AG-A-A-TTGAA-NT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( family-225 ) : TCATTAACNCGGANTTT-GCTTTNCCAAAAC-AAGTGAT--TACAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AC-GTTTN----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCGTGATACAT-GC--AGCTGGACGAAGA-T-TGTAGC-AAGATCAGCACGATTTCAN--A-ATA--TC-G-TCATAACGAAT----TA--T--TGGGCAATTTGAT--ATACT-GTAACGAATTTTAGAATTCG--------AATTC-ATTTAAA---T---ATTT-------CAA-ATTTTGAAAT---TCG--T-------TAT------TACGAAG-TT---TA-C-----------A-A-TTCGT-TAT----AA-CGAAT-T--------T----AA----TCCGTTA-TAACGAATT-T--AA---TA---A-A-----A-ATGA------AG-A-A-TTGAA-NT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|1 : ---T---ATGT-------CAA-ATATT---AT---TCG--T-------TAT------TTCAAA---T---TA-CTCCTGTGATTAA-A-TTCGT-TAT----AA-CGAAT-T--------TGTTGAA----TTCGTTT-TATCAAATT-------------------------TGA------A---------AA-C-----ACG---AAT------T------TTAGAAGTGGTTATGTAAAATT--
gi|1 : aattcttTTCTAAAAT---TCG--T----------------------G-TT---TT-C-----------A-AATTTGA-TAA----AA-CGAAT-T--------C----AACAAATTCGTTA-TAACGAATT-T--AA---TC---A-C-----A---GG------AGTA-ATTTGAA-AT---AACG---AAT------cattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataaaaacgaagtgaaaatacagttggtaaaaacaaggatagttatatacagagcaattccgttacatattcttaggtggacgaaaatgtcgcaatatcgacacaatattaggcaatagtttccgaattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattttgaaattcgttattacaatgtttacaaattctttatattaaacgaatccaatcttttataaggaattctaaaatttgaaaatatcgaattaattctgaa
gi|1 : aattctttatgtcaaatattAAAACGAAGTGAAAATACAGTT----GG-TA---AAAAC-A----AGGATAGTT------AT--ATACA-----GAG-CAATTCCGTTACATAT-TCTTAGGTGGACGAAAA-T--GTCGC-AATATCGACACAATATTAGGCA-ATA--GT-T-TC----CGAAT----TC--T--T---------------TA-T-GT--CAAAT------ATT-----------ATTC-GTT-----------ATTT-------CAA-ATTTTGAAAT---TCG--T-------TAT------TACAATG-TT---TA-CA----------A-A-TTCTT-TATATTAAA-CGAAT-C--------C----AA----TCTTTTA-TAAGGAATT-C-------TA---A-A-----ATTTGA------AA-ATA-TCGAA-TT----------AAT------T------CTGAAgtggttatgtaaaattcattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataaaaacgaagtgaaaatacagttggtaaaaacaaggatagttatatacagagcaattccgttacatattcttaggtggacgaaaatgtcgcaatatcgacacaatattaggcaatagtttccgaattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattttgaaattcgttattacaatgtttacaaattctttatattaaacgaatccaatcttttataaggaattctaaaatttgaaaatatcgaattaattctgaa
gi|10 : aattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattactcctgtgattaaattcgttataacgaatttgttgaattcgttttatcaaatttgaaaacacgaattttagaagtggttatgtaaaattcattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcata--------AATTCTATATAAA---G---ATTTT------CAA-ATTGTGAAATCATTTG--T-------TACAATG--TACGAAC-TT---TA-C-----------A-AATTTGT-TAT----GG-CAAAT-C--------T----AA----TCCGTTA-TATCGAATT-T--AA----A---A-ATTTTGA-ATAA------GG-A-A-TTCAA-TTTGAAATGCTAAAT------T------CTAGAATTCGTTATTTCAAATC--A----AAAAT
gi|11 : aatgtgacAT------TACGAAG-TT---TA-C-----------ACA-TTTGA-TAA----AAACGAAT-C--------T----AA----TCCCTTC-TGATAAATTGT--AAAGTTT---G-A-----A-ATAA------CG-A-A-TTAAA-TT---ACCA---AAA------A------AAAAAAT-CGTTATTTCAAATA--AAATTGAAAATACAT-TTTTGATTTGTCCAAGATGGGCATCTGTA
gi|12 : aAT------TACGAAG-TT---TA-C-----------ACA-TTTGA-TAA----AAACGAATAC--------T----AA----TCCCTTC-TGATAAATTGT--AAAGTTT---G-A-----A-ATAA------CG-A-A-TTAAA-TT---ACCA---AA--------------AAAAAAATCGTTATTTCAAATA--AAATTGAAAATACAT-TTTTGATTTGTCCAAGATGGGCATCTGT
gi|14 : a--T-------TAT------TACAAAC-TG---AA-C-----------A-AATTCGT-TAT----AA-CAAAT-C--------T----AA----TTCATAA-TAATAAATT-T--AA----------------A-GT---------------TTGAA-AT---GACG---AAT------T------TTAAATTTCCTTATTTTAAATG--A-----AAATTA----TTTTGATATGCCCTAAATGGGCTGCTGTA
gi|15 : T----AA-CAAAT-TGCATTTTGT----AA----TTCATTA-CAACACATT-T--AA----------------------------AG-G-T-TTGAA-AT---AACT---AAT------TAAGTTTCAGAAATTCGTTAT--CAATTT--C----GA---------TTTCAATAGGTCCTAAATGGGCCTCCGTAG
gi|16 : t-T--AA---CA---A-A-----T-ATTA------AA-A-T-TTGAA-AT---AACG---AATAAAAATT------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATGT-AT-TTTTAATAGGTCCTAAATGGGATTCCGTAG
gi|17 : TGGACGAAGA-T--GTCAC-AAGATCAACA------CAT--ACATA--T------GTAACGAAC----TA-------GGCAATTTAAT---T-----TAACGGATTTCAGAATTTG--------cg
gi|18 : tT---AACA---AAT------C------CTGGAATTCGTTATTTCAAATT--C----AAAAATA----TTTTGGTAGGTCCTAAATAGGCTTCCGTAtt
gi|19 : gaaatccctcaAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AA-GTTTT----AA--ATA-ACATAAAAT-TAACTTCATAATACAT-GT--AGCTGGACGAAGA-T-
gi|2 : ATCAACA--ATTTTAT--A-A-G--TC-G-TTATATCGAAT----T------TGA-TGATATGTA--ATAAT--TAACCATTTCTAGAATTCG--------TATT------------------TT-------CAA-ATTTGGAAAT---TTG--T-------GATTACATGTACAAAG-TT---AA-C-----------A-A----AT-T-T----GA-CGAAT-T--------T----
gi|2 : G--------AATTC-ATCTAT----T---CTTT-------CTA-AATCTACACT---TTC--T-------TTT------CATGAA--TTATATA-CT----------A-A-TTTGA-TATC---AA-C-AAT-T--------TTAT-AA----GTCGTTA-TATCGAATT-T--GA---TG---A-T-----A--TG--------T-A-A-T--AA-TT---AACC---ATT------T------CTAGAATTCGTATTTTCAAATT--T----GGA---A-AT-TTGTGATatcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaattcattaacatggaatttgctctcccaaatcaagtgattacaattaatctgttttaaaaacaagacgtttgaaataaagtcaacttcgtgattcatgcagctggacgaagatgtaacaatatcagcacgatttcaaaatatctatcataacgaattagatagtaggcaatttaatcgatataacgaattttagaattcgttacttcaaatttaattcgttatttcatattatgaaattcatcaatcatttcaaattttgaaatccgtaattacgaagtttacaaatgaatttgaaataacgaattgaa
gi|2 : aaattcgtcaaatttgttaactttgtacatgtaTCATTAACATGGAATTT-GCTCTCCCAAATC-AAGTGAT--TACAATTAATCTG-TTTTAAAAAC-A----AG-AC-GTTTG----AA--ATA-A-----AGT-CAACTTCGTGATTCAT-GC--AGCTGGACGAAGA-T--GTAAC-AATATCAGCACGATTTCAA--A-ATA--TCTA-TCATAACGAAT----TAGATAGTAGGCAATTTAATCGATA----TAACGAATTTTAGAATTCG-----------------T------T---ACTT-------CAA-ATTT---AAT---TCG--TTATTTCATAT------TATGAAA-TT---CATC-----------A-A--TCAT-T-T-------CAAAT-T--------TTGA-AA----TCCGTAA-TTACGAAGT-T-------TA---C-A-----A-ATGA------AT-----TTGAA-AT---AACG---AAT------T------attaacatggaatttgctctcccaaatcaagtgattacaattaatctgttttaaaaacaagacgtttgaaataaagtcaacttcgtgattcatgcagctggacgaagatgtaacaatatcagcacgatttcaaaatatctatcataacgaattagatagtaggcaatttaatcgatataacgaattttagaattcgttacttcaaatttaattcgttatttcatattatgaaattcatcaatcatttcaaattttgaaatccgtaattacgaagtttacaaatgaatttgaaataacgaattgaa
gi|3 : aaattcgtcaaatttgttaactttgtacatgtaatcacaaatttccaaatttgaaaatacgaattctagaaatggttaattattacatatcatcaaattcgatataacgacttataaaattgttgatatcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaatTTTTCAAATCTG--------A-TTC-ATTCAAA------------------CAA-ATATTGAAAT---GTG--T-------TAG------AACAAAT-TC---AA-T-----------G-A-TTTAAATAT----AC-TAGAT-T--------T----AA----TTCGTAA-TAACAAATC-T--A-----A---A-A-----T-ATGA---------A-A-T--AA-CA---AACG---AAT------T------CTTTAATTC-T--TTTCAAATTC-A----AAAAT---ATGTTTT--TAGGTCATAGATGGGTCTCgaa
gi|3 : ataTCATTAATTCGGATTTT-GATTCATTTAAAC-GAACTAA--TACAATC----TG-TG---AAAAC-GGAGTAG-A-----TA----AA--A-A-A-----AAG-TAAATTCGTGATATGA-GC--AGGTGG-CGACGAGT-CGTAcaaaaattctagaaatagatttttatgtacaactgtatatcatacttcatataacagtttataaaacaatgaatatcaaattagtatataattcgtgaccattaattggacaattaaaattaatacatcaaatagtttgactttcaagatttctaaattcattaattcggattttgattcatttaaacgaactaatacaatctgtgaaaacggagtagataaaaaaaagtaaattcgtgatatgagcaggtggcgacgagtcgtaaatgggttcccgtaggtggacgaaaacatcgctagatcaatgc
gi|4 : atagagacccatctatgacctaaaaacatatttttgaatttgaaaagaattaaagaattcgtttgttatttcatattttagatttgttattacgaattaaatctagtatatttaaatcattgaatttgttctaacacatttcaatatttgtttgaatgaatcagatttgaaaacaaaaattctagaaatagatttttatgtacaactgtatatcatacttcatataacagtttataaaacaatgaatatcaaattagtatataattcgtgaccattaattggacaattaaaattaatacatcaaatagtttgactttcaagatttctaaatTCATTGACATGGAATTT-GCTTTCCCAAAAC-AAGTGAC--TATAATT----TG-TT---AAAAC-A----AG-GC-GTTTG----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTTGTGATAAAT-TC--AGCTGGACAAAGA-TATGTAGC-AAGATCAGCTCGATTTCAT--A-ACA--TT-GGTCATAACGAATAACCTA--G--TGGGCAATTTGAT--ATACTAGTAACTAATTTTAGAATTGA--------AATTC-ATTTAAA---T---ATTC-------CAA-ATTTTGAAAT---CCT--T-------CAT------TGCGAAG-TT---TA-C-----------T-A-TTCGT-TAT----AA-CGAAT-T--------T----AA----TCTGCTA-TAACGAATT-T--AA---TA---A-A-----A-AAGA------AG-A-A-TTGAA-TT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAGaatgggttcccgtaggtggacgaaaacatcgctagatcaatgc
gi|5 : TAACACGGAATTT-GCTTTCCCAAAAC-AGATGCT--TACAA---------------AAA-------------GTTTG----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCATCATACAT-GC--AGCTGGAGGAAGA---TGTAGC-AATAGAAGCATAATTTCAA--A-ATATTTT-T-TCATAATGAAT----TA--C--C-----------------TT-GT----AATTTTAGAATTCGTTGCTTTAAATTT-AATTCGT---T---ATTT-------CAA-A--TTGAAAT---TCG--T-------TAT------TTC-CTG-TT---TA-C-----------A-A-TTGGT-TAT----AA-
gi|6 : cggtttataaaatttttggtataaaattacaatgtaattcatgaacgtgaaatacagattcagtaaaaatagattagttgaaaatgaaactatttatatttgaattcattaagtaaca-A-----AATGCAGTTTTGTGATACA-------GTTGGATGAAAA-T-T-TCGC-AAGGTCAG---GA----AA--A-ACT--T----TTATAA-GAA------A--T--CGGGTAATTTGAT--ATAC------CAAATTTCAGAATTCG-----------TT-ATTTGAAGTTT---AATT-------CGTTGTTTTAAAAT---C------------TAT------TACGAAA-TT---GA-C-----------G-A-TTCGT-TAA----AA-CAAAT-T--------T----AA----TCCGTGATTAATAATTC-T--AA---TGTTTG-A-----A-ATAA------CG-A-A-T--AATAT---AGCG---AAC------T------CTTAAATTTGTTATTTTAAA-T--A----AAAATAC-ATATATTGGCATGTCTTAAGTGAGCTTCCGTAG
gi|7 : aaaaaaagttagttcgtATTAAATCAGATTTTAGTTTTGCTACAAC-AAATCATCTTACAATTC---TGCTT---AAAACCG----AG-AA-GTTTCTAATAACCATA-A-----AAT-TAACTTCATAATACATGGT--AGCTGGA-GAAGA-T-TCT--CAAAGATC----CAAT---AC--A-A-------G-T-ATAACCAAT----TA------AGG-AATTCAAT--A------CAACGAATATCAAAAT-------------TTC-GT--------T---ACTT-------TAG-ATTTTGAAA----TCGGTT-------TAT------TATAAAG---------C-----------A-A--------A-----AA-TAAA--T--------T----AA----TCTTTTA--AATGATTG-TAAAA---TA---A-A-----A-ACAGCAAATTAA-A-A-TTGAA-AT---AACG---AAT------T------g
gi|8 : AATTTGAT--ATACTGGTAACCATTTCTATAATCTC--------TATT---TTTAAA---TCTAATTCGTTAAAACAA-ATTCGGTAAT---TTG--T-------TAT------TACAAAATTT---TA-C-----------A-ATTTCAT-TAT----AA-CAAAT-T--------T----CA----TTCGTT-------GATT-TGAAA---TA---ATA-----A-ATTAT-----AA-A-T-TTGTA-AT---AACG---AAT------T------CTAGAATTCGTTATTTCAAATTCAA----GAAAT---AT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCTGTA
gi|9 : ataaatactagtatatatcgTCATTAACTTGGATTTT-GCTTTGCTAAAAT-A--TTAT--TACAATC----TG-TT---AAAAC-A----AG-AT-GTTTT----GA--ATA-T-----AAT-AAACTTCGTGATACAT-GG--AGCTGGACGAAGA---TGTAGC-AGGATTAGCAGGATTTCAT--A-AAA--TC-G-TC
blockSeqs : T T A A . TCT AATC C TTTA GGAGTAGA CTAAT CC . CATAA G GGT GTC C A CG T T C TATTTTT T AACCTAGTGGGCAATTTGATATACTAG A G CGTTGCTTTAAATTTAATTCGTTATTT T CAT GT TATTTCA TACATG A AT ATA T AAAT AA ATTA A G A GCATTTTGT CAAA T G AAAATAAAAACAGCAAATTAAAA T TA TGA CTA TAAGTTT G AAATTGAAAATACAT
blockSeqs : A A . C . T C . T CGAGAA T . . . . GT TAT A . CG T T . TATCTA C TAGATAGTAGGCAATTTAATCGATA A C TCTATTTTTAAATCTAATTCGTTAAAA . . . . AATG G G . . AAAT A C A G . TTAT . . G AAAAATTTTGAATAAGGAA C A . . AAAAATT A AAAAATACATA
blockSeqs : A A . C . A . . G GAGAA G . . . . GC TT A . TA T A . CATTGG C ATCGGGTAATTTGATATAC A G GAAATTCATTTAAATATTC . . . . . G G . . AAAT T . . A . TTGA . . . GAAATAATAAATTATAAAT T T . . T A AGAAATGTAT
blockSeqs : T T . G . C . . T AAGAC A . . . . GC TT A . CA T T . AATCG C TTGATGATATGTAATAAT A T CGTTATTTGAAGTTTAATT . . . . . G C . . ACAT T . . G . C . . . AAAGTTTGAAATAACGAA T T . . T A CAAAAATATG
blockSeqs : T T . G . T . . T AAGGC G . . . . TC T A . GG T A . GTCG T TAGGCAATTTAATT A A TGATTCATTCAAA . . . . . A G . . ACAT A . . G . C . . . AAAGTTTGAAATAACGAA T T . . A A AGAAATTAAT
blockSeqs : . T . . T AAGAT G . . . . GC T C . G . A . TAT C TAAGGAATTCAATA A G TTCGTTACTT . . . . . A G . . AAAT A . . A . T . . . AATGTTTGAAATAACGAA T T . . T G CAAGAAATAT
blockSeqs : . . . . T . . . . GG T A . . . C . CTT . TACCTTG . C CGTATTTT . . . . . G C . . TAAT T . . A . T . . . AATCACAGGAGTAAT T A . . C G CAAAAATA
blockSeqs : . . . . T . . . T . G . . . CGTTACTT . . . . . G G . . AATT T . . G . T . . . TAAAATTTGAAAATA T A . . T G AAAATTA
blockSeqs : . . . . . A A . . GAT A . . A . T . . . AACAAATATTAAAAT T A . . T A TGGAAAT
blockSeqs : . . . . . G T . . TAT T . . A . T . . . AATAAAAAAGAAGAA T T . . T T CGA
blockSeqs : . . . . . G G . . AAT T . . G . T . . . GATGATATGTAA T A . . T G
blockSeqs : . . . . A G . . GAT T . . A . T . . . TACAAATGAAT T C . . T T
blockSeqs : . . . A A . . AA T . . A . T . . . AAAATATGAAA . T . . T A
blockSeqs : . . G . . AA T . . A . T . . . AAAGGT . A . . T
blockSeqs : . . . . . AA . . . . . T . AAAGT . A . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : T** AAGAC******* G**** GC*** N** TAT****** TAGGCAATTTGATAC****************** CGTTATTTNAATATT************************** G* AAAT************ T************ AAAATTTGAAATAAGAA********************** CGAAAATA**********
originalCons : TCATTAACNCGGANTTT-GCTTTNCCAAAAC-AAGTGAT--TACAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AC-GTTTN----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCGTGATACAT-GC--AGCTGGACGAAGA-T-TGTAGC-AAGATCAGCACGATTTCAN--A-ATA--TC-G-TCATAACGAAT----TA--T--TGGGCAATTTGAT--ATACT-GTAACGAATTTTAGAATTCG--------AATTC-ATTTAAA---T---ATTT-------CAA-ATTTTGAAAT---TCG--T-------TAT------TACGAAG-TT---TA-C-----------A-A-TTCGT-TAT----AA-CGAAT-T--------T----AA----TCCGTTA-TAACGAATT-T--AA---TA---A-A-----A-ATGA------AG-A-A-TTGAA-NT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATT--A----GAAATTA-AT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
finalCons : TCATTAACNCGGANTTT-GCTTTNCCAAAAC-AAGTGAT--TACAATT----TG-TT---AAAACAAGAC-------GTTTG----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCGTGATACATGC---AGCTGGACGAAGA-T-TGTAGC-AAGATCAGCACGATTTCAN--A-ATAT------TCATAACGAATTAGGCAATTTGATAC------------------TAACGAATTTTAGAATTCGTTATTTNAATATT--------------------------CAA-ATTTTGAAAT---TCG--T-------TAT------TACGAAG-TT---TA-CAAAT------------TCGT-TAT----AA-CGAAT-TT------------AA----TCCGTTA-TAACGAATT-TAAAATTTGAAATAAGAA----------------------TTGAA-NT---AACG---AAT------T------CTGAAATTCGTTATTTCAAATTCGAAAATA----------TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATTCCAAAATACGAATTTTAGAAATGGGTCAAATTCGATATAACGATTTATAAAATAGCTGATATAAAATTAGAATAAAATTTGTGATCAGAAGTGCAGAATGAACAAGAATAGATTAAATACATGTAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111 1111 111111111111 11111 11111 1111 3333333333333 66666666666666666666666666666666666 1111111 66666666666666666666666666666666666666 111111 111111111111 333333333333333333333333333333 111111 1111 22222
lowQualScore : 1 1 6 1 5 00 0 666 5555 5 9999 777777777777 55555 66 4 11111 4 88888 7777 4 4 0 66666 777 666 4 3333333333333 00000000000000000000000000000000000 3 3 3 3 1111111 3 4 44444444444444444444444444444444444444 88888 555 0 44 333333 0 5 88888 66 0 33 2 2 5555 666 1 2 111111111111 1 2 2 2 888 66666 2 88888888 2 666666666666666666666666666666 1 555555 3 0000 66666
lowQualScore : . . . . . .. . ... .... . .... ............ ..... .. . ..... . ..... .... . . . ..... ... ... . ............. ................................... . . . . ....... . . ...................................... ..... ... . .. ...... . . ..... .. . .. . . .... ... . . ............ . . . . ... ..... . ........ . .............................. . ...... . .... .....
lowQualScore : 0 0 7 0 7 66 7 333 6666 0 0000 999999999999 11111 99 4 11111 4 00000 3333 4 4 1 22222 222 555 0 6666666666666 00000000000000000000000000000000000 2 1 1 1 4444444 1 5 33333333333333333333333333333333333333 33333 888 1 22 333333 8 5 55555 22 3 77 7 5 3333 999 9 7 000000000000 2 7 0 7 555 77777 7 99999999 7 333333333333333333333333333333 2 777777 3 4444 00000
consensus : TCATTAACNCGGANTTT-GCTTTNCCAAAAC-AAGTGAT--TACAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AC-GTTTN----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCGTGATACAT-GC--AGCTGGACGAAGA-T-TGTAGC-AAGATCAGCACGATTTCAN--A-A-TA----T---TCATAACGAAT-------TAGGCAATTT----G--ATA-T-----TAACGAATTTTAGA-A-T-TC--G----T-TATTTAAA--------ATT--C--------AA------A----TT-----TTGAAAT---TCG--TTAT------TACGAAGTT---T-AC-AAATTCG-TT-AT-A----A---CGAAT-T--------T---AATCCGTTA-TAACGAA-T-T-TA-----A-AA--T-----TTG-AAATAACG-A-A------TTGAA-NT---AACG---AATTCTGAAATTCGTTATTTCAAAT----TCGA-AA----AT-A---TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( family-225 ) : TCATTAACNCGGANTTT-GCTTTNCCAAAAC-AAGTGAT--TACAATT----TG-TT---AAAAC-A----AG-AC-GTTTG----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCGTGATACAT-GC--AGCTGGACGAAGA-T-TGTAGC-AAGATCAGCACGATTTCAN--A-A-TA----T---TCATAACGAAT-------TAGGCAATTT----G--ATA-C-----TAACGAATTTTAGA-A-T-TC--G----T-TATTTNAAT-------ATT--C--------AA------A----TT-----TTGAAAT---TCG--TTAT------TACGAAGTT---T-AC-AAATTCG-TT-AT-A----A---CGAAT-T--------T---AATCCGTTA-TAACGAA-T-T-TA-----A-AA--T-----TTG-AAATAA-G-A-A------TTGAA-NT---AACG---AATTCTGAAATTCGTTATTTCAAAT----TCGA-AA----AT-A---TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|1 : -AAAATCA--ATGATTT-AT--A-A-TA----T-----A-AACTGGT-------TA--CAGTT-----G--A-----------ATGAATTTTACATA-A-CC--A----C-T-TCTAAA--------ATT--C--------GT------G----TT-----TTCAAAT---TTG--ATAA------AACGAATTC---A-AC-AAATTCG-TT-AT-A----A---CGAAT-T--------T---AATC----A-CAG-GAG-T------------AA--T-----TTG-AAATAACG-A-ATAATATTTGAC-AT---AAAG---AATT
gi|1 : AAAACGAAGTGAAAATACAGTT----GG-TA---AAAAC-A----AGGATAGTT------AT--ATACA-----GAG-CAATTCCGTTACATAT-TCTTAGGTGGACGAAAA-T--GTCGC-AATATCGACACAATATTAGGCA-A-TAGT--T---TC----CGAAT-------T------CTT----T--ATG-T--------CAAATATTA-----T-TC--G----T-TATTT----------------C--------AA------A----TT-----TTGAAAT---TCG--TTAT------TACAATGTT---T-AC-AAATTCT-TT-AT-ATTAAA---CGAAT-C--------C---AATCTTTTA-TAAGGAA-T-TCTA-----A-AA--T-----TTG-AAA------ATA------TCGAA-TT----------AATTCTGAAcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataaaaacgaagtgaaaatacagttggtaaaaacaaggatagttatatacagagcaattccgttacatattcttaggtggacgaaaatgtcgcaatatcgacacaatattaggcaatagtttccgaattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattttgaaattcgttattacaatgtttacaaattctttatattaaacgaatccaatcttttataaggaattctaaaatttgaaaatatcgaattaattctgaa
gi|10 : aattctttatgtcaaatattattcgttatttcaaattactcctgtgattaaattcgttataacgaatttgttgaattcgttttatcaaatttgaaaacacgaattttagaagtggttatgtaaaattcattcaactgtaaccagtttatattataaatcattgattttcaaatttggattgaaaattctgaacttggtaagaatagattgaatacgtattagaattatacaattacatggatttgagttcatagctcataA-A-T-TC---------TATATAAAG-------ATTTTC--------AA------A----TT-----GTGAAATCATTTG--TTACAATG--TACGAACTT---T-AC-AAATTTG-TT-AT-G----G---CAAAT-C--------T---AATCCGTTA-TATCGAA-T-T-TA-----A-AAATT-----TTG--AATAAGG-A-A------TTCAA-TTTGAAATGCTAAATTCTAGAATTCGTTATTTCAAA-----TCAA-AA----AT-
gi|11 : aatgtgacAT------TACGAAGTT---T-AC-ACATTTG-AT-AA-A----AA--CGAAT-C--------T---AATCCCTTC-TGATAAA-T-TGTA-----A-AG--T-----TTG-AAATAACG-A-A------TTAAA-TT---ACCA---AAAAAAAAAAT-CGTTATTTCAAATAAAATTGA-AA----AT-ACATTTTTGATTTGTCCAAGATGGGCATCTGTA
gi|12 : aAT------TACGAAGTT---T-AC-ACATTTGATA-AA-A----A---CGAATAC--------T---AATCCCTTC-TGATAAA-T-TGTA-----A-AG--T-----TTG-AAATAACG-A-A------TTAAA-TT---ACCA---AA--AAAAAAATCGTTATTTCAAATAAAATTGA-AA----AT-ACATTTTTGATTTGTCCAAGATGGGCATCTGT
gi|14 : a--TTAT------TACAAACTG---A-AC-AAATTCG-TT-AT-A----A---CAAAT-C--------T---AATTCATAA-TAATAAA-T-T-TA-----A-AG--T-----TTG-AAATGA-------------------------CG---AATTTTAAATTTCCTTATTTTAAAT------GA-AA----ATTA---TTTTGATATGCCCTAAATGGGCTGCTGTA
gi|15 : T-A----A---CAAAT-TGCATTTTGT---AATTCATTA-CAACACA-T-T-TA-----A-AGG-T-----TTG-AAATAA-CTA-A------TT-AA-GT------------TTCAGAAATTCGTTAT--CAATT----TCGA--------------TTTCAATAGGTCCTAAATGGGCCTCCGTAG
gi|16 : t-TAACAAA-TAT-TA-----A-AA--T-----TTG-AAATAACG-A-A------T--AA-A-----------AATTCTGAAATTCGTTATTTCAAAT----TAGA-AAT---GT-AT--TTTTAATAGGTCCTAAATGGGATTCCGTAG
gi|17 : TGGACGAAGA-T--GTCAC-AAGATCAACAC------AT--ACA-TA----T-----GTAACGAAC-------TAGGCAATTT----A--AT--T-----TAACGGATTTCAGA-A-T-TT--G----T-Tcg
gi|18 : tT---AACA---AATCCTGGAATTCGTTATTTCAAAT----TCAA-AA----AT-A---TTTTGGTAGGTCCTAAATAGGCTTCCGTA
gi|19 : gaaatccctcaAATT----TG-TT---AAAAC-G----AG-AA-GTTTT----AA--ATA-ACATAAAAT-TAACTTCATAATACAT-GT--AGCTGGACGAAGA-T-
gi|2 : ATCAACA--ATTTTAT--A-AGTC----G---TTATATCGAAT-------TTGATGATAT----GTAATAAT-----TAACCATTTCTAGA-A-T-TC--G----T--ATTT-------------T--C--------AA------A----TT-----TGGAAAT---TTG--TGATTACATGTACAAAGTT---A-AC-AAATTTG------------A---CGAAT-T--------T---
gi|2 : GA-A-T-TC--A----TCTATTCT-----------TT--C--------TA------A----AT-----CTACACT---TTC--TTTT------CATGAA-TTATAT-AC-TAATTTG-AT-ATCA----A---C-AAT-T--------TTATAAGTCGTTA-TATCGAA-T-T-TG-----A------------TG---ATAT-GTA-A------T--AA-TT---AACC---ATTTCTAGAATTCGTATTTTCAAAT----TTGG-AA----AT-----TTGTGATatcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaattcattaacatggaatttgctctcccaaatcaagtgattacaattaatctgttttaaaaacaagacgtttgaaataaagtcaacttcgtgattcatgcagctggacgaagatgtaacaatatcagcacgatttcaaaatatctatcataacgaattagatagtaggcaatttaatcgatataacgaattttagaattcgttacttcaaatttaattcgttatttcatattatgaaattcatcaatcatttcaaattttgaaatccgtaattacgaagtttacaaatgaatttgaaataacgaattgaa
gi|2 : aaattcgtcaaatttgttaactttgtacatgtaTCATTAACATGGAATTT-GCTCTCCCAAATC-AAGTGAT--TACAATTAATCTG-TTTTAAAAAC-A----AG-AC-GTTTG----AA--ATA-A-----AGT-CAACTTCGTGATTCAT-GC--AGCTGGACGAAGA---TGTAAC-AATATCAGCACGATTTCAA--A-A-TA----TCTATCATAACGAATTAGATAGTAGGCAATTTAATCG--ATA-------TAACGAATTTTAGA-A-T-TC--G----T-TAC--------------TT--C--------AA------A----TT-----T---AAT---TCG--TTAT------TTCATA--T---T-ATGAAATTCA-TCAAT-C----ATTTCAAAT-T--------TTGAAATCCGTAA-TTACGAAGT-T-TACAAATG-AA--T-----TTG-AAATAACG-A-A------TTGAA-attaacatggaatttgctctcccaaatcaagtgattacaattaatctgttttaaaaacaagacgtttgaaataaagtcaacttcgtgattcatgcagctggacgaagatgtaacaatatcagcacgatttcaaaatatctatcataacgaattagatagtaggcaatttaatcgatataacgaattttagaattcgttacttcaaatttaattcgttatttcatattatgaaattcatcaatcatttcaaattttgaaatccgtaattacgaagtttacaaatgaatttgaaataacgaattgaa
gi|3 : aaattcgtcaaatttgttaactttgtacatgtaatcacaaatttccaaatttgaaaatacgaattctagaaatggttaattattacatatcatcaaattcgatataacgacttataaaattgttgatatcaaattagtatataattcatgaaaagaaagtgtagatttagaaagaatagatgaatTTCTAGA-A-T-TTTTG----T-T-TTCAAATCTGATTCATT--C--------AA------ACAAATA-----TTGAAAT---GTG--TTAG------AACAAATTC---A-AT-GATTTAA-AT-AT-A----C---TAGAT-T--------T---AATTCGTAA-TAACAAA-T-C-TA-----A-AA--T-----ATG-AAATAA-C-A-------------------AACG---AATTCTTTAATTC-T--TTTCAAAT----TCAA-AA----AT-A---TGTTTTTAGGTCATAGATGGGTCTC
gi|3 : ataTCATTAATTCGGATTTT-GATTCATTTAAAC-GAACTAA--TACAATC----TG-TG---AAAAC-GGAGTAG-A-----TA----AA--A-A-A-----AAG-TAAATTCGTGATATGA-GC--AGGTGG-CGACGAGT-CGTAatagatttttatgtacaactgtatatcatacttcatataacagtttataaaacaatgaatatcaaattagtatataattcgtgaccattaattggacaattaaaattaatacatcaaatagtttgactttcaagatttctaaattcattaattcggattttgattcatttaaacgaactaatacaatctgtgaaaacggagtagataaaaaaaagtaaattcgtgatatgagcaggtggcgacgagtcgtaaatgggttcccgtaggtggacgaaaacatcgctagatcaatgc
gi|4 : atagagacccatctatgacctaaaaacatatttttgaatttgaaaagaattaaagaattcgtttgttatttcatattttagatttgttattacgaattaaatctagtatatttaaatcattgaatttgttctaacacatttcaatatttgtttgaatgaatcagatttgaaaacaaaaattctagaaatagatttttatgtacaactgtatatcatacttcatataacagtttataaaacaatgaatatcaaattagtatataattcgtgaccattaattggacaattaaaattaatacatcaaatagtttgactttcaagatttctaaatTCATTGACATGGAATTT-GCTTTCCCAAAAC-AAGTGAC--TATAATT----TG-TT---AAAAC-A----AG-GC-GTTTG----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTTGTGATAAAT-TC--AGCTGGACAAAGA-TATGTAGC-AAGATCAGCTCGATTTCAT--A-A-CA----TTGGTCATAACGAATAACCTAGTGGGCAATTT----G--ATA-TACTAGTAACTAATTTTAGA-A-T-T---GAAATT-CATTTAAAT-------ATTC-C--------AA------A----TT-----TTGAAAT---CCT--TCAT------TGCGAAGTT---T-AC--TATTCG-TT-AT-A----A---CGAAT-T--------T---AATCTGCTA-TAACGAA-T-T-TA-----ATAA----------A-AAAGAA-G-A-A------TTGAA-TT---AACG---AATTCTGAAATTCGTTATTTCAAAT----TAGA-AA----TT-AAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAGaatgggttcccgtaggtggacgaaaacatcgctagatcaatgc
gi|5 : TAACACGGAATTT-GCTTTCCCAAAAC-AGATGCT--TACAA---------------AAA-------------GTTTG----AA--ATA-A-----AAT-CAACTTCATCATACAT-GC--AGCTGGAGGAAGA---TGTAGC-AATAGAAGCATAATTTCAA--A-A-TATTTTT---TCATAATGAAT-------TA--C--CTT----G---T-------------AATTTTAGA-A-T-TC--G----T-TGCTTTAA--------ATT--T--------AATTCGTTA----TTTCAAATTGAAAT---TCG--TTAT------TTC-CTGTT---T-AC--AATTGG-TT-AT-A----A---
gi|6 : cggtttataaaatttttggtataaaattacaatgtaattcatgaacgtgaaatacagattcagtaaaaatagattagttgaaaatgaaactatttatatttgaattcattaagtaaca-A-----AATGCAGTTTTGTGATACA-------GTTGGATGAAAA-T-T-TCGC-AAGGTCAG---GA----AA--A-A-CT----T---TTATAAGAAAT-------CGGGTAATTT----G--ATA-------TACCAAATTTCAGA-A-T-TC--G----T-TATTTGAA--------GTT--T--------AATTCGTTG----TT-----TTAAAAT--------CTAT------TACGAAATT---G-AC--GATTCG-TT-AA-A----A---CAAAT-T--------T---AATCCGTGATTAATAAT-T-C-TA-----A-TG--T-----TTG-AAATAACG-A-A------T--AATAT---AGCG---AACTCTTAAATTTGTTATTTTAAAT------AA-AAATACAT-A---TATTGGCATGTCTTAAGTGAGCTTCCGTAG
gi|7 : aaaaaaagttagttcgtATTAAATCAGATTTTAGTTTTGCTACAAC-AAATCATCTTACAATTC---TGCTT---AAAACCG----AG-AA-GTTTCTAATAACCATA-A-----AAT-TAACTTCATAATACATGGT--AGCTGGA-GAAGA-T-TCT--CAAAGATC----CAAT---AC--A-A--G----T-----ATAACCAAT-------TAAGGAATTC----A--ATA-C------AACGAATATCAAA-ATT-TC--G----T-TACTTT------------------------AG------A----TT-----TTGAAA----TCGGTTTAT------TATAAAG--------C-AAA-----------A----A---TAAA--T--------T---AATCTTTTA--AATGAT-T-G-TA-----A-AA--TAAAAACAGCAAATTA-A-A-A------TTGAA-AT---AACG---AATTg
gi|8 : AATTT----G--ATA-TACTGGTAACCATTTCTATA-A-TCTCT-A----T-T-TTTAAATCTA----ATT--CGTTAAAACAA------A----TT-----CGGTAAT---TTG--TTAT------TACAAAATT---TTAC-AATTTCA-TT-AT-A----A---CAAAT-T--------T---CATTCGTTG-------A-T-T-TG-----A-AA--T-----AAT-AAATTA-T-A-AAT----TTGTA-AT---AACG---AATTCTAGAATTCGTTATTTCAAAT----TCAAGAA----AT-AT--TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCTGTA
gi|9 : ataaatactagtatatatcgTCATTAACTTGGATTTT-GCTTTGCTAAAAT-A--TTAT--TACAATC----TG-TT---AAAAC-A----AG-AT-GTTTT----GA--ATA-T-----AAT-AAACTTCGTGATACAT-GG--AGCTGGACGAAGA---TGTAGC-AGGATTAGCAGGATTTCAT--A-A-AA----T---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATTCCAAAATACGAATTTTAGAAATGGGTCAAATTCGATATAACGATTTATAAAATAGCTGATATAAAATTAGAATAAAATTTGTGATCAGAAGTGCAGAATGAACAAGAATAGATTAAATACATGTAGTTT