lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111
lowQualScore : 1111 2222222 111111 11111111111 222222222222 2 222 22222222222 1111 1111 1111 6666666666666 3333 11111111 5555555555555 11111 1 1 11 1 1 1 1 1 333333 1 111 1 2222 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 4444444444444444 1 11111 2 111 33 11 22222 1 5555555555555555555555 1 1 2 1 222 222 44 1 1 2222 22222 1 1 444 1 11 3333333 1 1 1 4444444 1 33333 1 44444444444 1 333333333333 1111 333 3333333333 333333333333 4444444444 3333 2 11 4 4 1 11 3 1 4 1 444444 3333 1 33 2 444444
lowQualScore : 7777 1 44 2 5 1 1 1 44 1 1 5555555 3 0000 44 4444444 22 3 222222 44 22 33333333333 111111111111 2 2 2 7 3 22 1 0 555 333 22 333 1 2 22 44 55 0 4 6 88888888888 55 4 1111 4 1 4 9999 2222 5 1111111111111 0 5555 66666666 3333333333333 0 88888 0 0 0 33 0 0 3 3 3 444444 7 7 3 999 3 4444 7 0 6 6 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 3 7 3 8888888888888888 8 1 0 1 2 99 2 6 99 66666 4 4 3 0 444 55 11 8 55555 9 3 0 2222222222222222222222 3 3 8 3 222 222 77 3 3 4444 55555 0 0 444 3 0 3 33 6 4444444 1 9 0 0 3 0 0 9 0 6666666 0 44444 1 3 6 5 5 00000000000 3 7 3 55 222222222222 7777 8 8 222 6 5555555555 0 777777777777 0000000000 6 5 1111 0 33 6 6 0 6 0 7 33 0 0 2 6 0 0 333333 2 6666 5 00 0 222222 6
lowQualScore : .... . .. . . . . . .. . . ....... . .... .. ....... .. . ...... .. .. ........... ............ . . . . . .. . . ... ... .. ... . . .. .. .. . . . ........... .. . .... . . . .... .... . ............. . .... ........ ............. . ..... . . . .. . . . . . ...... . . . ... . .... . . . . . ........................................................................... . . . . ................ . . . . . .. . . .. ..... . . . . ... .. .. . ..... . . . ...................... . . . . ... ... .. . . .... ..... . . ... . . . .. . ....... . . . . . . . . . ....... . ..... . . . . . ........... . . . .. ............ .... . . ... . .......... . ............ .......... . . .... . .. . . . . . . .. . . . . . . ...... . .... . .. . ...... .
lowQualScore : 7777 8 33 0 3 8 3 8 33 8 7 7777777 5 7777 88 2222222 44 5 333333 33 55 55555555555 777777777777 0 0 0 8 8 66 9 1 666 555 88 555 4 0 88 88 55 7 0 0 22222222222 55 0 9999 0 1 4 4444 1111 7 3333333333333 7 7777 77777777 3333333333333 8 55555 2 0 0 88 0 0 3 3 3 333333 3 3 3 000 3 0000 3 0 7 0 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 3 3 3 2222222222222222 0 4 8 0 5 22 8 7 22 77777 6 0 4 8 000 00 00 0 00000 8 2 0 0000000000000000000000 3 3 7 3 000 333 00 3 3 0000 88888 0 0 555 2 0 2 22 5 5555555 2 8 0 0 2 0 8 0 2 0000000 0 22222 0 7 7 5 2 77777777777 3 0 7 00 888888888888 0000 0 0 000 0 0000000000 8 222222222222 6666666666 7 7 7777 0 00 7 7 0 0 0 0 88 0 0 5 0 0 0 888888 2 5555 0 00 4 222222 0
consensus : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TT-------C-GA---GCG--G--C--G-AAA--A-C--A---CAC--C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--GT-TATA-T-CCATGAA-TA--A-TGCCTAGTTG-TTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAAT----A-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T-T--TG----CTA-TAATCTC-TATATC---TTCTGA-A-GAAAGAGTCT---TGT--AACAAATGTCTGAGA-G-ATCAAAAAACCTACTTA--A--AGCTGA-CAAAAT-AT--GA-GCAT-CTCCC-TATCAG-TAAAAC-AAGACTAC-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGT-TTTT---AAAAATGAGCT-ACATGCCTTAACTGCC------------------C-----CCTCACA-A-C-T-CAAATGT-GTACG-G---CTA-GAGT-GGCT-CT--GAAGGAA-CATGCT-GCAAAAGGCAG--ACA-AATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATG-----CAGTAGACAGTTCA-CCACAAT---GAAA-TCTAA--CGCTGACCTTT-GATATGAC-C-TTGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAGCTA--------------AG-CTA-AGAAGTGTGC-AACATACAGAA-ACTTATAACGA-G-AATGGGCTTATGGAGAGCAAGTGATT--TTGC-AGAA-TTCTTA-C-AAAGTCAGTATCTGCAGG--TTTACGTTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATAGAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATGTGCTTAC-TGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCCGACTTCATTG-TC--TATAGAACA-TTTGCTTTCCTTTAAAAACTTCGCTTG--G-T-T--AAATTGAAA-CAGTGCTTCAACTATAGA-TCTA-AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCT-CA-AA-GTACGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATCGTCAAGCA-AATGACCACAAC--------A-C-CC-TTAATTA-A-CGCAATTATTGATTTTCTGTAAA-NCCA-AA-TGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACC-AGTTACCTGAGATNTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGCGCGGTT-A--AACAAACAGGTGGAAAATTGACACACAAGTCGCAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGAAT
Reference ( gi|1 ) : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TT-------C-GA---ACG--G--A--G-AAA--A-C--A---CAC--C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--AT-TATA-T-CCGTGAA-TA--A-TGCATAGTTG-TTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TCAAT----A-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T-T--TG----CTA-TAATCTC-TG---C---TTCTGA-ACGAAAGAGTCT---TGT--AACAAGT-CCTCAGA-G-ATCAAAAAACCTACTTA--A--AGCTGA-CAAAAT-AT--GA-GCAT-CTCCC-TATCAG-TAAAAC-AAGTTTGT-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGT-TTTC---AAAAATGAGCTTACATGCCTCAACTGTC------------------C-----CCTCACA-A-C-T-CAAATGT-GTACA-AGACCTATAAGTTGGCT-CT--GAAAGAA-CATGCT-GCAAAAGGCAG-CACA-A--TACAACCA-GGGTTGCTTTTAAACTTGTCT--AAGGCCTTGAC-TGTTG--AATG-----CGGTAGACAGTTCATCCACAAT---GAA--TCTAA--CGCTGACCTTT-GATATGAC-C-T-GACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAACTACT-TGTGCGGCAT-AG-CTA-AGAAGTGTGCGAACATACAGAA-ACTTATAACAA-G-AATGGTCATATGGAGAGCAAGTGATTTCTTGC-AGAA-TTCTTA-C-AAAGTCAGTATTTGCAGG--TT-ACGTTT-CCCCATTTT-GACACAT--AATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATCAAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATTTGCTAAT-TGTTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCTGACTTCATTG-TCGATATAGAACA-TTTGCTTTCTTTTAAAAACTTCGCTTG--G-T-T--AAATTGAAA-CATTGCTTCAACTATAGA-TCTA-AACTGGTGTATTTAATTGACCAACT--TCT-CA-AA-G-ATGACTTCATCCCAATATGGAGACGGTAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTGAAGCAGAATGACCACAAC--------A-C-CC-TTAATTA-A-TGCAATTATTGATTTTCTGT-AA-CCCA-AA-TGACCGTGAAGA-ACATAATCTACCACT--AGTA-C-AGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGTGATTAGAAAACACC-AGTTGACAC-AGTGCAGTTAA--AACAAAAAGGGTGAAAATTGACACACAAGTCACAG--TATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGGATA
gi|22 : CTCTCCACT----GG-AA-CCAA--TTTCAAT-TTC-GC--CA-TT-TC-------CCGA---GCG--G--C--G-CAA--A-C--A---CAC--C--CTA--------T--TTTGT--C-----A--GT-TAAA-T-CCATGAA-TA--A-TGACTAGTTG-T--GGAAG---A--AT---AAACA-G--TT--G--AAGTATTT
gi|17 : agggCTTCCCACT----GG-A---CAAATTTTCTTT-TCC-GCG-CA-TC-TT-------C-GA---GC---G--ACTG-AAA--A-C------CACA-C--CTA-----------TTTTT-TC-----G--TT-TA-A-T-CCATGAA-TA--AGTGC-----TGTTTGGAAAG-------T---A--------TT--GATAAG---TTAATAAA-T-TTA-------------TA--CAAA-T-A--ATT-ATGT-T-C--T
gi|2 : TCCCACT----GG-A--CCAAAAATTTCTT-TTC-GC--TA-CT-TT-------CTGA---GCG--G--C--G-AAA--A-CC-A---CAC--C--CTA--------T--TTTTTGTC-----A--AT-TAT--T-CCATGAA-TA--A-TGCCTAGTTG-T-GGAAAG---AGAAT---AAAAA-G--TTT-G--AAGTATT-GATAAAGT-TTAATTA--A-A-T--TAATCAAA-TAA--ATTTATGT-T-TC-TT----CTA-TAATCTC-TATATC---TTCTGA---GAAAGAGTCT---TGTTAAACAAGTGCCTGAG--G-ATCAAAAAAACCACTTA--A--AGCTGAACAAAAT-AT--GA-GCAT-CTCCC-TATCAG-TAAAAC-AAGACTACCAAACTATAGCTTTTATAAAAACAGT-TTTTTTTAAAAATGAGCT-ACAT-CCTTAACTGTC------------------C-----CTGCACA-A-C-TTCAAA----------------ATGAGTTGGCTTCT--AAAGGAAACATGTT-GCAAAAG-CAT-GACACA--TTCAACCAAGGGTTGCTTT-AAA-TTGTCT--AAGGCCTTGACCTGTTGTGAATG-----CAGTAGACAGTTCACCAACAAT---GAAATTCTAAAACGCTGACCTTTTGATGTGAC-C-TTGACAACGATGCTAATGTTTTCAAGTGCATCCTGAACTACAATGTGCGGGATCAGACTACAGAAGTGTGCAATCATACAGAA-AACTATAAAGA-A-AATGGTGTTATGGAGAGCAATTGATT--TTGCAAGAATTTCTTA-C--CAGTCAGTATTTGCAGAGTTT-ACGTTTCCCCCATTTTGGACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTGTTTCTTTGT--AGACTATAAAAATTTATTATTTTGAAACCGCAATTGAGCTTCAAAAGAAATTTGCTAAC-TGCTTTGCGAATGTGCATATCAATAGCGACTGACTTCAT-----------------TTTGCTTTCTTTT-AAATCTTC---------------------AA-C-----------TATAGA-ATTA-ATTAGGTGTATTTAATTGACCAAGTAATCT-CACAA-GTATGACTTCATCTCAATATGGAGATGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATCGTGAAGCA-AATGACCACAAT--------ACC-CC-TTAATT--A-TGCACATATTGATTTTCTGTAAA-CTCA-AA-TGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACC-AGTTACCTGAGATATGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACCAAGTTG-CATGAGCGCAGTT-A--AACAAACAGGTGGAAATTTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTATGGAAT
gi|5 : gggcTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTCCGC--CA-CT-T--------C-GA---GCG--GCGA--A-AAA--A-C--A---CAC--C--CTA--------T--CCCCC-CCCCCCCA--GT-TATA-C-CCATGAA-TA--A-TGCCTAGTTG-T-GGAA-----------------------T--G--AATTATTTGATAAACT-TTAAT----A-AAT--CA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TCT--TG----CTAATAATC-------------TCT-------ATGAGCCT-----------GAG-------GA-T-AAAAAAAAACTTACTTACAA--ATCTGA-CAAAAT-ATATGA-GCAT-CTCCCCTATCAG-TAAAAC-AAGACTAC-AAAC-ATAGCTTTT-TAAAA-AAGT-TTTT---AAAAATGAGCT-ACATGCCCTAACTGCC------------------TTCTGACCTTACT-GTC-T-C---TGT-GTATACAGACCTA----------------AAGGAA-CATGCT-CCAAAAA----------------AACCG-AGGTTGCTATTAAACTT-TCTCGAAGACCTTGAC-TGTTG--AATG-----CAGTAGACAGTTCA--CACAAC---GAAA-TCTAA--CGCTGACCTTT-GATATGAC-CTT-GAC-ACATTGCTGATGTTTTC-AG-GCt
gi|24 : gggcTCCCACT----GG-A--CCAAAACTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TT-------C-GA---GCGATG--A----AAA--A-C--A---CAC--C--CTA--------T--TTTTT-TT-----T--AT-TATA-T-CCATTCA-TA--A-TGCCTAGTTG--TGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTcta
gi|23 : TCCCACT----GG-A--CCAAAACTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TT-------C-GA---GCGCCG--A----AAA--A-C--A---CAC--C--CTA--------T--TTTTT-T---------AT-TATA-T-CCATTCA-TA--A-TGCCTAGTTG--TGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTA
gi|25 : agggcTCCCA-T----GG-A--CCAAAACTTCTTT-T-C-GC--CA-TC-TT-------C-GA---GCG--G--C--G-AAA--A-CC-A---CAC--C--CTA--------T--TTTTT-T------A-----TATA-T-CCATGAA-T---A-TGCCTAATTG--TGGAAAG---A--A----AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTG
gi|14 : ggcTCCCACT----GG-A--CAAAAAATCCTTT-T-C-GC--CA-CT-TT-------C-GA---TCG--A--C--G-AAA--A----A---CACGAC--CTA--------T--TTTTT--------A--GT-CATA-T-CCTTGAA-TATAA-TGCATAGTTG-T---GAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTCAGAAAAT-TTAAC----A------CA--CAAG-TCATTTTT-ATGTAT-T--T
gi|18 : gcTCCCACT----GG-A--CCAAAACTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TT-------C-GA---GCA--G--C--GAAAA--A-C--A---CGC--C--CTATTTTTTATT--TTTTT-TT-----ATTAT-TATA-T-CCACTCA-TA--A-TGCCTAGTTG--TGGAAAGTTTC--AT---AGAAATGTTTT--A--AAGTat
gi|26 : gcTCCCACT----GG-T--CCAAAATTTCTTT-T-C-GC--CA-CT-TT-------C-GA---GCG--G--C--G-AAA--ACC--A---CAC--C--CTA-----------TTTTT-TC-----A--GT-TATA-TCCCCTTAA-TT--A-TGC--AATTA-TTGg
gi|20 : ggcTCCCACTCACGGG-A--CCAAAGTTGTCTT-TTC-GC--CA-CC-TT-------C-CG---CCG--C--T--A-AAA--A-C--AGCACAC--T--CTA--------G--TTTGT--C-----AC-GT-TA-A-T-CCATGAACTA--A-TGC-TAGTTA-ATGGAAAG---A--AT---AAA---G--TT--G--AAGTATTattttctgtaaatccaaatg
gi|19 : gcagggTCCCACTCACGGG-A--CCAAAGTTGTCTT-TTC-GC--CA-CC-TT-------C-CG---CCG--C--T--A-AAA--A-C--AGCACAC--T--CTA--------G--TTTGT--C-----AC-GT-TA-A-T-CCATGAACTA--A-TGC-TAGTTA-ATGGAAAG---A--AT---AAA---G--TT--G--AAGTATTct
gi|15 : gcagggTCCCACT----GG-A--C-AAATTTTCTTTGTTC-GC--CA-CTGCT-------C-GA---AGC--G--ACTG-AAACCA-CCCA---CAC--C--CTA--------T--CTTTT-TC-----G--TT-TATC-C-CAGTGAA-TA--A-TG----GCTGTTTGGAAA---------------------TT--G--A-----TTGA-AAGGT-TTAATA---A-A-TTATA--CAAA-T-A--ATT-ATct
gi|32 : cTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TT-------C-AA---GCG--G--T--GTAAA--C-C--A---CAC--C--CTA--------T--TTTTttcg
gi|31 : agggcTCTCACT----GG-A--CCAAA--TTTTTT-TTC-GT--CA-CT-TT-------T-GA---GCG--G--C--G-AAA--ACC--A---CGC--C--CTA--------T--TTTTT-Taggtc
gi|36 : TCCCATT----GG-A--CCAAAATTCCTTT-TTC--C--CA-TT-TT-------C-TA---GCA--G--C--A-AAA--A-aggtcacctgagta
gi|6 : CCCACT----GGGA--CCAAACTTT---T-TTC-GC--CAACT-AT-------A-GAGCGACG--G--CCCG-AAA--A-CC-A---CAC--C--CT---------T--TTTTT-TC-----A--GTGTATA-T-CT-TGAA--A--A-TGCCTAGTTG-T---GAAG---A--AT---AAAAA-G--TTCGA--AAGT-TTTG-TAA-GTATTGAT----A-A-A--TA--CAAAGTAA--ATT-ATGT-T-TCTTG----CTA-AAAT-TC-TGTATC---TTCCTACAAGAAAG-GTCT---TGT--AACAAAC-TGTCTGA-GGATTAAAA--CCTACTTA--ACTGACTGA-CAAATTTGT--GAAGCATTCCCCC-TATCAGGTAAAACGAAGACTAT-AA-CTATAGCTTCT-TTAAA-C-GTGTTTC---AAAA-TGAGCT-ACATGCCTTAACTGCCTCTTAACTTATAACTGTTC-----CCTCACATA-CCT-CAAATGTTGTACG-G---CTAAAAGT-GGCT-CTCTGAAGGAA-CA-GCTAGCACAAGGCAG--ACA-AATTA-AACCA-GG-TTGCAGTTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATG-----
gi|16 : cgcaCCCACT----GG-AGGCCAAAACTTCTT--TTC-GCCGCA-CT-TTGATATCGC-GGC--GCG--G--A----AAA--A-C--A---CAC--TCGCTAAGTTT---T--TTTTT-TT-----AT-AG-TATAGT-CCATTAG-TA--A-TGC-TAGTTG-T--GGAAG---A--ATTTAAAAGA-G--TT--GGAAAGT
gi|28 : caCCACT----GG-A--CCAAAATCT---T-TTC-GC--CA-CT-TT-------C-GA---GCG--G--C--G-AAA--A-CC-A---CAC--C--CTA--------T--TTTTT-T---------AT-TATA-T-CCATGAA-TA--A-TGCCTAATTG--TGGAAAG---A--AT----AAAA-G--TT--G--AAGTATgat
gi|30 : ggctCCACT----GG-A--CCAAAGTTTCTTT-TCC-----CA-CT-TT-------T-GA---GCA--G--C--T-AAA--A-C--A---CAC--C--CCA-----------TTTTG-TC-----A--GT-TATA-T-CCATGAA-TA--A-TGC
gi|10 : agggcgtcaACT----GG-A--CCAAA---TATTC-TTC-GC--CA-CT-TT---------GA---GTG--G--C--G-AAA--A-C--C---AAC--C--CTA--------TTATTTTC-TC-----A--AT---TA-T-CCATAAA-TA--A-T-CCTA-TTG-T--GTAAG---A--AT---AAAAA-----------AAGTGTTTGATAAAGT-TTAA-----A-A-A--TA--C-AA-T----ATT-AT-T-T-A--TG----CTA-T-ATC-C-TAAATC---TTCTGA---GAAAAAGTCT---
gi|29 : at----GG-A--CCAAAATTTCTTT-T-C-GC--CA-CT-TT-------C-GA---GCG--G--C--GAAAA--A-C--A---CAC--C--CTA--------T--TTTTT-TT--------AT-TATA-T-CCATTCA-TA--A-TGCCTAGTTG--TGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATgtgcctaatcaacatgcgtgagaa
gi|12 : -TT-------C-GA---GCG--A--C--G-AAA--A-CC-A---CTC--C--CTA--------T--TTTTT--C-----A--AT-TATA-T-CCATGAA-CA--A-TGCCAAGTTG-T-AGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATACAGT-TTAAT----ACA-T--TG--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TCT--TG----CCA-TAAT---------C---TTCTGA-A-GAAAGAGTCT---TGT--AACAA---TATCGGAGG-ATCAAAAAAC
gi|13 : cAA-TA--A-TGCCTAGTAG-T--GAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTCAGAAAGT-TTAAT----A-AAT--TA--CAAA-TA--------T-T-C-T--TGATAATTA-TAATTTC-TA---CATCTTCTGA-A-GAAGGAGTCT---CGTT-AACAAATGCCTGA-A-G-ATCAAAAAACCTAACTA--A--AGCTGA-CAAAAT-AT--GT-GCGT-C
gi|21 : AGTTG-T-GGTAAG---A--AT---AAGAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAATATTAA-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TCT--TG----CTA-TAATCTCATAT--C---TTCTGA-AT-AAAGAGTCTTAATGT--AACAAATGTCTGAG--G-ATCA
gi|35 : AAAAGGCAG--ACA-AATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAATTTGTCT--
gi|27 : caAGGCAGACACA-T--TACAACTA-GGGTTGCTATTAAACTTGTAT--AAGACTTAGAC-TGTTG--AATGCAGTCCGGCGGACAGTTCA-CCACAATATGAAA--TCTAA--CGCTGACCTTT-GATATG
gi|4 : CTTCTCT--AAGACCTTGAC-TGTT------------------------CATCT-CAAT---GAAA-TCTAA--CTCTGATCTTT-GATATGAC-C-TTGACAACATTGTTAATGATTTCAAA-GCATC----------------------AG-CTA-AGATGTGTGC-AACATACAGAA-ACTTATAACAAAG-AATGGGCTCATGGAGAACAAGTGACTT--TGC-AGAA-TTCTTA-CCAAAGTCAGTATCTGCAAG--TTTATGTTT-CCCCATTTT-GACACAT-------CA-----------GTG-TAGA--ATA-AAGCCA-AGAA--TTATTACTATGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATGTGCTTA-----TCTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGTCGACTTCATTGTTTAAAAAAAAATA-TTTGC-GTCCTTTAAAATCT
gi|3 : AC-TGTTG--AATG-----CAGTTGACAATTTG-CCACAAT---GAAA-TCTAA--CGCTGGTCTTT-GACATGGCAT-T-GACTACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATT-TGAGCTA--------------AG-CTT-AGAAATGTGC-AACATACAAAACACTTATAACAA-GAAATGGGCTTGTGGAGAGCAAGTAATT--TTGC-AGAA-TGCTTACC-AAAGTCAATATTGACAGGT-TT-ACGTTT-CCCAATTTT-GACACATTAAATACCAAAAGCAGAATGATG-TACATTGTA-GAA-TGTAGAC--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGC------------------------TTTGCG-ATGTGCATATCAATACCGGCTGACTTTATTG-TC--TATACAACATTTTGC-TTCCTTTAAAAACTTCGCTTGGAG-G-T--AAATTTAAA-CAGTGTTCCAACTAT---------AATTAGT--------------AAGT--TCC-CA-AATT-ACGACTTCATCCCGATACAGAGATGATAACCACATAAGGGATGA----------AACTTTAAT------------TGACCATAAC--------A-CACC-GTGATT--A-CGCAATTATTGATTTCCCGT-AA-ACCAGAA-TGGCC-TGAGGATACTTTATCTACTACC--TGTGCC-AGTTACCTGAGATATGTGTGCACTGAAGCGATTAG-ACACACC-AGTT--CA--AGTCTGACTGGTCAACAAACAGGTGGACAACTGAAAAATAGGTC-------ATATTTTAAAGTAATATTTATTACgaaagacaaacatatcaaagttagcacatatatagtaatgagcttggatggacatcgaaaacagtgcttcagctattataattgctgtatttaattgaccaagttcttcaattacgactctaccctaatatagagacgataatcccatgagggatgacgaaggatgagacattgtcatacaattgaccacagcctgtcagcaccccttaattaca
gi|8 : tAATATCTGCAAG--TTTACATTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGATG-TACATTGTAGAAATTAT--AG--TTAAGAAT--GAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAGGAAATGTGTTTATCTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGATCTACTTCATTG-TT--TATAGAATA-TTTTC-TTCCTTTAAAAA-----CTTG--A-T-T--ACACTGCGATTATTGATTT-TCTGCAAA-TCCA-AA
gi|11 : catTCAATAGCGGCCGACTTCATTG-TCTATGTAGTAAA-TTTGCTTCCTTT-AAAAACTTCACTTG--GATGT--GAATTGAAA-CAGTGTTTCAACTATAGAGTCTA-A-TTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCT-CA-AA-GTATGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------TACTTTAATat
gi|7 : nATTG-TC--TATAGAACA-TATGCTTTCTTTTAAGAACTTTGCTTG--GATGT--AAATTGAAA-CATTGCATCAACTATAGAATCTA-A-TTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCT-CA-AA-GTACGACTTCATCACAATATGGAGATGATAATCCTATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTCAAGCA-AATGACCATAAC--------ACC-CC-TTAATT--A-CGCAATGATTGATTTTCTGT-AG-ACCA-AACTGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACTTAAGTACC-AGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGCGCAGTT-A--AACAAACAGGTGGGAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACGGTTTACTACG
gi|4 : GCTTG--G-A-TGGACATCGAAAACAGTGCTTCAGCTAT------TATAATTGCTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTTCA-AT-T-ACGACTCTACCCTAATATAGAGACGATAATCCCATGAGGGATGACGAAGGATGAGAC----ATTGTCATACA-ATTGACCACAGCCTGTCAGCA-C-CCCTTAATTA-
gi|9 : cttctctaagaccttgactgttcatctcaatgaaatctaactctgatctttgatatgaccttgacaacattgttaatgatttcaaagcatcagctaagatgtgtgcaacatacagaaacttataacaaagaatgggctcatggagaacaagtgactttgcagaattcttaccaaagtcagtatctgcaagtttatgtttccccattttgacacatcagtgtagaataaagccaagaattattactatgaaacgcaatgagcttcaaagaaatgtgcttatctgcgatgtgcatatcaatagcggtcgacttcattgtttaaaaaaaaatatttgcgtcctttaaaatctgaaagacaaacatatcaaagttagcacatatatagtaatga-C-CC-TTAATTA---TGCAATTATTGATTTTCTGT-AAATCCA-AA-TGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTA-CCAGTTACCTGATATCTGTGTGCACTGGAGCGTTTAG-AATCACC-AGTTG-CAC-AGCGCAGTT-A--AACAAACAGGTGGAAAACTGAAACAC-AGTCGCAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTACTACGGAATca
gi|26 : -C-CC-TTAATTA---TGCAATTATTGATTTTCTGTAAA-TCCA-AA-TG
gi|8 : ggctcccactggtccaaaatttcttttcgccactttcgagcggcgaaaaccacaccctattttttcagttatatcC-TTGATTACACTGCGATTATTGATTTTCTGCAAA-TCCA-AA-
gi|33 : cataatatctgcaagtttacatttccccattttgacacatcaaataccaaaagcagaatgatgtacattgtagaaattatagttaagaatgaaacgcaatgagcttcaaggaaatgtgtttatctgctttgcgatgtgcatatcaatagcgatctacttcattgtttatagaatattttcttcctttaaaaaA--AACAAACAGGTGGAAAATTGACACACAGGT-------TATTTTTTTATGTACTGTTTATTACAGat
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): AAAAATGAGCTACATGCCCTAACCTCTGACCTTAACTGTCCCTGTGTATAC
Unaligned ( gi|37 ): CGAAAAACACGAATTATTTTTTAGTCATATCCTTGAATATAATG
Unaligned ( gi|38 ): AAAATGAGCTACATGCCCTTACTGCCTCTGGCCTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111
lowQualScore : 11111 1111111111 11111111111 111111111111 22 22222222222 11 1111 111 1111 1111111111 1 11111 11 1 1 1 111 111 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 111111 1 11111111111111 1 1 1 1 1 11 1 11 1 1 2 1111 11111 1111111111 1 333333333 3333333333 2222222222 22222222222 22222 11 1 11111 22
lowQualScore : 7777 1 44 1 2 1 3 1 44 1 1 3 5555 1 44444 9999999999 1 22 33333333333 777777777777 1 555555 1 22 3 22 1 0 00 333 22 333 1 1 22 44 55 3 33333333333 55 3 9999 3 4 77 4 0000 5 11 222 5 0000 4444444444 5 5 5 22 8 33333 8 8 11 8 8 0 0 0 111 3 111 3 777 6 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 0 3 0 1 777 66 55 6 1 6 0 77 5 77 888888 6 6 99 6 99 6 0 6 0 8 0 3 4 00000000000000 0 0 0 0 0 22 0 2 33 0 0 0 3 8 0 8 8 3 0 8 0 88 3 0 2222 0 1 8 8 8 5 88888 8 2222222222 1 5 2 1 777777777 6 2 5555555555 99 6 9999999999 9 5 1 8 1 77777777777 5 44444 1 8 0 11 1 8 8 8 3 2 11111 2 22 88
lowQualScore : .... . .. . . . . . .. . . . .... . ..... .......... . .. ........... ............ . ...... . .. . .. . . .. ... .. ... . . .. .. .. . ........... .. . .... . . .. . .... . .. ... . .... .......... . . . .. . ..... . . .. . . . . . ... . ... . ... . ..................................................................... . . . . . ... .. .. . . . . .. . .. ...... . . .. . .. . . . . . . . . .............. . . . . . .. . . .. . . . . . . . . . . . . .. . . .... . . . . . . ..... . .......... . . . . ......... . . .......... .. . .......... . . . . . ........... . ..... . . . .. . . . . . . ..... . .. ..
lowQualScore : 4444 7 11 6 6 7 0 7 11 7 7 3 2222 7 44444 0000000000 7 44 33333333333 999999999999 8 555555 9 66 6 55 8 3 00 333 66 333 0 9 66 55 22 6 22222222222 00 6 2222 6 0 55 0 6666 0 55 222 0 2222 4444444444 0 0 0 99 5 00000 0 0 00 0 0 0 0 0 222 2 000 2 555 7 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 0 2 0 0 555 22 77 7 0 0 7 99 7 99 555555 7 7 22 7 22 7 8 0 8 0 0 2 2 00000000000000 0 0 0 0 0 00 0 5 88 0 0 0 2 0 8 0 0 2 8 0 8 88 2 8 4444 8 4 0 0 0 0 88888 0 7777777777 7 7 0 0 555555555 7 5 3333333333 22 7 2222222222 6 0 0 0 0 88888888888 7 22222 0 0 8 00 0 0 0 0 2 8 88888 5 00 88
consensus : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--GT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGTTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAAT----A-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CTA-TAATCTCTATATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-A-TGCCTGAGAGATCAAAAAACCTACTTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGACTA-CAAACTATAGCTTTT-T-AAAACAG---TTTTTAAAAATGAGCT-ACATGCCCTAACTGCC------------------C-----CCTCACA-A-CTC--AAATG-TGTACGG---CT-A-AAGT-GG--CTCTGAAGG-AACATGCT-GCAAAAGGCA-G-ACAAATTACAACC-AGGGTTGCTATTAAACTTGTCT--AAGACCTTGA-CTGT--TGAATGCAGT-----AGACAGTTCA-CC-ACA--ATGAAA-TCT--AACGCTGACC-TTTGATATGACCTTGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCAT-CTGAACTAC-------G-G---AG-CTA-AGAAGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAAC-AAG-AATGGNCTTATGGAGAGCAAGTGATTT--TGC-AGAA-TTCTTACCAAAGTCAGTATTTGCAG-GTTTACGTTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATAGAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATNTGCTNA-CTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---AT--AGAACA-TTTGCTTTCCTTTAAAAACTTCGCTTG--G-T-T--AAATTGAAA-CAGTGCTTCAACTATAG-A-TCTA-AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTACGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTNAAGCA-AATGACCACAA-----CA----C-CCTTAATTA-AC-GCAATTATTGATTTTCTGTAAACCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGCGCAGTT-A---AACAAACAGGTGGAAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGAAT
Reference ( family-2233 ) : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--GT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGTTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAAT----A-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CTA-TAATCTCTATATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-A-TGTCTGAGAGATCAAAAAACCTACTTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGACTA-CAAACTATAGCTTTT-T-AAAACAG---TTTTTAAAAATGAGCT-ACATGCCTTAACTGCC------------------C-----CCTCACA-A-CTC--AAATG-TGTACGG---CT-A-GAGT-GG--CTCTGAAGG-AACATGCT-GCAAAAGGCA-G-ACAAATTACAACC-AGGGTTGCTATTAAACTTGTCT--AAGACCTTGA-CTGT--TGAATGCAGT-----AGACAGTTCA-CC-ACA--ATGAAA-TCT--AACGCTGACC-TTTGATATGACCTTGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCAT-CTGAGCTA--------------AG-CTA-AGAAGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAAC-GAG-AATGGGCTTATGGAGAGCAAGTGATTT--TGC-AGAA-TTCTTA-CAAAGTCAGTATCTGCAG-GTTTACGTTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATAGAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATGTGCTTA-CTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---AT--AGAACA-TTTGCTTTCCTTTAAAAACTTCGCTTG--G-T-T--AAATTGAAA-CAGTGCTTCAACTATAG-A-TCTA-AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTACGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATCGTCAAGCA-AATGACCACAA-----CA----C-CCTTAATTA-AC-GCAATTATTGATTTTCTGTAAANCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATNTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGCGCGGTT-A---AACAAACAGGTGGAAAATTGACACACAAGTCGCAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGAAT
gi|1 : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----ACGGA-G-----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--AT-TATA------T-CC--GTGAA-TA--A-TGCATAGTTGTTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TCAAT----A-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CTA-TAATCTCTG---CTT-CTG-AACGAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-G-T-CCTCAGAGATCAAAAAACCTACTTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGTTTG-TAAACTATAGCTTTT-T-AAAACAG---TTTTCAAAAATGAGCTTACATGCCTCAACTGTC------------------C-----CCTCACA-A-CTC--AAATG-TGTACAAGACCT-ATAAGTTGG--CTCTGAAAG-AACATGCT-GCAAAAGGCA-GCACAA--TACAACC-AGGGTTGCTTTTAAACTTGTCT--AAGGCCTTGA-CTGT--TGAATGCGGT-----AGACAGTTCATCC-ACA--ATGAA--TCT--AACGCTGACC-TTTGATATGACCT-GACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCAT-CTGAACTACTTGTGCGGCAT--AG-CTA-AGAAGTGTGCGAA-CATACAGAA-ACTTATAAC-AAG-AATGGTCATATGGAGAGCAAGTGATTTCTTGC-AGAA-TTCTTA-CAAAGTCAGTATTTGCAG-GTT-ACGTTT-CCCCATTTT-GACACAT--AATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATCAAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATTTGCTAA-TTGTTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCTGACTTCATTGTCGAT---AT--AGAACA-TTTGCTTTCTTTTAAAAACTTCGCTTG--G-T-T--AAATTGAAA-CATTGCTTCAACTATAG-A-TCTA-AACTGGTGTATTTAATTGACCAACT--TCTCA-AAG-ATGACTTCATCCCAATATGGAGACGGTAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTGAAGCAGAATGACCACAA-----CA----C-CCTTAATTA-AT-GCAATTATTGATTTTCTGT-AACCCAAATGACCGTGAAGA-ACATAATCTACCACT--AGTA-CAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGTGATTAGAAAACACC-AGTTGACAC-AGTGCAGTTAA---AACAAAAAGGGTGAAAATTGACACACAAGTCACAG--TATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGGAT
gi|10 : ACT----GG-A--CCAAA---TATTC-TTC-GC--CA-CT-TT--GA----GTGGC-G-----AAAA----C-----CAAC-C--CTA--------TTATTTTC-TC-----A--AT---TA------T-CC--ATAAA-TA--A-T-CCTA-TTGT--GTAAG---A--AT---AAAAA-----------AAGTGTTTGATAAAGT-TTAA-----A-A-A--TA--C-AA-T----ATT-AT-T-T--A-TG----CTA-T-ATC-CTAAATCTT-CTG--A-GAAAAAGTCTG--TGCCT--AATCAACA-TGCGTGAGAa
gi|11 : atTCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---ATGTAGTAAA-TTTGCTT-CCTTTAAAAACTTCACTTG--GATGT--GAATTGAAA-CAGTGTTTCAACTATAG-AGTCT--AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTATGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------TACTTTAATa
gi|12 : n-TTC-GA----GCGAC-G-----AAAA----CC----ACTC-C--CTA--------T--TTTTT--C-----A--AT-TATA------T-CC--ATGAA-CA--A-TGCCAAGTTGT-AGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATACAGT-TTAAT----ACA-T--TG--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TC-T-TG----CCA-TA--------ATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-C-A-A-TATCGGAG-GATCAAAAAAC
gi|13 : cAA-TA--A-TGCCTAGTAGT--GAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTCAGAAAGT-TTAAT----A-AAT--TA--CAAA-TA--------T-T-C--T-TGATAATTA-TAATTTCTACATCTT-CTG-AA-GAAGGAGTCT---CGT-T--AA-CAA-A-TGCCTGA-AGATCAAAAAACCTAACTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-TGCG-TC
gi|14 : TCCCACT----GG-A--CAAAAAATCCTTT-T-C-GC--CA-CT-TTC-GA----TCGAC-G-----AAAAA---C-----ACGA-C--CTA--------T--TTTTT--------A--GT-CATA------T-CC--TTGAA-TATAA-TGCATAGTTGT---GAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTCAGAAAAT-TTAAC----A------CA--CAAG-TCATTTTT-ATGTAT--T-T
gi|15 : gcTCCCACT----GG-A--C-AAATTTTCTTTGTTC-GC--CA-CTGCTC-GAA---GCGAC-T-----GAAA----CCACCCACAC-C--CTA--------T--CTTTT-TC--------GT-T-TA------T-CCCAGTGAA-TA--A-TGGCT-GT--TTGGAAA---------------------TT--G--A-----TTGA-AAGGT-TTAATA---A-A-TTATA--CAAA-T-A--ATT-ATat
gi|16 : cCCCACT----GG-AGGCCAAAACTTCTT--TTC-GCCGCA-CT-TT--GATATCGCGGC-GCGGA-AAAA----C-----ACAC-TCGCTAAGT-----T--TTTTT-TT---------T-TATAGTATAGT-CC--ATTAG-TA--A-TG-CTAGTTGT--GGAAG---A--ATTTAAAAGA-G--TT--GGAAAGTttcg
gi|17 : caCTTCCCACT----GG-A---CAAATTTTCTTT-TCC-GCG-CA-TC-TTC-GA----GCGACTG-----AAAA----C------CACAC--CTA-----------TTTTT-TC-----G--TT-TA-A------T-CC--ATGAA-TA--AGTGCT--GT--TTGGAAAG-------T---A--------TT--GATAAG---TTAATAAA-T-TTA-------------TA--CAAA-T-A--ATT-ATGT-T--C-Tgat
gi|18 : TCCCACT----GG-A--CCAAAACTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCAGC-GA----AAAA----C-----ACGC-C--CTATTTTTTATT--TTTTT-TT-----ATTAT-TATA------T-CC--ACTCA-TA--A-TGCCTAGTTG-TGGAAAGTTTC--AT---AGAAATGTTTT--A--AAGT
gi|19 : gcTCCCACTCACGGG-A--CCAAAGTTGTCTT-TTC-GC--CA-CC-TTC-C-----GCCGC-T-----AAAAACAGC-----ACAC-T--CTA--------G--TTTGT--C-----AC-GT-TA-A------T-CC--ATGAACTA--A-TGC-TAGTTAATGGAAAG---A--AT---AAA---G--TT--G--AAGTATTg
gi|2 : gcagggTCCCACT----GG-A--CCAAAAATTTCTT-TTC-GC--TA-CT-TTCTGA----GCGGC-G-----AAAA----CC----ACAC-C--CTA--------T--TTTTTGTC-----A--AT-TAT-------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGT-GGAAAG---AGAAT---AAAAA-G--TTT-G--AAGTATT-GATAAAGT-TTAATTA--A-A-T--TAATCAAA-TAA--ATTTATGT-T--TCTT----CTA-TAATCTCTATATCTT-CTG-A--GAAAGAGTCT---TG--TTAAA-CAA-G-TGCCTGAG-GATCAAAAAAACCACTTA--A--AGCTGAACAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGACTACCAAACTATAGCTTTTATAAAAACAGTTTTTTTTAAAAATGAGCT-ACAT-CCTTAACTGTC------------------C-----CTGCACA-A-CTTCAAAATG-AGT-TGG---CT-------------TCTAAAGGAAACATGTT-GCAAAA-GCATG-ACACATT-CAACCAAGGGTTGCT-TTAAA-TTGTCT--AAGGCCTTGACCTGTTGTGAATGCAGT-----AGACAGTTCA-CCAACA--ATGAAATTCTAAAACGCTGACCTTTTGATGTGACCTTGACAACGATGCTAATGTTTTCAAGTGCATCCTGAACTACAATGTGCGGGATCAGACTACAGAAGTGTGC-AATCATACAGAA-AACTATAAA-GAA-AATGGTGTTATGGAGAGCAATTGATTT--TGCAAGAATTTCTTA-C-CAGTCAGTATTTGCAGAGTTTACGTTTCCCCCATTTTGGACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTGTTTCTTTGT--AGACTATAAAAATTTATTATTTTGAAACCGCAATTGAGCTTCAAAAGAAATTTGCTAA-CTGCTTTGCGAATGTGCATATCAATAGCGACTGACTTCAT---------------------TTTGCTTTCTTTT-AAATCTTC---------------------AA-C-----------TATAG-A-ATTA-ATTAGGTGTATTTAATTGACCAAGTAATCTCACAAGTATGACTTCATCTCAATATGGAGATGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATCGTGAAGCA-AATGACCACAA-----TAC---C-CCTTAATT--AT-GCACATATTGATTTTCTGTAAACTCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATATGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACCAAGTTG-CATGAGCGCAGTT-A---AACAAACAGGTGGAAATTTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTATGGAATct
gi|20 : gggcTCCCACTCACGGG-A--CCAAAGTTGTCTT-TTC-GC--CA-CC-TTC-C-----GCCGC-T-----AAAAACAGC-----ACAC-T--CTA--------G--TTTGT--C-----AC-GT-TA-A------T-CC--ATGAACTA--A-TGC-TAGTTAATGGAAAG---A--AT---AAA---G--TT--G--AAGTATTt
gi|21 : gcagggAGTTGT-GGTAAG---A--AT---AAGAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAATATTAA-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TC-T-TG----CTA-TAATCTC-ATATCTT-CTG-AA-TAAAGAGTCTTAATG--T--AA-CAA-A-TGTCTGAG-GATCAct
gi|22 : CTCTCCACT----GG-AA-CCAA--TTTCAAT-TTC-GC--CA-TT-TCCCGA----GCGGC-G-----CAAA----C-----ACAC-C--CTA-----------TTTTG-TC-----A--GT-TAAA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGACTAGTTGT--GGAAG---A--AT---AAACA-G--TT--G--AAGTATTT
gi|23 : agggTCCCACT----GG-A--CCAAAACTTCTTT-T-C-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGCC-G-----AAAAA---C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-T---------AT-TATA------T-CC--ATTCA-TA--A-TGCCTAGTTG-TGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTA
gi|24 : agggcTCCCACT----GG-A--CCAAAACTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGAT-GA----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TT-----T--AT-TATA------T-CC--ATTCA-TA--A-TGCCTAGTTG-TGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTT
gi|25 : TCCCA-T----GG-A--CCAAAACTTCTTT-T-C-GC--CA-TC-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAAC---C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-T------A-----TATA------T-CC--ATGAA-T---A-TGCCTAATTG-TGGAAAG---A--A----AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTG
gi|26 : ggcTCCCACT----GG-T--CCAAAATTTCTTT-T-C-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAAC---C-----ACAC-C--CTA-----------TTTTT-TC-----A--GT-TATA------TCCC--CTTAA-TT--A-TGC--AATTATTG
gi|26 : ggc----C-CCTTAATTA--T-GCAATTATTGATTTTCTGTAAATCCAAATGattttctgtaaatccaaatg
gi|27 : ggctcccactggtccaaaatttcttttcgccactttcgagcggcgaaaaccacaccctattttttcagttatatcAGGCA-G-ACACATTACAACT-AGGGTTGCTATTAAACTTGTAT--AAGACTTAGA-CTGT--TGAATGCAGTCCGGCGGACAGTTCA-CC-ACAATATGAAA-TCT--AACGCTGACC-TTTGATATG
gi|28 : CCACT----GG-A--CCAAAATCT---T-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAA----CC----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-T---------AT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAATTG-TGGAAAG---A--AT----AAAA-G--TT--G--AAGTAT
gi|29 : ggct----GG-A--CCAAAATTTCTTT-T-C-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-GA----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TT-----A---T-TATA------T-CC--ATTCA-TA--A-TGCCTAGTTG-TGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTAT
gi|3 : A-CTGT--TGAATGCAGT-----TGACAATTTG-CC-ACA--ATGAAA-TCT--AACGCTGGTC-TTTGACATGGCATTGACTACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCAT-TTGAGCTA--------------AG-CTT-AGAAATGTGC-AA-CATACAAAACACTTATAAC-AAGAAATGGGCTTGTGGAGAGCAAGTAATTT--TGC-AGAA-TGCTTACCAAAGTCAATATTGACAG-GTTTACGTTT-CCCAATTTT-GACACATTAAATACCAAAAGCAGAATGATG-TACATTGTA-GAA-TGTAGAC--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGA------------------------GCTTTGCG-ATGTGCATATCAATACCGGCTGACTTTATTGTC--T---AT--ACAACATTTTGC-TTCCTTTAAAAACTTCGCTTGGAG-G-T--AAATTTAAA-CAGTGTTCCAACTAT----------AATTAGT--------------AAGT--TCCCA-AATTACGACTTCATCCCGATACAGAGATGATAACCACATAAGGGATGA----------AACTTTAAT------------TGACCATAA-----CA----CACCGTGATT--AC-GCAATTATTGATTTCCCGTAAACCAGAATGGCC-TGAGGATACTTTATCTACTACC--TGTGCCAGTTACCTGAGATATGTGTGCACTGAAGCGATTAG-ACACACC-AGTT----CAAGTCTGACT-GGTCAACAAACAGGTGGACAACTGA-A---AAAT---AGGTCATATTTTAAAGTAATATTTATTAC
gi|30 : tCCACT----GG-A--CCAAAGTTTCTTT-TCC-----CA-CT-TTT-GA----GCAGC-T-----AAAA----C-----ACAC-C--CCA-----------TTTTG-TC-----A--GT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGC
gi|31 : agggcgtcaTCTCACT----GG-A--CCAAA--TTTTTT-TTC-GT--CA-CT-TTT-GA----GCGGC-G-----AAAAC---C-----ACGC-C--CTA--------T--TTTTT-TA-----G--GT-CA
gi|32 : TCCCACT----GG-A--CCAAAATTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TTC-AA----GCGGT-GT----AAAC----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTcctgagta
gi|33 : agggcT-A---AACAAACAGGTGGAAAATTGACACA-------CAGGTTATTTTTTTATGTACTGTTTATTACAGAaggtc
gi|34 : AAAAATGAGCT-ACATGCCCTAA----C------------------C-----TCTGAC----CTT--AACTG-Ttt
gi|35 : AAAAGGCA-G-ACAAATTACAACC-AGGGTTGCTATTAAATTTGTCT--ccctgtgtatac
gi|36 : caTCCCATT----GG-A--CCAAAATTCCTTT-TTC--C--CA-TT-TTC-TA----GCAGC-A-----AAAA----
gi|38 : AAAATGAGCT-ACATGCCCTTACTGCC------------------T-----C
gi|4 : CTTCTCT--AAGACCTTGA-CTGT--T----------------------CA-TC-TCA--ATGAAA-TCT--AACTCTGATC-TTTGATATGACCTTGACAACATTGTTAATGATTTCAAA-GCAT-C---------------------AG-CTA-AGATGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAACAAAG-AATGGGCTCATGGAGAACAAGTGACTT--TGC-AGAA-TTCTTACCAAAGTCAGTATCTGCAA-GTTTATGTTT-CCCCATTTT-GACACATCA------------------GTG-TAGA--ATA-AAGCCA-AGAA--TTATTACTATGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATGTGCTTA-----TCTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGTCGACTTCATTGTT--TAAAAA--AAAATA-TTTGC-GTCCTTTAAAATCTtggcctt
gi|4 : GCTTG--G-A-TGGACATCGAAAACAGTGCTTCAGCTAT-------TATAATTGCTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTTC-AATTACGACTCTACCCTAATATAGAGACGATAATCCCATGAGGGATGACGAAGGATGAGAC----ATTGTCATACA-ATTGACCACAGCCTGTCAGCACC-CCTTAATTA-gaaagacaaacatatcaaagttagcacatatatagtaatgagcttggatggacatcgaaaacagtgcttcagctattataattgctgtatttaattgaccaagttcttcaattacgactctaccctaatatagagacgataatcccatgagggatgacgaaggatgagacattgtcatacaattgaccacagcctgtcagcaccccttaattaca
gi|5 : cttctctaagaccttgactgttcatctcaatgaaatctaactctgatctttgatatgaccttgacaacattgttaatgatttcaaagcatcagctaagatgtgtgcaacatacagaaacttataacaaagaatgggctcatggagaacaagtgactttgcagaattcttaccaaagtcagtatctgcaagtttatgtttccccattttgacacatcagtgtagaataaagccaagaattattactatgaaacgcaatgagcttcaaagaaatgtgcttatctgcgatgtgcatatcaatagcggtcgacttcattgtttaaaaaaaaatatttgcgtcctttaaaatctgaaagacaaacatatcaaagttagcacatatatagtaatgaTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTCCGC--CA-CT-T-C-GA----GCGGC-G-----AAAAAA--C-----ACAC-C--CTA--------T--CCCCC-CCCCCCCA--GT-TATA------C-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGT-GGAA-----------------------T--G--AATTATTTGATAAACT-TTAAT----A-AAT--CA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TC-T-TG----CTAATAATCTC--TAT---------------GAGCCT---GA--G--GA-TAA-A--------------AAAAAACTTACTTACAA--ATCTGA-CAAA-ATATATG-AGCA-TCTCCCCTATCA-GTAAAAC-AAGACTA-CAAAC-ATAGCTTTT-T-AAAAAAG---TTTTTAAAAATGAGCT-ACATGCCCTAACTGCC------------------TTCTGACCTTACT-GTCTC-----TG-TGTA-------T-A-CAG---A--C-CTAAAGG-AACATGCT-CCAAAAA---------------AACC-GAGGTTGCTATTAAACTT-TCTCGAAGACCTTGA-CTGT--TGAATGCAGT-----AGACAGTTCA-C--ACA--ACGAAA-TCT--AACGCTGACC-TTTGATATGACCTTGAC-ACATTGCTGATGTTTTC-AG-GCca
gi|6 : gggcCCCACT----GGGA--CCAAACTTT---T-TTC-GC--CAACT-ATA-GA----GCGAC-GGCCCGAAAA----CC----ACAC-C--CT---------T--TTTTT-TC-----A--GTGTATA------T-CT---TGAA--A--A-TGCCTAGTTGT---GAAG---A--AT---AAAAA-G--TTCGA--AAGT-TTTG-T-AAGTATTGAT----A-A-A--TA--CAAAGTAA--ATT-ATGT-TTCT-TG----CTA-AAAT-TCTGTATCTTCCTACAA-GAAAG-GTCT---TG--T--AA-CAA-ACTGTCTGAG-GATT--AAAACCTACTTA--ACTGACTGA-CAAATTTGT--GAAGCATTCCCCC-TATCAGGTAAAACGAAGACTA-T-AACTATAGCTTCT-T-TAAAC-G---TGTTTCAAAATGAGCT-ACATGCCTTAACTGCCTCTTAACTTATAACTGTTC-----CCTCACATACCTC--AAATGTTGTACGG---CTAA-AAGT-GGCTCTCTGAAGG-AACA-GCTAGCACAAGGCA-G-ACAAATTA-AACC-A-GGTTGCAGTTAAACTTGTCT--AAGACCTTGA-CTGT--TGAATGcta
gi|7 : cgcaATTGTC--T---AT--AGAACA-TATGCTTTCTTTTAAGAACTTTGCTTG--GATGT--AAATTGAAA-CATTGCATCAACTATAGAA-TCT--AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTACGACTTCATCACAATATGGAGATGATAATCCTATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTCAAGCA-AATGACCATAA-----CAC---C-CCTTAATT--AC-GCAATGATTGATTTTCTGTAGACCAAACTGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACTTAAGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGCGCAGTT-A---AACAAACAGGTGGGAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACGGTTTACTACG
gi|8 : AATATCTGCAA-GTTTACATTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGATG-TACATTGTAGAAATTATAG----TTA--AGAATGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAGGAAATGTGTTTATCTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGATCTACTTCATTGTT--T---AT--AGAATA-TTTTC-TTCCTTTAAAAACTT
gi|8 : catCTTGATTACACTGCGATTATTGATTTTCTGCAAATCCAAAgattacactgcgattattgattttctgcaaatccaaaat
gi|9 : cataatatctgcaagtttacatttccccattttgacacatcaaataccaaaagcagaatgatgtacattgtagaaattatagttaagaatgaaacgcaatgagcttcaaggaaatgtgtttatctgctttgcgatgtgcatatcaatagcgatctacttcattgtttatagaatattttcttcctttaaaaa----C-CCTTAATTA--T-GCAATTATTGATTTTCTGTAAATCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGATATCTGTGTGCACTGGAGCGTTTAG-AATCACC-AGTTG-CAC-AGCGCAGTT-A---AACAAACAGGTGGAAAACTGAAACAC-AGTCGCAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTACTACGGAATat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): CGAAAAACACGAATTATTTTTTAGTCATATCCTTGAATATAATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111111 11111111111 111111111111 22 22222222222 11 1111 11 1111 1111111111 2 11111 11 1 1 1 11 1 1 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 111111 11 0000000000000000000000000 1 1 1 1 1 1 11 1 1 1111 111 1111111111 1 333333333 3333333333 2222222222 22222222222 22222 11 1 111
lowQualScore : 7777 1 44 1 2 1 3 1 44 1 1 3 5555 1 44444 9999999999 1 22 33333333333 777777777777 1 555555 1 22 3 22 1 0 00 333 22 333 1 1 22 44 55 3 33333333333 55 3 9999 3 4 77 4 0000 5 00 666 0 5 0000 0 5555555555 5 0 777 1 99 33333 8 8 11 8 8 0 0 0 33 3 0 0 3 444 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 0 3 0 6 777 66 55 77 6 0 77 5 77 888888 6 6 99 6 99 6 0 6 0 8 33 0 8888888888888888888888888 0 0 0 0 0 0 1 33 0 0 2 3 8 0 8 8 3 0 8 0 88 3 0 2222 0 1 8 8 8 3 3 666 8 2222222222 1 5 2 1 777777777 6 2 5555555555 99 6 9999999999 3 3 1 8 1 77777777777 5 44444 8 0 11 8 8 8 3 444 6 2 2 99
lowQualScore : .... . .. . . . . . .. . . . .... . ..... .......... . .. ........... ............ . ...... . .. . .. . . .. ... .. ... . . .. .. .. . ........... .. . .... . . .. . .... . .. ... . . .... . .......... . . ... . .. ..... . . .. . . . . . .. . . . . ... . ..................................................................... . . . . . ... .. .. .. . . .. . .. ...... . . .. . .. . . . . . .. . ......................... . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . .. . . .... . . . . . . . ... . .......... . . . . ......... . . .......... .. . .......... . . . . . ........... . ..... . . .. . . . . ... . . . ..
lowQualScore : 4444 7 11 6 6 7 0 7 11 7 7 3 2222 7 44444 0000000000 7 44 33333333333 999999999999 8 555555 9 66 6 55 8 3 00 333 66 333 0 9 66 55 22 6 22222222222 00 6 2222 6 0 55 0 6666 0 88 111 1 0 4444 1 5555555555 0 1 888 6 22 00000 0 0 00 0 0 0 0 0 22 2 0 0 2 000 7 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 0 2 0 7 555 22 77 77 0 7 99 7 99 555555 7 7 22 7 22 7 8 0 8 0 22 8 5555555555555555555555555 0 0 0 0 0 0 0 88 0 0 5 2 0 8 0 0 2 8 0 8 88 2 8 4444 8 4 0 0 0 8 8 888 0 7777777777 7 7 0 0 555555555 7 5 3333333333 22 7 2222222222 8 8 0 0 0 88888888888 7 22222 0 8 00 0 0 0 2 000 7 5 5 22
consensus : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--GT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGTTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAAT----A-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CTA-TAATCTCTATATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-A-TGCCTGAGAGATCAAAAAA--CCTACTTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGACTAC-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGTTTTT---AAAAATGAGC-TACATGCCCTAACTGCC------------------C-----CCTCACA-A-CTC--AAATG-TGTACGG---CT-A-AAG-TGG--CTCTGAAGGAA-CATGCT-GCAAAAGGCA-G-ACAAATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATGCAGT-----AGACAGTTCA-CCA-CA--ATGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACCTTGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAACTA------C--------GG---A----GCTA-AGAAGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAACAA-GAA-TGGNCTTATGGAGAGCAAGTGATT--TTGCA-GAATT-CTTACCAAAGTCAGTATTTGCAG-GTTTACGTTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATAGAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATNTGCTNA-CTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---AT--AGAACA-TTTGCTTTCCTTTAAAAACTTCGCTTG--G-T-T--AAATTGAAA-CAGTGCTTCAACTATAG-A-TCTA-AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTACGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTNAAGCA-AATGACCACAA-----CA----C-CCTTAATTA-AC-GCAATTATTGATTTTCTGTAAACCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGAAT
Reference ( family-2233 ) : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--GT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGTTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAAT----A-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CTA-TAATCTCTATATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-A-TGCCTGAGAGATCAAAAAA--CCTACTTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGACTAC-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGTTTTT---AAAAATGAGC-TACATGCCCTAACTGCC------------------C-----CCTCACA-A-CTC--AAATG-TGTACGG---CT-A-AAG-TGG--CTCTGAAGGAA-CATGCT-GCAAAAGGCA-G-ACAAATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATGCAGT-----AGACAGTTCA-CCA-CA--ATGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACCTTGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAACTA------C--------GG---A----GCTA-AGAAGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAACAA-GAA-TGGNCTTATGGAGAGCAAGTGATT--TTGCA-GAATT-CTTACCAAAGTCAGTATTTGCAG-GTTTACGTTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATAGAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATNTGCTNA-CTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---AT--AGAACA-TTTGCTTTCCTTTAAAAACTTCGCTTG--G-T-T--AAATTGAAA-CAGTGCTTCAACTATAG-A-TCTA-AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTACGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTNAAGCA-AATGACCACAA-----CA----C-CCTTAATTA-AC-GCAATTATTGATTTTCTGTAAACCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGAAT
gi|1 : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----ACGGA-G-----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--AT-TATA------T-CC--GTGAA-TA--A-TGCATAGTTGTTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TCAAT----A-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CTA-TAATCTCTG---CTT-CTG-AACGAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-G-T-CCTCAGAGATCAAAAAA--CCTACTTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGTTTGT-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGTTTTC---AAAAATGAGCTTACATGCCTCAACTGTC------------------C-----CCTCACA-A-CTC--AAATG-TGTACAAGACCT-ATAAGTTGG--CTCTGAAAGAA-CATGCT-GCAAAAGGCA-GCACAA--TACAACCA-GGGTTGCTTTTAAACTTGTCT--AAGGCCTTGAC-TGTTG--AATGCGGT-----AGACAGTTCATCCA-CA--ATG-AAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACC-TGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAACTACTTGTGC--------GGCATA----GCTA-AGAAGTGTGCGAA-CATACAGAA-ACTTATAACAA-GAA-TGGTCATATGGAGAGCAAGTGATTTCTTGCA-GAATT-CTTA-CAAAGTCAGTATTTGCAG-G-TTACGTTT-CCCCATTTT-GACACAT--AATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATCAAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATTTGCTAA-TTGTTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCTGACTTCATTGTCGAT---AT--AGAACA-TTTGCTTTCTTTTAAAAACTTCGCTTG--G-T-T--AAATTGAAA-CATTGCTTCAACTATAG-A-TCTA-AACTGGTGTATTTAATTGACCAACT--TCTCA-AAG-ATGACTTCATCCCAATATGGAGACGGTAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTGAAGCAGAATGACCACAA-----CA----C-CCTTAATTA-AT-GCAATTATTGATTTTCTGT-AACCCAAATGACCGTGAAGA-ACATAATCTACCACT--AGTA-CAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGTGATTAGAAAACACC-AGTTGACAC-AGT---GCAGTTAAAACAAAAAGGGTGAAAATTGACACACAAGTCACAG--TATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGGAT
gi|10 : ACT----GG-A--CCAAA---TATTC-TTC-GC--CA-CT-TT--GA----GTGGC-G-----AAAA----C-----CAAC-C--CTA--------TTATTTTC-TC-----A--AT---TA------T-CC--ATAAA-TA--A-T-CCTA-TTGT--GTAAG---A--AT---AAAAA-----------AAGTGTTTGATAAAGT-TTAA-----A-A-A--TA--C-AA-T----ATT-AT-T-T--A-TG----CTA-T-ATC-CTAAATCTT-CTG--A-GAAAAAGTCTG--TGCCT--AATCAACA-TGCGTGAGAa
gi|11 : atTCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---ATGTAGTAAA-TTTGCTT-CCTTTAAAAACTTCACTTG--GATGT--GAATTGAAA-CAGTGTTTCAACTATAG-AGTCT--AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTATGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------TACTTTAATa
gi|12 : n-TTC-GA----GCGAC-G-----AAAA----CC----ACTC-C--CTA--------T--TTTTT--C-----A--AT-TATA------T-CC--ATGAA-CA--A-TGCCAAGTTGT-AGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATACAGT-TTAAT----ACA-T--TG--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TC-T-TG----CCA-TA--------ATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-C-A-A-TATCGGAG-GATCAAAAAA--C
gi|13 : cAA-TA--A-TGCCTAGTAGT--GAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTCAGAAAGT-TTAAT----A-AAT--TA--CAAA-TA--------T-T-C--T-TGATAATTA-TAATTTCTACATCTT-CTG-AA-GAAGGAGTCT---CGT-T--AA-CAA-A-TGCCTGA-AGATCAAAAAA--CCTAACTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-TGCG-TC
gi|14 : TCCCACT----GG-A--CAAAAAATCCTTT-T-C-GC--CA-CT-TTC-GA----TCGAC-G-----AAAAA---C-----ACGA-C--CTA--------T--TTTTT--------A--GT-CATA------T-CC--TTGAA-TATAA-TGCATAGTTGT---GAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTCAGAAAAT-TTAAC----A------CA--CAAG-TCATTTTT-ATGTAT--T-T
gi|15 : gcTCCCACT----GG-A--C-AAATTTTCTTTGTTC-GC--CA-CTGCTC-GAA---GCGAC-T-----GAAA----CCACCCACAC-C--CTA--------T--CTTTT-TC--------GT-T-TA------T-CCCAGTGAA-TA--A-TGGCT-GT--TTGGAAA---------------------TT--G--A-----TTGA-AAGGT-TTAATA---A-A-TTATA--CAAA-T-A--ATT-ATat
gi|16 : cCCCACT----GG-AGGCCAAAACTTCTT--TTC-GCCGCA-CT-TT--GATATCGCGGC-GCGGA-AAAA----C-----ACAC-TCGCTAAGT-----T--TTTTT-TT---------T-TATAGTATAGT-CC--ATTAG-TA--A-TG-CTAGTTGT--GGAAG---A--ATTTAAAAGA-G--TT--GGAAAGTttcg
gi|17 : caCTTCCCACT----GG-A---CAAATTTTCTTT-TCC-GCG-CA-TC-TTC-GA----GCGACTG-----AAAA----C------CACAC--CTA-----------TTTTT-TC-----G--TT-TA-A------T-CC--ATGAA-TA--AGTGCT--GT--TTGGAAAG-------T---A--------TT--GATAAG---TTAATAAA-T-TTA-------------TA--CAAA-T-A--ATT-ATGT-T--C-Tgat
gi|18 : TCCCACT----GG-A--CCAAAACTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCAGC-GA----AAAA----C-----ACGC-C--CTATTTTTTATT--TTTTT-TT-----ATTAT-TATA------T-CC--ACTCA-TA--A-TGCCTAGTTG-TGGAAAGTTTC--AT---AGAAATGTTTT--A--AAGT
gi|19 : gcTCCCACTCACGGG-A--CCAAAGTTGTCTT-TTC-GC--CA-CC-TTC-C-----GCCGC-T-----AAAAACAGC-----ACAC-T--CTA--------G--TTTGT--C-----AC-GT-TA-A------T-CC--ATGAACTA--A-TGC-TAGTTAATGGAAAG---A--AT---AAA---G--TT--G--AAGTATTg
gi|2 : gcagggTCCCACT----GG-A--CCAAAAATTTCTT-TTC-GC--TA-CT-TTCTGA----GCGGC-G-----AAAA----CC----ACAC-C--CTA--------T--TTTTTGTC-----A--AT-TAT-------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGT-GGAAAG---AGAAT---AAAAA-G--TTT-G--AAGTATT-GATAAAGT-TTAATTA--A-A-T--TAATCAAA-TAA--ATTTATGT-T--TCTT----CTA-TAATCTCTATATCTT-CTG-A--GAAAGAGTCT---TG--TTAAA-CAA-G-TGCCTGAG-GATCAAAAAA--ACCACTTA--A--AGCTGAACAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGACTACCAAACTATAGCTTTTATAAAAACAGTTTTTTTTAAAAATGAGC-TACAT-CCTTAACTGTC------------------C-----CTGCACA-A-CTTCAAAATG-AGT-TGG---CT-------------TCTAAAGGAAACATGTT-GCAAAAG-CATG-ACACATT-CAACCAAGGGTTGCT-TTAAA-TTGTCT--AAGGCCTTGACCTGTTGTGAATGCAGT-----AGACAGTTCA-CCAACA--ATGAAATTCTAAAACGCTGACCTTTTGATGTGACCTTGACAACGATGCTAATGTTTTCAAGTGCATCCTGAACTA------CAATGTGCGGG---ATCAGACTACAGAAGTGTGC-AATCATACAGAA-AACTATAAAGA-AAA-TGGTGTTATGGAGAGCAATTGATT--TTGCAAGAATTTCTTACCA--GTCAGTATTTGCAGAGTTTACGTTTCCCCCATTTTGGACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTGTTTCTTTGT--AGACTATAAAAATTTATTATTTTGAAACCGCAATTGAGCTTCAAAAGAAATTTGCTAA-CTGCTTTGCGAATGTGCATATCAATAGCGACTGACTTCAT---------------------TTTGCTTTCTTTT-AAATCTTC---------------------AA-C-----------TATAG-A-ATTA-ATTAGGTGTATTTAATTGACCAAGTAATCTCACAAGTATGACTTCATCTCAATATGGAGATGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATCGTGAAGCA-AATGACCACAA-----TAC---C-CCTTAATT--AT-GCACATATTGATTTTCTGTAAACTCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATATGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACCAAGTTG-CATGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAATTTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTATGGAATct
gi|20 : gggcTCCCACTCACGGG-A--CCAAAGTTGTCTT-TTC-GC--CA-CC-TTC-C-----GCCGC-T-----AAAAACAGC-----ACAC-T--CTA--------G--TTTGT--C-----AC-GT-TA-A------T-CC--ATGAACTA--A-TGC-TAGTTAATGGAAAG---A--AT---AAA---G--TT--G--AAGTATTt
gi|21 : gcagggAGTTGT-GGTAAG---A--AT---AAGAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAATATTAA-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TC-T-TG----CTA-TAATCTC-ATATCTT-CTG-AA-TAAAGAGTCTTAATG--T--AA-CAA-A-TGTCTGAG-GATCAct
gi|22 : CTCTCCACT----GG-AA-CCAA--TTTCAAT-TTC-GC--CA-TT-TCCCGA----GCGGC-G-----CAAA----C-----ACAC-C--CTA-----------TTTTG-TC-----A--GT-TAAA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGACTAGTTGT--GGAAG---A--AT---AAACA-G--TT--G--AAGTATTT
gi|23 : agggTCCCACT----GG-A--CCAAAACTTCTTT-T-C-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGCC-G-----AAAAA---C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-T---------AT-TATA------T-CC--ATTCA-TA--A-TGCCTAGTTG-TGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTA
gi|24 : agggcTCCCACT----GG-A--CCAAAACTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGAT-GA----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TT-----T--AT-TATA------T-CC--ATTCA-TA--A-TGCCTAGTTG-TGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTT
gi|25 : TCCCA-T----GG-A--CCAAAACTTCTTT-T-C-GC--CA-TC-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAAC---C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-T------A-----TATA------T-CC--ATGAA-T---A-TGCCTAATTG-TGGAAAG---A--A----AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTG
gi|26 : ggcTCCCACT----GG-T--CCAAAATTTCTTT-T-C-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAAC---C-----ACAC-C--CTA-----------TTTTT-TC-----A--GT-TATA------TCCC--CTTAA-TT--A-TGC--AATTATTG
gi|26 : ggc----C-CCTTAATTA--T-GCAATTATTGATTTTCTGTAAATCCAAATGattttctgtaaatccaaatg
gi|27 : ggctcccactggtccaaaatttcttttcgccactttcgagcggcgaaaaccacaccctattttttcagttatatcAGGCA-G-ACACATTACAACTA-GGGTTGCTATTAAACTTGTAT--AAGACTTAGAC-TGTTG--AATGCAGTCCGGCGGACAGTTCA-CCA-CAATATGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATG
gi|28 : CCACT----GG-A--CCAAAATCT---T-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAA----CC----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-T---------AT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAATTG-TGGAAAG---A--AT----AAAA-G--TT--G--AAGTAT
gi|29 : ggct----GG-A--CCAAAATTTCTTT-T-C-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-GA----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TT-----A---T-TATA------T-CC--ATTCA-TA--A-TGCCTAGTTG-TGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTAT
gi|3 : AC-TGTTG--AATGCAGT-----TGACAATTTG-CCA-CA--ATGAAAT-CTAA--CGCTGGTCTTT-GACATGGCATTGACTACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATT-TGAGCTA--------------------A----GCTT-AGAAATGTGC-AA-CATACAAAACACTTATAACAA-GAAATGGGCTTGTGGAGAGCAAGTAATT--TTGCA-GAATG-CTTACCAAAGTCAATATTGACAG-GTTTACGTTT-CCCAATTTT-GACACATTAAATACCAAAAGCAGAATGATG-TACATTGTA-GAA-TGTAGAC--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGA------------------------GCTTTGCG-ATGTGCATATCAATACCGGCTGACTTTATTGTC--T---AT--ACAACATTTTGC-TTCCTTTAAAAACTTCGCTTGGAG-G-T--AAATTTAAA-CAGTGTTCCAACTAT----------AATTAGT--------------AAGT--TCCCA-AATTACGACTTCATCCCGATACAGAGATGATAACCACATAAGGGATGA----------AACTTTAAT------------TGACCATAA-----CA----CACCGTGATT--AC-GCAATTATTGATTTCCCGTAAACCAGAATGGCC-TGAGGATACTTTATCTACTACC--TGTGCCAGTTACCTGAGATATGTGTGCACTGAAGCGATTAG-ACACACC-AGTT----CAAGTCTGACTGGT-CAACAAACAGGTGGACAACTGA-AAA------ATAGGTCATATTTTAAAGTAATATTTATTAC
gi|30 : tCCACT----GG-A--CCAAAGTTTCTTT-TCC-----CA-CT-TTT-GA----GCAGC-T-----AAAA----C-----ACAC-C--CCA-----------TTTTG-TC-----A--GT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGC
gi|31 : agggcgtcaTCTCACT----GG-A--CCAAA--TTTTTT-TTC-GT--CA-CT-TTT-GA----GCGGC-G-----AAAAC---C-----ACGC-C--CTA--------T--TTTTT-TA-----G--GT-CA
gi|32 : TCCCACT----GG-A--CCAAAATTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TTC-AA----GCGGT-GT----AAAC----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTcctgagta
gi|33 : agggcT-AAACAAACAGGTGGAAAATTGACA-------CACAGGTTATTTTTTTATGTACTGTTTATTACAGAaggtc
gi|34 : ---AAAAATGAGC-TACATGCCCTAA----C------------------C-----TCTGAC----CTT--AACTG-Ttt
gi|35 : AAAAGGCA-G-ACAAATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAATTTGTCT--ccctgtgtatac
gi|36 : caTCCCATT----GG-A--CCAAAATTCCTTT-TTC--C--CA-TT-TTC-TA----GCAGC-A-----AAAA----
gi|38 : AAAATGAGC-TACATGCCCTTACTGCC------------------T-----C
gi|4 : CTTCTCT--AAGACCTTGAC-TGTT------------------------CA-TCT-CA--ATGAAAT-CTAA--CTCTGATCTTT-GATATGACCTTGACAACATTGTTAATGATTTCAAA-GCATC----------------------------A----GCTA-AGATGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAACAAAGAA-TGGGCTCATGGAGAACAAGTGACT--TTGCA-GAATT-CTTACCAAAGTCAGTATCTGCAA-GTTTATGTTT-CCCCATTTT-GACACATCA------------------GTG-TAGA--ATA-AAGCCA-AGAA--TTATTACTATGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATGTGCTTA-----TCTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGTCGACTTCATTGTT--TAAAAA--AAAATA-TTTGC-GTCCTTTAAAATCTtggcctt
gi|4 : GCTTG--G-A-TGGACATCGAAAACAGTGCTTCAGCTAT-------TATAATTGCTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTTC-AATTACGACTCTACCCTAATATAGAGACGATAATCCCATGAGGGATGACGAAGGATGAGAC----ATTGTCATACA-ATTGACCACAGCCTGTCAGCACC-CCTTAATTA-gaaagacaaacatatcaaagttagcacatatatagtaatgagcttggatggacatcgaaaacagtgcttcagctattataattgctgtatttaattgaccaagttcttcaattacgactctaccctaatatagagacgataatcccatgagggatgacgaaggatgagacattgtcatacaattgaccacagcctgtcagcaccccttaattaca
gi|5 : cttctctaagaccttgactgttcatctcaatgaaatctaactctgatctttgatatgaccttgacaacattgttaatgatttcaaagcatcagctaagatgtgtgcaacatacagaaacttataacaaagaatgggctcatggagaacaagtgactttgcagaattcttaccaaagtcagtatctgcaagtttatgtttccccattttgacacatcagtgtagaataaagccaagaattattactatgaaacgcaatgagcttcaaagaaatgtgcttatctgcgatgtgcatatcaatagcggtcgacttcattgtttaaaaaaaaatatttgcgtcctttaaaatctgaaagacaaacatatcaaagttagcacatatatagtaatgaTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTCCGC--CA-CT-T-C-GA----GCGGC-G-----AAAAAA--C-----ACAC-C--CTA--------T--CCCCC-CCCCCCCA--GT-TATA------C-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGT-GGAA-----------------------T--G--AATTATTTGATAAACT-TTAAT----A-AAT--CA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TC-T-TG----CTAATAAT--CTCTA------TG-A--------------------------------GCCTGAG-GATAAAAAAAAACTTACTTACAA--ATCTGA-CAAA-ATATATG-AGCA-TCTCCCCTATCA-GTAAAAC-AAGACTAC-AAAC-ATAGCTTTT-TAAAA-AAGTTTTT---AAAAATGAGC-TACATGCCCTAACTGCC------------------TTCTGACCTTACT-GTCTC-----TG-TGTA-------T-A-CAG---A--C-CTAAAGGAA-CATGCT-CCAAAAA---------------AACCG-AGGTTGCTATTAAACTT-TCTCGAAGACCTTGAC-TGTTG--AATGCAGT-----AGACAGTTCA-C-A-CA--ACGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACCTTGAC-ACATTGCTGATGTTTTC-AG-GCca
gi|6 : gggcCCCACT----GGGA--CCAAACTTT---T-TTC-GC--CAACT-ATA-GA----GCGAC-GGCCCGAAAA----CC----ACAC-C--CT---------T--TTTTT-TC-----A--GTGTATA------T-CT---TGAA--A--A-TGCCTAGTTGT---GAAG---A--AT---AAAAA-G--TTCGA--AAGT-TTTG-T-AAGTATTGAT----A-A-A--TA--CAAAGTAA--ATT-ATGT-TTCT-TG----CTA-AAAT-TCTGTATCTTCCTACAA-GAAAG-GTCT---TG--T--AA-CAA-ACTGTCTGAG-GATT--AAAA--CCTACTTA--ACTGACTGA-CAAATTTGT--GAAGCATTCCCCC-TATCAGGTAAAACGAAGACTAT--AACTATAGCTTCT-TTAAA-C-GTGTTT---CAAAATGAGC-TACATGCCTTAACTGCCTCTTAACTTATAACTGTTC-----CCTCACATACCTC--AAATGTTGTACGG---CTAA-AAG-TGGCTCTCTGAAGGAA-CA-GCTAGCACAAGGCA-G-ACAAATTA-AACCA--GGTTGCAGTTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATGcta
gi|7 : cgcaATTGTC--T---AT--AGAACA-TATGCTTTCTTTTAAGAACTTTGCTTG--GATGT--AAATTGAAA-CATTGCATCAACTATAGAA-TCT--AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTACGACTTCATCACAATATGGAGATGATAATCCTATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTCAAGCA-AATGACCATAA-----CAC---C-CCTTAATT--AC-GCAATGATTGATTTTCTGTAGACCAAACTGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACTTAAGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGGAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACGGTTTACTACG
gi|8 : AATATCTGCAA-GTTTACATTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGATG-TACATTGTAGAAATTATAG----TTA--AGAATGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAGGAAATGTGTTTATCTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGATCTACTTCATTGTT--T---AT--AGAATA-TTTTC-TTCCTTTAAAAACTT
gi|8 : catCTTGATTACACTGCGATTATTGATTTTCTGCAAATCCAAAgattacactgcgattattgattttctgcaaatccaaaat
gi|9 : cataatatctgcaagtttacatttccccattttgacacatcaaataccaaaagcagaatgatgtacattgtagaaattatagttaagaatgaaacgcaatgagcttcaaggaaatgtgtttatctgctttgcgatgtgcatatcaatagcgatctacttcattgtttatagaatattttcttcctttaaaaa----C-CCTTAATTA--T-GCAATTATTGATTTTCTGTAAATCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGATATCTGTGTGCACTGGAGCGTTTAG-AATCACC-AGTTG-CAC-AGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAAACTGAAACAC-AGTCGCAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTACTACGGAATat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): CGAAAAACACGAATTATTTTTTAGTCATATCCTTGAATATAATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111111 11111111111 111111111111 22 22222222222 11 1111 11 1111 1111111111 2 11111 11 1 1 1 11 1 1 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 111111 11 0000000000000000000000000 1 1 1 1 1 1 11 1 1 1111 111 1111111111 1 333333333 3333333333 2222222222 22222222222 22222 11 1 111
lowQualScore : 7777 1 44 1 2 1 3 1 44 1 1 3 5555 1 44444 9999999999 1 22 33333333333 777777777777 1 555555 1 22 3 22 1 0 00 333 22 333 1 1 22 44 55 3 33333333333 55 3 9999 3 4 77 4 0000 5 00 666 0 5 0000 0 5555555555 5 0 777 1 99 33333 8 8 11 8 8 0 0 0 33 3 0 0 3 444 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 0 3 0 6 777 66 55 77 6 0 77 5 77 888888 6 6 99 6 99 6 0 6 0 8 33 0 8888888888888888888888888 0 0 0 0 0 0 1 33 0 0 2 3 8 0 8 8 3 0 8 0 88 3 0 2222 0 1 8 8 8 3 3 666 8 2222222222 1 5 2 1 777777777 6 2 5555555555 99 6 9999999999 3 3 1 8 1 77777777777 5 44444 8 0 11 8 8 8 3 444 6 2 2 99
lowQualScore : .... . .. . . . . . .. . . . .... . ..... .......... . .. ........... ............ . ...... . .. . .. . . .. ... .. ... . . .. .. .. . ........... .. . .... . . .. . .... . .. ... . . .... . .......... . . ... . .. ..... . . .. . . . . . .. . . . . ... . ..................................................................... . . . . . ... .. .. .. . . .. . .. ...... . . .. . .. . . . . . .. . ......................... . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . .. . . .... . . . . . . . ... . .......... . . . . ......... . . .......... .. . .......... . . . . . ........... . ..... . . .. . . . . ... . . . ..
lowQualScore : 4444 7 11 6 6 7 0 7 11 7 7 3 2222 7 44444 0000000000 7 44 33333333333 999999999999 8 555555 9 66 6 55 8 3 00 333 66 333 0 9 66 55 22 6 22222222222 00 6 2222 6 0 55 0 6666 0 88 111 1 0 4444 1 5555555555 0 1 888 6 22 00000 0 0 00 0 0 0 0 0 22 2 0 0 2 000 7 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 0 2 0 7 555 22 77 77 0 7 99 7 99 555555 7 7 22 7 22 7 8 0 8 0 22 8 5555555555555555555555555 0 0 0 0 0 0 0 88 0 0 5 2 0 8 0 0 2 8 0 8 88 2 8 4444 8 4 0 0 0 8 8 888 0 7777777777 7 7 0 0 555555555 7 5 3333333333 22 7 2222222222 8 8 0 0 0 88888888888 7 22222 0 8 00 0 0 0 2 000 7 5 5 22
consensus : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--GT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGTTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAAT----A-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CTA-TAATCTCTATATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-A-TGCCTGAGAGATCAAAAAA--CCTACTTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGACTAC-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGTTTTT---AAAAATGAGC-TACATGCCCTAACTGCC------------------C-----CCTCACA-A-CTC--AAATG-TGTACGG---CT-A-AAG-TGG--CTCTGAAGGAA-CATGCT-GCAAAAGGCA-G-ACAAATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATGCAGT-----AGACAGTTCA-CCA-CA--ATGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACCTTGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAACTA------C--------GG---A----GCTA-AGAAGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAACAA-GAA-TGGNCTTATGGAGAGCAAGTGATT--TTGCA-GAATT-CTTACCAAAGTCAGTATTTGCAG-GTTTACGTTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATAGAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATNTGCTNA-CTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---AT--AGAACA-TTTGCTTTCCTTTAAAAACTTCGCTTG--G-T-T--AAATTGAAA-CAGTGCTTCAACTATAG-A-TCTA-AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTACGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTNAAGCA-AATGACCACAA-----CA----C-CCTTAATTA-AC-GCAATTATTGATTTTCTGTAAACCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGAAT
Reference ( family-2233 ) : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--GT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGTTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAAT----A-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CTA-TAATCTCTATATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-A-TGCCTGAGAGATCAAAAAA--CCTACTTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGACTAC-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGTTTTT---AAAAATGAGC-TACATGCCCTAACTGCC------------------C-----CCTCACA-A-CTC--AAATG-TGTACGG---CT-A-AAG-TGG--CTCTGAAGGAA-CATGCT-GCAAAAGGCA-G-ACAAATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATGCAGT-----AGACAGTTCA-CCA-CA--ATGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACCTTGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAACTA------C--------GG---A----GCTA-AGAAGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAACAA-GAA-TGGNCTTATGGAGAGCAAGTGATT--TTGCA-GAATT-CTTACCAAAGTCAGTATTTGCAG-GTTTACGTTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATAGAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATNTGCTNA-CTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---AT--AGAACA-TTTGCTTTCCTTTAAAAACTTCGCTTG--G-T-T--AAATTGAAA-CAGTGCTTCAACTATAG-A-TCTA-AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTACGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTNAAGCA-AATGACCACAA-----CA----C-CCTTAATTA-AC-GCAATTATTGATTTTCTGTAAACCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGAAT
gi|1 : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----ACGGA-G-----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--AT-TATA------T-CC--GTGAA-TA--A-TGCATAGTTGTTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TCAAT----A-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CTA-TAATCTCTG---CTT-CTG-AACGAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-G-T-CCTCAGAGATCAAAAAA--CCTACTTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGTTTGT-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGTTTTC---AAAAATGAGCTTACATGCCTCAACTGTC------------------C-----CCTCACA-A-CTC--AAATG-TGTACAAGACCT-ATAAGTTGG--CTCTGAAAGAA-CATGCT-GCAAAAGGCA-GCACAA--TACAACCA-GGGTTGCTTTTAAACTTGTCT--AAGGCCTTGAC-TGTTG--AATGCGGT-----AGACAGTTCATCCA-CA--ATG-AAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACC-TGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAACTACTTGTGC--------GGCATA----GCTA-AGAAGTGTGCGAA-CATACAGAA-ACTTATAACAA-GAA-TGGTCATATGGAGAGCAAGTGATTTCTTGCA-GAATT-CTTA-CAAAGTCAGTATTTGCAG-G-TTACGTTT-CCCCATTTT-GACACAT--AATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATCAAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATTTGCTAA-TTGTTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCTGACTTCATTGTCGAT---AT--AGAACA-TTTGCTTTCTTTTAAAAACTTCGCTTG--G-T-T--AAATTGAAA-CATTGCTTCAACTATAG-A-TCTA-AACTGGTGTATTTAATTGACCAACT--TCTCA-AAG-ATGACTTCATCCCAATATGGAGACGGTAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTGAAGCAGAATGACCACAA-----CA----C-CCTTAATTA-AT-GCAATTATTGATTTTCTGT-AACCCAAATGACCGTGAAGA-ACATAATCTACCACT--AGTA-CAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGTGATTAGAAAACACC-AGTTGACAC-AGT---GCAGTTAAAACAAAAAGGGTGAAAATTGACACACAAGTCACAG--TATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGGAT
gi|10 : ACT----GG-A--CCAAA---TATTC-TTC-GC--CA-CT-TT--GA----GTGGC-G-----AAAA----C-----CAAC-C--CTA--------TTATTTTC-TC-----A--AT---TA------T-CC--ATAAA-TA--A-T-CCTA-TTGT--GTAAG---A--AT---AAAAA-----------AAGTGTTTGATAAAGT-TTAA-----A-A-A--TA--C-AA-T----ATT-AT-T-T--A-TG----CTA-T-ATC-CTAAATCTT-CTG--A-GAAAAAGTCTG--TGCCT--AATCAACA-TGCGTGAGAa
gi|11 : atTCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---ATGTAGTAAA-TTTGCTT-CCTTTAAAAACTTCACTTG--GATGT--GAATTGAAA-CAGTGTTTCAACTATAG-AGTCT--AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTATGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------TACTTTAATa
gi|12 : n-TTC-GA----GCGAC-G-----AAAA----CC----ACTC-C--CTA--------T--TTTTT--C-----A--AT-TATA------T-CC--ATGAA-CA--A-TGCCAAGTTGT-AGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATACAGT-TTAAT----ACA-T--TG--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TC-T-TG----CCA-TA--------ATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-C-A-A-TATCGGAG-GATCAAAAAA--C
gi|13 : cAA-TA--A-TGCCTAGTAGT--GAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTCAGAAAGT-TTAAT----A-AAT--TA--CAAA-TA--------T-T-C--T-TGATAATTA-TAATTTCTACATCTT-CTG-AA-GAAGGAGTCT---CGT-T--AA-CAA-A-TGCCTGA-AGATCAAAAAA--CCTAACTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-TGCG-TC
gi|14 : TCCCACT----GG-A--CAAAAAATCCTTT-T-C-GC--CA-CT-TTC-GA----TCGAC-G-----AAAAA---C-----ACGA-C--CTA--------T--TTTTT--------A--GT-CATA------T-CC--TTGAA-TATAA-TGCATAGTTGT---GAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTCAGAAAAT-TTAAC----A------CA--CAAG-TCATTTTT-ATGTAT--T-T
gi|15 : gcTCCCACT----GG-A--C-AAATTTTCTTTGTTC-GC--CA-CTGCTC-GAA---GCGAC-T-----GAAA----CCACCCACAC-C--CTA--------T--CTTTT-TC--------GT-T-TA------T-CCCAGTGAA-TA--A-TGGCT-GT--TTGGAAA---------------------TT--G--A-----TTGA-AAGGT-TTAATA---A-A-TTATA--CAAA-T-A--ATT-ATat
gi|16 : cCCCACT----GG-AGGCCAAAACTTCTT--TTC-GCCGCA-CT-TT--GATATCGCGGC-GCGGA-AAAA----C-----ACAC-TCGCTAAGT-----T--TTTTT-TT---------T-TATAGTATAGT-CC--ATTAG-TA--A-TG-CTAGTTGT--GGAAG---A--ATTTAAAAGA-G--TT--GGAAAGTttcg
gi|17 : caCTTCCCACT----GG-A---CAAATTTTCTTT-TCC-GCG-CA-TC-TTC-GA----GCGACTG-----AAAA----C------CACAC--CTA-----------TTTTT-TC-----G--TT-TA-A------T-CC--ATGAA-TA--AGTGCT--GT--TTGGAAAG-------T---A--------TT--GATAAG---TTAATAAA-T-TTA-------------TA--CAAA-T-A--ATT-ATGT-T--C-Tgat
gi|18 : TCCCACT----GG-A--CCAAAACTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCAGC-GA----AAAA----C-----ACGC-C--CTATTTTTTATT--TTTTT-TT-----ATTAT-TATA------T-CC--ACTCA-TA--A-TGCCTAGTTG-TGGAAAGTTTC--AT---AGAAATGTTTT--A--AAGT
gi|19 : gcTCCCACTCACGGG-A--CCAAAGTTGTCTT-TTC-GC--CA-CC-TTC-C-----GCCGC-T-----AAAAACAGC-----ACAC-T--CTA--------G--TTTGT--C-----AC-GT-TA-A------T-CC--ATGAACTA--A-TGC-TAGTTAATGGAAAG---A--AT---AAA---G--TT--G--AAGTATTg
gi|2 : gcagggTCCCACT----GG-A--CCAAAAATTTCTT-TTC-GC--TA-CT-TTCTGA----GCGGC-G-----AAAA----CC----ACAC-C--CTA--------T--TTTTTGTC-----A--AT-TAT-------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGT-GGAAAG---AGAAT---AAAAA-G--TTT-G--AAGTATT-GATAAAGT-TTAATTA--A-A-T--TAATCAAA-TAA--ATTTATGT-T--TCTT----CTA-TAATCTCTATATCTT-CTG-A--GAAAGAGTCT---TG--TTAAA-CAA-G-TGCCTGAG-GATCAAAAAA--ACCACTTA--A--AGCTGAACAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGACTACCAAACTATAGCTTTTATAAAAACAGTTTTTTTTAAAAATGAGC-TACAT-CCTTAACTGTC------------------C-----CTGCACA-A-CTTCAAAATG-AGT-TGG---CT-------------TCTAAAGGAAACATGTT-GCAAAAG-CATG-ACACATT-CAACCAAGGGTTGCT-TTAAA-TTGTCT--AAGGCCTTGACCTGTTGTGAATGCAGT-----AGACAGTTCA-CCAACA--ATGAAATTCTAAAACGCTGACCTTTTGATGTGACCTTGACAACGATGCTAATGTTTTCAAGTGCATCCTGAACTA------CAATGTGCGGG---ATCAGACTACAGAAGTGTGC-AATCATACAGAA-AACTATAAAGA-AAA-TGGTGTTATGGAGAGCAATTGATT--TTGCAAGAATTTCTTACCA--GTCAGTATTTGCAGAGTTTACGTTTCCCCCATTTTGGACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTGTTTCTTTGT--AGACTATAAAAATTTATTATTTTGAAACCGCAATTGAGCTTCAAAAGAAATTTGCTAA-CTGCTTTGCGAATGTGCATATCAATAGCGACTGACTTCAT---------------------TTTGCTTTCTTTT-AAATCTTC---------------------AA-C-----------TATAG-A-ATTA-ATTAGGTGTATTTAATTGACCAAGTAATCTCACAAGTATGACTTCATCTCAATATGGAGATGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATCGTGAAGCA-AATGACCACAA-----TAC---C-CCTTAATT--AT-GCACATATTGATTTTCTGTAAACTCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATATGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACCAAGTTG-CATGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAATTTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTATGGAATct
gi|20 : gggcTCCCACTCACGGG-A--CCAAAGTTGTCTT-TTC-GC--CA-CC-TTC-C-----GCCGC-T-----AAAAACAGC-----ACAC-T--CTA--------G--TTTGT--C-----AC-GT-TA-A------T-CC--ATGAACTA--A-TGC-TAGTTAATGGAAAG---A--AT---AAA---G--TT--G--AAGTATTt
gi|21 : gcagggAGTTGT-GGTAAG---A--AT---AAGAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAATATTAA-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TC-T-TG----CTA-TAATCTC-ATATCTT-CTG-AA-TAAAGAGTCTTAATG--T--AA-CAA-A-TGTCTGAG-GATCAct
gi|22 : CTCTCCACT----GG-AA-CCAA--TTTCAAT-TTC-GC--CA-TT-TCCCGA----GCGGC-G-----CAAA----C-----ACAC-C--CTA-----------TTTTG-TC-----A--GT-TAAA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGACTAGTTGT--GGAAG---A--AT---AAACA-G--TT--G--AAGTATTT
gi|23 : agggTCCCACT----GG-A--CCAAAACTTCTTT-T-C-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGCC-G-----AAAAA---C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-T---------AT-TATA------T-CC--ATTCA-TA--A-TGCCTAGTTG-TGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTA
gi|24 : agggcTCCCACT----GG-A--CCAAAACTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGAT-GA----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TT-----T--AT-TATA------T-CC--ATTCA-TA--A-TGCCTAGTTG-TGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTT
gi|25 : TCCCA-T----GG-A--CCAAAACTTCTTT-T-C-GC--CA-TC-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAAC---C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-T------A-----TATA------T-CC--ATGAA-T---A-TGCCTAATTG-TGGAAAG---A--A----AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTG
gi|26 : ggcTCCCACT----GG-T--CCAAAATTTCTTT-T-C-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAAC---C-----ACAC-C--CTA-----------TTTTT-TC-----A--GT-TATA------TCCC--CTTAA-TT--A-TGC--AATTATTG
gi|26 : ggc----C-CCTTAATTA--T-GCAATTATTGATTTTCTGTAAATCCAAATGattttctgtaaatccaaatg
gi|27 : ggctcccactggtccaaaatttcttttcgccactttcgagcggcgaaaaccacaccctattttttcagttatatcAGGCA-G-ACACATTACAACTA-GGGTTGCTATTAAACTTGTAT--AAGACTTAGAC-TGTTG--AATGCAGTCCGGCGGACAGTTCA-CCA-CAATATGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATG
gi|28 : CCACT----GG-A--CCAAAATCT---T-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAA----CC----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-T---------AT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAATTG-TGGAAAG---A--AT----AAAA-G--TT--G--AAGTAT
gi|29 : ggct----GG-A--CCAAAATTTCTTT-T-C-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-GA----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TT-----A---T-TATA------T-CC--ATTCA-TA--A-TGCCTAGTTG-TGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTAT
gi|3 : AC-TGTTG--AATGCAGT-----TGACAATTTG-CCA-CA--ATGAAAT-CTAA--CGCTGGTCTTT-GACATGGCATTGACTACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATT-TGAGCTA--------------------A----GCTT-AGAAATGTGC-AA-CATACAAAACACTTATAACAA-GAAATGGGCTTGTGGAGAGCAAGTAATT--TTGCA-GAATG-CTTACCAAAGTCAATATTGACAG-GTTTACGTTT-CCCAATTTT-GACACATTAAATACCAAAAGCAGAATGATG-TACATTGTA-GAA-TGTAGAC--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGA------------------------GCTTTGCG-ATGTGCATATCAATACCGGCTGACTTTATTGTC--T---AT--ACAACATTTTGC-TTCCTTTAAAAACTTCGCTTGGAG-G-T--AAATTTAAA-CAGTGTTCCAACTAT----------AATTAGT--------------AAGT--TCCCA-AATTACGACTTCATCCCGATACAGAGATGATAACCACATAAGGGATGA----------AACTTTAAT------------TGACCATAA-----CA----CACCGTGATT--AC-GCAATTATTGATTTCCCGTAAACCAGAATGGCC-TGAGGATACTTTATCTACTACC--TGTGCCAGTTACCTGAGATATGTGTGCACTGAAGCGATTAG-ACACACC-AGTT----CAAGTCTGACTGGT-CAACAAACAGGTGGACAACTGA-AAA------ATAGGTCATATTTTAAAGTAATATTTATTAC
gi|30 : tCCACT----GG-A--CCAAAGTTTCTTT-TCC-----CA-CT-TTT-GA----GCAGC-T-----AAAA----C-----ACAC-C--CCA-----------TTTTG-TC-----A--GT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGC
gi|31 : agggcgtcaTCTCACT----GG-A--CCAAA--TTTTTT-TTC-GT--CA-CT-TTT-GA----GCGGC-G-----AAAAC---C-----ACGC-C--CTA--------T--TTTTT-TA-----G--GT-CA
gi|32 : TCCCACT----GG-A--CCAAAATTTC-TT-TTC-GC--CA-CT-TTC-AA----GCGGT-GT----AAAC----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTcctgagta
gi|33 : agggcT-AAACAAACAGGTGGAAAATTGACA-------CACAGGTTATTTTTTTATGTACTGTTTATTACAGAaggtc
gi|34 : ---AAAAATGAGC-TACATGCCCTAA----C------------------C-----TCTGAC----CTT--AACTG-Ttt
gi|35 : AAAAGGCA-G-ACAAATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAATTTGTCT--ccctgtgtatac
gi|36 : caTCCCATT----GG-A--CCAAAATTCCTTT-TTC--C--CA-TT-TTC-TA----GCAGC-A-----AAAA----
gi|38 : AAAATGAGC-TACATGCCCTTACTGCC------------------T-----C
gi|4 : CTTCTCT--AAGACCTTGAC-TGTT------------------------CA-TCT-CA--ATGAAAT-CTAA--CTCTGATCTTT-GATATGACCTTGACAACATTGTTAATGATTTCAAA-GCATC----------------------------A----GCTA-AGATGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAACAAAGAA-TGGGCTCATGGAGAACAAGTGACT--TTGCA-GAATT-CTTACCAAAGTCAGTATCTGCAA-GTTTATGTTT-CCCCATTTT-GACACATCA------------------GTG-TAGA--ATA-AAGCCA-AGAA--TTATTACTATGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATGTGCTTA-----TCTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGTCGACTTCATTGTT--TAAAAA--AAAATA-TTTGC-GTCCTTTAAAATCTtggcctt
gi|4 : GCTTG--G-A-TGGACATCGAAAACAGTGCTTCAGCTAT-------TATAATTGCTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTTC-AATTACGACTCTACCCTAATATAGAGACGATAATCCCATGAGGGATGACGAAGGATGAGAC----ATTGTCATACA-ATTGACCACAGCCTGTCAGCACC-CCTTAATTA-gaaagacaaacatatcaaagttagcacatatatagtaatgagcttggatggacatcgaaaacagtgcttcagctattataattgctgtatttaattgaccaagttcttcaattacgactctaccctaatatagagacgataatcccatgagggatgacgaaggatgagacattgtcatacaattgaccacagcctgtcagcaccccttaattaca
gi|5 : cttctctaagaccttgactgttcatctcaatgaaatctaactctgatctttgatatgaccttgacaacattgttaatgatttcaaagcatcagctaagatgtgtgcaacatacagaaacttataacaaagaatgggctcatggagaacaagtgactttgcagaattcttaccaaagtcagtatctgcaagtttatgtttccccattttgacacatcagtgtagaataaagccaagaattattactatgaaacgcaatgagcttcaaagaaatgtgcttatctgcgatgtgcatatcaatagcggtcgacttcattgtttaaaaaaaaatatttgcgtcctttaaaatctgaaagacaaacatatcaaagttagcacatatatagtaatgaTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTCCGC--CA-CT-T-C-GA----GCGGC-G-----AAAAAA--C-----ACAC-C--CTA--------T--CCCCC-CCCCCCCA--GT-TATA------C-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGT-GGAA-----------------------T--G--AATTATTTGATAAACT-TTAAT----A-AAT--CA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TC-T-TG----CTAATAAT--CTCTA------TG-A--------------------------------GCCTGAG-GATAAAAAAAAACTTACTTACAA--ATCTGA-CAAA-ATATATG-AGCA-TCTCCCCTATCA-GTAAAAC-AAGACTAC-AAAC-ATAGCTTTT-TAAAA-AAGTTTTT---AAAAATGAGC-TACATGCCCTAACTGCC------------------TTCTGACCTTACT-GTCTC-----TG-TGTA-------T-A-CAG---A--C-CTAAAGGAA-CATGCT-CCAAAAA---------------AACCG-AGGTTGCTATTAAACTT-TCTCGAAGACCTTGAC-TGTTG--AATGCAGT-----AGACAGTTCA-C-A-CA--ACGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACCTTGAC-ACATTGCTGATGTTTTC-AG-GCca
gi|6 : gggcCCCACT----GGGA--CCAAACTTT---T-TTC-GC--CAACT-ATA-GA----GCGAC-GGCCCGAAAA----CC----ACAC-C--CT---------T--TTTTT-TC-----A--GTGTATA------T-CT---TGAA--A--A-TGCCTAGTTGT---GAAG---A--AT---AAAAA-G--TTCGA--AAGT-TTTG-T-AAGTATTGAT----A-A-A--TA--CAAAGTAA--ATT-ATGT-TTCT-TG----CTA-AAAT-TCTGTATCTTCCTACAA-GAAAG-GTCT---TG--T--AA-CAA-ACTGTCTGAG-GATT--AAAA--CCTACTTA--ACTGACTGA-CAAATTTGT--GAAGCATTCCCCC-TATCAGGTAAAACGAAGACTAT--AACTATAGCTTCT-TTAAA-C-GTGTTT---CAAAATGAGC-TACATGCCTTAACTGCCTCTTAACTTATAACTGTTC-----CCTCACATACCTC--AAATGTTGTACGG---CTAA-AAG-TGGCTCTCTGAAGGAA-CA-GCTAGCACAAGGCA-G-ACAAATTA-AACCA--GGTTGCAGTTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATGcta
gi|7 : cgcaATTGTC--T---AT--AGAACA-TATGCTTTCTTTTAAGAACTTTGCTTG--GATGT--AAATTGAAA-CATTGCATCAACTATAGAA-TCT--AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTACGACTTCATCACAATATGGAGATGATAATCCTATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTCAAGCA-AATGACCATAA-----CAC---C-CCTTAATT--AC-GCAATGATTGATTTTCTGTAGACCAAACTGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACTTAAGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGGAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACGGTTTACTACG
gi|8 : AATATCTGCAA-GTTTACATTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGATG-TACATTGTAGAAATTATAG----TTA--AGAATGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAGGAAATGTGTTTATCTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGATCTACTTCATTGTT--T---AT--AGAATA-TTTTC-TTCCTTTAAAAACTT
gi|8 : catCTTGATTACACTGCGATTATTGATTTTCTGCAAATCCAAAgattacactgcgattattgattttctgcaaatccaaaat
gi|9 : cataatatctgcaagtttacatttccccattttgacacatcaaataccaaaagcagaatgatgtacattgtagaaattatagttaagaatgaaacgcaatgagcttcaaggaaatgtgtttatctgctttgcgatgtgcatatcaatagcgatctacttcattgtttatagaatattttcttcctttaaaaa----C-CCTTAATTA--T-GCAATTATTGATTTTCTGTAAATCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGATATCTGTGTGCACTGGAGCGTTTAG-AATCACC-AGTTG-CAC-AGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAAACTGAAACAC-AGTCGCAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTACTACGGAATat
blockSeqs : CACG G GG A T G T C CG A G T TATC T GCCCG CCACCC A CG TTTTTTATT CCCCCCCAG G GTATAG C CA C TA G TT TTT GA TTA T TT CG GA A ATTAAAT AT G CATT T A TC C ATAA A TT TAA C CAA GTGCCT T CA A AA CAA A T AT A T C G G CA T A A A TTT . TCTTAACTTATAACTGTTCCCTCACATACCTCAAATGTTGTACGGCTAAAAGTGGCT T A T A G TG CA AC AG A CG C TG CCGGCG . A AT T AA T A T CT CAATGTGCGGGATCAG C . T C A A T . A T C A A C G C T AG C AAAT T C T A T A TCT A TAAAAA A T T A GATGT A G AGAGTCT AA C CGAAGGATGA C G A . A CCTGTCAGCAC A ACACT . TA . A . G CTG . C C C
blockSeqs : CACG . A T T . T . G . . C A . CGGA ACAGC . . AGTT TTATTA . . . . C . . TT . . . . . T AT . AAATTA . . AA . . C . . . CT TAC . AA TAATGT . AC A . ACT . . . . . . . . A T . . A . . TTCTGACCTTACTGTCTCTGTGTATACAGA T . T . G G CA AC G A . . . A . . . . . . T . T A . . . . . . G . . . C A . . . T . A C AC T . . . G T CT . TATGT C . T G GAGGT . G AGAATTA . . . T C T . T TAC . AT . . . . . A . . C A C
blockSeqs : . . . A T . T . . . . . . . A ACAGC . . TTA GTCAA . . . . . . . AT . . . . . . . . TAAAT . . AA . . C . . . CT TAT . AA TGTTA . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . CCTGCACAACTTCAAAATGAGTTGGCT . . . . G G AA C G A . . . T . . . . . . A . . A . . . . . . G . . . C . . . . C . A T AA A . . . G T . . TAT T . T G GATGG . G AGAATCT . . . T C A . A CAC . AT . . . . . G . . C C C
blockSeqs : . . . T T . C . . . . . . . A AAC . . T TCAA . . . . . . . AT . . . . . . . . ACAT . . AA . . C . . . C TCT . AA CGTT . A . . A . . . . . . . . G AA A A G . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . TAT C . . G GATGT . T TAT . . . . . . . . CA . AC . . . . . . . . A C .
blockSeqs : . . . A T . T . . . . . . . A CC . . T TCGT . . . . . . . TT . . . . . . . . AAAT . . AA . . . . . . T TGT . A TGT . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT T . . . . . . . . . . . AC . . . .
blockSeqs : . . . G C . T . . . . . . . T AC . . T CACG . . . . . . . T . . . . . . . . AAAT . . AA . . . . . . . AT . A TGT . A . . . . . . . . . AT
blockSeqs : . . . A C . T . . . . . . . . CC . . G CACG . . . . . . . T . . . . . . . . AAA . . A . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . G C . T . . . . . . . . AC . . T TCAG . . . . . . . T . . . . . . . . AAA . . A . . . .
blockSeqs : . . . A A . T . . . . . . . . CC . . G TTTA . . . . . . . T . . . . . . . . A . . A . . . .
blockSeqs : . . . A T . T . . . . . . . . CC . . T TCAG . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A T . T . . . . . . . . CC . . T TCAG . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . A T . C . . . . . . . . CC . . T TAGG . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . A T . T . . . . . . . . CC . . T TCAG . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . A T . T . . . . . . . . C . . T CAA . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . G T . T . . . . . . . . C . . T TCG . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . A T . T . . . . . . . . C . . T TTA . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . A T . T . . . . . . . . C . . T AG . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . C . . T TT . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . C . . . TA . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . TA . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . TA . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : CC******** T* AAAT******* TAT AA** TGT******* G** NA AC CC* TAT******* GATGT**** CAC******** AT*** C*
originalCons : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAA----C-----ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--GT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGTTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAAT----A-A-T--TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CTA-TAATCTCTATATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-A-TGCCTGAGAGATCAAAAAA--CCTACTTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGACTAC-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGTTTTT---AAAAATGAGC-TACATGCCCTAACTGCC------------------C-----CCTCACA-A-CTC--AAATG-TGTACGG---CT-A-AAG-TGG--CTCTGAAGGAA-CATGCT-GCAAAAGGCA-G-ACAAATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATGCAGT-----AGACAGTTCA-CCA-CA--ATGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACCTTGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAACTA------C--------GG---A----GCTA-AGAAGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAACAA-GAA-TGGNCTTATGGAGAGCAAGTGATT--TTGCA-GAATT-CTTACCAAAGTCAGTATTTGCAG-GTTTACGTTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATAGAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATNTGCTNA-CTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---AT--AGAACA-TTTGCTTTCCTTTAAAAACTTCGCTTG--G-T-T--AAATTGAAA-CAGTGCTTCAACTATAG-A-TCTA-AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTACGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTNAAGCA-AATGACCACAA-----CA----C-CCTTAATTA-AC-GCAATTATTGATTTTCTGTAAACCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGAAT
finalCons : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC--CA-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAACC--------ACAC-C--CTA--------T--TTTTT-TC-----A--GT-TATA------T-CC--ATGAA-TA--A-TGCCTAGTTGT-GGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAATAAAT-------TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CTA-TAATCTCTATATCTT-CTGAA--GAAAGAGTCTTGT-------AA-CAA-A-TGCCTGAGAGATCAAAAAA--CCTACTTA--A--AGCTGA-CAAA-ATAT--G-AGCA-TCTCCC-TATCA-GTAAAAC-AAGACTAC-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGTTTTT---AAAAATGAGC-TACATGCCCTAACTGCC------------------C-----CCTCACA-A-CTC--AAATG-TGTACGG---CT-A-AAG-TGG--CTCTGAAGGAA-CATGCT-GCAAAAGGCAG--ACANATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATGCAGT-----AGACAGTTCA-CCA-CA--ATGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACCTTGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAACTA------C--------GG---A----GCTA-AGAAGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAACAA-GAA-TGGNCTTATGGAGAGCAAGTGATT--TTGCA-GAATT-CTTACCAAAGTCAGTATTTGCAG-GTTTACGTTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATAGAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATNTGCTNACC-GCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCCGACTTCATTGTCTAT-------AGAACA-TTTGCTTTCCTTTAAAAACTTCGCTTGGATGT----AAATTGAAA-CAGTGCTTCAACTATAG-A-TCTA-AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGT--TCTCA-AAGTACGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTNAAGCA-AATGACCACAACAC--------C-CCTTAATTAT---GCAATTATTGATTTTCTGTAAACCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): CGAAAAACACGAATTATTTTTTAGTCATATCCTTGAATATAATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111
lowQualScore : 1 11111111 2222222222222 1111 11 1111 1111 1111111111 1 11 11 11 1 1 1 11 1 1 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 111111 11 0000000000000000000 1 1 1 1 1 1 11 1 1 1111 111 1111111111 1 4444444444444 2222222222 22222222 11 1 111
lowQualScore : 7777 1 44 1 1 1 1 1 22 1 1 3 5555 1 66666 66 3333 22 00000000 22 1111111111111 1 1 1 22 22 3 1 0 3 1 333 22 333 1 1 22 44 22 3 66666 3333 55 3 9999 3 4 77 4 0000 5 11 0 55 5 0000 4444444444 5 5 5 1 8 11 11 8 99 8 8 0 0 0 33 3 0 0 3 444 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 0 3 0 6 6 3 3 55 77 6 0 77 5 77 888888 77 6 99 6 99 6 0 6 0 8 33 0 8888888888888888888 0 0 0 0 0 0 1 33 0 0 2 3 8 0 8 8 3 0 8 0 88 3 0 2222 0 1 8 8 8 3 3 444 8 2222222222 1 5 2 1 444 2 6 3333333333333 1 2 9999999999 3 3 1 8 1 99999999 5 888 8 0 11 8 8 8 3 444 6 2 2 99
lowQualScore : .... . .. . . . . . .. . . . .... . ..... .. .... .. ........ .. ............. . . . .. .. . . . . . ... .. ... . . .. .. .. . ..... .... .. . .... . . .. . .... . .. . .. . .... .......... . . . . . .. .. . .. . . . . . .. . . . . ... . ...................................................................... . . . . . . . . .. .. . . .. . .. ...... .. . .. . .. . . . . . .. . ................... . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . .. . . .... . . . . . . . ... . .......... . . . . ... . . ............. . . .......... . . . . . ........ . ... . . .. . . . . ... . . . ..
lowQualScore : 4444 7 11 6 7 5 7 7 44 7 7 3 2222 6 88888 22 5555 33 88888888 33 5555555555555 7 8 8 55 44 5 8 8 8 9 333 66 333 0 9 66 55 66 6 88888 5555 00 6 2222 6 0 55 0 6666 0 55 1 44 0 2222 4444444444 0 0 0 4 5 00 00 0 00 0 0 0 0 0 22 2 0 0 2 000 7 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 0 2 0 7 7 2 3 77 77 0 7 99 7 99 555555 77 7 22 7 22 7 8 0 8 0 22 8 5555555555555555555 0 0 0 0 0 0 0 88 0 0 5 2 0 8 0 0 2 8 0 8 88 2 8 4444 8 4 0 0 0 8 8 000 0 7777777777 7 7 0 0 777 5 7 3333333333333 0 5 2222222222 8 8 0 0 0 00000000 0 888 0 8 00 0 0 0 2 000 7 5 5 22
consensus : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC-C--A-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAAC--CAC----ACCC--TA--------TT--TTTT-T-C-----A--GT-TATA-T-CC--ATGA--A-TAA-TGCCTAGTTG-T-GGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAA---T-AAAT---TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CT-ATAATCTCTATATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-A-TGCCTGAGAGATCAAAAAACCTACTT--AA--AGCTGA-CAAA--ATATG-AGCA-TCT-CCCTATCA-GTAAAAC-AAGACTAC-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGTTTTT---AAAAATGAGCT-ACATGCCCTAACTGCC------------------C-----CCTCAC-A-A-CTC--AAATG-TGTACGG---CT-A-AAGT-GG--CTCTGAAGGAA-CATGCT-GCAAAAGGCA-GACACATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATGCAGT-----AGACAGTTCA-CCA-CA--ATGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACCTTGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAACTAC--------GG---A----GCTA-AGAAGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAACAA-GAA-TGGNCTTATGGAGAGCAAGTGATTT--TGCA-GAATT-CTTACCAAAGTCAGTATTTGCAG-GTTTACGTTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATAGAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATNTGCTNA-CTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---AT--AGAACA-TTTGCTTTCCTTTAAAAACTTCGCTTGGATGTAAATTGAAA-CAGTGCTTCAACTA--TAG-A-TCT--AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGTTCTCAAAGTACGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTNAAGCA-AATGACCACAAC--------ACCCCTTAATT-A---CGCAATTATTGATTTTCTGTAAACCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGAAT
Reference ( family-2233 ) : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC-C--A-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAAC--CAC----ACCC--TA--------TT--TTTT-T-C-----A--GT-TATA-T-CC--ATGA--A-TAA-TGCCTAGTTG-T-GGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAA---T-AAAT---TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CT-ATAATCTCTATATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-A-TGCCTGAGAGATCAAAAAACCTACTT--AA--AGCTGA-CAAA--ATATG-AGCA-TCT-CCCTATCA-GTAAAAC-AAGACTAC-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGTTTTT---AAAAATGAGCT-ACATGCCCTAACTGCC------------------C-----CCTCAC-A-A-CTC--AAATG-TGTACGG---CT-A-AAGT-GG--CTCTGAAGGAA-CATGCT-GCAAAAGGCA-GACANATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATGCAGT-----AGACAGTTCA-CCA-CA--ATGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACCTTGACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAACTAC--------GG---A----GCTA-AGAAGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAACAA-GAA-TGGNCTTATGGAGAGCAAGTGATTT--TGCA-GAATT-CTTACCAAAGTCAGTATTTGCAG-GTTTACGTTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATAGAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATNTGCTNA-CCGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---AT--AGAACA-TTTGCTTTCCTTTAAAAACTTCGCTTGGATGTAAATTGAAA-CAGTGCTTCAACTA--TAG-A-TCTA-AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGTTCTCAAAGTACGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTNAAGCA-AATGACCACAAC--------ACCCCTTAATT-A---TGCAATTATTGATTTTCTGTAAACCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGAAT
gi|1 : CTTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTC-GC-C--A-CT-TTC-GA----ACGGA-G-----AAAAC---AC----ACCC--TA--------TT--TTTT-T-C-----A--AT-TATA-T-CC--GTGA--A-TAA-TGCATAGTTG-TTGGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TCAA---T-AA-T---TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-T--T-TG----CT-ATAATCTCTG---CTT-CTG-AACGAAAGAGTCT---TG--T--AA-CAA-G-T-CCTCAGAGATCAAAAAACCTACTT--AA--AGCTGA-CAAA--ATATG-AGCA-TCT-CCCTATCA-GTAAAAC-AAGTTTGT-AAACTATAGCTTTT-TAAAA-CAGTTTTC---AAAAATGAGCTTACATGCCTCAACTGTC------------------C-----CCTCAC-A-A-CTC--AAATG-TGTACAAGACCT-ATAAGTTGG--CTCTGAAAGAA-CATGCT-GCAAAAGGCA-G-CACAATACAACCA-GGGTTGCTTTTAAACTTGTCT--AAGGCCTTGAC-TGTTG--AATGCGGT-----AGACAGTTCATCCA-CA--ATGAA-T-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACCT-GACAACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATC-TGAACTACTTGTGC--GGCATA----GCTA-AGAAGTGTGCGAA-CATACAGAA-ACTTATAACAA-GAA-TGGTCATATGGAGAGCAAGTGATTTCTTGCA-GAATT-CTTAC-AAAGTCAGTATTTGCAG-GTT-ACGTTT-CCCCATTTT-GACACAT--AATACCAAAAGCAGAATGGTG-TACATTGTA-AAACTATCAAA--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATTTGCTAA-TTGTTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGCTGACTTCATTGTCGAT---AT--AGAACA-TTTGCTTTCTTTTAAAAACTTCGCTTGG-T-TAAATTGAAA-CATTGCTTCAACTA--TAG-A-TCTA-AACTGGTGTATTTAATTGACCAACTTCTCAAAG-ATGACTTCATCCCAATATGGAGACGGTAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTGAAGCAGAATGACCACAAC--------A-CCCTTAATTAA---TGCAATTATTGATTTTCTGT-AACCCAAATGACCGTGAAGA-ACATAATCTACCACT--AGTA-CAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGTGATTAGAAAACACC-AGTTGACAC-AGT---GCAGTTAAAACAAAAAGGGTGAAAATTGACACACAAGTCACAG--TATATTTCTAAGTACTGTTTATTACGGGAT
gi|10 : ACT----GG-A--CCAAA---TATTC-TTC-GC-C--A-CT-TT--GA----GTGGC-G-----AAAAC--CA-----ACCC--TA--------TTATTTTC-T-C-----A--AT-TAT----CC--ATAA--A-TAA-T-CCTA-TTG-T-GTAA-G---A--AT---AAAAA-----------AAGTGTTTGATAAAGT-TTAA-----AAA----TA--C-AA-T----ATT-AT-T-T--A-TG----CT-AT-ATC-CTAAATCTT-CTG--A-GAAAAAGTCTG--TGCCT--AATCAACA-TGCGTGAGAa
gi|11 : atTCAATAGCGGCCGACTTCATTGTC--T---ATGTAGTAAA-TTTGCTT-CCTTTAAAAACTTCACTTGGATGTGAATTGAAA-CAGTGTTTCAACTA--TAG-AGTCT--AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGTTCTCAAAGTATGACTTCATCCCAATATGGAGACGATAATCCCATAAGGGGTGA----------TACTTTAATa
gi|12 : n-TTC-GA----GCGAC-G-----AAAAC--CAC----TCCC--TA--------TT--TTTT---C-----A--AT-TATA-T-CC--ATGA--A-CAA-TGCCAAGTTG-T-AGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTGATACAGT-TTAA---T-ACAT---TG--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TC-T-TG----CC-ATA--------ATCTT-CTG-AA-GAAAGAGTCT---TG--T--AA-C-A-A-TATCGGAG-GATCAAAAAAC
gi|13 : cA--A-TAA-TGCCTAGTAG-T-G-AAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTCAGAAAGT-TTAA---T-AAAT---TA--CAAA-TA--------T-T-C--T-TGATAATT-ATAATTTCTACATCTT-CTG-AA-GAAGGAGTCT---CGT-T--AA-CAA-A-TGCCTGA-AGATCAAAAAACCTAACT--AA--AGCTGA-CAAA--ATATG-TGCG-TC
gi|14 : TCCCACT----GG-A--CAAAAAATCCTTT-T-C-GC-C--A-CT-TTC-GA----TCGAC-G-----AAAAA--CAC----GACC--TA--------TT--TTTT---------A--GT-CATA-T-CC--TTGAATA-TAA-TGCATAGTTG-T-G--AAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTCAGAAAAT-TTAA---C-A------CA--CAAG-TCATTTTT-ATGTAT--T-T
gi|15 : gcTCCCACT----GG-A--C-AAATTTTCTTTGTTC-GC-C--A-CTGCTC-GAA---GCGAC-T-----GAAAC--CACCCACACCC--TA--------TC--TTTT-T-C--------GT-T-TA-T-CCCAGTGA--A-TAA-TGGCT-GTT--T-GGAAA---------------------TT--G--A-----TTGA-AAGGT-TTAA---T-AAATTA-TA--CAAA-T-A--ATT-ATat
gi|16 : cCCCACT----GG-AGGCCAAAACTTCTTT-T-C-GC-CGCA-CT-TT--GATATCGCGGC-GCGG--AAAAA--CAC----ACTCGCTAAGTTTT--TT--TTTT-TAT-----A--GT--ATAGT-CC--ATTA--G-TAA-TGC-TAGTTG-T-GG-AAG---A--ATTTAAAAGA-G--TT--GGAAAGTttcg
gi|17 : caCTTCCCACT----GG-A---CAAATTTTCTTT-TCC-GCGC--A-TC-TTC-GA----GCGACTG-----AAAAC--CAC----A-CC--TA---------T--TTTT-T-C-----G--TT-TA-A-T-CC--ATGA--A-TAAGTGCT--GTT--T-GGAAAG-------T---A---------------------TTGATAAG---TTAA---T-AAATTTATA--CAAA-T-A--ATT-ATGT-T--C-Tgat
gi|18 : TCCCACT----GG-A--CCAAAACTTCTTT-T-C-GC-C--A-CT-TTC-GA----GCAGC-G-----AAAAA--CAC----GCCC--TATTTTTTATTT--TTTT-T-T-----ATTAT-TATA-T-CC--ACTC--A-TAA-TGCCTAGTTG-T-GGAAAGTTTC--AT---AGAAATGTTTT--A--AAGT
gi|19 : gcTCCCACTCACGGG-A--CCAAAGTTGTCTT-TTC-GC-C--A-CC-TTC-CG----CCGCT-A-----AAAACAGCAC----ACTC--TA--------GT--TTGT---C-----AC-GT-TA-A-T-CC--ATGA--ACTAA-TGC-TAGTTAAT-GGAAAG---A--AT---AAA---G--TT--G--AAGTATTg
gi|2 : gcagggTCCCACT----GG-A--CCAAAAATTTCTT-TTC-GC-T--A-CT-TTCTGA----GCGGC-G-----AAAAC--CAC----ACCC--TA--------TT--TTTTGT-C-----A--AT-TAT--T-CC--ATGA--A-TAA-TGCCTAGTTG-T-GGAAAG---AGAAT---AAAAA-G--TTT-G--AAGTATT-GATAAAGT-TTAA---TTAAAT---TAATCAAA-TAA--ATTTATGT-T--TCTT----CT-ATAATCTCTATATCTT-CTG-A--GAAAGAGTCT---TG--TTAAA-CAA-G-TGCCTGAG-GATCAAAAAAACCACTT--AA--AGCTGAACAAA--ATATG-AGCA-TCT-CCCTATCA-GTAAAAC-AAGACTACCAAACTATAGCTTTTATAAAAACAGTTTTTTTTAAAAATGAGCT-ACAT-CCTTAACTGTC------------------C-----CTGCAC-A-A-CTTCAAAATG-AGT-TGG---CT-------------TCTAAAGGAAACATGTT-GCAAAAG-CATGACACATT-CAACCAAGGGTTGCT-TTAAA-TTGTCT--AAGGCCTTGACCTGTTGTGAATGCAGT-----AGACAGTTCA-CCAACA--ATGAAATTCTAAAACGCTGACCTTTTGATGTGACCTTGACAACGATGCTAATGTTTTCAAGTGCATCCTGAACTACAATGTGCGGG---ATCAGACTACAGAAGTGTGC-AATCATACAGAA-AACTATAAAGA-AAA-TGGTGTTATGGAGAGCAATTGATTT--TGCAAGAATTTCTTACCA--GTCAGTATTTGCAGAGTTTACGTTTCCCCCATTTTGGACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGGTGTTTCTTTGT--AGACTATAAAAATTTATTATTTTGAAACCGCAATTGAGCTTCAAAAGAAATTTGCTAA-CTGCTTTGCGAATGTGCATATCAATAGCGACTGACTTCAT---------------------TTTGCTTTCTTTT-AAATCTTC-----------AACT---A-TAG------AATTAATTAG-G-TGT---ATT----TAATTGACCAAGTAATCTCACAA-GTATGACTTCATCTCAATATGGAGATGATAATCCCATAAGGGGTGA----------GACTTTAATCGTGAAGCA-AATGACCACAAT--------ACCCCTTAATT-A---TGCACATATTGATTTTCTGTAAACTCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGAGATATGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACCAAGTTG-CATGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAATTTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTATTATGGAATct
gi|20 : gggcTCCCACTCACGGG-A--CCAAAGTTGTCTT-TTC-GC-C--A-CC-TTC-CG----CCGCT-A-----AAAACAGCAC----ACTC--TA--------GT--TTGT---C-----AC-GT-TA-A-T-CC--ATGA--ACTAA-TGC-TAGTTAAT-GGAAAG---A--AT---AAA---G--TT--G--AAGTATTt
gi|21 : gcagggAGTTG-T-GGTAAG---A--AT---AAGAA-G--TT--G--AAGTATTTGATAAAGT-TTAATATT-AAAT---TA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TC-T-TG----CT-ATAATCTC-ATATCTT-CTG-AA-TAAAGAGTCTTAATG--T--AA-CAA-A-TGTCTGAG-GATCAct
gi|22 : CTCTCCACT----GG-AA-CCAA--TTTCAAT-TTC-GC-C--A-TT-TCCCGA----GCGGC-G-----CAAAC---AC----ACCC--TA--------TT--TTGT---C-----A--GT-TAAA-T-CC--ATGA--A-TAA-TGACTAGTTG-T-GG-AAG---A--AT---AAACA-G--TT--G--AAGTATTT
gi|23 : agggTCCCACT----GG-A--CCAAAACTTCTTT-T-C-GC-C--A-CT-TTC-GA----GCGCC-G-----AAAAA--CAC----ACCC--TA--------TT--TTTT-T----------AT-TATA-T-CC--ATTC--A-TAA-TGCCTAGTTG-T-GGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTA
gi|24 : agggcTCCCACT----GG-A--CCAAAACTTCTTT-T-C-GC-C--A-CT-TTC-GA----GCGAT-G-----AAAAA--CAC----ACCC--TA--------TT--TTTT-T-T-----T--AT-TATA-T-CC--ATTC--A-TAA-TGCCTAGTTG-T-GGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTATTT
gi|25 : TCCCA-T----GG-A--CCAAAACTTCTTT-T-C-GC-C--A-TC-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAAC--CAC----ACCC--TA--------TT--TTTT-T-------A-----TATA-T-CC--ATGA--A-T-A-TGCCTAATTG-T-GGAAAG---A--A----AAAAA-G--TT--G--AAGTATTTG
gi|26 : ggcTCCCACT----GG-T--CCAAAATTTCTTT-T-C-GC-C--A-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAAC--CAC----ACCC--TA---------T--TTTT-T-C-----A--GT-TATA-TCCC--CTTA--A-TTA-TGC
gi|26 : ggcCCCCTTAATT-A---TGCAATTATTGATTTTCTGTAAATCCAAATGaattattgattttctgtaaatccaaatg
gi|27 : ggctcccactggtccaaaatttcttttcgccactttcgagcggcgaaaaccacaccctattttttcagttatatAGGCA-GACACATTACAACTA-GGGTTGCTATTAAACTTGTAT--AAGACTTAGAC-TGTTG--AATGCAGTCCGGCGGACAGTTCA-CCA-CAATATGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATG
gi|28 : CCACT----GG-A--CCAAAATCT---T-TTC-GC-C--A-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAAC--CAC----ACCC--TA--------TT--TTTT-T----------AT-TATA-T-CC--ATGA--A-TAA-TGCCTAATTG-T-GGAAAG---A--AT----AAAA-G--TT--G--AAGTAT
gi|29 : ggct----GG-A--CCAAAATTTCTTT-T-C-GC-C--A-CT-TTC-GA----GCGGC-G-----AAAAA--CAC----ACCC--TA--------TT--TTTT-T-T-----A---T-TATA-T-CC--ATTC--A-TAA-TGCCTAGTTG-T-GGAAAG---A--AT---AAAAA-G--TT--G--AAGTAT
gi|3 : AC-TGTTG--AATGCAGT-----TGACAATTTG-CCA-CA--ATGAAAT-CTAA--CGCTGGTCTTT-GACATGGCATTGACTACATTGCTAATGTTTTCAAG-GCATT-TGAGCTA--------------A----GCTT-AGAAATGTGC-AA-CATACAAAACACTTATAACAA-GAAATGGGCTTGTGGAGAGCAAGTAATTT--TGCA-GAATG-CTTACCAAAGTCAATATTGACAG-GTTTACGTTT-CCCAATTTT-GACACATTAAATACCAAAAGCAGAATGATG-TACATTGTA-GAA-TGTAGAC--TTATTATTTTGAAA-CGCAA-TGA------------------------GCTTTGCG-ATGTGCATATCAATACCGGCTGACTTTATTGTC--T---AT--ACAACATTTTGC-TTCCTTTAAAAACTTCGCTTGGAGGTAAATTTAAA-CAGTGTTCCAACTA--T----------AATTAGT--------------AAGTTCCCAAATTACGACTTCATCCCGATACAGAGATGATAACCACATAAGGGATGA----------AACTTTAAT------------TGACCATAAC--------ACACCGTGATT-A---CGCAATTATTGATTTCCCGTAAACCAGAATGGCC-TGAGGATACTTTATCTACTACC--TGTGCCAGTTACCTGAGATATGTGTGCACTGAAGCGATTAG-ACACACC-AGTT----CAAGTCTGACTGGT-CAACAAACAGGTGGACAACTGA-AAA------ATAGGTCATATTTTAAAGTAATATTTATTAC
gi|30 : tCCACT----GG-A--CCAAAGTTTCTTT-TCC----C--A-CT-TTT-GA----GCAGC-T-----AAAAC---AC----ACCC--CA--------TT--TTGT---C-----A--GT-TATA-T-CC--ATGA--A-TAA-TGC
gi|31 : agggcgtcaTCTCACT----GG-A--CCAAA--TTTTTT-TTC-GT-C--A-CT-TTT-GA----GCGGC-G-----AAAAC--CAC----GCCC--TA--------TT--TTTT-T-A-----G--GT-CA
gi|32 : TCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-T-C-GC-C--A-CT-TTC-AA----GCGGT-G-----TAAAC--CAC----ACCC--TA--------TT--TTTcctgagta
gi|33 : agggcT-AAACAAACAGGTGGAAAATTGACA-------CACAGGTTATTTTTTTATGTACTGTTTATTACAGAaggtc
gi|34 : ---AAAAATGAGCT-ACATGCCCTAA----C------------------C-----TCTGAC-----CTT--AACTG-Ttt
gi|35 : AAAAGGCA-GACAAATTACAACCA-GGGTTGCTATTAAATTTGTCT--ccctgtgtatac
gi|36 : caTCCCATT----GG-A--CCAAAATTCCTTT-TTC--C-C--A-TT-TTC-TA----GCAGC-A-----AAAA
gi|37 : C-G-----AAAAA--CAC----GAAT--TA--------TT--TTTT---------A--GT-CATA-T-CC--TTGA--A-TA
gi|38 : AAAATGAGCT-ACATGCCCTTACTGCC------------------T-----Ctaatg
gi|4 : CTTCTCT--AAGACCTTGAC-TGTT------------------------CA-TCT-CA--ATGAAAT-CTAA--CTCTGATCTTT-GATATGACCTTGACAACATTGTTAATGATTTCAAA-GCATC----------------------A----GCTA-AGATGTGTGC-AA-CATACAGAA-ACTTATAACAAAGAA-TGGGCTCATGGAGAACAAGTGACTT--TGCA-GAATT-CTTACCAAAGTCAGTATCTGCAA-GTTTATGTTT-CCCCATTTT-GACACATCA------------------GTG-TAGA--ATA-AAGCCA-AGAA--TTATTACTATGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAAGAAATGTGCTTA-TC----TGCG-ATGTGCATATCAATAGCGGTCGACTTCATTGTT--TAAAAA--AAAATA-TTTGC-GTCCTTTAAAATCTtggcctt
gi|4 : GCTTGGATGGACATCGAAAACAGTGCTTCAGCTA--T-------TATAATTGCTGTATTTAATTGACCAAGTTCTTCAATTACGACTCTACCCTAATATAGAGACGATAATCCCATGAGGGATGACGAAGGATGAGAC----ATTGTCATACA-ATTGACCACAGCCTGTCAGCACCCCTTAATT-A---gaaagacaaacatatcaaagttagcacatatatagtaatgagcttggatggacatcgaaaacagtgcttcagctattataattgctgtatttaattgaccaagttcttcaattacgactctaccctaatatagagacgataatcccatgagggatgacgaaggatgagacattgtcatacaattgaccacagcctgtcagcaccccttaattaca
gi|5 : cttctctaagaccttgactgttcatctcaatgaaatctaactctgatctttgatatgaccttgacaacattgttaatgatttcaaagcatcagctaagatgtgtgcaacatacagaaacttataacaaagaatgggctcatggagaacaagtgactttgcagaattcttaccaaagtcagtatctgcaagtttatgtttccccattttgacacatcagtgtagaataaagccaagaattattactatgaaacgcaatgagcttcaaagaaatgtgcttatctgcgatgtgcatatcaatagcggtcgacttcattgtttaaaaaaaaatatttgcgtcctttaaaatctgaaagacaaacatatcaaagttagcacatatatagtaatgaTCCCACT----GG-A--CCAAAATTTCTTT-TTCCGC-C--A-CT-T-C-GA----GCGGC-G-----AAAAAA-CAC----ACCC--TA--------TC--CCCC-C-CCCCCCA--GT-TATA-C-CC--ATGA--A-TAA-TGCCTAGTTG-T-GGAA-----------------------T--G--AATTATTTGATAAACT-TTAA---T-AAAT---CA--CAAA-TAA--ATT-ATGT-TC-T-TG----CTAATAATCTCTAT-----------------GAGCCT---GA--G--GA-TAA-A--------------AAAAAACTTACTTACAA--ATCTGA-CAAAATATATG-AGCA-TCTCCCCTATCA-GTAAAAC-AAGACTAC-AAAC-ATAGCTTTT-TAAAA-AAGTTTTT---AAAAATGAGCT-ACATGCCCTAACTGCC------------------TTCTGACCTTACTG-T-CTC-----TG-TGTA-------T-A-CA---GA--C-CTAAAGGAA-CATGCT-CCAAAAA--------------AACCG-AGGTTGCTATTAAACTT-TCTCGAAGACCTTGAC-TGTTG--AATGCAGT-----AGACAGTTCA--CA-CA--ACGAAAT-CTAA--CGCTGACCTTT-GATATGACCTTGAC-ACATTGCTGATGTTTTC-AG-GCca
gi|6 : gggcCCCACT----GGGA--CCAAACTTT---T-TTC-GC-C--AACT-ATA-GA----GCGAC-GGCCCGAAAAC--CAC----ACCC--T---------TT--TTTT-T-C-----A--GTGTATA-T-CT---TGA--A--AA-TGCCTAGTTG-T-G--AAG---A--AT---AAAAA-G--TTCGA--AAGT-TTTG-T-AAGTATTGA---T-AAA----TA--CAAAGTAA--ATT-ATGT-TTCT-TG----CT-AAAAT-TCTGTATCTTCCTACAA-GAAAG-GTCT---TG--T--AA-CAA-ACTGTCTGAG-GATT--AAAACCTACTT--AACTGACTGA-CAAAT-TTGTGAAGCATTCC-CCCTATCAGGTAAAACGAAGACTAT--AACTATAGCTTCT-TTAAA-C-GTGTTT---CAAAATGAGCT-ACATGCCTTAACTGCCTCTTAACTTATAACTGTTC-----CCTCAC-ATACCTC--AAATGTTGTACGG---CTAA-AAGT-GGCTCTCTGAAGGAA-CA-GCTAGCACAAGGCA-GACAAATTA-AACCA--GGTTGCAGTTAAACTTGTCT--AAGACCTTGAC-TGTTG--AATGcta
gi|7 : cgcaATTGTC--T---AT--AGAACA-TATGCTTTCTTTTAAGAACTTTGCTTGGATGTAAATTGAAA-CATTGCATCAACTA--TAGAA-TCT--AATTGGTGTATTTAATTGACCAAGTTCTCAAAGTACGACTTCATCACAATATGGAGATGATAATCCTATAAGGGGTGA----------GACTTTAATTGTCAAGCA-AATGACCATAAC--------ACCCCTTAATT-A---CGCAATGATTGATTTTCTGTAGACCAAACTGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACTTAAGTACCAGTTACCTGAGATCTGTGTGCACTGAAGCGATTAG-AAACACC-AGTTG-CACGAGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGGAAATTGACACAC-AGTCACAGGTTATATTTCTAAGTACGGTTTACTACG
gi|8 : AATATCTGCAA-GTTTACATTT-CCCCATTTT-GACACATCAAATACCAAAAGCAGAATGATG-TACATTGTAGAAATTATAG----TTA--AGAATGAAA-CGCAA-TGAGCTTC-AAGGAAATGTGTTTATCTGCTTTGCG-ATGTGCATATCAATAGCGATCTACTTCATTGTT--T---AT--AGAATA-TTTTC-TTCCTTTAAAAACTT
gi|8 : catCTTGATT-ACACTGCGATTATTGATTTTCTGCAAATCCAAAgattacactgcgattattgattttctgcaaatccaaaat
gi|9 : cataatatctgcaagtttacatttccccattttgacacatcaaataccaaaagcagaatgatgtacattgtagaaattatagttaagaatgaaacgcaatgagcttcaaggaaatgtgtttatctgctttgcgatgtgcatatcaatagcgatctacttcattgtttatagaatattttcttcctttaaaaaCCCTTAATT-A---TGCAATTATTGATTTTCTGTAAATCCAAATGACC-TGAGGATACTTAATCTACCACT--AGTACCAGTTACCTGATATCTGTGTGCACTGGAGCGTTTAG-AATCACC-AGTTG-CAC-AGC---GCAGTT-AAACAAACAGGTGGAAAACTGAAACAC-AGTCGCAGGTTATATTTCTAAGTACTGTTTACTACGGAATat