lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                        1111111111111111111111111                                                                                                      2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222         
lowQualScore                  :                                                     222222                22222222                                           1111    1111111111111  1111111             111111       1    11111111111111          111111111            0000000000000000000000000                111111                      33333333333333                  22         1     111      1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    1    
lowQualScore                  :                      5 4    4444   8888888          111111  4  3  1  0    11111111      1      2  8888888      777   66   2  2222  3 1111111111111  5555555  77777    0 777777    3  4    55555555555555   6666   888888888 2          7777777777777777777777777 3 3    4  6    999999 555 44         5555  55555555555555  1        2  555 11   3     6     444  66  7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  6 5    
lowQualScore                  :                      . .    ....   .......          ......  .  .  .  .    ........      .      .  .......      ...   ..   .  ....  . .............  .......  .....    . ......    .  .    ..............   ....   ......... .          ......................... . .    .  .    ...... ... ..         ....  ..............  .        .  ... ..   .     .     ...  ..  ........................................................................................................................................  . .    
lowQualScore                  :                      8 8    2222   7777777          555555  6  5  7  7    00000000      9      1  4444444      555   88   7  0000  1 7777777777777  4444444  77777    2 888888    1  4    11111111111111   1111   222222222 1          1111111111111111111111111 6 6    3  6    555555 444 22         7777  33333333333333  1        9  444 88   3     3     000  11  9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999  0 0    
consensus                     :                  NAAGCTCCATC----CTC------GTGTGACTTATCAANA-TTAAT-GG-TTCAAAG-----T--AGAAAA-ACTGTA-TTA------ATTTCCAC-TTA--ATATAGT---TT-A--A-----T----TT-------AA-----TCAATAAC----CAAA-GAAAATGTG-----CA-----TGT----TGC-----CAN-CTTTTTAAAGATG--AAACA------A-GT-TATG--TCA-ACATCAGAAAAT-A-ACAC---A--TTTTCATTA----AACAGCAT-------GATAAAAATACA-TA---AA-AAC-TGGTTAAAATG-A-CA--AA--------TT---NA---T---NTC-------AG--T----ACTGC--TT-----TATT------TTA----TAAA-------TNGATATCAGNNAA-TTATNGNTACTATCAGAAAAATAATAAAT--ATCACA-GGATTATTG
Reference ( gi|1 )            :                  AAAGTTTCATC----CTC------GTGTGACTTATAAAAC-TTGAT-GG-TTCAAAG-----A--AGAAAA-ACTGTA-TTG------ATTTCCGC-TTA--ATATAGG---TT-A--A-----T----TT-------AA-----TCAATACC----CAAA-GATAATGTA-----CA-----TGT----TGC-----CAG-CTTTTTAAAGATG--AAACA-----AAGGTTTATC--TCA-ACATCAGAAAAT-A-ACGC---A--TTTTCATTA----AATAGCAA-------GATAAAAATACA-TA---AC-AAC-TGGTTTAAATG-G-CA--AA--------CTG--GA---T---ATC-------AG--T----GCTGC--TT-----TATT------TTA----TAAA-------TGGATATCAAGGAACTCATTGGTATGAT---AAACATA--CAATCCATCAAATGGGTGATTG
gi|15                         :                   AAGCTCCACC----C-C------ATGTGAGTTATCAAAA-GCAAT-GG-TTCAAAA-----T--AGAAAA-AC------TG------ATTTTAAC-TTA--A-A-AAG---TT-A--AAATTGT----TT-------AATATACTCAATAAT----CAAATGA-AATATG-----TA-----TGT----TG
gi|7                          :                   gAGGTCCATC----CTC------TTGTGACTTATCAACA-TTATT-GG-TTCAAAG-----T--AGAAAA-AATGTA-TAG------ATTTCCAG-TTG--ATATATT---TT-G--A-----T----TT-------AA-----TTAGTAAC----CAAA-GGAAACG-A-----TA-----TGT----TGC-----AAGACTTTTTAAAGATG------------------------TCA-G-ATAAGCAAAT-A-GCAC---A--TTTCCATTA----AATAGCAT-------GATAAt
gi|2                          :              taaggtAGCTGCACT----CTC------ATGTGACTTATTAATA-TTAAG-GA-TTCAAAA-----C--AGAAAA-ATTGCA-TTACCGTTAATTTCCAC-CTC--ATGCAGT---TTTA--A-----TCATTTT-------AA-----TCAATAAC----CAAA-GAAAATGGA-----TA-----TGT----TGC-----CAA-A-TTTCAAAG----------------AGG---------------TCAG-ATAT-G-ATGC---ATGTTTTCATGA----AACAGTAT-------AATAAAAATACG-TA---AA-GAT-TGGTAAAAATG-ACCA--AAT-------TTT--TA---T---TTC-------A--------ACTGT--TTCAAAGTATTGCTGCATTA----TAAA-------T--ATATCTA--AATTAATTGTTACTATCAGAAAAATAATAAAT--ATCACA-GGATTATTGcactggctagaattataaaattttaatttcaacagtttcaa
gi|6                          :                   tAGCTCCATC----CTC------ACGTGCATTATCAGTA-TTGG--GA-TTCAAAGTGGGGA--AAAAAA-ACTGTA-CTG------CTTTCCTC-TTA--ACACAGA---TT-A--A-----T----TT-------AA-----TCAATAAC----CAAA-TAAACTGTG-----CA-----TGT----TACATGTACCG-CCTTTT---CAT---AAAC---------------C--CCAGACATC----AAC-A-A----------TTTCATGA----AAAAGAAT-------AATGAAAATATA-CA---AA-AAC-TTGTAGGAATA-G-CC--AA--------TTc
gi|28                         :              aaaggtAGCTCCGTC----CTC------GTG--ACTTATCAAAA-TTAAT-GG-CTCAAAG-----T--AGAAAA-ACTGTA-TCG------ATTTCCttattgccaacctttaaaacaactgctatcatag
gi|27                         :               acggtAGTTCCATG----CTC------ACACGACTTATCAATA-TTGAT-TA-TTCAAAG-----T--AG-ACA-ACTGTA-TTG------ATTTCCa
gi|24                         :              taaagtAGCTCCATC----CTC------CTGTGAATTATCAATA-TTAGT-GG-TTCAAAGT----G--GGGGAA-ATTGTATTTA------ATTTCTGC-TT
gi|9                          :               aaggtAGCTCCATC----CTC------GTGTGAACTATCGGATATCAAT-G--CTCAGA----------------ACTGTA-TTA------TTTTCCATATTA--ACA-ATG---TT-GTGA-----T----TTTTATTAAAA-----TTAA-ACC----TAA--GAAAATGTG-----TG-----TGT-----GC-----CAT-CCTTTTAAAGATGTCACACT-----AA----TA-A--TCA-ACATTAG-AAAT----CGTTTAA--TTTT-ATTA----AATG--AA-------TAT-AAAATTCA-TA---A--AAC-T
gi|29                         :             tcaatgtAGCTTTACC----TTC------ATGTGACTTATCAAAA-TTAAT-GG-TTGAAAG-----T--GGAAGA-ACTGT
gi|31                         :               aaggtAGTTCCACC----CTC------ATGTGACTTATA-----TTAAT-TG-TTGAAAG-----T--GTAAAA-ATTGTA-TTA------ATGTCttaaatt
gi|30                         :               aaggtAGGTCCACT----CTC------ATGTGACTTATCAAAA-TAAATGGG-TTTAAAA-----A--AAAAAA-A
gi|37                         :            ttgaaggtAGGTCCACT----CTC------ATGTGACTTATCAAAA-TAAATGGG-TTTAAAA-----A--AAAaagta
gi|34                         :             tgaaggtAGCTCCATCTACCCTC------ATGTGAACTATCAATA-TTAAT-GG-TTCAAAA-----A--
gi|18                         :               aaggtAGCTCCATC----CTCTAGCGTGCGTGACACATCAATA-TCAAT-GA----AAAG-----T--AG--AA-ATTGTA--CA------AATCCCAC-CTA--ATAGAGT---TT-T--A-----A----TT-------GT-----TCAACAAC----CAAA-GAtggg
gi|8                          :                 aggtGCTCCATC----CTC------GTGTAACGAAGCAAAA-TTATT-GG-TACAAAG-----------------T-TA-TTT------AATTCTAC-TTA--TTTTAGG---TT-A--A-----T----TT-------AA-----TGAGTA--------AA-GATTAAGTA-----CACGTG-TGT----TGCACA--CA-------CACACACG--AA-CA-----A--GTTTCTA--TCA-ACATCAGAAAAT---TCAC---A--TTTTCATGA----AAT------------GAT---AATACA-Taa
gi|10                         :               ttacgattTTCACC----TCC------GTGTGACTT-CACAAT-ATCAT-GAATTCAAAG-----T--AGGAAA-ATT--A-TTA------ATTTCCAT-ATG--ATATAGT---TC-A--A-----T----TTTGA----AA-----TTAATGCC----CAAC-CAAAATGTA-----TAAATTATAT----TGC-----CAC-CTTTTTAAAttatgataaatattcatttcagcagtttca
gi|21                         :              taagataacTCCATC----CTC------ATGTGACTCATAAATA-TCAAA-GG-TTAAAAG-----T--GGAAAA-ACGGCA-TTC------ATTTCCAC-TTA--tgtgccagacataatattagaacagaagtgcatatcagtaataggaaattgcat
gi|26                         :           aattaaggttacTCCATC----CTC------ATGTGAC--GTAATA--TTAAT-GG-TTAAAGG-----T--GGGGAA-ACTGTA-TCA------ATTTCC
gi|25                         :                aattaaggttacC----CTC------ACATGACTTATCAATA-TCTAT-GG-TTAAAAG-----T--AGAGAA-AGTGT
gi|38                         : atttcatttaagatagttccaacgttaa----CTC------ATGTGACTTATCAATA-TTAAT-GG-TTAAAAG-----
gi|17                         :                                         tgaggtaccccctAAAT-ATGAT-GA-TTCAAAG-----CTTAGAAAA-ACTGTA-GTA------ATTTCCAT-TTATCATATAGC---CT-AATA-----T----TT-------AT-----TCAAAG-------AAA-AAAAATA--------A-----TGT----TGC-----CA--CCTTTAAAAGATG--tgga
gi|3                          :                                                        tt-TTAAT-GG-TTAACAG-----T--AGATAA--CT--A-TTG------ATTTTGAT-TAA--ATTTCGT---TT-A--T-----T----TT-------AG-----CCAATAAA----CAAA-GGGAATAT------CA------GT----TGT-----CAC-CATTTTAATGATG--TA-CA-----TACGTTTATAAATAA-ACGTAAAAAAATTA-GCAC---A--TTTTTATTAATTAAATAGCAT-------AATGAAAATACG-TATTTATAAAC-TGGTTAAAGTA-A-CA--TA--------TT----ATTTT---AGC-------AG--TTTCAGATACCTTT-----TACT------TTA----TAAA-------TACATATAAATTAA-TTGTGGGTAT
gi|5                          :                                                               T-GG-ATAAAAG-----T--GGAAAA-ACTGTA-TTA------TTTTCCAT-TT----TAT-GGTCTTT-A--A-----C----TT-------GA-----TCAACACC----CAAA-GGAAATGTATATATCA-----TGT----TGC-----CAG-CTCTTTAAAAATGTCAAACA---------TACATA--TAA-ACAAAAGTAGAT-ATACAC---G--T-------------ATA------------ATAAAAATGCA-TA---A--AAC-TTCTTAAAATGAG-CA--Acttggagatcattcgtaaactat
gi|4                          :                               taagataccccctatcttataggaattatcaatagtacTCAAAG-----T--AGAAAAAACTGTA-TCA------ATTACAAC-TTA--ATATAAT---TT-G--A-----T----TG-------AA-----TCGACAAT----CAAA-GAAAATATG-----CA-----TCT----TTC-----TGC-CTATTGAAAGAT----AATA-----GACATGCATG--T---ACAT--AAACAT-C-TCAC---A--TTTTTATTA----AACAGC----------ATAAAA--ACA-TA---AA-AACTTGGTTGCAATA-A-CA--AAAT------CTA--AA---TTTCATC-------AG--T----tgtctaatgtcagcagtttaaaaaaaaacactgctagttaacatcatag
gi|13                         :                                                                                              TA-TTT------ATTTC------AT-ATATAGT---TT-A--A-----G----TT-------GA-----TAAAT--CATAACAGA-AATGATATA-----CA-----TGTATGTTGC-----CAA-CTTCTTAAttaaaaaaatgctactataaaaatatatatcatctacttgggacatcagggaaatcagtgtacaatagttatgtagcaga
gi|20                         :                                                                                                                                                                   aatgtagaaagcttgtacaaaATGTG-----TA-----TGT----TGT------AA-CTTTATACACGT---AAACA-----GAAGTATGTG--TCA-ACATCAGAAAAT-C-ACAC---A--TTGACTTTA----AA-GG-------------AAAAATACG-TT---AA-AAC-TTGTTgtatttcggacatacatctaaataaacaaatgtacaca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                    -----TAT----TGT-----CAC-CTTTATAATGATGTAAGACATGCATACTGTATATG--TAA-ACATTCGAAAAT-T-GCAC---A--TTTTCACTA----AAACGAAT-------AGTAAAAATACA-TA---
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                aatatcagtagtagc--TCA-ACATCAGAAAAT-A-AAAC---A--TTGTCAATA----AACAGCAATT-----GATAAAAATAGA-TC---AA-AAG-TGGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ---A--TTTTCATGA----AACAACAT-------AATAAAAATACT-TA---AA-AAC-TAGTTAAGATG-A-TA--AA--------agtttatgacaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         ttaaagcccactcat---A--TTTTCATTA----AACAGCAT-------TATAGAAAGGCATTA---AA-AAT-TAGTCAAAATG-A-CATCAT--------TTT--GA---T---TTC-------AA--T----ACTtgttaatgttatccgttccagtaaactgctaattcatgaatatatacatgcaaactaattatggatata
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTCATTA----AACAGTAATTACTTTGA--AAAATACA-TA---AA-AAT-TGGCTGAAATG-GTTA--AATTCTTATTCT---AA---TA--ATCTTAAAAAAGACT----ACTGC--TT-----TATT------ATACATGTAAATTAATCTTGGATATCAGGAAAtttgaaaaaatatgtctaaagtgattgtgaatatttaggaaagaaatactgatgtaggagttatgcccct
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTA----AACAGCA----------TAAAAACACA-TT---AA-AAC-TGGTTAAATTG-A-CA--AA--------ATGTTCA---T---TTCTTTTA--AA--T----GCTAC--TC-----TATA------TCA----ATCA-------TCGATATCAGAGAAATTATat

Unaligned ( gi|22 ): AAAATTTGTTAAAATGACAATGTCAACAGTTATCAACCTCGCTAATTGATGAATATATGTAAATTAATTGTGGATATT
Unaligned ( gi|32 ): TAAAGGTAGTGCCACCTCATGCGTATTATCAATATTAATGGTTTGAAGTAGAAAAGCTGCAT
Unaligned ( gi|33 ): TATATTGTCAGACTTGCATAAACAGAAGTATAATTGTAAACATCAGAAAATCATACATT
Unaligned ( gi|35 ): TATTTAAGGTTACTCCATCCTCAAGAGTCTTATCAATATCAATGGTTAAAAGTGG
Unaligned ( gi|36 ): TTATAAATATATATGAATCAATTGTGGGTATCAAGGAAATCATCTGCATAGTATG
Unaligned ( gi|39 ): CTTAAGGTAGCTCCATCCTCACGGCTTATCAGTATTAAGGTTAAAGG

lowQualScore                  :                                                                                                                                                            1111111                              1111111                                 9999999999999999999999999999                  111                         1111111111                                                777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777     1111111    111111   1111    2222222222    1111111111              1            222   22      2         
lowQualScore                  :                                    3333   9999999           1  1      3 1   2    22 1  33333    1    1  1   555555    22    2  6666      33  2 2 33  6666  4444444         0  33      777777    8888888    777777   555  33     0       4444444444444444444444444444 2 3    3     44  777              5555 2 2 2 3333333333   2        2 7777 2    2     0 44     3 3 3 44 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444     9999999    666666   2222    0000000000    9999999999  5  88 3 1   5  6         111   77    2 0    3    
lowQualScore                  :                                    ....   .......           .  .      . .   .    .. .  .....    .    .  .   ......    ..    .  ....      ..  . . ..  ....  .......         .  ..      ......    .......    ......   ...  ..     .       ............................ . .    .     ..  ...              .... . . . ..........   .        . .... .    .     . ..     . . . .. ..................................................................     .......    ......   ....    ..........    ..........  .  .. . .   .  .         ...   ..    . .    .    
lowQualScore                  :                                    5555   0000000           5  5      0 5   4    00 5  77777    6    7  8   555555    66    5  7777      99  9 9 99  1111  3333333         6  99      777777    7777777    777777   000  99     9       4444444444444444444444444444 5 3    1     66  555              3333 4 5 4 5555555555   5        5 8888 7    9     2 22     1 1 1 22 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777     3333333    444444   1111    4444444444    0000000000  7  33 8 0   3  7         555   55    5 0    0    
consensus                     :                         NAAGCTCCATC----CTC------GTGTGACTTATC-AATATTAAT-G-GTTCAAAG--T-AG-----AAAA-ACTG-TA-TTA------ATTT--CCAC-TT-A--ATATAG--TT-T-A--AT----TT-------AATCAATAACCA--AAGAAA------ATGTG-----TATGT------TGC---CAC-CTTTTTAAAGATG--AAACA-----A--G---T-T-ATG--TCA-ACATCAGAAA--AT-NGCACATTTTCATTAA----ACA-GCA-------TG-ATA-AAAATACA-TA---A-AAAC-TGGTTAA--AATGA-C-A-A--A---T-----------T--------A--AT---TT---------C-----AG-------T-------ACTGCTT-----TATT------TTA----TAAA-------TANATAT---C-AA-NNAA-TTA-TNGGTAC-ATCAGAAAAATAATNAATCCATCANATGGGTNATTG
Reference ( family-2226 )     :                         NAAGCTCCATC----CTC------GTGTGACTTATC-AANATTAAT-G-GTTCAAAG--T-AG-----AAAA-ACTG-TA-TTA------ATTT--CCAC-TT-A--ATATAG--TT-T-A--AT----TT-------AATCAATAACCA--AAGAAA------ATGTG-----CATGT------TGC---CAN-CTTTTTAAAGATG--AAACA-----A--G---T-T-ATG--TCA-ACATCAGAAA--AT-AACACATTTTCATTAA----ACA-GCA-------TG-ATA-AAAATACA-TA---A-AAAC-TGGTTAA--AATGA-C-A-A--A---T-----------T--------N--AT---NT---------C-----AG-------T-------ACTGCTT-----TATT------TTA----TAAA-------TNGATAT---C-AG-NNAA-TTA-TNGNTACTATCAGAAAAATAATAAAT--ATCACA-GGATTATTG
gi|1                          :                          AAGTTTCATC----CTC------GTGTGACTTATA-AAACTTGAT-G-GTTCAAAG--A-AG-----AAAA-ACTG-TA-TTG------ATTT--CCGC-TT-A--ATATAG--GT-T-A--AT----TT-------AATCAATACCCA--AAGATA------ATGTA-----CATGT------TGC---CAG-CTTTTTAAAGATG--AAACA-----A--AGGTT-T-ATC--TCA-ACATCAGAAA--AT-AACGCATTTTCATTAA----ATA-GCA-------AG-ATA-AAAATACA-TA---A-CAAC-TGGTTTA--AATGG-C-A-A--A---C-----------TG-------G--AT---AT---------C-----AG-------T-------GCTGCTT-----TATT------TTA----TAAA-------TGGATAT---C-AA-GGAACTCA-TTGGTATGAT---AAACATA--CAATCCATCAAATGGGTGATTG
gi|10                         :                          aAACTTCACC----TCC------GTGTGACTTCAC-AATATC-AT-GAATTCAAAG--T-AG-----GAAA-AT---TA-TTA------ATTT--CCAT-AT-G--ATATAG--TT-C-A--AT----TTTGA----AATTAATGCCCA--ACCAAA------ATGTATAAATTATAT------TGC---CAC-CTTTTTAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       taagatATTTTCATTAA----ACA-GCA-------TT-ATA-GAAAGGCATTA---A-AAAT-TAGTCAA--AATGA-C-ATC--ATT-T-----------T--------G--AT---TT---------C-----AA-------T-------ACTtgtgccagacataatattagaacagaagtgcatatcagtaataggaaattgcat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          CATATTTTCATGAA----ACA-ACA-------TA-ATA-AAAATACT-TA---A-AAAC-TAGTTAA--GATGA-T-A-A--ATG-T-----------T--------A--AT---GTTATCCGTTCC-----AG-------TAA-----ACTGC-------TAAT------TCA----TGAA-------TATATACATGCAAA-CTAA-TTA-TGGATAtttgaaaaaatatgtctaaagtgattgtgaatatttaggaaagaaatactgatgtaggagttatgcccct
gi|13                         :                                                                  ttaaagcccactAATG--T-AG-----AAAG-CTTG-TA-CAA------ATAT--TTAT-TTCAT-ATATAG--TT-T-A--AG----TT-------GATAAATCATAA--CAGAAATGATATACATG-----TATGT------TGC---CAA-CTTCTTAAta
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTCATTAA----ACA-GTAATTACTTTG-A---AAAATACA-TA---A-AAAT-TGGCTGA--AATGGTT-A-A--A---TTCTTATTCTAAT--------A--AT---CT---------T-----AAAAAAGACT-------ACTGCTT-----TATT------ATACATGTAAATTAATCTTGGATAT---C-AG-GAAA-gtatttcggacatacatctaaataaacaaatgtacaca
gi|15                         :                          AAGCTCCACC----C-C------ATGTGAGTTATC-AAAAGCAAT-G-GTTCAAAA--T-AG-----AAAA-ACTGATT-TTA------ACTTAAAAAG-TT-A--AAATTG--TT-T-A--AT----AT-------ACTCAATAATCA--AATGAA------ATATG-----TATGT------TGat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                        gTAT------TGT---CAC-CTTTATAATGATGTAAGACATGCATACTG---TAT-ATG--TAA-ACATTCGAAA--AT-TGCACATTTTCACTAA----AAC-GAA-------TA-GTA-AAAATACA-TA---t
gi|17                         :                                              aatatcagtagtagc-AATAT-GAT-G-ATTCAAAGCTT-AG-----AAAA-ACTG-TA-GTA------ATTT--CCAT-TT-ATCATATAG--CC-T-AATAT----TT-------ATTCAA-AG--A--AAAAAA------ATA--------ATGT------TGC---CAC-C-TTTAAAAGATG--
gi|18                         :                        ttaAGCTCCATC----CTCTAGCGTGCGTGACACATC-AATATCAAT-G-A---AAAG--T-AG-----AAA---TTG-TA-CAA------ATC---CCAC-CT-A--ATAGAG--TT-T-T--AA----TT-------GTTCAACAACCA--AAGAAA------
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                aggtTTAA----ACA-GCA-------T----A-AAAACACA-TT---A-AAAC-TGGTTAA--ATTGA-C-A-A--AATGT-----------T--------C--AT---TT---------CTTTTAAA-------T-------GCTACTC-----TATA------TCA----ATCA-------TCGATAT---C-AGAGAAA-TTA-T
gi|2                          :                           AGCTGCACT----CTC------ATGTGACTTATT-AATATTAAG-G-ATTCAAAA--C-AG-----AAAA-ATTG-CA-TTACCGTTAATTT--CCAC-CT-C--ATGCAG--TT-TTA--ATCATTTT-------AATCAATAACCA--AAGAAA------ATGGA-----TATGT------TGC---CAA-ATTTC-AAAGAGG-----------------------------------TCAGATATGAT-G-CATGTTTTCATGAA----ACA-GTA-------TA-ATA-AAAATACG-TA---A-AGAT-TGGTAAA--AATGA-CCA-A--A---T-----------T--------TTTAT---TT---------C-----A----------------ACTGTTTCAAAGTATTGCTGCATTA----TAAA-------T--ATAT---C----TAAA-TTAATTGTTACTATCAGAAAAATAATAAAT--ATCACA-GGATTATTGatac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                      t------ATGTG-----TATGT------TGT----AA-CTTTATACACGT---AAACAGA---A--G---TAT-GTG--TCA-ACATCAGAAA--AT-CACACATTGACTTTAA----A-G-G--------------A-AAAATACG-TT---A-AAAC-TTGTTc
gi|21                         :                             CTCCATC----CTC------ATGTGACTCATA-AATATCAAA-G-GTTAAAAG--T-GG-----AAAA-ACGG-CA-TTC------ATTT--CCAC-TT-A--
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                        aattaaggtta--TCA-ACATCAGAAA--AT-AAAACATTGTCAATAA----ACA-GCAAT-----TG-ATA-AAAATAGA-TC---A-AAAG-TGGTTAGTTTATGA-C-A-A--
gi|24                         :                           AGCTCCATC----CTC------CTGTGAATTATC-AATATTAGT-G-GTTCAAAG--TGGG-----GGAA-ATTG-TATTTA------ATTT--CTGC-TT-
gi|25                         :                              aaggtC----CTC------ACATGACTTATC-AATATCTAT-G-GTTAAAAG--T-AG-----AGAA-AGTG-T
gi|26                         : atttcatttaagatagttccaacgttaaCTCCATC----CTC------ATGTGACGTA----ATATTAAT-G-GTTAAAGG--T-GG-----GGAA-ACTG-TA-TCA------ATTT--CC
gi|27                         :                aattaaggttaAGTTCCATG----CTC------ACACGACTTATC-AATATTGAT-T-ATTCAAAG--T-AG------ACA-ACTG-TA-TTG------ATTT--CC
gi|28                         :                     taaagtAGCTCCGTC----CTC------GTG--ACTTATC-AAAATTAAT-G-GCTCAAAG--T-AG-----AAAA-ACTG-TA-TCG------ATTT--CCA
gi|29                         :                      acggtAGCTTTACC----TTC------ATGTGACTTATC-AAAATTAAT-G-GTTGAAAG--T-GG-----AAGA-ACTG-T--TTA------AATT--
gi|3                          :                                                             aaggtTTAAT-G-GTTAACAG--T-AG-----ATAA--CT---A-TTG------ATTT--TGAT-TA-A--ATTTCG--TT-T-A--TT----TT-------AGCCAATAAACA--AAGGGA------ATAT------CA-GT------TGT---CAC-CATTTTAATGATGT-ACATA-----C--G---T-TTATAAATAA-ACGTAAAAAA--ATTAGCACATTTTTATTAATTAAATA-GCA-------TA-ATG-AAAATACG-TATTTATAAAC-TGGTTAA--AGTAA-C-A-T--A---T-----------TATTTTAGCA--GT---TT---------C-----AGA------T-------ACC-TTT-----TACT------TTA----TAAA-------TACATAT---A-AA-TTAA-TTG-TGGGTA
gi|30                         :                           AGGTCCACT----CTC------ATGTGACTTATC-AAAATAAATGG-GTTTAAAA--A-AA-----AAAA-Atcttggagatcattcgtaaactat
gi|31                         :                   ttgaaggtAGTTCCACC----CTC------ATGTGACTTAT-----ATTAAT-T-GTTGAAAG--T-GT-----AAAA-ATTG-TA-TTA------ATGT--Caagta
gi|32                         :                          aaggtCCA-C----CTC------ATGCGTATTATC-AATATTAAT-G-GTTTGAAG--T-AG-----AAAA-GCTG-CA-T
gi|34                         :                taaaggtagtgAGCTCCATCTACCCTC------ATGTGAACTATC-AATATTAAT-G-GTTCAAA
gi|35                         :                        aaggtCTCCATC----CTC------AAGAGTCTTATC-AATATCAAT-G-GTTAAAAG--T-GG-----aatggg
gi|37                         :               tatttaaggttaAGGTCCACT----CTC------ATGTGACTTATC-AAAATAAATGG-GTTTAAA------------AAAA-A
gi|38                         :                             tgaaggt----CTC------ATGTGACTTATC-AATATTAAT-G-GTTAAAAG--T-GG-----A
gi|39                         :              tgaggtaccccctAGCTCCATC----CTC--------ACGGCTTATC-AGTATTAA--G-GTT-AAAG--
gi|4                          :                                                                    cttaaggtTCAAAG--T-AG-----AAAAAACTG-TA-TCA------ATTA--CAAC-TT-A--ATATAA--TT-T-G--AT----TG-------AATCGACAATCA--AAGAAA------ATATG-----CATCT------TTC---TGC-CTATTGAAAGATAATAGACA-----T--G-----C-ATG--T---ACAT--AAAC--AT-CTCACATTTTTATTAA----ACA-GC-----------ATA-AAA--ACA-TA---A-AAACTTGGTTGC--AATAA-C-A-A--AATCT-----------A--------A--ATTTCAT---------C-----AG-------TTTAAAAAAATGC-------TACT------ATA----AAAA-------TATATAT---C-AT-CTAC-TT----GGGAC-ATCAGGGAAATg
gi|5                          :                                                     GAATTATC-AATAGTACT-G-GATAAAAG--T-GG-----AAAA-ACTG-TA-TTA------TTTT--CCAT-TT-----TATGGTCTT-T-A--AC----TT-------GATCAACACCCA--AAGGAA------ATGTATATATCATGT------TGC---CAG-CTCTTTAAAAATGTCAAACA------------TAC-ATA--TAA-ACA----AAA--GT-AG-ATAT-------------ACACGTA-------TA-ATA-AAAATGCA-T----A-AAAC-TTCTTAA--AATGA-G-C-A--A---TGTC--------T--------A--AT---GT---------C-----AG-------C-------Acagtgtacaatagttatgtagcaga
gi|6                          :     taagataccccctatcttatagAGCTCCATC----CTC------ACGTGCATTATC-AGTATTGG--G-ATTCAAAG--T-GGGGAAAAAAA-ACTG-TA-CTG------CTTT--CCTC-TT-A--ACACAG--AT-T-A--AT----TT-------AATCAATAACCA--AATAAA------CTGTG-----CATGTTACATGTAC---CGC-CTTTTC----ATA--AACC----------------------CCAGACATCA------------ACAATTTCATGAA----AAA-GAA-------TA-ATG-AAAATATA-CA---A-AAAC-TTGTAGG--AATAG-C-C-A--A---T-----------T--------gtttaaaaaaaaacactgctagttaacatcatag
gi|7                          :                     aaaggtAGGTCCATC----CTC------TTGTGACTTATC-AACATTATT-G-GTTCAAAG--T-AG-----AAAA-AATG-TA-TAG------ATTT--CCAG-TT-G--ATATAT--TT-T-G--AT----TT-------AATTAGTAACCA--AAGGAA------ACG-A-----TATGT------TGC---AAGACTTTTTAAAGATG----------------------------TCA-G-ATAAGCAA--AT-AGCACATTTCCATTAA----ATA-GCA-------TG-ATA------AC-----------AC-TGGCTAG--AATTA-T-A-A--AATTT-----------T--------A--AT---TT---------C-----Attattgccaacctttaaaacaactgctatcatag
gi|8                          :                      taaggtGCTCCATC----CTC------GTGTAACGAAGC-AAAATTATT-G-GTACAAAG--T------------------TA-TTT------AATT--CTAC-TT-A--TTTTAG--GT-T-A--AT----TT-------AATGAGTAAAGATTAAGTAC------ACGTG-------TGT------TGCACACAC-------ACACACG---AACA-----A--GT--T-T-CTA--TCA-ACATCAGAAA--AT--TCACATTTTCATGAA----------A-------TG-AT----AATACA-T--------------TT-----ATGA-T-A-AATA---T-----------T--------C--AT---TT---------C-----AG-------C-------Aacagtttcaa
gi|9                          :                   ttacgattAGCTCCATC----CTC------GTGTGAACTATCGGATATCAAT---GCTC----------------AGA-ACTG-TA-TTA------TTTT--CCATATT-A--ACAATG--TTGT-G--AT----TTTTATTAAAATTA--AACCT--AAGAAA------ATGTG-----TGTG-------TGC---CAT-CCTTTTAAAGATGTCACACT-----A--A---T-A-A----TCA-ACATTAG-AA--AT-CGTTTAATTTTATTAA----------A-------TGAATATAAAATTCA-TA---A-AAgtttca

Unaligned ( gi|22 ): AAAATTTGTTAAAATGACAATGTCAACAGTTATCAACCTCGCTAATTGATGAATATATGTAAATTAATTGTGGATATT
Unaligned ( gi|33 ): TATATTGTCAGACTTGCATAAACAGAAGTATAATTGTAAACATCAGAAAATCATACATT
Unaligned ( gi|36 ): TTATAAATATATATGAATCAATTGTGGGTATCAAGGAAATCATCTGCATAGTATG

lowQualScore                  :                                                                                                                                                          1111111                              111111111111                                 999999999999999999999999999999                                                1111111111                                               7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    111111              111111          111111111                  11      1         
lowQualScore                  :                                    3333   7777777           1         3 1   2    22 1  33333     1   1  777777       22    2  6666      66  2  33 6666   4444444         0  33      777777    555555555555    777777   555  6666           666666666666666666666666666666 1 6    7    555 3  666              5555 2 2 2 3333333333   2        2 7777 2     33     33     5  2 66 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999  0 111111   1     1    999999 4 22  4  222222222     1      3 1   77    1 5    1    
lowQualScore                  :                                    ....   .......           .         . .   .    .. .  .....     .   .  ......       ..    .  ....      ..  .  .. ....   .......         .  ..      ......    ............    ......   ...  ....           .............................. . .    .    ... .  ...              .... . . . ..........   .        . .... .     ..     ..     .  . .. ...............................................................................  . ......   .     .    ...... . ..  .  .........     .      . .   ..    . .    .    
lowQualScore                  :                                    5555   5555555           5         0 5   4    00 5  77777     6   7  000000       66    5  7777      88  9  99 1111   3333333         6  99      777777    999999999999    777777   000  2222           555555555555555555555555555555 5 2    2    444 1  555              3333 4 5 4 6666666666   5        5 5555 5     11     99     7  9 88 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555  1 555555   2     0    000000 0 00  0  000000000     0      2 0   55    0 5    0    
consensus                     :                         NAAGCTCCATC----CTC------ATGTGACTTATC-AATATTAAT-G-GTTCAAAG--T-AG-----AAAAA-CTG-TA------TTAATTT--CCAC-TT-A--ATATAG--TT-TA--A----TTT-------AATCAATAACCA--AAGAAA------ATGTG-----T-----ATGT------TGC---CAC-CTTTTTAAAGATGT-A--AACA-----A--G---T-T-ATG--TCA-ACATCAGAA---A-ATC-GCACATTTTCATTAA----ACA-GCA-------TG-ATA-AAAATACA-TA---A-AAACT-GGTTAA--AATGA-CA-A--A---T-----------T---A--------A---------TTTC-----A---G-------T-------ACTGCTT-----TATT------TTATAAATATATAT---N--A-ATTAA-TTGTGGGTAT-ATCAGGAAAATAATNAATCCATCANATGGGTNATTG
Reference ( family-2226 )     :                         NAAGCTCCATC----CTC------GTGTGACTTATC-AATATTAAT-G-GTTCAAAG--T-AG-----AAAAA-CTG-TA------TTAATTT--CCAC-TT-A--ATATAG--TT-TA--A----TTT-------AATCAATAACCA--AAGAAA------ATGTG-----T-----ATGT------TGC---CAC-CTTTTTAAAGATG--A--AACA-----A--G---T-T-ATG--TCA-ACATCAGAA---A-ATN-GCACATTTTCATTAA----ACA-GCA-------TG-ATA-AAAATACA-TA---A-AAACT-GGTTAA--AATGA-CA-A--A---T-----------T---A--------A---------TTTC-----A---G-------T-------ACTGCTT-----TATT------TTATAAATANATAT---C--A-ANNAA-TTATNGGTAC-ATCAGAAAAATAATNAATCCATCANATGGGTNATTG
gi|1                          :                          AAGTTTCATC----CTC------GTGTGACTTATA-AAACTTGAT-G-GTTCAAAG--A-AG-----AAAAA-CTG-TA------TTGATTT--CCGC-TT-A--ATATAG--GT-TA--A----TTT-------AATCAATACCCA--AAGATA------ATGTA-----C-----ATGT------TGC---CAG-CTTTTTAAAGATG--A--AACA-----A--AGGTT-T-ATC--TCA-ACATCAGAA---A-ATA-ACGCATTTTCATTAA----ATA-GCA-------AG-ATA-AAAATACA-TA---A-CAACT-GGTTTA--AATGG-CA-A--A---C-----------TG--G--------A---------TATC-----A---G-------T-------GCTGCTT-----TATT------TTATAAATGGATAT---C--A-AGGAACTCATTGGT---ATGATAAACATA--CAATCCATCAAATGGGTGATTG
gi|10                         :                          aAACTTCACC----TCC------GTGTGACTTCAC-AATATC-AT-GAATTCAAAG--T-AG-----GAAAA-T---TA------TTAATTT--CCAT-AT-G--ATATAG--TT-CA--A----TTTTGA----AATTAATGCCCA--ACCAAA------ATGTATAAATT-----ATAT------TGC---CAC-CTTTTTAAATGTG-------CC-----A--G---A-C-AT-----A-ATATTAGAACAGA-AGT-GCATAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              taagatATTTTCATTAA----ACA-GCA-------TT-ATA-GAAAGGCATTA---A-AAATT-AGTCAA--AATGA-CATC--ATT-T-----------T---G--------A---------TTTC-----A---A-------T-------AC------------TT------TTGAAAAAATATGT---CTAA-AGTGA-TTGTGAATAT--TTAGGAAAGAAATcagtaataggaaattgcat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CATATTTTCATGAA----ACA-ACA-------TA-ATA-AAAATACT-TA---A-AAACT-AGTTAA--GATGA-TA-A--ATG-T-----------T---A--------ATGTTATCCGTTCC-----A---G-------TAA-----ACTGC-------TAAT------TCATGAATATATACATGCA-A-ACTAA-TTATGGATAT-Aactgatgtaggagttatgcccct
gi|13                         :                                                                  ttaaagcccactAATG--T-AG-----AAAGC-TTG-TA------CAAATAT--TTAT-TTCAT-ATATAG--TT-TA--A----GTT-------GATAAATCATAA--CAGAAATGATATACATG-----T-----ATGT------TGC---CAA-CTTCTTAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTCATTAA----ACA-GTAATTACTTTG-A---AAAATACA-TA---A-AAATT-GGCTGA--AATGGTTA-A--A---TTCTTATTCTAAT---A--------A---------TCTT-----A---AAAAAGACT-------ACTGCTT-----TATT------------ATACATGT---A--A-ATTAA-TC-TTGG-AT-ATCAGGAAAATgtatttcggacatacatctaaataaacaaatgtacaca
gi|15                         :                          AAGCTCCACC----C-C------ATGTGAGTTATC-AAAAGCAAT-G-GTTCAAAA--T-AG-----AAAAA-CTGATT------TTAACTTAAAAAG-TT-A--AAATTG--TT-TA--A----TAT-------ACTCAATAATCA--AATGAA------ATATG-----T-----ATGT------TG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                           gTAT------TGT---CAC-CTTTATAATGATGTAA--GACATGCATACTG---TAT-ATG--TAA-ACATTCGAA---A-ATT-GCACATTTTCACTAA----AAC-GAA-------TA-GTA-AAAATACA-TA---t
gi|17                         :                                              aatatcagtagtagc-AATAT-GAT-G-ATTCAAAGCTT-AG-----AAAAA-CTG-TA------GTAATTT--CCAT-TT-ATCATATAG--CC-TAATA----TTT-------ATTCAA-AG--A--AAAAAA------ATA-------------ATGT------TGC---CAC-C-TTTAAAAGATG--
gi|18                         :                        ttaAGCTCCATC----CTCTAGCGTGCGTGACACATC-AATATCAAT-G-A---AAAG--T-AG-----AAA---TTG-TA------CAAATC---CCAC-CT-A--ATAGAG--TT-TT--A----ATT-------GTTCAACAACCA--AAGAAA------
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aggtTTAA----ACA-GCA-------T----A-AAAACACA-TT---A-AAACT-GGTTAA--ATTGA-CA-A--AATGT-----------T---C--------A---------TTTCTTTTAA---A-------T-------GCTACTC-----TATA------TCAATCATCGATAT---C--AGAGAAA-TTAT
gi|2                          :                           AGCTGCACT----CTC------ATGTGACTTATT-AATATTAAG-G-ATTCAAAA--C-AG-----AAAAA-TTG-CATTACCGTTAATTT--CCAC-CT-C--ATGCAGT-TT-TA--ATCATTTT-------AATCAATAACCA--AAGAAA------ATGGA-----T-----ATGT------TGC---CAA-A-TTTCAAAGA-G---------------------------G--TCAGATAT--GA--------T-GCATGTTTTCATGAA----ACA-GTA-------TA-ATA-AAAATACG-TA---A-AGATT-GGTAAA--AATGACCA-A--ATT-T-----------T---T--------A---------TTTC-----A-------------------ACTGTTTCAAAGTATTGCTGCATTATAAATATATCT---A--A-ATTAA-TTGT---TACTATCAGAAAAATAATAAAT--ATCACA-GGATTATTGatac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                    t------ATGTG-----T-----ATGT------TGT---AAC----TTTATACACGT-A--AACAGA---A--G---TAT-GTG--TCA-ACATCAGAA---A-ATC-ACACATTGACTTTAA----A-G-G--------------A-AAAATACG-TT---A-AAACT-TGTTc
gi|21                         :                             CTCCATC----CTC------ATGTGACTCATA-AATATCAAA-G-GTTAAAAG--T-GG-----AAAAA-CGG-CA------TTCATTT--CCAC-TT-A--
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aattaaggtta---A-AAATT-TGTTAA--AATGA-CA-AT-G---T-----------C---A--------A------------C-----A---G-------TTATCA--ACCTCGC-----TAAT------TGATGAATATATGT---A--A-ATTAA-TTGTGGATA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        --TCA-ACATCAGAA---A-ATA-AAACATTGTCAATAA----ACA-GCAAT-----TG-ATA-AAAATAGA-TC---A-AAAGT-GGTTAGTTTATGA-CA-A--tt
gi|24                         :                           AGCTCCATC----CTC------CTGTGAATTATC-AATATTAGT-G-GTTCAAAG--TGGG-----GGAAA-TTG-TAT-----TTAATTT--CTGC-TT-
gi|25                         :                              aaggtC----CTC------ACATGACTTATC-AATATCTAT-G-GTTAAAAG--T-AG-----AGAAA-GTG-T
gi|26                         : atttcatttaagatagttccaacgttaaCTCCATC----CTC------ATGTGACGTA----ATATTAAT-G-GTTAAAGG--T-GG-----GGAAA-CTG-TA------TCAATTT--CC
gi|27                         :                aattaaggttaAGTTCCATG----CTC------ACACGACTTATC-AATATTGAT-T-ATTCAAAG--T-AG------ACAA-CTG-TA------TTGATTT--CC
gi|28                         :                     taaagtAGCTCCGTC----CTC------GTG--ACTTATC-AAAATTAAT-G-GCTCAAAG--T-AG-----AAAAA-CTG-TA------TCGATTT--CCA
gi|29                         :                      acggtAGCTTTACC----TTC------ATGTGACTTATC-AAAATTAAT-G-GTTGAAAG--T-GG-----AAGAA-CTG-T-------TTAAATT--
gi|3                          :                                                             aaggtTTAAT-G-GTTAACAG--T-AG-----ATAA--CT---A------TTGATTT--TGAT-TA-A--ATTTCG--TT-TA--T----TTT-------AGCCAATAAACA--AAGGGA------ATAT------C-----A-GT------TGT---CAC-CATTTTAATGATGT-A--CATA-----C--G---T-TTATAAATAA-ACGTAAAAA---A-ATTAGCACATTTTTATTAATTAAATA-GCA-------TA-ATG-AAAATACG-TATTTATAAACT-GGTTAA--AGTAA-CA-T--A---T-----------T---ATTTTAGCAG---------TTTC-----A---GA------T-------ACC-TTT-----TACT------TTATAAATACATAT---A--A-ATTAA-TTGTGGGTA
gi|30                         :                           AGGTCCACT----CTC------ATGTGACTTATC-AAAATAAATGG-GTTTAAAA--A-AA-----AAAAA-tcttggagatcattcgtaaactat
gi|31                         :                   ttgaaggtAGTTCCACC----CTC------ATGTGACTTAT-----ATTAAT-T-GTTGAAAG--T-GT-----AAAAA-TTG-TA------TTAATGT--Caagta
gi|32                         :                          aaggtCCA-C----CTC------ATGCGTATTATC-AATATTAAT-G-GTTTGAAG--T-AG-----AAAAG-CTG-CA------T
gi|34                         :                taaaggtagtgAGCTCCATCTACCCTC------ATGTGAACTATC-AATATTAAT-G-GTTCAAA
gi|35                         :                        aaggtCTCCATC----CTC------AAGAGTCTTATC-AATATCAAT-G-GTTAAAAG--T-GG-----aatggg
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tatttaaggtta------TTATAAATATATAT---G--A-ATCAA-TTGTGGGT---ATCAAGGAAATCAT
gi|37                         :                           AGGTCCACT----CTC------ATGTGACTTATC-AAAATAAATGG-GTTTAAA------------AAAAA-ctgcatagtatg
gi|38                         :                             tgaaggt----CTC------ATGTGACTTATC-AATATTAAT-G-GTTAAAAG--T-GG-----A
gi|39                         :              tgaggtaccccctAGCTCCATC----CTC------ACG--GCTTATC-AGTATTAA--G-GTT-AAAG--
gi|4                          :                                                                    cttaaggtTCAAAG--T-AG-----AAAAAACTG-TA------TCAATTA--CAAC-TT-A--ATATAA--TT-TG--A----TTG-------AATCGACAATCA--AAGAAA------ATATG-----C-----ATCT------TTC---TGC-CTATTGAAAGATA--ATAGACA-----T--G---C---ATG--T---ACAT---AA---ACATC-TCACATTTTTATTAA----ACA-GCA-------T------AAAA-ACA-TA---A-AAACTTGGTTGC--AATAA-CA-A--A---A-----------TCTAA--------A---------TTTC-----ATCAG-------TTTAAAAAAATGCT-------ACT------ATAAAAATATATAT---C--A-TCTAC-TT---GGGAC-ATCAGGGAAATg
gi|5                          :                                                     GAATTATC-AATAGTACT-G-GATAAAAG--T-GG-----AAAAA-CTG-TA------TTATTTT--CCAT-TT-----TATGGTCTT-TA--A----CTT-------GATCAACACCCA--AAGGAA------ATGTA-----TATATCATGT------TGC---CAG-CTCTTTAAAAATGTCA--AACA------------TAC-ATA--TAA-ACA----AA---A-GTA-G-ATAT-------------ACACGTA-------TA-ATA-AAAATGCA-T----A-AAACT-TCTTAA--AATGA-GC-A--A---TGTC--------T---A--------A---------TGTC-----A---G-------C-------Acagtgtacaatagttatgtagcaga
gi|6                          :     taagataccccctatcttatagAGCTCCATC----CTC------ACGTGCATTATC-AGTATTGG--G-ATTCAAAG--T-GGGGAAAAAAAA-CTG-TA------CTGCTTT--CCTC-TT-A--ACACAG--AT-TA--A----TTT-------AATCAATAACCA--AATAAA------CTGTG-----C-----ATGTTACATGTAC---CGC-CTTTTC----ATA--A--ACC----------------------CCAGACATCA--------------ACAATTTCATGAA----AAA-GAA-------TA-ATG-AAAATATA-CA---A-AAACT-TGTAGG--AATAG-CC-A--A---T-----------T---gtttaaaaaaaaacactgctagttaacatcatag
gi|7                          :                     aaaggtAGGTCCATC----CTC------TTGTGACTTATC-AACATTATT-G-GTTCAAAG--T-AG-----AAAAA-ATG-TA------TAGATTT--CCAG-TT-G--ATATAT--TT-TG--A----TTT-------AATTAGTAACCA--AAGGAA------ACG-A-----T-----ATGT------TGC---AAGACTTTTTAAAGATG------------------------------TCA-G-ATAAGCA---A-ATA-GCACATTTCCATTAA----ATA-GCA-------TG-ATA------AC-----------ACT-GGCTAG--AATTA-TA-A--AATTT-----------T---A--------A---------TTTC-----A---ttattgccaacctttaaaacaactgctatcatag
gi|8                          :                      taaggtGCTCCATC----CTC------GTGTAACGAAGC-AAAATTATT-G-GTACAAAG--T------------------TA------TTTAATT--CTAC-TT-A--TTTTAG--GT-TA--A----TTT-------AATGAGTAAAGATTAAGTAC------ACGTG------------TGT------TGCACACAC-------ACACACG-----AACA-----A--GT--T-T-CTA--TCA-ACATCAGAA---A-ATT--CACATTTTCATGAA----------A-------TG-AT----AATACA-T--------------TT-----ATGA-TA-AATA---T-----------T---C--------A---------TTTC-----A---G-------C-------Aacagtttcaa
gi|9                          :                   ttacgattAGCTCCATC----CTC------GTGTGAACTATCGGATATCAAT---GCTC----------------AGAA-CTG-TA------TTATTTT--CCATATT-A--ACAATG--TTGTG--A----TTTTTATTAAAATTA--AACCT--AAGAAA------ATGTG-----T-----GTG-------TGC---CAT-CCTTTTAAAGATGTCA--CACT-----A--A---T-A-A----TCA-ACATTAG-A---A-ATC-GTTTAATTTTATTAA----------A-------TGAATATAAAATTCA-TA---A-AAgtttca

Unaligned ( gi|33 ): TATATTGTCAGACTTGCATAAACAGAAGTATAATTGTAAACATCAGAAAATCATACATT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                          1111111                              111111111111                                        666666666666666666666666666666666666666               111                         1111111111                                               888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    1111111111       111111                       11                     11      1         
lowQualScore                  :                                    3333   444444            1         3  1  2    22 1  33333     1   1  777777       22    2  6666      66  2  33 6666   4444444         0  33      777777    555555555555    777777   2  6666      9999999     3 999999999999999999999999999999999999999 3    7777  3  000              5555 2 2 2 3333333333   2        2 7777 2     33     33     5  2 66 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888  0 2222222222 3     111111    8888 1      4   0  22 4            11 1   77    1 5    1    
lowQualScore                  :                                    ....   ......            .         .  .  .    .. .  .....     .   .  ......       ..    .  ....      ..  .  .. ....   .......         .  ..      ......    ............    ......   .  ....      .......     . ....................................... .    ....  .  ...              .... . . . ..........   .        . .... .     ..     ..     .  . .. ...........................................................................  . .......... .     ......    .... .      .   .  .. .            .. .   ..    . .    .    
lowQualScore                  :                                    4444   666666            5         0  5  4    00 5  77777     6   7  000000       66    5  7777      88  9  99 1111   3333333         6  99      777777    999999999999    777777   9  2222      3333333     1 222222222222222222222222222222222222222 1    8888  1  999              3333 4 5 4 6666666666   5        5 5555 5     11     99     7  9 88 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  1 8888888888 5     555555    5555 0      0   8  99 0            88 0   55    0 5    0    
consensus                     :                         NAAGCTCCATC----CTC------ATGTGACTTATC-AATATTAAT-GG-TTCAAAG--T-AG-----AAAAA-CTG-TA------TTAATTT--CCAC-TT-A--ATATAG--TT-TA--A----TTT-------AATCAATAACCA--AAGAAA------ATGTG-----T-----ATGT------TGC-CA-CCTTTTTAA-------AGACG-T-A-------A-AC--A-----A--G---T-T-ATG--TCA-ACATCAGAAA-ATC-GCACATTTTCATTAA----ACA-GCA-------TG-ATA-AAAATACA-TA---A-AAACT-GGTTAA--AATGA-CA-A--A---T-----------T---A--------A---------T-TTCA---G-------T-------ACCGCTT-----TATT------TT--ATAAATA------TATA----TAAATTAA-TCGTGGGTA-TATCAGGGAAATAATNAATCCATCANATGGGTNATTG
Reference ( family-2226 )     :                         NAAGCTCCATC----CTC------ATGTGACTTATC-AATATTAAT-GG-TTCAAAG--T-AG-----AAAAA-CTG-TA------TTAATTT--CCAC-TT-A--ATATAG--TT-TA--A----TTT-------AATCAATAACCA--AAGAAA------ATGTG-----T-----ATGT------TGC-CA-CCTTTTTAA-------AGATG-T-A-------A-AC--A-----A--G---T-T-ATG--TCA-ACATCAGAAA-ATC-GCACATTTTCATTAA----ACA-GCA-------TG-ATA-AAAATACA-TA---A-AAACT-GGTTAA--AATGA-CA-A--A---T-----------T---A--------A---------T-TTCA---G-------T-------ACTGCTT-----TATT------TT--ATAAATA------TATA----TNAATTAA-TTGTGGGTA-TATCAGGAAAATAATNAATCCATCANATGGGTNATTG
gi|1                          :                          AAGTTTCATC----CTC------GTGTGACTTATA-AAACTTGAT-GG-TTCAAAG--A-AG-----AAAAA-CTG-TA------TTGATTT--CCGC-TT-A--ATATAG--GT-TA--A----TTT-------AATCAATACCCA--AAGATA------ATGTA-----C-----ATGT------TGC-CA-GCTTTTTAA-------AGATG---A-------A-AC--A-----A--AGGTT-T-ATC--TCA-ACATCAGAAA-ATA-ACGCATTTTCATTAA----ATA-GCA-------AG-ATA-AAAATACA-TA---A-CAACT-GGTTTA--AATGG-CA-A--A---C-----------TG--G--------A---------T-ATCA---G-------T-------GCTGCTT-----TATT------TT--ATAAATG------GATA----TCAAGGAACTCATTGGTA-TG--ATAAACATA--CAATCCATCAAATGGGTGATTG
gi|10                         :                          aAACTTCACC----TCC------GTGTGACTTCAC-AATATCA-T-GAATTCAAAG--T-AG-----GAAAA-T---TA------TTAATTT--CCAT-AT-G--ATATAG--TT-CA--A----TTTTGA----AATTAATGCCCA--ACCAAA------ATGTATAAATT-----ATAT------TGC-CA-CCTTTTTAAATGTGCCAGACA-T-AATATTAGA-ACAGA-----A--G---TGC-ATA--TCA-GTAATAGGAA-ATT-GCA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taagatATTTTCATTAA----ACA-GCA-------TT-ATA-GAAAGGCATTA---A-AAATT-AGTCAA--AATGA-CATC--ATT-T-----------T---G--------A---------T-TTCA---A-------T-------AC------------TT------TTGAAAAAATA------TGTC----TAAAGTGA-TTGTGAATA-T-TTAGGAAAGAAATt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CATATTTTCATGAA----ACA-ACA-------TA-ATA-AAAATACT-TA---A-AAACT-AGTTAA--GATGA-TA-A--ATG-T-----------T---A--------ATGTTATCCGT-TCCA---G-------TAA-----ACTGC-------TAAT------TC--ATGAATA------TATACATGCAAACTAA-TTATGGATA-TAactgatgtaggagttatgcccct
gi|13                         :                                                                  ttaaagcccactAATG--T-AG-----AAAGC-TTG-TA------CAAATAT--TTAT-TTCAT-ATATAG--TT-TA--A----GTT-------GATAAATCATAA--CAGAAATGATATACATG-----T-----ATGT------TGC-CA-ACTTCTTAA-------
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTCATTAA----ACA-GTAATTACTTTG-A---AAAATACA-TA---A-AAATT-GGCTGA--AATGGTTA-A--A---TTCTTATTCTAAT---A--------A---------T-CTTA---AAAAAGACT-------ACTGCTT-----TATT--------------ATA------CATG----TAAATTAA-TCTTGG--A-TATCAGGAAAATgtatttcggacatacatctaaataaacaaatgtacaca
gi|15                         :                          AAGCTCCACC----C-C------ATGTGAGTTATC-AAAAGCAAT-GG-TTCAAAA--T-AG-----AAAAA-CTGATT------TTAACTTAAAAAG-TT-A--AAATTG--TT-TA--A----TAT-------ACTCAATAATCA--AATGAA------ATATG-----T-----ATGT------TG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                           gTAT------TGT-CA-CCTTTATAA-------TGATG-T-A-------AGAC--ATGCATACTG---TAT-ATG--TAA-ACATTCGAAA-ATT-GCACATTTTCACTAA----AAC-GAA-------TA-GTA-AAAATACA-TA---t
gi|17                         :                                              aatatcagtagtagc-AATAT-GAT-GA-TTCAAAGCTT-AG-----AAAAA-CTG-TA------GTAATTT--CCAT-TT-ATCATATAG--CC-TAATA----TTT-------ATTCAA-AG--A--AAAAAA------ATA-------------ATGT------TGC-CA-CC-TTTAAA-------AGATG-
gi|18                         :                        ttaAGCTCCATC----CTCTAGCGTGCGTGACACATC-AATATCAAT-GA----AAAG--T-AG-----AAA---TTG-TA------CAAATC---CCAC-CT-A--ATAGAG--TT-TT--A----ATT-------GTTCAACAACCA--AAGAAA------
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aggtTTAA----ACA-GCA-------T----A-AAAACACA-TT---A-AAACT-GGTTAA--ATTGA-CA-A--A----------------------------A---------TGTTCA------------------------TT-----TCTT------TT--A--AATGCTACTCTATA----TCAATCA--TCG-----A-TATCAGAGAAATTAT
gi|2                          :                           AGCTGCACT----CTC------ATGTGACTTATT-AATATTAAG-GA-TTCAAAA--C-AG-----AAAAA-TTG-CATTACCGTTAATTT--CCAC-CT-C--ATGCAGT-TT-TA--ATCATTTT-------AATCAATAACCA--AAGAAA------ATGGA-----T-----ATGT------TGC-CA-AA-TTTCAA-------AGAGG-T------------C--------A--G---A-T-ATG--------AT-----------GCATGTTTTCATGAA----ACA-GTA-------TA-ATA-AAAATACG-TA---A-AGATT-GGTAAA--AATGACCA-A--ATT-T-----------T---T--------A---------T-TTCA-------------------ACTGTTTCAAAGTATTGCTGCATT--ATAAATA------TATC----TAAATTAA-TTGT---TACTATCAGAAAAATAATAAAT--ATCACA-GGATTATTGatac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                    t------ATGTG-----T-----ATGT------TGT-AA-C---TTTAT-------ACACG-T-A-------A-ACAGA-----A--G---TAT-GTG--TCA-ACATCAGAAA-ATC-ACACATTGACTTTAA----A-G-G--------------A-AAAATACG-TT---A-AAACT-TGTTc
gi|21                         :                             CTCCATC----CTC------ATGTGACTCATA-AATATCAAA-GG-TTAAAAG--T-GG-----AAAAA-CGG-CA------TTCATTT--CCAC-TT-A--
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aattaaggtta---A-AAATT-TGTTAA--AATGA-CA-AT-G---T-----------C---A--------A-------------CA---G-------TTATCA--ACCTCGC-----TAAT------TG--ATGAATA------TATG----TAAATTAA-TTGTGGATA-T
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      --TCA-ACATCAGAAA-ATA-AAACATTGTCAATAA----ACA-GCAAT-----TG-ATA-AAAATAGA-TC---A-AAAGT-GGTTAGTTTATGA-CA-A--t
gi|24                         :                           AGCTCCATC----CTC------CTGTGAATTATC-AATATTAGT-GG-TTCAAAG--TGGG-----GGAAA-TTG-TAT-----TTAATTT--CTGC-TT-
gi|25                         :                              aaggtC----CTC------ACATGACTTATC-AATATCTAT-GG-TTAAAAG--T-AG-----AGAAA-GTG-T
gi|26                         : atttcatttaagatagttccaacgttaaCTCCATC----CTC------ATGTGACGTA----ATATTAAT-GG-TTAAAGG--T-GG-----GGAAA-CTG-TA------TCAATTT--CC
gi|27                         :                aattaaggttaAGTTCCATG----CTC------ACACGACTTATC-AATATTGAT-TA-TTCAAAG--T-AG------ACAA-CTG-TA------TTGATTT--CC
gi|28                         :                     taaagtAGCTCCGTC----CTC--------GTGACTTATC-AAAATTAAT-GG-CTCAAAG--T-AG-----AAAAA-CTG-TA------TCGATTT--CCA
gi|29                         :                      acggtAGCTTTACC----TTC------ATGTGACTTATC-AAAATTAAT-GG-TTGAAAG--T-GG-----AAGAA-CTG-T-------TTAAATT--
gi|3                          :                                                             aaggtTTAAT-GG-TTAACAG--T-AG-----ATAA--CT---A------TTGATTT--TGAT-TA-A--ATTTCG--TT-TA--T----TTT-------AGCCAATAAACA--AAGGGA------ATAT------C-----A-GT------TGT-CA-CCATTTTAA-------TGATG-T-A-------C-AT--A-----C--G---T-TTATAAATAA-ACGTAAAAAA-ATTAGCACATTTTTATTAATTAAATA-GCA-------TA-ATG-AAAATACG-TATTTATAAACT-GGTTAA--AGTAA-CA-T--A---T-----------T---ATTTTAGCAG---------T-TTCA---GA------T-------ACC-TTT-----TACT------TT--ATAAATA------CATA----TAAATTAA-TTGTGGGTA-T
gi|30                         :                           AGGTCCACT----CTC------ATGTGACTTATC-AAAATAAATGGG-TTTAAAA--A-AA-----AAAAA-cttggagatcattcgtaaactat
gi|31                         :                   ttgaaggtAGTTCCACC----CTC------ATGTGACTTAT-----ATTAAT-TG-TTGAAAG--T-GT-----AAAAA-TTG-TA------TTAATGT--Caagta
gi|32                         :                          aaggtCCA-C----CTC------ATGCGTATTATC-AATATTAAT-GG-TTTGAAG--T-AG-----AAAAG-CTG-CA------T
gi|34                         :                taaaggtagtgAGCTCCATCTACCCTC------ATGTGAACTATC-AATATTAAT-GG-TTCAAA
gi|35                         :                        aaggtCTCCATC----CTC------AAGAGTCTTATC-AATATCAAT-GG-TTAAAAG--T-GG-----aatggg
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tatttaaggtta------TT--ATAAATA------TATA----TGAATCAA-TTGTGGG---TATCAAGGAAATCAT
gi|37                         :                           AGGTCCACT----CTC------ATGTGACTTATC-AAAATAAATGGG-TTTAAA------------AAAAA-ctgcatagtatg
gi|38                         :                             tgaaggt----CTC------ATGTGACTTATC-AATATTAAT-GG-TTAAAAG--T-GG-----A
gi|39                         :              tgaggtaccccctAGCTCCATC----CTC------A--CGGCTTATC-AGTATTAA--GG-TT-AAAG--
gi|4                          :                                                                    cttaaggtTCAAAG--T-AG-----AAAAAACTG-TA------TCAATTA--CAAC-TT-A--ATATAA--TT-TG--A----TTG-------AATCGACAATCA--AAGAAA------ATATG-----C-----ATCT------TTC-TG-CCTATTGAA-------AGATAAT-A-------G-AC--A-----T--G---C---ATG--T---ACAT---AAACATC-TCACATTTTTATTAA----ACA-GCA-------T------AAAA-ACA-TA---A-AAACTTGGTTGC--AATAA-CA-A--A---A-----------TCTAA--------A---------T-TTCATCAG-------TTTAAAAAAATGCT-------ACT------AT--AAAAATA------TATA----TCATCTAC-TTG-GG--A-CATCAGGGAAATg
gi|5                          :                             CCCTATC----TT-------ATAGGAATTATC-AATAGTACT-GG-ATAAAAG--T-GG-----AAAAA-CTG-TA------TTATTTT--CCAT-TT-----TATGGTCTT-TA--A----CTT-------GATCAACACCCA--AAGGAA------ATGTA-----TATATCATGT------TGC-CA-GCTCTTTAA-------AAATG-TCA-------A-AC--A------------TAC-ATA--TAA-ACA----AAA-GTA-G-ATAT-------------ACACGTA-------TA-ATA-AAAATGCA-T----A-AAACT-TCTTAA--AATGA-GC-A--A---TGTC--------T---A--------A---------T-GTCA---G-------C-------Acagtgtacaatagttatgtagcaga
gi|6                          :                  taagataccAGCTCCATC----CTC------ACGTGCATTATC-AGTATTGG--GA-TTCAAAG--T-GGGGAAAAAAAA-CTG-TA------CTGCTTT--CCTC-TT-A--ACACAG--AT-TA--A----TTT-------AATCAATAACCA--AATAAA------CTGTG-----C-----ATGTTACATGTAC-CG-CCTTTTCA--------------T-A-------A-AC---------------------C--CCAGACATCA-----------ACAATTTCATGAA----AAA-GAA-------TA-ATG-AAAATATA-CA---A-AAACT-TGTAGG--AATAG-CC-A--A---T-----------T---gtttaaaaaaaaacactgctagttaacatcatag
gi|7                          :                     aaaggtAGGTCCATC----CTC------TTGTGACTTATC-AACATTATT-GG-TTCAAAG--T-AG-----AAAAA-ATG-TA------TAGATTT--CCAG-TT-G--ATATAT--TT-TG--A----TTT-------AATTAGTAACCA--AAGGAA------ACG-A-----T-----ATGT------TGC-AAGACTTTTTAA-------AGATG-T------------C--A-----G---------------------ATAAGCAA-ATA-GCACATTTCCATTAA----ATA-GCA-------TG-ATA------AC-----------ACT-GGCTAG--AATTA-TA-A--AATTT-----------T---A--------A---------T-TTCA---ttattgccaacctttaaaacaactgctatcatag
gi|8                          :                      taaggtGCTCCATC----CTC------GTGTAACGAAGC-AAAATTATT-GG-TACAAAG--T------------------TA------TTTAATT--CTAC-TT-A--TTTTAG--GT-TA--A----TTT-------AATGAGTAAAGATTAAGTAC------ACGTG------------TGT------TGCACA-C------AC-------ACACA-C-G-------A-AC--A-----A--GT--T-T-CTA--TCA-ACATCAGAAA-ATT--CACATTTTCATGAA----------A-------TG-AT----AATACA-T--------------TT-----ATGA-TA-AATA---T-----------T---C--------A---------T-TTCA---G-------C-------Aacagtttcaa
gi|9                          :                   ttacgattAGCTCCATC----CTC------GTGTGAACTATCGGATATCAAT--G-CTC----------------AGAA-CTG-TA------TTATTTT--CCATATT-A--ACAATG--TTGTG--A----TTTTTATTAAAATTA--AACCT--AAGAAA------ATGTG-----T-----GTG-------TGC-CA-TCCTTTTAA-------AGATG-TCA-------C-AC--T-----A--A---T-A-A----TCA-ACATTAG-AA-ATC-GTTTAATTTTATTAA----------A-------TGAATATAAAATTCA-TA---A-AAgtttca

Unaligned ( gi|33 ): TATATTGTCAGACTTGCATAAACAGAAGTATAATTGTAAACATCAGAAAATCATACATT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                          1111111                              111111111111                                    666666666666666666666666666666666666                     111                         1111111111                                             999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    1111111111                                11                        11      1         
lowQualScore                  :                                    3333   444444            1         3  1  2    22 1  33333    1    1  777777       22    2  6666      66  2  33 6666   4444444         0  33      777777    555555555555    777777   2  6666   0  9999999   444444444444444444444444444444444444  555 1 3    7 11    000              5555 2 2 2 3333333333   2        2 7777 2    2 0     33     2 2 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  0 7777777777       4  4 99999        4      22 4 4     888     22 1   77    1 5    1    
lowQualScore                  :                                    ....   ......            .         .  .  .    .. .  .....    .    .  ......       ..    .  ....      ..  .  .. ....   .......         .  ..      ......    ............    ......   .  ....   .  .......   ....................................  ... . .    . ..    ...              .... . . . ..........   .        . .... .    . .     ..     . . . ..............................................................................  . ..........       .  . .....        .      .. . .     ...     .. .   ..    . .    .    
lowQualScore                  :                                    4444   666666            5         0  5  4    00 5  77777    6    7  000000       66    5  7777      88  9  99 1111   3333333         6  99      777777    999999999999    777777   9  2222   9  3333333   111111111111111111111111111111111111  888 5 1    2 66    999              3333 4 5 4 5555555555   5        5 5555 5    7 5     99     9 9 9 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555  1 7777777777       0  0 77777        0      99 0 6     888     00 0   55    0 5    0    
consensus                     :                         NAAGCTCCATC----CTC------ATGTGACTTATC-AATATTAAT-GG-TTCAAAG--T-AG-----AAAA-ACTG-TA------TTAATTT--CCAC-TT-A--ATATAG--TT-TA--A----TTT-------AATCAATAACCA--AAGAAA------ATGTG-----T-----ATGT------TGC-CA-CCTTTTTAA-------AGAC-GT-A-------A-AC--A-----A--G---T-T-ATG--TCA-ACATCAGAAAATC-GCACATTTTCATTAA----ACA-GCA-------TG-ATA-AAAATACA-TA---A-AAAC-TGGTTAA--AATGA-C-A-A--A---T---T-----------A--------A---------T-TTCAG-------T-----ACCGCTT----------TATT------TT--ATAAATA-TA-TA----TAAATTAA-TCGTGGGTA-TATCAGG---GAAATAATNAATCCATCANATGGGTNATTG
Reference ( family-2226 )     :                         NAAGCTCCATC----CTC------ATGTGACTTATC-AATATTAAT-GG-TTCAAAG--T-AG-----AAAA-ACTG-TA------TTAATTT--CCAC-TT-A--ATATAG--TT-TA--A----TTT-------AATCAATAACCA--AAGAAA------ATGTG-----T-----ATGT------TGC-CA-CCTTTTTAA-------AGAC-GT-A-------A-AC--A-----A--G---T-T-ATG--TCA-ACATCAGAAAATC-GCACATTTTCATTAA----ACA-GCA-------TG-ATA-AAAATACA-TA---A-AAAC-TGGTTAA--AATGA-C-A-A--A---T---T-----------A--------A---------T-TTCAG-------T-----ACCGCTT----------TATT------TT--ATAAATA-TA-TA----TAAATTAA-TCGTGGGTA-TATCAGG---GAAATAATNAATCCATCANATGGGTNATTG
gi|1                          :                          AAGTTTCATC----CTC------GTGTGACTTATA-AAACTTGAT-GG-TTCAAAG--A-AG-----AAAA-ACTG-TA------TTGATTT--CCGC-TT-A--ATATAG--GT-TA--A----TTT-------AATCAATACCCA--AAGATA------ATGTA-----C-----ATGT------TGC-CA-GCTTTTTAA-------AGAT-G--A-------A-AC--A-----A--AGGTT-T-ATC--TCA-ACATCAGAAAATA-ACGCATTTTCATTAA----ATA-GCA-------AG-ATA-AAAATACA-TA---A-CAAC-TGGTTTA--AATGG-C-A-A--A---C---TG----------G--------A---------T-ATCAG-------T-----GCTGCTT----------TATT------TT--ATAAATG-GA-TA----TCAAGGAACTCATTGGTA-T----GA---TAAACATACAATCCATCAAATGGGTGATTG
gi|10                         :                          aAACTTCACC----TCC------GTGTGACTTCAC-AATATCA-T-GAATTCAAAG--T-AG-----GAAA-AT---TA------TTAATTT--CCAT-AT-G--ATATAG--TT-CA--A----TTTTGA----AATTAATGCCCA--ACCAAA------ATGTATAAATT-----ATAT------TGC-CA-CCTTTTTAAATGTGCCAGAC-AT-AATATTAGA-ACAGA-----A--G---TGC-ATA--TCA-GTAATAGGAAATT-GCA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taagatATTTTCATTAA----ACA-GCA-------TT-ATA-GAAAGGCATTA---A-AAAT-TAGTCAA--AATGA-C-ATC--ATT-T---T-----------G--------A---------T-TTCAA-------T-----AC-----------------TT------TTGAAAAAATA-TG-TC----TAAAGTGA-TTGTGAATA-T-TTAGGAAAGAAATACTGAt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CATATTTTCATGAA----ACA-ACA-------TA-ATA-AAAATACT-TA---A-AAAC-TAGTTAA--GATGA-T-A-A--ATG-T---T-----------A--------ATGTTATCCGT-TCCAG-------TAA---ACTGC------------TAAT------TC--ATGAATA-TA-TACATGCAAACTAA-TTATGGATA-TAtgtaggagttatgcccct
gi|13                         :                                                                  ttaaagcccactAATG--T-AG-----AAAG-CTTG-TA------CAAATAT--TTAT-TTCAT-ATATAG--TT-TA--A----GTT-------GATAAATCATAA--CAGAAATGATATACATG-----T-----ATGT------TGC-CA-ACTTCTTAA-------
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTCATTAA----ACA-GTAATTACTTTG-A---AAAATACA-TA---A-AAAT-TGGCTGA--AATGG-TTA-A--A---T---TCTTATTCTAATA--------A---------T-CTTAAAAAAGACT-----ACTGCTT----------TATT--------------ATA-CA-TG----TAAATTAA-TCTTGG--A-TATCAGG---AAAATgtatttcggacatacatctaaataaacaaatgtacaca
gi|15                         :                          AAGCTCCACC----C-C------ATGTGAGTTATC-AAAAGCAAT-GG-TTCAAAA--T-AG-----AAAA-ACTGATT------TTAACTTAAAAAG-TT-A--AAATTG--TT-TA--A----TAT-------ACTCAATAATCA--AATGAA------ATATG-----T-----ATGT------TG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                           gTAT------TGT-CA-CCTTTATAA-------TGAT-GT-A-------AGAC--ATGCATACTG---TAT-ATG--TAA-ACATTCGAAAATT-GCACATTTTCACTAA----AAC-GAA-------TA-GTA-AAAATACA-TA---t
gi|17                         :                                              aatatcagtagtagc-AATAT-GAT-GA-TTCAAAGCTT-AG-----AAAA-ACTG-TA------GTAATTT--CCAT-TT-ATCATATAG--CC-TAATA----TTT-------ATTCAA-AG--A--AAAAAA------ATA-------------ATGT------TGC-CA-CC-TTTAAA-------AGAT-G
gi|18                         :                        ttaAGCTCCATC----CTCTAGCGTGCGTGACACATC-AATATCAAT-GA----AAAG--T-AG-----AAA---TTG-TA------CAAATC---CCAC-CT-A--ATAGAG--TT-TT--A----ATT-------GTTCAACAACCA--AAGAAA------
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aggtTTAA----ACA-GCA-------T----A-AAAACACA-TT---A-AAAC-TGGTTAA--ATTGA-C-A-A----------------------A--------A---------TGTTCA-------------------TT----------TCTT------T----TAAATGCTACTC----TATATCAA-TCATCG--A-TATCAGA---GAAATTAT
gi|2                          :                           AGCTGCACT----CTC------ATGTGACTTATT-AATATTAAG-GA-TTCAAAA--C-AG-----AAAA-ATTG-CATTACCGTTAATTT--CCAC-CT-C--ATGCAGT-TT-TA--ATCATTTT-------AATCAATAACCA--AAGAAA------ATGGA-----T-----ATGT------TGC-CA-AA-TTTCAA-------AGAG-GT------------C--------A--G---A-T-ATG--------AT----------GCATGTTTTCATGAA----ACA-GTA-------TA-ATA-AAAATACG-TA---A-AGAT-TGGTAAA--AATGACC-A-A--ATT-T---T-----------T--------A---------T-TTCA--------------ACTGTTTCAAAG-----TATTGCTGCATT--ATAAATA-TA-TC----TAAATTAA-TTGT---TACTATCAGA---AAAATAATAAAT--ATCACA-GGATTATTGatac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                    t------ATGTG-----T-----ATGT------TGT-AA-C---TTTAT-------ACAC-GT-A-------A-ACAGA-----A--G---TAT-GTG--TCA-ACATCAGAAAATC-ACACATTGACTTTAA----A-G-G--------------A-AAAATACG-TT---A-AAAC-TTGTTc
gi|21                         :                             CTCCATC----CTC------ATGTGACTCATA-AATATCAAA-GG-TTAAAAG--T-GG-----AAAA-ACGG-CA------TTCATTT--CCAC-TT-A--
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aattaaggtta---A-AAAT-TTGTTAA--AATGA-C-A-AT-G---T---C-----------A--------A-------------CAG-------TTATCAACCTCGC----------TAAT------TG--ATGAATA-TA-TG----TAAATTAA-TTGTGGATA-T
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      --TCA-ACATCAGAAAATA-AAACATTGTCAATAA----ACA-GCAAT-----TG-ATA-AAAATAGA-TC---A-AAAG-TGGTTAGTTTATGA-C-A-A--t
gi|24                         :                           AGCTCCATC----CTC------CTGTGAATTATC-AATATTAGT-GG-TTCAAAG--TGGG-----GGAA-ATTG-TAT-----TTAATTT--CTGC-TT-
gi|25                         :                              aaggtC----CTC------ACATGACTTATC-AATATCTAT-GG-TTAAAAG--T-AG-----AGAA-AGTG-T
gi|26                         : atttcatttaagatagttccaacgttaaCTCCATC----CTC------ATGTGACGTA----ATATTAAT-GG-TTAAAGG--T-GG-----GGAA-ACTG-TA------TCAATTT--CC
gi|27                         :                aattaaggttaAGTTCCATG----CTC------ACACGACTTATC-AATATTGAT-TA-TTCAAAG--T-AG------ACA-ACTG-TA------TTGATTT--CC
gi|28                         :                     taaagtAGCTCCGTC----CTC--------GTGACTTATC-AAAATTAAT-GG-CTCAAAG--T-AG-----AAAA-ACTG-TA------TCGATTT--CCA
gi|29                         :                      acggtAGCTTTACC----TTC------ATGTGACTTATC-AAAATTAAT-GG-TTGAAAG--T-GG-----AAGA-ACTG-T-------TTAAATT--
gi|3                          :                                                             aaggtTTAAT-GG-TTAACAG--T-AG-----ATAA--CT---A------TTGATTT--TGAT-TA-A--ATTTCG--TT-TA--T----TTT-------AGCCAATAAACA--AAGGGA------ATAT------C-----A-GT------TGT-CA-CCATTTTAA-------TGAT-GT-A-------C-AT--A-----C--G---T-TTATAAATAA-ACGTAAAAAAATTAGCACATTTTTATTAATTAAATA-GCA-------TA-ATG-AAAATACG-TATTTATAAAC-TGGTTAA--AGTAA-C-A-T--A---T---T-----------ATTTTAGCAG---------T-TTCAGA------T-----ACC-TTT----------TACT------TT--ATAAATA-CA-TA----TAAATTAA-TTGTGGGTA-TCTTGGA---GA
gi|30                         :                           AGGTCCACT----CTC------ATGTGACTTATC-AAAATAAATGGG-TTTAAAA--A-AA-----AAAA-Atcattcgtaaactat
gi|31                         :                   ttgaaggtAGTTCCACC----CTC------ATGTGACTTAT-----ATTAAT-TG-TTGAAAG--T-GT-----AAAA-ATTG-TA------TTAATGT--Caagta
gi|32                         :                          aaggtCCA-C----CTC------ATGCGTATTATC-AATATTAAT-GG-TTTGAAG--T-AG-----AAAA-GCTG-CA------T
gi|34                         :                taaaggtagtgAGCTCCATCTACCCTC------ATGTGAACTATC-AATATTAAT-GG-TTCAAA
gi|35                         :                        aaggtCTCCATC----CTC------AAGAGTCTTATC-AATATCAAT-GG-TTAAAAG--T-GG-----aatggg
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tatttaaggtta------TT--ATAAATA-TA-TA----TGAATCAA-TTGTGGG---TATCAAG---GAAATCAT
gi|37                         :                           AGGTCCACT----CTC------ATGTGACTTATC-AAAATAAATGGG-TTTAAA------------AAAA-Actgcatagtatg
gi|38                         :                             tgaaggt----CTC------ATGTGACTTATC-AATATTAAT-GG-TTAAAAG--T-GG-----A
gi|39                         :              tgaggtaccccctAGCTCCATC----CTC------A--CGGCTTATC-AGTATTAA--GG-TT-AAAG--
gi|4                          :                                                                    cttaaggtTCAAAG--T-AG-----AAAAAACTG-TA------TCAATTA--CAAC-TT-A--ATATAA--TT-TG--A----TTG-------AATCGACAATCA--AAGAAA------ATATG-----C-----ATCT------TTC-TG-CCTATTGAA-------AGATAAT-A-------G-AC--A-----T--G-----C-ATG--T---ACAT--AAACATC-TCACATTTTTATTAA----ACA-GC-----------ATA-AAA--ACA-TA---A-AAACTTGGTTGC--AATAA-C-A-A--AATCT---A-----------A--------A---------T-TTCAT-------C-----A--GTTTAAAAAAATGCTACT------AT--AAAAATA-TA-TA----TCATCTA---CTTGGG-A-CATCAGG---GAAATg
gi|5                          :                             CCCTATC----TT-------ATAGGAATTATC-AATAGTACT-GG-ATAAAAG--T-GG-----AAAA-ACTG-TA------TTATTTT--CCAT-TT-----TATGGTCTT-TA--A----CTT-------GATCAACACCCA--AAGGAA------ATGTA-----TATATCATGT------TGC-CA-GCTCTTTAA-------AAAT-GTCA-------A-AC--A------------TAC-ATA--TAA-ACA----AAAGTA-G-ATAT-------------ACACGTA-------TA-ATA-AAAATGCA-T----A-AAAC-TTCTTAA--AATGA-G-C-A--A---TGTCT-----------A--------A---------T-GTCAG-------C-----Acagtgtacaatagttatgtagcaga
gi|6                          :                  taagataccAGCTCCATC----CTC------ACGTGCATTATC-AGTATTGG--GA-TTCAAAG--T-GGGGAAAAAAA-ACTG-TA------CTGCTTT--CCTC-TT-A--ACACAG--AT-TA--A----TTT-------AATCAATAACCA--AATAAA------CTGTG-----C-----ATGTTACATGTAC-CG-CCTTTT-------------C-AT-A-------A-AC---------------------C--CCAGACATCA----------ACAATTTCATGAA----AAA-GAA-------TA-ATG-AAAATATA-CA---A-AAAC-TTGTAGG--AATAG-C-C-A--A---T---T-----------gtttaaaaaaaaacactgctagttaacatcatag
gi|7                          :                     aaaggtAGGTCCATC----CTC------TTGTGACTTATC-AACATTATT-GG-TTCAAAG--T-AG-----AAAA-AATG-TA------TAGATTT--CCAG-TT-G--ATATAT--TT-TG--A----TTT-------AATTAGTAACCA--AAGGAA------ACG-A-----T-----ATGT------TGC-AAGACTTTTTAA-------AG-------------------------------------ATG--TCA-G-ATAAGCAAATA-GCACATTTCCATTAA----ATA-GCA-------TG-ATA------AC-----------AC-TGGCTAG--AATTA-T-A-A--AATTT---T-----------A--------A---------T-TTCAttattgccaacctttaaaacaactgctatcatag
gi|8                          :                      taaggtGCTCCATC----CTC------GTGTAACGAAGC-AAAATTATT-GG-TACAAAG--T------------------TA------TTTAATT--CTAC-TT-A--TTTTAG--GT-TA--A----TTT-------AATGAGTAAAGATTAAGTAC------ACGTG------------TGT------TGCACA-C------AC-------ACAC-AC-G-------A-AC--A-----A--GT--T-T-CTA--TCA-ACATCAGAAAATT--CACATTTTCATGAA----------A-------TG-AT----AATACA-T--------------TT-----ATGA-T-A-AATA---T---T-----------C--------A---------T-TTCAG-------C-----Aacagtttcaa
gi|9                          :                   ttacgattAGCTCCATC----CTC------GTGTGAACTATCGGATATCAAT--G-CTC----------------AGA-ACTG-TA------TTATTTT--CCATATT-A--ACAATG--TTGTG--A----TTTTTATTAAAATTA--AACCT--AAGAAA------ATGTG-----T-----GTG-------TGC-CA-TCCTTTTAA-------AGAT-GTCA-------C-AC--T-----A--A---T-A-A----TCA-ACATTAG-AAATC-GTTTAATTTTATTAA----------A-------TGAATATAAAATTCA-TA---A-AAgtttca