lowQualScore : 44 2
lowQualScore : 6 66 2 2 2 888 2 33 2 33 2 5 44
lowQualScore : . .. . . . ... . .. . .. . . ..
lowQualScore : 0 00 2 2 2 444 2 11 2 11 2 8 11
consensus : NNNNNNNCCCAGTAAGAAACTAGAAATACTGTG-AGCAAA-GCTCA--CTA-AGTG--AT-A--C-CCCCCG-CTCCCCC
Reference ( gi|17 ) : AAAGGTTCCCAATG-GAAACTAGAAAT-CTGTG-AGCAAA-GCTCA--TTA-AGTG--AT-A--C-CCTCTA-CTCCCCC
gi|10 : CCCAGTAAGTAACTAAAAACACTGTG-AGCTAA-GCTCA--CCA-AGTG--AT-AACT-CCTGCG-CTCCCC
gi|4 : cgctgataaaaaaaaaAAACCAGAAATACTGTG-AGCAAA-TCTCA--CTA-CGTG--AT-A--T-CTTCTG-CTCCCCtgtaggtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|15 : taccatacatttgaaaaataagaaatgaaaaaaacaAAACTAGAAATACTCTG-AGCAAA-GCTCA--TTA-AGTG--ATGA--TACCTCTG-TTCCtatacatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagtcgtgtcgtgatagtggttaaaa
gi|5 : gtatcattatggaatatcactcattaagtcaaaatctattaccAAACTTGAAATATTGTG-TGCAGA-GCTCA--CTA-AGTG--AT-A--C-CCCTTG-CTCCCCtttgtaggta
gi|6 : ttcatttttgactgaaaaactagataaactgatAAACTTGAAATATTGTG--GCAGA-GCTCA--CTA-AGTG--AT-A--C-CCT-TG-CTCCCtgctaaggtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|1 : ttcatttttgactgaaaaactagataaactgatAAATTAGAAATACTGTG-CGTAAA-GCTCA--TTA-AGTGATAT-A--C-CCGTTA--TCCtgctaagtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|2 : gtgtaagaaataatgaaattggagttaacgtcaaatttctaaaatgatgatagtgcaAAACTAGATATACTGTG-AGCAAA-GTTCAC-TTATAGTG--AT-A--A-ATTCCA-CTCTCCtgtaggcatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagcg
gi|3 : aatatcattatagcacatactaatagtcattacctggtaaatctAAAATAAAAATACTGTG-AGCAAA-GCTCACTTTA---TG--AT-A--C-CACCCAGCTCCCCtgtaggtataaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|14 : attttagctgaatatgagaaaaataaaaaaAAATTCGAAATATTGTG-AGCAAA-GCTCT--CTT-AGTG--AT-A--T-CCCCCG-CTTCTCtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngta
gi|11 : tcatgaactcgcaaaaaccttatcaaatattgtgaagaatgaaggtaaaaatAAACGAGCAA----GTG-AGCAAA-ACTCA--CGA-AGTG--AT-A--C-CCCCTG-GTTCCttta
gi|12 : cgacgataagaaaacttgtaaatgcatgctaAACTAGAACT-CTGCG-AACAAA-GCTCA--CTA-AGTG--AT-A--C-CC-CCG-CTCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttagaggagta
gi|13 : AACTAGAAAT-CTATA-AGCAAA-GCTCA--CTA-AGCA--AT-A--C-C--CCA-CTCTCCCtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|20 : AACTAAAAAT-CTGTT-AACAAA-GTTCA--GCA-AGCG--AT-A--C-CCCCCG-CTCTCCtaaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng
gi|8 : AACTAAAAATACGGTA-AGCAAA-GCTCA--CAT-AGCG--GT-A--C-CCCCTG-
gi|16 : ACTAGAATT-CTGTG-AGCAAA-GCTCA--CTT-AGTT--AT-A--T-CCCCTG-CTCCCCgtttctctgcacgtatgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaagtggttgtagttgagtagc
gi|9 : catagtaatatgcagatcattgataaaaacattgcattacaaaattacCTTGAATT-CTGTG-CGCAAA-GCTCA--CTA-AGAG--AT-G--C-CC-CCA-CCCCTCCa
gi|18 : AAAT-CTGTGGAGCAAAAGCTCA--CTT-AGTG--AT-A--C-CCTCCG-CTCCCtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtt
gi|19 : aataaaaaaaaaagga-CTGT--AGCAAA-GCTCA--CTA-AGTG--AT-A--T-TCCCCG-CT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACAAGAAATACTGTGAACAAAGAAAACTCACCAAGTGAAACTCCCTGCTTCCCTTTAAGTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 11111 9 2 2 4444 2 2 2 44 2 22 22
lowQualScore : ..... . . . .... . . . .. . .. ..
lowQualScore : 77777 1 0 0 2222 0 0 0 33 0 88 88
consensus : NNNNNNNCCCGGTAAA---AAACTAGAAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--C--CGCTCCCCC
Reference ( family-2220 ) : NNNNNNNCCCAGTAAG---AAACTAGAAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--C--CGCTCCCCC
gi|1 : AGTGCA---AAATTAGAAATACTGTG-CGTAAA-G----CTCAT-TA-AGTGAT-AT-A-CC--C--
gi|10 : gtgtaagaaataatgaaattggagttaacgtcaaatttctaaaatgatgatCCCAGTAAG---TAACTAAAAACACTGTG-AGCTAA-G----CTCAC-CA-AGTGAT-AA-C-TC--CTGCGCTCCCCgttatcctgtaggcatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagcg
gi|11 : cgctgataaaaaaaaa---AAACGAGCAA----GTG-AGCAAA-A----CTCAC-GA-AGTGAT-AC-C-CC--C--TGGTTCCtgtaggtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : cgacgataagaaaacttgtaaatgcatgctaAACTAGAACT-CTGCG-AACAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-A--C-CC--C--CGCTCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttagaggagta
gi|13 : AACTAGAAAT-CTATA-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGCAAT-AC-C-CC--A--CTCTCCCtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|14 : AAT---AAATTCGAAATATTGTG-AGCAAA-G----CTCTC-TT-AGTGAT-AT-C-CC--C--CGCTTCTCtaaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng
gi|15 : tcatgaactcgcaaaaaccttatcaaatattgtgaagaatgaaggtaaa---AAACTAGAAATACTCTG-AGCAAA-G----CTCAT-TA-AGTGATGATAC-CT--C--TGTTCCttta
gi|16 : gtatcattatggaatatcactcattaagtcaaaatctattaccACTAGAATT-CTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TT-AGTTAT-AT-C-CC--C--TGCTCCCCtttgtaggta
gi|17 : catagtaatatgcagatcattgataaaaacattgcattacaaaattacCCCAATG-G---AAACTAGAAAT-CTGTG-AGCAAA-G----CTCAT-TA-AGTGAT-AC-C-CT--C--TACTCCCCCa
gi|18 : aaaggttAAAT-CTGTGGAGCAAAAG----CTCAC-TT-AGTGAT-AC-C-CT--C--CGCTCCC
gi|19 : aataaaaaaaaaaggaCTGT--AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AT-T-CC--C--CGCT
gi|2 : tgaattactagaacagcgagtttcCCTGGTAAATCTAAACTAGATATACTGTG-AGCAAA-G----TTCACTTATAGTGAT-AA-A-TT--C--CACTCTCC
gi|20 : aatatcattatagcacatactaatagtcattaAACTAAAAAT-CTGTT-AACAAA-G----TTCAG-CA-AGCGAT-AC-C-CC--C--CGCTCTCCtgtaggtataaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|3 : AAA---AAAATAAAAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TT-TATGAT-AC-CACC--C--AGCTCCCC
gi|4 : attttagctgaatatgagaaaaataaa---AAACCAGAAATACTGTG-AGCAAA-T----CTCAC-TA-CGTGAT-AT-C-TT--C--TGCTCCCCtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngta
gi|5 : taccatacatttgaaaaataagaaatgaaaaaaaca---AAACTTGAAATATTGTG-TGCAGA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--T--TGCTCCCCtatacatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagtcgtgtcgtgatagtggttaaaa
gi|6 : ttcatttttgactgaaaaactagataaactgat---AAACTTGAAATATTGTG--GCAGA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-A--C-CC--T--TGCTCCCtgctaaggtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : ttcatttttgactgaaaaactagataaactgatAACAAGAAATACTGTG-AACAAA-GAAAACTCAC-CA-AGTGAA-AC-T-CC--C--TGCTTCCCtgctaagtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8 : AACTAAAAATACGGTA-AGCAAA-G----CTCAC-AT-AGCGGT-AC-C-CC--C--TGCtttaagtatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngt
gi|9 : AATTCTGTG-CGCAAA-G----CTCAC-TA-AGAGAT-GC-C-CCCAC--CCCTCCTCCgtttctctgcacgtatgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaagtggttgtagttgagtagc
Alignments
lowQualScore : 555 333 33 9 2 2 4444 2 2 2 44 2 22 22
lowQualScore : ... ... .. . . . .... . . . .. . .. ..
lowQualScore : 888 999 11 1 0 0 2222 0 0 0 33 0 88 88
consensus : NNNNNNNCCCGGTAAA---AA---ACTAG--AAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--C--CGCTCCCCC
Reference ( family-2220 ) : NNNNNNNCCCGGTAAA---AA---ACTAG--AAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--C--CGCTCCCCC
gi|1 : A---AA---ATTAG--AAATACTGTG-CGTAAA-G----CTCAT-TA-AGTGAT-AT-A-CC--C--
gi|10 : gtgtaagaaataatgaaattggagttaacgtcaaatttctaaaatgatgatagtgcCCCAGTAAG---TA---ACTAA--AAACACTGTG-AGCTAA-G----CTCAC-CA-AGTGAT-AA-C-TC--CTGCGCTCCCCgttatcctgtaggcatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagcg
gi|11 : cgctgataaaaaaaaaA---AA---ACGAG--CAA----GTG-AGCAAA-A----CTCAC-GA-AGTGAT-AC-C-CC--C--TGGTTCCtgtaggtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : cgacgataagaaaacttgtaaatgcatgctA---ACTAG--AACT-CTGCG-AACAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-A--C-CC--C--CGCTCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttagaggagta
gi|13 : A---ACTAG--AAAT-CTATA-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGCAAT-AC-C-CC--A--CTCTCCCtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|14 : GGTAAA---AATAAATTCG--AAATATTGTG-AGCAAA-G----CTCTC-TT-AGTGAT-AT-C-CC--C--CGCTTCTCtaaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng
gi|15 : tcatgaactcgcaaaaaccttatcaaatattgtgaagaatgaa---AA---ACTAG--AAATACTCTG-AGCAAA-G----CTCAT-TA-AGTGATGATAC-CT--C--TGTTCCttta
gi|16 : gtatcattatggaatatcactcattaagtcaaaatctattacc---ACTAG--AATT-CTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TT-AGTTAT-AT-C-CC--C--TGCTCCCCtttgtaggta
gi|17 : catagtaatatgcagatcattgataaaaacattgcattacaaaattac---AA---ACTAG--AAAT-CTGTG-AGCAAA-G----CTCAT-TA-AGTGAT-AC-C-CT--C--TACTCCCCCa
gi|18 : aaaggttcccaatggAAA---AA---A--AGGAAAAT-CTGTGGAGCAAAAG----CTCAC-TT-AGTGAT-AC-C-CT--C--CGCTCCC
gi|19 : aataaaCTGT--AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AT-T-CC--C--CGCT
gi|2 : tgaattactagaacagcgagtttcCCTGGTAAATCTAA---ACTAG--ATATACTGTG-AGCAAA-G----TTCACTTATAGTGAT-AA-A-TT--C--CACTCTCC
gi|20 : aatatcattatagcacatactaatagtcattaA---ACTAA--AAAT-CTGTT-AACAAA-G----TTCAG-CA-AGCGAT-AC-C-CC--C--CGCTCTCCtgtaggtataaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|3 : AAA---AA---AATAA--AAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TT-TATGAT-AC-CACC--C--AGCTCCCC
gi|4 : attttagctgaatatgagaaaaataaaA---AA---ACCAG--AAATACTGTG-AGCAAA-T----CTCAC-TA-CGTGAT-AT-C-TT--C--TGCTCCCCtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngta
gi|5 : taccatacatttgaaaaataagaaatgaaaaaaac---AA---ACTTG--AAATATTGTG-TGCAGA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--T--TGCTCCCCtatacatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagtcgtgtcgtgatagtggttaaaa
gi|6 : ttcatttttgactgaaaaactagataaactgat---AA---ACTTG--AAATATTGTG--GCAGA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-A--C-CC--T--TGCTCCCtgctaaggtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : ttcatttttgactgaaaaactagataaactgatA---ACAAG--AAATACTGTG-AACAAA-GAAAACTCAC-CA-AGTGAA-AC-T-CC--C--TGCTTCCCtgctaagtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8 : A---ACTAA--AAATACGGTA-AGCAAA-G----CTCAC-AT-AGCGGT-AC-C-CC--C--TGCtttaagtatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngt
gi|9 : AATTCTGTG-CGCAAA-G----CTCAC-TA-AGAGAT-GC-C-CCCAC--CCCTCCTCCgtttctctgcacgtatgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaagtggttgtagttgagtagc
Alignments
lowQualScore : 555 333 33 9 2 2 4444 2 2 2 44 2 22 22
lowQualScore : ... ... .. . . . .... . . . .. . .. ..
lowQualScore : 888 999 11 1 0 0 2222 0 0 0 33 0 88 88
consensus : NNNNNNNCCCGGTAAA---AA---ACTAG--AAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--C--CGCTCCCCC
Reference ( family-2220 ) : NNNNNNNCCCGGTAAA---AA---ACTAG--AAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--C--CGCTCCCCC
gi|1 : A---AA---ATTAG--AAATACTGTG-CGTAAA-G----CTCAT-TA-AGTGAT-AT-A-CC--C--
gi|10 : gtgtaagaaataatgaaattggagttaacgtcaaatttctaaaatgatgatagtgcCCCAGTAAG---TA---ACTAA--AAACACTGTG-AGCTAA-G----CTCAC-CA-AGTGAT-AA-C-TC--CTGCGCTCCCCgttatcctgtaggcatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagcg
gi|11 : cgctgataaaaaaaaaA---AA---ACGAG--CAA----GTG-AGCAAA-A----CTCAC-GA-AGTGAT-AC-C-CC--C--TGGTTCCtgtaggtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : cgacgataagaaaacttgtaaatgcatgctA---ACTAG--AACT-CTGCG-AACAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-A--C-CC--C--CGCTCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttagaggagta
gi|13 : A---ACTAG--AAAT-CTATA-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGCAAT-AC-C-CC--A--CTCTCCCtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|14 : GGTAAA---AATAAATTCG--AAATATTGTG-AGCAAA-G----CTCTC-TT-AGTGAT-AT-C-CC--C--CGCTTCTCtaaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng
gi|15 : tcatgaactcgcaaaaaccttatcaaatattgtgaagaatgaa---AA---ACTAG--AAATACTCTG-AGCAAA-G----CTCAT-TA-AGTGATGATAC-CT--C--TGTTCCttta
gi|16 : gtatcattatggaatatcactcattaagtcaaaatctattacc---ACTAG--AATT-CTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TT-AGTTAT-AT-C-CC--C--TGCTCCCCtttgtaggta
gi|17 : catagtaatatgcagatcattgataaaaacattgcattacaaaattac---AA---ACTAG--AAAT-CTGTG-AGCAAA-G----CTCAT-TA-AGTGAT-AC-C-CT--C--TACTCCCCCa
gi|18 : aaaggttcccaatggAAA---AA---A--AGGAAAAT-CTGTGGAGCAAAAG----CTCAC-TT-AGTGAT-AC-C-CT--C--CGCTCCC
gi|19 : aataaaCTGT--AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AT-T-CC--C--CGCT
gi|2 : tgaattactagaacagcgagtttcCCTGGTAAATCTAA---ACTAG--ATATACTGTG-AGCAAA-G----TTCACTTATAGTGAT-AA-A-TT--C--CACTCTCC
gi|20 : aatatcattatagcacatactaatagtcattaA---ACTAA--AAAT-CTGTT-AACAAA-G----TTCAG-CA-AGCGAT-AC-C-CC--C--CGCTCTCCtgtaggtataaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|3 : AAA---AA---AATAA--AAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TT-TATGAT-AC-CACC--C--AGCTCCCC
gi|4 : attttagctgaatatgagaaaaataaaA---AA---ACCAG--AAATACTGTG-AGCAAA-T----CTCAC-TA-CGTGAT-AT-C-TT--C--TGCTCCCCtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngta
gi|5 : taccatacatttgaaaaataagaaatgaaaaaaac---AA---ACTTG--AAATATTGTG-TGCAGA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--T--TGCTCCCCtatacatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagtcgtgtcgtgatagtggttaaaa
gi|6 : ttcatttttgactgaaaaactagataaactgat---AA---ACTTG--AAATATTGTG--GCAGA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-A--C-CC--T--TGCTCCCtgctaaggtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : ttcatttttgactgaaaaactagataaactgatA---ACAAG--AAATACTGTG-AACAAA-GAAAACTCAC-CA-AGTGAA-AC-T-CC--C--TGCTTCCCtgctaagtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8 : A---ACTAA--AAATACGGTA-AGCAAA-G----CTCAC-AT-AGCGGT-AC-C-CC--C--TGCtttaagtatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngt
gi|9 : AATTCTGTG-CGCAAA-G----CTCAC-TA-AGAGAT-GC-C-CCCAC--CCCTCCTCCgtttctctgcacgtatgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaagtggttgtagttgagtagc
blockSeqs : TCT TAA GA A G A AAAA T T G TA A CA TG
blockSeqs : . . . A . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : NNNNNNNCCCGGTAAA---AA---ACTAG--AAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--C--CGCTCCCCC
finalCons : NNNNNNNCCCGGTAAA---AA---ACTAG--AAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--C--CGCTCCCCC
Alignments
lowQualScore : 555 333 33 9 2 2 4444 2 2 2 44 2 22 22
lowQualScore : ... ... .. . . . .... . . . .. . .. ..
lowQualScore : 888 999 11 1 0 0 2222 0 0 0 33 0 88 88
consensus : NNNNNNNCCCGGTAAA---AA---ACTAG--AAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--C--CGCTCCCCC
Reference ( family-2220 ) : NNNNNNNCCCGGTAAA---AA---ACTAG--AAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--C--CGCTCCCCC
gi|1 : A---AA---ATTAG--AAATACTGTG-CGTAAA-G----CTCAT-TA-AGTGAT-AT-A-CC--C--
gi|10 : gtgtaagaaataatgaaattggagttaacgtcaaatttctaaaatgatgatagtgcCCCAGTAAG---TA---ACTAA--AAACACTGTG-AGCTAA-G----CTCAC-CA-AGTGAT-AA-C-TC--CTGCGCTCCCCgttatcctgtaggcatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagcg
gi|11 : cgctgataaaaaaaaaA---AA---ACGAG--CAA----GTG-AGCAAA-A----CTCAC-GA-AGTGAT-AC-C-CC--C--TGGTTCCtgtaggtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : cgacgataagaaaacttgtaaatgcatgctA---ACTAG--AACT-CTGCG-AACAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-A--C-CC--C--CGCTCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttagaggagta
gi|13 : A---ACTAG--AAAT-CTATA-AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGCAAT-AC-C-CC--A--CTCTCCCtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|14 : GGTAAA---AATAAATTCG--AAATATTGTG-AGCAAA-G----CTCTC-TT-AGTGAT-AT-C-CC--C--CGCTTCTCtaaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng
gi|15 : tcatgaactcgcaaaaaccttatcaaatattgtgaagaatgaa---AA---ACTAG--AAATACTCTG-AGCAAA-G----CTCAT-TA-AGTGATGATAC-CT--C--TGTTCCttta
gi|16 : gtatcattatggaatatcactcattaagtcaaaatctattacc---ACTAG--AATT-CTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TT-AGTTAT-AT-C-CC--C--TGCTCCCCtttgtaggta
gi|17 : catagtaatatgcagatcattgataaaaacattgcattacaaaattac---AA---ACTAG--AAAT-CTGTG-AGCAAA-G----CTCAT-TA-AGTGAT-AC-C-CT--C--TACTCCCCCa
gi|18 : aaaggttcccaatggAAA---AA---A--AGGAAAAT-CTGTGGAGCAAAAG----CTCAC-TT-AGTGAT-AC-C-CT--C--CGCTCCC
gi|19 : aataaaCTGT--AGCAAA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AT-T-CC--C--CGCT
gi|2 : tgaattactagaacagcgagtttcCCTGGTAAATCTAA---ACTAG--ATATACTGTG-AGCAAA-G----TTCACTTATAGTGAT-AA-A-TT--C--CACTCTCC
gi|20 : aatatcattatagcacatactaatagtcattaA---ACTAA--AAAT-CTGTT-AACAAA-G----TTCAG-CA-AGCGAT-AC-C-CC--C--CGCTCTCCtgtaggtataaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|3 : AAA---AA---AATAA--AAATACTGTG-AGCAAA-G----CTCAC-TT-TATGAT-AC-CACC--C--AGCTCCCC
gi|4 : attttagctgaatatgagaaaaataaaA---AA---ACCAG--AAATACTGTG-AGCAAA-T----CTCAC-TA-CGTGAT-AT-C-TT--C--TGCTCCCCtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngta
gi|5 : taccatacatttgaaaaataagaaatgaaaaaaac---AA---ACTTG--AAATATTGTG-TGCAGA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-AC-C-CC--T--TGCTCCCCtatacatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagtcgtgtcgtgatagtggttaaaa
gi|6 : ttcatttttgactgaaaaactagataaactgat---AA---ACTTG--AAATATTGTG--GCAGA-G----CTCAC-TA-AGTGAT-A--C-CC--T--TGCTCCCtgctaaggtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : ttcatttttgactgaaaaactagataaactgatA---ACAAG--AAATACTGTG-AACAAA-GAAAACTCAC-CA-AGTGAA-AC-T-CC--C--TGCTTCCCtgctaagtatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8 : A---ACTAA--AAATACGGTA-AGCAAA-G----CTCAC-AT-AGCGGT-AC-C-CC--C--TGCtttaagtatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngt
gi|9 : AATTCTGTG-CGCAAA-G----CTCAC-TA-AGAGAT-GC-C-CCCAC--CCCTCCTCCgtttctctgcacgtatgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaagtggttgtagttgagtagc