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Reference ( gi|2 ) : CCACGAGCA-TCACTAT-ATTACCATGACCTGAAGTCACCACT--GTAGTGAAC--TGGGGACCCTC-TACACTGAGCTTCA--TTGTAC-A---TCAT-C---TCGTGAGTCAA-ATCCATCCCCC--TACCCTCTTGGTAG-TTACTTGGAGATCCAATTAACCCTTGACC-CATACTAACAC--CA-TGCGACGAACTGCCTATCCACCTACATGG-CTGATAGTTAACA--GAGGACTCTCCTACCAGAGATTCACCGTACC--ACCCTACAAACTG-CGACCAACGGCCTATCCCCCT-ACCA-TTACTCCACTTCAGTCCATGAGACATATCACCAAGCTCCGA-CAAACACCACGTGGTCGGTCTCGCCAACTAAAAATTCAGTCCCACATGAC-ATGGCTGCT-GCCAT-GTTAGACACGTGTTTCTCGCT--GAGAATC---ACTT---TTTCCACTGTACC-CTGTTCCGCG-GCGCCAATTATAGTATTTT------TCT----------------A------------CAT---------C------------GGCAGGGT-TTCC-CGCAGGTAATAAT--TCGAAGGCTCG-TCGATA-ATACAATAA-AC--TTTAT-AAGA---CAC-ACGT--G--------TTAC-AA---TATGACAGAGCACAAA---AC---A--C---GTCTGC---TCTCACTGACAG-TCAAA-C---ATA-AA--AGAGGC---TAGA--TGC---AGGGGC-TAG-ACC---CGT-GACA-----TCA-TACATCCGTTA--C--CA--AAA--A-CA-CGCAAGG-CG-TGGAT-CTAA-TGTTCCC-AAATCCAC
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Reference ( family-2216 ) : CCACGAGCACTCACTATTATCNCCATGACCTGAAGTCACCACT--GTAGTTAACTGGGGACCCTCTACACTGAGNTTCA--TCGTACA-TCATC---TCGCGAGTCAAGTCCATCCCCC--TACCCTCTTGGTAGGTTACCTGGAGATCCAATTAACCCTTGNCCTCATACTAACACGTCACTGCNACGAACTGCCTATCC-CC-TACNNGGGCTGGTAGTTAACCTTGAGGACTCTCCTANCCGAGATTCACCGTGCCCCACCCTTCATACTGCCGACCAACGGCCTATCCCNCTAACCACTTACTCCACCTCAGTCCATGAGACATATCACCTAGCTCCGA-CAAACAC-ACNTGGTCGGTCTCGCCAACTAAAAATT----C----CCACATGGC-ATGGCTGCTG-CCAT-GTTAAACACGTGCTTCTCGCC--GAGAATC---ACAT---TCTCCACTGTACC-CTGCTC-GCG-GCGCCAATTATAGTGTTTT------T--CT----------------A------------CAT---C------------G------GCGG--GGT-TTCC-CGCAGGTAATAAT--TCGAAGGCTCG-CCGATA-ATACAATAA-AC--TTTAT-AGGA-CGC-ACGT--GT---T--ACAA---TATN--AC-A-N-A---TA--CAAA---AC-A--C---G--T--CTGCN--CT-CGC--TGACAG-TCAAA-C---ATA-AA--AGAGGC---TAGA--TGC---AGGGGC-TAG-ACC-CGT-G------ACGT-CA-TACATCCGTTAG--CA--A-AA----ACA-CGCGAGG-CG-CGGAT-CTAA-TATTCCC-AAATCCAC
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Reference ( family-2216 ) : CCACGAGCA-TCACTAT-ATTNCCATGACCTGAAGTCACCACT--GTAGTNAACTGGGGACCCTCTACACTGAGCTTCA--TCGTACA-TCATC---TCGTGAGTCAAATCCATCCCCC--TACCCTCTTGGTAGGTTACTTGGAGATCCAATTAACCCTTGACC-CATACTAACAC--CA-TGCGACGAACTGCCTATCCACCTACATGG-CTGGTAGTTAACCT-GAGGACTCTCCTACCCGAGATTCACCGTGCCCCACCCTTCATACTG-CGACCAACGGCCTATCCCCCT-ACCA-TTACTCCACCTCAGTCCATGAGACATATCACCTAGCTCCGA-CAAACACCACNTGGTCGGTCTCGCCAACTAAAAAT----T----CCCACATGGC-ATGGCTGCTG-CCAT-GTTAAACACGTGCTTCTCGCC--GAGAATC---ACAT---TCTCCACTGTACC-CTGCTCCGCG-GCGCCAATTATAGTGTTTT------T--CT----------------A------------CAT---C------------G------GCGG--GGT-TTCC-CGCAGGTAATAAT--TCGAAGGCTCG-CCGATA-ATACAATAA-AC--TTTAT-AGGA-CGC-ACGT--GT---T--ACAA---TATN--AC-A-N-A---TA--CAAA---AC-A--C---G--T--CTGCN--CT-CGC--TGACAG-TCAAA-C---ATA--AA-AGAGGC---TAGA--TGC---AGGGGC-TAG-ACC-CGT-G------ACGT-CA-TACATCCGTTAG--CA--A-AA----ACA-CACGAGG-CG-CGGAT-CTAA-TATTCCC-AAATCCAC
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Reference ( family-2216 ) : CCACGAGCA-TCACTAT-ATTNCCATGACCTGAAGTCACCACT--GTAGTNAACTGGGGACCCTCTACACTGAGCTTCA--TCGTACA-TCATC---TCGTGAGTCAAATCCATCCCCC--TACCCTCTTGGTAG-TTACTTGGAGATCCAATTAACCCTTGACC-CATACTAACAC--CA-TGCGACGAACTGCCTATCCACCTACATGG-CTGGTAGTTAACCT-GAGGACTCTCCTACCCGAGATTCACCGTGCCCCACCCTTCATACTGC-GACCAACGGCCTATCCCCCTA-CCA-TTACTCCACCTCAGTCCATGAGACATATCACCTAGCTCCG-AC-AAACACCACNTGGTCGGTCTCGCCAACTAAAAAT----T----CCCACATGG-CATGGCTGCT-GCCAT-GTTAAACACGTGCTTCTCGCC--GAGAATC---ACAT---TCTCCACTGTACC-CTGCTCCGCG-GCGCCAATTATAGTGTTTTTC---T--TC-----------------T------C---------A------TCAT---------C-GGCGGGGTT-TCCCGCAGGTAATAAT--TCGAAGGCTCGCC-GATA-ATACAATAA-AC--TTTAT-AGGA-CGC-ACGT--GT---T--ACAA---TATN--AC-AN-A---TA--CAAA---AC-A--C---G--T--CTGCN--CT-CGC--TGACAG-TCAAAC---ATAAA-A-GA-G--C---TAGA--TGC---AGGGGC-TAG-ACC-CGT-G------ACGT-CA-TACATCCGTTAG--CA--A-AA----ACA-CACGAGG-CG-CGGAT-CTAA-TATTCCC-AAATCCAC
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gi|14 : cagttattactacaAAAC---AGAAA-A-G--G--C---TAG--------------C-TAG-ACC-CGT-G------AAGT-CA-TACATCCGTTAG--CA--A-AA------A-CATGAGA-CG-CGGAT-CTAA-TATTCCC-AAATTTAC
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gi|4 : acaaacgttagatacgatcgactctatattacgcacttgtgccaatatatcctgtctccaatctttaaaggaattcatttccttaatacagagacccgcactatccaaccctaatgatgtccaCCACGAGCA-TCACTAT-ATTACCATGACCTGAAGTCACCACT--GTAGTGAACTGGGGACCCTCTACACTGAGCTTCA--TTGTACA-TCATC---TCGTGAGTCAAATCCATCCCCC--TACCCTCTTGGTAG-TTACTTGGAGATCCAATTAACCCTTGACC-CATACTAACAC--CA-TGCGACGAACTGCCTATCCACCTACaaggaattcatttccttaatacagagacccacgagcatcactatattaccatgacctgaagtcaccactgtagtgaactggggaccctctacactgagcttcattgtacatcatctcgtgagtcaaatccatccccctaccctcttggtagttacttggagatccaattaacccttgacccatactaacaccatgcgacgaactgcctatccacctac
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gi|6 : t---------C-GGTGGGGGT-TCCCGCAGGTAA-AAT---CGAAGGCCCGC--GA---ATGTAATAACACAGTTTGT-AGGAGTGC-A-AT--GT---TTAACAA---TATATTAC-A--A---TT--TAAATCAACTA--T---G--T--CTGCC--TT-CGC--TGACAG-TC-AAC---AGAAA-A--A-GCTC---TAGA--TGC---AGGGGC-TAGAACC-CGT-G------ACGT-CA-TACACTGGTTAG--CAACA-AA----ACATCACGAGG-CG-CAGATCCTAA-CATTCCC-AAAaaca
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