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Reference ( family-2214 ) : TCCGCCATTTT-GT-AGAAAAA------GAGTT---A-CC--G-C-TG-TTT----TCCA-TG-T-T-T-GCTT----AT-------A-T-A----ATT-C--A---TG-TAAAT-A-TTTTCTGT--A-A--------T---A--AAT--T-T--ATTTTT--AAA-T-T--T-T-TAA-C-A-T-GA--TTATTT-G-T-TTA-AACA-T--C--A-CA-A-AA-------T--CCTTTC----C-T----TTTTA-T-CTT--C-GA-AA-C-TC---AAA-A-GA-A--C--TC-----TC-T-TCCG-T-G-GC--TAAG--CC--GT-A-CCTAA-A---C-T-G-A--AACA---G------G-TTTT--CT-A------T-A--ATGTAA--A--A--A------TA-A--C-GC---G-A-CT---ACA---TCTC--AT--ATTAAGTC
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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blockSeqs : T . CG TTA A CT G G A AGTT C G G G C CTAA ATAAAGA A T TTAA A TT CAC GA T A TA T ATTTTTAA GAA AT . . CC GA TG AT A T A A A G CA CT A C T AT CA A T T . AA ATTA T . G C TCC GC . T A C A C ACC TGCAT A A C A C T TT CA CA A A G ATG G G A AG ATGG T CC . TAGATC A AT CG TG TT TCAAAT C CG . ATG T C TAA TAT . TA
blockSeqs : . . . T . C . . . . . . . . C T G . . . A . GT T A . . . . . T . . . A CA . . . . . A . . GA . C . . . . . C . . G . . . . AA A . . A . . . CC . A . C . . . . C C . . . AC . . A . G . . . . . . C . . . . C . . . . A GT . A
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T AT . . . . . A . . CC . . . . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . CA . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A AT . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . A C . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ****** ** ** ******* **** *** C**** G********* ****** *** **
originalCons : TCCGCCATTTT-GT-AGAAAAA------GAGTT---A-CC--G-C-TG-TTT----TCCA-TG-T-T-T-GCTT----AT-------A-T-A----ATT-C--A---TG-TAAAT-A-TTTTCTGT--A-A--------T---A--AAT--T-T--ATTTTT--AAA-T-T--T-T-TAA-C-A-T-GA--TTATTT-G-T-TTA-AACA-T--C--A-CA-A-AA-------T--CCTTTC----C-T----TTTTA-T-CTT--C-GA-AA-C-TC---AAA-A-GA-A--C--TC-----TC-T-TCCG-T-G-GC--TAAG--CC--GT-A-CCTAA-A---C-T-G-A--AACA---G------G-TTTT--CT-A------T-A--ATGTAA--A--A--A------TA-A--C-GC---G-A-CT---ACA---TCTC--AT--ATTAAGTC
finalCons : TCCGCCATTTT-GT-AGAAAAA------GAGTT---A-CC--G-C-TG-TTT----TCCA-TG-T-T-T-GCTT----AT-------A-T-A----ATT-C--A---TG-TAAAT-A-TTTTCTGT--A-A--------T---A--AAT--T-T--ATTTTT--AAA-T-T--T-T-TAA-C-A-T-GA--TTATTT-G-T-TTA-AACA-T--C--A-CA-A-AA-------T--CCTTTC----C-T----TTTTA-T-CTT--C-GA-AA-C-TC---AAA-A-GA-AC----TC-----TC-T-TCCG-T-G-GC--TAAG--CC--GT-A-CCTAA-A---C-T-G-A--AACAG---------G-TTTT--CT-A------T-A--ATGTAA--A--A--A------TA-A--C-GC---G-A-CT---ACA---TCTC--AT--ATTAAGTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACCTTTGTTTCTTTTGGGCATTCTTATTAACGAATTTGCCCCCGATGAATATGAATTTTCCCCCATTTTGAGAAACACAAAA
Alignments
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lowQualScore : . . . ...... ... . .. . . . .... . . . . . .... ....... . . .... . .. ... .. . . .. . ........ ... .. .. . .. .. ... .. . . . . . . .. ... . . . .. .. . . . ....... .. .... . .... . . .... .. . . ... . . . ..... ..... . . . . . . .. .. .. . . . ... . . . .. .......... . .. . ...... . .. .. .. .. ...... . .. . ... . . ... ... .. ..
lowQualScore : 7 9 8 777777 666 5 44 4 4 4 0000 4 4 4 4 9 5555 1111111 4 4 0000 9 00 555 66 9 4 00 5 44444444 666 55 00 5 00 77 555 77 5 5 5 0 4 5 00 777 5 0 5 00 00 5 4 9 6666666 00 5555 4 1111 6 6 7777 99 5 5 888 5 6 6 66666 00000 2 6 1 2 6 6 22 00 00 7 7 7 222 3 7 3 33 8888888888 7 33 7 888888 7 33 11 44 44 777777 8 33 9 222 9 9 222 222 88 00
consensus : TCCGCCATTTT-GT-AGAAAAA------GAGTT---A-CC--G-C-TG-TTT----TCCA-TG-T-T-T-GCTT----AT-------A-T-A----ATT-C--A---TG-TAAAT-A-TTTTCTGT--A-A--------T---A--AAT--T-T--ATTTTT--AAA-T-T--T-T-TAA-C-A-T-GA--TTATTT-G-T-TTA-AACA-T--C--A-CA-A-AA-------T--CCTTTC----C-T----TTTTA-T-CTT--C-GA-AA-C-TC---AAA-A-GA-A--C--TC-----TC-T-TCCG-T-G-GC--TAAG--CC--GT-A-CCTAA-A---C-T-G-A--AACA---G------G-TTTT--CT-A------T-A--ATGTAA--A--A--A------TA-A--C-GC---G-A-CT---ACA---TCTC--AT--ATTAAGTC
Reference ( family-2214 ) : TCCGCCATTTT-GT-AGAAAAA------GAGTT---A-CC--G-C-TG-TTT----TCCA-TG-T-T-T-GCTT----AT-------A-T-A----ATT-C--A---TG-TAAAT-A-TTTTCTGT--A-A--------T---A--AAT--T-T--ATTTTT--AAA-T-T--T-T-TAA-C-A-T-GA--TTATTT-G-T-TTA-AACA-T--C--A-CA-A-AA-------T--CCTTTC----C-T----TTTTA-T-CTT--C-GA-AA-C-TC---AAA-A-GA-A--C--TC-----TC-T-TCCG-T-G-GC--TAAG--CC--GT-A-CCTAA-A---C-T-G-A--AACA---G------G-TTTT--CT-A------T-A--ATGTAA--A--A--A------TA-A--C-GC---G-A-CT---ACA---TCTC--AT--ATTAAGTC
gi|1 : TT-GTTAGAAAAAAGAACCGGATT---A-CC------TG-TCT----TCCA-TG-T-T-T-GCTT----AT-------A-T-A----CCT-C--A---TG--AAAT-A-TTTTC-GT--A-A--------T---A--AATGATAT--ATTTTT--AAA-T-TA-T-T-TAA-CGA-T-GA--TTATTT-G-T-TTA-AACA-T--C--A-CA-A-AAGAGTCACT--TCTTTC----T-TGTTATTTCA-T-TTC--A-GA-AACC-TCAAAAAA-A-GA-A--CCTTC-----TC-T-TCCGTT-G-GC--TATG--CT--GT-A-CCTAA-A---CTT-G-A--AACG---ATATATCG-TTGT--CTAA------T-C--ATATAA--A--A--AT-----TA-G--CTGCG--G-A-CT---ACA---TCTCTTAT--ATT
gi|10 : taTCTGCCATTTT-GT-AGAAAAA------GCGTT---A-CC--G-C-TG-TTT----TCCA-TG-T-T-T-GCTT----GT-------A-T-A----ATT-C--A---TT-TAAAT-A-TTTTCTGT--A-A--------T---A--TAT--T-T--TTTTTT--TAA---T--C-T-TAA-C-A-T-GA--TTATTT-G-T-TTA-AACA-T--C--A-CA-G-AA-------T--CCTTTT----C-T----TTTTA-T-CTT--C-GA-AA-C-TC---AAA-A-GA-A--A--TC-----TC-T----------GC--TAAG--CC--GT-A-CTTAA-A---C-T-G----AACG---G------G-TTCT--CT-A------T-A--ATGTAA--A--A--A------TA-A--T-GC---G-A-CT---ACA---TCTC--AT--ATTATGT
gi|11 : tTCGGCCATTAT-AT-AGAAAAA------GAGTT---A-CC--A-C-TG-TTT------------------GTTT----AT-------A-T-A----ATG-C--A---TA-TAAAA-A-TTTTCTGG--A-A--------T---A--AAT--T-T--ATTTTT---AA-T-T--T-T-TAA-C-A-T-GA---TATTT-C-T-TTA-AACA-T--C--A-CATA-GA-------T--CCTTTC----C-T----ATTTAGT-CTT--A-GC-AA-C-TC---GAA-A-AA-A--C--TC-----TC-C-TTCG-T-G-GC--TAAGC-CC--AT-A-CCTAA-A---C-T-G-A--AACA---T------G-TTTT--CT-A------TAA--ATGTAA--A--A--A------TA-A--C-GC---G-A-CT---ACA---TCTC--AT--ATTAA
gi|12 : tCCGCCATTTT-GT-AAAAAAACG----AAGTC---AACC--GGC-TGATTT----TCCA--G-T-T-A-GCTTCTAAAT-------A-T-A----CTT-A--A---TGATAAAT-A-TGT-CTAT--A-C--------TGAAA--AAT--T-T--TTTTTT--AA--T-A--T-T-TAA-C-A-T-AA--TTATT--G-T-TTA-AATA-T--C--A-TA-ATAA-------T--CCTT-C----C-T----TTTTA-T-TCT------------TC---AAA-A-GC-A------T-----TT-T-TAC-----------ACA--CC--GT-A-CCTAA-A---C-T-GAA--AACA---G----------TT--CT-T------T-A--AGGT-A--A--A--T------TA-A----GG---G-A-CT---ACATATTTTC--AT--ATt
gi|13 : T-AGAAAAA------GAGT----A-CC--G-C-TG-TTT------CG-TG-TGT-T-GTAT----AT-------A-T-A----ATTAT--A---T--TAAATTA-TTTTCTGT--A-A--------T---AT-AAT--G-T--ATTTTA--AAA-T-T--T-TTTAA-C-A-T-GA---TATTTCT-T-TTA-AACA-T--C--A-CA-A-AA-------T--C--TTC----C-T----TTTTA-T-CTT--A-GC-AA-CTTC---AAA-A-A--------TC-----TC-C-TCCA-T-G-G---TAAG--CC--A--A-CCTAA-A---C-T-GAA--AACA---T------G-TTTT--CT-A------T-A--ATGT-A--A--A--A------TA-A--C-GC---G-A-CTA--ACA---T-TT--ATTAATTAAGTCaa
gi|14 : aTT---A-CCCTG-C-TG-TCT----TCCA-CG-T-T-T-GCTA----AT-------C-T-A----ATCAC--ACACTA-TATATAA-TTATTTCT--A-A--------G---AATAAT--T-T--ATTTTT--TAA-TGT--G-T-TAA-C-A-T-GA--t
gi|15 : tttgtttctatttgggattcttgttgcgttgtaatgaatgcgggtgcgagcgatgatattgaattcgttccgcctttgaaagaaaaagaagttcgcgcgccagctatatgtttactgagggaccacatatatgaacT---G-CC--G-C-TC-TTTAGTTTCCA-TG-T-T-T-GTTT----AT-------A-T-ATTAAATT-C--A---TG-TAGAT-A-TTTTCTGT--A-A--------T---A--AAT--T-G--ATTTTA--AAA-T-T--T-T-TAA-C-A-T-GA--TTATTT-G-T-TTA-AACA-T--C--A-CA-A-AA-------T--CTTTTC----C-T----TTTTT-T-TTT--C-G--AA-C-TC---AAA-A-GA-G--C--TC-----TC-T-TACG-T-G-GC--AAAG--CC--AT-A--CTAA-AAC-C-T-G-A--AACA---T------G-TAGT--CT-A------C-A--ATGTAG--A--A--A------TA-A--C-GT---G-A-CT---ACA---TCTC--TT--ATCAAG
gi|16 : TCGGCCATTTT-AT-AGAAAAA------GAGTTT--A-CC--G-T-TG-TTT----TC----G-T-G-T-GTTC----AT-------A-T-A----A--------------AAAT------TC-G---A-A--------T---A--AAT--T-T-------T--A--------T-T-TAA-C-AAT-GA--T-ATTC---T-TTA-AACA-T--C--AACA-A-AA-------T--CCTTTC----C-T----TTTTA-T-CTT--A-G--CA-C-TC---AAA-A-AA-A--C--TC-----TC-C-TCCG-T-G-GC--TAAG--CC--ATAA-CCTAA-A---C-T-G-A--AACA---T------G-TGTT--CT-A------T-A--ATGTAA--A--A--A------TA-ACGC-GC---G-A-CT---ACA---TCTC--AT--ATT
gi|17 : tTT-GT-AGAAAAA------GAATT---A-C---G-C-TG-TCT----TCCA-CG-T-T-T-GCTT----TT-------A-T-A----ACT-C--A---TA-TAAAT-A-TTTTCTGT--A-A--------T---A--A----T-T--ATTTTT--AAA-T-T--T-T-TAA-C-A-T-AA--TTAATT-G-T-TTA-AACA-T--C--A-CA-A-AA-------T--CCTT------C-C----TTTTG-T-CTT--C-GA-AA-C-TCA--AAA-A-GA-A-------------C-T-TCTG-T-G-GC--TATG--CT--GT-A-CCTAA-A---C-T-G-A--AACA---G------G-TTGT------------T-G--AT------------A------TT-A--C-AC-------CT---------TCTC---T--ATTAAGTCtaatt
gi|18 : aaTT---A-CC--G-C-TG-TTT----TCCA-TG-T-T-T-G------------------------------------TG-TAAAT-A-TTTTCTGT--A-A--------T---A--AAT--T-T--ATTTA---AAA-T-TATT-T-TAA-C-A-T-GA--TTATTT-G-T-TTA-AACA-T--C--A-CA-A-AA-------T--TCTTTC----C-T----TTTCA-T-CTT--C-GA-AA-C-TC---TAA-A-GA-A--C--TC-----TA-T-TTTG-T-G-GA--CAAG--CC--AT-A-CCTAA-G---C-T-A-A--AACA---G------G-TTTT--CT-A------T-A--ATGTAC--A--G--A------TA-A--A-GC---G-A-CT---ACA---TCTC--AT--ATTA
gi|19 : CCGTCATTTT-GT-AGAAAAA------GAGTT---A-CC--A-C-TG-TTT----TCCA-TG-T-T-T-GCTT----AT-------A-T-A----ATT-C--A---TA-TAAAT-A-TTTTCTGT--A-A--------T---A--AAT--T-C--ATTTTTA-AAA-T-T--T-T-TAA-T-A-T-GA--TTTTTT-G-T-TTA-AACA-T--C--A-AT-A-AA-------T--CCTTTC----C-T----TTTTA-T-CTT--C-AA-AA-C-TC---AAACA-GA-A--C----------C-T-CCCG-TCG-GC--TAAG-----------CCTAA-A---C-T-G-A--AACA---T------G-TTTT--CT-A------T-A--Ac
gi|2 : CCATTTTTGT-AGACAAA------GATCT---A-C---G-C-TG-TTT----TCCCCTG-T-T-T-GCTT----AT-------A-T-A-----TT-C--A---TT-TAAAC-AATTTTCTGT--A-A--------T---A--AAT--T-CCCATTTTTT-AAA-T-T--T-T-TAAAC-AAT-GA--TTATTT-GATATTACAAGA-T--C--A-CA-A-AA-------T--CCTT-C----C-T----TTTTA-T-CTT--C-GA-AA-C-TC---AAA-AAGA-A--CC-TC-----TC-T-CTGG-T-G-GC--TAAG--CC--GT-AACTTAA-A---C-T-G-G--AACG---G------A-TTTT--TC-A------T-A--ATGGTA--A--A--A------TA-C--T-GC---G-A-CT---ACA---TCTC--AT--ATTGA
gi|20 : ctgc-A-AT-------T--CCCTTC----C-T----TTTTA-T-CTT--C-GA-AA-C-TC---AAA-A-GA-A--C--GC-----TC-T-TT-G-T-G-GC--TAAG--CC--AT-A-CCTTA-A---C-T-G-A--AACG---G------G-TTTC--CT-A------T-A--ATGTAA--A--ATTATCAAATTA-A--C-GC---G-A-CT---ACA---AC-C--AT--ag
gi|21 : tttgttgtgattgtagaatttctttctggtaagtttactaaaattatataacttcgataaccgccaccttttttgttttttg--G-C-TG-TTT------CG-TG-T-TGT-TTTT----AT-------A-T-A----AT--C--A---T--TAAAT-A-TTTTCTGT--A-A--------T---A--AAT--T-T------TT--AAA-T-T--T-T--AA-C-C-T-GA--TTATTC---T-TTA-AACA-T--C--A-CA-A-AA-------T--CCTTTC----C-------TTTA-T-C-T--A-GC-AA-C-TC---AA-----A-G--C--TC-----TC-C-TTC--T-G-GC--TAAG--TCCAGT-C-ATTAAGA---C-T-G-AAGAACA------------TTGT--TT-A------T-A--A-GT-A--A--A--A------TA-AC-C-GC---G-A-CT-----A---TCTC--Ac
gi|22 : ccaGTT---A-CC--G-C-TT-TTT----TCTC-TG-T-T-T-GTTT----AT-------A-T-A----ATT-C--A---TG-TCAAT-A-TTTTTTGT--A-A--------T---G--AAT--T-G--AATTTT--AAA-A-T--T-T-TAA-C-A-T-GA--TTATTT-G-T-TTA-AACA-T--C--A-CA-A-AA-------T--CCTTTC----T-T----TTTT--T-CTT--C-AA-AA-C-TC---AAA-G-CA--------C-----TC-T-TCCG-T-G-GT--GAAG--TC--AT-A-CCT-A-A---C-T-A-A--AACA---T------G-TTTT--CT-A------T-A--ATGTAAC-A--A--A------T
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