lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333333333333333 111111111111 22222222222222222222222222222 1111 1111111111111 3333333333333333 3333333333333333333 55555555555555555555 1111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 111 11111111 111111 11 111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777777777777777777 111111 2222222222222222222 33333333333333333 111 111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 22222222 1111111111 11111111 22222222222 1111111 88888888888888888888 1 1 1 1
lowQualScore : 2 4 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444444444444444444444 6 2 444 1 888888888888 5555 33 444 00000000000000000000000000000 33 66 66 444 33 8 7 9999 99 33 5555555555555 33 33 55 5 2 6666666666666666 5 0000000000000000000 0 55555555555555555555 3 8888888888888888 777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 3333333333333 111 4 777 1 4 66666666 666 444444 6 66 11 44 222222222 3 6 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 3 3 999 888888 2 44 555 99999999999999999999 111111 555 1 44 7 3 3333333333333333333 33 77777777777777777 8888 2 111 444444444 4 55 33 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0000000000 444 33 99999999 55 444 33 999999999 2 2 0000000000 5555 444 5555 2 33 99999999 444 444 1 777 2 99999999 2 6 1 55555555555 33 3333333 2 6 3 99999999999999999999 0 6 5 6 5 5
lowQualScore : . . ... ................................................. ............................. . . ... . ............ .... .. ... ............................. .. .. .. ... .. . . .... .. .. ............. .. .. .. . . ................ . ................... . .................... . ................ ... .............................................................................................................................................................................................................................................................. . ............. ... . ... . . ........ ... ...... . .. .. .. ......... . . . ....................................................... .... . . ... ...... . .. ... .................... ...... ... . .. . . ................... .. ................. .... . ... ......... . .. .. .................................................................. .......... ... .. ........ .. ... .. ......... . . .......... .... ... .... . .. ........ ... ... . ... . ........ . . . ........... .. ....... . . . .................... . . . . . .
lowQualScore : 9 9 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444444444444444444444 3 9 444 6 222222222222 7777 77 777 44444444444444444444444444444 22 55 99 444 44 4 5 6666 55 77 0000000000000 44 22 99 1 7 2222222222222222 7 6666666666666666666 2 11111111111111111111 6 3333333333333333 000 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 6666666666666 000 0 000 9 0 66666666 444 222222 2 33 55 22 333333333 1 2 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555 1 1 555 333333 6 22 444 99999999999999999999 000000 666 8 66 3 3 3333333333333333333 33 88888888888888888 9999 7 222 333333333 2 66 22 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333 444 22 22222222 99 444 77 444444444 5 5 9999999999 3333 444 3333 2 22 11111111 111 111 2 888 5 88888888 9 9 7 66666666666 99 2222222 9 0 3 11111111111111111111 0 0 0 0 0 0
consensus : NGTACATAGAA-TCACCGAA---ATTACC------GC------TAATCACC---------------------GAAATTACC--------AAT--------------A---AATTGACCGA---AATTACCTCAG-----------TG----T--AT---GTT------------CA-T---------CT--A--T--GT--CAT---CTA--GTCACACATNAAATTT-CATGA-NG--ATTG-------G---T--AA-CGATTTGA--AGAANTT-A--TGG------N----CATAA-AACCGA------A-A-TCG---TGAAGCGTA-AA--TT-TA------TCAGAGTTATTT-CC----CT----T-----TAG---CGAACTCTCG-A---------AGTG-AGCG-ACC----T---ATAAATA-G--------C------AT-GT-----A-CCCT---A------A---ATGGA-------GATTTANACTGGTA--A------ATCAG--A-AC------------AA--TAT--TTT--T-ATAT-----------GATTTGTATG----AGT--AAA-TAT---CGACATT---TA-AACGC-ATA-A--TCGT------------A--T--GGCTACANGCT--A----TTTAT---AG-GTC---GCTCA-C----TACGAGAGTT---CGCT------AA-G-GG--A--AA---------TAA-CT-C-TG-AT------------T--TA---CGCTTC-ACGAT--T------T-CGG-----T----T-T-TATG--NCCA----T-AAGTTCT--TCAAA---TCG---------G----------CAT---G--AAATTTGGGA--AATAACT-C-TG-AT------------T--TAC-GCTTCACGA-T--T------TC-GGT----T-TTATG--GCCA----C----AANTTCT--T--CA-----------------A----------ATC-----------G----------T------------CA----------T---GA--AAT-TTT-AN-GTGTGACTA--G---ATG--ACA---------TATAGA-TG----------A----AC---ATA----CAGT--GAG--------GT---AA---TTTCGGTCA---AT-T---TATC-GGT-AATTTCGGTCA-CT-------TTT--TT-------GG-TAATTTCGGTGAT-TA-GCG-C-G--AATTTC---GGTGATTC-TATTAATTTCTGTGATTCTATGA
Reference ( gi|1 ) : AGTACATAGAA-TCACTGAA---AGTATC------GC------TTATCACT---------------------GAAATTACC--------GAC--------------A---AACTGACCAA---AATTACCTCAG-----------TG----T--AT---GTT------------CA-T---------CT--A--T--GT--CAT---CTA--GTTACACATAAAATCT-AATGA-TG--ATCG-------G---T--AA-CGATTTGA--AGAACTT-A--CGT------A----CATAA-AACCGA------A-A-TTG---TGAAGCATA-AA--TT-TA------TCGAAGTTATTT-CC----TT----T-----TAG---CAAACTCTAG-A---------AGTG-AGCG-ACC----T---ATAAATA-G--------C------AT-GT-----A-CCCT---A------A---ATGGA-------GATGTAGACTGGTA--A------ATCAG--A-AC------------AA--CAT--TTT--C-ATAT-----------GGTCTGTATG----AGT--AAA-TAT---CGACATC---TA-AACGC-ATATA--TCAT------------A--T--GGCTACAGACT--A----TTTAT---AG-GTC---ACTTA-C----TACGAGAGTT---CGCT------AA-G-AG--A--AA---------TAA-CT-C-TA-AA------------T--TA---TGCTTC-ACAAT--T------C-CAG-----T----T-T-TATG--TCCA----T-AAGTTCT--TCAAA---TCG---------G----------CAT---G--AAATTNGAGA--AATAACT-C-TA-AA------------T--TAT-GCTTCACAA-T--T------CC-AGT----T-TTATG--TCCA----T----AAGTTCT--T--CA-----------------A----------ATC-----------G----------T------------CA----------T---GA--AAT-ATT-AA-GTGTGACTA--G---ATG--ACA---------TATAGA-TG----------A----AC---ATA----CAGT--GAG--------GT---AA---TTTCGGTCA---AT-T---TGTC-GGT-AATTTTGATCA-CT-------ATT--TT-------GG-TAATTTCGATGAT-TA-GTGCCCG--AATAGT---GGTAATTC-TATTAATCTATGTAAGTCGATGATATATACA
gi|6 : GTACATAGAA-TCACCGAA---ATTACCAAAAAAGG------TAACCA------------------------AAATTACT--------GAT--------------A---AATTGATCAA---AATTACCACAC-----------TG----T--GT---GCT------------CA-T---------CT--AAAT--GT--CAT---CTA--CTCACACATGAAATTT-CATGA-CG--ATTA-------G---T--AA-CGATTTGA--AGAACTT-A--TGG------G----CATAA-AACCGA------A-A-TTG---TGAAGCGTA--------CA------TCAGAGTTATTT-CCCAGGTTTCCCT-----TGGCGTCAAACTCT------------------------------T---GT------G--------C------AT-GT-----A-CCTT---A------A---ATGGA-------GATTTAGACAGGTA--A------ATCAG--A-AG------------AA----------------AT-----------GATTTGTATG----AGT--AAA-TAT---CGATATT---TA-AATGC-----A--TC-T------------A--T--GACTACAGGCT--A----TTTAT---AT-GTC---GCTCA-C----TTTTAGAGTT---TGTTAA----AA-G-GG--A--AA---------TAA-CT-C-GG-------------------A---TGTTT--------------------G-----C----T-TGTATG--TCCA----G-AAGT
gi|5 : GTACATAGAA-TCACCGAA---ATTACT------GC------TAATAACT---------------------TAAATTACCAAAAAGGAGACCGAAATTTCCCAATA---AATTGACCAA---AATTACCTCAG-----------TG----C--AT---GT------------------------------G--T--AT--CGT---CTG--TTCACACTTAAAATTT-CATGA-CG--ATTG-------G---T--AA-CGATTTGA--AAAACTA-A--TGG------A----CATAA-AACTGAAATATTA-A-TTA---TGAAGTGTA-AACTTT-TACGTCTTTCAGAGTTATTT-AC----CT----T-----TAG---CAAATTCTCG-T---------AGTG-ACCT-GCC----A---ATTGGTA-GCGTGTAGCC------GT-GT-----A-CCCA---A------A---ATGGA-------TATTTAAACTGGGA--A------ATAAG--A-AC------------AAATTAT--TTTTGT-ATAT-----------GGTTTGTATG----AGT--AAA-TAT---TGACATCTATTA-AAC----------TC--------------A--T--GGCTATA-------------TAT---AG-GTC---ATTCA-T----T-CAAGAGTT---TGC
gi|9 : GTGCATAGAA-TCACTAAA---ATTGCT------GT------TAATCACC---------------------AAAATGA-----------AC--------------A---AATTCACCAAATGAATGA---CAGAAAGAATAAAATA----T--AT---ATT------------CA-T----------T--A--T---T--TGT---CCG-----ACATATCAAATTT-CATGA-AG---T---------G---T--AA-CAATATGA--AAGAGTT-G--TGG------C----CATAA-A--CAG------G-A-CTGTCATGAAG-ATA-AA---------------AAAGTTATTT-CC----CT----T-----T
gi|18 : GTACATAG-A-TAACCGAA---ATTACC------AC------AAATCACC---------------------AAAATTA-----------AT--------------ATAGAATTGACCGA---ATTTA
gi|2 : ttttaaaataattgcgTATATAGAA-TCACCCAACCAAGAA------------------ATGACA---------------------AAAATTACC--------AAT--------------A---AATTGACCAT---AACCACCTCAA-----------TA----T--AC---GTT------------CA-T---------CT--A--TATGT--CAT---TTA--GTCACACATCAAATTT-CATGA-AG--ATCA-------G---T--CA--GATTTGATTAGAGTTG-G--AGC-----------CATAA-AACCAA------GTA-TTG---TGAAACATA-AA--TT-AA------T---AATTATT---------------------------AATCTCT-G-A---------TATGCATTGTACCATATT---ATAATAA-G--------CCA----AT----------CCTT---ATA----A---ATGGA-------GAT--AAGCCAATA--A------ATCAA--A-AC------------AA--TATATTTT--A-ATATTTACTATACTTGATTTGTATA----AAT--CAA-TGT----GATATT---TC-AA--------A--TCAT------------T--TTTGCCT---TACT--G----TGTATG--AGAGCT---AGTTAAC----TAT-------------T------AA-G-CG--A--AA---------TAAACT-C-AT-AT------------T--TA---TGCTTT-ACAA-------------GG-----T-----------------G----T-NNNNNNN--NNNNN---NNN---------N----------NNN---N--NNNNNNNNNN--NNNNNNN-N-NN-NN------------N--NNN-GCTTCACGA-TAGT------CT--GT----T-TTATG--GCCA----TGCATAAGTTCCC-T--CA-----------------A----------ATT-----------AA---------T------------TA----------T---GACCAATCATC-A-----TGATT---G---ATGTGAC------------TAGA-TC----------A-----C---AT----------------------GT---AA---GTGCA-TGA---AC--------------ACCTTTGGTTA-TT-------TCT--TT-------GG-TAATTTCAGTAAT-TA-Gttcaca
gi|2 : aaacagtacaCATAGAAATTGCAGAA---ATTACT------GC------TAATTACT---------------------GAAATTACC--------AAA--------------G---AAATAACCAA---A--------GG-----------TG----TTCAT---GCA------------CT-T---------AC--A--T--GT--GAT---CTA--GT--CACAT-CAATC---ATGA-TG--ATTG-------GTCAT--AATTAATTTGAG-GGAACTT-A--TGC------ATGGCCATAA-AACAGA------CTA-TCG---TGAAGCcagtaatttctgcaatttctatgc
gi|10 : aaacagtacatatatagaatcacccaaccaagaaatgacaaaaattaccaataaattgaccataaccacctcaatatacgttcatctatatgtcatttagtcacacatcaaatttcatgaagatcagtcagatttgattagagttggagccataaaaccaagtattgtgaaacataaattaataattattaatctctgatatgcattgtaccatattataataagccaatccttataaatggagataagccaataaatcaaaacaatatattttaatatttactatacttgatttgtataaatcaatgtgatatttcaaatcatttttgccttactgtgtatgagagctagttaactattaagcgaaataaactcatatttatgctttacaaggtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATAGAA-TCACCGAA---ATTACC------GC------TAATAACT---------------------AAAATTACC--------AAT--------------T---AATTGGCTGA---AATTATCTCAGAT---------TGAGAAT--AT---GTT------------CT-T---------CT--A--T--GTGACAT---CTA--GTCACCCATc
gi|7 : caaaagatctctcagaagggaattatgccattatggccacaactccttgtcaagcttcatgaaagCATAGAA-TCACAGAA---ATTACC------AC------AAATCACC---------------------GAAATTACC--------AAG--------------G---AAATAACCGA---AATTACc
gi|22 : atacgagagttcaatcactgttctgtaaattaaatttagtgtgaaggttttaattatgcttcacgttgttattatttttggccacatctccttcaaatcattgtactaatgttatcttgaaatttgatgtatgactagatgacatatatattattgtaatacaactagatctgcactttacttatgatattctcaagtaattttgatcaatttatcaaatttttttttcatCATAGAA-TCACTG-A---ATTGCC------GC------TAATCACT---------------------GAAATaa
gi|3 : ATAGAA-TTACTGAA---ATTACC------AC------TAACCACCAAAATTACCAAAAAAGTTATCGAAATTACC--------AAT--------------A---AATTGACCAA---AATTACCTTAC-----------TG----T--GT---GTTAATACATGTATATA-T---------AT--A--T--GT--CATATACTATAGTCACACGTAAAATTT-CAAGA-TA--ACTG-------G---T--AA-CGATTTGA--AGAACTTCA--TGG------C----CACAA-AACTGA------A-A-CTG---TGAAGCATA-A-------A------TCAGACTTATTT-CC----CT----TTAAAATAG---CGAACTCTc
gi|19 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggtaatgatttgaagaacttatggccatgaaacagtgaagcataaatcagagttatttccatttagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgAGAA-TCACCAAA---ATTGTT------GC------TATTCACC---------------------GAAATTACC--------AAA--------------G---AAATGACTGA---AATTAC
gi|13 : AA-TTACTGAA---ATTATC-------CAAGAAATTATAACT---------------------GAAATTACC--------ATT--------------T---AATTGACTGA---AATTACCTCGG-----------TA----T--AT---GTT------------CA-T---------CT--A--T--GTGACAT---CTT--GTCACACATAAAATTT-tgtcgaagggaccaaatt
gi|14 : cagaatcactgaaatgactgctAA-TCACAGAA---ATTACC------CCAAAAAGTTAACA------------------------AAATTACC--------CAT--------------A---AACTGACCGA---AATTACCCCAC-----------TG----T--AT---GTT------------CA-G---------CT--A--T--t
gi|16 : tA-TCACAGAA---ATTACC------GCAAAAG-TTAACA------------------------AAATTACC--------CAT--------------A---AACT-ACC-G---AATTACC-CAC-----------TG----T--AT---GTT------------CAGG---------CT--A--T--AT--CAtagcggtaatatttctgtaccgaggggtgatgttacac
gi|12 : tatataatac---------------------GAAATAACC--------AAA--------------G---AAGGGACTGA---AATTACCTTAG-----------T-----T---T---GTT--------------------------T--A--C--GT--CTT---CTA--ATCACATATGAAATTC-CACGA-GG--ATTA-------T---T--TC-TGATTTGA--AGGAGTT-agcgggtaatagttctgta
gi|4 : cacAT--------------A---AATTGACCCA---TATTACCTCAC-----------TG----T--ATAATGTT------------CA-T---------CT--A--TATGT--TAT---CTG--GTAACACATAAAATTT-CATGA-AG--ATTT-------G---T--AA-AGATCTGA--AGAACTT-C--TGG------T----CATAATAACCAA------A-A----------AGTGTA-AA--T-----------CAGAATTATTTTCC----TT----T-----TAG---CGAACTCTTG-A---------AGTG-AGCG-ACA----T---AGAAATA-G--------C------CT-GT-----AGCCAT---A------G---ATGCGTTTT---GATGTAGAgctcatttctttgacaacttcggtacctctttgttcc
gi|3 : ---AATTACCTCAC-----------TG----T--AT---GTT------------TA-T---------AT--A--T-------AT---ATA--ATTATA--------------GA-TG--ATTG-------G---T--AA-TGATTTGA--AGAACTT-A--TGG------C----CATGA-AAC--A------------G---TGAAGCATA-A-------A------TCAGAGTTATTT-CC----AT----T-----TAG---CTAAC-CT--------------GTA-AGCG-ACC----TTTAAGAAATA-G---------------GT-G---------CCTAA-A------A---ATGGC-------CATTTAGACTGGTA--A------ATCGG--A-ACTTTTTTTTATTTAT--TAC--TCT--T-ATAT---------------TGTATA----AAT---CA-TATAAAAAACA-C---AA-GACAC-ATA-A--TTGTTTC---------A--T--GTCTA---ACT-------CTTAT----T-GTCCCGGCTTA-TTGGGTACGAGAGTT---CGCTATTTTAAA-G-GG--A--AA---------TAA-GT-C-TG-AT------------T--TA---TGCTTC-ACAGT--T------T-CAG-----T----T-T-TGTG--GCCA----TGAAGTTCT--TCAAA---TCG---------tattttactcttaccgaccatataaaaaatatttgttctgattctccacttcgggtacatgctattaataggttactcacttcgggatttcgctaaagggaaataactctgatttacacttcatgatttcagttttatgtccacaattaacttcttcatatcattatcaaatggcaatcgtcatgaaaattcaatatatgactggatgacatgcagggcctatacatgaacatacagcaagacatagcaataatttaggtaatatt
gi|15 : CAG-----------TA----T--AT---GTT------------CA-T---------CTTTG--T--GT--CAT---ATA--GTCACACATCAAATTT-CATGA-AG--ATTG-------G---T--AA-CAATTTGA--AGGAGTT-G--TGG------C----CATAA-AATAGAC-----A-A-TC------------------TT-TA--------GAAGTTATTT-CC----CT----T-----TAttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggttagtggtaatttcagtaattctat
gi|4 : -----------TG----T--AT---GTT------------CA-TGTATAGGCCCTGCA--T--GT--CAT---CCA--GTCATATATTGAATTTTCATGA-CG--ATTGCCATTTGA---T--AA-TGATATGA--AGAAGTT-AATTGTGG----A----CATAA-AACTGA------A-A-TCA---TGAAGTGTA-AA--T-----------CAGAGTTATTT-CC----CT----T-----TAG---CGAAATCCCG-A---------AGTG-AGTA-ACC----T---ATTAATA-G--------C------AT-GT-----A-CCCG---A------A---GTGGA-------GA---------------------ATCAG--A-AC------------AAA-TAT--TTT--TTATAT-----------GGTCGGTAAG----AGT--AAAATAT---CTACATC---AA-AACGC-AT------C-T------------A--T--GGCTACAGGCT--A----TTTCT---AT-GTC---GCTCA-C----TTCAAGAGTT---CGCT------AA-A-AGGAA--AA---------TAA-TT-C-TG-AT------------T--TA---CACT-------T--T------T-TGG-----T----TAT-TATG--ACCA----G-AAGTTCT--TCAGA---TCc
gi|7 : ataaattgacccatattacctcactgtataatgttcatctatatgttatctggtaacacataaaatttcatgaagatttgtaaaA-T---------AT--A--T--GT--CAT---CTA--GTCATACATCAAATTT-CAAGA-TAACATTA-------G---TACAA-TGATTTGA--AGGA--G-A--TGTGGCCAAA----AATAATAAC--A------A----CG---TGAAGCATA-Agcaagacatagcaataatttaggtaatatt
gi|17 : atacgagagttcaatcactgttctgtaaattaaatttagtgtgaaggttttaa--T--GT--CAT---CTA--GTCACATATGAAATTT-CATGA-CG--ATTG-------G---T--TC-CAAATTGA--AGAAACT-A--TCT------A----GAAAA-GACT----------A-CTG---GGAAGCTTT-AA--TT-TA------attattgtaatacaactagatctgcactttacttatgatattctcaagtaattttgatcaatttatcaaatttttttttcatgtaatttcggttatttccttggtaatttcggtgatttgtggtaatttctgtgattctatgaa
gi|20 : gAT---CTT--GTCACACATAAAATTT-CATGATTG--GTAA-------GT--T--AA-CGATTTGA--AGAACT
gi|8 : ACACACCAAATTT-CATAA--G--ATTG-------A---T--AA-CGATTTGG--AGGAGTT-G--TGG------C----CATAA-AATTGA------CTA-TCA---TG-AGCACATTA--TTATA------T--GAGTTATTT-CC----CT----T-----TAC---TGAACTCTTGTATGCTGTCACAGTA-AG--------------GCAAATATA--------C------AT-GT-----G-CCTT---ATCCTTTA---ATAAATTGCATTGATTTATA-TGATA--AAGTGTTATAAGTAA-AA------------AA--AAT--ATT--T-GT-T-----------GATTTATTGG----AGT----A-TAT---TGCCATT---TATAAGGCTCTAAA--AAAT------------T--T--GGCTACTGAC----------TAT---AG-TTT---GCTTA-C----TAa
gi|21 : -------G---T--AA-TGATTTGA--AGGAGTT-A--TGG------G----TATGA-AACCCA------ACATTTG---TGAAGtaaacaaga
gi|6 : taA------TCCGAGTTATTT-CCC---TT----T-----TAA---CAAACTCTAA-A---------AGTG-AGCG-ACA----T---ATAAATA-G--------C------CT-GT-----AGTCAT---A------G---ATG
gi|5 : gtacatagaatcaccgaaattaccaaaaaaggtaaccaaaattactgataaattgatcaaaattaccacactgtgtgctcatctaaatgtcatctactcacacatgaaatttcatgacgattagtaacgatttgaagaacttatgggcataaaaccgaaattgtgaagcgtacatcagagttatttcccaggtttcccttggcgtcaaactcttgtgcatgtaccttaaatggagatttagacaggtaaatcagaagaaatgatttgtatgagtaaatatcgatatttaaatgG---CAAACTCTTG-A---------A-TG-AATG-ACC----T---ATATATA-G--------CC-----AT-G------A-GTTT---A------ATAGATGTC-------AATATTTACTCATACAA------ACCAT--ATAC------------AA--AAA--T----A-ATTT-----------GTTCT-TATTTCCCAGTTTAAA-TAT---C--CATT---T----TGG-GTACA--C---------------------GGCTACACGCT--ACCAATTGGC---AG-GTC---ACT---------ACGAGAATT---TGCT------AA-A-GGT-A--AA---------TAA-CT-C-TG-AAAGACGTAAAAGTT--TA---CACTTC-ATAAT--TAATATTT-CAG-----T----T-T-TATG--TCCA----T-TAGTTTT--TCAAA---TCGTTACCAATCGT---------CAT---G--AAATTgtttgcttgtatgtccagaagt
gi|11 : gtacatagaatcaccgaaattactgctaataacttaaattaccaaaaaggagaccgaaatttcccaataaattgaccaaaattacctcagtgcatgtgtatcgtctgttcacacttaaTA-AGCA-AAC----T---ATGAATA-G--------CCAATCTATAGTTCTAGA-TCCTTGTG------A---ATGGC-------AATGTATGCTGGTA--A------ATCAG--A-
gi|6 : tcttttgactgcactgtttcatacaataaagttttataaataattttatgtaagtttttttttcT--AAA-TAT---CGATATT---TA---CTC-ATACAAATCATTTCTTCTGATTTACCT--GTCTA-AATCTCCA----TTTA----AG-GT----ACATG-C-----ACAAGAGTTTGACGCC------AA-G-GG--A--AACCTGGGAAATAA-CT-C-TG-AT------------G--TA---CGCTTC-ACAAT--T------T-CGG-----T----T-T-TATG--CCCA----T-AAGTTCT--TCAAA---TCGTTACTAATCGT---------CAT---G--AAATTtata
gi|4 : gtacatagaatcaccgaaattaccaaaaaaggtaaccaaaattactgataaattgatcaaaattaccacactgtgtgctcatctaaatgtcatctactcacacatga--GGGTACATGCT--A----TTAAT---AG-GTT---ACTCA-C----TTCGGGATTT---CGCT------AAAG-GG--A--AA---------TAA-CT-C-TG-AT------------T--TA---CACTTC-ATGAT--T------T-CAG-----T----T-T-TATG--TCCACAATT-AACTTCT--TCATA---TCA---------T----------TAT---C--AAATaatgcatctatgactacaggctatttatatgtcgctcacttttagagtttgttaaaagggaaataactcggatgtttgcttgtatgtccagaagt
gi|3 : ataaattgacccatattacctcactgtataatgttcatctatatgttatctggtaacacataaaatttcatgaagatttgtaaagatctgaagaacttctggtcataataaccaaaaagtgtaaatcagaattattttccttttagcgaactcttgaagtgagcgacatagaaatagcctgtagccatagatgcgttttgatgtagatattttactcttaccgaccatataaaaaatatttgttctgattctccacttcCT--A----TTTCTTAAAG-GTC---GCTTA-C--------AG-GTT---AGCT------AA-ATGG--A--AA---------TAA-CT-C-TG-AT------------T--TA---TGCTTC-AC-----T----------G-----T----T-T-CATG--GCCA----T-AAGTTCT--TCAAA---TCggcaatcgtcatgaaaattcaatatatgactggatgacatgcagggcctatacatgaacatacagcaagacatagcaataatttaggtaatatt
gi|8 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggtaat----TACAAGAGTT---CAGT------AAAG-GG--A--AA---------TAA-CT-CATATAA------------TAATG---TGCT-C-ATGATAGT------C--AA-----T----T-T-TATG--GCCA----C-AACTCCT--CCAAA---TCG---------T----------TAT---C--AATCTTATGA--AATgtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaagggaaataagtctgatttatgcttcacagtttcagttttgtggccatgaagttcttcaaatcgttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggttagtggtaatttcagtaattctat
gi|4 : acacaccaaT---CGGT------AA-G-AGTAA--AA---------TA---T-C-TA-CA------------T--CAAAACGCATCTATGGC--T------A-CAGGCTATT----T-C-TATG--TCGC----T-CA---CT--TCAAGAGTTCG--------------------C-T---A--AAA---GGAA--AATAATT-C-TG-AT------------T--TAC-ACTT---------T------TT-GGT----TATTATG--ACCA----G----AAGTTCT--T--CAGATCTTTACA-------A----------ATC-----------T----------T------------CA----------T---GA--AAT-TTT-AT-GTGTTACCA--G---ATA--ACA---------TATAGA-TG----------A----ACATTATA----CAGT--GAG--------GT---AA---TATGGGTCA---AT-T---TATtgctgtcacagtaaggcaaatatacatgtgccttatcctttaataaattgcattgatttatatgataaagtgttataagtaaaaaaaatatttgttgatttattggagtatattgccatttataaggctctaaaaaatttggctactgactatagtttgcttactataaacaaga
gi|15 : ------AA-G-GG--A--AA---------TAA-CTTC-TA-AA---------------------GATTG--------T------C-TA------T----T-T-TATG--GCCA----C-AACTCCT--TCAAA---TTG---------TTACCAATCTTCAT---G--AAATTTGAccatataaaaaatatttgttctgattctccacttcgggtacatgctattaataggttactcacttcgggatttcgctaaagggaaataactctgatttacacttcatgatttcagttttatgtccacaattaacttcttcatatcattatcaaatggcaatcgtcatgaaaattcaatatatgactggatgacatgcagggcctatacatgaacatacagcaagacatagcaataatttaggtaatatt
gi|9 : cagtatatgttcatctttgtgtcatatagtcacaca------AA-G-GG--A--AA---------TAA-CT-T-T---T------------T--TA---T-CTTC-ATGA------------CAG-----TCCTGT-T-TATG--GCCA----C-AACTCTT--TCATA---TTGTTACACT--T----------CAT---G--AAATTTGAtac
gi|2 : aA-G-AG--ATTAA---------TAA-TTAT-TA-AT------------T--TA---TGTTTC-ACAAT--A------CTTGG-----T----T-T-TATGGCTCC--------AACTCTAATCAAA---TCT---------GACTGATCTT-CAT---G--AAATTTGAtatgtcggacaaataatgaatatatattttattctttctgtcattcatttggtgaatttgttcattttggtgattaacagcaattttagtgattctatgcac
gi|4 : aaacagtacatatatagaatcacccaaccaagaaatgacaaaaattaccaataaattgaccataaccacctcaatatacgttcatctatatgtcatttagtcacacaA----T-AGGTTAC--TCACT---TCG---------G----------GATTTCGCTAAA---GGGA--AATAACT-C-TG-AT------------T--TAC-ACTTCATGA-T--T------TC-AGT----T-TTATG--TCCACAATT----AACTTCT--T--CATATCATTATCAAATGGCA----------ATC-----------G----------T------------CA----------T---GA--AA--ATTCAATATATGACTG--G---ATG--ACATGCAGGGCCTATACA-TG----------A----AC---ATA----CAGC--AAGACATAGCAAT---AA---TTTAGGT-A---AT-gatatgcattgtaccatattataataagccaatccttataaatggagataagccaataaatcaaaacaatatattttaatatttactatacttgatttgtataaatcaatgtgatatttcaaatcatttttgccttactgtgtatgagagctagttaactattaagcgaaataaactcatatttatgctttacaaggtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttcacgatagtctgttttatggccatgcataagttccctcaaattaattatgaccaatcatcatgattgatgtgactagatcacatgtaagtgcatgaacacctttggttatttctttggtaatttcagtaattagcagtaatttctgcaatttctatgc
gi|2 : ataaattgacccatattacctcactgtataatgttcatctatatgttatctggtaacacataaaatttcatgaagatttgtaaagatctgaagaacttctggtcataataaccaaaaagtgtaaatcagaattattttccttttagcgaactcttgaagtgagcgacatagaaatagcctgtagccatagatgcgttttgatgtagatattttactcttaccgaccatataaaaaatatttgttctgattctccacttcgggtacatgctatta---------G----------CAT--------ATCAGAGATTAATAATTAT-TA-AT------------T--TAT-GTTTCACAA-T--A------CTTGGT----T-TTATGGCTCCA-----------ACTCTAAT--CA-----------------A----------ATCTGACT------GATCT------T------------CA----------T---GA--AAT--TT-GATGTGTGACTA--A---ATG--ACA---------TATAGA-TG----------A----AC---GTA----TATT--GAG--------GT---GG---TTATGGTCA---AT-T---TATT-GGT-AATTTTTGTCA-TT--------TC--TT-------GG-----TTGGGTGAT-Tatt
gi|6 : aaacagtacatatatag---G--AAACCTGGGA--AATAACT-C-TG-AT------------G--TAC-GCTTCACAA-T--T------TC-GGT----T-TTATG--CCCA----T----AAGTTCT--T--CA-----------------A----------ATC-----------G----------TTACTAATCGT--CA----------T---GA--AAT-TTC-AT-GTGTGAGTA--G---ATG--ACA---------TTTAGA-TG----------A----GC---ACA----CAGT--GTG--------GT---AA---TTTTGATCA---AT-T---TATC-AGT-AATTTTGGTTACCT-------TTT--TT-------GG-TAATTTCGGTGAT-Tattgtaccatattataataagccaatccttataaatggagataagccaataaatcaaaacaatatattttaatatttactatacttgatttgtataaatcaatgtgatatttcaaatcatttttgccttactgtgtatgagagctagttaactattaagcgaaataaactcatatttatgctttacaaggtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttcacgatagtctgttttatggccatgcataagttccctcaaattaattatgaccaatcatcatgattgatgtgactagatcacatgtaagtgcatgaacacctttggttatttctttggtaatttcagtaattagcagtaatttctgcaatttctatgc
gi|3 : gtacatagGGGA--AATAAGT-C-TG-AT------------T--TAT-GCTTCACAG-T--T------TC-AGT----T-TTGTG--GCCA----TG---AAGTTCT--T--CA-----------------A----------ATC-----------G----------T------------TACCAGTTATCTT---GA--AAT-TTT-AC-GTGTGACTATAGTATATG--ACA---------TATATA-TATACATGTATTA----AC---ACA----CAGT--AAG--------GT---AA---TTTTGGTCA---AT-T---TATT-GGT-AATTTCGATAA-CT-------TTT--TT-------GG-TAATTTTGGTGGT-TA-GTG---GT-AATTTC---AGTAATTC-TATccttggcgtcaaactcttgtgcatgtaccttaaatggagatttagacaggtaaatcagaagaaatgatttgtatgagtaaatatcgatatttaaatgcatctatgactacaggctatttatatgtcgctcacttttagagtttgttaaaagggaaataactcggatgtttgcttgtatgtccagaagt
gi|15 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggtaatgatttgaagaacttatggccatgaaacagtgaagcataaatcagagttatttccatttagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaaGGGA--AATAACTTC-TA-AA-------------------GATTG--------T------CT-A-T----T-TTATG--GCCA----C----AACTCCT--T--CA-----------------A----------ATT-----------G----------TTACCAATCTT--CA----------T---GA--AAT--TT-GATGTGTGACTA--T---ATG--ACA---------CAAAGA-TG----------A----AC---ATA----TACT--G
gi|8 : GGGA--AATAACT-CATATAA------------TAATGT-GCT-CATGA-TAGT------C--AAT----T-TTATG--GCCA----C----AACTCCT--C--CA-----------------A----------ATC-----------G----------T------------TA----------T---CA--Atttac
gi|9 : acacaccaaatttcataagaGGGA--AATAACT-T-T---T------------T--TAT--CTTCATGA------------C-AGTCCTGT-TTATG--GCCA----C----AACTCTT--T--CA-----------------T----------ATT-----------GTTACACT---T------------CA----------T---GA--AAT--TT-GA--TATG--TC--G-----G--ACA---------AATA-A-TG----------A----AT---ATA----TATT--------------T---TATTCTTTCTGTCATTCAT-T---T----GGT-GAATTTGTTC-----------ATT--TT-------GG-TGATTtttactgaactcttgtatgctgtcacagtaaggcaaatatacatgtgccttatcctttaataaattgcattgatttatatgataaagtgttataagtaaaaaaaatatttgttgatttattggagtatattgccatttataaggctctaaaaaatttggctactgactatagtttgcttactataaacaaga
gi|3 : aaaGA--AATAACT-C-TG-AT------------T--TAT-GCTTCAC------T----------GT----T-TCATG--GCCA----T----AAGTTCT--T--CA-----------------A----------ATC-----------A----------T------------TA----------C---CA--ATC-AT-----------CTAT-A---ATT--ATA---------TATATA-TA----------A----AC---ATA----CAGT--GAG--------GT---AA---TTaacagcaattttagtgattctatgcac
gi|5 : A--AATAACT-C-TG-AAAGACGTAAAAGTT--TAC-ACTTCATAA-T--TAATATTTC-AGT----T-TTATG--TCCA----T----TAGTTTT--T--CAAATCGTTACC-------A----------ATC-----------G----------T------------CA----------T---GA--AAT-TTT-AA-GTGTGAACA--G---ACG--ATA---------C-----------------------AC---ATG----CACT--GAG--------GT---AA---TTTTGGTCA---AT-T---TATT-GGGAAATTTCGGTCT-CC-------TTT--TT-------GG-TAATTTAAGTTAT-TA-GC-------AGTAATTTCGGTGATTC-TATcatttagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaagggaaataagtctgatttatgcttcacagtttcagttttgtggccatgaagttcttcaaatcgttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggttagtggtaatttcagtaattctat
gi|17 : gtac-TA-AA------------T--TAAAGCTTCCCAG-T------------AGT----C-TTTTC--TAGA----T----AGTTTCT--T--CA-----------------ATTTGGAACCAATC-----------G----------T------------CA----------T---GA--AAT-TTC-AT-ATGTGACTA--G---ATG--ACA---------acctttagcaaattctcgtagtgacctgccaattggtagcgtgtagccgtgtacccaaaatggatatttaaactgggaaataagaacaaattatttttgtatatggtttgtatgagtaaatattgacatctattaaactcatggctatatataggtcattcattcaagagtttgc
gi|7 : g-AA------------T--TAT-GCTTCACGT-T--G------TT-ATTA---T-TTTTG--GCCA----C----ATCTCCT--T--CA-----------------A----------ATCATTGTACTAATG----------T------------TA----------TCTTGA--AAT--TT-GATGTATGACTA--G---ATG--ACA---------TATATA-TT----------ATTGTA----ATA----CAAC--TAG--------ATCTGCA---CTTTACTTATG-ATAT---TCTCAAGT-AATTTTGATCA-ATTTATCAAATT--TTTTTTTCATG-TAATTTCGGTTAT-T---TCCTTGGTAATTTC---GGTGATTTGTGGTAATTTCTGTGATTCTATGA
gi|21 : atacgagagttcaatcactgttctgtaaattaaatttagtgtgaaggttttCTTCACAAATG-T------TG-GGT----T-TCATA--CCCA----T----AACTCCT--T--CA-----------------A----------ATC-----------A----------T------------TA----------a
gi|10 : tag-TTATG--GCCA----C----AACTCCT--TGTCA-----------------A----------G-C-----------T----------T------------CA----------T---GA--AAG-AT-----GGGTGACTA--G---ATG--TCA---------CATAGA-AG----------A----AC---ATATTCTCAATCTGAG--------AT---AA---TTTCAGCCA---AT-T---AATT-GGT-AATTTTAGTTA-TT-------A----GC-------GG-TAATTTCGGTGAT-T
gi|12 : caaaagatctctcagaagggaattatgccaCA----C----AACTCCT--T--CA-----------------A----------ATC-----------AGAAATAATCCT------------CG----------T---GG--AAT-TTC-AT-ATGTGATTA--G---AAG--ACG---------TA-----------------A----AC---AAA----C--T--AAG--------GT---AA---TTTCAGTCC---CT-T---CTTT-GGT-TATTTCGCTCA-TT-------TCT--TT-------GA-CAACTTCGGTctatgc
gi|20 : AGTTCT--T--CA-----------------A----------ATC-----------G----------TTAACTTACCAATCA----------T---GA--AAT-TTT-AT-GTGTGACAA--G---ATacctctttgttcc
gi|13 : A--AAT-TTT-AT-GTGTGACAA--G---ATG--TCA---------CATAGA-TG----------A----AC---ATA----TACC--GAG--------GT---AA---TTTCAGTCA---AT-T---AAAT-GGT-AATTTCAGTTA-TA-------ATTTCTT-------GGATAATTTCAGTAAT-TA-Ga
gi|16 : cagaatcactgaaatgactgA---------TATAGCCTG----------A----AC---ATA----CAGT--G-G--------GT---AA---TT-CGGT-A---GT-T---TATG-GGT-AATTTTGTTAA-CT-------TTT--GC-------GG-TAATTTCTGTGAT-t
gi|14 : tatataatactg---------TATAGC-TG----------A----AC---ATA----CAGT--GGG--------GT---AA---TTTCGGTCA---GT-T---TATG-GGT-AATTTTGTTAA-CT--------TT--TTGG-----GG-TAATTTCTGTGAT-T-------------TAGC---GGTAATagcgggtaatagttctgta
gi|18 : GT--GAA---------T---AA---ATTCGGTCA---AT-TCTATAT----T-AATTTTGGTGA-T---------TT--GT-------GG-TAATTTCGGTTATCTATGTACCatttctgtaccgaggggtgatgttacac
gi|19 : ttttaaaataattgc---AA---TTT-GGTCC---CT-T---CGAC-AGT-AATTTCAGTCA-TT-------TCT--TT-------GG-TAATTTCGGTGAA-TA-GCAAC----AATTTT---GGTGATTC-Ta
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222 111111 11111 222222222222222222222222222222 1111111 2222222222 33333333333333333333 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 2222222222 666666666666666666666666666666666666666 11111111 111 2222222222 11111 111 666666666666666666 111 222 222 22 4444444 11 4444444444 33333333 1 1111 8888888888888888888888 111 11111 1111111 1111 1111111 1111111 2222222222 111111 11 333333 1
lowQualScore : 55 55 66 999999999999999999999999999 7777 000000 666 666 3 666 00000 888 8888 777 999999999999999999999999999999 55 55 55 555 44 1 3 2 0000000 77777 33 1 888888 1 3 7777 0 4444444444 33 33 66666666666666666666 4 777 00000 0 1 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6666666 66 2 5 0 1111111111 0 5 111111111111111111111111111111111111111 88888888 000 77 5555555555 1 44444 5 000 5 999999999999999999 1 777 1 1 000 0 111 3 3 22 8 8 1 2 11 5555555 33 0 4 3333333333 44 999 3 4 77777777 0 7777 1 8 0000000000000000000000 444 99 88 2 1 66666 7777777 0000 66 6666666 777 1111111 6666 3 1111111111 888 333333 5 00 111111 0 3 2 3 3
lowQualScore : .. .. .. ........................... .... ...... ... ... . ... ..... ... .... ... .............................. .. .. .. ... .. . . . ....... ..... .. . ...... . . .... . .......... .. .. .................... . ... ..... . . . .................................................................................. ....... .. . . . .......... . . ....................................... ........ ... .. .......... . ..... . ... . .................. . ... . . ... . ... . . .. . . . . .. ....... .. . . .......... .. ... . . ........ . .... . . ...................... ... .. .. . . ..... ....... .... .. ....... ... ....... .... . .......... ... ...... . .. ...... . . . . .
lowQualScore : 00 00 22 000000000000000000000000000 8888 555555 444 444 3 444 00000 777 5555 000 999999999999999999999999999999 00 00 00 888 66 0 1 1 0000000 11111 99 0 222222 0 1 1111 8 9999999999 00 00 77777777777777777777 0 000 00000 2 4 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 11 8 2 2 9999999999 2 7 000000000000000000000000000000000000000 99999999 000 11 0000000000 7 33333 7 000 7 999999999999999999 4 777 4 3 000 4 999 2 7 00 0 0 0 8 00 8888888 22 8 5 8888888888 00 888 0 8 88888888 0 0000 0 0 6666666666666666666666 000 22 55 5 0 77777 0000000 6666 99 2222222 888 2222222 8888 4 9999999999 000 777777 7 22 999999 0 0 5 0 0
consensus : NGTACATAGAATCACCGAAAT--TACC--GCT-AA---T------------CA---------CCGAAATT-A--CCAA------TA---AAT---TGACCGAAA---TTAC-----CTCAN--TG----TAT---GTT------------CAT---------C--T--A--T--GT--CAT---C--TAGTCACACATNAAA-TTTCATGANGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AGAAGTT-A----TGGCCATAA-A----ACCGA------A-A-TCGTGAAGCGTAAA--TTTA------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAACTCTC-G-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C------AT-GT-----A-CCC---T---A------AATGGA-------GATTTAGACTGGTAAA----------TCAGAAC-AA--TA-T------------TTT--T-ATA-----------TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-T---CTA-AACG--C-----AT--ATC-TATGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCGCTCACTAC-AGAGTTCGCTAAAAG-GGAAAT-AACTCTGATTTATGCTTCACAATTCCGGTT-TTATGNCCATAAGTTCTT----------CAAATCNNCATGAAATTTGGGAAATAACTCTGANTTATGCTTCACGAT-GTCAGT-TTTATGGC----CATAAGTT-CTTCAAATCA----------A----------TTAT---GA--AATT-TCATG-----TGTGACTAGATGACATATAG----A-TGA----ACA--TACAGTGA-------GGT---AATTTCGGTCA--AT-TTATC-GGTAATTTCGNTC----------AC--TTTTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-TTAGCG--NN--AATTTCGGTGATTC-TGNTAATCTNTGTGANTCNATGA
Reference ( family-2120 ) : NGTACATAGAATCACCGAAAT--TACC--GCT-AA---T------------CA---------CCGAAATT-A--CCAA------TA---AAT---TGACCGAAA---TTAC-----CTCAG--TG----TAT---GTT------------CAT---------C--T--A--T--GT--CAT---C--TAGTCACACATNAAA-TTTCATGANGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AGAANTT-A----TGGNCATAA-A----ACCGA------A-A-TCGTGAAGCGTAAA--TTTA------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAACTCTC-G-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C------AT-GT-----A-CCC---T---A------AATGGA-------GATTTANACTGGTAAA----------TCAGAAC-AA--TA-T------------TTT--T-ATA-----------TGATTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-T---TTA-AACG--C-----ATA-ATCGTATGGCTACANGCTATTTAT---AGGTCGCTCACTACGAGAGTTCGCT--AAG-GGAAAT-AACTCTGATTTACGCTTCACGATTTCGGTT-TTATGNCCATAAGTTCTT----------CAAATCGGCATGAAATTTGGGAAATAACTCTGATTTACGCTTCACGAT-TTCGGT-TTTATGGC----CACAANTT-CTTCAAATC-----------G----------TCAT---GA--AATT-TTANG-----TGTGACTAGATGACATATAG----A-TGA----ACA--TACAGTGA-------GGT---AATTTCGGTCA--AT-TTATC-GGTAATTTCGGTC----------AC--TTTTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-TTAGCG--CG--AATTTCGGTGATTC-TATTAATTTCTGTGATTCTATGA
gi|1 : GTACATAGAATCACTGAAAG--TATC--GCT-TA---T------------CA---------CTGAAATT-A--CCGA------CA---AAC---TGACCAAAA---TTAC-----CTCAG--TG----TAT---GTT------------CAT---------C--T--A--T--GT--CAT---C--TAGTTACACATAAAA-TCTAATGATGA-------TCGG-----TAACGATTTGA--AGAACTT-A----CGTACATAA-A----ACCGA------A-A-TTGTGAAGCATAAA--TTTA------TCG---AAGTTA-TTTCCT---TT-----TAGCAAACTCTA-G-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C------AT-GT-----A-CCC---T---A------AATGGA-------GATGTAGACTGGTAAA----------TCAGAAC-AA--CA-T------------TTT--C-ATA-----------TGGTCTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-T---CTA-AACG--C-----ATATATCATATGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCACTTACTACGAGAGTTCGCT--AAG-AGAAAT-AACTCTAAATTATGCTTCACAATTCCAGTT-TTATGTCCATAAGTTCTT----------CAAATCGGCATGAAATTNGAGAAATAACTCTAAATTATGCTTCACAAT-TCCAGT-TTTATGTC----CATAAGTT-CTTCAAATC-----------G----------TCAT---GA--AATA-TTAAG-----TGTGACTAGATGACATATAG----A-TGA----ACA--TACAGTGA-------GGT---AATTTCGGTCA--AT-TTGTC-GGTAATTTTGATC----------AC--TATTT-T----GG-TAATTTCGATGA-TTAGTGCCCG--AATAGTGGTAATTC-TATTAATCTATGTAAGTCGATGA
gi|10 : aCATAGAATCACCGAAAT--TACC--GCT-AA---T------------AA---------CTAAAATT-A--CCAA------TT---AAT---TGGCTGAAA---TTAT-----CTCAGATTGAGAATAT---GTT------------CTT---------C--T--A--T--GTGACAT---C--TAGTCACCCATC----TTTCATGAAGC-------TTG--------AC------A--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-tatataca
gi|11 : caaaagatctctcagaagggaattatgccaTA-AGCA-AAC----TATGAATA-G--------CCAATCTATAGTTCTAGA-TCC---TTGTG------AATGGC-------AATGTATGCTGGTAAA----------TCAGAc
gi|12 : tcttttgactgcactgtttcatacaataaagttttataaataattttatgtaagtttttttttc----CACAACTC-CTTCAAATC-----------AGAAATAATCCTCGT---GG--AATT-TCATA-----TGTGATTAGAAGACGTA-----------A----ACA--AAC--TAA-------GGT---AATTTCAGTCC--CT-TCTTT-GGTTATTTCGCTC----------AT--TTCTT-T----GA-CAACTTCGGTtata
gi|13 : A--AATT-TTATG-----TGTGACAAGATGTCACATAG----A-TGA----ACA--TATACCGA-------GGT---AATTTCAGTCA--AT-TAAAT-GGTAATTTCAGTT----------ATAATTTCT-T----GGATAATTTCAGTAA-TTAGCA--GT--CATTTCAGTGATTC-Tacctctttgttcc
gi|14 : cTATAG----C-TGA----ACA--TACAGTGG-------GGT---AATTTCGGTCA--GT-TTATG-GGTAATTTTGTTA----------AC--TTTTTGG----GG-TAATTTCTGTGATTTAGCG--t
gi|14 : ACAGAAATATTACC--GCTAAA---T------------CA---------CAGAAATT-ACCCCAA------AA---AGT---TAA-CAAAA---TTAC-----Cgtaatatttctgtaccgaggggtgatgttacac
gi|15 : tatagctgaacatacagtggggtaatttcggtcagtttatgCAG--TA----TAT---GTT------------CAT---------C--TTTG--T--GT--CAT---A--TAGTCACACATCAAA-TTTCATGAAGA-------TTGG-----TAACAATTTGA--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-A----ATAGAC-----A-A-TC--------------TTTA--------G---AAGTTA-TTTCCC---TT-----TAaccgaggggtgatgttacac
gi|16 : ATATAG----CCTGA----ACA--TACAGTG--------GGT---AATT-CGGT-A--GT-TTATG-GGTAATTTTGTTA----------AC--TTTTG-C----GG-TAATTTCTGTGA--TAGCG--c
gi|17 : tatataatactg--T--GT--CAT---C--TAGTCACATATGAAA-TTTCATGACGA-------TTGG-----TTCCAAATTGA--AGAAACT-A----T--CTAGAA-A----A--GA------CTA-CTGGGAAGCTTTAA--TTTA------ggtaatagttctgta
gi|18 : gGTACATAGA-TAACCGAAAT--TACC--ACA-AA---T------------CA---------CCAAAATT------AA------TATAGAAT---TGACCGAAT---TTA
gi|19 : ttttaaaataattgcg---AATTT-GGTCC--CT-TCGAC-AGTAATTTCAGTC----------AT--TTCTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-ATAGCA--AC--AATTTTGGTGATTC-Tttcaca
gi|2 : TATATAGAATCACCCAA------CCAAGA--AA---T------------GA---------CAAAAATT-A--CCAA------TA---AAT---TGACCATAA---CCAC-----CTCAA--TA----TAC---GTT------------CAT---------CTAT--A--T--GT--CAT---T--TAGTCACACATCAAA-TTTCATGAAGA-------TCAG-----TCA-GATTTGATTAG-AGTT-G----GAGCCATAA-A----ACCAA------GTA-TTGTGAAACATAAA--TTAA------T------AATTA-TT-------------------AA-TCTCTG-A---------TATGCATTGTACCATATTATAATAA-GC-------C------A---------A-TCCTTAT---A------AATGGA-------GA--TAAGCCAATAAA----------TCAAAAC-AA--TA-TA-----------TTT--TAATATTTACTATACTTGATTTGTAT-------AAA---T-CAATG----------T-GA-----TA-T---TTC-AA----------ATC-ATTTT-TGCCT---TACTGTGTATGAGAGCTAGTTAACTA----------TT--AAG-CGAAATAAACTCATATTTATGCTTTACAA----GGT----------GTNNNNNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTTCACGATAGTCTGT-TTTATGGCCATGCATAAGTTCCCTCAAATTA----------A----------TTAT---GACCAATCATCATGATTGATGTGACTAGATCACATGTAAGTGCA-TGA----ACACCTTTGGTTATTTCTTTGGT---AATTTCAGT-A--A--TTAGC-AGTAATTTCTG-C----------AA--TTTCT-
gi|20 : aaacagtacaAT---C--TTGTCACACATAAAA-TTTCAT---GA-------TTGGTAAGTTAACGATTTGA--AGAACTatgc
gi|21 : TAG-----TAATGATTTGA--AGGAGTT-A----TGGGTATGA-A----ACCCA------ACATTTGTGAAGa
gi|22 : CATAGAATCACTGAA-T--TGCC--GCT-AA---T------------CA---------CTGAAAT
gi|3 : AAAT---GGAAATAACTCTGATTTATGCTTCAC--T-----GT-TTCATGGC----CATAAGTT-CTTCAAATC-----------A----------TTAC---CA--A----TCATC-----TATAATT-----ATATATAT----A-TAA----ACA--TACAGTGA-------GGT---AATTc
gi|3 : AACCACCAAAAT--TACC--AAA-AAAG-T------------TA---------TCGAAATT-A--CCAA------TA---AAT---TGACCAAAA---TTAC-----CTTAC--TG----TGT---GTTAATACATGTATATAT---------A--T--A--T--GT--CATATACTATAGTCACACGTAAAA-TTTCAAGATAA-------CTGG-----TAACGATTTGA--AGAACTTCA----TGGCCACAA-A----ACTGA------A-A-CTGTGAAGCATAA------A------TCA---GACTTA-TTTCCC---TTTAAAATAGCGAACTCTC-G-T---------A------C---CC----AATA---A-G--------C------CG-GG-----A-C----------------AAT-AA-------GAGTTAGAC------A----------TGA-AAC-AAT-TA-TGTGTCTTGTGTTTTT--T-ATA-----------TGATTTATACAATATAAGAGTAAT-AAATAAAAAAAAGTTCCGATTTACCAGT---CTA-AATGGCC-----AT---TTTTA-GGC-AC---CTATTTCTTAAAGGTCGCTTAC----AG-GTTAGCT--AAATGGAAAT-AACTCTGATTTATGCTTCAC--T----GTT-TCATGGCCATAAGTTCTT----------CAAATCagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaagggaaataagtctgatttatgcttcacagtttcagttttgtggccatgaagttcttcaaatcgttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggttagtggtaatttcagtaattctat
gi|3 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggtaatATAGAATTACTGAAAT--TACC--ACT-AA---agtggtaatttcagtaattctat
gi|4 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggtaatgatttgaagaacttatggccatgaaacagtgaagcataaatcagagttatttccatttagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaagggaaataagtctgatttatgcttcacagtttcagttttgtggccatgaagttcttcaaatcgttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggA------TA---AAT---TGACCCATA---TTAC-----CTCAC--TG----TATAATGTT------------CAT---------C--T--A--TATGT--TAT---C--TGGTAACACATAAAA-TTTCATGAAGA-------TTTG-----TAAAGATCTGA--AGAACTT-C----TGGTCATAATA----ACCAA------A--------AAGTGTAA------A------TCA---GAATTATTTTCCT---TT-----TAGCGAACTCTT-G-A---------AGTG-AGCG-ACA----TAGAAATA-G--------C------CT-GT-----AGCCA---T---A------GATG
gi|4 : ATT-A--CC--------TA---AAT---T-------A---TTGCTATGTCTTGC--TG----TAT---GTT------------CATGTATAGGCCC--TGCA--T--GT--CAT---C--CAGTCATATATTGAATTTTCATGACGATTGCCATTTGA-----TAATGATATGA--AGAAGTT-AATTGTGGACATAA-A----ACTGA------A-A-TCATGAAGTGTAA------A------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAAATCCC-G-A---------AGTG-AGTA-ACC----TATTAATA-G--------C------AT-GT-----A-CCC---G---A------AGTGGA-------G-------------AA----------TCAGAACAAA--TATT------------TTT--T-ATA-----------TGGTCGGTAA-------GAG---TAAAATA----------TCTA-----CA-T---CAA-AACG--C---------ATC-TATGGCTACAGGCTATTTCT---ATGTCGCTCACTTCAAGAGTTCGCTAAAAG-GAAAAT-AATTCTGATTTACACT------TTTTGGTTATTATGACCAGAAGTTCTTCAGATCTTTACAAATCTTCATGAAATTTcgttttgatgtagatattttactcttaccgaccatataaaaaatatttgttctgattctccacttcgggtacatgctattaataggttactcacttcgggatttcgctaaagggaaataactctgatttacacttcatgatttcagttttatgtccacaattaacttcttcatatcattatcaaatggcaatcgtcatgaaaattcaatatatgactggatgacatgcagggcctatacatgaacatacagcaagacatagcaataatttaggtaatatt
gi|5 : ataaattgacccatattacctcactgtataatgttcatctatatgttatctggtaacacataGTACATAGAATCACCGAAAT--TACT--GCT-AA---TAACTTAAATTACCAAAAAGGAGACCGAAATTTC--CCAA------TA---AAT---TGACCAAAA---TTAC-----CTCAG--TG----CAT---GT-------------------------------G--T--AT--CGT---C--TGTTCACACTTAAAA-TTTCATGACGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AAAACTA-A----TGGACATAA-A----ACTGAAATATTA-A-TTATGAAGTGTAAACTTTTACGTCTTTCA---GAGTTA-TTTACC---TT-----TAGCAAATTCTC-G-T---------AGTG-ACCT-GCC----AATTGGTA-GCGTGTAGCC------GT-GT-----A-CCC---A---A------AATGGA-------TATTTAAACTGGGAAA----------TAAGAAC-AAATTA-T------------TTTTGT-ATA-----------TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TTGA-----CA-TCTATTA-AAC--------------TC--ATGGCTATA-------TAT---AGGTCATTCATT-CAAGAGTTTGCatt
gi|6 : GTACATAGAATCACCGAAAT--TACC--AAA-AAAGGT------------AA---------CCAAAATT-A--CTGA------TA---AAT---TGATCAAAA---TTAC-----CACAC--TG----TGT---GCT------------CAT---------C--T--AAAT--GT--CAT---C--TACTCACACATGAAA-TTTCATGACGA-------TTAG-----TAACGATTTGA--AGAACTT-A----TGGGCATAA-A----ACCGA------A-A-TTGTGAAGCGTA------CA------TCA---GAGTTA-TTTCCCAGGTT-----T------CCCTT-G-G---------CGT----CA-AAC----TCT---TGTG--------C------AT-GT-----A-CCT---T---A------AATGGA-------GATTTAGACAGGTAAA----------TCAGAAG-AA---------------------------A-----------TGATTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----TA-T---TTA-AATG--C---------ATC-TATGACTACAGGCTATTTAT---ATGTCGCTCACTTTTAGAGTTTGTTAAAAG-GGAAAT-AACTCGGATGTTTGCTT
gi|7 : TTATGCTTCACGTT-GTTATTATTTTTGGC----CACATCTC-CTTCAAATCATTGTACTAATG----------TTATCTTGA--AATT-TGATG-----TATGACTAGATGACATATAT----A-TTATTGTA-A--TACAACTA-------GATCTGCACTTTACTTATGATATTCTCAAGTAATTTTGATCAATTTATCAAAT--TTTTT-TTTCATG-TAATTTCGGTTA-TTTCCT--TGGTAATTTCGGTGATTTGTGGTAATTTCTGTGATTCTATGAgtatgtccagaagt
gi|8 : atacgagagttcaatcactgttctgtaaattaaatttagtgtgaaggttttaaACACACCAAA-TTTCAT-AAGA-------TTGA-----TAACGATTTGG--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-A----ATTGA------CTA-TCATGA-GCACA-----TTA------TTATATGAGTTA-TTTCCC---TT-----TACTGAACTCTT-GTATGCTGTCACAGTA-AG-----------GCAAATATA--------C------AT-GT-----G-CCT---T---ATCCTTTAATAAATTGCATTGATTTATA-TGATAAAGTGTTATAAGTAAAAAA-AA--TA-T------------TTG--T---------------TGATTTATTG-------GAG---T---ATA----------TTGC-----CA-T---TTATAAGG--CTCTAAAAA-ATT---TGGCTACTGAC----TAT---AGTTTGCTTACTAa
gi|9 : GTGCATAGAATCACTAAAAT--TGCT--GTT-AA---T------------CA---------CCAAAATG-A--ACAAATTCACCA---AATGAATGACAGAAAGAATAA---------AA--TA----TAT---ATT------------CAT------------T--A--T---T--TGT---C--CG---ACATATCAAA-TTTCATGAAG--------T--G-----TAACAATATGA--AAGAGTT-G----TGGCCATAA-ACAGGACTG-----------TCATGAAG-ATAAA--------------A---AAGTTA-TTTCCC---TT-----Ttaaacaaga
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333 111111 11111 2222222222222222222222222222 11 1111111 2222222222 33333333333333333333 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444 222222 1111111 11111 2222222222 6666666666666666666666666666666 11111111 111 2222222222 11111 111 44444444444444444444444 111 111 22222222 111 3333333 11 4444444444 22222222 1 1111 777777777777777777777777777 11111 1111 111 11111 222222222222222 111111 2222222222 1
lowQualScore : 0 55 3 555555555555555555555555555 4 111111 777 777 3 777 11111 55 1 8888 777 4444444444444444444444444444 55 00 55 555 44 1 3 2 0000000 77777 33 0 888888 0 3 7777 0 4444444444 33 33 66666666666666666666 4 777 00000 0 5 5 3333333333333333333333333333333333333333333333 66 5 22 111111 8888888 4 1 00000 5555555555 0 1 5 2222222222222222222222222222222 1 77 88888888 000 77 5555555555 1 44444 5 000 5 88888888888888888888888 111 1 1 000 44444444 3 999 8 1 11 8888888 33 0 4 3333333333 22 999 1 44444444 0 7777 8 333333333333333333333333333 99 88 66666 888 0000 0 11 777 11 000 5 22222 33 555555555555555 111111 5 0 77 2222222222 77 3 0 1 1 1 1
lowQualScore : . .. . ........................... . ...... ... ... . ... ..... .. . .... ... ............................ .. .. .. ... .. . . . ....... ..... .. . ...... . . .... . .......... .. .. .................... . ... ..... . . . .............................................. .. . .. ...... ....... . . ..... .......... . . . ............................... . .. ........ ... .. .......... . ..... . ... . ....................... ... . . ... ........ . ... . . .. ....... .. . . .......... .. ... . ........ . .... . ........................... .. .. ..... ... .... . .. ... .. ... . ..... .. ............... ...... . . .. .......... .. . . . . . .
lowQualScore : 8 55 7 222222222222222222222222222 4 555555 000 000 0 000 11111 55 0 5555 000 4444444444444444444444444444 00 00 00 888 66 0 1 1 0000000 11111 99 8 222222 8 1 1111 8 9999999999 00 00 77777777777777777777 0 000 00000 2 0 4 8888888888888888888888888888888888888888888888 99 0 55 222222 6666666 9 7 44444 0000000000 7 7 7 9999999999999999999999999999999 4 99 99999999 000 11 0000000000 7 33333 7 000 7 99999999999999999999999 666 4 3 000 77777777 7 666 0 0 00 0000000 22 8 5 8888888888 00 888 0 22222222 0 0000 0 666666666666666666666666666 22 55 77777 222 6666 4 55 888 55 666 0 99999 00 222222222222222 555555 0 2 44 6666666666 99 0 0 0 0 0 0
consensus : NGTACATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------CA---------CCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCGA---AATTAC-----CTC--ANTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTCACACATNAAA-TTTCATGANGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AGAAGTT-A----TGGCCATAA-A----ACCGA------A-A-TCGTGAAGCGTAAA--TTTA------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-CTCTCG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C--ATGTA-CCCTA------AATGGA-------GATTTAGACCGGTAAA----------TCAGAAC-AA--TA------------T---------TTT--TATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--C--AT-ATC-TA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCGCTCAC-TNC-AGAGTTCGCTAA-AAGGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCACAATTCCGGTT-TTATGNCCATAAGTTCTT----------CAAATCGTCATGAAATTTGGGAAATAACTCTGAATTATGCTTCACGAT-GTCAGT-TTTATGGCCAT----AAGTTCT-TCAAATCA----A---------TTA---------TGA--AATT-TCATG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA--NT-TCGTC-GGTAATTTCGNTC----------AC--TTTTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-TTAGC--G--GTA--AT--TTCGGTGATTC-TGNTAATCTNTGTGANTCNATGA
Reference ( family-2120 ) : NGTACATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------CA---------CCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCGA---AATTAC-----CTC--ANTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTCACACATNAAA-TTTCATGANGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AGAAGTT-A----TGGCCATAA-A----ACCGA------A-A-TCGTGAAGCGTAAA--TTTA------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-CTCTCG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C--ATGTA-CCCTA------AATGGA-------GATTTAGACTGGTAAA----------TCAGAAC-AA--TA------------T---------TTT--TATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--C--AT-ATC-TA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCGCTCAC-TAC-AGAGTTCGCTAA-AAGGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCACAATTCCGGTT-TTATGNCCATAAGTTCTT----------CAAATCNNCATGAAATTTGGGAAATAACTCTGANTTATGCTTCACGAT-GTCAGT-TTTATGGCCAT----AAGTTCT-TCAAATCA----A---------TTA---------TGA--AATT-TCATG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA--AT-TTATC-GGTAATTTCGNTC----------AC--TTTTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-TTAGC--G--NNA--AT--TTCGGTGATTC-TGNTAATCTNTGTGANTCNATGA
gi|1 : GTACATAGAATCACTGAAAGTATC--GCTTA---T------------CA---------CTGAAATT-ACCGA------CA---AAC---TGACCAA---AATTAC-----CTC--AGTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTTACACATAAAA-TCTAATGATGA-------TCGG-----TAACGATTTGA--AGAACTT-A----CGTACATAA-A----ACCGA------A-A-TTGTGAAGCATAAA--TTTA------TCG---AAGTTA-TTTCCT---TT-----TAGCAAA-CTCTAG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C--ATGTA-CCCTA------AATGGA-------GATGTAGACTGGTAAA----------TCAGAAC-AA--CA------------T---------TTT--CATA--TGGTCTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--CATAT-ATCATA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCACTTAC-TACGAGAGTTCGCT---AAGAGAAATAA-CTCTAAATTATGCTTCACAATTCCAGTT-TTATGTCCATAAGTTCTT----------CAAATCGGCATGAAATTNGAGAAATAACTCTAAATTATGCTTCACAAT-TCCAGT-TTTATGTCCAT----AAGTTCT-TCAAATC-----G---------TCA---------TGA--AATA-TTAAG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA--AT-TTGTC-GGTAATTTTGATC----------AC--TATTT-T----GG-TAATTTCGATGA-TTAGT--GCCCGA--AT--AGTGGTAATTC-TATTAATCTATGTAAGTCGATGA
gi|10 : aCATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------AA---------CTAAAATT-ACCAA------TT---AAT---TGGCTGA---AATTAT-----CTCAGATTGAGAATAT---GTT------------CTT---------CT--A--T--GTGACAT---C--TAGTCACCCATC----TTTCATGAAGC-------TTG--------AC------A--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-tatataca
gi|12 : caaaagatctctcagaagggaattatgccaCAC----AACTCCT-TCAAATCA----GAAATAATCCTCG---------TGG--AATT-TCATA-----TGTGATTAGAAGACGTA-------A----ACAAAC--TAAGGT---AATTTCAGTCC--CT-TCTTT-GGTTATTTCGCTC----------AT--TTCTT-T----GA-CAACTTCGGTc
gi|13 : A--AATT-TTATG-----TGTGACAAGATGTCACATAGA-TGA----ACATATACCGAGGT---AATTTCAGTCA--AT-TAAAT-GGTAATTTCAGTT----------ATAATTTCT-T----GGATAATTTCAGTAA-TTAGC--A--GTC--AT--TTCAGTGATTC-TGacctctttgttcc
gi|14 : TATAGC-TGA----ACATACAGTGGGGT---AATTTCGGTCA--GT-TTATG-GGTAATTTTGTTA----------AC--TTTTTGG----GG-TAATTTCTGTGATTTAGC--G--GTAATAT--TTCTGTt
gi|15 : C--AGTA----TAT---GTT------------CAT---------CTTTG--T--GT--CAT---A--TAGTCACACATCAAA-TTTCATGAAGA-------TTGG-----TAACAATTTGA--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-A----ATAGAC-----A-A-TC--------------TTTA--------G---AAGTTA-TTTCCC---TT-----TAaccgaggggtgatgttacac
gi|16 : ATATAGCCTGA----ACATACAGTG-GGT---AATT-CGGT-A--GT-TTATG-GGTAATTTTGTTA----------AC--TTTTG-C----GG-TAATTTCTGTGA--TAGCG-G--GTA--ATAGTTCTGTc
gi|17 : tatataatactg--T--GT--CAT---C--TAGTCACATATGAAA-TTTCATGACGA-------TTGG-----TTCCAAATTGA--AGAAACT-A----T--CTAGAA-A----A--GA------CTA-CTGGGAAGCTTTAA--TTTA------a
gi|18 : gGTACATAGA-TAACCGAAATTACC--ACAAA---T------------CA---------CCAAAATT----AA------TATAGAAT---TGACCGA---ATTTA
gi|19 : ttttaaaataattgcg---AATTT-GGTCC--CT-TCGAC-AGTAATTTCAGTC----------AT--TTCTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-ATAGC--A--ACA--AT--TTTGGTGATTC-Tttcaca
gi|2 : TATATAGAATCACCCAA----CCAAGA-AA---T------------GA---------CAAAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCAT---AACCAC-----CTC--AATA----TAC---GTT------------CAT---------CT--A--TATGT--CAT---T--TAGTCACACATCAAA-TTTCATGAAGA-------TCAG-----TCA-GATTTGATTAGA-GTT-G----GAGCCATAA-A----ACCAA------GTA-TTGTGAAACATAAA--TTAA------T------AATTA-TT-------------------AATCTCT-G-A---------TATGCATTGTACCATATTATAATAA-G--------CCAAT----CCTTATA----AATGGA-------GAT--AAGCCAATAAA----------TCAAAAC-AA--TA------------TATTTTAATATTTACTATACTTGATTTGTAT-------AAA---T-CAATG----------T-GA-----TA-TT---TC-AA-------ATCATT-TT-------TGCCT---TACTGTGTAT---GAG-AGCT----------AGTTAACTATTAAGCGAAATAAACTCATATTTATGCTTTACAA----GGT----------GTNNNNNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTTCACGATAGTCTGT-TTTATGGCCATGCATAAGTTCCCTCAAATTA----A---------TTA---------TGACCAATCATCATGATTGATGTGACTAGATCACATGTAAG-TG------CA-----TGAA--------------CA--CC-T--TT-GGTTATTTC---------------------TT-T----GG-TAATTTCAGTAA-TTAGC--A--GTA--AT--TTCTGCAATT
gi|20 : aaacagtacaAT---C--TTGTCACACATAAAA-TTTCAT---GA-------TTGGTAAGTTAACGATTTGA--AGAAtctatgc
gi|21 : agTAG-----TAATGATTTGA--AGGAGTT-A----TGGGTATGA-A----ACCCA------ACATTTGTGAAGa
gi|22 : CATAGAATCACTGAA-TTGCC--GCTAA---T------------CA---------CTGAAAT
gi|3 : AAAT---GGAAATAACTCTGATTTATGCTTCAC-----T--GT-TTCATGGCCAT----AAGTTCT-TCAAATC-----A---------TTA---------CCA--A----TCATC-----TATAATT-----ATATATATA-TAA----ACATACAGTGAGGT---AATTc
gi|3 : AACCACCAAAATTACC--AAAAAAG-T------------TA---------TCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCAA---AATTAC-----CTT--ACTG----TGT---GTTAATACATGTATATAT---------AT--A--T--GT--CATATACTATAGTCACACGTAAAA-TTTCAAGATAA-------CTGG-----TAACGATTTGA--AGAACTTCA----TGGCCACAA-A----ACTGA------A-A-CTGTGAAGCATAA------A------TCA---GACTTA-TTTCCC---TTTAAAATAGCGAA-CTCTCG-T---------A------C---CC----AATA---A-G--------C--CGGGA-C----------AAT-AA-------GAGTTAGAC------A----------TGA-AAC-AAT-TATGTGTCTTGTGTT---------TTT--TATA--TGATTTATACAATATAAGAGTAAT-AAATAAAAAAAAGTTCCGATTTACCAGTC---TA-AATGGCC--AT-TTT-TA--------GGC-AC---CTATTTCTTAAAGGTCGCT----TAC-AG-GTTAGCT-A-AATGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCAC--T----GTT-TCATGGCCATAAGTTCTT----------CAAATCATTAagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaagggaaataagtctgatttatgcttcacagtttcagttttgtggccatgaagttcttcaaatcgttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggttagtggtaatttcagtaattctat
gi|3 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggATAGAATTACTGAAATTACC--ACTAA---agtggtaatttcagtaattctat
gi|4 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggtaatgatttgaagaacttatggccatgaaacagtgaagcataaatcagagttatttccatttagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaagggaaataagtctgatttatgcttcacagtttcagttttgtggccatgaagttcttcaaatcgttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggA------TA---AAT---TGACCCA---TATTAC-----CTC--ACTG----TATAATGTT------------CAT---------CT--A--TATGT--TAT---C--TGGTAACACATAAAA-TTTCATGAAGA-------TTTG-----TAAAGATCTGA--AGAACTT-C----TGGTCATAATA----ACCAA------A--------AAGTGTAA------A------TCA---GAATTATTTTCCT---TT-----TAGCGAA-CTCTTG-A---------AGTG-AGCG-ACA----TAGAAATA-G--------C--CTGTAGCCATA------GATG
gi|4 : ATT-ACC--------TA---AAT---T----------ATTGCTATGTCTT--GCTG----TAT---GTT------------CATGTATAGGCCCTGCA--T--GT--CAT---C--CAGTCATATATTGAATTTTCATGACGATTGCCATTTGA-----TAATGATATGA--AGAAGTT-AATTGTGGACATAA-A----ACTGA------A-A-TCATGAAGTGTAA------A------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-ATCCCG-A---------AGTG-AGTA-ACC----TATTAATA-G--------C--ATGTA-CCCGA------AGTGGA-------G-------------AA----------TCAGAACAAA--TAT-----------T---------TTT--TATA--TGGTCGGTAA-------GAG---TAAAATA----------TCTA-----CA-TC---AA-AACG--C-----ATC-TA-------TGGCTACAGGCTATTTCT---ATGTCGCTCAC-TTCAAGAGTTCGCTAA-AAGGAAAATAA-TTCTGATTTACACT------TTTTGGTTATTATGACCAGAAGTTCTTCAGATCTTTACAAATCTTCATGAAATTTcgttttgatgtagatattttactcttaccgaccatataaaaaatatttgttctgattctccacttcgggtacatgctattaataggttactcacttcgggatttcgctaaagggaaataactctgatttacacttcatgatttcagttttatgtccacaattaacttcttcatatcattatcaaatggcaatcgtcatgaaaattcaatatatgactggatgacatgcagggcctatacatgaacatacagcaagacatagcaataatttaggtaatatt
gi|5 : ataaattgacccatattacctcactgtataatgttcatctatatgttatctggtaacacataGTACATAGAATCACCGAAATTACT--GCTAA---TAACTTAAATTACCAAAAAGGAGACCGAAATTTCCCAA------TA---AAT---TGACCAA---AATTAC-----CTC--AGTG----CAT---GT-----------------------------G--T--AT--CGT---C--TGTTCACACTTAAAA-TTTCATGACGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AAAACTA-A----TGGACATAA-A----ACTGAAATATTA-A-TTATGAAGTGTAAACTTTTACGTCTTTCA---GAGTTA-TTTACC---TT-----TAGCAAA-TTCTCG-T---------AGTG-ACCT-GCC----AATTGGTA-GCGTGTAGCC--GTGTA-CCCAA------AATGGA-------TATTTAAACTGGGAAA----------TAAGAAC-AAATTA------------T---------TTTTGTATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TTGA-----CA-TCTATTA-AAC----------TC--A-------TGGCTATA-------TAT---AGGTCATTCAT-TCA-AGAGTTTGCatt
gi|6 : GTACATAGAATCACCGAAATTACC--AAAAAAGGT------------AA---------CCAAAATT-ACTGA------TA---AAT---TGATCAA---AATTAC-----CAC--ACTG----TGT---GCT------------CAT---------CT--AAAT--GT--CAT---C--TACTCACACATGAAA-TTTCATGACGA-------TTAG-----TAACGATTTGA--AGAACTT-A----TGGGCATAA-A----ACCGA------A-A-TTGTGAAGCGTA------CA------TCA---GAGTTA-TTTCCCAGGTT-----T-------CCCTTG-G---------CGT----CA-AAC----TCT---TGTG--------C--ATGTA-CCTTA------AATGGA-------GATTTAGACAGGTAAA----------TCAGAAG-AA----------------------------------A--TGATTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----TA-TT---TA-AATG--C-----ATC-TA-------TGACTACAGGCTATTTAT---ATGTCGCTCACTTTT-AGAGTTTGTTAA-AAGGGAAATAA-CTCGGATGTTTGCTT
gi|7 : AATTATGCTTCACGTT-GTTATTATTTTTGGCCAC----ATCTCCT-TCAAATCATTGTA---------CTAATGTTATCTTGA--AATT-TGATG-----TATGACTAGATGACATATATA-TTATTGTA-ATACAACTAGATCTGCACTTTACTTATGATATTCTCAAGTAATTTTGATCAATTTATCAAAT--TTTTT-TTTCATG-TAATTTCGGTTA-TTTCCTTG--GTA--AT--TTCGGTGATTTGTGGTAATTTCTGTGATTCTATGAgtatgtccagaagt
gi|8 : atacgagagttcaatcactgttctgtaaattaaatttagtgtgaaggttttACACACCAAA-TTTCAT-AAGA-------TTGA-----TAACGATTTGG--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-A----ATTGA------CTA-TCATGA-GCACA-----TTA------TTATATGAGTTA-TTTCCC---TT-----TACTGAA-CTCTTGTATGCTGTCACAGTA-AG-----------GCAAATATA--------C--ATGTG-CCTTATCCTTTAATAAATTGCATTGATTTATA-TGATAAAGTGTTATAAGTAAAAAA-AA--TA------------T---------TTG--T-----TGATTTATTG-------GAG---T---ATA----------TTGC-----CA-TT---TATAAGG--C------TC-TAAAAAATTTGGCTACTGAC----TAT---AGTTTGCTTAC-TAT-AAAa
gi|9 : GTGCATAGAATCACTAAAATTGCT--GTTAA---T------------CA---------CCAAAATG-AACAAATTCACCA---AATGAATGACAGAAAGAATAA-----------AATA----TAT---ATT------------CAT----------T--A--T---T--TGT---C--CG---ACATATCAAA-TTTCATGAAG--------T--G-----TAACAATATGA--AAGAGTT-G----TGGCCATAA-ACAGGACTG-----------TCATGAAG-ATAAA--------------A---AAGTTA-TTTCCC---TT-----Tcaaga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCTTTTGACTGCACTGTTTCATACAATAAAGTTTTATAAATAATTTTATGTAAGTTTTTTTTTCTCTGATTTACCAGCATACATTGCCATTCACAAGGATCTAGAACTATAGATTGGCTATTCATAGTTTGCTTATATA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333 111111 11111 2222222222222222222222222222 11 1111111 2222222222 33333333333333333333 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444 222222 222222222222222222222222222222222 6666666666666666666666666666666 11111111 111 2222222222 11111 111 44444444444444444444444 111 111 22222222 111 3333333 11 4444444444 22222222 1 1111 777777777777777777777777777 11111 1111 11111 11111 222222222222222 111111 222222 1
lowQualScore : 0 55 3 555555555555555555555555555 4 111111 777 777 3 777 11111 55 1 8888 777 4444444444444444444444444444 55 00 55 555 44 1 3 2 0000000 77777 33 0 888888 0 3 7777 0 4444444444 33 33 66666666666666666666 4 777 00000 0 5 5 3333333333333333333333333333333333333333333333 66 5 22 111111 666666666666666666666666666666666 0 1 5 2222222222222222222222222222222 1 77 88888888 000 77 5555555555 1 44444 5 000 5 88888888888888888888888 111 1 1 000 22222222 3 999 8 1 11 8888888 33 0 4 3333333333 3 999 44444444 0 7777 8 333333333333333333333333333 99 88 66666 888 0000 0 11 777 11 11111 88888 33 555555555555555 111111 5 0 77 000000 0 77 77 3 0 1 1 1 1
lowQualScore : . .. . ........................... . ...... ... ... . ... ..... .. . .... ... ............................ .. .. .. ... .. . . . ....... ..... .. . ...... . . .... . .......... .. .. .................... . ... ..... . . . .............................................. .. . .. ...... ................................. . . . ............................... . .. ........ ... .. .......... . ..... . ... . ....................... ... . . ... ........ . ... . . .. ....... .. . . .......... . ... ........ . .... . ........................... .. .. ..... ... .... . .. ... .. ..... ..... .. ............... ...... . . .. ...... . .. .. . . . . . .
lowQualScore : 8 55 7 222222222222222222222222222 4 555555 000 000 0 000 11111 55 0 5555 000 4444444444444444444444444444 00 00 00 888 66 0 1 1 0000000 11111 99 8 222222 8 1 1111 8 9999999999 00 00 77777777777777777777 0 000 00000 2 0 4 8888888888888888888888888888888888888888888888 99 0 55 222222 000000000000000000000000000000000 7 7 7 9999999999999999999999999999999 4 99 99999999 000 11 0000000000 7 33333 7 000 7 99999999999999999999999 666 4 3 000 44444444 7 666 0 0 00 0000000 22 8 5 8888888888 0 888 22222222 0 0000 0 666666666666666666666666666 22 55 77777 222 6666 4 55 888 55 66666 66666 00 222222222222222 555555 0 2 44 444444 1 99 99 0 0 0 0 0 0
consensus : NGTACATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------CA---------CCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCGA---AATTAC-----CTC--ANTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTCACACATNAAA-TTTCATGANGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AGAAGTT-A----TGGCCATAA-A----ACCGA------A-A-TCGTGAAGCGTAAA--TTTA------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-CTCTCG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C--ATGTA-CCCTA------AATGGA-------GATTTAGACCGGTAAA----------TCAGAAC-AA--TA------------T---------TTT--TATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--C--AT-ATC-TA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCGCTCAC-TNC-AGAGTTCGCTAA-AAGGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCACAATTCCGGTT-TTATGNCCATAAGTTCTT----------CAAATCGTCATGAAATTTGGGAAATAACTCTGAATTATGCTTCACGAT-GTCAGT-TTTATGGCCAT----AAGTTCT-TCAAATCA----A---------TTA---------TGA--AATT-TCATG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA----NTTCGTC-GGTAATTTCGNTC----------AC--TTTTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-TTAGC--G---GTA--AT--TTCGGTGATTC-TGNTAATCTNTGTGANTCNATGA
Reference ( family-2120 ) : NGTACATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------CA---------CCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCGA---AATTAC-----CTC--ANTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTCACACATNAAA-TTTCATGANGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AGAAGTT-A----TGGCCATAA-A----ACCGA------A-A-TCGTGAAGCGTAAA--TTTA------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-CTCTCG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C--ATGTA-CCCTA------AATGGA-------GATTTAGACCGGTAAA----------TCAGAAC-AA--TA------------T---------TTT--TATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--C--AT-ATC-TA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCGCTCAC-TNC-AGAGTTCGCTAA-AAGGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCACAATTCCGGTT-TTATGNCCATAAGTTCTT----------CAAATCGTCATGAAATTTGGGAAATAACTCTGAATTATGCTTCACGAT-GTCAGT-TTTATGGCCAT----AAGTTCT-TCAAATCA----A---------TTA---------TGA--AATT-TCATG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA----NTTCGTC-GGTAATTTCGNTC----------AC--TTTTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-TTAGC--G---GTA--AT--TTCGGTGATTC-TGNTAATCTNTGTGANTCNATGA
gi|1 : GTACATAGAATCACTGAAAGTATC--GCTTA---T------------CA---------CTGAAATT-ACCGA------CA---AAC---TGACCAA---AATTAC-----CTC--AGTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTTACACATAAAA-TCTAATGATGA-------TCGG-----TAACGATTTGA--AGAACTT-A----CGTACATAA-A----ACCGA------A-A-TTGTGAAGCATAAA--TTTA------TCG---AAGTTA-TTTCCT---TT-----TAGCAAA-CTCTAG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C--ATGTA-CCCTA------AATGGA-------GATGTAGACTGGTAAA----------TCAGAAC-AA--CA------------T---------TTT--CATA--TGGTCTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--CATAT-ATCATA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCACTTAC-TACGAGAGTTCGCT---AAGAGAAATAA-CTCTAAATTATGCTTCACAATTCCAGTT-TTATGTCCATAAGTTCTT----------CAAATCGGCATGAAATTNGAGAAATAACTCTAAATTATGCTTCACAAT-TCCAGT-TTTATGTCCAT----AAGTTCT-TCAAATC-----G---------TCA---------TGA--AATA-TTAAG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA----ATTTGTC-GGTAATTTTGATC----------AC--TATTT-T----GG-TAATTTCGATGA-TTAGT--GCCCG-A--AT--AGTGGTAATTC-TATTAATCTATGTAAGTCGATGA
gi|10 : aCATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------AA---------CTAAAATT-ACCAA------TT---AAT---TGGCTGA---AATTAT-----CTCAGATTGAGAATAT---GTT------------CTT---------CT--A--T--GTGACAT---C--TAGTCACCCATC----TTTCATGAAGC-------TTG--------AC------A--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-tatataca
gi|12 : caaaagatctctcagaagggaattatgccaCAC----AACTCCT-TCAAATCA----GAAATAATCCTCG---------TGG--AATT-TCATA-----TGTGATTAGAAGACGTA-------A----ACAAAC--TAAGGT---AATTTCAGTCC----CTTCTTT-GGTTATTTCGCTC----------AT--TTCTT-T----GA-CAACTTCGGTc
gi|13 : A--AATT-TTATG-----TGTGACAAGATGTCACATAGA-TGA----ACATATACCGAGGT---AATTTCAGTCA----ATTAAAT-GGTAATTTCAGTT----------ATAATTTCT-T----GGATAATTTCAGTAA-TTAGC--A---GTC--AT--TTCAGTGATTC-TGacctctttgttcc
gi|14 : TATAGC-TGA----ACATACAGTGGGGT---AATTTCGGTCA----GTTTATG-GGTAATTTTGTTA----------AC--TTTTTGG----GG-TAATTTCTGTGATTTAGC--G---GTAATAT--TTCTGTt
gi|15 : C--AGTA----TAT---GTT------------CAT---------CTTTG--T--GT--CAT---A--TAGTCACACATCAAA-TTTCATGAAGA-------TTGG-----TAACAATTTGA--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-A----ATAGAC-----A-A-TC--------------TTTA--------G---AAGTTA-TTTCCC---TT-----TAaccgaggggtgatgttacac
gi|16 : ATATAGCCTGA----ACATACAGTG-GGT---AATT-CGGT-A----GTTTATG-GGTAATTTTGTTA----------AC--TTTTG-C----GG-TAATTTCTGTGA--TAGCG-G---GTA--ATAGTTCTGTc
gi|17 : tatataatactg--T--GT--CAT---C--TAGTCACATATGAAA-TTTCATGACGA-------TTGG-----TTCCAAATTGA--AGAAACT-A----T--CTAGAA-A----A--GA------CTA-CTGGGAAGCTTTAA--TTTA------a
gi|18 : gGTACATAGA-TAACCGAAATTACC--ACAAA---T------------CA---------CCAAAATT----AA------TATAGAAT---TGACCGA---ATTTA
gi|19 : ttttaaaataattgcg---AATTT-GGTCC----CTTCGAC-AGTAATTTCAGTC----------AT--TTCTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-ATAGC--A---ACA--AT--TTTGGTGATTC-Tttcaca
gi|2 : TATATAGAATCACCCAA----CCAAGA-AA---T------------GA---------CAAAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCAT---AACCAC-----CTC--AATA----TAC---GTT------------CAT---------CT--A--TATGT--CAT---T--TAGTCACACATCAAA-TTTCATGAAGA-------TCAG-----TCA-GATTTGATTAGA-GTT-G----GAGCCATAA-A----ACCAA------GTA-TTGTGAAACATAAA--TTAA------T------AATTA-TT-------------------AATCTCT-G-A---------TATGCATTGTACCATATTATAATAA-G--------CCAAT----CCTTATA----AATGGA-------GAT--AAGCCAATAAA----------TCAAAAC-AA--TA------------TATTTTAATATTTACTATACTTGATTTGTAT-------AAA---T-CAATG----------T-GA-----TA-TT---TC-AA-------ATCATT-TT-------TGCCT---TACTGTGTAT---GAG-AGCT----------AGTTAACTATTAAGCGAAATAAACTCATATTTATGCTTTACAA----GGT----------GTNNNNNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTTCACGATAGTCTGT-TTTATGGCCATGCATAAGTTCCCTCAAATTA----A---------TTA---------TGACCAATCATCATGATTGATGTGACTAGATCACATGTAAG-TG------CA-----TGAA--------------CA----CCT--TT-GGTTATTTC---------------------TT-T----GG-TAATTTCAGTAA-TTAGC--A---GTA--AT--TTCTGCAATT
gi|20 : aaacagtacaAT---C--TTGTCACACATAAAA-TTTCAT---GA-------TTGGTAAGTTAACGATTTGA--AGAAtctatgc
gi|21 : agTAG-----TAATGATTTGA--AGGAGTT-A----TGGGTATGA-A----ACCCA------ACATTTGTGAAGa
gi|22 : CATAGAATCACTGAA-TTGCC--GCTAA---T------------CA---------CTGAAAT
gi|3 : AAAT---GGAAATAACTCTGATTTATGCTTCAC-----T--GT-TTCATGGCCAT----AAGTTCT-TCAAATC-----A---------TTA---------CCA--A----TCATC-----TATAATT-----ATATATATA-TAA----ACATACAGTGAGGT---AATTc
gi|3 : AACCACCAAAATTACC--AAAAAAG-T------------TA---------TCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCAA---AATTAC-----CTT--ACTG----TGT---GTTAATACATGTATATAT---------AT--A--T--GT--CATATACTATAGTCACACGTAAAA-TTTCAAGATAA-------CTGG-----TAACGATTTGA--AGAACTTCA----TGGCCACAA-A----ACTGA------A-A-CTGTGAAGCATAA------A------TCA---GACTTA-TTTCCC---TTTAAAATAGCGAA-CTCTCG-T---------A------C---CC----AATA---A-G--------C--CGGGA-C----------AAT-AA-------GAGTTAGAC------A----------TGA-AAC-AAT-TATGTGTCTTGTGTT---------TTT--TATA--TGATTTATACAATATAAGAGTAAT-AAATAAAAAAAAGTTCCGATTTACCAGTC---TA-AATGGCC--AT-TTT-TA--------GGC-AC---CTATTTCTTAAAGGTCGCT----TAC-AG-GTTAGCT-A-AATGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCAC--T----GTT-TCATGGCCATAAGTTCTT----------CAAATCATTAagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaagggaaataagtctgatttatgcttcacagtttcagttttgtggccatgaagttcttcaaatcgttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggttagtggtaatttcagtaattctat
gi|3 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggATAGAATTACTGAAATTACC--ACTAA---agtggtaatttcagtaattctat
gi|4 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggtaatgatttgaagaacttatggccatgaaacagtgaagcataaatcagagttatttccatttagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaagggaaataagtctgatttatgcttcacagtttcagttttgtggccatgaagttcttcaaatcgttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggA------TA---AAT---TGACCCA---TATTAC-----CTC--ACTG----TATAATGTT------------CAT---------CT--A--TATGT--TAT---C--TGGTAACACATAAAA-TTTCATGAAGA-------TTTG-----TAAAGATCTGA--AGAACTT-C----TGGTCATAATA----ACCAA------A--------AAGTGTAA------A------TCA---GAATTATTTTCCT---TT-----TAGCGAA-CTCTTG-A---------AGTG-AGCG-ACA----TAGAAATA-G--------C--CTGTAGCCATA------GATG
gi|4 : ATT-ACC--------TA---AAT---T----------ATTGCTATGTCTT--GCTG----TAT---GTT------------CATGTATAGGCCCTGCA--T--GT--CAT---C--CAGTCATATATTGAATTTTCATGACGATTGCCATTTGA-----TAATGATATGA--AGAAGTT-AATTGTGGACATAA-A----ACTGA------A-A-TCATGAAGTGTAA------A------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-ATCCCG-A---------AGTG-AGTA-ACC----TATTAATA-G--------C--ATGTA-CCCGA------AGTGGA-------G-------------AA----------TCAGAACAAA--TAT-----------T---------TTT--TATA--TGGTCGGTAA-------GAG---TAAAATA----------TCTA-----CA-TC---AA-AACG--C-----ATC-TA-------TGGCTACAGGCTATTTCT---ATGTCGCTCAC-TTCAAGAGTTCGCTAA-AAGGAAAATAA-TTCTGATTTACACT------TTTTGGTTATTATGACCAGAAGTTCTTCAGATCTTTACAAATCTTCATGAAATTTcgttttgatgtagatattttactcttaccgaccatataaaaaatatttgttctgattctccacttcgggtacatgctattaataggttactcacttcgggatttcgctaaagggaaataactctgatttacacttcatgatttcagttttatgtccacaattaacttcttcatatcattatcaaatggcaatcgtcatgaaaattcaatatatgactggatgacatgcagggcctatacatgaacatacagcaagacatagcaataatttaggtaatatt
gi|5 : ataaattgacccatattacctcactgtataatgttcatctatatgttatctggtaacacataGTACATAGAATCACCGAAATTACT--GCTAA---TAACTTAAATTACCAAAAAGGAGACCGAAATTTCCCAA------TA---AAT---TGACCAA---AATTAC-----CTC--AGTG----CAT---GT-----------------------------G--T--AT--CGT---C--TGTTCACACTTAAAA-TTTCATGACGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AAAACTA-A----TGGACATAA-A----ACTGAAATATTA-A-TTATGAAGTGTAAACTTTTACGTCTTTCA---GAGTTA-TTTACC---TT-----TAGCAAA-TTCTCG-T---------AGTG-ACCT-GCC----AATTGGTA-GCGTGTAGCC--GTGTA-CCCAA------AATGGA-------TATTTAAACTGGGAAA----------TAAGAAC-AAATTA------------T---------TTTTGTATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TTGA-----CA-TCTATTA-AAC----------TC--A-------TGGCTATA-------TAT---AGGTCATTCAT-TCA-AGAGTTTGCatt
gi|6 : GTACATAGAATCACCGAAATTACC--AAAAAAGGT------------AA---------CCAAAATT-ACTGA------TA---AAT---TGATCAA---AATTAC-----CAC--ACTG----TGT---GCT------------CAT---------CT--AAAT--GT--CAT---C--TACTCACACATGAAA-TTTCATGACGA-------TTAG-----TAACGATTTGA--AGAACTT-A----TGGGCATAA-A----ACCGA------A-A-TTGTGAAGCGTA------CA------TCA---GAGTTA-TTTCCCAGGTT-----T-------CCCTTG-G---------CGT----CA-AAC----TCT---TGTG--------C--ATGTA-CCTTA------AATGGA-------GATTTAGACAGGTAAA----------TCAGAAG-AA----------------------------------A--TGATTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----TA-TT---TA-AATG--C-----ATC-TA-------TGACTACAGGCTATTTAT---ATGTCGCTCACTTTT-AGAGTTTGTTAA-AAGGGAAATAA-CTCGGATGTTTGCTT
gi|7 : AATTATGCTTCACGTT-GTTATTATTTTTGGCCAC----ATCTCCT-TCAAATCATTGTA---------CTAATGTTATCTTGA--AATT-TGATG-----TATGACTAGATGACATATATA-TTATTGTA-ATACAACTAGATCTGCACTTTACTTATGATATTC-TCAAGTAATTTTGATCAATTTATCAAAT--TTTTT-TTTCATG-TAATTTCGGTTA-TTTCCTTG---GTA--AT--TTCGGTGATTTGTGGTAATTTCTGTGATTCTATGAgtatgtccagaagt
gi|8 : atacgagagttcaatcactgttctgtaaattaaatttagtgtgaaggttttACACACCAAA-TTTCAT-AAGA-------TTGA-----TAACGATTTGG--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-A----ATTGA------CTA-TCATGA-GCACA-----TTA------TTATATGAGTTA-TTTCCC---TT-----TACTGAA-CTCTTGTATGCTGTCACAGTA-AG-----------GCAAATATA--------C--ATGTG-CCTTATCCTTTAATAAATTGCATTGATTTATA-TGATAAAGTGTTATAAGTAAAAAA-AA--TA------------T---------TTG--T-----TGATTTATTG-------GAG---T---ATA----------TTGC-----CA-TT---TATAAGG--C------TC-TAAAAAATTTGGCTACTGAC----TAT---AGTTTGCTTAC-TAT-AAAa
gi|9 : GTGCATAGAATCACTAAAATTGCT--GTTAA---T------------CA---------CCAAAATG-AACAAATTCACCA---AATGAATGACAGAAAGAATAA-----------AATA----TAT---ATT------------CAT----------T--A--T---T--TGT---C--CG---ACATATCAAA-TTTCATGAAG--------T--G-----TAACAATATGA--AAGAGTT-G----TGGCCATAA-ACAGGACTG-----------TCATGAAG-ATAAA--------------A---AAGTTA-TTTCCC---TT-----Tcaaga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCTTTTGACTGCACTGTTTCATACAATAAAGTTTTATAAATAATTTTATGTAAGTTTTTTTTTCTCTGATTTACCAGCATACATTGCCATTCACAAGGATCTAGAACTATAGATTGGCTATTCATAGTTTGCTTATATA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333 111111 11111 2222222222222222222222222222 11 1111111 2222222222 33333333333333333333 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444 222222 222222222222222222222222222222222 6666666666666666666666666666666 11111111 111 2222222222 11111 111 44444444444444444444444 111 111 22222222 111 3333333 11 4444444444 22222222 1 1111 777777777777777777777777777 11111 1111 11111 11111 222222222222222 111111 222222 1
lowQualScore : 0 55 3 555555555555555555555555555 4 111111 777 777 3 777 11111 55 1 8888 777 4444444444444444444444444444 55 00 55 555 44 1 3 2 0000000 77777 33 0 888888 0 3 7777 0 4444444444 33 33 66666666666666666666 4 777 00000 0 5 5 3333333333333333333333333333333333333333333333 66 5 22 111111 666666666666666666666666666666666 0 1 5 2222222222222222222222222222222 1 77 88888888 000 77 5555555555 1 44444 5 000 5 88888888888888888888888 111 1 1 000 22222222 3 999 8 1 11 8888888 33 0 4 3333333333 3 999 44444444 0 7777 8 333333333333333333333333333 99 88 66666 888 0000 0 11 777 11 11111 88888 33 555555555555555 111111 5 0 77 000000 0 77 77 3 0 1 1 1 1
lowQualScore : . .. . ........................... . ...... ... ... . ... ..... .. . .... ... ............................ .. .. .. ... .. . . . ....... ..... .. . ...... . . .... . .......... .. .. .................... . ... ..... . . . .............................................. .. . .. ...... ................................. . . . ............................... . .. ........ ... .. .......... . ..... . ... . ....................... ... . . ... ........ . ... . . .. ....... .. . . .......... . ... ........ . .... . ........................... .. .. ..... ... .... . .. ... .. ..... ..... .. ............... ...... . . .. ...... . .. .. . . . . . .
lowQualScore : 8 55 7 222222222222222222222222222 4 555555 000 000 0 000 11111 55 0 5555 000 4444444444444444444444444444 00 00 00 888 66 0 1 1 0000000 11111 99 8 222222 8 1 1111 8 9999999999 00 00 77777777777777777777 0 000 00000 2 0 4 8888888888888888888888888888888888888888888888 99 0 55 222222 000000000000000000000000000000000 7 7 7 9999999999999999999999999999999 4 99 99999999 000 11 0000000000 7 33333 7 000 7 99999999999999999999999 666 4 3 000 44444444 7 666 0 0 00 0000000 22 8 5 8888888888 0 888 22222222 0 0000 0 666666666666666666666666666 22 55 77777 222 6666 4 55 888 55 66666 66666 00 222222222222222 555555 0 2 44 444444 1 99 99 0 0 0 0 0 0
consensus : NGTACATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------CA---------CCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCGA---AATTAC-----CTC--ANTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTCACACATNAAA-TTTCATGANGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AGAAGTT-A----TGGCCATAA-A----ACCGA------A-A-TCGTGAAGCGTAAA--TTTA------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-CTCTCG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C--ATGTA-CCCTA------AATGGA-------GATTTAGACCGGTAAA----------TCAGAAC-AA--TA------------T---------TTT--TATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--C--AT-ATC-TA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCGCTCAC-TNC-AGAGTTCGCTAA-AAGGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCACAATTCCGGTT-TTATGNCCATAAGTTCTT----------CAAATCGTCATGAAATTTGGGAAATAACTCTGAATTATGCTTCACGAT-GTCAGT-TTTATGGCCAT----AAGTTCT-TCAAATCA----A---------TTA---------TGA--AATT-TCATG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA----NTTCGTC-GGTAATTTCGNTC----------AC--TTTTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-TTAGC--G---GTA--AT--TTCGGTGATTC-TGNTAATCTNTGTGANTCNATGA
Reference ( family-2120 ) : NGTACATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------CA---------CCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCGA---AATTAC-----CTC--ANTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTCACACATNAAA-TTTCATGANGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AGAAGTT-A----TGGCCATAA-A----ACCGA------A-A-TCGTGAAGCGTAAA--TTTA------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-CTCTCG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C--ATGTA-CCCTA------AATGGA-------GATTTAGACCGGTAAA----------TCAGAAC-AA--TA------------T---------TTT--TATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--C--AT-ATC-TA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCGCTCAC-TNC-AGAGTTCGCTAA-AAGGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCACAATTCCGGTT-TTATGNCCATAAGTTCTT----------CAAATCGTCATGAAATTTGGGAAATAACTCTGAATTATGCTTCACGAT-GTCAGT-TTTATGGCCAT----AAGTTCT-TCAAATCA----A---------TTA---------TGA--AATT-TCATG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA----NTTCGTC-GGTAATTTCGNTC----------AC--TTTTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-TTAGC--G---GTA--AT--TTCGGTGATTC-TGNTAATCTNTGTGANTCNATGA
gi|1 : GTACATAGAATCACTGAAAGTATC--GCTTA---T------------CA---------CTGAAATT-ACCGA------CA---AAC---TGACCAA---AATTAC-----CTC--AGTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTTACACATAAAA-TCTAATGATGA-------TCGG-----TAACGATTTGA--AGAACTT-A----CGTACATAA-A----ACCGA------A-A-TTGTGAAGCATAAA--TTTA------TCG---AAGTTA-TTTCCT---TT-----TAGCAAA-CTCTAG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C--ATGTA-CCCTA------AATGGA-------GATGTAGACTGGTAAA----------TCAGAAC-AA--CA------------T---------TTT--CATA--TGGTCTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--CATAT-ATCATA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCACTTAC-TACGAGAGTTCGCT---AAGAGAAATAA-CTCTAAATTATGCTTCACAATTCCAGTT-TTATGTCCATAAGTTCTT----------CAAATCGGCATGAAATTNGAGAAATAACTCTAAATTATGCTTCACAAT-TCCAGT-TTTATGTCCAT----AAGTTCT-TCAAATC-----G---------TCA---------TGA--AATA-TTAAG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA----ATTTGTC-GGTAATTTTGATC----------AC--TATTT-T----GG-TAATTTCGATGA-TTAGT--GCCCG-A--AT--AGTGGTAATTC-TATTAATCTATGTAAGTCGATGA
gi|10 : aCATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------AA---------CTAAAATT-ACCAA------TT---AAT---TGGCTGA---AATTAT-----CTCAGATTGAGAATAT---GTT------------CTT---------CT--A--T--GTGACAT---C--TAGTCACCCATC----TTTCATGAAGC-------TTG--------AC------A--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-tatataca
gi|12 : caaaagatctctcagaagggaattatgccaCAC----AACTCCT-TCAAATCA----GAAATAATCCTCG---------TGG--AATT-TCATA-----TGTGATTAGAAGACGTA-------A----ACAAAC--TAAGGT---AATTTCAGTCC----CTTCTTT-GGTTATTTCGCTC----------AT--TTCTT-T----GA-CAACTTCGGTc
gi|13 : A--AATT-TTATG-----TGTGACAAGATGTCACATAGA-TGA----ACATATACCGAGGT---AATTTCAGTCA----ATTAAAT-GGTAATTTCAGTT----------ATAATTTCT-T----GGATAATTTCAGTAA-TTAGC--A---GTC--AT--TTCAGTGATTC-TGacctctttgttcc
gi|14 : TATAGC-TGA----ACATACAGTGGGGT---AATTTCGGTCA----GTTTATG-GGTAATTTTGTTA----------AC--TTTTTGG----GG-TAATTTCTGTGATTTAGC--G---GTAATAT--TTCTGTt
gi|15 : C--AGTA----TAT---GTT------------CAT---------CTTTG--T--GT--CAT---A--TAGTCACACATCAAA-TTTCATGAAGA-------TTGG-----TAACAATTTGA--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-A----ATAGAC-----A-A-TC--------------TTTA--------G---AAGTTA-TTTCCC---TT-----TAaccgaggggtgatgttacac
gi|16 : ATATAGCCTGA----ACATACAGTG-GGT---AATT-CGGT-A----GTTTATG-GGTAATTTTGTTA----------AC--TTTTG-C----GG-TAATTTCTGTGA--TAGCG-G---GTA--ATAGTTCTGTc
gi|17 : tatataatactg--T--GT--CAT---C--TAGTCACATATGAAA-TTTCATGACGA-------TTGG-----TTCCAAATTGA--AGAAACT-A----T--CTAGAA-A----A--GA------CTA-CTGGGAAGCTTTAA--TTTA------a
gi|18 : gGTACATAGA-TAACCGAAATTACC--ACAAA---T------------CA---------CCAAAATT----AA------TATAGAAT---TGACCGA---ATTTA
gi|19 : ttttaaaataattgcg---AATTT-GGTCC----CTTCGAC-AGTAATTTCAGTC----------AT--TTCTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-ATAGC--A---ACA--AT--TTTGGTGATTC-Tttcaca
gi|2 : TATATAGAATCACCCAA----CCAAGA-AA---T------------GA---------CAAAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCAT---AACCAC-----CTC--AATA----TAC---GTT------------CAT---------CT--A--TATGT--CAT---T--TAGTCACACATCAAA-TTTCATGAAGA-------TCAG-----TCA-GATTTGATTAGA-GTT-G----GAGCCATAA-A----ACCAA------GTA-TTGTGAAACATAAA--TTAA------T------AATTA-TT-------------------AATCTCT-G-A---------TATGCATTGTACCATATTATAATAA-G--------CCAAT----CCTTATA----AATGGA-------GAT--AAGCCAATAAA----------TCAAAAC-AA--TA------------TATTTTAATATTTACTATACTTGATTTGTAT-------AAA---T-CAATG----------T-GA-----TA-TT---TC-AA-------ATCATT-TT-------TGCCT---TACTGTGTAT---GAG-AGCT----------AGTTAACTATTAAGCGAAATAAACTCATATTTATGCTTTACAA----GGT----------GTNNNNNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTTCACGATAGTCTGT-TTTATGGCCATGCATAAGTTCCCTCAAATTA----A---------TTA---------TGACCAATCATCATGATTGATGTGACTAGATCACATGTAAG-TG------CA-----TGAA--------------CA----CCT--TT-GGTTATTTC---------------------TT-T----GG-TAATTTCAGTAA-TTAGC--A---GTA--AT--TTCTGCAATT
gi|20 : aaacagtacaAT---C--TTGTCACACATAAAA-TTTCAT---GA-------TTGGTAAGTTAACGATTTGA--AGAAtctatgc
gi|21 : agTAG-----TAATGATTTGA--AGGAGTT-A----TGGGTATGA-A----ACCCA------ACATTTGTGAAGa
gi|22 : CATAGAATCACTGAA-TTGCC--GCTAA---T------------CA---------CTGAAAT
gi|3 : AAAT---GGAAATAACTCTGATTTATGCTTCAC-----T--GT-TTCATGGCCAT----AAGTTCT-TCAAATC-----A---------TTA---------CCA--A----TCATC-----TATAATT-----ATATATATA-TAA----ACATACAGTGAGGT---AATTc
gi|3 : AACCACCAAAATTACC--AAAAAAG-T------------TA---------TCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCAA---AATTAC-----CTT--ACTG----TGT---GTTAATACATGTATATAT---------AT--A--T--GT--CATATACTATAGTCACACGTAAAA-TTTCAAGATAA-------CTGG-----TAACGATTTGA--AGAACTTCA----TGGCCACAA-A----ACTGA------A-A-CTGTGAAGCATAA------A------TCA---GACTTA-TTTCCC---TTTAAAATAGCGAA-CTCTCG-T---------A------C---CC----AATA---A-G--------C--CGGGA-C----------AAT-AA-------GAGTTAGAC------A----------TGA-AAC-AAT-TATGTGTCTTGTGTT---------TTT--TATA--TGATTTATACAATATAAGAGTAAT-AAATAAAAAAAAGTTCCGATTTACCAGTC---TA-AATGGCC--AT-TTT-TA--------GGC-AC---CTATTTCTTAAAGGTCGCT----TAC-AG-GTTAGCT-A-AATGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCAC--T----GTT-TCATGGCCATAAGTTCTT----------CAAATCATTAagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaagggaaataagtctgatttatgcttcacagtttcagttttgtggccatgaagttcttcaaatcgttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggttagtggtaatttcagtaattctat
gi|3 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggATAGAATTACTGAAATTACC--ACTAA---agtggtaatttcagtaattctat
gi|4 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggtaatgatttgaagaacttatggccatgaaacagtgaagcataaatcagagttatttccatttagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaagggaaataagtctgatttatgcttcacagtttcagttttgtggccatgaagttcttcaaatcgttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggA------TA---AAT---TGACCCA---TATTAC-----CTC--ACTG----TATAATGTT------------CAT---------CT--A--TATGT--TAT---C--TGGTAACACATAAAA-TTTCATGAAGA-------TTTG-----TAAAGATCTGA--AGAACTT-C----TGGTCATAATA----ACCAA------A--------AAGTGTAA------A------TCA---GAATTATTTTCCT---TT-----TAGCGAA-CTCTTG-A---------AGTG-AGCG-ACA----TAGAAATA-G--------C--CTGTAGCCATA------GATG
gi|4 : ATT-ACC--------TA---AAT---T----------ATTGCTATGTCTT--GCTG----TAT---GTT------------CATGTATAGGCCCTGCA--T--GT--CAT---C--CAGTCATATATTGAATTTTCATGACGATTGCCATTTGA-----TAATGATATGA--AGAAGTT-AATTGTGGACATAA-A----ACTGA------A-A-TCATGAAGTGTAA------A------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-ATCCCG-A---------AGTG-AGTA-ACC----TATTAATA-G--------C--ATGTA-CCCGA------AGTGGA-------G-------------AA----------TCAGAACAAA--TAT-----------T---------TTT--TATA--TGGTCGGTAA-------GAG---TAAAATA----------TCTA-----CA-TC---AA-AACG--C-----ATC-TA-------TGGCTACAGGCTATTTCT---ATGTCGCTCAC-TTCAAGAGTTCGCTAA-AAGGAAAATAA-TTCTGATTTACACT------TTTTGGTTATTATGACCAGAAGTTCTTCAGATCTTTACAAATCTTCATGAAATTTcgttttgatgtagatattttactcttaccgaccatataaaaaatatttgttctgattctccacttcgggtacatgctattaataggttactcacttcgggatttcgctaaagggaaataactctgatttacacttcatgatttcagttttatgtccacaattaacttcttcatatcattatcaaatggcaatcgtcatgaaaattcaatatatgactggatgacatgcagggcctatacatgaacatacagcaagacatagcaataatttaggtaatatt
gi|5 : ataaattgacccatattacctcactgtataatgttcatctatatgttatctggtaacacataGTACATAGAATCACCGAAATTACT--GCTAA---TAACTTAAATTACCAAAAAGGAGACCGAAATTTCCCAA------TA---AAT---TGACCAA---AATTAC-----CTC--AGTG----CAT---GT-----------------------------G--T--AT--CGT---C--TGTTCACACTTAAAA-TTTCATGACGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AAAACTA-A----TGGACATAA-A----ACTGAAATATTA-A-TTATGAAGTGTAAACTTTTACGTCTTTCA---GAGTTA-TTTACC---TT-----TAGCAAA-TTCTCG-T---------AGTG-ACCT-GCC----AATTGGTA-GCGTGTAGCC--GTGTA-CCCAA------AATGGA-------TATTTAAACTGGGAAA----------TAAGAAC-AAATTA------------T---------TTTTGTATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TTGA-----CA-TCTATTA-AAC----------TC--A-------TGGCTATA-------TAT---AGGTCATTCAT-TCA-AGAGTTTGCatt
gi|6 : GTACATAGAATCACCGAAATTACC--AAAAAAGGT------------AA---------CCAAAATT-ACTGA------TA---AAT---TGATCAA---AATTAC-----CAC--ACTG----TGT---GCT------------CAT---------CT--AAAT--GT--CAT---C--TACTCACACATGAAA-TTTCATGACGA-------TTAG-----TAACGATTTGA--AGAACTT-A----TGGGCATAA-A----ACCGA------A-A-TTGTGAAGCGTA------CA------TCA---GAGTTA-TTTCCCAGGTT-----T-------CCCTTG-G---------CGT----CA-AAC----TCT---TGTG--------C--ATGTA-CCTTA------AATGGA-------GATTTAGACAGGTAAA----------TCAGAAG-AA----------------------------------A--TGATTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----TA-TT---TA-AATG--C-----ATC-TA-------TGACTACAGGCTATTTAT---ATGTCGCTCACTTTT-AGAGTTTGTTAA-AAGGGAAATAA-CTCGGATGTTTGCTT
gi|7 : AATTATGCTTCACGTT-GTTATTATTTTTGGCCAC----ATCTCCT-TCAAATCATTGTA---------CTAATGTTATCTTGA--AATT-TGATG-----TATGACTAGATGACATATATA-TTATTGTA-ATACAACTAGATCTGCACTTTACTTATGATATTC-TCAAGTAATTTTGATCAATTTATCAAAT--TTTTT-TTTCATG-TAATTTCGGTTA-TTTCCTTG---GTA--AT--TTCGGTGATTTGTGGTAATTTCTGTGATTCTATGAgtatgtccagaagt
gi|8 : atacgagagttcaatcactgttctgtaaattaaatttagtgtgaaggttttACACACCAAA-TTTCAT-AAGA-------TTGA-----TAACGATTTGG--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-A----ATTGA------CTA-TCATGA-GCACA-----TTA------TTATATGAGTTA-TTTCCC---TT-----TACTGAA-CTCTTGTATGCTGTCACAGTA-AG-----------GCAAATATA--------C--ATGTG-CCTTATCCTTTAATAAATTGCATTGATTTATA-TGATAAAGTGTTATAAGTAAAAAA-AA--TA------------T---------TTG--T-----TGATTTATTG-------GAG---T---ATA----------TTGC-----CA-TT---TATAAGG--C------TC-TAAAAAATTTGGCTACTGAC----TAT---AGTTTGCTTAC-TAT-AAAa
gi|9 : GTGCATAGAATCACTAAAATTGCT--GTTAA---T------------CA---------CCAAAATG-AACAAATTCACCA---AATGAATGACAGAAAGAATAA-----------AATA----TAT---ATT------------CAT----------T--A--T---T--TGT---C--CG---ACATATCAAA-TTTCATGAAG--------T--G-----TAACAATATGA--AAGAGTT-G----TGGCCATAA-ACAGGACTG-----------TCATGAAG-ATAAA--------------A---AAGTTA-TTTCCC---TT-----Tcaaga
blockSeqs : AA T TAACTTAAATTACCAAAAAGGAGA T ATTCAC TAG GAA G AAG TATGT AG T AGAA AAT AATACATGTATATATAT AA AT GA ATA TA C T A TTGCCAT TAAGT TT AATTG T CAGG AATATTAA TG CT AACTTTTACGTCTTTCA T AGG TAAAA T C TAGTGACCTGCCAATTGGTAGCGTGTAGC CA G TT TCCTTT TTGCATTGATTTATATGATAAAGTGTTATAAG A A TTATGTGTCTTGTGTTTTT A CT CAATATAA TAA AA AAAAAAAGTT C TTTAC G TAT T GGCTCTAAAAAATT AGG T G TAA CACTTCA A ATT A A TT TTTTG TA G CAGATCTTTA N NNN GATAGTCT A GCAT C ATTGTACTAATGTTATCT CC CA ATTGA GCC TTGT AC CTG TC TGATA CTTT GC CAATTTATCAAAT TTTCA A TT TTG AT AG A G G C T T
blockSeqs : . A AGGTAA . . . . G . . . G . . CATGTATAGGCCCTGC . AT . . . C . A . . . CA . . ACAT TG CA TTATTATAT . . . . T ATATGCATTGTACCATATTATAATAAG . . AT TA TATTTAAACTGGGAAA G . TATATTTTAATATTTAC A . T . C . C . . . . TGGCCATTTTTA AGG T T . CACTTTT A AA . T TC AAG T A . A . GTTGTTA . . . AGAAATAATCCTCG . T . GA . AG . TC C AAAT AG TATAA GG . T GG . . T .
blockSeqs : . T AGTTA . . . . A . . . A . . CATCTTT . . . . . G . C . . . G . . CAA TG CA AATTAAT . . . . C TATGCTGTCACAGTAAGGCAAATATA . . CG . GATTTAGACAGGTAAA G . ATTATTTTTG A . A . A . T . . . . ATCATTTT TGA T T . CATTCA C AA . T . T . . . T T . . . AATTA . T . GC . AG . TC A TATG GT CAT T . A A . . T .
blockSeqs : . A TAA . . . . A . . . C . . CTTCT . . . . . C . A . . . G . . CTA TG TG TTTAG . . . . C AAGTGAGCGACATAGAAATAG . . CA . GATAAGCCAATAAA G . TATTTTT A . T . A . C . . . . CGCATCTA TA T T . TACTAT T A . G . . ATTA . T . AG . AG . TT G TATG GT AAC T . T G . . G
blockSeqs : . T TCA . . . . C . . . C . . CATCT . . . . . A . T . . . A . . GTA CA TG AATCA . . . . T AAGTGAGTAACCTATTAATAG . . TT . GAGTTAGACA A . TATTTG . . T . A . T . . . . TGCATCTA A . . . TAC T . . . TA . AA . C G CGAC AG AAC C . T A . . T
blockSeqs : . T TGA . . . . A . . . C . . CATCT . . . . . A . A . . . G . . CTA TA TG AATCA . . . . T GCGTCAAACTCTTGTG . . TT . GAA . . . . . G . . . . . . . . CTCA . . . . . TA . . . T C CTCA GA CAT T . . A . . G
blockSeqs : . A TCA . . . . A . . . G . . CATCT . . . . . A . C . . . A . . AA TG CG AATCA . . . . . TACCCAATAAG . . . . . . . . . C TT . . T .
blockSeqs : . T TCA . . . . G . . . C . . CATT . . . . . T . C . . . C . . AA CA CA CATCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . A . C . . . A . . AA CA A AAA . . .
blockSeqs : . . . . . G . A . . . A . . A C .
blockSeqs : . . C . A . . . G . . . .
blockSeqs : C . . . . . G .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : AA******** AATCA*************** CGCATCTA*************** AA* AGTCG********************** A*****
originalCons : NGTACATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------CA---------CCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCGA---AATTAC-----CTC--ANTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTCACACATNAAA-TTTCATGANGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AGAAGTT-A----TGGCCATAA-A----ACCGA------A-A-TCGTGAAGCGTAAA--TTTA------TCA---GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-CTCTCG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C--ATGTA-CCCTA------AATGGA-------GATTTAGACCGGTAAA----------TCAGAAC-AA--TA------------T---------TTT--TATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--C--AT-ATC-TA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCGCTCAC-TNC-AGAGTTCGCTAA-AAGGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCACAATTCCGGTT-TTATGNCCATAAGTTCTT----------CAAATCGTCATGAAATTTGGGAAATAACTCTGAATTATGCTTCACGAT-GTCAGT-TTTATGGCCAT----AAGTTCT-TCAAATCA----A---------TTA---------TGA--AATT-TCATG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA----NTTCGTC-GGTAATTTCGNTC----------AC--TTTTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-TTAGC--G---GTA--AT--TTCGGTGATTC-TGNTAATCTNTGTGANTCNATGA
finalCons : NGTACATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------CA---------CCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCGA---AATTAC-----CTC--ANTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTCACACATNAAA-TTTCATGANGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AGAAGTT-A----TGGCCATAA-A----ACCGAAA--------TCGTGAAGCGTAAATCA---------------GAGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-CTCTCG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-G--------C--ATGTA-CCCTA------AATGGA-------GATTTAGACCGGTAAA----------TCAGAAC-AA--TA------------T---------TTT--TATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACGCATCTA---------------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCGCTCAC-TNC-AGAGTTCGCTAA-AAGGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCACAATTCCGGTT-TTATGNCCATAAGTTCTT----------CAAATCGTCATGAAATTTGGGAAATAACTCTGAATTATGCTTCACGAT-GTCAGT-TTTATGGCCAT----AAGTTCT-TCAAATCAGTCG----------------------TGA--AATT-TCATG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA----NTTCGTC-GGTAATTTCGNTC----------AC--TTTTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-TTAGCA-----GTA--AT--TTCGGTGATTC-TGNTAATCTNTGTGANTCNATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCTTTTGACTGCACTGTTTCATACAATAAAGTTTTATAAATAATTTTATGTAAGTTTTTTTTTCTCTGATTTACCAGCATACATTGCCATTCACAAGGATCTAGAACTATAGATTGGCTATTCATAGTTTGCTTATATA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333 111111 11111 2222222222222222222222222222 11 1111111 11111111111111 222222222222222222222222222 11111 33333333333333333333333333333 1 2222222222222222222 222222222222222222222222222222222 666666666666666666666666666666666666666 11111111 111 2222222222 11111 111 2222222222222222222222 111 111 22222222 111 3333333 11 4444444444 33333333 1111 111111 66666666666666666666666 111 11111 1111 11111 11111 222222222222222 111111 22222 1
lowQualScore : 0 55 3 555555555555555555555555555 4 111111 777 777 3 777 11111 55 1 8888 777 4444444444444444444444444444 55 00 55 555 44 1 3 2 0000000 77777 33 0 888888 0 3 7777 88888888888888 22 333333333333333333333333333 4 777 00000 0 5 5 44444444444444444444444444444 777 0 66 7777777777777777777 666666666666666666666666666666666 0 1 5 111111111111111111111111111111111111111 88888888 000 77 5555555555 1 44444 5 000 5 3333333333333333333333 111 1 1 000 22222222 3 999 8 1 11 8888888 33 0 4 3333333333 3 999 0 8 00000000 8 1 4444 2 6 999999 99999999999999999999999 2 111 77 66 44444 888 0000 0 11 777 11 11111 88888 33 555555555555555 111111 5 0 77 77777 77 77 3 0 1 1 1 1
lowQualScore : . .. . ........................... . ...... ... ... . ... ..... .. . .... ... ............................ .. .. .. ... .. . . . ....... ..... .. . ...... . . .... .............. .. ........................... . ... ..... . . . ............................. ... . .. ................... ................................. . . . ....................................... ........ ... .. .......... . ..... . ... . ...................... ... . . ... ........ . ... . . .. ....... .. . . .......... . ... . . ........ . . .... . . ...... ....................... . ... .. .. ..... ... .... . .. ... .. ..... ..... .. ............... ...... . . .. ..... .. .. . . . . . .
lowQualScore : 8 55 7 222222222222222222222222222 4 555555 000 000 0 000 11111 55 0 5555 000 4444444444444444444444444444 00 00 00 888 66 0 1 1 0000000 11111 99 8 222222 8 1 1111 99999999999999 88 777777777777777777777777777 0 000 00000 2 0 4 00000000000000000000000000000 888 0 99 1111111111111111111 000000000000000000000000000000000 7 7 7 000000000000000000000000000000000000000 99999999 000 11 0000000000 7 33333 7 000 7 7777777777777777777777 666 4 3 000 44444444 7 666 0 0 00 0000000 22 8 5 8888888888 0 888 8 0 22222222 0 0 2222 5 7 222222 77777777777777777777777 2 777 99 00 33333 222 6666 4 55 888 55 66666 66666 00 222222222222222 555555 0 2 44 99999 99 99 0 0 0 0 0 0
consensus : NGTACATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------CA---------CCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCGA---AATTAC-----CTC--ANTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTCACACATNAAA-TTTCATGANGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AGAAGTT-A----TGGCCATAA-A----ACCGA-A-A-T------CGTGAAGCGTA-A----A------------TCA---G-AGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-CTCTCG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-GC--ATGTA--------CCCTA------AATGGA-------GATTTAGACCGGTAAA----------TCAGAAC-AA--TA------------T---------TTT--T--ATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--C----ATC-TA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCGCTCAC-TNC-AGAGTTCGCTAA-AAGGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCACAATTCCGGTT-TTATGNCCATAAGTTCTT----------CAAATCGTCATGAAATTTGGGAAATAACTCTAAATTAT-GCTTCACGATAGTCAGT-TTTATGGCCAT----AANTTCT-TCAA------ATCA-------------A---------TCGT---GA--AATT-TCATG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA----NTTCGTC-GGTAATTTCGNTC----------AC--TTTTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-TTAGC-----GGTA--AT--TTCGGTGATTC-TGNTAATCTNTGTGANTCNATGA
Reference ( family-2120 ) : NGTACATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------CA---------CCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCGA---AATTAC-----CTC--ANTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTCACACATNAAA-TTTCATGANGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AGAAGTT-A----TGGCCATAA-A----ACCGA-A-A-T------CGTGAAGCGTA-A----A------------TCA---G-AGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-CTCTCG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-GC--ATGTA--------CCCTA------AATGGA-------GATTTAGACCGGTAAA----------TCAGAAC-AA--TA------------T---------TTT--T--ATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--C----ATC-TA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCGCTCAC-TNC-AGAGTTCGCTAA-AAGGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCACAATTCCGGTT-TTATGNCCATAAGTTCTT----------CAAATCGTCATGAAATTTGGGAAATAACTCTGAATTAT-GCTTCACGAT-GTCAGT-TTTATGGCCAT----AAGTTCT-TCAA------ATCA-------------G---------TCGT---GA--AATT-TCATG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA----NTTCGTC-GGTAATTTCGNTC----------AC--TTTTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-TTAGC-----AGTA--AT--TTCGGTGATTC-TGNTAATCTNTGTGANTCNATGA
gi|1 : GTACATAGAATCACTGAAAGTATC--GCTTA---T------------CA---------CTGAAATT-ACCGA------CA---AAC---TGACCAA---AATTAC-----CTC--AGTG----TAT---GTT------------CAT---------CT--A--T--GT--CAT---C--TAGTTACACATAAAA-TCTAATGATGA-------TCGG-----TAACGATTTGA--AGAACTT-A----CGTACATAA-A----ACCGA-A-A-T------TGTGAAGCATA-AATTTA------------TCG---A-AGTTA-TTTCCT---TT-----TAGCAAA-CTCTAG-A---------AGTG-AGCG-ACC----TATAAATA-GC--ATGTA--------CCCTA------AATGGA-------GATGTAGACTGGTAAA----------TCAGAAC-AA--CA------------T---------TTT--C--ATA--TGGTCTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----CA-TC---TA-AACG--CATATATCATA-------TGGCTACAGACTATTTAT---AGGTCACTTAC-TACGAGAGTTCGCT---AAGAGAAATAA-CTCTAAATTATGCTTCACAATTCCAGTT-TTATGTCCATAAGTTCTT----------CAAATCGGCATGAAATTNGAGAAATAACTCTAAATTAT-GCTTCACAAT-TCCAGT-TTTATGTCCAT----AAGTTCT-TCAA------ATC--------------G---------TCAT---GA--AATA-TTAAG-----TGTGACTAGATGACATATAGA-TGA----ACATACAGTGAGGT---AATTTCGGTCA----ATTTGTC-GGTAATTTTGATC----------AC--TATTT-T----GG-TAATTTCGATGA-TTAGTGCCCGAATA--GT-----GGTAATTC-TATTAATCTATGTAAGTCGATGA
gi|10 : aCATAGAATCACCGAAATTACC--GCTAA---T------------AA---------CTAAAATT-ACCAA------TT---AAT---TGGCTGA---AATTAT-----CTCAGATTGAGAATAT---GTT------------CTT---------CT--A--T--GTGACAT---C--TAGTCACCCATC----TTTCATGAAGC-------TTG--------AC------A--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-tatataca
gi|12 : caaaagatctctcagaagggaattatgccaCAC----AACTCCT-TCAA------ATCA-------------GAAATAATCCTCGT---GG--AATT-TCATA-----TGTGATTAGAAGACGTA-------A----ACAAAC--TAAGGT---AATTTCAGTCC----CTTCTTT-GGTTATTTCGCTC----------AT--TTCTT-T----GA-CAACTTCGGTc
gi|13 : A--AATT-TTATG-----TGTGACAAGATGTCACATAGA-TGA----ACATATACCGAGGT---AATTTCAGTCA----ATTAAAT-GGTAATTTCAGTT----------ATAATTTCT-T----GGATAATTTCAGTAA-TTAGC-----AGTC--AT--TTCAGTGATTC-TGacctctttgttcc
gi|14 : TATAGC-TGA----ACATACAGTGGGGT---AATTTCGGTCA----GTTTATG-GGTAATTTTGTTA----------AC--TTTTTGG----GG-TAATTTCTGTGATTTAGC-----GGTAATAT--TTCTGTt
gi|15 : C--AGTA----TAT---GTT------------CAT---------CTTTG--T--GT--CAT---A--TAGTCACACATCAAA-TTTCATGAAGA-------TTGG-----TAACAATTTGA--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-A----ATAGACA-A-T------CTT------TA-G----A--------------------AGTTA-TTTCCC---TT-----TAaccgaggggtgatgttacac
gi|16 : ATATAGCCTGA----ACATACAGTG-GGT---AATT-CGGT-A----GTTTATG-GGTAATTTTGTTA----------AC--TTTTG-C----GG-TAATTTCTGTGA--TAGCG----GGTA--ATAGTTCTGTc
gi|17 : tatataatactg--T--GT--CAT---C--TAGTCACATATGAAA-TTTCATGACGA-------TTGG-----TTCCAAATTGA--AGAAACT-A----T--CTAGAA-A----Aa
gi|17 : gTAAATTAAAGCTTCCCAGTAGTC--T-TTTCTAG--AT----AGTTTCT-TCAATTTGGAACCA-------------A---------TCGTCATGA--AATT-TCATA-----TGTGACTAGATGACAgactactgggaagctttaattta
gi|18 : gGTACATAGA-TAACCGAAATTACC--ACAAA---T------------CA---------CCAAAATT----AA------TATAGAAT---TGACCGA---ATTTA
gi|19 : ttttaaaataattgcg---AATTT-GGTCC----CTTCGAC-AGTAATTTCAGTC----------AT--TTCTT-T----GG-TAATTTCGGTGA-ATAGC-----AACA--AT--TTTGGTGATTC-Tttcaca
gi|2 : TATATAGAATCACCCAA----CCAAGA-AA---T------------GA---------CAAAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCAT---AACCAC-----CTC--AATA----TAC---GTT------------CAT---------CT--A--TATGT--CAT---T--TAGTCACACATCAAA-TTTCATGAAGA-------TCAG-----TCA-GATTTGATTAGA-GTT-G----GAGCCATAA-A----ACCAA-GTA-T------TGTGAAACATA-A----A------------TTA---ATAATTA-TT-------------------AATCTCT-G-A---------TATGCATTGTACCATATTATAATAA-GCCAAT-----------CCTTATA----AATGGA-------GAT--AAGCCAATAAA----------TCAAAAC-AA--TA------------TATTTTAATATTTACT--ATACTTGATTTGTAT-------AAA---T-CAATG----------T-GA-----TA-TT---TC-AAAT--C----ATT-TT-------TGCCT---TACTGTGTAT---GAG-AGCT----------AGTTAACTATTAAGCGAAATAAACTCATATTTATGCTTTACAA----GGT----------GTNNNNNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GCTTCACGATAGTCTGT-TTTATGGCCATGCATAAGTTCCCTCAA------ATTA-------------A---------TTAT---GACCAATCATCATGATTGATGTGACTAGATCACATGTAAG-TG------CA-----TGAA--------------CA----CCT--TT-GGTTATTTC---------------------TT-T----GG-TAATTTCAGTAA-TTAGC-----AGTA--AT--TTCTGCAATT
gi|20 : aaacagtacaAT---C--TTGTCACACATAAAA-TTTCAT---GA-------TTGGTAAGTTAACGATTTGA--AGAAtctatgc
gi|21 : agTAG-----TAATGATTTGA--AGGAGTT-A----TGGGTATGA-A----ACCCA-ACATT------TGTGAAGa
gi|22 : CATAGAATCACTGAA-TTGCC--GCTAA---T------------CA---------CTGAAAT
gi|3 : AAAT---GGAAATAACTCTGATTTAT-GCTTCAC-----T--GT-TTCATGGCCAT----AAGTTCT-TCAA------ATCA-----------------------TTAC---CA--A----TCATC-----TATAATT-----ATATATATA-TAA----ACATACAGTGAGGT---AATTc
gi|3 : AACCACCAAAATTACC--AAAAAAG-T------------TA---------TCGAAATT-ACCAA------TA---AAT---TGACCAA---AATTAC-----CTT--ACTG----TGT---GTTAATACATGTATATAT---------AT--A--T--GT--CATATACTATAGTCACACGTAAAA-TTTCAAGATAA-------CTGG-----TAACGATTTGA--AGAACTTCA----TGGCCACAA-A----ACTGA-A-A-C------TGTGAAGCATA-A----A------------TCA---G-ACTTA-TTTCCC---TTTAAAATAGCGAA-CTCTCG-T---------A------C---CC----AATA---A-GC--CGGGA--------C----------AAT-AA-------GAGTTAGAC------A----------TGA-AAC-AAT-TATGTGTCTTGTGTT---------TTT--T--ATA--TGATTTATACAATATAAGAGTAAT-AAATAAAAAAAAGTTCCGATTTACCAGTC---TA-AATGGCC----ATT-TT-------TAGGCAC---CTATTTCTTAAAGGTCGCT----TAC-AG-GTTAGCT-A-AATGGAAATAA-CTCTGATTTATGCTTCAC--T----GTT-TCATGGCCATAAGTTCTT----------CAAATCATTAagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaagggaaataagtctgatttatgcttcacagtttcagttttgtggccatgaagttcttcaaatcgttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggttagtggtaatttcagtaattctat
gi|3 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggATAGAATTACTGAAATTACC--ACTAA---agtggtaatttcagtaattctat
gi|4 : aattacctcactgtatgtttatatatatataattatagatgattggtaatgatttgaagaacttatggccatgaaacagtgaagcataaatcagagttatttccatttagctaacctgtaagcgacctttaagaaataggtgcctaaaaatggccatttagactggtaaatcggaacttttttttatttattactcttatattgtataaatcatataaaaaacacaagacacataattgtttcatgtctaactcttattgtcccggcttattgggtacgagagttcgctattttaaagggaaataagtctgatttatgcttcacagtttcagttttgtggccatgaagttcttcaaatcgttaccagttatcttgaaattttacgtgtgactatagtatatgacatatatatatacatgtattaacacacagtaaggtaattttggtcaatttattggtaatttcgataacttttttggtaattttggtggA------TA---AAT---TGACCCA---TATTAC-----CTC--ACTG----TATAATGTT------------CAT---------CT--A--TATGT--TAT---C--TGGTAACACATAAAA-TTTCATGAAGA-------TTTG-----TAAAGATCTGA--AGAACTT-C----TGGTCATAATA----ACCAA-A--------------AAGTGTA-A----A------------TCA---G-AATTATTTTCCT---TT-----TAGCGAA-CTCTTG-A---------AGTG-AGCG-ACA----TAGAAATA-GC--CTGTAG-------CCATA------GATG
gi|4 : ATT-ACC--------TA---AAT---T----------ATTGCTATGTCTT--GCTG----TAT---GTT------------CATGTATAGGCCCTGCA--T--GT--CAT---C--CAGTCATATATTGAATTTTCATGACGATTGCCATTTGA-----TAATGATATGA--AGAAGTT-AATTGTGGACATAA-A----ACTGA-A-A-T------CATGAAGTGTA-A----A------------TCA---G-AGTTA-TTTCCC---TT-----TAGCGAA-ATCCCG-A---------AGTG-AGTA-ACC----TATTAATA-GC--ATGTA--------CCCGA------AGTGGA-------G-------------AA----------TCAGAACAAA--TAT-----------T---------TTT--T--ATA--TGGTCGGTAA-------GAG---TAAAATA----------TCTA-----CA-TC---AA-AACG--C----ATC-TA-------TGGCTACAGGCTATTTCT---ATGTCGCTCAC-TTCAAGAGTTCGCTAA-AAGGAAAATAA-TTCTGATTTACACT------TTTTGGTTATTATGACCAGAAGTTCTTCAGATCTTTACAAATCTTCATGAAATTTcgttttgatgtagatattttactcttaccgaccatataaaaaatatttgttctgattctccacttcgggtacatgctattaataggttactcacttcgggatttcgctaaagggaaataactctgatttacacttcatgatttcagttttatgtccacaattaacttcttcatatcattatcaaatggcaatcgtcatgaaaattcaatatatgactggatgacatgcagggcctatacatgaacatacagcaagacatagcaataatttaggtaatatt
gi|5 : ataaattgacccatattacctcactgtataatgttcatctatatgttatctggtaacacataGTACATAGAATCACCGAAATTACT--GCTAA---TAACTTAAATTACCAAAAAGGAGACCGAAATTTCCCAA------TA---AAT---TGACCAA---AATTAC-----CTC--AGTG----CAT---GT-----------------------------G--T--AT--CGT---C--TGTTCACACTTAAAA-TTTCATGACGA-------TTGG-----TAACGATTTGA--AAAACTA-A----TGGACATAA-A----ACTGA-A-A-TATTAATTATGAAGTGTA-A----ACTTTTACGTCTTTCA---G-AGTTA-TTTACC---TT-----TAGCAAA-TTCTCG-T---------AGTG-ACCT-GCC----AATTGGTA-GC--GTGTAGCCGTGTACCCAA------AATGGA-------TATTTAAACTGGGAAA----------TAAGAAC-AAATTA------------T---------TTT--TGTATA--TGGTTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TTGA-----CA-TCTATTA-AAC---------TC--A-------TGGCTATA-------TAT---AGGTCATTCAT-TCA-AGAGTTTGCatt
gi|6 : GTACATAGAATCACCGAAATTACC--AAAAAAGGT------------AA---------CCAAAATT-ACTGA------TA---AAT---TGATCAA---AATTAC-----CAC--ACTG----TGT---GCT------------CAT---------CT--AAAT--GT--CAT---C--TACTCACACATGAAA-TTTCATGACGA-------TTAG-----TAACGATTTGA--AGAACTT-A----TGGGCATAA-A----ACCGA-A-A-T------TGTGAAGCGTA-C----A------------TCA---G-AGTTA-TTTCCCAGGTT-----T-------CCCTTG-G---------CGT----CA-AAC----TCT---TGTGC--ATGTA--------CCTTA------AATGGA-------GATTTAGACAGGTAAA----------TCAGAAG-AA------------------------------------A--TGATTTGTAT-------GAG---T-AAATA----------TCGA-----TA-TT---TA-AATG--C----ATC-TA-------TGACTACAGGCTATTTAT---ATGTCGCTCACTTTT-AGAGTTTGTTAA-AAGGGAAATAA-CTCGGATGTTTGCTT
gi|7 : AATTAT-GCTTCACGTT-GTTATTATTTTTGGCCAC----ATCTCCT-TCAA------ATCATTGTACTAATGTTA---------TCTT---GA--AATT-TGATG-----TATGACTAGATGACATATATA-TTATTGTA-ATACAACTAGATCTGCACTTTACTTATGATATTC-TCAAGTAATTTTGATCAATTTATCAAAT--TTTTT-TTTCATG-TAATTTCGGTTA-TTTCCTT---GGTA--AT--TTCGGTGATTTGTGGTAATTTCTGTGATTCTATGAgtatgtccagaagt
gi|8 : atacgagagttcaatcactgttctgtaaattaaatttagtgtgaaggttttACACACCAAA-TTTCAT-AAGA-------TTGA-----TAACGATTTGG--AGGAGTT-G----TGGCCATAA-A----ATTGA-CTA-T------CATG-AGCACATT----A------------TTATATG-AGTTA-TTTCCC---TT-----TACTGAA-CTCTTGTATGCTGTCACAGTA-AG-----------GCAAATATAC--ATGTG--------CCTTATCCTTTAATAAATTGCATTGATTTATA-TGATAAAGTGTTATAAGTAAAAAA-AA--TA------------T---------TTG--T-------TGATTTATTG-------GAG---T---ATA----------TTGC-----CA-TT---TATAAGG--C-----TC-TAAAAAATTTGGCTACTGAC----TAT---AGTTTGCTTAC-TAT-AAAa
gi|9 : GTGCATAGAATCACTAAAATTGCT--GTTAA---T------------CA---------CCAAAATG-AACAAATTCACCA---AATGAATGACAGAAAGAATAA-----------AATA----TAT---ATT------------CAT----------T--A--T---T--TGT---C--CG---ACATATCAAA-TTTCATGAAG--------T--G-----TAACAATATGA--AAGAGTT-G----TGGCCATAA-ACAGGACTG------T------CATGAAG-ATA-A----A--------------A---A-AGTTA-TTTCCC---TT-----Tcaaga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCTTTTGACTGCACTGTTTCATACAATAAAGTTTTATAAATAATTTTATGTAAGTTTTTTTTTCTCTGATTTACCAGCATACATTGCCATTCACAAGGATCTAGAACTATAGATTGGCTATTCATAGTTTGCTTATATA