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lowQualScore                  :                1  44   22 1 444 1 4   1    4  1 222  222 222   222  1 22 3 1  3333 1 222222222 1  44         1   2   
lowQualScore                  :                .  ..   .. . ... . .   .    .  . ...  ... ...   ...  . .. . .  .... . ......... .  ..         .   .   
lowQualScore                  :                7  00   33 6 444 6 8   6    8  6 888  999 999   999  7 44 5 7  7777 7 222222222 7  88         7   0   
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Reference ( gi|13 )           :           CCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TTC-CCA
gi|11                         :           CTGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---TT-G--T-G-AG----C-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TTC-CCA
gi|12                         :          aCCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCGCCC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G---------C-CC--CCGGGACCT-TTT-CCA
gi|5                          :          aCCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCGCCC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G---------C-CC--CCGGGACCT-TTT-CCA
gi|9                          :         taCCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---ACC---CT-A--TGG-AG----T-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TTatcn
gi|16                         :           CTGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGTG-CC-C---CT---G---TCC---CT-A--T-G-AG----C-G---------C-CC--CCGGGACCT-TCC-ttcca
gi|2                          :           CCGTA-TT--CTT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-GA----C-GCCCCCTCCCC-CC--CCGGGACCTATTC-a
gi|3                          :         taCCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CTGGCG---CCG---CT-A--TGG-AG----C-G--------CG-CCGACCCGGACCT-TTC-CCA
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gi|10                         :          aCCGTA-TT--TGT--C-C---C-A-TTG-AGTG-CC-C---CC---A---TCC---TT-A--C-G-AA----A-G--------CC-CC--CCGGGACTT-TTT-TCActtc
gi|14                         :         taCCGTA-TT---GT--CGC---T-AATTG-AGCG-CT-C---CT---G----TC---TT-A--T-G-AG----C-G--------CA-CC--C--GGACCT-TTC-CCA
gi|1                          :           CCGTA-TTGCCGT--C-----T-ACTTG-AGCG-CC-C---CT---GGCGCCG---CT-A--T-GGAG----C-G--------CG-CCGACCCGGACCT-TTC-CCAa
gi|20                         :         taCCGAA-TT--CGT--C-T---T-C-TTG-AGCA-CC-C---CT---G---CCC---C--A--T-G-AG----C-A--------CA-CC--CCACAACTT-Ta
gi|26                         :        gtaCCATA-TT--TGT--C-C---T-A-TTG-AGTG-CC-T---CT---G---CTC---C
gi|25                         :       aataCCG-A-TT--CGT--C-C---TCA-TTG-AGCG-CC-C---C
gi|18                         : attcaaaattaCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CCGC---CT---G----CC---CT-A--T-G-AG----C-G-----------CC--TCGGAACCT-TTC-CCAgggtgc
gi|21                         :            CGTA-TT--CGT--C-----T-A-T-G-AGCG-CC-C---C----G---CCC---TT-A--T-G-AG----C-G---------C-CC--CCAGGACCT-TTC-CCA
gi|7                          :            CGTA-TT--CGT--C-CC--T-A-TTGCAGCG-CC-C---CT---G---CCC---CTAA--T-G-AGCCCCC-C--------CC-CC--CCCGGACCT-TTC-
gi|17                         :            CGTA-TT--TGT--C-G---T-A-TTG-AGCA-AC-C---CT---G---CCC---AT-A--T-G-AG----C-A---------T-CC--CCGGGACCT-TTT-TCA
gi|6                          :            CGTAGTT--CGT--C-CAGGC-A-TTG-GACG-C-------T---G---CCCTCGCT-A--T-T-AG----C-G--------CC-AC--C-GGGACCT-TTC-
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gi|23                         :              TA-TT--CAT--C-C---T-A-TTG--GCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-A-AG----C-G--------CC-CC--CCGGA--CT-TTC-CCA
gi|8                          :             aTA-TT--CGTGCC-C---T-A-T-G-AGCG-CC-CTCCCT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----CGG--------CC-CC--CCGGCACCT-TTC-CCA
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Alignments
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lowQualScore                  :                 1  33   22 1 444 1 4   1    4  1 222  222 222   222  1 22 3 1  3333 1 111111111 1  44         1   1   
lowQualScore                  :                 .  ..   .. . ... . .   .    .  . ...  ... ...   ...  . .. . .  .... . ......... .  ..         .   .   
lowQualScore                  :                 6  88   22 5 222 5 6   5    6  5 777  888 888   888  7 33 3 7  5555 7 333333333 7  66         7   9   
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Reference ( family-2109 )     :            CCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TTC-CCA
gi|1                          :            CCGTA-TTGCCGT--C-----T-ACTTG-AGCG-CC-C---CT---GGCGCCG---CT-A--T-GGAG----C-G--------CG-CCGACCCGGACCT-TTC-CCA
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gi|25                         :          atCCG-A-TT--CGT--C-C---TCA-TTG-AGCG-CC-C---Ca
gi|26                         : attcaaaattaCCATA-TT--TGT--C-C---T-A-TTG-AGTG-CC-T---CT---G---CTC---Cgggtgc
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gi|6                          :           taCGTAGTT--CGT--C-CAGGC-A-TTG-GACG-C-------T---G---CCCTCGCT-A--T-T-AG----C-G--------CC-AC--C-GGGACCT-TTC-atcn
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Alignments
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lowQualScore                  :                 1  33   22 1 444 1 4   1    4  1 222  222 222   222  1 22 3 1  3333 1 111111111 1  44         1   1   
lowQualScore                  :                 .  ..   .. . ... . .   .    .  . ...  ... ...   ...  . .. . .  .... . ......... .  ..         .   .   
lowQualScore                  :                 6  88   22 5 222 5 6   5    6  5 777  888 888   888  7 33 3 7  5555 7 333333333 7  66         7   9   
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Reference ( family-2109 )     :            CCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TTC-CCA
gi|1                          :            CCGTA-TTGCCGT--C-----T-ACTTG-AGCG-CC-C---CT---GGCGCCG---CT-A--T-GGAG----C-G--------CG-CCGACCCGGACCT-TTC-CCA
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gi|16                         :           aCTGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGTG-CC-C---CT---G---TCC---CT-A--T-G-AG----C-G---------C-CC--CCGGGACCT-TCC-cttc
gi|17                         :             CGTA-TT--TGT--C-G---T-A-TTG-AGCA-AC-C---CT---G---CCC---AT-A--T-G-AG----C-A---------T-CC--CCGGGACCT-TTT-TCAa
gi|18                         :             CGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CCGC---CT---G----CC---CT-A--T-G-AG----C-G-----------CC--TCGGAACCT-TTC-CCA
gi|19                         :              GTA-TT--CAT--C-C---T-T-TTG-AGCA-GC-C---CT---G---CCT---CT-A--T-G-AG----C-G---------C-CT--CTGGGACCT-TTT-CCA
gi|2                          :            CCGTA-TT--CTT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-GA----C-GCCCCCTCCCC-CC--CCGGGACCTATTC-
gi|20                         :          taCCGAA-TT--CGT--C-T---T-C-TTG-AGCA-CC-C---CT---G---CCC---C--A--T-G-AG----C-A--------CA-CC--CCACAACTT-T
gi|21                         :          gtaCGTA-TT--CGT--C-----T-A-T-G-AGCG-CC-C---C----G---CCC---TT-A--T-G-AG----C-G---------C-CC--CCAGGACCT-TTC-CCA
gi|22                         :              GTA-TTT-CGT--C-----T-A-TTG-A-CG-CC-C----T---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G--------CC-CC--CC--GACCT-TTCACCA
gi|23                         :               TA-TT--CAT--C-C---T-A-TTG--GCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-A-AG----C-G--------CC-CC--CCGGA--CT-TTC-CCA
gi|24                         :                           a-C---T-A-TTG-AGCG-CC------T---G---CCC----T-A--T-G--G----C-G--------CC-CC---CGGGACCT-TTT-CCA
gi|25                         :          atCCG-A-TT--CGT--C-C---TCA-TTG-AGCG-CC-C---Ca
gi|26                         : attcaaaattaCCATA-TT--TGT--C-C---T-A-TTG-AGTG-CC-T---CT---G---CTC---Cgggtgc
gi|3                          :        aataCCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CTGGCG---CCG---CT-A--TGG-AG----C-G--------CG-CCGACCCGGACCT-TTC-CCA
gi|4                          :             ttaA-TC--CGT--G-C---T-AATTG-AGCGGCC-C---CT---A---GCC---CT-AAAT-G-AG----C-G--------CCGCC--CCGGGA-CT-TTC-CC
gi|5                          :         atgCCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCGCCC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G---------C-CC--CCGGGACCT-TTT-CCAttcccaa
gi|6                          :           taCGTAGTT--CGT--C-CAGGC-A-TTG-GACG-C-------T---G---CCCTCGCT-A--T-T-AG----C-G--------CC-AC--C-GGGACCT-TTC-atcn
gi|7                          :        gatgaCGTA-TT--CGT--C-CC--T-A-TTGCAGCG-CC-C---CT---G---CCC---CTAA--T-G-AGCCCCC-C--------CC-CC--CCCGGACCT-TTC-
gi|8                          :               TA-TT--CGTGCC-C---T-A-T-G-AGCG-CC-CTCCCT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----CGG--------CC-CC--CCGGCACCT-TTC-CCA
gi|9                          :          gtCCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---ACC---CT-A--TGG-AG----T-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TT


blockSeqs                     :                 G  T    GC G AGG C A   C    C  G TCC  GGC .     TCG  A AA G .  CCCC G CCCCCTCCC G  GA         A   A
blockSeqs                     :                 .  .    .  . C   . A   .    G  . .    .   .     .    . .  G .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    C  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . T         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . C         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . .         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . .         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . .         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . .         .  .          .   .
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . .         .  .          .    
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . .         .  .          .    
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .    . .  . .  .    . .         .  .          .    
blockSeqs                     :                 .  .    .  . .   . .   .    .  . .    .   .     .                                                  
blockSeqs                     :                            . .   . .   .    .  . .                                                                 


blockSeqCons                  :                    **                                     ***                                      **
originalCons                  :            CCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TTC-CCA
finalCons                     :            CCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TTC-CCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                       111111111                       
lowQualScore                  :                 1  33   22 1 444 1 4   1    4  1 222  222 222   222  1 22 3 1  3333 1 111111111 1  44         1   1   
lowQualScore                  :                 .  ..   .. . ... . .   .    .  . ...  ... ...   ...  . .. . .  .... . ......... .  ..         .   .   
lowQualScore                  :                 6  88   22 5 222 5 6   5    6  5 777  888 888   888  7 33 3 7  5555 7 333333333 7  66         7   9   
consensus                     :            CCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TTC-CCA
Reference ( family-2109 )     :            CCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TTC-CCA
gi|1                          :            CCGTA-TTGCCGT--C-----T-ACTTG-AGCG-CC-C---CT---GGCGCCG---CT-A--T-GGAG----C-G--------CG-CCGACCCGGACCT-TTC-CCA
gi|10                         :          taCCGTA-TT--TGT--C-C---C-A-TTG-AGTG-CC-C---CC---A---TCC---TT-A--C-G-AA----A-G--------CC-CC--CCGGGACTT-TTT-TCAa
gi|11                         :          taCTGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---TT-G--T-G-AG----C-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TTC-CCA
gi|12                         :           aCCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCGCCC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G---------C-CC--CCGGGACCT-TTT-CCA
gi|13                         :           aCCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TTC-CCA
gi|14                         :            CCGTA-TT---GT--CGC---T-AATTG-AGCG-CT-C---CT---G----TC---TT-A--T-G-AG----C-G--------CA-CC--C--GGACCT-TTC-CCA
gi|15                         :            CTGTA-TT--TAT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CT-C---CT---G---CCC---GT-A--T-G-AG----C----------TC-CC--CCGGGACCT-Ta
gi|16                         :           aCTGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGTG-CC-C---CT---G---TCC---CT-A--T-G-AG----C-G---------C-CC--CCGGGACCT-TCC-cttc
gi|17                         :             CGTA-TT--TGT--C-G---T-A-TTG-AGCA-AC-C---CT---G---CCC---AT-A--T-G-AG----C-A---------T-CC--CCGGGACCT-TTT-TCAa
gi|18                         :             CGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CCGC---CT---G----CC---CT-A--T-G-AG----C-G-----------CC--TCGGAACCT-TTC-CCA
gi|19                         :              GTA-TT--CAT--C-C---T-T-TTG-AGCA-GC-C---CT---G---CCT---CT-A--T-G-AG----C-G---------C-CT--CTGGGACCT-TTT-CCA
gi|2                          :            CCGTA-TT--CTT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-GA----C-GCCCCCTCCCC-CC--CCGGGACCTATTC-
gi|20                         :          taCCGAA-TT--CGT--C-T---T-C-TTG-AGCA-CC-C---CT---G---CCC---C--A--T-G-AG----C-A--------CA-CC--CCACAACTT-T
gi|21                         :          gtaCGTA-TT--CGT--C-----T-A-T-G-AGCG-CC-C---C----G---CCC---TT-A--T-G-AG----C-G---------C-CC--CCAGGACCT-TTC-CCA
gi|22                         :              GTA-TTT-CGT--C-----T-A-TTG-A-CG-CC-C----T---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G--------CC-CC--CC--GACCT-TTCACCA
gi|23                         :               TA-TT--CAT--C-C---T-A-TTG--GCG-CC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-A-AG----C-G--------CC-CC--CCGGA--CT-TTC-CCA
gi|24                         :                           a-C---T-A-TTG-AGCG-CC------T---G---CCC----T-A--T-G--G----C-G--------CC-CC---CGGGACCT-TTT-CCA
gi|25                         :          atCCG-A-TT--CGT--C-C---TCA-TTG-AGCG-CC-C---Ca
gi|26                         : attcaaaattaCCATA-TT--TGT--C-C---T-A-TTG-AGTG-CC-T---CT---G---CTC---Cgggtgc
gi|3                          :        aataCCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CTGGCG---CCG---CT-A--TGG-AG----C-G--------CG-CCGACCCGGACCT-TTC-CCA
gi|4                          :             ttaA-TC--CGT--G-C---T-AATTG-AGCGGCC-C---CT---A---GCC---CT-AAAT-G-AG----C-G--------CCGCC--CCGGGA-CT-TTC-CC
gi|5                          :         atgCCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCGCCC-C---CT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----C-G---------C-CC--CCGGGACCT-TTT-CCAttcccaa
gi|6                          :           taCGTAGTT--CGT--C-CAGGC-A-TTG-GACG-C-------T---G---CCCTCGCT-A--T-T-AG----C-G--------CC-AC--C-GGGACCT-TTC-atcn
gi|7                          :        gatgaCGTA-TT--CGT--C-CC--T-A-TTGCAGCG-CC-C---CT---G---CCC---CTAA--T-G-AGCCCCC-C--------CC-CC--CCCGGACCT-TTC-
gi|8                          :               TA-TT--CGTGCC-C---T-A-T-G-AGCG-CC-CTCCCT---G---CCC---CT-A--T-G-AG----CGG--------CC-CC--CCGGCACCT-TTC-CCA
gi|9                          :          gtCCGTA-TT--CGT--C-C---T-A-TTG-AGCG-CC-C---CT---G---ACC---CT-A--TGG-AG----T-G--------CC-CC--CCGGGACCT-TT