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lowQualScore                  :                                        3  3   66  5555 0000 22 33 4 2    2  55  2222222  8  2 2 55555 0 33 2    55   33  33 77    33 777   2  22  1 3333    1     66  3333  444    1  77777    44444 22  1  1 1 444  1    55 222    1 1 22   1   555 8 6 666666    55   1  55    222    2 1 444444 1   2   2 2222  88  1   1 1  333 5555 2 7777 33 2 1  666666 1 1   1    1   333 1 1 1 7777777 2  1 44 3333333333 1  2 222  2   4 1 2 1  33 11    222 999999999999999999999 1  33     4 1 1 1  1 4 1    11 333 2 1 1  22   55 1  1 33 444444 11   33 1 55555555555 22     00000000 4   4444444   1    222 1 1      
lowQualScore                  :                                        .  .   ..  .... .... .. .. . .    .  ..  .......  .  . . ..... . .. .    ..   ..  .. ..    .. ...   .  ..  . ....    .     ..  ....  ...    .  .....    ..... ..  .  . . ...  .    .. ...    . . ..   .   ... . . ......    ..   .  ..    ...    . . ...... .   .   . ....  ..  .   . .  ... .... . .... .. . .  ...... . .   .    .   ... . . . ....... .  . .. .......... .  . ...  .   . . . .  .. ..    ... ..................... .  ..     . . . .  . . .    .. ... . . .  ..   .. .  . .. ...... ..   .. . ........... ..     ........ .   .......   .    ... . .      
lowQualScore                  :                                        1  1   88  3333 6666 99 44 7 4    4  66  4444444  9  2 2 66666 6 11 2    33   22  22 99    22 333   0  55  7 7777    7     99  5555  666    7  88888    00000 22  6  6 6 444  6    44 888    6 6 22   6   888 2 5 777777    66   5  33    333    9 4 111111 4   9   9 9999  77  4   4 4  999 9999 9 4444 44 9 4  111111 4 4   4    4   888 4 4 4 8888888 8  3 55 6666666666 3  7 333  7   1 4 8 4  33 99    444 999999999999999999999 4  99     6 5 5 5  5 6 5    33 999 9 4 4  00   00 4  4 33 222222 99   88 4 55555555555 00     88888888 6   0000000   6    111 7 7      
consensus                     :                                  AGCTTA-CT-CCA--CT----T----A-TA--T-T-GAAA-TC--GCT-T-TA-AT-TT-G-A-----AAT--A-TCGT--TTA--TA--T--TGAA--A---TAA-AA--GT-A----AATC-CCCAA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC-AAAT--A---AAAT-T-C--GGT-TAA-A-TTGAA--AA--TCGC--ATA-TA-TTGAAA--TATC-G-C------T-TAT-ATT-G---AAA-ACC-AAT-C-CT---C----G-G-N--C--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--T-A-------AT-AA-C---GG-TTA-T-A-T-TG--A--AGTC---C--------CT-----------C-AG-CCGAGC-T-A-T-CG-T-C-ACGG-TT---G-G-T-AA--CACT-A-AT-T--A---C--A--CAA--G-CGGGT-------A--CAAGG-----A--G-GGTA-T----TGA-TTCG-T-T-T-CTCACC
Reference ( gi|5 )            :                                  AGCTTA-CT-CCA--CT----T----A-TA--T-T-GAAA-TC--GCT-T-TA-AT-TT-G-A-----AAT--A-TCGT--TTA--TA--TA-TGAA--A---TAA-AA--GT-A----AATC-CCCAA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC-AAAT--A---AAAT-T-C--GGT-TAA-A-TCGAA--AA--TCGC--ATA-TA-ATGAAAATTATC-G-C------T-TAT-ATT-G---AAA-ACC-AAT-C-CT---C----G-G-T--C--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--TAA-------AT-AA-C---GG-TTA-T-A-T-TG--A--AGTC---C--------CT-----------C-AGTCCGAGC-T-A-T-CG-T-C-ACGG-CT---G-G-T-AA--CACC-A-AT-T--A---C--A--CAA--G-CGGGC-------A--CAAGG-----A--G-GGTC-T----TGA-TTCG-C-T-T-CTCACC
gi|10                         :                                  AGCT-A-CT-CCA--CT----T----A-TA--T----GAC-TC--GCT-T-TA-AT-TT-G-A-----AAT--A-TCGT--TTA--TA--T--TGAA--A---TAA-A---GT-A----AATC-CCCAA--C-----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC-AAAT--A---AAAT-T-C--GGT-TAA-A-TTG-A--AA--TCGC--ATA-T--ATAA----TATC-G-C------T-TAT-ATT------AA-AC---AT-C-CT---C----G-G-T--C--C-G-CT------G-A-GGT-GAT--ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--T-T-------AT-AA-C---GG-TTA-T-A-T-TG-----AGTC---C--------CT-----------C-AGT-CGAGC-T-A-T-CG-TCC-ACGG-TT---G-G-T-AA--GA---A-GT-T--A---C-----CAA--G-CGGGC-------A--CAGGA-----G--G-GGCC-T----GGA-TTCG---T-T-CTCAC
gi|2                          :                                 cAGCTTA-CT-CCA--CT----T----A-TA--T-TAGAAA-TCCGGCT-T--A-AT-TT-G-A-----AAT--A-TCGT--TAT--TA--T--TGAA--ACTCTAA-AA--GTTA----AATC-CCCAA--CC----TC---A--C-TC-----TCAT-----T--TT-CTAT-G---GC-AAAT--A---AAAT-TTC--GGT-TAA-AATTGAA------TCGC--ATA-TA--TGAAAA----C-G-C------T-TATTATT-----AAA-ACC-AAA-T-CC---C----G-G-A--C--C-G-CT------G-A-TGT-TATA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--T---------AT-AA-C---GG-TTA-TAA-T-TG--A--AGTC---C--------CT-----------C-AG-CCGAGC-T-A-T-CG-T-G-ATGG-TT---GAA-T-AA--CACT-A-AT-T--A---C--A--CAAAGG-CAGGT-------A--CAAGGCA---A--G-GGGA-T----AGA-TTCG-T-T-T-CTCACCttc
gi|4                          :                                 cAGCTTAACT-TCAA-CT----T----A-TA--T-T-GAAA-TC--G---T-TA-ATATT-G-G-----AAT--AATCGT--TTA--TA--T--TGAA--C---TAA-AA--GT-A----AAAT-CCCAAAACC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----A--TT-CT-T-T---GC-AAAT--A---AA-T-T-C--GGT-TAC-T-TTGAA--AAAATCGC--ATA-TA-TTGA----TATC-G-C------T-TAT-ATT-G----AA-TCC-AAT-C-CT---T----G-G-T--C--CTG-CT------G-A-GGT-GATA-ATGGTTT-G-T-T-------T-TT-T--T---------AT-AA-----AG-TTA-T-A-T-TG--A--AGTC---C--------TT-----------C-AG--CGAGT-T-A-T-CG-T-C-ACGG-TT---G-GCT-----TACT-A-AT-T--A---C--A--CAA--G-CATTT-------A--CAGGG-----A--G-GGTA-T----TGA-TTGG-T-A-T-CTCACCtga
gi|11                         :                                  AGCTTA-CT-CCA--CT---------A--A--T-T-GAAA-TG--GCT------AG-TT-G-A-----AAT----TCGT--TTA--TA--T--TGAA--A---TAA-A---GT-A----AATC-CC-GA--CC----TC---AGTC-T------TCAT-----T--CT-CT-T-T---GC-AAAT--A---AAAT-T-C--G---TAA-A-T-GAA-------CG---ATA-TA-TTAAA---TATC-G-C------T-TAT-ATT-G----AA-ACC-AAT-C-CT---C----G-G-A--C--C-G-CT------G-A--GT--ATA-ATG---T-G-TGT-------A-TT-T--C---------AT-AA-C----G-TTA-T-A-T-TT--G--AGTC---CT-------CT-----------C-CG-CCAAGC-TCA-T-CA-T-C-ACGG-T------A-T-AA--CACCTA-AT-T--A---C--A--CAA--G-CAGGG-------ATCCAAG---------A-GGTA-T----TGA-TTCG---T-T-CTCACCtga
gi|36                         :                                  AGATTA-CT-CCA--CT----T----A-GA--T-T-GAAA-TC--GC--T-TA-AT-TT-G-A-----AAT--A-TCGT--TTtg
gi|28                         :                                   GCTTG-CT-CCA--CT----TTATTA-TA--TGT-GAAA-TC--GCT-T-AA-CT-TT-G-AGGGAGAATGGA-TAGTCTTTAAGTAAGTA-TGGAGAA---TAA-AAAAGT-A----AATC-CCCAA--CC----TC---AGTC-TCTGGGATCATAATTAT--TT-CT-TCT---GC-AAAT--A---AAAT-T-CTGGGTATAA-A-
gi|13                         :                                  ccCTTA-CT-CCAAGCT----TTAATA-TA--T-T-GAAAATC---CTATATA-AT-TTTG-A-----AAT--A-TCGTG-TTA--TA--T--TGAA--A---TAA-AT--TA-A----AATC-CTC-A--CC----TC---AGTC-ACT----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC-AAAT--A---AATT-T-T--GGT-TAA-AGTTGAAGTAA--ACAT--ATA-TA-TTGAAA--TATC-GAC------T-TAT-GTT-G---AAA-CCA-AAT-C-CT---T----G-G-T--CG-T-GTCT------G-A-GGTGGATA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-TA-TA-----------AA-C---GG-TAA-T-ATT-TG--A--CGTC---CT-------TT-----------C-AAGCCGgggaa
gi|3                          :                                    cTTA-CT-CCA--CT----T----A-TA--T-T-GAAA-TC--GCT-T-TA-AT-TT-G-A-----AAT--A-TCGT--TTA--TA--TA-TGAA--A---TAA-AA--GT-A----AATC-CCCAA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC-AAAT--A---AAAT-T-C--GGT-TAA-A-TCGAA--AA--TCGC--ATA-TA-ATGAAAATTATC-G-C------T-TAT-ATT-G---AAA-ACC-AAT-C-CT---C----G-G-T--C--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--TAA-------AT-AA-C---GG-TTA-T-A-T-TG--A--AGTC---C--------CT-----------C-AGGCCGAGC-T-A-T-CG-T-C-ACGG-CT---G-G-T-AA--CACC-A-AT-T--A---C--A--CAA--G-CGGGC-------A--CAAGG-----A--G-GGTC-T----TGA-TTCG-C-T-T-CTCACCgc
gi|8                          :                                 gcagTTA-CTACTG--CT----T----A-TA--T-T-GAAA-TC--GCT----AGAT-TT-G-A-----A-T--A-TCGT--TTA--TA--TA-TTAA--A---TTA-AA--GT-A----AATC-CCCAAACTC----TC---AGTC-TTCT---TCAT-----T--TTTCT-T-T---GC-AAAT--A---AATT-T-C--GGT-TAA-A-TTGAA--AA--TCGCA-ATA-TA-TTGAAA--TAAT-G-C--------TAT-ATT-G-----A-ACCAAAT-C-CT---C----GAG-T--C--C-G-CT------G-A-AGT-GATA-ATG-----G-T-A-------G-TT-TG-TTA-------GTAAA-C---GG-TTA-T-A-T-TG--A--AGTC---C--------C------------C-AG-CCGAGCTT-A-T-CG-T-C-ACGG-TT---G-G-T-AA--CACT-A-AT-TC-A---C-----CAA--G-CAGGT-------A--CAAGG-----A--G-GG---------------G-T-T-T-CTCACCga
gi|7                          :                                      TA-CT-CCA--CT----T----A-TA--TAT-G-AA-TCG-GCT-T-T--AT-TT-G-A-----AAT--A-TGAT--ATA--TA--TATTGAA--A----AT-AA--GT-A----AATC-CC--A--CCCGCGTA---AGTC-TA-----TCAT-----T--TT-TT-C-T---GC---AT------AAAT-T-C--GGT-TAA-A-TTGAA--AT--CTGA--CTA-TA-TTGAAA--TATCGG-T------T-TAT-ATT-G--------CC-AAT-C-CT---C----G-G-T--C--C-G-CT------G-A-GGT-GATC-ATG---T-GTT-T-------G-AT-T--TTT-------AT-AA-C----G-TTA-T-A-T-TG--A--AGT-------------CT-----------C-AG--CGAGC-T-T-T----T-C-AT-G-TT---GAA-T-AA--CACT-A-AT-T--A---C--A--CAA--G-C-GGT-------A--CAAtgat
gi|1                          :                                    tgTA-CT-C-A--CG----T----A-TA--T---GAAA-TC--GCT-T-TC--T-AT-G-A-----A-T--A-TCGT--TGT--TA--T--TGAA--A---TAA-AG--G--A----AATA-CCC----------TC---AGTT-TC-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC--AAT-------AAT-T-C--AGG-TAA-A-TTG-A--AA--TCGC--ATA-T--ATAAA---TATC-G-C--------TAT-ATT-G---AAACACC-AAT-T-CT---CT---G-A-G--T--C-G-CTGA----G-A-GGT-GATA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--TTG-------AA-AA-CCTGGA-TTG-T-G-TATG--ACCAGTG---CACACGAATCTGCACCGAATAAC-GGACCAAGC-T-G----G-TAC-ACGG-ATGAAG-G-TGAA--CACT-AGAT-T--A---CCGA--CAA--G-CAAGCTGTGTCGA--CA--------A--G-GGAC-TCAAATGA-TTCG-T-TGT-CTCAtagatagctgttagtaatgaatgaatcgtttctcacttga
gi|9                          :                                      TA-CT-CCA--CTCGGTT----A-TACTT-T-GAC--TC--GCT-T--A-AT-TT-G-A-----ATT----TCGT--TT---TA--TA-TTGC--A---TCA-AG--CT-GTCATAATCACCCAA--TT----T----AGTC-TC------CTT-----T--TC-CT-C-TCTCGC-AA-T--A---A--T-T-C--GGT-TAA---TTGAAT-AA--TCGC--A-A-TA-TTGAA---TAT--G-CAGAGTTT-TTT-ATT-GTTTGAA-ACC-A-T-C-TTTTTC----A-G-A--CAAC-G-C-------G-G-TGT-AATA-GTG---T-G-T-T-------GTTT-T--TTT-------AT--A-C---GGTTTATT-A-T-TG--A--------------------------------------------------G-T-C-ACGG-TT-----G-T-AA--CACT---AT-T--A------A--C-A--G-C--GT-------A--CAAGGTTTTAG--G-GGTA-T----TGA-TTCG-T-T-T-CTC
gi|6                          :                                        -CC-CCA--CT----T----AATA--T-T-GAAA-TC--GCT-T--A-AT-TT-GGA-----AAT--A-TCGT--T-A--TA--T--TGAA--AA--TAATAA--G-------AATC-CCCAAAACC----TCCCAAGTC-TC-----TCAT-----T--TT-CT-T-TT--GC-AAAT--ATAAAAAT-T-C--G-T-TAA---TTGAA--AA---CGCGAATA-TA-TTGAAAAT-ATC-G-C------T--AT-ATT-G---AAA--CC-AAT-CTCC---C----G-G-A--C--C-G-CT------G-ACGGT-GATA-ATGC--T-G-T-TCT-----G-TT-T--TTA-------TT-AAGC---GG-CTA-T-A-T-TG--A--AGTC---C--------CT-----------C-AGCCTGAGC-T---T-CG-T-C---------------------CACT---AT-T--A---C--AAGC-A--G-CAGGT-------A--CAAGG-----AAGG-GGTA-T----TAATTTCA-T-T-T-CTCAC
gi|22                         :                                            gCA--AT----T----A-AG--T-T-GAAA-TC--GCA-T----ATATT-G-A-----AAT--A-TCGC--TTA--TA--T--TGAA--A---tttga
gi|15                         :   aagtaaatccccatcctcagtctctcattttctttgcaaataaaagtT----T----A-AA--T-T-GAAA-TC--GCA-T----ATATT-G-A-----AAT--A-TCGC--TTA--TA--T--TGAA--ccgatcctcggttcgctgaagtgataatttgttgtttttataacggttattagtaaagtccttcccagccgagctattgtctggtaaactactaattaacgcagatacgag
gi|17                         : agtaaatccccaacctcagtctctcattttctttgcaaataaaatttggT----T----A-AA--T-T-GAAA-TC--GCA-T----ATATT-G-A-----AAT--A-TCGC--TTA--TA--T--TGAA--ccaatcctcagaccgtgaggtgataatgtgttgtttttaaactggtatattgaagtccctcagccgagctatcgtcatggttgataacactaattatacaacctacaaggaggggtattgattcgtttctcacctga
gi|18                         :                  agtaaatccccaacctcagtctctcattttctttgcaaataaaatttgg-T-GAAA-TC--GCA----A-AA-TT-G-A-----A-T--A-TCGC--TTA--TA--T--TGAA--A---TAA-ccaatcctcagaccgtgaggtgataatgtgttgtttttaaactggtatattgaagtcctcagcgagctatcgtcatggttgataaactaattatacaacctacaaggaggggtattgattcgttttctcacctg
gi|12                         :                                      atccccaactcagtctctcattttctttgcaaattaaattcggttaaaA-AT-TT----------AT--C-TCGT--TTA--TA--T--TGAA--A---TAA-AA--GT-A----AATC-CCGAA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TA-TT-T-T---GC-AAAT--A---AAAT-T-C--GGT-TAA-A-TTG-A--AA--TCAT--ATA-TA-TTGAAA--TATC-G-C------T-TAT-ATT-G----AA-ACC-AAT-C-TT---C----G-G-A--C--C-A-CT------G-A-AGT-GATA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--T-T-------AT-AA-T---GG-TTA-G-A-T-TG--A--AGTC---C--------CT-----------C-AG-CTGAGC-T-A-T-TG-T-C-ACGG-TT---G-A-T-AA--CACT-A-AT-T--A---C--A--CAA--G-CAGGT-------A--CAAGG-----AG-G-GGTA-T----TGA-TTCG-T-T-T-CTCACCtcctcggaccgctgaggtgataatgtgttgtttttatataacggttatattgaagtccttcagccgagttatcgtcacggtgataccactaattacacaaatgcggacaagagggtatgattcgtttctcacctga
gi|14                         :                                                                                                                                      ttgacA-AA--GT-A----A--C-CCAAA--CC----TCG--AGTT-TT-----TCAT-----T--T--CT-T-T---GC-AAAT--A---AA-T-A-C--GTT-TAA-T-TTGAA--G---TCGC--ATAGTT-TTGAAA--TATC-C-G------T-TAT-ATTTG---AAA---C-AAT-C-CT---C----G-G-T--C--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--T---------AT-AA-C---G---TATT-A-T-TGACA--GGTC---C--------CT-----------C---CCCGTGCTT-A-T-CGTT-C-ACG---T---G-G-T-AA--CGCT-A-AT-T--A---C--A--CAA--G-CAGGT-------A--CAAGG-----A--G-GGGA-T----TGA-TTCG-T-T-TCCTCACCtga
gi|16                         :                                                                                                                                            -AA--GT-A----AATC-CGCAA--CC----CC---AGTC-TT-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC-AAATA-A---AAAT-T-C--GG--TAA-G-TTGGA--AA--TCGC--ATA-AA-TTG--AATTATC-G-C------T-TAT-ATT-G----AA-ACC-AAT-C-CT---C----G-G-T--C--CTG-TT------G-A-GGT-GACA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--T---------AT-AA-C---GG-TTA-T-A-T-TG--A--AGTC---C--------CT-----------G-AG-CCGAGC-T-A-T-CG-T-T-ACGG--T---G-G-T-AA--CACT-A-ATAT--A---A--A--C-A--G-CATGT-------A--CAAGA-----T--GCGGTA-C----TGA-TTtga
gi|23                         :                                                                                                                                            -AA--GT-A----AATC-CGCAA--CC----CC---AGTC-TT-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC-AAATA-A---AAAT-T-C--GGT-TAA-G-TTG-A--AA--TCGC--ATA-AA-TTG--AATTATC-G-C------T-TAT-ATT-G----AA-ACC-AAT-C-CT---C----G-G-C--C--T-G-TT------G-A-GGT-GACA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--TAT-------A--AA-C---GG-TTA-T-A-T-TG--A--AGTC---C--------CT-----------G-AG-CCGAGC-T-A-T-CG-T-T-ACGG-TG---G-G-T-AA--CACT-A-AT-T--A---T--A--CAA--G-aatttg
gi|22                         :                                                                                                                                            -AA--GT-A----AATC-CCCAT--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC-AAAT--A---AAAG-T-C--AAT-TAA-G-TTG-A--AA--TCGC--ATA-TA-TTGAAA--TATC-G-C------T-TAT-ATT-G----AA-ACC-GAT-C-CT---C----G-G-T--T--C-G-CT------G-A-AGT-GATA-ATT---T-G-T-T-------G-TT-T--T-T-------AT-AA-C---GG-TTATT-A-G-TA--A--AGTC---CTT------CC-----------C-AG-CCGAGC-T-A-T-TG-T--------CT---G-G-T-AAACTACT-A-AT-T--A------A--C----G-CAGAT-------A--CGAG
gi|20                         :                                                                                                                                            -AA--GT-A----GATC-CCCAA--CC----TC---AGTCGTC-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC--AAT--A---AAAT-T----GGT-TAAGA-TTGAA--A----CG---ATA-TA-TTGAAATAAATC-G-C------T-TAT-ATT-G---AAA-CGC-AATCC-CT---C----G-G-GGAA--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-A-G---T-G-T-T-------G-TT-T--T-T-------AT-AA-----GG-TTA-T-A-T-TG--A--AGT----C--------CT-----------C-AGT-CAAGC-T-A-T-CG-TAC-ACGG-TT---G-A-T-AA--C------TT-T--A---A--A--C-A--G-CAGG--------A--CAAGG-----A--G-GGTT-T----
gi|33                         :                                                                                                                                            -AA--GT-A----AATC-CCCAA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC-AAAT--A---ACAT-T-C--GGT-TAA-G-TTGAA--ctcac
gi|15                         :                                                                                                                                              A--GT-A----AATC-CCCAA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC-AAAT--A---AAAT-T-T--GGT-TAA-A-TTG-A--AA--TCGC--ATA-TA-TTGAAA--TATC-G-C------T-TAT-ATT-G-----A-ACC-AAT-C-CT---C----A-G-A--C--C-G--T------G-A-GGT-GATA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--TTA----------AA-C---TG-GTA-T-A-T-TG--A--AGTC---C--------CT-----------C-AG-CCGAGC-T-A-T-CG-T-C-ATGG-TT---G-A-T-AA--CACT-A-AT-T--A---T--A--CAA--C-C---T-------A--CAAGG-----AG-G-GGTA-T----TGA-TTCG-T-T-T-CTCACC
gi|17                         :                                                                                                                                              A--GT-A----AATC-CCCAA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC-AAAT--A---AAAT-T-T--GGT-TAA-A-TTG-A--AA--TCGC--ATA-TA-TTGAAA--TATC-G-C------T-TAT-ATT-G-----A-ACC-AAT-C-CT---C----A-G-A--C--C-G--T------G-A-GGT-GATA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--TTA----------AA-C---TG-GTA-T-A-T-TG--A--AGT----C--------CT-----------C-AG--CGAGC-T-A-T-CG-T-C-ATGG-TT---G-A-T-AA---ACT-A-AT-T--A---T--A--CAA--C-C---T-------A--CAAGG-----AG-G-GGTA-T----TGA-TTCGTT-T-T-CTCACCtga
gi|21                         :                                                                                                                                              A--GT-A----AATC-C--AA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--T--CT-T-T---GC-AAAT--A---AAAT-T-C--GGT-TAA-G-TTGAA--A---TCGC--A-A-TATATGAAA--TATT-G-C------T-TAT-ATT-G---AAA--CC-AAT-C-CT---C----G-G-T--C--C-G-CT------G-A-AGT-GATA-ATG-----G-T-G-------G-TT-T--T-T-------AT-AA-C---GG-TTA-T-ATT-TG--A--AGTC---C--------CT-----------C-GG--CAGGC-T-A-T-CG-T-C-ACGG-TT---G-G-T-AG--CGCG-A-AG-T--A---C--A--CAA--G----------------CAA-----------------------GA-TTCG-T-T-T-CTCACCtg
gi|19                         :                                                                                                                                                  T-A----AATC-CC-AA--CC-----C---AGTC-CC-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GCTAAAT--A---AAAT-T-C--GGT-TAA-A-TTGAA--A---TCGCG-ATA-TA--TGAAA--TATCTG-C------T-TAT-ATT-G---AA---CC-AAT-C-CT---CA---G-G-A--C--C-G-CT------G-A-G-T-GATA-G-G---T-G-T-T-------G-TT-T--TTA--------T-AA-C---GG-T-----A-G-TG--A--AGTG---C--------CT-----------CCAG-CCGAGCAT-A-T-CG-----ATGG--T---G-G-T-AA--CAAC-A-AT-T--A---C--A--CAA--G-CGGAC-------A--C---G-----A--G-AGTA------TAA-TTCA-T-T-T-CTCAtga
gi|18                         :                                                                                                                                                          ATC-CCCAA--C-----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-CT-T-T---GC-AAAT--T---AAAT-T-C--GGT-TAA-A-T--GA--AA--TCGC--A-A-AA-TTGAA---TATC-G-C------T-TAT-ATT-G---AAA---T-AAT-C-CT---C----G-G-A--C--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-ATG---T-G-T-T-------GTTT-T--TAT-------AT-AA-C---GG-TTA-T-A-T-TG--A--AGTC---C--------TT-----------C-AG-CCGAGT-T-A-T-CG-T-C-ACGG--T---G-A-T-AC--CACT-A-AT-T--A---C--A--CAAATG-CGG---------A--CAA-G-----A--G-GGTA------TGA-TTCG-T-T-T-CTCACCttt
gi|29                         :                                                                                                                                                                                       -----TCAT-----TGCTT-CC-T-T---GT----TTCA---AAATCT-T--GGT-TAA-T-TTGAA--G---TGGC--TTG-TA-ATGAAA--TATT-G-C------T-AGT-ATT-G---GAA-G-T-AAT-T-CTA--T----G-A-T--T--T-G-TT------G-A-ACT-GATG-ATG---T-A-T-T-------G-CTATCATAATGTTTTTAT-AA-T---GATTTG-T-A-C-TG--A--AGTC---C--------tga
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                         A--AA--TCGC--ATA-TA-TTGAAA-TTATC-G-C------T-TAT-ATT-G---AA---CC-AAC-T-TT---G----G-G-A--T--T-G-CT------G-A-GGT-TATA---G---T-G-T-T-------G-TT-T--TTA--------T-AA-C---AG-TTA-T-A-T-TG--A--AGTC---C---------T-----------C-AGCCTGAGC-T-A-T-TG-T-C-ACAG-TT---G-A-T-AA--CACT-A-AT-T--A---C--A--CAA--G-CAGGT-------A--CAAGG-----A--GAGGTA-T----TGA---CA-T-T-T-CTCACC
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      gTA-TA-TTGAAGAT-ATC-G-C------T-TATTATT-T---AGA-ACC-TAT-C-CT---CTTCAGCG-TA-C--C-G-CTTGGGTTG-A-AAT-AAGA-ATG---TAG-T-TCACTTTGG-CT-T--TAA--------T-AATC---GG-TTA-T-A-T-TG--A-------------------------------T-AGTC-GAGA-T-A-TTCT-T-CTACAG-TTT--G-G-T-AA--CACC-A-GG-T--ATGGC--A--CAA--G-CGGGT-------A--CAGGA-----A--G-GGGCAT----TGA-TTAA-TAT-T-CTCACCtga
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       TA-CA-TTGAAA--TATC-G-T------T-TAT-ATT-G---AAT--TC-AAT-C-TT---C----G-G-T--C--C-G-TT------GTG-GGT-GATT-AGG---T-A-T-T-------G-TT-T--TGA--------T-AA-C---GG-TTtgag
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              TGAAA--TATC-G-C------T-TAT-ATT-G---AAA--CC-AAT-C-CT---C----G-G-T--C--C-G-CT------G-G-GAT-GATA-ATG---T-G-T-T-------G-CT-T--TAA--------T-AA-C---GG-TTA-T-A-T-TG--A--AGTC--------------------------------GAGA-T-A-T-CT-T-C-ACAG-TT---G-G-T-AA--CACC-A-TT-T--G---C--A--CAA--G-CGGGT-------A--CAAGG-----A--G-GGGCAT----TGA-TTAA-T-T-T-CTCACC
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 tAACTATC-G-C------TCTAT-ATTTG---AAA-ACC-AGT-C-TT---C----G-GGT--C--C-G-CT------G-A-GG--GATAGATG---T-G-T-TT------G-TT--------------AT-AA-C---GG-TTA-T-A-T-TGA-A--AGTC---C--------CT-----------C-AG-CCGAGC-T-A-T-CA---C-ACGGTTT---G-G-T-AA--CACT-A-AT-T--A---CA-A--CAA--G-C-GGT-------A--CAAGG-----A--G-GGCA-T----TGA-TTCG-T-T-T-CTCACCtgat
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgg-A-GGT-G-TA-ATG---T-G-T-T-------G-TT-T--TTA--------T-AA-C---A--TT--T-A-T-TG--A---GTC-------------T-----------C-AGT--GAGC-T-AAT-CG-T---A-GG-TT---G-A-T-AA--CACT-A-AT-TTTA------A--CAA--GACAGGT-------A--CATGG-----A--G-GGTT-A----TGA-TTTC-A-T-T-CTCc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aT-T--GAA-------AT-AT-C---GT-TTA-T-A-T-TG--A--ATTCAATC--------TT-----------C-GGTCCGtga
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tacaT---G-G-T-AA--CACT-A-AT-T--A---C--A--CAA--G-CAGGT-------A--TGAGGA----A--G-GGTA-T----CGA-TTGG-T-A-T-CTCACCttgtgggtgattaggtattgttttgataacggtt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            t---G-G-T-AA--CACC-A-AT-T--A---C--A--CAG--G-C--ACT------A--CAGGG-----A--GAGGTA-T----TGA-TTGG-T-A-T-CTCACCtgat
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     --A---C--A--CAA--G-CAGGT-------A--CAAGG-----AG-G-GGTA-T----TGA-Ttgat

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lowQualScore                  :          .  .   ..  ......... .  .. ...    .  ..   ......  .  .  .....   .... ..  . ..   ......   .  . .  ...   .  .. .  ....    .   ..  ..  ....  ...    .  .....    ..... ..  . . ... .   ..   ...    . .  ..   . .  . .   . .. ...    .. .  .     .  . .. ..   . . ...... .  . .   . ........    . . ...  . ...... . .. .. . .  ...... . .   .    .   ... .  ................... . .  .. ....  .. . . ...  .   . . . .   .. .  . ..................... .. . .  .    . .  .   . .    .. ... . . .  ..  .   . .. .  ... .. ..   .. . ......   ..    .  ........ .  .... ..     . .......   . . . .      
lowQualScore                  :          9  9   88  777777777 9  99 666    9  88   111111  7  3  77777   9999 77  7 33   222222   6  9 9  000   0  44 7  5555    6   22  44  4444  444    6  55555    88888 11  5 5 222 5   00   333    1 5  11   5 5  5 5   9 77 000    88 0  5     4  4 88 33   8 4 000000 4  4 4   8 22222222    4 4 888  4 666666 4 44 33 8 4  999999 3 3   3    3   777 3  3333333333333333333 3 3  88 1111  22 3 7 333  7   8 8 8 4   88 4  1 555555555555555555555 00 4 9  9    0 4  5   9 5    22 888 8 4 4  99  4   4 99 4  333 22 22   77 3 666666   99    4  00000000 3  0000 00     5 8888888   5 5 5 5      
consensus                     :    AGCTTA-CT-CCA--CT----T----A-TA--T-T-GAAA-TC--GCT-T-TA-AT-TT-GA-----AAT--A-T--CG-T--TTA------TAT-TG-A-AA---TAA-AA--G-TA----AATC-CCC--AA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAAT---AAAA-T-TC--GGT-T-AA-A-TTGAA--AA--TCGC--A-TA-TATTG-AA-A--T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G---AAA-ACCAA-T-C---CT-C------G-GN-C--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--N-AT--A-A-C---GG-TTA-T-A-T-TGA--A-GTCC--------CT-----------C--A-G-CC-GAGC-T-AT-CGT-C-ACGG-TT---G-G-T-AA--CA-CTA-A--T-TA---C--A--CAA--G-C-----GGGT--ACAA-GG-----A--G-GG----T--ATTGA-T-------TCG-T-T-T-CTCACC
Reference ( family-2100 )     :    AGCTTA-CT-CCA--CT----T----A-TA--T-T-GAAA-TC--GCT-T-TA-AT-TT-GA-----AAT--A-T--CG-T--TTA------TAT-TG-A-AA---TAA-AA--G-TA----AATC-CCC--AA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAAT---AAAA-T-TC--GGT-T-AA-A-TTGAA--AA--TCGC--A-TA-TATTG-AA-A--T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G---AAA-ACCAA-T-C---CT-C------G-GN-C--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--A-AT--A-A-C---GG-TTA-T-A-T-TGA--A-GTCC--------CT-----------C--A-G-CC-GAGC-T-AT-CGT-C-ACGG-TT---G-G-T-AA--CA-CTA-A--T-TA---C--A--CAA--G-C-----GGGT--ACAA-GG-----A--G-GG----T--ATTGA-T-------TCG-T-T-T-CTCACC
gi|1                          :        TA-CT-C-A--CG----T----A-TA--T---GAAA-TC--GCT-T-TC--T-AT-GA-----A-T--A-T--CG-T--TGT------TAT-TG-A-AA---TAA-AG--G--A----AATA-CCC------------TC---AGTT-TC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC--AAT-----AA-T-TC--AGG-T-AA-A-TTG-A--AA--TCGC--A-TA-TAT---AA-A--T--ATC-G-C--------TA-T-ATT-G---AAACACCAA-T-T---CT-CT-----G-AG-T--C-G-CTGA----G-A-GGT-GATA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--TTGA-A---A-A-CCTGGA-TTG-T-G-TATGACCA-GTGCACACGAATCTGCACCGAATAAC--G-GACC-AAGC-T-G---GTAC-ACGG-ATGAAG-G-TGAA--CA-CTAGA--T-TA---CCGA--CAA--G-CAAGCTGTGTCGACAA-GG--------G-AC----TCAAATGA-T-------TCG-T-TGT-CTCA
gi|10                         :    AGCT-A-CT-CCA--CT----T----A-TA--T----GAC-TC--GCT-T-TA-AT-TT-GA-----AAT--A-T--CG-T--TTA------TAT-TG-A-AA---TAA-A---G-TA----AATC-CCC--AA--C-----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAAT---AAAA-T-TC--GGT-T-AA-A-TTG-A--AA--TCGC--A-TA-TAT----A-A--T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT------AA-AC--A-T-C---CT-C------G-GT-C--C-G-CT------G-A-GGT-GAT--ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--T-AT--A-A-C---GG-TTA-T-A-T-TG---A-GTCC--------CT-----------C--A-G-TC-GAGC-T-AT-CGTCC-ACGG-TT---G-G-T-AA--GA---A-G--T-TA---C-----CAA--G-C-----GGGC--ACAG-GA-----G--G-GG----C--CTGGA-T-------TCG---T-T-CTCAC
gi|11                         :   cAGCTTA-CT-CCA--CT---------A--A--T-T-GAAA-TG--GCT------AG-TT-GA-----AAT----T--CG-T--TTA------TAT-TG-A-AA---TAA-A---G-TA----AATC-CC---GA--CC----TC---AGTC-T------TCAT-----T--CT-C-T---T-TGC-AAAT---AAAA-T-TC--G---T-AA-A--TGAA-------CG---A-TA-TATT--AA-A--T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G----AA-ACCAA-T-C---CT-C------G-GA-C--C-G-CT------G-A--GT--ATA-ATG---T-G------------T-------G-TATT--T--C-AT--A-A-C----G-TTA-T-A-T-TTG--A-GTCCT-------CT-----------C--C-G-CC-AAGC-TCAT-CAT-C-ACGG-T------A-T-AA--CACCTA-A--T-TA---C--A--CAA--G-CAG---GGAT--CCAA-G---------A-GG----T--ATTGA-T-------TCG---T-T-CTCACCttc
gi|12                         :                                                        A-AT-TT---------AT--C-T--CG-T--TTA------TAT-TG-A-AA---TAA-AA--G-TA----AATC-CCG--AA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TA-T-T---T-TGC-AAAT---AAAA-T-TC--GGT-T-AA-A-TTGAA--A---TCAT--A-TA-TATTG-AA-A--T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G---AAA--CCAA-T-C---TT-C------G-GA-C--C-A-CT------G-A-AGT-GATA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--T-AT--A-A-T---GG-TTA-G-A-T-TGA--A-GTCC--------CT-----------C--A-G-CT-GAGC-T-AT-TGT-C-ACGG-TT---G-A-T-AA--CA-CTA-A--T-TA---C--A--CAA--G-C-----AGGT--ACAA-GG-----AG-G-GG----T--ATTGA-T-------TCG-T-T-T-CTCACCtg
gi|13                         : ttgacCTTA-CT-CCAAGCT----TTAATA-TA--T-T-GAAAATC---CTATATA-AT-TTTGA-----AAT--A-T--CG-TG-TTA------TAT-TG-A-AA---TAA-AT--T-AA----AATC-CTC---A--CC----TC---AGTC-ACT----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAAT---AAAT-T-TT--GGT-T-AA-AGTTGAAGTAA--ACAT--A-TA-TATTG-AA-A--T--ATC-GAC------T-TA-T-GTT-G---AAA-CCAAA-T-C---CT-T------G-GT-CG-T-GTCT------G-A-GGTGGATA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT-------ATA-A-A-C---GG-TAA-T-ATT-TGA--C-GTCC--------TT-----------TCAA-G-CC-Gtga
gi|14                         :                                                                                                               cA-AA--G-TA----A--C-CCA--AA--CC----TCG--AGTT-TT-----TCAT-----T--T--C-T---T-TGC-AAAT---AAA--T-AC--GTT-T-AA-T-TTGAA--G---TCGC--A-TAGTTTTG-AA-A--T--ATC-C-G------T-TA-T-ATTTG---AAA---CAA-T-C---CT-C------G-GT-C--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--A--T--A-A-C---G---TA-TTA-T-TGACAG-GTCC--------CT-----------C--C---CC-GTGC-TTAT-CGTTC-ACG---T---G-G-T-AA--CG-CTA-A--T-TA---C--A--CAA--G-C-----AGGT--ACAA-GG-----A--G-GG----G--ATTGA-T-------TCG-T-T-TCCTCACCgc
gi|15                         :                                                                                                                   A--G-TA----AATC-CCC--AA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAAT---AAAA-T-TT--GGT-T-AA-A-TTG-A--AA--TCGC--A-TA-TATTG-AA-A--T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G-----A-ACCAA-T-C---CT-C------A-GA-C--C-G--T------G-A-GGT-GATA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--T-A---A-A-C---TG-GTA-T-A-T-TGA--A-GTCC--------CT-----------C--A-G-CC-GAGC-T-AT-CGT-C-ATGG-TT---G-A-T-AA--CA-CTA-A--T-TA---T--A--CAA--C-C--------T--ACAA-GG-----AG-G-GG----T--ATTGA-T-------TCG-T-T-T-CTCACCtga
gi|16                         :                                                                                                                 -AA--G-TA----AATC-CGC--AA--CC----CC---AGTC-TT-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAATA--AAAA-T-TC--GG--T-AA-G-TTGGA--AA--TCGC--A-TA-AATTG-AA-T--T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G----AA-ACCAA-T-C---CT-C------G-GT-C--CTG-TT------G-A-GGT-GACA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--T----AT--A-A-C---GG-TTA-T-A-T-TGA--A-GTCC--------CT-----------G--A-G-CC-GAGC-T-AT-CGT-T-ACGG--T---G-G-T-AA--CA-CTA-A--TATA---A--A--C-A--G-C-----ATGT--ACAA-GA-----T--GCGG----T--ACTGA-T-------TAA-T-T-T-tga
gi|17                         :                                                                                                                   A--G-TA----AATC-CCC--AA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAAT---AAAA-T-TT--GGT-T-AA-A-TTG-A--AA--TCGC--A-TA-TATTG-AA-A--T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G-----A-ACCAA-T-C---CT-C------A-GA-C--C-G--T------G-A-GGT-GATA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--T-A---A-A-C---TG-GTA-T-A-T-TGA--A-GT-C--------CT-----------C--A-G--C-GAGC-T-AT-CGT-C-ATGG-TT---G-A-T-AA---A-CTA-A--T-TA---T--A--CAA--C-C--------T--ACAA-GG-----AG-G-GG----T--ATTGA-T-------TCGTT-T-T-CTCACCg
gi|18                         :                                                                                                                               ATC-CCC--AA--C-----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAAT---TAAA-T-TC--GGT-T-AA-A-T--GA--AA--TCGC--A--A-AATTG--A-A--T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G---AAA---TAA-T-C---CT-C------G-GA-C--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-ATG---T-GT-----------T-------GTT-TT--T--ATAT--A-A-C---GG-TTA-T-A-T-TGA--A-GTCC--------TT-----------C--A-G-CC-GAGT-T-AT-CGT-C-ACGG--T---G-A-T-AC--CA-CTA-A--T-TA---C--A--CAAATG-C-----GG----ACAA--G-----A--G-GG----T--A-TGA-T-------TCG-T-T-T-CTCACCtg
gi|19                         :                                                                                                                       -TA----AATC-CC---AA--CC-----C---AGTC-CC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGCTAAAT---AAAA-T-TC--GGT-T-AA-A-TTG-A--AA--TCGCG-A-TA-TA-TG-AA-A--T--ATCTG-C------T-TA-T-ATT-G-----A-ACCAA-T-C---CT-CA-----G-GA-C--C-G-CT------G-A--GT-GATA-G-G---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--T-AT--A-A-C---GG-----T-A-G-TGA--A-GTGC--------CTC----------C--A-G-CC-GAGCAT-AT-CG----ATGG--T---G-G-T-AA--CA-ACA-A--T-TA---C--A--CAA--G-C-----GGAC--AC----G-----A--G-AG----T--A-TAA-T-------TCA-T-T-T-CTCAtga
gi|2                          :    AGCTTA-CT-CCA--CT----T----A-TA--T-TAGAAA-TCCGGCT-T--A-AT-TT-GA-----AAT--A-T--CG-T--TAT------TAT-TG-A-AACTCTAA-AA--GTTA----AATC-CCC--AA--CC----TC---A--C-TC-----TCAT-----T--TT-C-TA--T-GGC-AAAT---AAAATT-TC--GGT-TAAA-A-TTG----AA--TCGC--A-TA-TATGA-AA-A-------C-G-C------T-TATT-ATT-----AAA-ACCAA-A-T---CC-C------G-GA-C--C-G-CT------G-A-TGT-TATA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--T----AT--A-A-C---GG-TTA-TAA-T-TGA--A-GTCC--------CT-----------C--A-G-CC-GAGC-T-AT-CGT-G-ATGG-TT---GAA-T-AA--CA-CTA-A--T-TA---C--A--CAAAGG-C-----AGGT--ACAA-GGCA---A--G-GG----G--ATAGA-T-------TCG-T-T-T-CTCACCttt
gi|20                         :                                                                                                                c-AA--G-TA----GATC-CCC--AA--CC----TC---AGTCGTC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC--AAT---AAAA-T-T---GGT-T-AAGA-TTGAA--A----CG---A-TA-TATTG-AA-A--TAAATC-G-C------T-TA-T-ATT-G---AAA-CGCAA-TCC---CT-CGG----G-GA-A--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-A-G---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--T-AT--A-A-----GG-TTA-T-A-T-TGA--A-GT-C--------CT-----------C--A-G-TC-AAGC-T-AT-CGTAC-ACGG-TT---G-A-T-AA--CT-TTA-A-----A---C-------A--G-C-----AGG---ACAA-GG-----A--G-GG----T--tga
gi|21                         :                                                                                                                   A--G-TA----AATC-C----AA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--T--C-T---T-TGC-AAAT---AAAA-T-TC--GGT-T-AA-G-TTGAA--A---TCGC--AATA-TAT-G-AA-A--T--ATT-G-C------T-TA-T-ATT-G---AAA--CCAA-T-C---CT-C------G-GT-C--C-G-CT------G-A-AGT-GATA-ATG-----GT-----------G-------G-T-TT--T--T-AT--A-A-C---GG-TTA-T-ATT-TGA--A-GTCC--------CT-----------C--G-G-CA-G-GC-T-AT-CGT-C-ACGG-TT---G-G-T-AG--CG-CGA-A--G-TA---C--A--CAA--G--------------CAA-------------------------GA-T-------TCG-T-T-T-CTCACCttctcac
gi|22                         :                                                                                                                 -AA--G-TA----AATC-CCC--AT--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAAT---AAAA-G-TC--AAT-T-AA-G-TTG-A--AA--TCGC--A-TA-TATTG-AA-A--T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G----AA-ACCGA-T-C---CT-C------G-GT-T--C-G-CT------G-A-AGT-GATA-ATT---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--T-AT--A-A-C---GG-TTATT-A-G-TAA--A-GTCCTT------CC-----------C--A-G-CC-GAGC-T-AT-TGT-C-------T---G-G-T-AAACTA-CTA-A--T-TA------A--C----G-C-----AGAT--ACGA-Gtga
gi|23                         :                                                                                                                 -AA--G-TA----AATC-CGC--AA--CC----CC---AGTC-TT-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAAT---AAAAAT-TC--GGT-T-AA-G-TTGAA--A---TCGC--A-TA-AATTG-AA-T--T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G---AAA--CCAA-T-C---CT-C------G-GC-C--T-G-TT------G-A-GGT-GACA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--A-TA--A-A-C---GG-TTA-T-A-T-TGA--A-GTCC--------CT-----------G--A-G-CC-GAGC-T-AT-CGT-T-ACGG-TG---G-G-T-AA--CA-CTA-A--T-TA---T--A--CAA--G-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                             -TA-TATTG-AAGA--T--ATC-G-C------T-TA-TTATT-T---AGA-ACCTA-T-C---CT-CTTCAGCG-TA-C--C-G-CTTGGGTTG-A-AAT-AAGA-ATG---TAGT-----------TCACTTTGG-C-TT--T--A-AT--A-ATC---GG-TTA-T-A-T-TGA-----------------------------T--A-G-TC-GAGA-T-ATTCTT-CTACAG-TTT--G-G-T-AA--CA-CCA-G--G-TATGGC--A--CAA--G-C-----GGGT--ACAG-GA-----AG-G-GG----C--ATTGA-T-------TAA-TAT-T-CTCACC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                               A--AA--TCGC--A-TA-TATTG-AA-A--TT-ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G---AA---CCAA-C-T---TT-G------G-GA-T--T-G-CT------G-A-GGT-TATA---G---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--T-AT--A-A-C---AG-TTA-T-A-T-TGA--A-GTCC---------T-----------C--A-G-CCTGAGC-T-AT-TGT-C-ACAG-TT---G-A-T-AA--CA-CTA-A--T-TA---C--A--CAA--G-C-----AGGT--ACAA-GG-----A--GAGG----T--ATTGA----------CA-T-T-T-CTCACCtgag
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                    gG-AA-C--T--ATC-G-C------TCTA-T-ATTTG---AAA-ACCAG-T-C---TT-C------G-GGTC--C-G-CT------G-A-GG--GATAGATG---T-GT-----------TT------G-T-T--------AT--A-A-C---GG-TTA-T-A-T-TGA--AAGTCC--------CT-----------C--A-G-CC-GAGC-T-AT-CA--C-ACGGTTT---G-G-T-AA--CA-CTA-A--T-TA---CA-A--CAA--G-C------GGT--ACAA-GG-----A--G-GG----C--ATTGA-T-------TCG-T-T-T-CTCACCtga
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                 tgTTG-AA-A--T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G---AAA--CCAA-T-C---CT-C------G-GT-C--C-G-CT------G-G-GAT-GATA-ATG---T-GT-----------T-------G-C-TT--T--A-AT--A-A-C---GG-TTA-T-A-T-TGA--A-GT-------------------------------C-GAGA-T-AT-CTT-C-ACAG-TT---G-G-T-AA--CA-CCA-T--T-TG---C--A--CAA--G-C-----GGGT--ACAA-GG-----AG-G-GG----C--ATTGA-T-------TAA-T-T-T-CTCACCc
gi|28                         :     GCTTG-CT-CCA--CT----TTATTA-TA--TGT-GAAA-TC--GCT-T-AA-CT-TT-GAGGGAGAATGGA-T--AG-TCTTTAAGTAAGTAT-GG-AGAA---TAA-AAAAG-TA----AATC-CCC--AA--CC----TC---AGTC-TCTGGGATCATAATTAT--TT-C-T---TCTGC-AAAT---AAAA-T-TCTGGGTAT-AA-A-tgat
gi|29                         :                                                                                                                                                            cc-----TCAT-----TGCTT-C-C---T-TGT----TTC-AAAA-TCTT--GGT-T-AA-T-TTGAA--G---TGGC--T-TG-TAATG-AA-A--T--ATT-G-C------T-AG-T-ATT-G---GAA-G-TAA-T-T---CTAT------G-AT-T--T-G-TT------G-A-ACT-GATG-ATG---T-ATTGCTATCATAAT-------G-T-TT--T--T-AT--A-A-T---GATTTG-T-A-C-TGA--A-GTCC--------gggaa
gi|3                          :       TTA-CT-CCA--CT----T----A-TA--T-T-GAAA-TC--GCT-T-TA-AT-TT-GA-----AAT--A-T--CG-T--TTA------TATATG-A-AA---TAA-AA--G-TA----AATC-CCC--AA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAAT---AAAA-T-TC--GGT-T-AA-A-TCGAA--AA--TCGC--A-TA-TAATG-AA-AATT--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G---AAA-ACCAA-T-C---CT-C------G-GT-C--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--TA-A-AT--A-A-C---GG-TTA-T-A-T-TGA--A-GTCC--------CT-----------C--AGG-CC-GAGC-T-AT-CGT-C-ACGG-CT---G-G-T-AA--CA-CCA-A--T-TA---C--A--CAA--G-C-----GGGC--ACAA-GG-----A--G-GG----T--CTTGA-T-------TCG-C-T-T-CTCACC
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gcag-A-GGT-G-TA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--T-AT--A-A-C----A-TT--T-A-T-TG---A-GT----------CT-----------C--A-G--T-GAGC-TAAT-CGT---A-GG-TT---G-A-T-AA--CA-CTA-ATTT-TA------A--CAA--GAC-----AGGT--ACAT-GG-----A--G-GG----T--TATGA-T-------TTC-A-T-T-CTCga
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                            a-TA-CATTG-AA-A--T--ATC-G-T------T-TA-T-ATT-G----AA-TTCAA-T-C---TT-C------G-GT-C--C-G-TT------GTG-GGT-GATT-AGG---T-AT-----------T-------G-T-TT--T--G-AT--A-A-C---GG-TTtga
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TT---G-G-T-AA--CA-CTA-A--T-TA---C--A--CAA--G-C-----AGGT--ATGA-GGA----A--G-GG----T--ATCGA-T-------TGG-T-A-T-CTCACC
gi|33                         :                                                                                                                 -AA--G-TA----AATC-CCC--AA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAAT---AACA-T-TC--GGT-T-AA-G-TTGAA--tgat
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ---G-G-T-AA--CA-CCA-A--T-TA---C--A--CAG--G-C-----AC-T--ACAG-GG-----A--GAGG----T--ATTGA-T-------TGG-T-A-T-CTCACC
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A---C--A--CAA--G-C-----AGGT--ACAA-GG-----AG-G-GG----T--ATTGA-T-------tgat
gi|36                         :    AGATTA-CT-CCA--CT----T----A-GA--T-T-GAAA-TC--GC--T-TA-AT-TT-GA-----AAT--A-T--CG-T--TTngtctgttagcctgat
gi|4                          :    AGCTTAACT-TCAA-CT----T----A-TA--T-T-GAAA-TC--G---T-TA-ATATT-GG-----AAT--AAT--CG-T--TTA------TAT-TG-A-AC---TAA-AA--G-TA----AAAT-CCC--AAAACC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----A--TT-C-T---T-TGC-AAAT---AAA--T-TC--GGT-T-AC-T-TTGAA--AAAATCGC--A-TA-TATTG-A-----T--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G---AAT--CCAA-T-C---CT-T------G-GT-C--CTG-CT------G-A-GGT-GATA-ATGGTTT-GT-----------T-------T-T-TT--T--A--T--A-A-----AG-TTA-T-A-T-TGA--A-GTCC--------TT-----------C--A-G-C--GAGT-T-AT-CGT-C-ACGG-TT---G-GCT-----TA-CTA-A--T-TA---C--A--CAA--G-C-----ATTT--ACAG-GG-----A--G-GG----T--ATTGA-T-------TGG-T-A-T-CTCACC
gi|5                          :    AGCTTA-CT-CCA--CT----T----A-TA--T-T-GAAA-TC--GCT-T-TA-AT-TT-GA-----AAT--A-T--CG-T--TTA------TATATG-A-AA---TAA-AA--G-TA----AATC-CCC--AA--CC----TC---AGTC-TC-----TCAT-----T--TT-C-T---T-TGC-AAAT---AAAA-T-TC--GGT-T-AA-A-TCGAA--AA--TCGC--A-TA-TAATG-AA-AATT--ATC-G-C------T-TA-T-ATT-G---AAA-ACCAA-T-C---CT-C------G-GT-C--C-G-CT------G-A-GGT-GATA-ATG---T-GT-----------T-------G-T-TT--TA-A-AT--A-A-C---GG-TTA-T-A-T-TGA--A-GTCC--------CT-----------C--A-GTCC-GAGC-T-AT-CGT-C-ACGG-CT---G-G-T-AA--CA-CCA-A--T-TA---C--A--CAA--G-C-----GGGC--ACAA-GG-----A--G-GG----T--CTTGA-T-------TCG-C-T-T-CTCACCtga
gi|6                          :          -CC-CCA--CT----T----AATA--T-T-GAAA-TC--GC--T-TA-AT-TTGGA-----AAT--A-T--CG----TTA------TAT-TGAA-AA---TAATAA--G-------AATC-CCCAAAA--CC----TCCCAAGTC-TC-----TCAT-----T--TT-CTT---T-TGC-AAATATAAAAA-T-TC---GT-T--A-A-TTGAA--AA---CGCGAA-TA-TATTGAAA-A--T--ATC-G-C--------TA-T-ATT-G----AA-ACCAA-T-CT--CC-C------G-GA-C--C-G-CT------G-ACGGT-GATA-ATGC--T-GTTC---------T-------G-T-TT--T--T-ATTAA-G-C---GG-CTA-T-A-T-TGA--A-GTCC--------CT-----------C--A-G-CCTGAGC-T--T-CGT-C---------------------CA-CT--A--T-TA---C--AAGC-A--G-C-----AGGT--ACAA-GG-----AAGG-GG----T--ATTAATT-------TCA-T-T-T-CTCAC
gi|7                          :       gTA-CT-CCA--CT----T----A-TA--TAT-G-AA-TCG-GCT-T-T--AT-TT-GA-----AAT--A-TGATA-T--ATA------TAT-TG-A-AA----AT-AA--G-TA----AATC-CC----A--CCCGCGTA---AGTC-TA-----TCAT-----T--TT-T-T---C-TGC---AT----AAA-T-TC--GGT-T-AA-A-TTGAA--AT--CTGA--C-TA-TATTG-AA-A--T--ATCGG-T------T-TA-T-ATT-G--------CCAA-T-C---CT-C------G-GT-C--C-G-CT------G-A-GGT-GATC-ATG---T-GT-----------TTG-----A-T-TT--T--T-AT--A-A-C----G-TTA-T-A-T-TGA--A-GT----------CT-----------C--A-G--C-GAGC-T-TT---T-C-AT-G-TT---GAA-T-AA--CA-CTA-A--T-TA---C--A--CAA--G-C------GGT--ACAATAG-----A--T-AGCTGTT--AGTAA-TGAATGAATCG-T-T-T-CTCACtttga
gi|8                          :     tgTTA-CTACTG--CT----T----A-TA--T-T-GAAA-TC--GCT----AGAT-TT-GA-----A-T--A-T--CG-T--TTA------TATATT-A-AA---TTA-AA--G-TA----AATC-CCC--AAACTC----TC---AGTC-TTCT---TCAT-----T--TTTC-T---T-TGC-AAAT---AAAT-T-TC--GGT-T-AA-A-TTGAA--AA--TCGC--AATA-TATTG-AA-A--T--AAT-G-C------T--A-T-ATT-G---AA---CCAAAT-C---CT-C------GAGT-C--C-G-CT------G-A-AGT-GATA-ATG-----GT-----------A-------G-T-TTGTT--A-GT--A-AAC---GG-TTA-T-A-T-TGA--A-GTCC--------C------------C--A-G-CC-GAGCTT-AT-CGT-C-ACGG-TT---G-G-T-AA--CA-CTA-A--T-T----C--AC-CAA--G-C-----AGGT--ACAA-GG-----A--G-GG-----------------------G-T-T-T-CTCACCttga
gi|9                          :        TA-CT-CCA--CTCGGTT----A-TACTT-T-GAC--TC--GCT-T--A-AT-TT-G------AAT--T-T--CGTT--TTA------TAT-TG---CA---TCA-AG--C-TGTCATAATCACCC--AA---T----TT---AGTC-TC------CTT-----T--TC-C-TCTCT-CGC--AAT-----AA-T-TC--GGT-T--A-A-TTGAAT-AA--TCGC--A--A-TATTG--A-A--T--AT--G-CAGAGTTT-TT-T-ATT-GTTTGAA-ACC-A-T-CTTTTT-C------A-GA-CAAC-G-C-------G-G-TGT-AATA-GTG---T-GT-----------T-------G-T-TT--T--T-TT--ATA-C---GGTTTATT-A-T-TGA--------------------------------------------------GT-C-ACGG-TT-----G-T-AA--CA-CT--A--T-TA------A--C-A--G-C-------GT--ACAA-GGTTTTAG--G-GG----T--ATTGA-T-------TCG-T-T-T-CTCtgat