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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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blockSeqs : . A G . . . . . . . T T G TGA C . . . TATT G . A AAAATCATTAAT A GGT . . T . . CTTTG . A . . . T . . . TCGTTA . AT T . . . TCA . . . . .
blockSeqs : . G G . . . . . . . T A G TGT C . . . TACT G . A CAATGGACAAAT A CG . . T . . CATCG . G . . . T . . . TTCA . AT A . . . GTT . . . . .
blockSeqs : . C G . . . . . . . A A G CCA C . . . ATT G . T AAAACACAGATT G AT . . T . . CTTCG . A . . . T . . . TATG . GT A . . . GCG . . . . .
blockSeqs : . C G . . . . . . . T T G CCA T . . . ATT G . A AAAAATACAAT A CT . . T . . CTTCG . G . . . T . . . TACG . GT A . . . ATG . . . . .
blockSeqs : . A A . . . . . . . T A G TA C . . . CAT G . T AAAGACAAAT A AT . . T . . CTTTG . G . . . T . . . TACA . CT T . . . . . . . .
blockSeqs : . G G . . . . . . . T A . CG C . . . TT A . G TACATAGAAT G GT . . . . . TTTG . G . . . T . . . TATG . AT T . .
blockSeqs : . C G . . . . . . . . . . A . . . . TT G . G AAACAGAAA A . . . . . . . . G . . . T . . . TGCG . G T .
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blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : AAAGACAAAT********* CTTCG**** G* ** ** TNCG***** AT *** ** GCG***
originalCons : GTATCACGATACA-ATAGTGCGATA-C--AACAC----GTATCACGAT-ACGGTT-GCC------AA-ATATTAGATAAACTGA-----C--CATTC-T-AT--CT-T--T--T----GTCAAATATTGTGATGCT---TAGTTGCTTACCCTAATAAAAAAACACATAGA-GANT-TTCTCATTAACTCTTTACAAA-G-T-TTATT-AACACAAATTGTAGAA-ACATG-AA-TGTC-T--T-G-AA-GAT-GTGTAGACAT--------GTTCGTTGTAT-TGC-CACTATAGGGCAAAATCTGCTTGCATTCGTATCGCGA--TACGTACCTG--ACG-A-T-CG-ATAAT-ACGCGTATCGTGAGCCC---ACCCG--ATTA----AT--ACG-ATC---G-----A---TGTATCG-CTGT-ATCGTTACACCT
finalCons : GTATCACGATACA-ATAGTGCGATA-C--AACAC----GTATCACGAT-ACGGTT-GCC------AA-ATATTAGATAAACTGA-----C--CATTC-T-AT--CT-T--T--T----GTCAAATATTGTGATGCT---TAGTTGCTTACCCTAATAAAAAGACAAAT---------TTCTCATTAACTCTTTACAAA-G-T-TTATT-AACACAAATTGTAGAA-ACATG-AA-TGTCTTCG----AA-GATG-TGTAGACAT--------GTTCGTTGTAT-TGC-CACTATAGGGCAAAATCTGCTTGCATTCGTATCGCGA--TACGTACCTG--ACG-ATNCG-----AT-ACGCATATCGTGAGCCC---ACCCG--ATTA----ATGCG---ATC---G-----A---TGTATCG-CTGT-ATCGTTACACCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TCTAGTAGGCCAGTGTATCGCAAGCTTACCTCACAATGTGATTAGCGATGTAAGTGTG
Unaligned ( gi|25 ): TAGGCCAGTGTATCGCAAGCTACCTCACAATGTGATAGGTA
Alignments
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Reference ( family-2090 ) : GTATCACGATACA-ATAGTGCGATA-C--AACAC----GTATCACGAT-ACGGTT-GCC------AA-ATATTAGATAAACTGAC-----CATTC-T-AT--CT-T--T--T----GTCAAATATTGTGATGCT---TAGTTGCTTACCCTAATA-AAAA--GACA---AAT--------TT-CTCATTAACTCTTTACAAA-G-T-TTATT-AACACAAATTGTAGAAACAT-G-A-A-TGTCT-TCGAA-GAT-GTGTAGACA--------T----GTTCGTTGTAT-TGC-CACTATAGGGCAAAATCTGCTTGCATTCGTATCGCGA--TACGTACCTG--ACG-ATNCG------AT----ACGCATATCGTGAGCCC---ACCCG--ATTA----AT--GCG-ATC---G-----A---TGTATCG-CTGT-ATCGTTACACCT
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gi|11 : atctaggcttggtatcgccagcaaccgcaagatgtgataatatataatTTCTAATG-T---TAACTGC--AACCTAATA-AAAA--ATCATT-AAT--------TT-CTCATTAACTC-TTACAAGCG-----ATT-AACAC-AATTGATTAAACAT-G-ACA----CT-TTGAAGGATAATGTGATCA-------------GTTCAT--TAT-TACTCACTATA-GACAATATCCGCC--CATTCATATC------TAT-TATCTA--CCGCATCCGCATTACAT----ACGCAT----TGATCCC---ACC
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gi|16 : GATA--------C----GTTTGTTGTAA-TGC-TACTATAGGGCAAAATCTGCTTGTATTCGTATCTCGA--TACATATCTG--ACG-ATATG------AT----ATGTATATCGTGAGCCC---ATCCA--ATTA----AT--GTT-ATCTATGTTAGTA---TGTATCA-CTTT-ATCATTACACCT
gi|17 : gatatT-ACGGTT-GCC------AA-ACATTAGATAATCTGACAT---C-TTCGT-TT--TT-TA-T--T----GTCAGATATTGTGATGCT---AGGTTACTTTCCCCAATA-AAAA--AATAC--AAT--------TT-TTCATCAACTCTTTACAAA-G-TATTATT-ACCACAAAT
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gi|20 : tacaTATCATGAT-CA-ATAGTGTGATA----AACAC----ATTTCAt
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gi|7 : ccgaccttgcagtgcgatacacgtcgcgacactcgactgcgatacaacacgtatcatggtatagatgacaagtgttgggtcacgttctcatggttattatcgagtgttgtagtgcttggttgctagcccgagtgaagggactggaatgtgtgaaatttttAC----GTATCATGGT-GCAGTT-GTC------AA-GTGTTGGATAAACT----------TTC-T-CA--CT-T--T--TATT-GTCAAGTGTTGTGGTGCT---TGGTTGCTAGCCCTGGTG-AAGG--GGCAGGGAAT--------TT-CTCATTGACTCTTTACCAG-G-T-TTGTT-GCTACAAATTGTAG-AATATAA-A-A-TGTCT-TCGAA-GAT-GTGCAGACATCCCTGATT----ATTTGTTGTAT-TGC-TGCTGTGGGGCGGATTATGTTCGCATTCATATCGCGA--TATGTATCTG--AC----------------------CCTATCATGACCCC---ATCCG--ATTa
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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