lowQualScore                  :                                                                                       1111111111                                        333333                                            
lowQualScore                  :     22  1 1   1   1    11   1 222 1 5555555555  11  1  1 11 222222  1 1  1  1   1 1 2 8888888888  5555 1   1 33 33333 1 222  1 3 2222   555555 1    1    2  1  22   1  888  1     11      
lowQualScore                  :     ..  . .   .   .    ..   . ... . ..........  ..  .  . .. ......  . .  .  .   . . . ..........  .... .   . .. ..... . ...  . . ....   ...... .    .    .  .  ..   .  ...  .     ..      
lowQualScore                  :     00  3 3   3   3    88   3 333 3 6666666666  77  2  2 77 999999  2 2  2  2   2 2 5 2222222222  5555 2   2 22 00000 2 111  2 6 6666   222222 2    2    4  2  99   2  888  2     77      
consensus                     : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TT-T--T----T-GT-A-CA-TA-ATC-C-T-C---------CCT----A-ATT-C-CT-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
Reference ( gi|17 )           : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TT-T--T----T-GT-A-CA-TA-ATC-C-T-C---------ACT----A-ATT-C-CT-----C-A---TC-A-T----TTA------C-GTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGC--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|18                         : GTTG--CT-C-TCC-TGG-TGTT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TT-T--T----T-GT-A-CA-CA-ATC-C-T-C---------ACT----A-ATT-C-CT-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGC--TC-TTGTT--CGTC
gi|13                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TC-T--T----T-GT-A-CA-TA-ATC-C-T-C---------CCT----T-ATC-C-CT-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAG-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|11                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TATT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TT-T--T----T-AT-C-CA-TA-ATC-T-T-C---------CCT----A-ATT-C-AT-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTC--CGTCCG
gi|10                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TT-T--T----T-GT-A-CA-TA-ATC-C-T-C---------CCT----G-ATT-C-CT-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-TC-GC--GTA-GAT--TC-TTGTT--AGTCTG
gi|14                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGGT--TTT-C---G-C----------AT--AA--T-T--T----T-GT-A-CA-CA-ATC-C-T-C---------CCT----A-ATTCC-CT-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-TC-GC--CTA-TGT--TC-TTGTT--CATCCG
gi|16                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TC-T--T----T-GT-A-CA-AA-ATC-C-T-C---------CCC----A-ATT-C-CT-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTCTT--CGTC
gi|9                          : GTTG--CT-C-TCC-TAGCTATT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TT-T--T----T-AT-C-CA-TT-ATC-T-T-C---------CCT----A-ATT-C-AT-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCGa
gi|15                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TC-T--T----T-GT-A-CA-TA-ATC-C-T-C---------CCT----A-ATT-C-CT-----C-A---TC-A-T----TGAT-----C-GTCG-AAAA-CC-AC--GTA-CGT--TC-TTGTT--AGTCC
gi|20                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TATT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TT-T--T----T-AT-C-CA-TA-ATCTC-C-C---------A-T----A-ATT-C-AT-----C-A---TC-A-T----TTA------T-GTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGCC
gi|28                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-AGTT--TTT-C---GGC----------AT--AA-TC-T--T----T-GA-A-CA-TA-ATC-C-T-C---------A---------------T-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-TC-GC--ATA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|22                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-----G-C----------AT--AA-TT-T--T----T-AT---TA-CA-ATC-C-T-C---------CCT----A-ATT-C-AT-----T-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CTAA-TC-GC--CTA-CAT--TC-TTGTT--CGTTC
gi|29                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-AGTT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TC-T--T----T-TA-A-CA-TA-ATC-C-T-C---------A---------------T-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-TC-GC--ATA-CGT--TC-TTGTT--CGTCC
gi|3                          : GTTC--TT-C-TCC-TAG-TGGT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TT-T--T------GT-A-CA-TA-ATC-C-T-C---------ACT----A-ATT-C-TCAATGAC-A---TC-ATT----TTAT-----C-GTCG-C-AA-TCGGC--CTA-TGT--TG-TTGTT--CATCCG
gi|5                          : GTTG--TT-C-TCT-TAT-TGTT--TTT-C---G-C----------AT--CC-TT-T--T----C-GT-A-CA-TA-ATC-C-T-T----------CTTTTAA-ATT-C-CT-----T-G---TC-A-T----CTAT-----C-GTCA-CAGA-TC-GC--CCA-CTT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|24                         : GTTG--TT-G-TCC-TAG-TTTT--TTT------------------A---AA-TC-T--T----T-TT-A-CA-AA-ATC-C-T-C---------CCT----A-ATT-C-CT-----C-A---TC-A-T----TTAAAT---C-GTCG-CAAA-TC-GC--GTA-CAT--TC-TTGTT--CATC
gi|27                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TATT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TT-T--T----T-AT-C-CA-TCTATT-C-T--------------------ATT-C-AT-----C-C---TC-A-T----TTATG----C-GT-G-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTG-T--CGTCC
gi|23                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTC-G---G-C----------AT--AA-TT-T--T----T-GT-A-CC-T--ATC-C-T-C----------TT----A-ATT-CTCT-----C-A---TC-A-T----TT-------T-GTCG-CACA-TT-GCA-CTA---T--TC-TTGTT--CAT
gi|6                          : GTTGATCT-C-TTC-TAG-TGTT--TTT-----G-C----------ATAAAA-TT-T--T----G-AT-ACCA-TA-ATC-C-T-C---------GCCTA--A-ATT-C-AT-----C-A---TC-ATT----TTT------T-GTCG-CAAA-TC-G---CTA-CAT--TC-TTGTT--CGTCtgc
gi|1                          : GTTG--CT-C-TCC-AAG-TGTTTGTTT-CGCGG-C----------AT--AAGTC-T--T----TGGT-A-CA-TA-ATC-C-TGC---------CCTA---A-ATT-C-CT-----CGA---TC-A-T----TGAT-----C-GTCG--AAA-TC-AC--ATA-CGTAGTCATTGTT--CGTCCG
gi|36                         : GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------AT--AA-CT-T--T----C-GT-
gi|19                         : cTTG--CA-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---A-C----------AT--AA-TC-T--T----T-GT-A-CA-TA-ATC-C-T-C---------CTT----A-ATT-C-CT-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-TAAA-TC-GC--CTA-TGT--TC-TTGTT--TGTC
gi|2                          :  TTG--CT-C-TGC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TC-T--T----T-GT-A-CA-TA-ATC-C-T-CCCTTACTGGGCT----A-ATT-T-CT-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-TA-GC--GCA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCGg
gi|12                         :  TTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-CATTTAATCAGAT--AA-TTCT--T----T-GT-A-CA-TA-ATC-CTT-C---------CCT----A-ATT-C-CT-----C-A---T--A-T----TAT------C-GTCG-C----TC-GC--CTA-CGT--TC-TTG
gi|26                         :  TTG--CT-A-TCC-TAG-TGTA--TTT-C---A-C----------AT--CC-TT-T--T----C-GT-A-CA-CA-ATC-C-T-T---------CTT----A-TTT-C-CC-----C-A---TA-ATT----TTT------C-CTCA-CAAA-TC-GC--CTA-------C-TTGTT--CGTCCGgc
gi|7                          :  TTG--CTTC-TCCATAG-TATT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TT-T--T----T-AT-C-CA-TA-AGC-T-TCC---------CCT----ATATT-A-AT-----C-A---TCAA-T----TTAT-----C-GTGGCCAAA-TC-GC--CTA-C-T--TC-TTGTT--CGTC
gi|35                         :  TTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-T---G-C----------AT--AA-TT-T--T----C-GT-A-CA-CA-AT
gi|25                         :   ca--CT-C-TCC-TCA-TGTG--TTT-C---G-C----------AT--AA--T-C--T----T-GTAA-CA-CA-AT--C-T-C---------TCT----A-ATT-C-CT-----C-A---CT-A-T----TTAT-----C-G-CG-CAAATTC-G---CTA--GT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|4                          :   tt--CT-CGTCC-TAG-TATT--TTTTC---G-C----------TT--AA-CT-TATT----T-AT-C-CAATA-ATC-T-T-C---------CCT----A-ATT-CATT-----C-A---TC-A-T----ATAT-----C-GTCG-C-AA-TC-GC--CTAGCGT--TC-TTGTTTCTGTCCc
gi|21                         :       tT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-T----------AT--AA-TT-T--T------GT-A-CA-TA-ATC-C-T-C---------CTT----A-ATT-C-CT-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-ATCG-CAAA-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTGTT--CATCCG
gi|8                          :     caaT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------AT--AA-TT-T--T----G-GT-A-CA-TA-ATC-C-C-C----------CC----A-ATT-C-CT-----C-A---TC-A-T----TAATTTGATC-GTCG-CAAA-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|30                         :                                  gct----------AT--AA-CT-T--TACATT-AC-A-AA-TA-ATC-C-T-C---------CCC----A-ATT-T-CT-----C-GATCTC-A-TATTATTA------C-GTCG-CAAAGTC-GCAGTCA-GAT--TT-GTGTT--CGTCCG
gi|31                         :                                                T--AA-TT-T--T------AT-A-CA-T---TC-C-T-C---------CCT----A-ATT-T--T-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-AC-GC--CTA-CAT--TC-TTGTT--CGTC
gi|33                         :                                                                     -A-CA-TA-ATC-C-T-C---------TTT----A-ATT-C-CT-----C-A---TC-A-T----GTA------TTGTCG-CAAA-TC-GT--CTA-CGA--TC-TTGTT--TGTCCG
gi|34                         :                                                                       -CA-TA-ATC-C-T-C---------CCC----A-ATT-C--T-----C-A---TC-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-TC-GG--GTA-TG---TT-TTGTT--CGTCCG
gi|32                         :                                                                                                  T----A-ATT-C-CT-----C-A---TA-A-T----TTAT-----C-GTCG-CAAA-TC-GC--CAA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCGc





Alignments
lowQualScore                  :        11  1 1   1   1    11   1 222 1 5555555555    22  1 11 444444   1 1 1  1    1 2 1   777777777 1 1  1 22 22222 1 222  1  1 11 444  22     1    2  1  22   1   11  1     11      
lowQualScore                  :        ..  . .   .   .    ..   . ... . ..........    ..  . .. ......   . . .  .    . . .   ......... . .  . .. ..... . ...  .  . .. ...  ..     .    .  .  ..   .   ..  .     ..      
lowQualScore                  :        99  3 3   3   3    88   3 333 3 5555555555    99  2 77 000000   2 2 2  2    2 4 2   999999999 2 2  2 99 99999 2 111  2  2 66 999  88     2    4  2  88   2   66  2     77      
consensus                     :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
Reference ( family-2079 )     :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|1                          :    GTTG--CT-C-TCC-AAG-TGTTTGTTT-CGCGG-C----------ATAAG-TC-T--T----TGGTA-C-A-TA-ATCC-TGC-CCTA--------A-A-TT-C-CT-----CGA---TC-AT-T--G---AT--CGTCG--AAA-TC-AC--ATA-CGTAGTCATTGTT--CGTCCG
gi|10                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------G-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--GTA-GAT--TC-TTGTT--AGTCTG
gi|11                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TA-ATCT-T-C-CCT---------A-A-TT-C-AT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTC--CGTCCG
gi|12                         :     TTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-CATTTAATCAGATAA--TTCT--T----T-GTA-C-A-TA-ATCCTT-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---T--A--T--T---AT--CGTCG-C----TC-GC--CTA-CGT--TC-TTG
gi|13                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------T-A-TC-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAG-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCGgc
gi|14                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGGT--TTT-C---G-C----------ATAA---T-T--T----T-GTA-C-A-CA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TTCC-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-TGT--TC-TTGTT--CATCCG
gi|15                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--G---AT--CGTCG-AAAA-CC-AC--GTA-CGT--TC-TTGTT--AGTCC
gi|16                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-AA-ATCC-T-C-CCC---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTCTT--CGTC
gi|17                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-ACT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---A---CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGC--TC-TTGTT--CGTCCGa
gi|18                         :    GTTG--CT-C-TCC-TGG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-CA-ATCC-T-C-ACT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGC--TC-TTGTT--CGTC
gi|19                         :     TTG--CA-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---A-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CTT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-TAAA-TC-GC--CTA-TGT--TC-TTGTT--TGTC
gi|2                          :     TTG--CT-C-TGC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCTTACTGGGCTA-A-TT-T-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TA-GC--GCA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCGg
gi|20                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TA-ATCT-C-C-CAT---------A-A-TT-C-AT-----C-A---TC-AT-T--T---AT---GTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGCC
gi|21                         :           T-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-T----------ATAA--TT-T--T------GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CTT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CATCG-CAAA-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTGTT--CATCCG
gi|22                         : caaGTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-----G-C----------ATAA--TT-T--T----T-AT--T-A-CA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-AT-----T-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CTAA-TC-GC--CTA-CAT--TC-TTGTT--CGTTC
gi|23                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTC-G---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-C-T--ATCC-T---CTT---------A-A-TT-CTCT-----C-A---TC-AT-T-------T--TGTCG-CACA-TT-GCA-CTA---T--TC-TTGTT--CAT
gi|24                         :    GTTG--TT-G-TCC-TAG-TTTT--TTT------------------A-AA--TC-T--T----T-TTA-C-A-AA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--TAA-AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--GTA-CAT--TC-TTGTT--CATCtgc
gi|25                         :        --CT-C-TCC-TCA-TGTG--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T------GTAAC-A-CA-ATC--T-C-TCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---CT-AT-T--T---AT--CG-CG-CAAATTC-G---CTA--GT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|26                         :   ttTTG--CT-A-TCC-TAG-TGTA--TTT-C---A-C----------ATCC--TT-T--T----C-GTA-C-A-CA-ATCC-T-T-CTT---------A-T-TT-C-CC-----C-A---TA-AT-T--T---TT--CCTCA-CAAA-TC-GC--CTA-------C-TTGTT--CGTCCGc
gi|27                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TCTATTC-T-----------------A-TT-C-AT-----C-C---TC-AT-T--T---ATG-CGT-G-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTG-T--CGTCC
gi|28                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-AGTT--TTT-C---GGC----------ATAA--TC-T--T----T-GAA-C-A-TA-ATCC-T-C---------------A-T-----------C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--ATA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|29                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-AGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-TAA-C-A-TA-ATCC-T-C---------------A-T-----------C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--ATA-CGT--TC-TTGTT--CGTCC
gi|3                          :    GTTC--TT-C-TCC-TAG-TGGT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T------GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-ACT---------A-A-TT-C-TCAATGAC-A---TC-AT-T--TT--AT--CGTCG-C-AA-TCGGC--CTA-TGT--TG-TTGTT--CATCCG
gi|30                         :                                        ----------ATAA--CT-T--TACATT-ACA-A-A-TA-ATCC-T-C-CCC---------A-A-TT-T-CT-----C-GATCTC-ATAT--T---ATTACGTCG-CAAAGTC-GCAGTCA-GAT--TT-GTGTT--CGTCCG
gi|31                         :                                                   TAA--TT-T--T------ATA-C-A-T---TCC-T-C-CCT---------A-A-TT-T--T-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-AC-GC--CTA-CAT--TC-TTGTT--CGTC
gi|32                         :                                                                                           T---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TA-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CAA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|33                         :                                                        tgatcccctagagttA-C-A-TA-ATCC-T-C-TTT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-G--T---AT--TGTCG-CAAA-TC-GT--CTA-CGA--TC-TTGTT--TGTCCG
gi|34                         :                                                                        -C-A-TA-ATCC-T-C-CCC---------A-A-TT-C--T-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GG--GTA-TGT--T--TTGTT--CGTCCG
gi|35                         :     TTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-T---G-C----------ATAA--TT-T--T----C-GTA-C-A-CA-ATc
gi|36                         :  caGTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--CT-T--T----C-GT
gi|4                          :       c--CT-CGTCC-TAG-TATT--TTTTC---G-C----------TTAA--CT-TATT----T-ATC-C-AATA-ATCT-T-C-CCT---------A-A-TT-CATT-----C-A---TC-AT-A--T---AT--CGTCG-C-AA-TC-GC--CTAGCGT--TC-TTGTTTCTGTCC
gi|5                          :   tGTTG--TT-C-TCT-TAT-TGTT--TTT-C---G-C----------ATCC--TT-T--T----C-GTA-C-A-TA-ATCC-T-T-CTTTTA------A-A-TT-C-CT-----T-G---TC-AT-C--T---AT--CGTCA-CAGA-TC-GC--CCA-CTT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|6                          :    GTTGATCT-C-TTC-TAG-TGTT--TTT-----G-C----------ATAAAATT-T--T----G-ATA-CCA-TA-ATCC-T-CGCCT---------A-AATT-C-AT-----C-A---TC-AT-T--T---TT--TGTCG-CAAA-TC-G---CTA-CAT--TC-TTGTT--CGTC
gi|7                          :     TTG--CTTC-TCCATAG-TATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TA-AGCT-TCC-CCT---------ATA-TT-A-AT-----C-A---TCAAT-T--T---AT--CGTGGCCAAA-TC-GC--CTA-C-T--TC-TTGTT--CGTC
gi|8                          :           T-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----G-GTA-C-A-TA-ATCC---C-CCC---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-TAATTTGAT--CGTCG-CAAA-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|9                          : gctGTTG--CT-C-TCC-TAGCTATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TT-ATCT-T-C-CCT---------A-A-TT-C-AT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG





Alignments
lowQualScore                  :        11  1 1   1   1    11   1 222 1 5555555555    22  1 11 444444   1 1 1  1    1 2 1   777777777 1 1  1 22 22222 1 222  1  1 11 444  22     1    2  1  22   1   11  1     11      
lowQualScore                  :        ..  . .   .   .    ..   . ... . ..........    ..  . .. ......   . . .  .    . . .   ......... . .  . .. ..... . ...  .  . .. ...  ..     .    .  .  ..   .   ..  .     ..      
lowQualScore                  :        99  3 3   3   3    88   3 333 3 5555555555    99  2 77 000000   2 2 2  2    2 4 2   999999999 2 2  2 99 99999 2 111  2  2 66 999  88     2    4  2  88   2   66  2     77      
consensus                     :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
Reference ( family-2079 )     :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|1                          :    GTTG--CT-C-TCC-AAG-TGTTTGTTT-CGCGG-C----------ATAAG-TC-T--T----TGGTA-C-A-TA-ATCC-TGC-CCTA--------A-A-TT-C-CT-----CGA---TC-AT-T--G---AT--CGTCG--AAA-TC-AC--ATA-CGTAGTCATTGTT--CGTCCG
gi|10                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------G-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--GTA-GAT--TC-TTGTT--AGTCTG
gi|11                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TA-ATCT-T-C-CCT---------A-A-TT-C-AT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTC--CGTCCG
gi|12                         :     TTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-CATTTAATCAGATAA--TTCT--T----T-GTA-C-A-TA-ATCCTT-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---T--A--T--T---AT--CGTCG-C----TC-GC--CTA-CGT--TC-TTG
gi|13                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------T-A-TC-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAG-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCGgc
gi|14                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGGT--TTT-C---G-C----------ATAA---T-T--T----T-GTA-C-A-CA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TTCC-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-TGT--TC-TTGTT--CATCCG
gi|15                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--G---AT--CGTCG-AAAA-CC-AC--GTA-CGT--TC-TTGTT--AGTCC
gi|16                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-AA-ATCC-T-C-CCC---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTCTT--CGTC
gi|17                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-ACT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---A---CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGC--TC-TTGTT--CGTCCGa
gi|18                         :    GTTG--CT-C-TCC-TGG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-CA-ATCC-T-C-ACT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGC--TC-TTGTT--CGTC
gi|19                         :     TTG--CA-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---A-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CTT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-TAAA-TC-GC--CTA-TGT--TC-TTGTT--TGTC
gi|2                          :     TTG--CT-C-TGC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCTTACTGGGCTA-A-TT-T-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TA-GC--GCA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCGg
gi|20                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TA-ATCT-C-C-CAT---------A-A-TT-C-AT-----C-A---TC-AT-T--T---AT---GTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGCC
gi|21                         :           T-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-T----------ATAA--TT-T--T------GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CTT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CATCG-CAAA-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTGTT--CATCCG
gi|22                         : caaGTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-----G-C----------ATAA--TT-T--T----T-AT--T-A-CA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-AT-----T-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CTAA-TC-GC--CTA-CAT--TC-TTGTT--CGTTC
gi|23                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTC-G---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-C-T--ATCC-T---CTT---------A-A-TT-CTCT-----C-A---TC-AT-T-------T--TGTCG-CACA-TT-GCA-CTA---T--TC-TTGTT--CAT
gi|24                         :    GTTG--TT-G-TCC-TAG-TTTT--TTT------------------A-AA--TC-T--T----T-TTA-C-A-AA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--TAA-AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--GTA-CAT--TC-TTGTT--CATCtgc
gi|25                         :        --CT-C-TCC-TCA-TGTG--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T------GTAAC-A-CA-ATC--T-C-TCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---CT-AT-T--T---AT--CG-CG-CAAATTC-G---CTA--GT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|26                         :   ttTTG--CT-A-TCC-TAG-TGTA--TTT-C---A-C----------ATCC--TT-T--T----C-GTA-C-A-CA-ATCC-T-T-CTT---------A-T-TT-C-CC-----C-A---TA-AT-T--T---TT--CCTCA-CAAA-TC-GC--CTA-------C-TTGTT--CGTCCGc
gi|27                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TCTATTC-T-----------------A-TT-C-AT-----C-C---TC-AT-T--T---ATG-CGT-G-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTG-T--CGTCC
gi|28                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-AGTT--TTT-C---GGC----------ATAA--TC-T--T----T-GAA-C-A-TA-ATCC-T-C---------------A-T-----------C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--ATA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|29                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-AGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-TAA-C-A-TA-ATCC-T-C---------------A-T-----------C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--ATA-CGT--TC-TTGTT--CGTCC
gi|3                          :    GTTC--TT-C-TCC-TAG-TGGT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T------GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-ACT---------A-A-TT-C-TCAATGAC-A---TC-AT-T--TT--AT--CGTCG-C-AA-TCGGC--CTA-TGT--TG-TTGTT--CATCCG
gi|30                         :                                        ----------ATAA--CT-T--TACATT-ACA-A-A-TA-ATCC-T-C-CCC---------A-A-TT-T-CT-----C-GATCTC-ATAT--T---ATTACGTCG-CAAAGTC-GCAGTCA-GAT--TT-GTGTT--CGTCCG
gi|31                         :                                                   TAA--TT-T--T------ATA-C-A-T---TCC-T-C-CCT---------A-A-TT-T--T-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-AC-GC--CTA-CAT--TC-TTGTT--CGTC
gi|32                         :                                                                                           T---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TA-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CAA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|33                         :                                                        tgatcccctagagttA-C-A-TA-ATCC-T-C-TTT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-G--T---AT--TGTCG-CAAA-TC-GT--CTA-CGA--TC-TTGTT--TGTCCG
gi|34                         :                                                                        -C-A-TA-ATCC-T-C-CCC---------A-A-TT-C--T-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GG--GTA-TGT--T--TTGTT--CGTCCG
gi|35                         :     TTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-T---G-C----------ATAA--TT-T--T----C-GTA-C-A-CA-ATc
gi|36                         :  caGTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--CT-T--T----C-GT
gi|4                          :       c--CT-CGTCC-TAG-TATT--TTTTC---G-C----------TTAA--CT-TATT----T-ATC-C-AATA-ATCT-T-C-CCT---------A-A-TT-CATT-----C-A---TC-AT-A--T---AT--CGTCG-C-AA-TC-GC--CTAGCGT--TC-TTGTTTCTGTCC
gi|5                          :   tGTTG--TT-C-TCT-TAT-TGTT--TTT-C---G-C----------ATCC--TT-T--T----C-GTA-C-A-TA-ATCC-T-T-CTTTTA------A-A-TT-C-CT-----T-G---TC-AT-C--T---AT--CGTCA-CAGA-TC-GC--CCA-CTT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|6                          :    GTTGATCT-C-TTC-TAG-TGTT--TTT-----G-C----------ATAAAATT-T--T----G-ATA-CCA-TA-ATCC-T-CGCCT---------A-AATT-C-AT-----C-A---TC-AT-T--T---TT--TGTCG-CAAA-TC-G---CTA-CAT--TC-TTGTT--CGTC
gi|7                          :     TTG--CTTC-TCCATAG-TATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TA-AGCT-TCC-CCT---------ATA-TT-A-AT-----C-A---TCAAT-T--T---AT--CGTGGCCAAA-TC-GC--CTA-C-T--TC-TTGTT--CGTC
gi|8                          :           T-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----G-GTA-C-A-TA-ATCC---C-CCC---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-TAATTTGAT--CGTCG-CAAA-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|9                          : gctGTTG--CT-C-TCC-TAGCTATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TT-ATCT-T-C-CCT---------A-A-TT-C-AT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG


blockSeqs                     :        AT  T G   A   C    .    T .   G ATTTAATCAG    AA  C AT ACATT    A C A  T    T C G   TACTGGGCT T A  C TC AATGA . ATC  A  A AA TTG  TA     C    T  G  AG   G   .   .     TC
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   TTA       . .  . AT .     . .    .  . .  AA   G      .    G  .  A    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  T    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . A  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . A  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . A  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  C        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . A  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  C        . . .  .    . . .   .         . .  . T  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  C        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  C        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  G        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . A  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  G        . . .  .    . . .   .         . .  . A  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :        .   . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  T        . . .  .    . . .   .         . .  . C  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :            . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  .        . . .  .    . . .   .         . .  . A  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :            . .   .   .    .    . .   . .             .   . .  .        . . .  .    . . .   .         . .  . .  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :                                        .             .   . .  .        . . .  .    . . .   .         . .  . .  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :                                                      .   . .  .        . . .  .    . . .   .         . .  . .  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .     . 
blockSeqs                     :                                                                        . . .  .            .         . .  . .  .     . .    .  . .  .    .      .    .  .  .    .   .   .       


blockSeqCons                  :                           **     ***                 **       T*****                       *********                                                                **
originalCons                  :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
finalCons                     :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--TT-----GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG





Alignments
lowQualScore                  :        11  1 1   1   1    11   1 222 1 5555555555    22  1 11 444444   1 1 1  1    1 2 1   777777777 1 1  1 22 22222 1 222  1  1 11 444  22     1    2  1  22   1   11  1     11      
lowQualScore                  :        ..  . .   .   .    ..   . ... . ..........    ..  . .. ......   . . .  .    . . .   ......... . .  . .. ..... . ...  .  . .. ...  ..     .    .  .  ..   .   ..  .     ..      
lowQualScore                  :        99  3 3   3   3    88   3 333 3 5555555555    99  2 77 000000   2 2 2  2    2 4 2   999999999 2 2  2 99 99999 2 111  2  2 66 999  88     2    4  2  88   2   66  2     77      
consensus                     :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
Reference ( family-2079 )     :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|1                          :    GTTG--CT-C-TCC-AAG-TGTTTGTTT-CGCGG-C----------ATAAG-TC-T--T----TGGTA-C-A-TA-ATCC-TGC-CCTA--------A-A-TT-C-CT-----CGA---TC-AT-T--G---AT--CGTCG--AAA-TC-AC--ATA-CGTAGTCATTGTT--CGTCCG
gi|10                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------G-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--GTA-GAT--TC-TTGTT--AGTCTG
gi|11                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TA-ATCT-T-C-CCT---------A-A-TT-C-AT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTC--CGTCCG
gi|12                         :     TTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-CATTTAATCAGATAA--TTCT--T----T-GTA-C-A-TA-ATCCTT-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---T--A--T--T---AT--CGTCG-C----TC-GC--CTA-CGT--TC-TTG
gi|13                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------T-A-TC-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAG-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCGgc
gi|14                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGGT--TTT-C---G-C----------ATAA---T-T--T----T-GTA-C-A-CA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TTCC-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-TGT--TC-TTGTT--CATCCG
gi|15                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--G---AT--CGTCG-AAAA-CC-AC--GTA-CGT--TC-TTGTT--AGTCC
gi|16                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-AA-ATCC-T-C-CCC---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTCTT--CGTC
gi|17                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-ACT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---A---CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGC--TC-TTGTT--CGTCCGa
gi|18                         :    GTTG--CT-C-TCC-TGG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-A-CA-ATCC-T-C-ACT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGC--TC-TTGTT--CGTC
gi|19                         :     TTG--CA-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---A-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CTT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-TAAA-TC-GC--CTA-TGT--TC-TTGTT--TGTC
gi|2                          :     TTG--CT-C-TGC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CCTTACTGGGCTA-A-TT-T-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TA-GC--GCA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCGg
gi|20                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TA-ATCT-C-C-CAT---------A-A-TT-C-AT-----C-A---TC-AT-T--T---AT---GTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGCC
gi|21                         :           T-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-T----------ATAA--TT-T--T------GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-CTT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CATCG-CAAA-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTGTT--CATCCG
gi|22                         : caaGTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-----G-C----------ATAA--TT-T--T----T-AT--T-A-CA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-AT-----T-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CTAA-TC-GC--CTA-CAT--TC-TTGTT--CGTTC
gi|23                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTC-G---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-GTA-C-C-T--ATCC-T---CTT---------A-A-TT-CTCT-----C-A---TC-AT-T-------T--TGTCG-CACA-TT-GCA-CTA---T--TC-TTGTT--CAT
gi|24                         :    GTTG--TT-G-TCC-TAG-TTTT--TTT------------------A-AA--TC-T--T----T-TTA-C-A-AA-ATCC-T-C-CCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-T--TAA-AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--GTA-CAT--TC-TTGTT--CATCtgc
gi|25                         :        --CT-C-TCC-TCA-TGTG--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T------GTAAC-A-CA-ATC--T-C-TCT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---CT-AT-T--T---AT--CG-CG-CAAATTC-G---CTA--GT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|26                         :   ttTTG--CT-A-TCC-TAG-TGTA--TTT-C---A-C----------ATCC--TT-T--T----C-GTA-C-A-CA-ATCC-T-T-CTT---------A-T-TT-C-CC-----C-A---TA-AT-T--T---TT--CCTCA-CAAA-TC-GC--CTA-------C-TTGTT--CGTCCGc
gi|27                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-TATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TCTATTC-T-----------------A-TT-C-AT-----C-C---TC-AT-T--T---ATG-CGT-G-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTG-T--CGTCC
gi|28                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-AGTT--TTT-C---GGC----------ATAA--TC-T--T----T-GAA-C-A-TA-ATCC-T-C---------------A-T-----------C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--ATA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|29                         :    GTTG--CT-C-TCC-TAG-AGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TC-T--T----T-TAA-C-A-TA-ATCC-T-C---------------A-T-----------C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--ATA-CGT--TC-TTGTT--CGTCC
gi|3                          :    GTTC--TT-C-TCC-TAG-TGGT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T------GTA-C-A-TA-ATCC-T-C-ACT---------A-A-TT-C-TCAATGAC-A---TC-AT-T--TT--AT--CGTCG-C-AA-TCGGC--CTA-TGT--TG-TTGTT--CATCCG
gi|30                         :                                        ----------ATAA--CT-T--TACATT-ACA-A-A-TA-ATCC-T-C-CCC---------A-A-TT-T-CT-----C-GATCTC-ATAT--T---ATTACGTCG-CAAAGTC-GCAGTCA-GAT--TT-GTGTT--CGTCCG
gi|31                         :                                                   TAA--TT-T--T------ATA-C-A-T---TCC-T-C-CCT---------A-A-TT-T--T-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-AC-GC--CTA-CAT--TC-TTGTT--CGTC
gi|32                         :                                                                                           T---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TA-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CAA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|33                         :                                                        tgatcccctagagttA-C-A-TA-ATCC-T-C-TTT---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-G--T---AT--TGTCG-CAAA-TC-GT--CTA-CGA--TC-TTGTT--TGTCCG
gi|34                         :                                                                        -C-A-TA-ATCC-T-C-CCC---------A-A-TT-C--T-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GG--GTA-TGT--T--TTGTT--CGTCCG
gi|35                         :     TTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-T---G-C----------ATAA--TT-T--T----C-GTA-C-A-CA-ATc
gi|36                         :  caGTTG--CT-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--CT-T--T----C-GT
gi|4                          :       c--CT-CGTCC-TAG-TATT--TTTTC---G-C----------TTAA--CT-TATT----T-ATC-C-AATA-ATCT-T-C-CCT---------A-A-TT-CATT-----C-A---TC-AT-A--T---AT--CGTCG-C-AA-TC-GC--CTAGCGT--TC-TTGTTTCTGTCC
gi|5                          :   tGTTG--TT-C-TCT-TAT-TGTT--TTT-C---G-C----------ATCC--TT-T--T----C-GTA-C-A-TA-ATCC-T-T-CTTTTA------A-A-TT-C-CT-----T-G---TC-AT-C--T---AT--CGTCA-CAGA-TC-GC--CCA-CTT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|6                          :    GTTGATCT-C-TTC-TAG-TGTT--TTT-----G-C----------ATAAAATT-T--T----G-ATA-CCA-TA-ATCC-T-CGCCT---------A-AATT-C-AT-----C-A---TC-AT-T--T---TT--TGTCG-CAAA-TC-G---CTA-CAT--TC-TTGTT--CGTC
gi|7                          :     TTG--CTTC-TCCATAG-TATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TA-AGCT-TCC-CCT---------ATA-TT-A-AT-----C-A---TCAAT-T--T---AT--CGTGGCCAAA-TC-GC--CTA-C-T--TC-TTGTT--CGTC
gi|8                          :           T-C-TCC-TAG-TGTT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----G-GTA-C-A-TA-ATCC---C-CCC---------A-A-TT-C-CT-----C-A---TC-AT-TAATTTGAT--CGTCG-CAAA-TC-GC--GTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG
gi|9                          : gctGTTG--CT-C-TCC-TAGCTATT--TTT-C---G-C----------ATAA--TT-T--T----T-ATC-C-A-TT-ATCT-T-C-CCT---------A-A-TT-C-AT-----C-A---TC-AT-T--T---AT--CGTCG-CAAA-TC-GC--CTA-CGT--TC-TTGTT--CGTCCG