lowQualScore : 1111111 11 222222 2222 11 222222222222 33333333333333333 111111 1 111 11
lowQualScore : 1 9999999 8 0 8 3 3 33 111111 5555 1 0 22 666 1 000000000000 55 4 00000000000000000 4 2 777777777 0 333333 7 55 5 3 99 0 444 1 55 6 4
lowQualScore : . ....... . . . . . .. ...... .... . . .. ... . ............ .. . ................. . . ......... . ...... . .. . . .. . ... . .. . .
lowQualScore : 4 0000000 0 8 0 7 2 88 000000 8888 4 8 77 888 1 555555555555 55 0 77777777777777777 0 3 777777777 7 222222 1 55 0 0 55 9 666 8 77 6 6
consensus : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACCTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GG-----A---T-G-G-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTGACN-----TATTTCTAAT--TGAATTGAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGGATACGTTCGATAATTTGA
Reference ( gi|5 ) : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GG-----A---T-G-G-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTGACC-----TATTTTTAAT--TAAGTTAAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGA
gi|6 : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GG-----A---T-G-G-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTGACC-----TATTTTTAAT--TAAGTTAAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGA
gi|7 : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TA-TTCTACAACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATG-AGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GG-----A---T-G-G-TCTA-T--CAAAAAGGGAATTTGAAC-----TATTTTTAAT--TGA-TTAAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGA
gi|9 : tGTTCAAATATTTCAAATC---ATAAAA-TATGTCGAA-ATATAATGTTCTCAAATACTTGACCTTAT-----ATTT-----AAA-TT---GTTAACTTC------TCTAAATCAGTTAGTTAAAGGGT--CAAATTCTATTA------------AA--T-ATG---------------G-G-TCTGTT--TCAAAAAGGAATTTAATA-----CATTTCCATT--TTACTGGAATC--AATATATAT
gi|1 : aGTTGAAATATTACAAAACGTGA---AA-TATTTCTGG-ATTTAATATTCTCAAAT-TTTGA---TACCCCAAGCT---------------ATTGGCCT----ATCTCTAAATCAAC-AGA--AATAAT--CAAATTATATTA------------AA--G-ATG---------------G-G-TCTATTTCCGTAA--GAAATTTCACG-----TATTTCAAAT--TGAATTGAATCT-AATCTATATTTATATATTG-AGTTTAAC--ACATCTTTAATTC-TTTAAGGACATGCCCAATGATTTGAattgtatattt
gi|8 : tttcattgaacaaaattcatctatgattatttatacctacatgtatgtttaatcattttgaagatggatctaattgatcaaaaataaTTCAGATATAACAAAAC---A---AAATATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAAATTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GG-----A---TGG-G-TCTATT--TCAAAAGGGAATTTGACC-----TATTTTTAAT--TGAATTAAATC--AATATATATCTATTTATTG-AATTTAACCTA--TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGaaatgattttgatttgaaaggatagcttaattaaatttcaaaagtatttcacttatatggagacgtcatatattattcagtatacaacttacactttcaaacaaaaaaaaaaaaaaaagattaatgatgctacacgcactctctacttttattgaattatggcaccaaaactcaaaactacttccaaattcactataattatcaacctgcttgcatgcatgcaccggttaatgtctag
gi|2 : CTCATATATTTGACA----CTTAAAATT--ACTAAA----CGATT------------TCTAAATCAATGAAA--AAGAGAGTCAAATTCTTTTA------------AA--G-ATG--GGTCTACA---T-ATG-TGTACG--TAAAA--------TGTCA-----TATCC---------AATTAAATC--GATCTATATCTATTTATTG-AATTTAA--GAT-TTTTAATTCTGTTAAGG-ATACATCCAATGATTTGA
gi|3 : tttattgaacaaaatctttaattacctatacttatgtttattaactttatttacttgaatatgagtctagttaataatcaaattaaattccaatattgtaaaccataaaagaattcgattctaaaTTAAA-TT---ATCAACCT--GTATCT--AAACCAATTAAAGAAAAAAA--CAAA----AACA------------AA--T-ACG--AA-----AAACT-G-G-TTTATT--TCGATAGAAGATTTGTCT-----TATTTCTGAT--TGATTGGAAT---AATTTACATTTGTTCATTGAA-TTTGACC-AA-TCTTAAATTCGTTTAAGGATAAGTTGAATTATATGAaggatagcgtgataaaatttgacttacacatggagacatgtatgtggtgacatcctatttatacagtattcagtaaccaaacaacaatcatcacaacgaacccccacgtgatcaacaatactaaatggcctttctacagttattcaggcttcaaacttcaaattctaaatgcaccaaatcttattcctacccataaatgcatgggttaatgtctggt
gi|10 : tgggtctttttgaccaaaattaagttcacataatacaaatcatagaatatttctgttgtTAACCTC----TCATCGAATCAATCATA-AAAGGGG--TACTTTTT-TTA------------AACAG-ATT--GG-------------G-TCCATT---AATATATGAAT---ACC-----TATTTATAATCGTAA-CTGAATC--AATAT--------TCATAGAT-TTTAACCTA--TCTTT--TTTGTTTAGGGATATG-TTGATAATTagataggtgttaacattatttgaatgataggcttatgaaaaaaaatatatatggagacattacattcatgcatcatgtctacatgcgattataacaaataaa
gi|11 : ttagccTTAAATCAATTAGATAAAGGGT--CAAATTCTATTACATGTACATGTAAA--G-ATG--GG-----A-------G-TAT-TT--CAATAAGG-AATTTGGCA-----TATTTATCAT--TGAATTGAATCAAAATACACATATATTTATTG-AATTTAACCTAC-gaa
gi|4 : --CAAATTCTTCCA------------TA--GCATGTAAG-----A---T-G-GATCTA----CA-----TGTATTTGACTAATAGCATTGCTATT--TGAATTAAAGC--AATATACATTCATTTATTGACG-TTGACCTA--TCTTTA-ATCATTAAGGGATACGTTCGATAAATTcgggatatgttttat
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TACAGCTTTCGCTTTCAAACAATCAAAACAAATCCTCGTGTAATTAATGATAATACATGTACTTTCTACTGTTATTCATTTAATAGGCTTCAAAACTAAAATCTCCGACATTTGCTTCCAAATTCACTATGGTTATCTTATAT
Unaligned ( gi|13 ): TTCATTGAACAAAATTGACCTATAGCTTCCTAGAGTTGTGCTCATTATTTGAAGATGGGTCTAATTAACCAAAGATAGTTAGTTCAAATATTACAAAATATGAAATCCTTCTAAAG
Unaligned ( gi|14 ): TACAGCTTCAAACAAAAACCAATCACAATCAAGCTCGTGTAATGAATCATGATACATGATTGTACTTTCTTCTTTAATTAAGGTTTTAAAACTCCAATTT
Unaligned ( gi|15 ): TAAATGGATAACTTCATAAAATTTCAAAGGTCTTTTTTTATATGGAGAGCTAACATTAATGCATTACTCAGTATACCTTTCTACCTTCA
Unaligned ( gi|16 ): ATTTTAAGATGGGTCTAATTGATCAAAGAAAAATTCAAATATTACAAAACATTTAGTATTTCTAAATTCAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTTATTACACAAATTCATCTTTACTTGTAGCTATGTCAAGTAATTTGAGGATGGATTAAAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111 1111 111111111111 222222 111111 1 11
lowQualScore : 4444444 6 6 1 1 99 222222 1 8888 0 99 555 0 888888888888 55 3 55 000000 3 4 55 1 2 3 000000 666 0 3 88 5 0 44 7 0 3 5
lowQualScore : ....... . . . . .. ...... . .... . .. ... . ............ .. . .. ...... . . .. . . . ...... ... . . .. . . .. . . . .
lowQualScore : 3333333 7 7 7 4 11 666666 7 8888 4 55 333 2 666666666666 00 6 00 777777 6 4 00 5 2 6 111111 444 4 6 66 5 7 00 8 1 4 4
consensus : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTCTAATTG-AATTGAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTANTTCGTTTAGGGATACGTTCGATAATTTGA
Reference ( family-2059 ) : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACCTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACN-----TA---TTTCTAATTG-AATTGAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGGATACGTTCGATAATTTGA
gi|1 : GTTGAAATATTACAAAACGTGA---AA-TATTTCTGG-ATTTAATATTCTCAAAT-TTTGA---TACCCCAAGCT---------------ATTGGCCT----ATCTCTAAATCAAC-AGA--AATAAT--CAAATTATATTA------------AA--G-ATG--GG---------TCTATTTCCGTAA--GAAATTTC-ACG-----TA---TTTCAAATTG-AATTGAATCT-AATCTATATTTATATATTG-AGTTTAAC--ACATCTTTAATTC-TTTAAGGACATGCCCAATGATTTGA
gi|10 : tttcattgaacaaaattcatctatgattatttatacctacatgtatgtttaatcattttgaagatggatctaattgatcaaaaataaTAACCTC----TCATCGAATCAATCATA-AAAGGGG--TACTTTTT-TTA------------AACAG-ATT--GG-------G-TCCATT---AATATATGAAT----ACC-----TA---TTTATAATCGTAACTGAATC--AATAT--------TCATAGAT-TTTAACCTA--TCTTT--TTTGTTTAGGGATATGTT-GATAATTaaatgattttgatttgaaaggatagcttaattaaatttcaaaagtatttcacttatatggagacgtcatatattattcagtatacaacttacactttcaaacaaaaaaaaaaaaaaaagattaatgatgctacacgcactctctacttttattgaattatggcaccaaaactcaaaactacttccaaattcactataattatcaacctgcttgcatgcatgcaccggttaatgtctag
gi|11 : ttagccTTAAATCAATTAGATAAAGGGT--CAAATTCTATTACATGTACATGTAAA--G-ATG--GGA------G-TAT-TT--CAATAAGG-AATTTG-GCA-----TA---TTTATCATTG-AATTGAATCAAAATACACATATATTTATTG-AATTTAACCTAC-gaa
gi|2 : CTCATATATTTGACA----CTTAAAATT--ACTAAA----CGATT------------TCTAAATCAATGAAA--AAGAGAGTCAAATTCTTTTA------------AA--G-ATG--GG---------TCTA----CATA-------TGTGTACG-----TAAAATGTCATATCC-AATTAAATC--GATCTATATCTATTTATTG-AATTTAA---GA-TTTTTAATTCTGTTAAGGATACATCCAATGATTTGAcgggatatgttttat
gi|3 : tttattgaacaaaatctttaattacctatacttatgtttattaactttatttacttgaatatgagtctagttaataatcaaattaaattccaatattgtaaaccataaaagaattcgattctaaaTTAAA-TT---ATCAACCT--GTATCT--AAACCAATTAAAGAAAAAAA--CAAA----AACA------------AA--T-ACG--AAAAACT-GG-TTTATT--TCGATAGAAGATTTG-TCT-----TA---TTTCTGATTG-ATTGGAAT---AATTTACATTTGTTCATTG-AATTTGACC-AA-TCTTAAATTCGTTTAAGGATAAGTTGAATTATATGAaggatagcgtgataaaatttgacttacacatggagacatgtatgtggtgacatcctatttatacagtattcagtaaccaaacaacaatcatcacaacgaacccccacgtgatcaacaatactaaatggcctttctacagttattcaggcttcaaacttcaaattctaaatgcaccaaatcttattcctacccataaatgcatgggttaatgtctggt
gi|4 : tgggtctttttgaccaaaattaagttcacataatacaaatcatagaatatttctgttgt--CAAATTCTTCCA------------TA--GCATGTAAGA---T-GGATCTA----CA-----TGTATTTG-ACTAATAGCA---TTGCTATTTG-AATTAAAGC--AATATACATTCATTTATTGACG-TTGACCTA--TCTTTA-ATCATTAAGGGATACGTTCGATAAATTagataggtgttaacattatttgaatgataggcttatgaaaaaaaatatatatggagacattacattcatgcatcatgtctacatgcgattataacaaataaa
gi|5 : taattacactgtacttgcactatgaaaacgggtctaaataatcaaaaatatattcaaatatcacaaaacatgaaaaactatatcttACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTTTAATTA-AGTTAAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGAagcttcgaaatttcaaaactatttcacgtatattgagaccacatcatttaggcctagtatacaactttcactttcaaac
gi|6 : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTTTAATTA-AGTTAAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGA
gi|7 : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TA-TTCTACAACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATG-AGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTA-T--CAAAAAGGGAATTTG-AAC-----TA---TTTTTAATTG--ATTAAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGA
gi|8 : tTTCAGATATAACAAAAC---A---AAATATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAAATTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---TGGG-TCTATT--TCAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTTTAATTG-AATTAAATC--AATATATATCTATTTATTG-AATTTAACCTA--TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTG
gi|9 : GTTCAAATATTTCAAATC---ATAAAA-TATGTCGAA-ATATAATGTTCTCAAATACTTGACCTTAT-----ATTT-----AAA-TT---GTTAACTTC------TCTAAATCAGTTAGTTAAAGGGT--CAAATTCTATTA------------AA--T-ATG----------GG-TCTGTT--TCAAAAAGGAATTTA-ATA-----CA---TTTCCATTTT-ACTGGAATC--AATATATAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TACAGCTTTCGCTTTCAAACAATCAAAACAAATCCTCGTGTAATTAATGATAATACATGTACTTTCTACTGTTATTCATTTAATAGGCTTCAAAACTAAAATCTCCGACATTTGCTTCCAAATTCACTATGGTTATCTTATAT
Unaligned ( gi|13 ): TTCATTGAACAAAATTGACCTATAGCTTCCTAGAGTTGTGCTCATTATTTGAAGATGGGTCTAATTAACCAAAGATAGTTAGTTCAAATATTACAAAATATGAAATCCTTCTAAAG
Unaligned ( gi|14 ): TACAGCTTCAAACAAAAACCAATCACAATCAAGCTCGTGTAATGAATCATGATACATGATTGTACTTTCTTCTTTAATTAAGGTTTTAAAACTCCAATTT
Unaligned ( gi|15 ): TAAATGGATAACTTCATAAAATTTCAAAGGTCTTTTTTTATATGGAGAGCTAACATTAATGCATTACTCAGTATACCTTTCTACCTTCA
Unaligned ( gi|16 ): ATTTTAAGATGGGTCTAATTGATCAAAGAAAAATTCAAATATTACAAAACATTTAGTATTTCTAAATTCAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTTATTACACAAATTCATCTTTACTTGTAGCTATGTCAAGTAATTTGAGGATGGATTAAAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111 1111 111111111111 222222 111111 1 11
lowQualScore : 4444444 6 6 1 1 99 222222 8888 0 99 555 0 888888888888 55 3 55 000000 3 4 55 1 2 3 111111 666 0 3 88 5 0 44 2 0 3 5
lowQualScore : ....... . . . . .. ...... .... . .. ... . ............ .. . .. ...... . . .. . . . ...... ... . . .. . . .. . . . .
lowQualScore : 3333333 7 7 7 4 11 666666 8888 4 55 333 2 666666666666 00 6 00 777777 6 4 00 5 2 6 111111 444 4 6 66 5 7 00 6 1 4 4
consensus : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTCTAATTG-AATTGAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTANTTCGTTTAGGGATACGTTCGATAATTTGA
Reference ( family-2059 ) : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTCTAATTG-AATTGAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTANTTCGTTTAGGGATACGTTCGATAATTTGA
gi|1 : GTTGAAATATTACAAAACGTGA---AA-TATTTCTGG-ATTTAATATTCTCAAAT-TTTGA---TACCCCAAGCT---------------ATTGGCCT----ATCTCTAAATCAAC-AGA--AATAAT--CAAATTATATTA------------AA--G-ATG--GG---------TCTATTTCCGTAA--GAAATTTC-ACG-----TA---TTTCAAATTG-AATTGAATCT-AATCTATATTTATATATTG-AGTTTAAC--ACATCTTTAATTC-TTTAAGGACATGCCCAATGATTTGA
gi|10 : tttcattgaacaaaattcatctatgattatttatacctacatgtatgtttaatcattttgaagatggatctaattgatcaaaaataaTAACCTC----TCATCGAATCAATCATA-AAAGGGG--TACTTTTT-TTA------------AACAG-ATT--GG-------G-TCCATT---AATATATGAAT----ACC-----TA---TTTATAATCGTAACTGAATC--AATAT--------TCATAGAT-TTTAACCTA--TCTTT--TTTGTTTAGGGATATGTT-GATAATTaaatgattttgatttgaaaggatagcttaattaaatttcaaaagtatttcacttatatggagacgtcatatattattcagtatacaacttacactttcaaacaaaaaaaaaaaaaaaagattaatgatgctacacgcactctctacttttattgaattatggcaccaaaactcaaaactacttccaaattcactataattatcaacctgcttgcatgcatgcaccggttaatgtctag
gi|11 : ttagccTTAAATCAATTAGATAAAGGGT--CAAATTCTATTACATGTACATGTAAA--G-ATG--GGA------G-TAT-TT--CAATAAGG-AATTTG-GCA-----TA---TTTATCATTG-AATTGAATCAAAATACACATATATTTATTG-AATTTAACCTAC-gaa
gi|2 : CTCATATATTTGACA----CTTAAAATT--ACTAAA----CGATT------------TCTAAATCAATGAAA--AAGAGAGTCAAATTCTTTTA------------AA--G-ATG--GG---------TCTA----CATA-------TGTGTACG-----TAAAATGTCATATCC-AATTAAATC--GATCTATATCTATTTATTG-AATTTAA---GA-TTTTTAATTCTGTTAAGGATACATCCAATGATTTGAcgggatatgttttat
gi|3 : tttattgaacaaaatctttaattacctatacttatgtttattaactttatttacttgaatatgagtctagttaataatcaaattaaattccaatattgtaaaccataaaagaattcgattctaaaTTAAA-TT---ATCAACCT--GTATCT--AAACCAATTAAAGAAAAAAA--CAAA----AACA------------AA--T-ACG--AAAAACT-GG-TTTATT--TCGATAGAAGATTTG-TCT-----TA---TTTCTGATTG-ATTGGAAT---AATTTACATTTGTTCATTG-AATTTGACC-AA-TCTTAAATTCGTTTAAGGATAAGTTGAATTATATGAaggatagcgtgataaaatttgacttacacatggagacatgtatgtggtgacatcctatttatacagtattcagtaaccaaacaacaatcatcacaacgaacccccacgtgatcaacaatactaaatggcctttctacagttattcaggcttcaaacttcaaattctaaatgcaccaaatcttattcctacccataaatgcatgggttaatgtctggt
gi|4 : tgggtctttttgaccaaaattaagttcacataatacaaatcatagaatatttctgttgt--CAAATTCTTCCA------------TA--GCATGTAAGA---T-GGATCTA----CA-----TGTATTTG-ACTAATAGCA---TTGCTATTTG-AATTAAAGC--AATATACATTCATTTATTGACG-TTGACCTA--TCTTTAA-TCATTAAGGGATACGTTCGATAAATTagataggtgttaacattatttgaatgataggcttatgaaaaaaaatatatatggagacattacattcatgcatcatgtctacatgcgattataacaaataaa
gi|5 : taattacactgtacttgcactatgaaaacgggtctaaataatcaaaaatatattcaaatatcacaaaacatgaaaaactatatcttACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTTTAATTA-AGTTAAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGAagcttcgaaatttcaaaactatttcacgtatattgagaccacatcatttaggcctagtatacaactttcactttcaaac
gi|6 : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTTTAATTA-AGTTAAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGA
gi|7 : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TA-TTCTACAACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATG-AGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTA-T--CAAAAAGGGAATTTG-AAC-----TA---TTTTTAATTG--ATTAAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGA
gi|8 : tTTCAGATATAACAAAAC---A---AAATATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAAATTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---TGGG-TCTATT--TCAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTTTAATTG-AATTAAATC--AATATATATCTATTTATTG-AATTTAACCTA--TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTG
gi|9 : GTTCAAATATTTCAAATC---ATAAAA-TATGTCGAA-ATATAATGTTCTCAAATACTTGACCTTAT-----ATTT-----AAA-TT---GTTAACTTC------TCTAAATCAGTTAGTTAAAGGGT--CAAATTCTATTA------------AA--T-ATG----------GG-TCTGTT--TCAAAAAGGAATTTA-ATA-----CA---TTTCCATTTT-ACTGGAATC--AATATATAT
blockSeqs : ATAA A A A T CA ATTTCA CAAT TA AGT CATGTACATGTA CA C TA AAACT A T . A T T TAATAG AAA T AA A C A T C
blockSeqs : A . . G T CA TTTCA CAAT GA G . . . . ATG . T . A A . C . . . A A A C G
blockSeqs : A . . G T CA TTTCA CAAT TG T . . . . AT . T . T A . A . . . A A A A C
blockSeqs : A . . G T CA TTTCA CAAT TG A . . . . AT . T . G A . G . . . A C T C T
blockSeqs : A . . G T . CG GT TG A . . . . AT . T . A A . T . . . A C T T T
blockSeqs : A . . TT C TG A . . . . AT . T . A A . C . . . . C T T T
blockSeqs : TT C TA A . . . . A . T . A A . C . . . . . T T T
blockSeqs : . A A . . . . . . . . A A . C . . . . . . T .
blockSeqs : . T . . . . . . . . A . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqCons : A****** CA TTTCA* CAAT TG AT**** ** ** C*
originalCons : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTCTAATTG-AATTGAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTANTTCGTTTAGGGATACGTTCGATAATTTGA
finalCons : ACGTTCAGATATAACAAAACA------AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAATTTCA-ATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGAT----GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTCTAATTG-AATTGAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTANTTCGTTTAGGGATACGTTCGATAATTTGA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TACAGCTTTCGCTTTCAAACAATCAAAACAAATCCTCGTGTAATTAATGATAATACATGTACTTTCTACTGTTATTCATTTAATAGGCTTCAAAACTAAAATCTCCGACATTTGCTTCCAAATTCACTATGGTTATCTTATAT
Unaligned ( gi|13 ): TTCATTGAACAAAATTGACCTATAGCTTCCTAGAGTTGTGCTCATTATTTGAAGATGGGTCTAATTAACCAAAGATAGTTAGTTCAAATATTACAAAATATGAAATCCTTCTAAAG
Unaligned ( gi|14 ): TACAGCTTCAAACAAAAACCAATCACAATCAAGCTCGTGTAATGAATCATGATACATGATTGTACTTTCTTCTTTAATTAAGGTTTTAAAACTCCAATTT
Unaligned ( gi|15 ): TAAATGGATAACTTCATAAAATTTCAAAGGTCTTTTTTTATATGGAGAGCTAACATTAATGCATTACTCAGTATACCTTTCTACCTTCA
Unaligned ( gi|16 ): ATTTTAAGATGGGTCTAATTGATCAAAGAAAAATTCAAATATTACAAAACATTTAGTATTTCTAAATTCAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTTATTACACAAATTCATCTTTACTTGTAGCTATGTCAAGTAATTTGAGGATGGATTAAAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111 1111 111111111111 222222 111111 1 11
lowQualScore : 4444444 6 6 1 1 99 222222 8888 0 99 555 0 888888888888 55 3 55 000000 3 4 55 1 2 3 111111 666 0 3 88 5 0 44 2 0 3 5
lowQualScore : ....... . . . . .. ...... .... . .. ... . ............ .. . .. ...... . . .. . . . ...... ... . . .. . . .. . . . .
lowQualScore : 3333333 7 7 7 4 11 666666 8888 4 55 333 2 666666666666 00 6 00 777777 6 4 00 5 2 6 111111 444 4 6 66 5 7 00 6 1 4 4
consensus : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTCTAATTG-AATTGAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTANTTCGTTTAGGGATACGTTCGATAATTTGA
Reference ( family-2059 ) : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTCTAATTG-AATTGAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTANTTCGTTTAGGGATACGTTCGATAATTTGA
gi|1 : GTTGAAATATTACAAAACGTGA---AA-TATTTCTGG-ATTTAATATTCTCAAAT-TTTGA---TACCCCAAGCT---------------ATTGGCCT----ATCTCTAAATCAAC-AGA--AATAAT--CAAATTATATTA------------AA--G-ATG--GG---------TCTATTTCCGTAA--GAAATTTC-ACG-----TA---TTTCAAATTG-AATTGAATCT-AATCTATATTTATATATTG-AGTTTAAC--ACATCTTTAATTC-TTTAAGGACATGCCCAATGATTTGA
gi|10 : tttcattgaacaaaattcatctatgattatttatacctacatgtatgtttaatcattttgaagatggatctaattgatcaaaaataaTAACCTC----TCATCGAATCAATCATA-AAAGGGG--TACTTTTT-TTA------------AACAG-ATT--GG-------G-TCCATT---AATATATGAAT----ACC-----TA---TTTATAATCGTAACTGAATC--AATAT--------TCATAGAT-TTTAACCTA--TCTTT--TTTGTTTAGGGATATGTT-GATAATTaaatgattttgatttgaaaggatagcttaattaaatttcaaaagtatttcacttatatggagacgtcatatattattcagtatacaacttacactttcaaacaaaaaaaaaaaaaaaagattaatgatgctacacgcactctctacttttattgaattatggcaccaaaactcaaaactacttccaaattcactataattatcaacctgcttgcatgcatgcaccggttaatgtctag
gi|11 : ttagccTTAAATCAATTAGATAAAGGGT--CAAATTCTATTACATGTACATGTAAA--G-ATG--GGA------G-TAT-TT--CAATAAGG-AATTTG-GCA-----TA---TTTATCATTG-AATTGAATCAAAATACACATATATTTATTG-AATTTAACCTAC-gaa
gi|2 : CTCATATATTTGACA----CTTAAAATT--ACTAAA----CGATT------------TCTAAATCAATGAAA--AAGAGAGTCAAATTCTTTTA------------AA--G-ATG--GG---------TCTA----CATA-------TGTGTACG-----TAAAATGTCATATCC-AATTAAATC--GATCTATATCTATTTATTG-AATTTAA---GA-TTTTTAATTCTGTTAAGGATACATCCAATGATTTGAcgggatatgttttat
gi|3 : tttattgaacaaaatctttaattacctatacttatgtttattaactttatttacttgaatatgagtctagttaataatcaaattaaattccaatattgtaaaccataaaagaattcgattctaaaTTAAA-TT---ATCAACCT--GTATCT--AAACCAATTAAAGAAAAAAA--CAAA----AACA------------AA--T-ACG--AAAAACT-GG-TTTATT--TCGATAGAAGATTTG-TCT-----TA---TTTCTGATTG-ATTGGAAT---AATTTACATTTGTTCATTG-AATTTGACC-AA-TCTTAAATTCGTTTAAGGATAAGTTGAATTATATGAaggatagcgtgataaaatttgacttacacatggagacatgtatgtggtgacatcctatttatacagtattcagtaaccaaacaacaatcatcacaacgaacccccacgtgatcaacaatactaaatggcctttctacagttattcaggcttcaaacttcaaattctaaatgcaccaaatcttattcctacccataaatgcatgggttaatgtctggt
gi|4 : tgggtctttttgaccaaaattaagttcacataatacaaatcatagaatatttctgttgt--CAAATTCTTCCA------------TA--GCATGTAAGA---T-GGATCTA----CA-----TGTATTTG-ACTAATAGCA---TTGCTATTTG-AATTAAAGC--AATATACATTCATTTATTGACG-TTGACCTA--TCTTTAA-TCATTAAGGGATACGTTCGATAAATTagataggtgttaacattatttgaatgataggcttatgaaaaaaaatatatatggagacattacattcatgcatcatgtctacatgcgattataacaaataaa
gi|5 : taattacactgtacttgcactatgaaaacgggtctaaataatcaaaaatatattcaaatatcacaaaacatgaaaaactatatcttACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTTTAATTA-AGTTAAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGAagcttcgaaatttcaaaactatttcacgtatattgagaccacatcatttaggcctagtatacaactttcactttcaaac
gi|6 : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTATT--CAAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTTTAATTA-AGTTAAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGA
gi|7 : ACGTTCAGATATAACAAAAC---A---AA-TA-TTCTACAACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAA-TTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATG-AGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---T-GG-TCTA-T--CAAAAAGGGAATTTG-AAC-----TA---TTTTTAATTG--ATTAAATC--AATATATATCTATTTATTGAAATTTAACCTAC-TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTGA
gi|8 : tTTCAGATATAACAAAAC---A---AAATATTTCTAC-ACTCAATGTTCTCAAATGTTTGACATTATCTTAAATTTCAATTAAAATTTCAATTAACTTCAATATCTTTAAATCAATTAGATGAAGGGA--CAAATTCTATTA------------AA--G-ATG--GGA---TGGG-TCTATT--TCAAAAGGGAATTTG-ACC-----TA---TTTTTAATTG-AATTAAATC--AATATATATCTATTTATTG-AATTTAACCTA--TCTTTATTTCGTTTAGGAATATGTTTGATAATTTG
gi|9 : GTTCAAATATTTCAAATC---ATAAAA-TATGTCGAA-ATATAATGTTCTCAAATACTTGACCTTAT-----ATTT-----AAA-TT---GTTAACTTC------TCTAAATCAGTTAGTTAAAGGGT--CAAATTCTATTA------------AA--T-ATG----------GG-TCTGTT--TCAAAAAGGAATTTA-ATA-----CA---TTTCCATTTT-ACTGGAATC--AATATATAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TACAGCTTTCGCTTTCAAACAATCAAAACAAATCCTCGTGTAATTAATGATAATACATGTACTTTCTACTGTTATTCATTTAATAGGCTTCAAAACTAAAATCTCCGACATTTGCTTCCAAATTCACTATGGTTATCTTATAT
Unaligned ( gi|13 ): TTCATTGAACAAAATTGACCTATAGCTTCCTAGAGTTGTGCTCATTATTTGAAGATGGGTCTAATTAACCAAAGATAGTTAGTTCAAATATTACAAAATATGAAATCCTTCTAAAG
Unaligned ( gi|14 ): TACAGCTTCAAACAAAAACCAATCACAATCAAGCTCGTGTAATGAATCATGATACATGATTGTACTTTCTTCTTTAATTAAGGTTTTAAAACTCCAATTT
Unaligned ( gi|15 ): TAAATGGATAACTTCATAAAATTTCAAAGGTCTTTTTTTATATGGAGAGCTAACATTAATGCATTACTCAGTATACCTTTCTACCTTCA
Unaligned ( gi|16 ): ATTTTAAGATGGGTCTAATTGATCAAAGAAAAATTCAAATATTACAAAACATTTAGTATTTCTAAATTCAA
Unaligned ( gi|17 ): TTTTATTACACAAATTCATCTTTACTTGTAGCTATGTCAAGTAATTTGAGGATGGATTAAAGA