lowQualScore : 1 11 1111111 111111 1 11111 111 3333333 222222222222 11 77777777777777 11111 1 2
lowQualScore : 3 1 555 33 6666 6666 77 3 1111111 88888 1 44 222222 3 88888 44 5 2 3 3 55 44444 4 66 5 666 444 0 6 6666666 55 2 1 5 5 5 999999999999 5 888 7 33 9999 11111111111111 77777 6 3 5 0 6
lowQualScore : . . ... .. .... .... .. . ....... ..... . .. ...... . ..... .. . . . . .. ..... . .. . ... ... . . ....... .. . . . . . ............ . ... . .. .... .............. ..... . . . . .
lowQualScore : 1 0 555 22 5555 5555 33 3 9999999 33333 0 66 333333 3 33333 66 4 9 1 3 55 00000 0 11 2 444 222 9 6 1111111 44 2 1 0 0 0 333333333333 7 888 0 99 9999 11111111111111 55555 0 2 0 0 0
consensus : AAAGAGCTA-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACGCCCACA--ATATG----CCA-TCG-----TCAG--AACACATTAGAT-T-TT--TCT-----TATAT-CT--CNTGTCG-TTTCTTA-GTAAGAG-TA-A-TTAAA-CATAGCGTTG-TT-TC-TTACAAAAA--------CCG-C-AAAT---AACGTCATGACGTCGA-CGTTTA-TGAAC-ACG-TC---A-ATTGGAAAGC--AAGAAAACTACTTCAAACCGCTTCTTTA
Reference ( gi|2 ) : AAAGAGCTA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAAAGGGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACACCCATA--ATATG----TGA-TCA-----TCAG--AACACCTTAGAT-T-TT--TCT-----TATAT-CT--CTTGTCG-TTTCTTA-GTAAAAG-TA-G-CTAAA-TATAACGTTG-TT-TC-TTACAAAAA--------CTG-C-AAAT---AACGTCATGACGTCAA-AGTTTG-TGAAC-ATA-TC---ACATTGGAAAGT--ATGAGAGCTACTTCCAATT-TTTTTTTATTTTTTTTTTTTTGGCTCAAGGATTTCATGCGTTGAGAAAATACCC
gi|6 : AAAGAGCTA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGGGGCA----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACATCCATA--ATATG----TGA-TCA-----TCAG--AACACCTTAGAT-T-TT--CCT-----TATAT-CT--CTTGTCG-TTTCTTA-GT------------TAAA-TAAAGCGTTG-TT-TC-TTACAAAAA--------CCG-C-AAATATAAACGTCATGACGTCAA-AGTTTG-TGAAC-AT--TCTGAACATTGGATAGC--ATGAAA
gi|10 : AAAGAGCAA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAATGGGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTATGC-----AAATTGCATACATAAG-----ACACCCATA--ATATG----TGA-TCA-----TCAG--AACACCTTAGAT-T-TT--CCT-----TATAT-CT--CTTGTCA-TTTCTTA-GTAAAAGTTA-G-TT-AA-TATAGCGTTGTTT-TC-TTACAAAAA--------CCA-CAAAAT---AACGTCA
gi|17 : AAAGAGCTA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGAGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATCACATACATAAG-----ACGCCCATA--ATATG----TGA-TCA-----TCAG--AACACCTCAAAT-T-
gi|4 : AAAGAGCTA-GGTAAGTTA-TGCAACAAAATCGGCC----CT----GTC--TTCAAA-CTTCAT-T-----AAATTAAATACGTACG-----ATGTCCACA--ATATG----CCA-TTG-----TCAG--AATTCATTA-AT-T-TT--TCCA----GATAT-TT--TGTGTCGTTTTCTTA--TAAGAGTTA-A-TTAAA-CATGACACTG-TT-TCTTTAAAAAAAAAAACCACCCG-C-AAAT---AACGTAATGATGTCTA-CGTTTA-T-AAC-A
gi|16 : agAAAGAGCTA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGAGG-C----CT----GTCT-TTCAAATTTTTAT-------AAATCACATACATAAG-----ACGCCCAT---ATATG----TGA-TCA-----TCAGAAAACACCTCAAAT-T-Tctacttgaatatgcttatcagcgcaggaatttaatgctttaaaa
gi|3 : AAAGAGCAAAGGTACATTAGTGCAGAAAAATCGGCC----CT----GTCCTTTAAAA-TTTCAT-T-----AAAATCCA---ATAAGCAGAAATGCCCACA--ATATGCCATTGT-TCA-----GTAG--A-CACATTAG-T-T-TT--TTTCGCGGTATAT-C---CATGTAG-TTTTTTT-GTGAGAG-TA-A-GTAAAACATGACGTTG-TTGTT-TTAC-----------------C-AAAT---ACGGTCATGACGTCGACAG-TAG-AGAACAACG-TC---A---TGGAAAGCCGAAGAAAACTACTTCAAACC-TT
gi|7 : aggAAAGAGCTG-GAAACGGTG-AGCATCAAAATCGGTC----CT----GCA--TTCAAA-TT---------------------CATAAG-----GCGTCTACA--ACCTA----CTA-CTG-----TCAG--AACGCATTG------TT--TCT-----TGTAT-CT--CATACGG-TTTTCTT-TTAAGAG-TAAG-TTAAA-CATAGCATTG-TT-TA-TTACAAAAA--------CCATC-AAGT---AACGTCATGACGTCGA-CCTTTA-TTGAC-A--------ACGCTAAAAAAT--AGAAAAGacaactgcaaagtacacagatttttattgctttattgaa
gi|1 : cAAAGAGCTA-GGCATGTTA-TGCAACAAAATTTACCCTAGCT----GTC--TTCAAA-TTTCAT-TAATTAAAATTAAATACGCAAA-----ATGCCAATA--ATGTC----CCATTCAATTTGTCAG--AACCCATTA-AT-TGTT--CCT-----TATAT-GT--CTT-----TTTCTTA--TAAGAG-T-----TATA-CATAGCATT--TT-TC-TTACAAAAA--------tgac
gi|20 : agAAAGAGCTA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAA-----------------------------TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACAagacacacaccccccccatcccccccccaaaaaaaggcagataatgtcatgacgcggacttttaagaacaaagtcaaggaaagcaagaaagctactcaaattgcttctttagcacagagatttaatgcttcatataaa
gi|15 : AAAGAGCTG-GGTACAGTA-AGCATCAAAATTGACC----TTAGATGTC--TTCAAT-TTTTTT-C-----AAATCATATGTATAAG-----GTGTCCACA--ACCTA----ACA-CTA-----TCAT--AACACATTAAAT-
gi|21 : tcAAAGAGCTA-GGTTTGTTA-TGCAGCATTATGGGCC----CT----GTC--TT
gi|14 : agAAAGAGCTG-GGTATGGTA-AGCAATAAAATCGGCC----CT----GCC--ATAAAA-TGTTTT-C-----AAA-TAAATATATATA-----GTGTCCGCA--ATCTA----CCA-CTT-----TCAA--GACACAGT-GAT-T-TTTATCG-----TATAT-C
gi|12 : AGCTG-TGTACGTTA-TGCAGTAAAATGGAGC----CT----GTC--TTCAAA-TTTAAT-C-----AAGTTTC------AAG-----ATACCCACACTATATG----CCA-TTA-----TCAG--TATGCATTA-ATGG-TT--TCC-----TACAT-AT--CATGTTG-TTata
gi|8 : atCCACA--ATATG----CCT-TTG-----CCAG--TACACAT-ATTT-T-TT--TCT-----TATATACTATCTAGTTT-TTTTTTCTGTGAGAA-T-----TAGA-CATAGTCTTG-TA-TC-GTACAGAAA--------ACG-C-AAAT---AACGCCATGAGGTCGA-CGTTTATTTAACAACA-TC---A---TGGAAAGC--AAGAAAACTACTTagctaa
gi|5 : CCTCACAT-T-TT--CCA-----TATAT-AT--TATGTGG-TTTCCCA-TTAATGG-TA-AATTACA-TAGAGCAT-G-TT-TC-GTACAAAAA--------aaaactgcgttttagtgcacggtcttaatacttcatatgcata
gi|1 : aaatttaaaaagagcttggcatatgtacgataagcatcaaattcaacgatgcttttaaacctcattaaagtaaatatgtaaggtgcccataatttgccattttcaatggacgtcatatttgcatttatattcattaatAAAAA--------AGG-C-AGAT---AATGTCATGACGCGGA-CTTTTA-AGAAC-AAAGTC---A-A--GGAAAGC--AAGAAAGCTAC-TCAAATTGCTTCTTTAaccccactccaaaagaaaacaaaca
gi|19 : agaaagagctaggcatgttatgcaacaaaatttaccctagctgtcttcaaatttcattaattaaaattaaatacgcaaaatgccaataatgtcccattcaatttgtcagaacccattaattgttccttatatgtctttttcttataagagttatacatagcatttttcttacaaaaaagacacacaccccccccatcccccccccaT---AACGTAATGACGTCTA-CGTTTA-TGAAC---G-TC------TTGGAAATA--AGGAAAACTACTTgcacagagatttaatgcttcatataaa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CACATTTTCCATATATATTATGTGGTTTCCCATTAATGGTAAATTACATAGAGCATGTTTCGTACAAAAAACCCCACTCCAAAAGAAAACAAACAAAAATCCACAAAAATAAGGTCAGGACATCGACGTTTATTGAAAACGTAATTTAAAAAAATGACAAGCTAAACAATTACCTGTAAATTGACTTCATGGTTTACAT
Unaligned ( gi|11 ): GAAATAATTAGGTACATGTACATTATGCAACAAAATTAGCCATTTCTTCAAATTTTAAGTAAAATACACAGAATGTATAAACAATTAATGCCAATGTGAGTACACATTAATTGTCTTCCTTACTGTAACGTCTTATTACT
Unaligned ( gi|13 ): CCCCCCTTCAAAAAAAAAAAAAACCATATTCGCAAATAGCCTTAGGATATGGACGTTTATTGAAAAGGTATTTGGAAATGATAAGCTAAGAATAACTTGTAAAGGCCGCAGTAGTTTACATA
Unaligned ( gi|18 ): AAGAAAGGCTTAAGGAGCTTGGTACGATAAACACCAAATTCGGTCTTGTTTTTAATTTTCTTGAAGTAGATATGTAAGGTGCTCATCTAGTGTCGTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111111111111 111111 22222222 11111 11 111111 555555555555555555555555 111111 1 3333333 1111
lowQualScore : 777777 2 2 1 5555 5555 55 2 0000000 1 66666 33 33 33 55555555555555555 2 000000 99999999 00000000 2 777 00000 9999 1 4 3 11 22 555555 33 4 8 4 4 4 111111111111111111111111 55 4 55 777 55 66 222222 8 1 3 4 0 1111111 777 2 5 0 8 3333 2
lowQualScore : ...... . . . .... .... .. . ....... . ..... .. .. .. ................. . ...... ........ ........ . ... ..... .... . . . .. .. ...... .. . . . . . ........................ .. . .. ... .. .. ...... . . . . . ....... ... . . . . .... .
lowQualScore : 777777 7 5 9 3333 3333 99 7 3333333 1 77777 77 77 77 11111111111111111 7 222222 77777777 77777777 5 333 88888 7777 0 3 6 55 00 333333 22 0 0 0 0 0 888888888888888888888888 33 4 55 000 55 11 888888 9 1 3 4 2 4444444 111 6 0 8 0 1111 0
consensus : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACGCCC--ACA--AT--ATGCCA------T----------CGT-CAG--A---ACA--------CATTAG-------AT-T---TTCCT-----TATAT-C--TCNTGTCG-TTTCTTA-GTAAGAG-T-AA-TTAAA-CATAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CCG-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--GACG------TTTA-TGAAC-A-CGTC--A--ATTGGAAAGC--ANGA-AAGCTACTTCAA-AT--CGCTTTTTTA
Reference ( family-2043 ) : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACGCCC--ACA--AT--ATGCCA------T----------CGT-CAG--A---ACA--------CATTAG-------AT-T---TTTCT-----TATAT-C--TCNTGTCG-TTTCTTA-GTAAGAG-T-AA-TTAAA-CATAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CCG-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--GACG------TTTA-TGAAC-A-CGTC--A--ATTGGAAAGC--AAGA-AAACTACTTCAA-AC--CGCTTCTTTA
gi|1 : AAAGAGC------TA-GGCATGTTA-TGCAACAAAATTTACCCTAGCT----GTC--TTCAAA-TTTCAT-TAATTAAAATTAAATACGCAAA-----ATGCCA--ATA--AT--GTCCCATTCAATT----------TGT-CAG--A---ACC--------CATTA--------AT-TG--TTCCT-----TATAT-G--TCTT-----TTTCTTA--TAAGAG------TTATA-CATAGCAT-T--TT-TC-TTACAAAAAAGACACACACCCCCCCCATCCCCCCCC-C-AAA--A---AAAGGCAGATAATGTCATGACGCGGACTTTTA-AGAACAA-AGTC--A--A--GGAAAGC--AAGA-AAGCTAC-TCAA-AT--TGCTTCTTTA
gi|10 : agAAAGAGC------AA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAATGGGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTATGC-----AAATTGCATACATAAG-----ACACCC--ATA--AT--ATGTGA------T----------CAT-CAG--A---ACA--------CCTTAG-------AT-T---TTCCT-----TATAT-C--TCTTGTCA-TTTCTTA-GTAAAAGTT-AG-TT-AA-TATAGCGT-TGTTT-TC-TTACAAAAA------------------------CCA-CAAAA--T---AACGTC--Agcacagagatttaatgcttcatataaa
gi|11 : GTACATTA-TGCAACAAAATTAGCC----AT----TTC--TTCAAA-TTTT---------AAGTAAAATACACAGA-----ATGTATAAACA--ATTAATGCCA------A----------TGT-GAG--T---ACA--------CATTA--------AT-TGTCTTCCT-----TA
gi|12 : gaaataattaggtacatAGC------TG-TGTACGTTA-TGCAGTAAAATGGAGC----CT----GTC--TTCAAA-TTTAAT-C-----AAGTTTC------AAG-----ATACCC--ACACTAT--ATGCCA------T----------TAT-CAG--T---ATG--------CATTA--------ATGG---TTTCC-----TACAT-A--TCATGTTG-TTctgtaacgtcttattact
gi|14 : atAAAGAGC------TG-GGTATGGTA-AGCAATAAAATCGGCC----CT----GCC--ATAAAA-TGTTTT-C-----AAA-TAAATATATATA-----GTGTCC--GCA--AT--CTACCA------C----------TTT-CAA--G---ACA--------CAGT-G-------AT-T---TTTAT-----CGTAT-A--TCATagctaa
gi|15 : AAAGAGC------TG-GGTACAGTA-AGCATCAAAATTGACC----TTAGATGTC--TTCAAT-TTTTTT-C-----AAATCATATGTATAAG-----GTGTCC--ACA--AC--CTAACA------C----------TAT-CAT--A---ACA--------CATTAA-------AT-a
gi|16 : tcAAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGAGG-C----CT----GTCT-TTCAAATTTTTAT-------AAATCACATACATAAG-----ACGCCC--AT---AT--ATGTGA------T----------CAT-CAGAAA---ACA--------CCTCAA-------AT-T---T
gi|17 : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGAGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATCACATACATAAG-----ACGCCC--ATA--AT--ATGTGA------T----------CAT-CAG--A---ACA--------CCTCAA-------AT-T---
gi|19 : --T---AACGTA--ATGACGTC--TACG------TTTA-TGA---A-CGTC------TTGGAAATA--AGGA-AAACTACTTGAATATGACGCTTTTT
gi|2 : AAAGAGC------TA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAAAGGGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACACCC--ATA--AT--ATGTGA------T----------CAT-CAG--A---ACA--------CCTTAG-------AT-T---TTTCT-----TATAT-C--TCTTGTCG-TTTCTTA-GTAAAAG-T-AG-CTAAA-TATAACGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CTG-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--AAAG------TTTG-TGAAC-A-TATC--AC-ATTGGAAAGT--ATGA-GAGCTACTTCCA-AT--T-TTTTTTTAagcacaggaattcagagctttatataaag
gi|20 : AAAGAGC------TA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAA-----------------------------TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACtttttttttttttggctcaaggatttcatgcgttgagaaaataccc
gi|21 : AAAGAGC------TA-GGTTTGTTA-TGCAGCATTATGGGCC----CT----GTC--TTa
gi|3 : agAAAGAGC------AAAGGTACATTAGTGCAGAAAAATCGGCC----CT----GTCCTTTAAAA-TTTCAT-T-----AAAATCCA---ATAAGCAGAAATGCCC--ACA--AT--ATGCCA------T----------TGTTCAGTAG---ACA--------CATTAG--------T-T---TTTTTCGCGGTATAT-C---CATGTAG-TTTTTTT-GTGAGAG-T-AA-GTAAAACATGACGT-TG-TTGTT-TTAC---------------------------------C-AAA--T---ACGGTC--ATGACGTC--GACA------GTAG-AGAAC-AACGTC--A----TGGAAAGCCGAAGA-AAACTACTTCAA-AC--C
gi|4 : aggAAAGAGC------TA-GGTAAGTTA-TGCAACAAAATCGGCC----CT----GTC--TTCAAA-CTTCAT-T-----AAATTAAATACGTACG-----ATGTCC--ACA--AT--ATGCCA------T----------TGT-CAG--A---ATT--------CATTA--------AT-T---TTTCCA----GATAT-T--TTGTGTCGTTTTCTTA--TAAGAGTT-AA-TTAAA-CATGACAC-TG-TT-TCTTTAAAAAAAAAAACCAC----------------CCG-C-AAA--T---AACGTA--ATGATGTC--TACG------TTTA-T-AAC-A-Cttacaactgcaaagtacacagatttttattgctttattgaa
gi|5 : agAAAGAGCTTGGCATA-TGTACGATA-AGCATCAAATTCAACG----AT----GCT--TTTAAA-CCTCAT-T-----AAAGTAAATATGTAAG-----GTGCCC--ATA--AT--TTGCCA------TTTTCAATGGACGT-CAT--ATTTGCATTTATATTCATTAATCCTCACAT-T---TTCCA-----TATAT-A--TTATGTGG-TTTCCCA-TTAATGG-TAAA-TT--A-CATAGAGCATG-TT-TC-GTACAAAAA------------------------tacttgaatatgcttatcagcgcaggaatttaatgctttaaaa
gi|6 : aaatttaaAAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGGGGCA----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACATCC--ATA--AT--ATGTGA------T----------CAT-CAG--A---ACA--------CCTTAG-------AT-T---TTCCT-----TATAT-C--TCTTGTCG-TTTCTTA-G------------TTAAA-TAAAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CCG-C-AAA--TATAAACGTC--ATGACGTC--AAAG------TTTG-TGAAC-A-T-TCTGAACATTGGATAGC--ATGA-AAaccccactccaaaagaaaacaaaca
gi|7 : AAAGAGC------TG-GAAACGGTG-AGCATCAAAATCGGTC----CT----GCA--TTCAAA-TT---------------------CATAAG-----GCGTCT--ACA--AC--CTACTA------C----------TGT-CAG--A---ACG--------CATTG---------------TTTCT-----TGTAT-C--TCATACGG-TTTTCTT-TTAAGAG-T-AAGTTAAA-CATAGCAT-TG-TT-TA-TTACAAAAA------------------------CCATC-AAG--T---AACGTC--ATGACGTC--GACC------TTTA-TTGACAA-CGCT--A--A----AAAAT---AGA-AAA
gi|8 : cCC--ACA--AT--ATGCCT------T----------TGC-CAG--T---ACA--------CA-TAT-------TT-T---TTTCT-----TATATACTATCTAGTTT-TTTTTTCTGTGAG-----AA-TTAGA-CATAGTCT-TG-TA-TC-GTACAGAAA------------------------ACG-C-AAA--T---AACGCC--ATGAGGTC--GACG------TTTATTTAACAA-CATC--A----TGGAAAGC--AAGA-AAACTACTTAAA-AC--TGCGTTTTgtgac
gi|9 : -------AT-T---TTCCA-----TATAT-A--TTATGTGG-TTTCCCA-TTAATGG-T-AAATTA---CATAGAGCATG-TT-TC-GTACAAAAA------------------------agtgcacggtcttaatacttcatatgcata
gi|9 : cacACAAAAAT-----------------------CCA-C-AAAAAT---AAGGTC--AGGACATC--GACG------TTTATTGAAA-A-CGT---A--ATTTAAAAAA--ATGACAAGCTAaccccactccaaaagaaaacaaacaaaaatccacaaaaataaggtcaggacatcgacgtttattgaaaacgtaatttaaaaaaatgacaagctaaacaattacctgtaaattgacttcatggtttacat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CCCCCCTTCAAAAAAAAAAAAAACCATATTCGCAAATAGCCTTAGGATATGGACGTTTATTGAAAAGGTATTTGGAAATGATAAGCTAAGAATAACTTGTAAAGGCCGCAGTAGTTTACATA
Unaligned ( gi|18 ): AAGAAAGGCTTAAGGAGCTTGGTACGATAAACACCAAATTCGGTCTTGTTTTTAATTTTCTTGAAGTAGATATGTAAGGTGCTCATCTAGTGTCGTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 11111111111 22222222222 11 111111 5555555555555555555555555555555555 111111 1 1 33333333 1111
lowQualScore : 777777 2 2 1 5555 5555 55 2 0000000 1 66666 33 33 33 777777 444 33 77 444 11 33 777 33333333333 22222222222 9999 1 4 3 11 22 555555 777 8 4 4 4 1111111111111111111111111111111111 4 55 666 55 55 111111 2 6 00000000 888 1 8 0 8 3333
lowQualScore : ...... . . . .... .... .. . ....... . ..... .. .. .. ...... ... .. .. ... .. .. ... ........... ........... .... . . . .. .. ...... ... . . . . .................................. . .. ... .. .. ...... . . ........ ... . . . . ....
lowQualScore : 777777 7 5 9 3333 3333 99 7 3333333 1 77777 77 77 77 777777 111 77 33 777 88 44 333 66666666666 33333333333 7777 0 3 6 55 00 333333 222 0 0 0 0 9999999999999999999999999999999999 0 00 444 00 55 555555 0 0 77777777 000 0 9 8 0 1111
consensus : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACGCCC--ACA--AT--ATGCCA------TCG-TCA--G--AA---CACATTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCNTGTCG-TTTCTTA-GTAAGAG-T-AA-TT-AAACATAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--GACG------TTTA-TGAACAACGTC--A--ATTGGAAAGC--ANGA-AAGCTACTTCAA-AT--CGCTTTTTTA
Reference ( family-2043 ) : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACGCCC--ACA--AT--ATGCCA------TCG-TCA--G--AA---CACATTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCNTGTCG-TTTCTTA-GTAAGAG-T-AA-TT-AAACATAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--GACG------TTTA-TGAAC-ACGTC--A--ATTGGAAAGC--ANGA-AAGCTACTTCAA-AT--CGCTTTTTTA
gi|1 : AAAGAGC------TA-GGCATGTTA-TGCAACAAAATTTACCCTAGCT----GTC--TTCAAA-TTTCAT-TAATTAAAATTAAATACGCAAA-----ATGCCA--ATA--AT--GTCCCATTCAATTTG-TCA--G--AA---CCCATTA--AT--TG--T-----------TCCT-----------TATAT-G--TCTT-----TTTCTTA--TAAGAG------TT-ATACATAGCAT-T--TT-TC-TTACAAAAAAGACACACACCCCCCCCATCCCCCCC------C-C-AAA--A---AAAGGCAGATAATGTCATGACGCGGACTTTTA-AGAACAAAGTC--A--A--GGAAAGC--AAGA-AAGCTAC-TCAA-AT--TGCTTCTTTA
gi|10 : agAAAGAGC------AA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAATGGGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTATGC-----AAATTGCATACATAAG-----ACACCC--ATA--AT--ATGTGA------TCA-TCA--G--AA---CACCTTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCTTGTCA-TTTCTTA-GTAAAAGTT-AG-TT--AATATAGCGT-TGTTT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------A-CAAAA--T---AACGTC--Agcacagagatttaatgcttcatataaa
gi|11 : GTACATTA-TGCAACAAAATTAGCC----AT----TTC--TTCAAA-TTTT---------AAGTAAAATACACAGA-----ATGTATAAACA--ATTAATGCCA------ATG-TGA--G--TA---CACATTA--AT--TGTCT-----------TCCT-----------TA
gi|12 : gaaataattaggtacatAGC------TG-TGTACGTTA-TGCAGTAAAATGGAGC----CT----GTC--TTCAAA-TTTAAT-C-----AAGTTTC------AAG-----ATACCC--ACACTAT--ATGCCA------TTA-TCA--G--TA---TGCATTA--ATGGT---T-----------TCC------------TACAT-A--TCATGTTG-TTctgtaacgtcttattact
gi|13 : atAAAAA------------------------CCATATTCG-C-AAA--T---AGCCTT--AGGATATG--GACG------TTTATTGAAA-AGGT---A--TTTGGAA-----ATGATAAGCTAagctaa
gi|14 : ccccccttcaaaaaaaaaAAAGAGC------TG-GGTATGGTA-AGCAATAAAATCGGCC----CT----GCC--ATAAAA-TGTTTT-C-----AAA-TAAATATATATA-----GTGTCC--GCA--AT--CTACCA------CTT-TCA--A--GA---CACAGT-G-AT--T---T-----------TTAT-----------CGTAT-A--TCATagaataacttgtaaaggccgcagtagtttacata
gi|15 : AAAGAGC------TG-GGTACAGTA-AGCATCAAAATTGACC----TTAGATGTC--TTCAAT-TTTTTT-C-----AAATCATATGTATAAG-----GTGTCC--ACA--AC--CTAACA------CTA-TCA--T--AA---CACATTAA-AT--a
gi|16 : tcAAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGAGG-C----CT----GTCT-TTCAAATTTTTAT-------AAATCACATACATAAG-----ACGCCC--AT---AT--ATGTGA------TCA-TCA--GAAAA---CACCTCAA-AT--T---T-----------
gi|17 : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGAGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATCACATACATAAG-----ACGCCC--ATA--AT--ATGTGA------TCA-TCA--G--AA---CACCTCAA-AT--T---
gi|19 : --T---AACGTA--ATGACGTC--TACG------TTTA-TGA---ACGTC------TTGGAAATA--AGGA-AAACTACTTGAATATGACGCTTTTT
gi|2 : AAAGAGC------TA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAAAGGGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACACCC--ATA--AT--ATGTGA------TCA-TCA--G--AA---CACCTTAG-AT--T---T-----------TTCT-----------TATAT-C--TCTTGTCG-TTTCTTA-GTAAAAG-T-AG-CT-AAATATAACGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CT------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--AAAG------TTTG-TGAAC-ATATC--AC-ATTGGAAAGT--ATGA-GAGCTACTTCCA-AT--T-TTTTTTTAagcacaggaattcagagctttatataaag
gi|20 : AAAGAGC------TA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAA-----------------------------TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACtttttttttttttggctcaaggatttcatgcgttgagaaaataccc
gi|21 : AAAGAGC------TA-GGTTTGTTA-TGCAGCATTATGGGCC----CT----GTC--TTa
gi|3 : agAAAGAGC------AAAGGTACATTAGTGCAGAAAAATCGGCC----CT----GTCCTTTAAAA-TTTCAT-T-----AAAATCCA---ATAAGCAGAAATGCCC--ACA--AT--ATGCCA------TTGTTCA--GTAGA---CACATTAG--T--T---T-----------TTTTCGCGG------TATAT-C---CATGTAG-TTTTTTT-GTGAGAG-T-AA-GTAAAACATGACGT-TG-TTGTT-TTAC---------------------------------------C-AAA--T---ACGGTC--ATGACGTC--GACA------GTAG-AGAACAACGTC--A----TGGAAAGCCGAAGA-AAACTACTTCAA-AC--C
gi|4 : aggAAAGAGC------TA-GGTAAGTTA-TGCAACAAAATCGGCC----CT----GTC--TTCAAA-CTTCAT-T-----AAATTAAATACGTACG-----ATGTCC--ACA--AT--ATGCCA------TTG-TCA--G--AA---TTCATTAA-TT--T---T-----------TCCA-----------GATAT-T--TTGTGTCGTTTTCTTA--TAAGAGTT-AA-TT-AAACATGACAC-TG-TT-TCTTTAAAAAAAAAAACCAC----------------CC------G-C-AAA--T---AACGTA--ATGATGTC--TACG------TTTA-T-AAC-ACttacaactgcaaagtacacagatttttattgctttattgaa
gi|5 : agAAAGAGCTTGGCATA-TGTACGATA-AGCATCAAATTCAACG----AT----GCT--TTTAAA-CCTCAT-T-----AAAGTAAATATGTAAG-----GTGCCC--ATA--AT--TTGCCA------TTT-TCAATG--GACGTCATATTTGCAT--T---TATATTCATTAATCCTCACATTTTCCATATAT-A--TTATGTGG-TTTCCCA-TTAATGG-TAAA-TT---ACATAGAGCATG-TT-TC-GTACAAAAA------------------------tacttgaatatgcttatcagcgcaggaatttaatgctttaaaa
gi|6 : aaatttaaAAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGGGGCA----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACATCC--ATA--AT--ATGTGA------TCA-TCA--G--AA---CACCTTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCTTGTCG-TTTCTTA-G------------TT-AAATAAAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--TATAAACGTC--ATGACGTC--AAAG------TTTG-TGAAC-AT-TCTGAACATTGGATAGC--ATGA-AAaccccactccaaaagaaaacaaaca
gi|7 : AAAGAGC------TG-GAAACGGTG-AGCATCAAAATCGGTC----CT----GCA--TTCAAA-TT---------------------CATAAG-----GCGTCT--ACA--AC--CTACTA------CTG-TCA--G--AA---CGCATTG----------T-----------TTCT-----------TGTAT-C--TCATACGG-TTTTCTT-TTAAGAG-T-AAGTT-AAACATAGCAT-TG-TT-TA-TTACAAAAA------------------------CC------ATC-AAG--T---AACGTC--ATGACGTC--GACC------TTTA-TTGACAACGCT--A--A----AAAAT--AGAA-AAG
gi|8 : cCC--ACA--AT--ATGCCT------TTG-CCA--G--TA---CACA-TAT-TT--T---T-----------TTCT-----------TATATACTATCTAGTTT-TTTTTTCTGTGAG-----AA-TT-AGACATAGTCT-TG-TA-TC-GTACAGAAA------------------------AC------G-C-AAA--T---AACGCC--ATGAGGTC--GACG------TTTATTTAACAACATC--A----TGGAAAGC--AAGA-AAACTACTTAAA-AC--TGCGTTTTtgac
gi|9 : -AT--T---T-----------TCCA-----------TATAT-A--TTATGTGG-TTTCCCA-TTAATGG-T-AAATT-A--CATAGAGCATG-TT-TC-GTACAAAAA------------------------agtgcacggtcttaatacttcatatgcata
gi|9 : cacACAAAAAT-----------------------CC------A-C-AAAAAT---AAGGTC--AGGACATC--GACG------TTTATTGAAA-ACGT---A--ATTTAAAAAA--ATGACAAGCTAaccccactccaaaagaaaacaaacaaaaatccacaaaaataaggtcaggacatcgacgtttattgaaaacgtaatttaaaaaaatgacaagctaaacaattacctgtaaattgacttcatggtttacat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AAGAAAGGCTTAAGGAGCTTGGTACGATAAACACCAAATTCGGTCTTGTTTTTAATTTTCTTGAAGTAGATATGTAAGGTGCTCATCTAGTGTCGTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 11111111111 22222222222 11 111111 5555555555555555555555555555555555 111111 1 222222 1111
lowQualScore : 777777 2 2 1 5555 5555 55 2 0000000 1 66666 33 33 33 777777 11 2 33 77 444 11 33 777 33333333333 22222222222 9999 1 4 3 11 22 555555 33 4 8 4 4 4 1111111111111111111111111111111111 4 55 666 55 55 111111 2 2 777777 888 1 8 0 8 3333
lowQualScore : ...... . . . .... .... .. . ....... . ..... .. .. .. ...... .. . .. .. ... .. .. ... ........... ........... .... . . . .. .. ...... .. . . . . . .................................. . .. ... .. .. ...... . . ...... ... . . . . ....
lowQualScore : 777777 7 5 9 3333 3333 99 7 3333333 1 77777 77 77 77 777777 55 7 77 33 777 88 44 333 66666666666 33333333333 7777 0 3 6 55 00 333333 22 0 0 0 0 0 9999999999999999999999999999999999 0 00 444 00 55 555555 0 5 333333 000 0 9 8 0 1111
consensus : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACGCCC--ACA--AT--ATGCCA------TCGT-CA--G--AA---CACATTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCNTGTCG-TTTCTTA-GTAAGAG-T-AA-TTAAA-CATAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--GACG------TTTA-TGAACAACGTCA--ATTGGAAAGC--ANGA-AAGCTACTTCAA-AT--CGCTTTTTTA
Reference ( family-2043 ) : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACGCCC--ACA--AT--ATGCCA------TCGT-CA--G--AA---CACATTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCNTGTCG-TTTCTTA-GTAAGAG-T-AA-TTAAA-CATAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--GACG------TTTA-TGAACAACGTCA--ATTGGAAAGC--ANGA-AAGCTACTTCAA-AT--CGCTTTTTTA
gi|1 : AAAGAGC------TA-GGCATGTTA-TGCAACAAAATTTACCCTAGCT----GTC--TTCAAA-TTTCAT-TAATTAAAATTAAATACGCAAA-----ATGCCA--ATA--AT--GTCCCATTCAATTTGT-CA--G--AA---CCCATTA--AT--TG--T-----------TCCT-----------TATAT-G--TCTT-----TTTCTTA--TAAGAG------TTATA-CATAGCAT-T--TT-TC-TTACAAAAAAGACACACACCCCCCCCATCCCCCCC------C-C-AAA--A---AAAGGCAGATAATGTCATGACGCGGACTTTTA-AGAACAAAGTCA--A--GGAAAGC--AAGA-AAGCTAC-TCAA-AT--TGCTTCTTTA
gi|10 : agAAAGAGC------AA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAATGGGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTATGC-----AAATTGCATACATAAG-----ACACCC--ATA--AT--ATGTGA------TCAT-CA--G--AA---CACCTTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCTTGTCA-TTTCTTA-GTAAAAGTT-AG-TT-AA-TATAGCGT-TGTTT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------A-CAAAA--T---AACGTC--Agcacagagatttaatgcttcatataaa
gi|11 : GTACATTA-TGCAACAAAATTAGCC----AT----TTC--TTCAAA-TTTT---------AAGTAAAATACACAGA-----ATGTATAAACA--ATTAATGCCA------ATGT-GA--G--TA---CACATTA--AT--TGTCT-----------TCCT-----------TA
gi|12 : gaaataattaggtacatAGC------TG-TGTACGTTA-TGCAGTAAAATGGAGC----CT----GTC--TTCAAA-TTTAAT-C-----AAGTTTC------AAG-----ATACCC--ACACTAT--ATGCCA------TTAT-CA--G--TA---TGCATTA--ATGGT---T-----------TCC------------TACAT-A--TCATGTTG-TTctgtaacgtcttattact
gi|13 : atAAAAA------------------------CCATATTCG-C-AAA--T---AGCCTT--AGGATATG--GACG------TTTATTGAA-AAGGT-A--TTTGGAA-----ATGATAAGCTAagctaa
gi|14 : ccccccttcaaaaaaaaaAAAGAGC------TG-GGTATGGTA-AGCAATAAAATCGGCC----CT----GCC--ATAAAA-TGTTTT-C-----AAA-TAAATATATATA-----GTGTCC--GCA--AT--CTACCA------CTTT-CA--A--GA---CACAGT-G-AT--T---T-----------TTAT-----------CGTAT-A--TCATagaataacttgtaaaggccgcagtagtttacata
gi|15 : AAAGAGC------TG-GGTACAGTA-AGCATCAAAATTGACC----TTAGATGTC--TTCAAT-TTTTTT-C-----AAATCATATGTATAAG-----GTGTCC--ACA--AC--CTAACA------CTAT-CA--T--AA---CACATTAA-AT--a
gi|16 : tcAAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGAGG-C----CT----GTCT-TTCAAATTTTTAT-------AAATCACATACATAAG-----ACGCCC--AT---AT--ATGTGA------TCAT-CA--GAAAA---CACCTCAA-AT--T---T-----------
gi|17 : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGAGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATCACATACATAAG-----ACGCCC--ATA--AT--ATGTGA------TCAT-CA--G--AA---CACCTCAA-AT--T---
gi|19 : --T---AACGTA--ATGACGTC--TACG------TTTA-TG---AACGTC----TTGGAAATA--AGGA-AAACTACTTGAATATGACGCTTTTT
gi|2 : AAAGAGC------TA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAAAGGGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACACCC--ATA--AT--ATGTGA------TCAT-CA--G--AA---CACCTTAG-AT--T---T-----------TTCT-----------TATAT-C--TCTTGTCG-TTTCTTA-GTAAAAG-T-AG-CTAAA-TATAACGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CT------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--AAAG------TTTG-TGAAC-ATATCAC-ATTGGAAAGT--ATGA-GAGCTACTTCCA-AT--T-TTTTTTTAagcacaggaattcagagctttatataaag
gi|20 : AAAGAGC------TA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAA-----------------------------TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACtttttttttttttggctcaaggatttcatgcgttgagaaaataccc
gi|21 : AAAGAGC------TA-GGTTTGTTA-TGCAGCATTATGGGCC----CT----GTC--TTa
gi|3 : agAAAGAGC------AAAGGTACATTAGTGCAGAAAAATCGGCC----CT----GTCCTTTAAAA-TTTCAT-T-----AAAATCCA---ATAAGCAGAAATGCCC--ACA--AT--ATGCCA------TTGTTCA--GTAGA---CACATTAG--T--T---T-----------TTTTCGCGG------TATAT-C---CATGTAG-TTTTTTT-GTGAGAG-T-AA-GTAAAACATGACGT-TG-TTGTT-TTAC---------------------------------------C-AAA--T---ACGGTC--ATGACGTC--GACA------GTAG-AGAACAACGTCA----TGGAAAGCCGAAGA-AAACTACTTCAA-AC--C
gi|4 : aggAAAGAGC------TA-GGTAAGTTA-TGCAACAAAATCGGCC----CT----GTC--TTCAAA-CTTCAT-T-----AAATTAAATACGTACG-----ATGTCC--ACA--AT--ATGCCA------TTGT-CA--G--AA---TTCATTAA-TT--T---T-----------TCCA-----------GATAT-T--TTGTGTCGTTTTCTTA--TAAGAGTT-AA-TTAAA-CATGACAC-TG-TT-TCTTTAAAAAAAAAAACCAC----------------CC------G-C-AAA--T---AACGTA--ATGATGTC--TACG------TTTA-T-AACAttacaactgcaaagtacacagatttttattgctttattgaa
gi|5 : agAAAGAGCTTGGCATA-TGTACGATA-AGCATCAAATTCAACG----AT----GCT--TTTAAA-CCTCAT-T-----AAAGTAAATATGTAAG-----GTGCCC--ATA--AT--TTGCCA------TTTT-CAATG--GACGTCATATTTGCAT--T---TATATTCATTAATCCTCACATTTTCCATATAT-A--TTATGTGG-TTTCCCA-TTAATGG-TAAA-TT--A-CATAGAGCATG-TT-TC-GTACAAAAA------------------------ctacttgaatatgcttatcagcgcaggaatttaatgctttaaaa
gi|6 : aaatttaaAAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGGGGCA----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACATCC--ATA--AT--ATGTGA------TCAT-CA--G--AA---CACCTTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCTTGTCG-TTTCTTA-G------------TTAAA-TAAAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--TATAAACGTC--ATGACGTC--AAAG------TTTG-TGAACATTCTGAACATTGGATAGC--ATGA-AAaccccactccaaaagaaaacaaaca
gi|7 : AAAGAGC------TG-GAAACGGTG-AGCATCAAAATCGGTC----CT----GCA--TTCAAA-TT---------------------CATAAG-----GCGTCT--ACA--AC--CTACTA------CTGT-CA--G--AA---CGCATTG----------T-----------TTCT-----------TGTAT-C--TCATACGG-TTTTCTT-TTAAGAG-T-AAGTTAAA-CATAGCAT-TG-TT-TA-TTACAAAAA------------------------CC------ATC-AAG--T---AACGTC--ATGACGTC--GACC------TTTA-TTGACAACGCTA--A----AAAAT--AGAA-AAG
gi|8 : cCC--ACA--AT--ATGCCT------TTGC-CA--G--TA---CACA-TAT-TT--T---T-----------TTCT-----------TATATACTATCTAGTTT-TTTTTTCTGTGAG-----AA-TTAGA-CATAGTCT-TG-TA-TC-GTACAGAAA------------------------AC------G-C-AAA--T---AACGCC--ATGAGGTC--GACG------TTTATTTAACAACATCA----TGGAAAGC--AAGA-AAACTACTTAAA-AC--TGCGTTTTtgac
gi|9 : -AT--T---T-----------TCCA-----------TATAT-A--TTATGTGG-TTTCCCA-TTAATGG-T-AAATTA---CATAGAGCATG-TT-TC-GTACAAAAA------------------------agtgcacggtcttaatacttcatatgcata
gi|9 : cacACAAAAAT-----------------------CC------A-C-AAAAAT---AAGGTC--AGGACATC--GACG------TTTATTGAA-AACGT-A--ATTTAAAAAA--ATGACAAGCTAaccccactccaaaagaaaacaaacaaaaatccacaaaaataaggtcaggacatcgacgtttattgaaaacgtaatttaaaaaaatgacaagctaaacaattacctgtaaattgacttcatggtttacat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AAGAAAGGCTTAAGGAGCTTGGTACGATAAACACCAAATTCGGTCTTGTTTTTAATTTTCTTGAAGTAGATATGTAAGGTGCTCATCTAGTGTCGTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 11111111111 22222222222 11 111111 5555555555555555555555555555555555 111111 1 222222 1111
lowQualScore : 777777 2 2 1 5555 5555 55 2 0000000 1 66666 33 33 33 777777 11 2 33 77 444 11 33 777 33333333333 22222222222 9999 1 4 3 11 22 555555 33 4 8 4 4 4 1111111111111111111111111111111111 4 55 666 55 55 111111 2 2 777777 888 1 8 0 8 3333
lowQualScore : ...... . . . .... .... .. . ....... . ..... .. .. .. ...... .. . .. .. ... .. .. ... ........... ........... .... . . . .. .. ...... .. . . . . . .................................. . .. ... .. .. ...... . . ...... ... . . . . ....
lowQualScore : 777777 7 5 9 3333 3333 99 7 3333333 1 77777 77 77 77 777777 55 7 77 33 777 88 44 333 66666666666 33333333333 7777 0 3 6 55 00 333333 22 0 0 0 0 0 9999999999999999999999999999999999 0 00 444 00 55 555555 0 5 333333 000 0 9 8 0 1111
consensus : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACGCCC--ACA--AT--ATGCCA------TCGT-CA--G--AA---CACATTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCNTGTCG-TTTCTTA-GTAAGAG-T-AA-TTAAA-CATAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--GACG------TTTA-TGAACAACGTCA--ATTGGAAAGC--ANGA-AAGCTACTTCAA-AT--CGCTTTTTTA
Reference ( family-2043 ) : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACGCCC--ACA--AT--ATGCCA------TCGT-CA--G--AA---CACATTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCNTGTCG-TTTCTTA-GTAAGAG-T-AA-TTAAA-CATAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--GACG------TTTA-TGAACAACGTCA--ATTGGAAAGC--ANGA-AAGCTACTTCAA-AT--CGCTTTTTTA
gi|1 : AAAGAGC------TA-GGCATGTTA-TGCAACAAAATTTACCCTAGCT----GTC--TTCAAA-TTTCAT-TAATTAAAATTAAATACGCAAA-----ATGCCA--ATA--AT--GTCCCATTCAATTTGT-CA--G--AA---CCCATTA--AT--TG--T-----------TCCT-----------TATAT-G--TCTT-----TTTCTTA--TAAGAG------TTATA-CATAGCAT-T--TT-TC-TTACAAAAAAGACACACACCCCCCCCATCCCCCCC------C-C-AAA--A---AAAGGCAGATAATGTCATGACGCGGACTTTTA-AGAACAAAGTCA--A--GGAAAGC--AAGA-AAGCTAC-TCAA-AT--TGCTTCTTTA
gi|10 : agAAAGAGC------AA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAATGGGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTATGC-----AAATTGCATACATAAG-----ACACCC--ATA--AT--ATGTGA------TCAT-CA--G--AA---CACCTTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCTTGTCA-TTTCTTA-GTAAAAGTT-AG-TT-AA-TATAGCGT-TGTTT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------A-CAAAA--T---AACGTC--Agcacagagatttaatgcttcatataaa
gi|11 : GTACATTA-TGCAACAAAATTAGCC----AT----TTC--TTCAAA-TTTT---------AAGTAAAATACACAGA-----ATGTATAAACA--ATTAATGCCA------ATGT-GA--G--TA---CACATTA--AT--TGTCT-----------TCCT-----------TA
gi|12 : gaaataattaggtacatAGC------TG-TGTACGTTA-TGCAGTAAAATGGAGC----CT----GTC--TTCAAA-TTTAAT-C-----AAGTTTC------AAG-----ATACCC--ACACTAT--ATGCCA------TTAT-CA--G--TA---TGCATTA--ATGGT---T-----------TCC------------TACAT-A--TCATGTTG-TTctgtaacgtcttattact
gi|13 : atAAAAA------------------------CCATATTCG-C-AAA--T---AGCCTT--AGGATATG--GACG------TTTATTGAA-AAGGT-A--TTTGGAA-----ATGATAAGCTAagctaa
gi|14 : ccccccttcaaaaaaaaaAAAGAGC------TG-GGTATGGTA-AGCAATAAAATCGGCC----CT----GCC--ATAAAA-TGTTTT-C-----AAA-TAAATATATATA-----GTGTCC--GCA--AT--CTACCA------CTTT-CA--A--GA---CACAGT-G-AT--T---T-----------TTAT-----------CGTAT-A--TCATagaataacttgtaaaggccgcagtagtttacata
gi|15 : AAAGAGC------TG-GGTACAGTA-AGCATCAAAATTGACC----TTAGATGTC--TTCAAT-TTTTTT-C-----AAATCATATGTATAAG-----GTGTCC--ACA--AC--CTAACA------CTAT-CA--T--AA---CACATTAA-AT--a
gi|16 : tcAAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGAGG-C----CT----GTCT-TTCAAATTTTTAT-------AAATCACATACATAAG-----ACGCCC--AT---AT--ATGTGA------TCAT-CA--GAAAA---CACCTCAA-AT--T---T-----------
gi|17 : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGAGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATCACATACATAAG-----ACGCCC--ATA--AT--ATGTGA------TCAT-CA--G--AA---CACCTCAA-AT--T---
gi|19 : --T---AACGTA--ATGACGTC--TACG------TTTA-TG---AACGTC----TTGGAAATA--AGGA-AAACTACTTGAATATGACGCTTTTT
gi|2 : AAAGAGC------TA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAAAGGGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACACCC--ATA--AT--ATGTGA------TCAT-CA--G--AA---CACCTTAG-AT--T---T-----------TTCT-----------TATAT-C--TCTTGTCG-TTTCTTA-GTAAAAG-T-AG-CTAAA-TATAACGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CT------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--AAAG------TTTG-TGAAC-ATATCAC-ATTGGAAAGT--ATGA-GAGCTACTTCCA-AT--T-TTTTTTTAagcacaggaattcagagctttatataaag
gi|20 : AAAGAGC------TA-GGTTCGTTA-TCCAGCAAA-----------------------------TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACtttttttttttttggctcaaggatttcatgcgttgagaaaataccc
gi|21 : AAAGAGC------TA-GGTTTGTTA-TGCAGCATTATGGGCC----CT----GTC--TTa
gi|3 : agAAAGAGC------AAAGGTACATTAGTGCAGAAAAATCGGCC----CT----GTCCTTTAAAA-TTTCAT-T-----AAAATCCA---ATAAGCAGAAATGCCC--ACA--AT--ATGCCA------TTGTTCA--GTAGA---CACATTAG--T--T---T-----------TTTTCGCGG------TATAT-C---CATGTAG-TTTTTTT-GTGAGAG-T-AA-GTAAAACATGACGT-TG-TTGTT-TTAC---------------------------------------C-AAA--T---ACGGTC--ATGACGTC--GACA------GTAG-AGAACAACGTCA----TGGAAAGCCGAAGA-AAACTACTTCAA-AC--C
gi|4 : aggAAAGAGC------TA-GGTAAGTTA-TGCAACAAAATCGGCC----CT----GTC--TTCAAA-CTTCAT-T-----AAATTAAATACGTACG-----ATGTCC--ACA--AT--ATGCCA------TTGT-CA--G--AA---TTCATTAA-TT--T---T-----------TCCA-----------GATAT-T--TTGTGTCGTTTTCTTA--TAAGAGTT-AA-TTAAA-CATGACAC-TG-TT-TCTTTAAAAAAAAAAACCAC----------------CC------G-C-AAA--T---AACGTA--ATGATGTC--TACG------TTTA-T-AACAttacaactgcaaagtacacagatttttattgctttattgaa
gi|5 : agAAAGAGCTTGGCATA-TGTACGATA-AGCATCAAATTCAACG----AT----GCT--TTTAAA-CCTCAT-T-----AAAGTAAATATGTAAG-----GTGCCC--ATA--AT--TTGCCA------TTTT-CAATG--GACGTCATATTTGCAT--T---TATATTCATTAATCCTCACATTTTCCATATAT-A--TTATGTGG-TTTCCCA-TTAATGG-TAAA-TT--A-CATAGAGCATG-TT-TC-GTACAAAAA------------------------ctacttgaatatgcttatcagcgcaggaatttaatgctttaaaa
gi|6 : aaatttaaAAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGGGGCA----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACATCC--ATA--AT--ATGTGA------TCAT-CA--G--AA---CACCTTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCTTGTCG-TTTCTTA-G------------TTAAA-TAAAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--TATAAACGTC--ATGACGTC--AAAG------TTTG-TGAACATTCTGAACATTGGATAGC--ATGA-AAaccccactccaaaagaaaacaaaca
gi|7 : AAAGAGC------TG-GAAACGGTG-AGCATCAAAATCGGTC----CT----GCA--TTCAAA-TT---------------------CATAAG-----GCGTCT--ACA--AC--CTACTA------CTGT-CA--G--AA---CGCATTG----------T-----------TTCT-----------TGTAT-C--TCATACGG-TTTTCTT-TTAAGAG-T-AAGTTAAA-CATAGCAT-TG-TT-TA-TTACAAAAA------------------------CC------ATC-AAG--T---AACGTC--ATGACGTC--GACC------TTTA-TTGACAACGCTA--A----AAAAT--AGAA-AAG
gi|8 : cCC--ACA--AT--ATGCCT------TTGC-CA--G--TA---CACA-TAT-TT--T---T-----------TTCT-----------TATATACTATCTAGTTT-TTTTTTCTGTGAG-----AA-TTAGA-CATAGTCT-TG-TA-TC-GTACAGAAA------------------------AC------G-C-AAA--T---AACGCC--ATGAGGTC--GACG------TTTATTTAACAACATCA----TGGAAAGC--AAGA-AAACTACTTAAA-AC--TGCGTTTTtgac
gi|9 : -AT--T---T-----------TCCA-----------TATAT-A--TTATGTGG-TTTCCCA-TTAATGG-T-AAATTA---CATAGAGCATG-TT-TC-GTACAAAAA------------------------agtgcacggtcttaatacttcatatgcata
gi|9 : cacACAAAAAT-----------------------CC------A-C-AAAAAT---AAGGTC--AGGACATC--GACG------TTTATTGAA-AACGT-A--ATTTAAAAAA--ATGACAAGCTAaccccactccaaaagaaaacaaacaaaaatccacaaaaataaggtcaggacatcgacgtttattgaaaacgtaatttaaaaaaatgacaagctaaacaattacctgtaaattgacttcatggtttacat
blockSeqs : TTGGCA A G G . AGAT CT T GC C CAGAA AA CT TA . CA T AT AA CGT GC GG GTC ATATTCATTAA CACATTTTCCA ACTA T C T TG AA TTAG AA A A T G T AAAACCACCCG A AA ATA . . . T C GAACAT CCG T T T GACG
blockSeqs : . . . T . . T . C A . . . . . TG . . TA . G . . . CGCGG C A T . G AA TTAA AA . A . . . CCATATTCG . . . . . . T C CACAT A G C . TG
blockSeqs : . . . G . . . . C C . . . . . TA . . . . G . . . . A A C . G GA TAAA AA . . . . . CCAT . . . . . . T C ATT T T . . T
blockSeqs : . . . C . . . . C A . . . . . TT . . . . A . . . . A T A . G GA TAAG AA . . . . . TCCA . . . . . . . C TAA C A . .
blockSeqs : . . . T . . . . C T . . . . . TA . . . . A . . . . C A C . T TG TAAA AA . . . . . CCA . . . . . . . C AAT T T .
blockSeqs : . . . A . . . . C C . . . . . CA . . . . A . . . . C G G . G GA TAG AG . . . . . CTG . . . . . . . C CT C G .
blockSeqs : . . . A . . . . C C . . . . . CA . . . . G . . . . T A C . T TG TAA A . . . . . CCG . . . . . . . . CA A A .
blockSeqs : . . . G . . . . T C . . . . . CA . . . . G . . . . A T G . T G AA A . . . . . ACG . . . . . . . . CA . T .
blockSeqs : . . . G . . . . T C . . . . . TG . . . . A . . . . C A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . T C . . . . . TG . . . . G . . . . C T G . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . C A . . . . . TT . . . . T . . . . A A
blockSeqs : . . . C . . . . . A . . . . . CA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . C . . . . . TG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : **** C****** ****** G* *** G* TAAA** CCG******************************* ** ** ******
originalCons : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACGCCC--ACA--AT--ATGCCA------TCGT-CA--G--AA---CACATTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCNTGTCG-TTTCTTA-GTAAGAG-T-AA-TTAAA-CATAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--GACG------TTTA-TGAACAACGTCA--ATTGGAAAGC--ANGA-AAGCTACTTCAA-AT--CGCTTTTTTA
finalCons : AAAGAGC------TA-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTATC------AAATTACATACATAAG-----ACGCCC--ACA--AT--ATGCCA------TCGT-CA--G--AA---CACATTAG-AT--T---T-----------TCCT-----------TATAT-C--TCNTGTCG-TTTCTTAG-TAAGAGTAAA--TTAAA-CATAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAACCG-------------------------------C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--GACG------TTTA-TGAACAACGTCA--ATTGGAAAGC--ANGA-AAGCTACTTCAA-AT--CGCTTTTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AAGAAAGGCTTAAGGAGCTTGGTACGATAAACACCAAATTCGGTCTTGTTTTTAATTTTCTTGAAGTAGATATGTAAGGTGCTCATCTAGTGTCGTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111111111111 111111 11111111 11 5555555555555555555555555555555555 111111 1 222222 1111
lowQualScore : 777777 2 2 1 5555 5555 55 2 0000000 1 66666 33 33 33 55555555555555555 2 000000 99999999 88888888 33 777 888888 55 44 1 4 3 11 0 5 5 8 4 4 4 1111111111111111111111111111111111 4 55 666 55 55 111111 2 2 777777 888 1 8 0 8 3333
lowQualScore : ...... . . . .... .... .. . ....... . ..... .. .. .. ................. . ...... ........ ........ .. ... ...... .. .. . . . .. . . . . . . . .................................. . .. ... .. .. ...... . . ...... ... . . . . ....
lowQualScore : 777777 7 5 9 3333 3333 99 7 3333333 1 77777 77 77 77 11111111111111111 7 222222 77777777 55555555 44 333 555555 11 66 0 3 6 55 7 9 7 0 0 0 0 9999999999999999999999999999999999 0 00 444 00 55 555555 0 5 333333 000 0 9 8 0 1111
consensus : AAAGAGCT------A-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACGCCC--ACA--AT--ATGCCA------T----------CGT-CAG--A---ACA--------CATTAG-------AT--T---TTCCT-----TATAT-CT--CNTGTCG-TTTCTTA-GTAAGAGTAAGTTAAACATAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--GACG------TTTA-TGAACAACGTCA--ATTGGAAAGC--ANGA-AAGCTACTTCAA-AT--CGCTTTTTTA
Reference ( family-2043 ) : AAAGAGCT------A-GGTACGTTA-TGCAGCAAAATNGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACGCCC--ACA--AT--ATGCCA------T----------CGT-CAG--A---ACA--------CATTAG-------AT--T---TTCCT-----TATAT-CT--CNTGTCG-TTTCTTA-GTAAGAGTAAATTAAACATAGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--GACG------TTTA-TGAACAACGTCA--ATTGGAAAGC--ANGA-AAGCTACTTCAA-AT--CGCTTTTTTA
gi|1 : AAAGAGCT------A-GGCATGTTA-TGCAACAAAATTTACCCTAGCT----GTC--TTCAAA-TTTCAT-TAATTAAAATTAAATACGCAAA-----ATGCCA--ATA--AT--GTCCCATTCAATT----------TGT-CAG--A---ACC--------CATTA--------AT--TG--TTCCT-----TATAT-GT--CTT-----TTTCTTA--TAAGAG----TTATACATAGCAT-T--TT-TC-TTACAAAAAAGACACACACCCCCCCCATCCCCCCC------C-C-AAA--A---AAAGGCAGATAATGTCATGACGCGGACTTTTA-AGAACAAAGTCA--A--GGAAAGC--AAGA-AAGCTAC-TCAA-AT--TGCTTCTTTA
gi|10 : agAAAGAGCA------A-GGTTCGTTA-TCCAGCAAATGGGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTATGC-----AAATTGCATACATAAG-----ACACCC--ATA--AT--ATGTGA------T----------CAT-CAG--A---ACA--------CCTTAG-------AT--T---TTCCT-----TATAT-CT--CTTGTCA-TTTCTTA-GTAAAAGTTAGTT-AATATAGCGT-TGTTT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------A-CAAAA--T---AACGTC--Agcacagagatttaatgcttcatataaa
gi|11 : GTACATTA-TGCAACAAAATTAGCC----AT----TTC--TTCAAA-TTTT---------AAGTAAAATACACAGA-----ATGTATAAACA--ATTAATGCCA------A----------TGT-GAG--T---ACA--------CATTA--------AT--TGTCTTCCT-----TA
gi|12 : gaaataattaggtacatAGCT------G-TGTACGTTA-TGCAGTAAAATGGAGC----CT----GTC--TTCAAA-TTTAAT-C-----AAGTTTC------AAG-----ATACCC--ACACTAT--ATGCCA------T----------TAT-CAG--T---ATG--------CATTA--------ATGGT---TTCC------TACAT-AT--CATGTTG-TTctgtaacgtcttattact
gi|13 : atAAAAA------------------------CCATATTCG-C-AAA--T---AGCCTT--AGGATATG--GACG------TTTATTGAA-AAGGT-A--TTTGGAA-----ATGATAAGCTAagctaa
gi|14 : ccccccttcaaaaaaaaaAAAGAGCT------G-GGTATGGTA-AGCAATAAAATCGGCC----CT----GCC--ATAAAA-TGTTTT-C-----AAA-TAAATATATATA-----GTGTCC--GCA--AT--CTACCA------C----------TTT-CAA--G---ACA--------CAGT-G-------AT--T---TTTAT-----CGTAT-AT--CATagaataacttgtaaaggccgcagtagtttacata
gi|15 : AAAGAGCT------G-GGTACAGTA-AGCATCAAAATTGACC----TTAGATGTC--TTCAAT-TTTTTT-C-----AAATCATATGTATAAG-----GTGTCC--ACA--AC--CTAACA------C----------TAT-CAT--A---ACA--------CATTAA-------AT--a
gi|16 : tcAAAGAGCT------A-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGAGG-C----CT----GTCT-TTCAAATTTTTAT-------AAATCACATACATAAG-----ACGCCC--AT---AT--ATGTGA------T----------CAT-CAGAAA---ACA--------CCTCAA-------AT--T---T
gi|17 : AAAGAGCT------A-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGAGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATCACATACATAAG-----ACGCCC--ATA--AT--ATGTGA------T----------CAT-CAG--A---ACA--------CCTCAA-------AT--T---
gi|19 : --T---AACGTA--ATGACGTC--TACG------TTTA-TG---AACGTC----TTGGAAATA--AGGA-AAACTACTTGAATATGACGCTTTTT
gi|2 : AAAGAGCT------A-GGTTCGTTA-TCCAGCAAAAGGGGCC----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACACCC--ATA--AT--ATGTGA------T----------CAT-CAG--A---ACA--------CCTTAG-------AT--T---TTTCT-----TATAT-CT--CTTGTCG-TTTCTTA-GTAAAAGT-AGCTAAATATAACGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CT------G-C-AAA--T---AACGTC--ATGACGTC--AAAG------TTTG-TGAAC-ATATCAC-ATTGGAAAGT--ATGA-GAGCTACTTCCA-AT--T-TTTTTTTAagcacaggaattcagagctttatataaag
gi|20 : AAAGAGCT------A-GGTTCGTTA-TCCAGCAAA-----------------------------TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACtttttttttttttggctcaaggatttcatgcgttgagaaaataccc
gi|21 : AAAGAGCT------A-GGTTTGTTA-TGCAGCATTATGGGCC----CT----GTC--TTa
gi|3 : agAAAGAGCA------AAGGTACATTAGTGCAGAAAAATCGGCC----CT----GTCCTTTAAAA-TTTCAT-T-----AAAATCCA---ATAAGCAGAAATGCCC--ACA--AT--ATGCCA------T----------TGTTCAGTAG---ACA--------CATTAG--------T--T---TTTTTCGCGGTATAT-C---CATGTAG-TTTTTTT-GTGAGAGTAAGTAAAACATGACGT-TG-TTGTT-TTAC---------------------------------------C-AAA--T---ACGGTC--ATGACGTC--GACA------GTAG-AGAACAACGTCA----TGGAAAGCCGAAGA-AAACTACTTCAA-AC--C
gi|4 : aggAAAGAGCT------A-GGTAAGTTA-TGCAACAAAATCGGCC----CT----GTC--TTCAAA-CTTCAT-T-----AAATTAAATACGTACG-----ATGTCC--ACA--AT--ATGCCA------T----------TGT-CAG--A---ATT--------CATTAA-------TT--T---TTCCA-----GATAT-TT--TGTGTCGTTTTCTTA--TAAGAGTTAATTAAACATGACAC-TG-TT-TCTTTAAAAAAAAAAACCAC----------------CC------G-C-AAA--T---AACGTA--ATGATGTC--TACG------TTTA-T-AACAttacaactgcaaagtacacagatttttattgctttattgaa
gi|5 : agAAAGAGCTTGGCATA-TGTACGATA-AGCATCAAATTCAACG----AT----GCT--TTTAAA-CCTCAT-T-----AAAGTAAATATGTAAG-----GTGCCC--ATA--AT--TTGCCA------TTTTCAATGGACGT-CAT--ATTTGCATTTATATTCATTAATCCTCACAT--T---TTCCA-----TATAT-AT--TATGTGG-TTTCCCA-TTAATGGTAAATT--ACATAGAGCATG-TT-TC-GTACAAAAA------------------------ctacttgaatatgcttatcagcgcaggaatttaatgctttaaaa
gi|6 : aaatttaaAAAGAGCT------A-GGTACGTTA-TCCAGCAAAAGGGGCA----CT----GTC--TTCAAA-TTTTAT-C-----AAATTACATACATAAG-----ACATCC--ATA--AT--ATGTGA------T----------CAT-CAG--A---ACA--------CCTTAG-------AT--T---TTCCT-----TATAT-CT--CTTGTCG-TTTCTTA-GT-----TAAA-TAA----AGCGT-TG-TT-TC-TTACAAAAA------------------------CC------G-C-AAA--TATAAACGTC--ATGACGTC--AAAG------TTTG-TGAACATTCTGAACATTGGATAGC--ATGA-AAaccccactccaaaagaaaacaaaca
gi|7 : AAAGAGCT------G-GAAACGGTG-AGCATCAAAATCGGTC----CT----GCA--TTCAAA-TT---------------------CATAAG-----GCGTCT--ACA--AC--CTACTA------C----------TGT-CAG--A---ACG--------CATTG----------------TTTCT-----TGTAT-CT--CATACGG-TTTTCTT-TTAAGAGTAAGTTAAACATAGCAT-TG-TT-TA-TTACAAAAA------------------------CC------ATC-AAG--T---AACGTC--ATGACGTC--GACC------TTTA-TTGACAACGCTA--A----AAAAT--AGAA-AAG
gi|8 : cCC--ACA--AT--ATGCCT------T----------TGC-CAG--T---ACA--------CAT-AT-------TT--T---TTTCT-----TATATACTATCTAGTTT-TTTTTTCTGTGAGA----ATTAGACATAGTCT-TG-TA-TC-GTACAGAAA------------------------AC------G-C-AAA--T---AACGCC--ATGAGGTC--GACG------TTTATTTAACAACATCA----TGGAAAGC--AAGA-AAACTACTTAAA-AC--TGCGTTTTtgac
gi|9 : -------AT--T---TTCCA-----TATAT-AT--TATGTGG-TTTCCCA-TTAATGGTAAATT--ACATAGAGCATG-TT-TC-GTACAAAAA------------------------agtgcacggtcttaatacttcatatgcata
gi|9 : cacACAAAAAT-----------------------CC------A-C-AAAAAT---AAGGTC--AGGACATC--GACG------TTTATTGAA-AACGT-A--ATTTAAAAAA--ATGACAAGCTAaccccactccaaaagaaaacaaacaaaaatccacaaaaataaggtcaggacatcgacgtttattgaaaacgtaatttaaaaaaatgacaagctaaacaattacctgtaaattgacttcatggtttacat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AAGAAAGGCTTAAGGAGCTTGGTACGATAAACACCAAATTCGGTCTTGTTTTTAATTTTCTTGAAGTAGATATGTAAGGTGCTCATCTAGTGTCGTTTTCA