lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111 222 111111111111 22222222222222222 1 11 3333333 111 555555555 11 222 222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1
lowQualScore : 6 2 2 5555555555555 2 2 22 2 55 000 888 0 55 2 2 2 4 2 2 444444444444 66666 66666666666666666 7 2 2 2 444 444 33 3 4 55 5555555 1 5 3 222 1 4 222222222 44 55 333 111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 2 33 33 5
lowQualScore : . . . ............. . . .. . .. ... ... . .. . . . . . . ............ ..... ................. . . . . ... ... .. . . .. ....... . . . ... . . ......... .. .. ... ...... ...................................................................................................... . . .. .. .
lowQualScore : 7 1 1 0000000000000 0 0 88 2 66 555 777 3 00 1 1 2 4 4 5 222222222222 77777 22222222222222222 1 7 7 7 777 777 77 8 0 00 0000000 8 0 9 222 1 4 555555555 55 00 999 111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 0 44 44 0
consensus : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GA-CGC---TCACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TT--G-T---T-CCGT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GATCGAT-CTA--TTTTC-ATCGT-ATT-TGGGGA---TTTCCAGT-TT--AA-AAAAAAAGCTGT-AATTT--GACATTTTCTCATTGG-A-CTCGT-TGTAGGT----TCGGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAGCATGCAGTATATTCACAGAGAAAAACTAAATT-AATCAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
Reference ( gi|3 ) : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GA-C-C---TCACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TT--G-T---T-CTGT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GATCGAT-CTA--TTTTC-ATCATGATT-TGGGGA---TTTCCAAT-TTAAAAAAAAAAAAGCTGT-TATTT--GACATTCCCTCATCAG-C-CTCAT-TATAAGT----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAGAAAAACTAAATT-AATCATC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|1 : CCTTATCAC-GGCTAA-TCACAACTTT----A--------GTTGTT-TCTG--AAAA-AATG--AA-C-CCT-CCACCGCT--TAAC-GCACA-CAA-T-AGTTT--GCT---T-TCGT-----A--C---------A----TG-TT-G-TAA---GT---T--GA
gi|24 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AGTT--GACC-C---TCACCGCT--AAAC-GCA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcattggagctcatgcttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagatacaagaaaaaaagtaaatcaatcagcataacatataaggg
gi|5 : CCTTATCAT-G-CTAA-TTACGACTTA----A--------GTTG-T-TTTG--
gi|10 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACC-C---TCACCGCTA-AAAC-GCA-A-CAA---AG-TT--C-T---T-CAGT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GATCGAC-CTA----TTC-AT----ATT-TGGGGA---TTTCAAGT-T------AAAAAAAGCTGT-AATTT--GAAATT-TCTCATTGG-A-CTCATGTTT--GG----TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGAGAAAAACTATATT-AATCATC--ATAACATG--A-TAAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagagaaaaacgaaattaatcagcatagcatgatataagggt
gi|7 : CTTATCACTG-CTAAATCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG---AAA-AATT--AC-C-C---TCACCGCT--AAA--GCA-A-CAA-T-AG-TT--G-T---T-CCGT-----A------------A----TGTTC-G-T-A---GC---T--GATCGAT-CTA--TTTTC-ATAA----T-TGGGGAT--TTTTCAGT-TT--AAAAAAAGACGCTGT-TATTT--GACATTCC--CATCAG-A-CTCAT-TATAA-------AGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAG--AAATTACATT-AATCATC--ATACAATG--ATTAAGG
gi|2 : CTTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTGG-TGTCTG--ACAA-AATTG-GA-CGC---TC-CCGCT--AAACAGC--A-TAA-T-AT-TT--GCT---C-CCGT-----A--C---------A----TGTTC-GAT-AAAGGT---C--GATC-AT-TTG--TTGTC-TTCAT-ATT-T-GGGA---TTTCCAAT--------AAAAAAAGCTGT-AATTTTGGACATTTTCTCATTGG-A-CTC
gi|9 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GA-CGC---TCACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-T-AG-TTGCG-T---T-C-GA-----A--T---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GAcatgttggttttcttcttagtgatgaattcgataagaaaaatgacctggacgaagaaatttctcaatcgtataaattttatatcacgagttcaggttagataactagaactcacatgtaacttcagctaaaatgataagggat
gi|8 : CTTATCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AACT--GA-CGC---TCAC---------C-GCA-A-CAA-T-AG-TT--GCT---T-TTGT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcattggactcatgtttggtctatcttttagtgatgatttcgtatagaaatttggagaggattcaaatcatgacaagaaatagtcaatcggttatcattttatcaagacatacgagcagctaaattacatccagcataatgatta
gi|18 : CTTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---GA-TGC---TCGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TT--G-T---T-TCGT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TACCGAT-CTAATTTTTCAATTGCCAAC-TGGGGA---TTCCAAGT-TT------AAAAAAGCTGT-AATTT--GACATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcattggactcgtgtttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagagaaaaactaaattaatcagcataacatgataaggg
gi|29 : CTTTTCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-t
gi|19 : TTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---GA-TGC---TCGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TT--G-T---T-TCGT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TACCGAT-CTAATTTTTCAATTGCCAAC-TGGGGA---TTCCAAGT-TT------AAAAAAGCTGT-AATTT--GACATT
gi|23 : TATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GGCC-C---TCATTGCT--AAAC-GAA-A-CAA-t
gi|22 : TATCCC-A-CTAA--CGTGACTTT----AA-------GTTG-T-TC-G--AAAA-AAAA--AA-C-TATTTCGCTGCT--AATC-GCA-A-CCA---GG-TC--G-T---TTCTGT-----A--T---------ACTTTTATTTTG-T-A---GT---T--GATAGAG-CTA--TTTT
gi|12 : gTATCAT-G-CTAA-TCACAACTTTCAAAA--------GTTG-T-TCTG--
gi|16 : ATCAC-G-CTAA-TCACAACTTTT---A--------GTTG-T-CTTG--AAAACAACTTCGA-C-CC--TCATCGCCTAAAAC-GCA-ATCAA-T-AG-CT--A-TGCTT-TTGT-----GACC---------AC---TGTT--G-T-A---GTCTTT--GATCAATACTAA-TTTTC---CATAATTCTGGGGGCATTTTCCAATGTTAAAA--AAAAAAGCTGT-AATTT--GACGATTCTTCATTGG-CACTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcatgtttggttatcttatagtgatgattggtaagaaaatgactggacaagaattcacgatcttatgaattttaatctcgacagcagtacagagaaaaataaattaatcagcataacgtgataagggt
gi|21 : acATCAC-G-CTAA-TCACGACATA----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-ATTT--GA-CAC---TCAACGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TT--G-------ATGTAATTAA--C---------A----TGTT----------AT---TCAGA-CGAT-ATG--ATTTC-ATCAT
gi|4 : cTCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GA-CGC---TCACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-TGAG-TTGCG-T---T-C-GA-----A--T--------------TG-TT-G-T-A---GT---T--GATCGAT-CTA--TTTTC-AT----ATT-T-GGGA---TTTCAAGT-TT-----AAAAAAATCTGTATATTT--GACATT-TCTCAT-GG-A-CTCATGTGTTGGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAGCAAAGCTAAATTAAATCAGCCAATAACATG--ATTAAGGGatgttattgattgaatttca
gi|6 : atTCAT-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--TACC-C---TCACTGCT---AAC-GCA-A-CAA-T-AG-TT--G-C---T-TCGT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA
gi|11 : -CTTA-TCACAACTTT----AAATTTATAGTTG-T-TCAG--AAAA-AATT--GA-CAC---TCACCGCT--AAAT-G-----CAA-T-AG-TTGCG-T---T-C-GG-----A--T---------G----TGTTT---T-A---GT---T--AA---NN-NNN--NNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNN---NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--NNNATT-TCTCATTGG-A-CTCGT------GT----TTGGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAGCATGCAGTATATTCAGAGAAA--AACTGAATT-AATCAGC--ATAACATG--A-TAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttgtcattggactcattgcttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagagaaaaactaaatcaatcagcataacatgataaggg
gi|27 : cACAA-TTT----A--------GTCG-T-TCTGTAAAAA-AATT--GT-G-C---TCACTGCT--AATC-GCA-A-CAA-T-
gi|13 : -C---TCATCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TT--GCT---T-TTGT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA
gi|24 : ---TCAC-GCT--AATC-ACA-A-CTT-T-AG-TT--G-T---T-CTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcatttctcattgggctcgtcgtgtttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagagaaaaactaaattaatcagcatacatgataatgg
gi|15 : cctta---TTTCCA-T-TTAAAA----AAAAGCTGT-AATTT--GACATTTCCaaaaagttgaccctcaccgctaaacgca
gi|26 : TCCAAG-TTAAAA--AAAAAAGTTGT-AATTT--GACATT-TCTCATTGG-A-CTCAT-cacgagacacatgtttggtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagaaaaattaaattaatcagaatatcatgataaagg
gi|17 : AAAAAAAGCTGT-AATTT--GACATTTG-TCATTGGAC-CTTGC-TGGANNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--ACAGAGAAAA------TC-AATCAGC--ATAACATG--A-TAAGGGTgtt
gi|6 : ACAGAGAAAAACTAAATC-AATCAGC--ATAACATG--A-TAAGGGta
gi|8 : tcatgctaatcacaactttagttgttctgaaaaaatttaccctcactgctaacgcaacaatagttgcttcgtacatgttgtagttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttgtcattggactcattgcttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAGAGAAAAACTAAATT-AATCAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|13 : cttatcacactaatcacaactttagttgttctgaaaaaactgacgctcaccgcaacaatagttgcttttgtacatgttgtagttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcattggactcgtgtttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAGAGAAAAACTAAATT-AATCAGC--AT-ACATG--A-TAATGG
gi|14 : ctcatcgctaaacgcaacaatagttgcttttgtacatgttgtagttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcatttctcattgggctcgtcgtgtttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAGAGAAAAACTAAATC-AATCAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|20 : agttgctttcgtacatgttgtagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcattggactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAGAGAAAAACTAAAGT-AATCAGC--ATAACATG--A-TAAGG
gi|12 : acatttctcatcagtctcatgtttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAGAGAAAAA-TAAATT-AATCAGC--ATAACGTG--A-TAAGGGT
gi|25 : tatcatgctaatcacaactttcaaaagttgttctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcatgtttggttatcttatagtgatgattggtaagaaaatgactggacaagaattcacgatcttatgaattttaatctcgacagcagtACAGAGAAAAACTAAATG-AATCTGC--ATAACGTG--A-TAAGGGT
gi|5 : tttaatcagcagtACAGAGAAAAACGAAATT-AATCAGC--ATAGCATGATA-TAAGGGTta
gi|28 : ccttatcatgctaattacgacttaagttgttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAGAGAAAAACTAAATT-AATCAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|1 : AGAAAAAAAGTAAATC-AATCAGC--ATAACAT---A-TAAGGG
gi|15 : ccttatcacggctaatcacaactttagttgtttctgaaaaaatgaaccctccaccgcttaacgcacacaatagtttgctttcgtacatgttgtaagttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcattggagctcatgcttggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagatacaGAGAAAAATTAAATT-AATCAGA--ATATCATG--A-TAAAGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11111 22222222222222 1 2222222222222222 111111 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6 2 2 4444 88888888 1 1 22 2 55 888 2 55 2 2 2 4 2 2 99999 4 2 55555 33 00000000000000 6 2 2 2 444 444 33 88 2 88 1111111111111111 1 33 666 0 55 555555 2 2 33 6 2 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 55555 333 2 2 2 33 33 4
lowQualScore : . . . .... ........ . . .. . .. ... . .. . . . . . . ..... . . ..... .. .............. . . . . ... ... .. .. . .. ................ . .. ... . .. ...... . . .. . . . ................................................................................................................................ . ..... ... . . . .. .. .
lowQualScore : 3 0 0 0000 88888888 9 9 66 1 33 666 1 00 1 1 2 4 2 4 00000 2 4 99999 22 99999999999999 9 4 4 4 111 111 22 44 4 88 6666666666666666 1 44 555 4 66 444444 2 2 11 6 5 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 66666 999 2 2 2 11 11 4
consensus : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GACA-TTTCTCATTGG-A-CTC--G---T-T--G--T-GGT----TTGG------TC----NNNCNNNNNGNGNNGNNNNCGNNNNGNNNNNNGGNGNGGNNNCNNNNCNNGNCNNGNNNNNGNCNNTCGG-NATGCANTNTATTC----AC-AGA-----G---AAAAACTAAATT-A-AT-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
Reference ( family-2030 ) : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GACATTTTCTCATTGG-A-CTC--G---T-T--G--TAGGT----TCGG------TC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG-CATGCAGTATATTC----AC-AGA-----G---AAAAACTAAATT-A-AT-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|1 : CCTTATCAC-GGCTAA-TCACAACTTT----A--------GTTGTT-TCTG--AAAA-AATG--AACC--CTCCACCGCT--TAAC-GCACA-CAA-T-AGTTTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-TAA---GT---T--GANNNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNCA-TTTCTCATTGG-AGCTC--ATGCT-T--G--GANNN----NNNN------NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNCAGATACAAGA-----A---AAAAAGTAAATC-A-AT-CAGC--ATAACAT---A-TAAGGG
gi|10 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACC--CT-CACCGCTA-AAAC-GCA-A-CAA---AG-TTC-T---TCA-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAC-CTA--T------TCA-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCAA--GTT------AAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAAA-TTTCTCATTGG-A-CTC--A---T----------GT----TTGG------TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN----NC-AGA-----G---AAAAACTATATT-A-AT-CATC--ATAACATG--A-TAAG
gi|11 : -CTTA-TCACAACTTT----AAATTTATAGTTG-T-TCAG--AAAA-AATT--GACA--CT-CACCGCT--AAAT-GCA-A-----T-AG-TTG-CG--TTC-GG-----A--T---------G----TGTTT---T-A---GT---T--AA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNNNATTTCTCATTGG-A-CTC--G---T----------GT----TTGG------TC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG-CATGCAGTATATTC----A---GA-----G---AAAAACTGAATT-A-AT-CAGC--ATAACATG--A-TA
gi|12 : cTATCAT-G-CTAA-TCACAACTTTCAAAA--------GTTG-T-TCTG--
gi|12 : ----AC-AGA-----G---AAAAA-TAAATT-A-AT-CAGC--ATAACGTG--A-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcatgtttggttatcttatagtgatgattggtaagaaaatgactggacaagaattcacgatcttatgaattttaatctcgacagcagtacagagaaaaataaattaatcagcataacgtgataagggt
gi|13 : tatcatgctaatcacaactttcaaaagttgttctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcatgtttggttatcttatagtgatgattggtaagaaaatgactggacaagaattcacgatcttatgaattttaatctcgacagcagt--CT-CATCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-A------GCA-TTTCTCATTGG-G-CTC--G---T-C--G--T--GT----TTGGNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN----AC-AGA-----G---AAAAACTAAATT-A-AT-CAGC--AT-ACATG--A-TAATGG
gi|14 : -AG-TTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---G----T--GA----NN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNCA-TTTCTCATTGG-A-CT
gi|14 : ----AC-AGA-----G---AAAAACTAAATC-A-AT-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagagaaaaactaaatcaatcagcataacatgataaggg
gi|15 : agttgctttcgtacatgttgtagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatttctcattggactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---TTTCCA---TTT---AAAA-AAAA-GCTGTA-ATTT--GACA-TTTCCCACGAG-A-CACATG---T-TTGG--TAANN----NNNN------NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN----NN-NNN-----GGAGAAAAATTAAATT-A-AT-CAGA--ATATCATG--A-TAAAGG
gi|16 : ATCAC-G-CTAA-TCACAACTTTT---A--------GTTG-T-CTTG--AAAACAACTTCGACC--CT-CATCGCCTAAAAC-GCA-ATCAA-T-AG-CTA-TGCTTTT-GT-----GACC---------AC---TGTT--G-T-A---GTCTTT--GA-TCAATACTAA-TTTTC---CA-T-AATT----CTGG--GGGCATTTTCCAATGTTA---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GACGATTCTTCATTGGCA-CTC--
gi|17 : acAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GACA-TTTGTCATTGG-ACCTT--G---C-T--G----GAN----NNNN------NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN----AC-AGA-----G---A------AAATC-A-AT-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|18 : CTTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---GATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GACATTTta
gi|19 : TTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---GATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GACATTT
gi|2 : CTTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTGG-TGTCTG--ACAA-AATTG-GACG--CT-C-CCGCT--AAACAGC--A-TAA-T-AT-TTGCT---CCC-GT-----A--C---------A----TGTTC-GAT-AAAGGT---C--GA-TC-AT-TTG--TTGTC-TTCA-T-A--T----TT-G--GGA---TTTCCA--AT-------AAAAAAA-GCTGTA-ATTTTGGACATTTTCTCATTGG-A-CTC--C---A-T--G--TTGGT----T
gi|20 : ----AC-AGA-----G---AAAAACTAAAGT-A-AT-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGttcttcttagtgatgaattcgataagaaaaatgacctggacgaagaaatttctcaatcgtataaattttatatcacgagttcaggttagataactagaactcacatgtaacttcagctaaaatgataagggat
gi|21 : acatttctcatcagtctcatgtttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCAC-G-CTAA-TCACGACATA----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-ATTT--GACA--CT-CAACGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-A---T---GTAATTAA--C---------A----TGTT----------AT---TCAGA--CGAT-ATG--ATTTC-ATCA-T-A--TGTTATTGATTGAA---TTTC
gi|22 : cTATCCC-A-CTAA--CGTGACTTT----AA-------GTTG-T-TC-G--AAAA-AAAA--AACTATTT-CGCTGCT--AATC-GCA-A-CCA---GG-TCG-T---TTCTGT-----A--T---------ACTTTTATTTTG-T-A---GT---T--GA-TAGAG-CTA--TTTTa
gi|23 : gTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GGCC--CT-CATTGCT--AAAC-GAA-A-CAA-
gi|24 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AGTT--GACC--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-
gi|25 : ----AC-AGA-----G---AAAAACTAAATG-A-AT-CTGC--ATAACGTG--A-TAAGGGT
gi|26 : tttaatcagcagtTCCAA-GTTA---AAAAAAAAA-GTTGTA-ATTT--GACA-TTTCTCATTGG-A-CTC--A---T-ta
gi|27 : ACAA-TTT----A--------GTCG-T-TCTGTAAAAA-AATT--G-TG--CT-CACTGCT--AATC-GCA-A-CAA-T-gtt
gi|28 : C-AGA-----G---AAAAACTAAATT-A-AT-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|29 : CTTTTCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-
gi|3 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GAC---CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCT-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCA-TGA--T----TTGG--GGA---TTTCCA--ATTTAAAAAAAAAAAA-GCTGTT-ATTT--GACATTCCCTCATCAG-C-CTC--A---T-T--A--TAAGT----TNNN------NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN----AC-AGA-----G---AAAAACTAAATT-A-AT-CATC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|4 : TCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-TGAG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T--------------TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--T----TT-G--GGA---TTTCAA--GTTT-----AAAAAAA-TCTGTATATTT--GACA-TTTCTCA-TGG-A-CTC--A---TGT--G--TTGGTCNNNNNNN------NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN----AC-AGA-----G---CAAAGCTAAATTAA-AT-CAGCCAATAACATG--ATTAAGGG
gi|5 : atCCTTATCAT-G-CTAA-TTACGACTTA----A--------GTTG-T-TTTG--
gi|5 : ----AC-AGA-----G---AAAAACGAAATT-A-AT-CAGC--ATAGCATGATA-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagagaaaaacgaaattaatcagcatagcatgatataagggt
gi|6 : ccttatcatgctaattacgacttaagttgttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAT-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--TACC--CT-CACTGCT---AAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-C---TTC-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T-------GAN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNCA-TTTGTCATTGG-A-CTC--A---T-T--GCTTGGAN----NNNN------NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN----AC-AGA-----G---AAAAACTAAATC-A-AT-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|7 : CTTATCACTG-CTAAATCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG---AAA-AATT---ACC--CT-CACCGCT--AAA--GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCC-GT-----A------------A----TGTTC-G-T-A---GC---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--A----TTGG--GGAT--TTTTCA--GTTT---AAAAAAAGACGCTGTT-ATTT--GACA--TTCCCATCAG-A-CTC--A---T-T--A--TAAA-------GN------NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN----AC-AGA-----G-----AAATTACATT-A-AT-CATC--ATACAATG--ATTAAGG
gi|8 : CTTATCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AACT--GACG--CT-CAC---------C-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA----NN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNCA-TTTCTCATTGG-A-CTC--G---TGT--T--TGGNN----NNNN------NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN----AC-AGA-----G---AAAAACTAAATT-A-AT-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|9 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-T-AG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T-------GAN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNCA-TTTCTCATTGG-A-CTC--A---T----------GT----TTGG------TC----TATCTTTTAGTGATGATTTCGTATAGAAATTTGGAGAGGATTCAAATCATGACAAGAAATAGTCAATCGGTTAT-CATTTTA-TC----A--AGACATACG---AGCAGCTAAATT-ACATCCAGC--ATA--ATG--A-
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11111 22222222222222 2222222222222222 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 6 2 2 4444 88888888 1 1 22 2 55 888 2 55 2 2 2 4 2 2 99999 2 55555 33 00000000000000 8 99 2 2 444 444 33 44 2 88 1111111111111111 1 33 666 0 55 555555 2 2 33 4 2 2 2 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 22222222 55555 88888 2 2 2 2 22 2 22 22 4
lowQualScore : . . . .... ........ . . .. . .. ... . .. . . . . . . ..... . ..... .. .............. . .. . . ... ... .. .. . .. ................ . .. ... . .. ...... . . .. . . . . . ............................................................................................................................ . ........ ..... ..... . . . . .. . .. .. .
lowQualScore : 3 0 0 0000 88888888 9 9 66 1 33 666 1 00 1 1 2 4 2 4 00000 4 99999 22 99999999999999 3 55 4 4 111 111 22 44 4 88 6666666666666666 1 44 555 4 66 444444 2 2 11 2 1 1 4 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 99999999 33333 22222 1 1 1 1 99 1 99 99 2
consensus : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-A-TT-TCTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TNNNTNTTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANNTGNNNNNNNNNCNNNNCGNNNNANNAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTAT-TCAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
Reference ( family-2030 ) : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-A-TT-TCTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------NNNCNNNNNGNGNNGNNNNCGNNNNGNNNNNNGGNGNGGNNNCNNNNCNNGNCNNGNNNNNGNCNNTCGG-NATGCANTNTAT-TCAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|1 : CCTTATCAC-GGCTAA-TCACAACTTT----A--------GTTGTT-TCTG--AAAA-AATG--AACC--CTCCACCGCT--TAAC-GCACA-CAA-T-AGTTTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-TAA---GT---T--GANNNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNC-A-TT-TCTCATTGG-AGCTCATGCT-TG----GA-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNC-AGATACA---A-----GAAA---AAAAGT-AAAT-C-A-A--T-CAGC--ATAACAT---A-TAAGGG
gi|10 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACC--CT-CACCGCTA-AAAC-GCA-A-CAA---AG-TTC-T---TCA-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAC-CTA--T------TCA-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCAA--GTT------AAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAA-A-TT-TCTCATTGG-A-CTCA---T--------G-TTTGG------T---CNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNC-AG--------A-----GA-----AAAACT-ATAT-T-A-A--T-CATC--ATAACATG--A-TAAG
gi|11 : -CTTA-TCACAACTTT----AAATTTATAGTTG-T-TCAG--AAAA-AATT--GACA--CT-CACCGCT--AAAT-GCA-A-----T-AG-TTG-CG--TTC-GG-----A--T---------G----TGTTT---T-A---GT---T--AA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNNNA-TT-TCTCATTGG-A-CTCG---T--------G-TTTGG------T---C---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAG-CATGCAGTATAT-TCA---G--------A-----GA-----AAAACT-GAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TA
gi|12 : cTATCAT-G-CTAA-TCACAACTTTCAAAA--------GTTG-T-TCTG--
gi|12 : AC-AG--------A-----GA-----AAAA-T-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACGTG--A-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcatgtttggttatcttatagtgatgattggtaagaaaatgactggacaagaattcacgatcttatgaattttaatctcgacagcagtacagagaaaaataaattaatcagcataacgtgataagggt
gi|13 : tatcatgctaatcacaactttcaaaagttgttctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcatgtttggttatcttatagtgatgattggtaagaaaatgactggacaagaattcacgatcttatgaattttaatctcgacagcagt--CT-CATCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-A------GC-A-TT-TCTCATTGG-G-CTCG---T-CG--T--G-TTTGGNNNNNNN---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--AT-ACATG--A-TAATGG
gi|14 : -AG-TTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TGTT--G-T-A---GT------GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNN-----C-A-TT-TCTCATTGG-A-CTNN---N-NN--N-NN-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN--------AC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|15 : ---TTTCCA---TTT---AAAA-AAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-A-TT-TCCCACGAG-A-CACA---T--------G-TTTGG------T---
gi|15 : G--------A-----GA-----AAAATT-AAAT-T-A-A--T-CAGA--ATATCATG--A-TAAAGGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagaaaaattaaattaatcagaatatcatgataaagg
gi|16 : tttccatttaaaaaaaagctgtaatttgacatttcccacgagacacatgtttggtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATCAC-G-CTAA-TCACAACTTTT---A--------GTTG-T-CTTG--AAAACAACTTCGACC--CT-CATCGCCTAAAAC-GCA-ATCAA-T-AG-CTA-TGCTTTT-GT-----GACC---------AC---TGTT--G-T-A---GTCTTT--GA-TCAATACTAA-TTTTC---CA-T-AATT----CTGG--GGGCATTTTCCAATGTTA---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GACGA-TT-CTTCATTGGCA-CTC
gi|17 : acAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-A-TT-TGTCATTGG-ACCTTG---C-TG----GA-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GA------------AAAT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|18 : CTTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---GATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-A-TT-Tta
gi|19 : TTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---GATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-A-TT-T
gi|2 : CTTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTGG-TGTCTG--ACAA-AATTG-GACG--CT-C-CCGCT--AAACAGC--A-TAA-T-AT-TTGCT---CCC-GT-----A--C---------A----TGTTC-GAT-AAAGGT---C--GA-TC-AT-TTG--TTGTC-TTCA-T-A--T----TT-G--GGA---TTTCCA--AT-------AAAAAAA-GCTGTA-ATTTTGGAC-ATTT-TCTCATTGG-A-CTCC---A-TG--------TTGG------T---T---------TTCTTCTTAGTGATGAATTCGATAAGAAAAATG-------ACCTGGACGA---AGAAATTTCTCAATC-G-TATAAATTTTATATCACGAGTTCAGGTTA-----GATAACTAGAACTCACATGT-A-ACTT-CAGC---TAAAATG--A-TAAGGG
gi|20 : AC-A-TT-TCTCATCAG-T-CTCA---T--------G-TTTGA------TTNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAG-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGat
gi|21 : ATCAC-G-CTAA-TCACGACATA----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-ATTT--GACA--CT-CAACGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-A---T---GTAATTAA--C---------A----TGTT----------AT---TCAGA--CGAT-ATG--ATTTC-ATCA-T-A--TGTTATTGATTGAA---TTTC
gi|22 : cTATCCC-A-CTAA--CGTGACTTT----AA-------GTTG-T-TC-G--AAAA-AAAA--AACTATTT-CGCTGCT--AATC-GCA-A-CCA---GG-TCG-T---TTCTGT-----A--T---------ACTTTTATTTTG-T-A---GT---T--GA-TAGAG-CTA--TTTTa
gi|23 : gTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GGCC--CT-CATTGCT--AAAC-GAA-A-CAA-
gi|24 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AGTT--GACC--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-
gi|25 : AC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-G-A-A--T-CTGC--ATAACGTG--A-TAAGGGT
gi|26 : tttaatcagcagtTCCAA-GTTA---AAAAAAAAA-GTTGTA-ATTT--GAC-A-TT-TCTCATTGG-A-CTCA---T-ta
gi|27 : ACAA-TTT----A--------GTCG-T-TCTGTAAAAA-AATT--G-TG--CT-CACTGCT--AATC-GCA-A-CAA-T-gtt
gi|28 : C-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|29 : CTTTTCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-
gi|3 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GAC---CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCT-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCA-TGA--T----TTGG--GGA---TTTCCA--ATTTAAAAAAAAAAAA-GCTGTT-ATTT--GAC-A-TTCCCTCATCAG-C-CTCA---T-TA--TAAG-TTNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CATC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|4 : TCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-TGAG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T--------------TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--T----TT-G--GGA---TTTCAA--GTTT-----AAAAAAA-TCTGTATATTT--GAC-A-TT-TCTCA-TGG-A-CTCA-----TG--T-G---TTGG------T---CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GC-----AAAGCT-AAAT-TAA-A--T-CAGCCAATAACATG--ATTAAGGG
gi|5 : atCCTTATCAT-G-CTAA-TTACGACTTA----A--------GTTG-T-TTTG--
gi|5 : AC-AG--------A-----GA-----AAAACG-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAGCATGATA-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagagaaaaacgaaattaatcagcatagcatgatataagggt
gi|6 : ccttatcatgctaattacgacttaagttgttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAT-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--TACC--CT-CACTGCT--AA-C-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-C---TTC-GT-----A--C---------A----TGTT--G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NN------C-A-TT-TGTCATTGG-A-CTCA---T-TGCTT-GGANNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|7 : CTTATCACTG-CTAAATCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG---AAA-AATT---ACC--CT-CACCGCT--AAA--GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCC-GT-----A------------A----TGTTC-G-T-A---GC---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--A----TTGG--GGAT--TTTTCA--GTTT---AAAAAAAGACGCTGTT-ATTT--GAC-A--T-TCCCATCAG-A-CTCA---T-TA--T-AA---AGN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----G-------AAATT-ACAT-T-A-A--T-CATC--ATACAATG--ATTAAGG
gi|8 : CTTATCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AACT--GACG--CT-CAC---------C-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA----NN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNC-A-TT-TCTCATTGG-A-CTCG---TGTT--T-GGNNNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|9 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-T-AG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T---------A----TGTT--G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NN------C-A-TT-TCTCATTGG-A-CTCA---T--------G-TTTGG------T---C---------TATCTTTTAGTGATGATTTCGTATAGAAATTTGGAGAGGATTCAAATCATGACAAGAAATAGTCAATCGGTTAT-CATTTTA--TCA--AG--------ACATACGA-----GCAGCT-AAAT-T-ACA--TCCAGC--ATA--ATG--A-
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11111 22222222222222 2222222222222222 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111
lowQualScore : 6 2 2 4444 88888888 1 1 22 2 55 888 2 55 2 2 2 4 2 2 99999 2 55555 33 00000000000000 8 99 2 2 444 444 33 44 2 88 1111111111111111 1 33 666 0 55 555555 2 2 33 4 2 2 2 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 22222222 55555 88888 2 2 2 2 22 2 22 22 4
lowQualScore : . . . .... ........ . . .. . .. ... . .. . . . . . . ..... . ..... .. .............. . .. . . ... ... .. .. . .. ................ . .. ... . .. ...... . . .. . . . . . .................................................................................................................................. . ........ ..... ..... . . . . .. . .. .. .
lowQualScore : 3 0 0 0000 88888888 9 9 66 1 33 666 1 00 1 1 2 4 2 4 00000 4 99999 22 99999999999999 3 55 4 4 111 111 22 44 4 88 6666666666666666 1 44 555 4 66 444444 2 2 11 2 1 1 4 7 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 99999999 33333 22222 1 1 1 1 99 1 99 99 2
consensus : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-A-TT-TCTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TNTCTTNTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANN---TGGANANGANTCNNNNCGNNNN-ANGAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTAN-TCAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
Reference ( family-2030 ) : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-A-TT-TCTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TNNNTNTTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANN---TGNNNNNNNNNCNNNNCGNNNN-ANNAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTAT-TCAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|1 : CCTTATCAC-GGCTAA-TCACAACTTT----A--------GTTGTT-TCTG--AAAA-AATG--AACC--CTCCACCGCT--TAAC-GCACA-CAA-T-AGTTTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-TAA---GT---T--GANNNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNC-A-TT-TCTCATTGG-AGCTCATGCT-TG----GA-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNC-AGATACA---A-----GAAA---AAAAGT-AAAT-C-A-A--T-CAGC--ATAACAT---A-TAAGGG
gi|10 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACC--CT-CACCGCTA-AAAC-GCA-A-CAA---AG-TTC-T---TCA-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAC-CTA--T------TCA-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCAA--GTT------AAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAA-A-TT-TCTCATTGG-A-CTCA---T--------G-TTTGG------T---CNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNC-AG--------A-----GA-----AAAACT-ATAT-T-A-A--T-CATC--ATAACATG--A-TAAG
gi|11 : -CTTA-TCACAACTTT----AAATTTATAGTTG-T-TCAG--AAAA-AATT--GACA--CT-CACCGCT--AAAT-GCA-A-----T-AG-TTG-CG--TTC-GG-----A--T---------G----TGTTT---T-A---GT---T--AA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNNNA-TT-TCTCATTGG-A-CTCG---T--------G-TTTGG------T---C---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNTCAG-CATGCAGTATAT-TCA---G--------A-----GA-----AAAACT-GAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TA
gi|12 : cTATCAT-G-CTAA-TCACAACTTTCAAAA--------GTTG-T-TCTG--
gi|12 : G-TTTGG------T-------------TATCTTATAGTGATGATT--GGTAAGAAAATGACTGGACAAGAAT--TCACGATCTTATGAATT--TTAATC-----TCGACAGCAG-T-AC-AG--------A-----GA-----AAAA-T-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACGTG--A-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcatgtttggttatcttatagtgatgattggtaagaaaatgactggacaagaattcacgatcttatgaattttaatctcgacagcagtacagagaaaaataaattaatcagcataacgtgataagggt
gi|13 : tatcatgctaatcacaactttcaaaagttgttctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcat--CT-CATCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-A------GC-A-TT-TCTCATTGG-G-CTCG---T-CG--T--G-TTTGGNNNNNNN---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--AT-ACATG--A-TAATGG
gi|14 : -AG-TTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TGTT--G-T-A---GT------GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNN-----C-A-TT-TCTCATTGG-A-CTNN---N-NN--N-NN-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN--------AC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|15 : ---TTTCCA---TTT---AAAA-AAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-A-TT-TCCCACGAG-A-CACA---T--------G-TTTGG------T---
gi|15 : G--------A-----GA-----AAAATT-AAAT-T-A-A--T-CAGA--ATATCATG--A-TAAAGGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagaaaaattaaattaatcagaatatcatgataaagg
gi|16 : tttccatttaaaaaaaagctgtaatttgacatttcccacgagacacatgtttggtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATCAC-G-CTAA-TCACAACTTTT---A--------GTTG-T-CTTG--AAAACAACTTCGACC--CT-CATCGCCTAAAAC-GCA-ATCAA-T-AG-CTA-TGCTTTT-GT-----GACC---------AC---TGTT--G-T-A---GTCTTT--GA-TCAATACTAA-TTTTC---CA-T-AATT----CTGG--GGGCATTTTCCAATGTTA---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GACGA-TT-CTTCATTGGCA-CTC
gi|17 : acAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-A-TT-TGTCATTGG-ACCTTG---C-TG----GA-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GA------------AAAT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|18 : CTTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---GATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-A-TT-Tta
gi|19 : TTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---GATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-A-TT-T
gi|2 : CTTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTGG-TGTCTG--ACAA-AATTG-GACG--CT-C-CCGCT--AAACAGC--A-TAA-T-AT-TTGCT---CCC-GT-----A--C---------A----TGTTC-GAT-AAAGGT---C--GA-TC-AT-TTG--TTGTC-TTCA-T-A--T----TT-G--GGA---TTTCCA--AT-------AAAAAAA-GCTGTA-ATTTTGGAC-ATTT-TCTCATTGG-A-CTCC---A-TG--------TTGG------T---T---------TTCTTCTTAGTGATGAATTCGATAAGAAAAA---TG-------ACCTGGACG---A-AGAAATTTCTCAATC-G-TATAAATTTTATATCACGAGTTCAGGTTA-----GATAACTAGAACTCACATGT-A-ACTT-CAGC---TAAAATG--A-TAAGGG
gi|20 : AC-A-TT-TCTCATCAG-T-CTCA---T--------G-TTTGA------TTNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAG-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGat
gi|21 : ATCAC-G-CTAA-TCACGACATA----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-ATTT--GACA--CT-CAACGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-A---T---GTAATTAA--C---------A----TGTT----------AT---TCAGA--CGAT-ATG--ATTTC-ATCA-T-A--TGTTATTGATTGAA---TTTC
gi|22 : cTATCCC-A-CTAA--CGTGACTTT----AA-------GTTG-T-TC-G--AAAA-AAAA--AACTATTT-CGCTGCT--AATC-GCA-A-CCA---GG-TCG-T---TTCTGT-----A--T---------ACTTTTATTTTG-T-A---GT---T--GA-TAGAG-CTA--TTTTa
gi|23 : gTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GGCC--CT-CATTGCT--AAAC-GAA-A-CAA-
gi|24 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AGTT--GACC--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-
gi|25 : AC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-G-A-A--T-CTGC--ATAACGTG--A-TAAGGGT
gi|26 : tttaatcagcagtTCCAA-GTTA---AAAAAAAAA-GTTGTA-ATTT--GAC-A-TT-TCTCATTGG-A-CTCA---T-ta
gi|27 : ACAA-TTT----A--------GTCG-T-TCTGTAAAAA-AATT--G-TG--CT-CACTGCT--AATC-GCA-A-CAA-T-gtt
gi|28 : C-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|29 : CTTTTCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-
gi|3 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GAC---CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCT-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCA-TGA--T----TTGG--GGA---TTTCCA--ATTTAAAAAAAAAAAA-GCTGTT-ATTT--GAC-A-TTCCCTCATCAG-C-CTCA---T-TA--TAAG-TTNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CATC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|4 : TCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-TGAG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T--------------TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--T----TT-G--GGA---TTTCAA--GTTT-----AAAAAAA-TCTGTATATTT--GAC-A-TT-TCTCA-TGG-A-CTCA-----TG--T-G---TTGG------T---CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GC-----AAAGCT-AAAT-TAA-A--T-CAGCCAATAACATG--ATTAAGGG
gi|5 : atCCTTATCAT-G-CTAA-TTACGACTTA----A--------GTTG-T-TTTG--
gi|5 : AC-AG--------A-----GA-----AAAACG-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAGCATGATA-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagagaaaaacgaaattaatcagcatagcatgatataagggt
gi|6 : ccttatcatgctaattacgacttaagttgttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAT-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--TACC--CT-CACTGCT--AA-C-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-C---TTC-GT-----A--C---------A----TGTT--G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NN------C-A-TT-TGTCATTGG-A-CTCA---T-TGCTT-GGANNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|7 : CTTATCACTG-CTAAATCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG---AAA-AATT---ACC--CT-CACCGCT--AAA--GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCC-GT-----A------------A----TGTTC-G-T-A---GC---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--A----TTGG--GGAT--TTTTCA--GTTT---AAAAAAAGACGCTGTT-ATTT--GAC-A--T-TCCCATCAG-A-CTCA---T-TA--T-AA---AGN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----G-------AAATT-ACAT-T-A-A--T-CATC--ATACAATG--ATTAAGG
gi|8 : CTTATCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AACT--GACG--CT-CAC---------C-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA----NN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNC-A-TT-TCTCATTGG-A-CTCG---TGTT--T-GGNNNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|9 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--GACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-T-AG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T---------A----TGTT--G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NN------C-A-TT-TCTCATTGG-A-CTCA---T--------G-TTTGG------T---C---------TATCTTTTAGTGATGATTTCGTATAGAAATT---TGGAGAGGATTCAAATCATGAC-AAGAAATAGTCAATCGGTTAT-CATTTTA--TCA--AG--------ACATACGA-----GCAGCT-AAAT-T-ACA--TCCAGC--ATA--ATG--A-
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 22222222222222 2222222222222222 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111
lowQualScore : 6 2 2 4444 88888888 1 1 22 2 33 2 888 2 55 2 2 2 4 2 2 77777 4 55555 33 00000000000000 8 99 2 2 444 444 33 44 2 88 1111111111111111 33 666 0 55 555555 2 2 33 4 2 2 2 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 22222222 55555 88888 2 2 2 2 22 2 22 22 4
lowQualScore : . . . .... ........ . . .. . .. . ... . .. . . . . . . ..... . ..... .. .............. . .. . . ... ... .. .. . .. ................ .. ... . .. ...... . . .. . . . . . .................................................................................................................................. . ........ ..... ..... . . . . .. . .. .. .
lowQualScore : 3 0 0 0000 88888888 9 9 66 1 11 2 666 1 00 1 1 2 4 2 4 55555 7 99999 22 99999999999999 3 55 4 4 111 111 22 44 4 88 6666666666666666 44 555 4 66 444444 2 2 11 2 1 1 4 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 99999999 33333 22222 1 1 1 1 99 1 99 99 2
consensus : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TATCTTNTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANN---TGGANANGANTCNNNNCGNNNN-ANGAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTA-NTCAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
Reference ( family-2030 ) : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TNTCTTNTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANN---TGGANANGANTCNNNNCGNNNN-ANGAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTA-NTCAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|1 : CCTTATCAC-GGCTAA-TCACAACTTT----A--------GTTGTT-TCTG--AAAA-AATG--A-ACC--CTCCACCGCT--TAAC-GCACA-CAA-T-AGTTTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-TAA---GT---T--GANNNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNC-ATT-T-CTCATTGG-AGCTCATGCT-TG----GA-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNC-AGATACA---A-----GAAA---AAAAGT-AAAT-C-A-A--T-CAGC--ATAACAT---A-TAAGGG
gi|10 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACC--CT-CACCGCTA-AAAC-GCA-A-CAA---AG-TTC-T---TCA-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAC-CTA--T------TCA-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCAA--GTT------AAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAA-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCA---T--------G-TTTGG------T---CNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNC-AG--------A-----GA-----AAAACT-ATAT-T-A-A--T-CATC--ATAACATG--A-TAAG
gi|11 : -CTTA-TCACAACTTT----AAATTTATAGTTG-T-TCAG--AAAA-AATT--G-ACA--CT-CACCGCT--AAAT-GCA-A-----T-AG-TTG-CG--TTC-GG-----A--T---------G----TGTTT---T-A---GT---T--AA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNNNATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T--------G-TTTGG------T---C---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNTCAG-CATGCAGTATA-TTCA---G--------A-----GA-----AAAACT-GAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TA
gi|12 : cTATCAT-G-CTAA-TCACAACTTTCAAAA--------GTTG-T-TCTG--
gi|12 : G-TTTGG------T-------------TATCTTATAGTGATGATT--GGTAAGAAAATGACTGGACAAGAAT--TCACGATCTTATGAATT--TTAATC-----TCGACAGCA-GT-AC-AG--------A-----GA-----AAAA-T-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACGTG--A-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcatgtttggttatcttatagtgatgattggtaagaaaatgactggacaagaattcacgatcttatgaattttaatctcgacagcagtacagagaaaaataaattaatcagcataacgtgataagggt
gi|13 : tatcatgctaatcacaactttcaaaagttgttctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcat--CT-CATCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-A------GC-ATT-T-CTCATTGG-G-CTCG---T-CG--T--G-TTTGGNNNNNNN---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--AT-ACATG--A-TAATGG
gi|14 : -AG-TTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TGTT--G-T-A---GT------GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNN-----C-ATT-T-CTCATTGG-A-CTNN---N-NN--N-NN-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN--------AC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|15 : ---TTTCCA---TTT---AAAA-AAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CCCACGAG-A-CACA---T--------G-TTTGG------T---
gi|15 : G--------A-----GA-----AAAATT-AAAT-T-A-A--T-CAGA--ATATCATG--A-TAAAGGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagaaaaattaaattaatcagaatatcatgataaagg
gi|16 : tttccatttaaaaaaaagctgtaatttgacatttcccacgagacacatgtttggtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATCAC-G-CTAA-TCACAACTTTT---A--------GTTG-T-CTTG--AAAACAACTTCG-ACC--CT-CATCGCCTAAAAC-GCA-ATCAA-T-AG-CTA-TGCTTTT-GT-----GACC---------AC---TGTT--G-T-A---GTCTTT--GA-TCAATACTAA-TTTTC---CA-T-AATT----CTGG--GGGCATTTTCCAATGTTA---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GACGATT-C-TTCATTGGCA-CTC
gi|17 : acAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-GTCATTGG-ACCTTG---C-TG----GA-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNAC-AG--------A-----GA------------AAAT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|18 : CTTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---G-ATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-ta
gi|19 : TTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---G-ATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-
gi|2 : CTTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTGG-TGTCTG--ACAA-AATT--GGACG--CT-C-CCGCT--AAACAGCA---TAA-T-AT-TTG-C---TCCCGT-----A--C---------A----TGTTC-GAT-AAAGGT---C--GA-TC-AT-TTG--TTGTC-TTCA-T-A--T----TTGG--G-A---TTTCCA--AT-------AAAAAAA-GCTGTA-ATTTTGGAC-ATT-TTCTCATTGG-A-CTCC---A-TG--TTGG-TTT--------T---C---------T-TCTT--AGTGATGAATTCGATAAGAAAAA---TG-------ACCTGGACG---A-AGAAATTTCTCAATC-G-TATAAATTTTATATCACGAGTTCAGGTTA-----GATAACTAGAACTCACATGT-A-ACTT-CAGC---TAAAATG--A-TAAGGG
gi|20 : AC-ATT-T-CTCATCAG-T-CTCA---T--------G-TTTGA------TTNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAG-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGat
gi|21 : ATCAC-G-CTAA-TCACGACATA----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-ATTT--G-ACA--CT-CAACGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-A---T---GTAATTAA--C---------A----TGTT----------AT---TCAGA--CGAT-ATG--ATTTC-ATCA-T-A--TGTTATTGATTGAA---TTTC
gi|22 : cTATCCC-A-CTAA--CGTGACTTT----AA-------GTTG-T-TC-G--AAAA-AAAA--A-ACTATTT-CGCTGCT--AATC-GCA-A-CCA---GG-TCG-T---TTCTGT-----A--T---------ACTTTTATTTTG-T-A---GT---T--GA-TAGAG-CTA--TTTTa
gi|23 : gTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-GCC--CT-CATTGCT--AAAC-GAA-A-CAA-
gi|24 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AGTT--G-ACC--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-
gi|25 : AC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-G-A-A--T-CTGC--ATAACGTG--A-TAAGGGT
gi|26 : tttaatcagcagtTCCAA-GTTA---AAAAAAAAA-GTTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCA---T-ta
gi|27 : ACAA-TTT----A--------GTCG-T-TCTGTAAAAA-AATT--G--TG--CT-CACTGCT--AATC-GCA-A-CAA-T-gtt
gi|28 : C-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|29 : CTTTTCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-
gi|3 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-AC---CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCT-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCA-TGA--T----TTGG--GGA---TTTCCA--ATTTAAAAAAAAAAAA-GCTGTT-ATTT--GAC-ATTCC-CTCATCAG-C-CTCA---T-TA--TAAG-TTNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CATC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|4 : TCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-TGAG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T--------------TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--T----TT-G--GGA---TTTCAA--GTTT-----AAAAAAA-TCTGTATATTT--GAC-ATT-T-CTCA-TGG-A-CTCA-----TG--T-G---TTGG------T---CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNAC-AG--------A-----GC-----AAAGCT-AAAT-TAA-A--T-CAGCCAATAACATG--ATTAAGGG
gi|5 : atCCTTATCAT-G-CTAA-TTACGACTTA----A--------GTTG-T-TTTG--
gi|5 : AC-AG--------A-----GA-----AAAACG-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAGCATGATA-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagagaaaaacgaaattaatcagcatagcatgatataagggt
gi|6 : ccttatcatgctaattacgacttaagttgttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAT-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--T-ACC--CT-CACTGCT--AA-C-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-C---TTC-GT-----A--C---------A----TGTT--G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NN------C-ATT-T-GTCATTGG-A-CTCA---T-TGCTT-GGANNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|7 : CTTATCACTG-CTAAATCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG---AAA-AATT----ACC--CT-CACCGCT--AAA--GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCC-GT-----A------------A----TGTTC-G-T-A---GC---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--A----TTGG--GGAT--TTTTCA--GTTT---AAAAAAAGACGCTGTT-ATTT--GAC-A-T-T-CCCATCAG-A-CTCA---T-TA--T-AA---AGN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNAC-AG--------A-----G-------AAATT-ACAT-T-A-A--T-CATC--ATACAATG--ATTAAGG
gi|8 : CTTATCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AACT--G-ACG--CT-CAC---------C-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA----NN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---TGTT--T-GGNNNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNAC-AG--------A-----GA-----AAAACT-AAAT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|9 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-T-AG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T---------A----TGTT--G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NN------C-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCA---T--------G-TTTGG------T---C---------TATCTTTTAGTGATGATTTCGTATAGAAATT---TGGAGAGGATTCAAATCATGAC-AAGAAATAGTCAATCGGTTAT-CATTTTA--TCA--AG--------ACATACGA-----GCAGCT-AAAT-T-ACA--TCCAGC--ATA--ATG--A-
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 22222222222222 2222222222222222 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 6 2 2 4444 88888888 1 1 22 2 33 2 888 2 55 2 2 2 4 2 2 77777 4 55555 33 00000000000000 8 99 2 2 444 444 33 44 2 88 1111111111111111 33 666 0 55 555555 2 2 33 4 2 2 2 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666666 88888 55555 88888 2 2 2 2 22 2 22 22 4
lowQualScore : . . . .... ........ . . .. . .. . ... . .. . . . . . . ..... . ..... .. .............. . .. . . ... ... .. .. . .. ................ .. ... . .. ...... . . .. . . . . . .................................................................................................................................. ...... ..... ..... ..... . . . . .. . .. .. .
lowQualScore : 3 0 0 0000 88888888 9 9 66 1 11 2 666 1 00 1 1 2 4 2 4 55555 7 99999 22 99999999999999 3 55 4 4 111 111 22 44 4 88 6666666666666666 44 555 4 66 444444 2 2 11 2 1 1 4 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444 99999 33333 22222 1 1 1 1 99 1 99 99 2
consensus : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TATCTTNTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANN---TGGANANGANTCNNNNCGNNNN-ANGAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTAN-TCAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
Reference ( family-2030 ) : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TATCTTNTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANN---TGGANANGANTCNNNNCGNNNN-ANGAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTAN-TCAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|1 : CCTTATCAC-GGCTAA-TCACAACTTT----A--------GTTGTT-TCTG--AAAA-AATG--A-ACC--CTCCACCGCT--TAAC-GCACA-CAA-T-AGTTTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-TAA---GT---T--GANNNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNC-ATT-T-CTCATTGG-AGCTCATGCT-TG----GA-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNC------AGATACAA-----GAAA---AAAAGTAA-AT-C-A-A--T-CAGC--ATAACAT---A-TAAGGG
gi|10 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACC--CT-CACCGCTA-AAAC-GCA-A-CAA---AG-TTC-T---TCA-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAC-CTA--T------TCA-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCAA--GTT------AAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAA-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCA---T--------G-TTTGG------T---CNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNC------AG-----A-----GA-----AAAACTAT-AT-T-A-A--T-CATC--ATAACATG--A-TAAG
gi|11 : -CTTA-TCACAACTTT----AAATTTATAGTTG-T-TCAG--AAAA-AATT--G-ACA--CT-CACCGCT--AAAT-GCA-A-----T-AG-TTG-CG--TTC-GG-----A--T---------G----TGTTT---T-A---GT---T--AA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNNNATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T--------G-TTTGG------T---C---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNTCAG-CATGCAGTATAT-TCA--------G-----A-----GA-----AAAACTGA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TA
gi|12 : cTATCAT-G-CTAA-TCACAACTTTCAAAA--------GTTG-T-TCTG--
gi|12 : G-TTTGG------T-------------TATCTTATAGTGATGATT--GGTAAGAAAATGACTGGACAAGAAT--TCACGATCTTATGAATT--TTAATC-----TCGACAGCAG-T-AC------AG-----A-----GA-----AAAA-TAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACGTG--A-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcatgtttggttatcttatagtgatgattggtaagaaaatgactggacaagaattcacgatcttatgaattttaatctcgacagcagtacagagaaaaataaattaatcagcataacgtgataagggt
gi|13 : tatcatgctaatcacaactttcaaaagttgttctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcat--CT-CATCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-A------GC-ATT-T-CTCATTGG-G-CTCG---T-CG--T--G-TTTGGNNNNNNN---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--AT-ACATG--A-TAATGG
gi|14 : -AG-TTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TGTT--G-T-A---GT------GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNN-----C-ATT-T-CTCATTGG-A-CTNN---N-NN--N-NN-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN--------AC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|15 : ---TTTCCA---TTT---AAAA-AAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CCCACGAG-A-CACA---T--------G-TTTGG------T---
gi|15 : G-----A-----GA-----AAAATTAA-AT-T-A-A--T-CAGA--ATATCATG--A-TAAAGGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagaaaaattaaattaatcagaatatcatgataaagg
gi|16 : tttccatttaaaaaaaagctgtaatttgacatttcccacgagacacatgtttggtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATCAC-G-CTAA-TCACAACTTTT---A--------GTTG-T-CTTG--AAAACAACTTCG-ACC--CT-CATCGCCTAAAAC-GCA-ATCAA-T-AG-CTA-TGCTTTT-GT-----GACC---------AC---TGTT--G-T-A---GTCTTT--GA-TCAATACTAA-TTTTC---CA-T-AATT----CTGG--GGGCATTTTCCAATGTTA---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GACGATT-C-TTCATTGGCA-CTC
gi|17 : acAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-GTCATTGG-ACCTTG---C-TG----GA-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----------AA-AT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|18 : CTTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---G-ATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-ta
gi|19 : TTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---G-ATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-
gi|2 : CTTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTGG-TGTCTG--ACAA-AATT--GGACG--CT-C-CCGCT--AAACAGCA---TAA-T-AT-TTG-C---TCCCGT-----A--C---------A----TGTTC-GAT-AAAGGT---C--GA-TC-AT-TTG--TTGTC-TTCA-T-A--T----TTGG--G-A---TTTCCA--AT-------AAAAAAA-GCTGTA-ATTTTGGAC-ATT-TTCTCATTGG-A-CTCC---A-TG--TTGG-TTT--------T---C---------T-TCTT--AGTGATGAATTCGATAAGAAAAA---TG-------ACCTGGACGA----AGAAATTTCTCAATCG--TATAAATTTTATATCACGAGTTCAGGTT--A-----GATAACTAGAACTCACATGT-A-ACTT-CAGC---TAAAATG--A-TAAGGG
gi|20 : AC-ATT-T-CTCATCAG-T-CTCA---T--------G-TTTGA------TTNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AG-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGat
gi|21 : ATCAC-G-CTAA-TCACGACATA----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-ATTT--G-ACA--CT-CAACGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-A---T---GTAATTAA--C---------A----TGTT----------AT---TCAGA--CGAT-ATG--ATTTC-ATCA-T-A--TGTTATTGATTGAA---TTTC
gi|22 : cTATCCC-A-CTAA--CGTGACTTT----AA-------GTTG-T-TC-G--AAAA-AAAA--A-ACTATTT-CGCTGCT--AATC-GCA-A-CCA---GG-TCG-T---TTCTGT-----A--T---------ACTTTTATTTTG-T-A---GT---T--GA-TAGAG-CTA--TTTTa
gi|23 : gTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-GCC--CT-CATTGCT--AAAC-GAA-A-CAA-
gi|24 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AGTT--G-ACC--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-
gi|25 : AC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-G-A-A--T-CTGC--ATAACGTG--A-TAAGGGT
gi|26 : tttaatcagcagtTCCAA-GTTA---AAAAAAAAA-GTTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCA---T-ta
gi|27 : ACAA-TTT----A--------GTCG-T-TCTGTAAAAA-AATT--G--TG--CT-CACTGCT--AATC-GCA-A-CAA-T-gtt
gi|28 : C------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|29 : CTTTTCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-
gi|3 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-AC---CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCT-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCA-TGA--T----TTGG--GGA---TTTCCA--ATTTAAAAAAAAAAAA-GCTGTT-ATTT--GAC-ATTCC-CTCATCAG-C-CTCA---T-TA--TAAG-TTNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CATC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|4 : TCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-TGAG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T--------------TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--T----TT-G--GGA---TTTCAA--GTTT-----AAAAAAA-TCTGTATATTT--GAC-ATT-T-CTCA-TGG-A-CTCA-----TG--T-G---TTGG------T---CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GC-----AAAGCTAA-AT-TAA-A--T-CAGCCAATAACATG--ATTAAGGG
gi|5 : atCCTTATCAT-G-CTAA-TTACGACTTA----A--------GTTG-T-TTTG--
gi|5 : AC------AG-----A-----GA-----AAAACGAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAGCATGATA-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagagaaaaacgaaattaatcagcatagcatgatataagggt
gi|6 : ccttatcatgctaattacgacttaagttgttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAT-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--T-ACC--CT-CACTGCT--AA-C-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-C---TTC-GT-----A--C---------A----TGTT--G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NN------C-ATT-T-GTCATTGG-A-CTCA---T-TGCTT-GGANNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|7 : CTTATCACTG-CTAAATCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG---AAA-AATT----ACC--CT-CACCGCT--AAA--GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCC-GT-----A------------A----TGTTC-G-T-A---GC---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--A----TTGG--GGAT--TTTTCA--GTTT---AAAAAAAGACGCTGTT-ATTT--GAC-A-T-T-CCCATCAG-A-CTCA---T-TA--T-AA---AGN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----G-------AAATTAC-AT-T-A-A--T-CATC--ATACAATG--ATTAAGG
gi|8 : CTTATCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AACT--G-ACG--CT-CAC---------C-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA----NN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---TGTT--T-GGNNNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|9 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-T-AG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T---------A----TGTT--G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NN------C-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCA---T--------G-TTTGG------T---C---------TATCTTTTAGTGATGATTTCGTATAGAAATT---TGGAGAGGATTCAAATCATGAC-AAGAAATAGTCAATCGGTTAT-CATTTTA--TCA-------AG-----ACATACGA-----GCAGCTAA-AT-T-ACA--TCCAGC--ATA--ATG--A-
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 22222222222222 2222222222222222 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 6 2 2 4444 88888888 1 1 22 2 33 2 888 2 55 2 2 2 4 2 2 77777 4 55555 33 00000000000000 8 99 2 2 444 444 33 44 2 88 1111111111111111 33 666 0 55 555555 2 2 33 4 2 2 2 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666666 88888 55555 88888 2 2 2 2 22 2 22 22 4
lowQualScore : . . . .... ........ . . .. . .. . ... . .. . . . . . . ..... . ..... .. .............. . .. . . ... ... .. .. . .. ................ .. ... . .. ...... . . .. . . . . . .................................................................................................................................. ...... ..... ..... ..... . . . . .. . .. .. .
lowQualScore : 3 0 0 0000 88888888 9 9 66 1 11 2 666 1 00 1 1 2 4 2 4 55555 7 99999 22 99999999999999 3 55 4 4 111 111 22 44 4 88 6666666666666666 44 555 4 66 444444 2 2 11 2 1 1 4 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444 99999 33333 22222 1 1 1 1 99 1 99 99 2
consensus : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TATCTTNTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANN---TGGANANGANTCNNNNCGNNNN-ANGAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTAN-TCAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
Reference ( family-2030 ) : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TATCTTNTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANN---TGGANANGANTCNNNNCGNNNN-ANGAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTAN-TCAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|1 : CCTTATCAC-GGCTAA-TCACAACTTT----A--------GTTGTT-TCTG--AAAA-AATG--A-ACC--CTCCACCGCT--TAAC-GCACA-CAA-T-AGTTTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-TAA---GT---T--GANNNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNC-ATT-T-CTCATTGG-AGCTCATGCT-TG----GA-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNC------AGATACAA-----GAAA---AAAAGTAA-AT-C-A-A--T-CAGC--ATAACAT---A-TAAGGG
gi|10 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACC--CT-CACCGCTA-AAAC-GCA-A-CAA---AG-TTC-T---TCA-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAC-CTA--T------TCA-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCAA--GTT------AAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAA-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCA---T--------G-TTTGG------T---CNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNC------AG-----A-----GA-----AAAACTAT-AT-T-A-A--T-CATC--ATAACATG--A-TAAG
gi|11 : -CTTA-TCACAACTTT----AAATTTATAGTTG-T-TCAG--AAAA-AATT--G-ACA--CT-CACCGCT--AAAT-GCA-A-----T-AG-TTG-CG--TTC-GG-----A--T---------G----TGTTT---T-A---GT---T--AA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNNNATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T--------G-TTTGG------T---C---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNTCAG-CATGCAGTATAT-TCA--------G-----A-----GA-----AAAACTGA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TA
gi|12 : cTATCAT-G-CTAA-TCACAACTTTCAAAA--------GTTG-T-TCTG--
gi|12 : G-TTTGG------T-------------TATCTTATAGTGATGATT--GGTAAGAAAATGACTGGACAAGAAT--TCACGATCTTATGAATT--TTAATC-----TCGACAGCAG-T-AC------AG-----A-----GA-----AAAA-TAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACGTG--A-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcatgtttggttatcttatagtgatgattggtaagaaaatgactggacaagaattcacgatcttatgaattttaatctcgacagcagtacagagaaaaataaattaatcagcataacgtgataagggt
gi|13 : tatcatgctaatcacaactttcaaaagttgttctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcat--CT-CATCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-A------GC-ATT-T-CTCATTGG-G-CTCG---T-CG--T--G-TTTGGNNNNNNN---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--AT-ACATG--A-TAATGG
gi|14 : -AG-TTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TGTT--G-T-A---GT------GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNN-----C-ATT-T-CTCATTGG-A-CTNN---N-NN--N-NN-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN--------AC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|15 : ---TTTCCA---TTT---AAAA-AAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CCCACGAG-A-CACA---T--------G-TTTGG------T---
gi|15 : G-----A-----GA-----AAAATTAA-AT-T-A-A--T-CAGA--ATATCATG--A-TAAAGGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagaaaaattaaattaatcagaatatcatgataaagg
gi|16 : tttccatttaaaaaaaagctgtaatttgacatttcccacgagacacatgtttggtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATCAC-G-CTAA-TCACAACTTTT---A--------GTTG-T-CTTG--AAAACAACTTCG-ACC--CT-CATCGCCTAAAAC-GCA-ATCAA-T-AG-CTA-TGCTTTT-GT-----GACC---------AC---TGTT--G-T-A---GTCTTT--GA-TCAATACTAA-TTTTC---CA-T-AATT----CTGG--GGGCATTTTCCAATGTTA---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GACGATT-C-TTCATTGGCA-CTC
gi|17 : acAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-GTCATTGG-ACCTTG---C-TG----GA-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----------AA-AT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|18 : CTTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---G-ATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-ta
gi|19 : TTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---G-ATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-
gi|2 : CTTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTGG-TGTCTG--ACAA-AATT--GGACG--CT-C-CCGCT--AAACAGCA---TAA-T-AT-TTG-C---TCCCGT-----A--C---------A----TGTTC-GAT-AAAGGT---C--GA-TC-AT-TTG--TTGTC-TTCA-T-A--T----TTGG--G-A---TTTCCA--AT-------AAAAAAA-GCTGTA-ATTTTGGAC-ATT-TTCTCATTGG-A-CTCC---A-TG--TTGG-TTT--------T---C---------T-TCTT--AGTGATGAATTCGATAAGAAAAA---TG-------ACCTGGACGA----AGAAATTTCTCAATCG--TATAAATTTTATATCACGAGTTCAGGTT--A-----GATAACTAGAACTCACATGT-A-ACTT-CAGC---TAAAATG--A-TAAGGG
gi|20 : AC-ATT-T-CTCATCAG-T-CTCA---T--------G-TTTGA------TTNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AG-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGat
gi|21 : ATCAC-G-CTAA-TCACGACATA----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-ATTT--G-ACA--CT-CAACGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-A---T---GTAATTAA--C---------A----TGTT----------AT---TCAGA--CGAT-ATG--ATTTC-ATCA-T-A--TGTTATTGATTGAA---TTTC
gi|22 : cTATCCC-A-CTAA--CGTGACTTT----AA-------GTTG-T-TC-G--AAAA-AAAA--A-ACTATTT-CGCTGCT--AATC-GCA-A-CCA---GG-TCG-T---TTCTGT-----A--T---------ACTTTTATTTTG-T-A---GT---T--GA-TAGAG-CTA--TTTTa
gi|23 : gTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-GCC--CT-CATTGCT--AAAC-GAA-A-CAA-
gi|24 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AGTT--G-ACC--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-
gi|25 : AC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-G-A-A--T-CTGC--ATAACGTG--A-TAAGGGT
gi|26 : tttaatcagcagtTCCAA-GTTA---AAAAAAAAA-GTTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCA---T-ta
gi|27 : ACAA-TTT----A--------GTCG-T-TCTGTAAAAA-AATT--G--TG--CT-CACTGCT--AATC-GCA-A-CAA-T-gtt
gi|28 : C------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|29 : CTTTTCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-
gi|3 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-AC---CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCT-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCA-TGA--T----TTGG--GGA---TTTCCA--ATTTAAAAAAAAAAAA-GCTGTT-ATTT--GAC-ATTCC-CTCATCAG-C-CTCA---T-TA--TAAG-TTNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CATC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|4 : TCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-TGAG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T--------------TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--T----TT-G--GGA---TTTCAA--GTTT-----AAAAAAA-TCTGTATATTT--GAC-ATT-T-CTCA-TGG-A-CTCA-----TG--T-G---TTGG------T---CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GC-----AAAGCTAA-AT-TAA-A--T-CAGCCAATAACATG--ATTAAGGG
gi|5 : atCCTTATCAT-G-CTAA-TTACGACTTA----A--------GTTG-T-TTTG--
gi|5 : AC------AG-----A-----GA-----AAAACGAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAGCATGATA-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagagaaaaacgaaattaatcagcatagcatgatataagggt
gi|6 : ccttatcatgctaattacgacttaagttgttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAT-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--T-ACC--CT-CACTGCT--AA-C-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-C---TTC-GT-----A--C---------A----TGTT--G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NN------C-ATT-T-GTCATTGG-A-CTCA---T-TGCTT-GGANNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|7 : CTTATCACTG-CTAAATCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG---AAA-AATT----ACC--CT-CACCGCT--AAA--GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCC-GT-----A------------A----TGTTC-G-T-A---GC---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--A----TTGG--GGAT--TTTTCA--GTTT---AAAAAAAGACGCTGTT-ATTT--GAC-A-T-T-CCCATCAG-A-CTCA---T-TA--T-AA---AGN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----G-------AAATTAC-AT-T-A-A--T-CATC--ATACAATG--ATTAAGG
gi|8 : CTTATCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AACT--G-ACG--CT-CAC---------C-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA----NN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---TGTT--T-GGNNNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|9 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-T-AG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T---------A----TGTT--G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NN------C-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCA---T--------G-TTTGG------T---C---------TATCTTTTAGTGATGATTTCGTATAGAAATT---TGGAGAGGATTCAAATCATGAC-AAGAAATAGTCAATCGGTTAT-CATTTTA--TCA-------AG-----ACATACGA-----GCAGCTAA-AT-T-ACA--TCCAGC--ATA--ATG--A-
blockSeqs : A . A CAAA AATTTATA . G TA C TC G TAT . TA A . T A G . TGCT C AATTA AC AGCTTAACAA T TT A . AAG CTT CA T A AT ATCATATGTTA TT CAT AT TAAAAA C T TG N C T C C ATGTGTTGGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GAGTTC GTT CATAC TAACT C G A C CT C CA AT T
blockSeqs : A . . TTAA A . . . . . . C . A . . . A . . CG T . . AGCTTAACAA T T . . . . . N . AT AATTGCCAA . T A NNN . . . G . . . . GTCGTGTTTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : T . . TTAA . . . . . . . A . . . . . . . . CT . . . ACTTT T T . . . . . N . A AATTGCCAA . . . NNN . . . . . . . . ATTGCTTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . C . . . . . . . . CT . . . AC T T . . . . . N . . ATCATGAT . . . NNN . . . . . . . . GTGTTTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . CG . . . A T T . . . . . T . . NNNNNNN . . . TAA . . . . . . . . ATTATAAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . CT . . . G T T . . . . . C . . NNNNNNN . . . AAA . . . . . . . . ATGTTTGGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . CG . . . A T C . . . . . C . . NNNNNNN . . . AAA . . . . . . . . GCTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . A T T . . . . . T . . CATAATT . . . NNN . . . . . . . . ATGTTTGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . . . A T T . . . . . T . . TTCATAT . . . TAA . . . . . . . . ATTATAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . . . A T C . . . . . T . . NNNNNNN . . . NNN . . . . . . . . GTGTTTGGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAGCATGCAGTATATTC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . C . . . A T T . . . . . T . . NNNNNNN . . . NNN . . . . . . . . ATGTTTGGTCTATCTTTTAGTGATGATTTCGTATAGAAATTTGGAGAGGATTCAAATCATGACAAGAAATAGTCAATCGGTTATCATTTTATC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . N . . NNNNNNN . . . T . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . T . . TCATAT . . . T . . . . . . . . CATGTTGGTTTTCTTCTTAGTGATGAATTCGATAAGAAAAATGACCTGGACGAAGAAATTTCTCAATCGTATAAATTTTATATC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . N . . ATAT . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . ATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : T**** T* ***** *****
originalCons : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TATCTTNTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANN---TGGANANGANTCNNNNCGNNNN-ANGAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTAN-TCAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
finalCons : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTGT----TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GAT-CGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TATCTTNTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANN---TGGANANGANTCNNNNCGNNNN-ANGAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTAN-TCAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 22222222222222 2222222222222222 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 6 2 2 4444 88888888 1 1 22 2 33 2 888 2 55 2 2 2 4 2 2 77777 4 55555 33 00000000000000 8 99 2 2 444 444 33 44 2 88 1111111111111111 33 666 0 55 555555 2 2 33 4 2 2 2 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666666 88888 55555 88888 2 2 2 2 22 2 22 22 4
lowQualScore : . . . .... ........ . . .. . .. . ... . .. . . . . . . ..... . ..... .. .............. . .. . . ... ... .. .. . .. ................ .. ... . .. ...... . . .. . . . . . .................................................................................................................................. ...... ..... ..... ..... . . . . .. . .. .. .
lowQualScore : 3 0 0 0000 88888888 9 9 66 1 11 2 666 1 00 1 1 2 4 2 4 55555 7 99999 22 99999999999999 3 55 4 4 111 111 22 44 4 88 6666666666666666 44 555 4 66 444444 2 2 11 2 1 1 4 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444 99999 33333 22222 1 1 1 1 99 1 99 99 2
consensus : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TATCTTNTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANN---TGGANANGANTCNNNNCGNNNN-ANGAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTAN-TCAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
Reference ( family-2030 ) : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCG-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCCA--GTTT---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T-TG--T-GG-TTTGG------T---C---------TATCTTNTAGTGATGANTTCGNNNAGAAANN---TGGANANGANTCNNNNCGNNNN-ANGAANTNNTCAATCGG-TATNNANTNTAN-TCAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|1 : CCTTATCAC-GGCTAA-TCACAACTTT----A--------GTTGTT-TCTG--AAAA-AATG--A-ACC--CTCCACCGCT--TAAC-GCACA-CAA-T-AGTTTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-TAA---GT---T--GANNNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNC-ATT-T-CTCATTGG-AGCTCATGCT-TG----GA-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNC------AGATACAA-----GAAA---AAAAGTAA-AT-C-A-A--T-CAGC--ATAACAT---A-TAAGGG
gi|10 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACC--CT-CACCGCTA-AAAC-GCA-A-CAA---AG-TTC-T---TCA-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAC-CTA--T------TCA-T-A--T----TTGG--GGA---TTTCAA--GTT------AAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAA-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCA---T--------G-TTTGG------T---CNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNC------AG-----A-----GA-----AAAACTAT-AT-T-A-A--T-CATC--ATAACATG--A-TAAG
gi|11 : -CTTA-TCACAACTTT----AAATTTATAGTTG-T-TCAG--AAAA-AATT--G-ACA--CT-CACCGCT--AAAT-GCA-A-----T-AG-TTG-CG--TTC-GG-----A--T---------G----TGTTT---T-A---GT---T--AA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNNNATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---T--------G-TTTGG------T---C---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNTCAG-CATGCAGTATAT-TCA--------G-----A-----GA-----AAAACTGA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TA
gi|12 : cTATCAT-G-CTAA-TCACAACTTTCAAAA--------GTTG-T-TCTG--
gi|12 : G-TTTGG------T-------------TATCTTATAGTGATGATT--GGTAAGAAAATGACTGGACAAGAAT--TCACGATCTTATGAATT--TTAATC-----TCGACAGCAG-T-AC------AG-----A-----GA-----AAAA-TAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACGTG--A-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcatgtttggttatcttatagtgatgattggtaagaaaatgactggacaagaattcacgatcttatgaattttaatctcgacagcagtacagagaaaaataaattaatcagcataacgtgataagggt
gi|13 : tatcatgctaatcacaactttcaaaagttgttctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgcat--CT-CATCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-A------GC-ATT-T-CTCATTGG-G-CTCG---T-CG--T--G-TTTGGNNNNNNN---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--AT-ACATG--A-TAATGG
gi|14 : -AG-TTGCT---TTC-GT-----A--C---------A----TGTT--G-T-A---GT------GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNN-----C-ATT-T-CTCATTGG-A-CTNN---N-NN--N-NN-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN--------AC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|15 : ---TTTCCA---TTT---AAAA-AAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CCCACGAG-A-CACA---T--------G-TTTGG------T---
gi|15 : G-----A-----GA-----AAAATTAA-AT-T-A-A--T-CAGA--ATATCATG--A-TAAAGGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagaaaaattaaattaatcagaatatcatgataaagg
gi|16 : tttccatttaaaaaaaagctgtaatttgacatttcccacgagacacatgtttggtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATCAC-G-CTAA-TCACAACTTTT---A--------GTTG-T-CTTG--AAAACAACTTCG-ACC--CT-CATCGCCTAAAAC-GCA-ATCAA-T-AG-CTA-TGCTTTT-GT-----GACC---------AC---TGTT--G-T-A---GTCTTT--GA-TCAATACTAA-TTTTC---CA-T-AATT----CTGG--GGGCATTTTCCAATGTTA---AAAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GACGATT-C-TTCATTGGCA-CTC
gi|17 : acAAAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-GTCATTGG-ACCTTG---C-TG----GA-NNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----------AA-AT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|18 : CTTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---G-ATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-ta
gi|19 : TTATCACAG-CTAA-T-ACAACCTTTTAAA--------GTTT-T-TCTG--GTAA-AAT---G-ATG--CT-CGCTGCT--AAAC--CA-A-CAAAT-AG-TTG-T---TTC-GT-----A--CAGCTTAACAA----TG-TT-G-T-A----T---T--TA-CCGAT-CTAATTTTTCAATTGCC-A--A----CTGG--GGA---TTCCAA--GTTT------AAAAAA-GCTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-
gi|2 : CTTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTGG-TGTCTG--ACAA-AATT--GGACG--CT-C-CCGCT--AAACAGCA---TAA-T-AT-TTG-C---TCCCGT-----A--C---------A----TGTTC-GAT-AAAGGT---C--GA-TC-AT-TTG--TTGTC-TTCA-T-A--T----TTGG--G-A---TTTCCA--AT-------AAAAAAA-GCTGTA-ATTTTGGAC-ATT-TTCTCATTGG-A-CTCC---A-TG--TTGG-TTT--------T---C---------T-TCTT--AGTGATGAATTCGATAAGAAAAA---TG-------ACCTGGACGA----AGAAATTTCTCAATCG--TATAAATTTTATATCACGAGTTCAGGTT--A-----GATAACTAGAACTCACATGT-A-ACTT-CAGC---TAAAATG--A-TAAGGG
gi|20 : AC-ATT-T-CTCATCAG-T-CTCA---T--------G-TTTGA------TTNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AG-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGat
gi|21 : ATCAC-G-CTAA-TCACGACATA----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-ATTT--G-ACA--CT-CAACGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-A---T---GTAATTAA--C---------A----TGTT----------AT---TCAGA--CGAT-ATG--ATTTC-ATCA-T-A--TGTTATTGATTGAA---TTTC
gi|22 : cTATCCC-A-CTAA--CGTGACTTT----AA-------GTTG-T-TC-G--AAAA-AAAA--A-ACTATTT-CGCTGCT--AATC-GCA-A-CCA---GG-TCG-T---TTCTGT-----A--T---------ACTTTTATTTTG-T-A---GT---T--GA-TAGAG-CTA--TTTTa
gi|23 : gTATCAC-G-CTAA-TCCCAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-GCC--CT-CATTGCT--AAAC-GAA-A-CAA-
gi|24 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AGTT--G-ACC--CT-CACCGCT--AAAC-GCA-
gi|25 : AC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-G-A-A--T-CTGC--ATAACGTG--A-TAAGGGT
gi|26 : tttaatcagcagtTCCAA-GTTA---AAAAAAAAA-GTTGTA-ATTT--GAC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCA---T-ta
gi|27 : ACAA-TTT----A--------GTCG-T-TCTGTAAAAA-AATT--G--TG--CT-CACTGCT--AATC-GCA-A-CAA-T-gtt
gi|28 : C------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|29 : CTTTTCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-
gi|3 : CCTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-AC---CT-CACCGCT--AAAC-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCT-GT-----A--C---------A----TGTTT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-ATCA-TGA--T----TTGG--GGA---TTTCCA--ATTTAAAAAAAAAAAA-GCTGTT-ATTT--GAC-ATTCC-CTCATCAG-C-CTCA---T-TA--TAAG-TTNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CATC--ATAACATG--A-TAAGGGT
gi|4 : TCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-TGAG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T--------------TG-TT-G-T-A---GT---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--T----TT-G--GGA---TTTCAA--GTTT-----AAAAAAA-TCTGTATATTT--GAC-ATT-T-CTCA-TGG-A-CTCA-----TG--T-G---TTGG------T---CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GC-----AAAGCTAA-AT-TAA-A--T-CAGCCAATAACATG--ATTAAGGG
gi|5 : atCCTTATCAT-G-CTAA-TTACGACTTA----A--------GTTG-T-TTTG--
gi|5 : AC------AG-----A-----GA-----AAAACGAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAGCATGATA-TAAGGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagagaaaaacgaaattaatcagcatagcatgatataagggt
gi|6 : ccttatcatgctaattacgacttaagttgttttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAT-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--T-ACC--CT-CACTGCT--AA-C-GCA-A-CAA-T-AG-TTG-C---TTC-GT-----A--C---------A----TGTT--G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NN------C-ATT-T-GTCATTGG-A-CTCA---T-TGCTT-GGANNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-C-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|7 : CTTATCACTG-CTAAATCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG---AAA-AATT----ACC--CT-CACCGCT--AAA--GCA-A-CAA-T-AG-TTG-T---TCC-GT-----A------------A----TGTTC-G-T-A---GC---T--GA-TCGAT-CTA--TTTTC-A----T-A--A----TTGG--GGAT--TTTTCA--GTTT---AAAAAAAGACGCTGTT-ATTT--GAC-A-T-T-CCCATCAG-A-CTCA---T-TA--T-AA---AGN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----G-------AAATTAC-AT-T-A-A--T-CATC--ATACAATG--ATTAAGG
gi|8 : CTTATCAC-A-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AACT--G-ACG--CT-CAC---------C-GCA-A-CAA-T-AG-TTGCT---TTT-GT-----A--C---------A----TG-TT-G-T-A---GT---T--GA----NN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN--NNC-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCG---TGTT--T-GGNNNNNN------N---N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNAC------AG-----A-----GA-----AAAACTAA-AT-T-A-A--T-CAGC--ATAACATG--A-TAAGGG
gi|9 : CTTATCAC-G-CTAA-TCACAACTTT----A--------GTTG-T-TCTG--AAAA-AATT--G-ACG--CT-CACCGCT--AAAC-ACA-A-CAA-T-AG-TTG-CG--TTC-GA-----A--T---------A----TGTT--G-T-A---GT---T--GA-NNNNN-NNN--NNNNN-NNNN-N-N--N----NNNN--NNN---NNNNNN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNN-NN------C-ATT-T-CTCATTGG-A-CTCA---T--------G-TTTGG------T---C---------TATCTTTTAGTGATGATTTCGTATAGAAATT---TGGAGAGGATTCAAATCATGAC-AAGAAATAGTCAATCGGTTAT-CATTTTA--TCA-------AG-----ACATACGA-----GCAGCTAA-AT-T-ACA--TCCAGC--ATA--ATG--A-