lowQualScore : 1 1 111 22 1111 2222222222222222 1 22 11111 1111111111 2222222 1111111111111111 222222222222222
lowQualScore : 7 3 3 33 6 2 000 44 2 5 2 3 9 999999 555 555 3 3 6 33 555 0000 3 3 3 3 8888888888888888 555 555 555 77777 777777 33 3 3 8888 999999 55 7 3 8 66666 55 3 8 66 1 4 2 55 99999 66 9999999999 4 99999 5555 1111111 4 7777777777777777 444444444444444 0
lowQualScore : . . . .. . . ... .. . . . . . ...... ... ... . . . .. ... .... . . . . ................ ... ... ... ..... ...... .. . . .... ...... .. . . . ..... .. . . .. . . . .. ..... .. .......... . ..... .... ....... . ................ ............... .
lowQualScore : 3 1 6 99 3 7 000 33 7 3 7 1 6 888888 444 444 1 1 2 88 444 0000 3 3 1 1 5555555555555555 444 444 444 77777 222222 88 3 6 5555 000000 00 3 6 2 00000 55 3 0 11 9 4 4 66 11111 11 7777777777 4 77777 8888 5555555 0 6666666666666666 222222222222222 4
consensus : AGGGGGAAT-GAGC--CATCGTC-GTAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAACTC--C---A---TTGT---C-TTCCG-G-TT-AAAAC---TTA-TTNT-A-CCCGAG-T-AGCAAANN-G--C-A--T-A-GG---AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA-T----AAATT--T-AGT-T-AAAGTT--C--TTTTCAA-CGCT-TTATAGNAG--GGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATAAC-TT--GTACA---T------AAA-CAATGCGCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
Reference ( gi|6 ) : AGGGCGAAT-GACC--CATCATC-ATAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAAATC--C---A---TTGT---C-TTCCG-G-T--AAAAC---TTA-CTGT-A-CCCGAG-T-AGCAAAAT-G--C-A--T-A-AG---AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA-T----AAATT--T-AGT-T-AAAGTT--C--TTTTCAACCGCT-TTATAGTAG--GGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATAACTTT--GTACA---T------AAA-CAATGCGCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
gi|3 : AGGGGGAAT-GAGC--CATTGTC-ATAATGG---TG-GT-AA-TTT-CTGT-GAAACTT--C---A---TTGT---C-TTCCA-G-TTAAAAAC---TTA-TTTT-A-CCCGAG-T-AATATAGC-T--CGA--TCA-GG---AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--GAAAA-T----AAATT--T-AGT-T-GAAGTT--C--TTTTCAA-CGCT-TTATAAAAG--GGTAAATATTT-AACGGGTGTACAAGT-GTTAAAA----------TACA-----------------------TAGAAT-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TCTGGAGCACATGGAGTAC----------C----TTAG-TCTAGCGCAT
gi|5 : aAGGGGAAAT-GAGC--CATCGTC-AAAATGG---TG-GT-AG-TTC-CAGT-GAAACTC--C---A---TTAT---C-TTCCG-G-TT-AAAAC---TTA-CTAT-A-CTCGAG-T-AGCAAATA-G--C-A--T-A-GG---AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA-T----AAATT--TCGGT-T-AAGG-T--C--TTTTCAA-AGCG-TTAAAATAACTGGTATATA----AACA-----ATGGAC--TTAGAA------------------------AAG-CA--GC----AGAAA---TAGAAA-------AA-AGAG-----TT---------TGAAGTAC----------T----TTAATTCTAGCACATATtgtttctgtatcatgtcaccatctgtcataacac
gi|13 : AGGG-GAAT-GATCATCGTC-TC-GTAATGG---TA-GT----TTC-CGGT-GAAACTC------A---TTGT---C-TTTCG-G-TT-AAAAC---GTA-TTGC-A-CCCGA--T-AGCAAAATAG--C----T-A-GG---AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-Ttttctttatcgtgccacggtctgtggtaatacag
gi|10 : aAGGG-GAAT-AATC--CATTGTC-ATAATGT---CA-GT-AA-TCC-CGGT-GAAACGC--TATAA---TTGC---C-TTCCGCT-T--AAAAT---TGA-TTTT-A-CCTATG-T-AGCAAA------C-AGTT-ATGG---AA---CC---CAC-----AAACA---C--AA------------------AATGAGT----AAAAT--T-AGT-G-AAAGTT--C--TTTTCAACCTTT-TTGT
gi|19 : aAGGGGGAAT-GAGC--CATCGTC-ATAATGGC--TG----AC-TTC-CGttgacagatataacttaatcatacataaaccagttagaaa
gi|18 : AGGGTGAGT-GAGC--CATCGTC-ATAATGGC--TG----AC-TTC-CGt
gi|7 : taGGGTGAAT-GAGC--CATCGTC-ATAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAACTC--C---A---TTGT---C-TTTCG-G-TT-AAAAC---TT----GT-A-CCCGAA-T-AG-AAAAT-GG-C-A--T-A-TG---AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA-T----AAATT--T-AGT-TAAAAGTT--T--TTTTCAA-CGCT-TTATAGAAG--GATACATATTC-AACAGAGATACAAGC-GTTAACATAAC-TT--GTACA---T------AAA-CAATGGGCTTAGAGA-CGCAGCAG-------AA-AAGA-----TC---------TGAATTAC----------C----TTAGATCTAGCACAt
gi|16 : GGGGGAAT-GAGC--CATCGTC-ATAATGG---T-----AG-TTC-CAGT-GAAACTC--C---A---TTGT---C-TTCCG-T-T--AAAAC---T
gi|1 : GGTGAATTGAGC--CATCATTGATAATG----TG--C-AGATTC-CGGTTGAAACTC--C---A---TTGTTTTC-TTCCG-G-TTAAAAAC---TTA--TGTTA-CCCGGGGT-AGCAAAAT-GAGC-A--TTA-GG---AA---ACATTTTCCCCAAAAACATGTA--AATCTTTTC-TTTTCCATTTAAAGA-TTTTTAAATT--TTAGT-TTGAAGTTTTC--TTTCCAACGGCT-TTATAGTAG--GCTAAATATTCTAACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA-CTTT--GTACA---TGTACATAAA-CA-TGCGCTTAGAAAACGCAGCAG-------AGGAAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCATATAT
gi|4 : GGGGAAC-GAGC--CATCGTT-GTGATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAACTC--C---A---TTGT---C----CG-G-TT-AAACC---TTA-TTGT-A-CCCAAG-T-AGCAAATA-G--C-A--T-A-GG---AA---AC---TTC-----AAACA---T--AA-ACCTTCATTC-CCA---AAAGA-T----TAA-T--T-AGTAT-AAA-TT--C---ATTCAAACGAT-TTATAGACA--GGTAAATATAC-AGAAAAGGTACAAGC-GTTAAAATAAC-TT--GTATA---T------AAA-CAATGGGCTTAGAAA-CGCAGCGGACAT---AG-AAAAAAGAGTT---------TGAAGTAC----------T----ttttgttatcctgtcacggtctgtcgtaac
gi|8 : GAAT-GAAC--CATCATC-GTAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAACTC--C---A---TTGT---C-TTCCG-G-T--AAAAC---GTA-TTGT-A-CCCGAG-T-AGCA---------------------------------TC-----AAACA---G--TA-CTCTTC-TTT-CCAT--TAAGA-T----AAATT--T-AGT-T-AAAGTT--C--TTTTCAAC-GCT-TTATAGTAG--GGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATAAC-TT--GTGCG---T------AAA-CGA----------------AGCAG-------AT-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAAATCTAGCACACAatcatgtcatggtctgtggtaacaca
gi|9 : gaaGAAT-GAGC--CATCGTC-CTAATGG---TG-GT-AG-TTC---------AAT-------------GT---C-TTCCG-G-TT-AAAAC---TTA-CATT-A-CCCGAG-T-AGCAAATA-G--C-A--T-A-GG---AG---CC---TCC-----AAACA---G--AA-CTGTTC-TTT-ACAT---AATA-T----AAATT--T-AGT-T-AAAGTT----------AA-------TAT--TAA--AGTAAATATTT-AACAGGG-------------AAATAAC-TT--GTACA---T------AAA-CAATGCGCTTAGAAA-CACAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------GTAAGTAT----------CTAAGTTAGATCTAGCACATA
gi|2 : aggtgGAAT-GAGC--CATCGTT-GTAATAGGTTTGAGT-AGATTCTCGGT-GAAAAACATT---ACTTTTGT---C-TTCCG-T-T--AAAAC---ATATCTTT-A-CC--A----AGTGAAAT-G--C-A--T-A--G---AA---CC---TGC-----AAACA---AGAAA-CTCTC---TT-CCAA--AAAGA--------ATTATT-AGT-TTAAAATT--C--TTTTCAA-CGCT-TTATAG-AA--GTTAAATA-TC-AAAAGAGATACAAGCTTTTAAAATAACTTTTGGTATAAATT------AAAGCAATTGGCTTAG-AA-CGCAGCGGTTGAAATAG-AAAA------G---------TAAAGTA
gi|12 : ggC--CATCGTC-ATAATGG---TG-GTGAC-TTC-AAGT-GAGGTTC--C---A---TTCT---CTTTCCG-GTT--CAAACTTTTTA-TT-T-ACCCCGAG-T-ACCAAAATAG--C-C--T-A-GG---AAAGGC-------------AACA---G--AA--------TTT-C-----------------------T-AGT-TGAAAGTT--CTTTTTTCAA-CGCTCTTATAGtaaagagttaattatgaacttatcgtttcatcggtctgttcttggtaatcca
gi|15 : tgtaTCGTC-ATAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-G-AAATC--G---A---ATGT---A-TTCCG-GTT--AAAAC---TTA-TTCT-A-CCCGAG-T-AGC-AAAT-A--C-CT-T-A-GG---AA---CC---TTC-----AA
gi|14 : CCGAG-TCAGCAAATA-G--C-A--T-C-AGGCAAA---CT---TTC-----GAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCTT--AAAGA-T----AAATT--T-AGT-TAAAAGTT--C--CTTTCAA-CGCT-
gi|11 : ttaGCT-TTATAGAAG--GGTAAATATTC-AACAGAGATACGAAC-GTTAAAAT-ACTTT--GTACA---T------AAA-CAATGCGCTTAG-----------------------AAA-----TC---------TGAAGTACATGTTACTTTT----TTAGATCTAGCACATc
gi|17 : -CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATATccatgtattttctttattgtgtcaccgtttgtcgtcaa
Alignments
lowQualScore : 1 111111 1111111 111111111 222222222222222
lowQualScore : 2 7777 999 33 2 5 2 2 99999999 6666 555 2 5 77 1 3 2 2 5 44 33 66 8 2 33 555 555 77777 555555 3 3 3 6666 8888888 6 3 3 3 44444 3 3 3 2 0 4 3 4 111111 4 777 777 4 7777 0 3 3 9999999 3 99999 444444444 000000000000000
lowQualScore : . .... ... .. . . . . ........ .... ... . . .. . . . . . .. .. .. . . .. ... ... ..... ...... . . . .... ....... . . . . ..... . . . . . . . . ...... . ... ... . .... . . . ....... . ..... ......... ...............
lowQualScore : 9 5555 444 44 5 0 5 9 44444444 9999 000 9 7 33 0 1 9 9 7 00 99 11 6 9 99 000 000 11111 999999 1 1 3 3333 0000000 7 3 3 3 77777 3 1 1 4 7 0 9 0 555555 0 000 000 0 2222 7 2 6 5555555 6 11111 555555555 888888888888888
consensus : AGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--G-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCC---ATTGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TNTA-CCCGAG-T-AGC-AAATAG--C-AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGNAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
Reference ( family-2024 ) : AGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--G-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCC---ATTGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TNTA-CCCGAG-T-AGC-AAANNG--C-AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGNAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
gi|1 : GGTGAATTGAGCCATCATT--GATAATG----TG--C-AGATTC-CGGTTGAAA-------CTCC---ATTGTTTTC-TTCCGGTTAAAAACTTAT--GTTA-CCCGGGGT-AGC-AAAATGAGC-ATTA-GG--AA---ACATTTTCCCCAAAAACATGTA--AATCTTTTC-TTTTCCATTTAAAGA--TTTTTAAATTTTAGT-TTGAA-GTTTTC--TTTCCAA-CGGCT-TTATAGTAGGCTAAATATTCTAACAGAGATACGAGC-GTTAAAATACTTTGTAC-AT---GTACA---TAAA-CA-TGC-GCTTAGAAAACGCAGCAG-------AGGAAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCATATAT
gi|10 : AAGGGGAAT-AATCCATTGTC--A-TAATGT---CA-GT-AA-TCC-CGGT-GAAA-------CGCTATAATTGC---C-TTCCGCTTAAAA-TTGAT--TTTA-CCTATG-T-AGC-AAACAG--T--T-ATGG--AA---CC---CAC-----AAACA---C--AA------------------AATGAG-T----AAAATT-AGT-G-AAA-GTT--C--TTTTCAA-C--CT-TTttttgttatcctgtcacggtctgtcgtaac
gi|11 : G-CT-TTATAGAAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAAC-GTTAAAATA------CT-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAG-----------------------AAA-----TC---------TGAAGTACATGTTACTTTT----TTAGATCTAGCACATttgtttgacagatataacttaatcatacataaaccagttagaaa
gi|12 : CCATCGTC--A-TAATGG---TG-GTGAC-TTC-AAGT-GAGG-------TTCC---ATTCT---CTTTCCGGTTCAAA-CTTTTTATTTACCCCGAG-T-ACCAAAATAG--C-CT-A-GG--AAAGGC-------------AACA---G--AA--------TTT-C----------------------T-AGT-TGAAA-GTT--CTTTTTTCAA-CG-CTCTTATAGccatgtattttctttattgtgtcaccgtttgtcgtcaa
gi|13 : tgtaAAGGGGAAT-GA-TCATCGTCTCG-TAATGG---TA-GT----TTC-CGGT-GAAA-------CTC----ATTGT---C-TTTCGGTTAAAA-CGTAT--TGCA-CCCGA--T-AGCAAAATAG--C--T-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-T
gi|14 : CCGAG-TCAGC-AAATAG--C-ATCA-GGCAAA---CT---TTC-----GAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCTT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-TAAAA-GTT--C--CTTTCAA-CG-CT-
gi|15 : ttaTCGTC--A-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA--------TCG---AATGT---A-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TCTA-CCCGAG-T-AGC-AAATAC--C-TT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAc
gi|16 : GGGGGAAT-GAGCCATCGTC--A-TAATGG---T-----AG-TTC-CAGT-GAAA-------CTCC---ATTGT---C-TTCC-GTTAAAA-CT
gi|17 : -CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
gi|18 : AGGGTGAGT-GAGCCATCGTC--A-TAATGGC--TG----AC-TTC-CG
gi|19 : taAGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--A-TAATGGC--TG----AC-TTC-CGt
gi|2 : GGGAAT-GAGCCATCGTT--G-TAATAGGTTTGAGT-AGATTCTCGGT-GAAAAACATTACTT-----TTGT---C-TTCCG-TTAAAA-CATATC-TTTA-CC--A----AGT-GAAATG--C-AT-A-G---AA---CC---TGC-----AAACA---AGAAA-CTCTC---TT-CCAA--AAAGAATT----A---TT-AGT-TTAAA-ATT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGAA-GTTAAATA-TC-AAAAGAGATACAAGCTTTTAAAATA------AC-TTTTGGTATAAATTAAAGCAATTG-GCTTAG-AA-CGCAGCGGTTGAAATAG-AAAA------G---------TAAAGTAt
gi|3 : AGGGGGAAT-GAGCCATTGTC--A-TAATGG---TG-GT-AA-TTT-CTGT-GAAA-------CTTC---ATTGT---C-TTCCAGTTAAAAACTTAT--TTTA-CCCGAG-T-AAT-ATAGCT--CGATCA-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--GAAAA--T----AAATTT-AGT-T-GAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAAAAGGGTAAATATTT-AACGGGTGTACAAGT-GTTAAAA-----------------TACA------------------TAGAAT-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TCTGGAGCACATGGAGTAC----------C----TTAG-TCTAGCGCATtaaagagttaattatgaacttatcgtttcatcggtctgttcttggtaatcca
gi|4 : aGGGGAAC-GAGCCATCGTT--G-TGATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCC---ATTGT---C----CGGTTAAAC-CTTAT--TGTA-CCCAAG-T-AGC-AAATAG--C-AT-A-GG--AA---AC---TTC-----AAACA---T--AA-ACCTTCATTC-CCA---AAAGA--T----TAATT--AGTAT-AAA--TT--C--ATTCAAA-CG-AT-TTATAGACAGGTAAATATAC-AGAAAAGGTACAAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTATA---TAAA-CAATGG-GCTTAGAAA-CGCAGCGGACAT---AG-AAAAAAGAGTT---------TGAAGTAC----------T----tgtttctgtatcatgtcaccatctgtcataacac
gi|5 : AGGGGAAAT-GAGCCATCGTC--A-AAATGG---TG-GT-AG-TTC-CAGT-GAAA-------CTCC---ATTAT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAC--TATA-CTCGAG-T-AGC-AAATAG--C-AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTTCGGT-T-AAG-G-T--C--TTTTCAA-AG-CG-TTA---------AAAT-----AACTGGTATAT---------AAACA------A---T---GGACT---TAGA-AAA-GCAGC--AGAAA---TAGAAA-------AA-AGAG-----TT---------TGAAGTAC----------T----TTAATTCTAGCACATATatcatgtcatggtctgtggtaacaca
gi|6 : AGGGCGAAT-GACCCATCATC--A-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------ATCC---ATTGT---C-TTCCGGT-AAAA-CTTAC--TGTA-CCCGAG-T-AGC-AAAATG--C-AT-A-AG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAACCG-CT-TTATAGTAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------ACTTT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATATtttctttatcgtgccacggtctgtggtaatacag
gi|7 : GGGTGAAT-GAGCCATCGTC--A-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCC---ATTGT---C-TTTCGGTTAAAA-CTT-----GTA-CCCGAA-T-AGA-AAATGG--C-AT-A-TG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAAAGTT--T--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGAAGGATACATATTC-AACAGAGATACAAGC-GTTAACATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGG-GCTTAGAGA-CGCAGCAG-------AA-AAGA-----TC---------TGAATTAC----------C----TTAGATCTAGCACA
gi|8 : GAAT-GAACCATCATC--G-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCC---ATTGT---C-TTCCGGT-AAAA-CGTAT--TGTA-CCCGAG-T-AGC-A-----------------------------TC-----AAACA---G--TA-CTCTTC-TTT-CCAT--TAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGTAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTGCG---TAAA-CGA-----------------AGCAG-------AT-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAAATCTAGCACACA
gi|9 : gaaAGGTGGAAT-GAGCCATCGTC--C-TAATGG---TG-GT-AG-TTC--------AA----------------TGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAC--ATTA-CCCGAG-T-AGC-AAATAG--C-AT-A-GG--AG---CC---TCC-----AAACA---G--AA-CTGTTC-TTT-ACAT---AATA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT----------AA--------TAT--TAAAGTAAATATTT-AACAGGG-------------AAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CACAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------GTAAGTAT----------CTAAGTTAGATCTAGCACATA
Alignments
lowQualScore : 1 111111 1111111 111111111 222222222222222
lowQualScore : 2 7777 999 33 2 5 2 2 99999999 1 555 555 2 5 77 1 3 2 2 5 2 2 999999 2 33 555 555 77777 555555 3 3 3 6666 8888888 6 3 3 3 44444 3 3 3 2 0 4 3 4 111111 4 777 777 4 7777 0 3 3 9999999 3 99999 444444444 000000000000000
lowQualScore : . .... ... .. . . . . ........ . ... ... . . .. . . . . . . . ...... . .. ... ... ..... ...... . . . .... ....... . . . . ..... . . . . . . . . ...... . ... ... . .... . . . ....... . ..... ......... ...............
lowQualScore : 9 5555 444 44 5 0 5 9 44444444 9 000 000 9 7 33 0 1 9 9 7 9 9 666666 9 99 000 000 11111 999999 1 1 3 3333 0000000 7 3 3 3 77777 3 1 1 4 7 0 9 0 555555 0 000 000 0 2222 7 2 6 5555555 6 11111 555555555 888888888888888
consensus : AGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--G-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TNTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGNAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
Reference ( family-2024 ) : AGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--G-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TNTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGNAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
gi|1 : GGTGAATTGAGCCATCATT--GATAATG----TG--C-AGATTC-CGGTTGAAA-------CTCCAT---TGTTTTC-TTCCGGTTAAAAACTTAT--GTTA-CCCGGGGT-AGC-AAAATGAGC---ATTA-GG--AA---ACATTTTCCCCAAAAACATGTA--AATCTTTTC-TTTTCCATTTAAAGA--TTTTTAAATTTTAGT-TTGAA-GTTTTC--TTTCCAA-CGGCT-TTATAGTAGGCTAAATATTCTAACAGAGATACGAGC-GTTAAAATACTTTGTAC-AT---GTACA---TAAA-CA-TGC-GCTTAGAAAACGCAGCAG-------AGGAAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCATATAT
gi|10 : AAGGGGAAT-AATCCATTGTC--A-TAATGT---CA-GT-AA-TCC-CGGT-GAAA-------CGCTATAATTGC---C-TTCCGCTTAAAA-TTGAT--TTTA-CCTATG-T-AGC-AAA-C-AGT----T-ATGG--AA---CC---CAC-----AAACA---C--AA------------------AATGAG-T----AAAATT-AGT-G-AAA-GTT--C--TTTTCAA-C--CT-TTttttgttatcctgtcacggtctgtcgtaac
gi|11 : G-CT-TTATAGAAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAAC-GTTAAAATA------CT-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAG-----------------------AAA-----TC---------TGAAGTACATGTTACTTTT----TTAGATCTAGCACATttgtttgacagatataacttaatcatacataaaccagttagaaa
gi|12 : CCATCGTC--A-TAATGG---TG-GTGAC-TTC-AAGT-GAGG-------TTCCAT---TCT---CTTTCCGGTTCAAA-CTTTTTATTTACCCCGAG-T-ACCAAAA-T-AGC---CT-A-GG--AAAGGC-------------AACA---G--AA--------TTT-C----------------------T-AGT-TGAAA-GTT--CTTTTTTCAA-CG-CTCTTATAGccatgtattttctttattgtgtcaccgtttgtcgtcaa
gi|13 : tgtaAAGGGGAAT-GA-TCATCGTCTCG-TAATGG---TA-GT----TTC-CGGT-GAAA-------CTC-AT---TGT---C-TTTCGGTTAAAA-CGTAT--TGCA-CCCGA--T-AGCAAAA-T-AGC----T-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-T
gi|14 : CCGAG-TCAGC-AAA-T-AGC---ATCA-GGCAAA---CT---TTC-----GAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCTT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-TAAAA-GTT--C--CTTTCAA-CG-CT-
gi|15 : ttaTCGTC--A-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA--------TCGAA---TGT---A-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TCTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-ACC---TT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAc
gi|16 : GGGGGAAT-GAGCCATCGTC--A-TAATGG---T-----AG-TTC-CAGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C-TTCC-GTTAAAA-CT
gi|17 : -CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
gi|18 : AGGGTGAGT-GAGCCATCGTC--A-TAATGGC--TG----AC-TTC-CG
gi|19 : taAGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--A-TAATGGC--TG----AC-TTC-CGt
gi|2 : GGGAAT-GAGCCATCGTT--G-TAATAGGTTTGAGT-AGATTCTCGGT-GAAAAACATTACTT--T---TGT---C-TTCCG-TTAAAA-CATATC-TTTA-CC-AAG-T-G---AAA-T--GC---AT-A-G---AA---CC---TGC-----AAACA---AGAAA-CTCTC---TT-CCAA--AAAGAATT----A---TT-AGT-TTAAA-ATT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGAA-GTTAAATA-TC-AAAAGAGATACAAGCTTTTAAAATA------AC-TTTTGGTATAAATTAAAGCAATTG-GCTTAG-AA-CGCAGCGGTTGAAATAG-AAAA------G---------TAAAGTAt
gi|3 : AGGGGGAAT-GAGCCATTGTC--A-TAATGG---TG-GT-AA-TTT-CTGT-GAAA-------CTTCAT---TGT---C-TTCCAGTTAAAAACTTAT--TTTA-CCCGAG-T-A---ATA-T-AGCTCGATCA-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--GAAAA--T----AAATTT-AGT-T-GAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAAAAGGGTAAATATTT-AACGGGTGTACAAGT-GTTAAAA-----------------TACA------------------TAGAAT-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TCTGGAGCACATGGAGTAC----------C----TTAG-TCTAGCGCATtaaagagttaattatgaacttatcgtttcatcggtctgttcttggtaatcca
gi|4 : aGGGGAAC-GAGCCATCGTT--G-TGATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C----CGGTTAAAC-CTTAT--TGTA-CCCAAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---AC---TTC-----AAACA---T--AA-ACCTTCATTC-CCA---AAAGA--T----TAATT--AGTAT-AAA--TT--C--ATTCAAA-CG-AT-TTATAGACAGGTAAATATAC-AGAAAAGGTACAAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTATA---TAAA-CAATGG-GCTTAGAAA-CGCAGCGGACAT---AG-AAAAAAGAGTT---------TGAAGTAC----------T----tgtttctgtatcatgtcaccatctgtcataacac
gi|5 : AGGGGAAAT-GAGCCATCGTC--A-AAATGG---TG-GT-AG-TTC-CAGT-GAAA-------CTCCAT---TAT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAC--TATA-CTCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTTCGGT-T-AAG-G-T--C--TTTTCAA-AG-CG-TTA---------AAAT-----AACTGGTATAT---------AAACA------A---T---GGACT---TAGA-AAA-GCAGC--AGAAA---TAGAAA-------AA-AGAG-----TT---------TGAAGTAC----------T----TTAATTCTAGCACATATatcatgtcatggtctgtggtaacaca
gi|6 : AGGGCGAAT-GACCCATCATC--A-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------ATCCAT---TGT---C-TTCCGGT-AAAA-CTTAC--TGTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-A-TGC---AT-A-AG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAACCG-CT-TTATAGTAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------ACTTT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATATtttctttatcgtgccacggtctgtggtaatacag
gi|7 : GGGTGAAT-GAGCCATCGTC--A-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C-TTTCGGTTAAAA-CTT-----GTA-CCCGAA-T-AGA-AAA-T-GGC---AT-A-TG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAAAGTT--T--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGAAGGATACATATTC-AACAGAGATACAAGC-GTTAACATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGG-GCTTAGAGA-CGCAGCAG-------AA-AAGA-----TC---------TGAATTAC----------C----TTAGATCTAGCACA
gi|8 : GAAT-GAACCATCATC--G-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C-TTCCGGT-AAAA-CGTAT--TGTA-CCCGAG-T-AGC-A-------------------------------TC-----AAACA---G--TA-CTCTTC-TTT-CCAT--TAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGTAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTGCG---TAAA-CGA-----------------AGCAG-------AT-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAAATCTAGCACACA
gi|9 : gaaAGGTGGAAT-GAGCCATCGTC--C-TAATGG---TG-GT-AG-TTC--------AA----------------TGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAC--ATTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AG---CC---TCC-----AAACA---G--AA-CTGTTC-TTT-ACAT---AATA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT----------AA--------TAT--TAAAGTAAATATTT-AACAGGG-------------AAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CACAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------GTAAGTAT----------CTAAGTTAGATCTAGCACATA
Alignments
lowQualScore : 1 111111 1111111 111111111 222222222222222
lowQualScore : 2 7777 999 33 2 5 2 2 99999999 1 555 555 2 5 77 1 3 2 2 5 2 2 999999 2 33 555 555 77777 555555 3 3 3 6666 8888888 6 3 3 3 44444 3 3 3 2 0 4 3 4 111111 4 777 777 4 7777 0 3 3 9999999 3 99999 444444444 000000000000000
lowQualScore : . .... ... .. . . . . ........ . ... ... . . .. . . . . . . . ...... . .. ... ... ..... ...... . . . .... ....... . . . . ..... . . . . . . . . ...... . ... ... . .... . . . ....... . ..... ......... ...............
lowQualScore : 9 5555 444 44 5 0 5 9 44444444 9 000 000 9 7 33 0 1 9 9 7 9 9 666666 9 99 000 000 11111 999999 1 1 3 3333 0000000 7 3 3 3 77777 3 1 1 4 7 0 9 0 555555 0 000 000 0 2222 7 2 6 5555555 6 11111 555555555 888888888888888
consensus : AGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--G-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TNTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGNAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
Reference ( family-2024 ) : AGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--G-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TNTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGNAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
gi|1 : GGTGAATTGAGCCATCATT--GATAATG----TG--C-AGATTC-CGGTTGAAA-------CTCCAT---TGTTTTC-TTCCGGTTAAAAACTTAT--GTTA-CCCGGGGT-AGC-AAAATGAGC---ATTA-GG--AA---ACATTTTCCCCAAAAACATGTA--AATCTTTTC-TTTTCCATTTAAAGA--TTTTTAAATTTTAGT-TTGAA-GTTTTC--TTTCCAA-CGGCT-TTATAGTAGGCTAAATATTCTAACAGAGATACGAGC-GTTAAAATACTTTGTAC-AT---GTACA---TAAA-CA-TGC-GCTTAGAAAACGCAGCAG-------AGGAAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCATATAT
gi|10 : AAGGGGAAT-AATCCATTGTC--A-TAATGT---CA-GT-AA-TCC-CGGT-GAAA-------CGCTATAATTGC---C-TTCCGCTTAAAA-TTGAT--TTTA-CCTATG-T-AGC-AAA-C-AGT----T-ATGG--AA---CC---CAC-----AAACA---C--AA------------------AATGAG-T----AAAATT-AGT-G-AAA-GTT--C--TTTTCAA-C--CT-TTttttgttatcctgtcacggtctgtcgtaac
gi|11 : G-CT-TTATAGAAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAAC-GTTAAAATA------CT-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAG-----------------------AAA-----TC---------TGAAGTACATGTTACTTTT----TTAGATCTAGCACATttgtttgacagatataacttaatcatacataaaccagttagaaa
gi|12 : CCATCGTC--A-TAATGG---TG-GTGAC-TTC-AAGT-GAGG-------TTCCAT---TCT---CTTTCCGGTTCAAA-CTTTTTATTTACCCCGAG-T-ACCAAAA-T-AGC---CT-A-GG--AAAGGC-------------AACA---G--AA--------TTT-C----------------------T-AGT-TGAAA-GTT--CTTTTTTCAA-CG-CTCTTATAGccatgtattttctttattgtgtcaccgtttgtcgtcaa
gi|13 : tgtaAAGGGGAAT-GA-TCATCGTCTCG-TAATGG---TA-GT----TTC-CGGT-GAAA-------CTC-AT---TGT---C-TTTCGGTTAAAA-CGTAT--TGCA-CCCGA--T-AGCAAAA-T-AGC----T-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-T
gi|14 : CCGAG-TCAGC-AAA-T-AGC---ATCA-GGCAAA---CT---TTC-----GAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCTT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-TAAAA-GTT--C--CTTTCAA-CG-CT-
gi|15 : ttaTCGTC--A-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA--------TCGAA---TGT---A-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TCTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-ACC---TT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAc
gi|16 : GGGGGAAT-GAGCCATCGTC--A-TAATGG---T-----AG-TTC-CAGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C-TTCC-GTTAAAA-CT
gi|17 : -CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
gi|18 : AGGGTGAGT-GAGCCATCGTC--A-TAATGGC--TG----AC-TTC-CG
gi|19 : taAGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--A-TAATGGC--TG----AC-TTC-CGt
gi|2 : GGGAAT-GAGCCATCGTT--G-TAATAGGTTTGAGT-AGATTCTCGGT-GAAAAACATTACTT--T---TGT---C-TTCCG-TTAAAA-CATATC-TTTA-CC-AAG-T-G---AAA-T--GC---AT-A-G---AA---CC---TGC-----AAACA---AGAAA-CTCTC---TT-CCAA--AAAGAATT----A---TT-AGT-TTAAA-ATT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGAA-GTTAAATA-TC-AAAAGAGATACAAGCTTTTAAAATA------AC-TTTTGGTATAAATTAAAGCAATTG-GCTTAG-AA-CGCAGCGGTTGAAATAG-AAAA------G---------TAAAGTAt
gi|3 : AGGGGGAAT-GAGCCATTGTC--A-TAATGG---TG-GT-AA-TTT-CTGT-GAAA-------CTTCAT---TGT---C-TTCCAGTTAAAAACTTAT--TTTA-CCCGAG-T-A---ATA-T-AGCTCGATCA-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--GAAAA--T----AAATTT-AGT-T-GAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAAAAGGGTAAATATTT-AACGGGTGTACAAGT-GTTAAAA-----------------TACA------------------TAGAAT-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TCTGGAGCACATGGAGTAC----------C----TTAG-TCTAGCGCATtaaagagttaattatgaacttatcgtttcatcggtctgttcttggtaatcca
gi|4 : aGGGGAAC-GAGCCATCGTT--G-TGATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C----CGGTTAAAC-CTTAT--TGTA-CCCAAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---AC---TTC-----AAACA---T--AA-ACCTTCATTC-CCA---AAAGA--T----TAATT--AGTAT-AAA--TT--C--ATTCAAA-CG-AT-TTATAGACAGGTAAATATAC-AGAAAAGGTACAAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTATA---TAAA-CAATGG-GCTTAGAAA-CGCAGCGGACAT---AG-AAAAAAGAGTT---------TGAAGTAC----------T----tgtttctgtatcatgtcaccatctgtcataacac
gi|5 : AGGGGAAAT-GAGCCATCGTC--A-AAATGG---TG-GT-AG-TTC-CAGT-GAAA-------CTCCAT---TAT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAC--TATA-CTCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTTCGGT-T-AAG-G-T--C--TTTTCAA-AG-CG-TTA---------AAAT-----AACTGGTATAT---------AAACA------A---T---GGACT---TAGA-AAA-GCAGC--AGAAA---TAGAAA-------AA-AGAG-----TT---------TGAAGTAC----------T----TTAATTCTAGCACATATatcatgtcatggtctgtggtaacaca
gi|6 : AGGGCGAAT-GACCCATCATC--A-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------ATCCAT---TGT---C-TTCCGGT-AAAA-CTTAC--TGTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-A-TGC---AT-A-AG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAACCG-CT-TTATAGTAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------ACTTT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATATtttctttatcgtgccacggtctgtggtaatacag
gi|7 : GGGTGAAT-GAGCCATCGTC--A-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C-TTTCGGTTAAAA-CTT-----GTA-CCCGAA-T-AGA-AAA-T-GGC---AT-A-TG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAAAGTT--T--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGAAGGATACATATTC-AACAGAGATACAAGC-GTTAACATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGG-GCTTAGAGA-CGCAGCAG-------AA-AAGA-----TC---------TGAATTAC----------C----TTAGATCTAGCACA
gi|8 : GAAT-GAACCATCATC--G-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C-TTCCGGT-AAAA-CGTAT--TGTA-CCCGAG-T-AGC-A-------------------------------TC-----AAACA---G--TA-CTCTTC-TTT-CCAT--TAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGTAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTGCG---TAAA-CGA-----------------AGCAG-------AT-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAAATCTAGCACACA
gi|9 : gaaAGGTGGAAT-GAGCCATCGTC--C-TAATGG---TG-GT-AG-TTC--------AA----------------TGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAC--ATTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AG---CC---TCC-----AAACA---G--AA-CTGTTC-TTT-ACAT---AATA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT----------AA--------TAT--TAAAGTAAATATTT-AACAGGG-------------AAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CACAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------GTAAGTAT----------CTAAGTTAGATCTAGCACATA
blockSeqs : . TCG GTT AG G A T . AACATTAC T AAT . T A TA T C . C A . . TCGATC T CA AGG . . AGA . A . TA ATT C A G A CTT C . C A . G T . T TTG AAT G TGC A . TTGAAAT . AAGAG TGGAGCACA ATGTTACTTTT
blockSeqs : . A C G . . . . C C . . . . C T . . . A . . ATC . . . . . C . . . AA GT . . A . C . . . A . A . . . . . . TTG A . ACAT . . . CTAAG
blockSeqs : . A C G . . . . T G . . . . . G . . . . . . CT . . . . . G . . . TG T . . T . C . . . A . A . . . . . . TGG A . . . . . C
blockSeqs : . A . G . . . . C C . . . . . C . . . . . . TT . . . . . G . . . TA T . . . . C . . . A . A . . . . . . GCA A . . . . . C
blockSeqs : . A . G . . . . C C . . . . . T . . . . . . AT . . . . . G . . . TA T . . . . C . . . T . G . . . . . . TGC A . . . . . T
blockSeqs : . A . G . . . . C C . . . . . T . . . . . . AT . . . . . G . . . TA T . . . . C . . . A . A . . . . . . TGG A . . . . . T
blockSeqs : . A . G . . . . C C . . . . . G . . . . . . AT . . . . . T . . . TT T . . . . C . . . T . G . . . . . . TGC . . . . . . C
blockSeqs : . G . G . . . . C C . . . . . A . . . . . . AT . . . . . G . . . A T . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . A . G . . . . A C . . . . . G . . . . . . AT . . . . . G . . . A T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . G . G . . . . C C . . . . . G . . . . . . AT . . . . . G . . . T T . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . A . G . . . . C . . . . . . G . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . G . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . .
blockSeqs : C . . . . .
blockSeqCons : A*** G* *** AT**** *** ***** G***** TA** T****** C**** ******
originalCons : AGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--G-TAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TNTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGNAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
finalCons : AGGGGGAAT-GAGCCATCGTCA---TAATGG---TGG-T-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCCAT---TGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TNTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-AGCAT----A-GG--AA---CC---TTC-----AAACAG-----AA-CTCTTC-TTT-CCATA--AAGAT------AAATTT-AGT-T-AAA-GTTC----TTTTCAA-CG-CT-TTATAGNAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 1111111 111111111 222222222222222
lowQualScore : 2 55 999 33 2 5 2 2 99999999 6666 555 2 5 77 1 3 2 2 5 2 2 999999 2 33 555 555 77777 555555 3 3 3 6666 8888888 6 3 3 3 44444 3 3 3 2 0 4 3 4 111111 4 777 777 4 7777 0 3 3 9999999 3 99999 444444444 000000000000000
lowQualScore : . .. ... .. . . . . ........ .... ... . . .. . . . . . . . ...... . .. ... ... ..... ...... . . . .... ....... . . . . ..... . . . . . . . . ...... . ... ... . .... . . . ....... . ..... ......... ...............
lowQualScore : 9 99 444 44 5 0 5 9 44444444 9999 000 9 7 33 0 1 9 9 7 9 9 666666 9 99 000 000 11111 999999 1 1 3 3333 0000000 7 3 3 3 77777 3 1 1 4 7 0 9 0 555555 0 000 000 0 2222 7 2 6 5555555 6 11111 555555555 888888888888888
consensus : AGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--GTAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCC---ATTGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TNTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGNAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
Reference ( family-2024 ) : AGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--ATAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCC---ATTGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TNTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGNAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
gi|1 : GGTGAATTGAGCCATCATTG-ATAATG----TG--C-AGATTC-CGGTTGAAA-------CTCC---ATTGTTTTC-TTCCGGTTAAAAACTTAT--GTTA-CCCGGGGT-AGC-AAAATGAGC---ATTA-GG--AA---ACATTTTCCCCAAAAACATGTA--AATCTTTTC-TTTTCCATTTAAAGA--TTTTTAAATTTTAGT-TTGAA-GTTTTC--TTTCCAA-CGGCT-TTATAGTAGGCTAAATATTCTAACAGAGATACGAGC-GTTAAAATACTTTGTAC-AT---GTACA---TAAA-CA-TGC-GCTTAGAAAACGCAGCAG-------AGGAAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCATATAT
gi|10 : AAGGGGAAT-AATCCATTGTC--ATAATGT---CA-GT-AA-TCC-CGGT-GAAA-------CGCTATAATTGC---C-TTCCGCTTAAAA-TTGAT--TTTA-CCTATG-T-AGC-AAA-C-AGT----T-ATGG--AA---CC---CAC-----AAACA---C--AA------------------AATGAG-T----AAAATT-AGT-G-AAA-GTT--C--TTTTCAA-C--CT-TTttttgttatcctgtcacggtctgtcgtaac
gi|11 : G-CT-TTATAGAAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAAC-GTTAAAATA------CT-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAG-----------------------AAA-----TC---------TGAAGTACATGTTACTTTT----TTAGATCTAGCACATttgtttgacagatataacttaatcatacataaaccagttagaaa
gi|12 : CCATCGTC--ATAATGG---TG-GTGAC-TTC-AAGT-GAGG-------TTCC---ATTCT---CTTTCCGGTTCAAA-CTTTTTATTTACCCCGAG-T-ACCAAAA-T-AGC---CT-A-GG--AAAGGC-------------AACA---G--AA--------TTT-C----------------------T-AGT-TGAAA-GTT--CTTTTTTCAA-CG-CTCTTATAGccatgtattttctttattgtgtcaccgtttgtcgtcaa
gi|13 : tgtaAAGGGGAAT-GA-TCATCGTCTCGTAATGG---TA-GT----TTC-CGGT-GAAA-------CTC----ATTGT---C-TTTCGGTTAAAA-CGTAT--TGCA-CCCGA--T-AGCAAAA-T-AGC----T-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-T
gi|14 : CCGAG-TCAGC-AAA-T-AGC---ATCA-GGCAAA---CT---TTC-----GAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCTT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-TAAAA-GTT--C--CTTTCAA-CG-CT-
gi|15 : ttaTCGTC--ATAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA--------TCG---AATGT---A-TTCCGGTTAAAA-CTTAT--TCTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-ACC---TT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAc
gi|16 : GGGGGAAT-GAGCCATCGTC--ATAATGG---T-----AG-TTC-CAGT-GAAA-------CTCC---ATTGT---C-TTCC-GTTAAAA-CT
gi|17 : -CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATAT
gi|18 : AGGGTGAGT-GAGCCATCGTC--ATAATGGC--TG----AC-TTC-CG
gi|19 : taAGGGGGAAT-GAGCCATCGTC--ATAATGGC--TG----AC-TTC-CGt
gi|2 : GGGAAT-GAGCCATCGTT--GTAATAGGTTTGAGT-AGATTCTCGGT-GAAAAACATTACTT-----TTGT---C-TTCCG-TTAAAA-CATATC-TTTA-CC-AAG-T-G---AAA-T--GC---AT-A-G---AA---CC---TGC-----AAACA---AGAAA-CTCTC---TT-CCAA--AAAGAATT----A---TT-AGT-TTAAA-ATT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGAA-GTTAAATA-TC-AAAAGAGATACAAGCTTTTAAAATA------AC-TTTTGGTATAAATTAAAGCAATTG-GCTTAG-AA-CGCAGCGGTTGAAATAG-AAAA------G---------TAAAGTAt
gi|3 : AGGGGGAAT-GAGCCATTGTC--ATAATGG---TG-GT-AA-TTT-CTGT-GAAA-------CTTC---ATTGT---C-TTCCAGTTAAAAACTTAT--TTTA-CCCGAG-T-A---ATA-T-AGCTCGATCA-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--GAAAA--T----AAATTT-AGT-T-GAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAAAAGGGTAAATATTT-AACGGGTGTACAAGT-GTTAAAA-----------------TACA------------------TAGAAT-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TCTGGAGCACATGGAGTAC----------C----TTAG-TCTAGCGCATtaaagagttaattatgaacttatcgtttcatcggtctgttcttggtaatcca
gi|4 : aGGGGAAC-GAGCCATCGTT--GTGATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCC---ATTGT---C----CGGTTAAAC-CTTAT--TGTA-CCCAAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---AC---TTC-----AAACA---T--AA-ACCTTCATTC-CCA---AAAGA--T----TAATT--AGTAT-AAA--TT--C--ATTCAAA-CG-AT-TTATAGACAGGTAAATATAC-AGAAAAGGTACAAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTATA---TAAA-CAATGG-GCTTAGAAA-CGCAGCGGACAT---AG-AAAAAAGAGTT---------TGAAGTAC----------T----tgtttctgtatcatgtcaccatctgtcataacac
gi|5 : AGGGGAAAT-GAGCCATCGTC--AAAATGG---TG-GT-AG-TTC-CAGT-GAAA-------CTCC---ATTAT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAC--TATA-CTCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTTCGGT-T-AAG-G-T--C--TTTTCAA-AG-CG-TTA---------AAAT-----AACTGGTATAT---------AAACA------A---T---GGACT---TAGA-AAA-GCAGC--AGAAA---TAGAAA-------AA-AGAG-----TT---------TGAAGTAC----------T----TTAATTCTAGCACATATatcatgtcatggtctgtggtaacaca
gi|6 : AGGGCGAAT-GACCCATCATC--ATAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------ATCC---ATTGT---C-TTCCGGT-AAAA-CTTAC--TGTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-A-TGC---AT-A-AG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAACCG-CT-TTATAGTAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------ACTTT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CGCAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAGATCTAGCACATATtttctttatcgtgccacggtctgtggtaatacag
gi|7 : GGGTGAAT-GAGCCATCGTC--ATAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCC---ATTGT---C-TTTCGGTTAAAA-CTT-----GTA-CCCGAA-T-AGA-AAA-T-GGC---AT-A-TG--AA---CC---TTC-----AAACA---G--AA-CTCTTC-TTT-CCAT--AAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAAAGTT--T--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGAAGGATACATATTC-AACAGAGATACAAGC-GTTAACATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGG-GCTTAGAGA-CGCAGCAG-------AA-AAGA-----TC---------TGAATTAC----------C----TTAGATCTAGCACA
gi|8 : GAAT-GAACCATCATC--GTAATGG---TG-GT-AG-TTC-CGGT-GAAA-------CTCC---ATTGT---C-TTCCGGT-AAAA-CGTAT--TGTA-CCCGAG-T-AGC-A-------------------------------TC-----AAACA---G--TA-CTCTTC-TTT-CCAT--TAAGA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT--C--TTTTCAA-CG-CT-TTATAGTAGGGTAAATATTC-AACAGAGATACGAGC-GTTAAAATA------AC-TT---GTGCG---TAAA-CGA-----------------AGCAG-------AT-AAAA-----TC---------TGAAGTAC----------C----TTAAATCTAGCACACA
gi|9 : gaaAGGTGGAAT-GAGCCATCGTC--CTAATGG---TG-GT-AG-TTC--------AA----------------TGT---C-TTCCGGTTAAAA-CTTAC--ATTA-CCCGAG-T-AGC-AAA-T-AGC---AT-A-GG--AG---CC---TCC-----AAACA---G--AA-CTGTTC-TTT-ACAT---AATA--T----AAATTT-AGT-T-AAA-GTT----------AA--------TAT--TAAAGTAAATATTT-AACAGGG-------------AAATA------AC-TT---GTACA---TAAA-CAATGC-GCTTAGAAA-CACAGCAG-------AG-AAAA-----TC---------GTAAGTAT----------CTAAGTTAGATCTAGCACATA