lowQualScore : 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 1111 333333333333333333333333 11111
lowQualScore : 6 999 222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 333333333 33 2 33 4 2 4444 88888 7777 777777 22 44 666 333 1 222 8888888 1 1 222222222222222222222222 222 33 666 1 11 33 444 1 1 11 22 1 2 11 11 88888 9 999 11 222 5 2 22 3
lowQualScore : . ... ... ................................................................. . ......... .. . .. . . .... ..... .... ...... .. .. ... ... . ... ....... . . ........................ ... .. ... . .. .. ... . . .. .. . . .. .. ..... . ... .. ... . . .. .
lowQualScore : 7 222 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 333333333 22 4 22 4 2 4444 22222 9999 888888 33 00 000 666 6 888 0000000 4 3 000000000000000000000000 000 11 777 1 66 22 111 2 2 77 99 2 4 77 77 77777 2 333 99 444 5 8 00 0
consensus : AATATTAA-TGAT---TTT-C-GTAAAA--A---A--AA--T--A----T---------T-----CTGAT----T----AAA--------TTTT-TTG------T-A--T-ATT--AT-G-A-A--CAG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-T-C-----------C------------GG---GGA--A--TT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--C--TTT--GCCTTAAA-G-T--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
Reference ( gi|16 ) : AATATTAA-TGAT---TTT-T-GTAAAA--A---A--AA--T-CA----T---------T-----CTGAT----T----AAA--------TTCT-TTG------T-A--T-ATT--AT-G-A-G--CAG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-T-C-----------T------------GG---GGA--A--TT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--C--TTT--GATTTGAA-T-T--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
gi|8 : AATATTAA-TGAA---TTT-T-GT--AA--A---A--AA--T-TAT---T---------T-----CTGAT----T----ACGGTTACCCCTTTT-TTG------T-A--T-ATT--AT-G-A-A--CAG-----A-----AA----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-T-C-----------T------------GG---AGA--A--TT-T--TG--C-----G-A--C--C-A-A--C---TT--GATTTCAA-T-T--A---CA-TT-G--T-ATTGG
gi|7 : tttatgtaatataagctgattttgcataccattgAATATTAA--AATAGATTT-T-GTAAAA--A---A--AAAAT-AA----TGT-------T-----CCG-T----T----AGACC------TTTT-TTG------T-A--T-ATT--AT-G-A-GGCCGA-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GC-T---T-G-----TT-T-C-----------T------------GG---G-A--A--TT-T--TGGGC---A-G----C--C-A-AAAC--TTT--GATTTGAA-T-T--A---CA-TT-G--T-ATTgca
gi|4 : cattttatctaaaattagctgatttgcatatcatgAATATTAA-TGAT---TTT-TCATAAAA--A---A--AT--T-CA----T---------TTTGTTCTGAT----TT---ACC--------TTCT-TTG------T-A--TTATTTAGT-G-AAG--CAAGT---AA--CGAG----G-AGAA--C---A-C-GT-T---TTG-----TT-T-C-----------T------------AGTGTGAATTA--TT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--C--TTT--GATTTTGA-T-TTAA---CA-TTGG--TAATTGGC
gi|6 : tcatgataaagtagctgatttgcatataatcatgAATATTAA--GAT---TTTCT-GTAAAA--ATTGA--TG--T-TT----T---------T-----ATGCTA---T----AA------------T-TT-------T-A--C-ATT--AT-G-A-AA-CAG-----AA--C-AG----A-A--A--C---A-T-GT-T---T-T-----TT-T-C-----------C------------CG---AGA--A--AT-T--TG--C---A-G-A--C--A-A-A--C--TTT--CCCTTAAA-G-T--A---CA-TT-ca
gi|5 : accattatagttaatattagctgtaatgttgcaagtattcattgAATATTAA-TGAT---TTT-C-GTAAAATTG---T--GA--T--G----T---------T-----TTTATTGC-T----AAA--------TT-T-TTA------C-AATT-A-T--AT-G-A-A--CAG-----AA--T-AG----GAA--A--C---A-T-GT-TTTCT-G------T-C-C-----------C------------GG---GGA--G--AT-T--TG--TCTAA-T-A--CT-C-A-A--C--TTT--CCCTTTAA-G-T--A---CA-TTGG--T-ATTtttttagt
gi|15 : attataatgtattgaattgtgagctcactttgcattattcatgATATTAAGTGAT---TTT-C-GT------A---A--AA--T-GA----TG--------T-----TTTAT----T----GTA--------TTTTACTA------T-A--T-ATA--AT-----G--CAA-----AA----------G-A--A--A---A-T-GT-T---T-------TC-T-C-----------C------------GG---GGA--ATTTT-T--TG--C---A-G-A--C------A--C--TTT--CTCTT--A-G-T--G---CA-TT-G--T-GTac
gi|10 : taaatttgctcatttgcattttatgATATGAA-TGAT---TTC---GTAAAA--ATT-G--AA--T-GT----T---------T-----AT-ATGC--T----ATA--------TT-T-TTA------C-A--T-A----AT-G-A-AACCAG-----AA----AG----A-G--A--C-----T-GT-T---T-------CT-T-C-----------C------------GG---GGA--A---T-T--TG--C---A-G-A-----C-A-A--C--TTT--CCCTTCAA-G-T--G---CA-TT-G--T-cagtaa
gi|9 : taatatgtaaatttagctcatttgcatattcatgTATAGA-TGAT---TTT-T-GTAAAA--A---ATCAA--T--G----T---------T-----CTGAT---------ACA--------TTTT-TTG------T-A--T-ATT--AT-G-A----CAG-----AA-----A----G-A--A--C---AGC-GT-T---T-G-----TA-T-C-----------T------------GG---AGA--A--TT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--CGATTT--GATTT-CA-T-T--A---CA-TT-G--T--TTGGgaatcag
gi|11 : tttatgtaaattatatgaatttacatatcatgaattTATTAC-TGAT---TTT-C-GTAAAA-------------T-TA----TGT-------T-----TTTAT----T----GCA--------T-AT-TTA------T----C-ATT--AT-G-A-A--CAG-----AA--G-AG----A-A--A--C---A-T-GT-T---T-C-----TT-C-C-----------T------------GG---GA-------T-T--TG--C---A-C-A--C--C-A-A--C--CT
gi|13 : gataacctgttgtaattaagctcattatggcatatttacatgatTATTAAATGAT---TTT-C-GTAAAA--T---T--AA--T-------T---------T-----TTTATATGCT----AAA--------TT-T-TTA------C-A--C-ATA--A--G-A-A--CAG-----AA----AGAAT-G-A--AT-C---T-T-GC-T---T-GATTTCTT-C-C-----------T------------GG---GGA--AT-TT-T--TG--C---A-A-C--C--T-A-A--C--Tggtccttaaag
gi|12 : gtatattaattagctcatttgccattatttatgcaatA-TGATA--TTT-C-GTATAA--A---A--A---T-TA----TG--------T-----TTTAT----TGCT-AAA--------TGTT-T----------A--C-ATT--AT-G-A-A--CAGCCTCCAA------------A--A--C---A-TAGT-T---T-A-----CTATAC-----------T------------GG---GGA--A--TT-T--TG--C---A-A-A--C--C-A-
gi|2 : tatgtaaattagctcatttgtatattatcaccttaggtaagaatatacag-TGAT---TTT---GTGAAA--A---AT-GA--T--A----TAGTGTTTTAT-----CTG-C----T----AAA--------TTCT-TTACCAAGTT-A--T-ATG--AT-ATA-A--CAA-----AAAAC-AG----A-A--A--C---A-A-GTGC---T-G-----TC-T-C-----------TACTCC-------GG---GGA--A--TCCT--TGGAC---A-A-A--C--C-ATA--T--TTT--CCCTTAAA-G-T--A---CA-TT-G--T-ATTc
gi|18 : ccatatatgtaattttagagctcacttttgcatattctgaatattcttagaatgAAAA--A---A--AA--T--G----T---------T-----CTGAT----T----TAC--------CTTT-TTG------TTA--T-ATT--ATTG-A-G--CAG-----AA--C-AG----G-A--A--CA--A-C-GT-T---T-G-----TT-T-C-----------------------------GGA--A--GT-T--TG--C-----G-A--C--C-A-A--A--CTT--GA-TTGAA-T-T--G---CA-TT-G--T-ATGGGta
gi|17 : AAAA--A---A--AA--T--G----T---------T-----CTGAT----T----TAC--------CTTT-TTG------TTA--T-ATT--ATTG-A-G--CAG-----AA--C-AG----G-A--A--CA--A-C-GT-T---T-G-----TT-T-C-----------------------------GGA--A--GT-T--TG--C-----G-A--C--C-A-A--A--CTT--GA-TTGAA-T-T--G---CA-TT-G--T-ATGGGgc
gi|23 : AAAA--A---A--AA--TTCACGCTT---------T-----CTGAT----TTACCGAA--------TT-T-TTG------TTA--T-ATT--AT-G-A-G--CCG-----AA--C-Agc
gi|14 : ----T----AAA--------TTTT-T----------A--C-AAT--AT-G-A-AA-CAG-----AA--C-AG----A-A--AGCC---A-T-GT-T---T-------CT-T-C-----------C------------GG---GGA--A--AT-T--TA--C---A-tggcacccaccgt
gi|35 : aattagctcatttgcattattcattcgcacacctaaagtcataaatgaccataattcgtaaaaacattggtatgttctctttattgcT-TTT------T-A--T-ATT--AT-G-A-A--CAG-----AA--C-CG----A-G--A--C---A-T-GT-T---T-C-----TT-C-C-----------C------------GG---GGA--A--TT-T--
gi|19 : aT-G-A-G--C-----------C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-C-C-----------CCCCCCCCCCCAGGG---GGA--A--TT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--G--TTT--GCCTT--A-G-T--A---CA-TT-G--T-ATTAG
gi|1 : agtcccAG-----AA--C-AGCCTAA-A--A--CTCAA-C-GT-T---T-G-----TT-C-C-----------TTGTCCCG-----GG---GGA--A--TT-GGATG--CGAGA-G-A--C--C-A-A--C--TTT--CCCTTAAA-A-T--A---CATTT-A--T-ATTAGCaaa
gi|40 : aattttatatgtaaataacccacgttagctggaatttgcatattcatgaatattcaatgattttacccgtaaattgatgtttgagtgattgctatagtttcattaccttatctgaggaccgA--C-AG----G-A--A--C---A-T-GT-T---T-G-----TT-T-C-----------T------------GG---GGA--A--AA-T--TC--C---A-G-A--C--C-A-A--C--a
gi|22 : --C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-GGT---TT-T-C-----------CCCCCCAGG----GG---GGA--AT-TT-T--TG--C---A-GAA--C--C-A-A--C--TTT--GCCTTAAA-TGT--A---CA-TT-G--T-ATTG
gi|20 : c--C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-C-C-----------CCCCCCCCCAG--GG---GGA--A---T-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-G--T--TCT--GCCTTAAA-G-T--A---CA-TT-G--TCATTAGa
gi|21 : cccgagc--C-AG----A-A--A--C---A-G-GT-T---T-G-----CC-C-CCCCCCCCCCTTT------------AG---GGAGCA--TT-T--TG--C---A-A-A--C--C-A-A--C--TTT--GCCTTAAA-G-T--A---CA-TT-G--T-ATTAGaaa
gi|28 : atc-A--A--C---A---GT-T---T-GC----TT-T-C-----------T------------GG---TGA--A--CT-T--TG--C---A-G-AAAC--C-A-A--C--ATT--GATT--AA-T-T--A---CA-TT-aaa
gi|26 : -A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-T-C-----------G------------GA---AGA--A--AT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--C--T-----ATGTAAA-T-T--AACTCATTT-G--T-
gi|24 : ---A-C-GT-T---T-G-----TT-T-C-----------T------------GG---GGA--A--TT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--C--TTT--GATTTGAA-T-T--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
gi|27 : -G-----TT-C-C-----------C------------GG---GAA--T--TT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--C--TAT--GCCTTAAA-G-T--A---CACTT-GTTT-ATTAGCa
gi|25 : -----TT-C-C-----------C------------GG---GGA--A---T-T--TG--C---ACA-A--C--C-ATA--C--TTT--CCCTTAAA-G-T--A---CAGTT-G--T-ATTAGCaa
gi|31 : tgcT-C-C-----------C------------GG---AGA--A--TT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--C--TTT--GCCTTAAA-G-T--A---CA-TT-G--T-ATTAGCa
gi|33 : -C-----------C------------GG---GGA--A--TT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--C--TTT--CCCTTAAA-G-T--A---CA-TT-G--T-AT
gi|34 : -C-----------C------------GG---GCA--A--TT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--C--TTT--CCCTTTAA-G-T--G---CA-TT-G--T-ATcagta
gi|30 : ------------GG---GGA--A--AT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--C--TTTCCG-CTTAAATT-T--A---CA-TT-G--T-cagta
gi|29 : cg------------GG---GGA--A--AT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--C--TTTCCG-CTTAAATT-T--A---CA-TT-G--T-atcagta
gi|36 : cgG---GGA--A--TT-T--TG--C---A-A-A--T--C-A-A--G--TTT--TCCTTAAA-G-T--A---CA-TT-G--T-ATTatcagta
gi|37 : cca---GGG--A--TT-T--TG--C---A-G-A--C--C-A-A--C--TTT--GCCTTAAA-G-T--A---CA-TT-G--C-ATTAGa
gi|32 : gt---GGA--A--TT-T--TG--C---A-G-A--CGACAA-A--C--TTTC-GCCTTAAA-G-T--A---CA-TT-G--T-AT
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACCAATATATGTAAATTAGCTCAATTTTGCATACTTTATATATATTACATGATTTCGTAAAAATTAGATGTTTTTATTGCTACCTTCATCTGCTCCATGTTTTTACCATTATGGAACAAAAACGTAACACCATAATATATATATTCTTCCCGGGGAATAGGTTGCATAACCACTTTCACTAAATTATGTACTTCGTAT
Unaligned ( gi|38 ): CCCGGGAAATTTGCAAACCAAGTTTTGCCTTTAAAGTACATT
Unaligned ( gi|39 ): AATTAAATGCGTATATATAATGCATCATAACTACTAGTCTCC
Unaligned ( gi|41 ): TAGTCCCCGAGCCAGAAATACGTTTGTTCCCCC
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222 11 222222222222222222
lowQualScore : 3 99 2 2 99999 33 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 11111111 4 22 4 4444 2 22 22 88888 7777 777777 22 33 555 333 1 222 8888888 44444 1 333333333333333333 111 33 22 1 11 22 11 333 1 11 1 22 11 2 2 11 55555 33 3 11 222 5 2 22 2
lowQualScore : . .. . . ..... .. ....................................................................... . ........ . .. . .... . .. .. ..... .... ...... .. .. ... ... . ... ....... ..... . .................. ... .. .. . .. .. .. ... . .. . .. .. . . .. ..... .. . .. ... . . .. .
lowQualScore : 3 66 9 9 99999 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 22222222 2 99 2 5555 1 11 99 22222 1111 111111 22 88 888 111 5 777 3333333 88888 2 777777777777777777 999 00 66 1 55 66 55 999 1 66 1 77 66 3 4 66 00000 99 8 88 333 2 6 00 9
consensus : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--A--A--A-----A-----T---G----T---------TC---TG---AT---T----A----AA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
Reference ( family-2015 ) : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--A--A--A-----A-----T---A----T---------TC---TG---AT---T----A----AA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
gi|1 : AATATTCAA--T-GAT-TTTACCC-GTAAAT--T--G--A-----------T---G----T---------TTGAGTG---AT---T----GCTATAG--------TTTC-AT-------TAC-CTT--A-TCTGAG-GA--CCGAG-----AA--C-AGCCTAA-A--A--CTCAA-C-GT-T---T-G-----TTCCTTGT-C-----CCG----------GG---GGA--A--TT-GGAT--G--CGAGA-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-AAA-AT--A---CATTT-A--T-ATTAGC
gi|10 : aattttatatgtaaataacccacgttagctggaatttgcatattcatgATATG-AA--T-GAT-TT----C-GTAAAA--ATTG--A-----A-----T---G----T---------TT---AT---ATGC-T----A----TA--------TTTT-T---------AC-ATA--A-T----G-AAACC--AG-----AA----AG----A-G--A--C-----T-GT-T---T-------CT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T-----G--C---A-G--A-C-----A-A-C--TTT-C-C-CTT-CAA-GT--G---CA-TT-G--T-a
gi|11 : taatatgtaaatttagctcatttgcatattcatgTATT-AC--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--T--T--A-----------T---G----T---------TT---TT---AT---T----G----CA--------TATT-T---------ATCATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--G-AG----A-A--A--C---A-T-GT-T---T-------CT-----T-C-----C------------TG---GGA------T-T--T--G--C---A-C--A-C--C--A-A-C--CTG-GTC-CTT-AAA-Ggaatcag
gi|12 : gataacctgttgtaattaagctcattatggcatatttacatgatA--T-GATATTT---C-GTATAA--A--A--A-----T-----T---A----TG--------TT---TT---AT---TGCT-A----AA--------TGTT-T---------AC-ATT--A-T----G-AA--C--AGCCTCCAA------------A--A--C---A-TAGT-T---T-A-----CTA----TAC-----T------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-A--A-C--C--A-
gi|13 : tatgtaaattagctcatttgtatattatcaccttaggtaagaatatacagTATT-AAA-T-GAT-TTT---C-GTAAAA--T--T--A-----A-----T---T----T---------TT---TAT--ATGC-T----A----AA---------TTT-TTA------CAC-A-T--A-A----G-AA--C--AG-----AA----AGAAT-G-A--AT-C---T-T-GC-T---T-GATTTCTT-----C-C-----T------------GG---GGA--AT-TT-T--T--G--C---A-A--C-C--T--A-A-C--Tc
gi|14 : gtatattaattagctcatttgccattatttatgcaatTT---C-GTAAAA--A--C--ATTGGTA-----T---G----T---------TC---TCTTTAT---TGCT-A----AA--------TTTT-T---------AC-AAT--A-T----G-AAA-C--AG-----AA--C-AG----A-A--AGCC---A-T-GT-T---T-------CT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--AT-T--T--A--C---A-
gi|15 : aattagctcatttgcattattcattcgcacacctaaagtcataaatgaccataaATATT-AAG-T-GAT-TTT---C-GT-AAA--A--T--G-----A-----T---G----T---------TT---T----AT---T----G----TA--------TTTTACTA------TAT-ATA--A-T----G-----C--AA-----AA----------G-A--A--A---A-T-GT-T---T-------TC-----T-C-----C------------GG---GGA--ATTTT-T--T--G--C---A-G--A-C-------A-C--TTT-C-T-CTT---A-GT--G---CA-TT-G--T-GT
gi|16 : taaatttgctcatttgcattttatgAATATT-AA--T-GAT-TTT---T-GTAAAA--A--A--A-----A-----TC--A----T---------TC---TG---AT---T----A----AA--------TTCT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AG--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-A-TTT-GAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTGGCcagtaa
gi|17 : AAAA--A--A--A-----A-----T---G----T---------TC---TG---AT---T----T----AC--------CTTT-TTGT-----TAT-ATT--ATT----G-AG--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--CA--A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----------------------GGA--A--GT-T--T--G--C-----G--A-C--C--A-A-A--CTT-G---ATT-GAA-TT--G---CA-TT-G--T-ATGGG
gi|18 : AAAA--A--A--A-----A-----T---G----T---------TC---TG---AT---T----T----AC--------CTTT-TTGT-----TAT-ATT--ATT----G-AG--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--CA--A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----------------------GGA--A--GT-T--T--G--C-----G--A-C--C--A-A-A--CTT-G---ATT-GAA-TT--G---CA-TT-G--T-ATGGGgc
gi|19 : --C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----C-C-----CCCCCCCCCCCAGGG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-G--TTT-G-C-CTT---A-GT--A---CA-TT-G--T-ATTAGgc
gi|2 : agtccctgagc--T-GAT-TTT-----GTGAAA--A--AT-G-----A-----T---A----TAGTGTTTTATC---TG----C---T----A----AA--------TTCT-TTACCAAGTTAT-ATG--A-T----ATAA--C--AA-----AAAAC-AG----A-A--A--C---A-A-GTGC---T-G-----TC-----T-CTACTCC------------GG---GGA--A--TCCT--T--GGAC---A-A--A-C--C--ATA-T--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTaaa
gi|20 : ccatatatgtaattttagagctcacttttgcatattctgaatattcttagaatg--C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----C-C-----CCCCCCCCCAG--GG---GGA--A--TT-T-----G--C---A-G--A-C--C--A-G-T--TCT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--TCATTAGta
gi|21 : cccgagc--C-AG----A-A--A--C---A-G-GT-T---T-G-----CC-----C-C-----CCCCCCCCCTTT-AG---GGAGCA--TT-T--T--G--C---A-A--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTAGaaa
gi|22 : atc--C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-GGT---TT-----T-C-----CCCCCCAGG----GG---GGA--A--TT-T--TT-G--C---A-G--AAC--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAATGT--A---CA-TT-G--T-ATTGaaa
gi|23 : cAAAA--A--A--A-----A-----TTC-ACGCTT---------TC---TG---AT---TTACCG----AA--------TTTT-TGT------TAT-ATT--A-T----G-AG--C--CG-----AA--C-Aa
gi|24 : ---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-A-TTT-GAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTGGCtggcacccaccgt
gi|25 : -----TT-----C-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T-----G--C---ACA--A-C--C--ATA-C--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CAGTT-G--T-ATTAGCa
gi|26 : tgc-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----G------------GA---AGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TAT-G-----T-AAA-TT--AACTCATTT-G--T-a
gi|27 : -G-----TT-----C-C-----C------------GG---GAA--T--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TAT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CACTT-GTTT-ATTAGC
gi|28 : -A--A--C---A---GT-T---T-GC----TT-----T-C-----T------------GG---TGA--A--CT-T--T--G--C---A-GAAA-C--C--A-A-C--ATT-G-A-TT---AA-TT--A---CA-TT-aa
gi|29 : ------------GG---GGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-CGCTT-AAATTT--A---CA-TT-G--T-
gi|30 : cg------------GG---GGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-CGCTT-AAATTT--A---CA-TT-G--T-atcagta
gi|31 : cgT-----C-C-----C------------GG---AGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTAGCatcagta
gi|32 : ---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-CGAC--A-AAC--TTTCG-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-AT
gi|33 : -C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATcagtaa
gi|34 : -C-----C------------GG---GCA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-TAA-GT--G---CA-TT-G--T-ATcagta
gi|35 : T-TTT------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-CG----A-G--A--C---A-T-GT-T---T-C-----TT-----C-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--cagta
gi|36 : a-C-----C------------AG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-A--A-T--C--A-A-G--TTT-T-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATT
gi|37 : ---GGG--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--C-ATTAGa
gi|38 : gt-C-----C------------GG---GAA--A--TT-T-----G--C---A-A--A-C--C--A-AGT--TTT-G-C-CTTTAAA-GT--A---CA-TT-
gi|4 : cAATATT-AA--T-GAT-TTTT--C-ATAAAA--A--A--ATTC--A-----TTTTG----T---------TC---TG---AT---TT---A----CC--------TTCT-TTG------TATTATTTAG-T----G-AAG-C--AAGT---AA--CGAG----G-AGAA--C---A-C-GT-T---TTG-----TT-----T-C-----T------------AGTGTGAATTA--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-A-TTT-TGA-TTTAA---CA-TTGG--TAATTGGC
gi|40 : tcatgataaagtagctgatttgcatataatcatgA--C-AG----G-A--A--C---A-T-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---GGA--A--AA-T--T--C--C---A-G--A-C--C--A-A-C--ca
gi|5 : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAATTG--T--G-----A-----T---G----T---------TT---TT---ATTGCT----A----AA--------TTTT-TAC------AAT-TAT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--T-AG----GAA--A--C---A-T-GT-TTTCT-G------T-----C-C-----C------------GG---GGA--G--AT-T--T--G--TCTAA-T--A-CT-C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-TAA-GT--A---CA-TTGG--T-ATT
gi|6 : attataatgtattgaattgtgagctcactttgcattattcatgAATATT-AA----GAT-TTT---CTGTAAAA--A--TT-G-----A-----T---G----T---------TT---TT---ATGC-T----AT---AA--------TTTT-----------AC-ATT--A-T----G-AAA-C--AG-----AA--C-AG----A-A--A--C---A-T-GT-T---T-T-----TT-----T-C-----C------------CG---AGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--A--A-A-C--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-ac
gi|7 : accattatagttaatattagctgtaatgttgcaagtattcattgAATATT-AAAATAGAT-TTT-----GTAAAA--A--A--A-----AAATAAT---G----T---------TC---CG----T---T----A----GACC------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AGGCC--GA-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GC-T---T-G-----TT-----T-C-----T-------------G---GGA--A--TT-T--TGGG--C---A-G----C--CAAA-A-C--TTT-G-A-TTT-GAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTtttttagt
gi|8 : cattttatctaaaattagctgatttgcatatcatgAATATT-AA--T-GAA-TTT---T-GT-AAA--A--A--A-----T-----T---AT---T---------TC---TG---AT---T----A----CGGTTACCCCTTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----A-----AA----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---AGA--A--TT-T--T--G--C-----G--A-C--C--A-A-C---TT-G-A-TTT-CAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTGG
gi|9 : tttatgtaatataagctgattttgcataccattgTATA-GA--T-GAT-TTT---T-GTAAAA--A--ATCA-----A-----T---G----T---------TC---TG---AT--------A----CA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-A---C--AG-----AA-----A----G-A--A--C---AGC-GT-T---T-G-----TA-----T-C-----T------------GG---AGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-CGATTT-G-A-TTT--CA-TT--A---CA-TT-G--T--TTGGgca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACCAATATATGTAAATTAGCTCAATTTTGCATACTTTATATATATTACATGATTTCGTAAAAATTAGATGTTTTTATTGCTACCTTCATCTGCTCCATGTTTTTACCATTATGGAACAAAAACGTAACACCATAATATATATATTCTTCCCGGGGAATAGGTTGCATAACCACTTTCACTAAATTATGTACTTCGTAT
Unaligned ( gi|39 ): AATTAAATGCGTATATATAATGCATCATAACTACTAGTCTCC
Unaligned ( gi|41 ): TAGTCCCCGAGCCAGAAATACGTTTGTTCCCCC
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222 11 222222222222222222
lowQualScore : 3 99 2 2 99999 33 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 11111111 4 22 4 4444 2 22 22 88888 7777 777777 22 33 555 333 1 222 8888888 44444 1 333333333333333333 111 33 22 1 11 22 11 333 1 11 1 22 11 2 2 11 55555 33 3 11 222 5 2 22 2
lowQualScore : . .. . . ..... .. ..................................................................... . ........ . .. . .... . .. .. ..... .... ...... .. .. ... ... . ... ....... ..... . .................. ... .. .. . .. .. .. ... . .. . .. .. . . .. ..... .. . .. ... . . .. .
lowQualScore : 3 66 9 9 99999 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 22222222 2 99 2 5555 1 11 99 22222 1111 111111 22 88 888 111 5 777 3333333 88888 2 777777777777777777 999 00 66 1 55 66 55 999 1 66 1 77 66 3 4 66 00000 99 8 88 333 2 6 00 9
consensus : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----A----AA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
Reference ( family-2015 ) : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----A----AA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
gi|1 : AATATTCAA--T-GAT-TTTACCC-GTAAAT--T--G------A-----------T----G--TT----TGAGTG---AT---T----GCTATAG--------TTTC-AT-------TAC-CTT--A-TCTGAG-GA--CCGAG-----AA--C-AGCCTAA-A--A--CTCAA-C-GT-T---T-G-----TTCCTTGT-C-----CCG----------GG---GGA--A--TT-GGAT--G--CGAGA-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-AAA-AT--A---CATTT-A--T-ATTAGC
gi|10 : aattttatatgtaaataacccacgttagctggaatttgcatattcatgATATG-AA--T-GAT-TT----C-GTAAAA--ATTG------A-----A-----T----G--TT----T---AT---ATGC-T----A----TA--------TTTT-T---------AC-ATA--A-T----G-AAACC--AG-----AA----AG----A-G--A--C-----T-GT-T---T-------CT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T-----G--C---A-G--A-C-----A-A-C--TTT-C-C-CTT-CAA-GT--G---CA-TT-G--T-a
gi|11 : taatatgtaaatttagctcatttgcatattcatgTATT-AC--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--T--T------A-----------T----G--TT----T---TT---AT---T----G----CA--------TATT-T---------ATCATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--G-AG----A-A--A--C---A-T-GT-T---T-------CT-----T-C-----C------------TG---GGA------T-T--T--G--C---A-C--A-C--C--A-A-C--CTG-GTC-CTT-AAA-Ggaatcag
gi|12 : gataacctgttgtaattaagctcattatggcatatttacatgatA--T-GATATTT---C-GTATAA--A--A------ATT---A-----T----G--TT----T---T----AT---TGCT-A----AA--------TGTT-T---------AC-ATT--A-T----G-AA--C--AGCCTCCAA------------A--A--C---A-TAGT-T---T-A-----CTA----TAC-----T------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-A--A-C--C--A-
gi|13 : tatgtaaattagctcatttgtatattatcaccttaggtaagaatatacagTATT-AAA-T-GAT-TTT---C-GTAAAA--T--T------A-----A-----T----T--TT----T---TAT--ATGC-T----A----AA---------TTT-TTA------CAC-A-T--A-A----G-AA--C--AG-----AA----AGAAT-G-A--AT-C---T-T-GC-T---T-GATTTCTT-----C-C-----T------------GG---GGA--AT-TT-T--T--G--C---A-A--C-C--T--A-A-C--Tc
gi|14 : gtatattaattagctcatttgccattatttatgcaatTT---C-GTAAAA--A--C------ATTGGTA-----T----G--TT----C---TCTTTAT---TGCT-A----AA--------TTTT-T---------AC-AAT--A-T----G-AAA-C--AG-----AA--C-AG----A-A--AGCC---A-T-GT-T---T-------CT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--AT-T--T--A--C---A-
gi|15 : aattagctcatttgcattattcattcgcacacctaaagtcataaatgaccataaATATT-AAG-T-GAT-TTT---C-GT-AAA--A--T------G-----A-----T----G--TT----T---T----AT---T----G----TA--------TTTTACTA------TAT-ATA--A-T----G-----C--AA-----AA----------G-A--A--A---A-T-GT-T---T-------TC-----T-C-----C------------GG---GGA--ATTTT-T--T--G--C---A-G--A-C-------A-C--TTT-C-T-CTT---A-GT--G---CA-TT-G--T-GT
gi|16 : taaatttgctcatttgcattttatgAATATT-AA--T-GAT-TTT---T-GTAAAA--A--A------A-----A-----TC---A--TT----C---TG---AT---T----A----AA--------TTCT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AG--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-A-TTT-GAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTGGCcagtaa
gi|17 : AAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----T----AC--------CTTT-TTGT-----TAT-ATT--ATT----G-AG--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--CA--A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----------------------GGA--A--GT-T--T--G--C-----G--A-C--C--A-A-A--CTT-G---ATT-GAA-TT--G---CA-TT-G--T-ATGGG
gi|18 : AAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----T----AC--------CTTT-TTGT-----TAT-ATT--ATT----G-AG--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--CA--A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----------------------GGA--A--GT-T--T--G--C-----G--A-C--C--A-A-A--CTT-G---ATT-GAA-TT--G---CA-TT-G--T-ATGGGgc
gi|19 : --C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----C-C-----CCCCCCCCCCCAGGG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-G--TTT-G-C-CTT---A-GT--A---CA-TT-G--T-ATTAGgc
gi|2 : agtccctgagc--T-GAT-TTT-----GTGAAA--A--ATGATATA-----G-----T----G--TTTTATC---TG----C---T----A----AA--------TTCT-TTACCAAGTTAT-ATG--A-T----ATAA--C--AA-----AAAAC-AG----A-A--A--C---A-A-GTGC---T-G-----TC-----T-CTACTCC------------GG---GGA--A--TCCT--T--GGAC---A-A--A-C--C--ATA-T--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTaaa
gi|20 : ccatatatgtaattttagagctcacttttgcatattctgaatattcttagaatg--C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----C-C-----CCCCCCCCCAG--GG---GGA--A--TT-T-----G--C---A-G--A-C--C--A-G-T--TCT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--TCATTAGta
gi|21 : cccgagc--C-AG----A-A--A--C---A-G-GT-T---T-G-----CC-----C-C-----CCCCCCCCCTTT-AG---GGAGCA--TT-T--T--G--C---A-A--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTAGaaa
gi|22 : atc--C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-GGT---TT-----T-C-----CCCCCCAGG----GG---GGA--A--TT-T--TT-G--C---A-G--AAC--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAATGT--A---CA-TT-G--T-ATTGaaa
gi|23 : cAAAA--A--A------A-----A-----TTCACGCTTT----C---TG---AT---TTACCG----AA--------TTTT-TGT------TAT-ATT--A-T----G-AG--C--CG-----AA--C-Aa
gi|24 : ---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-A-TTT-GAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTGGCtggcacccaccgt
gi|25 : -----TT-----C-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T-----G--C---ACA--A-C--C--ATA-C--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CAGTT-G--T-ATTAGCa
gi|26 : tgc-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----G------------GA---AGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TAT-G-----T-AAA-TT--AACTCATTT-G--T-a
gi|27 : -G-----TT-----C-C-----C------------GG---GAA--T--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TAT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CACTT-GTTT-ATTAGC
gi|28 : -A--A--C---A---GT-T---T-GC----TT-----T-C-----T------------GG---TGA--A--CT-T--T--G--C---A-GAAA-C--C--A-A-C--ATT-G-A-TT---AA-TT--A---CA-TT-aa
gi|29 : ------------GG---GGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-CGCTT-AAATTT--A---CA-TT-G--T-
gi|30 : cg------------GG---GGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-CGCTT-AAATTT--A---CA-TT-G--T-atcagta
gi|31 : cgT-----C-C-----C------------GG---AGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTAGCatcagta
gi|32 : ---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-CGAC--A-AAC--TTTCG-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-AT
gi|33 : -C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATcagtaa
gi|34 : -C-----C------------GG---GCA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-TAA-GT--G---CA-TT-G--T-ATcagta
gi|35 : T-TTT------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-CG----A-G--A--C---A-T-GT-T---T-C-----TT-----C-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--cagta
gi|36 : a-C-----C------------AG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-A--A-T--C--A-A-G--TTT-T-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATT
gi|37 : ---GGG--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--C-ATTAGa
gi|38 : gt-C-----C------------GG---GAA--A--TT-T-----G--C---A-A--A-C--C--A-AGT--TTT-G-C-CTTTAAA-GT--A---CA-TT-
gi|4 : cAATATT-AA--T-GAT-TTTT--C-ATAAAA--A--A------ATTC--A-----TTTT-G--TT----C---TG---AT---TT---A----CC--------TTCT-TTG------TATTATTTAG-T----G-AAG-C--AAGT---AA--CGAG----G-AGAA--C---A-C-GT-T---TTG-----TT-----T-C-----T------------AGTGTGAATTA--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-A-TTT-TGA-TTTAA---CA-TTGG--TAATTGGC
gi|40 : tcatgataaagtagctgatttgcatataatcatgA--C-AG----G-A--A--C---A-T-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---GGA--A--AA-T--T--C--C---A-G--A-C--C--A-A-C--ca
gi|5 : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAATTG--T------G-----A-----T----G--TT----T---TT---ATTGCT----A----AA--------TTTT-TAC------AAT-TAT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--T-AG----GAA--A--C---A-T-GT-TTTCT-G------T-----C-C-----C------------GG---GGA--G--AT-T--T--G--TCTAA-T--A-CT-C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-TAA-GT--A---CA-TTGG--T-ATT
gi|6 : attataatgtattgaattgtgagctcactttgcattattcatgAATATT-AA----GAT-TTT---CTGTAAAA--A--TT-----G-----A-----T----G--TT----T---TT---ATGC-T----AT---AA--------TTTT-----------AC-ATT--A-T----G-AAA-C--AG-----AA--C-AG----A-A--A--C---A-T-GT-T---T-T-----TT-----T-C-----C------------CG---AGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--A--A-A-C--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-ac
gi|7 : accattatagttaatattagctgtaatgttgcaagtattcattgAATATT-AAAATAGAT-TTT-----GTAAAA--A--A------A-----AAATAAT----G--TT----C---CG----T---T----A----GACC------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AGGCC--GA-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GC-T---T-G-----TT-----T-C-----T-------------G---GGA--A--TT-T--TGGG--C---A-G----C--CAAA-A-C--TTT-G-A-TTT-GAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTtttttagt
gi|8 : cattttatctaaaattagctgatttgcatatcatgAATATT-AA--T-GAA-TTT---T-GTAAAA--A--AT-----T-----A-----T-------TT----C---TG---AT---T----A----CGGTTACCCCTTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----A-----AA----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---AGA--A--TT-T--T--G--C-----G--A-C--C--A-A-C---TT-G-A-TTT-CAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTGG
gi|9 : tttatgtaatataagctgattttgcataccattgTATA-GA--T-GAT-TTT---T-GTAAAA--A--ATC----A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT--------A----CA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-A---C--AG-----AA-----A----G-A--A--C---AGC-GT-T---T-G-----TA-----T-C-----T------------GG---AGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-CGATTT-G-A-TTT--CA-TT--A---CA-TT-G--T--TTGGgca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACCAATATATGTAAATTAGCTCAATTTTGCATACTTTATATATATTACATGATTTCGTAAAAATTAGATGTTTTTATTGCTACCTTCATCTGCTCCATGTTTTTACCATTATGGAACAAAAACGTAACACCATAATATATATATTCTTCCCGGGGAATAGGTTGCATAACCACTTTCACTAAATTATGTACTTCGTAT
Unaligned ( gi|39 ): AATTAAATGCGTATATATAATGCATCATAACTACTAGTCTCC
Unaligned ( gi|41 ): TAGTCCCCGAGCCAGAAATACGTTTGTTCCCCC
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222 11 222222222222222222
lowQualScore : 3 99 2 2 99999 33 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 11111111 4 22 4 4444 2 22 22 88888 7777 777777 22 33 555 333 1 222 8888888 44444 1 333333333333333333 111 33 22 1 11 22 11 333 1 11 1 22 11 2 2 11 55555 33 3 11 222 5 2 22 2
lowQualScore : . .. . . ..... .. ..................................................................... . ........ . .. . .... . .. .. ..... .... ...... .. .. ... ... . ... ....... ..... . .................. ... .. .. . .. .. .. ... . .. . .. .. . . .. ..... .. . .. ... . . .. .
lowQualScore : 3 66 9 9 99999 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 22222222 2 99 2 5555 1 11 99 22222 1111 111111 22 88 888 111 5 777 3333333 88888 2 777777777777777777 999 00 66 1 55 66 55 999 1 66 1 77 66 3 4 66 00000 99 8 88 333 2 6 00 9
consensus : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----A----AA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
Reference ( family-2015 ) : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----A----AA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
gi|1 : AATATTCAA--T-GAT-TTTACCC-GTAAAT--T--G------A-----------T----G--TT----TGAGTG---AT---T----GCTATAG--------TTTC-AT-------TAC-CTT--A-TCTGAG-GA--CCGAG-----AA--C-AGCCTAA-A--A--CTCAA-C-GT-T---T-G-----TTCCTTGT-C-----CCG----------GG---GGA--A--TT-GGAT--G--CGAGA-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-AAA-AT--A---CATTT-A--T-ATTAGC
gi|10 : aattttatatgtaaataacccacgttagctggaatttgcatattcatgATATG-AA--T-GAT-TT----C-GTAAAA--ATTG------A-----A-----T----G--TT----T---AT---ATGC-T----A----TA--------TTTT-T---------AC-ATA--A-T----G-AAACC--AG-----AA----AG----A-G--A--C-----T-GT-T---T-------CT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T-----G--C---A-G--A-C-----A-A-C--TTT-C-C-CTT-CAA-GT--G---CA-TT-G--T-a
gi|11 : taatatgtaaatttagctcatttgcatattcatgTATT-AC--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--T--T------A-----------T----G--TT----T---TT---AT---T----G----CA--------TATT-T---------ATCATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--G-AG----A-A--A--C---A-T-GT-T---T-------CT-----T-C-----C------------TG---GGA------T-T--T--G--C---A-C--A-C--C--A-A-C--CTG-GTC-CTT-AAA-Ggaatcag
gi|12 : gataacctgttgtaattaagctcattatggcatatttacatgatA--T-GATATTT---C-GTATAA--A--A------ATT---A-----T----G--TT----T---T----AT---TGCT-A----AA--------TGTT-T---------AC-ATT--A-T----G-AA--C--AGCCTCCAA------------A--A--C---A-TAGT-T---T-A-----CTA----TAC-----T------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-A--A-C--C--A-
gi|13 : tatgtaaattagctcatttgtatattatcaccttaggtaagaatatacagTATT-AAA-T-GAT-TTT---C-GTAAAA--T--T------A-----A-----T----T--TT----T---TAT--ATGC-T----A----AA---------TTT-TTA------CAC-A-T--A-A----G-AA--C--AG-----AA----AGAAT-G-A--AT-C---T-T-GC-T---T-GATTTCTT-----C-C-----T------------GG---GGA--AT-TT-T--T--G--C---A-A--C-C--T--A-A-C--Tc
gi|14 : gtatattaattagctcatttgccattatttatgcaatTT---C-GTAAAA--A--C------ATTGGTA-----T----G--TT----C---TCTTTAT---TGCT-A----AA--------TTTT-T---------AC-AAT--A-T----G-AAA-C--AG-----AA--C-AG----A-A--AGCC---A-T-GT-T---T-------CT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--AT-T--T--A--C---A-
gi|15 : aattagctcatttgcattattcattcgcacacctaaagtcataaatgaccataaATATT-AAG-T-GAT-TTT---C-GT-AAA--A--T------G-----A-----T----G--TT----T---T----AT---T----G----TA--------TTTTACTA------TAT-ATA--A-T----G-----C--AA-----AA----------G-A--A--A---A-T-GT-T---T-------TC-----T-C-----C------------GG---GGA--ATTTT-T--T--G--C---A-G--A-C-------A-C--TTT-C-T-CTT---A-GT--G---CA-TT-G--T-GT
gi|16 : taaatttgctcatttgcattttatgAATATT-AA--T-GAT-TTT---T-GTAAAA--A--A------A-----A-----TC---A--TT----C---TG---AT---T----A----AA--------TTCT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AG--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-A-TTT-GAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTGGCcagtaa
gi|17 : AAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----T----AC--------CTTT-TTGT-----TAT-ATT--ATT----G-AG--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--CA--A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----------------------GGA--A--GT-T--T--G--C-----G--A-C--C--A-A-A--CTT-G---ATT-GAA-TT--G---CA-TT-G--T-ATGGG
gi|18 : AAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----T----AC--------CTTT-TTGT-----TAT-ATT--ATT----G-AG--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--CA--A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----------------------GGA--A--GT-T--T--G--C-----G--A-C--C--A-A-A--CTT-G---ATT-GAA-TT--G---CA-TT-G--T-ATGGGgc
gi|19 : --C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----C-C-----CCCCCCCCCCCAGGG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-G--TTT-G-C-CTT---A-GT--A---CA-TT-G--T-ATTAGgc
gi|2 : agtccctgagc--T-GAT-TTT-----GTGAAA--A--ATGATATA-----G-----T----G--TTTTATC---TG----C---T----A----AA--------TTCT-TTACCAAGTTAT-ATG--A-T----ATAA--C--AA-----AAAAC-AG----A-A--A--C---A-A-GTGC---T-G-----TC-----T-CTACTCC------------GG---GGA--A--TCCT--T--GGAC---A-A--A-C--C--ATA-T--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTaaa
gi|20 : ccatatatgtaattttagagctcacttttgcatattctgaatattcttagaatg--C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----C-C-----CCCCCCCCCAG--GG---GGA--A--TT-T-----G--C---A-G--A-C--C--A-G-T--TCT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--TCATTAGta
gi|21 : cccgagc--C-AG----A-A--A--C---A-G-GT-T---T-G-----CC-----C-C-----CCCCCCCCCTTT-AG---GGAGCA--TT-T--T--G--C---A-A--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTAGaaa
gi|22 : atc--C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-GGT---TT-----T-C-----CCCCCCAGG----GG---GGA--A--TT-T--TT-G--C---A-G--AAC--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAATGT--A---CA-TT-G--T-ATTGaaa
gi|23 : cAAAA--A--A------A-----A-----TTCACGCTTT----C---TG---AT---TTACCG----AA--------TTTT-TGT------TAT-ATT--A-T----G-AG--C--CG-----AA--C-Aa
gi|24 : ---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-A-TTT-GAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTGGCtggcacccaccgt
gi|25 : -----TT-----C-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T-----G--C---ACA--A-C--C--ATA-C--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CAGTT-G--T-ATTAGCa
gi|26 : tgc-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----G------------GA---AGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TAT-G-----T-AAA-TT--AACTCATTT-G--T-a
gi|27 : -G-----TT-----C-C-----C------------GG---GAA--T--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TAT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CACTT-GTTT-ATTAGC
gi|28 : -A--A--C---A---GT-T---T-GC----TT-----T-C-----T------------GG---TGA--A--CT-T--T--G--C---A-GAAA-C--C--A-A-C--ATT-G-A-TT---AA-TT--A---CA-TT-aa
gi|29 : ------------GG---GGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-CGCTT-AAATTT--A---CA-TT-G--T-
gi|30 : cg------------GG---GGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-CGCTT-AAATTT--A---CA-TT-G--T-atcagta
gi|31 : cgT-----C-C-----C------------GG---AGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTAGCatcagta
gi|32 : ---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-CGAC--A-AAC--TTTCG-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-AT
gi|33 : -C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATcagtaa
gi|34 : -C-----C------------GG---GCA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-TAA-GT--G---CA-TT-G--T-ATcagta
gi|35 : T-TTT------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-CG----A-G--A--C---A-T-GT-T---T-C-----TT-----C-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--cagta
gi|36 : a-C-----C------------AG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-A--A-T--C--A-A-G--TTT-T-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATT
gi|37 : ---GGG--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--C-ATTAGa
gi|38 : gt-C-----C------------GG---GAA--A--TT-T-----G--C---A-A--A-C--C--A-AGT--TTT-G-C-CTTTAAA-GT--A---CA-TT-
gi|4 : cAATATT-AA--T-GAT-TTTT--C-ATAAAA--A--A------ATTC--A-----TTTT-G--TT----C---TG---AT---TT---A----CC--------TTCT-TTG------TATTATTTAG-T----G-AAG-C--AAGT---AA--CGAG----G-AGAA--C---A-C-GT-T---TTG-----TT-----T-C-----T------------AGTGTGAATTA--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-A-TTT-TGA-TTTAA---CA-TTGG--TAATTGGC
gi|40 : tcatgataaagtagctgatttgcatataatcatgA--C-AG----G-A--A--C---A-T-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---GGA--A--AA-T--T--C--C---A-G--A-C--C--A-A-C--ca
gi|5 : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAATTG--T------G-----A-----T----G--TT----T---TT---ATTGCT----A----AA--------TTTT-TAC------AAT-TAT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--T-AG----GAA--A--C---A-T-GT-TTTCT-G------T-----C-C-----C------------GG---GGA--G--AT-T--T--G--TCTAA-T--A-CT-C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-TAA-GT--A---CA-TTGG--T-ATT
gi|6 : attataatgtattgaattgtgagctcactttgcattattcatgAATATT-AA----GAT-TTT---CTGTAAAA--A--TT-----G-----A-----T----G--TT----T---TT---ATGC-T----AT---AA--------TTTT-----------AC-ATT--A-T----G-AAA-C--AG-----AA--C-AG----A-A--A--C---A-T-GT-T---T-T-----TT-----T-C-----C------------CG---AGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--A--A-A-C--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-ac
gi|7 : accattatagttaatattagctgtaatgttgcaagtattcattgAATATT-AAAATAGAT-TTT-----GTAAAA--A--A------A-----AAATAAT----G--TT----C---CG----T---T----A----GACC------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AGGCC--GA-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GC-T---T-G-----TT-----T-C-----T-------------G---GGA--A--TT-T--TGGG--C---A-G----C--CAAA-A-C--TTT-G-A-TTT-GAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTtttttagt
gi|8 : cattttatctaaaattagctgatttgcatatcatgAATATT-AA--T-GAA-TTT---T-GTAAAA--A--AT-----T-----A-----T-------TT----C---TG---AT---T----A----CGGTTACCCCTTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----A-----AA----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---AGA--A--TT-T--T--G--C-----G--A-C--C--A-A-C---TT-G-A-TTT-CAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTGG
gi|9 : tttatgtaatataagctgattttgcataccattgTATA-GA--T-GAT-TTT---T-GTAAAA--A--ATC----A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT--------A----CA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-A---C--AG-----AA-----A----G-A--A--C---AGC-GT-T---T-G-----TA-----T-C-----T------------GG---AGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-CGATTT-G-A-TTT--CA-TT--A---CA-TT-G--T--TTGGgca
blockSeqs : . AA A A TC TT CATTGGTATGTTCTCTTTATTGCTAAA A TACCAAGT C TA T . T AC . CCTCC AAC AATG GA GC A TA G TTC GATTTC A A CCCCCCCCCCCAG TGT GC TT C . GG GA CTA C AA A GA AA T A GA GTC TA T TA ACT G G TT C
blockSeqs : . A . . CT . AAATTCACGCTTTCTGATTTACCGAA . TGT T . T . . GC . GT CG GA . T A GC . . GGT . . CCCCCCCCCTTT . TT T . . T . . . . . T . T G . CCG C T . . T G . A
blockSeqs : . G . . C . ATGATATAGTGTTTTATCTGCTAAA . TGT . . . . . A . . G A . . . T . . GC . . CCCCCCCCCAG . . . . . . . . . . . . . . . . CCG A T . . C . . .
blockSeqs : . . . . C . ATTATTTCTGATTACGGTTACCCC . TA . . . . . G . . C A . . . T . . TG . . CCCCCCAGG . . . . . . . . . . . . . . . . CGC G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . AATTCATTTTGTTCTGATTTACC . TA . . . . . A . . C A . . . T . . A . . TACTCC . . . . . . . . . . . . . . . . CC G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . AAAAATAATGTTCCGTTAGACC . TG . . . . . . . . C G . . . T . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . CT G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . TTGAATGTTTATATGCTATA . GT . . . . . . . . C G . . . T . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . GA A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . AATTATGTTTTATTGCTAAA . TT . . . . . . . . C G . . . C . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . GC A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . TTGATGTTTTTATGCTATAA . TG . . . . . . . . C G . . . C . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . CC A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . TAATTTTTTATATGCTAAA . AC . . . . . . . . C A . . . C . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . GC A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . TGATGTTTTTATTGCTAAA . TG . . . . . . . . C A . . . C . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . GC G . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . AAATCATTCTGATTAAA . TG . . . . . . . . C A . . . A . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . GC A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . ATCAATGTTCTGATACA . TG . . . . . . . . C A . . . C . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . GA A . . . . . . .
blockSeqs : . . AAATGTTCTGATTTAC . . . . . . . . . . C A . . . G . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . CC A . . . . . . .
blockSeqs : . AAATGTTCTGATTTAC . . . . . . . . . . T A . . . C . . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . GC A . . . . . . .
blockSeqs : . TATGTTTTTATTGCA . . . . . . . . . . C G . . . C . . C . . C . . . . . . . . . . . . . . . . GA A . . . . . . .
blockSeqs : . TGATGTTTTATTGTA . . . . . . . . . . C G . . . C . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . GC A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . T . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . CC A . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . C . . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . . CC A . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . T . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . TC T . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . T . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . GC A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . GC A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . GA T . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . CC T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . CC A . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . GA G . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . GA C . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : C**** TG****** **** ** G***** *** ***** C***************** ** ***
originalCons : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----A----AA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
finalCons : AATATT-AA--T-GAT-TTTC----GTAAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----A----AA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-AGG-----A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-CC-----------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACCAATATATGTAAATTAGCTCAATTTTGCATACTTTATATATATTACATGATTTCGTAAAAATTAGATGTTTTTATTGCTACCTTCATCTGCTCCATGTTTTTACCATTATGGAACAAAAACGTAACACCATAATATATATATTCTTCCCGGGGAATAGGTTGCATAACCACTTTCACTAAATTATGTACTTCGTAT
Unaligned ( gi|39 ): AATTAAATGCGTATATATAATGCATCATAACTACTAGTCTCC
Unaligned ( gi|41 ): TAGTCCCCGAGCCAGAAATACGTTTGTTCCCCC
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222 11 222222222222222222
lowQualScore : 3 99 2 2 99999 33 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 11111111 4 22 4 4444 2 22 22 88888 7777 777777 22 33 555 333 1 222 8888888 44444 1 333333333333333333 111 33 22 1 11 22 11 333 1 11 1 22 11 2 2 11 55555 33 3 11 222 5 2 22 2
lowQualScore : . .. . . ..... .. ..................................................................... . ........ . .. . .... . .. .. ..... .... ...... .. .. ... ... . ... ....... ..... . .................. ... .. .. . .. .. .. ... . .. . .. .. . . .. ..... .. . .. ... . . .. .
lowQualScore : 3 66 9 9 99999 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 22222222 2 99 2 5555 1 11 99 22222 1111 111111 22 88 888 111 5 777 3333333 88888 2 777777777777777777 999 00 66 1 55 66 55 999 1 66 1 77 66 3 4 66 00000 99 8 88 333 2 6 00 9
consensus : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----A----AA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
Reference ( family-2015 ) : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----A----AA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTGGC
gi|1 : AATATTCAA--T-GAT-TTTACCC-GTAAAT--T--G------A-----------T----G--TT----TGAGTG---AT---T----GCTATAG--------TTTC-AT-------TAC-CTT--A-TCTGAG-GA--CCGAG-----AA--C-AGCCTAA-A--A--CTCAA-C-GT-T---T-G-----TTCCTTGT-C-----CCG----------GG---GGA--A--TT-GGAT--G--CGAGA-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-AAA-AT--A---CATTT-A--T-ATTAGC
gi|10 : aattttatatgtaaataacccacgttagctggaatttgcatattcatgATATG-AA--T-GAT-TT----C-GTAAAA--ATTG------A-----A-----T----G--TT----T---AT---ATGC-T----A----TA--------TTTT-T---------AC-ATA--A-T----G-AAACC--AG-----AA----AG----A-G--A--C-----T-GT-T---T-------CT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T-----G--C---A-G--A-C-----A-A-C--TTT-C-C-CTT-CAA-GT--G---CA-TT-G--T-a
gi|11 : taatatgtaaatttagctcatttgcatattcatgTATT-AC--T-GAT-TTT---C-GTAAAA--T--T------A-----------T----G--TT----T---TT---AT---T----G----CA--------TATT-T---------ATCATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--G-AG----A-A--A--C---A-T-GT-T---T-------CT-----T-C-----C------------TG---GGA------T-T--T--G--C---A-C--A-C--C--A-A-C--CTG-GTC-CTT-AAA-Ggaatcag
gi|12 : gataacctgttgtaattaagctcattatggcatatttacatgatA--T-GATATTT---C-GTATAA--A--A------ATT---A-----T----G--TT----T---T----AT---TGCT-A----AA--------TGTT-T---------AC-ATT--A-T----G-AA--C--AGCCTCCAA------------A--A--C---A-TAGT-T---T-A-----CTA----TAC-----T------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-A--A-C--C--A-
gi|13 : tatgtaaattagctcatttgtatattatcaccttaggtaagaatatacagTATT-AAA-T-GAT-TTT---C-GTAAAA--T--T------A-----A-----T----T--TT----T---TAT--ATGC-T----A----AA---------TTT-TTA------CAC-A-T--A-A----G-AA--C--AG-----AA----AGAAT-G-A--AT-C---T-T-GC-T---T-GATTTCTT-----C-C-----T------------GG---GGA--AT-TT-T--T--G--C---A-A--C-C--T--A-A-C--Tc
gi|14 : gtatattaattagctcatttgccattatttatgcaatTT---C-GTAAAA--A--C------ATTGGTA-----T----G--TT----C---TCTTTAT---TGCT-A----AA--------TTTT-T---------AC-AAT--A-T----G-AAA-C--AG-----AA--C-AG----A-A--AGCC---A-T-GT-T---T-------CT-----T-C-----C------------GG---GGA--A--AT-T--T--A--C---A-
gi|15 : aattagctcatttgcattattcattcgcacacctaaagtcataaatgaccataaATATT-AAG-T-GAT-TTT---C-GT-AAA--A--T------G-----A-----T----G--TT----T---T----AT---T----G----TA--------TTTTACTA------TAT-ATA--A-T----G-----C--AA-----AA----------G-A--A--A---A-T-GT-T---T-------TC-----T-C-----C------------GG---GGA--ATTTT-T--T--G--C---A-G--A-C-------A-C--TTT-C-T-CTT---A-GT--G---CA-TT-G--T-GT
gi|16 : taaatttgctcatttgcattttatgAATATT-AA--T-GAT-TTT---T-GTAAAA--A--A------A-----A-----TC---A--TT----C---TG---AT---T----A----AA--------TTCT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AG--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-A-TTT-GAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTGGCcagtaa
gi|17 : AAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----T----AC--------CTTT-TTGT-----TAT-ATT--ATT----G-AG--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--CA--A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----------------------GGA--A--GT-T--T--G--C-----G--A-C--C--A-A-A--CTT-G---ATT-GAA-TT--G---CA-TT-G--T-ATGGG
gi|18 : AAAA--A--A------A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT---T----T----AC--------CTTT-TTGT-----TAT-ATT--ATT----G-AG--C--AG-----AA--C-AG----G-A--A--CA--A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----------------------GGA--A--GT-T--T--G--C-----G--A-C--C--A-A-A--CTT-G---ATT-GAA-TT--G---CA-TT-G--T-ATGGGgc
gi|19 : --C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----C-C-----CCCCCCCCCCCAGGG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-G--TTT-G-C-CTT---A-GT--A---CA-TT-G--T-ATTAGgc
gi|2 : agtccctgagc--T-GAT-TTT-----GTGAAA--A--ATGATATA-----G-----T----G--TTTTATC---TG----C---T----A----AA--------TTCT-TTACCAAGTTAT-ATG--A-T----ATAA--C--AA-----AAAAC-AG----A-A--A--C---A-A-GTGC---T-G-----TC-----T-CTACTCC------------GG---GGA--A--TCCT--T--GGAC---A-A--A-C--C--ATA-T--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTaaa
gi|20 : ccatatatgtaattttagagctcacttttgcatattctgaatattcttagaatg--C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----C-C-----CCCCCCCCCAG--GG---GGA--A--TT-T-----G--C---A-G--A-C--C--A-G-T--TCT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--TCATTAGta
gi|21 : cccgagc--C-AG----A-A--A--C---A-G-GT-T---T-G-----CC-----C-C-----CCCCCCCCCTTT-AG---GGAGCA--TT-T--T--G--C---A-A--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTAGaaa
gi|22 : atc--C-AG----A-A--A--C---A-C-GT-T---T-GGT---TT-----T-C-----CCCCCCAGG----GG---GGA--A--TT-T--TT-G--C---A-G--AAC--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAATGT--A---CA-TT-G--T-ATTGaaa
gi|23 : cAAAA--A--A------A-----A-----TTCACGCTTT----C---TG---AT---TTACCG----AA--------TTTT-TGT------TAT-ATT--A-T----G-AG--C--CG-----AA--C-Aa
gi|24 : ---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-A-TTT-GAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTGGCtggcacccaccgt
gi|25 : -----TT-----C-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T-----G--C---ACA--A-C--C--ATA-C--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CAGTT-G--T-ATTAGCa
gi|26 : tgc-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----G------------GA---AGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TAT-G-----T-AAA-TT--AACTCATTT-G--T-a
gi|27 : -G-----TT-----C-C-----C------------GG---GAA--T--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TAT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CACTT-GTTT-ATTAGC
gi|28 : -A--A--C---A---GT-T---T-GC----TT-----T-C-----T------------GG---TGA--A--CT-T--T--G--C---A-GAAA-C--C--A-A-C--ATT-G-A-TT---AA-TT--A---CA-TT-aa
gi|29 : ------------GG---GGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-CGCTT-AAATTT--A---CA-TT-G--T-
gi|30 : cg------------GG---GGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-CGCTT-AAATTT--A---CA-TT-G--T-atcagta
gi|31 : cgT-----C-C-----C------------GG---AGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATTAGCatcagta
gi|32 : ---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-CGAC--A-AAC--TTTCG-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-AT
gi|33 : -C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATcagtaa
gi|34 : -C-----C------------GG---GCA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-TAA-GT--G---CA-TT-G--T-ATcagta
gi|35 : T-TTT------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--C-CG----A-G--A--C---A-T-GT-T---T-C-----TT-----C-C-----C------------GG---GGA--A--TT-T--cagta
gi|36 : a-C-----C------------AG---GGA--A--TT-T--T--G--C---A-A--A-T--C--A-A-G--TTT-T-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--T-ATT
gi|37 : ---GGG--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-G--C-ATTAGa
gi|38 : gt-C-----C------------GG---GAA--A--TT-T-----G--C---A-A--A-C--C--A-AGT--TTT-G-C-CTTTAAA-GT--A---CA-TT-
gi|4 : cAATATT-AA--T-GAT-TTTT--C-ATAAAA--A--A------ATTC--A-----TTTT-G--TT----C---TG---AT---TT---A----CC--------TTCT-TTG------TATTATTTAG-T----G-AAG-C--AAGT---AA--CGAG----G-AGAA--C---A-C-GT-T---TTG-----TT-----T-C-----T------------AGTGTGAATTA--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-C--TTT-G-A-TTT-TGA-TTTAA---CA-TTGG--TAATTGGC
gi|40 : tcatgataaagtagctgatttgcatataatcatgA--C-AG----G-A--A--C---A-T-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---GGA--A--AA-T--T--C--C---A-G--A-C--C--A-A-C--ca
gi|5 : AATATT-AA--T-GAT-TTT---C-GTAAAATTG--T------G-----A-----T----G--TT----T---TT---ATTGCT----A----AA--------TTTT-TAC------AAT-TAT--A-T----G-AA--C--AG-----AA--T-AG----GAA--A--C---A-T-GT-TTTCT-G------T-----C-C-----C------------GG---GGA--G--AT-T--T--G--TCTAA-T--A-CT-C--A-A-C--TTT-C-C-CTT-TAA-GT--A---CA-TTGG--T-ATT
gi|6 : attataatgtattgaattgtgagctcactttgcattattcatgAATATT-AA----GAT-TTT---CTGTAAAA--A--TT-----G-----A-----T----G--TT----T---TT---ATGC-T----AT---AA--------TTTT-----------AC-ATT--A-T----G-AAA-C--AG-----AA--C-AG----A-A--A--C---A-T-GT-T---T-T-----TT-----T-C-----C------------CG---AGA--A--AT-T--T--G--C---A-G--A-C--A--A-A-C--TTT-C-C-CTT-AAA-GT--A---CA-TT-ac
gi|7 : accattatagttaatattagctgtaatgttgcaagtattcattgAATATT-AAAATAGAT-TTT-----GTAAAA--A--A------A-----AAATAAT----G--TT----C---CG----T---T----A----GACC------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AGGCC--GA-----AA--C-AG----G-A--A--C---A-C-GC-T---T-G-----TT-----T-C-----T-------------G---GGA--A--TT-T--TGGG--C---A-G----C--CAAA-A-C--TTT-G-A-TTT-GAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTtttttagt
gi|8 : cattttatctaaaattagctgatttgcatatcatgAATATT-AA--T-GAA-TTT---T-GTAAAA--A--AT-----T-----A-----T-------TT----C---TG---AT---T----A----CGGTTACCCCTTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-AA--C--AG-----A-----AA----G-A--A--C---A-C-GT-T---T-G-----TT-----T-C-----T------------GG---AGA--A--TT-T--T--G--C-----G--A-C--C--A-A-C---TT-G-A-TTT-CAA-TT--A---CA-TT-G--T-ATTGG
gi|9 : tttatgtaatataagctgattttgcataccattgTATA-GA--T-GAT-TTT---T-GTAAAA--A--ATC----A-----A-----T----G--TT----C---TG---AT--------A----CA--------TTTT-TTG------TAT-ATT--A-T----G-A---C--AG-----AA-----A----G-A--A--C---AGC-GT-T---T-G-----TA-----T-C-----T------------GG---AGA--A--TT-T--T--G--C---A-G--A-C--C--A-A-CGATTT-G-A-TTT--CA-TT--A---CA-TT-G--T--TTGGgca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACCAATATATGTAAATTAGCTCAATTTTGCATACTTTATATATATTACATGATTTCGTAAAAATTAGATGTTTTTATTGCTACCTTCATCTGCTCCATGTTTTTACCATTATGGAACAAAAACGTAACACCATAATATATATATTCTTCCCGGGGAATAGGTTGCATAACCACTTTCACTAAATTATGTACTTCGTAT
Unaligned ( gi|39 ): AATTAAATGCGTATATATAATGCATCATAACTACTAGTCTCC
Unaligned ( gi|41 ): TAGTCCCCGAGCCAGAAATACGTTTGTTCCCCC