lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 4444444444444444444444444444444444444 2222 33333333 11111 1111 11 33333333333333333 22222 11 111 11 2222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 33333333333333 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 11111 11111111111 222222222 111 111 3 2222 1 1111 1111 2222 111111 111111 3333333333333333333333333333 1 111 1 1111 11111111 4444444444444444444444 222222 666666666666666666666666666666 3333333333 111111 22222 444444444444444444 11 22222
lowQualScore : 3 6 44 11 7777777777777777777777777777777777777 2222 3 11111111 4 3 555 3 77 44444 7777 11 99999999999999999 3 77777 55 111 77 33 5555555555 77 77 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 77777777777 77 5 00000000000000 555 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 0 3 444 9 11111 44444444444 2 4 4 4 4 4 222222222 111 4 4 4 3 000 3 99999 444 0 3 6 6 3 9999 0 3 0000 3 0000 3 0000 3 666 7777 3 55 444444 000000 666 3 4444444444444444444444444444 3 3 4 8 000 99999 666 55 5 2222 8 88888888 4444444444444444444444 444444 5 5 5 5 000000000000000000000000000000 5 1111111111 666666 5 66666 5 111111111111111111 00 66 4 77777 66 66 4
lowQualScore : . . .. .. ..................................... .... . ........ . . ... . .. ..... .... .. ................. . ..... .. ... .. .. .......... .. .. .............................................................................................................................. .. ........... .. . .............. ... . .................................................................. . . . . ... . ..... ........... . . . . . . ......... ... . . . . ... . ..... ... . . . . . .... . . .... . .... . .... . ... .... . .. ...... ...... ... . ............................ . . . . ... ..... ... .. . .... . ........ ...................... ...... . . . . .............................. . .......... ...... . ..... . .................. .. .. . ..... .. .. .
lowQualScore : 3 2 22 99 1111111111111111111111111111111111111 5555 1 88888888 1 1 444 3 99 77777 0000 00 11111111111111111 7 33333 77 777 99 66 6666666666 99 99 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 11111111111 99 7 00000000000000 999 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 4 6 222 4 11111 99999999999 0 4 4 4 4 4 222222222 111 4 4 0 6 000 6 11111 555 0 3 7 7 3 9999 0 3 4444 3 4444 6 5555 6 444 7777 6 00 111111 555555 444 6 3333333333333333333333333333 6 6 3 2 000 11111 444 00 0 1111 4 11111111 4444444444444444444444 666666 7 7 7 7 333333333333333333333333333333 7 4444444444 444444 0 77777 7 777777777777777777 66 11 4 77777 11 11 4
consensus : AGG-G-TTTACGA--TCCGCT-CCGCTTCTCTA------CAA---------G-----A-----------AGAGAAGC-G--A-GCGGAT--CGTN-AANC-C---TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCC-ATTC----A-A-----GACAATCCTATACGCCT--CTGC--CTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TATT---AT------GATTG----------------TT-ATT-CAA----CGGAT------------------------TTA-----------------A-GT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAG--GC-T--GAT----T---T--------------A------T------------C-----TAGTAAA---T-GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAA-----AA----A------CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAAAAG--G-A-ATAATTT-AC-A---TCT-AA-----C-C-ATATAT-TGAC-AAGCATTT-AT-G-GT-CAT-ATAA-TCAAAT----TAC-A----CA-TTCGG--ATATGG-TT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---C-TAA--TA-A-C-A--GAA--G--------GTTGTTA-A-GCTGGG---AGA-----TGG---AAGAC--AAGGG----GCGGGAGAAA--------GG----------------------AGAG-G--T-GGGGC-GG-GAG-AAA-GGAG-----------------A------------G-GAGAG-------G--GGGA------GAAA-G---AGAGAGGGG-GCGG--------GAGA-AGG--GAG--AA--A-GG--A--C--C--CCCTTTCC-ACCCC
Reference ( gi|4 ) : AAG-G-TTTACGA--TCCGCG-CCGCTTCTCTA------CAA---------G-----A-----------AGAGAAGC-G--A-GCGGAG--CG-A-AAAC-C---TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCAATTC----A-A-----GACAGTCCTATACGCCT--CTGT--CTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TATT---AT------GATTG----------------TT-ATT-CAA----CGG--------------------------TTA-----------------A-GT--G-----TA--CGGTG-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAT--GC-T--A------T---T--------------A------T------------C-----T---------T-GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAA-----AA----A------CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAAAAA--G-A-ATAATTT-AC-A---TCT-AA-----C-C-ATAT-T-TGAC-AAGCATTT-AT-G-TG-CAT-ATAA-TCAAAT----TAC-A----CA-TTC-G--ATATGG-TT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---C-T-A--TA-A-C-A--AAA--C--------GTTGTTA-A-GCT-GG---AGA-----TGG---AAGAC--AA-GG----GCGGAAGAAA--------GG----------------------AGAG-G--T-GGGGC-GG-GAG-AAA-GGAG-----------------A------------G-GAGAG-------G--GGGA------GAAA-A---AGAGAGGGG-GCGG--------GAGA-A----GAG--AA--A-GG--A--C--C--CCCTTTCC-ACCCC
gi|2 : AGG-G-TTTACGAATCCCGCT-CCGCTTCTCT
gi|3 : aAAG-G-TTTAC-A--TCCGCT-CCGCTTCTCTA------CAA---------GG----A-----------AGA-AAGC-GG-A-GCGGAT--CGTA-AAAC-C---CATG-CTA-CCA-----CCC----CCCCAACCC--TTC----A-A-----AACAATCCTA--CGCCT--CTGC--CTTGGTCCTATGTAAGAAA-GGATT-AT------TTTCC--A--A---AA-T--------TCTT---AT------GAT-G----------------TT-ATT-CAAAGGATGG--------------------------TTACAATTTCTTATTCGATTA-AT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAG------G-T-GATTGGAG--GC-TTGATTTATTT---T--------------G------T------------CATAAAT---------T-GGCCAAAGC-AGTTCGTTTG---------------TTTAA-----AA----A------T-A-CTCACT-TGCATCAGTTGCC-A-C---------AAAAAAT--G-AGATAA-TG-ACAA---TCTAAA-----C-C-CTAA-T-TGACAAAGCA-TT-AT-G-T--CAT-ATAT-TGAAAT----TAC-A----CA-TTC-GGTATATG---T---T----A-AAAA----GA------GT------AG----C-T--------------------------------TTA-A-G---GG---AGA------GG---AA-AC--AA-GG----GCGGGAGAAA--------GG----------------------AGAG------AGGGC-GG-GAG-AA----AG-----------------A------------A-ACGAG-------G--CGGA------G-AA-A---GGAGAAGGG-GCGGAT------AAGG-C----GAGTAAA--A-GG--AC-C--C--CCCTTTCC-ACCCCtggctaaccaaatcccacccccattcatagacaatcctacgcctaccttccttggtcctgtaagaaggatttatttttcaaaatttattatggatgttattgcaacggattaacttacattagttctttttacggtaataaattggtttatttgcacatatcagaattctgattttctaggtaagattcttggcaaagcggaaagttcgtattgcctcaatgttacaaaacccaacaactcacttgcatcaaaagggaataatttacaacttctaaaacatttatatattgactaagcattaattgtcatatcatcaaattacacattcgatatggtttagaaaagtgagtatctaaataacagaaaaggttgttcagctgggagatggaagacaagggcggagaaaggagagatggggggggagaaaaggagaggagaggcgggagaaaggagagagggggcggagaaggggagaaagggaccgccccttttcccccctc
gi|8 : taaccAAG-G-GTTACGA--TCCGCT-CCGCTTCTCAA------CAA---------G-----A-----------AGAGAAGC-G--G-ACG-AT--CG-T-AAAC-C---TTG--CTA---AACTATCCC----CCCC--CCCGCTCCTTCAA-A-----GACAATCCTA-ACGCCTACCTGC--CTTGGTCCT--ATAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TATT---AT------GA-TG----------------TT-ATT-CAA----CGGATGGC---------------------TTA-----------------C-ATCAG-----TT--CTCTC-TA---TTCGAGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAG------G-TAA--TGGAG--GC-TG-A------T---TTATTTGTCTAGTAAA------T------------C-----C---------TGGG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTATAAGCCTTAATGTTCAAA-----AA----A------CAA-CTCACT-TGCATCAG--G-C-A-C---------AAGAAAATGG-A-ATAct
gi|8 : aggcAAG-G-TTTACGA--T-CGT--CCGCTTCTCTT------CTT---------G-----T-----------TGAGAAGCGG--A-GCGGAT--CG-T-AACC-C---TTGC-CTgaaaatattaaca
gi|13 : AGG-G-TTTACGA--TCCGC--TTGCTCATCTATAAAGGCAA---------G-----A-----------AGAGAAGT-GGAG-GCGGAT--TG-T-GAAC-CCTTTTGG-CTA-CCAA--CTCGCAAATCCAG--CCC-ATTC----GCACAGGCGACAATC---TACGCCT--CTGTCCCTTGG-GCT--GTAAGAAGCGAATA-AT------TTTCC--ATCAT--A--T--------TATT---AT------GA-TG----------------TT-ATT-TAA----CGG--------------------------gctaaactatccccccccccgctccttcaaagacaatcctaacgcctacctgccttggtcctataagaaggatattttccaaattattatgatgttattcaacggatggcttacatcagttctctctattcgagtttattttgcaatatcagaaggtaatggaggctgatttatttgtctagtaaatcctgggcaaagcagttcgtttgtataagccttaatgttcaaaaaacaactcacttgcatcaggcacaagaaaatggaatagaaaatattaaca
gi|13 : gcttagccaAGG-G-TTCACAA--TCCGCCTCCACTTCTCTT------CTT---------GCCTTTAT----------AGATGAGC-A--A-GCGGAT--CGTA-AACC-C---TTGG-CTA-atgctta
gi|19 : gctAAG-GATTTATGA--TCCACT-TCACCTCTCCG------CAA---------A-----A-----------AGAGAAGCAA--A-GTCGAT--TG-A-AAAC-C---CTtttggctaccaactcgcaaatccagcccattcgcacaggcgacaatctacgcctctgtcccttgggctgtaagaagcgaataattttccatcatattattatgatgttatttaacggatgctta
gi|18 : caAGG-G-TTTACAA--TCCGCT-TTGTTTCTCTA------CAATT-------G--------------------------G--A-GCAGAT--CG-T-AAACTC---TTGG-CTA-GCGA--Aggctggc
gi|18 : cAAGAG-TTTACGA--TCTGCT-CCAATTGT---------------------------------------AGAGAAACAA--A-GCGGAT--TGTA-AACC-C---TTGG-CTA-GCGA--Atggctagcgaa
gi|17 : cttcgctagccAAG-GATTTACGA--TCCACT-CCACTTCTCTA------CAA---------
gi|17 : atcttcactcgccaagggtttacaatccattccacttctgtacaatgttgcagggaagtggagAGG-G-TTTACAA--TCCATT-CCACTTCTGTA------CAATGTTGCAGGG-----AAGTGGAGTTGTAGAGAAGTGG--A-GTGGAT--CGTA-AATC-C---TTTG-CTA-tgctagg
gi|20 : atcttcactcgccaAGG-G-TTTACGA--TCCGCT-CCGCTTCTCTgg
gi|3 : ag-TTTACGA--TCCGCT-CCGCTTTCTTC------CTT---------G-----T-----------AGAGAAGCGG--A-GCGGA---TG-T-AAAC-C---TTGG-TTA-tggtta
gi|1 : ---------G-----A-----------AGAGAAGC-G--AAGCGGAT--CT-TTAACC-C---TTGGACCA-CCA-----CCA----ACAC--ACC--TTC----A-AA----GACAACCCT-TACGCCT--CTGC--CTTGGTCCT--GTACGAA--GGAT--ATAT----TTTCCACA--A---A--TTATTATGATGTT---ATTCAACGGATGGGCTTACATAGTATCTTTT-ATT-CG------GG--------------------------TTA-----------------ATGT--A-----TA--CGGTA-CA---TT--GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------GGT-A--TGGAGAGGC-T--GAT----T---T--------------AATTTGTT------------C-----TAGTAAATC-T-GA-CAAAGCCAGTTCGTTTGTAA-AGCCTTAATGTTCAAA-----AA----A------CTATCTCACTGTGCATCAGTTG-C-AGC---------AAAAAAA--GGA-ATAATTT-AC-A---TCT-AA-----CAT-ATAT-TATGAC-AA-CATTTCAT-G-GT-TAT-ATAA-TCAAAT----AAC------CA-TTC-GA-ATATGGTTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------TAT---CTT-A--CATA-C-A--GAA--G--------ATTGTTA-A-GGTGGG---AGA-----TGG---AAGAC--AAGGG----GCGGGAGAAA--------GG----------------------AGAGAG--CGGGGGC-GGTGAG-AAATGGAA-----------------AGGCGGGGGTGGCG-GAGAG-------G--GGGAGGCCGGGAGA-AGGGAGAGAGGGG-GCGG--------GAGA-AGG--GAG--AA--A-GGGAG--C--C--CCCTTTCC-ACCCCacccatgctaccacccccccaacccttcaaaacaatcctacgcctctgccttggtcctatgtaagaaaggattattttccaaaattcttatgatgttattcaaaggatggttacaatttcttattcgattaatgtacggtatatggtttattttgcaatatcagaaggtgattggaggcttgatttattttgtcataaattggccaaagcagttcgtttgtttaaaaatactcacttgcatcagttgccacaaaaaatgagataatgacaatctaaaccctaattgacaaagcattatgtcatatattgaaattacacattcggtatatgttaaaaagagtagctttaagggagaggaaacaagggcgggagaaaggagagagggcgggagaaagaaacgaggcggagaaaggagaaggggcggataaggcgagtaaaaggacccccctttccaccccct
gi|2 : t-----A-----------AGAGAAGC-GG-A-GCGGGATTCGTA-AACC-C---TTGG-CTAACCAA--ATCCC----ACCC--CC--ATTC----ATA-----GACAATCCTA--CGCCTACCTTC--CTTGGTCCT--GTAAGAA--GGATTTAT------TTTTC--A--A---AATT--------TATT---AT------GGATG----------------TT-ATTGCAA----CGGATTAAC--------------------TTACATT-------------A-GT--TCTTTTTA--CGGTAATAAATT---GGTTTATTT-G--CACATATCAGAA-------T-T-C--TG-AT--TT-T--C------TAGGT--------------AAGAT--T------------C-----T---------T-GG-CAAAGC-GGAAAGTTCGTAT-TGCCTCAATGTTACAA-----AACCCAA------CAA-CTCACT-TGCATCA---------------------AAAGG--G-A-ATAATTT-AC-AACTTCT-AAAACATT-T-ATATAT-TGACTAAGCATTA-AT---TGTCAT-ATCA-TCAAAT----TAC-A----CA-TTC-G--ATATGG-TT---T----AGAAAA--GTGA------GT------A-T---C-T-AAATA-A-C-AGAAAA--G--------GTTGTTC-A-GCT-GGG--AGA-----TGG---AAGAC--AA-GG----GCGG-AGAAA--------GG----------------------AGAG-A--T-GGGGG-GG-GAGAAAA-GGAG-----------------A------------G-GAGAG-------GC-GGGA------GAAAGG---AGAGAGGGG-GC-G--------GAGA-AGGG-GAG--AA--AGGG--A--CCGC--CCCTTTTC-CCCCCct
gi|20 : -----------AGAGAAGC-GG-A-GCGGAT--CGTA-AACC-C---TTGG-TTA-tc
gi|5 : agATTC----A-AA----GACAGTC---TACGCCT----GC--CTTG-TCCT--GTAAGAA--GGAT--ATATGATGTTATC--A--ACGGA--T--------GACTTACAT------AGTTC----------------TTTATT-CGA------G--------------------------TTA-----------------A-GT--G-----TAGTCGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCTAAA-------G-T-A--TGGAG--GC-T--GAT----T---T--------------A------TATGT--------C-----TAGTAAATC-T-GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAA-----AA----A------CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-CAA-CAAAAAAAAAAAAAAAA--A-A-ATAATTT-AC-A---TCT--A-----C-C-ATATAT-TGAC-AAGCATTT-ATGG-TT-CA--ATAA--CAAATA---TACTA----CA-TTCGG--ATAT-G-TT---T----A-AAAA--GTGAGTACATGT------AAT---C-TAA--TA-A-C-A--GAAGGT--------GTAGTTA-A-GCTGGG---AGA-----TGG---AAGAC--
gi|6 : c----A-A-----GACAATCCTA--CGCCT--CTGC--CTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------T--T---AT------GAT-G----------------TT-ATT-CAA----CGGATGGCTACATAGTTCTTTATTTCGAGTTA-----------------A-GT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCGGAA-------G-T-A--TGGAG--GT-T--GATTTATT---T--------------G------T------------C-----TAGTAAAATCT-GG-CAAAGC-AG-TTGTTTGTAT-AGCCTTAATG---TAA-----AA----AAAAAACTAA-CTCATT-TGCATCAGTTG-C-A-C----------AAAATG--G-A-ATAATTTAAC-A---TCT-AA-----C-CAATATAT-TGAC-AAGCATTT-AT-G-GT-CAT-ATAA-TCAAAT----TAC-A----CA-TTCGG--ATATAG-TT---T----A-AAAA---TGA------AT------AAT---C-TAA--TA-A-C-A--GAA-----------GGTGTTA-A-GCTGGG---AGA-----TGG---AAGAC--AA-cannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagaggagaaagggacccccctttccaccccctc
gi|7 : -----------------A-GT--G-----TA--CGGTG-GG---T---GGTTTATTTTGTACA-GTATCAGAGACTGGGTG-C-A--TGGAG--GCTT--AT-----T---T--------------A------TATGTCTAGTAAAC-----C---------T-GG-TAATTC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAAAATAA----A------CCA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-CG--------AAAAAAG--G-A-ATGTTTT-AC-A---TAT-AA-----C-C-ATATAG-TGAC-AAGCATTTAAT-G-GT-CAC-ATAA-TCAAAT----TAC-A----CA-TTCGG--ATATGG-TG---T----A-AAAA--GAGA------GT------AAT---A-TAA--CA-A-C-A--GAA--G--------GTTGTTA-AGGTT-GG---AGA-----TGG---AAGAC--AAGGG----GCGGGAGAAA--------GG----------------------AGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaggaccccctttccaccccct
gi|9 : ccttcaaacaaatgtatatatcttgggccctgtaataatttaatatcaagatgttattcgacggatgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatAGAA-------GGT-A--TGGAT--GC-T--GAT----T---T--------------A------T------------C-----T-----------GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAA-----AA----A------CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAAAAG--G-A-ATAATTT-AC-A---TCT-AA-----C-C-ATATAT-TGAC-AAGCATTT-AT-G-GT-CAT-ATAA-TCAAAT----TAC-A----CA-TTCGG--ATATGG-TT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---C-T-A--TA-A-C-A--AAA--C--------GTTGTTA-A-GCTGGG---AGA-----TGG---AAGAC--AAGGG----GCGGAAGAAA--------GG----------------------AGAG-G--T-GGGGC-GG-GAG-AAA-GGAG-----------------A------------G-GAGAG-------GC-GGGA------GAAATG---AGAGAGGGG-GCGG--------GAGA-AGG--GAG--AA--A-GG--GACC--C--CCCTTTCC-ACCCC
gi|16 : TCTAA-----AA----G------CAA-CTCACT-TGGATCAGTTG-C-A-C---------AAAAAAAG-G-A-ATAATCC-AC-A---CCC-AA-----C-C-ATATAT-TGAC-AAGCATCT-AT-G-GT-CAT-ATAA-TCAAAT----TAC-A----ctc
gi|15 : gtctagtaaggTTT-AC-A---TCT-AA-----C-T-ATATAT-TGGA-AAGCATGT-AT-G-GT-CAT-ATAA-TC-AAT----TAC-A----CA-TTCGG--ATATGG-TT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---C-TAA--TA-A-C-A--GAA--G--------ATTGTTA-A-GGTGGG---AGA-----TAG---AAGAC--A
gi|12 : TT-AC-AA--TCT-AA-----C-T-ATATAT-TGAA-AAGC-TTT-AT-G-GT-CATTATAA-TCAAAT----TAC-A----CA-TTC-G--ATATGT-TT---T------AAAA--GTGA------GT------AAT---C-TAA--TA-ACC-A--GAA--G--------ATTGTTA-A-GGT-GGGAAGGA-----TAG---AAGAC--A
gi|10 : tctaC-A---TCT-AA-----C-T-ATATAT-TGAA-AAGCATTT-AT-A-GGTCATGATAA-TCAAACATGGTAC-AA---CAATTC-GG-ATATGG-TT---TTTTTA-AAAA--GTGA------GCCTAGTAAAT---C-T-A---A-A-T-T--AAA--CATAGTAAGATTTTTATA-GTG-GG---AGA-----TAGAATAAGACATAG-GG----GCGGGAGAAAGGAACCCGGG----------------------AGAG-G----GGAGCGGG-GAA-AAA-GGAGAGGCGGGACGTGGGAGAA------------G-GAGAGAGGGGGCG--GGGA------GAAAGG---AGAGAAGGG-GCGG--------GAGA-AAGGGGAG--GAACA-GG--AC-C--C--CCCTTTCC-ACCCCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaagggacccccctttccaccccctc
gi|11 : TAT-T-CGAC-AAGC-TTT-AT-GGTT-CATGATAACTCAAAT----T-T-ATTATCA-TTC-G--GAATGG-TTCATT----A-AAAACAGTGAA-----GT------AATGGGC-T-AA-TA-A-AGA--AAA--G--------GTTGTAA-A-GCT-GG---GGAGAATACGG---AAGAC--AA-GACGGAGCGGGAGAAA--------GGGAGAGGATGGAGCGGGAGAAGGAGAG-GAAT-GAGGC-GG-GAG-AAA-GGAG-----------------A------------GAGAGGG-------GGCGGGA------GAAG-G---AGAGAGGGGTGCGGC-------AAGACA----GGG--------GG--A--C--CGGCTCTTTCCTACCCCct
gi|14 : tatGGAGAAA--------GG----------------------AGAG-A--T-GGGGT-GG-GA--AAA-GGAG-----------------A------------G-ACGGG-------C--GGGA------G-AA-A---GGAGAGAGG-GCGGAGAAGGGAGAGA-AG---GAGA-AA--A-GG--AC-C--C--CCCTTTCC-ACCCCct
gi|5 : taacggaaaatggctatgaaatggaataatccttgtAGA-G----GAG--AA--A-GG--GACC--C--CCCTTTCC-ACCCCt
gi|6 : cattcaaagacagtctacgcctgccttgtcctgtaagaaggatatatgatgttatcaacggatgacttacatagttctttattcgagttaagtgtagtcggtatatggtttattttgcaatatctaaagtatggaggctgatttatatgtctagtaaatctggcaaagcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaacaactcacttgcatcagttgcaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaataatttacatctaccatatattgacaagcatttatggttcaataacaaatatactacattcggatatgtttaaaaagtgagtacatgtaatctaataacagaaggtgtagttaagctgggagatggaagaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaa--AA--A-GG--A--C--C--CCCTTTCC-ACCCCctc
Alignments
lowQualScore : 111111 44444444444444444444444 1111 1111 1111 11 2222222222222 1111 111 11 2222222222 222222222222222222 333333333333333333333333333 88888888888888888888888888888888888888 11111111 111 22222222222222 66666666666666666666666666666666 1111111111 222222222 111111 1111 11111111 11111 111 222 111111 11 3333333333333333 888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 0 0 666666 00000000000000000000000 5555 4 66 1 5 66 5 55 4444 4444 99 22 3333333333333 4444 333 66 66 00 1111111111 66 66 555555555555555555 888888888888888888888888888 4 99999999999999999999999999999999999999 44444444 66 5 888 333 66 5 66666666666666 66 4 88888888888888888888888888888888 4 4 1 4 0 8888888888 0 4 4 4 4 4 000000000 4 99 4 3 3 999 3 88888 3 77 6 3 3 3 3 3 9 3 9999 6666 6 3 3 7777 555 3 3 44 222222 999999 555 5 77 999 3 3 99 3 3 3 3 3 44 555 555 3 3 4444 44444444 4 88888 4 4 44 99 333 111 000000 4 11 4 4 1111111111111111 4 55 3 3 222222222222222222222222222222222222 55 55 4
lowQualScore : . . ...... ....................... .... . .. . . .. . .. .... .... .. .. ............. .... ... .. .. .. .......... .. .. .................. ........................... . ...................................... ........ .. . ... ... .. . .............. .. . ................................ . . . . . .......... . . . . . . ......... . .. . . . ... . ..... . .. . . . . . . . . .... .... . . . .... ... . . .. ...... ...... ... . .. ... . . .. . . . . . .. ... ... . . .... ........ . ..... . . .. .. ... ... ...... . .. . . ................ . .. . . .................................... .. .. .
lowQualScore : 2 2 444444 99999999999999999999999 7777 4 11 0 3 11 0 77 1111 2222 22 99 7777777777777 8888 333 11 11 66 2222222222 11 11 222222222222222222 111111111111111111111111111 4 11111111111111111111111111111111111111 55555555 99 0 888 888 99 0 33333333333333 11 4 77777777777777777777777777777777 4 4 9 4 3 0000000000 9 0 0 0 0 0 000000000 0 55 0 3 3 222 3 33333 3 33 2 1 1 1 1 1 2 1 6666 5555 2 3 3 1111 888 3 3 66 999999 666666 888 4 99 222 3 3 22 3 3 1 5 1 22 444 444 1 3 4444 55555555 0 77777 4 4 66 00 222 111 333333 4 11 4 0 5555555555555555 0 00 6 6 111111111111111111111111111111111111 55 55 0
consensus : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------G-A-----------AGAGAAGC-G--A-GCGGA--TCGTAAACCC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCC-ATTC-----A-A-----GACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------T----CTAG---TAAA-----T----GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-AC-ATTCGG-ATATGG----TT---T-A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA---A-CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGG---A-AGACA-AG---GGGCGGGAGAAA--------GG-AGAG-G-T-GGGGC-GG-GAG-AAA-GGAGAGGN--GGGGC--GGGAGAAA-G---AGAGAGGGG-GC-GG-GAGA-A--------------G-G-GAG--A-AA-GG-----------------------A------------C--C--CCCTTTCC-ACCCC
Reference ( family-2013 ) : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------G-A-----------AGAGAAGC-G--A-GCGGA--TCGTNAANCC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCC-ATTC-----A-A-----GACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------T----CTAG---TAAA-----T----GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-AC-ATTCGG-ATATGG----TT---T-A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA---A-CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGG---A-AGACA-AG---GGGCGGGAGAAA--------GG-AGAG-G-T-GGGGC-GG-GAG-AAA-GGAGAGGA--GAGG---GGGAGAAA-G---AGAGAGGGG-GC-GG-GAGA-A--------------G-G-GAG--A-AA-GG-----------------------A------------C--C--CCCTTTCC-ACCCC
gi|1 : ---------G-A-----------AGAGAAGC-G--AAGCGGA--TCTTTAACCC--TTGGACCA-CCA-----CCA----ACAC--ACC--TTC-----A-AA----GACAACCCT-TACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTACGAA--GGAT--ATAT----TTTCCACA--A---A--TTATTATGATG-TTATTCAACGGATGGGCTTACATAGTATCTTTTATT-C---GGGT------------------------T----AA-------TGT--A-----TA--CGGTA-CA---TT--GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------GGT-A--TGGAGAGGC-TGATTTAATTTGTT----CTAG---TAAA-----TCT--GA-CAAAGCCAGTTCGTTTGTAA-AGCCTTAATGTTCAAAAA----A-----CTATCTCACTGTGCATCAGTTG-C-AGC---------AAAA-AAA-GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----C-A-TATATTATGAC-AA-CATTTCA-T-GG-T-TAT-ATAA-TCAAAT----A----AC--C-ATTCGA-ATATGG----TT---TTA-AAAA--GTGA------GT------TAT---CTTA--CAT--A-CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-A--GA---TGG---A-AGACA-AG---GGGCGGGAGAAA--------GG-AGAGAG-CGGGGGC-GGTGAG-AAATGGAAAGGC--GGGG---GTGGCGGA-G---AGGGGGAGG-CC-GG-GAGA-A--------------G-G-GAG--A-GA-GGGGGCGGGAGAAGGGAGAAAGGGAG------------C--C--CCCTTTCC-ACCCC
gi|10 : t-C-A---TCT-AA-----CTA-TATATT--GAA-AAGCATTT-A-TAGG-T-CATGATAA-TCAAACATGGT----ACAACAATTCGG-ATATGGTTTTTT---T-A-AAAA--GTGA------GCCTAGTAAAT---CTAAATTAAACA-TAGTAA--GAT-T-TTTATAG-TGGG-A--GA---TAGAATA-AGACATAG---GGGCGGGAGAAAGGAACCCGGG-AGAG-G---GGAGCGGG-GAA-AAA-GGAGAGGC--GGGACGTGGGAGAAG-G---AGAGAGGGG-GCGGG-GAGA-AAGGAGAGAAGGGGCG-G-GAG--A-AA-GG-----------------------GGAGGAACAGGACC--C--CCCTTTCC-ACCCCct
gi|11 : TATTC-GAC-AAGC-TTT-A-T-GG-TTCATGATAACTCAAAT----TTATTAT--C-ATTCGG-A-ATGG----TTCATT-A-AAAACAGTGAA-----GT------AATGGGCTAA--TA---A--AG-AAAAGGT-T-GTAA-AGCTGGGGA--GAATACGG---A-AGACA-AGACGGAGCGGGAGAAA--------GGGAGAG-GAT-GGAGC-GG-GAG-AA--GGAGAGGAATGAGGC--GGGAGAAA-GGAGAGAGAGGGG-GC-GG-GAGA-A----------------G-GAG--A-GA-GG-----------------------ct
gi|11 : tat-AGC-GGG-A--GA---AGG---AGAGGAA-TG---AGGCGGGAGAAA--------GG-AGA------------------------GAGAGG---GGGC---GGGAGAAG-G---AGAGAGGGGTGC-GGCAAGACA--------------G-G-G---------GG-----------------------A------------C--CGGCTCTTTCCTACCCCggtgcggcaagacagggggaccggctctttcctaccccct
gi|12 : tattattcgacaagctttatggttcatgataactcaaatttattatcattcggaatggttcattaaaaacagtgaagtaatgggctaataaagaaaaggttgtaaagctggggagaatacggaagacaagacggagcgggagaaagggagaggatggTTA-C-AA--TCT-AA-----CTA-TATATT--GAA-AAGC-TTT-A-T-GG-T-CATTATAA-TCAAAT----T----AC-AC-ATTC-G-ATATGT----TT---T---AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA---ACCAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-AAGGA---TAG---A-AGACA-ct
gi|13 : tctaAGGGTTTACGATCCGCT-TGCTCATCTATAAAGGCAA---------G-A-----------AGAGAAGT-GGAG-GCGGA--TTGTGAACCCTTTTGG-CTA-CCAA--CTCGCAAATCCAG--CCC-ATTC-----GCACAGGCGACAATC---TACGCCT--CTGTCCCTTGG-GCT--GTAAGAAGCGAATA-AT------TTTCC--ATCAT--A--T--------TA-TTAT------GA-TG----------------TTATT-TAACGGAT------------------------cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaagggacccccctttccaccccctc
gi|14 : gcttagccaGGAGAAA--------GG-AGAG-A-T-GGGGT-GG-GA--AAA-GGAGAGAC--GGGC---GGGAGAAA-G----GAGAGAGG-GC--G-GAGA-A--------------G-G-GAG--AGAA-GG-----------------------AGAAAAGGAC---C--C--CCCTTTCC-ACCCCgctta
gi|15 : taacggaaaatggctatgaaatggaataatccttgtTTTA-C-A---TCT-AA-----CTA-TATATT--GGA-AAGCATGT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAA-T----T----AC-AC-ATTCGG-ATATGG----TT---T-A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA---A-CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-A--GA---TAG---A-AGACA-t
gi|16 : TCTAAAA----G-----CAA-CTCACT-TGGATCAGTTG-C-A-C---------AAAAAAA--GGA-ATAATCCA-C-A---CCC-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATCT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A
gi|17 : gtctagtaaggAGGGTTTACAATCCATTCCACTTCTGTA------CAATGTTGCAGGG-AAGTGGAGTTGTAGAGAAGTGG--A-GTGGA--TCGTAAATCC--TTTG-CTA-
gi|18 : atcttcactcgccaAGGGTTTACAATCCGCTTTGTTTCTCTA------CAATT-------G----------------------G--A-GCAGA--TCGTAAACTC--TTGG-CTA-GCGA--Agg
gi|19 : cAGGATTTATGATCCACTTCACCTCTCCG------CAA---------A-A-----------AGAGAAGCAA--A-GTCGA--TTGAAAACCC--TTGtggctagcgaa
gi|2 : -A-----------AGAGAAGC-GG-A-GCGGGATTCGTAAACCC--TTGG-CTAACCAA--ATCCC----ACCC--CC--ATTC-----ATA-----GACAATCCTA--CGCCTACCTT--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGATTTAT------TTTTC--A--A---AATT--------TA-TTAT------GGATG----------------TTATTGCAACGGAT------------------------TAACTTACATT---AGT--TCTTTTTA--CGGTAATAAATT---GGTTTATTT-G--CACATATCAGAA-------T-T------------C-TGATTT-------T----CTAGG--TAAGATTCTT----GG-CAAAGC-GGAAAGTTCGTAT-TGCCTCAATGTTACAAAACCCAA-----CAA-CTCACT-TGCATCA---------------------AA-AG--GGA-ATAATTTA-C-AACTTCT-AAAACATTTA-TATATT--GACTAAGCATTA-A-T-TG-T-CAT-ATCA-TCAAAT----T----AC-AC-ATTCG--ATATGG----TT---T-AGAAAA--GTGA------GT------A-T---CTAAA-TA---A-CAG-AAAAGGT-T-GTTC-AGCTGGG-A--GA---TGG---A-AGACA-A----GGGC-GGAGAAA--------GG-AGAG-A-T-GGGGG-GG-GAGAAAA-GGAGAGGA--GAGGC--GGGAGAAAGG---AGAGAGGGG-GC--G-GAGA-AG-------------G-G-GAG--A-AAGGG-----------------------A------------CCGC--CCCTTTTC-CCCCCtggctggc
gi|20 : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTtc
gi|3 : agAAGGTTTAC-ATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------GGA-----------AGA-AAGC-GG-A-GCGGA--TCGTAAAACC--CATG-CTA-CCA-----CCC----CCCCAACCC--TTC-----A-A-----AACAATCCTA--CGCCT--CTG--CCTTGGTCCTATGTAAGAAA-GGATT-AT------TTTCC--A--A---AA-T--------TC-TTAT------GAT-G----------------TTATT-CAAAGGATGGTTACAATTTC------------T----TATTCGATTAAT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAG------G-T-GATTGGAG--GCTTGATTTA------T----TTTGTCATAAAT----T----GGCCAAAGC-AGTTCGTTTG---------------TTTAAAA----A-----T-A-CTCACT-TGCATCAGTTGCC-A-C---------AAAA-AA--TGAGATAA-TGA-CAA---TCTAAA-----CCC-TA-ATT--GACAAAGCA-TT-A-T--G-T-CAT-ATAT-TGAAAT----T----AC-AC-ATTCGGTATATG------T---T-A-AAAA----GA------GT------AG----CT--------------------------TTA-A---GGG-A--GA----GG---A-A-ACA-A----GGGCGGGAGAAA--------GG-AGAG-----AGGGC-GG-GAG-AA----AGAAAC--GAGG---CGGAGAAA-G----GAGAAGGG-GC--G-GATA-A--------------G-GCGAGTAA-AA-GG-----------------------AC-----------C--C--CCCTTTCC-ACCCCtggtta
gi|4 : taaccAAGGTTTACGATCCGCGCCGCTTCTCTA------CAA---------G-A-----------AGAGAAGC-G--A-GCGGA--GCG-AAAACC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCAATTC-----A-A-----GACAGTCCTATACGCCT--CTG--TCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGG--------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTG-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAT--GC-TA--TTA------T----CT--------------T----GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--AGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TAT-TT--GAC-AAGCATTT-A-T-GT-G-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-AC-ATTC-G-ATATGG----TT---T-A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CT-A--TA---A-CAA-AA--CGT-T-GTTA-AGCT-GG-A--GA---TGG---A-AGACA-A----GGGCGGAAGAAA--------GG-AGAG-G-T-GGGGC-GG-GAG-AAA-GGAGAGGA--GAGG---GGGAGAAA-A---AGAGAGGGG-GC-GG-GAGA-A------------------GAG--A-AA-GG-----------------------A------------C--C--CCCTTTCC-ACCCCct
gi|5 : C-ATTC-----A-AA----GACAGTC---TACGCCT----G--CCTTG-TCCT--GTAAGAA--GGAT--ATATGATGTTATC--A--ACGGA--T--------GACTTAC-------ATAG----------------TTCTT-TATTCGAG------------------------T----TA-------AGT--G-----TAGTCGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCTAAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------TATGTCTAG---TAAA-----TCT--GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-CAA-CAAAAAAAAAAAAA-AA--AAA-ATAATTTA-C-A---TCT--A-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GGTT-CA--ATAA--CAAATA---T----ACTAC-ATTCGG-ATAT-G----TT---T-A-AAAA--GTGAGTACATGT------AAT---CTAA--TA---A-CAG-AA--GGTGTAGTTA-AGCTGGG-A--GA---TGG---A-AGAC
gi|5 : A-A--------------GAG-GAG--A-AA-GG-----------------------GAC----------C--C--CCCTTTCC-ACCCCcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagaggagaaagggacccccctttccaccccctc
gi|6 : cattcaaagacagtctacgcctgccttgtcctgtaagaaggatatatgatgttatcaacggatgacttacatagttctttattcgagttaagtgtagtcggtatatggtttattttgcaatatctaaagtatggaggctgatttatatgtctagtaaatctggcaaagcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaacaactcacttgcatcagttgcaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaataatttacatctaccatatattgacaagcatttatggttcaataacaaatatactacattcggatatgtttaaaaagtgagtacatgtaatctaataacagaaggtgtagttaagctgggagatggaagaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnta-----A-A-----GACAATCCTA--CGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------T---TAT------GAT-G----------------TTATT-CAACGGATGGCTACATAGTTCTTTATTTCGAGT----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCGGAA-------G-T-A--TGGAG--GT-TGATTTA------TTTGTCTAG---TAAAATC--T----GG-CAAAGC-AGTT-GTTTGTAT-AGCCTTAATGTAAAAAAA----AAAC--TAA-CTCATT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-T---GGA-ATAATTTAAC-A---TCT-AA-----CCAATATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-AC-ATTCGG-ATATAG----TT---T-A-AAAA---TGA------AT------AAT---CTAA--TA---A-CAG-AA--GG--T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGG---A-AGACA-Actc
gi|6 : --A-AA-GG-----------------------A------------C--C--CCCTTTCC-ACCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaggaccccctttccaccccct
gi|7 : aagacaatcctacgcctctgccttggtcctgtaagaaggatattttccaaatttatgatgttattcaacggatggctacatagttctttatttcgagttaagtgtacggtatatggtttattttgcaatatcggaagtatggaggttgatttatttgtctagtaaaatctggcaaagcagttgtttgtatagccttaatgtaaaaaaaaaactaactcatttgcatcagttgcacaaaatggaataatttaacatctaaccaatatattgacaagcatttatggtcatataatcaaattacacattcggatatagtttaaaaatgaataatctaataacagaaggtgttaagctgggagatggaagacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaTTC-----A-A------ACAAATGTATATATCT---TG------GGCCCT--GTAATAA----------------TTT-------A---A--T---------A-TCAA------GAT-G----------------TTATT-CGACGGAT------------------------ct
gi|7 : cc-------AGT--G-----TA--CGGTG-GG---T---GGTTTATTTTGTACA-GTATCAGAGACTGGGTG-C-A--TGGAG--GC-TTATTTA------TATGTCTAG---TAAACC---T----GG-TAATTC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----AATAAACCA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-CG--------AAAA-AA--GGA-ATGTTTTA-C-A---TAT-AA-----CCA-TATAGT--GAC-AAGCATTT-AAT-GG-T-CAC-ATAA-TCAAAT----T----AC-AC-ATTCGG-ATATGG----TG---T-A-AAAA--GAGA------GT------AAT---ATAA--CA---A-CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGGTTGG-A--GA---TGG---A-AGACA-AG---GGGCGGGAGAAA--------GG-AGAgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatagtgtacggtgggtggtttattttgtacagtatcagagactgggtgcatggaggcttatttatatgtctagtaaacctggtaattcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaaataaaccactcacttgcatcagttgcacgaaaaaaggaatgttttacatataaccatatagtgacaagcatttaatggtcacataatcaaattacacattcggatatggtgtaaaaagagagtaatataacaacagaaggttgttaaggttggagatggaagacaaggggcgggagaaaggaga
gi|8 : ccttcaaacaaatgtatatatcttgggccctgtaataatttaatatcaagatgttattcgacggatgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatAGGGTT-ACGATCCGCTCCGCTTCTCAA------CAA---------G-A-----------AGAGAAGC-G--G-ACG-A--TCGTAAA-CC--TTG--CTA---AACTATCCC----CCCC--CCC-GCTCCTTCAA-A-----GACAATCCTA-ACGCCTACCTG--CCTTGGTCCT--ATAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GA-TG----------------TTATT-CAACGGATGGC---------------------T----TA-------CATCAG-----TT--CTCTC-TA---TTCGAGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAG------G-TAA--TGGAG--GC-TGATTTATTTG--T----CTAG---TAAA-----TCCTGGG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTATAAGCCTTAATGTTCAAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAG--G-C-A-C---------AAGA-AAATGGA-ATA
gi|9 : aggcaAGAA-------GGT-A--TGGAT--GC-TGATTTA------T----CT-------------------GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-AC-ATTCGG-ATATGG----TT---T-A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CT-A--TA---A-CAA-AA--CGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGG---A-AGACA-AG---GGGCGGAAGAAA--------GG-AGAG-G-T-GGGGC-GG-GAG-AAA-GGAGAGGA--GAGGC--GGGAGAAATG---AGAGAGGGG-GC-GG-GAGA-A--------------G-G-GAG--A-AA-GG-----------------------GAC----------C--C--CCCTTTCC-ACCCCgaaaatattaaca
Alignments
lowQualScore : 111111 44444444444444444444 11 1111 1111 11 2222222222222 1111 111 11 2222222222 222222222222222222 333333333333333333333333333 88888888888888888888888888888888888888 11111111 111 22222222222222 66666666666666666666666666666666 1111111111 222222222 1111 111111 1111 11111111 11111 11111 11 3333333333333333 999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 1 666666 77777777777777777777 4 8 77 4 55 4 55 4 55 4444 4444 99 22 3333333333333 4444 333 66 66 00 1111111111 66 66 555555555555555555 888888888888888888888888888 4 99999999999999999999999999999999999999 44444444 66 5 888 333 66 5 66666666666666 66 4 88888888888888888888888888888888 4 4 1 4 0 8888888888 0 4 4 4 4 4 000000000 4 99 4 3 3 999 3 88888 3 77 6 3 3 3 3 3 9 3 9999 6666 444 3 3 555 0000 3 44 222222 999999 555 5 77 3 999 3 99 3 3 3 4 3 44 555 555 3 7777 4 66666666 77777 5 5 5 5 777 66 1 11111 3 33 6666666666666666 4 55 4 4 111111111111111111111111111111111111 66
lowQualScore : . ...... .................... . . .. . .. . .. . .. .... .... .. .. ............. .... ... .. .. .. .......... .. .. .................. ........................... . ...................................... ........ .. . ... ... .. . .............. .. . ................................ . . . . . .......... . . . . . . ......... . .. . . . ... . ..... . .. . . . . . . . . .... .... ... . . ... .... . .. ...... ...... ... . .. . ... . .. . . . . . .. ... ... . .... . ........ ..... . . . . ... .. . ..... . .. ................ . .. . . .................................... ..
lowQualScore : 7 444444 55555555555555555555 4 0 55 0 55 0 55 4 77 1111 2222 22 99 7777777777777 8888 333 11 11 66 2222222222 11 11 222222222222222222 111111111111111111111111111 4 11111111111111111111111111111111111111 55555555 99 0 888 888 99 0 33333333333333 11 4 77777777777777777777777777777777 4 4 9 4 3 0000000000 9 0 0 0 0 0 000000000 0 55 0 3 3 222 3 33333 3 33 2 1 1 1 1 1 2 1 6666 5555 777 3 3 888 4444 3 66 999999 666666 888 4 99 3 222 3 22 3 3 3 6 3 66 888 888 6 5555 4 11111111 22222 0 0 0 0 999 99 4 66666 2 88 1111111111111111 4 55 0 0 999999999999999999999999999999999999 11
consensus : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA--------------------G-AAGAGAAGC-GG-A-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCC-ATTC-----A-A-----GACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------T----CTAG---TAAA-----T----GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--CGAG--GCGGGAGAA---A-GAGAGAGGGGGC-GGGAGAA--------------G-G-GAG--A-AA-GG-----------------------G------------C--CCCCTTTCCACCCC
Reference ( family-2013 ) : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA--------------------G-AAGAGAAGC-G--A-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCC-ATTC-----A-A-----GACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------T----CTAG---TAAA-----T----GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--NGGG--GCGGGAGAA---A-GAGAGAGGGGGC-GGGAGAA--------------G-G-GAG--A-AA-GG-----------------------A------------C--CCCCTTTCCACCCC
gi|1 : --------------------G-AAGAGAAGC-G--AAGCGGA--TCTTTAA-CCC--TTGGACCA-CCA-----CCA----ACAC--ACC--TTC-----A-AA----GACAACCCT-TACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTACGAA--GGAT--ATAT----TTTCCACA--A---A--TTATTATGATG-TTATTCAACGGATGGGCTTACATAGTATCTTTTATT-C---GGGT------------------------T----AA-------TGT--A-----TA--CGGTA-CA---TT--GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------GGT-A--TGGAGAGGC-TGATTTAATTTGTT----CTAG---TAAA-----TCT--GA-CAAAGCCAGTTCGTTTGTAA-AGCCTTAATGTTCAAAAA----A-----CTATCTCACTGTGCATCAGTTG-C-AGC---------AAAA-AAA-GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----C-A-TATATTATGAC-AA-CATTTCA-T-GG-T-TAT-ATAA-TCAAAT----A----AC---CA-TTCGA-ATATGGTT---TT---A-AAAA--GTGA------GT------TAT---CTTA--CATA---CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAGAG-CGGGGGCGGTG-AG-AAATGGAAAGG--CGGG--GGTGGCG-G---A-GAGGGGGAGGCC-GGGAGAA--------------G-G-GAG--A-GA-GGGGGCGGGAGAAGGGAGAAAGGGAG------------C--CCCCTTTCCACCCC
gi|10 : t-C-A---TCT-AA-----CTA-TATATT--GAA-AAGCATTT-A-TAGG-T-CATGATAA-TCAAACATGGT----AC-AACAATTCGG-ATATGGTT---TTTTTA-AAAA--GTGA------GCCTAGTAAAT---CTAAATTA-AACATAGTAA--GAT-T-TTTATAG-TGGG-A--GA---TAGAATAAGACATAG---GGGCGGGAGAAAGG-AACCCGGGAGAG-G---GGAGCGG-GGAA-AAA-GGAGAGG--CGGGACGTGGGAGAA---G-GAGAGAGGGGGCGGGGAGAAAGGAGAGAAGGGGCG-G-GAG--A-AA-GG-----------------------GGAGGAACAGGACC--CCCCTTTCCACCCCct
gi|11 : TATTC-GAC-AAGC-TTT-A-T-GG-TTCATGATAACTCAAAT----TTATTAT---CA-TTCGG-A-ATGGTTCATT----A-AAAACAGTGAA-----GT------AATGGGCTAA--TA-A----AG-AAAAGGT-T-GTAA-AGCTGGGGA--GAATACGGAA---GACA-AGACGGAGCGGGAGAAAGGGA--------GAG-GAT-GGAGCGG-G-AG--AA-GGAGAGGAATGAG--GCGGGAGAAAGGA-GAGAGAGGGGGC-GGGAGAA----------------G-GAG--A-GA-GG-----------------------ct
gi|12 : tatTTA-C-AA--TCT-AA-----CTA-TATATT--GAA-AAGC-TTT-A-T-GG-T-CATTATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTC-G-ATATGTTT---T------AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-AC--CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-AAGGA---TAGAA---GACA-ggtgcggcaagacagggggaccggctctttcctaccccct
gi|13 : tctaAGGGTTTACGATCCGCT-TGCTCATCTATAAAGGCAA--------------------G-AAGAGAAGT-GGAG-GCGGA--TTGTGAA-CCCTTTTGG-CTA-CCAA--CTCGCAAATCCAG--CCC-ATTC-----GCACAGGCGACAATC---TACGCCT--CTGTCCCTTGG-GCT--GTAAGAAGCGAATA-AT------TTTCC--ATCAT--A--T--------TA-TTAT------GA-TG----------------TTATT-TAACGGAT------------------------cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaagggacccccctttccaccccctc
gi|14 : gcttagccaGGAGAAAGG-A--------GAG-A-T-GGGGTGG-G-A--AAA-GGAGAGA--C-GG--GCGGGAGAA---A-G-GAGAGAGGGC--GGAGAA--------------G-G-GAG--AGAA-GG-----------------------AGAAAAGGAC---C--CCCCTTTCCACCCCgctta
gi|15 : taacggaaaatggctatgaaatggaataatccttgtTTTA-C-A---TCT-AA-----CTA-TATATT--GGA-AAGCATGT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAA-T----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-A--GA---TAGAA---GACA-t
gi|16 : TCTAAAA----G-----CAA-CTCACT-TGGATCAGTTG-C-A-C---------AAAAAAA--GGA-ATAATCCA-C-A---CCC-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATCT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-
gi|17 : gtctagtaaggAGGATTTACGATCCACTCCACTTCTCTA------CAACTCCACTTCCCTGCAACATTG-TACAGAAGTGG--A-ATGGA--TTGTAAA-CCC--TTGG-C
gi|18 : atcttcactcAGGGTTTACAATCCGCTTTGTTTCTCTA------CAATT------------------G-----------G--A-GCAGA--TCGTAAA-CTC--TTGG-CTA-GCGA--Attgctagg
gi|19 : cAGGATTTATGATCCACTTCACCTCTCCG------CAA--------------------A-AAGAGAAGCAA--A-GTCGA--TTGAAAA-CCC--TTGtggctagcgaa
gi|2 : -AAGAGAAGC-GG-A-GCGGGATTCGTAAA-CCC--TTGG-CTAACCAA--ATCCC----ACCC--CC--ATTC-----ATA-----GACAATCCTA--CGCCTACCTT--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGATTTAT------TTTTC--A--A---AATT--------TA-TTAT------GGATG----------------TTATTGCAACGGAT------------------------TAACTTACATT---AGT--TCTTTTTA--CGGTAATAAATT---GGTTTATTT-G--CACATATCAGAA-------T-T------------C-TGATTT-------T----CTAGG--TAAGATTCTT----GG-CAAAGC-GGAAAGTTCGTAT-TGCCTCAATGTTACAAAACCCAA-----CAA-CTCACT-TGCATCA---------------------AA-AG--GGA-ATAATTTA-C-AACTTCT-AAAACATTTA-TATATT--GACTAAGCATTA-A-T-TG-T-CAT-ATCA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCG--ATATGGTT---T----AGAAAA--GTGA------GT------A-T---CTAAA-TA-A---CAG-AAAAGGT-T-GTTC-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-A----GGGC-GGAGAAAGG-A--------GAG-A-T-GGGGGGG-G-AGAAAA-GGAGAGG--AGAG--GCGGGAGAA---AGGAGAGAGGGGGC--GGAGAAG-------------G-G-GAG--A-AAGGG-----------------------A------------CCGCCCCTTTTCCCCCCtggctggc
gi|20 : AGAGAAGC-GG-A-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-TTA-tc
gi|3 : agAAGGTTTAC-ATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA--------------------GGAAGA-AAGC-GG-A-GCGGA--TCGTAAAACCC--ATG--CTA-CCA-----CCC----CCCCAACCC--TTC-----A-A-----AACAATCCTA--CGCCT--CTG--CCTTGGTCCTATGTAAGAAA-GGATT-AT------TTTCC--A--A---AA-T--------TC-TTAT------GAT-G----------------TTATT-CAAAGGATGGTTACAATTTC------------T----TATTCGATTAAT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAG------G-T-GATTGGAG--GCTTGATTTA------T----TTTGTCATAAAT----T----GGCCAAAGC-AGTTCGTTTG---------------TTTAAAA----A-----T-A-CTCACT-TGCATCAGTTGCC-A-C---------AAAA-AA--TGAGATAA-TGA-CAA---TCTAAA-----CCC-TA-ATT--GACAAAGCA-TT-A-T--G-T-CAT-ATAT-TGAAAT----T----AC-A-CA-TTCGGTATATG--T---T----A-AAAA----GA------GT------AG----CT--------------------------TTA-A---GGG-A--GA----GGAA----ACA-A----GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-----AGGGCGG-G-AG-AA----AGAAA--CGAG--GC-GGAGAA---A-G-GAGAAGGGGC--GGATAA--------------G-GCGAGTAA-AA-GG-----------------------AC-----------C--CCCCTTTCCACCCC
gi|4 : taaccAAGGTTTACGATCCGCGCCGCTTCTCTA------CAA--------------------G-AAGAGAAGC-G--A-GCGGA--GCG-AAA-ACC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCAATTC-----A-A-----GACAGTCCTATACGCCT--CTG--TCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGG--------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTG-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAT--GC-TA--TTA------T----CT--------------T----GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--AGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TAT-TT--GAC-AAGCATTT-A-T-GT-G-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTC-G-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CT-A--TA-A---CAA-AA--CGT-T-GTTA-AGCT-GG-A--GA---TGGAA---GACA-A----GGGCGGAAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--AGAG--G-GGGAGAA---A-AAGAGAGGGGGC-GGGAGAA------------------GAG--A-AA-GG-----------------------A------------C--CCCCTTTCCACCCCct
gi|5 : C-ATTC-----A-AA----GACAGTC---TACGCCT----G--CCTTG-TCCT--GTAAGAA--GGAT--ATATGATGTTATC--A--ACGGA--T--------GACTTAC-------ATAG----------------TTCTT-TATTCGAG------------------------T----TA-------AGT--G-----TAGTCGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCTAAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------TATGTCTAG---TAAA-----TCT--GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-CAA-CAAAAAAAAAAAAA-AA--AAA-ATAATTTA-C-A---TCT--A-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GGTT-CA--ATAA--CAAATA---T----ACTA-CA-TTCGG-ATAT-GTT---T----A-AAAA--GTGAGTACATGT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGTGTAGTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GAC
gi|5 : AA--------------GAG-GAG--A-AA-GG-----------------------GAC----------C--CCCCTTTCCACCCCcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagaggagaaagggacccccctttccaccccctc
gi|6 : cattcaaagacagtctacgcctgccttgtcctgtaagaaggatatatgatgttatcaacggatgacttacatagttctttattcgagttaagtgtagtcggtatatggtttattttgcaatatctaaagtatggaggctgatttatatgtctagtaaatctggcaaagcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaacaactcacttgcatcagttgcaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaataatttacatctaccatatattgacaagcatttatggttcaataacaaatatactacattcggatatgtttaaaaagtgagtacatgtaatctaataacagaaggtgtagttaagctgggagatggaagaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnta-----A-A-----GACAATCCTA--CGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------T---TAT------GAT-G----------------TTATT-CAACGGATGGCTACATAGTTCTTTATTTCGAGT----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCGGAA-------G-T-A--TGGAG--GT-TGATTTA------TTTGTCTAG---TAAAATC--T----GG-CAAAGC-AGTT-GTTTGTAT-AGCCTTAATGTAAAAAAA----AAAC--TAA-CTCATT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-T---GGA-ATAATTTAAC-A---TCT-AA-----CCAATATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATAGTT---T----A-AAAA---TGA------AT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GG--T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-Actc
gi|6 : --A-AA-GG-----------------------A------------C--CCCCTTTCCACCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaggaccccctttccaccccct
gi|7 : aagacaatcctacgcctctgccttggtcctgtaagaaggatattttccaaatttatgatgttattcaacggatggctacatagttctttatttcgagttaagtgtacggtatatggtttattttgcaatatcggaagtatggaggttgatttatttgtctagtaaaatctggcaaagcagttgtttgtatagccttaatgtaaaaaaaaaactaactcatttgcatcagttgcacaaaatggaataatttaacatctaaccaatatattgacaagcatttatggtcatataatcaaattacacattcggatatagtttaaaaatgaataatctaataacagaaggtgttaagctgggagatggaagacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaTTC-----A-A------ACAAATGTATATATCT---TG------GGCCCT--GTAATAA----------------TTT-------A---A--T---------A-TCAA------GAT-G----------------TTATT-CGACGGAT------------------------ct
gi|7 : cc-------AGT--G-----TA--CGGTG-GG---T---GGTTTATTTTGTACA-GTATCAGAGACTGGGTG-C-A--TGGAG--GC-TTATTTA------TATGTCTAG---TAAACC---T----GG-TAATTC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----AATAAACCA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-CG--------AAAA-AA--GGA-ATGTTTTA-C-A---TAT-AA-----CCA-TATAGT--GAC-AAGCATTT-AAT-GG-T-CAC-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTG---T----A-AAAA--GAGA------GT------AAT---ATAA--CA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGGTTGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatagtgtacggtgggtggtttattttgtacagtatcagagactgggtgcatggaggcttatttatatgtctagtaaacctggtaattcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaaataaaccactcacttgcatcagttgcacgaaaaaaggaatgttttacatataaccatatagtgacaagcatttaatggtcacataatcaaattacacattcggatatggtgtaaaaagagagtaatataacaacagaaggttgttaaggttggagatggaagacaaggggcgggagaaaggaga
gi|8 : ccttcaaacaaatgtatatatcttgggccctgtaataatttaatatcaagatgttattcgacggatgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatAGGGTT-ACGATCCGCTCCGCTTCTCAA------CAA--------------------G-AAGAGAAGC-G--G-ACG-A--TCGTAAA-CCT--T--G-CTA---AACTATCCC----CCCC--CCC-GCTCCTTCAA-A-----GACAATCCTA-ACGCCTACCTG--CCTTGGTCCT--ATAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GA-TG----------------TTATT-CAACGGATGGC---------------------T----TA-------CATCAG-----TT--CTCTC-TA---TTCGAGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAG------G-TAA--TGGAG--GC-TGATTTATTTG--T----CTAG---TAAA-----TCCTGGG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTATAAGCCTTAATGTTCAAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAG--G-C-A-C---------AAGA-AAATGGA-ATA
gi|9 : aggcaAGAA-------GGT-A--TGGAT--GC-TGATTTA------T----CT-------------------GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CT-A--TA-A---CAA-AA--CGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGAAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--AGAG--GCGGGAGAA---ATGAGAGAGGGGGC-GGGAGAA--------------G-G-GAG--A-AA-GG-----------------------GAC----------C--CCCCTTTCCACCCCgaaaatattaaca
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222 11111111111 1111 1111 11 2222222222222 1111 111 11 2222222222 222222222222222222 333333333333333333333333333 88888888888888888888888888888888888888 11111111 111 22222222222222 66666666666666666666666666666666 1111111111 222222222 1111 111111 1111 11111111 11111 111111 2222222222 2222222 999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 1 1 666666 000000000 4 99999999999 4 55 4 55 4 55 4444 4444 99 22 3333333333333 4444 333 66 66 00 1111111111 66 66 555555555555555555 888888888888888888888888888 4 99999999999999999999999999999999999999 44444444 66 5 888 333 66 5 66666666666666 66 4 88888888888888888888888888888888 4 4 1 4 0 8888888888 0 4 4 4 4 4 000000000 4 99 4 3 3 999 3 88888 3 77 6 3 3 3 3 3 9 3 9999 6666 444 3 3 555 0000 3 44 222222 999999 555 5 77 3 999 3 99 3 3 3 4 3 44 555 555 3 7777 4 66666666 77777 5 5 5 88 888 0 66 1 444444 8 1111111111 1111111 4 4 333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : . . ...... ......... . ........... . .. . .. . .. .... .... .. .. ............. .... ... .. .. .. .......... .. .. .................. ........................... . ...................................... ........ .. . ... ... .. . .............. .. . ................................ . . . . . .......... . . . . . . ......... . .. . . . ... . ..... . .. . . . . . . . . .... .... ... . . ... .... . .. ...... ...... ... . .. . ... . .. . . . . . .. ... ... . .... . ........ ..... . . . .. ... . .. . ...... . .......... ....... . . ....................................
lowQualScore : 7 7 444444 000000000 4 00000000000 0 55 0 55 4 22 1111 2222 22 11 7777777777777 8888 333 11 11 66 2222222222 11 11 222222222222222222 111111111111111111111111111 4 11111111111111111111111111111111111111 55555555 99 0 888 888 99 0 33333333333333 11 4 77777777777777777777777777777777 4 4 9 4 3 0000000000 9 0 0 0 0 0 000000000 0 55 0 3 3 222 3 33333 3 33 2 1 1 1 1 1 2 1 6666 5555 777 3 3 888 4444 3 66 999999 666666 888 4 99 3 222 3 22 3 3 3 6 3 66 888 888 6 5555 4 11111111 22222 0 0 0 22 222 9 99 4 000000 8 9999999999 1111111 4 0 222222222222222222222222222222222222
consensus : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGA-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCA-TTC-----A-A-----GACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------T----CTAG---TAAA-----T----GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--CGAG--GCGGGAGAAA-G---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-AAAGG-----------------------GA-----------CCCCCTTTCCACCCC
Reference ( family-2013 ) : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGA-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCA-TTC-----A-A-----GACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------T----CTAG---TAAA-----T----GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--CGAG--GCGGGAGAAA-G---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-AAAGG-----------------------G------------CCCCCTTTCCACCCC
gi|1 : ---------G-AAG-----------AGAAGCGAA-GCGGA--TCTTTAA-CCC--TTGGACCA-CCA-----CCA----ACAC--ACC--TTC-----A-AA----GACAACCCT-TACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTACGAA--GGAT--ATAT----TTTCCACA--A---A--TTATTATGATG-TTATTCAACGGATGGGCTTACATAGTATCTTTTATT-C---GGGT------------------------T----AA-------TGT--A-----TA--CGGTA-CA---TT--GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------GGT-A--TGGAGAGGC-TGATTTAATTTGTT----CTAG---TAAA-----TCT--GA-CAAAGCCAGTTCGTTTGTAA-AGCCTTAATGTTCAAAAA----A-----CTATCTCACTGTGCATCAGTTG-C-AGC---------AAAA-AAA-GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----C-A-TATATTATGAC-AA-CATTTCA-T-GG-T-TAT-ATAA-TCAAAT----A----AC---CA-TTCGA-ATATGGTT---TT---A-AAAA--GTGA------GT------TAT---CTTA--CATA---CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAGAG-CGGGGGCGGTG-AG-AAATGGAAAGG--CGGG--GGTGGCG-GA-G---AGGGGGAGGCCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-AGAGGGGGCGGGAGAAGGGAGAAAGGGAG------------CCCCCTTTCCACCCC
gi|10 : t-C-A---TCT-AA-----CTA-TATATT--GAA-AAGCATTT-A-TAGG-T-CATGATAA-TCAAACATGGT----AC-AACAATTCGG-ATATGGTT---TTTTTA-AAAA--GTGA------GCCTAGTAAAT---CTAAATTA-AACATAGTAA--GAT-T-TTTATAG-TGGG-A--GA---TAGAATAAGACATAG---GGGCGGGAGAAAGG-AACCCGGGAGAG-G---GGAGCGG-GGAA-AAA-GGAGAGG--CGGGACGTGGGAGAAG-G---AGAGAGGGGGCGGGGAGAAAGGAGAGAA-GGGGCGG-GAG-AAAGG-----------------------GGAGGAACAGGACCCCCCTTTCCACCCCct
gi|11 : TATTC-GAC-AAGC-TTT-A-T-GG-TTCATGATAACTCAAAT----TTATTAT---CA-TTCGG-A-ATGGTTCATT----A-AAAACAGTGAA-----GT------AATGGGCTAA--TA-A----AG-AAAAGGT-T-GTAA-AGCTGGGGA--GAATACGGAA---GACA-AGACGGAGCGGGAGAAAGGGA--------GAG-GAT-GGAGCGG-G-AG-AA--GGAGAGGAATGAG--GCGGGAGAAA-GGAGAGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-------G-GAG-AGAGG-----------------------G------------ct
gi|12 : tatTTA-C-AA--TCT-AA-----CTA-TATATT--GAA-AAGC-TTT-A-T-GG-T-CATTATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTC-G-ATATGTTT---T------AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-AC--CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-AAGGA---TAGAA---GACA-gtgcggcaagacagggggaccggctctttcctaccccct
gi|13 : tctaAGGGTTTACGATCCGCT-TGCTCATCTATAAAGGCAA---------G-AAG-----------AGAAGTGGAGGCGGA--TTGTGAA-CCCTTTTGG-CTA-CCAA--CTCGCAAATCCAG--CCCA-TTC-----GCACAGGCGACAATC---TACGCCT--CTGTCCCTTGG-GCT--GTAAGAAGCGAATA-AT------TTTCC--ATCAT--A--T--------TA-TTAT------GA-TG----------------TTATT-TAACGGAT------------------------cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaagggacccccctttccaccccctc
gi|14 : gcttagccaGGAGAAAGG-A--------GAG-A-T-GGGGTGG-G-A--AAA-GGAGAGA--CG-G--GCGGGAGAAA-G----GAGAGAGGGC-G----------GAGAA-G-----G-GAG-AGAAG-----------------------GAGAAAAGGAC--CCCCCTTTCCACCCCgctta
gi|15 : taacggaaaatggctatgaaatggaataatccttgtTTTA-C-A---TCT-AA-----CTA-TATATT--GGA-AAGCATGT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAA-T----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-A--GA---TAGAA---GACA-t
gi|16 : TCTAAAA----G-----CAA-CTCACT-TGGATCAGTTG-C-A-C---------AAAAAAA--GGA-ATAATCCA-C-A---CCC-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATCT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-
gi|17 : gtctagtaaggAGGGTTTACAATCCATTCCACTTCTGTA------CAATGTTGCAGGG-AAGTGGAGTTGTAGAGAAGTGGA-GTGGA--TCGTAAA-TCC--TTTG-CTA-
gi|18 : atcttcactcgccaAGGGTTTACAATCCGCTTTGTTTCTCTA------C-----------------------------AATTGGA-GCAGA--TCGTAAA-CTC--TTGG-CTA-GCGA--Agg
gi|19 : cAGGATTTATGATCCACTTCACCTCTCCG------CAA---------A-AAG-----------AGAAGCAAA-GTCGA--TTGAAAA-CCC--TTGtggctagcgaa
gi|2 : -AAG-----------AGAAGCGGA-GCGGGATTCGTAAA-CCC--TTGG-CTAACCAA--ATCCC----ACCC--CC-A-TTC-----ATA-----GACAATCCTA--CGCCTACCTT--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGATTTAT------TTTTC--A--A---AATT--------TA-TTAT------GGATG----------------TTATTGCAACGGAT------------------------TAACTTACATT---AGT--TCTTTTTA--CGGTAATAAATT---GGTTTATTT-G--CACATATCAGAA-------T-T------------C-TGATTT-------T----CTAGG--TAAGATTCTT----GG-CAAAGC-GGAAAGTTCGTAT-TGCCTCAATGTTACAAAACCCAA-----CAA-CTCACT-TGCATCA---------------------AA-AG--GGA-ATAATTTA-C-AACTTCT-AAAACATTTA-TATATT--GACTAAGCATTA-A-T-TG-T-CAT-ATCA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCG--ATATGGTT---T----AGAAAA--GTGA------GT------A-T---CTAAA-TA-A---CAG-AAAAGGT-T-GTTC-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-A----GGGC-GGAGAAAGG-A--------GAG-A-T-GGGGGGG-G-AGAAAA-GGAGAGG--AGAG--GCGGGAGAAAGG---AGAGAGGGGGC-G----------GAGAAGG-----G-GAG-AAAGGGACC-------------------G------------CCCCTTTTCCCCCCtggctggc
gi|20 : AG-----------AGAAGCGGA-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-TTA-tc
gi|3 : agAAGGTTTAC-ATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------GGAAG-----------A-AAGCGGA-GCGGA--TCGTAAAACCC--ATG--CTA-CCA-----CCC----CCCCAACCC--TTC-----A-A-----AACAATCCTA--CGCCT--CTG--CCTTGGTCCTATGTAAGAAA-GGATT-AT------TTTCC--A--A---AA-T--------TC-TTAT------GAT-G----------------TTATT-CAAAGGATGGTTACAATTTC------------T----TATTCGATTAAT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAG------G-T-GATTGGAG--GCTTGATTTA------T----TTTGTCATAAAT----T----GGCCAAAGC-AGTTCGTTTG---------------TTTAAAA----A-----T-A-CTCACT-TGCATCAGTTGCC-A-C---------AAAA-AA--TGAGATAA-TGA-CAA---TCTAAA-----CCC-TA-ATT--GACAAAGCA-TT-A-T--G-T-CAT-ATAT-TGAAAT----T----AC-A-CA-TTCGGTATATG--T---T----A-AAAA----GA------GT------AG----CT--------------------------TTA-A---GGG-A--GA----GGAA----ACA-A----GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-----AGGGCGG-G-AG-AA----AGAAA--CGAG--GC-GGAGAAA-G----GAGAAGGGGC-G----------GATAA-G-----GCGAGTAAAAG-----------------------GAC----------CCCCCTTTCCACCCC
gi|4 : taaccAAGGTTTACGATCCGCGCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCG-A-GCGGA--GCG-AAA-ACC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCAATTC-----A-A-----GACAGTCCTATACGCCT--CTG--TCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGG--------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTG-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAT--GC-TA--TTA------T----CT--------------T----GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--AGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TAT-TT--GAC-AAGCATTT-A-T-GT-G-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTC-G-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CT-A--TA-A---CAA-AA--CGT-T-GTTA-AGCT-GG-A--GA---TGGAA---GACA-A----GGGCGGAAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--AGAG--G-GGGAGAAA-A---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA---------GAG-AAAGG-----------------------A------------CCCCCTTTCCACCCCct
gi|5 : CA-TTC-----A-AA----GACAGTC---TACGCCT----G--CCTTG-TCCT--GTAAGAA--GGAT--ATATGATGTTATC--A--ACGGA--T--------GACTTAC-------ATAG----------------TTCTT-TATTCGAG------------------------T----TA-------AGT--G-----TAGTCGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCTAAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------TATGTCTAG---TAAA-----TCT--GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-CAA-CAAAAAAAAAAAAA-AA--AAA-ATAATTTA-C-A---TCT--A-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GGTT-CA--ATAA--CAAATA---T----ACTA-CA-TTCGG-ATAT-GTT---T----A-AAAA--GTGAGTACATGT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGTGTAGTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GAC
gi|5 : AA-GA----G-GAG-AAAGG-----------------------GAC----------CCCCCTTTCCACCCCcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagaggagaaagggacccccctttccaccccctc
gi|6 : cattcaaagacagtctacgcctgccttgtcctgtaagaaggatatatgatgttatcaacggatgacttacatagttctttattcgagttaagtgtagtcggtatatggtttattttgcaatatctaaagtatggaggctgatttatatgtctagtaaatctggcaaagcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaacaactcacttgcatcagttgcaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaataatttacatctaccatatattgacaagcatttatggttcaataacaaatatactacattcggatatgtttaaaaagtgagtacatgtaatctaataacagaaggtgtagttaagctgggagatggaagaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnta-----A-A-----GACAATCCTA--CGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------T---TAT------GAT-G----------------TTATT-CAACGGATGGCTACATAGTTCTTTATTTCGAGT----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCGGAA-------G-T-A--TGGAG--GT-TGATTTA------TTTGTCTAG---TAAAATC--T----GG-CAAAGC-AGTT-GTTTGTAT-AGCCTTAATGTAAAAAAA----AAAC--TAA-CTCATT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-T---GGA-ATAATTTAAC-A---TCT-AA-----CCAATATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATAGTT---T----A-AAAA---TGA------AT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GG--T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-Actc
gi|6 : -AAAGG-----------------------A------------CCCCCTTTCCACCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaggaccccctttccaccccct
gi|7 : aagacaatcctacgcctctgccttggtcctgtaagaaggatattttccaaatttatgatgttattcaacggatggctacatagttctttatttcgagttaagtgtacggtatatggtttattttgcaatatcggaagtatggaggttgatttatttgtctagtaaaatctggcaaagcagttgtttgtatagccttaatgtaaaaaaaaaactaactcatttgcatcagttgcacaaaatggaataatttaacatctaaccaatatattgacaagcatttatggtcatataatcaaattacacattcggatatagtttaaaaatgaataatctaataacagaaggtgttaagctgggagatggaagacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnga-TTC-----A-A------ACAAATGTATATATCT---TG------GGCCCT--GTAATAA----------------TTT-------A---A--T---------A-TCAA------GAT-G----------------TTATT-CGACGGAT------------------------ct
gi|7 : cc-------AGT--G-----TA--CGGTG-GG---T---GGTTTATTTTGTACA-GTATCAGAGACTGGGTG-C-A--TGGAG--GC-TTATTTA------TATGTCTAG---TAAACC---T----GG-TAATTC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----AATAAACCA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-CG--------AAAA-AA--GGA-ATGTTTTA-C-A---TAT-AA-----CCA-TATAGT--GAC-AAGCATTT-AAT-GG-T-CAC-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTG---T----A-AAAA--GAGA------GT------AAT---ATAA--CA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGGTTGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatagtgtacggtgggtggtttattttgtacagtatcagagactgggtgcatggaggcttatttatatgtctagtaaacctggtaattcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaaataaaccactcacttgcatcagttgcacgaaaaaaggaatgttttacatataaccatatagtgacaagcatttaatggtcacataatcaaattacacattcggatatggtgtaaaaagagagtaatataacaacagaaggttgttaaggttggagatggaagacaaggggcgggagaaaggaga
gi|8 : ccttcaaacaaatgtatatatcttgggccctgtaataatttaatatcaagatgttattcgacggatgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatAGGGTT-ACGATCCGCTCCGCTTCTCAA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGA--CG-A--TCGTAAA-CCT--T--G-CTA---AACTATCCC----CCCC--CCCG-CTCCTTCAA-A-----GACAATCCTA-ACGCCTACCTG--CCTTGGTCCT--ATAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GA-TG----------------TTATT-CAACGGATGGC---------------------T----TA-------CATCAG-----TT--CTCTC-TA---TTCGAGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAG------G-TAA--TGGAG--GC-TGATTTATTTG--T----CTAG---TAAA-----TCCTGGG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTATAAGCCTTAATGTTCAAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAG--G-C-A-C---------AAGA-AAATGGA-ATA
gi|9 : aggcaAGAA-------GGT-A--TGGAT--GC-TGATTTA------T----CT-------------------GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CT-A--TA-A---CAA-AA--CGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGAAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--AGAG--GCGGGAGAAATG---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-AAAGG-----------------------GAC----------CCCCCTTTCCACCCCgaaaatattaaca
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222 11111111111 1111 1111 11 2222222222222 1111 111 11 2222222222 222222222222222222 333333333333333333333333333 88888888888888888888888888888888888888 11111111 111 22222222222222 66666666666666666666666666666666 1111111111 222222222 1111 111111 1111 11111111 11111 111111 2222222222 2222222 2222222222222 66666666666
lowQualScore : 1 1 666666 000000000 4 99999999999 4 55 4 55 4 55 4444 4444 99 22 3333333333333 4444 333 66 66 00 1111111111 66 66 555555555555555555 888888888888888888888888888 4 99999999999999999999999999999999999999 44444444 66 5 888 333 66 5 66666666666666 66 4 88888888888888888888888888888888 4 4 1 4 0 8888888888 0 4 4 4 4 4 000000000 4 99 4 3 3 999 3 88888 3 77 6 3 3 3 3 3 9 3 9999 6666 444 3 3 555 0000 3 44 222222 999999 555 5 77 3 999 3 99 3 3 3 4 3 44 555 555 3 7777 4 66666666 77777 5 5 5 88 888 0 66 1 444444 2 1111111111 1111111 4 3 0000000000000 33333333333 55 4
lowQualScore : . . ...... ......... . ........... . .. . .. . .. .... .... .. .. ............. .... ... .. .. .. .......... .. .. .................. ........................... . ...................................... ........ .. . ... ... .. . .............. .. . ................................ . . . . . .......... . . . . . . ......... . .. . . . ... . ..... . .. . . . . . . . . .... .... ... . . ... .... . .. ...... ...... ... . .. . ... . .. . . . . . .. ... ... . .... . ........ ..... . . . .. ... . .. . ...... . .......... ....... . . ............. ........... .. .
lowQualScore : 7 7 444444 000000000 4 00000000000 0 55 0 55 4 22 1111 2222 22 11 7777777777777 8888 333 11 11 66 2222222222 11 11 222222222222222222 111111111111111111111111111 4 11111111111111111111111111111111111111 55555555 99 0 888 888 99 0 33333333333333 11 4 77777777777777777777777777777777 4 4 9 4 3 0000000000 9 0 0 0 0 0 000000000 0 55 0 3 3 222 3 33333 3 33 2 1 1 1 1 1 2 1 6666 5555 777 3 3 888 4444 3 66 999999 666666 888 4 99 3 222 3 22 3 3 3 6 3 66 888 888 6 5555 4 11111111 22222 0 0 0 22 222 9 99 4 000000 5 9999999999 1111111 4 6 0000000000000 00000000000 55 0
consensus : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGA-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCA-TTC-----A-A-----GACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------T----CTAG---TAAA-----T----GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--CGAG--GCGGGAGAAA-G---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-A-------------AAGGGA-----------C--CCC-CTTTCCACCCC
Reference ( family-2013 ) : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGA-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCA-TTC-----A-A-----GACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------T----CTAG---TAAA-----T----GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--CGAG--GCGGGAGAAA-G---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-A-------------AAGGGA-----------C--CCC-CTTTCCACCCC
gi|1 : ---------G-AAG-----------AGAAGCGAA-GCGGA--TCTTTAA-CCC--TTGGACCA-CCA-----CCA----ACAC--ACC--TTC-----A-AA----GACAACCCT-TACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTACGAA--GGAT--ATAT----TTTCCACA--A---A--TTATTATGATG-TTATTCAACGGATGGGCTTACATAGTATCTTTTATT-C---GGGT------------------------T----AA-------TGT--A-----TA--CGGTA-CA---TT--GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------GGT-A--TGGAGAGGC-TGATTTAATTTGTT----CTAG---TAAA-----TCT--GA-CAAAGCCAGTTCGTTTGTAA-AGCCTTAATGTTCAAAAA----A-----CTATCTCACTGTGCATCAGTTG-C-AGC---------AAAA-AAA-GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----C-A-TATATTATGAC-AA-CATTTCA-T-GG-T-TAT-ATAA-TCAAAT----A----AC---CA-TTCGA-ATATGGTT---TT---A-AAAA--GTGA------GT------TAT---CTTA--CATA---CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAGAG-CGGGGGCGGTG-AG-AAATGGAAAGG--CGGG--GGTGGCG-GA-G---AGGGGGAGGCCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-AGAGGGGGCGGGAGAAGGGAGAAAGGGAG--C--CCC-CTTTCCACCCC
gi|10 : t-C-A---TCT-AA-----CTA-TATATT--GAA-AAGCATTT-A-TAGG-T-CATGATAA-TCAAACATGGT----AC-AACAATTCGG-ATATGGTT---TTTTTA-AAAA--GTGA------GCCTAGTAAAT---CTAAATTA-AACATAGTAA--GAT-T-TTTATAG-TGGG-A--GA---TAGAATAAGACATAG---GGGCGGGAGAAAGG-AACCCGGGAGAG-G---GGAGCGG-GGAA-AAA-GGAGAGG--CGGGACGTGGGAGAAG-G---AGAGAGGGGGCGGGGAGAAAGGAGAGAA-GGGGCGG-GAG-A-------------AAGGGGAGGAACAGGACC--CCC-CTTTCCACCCCct
gi|11 : TATTC-GAC-AAGC-TTT-A-T-GG-TTCATGATAACTCAAAT----TTATTAT---CA-TTCGG-A-ATGGTTCATT----A-AAAACAGTGAA-----GT------AATGGGCTAA--TA-A----AG-AAAAGGT-T-GTAA-AGCTGGGGA--GAATACGGAA---GACA-AGACGGAGCGGGAGAAAGGGA--------GAG-GAT-GGAGCGG-G-AG-AA--GGAGAGGAATGAG--GCGGGAGAAA-GGAGAGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-------G-GAG-A-------------GAGGGct
gi|12 : tatTTA-C-AA--TCT-AA-----CTA-TATATT--GAA-AAGC-TTT-A-T-GG-T-CATTATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTC-G-ATATGTTT---T------AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-AC--CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-AAGGA---TAGAA---GACA-gtgcggcaagacagggggaccggctctttcctaccccct
gi|12 : tcta-A-------------AAGGGA-----------C--CCCCCTTTCCACCCCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaagggacccccctttccaccccctc
gi|13 : tctattacaatctaactatatattgaaaagctttatggtcattataatcaaattacacattcgatatgttttaaaagtgagtaatctaataaccagaagattgttaaggtgggaaggatagaagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaAGGGTTTACGATCCGCT-TGCTCATCTATAAAGGCAA---------G-AAG-----------AGAAGTGGAGGCGGA--TTGTGAA-CCCTTTTGG-CTA-CCAA--CTCGCAAATCCAG--CCCA-TTC-----GCACAGGCGACAATC---TACGCCT--CTGTCCCTTGG-GCT--GTAAGAAGCGAATA-AT------TTTCC--ATCAT--A--T--------TA-TTAT------GA-TG----------------TTATT-TAACGGAT------------------------ctc
gi|14 : gcttagccaGGAGAAAGG-A--------GAG-A-T-GGGGTGG-G-A--AAA-GGAGAGA--CG-G--GCGGGAGAAA-G----GAGAGAGGGCGG-----------AGAA-G-----G-GAG-A-------------GAAGGAGAAAAGGAC--C--CCC-CTTTCCACCCCgctta
gi|15 : taacggaaaatggctatgaaatggaataatccttgtTTTA-C-A---TCT-AA-----CTA-TATATT--GGA-AAGCATGT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAA-T----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-A--GA---TAGAA---GACA-t
gi|16 : TCTAAAA----G-----CAA-CTCACT-TGGATCAGTTG-C-A-C---------AAAAAAA--GGA-ATAATCCA-C-A---CCC-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATCT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-
gi|17 : gtctagtaaggAGGGTTTACAATCCATTCCACTTCTGTA------CAATGTTGCAGGG-AAGTGGAGTTGTAGAGAAGTGGA-GTGGA--TCGTAAA-TCC--TTTG-CTA-
gi|18 : atcttcactcgccaAGGGTTTACAATCCGCTTTGTTTCTCTA------C-----------------------------AATTGGA-GCAGA--TCGTAAA-CTC--TTGG-CTA-GCGA--Agg
gi|19 : cAGGATTTATGATCCACTTCACCTCTCCG------CAA---------A-AAG-----------AGAAGCAAA-GTCGA--TTGAAAA-CCC--TTGtggctagcgaa
gi|2 : -AAG-----------AGAAGCGGA-GCGGGATTCGTAAA-CCC--TTGG-CTAACCAA--ATCCC----ACCC--CC-A-TTC-----ATA-----GACAATCCTA--CGCCTACCTT--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGATTTAT------TTTTC--A--A---AATT--------TA-TTAT------GGATG----------------TTATTGCAACGGAT------------------------TAACTTACATT---AGT--TCTTTTTA--CGGTAATAAATT---GGTTTATTT-G--CACATATCAGAA-------T-T------------C-TGATTT-------T----CTAGG--TAAGATTCTT----GG-CAAAGC-GGAAAGTTCGTAT-TGCCTCAATGTTACAAAACCCAA-----CAA-CTCACT-TGCATCA---------------------AA-AG--GGA-ATAATTTA-C-AACTTCT-AAAACATTTA-TATATT--GACTAAGCATTA-A-T-TG-T-CAT-ATCA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCG--ATATGGTT---T----AGAAAA--GTGA------GT------A-T---CTAAA-TA-A---CAG-AAAAGGT-T-GTTC-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-A----GGGC-GGAGAAAGG-A--------GAG-A-T-GGGGGGG-G-AGAAAA-GGAGAGG--AGAG--GCGGGAGAAAGG---AGAGAGGGGGC-G----------GAGAAGG-----G-GAG-A-------------AAGGGA-----------CCGCCC-CTTTTCCCCCCtggctggc
gi|20 : AG-----------AGAAGCGGA-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-TTA-tc
gi|3 : agAAGGTTTAC-ATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------GGAAG-----------A-AAGCGGA-GCGGA--TCGTAAAACCC--ATG--CTA-CCA-----CCC----CCCCAACCC--TTC-----A-A-----AACAATCCTA--CGCCT--CTG--CCTTGGTCCTATGTAAGAAA-GGATT-AT------TTTCC--A--A---AA-T--------TC-TTAT------GAT-G----------------TTATT-CAAAGGATGGTTACAATTTC------------T----TATTCGATTAAT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAG------G-T-GATTGGAG--GCTTGATTTA------T----TTTGTCATAAAT----T----GGCCAAAGC-AGTTCGTTTG---------------TTTAAAA----A-----T-A-CTCACT-TGCATCAGTTGCC-A-C---------AAAA-AA--TGAGATAA-TGA-CAA---TCTAAA-----CCC-TA-ATT--GACAAAGCA-TT-A-T--G-T-CAT-ATAT-TGAAAT----T----AC-A-CA-TTCGGTATATG--T---T----A-AAAA----GA------GT------AG----CT--------------------------TTA-A---GGG-A--GA----GGAA----ACA-A----GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-----AGGGCGG-G-AG-AA----AGAAA--CGAG--GC-GGAGAAA-G----GAGAAGGGGC-G----------GATAA-G-----GCGAGTA-------------AAAGGAC----------C--CCC-CTTTCCACCCC
gi|4 : taaccAAGGTTTACGATCCGCGCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCG-A-GCGGA--GCG-AAA-ACC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCAATTC-----A-A-----GACAGTCCTATACGCCT--CTG--TCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGG--------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTG-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAT--GC-TA--TTA------T----CT--------------T----GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--AGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TAT-TT--GAC-AAGCATTT-A-T-GT-G-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTC-G-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CT-A--TA-A---CAA-AA--CGT-T-GTTA-AGCT-GG-A--GA---TGGAA---GACA-A----GGGCGGAAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--AGAG--G-GGGAGAAA-A---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA---------GAG-A-------------AA-GGA-----------C--CCC-CTTTCCACCCCct
gi|5 : CA-TTC-----A-AA----GACAGTC---TACGCCT----G--CCTTG-TCCT--GTAAGAA--GGAT--ATATGATGTTATC--A--ACGGA--T--------GACTTAC-------ATAG----------------TTCTT-TATTCGAG------------------------T----TA-------AGT--G-----TAGTCGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCTAAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------TATGTCTAG---TAAA-----TCT--GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-CAA-CAAAAAAAAAAAAA-AA--AAA-ATAATTTA-C-A---TCT--A-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GGTT-CA--ATAA--CAAATA---T----ACTA-CA-TTCGG-ATAT-GTT---T----A-AAAA--GTGAGTACATGT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGTGTAGTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GAC
gi|5 : AA-GA----G-GAG-A-------------AAGGGAC----------C--CCC-CTTTCCACCCCcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagaggagaaagggacccccctttccaccccctc
gi|6 : cattcaaagacagtctacgcctgccttgtcctgtaagaaggatatatgatgttatcaacggatgacttacatagttctttattcgagttaagtgtagtcggtatatggtttattttgcaatatctaaagtatggaggctgatttatatgtctagtaaatctggcaaagcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaacaactcacttgcatcagttgcaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaataatttacatctaccatatattgacaagcatttatggttcaataacaaatatactacattcggatatgtttaaaaagtgagtacatgtaatctaataacagaaggtgtagttaagctgggagatggaagaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnta-----A-A-----GACAATCCTA--CGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------T---TAT------GAT-G----------------TTATT-CAACGGATGGCTACATAGTTCTTTATTTCGAGT----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCGGAA-------G-T-A--TGGAG--GT-TGATTTA------TTTGTCTAG---TAAAATC--T----GG-CAAAGC-AGTT-GTTTGTAT-AGCCTTAATGTAAAAAAA----AAAC--TAA-CTCATT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-T---GGA-ATAATTTAAC-A---TCT-AA-----CCAATATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATAGTT---T----A-AAAA---TGA------AT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GG--T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-Actc
gi|6 : G-A-------------AAAGGA-----------C--CCC-CTTTCCACCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaggaccccctttccaccccct
gi|7 : aagacaatcctacgcctctgccttggtcctgtaagaaggatattttccaaatttatgatgttattcaacggatggctacatagttctttatttcgagttaagtgtacggtatatggtttattttgcaatatcggaagtatggaggttgatttatttgtctagtaaaatctggcaaagcagttgtttgtatagccttaatgtaaaaaaaaaactaactcatttgcatcagttgcacaaaatggaataatttaacatctaaccaatatattgacaagcatttatggtcatataatcaaattacacattcggatatagtttaaaaatgaataatctaataacagaaggtgttaagctgggagatggaagacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TTC-----A-A------ACAAATGTATATATCT---TG------GGCCCT--GTAATAA----------------TTT-------A---A--T---------A-TCAA------GAT-G----------------TTATT-CGACGGAT------------------------ct
gi|7 : cc-------AGT--G-----TA--CGGTG-GG---T---GGTTTATTTTGTACA-GTATCAGAGACTGGGTG-C-A--TGGAG--GC-TTATTTA------TATGTCTAG---TAAACC---T----GG-TAATTC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----AATAAACCA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-CG--------AAAA-AA--GGA-ATGTTTTA-C-A---TAT-AA-----CCA-TATAGT--GAC-AAGCATTT-AAT-GG-T-CAC-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTG---T----A-AAAA--GAGA------GT------AAT---ATAA--CA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGGTTGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatagtgtacggtgggtggtttattttgtacagtatcagagactgggtgcatggaggcttatttatatgtctagtaaacctggtaattcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaaataaaccactcacttgcatcagttgcacgaaaaaaggaatgttttacatataaccatatagtgacaagcatttaatggtcacataatcaaattacacattcggatatggtgtaaaaagagagtaatataacaacagaaggttgttaaggttggagatggaagacaaggggcgggagaaaggaga
gi|8 : ccttcaaacaaatgtatatatcttgggccctgtaataatttaatatcaagatgttattcgacggatgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatAGGGTT-ACGATCCGCTCCGCTTCTCAA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGA--CG-A--TCGTAAA-CCT--T--G-CTA---AACTATCCC----CCCC--CCCG-CTCCTTCAA-A-----GACAATCCTA-ACGCCTACCTG--CCTTGGTCCT--ATAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GA-TG----------------TTATT-CAACGGATGGC---------------------T----TA-------CATCAG-----TT--CTCTC-TA---TTCGAGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAG------G-TAA--TGGAG--GC-TGATTTATTTG--T----CTAG---TAAA-----TCCTGGG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTATAAGCCTTAATGTTCAAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAG--G-C-A-C---------AAGA-AAATGGA-ATA
gi|9 : aggcaAGAA-------GGT-A--TGGAT--GC-TGATTTA------T----CT-------------------GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CT-A--TA-A---CAA-AA--CGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGAAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--AGAG--GCGGGAGAAATG---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-A-------------AAGGGAC----------C--CCC-CTTTCCACCCCgaaaatattaaca
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222 11111111111 1111 1111 11 2222222222222 1111 111 11 2222222222 222222222222222222 333333333333333333333333333 88888888888888888888888888888888888888 11111111 111 22222222222222 66666666666666666666666666666666 1111111111 222222222 1111 111111 1111 11111111 11111 111111 2222222222 2222222 2222222222222 66666666666
lowQualScore : 1 1 666666 000000000 4 99999999999 4 55 4 55 4 55 4444 4444 99 22 3333333333333 4444 333 66 66 00 1111111111 66 66 555555555555555555 888888888888888888888888888 4 99999999999999999999999999999999999999 44444444 66 5 888 333 66 5 66666666666666 66 4 88888888888888888888888888888888 4 4 1 4 0 8888888888 0 4 4 4 4 4 000000000 4 99 4 3 3 999 3 88888 3 77 6 3 3 3 3 3 9 3 9999 6666 444 3 3 555 0000 3 44 222222 999999 555 5 77 3 999 3 99 3 3 3 4 3 44 555 555 3 7777 4 66666666 77777 5 5 5 88 888 0 66 1 444444 2 1111111111 1111111 4 3 0000000000000 33333333333 55 4
lowQualScore : . . ...... ......... . ........... . .. . .. . .. .... .... .. .. ............. .... ... .. .. .. .......... .. .. .................. ........................... . ...................................... ........ .. . ... ... .. . .............. .. . ................................ . . . . . .......... . . . . . . ......... . .. . . . ... . ..... . .. . . . . . . . . .... .... ... . . ... .... . .. ...... ...... ... . .. . ... . .. . . . . . .. ... ... . .... . ........ ..... . . . .. ... . .. . ...... . .......... ....... . . ............. ........... .. .
lowQualScore : 7 7 444444 000000000 4 00000000000 0 55 0 55 4 22 1111 2222 22 11 7777777777777 8888 333 11 11 66 2222222222 11 11 222222222222222222 111111111111111111111111111 4 11111111111111111111111111111111111111 55555555 99 0 888 888 99 0 33333333333333 11 4 77777777777777777777777777777777 4 4 9 4 3 0000000000 9 0 0 0 0 0 000000000 0 55 0 3 3 222 3 33333 3 33 2 1 1 1 1 1 2 1 6666 5555 777 3 3 888 4444 3 66 999999 666666 888 4 99 3 222 3 22 3 3 3 6 3 66 888 888 6 5555 4 11111111 22222 0 0 0 22 222 9 99 4 000000 5 9999999999 1111111 4 6 0000000000000 00000000000 55 0
consensus : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGA-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCA-TTC-----A-A-----GACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------T----CTAG---TAAA-----T----GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--CGAG--GCGGGAGAAA-G---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-A-------------AAGGGA-----------C--CCC-CTTTCCACCCC
Reference ( family-2013 ) : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGA-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCA-TTC-----A-A-----GACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------T----CTAG---TAAA-----T----GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--CGAG--GCGGGAGAAA-G---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-A-------------AAGGGA-----------C--CCC-CTTTCCACCCC
gi|1 : ---------G-AAG-----------AGAAGCGAA-GCGGA--TCTTTAA-CCC--TTGGACCA-CCA-----CCA----ACAC--ACC--TTC-----A-AA----GACAACCCT-TACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTACGAA--GGAT--ATAT----TTTCCACA--A---A--TTATTATGATG-TTATTCAACGGATGGGCTTACATAGTATCTTTTATT-C---GGGT------------------------T----AA-------TGT--A-----TA--CGGTA-CA---TT--GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------GGT-A--TGGAGAGGC-TGATTTAATTTGTT----CTAG---TAAA-----TCT--GA-CAAAGCCAGTTCGTTTGTAA-AGCCTTAATGTTCAAAAA----A-----CTATCTCACTGTGCATCAGTTG-C-AGC---------AAAA-AAA-GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----C-A-TATATTATGAC-AA-CATTTCA-T-GG-T-TAT-ATAA-TCAAAT----A----AC---CA-TTCGA-ATATGGTT---TT---A-AAAA--GTGA------GT------TAT---CTTA--CATA---CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAGAG-CGGGGGCGGTG-AG-AAATGGAAAGG--CGGG--GGTGGCG-GA-G---AGGGGGAGGCCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-AGAGGGGGCGGGAGAAGGGAGAAAGGGAG--C--CCC-CTTTCCACCCC
gi|10 : t-C-A---TCT-AA-----CTA-TATATT--GAA-AAGCATTT-A-TAGG-T-CATGATAA-TCAAACATGGT----AC-AACAATTCGG-ATATGGTT---TTTTTA-AAAA--GTGA------GCCTAGTAAAT---CTAAATTA-AACATAGTAA--GAT-T-TTTATAG-TGGG-A--GA---TAGAATAAGACATAG---GGGCGGGAGAAAGG-AACCCGGGAGAG-G---GGAGCGG-GGAA-AAA-GGAGAGG--CGGGACGTGGGAGAAG-G---AGAGAGGGGGCGGGGAGAAAGGAGAGAA-GGGGCGG-GAG-A-------------AAGGGGAGGAACAGGACC--CCC-CTTTCCACCCCct
gi|11 : TATTC-GAC-AAGC-TTT-A-T-GG-TTCATGATAACTCAAAT----TTATTAT---CA-TTCGG-A-ATGGTTCATT----A-AAAACAGTGAA-----GT------AATGGGCTAA--TA-A----AG-AAAAGGT-T-GTAA-AGCTGGGGA--GAATACGGAA---GACA-AGACGGAGCGGGAGAAAGGGA--------GAG-GAT-GGAGCGG-G-AG-AA--GGAGAGGAATGAG--GCGGGAGAAA-GGAGAGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-------G-GAG-A-------------GAGGGct
gi|12 : tatTTA-C-AA--TCT-AA-----CTA-TATATT--GAA-AAGC-TTT-A-T-GG-T-CATTATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTC-G-ATATGTTT---T------AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-AC--CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-AAGGA---TAGAA---GACA-gtgcggcaagacagggggaccggctctttcctaccccct
gi|12 : tcta-A-------------AAGGGA-----------C--CCCCCTTTCCACCCCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaagggacccccctttccaccccctc
gi|13 : tctattacaatctaactatatattgaaaagctttatggtcattataatcaaattacacattcgatatgttttaaaagtgagtaatctaataaccagaagattgttaaggtgggaaggatagaagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaAGGGTTTACGATCCGCT-TGCTCATCTATAAAGGCAA---------G-AAG-----------AGAAGTGGAGGCGGA--TTGTGAA-CCCTTTTGG-CTA-CCAA--CTCGCAAATCCAG--CCCA-TTC-----GCACAGGCGACAATC---TACGCCT--CTGTCCCTTGG-GCT--GTAAGAAGCGAATA-AT------TTTCC--ATCAT--A--T--------TA-TTAT------GA-TG----------------TTATT-TAACGGAT------------------------ctc
gi|14 : gcttagccaGGAGAAAGG-A--------GAG-A-T-GGGGTGG-G-A--AAA-GGAGAGA--CG-G--GCGGGAGAAA-G----GAGAGAGGGCGG-----------AGAA-G-----G-GAG-A-------------GAAGGAGAAAAGGAC--C--CCC-CTTTCCACCCCgctta
gi|15 : taacggaaaatggctatgaaatggaataatccttgtTTTA-C-A---TCT-AA-----CTA-TATATT--GGA-AAGCATGT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAA-T----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-A--GA---TAGAA---GACA-t
gi|16 : TCTAAAA----G-----CAA-CTCACT-TGGATCAGTTG-C-A-C---------AAAAAAA--GGA-ATAATCCA-C-A---CCC-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATCT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-
gi|17 : gtctagtaaggAGGGTTTACAATCCATTCCACTTCTGTA------CAATGTTGCAGGG-AAGTGGAGTTGTAGAGAAGTGGA-GTGGA--TCGTAAA-TCC--TTTG-CTA-
gi|18 : atcttcactcgccaAGGGTTTACAATCCGCTTTGTTTCTCTA------C-----------------------------AATTGGA-GCAGA--TCGTAAA-CTC--TTGG-CTA-GCGA--Agg
gi|19 : cAGGATTTATGATCCACTTCACCTCTCCG------CAA---------A-AAG-----------AGAAGCAAA-GTCGA--TTGAAAA-CCC--TTGtggctagcgaa
gi|2 : -AAG-----------AGAAGCGGA-GCGGGATTCGTAAA-CCC--TTGG-CTAACCAA--ATCCC----ACCC--CC-A-TTC-----ATA-----GACAATCCTA--CGCCTACCTT--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGATTTAT------TTTTC--A--A---AATT--------TA-TTAT------GGATG----------------TTATTGCAACGGAT------------------------TAACTTACATT---AGT--TCTTTTTA--CGGTAATAAATT---GGTTTATTT-G--CACATATCAGAA-------T-T------------C-TGATTT-------T----CTAGG--TAAGATTCTT----GG-CAAAGC-GGAAAGTTCGTAT-TGCCTCAATGTTACAAAACCCAA-----CAA-CTCACT-TGCATCA---------------------AA-AG--GGA-ATAATTTA-C-AACTTCT-AAAACATTTA-TATATT--GACTAAGCATTA-A-T-TG-T-CAT-ATCA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCG--ATATGGTT---T----AGAAAA--GTGA------GT------A-T---CTAAA-TA-A---CAG-AAAAGGT-T-GTTC-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-A----GGGC-GGAGAAAGG-A--------GAG-A-T-GGGGGGG-G-AGAAAA-GGAGAGG--AGAG--GCGGGAGAAAGG---AGAGAGGGGGC-G----------GAGAAGG-----G-GAG-A-------------AAGGGA-----------CCGCCC-CTTTTCCCCCCtggctggc
gi|20 : AG-----------AGAAGCGGA-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-TTA-tc
gi|3 : agAAGGTTTAC-ATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------GGAAG-----------A-AAGCGGA-GCGGA--TCGTAAAACCC--ATG--CTA-CCA-----CCC----CCCCAACCC--TTC-----A-A-----AACAATCCTA--CGCCT--CTG--CCTTGGTCCTATGTAAGAAA-GGATT-AT------TTTCC--A--A---AA-T--------TC-TTAT------GAT-G----------------TTATT-CAAAGGATGGTTACAATTTC------------T----TATTCGATTAAT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAG------G-T-GATTGGAG--GCTTGATTTA------T----TTTGTCATAAAT----T----GGCCAAAGC-AGTTCGTTTG---------------TTTAAAA----A-----T-A-CTCACT-TGCATCAGTTGCC-A-C---------AAAA-AA--TGAGATAA-TGA-CAA---TCTAAA-----CCC-TA-ATT--GACAAAGCA-TT-A-T--G-T-CAT-ATAT-TGAAAT----T----AC-A-CA-TTCGGTATATG--T---T----A-AAAA----GA------GT------AG----CT--------------------------TTA-A---GGG-A--GA----GGAA----ACA-A----GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-----AGGGCGG-G-AG-AA----AGAAA--CGAG--GC-GGAGAAA-G----GAGAAGGGGC-G----------GATAA-G-----GCGAGTA-------------AAAGGAC----------C--CCC-CTTTCCACCCC
gi|4 : taaccAAGGTTTACGATCCGCGCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCG-A-GCGGA--GCG-AAA-ACC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCAATTC-----A-A-----GACAGTCCTATACGCCT--CTG--TCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGG--------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTG-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAT--GC-TA--TTA------T----CT--------------T----GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--AGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TAT-TT--GAC-AAGCATTT-A-T-GT-G-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTC-G-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CT-A--TA-A---CAA-AA--CGT-T-GTTA-AGCT-GG-A--GA---TGGAA---GACA-A----GGGCGGAAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--AGAG--G-GGGAGAAA-A---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA---------GAG-A-------------AA-GGA-----------C--CCC-CTTTCCACCCCct
gi|5 : CA-TTC-----A-AA----GACAGTC---TACGCCT----G--CCTTG-TCCT--GTAAGAA--GGAT--ATATGATGTTATC--A--ACGGA--T--------GACTTAC-------ATAG----------------TTCTT-TATTCGAG------------------------T----TA-------AGT--G-----TAGTCGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCTAAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------TATGTCTAG---TAAA-----TCT--GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-CAA-CAAAAAAAAAAAAA-AA--AAA-ATAATTTA-C-A---TCT--A-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GGTT-CA--ATAA--CAAATA---T----ACTA-CA-TTCGG-ATAT-GTT---T----A-AAAA--GTGAGTACATGT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGTGTAGTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GAC
gi|5 : AA-GA----G-GAG-A-------------AAGGGAC----------C--CCC-CTTTCCACCCCcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagaggagaaagggacccccctttccaccccctc
gi|6 : cattcaaagacagtctacgcctgccttgtcctgtaagaaggatatatgatgttatcaacggatgacttacatagttctttattcgagttaagtgtagtcggtatatggtttattttgcaatatctaaagtatggaggctgatttatatgtctagtaaatctggcaaagcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaacaactcacttgcatcagttgcaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaataatttacatctaccatatattgacaagcatttatggttcaataacaaatatactacattcggatatgtttaaaaagtgagtacatgtaatctaataacagaaggtgtagttaagctgggagatggaagaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnta-----A-A-----GACAATCCTA--CGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------T---TAT------GAT-G----------------TTATT-CAACGGATGGCTACATAGTTCTTTATTTCGAGT----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCGGAA-------G-T-A--TGGAG--GT-TGATTTA------TTTGTCTAG---TAAAATC--T----GG-CAAAGC-AGTT-GTTTGTAT-AGCCTTAATGTAAAAAAA----AAAC--TAA-CTCATT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-T---GGA-ATAATTTAAC-A---TCT-AA-----CCAATATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATAGTT---T----A-AAAA---TGA------AT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GG--T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-Actc
gi|6 : G-A-------------AAAGGA-----------C--CCC-CTTTCCACCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaggaccccctttccaccccct
gi|7 : aagacaatcctacgcctctgccttggtcctgtaagaaggatattttccaaatttatgatgttattcaacggatggctacatagttctttatttcgagttaagtgtacggtatatggtttattttgcaatatcggaagtatggaggttgatttatttgtctagtaaaatctggcaaagcagttgtttgtatagccttaatgtaaaaaaaaaactaactcatttgcatcagttgcacaaaatggaataatttaacatctaaccaatatattgacaagcatttatggtcatataatcaaattacacattcggatatagtttaaaaatgaataatctaataacagaaggtgttaagctgggagatggaagacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TTC-----A-A------ACAAATGTATATATCT---TG------GGCCCT--GTAATAA----------------TTT-------A---A--T---------A-TCAA------GAT-G----------------TTATT-CGACGGAT------------------------ct
gi|7 : cc-------AGT--G-----TA--CGGTG-GG---T---GGTTTATTTTGTACA-GTATCAGAGACTGGGTG-C-A--TGGAG--GC-TTATTTA------TATGTCTAG---TAAACC---T----GG-TAATTC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----AATAAACCA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-CG--------AAAA-AA--GGA-ATGTTTTA-C-A---TAT-AA-----CCA-TATAGT--GAC-AAGCATTT-AAT-GG-T-CAC-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTG---T----A-AAAA--GAGA------GT------AAT---ATAA--CA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGGTTGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatagtgtacggtgggtggtttattttgtacagtatcagagactgggtgcatggaggcttatttatatgtctagtaaacctggtaattcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaaataaaccactcacttgcatcagttgcacgaaaaaaggaatgttttacatataaccatatagtgacaagcatttaatggtcacataatcaaattacacattcggatatggtgtaaaaagagagtaatataacaacagaaggttgttaaggttggagatggaagacaaggggcgggagaaaggaga
gi|8 : ccttcaaacaaatgtatatatcttgggccctgtaataatttaatatcaagatgttattcgacggatgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatAGGGTT-ACGATCCGCTCCGCTTCTCAA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGA--CG-A--TCGTAAA-CCT--T--G-CTA---AACTATCCC----CCCC--CCCG-CTCCTTCAA-A-----GACAATCCTA-ACGCCTACCTG--CCTTGGTCCT--ATAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GA-TG----------------TTATT-CAACGGATGGC---------------------T----TA-------CATCAG-----TT--CTCTC-TA---TTCGAGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAG------G-TAA--TGGAG--GC-TGATTTATTTG--T----CTAG---TAAA-----TCCTGGG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTATAAGCCTTAATGTTCAAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAG--G-C-A-C---------AAGA-AAATGGA-ATA
gi|9 : aggcaAGAA-------GGT-A--TGGAT--GC-TGATTTA------T----CT-------------------GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CT-A--TA-A---CAA-AA--CGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGAAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--AGAG--GCGGGAGAAATG---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-A-------------AAGGGAC----------C--CCC-CTTTCCACCCCgaaaatattaaca
blockSeqs : A C . TGTTGCAGG G TGGAGTTGTAG G AT A TT . AC ACTA AAAT AA AA GCACAGGC CTAT ACC TC AT GC ATATGATG . TC CGGATGAC GGATG G GGCTACATAGTTCTTTATTTCGAGTTA TCTTTT GT A AAT TCG TA C ACTGGGTGCA . T TTTGTCTAGTAAATCCTG C . A A AATAAA . . C A . AAAAAAAAA A AT G A A ACT A AACAT A C T . A A T T G C ATGG TATT AA A T CAT TTTT G CA GTACAT CTAGTA GGG A AT . ACA T AA G A T C G AG ATA TAA T GACG G ACCCGGGA GAT . G A A AAT AC T GGAGA G GGAGAAAGGA GGGGCG C T . AGGAACAGGAC CG C
blockSeqs : A T . . . . . . . . . C AC . . A CTTCAAA GTAT ACC . . A TTAT . . AATTTA GATTG . GGTTACAATTTCTTATTCGATT CAG . . . . . . GGTGAT . . TTTGTCTAGTAAAATCT . . C . CCCAA . . . . . G . . . . . A . . . . A . . . . . G . A . TA . . . . . . A . . A A . C . AA . . . G . . . . . G . . AT . . . A C . C GGA G . GG . . . GAAAAGGAC . .
blockSeqs : G T . . . . . . . . . G AA . . A ATA CTA C . . . AAT . . TATTA GATG . TAACTTACATT G . . . . . . GGTAA . . TCTAGGTAAGATTCTT . . T . AAAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . G . . AT . . . A C . C TGA G . GA . . . C . .
blockSeqs : G C . . . . . . . . . C AA . . A AAA CTA C . . . TAT . . AATTC GATG . GGCTTA G . . . . . . GGTA . . TATGTCTAGTAAATCT . . C . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . G . . GT . . . A A . C GA G . G . . . C . .
blockSeqs : G C . . . . . . . . . C AA . . G AA CTA C . . . AT . . ATTA ATAG . TTA G . . . . . . GTA . . TATGTCTAGTAAACCT . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . . . . GT . . . A C . C AA G . G . . . C . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . AA CTA C . . . AT . . ATTA GATG . TTA G . . . . . . GTA . . TTTTGTCATAAATT . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . . . . G . . . . A . C G . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AA T . . . . AT . . ATT GATG . G . . . . . . GTA . . TCTT . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AA T . . . . . . . ATA GATG . TT . . TCT . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ****** AA** A* AA*********** AT******** ** ATTA************** GATG*********************** *** GGTA********** ** TTTGTCTAGTAAATCT**************** ** ** A** **** G*** GT*** A* GA**** ************* C**********
originalCons : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGA-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCA-TTC-----A-A-----GACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGAT--AT------TTTCC--A--A---A--T--------TA-TTAT------GATTG----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA-------G-T-A--TGGAG--GC-TGATTTA------T----CTAG---TAAA-----T----GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--CGAG--GCGGGAGAAA-G---AGAGAGGGGGCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-A-------------AAGGGA-----------C--CCC-CTTTCCACCCC
finalCons : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGA-GCGGA--TCGTAAA-CCC--TTGG-CTA-CCAAA--TCCC----CCCC--CCCA-TTCAA-----------GACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA--GGATAT--------TTTCC--A--AATTA--------------TTATGATG-----------------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAAGGTA----------TGGAG--GC-TGATTTATTTGTCTAGTAAATCT----------------GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----ACA--CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAGGT---GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--CGAG--GCGGGAGAAAGA----GAGAGGGGGCGG----------GAGAA-G-----G-GAG-A-------------AAGGGAC----------C--CCC-CTTTCCACCCC
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222 11111111111 1111 1111 11 222222222222222 1111 111 22222222222 2222222222222222222222 111111 33333333333333333 88888888888888888888888888888888888888 11111111 111 111111111111 111 11 11 1111111111 222222222 1111 111111 1111 11111111 11111 111111 3333333333 2222222 444444444444444444444
lowQualScore : 1 666666 000000000 4 99999999999 4 55 4 55 4 55 4444 4444 99 22 111111111111111 4444 333 66 66 4 66 11111111111 0000000000000000000000 222222 4 8 11111111111111111 4 99999999999999999999999999999999999999 44444444 66 5 888 333 66 5 666666666666 66 4 000 4 1 4 00 00 4 4 1 4 0 8888888888 0 4 4 4 4 4 000000000 4 99 4 3 3 999 3 88888 3 77 6 3 3 3 3 3 9 3 9999 6666 444 3 3 555 0000 3 44 222222 999999 555 5 77 3 999 3 99 3 3 3 4 3 44 555 555 3 7777 4 66666666 77777 5 5 5 88 888 0 66 1 444444 2 6666666666 4 2222222 4 3 666666666666666666666 4
lowQualScore : . ...... ......... . ........... . .. . .. . .. .... .... .. .. ............... .... ... .. .. . .. ........... ...................... ...... . . ................. . ...................................... ........ .. . ... ... .. . ............ .. . ... . . . .. .. . . . . . .......... . . . . . . ......... . .. . . . ... . ..... . .. . . . . . . . . .... .... ... . . ... .... . .. ...... ...... ... . .. . ... . .. . . . . . .. ... ... . .... . ........ ..... . . . .. ... . .. . ...... . .......... . ....... . . ..................... .
lowQualScore : 7 444444 000000000 4 00000000000 0 55 0 55 4 22 1111 2222 22 11 000000000000000 8888 333 11 11 4 11 22222222222 4444444444444444444444 888888 4 9 11111111111111111 4 11111111111111111111111111111111111111 55555555 99 0 888 888 99 0 444444444444 11 4 111 4 8 4 66 66 4 4 9 4 3 0000000000 9 0 0 0 0 0 000000000 0 55 0 3 3 222 3 33333 3 33 2 1 1 1 1 1 2 1 6666 5555 777 3 3 888 4444 3 66 999999 666666 888 4 99 3 222 3 22 3 3 3 6 3 66 888 888 6 5555 4 11111111 22222 0 0 0 22 222 9 99 4 000000 5 2222222222 4 9999999 4 6 888888888888888888888 0
consensus : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGAG-CGGA--TCGTAAA-CCCTT--GG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCA-TTC-----A---A-G---ACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA-G--GAT--A-T------TTTCCA--A---A--TTA-T--------TAT------G-AT-G-----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA----GGT--A--TGGAG--GC-TGATTTA-TTTGT-CTAG-TAAA--TCT--GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--CGAG--GCGGGAGAAA-G---AGAGAGGGGGCGG----------GAGA-A-G-----G-GAG-AAAG---------------------GGACC-CCCCTTTCCACCCC
Reference ( family-2013 ) : AGGGTTTACGATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGAG-CGGA--TCGTAAA-CCCTT--GG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCA-TTC-----A---A-G---ACAATCCTATACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA-G--GAT--A-T------TTTCCA--A---A--TTA-T--------TAT------G-AT-G-----------------TTATT-CAACGGAT------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA----GGT--A--TGGAG--GC-TGATTTA-TTTGT-CTAG-TAAA--TCT--GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--CGAG--GCGGGAGAAA-G---AGAGAGGGGGCGG----------GAGA-A-G-----G-GAG-AAAG---------------------GGACC-CCCCTTTCCACCCC
gi|1 : ---------G-AAG-----------AGAAGCGAAG-CGGA--TCTTTAA-CCCTT--GGACCA-CCA-----CCA----ACAC--ACC--TTC-----A---AAG---ACAACCCT-TACGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTACGAA-G--GAT--A-TAT----TTTCCACAA---A--TTA-TTATGATGTTATTCAACGG-AT-GGGCTTACATAGTATCTTTTATT-C---GGGT------------------------T----AA-------TGT--A-----TA--CGGTA-CA---TT--GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA----GGT--A--TGGAGAGGC-TGATTTAATTTGTTCTAG-TAAA--TCT--GA-CAAAGCCAGTTCGTTTGTAA-AGCCTTAATGTTCAAAAA----A-----CTATCTCACTGTGCATCAGTTG-C-AGC---------AAAA-AAA-GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----C-A-TATATTATGAC-AA-CATTTCA-T-GG-T-TAT-ATAA-TCAAAT----A----AC---CA-TTCGA-ATATGGTT---TT---A-AAAA--GTGA------GT------TAT---CTTA--CATA---CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAGAG-CGGGGGCGGTG-AG-AAATGGAAAGG--CGGG--GGTGGCG-GA-G---AGGGGGAGGCCGG----------GAGA-A-G-----G-GAG-AGAGGGGGCGGGAGAAGGGAGAAAGGGAGC-CCCCTTTCCACCCC
gi|10 : t-C-A---TCT-AA-----CTA-TATATT--GAA-AAGCATTT-A-TAGG-T-CATGATAA-TCAAACATGGT----AC-AACAATTCGG-ATATGGTT---TTTTTA-AAAA--GTGA------GCCTAGTAAAT---CTAAATTA-AACATAGTAA--GAT-T-TTTATAG-TGGG-A--GA---TAGAATAAGACATAG---GGGCGGGAGAAAGG-AACCCGGGAGAG-G---GGAGCGG-GGAA-AAA-GGAGAGG--CGGGACGTGGGAGAAG-G---AGAGAGGGGGCGGGGAGAAAGGAGAGA-A-GGGGCGG-GAG-AAAGGGGAGGAACA-----------GGACC-CCCCTTTCCACCCCct
gi|11 : TATTC-GAC-AAGC-TTT-A-T-GG-TTCATGATAACTCAAAT----TTATTAT---CA-TTCGG-A-ATGGTTCATT----A-AAAACAGTGAA-----GT------AATGGGCTAA--TA-A----AG-AAAAGGT-T-GTAA-AGCTGGGGA--GAATACGGAA---GACA-AGACGGAGCGGGAGAAAGGGA--------GAG-GAT-GGAGCGG-G-AG-AA--GGAGAGGAATGAG--GCGGGAGAAA-GGAGAGAGAGGGGGCGG----------GAGA-A-------G-GAG-AGAG---------------------GGct
gi|12 : tatTTA-C-AA--TCT-AA-----CTA-TATATT--GAA-AAGC-TTT-A-T-GG-T-CATTATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTC-G-ATATGTTT---T------AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-AC--CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-AAGGA---TAGAA---GACA-gtgcggcaagacagggggaccggctctttcctaccccct
gi|12 : tcta-AAAG---------------------GGACC-CCCCTTTCCACCCCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaagggacccccctttccaccccctc
gi|13 : tctattacaatctaactatatattgaaaagctttatggtcattataatcaaattacacattcgatatgttttaaaagtgagtaatctaataaccagaagattgttaaggtgggaaggatagaagacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaAGGGTTTACGATCCGCTT-GCTCATCTATAAAGGCAA---------G-AAG-----------AGAAGTGGAGGCGGA--TTGTGAA-CCCTTTTGG-CTA-CCAA--CTCGCAAATCCAG--CCCA-TTC-----GCACA-GGCGACAATC---TACGCCT--CTGTCCCTTGGGC-T--GTAAGAA-GCGAAT--AAT------TTTCCATCAT--A--TTA-T--------TAT------G-AT-G-----------------TTATT-TAACGGAT------------------------ctc
gi|14 : gcttagccaGGAGAAAGG-A--------GAG-A-T-GGGGTGG-G-A--AAA-GGAGAGA--CG-G--GCGGGAGAAA-G----GAGAGAGGGCGGAGAAGG----GAGAGA-A-----G-GAG-AAAA---------------------GGACC-CCCCTTTCCACCCCgctta
gi|15 : taacggaaaatggctatgaaatggaataatccttgtTTTA-C-A---TCT-AA-----CTA-TATATT--GGA-AAGCATGT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAA-T----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GAT-T-GTTA-AGGTGGG-A--GA---TAGAA---GACA-t
gi|16 : TCTAAAA----G-----CAA-CTCACT-TGGATCAGTTG-C-A-C---------AAAAAAA--GGA-ATAATCCA-C-A---CCC-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATCT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-
gi|17 : gtctagtaaggAGGGTTTACAATCCATTCCACTTCTGTA------CAATGTTGCAGGG-AAGTGGAGTTGTAGAGAAGTGGAG-TGGA--TCGTAAA-TCCTT--TG-CTA-
gi|18 : atcttcactcgccaAGGGTTTACAATCCGCTTTGTTTCTCTA------C-----------------------------AATTGGAG-CAGA--TCGTAAA-CTCTT--GG-CTA-GCGA--Agg
gi|19 : cAGGATTTATGATCCACTTCACCTCTCCG------CAA---------A-AAG-----------AGAAGCAAAG-TCGA--TTGAAAA-CCCTT--Gtggctagcgaa
gi|2 : -AAG-----------AGAAGCGGAG-CGGGATTCGTAAA-CCCTT--GG-CTAACCAA--ATCCC----ACCC--CC-A-TTC-----AT--A-G---ACAATCCTA--CGCCTACCTT--CCTTGGTCCT--GTAAGAA-G--GATTTA-T------TTTTCA--A---AATTTA-T--------TAT------GGAT-G-----------------TTATTGCAACGGAT------------------------TAACTTACATT---AGT--TCTTTTTA--CGGTAATAAATT---GGTTTATTT-G--CACATATCAGAA------T-----T-------C-TGATTT------T-CTAGGTAAGATTCTT-GG-CAAAGC-GGAAAGTTCGTAT-TGCCTCAATGTTACAAAACCCAA-----CAA-CTCACT-TGCATCA---------------------AA-AG--GGA-ATAATTTA-C-AACTTCT-AAAACATTTA-TATATT--GACTAAGCATTA-A-T-TG-T-CAT-ATCA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCG--ATATGGTT---T----AGAAAA--GTGA------GT------A-T---CTAAA-TA-A---CAG-AAAAGGT-T-GTTC-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-A----GGGC-GGAGAAAGG-A--------GAG-A-T-GGGGGGG-G-AGAAAA-GGAGAGG--AGAG--GCGGGAGAAAGG---AGAGAGGGGGC-G----------GAGA-AGG-----G-GAG-AAAG---------------------GGACCGCCCCTTTTCCCCCCtggctggc
gi|20 : AG-----------AGAAGCGGAG-CGGA--TCGTAAA-CCCTT--GG-TTA-tc
gi|3 : agAAGGTTTAC-ATCCGCTCCGCTTCTCTA------CAA---------GGAAG-----------A-AAGCGGAG-CGGA--TCGTAAAACCCAT--G--CTA-CCA-----CCC----CCCCAACCC--TTC-----A---A-A---ACAATCCTA--CGCCT--CTG--CCTTGGTCCTATGTAAGAAAG--GATT-A-T------TTTCCA--A---AA-TTC-T--------TAT------G-AT-G-----------------TTATT-CAAAGGATGGTTACAATTTC------------T----TATTCGATTAAT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA----GGT--GATTGGAG--GCTTGATTTATTTTGT-C--A-TAAA--T-T--GGCCAAAGC-AGTTCGTTTG---------------TTTAAAA----A-----T-A-CTCACT-TGCATCAGTTGCC-A-C---------AAAA-AA--TGAGATAA-TGA-CAA---TCTAAA-----CCC-TA-ATT--GACAAAGCA-TT-A-T--G-T-CAT-ATAT-TGAAAT----T----AC-A-CA-TTCGGTATATG--T---T----A-AAAA----GA------GT------AG----CT--------------------------TTA-A---GGG-A--GA----GGAA----ACA-A----GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAG-----AGGGCGG-G-AG-AA----AGAAA--CGAG--GC-GGAGAAA-G----GAGAAGGGGC-G----------GATA-A-G-----GCGAGTAAAA---------------------GGACC-CCCCTTTCCACCCC
gi|4 : taaccAAGGTTTACGATCCGCGCCGCTTCTCTA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCG-AG-CGGA--GCG-AAA-ACCTT--GG-CTA-CCAA--ATCCC----CCCC--CCCAATTC-----A---A-G---ACAGTCCTATACGCCT--CTG--TCTTGGTCCT--GTAAGAA-G--GAT--A-T------TTTCCA--A---A--TTA-T--------TAT------G-ATTG-----------------TTATT-CAACGG--------------------------T----TA-------AGT--G-----TA--CGGTG-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA----G-T--A--TGGAT--GC-TA-------TTAT-CT-----------T--GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--AGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TAT-TT--GAC-AAGCATTT-A-T-GT-G-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTC-G-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CT-A--TA-A---CAA-AA--CGT-T-GTTA-AGCT-GG-A--GA---TGGAA---GACA-A----GGGCGGAAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--AGAG--G-GGGAGAAA-A---AGAGAGGGGGCGG----------GAGA-A---------GAG-AAAG---------------------GA--C-CCCCTTTCCACCCCct
gi|5 : CA-TTC-----A---AAG---ACAGTC---TACGCCT----G--CCTTG-TCCT--GTAAGAA-G--GAT--A-TATGATGTTATCA--ACGGA--TGACT--------TAC--------ATAG-----------------TTCTT-TATTCGAG------------------------T----TA-------AGT--G-----TAGTCGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATC-TAA----AGT--A--TGGAG--GC-TGATTTA-TATGT-CTAG-TAAA--TCT--GG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-CAA-CAAAAAAAAAAAAA-AA--AAA-ATAATTTA-C-A---TCT--A-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GGTT-CA--ATAA--CAAATA---T----ACTA-CA-TTCGG-ATAT-GTT---T----A-AAAA--GTGAGTACATGT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GGTGTAGTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GAC
gi|5 : A-A-GA----G-GAG-AAAG---------------------GGACC-CCCCTTTCCACCCCcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagaggagaaagggacccccctttccaccccctc
gi|6 : cattcaaagacagtctacgcctgccttgtcctgtaagaaggatatatgatgttatcaacggatgacttacatagttctttattcgagttaagtgtagtcggtatatggtttattttgcaatatctaaagtatggaggctgatttatatgtctagtaaatctggcaaagcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaacaactcacttgcatcagttgcaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaataatttacatctaccatatattgacaagcatttatggttcaataacaaatatactacattcggatatgtttaaaaagtgagtacatgtaatctaataacagaaggtgtagttaagctgggagatggaagaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnta-----A---A-G---ACAATCCTA--CGCCT--CTG--CCTTGGTCCT--GTAAGAA-G--GAT--A-T------TTTCCA--A---A--TT-----------TAT------G-AT-G-----------------TTATT-CAACGGATGGCTACATAGTTCTTTATTTCGAGT----TA-------AGT--G-----TA--CGGTA-TA---T---GGTTTATTTTG--CA-ATATCGGAA----G-T--A--TGGAG--GT-TGATTTA-TTTGT-CTAG-TAAAA-TCT--GG-CAAAGC-AGTT-GTTTGTAT-AGCCTTAATGTAAAAAAA----AAAC--TAA-CTCATT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-T---GGA-ATAATTTAAC-A---TCT-AA-----CCAATATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATAGTT---T----A-AAAA---TGA------AT------AAT---CTAA--TA-A---CAG-AA--GG--T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-Actc
gi|6 : G-AAAA---------------------GGACC-CC-CTTTCCACCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaggaccccctttccaccccct
gi|7 : aagacaatcctacgcctctgccttggtcctgtaagaaggatattttccaaatttatgatgttattcaacggatggctacatagttctttatttcgagttaagtgtacggtatatggtttattttgcaatatcggaagtatggaggttgatttatttgtctagtaaaatctggcaaagcagttgtttgtatagccttaatgtaaaaaaaaaactaactcatttgcatcagttgcacaaaatggaataatttaacatctaaccaatatattgacaagcatttatggtcatataatcaaattacacattcggatatagtttaaaaatgaataatctaataacagaaggtgttaagctgggagatggaagacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TTC-----A---A-----ACAAATGTATATATCT---TG------GGCCCT--GTAATAA------------------TTT-----A---A--T-A-T--------CAA------G-AT-G-----------------TTATT-CGACGGAT------------------------ct
gi|7 : cc-------AGT--G-----TA--CGGTG-GG---T---GGTTTATTTTGTACA-GTATCAGAGACTGGGTGCA--TGGAG--GC-TTATTTA-TATGT-CTAG-TAAA--CCT--GG-TAATTC-AGTTCGTTTGTAT-AGCCTTAATGTTCTAAAA----AATAAACCA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-CG--------AAAA-AA--GGA-ATGTTTTA-C-A---TAT-AA-----CCA-TATAGT--GAC-AAGCATTT-AAT-GG-T-CAC-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTG---T----A-AAAA--GAGA------GT------AAT---ATAA--CA-A---CAG-AA--GGT-T-GTTA-AGGTTGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGGAGAAAGG-A--------GAgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatagtgtacggtgggtggtttattttgtacagtatcagagactgggtgcatggaggcttatttatatgtctagtaaacctggtaattcagttcgtttgtatagccttaatgttctaaaaaataaaccactcacttgcatcagttgcacgaaaaaaggaatgttttacatataaccatatagtgacaagcatttaatggtcacataatcaaattacacattcggatatggtgtaaaaagagagtaatataacaacagaaggttgttaaggttggagatggaagacaaggggcgggagaaaggaga
gi|8 : ccttcaaacaaatgtatatatcttgggccctgtaataatttaatatcaagatgttattcgacggatgacttatacatagctctttgtgttaagtgtacgttttacaatttcatAGGGTT-ACGATCCGCTCCGCTTCTCAA------CAA---------G-AAG-----------AGAAGCGGA--CG-A--TCGTAAA-CCTT----G-CTA---AACTATCCC----CCCC--CCCG-CTCCTTCAA---A-G---ACAATCCTA-ACGCCTACCTG--CCTTGGTCCT--ATAAGAA-G--GAT--A-T------TTTCCA--A---A--TTA-T--------TAT------G-AT-G-----------------TTATT-CAACGGATGGC---------------------T----TA-------CATCAG-----TT--CTCTC-TA---TTCGAGTTTATTTTG--CA-ATATCAGAA----GGTA-A--TGGAG--GC-TGATTTA-TTTGT-CTAG-TAAA--TCCTGGG-CAAAGC-AGTTCGTTTGTATAAGCCTTAATGTTCAAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAG--G-C-A-C---------AAGA-AAATGGA-ATA
gi|9 : aggcaAGAA----GGT--A--TGGAT--GC-TGATTTA-T-----------------CT--GG-CAAAGC-AGTTTGTTTGTAT-ATCCTTAATGCTCTAAAA----A-----CAA-CTCACT-TGCATCAGTTG-C-A-C---------AAAA-AA--GGA-ATAATTTA-C-A---TCT-AA-----CCA-TATATT--GAC-AAGCATTT-A-T-GG-T-CAT-ATAA-TCAAAT----T----AC-A-CA-TTCGG-ATATGGTT---T----A-AAAA--GTGA------GT------AAT---CT-A--TA-A---CAA-AA--CGT-T-GTTA-AGCTGGG-A--GA---TGGAA---GACA-AG---GGGCGGAAGAAAGG-A--------GAG-G-T-GGGGCGG-G-AG-AAA-GGAGAGG--AGAG--GCGGGAGAAATG---AGAGAGGGGGCGG----------GAGA-A-G-----G-GAG-AAAG---------------------GGACC-CCCCTTTCCACCCCgaaaatattaaca