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Reference ( gi|11 )           :                                                                                                      CAGGAGTCT---GAAG------T---T-T------TT--------AT---------C-----------A---------ATA----------A---T---------A------------------------AAA------T-----------------G---A---------TA-----------CAC------------C-AC-C-----TA-C-T-----A---AAAA--------G--------------TGTTTT-TTT-----T----------------------A-----G-T-A----GGTG------------GTGT--A---T-----T--A-----TT----T-----------T-T-------TT----------ATTT--A-------GC-TC--TA-----TT-ATT--------G----AAAA------A-----AAA---CT--TCAGACTCCTGT
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gi|18                         :                                                                                                      CAGGAGTCT---GAAGTT----T---T-T------TT--------TT---------C-----------A---------ATA----------A---T---------A------------------------GAtg
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gi|9                          :                                                                                                          AGTCT---GAAG------T---T-T------TT---------T---------C-----------A---------ATA----------A---T---------AGAGCTAAATAAAAAAAAAAAAAATAAA------T-----------------A---A---------TA-----------CAC------------C-AC-C-----TAAC-T-----A---AA---------------------------TTTT-TTA-----T----------------------A-----G-T-------GTT------------ATTC--A---T-----T--A-----TT----T-----------TTT-------TT----------ATTT--A-------GC-TC--TA-----T-------------------GAA------A-----AAA---CT--TCAGACTCCTggttgtattgtcactgtagggcaatatattattcttgtattcgtatcgggatacatacttaatgagcccatccgatcaatactgtagtttacactata
gi|2                          :                                                                                                         gcGTCT---GAAG------T---TAT------TTCAGAA---AT---------C-----------ATAATG----ATA----------A---A---------A------------------------AAA------T-----------------G---A---------TA-----------CAC------------C-CC-T-----TT-T-T-----C---AAAA--------A--------------T
gi|4                          : agtctgaagttatttcaaaaatagagccgctgctcaaataaaaaaaaaaaaaaaaataatgaatcccctactataggggcatatttttttttttttttttttttatttgaaccctAG------C---T-T------TA--------AT---------T-----------A---------AAA----------A---A---------A------------------------AAA------A-----------------C---A---------TA-----------CAC------------C-AC-C-----TC-C-T-----A---AAAA--------A--------------AAACAT-TTT-----T----------------------A-----G-T-G----AGTG------------GTGT--A---T-----TTAA-----TT----T-----------T-T-------GT----------ACTTA-A-------GC-TA--TA-----TT-ATT--------G----AAAA------A-----AAA---CT--TCAGACTCC
gi|10                         :                                                                                                                       caggagtctgaagtttattttttcttcaataaattaatac-----------A---------ATA----------A---T---------A------------------------A--------T-----------------A---A---------TA-----------CAC------------C-AC-C-----TA-C-T-----A---AAAA--------A--------------TGTTTT-TTA----------------------------A-----G-T-A----GGTG------------ATGT--A---T-----T--A-----TT----T-----------T-A-------TA----------ATTT--A-------GC-TC--TA-----TT-ACT--------GAAAAAAAA------A-----AAA---CT--TCAGACTCCTG
gi|7                          :                                                                                                                                   agtctgatagagctaaataataaaaaaa-----------A---------ATA----------A---A---------A------------------------AAA------A-----------------A---A---------TA-----------CAT------------T-AC-C-----TA-C-T-----------------------------------------T-TTT-----T----------------------A-----G-T-A----GGTG------------GTGT--A---T-----T--ATCATTTT----T-----------T-T-------TT----------ATTTA-A-------GC-TA--TA-----TC-ATT--------G------AA------A-----AAA---CT--TCAGACTCCT
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Reference ( family-1994 )     :                                                                                                                  CAGGAGTCTGAAGT--T-TTT-T--CA---------AT----------------AA-T------------A--------------A-------------AA--------T-----------------AA-T---AC----A-----CCAC-C----TA----C--TA--AAAAA----------------TGTTTTTTT----------------------T-AGT-AGGTGGTGTA---T-----TATT----T-----------T-TTT----------ATTT--A-------GCTC--TA-----TTATT--------G----AAAA------A-----AAA---CT--TCAGACTCCTGT
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Reference ( family-1994 )     :                                                                                                                  CAGGAGTCTGAAGT--T-TTT-T--CA---------AT----------------AA-T------------A--------------A-------------AA--------T-----------------AA-T---AC----A-----CCAC-C----TA----C--TA--AAAAA----------------TGTTTTTTT----------------------T-AGT-AGGTGGTGTA---T-----TATT----T-----------T-TTT----------ATTT--A-------GCTC--TA-----TTATT--------G----AAAA------A-----AAA---CT--TCAGACTCCTGT
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blockSeqs                     :                                                                                                                                .  .   . .   ATGATATAGCTTAAATAAAAAAAAATGAT                                                                         . .    .    .      A . .     CTT      .      TATGCCCCTAT                                         .   T      TGTT         A    A           .   .             G  .          .   .         GAAAAA           .      .       .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                .  .   . .   ATAATAAAACTAAAAAAAAAAAAAATA                                                                           . .    .    .      A . .     C        .      TGTTTTTTTTT                                         .   T      TA           .    .           .   .             G  .          .   .         GAA              .      .       .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                .  .   . .   ATAATATAGCTTAAGTACAAAAATTA                                                                            . .    .    .      A . .     C        .      TGTTTTTTTT                                          .   G      AT           .    .           .   .             A  .          .   .         GA               .      .       .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                .  .   . .   ATTAGTAGAAGCTCAAATACAAT                                                                               . .    .    .      C . .     C        .      AGTTTTTTTA                                          .   T      T            .    .           .   .             .  .          .   .         GA               .      .       .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                .  .   . .   ATAATAAGCTAAATAAAAAAAAT                                                                               . .    .    .      C . .     A        .      ACCCTATTTA                                          .   G      T            .    .           .   .             .  .          .   .         GA               .      .       .    . 
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blockSeqs                     :                                                                                                                                .  .   . .   ATAATAGAGCTCAAATAAAAGT                                                                                . .    .    .      A . .     T        .      TTTTTTCTT                                           .   T      T            .    .           .   .             .  .          .   .         GA               .      .       .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                .  .   . .   TAGAGCTAAATAAAAAAAAT                                                                                  . .    .    .      A . .     C        .      AAATT                                               .   T      T            .    .           .   .             .  .          .   .         GA               .      .       .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                .  .   . .   ATAATAGAGCTT                                                                                          . .    .    .      A . .     T        .      TAT                                                 .   T      T            .    .           .   .             .  .          .   .         GA               .      .       .    . 
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blockSeqs                     :                                                                                                                                             ATAATAAAAT                                                                                            . .    .    .      . . .     C        .      AT                                                  .   .      T            .    .           .   .             .  .          .   .         G                .      .       .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             ATAATAAT                                                                                              . .    .    .      . . .     .        .      .                                                   .   .      T            .    .           .   .             .  .          .   .         G                .      .       .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                         .                                                          .   .      T            .    .           .   .             .  .          .   .         G                .      .       .    . 
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Reference ( family-1994 )     :                                                                                                                  CAGGAGTCTGAAGT--T-TTT-T--CA---------AT----------------AA-T------------A--------------A-------------AA--------T-----------------AA-T---AC----A-----CCAC-C----TA----C--TA--AAAAA----------------TGTTTTTTT----------------------T-AGT-AGGTGGTGTA---T-----TATT----T-----------T-TTT----------ATTT--A-------GCTC--TA-----TTATT--------G----AAAA------A-----AAA---CT--TCAGACTCCTGT
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gi|2                          :                                                                                                                       GTCTGAAGT--T-ATT-T--CAGAAATC---AT----------------AA-TGATAAA------A--------------A-------------AA--------T-----------------GA-T---AC----A-----CCCC-T----TT----T--TC--AAAAA----------------Ttttttttttttttttatttgaaccctatttttgaaaaaggggtgtatcatttttttatcattatgatttctgaaataacttcagac
gi|3                          : agtctgaagttatttcaaaaatagagccgctgctcaaataaaaaaaaaaaaaaaaataatgaatcccctactataggggcatatttttttttttttttttttttatttgaaccctGGAATCTGAAGT--T-ATT-T--CA---------AT----------------AA-TAGAGCTCAAATAA--------------A-------------AG--------T-----------------AA-TAAAAC----A-----CCCC-C----TA----CTTTA--AAAAAAACAACACTGGTGTTTTGTTTTTTTA---------------------T-AAT-AGG-GGTGTA---CATTTGTATTATCAT-----------T-TCT----------ATTTG-A-------GCTC--TA-----TTATT--------G------AA------A-----TAA---CT--TCAGATTCCT
gi|4                          :                                                                                                                    GGAGTCTGAAGT--T-TTT-TTTCA---------AT----------------AA-T------------ATAGCTTAAGTACAAA-------------AA--------TTA---------------AA-T---AC----A-----CCAC-T----CA----C--TA--AAAA-----------------TGTTTTTTT----------------------TTAGG-AGGTGGTGTATGTT-----TTTT----T-----------T-TTT----------AATTAAA-------GCTG--TATTAATTTATT--------G----AAGA------AAAAATAAA---CT--TCAGACTCCTG
gi|5                          :                                                                                                                   AGGAGTCTTAAGT--T-TTT-T--CA---------AT----------------AA-T------------A--------------A-------------AA--------CTAAAAAAAAAAAAAATAAA-T---ACCCCCA-----CC-C-C----TT----T--TA--CAAGA----------------ACCCTATTT----------------------A-ACT-AAG-GGTGTAA--T-----TTTT----T-----------T-TTT----------ATTT--A-------CACC--TA-----TTATTTTAAAAAAA----AAAA------A-----AAA---AT--TCAGACTCCTGT
gi|6                          :                                                                                                                  CAGCAGTCTGA-GT--T-TTT-T---A---------AT----------------AA-T------------A--------------AGCTAAATAAAAAAAA--------T-----------------AA-T---AT----ACAGATCCAC-C----TAGCACC--TA--CTAAA----------------T-TTTTTCT----------------------T-AGT-AGGTGGTGTA---T-----CA-T----T-----------T-TTT----------ATTT--A-------GCTC--TA-----T--TC--------G-----AAA------A-----AAA---CT--T-AGACTC
gi|7                          :                                                                                                                   AGGAGTCTGAAGT--T-TTT-T--CA---------ATGATATAGCTTA-----AA-T------------A--------------A-------------AAAAAAATGAT-----------------AA-T---AC----A-----CCAC-C----TA----C--TA--AAAAA--------------------------------------------------GT-AGGTAATGTA---T-----TTTT----T-----------T-TTT----------ATTCA-A-------GCTA--TA-----TTATT--------G----AAAAACAAACA-----AAA---CT--TTCGACTTCtg
gi|8                          :                                                                                                                   AGGAGTCTGAAGT--T-TGT-T--CA---------ATTATAGAACAAAATAATAA-T------------A--------------A-------------AAAAAAAA--T-----------------AA-T---AC----A-----CCAC-C----TA----C--TA--AAAAA----------------AAATT---------------------------------GGTAGTGTA---T-----TTTT----T-----------TTTTT----------ATTT--A-------GCTC--TA-----TTATT--------G------AA------C-----AAA---CT--TCAGACTCC
gi|9                          :                                                                                                                   AGGAGTCTGAAGT--T-TTT-T--CATAGAGCTAAAT----------------AA-A------------A--------------A-------------AAA-------T-----------------AA-T---GA----A-----TAACAC----TA-------TA--AAAAA----------------T-------T----------------------T-AGTTAGGTGGTGTA---T-----TATT----TATTTTTTTTTTT-TTT----------ATTT--A-------GCTC--TA-----TTATT--------G------AA------A-----AAA---CT--TCAGACTat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTAGAACCGTACCTTCAATCTACATATTATTC