lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2 4444444444 1 11 2 33 111 111 44444 1 333333 111 1 000000000000000000000000000 111 11 1 222 3333 1 22 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 3333 1111 2 33 1 1 1 11 111 22 11 333333333 1111 1 111 1 2222 3333333333333333333333333 33333333 11 3 22222222 44444444 1 2 2 1111 111 2222 222222222 2 3333333333 2 33333 1 1111111111111 2 111 22222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333 1 444
lowQualScore : 6 0 6 3 3333333333 6 6 5 8 11 4 8 3 0 7 6 00 000 6 555 77777 8 8 0 8 7 444444 8 0 333 0 888888888888888888888888888 55 888 77 3 0 3 111 6666 77 0 44 8888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 88 2222 0000 7 66 0 3 0 4 0 88 777 77 22 111111111 2 3333 0 2 555 0 8888 2 8 8888888888888888888888888 8 55555555 11 8 8 2 88888888 11111111 6 6 2 99 3 99 6 3 9999 111 0000 6 99 8888 888888888 8 5 9999999999 5 77777 888 88 1 3 3 44 2 6 44 77 3 7777777777777 2 8 666 66 3 0 88888888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 444 8 4 8 4 2 4 4 555 55 5
lowQualScore : . . . . .......... . . . . .. . . . . . . .. ... . ... ..... . . . . . ...... . . ... . ........................... .. ... .. . . . ... .... .. . .. .... ............................................................... . .. .... .... . .. . . . . . .. ... .. .. ......... . .... . . ... . .... . . ......................... . ........ .. . . . ........ ........ . . . .. . .. . . .... ... .... . .. .... ......... . . .......... . ..... ... .. . . . .. . . .. .. . ............. . . ... .. . . ........ ......................................................................... . ... . . . . . . . ... .. .
lowQualScore : 7 8 7 7 7777777777 7 7 0 0 00 0 0 8 8 3 7 88 222 7 888 00000 0 0 8 0 2 222222 0 8 000 0 000000000000000000000000000 00 555 55 2 0 2 888 8888 22 0 00 5555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 11 5555 8888 8 22 0 2 0 2 0 22 555 88 55 222222222 5 5555 0 5 555 5 5555 8 0 4444444444444444444444444 0 00000000 00 0 0 0 00000000 00000000 7 7 0 22 5 22 7 3 0000 777 2222 7 22 0000 666666666 0 0 0000000000 0 55555 888 66 0 3 3 66 0 7 66 99 3 5555555555555 7 7 777 99 5 8 22222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 333 9 4 9 4 2 4 4 888 11 0
consensus : ATTGT-TTCATAT-TT-CACAAAA-T-CAAA--CTAATCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATA-TATATACGTTTTAA-AGCTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACAT-GTATCTATTGTTTACC-GAAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTC----CAACTGAG--CTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTAT-AACANAAGAAAAT-TAGNATATGNNCGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAAT-AAAA--GTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTT-AGT---TTTTTCC-GCN-ATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---ATAT--CGCTTACTTC-CTAT-ATTTTAAAAA--GGTTTTCTC--TGC-G-CATCTCATTGTAT-TA---TATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTAT--TGTGAAT-ATTTT-T--GTTAAGTC---TANAA-TCTCCT-AGTAAA--AA--T-TTCTCT---------TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTG----TG---ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGAATACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCTA-AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
Reference ( gi|4 ) : ATTGT-TTCCTAT-TTTCACAAAAAT-CAGAACCTAATCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATA-TATATACGTTTTAA-AGCTTAGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT-TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCG-ATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT-T--CGCTTACTTCACTAT-ATTT---AA---GGTTTTCTC--TGC-G-CAT-TCATTGTAT-TA---TATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATAT--TG-GAATCATTTT-T--GTTAAGTC---TAGAATTCTCCT-AGTAAA--AA--T-TTCTCT---------TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-----TG---ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|3 : ATTGT-TTCCTAT-TTTCACAAAAAT-CAGAACCTAATCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATA-TATATACGTTTTAA-AGCTTAGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT-TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCG-ATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT-T--CGCTTACTTCACTAT-ATTT---AA---GGTTTTCTC--TGC-G-CAT-TCATTGTAT-TA---TATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATAT--TG-GAATCATTTT-T--GTTAAGTC---TAGAATTCTCCT-AGTAAA--AA--T-TTCTCT---------TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-----TG---ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|1 : ATTGT-TT---ATATTTCACAAA--T-CAA---CTAATCAA-TT-CATT-GAATT
gi|2 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttATTGTGTTCATAT-TT-CACAAGA-T-CAAA--CTA-TCAAATT-C-TT-GCTTTC--TT-CATCGCAGCCACATATA-TGTATACGTGTTAATAGTTTTAAAATATT---TTTAGCATGTA--CTTTCT-AG--TTCATA-G-TT-ACT-A-TAGATGGTATCTATTGTTTAC--GA--ACT-AAT---TTC-AAAT--ACTA------------GAG---TGTCATCCATTCTCCCT-GTGTATTC-AATGAAAC-AAATCAAACAT----AACATAAGAAAAT-TAtcaaagcttaaaatattctttagaattagtttctattcataagtttacttactacatgtatctattgtttacgaactatatttcaaatgcaatgtcaacttaccgcaccattctcctgtgtatcaatgaaacaatcaaacataacataagaaattatagaatatgttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgagggtgtatattaattaaataaaagttccaaacattccaaaccatgtcaaatttagttttttcgctattttttaggcaataattcaaaatcttataaatttttttaaaaagggatatcgctattttatattttaaaaggttttctctgcggcatctcattgtatatatattatgtagtactttaaccaaagaaaatagtttgtgaataattttgttaagtctaaatctcctagtaaatatttttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtatggtttatatgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaagtgaatactctgcagcaacgacaataaagcgcagctaatgcttaagcgcttt
gi|7 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttATTGT-TTCATAT-TT-CACAAA--T-CAAA--CTAATCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATG-T-TATACG-TTTAA-AGCTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-T-AGCTTTCT-A---TTCACA-G-TATACT-ACTACAT-GTATCTATTGTTTAAC----GACTGAATATTTTCAAAATG-AATAGT-----CAA--------TGTCACTCCATTCTCCT-GTGTATTCAAATG-AAC---ATCAAACATTAT-AAC-AAAGAAAAT-Ttagaatatggtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggagggggtgtataattaatgaaataagagttccaaccatgtcaaattagtgttttttttttgctattatcttgtataggcaataatgaattcaaatcttataatttttctttttaaagggatatcgctattctattatttaaataggttttctctgcgcatctcattgtagttatgtagtactaattaacaaagaaaaaaagtattgtgaatatttttttgttaagtcgtatataatctcctagtaaattaagttctctttttgtataggtaatcgcaggtttgtgattcttgacccttccataagaggtctcgttccgggcgtcgcaaaaacaacagcgcattatgggtagtacttggttt
gi|6 : gtaccctctaaatccgccattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttATTGT-TTCATAT-TT-CACAAA--T-CAAA--CTAATCAAATT-CATTTGAATTTCTCTTCATCGAA--CA-ATATA-TATATACG-TTTAA-AGCTTAA-AATATT--CTTTTGAAA-TTAGCTTTCT-ACTATTCATA-GCTTTACT-ACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT-AAgtatagatatgttttat
gi|11 : ttaagcccccgcaaggctctcgggttttagtgctttagaggaataattaccgtaagtttgtcaccaaataggggggggggggcacctctaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttTTGT-TTCATAT-TT-CACAAGAATTCA--ACTAAATCAAATTTCATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATTTATTACA-ACGTTTTAA-AGCTTAA-AATATTTCTTTTAGAAT-T-AGCTTaaaaaggatgcaattcaa
gi|1 : cctctaaaatccgccacttgcctttgtccaaaagattttgaaaagttgtcaagaagttaaaaaatgttttcacctttgttaacaacttcatcactgcccgtgttcTTTCAA-AGCTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAG--TTTCT-A---TTCATAAG-TTTACTTACTACAT-GTATCTATTGTTTAC--GAA--CT-A-TAT-TTC-AAATGCAAT-GTC-----AACTTA---CCG-CACC--ATTCTCCTG-TGTAT-C-AATGAAACAA--TCAAACAT----AACATAAGAAATTATAGAATATGTTTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA-T--GAGGGTG----TATATT-AATTAAAT-AAAA--GTTCC-AAACATTCCAAA-CCATGT-CAAATTT-AGT---TTTTTC--GCT-ATTT-T----T-TAGGCA--A-TAAT-TC--AAAATCTTATAAA---TTTTT-TTAAAAAGGG---ATAT--CGC-TATTT---TAT-ATTTTAAAA---GGTTTTCTC--TGCGG-CATCTCATTGTATATATATTATGT-AGT----ACTT-TAA-CCAAAG--AA--AATAGT-T--TGTGAATAA-TTT-T--GTTAAGTC---TAAA--TCTCCT-AGTAAA--TATTT-TTCTCT---------TTGTA-ATAGGTA-A----------CTGCAGGTTTG----TG---ATTTCTTG-NNNNNNN--NNN-NN-NNN--NNN-NNNN--NNN--NNN-NNN-----NN-NNN--NNNNNNNNNNNNN--NTAGTA--TGGTTTATAT-------GAc
gi|8 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttattgtttatatttcacaaatcaactaatcaattcattgaaAGAGTAGAGGGATGGGGTTAT-TT-AATTAGAT-AAAA--GTTCCGAACCATTCCAAAACCATGTTCAAAATTAAGT---TTTTTC--GCGTATTTCT----T---GG--A-A-TAATATTCAA---TCTTATAA----TTTTTATTAAAG--GG---CT-TATCGCT-ACTTC--TAT-ATTTTAAAA---AGTTTTCTC--TGC-G-CATCTCATTGT-C-TA---TATGTA-GT----ACTT-TAA-CCAACA-AAA--AATAGTAT--TGTGAATAATTTT----GTAAAGTC---TAAA--TCCCCT-AGTAAA--AA--T-TTATCT---------TTGTA-ATAGGTACA---CATGTAACTGCAGGTTTG----TG---ATTTCTTGAACCTTttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaagtgaatactctgcagcaacgacaataaagcgcagctaatgcttaagcgcttt
gi|2 : agagagacgagagagcagtagagagagagagagtatgAGGGGGTG----TATAATTAATGAAAT-AAGA--GTTCC-AACCAT-----------GT-CAAATT--AGTGTTTTTTTTTTGCT-ATT-ATCTTGTATAGGCAATAATGAA-TTCAAA--TCTTATAATTTTTCTTT-TTAAAG--GG---ATAT--CGCT-ATT---CTATTATTT---AAATAGGTTTTCTC--TGC-G-CATCTCATTGTAG-T----TATGTA-GTACTAA--T-TAA-C-AAAGAAAA--AA-AGTAT--TGTGAAT-ATTTT-TTTGTTAAGTCGTATATAAT-CTCCT-AGTAAATTAA--G-TTCTCT---------TTTTGTATAGGTA-A---T------C-GCAGGTTTG----TG---A-TTCTTGACCCTTCC--ATA-AG-AGGTCTCG-TTCCGGGCGT-CGC-AAA-----A--ACAACAGCGCA-TTATGG--GTAGTACTTGGTTT
gi|5 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttattgtgttcatatttcacaagatcaaactatcaaattcttgctttcttcatcgcagccacatatatgtatacgtgttaatagttttaaaatatttttagcatgtactttctagttcatagttactatagatggtatctattgtttacgaactaatttcaaatactagagtgtcatccattctccctgtgtattcaatgaaacaaatcaaacataacataagaaaattatagaatatggtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggTTTT-TTAAAA--GGGGAATAT--CGCT-ACTTC--TAT-ATTT---AAAA-GGTTTTCTCGTTGC-GACATCTCATTGT---TA---TAT-TA-GT----ACTTCTAATCCAAAGAAAATGGATAGCAT--TGTGAAT-ATTT-----GTTAAGTC---TATAAATCTCCTGAGTAAA--AA--T-TTCTCTGTGTGGTTTTTGTA-ATAGGTA-AAGTT------CTGCA-GGTT-----TGTGGATTTCTTGAACCTTTCCAAACAAG-AGG--TCGCTTCC--GCATTTGC-AAAAT---AC-GC---AGTGCA-TTATGGAAGTAGTA--TGGTTTAT-T---------AGATTC
gi|9 : aatttataaT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGTG-GAAT-ATTTTGT--CTTAAGTC---TAACA-TCT-CT-AGTAAG--CA--TGTTCTCTC--------TTGTA-ATAGGTA-A----------CTGCAGGTTTG----TG---ATTTCTTGAACC-TCC--AA--AGCAGG--TCG-TTGC--GCA--CGC---A-----AC-GC---AGCGCA-TTATTG--GTAGTA--TGGTTTAAAT-------GAatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatacttatgagcaaccgacaattaaagcgacagctaacgcggtaagcgctttaagaa
gi|10 : A--T-TTCTCT---------TTGTA-ATAGGTA-A----------CTGCAGGTTTG----TG---ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-TG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GC---AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--Ttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattcgagagtctgcgctatggtggcggtaatccggaagtgaattactctgagcaacgacaataaaagcgcagt
gi|16 : aatgctctataggcGGTT-A---A------CTGCA-GTTTGTGTCTG---ATTTCTTGAACCTTCCA-AAC-AG-AGG--TCGTTTCC--GCA--CGC-AAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatactctgagcaccgacaataaagcgcagctaacgcttaagcgctttaaaa
gi|19 : AAGCTTCT--GAC-AG-AGG--TTG-TTCC--GCA--TGC-AGA--------GCA---------TTATGG--GTAGTA--
gi|26 : tttcccacAAACTTCC--GCC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-
gi|21 : CTTCC--ACC-AG-AGG--TCG-TTTC--GCA--CGCTAAA-----AC-ACA--GG-GCA-TTATGG--GTA
gi|18 : aCTTCC--ATC-AG-AGG--TCG-TT-C--GCA--CGC-AAACTAAGACAACA--AGAGCA-TTATGG--GTAGT
gi|12 : aaC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AT-GC---AGCGCA-TTA-GG--GTGGTA--TGGTTTATATACTTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGAATACTT-CGA--GC-AAC-GACAAT-ATAAGCG-CAAGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAA
gi|1 : AATACTC-TGCAG-C-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AATGCT-T-AAGCGCTTT
gi|5 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttattgtttatatttcacaaatcaactaatcaattcattgaatttcaaagcttaaaatattctttagaattagtttctattcataagtttacttactacatgtatctattgtttacgaactatatttcaaatgcaatgtcaacttaccgcaccattctcctgtgtatcaatgaaacaatcaaacataacataagaaattatagaatatgttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgagggtgtatattaattaaataaaagttccaaacattccaaaccatgtcaaatttagttttttcgctattttttaggcaataattcaaaatcttataaatttttttaaaaagggatatcgctattttatattttaaaaggttttctctgcggcatctcattgtatatatattatgtagtactttaaccaaagaaaatagtttgtgaataattttgttaagtctaaatctcctagtaaatatttttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtatggtttatatgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaagtgAATACTTATGA--GC-AACCGACAATTA-AAGCGAC-AGCTA--ACGCGGT-AAGCGCTTTAAGA
gi|10 : aatttataattttttaaaaggggaatatcgctacttctatatttaaaaggttttctcgttgcgacatctcattgttatattagtacttctaatccaaagaaaatggatagcattgtgaatatttgttaagtctataaatctcctgagtaaaaatttctctgtgtggtttttgtaataggtaaagttctgcaggtttgtggatttcttgaacctttccaaacaagaggtcgcttccgcatttgcaaaatacgcagtgcattatggaagtagtatggtttattagattcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATACTC-TGA--GC-ACC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCTA--ACGCT-T-AAGCGCTTTAAAAa
gi|24 : aatgctctataggcatttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgaaccttccaactgaggtcgttccgcacgcaaaacgcagcgcattatgggtagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATACTC-TGA---CTAAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-T--AGCGCTTT
gi|14 : AATACCT-CGAA--CTAAC-GTCAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGC--T-AAGCGCT
gi|9 : attctgccatagggtgagaggtaatccggcgaagtgaaatgaTACTC-TGA--GC-AAC-GACAATAA-AAGCG-C-AG
gi|22 : ttaaccaaaggaaaaatagtattgtggaatattttgtcttaagtctaacatctctagtaagcatgttctctcttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgaacctccaaagcaggtcgttgcgcacgcaacgcagcgcattattggtagtatggtttaaatgatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattcgagagtctgcgctatggtggcggtaatccggaagtgaatTACTC-TGGAG-C-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-TAAAGCGCTTTAAt
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|15 ): CCTCTAATTTCGCCATTGCCTGTCCAAAAGATTTGAACAAAGTGTCAAGAAGAAGTTGTAATAATGTTCACT
Unaligned ( gi|17 ): GGTGGCGGTAATCCGGAAGTGAAACATACTCTAAGTGACGACAATAAAGCGCTATCTTAG
Unaligned ( gi|20 ): AATTATAATTTTGGTCACGAAAGGGGGGGGGCGCCTCTAAATCCACCTATGCA
Unaligned ( gi|23 ): TGATTAAGTTTGGTCACCAAAGGGGGGGAGGCTCTAAATCCGCCACT
Unaligned ( gi|25 ): TTAAGTTTGGTCACCAAAAGGGGAGGGGCTTTAAATCCGCC
Unaligned ( gi|27 ): ATGGATATTGAAGATGATGAAGATTATCTTGAAG
Alignments
lowQualScore : 1 22 11 1 1 1 22222 1 2222222 9999999999999999999999999 1 111 1 11 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 2222 1 22 11 22 1111 1111111 111111 2222 111 11 1 222 22 11111111 11 2222 11 11111 111 11 1 222222222 1 2222222222 1111111111111 22222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 33
lowQualScore : 5 1 5 33 55 5 5 1 5 1 0 5 77 5 0 5 0 5 5 1 77 5 999 44444 6 6 6 6 8 8888888 8 0 0 8 8 0000000000000000000000000 3 1 1 5 0 8 0 222 0 5 6 8 99 0 11 22 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3 4444 11 8 6 22 8 0 8 1 11 22 7777 7777777 66 888888 66 8 8 44 7777 6 99 111 44 5 666 66 99 6 6 6 77777777 44 7777 5 5 8 77 00 55555 5 000 77 1 5 77 66 5 666666666 5 0 4 8888888888 1 1 4 9999 77 0 3 3 44 6 44 77 3 8888888888888 1 7 55 66 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 3 66 3 3 7 3 3 3 22 4 4
lowQualScore : . . . .. .. . . . . . . . .. . . . . . . . .. . ... ..... . . . . . ....... . . . . . ......................... . . . . . . . ... . . . . .. . .. .. .............................................................. . . .... .. . . .. . . . . .. .. .... ....... .. ...... .. . . .. .... . .. ... .. . ... .. .. . . . ........ .. .... . . . .. .. ..... . ... .. . . .. .. . ......... . . . .......... . . . .... .. . . . .. . .. .. . ............. . . .. .. ........ ..................................................................... . . . .. . . . . . . .. . .
lowQualScore : 7 4 7 44 77 7 7 4 7 4 7 7 99 0 6 7 1 7 7 4 99 7 666 33333 7 7 7 0 0 2222222 0 8 8 2 0 4444444444444444444444444 6 4 4 0 8 0 8 000 8 6 0 8 00 8 66 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0000 88 0 0 00 0 8 0 4 00 00 0000 8888888 44 666666 44 0 0 00 0000 7 22 777 00 5 777 77 22 7 7 7 33333333 77 7777 7 7 9 99 77 77777 7 000 99 4 7 99 99 0 999999999 0 0 4 0000000000 1 1 4 4444 99 2 1 1 22 2 22 33 1 5555555555555 5 3 00 11 88888888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 6 6 11 6 6 3 6 6 6 66 4 4
consensus : ATTGT-TTCATATTT-CACAA-AA-TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AGCTT-AA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCG-TATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTCCCTGCAACT-GAGAACTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACANAAGAAAAT--TAGTATATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGTC--AAATTTCAGT----TTTTTT-CGGCTATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGCTTACTTC-CTATATTTT-AAAAGGTTTTCTC--TGC-G-CATCTCATTGTAT-TA---TATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAA-TCTCCT-AGTAAA--AA--T-TTCTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA-T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
Reference ( family-1969 ) : ATTGT-TTCATATTT-CACAA-AA-TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AGCTT-AA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACAT-G-TATCTATTGTTTACCG-AAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTCC----AACT-GAG--CTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAA-CANAAGAAAAT--TAGNATATGNNCGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAAT-AAAA--GTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGTC--AAATTT-AGT----TTTTTC-CG-CNATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGCTTACTTC-CTATATTTTAAAAAGGTTTTCTC--TGC-G-CATCTCATTGTAT-TA---TATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--TTTT-TGTTAAGTC---TA-NAA-TCTCCT-AGTAAA--AA--T-TTCTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGAA-T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCTA-AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|1 : ATTGT-TT-ATATTT-CACAA-A--TCAA---CTAA-TCAA-----------------TT-CATTGAA-------------------TTTCAA-AGCTT-AA-AATATT--CTTTAGAAT-TAG--TTTCT-A---TTCATAAG-TTTACTTACTACAT-G-TATCTATTGTTTAC-G-AA--CT-A-TAT-TTC-AAATGCAAT-GTC-----AACT-------TACCGCACCATTCTCCTG-TGTAT-C-AATGAAACAA--TCAAACAT---AA-CATAAGAAATTA-TAGAATATGTTTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA-T--GAGGGTG----TATATT-AATTAAAT-AAAA--GTTCC-AAACATTCCAAA-CCATGTC--AAATTT-AGT----TTTTT--CG-CTATTT-T----T-TAGGCA--A-TAAT-TC--AAAATCTTATAAA---TTTTT-TTAAAAAGGG---AT-ATCGC-TATTT---TATATTTT-AAAAGGTTTTCTC--TGCGG-CATCTCATTGTATATATATTATGT-AGT----ACTT-TAA-CCAAAG--AA--AATAGT-TTGT-GAAT-A--ATTT-TGTTAAGTC---TA--AA-TCTCCT-AGTAAA--TATTT-TTCTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A----------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGNNNNNNNN--NNN-NN-NNN--NNN-NNNN--NNN--NNN-NNN-----NN-NNN--NNNNNN-NNNNNN--NTAGTA--TGGTTTATAT-------GA
gi|1 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttAGTGAA-T-ACTC-TGCA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AATGCT-T-AAGCGCTTTttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaagtgaatactctgcagcaacgacaataaagcgcagctaatgcttaagcgcttt
gi|10 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttattgtttatatttcacaaatcaactaatcaattcattgaatttcaaagcttaaaatattctttagaattagtttctattcataagtttacttactacatgtatctattgtttacgaactatatttcaaatgcaatgtcaacttaccgcaccattctcctgtgtatcaatgaaacaatcaaacataacataagaaattatagaatatgttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgagggtgtatattaattaaataaaagttccaaacattccaaaccatgtcaaatttagttttttcgctattttttaggcaataattcaaaatcttataaatttttttaaaaagggatatcgctattttatattttaaaaggttttctctgcggcatctcattgtatatatattatgtagtactttaaccaaagaaaatagtttgtgaataattttgttaagtctaaatctcctagtaaatatttttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtatggtttatatgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaA--T-TTCTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C-------TGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-TG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GC---AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--T
gi|10 : aatgctctataggcAA-T-ACTC-TGA--GC-ACC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatactctgagcaccgacaataaagcgcagctaacgcttaagcgctttaaaa
gi|11 : aatgctctataggcatttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgaaccttccaactgaggtcgttccgcacgcaaaacgcagcgcattatgggtagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGT-TTCATATTT-CACAAGAA-TTCAA--CTAAATCAAATTTCATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATTTAT-TACAACGTTTTAA-AGCTT-AA-AATATTTCTTTTAGAAT-T-AGCTT
gi|12 : cctctaaaatccgccacttgcctttgtccaaaagattttgaaaagttgtcaagaagttaaaaaatgttttcacctttgttaacaacttcatcactgcccgtgttcC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AT-GC---AGCGCA-TTA-GG--GTGGTA--TGGTTTATATACTTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGAA-T-ACTT-CG-A-GC-AAC-GACAAT-ATAAGCG-CAAGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAc
gi|14 : AATGAAAT-ACCT-CGAA-CT-AAC-GTCAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGC--T-AAGCGCT
gi|16 : attctgccatagggtgagaggtaatccggcgaagtgaGGTT-A---A------CTGCAG-TTTGT-GTCTGATTTCTTGAACCTTCCA-AAC-AG-AGG--TCGTTTCC--GCA--CGC-AA
gi|17 : A-T-ACTC-T-AA-GT-GAC-GACAAT-A-AAGCG-C-
gi|18 : ggtggcggtaatccggaagtgaaacCTTCC--ATC-AG-AGG--TCG-TT-C--GCA--CGC-AAACTAAGACAACA--AGAGCA-TTATGG--GTAGTtatcttag
gi|19 : aaAAGCTTCT--GAC-AG-AGG--TTG-TTCC--GCA--TGC-AGA----------------GCA-TTATGG--GTAGTA--
gi|2 : tttcccacATTGTGTTCATATTT-CACAA-GA-TCAAA--CTA--TCAAATT-C-TT-GC-TTTCT-T-CATCGCAGCCACATATATGTAT-ACGTGTTAATAGTTTTAA-AATATT---TTTAGCATGTA--CTTTCT-AG--TTCATA-G-TT-ACT-A-TAGAT-GGTATCTATTGTTTAC-G-AA--CT-AAT---TTC-AAAT---------------ACTAGAG---TGTCATCC-ATTCTCCCTGTGTATTC-AATGAAAC-AAATCAAAC---ATAA-CATAAGAAAATTATAGAATATG
gi|2 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttAGGGGGTG----TATAATTAATGAAAT-AAGA--GTTCC-AACCAT-----------GTC--AAATT--AGTGTTTTTTTTT-TG-CTATT-ATCTTGTATAGGCAATAATGAA-TTCAAA--TCTTATAATTTTTCTTT-TTAAAG--GG---AT-ATCGCT-ATT---CTATTATTTAAATAGGTTTTCTC--TGC-G-CATCTCATTGTAG-T----TATGT-AGTACTAA--T-TAA--CAAAGAAAA--AA-AGTATTGT-GAAT-ATTTTTT-TGTTAAGTCGTATA-TAA-TCTCCT-AGTAAATTAA--G-TTCTCTT-------T-TTGT--ATAGGTA-A---T------C-GCAGGTTTGT-G----A-TTCTTGACCCTTCC--ATA-AG-AGGTCTCG-TTCCGGGCGT-CGC-AAA-----A--ACAACAGCGCA-TTATGG--GTAGTACTTGGTTTgtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggagggggtgtataattaatgaaataagagttccaaccatgtcaaattagtgttttttttttgctattatcttgtataggcaataatgaattcaaatcttataatttttctttttaaagggatatcgctattctattatttaaataggttttctctgcgcatctcattgtagttatgtagtactaattaacaaagaaaaaaagtattgtgaatatttttttgttaagtcgtatataatctcctagtaaattaagttctctttttgtataggtaatcgcaggtttgtgattcttgacccttccataagaggtctcgttccgggcgtcgcaaaaacaacagcgcattatgggtagtacttggttt
gi|21 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttattgtgttcatatttcacaagatcaaactatcaaattcttgctttcttcatcgcagccacatatatgtatacgtgttaatagttttaaaatatttttagcatgtactttctagttcatagttactatagatggtatctattgtttacgaactaatttcaaatactagagtgtcatccattctccctgtgtattcaatgaaacaaatcaaacataacataagaaaattatagaatatggtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggCTTCC--ACC-AG-AGG--TCG-TTTC--GCA--CGCTAAA-----AC-ACA--GG-GCA-TTATGG--GTA
gi|22 : a-T-ACTC-TGGA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-TAAAGCGCTTTAA
gi|24 : AA-T-ACTC-TGA---CTAAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-T--AGCGCTTT
gi|26 : AAACTTCC--GCC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-
gi|3 : ATTGT-TTCCTATTTTCACAA-AAATCAGAACCTAA-TCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTTTAA-AGCTT-AGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCG-TATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATT-GAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT--TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGTC--AAATTTCAGT----TTTTTT-CGGCGATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT--TCGCTTACTTCACTATATTT----AAGGTTTTCTC--TGC-G-CAT-TCATTGTAT-TA---TATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATATTG--GAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAATTCTCCT-AGTAAA--AA--T-TTCTC---------T-TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-T-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-T-ACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|4 : ATTGT-TTCCTATTTTCACAA-AAATCAGAACCTAA-TCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTTTAA-AGCTT-AGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCG-TATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATT-GAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT--TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGTC--AAATTTCAGT----TTTTTT-CGGCGATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT--TCGCTTACTTCACTATATTT----AAGGTTTTCTC--TGC-G-CAT-TCATTGTAT-TA---TATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATATTG--GAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAATTCTCCT-AGTAAA--AA--T-TTCTC---------T-TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-T-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-T-ACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|5 : AAT-TTATAA-----TTTT-TTAAAA--GGGGAAT-ATCGCT-ACTTC--TATATTT--AAAAGGTTTTCTCGTTGC-GACATCTCATTGT---TA---TAT-TA-GT----ACTTCTAATCCAAAGAAAATGGATAGCATTGT-GAAT-A----TT-TGTTAAGTC---TATAAA-TCTCCTGAGTAAA--AA--T-TTCTCTGTGTGGTTT-TTGTA-ATAGGTA-AAGTT------CTGCAGGTTTGTGG----ATTTCTTGAACCTTTCCAAACAAG-AGG--TCGCTTCC--GCATTTGC-AAAAT---AC-GC---AGTGCA-TTATGGAAGTAGTA--TGGTTTAT-T---------AGATTC
gi|5 : AA-T-ACTTATGA--GC-AACCGACAATTA-AAGCGAC-AGCTA-A-CGCGGT-AAGCGCTTTAAGAatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatacttatgagcaaccgacaattaaagcgacagctaacgcggtaagcgctttaagaa
gi|6 : aatttataattttttaaaaggggaatatcgctacttctatatttaaaaggttttctcgttgcgacatctcattgttatattagtacttctaatccaaagaaaatggatagcattgtgaatatttgttaagtctataaatctcctgagtaaaaatttctctgtgtggtttttgtaataggtaaagttctgcaggtttgtggatttcttgaacctttccaaacaagaggtcgcttccgcatttgcaaaatacgcagtgcattatggaagtagtatggtttattagattcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTGT-TTCATATTT-CACAA-A--TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATTTGAATTTCTCTTCATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTT-AA-AGCTT-AA-AATATT--CTTTTGAAA-TTAGCTTTCT-ACTATTCATA-GCTTTACT-ACTACa
gi|7 : ttaagcccccgcaaggctctcgggttttagtgctttagaggaataattaccgtaagtttgtcaccaaataggggggggggggcacctctaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttATTGT-TTCATATTT-CACAA-A--TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATGT-TAT-ACG-TTTAA-AGCTT-AA-AATATT--CTTTAGAAT-T-AGCTTTCT-A---TTCACA-G-TATACT-ACTACAT-G-TATCTATTGTTTAAC----GACTGAATATTTTCAAAATG-AATAGT-C----AA---------TGTCACTCCATTCTCCT-GTGTATTCAAATG-AAC---ATCAAACATTATAA-CA-AAGAAAAT--T-GTATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaaaaaaaggatgcaattcaa
gi|8 : gtaccctctaaatccgccattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttAGAGTAGAGGGATGGGGTTAT-TT-AATTAGAT-AAAA--GTTCCGAACCATTCCAAAACCATGTTCAAAATTA-AGT----TTTTTCGCG--TATTTCT----T---GG--A-A-TAATATTCAA---TCTTATAA----TTTTTATTAAAG--GG---CTTATCGCT-ACTTC--TATATTTTAAAAAG-TTTTCTC--TGC-G-CATCTCATTGT-C-TA---TATGTA-GT----ACTT-TAA-CCAACA-AAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--ATTT-TGTAAAGTC---TA--AA-TCCCCT-AGTAAA--AA--T-TTATC---------T-TTGTA-ATAGGTACA---CATGTAACTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTgatatgttttat
gi|9 : agagagacgagagagcagtagagagagagagagtatgT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGTGGAAT-A--TTTTGTCTTAAGTC---TA-ACA-TCT-CT-AGTAAG--CA--TGTTCTC---------TCTTGTA-ATAGGTA-A----------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACC-TCC--AA--AGCAGG--TCG-TTGC--GCA--CGC---A-----AC-GC---AGCGCA-TTATTG--GTAGTA--TGGTTTAAAT-------GA
gi|9 : AGTGAA-TTACTC-TGA--GC-AAC-GACAATAA-AAGCG-C-AGtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattcgagagtctgcgctatggtggcggtaatccggaagtgaattactctgagcaacgacaataaaagcgcagt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|15 ): CCTCTAATTTCGCCATTGCCTGTCCAAAAGATTTGAACAAAGTGTCAAGAAGAAGTTGTAATAATGTTCACT
Unaligned ( gi|20 ): AATTATAATTTTGGTCACGAAAGGGGGGGGGCGCCTCTAAATCCACCTATGCA
Unaligned ( gi|23 ): TGATTAAGTTTGGTCACCAAAGGGGGGGAGGCTCTAAATCCGCCACT
Unaligned ( gi|25 ): TTAAGTTTGGTCACCAAAAGGGGAGGGGCTTTAAATCCGCC
Unaligned ( gi|27 ): ATGGATATTGAAGATGATGAAGATTATCTTGAAG
Alignments
lowQualScore : 1 22 11 1 1 1 22222 1 111111 666666666666666666666666 1 111 2222 11 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 2222 2 22 11 111 111111 1111 111 11 22222222 1 1 22222 11 2222 11 11111 111 11 1 222222222 1 22222222222 1111111111111 22222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 111
lowQualScore : 5 1 5 33 55 5 5 1 5 1 0 5 77 5 0 5 0 5 5 1 77 5 999 44444 6 6 6 2 888888 6 0 8 8 111111111111111111111111 3 1 1 1 5 0 8 0 222 2222 8 99 0 22 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3 4444 11 8 0 55 8 0 8 1 8 00 444 77 0 66 888888 0 88 8 44 9999 6 99 111 44 66666666 5 6 99 3 6 00000 6 44 7777 5 5 4 77 00 55555 5 000 88 1 5 77 5 66 666666666 5 0 4 33333333333 1 1 4 9999 77 0 3 3 44 6 44 77 3 8888888888888 1 7 55 66 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666 3 3 66 3 3 7 3 3 3 999 4 4
lowQualScore : . . . .. .. . . . . . . . .. . . . . . . . .. . ... ..... . . . . ...... . . . . ........................ . . . . . . . . ... .... . .. . .. .............................................................. . . .... .. . . .. . . . . . .. ... .. . .. ...... . .. . .. .... . .. ... .. ........ . . .. . . ..... . .. .... . . . .. .. ..... . ... .. . . .. . .. ......... . . . ........... . . . .... .. . . . .. . .. .. . ............. . . .. .. ........ ..................................................................... ... . . .. . . . . . . ... . .
lowQualScore : 7 4 7 44 77 7 7 4 7 4 7 7 99 0 6 7 1 7 7 4 99 7 666 33333 7 7 7 7 888888 7 8 2 0 000000000000000000000000 6 4 4 4 0 8 0 8 000 2222 8 00 8 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0000 88 0 4 00 0 8 0 4 0 88 000 00 6 44 666666 8 88 0 00 0000 7 22 777 00 88888888 5 7 22 3 7 55555 7 77 7777 7 7 0 99 77 77777 7 000 11 4 7 99 0 99 999999999 0 0 4 66666666666 1 1 4 4444 99 2 1 1 22 2 22 33 1 5555555555555 5 3 00 11 88888888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 6 6 11 6 6 3 6 6 6 666 4 4
consensus : ATTGT-TTCATATTT-CACAA-AA-TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTCCCTGCAACTGAGAACTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACANAAGAAAAT--TAGTATATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCTATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGCT-ACTTC-CTATATTTTAAA-AGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAA-TCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA---T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
Reference ( family-1969 ) : ATTGT-TTCATATTT-CACAA-AA-TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTCCCTGCAACTGAGAACTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACANAAGAAAAT--TAGTATATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCTATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGCTTACTTC-CTATATTTTAAA-AGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAA-TCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA---T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|1 : ATTGT-TT-ATATTT-CACAA-A--TCAA---CTAA-TCAA-----------------TT-CATTGAA-------------------TTTCAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAG--TTTCT-A---TTCATAAG-TTTACTTACTACAT-GTATCTATTGTTTAC--GAA--CT-A-TAT-TTC-AAATGCAAT-GTC-----AACT------TACCGCACCATTCTCCTG-TGTAT-C-AATGAAACAA--TCAAACAT----AACATAAGAAATTA-TAGAATATGTTTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA-T--GAGGGTG----TATATT-AATTAAAT-AAAA--GTTCC-AAACATTCCAAA-CCATGT-CAAATTT-AGT---TTTTTC--GCTATTT-T----T-TAGGCAATA---AT-TC--AAAATCTTATAAATT---TTT-TTAAAAAGGG---AT-ATCGCT-ATTT---TATATTTTAAA-AGGTTTTCTC--TGCGGCATCTCATTGTATATATATTATGTA-GT----ACTT-TAA-CCAAAG--AA--AATAGT-TTGT-GAAT-A--ATTT-TGTTAAGTC---TA--AA-TCTCCT-AGTAAA--TAT-TTTTCTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C-------TGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGNNNNNNNN--NNN-NN-NNN--NNN-NNNN--NNN--NNN-NNN-----NN-NNN--NNNNNN-NNNNNN--NTAGTA--TGGTTTATAT-------GA
gi|1 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttAGTGAA---T-ACTC-TGCA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AATGCT-T-AAGCGCTTTttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaagtgaatactctgcagcaacgacaataaagcgcagctaatgcttaagcgcttt
gi|10 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttattgtttatatttcacaaatcaactaatcaattcattgaatttcaaagcttaaaatattctttagaattagtttctattcataagtttacttactacatgtatctattgtttacgaactatatttcaaatgcaatgtcaacttaccgcaccattctcctgtgtatcaatgaaacaatcaaacataacataagaaattatagaatatgttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgagggtgtatattaattaaataaaagttccaaacattccaaaccatgtcaaatttagttttttcgctattttttaggcaataattcaaaatcttataaatttttttaaaaagggatatcgctattttatattttaaaaggttttctctgcggcatctcattgtatatatattatgtagtactttaaccaaagaaaatagtttgtgaataattttgttaagtctaaatctcctagtaaatatttttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtatggtttatatgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C-------TGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-TG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GC---AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--T
gi|10 : aatgctctataggcAA---T-ACTC-TGA--GC-ACC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatactctgagcaccgacaataaagcgcagctaacgcttaagcgctttaaaa
gi|11 : aatgctctataggcatttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgaaccttccaactgaggtcgttccgcacgcaaaacgcagcgcattatgggtagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGT-TTCATATTT-CACAAGAA-TTCAA--CTAAATCAAATTTCATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATTTAT-TACAACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATTTCTTTTAGAAT-T-AGCTT
gi|12 : cctctaaaatccgccacttgcctttgtccaaaagattttgaaaagttgtcaagaagttaaaaaatgttttcacctttgttaacaacttcatcactgcccgtgttcC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AT-GC---AGCGCA-TTA-GG--GTGGTA--TGGTTTATATACTTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGAA---T-ACTT-CG-A-GC-AAC-GACAAT-ATAAGCG-CAAGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAc
gi|14 : AA---T-ACCT-CGAA-CT-AAC-GTCAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGC--T-AAGCGCT
gi|16 : attctgccatagggtgagaggtaatccggcgaagtgaaatgaGGTT-A---A------CTGCAG-TTTGT-GTCTGATTTCTTGAACCTTCCA-AAC-AG-AGG--TCGTTTCC--GCA--CGC-AA
gi|17 : AGTGAAACAT-ACTC-T-AA-GT-GAC-GACAAT-A-AAGCG-C-
gi|18 : ggtggcggtaatccggaCTTCC--ATC-AG-AGG--TCG-TT-C--GCA--CGC-AAACTAAGACAACA--AGAGCA-TTATGG--GTAGTtatcttag
gi|19 : aaAAGCTTCT--GAC-AG-AGG--TTG-TTCC--GCA--TGC-AGA----------------GCA-TTATGG--GTAGTA--
gi|2 : tttcccacATTGTGTTCATATTT-CACAA-GA-TCAAA--CT-A-TCAAATT-C-TT-G-CTTTCT-T-CATCGCAGCCACATATATGTAT-ACGTGTTAATAGTTTTAA-AATATT---TTTAGCATGTA--CTTTCT-AG--TTCATA-G--TTACT-A-TAGATGGTATCTATTGTTTAC--GA--ACT-AAT---TTC-AAAT---------------ACT-AGAG-TGTCA-TCCATTCTCCCTGTGTATTC-AATGAAAC-AAATCAAACAT----AACATAAGAAAATTATAGAATATG
gi|2 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttAGGGGGTG----TATAATTAATGAAAT-AAGA--GTTCC-AACCAT-----------GT-CAAATT--AGTGTTTTTTTTTTGCTATT-ATCTTGTATAGGCAATAATGAA-TTCAAA--TCTTATAATTTTTCTTT-TTAAAG--GG---AT-ATCGCT-ATT---CTATTATTTAAATAGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAG---T-T-ATGT-AGTACTAA--T-TAA--CAAAGAAAA--AA-AGTATTGT-GAAT-ATTTTTT-TGTTAAGTCGTATA-TAA-TCTCCT-AGTAAATTAAG-TT--CTCTT-------T-TTGT--ATAGGTA-A---T------C-GCAGGTTTGT-G----A-TTCTTGACCCTTCC--ATA-AG-AGGTCTCG-TTCCGGGCGT-CGC-AAA-----A--ACAACAGCGCA-TTATGG--GTAGTACTTGGTTTgtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggagggggtgtataattaatgaaataagagttccaaccatgtcaaattagtgttttttttttgctattatcttgtataggcaataatgaattcaaatcttataatttttctttttaaagggatatcgctattctattatttaaataggttttctctgcgcatctcattgtagttatgtagtactaattaacaaagaaaaaaagtattgtgaatatttttttgttaagtcgtatataatctcctagtaaattaagttctctttttgtataggtaatcgcaggtttgtgattcttgacccttccataagaggtctcgttccgggcgtcgcaaaaacaacagcgcattatgggtagtacttggttt
gi|21 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttattgtgttcatatttcacaagatcaaactatcaaattcttgctttcttcatcgcagccacatatatgtatacgtgttaatagttttaaaatatttttagcatgtactttctagttcatagttactatagatggtatctattgtttacgaactaatttcaaatactagagtgtcatccattctccctgtgtattcaatgaaacaaatcaaacataacataagaaaattatagaatatggtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggCTTCC--ACC-AG-AGG--TCG-TTTC--GCA--CGCTAAA-----AC-ACA--GG-GCA-TTATGG--GTA
gi|22 : a---T-ACTC-TGGA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-TAAAGCGCTTTAA
gi|24 : AA---T-ACTC-TGA---CTAAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-T--AGCGCTTT
gi|26 : AAACTTCC--GCC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-
gi|3 : ATTGT-TTCCTATTTTCACAA-AAATCAGAACCTAA-TCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT--TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCGATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT--TCGCTTACTTCACTATATTT---A-AGGTTTTCTC--TGCG-CAT-TCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATATTG--GAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAATTCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-T-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---T-ACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|4 : ATTGT-TTCCTATTTTCACAA-AAATCAGAACCTAA-TCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT--TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCGATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT--TCGCTTACTTCACTATATTT---A-AGGTTTTCTC--TGCG-CAT-TCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATATTG--GAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAATTCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-T-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---T-ACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|5 : AAT-TTATAA-----TTTT-TTAAAA--GGGGAAT-ATCGCT-ACTTC--TATATTT-AAA-AGGTTTTCTCGTTGCGACATCTCATTGT-----TAT-AT-TA-GT----ACTTCTAATCCAAAGAAAATGGATAGCATTGT-GAAT-A----TT-TGTTAAGTC---TATAAA-TCTCCTGAGTAAA--AAT-TT--CTCTGTGTGGTTT-TTGTA-ATAGGTA-AAGTT------CTGCAGGTTTGTGG----ATTTCTTGAACCTTTCCAAACAAG-AGG--TCGCTTCC--GCATTTGC-AAAAT---AC-GC---AGTGCA-TTATGGAAGTAGTA--TGGTTTAT-T---------AGATTC
gi|5 : AA---T-ACTTATGA--GC-AACCGACAATTA-AAGCGAC-AGCT--AACGCGGT-AAGCGCTTTAAGAatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatacttatgagcaaccgacaattaaagcgacagctaacgcggtaagcgctttaagaa
gi|6 : aatttataattttttaaaaggggaatatcgctacttctatatttaaaaggttttctcgttgcgacatctcattgttatattagtacttctaatccaaagaaaatggatagcattgtgaatatttgttaagtctataaatctcctgagtaaaaatttctctgtgtggtttttgtaataggtaaagttctgcaggtttgtggatttcttgaacctttccaaacaagaggtcgcttccgcatttgcaaaatacgcagtgcattatggaagtagtatggtttattagattcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTGT-TTCATATTT-CACAA-A--TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATTTGAATTTCTCTTCATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTT-AA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTTGAAA-TTAGCTTTCT-ACTATTCATA-GCTTTACT-ACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT-AAa
gi|7 : ttaagcccccgcaaggctctcgggttttagtgctttagaggaataattaccgtaagtttgtcaccaaataggggggggggggcacctctaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttATTGT-TTCATATTT-CACAA-A--TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATGT-TAT-ACG-TTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-T-AGCTTTCT-A---TTCACA-G-TATACT-ACTACAT-GTATCTATTGTTTAAC----GACTGAATATTTTCAAAATG-AATAGT-----CAA--------TGTCACTCCATTCTCCT-GTGTATTCAAATG-AAC---ATCAAACATTAT-AACA-AAGAAAAT--T-GTATAaaaaaggatgcaattcaa
gi|8 : gtaccctctaaatccgccattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttAGAGTAGAGGGATGGGGTTAT-TT-AATTAGAT-AAAA--GTTCCGAACCATTCCAAAACCATGTTCAAAATTAAGT---TTTTT-CGCGTATTTCT----T---GG--A-A-TAATATTCAA---TCTTATAA----TTTTTATTAAAG--GG---CTTATCGCT-ACTTC--TATATTTTAAA-AAGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGT-C---TAT-ATGT-AGT----ACTT-TAA-CC-AACAAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--ATTT-TGTAAAGTC---TA--AA-TCCCCT-AGTAAA--AAT-TT--ATC---------T-TTGTA-ATAGGTACA---CATGTAACTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTgatatgttttat
gi|9 : agagagacgagagagcagtagagagagagagagtatgT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGTGGAAT-A--TTTTGTCTTAAGTC---TA-ACA-TCT-CT-AGTAAG--CATGTT--CTC---------TCTTGTA-ATAGGTA-A----------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACC-TCC--AA--AGCAGG--TCG-TTGC--GCA--CGC---A-----AC-GC---AGCGCA-TTATTG--GTAGTA--TGGTTTAAAT-------GA
gi|9 : AGTGAA---TTACTC-TGA--GC-AAC-GACAATAA-AAGCG-C-AGtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattcgagagtctgcgctatggtggcggtaatccggaagtgaattactctgagcaacgacaataaaagcgcagt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|15 ): CCTCTAATTTCGCCATTGCCTGTCCAAAAGATTTGAACAAAGTGTCAAGAAGAAGTTGTAATAATGTTCACT
Unaligned ( gi|20 ): AATTATAATTTTGGTCACGAAAGGGGGGGGGCGCCTCTAAATCCACCTATGCA
Unaligned ( gi|23 ): TGATTAAGTTTGGTCACCAAAGGGGGGGAGGCTCTAAATCCGCCACT
Unaligned ( gi|25 ): TTAAGTTTGGTCACCAAAAGGGGAGGGGCTTTAAATCCGCC
Unaligned ( gi|27 ): ATGGATATTGAAGATGATGAAGATTATCTTGAAG
Alignments
lowQualScore : 1 22 11 1 1 1 22222 1 111111 666666666666666666666666 1 111 2222 11 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 2222 2 22 11 111 111111 1111 111 11 1 222 1 1 22222 11 2222 11 11111 111 11 1 222222222 1 22222222222 1111111111111 22222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 111
lowQualScore : 5 1 5 33 55 5 5 1 5 1 0 5 77 5 0 5 0 5 5 1 77 5 999 44444 6 6 6 2 888888 6 0 8 8 111111111111111111111111 3 1 1 1 5 0 8 0 222 2222 8 99 0 22 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3 4444 11 8 0 55 8 0 8 1 8 00 444 77 0 66 888888 0 88 8 44 9999 6 99 111 44 3 1 555 6 9 99 3 6 00000 6 44 7777 5 5 4 77 00 55555 5 000 88 1 5 77 5 66 666666666 5 0 4 33333333333 1 1 4 9999 77 0 3 3 44 6 44 77 3 8888888888888 1 7 55 66 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666 3 3 66 3 3 7 3 3 3 999 4 4
lowQualScore : . . . .. .. . . . . . . . .. . . . . . . . .. . ... ..... . . . . ...... . . . . ........................ . . . . . . . . ... .... . .. . .. .............................................................. . . .... .. . . .. . . . . . .. ... .. . .. ...... . .. . .. .... . .. ... .. . . ... . . .. . . ..... . .. .... . . . .. .. ..... . ... .. . . .. . .. ......... . . . ........... . . . .... .. . . . .. . .. .. . ............. . . .. .. ........ ..................................................................... ... . . .. . . . . . . ... . .
lowQualScore : 7 4 7 44 77 7 7 4 7 4 7 7 99 0 6 7 1 7 7 4 99 7 666 33333 7 7 7 7 888888 7 8 2 0 000000000000000000000000 6 4 4 4 0 8 0 8 000 2222 8 00 8 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0000 88 0 4 00 0 8 0 4 0 88 000 00 6 44 666666 8 88 0 00 0000 7 22 777 00 3 0 222 7 8 22 3 7 55555 7 77 7777 7 7 0 99 77 77777 7 000 11 4 7 99 0 99 999999999 0 0 4 66666666666 1 1 4 4444 99 2 1 1 22 2 22 33 1 5555555555555 5 3 00 11 88888888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 6 6 11 6 6 3 6 6 6 666 4 4
consensus : ATTGT-TTCATATTT-CACAA-AA-TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTCCCTGCAACTGAGAACTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACANAAGAAAAT--TAGTATATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCTATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGC-TACTTC-CTA-TATTT-AAAAGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAA-TCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA---T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
Reference ( family-1969 ) : ATTGT-TTCATATTT-CACAA-AA-TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTCCCTGCAACTGAGAACTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACANAAGAAAAT--TAGTATATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCTATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGC-TACTTC-CTA-TATTTTAAAAGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAA-TCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA---T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|1 : ATTGT-TT-ATATTT-CACAA-A--TCAA---CTAA-TCAA-----------------TT-CATTGAA-------------------TTTCAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAG--TTTCT-A---TTCATAAG-TTTACTTACTACAT-GTATCTATTGTTTAC--GAA--CT-A-TAT-TTC-AAATGCAAT-GTC-----AACT------TACCGCACCATTCTCCTG-TGTAT-C-AATGAAACAA--TCAAACAT----AACATAAGAAATTA-TAGAATATGTTTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA-T--GAGGGTG----TATATT-AATTAAAT-AAAA--GTTCC-AAACATTCCAAA-CCATGT-CAAATTT-AGT---TTTTTC--GCTATTT-T----T-TAGGCAATA---AT-TC--AAAATCTTATAAATT---TTT-TTAAAAAGGG---AT-ATCGC-TATTT---TA-TATTTTAAAAGGTTTTCTC--TGCGGCATCTCATTGTATATATATTATGTA-GT----ACTT-TAA-CCAAAG--AA--AATAGT-TTGT-GAAT-A--ATTT-TGTTAAGTC---TA--AA-TCTCCT-AGTAAA--TAT-TTTTCTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C-------TGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGNNNNNNNN--NNN-NN-NNN--NNN-NNNN--NNN--NNN-NNN-----NN-NNN--NNNNNN-NNNNNN--NTAGTA--TGGTTTATAT-------GA
gi|1 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttAGTGAA---T-ACTC-TGCA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AATGCT-T-AAGCGCTTTttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaagtgaatactctgcagcaacgacaataaagcgcagctaatgcttaagcgcttt
gi|10 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttattgtttatatttcacaaatcaactaatcaattcattgaatttcaaagcttaaaatattctttagaattagtttctattcataagtttacttactacatgtatctattgtttacgaactatatttcaaatgcaatgtcaacttaccgcaccattctcctgtgtatcaatgaaacaatcaaacataacataagaaattatagaatatgttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgagggtgtatattaattaaataaaagttccaaacattccaaaccatgtcaaatttagttttttcgctattttttaggcaataattcaaaatcttataaatttttttaaaaagggatatcgctattttatattttaaaaggttttctctgcggcatctcattgtatatatattatgtagtactttaaccaaagaaaatagtttgtgaataattttgttaagtctaaatctcctagtaaatatttttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtatggtttatatgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C-------TGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-TG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GC---AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--T
gi|10 : aatgctctataggcAA---T-ACTC-TGA--GC-ACC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatactctgagcaccgacaataaagcgcagctaacgcttaagcgctttaaaa
gi|11 : aatgctctataggcatttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgaaccttccaactgaggtcgttccgcacgcaaaacgcagcgcattatgggtagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGT-TTCATATTT-CACAAGAA-TTCAA--CTAAATCAAATTTCATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATTTAT-TACAACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATTTCTTTTAGAAT-T-AGCTT
gi|12 : cctctaaaatccgccacttgcctttgtccaaaagattttgaaaagttgtcaagaagttaaaaaatgttttcacctttgttaacaacttcatcactgcccgtgttcC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AT-GC---AGCGCA-TTA-GG--GTGGTA--TGGTTTATATACTTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGAA---T-ACTT-CG-A-GC-AAC-GACAAT-ATAAGCG-CAAGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAc
gi|14 : AA---T-ACCT-CGAA-CT-AAC-GTCAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGC--T-AAGCGCT
gi|16 : attctgccatagggtgagaggtaatccggcgaagtgaaatgaGGTT-A---A------CTGCAG-TTTGT-GTCTGATTTCTTGAACCTTCCA-AAC-AG-AGG--TCGTTTCC--GCA--CGC-AA
gi|17 : AGTGAAACAT-ACTC-T-AA-GT-GAC-GACAAT-A-AAGCG-C-
gi|18 : ggtggcggtaatccggaCTTCC--ATC-AG-AGG--TCG-TT-C--GCA--CGC-AAACTAAGACAACA--AGAGCA-TTATGG--GTAGTtatcttag
gi|19 : aaAAGCTTCT--GAC-AG-AGG--TTG-TTCC--GCA--TGC-AGA----------------GCA-TTATGG--GTAGTA--
gi|2 : tttcccacATTGTGTTCATATTT-CACAA-GA-TCAAA--CT-A-TCAAATT-C-TT-G-CTTTCT-T-CATCGCAGCCACATATATGTAT-ACGTGTTAATAGTTTTAA-AATATT---TTTAGCATGTA--CTTTCT-AG--TTCATA-G--TTACT-A-TAGATGGTATCTATTGTTTAC--GA--ACT-AAT---TTC-AAAT---------------ACT-AGAG-TGTCA-TCCATTCTCCCTGTGTATTC-AATGAAAC-AAATCAAACAT----AACATAAGAAAATTATAGAATATG
gi|2 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttAGGGGGTG----TATAATTAATGAAAT-AAGA--GTTCC-AACCAT-----------GT-CAAATT--AGTGTTTTTTTTTTGCTATT-ATCTTGTATAGGCAATAATGAA-TTCAAA--TCTTATAATTTTTCTTT-TTAAAG--GG---AT-ATCGC-TA--TT-CTATTATTTAAATAGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAG---T-T-ATGT-AGTACTAA--T-TAA--CAAAGAAAA--AA-AGTATTGT-GAAT-ATTTTTT-TGTTAAGTCGTATA-TAA-TCTCCT-AGTAAATTAAG-TT--CTCTT-------T-TTGT--ATAGGTA-A---T------C-GCAGGTTTGT-G----A-TTCTTGACCCTTCC--ATA-AG-AGGTCTCG-TTCCGGGCGT-CGC-AAA-----A--ACAACAGCGCA-TTATGG--GTAGTACTTGGTTTgtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggagggggtgtataattaatgaaataagagttccaaccatgtcaaattagtgttttttttttgctattatcttgtataggcaataatgaattcaaatcttataatttttctttttaaagggatatcgctattctattatttaaataggttttctctgcgcatctcattgtagttatgtagtactaattaacaaagaaaaaaagtattgtgaatatttttttgttaagtcgtatataatctcctagtaaattaagttctctttttgtataggtaatcgcaggtttgtgattcttgacccttccataagaggtctcgttccgggcgtcgcaaaaacaacagcgcattatgggtagtacttggttt
gi|21 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttattgtgttcatatttcacaagatcaaactatcaaattcttgctttcttcatcgcagccacatatatgtatacgtgttaatagttttaaaatatttttagcatgtactttctagttcatagttactatagatggtatctattgtttacgaactaatttcaaatactagagtgtcatccattctccctgtgtattcaatgaaacaaatcaaacataacataagaaaattatagaatatggtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggCTTCC--ACC-AG-AGG--TCG-TTTC--GCA--CGCTAAA-----AC-ACA--GG-GCA-TTATGG--GTA
gi|22 : a---T-ACTC-TGGA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-TAAAGCGCTTTAA
gi|24 : AA---T-ACTC-TGA---CTAAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-T--AGCGCTTT
gi|26 : AAACTTCC--GCC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-
gi|3 : ATTGT-TTCCTATTTTCACAA-AAATCAGAACCTAA-TCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT--TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCGATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT--TCGCTTACTTCACTA-TATTT---AAGGTTTTCTC--TGCG-CAT-TCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATATTG--GAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAATTCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-T-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---T-ACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|4 : ATTGT-TTCCTATTTTCACAA-AAATCAGAACCTAA-TCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT--TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCGATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT--TCGCTTACTTCACTA-TATTT---AAGGTTTTCTC--TGCG-CAT-TCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATATTG--GAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAATTCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-T-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---T-ACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|5 : AAT-TTATAA-----TTTT-TTAAAA--GGGGAAT-ATCGC-TACTTC--TA-TATTT-AAAAGGTTTTCTCGTTGCGACATCTCATTGT-----TAT-AT-TA-GT----ACTTCTAATCCAAAGAAAATGGATAGCATTGT-GAAT-A----TT-TGTTAAGTC---TATAAA-TCTCCTGAGTAAA--AAT-TT--CTCTGTGTGGTTT-TTGTA-ATAGGTA-AAGTT------CTGCAGGTTTGTGG----ATTTCTTGAACCTTTCCAAACAAG-AGG--TCGCTTCC--GCATTTGC-AAAAT---AC-GC---AGTGCA-TTATGGAAGTAGTA--TGGTTTAT-T---------AGATTC
gi|5 : AA---T-ACTTATGA--GC-AACCGACAATTA-AAGCGAC-AGCT--AACGCGGT-AAGCGCTTTAAGAatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatacttatgagcaaccgacaattaaagcgacagctaacgcggtaagcgctttaagaa
gi|6 : aatttataattttttaaaaggggaatatcgctacttctatatttaaaaggttttctcgttgcgacatctcattgttatattagtacttctaatccaaagaaaatggatagcattgtgaatatttgttaagtctataaatctcctgagtaaaaatttctctgtgtggtttttgtaataggtaaagttctgcaggtttgtggatttcttgaacctttccaaacaagaggtcgcttccgcatttgcaaaatacgcagtgcattatggaagtagtatggtttattagattcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTGT-TTCATATTT-CACAA-A--TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATTTGAATTTCTCTTCATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTT-AA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTTGAAA-TTAGCTTTCT-ACTATTCATA-GCTTTACT-ACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT-AAa
gi|7 : ttaagcccccgcaaggctctcgggttttagtgctttagaggaataattaccgtaagtttgtcaccaaataggggggggggggcacctctaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttATTGT-TTCATATTT-CACAA-A--TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATGT-TAT-ACG-TTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-T-AGCTTTCT-A---TTCACA-G-TATACT-ACTACAT-GTATCTATTGTTTAAC----GACTGAATATTTTCAAAATG-AATAGT-----CAA--------TGTCACTCCATTCTCCT-GTGTATTCAAATG-AAC---ATCAAACATTAT-AACA-AAGAAAAT--T-GTATAaaaaaggatgcaattcaa
gi|8 : gtaccctctaaatccgccattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttAGAGTAGAGGGATGGGGTTAT-TT-AATTAGAT-AAAA--GTTCCGAACCATTCCAAAACCATGTTCAAAATTAAGT---TTTTT-CGCGTATTTCT----T---GG--A-A-TAATATTCAA---TCTTATAA----TTTTTATTAAAG--GG---CTTATCGC-TACTTC--TA-TATTTTAAAAAGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGT-C---TAT-ATGT-AGT----ACTT-TAA-CC-AACAAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--ATTT-TGTAAAGTC---TA--AA-TCCCCT-AGTAAA--AAT-TT--ATC---------T-TTGTA-ATAGGTACA---CATGTAACTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTgatatgttttat
gi|9 : agagagacgagagagcagtagagagagagagagtatgT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGTGGAAT-A--TTTTGTCTTAAGTC---TA-ACA-TCT-CT-AGTAAG--CATGTT--CTC---------TCTTGTA-ATAGGTA-A----------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACC-TCC--AA--AGCAGG--TCG-TTGC--GCA--CGC---A-----AC-GC---AGCGCA-TTATTG--GTAGTA--TGGTTTAAAT-------GA
gi|9 : AGTGAA---TTACTC-TGA--GC-AAC-GACAATAA-AAGCG-C-AGtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattcgagagtctgcgctatggtggcggtaatccggaagtgaattactctgagcaacgacaataaaagcgcagt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|15 ): CCTCTAATTTCGCCATTGCCTGTCCAAAAGATTTGAACAAAGTGTCAAGAAGAAGTTGTAATAATGTTCACT
Unaligned ( gi|20 ): AATTATAATTTTGGTCACGAAAGGGGGGGGGCGCCTCTAAATCCACCTATGCA
Unaligned ( gi|23 ): TGATTAAGTTTGGTCACCAAAGGGGGGGAGGCTCTAAATCCGCCACT
Unaligned ( gi|25 ): TTAAGTTTGGTCACCAAAAGGGGAGGGGCTTTAAATCCGCC
Unaligned ( gi|27 ): ATGGATATTGAAGATGATGAAGATTATCTTGAAG
Alignments
lowQualScore : 1 22 11 1 1 1 22222 1 111111 666666666666666666666666 1 111 2222 11 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 2222 2 22 11 111 111111 1111 111 11 1 111 1 11111 1 2222 11 11111 111 11 1 222222222 1 22222222222 1111111111111 22222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 111
lowQualScore : 5 1 5 33 55 5 5 1 5 1 0 5 77 5 0 5 0 5 5 1 77 5 999 44444 6 6 6 2 888888 6 0 8 8 111111111111111111111111 3 1 1 1 5 0 8 0 222 2222 8 99 0 22 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3 4444 11 8 0 55 8 0 8 1 8 00 444 77 0 66 888888 0 88 8 44 9999 6 99 111 44 3 1 999 6 6 7 6 99 3 6 22222 6 5 7777 5 5 4 77 00 55555 5 000 88 1 5 77 5 66 666666666 5 0 4 33333333333 1 1 4 9999 77 0 3 3 44 6 44 77 3 8888888888888 1 7 55 66 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666 3 3 66 3 3 7 3 3 3 999 4 4
lowQualScore : . . . .. .. . . . . . . . .. . . . . . . . .. . ... ..... . . . . ...... . . . . ........................ . . . . . . . . ... .... . .. . .. .............................................................. . . .... .. . . .. . . . . . .. ... .. . .. ...... . .. . .. .... . .. ... .. . . ... . . . . .. . . ..... . . .... . . . .. .. ..... . ... .. . . .. . .. ......... . . . ........... . . . .... .. . . . .. . .. .. . ............. . . .. .. ........ ..................................................................... ... . . .. . . . . . . ... . .
lowQualScore : 7 4 7 44 77 7 7 4 7 4 7 7 99 0 6 7 1 7 7 4 99 7 666 33333 7 7 7 7 888888 7 8 2 0 000000000000000000000000 6 4 4 4 0 8 0 8 000 2222 8 00 8 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0000 88 0 4 00 0 8 0 4 0 88 000 00 6 44 666666 8 88 0 00 0000 7 22 777 00 3 0 555 7 7 3 7 22 3 7 33333 7 5 7777 7 7 0 99 77 77777 7 000 11 4 7 99 0 99 999999999 0 0 4 66666666666 1 1 4 4444 99 2 1 1 22 2 22 33 1 5555555555555 5 3 00 11 88888888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 6 6 11 6 6 3 6 6 6 666 4 4
consensus : ATTGT-TTCATATTT-CACAA-AA-TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTCCCTGCAACTGAGAACTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACANAAGAAAAT--TAGTATATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCTATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGC-TACTTC-CTA-TA-TTTAAA-AGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAA-TCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA---T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
Reference ( family-1969 ) : ATTGT-TTCATATTT-CACAA-AA-TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTCCCTGCAACTGAGAACTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACANAAGAAAAT--TAGTATATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCTATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGC-TACTTC-CTA-TA-TTTAAA-AGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAA-TCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA---T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|1 : ATTGT-TT-ATATTT-CACAA-A--TCAA---CTAA-TCAA-----------------TT-CATTGAA-------------------TTTCAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAG--TTTCT-A---TTCATAAG-TTTACTTACTACAT-GTATCTATTGTTTAC--GAA--CT-A-TAT-TTC-AAATGCAAT-GTC-----AACT------TACCGCACCATTCTCCTG-TGTAT-C-AATGAAACAA--TCAAACAT----AACATAAGAAATTA-TAGAATATGTTTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA-T--GAGGGTG----TATATT-AATTAAAT-AAAA--GTTCC-AAACATTCCAAA-CCATGT-CAAATTT-AGT---TTTTTC--GCTATTT-T----T-TAGGCAATA---AT-TC--AAAATCTTATAAATT---TTT-TTAAAAAGGG---AT-ATCGC-TATTTT-ATA-T--TTTAAA-AGGTTTTCTC--TGCGGCATCTCATTGTATATATATTATGTA-GT----ACTT-TAA-CCAAAG--AA--AATAGT-TTGT-GAAT-A--ATTT-TGTTAAGTC---TA--AA-TCTCCT-AGTAAA--TAT-TTTTCTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C-------TGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGNNNNNNNN--NNN-NN-NNN--NNN-NNNN--NNN--NNN-NNN-----NN-NNN--NNNNNN-NNNNNN--NTAGTA--TGGTTTATAT-------GA
gi|1 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttAGTGAA---T-ACTC-TGCA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AATGCT-T-AAGCGCTTTttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaagtgaatactctgcagcaacgacaataaagcgcagctaatgcttaagcgcttt
gi|10 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttattgtttatatttcacaaatcaactaatcaattcattgaatttcaaagcttaaaatattctttagaattagtttctattcataagtttacttactacatgtatctattgtttacgaactatatttcaaatgcaatgtcaacttaccgcaccattctcctgtgtatcaatgaaacaatcaaacataacataagaaattatagaatatgttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgagggtgtatattaattaaataaaagttccaaacattccaaaccatgtcaaatttagttttttcgctattttttaggcaataattcaaaatcttataaatttttttaaaaagggatatcgctattttatattttaaaaggttttctctgcggcatctcattgtatatatattatgtagtactttaaccaaagaaaatagtttgtgaataattttgttaagtctaaatctcctagtaaatatttttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtatggtttatatgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C-------TGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-TG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GC---AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--T
gi|10 : aatgctctataggcAA---T-ACTC-TGA--GC-ACC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatactctgagcaccgacaataaagcgcagctaacgcttaagcgctttaaaa
gi|11 : aatgctctataggcatttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgaaccttccaactgaggtcgttccgcacgcaaaacgcagcgcattatgggtagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGT-TTCATATTT-CACAAGAA-TTCAA--CTAAATCAAATTTCATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATTTAT-TACAACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATTTCTTTTAGAAT-T-AGCTT
gi|12 : cctctaaaatccgccacttgcctttgtccaaaagattttgaaaagttgtcaagaagttaaaaaatgttttcacctttgttaacaacttcatcactgcccgtgttcC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AT-GC---AGCGCA-TTA-GG--GTGGTA--TGGTTTATATACTTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGAA---T-ACTT-CG-A-GC-AAC-GACAAT-ATAAGCG-CAAGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAc
gi|14 : AA---T-ACCT-CGAA-CT-AAC-GTCAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGC--T-AAGCGCT
gi|16 : attctgccatagggtgagaggtaatccggcgaagtgaaatgaGGTT-A---A------CTGCAG-TTTGT-GTCTGATTTCTTGAACCTTCCA-AAC-AG-AGG--TCGTTTCC--GCA--CGC-AA
gi|17 : AGTGAAACAT-ACTC-T-AA-GT-GAC-GACAAT-A-AAGCG-C-
gi|18 : ggtggcggtaatccggaCTTCC--ATC-AG-AGG--TCG-TT-C--GCA--CGC-AAACTAAGACAACA--AGAGCA-TTATGG--GTAGTtatcttag
gi|19 : aaAAGCTTCT--GAC-AG-AGG--TTG-TTCC--GCA--TGC-AGA----------------GCA-TTATGG--GTAGTA--
gi|2 : tttcccacATTGTGTTCATATTT-CACAA-GA-TCAAA--CT-A-TCAAATT-C-TT-G-CTTTCT-T-CATCGCAGCCACATATATGTAT-ACGTGTTAATAGTTTTAA-AATATT---TTTAGCATGTA--CTTTCT-AG--TTCATA-G--TTACT-A-TAGATGGTATCTATTGTTTAC--GA--ACT-AAT---TTC-AAAT---------------ACT-AGAG-TGTCA-TCCATTCTCCCTGTGTATTC-AATGAAAC-AAATCAAACAT----AACATAAGAAAATTATAGAATATG
gi|2 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttAGGGGGTG----TATAATTAATGAAAT-AAGA--GTTCC-AACCAT-----------GT-CAAATT--AGTGTTTTTTTTTTGCTATT-ATCTTGTATAGGCAATAATGAA-TTCAAA--TCTTATAATTTTTCTTT-TTAAAG--GG---AT-ATCGC-TA--TT-CTATTA-TTTAAATAGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAG---T-T-ATGT-AGTACTAA--T-TAA--CAAAGAAAA--AA-AGTATTGT-GAAT-ATTTTTT-TGTTAAGTCGTATA-TAA-TCTCCT-AGTAAATTAAG-TT--CTCTT-------T-TTGT--ATAGGTA-A---T------C-GCAGGTTTGT-G----A-TTCTTGACCCTTCC--ATA-AG-AGGTCTCG-TTCCGGGCGT-CGC-AAA-----A--ACAACAGCGCA-TTATGG--GTAGTACTTGGTTTgtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggagggggtgtataattaatgaaataagagttccaaccatgtcaaattagtgttttttttttgctattatcttgtataggcaataatgaattcaaatcttataatttttctttttaaagggatatcgctattctattatttaaataggttttctctgcgcatctcattgtagttatgtagtactaattaacaaagaaaaaaagtattgtgaatatttttttgttaagtcgtatataatctcctagtaaattaagttctctttttgtataggtaatcgcaggtttgtgattcttgacccttccataagaggtctcgttccgggcgtcgcaaaaacaacagcgcattatgggtagtacttggttt
gi|21 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttattgtgttcatatttcacaagatcaaactatcaaattcttgctttcttcatcgcagccacatatatgtatacgtgttaatagttttaaaatatttttagcatgtactttctagttcatagttactatagatggtatctattgtttacgaactaatttcaaatactagagtgtcatccattctccctgtgtattcaatgaaacaaatcaaacataacataagaaaattatagaatatggtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggCTTCC--ACC-AG-AGG--TCG-TTTC--GCA--CGCTAAA-----AC-ACA--GG-GCA-TTATGG--GTA
gi|22 : a---T-ACTC-TGGA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-TAAAGCGCTTTAA
gi|24 : AA---T-ACTC-TGA---CTAAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-T--AGCGCTTT
gi|26 : AAACTTCC--GCC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-
gi|3 : ATTGT-TTCCTATTTTCACAA-AAATCAGAACCTAA-TCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT--TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCGATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT--TCGCTTACTTCACTA-TA-TTT--A-AGGTTTTCTC--TGCG-CAT-TCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATATTG--GAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAATTCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-T-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---T-ACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|4 : ATTGT-TTCCTATTTTCACAA-AAATCAGAACCTAA-TCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT--TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCGATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT--TCGCTTACTTCACTA-TA-TTT--A-AGGTTTTCTC--TGCG-CAT-TCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATATTG--GAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAATTCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-T-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---T-ACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|5 : AAT-TTATAA-----TTTT-TTAAAA--GGGGAAT-ATCGC-TACTTC--TA-TA-TTTAAA-AGGTTTTCTCGTTGCGACATCTCATTG--T---TAT-AT-T-AGT----ACTTCTAATCCAAAGAAAATGGATAGCATTGT-GAAT-A----TT-TGTTAAGTC---TATAAA-TCTCCTGAGTAAA--AAT-TT--CTCTGTGTGGTTT-TTGTA-ATAGGTA-AAGTT------CTGCAGGTTTGTGG----ATTTCTTGAACCTTTCCAAACAAG-AGG--TCGCTTCC--GCATTTGC-AAAAT---AC-GC---AGTGCA-TTATGGAAGTAGTA--TGGTTTAT-T---------AGATTC
gi|5 : AA---T-ACTTATGA--GC-AACCGACAATTA-AAGCGAC-AGCT--AACGCGGT-AAGCGCTTTAAGAatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatacttatgagcaaccgacaattaaagcgacagctaacgcggtaagcgctttaagaa
gi|6 : aatttataattttttaaaaggggaatatcgctacttctatatttaaaaggttttctcgttgcgacatctcattgttatattagtacttctaatccaaagaaaatggatagcattgtgaatatttgttaagtctataaatctcctgagtaaaaatttctctgtgtggtttttgtaataggtaaagttctgcaggtttgtggatttcttgaacctttccaaacaagaggtcgcttccgcatttgcaaaatacgcagtgcattatggaagtagtatggtttattagattcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTGT-TTCATATTT-CACAA-A--TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATTTGAATTTCTCTTCATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTT-AA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTTGAAA-TTAGCTTTCT-ACTATTCATA-GCTTTACT-ACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT-AAa
gi|7 : ttaagcccccgcaaggctctcgggttttagtgctttagaggaataattaccgtaagtttgtcaccaaataggggggggggggcacctctaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttATTGT-TTCATATTT-CACAA-A--TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATGT-TAT-ACG-TTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-T-AGCTTTCT-A---TTCACA-G-TATACT-ACTACAT-GTATCTATTGTTTAAC----GACTGAATATTTTCAAAATG-AATAGT-----CAA--------TGTCACTCCATTCTCCT-GTGTATTCAAATG-AAC---ATCAAACATTAT-AACA-AAGAAAAT--T-GTATAaaaaaggatgcaattcaa
gi|8 : gtaccctctaaatccgccattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttAGAGTAGAGGGATGGGGTTAT-TT-AATTAGAT-AAAA--GTTCCGAACCATTCCAAAACCATGTTCAAAATTAAGT---TTTTT-CGCGTATTTCT----T---GG--A-A-TAATATTCAA---TCTTATAA----TTTTTATTAAAG--GG---CTTATCGC-TACTT--CTA-TATTTTAAA-AAGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGT-C---TAT-ATGT-AGT----ACTT-TAA-CC-AACAAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--ATTT-TGTAAAGTC---TA--AA-TCCCCT-AGTAAA--AAT-TT--ATC---------T-TTGTA-ATAGGTACA---CATGTAACTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTgatatgttttat
gi|9 : agagagacgagagagcagtagagagagagagagtatgT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGTGGAAT-A--TTTTGTCTTAAGTC---TA-ACA-TCT-CT-AGTAAG--CATGTT--CTC---------TCTTGTA-ATAGGTA-A----------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACC-TCC--AA--AGCAGG--TCG-TTGC--GCA--CGC---A-----AC-GC---AGCGCA-TTATTG--GTAGTA--TGGTTTAAAT-------GA
gi|9 : AGTGAA---TTACTC-TGA--GC-AAC-GACAATAA-AAGCG-C-AGtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattcgagagtctgcgctatggtggcggtaatccggaagtgaattactctgagcaacgacaataaaagcgcagt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|15 ): CCTCTAATTTCGCCATTGCCTGTCCAAAAGATTTGAACAAAGTGTCAAGAAGAAGTTGTAATAATGTTCACT
Unaligned ( gi|20 ): AATTATAATTTTGGTCACGAAAGGGGGGGGGCGCCTCTAAATCCACCTATGCA
Unaligned ( gi|23 ): TGATTAAGTTTGGTCACCAAAGGGGGGGAGGCTCTAAATCCGCCACT
Unaligned ( gi|25 ): TTAAGTTTGGTCACCAAAAGGGGAGGGGCTTTAAATCCGCC
Unaligned ( gi|27 ): ATGGATATTGAAGATGATGAAGATTATCTTGAAG
Alignments
lowQualScore : 1 22 11 1 1 1 22222 1 111111 666666666666666666666666 1 111 2222 11 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 2222 2 22 11 111 111111 1111 111 11 1 111 1 11111 1 2222 11 11111 111 11 1 222222222 1 22222222222 1111111111111 22222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 111
lowQualScore : 5 1 5 33 55 5 5 1 5 1 0 5 77 5 0 5 0 5 5 1 77 5 999 44444 6 6 6 2 888888 6 0 8 8 111111111111111111111111 3 1 1 1 5 0 8 0 222 2222 8 99 0 22 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3 4444 11 8 0 55 8 0 8 1 8 00 444 77 0 66 888888 0 88 8 44 9999 6 99 111 44 3 1 999 6 6 7 6 99 3 6 22222 6 5 7777 5 5 4 77 00 55555 5 000 88 1 5 77 5 66 666666666 5 0 4 33333333333 1 1 4 9999 77 0 3 3 44 6 44 77 3 8888888888888 1 7 55 66 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666 3 3 66 3 3 7 3 3 3 999 4 4
lowQualScore : . . . .. .. . . . . . . . .. . . . . . . . .. . ... ..... . . . . ...... . . . . ........................ . . . . . . . . ... .... . .. . .. .............................................................. . . .... .. . . .. . . . . . .. ... .. . .. ...... . .. . .. .... . .. ... .. . . ... . . . . .. . . ..... . . .... . . . .. .. ..... . ... .. . . .. . .. ......... . . . ........... . . . .... .. . . . .. . .. .. . ............. . . .. .. ........ ..................................................................... ... . . .. . . . . . . ... . .
lowQualScore : 7 4 7 44 77 7 7 4 7 4 7 7 99 0 6 7 1 7 7 4 99 7 666 33333 7 7 7 7 888888 7 8 2 0 000000000000000000000000 6 4 4 4 0 8 0 8 000 2222 8 00 8 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0000 88 0 4 00 0 8 0 4 0 88 000 00 6 44 666666 8 88 0 00 0000 7 22 777 00 3 0 555 7 7 3 7 22 3 7 33333 7 5 7777 7 7 0 99 77 77777 7 000 11 4 7 99 0 99 999999999 0 0 4 66666666666 1 1 4 4444 99 2 1 1 22 2 22 33 1 5555555555555 5 3 00 11 88888888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 6 6 11 6 6 3 6 6 6 666 4 4
consensus : ATTGT-TTCATATTT-CACAA-AA-TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTCCCTGCAACTGAGAACTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACANAAGAAAAT--TAGTATATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCTATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGC-TACTTC-CTA-TA-TTTAAA-AGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAA-TCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA---T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
Reference ( family-1969 ) : ATTGT-TTCATATTT-CACAA-AA-TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTCCCTGCAACTGAGAACTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACANAAGAAAAT--TAGTATATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCTATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGC-TACTTC-CTA-TA-TTTAAA-AGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAA-TCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA---T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|1 : ATTGT-TT-ATATTT-CACAA-A--TCAA---CTAA-TCAA-----------------TT-CATTGAA-------------------TTTCAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAG--TTTCT-A---TTCATAAG-TTTACTTACTACAT-GTATCTATTGTTTAC--GAA--CT-A-TAT-TTC-AAATGCAAT-GTC-----AACT------TACCGCACCATTCTCCTG-TGTAT-C-AATGAAACAA--TCAAACAT----AACATAAGAAATTA-TAGAATATGTTTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA-T--GAGGGTG----TATATT-AATTAAAT-AAAA--GTTCC-AAACATTCCAAA-CCATGT-CAAATTT-AGT---TTTTTC--GCTATTT-T----T-TAGGCAATA---AT-TC--AAAATCTTATAAATT---TTT-TTAAAAAGGG---AT-ATCGC-TATTTT-ATA-T--TTTAAA-AGGTTTTCTC--TGCGGCATCTCATTGTATATATATTATGTA-GT----ACTT-TAA-CCAAAG--AA--AATAGT-TTGT-GAAT-A--ATTT-TGTTAAGTC---TA--AA-TCTCCT-AGTAAA--TAT-TTTTCTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C-------TGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGNNNNNNNN--NNN-NN-NNN--NNN-NNNN--NNN--NNN-NNN-----NN-NNN--NNNNNN-NNNNNN--NTAGTA--TGGTTTATAT-------GA
gi|1 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttAGTGAA---T-ACTC-TGCA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AATGCT-T-AAGCGCTTTttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaagtgaatactctgcagcaacgacaataaagcgcagctaatgcttaagcgcttt
gi|10 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttattgtttatatttcacaaatcaactaatcaattcattgaatttcaaagcttaaaatattctttagaattagtttctattcataagtttacttactacatgtatctattgtttacgaactatatttcaaatgcaatgtcaacttaccgcaccattctcctgtgtatcaatgaaacaatcaaacataacataagaaattatagaatatgttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgagggtgtatattaattaaataaaagttccaaacattccaaaccatgtcaaatttagttttttcgctattttttaggcaataattcaaaatcttataaatttttttaaaaagggatatcgctattttatattttaaaaggttttctctgcggcatctcattgtatatatattatgtagtactttaaccaaagaaaatagtttgtgaataattttgttaagtctaaatctcctagtaaatatttttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtatggtttatatgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C-------TGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-TG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GC---AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--T
gi|10 : aatgctctataggcAA---T-ACTC-TGA--GC-ACC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatactctgagcaccgacaataaagcgcagctaacgcttaagcgctttaaaa
gi|11 : aatgctctataggcatttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgaaccttccaactgaggtcgttccgcacgcaaaacgcagcgcattatgggtagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGT-TTCATATTT-CACAAGAA-TTCAA--CTAAATCAAATTTCATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATTTAT-TACAACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATTTCTTTTAGAAT-T-AGCTT
gi|12 : cctctaaaatccgccacttgcctttgtccaaaagattttgaaaagttgtcaagaagttaaaaaatgttttcacctttgttaacaacttcatcactgcccgtgttcC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AT-GC---AGCGCA-TTA-GG--GTGGTA--TGGTTTATATACTTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGAA---T-ACTT-CG-A-GC-AAC-GACAAT-ATAAGCG-CAAGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAc
gi|14 : AA---T-ACCT-CGAA-CT-AAC-GTCAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGC--T-AAGCGCT
gi|16 : attctgccatagggtgagaggtaatccggcgaagtgaaatgaGGTT-A---A------CTGCAG-TTTGT-GTCTGATTTCTTGAACCTTCCA-AAC-AG-AGG--TCGTTTCC--GCA--CGC-AA
gi|17 : AGTGAAACAT-ACTC-T-AA-GT-GAC-GACAAT-A-AAGCG-C-
gi|18 : ggtggcggtaatccggaCTTCC--ATC-AG-AGG--TCG-TT-C--GCA--CGC-AAACTAAGACAACA--AGAGCA-TTATGG--GTAGTtatcttag
gi|19 : aaAAGCTTCT--GAC-AG-AGG--TTG-TTCC--GCA--TGC-AGA----------------GCA-TTATGG--GTAGTA--
gi|2 : tttcccacATTGTGTTCATATTT-CACAA-GA-TCAAA--CT-A-TCAAATT-C-TT-G-CTTTCT-T-CATCGCAGCCACATATATGTAT-ACGTGTTAATAGTTTTAA-AATATT---TTTAGCATGTA--CTTTCT-AG--TTCATA-G--TTACT-A-TAGATGGTATCTATTGTTTAC--GA--ACT-AAT---TTC-AAAT---------------ACT-AGAG-TGTCA-TCCATTCTCCCTGTGTATTC-AATGAAAC-AAATCAAACAT----AACATAAGAAAATTATAGAATATG
gi|2 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttAGGGGGTG----TATAATTAATGAAAT-AAGA--GTTCC-AACCAT-----------GT-CAAATT--AGTGTTTTTTTTTTGCTATT-ATCTTGTATAGGCAATAATGAA-TTCAAA--TCTTATAATTTTTCTTT-TTAAAG--GG---AT-ATCGC-TA--TT-CTATTA-TTTAAATAGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAG---T-T-ATGT-AGTACTAA--T-TAA--CAAAGAAAA--AA-AGTATTGT-GAAT-ATTTTTT-TGTTAAGTCGTATA-TAA-TCTCCT-AGTAAATTAAG-TT--CTCTT-------T-TTGT--ATAGGTA-A---T------C-GCAGGTTTGT-G----A-TTCTTGACCCTTCC--ATA-AG-AGGTCTCG-TTCCGGGCGT-CGC-AAA-----A--ACAACAGCGCA-TTATGG--GTAGTACTTGGTTTgtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggagggggtgtataattaatgaaataagagttccaaccatgtcaaattagtgttttttttttgctattatcttgtataggcaataatgaattcaaatcttataatttttctttttaaagggatatcgctattctattatttaaataggttttctctgcgcatctcattgtagttatgtagtactaattaacaaagaaaaaaagtattgtgaatatttttttgttaagtcgtatataatctcctagtaaattaagttctctttttgtataggtaatcgcaggtttgtgattcttgacccttccataagaggtctcgttccgggcgtcgcaaaaacaacagcgcattatgggtagtacttggttt
gi|21 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttattgtgttcatatttcacaagatcaaactatcaaattcttgctttcttcatcgcagccacatatatgtatacgtgttaatagttttaaaatatttttagcatgtactttctagttcatagttactatagatggtatctattgtttacgaactaatttcaaatactagagtgtcatccattctccctgtgtattcaatgaaacaaatcaaacataacataagaaaattatagaatatggtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggCTTCC--ACC-AG-AGG--TCG-TTTC--GCA--CGCTAAA-----AC-ACA--GG-GCA-TTATGG--GTA
gi|22 : a---T-ACTC-TGGA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-TAAAGCGCTTTAA
gi|24 : AA---T-ACTC-TGA---CTAAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-T--AGCGCTTT
gi|26 : AAACTTCC--GCC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-
gi|3 : ATTGT-TTCCTATTTTCACAA-AAATCAGAACCTAA-TCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT--TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCGATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT--TCGCTTACTTCACTA-TA-TTT--A-AGGTTTTCTC--TGCG-CAT-TCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATATTG--GAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAATTCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-T-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---T-ACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|4 : ATTGT-TTCCTATTTTCACAA-AAATCAGAACCTAA-TCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT--TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCGATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT--TCGCTTACTTCACTA-TA-TTT--A-AGGTTTTCTC--TGCG-CAT-TCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATATTG--GAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAATTCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-T-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---T-ACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|5 : AAT-TTATAA-----TTTT-TTAAAA--GGGGAAT-ATCGC-TACTTC--TA-TA-TTTAAA-AGGTTTTCTCGTTGCGACATCTCATTG--T---TAT-AT-T-AGT----ACTTCTAATCCAAAGAAAATGGATAGCATTGT-GAAT-A----TT-TGTTAAGTC---TATAAA-TCTCCTGAGTAAA--AAT-TT--CTCTGTGTGGTTT-TTGTA-ATAGGTA-AAGTT------CTGCAGGTTTGTGG----ATTTCTTGAACCTTTCCAAACAAG-AGG--TCGCTTCC--GCATTTGC-AAAAT---AC-GC---AGTGCA-TTATGGAAGTAGTA--TGGTTTAT-T---------AGATTC
gi|5 : AA---T-ACTTATGA--GC-AACCGACAATTA-AAGCGAC-AGCT--AACGCGGT-AAGCGCTTTAAGAatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatacttatgagcaaccgacaattaaagcgacagctaacgcggtaagcgctttaagaa
gi|6 : aatttataattttttaaaaggggaatatcgctacttctatatttaaaaggttttctcgttgcgacatctcattgttatattagtacttctaatccaaagaaaatggatagcattgtgaatatttgttaagtctataaatctcctgagtaaaaatttctctgtgtggtttttgtaataggtaaagttctgcaggtttgtggatttcttgaacctttccaaacaagaggtcgcttccgcatttgcaaaatacgcagtgcattatggaagtagtatggtttattagattcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTGT-TTCATATTT-CACAA-A--TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATTTGAATTTCTCTTCATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTT-AA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTTGAAA-TTAGCTTTCT-ACTATTCATA-GCTTTACT-ACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT-AAa
gi|7 : ttaagcccccgcaaggctctcgggttttagtgctttagaggaataattaccgtaagtttgtcaccaaataggggggggggggcacctctaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttATTGT-TTCATATTT-CACAA-A--TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATGT-TAT-ACG-TTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-T-AGCTTTCT-A---TTCACA-G-TATACT-ACTACAT-GTATCTATTGTTTAAC----GACTGAATATTTTCAAAATG-AATAGT-----CAA--------TGTCACTCCATTCTCCT-GTGTATTCAAATG-AAC---ATCAAACATTAT-AACA-AAGAAAAT--T-GTATAaaaaaggatgcaattcaa
gi|8 : gtaccctctaaatccgccattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttAGAGTAGAGGGATGGGGTTAT-TT-AATTAGAT-AAAA--GTTCCGAACCATTCCAAAACCATGTTCAAAATTAAGT---TTTTT-CGCGTATTTCT----T---GG--A-A-TAATATTCAA---TCTTATAA----TTTTTATTAAAG--GG---CTTATCGC-TACTT--CTA-TATTTTAAA-AAGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGT-C---TAT-ATGT-AGT----ACTT-TAA-CC-AACAAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--ATTT-TGTAAAGTC---TA--AA-TCCCCT-AGTAAA--AAT-TT--ATC---------T-TTGTA-ATAGGTACA---CATGTAACTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTgatatgttttat
gi|9 : agagagacgagagagcagtagagagagagagagtatgT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGTGGAAT-A--TTTTGTCTTAAGTC---TA-ACA-TCT-CT-AGTAAG--CATGTT--CTC---------TCTTGTA-ATAGGTA-A----------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACC-TCC--AA--AGCAGG--TCG-TTGC--GCA--CGC---A-----AC-GC---AGCGCA-TTATTG--GTAGTA--TGGTTTAAAT-------GA
gi|9 : AGTGAA---TTACTC-TGA--GC-AAC-GACAATAA-AAGCG-C-AGtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattcgagagtctgcgctatggtggcggtaatccggaagtgaattactctgagcaacgacaataaaagcgcagt
blockSeqs : G T G AA AC A T A T A T GC C G A T T C TC G AAG ACTA . C . G CGGAAG G C A AATAGTCCCTGCAATTGAGAAC T T T T T A AAA TATA T TA AA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G A GGGT AA T T CG G A G T TC GTT TT TA CTTGTA AT A AA TTTT A . GGA TA T C CAC T T A T GT A C AG . A ACTA C T A TG TG ATTT G GTA TA T G TT G . TGTGTGGTT C C C CATGTAAC G G G TCTG CA A C TC T GG TT T CTAAGACAACA C T AA CT ACTTCTNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN ACA T A AG T C T T A A ACA G A
blockSeqs : . T . AA AC . . A . A . . C A . . . C . . AAG CAC . . . C CGGAAG . C . AATAGTCCCTGCAATTGAGAAC T C A A G . AAA TATA A . TA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A G AG . T CG . . G . TC . TC TA TA T . AA ATTC . . . A T C CAC . . A . . . C AT . A CTA . . G . T CAT . . T T . . . . TT . C . AGTTC G G . . A . . . C . T . AACAAC C T . . G NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . AG . . A . . . ACA . .
blockSeqs : . . . A . . . A . A . . C A . . . . . . TAG CAC . . . C NNNNNN . T . GAATAGTCAA . C A A G . AA TAT A . T . A G AG . . . . . A . TA . TC TC TA T . A ATTC . . . A . C TC . . A . . . C AT . . CTA . . G . T CAT . . G . . . . . . . . . AC G G . . . . . . . . . . ATACGC A . . . G . . . A . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . A . . . A . A . . . A . . . . . . AG AG . . . N GA . . . ACTAGAG . T T T . . . . . . T . T . . . . . . . . . C A T T . . . . . . . . C C . . . . . . . T . . . . . A . T AA . . G . . . . . . . . . TC G G . . . . . . . . . . ACACA C . . . G . . . A . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . AG A . . . . CG . . . . . . . . C . . . . . . . C . . . . . A . . AT . . A . . . . . . . . . CC G G . . . . . . . . . . ACGCA C . . . . . . . A . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . G . . A . . . . . . . . . . . . CC G G . . . . . . . . . . ACGCA C . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . . . . ACGC T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . ATGC C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . ACGC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : AA AAG AC*** CGGAAG AATAGTCAGAA************* AA* TAT* ** T* G*** ** TC TC TA TA**** T* ATTC ** A* CC* AT*** CAT** G* ** CC********* A*
originalCons : ATTGT-TTCATATTT-CACAA-AA-TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTCCCTGCAACTGAGAACTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACANAAGAAAAT--TAGTATATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCTATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGC-TACTTC-CTA-TA-TTTAAA-AGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGT-GAAT-A--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAA-TCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA---T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
finalCons : ATTGT-TTCATATTT-CACAA-AAATCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AG-CTTAA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTAC---TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAATAATAGTCAGAA-------------TGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAA-ATCAAACATTAT-AACANAAGAAAAT--TAGT-TATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAA--GTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCTATTTATTA----TAGGCAATAT-AAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---ATA-TCGC-TACTTCC-TA-TA-TTTAAA-AGGTTTTCTC--TGCG-CATCTCATTGTAT---TAT-ATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGT-GAATCAT--TTT-TGTTAAGTC---TAG-AA-TCTCCT-AGTAAA--AAT-TT--CTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-ACC---------TGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA---T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|15 ): CCTCTAATTTCGCCATTGCCTGTCCAAAAGATTTGAACAAAGTGTCAAGAAGAAGTTGTAATAATGTTCACT
Unaligned ( gi|20 ): AATTATAATTTTGGTCACGAAAGGGGGGGGGCGCCTCTAAATCCACCTATGCA
Unaligned ( gi|23 ): TGATTAAGTTTGGTCACCAAAGGGGGGGAGGCTCTAAATCCGCCACT
Unaligned ( gi|25 ): TTAAGTTTGGTCACCAAAAGGGGAGGGGCTTTAAATCCGCC
Unaligned ( gi|27 ): ATGGATATTGAAGATGATGAAGATTATCTTGAAG
Alignments
lowQualScore : 1 22 11 1 1 1 22222 1 11 11 888888888888888 1 11 1 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 2222 2 22 11 111 111111 2222 111 11 1 222 1 111 2 2222 22222 111 11 1 222222222 1 2222222222 1111111111111 22222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 111
lowQualScore : 5 1 00 55 5 5 1 5 1 0 5 77 5 0 5 0 5 5 1 77 5 999 44444 6 6 6 2 77 99 6 0 8 8 99 0 0 999999999999999 3 1 1 5 0 8 0 0 66 0 5 6 8 8 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3 4444 11 8 0 22 8 0 8 1 8 00 444 77 0 66 888888 66 8 8 44 7777 6 99 111 44 3 1 555 6 3 7 6 99 6 6 6 777 111 3 7777 5 5 4 77 5 44444 5 000 88 1 5 77 66 5 666666666 5 0 4 8888888888 1 1 4 9999 77 0 3 3 44 6 44 77 3 8888888888888 1 7 55 66 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666 3 3 66 3 3 7 3 3 3 999 4 4
lowQualScore : . . .. .. . . . . . . . .. . . . . . . . .. . ... ..... . . . . .. .. . . . . .. . . ............... . . . . . . . . .. . . . . . . .............................................................. . . .... .. . . .. . . . . . .. ... .. . .. ...... .. . . .. .... . .. ... .. . . ... . . . . .. . . . ... ... . .... . . . .. . ..... . ... .. . . .. .. . ......... . . . .......... . . . .... .. . . . .. . .. .. . ............. . . .. .. ........ ..................................................................... ... . . .. . . . . . . ... . .
lowQualScore : 7 4 33 77 7 7 4 7 4 7 7 99 0 6 7 1 7 7 4 99 7 666 33333 7 7 7 7 00 22 7 8 2 0 00 8 8 888888888888888 6 4 4 0 8 0 8 8 88 8 6 0 8 0 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0000 88 0 4 00 0 8 0 4 0 88 000 00 6 44 666666 44 0 0 00 0000 7 22 777 00 3 0 222 7 3 3 7 22 7 7 7 333 777 7 7777 7 7 0 99 0 66666 7 000 11 4 7 99 99 0 999999999 0 0 4 0000000000 1 1 4 4444 99 2 1 1 22 2 22 33 1 5555555555555 5 3 00 11 88888888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 6 6 11 6 6 3 6 6 6 666 4 4
consensus : ATTGT-TTCATATTT-CACAAAAATCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AGCTT-AA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAATG-AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACANAAGAAAAT-TAGT-TATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCTATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGC-TACTTC-CTA-TA-TTTAAA-AGGTTTTCTC--TGC-G-CATCTCATTGTAT-TA---TATGT-AGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGTGAATNA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAA-TCTCCT-AGTAAA--AA--T-TTCTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA---T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
Reference ( family-1969 ) : ATTGT-TTCATATTT-CACAAAAATCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATATATAT-ACGTTTTAA-AGCTT-AA-AATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCT-AC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTC----------AGAA-TGTCACCCCATTCTCCTGGTGTATTC-AATGAAACAAA-TCAAACATTATAA-CANAAGAAAAT-TAGT-TATGAACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATANT-AATTAAATTAAAA--GTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCTATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTATAAATTCTTTTT-TTAAAA--GG---AT-ATCGC-TACTTC-CTA-TA-TTTAAA-AGGTTTTCTC--TGC-G-CATCTCATTGTAT-TA---TATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGTGAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAA-TCTCCT-AGTAAA--AA--T-TTCTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--TGGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAA---T-ACTC-TGAA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|1 : ATTGT-TT-ATATTT-CACAAA--TCAA---CTAA-TCAA-----------------TT-CATTGAA-------------------TTTCAA-AGCTT-AA-AATATT--CTTTAGAAT-TAG--TTTCT-A---TTCATAAG-TTTACTTACTACAT-GTATCTATTGTTTAC--GAA--CT-A-TAT-TTC-AAATGCAAT-GTC----------AACT-TACCGCACCATTCTCCTG-TGTAT-C-AATGAAACAA--TCAAACAT---AA-CATAAGAAATTATAGAATATGTTTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA-T--GAGGGTG----TATATT-AATTAAAT-AAAA--GTTCC-AAACATTCCAAA-CCATGT-CAAATTT-AGT---TTTTTC--GCTATTT-T----T-TAGGCA--A-TAAT-TC--AAAATCTTATAAA---TTTTT-TTAAAAAGGG---AT-ATCGC-TATTT---TA-TATTTTAAA-AGGTTTTCTC--TGCGG-CATCTCATTGTATATATATTATGT-AGT----ACTT-TAA-CCAAAG--AA--AATAGT-TTGTGAATAA---TTT-TGTTAAGTC---TA--AA-TCTCCT-AGTAAA--TATTT-TTCTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A----------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGNNNNNNNN--NNN-NN-NNN--NNN-NNNN--NNN--NNN-NNN-----NN-NNN--NNNNNN-NNNNNN--NTAGTA--TGGTTTATAT-------GA
gi|1 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttAGTGAA---T-ACTC-TGCA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AATGCT-T-AAGCGCTTTttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaagtgaatactctgcagcaacgacaataaagcgcagctaatgcttaagcgcttt
gi|10 : taagccccccgaagtttcgggttttagtgcattgagaaataattaccgtaagtttggtcaccaaaaagggagcgggcacctctaaatccgccaattgctttgtcaaaagatttgaaaagttgtcaaggaagaagttaaaaatgttcacttgtttacacattcacactgccgtgttattgtttatatttcacaaatcaactaatcaattcattgaatttcaaagcttaaaatattctttagaattagtttctattcataagtttacttactacatgtatctattgtttacgaactatatttcaaatgcaatgtcaacttaccgcaccattctcctgtgtatcaatgaaacaatcaaacataacataagaaattatagaatatgttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgagggtgtatattaattaaataaaagttccaaacattccaaaccatgtcaaatttagttttttcgctattttttaggcaataattcaaaatcttataaatttttttaaaaagggatatcgctattttatattttaaaaggttttctctgcggcatctcattgtatatatattatgtagtactttaaccaaagaaaatagtttgtgaataattttgttaagtctaaatctcctagtaaatatttttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtatggtttatatgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattctagattctgccataggtggcggtaatccggaA--T-TTCTC---------T-TTGTA-ATAGGTA-A---C-------TGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-TG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GC---AGCGCA-TTATGG--GTAGTA--T
gi|10 : aatgctctataggcAA---T-ACTC-TGA--GC-ACC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatactctgagcaccgacaataaagcgcagctaacgcttaagcgctttaaaa
gi|11 : aatgctctataggcatttctctttgtaataggtaactgcaggtttgtgatttcttgaaccttccaactgaggtcgttccgcacgcaaaacgcagcgcattatgggtagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGT-TTCATATTT-CACAAGAATTCAA--CTAAATCAAATTTCATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATTTAT-TACAACGTTTTAA-AGCTT-AA-AATATTTCTTTTAGAAT-T-AGCTT
gi|12 : cctctaaaatccgccacttgcctttgtccaaaagattttgaaaagttgtcaagaagttaaaaaatgttttcacctttgttaacaacttcatcactgcccgtgttcC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AT-GC---AGCGCA-TTA-GG--GTGGTA--TGGTTTATATACTTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGAA---T-ACTT-CG-A-GC-AAC-GACAAT-ATAAGCG-CAAGCT--AACGCT-T-AAGCGCTTTAAAc
gi|14 : AA---T-ACCT-CGAA-CT-AAC-GTCAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGC--T-AAGCGCT
gi|16 : attctgccatagggtgagaggtaatccggcgaagtgaaatgaGGTT-A---A------CTGCAG-TTTGT-GTCTGATTTCTTGAACCTTCCA-AAC-AG-AGG--TCGTTTCC--GCA--CGC-AA
gi|17 : AGTGAAACAT-ACTC-T-AA-GT-GAC-GACAAT-A-AAGCG-C-
gi|18 : ggtggcggtaatccggaCTTCC--ATC-AG-AGG--TCG-TT-C--GCA--CGC-AAACTAAGACAACA--AGAGCA-TTATGG--GTAGTtatcttag
gi|19 : aaAAGCTTCT--GAC-AG-AGG--TTG-TTCC--GCA--TGC-AGA----------------GCA-TTATGG--GTAGTA--
gi|2 : tttcccacATTGTGTTCATATTT-CACAAGA-TCAAA--CTA--TCAAATT-C-TT-GC-TTTCT-T-CATCGCAGCCACATATATGTAT-ACGTGTTAATAGTTTTAA-AATATT---TTTAGCATGTA--CTTTCT-AG--TTCATA-G-TT-ACT-A-TAGATGGTATCTATTGTTTAC--GAA--CT-AAT---TTC-AAAT--ACTAG--------------AG-TGTCATCC-ATTCTCCCTGTGTATTC-AATGAAACAAA-TCAAAC---ATAA-CATAAGAAAAT-TA
gi|2 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttAGGGGGTG----TATAATTAATGAAAT-AAGA--GTTCC-AACCAT-----------GT-CAAATT--AGTGTTTTTTTTTTGCTATT-ATCTTGTATAGGCAATAATGAA-TTCAAA--TCTTATAATTTTTCTTT-TTAAAG--GG---AT-ATCGC-TA--TT-CTATTA-TTTAAATAGGTTTTCTC--TGC-G-CATCTCATTGTAG-T----TATGT-AGTACTAA--T-TAA--CAAAGAAAA--AA-AGTATTGTGAAT-ATTTTTT-TGTTAAGTCGTATA-TAA-TCTCCT-AGTAAATTAA--G-TTCTCTT-------T-TTGT--ATAGGTA-A---T------C-GCAGGTTTGT-G----A-TTCTTGACCCTTCC--ATA-AG-AGGTCTCG-TTCCGGGCGT-CGC-AAA-----A--ACAACAGCGCA-TTATGG--GTAGTACTTGGTTTtagaatatggtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggagggggtgtataattaatgaaataagagttccaaccatgtcaaattagtgttttttttttgctattatcttgtataggcaataatgaattcaaatcttataatttttctttttaaagggatatcgctattctattatttaaataggttttctctgcgcatctcattgtagttatgtagtactaattaacaaagaaaaaaagtattgtgaatatttttttgttaagtcgtatataatctcctagtaaattaagttctctttttgtataggtaatcgcaggtttgtgattcttgacccttccataagaggtctcgttccgggcgtcgcaaaaacaacagcgcattatgggtagtacttggttt
gi|21 : ttaattcaccgccccgcaagatttctccgggtttaggtgattaggaggaattaattacgttgagtttgggtcaccaaaaaggggggcggcacctcttaaatcagccttgccttgtccaaaagattgagaaagtgttgtccagaatgtttaaaaatgttcacgattgttacacattcatcactgcccgtgttattgtgttcatatttcacaagatcaaactatcaaattcttgctttcttcatcgcagccacatatatgtatacgtgttaatagttttaaaatatttttagcatgtactttctagttcatagttactatagatggtatctattgtttacgaactaatttcaaatactagagtgtcatccattctccctgtgtattcaatgaaacaaatcaaacataacataagaaaattatagaatatggtttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggCTTCC--ACC-AG-AGG--TCG-TTTC--GCA--CGCTAAA-----AC-ACA--GG-GCA-TTATGG--GTA
gi|22 : a---T-ACTC-TGGA-GC-AAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-TAAAGCGCTTTAA
gi|24 : AA---T-ACTC-TGA---CTAAC-GACAAT-A-AAGCG-C-AGCT---ACGCT-T--AGCGCTTT
gi|26 : AAACTTCC--GCC-AG-AGG--TCG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-
gi|3 : ATTGT-TTCCTATTTTCACAAAAATCAGAACCTAA-TCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTTTAA-AGCTT-AGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT-TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCGATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT--TCGCTTACTTCACTA-TA-TTT--A-AGGTTTTCTC--TGC-G-CAT-TCATTGTAT-TA---TATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATATTG-GAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAATTCTCCT-AGTAAA--AA--T-TTCTC---------T-TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-T-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---T-ACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|4 : ATTGT-TTCCTATTTTCACAAAAATCAGAACCTAA-TCAAATT-CATT-GAATTCGTCT-CATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTTTAA-AGCTT-AGCAATATT--CTTTAGAAT-TAAGCTTTCTCAC--TTCATA-G-TTTACT-ACTACATCGTATCTATTGTTTACCGGAAGACT-AATATCTTC-AAAT--AATAGTCCCTGCAATTGAGAACTG-CACCCCATATACCTGGTGTATTC-AATGAAACAAAATCAAACATTATAAACAAAAGAAAAT-TAGT-TATGAACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA-TAAGGGGGTGG---TATAGT-AATTAAATTAAAACGGTTCC-AACCATTCCAAA-CCGTGT-CAAATTTCAGT---TTTTTTCGGCGATTTAT----TATAGGCAATA-TAAT-TTCAAAAATCTTAAAAATTCTTTCT-TTAAAA--CG---AT--TCGCTTACTTCACTA-TA-TTT--A-AGGTTTTCTC--TGC-G-CAT-TCATTGTAT-TA---TATGTAAGT-CTAACTT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAATATTG-GAATCA--TTTT-TGTTAAGTC---TA-GAATTCTCCT-AGTAAA--AA--T-TTCTC---------T-TTGTACATAGGTA-A---C------CTGCA-GTTT-T-G----ATTTCTTGAACCTTCC--AAC-AG-AGG--TAG-TTCC--GCA--CGC-AAA-----AC-GCA--AGCGCATTTATGG--TTAGTA--TAGTTTATAT-------GAAGATTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---T-ACTC-TGAAGGC-AAC-GACAAT-A-ACGCG-C-AGCTACAACGCT-T-AAGCGCTTTAAAA
gi|5 : AAT-TTATAA-----TTTT-TTAAAA--GGGGAAT-ATCGC-TACTTC--TA-TA-TTTAAA-AGGTTTTCTCGTTGC-GACATCTCATTG--T-TA---TAT-T-AGT----ACTTCTAATCCAAAGAAAATGGATAGCATTGTGAAT-A----TT-TGTTAAGTC---TATAAA-TCTCCTGAGTAAA--AA--T-TTCTCTGTGTGGTTT-TTGTA-ATAGGTA-AAGTT------CTGCAGGTTTGTGG----ATTTCTTGAACCTTTCCAAACAAG-AGG--TCGCTTCC--GCATTTGC-AAAAT---AC-GC---AGTGCA-TTATGGAAGTAGTA--TGGTTTAT-T---------AGATTC
gi|5 : AA---T-ACTTATGA--GC-AACCGACAATTA-AAGCGAC-AGCT--AACGCGGT-AAGCGCTTTAAGAatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatacttatgagcaaccgacaattaaagcgacagctaacgcggtaagcgctttaagaa
gi|6 : aatttataattttttaaaaggggaatatcgctacttctatatttaaaaggttttctcgttgcgacatctcattgttatattagtacttctaatccaaagaaaatggatagcattgtgaatatttgttaagtctataaatctcctgagtaaaaatttctctgtgtggtttttgtaataggtaaagttctgcaggtttgtggatttcttgaacctttccaaacaagaggtcgcttccgcatttgcaaaatacgcagtgcattatggaagtagtatggtttattagattcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatcttagattctgcctatacggtggctggttaatcggaagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTGT-TTCATATTT-CACAAA--TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATTTGAATTTCTCTTCATCGAA--CA-ATATATATAT-ACGTTT-AA-AGCTT-AA-AATATT--CTTTTGAAA-TTAGCTTTCT-ACTATTCATA-GCTTTACT-ACTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT-AAa
gi|7 : ttaagcccccgcaaggctctcgggttttagtgctttagaggaataattaccgtaagtttgtcaccaaataggggggggggggcacctctaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttATTGT-TTCATATTT-CACAAA--TCAAA--CTAA-TCAAATT-CATT-GAATTTCTCT-CATCGAA--CACATATGT-TAT-ACG-TTTAA-AGCTT-AA-AATATT--CTTTAGAAT-T-AGCTTTCT-A---TTCACA-G-TATACT-ACTACAT-GTATCTATTGTTTAAC----GACTGAATATTTTCAAAATG-AATAGTC------------AA-TGTCACTCCATTCTCCT-GTGTATTCAAATG-AAC--A-TCAAACATTATAA-CA-AAGAAAAT-Taaaaaggatgcaattcaa
gi|8 : gtaccctctaaatccgccattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttAGAGTAGAGGGATGGGGTTAT-TT-AATTAGAT-AAAA--GTTCCGAACCATTCCAAAACCATGTTCAAAATTAAGT---TTTTT-CGCGTATTTCT----T---GG--A-A-TAATATTCAA---TCTTATAA----TTTTTATTAAAG--GG---CTTATCGC-TACTT--CTA-TATTTTAAA-AAGTTTTCTC--TGC-G-CATCTCATTGT-C-TA---TATGT-AGT----ACTT-TAA-CC-AACAAAA--AATAGTATTGTGAATAA---TTT-TGTAAAGTC---TA--AA-TCCCCT-AGTAAA--AA--T-TTATC---------T-TTGTA-ATAGGTACA---CATGTAACTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACCTTgtatagatatgttttat
gi|9 : agagagacgagagagcagtagagagagagagagtatgT-TAA-CCAAAGGAAA--AATAGTATTGTGGAATA--TTTTGTCTTAAGTC---TA-ACA-TCT-CT-AGTAAG--CA--TGTTCTC---------TCTTGTA-ATAGGTA-A----------CTGCAGGTTTGT-G----ATTTCTTGAACC-TCC--AA--AGCAGG--TCG-TTGC--GCA--CGC---A-----AC-GC---AGCGCA-TTATTG--GTAGTA--TGGTTTAAAT-------GA
gi|9 : AGTGAA---TTACTC-TGA--GC-AAC-GACAATAA-AAGCG-C-AGtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagattcgagagtctgcgctatggtggcggtaatccggaagtgaattactctgagcaacgacaataaaagcgcagt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|15 ): CCTCTAATTTCGCCATTGCCTGTCCAAAAGATTTGAACAAAGTGTCAAGAAGAAGTTGTAATAATGTTCACT
Unaligned ( gi|20 ): AATTATAATTTTGGTCACGAAAGGGGGGGGGCGCCTCTAAATCCACCTATGCA
Unaligned ( gi|23 ): TGATTAAGTTTGGTCACCAAAGGGGGGGAGGCTCTAAATCCGCCACT
Unaligned ( gi|25 ): TTAAGTTTGGTCACCAAAAGGGGAGGGGCTTTAAATCCGCC
Unaligned ( gi|27 ): ATGGATATTGAAGATGATGAAGATTATCTTGAAG