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Reference ( gi|2 ) : TGTGGATCC----GGGTTAGAA--TAGG--TCCTCG-GCA----TCCC-CTT-GCGTGT---CGTAAGAGGCGACTGAATGGGG---CGG--T-CATTCGGA-TG-A--GACCG-------AAAAA--ACCGAGGCCC--CGTGTCACA---GCAGGTGTGGC-AC-GATA-AAGATCCCTACC-T-----GC-TCAAAGG-------C------CC---TGAGTGCC--GAGCA-TA-G-G-CCT----AA-A-TTT---T----GC-AGCC--CT------T--C--A----CCGGC----------ATTGGT------GACGTCTC---C-----A----------------T--AT---GAG-TGA------AA-TA-TT-CT----C-G-GT-G-GGACG--T-----AAA-AC-AATAAAT--AATCAATCAAT
gi|9 : TGGGGA-CC----GGGT-AGAA--TAGG--GTTCCA-GCAGTGGCCTCGCTT-GCGTGT---GG--AGAGG-GACTG-AT-GGG---CGGAATACCTCTAGAGTGTAGTGACTGGAAAGATAAAAAATATCAGGG--C--CGTGTCA-A---GCAGGTGT
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Alignments
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lowQualScore : . ..... . ... ... .................... . .... . . . . ... .... . . . .... ....... .. . .. ... . . . . . .... . ........ ... .. ..... . . . . .... ... ........ . .. ...... .. .. .... .......... .. .......................... .. ... . . ...... . . . ..... . .. ...... . . . ..
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Reference ( family-1962 ) : TGCGGACCC----GGGTTAGAA--TAGG--TCCNNA-GCA----TCTC-CTT-GCGTGT---CGTAAGAGGCGACTGAATGGGG---CGG--T-CCTTTAGA-TG-A--GACCG-------AAAAA--ATCGAGGCCC--CGTGTCACA---GCAGGTGT-GGCAC-GATA-AAGATCCCT-CCCT----GC-TCAAAGGC------CNTAAG--CGCC--GA-----GCA-TA-G-G-CCT----AA-A-TTT---T----GC-AGCC--CT------T--C--A----CCGGC----------AN-TGGTGACGTCTC---C-----A----------------T--AT---GAG-TG-A------AATA-TT-CT-CG--AGCG-GGACG--T-----AAA-AC-AATANAT--AATCAATCAAT
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gi|4 : ggttagaatagatccatggttgtgtaagaggcgactaaatggtatagtcctttgaatgagaccataaaaaactgaagCG-------CAAAA--GTAGAGGCCC--TGTGTCACA---GCAGGTGC-CGCAC-GATA-AAGATCCCT-CCCT----GC-TCAAAAGC------CATAAG--AACT--GA-----CCA-TT-A-G-TCT----AA-A-TTT---T----GC-AGCC--TT------T--T--A----CCGGT----------AA-TGGTGACGTTTA---C-----A----------------T--CT---GGG-TG-A------AAAA-TC-CT-CA--AGCG-GGACG--C-----TTA-AC-ATTATGC--AATCGATCA
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Alignments
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blockSeqs : . . . . . . A T . . . . . . . A G . . . . . . . A CA . . . . . . . . AGT . . A . . A .
blockSeqs : . . . . . G C . . . . . . . A T . . . . . . . T TA . . . . . . . . AAA . . A . . T .
blockSeqs : . . . G C . . . . . . . A T . . . . . . . A CA . . . . . . . . AGA . . A . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A CA . . . . . . . . AGT . . A . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A CA . . . . . . . . CC . . T . . T .
blockSeqs : . . . . . CA . . . . . . . . GT . . A . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TT . . T . . T .
blockSeqs : . . . . . . . C . . T . . . .
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blockSeqs : .
blockSeqCons : A** G** CGGCACCTC******** N*** A* CGG************ A** CA************************
originalCons : TGCGGACCC----GGGTTAGAA--TAGG--TCCTCG-GCA----TCCC-CTT-GCGTGT---CGTAAGAGGCGACTG-AATGGGG---CG-------G--T-CCTTCGGA-TG-A--GACCG-------AAAAA--ATCGAGGCCC--CGTGTCACA---GCAGGTGT-GGCAC-GATA-AAGATCCCT-CCCT----GC-TCAAAGGC-CG------TAAG--CGCC--GA-----GCA-TA-G-G-CCT----AA-A-TTT---T----GC-AGCC--CT------T--C--A----CCGGC----------AN-TGGTGACGTCTC---C-----A----------------T--AT---GAG-TG-A------AATA-TT-CT-CG--AGCG-GGACG--T-----AAA-AC-AATANAT--AATCAATCAAT
finalCons : TGCGGACCC----GGGTTAGAA--TAGG--TCCCGGCACCTC--------TT-GCGTGTN---GTAAGAGGCGACTGA-ATGGGGCGG------------T-CCTTCGGA-TG-A--GACCG-------AAAAA--ATCGAGGCCC--CGTGTCACA---GCAGGTGT-GGCAC-GATA-AAGATCCCT-CCCT----GC-TCAAAGGC-CG------TAAG--CGCC--GA-----GCA-TA-G-G-CCT----AAA--TTT---T----GC-AGCC--CT------T--C--A----CCGGC----------AN-TGGTGACGTCTCCA------------------------T--AT---GAG-TG-A------AATA-TT-CT-CG--AGCG-GGACG--T-----AAA-AC-AATANAT--AATCAATCAAT
Alignments
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lowQualScore : 2 88888 8 888 222222222222222222222222 6 8888 8 0 88 666666666666666 0 0 5 0 8888 0000000 00 2 22 888 0 5 6 3 3 5555 1 7 7777777 77 4 44 99999 6666 5 7 7777 111 22222222 7 88 777777 77 77 7777 7777777777 55 11111111111111111111111111 11 111 2 2 666666 0 2 2 22222 1 99 3 33333 1 1 8 11
consensus : TGCGGACCC----GGGTTAGAA--TAGG--TCC-CG--GCAT---CCCC--TTGCGTGTN---GTAAGAGGCGACTG-AATGGGG---CG-------G--T-CCTTCGGA-TG-A--GACCG-------AAAAA--ATCGAGGCCC--CGTGTCACA---GCAGGTGT-GGCAC-GATA-AAGATCCCT-CCCT----GC-TCAAAGGC-CG------TA--AGCGCC--GA-----GCA-TA-G-G-CCT----AA-A-TTT---T----G-CAGCC--CT------T--C--A----CCGGC----------AN-TGGTGACGTCTC---C-----A----------------T--AT---GAG-TG-A------AATA-TT-CT-CG--AGCG-GGACG--TAA-----A-AC-AATANAT--AATCAATCAAT
Reference ( family-1962 ) : TGCGGACCC----GGGTTAGAA--TAGG--TCC-CG--GCA----CCTC--TTGCGTGTN---GTAAGAGGCGACTG-AATGGGG---CG-------G--T-CCTTCGGA-TG-A--GACCG-------AAAAA--ATCGAGGCCC--CGTGTCACA---GCAGGTGT-GGCAC-GATA-AAGATCCCT-CCCT----GC-TCAAAGGC-CG------TA--AGCGCC--GA-----GCA-TA-G-G-CCT----AA-A-TTT---T----G-CAGCC--CT------T--C--A----CCGGC----------AN-TGGTGACGTCTC---C-----A----------------T--AT---GAG-TG-A------AATA-TT-CT-CG--AGCG-GGACG--TAA-----A-AC-AATANAT--AATCAATCAAT
gi|1 : TGCGGATCTCGAGGAGTTAGAAAATAAGAGTCC-TAAAGCATA--CCCA--TAGCG-GTACCCGTAAGAGGCGACTGAAATGCGA---TGAGAGAACG--T-CCTTCG
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gi|24 : aaacaTC---T-----A----------------A--AT---TAG-TG-A------AATA-TT-CT-CG---TTG-GTACA--TAA-----A-AC-ca
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gi|4 : ggttagaatagatccatggttgtgtaagaggcgactaaatggtatagtcctttgaatgagaccataaaaaactgaagCG-------CAAAA--GTAGAGGCCC--TGTGTCACA---GCAGGTGC-CGCAC-GATA-AAGATCCCT-CCCT----GC-TCAAAAGC-CA------TA--AGAACT--GA-----CCA-TT-A-G-TCT----AA-A-TTT---T----G-CAGCC--TT------T--T--A----CCGGT----------AA-TGGTGACGTTTA---C-----A----------------T--CT---GGG-TG-A------AAAA-TC-CT-CA--AGCG-GGACG--CTT-----A-AC-ATTATGC--AATCGATCA
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gi|9 : TGGGGACC-----GGGT-AGAA--TAGGG-TTC-CA--GCAGTGGCCTCGCTTGCGTGTG---G--AGAGG-GACTG--AT-GGG---CG-------GAATACCTCTAGAGTGTAGTGACTGGAAAGATAAAAAATATCAGGG--C--CGTGTCA-A---GCAGGTGT-