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lowQualScore                  :         2  4 4            1     4444 22 6666666 1 666 33 3  33 222  77777777777   99999999999999999999999999999999999  444    1   22 55 1 1  33333  1 22222222 44 777777     1 1   1     5   
lowQualScore                  :         .  . .            .     .... .. ....... . ... .. .  .. ...  ...........   ...................................  ...    .   .. .. . .  .....  . ........ .. ......     . .   .     .   
lowQualScore                  :         1  2 2            5     8888 11 5555555 5 777 77 1  77 777  99999999999   99999999999999999999999999999999999  444    6   22 99 6 6  00000  7 66666666 00 777777     7 7   7     1   
consensus                     :   CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC----T--A-------C-TT--T--C-CC--T---AC--------G--AAT-----G---------AT--------A---------TG---GAGT-TGT--AGCG-T-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGAGCTT
Reference ( gi|10 )           :   CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC----T--A-------C-TC--T--C-CC--T---AC--------G--AAT-----G---------AT--------A---------TG---GAGT-TGT--AACG-T-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGAACTT
gi|15                         :   CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC----T--A-------C-TT--T--C-TC--T---AC--------G--AAT-----A-------------------A---------TG---GAGT-TGT--AACG-T-AA--C--GG-A----A---T--A------CCGAG-C-TGA-CCGGAGCTT
gi|8                          :   CTCCAT-AC-A-TTGTCAATTCTCTGGGAC----T--A-------C-TT--T--C-CC--T---AC--------G--AAT---------------ATA-------A---------TG---GAGT-TGT--AGTG-T-AA--C--GG-A----ATATT--A------CTGAG-C-TGA-CCGGAGCTT
gi|12                         :   CTCCAT-AC-A-TTGTCAATTCTCTGG-AC----T--A-------C-TT--T--C-C---T---AC--------G--AAT-----A---------AT-------------------G---GAGT-TGT--AGTG-T-AA--C--GG-AAT--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGAGCTT
gi|13                         :   CTACAT-AC-A-GTGTCAATTCCC--GGAC----T--G-------C-TT--T--C-C---T---AC--------G--AAT-----A---------AT-------------------G---GAGT-TGCTAAACG-T-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAA-C-TGA-CCGGAGCTTg
gi|4                          :  aCTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCC-GTAC----T--A-------C-TT--T--CACC--T---ACGTATAATAG--AAT-----T---------AT--------A---------TG---GAGTGTAT--GA-G-T-AA--C--GA-AT---A---T--A------CT-AG-C-TGATCCGGA
gi|2                          : aaCTCTAT-ACTA-GTGTCAATTCTCCGGGACTATTT--A-------C-TT--T--T-CCAGT---AC--------G--AAT-----AAATAGTATCAT--------A---------TG---GAGT-TGT--AATG-T-A------GT-A----A---T--A------CTGAG-C-GAA-C--GAGCTTcgctt
gi|14                         : aaCTCCATTACGA-GT-TCAATTCTTCTGGAC----T--A-------C-TT--TTTC-CC--T---AC--------G--AAT-----A---------ATGATATAATA---------TG---GAGT-TGT--A-------------------------T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGAG
gi|9                          :   CTCCAC-AC-G-GAGCCGACTCTCCGGGAC----T--A-------C-TT--TC-C-CC--T---GC--------G--GAT-----A-------------------A---------TG---GCGT-TAC--ACAGCT-AA--C--GA-C----A---TACA------CTGAA-C-TGA-CCGGAG
gi|29                         :  aCTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC----T--G-------C-TT--T--C-CC--T---
gi|3                          :  aCTCCAT-AC-ATGTGT-AATTCTCC-GGAC----T--AG------C-TT--T--C-CC--T---AC--------AGTAAA-----GAT-------AT--------A---------TG---GAA---GT--GGCG-TAAA--C--GG-ACCACA---T--AGTGGGGCTG-G-C-TGA-CCAGA
gi|26                         :  aCTCCAT-AC---GTGTCA-TTCTCCGG-AC----C--A-------C-TT--T--C-CC--T---AC--------G--Agttg
gi|24                         : aaCTTCGT-AC-A-GTGTCAACTTTCCGGGAC----T--------------------------------------------------------------------------------TA---GAGT-TG------G-T----------------A---T--A------TTGAG-C-TGA-CCGAAGTTTtaattcaatataatg
gi|16                         :  aaTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCAGT-C----T--A-------C-TT--T--C-CC--T---AC--------G--AAT-----A---------AT-------------------G---GAGT-TGT--AATG-T-AA--C--AG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-ATGAAGCTTg
gi|20                         :     CCAT-AC-A-GTGTCAATTCTC--GGACT---T--A----------C--T--C-CC--T---AC--------G--AAT-----G---------ATG-------A---------TG---GAGT-TG----ACG-T-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAg
gi|7                          :    aCCAT-GC-AAGT-TCAATTCTCCGGATC----TGGA-------C-TT--T--C-CC--T---AC--------GG-AAT-----A---------ATTT------A---------TG----AGT-TGT--AAAG-T-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-CTTGA-CCGGAGCTTc
gi|5                          :  ctcCCAT-AC-A-GTGTTGATTCTCGGAGAC----T--AAATGTACT-TC--T--C-CT--T---G---------G--AAT-----A---------AT--------GTTAT-----TG---GAAT-CGT--AGTG-T-AC--T--GG-AAT--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CTG
gi|18                         :       AT-AC-A-----CAA--CTCCGG-AC----G--A-------TGTCAAT--T-CC--C---AC--------G----T-----G---------AC--------A---------TTT--GAGT-TGT--AGC--T-GA--CCGGA-A----A---T--A------TTGGG-C-TGA-CCGGAGCTTaggtt
gi|21                         :        T-AC-A-ATGTCAATTTTCTGGGAC----T--A-------C-TT--T--T-CC--T---AT--------G--AGT-----A---------GT-----------------------GA-T-TAT------------------------A---T--A------TTGAG-C-TGT-CCGGAACTTa
gi|23                         :        T-AA-A-GCGTCAATTCTCCGGAAC----T--A-------C-TT--T--C-CC--C----------------AAC-----G---------------------------------------------ACG-C-GA--T---G-A----A---T--A------CTAAG-C-CGA-GCGGAGCTTa
gi|19                         :                TGTCAATTCTC-AGGAC----T--A-------C-TC--T--C-CC--TCTGAC-----------AAT-----G---------AT--------ATT-------TG---TTGT-TGT--AGTG-T-AA-----AG-A----A---T--AAGT---ATCAG-C-TGA-C
gi|25                         :                 GTCAATTTTCGGGGAC----T--A-------------------C--T---AC------------AT-----GT--------AC--------A---------TGTAATAGT-TAT--AGCG-T-AA--C--G-------------------------G-C-TGA-CCGGAgc
gi|11                         :                  TCAAAACTCCAGGAC----T--A-------C-------------------------------AAT-----G---------AT--------A----------G---G----TGT--AACG-T-GA--C--GT-A----ACA-T--A------CTGAG-C-TGA-CCGg
gi|28                         :        aaacgtactatagattCTCTGGGAC----T--A-------C-TT--T--C-CC--T---AC--------G--AAT---------------AT--------A----------G---GAGT-TGT--AGAA-T-AA--C--ttctcgaagcttga
gi|6                          :                            GGGAG----T--A-------C-TT--T--C-CCC-T---AC--------A--AAT-----A---------AT--------AACACTATGATG---GAGT-TGT--AGCA-T-AA--T--GG-AAT--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CAGGAGCTT
gi|17                         :              aaacttttgcagtactttt----T--A-------C-TT--T--T-CC--T---AT--------G--AA----------------AT--------A---------TG---GAG--TGT--AGTG-T-GA--T--GG-A----A---TA-A------TTGAA-C-TGA-CCAGAGCTT
gi|22                         :             actctgcacagcgtttattt----T--A-------C-TT--T--CTCC--T---AC--------G--AATAATGAG---------AT--------A---------TG---GGGT-TCT--AGAG-T-AA--C--CG-A----AAT-T--A------CTGAG-C-TAA--CGGAGCTgg
gi|27                         :                                                                                                            a---------TG---GAGT-TGT--AACG-T-AAAGC--GGCA----A---T--A------CTGAGCC-TGA-CCGGAGCTT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TCCGTACGTGTCGGTTCTCGGGGACTGATGTACTTCTCCTCCCTAACATACAACATATAATGTAATTGGGTTGTAGCGTACGAATAAGTTCTTAGCTGATCCG






Alignments
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Reference ( family-1958 )     :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----G---------AT--------A---------TG---GAGTT--GT--A-GCGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT
gi|1                          :                   TCCGT-AC---GTGTCGGTTCTCGGGGAC------TGATGTA-CTTCTCCT--C-CC--TAACATAC--------A--ACATAT-----A---------ATGTA-----A---------TT---GGGTT--GT--A-GCGT--A--C---G-A----A---T--AAGTT--CTTAG-C-TGATCCG
gi|10                         :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTC----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----G---------AT--------A---------TG---GAGTT--GT--A-ACGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-ACTT
gi|11                         :                                 TCAAAACTCCAGGAC------T-----A-C----------------------------------A---AT-----G---------AT--------A----------G---G---T--GT--A-ACGT-GA--C--GT-AAC--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCG
gi|12                         :  aaacgtactatagattCTCCAT-AC-A-TTGTCAATTCTCTGG-AC------T-----A-CTT----T--C-C---TA-----C--------G--A---AT-----A---------AT-------------------G---GAGTT--GT--A-GTGT-AA--C--GG-AAT--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTTttctcgaagcttga
gi|13                         :                  CTACAT-AC-A-GTGTCAATTCCC--GGAC------T-----G-CTT----T--C-C---TA-----C--------G--A---AT-----A---------AT-------------------G---GAGTT--GCTAA-ACGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAA-C-TGA-CCGGA-GCTTg
gi|14                         :                 aCTCCATTACGA-GT-TCAATTCTTCTGGAC------T-----A-CTT----TTTC-CC--TA-----C--------G--A---AT-----A---------ATGATATAATA---------TG---GAGTT--GT--A-------------------------T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GC
gi|15                         :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----T--C-TC--TA-----C--------G--A---AT-----A-------------------A---------TG---GAGTT--GT--A-ACGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CCGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT
gi|16                         :                   TCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCAGT-C------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----A---------AT-------------------G---GAGTT--GT--A-ATGT-AA--C--AG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-ATGAA-GCTT
gi|17                         :                                                ------T-----A-CTT----T--T-CC--TA-----T--------G--A---A----------------AT--------A---------TG---GAG-T--GT--A-GTGT-GA--T--GG-A----A---TA-A------TTGAA-C-TGA-CCAGA-GCTTg
gi|18                         :                                            actctgcacagcgtttatttT----T--C-CC---A-----C--------G-------T-----G---------AC--------A---------TTT--GAGTT--GT--A-GC-T-GA--CCGGA-A----A---T--A------TTGGG-C-TGA-CCGGA-GCTTgg
gi|19                         :       atacacaactccggacgatgtcaaTGTCAATTCTC-AGGAC------T-----A-CTC----T--C-CC--TC-----T--------GACA---AT-----G---------AT--------ATT-------TG---TTGTT--GT--A-GTGT-AA-----AG-A----A---T--AAGT---ATCAG-C-TGA-Ca
gi|2                          :                  CTCTAT-ACTA-GTGTCAATTCTCCGGGACTATT--T-----A-CTT----T--T-CCAGTA-----C--------G--A---AT-----AAATAGTATCAT--------A---------TG---GAGTT--GT--A-ATGT-A------GT-A----A---T--A------CTGAG-C-GAA-C--GA-GCTTgc
gi|20                         :                  aaCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTC--GGACT-----T-----A-C------T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----G---------ATG-------A---------TG---GAGTT--G-----ACGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGA
gi|21                         :                      aT-AC-A-ATGTCAATTTTCTGGGAC------T-----A-CTT----T--T-CC--TA-----T--------G--A---GT-----A---------GT-----------------------GA-TT--AT------------------------A---T--A------TTGAG-C-TGT-CCGGA-ACTTc
gi|22                         :                                                ------T-----A-CTT----T--CTCC--TA-----C--------G--A---ATAATGAG---------AT--------A---------TG---GGGTT--CT--A-GAGT-AA--C--CG-A----AAT-T--A------CTGAG-C-TAA--CGGA-GCTa
gi|23                         :                      aT-AA-A-GCGTCAATTCTCCGGAAC------T-----A-CTT----T--C-CC--C------------------A---AC-----G---------A--------------------------------------CGC-GA--T---G-A----A---T--A------CTAAG-C-CGA-GCGGA-GCTT
gi|24                         :                  CTTCGT-AC-A-GTGTCAACTTTCCGGGAC------T-----------------------------------------------------------------------------------TA---GAGTT--G-------GT----------------A---T--A------TTGAG-C-TGA-CCGAA-GTTT
gi|25                         :                              aaGTCAATTTTCGGGGAC------T-----A--------------C--TA-----C---------------AT-----GT--------AC--------A---------TGTAATAGTT--AT--A-GCGT-AA--C--G-------------------------G-C-TGA-CCGGA-g
gi|26                         :                  CTCCAT-AC---GTGTCA-TTCTCCGG-AC------C-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---
gi|27                         :                                                                                                                               aa---------TG---GAGTT--GT--A-ACGT-AAAGC--GGCA----A---T--A------CTGAGCC-TGA-CCGGA-GCTTtaattcaatataatg
gi|28                         :                                       CTCTGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT---------------AT--------A----------G---GAGTT--GT--A-GAAT-AA--C--g
gi|29                         :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----G-CTT----T--C-CC--T
gi|3                          :                 aCTCCAT-AC-ATGTGT-AATTCTCC-GGAC------T-----AGCTT----T--C-CC--TA-----C--------AGTA---AA-----GAT-------AT--------A---------TG---GAA----GT--G-GCGTAAA--C--GG-ACCACA---T--AGTGGGGCTG-G-C-TGA-CCAGA-GTT
gi|4                          :                 aCTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCC-GTAC------T-----A-CTT----T--CACC--TA-----CGTATAATAG--A---AT-----T---------AT--------A---------TG---GAG-T--GT--ATGAGT-AA--C--GA-AT---A---T--A------CT-AG-C-TGATCCGGACGCTTg
gi|5                          :                  aaCCAT-AC-A-GTGTTGATTCTCGGAGACTAAATGT-----A-CTT----C--T-CC--TT-----G--------G--A---AT-----A---------AT--------GTTAT-----TG---GAATC--GT--A-GTGT-AC--T--GG-AAT--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CTGAG-GTT
gi|6                          :                                           GGGAG------T-----A-CTT----T--C-CCC-TA-----C--------A--A---AT-----A---------AT--------AACACTATGATG---GAGTT--GT--A-GCAT-AA--T--GG-AAT--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CAGGA-GCTT
gi|7                          : aaacttttgcagtacttttCCAT-GC-AAGT-TCAATTCTCCGGATC------TGG---A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------GG-A---AT-----A---------ATTT------A---------TG----AGTT--GT--A-AAGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-CTTGA-CCGGA-GCTT
gi|8                          :               ctcCTCCAT-AC-A-TTGTCAATTCTCTGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT---------------ATA-------A---------TG---GAGTT--GT--A-GTGT-AA--C--GG-A----ATATT--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT
gi|9                          :                  CTCCAC-AC-G-GAGCCGACTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----TC-C-CC--TG-----C--------G--G---AT-----A-------------------A---------TG---GCGTTACAC--A-GC-T-AA--C--GA-C----A---TACA------CTGAA-C-TGA-CCGGA-GC





Alignments
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lowQualScore                  :                        2  444            2     888888 55555 1   3333 33 2  33  33333 77777777777 222  66666666666666666666666666666666666  444     22  22 222  1  22 22  1 3333 444 33 000000     1 1   3     1    
lowQualScore                  :                        .  ...            .     ...... ..... .   .... .. .  ..  ..... ........... ...  ...................................  ...     ..  .. ...  .  .. ..  . .... ... .. ......     . .   .     .    
lowQualScore                  :                        0  777            0     999999 77777 5   0000 44 9  44  77777 33333333333 666  44444444444444444444444444444444444  111     00  00 111  5  00 00  5 3333 888 77 444444     6 6   2     8    
consensus                     :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----G---------AT--------A---------TG---GAGTT--GT--A-GCGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT
Reference ( family-1958 )     :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----G---------AT--------A---------TG---GAGTT--GT--A-GCGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT
gi|1                          :                   TCCGT-AC---GTGTCGGTTCTCGGGGAC------TGATGTA-CTTCTCCT--C-CC--TAACATAC--------A--ACATAT-----A---------ATGTA-----A---------TT---GGGTT--GT--A-GCGT--A--C---G-A----A---T--AAGTT--CTTAG-C-TGATCCG
gi|10                         :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTC----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----G---------AT--------A---------TG---GAGTT--GT--A-ACGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-ACTT
gi|11                         :                                 TCAAAACTCCAGGAC------T-----A-C----------------------------------A---AT-----G---------AT--------A----------G---G---T--GT--A-ACGT-GA--C--GT-AAC--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCG
gi|12                         :  aaacgtactatagattCTCCAT-AC-A-TTGTCAATTCTCTGG-AC------T-----A-CTT----T--C-C---TA-----C--------G--A---AT-----A---------AT-------------------G---GAGTT--GT--A-GTGT-AA--C--GG-AAT--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTTttctcgaagcttga
gi|13                         :                  CTACAT-AC-A-GTGTCAATTCCC--GGAC------T-----G-CTT----T--C-C---TA-----C--------G--A---AT-----A---------AT-------------------G---GAGTT--GCTAA-ACGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAA-C-TGA-CCGGA-GCTTg
gi|14                         :                 aCTCCATTACGA-GT-TCAATTCTTCTGGAC------T-----A-CTT----TTTC-CC--TA-----C--------G--A---AT-----A---------ATGATATAATA---------TG---GAGTT--GT--A-------------------------T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GC
gi|15                         :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----T--C-TC--TA-----C--------G--A---AT-----A-------------------A---------TG---GAGTT--GT--A-ACGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CCGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT
gi|16                         :                   TCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCAGT-C------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----A---------AT-------------------G---GAGTT--GT--A-ATGT-AA--C--AG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-ATGAA-GCTT
gi|17                         :                                                ------T-----A-CTT----T--T-CC--TA-----T--------G--A---A----------------AT--------A---------TG---GAG-T--GT--A-GTGT-GA--T--GG-A----A---TA-A------TTGAA-C-TGA-CCAGA-GCTTg
gi|18                         :                                            actctgcacagcgtttatttT----T--C-CC---A-----C--------G-------T-----G---------AC--------A---------TTT--GAGTT--GT--A-GC-T-GA--CCGGA-A----A---T--A------TTGGG-C-TGA-CCGGA-GCTTgg
gi|19                         :       atacacaactccggacgatgtcaaTGTCAATTCTC-AGGAC------T-----A-CTC----T--C-CC--TC-----T--------GACA---AT-----G---------AT--------ATT-------TG---TTGTT--GT--A-GTGT-AA-----AG-A----A---T--AAGT---ATCAG-C-TGA-Ca
gi|2                          :                  CTCTAT-ACTA-GTGTCAATTCTCCGGGACTATT--T-----A-CTT----T--T-CCAGTA-----C--------G--A---AT-----AAATAGTATCAT--------A---------TG---GAGTT--GT--A-ATGT-A------GT-A----A---T--A------CTGAG-C-GAA-C--GA-GCTTgc
gi|20                         :                  aaCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTC--GGACT-----T-----A-C------T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----G---------ATG-------A---------TG---GAGTT--G-----ACGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGA
gi|21                         :                      aT-AC-A-ATGTCAATTTTCTGGGAC------T-----A-CTT----T--T-CC--TA-----T--------G--A---GT-----A---------GT-----------------------GA-TT--AT------------------------A---T--A------TTGAG-C-TGT-CCGGA-ACTTc
gi|22                         :                                                ------T-----A-CTT----T--CTCC--TA-----C--------G--A---ATAATGAG---------AT--------A---------TG---GGGTT--CT--A-GAGT-AA--C--CG-A----AAT-T--A------CTGAG-C-TAA--CGGA-GCTa
gi|23                         :                      aT-AA-A-GCGTCAATTCTCCGGAAC------T-----A-CTT----T--C-CC--C------------------A---AC-----G---------A--------------------------------------CGC-GA--T---G-A----A---T--A------CTAAG-C-CGA-GCGGA-GCTT
gi|24                         :                  CTTCGT-AC-A-GTGTCAACTTTCCGGGAC------T-----------------------------------------------------------------------------------TA---GAGTT--G-------GT----------------A---T--A------TTGAG-C-TGA-CCGAA-GTTT
gi|25                         :                              aaGTCAATTTTCGGGGAC------T-----A--------------C--TA-----C---------------AT-----GT--------AC--------A---------TGTAATAGTT--AT--A-GCGT-AA--C--G-------------------------G-C-TGA-CCGGA-g
gi|26                         :                  CTCCAT-AC---GTGTCA-TTCTCCGG-AC------C-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---
gi|27                         :                                                                                                                               aa---------TG---GAGTT--GT--A-ACGT-AAAGC--GGCA----A---T--A------CTGAGCC-TGA-CCGGA-GCTTtaattcaatataatg
gi|28                         :                                       CTCTGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT---------------AT--------A----------G---GAGTT--GT--A-GAAT-AA--C--g
gi|29                         :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----G-CTT----T--C-CC--T
gi|3                          :                 aCTCCAT-AC-ATGTGT-AATTCTCC-GGAC------T-----AGCTT----T--C-CC--TA-----C--------AGTA---AA-----GAT-------AT--------A---------TG---GAA----GT--G-GCGTAAA--C--GG-ACCACA---T--AGTGGGGCTG-G-C-TGA-CCAGA-GTT
gi|4                          :                 aCTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCC-GTAC------T-----A-CTT----T--CACC--TA-----CGTATAATAG--A---AT-----T---------AT--------A---------TG---GAG-T--GT--ATGAGT-AA--C--GA-AT---A---T--A------CT-AG-C-TGATCCGGACGCTTg
gi|5                          :                  aaCCAT-AC-A-GTGTTGATTCTCGGAGACTAAATGT-----A-CTT----C--T-CC--TT-----G--------G--A---AT-----A---------AT--------GTTAT-----TG---GAATC--GT--A-GTGT-AC--T--GG-AAT--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CTGAG-GTT
gi|6                          :                                           GGGAG------T-----A-CTT----T--C-CCC-TA-----C--------A--A---AT-----A---------AT--------AACACTATGATG---GAGTT--GT--A-GCAT-AA--T--GG-AAT--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CAGGA-GCTT
gi|7                          : aaacttttgcagtacttttCCAT-GC-AAGT-TCAATTCTCCGGATC------TGG---A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------GG-A---AT-----A---------ATTT------A---------TG----AGTT--GT--A-AAGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-CTTGA-CCGGA-GCTT
gi|8                          :               ctcCTCCAT-AC-A-TTGTCAATTCTCTGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT---------------ATA-------A---------TG---GAGTT--GT--A-GTGT-AA--C--GG-A----ATATT--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT
gi|9                          :                  CTCCAC-AC-G-GAGCCGACTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----TC-C-CC--TG-----C--------G--G---AT-----A-------------------A---------TG---GCGTTACAC--A-GC-T-AA--C--GA-C----A---TACA------CTGAA-C-TGA-CCGGA-GC


blockSeqs                     :                        T  GA             C     TAAATG GG    G   .    TT T  AG  .     GTATAATAG   .    AAATAGTATCATA                        TAA     AC  TA TGA  A  AG CG  C CCAC TAT AC GTGGGG     C T   T     C
blockSeqs                     :                        .  TA             C     TATT   .     .   .    C  A  C   .     GAC         .    AATAACACTATGA                        T       .   .  AC   .  .  .   . AC   AT  A  AGT        . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  AT             T     T      .     .   .    .  .  .   .     AGT         .    AATGATATAATA                         .       .   .  AC   .  .  .   . AT   .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  AA             C     .      .     .   .    .  .  .   .     GG          .    AATGAGATA                            .       .   .  GT   .  .  .   . AT   .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              C     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    AATGTTAT                             .       .   .  AC   .  .  .   . AT   .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              C     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    GATATT                               .       .   .  AC   .  .  .   . T    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              C     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    GATATA                               .       .   .  AT   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              T     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    AATTTA                               .       .   .  GT   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              C     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    GATGA                                .       .   .  GC   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              C     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    GTACA                                .       .   .  GT   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              G     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    GATA                                 .       .   .  AT   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              C     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    GATA                                 .       .   .  AC   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              T     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    GACA                                 .       .   .  GA   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              C     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    TATA                                 .       .   .  GC   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              C     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    ATAA                                 .       .   .  AC   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              C     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    AAT                                  .       .   .  GA   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  A              G     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    AAT                                  .       .   .  GC   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  G              C     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    AAT                                  .       .   .  GT   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                        .  .              T     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    ATA                                  .       .   .  GC   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                                          C     .      .     .   .    .  .  .   .     A           .    AGT                                  .       .   .  AA   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                                          .     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    ATA                                  .       .   .  GT   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .     .
blockSeqs                     :                                          .     .      .     .   .    .  .  .   .     G           .    AA                                   .       .   .  GC   .  .  .   . .    .   .  .          . .   .      
blockSeqs                     :                                          .     .      .     .   .    .  .  .   .     .           .    GA                                   .       .   .  C    .  .  .   . .    .   .  .          . .   .      
blockSeqs                     :                                                .      .     .   .    .  .  .   .     .           .    AA                                   .       .   .  .    .  .  .   . .    .   .  .          . .   .      
blockSeqs                     :                                                .      .     .   .    .  .  .   .     .           .    .                                    .       .   .  .    .  .  .   . .    .   .  .                       
blockSeqs                     :                                                .      .     .   .    .  .  .   .     .           .                                         .       .   .  .    .  .  .                                         
blockSeqs                     :                                                                 .    .  .  .                                                                                                                                   


blockSeqCons                  :                           A**                         *****     ****           *****             ***  GATA*******************************                                              ******
originalCons                  :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----G---------AT--------A---------TG---GAGTT--GT--A-GCGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT
finalCons                     :                  CTCCAT-ACA--GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---ATGATA-------------------------------TG---GAGTT--GT--A-GCGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                       33333333333333333333333333333333333                                  1111        111111                      
lowQualScore                  :                        2  444            2     888888 55555 1   3333 33 2  33  33333 77777777777 222  66666666666666666666666666666666666  444     22  22 222  1  22 22  1 3333 444 33 000000     1 1   3     1    
lowQualScore                  :                        .  ...            .     ...... ..... .   .... .. .  ..  ..... ........... ...  ...................................  ...     ..  .. ...  .  .. ..  . .... ... .. ......     . .   .     .    
lowQualScore                  :                        0  777            0     999999 77777 5   0000 44 9  44  77777 33333333333 666  44444444444444444444444444444444444  111     00  00 111  5  00 00  5 3333 888 77 444444     6 6   2     8    
consensus                     :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----G---------AT--------A---------TG---GAGTT--GT--A-GCGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT
Reference ( family-1958 )     :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----G---------AT--------A---------TG---GAGTT--GT--A-GCGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT
gi|1                          :                   TCCGT-AC---GTGTCGGTTCTCGGGGAC------TGATGTA-CTTCTCCT--C-CC--TAACATAC--------A--ACATAT-----A---------ATGTA-----A---------TT---GGGTT--GT--A-GCGT--A--C---G-A----A---T--AAGTT--CTTAG-C-TGATCCG
gi|10                         :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTC----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----G---------AT--------A---------TG---GAGTT--GT--A-ACGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-ACTT
gi|11                         :                                 TCAAAACTCCAGGAC------T-----A-C----------------------------------A---AT-----G---------AT--------A----------G---G---T--GT--A-ACGT-GA--C--GT-AAC--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCG
gi|12                         :  aaacgtactatagattCTCCAT-AC-A-TTGTCAATTCTCTGG-AC------T-----A-CTT----T--C-C---TA-----C--------G--A---AT-----A---------AT-------------------G---GAGTT--GT--A-GTGT-AA--C--GG-AAT--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTTttctcgaagcttga
gi|13                         :                  CTACAT-AC-A-GTGTCAATTCCC--GGAC------T-----G-CTT----T--C-C---TA-----C--------G--A---AT-----A---------AT-------------------G---GAGTT--GCTAA-ACGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAA-C-TGA-CCGGA-GCTTg
gi|14                         :                 aCTCCATTACGA-GT-TCAATTCTTCTGGAC------T-----A-CTT----TTTC-CC--TA-----C--------G--A---AT-----A---------ATGATATAATA---------TG---GAGTT--GT--A-------------------------T--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GC
gi|15                         :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----T--C-TC--TA-----C--------G--A---AT-----A-------------------A---------TG---GAGTT--GT--A-ACGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CCGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT
gi|16                         :                   TCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCAGT-C------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----A---------AT-------------------G---GAGTT--GT--A-ATGT-AA--C--AG-A----A---T--A------CTGAG-C-TGA-ATGAA-GCTT
gi|17                         :                                                ------T-----A-CTT----T--T-CC--TA-----T--------G--A---A----------------AT--------A---------TG---GAG-T--GT--A-GTGT-GA--T--GG-A----A---TA-A------TTGAA-C-TGA-CCAGA-GCTTg
gi|18                         :                                            actctgcacagcgtttatttT----T--C-CC---A-----C--------G-------T-----G---------AC--------A---------TTT--GAGTT--GT--A-GC-T-GA--CCGGA-A----A---T--A------TTGGG-C-TGA-CCGGA-GCTTgg
gi|19                         :       atacacaactccggacgatgtcaaTGTCAATTCTC-AGGAC------T-----A-CTC----T--C-CC--TC-----T--------GACA---AT-----G---------AT--------ATT-------TG---TTGTT--GT--A-GTGT-AA-----AG-A----A---T--AAGT---ATCAG-C-TGA-Ca
gi|2                          :                  CTCTAT-ACTA-GTGTCAATTCTCCGGGACTATT--T-----A-CTT----T--T-CCAGTA-----C--------G--A---AT-----AAATAGTATCAT--------A---------TG---GAGTT--GT--A-ATGT-A------GT-A----A---T--A------CTGAG-C-GAA-C--GA-GCTTgc
gi|20                         :                  aaCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTC--GGACT-----T-----A-C------T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT-----G---------ATG-------A---------TG---GAGTT--G-----ACGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGA
gi|21                         :                      aT-AC-A-ATGTCAATTTTCTGGGAC------T-----A-CTT----T--T-CC--TA-----T--------G--A---GT-----A---------GT-----------------------GA-TT--AT------------------------A---T--A------TTGAG-C-TGT-CCGGA-ACTTc
gi|22                         :                                                ------T-----A-CTT----T--CTCC--TA-----C--------G--A---ATAATGAG---------AT--------A---------TG---GGGTT--CT--A-GAGT-AA--C--CG-A----AAT-T--A------CTGAG-C-TAA--CGGA-GCTa
gi|23                         :                      aT-AA-A-GCGTCAATTCTCCGGAAC------T-----A-CTT----T--C-CC--C------------------A---AC-----G---------A--------------------------------------CGC-GA--T---G-A----A---T--A------CTAAG-C-CGA-GCGGA-GCTT
gi|24                         :                  CTTCGT-AC-A-GTGTCAACTTTCCGGGAC------T-----------------------------------------------------------------------------------TA---GAGTT--G-------GT----------------A---T--A------TTGAG-C-TGA-CCGAA-GTTT
gi|25                         :                              aaGTCAATTTTCGGGGAC------T-----A--------------C--TA-----C---------------AT-----GT--------AC--------A---------TGTAATAGTT--AT--A-GCGT-AA--C--G-------------------------G-C-TGA-CCGGA-g
gi|26                         :                  CTCCAT-AC---GTGTCA-TTCTCCGG-AC------C-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---
gi|27                         :                                                                                                                               aa---------TG---GAGTT--GT--A-ACGT-AAAGC--GGCA----A---T--A------CTGAGCC-TGA-CCGGA-GCTTtaattcaatataatg
gi|28                         :                                       CTCTGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT---------------AT--------A----------G---GAGTT--GT--A-GAAT-AA--C--g
gi|29                         :                  CTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCCGGGAC------T-----G-CTT----T--C-CC--T
gi|3                          :                 aCTCCAT-AC-ATGTGT-AATTCTCC-GGAC------T-----AGCTT----T--C-CC--TA-----C--------AGTA---AA-----GAT-------AT--------A---------TG---GAA----GT--G-GCGTAAA--C--GG-ACCACA---T--AGTGGGGCTG-G-C-TGA-CCAGA-GTT
gi|4                          :                 aCTCCAT-AC-A-GTGTCAATTCTCC-GTAC------T-----A-CTT----T--CACC--TA-----CGTATAATAG--A---AT-----T---------AT--------A---------TG---GAG-T--GT--ATGAGT-AA--C--GA-AT---A---T--A------CT-AG-C-TGATCCGGACGCTTg
gi|5                          :                  aaCCAT-AC-A-GTGTTGATTCTCGGAGACTAAATGT-----A-CTT----C--T-CC--TT-----G--------G--A---AT-----A---------AT--------GTTAT-----TG---GAATC--GT--A-GTGT-AC--T--GG-AAT--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CTGAG-GTT
gi|6                          :                                           GGGAG------T-----A-CTT----T--C-CCC-TA-----C--------A--A---AT-----A---------AT--------AACACTATGATG---GAGTT--GT--A-GCAT-AA--T--GG-AAT--A---T--A------CTGAG-C-TGA-CAGGA-GCTT
gi|7                          : aaacttttgcagtacttttCCAT-GC-AAGT-TCAATTCTCCGGATC------TGG---A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------GG-A---AT-----A---------ATTT------A---------TG----AGTT--GT--A-AAGT-AA--C--GG-A----A---T--A------CTGAG-CTTGA-CCGGA-GCTT
gi|8                          :               ctcCTCCAT-AC-A-TTGTCAATTCTCTGGGAC------T-----A-CTT----T--C-CC--TA-----C--------G--A---AT---------------ATA-------A---------TG---GAGTT--GT--A-GTGT-AA--C--GG-A----ATATT--A------CTGAG-C-TGA-CCGGA-GCTT
gi|9                          :                  CTCCAC-AC-G-GAGCCGACTCTCCGGGAC------T-----A-CTT----TC-C-CC--TG-----C--------G--G---AT-----A-------------------A---------TG---GCGTTACAC--A-GC-T-AA--C--GA-C----A---TACA------CTGAA-C-TGA-CCGGA-GC