lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 22222222222222222 44444444444444 222222222222 22222222 11111 1111 111 11 11 666666666666666666666666666666 3333333333333333333333333333333333333 1111111 55555555555555555555555 11111 11 2222222222222222 111111111 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 4444444444444444444444444444444444444 22 44444444444444444 666666666 111 99999999999999999999999 1 11 1 11 5555555555555 1 555555555555 1111111 22222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111 333333 22222222222222222 111111 44444444444444444444 222222222222 11 333 22222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 22222222222 111 5555555555555555555555555555 2 33333333333 3333333333333333333333333 4444444444 11 22222 222 1 111 1 222 44444444444 2222222 11 11
lowQualScore : 5 5 5 5 5 0 5 555 5 5 888 5 4 3 4 4444 4 777 11111111111111111 77 4 4 4 33333333333333 66 9999 222222222222 777 4 999 55 66666666 9999 99999 5 5 55 0 0 5 3 0000 000 3 0 11 5 66 66 66 777 4 11 2 000000000000000000000000000000 5 4 777 66 7777777777777777777777777777777777777 66 5 6666666 5 5 44444444444444444444444 5 5 5 5 99 4 11111 4 4 4 5 11 5 888 888 2222222222222222 777777777 0 5 2222 0 77 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 000 5 1 7777777777777777777777777777777777777 5 3 5 5 44 11111111111111111 999999999 99 3 0 8 444 00000000000000000000000 6 6 3 3 77 33 1 66 5 5 77 888 4 7 4 2222222222222 666 3 1 3 666 55 55 111111111111 3 3 88 44 1111111 44 55555555555555 3 55 3 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 4 4 2 3 77777777 7777 3 555 44 888888 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 7 111111 555 555 3 77 000 6 3 6 3 3 44 3 3 44 3 000000 3 77777777777777777 000000 88 3 99999999999999999999 666 333333333333 55 88 2 3 99 77 44 3 6 3 9 111 3 3 3 3 3 77 55555555555 44 77 3 111111111111111111111111111111111111111111111111 555 3 0000000 6 6 3 1 3 3 3 22222222222 7777 3 333 3333333333333333333333333333 555 444 7 5 3 666 888 1 6 99 6 6 22222222222 6 4444444444444444444444444 5555555555 88 2 55555 6 0 666 22 0 66 000 0 4 222 3 00000000000 6 55 2222222 55 6 66 33
lowQualScore : . . . . . . . ... . . ... . . . . .... . ... ................. .. . . . .............. .. .... ............ ... . ... .. ........ .... ..... . . .. . . . . .... ... . . .. . .. .. .. ... . .. . .............................. . . ... .. ..................................... .. . ....... . . ....................... . . . . .. . ..... . . . . .. . ... ... ................ ......... . . .... . .. ............................................................ . ... . . ..................................... . . . . .. ................. ......... .. . . . ... ....................... . . . . .. .. . .. . . .. ... . . . ............. ... . . . ... .. .. ............ . . .. .. ....... .. .............. . .. . . ................................................................ . . . . . ........ .... . ... .. ...... . .............................................................. ... . ...... ... ... . .. ... . . . . . .. . . .. . ...... . ................. ...... .. . .................... ... ............ .. .. . . .. .. .. . . . . ... . . . . . .. ........... .. .. . ................................................ ... . ....... . . . . . . . ........... .... . ... ............................ ... ... . . . ... ... . . .. . . ........... . ......................... .......... .. . ..... . . ... .. . .. ... . . ... . ........... . .. ....... .. . .. ..
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0 444 0 0 888 0 4 6 4 4444 4 888 44444444444444444 33 4 4 4 00000000000000 11 4444 999999999999 000 4 222 22 99999999 4444 99999 0 0 11 1 9 0 1 9999 111 1 1 99 0 99 99 11 888 4 99 2 222222222222222222222222222222 0 4 888 11 0000000000000000000000000000000000000 99 0 2222222 0 0 55555555555555555555555 0 0 0 0 55 4 11111 4 4 4 5 99 0 888 888 2222222222222222 555555555 1 7 1111 1 99 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 000 7 7 7777777777777777777777777777777777777 7 6 7 3 00 99999999999999999 000000000 88 5 8 0 000 00000000000000000000000 7 7 3 5 99 66 4 99 7 7 99 888 4 2 0 5555555555555 333 6 0 6 444 00 00 111111111111 3 3 11 22 3333333 66 44444444444444 6 00 6 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 4 0 0 6 88888888 1111 3 888 66 333333 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 5 999999 444 444 3 99 999 7 3 7 3 3 66 3 3 66 6 444444 6 66666666666666666 555555 66 6 55555555555555555555 444 000000000000 00 66 4 6 66 33 22 1 2 1 8 777 1 1 1 1 1 33 00000000000 22 33 3 111111111111111111111111111111111111111111111111 888 3 0000000 2 2 1 7 1 1 1 22222222222 1111 3 444 0000000000000000000000000000 888 777 3 5 6 444 888 0 7 22 7 7 88888888888 7 2222222222222222222222222 4444444444 66 5 00000 5 8 222 88 0 55 888 0 0 000 7 77777777777 5 55 5555555 88 0 00 88
consensus : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCACAA-CTGGAG-ATTTG-AAGTTTTT-CAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACTGG-AGA---CTTTTTGTCG-ACA---TTTTTTC--AA-CGCNT-----T-CTTAT-G-TGTCCA-TTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----CTTT----TTTN---AA-T-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTT-G--AA--G--G---G-TTTT--AAGTTCA--------A-T-A-T---------------AGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GTC--------AA-T--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG------------T---GAT----A-TT-A-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNACCTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG--ATGC-TACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTCTCTCTCCATG-GTG-TA-TAAT--ATCAGCTATAC---ATT-AAGTGCAAATAGA-CGTAA---TCCTNTAACTTATTGT-TCGATT--ACGATAACA-TTTA-TTA-CGTTT--AAACT--TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC--GAC-TG--TACATT-TTTTCG-A---A--T--ACAA--C---GC-GG-TTT-C-TACTTT-CG-TTTTTG-----G-TC--AAGTGTG-A-----------GAGTT-A--TC-T-TCCC------ATTAAT--TAGTAATA-CTGTCG-TA-AGAAATTCG-------T----TTA----T--AGTCGGC-ACT-CCG-A--T--AT-AAC----A-TTGACC---C--AGG----CT-AT-----A-GCT-------------A------------A-C---A-A----------------GT---ATA------GA---G---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CATT-AAT--TGTTGTTTAT-TTA------AC------A-AAA------AT--C-AAG---------G-----A----T---CCATG-----------AAA--CAA--GATC-GTGGT-TTT--CAA--AGG-TG-TG-AATTTTN-GACA-GATT-TTG-AG-A-TG--TG-------C-GGG--G--TAG-AT------------C-------------AG---------G----------T---G-TGA-------AAA-TCT-ACC-ACCCGGT-GT-TCA-G---------N-AGA----G-TGGA-TAATTAGT---C---T--A---TT-GC---------A---ACG-TACACAGTGC-TTGG-GACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA-CA-C--T--CAAAT-GGCT-TCGTA-TACAC-G--T-AA-A---TTGGC--GGTCA-A-TAAT-TTTTTTTGNT-----GTTGAAATTTCGGAAATGACGGG-AGATTT-TAAAC-TTTNAG--CGGGAGGGACGGGG---GGGGG---TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
Reference ( gi|1 ) : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCACAA-CTGGAG-ATTTG-AAGTTTTT-CAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACTGG-AGA---TTTTTTGTCG-ACA---TTTTTGC--AA-TGCAT-----T-CTTAT-G-TGTCCA-TTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--GG----CTTT----TTAT---AA-T-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTT-G--AA--G--G---G-TTTT--AAATTCA--------A-T-A-G---------------AGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GTT--------AA-T--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG------------T---GA-----A-TT-A-AA-TAAC-CAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTATG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-T---GCT-GCTCGCC-GGA---TAT--A--GGAG-TTG--ATAC-TACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCTCACCATG-ATG-TAGTAAT--ATCAGCTATATTCAATTAAAGTGCAAATAGA-CGTAA---TCGTG-AACTTGTCATGTCA--T--ACAATAACA-TTTA-TTA-CATTT--AAACT--TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATGAAATTTTA-CCTTTTTTTAAG--GA--TG--TACATT-TTTTCG-A---A--T--ACAAACC---GC-G--TTT-C-TACTTT-TG-TTTTTG-----G-TC--AAGTGTT-A-----------GAGTT-A--TC-T-TCCC----ATATTAATTTTAGTAATA-CTGTTG-TA-AGAAATTTG-------T----TTA----T--AGTTGGC-ACT-CCG-A--T--AT-AAC----A-TTGACC---C--AGG----CT-A------A-GCT-------------A------------A-C---A-A----------------GT---ACA------GA---G---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CATT-ATA--TGTTGTTTAT-TTG------AT------A-AAA------AT--C-AAG---------C-----A----T---CCATG-----------AAA--CAA--GATT-GTGG--TTT--CAA--AGG-TG-TG-AATTTTT-TACA-GATT-TTG-AG-A-TG--TG-------C-A-G--G--TAG-AT------------C-------------AG---------G----------T---G-TGA-------AAA-TCT-ACC-ACCTGGT-GT-TCA-G---------A-AGA----G-TGGA-TAATTAGT---C---T--A---TT-GC---------A---ATG-TACACAGTGC-TT-G-GACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA-CA-C--T--GAAAT-GGCT-TCGTACTACAT-G--T-AA-A---TTGGC--GGTAA-G-TAAT-TTTTTTTGCT-----GTTGAAATTTTGAAAATGACGGG-AGATTT-TAAAC-TTTTAG--TGGGAGGGACGGGG---GGCGG---TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCACCGGGAGAATT-AC--ATGTA
gi|2 : TACAT-GTGGAC-AGAACTGT-CATG-TCACAA-CTGGAG-ATATG-AAGTTTTT-CAGC-TGGAG---TTTTGGTT-CTG-AAACTGG-AGA---CTTTTTGTCGTACA---TTTTTTC---A-T-CTT-----T-CTTAT-A-TGTCCA-TTG-----GTGT----A--ATAATGAGATT------------CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TGAAGT----TTTT----TTAA---AA-T-TCAGAATTTTATTGCATTT--A--TTT--GTTTTTTGA--TTTTT-GAAAA--G--G---G-TTTT--AAGTTCA--------AGT-A-T---------------AGGGC-TTTCT---GTTGAAA--A-CA-----TGT-GCC--------AA-T--ATT-----GT--TAAGCA-------CTATTGAGAAAG------------T---AA-----ACTT-A-AAGTAAC-AATCTTTAATTTCATCACAT-AT-A-TCTATTACGT-GAAG-ATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATTG------GATC-ACTTT-ATCTATG----GTGG--TN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCA-T---GC--GCTCGTT-GGA---TATTCA--GGAG-TTG--ATGC-TAC-GTACTGT-AGTTTTT-TTTCTGTCTCCATG--TG-TA-TAAT---CCAGCTATA--CAGGTTAAGTGCAATGAGACCATAAATCTC-TT-AACTTATTAT-TCGATT--ACAATAACA--TTA-TTAGCGTTT--AAACT--TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT-------------TTTTA-CCT---------------TG--TATATTCTTCTCG-AATGA--T--ACAA--C---GCGG--TTT-C-TA-TTT-CG-TTTTTGCATGTG-TC--AAGTGTG-A-----------GAGTT-AACTC-T-TTCC----G-ATTGAT
gi|15 : TACAT-GTG-AC-AGA-CT-T-CATG-TCACAAACTGGAG-ATTTG-AAGTTTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAA-CTGGGAGAACTTTTTTTGTCG-ACA---TTTTTTCCCAA-TGCAT-----T-CTTAT-G-TGTCCAACTG-----GT-T----A--ATAAT----TTC------A----AAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----CTTTAATTTTAA---AAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--ATTTTT--GTATTTGTA---TTTT-G--CA--G--G---GTTTTT--AAGTTCA--------A-T-A-----------------AGGAC--TT-T---GTTGAAA--A--A-----T-T-GTC--------AA-T--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATT--G-AAGTACATATTTTTTT---GT-----A-TT-A-AA-TAAC-CAACTTT--TAT-----C-C-AT-A-TTTATTACG--GAAGAATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATAG------G--Caacattgccccaggcttaggcttcctttaaataaataagtacatgagcatgcgggtttagtgaagttaattaactacacattaattgttgtatatttataaatatcaaggatccatgaacaagattaatggttttcaagtgttgcgattttggacagattttgagaatagttgcagggtagattcaggtcaggcacaggtgtgaaaatcgaacacctggtgttcagaagagtggatattagtcctattgcaatg
gi|7 : aTACATTGTG-AC-AGAATGGT-CATG-TCACAA-T--GAG-ATTTG-A-GTTTTT-CAGC-TGGGGAGGTTTTGA-T-TAGAAAACTGG-AGA---ATTTTTGT-G-ACA---TTTTTTC--AA-CGT-T-----T-CTTAT-G-CGTCCT-TT-------T-TTAA-A--ATAAT----T--------A----CAA---TAATA-T--TGTGTT-GA--GC----CTTT----TTTT---AA-TGTCA-A-TTTTGTT-CATTT--A-TTT---GTT---GTAA-TTTTT-G--AA--G--G---G-TTTTTTAAGTTCA--------C-TCA-T---------------TAGGC-TTT-T---GTTGAAA--AACA-----T-T-GTC--------AA-TGATAC--A--GT--TA--CA-------C-ATTGAG-AGG------------TATTGA-----A-TTTA-AA-TAAC-ACATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTAAG--GAAG---ACA---AGTTTGTTTGTATAGTA-------TATATAG------G--CAAC-TT-ATCTATGGGCCGTGG--T---TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATT---GCT-GCT-ACT-GAA--------A--GA-----------------GAACTGT-AGCCGTT-TTTCTCT----ATATATGTTAATGATACATCAGCTATA--CACTT--AGTGC--ATAGA-CGTAA---TCca
gi|21 : TACAT-GTG-AC-AGAACTAT-CATG-TCGCAA-CTGGAG-ATTTG-AAGTTTTT-CAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACTGG-AGA---TTTTTTGTCG-ACA---TTTTTTC--AA-CGCTT-----T-ATTAT-G-TGTCCA-TTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---CAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----CTT-----------------------TTTTGTT----------TTTT--GTTTTTGTA--TTTTT-G--AA--G--G---G-TTTt
gi|11 : aTACAT-GTG-AC-AGAATGGT-TATG--CACAA-CTGGAG-ATTTG-AAGTTTTT-CAGC-TGGA----TTTTGG-T-CTGAAAACTGG-AGA---CTTTTTGTCG-ACA---TTTTTTC--AA-CGTTT-----C-TTTAT-G-TGTCC--TT-------T-TAAAAA--ATAAT----TT-------A----CAA---Ta
gi|4 : TACAT-GT-------AATGGT-C-TG-T-ACAA-CTG-AG-ATTTG-A-GTTTTT-CAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACT-G-AGACT-TTTTTTTTCG-ACT---TTTTTTC--AA-TGTCT-----TCCTTAT-GCTGATAA-TT-------T-TTAA-A--ATAAT----TT-------GTATCCAATACTAG-G-TTA-GTGTT-CG--AACGTTCTTC----TTTT---AA-T-TC--AATTTT-TT-CATTTTCA-TTTTTGGTTGTTGTAGGCTTTT-G--AAATG--GTCCA-TCTT--ATATTCATGTTATTTA-T-G-GTTTGGTATGTTTGATAGGGT-TTT-TAAAGTTGAGACTA-TAGGCTTT-T-GTTTGAAGAACAA-T--TGTCAA--GTTATAA-CAGTTTCCTC-ATTGAA-AGG------------T---AATTGAGA-TT-A-AA-TAACGAAATTTT-ATTT-----CAC-AT-AGTTTA-TACGTCGAAG-ATACATCCAG---GTT-------TC-------TGTTTAGGGTTTAG--TGACTTT-ATCTATG----G-GGTAT--GTGCGTACTAAACTAGTTAATCATTCATAATGTGTCTCAGTCTCCCCTCACGGAACCTCA-TATCGCT-GCTTACT-G----------A--GTAGTTTGTTATATGTAAGGAACTGTAAGTTTTT-CTACT----CCAT--AT--TATTAA---GTCAGCTATACT--ATT--AGTGC-AAT-GA-CGTAA---TCTTG------GTAGCGT--------TGGTAACACTTTA-ATACCATAT--AAACTGAGATTCAA--Ttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataatatattgttttgtgagcttttttcaattcaaatttattcatttattttgttgttgtatttttgaagggtttttaagttcactatagggcttttgttgaaaacattcgtcaattatacagtttacacattgagaggtgattgattaaataaccaattttatttcacatatttattacggaagatacaaggtttctgtttagtgtataggcaactttatctatggcgg
gi|9 : CAG-GTG-ACCAGAACTGT-CATG-TCACAA-CTGGAGAATTTG--AGTTTTT--AGC-TGGAG---TTCTGG-TGCTTGAAACTGG-AGA---CTTTTTGTCG-ACA---TTTTTTC--AA-TG-ATC----T-GTTAT-T-TGT-CA-TT------------------TAAC----TT-------A----CAA---TAA-A--CATGTGTG-TGTTAG----CTTT----TTTTTTAAA-T-TCA-AA-TTTATT-C-CTT--ATTTTT--GTTTTTG-A--TTTTT-G--AA--G--G---G-TTTT--AAGTTCA--------A-T-ATT---------------AGGACTTTT-T---GTTGGAA--A-C------T-T-GTC--------AATT--TCA--A--GT--TAA-AG-------T-ATTGAG--AG------------T---AAT----G-TT-A-AA-TAAA-CCACTTT-A-TT-----CACGAT-A--TTATTACG--GAAG-ATACA---A----GTT-------CC-------TGTATAG----------AACTTTAATCTATG----GTGG--TACGACTGTAAACTAGTTAGGTAATATTGTAAGCTATGTCTTCAGTCCCTCACCTACACCTCA-T---GCT-G--CG---GGA---TAT--A--G--A-TTG--ATGC-TA------TGT-AG---TT-TTTTTCTCTCCATG-GTA-TAATagaggacagtgtctgttgaattt
gi|18 : tAT-GTG-AC-AGAACTGTTCATGGTCACAAACTGGAG-ATTTGTAAGTTTT--CAGCCTGGAT---TTATTG-T-TTGAAAACTGG-AGA---CTTTTTGTCG-GTAGATTTTTTTC--AAAGGCGGGGGGGT-CTTATCG-TGTCCA-CTGTTATAAT-T----ACAATAAT----TTTTTTTTTA----TGA---TAA-ACTCATGTGTT--G--AG----CTTT----TTTA---AA-T-TCA-AATGTTATT-CCTTT--A-TTT---GTTTTTGTA--TTTTTTG--AA--CCCG---G-TTT----AAGTCA--------A-T-A-T---------------AGGTT-TTT-T---GTTGAAA--A--A-----T-G-GTC--------AA-T--TCT--cagacttataca
gi|28 : act-CTGACAACTGA-AGG---TTTTTTGTTG-ATT---TTTCTTC--AT-TGTAT-----T--TTAT-G-TGTTCA-TTG-----GT-T----A--ATAAA----CT-------A----CAT---TAA-A--CATTTGCT-TGT-CG----TGTT----TTAT---
gi|11 : -------A----TAA---TAT-A-T--TGTTTTGTG--AG----CTTT----TTTC---AA-T-TCA-AATTT-ATT-CATTT--A-TTTT--GTTGTTGTA--TTTTT-G--AA--G--G---G-TTTTT-AAGTTCA--------C-T-A-T---------------AGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-TCGTC--------AA-T--TAT--ACAGT--TTA-CA-------C-ATTGAG-AGG------------T---GATTG--A-TT-A-AA-TAAC-CAATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TCTGTTTAGTGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GCGG--gttcc
gi|23 : tacatgtgacagaatggttatgcacaactggagatttgaagtttttcagctggattttggtctgaaaactggagactttttgtcgacattttttcaacgtttctttatgtgtccttttaaaaaataatttacaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaa--G---G-GTTT--AAGTTCA--------A-T-A-T---------------AGGGC-TTT-T---GTTGGAA--A-C--------------------------------A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG------------T---AA-----A-GT-A-AA-TAAC-TAAATTG-ATTT-----TAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---ATT-------TC-------TTTAGAG------G--CAATTTT-ATCTATG----GTGG--T--
gi|29 : TT-T---GTTTGAA--A-CA-----T-T-GTC--------AA-TA-TAC--A--GT--TTA-CA-------C-ATTGGA-AAGGTAT--------T---GA-----A-TT-ATAA-TAAC-AAATTTA-ATTT-----TCT-ATCA-TTT
gi|16 : AACTTT-ATTT-----CAA-AT-A-TTTATTATG--GAGG-ATATA---AG---GTT-------TC-------TGTTAAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-T---GCTGGCTTGCT-G-------T--A--GGAA-TTG--ATGC-TACTGAACAGT-AATTTTT-TTTTTTTATCCATG--TG-TA-TATA--ATCAGCTATAC---ATTAAGGT--AAATctcaaacaatcaagt
gi|5 : t-T---GCT-GCTCGCT-GGAAATTAT--A--GGAG-TTG-------TGCTTTACTGT-AGGTTTT-TCTT-CTC--CATT-GTG-TA-TAAT----CA-CTATAC---AT---AGTG-AAATAGA-CGTAA---TC-TGTAACTTATTGT-TCA--TTAACAATAACA-TTTACTTA-CGTTTTAAAACT--TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT---TTC-AT----------------TTCAGC--GA--CAGTTACATT-TTTTCGGA---A--T--ACCAAC----GCAG--TTT-T-CACTTT-CG-CTTTTG-----G-TCCCAAGTGGTGA-----------GAGTT-A--TC-TGTCCC----CTATT-----TAGCCA---------------AAACTCA-------T----T---------AGTCCGC-ACT-C-G-A--TGAAT-AAC----A-TTTACCATTC--AGG----CT-A------AAGCTTATTCCTTTAATAA------------A-CCCAA-A----------------GT---A-A------GA---G---CCATAGGC-A-GG-GT-TT-GTG-AA-GTTTCAAA-TAA-CT--ACA-CATT--TAATTGTTGTATAT-TTA------AT------A-AAA------ATT-C-AAG---------GG----A----T---TCATG-----------AAAAACAA--GATT-GTGGGATTT--CAA--AGG-TG-TG-AATTTGG--ACAAGATTGTTGGAG-AGTG--CGGGGCCAGC-G-G--G--TAG-AT------------C-------------AGTCCACGACAG----------T---G-TGA-------AAAATCTTACCCACCTGGT-GT-TCA-G---------A-AGA----T-TGGA-TAATTAGTC--C---T--A---TTGGC---------A---A---TACACA--GC-TG-G-GACTG---AAAAAAA---TTTATT-AATT-T-GACCA-C--TCCCAAATGGGCT-TCGTA-TACAccccataaccctttaaaattctaaatatccatattatttcaaccaaaatttgtatgtattttgtcaaggatgtatat
gi|3 : ---GCT-GCTCGCTTGGA---TAT--CTTGGAG-TTG--ATG--TACTG--TTGT-TTTTTTTGTTTTTTTCTCCATG--TG-TA-TAAT----CAGCTATAC---ATTAAAGTGCAA-TAGA-CGTAA---TCCTCTAATTTATTAT-TCAATT--ACAATAAC--TTGA-TGA-CGTTT--AAACAA-TATT-AA--CTC-CATTG--TAAT---TTC-ATGAATTTTTAACCTTTATTCAGC--GAC-TG--TAC--T-TTTTCG-A---A--T--ACAA--C---GC-G--GTT-C-TACTTT-CG-CTTT-G-----T-TT--AAGTGTG-A-----------GAGTT-A--TC-T-TCCC-----TA-----TTTAGTAGTgt
gi|14 : AATAACA-TTCA-TTA-CGTTT--AAACT--TAATAAG--TTTTCAT-G--TAATAATTTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAAC--AAC-TG--TACATT-TTT-CG-A---A--T--GCAA--C---GC-GG-TTT-C-TACTTT-CG-TTTTTG-----G-TC--AAGTGTG-A-----------GAGTT-A--TT-T-TTCC--------TAA---TAGTAATA-CTGTCG-TAGAGAAATTCT-------TGAAATAA----T--AGTCGGC-ACT-CCGAA--TTGAT-AAC----A-TTGACC---C--AAG----CT-ATCATTTA-ATA-------------A------------A-C---A-A----------------GT---ATA------GA---G---C-AT--GC-AGGG-TT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-TT--ACA--ATT-AAT--TGTTATTTAA-TTA------AC--------AAA------AT--C-AAG----------------------------G-----------------AA--GATC-CTGGT-TTT--CAA--AGG-TG-TG-AA-TTTT-GACA-GTTT-TTG-AG-G-TG--TG-------CTG-G--G--TAG-AT------------C-------------AG---------G----------T---G-TAA-------AAA-TCT-ACG-ACCCAGT-GT-TCA-cgccctccgactaacattgacccgcaggctaagctatcttaataaacagtatagagcatgccaggttcagtggaagttaatataactacacattaaattgtttgtttgattctaaggaaaatcaaagatatcccatgaaacaaaggagttttcagtggtgaattttgataagattttgagatgtgcagggtagatgcaaggttcatgacaaggtgtgaaaatctagcaccttcggttcgcgaggaggatgtgtattaattagtcccatgtatatatgttacacagtgcttgggattggaaaagaagcttagacattcgacatctcaaatgctgtcgtacatggttaaagtcttggcaagataatgtttttgtgagagagagttagtttcggaaaagaggagttttaaactttaagcgggaaggggagggaaagggagtctcaaaatcaggaatatccccgccgggagaatcaacatgtat
gi|8 : AACA-TTTG-TTA-CGTTT--AAACA--TAAT-AA--TTT-CAT-G--TAAT---TTCCATAAGATTTTA-C--TTTATTCAGCAGACTTG---ACATT-TTT-CA-A---A--T--ACCACCCTACGG-G--TTT-C-TACTTT-CG-TTTTTG-----GATC--ACA-GTT-G-----------GAGTT-A--TCCT-TCCC-------TTAAT---AGTAG-----------A-AGAAATTAG-------T----CCAACACTCGAATTGG--ATT---G-A--T--A--AAC----A-TTGACC---C--AAG----CT-ATT----A-TTT-------------A------------A-T---A-A----------------AC---A-A------GATAAG---C-AT--GC-A-GG-TTTCA-GTG-AA-GTT--AAT-TAAACT--ACA-CATT-AAT--TGTTGTTTATGTTA------AC------A-AAA-------T--C-AAG---------G-----A----T---CCATGCAGGAGATCATGAA--CAG--GATC-ATGG--TTTTTCAA--AGG-TG-TG-AATTTTG--ACA-GATT-TTG-AG-A-TG--TG-------C-AGG--G--TAG-AT---------------------------A---------G----------T---G-GGA-------AAA-TC--ACC-ACCCAGTGGT-TCA-G---------GTAGA----G-TGGA-AAATTAGT---C------AGACTT-AC---------A---ACA-TACACAGTGC-TTGG-GACTG---AAAAA
gi|22 : attatttatttactaatgaT--AAACT--TATTAAAATTTT-CAT-GAATAAT---TTC-ATGAAATTTTA-TCTTATTC--AC--AC--TG---ACA-T-TTTTCG-A---ATTT--ACAA--C---GCGG--TTT-CTTACTTT-CG--CTTTG-----A-CC--AAGTGTT-------------GAGAT-A--TC-T-TCCC----TTAT
gi|25 : --TTC-CAT-G--TAAA---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC--AAC-TG--TACATT-TTT-CG-A---A--T--ACAA--C---GC-GGTTTT-C-TACTTT-CG-TTTTTG-----G-TC--AAGTGTG-A-----------GAGTT-A--TC-T-TCCC----agtatgcactccaattataacatgaaaccaagaatccttaaaaaacatagtatagagata
gi|13 : atAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC--AAC-TG--TACATT-TTTTCG-A---A--TTTACAA--C---GC-GG-TTT-C-TACTTT-CG-CTTTTG-----G-TC--AAGTGTG-A-----------GAGTT-A--TC-T-TCCC--------TAAT---AGTAATA-CTGTCA-TA-G------------------------------AGTTGGC-ACT-CTG-AATTG-AT-AAC----A-TTGACC---C--AAG----CT-ATTATCCA-ATA-------------A------------A-C---A-A----------------GT---ATA------GA---A---C-AT--GC-A-GGGTT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CATT-AAT--TGTTGTTTAT-TTA------AC------A-CAATCAAGGAT--CCAAG---------CCAGGGA----T---CCATG-----------AAA--CAG--GGTT-GTGGT-TTT--CAA--AGG-TG-TG-AA-TTTT-GACA-GATT-TTG-AG-A-TG--TG-------C-AGG--G--TAG-AT--------------------------AG---------G----------T---G-TGA-------AAA-TCT-ACC-ACCCGGT-GT-TCA-G---------T-AGA----G-TGG--------------------------------------A---ACA-TACACAGTGT-TTGG-GACTG---GAAAAAA---taatagtga
gi|27 : TC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC--AAC-TG--TACATT-TTT-CG-A---A--T--ACAA--C---GC-GG-TTT-C-TACTTT-CG-TTTTTG-----G-TC--AAGTGTG-A-----------GAGTT-A--TC-T-TCCC----a
gi|26 : TTTTA-CCTTTATTTAAC--GAC-TG--TAAATT-TT--CG-A---A--T--ACAA--C---ATAG--TTT-C-TACTTT-CGCTTTCTG-----C-TC--AAGTGCG-A-----------GAGTTCA--TC-T-TCCC--------TAA---TAGTAATA-CT-TTG-Ttaatagtg
gi|12 : -TTTTCG-A---T--T--AGAA--C---GT-G--ATAAC-TATTTTCTA-TTTTTG-------TC--GAGTATT-GCTATATTATGGGAGTT-A--TC-T-TCCCTAACACATTCGTTATAGAAAGAACAGTTCCTATAG---TTCGGCGGTGATG---TTA-------AGTCAGC-ATT-CTG-A--T--TC-AATTCTTA-T--ACC---C--AAG----CT-A---------TC-------------A------------ATC---A-T----------------GT---GTATTCAATGA---A---C-AT--G-----G-TC-GT-GTG-GG-GTT--AAC-TAA-CC--AAA-CATT------CGTTGTTT---TTA------AA------ACAAA------AT--T-AAG---------G-----A----T---CAGTG-----------ACA--CAA--GAAC-GTAG--TTT--CAA--AAG-AG-TA-AATTTCT--ACA-GACT-TTG-AG-A-TA--TA-------CCA-G--A--AAT-AT------------C-------------GG---------A----------T---G-TGA-------ACA-TCT-AGC-ACCTGGC-TT-TCA-ATTGTGTAAAACAGA----G-TGGA-AAATTA-T---C---TTGA---TT-GCGACATACATA---ACG-TACACATTGttagtcagcac
gi|33 : C---GC-GG-TTT-C-TACTTT-CG-GTTTTG-----G-TC--AAGtagatcatttaact
gi|3 : aaTA-------T----TTAG---T--AGTCGCC--CT-CCG-A--C---T-AAC----A-TTGACC---CGCAGG----CT-A------A-GCT-------------ATCTTA-------A-T---A-AACA-------------GT---ATA------GA---G---C-AT--GCCA-GG-TT-CA-GTGGAA-GTT--AATATAA-CT--ACA-CATT-AAA--T--TGTTTGT-TTG------ATTCTAAGG-AAA------AT--C-AAA---------G-----A----TATCCCATG-----------AAA--CAAAGGA---GT----TTT--CA-----G-TGGTG-AATTTTGATA-A-GATT-TTG-AG-A-TG--TG-------C-AGG--G--TAG-ATG-----------CAAGGTTCATGACAAG---------G----------T---G-TGA-------AAA-TCT-AGC-ACCTTCG-GT-TCGCG---------A-GGAGGATG-TGTATTAATTAGT---C---C--C---AT-GT---------ATATATGTTACACAGTGC-TTGG-GATTG---GAAAAGAAGCTTAGAC-A--T-TCGA-CATC--T--CAAAT--GCTGTCG---TACAT-GGTT-AA-AGTCTTGGC-----AA-GATAATGTTTTTGTGAGAGAGAGTT--AGTTTCGGAAAAGA--GG-AG-TTT-TAAAC-TTTAAG--CGGGAAGGGGAGGGAAAGGGAG---TCTCAAAATCAG--GAAT----ATC-CCCGCCGGGAGAATCAAC--ATGTAatcttccttaaatagatctagtagagaaa
gi|6 : gctgctcgcttggatatcttggagttgatgtactgttgttttttttgtttttttctccatgtgtataatcagctatacattaaagtgcaatagacgtaatcctctaatttattattcaattacaataacttgatgacgtttaaacaatattaactccattgtaatttcatgaatttttaacctttattcagcgactgtactttttcgaatacaacgcggttctactttcgctttgtttaagtgtgagagttatcttccc----TTAG---T--AGTCGGCCACTTCCG-A--T--A---AC----A-TTGACC---C--AGG----CT-A------A-GCT-------------ATCCTATTAATAAA-C---A-A----------------ATGATATA------GA---AAAAC-ATT-GC-A-GGGTT-CATACA-AT-GTT--AAT-TAA-CT--AAAACAAT-TTA---ATTGTTTAT-GTGTTAGTAAT------A-AAA------ATATC-AAG---------AGGA--A----T---CCATG-----------AAA--CAAA-GAAT-GTGG--TTTT-CAA--AGGGTG-TG-AATTTT---ACA-GATT-TTG-AG-A-TG--TG-------C-G-GGAG--TAG-ATCCA---------C-------------GGTCACGACA-G----------T---GTTGA-------AAATTCTAACC-ACCTGGT-GTATCA-G---------A-AGA----GTTGGATTAATTAGT---TTCAT--A---TCGGC---------A---ATG-TACACAGTGC-TTGG-GACTG---AATAGAA---TTTGACAA--T-T-GA-C--C--T--CAAAT-GGCT-TCGTAC-ACG--G--T-AATA---TTGGCGAGGTTC-A-TAAT-TTTTTTTGAT-----GTTGAAATTTTG-AAATGACGGGAAGATTTCTTAAT-ATTTAGGCGGGGAGGGACGGAG---AG-GG---TTCCAAAATCGGGAG-ATTTTAATCT-CCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTAt
gi|22 : tttcgctttgcttaaagtgtgagagttatcttcccta----TTA----T--AGTATGC-ACT-CCA-AT-T--AT-AAC----A-TGAAAC---C--AAGAATCCT-T------A-AAA-------------A------------A-C---ATA----------------GT---ATA------GA---G---
gi|17 : taaacttattaaaattttcatgaataatttcatgaaattttatcttattcacactgacatttttcgaatttacaacgcggtttcttactttcgctttgaccaagtgttgagatatcttccc----T--AGTTGGC-A--------------T-AAC----A-TTGACC---C--AT-----CT-ATC----A-TTTGATA---------A------------A-C---A-A----------------GT---ATA------GA---G---C-AT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CATT-AAT--TGTTGTTTAT-TTA------AC------A-AAA-------T--C-AAGGATCCATGCC-----AGGGAT---CCATG-----------AAA--CAG--GGTT-GTGGT-TTT--TAA--AGG-TG-TG-AA-TTTT-GACA-GATT-TTG-AG-A-TG--CA-------C-AGG--G--TAG-AT------------C-------------AG---------G----------T---G-TGA-------TAA-TCT-ACC-ACCCAAT-GT-TCA-G---------T-TGA----G-TGG---AATTAGT---CAGAT------TT-AC---------A---ACA-TACACAGTGC-TTGG-GACTG---AGAAAAata
gi|2 : T-CCG-A--TTGAT-AAC----A-TTGCCC---C--AGG----CTTA------G-GCTTCCTTTAAATA--A------------A-T---A-A----------------GT---ACAT-----GA---G---C-AT--GC-G-GG-TT-TA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CATT-AAT--TGTTGTATAT-TT-------AT------A-AAT------AT--C-AAG---------G-----A----T---CCATG------------AA--CAA--GATTAATGGT-TTT--CAA----G-TGTTGCGATTTTG-GACA-GATT-TTG-AGAA-TAGTTG-------C-AGG--G--TAG-ATTCAGGTCAGGCAC-------------AG---------G----------T---G-TGA-------AAA-TCG-AAC-ACCTGGT-GT-TCA-G---------A-AGA----G-TGGA-T-ATTAGTC--C---T--A---TT-GC---------A---ATG-
gi|10 : tacatgtggacagaactgtcatgtcacaactggagatatgaagtttttcagctggagttttggttctgaaactggagactttttgtcgtacattttttcatctttcttatatgtccattggtgtaataatgagattcaataaatcatgtgtttgaagtttttttaaaattcagaattttattgcatttatttgttttttgatttttgaaaagggttttaagttcaagtatagggctttctgttgaaaacatgtgccaatattgttaagcactattgagaaagtaaacttaaagtaacaatctttaatttcatcacatatatctattacgtgaagatacaaggttcctgtattggatcactttatctatggtggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatgcgctcgttggatattcaggagttgatgctacgtactgtagttttttttctgtctccatgtgtataatccagctatacaggttaagtgcaatgagaccataaatctcttaacttattattcgattacaataacattattagcgtttaaacttattcaactttcatgtaatttttaccttgtatattcttctcgaatgatacaacgcggtttctatttcgtttttgcatgtgtcaagtgtgagagttaactcttCG-A--TTGATCAAC----AATTGACC------AGC----TT-A------A-GCT-------------A------------A-C---A-ATCCTTTAATAAACCAAAT---ACA------GA---G---C-AT--GC-A-GG-TT-TA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CCTAACA-CATTAATT--TGTTGTATAT-TTA------AT--------CAA------AT--C-AAG---------G-----C----T---CCATG------------AA--CAA--G--T-GTGGT-TTT--CAA--AGG-TT-TT-AA--TTT-GACA-GATT-TTG-AG-A-TGT-TG-------T-G-G--GGTTAGAAT------------C-------------AG---------G----------TCAAA-TGACAGGTTGAAA-TCT-ACA-ACC-GGT-GT-TCA-G---------A-GAA----G-TGGA-TAATTAGTTC-C---TA-A---TT-GC---------A---ATG-TACACAGTGCTTT-G-GACTGAAAAAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA-CA-C--TCCAAAAT-GGCT-T-GTAC-AC-C-G--TAAA-A---TTTGC--GGTCATA-TAA----TTTTTGCT-----GTTAAAATTT--GAAATGACAGG-AGA-TT-TAAACTTTTTAG--CGGGAGGGACTGGG---GGAGGGTCTCTCAAAATC-GGCGTATTT--ATCTCCCGTGTGGAAGATC-ACCGATGTA
gi|19 : --AT-AAC----A-TTGACC---C--A-T----CT-ATC----A-TTTGATA---------A------------A-C---A-A----------------GT---ATA------GA---G---C-AT--GCAA-GG-TT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CATT-AAT--TGTTGTTTAT-TTA------AC--------AAA------AT--C-AAG---------G-----A----T---CCATG-----------AAA--CAG--GGTT-GTGG--TTT--TAA--AGG-TG-TG-AA-TTTT-GACA-GATT-TTG-AG-A-TG--CA-------C-AGG--G--TAG-AT------------C-------------AG---------G----------T---G-TGA-------TAA-TCT-ACC-ACCCAGT-GT-TCA-G---------T-TGA----G-TGG---AATTAGT---CAGAT------TT-AC---------A---ACA-TACACAGTGC-TTGG-GACTG---AGAAAAA---
gi|34 : tggc-------------A------------A-C---A-A----------------AT---ACA------GA---G---C-AT--GC-AGGG-TT-TATGTG-AGTGTT--AAT-TAA-CT--
gi|32 : gttaccctttaataTGA--TTT--TAATTAGA-T--TG-AATTTTG--ACA-GATT-TTG-AG-A-TG--TG-------C-G-G--G--ta
gi|20 : aaatcagatcctctcaaatcgttacgatc--TTT--CAA--AGG-TG-TA-AATTTTG--ACA-GATT-TTA-AG-A-TG--TG-------T-G-G--GG-TAG-AT------------C-------------AG---------GTCACAACAGGT---G-TGA-------AAA-TCT-ACA-AGCTGGT-GT-TCA-G---------G-AGA----G-TGGA-TAATTAGTC--C---T--A---TT-GC---------A---ATG-TACACAGTGCTTT-G-GACTG---AAAAAAA---TGT--C-A--T-T-GA-CA-C--T--CAAAT-GGCT-TCG---TACATGG--T-AA-T---TTGGC--GGT-C-C-TAA--TTTTTTTGCT-----ATTGAACTTTTG-AAATGACGGG-ATATTT-T-AAC-TTTAAG--CGGGAGGg
gi|24 : GA-------AAA-TCT-ACC-ACCCGGT-GT-TCA-G---------T-AGA----G-TGGA-AAATTAGTGGGA---T------TT-AC---------A---ACA-TACACAGTGC-TTGG-GACTG---A
gi|31 : GC-TT-GTGACTG---AAAACCA---ATTGAC-A--TCT-GA--A-CCAT--CAATT-GGCT-C---AATACAG-G--T-AA-T---TTGGC--GGTCA---TAAT-TTTTTTTcccacacggcacgataatttgtcatcgttgataaggatattccaaataaa
gi|35 : agttcAATCGGGAGA--TTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GTCACGGTGAACTTTATTATGGTTGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 111111111 33333333333333 222222222222 11111111 1111 11 11 111 11 44444444444444444444444444 11111111 11111111 1111111 1111111 44444444444444444444444444 11111 11 1111111111111111 111111111 1111 111111 1111111111111 11111 11111 11 2222 111 11 111 1111 1 11 11 11111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 99999999999999999999999999999999999999999 111111 1 1111 11111111111111 11111111111111111 111111111111 2 11111111 555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111 1111 44444444444 111111111 11 11 11111 222 11 22222 22 11 1 111 11 11
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 1 4 4 777 4 4 7 4 111111 4 777 55 3 444444444 1 4 4 4 44444444444444 55 8888 000000000000 666 4 666 66 99 33333333 66 3333 4 4 0 4 1 66 00 66 1 55 66 333 77777 00 00000000000000000000000000 4 4 4 777 55 66666666 4 4 44444444 2222222 66 66 4 4444444 4 4 99999999999999999999999999 4 4 55 4 00000 4 4 4 00 4 777 777 7777777777777777 444444444 5 0000 66 555555 444444444444 1 99999999999999999 22 222 6 5 888 5 0 5 8888888888888 11 5 00000 5 66666 5 5 2 8 0 5 22 5 1111 66 333 66 00 5 5 1 1 5 5 9999 0 0 6 999 0000 77 5 5 1 66 11 8 55 5 5 66 777 4 2 3 1 66 3 3 55 3 555 99 3 44 6666 3 3 55 77777 2 33 2 5 33333333333 2 33 2 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777 3 3 2 7 3 88 0 7777 555 44 0 7777 33333333333333333333333333333333333333333 555 2 555 555 111111 555 3 77 3 5 3 3 6 3 3 44 3 3 44 3 44 3 6 6 3 3 77 0000 44444444444444 88888888888888888 555 3 666666666666 44 6666 3 5555 2 2 33 2 5 2 7 5 2 2 2 66 4 2 33333333 3 333333333333333333333333333333333333333333333333 555 2 9999999 2 2 2 2 2 33 2 2 555 2 44444444444 44 3 1111 44444444444 3 3 222222222 555 1 3 555 777 5 77 5 5 33 5 99999 5 5 5 5 88 99 6 88888 99 111 44 1 00000 3 44 8 11 11 0 8 1 8 0 777 33 3 3 0 66 0 66 0 8 11
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ... .. . ......... . . . . .............. .. .... ............ ... . ... .. .. ........ .. .... . . . . . .. .. .. . .. .. ... ..... .. .......................... . . . ... .. ........ . . ........ ....... .. .. . ....... . . .......................... . . .. . ..... . . . .. . ... ... ................ ......... . .... .. ...... ............ . ................. .. ... . . ... . . . ............. .. . ..... . ..... . . . . . . .. . .... .. ... .. .. . . . . . . .... . . . ... .... .. . . . .. .. . .. . . .. ... . . . . .. . . .. . ... .. . .. .... . . .. ..... . .. . . ........... . .. . . .................................................................. .... . . . . . .. . .... ... .. . .... ......................................... ... . ... ... ...... ... . .. . . . . . . . .. . . .. . .. . . . . . .. .... .............. ................. ... . ............ .. .... . .... . . .. . . . . . . . . .. . . ........ . ................................................ ... . ....... . . . . . .. . . ... . ........... .. . .... ........... . . ......... ... . . ... ... . .. . . .. . ..... . . . . .. .. . ..... .. ... .. . ..... . .. . .. .. . . . . . ... .. . . . .. . .. . . ..
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 9 4 4 888 4 0 2 0 444444 0 000 55 0 666666666 6 0 0 0 99999999999999 55 5555 000000000000 444 0 444 33 55 44444444 11 2222 4 4 8 4 8 11 88 11 8 00 11 999 66666 66 11111111111111111111111111 4 4 0 000 55 44444444 0 0 55555555 7777777 11 11 4 4444444 4 4 66666666666666666666666666 4 4 44 0 00000 0 0 0 66 4 888 888 7777777777777777 444444444 0 6666 99 444444 333333333333 0 22222222222222222 00 000 7 7 888 0 2 0 1111111111111 55 0 88888 6 55555 0 0 0 5 2 0 11 0 5555 99 888 99 99 7 0 7 4 7 7 0000 8 7 7 000 8888 99 7 7 4 99 99 8 00 0 0 99 888 0 8 6 2 33 6 3 77 3 888 22 1 22 5555 1 1 22 11111 9 99 9 7 66666666666 9 99 9 9 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7777 6 6 0 3 6 33 4 1111 888 66 8 1111 88888888888888888888888888888888888888888 000 9 000 000 111111 000 1 33 1 4 1 1 2 1 1 22 1 1 22 3 66 3 7 7 3 3 99 7777 55555555555555 55555555555555555 444 1 222222222222 22 5555 1 5555 9 9 99 9 7 9 1 7 9 9 9 88 0 9 22222222 1 444444444444444444444444444444444444444444444444 444 9 3333333 9 9 9 9 9 99 9 9 000 9 55555555555 22 1 0000 66666666666 1 1 333333333 444 2 1 888 888 7 99 7 7 66 7 33333 7 7 0 7 55 22 7 00000 22 555 00 0 00000 2 66 0 66 00 8 0 0 0 0 555 88 2 2 6 88 8 22 8 0 00
consensus : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT-----TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCT-NTAACTTATTAT-TCAATTA-C-AAT--AACA-TTTA-TTA-CGTTT--AAACT--TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTAA----TTAGTAATACTG--G-A-AGAA--ATTC-----GT----T--------A-T----AGTCG----GC-ACT-CCG-A-T--ATAAC----ATTGACC---C--AGG----CTAT-----AG-----CTT-ATA--------A------------AC---A-A---GT---ATA------GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--CAAG-------------G---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--AGG-TG-TG-AATTTT-GACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------TAG-AT------------C-------------AG---------G----------T---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GN----------AGA--GT-GGA-T-AATTAGT--CT---A---TT-G-C---------A---ACG-TACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTA-CACGCG--T-AA-A---TTGGC--GGTCG-ATAAT-TTTTTTTGCT-----GTTGAAATTTTGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
Reference ( family-1948 ) : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CNT-----TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTCTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCT-NTAACTTATTGT-TCGATTA-C-GAT--AACA-TTTA-TTA-CGTTT--AAACT--TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC--ATTAA----TTAGTAATACTGTCGTA-AGAA--ATTC-----GT----TT-------A-T----AGTCG----GC-ACT-CCG-A-T--ATAAC----ATTGACC---C--AGG----CTAT-----AG-----CT-------------A------------AC---A-A---GT---ATA------GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--CAAG-------------G---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--AGG-TG-TG-AATTTTNGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------TAG-AT------------C-------------AG---------G----------T---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GN----------AGA--GT-GGA-T-AATTAGT--CT---A---TT-G-C---------A---ACG-TACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTA-TACACG--T-AA-A---TTGGC--GGTCA-ATAAT-TTTTTTTGNT-----GTTGAAATTTCGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTNAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
gi|1 : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTG--CAATG-CAT-----TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--GG----C---TTT--TTA---TAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAATTCA----A-T-------------------A-GAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------TAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------A-----ATTA-AA-TAAC-CAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTATG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCT-GCTCGCC-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATACTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CACCATGATGTAGTAAT--ATCAG--CTATATTCAA--TTAAA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCGT-G-AACTTGTCATGTCA--TA-C-AAT--AACA-TTTA-TTA-CATTT--AAACT--TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATGAAATTTTA-CCTTTTTTTAAG-GA-TGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AAACCGC-----G-TTTC-TACTTTTG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------TAGAGTT-A--TC-T-TCCCATATTAATT--TTAGTAATACTGTTGTA-AGAA--ATTT-----GT----TT-------A-T----AGTTG----GC-ACT-CCG-A-T--ATAAC----ATTGACC---C--AGG----CTA------AG-----CT-------------A------------AC---A-A---GT---ACA------GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AT-ATGTT-GTTT-AT-T--TGA-TA-AAA----------AT--CAAG-------------C---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATT-GTGG--TTT-CAA--AGG-TG-TG-AATTTTTTACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGC-AG-G--------TAG-AT------------C-------------AG---------G----------T---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--TGGT-GT-TC---A-GA----------AGA--GT-GGA-T-AATTAGT--CT---A---TT-G-C---------A---ATG-TACACAGTGCTT-GGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--G--AAAT-GGCT-TCGTACTACATG--T-AA-A---TTGGC--GGTAA-GTAAT-TTTTTTTGCT-----GTTGAAATTTTGAAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTTAGT-GGGAGGGAC-GGGG---GGCGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCACCGGGAGAATT-AC--ATGTA
gi|10 : C---A-A---AT---ACA------GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-TA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CCTAACA-CA--TT-AATTTGTT-GTAT-AT-T--TAATC---AA----------AT--CAAG-------------G---CT---CC-ATG------------AA--C----AA-G--T-GTGGT-TTT-CAA--AGG-TT-TT-AATTT--GACA-GATT-TTG-AG-ATGT-TGTGGG-GT-------TAGAAT------------C-------------AG---------G----------TCAAAT-GACAGGTTGAAA-T-CT-A--C-AAC--CGGT-GT-TC---A-GA----------GAA--GT-GGA-T-AATTAGTTCCTA--A---TT-G-C---------A---ATG-TACACAGTGCTTTGGACTGAAAAAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--CCAAAAT-GGCT-T-GTA-CAC-CG--TAAA-A---TTTGC--GGTCATATAA----TTTTTGCT-----GTTAAAATTT--GAAATGACAGG-AGA-T--TTAAACTTTTTAGC-GGGAGGGACTGGGG---GAGGGTCTCTCAAAATC-GGCGTATTT--ATCTCCCGTGTGGAAGATC-ACCGATGTA
gi|11 : cgattgatcaacaattgaccagcttaagctaacaatcctttaataaacTACAT-GTG-AC-AGAATGGT-TATG--CAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGA----TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-TTT-----CTTTAT-G-TGTCC--TT-------T-TAAAAA--ATAAT----TT-------A----CAA---T
gi|11 : -------A----TAA---TAT-A-T--TGTTTTGTG--AG----C---TTT--TTT---CAAT-TCA-AATTT-ATT-CATTT--A-TTTT--GTTGTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTTT-AAGTTCA----C-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-TCGT--------CAAT--TAT--ACAGT--TTA-CA-------C-ATTGAG-AGG----T---G-----------ATTG--ATTA-AA-TAAC-CAATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TCTGTTTAGTGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GCGG--tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataatatattgttttgtgagcttttttcaattcaaatttattcatttattttgttgttgtatttttgaagggtttttaagttcactatagggcttttgttgaaaacattcgtcaattatacagtttacacattgagaggtgattgattaaataaccaattttatttcacatatttattacggaagatacaaggtttctgtttagtgtataggcaactttatctatggcgg
gi|12 : tacatgtgacagaatggttatgcacaactggagatttgaagtttttcagctggattttggtctgaaaactggagactttttgtcgacattttttcaacgtttctttatgtgtccttttaaaaaataatttacaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaa-TTTTCG-A---TT--AG-AA--CGT----GA-TAAC-TATTTTCT-ATTTTT-----G-TC--G-AGTA-TTGCTATATTATGGGAGTT-A--TC-T-TCCC----TAACACATTCGTTATA-----GAA-AGAACAGTTCCTATAGT----TCGGCGGTGA-TGTTAAGTCA----GC-ATT-CTG-A-T--TCAATTCTTAT--ACC---C--AAG----CTAT------------CA-------------A------------TC---A-T---GT---GTATTCAATGAA---C-AT--G-----G-TC-GT-GTG-GG-GTT--AAC-TAA-CC--AAA-CA--TT-----CGTT-GTTT----T--TAA-AACAAA----------AT--TAAG-------------G---AT---CA-GTG-----------ACA--C----AA-GAAC-GTAGT-TT--CAA--AAG-AG-TA-AATTTCT-ACA-GACT-TTG-AG-ATA--TACCAG-A--------AAT-AT------------C-------------GG---------A----------T---GT-GA-------ACA-T-CT-A-GC-ACC--TGGC-TT-TC---A-ATTGTGTAAAACAGA--GT-GGA-A-AATTA-T--CTTG-A---TT-G-CGACATACATA---ACG-TACACATTG
gi|13 : AAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TTTTCG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-CTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TAA-----TAGTAATACTGTCATA-G------------------------------------AGTTG----GC-ACT-CTGAA-TTGATAAC----ATTGACC---C--AAG----CTATTATCCAA-----TA-------------A------------AC---A-A---GT---ATA------GAA---C-AT--GC-AGGG-TT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-C--ACA----------AT--CAAGGATCCAAGCCAGGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT-CAA--AGG-TG-TG-AATTTT-GACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-AT--------------------------AG---------G----------T---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GT----------AGA--GT-GG-------------------------------------A---ACA-TACACAGTGTTTGGGACTG---GAAAAAA---tagatcatttaact
gi|14 : AT--AACA-TTCA-TTA-CGTTT--AAACT--TAATAAG--TTTTCAT-G--TAATAATTTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAAC-AACTGT-ACATT-TTT-CG-A---AT--GC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TT-T-TTCC----TAA-----TAGTAATACTGTCGTAGAGAA--ATTC-----TTGAAATA-------A-T----AGTCG----GC-ACT-CCGAA-TTGATAAC----ATTGACC---C--AAG----CTAT-----CA-----TTTAATA--------A------------AC---A-A---GT---ATA------GAG---C-AT--GC-AGGG-TT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-TT--ACA--A--TT-AA-TTGTT-ATTT-AA-T--TAA-C--AAA----------AT--CAAG-------------G-----------------------------------AA-GATC-CTGGT-TTT-CAA--AGG-TG-TG-AATTTT-GACA-GTTT-TTG-AG-GTG--TGCTGG-G--------TAG-AT------------C-------------AG---------G----------T---GT-AA-------AAA-T-CT-A-CG-ACC--CAGT-GT-TC---A-a
gi|15 : aTACAT-GTG-AC-AG-ACT-T-CATG-TCACAAA-CTGGAG-ATTTG-AAGTTTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACTGGGAGAACTT--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTTCCCAATG-CAT-----TCTTAT-G-TGTCCAACTG-----GT-T----A--ATAAT----TTC------A----AAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTTAATTTTAAAAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--ATTTTT--GTATTTGTA---TTTTG--CA---GG---GTTTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A--AGGAC--TT-T---GTTGAAA--A--A-----T-T-GT--------CAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATT--G-AAG----T---ACATATTTTTTTGT----ATTA-AA-TAAC-CAACTTT--TAT-----C-C-AT-A-TTTATTACG--GAAGAATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATAG------G--C
gi|16 : aAACTTT-ATTT-----CAA-AT-A-TTTATTATG--GAGG-ATATA---AG---GTT-------TC-------TGTTAAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCTGGCTTGCT-G-------T--A--GGAA-TTG----ATGCTACTGAACAGT-AATTTTT-TTTTTTT-ATCCAT-GTGTA-TATA--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-G-GTAAATCCC-CAT-AACCCT-TTAAca
gi|17 : t-T----AGTTG----GC-A-------------TAAC----ATTGACC---C--AT-----CTAT-----CA-----TTTGATA--------A------------AC---A-A---GT---ATA------GAG---C-AT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAATCAAGGATCCATGCCAGG-------------G---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT-TAA--AGG-TG-TG-AATTTT-GACA-GATT-TTG-AG-ATG--CACAGG-G--------TAG-AT------------C-------------AG---------G----------T---GT-GA-------TAA-T-CT-A-CC-ACC--CAAT-GT-TC---A-GT----------TGA--GT-GG----AATTAGT--C----AGATTT-A-C---------A---ACA-TACACAGTGCTTGGGACTG---AGAAAAaattctaaatatccatattatttcaaccaaaatttgtatgtattttgtcaaggatgtatat
gi|18 : AT-GTG-AC-AGAACTGTTCATGGTCAC-AAACTGGAG-ATTTGTAAG-TTTT-CAGCCTGGAT---TTATTG-T-TTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-GTAGATTTTTTT--CAAAGGCGGGGGGGTCTTATCG-TGTCC-ACTGTTATAAT-T----ACAATAAT----TTTTTTTTTA----TGA---TAA-ACTCATGTGTT--G--AG----C---TTT--TTT---AAAT-TCA-AATGTTATT-CCTTT--A--TTT--GTTTTTGTAT-TTTTTG--AACCCGG------TTT--AAG-TCA----A-T-------------------A-TAGGTT-TTT-T---GTTGAAA--A--A-----T-G-GT--------CAAT--TCT--
gi|19 : act--ATAAC----ATTGACC---C--AT-----CTAT-----CA-----TTTGATA--------A------------AC---A-A---GT---ATA------GAG---C-AT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA-----------T--CAAG-------------G---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT--AA--AGG-TG-TG-AATTTT-GACA-GATT-TTG-AG-ATG--CACAGG-G--------TAG-AT------------C-------------AG---------G----------T---GT-GA-------TAA-T-CT-A-CC-ACC--CAGT-GT-TC---A-GT----------TGA--GT-GG----AATTAGT--C----AGATTT-A-C---------A---ACA-TACACAGTGCTTGGGACTG---AGAAAAA---
gi|2 : tggcTACAT-GTGGAC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATATG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGGTT-CTG-AAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCGTACA---TTTTTT--CA--T-CTT-----TCTTAT-A-TGTCC-ATTG-----GTGT----A--ATAATGAGATT------------CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TGA-AG----T---TTT--TTTA--AAAT-TCAGAATTTTATTGCATTT--A--TTT--GTTTTTTGA--TTTTTGAAAA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----AGT-------------------A-TAGGGC-TTTCT---GTTGAAA--A-CA-----TGT-GC--------CAA---TAT--T--GT--TAAGCA-------CTATTGAGAAAG----T---A-----------AA----CTTA-AAGTAAC-AATCTTTAATTTCATCACAT-AT-A-TCTATTACGT-GAAG-ATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATTG------GATC-ACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCA-T---GC--GCTCGTT-GGA---TATTCA--GGAG-TTG----ATGCTAC-GTACTGT-AGTTTTT-TTTCTGT-CTCCAT-GTGTA-TAAT---CCAG--CTATAC---AGGTT-AA-GTGCAATGAGACCATAAATCTC-TTAACTTATTAT-TCGATTA-C-AAT--AACA--TTA-TTAGCGTTT--AAACT--TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT-------------TTTTA-CCT-------------TGT-ATATTCTTCTCG-AATGAT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TA-TTTCG-TTTTTGCATGTG-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-AACTC-T-TTCC-----GA----TTGATAACATTGCC
gi|2 : T-CCG-A-TTGATAAC----ATTGCCC---C--AGG----CT-T-----AGGCTTCCTTTAAATA------A------------AT---A-A---GT---ACAT-----GAG---C-AT--GC-G-GG-TT-TA-GTG-AA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTAT-AT-T--T-A-TA-AAT----------AT--CAAG-------------G---AT---CC-ATG------------AA--C----AA-GATTAATGGT-TTT-CAA----G-TGTTGCGATTTTGGACA-GATT-TTG-AGAATAGTTGCAGG-G--------TAG-ATTCAGGTCAGGCAC-------------AG---------G----------T---GT-GA-------AAA-T-CG-A-AC-ACC--TGGT-GT-TC---A-GA----------AGA--GT-GGA-T--ATTAGTC-CT---A---TT-G-C---------A---ATG-ccaggcttaggcttcctttaaataaataagtacatgagcatgcgggtttagtgaagttaattaactacacattaattgttgtatatttataaatatcaaggatccatgaacaagattaatggttttcaagtgttgcgattttggacagattttgagaatagttgcagggtagattcaggtcaggcacaggtgtgaaaatcgaacacctggtgttcagaagagtggatattagtcctattgcaatg
gi|20 : tacatgtggacagaactgtcatgtcacaactggagatatgaagtttttcagctggagttttggttctgaaactggagactttttgtcgtacattttttcatctttcttatatgtccattggtgtaataatgagattcaataaatcatgtgtttgaagtttttttaaaattcagaattttattgcatttatttgttttttgatttttgaaaagggttttaagttcaagtatagggctttctgttgaaaacatgtgccaatattgttaagcactattgagaaagtaaacttaaagtaacaatctttaatttcatcacatatatctattacgtgaagatacaaggttcctgtattggatcactttatctatggtggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatgcgctcgttggatattcaggagttgatgctacgtactgtagttttttttctgtctccatgtgtataatccagctatacaggttaagtgcaatgagaccataaatctcttaacttattattcgattacaataacattattagcgtttaaacttattcaactttcatgtaatttttaccttgtatattcttctcgaatgatacaacgcggtttctatttcgtttttgcatgtgtcaagtgtgagagttaactctt-TTT-CAA--AGG-TG-TA-AATTTT-GACA-GATT-TTA-AG-ATG--TGTGGG-G--------TAG-AT------------C-------------AG---------GTCACAACAGGT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CA-AGC--TGGT-GT-TC---A-GG----------AGA--GT-GGA-T-AATTAGTC-CT---A---TT-G-C---------A---ATG-TACACAGTGCTTTGGACTG---AAAAAAA---TGT--C-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTA-CATG-G--T-AA-T---TTGGC--GGTC--CTAA--TTTTTTTGCT-----ATTGAACTTTT-GAAATGACGGG-ATATT--TT-AAC-TTTAAGC-GGGAGG
gi|21 : TACAT-GTG-AC-AGAACTAT-CATG-TCGC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT-----TATTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---CAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---G--T-T----------------------TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTT
gi|22 : aT--AAACT--TATTAAAATTTT-CAT-GAATAAT---TTC-ATGAAATTTTA-TCTT-ATTCA-C--ACTG--ACATT-TTT-CG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTCTTACTTTCG--CTTTG-----A-CC--A-AGTGTT-----------GAGA--T-A--TC-T-TCCC---TTA------TAGTAa
gi|22 : TTC-----CC----TT-------A-T----AGTAT----GC-ACT-CCA-ATT--ATAAC----ATGAAAC---C--AAGAATCCT-T-----AA-----AA-------------A------------AC---ATA---GT---ATA------GAG---tgcactccaattataacatgaaaccaagaatccttaaaaaacatagtatagagata
gi|23 : taaacttattaaaattttcatgaataatttcatgaaattttatcttattcacactgacatttttcgaatttacaacgcggtttcttactttcgctttgaccaagtgttgagatatcG---G-GTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGGAA--A-C-------------------------------A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---A-----------A-----AGTA-AA-TAAC-TAAATTG-ATTT-----TAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---ATT-------TC-------TTTAGAG------G--CAATTTT-ATCTATG----GTGG--T--ata
gi|24 : -GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GT----------AGA--GT-GGA-A-AATTAGT--GG---GAT-TT-A-C---------A---ACA-TACACAGTGCTTGGGACTG---A
gi|25 : --TTC-CAT-G--TAAA---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACA-T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GGTTTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TAA-----TAGTGAcccacacggcacgataatttgtcatcgttgataaggatattccaaataaa
gi|26 : atTTTTA-CCTTTATTTAAC-GACTGT-AAATT-TT--CG-A---AT--AC-AA--CAT----AG-TTTC-TACTTTCGCTTTCTG-----C-TC--A-AGTG-C-----------GAGAGTTCA--TC-T-TCCC----TAA-----TAGTAATAC---------------TTT-----GT----T----------T----AGTCA----GC-AC
gi|27 : TC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TT-TCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TAA-----TAGT
gi|28 : -CTGACAACT-GAAGG---T--TTTTTGTTG-ATT---TTTCTT--CATTG-TAT-----T-TTAT-G-TGTTC-ATTG-----GT-T----A--ATAAA----CT-------A----CAT---TAA-A--CATTTGCT-TG--g
gi|29 : TT-T---GTTTGAA--A-CA-----T-T-GT--------CAATA-TAC--A--GT--TTA-CA-------C-ATTGGA-AAGGTATT---G-----------A-----ATTATAA-TAAC-AAATTTA-ATTT-----TCT-ATCA-TTTtcgtgttttatgttcc
gi|3 : ---GCT-GCTCGCTTGGA---TAT--CTTGGAG-TTG----ATG-TACTG--TTGT-TTTTTTTGTTTTTTT-CTCCATG-TGTA-TAAT----CAG--CTATAC---A--TT-AAAGTGCAA-TAGA-CGT-AATCCT-CTAATTTATTAT-TCAATTA-C-AAT--AAC--TTGA-TGA-CGTTT--AAACAA-TATT-AA--CTC-CATTG--TAAT---TTC-ATGAATTTTTAACCTTTATTCAGC-GACTGT-AC--T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TT-C-TACTTTCG-CTTT-G-----T-TT--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TCTT-CCCT--AT-------TTAGTA--------------------------------------------------GTCG----CC--CT-CCG-A-C---TAAC----ATTGACC---CGCAGG----CTA------AG-----CT-------------ATCTTA-------AT---A-AACAGT---ATA------GAG---C-AT--GCCA-GG-TT-CA-GTGGAA-GTT--AATATAA-CT--ACA-CA--TT-AAATTGTTTGTTTGAT-TC-TAA-GG-AAA----------AT--CAAA-------------G---ATATCCC-ATG-----------AAA--C----AA-A----GGAGT-TTT-CA-----G-TGGTG-AATTTT-GATAAGATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-ATG-----------CAAGGTTCATGACAAG---------G----------T---GT-GA-------AAA-T-CT-A-GC-ACCTTCG---GT-TCGCGA-GG----------AGGATGT-GTATT-AATTAGT--CC---C---AT-G-T---------ATATATGTTACACAGTGCTTGGGATTG---GAAAAGAAGCTTAGAC-A--T-TCGA--CATCT--C--AAAT--GCTGTCG---TACATGGTT-AA-AGTCTTGGC--AA--G-ATAATGTTTTTGTGAGAGAGAGTT--AGTTTCGGAAAAGA--GG-AG-TT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAAGGGG-AGGGAAAGGGAG--TCTCAAAATCAG--GAAT----ATC-CCCGCCGGGAGAATCAAC--ATGTActcaaacaatcaagt
gi|31 : GCTTGTGACTG---AAAACCA---ATTGAC-A--TCT-GAACCA--T--C--AATT-GGCT--CA-A-TACAGG--T-AA-T---TTGGC--GGTC--ATAAT-TTTTTTTt
gi|32 : agttcAA----------AT--CA---------------G---AT---CCTCTC-----------AAA--TCGTTAC-GATC--TGAT-TTT--AATTAGA-T--TG-AATTTT-GACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------
gi|33 : -AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-GTTTTG-----G-TC--A-AG-----------------------A--TC-T-TCC----TTAA----ATAG
gi|34 : -------------A------------AC---A-A---AT---ACA------GAG---C-AT--GC-AGGG-TT-TATGTG-AGTGTT--AAT-TAA-CT--atctagtagagaaa
gi|35 : gttaccctttaataAATCGGGAGA--TTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTAta
gi|4 : TACAT-GT-------AATGGT-C-TG-T-AC-AA-CTG-AG-ATTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACT--GAGA---CTTTTTTTTTCG-ACT---TTTTTT--CAATGTCTT-----CCTTAT-GCTGATA-ATT-------T-TTAA-A--ATAAT----TT-------GTATCCAATACTAG-G-TTA-GTGTT-CG--AACGTTC---TTC--TTT---TAAT-TC--AATTTT-TT-CATTTTCA-TTTTTGGTTGTTGTAGGCTTTTG--AAAT-GGTCCA-TCTT--ATATTCATGTTA-TTTATGGTTTGGTATGTTTGA-TAGGGT-TTT-TAAAGTTGAGACTA-TAGGCTTT-T-GTTTGAAGAACAAT--TGTCAA--GTTATAA-CAGTTTCCTC-ATTGAA-AGG----T---A-----------ATTGAGATTA-AA-TAACGAAATTTT-ATTT-----CAC-AT-AGTTTA-TACGTCGAAG-ATACATCCAG---GTT-------TC-------TGTTTAGGGTTTAG--TGACTTT-ATCTATG----G-GGTAT--GTGCGTACTAAACTAGTTAATCATTCATAATGTGTCTCAGTCTCCCCTCACGGAAC-CTCA-TATCGCT-GCTTACT-G----------A--GTAGTTTGTTATATG-TAAGGAACTGTAAGTTTT------TCTACTCCATATTAT--TAA---GTCAG--CTATACT--A--TT--A-GTGC-AAT-GA-CGT-AATCTTGGTAGC-----GT-T---------GGT--AACACTTTA-ATACCATAT--AAACTGAGATTCAA--Ttg
gi|5 : -T---GCT-GCTCGCT-GGAAATTAT--A--GGAG-TTG-----TGCT-TT--ACTGT-AGGTTTT-TCT---T-CTCCATTGTGTA-TAAT----CA---CTATAC---A--T---A-GTG-AAATAGA-CGT-AATC-T-GTAACTTATTGT-TC-ATTAAC-AAT--AACA-TTTACTTA-CGTTTTAAAACT--TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT---TTC-AT----------------TTCAGC-GACAGTTACATT-TTTTCGGA---AT--ACCAA--CGC----AG-TTTT-CACTTTCG-CTTTTG-----G-TCCCA-AGTGGT-----------GAGAGTT-A--TC-TGTCCC---CTAT----TTAGCCA-------------AA--ACTC-----AT----T---------------AGTCC----GC-ACT-C-G-A-TGAATAAC----ATTTACCATTC--AGG----CTAA-----AG-----CTTATTCCTTTAATAA------------ACCCAA-A---GT---A-A------GAG---CCATAGGC-A-GG-GT-TT-GTG-AA-GTTTCAAA-TAA-CT--ACA-CA--TTTAA-TTGTT-GTAT-AT-T--TAA-TA-AAA----------ATT-CAAG-------------GG--AT---TC-ATG-----------AAAAAC----AA-GATT-GTGGGATTT-CAA--AGG-TG-TG-AATTT-GGACAAGATTGTTGGAG-A-G--TGCGGG-GCCAGCGGGTAG-AT------------C-------------AGTCCACGACAG----------T---GT-GA-------AAAAT-CTTA-CCCACC--TGGT-GT-TC---A-GA----------AGA--TT-GGA-T-AATTAGTC-CT---A---TTGG-C---------A---A---TACACAG---CTGGGACTG---AAAAAAA---TTTATT-AATT-T-GAC-CA-CTCCC--AAATGGGCT-TCGTA-TACAagaggacagtgtctgttgaattt
gi|6 : TTTCG-CTTTGC-----T-TA--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-T-CC--CT--A----TTAGTA--------------------------------------------------GTCG----GCCACTTCCG-A-T--A--AC----ATTGACC---C--AGG----CTA------AG-----CT-------------ATCCTATTAATAAAC---A-A---ATGATATA------GAAAAAC-ATT-GC-A-GGGTT-CATACA-AT-GTT--AAT-TAA-CT--AAAACAATTT-AA-TTGTTTATGT-GT-TAGTAA-TA-AAA----------ATATCAAG-------------AGGAAT---CC-ATG-----------AAA--C----AAAGAAT-GTGGT-TTT-CAA--AGGGTG-TG-AATTTT--ACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGGAG--------TAG-AT------------CCAC----------GGTCACGACA-G----------T---GTTGA-------AAA-TTCT-AACC-ACC--TGGT-GTATC---A-GA----------AGA--GTTGGA-TTAATTAGT--TTCATA---TC-GGC---------A---ATG-TACACAGTGCTTGGGACTG---AATAGAA---TTTGACAA--T-T-GA--C--CT--C--AAAT-GGCT-TCGTA-CACG-G--T-AATA---TTGGCGAGGTTC-ATAAT-TTTTTTTGAT-----GTTGAAATTTT-GAAATGACGGGAAGATTTCTTAATA-TTTAGGCGGGGAGGGAC-GGAG---AGGGT--TC-CAAAATCGGGAG-ATTTTAATCT-CCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTAgt
gi|7 : TACATTGTG-AC-AGAATGGT-CATG-TCAC-AA-T--GAG-ATTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGGGAGGTTTTGA-T-TAGAAAACT-GGAGA---A--TTTTTGT-G-ACA---TTTTTT--CAACG--TT-----TCTTAT-G-CGTCC-TTT-------T-TTAA-A--ATAAT----T--------A----CAA---TAATA-T--TGTGTT--G--AG----CC--TTT--TTT---TAATGTCA-A-TTTTGTT-CATTT--A-TTT---GTT---GTAA-TTTTTG--AA---GG---G-TTTTTTAAGTTCA----C-TC------------------A-TTAGGC-TTT-T---GTTGAAA--AACA-----T-T-GT--------CAATGATAC--A--GT--TA--CA-------C-ATTGAG-AGG----TATTG-----------AA----TTTA-AA-TAAC-ACATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTAAG--GAAG---ACA---AGTTTGTTTGTATAGTA-------TATATAG------G--CAAC-TT-ATCTATGGGCCGTGG--T---TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCATT---GCT-GCT-ACT-GAA--------A--GA------------------GAACTGT-AGCCGTT-TTTCTCT-ATATATGTTA-A-TGATACATCAG--CTATAC---A--CT-TA-GTGC--ATAGA-CGT-AATC
gi|8 : ATTAT-TTATTTA-CTAATGAAACA-TTTG-TTA-CGTTT--AAACA--TAAT-AA--TTT-CAT-G--TAAT---TTCCATAAGATTTTA-C-TTTATTCAGCAGACTTG-ACATT-TTT-CA-A---AT--AC-CA--CCCTACGGG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----GATC--ACAGT--T-----------G-GAGTT-A--TC-C-TTCC--CTTAA----T-AGTAG---------A-AGAA--ATTA-----GT----CC-------AAC----ACTCGAATTGG-ATT---G-A-T--A-AAC----ATTGACC---C--AAG----CTAT-----TA-----TTTAATA--------A------------AC---A-A---G----ATA-------AG---C-AT--GC-A-GG-TTTCA-GTG-AA-GTT--AAT-TAAACT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-ATGT--TAA-CA-AAA-----------T--CAAG-------------G---AT---CC-ATGCAGGAGATCATGAA--C----AG-GATC-ATGGT-TTTTCAA--AGG-TG-TG-AATTTT-GACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-AT---------------------------A---------G----------T---GG-GA-------AAA-T-C--A-CC-ACC--CAGTGGT-TC---AGGT----------AGA--GT-GGA-A-AATTAGT--C----AGACTT-A-C---------A---ACA-TACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAt
gi|9 : CAG-GTG-ACCAGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAGAATTTG--AG-TTTTT-AGC-TGGAG---TTCTGG-TGCTTGAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAATG-ATC-----TGTTAT-T-TGT-C-ATT------------------TAAC----TT-------A----CAA---TAA-A--CATGTGTG-TGTTAG----CTTTTTT--TTT---AAAT-TCA-AA-TTTATT-C-CTT--ATTTTT--GTTTTTG-A--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------ATTAGGACTTTT-T---GTTGGAA--A-C------T-T-GT--------CAAT--TTCA-A--GT--TAA-AG-------T-ATTGAG--AG----T---A-----------AT----GTTA-AA-TAAA-CCACTTT-A-TT-----CACGAT-A--TTATTACG--GAAG-ATACA---A----GTT-------CC-------TGTATAG----------AACTTTAATCTATG----GTGG--TACGACTGTAAACTAGTTAGGTAATATTGTAAGCTATGTCTTCAGTCCCTCACCTACAC-CTCA-T---GCT-G--CG---GGA---TAT--A--G--A-TTG----ATGCTA------TGT-AGTTTTT-T---TCT-CTCCATGGTATA-------ATCAGACTTATAC---A--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GTCACGGTGAACTTTATTATGGTTGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111111 33333333333333 222222222222 2222222 11 11 111 11 44444444444444444444444444 111 11111111 11111111 1111111111 1111111 44444444444444444444444444 11111 11 1111111111111111 111111111 1111 111111 1111111111111 11111 11111 11 2222 111 11 1111 11 111 1 11 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333333333333 1111 666666666666666666666666666666666 22222222222222 222222222222 222222222222 111111111 66666666666666666666666666666 1111111111 111 44444444444 222 11111 222 22222 11 11 1 111 11 11
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 7 4 4 777 4 4 7 4 111111 4 777 55 3 3333333333 1 4 4 4 44444444444444 55 8888 000000000000 666 4 666 66 99 9999 4 66 1111111 4 4 55 4 1 66 66 00 1 55 66 333 77777 00 00000000000000000000000000 4 4 111 55 66666666 4 4 44444444 3333333333 66 4 4444444 4 4 1 99999999999999999999999999 4 4 55 4 00000 4 4 4 00 4 777 777 7777777777777777 444444444 5 0000 66 555555 444444444444 1 99999999999999999 22 222 6 5 888 5 3 5 8888888888888 666 00000 5 66666 5 2 55 0 5 22 5 1111 66 333 66 00 5 5 1 1 5 5 7 11 7777 6 44 111 5 5 77 5 6 77 5 1 66 5 5 66 777 4 2 3 1 66 3 3 55 3 555 99 3 44 6666 3 3 55 77777 2 33 2 2 2 33333333333 2 33 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 7777 3 99 3333333333333 3 44 1111 44 3 222222222222222222222222222222222 777 2 2 555 2 777 77 3 9 9 3 6 3 11111111111111 44 3 3 44 3 77 6 6 3 3 77 3 3 777777777777 88 888888 3 555 555 3 000000000000 6666 3 5555 2 2 33 2 2 2 2 2 2 2 2 2 66 444444444 2 2 3 22222222222222222222222222222 555 2 2 9999999 2 2 5 33 2 2 7777777777 2 1 44 3 111 44444444444 3 3 555 1 3 555 777 5 77 5 5 6666 77 99999 5 5 0 5 444 6 88888 99 333 7 6 00000 3 88 8 11 11 0 8 1 8 0 777 33 3 3 0 66 0 66 0 8 11
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ... .. . .......... . . . . .............. .. .... ............ ... . ... .. .. .... . .. ....... . . .. . . .. .. .. . .. .. ... ..... .. .......................... . . ... .. ........ . . ........ .......... .. . ....... . . . .......................... . . .. . ..... . . . .. . ... ... ................ ......... . .... .. ...... ............ . ................. .. ... . . ... . . . ............. ... ..... . ..... . . .. . . .. . .... .. ... .. .. . . . . . . . .. .... . .. ... . . .. . . .. . . .. . . .. ... . . . . .. . . .. . ... .. . .. .... . . .. ..... . .. . . . ........... . .. . . ..................................................... . .... . .. ............. . .. .... .. . ................................. ... . . ... . ... .. . . . . . . .............. .. . . .. . .. . . . . .. . . ............ .. ...... . ... ... . ............ .... . .... . . .. . . . . . . . . . .. ......... . . . ............................. ... . . ....... . . . .. . . .......... . . .. . ... ........... . . ... . . ... ... . .. . . .... .. ..... . . . . ... . ..... .. ... . . ..... . .. . .. .. . . . . . ... .. . . . .. . .. . . ..
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 3 4 4 888 4 0 2 0 444444 0 000 55 0 9999999999 6 0 0 0 99999999999999 55 5555 000000000000 444 0 444 33 55 4444 4 11 0000000 4 4 33 4 8 11 33 66 8 00 11 999 66666 66 11111111111111111111111111 4 0 000 55 44444444 0 0 55555555 1111111111 11 4 4444444 4 4 4 66666666666666666666666666 4 4 44 0 00000 0 0 0 66 4 888 888 7777777777777777 444444444 0 6666 99 444444 333333333333 0 22222222222222222 00 000 7 7 888 0 4 0 1111111111111 555 88888 6 55555 0 0 11 2 0 11 0 5555 99 888 99 99 7 0 7 4 7 7 8 88 0000 7 55 777 7 7 99 7 7 99 7 4 99 0 0 99 888 0 8 6 2 33 6 3 77 3 888 22 1 22 5555 1 1 22 11111 9 99 9 9 9 66666666666 9 99 9 9 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 7777 6 55 8888888888888 1 22 9999 22 8 000000000000000000000000000000000 999 9 9 000 9 999 33 1 2 2 1 2 1 22222222222222 22 1 1 22 3 99 7 7 3 3 99 3 3 777777777777 55 888888 1 444 444 1 444444444444 5555 1 5555 9 9 99 9 9 9 9 9 9 9 9 9 88 444444444 9 9 1 22222222222222222222222222222 444 9 9 3333333 9 9 7 99 9 9 5555555555 9 0 22 1 000 66666666666 1 1 444 2 3 888 888 7 99 7 7 6666 99 33333 7 7 7 7 555 7 00000 22 888 3 7 00000 2 88 0 66 00 8 0 4 0 0 555 88 2 2 6 88 8 22 8 0 00
consensus : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAGA-TTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C-TTT--TTT---N---AAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------AT-AGGGCTTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTTA-TCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCTNTAA----CTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-T--CA-AGT-G-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAGTAATACTG-------AGAA--ATTCG-TT------ATAGT-CG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA---T-AN-----CT-------T---------A-TAAAC---A-AG-T---ATA-GAG---CAT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TTAA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------A-T--C------AA-GG---AT---CC-ATG-----------AAAC----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGAC-A-GATT-TT-GAG-ATG--TGCG--------GG-G-TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-G-A-------AAAT-C-TA-CCACC--CGGT-GT-TC----------A-GNAGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-CA---ACGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA-CA-C--T--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AA-A---TTGGC--GGTCG-ATAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
Reference ( family-1948 ) : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAGA-TTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C-TTT--TTT---N---AAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------AT-AGGGCTTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTTA-TCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCTNTAA----CTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-T--CA-AGT-G-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAGTAATACTG----G-AAGAA--ATTCG-TT------ATAGT-CG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA---T-AG-----CT-------T---------A-TAAAC---A-AG-T---ATA-GAG---CAT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TTAA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------A-T--C------AA-GG---AT---CC-ATG-----------AAAC----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGAC-A-GATT-TT-GAG-ATG--TGCG--------GG-G-TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-G-A-------AAAT-C-TA-CCACC--CGGT-GT-TC----------A-GNAGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-CA---ACGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA-CA-C--T--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACGCGT-AA-A---TTGGC--GGTCG-ATAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
gi|1 : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAGA-TTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTG--CAATG-CAT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--GG----C-TTT--TTA---T---AAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAATTCA----A-T-------------------AG-AGGGCTTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------TAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------A-----ATTA-AA-TAAC-CAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTATG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTTA-TCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCT-GCTCGCC-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATACTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CACCATGATGTAGTAAT--ATCAG--CTATATTCAA--TTAAA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCGTG-AA----CTTGTCATGTCA---TA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CATTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATGAAATTTTA-CCTTTTTTTAAG-GA-TGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AAACCGC-----G-TTTC-TACTTTTG-TTTTTG-----G-T--CA-AGT-G-T-----------TAGAGTT-A--TC-T-TCCCATATTA---ATTTTAGTAATACTGTT--GTAAGAA--ATTTGTTT------ATAGT-TG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA-----AG-----CT---------------------AAC---A-AG-T---ACA-GAG---CAT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TTAT-ATGTT-GTTT-AT-T--TGA-TA-AAA----------A-T--C------AA-GC---AT---CC-ATG-----------AAAC----AA-GATT-GTGG--TTT-CAA--A-GG-TG-TGAATTTTTTAC-A-GATT-TT-GAG-ATG--TGC---------AG-G-TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-G-A-------AAAT-C-TA-CCACC--TGGT-GT-TC----------A-GAAGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-CA---ATGT-ACACAGTGCTT-GGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA-CA-C--T--G--AAAT-GGCT-TCGTACTACATGT-AA-A---TTGGC--GGTAA-GTAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGAAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTTAGT-GGGAGGGAC-GGGG---GGCGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCACCGGGAGAATT-AC--ATGTA
gi|10 : CGA--TTGATC-----AACAATT--GACCAGCTT--AAGCTAA--C-AATC---CT-------TTA-------A-TAAACC--A-AA-T---ACA-GAG---CAT--GC-A-GG-TT-TA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CCTAACA-CA--TTAATTTGTT-GTAT-AT-T--TAATC---AA----------A-T--C------AA-GG---CT---CC-ATG------------AAC----AA-G--T-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TT-TTAA--TTTGAC-A-GATT-TT-GAG-ATGT-TGTG--------GG-GTTAGAAT-------------C---A-G---------GTCAAAT-G-ACAGGTTGAAAT-C-TA--CAAC--CGGT-GT-TC----------A-GAGAA--GT-GGAT-AATTAGTTCCTA--A---TT-G-CA---ATGT-ACACAGTGCTTTGGACTGAAAAAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA-CA-C--T--CCAAAAT-GGCT-T-GTAC-AC-CGTAAA-A---TTTGC--GGTCATATAA---TTTT-TGCT-----GTTAAAATTT--GAAATGACAGG-AGA-T--TTAAACTTTTTAGC-GGGAGGGACTGGGG---GAGGGTCTCTCAAAATC-GGCGTATTT--ATCTCCCGTGTGGAAGATC-ACCGATGTA
gi|11 : TACAT-GTG-AC-AGAATGGT-TATG--CAC-AA-CTGGAGA-TTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGA----TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-TTT------CTTTAT-G-TGTCC--TT-------T-TAAAAA--ATAAT----TT-------A----CAA---T
gi|11 : -------A----TAA---TAT-A-T--TGTTTTGTG--AG----C-TTT--TTT---C---AAT-TCA-AATTT-ATT-CATTT--A-TTTT--GTTGTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTTT-AAGTTCA----C-T-------------------AT-AGGGCTTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-TCGT--------CAAT--TAT--ACAGT--TTA-CA-------C-ATTGAG-AGG----T---G-----------ATTG--ATTA-AA-TAAC-CAATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TCTGTTTAGTGTATAG------G--CAACTTTA-TCTATG----GCGG--tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataatatattgttttgtgagcttttttcaattcaaatttattcatttattttgttgttgtatttttgaagggtttttaagttcactatagggcttttgttgaaaacattcgtcaattatacagtttacacattgagaggtgattgattaaataaccaattttatttcacatatttattacggaagatacaaggtttctgtttagtgtataggcaactttatctatggcgg
gi|12 : tacatgtgacagaatggttatgcacaactggagatttgaagtttttcagctggattttggtctgaaaactggagactttttgtcgacattttttcaacgtttctttatgtgtccttttaaaaaataatttacaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaa-TTTTCG-A---TT--AG-AA--CGT----GA-TAAC-TATTTTCT-ATTTTT-----G-T--CG-AGT-A-TTGCTATATTATGGGAGTT-A--TC-T-TCCC---TAACACA--TTCGTTATA--G----A-AAGAACAGTTC--CT------ATAGTTCG----GC-GGT---GA--T--GTTAAGTCAGCA-TTCTGATT----C--A----A---T--T-----CT-------T---------A-TACCC---A-AGCT---ATC-AAT---CAT--GT-G-TA-TT-CA-ATG-AACATGGTCGTGTGGGGTT--AAC-TAA-CC--AAA-CA--TT----CGTT-GTTT----T--TAA-AACAAA----------A-T--T------AA-GG---AT---CA-GTG-----------ACAC----AA-GAAC-GTAGT-TT--CAA--A-AG-AG-TAAA-TTTCTAC-A-GACT-TT-GAG-ATA--TACC--------AG-A-AAT-AT-------------C---G-G---------AT---GT-G-A-------ACAT-C-TA-GCACC--TGGC-TT-TCAATTGTGTAAA-ACAGA--GT-GGAA-AATTA-T--CTTG-A---TT-G-CG---ACAT-ACATA
gi|13 : AAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TTTTCG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-CTTTTG-----G-T--CA-AGT-G-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-A---A--T-AGTAATACTG---------------TCA-T-------AGAGT-TG----GC-ACT-CTGAATTG-AT------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---TTAT-----CC-------A---------A-TAAAC---A-AG-T---ATA-GAA---CAT--GC-A-GGGTT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TTAA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-CAATCAAGG----A-T--CCAAGCCAG-GG---AT---CC-ATG-----------AAAC----AG-GGTT-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGAC-A-GATT-TT-GAG-ATG--TGCA--------GG-G-TAG-AT-----------------A-G---------GT---GT-G-A-------AAAT-C-TA-CCACC--CGGT-GT-TC----------A-GTAGA--GT-GG---------------------------A---ACAT-ACACAGTGTTTGGGACTG---GAAAAAA---acgtacacattgtagatcatttaact
gi|14 : -AA-T--AACATTCA-TTA-CGTTT--AAACT-TAATAAG--TTTTCAT-G--TAATAATTTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAAC-AACTGT-ACATT-TTT-CG-A---AT--GC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-T--CA-AGT-G-T-----------GAGAGTT-A--TT-T-TTCC---T-A---A--T-AGTAATACTGTCGTA-GAGAA--ATTC--TTGAAATAATAGT-CG----GC-ACT-CCGAATTG-AT------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---T-CA-----TT-------T---------AATAAAC---A-AG-T---ATA-GAG---CAT--GC-A-GGGTT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-TT--ACA--A--TTAA-TTGTT-ATTT-AA-T--TAA-CA-AAA------------T--C------AA-GG---A------------------------------A-GATC-CTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGAC-A-GTTT-TT-GAG-GTG--TGCT--------GG-G-TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-A-A-------AAAT-C-TA-CGACC--CAGT-GT-TC----------A-a
gi|15 : TACAT-GTG-AC-AG-ACT-T-CATG-TCACAAA-CTGGAGA-TTTG-AAGTTTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACTGGGAGAACTT--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTTCCCAATG-CAT------TCTTAT-G-TGTCCAACTG-----GT-T----A--ATAAT----TTC------A----AAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C-TTTAATTTTAAA---AAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--ATTTTT--GTATTTGTA---TTTTG--CA---GG---GTTTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A--AGGAC-TT-T---GTTGAAA--A--A-----T-T-GT--------CAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATT--G-AAG----T---ACATATTTTTTTGT----ATTA-AA-TAAC-CAACTTT--TAT-----C-C-AT-A-TTTATTACG--GAAGAATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATAG------G--C
gi|16 : aAACTTT-ATTT-----CAA-AT-A-TTTATTATG--GAGG-ATATA---AG---GTT-------TC-------TGTTAAG------G--CAACTTTA-TCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCTGGCTTGCT-G-------T--A--GGAA-TTG----ATGCTACTGAACAGT-AATTTTT-TTTTTTT-ATCCAT-GTGTA-TATA--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-G-GTAAATCCC-CAT-AACCCTTTAAAATTCTAAATAT-CCATATTATTTC-AACC--AAAATTTG-Tca
gi|17 : tTAGT-TG----GC-A-------------T------AACA-TT--GACC----C--AT-CTA---T-CA-----TT-------TG--------A-TAAAC---A-AG-T---ATA-GAG---CAT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TTAA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAATCAAGGATCCA-TGCC------AG-GG---AT---CC-ATG-----------AAAC----AG-GGTT-GTGGT-TTT-TAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGAC-A-GATT-TT-GAG-ATG--CACA--------GG-G-TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-G-A-------TAAT-C-TA-CCACC--CAAT-GT-TC----------A-GTTGA--GT-GG---AATTAGT--C----AGATTT-A-CA---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AGAAAAatgtattttgtcaaggatgtatat
gi|18 : AT-GTG-AC-AGAACTGTTCATGGTCAC-AAACTGGAGA-TTTGTAAG-TTTT-CAGCCTGGAT---TTATTG-T-TTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-GTAGATTTTTTT--CAAAG-GCGGGGGGGTCTTATCG-TGTCC-ACTGTTATAAT-T----ACAATAAT----TTTTTTTTTA----TGA---TAA-ACTCATGTGTT--G--AG----C-TTT--TTT---A---AAT-TCA-AATGTTATT-CCTTT--A--TTT--GTTTTTGTAT-TTTTTG--AACCCGG------TTT--AAG-TCA----A-T-------------------AT-AGGTTTTT-T---GTTGAAA--A--A-----T-G-GT--------CAAT--TCT--
gi|19 : act--AT------AACA-TT--GACC----C--AT-CTA---T-CA-----TT-------TG--------A-TAAAC---A-AG-T---ATA-GAG---CAT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TTAA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA------------T--C------AA-GG---AT---CC-ATG-----------AAAC----AG-GGTT-GTGGT-TTT--AA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGAC-A-GATT-TT-GAG-ATG--CACA--------GG-G-TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-G-A-------TAAT-C-TA-CCACC--CAGT-GT-TC----------A-GTTGA--GT-GG---AATTAGT--C----AGATTT-A-CA---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AGAAAAA---
gi|2 : tggcTACAT-GTGGAC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAGA-TATG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGGTT-CTG-AAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCGTACA---TTTTTT--CA--T-CTT------TCTTAT-A-TGTCC-ATTG-----GTGT----A--ATAATGAGATT------------CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TGA-AG----T-TTT--TTTA--A---AAT-TCAGAATTTTATTGCATTT--A--TTT--GTTTTTTGA--TTTTTGAAAA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----AGT-------------------AT-AGGGCTTTCT---GTTGAAA--A-CA-----TGT-GC--------CAA---TAT--T--GT--TAAGCA-------CTATTGAGAAAG----T---A-----------AA----CTTA-AAGTAAC-AATCTTTAATTTCATCACAT-AT-A-TCTATTACGT-GAAG-ATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATTG------GATC-ACTTTA-TCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCA-T---GC--GCTCGTT-GGA---TATTCA--GGAG-TTG----ATGCTAC-GTACTGT-AGTTTTT-TTTCTGT-CTCCAT-GTGTA-TAAT---CCAG--CTATAC---AGGTT-AA-GTGCAATGAGACCATAAATCTCTTAA----CTTATTAT-TCG-ATTA---C-AA-T--AACA-TTA-TTAGCGTTT--AAACT-TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT-------------TTTTA-CCT-------------TGT-ATATTCTTCTCG-AATGAT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TA-TTTCG-TTTTTGCATGTG-T--CA-AGT-G-T-----------GAGAGTT-AACTC-T-TTCC-----G---A--TTGATAACATTG----
gi|2 : T-CCGA--TTGAT------AACA-TT--GCCC----C--AGGCT----T-AGGCTTCCT-------TTAA------A-TAAAT---A-AG-T---ACATGAG---CAT--GC-G-GG-TT-TA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TTAA-TTGTT-GTAT-AT-T--T-A-TA-AAT----------A-T--C------AA-GG---AT---CC-ATG------------AAC----AA-GATTAATGGT-TTT-CAA--GTGT-TG-CGAT-TTTGGAC-A-GATT-TT-GAGAATAGTTGCA--------GG-G-TAG-ATTCAGGTCAGGCA-C---A-G---------GT---GT-G-A-------AAAT-C-GA-ACACC--TGGT-GT-TC----------A-GAAGA--GT-GGAT--ATTAGTC-CT---A---TT-G-CA---ATGccccaggcttaggcttcctttaaataaataagtacatgagcatgcgggtttagtgaagttaattaactacacattaattgttgtatatttataaatatcaaggatccatgaacaagattaatggttttcaagtgttgcgattttggacagattttgagaatagttgcagggtagattcaggtcaggcacaggtgtgaaaatcgaacacctggtgttcagaagagtggatattagtcctattgcaatg
gi|20 : tacatgtggacagaactgtcatgtcacaactggagatatgaagtttttcagctggagttttggttctgaaactggagactttttgtcgtacattttttcatctttcttatatgtccattggtgtaataatgagattcaataaatcatgtgtttgaagtttttttaaaattcagaattttattgcatttatttgttttttgatttttgaaaagggttttaagttcaagtatagggctttctgttgaaaacatgtgccaatattgttaagcactattgagaaagtaaacttaaagtaacaatctttaatttcatcacatatatctattacgtgaagatacaaggttcctgtattggatcactttatctatggtggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatgcgctcgttggatattcaggagttgatgctacgtactgtagttttttttctgtctccatgtgtataatccagctatacaggttaagtgcaatgagaccataaatctcttaacttattattcgattacaataacattattagcgtttaaacttattcaactttcatgtaatttttaccttgtatattcttctcgaatgatacaacgcggtttctatttcgtttttgcatgtgtcaagtgtgagagttaactctt-TTT-CAA--A-GG-TG-TAAA-TTTTGAC-A-GATT-TT-AAG-ATG--TGTG--------GG-G-TAG-ATCAGGTCACAA---C---A-G---------GT---GT-G-A-------AAAT-C-TA-CAAGC--TGGT-GT-TC----------A-GGAGA--GT-GGAT-AATTAGTC-CT---A---TT-G-CA---ATGT-ACACAGTGCTTTGGACTG---AAAAAAA---TGT--C-A--T-T-GA-CA-C--T--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ATG-GT-AA-T---TTGGC--GGTC--CTAA-TTTTTT-TGCT-----ATTGAACTTTT-GAAATGACGGG-ATATT--TT-AAC-TTTAAGC-GGGAGG
gi|21 : TACAT-GTG-AC-AGAACTAT-CATG-TCGC-AA-CTGGAGA-TTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TATTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---CAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C-TTT--TTT---G-----T-T----------------------TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTT
gi|22 : aT--AAACT-TATTAAAATTTT-CAT-GAATAAT---TTC-ATGAAATTTTA-TCTT-ATTCA-C--ACTG--ACATT-TTT-CG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTCTTACTTTCG--CTTTG-----A-C--CA-AGT-GTT-----------GAGA--T-A--TC-T-TCCC---TTA-------TAGTA----TG----------------------------------------C-ACT-CCAAT-T--AT------AACA-TG--AAAC----C--AAGA-A---T--C-----CT-------TA--------A-AAAAC---ATAG-T---ATA-GAG---a
gi|23 : G---G-GTTT--AAGTTCA----A-T-------------------AT-AGGGCTTT-T---GTTGGAA--A-C-------------------------------A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---A-----------A-----AGTA-AA-TAAC-TAAATTG-ATTT-----TAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---ATT-------TC-------TTTAGAG------G--CAATTTTA-TCTATG----GTGG--T--ata
gi|24 : -G-A-------AAAT-C-TA-CCACC--CGGT-GT-TC----------A-GTAGA--GT-GGAA-AATTAGT--GG---GAT-TT-A-CA---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---A
gi|25 : --TTC-CAT-G--TAAA---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACA-T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GGTTTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-T--CA-AGT-G-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---A---TAGTGAcccacacggcacgataatttgtcatcgttgataaggatattccaaataaa
gi|26 : atTTTTA-CCTTTATTTAAC-GACTGT-AAATT-TT--CG-A---AT--AC-AA--CAT----AG-TTTC-TACTTTCGCTTTCTG-----C-T--CA-AGT-G-C-----------GAGAGTTCA--TC-T-TCCC----TA---A---TAGTAATAC----------------TTTG-TT-------TAGT-CA----GC-AC
gi|27 : TC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TT-TCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-T--CA-AGT-G-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---A---TAGT
gi|28 : -CTGACAACT-GAAGG---T--TTTTTGTTG-ATT---TTTCTT--CATTG-TAT------T-TTAT-G-TGTTC-ATTG-----GT-T----A--ATAAA----CT-------A----CAT---TAA-A--CATTTGCT-TG--g
gi|29 : TT-T---GTTTGAA--A-CA-----T-T-GT--------CAATA-TAC--A--GT--TTA-CA-------C-ATTGGA-AAGGTATT---G-----------A-----ATTATAA-TAAC-AAATTTA-ATTT-----TCT-ATCA-TTTtcgtgttttatgttcc
gi|3 : ---GCT-GCTCGCTTGGA---TAT--CTTGGAG-TTG----ATG-TACTG--TTGT-TTTTTTTGTTTTTTT-CTCCATG-TGTA-TAAT----CAG--CTATAC---A--TT-AAAGTGCAA-TAGA-CGT-AATCCTCTAA----TTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AAC-TTGA-TGA-CGTTT--AAACAATATT-AA--CTC-CATTG--TAAT---TTC-ATGAATTTTTAACCTTTATTCAGC-GACTGT-AC--T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TT-C-TACTTTCG-CTTT-G-----T-T--TA-AGT-G-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-A---T--TTAGTA------------------------------------GT-CG----CC--CT-CCGA--C---T------AACA-TT--GACC----CGCAGGCTAAGCT-AT-----CT-------T---------AATAAAC---A--G-T---ATA-GAG---CAT--GCCA-GG-TT-CA-GTGGAA--------------GTT--AATATAA-CT--ACA-CA--TTAAATTGTTTGTTTGAT-TC-TAA-GG-AAA----------A-T--C------AA-AG---ATATCCC-ATG-----------AAAC----AA-A----GGAGT-TTT-CA------G-TGGTGAA-TTTTGAT-AAGATT-TT-GAG-ATG--TGCA--------GG-G-TAG-ATGCAAGGTTCATGAC---AAG---------GT---GT-G-A-------AAAT-C-TA-GCACCTTCGGT----TCGCG-------A-GGAGGATGT-GTATTAATTAGT--CC---C---AT-G-TATATATGTTACACAGTGCTTGGGATTG---GAAAAGAAGCTTAGAC-A--T-TCGA-CATC--T--C--AAAT-G-CTGTCGTAC-ATGGTT-AA-AGTCTTGGC--AA--G-ATAATGTTTTTGTGAGAGAGAGTT--AGTTTCGGAAAAGA--GG-AG-TT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAAGGGG-AGGGAAAGGGAG--TCTCAAAATCAG--GAAT----ATC-CCCGCCGGGAGAATCAAC--ATGTActcaaacaatcaagt
gi|31 : GCTTGTGACTG---AAAACCA---ATTGAC-A--TCT-GA--A-CCAT--C--AATT-GGCT-CAATAC-A-G-GT-AA-T---TTGGC--GGTC--ATAATTTTTTT-Tt
gi|32 : agttcAA----------A-T--C------A---G---AT---CCTCTC-----------AAATCGTTAC-GATC--TGAT-TTT--AATTA-GA-T--TGAA-TTTTGAC-A-GATT-TT-GAG-ATG--TGCG--------GG-G-
gi|33 : -AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-GTTTTG-----G-T--CA-AG------------------------A--TC-T-T-CC---TTA---A--ATAG
gi|34 : ---------A-TAAAC---A-AA-T---ACA-GAG---CAT--GC-AGGG-TT-TATGTG-AGT-------------GTT--AAT-TAA-CT--atctagtagagaaa
gi|35 : gttaccctttaAATCGGGAGA--TTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTAta
gi|4 : TACAT-GT-------AATGGT-C-TG-T-AC-AA-CTG-AGA-TTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACT--GAGA---CTTTTTTTTTCG-ACT---TTTTTT--CAATGTCTT------CCTTAT-GCTGATA-ATT-------T-TTAA-A--ATAAT----TT-------GTATCCAATACTAG-G-TTA-GTGTT-CG--AACGTTC-TTC--TTT---T---AAT-TC--AATTTT-TT-CATTTTCA-TTTTTGGTTGTTGTAGGCTTTTG--AAAT-GGTCCA-TCTT--ATATTCATGTTA-TTTATGGTTTGGTATGTTTGAT-AGGGTTTT-TAAAGTTGAGACTA-TAGGCTTT-T-GTTTGAAGAACAAT--TGTCAA--GTTATAA-CAGTTTCCTC-ATTGAA-AGG----T---A-----------ATTGAGATTA-AA-TAACGAAATTTT-ATTT-----CAC-AT-AGTTTA-TACGTCGAAG-ATACATCCAG---GTT-------TC-------TGTTTAGGGTTTAG--TGACTTTA-TCTATG----G-GGTAT--GTGCGTACTAAACTAGTTAATCATTCATAATGTGTCTCAGTCTCCCCTCACGGAAC-CTCA-TATCGCT-GCTTACT-G----------A--GTAGTTTGTTATATG-TAAGGAACTGTAAG------TTTTTCTACTCCATATTAT--TAA---GTCAG--CTATACT--A--TT--A-GTGC-AAT-GA-CGT-AATCTTtg
gi|5 : -T---GCT-GCTCGCT-GGAAATTAT--A--GGAG-TTG-----TGCT-TT--ACTGT-AGGTTTT-TCTT----CTCCATTGTGTA-TAAT----CA---CTATAC---A--T---A-GTG-AAATAGA-CGT-AATC-TGTAA----CTTATTGT-TCA-TTAA---C-AA-T--AACATTTACTTA-CGTTTTAAAACT-TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT---TTC-AT----------------TTCAGC-GACAGTTACATT-TTTTCGGA---AT--ACCAA--CGC----AG-TTTT-CACTTTCG-CTTTTG-----G-TCCCA-AGTGG-T-----------GAGAGTT-A--TC-TGTCCC---CTA---T--TTAGCCA--------------AA--ACTCA-T--------TAGT-CC----GC-ACT--CGA--TGAAT------AACA-TT--TACCATT-C--AGGCTA---A-AG-----CT-------TATTCCTTTAA-TAAACCCAA-AG-T---A-A-GAGC--CATAGGC-A-GG-GT-TT-GTG-AA--------------GTTTCAAA-TAA-CT--ACA-CAT-TTAA-TTGTT-GTAT-AT-T--TAA-TA-AAA----------ATT--C------AAGGG---AT---TC-ATGAA---------AAAC----AA-GATT-GTGGGATTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTGGACAA-GATTGTTGGAG-A-G--TGCGGGGCCAGCGG-G-TAG-AT-------------C---A-GTCCACGACAGT---GT-GAA-------AAAT-CTTACCCACC--TGGT-GT-TC----------A-GAAGA--TT-GGAT-AATTAGTC-CT---A---TTGG-CA---A--T-ACACAG---CTGGGACTG---AAAAAAA---TTTATT-AATT-T-GACCA-C--TCCC--AAATGGGCT-TCGTAT-ACggtagcgttggtaacactttaataccatataaactgagattcaatagaggacagtgtctgttgaattt
gi|6 : TTTCG-CTTTGC-----T-T--AA-AGT-G-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-----A--TTAGTA------------------------------------GT-CG----GCCACTTCCGA--T--A--------ACA-TT--GACC----C--AGGCTA-----AG-----CTATCCTATT---------AATAAAC---A-AA-TGATATA-GAAAAACATT-GC-A-GGGTT-CATACA-AT--------------GTT--AAT-TAA-CT--AAAACAATTTAA-TTGTTTATGT-GT-TAGTAA-TA-AAA----------A-TATC------AA-GAGGAAT---CC-ATG-----------AAAC----AAAGAAT-GTGGT-TTT-CAA--A-GGGTG-TGAA-TTTT-AC-A-GATT-TT-GAG-ATG--TGCG--------GGAG-TAG-AT-------------CCACG-GTCACGACA-GT---GTTG-A-------AAATTC-TAACCACC--TGGT-GTATC----------A-GAAGA--GTTGGATTAATTAGT--TTCATA---TC-GGCA---ATGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AATAGAA---TTTGACAA--T-T-GA-C--C--T--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AATA---TTGGCGAGGTTC-ATAATTTTTTT-TGAT-----GTTGAAATTTT-GAAATGACGGGAAGATTTCTTAATA-TTTAGGCGGGGAGGGAC-GGAG---AGGGT--TC-CAAAATCGGGAG-ATTTTAATCT-CCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTAagt
gi|7 : TACATTGTG-AC-AGAATGGT-CATG-TCAC-AA-T--GAGA-TTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGGGAGGTTTTGA-T-TAGAAAACT-GGAGA---A--TTTTTGT-G-ACA---TTTTTT--CAACG--TT------TCTTAT-G-CGTCC-TTT-------T-TTAA-A--ATAAT----T--------A----CAA---TAATA-T--TGTGTT--G--AG----CCTTT--TTT---T---AATGTCA-A-TTTTGTT-CATTT--A-TTT---GTT---GTAA-TTTTTG--AA---GG---G-TTTTTTAAGTTCA----C-TC------------------AT-TAGGCTTT-T---GTTGAAA--AACA-----T-T-GT--------CAATGATAC--A--GT--TA--CA-------C-ATTGAG-AGG----TATTG-----------AA----TTTA-AA-TAAC-ACATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTAAG--GAAG---ACA---AGTTTGTTTGTATAGTA-------TATATAG------G--CAAC-TTA-TCTATGGGCCGTGG--T---TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCATT---GCT-GCT-ACT-GAA--------A--GA------------------GAACTGT-AGCCGTT-TTTCTCT-ATATATGTTA-A-TGATACATCAG--CTATAC---A--CT-TA-GTGC--ATAGA-CGT-AATC
gi|8 : ATTAT-TTA-TTTA---CTAA-TGAAACATTTG-TTA-CGTTT--AAACA-TAAT-AA--TTT-CAT-G--TAAT---TTCCATAAGATTTTA-C-TTTATTCAGCAGACTTG-ACATT-TTT-CA-A---AT--AC-CA--CCCTACGGG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----GAT--CACAGT---T-----------G-GAGTT-A--TCCT-TCCC---TTA---A--T-AGTA----------G-AAGAA--ATTAG-TCCA----ACACT-CGAATTGG-ATT---GA--T--A-------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---T-TA-----TT-------T---------AATAAAC---A-AG-----ATA--AG---CAT--GC-A-GG-TTTCA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAAACT--ACA-CA--TTAA-TTGTT-GTTT-ATGT--TAA-CA-AAA------------T--C------AA-GG---AT---CC-ATGCAGGAGATCATGAAC----AG-GATC-ATGGT-TTTTCAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGAC-A-GATT-TT-GAG-ATG--TGCA--------GG-G-TAG-AT-------------------A---------GT---GG-G-A-------AAAT-C--A-CCACC--CAGTGGT-TC----------AGGTAGA--GT-GGAA-AATTAGT--C----AGACTT-A-CA---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAt
gi|9 : CAG-GTG-ACCAGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAGAATTTG-A-G-TTTTT-AGC-TGGAG---TTCTGG-TGCTTGAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAATG-ATC------TGTTAT-T-TGTC--ATT------------------TAAC----TT-------A----CAA---TAA-A--CATGTGTG-TGTTAG----C-TTT--TTT---TTTAAAT-TCA-AATTT-ATT-C-CTT--A-TTTTT-GTTTTTG-A--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------ATTAGGACTTT-TT--GTTGGAA--A-C------T-T-GT--------CAAT--TTC--AA-GT--TAA-AG-------T-ATTGAG-A-G----T---A-----------AT----GTTA-AA-TAAA-CCACTTT-ATT------CACGAT-A-TT-ATTACG--GAAG-ATACA---AG----TT-------CC-------TGTATAG----------AACTTTAATCTATG----GTGG--TACGACTGTAAACTAGTTAGGTAATATTGTAAGCTATGTCTTCAGTCCCTCACCTACAC-CTCA-T---GCT-GC--G---GGA---TAT--A--GA---TTG----ATGCTA------TGT-AGTTTT----TTTCT-CTCCATGGTATA-------ATCAGACTTATAC---A--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GTCACGGTGAACTTTATTATGGTTGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111111 33333333333333 222222222222 11111111 1111 11 11 111 11 44444444444444444444444444 11111111 11111111 1111111 1111111 44444444444444444444444444 11111 11 1111111111111111 111111111 1111 111111 1111111111111 11111 11111 11 2222 111 11 1111 11 111 1 11 11111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333 1111 444444444444444444444444444444 22222222222222 222222222222222222222 111111111111 11111111 66666666666666666666666666666 11111111111 111 44444444444 111111111 11 1 11111 222 22222 11 11 1 111 11 11
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 1 4 4 777 4 4 7 4 111111 4 777 55 3 3333333333 1 4 4 4 44444444444444 55 8888 000000000000 666 4 666 66 99 33333333 66 3333 4 4 0 4 1 66 00 66 1 55 66 333 77777 00 00000000000000000000000000 4 4 4 777 55 66666666 4 4 44444444 2222222 66 66 4 4444444 4 4 99999999999999999999999999 4 4 55 4 00000 4 4 4 00 4 777 777 7777777777777777 444444444 5 0000 66 555555 444444444444 1 99999999999999999 22 222 6 5 888 5 0 5 8888888888888 11 5 00000 5 66666 5 8 5 0 5 22 5 1111 66 333 66 00 5 5 1 1 5 5 7 11 7777 6 44 111 5 5 77 5 6 77 5 1 66 5 5 66 777 4 2 3 1 66 3 3 55 3 555 99 3 44 6666 3 3 55 77777 2 33 2 5 33333333333 2 33 2 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 7777 3 666 3333333333333 3 44 1111 44 3 999999999999999999999999999999 777 2 2 555 2 555 3 77 3 9 9 3 6 3 11111111111111 44 3 3 44 3 44 3 6 6 3 3 77 3 3 777777777777777777777 888 555 3 666666666666 44 6666 3 5555 2 2 33 2 2 2 2 5 2 2 2 66 4 2 33333333 3 22222222222222222222222222222 555 2 9999999 2 2 2 2 2 33 2 2 555 2 44444444444 44 3 111 44444444444 3 3 222222222 555 1 3 555 777 5 77 5 5 33 5 99999 5 5 0 5 1 5 1 88888 99 333 7 6 00000 3 88 8 11 11 0 8 1 8 0 777 33 3 3 0 66 0 66 0 8 11
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ... .. . .......... . . . . .............. .. .... ............ ... . ... .. .. ........ .. .... . . . . . .. .. .. . .. .. ... ..... .. .......................... . . . ... .. ........ . . ........ ....... .. .. . ....... . . .......................... . . .. . ..... . . . .. . ... ... ................ ......... . .... .. ...... ............ . ................. .. ... . . ... . . . ............. .. . ..... . ..... . . . . . .. . .... .. ... .. .. . . . . . . . .. .... . .. ... . . .. . . .. . . .. . . .. ... . . . . .. . . .. . ... .. . .. .... . . .. ..... . .. . . ........... . .. . . ....................................................... . .... . ... ............. . .. .... .. . .............................. ... . . ... . ... . .. . . . . . . .............. .. . . .. . .. . . . . . .. . . ..................... ... ... . ............ .. .... . .... . . .. . . . . . . . . .. . . ........ . ............................. ... . ....... . . . . . .. . . ... . ........... .. . ... ........... . . ......... ... . . ... ... . .. . . .. . ..... . . . . . . . ..... .. ... . . ..... . .. . .. .. . . . . . ... .. . . . .. . .. . . ..
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 9 4 4 888 4 0 2 0 444444 0 000 55 0 9999999999 6 0 0 0 99999999999999 55 5555 000000000000 444 0 444 33 55 44444444 11 2222 4 4 8 4 8 11 88 11 8 00 11 999 66666 66 11111111111111111111111111 4 4 0 000 55 44444444 0 0 55555555 7777777 11 11 4 4444444 4 4 66666666666666666666666666 4 4 44 0 00000 0 0 0 66 4 888 888 7777777777777777 444444444 0 6666 99 444444 333333333333 0 22222222222222222 00 000 7 7 888 0 2 0 1111111111111 55 0 88888 6 55555 0 1 0 2 0 11 0 5555 99 888 99 99 7 0 7 4 7 7 8 88 0000 7 55 777 7 7 99 7 7 99 7 4 99 0 0 99 888 0 8 6 2 33 6 3 77 3 888 22 1 22 5555 1 1 22 11111 9 99 9 7 66666666666 9 99 9 9 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 7777 6 888 8888888888888 1 22 9999 22 8 777777777777777777777777777777 999 9 9 000 9 000 1 33 1 2 2 1 2 1 22222222222222 22 1 1 22 3 66 3 7 7 3 3 99 3 3 222222222222222222222 555 444 1 222222222222 22 5555 1 5555 9 9 99 9 9 9 9 7 9 9 9 88 0 9 22222222 1 22222222222222222222222222222 444 9 3333333 9 9 9 9 9 99 9 9 000 9 55555555555 22 1 000 66666666666 1 1 333333333 444 2 3 888 888 7 99 7 7 66 7 33333 7 7 7 7 7 7 4 00000 22 888 3 7 00000 2 88 0 66 00 8 0 4 0 0 555 88 2 2 6 88 8 22 8 0 00
consensus : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCTNTAA----CTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAG---TAATAC-G------AGAA--ATTCG-TT------ATAGT-CG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA---T-AN-----CTT---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GN----------AGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-C---------A---ACGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AA-A---TTGGC--GGTCG-ATAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
Reference ( family-1948 ) : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCTNTAA----CTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAG---TAATACTG------AGAA--ATTCG-TT------ATAGT-CG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA---T-AN-----CTT---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GN----------AGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-C---------A---ACGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AA-A---TTGGC--GGTCG-ATAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
gi|1 : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTG--CAATG-CAT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--GG----C---TTT--TTA---TAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAATTCA----A-T-------------------A-GAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------TAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------A-----ATTA-AA-TAAC-CAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTATG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCT-GCTCGCC-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATACTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CACCATGATGTAGTAAT--ATCAG--CTATATTCAA--TTAAA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCGTG-AA----CTTGTCATGTCA---TA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CATTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATGAAATTTTA-CCTTTTTTTAAG-GA-TGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AAACCGC-----G-TTTC-TACTTTTG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------TAGAGTT-A--TC-T-TCCCATATTA---ATTTTAG---TAATACTGTTGTA-AGAA--ATTTGTTT------ATAGT-TG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA-----AG-----CT-----------------AAC---A-AG-T---ACA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AT-ATGTT-GTTT-AT-T--TGA-TA-AAA----------AT--C------AAGC---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATT-GTGG--TTT-CAA--A-GG-TG-TGAATTTTTTACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGC-AG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--TGGT-GT-TC---A-GA----------AGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-C---------A---ATGT-ACACAGTGCTT-GGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--G--AAAT-GGCT-TCGTACTACATGT-AA-A---TTGGC--GGTAA-GTAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGAAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTTAGT-GGGAGGGAC-GGGG---GGCGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCACCGGGAGAATT-AC--ATGTA
gi|10 : CGA--TTGATC-----AACAATT--GACCAGCTT--AAGCTAA--C-AATC---CTTTA-A-T---------AAACC--A-AA-T---ACA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-TA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CCTAACA-CA--TT-AATTTGTT-GTAT-AT-T--TAATC---AA----------AT--C------AAGG---CT---CC-ATG------------AA--C----AA-G--T-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TT-TTAA--TTTGACA-GATT-TTG-AG-ATGT-TGTGGG-GT-------TAGAAT-------------C---A-G---------GTCAAAT-GACAGGTTGAAA-T-CT-A--C-AAC--CGGT-GT-TC---A-GA----------GAA--GT-GGAT-AATTAGTTCCTA--A---TT-G-C---------A---ATGT-ACACAGTGCTTTGGACTGAAAAAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--CCAAAAT-GGCT-T-GTAC-ACC-GTAAA-A---TTTGC--GGTCATATAA---TTTT-TGCT-----GTTAAAATTT--GAAATGACAGG-AGA-T--TTAAACTTTTTAGC-GGGAGGGACTGGGG---GAGGGTCTCTCAAAATC-GGCGTATTT--ATCTCCCGTGTGGAAGATC-ACCGATGTA
gi|11 : TACAT-GTG-AC-AGAATGGT-TATG--CAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGA----TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-TTT------CTTTAT-G-TGTCC--TT-------T-TAAAAA--ATAAT----TT-------A----CAA---T
gi|11 : -------A----TAA---TAT-A-T--TGTTTTGTG--AG----C---TTT--TTT---CAAT-TCA-AATTT-ATT-CATTT--A-TTTT--GTTGTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTTT-AAGTTCA----C-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-TCGT--------CAAT--TAT--ACAGT--TTA-CA-------C-ATTGAG-AGG----T---G-----------ATTG--ATTA-AA-TAAC-CAATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TCTGTTTAGTGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GCGG--tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataatatattgttttgtgagcttttttcaattcaaatttattcatttattttgttgttgtatttttgaagggtttttaagttcactatagggcttttgttgaaaacattcgtcaattatacagtttacacattgagaggtgattgattaaataaccaattttatttcacatatttattacggaagatacaaggtttctgtttagtgtataggcaactttatctatggcgg
gi|12 : tacatgtgacagaatggttatgcacaactggagatttgaagtttttcagctggattttggtctgaaaactggagactttttgtcgacattttttcaacgtttctttatgtgtccttttaaaaaataatttacaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaa-TTTTCG-A---TT--AG-AA--CGT----GA-TAAC-TATTTTCT-ATTTTT-----G-TC--G-AGTA-TTGCTATATTATGGGAGTT-A--TC-T-TCCC---TAACACA--TTCG---TTATAGAA------AGAACAGTTC--CT------ATAGTTCG----GC-GGT---GA--T--GTTAAGTCAGCA-TTCTGATT----C--A----A---T--T-----CTT---A-T---------ACCC---A-AGCT---ATC-AAT---C-AT--GT-G-TA-TT-CA-ATG-AACATGGTCGTGTGGGGTT--AAC-TAA-CC--AAA-CA--TT-----CGTT-GTTT----T--TAA-AACAAA----------AT--T------AAGG---AT---CA-GTG-----------ACA--C----AA-GAAC-GTAGT-TT--CAA--A-AG-AG-TAAA-TTTCTACA-GACT-TTG-AG-ATA--TACCAG-A--------AAT-AT-------------C---G-G---------AT---GT-GA-------ACA-T-CT-A-GC-ACC--TGGC-TT-TC---A-ATTGTGTAAAACAGA--GT-GGAA-AATTA-T--CTTG-A---TT-G-CGACATACATA---ACGT-ACACATTG
gi|13 : AAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TTTTCG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-CTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-A---A--T-AG---TAATACTG--------------TCA-T-------AGAGT-TG----GC-ACT-CTGAATTG-AT------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---TTAT-----CCA---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAA---C-AT--GC-A-GGGTT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-CAATCAAGG----AT--CCAAGCCAGGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-AT-----------------A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GT----------AGA--GT-GG------------------------------------A---ACAT-ACACAGTGTTTGGGACTG---GAAAAAA---tagatcatttaact
gi|14 : -AA-T--AACATTCA-TTA-CGTTT--AAACT-TAATAAG--TTTTCAT-G--TAATAATTTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAAC-AACTGT-ACATT-TTT-CG-A---AT--GC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TT-T-TTCC---T-A---A--T-AG---TAATACTGTCGTAGAGAA--ATTC--TTGAAATAATAGT-CG----GC-ACT-CCGAATTG-AT------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---T-CA-----TTT---AAT---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GGGTT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-TT--ACA--A--TT-AA-TTGTT-ATTT-AA-T--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---A--------------------------------A-GATC-CTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GTTT-TTG-AG-GTG--TGCTGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-AA-------AAA-T-CT-A-CG-ACC--CAGT-GT-TC---A-a
gi|15 : TACAT-GTG-AC-AG-ACT-T-CATG-TCACAAA-CTGGAG-ATTTG-AAGTTTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACTGGGAGAACTT--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTTCCCAATG-CAT------TCTTAT-G-TGTCCAACTG-----GT-T----A--ATAAT----TTC------A----AAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTTAATTTTAAAAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--ATTTTT--GTATTTGTA---TTTTG--CA---GG---GTTTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A--AGGAC--TT-T---GTTGAAA--A--A-----T-T-GT--------CAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATT--G-AAG----T---ACATATTTTTTTGT----ATTA-AA-TAAC-CAACTTT--TAT-----C-C-AT-A-TTTATTACG--GAAGAATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATAG------G--C
gi|16 : aAACTTT-ATTT-----CAA-AT-A-TTTATTATG--GAGG-ATATA---AG---GTT-------TC-------TGTTAAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCTGGCTTGCT-G-------T--A--GGAA-TTG----ATGCTACTGAACAGT-AATTTTT-TTTTTTT-ATCCAT-GTGTA-TATA--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-G-GTAAATCCC-CAT-AACCCTTTAAAATTCTAAATAT-CCATATTATTTC-AACC--AAAATTTG-Tca
gi|17 : tTAGT-TG----GC-A-------------T------AACA-TT--GACC----C--AT-CTA---T-CA-----TTTG--A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAATCAAGGATCCATGCC------AGGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT-TAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--CACAGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------TAA-T-CT-A-CC-ACC--CAAT-GT-TC---A-GT----------TGA--GT-GG---AATTAGT--C----AGATTT-A-C---------A---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AGAAAAatgtattttgtcaaggatgtatat
gi|18 : AT-GTG-AC-AGAACTGTTCATGGTCAC-AAACTGGAG-ATTTGTAAG-TTTT-CAGCCTGGAT---TTATTG-T-TTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-GTAGATTTTTTT--CAAAG-GCGGGGGGGTCTTATCG-TGTCC-ACTGTTATAAT-T----ACAATAAT----TTTTTTTTTA----TGA---TAA-ACTCATGTGTT--G--AG----C---TTT--TTT---AAAT-TCA-AATGTTATT-CCTTT--A--TTT--GTTTTTGTAT-TTTTTG--AACCCGG------TTT--AAG-TCA----A-T-------------------A-TAGGTT-TTT-T---GTTGAAA--A--A-----T-G-GT--------CAAT--TCT--
gi|19 : act--AT------AACA-TT--GACC----C--AT-CTA---T-CA-----TTTG--A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT--AA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--CACAGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------TAA-T-CT-A-CC-ACC--CAGT-GT-TC---A-GT----------TGA--GT-GG---AATTAGT--C----AGATTT-A-C---------A---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AGAAAAA---
gi|2 : tggcTACAT-GTGGAC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATATG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGGTT-CTG-AAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCGTACA---TTTTTT--CA--T-CTT------TCTTAT-A-TGTCC-ATTG-----GTGT----A--ATAATGAGATT------------CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TGA-AG----T---TTT--TTTA--AAAT-TCAGAATTTTATTGCATTT--A--TTT--GTTTTTTGA--TTTTTGAAAA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----AGT-------------------A-TAGGGC-TTTCT---GTTGAAA--A-CA-----TGT-GC--------CAA---TAT--T--GT--TAAGCA-------CTATTGAGAAAG----T---A-----------AA----CTTA-AAGTAAC-AATCTTTAATTTCATCACAT-AT-A-TCTATTACGT-GAAG-ATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATTG------GATC-ACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCA-T---GC--GCTCGTT-GGA---TATTCA--GGAG-TTG----ATGCTAC-GTACTGT-AGTTTTT-TTTCTGT-CTCCAT-GTGTA-TAAT---CCAG--CTATAC---AGGTT-AA-GTGCAATGAGACCATAAATCTCTTAA----CTTATTAT-TCG-ATTA---C-AA-T--AACA-TTA-TTAGCGTTT--AAACT-TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT-------------TTTTA-CCT-------------TGT-ATATTCTTCTCG-AATGAT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TA-TTTCG-TTTTTGCATGTG-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-AACTC-T-TTCC-----G---A--TTGA---TAACATTG------
gi|2 : T-CCGA--TTGAT------AACA-TT--GCCC----C--AGGCT----T-AGGCTTCCTTTAAA-T---------AAAT---A-AG-T---ACATGAG---C-AT--GC-G-GG-TT-TA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTAT-AT-T--T-A-TA-AAT----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG------------AA--C----AA-GATTAATGGT-TTT-CAA--GTGT-TG-CGAT-TTTGGACA-GATT-TTG-AGAATAGTTGCAGG-G--------TAG-ATTCAGGTCAGGCA-C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CG-A-AC-ACC--TGGT-GT-TC---A-GA----------AGA--GT-GGAT--ATTAGTC-CT---A---TT-G-C---------A---ATGccccaggcttaggcttcctttaaataaataagtacatgagcatgcgggtttagtgaagttaattaactacacattaattgttgtatatttataaatatcaaggatccatgaacaagattaatggttttcaagtgttgcgattttggacagattttgagaatagttgcagggtagattcaggtcaggcacaggtgtgaaaatcgaacacctggtgttcagaagagtggatattagtcctattgcaatg
gi|20 : tacatgtggacagaactgtcatgtcacaactggagatatgaagtttttcagctggagttttggttctgaaactggagactttttgtcgtacattttttcatctttcttatatgtccattggtgtaataatgagattcaataaatcatgtgtttgaagtttttttaaaattcagaattttattgcatttatttgttttttgatttttgaaaagggttttaagttcaagtatagggctttctgttgaaaacatgtgccaatattgttaagcactattgagaaagtaaacttaaagtaacaatctttaatttcatcacatatatctattacgtgaagatacaaggttcctgtattggatcactttatctatggtggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatgcgctcgttggatattcaggagttgatgctacgtactgtagttttttttctgtctccatgtgtataatccagctatacaggttaagtgcaatgagaccataaatctcttaacttattattcgattacaataacattattagcgtttaaacttattcaactttcatgtaatttttaccttgtatattcttctcgaatgatacaacgcggtttctatttcgtttttgcatgtgtcaagtgtgagagttaactctt-TTT-CAA--A-GG-TG-TAAA-TTTTGACA-GATT-TTA-AG-ATG--TGTGGG-G--------TAG-ATCAGGTCACAA---C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CA-AGC--TGGT-GT-TC---A-GG----------AGA--GT-GGAT-AATTAGTC-CT---A---TT-G-C---------A---ATGT-ACACAGTGCTTTGGACTG---AAAAAAA---TGT--C-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ATG-GT-AA-T---TTGGC--GGTC--CTAA-TTTTTT-TGCT-----ATTGAACTTTT-GAAATGACGGG-ATATT--TT-AAC-TTTAAGC-GGGAGG
gi|21 : TACAT-GTG-AC-AGAACTAT-CATG-TCGC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TATTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---CAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---G--T-T----------------------TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTT
gi|22 : aT--AAACT-TATTAAAATTTT-CAT-GAATAAT---TTC-ATGAAATTTTA-TCTT-ATTCA-C--ACTG--ACATT-TTT-CG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTCTTACTTTCG--CTTTG-----A-CC--A-AGTGTT-----------GAGA--T-A--TC-T-TCCC---TTA-------TAG---T-AT------------------------------------------GC-ACT-CCAAT-T--AT------AACA-TG--AAAC----C--AAGA-A---T--C-----CTTA--A-A---------AAAC---ATAG-T---ATA-GAG---a
gi|23 : G---G-GTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGGAA--A-C-------------------------------A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---A-----------A-----AGTA-AA-TAAC-TAAATTG-ATTT-----TAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---ATT-------TC-------TTTAGAG------G--CAATTTT-ATCTATG----GTGG--T--ata
gi|24 : -GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GT----------AGA--GT-GGAA-AATTAGT--GG---GAT-TT-A-C---------A---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---A
gi|25 : --TTC-CAT-G--TAAA---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACA-T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GGTTTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---TGAcccacacggcacgataatttgtcatcgttgataaggatattccaaataaa
gi|26 : atTTTTA-CCTTTATTTAAC-GACTGT-AAATT-TT--CG-A---AT--AC-AA--CAT----AG-TTTC-TACTTTCGCTTTCTG-----C-TC--A-AGTG-C-----------GAGAGTTCA--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---TAATAC---------------TTTG-TT-------TAGT-CA----GC-AC
gi|27 : TC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TT-TCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---T
gi|28 : -CTGACAACT-GAAGG---T--TTTTTGTTG-ATT---TTTCTT--CATTG-TAT------T-TTAT-G-TGTTC-ATTG-----GT-T----A--ATAAA----CT-------A----CAT---TAA-A--CATTTGCT-TG--g
gi|29 : TT-T---GTTTGAA--A-CA-----T-T-GT--------CAATA-TAC--A--GT--TTA-CA-------C-ATTGGA-AAGGTATT---G-----------A-----ATTATAA-TAAC-AAATTTA-ATTT-----TCT-ATCA-TTTtcgtgttttatgttcc
gi|3 : ---GCT-GCTCGCTTGGA---TAT--CTTGGAG-TTG----ATG-TACTG--TTGT-TTTTTTTGTTTTTTT-CTCCATG-TGTA-TAAT----CAG--CTATAC---A--TT-AAAGTGCAA-TAGA-CGT-AATCCTCTAA----TTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AAC-TTGA-TGA-CGTTT--AAACAATATT-AA--CTC-CATTG--TAAT---TTC-ATGAATTTTTAACCTTTATTCAGC-GACTGT-AC--T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TT-C-TACTTTCG-CTTT-G-----T-TT--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-A---T--TTAG---TA-----------------------------------GT-CG----CC--CT-CCGA--C---T------AACA-TT--GACC----CGCAGGCTAAGCT-AT-----CTT---AAT---------AAAC---A--G-T---ATA-GAG---C-AT--GCCA-GG-TT-CA-GTGGAA--------------GTT--AATATAA-CT--ACA-CA--TT-AAATTGTTTGTTTGAT-TC-TAA-GG-AAA----------AT--C------AAAG---ATATCCC-ATG-----------AAA--C----AA-A----GGAGT-TTT-CA------G-TGGTGAA-TTTTGATAAGATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-ATGCAAGGTTCATGAC---AAG---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-GC-ACCTTCGGT----TCGCGA-GG----------AGGATGT-GTATTAATTAGT--CC---C---AT-G-T---------ATATATGTTACACAGTGCTTGGGATTG---GAAAAGAAGCTTAGAC-A--T-TCGA--CATCT--C--AAAT-G-CTGTCGTAC-ATG-GTTAA-AGTCTTGGC--AA--G-ATAATGTTTTTGTGAGAGAGAGTT--AGTTTCGGAAAAGA--GG-AG-TT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAAGGGG-AGGGAAAGGGAG--TCTCAAAATCAG--GAAT----ATC-CCCGCCGGGAGAATCAAC--ATGTActcaaacaatcaagt
gi|31 : GCTTGTGACTG---AAAACCA---ATTGAC-A--TCT-GAACCA--T--C--AATT-GGCT-CAATAC-A-G-GT-AA-T---TTGGC--GGTC--ATAATTTTTTT-Tt
gi|32 : agttcAA----------AT--C------A--G---AT---CCTCTC-----------AAA--TCGTTAC-GATC--TGAT-TTT--AATTA-GA-T--TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------
gi|33 : -AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-GTTTTG-----G-TC--A-AG-----------------------A--TC-T-T-CC---TTA---A--ATAGATCTAGTA--G------AGAA--A
gi|34 : ---A-T---------AAAC---A-AA-T---ACA-GAG---C-AT--GC-AGGG-TT-TATGTG-AGT-------------GTT--AAT-TAA-CT--
gi|35 : gttaccctttaAATCGGGAGA--TTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTAta
gi|4 : TACAT-GT-------AATGGT-C-TG-T-AC-AA-CTG-AG-ATTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACT--GAGA---CTTTTTTTTTCG-ACT---TTTTTT--CAATGTCTT------CCTTAT-GCTGATA-ATT-------T-TTAA-A--ATAAT----TT-------GTATCCAATACTAG-G-TTA-GTGTT-CG--AACGTTC---TTC--TTT---TAAT-TC--AATTTT-TT-CATTTTCA-TTTTTGGTTGTTGTAGGCTTTTG--AAAT-GGTCCA-TCTT--ATATTCATGTTA-TTTATGGTTTGGTATGTTTGA-TAGGGT-TTT-TAAAGTTGAGACTA-TAGGCTTT-T-GTTTGAAGAACAAT--TGTCAA--GTTATAA-CAGTTTCCTC-ATTGAA-AGG----T---A-----------ATTGAGATTA-AA-TAACGAAATTTT-ATTT-----CAC-AT-AGTTTA-TACGTCGAAG-ATACATCCAG---GTT-------TC-------TGTTTAGGGTTTAG--TGACTTT-ATCTATG----G-GGTAT--GTGCGTACTAAACTAGTTAATCATTCATAATGTGTCTCAGTCTCCCCTCACGGAAC-CTCA-TATCGCT-GCTTACT-G----------A--GTAGTTTGTTATATG-TAAGGAACTGTAAG------TTTTTCTACTCCATATTAT--TAA---GTCAG--CTATACT--A--TT--A-GTGC-AAT-GA-CGT-AATCTTtg
gi|5 : -T---GCT-GCTCGCT-GGAAATTAT--A--GGAG-TTG-----TGCT-TT--ACTGT-AGGTTTT-TCTT----CTCCATTGTGTA-TAAT----CA---CTATAC---A--T---A-GTG-AAATAGA-CGT-AATC-TGTAA----CTTATTGT-TCA-TTAA---C-AA-T--AACATTTACTTA-CGTTTTAAAACT-TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT---TTC-AT----------------TTCAGC-GACAGTTACATT-TTTTCGGA---AT--ACCAA--CGC----AG-TTTT-CACTTTCG-CTTTTG-----G-TCCCA-AGTGGT-----------GAGAGTT-A--TC-TGTCCC---CTA---T--TTAG---CCA-------------AA--ACTCA-TT------A--GT-CC----GC-ACT-C-GA--TGAAT------AACA-TT--TACCATT-C--AGGCTA---A-AG-----CTT---A-TTCCTTTAATAAACCCAA-AG-T---A-A-GAG---CCATAGGC-A-GG-GT-TT-GTG-AA--------------GTTTCAAA-TAA-CT--ACA-CA--TTTAA-TTGTT-GTAT-AT-T--TAA-TA-AAA----------ATT-C------AAGGG--AT---TC-ATG-----------AAAAAC----AA-GATT-GTGGGATTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTGGACAAGATTGTTGGAG-A-G--TGCGGG-GCCAGCGGGTAG-AT-------------C---A-GTCCACGACAGT---GT-GA-------AAAAT-CTTA-CCCACC--TGGT-GT-TC---A-GA----------AGA--TT-GGAT-AATTAGTC-CT---A---TTGG-C---------A---A--T-ACACAG---CTGGGACTG---AAAAAAA---TTTATT-AATT-T-GAC-CA-CTCCC--AAATGGGCT-TCGTAT-ACA-GT-ggtagcgttggtaacactttaataccatataaactgagattcaatagaggacagtgtctgttgaattt
gi|6 : TTTCG-CTTTGC-----T-TA--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-----A--TTAG---TA-----------------------------------GT-CG----GCCACTTCCGA--T--A--------ACA-TT--GACC----C--AGGCTAAGCT-AT-----CCT---A-TTAAT-----AAAC---A-AA-TGATATA-GAAAAAC-ATT-GC-A-GGGTT-CATACA-AT--------------GTT--AAT-TAA-CT--AAAACAATTT-AA-TTGTTTATGT-GT-TAGTAA-TA-AAA----------ATATC------AAGAGGAAT---CC-ATG-----------AAA--C----AAAGAAT-GTGGT-TTT-CAA--A-GGGTG-TGAA-TTTT-ACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGGAG--------TAG-AT-------------CCACG-GTCACGACA-GT---GTTGA-------AAA-TTCT-AACC-ACC--TGGT-GTATC---A-GA----------AGA--GTTGGATTAATTAGT--TTCATA---TC-GGC---------A---ATGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AATAGAA---TTTGACAA--T-T-GA--C--CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AATA---TTGGCGAGGTTC-ATAATTTTTTT-TGAT-----GTTGAAATTTT-GAAATGACGGGAAGATTTCTTAATA-TTTAGGCGGGGAGGGAC-GGAG---AGGGT--TC-CAAAATCGGGAG-ATTTTAATCT-CCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
gi|7 : TACATTGTG-AC-AGAATGGT-CATG-TCAC-AA-T--GAG-ATTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGGGAGGTTTTGA-T-TAGAAAACT-GGAGA---A--TTTTTGT-G-ACA---TTTTTT--CAACG--TT------TCTTAT-G-CGTCC-TTT-------T-TTAA-A--ATAAT----T--------A----CAA---TAATA-T--TGTGTT--G--AG----CC--TTT--TTT---TAATGTCA-A-TTTTGTT-CATTT--A-TTT---GTT---GTAA-TTTTTG--AA---GG---G-TTTTTTAAGTTCA----C-TC------------------A-TTAGGC-TTT-T---GTTGAAA--AACA-----T-T-GT--------CAATGATAC--A--GT--TA--CA-------C-ATTGAG-AGG----TATTG-----------AA----TTTA-AA-TAAC-ACATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTAAG--GAAG---ACA---AGTTTGTTTGTATAGTA-------TATATAG------G--CAAC-TT-ATCTATGGGCCGTGG--T---TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCATT---GCT-GCT-ACT-GAA--------A--GA------------------GAACTGT-AGCCGTT-TTTCTCT-ATATATGTTA-A-TGATACATCAG--CTATAC---A--CT-TA-GTGC--ATAGA-CGT-AATC
gi|8 : ATTAT-TTA-TTTA---CTAA-TGAAACATTTG-TTA-CGTTT--AAACA-TAAT-AA--TTT-CAT-G--TAAT---TTCCATAAGATTTTA-C-TTTATTCAGCAGACTTG-ACATT-TTT-CA-A---AT--AC-CA--CCCTACGGG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----GATC--ACAGT--T-----------G-GAGTT-A--TCCT-TCCC---TTA---A--T-AG---TAG----A------AGAA--ATTAG-TCCA----ACACT-CGAATTGG-ATT---GA--T--A-------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---T-TA-----TTT---AAT---------AAAC---A-AG-----ATA--AG---C-AT--GC-A-GG-TTTCA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAAACT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-ATGT--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---AT---CC-ATGCAGGAGATCATGAA--C----AG-GATC-ATGGT-TTTTCAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-AT-------------------A---------GT---GG-GA-------AAA-T-C--A-CC-ACC--CAGTGGT-TC---AGGT----------AGA--GT-GGAA-AATTAGT--C----AGACTT-A-C---------A---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAt
gi|9 : CAG-GTG-ACCAGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAGAATTTG--AG-TTTTT-AGC-TGGAG---TTCTGG-TGCTTGAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAATG-ATC------TGTTAT-T-TGT-C-ATT------------------TAAC----TT-------A----CAA---TAA-A--CATGTGTG-TGTTAG----CTTTTTT--TTT---AAAT-TCA-AA-TTTATT-C-CTT--ATTTTT--GTTTTTG-A--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------ATTAGGACTTTT-T---GTTGGAA--A-C------T-T-GT--------CAAT--TTCA-A--GT--TAA-AG-------T-ATTGAG--AG----T---A-----------AT----GTTA-AA-TAAA-CCACTTT-A-TT-----CACGAT-A--TTATTACG--GAAG-ATACA---A----GTT-------CC-------TGTATAG----------AACTTTAATCTATG----GTGG--TACGACTGTAAACTAGTTAGGTAATATTGTAAGCTATGTCTTCAGTCCCTCACCTACAC-CTCA-T---GCT-G--CG---GGA---TAT--A--G--A-TTG----ATGCTA------TGT-AG---TT-TTTTTCT-CTCCATGGTATA-------ATCAGACTTATAC---A--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GTCACGGTGAACTTTATTATGGTTGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111111 33333333333333 222222222222 11111111 1111 11 11 111 11 44444444444444444444444444 11111111 11111111 1111111 1111111 44444444444444444444444444 11111 11 1111111111111111 111111111 1111 111111 1111111111111 11111 11111 11 2222 111 11 1111 11 111 1 11 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333333 1111 444444444444444444444444444444 22222222222222 222222222222222222222 111111111111 11111111 66666666666666666666666666666 11111111111 111 44444444444 111111111 11 1 11111 222 22222 11 11 1 111 11 11
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 1 4 4 777 4 4 7 4 111111 4 777 55 3 3333333333 1 4 4 4 44444444444444 55 8888 000000000000 666 4 666 66 99 33333333 66 3333 4 4 0 4 1 66 00 66 1 55 66 333 77777 00 00000000000000000000000000 4 4 4 777 55 66666666 4 4 44444444 2222222 66 66 4 4444444 4 4 99999999999999999999999999 4 4 55 4 00000 4 4 4 00 4 777 777 7777777777777777 444444444 5 0000 66 555555 444444444444 1 99999999999999999 22 222 6 5 888 5 0 5 8888888888888 11 5 00000 5 66666 5 8 5 0 5 22 5 1111 66 333 66 00 5 5 1 1 5 5 7 11 7777 6 44 111 5 5 77 5 6 77 5 1 66 5 5 66 777 4 2 3 1 66 3 3 55 3 555 99 3 44 6666 3 3 55 77777 2 33 2 5 33333333333 2 33 2 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 3 7777 3 666 3333333333333 3 44 1111 44 3 999999999999999999999999999999 777 2 2 555 2 555 3 77 3 9 9 3 6 3 11111111111111 44 3 3 44 3 44 3 6 6 3 3 77 3 3 777777777777777777777 888 555 3 666666666666 44 6666 3 5555 2 2 33 2 2 2 2 5 2 2 2 66 4 2 33333333 3 22222222222222222222222222222 555 2 9999999 2 2 2 2 2 33 2 2 555 2 44444444444 44 3 111 44444444444 3 3 222222222 555 1 3 555 777 5 77 5 5 33 5 99999 5 5 0 5 1 5 1 88888 99 333 7 6 00000 3 88 8 11 11 0 8 1 8 0 777 33 3 3 0 66 0 66 0 8 11
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ... .. . .......... . . . . .............. .. .... ............ ... . ... .. .. ........ .. .... . . . . . .. .. .. . .. .. ... ..... .. .......................... . . . ... .. ........ . . ........ ....... .. .. . ....... . . .......................... . . .. . ..... . . . .. . ... ... ................ ......... . .... .. ...... ............ . ................. .. ... . . ... . . . ............. .. . ..... . ..... . . . . . .. . .... .. ... .. .. . . . . . . . .. .... . .. ... . . .. . . .. . . .. . . .. ... . . . . .. . . .. . ... .. . .. .... . . .. ..... . .. . . ........... . .. . . ......................................................... .. . .... . ... ............. . .. .... .. . .............................. ... . . ... . ... . .. . . . . . . .............. .. . . .. . .. . . . . . .. . . ..................... ... ... . ............ .. .... . .... . . .. . . . . . . . . .. . . ........ . ............................. ... . ....... . . . . . .. . . ... . ........... .. . ... ........... . . ......... ... . . ... ... . .. . . .. . ..... . . . . . . . ..... .. ... . . ..... . .. . .. .. . . . . . ... .. . . . .. . .. . . ..
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 9 4 4 888 4 0 2 0 444444 0 000 55 0 9999999999 6 0 0 0 99999999999999 55 5555 000000000000 444 0 444 33 55 44444444 11 2222 4 4 8 4 8 11 88 11 8 00 11 999 66666 66 11111111111111111111111111 4 4 0 000 55 44444444 0 0 55555555 7777777 11 11 4 4444444 4 4 66666666666666666666666666 4 4 44 0 00000 0 0 0 66 4 888 888 7777777777777777 444444444 0 6666 99 444444 333333333333 0 22222222222222222 00 000 7 7 888 0 2 0 1111111111111 55 0 88888 6 55555 0 1 0 2 0 11 0 5555 99 888 99 99 7 0 7 4 7 7 8 88 0000 7 55 777 7 7 99 7 7 99 7 4 99 0 0 99 888 0 8 6 2 33 6 3 77 3 888 22 1 22 5555 1 1 22 11111 9 99 9 7 66666666666 9 99 9 9 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 6 7777 6 888 8888888888888 1 22 9999 22 8 777777777777777777777777777777 999 9 9 000 9 000 1 33 1 2 2 1 2 1 22222222222222 22 1 1 22 3 66 3 7 7 3 3 99 3 3 222222222222222222222 555 444 1 222222222222 22 5555 1 5555 9 9 99 9 9 9 9 7 9 9 9 88 0 9 22222222 1 22222222222222222222222222222 444 9 3333333 9 9 9 9 9 99 9 9 000 9 55555555555 22 1 000 66666666666 1 1 333333333 444 2 3 888 888 7 99 7 7 66 7 33333 7 7 7 7 7 7 4 00000 22 888 3 7 00000 2 88 0 66 00 8 0 4 0 0 555 88 2 2 6 88 8 22 8 0 00
consensus : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCTNTAA----CTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAG---TAATAC--------AGAAA----TTCG-TT------ATAG--T-CG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA---T-AN-----CTT---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GN----------AGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-C---------A---ACGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AA-A---TTGGC--GGTCG-ATAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
Reference ( family-1948 ) : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCTNTAA----CTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAG---TAATAC-------GAGAAA----TTCG-TT------ATAG--T-CG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA---T-AN-----CTT---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GN----------AGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-C---------A---ACGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AA-A---TTGGC--GGTCG-ATAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
gi|1 : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTG--CAATG-CAT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--GG----C---TTT--TTA---TAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAATTCA----A-T-------------------A-GAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------TAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------A-----ATTA-AA-TAAC-CAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTATG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCT-GCTCGCC-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATACTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CACCATGATGTAGTAAT--ATCAG--CTATATTCAA--TTAAA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCGTG-AA----CTTGTCATGTCA---TA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CATTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATGAAATTTTA-CCTTTTTTTAAG-GA-TGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AAACCGC-----G-TTTC-TACTTTTG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------TAGAGTT-A--TC-T-TCCCATATTA---ATTTTAG---TAATACTGTTGT-AAGAAA----TTTGTTT------ATAG--T-TG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA-----AG-----CT-----------------AAC---A-AG-T---ACA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AT-ATGTT-GTTT-AT-T--TGA-TA-AAA----------AT--C------AAGC---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATT-GTGG--TTT-CAA--A-GG-TG-TGAATTTTTTACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGC-AG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--TGGT-GT-TC---A-GA----------AGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-C---------A---ATGT-ACACAGTGCTT-GGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--G--AAAT-GGCT-TCGTACTACATGT-AA-A---TTGGC--GGTAA-GTAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGAAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTTAGT-GGGAGGGAC-GGGG---GGCGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCACCGGGAGAATT-AC--ATGTA
gi|10 : CGA--TTGATC-----AACAATT--GACCAGCTT--AAGCTAA--C-AATC---CTTTA-A-T---------AAACC--A-AA-T---ACA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-TA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CCTAACA-CA--TT-AATTTGTT-GTAT-AT-T--TAATC---AA----------AT--C------AAGG---CT---CC-ATG------------AA--C----AA-G--T-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TT-TTAA--TTTGACA-GATT-TTG-AG-ATGT-TGTGGG-GT-------TAGAAT-------------C---A-G---------GTCAAAT-GACAGGTTGAAA-T-CT-A--C-AAC--CGGT-GT-TC---A-GA----------GAA--GT-GGAT-AATTAGTTCCTA--A---TT-G-C---------A---ATGT-ACACAGTGCTTTGGACTGAAAAAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--CCAAAAT-GGCT-T-GTAC-ACC-GTAAA-A---TTTGC--GGTCATATAA---TTTT-TGCT-----GTTAAAATTT--GAAATGACAGG-AGA-T--TTAAACTTTTTAGC-GGGAGGGACTGGGG---GAGGGTCTCTCAAAATC-GGCGTATTT--ATCTCCCGTGTGGAAGATC-ACCGATGTA
gi|11 : TACAT-GTG-AC-AGAATGGT-TATG--CAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGA----TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-TTT------CTTTAT-G-TGTCC--TT-------T-TAAAAA--ATAAT----TT-------A----CAA---T
gi|11 : -------A----TAA---TAT-A-T--TGTTTTGTG--AG----C---TTT--TTT---CAAT-TCA-AATTT-ATT-CATTT--A-TTTT--GTTGTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTTT-AAGTTCA----C-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-TCGT--------CAAT--TAT--ACAGT--TTA-CA-------C-ATTGAG-AGG----T---G-----------ATTG--ATTA-AA-TAAC-CAATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TCTGTTTAGTGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GCGG--tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataatatattgttttgtgagcttttttcaattcaaatttattcatttattttgttgttgtatttttgaagggtttttaagttcactatagggcttttgttgaaaacattcgtcaattatacagtttacacattgagaggtgattgattaaataaccaattttatttcacatatttattacggaagatacaaggtttctgtttagtgtataggcaactttatctatggcgg
gi|12 : tacatgtgacagaatggttatgcacaactggagatttgaagtttttcagctggattttggtctgaaaactggagactttttgtcgacattttttcaacgtttctttatgtgtccttttaaaaaataatttacaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaa-TTTTCG-A---TT--AG-AA--CGT----GA-TAAC-TATTTTCT-ATTTTT-----G-TC--G-AGTA-TTGCTATATTATGGGAGTT-A--TC-T-TCCC---TAACACA--TTCG---TTATA--------GAAAGAACAGTTC--CT------ATAG--TTCG----GC-GGT---GA--T--GTTAAGTCAGCA-TTCTGATT----C--A----A---T--T-----CTT---A-T---------ACCC---A-AGCT---ATC-AAT---C-AT--GT-G-TA-TT-CA-ATG-AACATGGTCGTGTGGGGTT--AAC-TAA-CC--AAA-CA--TT-----CGTT-GTTT----T--TAA-AACAAA----------AT--T------AAGG---AT---CA-GTG-----------ACA--C----AA-GAAC-GTAGT-TT--CAA--A-AG-AG-TAAA-TTTCTACA-GACT-TTG-AG-ATA--TACCAG-A--------AAT-AT-------------C---G-G---------AT---GT-GA-------ACA-T-CT-A-GC-ACC--TGGC-TT-TC---A-ATTGTGTAAAACAGA--GT-GGAA-AATTA-T--CTTG-A---TT-G-CGACATACATA---ACGT-ACACATTG
gi|13 : AAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TTTTCG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-CTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-A---A--T-AG---TAATAC-------------------TG-TC------ATAGAGT-TG----GC-ACT-CTGAATTG-AT------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---TTAT-----CCA---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAA---C-AT--GC-A-GGGTT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-CAATCAAGG----AT--CCAAGCCAGGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-AT-----------------A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GT----------AGA--GT-GG------------------------------------A---ACAT-ACACAGTGTTTGGGACTG---GAAAAAA---tagatcatttaact
gi|14 : -AA-T--AACATTCA-TTA-CGTTT--AAACT-TAATAAG--TTTTCAT-G--TAATAATTTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAAC-AACTGT-ACATT-TTT-CG-A---AT--GC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TT-T-TTCC---T-A---A--T-AG---TAATACTGTCGTAGAGAAA----TTC--TTGAAATAATAG--T-CG----GC-ACT-CCGAATTG-AT------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---T-CA-----TTT---AAT---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GGGTT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-TT--ACA--A--TT-AA-TTGTT-ATTT-AA-T--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---A--------------------------------A-GATC-CTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GTTT-TTG-AG-GTG--TGCTGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-AA-------AAA-T-CT-A-CG-ACC--CAGT-GT-TC---A-a
gi|15 : TACAT-GTG-AC-AG-ACT-T-CATG-TCACAAA-CTGGAG-ATTTG-AAGTTTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACTGGGAGAACTT--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTTCCCAATG-CAT------TCTTAT-G-TGTCCAACTG-----GT-T----A--ATAAT----TTC------A----AAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTTAATTTTAAAAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--ATTTTT--GTATTTGTA---TTTTG--CA---GG---GTTTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A--AGGAC--TT-T---GTTGAAA--A--A-----T-T-GT--------CAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATT--G-AAG----T---ACATATTTTTTTGT----ATTA-AA-TAAC-CAACTTT--TAT-----C-C-AT-A-TTTATTACG--GAAGAATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATAG------G--C
gi|16 : aAACTTT-ATTT-----CAA-AT-A-TTTATTATG--GAGG-ATATA---AG---GTT-------TC-------TGTTAAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCTGGCTTGCT-G-------T--A--GGAA-TTG----ATGCTACTGAACAGT-AATTTTT-TTTTTTT-ATCCAT-GTGTA-TATA--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-G-GTAAATCCC-CAT-AACCCTTTAAAATTCTAAATAT-CCATATTATTTC-AACC--AAAATTTG-Tca
gi|17 : tTAG--T-TG----GC-A-------------T------AACA-TT--GACC----C--AT-CTA---T-CA-----TTTG--A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAATCAAGGATCCATGCC------AGGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT-TAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--CACAGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------TAA-T-CT-A-CC-ACC--CAAT-GT-TC---A-GT----------TGA--GT-GG---AATTAGT--C----AGATTT-A-C---------A---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AGAAAAatgtattttgtcaaggatgtatat
gi|18 : AT-GTG-AC-AGAACTGTTCATGGTCAC-AAACTGGAG-ATTTGTAAG-TTTT-CAGCCTGGAT---TTATTG-T-TTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-GTAGATTTTTTT--CAAAG-GCGGGGGGGTCTTATCG-TGTCC-ACTGTTATAAT-T----ACAATAAT----TTTTTTTTTA----TGA---TAA-ACTCATGTGTT--G--AG----C---TTT--TTT---AAAT-TCA-AATGTTATT-CCTTT--A--TTT--GTTTTTGTAT-TTTTTG--AACCCGG------TTT--AAG-TCA----A-T-------------------A-TAGGTT-TTT-T---GTTGAAA--A--A-----T-G-GT--------CAAT--TCT--
gi|19 : act--AT------AACA-TT--GACC----C--AT-CTA---T-CA-----TTTG--A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT--AA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--CACAGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------TAA-T-CT-A-CC-ACC--CAGT-GT-TC---A-GT----------TGA--GT-GG---AATTAGT--C----AGATTT-A-C---------A---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AGAAAAA---
gi|2 : tggcTACAT-GTGGAC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATATG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGGTT-CTG-AAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCGTACA---TTTTTT--CA--T-CTT------TCTTAT-A-TGTCC-ATTG-----GTGT----A--ATAATGAGATT------------CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TGA-AG----T---TTT--TTTA--AAAT-TCAGAATTTTATTGCATTT--A--TTT--GTTTTTTGA--TTTTTGAAAA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----AGT-------------------A-TAGGGC-TTTCT---GTTGAAA--A-CA-----TGT-GC--------CAA---TAT--T--GT--TAAGCA-------CTATTGAGAAAG----T---A-----------AA----CTTA-AAGTAAC-AATCTTTAATTTCATCACAT-AT-A-TCTATTACGT-GAAG-ATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATTG------GATC-ACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCA-T---GC--GCTCGTT-GGA---TATTCA--GGAG-TTG----ATGCTAC-GTACTGT-AGTTTTT-TTTCTGT-CTCCAT-GTGTA-TAAT---CCAG--CTATAC---AGGTT-AA-GTGCAATGAGACCATAAATCTCTTAA----CTTATTAT-TCG-ATTA---C-AA-T--AACA-TTA-TTAGCGTTT--AAACT-TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT-------------TTTTA-CCT-------------TGT-ATATTCTTCTCG-AATGAT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TA-TTTCG-TTTTTGCATGTG-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-AACTC-T-TTCC-----G---A--TTGA---TAACA
gi|2 : T-CCGA--TTGAT------AACA-TT--GCCC----C--AGGCT----T-AGGCTTCCTTTAAA-T---------AAAT---A-AG-T---ACATGAG---C-AT--GC-G-GG-TT-TA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTAT-AT-T--T-A-TA-AAT----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG------------AA--C----AA-GATTAATGGT-TTT-CAA--GTGT-TG-CGAT-TTTGGACA-GATT-TTG-AGAATAGTTGCAGG-G--------TAG-ATTCAGGTCAGGCA-C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CG-A-AC-ACC--TGGT-GT-TC---A-GA----------AGA--GT-GGAT--ATTAGTC-CT---A---TT-G-C---------A---ATGttgccccaggcttaggcttcctttaaataaataagtacatgagcatgcgggtttagtgaagttaattaactacacattaattgttgtatatttataaatatcaaggatccatgaacaagattaatggttttcaagtgttgcgattttggacagattttgagaatagttgcagggtagattcaggtcaggcacaggtgtgaaaatcgaacacctggtgttcagaagagtggatattagtcctattgcaatg
gi|20 : tacatgtggacagaactgtcatgtcacaactggagatatgaagtttttcagctggagttttggttctgaaactggagactttttgtcgtacattttttcatctttcttatatgtccattggtgtaataatgagattcaataaatcatgtgtttgaagtttttttaaaattcagaattttattgcatttatttgttttttgatttttgaaaagggttttaagttcaagtatagggctttctgttgaaaacatgtgccaatattgttaagcactattgagaaagtaaacttaaagtaacaatctttaatttcatcacatatatctattacgtgaagatacaaggttcctgtattggatcactttatctatggtggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatgcgctcgttggatattcaggagttgatgctacgtactgtagttttttttctgtctccatgtgtataatccagctatacaggttaagtgcaatgagaccataaatctcttaacttattattcgattacaataacattattagcgtttaaacttattcaactttcatgtaatttttaccttgtatattcttctcgaatgatacaacgcggtttctatttcgtttttgcatgtgtcaagtgtgagagttaactctt-TTT-CAA--A-GG-TG-TAAA-TTTTGACA-GATT-TTA-AG-ATG--TGTGGG-G--------TAG-ATCAGGTCACAA---C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CA-AGC--TGGT-GT-TC---A-GG----------AGA--GT-GGAT-AATTAGTC-CT---A---TT-G-C---------A---ATGT-ACACAGTGCTTTGGACTG---AAAAAAA---TGT--C-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ATG-GT-AA-T---TTGGC--GGTC--CTAA-TTTTTT-TGCT-----ATTGAACTTTT-GAAATGACGGG-ATATT--TT-AAC-TTTAAGC-GGGAGG
gi|21 : TACAT-GTG-AC-AGAACTAT-CATG-TCGC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TATTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---CAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---G--T-T----------------------TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTT
gi|22 : aT--AAACT-TATTAAAATTTT-CAT-GAATAAT---TTC-ATGAAATTTTA-TCTT-ATTCA-C--ACTG--ACATT-TTT-CG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTCTTACTTTCG--CTTTG-----A-CC--A-AGTGTT-----------GAGA--T-A--TC-T-TCCC---TTA-------TAG---T-AT----------------------------------------------GC-ACT-CCAAT-T--AT------AACA-TG--AAAC----C--AAGA-A---T--C-----CTTA--A-A---------AAAC---ATAG-T---ATA-GAG---a
gi|23 : G---G-GTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGGAA--A-C-------------------------------A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---A-----------A-----AGTA-AA-TAAC-TAAATTG-ATTT-----TAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---ATT-------TC-------TTTAGAG------G--CAATTTT-ATCTATG----GTGG--T--ata
gi|24 : -GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GT----------AGA--GT-GGAA-AATTAGT--GG---GAT-TT-A-C---------A---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---A
gi|25 : --TTC-CAT-G--TAAA---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACA-T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GGTTTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---TGAcccacacggcacgataatttgtcatcgttgataaggatattccaaataaa
gi|26 : atTTTTA-CCTTTATTTAAC-GACTGT-AAATT-TT--CG-A---AT--AC-AA--CAT----AG-TTTC-TACTTTCGCTTTCTG-----C-TC--A-AGTG-C-----------GAGAGTTCA--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---TAATAC-----------------TTTG-TT-------TAG--T-CA----GC-AC
gi|27 : TC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TT-TCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---T
gi|28 : -CTGACAACT-GAAGG---T--TTTTTGTTG-ATT---TTTCTT--CATTG-TAT------T-TTAT-G-TGTTC-ATTG-----GT-T----A--ATAAA----CT-------A----CAT---TAA-A--CATTTGCT-TG--g
gi|29 : TT-T---GTTTGAA--A-CA-----T-T-GT--------CAATA-TAC--A--GT--TTA-CA-------C-ATTGGA-AAGGTATT---G-----------A-----ATTATAA-TAAC-AAATTTA-ATTT-----TCT-ATCA-TTTtcgtgttttatgttcc
gi|3 : ---GCT-GCTCGCTTGGA---TAT--CTTGGAG-TTG----ATG-TACTG--TTGT-TTTTTTTGTTTTTTT-CTCCATG-TGTA-TAAT----CAG--CTATAC---A--TT-AAAGTGCAA-TAGA-CGT-AATCCTCTAA----TTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AAC-TTGA-TGA-CGTTT--AAACAATATT-AA--CTC-CATTG--TAAT---TTC-ATGAATTTTTAACCTTTATTCAGC-GACTGT-AC--T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TT-C-TACTTTCG-CTTT-G-----T-TT--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-A---T--TTAG---TA-------------------------------------G--T-CG----CC--CT-CCGA--C---T------AACA-TT--GACC----CGCAGGCTAAGCT-AT-----CTT---AAT---------AAAC---A--G-T---ATA-GAG---C-AT--GCCA-GG-TT-CA-GTGGAA--------------GTT--AATATAA-CT--ACA-CA--TT-AAATTGTTTGTTTGAT-TC-TAA-GG-AAA----------AT--C------AAAG---ATATCCC-ATG-----------AAA--C----AA-A----GGAGT-TTT-CA------G-TGGTGAA-TTTTGATAAGATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-ATGCAAGGTTCATGAC---AAG---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-GC-ACCTTCGGT----TCGCGA-GG----------AGGATGT-GTATTAATTAGT--CC---C---AT-G-T---------ATATATGTTACACAGTGCTTGGGATTG---GAAAAGAAGCTTAGAC-A--T-TCGA--CATCT--C--AAAT-G-CTGTCGTAC-ATG-GTTAA-AGTCTTGGC--AA--G-ATAATGTTTTTGTGAGAGAGAGTT--AGTTTCGGAAAAGA--GG-AG-TT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAAGGGG-AGGGAAAGGGAG--TCTCAAAATCAG--GAAT----ATC-CCCGCCGGGAGAATCAAC--ATGTActcaaacaatcaagt
gi|31 : GCTTGTGACTG---AAAACCA---ATTGAC-A--TCT-GAACCA--T--C--AATT-GGCT-CAATAC-A-G-GT-AA-T---TTGGC--GGTC--ATAATTTTTTT-Tt
gi|32 : agttcAA----------AT--C------A--G---AT---CCTCTC-----------AAA--TCGTTAC-GATC--TGAT-TTT--AATTA-GA-T--TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------
gi|33 : -AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-GTTTTG-----G-TC--A-AG-----------------------A--TC-T-T-CC---TTA---A--ATAGATCTAGTA--------GAGAAA----
gi|34 : ---A-T---------AAAC---A-AA-T---ACA-GAG---C-AT--GC-AGGG-TT-TATGTG-AGT-------------GTT--AAT-TAA-CT--
gi|35 : gttaccctttaAATCGGGAGA--TTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTAta
gi|4 : TACAT-GT-------AATGGT-C-TG-T-AC-AA-CTG-AG-ATTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACT--GAGA---CTTTTTTTTTCG-ACT---TTTTTT--CAATGTCTT------CCTTAT-GCTGATA-ATT-------T-TTAA-A--ATAAT----TT-------GTATCCAATACTAG-G-TTA-GTGTT-CG--AACGTTC---TTC--TTT---TAAT-TC--AATTTT-TT-CATTTTCA-TTTTTGGTTGTTGTAGGCTTTTG--AAAT-GGTCCA-TCTT--ATATTCATGTTA-TTTATGGTTTGGTATGTTTGA-TAGGGT-TTT-TAAAGTTGAGACTA-TAGGCTTT-T-GTTTGAAGAACAAT--TGTCAA--GTTATAA-CAGTTTCCTC-ATTGAA-AGG----T---A-----------ATTGAGATTA-AA-TAACGAAATTTT-ATTT-----CAC-AT-AGTTTA-TACGTCGAAG-ATACATCCAG---GTT-------TC-------TGTTTAGGGTTTAG--TGACTTT-ATCTATG----G-GGTAT--GTGCGTACTAAACTAGTTAATCATTCATAATGTGTCTCAGTCTCCCCTCACGGAAC-CTCA-TATCGCT-GCTTACT-G----------A--GTAGTTTGTTATATG-TAAGGAACTGTAAG------TTTTTCTACTCCATATTAT--TAA---GTCAG--CTATACT--A--TT--A-GTGC-AAT-GA-CGT-AATCTTtg
gi|5 : -T---GCT-GCTCGCT-GGAAATTAT--A--GGAG-TTG-----TGCT-TT--ACTGT-AGGTTTT-TCTT----CTCCATTGTGTA-TAAT----CA---CTATAC---A--T---A-GTG-AAATAGA-CGT-AATC-TGTAA----CTTATTGT-TCA-TTAA---C-AA-T--AACATTTACTTA-CGTTTTAAAACT-TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT---TTC-AT----------------TTCAGC-GACAGTTACATT-TTTTCGGA---AT--ACCAA--CGC----AG-TTTT-CACTTTCG-CTTTTG-----G-TCCCA-AGTGGT-----------GAGAGTT-A--TC-TGTCCC---CTA---T--TTAG---CCA-------------AAA----CTCA-TT------A--G--T-CC----GC-ACT-C-GA--TGAAT------AACA-TT--TACCATT-C--AGGCTA---A-AG-----CTT---A-TTCCTTTAATAAACCCAA-AG-T---A-A-GAG---CCATAGGC-A-GG-GT-TT-GTG-AA--------------GTTTCAAA-TAA-CT--ACA-CA--TTTAA-TTGTT-GTAT-AT-T--TAA-TA-AAA----------ATT-C------AAGGG--AT---TC-ATG-----------AAAAAC----AA-GATT-GTGGGATTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTGGACAAGATTGTTGGAG-A-G--TGCGGG-GCCAGCGGGTAG-AT-------------C---A-GTCCACGACAGT---GT-GA-------AAAAT-CTTA-CCCACC--TGGT-GT-TC---A-GA----------AGA--TT-GGAT-AATTAGTC-CT---A---TTGG-C---------A---A--T-ACACAG---CTGGGACTG---AAAAAAA---TTTATT-AATT-T-GAC-CA-CTCCC--AAATGGGCT-TCGTAT-ACA-GT-ggtagcgttggtaacactttaataccatataaactgagattcaatagaggacagtgtctgttgaattt
gi|6 : TTTCG-CTTTGC-----T-TA--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-----A--TTAG---TA-------------------------------------G--T-CG----GCCACTTCCGA--T--A--------ACA-TT--GACC----C--AGGCTAAGCT-AT-----CCT---A-TTAAT-----AAAC---A-AA-TGATATA-GAAAAAC-ATT-GC-A-GGGTT-CATACA-AT--------------GTT--AAT-TAA-CT--AAAACAATTT-AA-TTGTTTATGT-GT-TAGTAA-TA-AAA----------ATATC------AAGAGGAAT---CC-ATG-----------AAA--C----AAAGAAT-GTGGT-TTT-CAA--A-GGGTG-TGAA-TTTT-ACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGGAG--------TAG-AT-------------CCACG-GTCACGACA-GT---GTTGA-------AAA-TTCT-AACC-ACC--TGGT-GTATC---A-GA----------AGA--GTTGGATTAATTAGT--TTCATA---TC-GGC---------A---ATGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AATAGAA---TTTGACAA--T-T-GA--C--CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AATA---TTGGCGAGGTTC-ATAATTTTTTT-TGAT-----GTTGAAATTTT-GAAATGACGGGAAGATTTCTTAATA-TTTAGGCGGGGAGGGAC-GGAG---AGGGT--TC-CAAAATCGGGAG-ATTTTAATCT-CCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
gi|7 : TACATTGTG-AC-AGAATGGT-CATG-TCAC-AA-T--GAG-ATTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGGGAGGTTTTGA-T-TAGAAAACT-GGAGA---A--TTTTTGT-G-ACA---TTTTTT--CAACG--TT------TCTTAT-G-CGTCC-TTT-------T-TTAA-A--ATAAT----T--------A----CAA---TAATA-T--TGTGTT--G--AG----CC--TTT--TTT---TAATGTCA-A-TTTTGTT-CATTT--A-TTT---GTT---GTAA-TTTTTG--AA---GG---G-TTTTTTAAGTTCA----C-TC------------------A-TTAGGC-TTT-T---GTTGAAA--AACA-----T-T-GT--------CAATGATAC--A--GT--TA--CA-------C-ATTGAG-AGG----TATTG-----------AA----TTTA-AA-TAAC-ACATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTAAG--GAAG---ACA---AGTTTGTTTGTATAGTA-------TATATAG------G--CAAC-TT-ATCTATGGGCCGTGG--T---TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCATT---GCT-GCT-ACT-GAA--------A--GA------------------GAACTGT-AGCCGTT-TTTCTCT-ATATATGTTA-A-TGATACATCAG--CTATAC---A--CT-TA-GTGC--ATAGA-CGT-AATC
gi|8 : ATTAT-TTA-TTTA---CTAA-TGAAACATTTG-TTA-CGTTT--AAACA-TAAT-AA--TTT-CAT-G--TAAT---TTCCATAAGATTTTA-C-TTTATTCAGCAGACTTG-ACATT-TTT-CA-A---AT--AC-CA--CCCTACGGG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----GATC--ACAGT--T-----------G-GAGTT-A--TCCT-TCCC---TTA---A--T-AG---TAG----------AAGAAA----TTAG-TCCA----ACAC--T-CGAATTGG-ATT---GA--T--A-------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---T-TA-----TTT---AAT---------AAAC---A-AG-----ATA--AG---C-AT--GC-A-GG-TTTCA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAAACT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-ATGT--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---AT---CC-ATGCAGGAGATCATGAA--C----AG-GATC-ATGGT-TTTTCAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-AT-------------------A---------GT---GG-GA-------AAA-T-C--A-CC-ACC--CAGTGGT-TC---AGGT----------AGA--GT-GGAA-AATTAGT--C----AGACTT-A-C---------A---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAt
gi|9 : CAG-GTG-ACCAGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAGAATTTG--AG-TTTTT-AGC-TGGAG---TTCTGG-TGCTTGAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAATG-ATC------TGTTAT-T-TGT-C-ATT------------------TAAC----TT-------A----CAA---TAA-A--CATGTGTG-TGTTAG----CTTTTTT--TTT---AAAT-TCA-AA-TTTATT-C-CTT--ATTTTT--GTTTTTG-A--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------ATTAGGACTTTT-T---GTTGGAA--A-C------T-T-GT--------CAAT--TTCA-A--GT--TAA-AG-------T-ATTGAG--AG----T---A-----------AT----GTTA-AA-TAAA-CCACTTT-A-TT-----CACGAT-A--TTATTACG--GAAG-ATACA---A----GTT-------CC-------TGTATAG----------AACTTTAATCTATG----GTGG--TACGACTGTAAACTAGTTAGGTAATATTGTAAGCTATGTCTTCAGTCCCTCACCTACAC-CTCA-T---GCT-G--CG---GGA---TAT--A--G--A-TTG----ATGCTA------TGT-AG---TT-TTTTTCT-CTCCATGGTATA-------ATCAGACTTATAC---A--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GTCACGGTGAACTTTATTATGGTTGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111111 33333333333333 222222222222 11111111 1111 11 11 111 11 44444444444444444444444444 11111111 11111111 1111111 1111111 44444444444444444444444444 11111 11 1111111111111111 111111111 1111 111111 1111111111111 11111 11111 11 2222 111 11 1111 11 111 1 11 11111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333 1111 444444444444444444444444444444 22222222222222 222222222222222222222 111111111111 11111111 66666666666666666666666666666 1111111111 111 44444444444 11 1 11111 222 22222 11 11 1 111 11 11
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 1 4 4 777 4 4 7 4 111111 4 777 55 3 3333333333 1 4 4 4 44444444444444 55 8888 000000000000 666 4 666 66 99 33333333 66 3333 4 4 0 4 1 66 00 66 1 55 66 333 77777 00 00000000000000000000000000 4 4 4 777 55 66666666 4 4 44444444 2222222 66 66 4 4444444 4 4 99999999999999999999999999 4 4 55 4 00000 4 4 4 00 4 777 777 7777777777777777 444444444 5 0000 66 555555 444444444444 1 99999999999999999 22 222 6 5 888 5 0 5 8888888888888 11 5 00000 5 66666 5 8 5 0 5 22 5 1111 66 333 66 00 5 5 1 1 5 5 7 11 7777 6 44 111 5 5 77 5 6 77 5 1 66 5 5 66 777 4 2 3 1 66 3 3 55 3 555 99 3 44 6666 3 3 55 77777 2 33 2 5 33333333333 2 33 2 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 7777 3 666 3333333333333 3 44 1111 44 3 999999999999999999999999999999 777 2 2 555 2 555 3 77 3 9 9 3 6 3 11111111111111 44 3 3 44 3 44 3 6 6 3 3 77 3 3 777777777777777777777 888 555 3 666666666666 44 6666 3 5555 2 2 33 2 2 2 2 5 2 2 2 66 4 2 33333333 3 22222222222222222222222222222 555 2 9999999 2 2 2 2 2 33 2 2 7777777777 2 1 44 3 111 44444444444 3 3 555 1 3 555 777 5 77 5 5 33 5 99999 5 5 0 5 1 5 1 88888 99 333 7 6 00000 3 88 8 11 11 0 8 1 8 0 777 33 3 3 0 66 0 66 0 8 11
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ... .. . .......... . . . . .............. .. .... ............ ... . ... .. .. ........ .. .... . . . . . .. .. .. . .. .. ... ..... .. .......................... . . . ... .. ........ . . ........ ....... .. .. . ....... . . .......................... . . .. . ..... . . . .. . ... ... ................ ......... . .... .. ...... ............ . ................. .. ... . . ... . . . ............. .. . ..... . ..... . . . . . .. . .... .. ... .. .. . . . . . . . .. .... . .. ... . . .. . . .. . . .. . . .. ... . . . . .. . . .. . ... .. . .. .... . . .. ..... . .. . . ........... . .. . . ........................................................... . .... . ... ............. . .. .... .. . .............................. ... . . ... . ... . .. . . . . . . .............. .. . . .. . .. . . . . . .. . . ..................... ... ... . ............ .. .... . .... . . .. . . . . . . . . .. . . ........ . ............................. ... . ....... . . . . . .. . . .......... . . .. . ... ........... . . ... . . ... ... . .. . . .. . ..... . . . . . . . ..... .. ... . . ..... . .. . .. .. . . . . . ... .. . . . .. . .. . . ..
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 9 4 4 888 4 0 2 0 444444 0 000 55 0 9999999999 6 0 0 0 99999999999999 55 5555 000000000000 444 0 444 33 55 44444444 11 2222 4 4 8 4 8 11 88 11 8 00 11 999 66666 66 11111111111111111111111111 4 4 0 000 55 44444444 0 0 55555555 7777777 11 11 4 4444444 4 4 66666666666666666666666666 4 4 44 0 00000 0 0 0 66 4 888 888 7777777777777777 444444444 0 6666 99 444444 333333333333 0 22222222222222222 00 000 7 7 888 0 2 0 1111111111111 55 0 88888 6 55555 0 1 0 2 0 11 0 5555 99 888 99 99 7 0 7 4 7 7 8 88 0000 7 55 777 7 7 99 7 7 99 7 4 99 0 0 99 888 0 8 6 2 33 6 3 77 3 888 22 1 22 5555 1 1 22 11111 9 99 9 7 66666666666 9 99 9 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 7777 6 888 8888888888888 1 22 9999 22 8 777777777777777777777777777777 999 9 9 000 9 000 1 33 1 2 2 1 2 1 22222222222222 22 1 1 22 3 66 3 7 7 3 3 99 3 3 222222222222222222222 555 444 1 222222222222 22 5555 1 5555 9 9 99 9 9 9 9 7 9 9 9 88 0 9 22222222 1 22222222222222222222222222222 444 9 3333333 9 9 9 9 9 99 9 9 5555555555 9 0 22 1 000 66666666666 1 1 444 2 3 888 888 7 99 7 7 66 7 33333 7 7 7 7 7 7 4 00000 22 888 3 7 00000 2 88 0 66 00 8 0 4 0 0 555 88 2 2 6 88 8 22 8 0 00
consensus : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCTNTAA----CTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAG---TAATAC--------AGAAA------TTCG-TT------ATAGT-CG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA---T-AN-----CTT---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC----------A-GNAGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-CA---ACGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AA-A---TTGGC--GGTCG-ATAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
Reference ( family-1948 ) : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCTNTAA----CTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAG---TAATAC--------AGAAA------TTCG-TT------ATAGT-CG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA---T-AN-----CTT---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC----------A-GNAGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-CA---ACGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AA-A---TTGGC--GGTCG-ATAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
gi|1 : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTG--CAATG-CAT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--GG----C---TTT--TTA---TAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAATTCA----A-T-------------------A-GAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------TAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------A-----ATTA-AA-TAAC-CAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTATG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCT-GCTCGCC-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATACTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CACCATGATGTAGTAAT--ATCAG--CTATATTCAA--TTAAA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCGTG-AA----CTTGTCATGTCA---TA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CATTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATGAAATTTTA-CCTTTTTTTAAG-GA-TGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AAACCGC-----G-TTTC-TACTTTTG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------TAGAGTT-A--TC-T-TCCCATATTA---ATTTTAG---TAATACTGTTGTA-AGAAA------TTTGTTT------ATAGT-TG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA-----AG-----CT-----------------AAC---A-AG-T---ACA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AT-ATGTT-GTTT-AT-T--TGA-TA-AAA----------AT--C------AAGC---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATT-GTGG--TTT-CAA--A-GG-TG-TGAATTTTTTACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGC-AG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--TGGT-GT-TC----------A-GAAGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-CA---ATGT-ACACAGTGCTT-GGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--G--AAAT-GGCT-TCGTACTACATGT-AA-A---TTGGC--GGTAA-GTAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGAAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTTAGT-GGGAGGGAC-GGGG---GGCGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCACCGGGAGAATT-AC--ATGTA
gi|10 : CGA--TTGATC-----AACAATT--GACCAGCTT--AAGCTAA--C-AATC---CTTTA-A-T---------AAACC--A-AA-T---ACA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-TA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CCTAACA-CA--TT-AATTTGTT-GTAT-AT-T--TAATC---AA----------AT--C------AAGG---CT---CC-ATG------------AA--C----AA-G--T-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TT-TTAA--TTTGACA-GATT-TTG-AG-ATGT-TGTGGG-GT-------TAGAAT-------------C---A-G---------GTCAAAT-GACAGGTTGAAA-T-CT-A--C-AAC--CGGT-GT-TC----------A-GAGAA--GT-GGAT-AATTAGTTCCTA--A---TT-G-CA---ATGT-ACACAGTGCTTTGGACTGAAAAAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--CCAAAAT-GGCT-T-GTAC-ACC-GTAAA-A---TTTGC--GGTCATATAA---TTTT-TGCT-----GTTAAAATTT--GAAATGACAGG-AGA-T--TTAAACTTTTTAGC-GGGAGGGACTGGGG---GAGGGTCTCTCAAAATC-GGCGTATTT--ATCTCCCGTGTGGAAGATC-ACCGATGTA
gi|11 : TACAT-GTG-AC-AGAATGGT-TATG--CAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGA----TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-TTT------CTTTAT-G-TGTCC--TT-------T-TAAAAA--ATAAT----TT-------A----CAA---T
gi|11 : -------A----TAA---TAT-A-T--TGTTTTGTG--AG----C---TTT--TTT---CAAT-TCA-AATTT-ATT-CATTT--A-TTTT--GTTGTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTTT-AAGTTCA----C-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-TCGT--------CAAT--TAT--ACAGT--TTA-CA-------C-ATTGAG-AGG----T---G-----------ATTG--ATTA-AA-TAAC-CAATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TCTGTTTAGTGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GCGG--tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataatatattgttttgtgagcttttttcaattcaaatttattcatttattttgttgttgtatttttgaagggtttttaagttcactatagggcttttgttgaaaacattcgtcaattatacagtttacacattgagaggtgattgattaaataaccaattttatttcacatatttattacggaagatacaaggtttctgtttagtgtataggcaactttatctatggcgg
gi|12 : tacatgtgacagaatggttatgcacaactggagatttgaagtttttcagctggattttggtctgaaaactggagactttttgtcgacattttttcaacgtttctttatgtgtccttttaaaaaataatttacaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaa-TTTTCG-A---TT--AG-AA--CGT----GA-TAAC-TATTTTCT-ATTTTT-----G-TC--G-AGTA-TTGCTATATTATGGGAGTT-A--TC-T-TCCC---TAACACA--TTCG---T--TAT--------AGAAAGAACAGTTC--CT------ATAGTTCG----GC-GGT---GA--T--GTTAAGTCAGCA-TTCTGATT----C--A----A---T--T-----CTT---A-T---------ACCC---A-AGCT---ATC-AAT---C-AT--GT-G-TA-TT-CA-ATG-AACATGGTCGTGTGGGGTT--AAC-TAA-CC--AAA-CA--TT-----CGTT-GTTT----T--TAA-AACAAA----------AT--T------AAGG---AT---CA-GTG-----------ACA--C----AA-GAAC-GTAGT-TT--CAA--A-AG-AG-TAAA-TTTCTACA-GACT-TTG-AG-ATA--TACCAG-A--------AAT-AT-------------C---G-G---------AT---GT-GA-------ACA-T-CT-A-GC-ACC--TGGC-TT-TCAATTGTGTAAA-ACAGA--GT-GGAA-AATTA-T--CTTG-A---TT-G-CG---ACAT-ACATA
gi|13 : AAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TTTTCG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-CTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-A---A--T-AG---TAATAC--------TG----------TCA-T-------AGAGT-TG----GC-ACT-CTGAATTG-AT------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---TTAT-----CCA---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAA---C-AT--GC-A-GGGTT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-CAATCAAGG----AT--CCAAGCCAGGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-AT-----------------A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC----------A-GTAGA--GT-GG---------------------------A---ACAT-ACACAGTGTTTGGGACTG---GAAAAAA---acgtacacattgtagatcatttaact
gi|14 : -AA-T--AACATTCA-TTA-CGTTT--AAACT-TAATAAG--TTTTCAT-G--TAATAATTTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAAC-AACTGT-ACATT-TTT-CG-A---AT--GC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TT-T-TTCC---T-A---A--T-AG---TAATACTGTCGTAGAGAAA------TTC--TTGAAATAATAGT-CG----GC-ACT-CCGAATTG-AT------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---T-CA-----TTT---AAT---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GGGTT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-TT--ACA--A--TT-AA-TTGTT-ATTT-AA-T--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---A--------------------------------A-GATC-CTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GTTT-TTG-AG-GTG--TGCTGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-AA-------AAA-T-CT-A-CG-ACC--CAGT-GT-TC----------A-a
gi|15 : TACAT-GTG-AC-AG-ACT-T-CATG-TCACAAA-CTGGAG-ATTTG-AAGTTTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACTGGGAGAACTT--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTTCCCAATG-CAT------TCTTAT-G-TGTCCAACTG-----GT-T----A--ATAAT----TTC------A----AAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTTAATTTTAAAAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--ATTTTT--GTATTTGTA---TTTTG--CA---GG---GTTTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A--AGGAC--TT-T---GTTGAAA--A--A-----T-T-GT--------CAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATT--G-AAG----T---ACATATTTTTTTGT----ATTA-AA-TAAC-CAACTTT--TAT-----C-C-AT-A-TTTATTACG--GAAGAATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATAG------G--C
gi|16 : aAACTTT-ATTT-----CAA-AT-A-TTTATTATG--GAGG-ATATA---AG---GTT-------TC-------TGTTAAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCTGGCTTGCT-G-------T--A--GGAA-TTG----ATGCTACTGAACAGT-AATTTTT-TTTTTTT-ATCCAT-GTGTA-TATA--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-G-GTAAATCCC-CAT-AACCCTTTAAAATTCTAAATAT-CCATATTATTTC-AACC--AAAATTTG-Tca
gi|17 : tTAGT-TG----GC-A-------------T------AACA-TT--GACC----C--AT-CTA---T-CA-----TTTG--A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAATCAAGGATCCATGCC------AGGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT-TAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--CACAGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------TAA-T-CT-A-CC-ACC--CAAT-GT-TC----------A-GTTGA--GT-GG---AATTAGT--C----AGATTT-A-CA---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AGAAAAatgtattttgtcaaggatgtatat
gi|18 : AT-GTG-AC-AGAACTGTTCATGGTCAC-AAACTGGAG-ATTTGTAAG-TTTT-CAGCCTGGAT---TTATTG-T-TTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-GTAGATTTTTTT--CAAAG-GCGGGGGGGTCTTATCG-TGTCC-ACTGTTATAAT-T----ACAATAAT----TTTTTTTTTA----TGA---TAA-ACTCATGTGTT--G--AG----C---TTT--TTT---AAAT-TCA-AATGTTATT-CCTTT--A--TTT--GTTTTTGTAT-TTTTTG--AACCCGG------TTT--AAG-TCA----A-T-------------------A-TAGGTT-TTT-T---GTTGAAA--A--A-----T-G-GT--------CAAT--TCT--
gi|19 : act--AT------AACA-TT--GACC----C--AT-CTA---T-CA-----TTTG--A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT--AA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--CACAGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------TAA-T-CT-A-CC-ACC--CAGT-GT-TC----------A-GTTGA--GT-GG---AATTAGT--C----AGATTT-A-CA---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AGAAAAA---
gi|2 : tggcTACAT-GTGGAC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATATG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGGTT-CTG-AAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCGTACA---TTTTTT--CA--T-CTT------TCTTAT-A-TGTCC-ATTG-----GTGT----A--ATAATGAGATT------------CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TGA-AG----T---TTT--TTTA--AAAT-TCAGAATTTTATTGCATTT--A--TTT--GTTTTTTGA--TTTTTGAAAA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----AGT-------------------A-TAGGGC-TTTCT---GTTGAAA--A-CA-----TGT-GC--------CAA---TAT--T--GT--TAAGCA-------CTATTGAGAAAG----T---A-----------AA----CTTA-AAGTAAC-AATCTTTAATTTCATCACAT-AT-A-TCTATTACGT-GAAG-ATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATTG------GATC-ACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCA-T---GC--GCTCGTT-GGA---TATTCA--GGAG-TTG----ATGCTAC-GTACTGT-AGTTTTT-TTTCTGT-CTCCAT-GTGTA-TAAT---CCAG--CTATAC---AGGTT-AA-GTGCAATGAGACCATAAATCTCTTAA----CTTATTAT-TCG-ATTA---C-AA-T--AACA-TTA-TTAGCGTTT--AAACT-TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT-------------TTTTA-CCT-------------TGT-ATATTCTTCTCG-AATGAT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TA-TTTCG-TTTTTGCATGTG-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-AACTC-T-TTCC-----G---A--TTGA---TAACA
gi|2 : T-CCGA--TTGAT------AACA-TT--GCCC----C--AGGCT----T-AGGCTTCCTTTAAA-T---------AAAT---A-AG-T---ACATGAG---C-AT--GC-G-GG-TT-TA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTAT-AT-T--T-A-TA-AAT----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG------------AA--C----AA-GATTAATGGT-TTT-CAA--GTGT-TG-CGAT-TTTGGACA-GATT-TTG-AGAATAGTTGCAGG-G--------TAG-ATTCAGGTCAGGCA-C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CG-A-AC-ACC--TGGT-GT-TC----------A-GAAGA--GT-GGAT--ATTAGTC-CT---A---TT-G-CA---ATGttgccccaggcttaggcttcctttaaataaataagtacatgagcatgcgggtttagtgaagttaattaactacacattaattgttgtatatttataaatatcaaggatccatgaacaagattaatggttttcaagtgttgcgattttggacagattttgagaatagttgcagggtagattcaggtcaggcacaggtgtgaaaatcgaacacctggtgttcagaagagtggatattagtcctattgcaatg
gi|20 : tacatgtggacagaactgtcatgtcacaactggagatatgaagtttttcagctggagttttggttctgaaactggagactttttgtcgtacattttttcatctttcttatatgtccattggtgtaataatgagattcaataaatcatgtgtttgaagtttttttaaaattcagaattttattgcatttatttgttttttgatttttgaaaagggttttaagttcaagtatagggctttctgttgaaaacatgtgccaatattgttaagcactattgagaaagtaaacttaaagtaacaatctttaatttcatcacatatatctattacgtgaagatacaaggttcctgtattggatcactttatctatggtggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatgcgctcgttggatattcaggagttgatgctacgtactgtagttttttttctgtctccatgtgtataatccagctatacaggttaagtgcaatgagaccataaatctcttaacttattattcgattacaataacattattagcgtttaaacttattcaactttcatgtaatttttaccttgtatattcttctcgaatgatacaacgcggtttctatttcgtttttgcatgtgtcaagtgtgagagttaactctt-TTT-CAA--A-GG-TG-TAAA-TTTTGACA-GATT-TTA-AG-ATG--TGTGGG-G--------TAG-ATCAGGTCACAA---C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CA-AGC--TGGT-GT-TC----------A-GGAGA--GT-GGAT-AATTAGTC-CT---A---TT-G-CA---ATGT-ACACAGTGCTTTGGACTG---AAAAAAA---TGT--C-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ATG-GT-AA-T---TTGGC--GGTC--CTAA-TTTTTT-TGCT-----ATTGAACTTTT-GAAATGACGGG-ATATT--TT-AAC-TTTAAGC-GGGAGG
gi|21 : TACAT-GTG-AC-AGAACTAT-CATG-TCGC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TATTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---CAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---G--T-T----------------------TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTT
gi|22 : aT--AAACT-TATTAAAATTTT-CAT-GAATAAT---TTC-ATGAAATTTTA-TCTT-ATTCA-C--ACTG--ACATT-TTT-CG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTCTTACTTTCG--CTTTG-----A-CC--A-AGTGTT-----------GAGA--T-A--TC-T-TCCC---TTA-------TAG---T-AT----------------------------------------------GC-ACT-CCAAT-T--AT------AACA-TG--AAAC----C--AAGA-A---T--C-----CTTA--A-A---------AAAC---ATAG-T---ATA-GAG---a
gi|23 : G---G-GTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGGAA--A-C-------------------------------A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---A-----------A-----AGTA-AA-TAAC-TAAATTG-ATTT-----TAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---ATT-------TC-------TTTAGAG------G--CAATTTT-ATCTATG----GTGG--T--ata
gi|24 : -GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC----------A-GTAGA--GT-GGAA-AATTAGT--GG---GAT-TT-A-CA---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---A
gi|25 : --TTC-CAT-G--TAAA---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACA-T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GGTTTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---TGAcccacacggcacgataatttgtcatcgttgataaggatattccaaataaa
gi|26 : atTTTTA-CCTTTATTTAAC-GACTGT-AAATT-TT--CG-A---AT--AC-AA--CAT----AG-TTTC-TACTTTCGCTTTCTG-----C-TC--A-AGTG-C-----------GAGAGTTCA--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---TAATAC-------------------TTTG-TT-------TAGT-CA----GC-AC
gi|27 : TC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TT-TCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---T
gi|28 : -CTGACAACT-GAAGG---T--TTTTTGTTG-ATT---TTTCTT--CATTG-TAT------T-TTAT-G-TGTTC-ATTG-----GT-T----A--ATAAA----CT-------A----CAT---TAA-A--CATTTGCT-TG--g
gi|29 : TT-T---GTTTGAA--A-CA-----T-T-GT--------CAATA-TAC--A--GT--TTA-CA-------C-ATTGGA-AAGGTATT---G-----------A-----ATTATAA-TAAC-AAATTTA-ATTT-----TCT-ATCA-TTTtcgtgttttatgttcc
gi|3 : ---GCT-GCTCGCTTGGA---TAT--CTTGGAG-TTG----ATG-TACTG--TTGT-TTTTTTTGTTTTTTT-CTCCATG-TGTA-TAAT----CAG--CTATAC---A--TT-AAAGTGCAA-TAGA-CGT-AATCCTCTAA----TTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AAC-TTGA-TGA-CGTTT--AAACAATATT-AA--CTC-CATTG--TAAT---TTC-ATGAATTTTTAACCTTTATTCAGC-GACTGT-AC--T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TT-C-TACTTTCG-CTTT-G-----T-TT--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-A---T--TTAG---TA---------------------------------------GT-CG----CC--CT-CCGA--C---T------AACA-TT--GACC----CGCAGGCTAAGCT-AT-----CTT---AAT---------AAAC---A--G-T---ATA-GAG---C-AT--GCCA-GG-TT-CA-GTGGAA--------------GTT--AATATAA-CT--ACA-CA--TT-AAATTGTTTGTTTGAT-TC-TAA-GG-AAA----------AT--C------AAAG---ATATCCC-ATG-----------AAA--C----AA-A----GGAGT-TTT-CA------G-TGGTGAA-TTTTGATAAGATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-ATGCAAGGTTCATGAC---AAG---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-GC-ACCTTCGGT----TCGCG-------A-GGAGGATGT-GTATTAATTAGT--CC---C---AT-G-TATATATGTTACACAGTGCTTGGGATTG---GAAAAGAAGCTTAGAC-A--T-TCGA--CATCT--C--AAAT-G-CTGTCGTAC-ATG-GTTAA-AGTCTTGGC--AA--G-ATAATGTTTTTGTGAGAGAGAGTT--AGTTTCGGAAAAGA--GG-AG-TT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAAGGGG-AGGGAAAGGGAG--TCTCAAAATCAG--GAAT----ATC-CCCGCCGGGAGAATCAAC--ATGTActcaaacaatcaagt
gi|31 : GCTTGTGACTG---AAAACCA---ATTGAC-A--TCT-GAACCA--T--C--AATT-GGCT-CAATAC-A-G-GT-AA-T---TTGGC--GGTC--ATAATTTTTTT-Tt
gi|32 : agttcAA----------AT--C------A--G---AT---CCTCTC-----------AAA--TCGTTAC-GATC--TGAT-TTT--AATTA-GA-T--TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------
gi|33 : -AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-GTTTTG-----G-TC--A-AG-----------------------A--TC-T-T-CC---TTA---A--ATAGATCTAGTAG--------AGAAA------
gi|34 : ---A-T---------AAAC---A-AA-T---ACA-GAG---C-AT--GC-AGGG-TT-TATGTG-AGT-------------GTT--AAT-TAA-CT--
gi|35 : gttaccctttaAATCGGGAGA--TTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTAta
gi|4 : TACAT-GT-------AATGGT-C-TG-T-AC-AA-CTG-AG-ATTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACT--GAGA---CTTTTTTTTTCG-ACT---TTTTTT--CAATGTCTT------CCTTAT-GCTGATA-ATT-------T-TTAA-A--ATAAT----TT-------GTATCCAATACTAG-G-TTA-GTGTT-CG--AACGTTC---TTC--TTT---TAAT-TC--AATTTT-TT-CATTTTCA-TTTTTGGTTGTTGTAGGCTTTTG--AAAT-GGTCCA-TCTT--ATATTCATGTTA-TTTATGGTTTGGTATGTTTGA-TAGGGT-TTT-TAAAGTTGAGACTA-TAGGCTTT-T-GTTTGAAGAACAAT--TGTCAA--GTTATAA-CAGTTTCCTC-ATTGAA-AGG----T---A-----------ATTGAGATTA-AA-TAACGAAATTTT-ATTT-----CAC-AT-AGTTTA-TACGTCGAAG-ATACATCCAG---GTT-------TC-------TGTTTAGGGTTTAG--TGACTTT-ATCTATG----G-GGTAT--GTGCGTACTAAACTAGTTAATCATTCATAATGTGTCTCAGTCTCCCCTCACGGAAC-CTCA-TATCGCT-GCTTACT-G----------A--GTAGTTTGTTATATG-TAAGGAACTGTAAG------TTTTTCTACTCCATATTAT--TAA---GTCAG--CTATACT--A--TT--A-GTGC-AAT-GA-CGT-AATCTTtg
gi|5 : -T---GCT-GCTCGCT-GGAAATTAT--A--GGAG-TTG-----TGCT-TT--ACTGT-AGGTTTT-TCTT----CTCCATTGTGTA-TAAT----CA---CTATAC---A--T---A-GTG-AAATAGA-CGT-AATC-TGTAA----CTTATTGT-TCA-TTAA---C-AA-T--AACATTTACTTA-CGTTTTAAAACT-TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT---TTC-AT----------------TTCAGC-GACAGTTACATT-TTTTCGGA---AT--ACCAA--CGC----AG-TTTT-CACTTTCG-CTTTTG-----G-TCCCA-AGTGGT-----------GAGAGTT-A--TC-TGTCCC---CTA---T--TTAG---C----C--------A-AAA------CTCA-TT------A--GT-CC----GC-ACT-C-GA--TGAAT------AACA-TT--TACCATT-C--AGGCTA---A-AG-----CTT---A-TTCCTTTAATAAACCCAA-AG-T---A-A-GAG---CCATAGGC-A-GG-GT-TT-GTG-AA--------------GTTTCAAA-TAA-CT--ACA-CA--TTTAA-TTGTT-GTAT-AT-T--TAA-TA-AAA----------ATT-C------AAGGG--AT---TC-ATG-----------AAAAAC----AA-GATT-GTGGGATTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTGGACAAGATTGTTGGAG-A-G--TGCGGG-GCCAGCGGGTAG-AT-------------C---A-GTCCACGACAGT---GT-GA-------AAAAT-CTTA-CCCACC--TGGT-GT-TC----------A-GAAGA--TT-GGAT-AATTAGTC-CT---A---TTGG-CA---A--T-ACACAG---CTGGGACTG---AAAAAAA---TTTATT-AATT-T-GAC-CA-CTCCC--AAATGGGCT-TCGTAT-ACA-GT-ggtagcgttggtaacactttaataccatataaactgagattcaatagaggacagtgtctgttgaattt
gi|6 : TTTCG-CTTTGC-----T-TA--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-----A--TTAG---TA---------------------------------------GT-CG----GCCACTTCCGA--T--A--------ACA-TT--GACC----C--AGGCTAAGCT-AT-----CCT---A-TTAAT-----AAAC---A-AA-TGATATA-GAAAAAC-ATT-GC-A-GGGTT-CATACA-AT--------------GTT--AAT-TAA-CT--AAAACAATTT-AA-TTGTTTATGT-GT-TAGTAA-TA-AAA----------ATATC------AAGAGGAAT---CC-ATG-----------AAA--C----AAAGAAT-GTGGT-TTT-CAA--A-GGGTG-TGAA-TTTT-ACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGGAG--------TAG-AT-------------CCACG-GTCACGACA-GT---GTTGA-------AAA-TTCT-AACC-ACC--TGGT-GTATC----------A-GAAGA--GTTGGATTAATTAGT--TTCATA---TC-GGCA---ATGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AATAGAA---TTTGACAA--T-T-GA--C--CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AATA---TTGGCGAGGTTC-ATAATTTTTTT-TGAT-----GTTGAAATTTT-GAAATGACGGGAAGATTTCTTAATA-TTTAGGCGGGGAGGGAC-GGAG---AGGGT--TC-CAAAATCGGGAG-ATTTTAATCT-CCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
gi|7 : TACATTGTG-AC-AGAATGGT-CATG-TCAC-AA-T--GAG-ATTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGGGAGGTTTTGA-T-TAGAAAACT-GGAGA---A--TTTTTGT-G-ACA---TTTTTT--CAACG--TT------TCTTAT-G-CGTCC-TTT-------T-TTAA-A--ATAAT----T--------A----CAA---TAATA-T--TGTGTT--G--AG----CC--TTT--TTT---TAATGTCA-A-TTTTGTT-CATTT--A-TTT---GTT---GTAA-TTTTTG--AA---GG---G-TTTTTTAAGTTCA----C-TC------------------A-TTAGGC-TTT-T---GTTGAAA--AACA-----T-T-GT--------CAATGATAC--A--GT--TA--CA-------C-ATTGAG-AGG----TATTG-----------AA----TTTA-AA-TAAC-ACATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTAAG--GAAG---ACA---AGTTTGTTTGTATAGTA-------TATATAG------G--CAAC-TT-ATCTATGGGCCGTGG--T---TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCATT---GCT-GCT-ACT-GAA--------A--GA------------------GAACTGT-AGCCGTT-TTTCTCT-ATATATGTTA-A-TGATACATCAG--CTATAC---A--CT-TA-GTGC--ATAGA-CGT-AATC
gi|8 : ATTAT-TTA-TTTA---CTAA-TGAAACATTTG-TTA-CGTTT--AAACA-TAAT-AA--TTT-CAT-G--TAAT---TTCCATAAGATTTTA-C-TTTATTCAGCAGACTTG-ACATT-TTT-CA-A---AT--AC-CA--CCCTACGGG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----GATC--ACAGT--T-----------G-GAGTT-A--TCCT-TCCC---TTA---A--T-AG---TAG-A---------AGAAA------TTAG-TCCA----ACACT-CGAATTGG-ATT---GA--T--A-------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---T-TA-----TTT---AAT---------AAAC---A-AG-----ATA--AG---C-AT--GC-A-GG-TTTCA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAAACT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-ATGT--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---AT---CC-ATGCAGGAGATCATGAA--C----AG-GATC-ATGGT-TTTTCAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-AT-------------------A---------GT---GG-GA-------AAA-T-C--A-CC-ACC--CAGTGGT-TC----------AGGTAGA--GT-GGAA-AATTAGT--C----AGACTT-A-CA---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAt
gi|9 : CAG-GTG-ACCAGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAGAATTTG--AG-TTTTT-AGC-TGGAG---TTCTGG-TGCTTGAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAATG-ATC------TGTTAT-T-TGT-C-ATT------------------TAAC----TT-------A----CAA---TAA-A--CATGTGTG-TGTTAG----CTTTTTT--TTT---AAAT-TCA-AA-TTTATT-C-CTT--ATTTTT--GTTTTTG-A--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------ATTAGGACTTTT-T---GTTGGAA--A-C------T-T-GT--------CAAT--TTCA-A--GT--TAA-AG-------T-ATTGAG--AG----T---A-----------AT----GTTA-AA-TAAA-CCACTTT-A-TT-----CACGAT-A--TTATTACG--GAAG-ATACA---A----GTT-------CC-------TGTATAG----------AACTTTAATCTATG----GTGG--TACGACTGTAAACTAGTTAGGTAATATTGTAAGCTATGTCTTCAGTCCCTCACCTACAC-CTCA-T---GCT-G--CG---GGA---TAT--A--G--A-TTG----ATGCTA------TGT-AG---TT-TTTTTCT-CTCCATGGTATA-------ATCAGACTTATAC---A--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GTCACGGTGAACTTTATTATGGTTGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111111 33333333333333 222222222222 11111111 1111 11 11 111 11 44444444444444444444444444 11111111 11111111 1111111 1111111 44444444444444444444444444 11111 11 1111111111111111 111111111 1111 111111 1111111111111 11111 11111 11 2222 111 11 1111 11 111 1 11 11111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333 1111 444444444444444444444444444444 22222222222222 222222222222222222222 111111111111 11111111 66666666666666666666666666666 1111111111 111 44444444444 11 1 11111 222 22222 11 11 1 111 11 11
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 1 4 4 777 4 4 7 4 111111 4 777 55 3 3333333333 1 4 4 4 44444444444444 55 8888 000000000000 666 4 666 66 99 33333333 66 3333 4 4 0 4 1 66 00 66 1 55 66 333 77777 00 00000000000000000000000000 4 4 4 777 55 66666666 4 4 44444444 2222222 66 66 4 4444444 4 4 99999999999999999999999999 4 4 55 4 00000 4 4 4 00 4 777 777 7777777777777777 444444444 5 0000 66 555555 444444444444 1 99999999999999999 22 222 6 5 888 5 0 5 8888888888888 11 5 00000 5 66666 5 8 5 0 5 22 5 1111 66 333 66 00 5 5 1 1 5 5 7 11 7777 6 44 111 5 5 77 5 6 77 5 1 66 5 5 66 777 4 2 3 1 66 3 3 55 3 555 99 3 44 6666 3 3 55 77777 2 33 2 5 33333333333 2 33 2 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 7777 3 666 3333333333333 3 44 1111 44 3 999999999999999999999999999999 777 2 2 555 2 555 3 77 3 9 9 3 6 3 11111111111111 44 3 3 44 3 44 3 6 6 3 3 77 3 3 777777777777777777777 888 555 3 666666666666 44 6666 3 5555 2 2 33 2 2 2 2 5 2 2 2 66 4 2 33333333 3 22222222222222222222222222222 555 2 9999999 2 2 2 2 2 33 2 2 7777777777 2 1 44 3 111 44444444444 3 3 555 1 3 555 777 5 77 5 5 33 5 99999 5 5 0 5 1 5 1 88888 99 333 7 6 00000 3 88 8 11 11 0 8 1 8 0 777 33 3 3 0 66 0 66 0 8 11
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ... .. . .......... . . . . .............. .. .... ............ ... . ... .. .. ........ .. .... . . . . . .. .. .. . .. .. ... ..... .. .......................... . . . ... .. ........ . . ........ ....... .. .. . ....... . . .......................... . . .. . ..... . . . .. . ... ... ................ ......... . .... .. ...... ............ . ................. .. ... . . ... . . . ............. .. . ..... . ..... . . . . . .. . .... .. ... .. .. . . . . . . . .. .... . .. ... . . .. . . .. . . .. . . .. ... . . . . .. . . .. . ... .. . .. .... . . .. ..... . .. . . ........... . .. . . ........................................................... . .... . ... ............. . .. .... .. . .............................. ... . . ... . ... . .. . . . . . . .............. .. . . .. . .. . . . . . .. . . ..................... ... ... . ............ .. .... . .... . . .. . . . . . . . . .. . . ........ . ............................. ... . ....... . . . . . .. . . .......... . . .. . ... ........... . . ... . . ... ... . .. . . .. . ..... . . . . . . . ..... .. ... . . ..... . .. . .. .. . . . . . ... .. . . . .. . .. . . ..
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 9 4 4 888 4 0 2 0 444444 0 000 55 0 9999999999 6 0 0 0 99999999999999 55 5555 000000000000 444 0 444 33 55 44444444 11 2222 4 4 8 4 8 11 88 11 8 00 11 999 66666 66 11111111111111111111111111 4 4 0 000 55 44444444 0 0 55555555 7777777 11 11 4 4444444 4 4 66666666666666666666666666 4 4 44 0 00000 0 0 0 66 4 888 888 7777777777777777 444444444 0 6666 99 444444 333333333333 0 22222222222222222 00 000 7 7 888 0 2 0 1111111111111 55 0 88888 6 55555 0 1 0 2 0 11 0 5555 99 888 99 99 7 0 7 4 7 7 8 88 0000 7 55 777 7 7 99 7 7 99 7 4 99 0 0 99 888 0 8 6 2 33 6 3 77 3 888 22 1 22 5555 1 1 22 11111 9 99 9 7 66666666666 9 99 9 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 7777 6 888 8888888888888 1 22 9999 22 8 777777777777777777777777777777 999 9 9 000 9 000 1 33 1 2 2 1 2 1 22222222222222 22 1 1 22 3 66 3 7 7 3 3 99 3 3 222222222222222222222 555 444 1 222222222222 22 5555 1 5555 9 9 99 9 9 9 9 7 9 9 9 88 0 9 22222222 1 22222222222222222222222222222 444 9 3333333 9 9 9 9 9 99 9 9 5555555555 9 0 22 1 000 66666666666 1 1 444 2 3 888 888 7 99 7 7 66 7 33333 7 7 7 7 7 7 4 00000 22 888 3 7 00000 2 88 0 66 00 8 0 4 0 0 555 88 2 2 6 88 8 22 8 0 00
consensus : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCTNTAA----CTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAG---TAATAC--------AGAAA------TTCG-TT------ATAGT-CG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA---T-AN-----CTT---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC----------A-GNAGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-CA---ACGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AA-A---TTGGC--GGTCG-ATAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
Reference ( family-1948 ) : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCTNTAA----CTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAG---TAATAC--------AGAAA------TTCG-TT------ATAGT-CG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA---T-AN-----CTT---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC----------A-GNAGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-CA---ACGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AA-A---TTGGC--GGTCG-ATAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
gi|1 : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTG--CAATG-CAT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--GG----C---TTT--TTA---TAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAATTCA----A-T-------------------A-GAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------TAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------A-----ATTA-AA-TAAC-CAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTATG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCT-GCTCGCC-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATACTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CACCATGATGTAGTAAT--ATCAG--CTATATTCAA--TTAAA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCGTG-AA----CTTGTCATGTCA---TA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CATTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATGAAATTTTA-CCTTTTTTTAAG-GA-TGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AAACCGC-----G-TTTC-TACTTTTG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------TAGAGTT-A--TC-T-TCCCATATTA---ATTTTAG---TAATACTGTTGTA-AGAAA------TTTGTTT------ATAGT-TG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA-----AG-----CT-----------------AAC---A-AG-T---ACA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AT-ATGTT-GTTT-AT-T--TGA-TA-AAA----------AT--C------AAGC---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATT-GTGG--TTT-CAA--A-GG-TG-TGAATTTTTTACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGC-AG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--TGGT-GT-TC----------A-GAAGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-CA---ATGT-ACACAGTGCTT-GGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--G--AAAT-GGCT-TCGTACTACATGT-AA-A---TTGGC--GGTAA-GTAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGAAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTTAGT-GGGAGGGAC-GGGG---GGCGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCACCGGGAGAATT-AC--ATGTA
gi|10 : CGA--TTGATC-----AACAATT--GACCAGCTT--AAGCTAA--C-AATC---CTTTA-A-T---------AAACC--A-AA-T---ACA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-TA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CCTAACA-CA--TT-AATTTGTT-GTAT-AT-T--TAATC---AA----------AT--C------AAGG---CT---CC-ATG------------AA--C----AA-G--T-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TT-TTAA--TTTGACA-GATT-TTG-AG-ATGT-TGTGGG-GT-------TAGAAT-------------C---A-G---------GTCAAAT-GACAGGTTGAAA-T-CT-A--C-AAC--CGGT-GT-TC----------A-GAGAA--GT-GGAT-AATTAGTTCCTA--A---TT-G-CA---ATGT-ACACAGTGCTTTGGACTGAAAAAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--CCAAAAT-GGCT-T-GTAC-ACC-GTAAA-A---TTTGC--GGTCATATAA---TTTT-TGCT-----GTTAAAATTT--GAAATGACAGG-AGA-T--TTAAACTTTTTAGC-GGGAGGGACTGGGG---GAGGGTCTCTCAAAATC-GGCGTATTT--ATCTCCCGTGTGGAAGATC-ACCGATGTA
gi|11 : TACAT-GTG-AC-AGAATGGT-TATG--CAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGA----TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-TTT------CTTTAT-G-TGTCC--TT-------T-TAAAAA--ATAAT----TT-------A----CAA---T
gi|11 : -------A----TAA---TAT-A-T--TGTTTTGTG--AG----C---TTT--TTT---CAAT-TCA-AATTT-ATT-CATTT--A-TTTT--GTTGTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTTT-AAGTTCA----C-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-TCGT--------CAAT--TAT--ACAGT--TTA-CA-------C-ATTGAG-AGG----T---G-----------ATTG--ATTA-AA-TAAC-CAATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TCTGTTTAGTGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GCGG--tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataatatattgttttgtgagcttttttcaattcaaatttattcatttattttgttgttgtatttttgaagggtttttaagttcactatagggcttttgttgaaaacattcgtcaattatacagtttacacattgagaggtgattgattaaataaccaattttatttcacatatttattacggaagatacaaggtttctgtttagtgtataggcaactttatctatggcgg
gi|12 : tacatgtgacagaatggttatgcacaactggagatttgaagtttttcagctggattttggtctgaaaactggagactttttgtcgacattttttcaacgtttctttatgtgtccttttaaaaaataatttacaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaa-TTTTCG-A---TT--AG-AA--CGT----GA-TAAC-TATTTTCT-ATTTTT-----G-TC--G-AGTA-TTGCTATATTATGGGAGTT-A--TC-T-TCCC---TAACACA--TTCG---T--TAT--------AGAAAGAACAGTTC--CT------ATAGTTCG----GC-GGT---GA--T--GTTAAGTCAGCA-TTCTGATT----C--A----A---T--T-----CTT---A-T---------ACCC---A-AGCT---ATC-AAT---C-AT--GT-G-TA-TT-CA-ATG-AACATGGTCGTGTGGGGTT--AAC-TAA-CC--AAA-CA--TT-----CGTT-GTTT----T--TAA-AACAAA----------AT--T------AAGG---AT---CA-GTG-----------ACA--C----AA-GAAC-GTAGT-TT--CAA--A-AG-AG-TAAA-TTTCTACA-GACT-TTG-AG-ATA--TACCAG-A--------AAT-AT-------------C---G-G---------AT---GT-GA-------ACA-T-CT-A-GC-ACC--TGGC-TT-TCAATTGTGTAAA-ACAGA--GT-GGAA-AATTA-T--CTTG-A---TT-G-CG---ACAT-ACATA
gi|13 : AAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TTTTCG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-CTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-A---A--T-AG---TAATAC--------TG----------TCA-T-------AGAGT-TG----GC-ACT-CTGAATTG-AT------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---TTAT-----CCA---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAA---C-AT--GC-A-GGGTT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-CAATCAAGG----AT--CCAAGCCAGGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-AT-----------------A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC----------A-GTAGA--GT-GG---------------------------A---ACAT-ACACAGTGTTTGGGACTG---GAAAAAA---acgtacacattgtagatcatttaact
gi|14 : -AA-T--AACATTCA-TTA-CGTTT--AAACT-TAATAAG--TTTTCAT-G--TAATAATTTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAAC-AACTGT-ACATT-TTT-CG-A---AT--GC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TT-T-TTCC---T-A---A--T-AG---TAATACTGTCGTAGAGAAA------TTC--TTGAAATAATAGT-CG----GC-ACT-CCGAATTG-AT------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---T-CA-----TTT---AAT---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GGGTT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-TT--ACA--A--TT-AA-TTGTT-ATTT-AA-T--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---A--------------------------------A-GATC-CTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GTTT-TTG-AG-GTG--TGCTGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-AA-------AAA-T-CT-A-CG-ACC--CAGT-GT-TC----------A-a
gi|15 : TACAT-GTG-AC-AG-ACT-T-CATG-TCACAAA-CTGGAG-ATTTG-AAGTTTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACTGGGAGAACTT--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTTCCCAATG-CAT------TCTTAT-G-TGTCCAACTG-----GT-T----A--ATAAT----TTC------A----AAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTTAATTTTAAAAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--ATTTTT--GTATTTGTA---TTTTG--CA---GG---GTTTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A--AGGAC--TT-T---GTTGAAA--A--A-----T-T-GT--------CAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATT--G-AAG----T---ACATATTTTTTTGT----ATTA-AA-TAAC-CAACTTT--TAT-----C-C-AT-A-TTTATTACG--GAAGAATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATAG------G--C
gi|16 : aAACTTT-ATTT-----CAA-AT-A-TTTATTATG--GAGG-ATATA---AG---GTT-------TC-------TGTTAAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCTGGCTTGCT-G-------T--A--GGAA-TTG----ATGCTACTGAACAGT-AATTTTT-TTTTTTT-ATCCAT-GTGTA-TATA--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-G-GTAAATCCC-CAT-AACCCTTTAAAATTCTAAATAT-CCATATTATTTC-AACC--AAAATTTG-Tca
gi|17 : tTAGT-TG----GC-A-------------T------AACA-TT--GACC----C--AT-CTA---T-CA-----TTTG--A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAATCAAGGATCCATGCC------AGGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT-TAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--CACAGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------TAA-T-CT-A-CC-ACC--CAAT-GT-TC----------A-GTTGA--GT-GG---AATTAGT--C----AGATTT-A-CA---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AGAAAAatgtattttgtcaaggatgtatat
gi|18 : AT-GTG-AC-AGAACTGTTCATGGTCAC-AAACTGGAG-ATTTGTAAG-TTTT-CAGCCTGGAT---TTATTG-T-TTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-GTAGATTTTTTT--CAAAG-GCGGGGGGGTCTTATCG-TGTCC-ACTGTTATAAT-T----ACAATAAT----TTTTTTTTTA----TGA---TAA-ACTCATGTGTT--G--AG----C---TTT--TTT---AAAT-TCA-AATGTTATT-CCTTT--A--TTT--GTTTTTGTAT-TTTTTG--AACCCGG------TTT--AAG-TCA----A-T-------------------A-TAGGTT-TTT-T---GTTGAAA--A--A-----T-G-GT--------CAAT--TCT--
gi|19 : act--AT------AACA-TT--GACC----C--AT-CTA---T-CA-----TTTG--A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-AAGG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT--AA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--CACAGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------TAA-T-CT-A-CC-ACC--CAGT-GT-TC----------A-GTTGA--GT-GG---AATTAGT--C----AGATTT-A-CA---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AGAAAAA---
gi|2 : tggcTACAT-GTGGAC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATATG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGGTT-CTG-AAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCGTACA---TTTTTT--CA--T-CTT------TCTTAT-A-TGTCC-ATTG-----GTGT----A--ATAATGAGATT------------CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TGA-AG----T---TTT--TTTA--AAAT-TCAGAATTTTATTGCATTT--A--TTT--GTTTTTTGA--TTTTTGAAAA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----AGT-------------------A-TAGGGC-TTTCT---GTTGAAA--A-CA-----TGT-GC--------CAA---TAT--T--GT--TAAGCA-------CTATTGAGAAAG----T---A-----------AA----CTTA-AAGTAAC-AATCTTTAATTTCATCACAT-AT-A-TCTATTACGT-GAAG-ATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATTG------GATC-ACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCA-T---GC--GCTCGTT-GGA---TATTCA--GGAG-TTG----ATGCTAC-GTACTGT-AGTTTTT-TTTCTGT-CTCCAT-GTGTA-TAAT---CCAG--CTATAC---AGGTT-AA-GTGCAATGAGACCATAAATCTCTTAA----CTTATTAT-TCG-ATTA---C-AA-T--AACA-TTA-TTAGCGTTT--AAACT-TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT-------------TTTTA-CCT-------------TGT-ATATTCTTCTCG-AATGAT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TA-TTTCG-TTTTTGCATGTG-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-AACTC-T-TTCC-----G---A--TTGA---TAACA
gi|2 : T-CCGA--TTGAT------AACA-TT--GCCC----C--AGGCT----T-AGGCTTCCTTTAAA-T---------AAAT---A-AG-T---ACATGAG---C-AT--GC-G-GG-TT-TA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTAT-AT-T--T-A-TA-AAT----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG------------AA--C----AA-GATTAATGGT-TTT-CAA--GTGT-TG-CGAT-TTTGGACA-GATT-TTG-AGAATAGTTGCAGG-G--------TAG-ATTCAGGTCAGGCA-C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CG-A-AC-ACC--TGGT-GT-TC----------A-GAAGA--GT-GGAT--ATTAGTC-CT---A---TT-G-CA---ATGttgccccaggcttaggcttcctttaaataaataagtacatgagcatgcgggtttagtgaagttaattaactacacattaattgttgtatatttataaatatcaaggatccatgaacaagattaatggttttcaagtgttgcgattttggacagattttgagaatagttgcagggtagattcaggtcaggcacaggtgtgaaaatcgaacacctggtgttcagaagagtggatattagtcctattgcaatg
gi|20 : tacatgtggacagaactgtcatgtcacaactggagatatgaagtttttcagctggagttttggttctgaaactggagactttttgtcgtacattttttcatctttcttatatgtccattggtgtaataatgagattcaataaatcatgtgtttgaagtttttttaaaattcagaattttattgcatttatttgttttttgatttttgaaaagggttttaagttcaagtatagggctttctgttgaaaacatgtgccaatattgttaagcactattgagaaagtaaacttaaagtaacaatctttaatttcatcacatatatctattacgtgaagatacaaggttcctgtattggatcactttatctatggtggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatgcgctcgttggatattcaggagttgatgctacgtactgtagttttttttctgtctccatgtgtataatccagctatacaggttaagtgcaatgagaccataaatctcttaacttattattcgattacaataacattattagcgtttaaacttattcaactttcatgtaatttttaccttgtatattcttctcgaatgatacaacgcggtttctatttcgtttttgcatgtgtcaagtgtgagagttaactctt-TTT-CAA--A-GG-TG-TAAA-TTTTGACA-GATT-TTA-AG-ATG--TGTGGG-G--------TAG-ATCAGGTCACAA---C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CA-AGC--TGGT-GT-TC----------A-GGAGA--GT-GGAT-AATTAGTC-CT---A---TT-G-CA---ATGT-ACACAGTGCTTTGGACTG---AAAAAAA---TGT--C-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ATG-GT-AA-T---TTGGC--GGTC--CTAA-TTTTTT-TGCT-----ATTGAACTTTT-GAAATGACGGG-ATATT--TT-AAC-TTTAAGC-GGGAGG
gi|21 : TACAT-GTG-AC-AGAACTAT-CATG-TCGC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TATTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---CAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---G--T-T----------------------TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTT
gi|22 : aT--AAACT-TATTAAAATTTT-CAT-GAATAAT---TTC-ATGAAATTTTA-TCTT-ATTCA-C--ACTG--ACATT-TTT-CG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTCTTACTTTCG--CTTTG-----A-CC--A-AGTGTT-----------GAGA--T-A--TC-T-TCCC---TTA-------TAG---T-AT----------------------------------------------GC-ACT-CCAAT-T--AT------AACA-TG--AAAC----C--AAGA-A---T--C-----CTTA--A-A---------AAAC---ATAG-T---ATA-GAG---a
gi|23 : G---G-GTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGGAA--A-C-------------------------------A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---A-----------A-----AGTA-AA-TAAC-TAAATTG-ATTT-----TAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---ATT-------TC-------TTTAGAG------G--CAATTTT-ATCTATG----GTGG--T--ata
gi|24 : -GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC----------A-GTAGA--GT-GGAA-AATTAGT--GG---GAT-TT-A-CA---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---A
gi|25 : --TTC-CAT-G--TAAA---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACA-T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GGTTTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---TGAcccacacggcacgataatttgtcatcgttgataaggatattccaaataaa
gi|26 : atTTTTA-CCTTTATTTAAC-GACTGT-AAATT-TT--CG-A---AT--AC-AA--CAT----AG-TTTC-TACTTTCGCTTTCTG-----C-TC--A-AGTG-C-----------GAGAGTTCA--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---TAATAC-------------------TTTG-TT-------TAGT-CA----GC-AC
gi|27 : TC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TT-TCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---T
gi|28 : -CTGACAACT-GAAGG---T--TTTTTGTTG-ATT---TTTCTT--CATTG-TAT------T-TTAT-G-TGTTC-ATTG-----GT-T----A--ATAAA----CT-------A----CAT---TAA-A--CATTTGCT-TG--g
gi|29 : TT-T---GTTTGAA--A-CA-----T-T-GT--------CAATA-TAC--A--GT--TTA-CA-------C-ATTGGA-AAGGTATT---G-----------A-----ATTATAA-TAAC-AAATTTA-ATTT-----TCT-ATCA-TTTtcgtgttttatgttcc
gi|3 : ---GCT-GCTCGCTTGGA---TAT--CTTGGAG-TTG----ATG-TACTG--TTGT-TTTTTTTGTTTTTTT-CTCCATG-TGTA-TAAT----CAG--CTATAC---A--TT-AAAGTGCAA-TAGA-CGT-AATCCTCTAA----TTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AAC-TTGA-TGA-CGTTT--AAACAATATT-AA--CTC-CATTG--TAAT---TTC-ATGAATTTTTAACCTTTATTCAGC-GACTGT-AC--T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TT-C-TACTTTCG-CTTT-G-----T-TT--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-A---T--TTAG---TA---------------------------------------GT-CG----CC--CT-CCGA--C---T------AACA-TT--GACC----CGCAGGCTAAGCT-AT-----CTT---AAT---------AAAC---A--G-T---ATA-GAG---C-AT--GCCA-GG-TT-CA-GTGGAA--------------GTT--AATATAA-CT--ACA-CA--TT-AAATTGTTTGTTTGAT-TC-TAA-GG-AAA----------AT--C------AAAG---ATATCCC-ATG-----------AAA--C----AA-A----GGAGT-TTT-CA------G-TGGTGAA-TTTTGATAAGATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-ATGCAAGGTTCATGAC---AAG---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-GC-ACCTTCGGT----TCGCG-------A-GGAGGATGT-GTATTAATTAGT--CC---C---AT-G-TATATATGTTACACAGTGCTTGGGATTG---GAAAAGAAGCTTAGAC-A--T-TCGA--CATCT--C--AAAT-G-CTGTCGTAC-ATG-GTTAA-AGTCTTGGC--AA--G-ATAATGTTTTTGTGAGAGAGAGTT--AGTTTCGGAAAAGA--GG-AG-TT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAAGGGG-AGGGAAAGGGAG--TCTCAAAATCAG--GAAT----ATC-CCCGCCGGGAGAATCAAC--ATGTActcaaacaatcaagt
gi|31 : GCTTGTGACTG---AAAACCA---ATTGAC-A--TCT-GAACCA--T--C--AATT-GGCT-CAATAC-A-G-GT-AA-T---TTGGC--GGTC--ATAATTTTTTT-Tt
gi|32 : agttcAA----------AT--C------A--G---AT---CCTCTC-----------AAA--TCGTTAC-GATC--TGAT-TTT--AATTA-GA-T--TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------
gi|33 : -AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-GTTTTG-----G-TC--A-AG-----------------------A--TC-T-T-CC---TTA---A--ATAGATCTAGTAG--------AGAAA------
gi|34 : ---A-T---------AAAC---A-AA-T---ACA-GAG---C-AT--GC-AGGG-TT-TATGTG-AGT-------------GTT--AAT-TAA-CT--
gi|35 : gttaccctttaAATCGGGAGA--TTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTAta
gi|4 : TACAT-GT-------AATGGT-C-TG-T-AC-AA-CTG-AG-ATTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACT--GAGA---CTTTTTTTTTCG-ACT---TTTTTT--CAATGTCTT------CCTTAT-GCTGATA-ATT-------T-TTAA-A--ATAAT----TT-------GTATCCAATACTAG-G-TTA-GTGTT-CG--AACGTTC---TTC--TTT---TAAT-TC--AATTTT-TT-CATTTTCA-TTTTTGGTTGTTGTAGGCTTTTG--AAAT-GGTCCA-TCTT--ATATTCATGTTA-TTTATGGTTTGGTATGTTTGA-TAGGGT-TTT-TAAAGTTGAGACTA-TAGGCTTT-T-GTTTGAAGAACAAT--TGTCAA--GTTATAA-CAGTTTCCTC-ATTGAA-AGG----T---A-----------ATTGAGATTA-AA-TAACGAAATTTT-ATTT-----CAC-AT-AGTTTA-TACGTCGAAG-ATACATCCAG---GTT-------TC-------TGTTTAGGGTTTAG--TGACTTT-ATCTATG----G-GGTAT--GTGCGTACTAAACTAGTTAATCATTCATAATGTGTCTCAGTCTCCCCTCACGGAAC-CTCA-TATCGCT-GCTTACT-G----------A--GTAGTTTGTTATATG-TAAGGAACTGTAAG------TTTTTCTACTCCATATTAT--TAA---GTCAG--CTATACT--A--TT--A-GTGC-AAT-GA-CGT-AATCTTtg
gi|5 : -T---GCT-GCTCGCT-GGAAATTAT--A--GGAG-TTG-----TGCT-TT--ACTGT-AGGTTTT-TCTT----CTCCATTGTGTA-TAAT----CA---CTATAC---A--T---A-GTG-AAATAGA-CGT-AATC-TGTAA----CTTATTGT-TCA-TTAA---C-AA-T--AACATTTACTTA-CGTTTTAAAACT-TATTCAAC-TTT-CAT-G--TAAT---TTC-AT----------------TTCAGC-GACAGTTACATT-TTTTCGGA---AT--ACCAA--CGC----AG-TTTT-CACTTTCG-CTTTTG-----G-TCCCA-AGTGGT-----------GAGAGTT-A--TC-TGTCCC---CTA---T--TTAG---C----C--------A-AAA------CTCA-TT------A--GT-CC----GC-ACT-C-GA--TGAAT------AACA-TT--TACCATT-C--AGGCTA---A-AG-----CTT---A-TTCCTTTAATAAACCCAA-AG-T---A-A-GAG---CCATAGGC-A-GG-GT-TT-GTG-AA--------------GTTTCAAA-TAA-CT--ACA-CA--TTTAA-TTGTT-GTAT-AT-T--TAA-TA-AAA----------ATT-C------AAGGG--AT---TC-ATG-----------AAAAAC----AA-GATT-GTGGGATTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTGGACAAGATTGTTGGAG-A-G--TGCGGG-GCCAGCGGGTAG-AT-------------C---A-GTCCACGACAGT---GT-GA-------AAAAT-CTTA-CCCACC--TGGT-GT-TC----------A-GAAGA--TT-GGAT-AATTAGTC-CT---A---TTGG-CA---A--T-ACACAG---CTGGGACTG---AAAAAAA---TTTATT-AATT-T-GAC-CA-CTCCC--AAATGGGCT-TCGTAT-ACA-GT-ggtagcgttggtaacactttaataccatataaactgagattcaatagaggacagtgtctgttgaattt
gi|6 : TTTCG-CTTTGC-----T-TA--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-----A--TTAG---TA---------------------------------------GT-CG----GCCACTTCCGA--T--A--------ACA-TT--GACC----C--AGGCTAAGCT-AT-----CCT---A-TTAAT-----AAAC---A-AA-TGATATA-GAAAAAC-ATT-GC-A-GGGTT-CATACA-AT--------------GTT--AAT-TAA-CT--AAAACAATTT-AA-TTGTTTATGT-GT-TAGTAA-TA-AAA----------ATATC------AAGAGGAAT---CC-ATG-----------AAA--C----AAAGAAT-GTGGT-TTT-CAA--A-GGGTG-TGAA-TTTT-ACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGGAG--------TAG-AT-------------CCACG-GTCACGACA-GT---GTTGA-------AAA-TTCT-AACC-ACC--TGGT-GTATC----------A-GAAGA--GTTGGATTAATTAGT--TTCATA---TC-GGCA---ATGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AATAGAA---TTTGACAA--T-T-GA--C--CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AATA---TTGGCGAGGTTC-ATAATTTTTTT-TGAT-----GTTGAAATTTT-GAAATGACGGGAAGATTTCTTAATA-TTTAGGCGGGGAGGGAC-GGAG---AGGGT--TC-CAAAATCGGGAG-ATTTTAATCT-CCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
gi|7 : TACATTGTG-AC-AGAATGGT-CATG-TCAC-AA-T--GAG-ATTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGGGAGGTTTTGA-T-TAGAAAACT-GGAGA---A--TTTTTGT-G-ACA---TTTTTT--CAACG--TT------TCTTAT-G-CGTCC-TTT-------T-TTAA-A--ATAAT----T--------A----CAA---TAATA-T--TGTGTT--G--AG----CC--TTT--TTT---TAATGTCA-A-TTTTGTT-CATTT--A-TTT---GTT---GTAA-TTTTTG--AA---GG---G-TTTTTTAAGTTCA----C-TC------------------A-TTAGGC-TTT-T---GTTGAAA--AACA-----T-T-GT--------CAATGATAC--A--GT--TA--CA-------C-ATTGAG-AGG----TATTG-----------AA----TTTA-AA-TAAC-ACATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTAAG--GAAG---ACA---AGTTTGTTTGTATAGTA-------TATATAG------G--CAAC-TT-ATCTATGGGCCGTGG--T---TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCATT---GCT-GCT-ACT-GAA--------A--GA------------------GAACTGT-AGCCGTT-TTTCTCT-ATATATGTTA-A-TGATACATCAG--CTATAC---A--CT-TA-GTGC--ATAGA-CGT-AATC
gi|8 : ATTAT-TTA-TTTA---CTAA-TGAAACATTTG-TTA-CGTTT--AAACA-TAAT-AA--TTT-CAT-G--TAAT---TTCCATAAGATTTTA-C-TTTATTCAGCAGACTTG-ACATT-TTT-CA-A---AT--AC-CA--CCCTACGGG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----GATC--ACAGT--T-----------G-GAGTT-A--TCCT-TCCC---TTA---A--T-AG---TAG-A---------AGAAA------TTAG-TCCA----ACACT-CGAATTGG-ATT---GA--T--A-------AACA-TT--GACC----C--AAGCTA---T-TA-----TTT---AAT---------AAAC---A-AG-----ATA--AG---C-AT--GC-A-GG-TTTCA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAAACT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-ATGT--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---AT---CC-ATGCAGGAGATCATGAA--C----AG-GATC-ATGGT-TTTTCAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCAGG-G--------TAG-AT-------------------A---------GT---GG-GA-------AAA-T-C--A-CC-ACC--CAGTGGT-TC----------AGGTAGA--GT-GGAA-AATTAGT--C----AGACTT-A-CA---ACAT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAt
gi|9 : CAG-GTG-ACCAGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAGAATTTG--AG-TTTTT-AGC-TGGAG---TTCTGG-TGCTTGAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAATG-ATC------TGTTAT-T-TGT-C-ATT------------------TAAC----TT-------A----CAA---TAA-A--CATGTGTG-TGTTAG----CTTTTTT--TTT---AAAT-TCA-AA-TTTATT-C-CTT--ATTTTT--GTTTTTG-A--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------ATTAGGACTTTT-T---GTTGGAA--A-C------T-T-GT--------CAAT--TTCA-A--GT--TAA-AG-------T-ATTGAG--AG----T---A-----------AT----GTTA-AA-TAAA-CCACTTT-A-TT-----CACGAT-A--TTATTACG--GAAG-ATACA---A----GTT-------CC-------TGTATAG----------AACTTTAATCTATG----GTGG--TACGACTGTAAACTAGTTAGGTAATATTGTAAGCTATGTCTTCAGTCCCTCACCTACAC-CTCA-T---GCT-G--CG---GGA---TAT--A--G--A-TTG----ATGCTA------TGT-AG---TT-TTTTTCT-CTCCATGGTATA-------ATCAGACTTATAC---A--
blockSeqs : T G C T G A A A T A T C AGG T G A G ACTT T GAT CC C GCGGGGGGG T C C A GTTATAATT CA GAGA TTTTTTTA TAC T CTC GT TT CGTTC AA TAAA G G G A TC TT TG G GG AA CCC TCCA TT TGTTATTTATGGTTTGGTATGTTTG T T C AAA CT TAGGCTT G C TTGAAGAA TGTCA CA TA G GTTTCCT T A TACATATTTTTTTGT T G GA A CATCA G C G TC A TCC TTT TCTGTTTAG GGTTTAG A GGCC TA ACGACT NNNNNNNNNNNN N NNNNNNNNNNNNNNNNN NN NNN A T ATC G T GAAATTATA GA T TTATA C ACTGA A T G A AT . TACA AC T GG A A A A C C A C TT AATT . TA TTT T C GA C G TA A A AT T T AA AAT C A A G AG T C TT G ATG TT C . TACG T T CT CATGT A CC C T TGCTATATTAT C AC C G TAATAGTAATACTGTCGTAGAGAAATTCTTGAAATAAT T AATT C TCC TGTTAAGTC A CT AGCT GC A AAGCTTATTCCTTTAAT CCA T C GAT T AAA C AG C A G T T G CATGGTCGTGTGGG TC A A TA A AT T T T G G AG T C TCAAGGATCCAAGCC GGA ATC T CAGGAGATCATG AA CGTT A ATTA A T TT T G G . A G G A GT G A CCAGCGGG A GCAAGGTTCATGACAAG CAA T CAGGTTG A T T A C TT G A AATTGTGTAA G A AT T ATT TCCTAA G G TAT T T AAA AGC A AT C C AC T CCA G G . C . A AGTC GA CAT T G AGAGA A CG A AT TC T T G T AAA TC T A TA TA A CG
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . A . CTT . . . T TCTT C . . . TTAAAA . . GTATC . . TC T A CTTT . AA . . . A . TT . T T . AT GT T AGT . . . . . ACA . . . GATAC . . . . . . TAATTGAG . . C . . . . . T . . . TGTATAGTA GAT . . . NNNN NNNNNNNNNNNN N NNNNNNNNNNNNNNNNN NN NNN . . . . . GATATTCA GA . A C AAGGA . T . . TG . AA . . . A . A T A . . T TT . . A . . . . . . . . C C . . . . . A . A A . . TT . . TT . . . . . A . . . . G . . . . . TAACACATTCGTTATAGAAAGAACAGTTCCTAT . . . CT TTGATC . . ATT . A TAGGCTTCCTTTAAAT C . . . . . . T . A G . T . T . . . . . . . A T . . C . . TCAAGGATCCATGCC G . . A . . . AAC . . . . . . . A . . . T C . T . TCAGGTCAGGCACAG . . . . . . . . . . . GCG . C . . ATT TTCATA . . . C . . . . . . . C . CCC . . . T . T TA . TC T . . G T . AT . . A . . . . T G AA TA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . A . C . . . A TTT C . . . GGTGT . . CA . . TC T . CC . C . . . C . T . T A . . G . CTC . . . . . CA . . . ATAC . . . . . . GTATTGA . . C . . . . . . . . . CC G . . . NNNN CTAAACTAGTTA T CATAATGTGTCTCAGTC CA GGA . . . . . GATATCTT GA . A C ACGT . T . . GT . T . . . A . A A A . . C CT . . A . . . . . . . . A C . . . . . G . G A . . CT . . . . . . . . C . . . . . . . . . . TTAATAGTAGAAGAAATTAGTCCAAC . . . CC ATTGAT . . . . A AGCTATCCTATTAAT . . . . . . . . . G G . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATATC . . . A . . . GTT . . . . . . . . . . . . A . . . CCACGGTCACGACA . . . . . . . . . . . . . T . . AT CTTGA . . . C . . . . . . . . . C . . . T . . A . C T . . G T . A . . A . . . . . G A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . A . C . . . C CAT C . . . TTTAA . . A . . TC T . C . A . . . A . T . T . . . G . CT . . . . . CA . . . TTCA . . . . . . TATTGAA . . A . . . . . . . . . TC G . . . GTGC NNNNNNNNNNNN N NNNNNNNNNNNNNNNNN NN NNN . . . . . GATATA TA . A C ACTG . G . . GG . T . . . T . A A A . . T GT . . T . . . . . . . . C . . . . . . A . A A . . TT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . CTATTTAGCCAAAACTCATTA . . . CC ATTGAT . . . . T ACAATCCTTTAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTC . . . A . . . ATC . . . . . . . . . . . . T . . . CAGGTCACAACAG . . . . . . . . . . . . . T . . AA CAGAT . . . C . . . . . . . . . C . . . C . . T . G . . . . . . T . . A . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . A . C . . . T CTT A . . . TTTAA . . A . . TT T . C . G . . . A . T . T . . . G . AT . . . . . CA . . . TAT . . . . . . TGATTG . . T . . . . . . . . . CC G . . . TAG AACTAGTTAGGT A GTAAGCTATGTCTTCAG AC TAC . . . . . AAA GA . A . TT . C . . G . G . . . . . . A A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . G G . . TT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . TAATAGTAATACTGTCATAG . . . CC TTGAT . . . . T AGCTATCTTAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATC . . . A . . . GTT . . . . . . . . . . . . A . . . CAGTCCACGACA . . . . . . . . . . . . . T . . AT CAGAT . . . C . . . . . . . . . C . . . C . . T . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . G . T . . . T CTT C . . . GGTT . . A . . T C . C . T . . . A . T . G . . . G . AT . . . . . A . . . TCT . . . . . . TAAA . . A . . . . . . . . . TC G . . . . . . . TA A . . . GA . . . . G . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . G A . . TT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . TAATAGTAATACTTTGTTT . . . CC TGAAT . . . . G TTATCCAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . . . A . . . GTT . . . . . . . . . . . . A . . . CAG . . . . . . . . . . . . . A . . AT GGGAT . . . T . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C TAT C . . . GGTT . . A . . C T . T . T . . . . . . . T . . . G . AT . . . . . A . . . TCT . . . . . . TAAT . . A . . . . . . . . . TC G . . . . . . A . . . . A . . . . G . A . . . . . . . . . A . G G . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . TTATAGTAT . . . C TTAT . . . . A TCATTTAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATC . . . A . . . ATC . . . . . . . . . . . . A . . . CGG . . . . . . . . . . . . . G . . AA CAGAC . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T ATC G . . . GGTT . . A . . T . . C . A . . . . . . . . . . . G . AT . . . . . C . . . TAT . . . . . . TAA . . C . . . . . . . . . CC . . . . . G G . . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . . TATTTAGTA . . . . CT . . . . G TCATTTGAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATC . . . A . . . ATT . . . . . . . . . . . . G . . . CAG . . . . . . . . . . . . . T . . AT CCTA . . . C . . .
blockSeqs : . . . C . . . . TT . . . . . . . A . . C . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . TATTAGTA . . . . TA . . . . G TCATTTGAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATC . . . A . . . AAT . . . . . . . . . . . . A . . . CAG . . . . . . . . . . . . . G . . AA CCTA . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . G TTATTTAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . ATC . . . . . . . . . . . . G . . . CAG . . . . . . . . . . . . . A . . . CCTA . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . A TCCTTAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . G . . . AG . . . . . . . . . . . . . A . . . CCC . . . C . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . TTCTTAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CA****** TATTGAN******************* GATATA******* T*** *** A* TT N* ** TTGAT******** TCATTTAAT********************* CNNA******* C** C* AT
originalCons : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAG----T---G-----------AT----ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT--ATCAG--CTATAC---A--TT-AA-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCTNTAA----CTTATTAT-TCA-ATTA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAG---TAATAC--------AGAAA------TTCG-TT------ATAGT-CG----GC-ACT-CCGA--T--AT------AACA-TT--GACC----C--AGGCTA---T-AN-----CTT---A-T---------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC----------A-GNAGA--GT-GGAT-AATTAGT--CT---A---TT-G-CA---ACGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AA-A---TTGGC--GGTCG-ATAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTTGGAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
finalCons : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--ACA------T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATTGAG-AAGTATTGAN-------------------ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGATATA-------GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATGGTGTA-TAAT---TCAG--CTATAC---A--TTA-A-GTGCAAATAGA-CGT-AATCCTTTAA----CTTATTAT-TCAN-TTA---C-AA-T--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAACT-TATTCAA--TTT-CAT-G--TAAT---TTC-ATAAAATTTTA-CCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAG---TAATAC--------AGAAA------TTCG-TT------ATAGT-CG----GC-ACT-CCGATTGAT--------AACA-TT--GACC----C--AGGCTATCATTTAAT---------------------AAAC---A-AG-T---ATA-GAG---C-AT--GC-A-GG-TT-CA-GTG-AA--------------GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AA-TTGTT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-TG-TGAA-TTTTGACA-GATT-TTG-AG-ATG--TGCGGG-G--------TAG-AT-------------C---A-G---------GT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC----------A-GNAGA--GT-GGAT-AATTAGTCNNA-------TT-G-CA---ACGT-ACACAGTGCTTGGGACTG---AAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-GT-AA-A---TTGGC--GGTC--ATAATTTTTTT-TGCT-----GTTGAAATTTC-GAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GTCACGGTGAACTTTATTATGGTTGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111111 33333333333333 222222222222 11111111 1111 11 11 111 11 44444444444444444444444444 11111111 11111111 1111111 1111111 44444444444444444 11111 11 1111111111111111 111111111 1111 111111 1111111111111 11111 11111 111 22222 1111111111 1 1 11 11111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 33333333 111111 222222222222222222222 11111111111 11111111 555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111 1111 1111111 111111111 111 11 11111 111 22222 11 11 1 111 11 11
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 1 4 4 777 4 4 7 4 111111 4 777 55 3 3333333333 1 4 4 4 44444444444444 55 8888 000000000000 666 4 666 66 99 33333333 66 3333 4 4 0 4 1 66 00 66 1 55 66 333 77777 00 00000000000000000000000000 4 4 4 777 55 66666666 4 4 44444444 2222222 66 66 4 4444444 4 4 4 11111111111111111 4 4 55 4 00000 4 4 4 00 4 777 777 7777777777777777 444444444 5 0000 66 555555 444444444444 1 99999999999999999 22 222 6 5 888 5 0 5 8888888888888 11 5 00000 5 66666 5 8 5 0 5 777 5 55555 66 9999999999 2 1 5 5 3 8 8 6 99 6 6 77 5 1 66 5 5 66 777 4 2 3 1 66 3 3 55 3 555 99 3 44 6666 3 3 77 77777 2 33 2 5 33333333333 2 33 2 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 4 8888 3 3 3 3 6666 1 2 33333333 777 2 777 2 555 111111 555 3 77 3 9 9 3 6 3 3 44 3 3 44 3 44 6 3 3 3 3 3 77 3 3 999999999999999999999 888 555 3 44444444444 44 6666 3 5555 2 2 33 2 2 2 2 2 2 2 2 2 33 2 4 2 00000000 3 3 333333333333333333333333333333333333333333333333 555 2 9999999 2 2 2 2 2 444 2 2 555 2 44444444444 44 3 1111 5555555 3 444 222222222 3 1 3 555 5 77 5 5 33 5 99999 5 5 0 5 1 5 5 5 88888 6 111 6 6 00000 3 77 8 8 11 11 0 8 1 8 0 777 33 3 3 0 66 0 66 0 8 11
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ... .. . .......... . . . . .............. .. .... ............ ... . ... .. .. ........ .. .... . . . . . .. .. .. . .. .. ... ..... .. .......................... . . . ... .. ........ . . ........ ....... .. .. . ....... . . . ................. . . .. . ..... . . . .. . ... ... ................ ......... . .... .. ...... ............ . ................. .. ... . . ... . . . ............. .. . ..... . ..... . . . . . ... . ..... .. .......... . . . . . . . . .. . . .. . . .. . . .. ... . . . . .. . . .. . ... .. . .. .... . . .. ..... . .. . . ........... . .. . . ............................................................................ . . .... . . . . .... . . ........ ... . ... . ... ...... ... . .. . . . . . . . .. . . .. . .. . . . . . . .. . . ..................... ... ... . ........... .. .... . .... . . .. . . . . . . . . . .. . . . ........ . . ................................................ ... . ....... . . . . . ... . . ... . ........... .. . .... ....... . ... ......... . . . ... . .. . . .. . ..... . . . . . . . . ..... . ... . . ..... . .. . . .. .. . . . . . ... .. . . . .. . .. . . ..
lowQualScore : 4 4 4 4 4 4 4 4 4 9 4 4 888 4 0 2 0 444444 0 000 55 0 9999999999 6 0 0 0 99999999999999 55 5555 000000000000 444 0 444 33 55 44444444 11 2222 4 4 8 4 8 11 88 11 8 00 11 999 66666 66 11111111111111111111111111 4 4 0 000 55 44444444 0 0 55555555 7777777 11 11 4 4444444 4 4 4 77777777777777777 4 4 44 0 00000 0 0 0 66 4 888 888 7777777777777777 444444444 0 6666 99 444444 333333333333 0 22222222222222222 00 000 7 7 888 0 2 0 1111111111111 55 0 88888 6 55555 0 1 0 2 0 111 0 11111 99 3333333333 0 4 7 7 7 0 8 7 22 7 7 99 7 4 99 0 0 99 888 0 8 6 2 33 6 3 77 3 888 22 1 22 5555 1 1 66 11111 9 99 9 7 66666666666 9 99 9 9 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 0 1111 1 1 1 1 2222 2 9 66666666 888 9 999 9 000 111111 000 1 33 1 2 2 1 2 1 1 22 1 1 22 3 66 7 3 3 3 3 3 99 3 3 111111111111111111111 555 444 1 66666666666 22 5555 1 5555 9 9 99 9 9 9 9 9 9 9 9 9 99 9 0 9 44444444 1 1 444444444444444444444444444444444444444444444444 444 9 3333333 9 9 9 9 9 444 9 9 000 9 55555555555 22 1 0000 8888888 1 222 333333333 1 2 1 666 7 99 7 7 66 7 33333 7 7 7 7 7 7 7 7 00000 7 777 7 7 00000 2 66 0 0 66 00 8 0 4 0 0 555 88 2 2 6 88 8 22 8 0 00
consensus : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATT-GAG-AGGT-A---------TTGA-ATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATG-GTGTA-TAAT---TCAG--CTATAC---A--TT-AAGTGCAAATAGA-CGT-AATCCTTTAACTTATTAT-TCANTTAC-AAT--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAAC-TTATTCAA--TTT-CA-TG--TAAT---TTC-ATAAAATTTT-ACCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAG---TAATAC--------AGAAA---------------TTCG---------TT------ATAGTCGGC-ACTCCGA-TTGAT-AA-CA-TTG-ACC----CAGGCT-A--------TCAT-TTAA-TAAAC---A-AGT---ATA------GAG---C-AT--G-CA-GG-TT-CA-GT-GAA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AATT-G-TT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-T-GTGAA-TTTTGAC-A-GATT-TTG-AG-ATG--T-GCGGG-G--------T-AGA-T------------C-------------AG---------G----------T---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GN----------AGA--GT-GGA-T-AATTAGT--CNNA-T-T-G-C---------A-ACG-TACACAGTGCTTGGGACTGAAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-G-T-AA-A---TTGGC-GG---TCA-TAAT-TTTTTTTGCT-----GTTGAAATTTT-G-AAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
Reference ( family-1948 ) : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---NAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------CAAT--TNT--A--GT--TAA-CA-------C-ATT-GAG-AAGT-A---------TTGANATTA-AA-TAAC-NAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--GTNCGTANNNNANTNGNNNANCATTNNNAGCGNNNCCCNNNNTCCCCCNNCNGNAC-CTCA-T---GCT-GCTCGCT-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATGCTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CTCCATG-GTGTA-TAAT---TCAG--CTATAC---A--TT-AAGTGCAAATAGA-CGT-AATCCTTTAACTTATTAT-TCANTTAC-AAT--AACATTTA-TTA-CGTTT--AAAC-TTATTCAA--TTT-CA-TG--TAAT---TTC-ATAAAATTTT-ACCTTTATTCAGC-GACTGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---TTA---A--TTAG---TAATAC--------AGAAA---------------TTCG---------TT------ATAGTCGGC-ACTCCGA-TTGAT-AA-CA-TTG-ACC----CAGGCT-A--------TCAT-TTAA-TAAAC---A-AGT---ATA------GAG---C-AT--G-CA-GG-TT-CA-GT-GAA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AATT-G-TT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATC-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-T-GTGAA-TTTTGAC-A-GATT-TTG-AG-ATG--T-GCGGG-G--------T-AGA-T------------C-------------AG---------G----------T---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GN----------AGA--GT-GGA-T-AATTAGT--CNNA-T-T-G-C---------A-ACG-TACACAGTGCTTGGGACTGAAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-G-T-AA-A---TTGGC-GG---TCA-TAAT-TTTTTTTGCT-----GTTGAAATTTC-G-AAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAGGGAC-GGGG---GGGGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
gi|1 : TACAT-GTG-AC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTG--CAATG-CAT------TCTTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--GG----C---TTT--TTA---TAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--A-TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAATTCA----A-T-------------------A-GAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-T-GT--------TAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATT-GAG-AAG-------------TGA-ATTA-AA-TAAC-CAACTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTATG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TC-------TGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCT-GCTCGCC-GGA---TAT--A--GGAG-TTG----ATACTACTGAACTGT-AGTTTTT-TTTTTCT-CACCATG-ATGTAGTAATA--TCAG--CTATATTCAA--TTAAAGTGCAAATAGA-CGT-AAT-CGTGAACTTGTCATGTCA--TAC-AAT--AACATTTA-TTA-CATTT--AAAC-TTATTCAA--TTT-CA-TG--TAAT---TTC-ATGAAATTTT-ACCTTTTTTTAAG-GA-TGT-ACATT-TTTTCG-A---AT--AC-AAACCGC-----G-TTTC-TACTTTTG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------TAGAGTT-A--TC-T-TCCCATATTA---ATTTTAG---TAATACTGTTGTA-AGAAA---------------TTTGT--------TT------ATAGTTGGC-ACTCCGA-T--AT-AA-CA-TTG-ACC----CAGGCT-A---------------AG-CTAAC---A-AGT---ACA------GAG---C-AT--G-CA-GG-TT-CA-GT-GAA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-ATAT-G-TT-GTTT-AT-T--TGA-TA-AAA----------AT--C------AAGC---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AA-GATT-GTGG--TTT-CAA--A-GG-T-GTGAATTTTTTAC-A-GATT-TTG-AG-ATG--T-GC-AG-G--------T-AGA-T------------C-------------AG---------G----------T---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--TGGT-GT-TC---A-GA----------AGA--GT-GGA-T-AATTAGT--C-TA-T-T-G-C---------A-ATG-TACACAGTGCTT-GGACTGAAAAAAA---TTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--G--AAAT-GGCT-TCGTACTACATG-T-AA-A---TTGGC-GG---TAAGTAAT-TTTTTTTGCT-----GTTGAAATTTT-GAAAATGACGGG-AGATT--TTAAAC-TTTTAGT-GGGAGGGAC-GGGG---GGCGG--TCTCAAAATCGGGAGAATTTTAATCTCCCACCGGGAGAATT-AC--ATGTA
gi|10 : CGA-TTGATCAA-CAATTG-ACCAGCTTAAGCT-AACAA----TCCT-TTAA-TAAACC--A-AAT---ACA------GAG---C-AT--G-CA-GG-TT-TA-GT-GAA-GTT--AAT-TAA-CCTAACA-CA--TT-AATTTG-TT-GTAT-AT-T--TAATCA-AA------------T--C------AAGG---CT---CC-ATG-----------AA---C----AA-G--T-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-T-TTTAA-TTT-GAC-A-GATT-TTG-AG-ATG--TTGTGGG-G--------TTAGAAT------------C-------------AG---------G----------TCAAAT-GACAGGTTGAAA-T-CT-A-CA-ACC---GGT-GT-TC---A-GA----------GAA--GT-GGA-T-AATTAGTTCCTAA-T-T-G-C---------A-ATG-TACACAGTGCTTTGGACTGAAAAAAAAAATTTGAC-A--T-T-GA--CA-CT--CCAAAAT-GGCT-T-GTAC-ACC-G-TAAA-A---TTTGC-GG---TCA-T-AT-AATTTTTGCT-----GTTAAAATTT--G-AAATGACAGG-AGA-T--TTAAACTTTTTAGC-GGGAGGGACTGGGG---GAGGGTCTCTCAAAATC-GGCGTATTT--ATCTCCCGTGTGGAAGATC-ACCGATGTA
gi|11 : TACAT-GTG-AC-AGAATGGT-TATG--CAC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGA----TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-TTT------CTTTAT-G-TGTCC--TT-------T-TAAAAA--ATAAT----TT-------A----CAA---T
gi|11 : -------A----TAA---TAT-A-T--TGTTTTGTG--AG----C---TTT--TTT---CAAT-TCA-AATTT-ATT-CATTT--A-TTTT--GTTGTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTTTT-AAGTTCA----C-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGAAA--A-CA-----T-TCGT--------CAAT--TAT--ACAGT--TTA-CA-------C-ATT-GAG-AGGTGA---------TTGA--TTA-AA-TAAC-CAATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---GTT-------TCTGTTTAGTGTATAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GCGG--tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaataatatattgttttgtgagcttttttcaattcaaatttattcatttattttgttgttgtatttttgaagggtttttaagttcactatagggcttttgttgaaaacattcgtcaattatacagtttacacattgagaggtgattgattaaataaccaattttatttcacatatttattacggaagatacaaggtttctgtttagtgtataggcaactttatctatggcgg
gi|12 : tacatgtgacagaatggttatgcacaactggagatttgaagtttttcagctggattttggtctgaaaactggagactttttgtcgacattttttcaacgtttctttatgtgtccttttaaaaaataatttacaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaa-TTTTCG-A---TT--AG-AA--CGT----GA-TAAC-TATTTTCT-ATTTTT-----G-TC--G-AGTA-TTGCTATATTATGGGAGTT-A--TC-T-TCCC---TAACACA--TTCG---T--TAT--------AGAAAGAACAGTTCCTATAGTTCGGCGGTGATGTT------A-AGTCAGC-ATTCTGA-TTCA--AT-TC-TTATACC----CAAGCT-A--------TCA-----A-T---C---A-TGT---GTATTCAATGAA---C-AT--G-----G-TC-GT-GT-GGG-GTT--AAC-TAA-CC--AAA-CA--TT----C-G-TT-GTTT----T--TAA-AACAAA----------AT--T------AAGG---AT---CA-GTG-----------ACA--C----AA-GAAC-GTAGT-TT--CAA--A-AG-A-GTAAA-TTTCTAC-A-GACT-TTG-AG-ATA--T-ACCAG-A--------A-ATA-T------------C-------------GG---------A----------T---GT-GA-------ACA-T-CT-A-GC-ACC--TGGC-TT-TC---A-ATTGTGTAAAACAGA--GT-GGA-A-AATTATC--TTGA-T-T-G-CGACATACATA-ACG-TACACATTG
gi|13 : AAT---TTC-ATAAAATTTT-ACCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TTTTCG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-CTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-A---A--T-AG---TAATAC--------TG-------------------TCA---------T-------AGAGTTGGC-ACTCTGAATTGAT-AA-CA-TTG-ACC----CAAGCT-A--------TTAT-CCAA-TAAAC---A-AGT---ATA------GAA---C-AT--G-CA-GGGTT-CA-GT-GAA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AATT-G-TT-GTTT-AT-T--TAA-CA-CAATCAAGG----AT--CCAAGCCAGGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT-CAA--A-GG-T-GTGAA-TTTTGAC-A-GATT-TTG-AG-ATG--T-GCAGG-G--------T-AGA-T--------------------------AG---------G----------T---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GT----------AGA--GT-GG----------------------------------A-ACA-TACACAGTGTTTGGGACTGGAAAAAA---tagatcatttaact
gi|14 : -AAT--AACATTCA-TTA-CGTTT--AAAC-TTAATAAG--TTTTCA-TG--TAATAATTTC-ATAAAATTTT-ACCTTTATTCAAC-AACTGT-ACATT-TTT-CG-A---AT--GC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TT-T-TTCC---T-A---A--T-AG---TAATACTGTCGTAGAGAAA---------------TTC----------TTGAAATAATAGTCGGC-ACTCCGAATTGAT-AA-CA-TTG-ACC----CAAGCT-A--------TCAT-TTAA-TAAAC---A-AGT---ATA------GAG---C-AT--G-CA-GGGTT-CA-GT-GAA-GTT--AAT-TAA-TT--ACA--A--TT-AATT-G-TT-ATTT-AA-T--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---A--------------------------------A-GATC-CTGGT-TTT-CAA--A-GG-T-GTGAA-TTTTGAC-A-GTTT-TTG-AG-GTG--T-GCTGG-G--------T-AGA-T------------C-------------AG---------G----------T---GT-AA-------AAA-T-CT-A-CG-ACC--CAGT-GT-TC---A-a
gi|15 : TACAT-GTG-AC-AG-ACT-T-CATG-TCACAAA-CTGGAG-ATTTG-AAGTTTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACTGGGAGAACTT--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTTCCCAATG-CAT------TCTTAT-G-TGTCCAACTG-----GT-T----A--ATAAT----TTC------A----AAA---TAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTTAATTTTAAAAAT-TCA-AATTTTATT-CATTT--ATTTTT--GTATTTGTA---TTTTG--CA---GG---GTTTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A--AGGAC--TT-T---GTTGAAA--A--A-----T-T-GT--------CAAT--TCT--A--GT--TAA-CA-------C-ATT---G-AAGT-ACATATTTTTTTG-TATTA-AA-TAAC-CAACTTT--TAT-----C-C-AT-A-TTTATTACG--GAAGAATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATAG------G--C
gi|16 : aAACTTT-ATTT-----CAA-AT-A-TTTATTATG--GAGG-ATATA---AG---GTT-------TC-------TGTTAAG------G--CAACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNCA-T---GCTGGCTTGCT-G-------T--A--GGAA-TTG----ATGCTACTGAACAGT-AATTTTT-TTTTTTT-ATCCATGTGTATA-TAA----TCAG--CTATAC---A--TT-AAG-GTAAATCCC-CAT-AACCCTTTAAca
gi|17 : tAT-AA-CA-TTG-ACC----CAT-CT-A--------TCAT-TTGA-TAAAC---A-AGT---ATA------GAG---C-AT--G-CAAGG-TT-CA-GT-GAA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AATT-G-TT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAATCAAGGATCCATGCC------AGGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT-TAA--A-GG-T-GTGAA-TTTTGAC-A-GATT-TTG-AG-ATG--C-ACAGG-G--------T-AGA-T------------C-------------AG---------G----------T---GT-GA-------TAA-T-CT-A-CC-ACC--CAAT-GT-TC---A-GT----------TGA--GT-GG----AATTAGT--CAGATT-T-A-C---------A-ACA-TACACAGTGCTTGGGACTGAGAAAAaattctaaatatccatattatttcaaccaaaatttgtatgtattttgtcaaggatgtatat
gi|18 : tagttggcAT-GTG-AC-AGAACTGTTCATGGTCAC-AAACTGGAG-ATTTGTAAG-TTTT-CAGCCTGGAT---TTATTG-T-TTGAAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-GTAGATTTTTTT--CAAAG-GCGGGGGGGTCTTATCG-TGTCC-ACTGTTATAAT-T----ACAATAAT----TTTTTTTTTA----TGA---TAA-ACTCATGTGTT--G--AG----C---TTT--TTT---AAAT-TCA-AATGTTATT-CCTTT--A--TTT--GTTTTTGTAT-TTTTTG--AACCCGG------TTT--AAG-TCA----A-T-------------------A-TAGGTT-TTT-T---GTTGAAA--A--A-----T-G-GT--------CAAT--TCT--
gi|19 : actAT-AA-CA-TTG-ACC----CAT-CT-A--------TCAT-TTGA-TAAAC---A-AGT---ATA------GAG---C-AT--G-CAAGG-TT-CA-GT-GAA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AATT-G-TT-GTTT-AT-T--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---AT---CC-ATG-----------AAA--C----AG-GGTT-GTGGT-TTT--AA--A-GG-T-GTGAA-TTTTGAC-A-GATT-TTG-AG-ATG--C-ACAGG-G--------T-AGA-T------------C-------------AG---------G----------T---GT-GA-------TAA-T-CT-A-CC-ACC--CAGT-GT-TC---A-GT----------TGA--GT-GG----AATTAGT--CAGATT-T-A-C---------A-ACA-TACACAGTGCTTGGGACTGAGAAAAA---
gi|2 : tggcTACAT-GTGGAC-AGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAG-ATATG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGGTT-CTG-AAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCGTACA---TTTTTT--CA--T-CTT------TCTTAT-A-TGTCC-ATTG-----GTGT----A--ATAATGAGATT------------CAA---TAA-A-TCATGTGTT-TGA-AG----T---TTT--TTTA--AAAT-TCAGAATTTTATTGCATTT--A--TTT--GTTTTTTGA--TTTTTGAAAA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----AGT-------------------A-TAGGGC-TTTCT---GTTGAAA--A-CA-----TGT-GC--------CAA---TAT--T--GT--TAAGCA-------CTATT-GAGAAAGT-A------------AACTTA-AAGTAAC-AATCTTTAATTTCATCACAT-AT-A-TCTATTACGT-GAAG-ATACA---AG---GTT-------CC-------TGTATTG------GATC-ACTTT-ATCTATG----GTGG--T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCA-T---GC--GCTCGTT-GGA---TATTCA--GGAG-TTG----ATGCTAC-GTACTGT-AGTTTTT-TTTCTGT-CTCCAT--GTGTA-TAAT---CCAG--CTATAC---AGGTT-AAGTGCAATGAGACCATAAATCTCTTAACTTATTAT-TCGATTAC-AAT--AACA-TTA-TTAGCGTTT--AAAC-TTATTCAAC-TTT-CA-TG--TAAT-------------TTTT-ACCT-------------TGT-ATATTCTTCTCG-AATGAT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TA-TTTCG-TTTTTGCATGTG-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-AACTC-T-TTCC-----G---A--TTGA---TAACA
gi|2 : TCCGA-TTGAT-AA-CA-TTG-CCC----CAGGCTTAGGCT----TCCT-TTAAATAAAT---A-AGT---ACAT-----GAG---C-AT--G-CG-GG-TT-TA-GT-GAA-GTT--AAT-TAA-CT--ACA-CA--TT-AATT-G-TT-GTAT-AT-T--T-A-TA-AAT----------AT--C------AAGG---AT---CC-ATG------------AA--C----AA-GATTAATGGT-TTT-CAA--GTGT-T-GCGAT-TTTGGAC-A-GATT-TTG-AGAATAGTT-GCAGG-G--------T-AGA-TTCAGGTCAGGCAC-------------AG---------G----------T---GT-GA-------AAA-T-CG-A-AC-ACC--TGGT-GT-TC---A-GA----------AGA--GT-GGA-T--ATTAGT--CCTA-T-T-G-C---------A-ATG-ttgccccaggcttaggcttcctttaaataaataagtacatgagcatgcgggtttagtgaagttaattaactacacattaattgttgtatatttataaatatcaaggatccatgaacaagattaatggttttcaagtgttgcgattttggacagattttgagaatagttgcagggtagattcaggtcaggcacaggtgtgaaaatcgaacacctggtgttcagaagagtggatattagtcctattgcaatg
gi|20 : tacatgtggacagaactgtcatgtcacaactggagatatgaagtttttcagctggagttttggttctgaaactggagactttttgtcgtacattttttcatctttcttatatgtccattggtgtaataatgagattcaataaatcatgtgtttgaagtttttttaaaattcagaattttattgcatttatttgttttttgatttttgaaaagggttttaagttcaagtatagggctttctgttgaaaacatgtgccaatattgttaagcactattgagaaagtaaacttaaagtaacaatctttaatttcatcacatatatctattacgtgaagatacaaggttcctgtattggatcactttatctatggtggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccatgcgctcgttggatattcaggagttgatgctacgtactgtagttttttttctgtctccatgtgtataatccagctatacaggttaagtgcaatgagaccataaatctcttaacttattattcgattacaataacattattagcgtttaaacttattcaactttcatgtaatttttaccttgtatattcttctcgaatgatacaacgcggtttctatttcgtttttgcatgtgtcaagtgtgagagttaactctt-TTT-CAA--A-GG-T-GTAAA-TTTTGAC-A-GATT-TTA-AG-ATG--T-GTGGG-G--------T-AGA-T------------C-------------AG---------GTCACAACAGGT---GT-GA-------AAA-T-CT-A-CA-AGC--TGGT-GT-TC---A-GG----------AGA--GT-GGA-T-AATTAGT--CCTA-T-T-G-C---------A-ATG-TACACAGTGCTTTGGACTGAAAAAAA---TGT--C-A--T-T-GA--CA-CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ATG-G-T-AA-T---TTGGC-GG---TCC-TAA--TTTTTTTGCT-----ATTGAACTTTT-G-AAATGACGGG-ATATT--TT-AAC-TTTAAGC-GGGAGG
gi|21 : TACAT-GTG-AC-AGAACTAT-CATG-TCGC-AA-CTGGAG-ATTTG-AAG-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTGAAAACT-GGAGA---T--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAACG-CTT------TATTAT-G-TGTCC-ATTG-----GT-T----A--ATAAT----TT-------A----CAA---CAA-A-TCATGTGTT-TG--AG----C---TTT--TTT---G--T-T----------------------TTTT--GTTTTTGTA--TTTTTG--AA---GG---G-TTT
gi|22 : aT--AAAC-TTATTAAAATTTT-CA-TGAATAAT---TTC-ATGAAATTTT-ATCTT-ATTCA-C--ACTG--ACATT-TTT-CG-A---ATTTAC-AA--CGC----GG-TTTCTTACTTTCG--CTTTG-----A-CC--A-AGTGTT-----------GAGA--T-A--TC-T-TCCC---TTA-------TAG---T-AT----------------------------------------------------------GC-ACTCCAA-TT-AT-AA-CA-TGA-AAC----CAAGA--A--------TC-C-TTAA-AAAAC---ATAGT---ATA------GAG---a
gi|23 : G---G-GTTT--AAGTTCA----A-T-------------------A-TAGGGC-TTT-T---GTTGGAA--A-C-------------------------------A--GT--TAA-CA-------C-ATT-GAG-AAGT--------------AAAGTA-AA-TAAC-TAAATTG-ATTT-----TAC-AT-A-TTTATTACG--GAAG-ATACA---AG---ATT-------TC-------TTTAGAG------G--CAATTTT-ATCTATG----GTGG--T--ata
gi|24 : -GA-------AAA-T-CT-A-CC-ACC--CGGT-GT-TC---A-GT----------AGA--GT-GGA-A-AATTAGT--GGGATT-T-A-C---------A-ACA-TACACAGTGCTTGGGACTGA
gi|25 : --TTC-CA-TG--TAAA---TTC-ATAAAATTTT-ACCTTTATTCAGC-AACTGT-ACA-T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GGTTTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---TGAcccacacggcacgataatttgtcatcgttgataaggatattccaaataaa
gi|26 : atTTTT-ACCTTTATTTAAC-GACTGT-AAATT-TT--CG-A---AT--AC-AA--CAT----AG-TTTC-TACTTTCGCTTTCTG-----C-TC--A-AGTG-C-----------GAGAGTTCA--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---TAATAC----------------------------TTTG---------TT-------TAGTCAGC-AC
gi|27 : TC-ATAAAATTTT-ACCTTTATTCAGC-AACTGT-ACATT-TT-TCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----G-TC--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---A---TAG---T
gi|28 : -CTGACAACT-GAAGG---T--TTTTTGTTG-ATT---TTTCTT--CATTG-TAT------T-TTAT-G-TGTTC-ATTG-----GT-T----A--ATAAA----CT-------A----CAT---TAA-A--CATTTGCT-TG--g
gi|29 : TT-T---GTTTGAA--A-CA-----T-T-GT--------CAATA-TAC--A--GT--TTA-CA-------C-ATTGGAA-AGGT-A---------TTGA-ATTATAA-TAAC-AAATTTA-ATTT-----TCT-ATCA-TTTtcgtgttttatgttcc
gi|3 : ---GCT-GCTCGCTTGGA---TAT--CTTGGAG-TTG----ATG-TACTG--TTGT-TTTTTTTGTTTTTTT-CTCCATG--TGTA-TAAT----CAG--CTATAC---A--TTAAAGTGC-AATAGA-CGT-AATCCTCTAATTTATTAT-TCAATTAC-AAT--AAC-TTGA-TGA-CGTTT--AAACAATATT-AA--CTC-CATTG--TAAT---TTC-ATGAATTTTTAACCTTTATTCAGC-GACTGT-AC--T-TTTTCG-A---AT--AC-AA--CGC----GG--TTC-TACTTTCG--CTTTG-----T-TT--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC----TA---T--TTAG-----------------------------------------------------------TAGTC-GC-CCTCCGA-C---T-AA-CA-TTG-ACCCG--CAGGCT-AAG------CTATCTTAA-TAAAC-----AGT---ATA------GAG---C-AT--GCCA-GG-TT-CA-GTGGAA-GTT--AATATAA-CT--ACA-CA--TTAAATT-GTTT-GTTTGAT-TC-TAA-GG-AAA----------AT--C------AAAG---ATATCCC-ATG-----------AAA--C----AA-A----GGAGT-TTT-CA------G-TGGTGAA-TTTTGATAA-GATT-TTG-AG-ATG--T-GCAGG-G--------T-AGA-TG-----------CAAGGTTCATGACAAG---------G----------T---GT-GA-------AAA-T-CT-A-GC-ACCTTCG---GT-TCGCGA-GG----------AGGATGT-GTATT-AATTAGT--CCCA-TGT-A-T---------ATATGTTACACAGTGCTTGGGATTGGAAAAGAAGCTTAGAC-A--T-TCGA--CATCT--C--AAAT--GCTGTCGTAC-ATG-GTT-AA-AGTCTTGGCAAG-----A-TAATGTTTTTGTGAGAGAGAGTT--AGTTTCGG-AAAAGA--GG-AG-TT--TTAAAC-TTTAAGC-GGGAAGGGG-AGGGAAAGGGAG--TCTCAAAATCAG--GAAT----ATC-CCCGCCGGGAGAATCAAC--ATGTActcaaacaatcaagt
gi|31 : GCTTGTGACTGAAAACCA---ATTGAC-A--TCT-GAACCA--T--C--AATT-GGCT-CAATAC-A-G-G-T-AA-T---TTGGC-GG---TCA-TAAT-TTTTTTTt
gi|32 : agttcAA----------AT--C------A--G---AT---CCTCTC-----------AAA--TCGTTAC-GATC--TGAT-TTT--AATTA-GA-T--TGAA-TTTTGAC-A-GATT-TTG-AG-ATG--T-GCGGG-G--------
gi|33 : -AA--CGC----GG-TTTC-TACTTTCG-GTTTTG-----G-TC--A-AG-----------------------A--TC-T-T-CC---TTA---A--ATAGATCTAGTAG--------AGAAA---------------
gi|34 : GTT-A--------CCCT-TTAA-TAAAC---A-AAT---ACA------GAG---C-AT--G-CAGGG-TT-TATGT-GAGTGTT--AAT-TAA-CT--
gi|35 : AATCGGGAGA--TTTAATCTCCCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTAta
gi|4 : TACAT-GT-------AATGGT-C-TG-T-AC-AA-CTG-AG-ATTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGAG---TTTTGG-T-CTG-AAACT--GAGA---CTTTTTTTTTCG-ACT---TTTTTT--CAATGTCTT------CCTTAT-GCTGATA-ATT-------T-TTAA-A--ATAAT----TT-------GTATCCAATACTAG-G-TTA-GTGTT-CG--AACGTTC---TTC--TTT---TAAT-TC--AATTTT-TT-CATTTTCA-TTTTTGGTTGTTGTAGGCTTTTG--AAAT-GGTCCA-TCTT--ATATTCATGTTA-TTTATGGTTTGGTATGTTTGA-TAGGGT-TTT-TAAAGTTGAGACTA-TAGGCTTT-T-GTTTGAAGAACAAT--TGTCAA--GTTATAA-CAGTTTCCTC-ATT-GAA-AGGTAA---------TTGAGATTA-AA-TAACGAAATTTT-ATTT-----CAC-AT-AGTTTA-TACGTCGAAG-ATACATCCAG---GTT-------TC-------TGTTTAGGGTTTAG--TGACTTT-ATCTATG----G-GGTAT--GTGCGTACTAAACTAGTTAATCATTCATAATGTGTCTCAGTCTCCCCTCACGGAAC-CTCA-TATCGCT-GCTTACT-G----------A--GTAGTTTGTTATATG-TAAGGAACTGTAAG------TTTTTCTACTCCATA-TTAT--TAAG---TCAG--CTATACT--A--TT--AGTGC-AAT-GA-CGT-AATCTTtg
gi|5 : -T---GCT-GCTCGCT-GGAAATTAT--A--GGAG-TTG-----TGCT-TT--ACTGT-AGGTTTT-TCTT----CTCCATT-GTGTA-TAAT----CA---CTATAC---A--T---AGTG-AAATAGA-CGT-AATC-TGTAACTTATTGT-TCATTAAC-AAT--AACATTTACTTA-CGTTTTAAAAC-TTATTCAAC-TTT-CA-TG--TAAT---TTC-AT----------------TTCAGC-GACAGTTACATT-TTTTCGGA---AT--ACCAA--CGC----AG-TTTT-CACTTTCG-CTTTTG-----G-TCCCA-AGTGGT-----------GAGAGTT-A--TC-TGTCCC---CTA---T--TTAG---C----C--------A-AAA---------------CTCA---------TT------A--GTCCGC-ACTC-GA-TGAAT-AA-CA-TTT-ACCATT-CAGGCT-AAAGCTTATTCCT-TTAA-TAAACCCAA-AGT---A-A------GAG---CCATAGG-CA-GG-GT-TT-GT-GAA-GTTTCAAA-TAA-CT--ACA-CA--TTTAATT-G-TT-GTAT-AT-T--TAA-TA-AAA----------ATT-C------AAGGG--AT---TC-ATG-----------AAAAAC----AA-GATT-GTGGGATTT-CAA--A-GG-T-GTGAA-TTTGGAC-AAGATTGTTGGAG-A-G--T-GCGGG-GCCAGCGGGT-AGA-T------------C-------------AGTCCACGACAG----------T---GT-GA-------AAAAT-CTTA-CCCACC--TGGT-GT-TC---A-GA----------AGA--TT-GGA-T-AATTAGT--CCTA-T-TGG-C---------A-A---TACACAG---CTGGGACTGAAAAAAA---TTTATT-AATT-T-GAC-CA-CTCCC--AAATGGGCT-TCGTAT-ACA-G-T-ggtagcgttggtaacactttaataccatataaactgagattcaatagaggacagtgtctgttgaattt
gi|6 : TTTCG-CTTTGC-----T-TA--A-AGTG-T-----------GAGAGTT-A--TC-T-TCCC---T-----A--TTAG---TA--------------------------------------------------------GTCGGCCACTTC----CGAT-AA-CA-TTG-ACC----CAGGCT-AAGCTA---TCCTATTAA-TAAAC---A-AATGATATA------GAAAAAC-ATT-G-CA-GGGTT-CATAC-AAT-GTT--AAT-TAA-CT--AAAACAATTT-AATT-G-TTTATGT-GT-TAGTAA-TA-AAA----------ATATC------AAGAGGAAT---CC-ATG-----------AAA--C----AAAGAAT-GTGGT-TTT-CAA--A-GGGT-GTGAA-TTTT-AC-A-GATT-TTG-AG-ATG--T-GCGGGAG--------T-AGA-T------------CCAC----------GGTCACGACA-G----------T---GTTGA-------AAA-TTCT-AACC-ACC--TGGT-GTATC---A-GA----------AGA--GTTGGA-TTAATTAGTTTCATA-T-C-GGC---------A-ATG-TACACAGTGCTTGGGACTGAATAGAA---TTTGACAA--T-T-GA--C--CT--C--AAAT-GGCT-TCGTAC-ACG-G-T-AATA---TTGGC-GAGGTTCA-TAAT-TTTTTTTGAT-----GTTGAAATTTT-G-AAATGACGGGAAGATTTCTTAATA-TTTAGGCGGGGAGGGAC-GGAG---AGGGT--TC-CAAAATCGGGAG-ATTTTAATCT-CCGCCGGGAGAATC-AC--ATGTA
gi|7 : TACATTGTG-AC-AGAATGGT-CATG-TCAC-AA-T--GAG-ATTTG-A-G-TTTTTCAGC-TGGGGAGGTTTTGA-T-TAGAAAACT-GGAGA---A--TTTTTGT-G-ACA---TTTTTT--CAACG--TT------TCTTAT-G-CGTCC-TTT-------T-TTAA-A--ATAAT----T--------A----CAA---TAATA-T--TGTGTT--G--AG----CC--TTT--TTT---TAATGTCA-A-TTTTGTT-CATTT--A-TTT---GTT---GTAA-TTTTTG--AA---GG---G-TTTTTTAAGTTCA----C-TC------------------A-TTAGGC-TTT-T---GTTGAAA--AACA-----T-T-GT--------CAATGATAC--A--GT--TA--CA-------C-ATT-GAG-AGGT-A---------TTGAATTTA-AA-TAAC-ACATTTT-ATTT-----CAC-AT-A-TTTATTAAG--GAAG---ACA---AGTTTGTTTGTATAGTA-------TATATAG------G--CAAC-TT-ATCTATGGGCCGTGG--T---TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTCATT---GCT-GCT-ACT-GAA--------A--GA------------------GAACTGT-AGCCGTT-TTTCTCT-ATATATG-TTA-A-TGATACATCAG--CTATAC---A--CT-TAGTGC--ATAGA-CGT-AATC
gi|8 : ATTAT-TTATTTACTAATGAAACATTTG-TTA-CGTTT--AAAC-ATAAT-AA--TTT-CA-TG--TAAT---TTCCATAAGATTTT-AC-TTTATTCAGCAGACTTG-ACATT-TTT-CA-A---AT--AC-CA--CCCTACGGG-TTTC-TACTTTCG-TTTTTG-----GATC--ACAGT--T-----------G-GAGTT-A--TCCT-TCCC---TTA---A--T-AG---TAG-A---------AGAAA---------------TTAG---------TCCA----ACACTCG---AATTGGA-TTGAT-AAACA-TTG-ACC----CAAGCT-A--------TTAT-TTAA-TAAAC---A-AG----ATA-------AG---C-AT--G-CA-GG-TTTCA-GT-GAA-GTT--AAT-TAAACT--ACA-CA--TT-AATT-G-TT-GTTT-ATGT--TAA-CA-AAA-----------T--C------AAGG---AT---CC-ATGCAGGAGATCATGAA--C----AG-GATC-ATGGT-TTTTCAA--A-GG-T-GTGAA-TTTTGAC-A-GATT-TTG-AG-ATG--T-GCAGG-G--------T-AGA-T---------------------------A---------G----------T---GG-GA-------AAA-T-C--A-CC-ACC--CAGTGGT-TC---AGGT----------AGA--GT-GGA-A-AATTAGT--CAGACT-T-A-C---------A-ACA-TACACAGTGCTTGGGACTGAAAAAt
gi|9 : CAG-GTG-ACCAGAACTGT-CATG-TCAC-AA-CTGGAGAATTTG--AG-TTTTT-AGC-TGGAG---TTCTGG-TGCTTGAAACT-GGAGA---C--TTTTTGTCG-ACA---TTTTTT--CAATG-ATC------TGTTAT-T-TGT-C-ATT------------------TAAC----TT-------A----CAA---TAA-A--CATGTGTG-TGTTAG----CTTTTTT--TTT---AAAT-TCA-AA-TTTATT-C-CTT--ATTTTT--GTTTTTG-A--TTTTTG--AA---GG---G-TTTT--AAGTTCA----A-T-------------------ATTAGGACTTTT-T---GTTGGAA--A-C------T-T-GT--------CAAT--TTCA-A--GT--TAA-AG-------T-ATT-GAG--AGT-A------------ATGTTA-AA-TAAA-CCACTTT-A-TT-----CACGAT-A--TTATTACG--GAAG-ATACA---A----GTT-------CC-------TGTATAG----------AACTTTAATCTATG----GTGG--TACGACTGTAAACTAGTTAGGTAATATTGTAAGCTATGTCTTCAGTCCCTCACCTACAC-CTCA-T---GCT-G--CG---GGA---TAT--A--G--A-TTG----ATGCTA------TGT-AG---TT-TTTTTCT-CTCCATG---GTA-TAA----TCAGACTTATAC---A--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GTCACGGTGAACTTTATTATGGTTGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAT