lowQualScore : 1 1111 11 1111111 22 22222 111111 44444444444444444444444444444 2222
lowQualScore : 6 2 2 33 2 2 5 444 2 2 2 2 2 7 555 2 33 7777 444 2 888888 8888 2 2 88888888888888888 8888888 3 3 3 2 3 2 6666 2 2 6666 44 44 22 444 2 2 2 444 5555 2 2 2 44 2222222 88 44 3 44 66666 444444 66666666666666666666666666666 555 9 5 777 4 2 1 88888 4 4444
lowQualScore : . . . .. . . . ... . . . . . . ... . .. .... ... . ...... .... . . ................. ....... . . . . . . .... . . .... .. .. .. ... . . . ... .... . . . .. ....... .. .. . .. ..... ...... ............................. ... . . ... . . . ..... . ....
lowQualScore : 3 7 7 77 7 7 6 777 7 7 7 7 7 9 000 9 99 5555 000 9 222222 3333 9 9 00000000000000000 4444444 1 3 3 4 3 9 1111 9 9 1111 55 22 44 555 6 7 7 777 1111 7 7 7 77 9999999 66 66 3 66 88888 222222 44444444444444444444444444444 333 4 5 111 0 4 4 55555 6 3333
consensus : ATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCGCC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTT-TAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TG------GATTG---A-C-ACCTGCAGAGAC----CAT---GGTCC--TCAG--GT---A-CC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TA-C----GG-CCC--ATA-NTTACCTG-CGTTCCT-TAG-ATCTT---GAGGAA--G-CCCA-A-TACT-CCCGAGTTTTGAAA-GC----AGTGA--CCTG-TCCACAAT--TGCT---ATTT------TCTCA-T-A--------T-C----TAA------AAAC--GTCCCCCGAAC--AATGCA-ATTTAATACAGCACCCCTCCCCCTTCTC---TATATAC
Reference ( gi|8 ) : ATTGTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCGTC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTT-TAGC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TG------GATTT---A-C-ACCTGCAGAGAC----CAT---GGTCC--TCAG--GT---A-CC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TA-C----GG-TCC--ATA-CTTACCTG-TGTCCCT-TAG-ATCTT---GAGAAA--G-CCCA-A-TACT-CTCAAGTTTTGAAA-GT----AGATA--CCTG-TCCACAAT--TGTG---ATTT------TCTCA-T-A--------T-C----CAA------AAAT--GTCTCCCGAAC--AATGCA-ATTCAATACAGCACCCCCCCCCCTTCTT---TATATAC
gi|2 : ATTCTACCTG-TGTT-CT--G-A-TATCC---TGCCAA-TC-AA-A-TTTT-TAAC---AA-CA--G---AT-C-TCAGG-TG------GATTG---A-C-ACTTGCAGAGAT----GGT---GGTCC--TCGG--GT---G-CC-CCT-GATAAGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TA-C----GG-CCC--ATG-TATACCTG-TTATCCT-TAG-ATCTT---GAGAAA--G-CCCA-A-TACT-CCCAAGTTTAGAAA-GC----AG-------TG----ACAAT--TGCT---ATTGAA----TCTCA-T-A--------T-C----CAA------AAAT--GTCCCCCGAAC--AATGCACATTT-ATACAGCA--TTTCCCCCTTCTC---TATATAC
gi|7 : aaaaacccaattttaagtttttaacgcccactaATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCGCC---TCTCAA-TG-AA-A-CTTT-TAGC---AA-TA--G---------CAA--TA------GATTG---A-C-ACCTGCAAAGAC----CAT---GATCC--TCAG--CT---A-CC-ACT-GATGGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TA-T----GC-CCC--ATA--TTACCTG-TGTTCCT-TAG-ATCTC---GAGAAA--G-CCCA-A-TACT-CCCAGGTTTTGGAA-GC----AGTGA--CCTG-TCCACAAT--TGCT---ATTT------TCTCA-T-A--------C-C----CAA------AAAT--GTCCC---------------ATTTGACACATCACCCCCatgtattagtgaataattaagcttacaaacaaccagaaatgaaatgcattaa
gi|10 : taaagatcgaattttaatttaacgcccactaATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCGCC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTT-TAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAAG-TG------GATTG---A-C-ACTTGCAGAGAT----CAT---GGTCC--TCAG--GT---A-CC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TA-C----GG-CCCATATA-TTTACCCG-CGTTCCT-TAG-ATCTT---GAGAAA--G-CCCA-A-TACT-CCCAAGTATAGAAA-GC----AGaattatctacata
gi|4 : aagacccaattttaagttaacgcccactaATT-TACCTA-TATC-CT--G-A-TCACC---TGTCAA-TC-AA-G-CTTT-TAAC---AA-TATAG---GT-C-TCAAT-TA------GATTCTTGA-C-ATCTGCAAAGAC----CAT---GGTTT--TCAG--GT---A-CC-CCA-GACAGCTGATTT-GATAAC-A----AT-TA-C----AG-CCC--ATA-GGTACCTG-C-TTCCT-TAG-ATCTT---GAGGAA--T-CCCA-A-TACT-C-CAGGATTTGAAA-GC----AGTGA--CCTG-TCCACATT--TGCT---ACTT------TCTCA-T-AATTAAGATT-T----CAA------AAAC--ATCtgatcc
gi|15 : aagacccaatgttaaattaacgcccacaaATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCACC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTT-TAAC---AT-TA--G---AT-C-TCAGG-TG------GATTG---A-C-ACTTGCAGAGAC----CAT---GGTCC--TCAA--GG---A--A-CCT-GATAGGTGTTTT-TATAAC-A----AT-TA-C----Gcacctggcatatctggattttttgttcagttcatttgtgagtgaccttactatacag
gi|11 : aagacccaattttaagttaacgcccactaATTTTACCTA-TATCGCT--GGA-TCGGC---CTTCAA-TC-AA-AACTTT-TAAC---AAGTA--GTTCCT-C-TCAAG-AT------GATTT---CTC-ATTTGCTGAGACAATACAT---GGACT--TCAG--AT---A-TCTCCT-C----GTGTTTT-GATAAA-A----AT-CA-TTTCTGGCTCC--ATA-CTTACTTG-TGTTCCT-TAG-TTCGC---CAGGAGATG-CCCA-ACTACC-Cacc
gi|21 : aaaaacccaattttaagttaatttccagcgtaaATTTTACCTG-TGTC-C---G-A-TCGCC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTT-GAAC---AA-TA--G---AT-CGGCAGG-TG------GA-TG---A-CAACTTGCAGAGAC----ATT---AATCCT-TCAG--GT---A-Cc
gi|16 : aATTTTACTTG-TATC-CT--G-A-TCGCT---TGTCAA-TC-AA-A-CTTT-TAAC---AA-TA--G---AT-T-TCAGG-TG------GACTG---A-C-ATCTGAAGTGAT----C-T---TGTTC--TC
gi|19 : taacaatttgacacccacaaATTATACCTG-TATC-CT--G-A-TCGTC---CGTCAA-TC-AA-A-CTTTGTA-C---AA-TA--G------------------------------A-C-ACCTGCACAGAC----CGT---CAGCCATTCAG--Ggatcttatcccagacacgtt
gi|1 : aacgatctaatggtgatagcgctccaaaATTTTACCTGATATC-CTAGG-A-TCGCCACTTCGCAAGCC-AAGA-CTTT-TAACGTAAG-TA--G---CCGC-TCAAAATGATTTTTGATTT---G-G---CTGGAG-GAG----CATACTGGACT--TCAGCAATTCCA-CC-GCG-GGT--GTGTTTG-GATAAC-ATGTGATCTG-G----GG-CCC--ATA-CTTACTTGTTGTTCCTGTAGTATC------AGGAA--GACACA-C-CACTCCTGGAGGGTTGAAAGGG----GGGGA--CCTGATCCACAGTGATGT----ATTT------TCTC-------------------------------------------AAC--AATGCA-ATTCAA-ACAGCTCCCC
gi|22 : tcgggagattcaaatataagatggtgacgtttatgggttaagaagacgcatataagattttaaggttacgatggcggccgcagaggcactaaATTTTACCTG-TGTC-C---G-A-TCGCC---TGTC
gi|25 : ATTTTACCTG-T-TC-CT--G-ACTCTCC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTT-Tttatcttacctgtattccttaaatcttgagaaatcccaatgctcccaagttt
gi|17 : aagaccgaatttttaaagttgaaagctcaccaaTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCGCC---TGTCAA-TCAAA-A-CTTT-TAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TG------GATATGA-G-C-ACTTGCAGAGAC----CAt
gi|5 : aaagacccaattttaagtaacgccccactaaagtactCCTG-AGTC-AT--G-A--CGCT---CATAAA--C-AA-----TT-AAAT---GA-TA--G---AT---TCACG--G------GATGA---A-C-A--TGCAGA--T----CA----GGTCT--TCAG--TA---A-AC-CAT-GA-AGATGTTT--GATAAA-A----AT--A-C----G--CCC--ATA----ACTCG-CTTTCCT-T-G-ATCTT----AGAAC--G-CC-A-A-TACT-CCTGAGTT--GAAAAGC----AG-TA--T-TG-TC-ACA-----GTGCAAATTTGAAAATTCTCA-T-A--------T-CAAATCCA------AAAT--GAC-CCCAAA----ATGCA--TTTAATACG------CTCCTCCTTCTC---TATATAC
gi|6 : taaaacctcaattaggtcacgcccactattCTC-TATC-CC--G-A-TGACC---TGTGAA-TC-AA-A-CTTT-TAAA---AA-TA--T---AT-C-TCAGA-TG------GATTG---A-C-ACTTGCAGAGAC----CA-----------------AT---AACT-CCT-GATATATGTTTT-GATAAT-A----AT-CA-C----GG-TCC--ATA-TTCACCAT-TGTTCCT-TTG-ATCTT---GAGGAA--A-CTCA-A-TACT-CCTGATTTTTGAAA-GC----AGTTA--TTCG-TCTACAAT--TGCT---ATTT------TCTCAGC-ATCAAAAT-T-C----TAA------AAAT--GTCCCCTGAAG--AATGCA-ATTTAATGCAACACtttatagaatattaaaatgcacacaatcagaaaagaatgcaata
gi|3 : gacccagttttaagttaacactGTCAA--C-AA-A-C------------A-TA------AT-C-TCAGG-TG------GATTG---G-C-ATCTACAAAGA---------------------------------------A-AGGTGTTTTTGATAACAA----AT-TGCC----GC-TTT--ATATCTTACCGG-CAACCTT-TAG-ATGCTGTGGAGGAA--G-ACCA-G-TA---TTCAGATGATGATA-GC----AATTAACCTTT-TCCACTAT--TAAT---ATTT------TTTC-------------T-C----T--------AAAT--GTCTtgtgtttgatcttgtct
gi|9 : cctgtgtagctaCCTGCAGAGAC----CTT---TATAT--TTAG--CT---A-CC-CCTTGGTAGGTGTTTT-AACACC-A----AT-TA-C----AA-CCC--ACA-ATTACCCG-AGTTCCT-TAG-ATCTT---GAGAAA--A-CCCA-A-TACT-CTTGAGTTTTAAAA-GTGCTCAGTGA--CCTG-TCCTCAAG--TGCT---ATTT------TCTCA-T-A--------T-T----TAA------AA----GTAGCCAGGCC--AATGCA-ATTCAATACAGCACTTCTATCTTTTCTaattttaaaaaaagtcctgaacaactggctaaattaatttatcgtacttacgtattctttatacatgtattatttaaattatcaaattgcaacaaacagaagtaacatacattcaaagaatatttacatcaatcatttctataatacaatt
gi|29 : --TCAG--CT---A-CC-CCA-GATAGATGTTTT--ATCAC-A----AT-TA-C----GG-TCC--GTA-ATTACCTacttactttacatgtattatgaaa
gi|12 : C-A----AT-TA-T----TG-CCC--AAA-ATTACCTA-GGTCC-T-TAG-AACTC---GAGGAA----CTCAGA-TGCT-CCGGAGTTTTGAAA--C----AGTGA--CCTG-TCCACAAT--TACT---ATTT------TTCTA-TAA--------TGT----TAA------AAAC--GTCCCCTGAAC--AACGCA-ATTTATTGCAtac
gi|13 : -A----AT-TA-T----TG-CCC--AAA-ATTACCTA-GGTCCCT-TAG-AACTC---GAGGAA--G-CTCA-G-TGCT-CCGGAGTTTTGAAA-GC----AGTGA--CCTG-TCCACAAT--TACT---ATTT------TCTCA-T-AATG-----T-T----AAA------AAAC--GTCCCCTGAAC--AACGCA-ATTTATTGCActtttttcttgtgacatagataaatcaataatgttagattcacacaactagaaaggtaatacatc
gi|22 : -CTTACCTG-TATTCCT-TAA-ATCTT---GAGAAA--T-CCCA-A-TGCT-CCCAAGTTTcttttttcttgtgacatcagtataca
gi|30 : gacaggcgatcggacacaggtaaaatttatTTCCT-TAG-ATCTT---GAAAAA--G-CCCA-A-TACT-CTCAAGTTTTGAAA-
gi|14 : -TAT-ATATT---GAAGAA--G-CCTT-A-TATT-CCAGAGTTTTGAAA-GC----ACTGA--CCTG-TCCACAAT--TG----------------------------------C----TAA------------GTCCCCTGAAC--AATGCA-ATTTATT-----ATTCCACCTTTTTCTTGCCTATATAtcagtgacc
gi|20 : ggcattctaA--CCTA-TCCATAAT--CATT---ATTT------TCTCA-T-AT-------T-T----TAAATTTTGAAATAAGTCCCCTGTATAGAATGCA-ATttagtacatgtattataataattacttaaaaata
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CAGTCAGTCTGCCGAACTTGTAACCAGTCACAGACTGACAGGCACACGTTTCATTAGATTTTTTTTGGCACCAAAACTTCAGCGTTTTGAAAAGTGACCTGTACAAACTTGC
Unaligned ( gi|23 ): GGTGACCAGTCCACCTTTTCTATTTTATCGTTCAAATGTTAAAAACGTTCTCTGAACATCGGTGCAATTTGTTGC
Unaligned ( gi|24 ): TTATACTGCAATTTCCCCCTTGTCTATAGGCATGTATTATGAATTATTGAATTATACACAATCAGAAATGAAA
Unaligned ( gi|26 ): ATAAATTATTAAATTGCACACAATCGGAAATGAAATGCATCAAACAATTATTTGCACATTAATTCCTATAACA
Unaligned ( gi|27 ): ATCATAAATCGTTAGATTACACACAACTAGAAAGGTAATACATCACACAATAATTTGCAAATTAATTCCT
Unaligned ( gi|28 ): GACCTAATTTTAAGTTAATGCCCCCAACTTTTCACCTGTATCCTTTAATATCGCTCCTCAATCAAACTT
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555 111
lowQualScore : 2 2 33 2 2 2 444 2 2 2 2 444 2 6666666 333 2 2 999 2 66 5555 33 444 55 8888888 3 3 1 3 2 5555 2 5555 5 33 99 44 2 2 2 444 33 6666 2 2 55 2 999999 2 2 2 33 33 77777 33 6666666666666666666666666666666666 6666 4 6 44 555 44 3 3 4 333
lowQualScore : . . .. . . . ... . . . . ... . ....... ... . . ... . .. .... .. ... .. ....... . . . . . .... . .... . .. .. .. . . . ... .. .... . . .. . ...... . . . .. .. ..... .. .................................. .... . . .. ... .. . . . ...
lowQualScore : 4 4 22 4 4 4 111 5 5 5 5 777 7 7777777 111 7 7 333 7 33 3333 22 777 99 8888888 1 1 5 1 7 7777 7 7777 3 99 44 22 4 4 4 111 22 3333 4 4 99 5 333333 4 4 7 77 99 11111 99 7777777777777777777777777777777777 1111 6 9 22 444 22 1 1 5 999
consensus : ATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACCTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CC--ATA-NTTACCTG-CGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GGAA--G-CCCA-A-TACTCCC-GAG-TTTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------T-CT---------AA----AAACGTCCCCCGAAC--A---AT--GC-A-ATTTAATACAGCACCCCTCCCCCTTCTCTATATAC
Reference ( family-1920 ) : ATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACCTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CC--ATA-NTTACCTG-CGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GGAA--G-CCCA-A-TACTCCC-GAG-TTTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------T-CT---------AA----AAACGTCCCCCGAAC--A---AT--GC-A-ATTTAATACAGCACCCCTCCCCCTTCTCTATATAC
gi|1 : ATTTTACCTGATATC-CTAGG-A-TCG-CCACTTCGCAAGCC-AAGA-CTTTTAACGTAAG-TA--G---CCGC-TCAAA-ATGAT-TTTTGA-TTTGGCTGGAG-GAG----CA-TACTGGACT--TCAGCAATTCCACC-GCG-GGT--GTGTTTG-GATAAC-ATGTGATCTGG----GGC-CC--ATA-CTTACTTGTTGTTCC-TGTAGTATC------A--GGAA--GACACA-C-CACTCCTGGAG-GGTTGAAAGG----GGG-GGACC-TGATCCACAGTGATG-TA--TT-----T--TCTC----------------------------------------------------AAC--A---AT--GC-A-ATTCAA-ACAGCTCCC
gi|10 : tcgggagattcaaatataagatggtgacgtttatgggttaagaagacgcatataagattttaaggttacgatggcggccgcagaggcactaaATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAAG-TGGAT-T---GA-C--ACTTGCAGAGAT----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CCATATA-TTTACCCG-CGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GAAA--G-CCCA-A-TACTCCC-AAG-TATAGAAA-G----CAG-TGATC-
gi|11 : aagacccaattttaagttaacgcccactaATTTTACCTA-TATCGCT--GGA-TCGGCC---T-TCAA-TC-AA-AACTTTTAAC---AAGTA--GTTCCT-C-TCAAGATGATT-T---CT-C--ATTTGCTGAGACAATACA-T---GGACT--TCAG--AT---ATCTCCT-C----GTGTTTT-GATAAA-A----AT-CATTTCTGGCTCC--ATA-CTTACTTG-TGTTCC-T-TAG-TTCGC---CA--GGAGATG-CCCA-ACTACCCCc
gi|12 : aaaaacccaattttaagttaatttccagcgtaaC-A----AT-TAT----TGC-CC--AAA-ATTACCTA-GGT-CC-T-TAG-AACTC---GA--GGAA----CTCAGA-TGCTCCG-GAG-TTTTGAAA------CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TACTA--TT-----T--TTCT-----A-TA---A--------TGTT---------AA----AAACGTCCCCTGAAC--A---AC--GC-A-ATTTATTGCA
gi|13 : -A----AT-TAT----TGC-CC--AAA-ATTACCTA-GGTCCC-T-TAG-AACTC---GA--GGAA--G-CTCA-G-TGCTCCG-GAG-TTTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TACTA--TT-----T--TCTC-----A-T----AATG-----T-TA---------AA----AAACGTCCCCTGAAC--A---AC--GC-A-ATTTATTGCActtttttcttgtgacatagataaatcaataatgttagattcacacaactagaaaggtaatacatc
gi|14 : G-CATTCT-A-TAT-ATATT---GA--AGAA--G-CCTT-A-TATTCCA-GAG-TTTTGAAA-G----CAC-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA---------------------A--------------------------------------GTCCCCTGAAC--A---AT--GC-A-ATTTATTATTCCA--CCTTTTTCTTGCCTATATActtttttcttgtgacatcagtataca
gi|15 : gATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCA-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AT-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACTTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAA--GG---A-A-CCT-GATAGGTGTTTT-TATAAC-A----AT-TAC----GAC-Cttagtacatgtattataataattacttaaaaata
gi|16 : aagacccaattttaagttaacgcccactaATTTTACTTG-TATC-CT--G-A-TCG-CT---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-T-TCAGG-TGGAC-T---GA-C--ATCTGAAGTGAT----C--T---TGTTC--TC
gi|17 : taacaatttgacacccacaaTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TCAAA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGATAT---GAGC--ACTTGCAGAGAC----CA-gatcttatcccagacacgtt
gi|18 : aaagacccaattttaagtaacgccccactaaagtac-CGTTTCAT-TAG-ATTTT---TTTTGGCA-----CCA-A-AACTTCA-GCG-TTTTGAAA-------AG-TGACC-TG-TACAAACT--TGC
gi|19 : cagtcagtctgccgaacttgtaaccagtcacagactgacaggcacaATTATACCTG-TATC-CT--G-A-TCG-TC---CGTCAA-TC-AA-A-CTTTGTAC---AA-TA---------------------------GA-C--ACCTGCACAGAC----CG-T---CAGCCATTCAG--G
gi|2 : aacgatctaatggtgatagcgctccaaaATTCTACCTG-TGTT-CT--G-A-TAT-CC---TGCCAA-TC-AA-A-TTTTTAAC---AA-CA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACTTGCAGAGAT----GG-T---GGTCC--TCGG--GT---GCC-CCT-GATAAGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CC--ATG-TATACCTG-TTATCC-T-TAG-ATCTT---GA--GAAA--G-CCCA-A-TACTCCC-AAG-TTTAGAAA-G----CAG-TG----------ACAAT--TGCTA--TT-----GAATCTC-----A-T----A--------T-CC---------AA----AAATGTCCCCCGAAC--A---AT--GC-ACATTT-ATACAGCA--TTTCCCCCTTCTCTATATAC
gi|20 : aaaaacccaattttaagtttttaacgcccacta-TGACC-TA-TCCATAAT--CATTA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------T-TTTAAATTTTGAA----ATAAGTCCCCTGTATAGA---AT--GC-A-ATCTATTAatgtattagtgaataattaagcttacaaacaaccagaaatgaaatgcattaa
gi|21 : ATTTTACCTG-TGTC-C---G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTGAAC---AA-TA--G---AT-CGGCAGG-TGGA--T---GA-CA-ACTTGCAGAGAC----AT-T---AATCCT-TCAG--GT---ACtcttatcggtacttttttctt
gi|22 : aATTTTACCTG-TGTC-C---G-A-TCG-CC---TGTC
gi|22 : TTACCTG-TATTCC-T-TAA-ATCTT---GA--GAAA--T-CCCA-A-TGCTCCC-AAG-TTTttatcttacctgtattccttaaatcttgagaaatcccaatgctcccaagttt
gi|23 : gacaggcgatcggacacaggtaaaatttatcG-TGACC-AG-TCCACCTT--TTCTA--TT-----T--TATC-----G-TTCAAA--------TGTT---------AA----AAACGTTCTCTGAAC--ATCGGT--GC-A-ATTT
gi|25 : gATTTTACCTG-T-TC-CT--G-ACTCT-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTgttgc
gi|29 : aagaccgaatttttaaagttgaaagctcaccaa--TCAG--CT---ACC-CCA-GATAGATGTTTT--ATCAC-A----AT-TAC----GGT-CC--GTA-ATTACCTt
gi|3 : CCTG-TGT--------A---G-CT---AGTCAA--C-AA-A-C-----------A-TA------AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GG-C--ATCTACAAAGA---------------------------------------A-AGGTGTTTTTGATAACAA----AT-TGC----CGCTTT--ATATCTTACCGG-CAACCT-T-TAG-ATGCTGTGGA--GGAA--G-ACCA-G-TATTC----AGATGATGATA-G----CAATTAACCTTT-TCCACTAT--TAATA--TT-----T--TTTCTCTAAA-T----G--------T-CTAATTTTA--AA----AAAAGT--CCTGAAC--A---ACTGGCTA-AATTAATtac
gi|30 : TTCC-T-TAG-ATCTT---GA--AAAA--G-CCCA-A-TACTCTC-AAG-TTTTGAAA-T----CAG-TGACC-ttatcgtacttacgtattctttatacatgtattatttaaattatcaaattgcaacaaacagaagtaacatacattcaaagaatatttacatcaatcatttctataatacaatt
gi|4 : TTTACCTA-TATC-CT--G-A-TCA-CC---TGTCAA-TC-AA-G-CTTTTAAC---AA-TATAG---GT-C-TCAAT-TAGAT-TCTTGA-C--ATCTGCAAAGAC----CA-T---GGTTT--TCAG--GT---ACC-CCA-GACAGCTGATTT-GATAAC-A----AT-TAC----AGC-CC--ATA-GGTACCTG-C-TTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GGAA--T-CCCA-A-TACTCCA-G-G-ATTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACATT--TGCTA--CT-----T--TCTC-----A-T----AATTAAGATT-TC---------AA----AAACATCCACC
gi|5 : aagacccaatgttaaattaacgcccacaaaCCTG-AGTC-AT--G-A--CG-CT---CATAAA--C-AA-----TTAAAT---GA-TA--G---AT---TCACG--GGAT-G---AA-C--A--TGCAGA--T----CA-----GGTCT--TCAG--TA---AAC-CAT-GA-AGATGTTT--GATAAA-A----AT--AC----G-C-CC--ATA----ACTCG-CTTTCC-T-T-G-ATCTT----A--GAAC--G-CC-A-A-TACTCCT-GAG-TT--GAAAAG----CAG-TA--T-TG-TC-ACAGT---GCAAATTTGAAAAT--TCTC-----A-T----A--------T-CA---------AATCCAAAATGACCCC--AA---A---AT--GC-A--TTTAATACG------CTCCTCCTTCTCTATATACtggcatatctggattttttgttcagttcatttgtgagtgaccttactatacag
gi|6 : taaaacctcaattaggtcacgcccactattCTC-TATC-CC--G-A-TGA-CC---TGTGAA-TC-AA-A-CTTTTAAA---AA-TA--T---AT-C-TCAGA-TGGAT-T---GA-C--ACTTGCAGAGAC----CAAT---A-----------------ACT-CCT-GATATATGTTTT-GATAAT-A----AT-CAC----GGT-CC--ATA-TTCACCAT-TGTTCC-T-TTG-ATCTT---GA--GGAA--A-CTCA-A-TACTCCT-GAT-TTTTGAAA-G----CAG-TTATT-CG-TCTACAAT--TGCTA--TT-----T--TCTC-----AGC----ATCAAAAT-T-CT---------AA----AAATGTCCCCTGAAG--A---AT--GC-A-ATTTAATGCAACACtttatagaatattaaaatgcacacaatcagaaaagaatgcaata
gi|7 : gacccagttttaagttaacactATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TCTCAA-TG-AA-A-CTTTTAGC---AA-TA--G---------CAA--TAGAT-T---GA-C--ACCTGCAAAGAC----CA-T---GATCC--TCAG--CT---ACC-ACT-GATGGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAT----GCC-CC--ATA--TTACCTG-TGTTCC-T-TAG-ATCTC---GA--GAAA--G-CCCA-A-TACTCCC-AGG-TTTTGGAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------C-CC---------AA----AAATGTCCC---------------------ATTTGACACATCACC---CCCAATTATCTACATAtgtgtttgatcttgtct
gi|8 : taaagatcgaattttaatttaacgcccactaATTGTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-TC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAGC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---TA-C--ACCTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGT-CC--ATA-CTTACCTG-TGTCCC-T-TAG-ATCTT---GA--GAAA--G-CCCA-A-TACTCTC-AAG-TTTTGAAA-G----TAG-ATACC-TG-TCCACAAT--TGTGA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------T-CC---------AA----AAATGTCTCCCGAAC--A---AT--GC-A-ATTCAATACAGCACCCCCCCCCCTTCTTTATATAC
gi|9 : CCTGCAGAGAC----CT-T---TATAT--TTAG--CT---ACC-CCTTGGTAGGTGTTTT-AACACC-A----AT-TAC----AAC-CC--ACA-ATTACCCG-AGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GAAA--A-CCCA-A-TACTCTT-GAG-TTTTAAAA-GTGCTCAG-TGACC-TG-TCCTCAAG--TGCTA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------T-TT---------AA----AA--GTAGCCAGGCC--A---AT--GC-A-ATTCAATACAGCACTTCTATCTTTTCT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTATACTGCAATTTCCCCCTTGTCTATAGGCATGTATTATGAATTATTGAATTATACACAATCAGAAATGAAA
Unaligned ( gi|26 ): ATAAATTATTAAATTGCACACAATCGGAAATGAAATGCATCAAACAATTATTTGCACATTAATTCCTATAACA
Unaligned ( gi|27 ): ATCATAAATCGTTAGATTACACACAACTAGAAAGGTAATACATCACACAATAATTTGCAAATTAATTCCT
Unaligned ( gi|28 ): GACCTAATTTTAAGTTAATGCCCCCAACTTTTCACCTGTATCCTTTAATATCGCTCCTCAATCAAACTT
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555 111
lowQualScore : 2 2 33 2 2 2 444 2 2 2 2 444 2 6666666 333 2 2 999 2 66 5555 33 444 55 8888888 3 3 1 3 2 5555 2 5555 5 33 99 44 2 2 2 444 33 6666 2 2 55 2 999999 2 2 2 33 33 77777 33 6666666666666666666666666666666666 6666 4 6 44 555 44 3 3 4 333
lowQualScore : . . .. . . . ... . . . . ... . ....... ... . . ... . .. .... .. ... .. ....... . . . . . .... . .... . .. .. .. . . . ... .. .... . . .. . ...... . . . .. .. ..... .. .................................. .... . . .. ... .. . . . ...
lowQualScore : 4 4 22 4 4 4 111 5 5 5 5 777 7 7777777 111 7 7 333 7 33 3333 22 777 99 8888888 1 1 5 1 7 7777 7 7777 3 99 44 22 4 4 4 111 22 3333 4 4 99 5 333333 4 4 7 77 99 11111 99 7777777777777777777777777777777777 1111 6 9 22 444 22 1 1 5 999
consensus : ATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACCTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CC--ATA-NTTACCTG-CGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GGAA--G-CCCA-A-TACTCCC-GAG-TTTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------T-CT---------AA----AAACGTCCCCCGAAC--A---AT--GC-A-ATTTAATACAGCACCCCTCCCCCTTCTCTATATAC
Reference ( family-1920 ) : ATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACCTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CC--ATA-NTTACCTG-CGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GGAA--G-CCCA-A-TACTCCC-GAG-TTTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------T-CT---------AA----AAACGTCCCCCGAAC--A---AT--GC-A-ATTTAATACAGCACCCCTCCCCCTTCTCTATATAC
gi|1 : ATTTTACCTGATATC-CTAGG-A-TCG-CCACTTCGCAAGCC-AAGA-CTTTTAACGTAAG-TA--G---CCGC-TCAAA-ATGAT-TTTTGA-TTTGGCTGGAG-GAG----CA-TACTGGACT--TCAGCAATTCCACC-GCG-GGT--GTGTTTG-GATAAC-ATGTGATCTGG----GGC-CC--ATA-CTTACTTGTTGTTCC-TGTAGTATC------A--GGAA--GACACA-C-CACTCCTGGAG-GGTTGAAAGG----GGG-GGACC-TGATCCACAGTGATG-TA--TT-----T--TCTC----------------------------------------------------AAC--A---AT--GC-A-ATTCAA-ACAGCTCCC
gi|10 : tcgggagattcaaatataagatggtgacgtttatgggttaagaagacgcatataagattttaaggttacgatggcggccgcagaggcactaaATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAAG-TGGAT-T---GA-C--ACTTGCAGAGAT----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CCATATA-TTTACCCG-CGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GAAA--G-CCCA-A-TACTCCC-AAG-TATAGAAA-G----CAG-TGATC-
gi|11 : aagacccaattttaagttaacgcccactaATTTTACCTA-TATCGCT--GGA-TCGGCC---T-TCAA-TC-AA-AACTTTTAAC---AAGTA--GTTCCT-C-TCAAGATGATT-T---CT-C--ATTTGCTGAGACAATACA-T---GGACT--TCAG--AT---ATCTCCT-C----GTGTTTT-GATAAA-A----AT-CATTTCTGGCTCC--ATA-CTTACTTG-TGTTCC-T-TAG-TTCGC---CA--GGAGATG-CCCA-ACTACCCCc
gi|12 : aaaaacccaattttaagttaatttccagcgtaaC-A----AT-TAT----TGC-CC--AAA-ATTACCTA-GGT-CC-T-TAG-AACTC---GA--GGAA----CTCAGA-TGCTCCG-GAG-TTTTGAAA------CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TACTA--TT-----T--TTCT-----A-TA---A--------TGTT---------AA----AAACGTCCCCTGAAC--A---AC--GC-A-ATTTATTGCA
gi|13 : -A----AT-TAT----TGC-CC--AAA-ATTACCTA-GGTCCC-T-TAG-AACTC---GA--GGAA--G-CTCA-G-TGCTCCG-GAG-TTTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TACTA--TT-----T--TCTC-----A-T----AATG-----T-TA---------AA----AAACGTCCCCTGAAC--A---AC--GC-A-ATTTATTGCActtttttcttgtgacatagataaatcaataatgttagattcacacaactagaaaggtaatacatc
gi|14 : G-CATTCT-A-TAT-ATATT---GA--AGAA--G-CCTT-A-TATTCCA-GAG-TTTTGAAA-G----CAC-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA---------------------A--------------------------------------GTCCCCTGAAC--A---AT--GC-A-ATTTATTATTCCA--CCTTTTTCTTGCCTATATActtttttcttgtgacatcagtataca
gi|15 : gATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCA-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AT-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACTTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAA--GG---A-A-CCT-GATAGGTGTTTT-TATAAC-A----AT-TAC----GAC-Cttagtacatgtattataataattacttaaaaata
gi|16 : aagacccaattttaagttaacgcccactaATTTTACTTG-TATC-CT--G-A-TCG-CT---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-T-TCAGG-TGGAC-T---GA-C--ATCTGAAGTGAT----C--T---TGTTC--TC
gi|17 : taacaatttgacacccacaaTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TCAAA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGATAT---GAGC--ACTTGCAGAGAC----CA-gatcttatcccagacacgtt
gi|18 : aaagacccaattttaagtaacgccccactaaagtac-CGTTTCAT-TAG-ATTTT---TTTTGGCA-----CCA-A-AACTTCA-GCG-TTTTGAAA-------AG-TGACC-TG-TACAAACT--TGC
gi|19 : cagtcagtctgccgaacttgtaaccagtcacagactgacaggcacaATTATACCTG-TATC-CT--G-A-TCG-TC---CGTCAA-TC-AA-A-CTTTGTAC---AA-TA---------------------------GA-C--ACCTGCACAGAC----CG-T---CAGCCATTCAG--G
gi|2 : aacgatctaatggtgatagcgctccaaaATTCTACCTG-TGTT-CT--G-A-TAT-CC---TGCCAA-TC-AA-A-TTTTTAAC---AA-CA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACTTGCAGAGAT----GG-T---GGTCC--TCGG--GT---GCC-CCT-GATAAGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CC--ATG-TATACCTG-TTATCC-T-TAG-ATCTT---GA--GAAA--G-CCCA-A-TACTCCC-AAG-TTTAGAAA-G----CAG-TG----------ACAAT--TGCTA--TT-----GAATCTC-----A-T----A--------T-CC---------AA----AAATGTCCCCCGAAC--A---AT--GC-ACATTT-ATACAGCA--TTTCCCCCTTCTCTATATAC
gi|20 : aaaaacccaattttaagtttttaacgcccacta-TGACC-TA-TCCATAAT--CATTA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------T-TTTAAATTTTGAA----ATAAGTCCCCTGTATAGA---AT--GC-A-ATCTATTAatgtattagtgaataattaagcttacaaacaaccagaaatgaaatgcattaa
gi|21 : ATTTTACCTG-TGTC-C---G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTGAAC---AA-TA--G---AT-CGGCAGG-TGGA--T---GA-CA-ACTTGCAGAGAC----AT-T---AATCCT-TCAG--GT---ACtcttatcggtacttttttctt
gi|22 : aATTTTACCTG-TGTC-C---G-A-TCG-CC---TGTC
gi|22 : TTACCTG-TATTCC-T-TAA-ATCTT---GA--GAAA--T-CCCA-A-TGCTCCC-AAG-TTTttatcttacctgtattccttaaatcttgagaaatcccaatgctcccaagttt
gi|23 : gacaggcgatcggacacaggtaaaatttatcG-TGACC-AG-TCCACCTT--TTCTA--TT-----T--TATC-----G-TTCAAA--------TGTT---------AA----AAACGTTCTCTGAAC--ATCGGT--GC-A-ATTT
gi|25 : gATTTTACCTG-T-TC-CT--G-ACTCT-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTgttgc
gi|29 : aagaccgaatttttaaagttgaaagctcaccaa--TCAG--CT---ACC-CCA-GATAGATGTTTT--ATCAC-A----AT-TAC----GGT-CC--GTA-ATTACCTt
gi|3 : CCTG-TGT--------A---G-CT---AGTCAA--C-AA-A-C-----------A-TA------AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GG-C--ATCTACAAAGA---------------------------------------A-AGGTGTTTTTGATAACAA----AT-TGC----CGCTTT--ATATCTTACCGG-CAACCT-T-TAG-ATGCTGTGGA--GGAA--G-ACCA-G-TATTC----AGATGATGATA-G----CAATTAACCTTT-TCCACTAT--TAATA--TT-----T--TTTCTCTAAA-T----G--------T-CTAATTTTA--AA----AAAAGT--CCTGAAC--A---ACTGGCTA-AATTAATtac
gi|30 : TTCC-T-TAG-ATCTT---GA--AAAA--G-CCCA-A-TACTCTC-AAG-TTTTGAAA-T----CAG-TGACC-ttatcgtacttacgtattctttatacatgtattatttaaattatcaaattgcaacaaacagaagtaacatacattcaaagaatatttacatcaatcatttctataatacaatt
gi|4 : TTTACCTA-TATC-CT--G-A-TCA-CC---TGTCAA-TC-AA-G-CTTTTAAC---AA-TATAG---GT-C-TCAAT-TAGAT-TCTTGA-C--ATCTGCAAAGAC----CA-T---GGTTT--TCAG--GT---ACC-CCA-GACAGCTGATTT-GATAAC-A----AT-TAC----AGC-CC--ATA-GGTACCTG-C-TTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GGAA--T-CCCA-A-TACTCCA-G-G-ATTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACATT--TGCTA--CT-----T--TCTC-----A-T----AATTAAGATT-TC---------AA----AAACATCCACC
gi|5 : aagacccaatgttaaattaacgcccacaaaCCTG-AGTC-AT--G-A--CG-CT---CATAAA--C-AA-----TTAAAT---GA-TA--G---AT---TCACG--GGAT-G---AA-C--A--TGCAGA--T----CA-----GGTCT--TCAG--TA---AAC-CAT-GA-AGATGTTT--GATAAA-A----AT--AC----G-C-CC--ATA----ACTCG-CTTTCC-T-T-G-ATCTT----A--GAAC--G-CC-A-A-TACTCCT-GAG-TT--GAAAAG----CAG-TA--T-TG-TC-ACAGT---GCAAATTTGAAAAT--TCTC-----A-T----A--------T-CA---------AATCCAAAATGACCCC--AA---A---AT--GC-A--TTTAATACG------CTCCTCCTTCTCTATATACtggcatatctggattttttgttcagttcatttgtgagtgaccttactatacag
gi|6 : taaaacctcaattaggtcacgcccactattCTC-TATC-CC--G-A-TGA-CC---TGTGAA-TC-AA-A-CTTTTAAA---AA-TA--T---AT-C-TCAGA-TGGAT-T---GA-C--ACTTGCAGAGAC----CAAT---A-----------------ACT-CCT-GATATATGTTTT-GATAAT-A----AT-CAC----GGT-CC--ATA-TTCACCAT-TGTTCC-T-TTG-ATCTT---GA--GGAA--A-CTCA-A-TACTCCT-GAT-TTTTGAAA-G----CAG-TTATT-CG-TCTACAAT--TGCTA--TT-----T--TCTC-----AGC----ATCAAAAT-T-CT---------AA----AAATGTCCCCTGAAG--A---AT--GC-A-ATTTAATGCAACACtttatagaatattaaaatgcacacaatcagaaaagaatgcaata
gi|7 : gacccagttttaagttaacactATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TCTCAA-TG-AA-A-CTTTTAGC---AA-TA--G---------CAA--TAGAT-T---GA-C--ACCTGCAAAGAC----CA-T---GATCC--TCAG--CT---ACC-ACT-GATGGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAT----GCC-CC--ATA--TTACCTG-TGTTCC-T-TAG-ATCTC---GA--GAAA--G-CCCA-A-TACTCCC-AGG-TTTTGGAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------C-CC---------AA----AAATGTCCC---------------------ATTTGACACATCACC---CCCAATTATCTACATAtgtgtttgatcttgtct
gi|8 : taaagatcgaattttaatttaacgcccactaATTGTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-TC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAGC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---TA-C--ACCTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGT-CC--ATA-CTTACCTG-TGTCCC-T-TAG-ATCTT---GA--GAAA--G-CCCA-A-TACTCTC-AAG-TTTTGAAA-G----TAG-ATACC-TG-TCCACAAT--TGTGA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------T-CC---------AA----AAATGTCTCCCGAAC--A---AT--GC-A-ATTCAATACAGCACCCCCCCCCCTTCTTTATATAC
gi|9 : CCTGCAGAGAC----CT-T---TATAT--TTAG--CT---ACC-CCTTGGTAGGTGTTTT-AACACC-A----AT-TAC----AAC-CC--ACA-ATTACCCG-AGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GAAA--A-CCCA-A-TACTCTT-GAG-TTTTAAAA-GTGCTCAG-TGACC-TG-TCCTCAAG--TGCTA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------T-TT---------AA----AA--GTAGCCAGGCC--A---AT--GC-A-ATTCAATACAGCACTTCTATCTTTTCT
blockSeqs : . G . G C G . . A . A . G GTTCC CG A A CTT G A AATA AA . AT GT T T T T A . . TTCT T AT TC C A . . GTG TT ATG G C C A GTGCT T T . . AT GAAAA AA TCTAAATGTCTAATTTTA TCCA C T AG TCG TG T C C CCC
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TAGG C . . . . . . A . T AT . . T . . . . . T . T T . . . . . G . . G . AG . . . . . . . ATATTTTAAATTTTG . C T . . . . . G CTT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GA C . . . . . . A . . GG . . T . . . . . . . C G . . . . . G . . G . G . . . . . . . ATAATTAAGATTTC . T T . . . . . A CC
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GA C . . . . . . A . . GT . . T . . . . . . . A G . . . . . G . . A . G . . . . . . . AGCATCAAAATTCT . A C . . . . . T C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GA T . . . . . . A . . GT . . C . . . . . . . A C . . . . . G . . A . G . . . . . . . GTTCAAATGTT . C T . . . . . G T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GA C . . . . . . G . . CT . . T . . . . . . . T C . . . . . T . . C . G . . . . . . . ATAATGTTA . A T . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GA C . . . . . . G . . GT . . T . . . . . . . A T . . . . . G . . C . G . . . . . . . ATAATGTT . C T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GA C . . . . . . T . . TA . . T . . . . . . . G T . . . . . G . . C . T . . . . . . . ATATCC . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GA C . . . . . . A . . CT . . T . . . . . . . T C . . . . . T . . A . G . . . . . . . ATATCA . T T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TA C . . . . . . A . . GT . . . . . . . . . . C C . . . . . G . . T . G . . . . . . . ATACCC . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GA C . . . . . . A . . CT . . . . . . . . . . A C . . . . . A . . T . G . . . . . . . ATATCC . T A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . C . G . . . . . . . ATATTT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . G . . C . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** *** *** C** *** ** *** GT***** **** C* G*** C* G***** ** ATATTC****************************
originalCons : ATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACCTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CC--ATA-NTTACCTG-CGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GGAA--G-CCCA-A-TACTCCC-GAG-TTTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA--TT-----T--TCTC-----A-T----A--------T-CT---------AA----AAACGTCCCCCGAAC--A---AT--GC-A-ATTTAATACAGCACCCCTCCCCCTTCTCTATATAC
finalCons : ATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---ATC--TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACCTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAGGT-----ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CC--ATA-NTTACCTGC-GTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GGAAG---CCCA-A-TACTCCC-GAG-TTTTGAAAG-----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA--TT-----T--TCTCATATTC----------------------------AA----AAACGTCCCCCGAAC--A---AT--GC-A-ATTTAATACAGCACCCCTCCCCCTTCTCTATATAC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTATACTGCAATTTCCCCCTTGTCTATAGGCATGTATTATGAATTATTGAATTATACACAATCAGAAATGAAA
Unaligned ( gi|26 ): ATAAATTATTAAATTGCACACAATCGGAAATGAAATGCATCAAACAATTATTTGCACATTAATTCCTATAACA
Unaligned ( gi|27 ): ATCATAAATCGTTAGATTACACACAACTAGAAAGGTAATACATCACACAATAATTTGCAAATTAATTCCT
Unaligned ( gi|28 ): GACCTAATTTTAAGTTAATGCCCCCAACTTTTCACCTGTATCCTTTAATATCGCTCCTCAATCAAACTT
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555 111
lowQualScore : 2 2 33 2 2 2 444 2 2 2 2 444 2 6666666 333 2 2 999 2 66 5555 33 444 55 8888888 3 3 1 3 2 5555 2 5555 5 33 99 44 2 2 2 444 33 6666 2 2 55 2 999999 2 2 2 33 33 77777 33 555 4444444444444444444444444444444444444444444 4 6 44 555 44 3 3 4 333
lowQualScore : . . .. . . . ... . . . . ... . ....... ... . . ... . .. .... .. ... .. ....... . . . . . .... . .... . .. .. .. . . . ... .. .... . . .. . ...... . . . .. .. ..... .. ... ........................................... . . .. ... .. . . . ...
lowQualScore : 4 4 22 4 4 4 111 5 5 5 5 777 7 7777777 111 7 7 333 7 33 3333 22 777 99 8888888 1 1 5 1 7 7777 7 7777 3 99 44 22 4 4 4 111 22 3333 4 4 99 5 333333 4 4 7 77 99 11111 99 000 0000000000000000000000000000000000000000000 6 9 22 444 22 1 1 5 999
consensus : ATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACCTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CC--ATA-NTTACCTG-CGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GGAA--G-CCCA-A-TACTCCC-GAG-TTTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA--TT-----T--TCT---C------------AT----A--------T----TC---------AAAAACGTCCCCCGAAC--A---AT--GC-A-ATTTAATACAGCACCCCTCCCCCTTCTCTATATAC
Reference ( family-1920 ) : ATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACCTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CC--ATA-NTTACCTG-CGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GGAA--G-CCCA-A-TACTCCC-GAG-TTTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA--TT-----T--TCT---C------------AT----A--------T----TC---------AAAAACGTCCCCCGAAC--A---AT--GC-A-ATTTAATACAGCACCCCTCCCCCTTCTCTATATAC
gi|1 : ATTTTACCTGATATC-CTAGG-A-TCG-CCACTTCGCAAGCC-AAGA-CTTTTAACGTAAG-TA--G---CCGC-TCAAA-ATGAT-TTTTGA-TTTGGCTGGAG-GAG----CA-TACTGGACT--TCAGCAATTCCACC-GCG-GGT--GTGTTTG-GATAAC-ATGTGATCTGG----GGC-CC--ATA-CTTACTTGTTGTTCC-TGTAGTATC------A--GGAA--GACACA-C-CACTCCTGGAG-GGTTGAAAGG----GGG-GGACC-TGATCCACAGTGATG-TA--TT-----T--TCT---C---------------------------------------------------------AAC--A---AT--GC-A-ATTCAA-ACAGCTCCC
gi|10 : tcgggagattcaaatataagatggtgacgtttatgggttaagaagacgcatataagattttaaggttacgatggcggccgcagaggcactaaATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAAG-TGGAT-T---GA-C--ACTTGCAGAGAT----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CCATATA-TTTACCCG-CGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GAAA--G-CCCA-A-TACTCCC-AAG-TATAGAAA-G----CAG-TGATC-
gi|11 : aagacccaattttaagttaacgcccactaATTTTACCTA-TATCGCT--GGA-TCGGCC---T-TCAA-TC-AA-AACTTTTAAC---AAGTA--GTTCCT-C-TCAAGATGATT-T---CT-C--ATTTGCTGAGACAATACA-T---GGACT--TCAG--AT---ATCTCCT-C----GTGTTTT-GATAAA-A----AT-CATTTCTGGCTCC--ATA-CTTACTTG-TGTTCC-T-TAG-TTCGC---CA--GGAGATG-CCCA-ACTACCCCc
gi|12 : aaaaacccaattttaagttaatttccagcgtaaC-A----AT-TAT----TGC-CC--AAA-ATTACCTA-GGT-CC-T-TAG-AACTC---GA--GGAA----CTCAGA-TGCTCCG-GAG-TTTTGAAA------CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TACTA--TT-----T--TTC---T------------ATA---A--------TG---TT---------AAAAACGTCCCCTGAAC--A---AC--GC-A-ATTTATTGCA
gi|13 : -A----AT-TAT----TGC-CC--AAA-ATTACCTA-GGTCCC-T-TAG-AACTC---GA--GGAA--G-CTCA-G-TGCTCCG-GAG-TTTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TACTA--TT-----T--TCT---C------------AT----AATG-----T----TA---------AAAAACGTCCCCTGAAC--A---AC--GC-A-ATTTATTGCActtttttcttgtgacatagataaatcaataatgttagattcacacaactagaaaggtaatacatc
gi|14 : G-CATTCT-A-TAT-ATATT---GA--AGAA--G-CCTT-A-TATTCCA-GAG-TTTTGAAA-G----CAC-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA-------------------------------A------------------------------------GTCCCCTGAAC--A---AT--GC-A-ATTTATTATTCCA--CCTTTTTCTTGCCTATATActtttttcttgtgacatcagtataca
gi|15 : gATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCA-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AT-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACTTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAA--GG---A-A-CCT-GATAGGTGTTTT-TATAAC-A----AT-TAC----GAC-Cttagtacatgtattataataattacttaaaaata
gi|16 : aagacccaattttaagttaacgcccactaATTTTACTTG-TATC-CT--G-A-TCG-CT---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-T-TCAGG-TGGAC-T---GA-C--ATCTGAAGTGAT----C--T---TGTTC--TC
gi|17 : taacaatttgacacccacaaTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TGTCAA-TCAAA-A-CTTTTAAC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGATAT---GAGC--ACTTGCAGAGAC----CA-gatcttatcccagacacgtt
gi|18 : aaagacccaattttaagtaacgccccactaaagtac-CGTTTCAT-TAG-ATTTT---TTTTGGCA-----CCA-A-AACTTCA-GCG-TTTTGAAA-------AG-TGACC-TG-TACAAACT--TGC
gi|19 : cagtcagtctgccgaacttgtaaccagtcacagactgacaggcacaATTATACCTG-TATC-CT--G-A-TCG-TC---CGTCAA-TC-AA-A-CTTTGTAC---AA-TA---------------------------GA-C--ACCTGCACAGAC----CG-T---CAGCCATTCAG--G
gi|2 : aacgatctaatggtgatagcgctccaaaATTCTACCTG-TGTT-CT--G-A-TAT-CC---TGCCAA-TC-AA-A-TTTTTAAC---AA-CA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GA-C--ACTTGCAGAGAT----GG-T---GGTCC--TCGG--GT---GCC-CCT-GATAAGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGC-CC--ATG-TATACCTG-TTATCC-T-TAG-ATCTT---GA--GAAA--G-CCCA-A-TACTCCC-AAG-TTTAGAAA-G----CAG-TG----------ACAAT--TGCTA--TT-----GAATCT---C------------AT----A--------T----CC---------AAAAATGTCCCCCGAAC--A---AT--GC-ACATTT-ATACAGCA--TTTCCCCCTTCTCTATATAC
gi|20 : aaaaacccaattttaagtttttaacgcccacta-TGACC-TA-TCCATAAT--CATTA--TT-----T--TCT---C------------AT----A--------T----TTTAAATTTTGAAATAAGTCCCCTGTATAGA---AT--GC-A-ATCTATTAatgtattagtgaataattaagcttacaaacaaccagaaatgaaatgcattaa
gi|21 : ATTTTACCTG-TGTC-C---G-A-TCG-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTGAAC---AA-TA--G---AT-CGGCAGG-TGGA--T---GA-CA-ACTTGCAGAGAC----AT-T---AATCCT-TCAG--GT---ACtcttatcggtacttttttctt
gi|22 : aATTTTACCTG-TGTC-C---G-A-TCG-CC---TGTC
gi|22 : TTACCTG-TATTCC-T-TAA-ATCTT---GA--GAAA--T-CCCA-A-TGCTCCC-AAG-TTTttatcttacctgtattccttaaatcttgagaaatcccaatgctcccaagttt
gi|23 : gacaggcgatcggacacaggtaaaatttatcG-TGACC-AG-TCCACCTT--TTCTA--TT-----T--TAT---C------------GTTCAAA--------TG---TT---------AAAAACGTTCTCTGAAC--ATCGGT--GC-A-ATTT
gi|25 : gATTTTACCTG-T-TC-CT--G-ACTCT-CC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTgttgc
gi|29 : aagaccgaatttttaaagttgaaagctcaccaa--TCAG--CT---ACC-CCA-GATAGATGTTTT--ATCAC-A----AT-TAC----GGT-CC--GTA-ATTACCTt
gi|3 : CCTG-TGT--------A---G-CT---AGTCAA--C-AA-A-C-----------A-TA------AT-C-TCAGG-TGGAT-T---GG-C--ATCTACAAAGA---------------------------------------A-AGGTGTTTTTGATAACAA----AT-TGC----CGCTTT--ATATCTTACCGG-CAACCT-T-TAG-ATGCTGTGGA--GGAA--G-ACCA-G-TATTC----AGATGATGATA-G----CAATTAACCTTT-TCCACTAT--TAATA--TT-----T--TTT---CTCTAAATGTCTAAT----T--------T----TA---------AAAAAAGT--CCTGAAC--A---ACTGGCTA-AATTAATtac
gi|30 : TTCC-T-TAG-ATCTT---GA--AAAA--G-CCCA-A-TACTCTC-AAG-TTTTGAAA-T----CAG-TGACC-ttatcgtacttacgtattctttatacatgtattatttaaattatcaaattgcaacaaacagaagtaacatacattcaaagaatatttacatcaatcatttctataatacaatt
gi|4 : TTTACCTA-TATC-CT--G-A-TCA-CC---TGTCAA-TC-AA-G-CTTTTAAC---AA-TATAG---GT-C-TCAAT-TAGAT-TCTTGA-C--ATCTGCAAAGAC----CA-T---GGTTT--TCAG--GT---ACC-CCA-GACAGCTGATTT-GATAAC-A----AT-TAC----AGC-CC--ATA-GGTACCTG-C-TTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GGAA--T-CCCA-A-TACTCCA-G-G-ATTTGAAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACATT--TGCTA--CT-----T--TCT---C------------AT----AATTAAGATT----TC---------AAAAACATCCACC
gi|5 : aagacccaatgttaaattaacgcccacaaaCCTG-AGTC-AT--G-A--CG-CT---CATAAA--C-AA-----TTAAAT---GA-TA--G---AT---TCACG--GGAT-G---AA-C--A--TGCAGA--T----CA-----GGTCT--TCAG--TA---AAC-CAT-GA-AGATGTTT--GATAAA-A----AT--AC----G-C-CC--ATA----ACTCG-CTTTCC-T-T-G-ATCTT----A--GAAC--G-CC-A-A-TACTCCT-GAG-TT--GAAAAG----CAG-TA--T-TG-TC-ACAGT---GCAAATTTGAAAAT--TCT---C------------AT----A--------TCAAATC---------CAAAATGACCCC--AA---A---AT--GC-A--TTTAATACG------CTCCTCCTTCTCTATATACtggcatatctggattttttgttcagttcatttgtgagtgaccttactatacag
gi|6 : taaaacctcaattaggtcacgcccactattCTC-TATC-CC--G-A-TGA-CC---TGTGAA-TC-AA-A-CTTTTAAA---AA-TA--T---AT-C-TCAGA-TGGAT-T---GA-C--ACTTGCAGAGAC----CAAT---A-----------------ACT-CCT-GATATATGTTTT-GATAAT-A----AT-CAC----GGT-CC--ATA-TTCACCAT-TGTTCC-T-TTG-ATCTT---GA--GGAA--A-CTCA-A-TACTCCT-GAT-TTTTGAAA-G----CAG-TTATT-CG-TCTACAAT--TGCTA--TT-----T--TCTCAGC------------ATCAAAA--------T----TCT--------AAAAATGTCCCCTGAAG--A---AT--GC-A-ATTTAATGCAACACtttatagaatattaaaatgcacacaatcagaaaagaatgcaata
gi|7 : gacccagttttaagttaacactATTTTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-CC---TCTCAA-TG-AA-A-CTTTTAGC---AA-TA--G---------CAA--TAGAT-T---GA-C--ACCTGCAAAGAC----CA-T---GATCC--TCAG--CT---ACC-ACT-GATGGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAT----GCC-CC--ATA--TTACCTG-TGTTCC-T-TAG-ATCTC---GA--GAAA--G-CCCA-A-TACTCCC-AGG-TTTTGGAA-G----CAG-TGACC-TG-TCCACAAT--TGCTA--TT-----T--TCT---C------------AT----A--------C----CC---------AAAAATGTCCC---------------------ATTTGACACATCACC---CCCAATTATCTACATAtgtgtttgatcttgtct
gi|8 : taaagatcgaattttaatttaacgcccactaATTGTACCTG-TGTC-CT--G-A-TCG-TC---TGTCAA-TC-AA-A-CTTTTAGC---AA-TA--G---AT-C-TCAGG-TGGAT-T---TA-C--ACCTGCAGAGAC----CA-T---GGTCC--TCAG--GT---ACC-CCT-GATAGGTGTTTT-GATAAC-A----AT-TAC----GGT-CC--ATA-CTTACCTG-TGTCCC-T-TAG-ATCTT---GA--GAAA--G-CCCA-A-TACTCTC-AAG-TTTTGAAA-G----TAG-ATACC-TG-TCCACAAT--TGTGA--TT-----T--TCT---C------------AT----A--------T----CC---------AAAAATGTCTCCCGAAC--A---AT--GC-A-ATTCAATACAGCACCCCCCCCCCTTCTTTATATAC
gi|9 : CCTGCAGAGAC----CT-T---TATAT--TTAG--CT---ACC-CCTTGGTAGGTGTTTT-AACACC-A----AT-TAC----AAC-CC--ACA-ATTACCCG-AGTTCC-T-TAG-ATCTT---GA--GAAA--A-CCCA-A-TACTCTT-GAG-TTTTAAAA-GTGCTCAG-TGACC-TG-TCCTCAAG--TGCTA--TT-----T--TCT---C------------AT----A--------T----TT---------AAAA--GTAGCCAGGCC--A---AT--GC-A-ATTCAATACAGCACTTCTATCTTTTCT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTATACTGCAATTTCCCCCTTGTCTATAGGCATGTATTATGAATTATTGAATTATACACAATCAGAAATGAAA
Unaligned ( gi|26 ): ATAAATTATTAAATTGCACACAATCGGAAATGAAATGCATCAAACAATTATTTGCACATTAATTCCTATAACA
Unaligned ( gi|27 ): ATCATAAATCGTTAGATTACACACAACTAGAAAGGTAATACATCACACAATAATTTGCAAATTAATTCCT
Unaligned ( gi|28 ): GACCTAATTTTAAGTTAATGCCCCCAACTTTTCACCTGTATCCTTTAATATCGCTCCTCAATCAAACTT