lowQualScore : 11 1111111 22222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 8888 1 1 1 44 22 1 3 1 1 1 22 1 1 8888888888888 1 6666666666 4444444 22 1 222 33333 33333 3333 3 4 1 1 444444 2 1 2 55555555 6666666 1 33 1 1 7777 666 5 33 1 1 1 1 555555 4 3 1 1 1 00000000000000000000000000000000000000 3 22 1 1 1 22 1 222 22 222 33 3333 1 55 3 22 6666 1
lowQualScore : . .... . . . .. .. . . . . . .. . . ............. . .......... ....... .. . ... ..... ..... .... . . . . ...... . . . ........ ....... . .. . . .... ... . .. . . . . ...... . . . . . ...................................... . .. . . . .. . ... .. ... .. .... . .. . .. .... .
lowQualScore : 8 2222 8 8 8 33 00 7 3 7 7 7 22 6 5 5555555555555 5 7777777777 4444444 00 5 777 77777 77777 1111 0 4 5 5 111111 9 4 9 22222222 1111111 4 44 4 5 8888 777 8 55 3 5 5 5 777777 4 0 5 5 5 77777777777777777777777777777777777777 0 00 5 5 5 00 5 666 00 666 77 4444 7 66 3 33 4444 8
consensus : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GT-CAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCG-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-TCAG----G---AGAGC--GTCTC-A-T-GC------CCTGGA-TAGG-CG-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
Reference ( gi|11 ) : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAC-GA-GC-T-GT-CAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-TCAG----G---AGAAC--GCCTC-A-T-GC------CCTGGA-TAGG-CG-A-TT-C---------------A----T--T---A----------TTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATCTTGTGT
gi|10 : TTCAAA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAC-GA-GC-T-GT-CAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-ACT-TA-CGTTTGC-ATTAAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTTGGTTTT-T--GT-ACAC-TCAG----G---AGAGT--GCCTC-A-T-GC------CTTGGA-TAGG-TG-ATTT-C---------------A----T--A---A----------TTCT-T--GT-ACG-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAGTATATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCT
gi|8 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GT-CAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TT---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-TA-CT--------GCG-------TTTGTTTTT-T--GA-ACTC-TCAT----G---ATGAC--GTCTC-A-T-GC------TCTGCA-TAGG-CG-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTCT-T--TT-ACC-C-GT-A--ATAGC-AA---GT--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-CTCTTGTGTcat
gi|9 : tTTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GT-CAGAA-C--TAT-AT-GT-------------GC-T----------ACATTTTATCACT--A-TA----C-----T-----A----A-GTG-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------T-G-CA-CT--------GCG-------TTTGATTTT-T--GT-ACTC-TCAG----G---ACAGC--GTCTC-A-T-GC------CCTGGA-TAGG-CG-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTC--T--GT-ACC-CTGT-A--ATGAC-GA---GC--ATA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTcc
gi|18 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAC-GA-GC-T-GT-CAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACA--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA----------------------G-G-CA-CT--------GCA-------TTTGGTTTT-TT-GT-ACTC-TCAG----G---AG--T--GCCTC-A-T-GC------C-TGGA-TAGG-CG-A-TT-C---------------A----T--T---A----------TTCT-T--GT-ACC-CTGT----ATGGC-GA---GC--GTA-----CGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATCTTGTGTca
gi|7 : TTCAGA-TGAA------TATAC-TC-TCAGAA-GA-GC-T-GT-CAGAAAC--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---GC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTAAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-TCAG----GCTAAGAGC--GCCTC-A-T-GC------CCTGCA-TAGG-CG-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTCT-T--GT-ACC-C--T-A--ATGGC-GG---GC--GTA---CTTGAG--TATCCT----GA-GT--T-G--G---CAAAA-TTC-TGTGTc
gi|14 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC--C-T--GAA-GA-GC-T-GT-CAGAA-T--TAT-AT-GT-------------GC-T----------ACATTTTATCACT--A-TA----C-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------T-G-CA-CT--------GCA-------TTTGAATTT-T--GT-ACTC-TCAG----G---AGAGC--GTCTC-A-T-GC------CCTGGA-TAGG-TG-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTC--T--GT-ACCACTGT-A--ATGAC-GA---GC--GTA---CTC---------------GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTc
gi|25 : TTCAGA-TGTA----C-TATGC-TC-T--GAA-GA-AC-T-GT-CAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-TCAG----C---AGAGC--GCCTC-A-T-GC------CCTGGA-TA----------------------------------------------------CT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---Ccattt
gi|16 : tTTCAGA-TTAA----T-TATAT-TC-T--GAA-GA-GC-T-GT-CAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-CA----C-----T-----A----A-GCT-TA-CGTT----------------------------------------------TGGTTTT-G--GT-ACTC-TCAG----G---AGAGT--GTCTC-A-T-GC------CCTCGA-TAGG-GG-A-TT-C---------------A----T--A---A----------GTCT-T--GT-ACC-CTAT-A--ATGGC-GA---GCATGCA---CTCAAG--TATCCTATTAAA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
gi|5 : TTCAGA-TGAAT---C-TATACCTC-C--GAA-AAAGC-T-GT-CAAAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------T-ACT--A-TA---AC-----T-----A----ATGCT-GA-CGTATGC-ATTTAGA------G-G-CATCT--------GCGT------TTTAGTTTTCT--GTAACTCTTCAG----G---AGAGC--ATCTC-A-T-GC------CCTGGA-TAGGCCG-A-TT-C---------------A----GAAA---A----------TTCT------------TGT-A--AGGGC-GA---GT--GTA---CT-GA---TATCCT----GA-TG--T-G--GCGCCAAAA-ATCTCGTGTc
gi|2 : TTCAGA-TGAAAC--T-TATAC--C-T--GAA-AA-GC-TTGT-CAGAA-C--TAT-ATTGT-------------GC-T----------ACAATGTATCACT--A-TT---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------GTG-CA-CT--------GCG-------TTTTGAATT-A--TT-ACTC--CAG----G---AGAGC--GTCTC-A-T-GC------CCTGGA-TAGG-CGCA-TTCC---------------A----T--A---A----------TTCTGT--TT-ACC-CTGG-A--ATGATGGA---GC--CTA---CTCGAGT-TATCCT----GATTG--TGG--G---CAAAA-ATCTc
gi|24 : tTTCAAA-T--A----CGTATAC-TC-TA-GAA-GA-GC-T-GT-CAGAcattt
gi|29 : tTTCAG--TGAA----C-AGTAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GT-CAGAA-C--TAATAT-GA-------------GC-TAACATTGGTAA-------TCACT--A-AT---AC-----A-----A----A-GAT-TA-CATTTGC-ATTTAGA------T-G----CT--------GTG-------TTTGAATTT-T--GT-ACcttaaagaagcactgcattttgttgttacgcctcaggtctaaggccctccatgccctgcatagattcataatttctgtaaccttaatggcgagcgtaaatctcgctatctgatgtgggcaataatctg
gi|1 : tTTCAGT-TAAAACTGC-TAC-C-TCAT--GAA-GA-GCCT-GT-CA-AA-CGGTAC-AT-GTACTGTTAAGCATTGC-T----------A-------TCACT--AATA---AC-----TTAAATA----ACGCTATAGCGATTA--ATTT-GA------G-C-CATCT------------------TTTTGTTTT-T---T-ACTC--CAG----G---A-AGT--GTCTCCA-T-GCT-----CCTAGAATAGA-AT-G-TT-C---------------ACGCAT--A---A----------TTCT-TCCGTTATC-CTGA-A--ATGGC-GA---GA--GTA---CGCGAG---ATCCT-----A-TGGCT-G--G---CAAA
gi|30 : tTTCAGA-TGAA----C-TATGC-TC-T--GAA-AA-AA-T-GT-CAGAA-A--TAC-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--cac
gi|32 : tTTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--AAC-GA-GC-T-GT-CAGAA-
gi|12 : TCGGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-AA-GC-T-GT-CAGAA-G--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-TA-CT--------GCA-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-TCAA----G---AGAGC--GTCTG-A-T-GC------CCTGGA-TAGG-CG-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--ATA---CTCGAG--TATCCA----GA-TG--T-G--G---CAACA-ATTTTGTGT
gi|17 : TCAGAGTGAA----C-TATGC-TC-T--GAAAGA-AC-T-GT-CAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCTGTA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-GCCA-CT--------GCA-------TTTGG--TT-T--GT-A--C-TCAG----C---AGAGC--GCCTG-A---GC------CCTGGA-TA---------------------------------------------------TCT-T--GT-A-C-CTGT-A--ATGG--GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCT------A-CA--T-G--G---CAAAATATCTTGTGT
gi|13 : TCAGAATGAA------TATAC-TC-T--GAA-GA-G--T-GT-CAAAA-C---AG-AT-GT-------------GC-T----------A-------T-GCT--A-TATAGAT-----C-----ATAGTA-GCT-TA-CGTTTGC-ATGTGAA------GAG-CA-CT--------TCA-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-TCAGTCTAGT--AGAGC--GCCTC---T-GCACAATGCCTG---T-GG-CG-A-TT-C---------------A----T--CAGAA----------TTCTCT--GT-AAC-CTGT-AATATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TGTCCT----Gc
gi|4 : cCAGA-TGAA----C-TACAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GT-GAGAA-C--TAA-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCATT--A-TA---AA-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGACTTAGAG-T-CA-CT--------GCA-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-CCAG----G---AGAGC--GTCTC-A-T-GC------CCTGGA-TAGG-CG-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTCT-T--GT-TCC-GTGT-A--ATGGC-GA---AC--GTA---CTCAAG--TATCCT----GA-AG--T-G--G---CAAAA-ATTTCGTGTg
gi|6 : AGA-TGAA----C-TATAT-TC-T--GAA-GA-GC-T-GT-CAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-C----------A-------TCACT--A-TA---ATAACTAT-----A----A-GCA-TA-CATTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GAG-------TTTGGTTTT-G--GT-ACTC-TCAG----G---AGAGCC-GTCTC-A-T-TC------CCTGGA-TAGG-CA-A-TT-C---------------A----C--A---A----------TTCC-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGTC-GA---TC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TA--T-G--A---CCAAA-ATCTGGTGTcc
gi|3 : A-TGAA----C-TATAT-TC-T--GAA-GA-GC-T-GT-CAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-C----------A-------TCACTTAA-TA---AT-----A-----A----A-GCGATA-C-TTTGC-ATTTAAA------G-G--A-CT--------GAG-------TT--GTTTT-TGGGT-ACTC-TCAG----G---AGAGCCTGTCTC-ACT-TC------CCTGGAGTAGGTCA-A-TT-C---------------A----C--A---T----------TTCC-T--GT-ACC-CTGTAA--ATGTC-GATTCGT--GTA---CTCGAG--TA-CCT----GA-TGA-T-GACG---CAAAA-cc
gi|31 : agaA----C-TATAC-TC----GAT-GA-GCCT-GT-CAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC------------A-------TCACT--A-TT---GC-----T-----A----A-GCtgtggt
gi|15 : AC-GA-TC-T-TTTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GCAT----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T----------A-GCT-TA-CGGTTGCGATTTAGA------G-G-CA-CTTGGGGGAGGCAAACTTTTTTTGG--TT-T--GT--CTC-TCAGTA--G---AGAGC--G-CTC-A-TGGC------CCTGCATTAGG-TG-A-TT-C---------------A-------T---A----------ATCT-T--GT-ACC-CTGT-A--AT----GA---GT--ATA---C----------CTT----GA-TGT-T-G--G---CAAAA-TTCCTG
gi|20 : aacgt-T-GT-CAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-TCAG----G---AGAGC--ATCTC-A-T-GC------CCTAGA-TAGG-CG-A-TT-C---------------G----T--A---A----------TTTT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATCTTGTGT
gi|26 : AAAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA----------------------------------TGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GTG-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-TCAG----G---AGAGC--GTCTC-A-T-GC------CCTGGA-TAGG-CG-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTC--T--GT-ATC-CTGT-A--ATGGC-GA---GT--ATA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--cc
gi|22 : --TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-GA-TGTTCGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-TCAG----G---AGAGC--GTTTC-G-T-GC------CCTGGA-TAGG-CA-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCAAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATTTTGTGTacatgtgt
gi|21 : --TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-GA-TGTTCGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-TCAG----G---AGAGC--GTTTC-G-T-GC------CCTGGA-TAGG-CA-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCAAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATTTTGTGTc
gi|23 : T-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-TGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-TCAG----G---AGAGC--GCCTC-A-T-GC------CCTGGA-TAGG-CG-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTCT-T--GT-A-C-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA----TCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATC-TGTGTc
gi|19 : -------TCACT--A-GA---AC-----T-----A----A-ACT-TA-TGTTTGA-GTTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTTGGTTCT-T--GT-ACTC-GCAG----G---TGAGC--GTTTC-G-T-GC------CCTGAC-TAGG-CG-A-TT-TATCTCTCGTGCCTTGA----T--T---AGGCGGTTCCATTCG-T--GT-GCC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---TTCGAG--TGCCCT----GA-TG--T-G--G---TGACA-ATCTCATGTcc
gi|28 : gC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTTGGTTTT-T--GT-ACTC-TCAG----G---AGAGC--GCCTC-A-T-GC------CCTGGA-TAGG-CA-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--
gi|27 : -TA-CGTTTGC-ATTAAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTTGGTATT-T--GT-TCTC-TCAGTCT-A---AGAGC--GCCTC-A-T-GC------CCTGCA-TAGG-CG-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGT-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-TTCTTGTGc
gi|24 : gAGA------A-G-CA-CT--------GCA-------TTTTGTTGT-T--AC-GC-C-TCAG----GTCTAAGGC--CCTCC-A-T-GC------CCTGCA-TA----G-A-TT-C---------------A----T--A---A----------TTTC-T--GT-AAC-CT-T-A--ATGGC-GA---GC--GTAAATCTCG-C--TAT-CT----GA-TG--TGG--G---CAATA-ATCT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111111111111111
lowQualScore : 3 7777 1 1 1 44 1 1 3 1 1 22 1 1 8888888888888 1 6666666666 3333333 22 1 222 33333 33333 3333 2 4 1 1 444444 2 1 1 55555555 66666666 1 1 33 1 1 7777 666 11111111111111111111 33 4444444 1 1 1 555555 2 1 2 1 1 1 3333 444 2 22 1 1 1 22 1 222 22 222 33 3333 1 55 3 22 222 1
lowQualScore : . .... . . . .. . . . . . .. . . ............. . .......... ....... .. . ... ..... ..... .... . . . . ...... . . . ........ ........ . . .. . . .... ... .................... .. ....... . . . ...... . . . . . . .... ... . .. . . . .. . ... .. ... .. .... . .. . .. ... .
lowQualScore : 6 8888 7 7 7 11 7 7 3 7 6 11 5 5 1111111111111 5 5555555555 9999999 00 5 666 66666 66666 0000 9 3 4 4 000000 8 4 4 00000000 77777777 4 4 33 4 4 5555 444 66666666666666666666 44 6666666 4 4 4 555555 9 4 9 4 4 4 0000 555 9 00 4 4 4 00 4 555 00 555 55 3333 6 44 2 22 888 7
consensus : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCG-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
Reference ( family-192 ) : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCG-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
gi|1 : TTCAGT-TAAAACTGC-TAC-C-TCAT--GAA-GA-GCCT-GTCA-AA-CGGTAC-AT-GTACTGTTAAGCATTGC-T----------A-------TCACT--AATA---AC-----TTAAATA----ACGCTATAGCGATTA--ATTT-GA------G-C-CA-T----------CT-------TTT-TGTTTT-T---TA-CTC--CAG----G---A-A--------------------GT--G-------TCTCCA-TG-CT-----CCTAGAAT-AGA-AT-G-TT-CACGCAT---AATTCT-TCCGTTATC-CTGA-A--ATGGC-GA---GA--GTA---CGCGAG---ATCCT-----A-TGGCT-G--G---CAAA
gi|10 : tTTCAAA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAC-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-ACT-TA-CGTTTGC-ATTAAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CACT-CAG----G---AGA--------------------GT--G-------CCTC-A-TG-C------CTTGGA-T-AGG-TG-ATTT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACG-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAGTATATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTcac
gi|11 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAC-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------AC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---TATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATCTTGTGTcat
gi|12 : TCGGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-AA-GC-T-GTCAGAA-G--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-TA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAA----G---AGA--------------------GC--G-------TCTG-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--ATA---CTCGAG--TATCCA----GA-TG--T-G--G---CAACA-ATTTTGTGT
gi|13 : TCAGAATGAA------TATAC-TC-T--GAA-GA-G--T-GTCAAAA-C---AG-AT-GT-------------GC-T----------A-------T-GCT--A-TATAGAT-----C-----ATAGTA-GCT-TA-CGTTTGC-ATGTGAA------GAG-CA-CT--------TCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAGTCTAGT--AGA--------------------GC--G-------CCTC---TG-CACAATGCCTG---T--GG-CG-A-TT-CA----TCAGAATTCTCT--GT-AAC-CTGT-AATATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TGTCCT----G
gi|14 : cTTCAGA-TGAA----C-TATAC--C-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-T--TAT-AT-GT-------------GC-T----------ACATTTTATCACT--A-TA----C-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------T-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GAATTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-TG-A-TT-CA----T---AATTC--T--GT-ACCACTGT-A--ATGAC-GA---GC--GTA---CTC---------------GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTg
gi|15 : TCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GCAT----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A------GCT-TA-CGGTTGCGATTTAGA------G-G-CA-CTTGGGGGAGGCAAACTTTTTTT-GGTTT-----GT--CTCT-CAGTA--G---AGA--------------------GC--G--------CTC-A-TGGC------CCTGCA-TTAGG-TG-A-TT-CA----T---AA-TCT-T--GT-ACC-CTGT-A--AT----GA---GT--ATA---C----------CTT----GA-TGT-T-G--G---CAAAA-TTCCTGcattt
gi|16 : aacgtacgatctttTTCAGA-TTAA----T-TATAT-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-CA----C-----T-----A----A-GCT-TA-CGTT----------------------------------------------T-GGTTTT-G--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GT--G-------TCTC-A-TG-C------CCTCGA-T-AGG-GG-A-TT-CA----T---AAGTCT-T--GT-ACC-CTAT-A--ATGGC-GA---GCATGCA---CTCAAG--TATCCTATTAAA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
gi|17 : TCAGAGTGAA----C-TATGC-TC-T--GAAAGA-AC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCTGTA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-GCCA-CT--------GCA-------TTT-GG--TT-T--GTA---CT-CAG----C---AGA--------------------GC--G-------CCTG-A--G-C------CCTGGA-T-A------------------------TCT-T--GT-A-C-CTGT-A--ATGG--GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCT------A-CA--T-G--G---CAAAATATCTTGTGTc
gi|18 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAC-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACA--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA----------------------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-TT-GTA-CTCT-CAG----G---AGT--------------------GC-----------CTC-A-TG-C------C-TGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---TATTCT-T--GT-ACC-CTGT----ATGGC-GA---GC--GTA-----CGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATCTTGTGTc
gi|19 : -------TCACT--A-GA---AC-----T-----A----A-ACT-TA-TGTTTGA-GTTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTCT-T--GTA-CTCG-CAG----G---TGAGCGTTTCGTGCCCTGACTAGGC--GATTTATCTCTC-G-TG-C------CTTGAT-T-AGG-CG-G-TT-CC---------ATTCG-T--GT-GCC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---TTCGAG--TGCCCT----GA-TG--T-G--G---TGACA-ATCTCATGTc
gi|2 : gTTCAGA-TGAAAC--T-TATAC--C-T--GAA-AA-GC-TTGTCAGAA-C--TAT-ATTGT-------------GC-T----------ACAATGTATCACT--A-TT---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------GTG-CA-CT--------GCG-------TTT-TGAATT-A--TTA-CTC--CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CGCA-TTCCA----T---AATTCTGT--TT-ACC-CTGG-A--ATGATGGA---GC--CTA---CTCGAGT-TATCCT----GATTG--TGG--G---CAAAA-ATCT
gi|20 : t-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--A-------TCTC-A-TG-C------CCTAGA-T-AGG-CG-A-TT-CG----T---AATTTT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATCTTGTGTcattt
gi|21 : --TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-GA-TGTTCGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TTTC-G-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CA-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCAAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATTTTGTGTcc
gi|22 : --TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-GA-TGTTCGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TTTC-G-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CA-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCAAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATTTTGTGTc
gi|23 : T-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-TGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-A-C-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA----TCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATC-TGTGTc
gi|24 : TTCAAA-T--A----CGTATAC-TC-TA-GAA-GA-GC-T-GTCAGAcc
gi|24 : tAGA------A-G-CA-CT--------GCA-------TTT-TGTTGT-T--ACG-C-CT-CAG----GTCTAAG--------------------GC--C-------CTCC-A-TG-C------CCTGCA-T-AG-----A-TT-CA----T---AATTTC-T--GT-AAC-CT-T-A--ATGGC-GA---GC--GTAAATCTCG-C--TAT-CT----GA-TG--TGG--G---CAATA-ATCTcttaaagaagcactgcattttgttgttacgcctcaggtctaaggccctccatgccctgcatagattcataatttctgtaaccttaatggcgagcgtaaatctcgctatctgatgtgggcaataatctg
gi|25 : tttcaaatacgtatactctagaagagctgtcagacttaaTTCAGA-TGTA----C-TATGC-TC-T--GAA-GA-AC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----C---AGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-A-------------------------CT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---Cg
gi|26 : tAAAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA----------------------------------TGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GTG-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTC--T--GT-ATC-CTGT-A--ATGGC-GA---GT--ATA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--A---CA
gi|27 : -TA-CGTTTGC-ATTAAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTATT-T--GTT-CTCT-CAGTCT-A---AGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGCA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGT-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-TTCTTGTGtgtgt
gi|28 : gC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CA-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--
gi|29 : TTCAG--TGAA----C-AGTAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAATAT-GA-------------GC-TAACATTGGTAA-------TCACT--A-AT---AC-----A-----A----A-GAT-TA-CATTTGC-ATTTAGA------T-G----CT--------GTG-------TTT-GAATTT-T--GTA-Cc
gi|3 : tA-TGAA----C-TATAT-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-C----------A-------TCACTTAA-TA---AT-----A-----A----A-GCGATA-C-TTTGC-ATTTAAA------G-G--A-CT--------GAG-------TT---GTTTT-TGGGTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GCCTG-------TCTC-ACTT-C------CCTGGAGT-AGGTCA-A-TT-CA----C---ATTTCC-T--GT-ACC-CTGTAA--ATGTC-GATTCGT--GTA---CTCGAG--TA-CCT----GA-TGA-T-GACG---CAAAA-
gi|30 : agaTTCAGA-TGAA----C-TATGC-TC-T--GAA-AA-AA-T-GTCAGAA-A--TAC-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--tgtggt
gi|31 : tA----C-TATAC-TC----GAT-GA-GCCT-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC------------A-------TCACT--A-TT---GC-----T-----A----A-GC
gi|32 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--AAC-GA-GC-T-GTCAGAA-
gi|4 : CAGA-TGAA----C-TACAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTGAGAA-C--TAA-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCATT--A-TA---AA-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGACTTAGAG-T-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCC-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-TCC-GTGT-A--ATGGC-GA---AC--GTA---CTCAAG--TATCCT----GA-AG--T-G--G---CAAAA-ATTTCGTGT
gi|5 : TTCAGA-TGAAT---C-TATACCTC-C--GAA-AAAGC-T-GTCAAAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------T-ACT--A-TA---AC-----T-----A----ATGCT-GA-CGTATGC-ATTTAGA------G-G-CATCT--------GCG-------TTTTAGTTTTCT--GTAACTCTTCAG----G---AGA--------------------GC--A-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGGCCG-A-TT-CA----GAA-AATTCT------------TGT-A--AGGGC-GA---GT--GTA---CT-GA---TATCCT----GA-TG--T-G--GCGCCAAAA-ATCTCGTGTcc
gi|6 : AGA-TGAA----C-TATAT-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-C----------A-------TCACT--A-TA---ATAACTAT-----A----A-GCA-TA-CATTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GAG-------TTT-GGTTTT-G--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GCC-G-------TCTC-A-TT-C------CCTGGA-T-AGG-CA-A-TT-CA----C---AATTCC-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGTC-GA---TC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TA--T-G--A---CCAAA-ATCTGGTGTc
gi|7 : TTCAGA-TGAA------TATAC-TC-TCAGAA-GA-GC-T-GTCAGAAAC--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---GC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTAAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----GCTAAGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGCA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-C--T-A--ATGGC-GG---GC--GTA---CTTGAG--TATCCT----GA-GT--T-G--G---CAAAA-TTC-TGTGTcc
gi|8 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TT---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-TA-CT--------GCG-------TTT-GTTTTT-T--GAA-CTCT-CAT----G---ATG--------------------AC--G-------TCTC-A-TG-C------TCTGCA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--TT-ACC-C-GT-A--ATAGC-AA---GT--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-CTCTTGTGTc
gi|9 : tTTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAT-AT-GT-------------GC-T----------ACATTTTATCACT--A-TA----C-----T-----A----A-GTG-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------T-G-CA-CT--------GCG-------TTT-GATTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---ACA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTC--T--GT-ACC-CTGT-A--ATGAC-GA---GC--ATA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTcc
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111111111111111
lowQualScore : 3 7777 1 1 1 44 1 1 3 1 1 22 1 1 8888888888888 1 6666666666 3333333 22 1 222 33333 33333 3333 2 4 1 1 444444 2 1 1 55555555 66666666 1 1 33 1 1 7777 666 11111111111111111111 33 4444444 1 1 1 555555 2 1 2 1 1 1 3333 444 2 22 1 1 1 22 1 222 22 222 33 3333 1 55 3 22 222 1
lowQualScore : . .... . . . .. . . . . . .. . . ............. . .......... ....... .. . ... ..... ..... .... . . . . ...... . . . ........ ........ . . .. . . .... ... .................... .. ....... . . . ...... . . . . . . .... ... . .. . . . .. . ... .. ... .. .... . .. . .. ... .
lowQualScore : 6 8888 7 7 7 11 7 7 3 7 6 11 5 5 1111111111111 5 5555555555 9999999 00 5 666 66666 66666 0000 9 3 4 4 000000 8 4 4 00000000 77777777 4 4 33 4 4 5555 444 66666666666666666666 44 6666666 4 4 4 555555 9 4 9 4 4 4 0000 555 9 00 4 4 4 00 4 555 00 555 55 3333 6 44 2 22 888 7
consensus : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCG-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
Reference ( family-192 ) : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCG-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
gi|1 : TTCAGT-TAAAACTGC-TAC-C-TCAT--GAA-GA-GCCT-GTCA-AA-CGGTAC-AT-GTACTGTTAAGCATTGC-T----------A-------TCACT--AATA---AC-----TTAAATA----ACGCTATAGCGATTA--ATTT-GA------G-C-CA-T----------CT-------TTT-TGTTTT-T---TA-CTC--CAG----G---A-A--------------------GT--G-------TCTCCA-TG-CT-----CCTAGAAT-AGA-AT-G-TT-CACGCAT---AATTCT-TCCGTTATC-CTGA-A--ATGGC-GA---GA--GTA---CGCGAG---ATCCT-----A-TGGCT-G--G---CAAA
gi|10 : tTTCAAA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAC-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-ACT-TA-CGTTTGC-ATTAAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CACT-CAG----G---AGA--------------------GT--G-------CCTC-A-TG-C------CTTGGA-T-AGG-TG-ATTT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACG-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAGTATATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTcac
gi|11 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAC-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------AC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---TATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATCTTGTGTcat
gi|12 : TCGGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-AA-GC-T-GTCAGAA-G--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-TA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAA----G---AGA--------------------GC--G-------TCTG-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--ATA---CTCGAG--TATCCA----GA-TG--T-G--G---CAACA-ATTTTGTGT
gi|13 : TCAGAATGAA------TATAC-TC-T--GAA-GA-G--T-GTCAAAA-C---AG-AT-GT-------------GC-T----------A-------T-GCT--A-TATAGAT-----C-----ATAGTA-GCT-TA-CGTTTGC-ATGTGAA------GAG-CA-CT--------TCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAGTCTAGT--AGA--------------------GC--G-------CCTC---TG-CACAATGCCTG---T--GG-CG-A-TT-CA----TCAGAATTCTCT--GT-AAC-CTGT-AATATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TGTCCT----G
gi|14 : cTTCAGA-TGAA----C-TATAC--C-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-T--TAT-AT-GT-------------GC-T----------ACATTTTATCACT--A-TA----C-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------T-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GAATTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-TG-A-TT-CA----T---AATTC--T--GT-ACCACTGT-A--ATGAC-GA---GC--GTA---CTC---------------GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTg
gi|15 : TCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GCAT----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A------GCT-TA-CGGTTGCGATTTAGA------G-G-CA-CTTGGGGGAGGCAAACTTTTTTT-GGTTT-----GT--CTCT-CAGTA--G---AGA--------------------GC--G--------CTC-A-TGGC------CCTGCA-TTAGG-TG-A-TT-CA----T---AA-TCT-T--GT-ACC-CTGT-A--AT----GA---GT--ATA---C----------CTT----GA-TGT-T-G--G---CAAAA-TTCCTGcattt
gi|16 : aacgtacgatctttTTCAGA-TTAA----T-TATAT-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-CA----C-----T-----A----A-GCT-TA-CGTT----------------------------------------------T-GGTTTT-G--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GT--G-------TCTC-A-TG-C------CCTCGA-T-AGG-GG-A-TT-CA----T---AAGTCT-T--GT-ACC-CTAT-A--ATGGC-GA---GCATGCA---CTCAAG--TATCCTATTAAA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
gi|17 : TCAGAGTGAA----C-TATGC-TC-T--GAAAGA-AC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCTGTA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-GCCA-CT--------GCA-------TTT-GG--TT-T--GTA---CT-CAG----C---AGA--------------------GC--G-------CCTG-A--G-C------CCTGGA-T-A------------------------TCT-T--GT-A-C-CTGT-A--ATGG--GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCT------A-CA--T-G--G---CAAAATATCTTGTGTc
gi|18 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAC-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACA--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA----------------------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-TT-GTA-CTCT-CAG----G---AGT--------------------GC-----------CTC-A-TG-C------C-TGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---TATTCT-T--GT-ACC-CTGT----ATGGC-GA---GC--GTA-----CGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATCTTGTGTc
gi|19 : -------TCACT--A-GA---AC-----T-----A----A-ACT-TA-TGTTTGA-GTTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTCT-T--GTA-CTCG-CAG----G---TGAGCGTTTCGTGCCCTGACTAGGC--GATTTATCTCTC-G-TG-C------CTTGAT-T-AGG-CG-G-TT-CC---------ATTCG-T--GT-GCC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---TTCGAG--TGCCCT----GA-TG--T-G--G---TGACA-ATCTCATGTc
gi|2 : gTTCAGA-TGAAAC--T-TATAC--C-T--GAA-AA-GC-TTGTCAGAA-C--TAT-ATTGT-------------GC-T----------ACAATGTATCACT--A-TT---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------GTG-CA-CT--------GCG-------TTT-TGAATT-A--TTA-CTC--CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CGCA-TTCCA----T---AATTCTGT--TT-ACC-CTGG-A--ATGATGGA---GC--CTA---CTCGAGT-TATCCT----GATTG--TGG--G---CAAAA-ATCT
gi|20 : t-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--A-------TCTC-A-TG-C------CCTAGA-T-AGG-CG-A-TT-CG----T---AATTTT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATCTTGTGTcattt
gi|21 : --TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-GA-TGTTCGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TTTC-G-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CA-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCAAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATTTTGTGTcc
gi|22 : --TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-GA-TGTTCGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TTTC-G-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CA-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCAAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATTTTGTGTc
gi|23 : T-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-TGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-A-C-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA----TCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATC-TGTGTc
gi|24 : TTCAAA-T--A----CGTATAC-TC-TA-GAA-GA-GC-T-GTCAGAcc
gi|24 : tAGA------A-G-CA-CT--------GCA-------TTT-TGTTGT-T--ACG-C-CT-CAG----GTCTAAG--------------------GC--C-------CTCC-A-TG-C------CCTGCA-T-AG-----A-TT-CA----T---AATTTC-T--GT-AAC-CT-T-A--ATGGC-GA---GC--GTAAATCTCG-C--TAT-CT----GA-TG--TGG--G---CAATA-ATCTcttaaagaagcactgcattttgttgttacgcctcaggtctaaggccctccatgccctgcatagattcataatttctgtaaccttaatggcgagcgtaaatctcgctatctgatgtgggcaataatctg
gi|25 : tttcaaatacgtatactctagaagagctgtcagacttaaTTCAGA-TGTA----C-TATGC-TC-T--GAA-GA-AC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----C---AGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-A-------------------------CT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---Cg
gi|26 : tAAAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA----------------------------------TGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GTG-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTC--T--GT-ATC-CTGT-A--ATGGC-GA---GT--ATA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--A---CA
gi|27 : -TA-CGTTTGC-ATTAAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTATT-T--GTT-CTCT-CAGTCT-A---AGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGCA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGT-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-TTCTTGTGtgtgt
gi|28 : gC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CA-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--
gi|29 : TTCAG--TGAA----C-AGTAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAATAT-GA-------------GC-TAACATTGGTAA-------TCACT--A-AT---AC-----A-----A----A-GAT-TA-CATTTGC-ATTTAGA------T-G----CT--------GTG-------TTT-GAATTT-T--GTA-Cc
gi|3 : tA-TGAA----C-TATAT-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-C----------A-------TCACTTAA-TA---AT-----A-----A----A-GCGATA-C-TTTGC-ATTTAAA------G-G--A-CT--------GAG-------TT---GTTTT-TGGGTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GCCTG-------TCTC-ACTT-C------CCTGGAGT-AGGTCA-A-TT-CA----C---ATTTCC-T--GT-ACC-CTGTAA--ATGTC-GATTCGT--GTA---CTCGAG--TA-CCT----GA-TGA-T-GACG---CAAAA-
gi|30 : agaTTCAGA-TGAA----C-TATGC-TC-T--GAA-AA-AA-T-GTCAGAA-A--TAC-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--tgtggt
gi|31 : tA----C-TATAC-TC----GAT-GA-GCCT-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC------------A-------TCACT--A-TT---GC-----T-----A----A-GC
gi|32 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--AAC-GA-GC-T-GTCAGAA-
gi|4 : CAGA-TGAA----C-TACAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTGAGAA-C--TAA-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCATT--A-TA---AA-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGACTTAGAG-T-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCC-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-TCC-GTGT-A--ATGGC-GA---AC--GTA---CTCAAG--TATCCT----GA-AG--T-G--G---CAAAA-ATTTCGTGT
gi|5 : TTCAGA-TGAAT---C-TATACCTC-C--GAA-AAAGC-T-GTCAAAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------T-ACT--A-TA---AC-----T-----A----ATGCT-GA-CGTATGC-ATTTAGA------G-G-CATCT--------GCG-------TTTTAGTTTTCT--GTAACTCTTCAG----G---AGA--------------------GC--A-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGGCCG-A-TT-CA----GAA-AATTCT------------TGT-A--AGGGC-GA---GT--GTA---CT-GA---TATCCT----GA-TG--T-G--GCGCCAAAA-ATCTCGTGTcc
gi|6 : AGA-TGAA----C-TATAT-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-C----------A-------TCACT--A-TA---ATAACTAT-----A----A-GCA-TA-CATTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GAG-------TTT-GGTTTT-G--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GCC-G-------TCTC-A-TT-C------CCTGGA-T-AGG-CA-A-TT-CA----C---AATTCC-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGTC-GA---TC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TA--T-G--A---CCAAA-ATCTGGTGTc
gi|7 : TTCAGA-TGAA------TATAC-TC-TCAGAA-GA-GC-T-GTCAGAAAC--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---GC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTAAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----GCTAAGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGCA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-C--T-A--ATGGC-GG---GC--GTA---CTTGAG--TATCCT----GA-GT--T-G--G---CAAAA-TTC-TGTGTcc
gi|8 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TT---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-TA-CT--------GCG-------TTT-GTTTTT-T--GAA-CTCT-CAT----G---ATG--------------------AC--G-------TCTC-A-TG-C------TCTGCA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--TT-ACC-C-GT-A--ATAGC-AA---GT--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-CTCTTGTGTc
gi|9 : tTTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAT-AT-GT-------------GC-T----------ACATTTTATCACT--A-TA----C-----T-----A----A-GTG-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------T-G-CA-CT--------GCG-------TTT-GATTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---ACA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTC--T--GT-ACC-CTGT-A--ATGAC-GA---GC--ATA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTcc
blockSeqs : A AC G C . CA A A C T A . T T . A AACATTGGTA CATTTTA TA . TAG AACTA . TAGT T G . G CTTAGA A C T TGGGGGAG AAACTTTT T C GG A T TCTA TCT GCGTTTCGTGCCCTGACTAG CT ATTTATC . C G ACAATG G T T C T C . CAG C . . A A AT G TTC AT AAT TA ATTA T T G AC CGC T
blockSeqs : G T . . . A . . . . . . . . . . . CAATGTA . . . . . . . A . . . T . . . A . . T . . TCT CTA . C . . . . . . . C . . . . AA G . . . . . . . . . T . . A G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . CATTTTA . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . TA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** ** ************* ***** ****** **** ** **
originalCons : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCG-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
finalCons : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCG-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111111111111111
lowQualScore : 3 7777 1 1 1 44 1 1 3 1 1 22 1 1 8888888888888 1 6666666666 3333333 22 1 222 33333 33333 3333 2 4 1 1 444444 2 1 1 55555555 66666666 1 1 33 1 1 7777 666 11111111111111111111 33 4444444 1 1 1 555555 2 1 2 1 1 1 3333 444 2 22 1 1 1 22 1 222 22 222 33 3333 1 55 3 22 222 1
lowQualScore : . .... . . . .. . . . . . .. . . ............. . .......... ....... .. . ... ..... ..... .... . . . . ...... . . . ........ ........ . . .. . . .... ... .................... .. ....... . . . ...... . . . . . . .... ... . .. . . . .. . ... .. ... .. .... . .. . .. ... .
lowQualScore : 6 8888 7 7 7 11 7 7 3 7 6 11 5 5 1111111111111 5 5555555555 9999999 00 5 666 66666 66666 0000 9 3 4 4 000000 8 4 4 00000000 77777777 4 4 33 4 4 5555 444 66666666666666666666 44 6666666 4 4 4 555555 9 4 9 4 4 4 0000 555 9 00 4 4 4 00 4 555 00 555 55 3333 6 44 2 22 888 7
consensus : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCG-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
Reference ( family-192 ) : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCG-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
gi|1 : TTCAGT-TAAAACTGC-TAC-C-TCAT--GAA-GA-GCCT-GTCA-AA-CGGTAC-AT-GTACTGTTAAGCATTGC-T----------A-------TCACT--AATA---AC-----TTAAATA----ACGCTATAGCGATTA--ATTT-GA------G-C-CA-T----------CT-------TTT-TGTTTT-T---TA-CTC--CAG----G---A-A--------------------GT--G-------TCTCCA-TG-CT-----CCTAGAAT-AGA-AT-G-TT-CACGCAT---AATTCT-TCCGTTATC-CTGA-A--ATGGC-GA---GA--GTA---CGCGAG---ATCCT-----A-TGGCT-G--G---CAAA
gi|10 : tTTCAAA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAC-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-ACT-TA-CGTTTGC-ATTAAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CACT-CAG----G---AGA--------------------GT--G-------CCTC-A-TG-C------CTTGGA-T-AGG-TG-ATTT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACG-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAGTATATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTcac
gi|11 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAC-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------AC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---TATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATCTTGTGTcat
gi|12 : TCGGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-AA-GC-T-GTCAGAA-G--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-TA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAA----G---AGA--------------------GC--G-------TCTG-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--ATA---CTCGAG--TATCCA----GA-TG--T-G--G---CAACA-ATTTTGTGT
gi|13 : TCAGAATGAA------TATAC-TC-T--GAA-GA-G--T-GTCAAAA-C---AG-AT-GT-------------GC-T----------A-------T-GCT--A-TATAGAT-----C-----ATAGTA-GCT-TA-CGTTTGC-ATGTGAA------GAG-CA-CT--------TCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAGTCTAGT--AGA--------------------GC--G-------CCTC---TG-CACAATGCCTG---T--GG-CG-A-TT-CA----TCAGAATTCTCT--GT-AAC-CTGT-AATATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TGTCCT----G
gi|14 : cTTCAGA-TGAA----C-TATAC--C-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-T--TAT-AT-GT-------------GC-T----------ACATTTTATCACT--A-TA----C-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------T-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GAATTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-TG-A-TT-CA----T---AATTC--T--GT-ACCACTGT-A--ATGAC-GA---GC--GTA---CTC---------------GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTg
gi|15 : TCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GCAT----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A------GCT-TA-CGGTTGCGATTTAGA------G-G-CA-CTTGGGGGAGGCAAACTTTTTTT-GGTTT-----GT--CTCT-CAGTA--G---AGA--------------------GC--G--------CTC-A-TGGC------CCTGCA-TTAGG-TG-A-TT-CA----T---AA-TCT-T--GT-ACC-CTGT-A--AT----GA---GT--ATA---C----------CTT----GA-TGT-T-G--G---CAAAA-TTCCTGcattt
gi|16 : aacgtacgatctttTTCAGA-TTAA----T-TATAT-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-CA----C-----T-----A----A-GCT-TA-CGTT----------------------------------------------T-GGTTTT-G--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GT--G-------TCTC-A-TG-C------CCTCGA-T-AGG-GG-A-TT-CA----T---AAGTCT-T--GT-ACC-CTAT-A--ATGGC-GA---GCATGCA---CTCAAG--TATCCTATTAAA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTTGTGT
gi|17 : TCAGAGTGAA----C-TATGC-TC-T--GAAAGA-AC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCTGTA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-GCCA-CT--------GCA-------TTT-GG--TT-T--GTA---CT-CAG----C---AGA--------------------GC--G-------CCTG-A--G-C------CCTGGA-T-A------------------------TCT-T--GT-A-C-CTGT-A--ATGG--GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCT------A-CA--T-G--G---CAAAATATCTTGTGTc
gi|18 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAC-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACA--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA----------------------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-TT-GTA-CTCT-CAG----G---AGT--------------------GC-----------CTC-A-TG-C------C-TGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---TATTCT-T--GT-ACC-CTGT----ATGGC-GA---GC--GTA-----CGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATCTTGTGTc
gi|19 : -------TCACT--A-GA---AC-----T-----A----A-ACT-TA-TGTTTGA-GTTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTCT-T--GTA-CTCG-CAG----G---TGAGCGTTTCGTGCCCTGACTAGGC--GATTTATCTCTC-G-TG-C------CTTGAT-T-AGG-CG-G-TT-CC---------ATTCG-T--GT-GCC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---TTCGAG--TGCCCT----GA-TG--T-G--G---TGACA-ATCTCATGTc
gi|2 : gTTCAGA-TGAAAC--T-TATAC--C-T--GAA-AA-GC-TTGTCAGAA-C--TAT-ATTGT-------------GC-T----------ACAATGTATCACT--A-TT---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------GTG-CA-CT--------GCG-------TTT-TGAATT-A--TTA-CTC--CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CGCA-TTCCA----T---AATTCTGT--TT-ACC-CTGG-A--ATGATGGA---GC--CTA---CTCGAGT-TATCCT----GATTG--TGG--G---CAAAA-ATCT
gi|20 : t-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--A-------TCTC-A-TG-C------CCTAGA-T-AGG-CG-A-TT-CG----T---AATTTT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATCTTGTGTcattt
gi|21 : --TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-GA-TGTTCGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TTTC-G-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CA-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCAAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATTTTGTGTcc
gi|22 : --TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-GA-TGTTCGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TTTC-G-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CA-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCAAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATTTTGTGTc
gi|23 : T-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-TGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-A-C-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA----TCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---TAAAA-ATC-TGTGTc
gi|24 : TTCAAA-T--A----CGTATAC-TC-TA-GAA-GA-GC-T-GTCAGAcc
gi|24 : tAGA------A-G-CA-CT--------GCA-------TTT-TGTTGT-T--ACG-C-CT-CAG----GTCTAAG--------------------GC--C-------CTCC-A-TG-C------CCTGCA-T-AG-----A-TT-CA----T---AATTTC-T--GT-AAC-CT-T-A--ATGGC-GA---GC--GTAAATCTCG-C--TAT-CT----GA-TG--TGG--G---CAATA-ATCTcttaaagaagcactgcattttgttgttacgcctcaggtctaaggccctccatgccctgcatagattcataatttctgtaaccttaatggcgagcgtaaatctcgctatctgatgtgggcaataatctg
gi|25 : tttcaaatacgtatactctagaagagctgtcagacttaaTTCAGA-TGTA----C-TATGC-TC-T--GAA-GA-AC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----C---AGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-A-------------------------CT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---Cg
gi|26 : tAAAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA----------------------------------TGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GTG-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTC--T--GT-ATC-CTGT-A--ATGGC-GA---GT--ATA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--A---CA
gi|27 : -TA-CGTTTGC-ATTAAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTATT-T--GTT-CTCT-CAGTCT-A---AGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGCA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGT-GA---GC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-TTCTTGTGtgtgt
gi|28 : gC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CA-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGGC-GA---GC--GTA---CTCGAG--
gi|29 : TTCAG--TGAA----C-AGTAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAATAT-GA-------------GC-TAACATTGGTAA-------TCACT--A-AT---AC-----A-----A----A-GAT-TA-CATTTGC-ATTTAGA------T-G----CT--------GTG-------TTT-GAATTT-T--GTA-Cc
gi|3 : tA-TGAA----C-TATAT-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-C----------A-------TCACTTAA-TA---AT-----A-----A----A-GCGATA-C-TTTGC-ATTTAAA------G-G--A-CT--------GAG-------TT---GTTTT-TGGGTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GCCTG-------TCTC-ACTT-C------CCTGGAGT-AGGTCA-A-TT-CA----C---ATTTCC-T--GT-ACC-CTGTAA--ATGTC-GATTCGT--GTA---CTCGAG--TA-CCT----GA-TGA-T-GACG---CAAAA-
gi|30 : agaTTCAGA-TGAA----C-TATGC-TC-T--GAA-AA-AA-T-GTCAGAA-A--TAC-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--tgtggt
gi|31 : tA----C-TATAC-TC----GAT-GA-GCCT-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC------------A-------TCACT--A-TT---GC-----T-----A----A-GC
gi|32 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--AAC-GA-GC-T-GTCAGAA-
gi|4 : CAGA-TGAA----C-TACAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTGAGAA-C--TAA-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCATT--A-TA---AA-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGACTTAGAG-T-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCC-CAG----G---AGA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-TCC-GTGT-A--ATGGC-GA---AC--GTA---CTCAAG--TATCCT----GA-AG--T-G--G---CAAAA-ATTTCGTGT
gi|5 : TTCAGA-TGAAT---C-TATACCTC-C--GAA-AAAGC-T-GTCAAAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------T-ACT--A-TA---AC-----T-----A----ATGCT-GA-CGTATGC-ATTTAGA------G-G-CATCT--------GCG-------TTTTAGTTTTCT--GTAACTCTTCAG----G---AGA--------------------GC--A-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGGCCG-A-TT-CA----GAA-AATTCT------------TGT-A--AGGGC-GA---GT--GTA---CT-GA---TATCCT----GA-TG--T-G--GCGCCAAAA-ATCTCGTGTcc
gi|6 : AGA-TGAA----C-TATAT-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-C----------A-------TCACT--A-TA---ATAACTAT-----A----A-GCA-TA-CATTTGC-ATTTAGA------G-G-CA-CT--------GAG-------TTT-GGTTTT-G--GTA-CTCT-CAG----G---AGA--------------------GCC-G-------TCTC-A-TT-C------CCTGGA-T-AGG-CA-A-TT-CA----C---AATTCC-T--GT-ACC-CTGT-A--ATGTC-GA---TC--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TA--T-G--A---CCAAA-ATCTGGTGTc
gi|7 : TTCAGA-TGAA------TATAC-TC-TCAGAA-GA-GC-T-GTCAGAAAC--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TA---GC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTAAGA------G-G-CA-CT--------GCA-------TTT-GGTTTT-T--GTA-CTCT-CAG----GCTAAGA--------------------GC--G-------CCTC-A-TG-C------CCTGCA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--GT-ACC-C--T-A--ATGGC-GG---GC--GTA---CTTGAG--TATCCT----GA-GT--T-G--G---CAAAA-TTC-TGTGTcc
gi|8 : TTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAG-AT-GT-------------GC-T----------A-------TCACT--A-TT---AC-----T-----A----A-GCT-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------G-G-TA-CT--------GCG-------TTT-GTTTTT-T--GAA-CTCT-CAT----G---ATG--------------------AC--G-------TCTC-A-TG-C------TCTGCA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTCT-T--TT-ACC-C-GT-A--ATAGC-AA---GT--GTA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-CTCTTGTGTc
gi|9 : tTTCAGA-TGAA----C-TATAC-TC-T--GAA-GA-GC-T-GTCAGAA-C--TAT-AT-GT-------------GC-T----------ACATTTTATCACT--A-TA----C-----T-----A----A-GTG-TA-CGTTTGC-ATTTAGA------T-G-CA-CT--------GCG-------TTT-GATTTT-T--GTA-CTCT-CAG----G---ACA--------------------GC--G-------TCTC-A-TG-C------CCTGGA-T-AGG-CG-A-TT-CA----T---AATTC--T--GT-ACC-CTGT-A--ATGAC-GA---GC--ATA---CTCGAG--TATCCT----GA-TG--T-G--G---CAAAA-ATCTcc