lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333 1 11 1 111111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 7777777777777 22222222222222222222222222222222222222222222 44444 2222 22 4444 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3333333333 2 4444444444444444444444444444444 1 22222 222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 2 11 1 2 1 22 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 333 2 33 111111 33 11 11 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 11 222 666666666666666 1 1 11 666666666666666 11 1 444444444 111 11 1 33 1111 1111 1111 111 1 11 444444444444444 222 11 666666666666666 3333333333 11 4444444444444444444 3333333333 1 11 222 11 1 4444444 1 44 1 1 3333333333333333 2222 222 222 1111 3333333333 22 1 1 11 11 111 111111 222222 111 111111 1111 111 2222 1 111 111 5555 1 22 2 111 333333333 111111 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 2222222222222 1111 111111 33333 11 5555555555555555555555555555
lowQualScore : 5 4 4 7777 3 88 3 777777777777777777777777777777777777777777777777 3 0 0 6 2222222222222 4 33333333333333333333333333333333333333333333 444 22222 1111 2 77 4444 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 5 1111111111 3 5555555555555555555555555555555 3 00000 333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 0 2 3 88 5 0 5 77 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 555 0 55 999999 55 88 88 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 77 6 88 333 0 222222222222222 0 0 33 3 5 888888888888888 33 0 000000000 777 11 6 0 55 7777 0 7777 6666 22 666 6 8 11 1 111111111111111 555 11 444444444444444 0 8 0 5555555555 33 9999999999999999999 8 6 99 6 99 6 6 0 5555555555 3 99 555 88 3 7 3333333 3 55 3 6 7777777777777777 7 6 7 5555 333 333 7777 1111111111 22 0 3 0 99 8 11 8 8 11 444 333333 8 333333 444 888888 5 77 5 6666 0 77 000 6 3333 6 3 6 99 555 111 6 0000 77 1 5 77 5 0 5 5 999 5 1 8888 6 5 000 0 77 5 0 88 5 0 888888888 222222 4 66 222222 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 5 3333333333333 0000 2 0 444444 5 22222 11 5 5 77 1 5555555555555555555555555555
lowQualScore : . . . .... . .. . ................................................ . . . . ............. . ............................................ ... ..... .... . .. .... . ............................................................ . . .......... . ............................... . ..... ... ............................................................. ... . . . .. . . . .. . .................................................................................................. . ... . .. ...... .. .. .. ............................................................................. . .. . .. ... . ............... . . .. . . ............... .. . ......... ... .. . . .. .... . .... .... .. ... . . .. . ............... ... .. ............... . . . .......... .. ................... . . .. . .. . . . .......... . .. ... .. . . ....... . .. . . ................ . . . .... ... ... .... .......... .. . . . .. . .. . . .. ... ...... . ...... ... ...... . .. . .... . .. ... . .... . . . .. ... ... . .... .. . . .. . . . . ... . . .... . . ... . .. . . .. . . ......... ...... . .. ...... . ................................................................ . . ............. .... . . ...... . ..... .. . . .. . ............................
lowQualScore : 5 0 0 5555 3 33 3 000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 0 0000000000000 0 00000000000000000000000000000000000000000000 000 00000 0000 5 55 0000 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 3333333333 7 7777777777777777777777777777777 3 00000 777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000 0 5 0 00 0 0 5 55 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 000 0 55 000000 55 00 55 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 55 7 33 333 7 555555555555555 0 0 88 2 0 222222222222222 88 0 000000000 555 00 0 8 00 0000 8 0000 4444 00 888 0 0 00 4 000000000000000 000 22 888888888888888 6 0 8 0000000000 88 5555555555555555555 0 7 22 7 22 7 7 8 3333333333 3 00 777 33 3 3 3333333 3 00 3 0 0000000000000000 3 7 3 0000 333 333 3333 9999999999 55 0 2 0 00 0 00 0 0 44 000 888888 0 000000 000 666666 7 99 7 0000 1 99 000 7 2222 7 3 7 22 000 777 7 0000 99 4 7 11 7 1 7 7 444 7 7 0000 0 7 000 1 99 7 4 66 0 1 999999999 000000 4 11 888888 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 0 8888888888888 6666 5 4 444444 0 55555 99 0 0 99 4 1111111111111111111111111111
consensus : TACAAGNTTTNGTAAGGTCCCTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACCTATTNTACAATTAAACGTACNGAAAAANGATGTTGCATANATTTATATAATATGTTCCTNAGTTTACCGACATTTCATTAAGGGAATTTTCGNATGAGCTTNAATGAGTGCAAAAGGCGGATAGCGATACTTCGAAAACTTATCACTGNATTTTGAAAGCCAATTTTNCGCTGTNNCAACCTANTGTNGATTATAATAATCTTTTTNAATACAAAGACGACACNCTATCGTTTTCTNNAAGCTGGGATTAAGAGGTAGTAATACTTTNGATCTTATNTGTAAGAGAT----TTAC--TTTTACC-AACGGAA-CG--TT-AAAAAT--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAATAAAAG-GAATCG-----AATTG-GCT-TCGTGA--A-----T----GGTATA-A---TCAA-TA-ATGTATTATTAGNGCAGGTATGTANACNCGAAGNATCTGGACTTTACAAACAGGGGTGTTCTGTATCTGTAACTACNNTCAACANTCGATCTTCATTAATT--TCAAACTGGGTACTTCTTGACCAANATCAGTCGAAGAGGNGAAGANATGTCAGCTTATTACCTACTCTTTAAACCTATGTCAAAGTATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAANCTTTCTACTACGAGANTTANTCAAAATTGTGAAAAAGGTCNACTNGGNATGCTNATTACTAACGTAACCGCTAGGATGTTCCATGTGNATGCTATAGGAAATTGG--CTGA---ATTTAA---------------TTA-TAAACTTATA-AA--TGATGT----N--T---GAG-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTC--AAAATTAAA-GCT----AGAA----ATANCCCAAATTGTTCA-TTTTGTA-ATGAT--ACTGA-G--A-----A----TTCTT--AAAC-ATCTT-----------C--TTTTT-GATT----------GTATA--AATGTAAA---GTCG-A-T-AT-GG--TTT-GAA-GTTAGC--G-CC--AT-T-CTAAATTTTGATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--ATTATT--GTT-GGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAA-GGTCGTTTTTT----A-TAA-CACACATTACTATCGTTTATTGCC-TA-TAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATACGAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAA-TTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GTAAT---TTCAGCTC--T-T-TCT-T-AAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG-CC---AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-T-TGATAT-----CT--TCATATA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA-----T-NT----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAAG----GG--TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A-----------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Reference ( gi|2 ) : TACAAGTTTTTGTAAG--C-TTACAATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATTG-A-----AAACA-ACAGAAAGAAGATGTGA---ATATTCACA-AAT-TGTTCCTAA-TTTACCAATATTTTAT-AAGGAAATATTTACATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGTCGATA--AATA--TCGAAAACTTATC-C-ACAT-------GCAAATTTTCTTC---TTCAACC-AACATGGA--ATAATGATCTTTTTAAATATAAGAATGAAACCCTA-CGTTT--TCCAAGCT-G-ATTAA-AGATAG----ACTTCA-----TATATGTAAAAGAT----TTAC--TTTTACCTAACGGAA-CG--TTAAAAAAT--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAATAAAAGAAAATCA-----AATTG-GCTGTTGTGA--A-----T----GGTATA-A---TTAA-TA-ATGTA--ATTAAGA-AGATAT-TACACACAAAGGATCTGGACTT-ACAAACA--AGT-TTCT-T-TTTG-AA--A-GAT-AACAA-CAA---TT-TTAATTCATAAAACTGGATA--TTTTGAT--ATAT------AAAAAGTG----TATGTC---TT-TTA-CTACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCAT-ATTACCAATCTTTCTACT-CGAAGATTATTCAAAATGATGAAAAAGATCAACTGAGAAT-CTCAT--CTAACA-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTGG--CTGA---ATTCAA---------------TTA-TAAACTTATA-AA--TGATAT----A--T---G---TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTC--AAA-TTAA--GCT----AGAA----ATAATCAAAATTGTTCA-TTT-GTA-ATGAT--ACTGA-G--A-----A----TTCT---AAAC-ATCTT-----------C--TTTTT-GATT----------GTATA--AATGTAAA---ATCG-A-T-AT-G---TTT-GAA-GTTAGC--G-CC--AT-T-CTAAATTTTGA-GTA-AA---ATG-GCGACAC--ATTATT--GTT-GGTTTT-------TATCTA-GAGG--AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAA-AACACATTACTATCGTTTATTGCC-TA-TAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAA-AAA-TTCCT-TA--GCAACGT-TGTTAACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GTAA----TTCAGCTC--T-T-TC--T-AAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TATTTG-CC---AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-T-TGATAT-----C---TCATATA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA-----T-AT----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GG--TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A-----------------TTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|1 : TACA-GATTTAGTAAAGTC-CTACAATGTATAATATTTCAACATACTTATTGTA-----AAACATACAGAAA-AAGATGTTGCATATATTTA----ATATGTTCCTAAGTTTACCAATATTTTATTAAGGGA-----CAAATGAGTTTAAATGAGTGCAAAAGGCGGATAGCGATACTTCGAAAACTTATC-CTGAAT-------GC-AATTTTCTTCTGTTTCAACCTAATATTGATTATAAT-ATCTTTTTTAATATA-----GATACCCTATCCTTTTCTCCAAGCTGG-ATTAAGAAGTA-----ACTTTC-----TATCTGTAAGA-ATCGTCTTACTGTTTTACC-ATCGGAATCG--TT----AATCCTTA---GA------AATTA-TCTACG--ATGAATTAAAAAGAATCATTGTCAAATGTGCTTTCGTGG--AATTATT----GGTATCTATTTTTAATTA-ATGT----TTAGTG-AGGTAT-TAAATCCGAAGT-TCTGGA-TT-AC-AACA--GGTGTTCTGT-TTTGTAACTA-CCT-AACACTCGATCTTC-TTAATT--TCAA--TAGGTACTTCTTGATCAAAATCAGTCGAAGAGATG----TA-G-C---TT-TTACCTACTCTTTAAACCT-TGTCAAAGTATATATTT--AAAACCAT--TT--CAAGCTTTCTACTACGA--GTTAATC--AATTGTGAAA---GTCA--TG-GTAT-CTAAT--CT-ACGTAACCGCTAG--------AT-TGTATGCTATAGACAATT-G--CTGA---ATTCAA---------------TTA-TAAACTTATATAA--TGATGTTTTGA--T---G---TACTT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCATAAA-TT-A--GCT----AG-A----GTATCC---ATTGTC---TTT-ATATATGAG--ATTCATC--A-----ACATCTTCT---GAATAATCTTGTATTCCTCCAC--TTGTT-GATTTTTGTTTTGCGTATA--GAAGTAAATCCGTCGTATT-AT-T---GTT-GAA-G-TAAC--G-CC--ATGT-CTAA--TTTGATGTAGAA---ATG-GCG-CAC--ATTATT--ATT-GG--TT-------GATCTA-GAGGC-AAAATCTCAATGCTTGTTTTTG----AGTAATATCA-ATTACTTTCGTGC-TTACT-T------ATTTACATAAAATATAGAAAATA-TT-TTGCTA----G--ATACGAC-AAT-T-AAT-ATG-AAGAA-C--GAATATTAGATTGTATGA--A-ATGCCACTCGTCAG---TAA-A----TCCT-TA--GC--CGT-T-T--GCAGTA--CC---TCTTTTT-GAC----ATAG-ATACGACAAG-CA--CT-ATTCAT---TA---GTAAGTTTTTCAGCTCTGT-T-TCGTC-AAACTTT-TT--TC-AG---TTC-ATTTATG-A-C--GA--TG-CC---AGTATATCTTACCTTTA-ATAATA-ATCTT-TATGATCT-----T---CAATATT---AATGTGTATA--TT------GCTCAG-----T-TTACGCAT------------TAACT----------TTTAAGTTA-------------TTGT-ATATTCAGATG--------CTGAACC-G----GATG-GACACATTG------TT-GTAAG-----GG--TG-TTA-TAATAT
gi|14 : TACAAGTTTTTGTAAG--CCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TA
gi|5 : AATATT-GATAT--CAAG-TATCTATTT-ACAATTAAATG-ATTGAAAAATGA----A---AGATTT-TATAAT-TATTTCTCA-TTTACCGACATTTCAT-AAAGGAATTTTTGT-TG--CTTTAATGAATGCAAAAAG---A-A--AATA----GAAA---TATCAC-ATATTTTGAAAGCCAATTTTGCGC---AGCAACC-ATTGTGGA--ATAATA---TTTTTGAATACAAAGACAACACATTA-TGTTT--TAAAAATT-GGATT----GATAGTAATATTTTAGATCTTATATGTAAAAGAT----TTG----TTTAAC-AATGAA------TTTAAAACT--TTATTTGATTTTTCAAATG-TCC-AG--CTGAGTAATA---AACCG-----T-TTG-GTT-TTGTGAATA-----T----ATTATA-T---TCAA-AA-ATGT
gi|3 : T----TTAC--TTTTACCTAACGGAA-CGCTTTAAAAAAT--TTA---GA------AAATACTCT-CGGAATGAATAAAAGTAAATCA-----AATTG-GCTGT-G-GA--A-----TTTGGGGTATA-A---T-AA-TAGATGTATTATTAAGACAGATATGTACACACAAAGGATCTGGACTTTACAAACAGGAGT-TTCT-TATCTG-AA--ACGATCAACAA-CAA---TTATTAATT--TCAAACTG-ATA--TTTTGAC---TAT------AAAAGGGGAAGAGATGTCAGCTTATTA-CTACTCT---AACCTATGTCAA--TATATATTTAAAA--CCGTCATTACCA-TCTTTCTAC--CGAGACTTATTCAAA-T--TGAAAAAGATTCACTTGGAATGCTCATTACTA-CA-AA--GCTAAGATGTTCCATGTGAATA--ATAGGAAAATGGTGCTAATCAATTTAAAAAAAATTTGTTAACTTAATAAACTTATA-AA--TG-TGT----AATT---GAG-TAATT--ATATCC---------TTTCTT---TTC--AAAATTAAA-GCT----AGAA----ATATCCAATTTTGTTCAGTTT-GTA-ATGAT--TATGA-G--A-----A----TTCTTT-AAAC-ATCTT-----------------TT-GATT----------GTATA--AATGTAAA----TCG-A-TTAT-GG--TTT-GAA-GTTAGC--GGCC--AT-TTCTAAATTTTGG-ATGTAA---ATG-GC-ACAC---TTATT--GTT-GGTTTT-------TATCTACGAGGGAAAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAA-CAC-CATTAC-ATCGTTTATTGCC-TA-TAGAATTTAC---AAATT---AAAATGTTATTTG-TA----G-AATA--AC-AGTAT-AA--ATG-A--AA-C-GG---AT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAA-TAA-----C-TA--GCAACGT-T----ACG-----CC-----------AAT----ACAG-ATAC-ACAAAGGA--CT---TCAA---TAAT-GTAAT---TTCAAGTC--TATGTC--T-TAAC-TT-GTGATC-AGTT-TTC-ATTTATGTA-A--TATTGGCCC---AAATTATCCT--------ATCATATATCTA-T-TGATAT-----CT--TCATATA---A-TGTG--CATGTT------G-TCAAAT---T-AT----A-------------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCATATA--------C----CCGG----GA-ATGACAA--TG-----------GAA-----GA----------AATATG--AAT-AATATAG----A-----------------TTTA--AAAAAAACAAAAAAAAAAtgtaatga
gi|10 : AAATTGG--CTGA---ATTTAA---------------TTA-TAAACTTATA-AA--TGATAT----T--TTTAG---TAATT--AT-TCC---------TTGCTT---TTC--AAAATTAAA-GCT----AGAA----ATAACCCAAATTGTTAA-TTTTGTA-ATGAT--ATTGA-G--A-----A----TTCT---AAAC-ATCTT-----------A--ATTTT-GATT----------GTATT--AATGTAAA---ATCA-A-T-ATGG---TTT-GAA-GTTAGC--G-CC--AT-T-ATAAAT
gi|4 : A---------------TTA-TAAACACCTA-GACCTCATTT----C--T---GAGATAATTTAAT-TCCGTCACACTGTTTCTTATTTTC--AAA-TTAACAGCTCTCCAGAACATCATA-TCCAAATTGTTCA-TTTTGTA-ATGATCCACTGA-GC-A-----A----TTCTTCCGAAC-ATCTT-----------CCCTTTTTAGATT----------GTATACAAATGTAAA----TCGGA-T-AT-GGTGTTTAGAACGTTAGCCTG-CCCCAT-T-CTAAATTT-GATGTA-GAGACATGCGCGGCACCAATTACTCTGTTTGGTTTCCTCTTTGTATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAA-GGTCCTTTTTTGCTCA-TAA-CACAC-TTACTAT-GTTTATTGCCATAATAGAATTTAC---AAATA---TAAAAG-TA-TTG-TGTACCGTAATATGACAAATATCGAGCATGAA--AA-CAGGAATAT---AATGTA--ACCACATGC------TCAAGCCTAG-AAATTTCCTCTACCGCACCGTCTGTTGACGATAAGCCCCATCTTTCGCAACTACTATAGAACACAACAAA-GAACCT-A-TCAAGCCTAATGGTAAAT--TTAAGCTC--TCT-TCTGT-AAACCTTAGTGATCTAG-TCTTCTAATTATGTACACTTATTGA-CTCGGAAATAATCTCAC--TTATATC-TATATCTA-T-TG-TATCTAAAC---TCATCCATTCGTTGAGT-CA--TCCTAACGG-TCAAGCACTT-GC----AT------------TGATTTGTCCACAAAT----GTTACACCTTCGCCTTTCTGTCAT-CCCC-ATAAACGCCGGC----CTGG----CATAT-ACAATCTG------TT-GTAGAAAAATGGGCTACATATTAATATGCAAATAAATATAGGATCG-----------------TCTAACAAAAAAAAAAAAAAACAAAAA
gi|13 : --AAA-TTAAA-GCT----AGAA----ATAATCCAACTTGTTCATTTT-GTA-ATGAT--ACTGA-GTTAGCGCCA----TTCT---AAA----------------------TTTT-GA-T----------GTAa
gi|15 : tca-GAA-GTTAGC--G-CC--AT-T-CTAAATTTTGATGTA-a
gi|13 : atgA-GTTAGC--G-CC--AT-T-CTAAATTTTGATGTA-A
gi|6 : tcaaaattaaagctagaaataatccaacttgttcattttgtaatgatactg-AATA-GAA-AATAT-AA--ATG-A--AAAC-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAA-TTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---T-AT-GTAAT---TTCAGCTC--T-T-TCT-T-AAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG-CC---AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-T-TGATAT-----CTTATCATATT---AATGTGT-CA--TT------G-TCAAT----T-GT----A-------------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAAG----GG--TA-ATG-TAATATG--AATAAAT-TAG----AATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|8 : A--ATG-A--AA-C-GGACTAT---AATGT---A--A-ATCC------TCAG---TAAGAAA-TTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA---C---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-AT-C-AACAA-GA--CTAA-CCAA---TAAT-GTAAT---TTCAGCTC--T-T-T---T-AAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-A-TTATGTA-A--TA-TTG-CC---AAATT-TCTTGC--TTA-ATCATATATCTATT-TGACAT-----CTA-TCATATA---A-TGTGT-CA--TT------G-TCAA-----T-a
gi|16 : -TTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCCTt
gi|7 : -TA--ACAAAGT-TAGAAAC-ATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-TA--CT-G-TCAA---TAAT-GTAAT---TTCAGCTC--T-T-TCT-T-AAACTTT-GTGATC-AG-T-TTT-ATTTATGTA-A--TA-TTG-CC---AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-T-TGATGT-----CTA-TCATAT----ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA-----T--T----ACG-----------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGATAAATTG------CT-GTAAAG----GG--TA-ATA-TGATGTG--AATAAACATAG----A-----------------TTTA--AAAA
gi|9 : C--T-T-TC--TTAAACTTC-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG-CC---AAATTATCTTAT--TTA-ATCATAAATCTT-T-TGATGT-----CTA-TCATACA---ATT-TGT-TA--TT------G---A---------------------------------------------------A------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATGTGACAAATTG------TT-GTAAAG----GG--TA-ATA-TAATATG--AATAAATCTAG----A-----------------TT--TTAAAAAAAAAGAAGAAAAGAA
gi|11 : aatatcaaaTATCT-------TAT-----C---TTA-ACG---ATTGTAT-CA--TT---------CAAC----T-TT----AT------------CA--T----------T----GG-A------------TTGACTAGAATCAGACGG-------C----CCGAATCAGGTAT--CAAATCGATCCCGTTAGTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A-----------------TTTA--AAAAAAAA
gi|12 : ctATATA---AT-GTGT-CA--TT------G-TCAA-----TTAT----ATAATTCAAATCTGTAATT----------T----GTTA------------TT-GTCATATTTA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAAG----GG--TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A-----------------TTTA--AAAA
Alignments
lowQualScore : 33333 1 11 1 66666666 22 1 4444444444444444444444 2 2 33333333333333 4444444 999999999999999 1 33333 2 33 2 11111 11 2222 66666666666666666666666666666 2222 11 2 1 111 1111111 111 222222 1 1 11 1 222 1 33333333 1 1 4444444444444 33333333 1 1 222 2222 2 77777777777777777777777777 22 111111 1 1111 99999999999999999999999999 11 2 11 333 2 22 22 11 11 2 5555555555555 222222222222 333 111 111 222222 3333333333 11 22222222222 11 333333333 111 1111 1111 1 222222222222222 555555555555555555555 2222222222 11 3333 111 11111 11 2222222 1111 11 1 3333333 1 1 1 2 1 222222 1 1111 111 111 1 1 1 2222 2 11 111 111111 111 1111 1 111 111 111 1 1111 2222 111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 22222222 111111 11111 4444444444444444444444444
lowQualScore : 7 1 1 66666 0 3 33 0 0 33333333 44 1 4 4444444444444444444444 1 3 0 0 0 3 33333333333333 1 77 9999999 6 111111111111111 5 888 66666 3 1 0 1 00 3 1 0 77777 3 1 44 8888 99999999999999999999999999999 1 0 6 1111 2 33 0 2 0 2 777 8888888 777 888888 0 0 33 0 000 0 44444444 0 0 2 3 2222222222222 66666666 9 0 999 3333 0 3 1 1 0 88 6 7 7 33333333333333333333333333 44 0 222222 7 7 2 0 4444 11111111111111111111111111 44 3 33 777 3 22 7 9999999 7 7 1 22 88 1 7 7 99 7 0 88 1 1 3 1 2222222222222 888888888888 1 111 0 666 777 888888 5555555555 8 11 0 1 55555555555 11 8 222222222 444 6 7 99 4444 4444 1 5 2 6 99 888888888888888 111111111111111111111 6 9999999999 11 0000 666 3 33333 6 6 55 99 6 6 88 0 8 4444444 6 4444 33 0 3 2222222 0 2 0 0 0 0 2 222222 0 0 999 3 2 3 4444 777 777 0 0 0 1111 88 3 8 0 8 55 6 99 6 6 111 99999 6 999999 111 9999 5 66 5 1 66 888 5 8888 5 1 5 77 111 000 5 5 000 66 0 5 777 5 5 777 5 0 5 66 5 66 0000 66 5 99 4 8888 4 9999 6 4 55 111111 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 00000000 9999 9999 1 222222 4 11111 4 4 4 66 0 4444444444444444444444444 66
lowQualScore : . . . ..... . . .. . . ........ .. . . ...................... . . . . . . .............. . .. ....... . ............... . ... ..... . . . . .. . . . ..... . . .. .... ............................. . . . .... . .. . . . . ... ....... ... ...... . . .. . ... . ........ . . . . ............. ........ . . ... .... . . . . . .. . . . .......................... .. . ...... . . . . .... .......................... .. . .. ... . .. . ....... . . . .. .. . . . .. . . .. . . . . ............. ............ . ... . ... ... ...... .......... . .. . . ........... .. . ......... ... . . .. .... .... . . . . .. ............... ..................... . .......... .. .... ... . ..... . . .. .. . . .. . . ....... . .... .. . . ....... . . . . . . . ...... . . ... . . . .... ... ... . . . .... .. . . . . .. . .. . . ... ..... . ...... ... .... . .. . . .. ... . .... . . . .. ... ... . . ... .. . . ... . . ... . . . .. . .. .... .. . .. . .... . .... . . .. ...... . ............................................................... . ........ .... .... . ...... . ..... . . . .. . ......................... ..
lowQualScore : 3 0 0 00000 7 3 88 0 7 77777777 33 0 0 0000000000000000000000 0 3 7 7 7 7 77777777777777 0 33 0000000 7 000000000000000 0 333 00000 7 0 7 0 77 7 0 7 77777 7 0 00 7777 00000000000000000000000000000 0 7 7 2222 5 88 0 5 0 5 555 0000000 555 888888 0 0 88 0 888 0 00000000 0 0 0 2 0000000000000 22222222 0 0 777 3333 7 3 0 0 7 33 7 3 3 33333333333333333333333333 77 7 000000 3 3 0 7 0000 77777777777777777777777777 00 7 33 777 7 33 3 3333333 3 3 0 77 00 0 3 3 00 3 7 33 0 0 3 0 7777777777777 333333333333 0 000 7 222 555 888888 0000000000 0 00 8 4 88888888888 00 0 000000000 000 7 3 88 2222 2222 0 0 5 7 22 222222222222222 000000000000000000000 7 2222222222 00 4444 888 2 00000 7 7 88 22 7 7 88 8 0 0000000 5 8888 88 0 2 5555555 0 5 0 0 0 0 0 222222 2 0 000 2 5 2 2222 555 555 0 0 0 2222 88 2 0 8 0 88 7 22 7 7 777 33333 7 222222 777 5555 0 99 0 4 99 888 7 6666 7 4 7 99 666 000 7 7 000 99 0 0 111 0 0 111 0 4 0 99 0 99 6666 99 0 22 4 9999 0 6666 0 0 55 555555 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 66666666 4444 4444 1 888888 4 11111 4 4 4 99 1 1111111111111111111111111 99
consensus : TACAAGTTTTTGTAAG--CCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATTGTA--A--AAACG-ACAGAAAAA-GATGT-G-ATA-ATTTACA-AAT-TGTTCCTAA-TTTACCGATATTTTAT-AAGGGAAT-TTTANATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGCGGATAG--ATA--TCGAAAACTTATC-AC-G-AT-------GC-AATTTTCTTCT---TCAACC-AATATGGA--ATAATA-TCTTTTTNAATATAAGGACGANACCCTATCGTTTTC--CAAGCTGG-ATTAA-AGATAG----ACTTTA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAA-T--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT-AAAAG-AAA-TCA------AAT-TGGCT-TTGTGA--A-----T----GGTAT--------AATCAATA-ATGTA--ATTAGNG-AGATAT-TACACACGAAGGATCTGGACTTTACAAACAGG--T-TTCT-T-TTTG-AA--ACGAT-AACAA-CGATCTTNATTAATTTCAAACTGGATACTTCTTGAT--ATAT------AAAAGG-G-----ATGTCAGCTT-TTACCTACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAATCTTTCTACT-CGAGG-TTATTCAAAAT-GTGAAAAAGATCAACTTGGAAT-CTCAT--CTAACG-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATGT--TT-G-A-G-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATANCC-AAATTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-TT--AAACATC-TT-----------C--T---TTTT-GATT----------GTATA--AATGTAAA---ATCG-A-TATGGT--T--T-GAA-GTTAGC--GCC--A-T-TCTAAATTTT-GATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--A-TTATT--GTT-GGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAAA-GGTTGTTTTTT----A-TAACA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATCTA---TC-ATATA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA-----TNT----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Reference ( family-1904 ) : TACAAGNTTTNGTAAGGTCCCTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACCTATTNTACAATTAAACGTACNGAAAAANGATGTTGCATANATTTATATAATATGTTCCTNAGTTTACCGACATTTCATTAAGGGAATTTTCGNATGAGCTTNAATGAGTGCAAAAGGCGGATAGCGATACTTCGAAAACTTATC-ACTGNATTTTGAAAGCCAATTTTNCGCTGTNNCAACCTANTGTNGATTATAATAATCTTTTTNAATACAAAGACGACACNCTATCGTTTTCTNNAAGCTGGGATTAAGAGGTAGTAATACTTTNGATCTTATNTGTAAGAGAT----TTACT--TTTACC-AACGGAA-CGTT---AAAAA-T--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT-AAAAG-GAA-TCG------AAT-TGGCT-TCGTGA--A-----T----GGTAT--------AATCAATA-ATGTATTATTAGNGCAGGTATGTANACNCGAAGNATCTGGACTTTACAAACAGGGGTGTTCTGTATCTGTAACTACNNTCAACANTCGATCTTCATTAATTTCAAACTGGGTACTTCTTGACCAANATCAGTCGAAGAGGNGAAGANATGTCAGCTTATTACCTACTCTTTAAACCTATGTCAAAGTATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAANCTTTCTACTACGAGANTTANTCAAAATTGTGAAAAAGGTCNACTNGGNATGCTNATTACTAACGTAACCGCTAGGATGTTCCATGTGNATGCTATAGGAAATTG--GCTG---AATTT------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATGT--NT-G-A-G-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATANCCCAAATTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-TT--AAACATC-TT-----------C--T---TTTT-GATT----------GTATA--AATGTAAA---GTCG-A-TATGGT--T--T-GAA-GTTAGC--GCC--A-T-TCTAAATTTT-GATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--A-TTATT--GTT-GGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TC-AA-GGTCGTTTTTT----A-TAACA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATACGAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATCT----TC-ATATA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA-----TNT----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|1 : TACA-GATTTAGTAAAGTCC-TACAATGTATAATATTTCAACATACTTATTGTA-----AAACATACAGAAAAA-GATGTTGCATATATTTA----ATATGTTCCTAAGTTTACCAATATTTTATTAAGGGA-----CAAATGAGTTTAAATGAGTGCAAAAGGCGGATAGCGATACTTCGAAAACTTATC--CTGAAT-------GC-AATTTTCTTCTGTTTCAACCTAATATTGATTATAATA-TCTTTTTTAATATA-----GATACCCTATCCTTTTCTCCAAGCTGG-ATTAAGAAGTA-----ACTTTC-----TATCTGTAAGA-ATCGTCTTACTGTTTTACC-ATCGGAATCGTT---AA----TCCTTA---GA------AATTA-TCTACG--ATGAATTAAAAA-GAA-TCATTGTCAAATGTGCTT-TCGTGG--AATTATT----GGTATCTATTTTTAAT---TA-ATGT----TTAGTG-AGGTAT-TAAATCCGAAGT-TCTGGA--TTACAA-CAGG--TGTTCTGT-TTTGTAACTACCT--AACACTCGATCTTC-TTAATTTCAA--TAGGTACTTCTTGATCAAAATCAGTCGAAGAG--------ATGT-AGCTT-TTACCTACTCTTTAAACCT-TGTCAAAGTATATATTTAAAA-----CCATT-TCAAGCTTTCTACTACGAG--TTAATCAA--TTGTGAAA---GTCA---TGGTAT-CTAAT--CTA-CGTAACCGCTAG--------AT-TGTATGCTATAGACAATTG---CTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATATAA--TGATGT--TTTG-ATG-TACTT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCATAAATTA---GCT----AGAG-----TATCC---ATTGTC---TTTATATATGAG--ATTCATCAACATCTTC-TG--AATAATC-TTGTATTCCTCCAC--T---TGTT-GATTTTTGTTTTGCGTATA--GAAGTAAATCCGTCG---TATTAT--TGTT-GAA-GT-AAC--GCC--A-TGTCTAA--TTT-GATGTAGAA---ATG-GCG-CAC--A-TTATT--ATT-GG--TT-------GATCTA-GAGGC-AAAATCTC-AATGCTTGTTTTTG----AGTAATATCA-ATTACTTTCGTGC-TTACT-T------ATTTACATAAAATATAGAAAATA-TT-TTGCTA----G--ATACGAC-AAT-T-AAT-ATG-AAGAA-C--GAATATTAGATTGTATGA--A-ATGCCACTCGTCAG---TAAA----TCCT-TA--GC--CGT---TTG-CAGTA--CC---TCTTTTT-GAC----ATAG-ATACGACAAG-CA--CT-ATTCAT---TA---GT-AAGTTTTTCAGCTCTGT-T-TCGT-CAAACTTT-TT--TC-AG---TTC-ATTTATG---A--CG-ATG--CC----AGTATATCTTACCTTTA-ATAATA-ATCT--TT-ATGATCT----TCAATATT---AATGTGTATA--TT------GCTCAG-----TTTACGCAT------------TAACT----------TTTAAGTTA-------------TTGT-ATATTCAGATG--------CTGAACC-G----GATG-GACACATTG------TT-GT-AA-----GGG-TG-TTA-TAATAT
gi|10 : AAATTG--GCTG---AATTT------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATAT--TT-TTA-G-TAATT--AT-TCC---------TTGCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATAACCCAAATTGTTAATTTTGTA-ATGAT--ATTGAG-AA----TTC--T--AAACATC-TT-----------A--A---TTTT-GATT----------GTATT--AATGTAAA---ATCA-A-TATGGT--T--T-GAA-GTTAGC--GCC--A-T-TATAAAT
gi|11 : TATCT------T-ATCT----T--A-ACG---ATTGTAT-CA--TT---------CAAC----TTT----AT------------CA--T----------T----GG-A------------TTGACTAGAATCAGACGG-------C----CCGAATCAGGTAT--CAAATCGATCCCGTTAGTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAA
gi|12 : ct-ATATA---AT-GTGT-CA--TT------G-TCAAT----TAT----ATAATTCAAATCTGTAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTTA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAA
gi|13 : TCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATAATCCAACTTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-------TT-------AGCGCCATT-----------C--TAAATTTT-GA-T----------GTA
gi|14 : TACAAGTTTTTGTAAG--CCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TAa
gi|15 : -GAA-GTTAGC--GCC--A-T-TCTAAATTTT-GATGTA-
gi|16 : atgTTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCCT
gi|2 : TACAAGTTTTTGTAAG---CTTACAATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATTG----A--AAACA-ACAGAAAGAAGATGT-GAATA--TTCACA-AAT-TGTTCCTAA-TTTACCAATATTTTAT-AAGGAAATATTTACATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGTCGATAA--ATA--TCGAAAACTTATCCAC---AT-------GCAAATTTTCTTCT---TCAACC-AACATGGA--ATAATGATCTTTTTAAATATAAGAATGAAACCCTA-CGTTTTC--CAAGCTG--ATTAA-AGATAG----ACTTCA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAAAT--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT-AAAAG-AAAATCA------AAT-TGGCTGTTGTGA--A-----T----GGTAT--------AATTAATA-ATGTA--ATTA-AGAAGATAT-TACACACAAAGGATCTGGACTT-ACAAACAAG--T-TTCT-T-TTTGAAA----GAT-AACAA-CAATTTTAATTCAT--AAAACTGGATATTT--TGAT--ATAT------AAAAAGTG----TATGTC---TT-TTAC-TACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCAT-ATTACCAATCTTTCTACT-CGAAGATTATTCAAAATGATGAAAAAGATCAACTGAGAAT-CTCAT--CTAACA-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATAT--AT-G-----TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AA-TTAA--GCT----AGAA----ATAATCAAAATTGTTCATTT-GTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-T---AAACATC-TT-----------C--T---TTTT-GATT----------GTATA--AATGTAAA---ATCG-A-TATG-T--T--T-GAA-GTTAGC--GCC--A-T-TCTAAATTTT-GA-GTA-AA---ATG-GCGACAC--A-TTATT--GTT-GGTTTT-------TATCTA-GA-GG-AAAAT-TCAAA-GGTTGTTTTTT----A-TAAAA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAA-AAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTAACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA----TTCAGCTC--T-T-TC---TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TATTTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-----TC-ATATA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA-----TAT----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA------GG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|3 : T----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGCTTTAAAAAA-T--TTA---GA------AAATACTCT-CGGAATGAAT-AAAAGTAAA-TCA------AAT-TGGCT-GTG-GA--A-----TTTGGGGTAT--------AAT-AATAGATGTATTATTAAGACAGATATGTACACACAAAGGATCTGGACTTTACAAACAGGAGT-TTCT-TATCTG-AA--ACGATCAACAA-CAA---TTATTAATTTCAAACT-GATA--TTTTGAC---TAT------AAAAGGGGAAGAGATGTCAGCTTATTA-CTACTCT---AACCTATGTCAA--TATATATTT--AAAACCGTCATTACC-ATCTTTCTAC--CGAGACTTATTC-AAAT--TGAAAAAGATTCACTTGGAATGCTCATTACT-ACA-AA--GCTAAGATGTTCCATGTGAATA--ATAGGAAAATGGTGCTAATCAATTTAAAAAAAATTTGTTAACTTAATAAACTTATA-AA--TG-TGTAATT-G-A-G-TAATT--ATATCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATATCCAATTTTGTTCAGTTTGTA-ATGAT--TATGAG-AA----TTCTTT--AAACATC---------------------TTTT-GATT----------GTATA--AATGTAAA----TCG-ATTATGGT--T--T-GAA-GTTAGCG-GCC--ATT-TCTAAATTTTGGATGTA-AA--------TGGCAC--ACTTATT--GTT-GGTTTT-------TATCTACGAGGGAAAAAT-TCAAA-GGTTGTTTTTT----A-TAACA-C-CATTAC-ATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATT---AAAATGTTATTTG-TA----G-AATA--AC-AGTAT-AA--ATG-A--AA-C-GG---AT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAATAA-----C-TA--GCAACGT-T----ACG-----CC-----------AAT----ACAG-ATAC-ACAAAGGA--CT---TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAAGTC--TATGTC-T-TAA--CTT-GTGATC-AGTT-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTGGCCC----AAATTATCCT--------ATCATATATCTA-TTGAT-ATCT----TC-ATATA---A-TGTG--CATGTT------G-TCAA-----ATT----ATA-----------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCATATA--------C----CCGG----GA-ATGACAA--TG-----------GAA-----GA----------AATATG--AAT-AATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAACAAAAAAAAAA
gi|4 : ATT----------ATAAACACCTA-GACCTCATTT--CT-G-A-GATAATTTAAT-TCCGTCACACTGTTTCTTATTTTCA-AA-TTAACAGCTCTCCAGAACATCATATCC-AAATTGTTCATTTTGTA-ATGATCCACTGAGCAA----TTC-TTCCGAACATC-TT-----------CCCT---TTTTAGATT----------GTATACAAATGTAAA----TCGGA-TATGGTGTT--TAGAACGTTAGCCTGCCCCA-T-TCTAAATTT--GATGTA-GAGACATGCGCGGCACCAA-TTACTCTGTTTGGTTTCCTCTTTGTATCTA-GAGGG-AAAAT-TC-AA-GGTCCTTTTTTGCTCA-TAACA-CAC-TTACTAT-GTTTATTGCCATAATAGAATTTAC---AAATA---TAAAAG-TA-TTG-TGTACCGTAATATGACAAATATCGAGCATGAA--AA-CAGGAATAT---AATGTA--ACCACATGC------TCAAGCCTAGAAATTTCCTCTACCGCACCGTCTGTTGACGATAAGCCCCATCTTTCGCAACTACTATAGAACACAACAAA-GAACCT-A-TCAAGCCTAATGGTAAA---TTTAAGCTC--TCT-TC-TGTAAACCTTAGTGATCTAG-TCTTCTAATTATGTACACTTA-TTG--ACTCGGAAATAATCTCAC--TTATATC-TATATCTA-TTG-T-ATCTAAACTC-ATCCATTCGTTGAGT-CA--TCCTAACGG-TCAAGCACTTGC----AT------------TGATTTGTCCACAAAT----GTTACACCTTCGCCTTTCTGTCAT-CCCC-ATAAACGCCGGC----CTGG----CATAT-ACAATCTG------TT-GTAGAAAAATGGGCTACATATTAATATGCAAATAAATATAGGATCG--------------------TCTA--ACAAAAAAAAAAAAAAACAAA
gi|5 : ATAT--CAAG-TATCTATT-TACAATTAAATG-ATTGAAAAATGA------A-AGATTT-TATAAT-TATTTCTCA-TTTACCGACATTTCAT-AAAGGAATTTTTGT-TG--CTTTAATGAATGCAAAAAGAAAATAG-----------AAA--TATC-AC-ATATTTTGAAAGCCAATTTTGCGC---AGCAACC-ATTGTGGA--ATAATA---TTTTTGAATACAAAGACAACACATTAT-GTTTT--AAAAATTGG-ATT----GATAGTAATATTTTAGATCTTATATGTAAAAGAT----TTG----TTTAAC-AAT-GAA-T-TT---AAAAC-T--TTATTTGATTTTTCAAATG-TCC-AG--CTGAGT-AATA---AA-CCG-------TT-TGGTT-TTGTGAATA-----T----ATTAT--------ATTCAAAA-ATGTaaa
gi|6 : aatattg-AATA-GAA-AATAT-AA--ATG-A--AAAC-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---T-AT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATCTTA--TC-ATATT---AATGTGT-CA--TT------G-TCAAT----TGT----A-------------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATG-TAATATG--AATAAAT-TAG----AATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAtgtaatga
gi|7 : -TA--ACAAAGT-TAGAAAC-ATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-TA--CT-G-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTT-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-GTCTA---TC-ATAT----ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA-----T-T----ACG-----------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGATAAATTG------CT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TGATGTG--AATAAACATAG----A--------------------TTTA--AAAA
gi|8 : A--ATG-A--AA-C-GGACTAT---AATGTA--A--A--TCC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA---C---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-AT-C-AACAA-GA--CTAA-CCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T----T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-A-TTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATT-TCTTGC--TTA-ATCATATATCTATTTGAC-ATCTA---TC-ATATA---A-TGTGT-CA--TT------G-TCAA-----T
gi|9 : C--T-T-TC-T-TAAACTTC-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAT--TTA-ATCATAAATCTT-TTGAT-GTCTA---TC-ATACA---ATT-TGT-TA--TT------G---------------------------------A--------------------A------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATGTGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATCTAG----A--------------------TTTT--AAAAAAAAAGAAGAAAAGAAt
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 2222222 1 3333333 222222 1 1 111 11 222222222 4444444444 1 222 1 11 1 11111 11 11 111 1 33333 33333 2222 11 1 1 111 1111111 111 222222 1 1 11 111 1 2222222 1 1 4444444444444 33333333 1 1 222 1 1 11 1 111 2222 1 11 1 1111 222 5555555555555555 11 1 11 222 1 1 22 33 22 1 11 111111111 2222222 1 11 111 111 222222 3333333333 11 22222222222 11 333333333 111 1111 1111 111 222222222222222 5555555555555555555 2222222222 11 1 111 1111 11111 11 2222222 1111 11 1 3333333 1 11 1 222222 1 1111 111 111 1 1 1 2222 1 11 111 111111 111 1111 1 111 111 111 1 1111 1111111 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 22222222 111111 11111 4444444444444444444444444
lowQualScore : 7 3 6 0 3 33 0 9999999 77 3 6 3333333 111111 3 0 3 999 1 88 77 888888888 6 6666666666 3 333 3 88 3 7 1 77777 1 44 88 6 000 3 55555 33333 6 1111 2 33 5 2 0 2 777 8888888 777 888888 0 0 33 777 0 9999999 3 0 0 3 2222222222222 66666666 9 0 555 3 44 3 0 7 6 7 7 88 3 777 6 2222 3 0 11 88 7 7 2 4444 555 6666666666666666 44 3 33 333 3 7 3 7 9999999 7 7 00 88 7 7 00 7 7 3 88 999999999 0000000 3 88 666 777 888888 5555555555 8 11 0 1 44444444444 11 8 222222222 444 6 7 99 4444 4444 6 77 666 2 6 99 888888888888888 1111111111111111111 6 9999999999 11 0 444 0000 3 8 11111 6 55 99 6 6 3 8 0 8 4444444 6 4444 33 0 3 2222222 0 88 0 3 222222 0 0 999 3 2 3 4444 777 777 0 0 0 1111 88 6 8 0 8 55 6 99 6 6 111 99999 6 999999 111 9999 5 66 5 1 66 888 5 8888 5 1 5 77 111 000 5 5 000 66 0 5 777 5 5 777 5 0 5 66 5 66 0000 66 5 0 55 4 7777777 4 4 9999 6 4 55 111111 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 00000000 9999 9999 1 222222 4 11111 4 4 4 66 0 4444444444444444444444444 66
lowQualScore : . . . . . .. . ....... .. . . ....... ...... . . . ... . .. .. ......... . .......... . ... . .. . . . ..... . .. .. . ... . ..... ..... . .... . .. . . . . ... ....... ... ...... . . .. ... . ....... . . . . ............. ........ . . ... . .. . . . . . . .. . ... . .... . . .. .. . . . .... ... ................ .. . .. ... . . . . ....... . . .. .. . . .. . . . .. ......... ....... . .. ... ... ...... .......... . .. . . ........... .. . ......... ... . . .. .... .... . .. ... . . .. ............... ................... . .......... .. . ... .... . . ..... . .. .. . . . . . . ....... . .... .. . . ....... . .. . . ...... . . ... . . . .... ... ... . . . .... .. . . . . .. . .. . . ... ..... . ...... ... .... . .. . . .. ... . .... . . . .. ... ... . . ... .. . . ... . . ... . . . .. . .. .... .. . . .. . ....... . . .... . . .. ...... . ................................................................ . ........ .... .... . ...... . ..... . . . .. . ......................... ..
lowQualScore : 3 3 7 7 3 88 0 3333333 33 3 7 7777777 777777 3 7 3 777 0 33 33 000000000 7 0000000000 3 333 3 33 3 3 0 33333 0 00 33 7 333 3 00000 33333 7 2222 5 88 5 5 0 5 555 0000000 555 888888 0 0 88 000 0 8888888 2 0 0 2 0000000000000 22222222 0 0 777 3 77 3 7 3 7 3 3 33 3 777 7 7777 3 7 00 33 3 3 0 0000 777 0000000000000000 00 3 33 333 3 3 3 3 3333333 3 3 77 77 3 3 00 3 3 3 33 000000000 3333333 3 33 222 555 888888 0000000000 0 00 8 4 00000000000 00 0 000000000 000 7 3 88 2222 2222 7 77 777 5 7 22 222222222222222 0000000000000000000 7 2222222222 00 6 000 0000 2 0 22222 7 88 22 7 7 2 0 8 0 0000000 5 8888 88 0 2 5555555 0 88 0 2 222222 2 0 000 2 5 2 2222 555 555 0 0 0 2222 88 0 0 8 0 88 7 22 7 7 777 33333 7 222222 777 5555 0 99 0 4 99 888 7 6666 7 4 7 99 666 000 7 7 000 99 0 0 111 0 0 111 0 4 0 99 0 99 6666 99 0 4 44 4 7777777 0 0 6666 0 0 55 555555 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 66666666 4444 4444 1 888888 4 11111 4 4 4 99 1 1111111111111111111111111 99
consensus : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-GCAA--AAACGACAGAAA-AAGATGT-G-ANA-ATTTACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCGATATTTTAT-AAGGGAAT-TTTANATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGCGGATAG--A--TA--TCGAAAACTTATC-NCGA-TG--CAA-TTTTCTTCT---TCAACC-AATATGGA--ATAAT-ATCTTTTTNAATATAAGGACGANACCCTATCGTTTTC--CAAGCTGGATTAAGGA-TAG----ACTTTA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAA-T--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----A-TCAAATTGGCT-TT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATCAATA-ATGTA--ATTA-GNNAGATAT-TACACACGAAGGATCTGGACTTTACAAACAG--GT-TTCT-T-TTTGAAACGA--T-AACAA-CGATCTTNATTAATTTCAAACTGGATACTTCTTGAT--ATATAA----AAGG------G-ATGTCAGCTT-TTACCTACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAATCTTTCTACT-CGAGG-TTATTCAAAATG-TGAAAAAGATCAACTTGGAAT-CTCAT--CTAACG-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATGT--TT-G-A-G-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AN-CCAA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-TT--AAACATC-TT-----------CT---TTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATGGT-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-A---TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA-----TT-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Reference ( family-1904 ) : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-GTAA--AAACGACAGAAA-AAGATGT-G-ATA-ATTTACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCGATATTTTAT-AAGGGAAT-TTTANATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGCGGATAG--A--TA--TCGAAAACTTATC-ACGA-TG--CAA-TTTTCTTCT---TCAACC-AATATGGA--ATAAT-ATCTTTTTNAATATAAGGACGANACCCTATCGTTTTC--CAAGCTGGATTAAAGA-TAG----ACTTTA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAA-T--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----A-TCAAATTGGCT-TT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATCAATA-ATGTA--ATTA-GNGAGATAT-TACACACGAAGGATCTGGACTTTACAAACAG--GT-TTCT-T-TTTGAAACGA--T-AACAA-CGATCTTNATTAATTTCAAACTGGATACTTCTTGAT--ATATAA----AAGG------G-ATGTCAGCTT-TTACCTACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAATCTTTCTACT-CGAGG-TTATTCAAAATG-TGAAAAAGATCAACTTGGAAT-CTCAT--CTAACG-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATGT--TT-G-A-G-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AN-CCAA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-TT--AAACATC-TT-----------CT---TTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATGGT-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-A---TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA-----TN-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|1 : TACA-GATTTAGTAAAGTCCTACAATGTATAATATTTCAACATACTTATT-GTAA--AACATACAGAAA-AAGATGTTGCATATATTTA---ATATGTTCCTAAGTTTACCAATATTTTATTAAGGGA-----CAAATGAGTTTAAATGAGTGCAAAAGGCGGATAGCGA--TACTTCGAAAACTTATC-CTGAATG--CAA-TTTTCTTCTGTTTCAACCTAATATTGATTATAAT-ATCTTTTTTAATATA-----GATACCCTATCCTTTTCTCCAAGCTGGATTAAGAAGTA-----ACTTTC-----TATCTGTAAGA-ATCGTCTTACTGTTTTACC-ATCGGAATCGTT---AA----TCCTTA---GA------AATTA-TCTACG--ATGAATTAAAAAG-AATCATTG-TCAAATGTGCT-TTCGTGG--AATTATT----GGTATCTATTTTTAAT---TA-ATGT----TTA-GTGAGGTAT-TAAATCCGAAGT-TCTGGA--TTACAA-CAG--GTGTTCTGT-TTTGTAACTACCT-AACACTCGATCTTC-TTAATTTCAA--TAGGTACTTCTTGATCAAAATCAGTCGAAGA------G-ATGT-AGCTT-TTACCTACTCTTTAAACCT-TGTCAAAGTATATATTTAAAA-----CCATT-TCAAGCTTTCTACTACGAG--TTAATCAAT-TG-TGAAAG---TCA---TGGTAT-CTAAT--CTA-CGTAACCGCTAG--------AT-TGTATGCTATAGACAATTG---CTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATATAA--TGATGT--TTTG-ATG-TACTT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCATAAATTA---GCT----AGAG-----T-AT-CCA----TTGTC---TTTATATATGAG--ATTCATCAACATCTTC-TG--AATAATC-TTGTATTCCTCCACT---TGTT-GATTTTTGTTTTGCGTAT--AGAAGTAAATCCGTC-G--TATTAT-TGTT--GAA-GT-AAC--G--CCA-TGTCTAA--TTT-GATGTAGAA---ATG-GCG-CAC--A-TTA--TTA-TTGG--TT-------GATCTA-GAGGC-AAAATCTCAATGCTTGTTTTTG----AGTAATATCA-ATTACTTTCGTGC-TTACT-T------ATTTACATAAAATATAGAAAATA-TT-TTGCTA----G--ATACGAC-AAT-T-AAT-ATG-AAGAA-C--GAATATTAGATTGTATGA--A-ATGCCACTCGTCAG---TAAA----TCCT-TA--GC--CGT---TTG-CAGTA--CC---TCTTTTT-GAC----ATAG-ATACGACAAG-CA--CT-ATTCAT---TA---GT-AAGTTTTTCAGCTCTGT-T-TCGT-CAAACTTT-TT--TC-AG---TTC-ATTTATG---A--CG-ATG--CC----AGTATATCTTACCTTTA-ATAATA-ATCT--TT-ATGATC-T-----TCAATA-TT---AATGTGTATA--TT------GCTCAG-----TT-TACGCAT------------TAACT----------TTTAAGTTA-------------TTGT-ATATTCAGATG--------CTGAACC-G----GATG-GACACATTG------TT-GT-AA-----GGG-TG-TTA-TAATAT
gi|10 : AAATTG--GCTG---AATTT------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATAT--TT-TTA-G-TAATT--AT-TCC---------TTGCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATAAC-CCAA-A-TTGTTAATTTTGTA-ATGAT--ATTGAG-AA----TTC--T--AAACATC-TT-----------AA---TTTT-GATT----------GTAT--TAATGTAAA---ATC-AA-TATGGT-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TATAAAT
gi|11 : T-ATC-TTA---TC-TTAACG---ATTGTAT-CA--TT---------CAAC----TT-T----AT------------CA--T----------T----GG-A------------TTGACTAGAATCAGACGG-------C----CCGAATCAGGTAT--CAAATCGATCCCGTTAGTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAA
gi|12 : ct-ATA-TA---AT-GTGT-CA--TT------G-TCAA-----TTAT----ATAATTCAAATCTGTAATT----------T----GTTA------------TT-GTCATATTTA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAA
gi|13 : TCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AATCCAA-C-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-------TT-------AGCGCCATT-----------CTAAATTTT-GA-T----------GTA
gi|14 : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TAa
gi|15 : --GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-
gi|16 : atgTTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCCT
gi|2 : TACAAGTTTTTGTAA-GC-TTACAATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-G--A--AAACAACAGAAAGAAGATGT-G-AAT-ATTCACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCAATATTTTAT-AAGGAAATATTTACATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGTCGATAA--A--TA--TCGAAAACTTATCCAC-A-TG--CAAATTTTCTTCT---TCAACC-AACATGGA--ATAATGATCTTTTTAAATATAAGAATGAAACCCTA-CGTTTTC--CAAGCTG-ATTAAAGA-TAG----ACTTCA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAAAT--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----AATCAAATTGGCTGTT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATTAATA-ATGTA--ATTA-AGAAGATAT-TACACACAAAGGATCTGGACTT-ACAAACAA--GT-TTCT-T-TTTGAAA-GA--T-AACAA-CAATTTTAATTCAT--AAAACTGGATATTT--TGAT--ATATAA----AAAGT-----GTATGTC---TT-TTAC-TACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCAT-ATTACCAATCTTTCTACT-CGAAGATTATTCAAAATGATGAAAAAGATCAACTGAGAAT-CTCAT--CTAACA-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATAT--AT-G-----TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AA-TTAA--GCT----AGAA----AT-AA-TCAA-AATTGTTCATTT-GTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-T---AAACATC-TT-----------CT---TTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATG-T-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GA-GTA-AA---ATG-GCGACAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGG--AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAAAA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAA-AAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTAACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA----TTCAGCTC--T-T-TC---TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TATTTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-------TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA-----TA-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA------GG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|3 : T----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGCTTTAAAAAA-T--TTA---GA------AAATACTCT-CGGAATGAAT--AAAAGTAA-----A-TCAAATTGGCT-GT-G-GA--A-----TTTGGGGTAT--------AAT-AATAGATGTATTATTAAGACAGATATGTACACACAAAGGATCTGGACTTTACAAACAGGAGT-TTCT-TATCTGAAACGA--TCAACAA-CAA---TTATTAATTTCAAACT-GATA--TTTTGAC---TATAA----AAGGGGAAGAG-ATGTCAGCTTATTA-CTACTCT---AACCTATGTC-AA-TATATATTT--AAAACCGTCATTACC-ATCTTTCTAC--CGAGACTTATTC-AAAT--TGAAAAAGATTCACTTGGAATGCTCATTACT-ACA-AA--GCTAAGATGTTCCATGTGAATA--ATAGGAAAATGGTGCTAATCAATTTAAAAAAAATTTGTTAACTTAATAAACTTATA-AA--TG-TGTAATT-G-A-G-TAATT--ATATCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AT-CCAATT-TTGTTCAGTTTGTA-ATGAT--TATGAG-AA----TTCTTT--AAACATC-------------------TTTT-GATT----------GTAT--AAATGT-AA---ATC-GATTATGGT-T--T--GAA-GTTAGCG-G--CCATT-TCTAAATTTTGGATGTA-AA--------TGGCAC--ACTTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTACGAGGGAAAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-C-CATTAC-ATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATT---AAAATGTTATTTG-TA----G-AATA--AC-AGTAT-AA--ATG-A--AA-C-GG---AT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAATAA-----C-TA--GCAACGT-T----ACG-----CC-----------AAT----ACAG-ATAC-ACAAAGGA--CT---TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAAGTC--TATGTC-T-TAA--CTT-GTGATC-AGTT-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTGGCCC----AAATTATCCT--------ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-----TC-ATA-TA---A-TGTG--CATGTT------G-TCAA-----AT-T----ATA-----------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCATATA--------C----CCGG----GA-ATGACAA--TG-----------GAA-----GA----------AATATG--AAT-AATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAACAAAAAAAAAA
gi|4 : ATT----------ATAAACACCTA-GACCTCATTT--CT-G-A-GATAATTTAAT-TCCGTCACACTGTTTCTTATTTTCA-AA-TTAACAGCTCTCCAGAACATCAT-AT-CCAA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGATCCACTGAGCAA----TTC-TTCCGAACATC-TTCC---------CT---TTTTAGATT----------GTATACAAATGT-AA---ATCGGA-TATGGTGT--TTAGAACGTTAGCCTGCCCCA-T-TCTAAA-TTT-GATGTA-GAGACATGCGCGGCACCAA-TTACTCTGTTTGGTTTCCTCTTTGTATCTA-GAGGG-AAAAT-TC-AAGGTCCTTTTTTGCTCA-TAACA-CAC-TTACTAT-GTTTATTGCCATAATAGAATTTAC---AAATA---TAAAAG-TA-TTG-TGTACCGTAATATGACAAATATCGAGCATGAA--AA-CAGGAATAT---AATGTA--ACCACATGC------TCAAGCCTAGAAATTTCCTCTACCGCACCGTCTGTTGACGATAAGCCCCATCTTTCGCAACTACTATAGAACACAACAAA-GAACCT-A-TCAAGCCTAATGGTAAA---TTTAAGCTC--TCT-TC-TGTAAACCTTAGTGATCTAG-TCTTCTAATTATGTACACTTA-TTG--ACTCGGAAATAATCTCAC--TTATATC-TATATCTA-TTG-T-ATC-T-AAACTC-ATC-CATTCGTTGAGT-CA--TCCTAACGG-TCAAGCACTTG-C----AT------------TGATTTGTCCACAAAT----GTTACACCTTCGCCTTTCTGTCAT-CCCC-ATAAACGCCGGC----CTGG----CATAT-ACAATCTG------TT-GTAGAAAAATGGGCTACATATTAATATGCAAATAAATATAGGATCG--------------------TCTA--ACAAAAAAAAAAAAAAACAAA
gi|5 : ATAT--CAAG-TATCTATTTACAATTAAATGATTGAAA-AA--TGA-A-AGA-TTTTATAA-T-TATTTCTCA-TTTACCGACATTTCAT-AAAGGAAT-TTTTGTTG--CTTTAATGAATGCAAAAAGAAAATAG--AAATA--TC----ACATATT-TTGA-AAGCCAA-TTTTGCGCA---GCAACC-ATTGTGGA--ATAAT-A--TTTTTGAATACAAAGACAACACATTAT-GTTTTA--AAAATTGGATT---GA-TAGTAATATTTTAGATCTTATATGTAAAAGAT----TTG----TTTAAC-AAT-GAA-T-TT---AAAAC-T--TTATTTGATTTTTCAAATG-TCC-AG--CTGAGT----AAT-AA-----A-CC-GTTTGGTT-TT-GTGAATA-----T----ATTAT--------ATTCAAAA-ATGTaaa
gi|6 : aatattg-AATA-GAA-AATAT-AA--ATG-A--AAAC-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---T-AT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATCTT-A---TC-ATA-TT---AATGTGT-CA--TT------G-TCAAT----TG-T----A-------------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATG-TAATATG--AATAAAT-TAG----AATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAtgtaatga
gi|7 : -TA--ACAAAGT-TAGAAAC-ATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-TA--CT-G-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTT-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-GTC-T-A---TC-ATA-T----ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA-----T--T----ACG-----------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGATAAATTG------CT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TGATGTG--AATAAACATAG----A--------------------TTTA--AAAA
gi|8 : A--ATG-A--AA-C-GGACTAT---AATGTA--A--A--TCC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA---C---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-AT-C-AACAA-GA--CTAA-CCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T----T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-A-TTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATT-TCTTGC--TTA-ATCATATATCTATTTGAC-ATC-T-A---TC-ATA-TA---A-TGTGT-CA--TT------G-TCAA-----T
gi|9 : C--T-T-TC-T-TAAACTTC-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAT--TTA-ATCATAAATCTT-TTGAT-GTC-T-A---TC-ATA-CA---ATT-TGT-TA--TT------G---A---------------------------------------------------A------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATGTGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATCTAG----A--------------------TTTT--AAAAAAAAAGAAGAAAAGAAt
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 2222222 1 22222 222222 1 1 111 11 222222222 11 22222 1 222 1 11 1 11111 11 11 111 1 33333 33333 2222 11 1 1 111 1111111 111 222222 1 1 11 111 1 2222222 1 1 4444444444444 33333333 1 1 222 1 1 11 1 111 2222 1 11 1 1111 222 5555555555555555 11 1 11 222 1 1 22 33 22 1 11 111111111 2222222 1 11 111 111 222222 3333333333 11 22222222222 11 333333333 111 1111 1111 111 222222222222222 5555555555555555555 2222222222 11 1 111 1111 11111 11 2222222 1111 11 1 3333333 1 11 1 222222 1 1111 111 111 1 1 1 2222 1 11 111 111111 111 1111 1 111 111 111 1 1111 1111111 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222222 111111 11111 4444444444444444444444444
lowQualScore : 7 3 6 0 3 33 0 9999999 77 3 6 3 44444 111111 3 0 3 999 1 88 77 888888888 6 00 66666 3 333 3 88 3 7 1 77777 1 44 88 6 000 3 55555 33333 6 1111 2 33 5 2 0 2 777 8888888 777 888888 0 0 33 777 0 9999999 3 0 0 3 2222222222222 66666666 9 0 555 3 22 3 0 7 6 7 7 88 3 777 6 2222 3 0 11 88 7 7 2 4444 555 6666666666666666 44 3 33 333 3 7 3 7 9999999 7 7 00 88 7 7 00 7 7 3 88 999999999 0000000 3 88 666 777 888888 5555555555 8 11 0 1 44444444444 11 8 222222222 444 6 7 99 4444 4444 6 77 666 2 6 99 888888888888888 1111111111111111111 6 9999999999 11 0 444 0000 3 8 11111 6 55 99 6 6 3 8 0 8 4444444 6 4444 33 0 3 2222222 0 88 0 3 222222 0 0 999 3 2 3 4444 777 777 0 0 0 1111 88 6 8 0 8 55 6 99 6 6 111 99999 6 999999 111 9999 5 66 5 1 66 888 5 8888 5 1 5 77 111 000 5 5 000 66 0 5 777 5 5 777 5 0 5 66 5 66 0000 66 5 0 55 4 7777777 4 4 9999 6 4 55 111111 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 00000000 9999 9999 1 222222 4 11111 4 4 4 66 0 4444444444444444444444444 66
lowQualScore : . . . . . .. . ....... .. . . . ..... ...... . . . ... . .. .. ......... . .. ..... . ... . .. . . . ..... . .. .. . ... . ..... ..... . .... . .. . . . . ... ....... ... ...... . . .. ... . ....... . . . . ............. ........ . . ... . .. . . . . . . .. . ... . .... . . .. .. . . . .... ... ................ .. . .. ... . . . . ....... . . .. .. . . .. . . . .. ......... ....... . .. ... ... ...... .......... . .. . . ........... .. . ......... ... . . .. .... .... . .. ... . . .. ............... ................... . .......... .. . ... .... . . ..... . .. .. . . . . . . ....... . .... .. . . ....... . .. . . ...... . . ... . . . .... ... ... . . . .... .. . . . . .. . .. . . ... ..... . ...... ... .... . .. . . .. ... . .... . . . .. ... ... . . ... .. . . ... . . ... . . . .. . .. .... .. . . .. . ....... . . .... . . .. ...... . ............................................................... . ........ .... .... . ...... . ..... . . . .. . ......................... ..
lowQualScore : 3 3 7 7 3 88 0 0000000 33 3 7 7 00000 777777 3 7 3 777 0 33 33 000000000 7 00 77777 3 333 3 33 3 3 0 33333 0 00 33 7 000 3 00000 33333 7 2222 5 88 5 5 0 5 555 0000000 555 888888 0 0 88 000 0 8888888 2 0 0 2 0000000000000 22222222 0 0 777 3 00 3 7 3 7 3 3 33 3 777 7 7777 3 7 00 33 3 3 0 0000 777 0000000000000000 00 3 33 333 3 3 3 3 3333333 3 3 77 77 3 3 00 3 3 3 33 000000000 3333333 3 33 222 555 888888 0000000000 0 00 8 4 00000000000 00 0 000000000 000 7 3 88 2222 2222 7 77 777 5 7 22 222222222222222 0000000000000000000 7 2222222222 00 6 000 0000 2 0 22222 7 88 22 7 7 2 0 8 0 0000000 5 8888 88 0 2 5555555 0 88 0 2 222222 2 0 000 2 5 2 2222 555 555 0 0 0 2222 88 0 0 8 0 88 7 22 7 7 777 33333 7 222222 777 5555 0 99 0 4 99 888 7 6666 7 4 7 99 666 000 7 7 000 99 0 0 111 0 0 111 0 4 0 99 0 99 6666 99 0 4 44 4 7777777 0 0 6666 0 0 55 555555 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 66666666 4444 4444 1 888888 4 11111 4 4 4 99 1 1111111111111111111111111 99
consensus : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-GCAA--AAACGACAGAAA-AAGATGTNANA---ATTTACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCGATATTTTAT-AAGGGAAT-TTTANATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGCGGATAG--A--TA--TCGAAAACTTATCCTGA-TG--CAA-TTTTCTTCT---TCAACC-AATATGGA--ATAAT-ATCTTTTTNAATATAAGGACGANACCCTATCGTTTTC--CAAGCTGGATTAAGGA-TAG----ACTTTA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAA-T--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----A-TCAAATTGGCT-TT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATCAATA-ATGTA--ATTA-GNNAGATAT-TACACACGAAGGATCTGGACTTTACAAACAG--GT-TTCT-T-TTTGAAACGA--T-AACAA-CGATCTTNATTAATTTCAAACTGGATACTTCTTGAT--ATATAA----AAGG------G-ATGTCAGCTT-TTACCTACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAATCTTTCTACT-CGAGG-TTATTCAAAATG-TGAAAAAGATCAACTTGGAAT-CTCAT--CTAACG-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATGT--TT-G-A-G-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AN-CCAA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-TT--AAACATC-TT-----------CT---TTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATGGT-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-A---TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Reference ( family-1904 ) : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-GCAA--AAACGACAGAAA-AAGATGTGANA---ATTTACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCGATATTTTAT-AAGGGAAT-TTTANATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGCGGATAG--A--TA--TCGAAAACTTATCNCGA-TG--CAA-TTTTCTTCT---TCAACC-AATATGGA--ATAAT-ATCTTTTTNAATATAAGGACGANACCCTATCGTTTTC--CAAGCTGGATTAAGGA-TAG----ACTTTA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAA-T--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----A-TCAAATTGGCT-TT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATCAATA-ATGTA--ATTA-GNNAGATAT-TACACACGAAGGATCTGGACTTTACAAACAG--GT-TTCT-T-TTTGAAACGA--T-AACAA-CGATCTTNATTAATTTCAAACTGGATACTTCTTGAT--ATATAA----AAGG------G-ATGTCAGCTT-TTACCTACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAATCTTTCTACT-CGAGG-TTATTCAAAATG-TGAAAAAGATCAACTTGGAAT-CTCAT--CTAACG-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATGT--TT-G-A-G-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AN-CCAA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-TT--AAACATC-TT-----------CT---TTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATGGT-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-A---TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|1 : TACA-GATTTAGTAAAGTCCTACAATGTATAATATTTCAACATACTTATT-GTAA--AACATACAGAAA-AAGATGTTGCATATATTTA---ATATGTTCCTAAGTTTACCAATATTTTATTAAGGGA-----CAAATGAGTTTAAATGAGTGCAAAAGGCGGATAGCGA--TACTTCGAAAACTTATCCTGAATG--CAA-TTTTCTTCTGTTTCAACCTAATATTGATTATAAT-ATCTTTTTTAATATA-----GATACCCTATCCTTTTCTCCAAGCTGGATTAAGAAGTA-----ACTTTC-----TATCTGTAAGA-ATCGTCTTACTGTTTTACC-ATCGGAATCGTT---AA----TCCTTA---GA------AATTA-TCTACG--ATGAATTAAAAAG-AATCATTG-TCAAATGTGCT-TTCGTGG--AATTATT----GGTATCTATTTTTAAT---TA-ATGT----TTA-GTGAGGTAT-TAAATCCGAAGT-TCTGGA--TTACAA-CAG--GTGTTCTGT-TTTGTAACTACCT-AACACTCGATCTTC-TTAATTTCAA--TAGGTACTTCTTGATCAAAATCAGTCGAAGA------G-ATGT-AGCTT-TTACCTACTCTTTAAACCT-TGTCAAAGTATATATTTAAAA-----CCATT-TCAAGCTTTCTACTACGAG--TTAATCAAT-TG-TGAAAG---TCA---TGGTAT-CTAAT--CTA-CGTAACCGCTAG--------AT-TGTATGCTATAGACAATTG---CTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATATAA--TGATGT--TTTG-ATG-TACTT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCATAAATTA---GCT----AGAG-----T-AT-CCA----TTGTC---TTTATATATGAG--ATTCATCAACATCTTC-TG--AATAATC-TTGTATTCCTCCACT---TGTT-GATTTTTGTTTTGCGTAT--AGAAGTAAATCCGTC-G--TATTAT-TGTT--GAA-GT-AAC--G--CCA-TGTCTAA--TTT-GATGTAGAA---ATG-GCG-CAC--A-TTA--TTA-TTGG--TT-------GATCTA-GAGGC-AAAATCTCAATGCTTGTTTTTG----AGTAATATCA-ATTACTTTCGTGC-TTACT-T------ATTTACATAAAATATAGAAAATA-TT-TTGCTA----G--ATACGAC-AAT-T-AAT-ATG-AAGAA-C--GAATATTAGATTGTATGA--A-ATGCCACTCGTCAG---TAAA----TCCT-TA--GC--CGT---TTG-CAGTA--CC---TCTTTTT-GAC----ATAG-ATACGACAAG-CA--CT-ATTCAT---TA---GT-AAGTTTTTCAGCTCTGT-T-TCGT-CAAACTTT-TT--TC-AG---TTC-ATTTATG---A--CG-ATG--CC----AGTATATCTTACCTTTA-ATAATA-ATCT--TT-ATGATC-T-----TCAATA-TT---AATGTGTATA--TT------GCTCAG----TT-TACGCAT------------TAACT----------TTTAAGTTA-------------TTGT-ATATTCAGATG--------CTGAACC-G----GATG-GACACATTG------TT-GT-AA-----GGG-TG-TTA-TAATAT
gi|10 : AAATTG--GCTG---AATTT------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATAT--TT-TTA-G-TAATT--AT-TCC---------TTGCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATAAC-CCAA-A-TTGTTAATTTTGTA-ATGAT--ATTGAG-AA----TTC--T--AAACATC-TT-----------AA---TTTT-GATT----------GTAT--TAATGTAAA---ATC-AA-TATGGT-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TATAAAT
gi|11 : T-ATC-TTA---TC-TTAACG---ATTGTAT-CA--TT---------CAAC---TT-T----AT------------CA--T----------T----GG-A------------TTGACTAGAATCAGACGG-------C----CCGAATCAGGTAT--CAAATCGATCCCGTTAGTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAA
gi|12 : ct-ATA-TA---AT-GTGT-CA--TT------G-TCAA----TTAT----ATAATTCAAATCTGTAATT----------T----GTTA------------TT-GTCATATTTA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAA
gi|13 : TCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AATCCAA-C-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-------TT-------AGCGCCATT-----------CTAAATTTT-GA-T----------GTA
gi|14 : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TAa
gi|15 : --GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-
gi|16 : atgTTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCCT
gi|2 : TACAAGTTTTTGTAA-GC-TTACAATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-G--A--AAACAACAGAAAGAAGATGTGAAT---ATTCACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCAATATTTTAT-AAGGAAATATTTACATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGTCGATAA--A--TA--TCGAAAACTTATCCACA-TG--CAAATTTTCTTCT---TCAACC-AACATGGA--ATAATGATCTTTTTAAATATAAGAATGAAACCCTA-CGTTTTC--CAAGCTG-ATTAAAGA-TAG----ACTTCA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAAAT--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----AATCAAATTGGCTGTT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATTAATA-ATGTA--ATTA-AGAAGATAT-TACACACAAAGGATCTGGACTT-ACAAACAA--GT-TTCT-T-TTTGAAA-GA--T-AACAA-CAATTTTAATTCAT--AAAACTGGATATTT--TGAT--ATATAA----AAAGT-----GTATGTC---TT-TTAC-TACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCAT-ATTACCAATCTTTCTACT-CGAAGATTATTCAAAATGATGAAAAAGATCAACTGAGAAT-CTCAT--CTAACA-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATAT--AT-G-----TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AA-TTAA--GCT----AGAA----AT-AA-TCAA-AATTGTTCATTT-GTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-T---AAACATC-TT-----------CT---TTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATG-T-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GA-GTA-AA---ATG-GCGACAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGG--AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAAAA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAA-AAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTAACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA----TTCAGCTC--T-T-TC---TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TATTTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-------TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TA-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA------GG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|3 : T----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGCTTTAAAAAA-T--TTA---GA------AAATACTCT-CGGAATGAAT--AAAAGTAA-----A-TCAAATTGGCT-GT-G-GA--A-----TTTGGGGTAT--------AAT-AATAGATGTATTATTAAGACAGATATGTACACACAAAGGATCTGGACTTTACAAACAGGAGT-TTCT-TATCTGAAACGA--TCAACAA-CAA---TTATTAATTTCAAACT-GATA--TTTTGAC---TATAA----AAGGGGAAGAG-ATGTCAGCTTATTA-CTACTCT---AACCTATGTC-AA-TATATATTT--AAAACCGTCATTACC-ATCTTTCTAC--CGAGACTTATTC-AAAT--TGAAAAAGATTCACTTGGAATGCTCATTACT-ACA-AA--GCTAAGATGTTCCATGTGAATA--ATAGGAAAATGGTGCTAATCAATTTAAAAAAAATTTGTTAACTTAATAAACTTATA-AA--TG-TGTAATT-G-A-G-TAATT--ATATCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AT-CCAATT-TTGTTCAGTTTGTA-ATGAT--TATGAG-AA----TTCTTT--AAACATC-------------------TTTT-GATT----------GTAT--AAATGT-AA---ATC-GATTATGGT-T--T--GAA-GTTAGCG-G--CCATT-TCTAAATTTTGGATGTA-AA--------TGGCAC--ACTTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTACGAGGGAAAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-C-CATTAC-ATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATT---AAAATGTTATTTG-TA----G-AATA--AC-AGTAT-AA--ATG-A--AA-C-GG---AT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAATAA-----C-TA--GCAACGT-T----ACG-----CC-----------AAT----ACAG-ATAC-ACAAAGGA--CT---TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAAGTC--TATGTC-T-TAA--CTT-GTGATC-AGTT-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTGGCCC----AAATTATCCT--------ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-----TC-ATA-TA---A-TGTG--CATGTT------G-TCAA----AT-T----ATA-----------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCATATA--------C----CCGG----GA-ATGACAA--TG-----------GAA-----GA----------AATATG--AAT-AATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAACAAAAAAAAAA
gi|4 : ATT----------ATAAACACCTA-GACCTCATTT--CT-G-A-GATAATTTAAT-TCCGTCACACTGTTTCTTATTTTCA-AA-TTAACAGCTCTCCAGAACATCAT-AT-CCAA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGATCCACTGAGCAA----TTC-TTCCGAACATC-TTCC---------CT---TTTTAGATT----------GTATACAAATGT-AA---ATCGGA-TATGGTGT--TTAGAACGTTAGCCTGCCCCA-T-TCTAAA-TTT-GATGTA-GAGACATGCGCGGCACCAA-TTACTCTGTTTGGTTTCCTCTTTGTATCTA-GAGGG-AAAAT-TC-AAGGTCCTTTTTTGCTCA-TAACA-CAC-TTACTAT-GTTTATTGCCATAATAGAATTTAC---AAATA---TAAAAG-TA-TTG-TGTACCGTAATATGACAAATATCGAGCATGAA--AA-CAGGAATAT---AATGTA--ACCACATGC------TCAAGCCTAGAAATTTCCTCTACCGCACCGTCTGTTGACGATAAGCCCCATCTTTCGCAACTACTATAGAACACAACAAA-GAACCT-A-TCAAGCCTAATGGTAAA---TTTAAGCTC--TCT-TC-TGTAAACCTTAGTGATCTAG-TCTTCTAATTATGTACACTTA-TTG--ACTCGGAAATAATCTCAC--TTATATC-TATATCTA-TTG-T-ATC-T-AAACTC-ATC-CATTCGTTGAGT-CA--TCCTAACGG-TCAAGCACTTGC----AT------------TGATTTGTCCACAAAT----GTTACACCTTCGCCTTTCTGTCAT-CCCC-ATAAACGCCGGC----CTGG----CATAT-ACAATCTG------TT-GTAGAAAAATGGGCTACATATTAATATGCAAATAAATATAGGATCG--------------------TCTA--ACAAAAAAAAAAAAAAACAAA
gi|5 : ATAT--CAAG-TATCTATTTACAATTAAATGATTGAAA-AA--TGAAAGA---TTTTATAA-T-TATTTCTCA-TTTACCGACATTTCAT-AAAGGAAT-TTTTGTTG--CTTTAATGAATGCAAAAAGAAAATAG--AAATA--TC----ACATATTTTGA-AAGCCAA-TTTTGCGCA---GCAACC-ATTGTGGA--ATAAT-A--TTTTTGAATACAAAGACAACACATTAT-GTTTTA--AAAATTGGATT---GA-TAGTAATATTTTAGATCTTATATGTAAAAGAT----TTG----TTTAAC-AAT-GAA-T-TT---AAAAC-T--TTATTTGATTTTTCAAATG-TCC-AG--CTGAGT----AAT-AA-----A-CC-GTTTGGTT-TT-GTGAATA-----T----ATTAT--------ATTCAAAA-ATGTaaa
gi|6 : aatattg-AATA-GAA-AATAT-AA--ATG-A--AAAC-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---T-AT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATCTT-A---TC-ATA-TT---AATGTGT-CA--TT------G-TCAA----TTGT----A-------------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATG-TAATATG--AATAAAT-TAG----AATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAtgtaatga
gi|7 : -TA--ACAAAGT-TAGAAAC-ATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-TA--CT-G-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTT-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-GTC-T-A---TC-ATA-T----ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-A----CG------------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGATAAATTG------CT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TGATGTG--AATAAACATAG----A--------------------TTTA--AAAA
gi|8 : A--ATG-A--AA-C-GGACTAT---AATGTA--A--A--TCC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA---C---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-AT-C-AACAA-GA--CTAA-CCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T----T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-A-TTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATT-TCTTGC--TTA-ATCATATATCTATTTGAC-ATC-T-A---TC-ATA-TA---A-TGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-
gi|9 : C--T-T-TC-T-TAAACTTC-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAT--TTA-ATCATAAATCTT-TTGAT-GTC-T-A---TC-ATA-CA---ATT-TGT-TA--TT------G---------------------------------A--------------------A------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATGTGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATCTAG----A--------------------TTTT--AAAAAAAAAGAAGAAAAGAA
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 2222222 1 22222 222222 1 1 111 11 222222222 22222 1 222 1 11 1 11111 11 11 111 1 33333 33333 2222 11 1 1 111 1111111 111 222222 1 1 11 111 1 2222222 1 1 4444444444444 33333333 1 1 222 1 1 11 1 111 2222 1 11 1 1111 222 5555555555555555 11 1 11 222 1 1 22 33 22 1 11 111111111 2222222 1 11 111 111 222222 3333333333 11 22222222222 11 333333333 111 1111 1111 111 222222222222222 5555555555555555555 2222222222 11 1 111 1111 11111 11 2222222 1111 11 1 3333333 1 11 1 222222 1 1111 111 111 1 1 1 2222 1 11 111 111111 111 1111 1 111 111 111 1 1111 1111111 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222222 111111 11111 4444444444444444444444444
lowQualScore : 7 3 6 0 3 33 0 9999999 77 3 6 1 44444 111111 3 0 3 999 1 88 77 888888888 6 66666 3 333 3 88 3 7 1 77777 1 44 88 6 000 3 55555 33333 6 1111 2 33 5 2 0 2 777 8888888 777 888888 0 0 33 777 0 9999999 3 0 0 3 2222222222222 66666666 9 0 555 3 22 3 0 7 6 7 7 88 3 777 6 2222 3 0 11 88 7 7 2 4444 555 6666666666666666 44 3 33 333 3 7 3 7 9999999 7 7 00 88 7 7 00 7 7 3 88 999999999 0000000 3 88 666 777 888888 5555555555 8 11 0 1 44444444444 11 8 222222222 444 6 7 99 4444 4444 6 77 666 2 6 99 888888888888888 1111111111111111111 6 9999999999 11 0 444 0000 3 8 11111 6 55 99 6 6 3 8 0 8 4444444 6 4444 33 0 3 2222222 0 88 0 3 222222 0 0 999 3 2 3 4444 777 777 0 0 0 1111 88 6 8 0 8 55 6 99 6 6 111 99999 6 999999 111 9999 5 66 5 1 66 888 5 8888 5 1 5 77 111 000 5 5 000 66 0 5 777 5 5 777 5 0 5 66 5 66 0000 66 5 0 55 4 7777777 4 4 9999 6 4 55 111111 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 00000000 9999 9999 1 222222 4 11111 4 4 4 66 0 4444444444444444444444444 66
lowQualScore : . . . . . .. . ....... .. . . . ..... ...... . . . ... . .. .. ......... . ..... . ... . .. . . . ..... . .. .. . ... . ..... ..... . .... . .. . . . . ... ....... ... ...... . . .. ... . ....... . . . . ............. ........ . . ... . .. . . . . . . .. . ... . .... . . .. .. . . . .... ... ................ .. . .. ... . . . . ....... . . .. .. . . .. . . . .. ......... ....... . .. ... ... ...... .......... . .. . . ........... .. . ......... ... . . .. .... .... . .. ... . . .. ............... ................... . .......... .. . ... .... . . ..... . .. .. . . . . . . ....... . .... .. . . ....... . .. . . ...... . . ... . . . .... ... ... . . . .... .. . . . . .. . .. . . ... ..... . ...... ... .... . .. . . .. ... . .... . . . .. ... ... . . ... .. . . ... . . ... . . . .. . .. .... .. . . .. . ....... . . .... . . .. ...... . ............................................................... . ........ .... .... . ...... . ..... . . . .. . ......................... ..
lowQualScore : 3 3 7 7 3 88 0 0000000 33 3 7 0 00000 777777 3 7 3 777 0 33 33 000000000 7 77777 3 333 3 33 3 3 0 33333 0 00 33 7 000 3 00000 33333 7 2222 5 88 5 5 0 5 555 0000000 555 888888 0 0 88 000 0 8888888 2 0 0 2 0000000000000 22222222 0 0 777 3 00 3 7 3 7 3 3 33 3 777 7 7777 3 7 00 33 3 3 0 0000 777 0000000000000000 00 3 33 333 3 3 3 3 3333333 3 3 77 77 3 3 00 3 3 3 33 000000000 3333333 3 33 222 555 888888 0000000000 0 00 8 4 00000000000 00 0 000000000 000 7 3 88 2222 2222 7 77 777 5 7 22 222222222222222 0000000000000000000 7 2222222222 00 6 000 0000 2 0 22222 7 88 22 7 7 2 0 8 0 0000000 5 8888 88 0 2 5555555 0 88 0 2 222222 2 0 000 2 5 2 2222 555 555 0 0 0 2222 88 0 0 8 0 88 7 22 7 7 777 33333 7 222222 777 5555 0 99 0 4 99 888 7 6666 7 4 7 99 666 000 7 7 000 99 0 0 111 0 0 111 0 4 0 99 0 99 6666 99 0 4 44 4 7777777 0 0 6666 0 0 55 555555 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 66666666 4444 4444 1 888888 4 11111 4 4 4 99 1 1111111111111111111111111 99
consensus : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-GCAA--AAACGACAGAAA-AAGATGTNANA---ATTTACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCGATATTTTAT-AAGGGAAT-TTTANATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGCGGATAG--A--TA--TCGAAAACTTATCCTGA-TG--CAA-TTTTCTTCT---TCAACC-AATATGGA--ATAAT-ATCTTTTTNAATATAAGGACGANACCCTATCGTTTTC--CAAGCTGGATTAAGGA-TAG----ACTTTA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAA-T--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----A-TCAAATTGGCT-TT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATCAATA-ATGTA--ATTA-GNNAGATAT-TACACACGAAGGATCTGGACTTTACAAACAG--GT-TTCT-T-TTTGAAACGA--T-AACAA-CGATCTTNATTAATTTCAAACTGGATACTTCTTGAT--ATATAA----AAGG------G-ATGTCAGCTT-TTACCTACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAATCTTTCTACT-CGAGG-TTATTCAAAATG-TGAAAAAGATCAACTTGGAAT-CTCAT--CTAACG-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATGT--TT-G-A-G-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AN-CCAA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-TT--AAACATC-TT-----------CT---TTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATGGT-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-A---TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Reference ( family-1904 ) : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-GCAA--AAACGACAGAAA-AAGATGTNANA---ATTTACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCGATATTTTAT-AAGGGAAT-TTTANATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGCGGATAG--A--TA--TCGAAAACTTATCCTGA-TG--CAA-TTTTCTTCT---TCAACC-AATATGGA--ATAAT-ATCTTTTTNAATATAAGGACGANACCCTATCGTTTTC--CAAGCTGGATTAAGGA-TAG----ACTTTA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAA-T--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----A-TCAAATTGGCT-TT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATCAATA-ATGTA--ATTA-GNNAGATAT-TACACACGAAGGATCTGGACTTTACAAACAG--GT-TTCT-T-TTTGAAACGA--T-AACAA-CGATCTTNATTAATTTCAAACTGGATACTTCTTGAT--ATATAA----AAGG------G-ATGTCAGCTT-TTACCTACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAATCTTTCTACT-CGAGG-TTATTCAAAATG-TGAAAAAGATCAACTTGGAAT-CTCAT--CTAACG-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATGT--TT-G-A-G-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AN-CCAA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-TT--AAACATC-TT-----------CT---TTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATGGT-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-A---TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|1 : TACA-GATTTAGTAAAGTCCTACAATGTATAATATTTCAACATACTTATT-GTAA--AACATACAGAAA-AAGATGTTGCATATATTTA---ATATGTTCCTAAGTTTACCAATATTTTATTAAGGGA-----CAAATGAGTTTAAATGAGTGCAAAAGGCGGATAGCGA--TACTTCGAAAACTTATCCTGAATG--CAA-TTTTCTTCTGTTTCAACCTAATATTGATTATAAT-ATCTTTTTTAATATA-----GATACCCTATCCTTTTCTCCAAGCTGGATTAAGAAGTA-----ACTTTC-----TATCTGTAAGA-ATCGTCTTACTGTTTTACC-ATCGGAATCGTT---AA----TCCTTA---GA------AATTA-TCTACG--ATGAATTAAAAAG-AATCATTG-TCAAATGTGCT-TTCGTGG--AATTATT----GGTATCTATTTTTAAT---TA-ATGT----TTA-GTGAGGTAT-TAAATCCGAAGT-TCTGGA--TTACAA-CAG--GTGTTCTGT-TTTGTAACTACCT-AACACTCGATCTTC-TTAATTTCAA--TAGGTACTTCTTGATCAAAATCAGTCGAAGA------G-ATGT-AGCTT-TTACCTACTCTTTAAACCT-TGTCAAAGTATATATTTAAAA-----CCATT-TCAAGCTTTCTACTACGAG--TTAATCAAT-TG-TGAAAG---TCA---TGGTAT-CTAAT--CTA-CGTAACCGCTAG--------AT-TGTATGCTATAGACAATTG---CTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATATAA--TGATGT--TTTG-ATG-TACTT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCATAAATTA---GCT----AGAG-----T-AT-CCA----TTGTC---TTTATATATGAG--ATTCATCAACATCTTC-TG--AATAATC-TTGTATTCCTCCACT---TGTT-GATTTTTGTTTTGCGTAT--AGAAGTAAATCCGTC-G--TATTAT-TGTT--GAA-GT-AAC--G--CCA-TGTCTAA--TTT-GATGTAGAA---ATG-GCG-CAC--A-TTA--TTA-TTGG--TT-------GATCTA-GAGGC-AAAATCTCAATGCTTGTTTTTG----AGTAATATCA-ATTACTTTCGTGC-TTACT-T------ATTTACATAAAATATAGAAAATA-TT-TTGCTA----G--ATACGAC-AAT-T-AAT-ATG-AAGAA-C--GAATATTAGATTGTATGA--A-ATGCCACTCGTCAG---TAAA----TCCT-TA--GC--CGT---TTG-CAGTA--CC---TCTTTTT-GAC----ATAG-ATACGACAAG-CA--CT-ATTCAT---TA---GT-AAGTTTTTCAGCTCTGT-T-TCGT-CAAACTTT-TT--TC-AG---TTC-ATTTATG---A--CG-ATG--CC----AGTATATCTTACCTTTA-ATAATA-ATCT--TT-ATGATC-T-----TCAATA-TT---AATGTGTATA--TT------GCTCAG----TT-TACGCAT------------TAACT----------TTTAAGTTA-------------TTGT-ATATTCAGATG--------CTGAACC-G----GATG-GACACATTG------TT-GT-AA-----GGG-TG-TTA-TAATAT
gi|10 : AAATTG--GCTG---AATTT------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATAT--TT-TTA-G-TAATT--AT-TCC---------TTGCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATAAC-CCAA-A-TTGTTAATTTTGTA-ATGAT--ATTGAG-AA----TTC--T--AAACATC-TT-----------AA---TTTT-GATT----------GTAT--TAATGTAAA---ATC-AA-TATGGT-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TATAAAT
gi|11 : T-ATC-TTA---TC-TTAACG---ATTGTAT-CA--TT---------CAAC---TT-T----AT------------CA--T----------T----GG-A------------TTGACTAGAATCAGACGG-------C----CCGAATCAGGTAT--CAAATCGATCCCGTTAGTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAA
gi|12 : ct-ATA-TA---AT-GTGT-CA--TT------G-TCAA----TTAT----ATAATTCAAATCTGTAATT----------T----GTTA------------TT-GTCATATTTA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAA
gi|13 : TCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AATCCAA-C-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-------TT-------AGCGCCATT-----------CTAAATTTT-GA-T----------GTA
gi|14 : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TAa
gi|15 : --GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-
gi|16 : atgTTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCCT
gi|2 : TACAAGTTTTTGTAA-GC-TTACAATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-G--A--AAACAACAGAAAGAAGATGTGAAT---ATTCACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCAATATTTTAT-AAGGAAATATTTACATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGTCGATAA--A--TA--TCGAAAACTTATCCACA-TG--CAAATTTTCTTCT---TCAACC-AACATGGA--ATAATGATCTTTTTAAATATAAGAATGAAACCCTA-CGTTTTC--CAAGCTG-ATTAAAGA-TAG----ACTTCA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAAAT--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----AATCAAATTGGCTGTT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATTAATA-ATGTA--ATTA-AGAAGATAT-TACACACAAAGGATCTGGACTT-ACAAACAA--GT-TTCT-T-TTTGAAA-GA--T-AACAA-CAATTTTAATTCAT--AAAACTGGATATTT--TGAT--ATATAA----AAAGT-----GTATGTC---TT-TTAC-TACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCAT-ATTACCAATCTTTCTACT-CGAAGATTATTCAAAATGATGAAAAAGATCAACTGAGAAT-CTCAT--CTAACA-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATAT--AT-G-----TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AA-TTAA--GCT----AGAA----AT-AA-TCAA-AATTGTTCATTT-GTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-T---AAACATC-TT-----------CT---TTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATG-T-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GA-GTA-AA---ATG-GCGACAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGG--AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAAAA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAA-AAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTAACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA----TTCAGCTC--T-T-TC---TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TATTTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-------TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TA-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA------GG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|3 : T----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGCTTTAAAAAA-T--TTA---GA------AAATACTCT-CGGAATGAAT--AAAAGTAA-----A-TCAAATTGGCT-GT-G-GA--A-----TTTGGGGTAT--------AAT-AATAGATGTATTATTAAGACAGATATGTACACACAAAGGATCTGGACTTTACAAACAGGAGT-TTCT-TATCTGAAACGA--TCAACAA-CAA---TTATTAATTTCAAACT-GATA--TTTTGAC---TATAA----AAGGGGAAGAG-ATGTCAGCTTATTA-CTACTCT---AACCTATGTC-AA-TATATATTT--AAAACCGTCATTACC-ATCTTTCTAC--CGAGACTTATTC-AAAT--TGAAAAAGATTCACTTGGAATGCTCATTACT-ACA-AA--GCTAAGATGTTCCATGTGAATA--ATAGGAAAATGGTGCTAATCAATTTAAAAAAAATTTGTTAACTTAATAAACTTATA-AA--TG-TGTAATT-G-A-G-TAATT--ATATCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AT-CCAATT-TTGTTCAGTTTGTA-ATGAT--TATGAG-AA----TTCTTT--AAACATC-------------------TTTT-GATT----------GTAT--AAATGT-AA---ATC-GATTATGGT-T--T--GAA-GTTAGCG-G--CCATT-TCTAAATTTTGGATGTA-AA--------TGGCAC--ACTTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTACGAGGGAAAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-C-CATTAC-ATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATT---AAAATGTTATTTG-TA----G-AATA--AC-AGTAT-AA--ATG-A--AA-C-GG---AT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAATAA-----C-TA--GCAACGT-T----ACG-----CC-----------AAT----ACAG-ATAC-ACAAAGGA--CT---TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAAGTC--TATGTC-T-TAA--CTT-GTGATC-AGTT-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTGGCCC----AAATTATCCT--------ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-----TC-ATA-TA---A-TGTG--CATGTT------G-TCAA----AT-T----ATA-----------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCATATA--------C----CCGG----GA-ATGACAA--TG-----------GAA-----GA----------AATATG--AAT-AATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAACAAAAAAAAAA
gi|4 : ATT----------ATAAACACCTA-GACCTCATTT--CT-G-A-GATAATTTAAT-TCCGTCACACTGTTTCTTATTTTCA-AA-TTAACAGCTCTCCAGAACATCAT-AT-CCAA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGATCCACTGAGCAA----TTC-TTCCGAACATC-TTCC---------CT---TTTTAGATT----------GTATACAAATGT-AA---ATCGGA-TATGGTGT--TTAGAACGTTAGCCTGCCCCA-T-TCTAAA-TTT-GATGTA-GAGACATGCGCGGCACCAA-TTACTCTGTTTGGTTTCCTCTTTGTATCTA-GAGGG-AAAAT-TC-AAGGTCCTTTTTTGCTCA-TAACA-CAC-TTACTAT-GTTTATTGCCATAATAGAATTTAC---AAATA---TAAAAG-TA-TTG-TGTACCGTAATATGACAAATATCGAGCATGAA--AA-CAGGAATAT---AATGTA--ACCACATGC------TCAAGCCTAGAAATTTCCTCTACCGCACCGTCTGTTGACGATAAGCCCCATCTTTCGCAACTACTATAGAACACAACAAA-GAACCT-A-TCAAGCCTAATGGTAAA---TTTAAGCTC--TCT-TC-TGTAAACCTTAGTGATCTAG-TCTTCTAATTATGTACACTTA-TTG--ACTCGGAAATAATCTCAC--TTATATC-TATATCTA-TTG-T-ATC-T-AAACTC-ATC-CATTCGTTGAGT-CA--TCCTAACGG-TCAAGCACTTGC----AT------------TGATTTGTCCACAAAT----GTTACACCTTCGCCTTTCTGTCAT-CCCC-ATAAACGCCGGC----CTGG----CATAT-ACAATCTG------TT-GTAGAAAAATGGGCTACATATTAATATGCAAATAAATATAGGATCG--------------------TCTA--ACAAAAAAAAAAAAAAACAAA
gi|5 : ATAT--CAAG-TATCTATTTACAATTAAATGATTGAAA-AA--TGAAAGA---TTTTATAA-T-TATTTCTCA-TTTACCGACATTTCAT-AAAGGAAT-TTTTGTTG--CTTTAATGAATGCAAAAAGAAAATAG--AAATA--TC----ACATATTTTGA-AAGCCAA-TTTTGCGCA---GCAACC-ATTGTGGA--ATAAT-A--TTTTTGAATACAAAGACAACACATTAT-GTTTTA--AAAATTGGATT---GA-TAGTAATATTTTAGATCTTATATGTAAAAGAT----TTG----TTTAAC-AAT-GAA-T-TT---AAAAC-T--TTATTTGATTTTTCAAATG-TCC-AG--CTGAGT----AAT-AA-----A-CC-GTTTGGTT-TT-GTGAATA-----T----ATTAT--------ATTCAAAA-ATGTaaa
gi|6 : aatattg-AATA-GAA-AATAT-AA--ATG-A--AAAC-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---T-AT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATCTT-A---TC-ATA-TT---AATGTGT-CA--TT------G-TCAA----TTGT----A-------------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATG-TAATATG--AATAAAT-TAG----AATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAtgtaatga
gi|7 : -TA--ACAAAGT-TAGAAAC-ATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-TA--CT-G-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTT-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-GTC-T-A---TC-ATA-T----ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-A----CG------------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGATAAATTG------CT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TGATGTG--AATAAACATAG----A--------------------TTTA--AAAA
gi|8 : A--ATG-A--AA-C-GGACTAT---AATGTA--A--A--TCC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA---C---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-AT-C-AACAA-GA--CTAA-CCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T----T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-A-TTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATT-TCTTGC--TTA-ATCATATATCTATTTGAC-ATC-T-A---TC-ATA-TA---A-TGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-
gi|9 : C--T-T-TC-T-TAAACTTC-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAT--TTA-ATCATAAATCTT-TTGAT-GTC-T-A---TC-ATA-CA---ATT-TGT-TA--TT------G---------------------------------A--------------------A------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATGTGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATCTAG----A--------------------TTTT--AAAAAAAAAGAAGAAAAGAA
blockSeqs : A . C . . . TACAATT CA G G G AT CAAAT . . ATA C . TC AAATA G AAGC A . . . G T A AGAAT A C . G AAA . GTAAT GATCT G . C . T G . G TTA AAAAT TTT TTTTTC C . GA A T AA A G . T ATTTGG . T G ATT A GA G A C T A GA . TA C TC . TT AA T A G TTT A AAGGGGAAGAG CA A C . A A . A AACCGTC A A T GA A A GA A A G TA AACAAA GATGTTC G . GTG ATC AAAAAA TGTTAACTTA . CC A AATTGAG TA A GTCACACTG ATT . A CA CTCC CATC A AT AA A . CC CAATTCTTCC ATTCTAAA A . AC A . GAT G G TTA C CT CC T . T G . GACATGC A CAA CT T T CTCTTTG C GA . A GCTCA . ACA T C A ATAA . . T T . TACC TA T A C GC A . A A . ACC C . GCC AAAT C CC C G AG CCA C TACT A A G AC AA GCC G A . . A G TG A T TT T C CT T GC TCGG . T AT . TAAAC . A ATTC T . TG CTAACG . GCACTTGCATTGATTTGTCCACAAATGTTACACCTTCGCCTTT G AACGCCGG . ATCA G ATCCCG A AAAAT C C T CA AATTTTTTTTTTTTTTTTTTT TT
blockSeqs : A . . . . . GA TG . . A GA TAAT . . AT G . AA ATA . TG . . . . . . G AAGAC C T . . . . G . G . C . T G . G . AAAT . . . . . A . A A . . T ATAT . C . A . AC . A C . A . . T . T . . TA . A . TT . AAAGTGT C . C . . . . . AACCAT A . . AC . A . A A . . ACAAA GATGT . . G . . . . . A TTTTAG . . . . . A A . . . C TT C . . AATTCTTT TTCCCT . . . A . GGA G . T . G . . . T . . ATG G AC . . T . . G . A A . CA T C A TA . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . GAAA . . . G . . . A . . . . A . . . . . C . T . . TC . . . . . . . . A . TTA . . G T . . . . TTATATAATTCAAATCTGTAATTTGTTAT T G . . G . . . . . . . GATCG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AACT . . . . . . . A . . . . AT . . . G . . . . . G CTGAGA . . . . . A A . . . A A C . . AATTCT TTAA . . . . . AA G . T . . . . . T . . . G A . . T . . . . . A . AC . . A TA . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . GAAA . . . G . . . A . . . . A . . . . . . . T . . T . . . . . . . . A . TTA . . A T . . . . TATATTAATTTGTTAT . . . . G . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . T ATG . . . . . . A . . . T C C . . AATTCT TTCT . . . . . GA . . T . . . . . T . . A . . . . . . . . . A . . . AAA . . . G . . . A . . . . A . . . . . . . T . . T . . . . . . . . A . TA . . A T . . . . ATTATATAATTTGTTA . . . . G . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . T A C . . TT . . . . . . . . . . . . . . . A . . . TAA . . . A . . . A . . . . G . . . . . . . T . . T . . . . . . . . A . TA . . A A . . . . TTGTATAATTTGTTA . . . . G . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . A . TA . . T T . . . . TTACGTAATTTGTTA . . . . G . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . T . . A T . . . . CTTTATCATTGGAT . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . A . . . . . AAT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : CTAG******* A* A** AATTCT********* TTCT*************** ********** *** GA** T**** A* ** ** *** A**** ****** GAAA A*** A** *** ** T** T** ** A* TA***** ****
originalCons : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-GCAA--AAACGACAGAAA-AAGATGTNANA---ATTTACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCGATATTTTAT-AAGGGAAT-TTTANATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGCGGATAG--A--TA--TCGAAAACTTATCCTGA-TG--CAA-TTTTCTTCT---TCAACC-AATATGGA--ATAAT-ATCTTTTTNAATATAAGGACGANACCCTATCGTTTTC--CAAGCTGGATTAAGGA-TAG----ACTTTA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAA-T--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----A-TCAAATTGGCT-TT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATCAATA-ATGTA--ATTA-GNNAGATAT-TACACACGAAGGATCTGGACTTTACAAACAG--GT-TTCT-T-TTTGAAACGA--T-AACAA-CGATCTTNATTAATTTCAAACTGGATACTTCTTGAT--ATATAA----AAGG------G-ATGTCAGCTT-TTACCTACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAATCTTTCTACT-CGAGG-TTATTCAAAATG-TGAAAAAGATCAACTTGGAAT-CTCAT--CTAACG-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATGT--TT-G-A-G-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----AT-AN-CCAA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAG-AA----TTC-TT--AAACATC-TT-----------CT---TTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATGGT-T--T--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-A---TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
finalCons : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-GCAA--AAACGACAGAAA-AAGATGTNANA---ATTTACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCGATATTTTAT-AAGGGAAT-TTTANATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGCGGATAG--A--TA--TCGAAAACTTATCCTGA-TG--CAA-TTTTCTTCT---TCAACC-AATATGGA--ATAAT-ATCTTTTTNAATATAAGGACGANACCCTATCGTTTTC--CAAGCTGGATTAAGGA-TAG----ACTTTA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAA-T--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----A-TCAAATTGGCT-TT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATCAATA-ATGTA--ATTA-GNNAGATAT-TACACACGAAGGATCTGGACTTTACAAACAG--GT-TTCT-T-TTTGAAACGA--T-AACAA-CGATCTTNATTAATTTCAAACTGGATACTTCTTGAT--ATATAA----AAGG------G-ATGTCAGCTT-TTACCTACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAATCTTTCTACT-CGAGG-TTATTCAAAATG-TGAAAAAGATCAACTTGGAAT-CTCAT--CTAACG-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATGTCTAG-------TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAAA-GCT----AGAA----AT-AN-CCAAA--TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGAGAATTCT---------AAACATCTTCT---------------TTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATCGA--TATGGT-TT----GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----GA-ATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTAA----A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AACA---ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CTA--TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TCT--TAAACTTT-GTGATC-AGT--TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATCTA-----TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 2222222 1 22222 222222 1 1 111 11 222222222 22222 1 222 1 11 1 11111 11 11 111 1 33333 33333 2222 11 1 1 111 1111111 111 222222 1 1 11 111 1 2222222 1 1 4444444444444 33333333 1 1 222 1 1 11 1 111 2222 1 11 1 1111 222 5555555555555555 11 1 11 222 1 1 22 33 22 1 11 111111111 2222222 1 11 111 111 222222 3333333333 11 55555555 11 333333333 111 1111 1111 111111 222222222222222 111111 444444444444444 2222222222 11 1 111 1111 11 11 2222222 1111 11 1 3333333 1 11 1 222222 1 1111 111 111 1 1 1 2222 1 11 111 111111 111 1111 1 111 111 111 1 1111 1111111 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222222 111111 11111 4444444444444444444444444
lowQualScore : 7 3 6 0 3 33 0 9999999 77 3 6 1 44444 111111 3 0 3 999 1 88 77 888888888 6 66666 3 333 3 88 3 7 1 77777 1 44 88 6 000 3 55555 33333 6 1111 2 33 5 2 0 2 777 8888888 777 888888 0 0 33 777 0 9999999 3 0 0 3 2222222222222 66666666 9 0 555 3 22 3 0 7 6 7 7 88 3 777 6 2222 3 0 11 88 7 7 2 4444 555 6666666666666666 44 3 33 333 3 7 3 7 9999999 7 7 00 88 7 7 00 7 7 3 88 999999999 0000000 3 88 666 777 888888 5555555555 8 11 0 1 33333333 8 11 8 222222222 444 6 7 6 4444 4444 77 333333 6 99 999999999999999 111111 77 888888888888888 6 9999999999 11 0 444 0000 3 99 99 6 55 99 6 6 3 8 0 8 4444444 2 4444 33 0 3 2222222 0 88 0 3 222222 0 0 999 3 2 3 4444 777 777 0 0 0 1111 88 6 8 0 8 55 6 99 6 6 111 99999 6 999999 111 9999 5 66 5 1 66 888 5 8888 5 1 5 77 111 000 5 5 000 66 0 5 777 5 5 777 5 0 5 66 5 66 0000 66 5 0 55 4 7777777 4 4 9999 6 4 55 111111 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 00000000 9999 9999 1 222222 4 11111 4 4 4 66 0 4444444444444444444444444 66
lowQualScore : . . . . . .. . ....... .. . . . ..... ...... . . . ... . .. .. ......... . ..... . ... . .. . . . ..... . .. .. . ... . ..... ..... . .... . .. . . . . ... ....... ... ...... . . .. ... . ....... . . . . ............. ........ . . ... . .. . . . . . . .. . ... . .... . . .. .. . . . .... ... ................ .. . .. ... . . . . ....... . . .. .. . . .. . . . .. ......... ....... . .. ... ... ...... .......... . .. . . ........ . .. . ......... ... . . . .... .... .. ...... . .. ............... ...... .. ............... . .......... .. . ... .... . .. .. . .. .. . . . . . . ....... . .... .. . . ....... . .. . . ...... . . ... . . . .... ... ... . . . .... .. . . . . .. . .. . . ... ..... . ...... ... .... . .. . . .. ... . .... . . . .. ... ... . . ... .. . . ... . . ... . . . .. . .. .... .. . . .. . ....... . . .... . . .. ...... . ............................................................... . ........ .... .... . ...... . ..... . . . .. . ......................... ..
lowQualScore : 3 3 7 7 3 88 0 0000000 33 3 7 0 00000 777777 3 7 3 777 0 33 33 000000000 7 77777 3 333 3 33 3 3 0 33333 0 00 33 7 000 3 00000 33333 7 2222 5 88 5 5 0 5 555 0000000 555 888888 0 0 88 000 0 8888888 2 0 0 2 0000000000000 22222222 0 0 777 3 00 3 7 3 7 3 3 33 3 777 7 7777 3 7 00 33 3 3 0 0000 777 0000000000000000 00 3 33 333 3 3 3 3 3333333 3 3 77 77 3 3 00 3 3 3 33 000000000 3333333 3 33 222 555 888888 0000000000 0 00 8 4 44444444 0 00 0 000000000 000 7 3 7 2222 2222 77 555555 7 22 555555555555555 888888 77 888888888888888 7 2222222222 00 6 000 0000 2 00 22 7 88 22 7 7 2 0 8 0 0000000 5 8888 88 0 2 5555555 0 88 0 2 222222 2 0 000 2 5 2 2222 555 555 0 0 0 2222 88 0 0 8 0 88 7 22 7 7 777 33333 7 222222 777 5555 0 99 0 4 99 888 7 6666 7 4 7 99 666 000 7 7 000 99 0 0 111 0 0 111 0 4 0 99 0 99 6666 99 0 4 44 4 7777777 0 0 6666 0 0 55 555555 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 66666666 4444 4444 1 888888 4 11111 4 4 4 99 1 1111111111111111111111111 99
consensus : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-GCAA--AAACGACAGAAA-AAGATGTNANA---ATTTACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCGATATTTTAT-AAGGGAAT-TTTANATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGCGGATAG--A--TA--TCGAAAACTTATCCTGA-TG--CAA-TTTTCTTCT---TCAACC-AATATGGA--ATAAT-ATCTTTTTNAATATAAGGACGANACCCTATCGTTTTC--CAAGCTGGATTAAGGA-TAG----ACTTTA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAA-T--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----A-TCAAATTGGCT-TT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATCAATA-ATGTA--ATTA-GNNAGATAT-TACACACGAAGGATCTGGACTTTACAAACAG--GT-TTCT-T-TTTGAAACGA--T-AACAA-CGATCTTNATTAATTTCAAACTGGATACTTCTTGAT--ATATAA----AAGG------G-ATGTCAGCTT-TTACCTACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAATCTTTCTACT-CGAGG-TTATTCAAAATG-TGAAAAAGATCAACTTGGAAT-CTCAT--CTAACG-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATGT--TTN-A-G-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATAN-CC-AA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGA-G--A-----A----TTC--T---AAAC-ATCTT-----------CTTTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATGGT--TT--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-A---TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Reference ( family-1904 ) : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-GCAA--AAACGACAGAAA-AAGATGTNANA---ATTTACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCGATATTTTAT-AAGGGAAT-TTTANATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGCGGATAG--A--TA--TCGAAAACTTATCCTGA-TG--CAA-TTTTCTTCT---TCAACC-AATATGGA--ATAAT-ATCTTTTTNAATATAAGGACGANACCCTATCGTTTTC--CAAGCTGGATTAAGGA-TAG----ACTTTA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAA-T--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----A-TCAAATTGGCT-TT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATCAATA-ATGTA--ATTA-GNNAGATAT-TACACACGAAGGATCTGGACTTTACAAACAG--GT-TTCT-T-TTTGAAACGA--T-AACAA-CGATCTTNATTAATTTCAAACTGGATACTTCTTGAT--ATATAA----AAGG------G-ATGTCAGCTT-TTACCTACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCGTCATTACCAATCTTTCTACT-CGAGG-TTATTCAAAATG-TGAAAAAGATCAACTTGGAAT-CTCAT--CTAACG-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATGT--CT--A-G-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATAN-CC-AA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGA-G--A-----A----TTC--T---AAAC-ATCTT-----------CTTTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATGGT--TT--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-AA---ATG-GCGGCAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGGG-AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-A---TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|1 : TACA-GATTTAGTAAAGTCCTACAATGTATAATATTTCAACATACTTATT-GTAA--AACATACAGAAA-AAGATGTTGCATATATTTA---ATATGTTCCTAAGTTTACCAATATTTTATTAAGGGA-----CAAATGAGTTTAAATGAGTGCAAAAGGCGGATAGCGA--TACTTCGAAAACTTATCCTGAATG--CAA-TTTTCTTCTGTTTCAACCTAATATTGATTATAAT-ATCTTTTTTAATATA-----GATACCCTATCCTTTTCTCCAAGCTGGATTAAGAAGTA-----ACTTTC-----TATCTGTAAGA-ATCGTCTTACTGTTTTACC-ATCGGAATCGTT---AA----TCCTTA---GA------AATTA-TCTACG--ATGAATTAAAAAG-AATCATTG-TCAAATGTGCT-TTCGTGG--AATTATT----GGTATCTATTTTTAAT---TA-ATGT----TTA-GTGAGGTAT-TAAATCCGAAGT-TCTGGA--TTACAA-CAG--GTGTTCTGT-TTTGTAACTACCT-AACACTCGATCTTC-TTAATTTCAA--TAGGTACTTCTTGATCAAAATCAGTCGAAGA------G-ATGT-AGCTT-TTACCTACTCTTTAAACCT-TGTCAAAGTATATATTTAAAA-----CCATT-TCAAGCTTTCTACTACGAG--TTAATCAAT-TG-TGAAAG---TCA---TGGTAT-CTAAT--CTA-CGTAACCGCTAG--------AT-TGTATGCTATAGACAATTG---CTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATATAA--TGATGT--TTTGATG-TACTT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCATAAATT---AGCT----AG-A----GTAT-CC----A-TTGT---CTTTATATATGAG--ATTCATC--A-----ACATCTTC--T---GAATAATCTTGTATTCCTCCACTTGTT-GATTTTTGTTTTGCGTAT--AGAAGTAAATCCGTC-G--TATTATTGTT--GAA-G-TAAC--G--CCA-TGTCTAA--TTT-GATGTAGAA---ATG-GC-GCAC--A-TTA--TTA-TTGG--TT-------GATCTA-GAGGC-AAAATCTCAATGCTTGTTTTTG----AGTAATATCA-ATTACTTTCGTGC-TTACT-T------ATTTACATAAAATATAGAAAATA-TT-TTGCTA----G--ATACGAC-AAT-T-AAT-ATG-AAGAA-C--GAATATTAGATTGTATGA--A-ATGCCACTCGTCAG---TAAA----TCCT-TA--GC--CGT---TTG-CAGTA--CC---TCTTTTT-GAC----ATAG-ATACGACAAG-CA--CT-ATTCAT---TA---GT-AAGTTTTTCAGCTCTGT-T-TCGT-CAAACTTT-TT--TC-AG---TTC-ATTTATG---A--CG-ATG--CC----AGTATATCTTACCTTTA-ATAATA-ATCT--TT-ATGATC-T-----TCAATA-TT---AATGTGTATA--TT------GCTCAG----TT-TACGCAT------------TAACT----------TTTAAGTTA-------------TTGT-ATATTCAGATG--------CTGAACC-G----GATG-GACACATTG------TT-GT-AA-----GGG-TG-TTA-TAATAT
gi|10 : AAATTG--GCTG---AATTT------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATAT--TTTTA-G-TAATT--AT-TCC---------TTGCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATAA-CCCAA-A-TTGTTAATTTTGTA-ATGAT--ATTGA-G--A-----A----TTC--T---AAAC-ATCTT-----------AATTTT-GATT----------GTAT--TAATGTAAA---ATC-AA-TATGGT--TT--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TATAAAT
gi|11 : T-ATC-TTA---TC-TTAACG---ATTGTAT-CA--TT---------CAAC---TT-T----AT------------CA--T----------T----GG-A------------TTGACTAGAATCAGACGG-------C----CCGAATCAGGTAT--CAAATCGATCCCGTTAGTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAAA
gi|12 : ct-ATA-TA---AT-GTGT-CA--TT------G-TCAA----TTAT----ATAATTCAAATCTGTAATT----------T----GTTA------------TT-GTCATATTTA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTA--AAAA
gi|13 : TCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATAATCC-AA-C-TTGTTCATTTTGTA-ATGAT--ACTGA-GTTAGCGCCA----TTC--T---AAA--------------------TTTT-GA-T----------GTA
gi|14 : TACAAGTTTTTGTAA-GCCTTACGATGTA-AATAT--CAAC-TAa
gi|15 : --GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GATGTA-
gi|16 : atgTTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCCT
gi|2 : TACAAGTTTTTGTAA-GC-TTACAATGTA-AATAT--CAAC-TACTTATT-G--A--AAACAACAGAAAGAAGATGTGAAT---ATTCACAAAT-TGTTCCTAA-TTTACCAATATTTTAT-AAGGAAATATTTACATG--TTTTAATGAGTGCAAAAGGTCGATAA--A--TA--TCGAAAACTTATCCACA-TG--CAAATTTTCTTCT---TCAACC-AACATGGA--ATAATGATCTTTTTAAATATAAGAATGAAACCCTA-CGTTTTC--CAAGCTG-ATTAAAGA-TAG----ACTTCA-----TATATGTAAAAGAT----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGTT---AAAAAAT--TTA---GA------AAATA-TCT-CG--ATGAAT--AAAAG-AA-----AATCAAATTGGCTGTT-GTGA--A-----T----GGTAT--------AATTAATA-ATGTA--ATTA-AGAAGATAT-TACACACAAAGGATCTGGACTT-ACAAACAA--GT-TTCT-T-TTTGAAA-GA--T-AACAA-CAATTTTAATTCAT--AAAACTGGATATTT--TGAT--ATATAA----AAAGT-----GTATGTC---TT-TTAC-TACTCT---AACCT-TGTCAAA-TATATATTTAAAAAACCAT-ATTACCAATCTTTCTACT-CGAAGATTATTCAAAATGATGAAAAAGATCAACTGAGAAT-CTCAT--CTAACA-AA--GCTAAGATGT--CAT-TGAATA--ATAGAAAATTG--GCTG---AATTC------AATT----------ATAAACTTATA-AA--TGATAT--AT----G-TAATT--AT-TCC---------TTTCTT---TTCA-AA-TTAA--GCT----AGAA----ATAA-TC-AA-AATTGTTCATTT-GTA-ATGAT--ACTGA-G--A-----A----TTC--T---AAAC-ATCTT-----------CTTTTT-GATT----------GTAT--AAATGTAAA---ATC-GA-TATG-T--TT--GAA-GTTAGC--G--CCA-T-TCTAAATTTT-GA-GTA-AA---ATG-GCGACAC--A-TTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTA-GAGG--AAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAAAA-CACATTACTATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATA---AAAATG-TA-TTG-TA----G-AATA-GAC-AATAT-AA--ATG-A--AA-C-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAA-AAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTAACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---TAAT-GT-AA----TTCAGCTC--T-T-TC---TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TATTTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-------TC-ATA-TA---ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TA-T----AT------------TAATT----------T----GTTA------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA------GG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATATAG----A--------------------TTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|3 : T----TTACT--TTTACCTAACGGAA-CGCTTTAAAAAA-T--TTA---GA------AAATACTCT-CGGAATGAAT--AAAAGTAA-----A-TCAAATTGGCT-GT-G-GA--A-----TTTGGGGTAT--------AAT-AATAGATGTATTATTAAGACAGATATGTACACACAAAGGATCTGGACTTTACAAACAGGAGT-TTCT-TATCTGAAACGA--TCAACAA-CAA---TTATTAATTTCAAACT-GATA--TTTTGAC---TATAA----AAGGGGAAGAG-ATGTCAGCTTATTA-CTACTCT---AACCTATGTC-AA-TATATATTT--AAAACCGTCATTACC-ATCTTTCTAC--CGAGACTTATTC-AAAT--TGAAAAAGATTCACTTGGAATGCTCATTACT-ACA-AA--GCTAAGATGTTCCATGTGAATA--ATAGGAAAATGGTGCTAATCAATTTAAAAAAAATTTGTTAACTTAATAAACTTATA-AA--TG-TGTAATTG-A-G-TAATT--ATATCC---------TTTCTT---TTCA-AAATTAA-AGCT----AGAA----ATAT-CC-AATT-TTGTTCAGTTTGTA-ATGAT--TATGA-G--A-----A----TTCTTT---AAAC-ATC---------------TTTT-GATT----------GTAT--AAATGT-AA---ATC-GATTATGGT--TT--GAA-GTTAGCG-G--CCATT-TCTAAATTTTGGATGTA-AA--------TGGCAC--ACTTA--TTG-TTGGTTTT-------TATCTACGAGGGAAAAAT-TCAAAGGTTGTTTTTT----A-TAACA-C-CATTAC-ATCGTTTATTGCC-T-ATAGAATTTAC---AAATT---AAAATGTTATTTG-TA----G-AATA--AC-AGTAT-AA--ATG-A--AA-C-GG---AT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAATAA-----C-TA--GCAACGT-T----ACG-----CC-----------AAT----ACAG-ATAC-ACAAAGGA--CT---TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAAGTC--TATGTC-T-TAA--CTT-GTGATC-AGTT-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTGGCCC----AAATTATCCT--------ATCATATATCTA-TTGAT-ATC-T-----TC-ATA-TA---A-TGTG--CATGTT------G-TCAA----AT-T----ATA-----------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCATATA--------C----CCGG----GA-ATGACAA--TG-----------GAA-----GA----------AATATG--AAT-AATATAG----A--------------------TTTA--AAAAAAACAAAAAAAAAA
gi|4 : ATT----------ATAAACACCTA-GACCTCATTT--CTG-A-GATAATTTAAT-TCCGTCACACTGTTTCTTATTTTCA-AA-TTAACAGCTCTCCAGAACATCATAT-CC-AA-A-TTGTTCATTTTGTA-ATGATCCACTGA-GC-A-----A----TTC--TTCCGAAC-ATCTTCC---------CTTTTTAGATT----------GTATACAAATGT-AA---ATCGGA-TATGGTG-TTTAGAACGTTAGCCTGCCCCA-T-TCTAAA-TTT-GATGTA-GAGACATGCGCGGCACCAA-TTACTCTGTTTGGTTTCCTCTTTGTATCTA-GAGGG-AAAAT-TC-AAGGTCCTTTTTTGCTCA-TAACA-CAC-TTACTAT-GTTTATTGCCATAATAGAATTTAC---AAATA---TAAAAG-TA-TTG-TGTACCGTAATATGACAAATATCGAGCATGAA--AA-CAGGAATAT---AATGTA--ACCACATGC------TCAAGCCTAGAAATTTCCTCTACCGCACCGTCTGTTGACGATAAGCCCCATCTTTCGCAACTACTATAGAACACAACAAA-GAACCT-A-TCAAGCCTAATGGTAAA---TTTAAGCTC--TCT-TC-TGTAAACCTTAGTGATCTAG-TCTTCTAATTATGTACACTTA-TTG--ACTCGGAAATAATCTCAC--TTATATC-TATATCTA-TTG-T-ATC-T-AAACTC-ATC-CATTCGTTGAGT-CA--TCCTAACGG-TCAAGCACTTGC----AT------------TGATTTGTCCACAAAT----GTTACACCTTCGCCTTTCTGTCAT-CCCC-ATAAACGCCGGC----CTGG----CATAT-ACAATCTG------TT-GTAGAAAAATGGGCTACATATTAATATGCAAATAAATATAGGATCG--------------------TCTA--ACAAAAAAAAAAAAAAACAAA
gi|5 : ATAT--CAAG-TATCTATTTACAATTAAATGATTGAAA-AA--TGAAAGA---TTTTATAA-T-TATTTCTCA-TTTACCGACATTTCAT-AAAGGAAT-TTTTGTTG--CTTTAATGAATGCAAAAAGAAAATAG--AAATA--TC----ACATATTTTGA-AAGCCAA-TTTTGCGCA---GCAACC-ATTGTGGA--ATAAT-A--TTTTTGAATACAAAGACAACACATTAT-GTTTTA--AAAATTGGATT---GA-TAGTAATATTTTAGATCTTATATGTAAAAGAT----TTG----TTTAAC-AAT-GAA-T-TT---AAAAC-T--TTATTTGATTTTTCAAATG-TCC-AG--CTGAGT----AAT-AA-----A-CC-GTTTGGTT-TT-GTGAATA-----T----ATTAT--------ATTCAAAA-ATGTaaa
gi|6 : aatattg-AATA-GAA-AATAT-AA--ATG-A--AAAC-GGAATAT---AATGTA--A--A-ATGC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-GA--CT-A-TCAA---T-AT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-ATCTT-A---TC-ATA-TT---AATGTGT-CA--TT------G-TCAA----TTGT----A-------------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATG-TAATATG--AATAAAT-TAG----AATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTA--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAtgtaatga
gi|7 : -TA--ACAAAGT-TAGAAAC-ATA--CC---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-ATAC-ACAAA-TA--CT-G-TCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T-TC-T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTT-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAC--TTA-ATCATATATCTA-TTGAT-GTC-T-A---TC-ATA-T----ATTGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-A----CG------------TAATT----------T----GTTA-------------TTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATATGATAAATTG------CT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TGATGTG--AATAAACATAG----A--------------------TTTA--AAAA
gi|8 : A--ATG-A--AA-C-GGACTAT---AATGTA--A--A--TCC------TCAG---TAAGAAATTCCT-TA--GCAACGT-TGTTGACGATA---C---TCTTTTG-AAC-A--ATAG-AT-C-AACAA-GA--CTAA-CCAA---TAAT-GT-AA---TTTCAGCTC--T-T----T-TAAACTTT-GTGATC-AG-T-TTC-A-TTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATT-TCTTGC--TTA-ATCATATATCTATTTGAC-ATC-T-A---TC-ATA-TA---A-TGTGT-CA--TT------G-TCAA----TT-
gi|9 : C--T-T-TC-T-TAAACTTC-GTGATC-AG-T-TTC-ATTTATGTA-A--TA-TTG--CC----AAATTATCTTAT--TTA-ATCATAAATCTT-TTGAT-GTC-T-A---TC-ATA-CA---ATT-TGT-TA--TT------G---------------------------------A--------------------A------------TTTGTCATATTCA-ATA--------C----CCGG----GATGTGACAAATTG------TT-GTAAA-----GGG-TA-ATA-TAATATG--AATAAATCTAG----A--------------------TTTT--AAAAAAAAAGAAGAAAAGAA