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gi|1 : attagatgtgggcctagcaactgtttctattgtgggtcagaaatgacatat-CAGG-A------C-CA-C-G-T-G--GGAC-T-CC--T-GG---AA-A---A--T-TAT-G--T-CAgaattaagttaagtttaaaa
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gi|10 : ctTTGGATTG-T-G-GG-C-TT-ACGC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT---GG-G--CA-T--C--C---A-G-------------A-A-TGCA-CA-TA-----T-CAGG-AG--C--C-CA-C-GTT-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TAATG--T-TAAG--TT-TTAAtc
gi|11 : aTAGAT-G-T-G-GG-C-A--C-GC-A--T---A---TTT-T-TA-TGT---GG-G--CT-CACCTAC---G-A---A---------A-A-TG-A-CA-TA-----T-CAGG-AG-------CA-C-G-TGG--G--C-TCCC--T-GG---AACA---T--T-AAC-G--T-TAAG--TT-TA
gi|12 : atgTTAGATAG-T-G-GG-C-T--A-GC----T---G---TTT-T-AT-TGT---GG-C--TC-C--C--C---A-G---A---------A-A-TG-A--A-TA-----T-CAGGCGG--C--CACA-C-G-A-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-AAA-GA-T-TAAG--TT-
gi|13 : aTTAGAT-GCT-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT----G-G--CT-C--A--C---C-G---A---------A-A-TG-A-CA-TA-----T-CAGG--G--C--C-CA---G-A-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TAA-GT-T-TAAG--TT-TAAACCaactc
gi|14 : aTTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT---GG-G--CT-C--C--C---A-G---A---------A-A-TG-A-CA-TA-----T-CAGG-AG--C--C-CA-C-G-T-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TAA-G--T-TAAG--TT-TGAACC
gi|15 : -GG-C-T--T-TC-A--T---G---TTT-T-GT-TGT---GG-G--CT-C--C--C---A-G---AGTAGCCAGAA-A-TG-A-TG-TA-----T-CAGG-TGTAC--C-CA-C-A-T-G--G--C-T-TC--T-GG---AA-A---T--T-TTA-A--T-TAAG--TT-TAA
gi|16 : TTACAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-GT-TGT---GG-G--CT----C--C---A-G---A---------ATA-TG-A-CA-TA-----T-CAGG-AG--C--C-CA-C-A-T-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TTA-G--T-TAAG--TTCTAA
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gi|18 : aAGAT-G-T-G-GG-A-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT---GG----CT-C--C------A-G---A---------A-A-TG-A-CA-TA-----T-CAGG-AG--C--C--A-C-G-T-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TAA-G--T-TAAG--TT-TAAAa
gi|19 : -T-G-GG-G-C--A-GC-A--T---G---TTT-T-GT--------G-G--CT-C--C--C---A-G---A---------A---TG-G--A-TA-------CAGG-AG--C--C--A-C-G-TTG--G--CGT-CC--T-GG---AA-A---T--T-TTA-G--T-TAAGTTTT-TAAAC
gi|2 : AAAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT---AT-TGTTTTGG-G--CC-C--C--C---A-G---A---------A-A-TG-A-CA-TA-----T-CAGG-AG--C--C-CA-C-A-T----G--C-T-CC--T-GG---AA-A---TG-TGTAA-G--T-TAAG--TC-
gi|20 : aagTTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT----G-G--CT-C--C--C---A-G---A---------A-A-TG-ACCA-TA-----T-CAGG-AG--CCGC-CA-C-C-G-A--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-ttcacaaaaccc
gi|21 : aAGAT---T-G-GG---T--A-GCGA--T---G---TTT-TCAT-TGT---GG----CT-C--C--C---A-G-------------A-A-TG---CA-TA-----CACAGG--G--C--C-CA-C---T----G--C-T--C--T-GA---AA----------TAA-G----TAAG--
gi|22 : TAGAT-G-T-GTGA-C-T--A-GCTA--T---G---TTT-T-AT-TGT---GGAG--CT-CA-C--C---A-G---T---------G-A-TG-A-CT-TC-----TACAGG-AA--C--
gi|23 : -T--A-GC-T--T---G---TTT-T-GA-TGT---GG-A--CT-C--C--CCAAA-A---A---------A-ACTG-A-CA-TA-----T-TAGG-AG--C--C-CA-t
gi|24 : -A-TG-A-CAATA-----T-CAGG-AG--C--C-CA-C-G-T-G--G--C-C-CC--T-GG---AA-A---T--T-T-A-G--T-TAAG--TT-TAAACgata
gi|25 : TAGAT-G-T-G-GA-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT---GG-G--CT-C--C--C---A-G---A---------A-A-TG-A-C
gi|26 : G--C--C-CA-C-A-T-G--G--C-T-CC--T-GA---AA-A---C--T-TCA-G--T-TAAA--TG-TAAACCt
gi|27 : TTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT---Gc
gi|3 : caTAGAT-G---G-GG-C-T--A-GC-ACTT---A---TTT-T-ATCTG----GG-G--CT-C--C--C---A-G---AC--------A-A-TG-AACA-TAA----T-CAGA-GG--C--C-CAAC-GAT-A--GGCC-T-CC--T-GACTTAA--------T-TAA-G--T-TAAG--TT-TAAACCcc
gi|4 : aaTTAGATTG-T-G-GG-C-T--A-GC-A--TTTTGCATTTT-T-AT-TGT---GG-G--CT-C--C--C---A-G---A---------A-A-TG-A-CA-CA-----T-CAGG-AG--C--C-CA-C-G-T-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TAA-G--T-TAAG--TT-TAAAC
gi|5 : atGAT-G-T-G-AG-C-T--A-GC-T--T---G---TTT-TTAT-TAT---GG-G--C-----C--C---A-G---A---------A-A-TG-A-C-----------C----------------C-G-T----G--C-T--C--T-GG---AA-A---C--G-TTA-G--T-TAAG--
gi|6 : tctcatcattttagatttattaaatgtatcatgagTTAGAT-G-T-G-GG-C-T--G-GA-A--T---G---TTT-T-A--TGT---GG-G--CT-C--CG-C---A-G---A---------A-A-T--A-CA-TA-----T-CAGG-AGC-C--C-CA-CAG-T-GGAG--C-T-CCTTT-GG---AA-AT--T--T-TAA-G--T-TAAG--TT-TA
gi|7 : aTTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G-----T-T-AT-TGT---GG-G--C--C--T--C---A-C---A---------A-A-TATA-CA-TA-----T-CAGGCAG--C--C-CA-C-G-T-G--GCCC-T-CC--TGGG---AA-A---T--T-TAA-GTTT-TAAG--TT-TAAACCca
gi|8 : TAGATCG-TTG-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT---AT-TGT---GG-GGGCT-C--C--C---AAG---A---------A-A-TG-A-CA-TA-----T-CAGG-AG--A--C-CA-C-G-TGG--G--C-T-CC--T-GA---CA-A---T--TATAA-G--T-TAAG--TT-TAAA
gi|9 : gTTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-A-CT-TGT---GG-G--CTCC--C--C---A-G---A---------A-T-TG-ATCA-T------T-CA-G-AG--C--C-CA-C-GAT-T--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---TTCT-TTA-G--T-TAAG--TT-CTAACC
blockSeqs : T C T T . C T C G AC TTT CAT C C C TTT A GG C AC TA CAA A . GTAGCCAGA T C C C A A A C TA CG A A A T GGA GC G C TT G CTT C T TC G T TT . TT C
blockSeqs : A . . . . . . . T CT . . . T . . . . . A G . . . C . . T A . . A C C . . . . A GG CC . . . . . . . G A . A . . .
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blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
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originalCons : TTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT---GG-G--CT-C--C--C---A-G---A---------A-A-TG-A-CA-TA-----T-CAGG-AG--C--C-CA-C-G-T-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TAA-G--T-TAAG--TT-TAAACC
finalCons : TTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT---GG-G--CT-C--C--C---A-G---A---------A-A-TG-A-CA-TA-----T-CAGG-AG--C--C-CA-C-G-T-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TAA-G--T-TAAG--TT-TAAACC
Alignments
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consensus : TTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT---GG-G--CT-C--C--C---A-G---A---------A-A-TG-A-CA-TA-----T-CAGG-AG--C--C-CA-C-G-T-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TAA-G--T-TAAG--TT-TAAACC
Reference ( family-1898 ) : TTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT---GG-G--CT-C--C--C---A-G---A---------A-A-TG-A-CA-TA-----T-CAGG-AG--C--C-CA-C-G-T-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TAA-G--T-TAAG--TT-TAAACC
gi|1 : AT-G-T-G-GGTC-TTAA-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT---GG-G--CT-C--C--CG--A-GAATA---------A-G-TG-A-CA-TAATTTTC-CAGG-AGT-C--C-CA-C-G-T-G--G----T-CC--T-GG---AG-AACTT--T-TAAGG--TATAAG--TT-TAAACC
gi|10 : ctTTGGATTG-T-G-GG-C-TT-ACGC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT---GG-G--CA-T--C--C---A-G-------------A-A-TGCA-CA-TA-----T-CAGG-AG--C--C-CA-C-GTT-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TAATG--T-TAAG--TT-TTAAtc
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gi|13 : aTTAGAT-GCT-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT----G-G--CT-C--A--C---C-G---A---------A-A-TG-A-CA-TA-----T-CAGG--G--C--C-CA---G-A-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TAA-GT-T-TAAG--TT-TAAACCaactc
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gi|20 : aagTTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT----G-G--CT-C--C--C---A-G---A---------A-A-TG-ACCA-TA-----T-CAGG-AG--CCGC-CA-C-C-G-A--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-ttcacaaaaccc
gi|21 : aAGAT---T-G-GG---T--A-GCGA--T---G---TTT-TCAT-TGT---GG----CT-C--C--C---A-G-------------A-A-TG---CA-TA-----CACAGG--G--C--C-CA-C---T----G--C-T--C--T-GA---AA----------TAA-G----TAAG--
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gi|27 : TTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-T-AT-TGT---Gc
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gi|4 : aaTTAGATTG-T-G-GG-C-T--A-GC-A--TTTTGCATTTT-T-AT-TGT---GG-G--CT-C--C--C---A-G---A---------A-A-TG-A-CA-CA-----T-CAGG-AG--C--C-CA-C-G-T-G--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---T--T-TAA-G--T-TAAG--TT-TAAAC
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gi|6 : tctcatcattttagatttattaaatgtatcatgagTTAGAT-G-T-G-GG-C-T--G-GA-A--T---G---TTT-T-A--TGT---GG-G--CT-C--CG-C---A-G---A---------A-A-T--A-CA-TA-----T-CAGG-AGC-C--C-CA-CAG-T-GGAG--C-T-CCTTT-GG---AA-AT--T--T-TAA-G--T-TAAG--TT-TA
gi|7 : aTTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G-----T-T-AT-TGT---GG-G--C--C--T--C---A-C---A---------A-A-TATA-CA-TA-----T-CAGGCAG--C--C-CA-C-G-T-G--GCCC-T-CC--TGGG---AA-A---T--T-TAA-GTTT-TAAG--TT-TAAACCca
gi|8 : TAGATCG-TTG-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT---AT-TGT---GG-GGGCT-C--C--C---AAG---A---------A-A-TG-A-CA-TA-----T-CAGG-AG--A--C-CA-C-G-TGG--G--C-T-CC--T-GA---CA-A---T--TATAA-G--T-TAAG--TT-TAAA
gi|9 : gTTAGAT-G-T-G-GG-C-T--A-GC-A--T---G---TTT-A-CT-TGT---GG-G--CTCC--C--C---A-G---A---------A-T-TG-ATCA-T------T-CA-G-AG--C--C-CA-C-GAT-T--G--C-T-CC--T-GG---AA-A---TTCT-TTA-G--T-TAAG--TT-CTAACC